5S pРНК-связывающие белки бактериальной рибосомы: структура, функция и эволюция тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, доктор биологических наук Гонгадзе, Георгий Михайлович
Гонгадзе, Георгий Михайлович
доктор биологических наук
2010
- Специальность ВАК РФ03.01.03
- Количество страниц 304
Оглавление диссертации доктор биологических наук Гонгадзе, Георгий Михайлович
ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1. ОТКРЫТИЕ 5S РНК.
2. СТРУКТУРА РИБОСОМНОЙ 5S РНК.
2.1. Первичная структура 5S рРНК и ее эволюция.
2.2. Вторичная структура 5S рРНК или самосборка молекулы.
2.3. Пространственная структура изолированной 5S рРНК.
3. 5S рРНК И РИБОСОМНЫЕ БЕЛКИ.
3.1. Белки, специфически связывающиеся с изолированной 5S рРНК.
3.2. Взаимодействие 5S рРНК и белков в комплексе.
4. 5S рРНК В РИБОСОМЕ.
4.1. Положение 5S рРНК в рибосоме и участие в сборке 50S субчастицы.
4.2. 5S рРНК-белковый комплекс и функционирование рибосомы.
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК
Исследование роли рибосомных белков L5 и L25 в формировании функционально-активной бактериальной рибосомы2011 год, кандидат биологических наук Коробейникова, Анна Васильевна
5S pPHK-белковый комплекс THERMUS THERMOPHILUS: участки связывания белков L5 и L18 на 5S pPHK и пространственная структура комплекса белка L5 со специфическим фрагментом PHK2002 год, кандидат биологических наук Передерина, Анна Анатольевна
5S рРНК-белковый комплекс Thermus thermophilus: исследование структуры белка TL5 и его взаимодействия с РНК2001 год, кандидат биологических наук Мещеряков, Владимир Александрович
Пространственная структура комплекса рибосомного белка S15 с фрагментом 16S рибосомной РНК из Thermus thermophilus2000 год, кандидат химических наук Никулин, Алексей Донатович
Рентгеноструктурное исследование комплекса рибосомного белка TL5 с фрагментом рибосомной 5S РНК2000 год, кандидат химических наук Федоров, Роман Витальевич
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «5S pРНК-связывающие белки бактериальной рибосомы: структура, функция и эволюция»
1. Рибосомные белки Thermus thermophilus, специфически связывающиеся с 5S рРНК.100
1.1. Рибосомные белки TL4, TL5 и TL18 Т. thermophilus образуют прочный комплекс с изолированной 5S рРНК.100
1.2. Белки TL4 (TthL5) и TL18 (TthL18) являются типичными представителями семейств 5S рРНК-связывающихся рибосомных белков L5 и L18, соответственно.104
1.3. Белок TL5 является не только гомологом рибосомного белка L25 Е. coli, но и основного стрессового белка СТС Bacillus subtilis.106
1.4. 5S рРНК-связывающий домен белка TL5.112
2. Формирование 5S рРНК-белкового комплекса Thermus thermophilus
114
2.1. Участок 5S рРНК, с которым взаимодействует белок TL5.114
2.2. Участки 5S рРНК, с которыми взаимодействуют белки TthL5 (TL4) и TthL 18 (TL18).117
3. Пространственная структура бактериального 5S рРНК-белкового комплекса.126
3.1. Подготовка к структурным исследованиям 5S рРНК-связывающих белков Т. thermophilus, а также их комплексов с рРНК.126
3.2. Структура белка TL5 в комплексе со специфическим фрагментом 5S рРНК.129
3.3. Структура белка TthL5 (TL4) в комплексе со специфическим фрагментом 5S рРНК.139
3.4. Структура белка TthL 18 (TL18).148
Заключение.152
4. 5S рРНК-связывающие белки семейства СТС — особенность аппарата трансляции бактерий.154
4.1. Структурная организация белков семейства СТС, их свойства и эволюция.154
4.2. 5S рРНК-узнающий модуль белка семейства СТС.165
5. Участие 5S рРНК-связывающих белков в формировании функционально-активной рибосомы Escherichia coli.172
5.1. Эффект нокаута генов 5S рРНК-связывающих рибосомных белков L5, LI8 или L25 на выживание клеток Е. coli.173
5.2. В отсутствие рибосомного белка L25 клетки Е. coli хотя и выживают, но растут значительно медленнее, чем в его присутствии.178
5.3. Структурные и функциональные свойства рибосом AL25 штамма.181
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.192
ВЫВОДЫ.194
Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК
Структурно-функциональная топография рибосом человека по данным аффинной модификации реакционноспособными производными олигорибонуклеотидов2008 год, доктор химических наук Грайфер, Дмитрий Маратович
Изучение роли отдельных рибосомных белков в формировании бактериальной рибосомы2006 год, кандидат биологических наук Корепанов, Алексей Петрович
Связывание рибосомных белков S5 и S16 человека с участком 1203-1236/1521-1698 3`-концевого домена 18S pРНК2008 год, кандидат биологических наук Яньшина, Дарья Дмитриевна
Пептиды рибосомных белков eS26, uS7 и uS3, участвующие в инициации трансляции у млекопитающих2017 год, кандидат наук Шарифулин, Дмитрий Евгеньевич
Определение и анализ пространственной структуры рибосомного белка L1 из бактерии Thermus thermophilus в комплексе с фрагментом матричной РНК при разрешении 2,6Å2006 год, кандидат физико-математических наук Волчков, Сергей Александрович
Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Гонгадзе, Георгий Михайлович
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
В завершении этой главы хотелось бы подвести итоги проделанной работы. Нами идентифицированы три рибосомных 5S, рРНК-связывающих белка Т. thermophilus, TL4 (TthL5), TL5 и TL18 (TthL18). Два из них, TthL5 и TthL18, обнаруживают гомологов среди рибосомных белков, всех доменов жизни. Третий белок, TL5 Т. thermophilus, является представителем семейства СТС, которое объединяет только бактериальные белки. Используя результаты, полученные в настоящей работе, а также данные о расшифрованных бактериальных геномах, делается заключение о том, что подавляющее большинство бактерий содержит третий 5S рРНК-связывающий белок, белок семейства СТС. Все белки этого семейства, без исключения, содерж:ат так называемый «5S рРНК-связывающий» домен. Впервые продемонстрировано, что рибосомный белок L25 Е. coli и основной стрессовый белок СТС В. subtilis являются не только структурными, но и функциональными гомологами.
Установлено, что пять идентичных аминокислотных остатков в белках TL5 и L25 формируют их 5S рРНК-узнающий модуль, а учитывая строгую консервативность этих остатков в белках семейства СТС, предполагается, что такой модуль должен быть характерен для большинства из них. Единичные случаи одновременных природных изменений, произошедших в контактирующих областях белков СТС и 5S рРНК, можно считать примерами коэволюции структур этих двух молекул. В данной работе впервые определен сайт связывания рибосомного белка семейства L5 на молекуле 5S рРНК, им оказалась консервативная во всех доменах жизни и уникальная по структуре С-■ петля рибосомной 5S РНК. Сравнительный анализ структур бактериальных и архейных рибосомных белков семейства L5 и их комплексов с РНК позволяет заключить, что структуры этих белков и их контакты с 5S рРНК эволюционно консервативны. Обнаружено, что глобулярная часть пространственных структур рибосомных белков семейств L18 и S11 укладывается практически идентично, что может свидетельствовать об их родственном происхождении. В данной работе определена пространственная структура большей части 5S рРНК-белкового комплекса (более 80%) с высоким разрешением. Эти данные внесли существенный вклад в построение модели рибосомы, и является до сих пор востребованной в исследованиях детальной структурной организации бактериальной рибосомы, так как имеют наилучшее разрешение на сегодняшний день. Получены данные, которые позволили впервые оценить степень необходимости каждого из 5S рРНК-связывающих белков для формирования функционально-активной рибосомы и для выживания бактериальной клетки. Впервые показано, что рибосомные белки L5 и L18 строго необходимы для выживания клеток Е. coli, а белок L25, не являясь ' необходимым для выживания клеток, оказывается чрезвычайно важен для стабилизации структуры центрального протуберанца 50S субчастицы бактериальной рибосомы. Большинство полученных в работе данных имеют приоритетный характер и вносят значительный вклад в понимание тонкой структурной организации бактериальной рибосомы.
Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Гонгадзе, Георгий Михайлович, 2010 год
1. Богатырева, С. А., Трифонов, А.С. & Спирин, А.С. Зависимость бесклеточной системы синтеза полифенилаланина от соотношений двувалентных и одновалентных катионов // Докл. АН СССР. — 1970. -Т.195. С.213-216.
2. Богданов, А. А., Лаврик, И. Н., Докудовская, С. С. & Донцова, О. А. Структура и функция 5S рРНК в рибосоме // Мол. биология. 1995. -Т.29. - С.1218-1227.
3. Боуэн, Т. Введение в ультрацентрифугирование. М.: Мир, 1973. — 58-67 с.
4. Гаврилова, Л.П., Лерман, М.И. & Спирин, А.С. Структурные превращения рибосом // Изв. АН СССР, с. биология. 1966.№6. - С.826-831.
5. Гаврилова, Л. П. & Смолянинов, В. В. Изучение механизма транслокации в рибосомах. Синтез полифенилаланина в рибосомах Escherichia coli без участия гуанозин-5'-трифосфата и белковых факторов трансляции // Мол. биология. 1971.-Т.5.-С.883-891.
6. Гиршович, А. С., Поздняков, В. А. & Овчинников, Ю. А. О локализации ГТФ-связывающего центра при взаимодействии ГТФ с рибосомой и фактором элонгации G // Доклады АН ССР. 1974. - Т.219. --С.481-484.
7. Гонгадзе, Г. М. Исследование дефицитных по белкам рибосомных 50S субчастиц Escherichia coli. Роль белков и РНК в формировании рибосомной субчастицы: Дис. . канд. биол. наук. Пущино, 1986.
8. Лим, В. И. & Птицын, О. Б. Решеточная модель участков гидрофобного ядра белковой молекулы // Биофизика. 1972. - Т.17. - С.21-33.
9. Майметс, Т. О., Устав, М. Б., Виллемс, Р. Л., Саарма, М. Ю. & Линд, А. Я. Связывание белков 50S субчастицы рибосомь1 Escherichia coli с двумя фрагментами 5S РНК // Мол. биология. 1981. - Т.15. - С.569-574.
10. Остерман, Л. А. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот. Электрофорез и ультрацентрифугирование. М.: Наука, 1981. - 223-239 с.
11. Седельникова, С. Э. Рибосомные белки Thermus thermophilics. Выделение, физико-химические свойства и кристаллизация: Дис. . канд. биол. наук. Пущино, 1991.
12. Спирин, А. С., Лерман, М. И., Гаврилова, JI. П., & Белицина, Н. В. Реконструкция биологически активных рибосом из обедненных белком рибонуклеопротеидных частиц и рибосомного белка // Биохимия. 1966. -Т.31.-424-430.
13. Спирин, А. С., Белицина, Н. В., Гал, Э. & Позднякова, Т. М. Самосборка рибосомо-подобных частиц из РНК и белка in vitro // Мол. биология. -1968. Т.2. - С.95-102.
14. Спирин, А. С. & Гаврилова, JI. П. Рибосома. М.: Наука, 1971.
15. Спирин, А. С. О структурных основах функционирования рибосом // Успехи современной биологии. 1974. - Т.77. - С.155-166.
16. Туманова, Л. Г., Гонгадзе, Г. М. & Гудков, А. Т. Выделение всех белков из 50S частиц рибосом Е. coli II Мол. биология. 1982. - Т. 16. - С.807-813.
17. Устав, М. Б., Ремме, Я. Л., Линд, А. Я. & Виллемс, Р. Л. Новый эффективный метод иммобилизации рибонуклеиновых кислот и нуклеотидов на агарозе // Биоорган, химия. 1979. - Т.5 - С.365-369.
18. Abdel-Meguid, S. S., Moore, Р. В. & Steitz, Т. A. Crystallization of а ribonuclease-resistant fragment of Escherichia coli 5S ribosomal RNA and its complex with protein L25 // J. Mol. Biol. 1983 - V.171. - P.207-215.
19. Abdurashidova, G.G., Tsvetkova, E.A. & Budowsky, E.I. Direct tRNA-protein interactions in ribosomal complexes // Nucl. Acids Res. 1991. - V.19. -P.1909-1915.
20. Agafonov, D. E., Kolb, V. A. & Spirin, A. S. Ribosome-associated protein that inhibits translation at the aminoacyl-tRNA binding stage // EMBO Rep. 2001. — V.2, - P.399-402.
21. Altschul, S. F., Madden, T. L„ Schaffer, A. A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. & Lipman, D. J. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucl. Acids Res. 1997 - V.25. - P.3389-3402.
22. Aoyama, K., Tanaka, T., Hidaka, S. & Ishikawa, K. Binding sites of rat liver 5S RNA to ribosomal protein L5 // J. Biochem. 1984.- V.95. - P.l 179-1185.
23. Apgar, J., Everett, G. A. & Holley, R. W. Analyses of large oligonucleotide fragments obtained from a yeast alanine transfer ribonucleic acid by partial digestion with ribonuclease T1 // J. Biol. Chem. 1966.- V.241. - P. 1206-1211.
24. Arndt, E., Scholzen, T., Kromer, W., Hatakeyama, T. & Kimura, M. Primary structures of ribosomal proteins from the archaebacterium Halobacterium marismortui and the eubacterium Bacillus stearothermophilus // Biochimie. -1991. -V.73. -P.657-668.
25. Aubert, M., Bellemare, G. & Monier, R. Selective reaction of glyoxal with guanine residues in native and denatured Escherichia coli 5S RNA // Biochimie. 1973.— V.55. —P.135-142.
26. Avadhani, N. G. & Buetow, D. E. A proposed role for 5S ribosomal RNA // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973. - V.50. - P.443-451.
27. Azad, A. A. & Lane, B. G. A possible role for 5S rRNA as a bridge between ribosomal subunits // Can. J. Biochem. 1973. - V.51. - P. 1669-1672.
28. Azad, A. A. Hybridization between 5S rRNA and 18S rRNA from barley embryos and mouse sarcoma 180 ascites cells // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1978.- V.83.-P.259-265.
29. Baca, O. G., Rohrbach, M. S. & Bodley, J. W. Equilibrium measurements of the interactions of guanine nucleotides with Escherichia coli elongation factor G and the ribosome // Biochemistry. 1976. - V.15. - P.4570-4580.
30. Bachmann, B. J. Pedigrees of some mutant strains of Escherichia coli K-12 // Bacteriol. Rev. 1972. - V.36. - P.525-557.
31. Bachvaroff, R. J. & Tongur, V. 5S ribonucleic acid in ribosomes from mammalian tissues // Nature. 1966. - V.211. - P.248-250.
32. Baer, R. J. & Dubin, D. T. The sequence of a possible 5S RNA-equivalent in hamster mitochondria // Nucl. Acids Res. 1980- V.8. - P.3603-3610.
33. Ban, N., Nissen, P., Hansen, J., Moore, P. B. & Steitz, T. A. The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 Ä resolution // Science. -2000. V.289. - P.905-920.
34. Bartetzko, A. & Nierhaus, K. H. Mg2+/NH4+/Polyamine system for polyuridine-dependent polyphenylalanine synthesis with near in vivo characteristics // Methods Enzymol. 1988. - V. 164. -P.650-658.
35. Bear, D. G., Schleich, T., Noller, H. F. & Garrett, R. A. Alteration of 5S RNA conformation by ribosomal proteins LI8 and L25 // Nucl. Acids Res. 1977 -V.4.-P.2511-2526.
36. Bellemare, G., Jordan, B. R. & Monier, R. Demonstration of a highly exposed region in Escherichia coli 5 s RNA by partial hydrolysis with ribonuclease IV and sheep kidney nuclease//J. Mol. Biol. 1972.-V.71. - P.307-315.
37. Bellemare, G., Vigne, R. & Jordan, B. R. Interaction between Escherichia coli ribosomal proteins and 5S RNA molecules: recognition of prokaryotic 5S RNAs and rejection of eukaryotic 5S RNAs // Biochimie. 1973. - V.55. - P.29-35.
38. Benson, D. A., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D. J., Ostell, J. & Wheeler, D. L. GenBank //Nucl. Acids Res. 2008. - Y.36. - P.25-30.
39. Bitar, K. G. & Wittmann-Liebold, B. The primary structure of the 5s rRNA binding protein L25 of Escherichia coli ribosomes // Hoppe Seylers Z Physiol Chem. 1975. - V.356. -P.1343-1352.
40. Blobel, G. Isolation of a 5S RNA-protein complex from mammalian ribosomes // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1971. - V.68. -P.1881-1885.
41. Boedtker, H. & Kelling, D. G. The ordered structure of 5S RNA // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967. - V.29. - P.758-766.
42. Bogdanov, A. A., Dontsova, O. A., Dokudovskaya, S. S. & Lavrik, I. N. Structure and function of 5S rRNA in the ribosome // Biochem. Cell Biol. -1995. V.73. - P.869-876.
43. Bosch, L., Bloemendal, H. & Sluyser, M. Metabolic interrelationships between soluble and microsomal RNA in rat-liver cytoplasm // Biochim. Biophys. Acta. 1959. - V.34. - P.272-274.
44. Boublik, M., Hellmann, W. & Roth, H. E. Localization of ribosomal proteins L7/L12 in the 50S subunit of Escherichia coli ribosomes by electron microscopy // J. Mol. Biol. 1976. - V.107. -P.479-490.
45. Boublik, M. & Hellmann, W. Comparison of Artemia salina and Escherichia coli ribosome structure by electron microscopy // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. — 1978. V.75. - P.2829-2833.
46. Bradford, M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal. Biochem. 1976. - V.72. - P.248-254.
47. Brosius, J., Schitz, E. & Chen, R. The primary structure of the 5S RNA binding protein LI8 from Escherichia coli ribosomes // FEBS Lett. 1975. - V.56. -P.359-361.
48. Brown, D. D., Wensink, P. C. & Jordan, E. A comparison of the ribosomal DNA's of Xenopus laevis and Xenopus mulleri: the evolution of tandem genes // J. Mol. Biol. 1972. - V.63. - P.57-73.
49. Brownlee, G. G. & Sanger, F. Nucleotide sequences from the low molecular weight ribosomal RNA of E. coli II J. Mol. Biol. 1967 - V.23, - P.337-353.
50. Brownlee, G. G., Sanger, F. & Barrell. B. G. Nucleotide sequences of 5S-ribosomal RNA from Escherichia coli II Nature. 1967. - V.215. - P.735-736.
51. Brownlee, G. G., Sanger, F. & Barrell. B. G. The sequence of 5S ribosomal ribonucleic acid // J. Mol. Biol. 1968. - V.34. - P.379-412.
52. Brownlee, G. G., Cartwright, E., McShane, T. & Williamson, R. The nucleotide sequence of somatic 5S RNA from Xenopus laevis II FEBS Lett. 1972. - V.25. — P.8-12.
53. Bruenger, E., Kowalak, J. A., Kuchino, Y., McCloskey, J. A., Mizushima, H., Stetter, K. O. & Crain, P. F. 5S rRNA modification in the hyperthermophilic archaea Sulfolobus solfataricus and Pyrodictium occultum 11FASEB J. — 1993. — V.7. P.196-200.
54. Brunei, C., Romby, P., Westhof, E., Ehresmann, C. & Ehresmann, B. Three-dimensional model of Escherichia coli ribosomal 5 S RNA as deduced fromstructure probing in solution and computer modeling // J. Mol. Biol. 1991. -V.221. -P.293-308.
55. Burrell, H. R. & Horowitz, J. Affinity binding of Escherichia coli ribosomal proteins to immobilized RNA // FEBS Lett. 1975. - V.49. - P.306-309.
56. Burrell, H. R. & Horowitz, J. Binding of ribosomal proteins to RNA covalently coupled to agarose II Eur. J. Biochem. 1977. - V.75. - P.533-544.
57. Cannon, M., Krug, R. & Gilbert, W. The binding of S-RNA by Escherichia coli ribosomes // J. Mol. Biol. 1963. - V.7. - P.360-378.
58. Cannon, M. & Richards, E. G. Electrophoresis in Polyacrylamide gels of different "soluble" ribonucleic acid preparations from Escherichia coli II Biochem. J. 1967. - V.103. - P.23-25.
59. Cantor, C. R. Possible conformations of 5S ribosomal RNA // Nature, 1967. -V.216. -P.513-514.
60. Ceri, H. & Maeba, P. Y. Association of a ribonuclease with the 50S ribosomal subunit of Escherichia coli MRE 600 // Biochim. Biophys. Acta. 1973. -V.312. - P.337-348.
61. Chan, Y.-L., Lin, A., McNally, J. & Wool, I. G. The primary structure of rat ribosomal protein L5. A comparison of the sequence of amino acids in the proteins that interact with 5S rRNA II J. Biol. Chem. 1987. - V.62. - P.12879-12886.
62. Chan, Y.-L., Olvera, J., Paz, V. & Wool, I. G. The primary structure of rat ribosomal protein LI 1 // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992. - V.185. -P.356-362.
63. Chen, R. & Ehrke, G. The primary structure of the 5 S RNA binding protein L5 of Escherichia coli ribosomes // FEBS Lett. 1976. - V.69. - P.240-245.
64. Chenna, R., Sugawara, H., Koike, T., Lopez, R., Gibson, T. J., Higgins, D. G. & Thompson, J. D. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs//Nucl. Acids Res. -2003. -V.31. -P.3497-3500.
65. Chen-Schmeisser, U. & Garrett, R. A. A new method for the isolation of a 5S RNA complex with proteins L5, LI8 and L25 from Escherichia coli ribosomes // FEBS Lett. 1977. - V.74. -P.287-291.
66. Chinali, G., Wolf, H. & Parmeggiani, A. Effect of kirromycin on elongation factor Tu. Location of the catalytic center for ribosome-elongation-factor-Tu GTPase activity on the elongation factor // Eur. J. Biochem. 1977. - V.75. -P.55-65.
67. Chladek, S. Possible relationship of peptidyl transferase binding sites, 5S RNA and peptidyl-tRNA // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1971. - V.45. -P.695-700.
68. Christiansen, J., Douthwaite, S. R., Christensen, A. & Garrett, R. A. Does unpaired adenosine-66 from helix II of Escherichia coli 5S RNA bind to protein L18? II EMBO J. 1985. - V.4. - P.1019-1024.
69. Christiansen, J. & Garrett, R. A. How do protein LI8 and 5S RNA interact? // Structure, Function, and Genetics of Ribosomes /Hardesty, B. & Kramer, G., eds./ New-York, Berlin, Heidelberg, London, Paris, Tokyo: Springer-Verlag. -1986. -P.253-269.
70. Clark, M. W., Leonard, K. & Lake, J. A. Ribosomal crystalline arrays of large subunits from Escherichia coli II Science. 1982. - V.216. - P.999-1001.
71. Claußen, M., Rudt, F. & Pieler, T. Functional modules in ribosomal protein L5 for ribonucleoprotein complex formation and nucleocytoplasmic transport // J. Biol. Chem. 1999. - V.274. - P.33951-33958.
72. Comb, D. G. & Katz, S. Studies on the biosynthesis and methylation of transfer RNA // J. Mol. Biol. 1964. - V.8. - P.790-800.
73. Comb, D. G., Sarkar, N., DeVallet, J. & Pinzino, C. J. Properties of transfer-like RNA associated with ribosomes // J. Mol. Biol. 1965. - V.12. - P.509-513.
74. Comb, D. G. & Sarkar, N. The binding of 5S ribosomal acid to ribosomal subunits // J. Mol. Biol. 1967. - V.25. - P.317-330.
75. Comb, D. G. & Zehavi-Williner, T. Isolation, purification and properties of 5S ribosomal RNA: a new species of cellular RNA // J. Mol. Biol. 1967. - V.23. -P.441-458.
76. Connors, P. G. & Beeman, W. W. Size and shape of 5S ribosomal RNA // J. Mol. Biol. 1972. - V.71. - P.31-37.
77. Correll, C. C., Freeborn, B., Moore, P. B. & Steitz, T. A. Metals, motifs,' and recognition in the crystal structure of a 5S rRNA domain // Cell. 1997. - V.91. -P.705-712.
78. Court, D. L., Sawitzke, J. A. & Thomason, L. C. Genetic engineering using homologous recombination // Annu. Rev. Genet. 2002. - V.36. - P.361-388.
79. Cunningham, R. S., Bönen, L., Doolittle, W. F., & Gray, M. W. Unique species of 5S, 18S, and 26S ribosomal RNA in wheat mitochondria // FEBS Lett. -1976.-V.69.-P.116-122.
80. Czernilofsky, A. P., Collatz, E. E., Stöffler, G. & Kuechler, E. Proteins at the tRNA binding sites of Escherichia coli ribosomes // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1974.-V.71.-P.230-234.
81. Dabbs, E. R. Selection for Escherichia coli mutants with proteins missing from the ribosome // J. Bacteriol. 1979. - V.140. - P.734-737.
82. Dabbs, E. R., Ehrlich, R., Hasenbank, R., Schroeter, B.-H., Stöffler-Meilicke, M. & Stöffler, G. Mutants of Escherichia coli lacking ribosomal protein LI // J. Mol. Biol. 1981. — V.149. -P.553-578.
83. Dabbs, E. R., Hasenbank, R., Kastner, B., Rak, K.-H., Wartusch, B. & Stöffler, G. Immunological studies of Escherichia coli mutants lacking one or two ribosomal proteins // Mol. Gen. Genet. 1983. - V.192. - P.301-308.
84. Dabbs, E. R. Mutant studies on the prokaryotic ribosome // Structure, Function, and Genetics of Ribosomes /Hardesty, B. & Kramer, G., eds./ New-York, Berlin, London, Paris, Tokyo: Springer-Verlag. 1986. - P.733-748.
85. Dallas, A., Rycyna, R. & Moore, P. B. A proposal for the conformation of loop E in Escherichia coli 5S rRNA // Biochem. Cell Biol. 1995. - V.73. - P.887-897.
86. Dallas, A. & Moore, P. B. () The loop E-loop D region of Escherichia coli 5S rRNA: the solution structure reveals an unusual loop that may be important for binding ribosomal proteins // Structure. 1997. - V.5. - P.1639-1659.
87. Davanloo, P., Rosenberg, A. H., Dunn, J. J. Studier, F. W. Cloning and expression of the gene for bacteriophage T7 RNA polymerase // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1984. - V.81. -P.2035-2039.
88. Davis, D. R. & Segal, D. M. Protein crystallization: micro techniques involving vapor diffusion // Methods Enzymol. 1971. - V.22. - P.266-269.
89. Decatur, W. A. & Schnare, M. N. Different mechanisms for pseudouridine formation in Yeast 5S and 5.8S rRNAs // Mol. Cell. Biol. 2008. - V.28. -P.3089-3100.
90. Deckman, I. C. & Draper, D. E. Specific interaction between ribosomal protein54 and the a operon messenger RNA // Biochemistry. 1985. - V.24. - P.7860-7865.
91. Delihas, N. & Andersen, J. Generalized structures of the 5S ribosomal RNAs // Nucl. Acids Res. 1982. - V.10. — P.7323-7344.
92. Delihas, N., Andersen, J. & Singhai, R. P. Structure, function and evolution of55 ribosomal RNAs // Progress in nucleic acid research and molecular biology
93. Cohn, W. E. & Moldave, K., eds/ New York: Academic Press. 1984. V.31. -P.161-190.
94. Deshmukh, M., Stark, J., Yeh, L.-C. C., Lee, J. C. & Woolford, Jr. J. L. Multiple regions of yeast ribosomal protein LI are important for its interaction with 5S rRNA and assembly into ribosomes // J. Biol. Chem. 1995. - V.270. -P.30148-30156.
95. De Vendittis, E., Masullo, M. & Bocchini, V. The elongation factor G carries a catalytic site for GTP hydrolysis, which is revealed by using 2-propanol in the absence of ribosomes //J. Biol. Chem. 1986. - V.261. - P.4445-4450.
96. De Wachter, R., Chen, M-W. & Vandenberghe, A. Equilibria in 5S ribosomal RNA secondary structure. Bulges and interior loops in 5S RNA secondary structure may serve as articulations for a flexible molecule // Eur. J. Biochem. -1984. V.143 -P.175-182.
97. Dohme, F. & Nierhaus, K. H. Total reconstitution and assembly of 50S subunits from Escherichia coll ribosomes in vitro II J. Mol. Biol. 1976a. - V.107. -P.585-599.
98. Dohme, F. & Nierhaus, K. H. Role of 5S RNA in assembly and function of the 50S subunit from Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1976b -V.73. - P.2221-2225.
99. Dokudovskaya, S., Dontsova, O., Shpanchenko, O., Bogdanov, A., & Brimacombe, R. Loop IV of 5 S ribosomal RNA has contacts both to domain II and to domain V of the 23 S RNA II RNA. 1996. - V.2. - P. 146-152.
100. Donis-Keller, H., Maxam, A. M. & Gilbert, W. Mapping adenines, guanines, and pyrimidines in RNA // Nucl. Acids Res. 1977. - V.8. - P.2527-2538.
101. Dontsova, O., Tishkov, V., Dokudovskaya, S., Bogdanov, A., Döring, T., RinkeAppel, J., Thamm, S., Greuer, B. & Brimacombe, R. Stem-loop IV of 5S rRNA lies close to the peptidyltransferase center // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1994.- V.91. P.4125-4129.
102. Douthwaite, S., Garrett, R. A., Wagner, R. & Feunteun, J. A ribonuclease-resistant region of 5S RNA and its relation to the RNA binding sites of proteins L18 and L25 // Nucl. Acids Res. 1979. - V.6. - P.2453-2470.
103. Douthwaite, S. & Garrett, R. A. Secondary structure of prokaryotic 5S ribosomal ribonucleic acids: A study with ribonucleases // Biochemistry. 1981.1. V.20. — P.7301-7307.
104. Douthwaite, S., Christiansen, A. & Garrett, R. A. Binding sites of ribosomal proteins on prokaryotic 5S ribonucleic acids: a study with ribonucleases // Biochemistry. 1982. V.21. - P.2313-2320.
105. Dovgas, N.V., Markova, L.F., Mednikova, T.A., Vinokurov, L.M., Alakhov, Y.B. & Ovhinnikov, Y.A. The primary structure of the 5 S RNA binding protein L25 from Escherichia coli ribosomes // FEBS Lett. 1975. - V.53. - P.351-354.
106. Draper, D. E., Deckman, I. C. & Vartikar, J. V. Physical studies of ribosomal protein-RNA interactions // Methods Enzymol. 1988. - V.164. - P:203-220.
107. Duan, J., Cai, X., Zhou, L. & Wang, J. Single-step method of total RNA isolation by sodium dodecyl sulfate/phenol extraction from cultured cells // Anal. Biochem. 1997. - V.251. - P.291 -292.
108. Dube, S. K. Recognition of tRNA by the ribosome. A possible role of 5S RNA // FEBS Lett. 1973. - V.36. - P.39-42.
109. Du Buy, B. & Weissmans, S. M. Nucleotide sequence of Pseudomonas fluorescens 5 S ribonucleic acid // J. Biol. Chem. 1971. - V.246. - P.747-761.
110. Dyer, T. A. & Leech, R. M. Chloroplast and cytoplasmic low-molecular-weight ribonucleic acid components of the leaf of Viciafaba L // Biochem. J. 1968. -V. 106. - P.689-698.
111. Dyer, T. A. & Bowman, C. M. Nucleotide sequences of chloroplast 5S ribosomal ribonucleic acid in flowering plants // Biochem. J. 1979. V.183. -P.595-604.
112. Dyer, T. A. & Zalik, S. Analysis of a 5S RNA-protein complex isolated from the ribosomes of rye embryos // Can. J. Biochem. 1979. - V.57. - P. 1400-1406.
113. Elson, D. A ribonucleic acid particle released from ribosomes by salt // Biochim. Biophys. Acta. 1961. V.53. -P.232-234.
114. Erdmann, V. A., Doberer, H. G. & Sprinzl, M. Structure and function of 5S RNA: the role of the 3' terminus in 5S RNA function // Mol. Gen. Genet. -1971a. V.l 14. -P.89-94.
115. Erdmann, V. A., Fahnestock, S., Higo, K. & Nomura, M. Role of 5S RNA in the functions of 50S ribosomal subunits // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1971b. -V.68. -P.2932-2936.
116. Erdmann, V. A., Sprinzl, M. & Pongs, O. The involvement of 5S RNA in the binding of tRNA to ribosomes // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973. -V.54. - P.942-948.
117. Erdmann, V. A. Structure and function of 5S and 5.8S RNA // Progress in nucleic acid research and molecular biology /Cohn, W. E., ed./ New York: Academic Press. 1976. - V. 18. - P.45-90.
118. Erdmann, V. A., Huysmans, E. Vandenberghe, A. & De Wächter, R. Collection of published 5S and 5.8S ribosomal RNA sequences //. Nucl. Acids Res. 1983 -V.il.-P105-133.
119. Erdmann, V. A., Volters, J., Huysmans, E. & De Wächter, R. Collection of published 5S, 5.8S and 4.5S ribosomal RNA sequences // Nucl. Acids Res. -1985. V.13. -P.105-153.
120. Erdmann, V. A., & Volters, J. Collection of published 5S, 5.8S and 4.5S ribosomal RNA sequences //Nucl. Acids Res. 1986. - V.l 1. - PI-59.
121. Evstafieva, A. G., Shatsky, I. N., Bogdanov, A. A. Vasiliev, V. D. Topography of RNA in the ribosome: location of the 5S RNA residues A39 and U40 on the central protuberance of the 50S subunit // FEBS Lett. 1985. V.l 85. - P.57-62.
122. Fahnestock, S. R. & Nomura, M. Activity of ribosomes containing 5S RNA with a chemically modified 3'-terminus // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1972. -V.69.-P.363-365.
123. Färber, N. M. & Cantor, C. R. Accessibility and structure of ribosomal RNA monitored by slow tritium exchange of ribosomes // J. Mol. Biol. 1981. V.146. - P.241-257.
124. Feunteun, J., Monier, R., Garrett, R., Le Bret, M. & Le Pecq, J. B. (1975) Effect of 50S subunit proteins L5, LI8 and L25 on the fluorescence of 5S RNA-bound ethidium bromide //. J. Mol. Biol., 93, 535-541.
125. Finkelstein, A.V., Kozitsyn, S.A. & Ptysyn O.B. Prediction of the three-dimensional structure for ribosomal protein L25 // FEBS Lett. 1975. V.60. -P.137-140.
126. Forget, B. G. & Weissman, S. M. Low molecular weight RNA components from KB cells // Nature. 1967a. - V.213. - P.878-882.
127. Forget, B. G. & Weissman, S. M. Nucleotide sequences of KB cell 5S RNA // Science. 1967b. -V. 158. - P. 1695-1699.
128. Forget, B. G. & Weissman, S. M. The nucleotide sequence of ribosomal 5S ribonucleic acid from KB cells // J. Biol. Chem. 1969. - V.244. P.3148-3165.
129. Fox, G. E. & Woese, C. R. 5S RNA secondary structure // Nature. 1975a. -V.256. - P.505-507.
130. Fox, G. E. & Woese, C. R. The architecture of 5S rRNA and its relation to function // J. Mol. Evol. 1975b. - V.6. - P.61-76.
131. Franceschi, F. J. & Nierhaus, K. H. Ribosomal proteins LI5 and LI6 are mere late assembly proteins of the large ribosomal subunit // J. Biol. Chem. 1990. -V.265. — P.16676-16682.
132. Fried, M. & Crothers, D. M. Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis // Nucl. Acids Res. 1981. V.9. - P.6505-6525.
133. Galibert, F., Larsen, C.J., Lelong, J.C. & Boiron, M. RNA of low molecular weight in ribosomes of mammalian cells//Nature. 1965. - V.207. - P. 1039-1041.
134. Garner, M. M. & Revzin, A. A gel electrophoresis method for quantifying the binding of proteins to specific DNA regions: application to components of the
135. Escherichia coli lactose operon regulatory system // Nucl. Acids Res. 1981. V.9. - P.3047-3060.
136. Garrett, R.A. & Noller, H.F. Structures of complexes of 5S RNA with ribosomal proteins L5, LI8 and L25 from Escherichia coli: identification of kethoxal-reactive sites on the 5S RNA // J. Mol. Biol. 1979. V.132. - P.637-648.
137. Garrett, R.A., Douthwaite, S. & Noller, H.F. Structure and role of 5S RNA-protein complexes in protein biosynthesis // Trends Biochem. Sei. 1981. - V.6. - P. 137-139.
138. Garrett, R. A. & Olesen, S. O. Structure of eukaryotic 5S ribonucleic acid: A study of Saccharomyces cerevisiae 5S ribonucleic acid with ribonuclease // Biochemistry. 1982.- V.21.-P.4823-4830.
139. Gasteiger, E., Gattiker, A., Hoogland, C., Ivanyi, I., Appel, R. D. & Bairoch, A. ExPASy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis // Nucl. Acids Res., -2003. V.31.-P.3784-3788.
140. Gaunt-Klopfer, M. & Erdmann, V. A. ATPase and GTPase activities associated with the 5S RNA-protein complex of Escherichia coli ribosomes // Biochim. Biophys. Acta. 1975. - V.390. - P.226-230.
141. Gavrilova, L. P., Ivanov, D. A. & Spirin, A. S. Studies on the structure of ribosomes. III. Stepwise unfolding of the 50S particles without loss of protein // J. Mol. Biol. 1966. V.16. - P.473-489.
142. Geroch, M. E., Richards, E. G. & Davies, G. A. 5S RNA 1. Preparation and characterization of highly purified 5S RNA from Escherichia coli II Eur. J. Biochem. 1968. - V.6. - P.325-330.
143. Gesteland, R. F. Unfolding of Escherichia coli ribosomes by removal of magnesium//J. Mol. Biol. 1966. - V.18. - P.356-371.
144. Gewirth, D. T., Abo, S. R., Leontis, N. B. & Moore, P. B. Secondary structure of 5S RNA: NMR experiments on RNA molecules partially labeled with nitrogen-15 // Biochemistry. 1987. - V.26. - P.5213-5220.
145. Gewirth, D. & Moore, P. B. Exploration of the LI 8 binding site on 5S RNA by deletion mutagenesis //Nucl. Acids Res. 1988. -V. 16. - P. 10717-10732.
146. Geyl, D., Bock, A. & Isono, K. An improved method for two-dimentional gel-electrophoresis: analysis of mutationally altered ribosomal proteins of Escherichia coli II Mol. Gen. Genet. 1981. - V. 181 - P.309-312.
147. Girshovich, A. S., Pozdnyakov, V. A. & Ovchinnikov, Y. A. Localization of the GTP-binding site in the ribosome-elongation-factor-G-GTP complex // Eur. J. Biochem. 1976. - V.69. - P.321-328.
148. Göringer, H. U., Bertram, S. & Wagner, R. The effect of tRNA binding on the structure of 5S RNA in Escherichia coli. A chemical modification study // J. Biol. Chem. 1984. - V.259. -P.491-496.
149. Göringer, H. U. & Wagner, R. Construction and functional analysis of ribosomal 5S RNA from Escherichia coli with single base changes in the ribosomal protein binding sites // Biol. Chem. Hoppe-Seyler. 1986. - V.367. - P.769-780.
150. Gray, P. N. & Monier, R. Formation of a complex between 23S RNA, 5S RNA and proteins from Escherichia coli 50S ribosomal subunits II FEBS Lett. 1971. V.18. -P.145-148.
151. Gray, P.N., Garrett, R.A., Stöffler,- G. & Monier, R. An attempt at the identification of the proteins involved in the incorporation of 5S RNA during 50S ribosomal subunit assembly // Eur. J. Biochem. 1972. - V.28. - P.412-421.
152. Gray, P. N., Bellemare, G., Monier, R., Garrett, R. A. & Stöffler, G. Identification of the nucleotide sequences involved in the interaction between
153. Escherichia coli 5S RNA and specific 50S subunit proteins // J. Mol. Biol. -1973. — V.77. P.133-152.
154. Gregory, R.J., Cahill, P. B. F., Thurlow, D. L. & Zimmermann, R.A. Interaction of Escherichia coli ribosomal protein S8 with its binding sites in ribosomal RNA and messenger RNA // J. Mol. Biol. 1988. - V.204. - P.295-307.
155. Gross, B., Welfle, H. & Bielka, H. Protein-RNA interaction in the rat liver 5S rRNA-protein L5 complex studied by digestion with ribonucleases // Nucl. Acids Res. 1985. - V.13. - P.2325-2335.
156. Grummt, F., Grummt, I. & Erdmann, V.A. ATPase and GTPase activities isolated from rat liver ribosomes // Eur. J. Biochem. 1974. - V.43. - P.343-348.
157. Grüne, M., Görlach, M., Soskic, V., Klussman, S., Bald, R., Fürste, J.P., Erdmann, V.A. Brown, L. R. Initial analysis of 750 MHz NMR spectra of selectively 15N-G, U labeled E. coli 5S rRNA // FEBS Lett. 1996. - V.385. - P. 114-118.
158. Grüne, M., Fürste, J.P., Klussman, S., Erdmann, V.A. Brown, L.R. Detection of multiple conformations of the E-domain of 5S rRNA from Escherichia coli in solution and in crystals by NMR spectroscopy // Nucl. Acids Res. 1996. -V.24. — P.2592-2596.
159. Gurevich, V. V., Pokrovskaya, I. D., Obukhova, T. A. & Zozulya, S. A. Preparative in vitro mRNA synthesis using SP6 and T7 RNA polymerases // Anal. Biochem. 1991. - V. 195. - P.207-213.
160. Guthrie, C., Nashimoto, H. & Nomura, M. Studies on the assembly of ribosomes in vivo II Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1969. - V.34. - P.69-75.
161. Hancock, J. & Wagner, R. A structural model of 5S RNA from E. coli based on intramolecular crosslinking evidence // Nucl. Acids Res. 1982. - V.10. -P.1257-1269.
162. Hardy, S. J. S., Kurland, C. G., Voynow, P. & Mora, G. The ribosomal proteins of Escherichia coli. I. Purification of the 30S ribosomal proteins // Biochemistry. 1969. - V.8. - P.2897-2905.
163. Hardy, S. J. S. The stoichiometry of the ribosomal proteins of Escherichia coli H Mol. Gen. Genet. 1975. - V. 140. -P.253-274.
164. Harms, J., Schluenzen, F., Zarivach, R., Bashan, A., Gat, S., Agmon, I., Bartels, H., Franceschi, F. & Yonath A. High resolution structure of the large ribosomal subunit from a mesophilic eubacterium // Cell. 2001. - V.107. - P.679-688.
165. Harrison, L. C. & Itin, A. Purification of the insulin receptor from human placenta by chromatography on immobilized wheat germ lectin and receptor antibody//J. Biol. Chem. 1980. -V.255. - P. 12066-12072.
166. Hatakeyama, T. & Hatakeyama, T. Amino acid sequences of the ribosomal proteins HL30 and HmaL5 from the archaebacterium Halobacterium marismortui 1/ Biochim. Biophys. Acta. 1990. - V.1039. - P.343-347.
167. Hayes, F. & Hayes, D. H. Biosynthesis of ribosomes in E. coli. Properties of ribosomal precursor particles and their RNA components // Biochimie. — 1971. — V.53. -P.369-382.
168. Hay ward, G. S. Gel electrophoretic separation of the complementary strands of bacteriophage DNA // Virology. 1972. - V.49. - P.342-344.
169. Hecht, L. I., Stephenson, M. L. & Zamecnik, P. C. Binding of amino acids to the end group of a soluble ribonucleic acid 11 Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1959. -V.45. — P.505-518.
170. Hecker, M., Heim, C., Volker, U. & Wolfel, L. Induction of stress proteins by sodium chloride treatment in Bacillus subtilis 11 Arch. Microbiol. 1988. -V. 150. — P.564-566.
171. Hecker, M. & Volker, U. General stress proteins in Bacillus subtilis II FEMS Microbiol. Ecol. 1990. - V.74. - P.197-214.
172. Herr, W. & Noller, H. F. Protection of specific sites in 23S and 5S RNA from chemical modification by association of 30S and 50S ribosomes // J. Mol. Biol. 1979. - V.130. — P.421-432.
173. Herr, W., Chapman, N. M. & Noller, H. F. Mechanism of ribosomal subunit association: discrimination of specific sites in 16S RNA essential for association activity // J. Mol. Biol. 1979. - Y.130. - P.433-449.
174. Hill, W. E., Rossetti, G. P. & Van Holde, K. E. Physical studies of ribosomes from Escherichia coli // J. Mol. Biol. 1969. - V.44. - P.263-277.
175. Hoagland, M. B., Zamecnik, P. C. & Stephenson, M. L. Intermediate reactions in protein biosynthesis // Biochim. Biophys. Acta. 1957. - V.24. - P.215-216.
176. Hoagland, M. B. & Comly, L. T. Interaction of soluble ribonucleic acid and microsomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1960. -V.46. - P. 1554-1563.
177. Holley, R.W., Everett, G.A., Madison, J.T. & Zamir, A. Nucleotide sequences in the yeast alanine transfer ribonucleic acid // J. Biol. Chem. 1965. - V.240. -P.2122-2128.
178. Holmquist, R., Cantor, C. & Jukes, T. H. Improved procedures for comparing homologous sequences in molecules of proteins and nucleic acids // J. Mol. Biol. — 1972. V.64. -P.145-161.
179. Holmquist, R., Jukes, T. H. & Pangburn, S. Evolution of transfer RNA // J. Mol. Biol. 1973. - V.78. - P.91-116.
180. Holmquist, R. & Jukes, T. H. No evidence for a common evolutionary origin of 5S rRNA and tRNA // Nature New Biology. 1973. - V.245. - P. 127.
181. Hori, H. Evolution of 5S RNA // J. Mol. Evol. 1975. - V.7. - P.75-86.
182. Hori, H. Molecular evolution of 5S RNA // Mol. Gen. Genet. 1976. - V.145. -P.l 19-123.
183. Hori, H., Higo, K. & Osawa, S. The rates of evolution in some ribosomal components // J. Mol. Evol. 1977. - V.9. - P. 191-201.
184. Hori, H. & Osawa, S. Evolutionary change in 5S RNA secondary structure and a phylogenic tree of 54 5S RNA species // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. -V.76. -P.381-385.
185. Hori, H. & Osawa, S. Origin and evolution of organisms as deduced from 5S ribosomal RNA sequences // Mol. Biol. Evol. 1987. - V.4. - P.445-472.
186. Hörne, J. R. & Erdmann, V. A. Isolation and characterization of 5S RNA-protein complexes from Bacillus stearothermophilus and Escherichia coli ribosomes // Mol. Gen. Genet. 1972. - V.l 19. - P.337-344.
187. Hörne, J. R. & Erdmann, V. A. ATPase and GTPase activities associated with a specific 5S RNA-protein complex // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1973. - V.70. -P.2870-2873.
188. Home, J.R. & Erdmann, V.A. Effects of ethanol, methanol and different antibiotics on the ATPase and GTPase activities associated with B. stearothermophilus 5S RNS-protein complex // FEBS Lett. 1974. - V.42. - P.42-45.
189. Huber, P. W. & Wool, I. G. Use of the cytotoxic nuclease a-sarcin to identify the binding site on eukaryotic 5S ribosomal ribonucleic acid for the ribosomal protein L5 //J. Biol. Chem. 1986. - V.261. -P.3002-3005.
190. Hultin, T. & Von Der Decker, A. The transfer of soluble polynucleotides to the ribonucleic acid of rat liver microsomes // Experimental Cell Res. 1959. -V.l6. -P.444-447.
191. Ikemura, T. & Dahlberg, J. E. Small Ribonucleic Acids of Escherichia coli. Characterization by Polyacrylamide gel electrophoresis and fingerprint analysis //J. Biol. Chem. 1973. - V.248. -P.5024-5032.
192. Inoue, H., Nojima, H. & Okayama, H. High efficiency transformation of Escherichia coli with plasmids // Gene. 1990. - V.96. - P.23-28,
193. Inoue-Yokosawa, N., Ishikawa, C. & Kaziro, Y. The role of guanosine triphosphate in translocation reaction catalyzed by elongation factor G // J. Biol. Chem. 1974. - V.249. - P.4321-4323.
194. Ivanov, Y. V., Grajevskaja, R. A. & Saminsky, E. M. On the mechanism of interaction of N-acetylphenylalanyl-tRNAphc with ribosomes of Escherichia coll Effect of antibiotics and ofTpYpCpGp // Eur. J. Biochem. 1981. - V.l 13. -P.457-461.
195. Jaenicke, L. A rapid micromethod for the determination of nitrogen and phosphate in biological material // Anal. Biochem. 1974. - V.61. - P.623-627.
196. Jahn, O., Hartmann, R. K., Boeckh, T. & Erdmann, V. A. Comparative analysis of ribosomal protein L5 sequences from bacteria of the genus Thermus II Biochimie. 1991. - V.73. -P.669-678.
197. Jordan, B. R. Studies on 5S RNA conformation by partial ribonuclease hydrolysis // J. Mol. Biol. 1971. - V.55. - P.423-439.
198. Jordan, B. R., Galling, G. & Jourdan, R. Sequence and conformation of 5S RNA from Chlorella cytoplasmic ribosomes: comparison with other 5S RNA molecules II J. Mol. Biol. 1974. - V.87. -P.205-225.
199. Kaltschmidt, E. & Wittmann, H. G. Ribosomal proteins. VII. Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis for fingerprinting of ribosomal proteins // Anal. Biochem. 1970a. - V.36. - P.401-412.
200. Kaltschmidt, E. & Wittmann, H. G. Ribosomal proteins, XII. Number of proteins in small and large ribosomal subunits of Escherichia coli as determined by two-dimensional gel electrophoresis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1970b.- V.67. — P. 1276-1282.
201. Kaziro, Y.} Inoie, N., Kuriki, Y., Mizumoto, K., Tanaka, M. & Kawakita, M. Purification and properties of factor G // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol.- 1969. — V.34. P.385-393.
202. Kearns, D. R. & Wong, Y. P. Investigation of the secondary structure of Escherichia coli 5 S RNA by high-resolution nuclear magnetic resonance // J. Mol. Biol. 1974. - V.87. - P.755-774.
203. Kenmochi, N., Maeda, N. & Tanaka, T. The primary structure of chicken ribosomal protein L5 // Biochim. Biophys. Acta. 1991. - V.1088. - P.445-447.
204. Kim, J. K. & Wu, R. A rice (Oryza sativa L.) cDNA encodes a protein sequence homologous to the eukaryotic ribosomal 5S RNA-binding protein // Plant Mol. Biol. 1993.-V.23.-P.409-413.
205. Kime, M. J. & Moore, P. B. NMR evidence for the existence of two native conformations of 5S RNA // Nucl. Acids Res. 1982. - V. 10. - P.4973-4983.
206. Kime, M. J. & Moore, P. B. Physical evidence for a domain structure in Escherichia coli 5 S RNA // FEBS Lett. 1983a. - V. 153. - P. 199-203.
207. Kime, M. J. & Moore, P. B. Nuclear Overhauser experiments at 500 MHz on the downfield proton spectrum of a ribonuclease-resistant fragment of 5S ribonucleic acid //Biochemistry. 1983b. -V.22. -P.2615-2622.
208. Kime, M. J. & Moore, P. B. Escherichia coli ribosomal 5S RNA-protein L25 nucleoprotein complex: effect of RNA binding on the protein structure and the nature of the interaction // Biochemistry. 1984. - V.23. - P. 1688-1695.
209. Kimura, M. & Ohta, T. Eukaryotes-prokaryotes divergence estimated by 5S ribosomal RNA sequences // Nat. New Biol. 1973. - V.243. - P. 199-200.
210. Kimura, J. & Kimura, M. The complete amino acid sequences of the 5S rRNA binding proteins L5 and LI8 from the moderate thermophile Bacillus stearothermophilus ribosome // FEBS Lett. 1987. - V.210. - P.85-90.
211. Kirpekar, F., Douthwaite, S. & Roepstorff, P. Mapping posttranscriptional modifications in 5S ribosomal RNA by MALDI mass spectrometry // RNA. — 2000. V.6. - P.296-306.
212. Kischa, K., Möller, W. & Stöffler, G. Reconstitution of a GTPase activity by a 50S ribosomal protein from E. coli II Nat. New Biol. 1971. - V.233. - P.62-63.
213. Kjems, J., Olesen, O. & Garrett, R. A. Comparison of eubacterial and eukaryotic 5S RNA structures: a chemical modification study // Biochemistry. 1985. -V.24.-P.241-250.
214. Kloetzel, P.-M., Whitfield, W. & Sommerville, J. Analysis and reconstruction of an RNP particle which stores 5S RNA and tRNA in amphibian oocytes // Nucl. Acids Res. -1981.- V.9. P.605-621.
215. Kolb, V. A., Makeyev, E. V., Ward, W. W. & Spirin, A. S. Synthesis and maturation of green fluorescent protein in a cell-free translation system // Biotechnol. Lett. 1996. -V. 18. - P. 1447-1452.
216. Kolb, V. A., Makeyev, E. V. & Spirin, A. S. Co-translational folding of an eukaryotic multidomain protein in a prokaryotic translation system // J. Biol. Chem. 2000. - V.275. - P. 16597-16601.
217. Krassnigg, F., Erdmann, V. A. & Fasold, H. The synthesis of a photoreactive puromycin analogue and its application for labeling proteins in the 50S subunit of Escherichia coli ribosomes // Eur. J. Biochem. 1978. - V.87. - P.439-443.
218. Kraulis, P. J. ANSIG: a program for the assignment of protein 'H 2D NMR spectra by interactive graphics // J. Magn. Reson. 1989. - V.24. - P.627-633.
219. Kiintzel, H., Piechulla, B. & Hahn, U. Consensus structure and evolution of 5S rRNA // Nucl. Acids Res. 1983. - V.l 1. - P.893-900.
220. Laemmli, U. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 //Nature. 1970. - V.227. - P.680-685.
221. Lake, J. A. Ribosomal structure determined by electron microscopy of Escherichia coli small subunits, large subunits and monomeric ribosomes // J. Mol. Biol. 1976. - V.105. - P. 131-159.
222. Lake, J. A. & Strycharz, W. A. Ribosomal proteins LI, L17 and L27 from Escherichia coli localized at single sites on the large subunit by immune electron microscopy//J. Mol. Biol. 1981. - V. 153. -P.979-992.
223. Leaver, C. J. & Harmey, M. A. Higher-plant mitochondrial ribosomes contain a 5S ribosomal ribonucleic acid component // Biochem. J. 1976. - V.157. -P.275-277.
224. Lecompte, O., Ripp, R., Thierry, J.C., Moras, D., Poch, O. Comparative analysis of ribosomal proteins in complete genomes: an example of reductive evolution at the domain scale // Nucl. Acids Res. 2002. -V.30. - P.53 82-5390.
225. Lee, J. C. & Ingram, V. M. Reaction of 5S RNA with a radioactive carbodiimide // J. Mol. Biol. 1969. - V.41. - P.431 -441.
226. Lee, J. C., Turgeon, C. L. & Yeh, L.-C. C. The accessibility of yeast ribosomal protein L1 as probed by proteolysis and site-directed mutagenesis is different in intact 60 and 80 S ribosome // J. Biol. Chem. 1996. - V.271. - P.7429-7434.
227. Leer, R. J., vanRaamsdonk-Duin, M. M. C., Mager, W. H. & Planta, R. J. The primary structure of the gene encoding yeast ribosomal protein L16 // FEBS Lett. -1984. V. 175. - P.371 -376.
228. Leontis, N. B. & Moore, P. B. NMR evidence for dynamic secondary structure in helices II and III of the 5S RNA of Escherichia coli II Biochemistry. 1986a.- V.25.-P.3916-3925.
229. Leontis, N. B. & Moore, P. B. Imino proton exchange in the 5S RNA of Escherichia coli and its complex with protein L25 at 490 MHz // Biochemistry.- 1986b. — V.25. — P.5736-5744.
230. Lo, A. C. & Nazar, R. N. Accessibility of the 5S RNA in yeast ribosomes // J. Mol. Biol. 1982. - V.158. - P.559-565.
231. Lorenz, S., Perbandt, M., Lippmann, C., Moore, K., DeLucas, L. J., Betzel, C. & Erdmann, V. A. Crystallization of engineered Thermus flavus 5S rRNA under earth and microgravity conditions // Acta Crystallogr. 2000. - V.56. - P.498-500.
232. Lorenz, S., Betzel, C., Raderschall, E., Dauter, Z., Wilson, K. S. & Erdmann, V. A. Crystallization and preliminary diffraction studies of 5S rRNA from thermophilic bacterium Thermus flavus //J. Mol. Biol. 1991. -V.219. -P.339-402.
233. Lotti, M., Noah, M., Stoffler-Meilicke, M. & Stoffler, G. Localization of L4, L5, L20 and L25 on the ribosomal surface by immune-electron microscopy // Mol. Gen. Genet. 1989. - V.216. - P.245-253.
234. Lu, M. & Steitz, T. A. Structure of Escherichia coli ribosomal protein L25 complexed with a 5S rRNA fragment at 1.8-Ä resolution // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2000. - V.97. - P.2023-2028.
235. Luehrsen, K. R. & Fox, G. E. Secondary structure of eukaryotic cytoplasmic 5S ribosomal RNA // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1981. - V.78. - P.2150-2154.
236. Luoma, G. A. & Marshall, A. G. Lasar raman evidence for a new cloverleaf secondary structure for eukaryotic 5S RNA // J. Mol. Biol. 1978. - V.125. -P.95-105.
237. Lupski, J. R., Roth, J. R. & Weinstock, G. M. Chromosomal duplications in bacteria, fruit flies, and humans // Am. J. Hum. Genet. 1996. - V.58. - P.21-27.
238. Maassen, J. A. & Möller, W. Identification by photo-affmity labeling of the proteins in Escherichia coli ribosomes involved in elongation factor G-dependent GDP binding // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1974. - V.71. - P.1277-1280.
239. Maat, J. & Smith, A. J. H. A method for sequencing restriction fragments with dideoxynucleoside triphosphates // Nucl. Acids Res. 1978. - V.5. - P.4537-4545.
240. MacDonell, M. T. & Colwell, R. R. Nuclease SI analisis of 5S rRNA secondary structure // J. Mol. Evol. 1985. - V.22. - P.237-242.
241. Madison, J. T. Primary structure of RNA // Annu. Rev. Biochem. 1968. -V.37. -P.131-148.
242. Marcot-Queiroz, J., Julien, J., Rosset, R. & Monier, R. Ribonucleic acids of yeast ribosomes//Bull. Soc. Chim. Biol. 1965.-V.47.-P.183-194.
243. Marquardt, O., Roth, H. E., Wystup, G. & Nierhaus, K. H. Binding of Escherichia coli ribosomal proteins to 23 S RNA under reconstitution conditions for the 50S subunit // Nucl. Acids Res. 1979. - V.6. - P.3641-3650.
244. Maxam, A. M. & Gilbert, W. A new method for sequencing DNA // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. - V.74. - P.560-564.
245. McCarthy, B. J., Britten, R. J. & Roberts, R. B. The synthesis of ribosomes in E, coli. III. Synthesis of ribosomal RNA // Biophys. J. 1962. - V.2. - P.57-82.
246. McDougall, J. & Nazar, R. N. Accessibility of phosphodiester bonds in the yeast ribosomal 5S RNA protein complex // FEBS Lett. 1986. - V.209. - P.52-56.
247. McDougall, J. & Nazar, R. N. Evolutionary changes in the higher order structure of the ribosomal 5S RNA//Nucl. Acids Res. 1987. - V.15. -P.161-179.
248. McDougall, J. & Wittmann-Liebold, B. Comparative analysis of the protein components from 5S rRNA-protein complexes of halophilic archaebacteria // Eur. J. Biochem. 1994. - V.221. - P.779-785.
249. McPherson, A. Preparation and analysis of protein crystals. New York: John Wiley and Sons, Inc. 1982.
250. Merryman, C., Moazed, D., McWhirter, J. & Noller, H. F. Nucleotides in 16S rRNA protected by the association of 30S and 50S ribosomal subunits // J. Mol. Biol. 1999a. - V.285. -P.97-105.
251. Merryman, C., Moazed, D., Daubresse, G. & Noller, H. F. Nucleotides in 23S rRNA protected by the association of 30S and 50S ribosomal subunits // J. Mol. Biol. 1999b. - V.285. - P. 107-113.
252. Meselson, M., Nomura, M., Brenner, S., Davern, C. & Schlessinger, D. Conservation of ribosomes during bacterial growth // J. Mol. Biol. 1964. V.9. - P.696-711.
253. Metspalu, E., Ustav, M., Maimets, T. & Villems, R. The composition and properties of the Escherichia coli 5S RNA-protein complex // Eur. J. Biochem. -1982a.-V.121.-P.383-389.
254. Metspalu, E., Ustav, M. & Villems, R. The properties of the tRNA protein complex of the Escherichia coli ribosome. Interaction with tRNA, 5S RNA and 30-S ribosomal subunit // Eur. J. Biochem. 1982b. - V.124. - P.269-273.
255. Metspalu, E., Ustav, M. & Villems, R. 5S RNA-protein complex is involved in ribosomal subunit association//FEBS Lett. 1983. -V. 153. - P. 125-127.
256. Miall, S. H. & Walker, I. O. Structural studies on ribosomes. II. Denaturation and sedimentation of ribosomal sununits unfolded in EDTA // Biochim. Biophys. Acta. 1969.-V. 174.-P.551-560.
257. Michael, W. M. & Dreyfuss, G. Distinct domains in ribosomal protein L5 mediate 5S rRNA binding and nucleolar localization // J. Biol. Chem. — 1996. -V.271. — P. 11571-11574.
258. Miller, J. H. Experiments in molecular genetics. N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor. - 1972.
259. Milligan, J. F. & Uhlenbeck, O. C. Synthesis of small RNAs using T7 RNA polymerase //Methods Enzymol. 1989. - V. 180. -P.51-62.
260. Mirzabekov, A. D. & Griffin, B. E. 5S RNA conformation. Studies of its partial T1 ribonuclease digestion by gel electrophoresis and two-dimensional thin-layer chromatography // J. Mol. Biol. 1972. - V.72. - P.633-643.
261. Mitchell, P., Osswald, M. & Brimacombe, R. Identification of intermolecular RNA cross-links at the subunit interface of the Escherichia coli ribosome // Biochemistry. 1992. - V.31. -P.3004-3011.
262. Miyazaki, M. Studies on the nucleotide sequence of pseudouridine-containing 5S RNA from Saccharomyces cerevisiae II J. Biochem. 1974. -V.75. - P. 1407-1410.
263. Moazed, D., Stern S. & Noller, H.F. Rapid chemical probing of conformation in 16 S ribosomal RNA and 30S ribosomal subunits using primer extension // J. Mol. Biol. 1986. - V.187. -P.399-416.
264. Moazed, D. & Noller, H.F. Interaction of tRNA with 23S rRNA in the ribosomal A, P, and E sites II Cell. 1989. - V.57. - P.585-597.
265. Monier, R., Feunteun, J., Forget, B., Jordan, B., Reynier, M. & Varricchio, F. 5S RNA and the assembly of bacterial ribosomes // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1969. -V.34. - P. 139-148.
266. Monier, P. 5S RNA //. Ribosomes /Nomura, M., Tissieres, A. & Lengyel, P., eds./ New York: Cold Spring Harbor Laboratory. 1974. - P. 141-168.
267. Moore, P. B., Abo, S., Freeborn, B., Gewirth, D. T., Leontis, N. B. & Sun, G. Preparation of 5S RNA-related materials for nuclear magnetic resonance and crystallography studies //Methods Enzymol. 1988. - V.164. -P.158-174.
268. Morell, P. & Marmur, J. Association of 5S ribonucleic acid to 50S ribosomal subunits of Escherichia coli and Bacillus subtilis II Biochemistry. 1968. - V.7. — P.1141-1152.
269. Morikawa, K., Kawakami, M. & Takemura, S. Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of 5S rRNA from Thermus thermophilus HB8 // FEBS Lett. 1982. - V.145. - P.194-196.
270. Morikawa, K., Fujiyoshi, Y., Ishizuka, K., Kawakami, M. & Takemura, S. Various types of 5S rRNA crystals as studied by X-ray diffraction and electron microscopy//Nucleic Acids Symp. Ser. 1984. - V.15. - P.143-146.
271. Mougel, M., Allmang, C., Eyermann, F., Cachia, C., Ehresmann, B. & Ehresmann, C. Minimal 16S rRNA binding site and role of conserved nucleotides in Escherichia coli ribosomal protein S8 recognition // Eur. J. Biochem. 1993. - V.215. -P.787-792.
272. Möller, W. The ribosomal components involved in EF-G- and EF-Tu-dependent GTP hydrolysis // Ribosomes /Nomura, M., Tissieres, A. & Lengyel, P., eds./ • New York: Cold Spring Harbor Laboratory. 1974. - P.711-731.
273. Möller, A., Wild, U., Riesner, D. & Gassen, H. G. Evidence from ultraviolet absorbance measurements for a codon-induced conformational change in lysine tRNA from Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1979. - V.76. -P.3266-3270.
274. Mullins, D. W., Lacey, J. C. & Hearn, R. A. 5S rRNA and tRNA: Evidence for a common evolutionary origin // Nature New Biology. 1973. - V.242. - P.80-82.
275. Nathans, D. & Lipmann, F. Amino acid transfer from aminoacyl-ribonucleic acids to protein on ribosomes of Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1961. — V.47. - P.497-504.
276. Nazar, R. N. & Matheson, A. T. Nucleotide sequence of Thermus aquaticus ribosomal 5S ribonucleic acid//J. Biol. Chem. 1977. - V.252. -P.4256-4261.
277. Nazar, R. N. The ribosomal protein binding site in Saccharomyces cerevisiae ribosomal 5S RNA. A conserved protein binding site in 5S RNA // J. Biol. Chem. 1979. - V.254. - P.7724-7729.
278. Nazar, R. N., Willick, G. E. & Matheson, A. T. The 5S RNA-protein complex from an extreme halophile, Halobacterium cutirubrum. Studies on the RNA-protein interaction//J. Biol. Chem. 1979. - V.254. -P.1506-1512.
279. Nazar, R. N., Yaguchi, M., Willick, G. E., Rollin, C. F. & Roy, C. The 5S RNA binding protein from yeast {Saccharomyces cerevisiae) ribosomes. Evolution1 of the eukaryotic 5S RNA binding protein // Eur. J. Biochem. 1979. - V.102. -P.573-582.
280. Nazar, R. N., Yaguchi, M. & Willick, G. E. The 5S RNA-protein complex from yeast: a model for the evolution and structure of the eukaryotic ribosome // Can. J. Biochem. 1982. - V.60. - P.490-496.
281. Nazar, R. N. & Wildeman, A. G. Three helical domains form a protein binding site in the 5S RNA-protein complex from eukaryotic ribosomes // Nucl. Acids Res. 1983.-V.11.-P.3155-3168.
282. Nendza, R., Digweed, M., Meyer, H. E., Erdmann, V. A. & Mayr, G. W. 5S-rRNA-containing ribonucleoproteins from rabbit muscle and liver. Complex and partial primary structures // Eur. J. Biochem. 1987. - V.169. - P.85-95.
283. Newberry, V., Brosius, J. & Garrett, R. Fragment of protein LI8 from Escherichia coli ribosome that contains the 5 S RNA binding site // Nucl. Acids Res. 1978. - V.5. - P.1753-1766.
284. Newberry, V. & Garrett, R. A. The role of the basic N-terminal region of protein L18 in 5S RNA-23S RNA complex formation // Nucl. Acids Res. 1980. - V.8. -P.4131-4142.
285. Nicholson, A. W. & Cooperman, B. S. Photoaffmity labeling of Escherichia coli ribosomes with an aryl azide analogue of puromycin // FEBS Lett. 1978. -V.90. - P.203-208.
286. Nierhaus, K. H., Bordasch, K. & Homann, H. E. Ribosomal proteins XLIII. In vivo assembly of Escherichia coli ribosomal proteins // J. Mol. Biol. 1973. -V.74. -P.587-597.
287. Nierhaus, K. H. & Dohme, F. Total reconstitution of functionally active 50S ribosomal subunits from Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1974. -V.71.-P.4713-4717.
288. Nierhaus, К. H. & Dohme, F. Total reconstitution of 50S subunits from Escherichia coli ribosomes // Methods Enzymol. 1979. V.59. - P.443-449.
289. Nierhaus, К. H. The assembly of prokaryotic ribosomes // Biochimie. 1991. -V.73. - P.739-755.
290. Nishikawa, K. & Takemura, S. Structure and function of 5S ribosomal ribonucleic acid from Torulopsis unilis II J. Biochem. 1974. - V.76. - P.935-947.
291. Nissen, P., Ippolito, J. A., Ban, N., Moore, P. B. & Steitz, T. A. RNA tertiary interactions in the large ribosomal subunit: The A-minor motif // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. - V.98. - P.4899-4903.
292. Noller, H. F. & Herr, W. Accessibility of 5S RNA in 50S ribosomal subunits // J. Mol. Biol. 1974. - V.90. - P. 181 -184.
293. Nomura, M. & Erdmann, V. A. Reconstitution of 50S ribosomal subunits from dissociated molecular components // Nature. 1970. - V.228. - P.744-748.
294. Nygard, O. & Nilsson, L. The ribosomal binding site for eukaryotic elongation factor EF-2 contains 5S ribosomal RNA // Biochim. Biophys. Acta. 1987. -V.908. - P.46-53.
295. Ogata, K. & Nohara, H. The possible role of the ribonucleic acid (RNA) of the pH 5 enzyme in amino acid activation // Biochim. Biophys. Acta. 1957. -V.25. -P.659-660.
296. Ogata, K., Terao, K. & Uchiumi, T. Stimulation by aminoacyl-tRNA of the GTPase and ATPase activities of rat liver 5S RNA protein particles in the presence of EF-2 // J. Biochem. 1980. - V.87. - P.517-524.
297. Ohkubo, S., Muto, A., Kawauchi, Y., Yamao, F. & Osawa, S. The ribosomal protein gene cluster of Mycoplasma capricolum II Mol. Gen. Genet. 1987. -V.210.-P.314-322.
298. Olson, H. M., Nicholson, A. W., Cooperman, B. S. & Glitz, D. G. Localization of sites of photoaffinity labeling of the large subunit of Escherichia coliribosomes by arylazide derivative of puromycin // J. Biol. Chem. 1985. -V.260. - P.10326-10331.
299. Osawa, S., Otaka, E., Itoh, T. & Fukui, T. Biosynthesis of 50S ribosomal subunit in Escherichia coli H J. Mol. Biol. 1969. - V.40. - P.321-351.
300. Oshima, T. & Imahori, K. Description of Thermus thermophilus (Yoshida and Oshima) comb, nov., a nonsporulating thermophilic bacterium from a Japanese thermal spa II Inter. J. System. Bacteriol. 1974. - V.24. - P. 102-112.
301. Osswald, M., Döring, T. & Brimacombe, R. The ribosomal neighbourhood of the central fold of tRNA: cross-links from position 47 of tRNA located at the A, P or E site // Nucl. Acids Res. 1995. - V.23. - P.4635-4641.
302. Pace, B., Matthews, E. A., Johnson, K. D., Cantor, C. R. & Pace, N. R. Conserved 5S rRNA complement to tRNA is not required for protein synthesis // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1982. - V.79. - P.36-40.
303. Parker, K. K. & Wickstrom, E. Crosslinking of Escherichia coli 50S ribosomal subunits with chlorambucilyl oligoprolyl phenylalanyl-tRNA molecular rules // Nucl. Acids Res. 1983.- V.ll.-P.515-524.
304. Payne, P. J. & Dyer, T. A. Characterization of cytoplasmic and chloroplast 5S ribosomal ribonucleic acid from broad-bean leaves // Biochem. J. 1971. — V.124. - P.83-89.
305. Peacock, A. & Dingman, W. Molecular weight estimation and separation of ribonucleic acid by electrophoresis in agarose-acrylamide composite gels // Biochemistry. 1968. - V.7. - P.668-674.
306. Peattie, D. A., Douthwaite, S., Garrett, R. A. & Noller, H. F. A "bulged" double helix in a RNA-protein contact site // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1981. -V.78. - P.7331-7335.
307. Perbandt, M., Nolte, A., Lorenz, S., Bald, R., Betzel, C., Erdmann, V. A. Crystal ctructure of domain E of Thermus flavus 5S rRNA: a helical RNA structure including a hairpin loop // FEBS Lett. 1998. - V.429. - P.211-215.
308. Petermann, M. L., Hamilton, M. G. & Pavlovec, A. A 5S ribonucleic acid-protein complex extracted from rat liver ribosomes by formamide // Biochemistry. 1972. - V.l 1. - P.2323-2326.
309. Picard, B. & Wegnez, M. Isolation of a 7S particle from Xenopus laevis oocytes: a 5S RNA-protein complex // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. - V.76. -P.241-245.
310. Pieler, T. & Erdmann, V. A. Three-dimentional structural model of eubacterial 5S RNA that has functional implications // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. - V.79; — P.4599-4603.
311. Pieler, T., Digweed, M., Bartsch, M. & Erdmann, V. A. Comparative structural analysis of cytoplasnic and chloroplastic 5S rRNA from spinach // Nucl. Acids Res. 1983.- V.11.-P.591-604.
312. Pieler, T. & Erdmann, V. A. Isolation and characterization of a 7 S RNP particle from matureXenopus laevis oocytes // FEBS Lett. 1983. - V.157. - P.283-283.
313. Pieler, T., Digweed, M. & Erdmann, V. A. RNA structural dynamics: Pre-melting and melting transitions in E. coli 5S rRNA // J. Biomol. Struct. & Dinam. 1985. - V.3. -P.495-514.
314. Pichon, J., Marvaldi, J. & Marchis-Mouren, G. The in vivo order of protein addition in the course of Escherichia coli 30S and 50S subunit biogenesis // J. Mol. Biol. 1975. - V.96. - P.125-137.
315. Pipas, J. M. & McMahon, J. E. Method for predicting RNA secondary structure // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1975. - V.72. - P.2017-2021.
316. Poupon, A. & Mornon, J.-P. Predicting the protein folding nucleus from a sequence // FEBS Lett. 1999. - V.452. - P.283-289.
317. Puglisi, J. D. & Wyatt, J. R. Biochemical and NMR studies of RNA conformation with an emphasis on RNA pseudoknots // Methods Enzymol. -1995. V.261. - P.323-350.
318. Raacke, I. D. 'Cloverleaf conformation for 5S RNAs // Biochem. Biophys. Res. Commun. — 1968. V.31. - P.528-533.
319. Raacke, I. D. A model for protein synthesis involving the intermediate formation of peptidyl-5S RNA //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1971. - V.68. -P.2357-2360.
320. RajBhakdary, U. L. & Chang, S. H. Studies on polynucleotides LXXXII. Yeast phenylalanine transfer ribonucleic acid: partial digestion with ribonuclease T1 and derivation of the total primary structure // J. Biol. Chem. 1968. - V.243. -P.598-608.
321. Ramaley, R. F. & Hixton, J. Isolation of a nonpigmented, thermophilic bacterium similar to Thermus aquaticus II J. Bacteriol. 1970. - V.103, -P.527-528.
322. Reich, P. R, Forget, B. G. & Weissman, S. M. RNA of low molecular weight in KB cells infected with adenovirus type 2 // J. Mol. Biol. 1966. - V.17. - P.428-439.
323. Richards, E. G., Coll, J. A. & Gratzer, W. B. Disc electrophoresis of ribonucleic acid in polyacrylamide gels //Anal. Biochem. 1965. - V.12. -P.452-471.
324. Richter, D., Erdmann, V. A. & Sprinzl, M. Specific recognition of TpvFpCpGp loop (loop IV) of tRNA by ribosomal subunits from E. coli II Nuture New Biology. 1973. - V.246. - P.132-135.
325. Richter, D., Erdmann, V. A. & Sprinzl, M. A new transfer RNA fragment reaction: Tp^pCpGp bound to a ribosome-messenger RNA complex induces the synthesis of guanosine tetra- and pentaphosphates // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1974. — V.71. -P.3226-3229.
326. Romaniuk P. J., deStevenson, I. L., Ehresmann, C., Romby, P. & Ehresmann, B. A comparison of the solution structures and conformational properties of the somatic and oocyte 5S rRNA of Xenopus laevis II Nucl. Acids Res. 1988. -V. 16. — P.2295-2312.
327. Romby, P., Westhof, E., Toukifimpa, R., Mache, R., Ebel, J. P., Ehresmann, C. & Ehresmann, B. Higher order structure of chloroplastic 5S ribosomal RNA from spinach II Biochemistry. 1988. - V.27. - P.4721-4730.
328. Rosendahl, G., Andreasen, P. H. & Kristiansen, K. Structure and evolution of the Tetrahymena thermophila gene encoding ribosomal protein L21 // Gene. -1991. V.98. -P.161-167.
329. Rosset, R. & Monier, R. Apropos of the presence of low molecular weight RNA in the ribosomes of Escherichia coli II Biochim. Biophys. Acta. 1963. - V.68. -P.653-656.
330. Rosset, R., Monier, R. & Julien, J. Escherichia coli ribosomes. Demonstration of a ribosomal RNA of low molecular weight // Bull. Soc. Chim. Biol. 1964. -V.46. -P.87-109.
331. Roth, H. E. & Nierhaus, K. H. Structural and functional studies of ribonucleoprotein fragments isolated from Escherichia coli 50S ribosomal subunits // J. Mol. Biol. 1975. - V.94. - P. 111-121.
332. Röhl, R. & Nierhaus, K. H. Assembly map of the large subunit (50S) of Escherichia coli ribosomes 11 Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1982. - V.79. -P.729-733.
333. Rubin, G. M. Preparation of RNA and Ribosomes from Yeast //. Methods in Cell Biology /Prescott, D. M., ed./ New York, San Francisco, London: Academic Press. 1975.- V.12. - P.45-64.
334. Sambrook, J., Fritsch, E. F. & Maniatis, T. Molecular cloning: A laboratory manual // Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1989.
335. Sander, G., Marsh, R. C., & Parmeggiani, A. Isolation and characterization of two acidic proteins from the 50S subunit required for GTPase activity of both EF G and EF T // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973. - V.47. - P.866-873.
336. Sander, G., Marsh, R. C., Voigt, J. & Parmeggiani, A. A comparative study of the 50S ribosomal subunit and several 50S subparticles in EF-Tu and EF-G-dependent activities // Biochemistry. - 1975. - V.14. - P.1805-1814.
337. Sanger, F., Nicklen, S. & Coulson, A. R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. - V.74. -P.5463-5467.
338. Sankoff, D., Morin, A-M. Cedergren, R. J. The evolution of 5S RNA secondary structures // Can. J. Biochem. 1975. - V.56. - P.440-443.
339. Sarkar, N. & Comb, D. Studies on the attachment and release of 5S ribosomal RNA from the large ribosomal subunit // J. Mol. Biol. 1969. - V.39. - P.31-44.
340. Schaffner, W. & Weissmann, C. A rapid, sensitive, and specific method for the determination of protein in dilute solution // Anal. Biochem. 1973. - V.56. -P.502-514.
341. Schagger, H. & von Jagow, G. Tricine-sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis for the separation of proteins in the range from 1 to 100 kDa // Anal. Biochem. 1987. - V. 166. - P.368-379.
342. Schrier, P. I., Maassen, J. A. & Moller, W. Involvement of 50S ribosomal proteins L6 and L10 in the ribosome dependent GTPase activity of elongation factor G // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973. - V.53. - P.90-98.
343. Schuwirth, B. S., Borovinskaya, M. A., Hau, C. W., Zhang, W., Vila-Sanjurjo, A., Holton, J. M. & Cate, J. H. D. Structures of the bacterial ribosome at 3.5 A resolution // Science. 2005. - V.310. - P.827-834.
344. Schwarz, U., Liirmann, R. & Gassen, H. G. On the mRNA induced conformational change of AA-tRNA exposing the T-VP-C-G sequence for binding to the 50S ribosomal subunit // Biochem. Biophys. Res. Commun. -1974.-V.56.-P.807-814.
345. Schwarz, U., Menzel, H. M. & Gassen, H. G. Codon-dependent rearrangement of the three-dimentional structure of phenylalanine tRNA, exposing the T-^-C
346. G sequence for binding to the 50S ribosomal subunit // Biochemistry. 1976. -V.15. - P.2484-2490.
347. Scripture, J. B. & Huber, P. W. Analysis of the binding of Xenopus ribosomal protein L5 to oocyte 5 S rRNA // J. Biol. Chem. 1995. - V.270. - P.27358-27365.
348. Sedman, J., Maimets, T., Ustav, M. Villems, R. The interaction of 5S RNA and its large fragments with ribosomal proteins // FEBS Lett. 1981. - V. 136. -P.251-254.
349. Selmer, M., Dunham, C.M., Murphy F.V. IV, Weixlbaumer, A., Petry, S., Kelley, A.C., Weir, J.R. & Ramakrishnan, V. Structure of the 70S ribosome complexed with mRNA and tRNA // Science. 2006. - V.313. - P.1935-1942.
350. Sergiev, P., Dokudovskaya, S., Romanova, E., Topin, A., Bogdanov, A., Brimacombe, R., & Dontsova, O. The environment of 5S rRNA in the ribosome: cross-links to the GTPase-associated area of 23S rRNA // Nucl. Acids Res. -1998. V.26. - P.2519-2525.
351. Shakhnovich, E., Abkevich, V. & Ptitsyn, O. Conserved residues and the mechanism of protein folding // Nature. 1996. - V.379. - P.96-98.
352. Shatsky, I. N., Evstafieva, A. G., Bystrova, T. F., Bogdanov, A. A. & Vasiliev, V. D. Topography of RNA in the ribosome: location of the 3'-end of 5S RNA on the central protuberance of the 50S subunit//FEBS Lett. 1980. - V. 121. -P.97-100.
353. Shimizu, N., Hayashi, H. & Miura, K. Functional sites of transfer RNA for the binding to messenger RNA-ribosome complex // J. Biochem. -1970.—V.67.—P.373-387.
354. Shpanchenko, O. V., Zvereva, M. I., Dontsova, O. A., Nierhaus, K. H. & Bogdanov, A. A. 5S rRNA sugar-phosphate backbone protection in complex with specific ribosomal proteins II FEBS Lett. 1996. - V.394. - P.71-75.
355. Siddiqui, M. A. Q. & Hosokawa, K. Role of 5S ribosomal RNA in polypeptide synthesis. II. Dissociation of 5S ribosomal RNA from 50S ribosomes in Escherichia coli II Biochem. Biophys. Res. Commun. 1968. - V.32. - P. 1-8.
356. Siddiqui, M. A. Q. & Hosokawa, K. Role of 5S ribosomal RNA in polypeptide synthesis // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1969. - V.36. - P.711-720.
357. Siegrist, S., Moreau, N. & le Goffic, F. About the specificity of photoinduced affinity labeling of Escherichia coli ribosomes by dihydrorosaramicin, a macrolide related to erythromycin//Eur. J. Biochem. 1985.-V. 153.-P. 131-135.
358. Singhai, R. P. & Shaw, J. K. Prokaryotic and eukaryotic 5S RNAs: primary sequences and proposed secondary structures // Progress in nucleic acid research and molecular biology /Cohn, W. E., ed./ New York: Academic Press. — 1983. -V.28. P.177-209.
359. Smith, K. C. Studies on the amino acid acceptor RNA in washed liver microsomes // Biochemistry. 1962. - V. 1. - P.866-874.
360. Smith, N., Matheson, A. T, Yaguchi, M., Willick, G. E. & Nazar, R. N. The 5S RNA-protein complex from an extreme halophile, Halobacterium cutirubrum. Purification and characterization // Eur. J. Biochem. 1978. - V.89. -P.501-509.
361. Specht, T., Wolters, J. & Erdmann, V. A. Compilation of 5S rRNA and 5S rRNA gene sequences // Nucl. Acids Res. 1991. - V. 19. - P.2189-2191.
362. Speek, M. & Lind, A. Structural analyses of E.coli 5S RNA fragments, their associates and complexes with proteins LI8 and L25 // Nucl. Acids Res. 1982. - V.10. - P.947-965.
363. Spencer, D. F., Bönen, L. & Gray, M. W. Primary sequence of wheat mitochondrial 5S ribosomal ribonucleic acid: functional and evolutionary implications // Biochemistry. 1981. - V.20. - P.4022-4029.
364. Spierer, P. & Zimmermann, R. A. RNA-protein interactions in the ribosome. VIII. Co-operative interactions in the 50S subunit of Escherichia coli II J. Mol. Biol. 1976. - V.103. -P.647-653.
365. Spierer, P., Bogdanov, A. A. & Zimmermann, R. A. Parameters for the interaction of ribosomal proteins L5, LI8 and L25 with 5S RNA from Escherichia coli II Biochemistry. 1978. -W.U.- P.5394-5398.
366. Spierer, P. & Zimmermann, R. A. Stoichiometry, cooperativity, and stability of interactions between 5S RNA and proteins L5, LI8, and L25 from the ribosomal subunit of Escherichia coli II Biochemistry. 1978. - V. 17. - P.2474-2479.
367. Spierer, P., Wang, C.-C., Marsh, T. L. & Zimmermann, R. A. Cooperative interactions among protein and RNA components of the 5OS ribosomal subunit of Escherichia coli //Nucl. Acids Res. 1979. - V.6. - P. 1669-1682.
368. Spirin, A. S., Belitsina, N. V. & Lerman, M. L. Use of formaldehyde fixation for studies of ribonucleoprotein particles by caesium chloride density-gradient centrifugation II J. Mol. Biol. 1965. - V. 14. - P.611-615.
369. Sprinzl, M., Wagner, T., Lorenz, S. & Erdmann, V. A. Regions of tRNA important for binding to the ribosomal A and P sites // Biochemistry. 1976. -V.15. -P.3031-3039.
370. Staehelin, T., Maglott, D. M. & Monro, R. E. On the catalytic center of peptidyl transfer: a part of the 50 S ribosome structure II Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1969. - V.34. - P.39-48.
371. Stahl, D. A., Luehrsent, K. R., Woese, C. R. & Pace, N. R. An unusual 5S rRNA, from Sulfolobus acidocaldarius, and its implications for a general 5S rRNA structure // Nucl. Acids Res. 1981. - V.9. - P.6129-6137.
372. Steitz, J. A., Berg, C., Hendrick, J. E., La Branche-Chabot, H., Metspalu, A., Rinke, J. & Yario, T. A 5S rRNA/L5 complex is a precursor to ribosome assembly in mammalian cells // J. Cell Biology. -1988. V. 106. -P.545-556.
373. Stern S., Moazed, D. & Noller, H.F. Structural analysis of RNA using chemical and enzymatic probing monitored by primer extension // Methods Enzymol. -1988. V.164. -P.481-489.
374. Stöffler-Meilicke, M., Stöffler, G., Odom, O. W., Zinn, A., Kramer, G. & Hardesty, B. Localization of 3' ends of 5S and 23 S rRNAs in reconstituted subunits of Escherichia coli ribosomes // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. — 1981. — V.78. P.5538-5542.
375. Stoldt, M., Wöhnert, J., 0hlenschläger,0., Görlach, M.& Brown, L.R. The NMR structure of the 5S rRNA E-domain-protein L25 complex shows preformed and induced recognition // EMBO J. 1999. - V. 18. - P.6508-6521.
376. Stöffler-Meilicke, M„ Noah, M. & Stöffler, G. Location of eight ribosomal proteins on the surface of the 50S subunit from Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -1983. V.80. - P.6780-6784.
377. Stöffler, G. & Stöffler-Meilicke, M. () Immunoelectron microscopy of ribosomes // Annual review of biophysics and bioengineering /Engelman, D. M., Cantor, C. R., Pollard, T. D. eds/ Palo Alto, California: Annual reviews inc. -1984. V.13. - P.303-330.
378. Strycharz, W. A., Nomura, M. & Lake, J. A. Ribosomal proteins L7/L12 localized a single region of the large subunit by immune electron microscopy // J. Mol. Biol. 1978. - V.126. - P.123-140.
379. Studier, F. W., Rosenberg, A. H., Dunn, J. J. & Dubendorff, J. W. Use of T7 RNA polymerase to direct expression of cloned genes // Methods Enzymol. -1990. V.185. -P.60-89.
380. Szymanski, M., Barciszewska, M. Z., Barciszewski, J. & Erdmann, V. A. 5S ribosomal RNA database Y2K // Nucl. Acids Res. 2000. - V.28. - P. 166-167.
381. Szymanski, M., Barciszewska, M. Z., Erdmann, V. A. & Barciszewski, J. 5S ribosomal RNA database // Nucl. Acids Res. 2002. - V.30. - P. 176-178.
382. Szymkowiak, C. & Wagner, R. Analysis of a sequence region of 5S RNA from E coli cross-linked in situ to the ribosomal protein L25 // Nucl. Acids Res. -1985. V.13. - P.3953-3968.
383. Takanami, M. Transfer of amino acids from soluble ribonucleic acid to ribosome. II Trasfer of soluble ribonucleic acid to ribosome // Biochim. Biophys. Acta. 1962.- V.55.-P.132-138.
384. Tamura, S., Kuwano, Y., Nakayama, T., Tanaka, S., Tanaka, T. & Ogata, K. Molecular cloning and nucleotide sequence of cDNA specific for rat ribosomal protein L5 // Eur. J. Biochem. 1987. - V. 168. - P.83-87.
385. Tang, B. & Nazar, R. N. Structure of the yeast ribosomal 5S RNA-binding protein YL3 // J. Biol. Chem. 1991. - V.266. - P.6120-6123.
386. Terao, K., Takahashi, Y. & Ogata, K. Differences between the protein moieties of active subunits and EDTA-treated subunits of rat liver ribosomes with specific references to a 5S rRNA-protein complex // Biochim. Biophys. Acta. -1975.-V.402.-P.230-237.
387. Trakhanov, S. D., Yusupov, M. M., Agalarov, S. C., Garber, M. B., Ryazantsev, S. N., Tischenko, S. V. & Shirokov, V. A. Crystallization of 70S ribosomes and 30S ribosomal subunits from Thermus thermophilics II FEBS Lett. 1987. -V.220. - P.319-322.
388. Trakhanov, S., Yusupov, M., Shirokov, V., Garber, M. B., Mitschler, A., Ruff, M., Thierry, J.-C. Moras, D. Preliminary X-ray investigation of 70S ribosomes crystals from Thermus thermophilus II J. Mol. Biol. 1989. - V.209. - P.327-328.
389. Traub, P. & Nomura, M. Structure and function of E. coli ribosomes, V. Reconstitution of functionally active 30S ribosomal particles from RNA and proteins // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1968. - V.59. - P.777-784.
390. Traut, R. R., Moore, P. B., Delius, H., Noller, H. & Tissieres, A. Ribosomal proteins of Escherichia coli. Demonstration of different primary structures // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1967.-V.57.-P.1294-1301.
391. Tsay, Y.-F., Shankweiler, G., Lake, J. & Woolford, Jr., J. L. Localization of Saccharomyces cereuisiae ribosomal protein LI6 on the surface of 60 S ribosomal subunits by immunoelectron microscopy // J. Biol. Chem. 1994. -V.269. - P.7579-7586.
392. Tumminia, S. J., Hellmann, W., Wall, J. S. Boublik, M. Visualization of protein-nucleic acid interactions involved in the in vitro assembly Escherichia coli 5OS ribosomal subunit // J. Mol. Biol. 1994. - V.235. - P. 1239-1250.
393. Ustav, M., Villems, R., Saarma, M. & Lind, A. The interaction of transfer ribonucleic acid with 50S ribosomal subunit proteins // FEBS Lett. 1977. -V.83. -P.353-356.
394. Ustav, M., Saarma, M., Lind, A., & Villems, R. The domain for transfer ribonucleic acid binding to the Escherichia coli ribosome // FEBS Lett. 1978. — V.87. - P.315-317.
395. Valdar, W. S. J. & Thornton, J. M. Conservation helps to identify biologically relevant crystal contacts // J. Mol. Biol. 2001. - V.313. - P.399-416.
396. Vandenberghe, A., Wassink, A., Raeymaekers, P., DeBaere; R., Huysmans, E. & DeWachter, R. Nucleotide sequence, secondary structure and evolution of the 5S ribosomal RNA from five bacterial species // Eur. J. Biochem. 1985. -V. 149. - P.537-542.
397. Vasiliev, V. D. & Zalite, O. M. Specific compact selfpacking of the ribosomal 23S RNA // FEBS Lett. 1980. - V.121. -P.101-104.
398. Vigne, R. & Jordan, B. R. Conformational analysis of RNA molecules by partial RNAse digestion and two dimensional acrylamide gel electrophoresis. Application to E. coli 5S RNA // Biochimie. 1971. - V.53. - P.981-986.
399. Vigne, R., Jordan, B. R. & Monier, R. A common conformational feature in several prokaryotic and eukaryotic 5S RNAs: a highly exposed, single-stranded loop around position 40 // J. Mol. Biol. -1973. V.76. - P.303-311.
400. Völker U., Engelmann S., Maul B., Rithdorf S., Völker A., Schmid R., Mach H., Hecker M. Analysis of the induction of general stress proteins of Bacillus subtilis II Microbiology. 1994. - V.140. - P.741-752.
401. Wabl, M. R. Electron microscopic localization of two proteins on the surface of the 50S ribosomal subunit of Escherichia coli using specific antibody markers // J. Mol. Biol. 1974. - V.84. - P.241-247.
402. Wagner, R. & Garrett, R. A. A new RNA-RNA crosslinldng reagent and its application to ribosomal 5S RNA // Nucl. Acids Res. 1978. - V.5. - P.4065-4075.
403. Waller, J.-P. & Harris, J. I. Studies on the composition of the protein from Escherichia coli ribosomes // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -1961.- V.47. P. 18-23.
404. Weber, H. J. Stoichiometric measurements of 30S and 50S ribosomal proteins from Escherichia coli II Mol. Gen. Genet. 1972. - V.l 19. - P.233-248.
405. Weller, D. L., Schechter, Y., Musgrave, D., Rongvie, M. & Horowitz, J. Conformation changes in Escherichia coli ribosomes at low magnesium ion concentration // Biochemistry. 1968. - V.7. - P.3668-3675.
406. Westhof, E., Romby, P., Romaniuk, P. J., Ebel, J-P., Ehresmann, C. & Ehresmann, B. Computer modeling from solution data of spinach chloroplast and of Xenopus laevis somatic and oocyte 5S rRNAs // J. Mol. Biol. 1989. -V.207. -P.417-431.
407. White, S. A., Nilges, M., Huang, A., Brünger, A. T. & Moore, P. B. NMR analysis of helix I from the 5S RNA of Escherichia coli II Biochemistry. 1992. — V.31. — P.1610-1621.
408. Wildeman, A. G. & Nazar, R. N. Structural studies of 5S ribosomal RNAs from a Thermophilic fungus, Thermomyces lanuginosus II J. Biol. Chem. — 1982. — V.257.-P.11395-11404.
409. Willick, G. E., Williams, R. E., Matheson, A. T., & Sendecki, W. Salt stabilization of a 5S RNA-protein complex from an extreme halophile, Halobacterium cutirubrum IIFEBS Lett. 1978. - V.92. -P.187-189.
410. Willick, G. E., Nazar, R. N. & Matheson, A. T. 5S RNA-protein complex from an extreme halophile, Halobacterium cutirubrum. Comparative studies on reconstituted complex // Biochemistry. 1979. - V.18. -P.2855-2859.
411. Willick, G. E., Nazar, R. N. & Van, N. T. Physicochemical studies on the 5S ribonucleic acid-protein complex from a eucaryote, Saccharomyces cerevisiae II Biochemistry. 1980. - V.19. - P.2738-2742.
412. Wimberly, B. T., Brodersen, D. E., demons Jr. W. M., Morgan-Warren, R. J., Carter, A. P., Vonrhein, C., Hartsch, T. & Ramakrishnan, V. Structure of the 30S ribosomal subunit // Nature. 2000. - V.407. - P.327-339.
413. Woese, C. R., Luehrsen, K. R., Pribula, C. D. & Fox, G. E. Sequence characterization of 5S ribosomal RNA from eight gram positive prokaryotes // J. Mol. Evol. 1976. - V.8. - P.143-153.
414. Woese, C. R., Kandler, O. & Wheelis, M. L. Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria and Eucarya // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. - V.87. - P.4576-4579.
415. Wolters, J. & Erdmann, V. A. Compilation of 5S rRNA and 5S rRNA gene sequences //Nucl. Acids Res. 1988. -V. 16. - P. 1-70.
416. Wool, I. G., Chan, Y. L., Gluck, A. & Suzuki, K. The primaiy structure of rat ribosomal proteins P0, PI, and P2 and a proposal for a uniform nomenclature for mammalian and yeast ribosomal proteins //Biochimie. 1991. -V.73. -P.861-870.
417. Wormington, W. M. Developmental expression and 5S rRNA-binding activity of Xenopus laevis ribosomal protein L5 // Mol. Cell. Biol. 1989. V.9. -P.5281-5288.
418. Wrede, P. & Erdmann, V. A. Escherichia coli 5S RNA binding proteins LI8 and L25 interact with 5.8S RNA but not with 5S RNA from yeast ribosomes // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. - V.74. -P.2706-2709.
419. Yaguchi, M., Rollin, C. F. Roy, C. & Nazar, R. N. The 5S RNA binding protein from yeast (Saccharomyces cerevisiae) ribosomes. An RNA binding sequence in the carboxyl-terminal region // Eur. J. Biochem. 1984. - V.139. - P.451-457.
420. Yang, D., Günther, I., Matheson, A. T., Auer, J., Spicker, G. & Böck, A. The structure of the gene for ribosomal protein L5 in the archaebacterium Sulfolobus acidocaldarius II Biochimie. 1991. - V.73. - P.679-682.
421. Yarus, M. & Breeden, L. Mutants of Su+7 tRNA include a functional tRNA with an altered T-^P-C-G sequence // Cell. 1981. - V.25. - P.815-823.
422. Yeh, L.-C. C., Horowitz, P. M. & Lee, J. C. Studies of RNA-protein interactions in the yeast 5S ribonucleoprotein particles by fluorescence and tritium exchange. Implications for ribosomal assembly // J. Biol. Chem. 1988. - V.263. -P.17412-17417.
423. Yeh, L.-C. C. & Lee, J. C. Probing the RNA structure within the yeast 5S RNA-Lla protein complex by fluorescence and enzymatic digestion // J. Biol. Chem. -1988. V.263. - P. 18213-18219.
424. Yeh, L.-C. C. & Lee, J. C. Contributions of multiple basic amino acids in the C-terminal region of yeast ribosomal protein LI to 5S rRNA binding and 60S ribosome stability // J. Mol. Biol. 1995. - V.246. - P.295-307.
425. Yonath, A. E., Missing, J., Tesche, B., Lorenz, S., Erdmann, V. A. & Wittmann, H. G. Crystallization of the large ribosomal subunits from Bacillus stearothermophilus II Biochem. Intern. 1980. - V.l. - P.424-435.
426. Yu, D., Ellis, H. M., Lee, E. C., Jenkins, N. A., Copeland, N. G. & Court, D. L. An efficient recombination system for chromosome engineering in Escherichia coli II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2000. - V.97. - P.5978-5983.
427. Yu, R. S. T. & Wittmann, H. G. The sequence of steps in the attachment of 5S RNA to cores of Escherichia coli ribosomes // Biochim. Biophys. Acta. 1973. - V.324. - P.375-385.
428. Yukioka, M. & Omori, K. Identification of ribosomal proteins with affinity for tRNA molecule by affinity chromatography on tRNA-Sepharose // FEBS Lett. -1977. V.75. - P.217-220.
429. Yusupov, M. M., Yusupova, G. Zh., Baucom, A., Lieberman, K., Earnest, T. N., Cate, J. H. D. & Noller, H. F. Crystal structure of the ribosome at 5.5 Ä resolution // Science. 2001. - V.292. - P.883-896.
430. Zachau, H. G., Acs, G. & Lipmann, F. Isolation of adenosine amino acid esters from a ribonuclease digest of soluble, liver ribonucleic acid // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1958. - V.44. - P.885-889.
431. Zagorska, L., Van Duin, J., Noller, H. F., Pace, B., Johnson, K. D. & Pace, N. R. The conserved 5S rRNA complement to tRNA is not required for translation of natural mRNA // J. Biol. Chem. 1984. - V.259. - P.2798-2802.
432. Zehavi-Willner, T & Comb, D. G. Studies on the relationship between transfer RNA and transfer-like RNA // J. Mol. Biol. 1966. - V.16. - P.250-254.
433. Zhang, P. & Moore, P. B. An NMR study of the helix V-loop E region of the 5S RNA from Escherichia coli II Biochemistry. 1989. - V.28. - P.4607-4622.
434. Zhang, P., Popieniek, P. & Moore, P. B. Physical studies of 5S RNA variants at position 66 // Nucl. Acids Res. 1989. - V.17. -P.8645-8656.
435. Zhang, P., Rycyna, R. & Moore, P. B. A study of the conformation of 5S RNA by 31P NMR// Nucl. Acids Res. 1989. - V.17. - P.7295-7302.
436. Zimmermann, J. & Erdmann, V. A. Identification of Escherichia coli and Bacillus stearothermophilus ribosomal protein binding sites on Escherichia coli 5S RNA // Mol. Gen. Genet. 1978. - V.160. - P.247-257.
437. Zimmermann, J. & Erdmann, V. A. Binding sites of E. coli and B. stearothermophilus ribosomal proteins on B. stearothermophilus 5S RNA // Nucl. Acids Res. 1978. - V.5. - P.2267-2288.
438. Zuckerkandl, E. & Pauling, L. Molecules as documents of evolutionary history // J. Theor. Biol. 1965. - V.8. - P.357-366.
439. Zuker, M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction // Nucl. Acids Res. 2003. - V.31. - P.3406-3415.
440. ОСНОВНЫЕ ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
441. Статьи и обзоры в научных журналах, рекомендованных ВАК РФ
442. Korobeinikova, A.V., Shestakov, S.A., Korepanov, A.P., Garber, M.B., Gongadze G.M. Protein CTC from Aquifex aeolicus possesses a full-sized 5S rRNA-binding domain // Biochimie. 2009. - V.91. - P.453-456.
443. Гонгадзе, Г.М., Корепанов, А.П., Коробейникова, A.B., Гарбер, М.Б. Бактериальные 5S рРНК-связывающие белки семейства СТС // Успехи Биолог. Химии. 2008. - Т.48. - С. 105-132.
444. Коробейникова, A.B., Гонгадзе, Г.М., Корепанов, А.П., Елисеев, Б.Д., Баженова, М.В., Гарбер М.Б. 5S рРНК-узнающий модуль белков семейства СТС и его эволюция // Биохимия. 2008. - Т.73. - С.193-201.
445. Korepanov, А.Р., Gongadze, G.M., Garber, М.В., Court, D.L., Bubunenko, M.G. Importance of the 5S rRNA-binding ribosomal proteins for cell viability and translation in Escherichia coli II J. Mol. Biol. 2007. - V.366. - P. 11991208.
446. Gongadze, G.M., Korepanov, A.P., Stolboushkina, E.A., Zelinskaya, N.V., Korobeinikova, A.V., Ruzanov, M.V., Eliseev, B.D., Nikonov, Ö.S., Nikonov, S.V. and Garber, M.B., Lim, V.l. The crucial role of conserved intermolecular
447. H-bonds inaccessible to the solvent in formation and stabilization of the TL5-5S rRNA complex // J. Biol. Chem. 2005. - V.280 - P. 16151 -16156.
448. Корепанов, А.П., Гонгадзе, Г.М., Гарбер, М.Б. Основной стрессовый белок СТС Bacillus subtilis специфически связывается с рибосомной 5 S РНК // Биохимия. 2004. - Т.69. - С.749-754.
449. Garber, M., Gongadze, G., Meshcheryakov, V., Nikonov, О., Nikulin, A., Perederina, A., Piendl, W., Serganov, A, Tishchenko, S. Crystallization of RNA/protein complexes // Acta Crystallographica Section D. 2002. - V.58. -P. 1664-1669.
450. Woestenenk, E.A., Gongadze, G.M., Shcherbakov, D.V., Rak, A.V., Garber, M.B., Hard, T. and Berglund, H. The solution structure of ribosomal protein LI8 Thermus thermophilus reveals a conserved RNA-binding fold // Biochem. J. — 2002. V.363. - P.553-561.
451. Мещеряков, В.А., Грязнова, О.И., Давыдова, H.JT., Мудрик, Е.С., Передерина, А.А., Василенко, К.С., Гонгадзе, Г.М., Гарбер. М.Б. РНК-связывающие свойства необычного рибосомного белка TL5 из Thermus thermophilus II Биохимия. 1997. - Т.62. - С.629-634.
452. Gryaznova, O.I., Davydova, N.L., Gongadze, G.M., Jonsson, B.-H., Garber, M.B. & Liljas, A. A ribosomal protein from Thermus thermophilus is homologous to a general shock protein // Biochimie. 1996. - V.78. - P.915-919.
453. Gongadze, G., Kashparov, I., Lorenz, S., Shroeder, W., Erdmann, V.A., Liljas, A. & Garber, M. 5S rRNA binding ribosomal proteins from Thermus thermophilus: identification and some structural properties // FEBS Lett. 1996.- V.386.-P.260-262.
454. Gongadze, G.M., Tishchenko, S.V., Sedelnikova, S.E.& Garber, M.B. Ribosomal proteins, TL4 and TL5, from Thermus thermophilus form hybrid complexes with 5S ribosomal RNA from different microorganisms // FEBS Lett.- 1993. — V.330. P.46-48.
455. Статьи в сборниках и избранные тезисы конференций
456. Korepanov, A.P., Gongadze, G.M., Bazhenova, M.V., Garber, M.B., Court, D.L., Bubunenko, M.G. Role of 5S rRNA-binding ribosomal protein L25 of
457. Escherichia coli in cell viability and translation // Abstracts of the International Engelgardt conference on molecular biology, august 19-24. 2006. - Buran, Russia. - P.68.
458. Искренне благодарен Станиславу Владимировичу Никонову и сотрудникам его группы, Наталье Невской, Наталье Фоменковой, Роману Федорову и Алексею Никулину, за успешное и приятное сотрудничество в определении структур белков и РНК-белковых комплексов.
459. Благодарю Михаила Бубуненко за приятное и продуктивное сотрудничество. Выражаю большое спасибо Андерсу Лильясу, Торлейфу Харду и Волкеру Эрдману, а также сотрудникам их научных групп, за плодотворное сотрудничество в данной работе.
460. Отдельное спасибо Олегу Никонову за помощь в оформлении работы, а Наталье Леоновой за помощь во всем.
461. Всех сотрудников лаборатории структурных исследований аппарата трансляции благодарю за помощь, участие, ценные советы и просто приятную атмосферу в коллективе.
462. Спасибо сотрудникам Института белка за помощь при выполнении работы. Отдельное спасибо моим родным и близким за величайшее терпение, участие в моих делах, за теплоту и понимание.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.