Анализ профилей метилирования локусов генома человека, содержащих видоспецифические ретроэлементы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Ходосевич, Константин Викторович

• Ходосевич, Константин Викторович
• кандидат биологических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Ходосевич, Константин Викторович

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ. Роль метилирования ДНК в регуляции экспрессии генов эукариот

Введение 5 Клеточный аппарат метилирования ДНК и ремоделирования хроматина 7 Механизмы регуляции экспрессии генов с помощью метилирования ДНК 11 Влияние метилирования ДНК на тканеспецифичность экспрессии генов 13 Клеточные процессы, регулируемые с помощью метилирования ДНК

Метилирование ДНК при опухолеобразовании

Генетические изменения: точечные мутации

Эпигенетические изменения: гипометилирование

Эпигенетические изменения: гиперметилирование

Метилирование импринтируемых генов

Метилирование ДНК при инактивации хромосомы X

Метилирование мобильных элементов

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Ходосевич, Константин Викторович

выводы.

1. По результатам анализа ортологичных локусов геномов приматов идентифицировано 34 интеграции ЬТЯ НЕКУ-К(НМЬ-2) элементов, специфичных для генома человека, и определено их генное окружение.

2. Разработан метод крупномасштабного определения профилей метилирования геномных ДНК, основанный на использовании повторяющихся элементов генома в качестве маркеров статуса метилирования. Метод успешно применен для идентификации и сравнительного анализа метилирования областей внедрения 50 видоспецифичных ЬТЯ НЕКУ-К(НМЬ-2) в ДНК двух тканей и десяти клеточных линий человека.

3. Показан тканеспецифичный характер метилирования использованного набора ЬТЯ-маркеров и доказана его применимость для целей эпигенетического типирования клеточных линий человека.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Автор выражает благодарность своему научному руководителю Юрию Борисовичу Лебедеву, без чьего постоянного присмотра и чуткого руководства ^ написание этой работы вряд ли было бы возможным. Автор глубоко признателен

Евгению Давидовичу Свердлову за помощь и дельные советы, предоставляемые в процессе всей работы. Спасибо всем аспирантам комнаты 665, и вообще всем молодым сотрудникам Лаборатории Структуры и Функций Генов Человека, которые поддерживали мое душевное равновесие во время рабочей деятельности и не только. Отдельное спасибо Имаму и Пупсику за все все все. Я выражаю благодарность всем сотрудникам ЛСФГЧ за плодотворное сотрудничество и участие в обсуждении различных аспектов моей работы. В завершение хочу поблагодарить всех родственников и друзей, без чьей заботы и участия в моей жизни не было бы никакой кандидатской диссертации и работал бы я сейчас менеджером в офисе.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Ходосевич, Константин Викторович, 2004 год

1. Jaenisch, R. and Bird, A. (2003) Nat Genet, 33 SuppI, 245-254.

2. Laird, P.W. and Jaenisch, R. (1996) Annu Rev Genet, 30,441-464.

3. Macleod, D., Ali, R.R. and Bird, A. (1998) Mol Cell Biol, 18,4433-4443.

4. Adachi, N. and Lieber, M.R. (2002) Cell, 109, 807-809.

5. Woodcock, D.M., Crowther, P.J. and Diver, W.P. (1987) Biochem Biophys Res Commun, 145, 888-894.

6. Clark, S.J., Harrison, J. and Frommer, M. (1995) Nat Genet, 10,20-27.

7. Li, E., Bestor, Т.Н. and Jaenisch, R. (1992) Cell, 69,915-926.

8. Jain, P.K. (2003) Ann N YAcad Sci, 983, 71-83.

9. Marahrens, Y. (1999) Genes Dev, 13,2624-2632.

10. Verona, R.I., Mann, M.R. and Bartolomei, M.S. (2003) Annu Rev Cell Dev Biol, 19,237-259.

11. Walsh, C.P., Chaillet, J.R. and Bestor, Т.Н. (1998) Nat Genet, 20,116-117.

12. Wilson, G.G. and Murray, N.E. (1991) Annu Rev Genet, 25, 585-627.

13. Versteeg, R., van Schaik, B.D., van Batenburg, M.F., Roos, M., Monajemi, R., Caron, H., Bussemaker, H.J. and van Kampen, A.H. (2003) Genome Res, 13, 1998-2004.

14. Bird, A. (1999) Science, 286, 2287-2288.

15. Kass, S.U., Goddard, J.P. and Adams, R.L. (1993) Mol Cell Biol, 13,7372-7379.

16. Peters, J. and Beechey, C. (2004) Brief Funct Genomic Proteomic, 2, 320-333.

17. Okano, M., Bell, D.W., Haber, D.A. and Li, E. (1999) Cell, 99,247-257.

18. Nguyen, C.T., Gonzales, F.A. and Jones, P.A. (2001) Nucleic Acids Res, 29, 4598-4606.

19. Newell-Price, J., Clark, A.J. and King, P. (2000) Trends Endocrinol Metab, 11, 142-148.

20. Boyes, J. and Bird, A. (1991) Cell, 64, 1123-1134.

21. Billard, L.M., Magdinier, F., Lenoir, G.M., Frappart, L. and Dante, R. (2002) Oncogene, 21,2704-2712.

22. Robertson, K.D., Ait-Si-Ali, S., Yokochi, Т., Wade, P.A., Jones, P.L. and Wolffe, A.P. (2000) Nat Genet, 25, 338-342.

23. Attwood, J.T., Yung, R.L. and Richardson, B.C. (2002) Cell Mol Life Sci, 59, 241-257.24.