Анализ белков человека, контролирующих транскрипцию ретропозонов Alu-семейства тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.25, кандидат биологических наук Кропотов, Андрей Владимирович

• Кропотов, Андрей Владимирович
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кропотов, Андрей Владимирович

ОГЛАВЛЕНИЕ

I. ВВЕДЕНИЕ

II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

§1 Структура и функции ретропозонов Alu-семейства

§2 Регуляция транскрипции генов 3-го класса

§3 Регуляция транскрипции Alu-повторов

III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

§1. Линии клеток, использованные в работе

§2. Получение ядерной и цитоплазматической фракций

культивируемых клеток

§3. Мечение проб для гель-шифт экспериментов

§4. Гель-шифт эксперименты

§5. Определение равновесной константы ДНК-связывания

для комплексов С2 и СВ

§6. Транскрипция in vitro

§7. Отбор DB31 клона из экспрессионной клонотеки HeLa в

векторе A,gt11

§8. Секвенирование ДНК

§9. Экспрессия рекомбинантного белка ACR1 (rACR1)

в E.coli

§10. Получение и очистка антител на ACR1

§11. Электрофорез и иммуноблоттинг

§12. Иммунофлуоресцентное окрашивание клеток

§13. Определение пероксидазной активности ACR1

IV. РЕЗУЛЬТАТЫ

Часть1. Анализ взаимодействия ядерных белков

человека с промотором ретропозонов А1и-семейства

§1 Участок А1и-повторов, покрывающий В-бокси последовательность, расположенную в З'-направлении от него (ВОВ-регион), взаимодействует с несколькими

ядерными белками сиквенс-специфическим образом

§2 Белок, формирующий комплекс СЗ, с большей аффинностью связывается с олигонуклеотидами, представляющими ВОВ-регионы наименее

транскрипционно-активных подсемейств А1и-ретропозонов

§3 Один из комплексов (комплекс С2), между человеческими ядерными белками и А1и-ВРВ-пробами, формируется В-бокс

связывающим белком

§4 Формирование некоторых из гель-шифт комплексов, между ядерными белками человека и промотором А1и-повторов, подавляется в клетках, инфицированных аденовирусом или

экспрессирующих аденовирусный Е1 А-ген

§5 Комплекс С2 формируется белком, отличным от ТР1НС2

§6 Белок, формирующий гель-шифт комплекс С2 с А1и-ВРВ-олигонуклеотидом, взаимодействует с В-боксом аденовирусного

\/А1-гена с той же афинностью, что и с В-боксом А1и-повторов

§7 Белки НМС1/2 взаимодействует с ВОВ-регионом

А1и-повторов

§8 Формирование одного из комплексов (СЗ), образуемых ядерными белками человека с А1и-ВОВ-последовательностью,

стимулируется при добавлении экзогенных белков НМС1/2

§9 Последовательность, расположенная правее В-бокса промотора А1и-повторов (РВ-регион), связывается с

негативными факторами РПЗ-зависимой транскрипции, а последовательность, расположенная левее (UB-регион) с

позитивными факторами

Часть 2. Клонирование и исследование свойств вероятного

репрессора РПЗ-зависимой транскрипции Alu-повторов

§1 Отбор и секвенирование кДНК-клона , кодирующего белок,

который связывается с DB-регионом Alu-повторов

§2 Компьютерный анализ белковой последовательности

§3 Экспрессия ACR1 в E.coli и его очистка

§4 rACR1 связывается с BDB-регионом Alu-повторов in vitro

§5 rACR1 имеет пероксидазную активность

§6 Определение клеточной локализации ACR1

§7 Рекомбинантный ACR1 специфически репрессирует РПЗ-зависимую транскрипцию Alu-повторов in vitro

V. ОБСУЖДЕНИЕ И ВЫВОДЫ

VI. СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ.

АТФ - аденозин-5'-трифосфат

БДУ - 5-бром-2'-дезоксиуридин

БР - блокирующий реагент

БУ - 5-бромуридин

ГТФ - гуанозин-5'-трифосфат

ГЦ - гуанин+цитозин

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

дАТФ - 2'-дезоксиаденозин-5'-трифосфат

дГТФ - 2'-дезоксигуанозин-5'-трифосфат

дТ - 2-дезокситимидин

дТТФ - 2'-дезокситимидин-5'-трифосфат

дУТФ - 2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат

KT - комнатная температура

м.п.н. - миллион пар нуклеотидов

(отт)ДНК - ДНК тимуса теленка, обработанная ультразвуком

РП1 - РНК полимераза I

РП2 - РНК полимераза II

РПЗ - РНК полимераза III

рРНК - рибосомная РНК

п.н. - пара нуклеотидов

т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов

УТФ - уридин-5'-трифосфат

ФИТЦ - флуоресцеинизотиоцианат

ФСКРС - фетальная сыворотка крупного рогатого скота

ЭДТА - ethylene diamine tetraacetic acid disodium salt (этилендиаминтетраацетат) ABP - Alu- связывающий белок

ADPRT - poly(ADP-ribosyl) transferase (поли(АДФ-рибозил) трансфераза)

Alu - Alu-повтор

BDB - BDB-регион Alu-повторов

BSA - бычий сывороточный альбумин.

CP - нерастворимая цитоплазматическая фракция клеток

CS - консервативное подсемейство Alu-повторов.

CyS - раствримая цитоплазматическая фракция клеток

DB - DB-регион Alu-повторов

DE - Переферический элемент (Distal Element) промотора Alu-повторов DSE - Переферический элемент(0181а1 Sequence Element) промотора DTT - дитиотрейтол

ЕЕ - энхансерный элемент промотора Alu-повторов

EGTA - ethylene glycol tetraacetic acid (этиленгликольчетырехуксусная кислота)

GR3 - глютаредоксин

HAT - гистон-ацетилтрансфераза

HMG - High Mobility Group proteins (группа гистоновых белков, обладающих высокой подвижностью)

HS - подсемейство Alu-повторов, специфическое для людей (human-specific

subfamily of Alu-repeats)

IgG - иммуноглобулин G

IPTG тио-р-й-галактозид

LTR - длинные концевые повторы

MS - основное (Major) подсемейство Alu-повторов

NP - нерастворимая ядерная фракция клеток после экстракции 0.5М NaCI

NS - ядерный экстракт клеток

[32Р]-ДТТФ - ДТТФ, конъюгированный с [32Р]

PBS - phosphate buffered saline (фосфатно-солевой буфер)

PMSF - фенилметилсульфонилфторид

PSE - проксимальный элемент последовательности (Proximal Sequence Element)

PTF - транскрипционный фактор, связывающийся с PSE (Proximal Sequence Element-Binding Transcriptional Factor.) RT - обратная транскриптаза

SDS - додецилсульфат натрия (sodium dodecylsulfate)

SRP - сигнал распознающая частица (signal responsible particle)

TAFs - белковые факторы, связанные с ТВР

ТВЕ - трис-боратный буфер

ТВР - ТАТА-Бокс-связывающий белок

TDF - translation depended factor (фактор, зависящий от трансляции)

TFIIIA - транскрипционный фактор III А

TFIIIB - транскрипционный фактор III В

TFIIIC - транскрипционный фактор III С

TFIIIC1 - транскрипционный фактор III

TFIIIC2 - транскрипционный фактор II!

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анализ белков человека, контролирующих транскрипцию ретропозонов Alu-семейства»

ВВЕДЕНИЕ

Мобильные генетические элементы человека в основном представлены ретротранспозонами двух семейств -Ни Alu, которые занимают около 10% ядерного генома. Кроме последовательности нуклеотидов эти элементы различаются длиной, а также наличием в длинных L1 элементах двух открытых рамок считывания, одна из которых кодирует белок, обладающий активностями обратной транскриптазы и эндонуклеазы [Feng et al., 1996]. Этот белок расщепляет ДНК по тимин-богатым участкам и катализирует обратную транскрипцию L1 и Alu РНК, начинающуюся с полиаденилатного блока, обеспечивая встраивание ДНК-копий этих элементов в хромосому [Luán et al. 1993; Boeke, 1997]. Было показано, что вставки L1- или Alu-ретропозонов в экзоны генов приводят к возникновению наследственных заболеваний [Labuda et al., 1995]. Поэтому должны существовать клеточные механизмы, контролирующие процесс амплификации указанных элементов. Однако механизм этого контроля неизвестен.

Что касается Alu, то контроль, по-видимому, осуществляется на стадии их транскрипции РНК полимеразой III (РПЗ), поскольку число соответствующих транскриптов в клетках человека очень мало [Poulson et al., 1986; Liu et al., 1994]. Тем не менее, Alu хорошо транскрибируются РПЗ in vitro [Perez-Stable et al., 1984; Perez-Stable, Shen, 1986], что указывает на существование эффективного механизма подавления этих элементов in vivo.

РНК полимераза III транскрибирует ряд коротких генов, кодирующих РНК, и в частности гены тРНК, которые имеют внутренний промотор, составленный из консервативных А- и В-боксов [Fowlkes and Shenk, 1980; Sharp et al., 1981]. За последнее время были идентифицированы позитивные базальные факторы транскрипции млекопитающих, такие как TFIIIC2, TFIIIC1 и TFIIIB [Dean and Berk, 1988], контролирующие эту транскрипцию. Недавно была изолирована и описана форма РПЗ, связанная с этими

базальными факторами (РПЗ-голофермент) [Wang et al., 1997]. Однако не так много известно о регуляции РПЗ-зависимой транскрипции in vivo. Было идентифицировано много дополнительных транскрипционных факторов, которые взаимодействуют с базальными комплексами и могут стимулировать или репрессировать РП2-зависимую транскрипцию. Вероятно, сходные небазальные факторы могут участвовать в регуляции РПЗ-зависимой транскрипции. Известно, что транскрипция некоторых генов III класса специфически стимулируется в клетках, экспрессирующих аденовирусный Е1А белок [Hoefler and Roeder, 1985; Berger and Folk, 1985; Yoshinaga et al., 1986; Hoefler et al., 1988]. Некоторые транскрипционные факторы для РП2 могут репрессировать РПЗ-зависимую транскрипцию, например, ТВР-связывающий репрессор Dr1 [White et al., 1994], белок ретинобластомы [White et al., 1996; Chu et al., 1997] и p53 [Chesnokov et al., 1996]. Однако до настоящего времени не было идентифицировано активатора или репрессора, специфически регулирующего РПЗ-зависимую транскрипцию.

В частности остается неясным почему человеческие ретропозоны Alu семейства, транскрибируемые in vitro РПЗ на уровне тРНК-генов [Perez-Stable et al., 1984], неактивны в соматических клетках in vivo [Poulson and Schmid, 1986; Liu et al., 1994]. Например, 4 копии 7SL RNA гена, также транскрибируемого РПЗ, производят около 1млн. транскриптов на клетку HeLa, а 1млн. Alu - около 100 [Liu et al., 1994]. Таким образом Alu-повторы транскрибируются на 8-9 порядков хуже чем 7SL или тРНК ген в пересчете на одну копию.

Существует две основных гипотезы, объясняющих транскрипционную неактивность Alu повторов:

Первая заключается в том, что большинство Alu-повторов являются псевдогенами, имеют вырожденый промотор и поэтому не транскрибируются [Shen et al., 1991]. Транскрипционно-активными являются только "мастер" Alu-последовательности, которые содержат внешние элементы промотора [Chesnokov and Schmid, 1995].

Вторая основывается на предположении о существовании эффективных клеточных механизмов репрессии Транскрипции Alu-повторов [Tomilin and Bozhkov, 1989; Tomilin et al., 1990]. Первая гипотеза по-видимому не верна, так как высокая транскрипционная активность Alu-элементов in vitro может быть супрессирована специфическими мутациями промотора Alu-повторов [Perez-Stable et al., 1984] и, следовательно, не является артефактом. Анализ геномных копий Alu-повторов показал, что значительное число Alu-элементов имеют промоторы, последовательность которых совпадает с консенсусной последовательностью промотора для Alu-элементов, транскрибируемых in vivo. Кроме того, все РПЗ-зависимые транскрипты Alu, выделенные из соматических клеток имеют слегка различные последовательности [Liu et al., 1994; Sinnet et al., 1992; Maraia et al., 1993]. Следовательно большое число геномных копий Alu-повторов транскрибируется in vivo примерно с одинаковой, очень низкой, эффективностью. Эти наблюдения указывают, что по крайней мере в соматических клетках, транскрипционно-активными являются не только "мастер" Alu-последовательности, которые содержат внешние элементы промотора.

Таким образом, транскрипция Alu повторов в соматических клетках in vivo, по-видимому, сильно репрессирована. Было предложено несколько гипотез, объясняющих возможные механизмы репрессии Alu in vivo: существование Alu-специфичного репрессора транскрипции [Tomilin and Bozhkov, 1989; Tomilin et al., 1990; Humphrey et al., 1996]; метилирование Alu-ДНК в соматических клетках [Liu et al., 1994; Schmid, 1991; Liu and Schmid, 1993; Kochanek et al., 1993; Kochanek et al., 1995]; Alu-специфическое расположение нуклеосом, приводящее к инактивации промотора [Englander et al., 1993; Englander and Howard, 1995]. Предложенные механизмы не являются альтернативными и, вероятно, работают кооперативно. Однако любой из этих механизмов должен объяснять тот факт, что транскрипция Alu стимулируется в клетках, инфицированных аденовирусом V-ro типа [Panning

and Smiley, 1993; Panning and Smiley 1995]. Недавно было показано, что основное число транскрипционно-компетентных Alu-повторов в ядрах клеток HeLa маскированы от факторов транскрипции 3-го класса, и что индукция экспрессии Alu-элементов при инфекции клеток аденовирусом в основном связана с увеличением их доступности для взаимодействия с базальными транскрипционными факторами [Russanova et al., 1995]. Эти наблюдения согласуются с предположением о том, что аденовирусная инфекция инактивирует Alu-специфичный репрессорный комплекс, блокирующий промотор Alu-элементов.

Внутренний промотор для транскрипции Alu-повтров РПЗ in vitro, как и промотор генов тРНК, состоит из двух ключевых элементов - А и В боксов [Perez-Stable et al., 1984]. Сборка активного транскрипционного комплекса на подобных промоторах начинается со связывания базального транскрипционного фактора TFIIIC2 с В-боксом промотора. Затем с промотором связываются TFIIIC1 и TFIIIB [Boulander et al., 1987; Dean and Berk, 1988]. Были идентифицированы 2 формы TFIIIC2 млекопитающих: транскрипционно-активная TFIIIC2a и транскрипционно неактивная TFIIIC2b [Hoefler et al., 1988; Clark and Dasgupta, 1990; Sinn et al., 1995]. Они имеют идентичные В-бокс-связывающие свойства, но различаются составом субъединиц и степенью фосфорилирования. TFIIIC2a и b содержат несколько субъединиц, одна из которых (массой 220кД) является В-бокс-связывающей [L'Etoile et al., 1994; Lagna et al., 1994]. Однако были сообщения и о других В-связывающих полипептидах, которые имеют массу 55 и 120кД и очищаются вместе с TFIIIC [Cromlish and Roeder, 1989; Waldschmidt et al., 1990].

Кроме того было идентифицировано несколько белков, взаимодействующие с различными участками Alu-повторов [Perelygina et al., 1987; Tomilin and Bozhkov, 1989; Tomilin et al., 1990; Chesnokov et al., 1991; Tomilin et al., 1992; Humphrey et al., 1996]. Один из этих белков (АВР) связывается с консервативной ГЦ-богатой последовательностью, расположенной между А- и В-боксами промотора Alu-повторов [Tomilin and

Bozhkov, 1989; Tomilin et al., 1990; Chesnokov et al., 1991], другой - с последовательностью, расположенной левее В-бокса промотора [Humphrey et al., 1996]. Еще несколько белков взаимодействуют с участком Alu-повторов, прокрывающим В-бокс промотора, и последовательность, расположенную правее, который содержит несколько диагностических различий между МС и PV подсемействами Alu-элементов [Tomilin et al., 1992]. Предположительно эти белки могут участвовать в репрессии транскрипции Alu-повторов, однако прямых доказательств, поддерживающих это предположение, получено не было.

Основной целью данного исследования было получение доказательств в пользу ранее выдвинутой гипотезы о существовании специфического репрессора РПЗ-зависимой транскрипции Alu-повторов in vivo. Предполагалось, что этот комплекс должен интерферировать со связыванием базального фактора TFIIIC2 с В-боксом промотора. В работе были поставлены следующие конкретные задачи:

1. В Alu последовательности идентифицировать участок промотора, связывающий репрессорный комплекс для РПЗ.

2. Используя этот участок в качестве пробы на ДНК связывающий белок, из экспрессионной клонотеки клеток HeLa выделить и секвенировать клон кДНК, кодирующий потенциальный репрессор Alu транскрипции.

3. Экспрессировать указанный клон кДНК в E.coli, очистить рекомбинантный белок и исследовать его репрессорную активность в системе Alu транскрипции in vitro.

Заключение диссертации по теме «Гистология, цитология, клеточная биология», Кропотов, Андрей Владимирович

ВЫВОДЫ

1.Получены доказательства образования на РПЗ-промоторе Alu-ретропозонов стабильного сиквенс-специфического комплекса, формирование которого подавляется при инфекции клеток аденовирусом V-ro типа или в клетках, экспрессирующих аденовирусный Е1 А-ген;

2.Показано, что внутри указанного промотора имеются участки связывания как позитивных, так и негативных факторов РПЗ-транскрипции in vitro;

3.С помощью олигонуклеотида, гомологичного сайту связывания негативных транскрипционных факторов, отобран и секвенирован кДНК-клон, кодирующий ранее неидентифицированный ДНК-связывающий белок, принадлежащий к семейству пероксиредоксинов;

4.Полноразмерная ДНК этого клона экспрессирована в клетках E.coli, рекомбинантный белок (названный нами ACR1) очищен, и на него получены специфические антитела; б.Показано, что ACR1 обладает пероксидазной активностью, специфически подавляет РПЗ зависимую транскрипцию Alu in vitro, и в клетках человека локализуется как в клеточном ядре, так и в цитоплазматических пероксисомах;

Таким образом, впервые идентифицирован возможный репрессор транскрипции основного семейства человеческих ретропозонов, делающий их неактивными in vivo.

Я выражаю благодарность проф. К. Шмиду (С. Schmid) за предоставленные олигонуклеотиды и плазмиду pAluAT, проф. Р Редеру (R. Roeder) за антитела к рекомбинантному TFIIICa, проф. А. Лассару (А. Lassar) за плазмиду, содержащую ген мет-тРНК, проф. В.А. Иванова за проведенную им иммунизацию кролика, проф. Шао Ли Оеи (Shiao Li Oei) за помощь в проведении ряда экспериментов, к.б.н. В.И. Казакову за синтез некоторых олигонуклеотидов.

Кроме того, мне хотелось бы поблагодарить всех сотрудников Лаборатории стабильности хромосом и клеточной инженерии, а особенно М.П. Светлову, Р.И. Крутилину, Л.В. Соловьеву, В. Бабича и В.И. Казакова за содействие при выполнении экспериментов.

Я хочу отдельно поблагодарить М.П. Светлову за помощь в работе с культурами клеток, Л.В. Соловьеву за помощь в иммунофлуорисцентном окрашивании клеток, а также В.И. Казакова и Л.В. Соловьеву за помощь в подготовке этой работы.

Особую признательность и благодарность я хочу выразить своему руководителю проф. Н.В. Томилину за внимательное руководство работой, постоянную поддержку и помощь в получении результатов.

Я также хочу поблагодарить д.б.н. И.М. Константинову и д.б.н. А.П. Перевозчикова за полезное обсуждение результатов.

Работа выполнена при частичной финансовой поддержке совместных грантов DFG (Deutsche Forschungs Gemeinschaft) (436 RUS 113/126/1) и Российского Фонда Фундаментальных Исследований (96-04-000416 и 98-0449665).

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кропотов, Андрей Владимирович, 1999 год

СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1.Allison D.S., Goh S.H., and Hall B.D. The promoter sequence of a yeast tRNAtyr gene. Cell 1983, vol.34, pp.655-665.

2. Baker R.E., Gabrielsen O., and Hall B.D. J.Biol.Chem. 1986, vol.261, pp.52755282.

3. Bandyopadhyay, S., Starke, D.W., Mieyal, J.J. & Gronostajski, R.M. Thioltransferase (glutaredoxin) reactivates the DNA-binding activity of oxidation-inactivated nuclear factor I, J. Biol. Chem. 1998, vol.273, pp.392-397.

4. Bannister A.J., and Kouzarides T. The СВР coactivator is a histon acetyltransferase. Nature 1996, vol.384, pp.641-643.

5. Batzer, M.A., and Deininger, P.L. A human-specific subfamily of Aly sequences. Genomics 1991, vol.9, pp.481-487.

6. Beato, M. And Eisfeld, K. Transcription factor access to chromatin. Nucleic Acids Res. 1997, vol.25, pp. 3559-3563.

7. Berger, S.L. & Folk, W.R. Differential activation of RNA polymerase Ill-transcribed genes by the polyomavirus enhancer and the adenovirus E1A gene products, Nucleic Acids Res. 1985, vol.13, pp.1413-1428.

8. Bhat, R.A., Metz, В., and Thimmappaya, B. Organization of the non-contiguous promoter components of adenovirus VA1 RNA gene is strikingly similar to that of uekaryotic tRNA genes. Mol. Cell. Biol. 1983, vol.3, pp.1996-2005.

9. Bianchi, M.E. and Beltrame M. Protein complexes 98. Flexing DNA: HMG-box proteins and their partners. Am.J.Hum.Genet. 1998, vol.63., pp.1573-1577.

Ю.Воеке, J.D. LINEs and Alus - The poly A connection. Nature Genet. 1997, vol.16, pp.6-7.

H.Bogenhangen, D.F. and Broun, D.D., Nucleotid sequences in Xenopus 5S DNA required for transcription termination. Cell 1981, vol.24, pp.261-270.

12.Bogenhangen, D.F., Wormington, W.M., and Drown, D.D. Stable transcription complex of Xenopus 5S RNA genes: a means to maintain the differentiated state. Cell 1982, vol.28, pp.413-421.

Bolshoi A., McNamara P., Harrington R.E., and Trifonov E.N. Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1991, vol.88, pp.2312-2316.

13.Boonyaratanakornkit V., Melvib V., Prendergast P., Altmann M., Ronfani L., Biznchi M.E., Tarasaviciene A. Et al. High-mobility group chromatin proteins 1 and 2 functionally interact with steroid hormone receptors to enhance their DNA binding in vitro and transcriptional activity in mammalian cells. Mol.Cell.Biol. 1998, vol.18, 4471-4487.

14.Boulanger, P.A., Yoshinaga,S.K., and Berk, A.J. DNA-binding propeties and characterization of human transcription factor TFIIIC2. J.Biol.Chem. 1987, vol.262, pp. 15098-15105.

15.Bouvet P., Dimitrov S., Wolffe A.P. Specific regulation of Xenopus ribomosomal 5S RNA gene transcription in vivo by histone H1. Genes Dev. 1994, vol.8, pp.1147-1159.

16.Boyes J., and Bird A. Cell 1991, vol.64, pp.1123-1134.

17.Britten, R.J., Baron, W.F., Stout, D., and Davidson, E.H. Sources and evolution of human Alu repeated sequences. Proc.Natl.Acad.Sci. USA. 1988, vol.85, pp.4770-4774.

18.Britten, R.J. Evolutionary selection against change in many Alu repeat sequences interspersed through primate genomes. Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1994, vol.91, pp.5992-5996.

19.Brownell J.E., Zhou J., Ranalli T., Kobayashi R., Edmondson D.G., Roth S.Y., and Allis C.D. Tetrahymena histon acetyltransferase A: a homolog of yeast Gcn5p linking histon acetylation to gene activation. Cell 1996, vol.84, pp.843851.

20.Burnol, A.-F., Margottin, F., Huet, J., Almouzni, G., Prioleau, M.-N., Mechali, M., and Setenac, A. TFIIIC relieves repression of U6 snRNA transcription by chromatin. Nature 1993, vol. 362, pp.475-477.

21.Bushmeyer S.M. & Atchison, M.L. Identification of YY1 sequences necessary for association with the nuclear matrix and for transcriptional repression functions, J. Cell. Biochem. 1998, vol.68, pp. 484-499.

22.Campbell, F.E. and Setzer, D.R. Transcription termination by RNA polymerase III: uncoupling of polymerase release from termination signal recognition. Mol.Cell.Biol. 1992, vol.12, pp. 2260-2272.

23.Carvalho, T., Seeler, J.S., Ohman, K., Jordan, P., Pettersson, U., Akusjarvi, G., Carmo-Fonseca, M. & Dejean, A. Targeting of adenovirus E1A and E4-ORF3 proteins to nuclear matrix-associated PML bodies, J. Cell Biol. 1995, vol.131, pp.45-56.

24.Chamberlin, M.J. Bacterial DNA-depended RNA polymerase. Enzymes 1974, vol.10, pp.333-374.

25. Chang, D.-Y., Hsu, K., and Maraia, R.J. Monomeric scAlu and nascent dimeric Alu RNAs induced by adenovirus are assembled into SRP9/14-containing RN{s an HeLa cells. Nucleic Acids Res. 1996, vol.24, pp.41654170.

26.Chang, C.C., Lee, W.H., Moser, H., Valle, D. & Gould, S.J. Isolation of the human PEX12 gene, mutated in group 3 of the peroxisome biogenesis disorders, Nat. Genet. 1997, vol.15, pp.385-388.

27.Chen H., Lin R.J., Schiltz R.I. Chakaroborty D., Nash A., Nagy L., Privalsky M.L., Nakatani Y., and Evans R.M. Nuclear receptor coactivator ACTR is a novel histon acetyl transferase and forms a multimeric activation complex with p/CAF and p300/CBP. Cell 1997, vol.90, 569-580.

28.Chesnokov, I., Bozhkov, V., Popov, B. & Tomilin, N. Binding specificity of human nuclear protein interacting with the Alu-family DNA repeats, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, vol.178, pp.613-619.

29.Chesnokov, I., Chu, W.M., Botchan, M.R. & Schmid, C.W. p53 inhibits RNA polymerase Ill-directed transcription in a promoter-dependent manner, Mol. Cell. Biol. 1996, vol.16, pp.7084-7088.

30.Chesnokov, I., and Schmid, C.W. Specific Alu binding protein from human sperm chromatin prevents DNA methylation. J. Biol. Chem. 1995, vol.270, pp. 18539-18542.

31.Chipev C.C., and Wolffe A.P. Chromosomal organization of Xenopus laevis oocyt and somatic 5S rRNA genes in vivo. Mol.Cell.Biol 1992, vol.12, pp.4555.

32.Chu, W.M., Liu, W.M. & Schmid, C.W. RNA polymerase III promoter and terminator elements affect Alu RNA expression, Nucleic Acids Res. 1995, vol.23, pp. 1750-1757.

33.Chu, W.M., Wang, Z., Roeder, R.G. & Schmid, C.W. RNA polymerase III transcription repressed by Rb through its interactions with TFIIIB and TFIIIC2, J. Biol. Chem. 1997, vol.272, pp. 14755-14761.

34.Ciliberto,G., Traboni, C., and Cortese, R. Relationship between the two components of the split promoter of eucaryotic tRNA genes. Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1982, vol.79, pp. 1921-1925.

35.Ciliberto G., Castagoni L., Cortese R. Transcription by RNA polymerase III Curr.Top.Dev.Biol. 1983, vol.18, pp.59-87.

36.Clark, M.E., and Dasgupta, A., A transcriptionally active form of TFIIIC is modified in poliovirus-infected HeLa cells. Mol.Cell.Biol. 1990, vol.10, pp. 5105-5113.

37.Cowell, G., and Hurst, H.C. Protein-protein interaction between the transcription repressor E4BP4 and the TBP-binding protein Dr1. Nucleic Acids Res. 1996, vol.24, pp. 3607-3613.

38.Cromlish, J.A., and Roeder, R.G. Human transcription factor IIIC (TFIIIC). J.Biol.Chem. 1989, vol.264, pp. 18100-18109.

39.Das, G. Henning, D., Wright, D. And Reddy, R. Upstream regulatory elements are necessary and sufficient for transcription of a U6 RNA gene by RNA polymerase III. EMBO J. 1988, vol.7, pp.503-512.

40.Dean, N. & Berk , A.J. Ordering promoter binding of class III transcription factors TFIIIC1 and TFIIIC2, Mol. Cell. Biol. 1988, vol.8, pp.3017-3025.

41.Deininger, P.L., Batzer, M.A., Hutchinson, C.A., and Edgell, M.H. Master genes in mammalian repetitive DNA amplification. Trends Genet. 1992, vol.8, pp.307-311.

42.Dieci, G., and Sentenac, A. Facilitated recycling pathway for RNA polymerase III. Cell. 1996, vol.84, pp.245-252.

43.Dignam, J.D., Lebovitz, R.M. & Roeder, R.G. Accurate transcription initiation by RNA polymerase Hin a soluble extract from isolated mammalian nuclei, Nucleic Acids Res. 1983, vol.11, pp. 1475-1489.

44.Doolittle, W.F., and Sapienza, C. Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution. Nature 1980, vol.284, pp.601-603.

45.Duncan C., Biro P.A., Choudary P.V., Elder J.T., Wang R.R.C., Forget B.G., deReil J.K., and Weissman S.M. Proc.Natl.Acad.Sei. USA 1979, vol.76, pp.5095-5099.

46.Duncan, C.H., Jagadeeswaran, P., Wang, C., and Weissman. S.M. Alu family RNA polymerase III transcription units interspersed in human ß-globin genes: structural analysis of templates and transcripts. Gene 1981, vol.13, pp.185196.

47.Elder, J.T., Pan, J., Duncan, C.H., and Weissman, S.M. Transcriptional analysis of interspersed polymerase III transcription units in human DNA. Nucleic Acids Res. 1981, vol.9, pp.1171-1189.

48.Englander, E.W. & Howard, B.H. Nucleosome positioning by human Alu elements in chromatin, J. Biol. Chem. 1995, vol.270, pp. 10091-10096.

49.Englander, E.W., Wolffe, A.P. & Howard, B.H. Nucleosome interaction with a human Alu element. Transcriptional repression and effects of template methylation, J. Biol. Chem. 1993, vol. 268, pp.19565-19573.

50.Felts, S.J., Weil, P.A., and Chalkley, R. Transcriptional factor requirements for in vitro formation of transcriptionally 5S competent rRNA gene chromatin. Mol.Cell.Biol. 1990, vol.10, pp.2390-2401.

51.Feng, Q., Moran, J.V., Kazazian, H.H., and Boeke, J.D. LINE-1: A mammalian transposable element. Biochim. Biophys. Acta 1996, vol.910, pp.203-212.

52.Folk, W.R., and Hofstetter, H. A detailed mutation analysis of the eucaryotic tRNA1 met gene promoter. Cell 1983, vol.33, pp.585-593.

53.Fowlkes, D.M. & Shenk, T. Transcriptional control regions of the adenovirus VAI RNA gene, Cell. 1980, vol.22, pp.405-413.

54.Garrick, D., Fiering, S., Martin, D.I.K. & Whitelaw, E. Repeat-induced gene silencing in mammals, Nature Genet. 1998, vol.18, pp.56-59.

55.Gaynor, R.B., Feldman, L.T., and Berk, A.J. Transcription of the classs III genes actevated by viral immediate early protein. Science 1985, vol.230, pp. 447-450.

56.Geiduschek, E.P., and Tocchini-Valentini, G.P. Transcription by RNA polymerase III. Annu.Rev.Biochem. 1988, vol.57, pp.873-914.

57.Gottesfeld, J., and Bloomer, L.S. Assembly of transcriptionally active 5S RNA gene chromatin in vitro. Cell 1982, vol.28, pp.781-791.

58.Gottlieb, E., and Steitz, J.A. Function of mammalian La protein: evidence for its action in transcription termination by RNA polymerase III. EMBO J. 1989a, vol.8, pp.851-861.

59.Gottlieb, E., and Steitz, J.A. The RNA-binding protein La influence both the accuracy and the efficiency of RNA polymerase III transcription in vitro. EMBO J. 1989b, vol.8, pp.841-850.

60.Guifoyle R., and Weinmann R. Control region for adenovirus VA RNA transcription. Proc.Natl.Acad.Sci USA 1981, vol.78, pp.3378-3382.

61.Guo, B., Odgren, P.R., van Wijnen, A.J., Last, T.J., Nickerson, J., Penman, S., Lian, J.B., Stein, J.L., Stein, G.S. The nuclear matrix protein NMP-1 is the transcription factor YY1, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995, vol. 92, pp. 10526-10530.

62.Ha, I., Wightman, B., and Ruvkun, G. A bulged lin-4/lin-14 RNA duplex is sufficient for Caenorhabditis elegans lin-14 temporal gradient formation. Genes Dev. 1996, vol.10, pp.3041-3050.

63.Han, M., and Grunstein, M. Nucleosomal loss activates yeast downstream promoter in vivo. Cell 1988, vol.55, pp.1137-1145.

64.Hanna-Rose, W., Licht, J.D. & Hansen, U. Two evolutionarily conserved repression domains in the Drosophila Kruppel protein differ in activator specificity, Mol. Cell. Biol. 1997, vol.17, pp.4820- 4829.

65.Hellmann-Blumberg U., Hintz M.F., and Schmid C.W. Developmental differences in methylation of human Alu repeats. Mol.Cell.Biol. 1993, vol.13, pp.4523-4530.

66.Hoeffler, W.K., Kovelman, R. & Roeder, R.G. Activation of transcription factor IIIO by the adenovirus E1A protein, Cell. 1988, vol.53, pp.907-920.

67.Hoeffler, W.K. & Roeder, R.G. Enhancement of RNA polymerase III transcription by the E1A gene product of adenovirus, Cell. 1985, vol.41, pp.955-963.

68.Howe L., and Ausio J. Nucleosom translation position, not histon acetylation, determinate TFIIIA binding to nucleosomal Xenopus laevis 5S rRNA genes. Mol.Cell.Biol. 1988, vol. 18, pp.1156-1162.

69.Humphrey, G.W., Englander, E.W. & Howard, B.H. Specific binding sites for a pol III transcriptional repressor and pol II transcription factor YY1 within the internucleosomal spacer region in primate Alu repetitive elements, Gene Expr. 1996, vol.6, pp.151-168.

70.Hunter, T. Prolyl isomerases and nuclear function. Cell. 1998, vol.92, pp.141143.

71.lto T., Tyler J.K., and Kadonaga J.T. Chromatin assembly factors: a dual function in nucleosom formation and mobilization? Genes Cells 1997, vol.2, pp.593-600.

72.Jang K.L., and Latcjman D.S. HSV infection induces increased transcription of Alu repeated sequences be RNA polymerase III. FEBS Lett. 1989, vol.258, 255-258.

73.Jayaraman L., Moorthy N.C., Murthy K.G.K., Manley J.L., Bustin M., Prives C. High mobility group protein-1 (HMG1) is a unique activator of p53. Genes Dev. 1988, vol.12, pp.462-472.

74.Jurka, J. and Smith, T. A fundamental division in the Alu family of repeated sequences. Proc. Natl .Acad. Sei. USA. 1988, vol.85, pp.4775-4778.

75.Juttermann R., Hosokawa K., Kochanek S., and Doefler W. Adenovirus type 2 VAI RNA transcription by polymerase III is blocked by sequence-specific methylation. J.Virol. 1991, vol.65, pp. 1735-1742.

76.Kassavetis GA, Braun BR, Nguyen LH, Geiduschek EP. S. cerevisiae TFIIIB is the transcription initiation factor proper of RNApolymerase III, while TFIIIA and TFIIIC are assembly factors. Cell 1990, vol.60, pp.235-245

77.Kassavetis GA, Blanco JA, Johnson TE, Geiduschek EP Formation of open and elongating transcription complexes by RNA polymerase III. J Mol Biol 1992, vol.226, pp.47-58

78.Kassavetis GA, Riggs DL, Negri R, Nguyen LH, Geiduschek EP Transcription factor IIIB generates extended DNA interactions in RNApolymerase III transcription complexes on tRNA genes. Mol Cell Biol 1989, vol.9, pp.25512566.

79.Keller, H.J. Romaniuk, P.J., and Gottesfeld, J.M. Interaction of Xenopus TFIIIC with TFIIIA 5S RNA gene complex. J.Biol.Chem. 1992, vol.267, pp. 18190-18198.

80.Kim, U.J., Han, M., Kayne, P., and Grunsteimn, M. Effect of histon H4 depletion on the cell cycle and transcription of Saccharomyces serevisae. EMBO J. 1988, vol.7, pp.2211-2219.

81.Kochanek, S., Renz, D. & Doerfler, W. Probing DNA-protein interactions in vitro with the CpG DNA methy¡transferase, Nucleic Acids Res. 1993a, vol.25, pp.2339-2342.

82.Kochanek, S., Renz, D. & Doerfler, W. DNA methylation in the Alu sequences in the diploid and haploid primary human cells, EMBO J. 1993b, vol. 12, pp.1141-1151.

83.Kochanek, S., Renz, D. & Doerfler, W. Transcriptional silencing of human Alu sequences and inhibition of protein binding in the B-box regulatory elements by 5-CG-31 methylation, FEBS Lett. 1995, vol. 360, pp. 115-120.

84.Kovelman, R., and Roeder, R.G., Purification and characterization of two forms of human transcription factor TFIIIC. J.Biol.Chem. 1992, vol.267, pp. 14446-14456.

85.Kozak, M. Compilation and analysis of sequences upstream from the translational start site in eukaryotic mRNAs, Nucleic Acids Res. 1984, vol.12, pp.857-872.

86.Kozak, M. Recognition of AUG and alternative initiator codons is augmented by G in position +4 but is not generally affected by the nucleotides in positions +5 and +6, EMBO J. 1997, vol.16, pp.2482-2492.

87.Kramerov, D.A., Tillib, S.V., Shumyatsky, G.P. & Georgiev, G.P. The most abundant nascent poly(A) + RNAs are transcribed by RNA polymerase III in murine tumor cells. Nucleic Acids Res. 1990, vol. 18, pp.4499-4506.

88.Kropotov, A.V. & Tomilin, N.V. Evidence for a regulatory protein complex on RNA polymerase III promoter of human retroposons of Alu family, Genetica 1996a, vol.98, pp.223-233.

89.Kropotov, A.V. & Tomilin, N.V. A human B-box-binding protein downregulated in adenovirus 5-transformed human cells, FEBS Lett. 1996b, vol.386, pp.4346.

ЭО.Кропотов A.B., Яу П., Брэдбери П., Томилин Н.В. Негистоновые хроматиновые белки HMG1 и HMG2 стабилизируют один из секвенс специфических комплексов, образующихся на промоторе человеческих ретропозонов Alu семейства с другим ядерным белком. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1997, том 240(1): 108-111.

91.Kropotov A., Sedova V., Ivanov V., Sazeeva N., Tomilin A., Krutilina R., Shiao Li Oei, Griesenbeck J., Buchlow G., Tomilin N.. A novel human DNA-binding protein with sequence similarity to a subfamily of redox proteins which is able to repress RNA-polymerase-Ill-driven transcription of the Alu-family retroposons in vitro. Eur. J. Biochem. 1999, vol. 260, pp.336-346.

92.Krummrei, U., Bang, R., Schmidtchen, R., Brune, K., Bang, H. Cyclophilin-A is a zinc-dependent DNA binding protein in macrophages, FEBS Lett. 1995, vol.371, pp. 47-51.

93.Kundu Т.К., Wang Z., and Roeder R. Human TFIIIC relieves chromatin-mediated repression of RNA polymerase III transcription and contains an intrinsic histone acetyltransferase activity. Mol.Cell.Biol. 1999, pp.1605-1615.

94.Kuo M.-H., Zhou J., Jambeck P., Churchill M.E.A., and Allis C.D. Histon acetyltransferase activity of yeast Gcn5 is required for the activation of target genes in vivo. Genes Dev. 1988, vo. 12, pp.627-639.

95.Labuda, D., Zietkieviewicz, E., Mitchel, G.A. Alu elements as a Source of Genomic Variation: Deleteriouse Effects and Evolutionary Noveltues. 1995

96.Laemmli U. Cleavage of structural protein during assembly of the head of the bacteriophage T4. Nature 1970, vol.227, pp.280-285.

97.Lagna, G.R., Kovelman, R., Sukegava, J., Roeder, R.G. Cloning and characterization of an evolutionary divergent DNA-binding subunit of mammalian TFIIIC. Mol.Cell.Biol. 1994, vol.14, pp.3053-3-64

98.Laminis, L., Holmgren-Koning, M., and Khoury, G. Transcriptional "silencer" element in rat repetitive sequences associated with the rat insulin 1 gene locus. Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1986, vol.83, pp.3151-3155.

99.Lassar, A.B., Martin, P.L., and Roeder, R.G. Transcription of class III genes: formation of preinitiation complexes. Science 1983, vol.222, pp.400-404.

100.Lee D.Y., Haves J.J., Pruss D., and Woalffe A.P. A positive role of histon acetylation in transcriptional factor access to nucleosomal DNA. Cell 1993, vol.72, pp.73-74.

101 .Le Hir, M., Su, Q., Weber, L., Woerly, G., Granelli-Pipemo, A. & Ryffel, B. In situ detection of cyclosporin A: evidence for nuclear localization of cyclosporine and cyclophilins, Lab. Invest. 1995, vol.73, pp.727-733.

102.L'Etoile, N.D., Fahnestock, M.L., Shen, Y., Adbersold, R., and Berk, A.J., Human TFIIIC box B-bindig subunit. Proc.Natl. Acad.Sci USA. 1994, vol.91, pp. 1652-1656.

103.Licht, J.D., Grossel, M.J., Figge, J. & Hansen, U.M. Drosophila Kruppel protein is a transcriptional repressor, Nature 1990, vol.346, pp.76-79.

104.Liu, W.-M., Maraia, R.J., Rubin, C. & Schmid, C.W. Alu transcripts: cytoplasmic localization and regulation by DNA methylation, Nucleic Acids Res. 1994, vol.22, pp. 1087-1095.

105.Liu, W.-M. & Schmid, C.W. Proposed roles for DNA methylation in Alu transcriptional repression and mutational inactivation, Nucleic Acids Res. 1993, vol.21, pp.1351-1359.

106.Lobo, S.M., and Hernandez, N. A 7bp mutation converts a human RNA polymerase II snRNA promoter into an RNA polymerase III promoter. Cell 1989, vol.58, pp.55-67.

107.Lobo, S.M., Tanaka, M., Sullivan, M.L. & Hernandez, N. A TBP complex essential for transcription from TATA-less but not TATA-containing RNA polymerase III promoters is part of the TFIIIB fraction. Cell. 1994, vol.71, pp. 1029-1040.

108.Luque, I. & Gelinas, C. Distinct domains of IkappaBalpha regulate c-Rel in the cytoplasm and in the nucleus, Mol. Cell. Biol. 1998, vol. 18, pp. 1213-1224.

109.Luan, D.D., Korman, M.H., Jakubczak, J.L., and Eickbuch, T.H. Reverse transcription of R2Bm RNA is primed by a nick at the chromosomal target site: A mechanism for non-LTR retrotransposition. Cell 1993, vol.72, pp.595605.

HO.Lyubchenko Yu., Schlyakhtenko L., Chernov B., and Harrington R.E. Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1991, vol.88, pp.5331-5334

110.Maraia,R.J., Driscoll, C.T., Bilyeu, T., Hsu, K. & Darlington, G.J. Multiple dispersed loci produce small cypoplasmic Alu RNA, Mol. Cell. Biol. 1993, vol. 13, pp. 4233-4241.

111.Maraia, R.J., Kenan, D.J., and Keene, J.D. Eucaryotic transcription termination factor La mediates transcript release and facilitates reinitiation by RNA polymerase III. Mol.Cell.Biol. 1994, vol.14, pp. 2147-2158.

112.Marsolier, M.C., Tanaka, S., Livengston-Zatchej, M., Grunstein, M., Meisterernst, M., Kouzarides, T. Reciprocal interferences between nucleosomal organization and transcription activity of the yeast SNR6 gene. Genes and Dev. 1995, vol.9, pp. 410-422.

113.Martinez-Balbas M.A., Bannister A.J., Martin K., Haus-Seuffert P., Meisterernst M., and Kouzardies T. The acetyltransferase activity of CBP stimulates transcription. EMBO J. 1998, vol.17, pp.2886-2893.

114.Matera, A.G., Hellmann, U., and Schmid, C.W. A transpositionally and transcriptionally competent Alu subfamily. Mol.Cell.Biol. 1990, vol.10, pp.5424-5432.

115.Mattaj, I.W., Dathan, N.A., Parry, H.D., Carbon, P., and Krol, A. Changing the RNA polymerase specificity of U snRNA gene promoters. Cell 1988, vol.55, pp.435-442.

116.Mazabraud, A., Scherly, D., Muller, F., Rungger, D., and Clarkson, S.G. Structure and transcription termination of a lysine tRNA gene from Xenopus laevis. J.Mol.Biol. 1987, vol.195, pp.835-845.

117.McKune, K., Moore, P.A., Hull, M.W., and Woychik, N.A. Six human RNA polymerase subunits functionally substitute for their yeast counterparts. Mol.Cell.Biol. 1995, vol. 15, pp.6895-6900.

118.McNeil, S., Guo, B., Stein, J.L., Lian, J.B., Bushmeyer, S., Seto, E., Atchison, M.L., Penman, S., van Wijnen, A.J. & Stein, G.S. Targeting of the YY1 transcription factor to the nucleolus and the nuclear matrix in situ: the C-terminus is a principal determinant for nuclear trafficking, J. Cell. Biochem. 1998, vol. 68, pp.500-510.

119.McNew, J.A., Sykes, K. & Goodman, J.M. Specific cross-linking of the proline isomerase cyclophilin to a non-proline-containing peptide, Mol. Biol. Cell 1993, vol.4, pp. 223-232.

120.Meehan R.R., Lewis J.D., McKay S., Kleiner E.L., and Berd A.P. Identification of a mammalian protein that binds specifically to DNA containing methylated CpGs. Cell 1989, vol.58, pp.499-507.

121.Merrit C.M., Easteal S., Board P.G. Evolution of human a1-acid glycoprotein genes and surrounding Alu repeats. Genomics 1990, vol.6, pp.659-906

122.Mizzen C.A., Yang X.J., Kokubo T., Brownel J.E., Bannister A.J. Ownel-Huges T., Workman J., Wang L., Berger S.L., Kouzarides T., Nakatani Y., and Allis C.D. The TAF250 subunit of TFIID has histon acetyltransferase activity. Cell 1996, vol. 87, pp. 1261-1270.

123.Morse, R.H., Roth, S.Y., and Simpson, R.T. A transcriptional active tRNA gene interferes with nucleosom positioning in vivo. Mol.Cell.Biol. 1992, vol.12, pp.4015-4025.

124.Motley, A., Lumb, M.J., Oatey, P.B., Jennings, P R., De Zoysa, P.A., Wanders, R.J., Tabak, H.F. & Danpure, C.J. Mammalian alanine/glyoxylate aminotransferase 1 is imported into peroxisomes via the PTS1 translocation pathway. Increased degeneracy and context specificity of the mammalian PTS1 motif and implications for the peroxisome-to-mitochondrion

mistargeting of AGT in primary hyperoxaluria type 1, J. Cell Biol. 1995, vol. 131, pp.95-109

125.Muchardt C., and Yanin M. A human homolog of Saccharomyces serevisae SNF2/SWI2 and Drosophila brm genes potentiates transcription activation by the glucocorticoid receptor. EMBO J. 1993, vol.12, pp.4279-4290.

126.Mymryk, J.S. & Smith, M.M. Influence of the adenovirus 5 E1A oncogene on chromatin remodelling, Biochem. Cell Biol. 1997, vol. 75, pp.95-102.

127.Nudler E, Kashlev M, Nikiforov V, Goldfarb A. Coupling between transcription termination and RNA polymerase inchworming. Cell 1995, vol.81, pp.351357.

128.0ei,S.L., Griesenbeck, J., Schweiger, M., Babich, V., Kropotov, A., Tomilin, N. Interaction of the transcription factor YY1 with human poly(ADP-ribosyl) transferase, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997, vol.240, pp. 108-111.

129.0gryzko V.V., Schiltz R.L., Russanova V., Howard B.H., and Nakatani Y. The transcription coactivators p300 and CBP are histon acetyltransferase. Cell 1996, vol.87,pp.953-959.

130.0nate, S.A., Prendergast, P., Wagner, J.P. Nissen, M., Reeves, R., Pettijohn, D.E. and Edwards, D.P. The DNA-bending protein HMG-1 enhances progesterone receptor binding to its target DNA sequences. Mol.Cell.Biol. 1994, vol.14, pp.3376-3391.

131.0rgei, L.E., and Crick, F.H. Selfish DNA: The ultimate perasite. Nature 1980, vol.284, pp.604-607.

132.Owen-Hughes, T.A., and Workman, J.I. Remodeling the chromatin structure of nucleosomal array by transcription factor-tagged trans-displacement of histones. EMBO J. 1996, vol.15, pp. 4702-4712.

133.Panning, B. & Smiley, J.R. Activation of RNA polymerase III transcription of human Alu repetitive elements by adenovirus type 5: requirement for the E1b 58-kilodalton protein and the products of E4 open reading frames 3 and 6, Mol. Cell. Biol. 1993, vol.13, pp.3231-3244.

134.Panning, B. & Smiley, J.R. Activation of expression of multiple subfamilies of human Alu elements by adenovirus type 5 and herpes simplex virus type 1, J. Mol. Biol. 1995, vol.248, pp.513-524.

135.Parvin J.D., McCormick R.J., Sharp P.A., and Fisher D.E. Pre-bending of a promoter sequence enhances affinity for the TATA-binding factor. Nature 1995, vol.373,

136.Paull, T.T., Haykinson, M.J. Johnson, R.C. The nonspecific DNA-binding and -bending proteins HMG1 and HMG2promote the assembly of complex nucleoprotein structures. Genes and Dev. 1993, vol.7, pp. 1521-1534.

137.Paulson, K.E., Schmid, C.W. Transcriptional inactivity of Alu repeats in HeLa cells, Nucleic Acids Res 1986, vol.14, pp.6145-6158.

138.Perelygina, L.M., Tomilin, N.V., and Podgornaya, O.I. Alu family repeat-binding protein from HeLa cells which interacts with regulatory region of SV40 virus genome. Mol.Biol.Rep. 1987, vol.12, pp.111-116.

139.Pazin M.J., and Kodonaga J.T. What's up and down with histon deacetylation and transcription? Cell 1997, vol.89, pp.325-328.

140.Perez-Stable, C., Ayres,T.M. & Shen, C.-K.J. Distinctive sequence organization and functional programming of an Alu repeat promoter, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984, vol.81, pp.5291-5295.

141 .Perez-Stable, C. & Shen, C.-K.J. Competitive and cooperative functioning of the anterior and posterior promoter elements of an Alu family repeat, Mol. Cell. Biol. 1986, vol.6, pp.2041-2052.

142.Piette, J., Piret, B., Bonizzi, G., Schoonbroodt, S., Merville, M.P., Legrand-Poels, S. & Bours, V. Multiple redox regulation in NF-kappaB transcription factor activation, Biol. Chem. 1997, vol.378, pp.1237-1245.

143.Pill, P.M., Chow C.S., Lippard S.G. High-mobility-group 1 protein mediates DNA bending as determined by ring closures. Proc.Natl.Acad.Sci. USA 1993, vol.90, pp.9465-9469.

144.Quentin, Y. The Alu family developed through successive waves of fixation closely connected with primate lineage history. J.MoI.Evol. 1988, vol.27,pp. 194-202.

145.Rinke, J., and Steitz, J.A. Precursor molecules of both human 5S ribosomal RNA and transfer RNAs are bound by a cellular protein reactive with anti-La lupus antibodies. Cell 1982, vol.29, pp. 149-159.

146.Rogers, J. The origin and evolution of retroposons. Int. Rev.Cytol. 1985, vol.76, pp.67-112.

147.Roth S.Y., and Allis C.D. The subunit-exchange model of histon acetilation. Trends Cell. Biol. 1996, vol.6, pp.371-375.

148.Russanova, V.R., Driscoll, C.T. & Howard, B.H. Adenovirus type 2 preferentially stimulates polymerase III transcription of Alu elements by relieving repression: a potential role for chromatin, Mol. Cell. Biol. 1995, vol.15, pp.4282-4290.

149.Ryffel, B., Woerly, G., Greiner, B., Haendler, B., Mihatsch, M.J. & Foxwell, B.M. Distribution of the cyclosporine binding protein cyclophilin in human tissues, Immunology. 1991, vol.72, pp.399-404.

150.Sarrowa, J., Chang, F.Y., and Maraia, R.J. The decline in human Alu retroposition was accompanied by an asymmetric decrease in SRP9/14 binding to dimeric Alu RNA and increased expression of small cytoplasmic Alu RNA. Mol.Cell.Biol. 1997, vol.17, pp. 1144-1151.

151.Sawadogo, M. & Roeder, R. Factors involved in specific transcription by human RNA polymerase II: analysis by a rapid and quantitative in vitro assay, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1985, vol.82, pp.4394-4398.

152.Sainz, J., Pevny, L., Wu, Y„ Cantor, V.R., and Smith, C.L. Distribution of interspersed repeats (Alu and Kpn) on Notl restriction fragments of human Chromosom 21. Proc.Natl.Acad.Sei. USA. 1992, vol.89, pp.1080-1084.

153.Schmid, C.W. Human Alu subfamilies and their methylation revealed by blot hybridization, Nucl. Acids Res. 1991, vol.19, pp. 5613-5617.

154.Schmid, C.W. Haw many source Alu? Trends Genet. 1993, vol.9, p.39.

155.Seidel, C.W., and Peck, L.J. Kinetic control of the 5S RNA gene transcription. J.Mol.Biol. 1992, vol.227, pp. 1009-1018.

156.Sharp, S., deFranco, D., Dingermann, T., Farrell, P. & Soil, D. Internal control regions for transcription of eukaryotic tRNAs, Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1981, vol.78, pp.6657-6661.

157.Shen, M.R., Batzer, M.A., and Deininger, P.L., Evolution of the master Alu gene(s). J. Mol. Evol. 1991, vol.33, pp.311-320

158.Shpakovski, G.V., Acker, J., Winterith, M., Lacroix, J.F., Thuriaux, P., and Vigneron, M. Four subunits that are shared by three classes of RNA polymerase are functionally interchangeable between Homo sapiens and Saccharomyses xerevisae. Mol.Cell.Biol. 1995, vol.15, pp. 4207-4210.

159.Singh J., and Dixon G.H. High mobility group proteins 1 and 2 function as general class II transcription factors. Biochemistry 1990, vol.29, pp. 62956302.

160.Sinn, E., Wang, Z., Kovelman, R. & Roeder, R.G. Cloning and characterization of a TFIIIC2 subunit (TFIIIC beta) whose presence correlates with activation of RNA polymerase Ill-mediated transcription by adenovirus E1A expression and serum factors, Genes&Dev. 1995, vol.9, pp. 675-685.

161.Sinnett, D., Richer, C., Deragon, J.-M. & Labuda, D. Alu transcripts in human embryonal carcinoma cells, J. Mol. Biol. 1992, vol. 226, pp. 689-706.

162.Sutrias-Grau M., Bianchi M.E., Bernues J. HMG1 interacts with a core domain of human TBP and interferes with TFIIB within the pre-initiation complex. J.Biol. Chem.

163.Spenser T.E., Jenster G., Burcin M.M. Allis C.D., Zhou J., Mizzen C.A., McKenna N.J., Onate S.A., Tasi M.J., and O'Malley B.W. Steroid receptor coactivator-1 is a histon acetyltransferase. Nature 1997, vol.389, pp. 194198.

164.Steegenga, W.T., Riteco, N., Jochemsen, A.G., Fallaux, F.J. & Bos, J.L. The large E1B protein together with the E4orf6 protein target p53 for active degradation in adenovirus infected cells, Oncogene 1998, vol.16, pp. 349357.

165.Stefano, J.E. Purified lupus antigen La recognized an oligouridylate stretch common to the 3' termini of RNA polymerase III transcripts. Cell 1984, vol.36, pp. 145-154.

166.Struhl, K. Duality of TBP, the universal transcriptional factor. Science 1994, vol.263, pp.1103-1104.

167.Struhl K. Histon acetylation and transcriptional regulatory mechanisms. Genes Dev. 1998, vol.12, pp. 599-606.

168.Studitsky, V.M., Kassavetis, G.A., Geiduschek, E.P. & Felsenfeld, G. Mechanism of transcription through the nucleosome by eukaryotic RNA polymerase, Science 1997, vol.278, pp. 1960-1963.

169.Thurman R.C., Ley H.G., and Scholz R. Hepatic microsomal ethanol oxidation. Hydrogen peroxide formation and the role of catalase. Eur.J.Biochem. 1972, vol.25, pp.420-430.

170.Tsuchiya, T., Sakgusa, Y., Taira, T., Mimori, T., Iguchi-Ariga, S.M.M. & Ariga, H. Ku Antigen Binds to Alu Family DNA, J. Biochem. 1998, vol.123, pp. 120-127.

171.Tomilin, N.V., Bozhkov, V.M. Human nuclear protein interacting with a conservative sequence motif of Alu-family DNA repeats, FEBS Lett. 1989, vol.251, pp. 79-83.

172.Tomilin, N.V, Bozhkov, V.M., Bradbury, E.M. & Schmid, C.W. Differential binding of human nuclear proteins to Alu subfamilies, Nucleic Acids Res. 1992, vol.20, pp.2941-2945.

173.Tomilin, N., Iguchi-Ariga, S.M.M. & Ariga, H. Transcription and replication silencer element is present within conserved region of human Alu repeats interacting with nuclear protein, FEBS Letters 1990, vol.263, pp. 69-72.

174.Travers, A.W., Ner S.S., and Churchill E.A. DNA chaperones: a solution to a persistence problem? Cell 1994, vol.77, pp. 167-169.

175.Tremethick, D., Zucker, K., and Worcel, A. The transcription complex of the 5S RNA gene, but not transcription factor TFIIIA alone, prevents nucleosomal repression of transcription. J.Biol.Chem. 1990, vol. 265, pp.5014-5023.

176.Turner B.M., and O'Neill L.P. Histon acetylation in chromatin and chromosomes. Semin. Cell. Biol. 1995, vol.6, 229-236.

177.Ura,K., Kurumizaka, H., Dimitrov , S., Almouzni, G., and Wolffe, A.P. Histon acetylation: influence on transcription, nucleosom mobility and positioning, and linker histon-depended transcription repression. EMBO J. 1997, vol.16, pp.2096-2107.

178.Utley R.T., Ikeda K., Grant P.A., Cote J., Steyger J., Eberharter A., John S., and Workman J.L. Transcription activator direct histon acetyltransferase complexes to nucleosomes. Nature 1998, vol.394, pp.498-502.

179.Vanhooren, J.C., Fransen, M., de Bethune, BM Baumgart, E., Baes, M., Torrekens, S., Van Leuven, F., Mannaerts, G.P., Van Veldhoven, P.P. Rat pristanoyl-CoA oxidase. cDNA cloning and recognition of its C-terminal (SQL) by the peroxisomal-targeting signal 1 receptor, Eur. J. Biochem. 1996, vol.239, pp.302-309.

180.Vattese-Dadey M., Grant P.A., Hebbers T.R., Crane-Robinson C., Allis C.D. and Workman J.L. Acetylation of histon H4 play a primary role in enhancing transcriptional factor binding to nucleosomal DNA in vitro. EMBO J. 1996, vol.15, 2508-2518.

181 .Vidaud D., Vidaud M, Rahnak B.R. Haemophilia B due to a de novo insertion of a human-specific Alu subfamily member within the coding region of the factor IX gene. Eur.J.Hum.Gen 1993, vol.1, pp.30-36.

182.Wade P.A., Pruss D., and Wolffe A.P. Histon acetilation: Chromatin in action. Trends Biochem. Sci. 1997, vol. 22, pp. 128-188.

183.Waldschmidt,R., Schneider, H.R., and Seifart, K.H. Human transcription factor NIC binds to cognate promoter sequence in metal coordinated fashion. Nucleic Acids Res. 1990, vol.19, pp. 1455-1459.

184.Wang, B.B., Hayenga, K.J., Payan, D.G. & Fisher, J.M. Identification of a nuclear- specific cyclophilin which interacts with the proteinase inhibitor eglin c, Biochem. J. 1996, vol.314, pp.313-319.

185.Wang, Z., and Roeder, R.G. TFIIIC1 act through a downstream region to stabilaze TFIIIC2 binding to RNA polymerase III promoters. Mol.Cell.Biol. 1996, vol. 12, pp.6841-6850.

186.Wang, Z., Luo, T. & Roeder, R.G. Identification of an autonomously initiating RNA polymerase III holoenzyme containing a novel factor that is selectively inactivated during protein synthesis inhibition, Genes & Dev. 1997, vol.11, pp.2371-2382.

187.Wang L., Lin L., and Berger S.L. Critical residues for histon acetylation by Gcn5, functioning in Ada and SAGA complexes, are also required for transcription function in vivo. Genes Dev. 1998, vol.12, pp.640-653.

188.Weiner, A.M., Deininger, P.L., and Efstradiadis, A. Nonbiral retroposons: Genes, pseudogenes and transposable elements generated by reverse flow of genetic information. Annu.rev.Biochem. 1985, vol.55, pp.631-661.

189.White, R.J., Khoo, B.C., Inostroza, J.A., Reinberg, D. & Jackson, S.P. Differential regulation of RNA polymerases I, II, and III by the TBP-binding repressor Dr1, Science 1994, vol.266, pp.448-450.

190.White, R.J., Trouche, D., Martin, K„ Jackson, S.P. & Kouzarides, T. Repression of RNA polymerase III transcription by the retinoblastoma protein, Nature 1996, vol.382, pp.88-90.

191.Wiemer, E.A., Nuttley, W.M., Bertolaet, B.L., Li, X., Francke, U., Wheelock, M.J., Anne, U.K., Johnson, K.R. & Subramani, S. Human peroxisomal targeting signal-1 receptor restores peroxisomal protein import in cells from patients with fatal peroxisomal disorders, J. Cell Biol. 1995, vol.130, pp.51-65.

192.Wolffe A.P. Transcription fraction TFIIIC can regulate differential Xenopus 5S RNA gene transcription in vitro. EMBO J. 1988, vol.7, pp.1071-1079.

193.Wolffe A.P., Wong J., and Dmitry P. Activator and repressor: making use of chromatin to regulate transcription. Genes Cells 1997, vol.2, pp. 291-302.

194.Woychik, N.A., Liao, S.M., Kolodziej, P.A., and Young, R.A. Subunits shared by eucariotic nuclear RNA polymerases. Genes and Dev. 1990, vol.4, pp.313-323.

195.Wu C. Cromatin remodeling and the control of gene expression. J.Biol.Chem. 1997, vol.272, pp.28171-28174.

196.Yang, W.M., Inouye, C.J. & Seto ,E. Cyclophilin A and FKBP12 interact with YY1 and alter its transcriptional activity, J. Biol. Chem. 1995, vol.270, pp.15187-15193.

197.Yang, W.M., Inouye, C., Zeng, Y., Bearss, D. & Seto, E. (1996) Transcriptional repression by YY1 is mediated by interaction with a mammalian homolog of the yeast global regulator RPD3, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 12845-12850.

198.Yang X., Ogryzko V., Nishilkawa J., Howard B., and Nakatani Y. A p300/CBP-associated factor that competes with the adenoviral oncoprotein E1A. Nature 1996, vol.382, pp. 319-324.

199.Yamamoto, K., Volkl, A., Hashimoto, T., Fahimi, H.D. Catalase in guinea pig hepatocytes is localized in cytoplasm, nuclear matrix and peroxisomes, Eur. J. Cell Biol. 1988, vol.46, pp. 129-135.

200.Yeung, K.C., Inostroza, J.A., Mermelstein, F.H., Kannabiran, C., and Reinberg, D. Structure-function analysis of the TBP-binding protein Dr1 reveals a mechanism for repression of class II gene transcription. Genes and Dev. 1994, vol.8, pp.2097-2109.

201.Yeung, K.C., Sungjoon, K., and Reinberg, D. Functional dissection of human DR1-DRAP1 repressor complex. Mol.Cell.Biol. 1997, vol.17, pp.36-45.

202.Yoon, J.-B., Murphy, S., Bai, L., Wang, Z., and Roeder, R.G. Proximal sequence element-binding transcription factor (PTF) is a multisubunit complex required for transcription of bith RNA polymerase II- and RNA polymerase Ill-depended small nuclear RNA genes. Mol. Cell. Biol. 1995, vol.15, pp.2019-2027.

203.Yoshinaga, S., Dean, N., Han, M. & Berk, A.J. Adenovirus stimulation of transcription by RNA polymerase III: evidence for an E1A-dependent increase in transcription factor IIIC concentration, EMBO J. 1986, vol.5, pp.343-354.

204.Yoshinaga, S.T., L'Etoile, N.D., and Berk, A.J. Purification and characterization of transcription factor TFIIIC2. J.Biol.Chem. 1989, vol.264, pp. 10726-10731.

205.Yoshinaga S.K., Peterson C.L., Herskowitz I., and Yamamoto K.R. Roles of SWI1, SWI2 and SWI3 proteins for transcriptional enhancement by steroid receptors. Science 1992, vol.258, pp. 1598-1604.

206.Zappavigna V., Falciola L., Helmer Citterich M., Mavilio F., Bianchi M.E. HMG1 cooperates with HOX proteins in DNA binding and transcriptional activation. EMBO J. 1996, vol.15, pp.4981-4991.

207.Zeng, C., van Wijnen, A.J., Stein, J.L., Meyers, S., Sun, W., Shopland, L., Lawrence, J.B., Penman, S., Lian, J.B., Stein, G.S., Hiebert, S.W. Identification of a nuclear matrix targeting signal in the leukemia and bone-related AML/CBF-alpha transcription factors, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, vol.94, pp.6746-6751.

208.Zucman-Rossi, J., Batzer, M.A., Stoneking, M,, Delattre, 0., and Thomas, G. Interethnic polymorphism of EWS intron 6: Genome plasticity mediated by Alu retroposition and recombination. Hum.Genet. 1997, vol.99, pp.357-363.

209.Zwilling S., Koning H., Wirth T. Hight mobility group protein 2 functionally interacts with the POU domeins Of octamer transcription factors. EMBO J. 1995, vol.14, pp. 1198-1208.