Компьютерный метод систематики микроорганизмов на основе алгоритмической теории информации и его приложение к таксономии и номенклатуре микроскопических грибов рода Trichoderma тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Тарасов, Денис Станиславович

  • Тарасов, Денис Станиславович
  • кандидат биологических науккандидат биологических наук
  • 2007, Казань
  • Специальность ВАК РФ03.00.07
  • Количество страниц 100
Тарасов, Денис Станиславович. Компьютерный метод систематики микроорганизмов на основе алгоритмической теории информации и его приложение к таксономии и номенклатуре микроскопических грибов рода Trichoderma: дис. кандидат биологических наук: 03.00.07 - Микробиология. Казань. 2007. 100 с.

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Тарасов, Денис Станиславович

Введение .'.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Краткий обзор истории развития биологической систематики

1.2. Нумерическая таксономия (фенетика) и ее методы.

1.2.1. Метод UPGMA (Unweighted pair-group using arithmetic averages).

1.2.2. Neighbour Joining (метод ближайших соседей)

1.3. Кладистическая (филогенетическая) таксономия и ее методы

1.3.1. Терминология.

1.3.2. Метод максимальной парсимонии

1.3.3. Метод максимального правдоподобия и его использование при реконструкции филогенетических деревьев

1.4. Развитие и современное состояние систематики микроорганизмов

1.5. Алгоритмическая теория информации и ее применение в систематике микроорганизмов

1.5.1. Предыстория разработки алгоритмической теории информации

1.5.2. Алгоритмическая теория информации.

1.5.3. Применения алгоритмической теории информации в систематике

1.6. Trichoderma - краткие сведения о модельном объекте.

Глава 2. Разработка автоматизированного метода использования нормализованного информационного расстояния для таксономии микроорганизмов 32 2.1. Проблема применения нормализованного информационное расстояния при сравнении морфологических и физиологических характеристик

2.2. Анализ языков программирования с точки зрения их пригодности для выражения информации о признаках микроорганизмов

2.2.1. Использованные компьютерные программы.

2.2.2. Процедурные, императивные языки.

2.2.3. Функциональные языки.

2.2.4. Логическое программирование.

2.2.5. Объектно-ориентированные языки.

Рекомендованный список диссертаций по специальности «Микробиология», 03.00.07 шифр ВАК

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Компьютерный метод систематики микроорганизмов на основе алгоритмической теории информации и его приложение к таксономии и номенклатуре микроскопических грибов рода Trichoderma»

Систематика организмов имеет две цели:

• Теоретическую - установление взаимосвязей между признаками различных организмов

• Практическую - идентификация организмов. Предсказание свойств идентифицированных организмов на основании их принадлежности к группе

Систематика включает в себя три большие области:

• Номенклатура - занимается вопросами выбора имен для систематических групп

• Таксономия - занимается таксонами и взаимосвязями между ними

• Идентификация - отнесение организма к конкретному таксону

Современная систематика микроорганизмов сталкивается со значительными проблемами. В области номенклатуры: Современная номенклатура в систематике регулируется с помощью устоявшихся наборов правил, ведущих свое начало со времен Линнея. Существует Зоологический кодекс номенклатуры [67], Ботанический кодекс [66], Бактериологический кодекс[105] и Вирусный кодекс [24]. Будучи основанными на одних и тех же принципах, кодексы накопили значительное количество отличий.

Существующие кодексы номенклатуры вызывают значительное количество нареканий. Указывается, например, на то, что при работе в рамках задаваемых ими правил систематик микроорганизмов вынужден тратить значительное время (до 20% всего рабочего времени) на номенклатурные/историко-библиографические изыскания вместо того, чтобы заниматься собственно предметом своих исследований [57]. Исправить недостатки в существующих кодексах представляется чрезвычайно сложной проблемой. Кодексы номенклатуры являются исторически сложившимися документами, статьи которых тесно связаны друг с другом. Вследствие этого изменение в одной части кодекса может вступать в противоречие с другими частями и/или нарушать функционирование всей системы как целого. Поэтому современная систематика продолжает опираться на положения, установленные на протяжении нескольких веков, хотя некоторые из них явно устарели и не отвечают потребностям современной науки.

В попытке исправить создавшееся положение, были предложены альтернативные варианты номенклатурных кодексов, не получившие, однако, общего признания.

В области таксономии систематика микроорганизмов сталкивается с рядом проблем, обусловленных спецификой изучаемого объекта:

• Большое разнообразие микроорганизмов.

• Отсутствие полового процесса у многих микроорганизмов не позволяет использовать определение вида, принятое для других групп живых существ.

• Горизонтальный перенос генов размывает границы видов и усложняет реконструкцию филогении.

• Высокая скорость изменения.

В систематике микроорганизмов используются различные группы признаков -морфологические, физиологические, биохимические, молекулярно-генетические. Широко признается тот факт, что данных одной группы признаков недостаточно для установления взаимосвязей между таксонами. Однако, в связи с тем, что на сегодняшний день отсутствуют действенные методы интеграции морфологических, физиологических, биохимических и молекулярно-генетических данных в рамках единого подхода на практике часто используются данные одной группы признаков.

В 2006 году Американской Академией Микробиологии был сделан вывод о том, что используемые сегодня средства систематики микроорганизмов не способны адекватно учесть существующее разнообразие микроорганизмов, что является основанием для необходимости разработки принципиально новых подходов к систематике микроорганизмов.

Одним из перспективных подходов к систематике является применение алгоритмической теории информации. В частности в работе [65] алгоритмичеекая теория информации использовалась для создания метода построения филогенетических деревьев на основании сравнения целых геномов.

Представляется, что использование алгоритмической теории информации можно распространить и на другие группы признаков, а также на другие вопросы систематики, такие как описание свойств микроорганизмов и вопросы номенклатуры.

Целью данной работы было создание компьютерного метода систематики микроорганизмов на основе алгоритмической теории информации В ходе выполнения работы были решены следующие основные задачи:

1. Разработать способ унифицированного описания морфологических, физиологических биохимических и молекулярно-генетических признаков, пригодный для использования в компьютерных классификационных процедурах

2. Разработать компьютерные классификационные процедуры для построения таксономических деревьев, использующие унифицированные описания признаков и метрику расстояния, основанную на алгоритмической сложности

3. Проверить разработанные процедуры на практике

В ходе работы также удалось выявить, что разработанный метод создания унифицированных описаний микроорганизмов может внести вклад в упрощение микробиологической номенклатуры, поэтому этот вопрос был также исследован.

На защиту выносятся следующие положения:

1. Теоретически обоснованным и практически эффективным способом интеграции морфологических, физиологических биохимических и молекулярно-генетических признаков микроорганизма в рамках единого и пригодного для компьютерной обработки описания является представление признаков организма в форме компьютерной программы.

2. Представление информации об организме в форме компьютерной программы позволяет повысить эффективность микробиологической номенклатуры - решить проблему противоречия между необходимостью иметь уникальные и неизменные имена таксонов и потребностями в существовании простых, легко запоминающихся имен, отражающих существенные признаки таксона

3. Разработанный метод построения таксономии с использованием в качестве метрики расстояния параметра, включающего алгоритмическую сложность, позволяет использовать для построения таксономических деревьев всю доступную информацию об организме.

Похожие диссертационные работы по специальности «Микробиология», 03.00.07 шифр ВАК

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Тарасов, Денис Станиславович

Впервые создан метод, позволяющий использовать универсальную меру рас стояния (нормализованное информационное расстояние) при анализе таксоно мии микроорганизмов с использованием морфологических, физиологических

и биохимических призпаков. Разработанный метод сочетает в себе преимуще ства нумерического и традиционного (интуитивного) нодходов к систематике

и обладает следующими преимуществами:

• Исключаются проблемы связанные с произвольным выбором меры рас стояния и сводится к минимуму эффект от выбора алгоритма кластери зации. • Метод позволяет включать знапия и личпый опыт систематика посред ством выбора средств кодировапия признака в программе-описании. В

отличие от матрицы нризнаков, используемой в других нумерических ме тодах, программа-описание способствует более обдуманному подходу к

процессу выбора и кодирования признаков, сохраняет логику нринятых

в этом процессе решений для последующего анализа другими исследова телями. • Разработанный метод не требует использовапия строго независимых при знаков. В онисания-программы могут включаться связанные признаки,

одновременно с информацией о способах их взаимодействия и развития

процесса во времени. Разработанный метод может использоваться во всех задачах таксономии

микроорганизмов, где обычно используется нумерическая систематика и кла стерный анализ. Разработанное нрограммное обеспечение и язык ConceptSystem может быть

применен в практической работе исследователя-микробиолога, а также в учеб ном процессе.Предложенные улучшения к микробиологической номенклатуре, основан ные на использовании пространств имен и псевдонимов, могут быть использо ваны в практической работе с систематикой микроорганизмов, поскольку яв ляются совместимыми с существующими номенклатурными правилами, что

одновременно упростит работу

По результатам работы можно сделать следующие выводы:

1. Разработан метод кодирования морфологических и физиологических при знаков микроорганизмов для применения универсальной информацион ной нормализованной меры расстояния и метод нахождения приблизи тельного значения этой меры. Метод заключается в представлении при знаков организма в форме программы-модели его онтогенетического раз вития, записанной на специальном языке программирования. 2. Разработана программа-интерпретатор языка программ-моделей для опи сания признаков микроорганизмов, а также интерактивный графический

интерфейс пользователя. 3. Использование новых методов продемонстрировано на примере описа ния и классификации грибов рода Trichoderma, что позволило получить

описапия, иптегрирующие морфологические и физиолого-биохимические

признаки, а также построить более компактный но сравнению с принятым

вариант систематики.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Тарасов, Денис Станиславович, 2007 год

1. Александрова, А. А. Исторический обзор и современная система рода trichoderma / А. А. Александрова, J1. JL Великанов, И. И. Сидоров // Микология и фитопатология. — 2004. — Т. 38, № 1. — С. 3-23.

2. Дьяков,Ю . Т. Новое в систематике и номенклатуре грибов / Ю. Т. Дьяков, Ю. В. Сергеев. Москва, 2003. - С. 222.

3. Abelson, Н. Structure and Interpretation of Computer Programs / H. Abelson, G. J. Sussman, J. Sussman. MIT Electrical Engineering and Computer Science Series. — Cambridge, Massachusetts: MIT Press, 1985. — Pp. xx+542.

4. Adams, J. C. Fortran 90 Handbook Complete ANSI ISO Reference / J. C. Adams, W. S. Brainerd, J. T. Martin. McGraw Hill, 1992.- P. 740.

5. Amzi! Amzi! prolog + logic server. — 2003. http://ww.amzi.com.

6. ANSI X3J3//S8.115. Fortran 90.- 1990.

7. Antagonistic fungi, trichoderma spp.: Panoply of biological control / M. Vermaa, K. Satinder, R. D. Brar, R. Y. Tyagi // Biochemical Engineering Journal 2007. - Vol. 37. - Pp. 1-20.

8. A. W.F. Edwards, L. C.-S. Phenetic and Phylogenetic Classification / L. C.-S. A.W.F. Edwards. London: Syst. Assoc., 1964. - Pp. 67-76.

9. Benton, M. Stems, nodes, crown clades, and rank-free lists: is linnaeus dead? / M. Benton // Biological Reviews.- 2000.- Vol. 75.- Pp. 633648.

10. Bissett, J. A revision of the genus trichoderma. (i). section longibrachiatum / J. Bissett // Can. J. Bot. 1984. - Vol. 6. - Pp. 924-931.

11. Bissett, J. A revision of the genus trichoderma. (iii). section pachybasium / J. Bissett 11 Can. J. Bot.- 1991.- Vol. 69.- Pp. 2373-2417.

12. Bissett, J. A revision of the genus trichoderma. infrageneric classification / J. Bissett // Can. J. Bot.- 1991.-Vol. 69.-Pp. 2357-2372.

13. Brummitt, R. K. The biocode is unnecessary and unwanted / R. K. Brummitt // Biol Int. 1997. - Vol. 34. - Pp. 47-53.

14. Buchanan, R. E. Taxonomy / R. E. Buchanan // Ann. Rev. Microbiol — 1955.-Vol. 9.-Pp. 1-20.

15. Calmet, X. Minimum length from quantum mechanics and classical general relativity / X. Calmet, M. Graesser, S. D. H. Hsu // Physical Review Letters.- 2004.- Vol. 93, no. 21.- Pp. 101-111.http://lbk.aps.org/abstract/PRL/v93/c211101.

16. Cardelli, L. Abstract machines of systems biology / L. Cardelli // Transactions on Cornputational Systems Biology.— 2005.— Vol. 3.— Pp. 145-168.

17. Cavalier-Smith, T. A revised six-kingdom system of life / T. Cavalier-Smith // Biol Rev. Camb. Philos. Soc. 1998. - Vol. 73. - Pp. 203-266.

18. Chaitin, G. J. On the length of programs for computing finite binary sequences: Statistical considerations / G. J. Chaitin // Journal of the Association for Computing Machinery. — 1965. — Vol. 13. — Pp. 547-569.

19. Chaitin, G. J. To a mathematical definition of 'life' / G. J. Chaitin // ACM SICACT News. 1970. - Vol. 4. - Pp. 12-18.

20. Chaitin, G. J. Algorithmic Information Theory / G. J. Chaitin.— Cambridge: Cambridge University Press, 1987. — P. 236.

21. Chidamber, S. A metrics suite for object oriented design / S. Chidamber, C. Kemerer // IEEE Transactions on Software Engineering.— 1994. — Vol. 20, no. 6.-Pp. 476-493.

22. Church, A. The Calculi of Lambda Conversion / A. Church. — Princeton, N.J.: Princeton University Press, 1941.— Vol. 6 of Annals of Mathematics Studies. — P. 108. — Reprinted by Klaus Reprint Corp., New York in 1965.

23. Cilibrasi, R. Clustering by compression / R. Cilibrasi, P. M. Vitanyi // IEEE Transactions on Information Theory. — 2005. — Vol. 51, no. 4.— Pp. 15231545.

24. Classification and nomenclature of viruses / R. Francki, C. Fauquet, D. L. Knudson, F. Brown // Archives of Virology. — 1990. — no. 2. — Pp. 1445.

25. Colmerauer, A. The birth of Prolog / A. Colmerauer, P. Roussel // SIGPLAN Notices. 1993. - Vol. 28, no. 3. - Pp. 37-52.

26. Dahl, O.-J. The birth of object orientation: the simula languages / 0.-J. Dahl // Essays in Memory of Ole-Johan Dahl / Ed. by 0. Owe, S. Krogdahl, T. Lyche. — Vol. 2635 of Lecture Notes in Computer Science. — Springer, 2004.-Pp. 15-25.

27. Dahl, O.-J. Simula: An ALGOL-based simulation language / O.-J. Dahl, K. Nygaard // Communications of the ACM.— 1966.— Vol. 9, no. 9.— Pp. 671-678.

28. Dahl, O.-J. SIMULA 67 common base language: Publication S-2 / Dahl, O.-J., B. Myhrhaug, K. Nygaard. — Oslo, Norway: Norwegian Computing Center, 1968.

29. Diaz, D. The GNU prolog system and its implementation / D. Diaz, P. Codognet // SAC (2).- 2000.- Pp. 728-732.

30. Dong, S. Gene structure prediction by linguistic methods / S. Dong, D. B. Searls // Genomics. 1994. - Oct. - Vol. 23, no. 3.-Pp. 540-551.

31. Draft biocode: The prospective international rules for the scientific names of organisms / J. Greuter, M. McNeill, M. Mayo et al. // Bulletin of Zoological Nomenclature. 1997. - Vol. 53. - Pp. 148-166.

32. Drews, G. Ferdinand Cohn, a founder of modern microbiology / G. Drews // ASM News. 1999. - Vol. 65. - P. 547.

33. Druzhinina, I. 2005 spicies concept and biodiversity in trichoderma and hypocrea: from aggregate species to species clusters / I. Druzhinina, C. Kubicek // J. Zhigiang Univ SCI. 2005. - Vol. 6. - Pp. 100-112.

34. Durand-Lose, J. Abstract geometrical computation for black hole computation / J. Durand-Lose // MCU / Ed. by M. Margenstern.— Vol. 3354 of Lecture Notes in Computer Science.— Springer, 2004. — Pp. 176-187.

35. Eck, R. Atlas of Protein Sequence and Structure / R. Eck, M. Dayhoff.— Silver Springs, Maryland: National Biomedical Research Foundation.

36. Eliens, A. Principles of Object-Oriented Software Development / А. ЕИёпв. — second edition. — Addison-Wesley, 2000.

37. Evolution of the vacuolar h+-atpase: implications for the origin of eukaryotes / J. P. Gogarten, H. Kibak, P. Dittrich et al. // Proc. Natl. Acad. Sci 1989. - Vol. 86. - Pp. 6661-6665.

38. Evolutionary relationship of archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes inferred from phylogenetic trees of duplicated genes / N. Iwabe, K. Kuma, M. Hasegawa et al. // Proc. Natl Acad. Sci 1989. - Vol. 86. - Pp. 93559359.

39. Faegri, К. Proposals on registration of new names and combinations / K. Faegri // Taxon. 1991. - Vol. 40. - Pp. 681-683.

40. Fisher, R. A. On the mathematical foundations of theoretical statistics / R. A. Fisher // Philos.Trans. R. Soc.- 1922.- Vol. 68.- Pp. 222-309.

41. Fitch, W. M. On the problem of discovering the most parsimonious tree / W. M. Fitch // Am. Nat. 1977. - Vol. 111. - P. 257.

42. Foulds, L. R. The steiner problem in phylogeny is np-complete / L. R. Foulds, R. L. Graham // Advances in Applied Mathematics. — 1982. — Vol. 3. — Pp. 43-49.

43. Foulds, L. R. Unlikelihood that minimal phylogenies for a realistic biological study can be constructed in reasonable computational time / L. R. Foulds, R. L. Graham // Mathematical Biosciences. — 1982. — Vol. 60. — Pp. 133142.

44. Fredkin, E. Digital mechanics: An informational process based on reversible universal CA / E. Fredkin // Physica D. 1990. - Vol. 45. - P. 254.

45. Garay, L. J. Quantum gravity and minimum length / L. J. Garay // International Journal of Modern Physics A. — 1995. — Vol. 10. — P. 145.http:// www.citebasc.org/abstract ?id=oai:arXiv.org:gr-qc/9403008.

46. Godel, K. On formally undecidable propositions of principia mathematica and related systems / K. Godel // From Frege to Godel: A Source Book in Mathematical Logic / Ed. by J. V. Heijenoort. 1967. - Pp. 592-617.

47. Gofen, A. From Pascal to Delphi to Object Pascal-2000 / A. Gofen // ACM SIGPLAN Notices. 2001. - Vol. 36, no. 6. - Pp. 38-49.

48. Goldberg, A. Smalltalk 80: The Language and its Implementation / A. Goldberg, D. Robson. Addison-Wesley, 1983. - P. 736.

49. Gosling, J. The Java Language Specification / J. Gosling, B. Joy, G. Steele. The Java Series.- Addison-Wesley, 1997.- P. 864.http://java.sun.com/docs/books/jls/html/.

50. Gould, S. J. A view of life / S. J. Gould, S. Singer, S. Luria.— Benjamin/Cummings Pub Co, 1981. P. 649.

51. Hart, T. The new compiler: Tech. Rep. AIM-39 / T. Hart, M. Levin: MIT Artificial Intelligence Laboratory, 1962. ftp://publications, ai.mit.edu / aipublications/pdf/ AIM-039.pdf.

52. Haskell 98 Language and Libraries, the Revised Report. / Ed. by S. P. Jones, et al. — CUP, 2003. — P. 272.

53. Hawksworth, D. L. The need for a more effective biological nomenclature for the 21st century / D. L. Hawksworth // Bot. J. Linn. Soc. — 1995. — Vol. 109. Pp. 543-567.

54. Henderson-Sellers, B. Object-Oriented Metrics: Measures of Complexity /B. Henderson-Sellers. — Prentice-Hall, 1996.

55. Hennig, W. Numerical taxonomy. The principles and practice of numerical classification / W. Hennig. — Urbana: Univ. of Illinois Press, 1966.

56. Hewitt, C. PLANNER: A language for proving theorems in robots /C. Hewitt //IJCAL- 1969,- Pp. 295-302.

57. Huber, H. A new phylum of archaca represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont / H. Huber // Nature. — 2002. — Vol. 417. — Pp. 63-67.

58. Hudak, P. Conception, evolution and application of functional programming languages. / P. Hudak // Сотр. Surveys.— 1989.— Vol. 21, no. 3.— Pp. 359-411.

59. Hunt, J. SmallTalk and object orientation / J. Hunt.— Springer-Verlag, 1997.-P. 378.

60. Hypocrea-trichoderma: species with conidiophore elongations and green conidia / P. Chaverri, L. A. Castlebury, B. Overton, G.J.Samuels // Mycologia. 2003. - Vol. 95, no. 6. - Pp. 1100-1140.

61. An information-based sequence distance and its application to whole mitochondrial genome phylogeny / L. Ming, J. H. Badger, X. Chen et al. // Bioinformatics. 2001. - no. 2. - Pp. 149-154.

62. International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code) / W. Greuter, J. McNeill, F. R. Barrie et al. — Konigstein: Koeltz Scientific Books, 2000.

63. International Code of Zoological Nomenclature / W. Ride, H. Cogger, C. Dupuis et al. — 1999.

64. Irvine, A. D. Russells paradox / A. D. Irvine // The Stanford Encyclopedia of Philosophy / Ed. by E. N. Zalta.— Summer 2004.http://plato.stanford.edu / archives/sum2004/entries/russell-paradox/.

65. J., S. G. Trichoderma: A review of biology and systematics of the genus / S. G. J. // Mycol Res. 1996. - Vol. 100. - Pp. 923-935.

66. J.Felsenstein. Evolutionary trees from dna sequences: a maximum likelihood approach / J.Felsenstein // J. Mol. Evol- 1981.- Vol. 17.- Pp. 368-376.

67. Ji, S. The cell as the smallest dna-based molecular computer / S. Ji // Biosystems. 1999. - Vol. 52, no. 3. - Pp. 123-133.

68. Jones, M. P. The Hugs 98 user manual. — 1999. — Available from urlhttp: //www.haskell.org/hugs/.

69. Kay, A. Smalltalk-72 instruction manual: Technical Report SSL-76-6 / A. Kay, A. Goldberg. Palo Alto (CA), USA: Xerox PARC, 1976.

70. Kay, A. C. The Reactive Engine: Ph.D. thesis / Dept. of Electrical Engineering, Computer Science,University of Utah. — Ann Arbor, Michigan, 1969.

71. Kay, A. G The early history of Smalltalk / A. C. Kay // ACM SIGPLAN Notices. Vol. 28. - ACM Press, 1993. - Pp. 69-95.

72. Kelsey, R. Revised5 report on the algorithmic language Scheme / R. Kelsey, W. Clinger, J. R. editors] // Higher-Order and Symbolic Computation.—1998.- Vol. 11, no. 1.- Pp. 7-104,- Also appeared in SIGPLAN Notices 33:9, September 1998.

73. Kleene. Recursive predicates and quantifiers / Kleene // Martin Davis, The Undecidable. — New York: Raven Press, 1965.

74. Kolmogorov, A. N. Three approaches to the quantitative definition of information / A. N. Kolmogorov // Problems of Information Transmission. — 1965. — Vol. 1, no. 1. — Pp. 1-7.

75. Kubicek, C. P. Trichoderma and Gliocladium, Basic Biology, Taxonomy and Genetics / C. P. Kubicek, G. E. Harman.— Taylor and Francis, 1998.— P. 278.

76. Lake, J. A. Origin of the cukarvotic nucleus determind by rate-invriant analysis of rrna sequences / J. A. Lake // Nature.— 1988.— Vol. 331.— Pp. 184-186.

77. Leach, P. J. A universally unique identifier (uuid) urn namespace: Tech. rep. / P. J. Leach, M. Mealling, R. Salz: Internet proposed standard RFC 4122, 2005.

78. Linneus, C. Philosophia botanica / C. Linneus.— Stockholm: G: G. Kiesewetter, 1750.

79. Longo, G. Computer modelling and natural phenomena / G. Longo // Proceedings of the European Software Engineering Conference. — Helsinki, Finland: 2003.

80. Malpas, J. Prolog: a Relational Language and Its Applications / J. Malpas. — Prentice-Hall, 1987.-P. 400.

81. McCabe, T. A complexity measure / T. McCabe // IEEE Transactions on Software Engineering. — Vol. 6. — Pp. 308-320.

82. McCarthy, J. Recursive functions of symbolic expressions and their computation by machine, p;.11 / J. McCarthy // Comm. A.C.M. — 1960. — Vol. 3.- Pp. 184-195.

83. McCarthy, J. Programs with common sense / J. McCarthy // Semantic information processing / Ed. by M. Minsky. — MIT press, 1968. — Pp. 410418.

84. Ming, L. An introduction to Kolmogorov complexity and its applications / L. Ming, P. Vitanyl. — 2nd edition. — New York: Springer-Verlag, 1997. — P. 656.

85. Minsky, M. Nature abhors an empty vacuum: Tech. Rep. AIM-647 / M. Minsky: MIT Artificial Intelligence Laboratory, 1981.ftp: //publications.ai.mit.edu/ai-publications /500-999/ AIM-647.ps;.

86. Molecular cloning of genes encoding major two subunits of a eubacterial v-type atpase from thermus therinophilus / S. Tsutsumi, K. Denda, T. Oshima et al. // Biochim. Biophys. Acta. 1991. - Vol. 1098.- Pp. 13-20.

87. Nanoarchaea: representatives of a novel archaeal phylum or a fast-evolving euryarchaeal lineage related to thermococcales? / C. Brochier, S. Gribaldo2, Y. Zivanovic et al. // Genome Biology. 2002. - Vol. 6.- P. R42.

88. New species of trichoderma from asia / J. Bissett, I.Druzhinina, C.Gradinger et al. // Can. J. Bot.- 2003,- Vol. 81, no. 6.- Pp. 570586.

89. Okamura, B. Ultrastructure of buddenbrockia identifies it as a myxozoan and verifies the bilaterian origin of the myxozoa / B. Okamura, T. S. Wood, E. U. Canning // Parasitology. 2002. - Vol. 124. - Pp. 215-223.

90. Page, C. The professional programmers guide to Fortran 77 / C. Page. The Professional programmers guide to-.— pub-PITMAN:adr: Pitman Publishing Ltd., 1988. P. 180.

91. Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rrna sequences / S. Barns, C. F. Delwiche, J. D. Palmer, N. R. P. and // BProc. Natl. Acad. Sci. 1996. - Vol. 93. - Pp. 9188-9193.

92. Phylogenetic structure of the prokarvotic domain the primary kingddms // Proc. Natl. Acad. Sci. 1977. - Vol. 74. - Pp. 5088-5090.

93. Robinson, A. A machine-oriented logic based on resolution principle / A. Robinson // Journal of the ACM. 1965. - Vol. 12. - Pp. 23-41.

94. Russell, B. The Principles of Mathematics / B. Russell— 2 edition.— London: George Allen and Unwin, 1937.

95. Saitou, N. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees / N. Saitou, M. Nei // Mol Biol Evol. — 1987. — Vol. 4. — Pp. 406-425.

96. Schmidhuber, J. A computer scientist's view of life, the universe, and everything / J. Schmidhuber // Lecture Notes in Computer Science1997.- Vol. 1337.- Pp. 201-208. top://iink .springerny.com/link/scrvicc/scrics/0558/bibs/1337/13370201.htm.

97. Shagrir, O. Super-tasks, accelerating turing machines and uncomputability / O. Shagrir // Theor. Comput. Sci. 2004. - Vol. 317, no. 1-3.- Pp. 105114. http://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2003.12.007.

98. Siegelmann, H. T. The simple dynamics of super turing theories / H. T. Siegelmann // Theor. Comput. Sci- 1996.- Vol. 168, no. 2.Pp. 461-472. http://dx.doi.org/10.1016/S0304-3975(96)00087-4.

99. The similarity metric / M.Li, X. Chen, X. Li et al. // IEEE Transactions on Information Theory. 2004. - Vol. 50, no. 12. - Pp. 3250-3264.

100. Simula Begin / G. M. Birtwistle, O.-J. Dahl, B. Myhrhaug, K. Nygaard. — Philadelphia: Studentlitteratur Auerbach, 1973. — P. 391.

101. Sneath, P. International Code of Nomenclature of Bacteria / P. Sneath. — International Committee on Systematic Bacteriology, 1992.

102. Sokal, R. R. Principles of numerical taxonomy / R. R. Sokal, P. Sneath. — San Francisco: W. H. Freeman к Co., 1963. P. 359.

103. Sokal, R. R. Numerical taxonomy. The principles and practice of numerical classification / R. R. Sokal, P. Sneath. — San Francisco: W. H. Freeman к Co., 1973.-P. 588.

104. Solomonoff, R. A formal theory of inductive inference / R. Solomonoff // Information and Control — 1964. — Vol. 7, no. 1. — Pp. 1-22.

105. Species names in phylogenetic nomenclature / P. D. Cantino, H. Bryant, H. de Queiroz et al. // Systematic Biology. 1999.— Vol. 48.- Pp. 790807.

106. Steele, Jr., G. L. COMMON LISP: the language / G. L. Steele, Jr. Second edition. - 12 Crosby Drive, Bedford, MA 01730, USA: Digital Press, 1990. -Pp. xxiii + 1029.

107. Stroustrup, B. A history of С++: 1979-1991 / B. Stroustrup // Proceedings of the Conference on History of Programming Languages / Ed. by R. L. Wexelblat. — Vol. 28(3) of ACM Sigplan Notices.- New York, NY, USA: ACM Press, 1993. Pp. 271-298.

108. Syntactic recognition of regulatory regions in Escherichia coli / D. A. Rosenblueth, D. Thieffry, A. M. Huerta et al. // Comput Appl Biosci. — 1996. Vol. 12, no. 5. - Pp. 415-422.

109. Turing, A. M. Computability and lambda-definability / A. M. Turing // Journal of Symbolic Logic. — 1937. — Vol. 2. — Pp. 153-163.

110. Turing, A. M. Systems of logic based on ordinals / A. M. Turing // Proceedings of the London Mathematical Society. Second Series. — 1939. — Vol. 45.-Pp. 161-228.

111. Two new species of trichoderma from yunnan, china / Z.-F. Yu, M. Qiao, Y. Zhang, K.-Q. Zhang // Antonie van Leeuwenhoek. — 2007. — Vol. 92. — Pp. 101-108.

112. Warren, D. H. D. An abstract Prolog instruction set: Tech. Rep. 309 /D. H. D. Warren: SRI International, 1983.

113. Warren, D. H. D. PROLOG: The language and its implementation compared with LISP / D. H. D. Warren, L. M. Pereira, F. Pereira // SIGPLAN Notices. 1977. - Vol. 12, no. 8. - Pp. 109-115.

114. Woese, C. R. Bacterial evolution / G. R. Woese // Microbiol. Rev. 1987. -Vol. 57.-Pp. 221-271.

115. Woese, C. R. Towards anatural systcmof organisms: proposal for the domains archaea,bacteria, and eucarya / C. R. Woese // Proc. Natl Acad. ScL — 1990. Vol. 87. - Pp. 4576-4579.

116. Wolfram, S. New Kind of Science / S. Wolfram. Wolfram Media, 2002. -P. 1197.

117. Zach, R. Hilberts program / R. Zach // The Stanford Encyclopedia of Philosophy / Ed. by E. N. Zalta.- 2003.http://plato.st£mford.cdu/axchivcs/fall2003/cntrics/hilbcrt-program/.

118. Zuckerkandl, E. Molecules as documents of evolutionary history /E. Zuckerkandl, L. Pauling // J. Theor Biol. 1965. - Vol. 8, no. 2. -Pp. 357-366.

Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.