ПЦР_детекция вирусов и бактерий, взаимодействие нуклеиновых кислот микроорганизмов с противомикробными и противоопухолевыми препаратами тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, кандидат биологических наук Лиманский, Александр Петрович

• Лиманский, Александр Петрович
• кандидат биологических наук
• 1998

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лиманский, Александр Петрович

СОДЕРЖАНИЕ

ПЕРЕЧЕНЬ УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Раздел 1. АНАЛИТИЧЕСКИЙ ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Общие сведения о плавлении нуклеиновых кислот

1.1.1. Методы исследования плавления ДНК

1.1.2. Профиль плавления, его характеристики

1.1.3. Плавление ДНК как метод исследования особенностей нуклеотидной последовательности

1.1.4. Тонкая структура профилей плавления ДНК

1.2. Полимеразная цепная реакция

1.2.1. Механизм ПЦР

1.2.2. Использование ПЦР для детекции инфекционных возбудителей

1.2.3. Анализ ПЦР тест-систем для детекции ВЬУ

1.2.4. Анализ ПЦР тест-систем для детекции СМУ

1.2.5. Правила проведения ПЦР-диагностики

1.3. Комплексы нуклеиновых кислот с биологически активными соединениями и антибиотиками

1.3.1. Механизмы взаимодействия антибиотиков

с нуклеиновыми кислотами

1.3.2. Методы исследования взаимодействия

нуклеиновая кислота — лиганд

1.3.3. Специфичность взаимодействия полинуклеотидов с антибиотиками

Раздел 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Компьютерный анализ геномов из баз данных

ЕМВЬ/ОепВапк

2.2. Полимеразная цепная реакция

2.2.1. Подготовка клинического материала

2.2.2. Проведение амплификации

2.2.3. Визуализация амплифицированного продукта

2.3. Плавление ДНК

2.3.1. Термостатированная камера

2.3.2. Измерение температуры

2.3.3. Установка для плавления ДНК

2.3.4. Получение дифференциальных профилей плавления

2.4. Нуклеиновые кислоты

2.4.1. ДНК микроорганизмов

2.4.2. Полинуклеотиды

2.4.3. Плазмидная ДНК рАОЗ известной последовательности

2.4.4. Буферные растворы

2.5. Спектральные исследования комплексов ДНК-лиганд

2.5.1. Приготовление комплексов ДНК-лиганд

2.5.2. Спектрофотометрическое титрование

2.5.3. Расчет констант ассоциации ДНК с лигандами

Раздел 3. ДИАГНОСТИКА ИНФЕКЦИОННЫХ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ

БАКТЕРИАЛЬНОЙ И ВИРУСНОЙ ЭТИОЛОГИИ

МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ

3.1. Neisseria meningitidis

3.2. Cytomegalovirus

3.3. Bovine leukemia virus

3.4. Вирусы гепатита В, С

Раздел 4. КОМПЛЕКСЫ АНТРАЦИКЛИНОВЫХ И АКРИДИНОВЫХ

ПРЕПАРАТОВ С НУКЛЕИНОВЫМИ КИСЛОТАМИ

4.1. Комплексы акрихина и 9-аминоакридина с ДНК

Calf thymus и Salmon sperm при pH 5,20-6,90

4.2. Комплексы акрихина и 9-аминоакридина с ДНК

Calf thymus и Salmon sperm при pH 9,20-10,70

4.3. Комплексы аклациномицина А с ДНК микроорганизмов

Раздел 5. ПЛАВЛЕНИЕ КОМПЛЕКСОВ ДНК ПЛАЗМИДЫ рАОЗ И

ПОЛИНУКЛЕОТИДОВ С АНТИБИОТИКАМИ

5.1. Комплексы полинуклеотидов с аклациномицином А

и адриамицином

5.2. Комплексы ДНК рАОЗ с аклациномицином А и адриамицином

ВЫВОДЫ

ЛИТЕРАТУРА

ЦИТИРУЕМЫЕ ИСТОЧНИКИ

РАБОТЫ АВТОРА

ПЕРЕЧЕНЬ УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВЛ КРС - вирус лейкоза крупного рогатого скота;

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота;

ИФА - иммуноферментный анализ;

ПЦР - полимеразная цепная реакция;

РНК - рибонуклеиновая кислота;

ФЭУ - фотоэлектронный умножитель;

BLV - bovine leukaemia virus, вирус лейкоза крупного рогатого скота;

HCMV - human cytomegalovirus, цитомегаловирус человека;

dNTP - смесь нуклеотидов (дезоксинуклеозидтрифосфатов);

EtBr - этидий бромистый;

HAV - hepatitis A virus, вирус гепатита А;

HBsAg - hepatitis В surface antigen, поверхностный антиген вируса гепатита;

HBV - hepatitis В virus, вирус гепатита В;

HCV - hepatitis С virus, вирус гепатита С;

HDV - hepatitis D virus, вирус гепатита D;

HGV - hepatitis G virus, вирус гепатита G;

HIV - human immunodeficiency virus, вирус иммунодефицита человека; HLA - human leukocyte antigen, антиген лейкоцитов человека; N. meningitidis - Neisseria meningitidis, нейсерия; Tan - температура отжига; Tm—температура плавления.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «ПЦР_детекция вирусов и бактерий, взаимодействие нуклеиновых кислот микроорганизмов с противомикробными и противоопухолевыми препаратами»

ВВЕДЕНИЕ

Бурное развитие прикладных молекулярно-генетических методов анализа привело к возникновению нового направления в диагностике инфекционных и наследственных заболеваний с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР). Метод ПЦР кардинально изменил возможности молекулярной микробиологии и медицинской диагностики [1,2].

Диагностические методы, основанные на использовании ПЦР, имеют чрезвычайно высокие чувствительность (теоретически возможно детектировать одну молекулу, практически -10 молекул инфекционного агента [3-5] и специфичность; являются прямыми, поскольку позволяют детектировать непосредственно фрагмент генома возбудителя, а не опосредованный отклик, как в случае некоторых применений иммуноферментного анализа. К числу других положительных качеств метода необходимо также отнести возможность 100 % специфичности и скорость получения конечного результата.

Можно выделить следующие основные направления использования ПЦР для решения задач молекулярной микробиологии:

- молекулярно-генетический анализ и ранняя диагностика инфекционных агентов вирусной и бактериальной этиологии. ПЦР-детекция позволяет выявлять возбудителей, геном которых представлен и РНК, и ДНК;

- выявление генов, играющих центральную роль в резистентности к разным заболеваниям и в развитии врожденных патологий.

ПЦР базируется на эффекте плавления нуклеиновых кислот, т.е. в основе ПЦР лежат процессы денатурации и ренатурации ДНК. Внутримолекулярное плавление - одно из наиболее важных явлений, которые можно наблюдать в ДНК. Детальное понимание процесса плавления важно для изучения функциональных свойств ДНК, поскольку метаболизм этой молекулы в клетке сопровождается нарушением нативной В-конформации. В процессе функционирования в ДНК происходят конформационные преобразования, возникают новые структуры, и, как правило, все такие перестройки возникают с разрушением

исходной спиральной структуры молекулы. Такие важные генетические процессы, как репликация, рекомбинация, транскрипция, суперспирализация (в случае наличия инвертированных повторов) происходят с раскрытием двойной спирали ДНК. Понимание всех особенностей плавления ДНК важно и при использовании явления внутримолекулярного плавления ДНК как метода, который позволяет анализировать особенности конформации ДНК при комплексо-образовании с лигандами.

Еще относительно недавно многие исследователи считали, что этот метод исчерпал свои возможности для изучения взаимодействия нуклеиновых кислот с низкомолекулярными лигандами. Однако ситуация коренным образом изменилась в середине 70-х годов, когда благодаря появлению прецизионных спектрофотометров и методик выделения ДНК был открыт эффект тонкой структуры профилей плавления ДНК. В исследованиях ДНК наступил качественно новый этап, названный известным японским ученым А^аёа "эрой тонкой структуры кривых плавления" [6]. Потом снова, в середине 80-х годов, казалось, методы молекулярной биологии окончательно вытеснили плавление ДНК и другие биофизические методы. Но наступает новая эпоха в молекулярной биологии и молекулярной медицине - эпоха полимеразной цепной реакции, которая основана на...плавлении ДНК. Этот метод предоставляет уникальную возможность изучать единичные копии молекул ДНК или фрагментов генома. И поэтому полностью логичным выглядит то, что мы продолжили наши исследования в области ПЦР и ее возможных применений.

Достигнутый в настоящее время прогресс в изучении молекулярных механизмов взаимодействия синтетических и природных биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами позволил выявить основные закономерности процесса комплексообразования. Эти знания являются основой для понимания механизмов таких процессов, как мутагенез, канцерогенез. В то же время комплексы нуклеиновых кислот с низкомолекулярными лигандами являются модельными соединениями для изучения общих принципов белково-нуклеино-вого взаимодействия и регуляции экспрессии генов. Низкомолекулярные лиган-

ды, взаимодействующие с нуклеиновыми кислотами, распространены при проведении цитологических, биохимических, молекулярно-генетических исследований. Они используются как флуоресцентные метки для высокочувствительного детектирования нуклеиновых кислот, а также как маркеры погибших клеток, регуляторы генной активности. В цитогенетическом анализе широкое распространение получил метод дифференциального окрашивания хромосом. Несмотря на рутинное применение разных видов окрашивания метафазных хромосом (MX), природа дифференциального окрашивания хромосомных полос не установлена. С одной стороны, принято считать, что чередующиеся полосы на MX не могут быть объяснены только расхождением в АТ-составе оснований полос; образующиеся полосы должны отличаться структурной организацией фрагментов хромосом. С другой стороны, для G-, Q-, R-методов окрашивания MX используют красители Гимза, акрихин, дауномицин, считающиеся АТ-спе-цифичными. Однако литературные данные относительно специфичности этих лигандов, а также других красителей, использующихся для дифференциального окрашивания хромосом (антрациклиновых антибиотиков, современных циани-новых лигандов YOYO, ТОТО), крайне противоречивы [7-16].

Актуальность темы. В лабораторной диагностике используют несколько методов индикации возбудителей: иммуноферментный анализ (ИФА), который позволяет выявлять белки микроорганизмов; непрямой ИФА, с помощью которого детектируют антитела к возбудителям; реакция иммунодиффузии в агаре (РИД), электрофорез в полиакриламидном геле и иммуноблотинг. При массовом скрининге наиболее широко используются РИД и ИФА. В клинической микробиологии находят широкое применение молекулярно-биологические методы исследований. Для выявления и идентификации патогенных микроорганизмов используют методы молекулярной гибридизации, полимеразной цепной реакции, рестрикционный анализ хромосомной и плазмидной ДНК.

Традиционные микробиологические методы диагностики характеризуются значительной длительностью исследования, большой трудоемкостью, не всегда надежны и часто не позволяют в полной мере оценить биологические свойства

возбудителя. В связи с этим важной задачей является разработка новых ускоренных, прямых высокочувствительных и специфичных методов диагностики, которые обеспечивают раннее выявление возбудителя и изучение его биологических свойств. Этим требованиям наиболее полно соответствует метод детекции, основанный на использовании ПЦР, который позволяет на протяжении нескольких часов эффективно определять в разных биологических материалах наличие микроорганизмов, которые с трудом или не культивируются in vitro, и идентифицировать факторы патогенности. ПЦР открыла широчайшие возможности в диагностике ряда инфекций бактериальной этиологии, таких, как дифтерия, туберкулез, менннгококковая инфекция, хламидиоз [17-20].

В странах СНГ существуют лаборатории и центры молекулярной диагностики, использующие ПЦР как подтверждающий метод для детекции вирусных и бактериальных возбудителей. Однако широкое внедрение ПЦР в клиническую практику тормозится из-за некачественного выбора в большинстве случаев олигонуклеотидных праймеров (основных компонентов тест-систем ПЦР, отвечающих за специфичность метода). При рутинном использовании ШДР-детекции возникают трудности в интерпретации результатов, поскольку совпадение данных ИФА и ПЦР-анализа по выявлению ДНК составляет 60-100 %, а для РНК - до 60 % [21]. В связи с этим является актуальным создание методики конструирования праймеров для ПЦР-детекции.

Разработка тест-систем для ПЦР-детекции инфекционных возбудителей бактериальной и вирусной этиологии и внедрение их в практику диагностических лабораторий позволит существенно повысить уровень и качество ранней диагностики.

Некоторые биологически активные соединения являются распространенными противоопухолевыми препаратами. Исследования механизма специфичного взаимодействия лиганд - нуклеиновая кислота необходимы для определения наилучших сайтов связывания противоопухолевых лекарств с нуклеиновыми кислотами. Особый интерес вызывают антрациклины - для них показано, что именно взаимодействие с нуклеиновыми кислотами отвечает за их противо-

опухолевую активность. Несмотря на большое количество работ по различным аспектам специфичности при взаимодействии этих антибиотиков с нуклеиновыми кислотами, особенности этого явления к моменту начала наших исследований еще не были полностью установлены, а некоторые экспериментальные результаты противоречили друг другу.

Связь работы с научными программами, планами, темами. Диссертационная работа связана с плановой тематикой лаборатории экспериментально-прикладной молекулярной диагностики ХНИИМИ: НИР ЦФ.16.97 "Разработка экспресс-метода ранней молекулярной диагностики и идентификации менингококков", № госрегистрации 0197U014326; НИР ЦФ.4.26.98 "Разработка метода ранней молекулярной диагностики и идентификации листерий. Изучение особенностей организации генома возбудителя", № госрегистрации 0198U002480.

Цель и задачи исследования. Целью исследования стала разработка метода ранней молекулярной детекции инфекционных возбудителей на основе по-лимеразной цепной реакции, а также изучение особенностей специфичности взаимодействия противомикробных акридиновых препаратов акрихина и 9-аминоакридина и противоопухолевых антрациклиновых антибиотиков аклаци-номицина А и адриамицина с ДНК микроорганизмов. Исходя из существующего состояния проблемы взаимодействия биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами, предусматривалось выполнение следующих задач:

1. Рассмотреть модели плавления и взаимодействия амплифицируемого продукта и праймеров при проведении полимеразной цепной реакции, а также подходы, позволяющие увеличить чувствительность ПЦР-детекции.

2. Создать универсальный метод конструирования тест-систем для ПЦР-детек-ции, который учитывает особенности организации генома инфекционного возбудителя, а также термодинамику плавления праймеров и продукта ГИДР.

3. Провести компьютерный анализ последовательностей секвенированных изо-лятов Neisseria meningitidis, цитомегаловируса человека, вирусов гепатита В, С и G, вируса лейкоза крупного рогатого скота из баз данных EMBL и GenBank и определить фрагменты геномов инфекционных агентов со 100 % степенью го-

мологии.

4. Сконструировать тест-системы для однораундовой и двухраундовой (гнездовой) ПЦР-детекции вирусов гепатита В, С, Neisseria meningitidis, цитомегалови-руса человека, вируса лейкоза крупного рогатого скота.

5. Провести экспериментальные и теоретические исследования специфичности и чувствительности разработанных тест-систем для ПЦР-детекции цитомегало-вируса человека.

6. Провести экспериментальное сравнение сконструированных тест-систем для ПЦР-детекции BJIКРС с существующими тест-системами.

7. Разработать экспериментальный метод определения специфичности взаимодействия биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами, позволяющий выявлять специфичность лигандов по отношению к AT- или GC-богатым фрагментам ДНК.

Научная новизна полученных результатов. Все приведенные в работе данные получены автором впервые.

Впервые предложен универсальный алгоритм конструирования тест-систем для ПЦР-детекции, в котором учитываются особенности организации генома инфекционного агента, а также термодинамика плавления праймеров, что имеет важное значение при выборе параметров реакции.

Разработана и сконструирована прецизионная установка для исследования комплексов ДНК - лиганд методом термической денатурации с получением тонкой структуры дифференциальных профилей плавления (Д1111).

Разработан принципиально новый экспериментальный подход к определению специфичности взаимодействия биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами, основанный на объединении эффекта тонкой структуры профилей плавления и использования ДНК рАОЗ известной последовательности. Анализ профилей плавления комплексов антибиотиков с ДНК рАОЗ, имеющей ярко выраженное блочное строение, с характерными, резко отличающимися пиками, соответствующими выплавлению фрагментов с высоким содержанием AT- и GC-nap, позволяет определять специфичность лигандов к АТ-

или GC-парам.

Впервые исследовано взаимодействие нуклеиновых кислот с нейтральной и катионной формами одного и того же противомикробного препарата - акрихина. Показано, что и внутреннее (интеркаляция), и внешнее связывание ДНК происходит только с катионными формами акридиновых препаратов. Если буферной системой созданы условия, при которых препарат находится преимущественно в нейтральной форме, то в процессе связывания препарата с ДНК равновесие сдвигается в сторону катиона.

Проведено исследование степени влияния состава оснований ДНК на связывание с антрациклиновым антибиотиком аклациномицином А с точки зрения специфичности к паре оснований при разных значениях рН и ионной силы. Для этого были использованы природные ДНК фага Т2, Sarcina luteus, Salmon sperm, Calf thymus с разным АТ-содержанием. Показано, что на характер связывания аклациномицина А с ДНК влияет не только природа пар оснований ДНК (AT или GC), но и последовательность расположения оснований в цепи ДНК.

Из анализа профилей плавления показано, что и аклациномицин А, и ад-риамицин сильнее стабилизируют полинуклеотиды с АТ-парами, чем те, которые имеют GC-пары. В то же время существует преимущество при связывании с альтернированными полинуклеотидами. Показано, что несмотря на эффект перераспределения лиганда при плавлении с денатурированных участков на спиральные, взаимодействие антрациклиновых антибиотиков с ДНК рАОЗ приводит к более сильной стабилизации АТ-богатого пика ДНК рАОЗ.

На основе анализа дифференциальных профилей плавления комплексов лиганд -ДНК рАОЗ доказано, что и аклациномицин А, и адриамицин являются АТ-специфичными лигандами.

Практическое значение полученных результатов. На основе исследования плавления ДНК с антибиотиками и биологически активными соединении-ями, а также проведенного компьютерного анализа баз данных EMBL/GenBank разработаны и сконструированы тест-системы для ПЦР-детекции Neisseria meningitidis и гепатитов В и С, цитомегаловируса человека, вируса лейкоза круп-

ного рогатого скота. Разработан метод, который позволяет оценивать качество тест-систем, использующихся для ПЦР-детекции. Теоретическое сравнение созданных нами тест-систем для ПЦР-детекции цитомегаловируса человека и провирусной ДНК вируса лейкоза крупного рогатого скота с тест-системами, которые используются в разных лабораториях, занимающихся проблемами лейкоза и цитомегалии, показало, что наши наборы праймеров имеют более высокую степень гомологии и, следовательно, более высокую чувствительность и специфичность. Испытания на наличие НСМУ, проведенные на клиническом материале беременных, а также эксперименты на наличие провирусной ДНК ВЬУ у крупного рогатого скота и овец, полностью подтвердили эти результаты.

Предложенные нами тест-системы используются для ПЦР-детекции НСМУ в НИИ общей и неотложной хирургии, Харьковском региональном медико-генетическом центре, а также в Институте экспериментальной и клинической ветеринарной медицины УААН для выявления провирусной ДНК ВЛ КРС.

Апробация результатов диссертации. Основные положения диссертации были представлены на V и VI Всесоюзных конференциях по спектроскопии биополимеров: Харьков, 1984; Харьков, 1988; XVIII и XXI научно-технических конференциях молодых ученых ФТИНТ АН Украины: Харьков, 1986; Харьков, 1990; первой национальной научно-практической конференции по проблемам ВИЧ/СПИД: Киев, 1995; международной научной конференции, посвященной 150-летию со дня рождения И.И. Мечникова: Харьков, 1995; первом европейском симпозиуме по идентификации личности: Тулуза, Франция, 1996; научно-практической конференции, посвященной 60-летию Украинской государственной противочумной станции: Одесса, 1997; международной научной конференции "Актуальные вопросы борьбы с инфекционными заболеваниями": Харьков, 1997 и на конференции "Развитие ветеринарной науки в Украине: достижения и проблемы": Харьков, 1997.

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 16 работ, в том числе 6 статей в научных журналах, из которых 3 являются единоличными, 1 в сборнике научных работ и 9 тезисов докладов на научных конференциях.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лиманский, Александр Петрович, 1998 год

ЛИТЕРАТУРА

ЦИТИРУЕМЫЕ ИСТОЧНИКИ

1. Ferre F., Márchese A. Quantitative PCR. An overview // Polymerase Chain Reaction. - 1994. - Vol. 1, № 1. - P.67-80.

2. Widjojoatmodjo M.N. Rapid identification of bacteria by PCR single-strand conformation polymorphism // J. of Clin. Microbiol. - 1994. - Vol. 32, № 12. - P. 30023007.

3. Quantitative analysis in molecular diagnostics / P. Crotty, R.A. Staggs, P.T. Porter et al. // Human Pathology. - 1994. - Vol. 25, № 6. - P. 572-579.

4. Single-step nested polymerase chain reaction for detection of different genotypes of hepatitis С virus / J.-S. Li, S.-P. Tong, L. Vitvitski, and C. Trepo // Journal of Medical Virology. - 1995. - Vol. 45. - P. 151-155.

5. Tilston P., Corbitt G. A single tube nested PCR for the detection of hepatitis С virus RNA // Journal of Virological Methods. - 1995. - Vol. 53. - P. 121-129.

6. Wada A., Yabuki S., Husimi Y. Fine structure in the thermal denaturation of DNA: high temperature-resolution spectrophotometric studies // CRC Critical Rev. Bio-chem. - 1980. - Vol. 9. - P. 87-144.

7. Saitoh Y. and Laemmli U.K. Metaphase chromosome structure: bands arise from a differential folding path of the highly AT-rich scaffold // Cell. - 1994. - Vol. 76. - P. 609-622.

8. Spielmann H.P., Wemmer D.E. and Jacobsen J.P. Solution structure of a DNA complex with the fluorescent bis-intercalator TOTO determined by NMR spectroscopy // Biochemistry. - 1995. - Vol. 34, № 37. - P. 8542-8553.

9. Rye H.S. and Glazer A.N. Interaction of dimeric intercalating dyes with single-stranded DNA //Nucleic Acids Research. - 1995. - Vol. 23, № 7. - P. 1215-1222.

10. Site selective bis-intercalation of a homodimeric thiazole orange dye in DNA oligonucleotides / J.P. Jacobsen, J.B. Pedersen, L.F. Hansen and D.E. Wemmer // Nucleic Acids Research. - 1995. - Vol. 23, № 5. - P. 753-760.

11. Chen K.-X., Gresh N. and Pullman B. A theoretical study of anthracene and phe-

nanthrene derivatives acting as A-T specific // Nucleic Acids Research. - 1986. - Vol. 14,№22.-P. 9103-9115.

12. On the interaction of daunomycin with synthetic alternating DNAs: sequence specificity and polyelectrolyte effects on the intercalation equilibrium / L. Xodo,

G. Manzini, J. Ruggiero, F. Quadrifoglio // Biopolymers. - 1988. - Vol. 27. - P. 18391857.

13. The nature or strong binding between acridine orange and deoxyribonucleic acid as revealed by equilibrium dialysis and thermal renaturation / S. Ichimura, M. Zama,

H. Fujita et al. // Biochimica et Biophysica Acta. - 1969. - Vol. 190. - P. 116-123.

14. Kapuscinski J. and Darzynkiewicz Z. Interaction of acridine orange with double stranded nucleic acids. Spectral and affinity studies // Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 1987. - Vol. 5, № 1. - P. 127-142.

15. Kure N. Kinetic Studies on interaction of acridine orange with DNA by temperature-jump method // J. Sci. Hiroshima Univ., Ser. A. - 1984. - Vol. 48, № 3. - P. 153-172.

16. Marczynski B. and Chmielowski J. Studies on the interaction of DNA with some 9-aminoacridine derivatives by circular dichroism // International Journal of Biochemistry. - 1982. - Vol. 14. - P. 727-732.

17. Полимеразная цепная реакция в диагностике бактериальных инфекций / В.М. Безруков, Г.А. Шипулин, Н.А. Федоров Н.А. и др. // Клиническая лабораторная диагностика. -1996. - №1. - С. 20-23.

18. Дубинина И.Г., Щербо С.Н., Макаров В.Б. Метод полимеразной цепной реакции в лабораторной практике // Клиническая лабораторная диагностика. -1997.-№7.-С. 4-6.

19. Щербо С.Н., Макаров В.Б., Дубинина И.Г. Диагностика хламидийной и гонококковой инфекций методом полимеразной цепной реакции // Клиническая лабораторная диагностика. - 1997. - № 7. - С. 6-9.

20. Радюк С.Н., Мацевич Г.Р. Полимеразная цепная реакция в диагностике туберкулеза // Клиническая лабораторная диагностика. - 1997. - № 7. - С. 11-13.

21. Degenerate and specific PCR assays for the detection of bovine leukaemia virus

and primate T cell leukaemia/lymphoma virus pol DNA and RNA: phylogenetic comparisons of amplified sequences from cattle and primates from around the world / S. Dube, S. Bachman, T. Spicer et al. // J. of General Virology. - 1997. -Vol. 78.-P. 1389-1398.

22. Fine structure of DNA melting curves / Yu.L. Lyubchenko, M.D. Frank-Kame-netskii, A.V. Vologodskii, Yu.S. Lazurkin // Biopolymers. - 1976. - Vol. 15. - P. 1019-1036.

23. Blake R.D. and Hydorn T.G. Spectral analysis for base composition of DNA under melting // Journal of Biochemical and Biophysical Methods. - 1985. - Vol. 11. -P. 307-316.

24. On the parameters of DNA melting curves in the low Na+ ion concentration range / Yu.S. Lazurkin, Yu.L. Lyubchenko, V.M. Pavlov, M.D. Frank-Kamenetskii // Biopolymers. - 1978. - Vol. 14. - P. 1551-1552.

25. Wartell R., Benight A.S. Thermal denaturation of DNA molecules: a comparison of theory with experiment // Physics Reports. - 1985. - Vol. 126, № 2. - P. 68-107.

26. Benigt A.S. and Wartell R.M. Influence of base-pair changes and cooperativity parameters on the melting curves of short DNAs // Biopolymers. - 1983. - Vol. 22. -P. 1409-1425.

27. Blake R.D., Vosman F. and Tarr C.E. High resolution thermal dispersion profiles of DNA // Proceeding of the Second SUNYA Conversation in the Discripline Biomolecular Stereodynamics. - 1984. -Vol. 1. - New York: Adenine Press. - P. 439458.

28. Wartell R.M. and Benight A.S. Fluctuational base-pair opening in DNA at temperatures below the helix-coil transition region // Biopolymers. - 1982. - Vol. 21. - P. 2069-2081.

29. Sprecher C.A. and Johnson W.C. Change in conformation of various DNAs on melting as followed by circular dichroism // Biopolymers. - 1982. - Vol. 21. - P. 321329.

30. A study of the reversibility of helix-coil transition in DNA / M.P. Perelroyzen, V.I. Lyamichev, Yu.A. Kalambet et al. //Nucleic Acids Research. -1981. - Vol. 9,

№ 16.-P. 4043-4059.

31. Kozyavkin S.A. and Lyubchenko Yu.L. The nonequilibrium character of DNA melting: effects of the heating rate on the fine structure of melting curves // Nucleic Acids Research. - 1984. - Vol. 12, № 10. - P. 4339-4349.

32. Fluctuational opening of the double helix as revealed by theoretical and experimental study of DNA interaction with formaldehyde / A.V. Lukashin, A.V. Volo-godskii, M.D. Frank-Kamenetskii, Yu.L. Lyubchenko // Journal of Molecular Biology. - 1976. - Vol. 108. - P. 665-682.

33. Escara J.F. and Hutton J.R. Thermal stability and renaturation of DNA in dimethyl sulfoxide solutions: accelaration of the renaturation rate // Biopolymers. - 1980. -Vol. 19.-P. 1315-1327.

34. Mikhailenko I.A. and Shlyakhtenko L.S. A Study of DNA melting in concentrated water-alcohol solutions // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. -1984. - Vol. 1, № 6. - P. 1501-1510.

35. Blake R.D. and Lepoley S.G. Spectral analysis of high resolution direct-derivative melting curves of DNA for instantaneous and total base composition // Biochimica et Biophysica Acta. - 1978. - Vol. 528. - P. 333-343.

36. Fixman M. and Freire J.J. Theory of DNA melting curves // Biopolymers. - 1977. - Vol. 16. - P. 2693-2704.

37. Stellwagen N.C. Circular dichroism and thermal melting of two small DNA rest-ricttion fragments of the same molecular weight // Biochemistry. - 1984. - Vol. 23, № 26.-P. 6311-6319.

38. Suyama A. and Wada A. Unwinding kinetics of cooperatively melting regions in DNA // Biopolymers. - 1984. - Vol. 23. - P. 409-433.

39. Karapetian A.T., Vardevanian P.O. and Frank-Kamenetskii M.D. Enthalpy of helix-coil transition of DNA: dependence on Na+ concentration and GC content // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. - 1990. - Vol. 8, № 1. - P. 131138.

40. Marmur J., Doty P. Determination of base denaturation temperature // J. Mol. Biol. - 1962. - Vol. 5. - P. 109-116.

41. Франк-Каменецкий М.Д., Аншелевич В.В., Лукашин А.В. Полиэлектролитная модель ДНК // Успехи физических наук. - 1987. - Т. 151, вып. 4. - С. 595616.

42. Frank-Kamenetskii M.D. Simplification of the empirical relationship between melting temperature of DNA, its GC-content and concentration of sodium ions in solution // Biopolymers. -1971. - Vol. 10, № 12. - P. 2623-2624.

43. Temperature-dependent conformational transitions in poly(dG-dC) and poly(dG-m5dC) / M.J. Behe, G. Felsenfeld, S.C. Szu and E. Charney // Biopolymers. - 1985. -Vol. 24.-P. 289-300.

44. Лямичев В.И., Миркин C.M., Франк-Каменецкий М.Д. рН-зависимый структурный переход в гомопурин-гомопиримидиновом блоке в сверхспиральной ДНК // Биополимеры и клетка. - 1986. - Т. 2, № 3. - С. 115-124.

45. The thermodynamics of drug-DNA interactions: ethidium bromide and propidium iodide / W.Y. Chou, L.A. Marky, D. Zaunczkowski and K.J. Breslauer // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. - 1987. - Vol. 5, № 2. - P. 345-359.

46. Luck G., Zimmer C. Conformational aspects and reactivity of DNA effects of manganese ions on interaction with DNA // Eur. J. Biochem. - 1972. - Vol. 29, № 3.-P. 528-536.

47. Шугалий A.B., Франк-Каменецкий М.Д., Лазуркин Ю.С. Вискозиметричес-кое исследование блочной гетерогенности ДНК // Молекулярная биология. -1970. - Т. 4, вып. 2. - С. 275-283.

48. Шугалий А.В., Франк-Каменецкий М.Д., Лазуркин Ю.С. Блочная гетерогенность ДНК из тимуса теленка и Е. coli // Молекулярная биология. - 1971. - Т.

5,вып. 5.-С. 766-771.

49. Wartell R.M., Montroll E.W. Equilibrium denaturation of natural and periodic synthetic DNA molecules // Adv. Chem. Phys. - 1972. - Vol. 22. - P. 129-203.

50. Electron microscopy of the melting of sequenced DNA / Yu.A. Kalambet, A.S. Borovik, V.T. Lyamichev, Yu.L. Lyubchenko // Biopolymers. - 1985. - Vol. 24, № 2. - P. 359-379.

51. Lyubchenko Yu.L., Vologodskii A.V. & Frank-Kamenetskii M.D. Direct compa-

rison of theoretical and experimental melting profiles for RF II ФХ174 DNA // Nature. - Vol. 271, № 5. - P. 28-31.

52. Ахрем A.A., Ландо Д.Ю. Влияние лигандов с избирательным характером взаимодействия на переход спираль-клубок ДНК // Молекулярная биология. -1981. - Т. 15, вып. 5. - С. 1083-1092.

53. Карапетян А.Т. и Пермогоров В.И. Термодинамические исследования комплексов ДНК с цианиновыми красителями // Молекулярная биология. - 1974. - Т. 8, вып. 1.-С. 12-17.

54. Kozyavkin S.A., Naritsin D.B. and Lyubchenko Yu.L. The kinetics of DNA helix-coil subtransitions // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. - 1986. -Vol. 3, № 4. - P. 689-704.

55. Equilibrium melting of plasmid ColEl: electron-microscopic visualization / A.S. Borovik, Yu.A. Kalambet, Yu.L. Lyubchenko et al. // Nucleic Acids Research. -1980. - Vol. 8, № 12. - P. 4165-4185.

56. Gomez В., Lang D. Denaturation map of bacteriophage T7 DNA and direction of DNA transcription // J. Med. Biol. - 1972. - Vol. 70, № 2. - P. 239-246.

57. Amirikyan B.R., Vologodskii A.V. and Lyubchenko Yu.L. Determination of DNA cooperativity factor // Nucleic Acids Research. - 1981. - Vol. 9, № 20. - P. 5469-5482.

58. Yabuki S., Gotoh O., Wada A. Fine structures in denaturation curves of bacteriophage lambda DNA. Their relation to the intramolecular heterogeneity in base composition // Biochim.Biochem.Acta. - 1975. - Vol. 395, № 3. - P. 258-273.

59. Mullis K.B., and Faloona F.A. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase catalysed chain reaction // Methods Enzymol. - 1987. - Vol. 155. - P. 335-350.

60. Optimization of the performance of the polymerase chain reaction in silicon based microstructures / T.B. Taylor, E.S. Winn-Deen, E. Picozza et al. // Nucleic Acids Research. - 1997. - Vol. 25, № 15. - P. 3164-3168.

61. Ponelies N., Stein N. and Weber G. Microamplification of specific chromosome sequences; an improved method for genome analysis // Nucleic Acids Research. -1997. - Vol. 25, № 17. - P. 3555-3557.

62. Puskas L.G., Fartman В., Bottka S. Restricted PCR: amplification of an individual sequence flanked by a highly repetitive element from total human DNA // Nucleic Acids Research. - 1994. - Vol. 22, № 15. - P. 3251-3252.

63. Молекулярно-генетические подходы к изучению системы HLA: новые возможности в фундаментальных и прикладных исследованиях / Л.П. Алексеев, М.Н. Болдырева, Р.Г. Василов и др. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 1994. - № 10. - С. 436-439.

64. Relationship of genotype to level of hepatitis С viraemia determined by competitive polymerase chain reaction / J. Hayashi, Y. Kishihara, E. Yoshimura, et al. // Journal of Infection. - 1995. - Vol. 30. - P. 235-239.

65.Navas S. and Carreno V. Semiquantification by Amplicor™ assay of hepatitis С virus genome during therapy // Journal of Hepatology. - 1995. - Vol. 22 (Suppl. 1). -P. 115-116.

66. Hepatitis С virus among blood donors: follow-up study / C. Alonso, M.L. Pedro-so, S. De Sanjose et al. // Transfusion. - 1994. - Vol. 34, № 6. - P. 527-530.

67. Relationship between hepatitis С virus subtypes and clinical features of liver disease seen in alcoholics / H. Yokoyama, H. Ishii, S. Moriya et al. // Journal of Hepatology. - 1995. - V. 22 (Suppl. 1). - P. 130-134.

68. Rogers B.B. Nucleic acid amplification and infectious disease // Human Pathology. - 1994. - Vol. 25, № 6. - P. 591-593.

69. Primers are decisive for sensitivity of PCR / Q. He, M. Maijamaki, H. Soini, J. Mertsala // Biotechniques. - 1994. - Vol. 17, № 1. - P. 82.

70. Mueller H.W., Duclos J.M. Oligomer concentration and Tm determination for estimation of PCR annealing temperature // Amplifications. - 1993. - № 11. - P. 10-11.

71. Rychlik W,, Spencer W.J., Rhoads R.E. Optimization of the annealing temperature for DNA amplification in vitro // Nucleic Acids Research. - 1990. - Vol. 18, № 21. -P. 6409-6417.

72. Нарицин Д.Б., Любченко Ю.Л. Плавление коротких фрагментов ДНК. Определение зависимости константы нуклеации спирального участка от ионной силы // Молекулярная биология. - 1988. - Т. 22, вып. 1. - С. 242-248.

73. Gelfand D.H. and White T.J. Thermostable DNA polymerase // PCR protocols. A guide to methods and applications. - NY.: Academic Press, 1990. - P. 129-141.

74. Новохатский A.C., Хлябич Г.Н. Теория и практика лабораторной диагностики синдрома приобретенного иммунодефицита (СПИД) - М.: ВИНИТИ, 1992. -221с.

75. Montone К.Т., Brigati D.J. In situ molecular pathology: instrumentation, oligonucleotides, and viral nucleic acid detection // J. of Histotechnology. - 1994. - Vol. 17, №3.-P. 195-201.

76. Haag E., Raman V. Effects of primer choice and source of Taq DNA polymerase on the banding patterns on display RT-PCR // Biotechniques. - 1994. - Vol. 17, № 2. - P. 226-228.

77. Homogeneous fluorescence detection method for human leukocyte antigen DR typing following polymerase chain reaction amplification with sequence-specific primer / N. Okamoto, A. Lee, T. Kano, and T. D. Lee // Analytical Biochemistry. -1994.-Vol. 221.-P. 340-347.

78. Brytting M. Cytomegalovirus DNA detection of an immediate early protein gene with nested primer oligonucleotides // J. of Virological Methods. - 1991. - Vol. 32, № 2-3.-P. 130-136.

79. Использование метода nested-полимеразной цепной реакции для быстрого выявления цитомегаловируса в лейкоцитах периферической крови пациентов после трансплантации костного мозга / С.А. Клинчева, В.В. Бакаев, И.Ф. Барин-ский и др. // Вопросы вирусологии. - 1996. - № 4. - С. 147-149.

80. Kanoh К., Baba Y., and Kagemoto A. Thermodynamic characterization of adria-mycin binding to DNA: dependencyf^heat of interaction on GC composition of DNA // Polymer Journal. - 1988. - Vol. 20, № 12. - P. 1135-1141.

81. Лохов С.Г., Кутявин И.В., Перельройзен М.П. Термодинамика образования олигонуклеотидных комплексов с ковалентно присоединенным фенозиниевым красителем // VI конференция по спектроскопии биополимеров. - Харьков: ФТИНТ. - 1988. - С. 198.

82. Komiyama Т., Oki Т. and Inui Т. Interaction of new anthracycline antibiotics

with DNA. Effects on nucleic acid synthesis and binding to DNA I I Biochimica et Biophysica Acta. - 1983. - Vol. 740. - P. 80-87.

83. Детекция инфекционных агентов вирусной и бактериальной этиологии методом полимеразной цепной реакции / А.И. Глухов, С.А. Гордеев, JI.B. Абрамова и др. // Клиническая лабораторная диагностика. - 1996. - № 1. - С. 32-34.

84. Захаров И.А. Генетические карты сельскохозяйственных животных: Препр. / РАН. Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова. - М., 1995. - 34 с.

85. Особенности распространения антигенов BoLA-A и аллелей гена BoLA-DRB3 у черно-пестрого скота в связи с ассоциацией с лейкозом / JI.K. Эрнст, Г.Е. Сулимова, А.Р. Орлова и др. // Генетика животных. - 1997. - Т. 33, № 1. - С. 87-95.

86. ДНК-полиморфизм гена BoLA-DRB3 у крупного рогатого скота в связи с устойчивостью и восприимчивостью к лейкозу / Г.Е. Сулимова, И.Г. Удина, Г.О. Шайхаев и др. // Генетика животных. - 1995. - Т. 31, № 9. - С. 1294-1299.

87. Bovine leukaemia virus: rapid detection of proviral DNA by nested PCR in blood and organs of experimentally infected calves / K. Klintevall, A. Ballagi-Pordany, K. Naslund et al. // Veterinary Microbiology. - 1994. - Vol. 42. - P. 191-204.

88. A field evaluation of the polymerase chain reaction procedure for the detection of bovine leukaemia virus proviral DNA in cattle / F.W. Eaves, J.B. Molloy, C.K. Dim-mock et al. // VetMicrobiol. - 1994. - Vol. 39. - P. 313-321.

89. Выявление провируса лейкоза крупного рогатого скота методом полимеразной цепной реакции с последующей нерадиоактивной блот-гибридизацией / А.Н. Попов, В.А. Адаричев, С.М. Калачиков и др. // Вопросы вирусологии. -1993.-№3.-С. 113-116.

90. PCR in the diagnosis of bovine leukaemia virus infection / P. Kubis, J. Rulka, J. Kur et al. // Bull. Vet. Inst. Pulawy. - 1996. - Vol. 40, № 2. - P. 91-96.

91. Control of bovine leukaemia virus transmission by selective culling of infected cattle on the basis of viral antigen expression in lymphocyte cultures / J.B. Molloy, C.K. Dimmock, F.W. Eaves et al. // Vet. Microbiol. - 1994. - Vol. 39. - P. 323-333.

92. Кузнецова H.B. Использование полимеразной цепной реакции для выявле-

ния инфицированных вирусом лейкоза крупного рогатого скота // Ветеринария. - 1997.-№ 5. - С. 12-15.

93. Differentiation between enzootic and sporadic bovine leukosis by use of serological and virological methods / K. Klintevall, A. Berg, G. Svedlund et al. // The Vet. Record. - 1993. - Vol 133, № 11. - P. 272.

94. Schowengerdt K.O., Ni J. Diagnosis, surveillance and epidemiologic evaluation of viral infections in pediatric cardiac transplant recipients with the use of the polymerase chain reaction // J. of Heart and Lung Transplantation. - 1996. - Vol. 15, № 2. -P. 111-123.

95. Правила проведения работ в диагностических лабораториях, использующих метод полимеразной цепной реакции / А.Н. Панин, И.Л. Обухов, Г.А. Шипулин Г.А. и др. // Ветеринария. - 1997. - № 7. - С. 19-21.

96. Гаузе Г.Ф. Противоопухолевые антибиотики. - М.: Медицина, 1987. - 176 с.

97. Ланчини Д., Паренти Ф. Антибиотики: Пер. с англ. - М.: Мир, 1985. - 272 с.

98. Lerman L.S. Structural considerations in the interaction of deoxyribonucleic acid and acridines // J. Mol. Biol. - 1961. - Vol. 3. - P. 18-30.

99. Mechanism of intercalation: ion effects on the equilibrium and kinetic constants for the interaction of propidium and ethidium with DNA / W.D. Wilson, C.R. Krish-namoorthy, Y.-H. Wang, and J.C. Smith // Biopolymers. - 1985. - Vol. 24. - P. 1941 -1961.

100. Grimmond H.E. and Beerman T. Alteration of chromatin structure induced by the binding of adriamycin, daunorubicin and ethidium bromide // Biochemical Pharmacology. - 1982. - Vol. 31, № 21. - P. 3379-3386.

101. Influence of some chromophore substituents on the intercalation of anthracycli-ne antibiotics into DNA / F. Quadrifoglio, A. Ciana, G. Manzini et al. // Int. J. Biol. Macromol. - 1982. - Vol. 4. - P. 413-418.

102. Chaires J.B., Dattagupta N., and Crothers D.M. Studies of interaction of anth-racycline antibiotics and deoxyribonucleic acid: equilibrium binding studies on interaction of daunomycin with deoxyribonucleic acid // Biochemistry. - 1982. - Vol. 21. - P. 3933-3940.

103. Interaction of anthracycline antibiotics with biopolymers. Part V. Polarographic behavior and complexes with DNA / H. Berg, G. Horn, U. Luthardt, W. Ihn // Bio-electrochemistry and Bioenergetics. - 1981. - Vol. 128. - P. 537-553.

104. Interaction of anthracyclines with nucleotides and related compounds studied by spectroscopy / F. Barcelo, I. Barcelo, F. Gavilanes et al. // Biochimica et Biophysica Acta. - 1986. - Vol. 884. - P. 172-181.

105. Sobell H.M. Actinomycin and DNA transcription // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1985. - Vol. 82. - P. 5328-5331.

106. Pigram W J., Fuller W., Hamilton L.D. Stereochemistry of intercalation: interaction of daunomycin with DNA // Nature New Biology. - 1972. - Vol. 236. - P. 17-19.

107. Fox K.R. and Waring M.J. DNA structural variations produced by actinomycin and distamycin as revealed by DNAase I footprinting // Nucleic Acids Research. -1984. - Vol. 12. - P. 9271-9285.

108. Lee W., Galley W. Perturbations to the intersystem crossing of proflavin upon binding to DNA and poly d(A-IU) from triplet-delayed emission spectroscopy // Bio-phys. J. - 1988. - Vol. 54, № 4. - P. 627-635.

109. Dougherty G. and Pilbrow J.R. Physico-chemical probes of intercalation // Int. J. Biochem. - 1984. - Vol. 16, № 16. - P. 1179-1192.

110. Dougherty G., Pigram W.J. Spectroscopic analysis of drug-nucleic acid interactions // CRC Critical Reviews in Biochemistry. - 1982. - P. 103-132.

111. Robbie M. and Wilkins RJ. Identification of the specific sites of interaction between intercalating drugs and DNA // Chem. Biol. Interactions. - 1984. - Vol. 49. -

P. 189-207.

112. Chu W.-C., Liu J.C.-H. and Horowitz J. Localization of the major ethidium bromide binding site on tRNA // Nucleic Acids Research. - 1997. - Vol. 25, № 19. - P. 3944-3949.

113. Ряйм Т., Раукас Э. Изучение специфики взаимодействия виоламицинов BI и В II с ДНК методом гиперхромных спектров // Биофизика. - 1987. - Т. 32, вып. 6.-С. 1006-1010.

114. DNA sequence preferences for an intercalating porphyrin compound revealed by

footprinting / К. Ford, K.R. Fox, S. Neidle and M.J. Waring // Nucleic Acids Research. - 1987. - Vol. 15, № 5. - P. 2221-2235.

115. New antitumor antibiotics. Aclacinomycins A and В / T. Oki, Y. Matsuzawa, A.Yoshimoto et al // The Journal of Antibiotics. - 1975. - Vol. XXVIII, № 10. - P. 830-834.

116. Antitumor anthracycline antibiotics, aclacinomycin A and analogues. I. Taxonomy, production, isolation and physicochemical properties / T. Oki , I. Kitamura, A. Yoshimoto et al. // The Journal of Antibiotics. - 1979. - Vol. XXXII, № 8. - P. 791800.

117. Antitumor anthracycline antibiotics, aclacinomycin A and analogues. II. Structural determination / T. Oki, I. Kitamura, Y. Matsuzawa et al. // The Journal of Antibiotics. - 1979. - Vol. XXXII, № 8. - P. 801-819.

118. Mechanism of action of aclacinomycin A. I. The effect on macromolecular synthesis / H. Yamaki, H. Suzuki, T. Nishimura and N. Tanaka // The Journal of Antibiotics. - 1978. - Vol. XXXI, № 11.-P. 1149-1154.

119. Нарицин Д.Б., Любченко Ю.Л. Термодинамика плавления олигонуклеоти-дов различного строения: Препр. / ИМГАН-02. Институт молекулярной генетики АН СССР. - М., 1986. - 20 с.

120. DNA bending induced by Cro protein binding as demonstrated by gel electrophoresis / Yu. Lyubchenko, L. Shlyakhtenko, B. Chernov and R.E. Harrington // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1991. - Vol. 88. - P. 5331-5334.

121. Lyubchenko Yu.L. and Shlyakhtenko L.S. Visualization of supercoiled DNA with atomic force microscopy in situ // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997. - Vol. 94.-P. 496-501.

122. Atomic force microscopy of long DNA: imaging in air and under water / Yu. Lyubchenko, L. Shlyakhtenko, R. Harrington et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1993. - Vol. 90. - P. 2137-2140.

123. Arora S.K. Molecular structure. Absolute stereochemistry, and interactions of nogalamycin, aDNA-binding anthracycline antitumor antibiotic // Journal of American Chemical Society. - 1983. - Vol. 105. - P. 1328-1332.

124. Schütz H., Gollmick F.A., Stutter E. Determination of the equilibrium binding parameters of daunomycin to DNA // Studia biophysica, Berlin. - 1979. - Band 75, Haft 2.-P. 147-159.

125. Viscometric and fluorometric studies of deoxyribonucleic acid interactions of several new anthracyclines / J.A. Pachter, C.-H. Huang, V.H. Du Vernay et al. // Biochemistry. - 1982. - Vol. 21, № 7. - P. 1541-1547.

126. Chen Ch., Knop R.H., and Cohen J.S. Adriamycin inhibits the В to Z transition of poly(dGm5dC) -poly(dGm5dC) // Biochemistry. - 1983. - Vol. 22. - P. 5468-5471.

127. Winkle W.D., Krugh T.R. Equilibrium binding of carcinogenes and antitumor antibiotics to DNA: site selectivity, cooperativity, allosterism // Nucleic Acids Research. - 1981. - Vol. 9, № 13. - P. 3175-3186.

128. Arcamone F. Antitumor anthracyclines: recent developments // Medicinal Research Reviews. - 1984. - Vol. 4, № 2. - P. 153-188.

129. Du Vernay V. Molecular pharmacology of anthracyclines // Anthracyclines: current status and new developments. -NY.: Academic Press. Inc, 1980. - P. 61-123.

130. Simpkins H. and Pearlman L.F. The binding of actinomycin D and ädriamycin to supercoiled DNA. Single-stranded DNA and polynucleotides // Biochimica and Biophysica Acta. - 1984. - Vol. 783. - P. 293-300.

131. Stutter E., Gollmick F.A., Schütz H. Interaction of anthracycline antibiotics with biopolymers. VI. The binding of adriamycin to DNA under equilibrium conditions // Studia biophysica. - 1982. - Vol. 88, № 2. - P. 131-138.

132. Пакет прикладных программ для анализа последовательностей биополимеров: GeneBee / Л.И. Бродский, А.Л. Драчев, Р.Л. Татузов, K.M. Чумаков // Биополимеры и клетка. - 1991. - Т. 7, вып.1. - С. 10-14.

133. Лимфоциты. Методы: Пер. с англ. - М.: Мир, 1990. - 396 с.

134. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. - М.: Мир, 1984. - 480 с.

135. Коганов М.А. Аналитические выражения для температурной характеристики полупроводниковых терморезисторов // Измерительная техника. - 1984. - № 9.-С. 116-128.

136. Кэй Д.В .К., Леби Т.Г. Справочник физика-экспериментатора. - М.: Изд-во иностранной лит-ры, 1949. - 300 с.

137. Sequence specificity in DNA for the interaction with adriamycin or daunomycin / D. Vedaldi, F. Dall'acoua, S. Caffieri, G. Rodighiero // I.L. Farmaco. - 1982. - Vol. 37,№9.-P. 371-381.

138. On physico-chemical interactions between daunomycin and nucleic acids / E. Calendi, A. Di Marco, M. Reggiani et al. // Biochimica et Biophysica Acta. - 1963. -Vol. 103. - P. 25-49.

139. Phillips D.R., Crothers D.M. Kinetics and sequence specificity of drug-DNA interactions: an in vitro transcription assay // Biochemistry. - 1986. - Vol. 25. - P. 7355-7362.

140. Fox K.R., Marks J.N. and Waterloh K. Echinomycin binding to alternating AT // Nucleic Acids Research. - 1991. - Vol. 19, № 24. - P. 6725-6730.

141. Рабинович В.А., Хавин З.Я. Краткий химический справочник. - Ленинград: Химия, 1991. - 432 с.

142. Маршелл Э. Биофизическая химия: В 2 т. - М.: Мир, 1981. - 820 с.

143. Intercalation model for DNA-cross linking in a l-nitro-9-aminoacridine derivative, an analog of the antitumor agent "Ledarkin" (Nitracrine) / W.C. Stallings, J.P. Glusker, H.L. Carrell et al. // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. -1984. - Vol. 2, № 3. - P. 511-524.

144. Interaction of anthracycline antibiotics with biopolymers. III. Binding parameters of aclacinomycinA to DNA / U. Katenkamp, E. Stutter, I. Petri et al. // The Journal of Antibiotics. - 1983. - Vol. XXXVI, № 9. - P. 1222-1227.

145. A Simplified analysis of Scatchard plots for systems with two interacting binding sites / W.C. Galley, M. Bouvier, S.-D. Clas et al. // Biopolymers. - 1988. - Vol. 27. - P. 79-86.

146. Papaphilis A.D. and Shaw Y.H. Interaction .of acridines and tetrahydroacridines with DNA at low DNA/dye ratios // Biochimica et Biophysica Acta. - 1977. - Vol. 476.-P. 122-130.

147. Innovative products for biomedical research. - Madison: Pan Vera Corporation,

1996.-70 p.

148. С A runs increase DNA flexibility in the complex of A- Cro protein with the

0R3 site / Yu.L. Lyubchenko, L.S. Shlyakhtenko, E. Appella and R.E. Harrington // Biochemistiy. - 1993. - Vol. 32, № 15. - P. 4121-4127.

149. Characterization of the third most common genotype of hepatitis С virus in France / J.-S. Li, L. Vitvitski, S.-P. Tong et al. // Journal of Hepatology. - 1995. -Vol. 22 (Suppl. 1). - P. 74-82.

150. Bhandari B.N. and Wright T.L. Hepatitis C: an overview // Annu. Rev. Med. -1995.-Vol. 46.-P. 309-317.

151. Закономерности распространения вируса гепатита С и его генотипов в России и странах СНГ / Д.К. Львов, Е.И. Самохвалов, С. Миширо и др. // Вопросы вирусологии. - 1997. - Т. 42, № 4. - С. 157-161.

152. Lober G., Achtert G. On the complex formation of acridine dyes with DNA. VTI. Dependence of the binding on the dye structure // Biopolymers. - 1969. - Vol. 8, № 5. - P. 595-608.

153. Kessler R.J., Fisher M.R. and Tripathi G.N.R. Triplet state (Tj) resonance raman spectroscopy of phenazine and acridine // Chemical Physics Letters. - 1984. -Vol. 112,№6. -P. 575-579.

154. Studies on interaction of anthracycline antibiotics and deoxyribonucleic acid: geometry on interaction of iremycin and daunomycin / H. Fritzsche, H. Triebel, J.B. Chaires et al. // Biochemistiy. - 1982. - Vol. 21, № 17. - P. 3940-3946.

155. Исследование кислотно-основной денатурации ДНК методом спектроскопии оптического смешения / Н.Н. Полухина, И.М. Арефьев, А.П. Еськов, Я.М. Варшавский // Studia biophysica. - 1980. - Vol. 80, № 2. - P. 85-92.

156. Newlin D.D., Miller K.J. and Pilch D.F. Interactions of molecules with nucleic acids. VII. Intercalation and T-A specificity of daunomycin in DNA // Biopolymers. -1984. - Vol. 23. - P. 139-158.

157. Antitumor activity at the molecular level: binding modes in anthracycline-dinuc-leotide complexes as determined by optical titration and magnetic circular dichroism / M.J. Bell, G.W. Buchanan, B.R. Hollebone, and E.D. Jones // Canadian Journal of

of Chemistry. - 1982. - Vol. 60. - P. 291-298.

158. Du Vernay V.H., Pachter J.A. and Crooke S.T. Deoxyribonucleic acid binding studies on several new anthracycline antitumor antibiotics. Sequence preference and structure-activity relationships of marcellomycin and its analogues as compared to adriamycin // Biochemistiy. - 1979. - Vol. 18, № 13. - P. 4024-4030.

159. Ахрем А.А., Фридман A.C., Ландо Д.Ю. Теория перехода спираль-клубок комплексов гетерогенной ДНК с гетерогенными лигандами // Биополимеры и клетка. - 1985. - Т. 1, № 4. - С. 171-179.

160. Nishimura Y., Torigoe С., Tsuboi М. An A-form poly(dG>poly(dC) in H20 solution // Biopolymers. - 1985. - Vol. 24. - P. 1841-1844.

161. Theory of helix-coil transition on DNA-ligand complexes: the effect of two types of interaction of ligand on the parameters of transition / A.T. Karapetian, P.O. Vardevanian, G.A. Tarzikian and M.D. Frank-Kamenetskii // Journal of Biomolecu-lar Structure & Dynamics. - 1990. - Vol. 8, № 1. - P. 123-130.

162. Влияние лигандов с избирательным характером взаимодействия на переход спираль-клубок ДНК. II. Разложение кривой плавления ДНК на составляющие. Обратная задача о плавлении ДНК с блочным строением. Определение зависимости относительного содержания цетра связывания лигандов от степени спиральности ДНК / Д.Ю. Ландо, А.Н. Синякин, А.С. Фридман и др. // Молекулярная биология. - 1980. - Т. 14, вып. 1. - С. 173-181.

163. Ахрем А.А., Фридман А.С., Ландо Д.Ю. Теория перехода спираль-клубок комплексов гетерогенной ДНК с гетерогенными лигандами // Биополимеры и клетка. - 1985. - Т. 1, № 4. - С. 171-180.

РАБОТЫ АВТОРА

1. Limanskii A., Sheina G.G., Stepanova T.F., Blagoi Yu.P. Studies of cationic and neutral forms of acridine compounds interaction with nucleic acids // Studia biophysica. - 1984. -V.100, № 3.-P. 187-194.

2. Герасюта H.H., Кратенко И.С., Лиманская О.Ю., Лиманский А.П., Одражий Н.К. Определение вируса гепатита Б с помощью цепной полимеразной реакции

// Ультразвуковая перинатальная диагностика. - 1994. - № 4-5. - С. 85-89.

3. Лиманский А.П., Лиманская О.Ю. Полимеразная цепная реакция с модифицированными праймерами // Ультразвуковая перинатальная диагностика. -1995.-№6-7.-С. 71-77.

4. Лиманский А.П. Специфичность взаимодействия лигандов с нуклеиновыми кислотами. Влияние антрациклиновых антибиотиков на молекулярное плавление ДНК с высокой степенью гетерогенности // Ультразвуковая перинатальная диагностика. - 1997. - № 8-9. - С. 209-217.

5. Лиманский А.П. Специфичность взаимодействия лигандов с нуклеиновыми кислотами. Плавление комплексов полинуклеотидов с антрациклиновыми антибиотиками // Ультразвуковая перинатальная диагностика. - 1997. - № 8-9. - С. 218-222.

6. Лиманский А.П. Выявление цитомегаловируса человека полимеразной цепной реакцией // Ультразвуковая перинатальная диагностика. - 1997. № 8-9. -С. 223-230.

7. Бусол В.А., Лиманская О.Ю., Лиманский А.П., Цымбал В.И. Тест-система для выявления вируса лейкоза крупного рогатого скота полимеразной цепной реакцией.// Сб. материалов международной научно-практической конференции " Развитие ветеринарной науки в Украине: достижения и проблемы". - Харьков, 1997.-С. 108-112.

8. Лиманский А.П., Пивоваров В.Б., Шеина Г.Г. Спектральное изучение специфичности связывания ДНК с аклациномицином А. // Тез.докл.У Всесоюзн. конф. по спектроскопии биополимеров. - Харьков, 1984. - С. 143.

9. Лиманский А.П., Плохотниченко A.M. Установка для изучения тонкой структуры кривых плавления ДНК.// Тез.докл.ХУШ научн.-техн.конф.молодых исследователей ФТИНТ АНУ. - Харьков, 1986. - С. 141-142.

10. Лиманский А.П., Леонтьев B.C., Шеина Г.Г. Взаимодействие антрациклиновых соединений с ДНК рАОЗ и полинуклеотидами.// Тез.докл.У1 Всесоюзн. конф. по спектроскопии биополимеров. - Харьков, 1988. - С. 191-192.

11 .Лиманский А.П. Экспериментальные профили плавления комплексов ДНК

рАОЗ с антрациклиновыми антибиотиками.// Тез.докл.ХХ1 научн.-техн. конф. молодых исследователей ФТИНТ АНУ. - Харьков, 1990. - С. 88-89.

12. Лиманский А.П. Взаимодействие антрациклиновых антибиотиков с гетеро-полинуклеотидами.// Тез.докл.У1 Всесоюзн.конф.молодых исследователей ФТИНТ АНУ. - Харьков, 1990. - С. 86-87.

13. Н. Герасюта, И. Кратенко, Н.Одражий, О. Лиманская, А. Лиманский. Детекция ВИЧ- и ВИЧ-ассоциированных вирусов с помощью полимеразной цепной реакции // Сб. тезисов первой национальной научно-практической конф. по проблемам ВИЧ/СПИД. - Киев, 24-26 января, 1995. — С. 10-11.

14. A.P.Limanskii, O.Y.Limanskaya and E.Y.Grechanina. Polymerase chain reaction with modified primers.// Proceedings from the First European Symp. on Human Identification, Toulouse, France, May 28-31, 1996. - Promega Corp., 1997. - P.152-153.

15. Лиманский А.П. Диагностика менингококковой инфекции посредством полимеразной цепной реакции.// Сб. "Санитарная охрана территории Украины и профилактика особо опасных инфекций ". Материалы научно-практической конференции, посвященной 60-летию Украинской государственной противочумной станции. - Одесса, 1997. - С. 105-106.

16. Климова Е.М., Лиманская О.Ю., Лиманский А.П. Определение вирусных гепатитов С, G и В посредством полимеразной цепной реакции. // Сб. "Санитарная охрана территории Украины и профилактика особо опасных инфекций ". Материалы научно-практической конференции, посвященной 60-летию Украинской государственной противочумной станции. - Одесса, 1997. - С. 95-98.