Анеуплоидия как механизм обратимого изменения супрессорного фенотипа (ISP) у дрожжей Saccharomyces cerevisiae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Дроздова, Полина Борисовна

• Дроздова, Полина Борисовна
• кандидат наук
• 2016

Оглавление диссертации кандидат наук Дроздова, Полина Борисовна

Оглавление

Стр.

Введение

Глава 1. Обзор литературы

Факторы, обеспечивающие эффективную терминацию трансляции у дрожжей 8асскаготусе$ cerevisiae, и их

взаимодействие

1.1. 8. сегву181ав как объект генетики

1.2. Общие сведения о процессе трансляции у дрожжей 8. cerevisiae

1.2.1. Состав рибосомы и регуляция синтеза компонентов рибосомы

1.2.2. Инициация трансляции

1.2.3. Элонгация трансляции

1.2.4. Терминация трансляции и рециклирование рибосом

1.2.5. Деградация РНК с преждевременным стоп-кодоном

1.3. Контроль эффективности терминации трансляции

1.3.1. Влияние последовательности и стабильности мРНК на вероятность считывания стоп-кодона

1.3.2. Роль тРНК в считывании стоп-кодонов

1.3.3. Роль рРНК и рибосомных белков в считывании стоп-кодонов

1.3.4. Влияние изменений в белках, принимающих участие в терминации трансляции, на эффективность этого процесса

1.3.5. Влияние белков, участвующих в других этапах трансляции, на терминацию трансляции

1.3.6. Другие факторы, влияющие на считывание стоп-кодонов

1.4. Прионы дрожжей

1.4.1. Разнообразие и общие свойства прионов дрожжей

1.4.2. Связь [Р87+] с терминацией трансляции

1.4.3. [^57+] и терминация трансляции

1.4.4. МОВ5, [МОП+] и терминация трансляции

1.4.5. [Т5Р+]

1.5. Заключение

Глава 2. Материалы и методы

2.1. Штаммы

2.2. Среды и методы культивирования

2.3. Методы генетики дрожжей

2.4. Методы микроскопии

2.5. Методы работы с нуклеиновыми кислотами

2.5.1. Выделение ДНК

2.5.2. Выделение РНК

2.5.3. Плазмиды, конструирование и проверка плазмид

2.5.4. ПЦР, обратная транскрипция и гибридизация ДНК

2.5.5. Электрофорез нуклеиновых кислот

2.5.6. Получение делеций генов с помощью гомологичной рекомбинации

2.5.7. Секвенирование ДНК

2.6. Методы работы с белками

2.6.1. Выделение белков

2.6.2. Определение активности кислой фосфатазы

2.7. Анализ данных

2.7.1. Статистические методы

2.7.2. Анализ данных ОТ-ПЦР-РВ

2.7.3. Анализ изображений

2.7.4. Обработка данных экспрессии генов, полученных при гибридизации с ДНК-микрочипом

2.7.5. Работа с последовательностями нуклеиновых кислот

Глава 3. Результаты

3.1. Общая характеристика особенностей фенотипа и генотипа

штамма 25-25-2В-П3982

3.1.1. Проверка известных данных об особенностях

генотипического фона 25-25-2В-П3982

3.1.2. Анализ новых данных об особенностях генотипического

фона изучаемого штамма

3.2. Влияние сверхпродукции р/Ы-богатых регуляторов транскрипции на изменение фенотипа клонов с Ьр- на Ьр+

3.2.1. Сверхпродукция Swi1p, но не других аспарагин-глутамин-богатых регуляторов транскрипции, увеличивает частоту появления клонов Ьр+ в потомстве клонов Ьр-

3.2.2. Влияние сверхпродукции Swi1p на частоту появления

клонов Ьр+ не связано с его агрегацией

3.2.3. Влияние сверхэкспрессии БШ71 на частоту появления

клонов Ьр+ не связано с изменением уровня мРНК БГР1

3.2.4. В потомстве трансформантов со сверхэкспрессией БШ71 появляются автодиплоидные клоны

3.3. Влияние Ьр-статуса штамма и делеции гена БГР1 на экспрессию белок-кодирующих генов дрожжей

3.3.1. В клетках Ьр+, в отличие от клеток 8/р1 А, не снижена экспрессия мишеней Sfp1p

3.3.2. В клетках Ьр+ не изменена транскрипция большинства

генов биогенеза рибосом и генов рибосомных белков

3.3.3. Делеция гена СЯГ1 не влияет на проявление фенотипа Ьр+

3.3.4. Делеция и сверхэкспрессия гена ЯРЯЯЛ не влияют на проявление фенотипа Ьр+

3.3.5. Транскрипционные факторы, мишени которых различаются по уровню экспрессии в клонах Ьр+ и Ьр-

3.3.6. Функциональная классификация генов, экспрессия которых изменяется при делеции БГР1 или изменении фенотипа с Ьр- на Ьр+

3.3.7. В клетках Ьр+ активирована транскрипция генов белков клеточной стенки и генов, контролирующих импорт ионов железа

3.3.8. В клонах Ьр- усилена экспрессия генов хромосом II и IX

3.4. Сравнительный анализ геномов клонов Ьр+ и Ьр-

3.4.1. Секвенирование геномов подтверждает данные о вариабельной копийности хромосом II и IX

3.4.2. Анализ кариотипа независимо полученных клонов Ьр+ и Ьр-106

3.5. Поиск связи между геном БГР1 и фенотипом Ьр+

3.6. Поиск связи между обработкой виНС1 и изменением кариотипа

3.7. Анализ отдельных генов, изменение числа копий которых может объяснять различие фенотипов Ьр+ и Ьр-

3.7.1. Введение дополнительной копии Ыб7-1 улучшает рост клонов Ьр+ на среде без гистидина

3.7.2. Доза гена зпр45-400 не определяет различие фенотипов Ьр+иЬр-

3.7.3. Сверхэкспрессия некоторых генов тРНК и гена ТВГ2 увеличивает эффективность нонсенс-супрессии

Глава 4. Обсуждение

4.1. Фенотип Ьр+ и его связь с уровнем экспрессии различных генов

4.2. Связь фенотипа Ьр- и кариотипа клона

4.3. Идентичность штаммов, использованных различными исследователями в ходе изучения фенотипа Ьр+

4.4. Влияние виНС1 на появление клонов Ьр-

в потомстве клонов Ьр+

4.5. Участие гена БРР1 в изменении фенотипа с Ьр- на Ьр+

4.6. Участие гена SWI1 в переходе от фенотипа Ьр- к фенотипу Ьр+

4.7. Нестабильность кариотипа исследуемых штаммов

4.8. Заключение

Глава 5. Выводы

Список сокращений и условных обозначений

Список литературы

Благодарности

Приложение А. Праймеры, использованные в работе

Приложение Б. Гены с преждевременными стоп-кодонами в геноме

штамма 25-25-2В-П3982

Приложение В. ORF, экспрессия которых различается в клонах Isp+

и Isp-

Приложение Г. Список биологических процессов (Go biological

process), участвующими в которых генами обогащены списки DEG в каждом из попарных сравнений

Приложение Д. Результаты сравнительной геномной гибридизации

(aCGH)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Анеуплоидия как механизм обратимого изменения супрессорного фенотипа (ISP) у дрожжей Saccharomyces cerevisiae»

Введение

Актуальность темы исследования. Дрожжи Saccharomyces cerevisiae — модельный эукариотический объект, с помощью которого можно исследовать механизмы многих процессов в клетке. Одним из таких процессов является тер-минация трансляции. Известно, что её эффективность зависит от различных факторов. Снижение эффективности терминации приводит к нонсенс-супрессии — считыванию стоп-кодонов как значащих. Исследование посвящено дальнейшему изучению механизмов, обеспечивающих тонкую регуляцию эффективности терминации трансляции у дрожжей, на модели нонсенс-супрессии.

Степень разработанности темы. Ранее было показано, что штаммы, несущие нонсенс-супрессорную мутацию sup35-25 (ген SUP35 кодирует фактор терминации трансляции eRF3), способны к спонтанному изменению фенотипа с супрессорного на несупрессорный. Природа возникающего несупрессорного фенотипа, была подробно исследована; было показано, что в основе этого изменения фенотипа лежит появление в клетке наследственного детерминанта, обозначенного [7SP+] (от англ. Inversion of Suppressor Phenotype) и проявляющего сходство с дрожжевыми прионами. Было показано также, что [7SP+] возникает, скорее всего, в результате прионного превращения транскрипционного фактора Sfpl. Вместе с тем, не вполне понятно, каким образом прионизация этого транскрипционного фактора может приводить к снижению эффективности нонсенс-супрессии, то есть к увеличению эффективности терминации трансляции.

Целью работы явилось дальнейшее изучение механизмов, лежащих в основе обратимого изменения супрессорного фенотипа (Isp) у дрожжей S. cerevisiae.

В рамках поставленной цели были сформулированы следующие задачи:

1. Изучение влияния сверхэкспрессии генов, кодирующих известные прионно-генные регуляторы транскрипции, на частоту появления клонов Isp+ в потомстве клонов Isp-;

2. Сравнение изменения экспрессии генов, сопровождающего переход от фенотипа Isp+ к фенотипу Isp-, с изменением экспрессии, вызванным делецией SFP1;

3. Поиск генов, изменение уровня экспрессии которых может определять разницу фенотипов Ьр+ и Ьр-;

4. Анализ кариотипа независимо полученных клонов Ьр+ и Ьр-, направленный на выявление особенностей, коррелирующих с фенотипом клона.

Научная новизна. В представленной работе впервые показано, что эффективность нонсенс-супрессии может регулировать дупликация хромосомы II, несущей супрессируемые мутации Ыб7-1 и lys2-87. Кроме того, впервые обнаружено, что при воздействии гидрохлорида гуанидина может происходить отбор анеуплоидных клонов, а под действием сверхэкспрессии SFP1 — возвращение к эуплоидному состоянию. Впервые показано влияние сверхэкспрессии SWI1 на кариотип гетероталличного штамма.

Теоретическая и практическая значимость работы. Представленная работа является целостным исследованием, сочетающим подходы молекулярной генетики и современных методов анализа данных. Полученные данные подчёркивают необходимость учёта дополнительных изменений генома, таких как анеуплоидия, при планировании исследований, непосредственно не связанных с изучением стабильности генома. Эти результаты углубляют понимание механизмов тонкой регуляции матричных процессов и могут быть использованы в курсах «Частная генетика дрожжей», «Генетический контроль трансляции» и «Прионы», преподаваемых на кафедре генетики и биотехнологии СПбГУ, а также аналогичных курсах в других учебных заведениях.

Методология и методы исследования. В данной работе использован подход, объединяющий методы, традиционно используемые в генетике дрожжей, широкий круг методов молекулярной биологии и микроскопии, а также современные методы биоинформатики. Основной объект исследования — дрожжи & cerevisiae.

Основные положения, выносимые на защиту. В изученной системе нон-сенс-супрессорный фенотип может регулировать копийность хромосомы II: все изученные клоны фенотипа Ьр- характеризуются наличием дополнительной хромосомы. Кроме того, некоторые клоны Ьр- характеризуются также наличием дополнительной хромосомы IX и снижением экспрессии генов, контролирующих импорт ионов железа и метаболизм аминокислот. Все изученные клоны Ьр+ содержат одну хромосому II; некоторые из них являются дисомиками по другим

хромосомам, но это не влияет на эффективность нонсенс-супрессии. Разница фенотипа между клонами Ьр+ и Ьр- частично объясняется дупликацией генов, являющихся мишенью нонсенс-супрессии, а также может усиливаться за счёт увеличения дозы других генов, кодирующих участвующие в трансляции белки и РНК. Токсическое действие гидрохлорида гуанидина может способствовать отбору дисомных по хромосоме II клонов, а сверхэкспрессия генов SFP1 или БШ71, напротив, приводить к нормализации кариотипа таких анеуплоидных клонов. В случае сверхэкспрессии SW71 может также происходить диплоидизация клеток.

Степень достоверности и апробация результатов. Основные результаты диссертационной работы были доложены и обсуждены на 9 российских и международных конференциях и опубликованы в 5 статьях в рецензируемых научных изданиях.

Объём и структура работы. Диссертация состоит из введения, пяти глав и пяти приложений. Полный объём диссертации составляет 193 страницы с 57 рисунками и 20 таблицами. Список литературы содержит 336 наименований.

Глава 1. Обзор литературы Факторы, обеспечивающие эффективную терминацию трансляции у дрожжей Басскаготусеъ cerevisiae, и их взаимодействие

Учитель: Дети, запишите предложение: «Рыба сидела на дереве». Ученик: А разве рыбы сидят на деревьях? Учитель: Ну... Это была сумасшедшая рыба.

Школьный анекдот

цит. по: А. и Б. Стругацкие «Понедельник начинается в субботу»

1.1. S. cerevisiae как объект генетики

Дрожжи S. cerevisiae являются очень хорошо изученным модельным объектом клеточной биологии и генетики (см. Botstein, Fink, 2011). Как пишет Карл Линдегрен (Carl C. Lindegren), изучение дрожжевой клетки началось с постулированием клеточной теории, то есть с восьмидесятых годов XIX века. В первой половине XX века, когда была выявлена плоидность клеток, началось изучение генетики дрожжей Saccharomyces cerevisiae (см. Lindegren, 1949). К середине XX века было картировано несколько десятков генов и описан жизненный цикл дрожжей. Изученные признаки относились как к макроскопическим свойствам колоний (цвет, структура), так и к физиологическим свойствам штаммов (способность или неспособность расти при отсутствии в питательной среде определённых веществ); кроме того, был получен ряд как спонтанных, так и индуцированных мутантов (Lindegren, 1949). Вскоре после появления методов секвенирования ДНК Фредерика Сенгера (Sanger, Coulson, 1975; Sanger et al., 1977), а также Аллана Максама и Уолтера Гилберта (Maxam, Gilbert, 1977) появились первые последовательности дрожжевых генов, среди которых были гены рибосомных РНК (Valenzuela et al., 1977; Rubtsov et al., 1980), а позже и консервативные белок-кодирующие гены, например, актин (Gallwitz, Sures, 1980). Примерно в то же время были изучены группы сцепления, включающие

уже известные гены, и сделан вывод о наличии у S. cerevisiae шестнадцати хромосом (см. Инге-Вечтомов, Карпова, 1993; Duina et al., 2014). Этот вывод был впоследствии подтверждён с помощью метода пульс-электрофореза, основанного на разделении молекул ДНК большой длины (порядка десятков тысяч пар оснований или более) в агарозном геле с помощью периодической смены направления электрического поля. Следует отметить, что традиционные цитологические методы не слишком удобны в работе с S. cerevisiae, поскольку этот организм обладает сравнительно небольшими хромосомами, и это затрудняет их микроскопический анализ (см. Инге-Вечтомов, Карпова, 1993). К 1992 году число известных генов дрожжей составляло уже около тысячи (см. Goffeau et al., 1996).

Сравнительно небольшой размер генома и хорошая изученность стали причиной того, что геном S. cerevisiae стал первым полностью отсеквенированным геномом эукариотического организма. Последовательности каждой из 16 дрожжевых хромосом и митохондриального генома штамма S288C были определены совместными усилиями нескольких лабораторий; статьи выходили в период с 1992 по 1998 гг. Эти последовательности до сих пор являются отправной точкой (референсом) для большинства исследований генома дрожжей и сохранены в базе данных дрожжевого генома (Saccharomyces Genome Database, yeastgenome.org) в почти неизменном виде, если не считать некоторых уточнений, связанных, в частности, с тем, что разные научные группы использовали разные производные штамма S288C (Engel et al., 2014).

При секвенировании генома было выявлено 6275 открытых рамок считывания (ORF), которые могут кодировать белки длиной не менее 99 аминокислот, а также несколько сотен генов, предположительно кодирующих РНК (Goffeau et al., 1996). Впоследствии существование большинства этих генов было подтверждено экспериментально. Сейчас в базе данных дрожжевого генома указаны 5133 подтверждённых ORF (http://yeastgenome.org/genomesnapshot по состоянию на август 2016). Кроме того, секвенирование позволило выявить ряд интересных особенностей генома S. cerevisiae, таких как малое количество ORF с интронами (не более 4%) и событие полной дупликации генома, вероятно, имевшее место в эволюционной истории вида (Goffeau et al., 1996). Более подробное изучение этого вопроса позволило найти 55 дуплицированных участков, включающих 376

пар генов-паралогов (Wolfe, Shields, 1997), а недавно было высказано предположение, что дупликация генома следовала за спариванием клеток, принадлежащих к разным видам, и была необходима для восстановления фертильности (см. Wolfe, 2015).

Сейчас известны последовательности генома нескольких сотен штаммов дрожжей (Wei et al., 2007; Raiser, Kuhl, 2012; Bergström et al., 2014; Song et al., 2015; Strope et al., 2015 и другие работы), и это число постоянно увеличивается. К сожалению, качество как исходных данных, так и их обработки не всегда высоко и сильно варьирует в зависимости от возможностей и целей авторов каждого исследования. В некоторых исследованиях, целью которых было выявление эволюционных связей между разными (природными и лабораторными) штаммами дрожжей (Liti et al., 2009; Bergstrom et al., 2014), авторы отдали предпочтение количеству данных в ущерб качеству анализа индивидуальных образцов и пользовались сложными статистическими методами анализа для предсказания настоящих последовательностей при объединении нескольких образцов, полученных из родственных штаммов.

Тем не менее, накопленные в результате секвенирования большого числа штаммов данные позволили утверждать, что число однонуклеотидных замен, отличающих штаммы S. cerevisiae друг от друга, относительно невелико по сравнению с близкими видами (Bergstrom et al., 2014), а также дали возможность высказать гипотезу о том, что эти различия могут быть связаны с тем, что разнообразие геномов разных штаммов S. cerevisiae создаётся в большей степени не за счёт нуклеотидных замен, а за счёт хромосомных перестроек (Bergstrom et al., 2014). Хотя эта гипотеза нуждается в дополнительной проверке, из имеющихся данных следует не менее двух важных выводов. Во-первых, относительно небольшое разнообразие последовательностей генов оправдывает использование плазмид, полученных из геномной ДНК одного штамма, для исследования мутаций в неродственном штамме. Во-вторых, относительно высокая частота хромосомных перестроек может объяснять существование репродуктивного барьера между некоторыми штаммами.

Вид S. cerevisiae обладает достаточно высокой экологической пластичностью и может обитать в разных экологических нишах, однако обычно эти ниши связаны с человеком (см. Legras et al., 2007). В лабораторной практике исполь-

зуют штаммы S. cerevisiae разного происхождения, которые можно условно разделить на три группы.

1. Многие лабораторные штаммы восходят к Карбондэйлским генетическим линиям, основанным К. Линдегреном, и появились в результате сложных скрещиваний, в которых участвовали разные виды Saccharomyces, однако большая часть генетического материала их штаммов принадлежит S. cerevisiae (см. Lindegren, 1949; Mortimer, Johnston, 1986; Engel et al., 2014). К таким штаммам относится в том числе S288C, источник первого секвенированного генома (см. Engel et al., 2014), и полученные на его основе штаммы BY4741 и BY4742 (Winston et al., 1995; Brachmann et al., 1998).

2. Кроме того, используют штаммы сложного гибридного происхождения, полученные в результате многократных возвратных скрещиваний с S288C или другими штаммами первой группы, такие как W303 (см. Raiser, Kuhl, 2012), YPH499 (Sikorski, Hieter, 1989) или группа штаммов CEN.PK (см. Entian, Kotter, 2007). Эти штаммы в разной степени схожи с S288C: например, геномы CEN.PK113-7D и S288C отличаются друг от друга 22 тыс. однонук-леотидных замен (Nijkamp et al., 2012), а в случае W303 и S288C различие составляет около 8 тыс. (Raiser, Kuhl, 2012). Определить точную степень родства каждого из этих штаммов со штаммом S288C не представляется возможным.

3. Наконец, существуют лабораторные штаммы, значительная часть генома которых принадлежит независимым от S288C клиническим или промышленным изолятам. Среди первых в качестве лабораторного штамма наиболее активно используется YJM789, гаплоидный потомок клинического изолята (Tawfik et al., 1989; Wei et al., 2007). Примером потомков промышленных дрожжей могут служить H-42, гаплоидный потомок штамма, используемого для производства саке (Toh-E et al., 1973), или 15В-П4, происходящий от дрожжей, используемых в производстве спирта (Инге-Вечтомов, 1963). 15В-П4 был использован в скрещиваниях, давших начало Петергофским генетическим линиям (ПГЛ). ПГЛ — это группа родственных между собой дрожжевых штаммов, происходящих от гетероталличного производного XII производственной расы, полученного на кафедре генетики ЛГУ

С. Г. Инге-Вечтомовым (Инге-Вечтомов, 1963). В изучении дрожжевых при-онов широко используют производные штамма 74-Д694, который является потомком скрещиваний штаммов ПГЛ и штамма DBY474 из лаборатории Д. Ботстайна (David Botstein; Botstein et al., 1979). Штаммы этой группы отдалённо родственны S288C: например, YJM789 отличается от S288C по нуклеотидам в 60 тыс. позиций (Wei et al., 2007), 15В-П4 —в 46 тыс. (Drozdova et al., 2016), а 74-Д694 —в 24-26 тыс. позиций (Fitzpatrick et al., 2011; Drozdova et al., 2016).

Следует отметить, что в то время как ряд штаммов используют повсеместно, некоторые другие применяют в отдельных областях. Иногда выбор обусловлен объективными особенностями штамма (например, производный YJM789 в паре с производным W303 удобно использовать для изучения рекомбинации, поскольку последовательности их геномов различаются приблизительно по 60 тыс. позиций, разбросанных по всему геному; Lee et al., 2009), а иногда определён традицией. Например, поскольку многие ключевые эксперименты по изучению прионов [PS/+] и [PZV+] были сделаны с использованием производных штамма 74-Д694 (например, Chernoff et al., 1995; Derkatch et al., 1996; Derkatch et al., 2001), этот и родственные ему штаммы продолжают широко использовать в изучении дрожжевых прионов (Du et al., 2008; Suzuki et al., 2012).

Жизненный цикл S. cerevisiae включает гаплоидную и диплоидную фазы, соотношение длительности которых зависит от типа штамма. Природные штаммы обычно гомоталличны, что означает, что гаплоидные клетки могут переключать тип спаривания и сливаться с другими клетками того же клона, образуя стабильные диплоидные клоны(см. Lee, Haber, 2015). Большинство лабораторных штаммов являются гетероталличными, т. е. не способны к переключению типа спаривания, поэтому их можно стабильно поддерживать как в диплоидном, так и в гаплоидном состоянии, а также направленно скрещивать (рис. 1.1А). Гете-роталличные штаммы обычно дефектны по гену HO, продукт которого необходим для переключения типа спаривания (рис. 1.1Б; см. Инге-Вечтомов, Карпова, 1993; Duina et al., 2014), но могут переключать тип спаривания при введении гена HO на плазмиде (Parent et al., 1985). Продукт этого гена, эндонуклеаза HO, продуцируется в материнской клетке в течение краткого промежутка времени в стадии G1 и вносит в ДНК двунитевой разрыв, репарация которого происходит

с использованием материала кассеты HMLa или HMRa. Эти последовательности ДНК содержат необходимые для формирования соответствующего типа спаривания гены, но не подвергаются транскрипции, поскольку расположены в области гетерохроматина (см. Lee, Haber, 2015).

Рисунок 1.1 — Клеточный цикл Б. еегеу181ав (А) и участки генома, несущие необходимую для определения типа спаривания информацию (Б). П — переключение типа спаривания.

1.2. Общие сведения о процессе трансляции у дрожжей Б. cerevisiae

Один из наиболее энергоёмких процессов в большинстве живых клеток — это синтез полипептидной цепи на матрице мРНК, или трансляция. В процессе трансляции принято выделять четыре этапа: инициацию, элонгацию, термина-цию и рециклирование рибосом (иногда два последних объединяют). На первом этапе, инициации, происходит сборка комплекса из двух субъединиц рибосомы, мРНК и инициаторной метионил-тРНК, предположительно связанной в Р-сай-те рибосомы. Во время элонгации в А-сайт рибосомы входят аминоацил-тРНК (аа-тРНК), антикодоны которых оцениваются на предмет комплементарности ко-дону мРНК, и в случае правильного спаривания кодона и антикодона рибосома катализирует образование пептидной связи, присоединяя к пептиду новую аминокислоту. После этого комплекс тРНК, пептида и мРНК продвигается на один кодон, освобождая в А-сайте место для подхода следующей тРНК, и процесс повторяется. Когда в А-сайт попадает стоп-кодон, с ним связывается комплекс факторов терминации трансляции, после чего происходит гидролиз эфирной связи

между полипептидом и тРНК, находящейся в этот момент в P-сайте рибосомы. Наконец, на последнем этапе, рециклировании, происходит диссоциация субъединиц рибосомы от мРНК, а также высвобождение деацилированной тРНК (см. Kapp, Lorsch, 2004; Dever, Green, 2012; Dever et al., 2016).

1.2.1. Состав рибосомы и регуляция синтеза компонентов рибосомы

Центральные процессы в биосинтезе белка —оценка комплементарности антикодона тРНК кодону мРНК и образование пептидной связи — обеспечиваются рибосомой (см. Woolford, Baserga, 2013). В активно делящихся дрожжевых клетках содержится около 200 тыс. рибосом (Warner, 1999; Haar, 2008; Firczuk et al., 2013), которые синтезируют 13 тыс. молекул белка в минуту (Haar, 2008). Каждая рибосома состоит из двух субъединиц, которые объединяются только в момент трансляции. Малая (40S) субъединица состоит из одной молекулы рРНК (18S) и 33 молекул белков, в то время как большая (60S) субъединица включает три молекулы рРНК (5S, 5,8S и 25S) и 46 белков (см. Woolford, Baserga, 2013).

В активно растущих дрожжевых клетках 60% транскриптов — это предшественники рРНК, а из транскриптов, синтезируемых РНК-полимеразой II, около 50% составляют мРНК генов рибосомных белков (см. Warner, 1999). Неудивительно, что экспрессия генов рРНК, генов, необходимых для синтеза компонентов и сборки субъединиц рибосом, и генов рибосомных белков строго регулируется в зависимости от доступных клетке питательных веществ, и одним из основных участников этой регуляции является киназный комплекс TOR (см. Zaman et al., 2008).

Синтез молекул рРНК, кодируемых участком повторов на хромосоме XII, осуществляется РНК-полимеразами I и III (рис. 1.2А), после чего они подвергаются сложному процессингу; часть этого процесса происходит в ядре, часть — в цитоплазме (см. Woolford, Baserga, 2013). При недостатке питательных веществ (в первую очередь глюкозы) транскрипция генов рРНК снижается за счёт деаце-тилирования гистонов, связанных с этим участком ДНК, которое ведёт к инактивации хроматина; при добавлении питательных веществ транскрипция генов рРНК усиливается за счёт увеличения количества активной формы РНК-поли-меразы I, опосредованного комплексом TORC1. Активность РНК-полимеразы

III регулируется главным образом ингибитором Maflp; при наличии глюкозы TORC1 ингибирует фосфатазу PP2A, что приводит к накоплению инактивиро-ванной фосфорилированной формы Maflp (см. Zaman et al., 2008; рис. 1.2Б). Наконец, гены, кодирующие субъединицы РНК-полимераз I и III, входят в число генов регулона Ribi и обычно содержат последовательность PAC в промоторной области, а их экспрессия также регулируется комплексом TORC1 (см. ниже).

А

хромосома XII

РНК-полимераза I

18S 5,8S

__j

РНК-полимераза III

18S

5,8S

5S

Б

TORC1

I

РНК-полимераза I

18S 5,8S 25S

А I—Q-Œ^

>

-\ Mafl 1

РНК-полимераза III 5S

Ю-

Рисунок 1.2 — Схема организации генов рРНК (А) и регуляции их экспрессии в условиях достаточного количества питательных веществ (Б). По 7ашап & а1., 2008; Woolford, Ваве^а, 2013. Красным цветом выделен положительный регулятор транскрипции, зелёным — отрицательный.

РНК-полимераза II транскрибирует гены двух групп: гены рибосомных белков (ЯР) и гены биогенеза рибосом (Я1Ы). Продукты генов ЯР являются структурными компонентами рибосомы, в то время как их синтез и сборку рибосомы контролируют продукты генов Я1Ы. Транскрипция этих генов также зависит от наличия питательных веществ (см. 2ашап et а1., 2008).

Попытки выявить общие элементы, которые могут определять корегуля-цию транскрипции этих генов, начались очень давно. При анализе последовательностей промоторов, характерных для генов разных функциональных групп, были выявлены три характерные для генов ЯР последовательности. Одна из них совпадала с известной последовательностью, узнаваемой Яар1р, а ещё две, ха-

рактерные для генов белков малой и большой субъединицы соответственно, не совпадали с сайтом связывания ни одного из известных на тот момент транскрипционных факторов (Hughes et al., 2000). Кроме того, в промоторах генов, контролирующих процессинг рРНК и тРНК, были обнаружены мотивы, названные RRPE и PAC (от англ. Ribosomal RNA Processing Element, элемент, связанный с процессингом рРНК, и Polymerase A (I) and C (III); Hughes et al., 2000). Вскоре было обнаружено, что при сверхэкспрессии гена SFP1 сначала повышается экспрессия многих генов Ribi, а затем генов RP, а при делеции этого гена экспрессия генов RP и Ribi снижается, причём в промоторах большинства выявленных в этом исследовании генов RP есть сайт связывания Raplp, а в случае генов Ribi — мотивы RRPE, PAC или обе эти последовательности (Jorgensen et al., 2002). SFP1 кодирует белок с полиаспарагиновой последовательностью и «цинковыми пальцами», элементами первичной структуры, характерными для ДНК-связывающих белков (Blumberg, Silver, 1991). Совокупность этих данных позволила предположить, что Sfplp связывается с последовательностью RRPE или PAC (Jorgensen et al., 2002). Тем не менее, при анализе связывания большинства известных регуляторов транскрипции с промоторами всех дрожжевых генов для Sfplp был выявлен сайт связывания, схожий с сайтом связывания Raplp, но не с сайтами RRPE или PAC (MacIsaac et al., 2006). Позже связывание очищенного Sfplp с олигонуклеотидной последовательностью, схожей с RRPE, было показано in vitro (Zhu et al., 2009). Также было обнаружено, что удаление этой последовательности из промоторов некоторых генов RP снижает их экспрессию (Zeevi et al., 2011). Связывание Sfplp с промоторами индивидуальных генов RP позже было подтверждено экспериментально с помощью иммунопреципитации хроматина (Marion et al., 2004), однако вопрос о том, с какой именно последовательностью ДНК связывается Sfplp in vivo и участвуют ли в этом процессе какие-то ещё белки, не решён окончательно.

Таким образом, совокупность разных данных позволяет назвать белок Sfpl регулятором транскрипции генов Ribi (см. выше). Кроме того, в этом процессе участвуют репрессоры транскрипции Stb3p, Tod6p и Dot6p (рис. l.3A). Stb3p был выявлен при поиске белков, связывающих последовательность RRPE in vivo (Liko et al., 2007). Для Dot6p и Tod6p было показано связывание с последовательностью PAC in vitro в двух независимых исследованиях (Freckleton et al.,

2009; Zhu et al., 2009). Активность трёх этих белков находится под контролем киназы Sch9: их фосфорилирование приводит к ингибированию связывания с ДНК, те. активации транскрипции (Huber et al., 2011). Как именно взаимодействуют Sch9p и Sfplp в регуляции экспрессии генов Ribi, не вполне понятно, хотя известно, что оба белка активируются в результате фосфорилирования TORC1 и конкурируют за фосфорилирование между собой (Lempiainen et al., 2009).

А TORCI-Sch9

RRPE-PAC-1- Ribi —

Б TORCI

Ifh1

Crf1

Зч/W

РНК-полимераза II

Fhl1 Sfp1 Hmo1 -R - R—IFHL / S (RRPE) / H-j- RP —

TORC1

РНК-полимераза II

I--------

ADT1 Fni1 STp1 Hmo1 — A-IFHL / S (RRPE) / H-j- RP —

Рисунок 1.3 — Общая схема регуляции транскрипции генов RP и Ribi в условиях достаточного количества питательных веществ, т. е. активации TORC1. Красным цветом выделены положительные регуляторы транскрипции, зелёным — отрицательные. A — сайт связывания Abflp, IFHL — комплекса Fhllp и Ifhlp, S (RRPE) —Sfplp, H —Hmolp. По данным Martin et al., 2004; Liko et al., 2007; Lempiainen et al., 2009; Wapinski et al., 2010; см. также Bosio et al., 2011.

Регуляция транскрипции генов RP несколько отличается от регуляции транскрипции генов Ribi, хотя некоторые белки принимают участие в обоих процессах (рис. 1.3Б). Многие гены рибосомных белков дуплицированы: 59 из 79 рибосомных белков кодируются двумя генами-паралогами (Planta, Mager, 1998). Показано, что промоторы однокопийных генов RP сильнее, чем дуплицирован-ных (Zeevi et al., 2011). В регуляции экспрессии генов RP принимает участие целый ряд белков: Rapl, Abfl, Ifhl, Fhll, Sfpl, Hmol. Сайты связывания Raplp есть в промоторах большинства генов RP (во многих случаях более 1 сайта), причём связывание Raplp с промоторами 122 из 137 генов RP показано экспериментально (Lieb et al., 2001). Rapl присутствует на промоторах конститутив-

но и не регулируется TORC1 (см. Bosio et al., 2011). В промоторах генов RP, лишённых сайта связывания Raplp, обычно встречается сайт Abflp (см. Bosio et al., 2011). В отличие от Raplp, Abflp не ассоциирован с промотором постоянно, а подвергается регуляции TORC1 (Fermi et al., 2016). Таким образом, гены RP с сайтами связывания Raplp и с сайтом связывания Abflp представляют собой две разные группы, которые в разной степени подвержены регуляции количеством питательных веществ (Bosio et al., 2011). Кроме двух базовых регуляторов, Raplp и Abflp, экспрессией генов RP управляют специфические транскрипционные факторы (рис. 1.3Б). Во-первых, в промоторах некоторых генов RP есть схожая с RRPE A/T-богатая последовательность, которая может быть сайтом связывания Sfplp (см. выше). Во-вторых, в некоторых промоторах генов RP есть сайт связывания Fhllp, транскрипционного фактора с ДНК-связываю-щим доменом из группы MADS-box. У этого белка есть коактиватор Ifhlp и корепрессор Crflp, продукты генов-паралогов, подвергнувшихся неофункциона-лизации после полногеномной дупликации (Martin et al., 2004; Wapinski et al., 2010). Интересно, что наличие сайта Fhllp коррелирует с высокой активностью промотора (см. Zeevi et al., 2011). Наконец, для нормального уровня экспрессии некоторых генов RP необходим белок Hmol, который также участвует в упаковке хроматина и активации РНК-полимеразы I (Berger et al., 2007). Возможно, Hmolp необходим для связывания Fhllp с некоторыми промоторами (Kasahara et al., 2007).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Дроздова, Полина Борисовна, 2016 год

Список литературы

1. Аксенова А. Ю., Волков К. В., Ровинский Н. С., Свитин А. В., Миронова Л. Н. Фенотипическое проявление эпигенетического детерминанта [/SP+] зависит от комбинации мутаций в генах SUP45 и SUP35 // Молекулярная биология. - 2006. - Т. 40, № 5. - С. 844-849.

2. Аксенова А. Ю. Идентификация и характеристика генов, влияющих на поддержание и фенотипическое проявление прионоподобного детерминанта [/SP+], у дрожжей Saccharomyces cerevisiae: дис. ... канд. биол. наук: 03.02.07. - СПб., 2006. - 140 с.

3. Волков К. В., Ильмов Е. А., Миронова Л. Н., Инге-Вечтомов С. Г. Свойства мутантного фактора [PS/] - прионоподобного элемента дрожжей // Доклады академии наук. - 1997. - Т. 357, № 1. -С. 123-125.

4. Волков К. В. Новый прионоподобный детерминант дрожжей Saccharomyces cerevisiae, вовлеченный в контроль трансляции: дис. ... канд. биол. наук: 03.00.15. - СПб., 2000. - 130 с.

5. Галкин А. П. Идентификация и анализ взаимодействия прионов и амилоидов в протеоме дрожжей Saccharomyces cerevisiae: дис. ... докт. биол. наук: 03.02.07. - СПб., 2015. - 205 с.

6. Гогинашвили А. И., Волков К. В., Миронова Л. Н. Использование экспрессионной библиотеки для идентификации генов, сверхэкспрессия которых приводит к индукции прионоподобного детерминанта [/SP+] у дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Вестник Санкт-Петербургского университета. Серия 3. - 2009. - Т. 4. - С. 94-104.

7. Дроздова П. Б., Радченко Э. А., Рогоза Т. М., Хохрина М. А., Миронова Л. Н. Ген SFP1 контролирует терминацию трансляции у дрожжей Saccharomyces cerevisiae путем регуляции количества белка Sup35 (eRF3) // Молекулярная биология. - 2013. - Т. 47, № 2. - С. 275-281.

8. Журавлева Г. А., Петрова А. В. Нарушение псевдогифального роста у мутантов по фактору терминации трансляции eRF1 дрожжей

8асскаготусв8 свгеу181ав // Доклады академии наук. — 2010. — Т. 433, вып. 5. — С. 707—709.

9. Захаров И. А., Кожин С. А., Кожина Т. Н., Федорова И. В. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов / под ред. М. Н. Мейселя. — Л.: Наука, 1984.

10. Инге-Вечтомов С. Г. Новые генетические линии дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Вест. Ленинградского ун-та. — 1963. — Т. 21, №4.— С. 117—125.

11. Инге-Вечтомов С. Г. Точность реализации генетической информации // Вестник РАН. — 1969. — Т. 8, № 25. — С. 25—30.

12. Инге-Вечтомов С. Г. Идентификация некоторых групп сцепления у Петергофских генетических линий дрожжей // Генетика. — 1971. — Т. VII, № 9. — С. 113—124.

13. Инге-Вечтомов С. Г., Андрианова В. М. Рецессивные суперсупрессоры у дрожжей // Генетика. — 1970. — Т. VI, № 11. — С. 103—115.

14. Инге-Вечтомов С. Г., Карпова Т. С. Частная генетика дрожжей-сахаромицетов / под ред. Л. Н. Мироновой. — Издательство С.-Петербургского университета, 1993. — С. 252.

15. Инге-Вечтомов С. Г., Тиходеев О. Н., Карпова Т. С. Селективные системы для получения рецессивных рибосомных супрессоров у дрожжей сахаромицетов // Генетика. — 1988. — Т. 24, № 7. — С. 1159—1165.

16. Кондрашкина А. М., Антонец К. С., Галкин А. П., Нижников А. А. Прионоподобный детерминант [^57+] Saccharomyces cerevisiae снижает экспрессию гена 5иР45 // Молекулярная биология. — 2014. — Т. 48, № 5. — С. 790—796.

17. Коченова О. В., Сошкина Ю. В., Степченкова Е. И., Инге-Вечтомов С. Г., Щербакова П. В. Участие ДНК-полимераз репликативного обхода повреждений в поддержании целостности хромосом у дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Биохимия. — 2011. — Т. 76, № 1. — С. 62—75.

18. Матвеенко А. Г., Землянко О. М., Журавлева Г. А. Идентификация генов Saccharomyces cerevisiae, влияющих на синтетическую летальность

приона [PS/+] с мутациями в гене SUP45 // Молекулярная биология. — 2013. — Т. 47, № 4. — С. 609—617.

19. Москаленко С. Е., Журавлева Г. А., Соом М. Я., Шабельская С. В., Волков К. В., Землянко О. М., Филипп М., Миронова Л. Н., Инге-Вечтомов С. Г. Характеристика миссенс-мутаций в гене SUP45 дрожжей Saccharomyces cerevisiae, кодирующем фактор терминации трансляции eRF1 // Генетика. — 2004. — Т. 40, № 5. — С. 1—8.

20. Мурина О. А., Москаленко С. Е., Журавлева Г. А. Сверхэкспрессия генов, кодирующих тРНКТуг и тРНК°1п, повышает жизнеспособность нонсенс-мутантов по гену SUP45 дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Молекулярная биология. — 2013. — Т. 44, № 2. — С. 301—310.

21. Нижников А. А., Магомедова З. М., Сайфитдинова А. Ф., Инге-Вечтомов С. Г., Галкин А. П. Выявление генов, кодирующих потенциально амилоидогенные белки, участвующих в регуляции нонсенс-супрессии у дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Экологическая генетика. — 2011. — Т. IX, № 4.

22. Падкина М. В., Краснопевцева Н. Г., Петрашень М. Г., Кожин С. А. , Смирнов М. Н. Генетико-биохимическое изучение кислых фосфатаз Saccharomyces cerevisiae. Сообщение I. Характеристика кислых фосфатаз разных штаммов // Молекулярная биология. — 1974. — Т. 10, № 11. —С. 101—110.

23. Радченко Э. А. Роль гена SFP1 в контроле эффективности нонсенс-супрессии у дрожжей Saccharomyces cerevisiae: дис. ... канд. биол. наук: 03.02.07. — СПб., 2014. — 140 с.

24. Рогоза Т. М., Викторовская О. В., Родионова С. А., Иванов М. С., Волков К. В., Миронова Л. Н. Поиск генов, влияющих на поддержание антисупрессорного прионоподобного детерминанта [TSP+] у дрожжей, с помощью инсерционной библиотеки генов // Молекулярная биология. — 2009. — Т. 43, № 3. — С. 392—399.

25. Самбук Е. В., Тер-Аванесян М. Д. Восстановление активности кислой фосфатазы I и фосфорибозиламиноимидазолкарбоксилазы в результате супрессии охр-мутаций в генах phol и ade2 у дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Генетика. — 1980. — Т. XVI, № 5. — С. 833—839.

26. Aigle M., Lacroute F. Genetical aspects of [URE3], a non-mitochondrial, cytoplasmically inherited mutation in yeast // Molecular & general genetics. - 1975. - Vol. 136, no. 4. - Pp. 327-235.

27. Akhmaloka S. P., Subandi M. F. Mutation at tyrosine in AMLRY (GILRY like) motif of yeast eRF1 on nonsense codons suppression and binding affinity to eRF3 // Int J Biol Sci. - 2008. - Vol. 4. - Pp. 87-95.

28. Aksenova A., Muñoz I., Volkov K., Arino J., Mironova L. The HAL3-PPZ1 dependent regulation of nonsense suppression efficiency in yeast and its influence on manifestation of the yeast prion-like determinant [ISP+] // Genes to cells. - 2007. - Vol. 12, no. 4. - Pp. 435-45.

29. Alberti S., Halfmann R., King O., Kapila A., Lindquist S. A systematic survey identifies prions and illuminates sequence features of prionogenic proteins // Cell. - 2009. - Vol. 137, no. 1. - Pp. 146-58.

30. Alksne L. E., Anthony R. A., Liebman S. W., Warner J. R. An accuracy center in the ribosome conserved over 2 billion years // PNAS U. S. A. -1993. - Vol. 90, no. 20. - Pp. 9538-9541.

31. Andrews S. FastQC. A quality control tool for high throughput sequence data. 2010. - 2010. - URL: http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/ projects/fastqc/.

32. Atkin A. L., Roy K., Bell J.Construction of an opal suppressor by oligonucleotide-directed mutagenesis of a Saccharomyces cerevisiae tRNA (Trp) gene. // Molecular and cellular biology. - 1990. - Vol. 10, no. 8. -Pp. 4379-4383.

33. Balakrishnan R., Park J., Karra K., Hitz B. C., Binkley G., Hong E. L., Sullivan J., Micklem G., Cherry J. M. YeastMine-an integrated data warehouse for Saccharomyces cerevisiae data as a multipurpose tool-kit // Database. - 2012. - Vol. 2012. - bar062.

34. Bankevich A. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing // Journal of computational biology. -2012. - Vol. 19, no. 5. - Pp. 455-477.

35. Bar C., Zabel R., Liu S., Stark M. J. R., Schaffrath R. A versatile partner of eukaryotic protein complexes that is involved in multiple biological

processes: Kti11/Dph3 // Molecular Microbiology. — 2008. — Vol. 69, no. 5. — Pp. 1221-1233.

36. Barnes W. M. Plasmid detection and sizing in single colony lysates // Science. — 1977. — Vol. 195, no. 4276. — Pp. 393-394.

37. Berger A. B., Decourty L., Badis G., Nehrbass U., Jacquier A., Gadal O. Hmo1 is required for TOR-dependent regulation of ribosomal protein gene transcription // Molecular and cellular biology. — 2007. — Vol. 27, no. 22. — Pp. 8015-8026.

38. Bergstrom A. et al. A high-definition view of functional genetic variation from natural yeast genomes // Molecular biology and evolution. — 2014. — Vol. 31, no. 4. — Pp. 872-88.

39. Bertram G., Bell H. A., Ritchie D. W., Fullerton G., Stansfield I. Terminating eukaryote translation: domain 1 of release factor eRF1 functions in stop codon recognition // RNA. — 2000. — Vol. 6, no. 9. — Pp. 1236-47.

40. Bester M. C., Jacobson D., Bauer F. F. Many Saccharomyces cerevisiae cell wall protein encoding genes are coregulated by Mss11, but cellular adhesion phenotypes appear only Flo protein dependent // G3. — 2012. — Vol. 2, no. 1. — Pp. 131-141.

41. Beznoskova P, Cuchalova L., Wagner S., Shoemaker C. J., Gunisova S., Haar T. von der, Valasek L. S. Translation initiation factors eIF3 and HCR1 control translation termination and stop codon read-through in yeast cells // PLoS Genet. — 2013. — Vol. 9, no. 11. — e1003962.

42. Blanchet S., Cornu D., Argentini M., Namy O. New insights into the incorporation of natural suppressor tRNAs at stop codons in Saccharomyces cerevisiae // Nucleic acids research. — 2014. — gku663.

43. Blumberg H., Silver P. A split zinc-finger protein is required for normal yeast growth // Gene. — 1991. — Vol. 107, no. 1. — Pp. 101-110.

44. Borchsenius A. S., Tchourikova A. A., Inge-Vechtomov S. G. Recessive mutations in SUP35 and SUP45 genes coding for translation release factors affect chromosome stability in Saccharomyces cerevisiae // Current Genetics. — 2000. — Vol. 37, no. 5. — Pp. 285-291.

45. Borneman A. R., Desany B. A., Riches D., Affourtit J. P, Forgan A. H., Pretorius I. S., Egholm M., Chambers P. J. Whole-genome comparison

reveals novel genetic elements that characterize the genome of industrial strains of Saccharomyces cerevisiae // PLoS genetics. — 2011. — Vol. 7, no. 2. — e1001287.

46. Borneman A. R., Forgan A. H., Kolouchova R., Fraser J. A., Schmidt S. A. Whole Genome Comparison Reveals High levels of inbreeding and strain redundancy across the spectrum of commercial wine strains of Saccharomyces cerevisiae // G3. — 2016.

47. Borneman A. R., Pretorius I. S. Genomic insights into the Saccharomyces sensu stricto complex // Genetics. — 2015. — Vol. 199, no. 2. — Pp. 281-291.

48. Bosio M. C., Negri R., Dieci G. Promoter architectures in the yeast ribosomal expression program // Transcription. — 2011. — Vol. 2, no. 2. — Pp. 71-77.

49. Botstein D., Falco S. C., Stewart S. E., Brennan M., Scherer S., Stinchcomb D. T., Struhl K., Davis R. W. Sterile host yeasts (SHY): a eukaryotic system of biological containment for recombinant DNA experiments // Gene. — 1979. — Vol. 8, no. 1. — Pp. 17-24.

50. Botstein D., Fink G. R. Yeast: an experimental organism for 21st Century biology // Genetics. — 2011. — Vol. 189, no. 3. — Pp. 695-704.

51. Brachmann C. B., Davies A., Cost G. J., Caputo E., Li J., Hieter P., Boeke J. D. Designer deletion strains derived from Saccharomyces cerevisiae S288C: a useful set of strains and plasmids for PCR-mediated gene disruption and other applications // Yeast. — 1998. — Jan. — Vol. 14, no. 2. — Pp. 115-32.

52. Bradley M. E., Bagriantsev S., Vishveshwara N., Liebman S. W., Wiley J. Guanidine reduces stop codon read-through caused by missense mutations in SUP35 or SUP45 // Yeast. — 2003. — Vol. 20, no. 7. — Pp. 625-32.

53. Brandriss M. C., Stewart J. W., Sherman F., Botstein D. Substitution of serine caused by a recessive lethal suppressor in yeast // Journal of molecular biology. — 1976. — Vol. 102, no. 3. — Pp. 467-476.

54. Braun K. A., Young E. T. Coupling mRNA synthesis and decay // Molecular and cellular biology. — 2014. — Vol. 34, no. 22. — Pp. 4078-4087.

55. Breining P., Piepersberg W. Yeast omnipotent supressor SUP1 (SUP45): nucleotide sequence of the wildtype and a mutant gene // NAR. — 1986. — Vol. 14, no. 13. — Pp. 5187-5197.

56. Bretz F., Hothorn T., Westfall P. Multiple comparisons using R. — CRC Press, 2011.

57. Brown J. C. S., Lindquist S. A heritable switch in carbon source utilization driven by an unusual yeast prion // Genes & development. — 2009. — Vol. 23, no. 19. — Pp. 2320-2332.

58. Cairns B. R., Kim Y.-J., Sayre M. H., Laurent B. C., Kornberg R. D. A multisubunit complex containing the SWI1/ADR6, SWI2/SNF2, SWI3, SNF5, and SNF6 gene products isolated from yeast. // PNAS U. S. A. — 1994. — Vol. 91, no. 5. — Pp. 1950-1954.

59. Campbell D. A., Fogel S., Lusnak K. Mitotic chromosome loss in a disomic haploid in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1975. — Vol. 79, no. 3. — Pp. 383-396.

60. Cankorur-Cetinkaya A., Dereli E., Eraslan S., Karabekmez E., Dikicioglu D., Kirdar B. A novel strategy for selection and validation of reference genes in dynamic multidimensional experimental design in yeast // PloS one. — 2012. — Vol. 7, no. 6. — e38351.

61. Carlson M., Botstein D. Organization of the SUC gene family in Saccharomyces // Molecular and Cellular Biology. — 1983. — Vol. 3, no. 3. — Pp. 351-359.

62. Carr-Schmid A., Durko N., Cavallius J., Merrick W. C., Kinzy T. G. Mutations in a GTP-binding motif of eukaryotic elongation factor 1A reduce both translational fidelity and the requirement for nucleotide exchange // Journal of Biological Chemistry. — 1999. — Vol. 274, no. 42. — Pp. 30297-30302.

63. Chabelskaya S., Kiktev D., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. Nonsense mutations in the essential gene SUP35 of Saccharomyces cerevisiae are non-lethal // Molecular genetics and genomics. — 2004. — Oct. — Vol. 272, no. 3. — Pp. 297-307.

64. Chabelskaya S., Gryzina V., Moskalenko S., Le Goff C., Zhouravleva G. Inactivation of NMD increases viability of sup45 nonsense mutants in

Saccharomyces cerevisiae // BMC molecular biology. — 2007. — Vol. 8. — P. 71.

65. Chakrabortee S., Byers J. S., Jones S., Garcia D. M., Bhullar B., Chang A., She R., Lee L., Fremin B., Lindquist S., et al. Intrinsically disordered proteins drive emergence and inheritance of biological traits // Cell. — 2016. — Vol. 167, no. 2. — Pp. 369-381.

66. Chan P. P, Lowe T. M. GtRNAdb: a database of transfer RNA genes detected in genomic sequence // Nucleic acids research. — 2009. — Vol. 37, suppl 1. — Pp. D93-D97.

67. Chang F., Riera A., Evrin C., Sun J., Li H., Speck C., Weinreich M. Cdc6 ATPase activity disengages Cdc6 from the pre-replicative complex to promote DNA replication // eLife. — 2015. — Vol. 4. — a012914.

68. Chang J.-Y. Structural heterogeneity of 6 M GdmCl-denatured proteins: implications for the mechanism of protein folding // Biochemistry. — 2009. — Vol. 48, no. 40. — Pp. 9340-9346.

69. Charles J. S., Hamilton M. L., Petes T. D. Meiotic chromosome segregation in triploid strains of Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2010. — Vol. 186, no. 2. — Pp. 537-550.

70. Chernoff Y. O., Derkach I. L., Inge-Vechtomov S. G. Multicopy SUP35 gene induces de-novo appearance of psi-like factors in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Current genetics. — 1993. — Vol. 24, no. 3. — Pp. 268-70.

71. Chernoff Y. O., Lindquist S. L., Ono B., Inge-Vechtomov S. G., Liebman S. W. Role of the chaperone protein Hsp104 in propagation of the yeast prion-like factor [psi+] // Science. — 1995. — Vol. 268, no. 5212. — Pp. 880-884.

72. Chernoff Y. O., Newnam G. P, Liebman S. W. The translational function of nucleotide C1054 in the small subunit rRNA is conserved throughout evolution: genetic evidence in yeast // PNAS U. S. A. — 1996. — Vol. 93, no. 6. — Pp. 2517-2522.

73. Chernoff Y. O., Vincent A., Liebman S. W. Mutations in eukaryotic 18S ribosomal RNA affect translational fidelity and resistance to aminoglycoside antibiotics. // The EMBO journal. — 1994. — Vol. 13, no. 4. — P. 906.

74. Chernova T. A., Wilkinson K. D., Chernoff Y. O. Physiological and environmental control of yeast prions // FEMS microbiology reviews. — 2014. — Vol. 38, no. 2. — Pp. 326-344.

75. Cherry J. M., Hong E. L., Amundsen C., Balakrishnan R., Binkley G., Chan E. T., Christie K. R., Costanzo M. C., Dwight S. S., Engel S. R., et al. Saccharomyces Genome Database: the genomics resource of budding yeast // Nucleic acids research. — 2011. — gkr1029.

76. Christianson T. W., Sikorski R. S., Dante M., Shero J. H., Hieter P. Multifunctional yeast high-copy-number shuttle vectors // Gene. — 1992. — Vol. 110, no. 1. — Pp. 119-122.

77. Cingolani P, Platts A., Wang L. L., Coon M., Nguyen T., Wang L., Land S. J., Lu X., Ruden D. M. A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3 // Fly. — 2012. — Vol. 6, no. 2. — Pp. 80-92.

78. Cosson B., Couturier A., Chabelskaya S., Kiktev D., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. Poly (A)-binding protein acts in translation termination via eukaryotic release factor 3 interaction and does not influence [PSI+] propagation // Molecular and Cellular Biology. — 2002. — Vol. 22, no. 10. — Pp. 3301-3315.

79. Cox B. S., Tuite M. F., McLaughlin C. S. The psi factor of yeast: a problem in inheritance // Yeast. — 1988. — Vol. 4, no. 3. — Pp. 159-78.

80. Cox B. Ф, a cytoplasmic suppresor of super-suppressor in yeast // Genetics. — 1965. — Vol. 20. — Pp. 505-521.

81. Crouzet M., Tuite M. F. Genetic control of translational fidelity in yeast: molecular cloning and analysis of the allosuppressor gene SAL3 // Molecular & general genetics. — 1987. — Vol. 210, no. 3. — Pp. 581-3.

82. Crow E. T., Li L. Newly identified prions in budding yeast, and their possible functions // Seminars in cell & developmental biology. — 2011. — Vol. 22, no. 5. — Pp. 452-9.

83. Culotta V. C., Howard W. R., Liu X. F. CRS5 encodes a metallothionein-like protein in Saccharomyces cerevisiae // Journal of Biological Chemistry. — 1994. — Vol. 269, no. 41. — Pp. 25295-302.

84. Cyert M. S., Philpott C. C. Regulation of cation balance in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2013. — Vol. 193, no. 3. — Pp. 677-713.

85. Czaplinski K., Majlesi N., Banerjee T., Peltz S. W. Mtt1 is a Upf1-like helicase that interacts with the translation termination factors and whose overexpression can modulate termination efficiency. // RNA. — 2000. — Vol. 6, no. 5. — Pp. 730-743.

86. Czaplinski K., Ruiz-Echevarria M. J., Paushkin S. V., Han X., Weng Y, Perlick H. A., Dietz H. C, Ter-Avanesyan M. D, Peltz S. W. The surveillance complex interacts with the translation release factors to enhance termination and degrade aberrant mRNAs // Genes & development. — 1998. — Vol. 12, no. 11. — Pp. 1665-1677.

87. Dabrowski M., Bukowy-Bieryllo Z., Zietkiewicz E. Translational readthrough potential of natural termination codons in eucaryotes-The impact of RNA sequence // RNA biology. — 2015. — Vol. 12, no. 9. — Pp. 950-958.

88. Danecek P, Auton A., Abecasis G., Albers C. A., Banks E., DePristo M. A., Handsaker R. E., Lunter G., Marth G. T., Sherry S. T., et al. The variant call format and VCFtools // Bioinformatics. — 2011. — Vol. 27, no. 15. — Pp. 2156-2158.

89. Davis-Kaplan S. R., Ward D. M., Shiflett S. L., Kaplan J. Genome-wide analysis of iron-dependent growth reveals a novel yeast gene required for vacuolar acidification // Journal of Biological Chemistry. — 2004. — Vol. 279, no. 6. — Pp. 4322-9.

90. De Nadal E., Fadden R. P, Ruiz A., Haystead T., Arino J. A role for the Ppz Ser/Thr protein phosphatases in the regulation of translation elongation factor 1Ba // Journal of Biological Chemistry. — 2001. — Vol. 276, no. 18. — Pp. 14829-14834.

91. Dephoure N., Hwang S., O'Sullivan C., Dodgson S. E., Gygi S. P, Amon A., Torres E. M. Quantitative proteomic analysis reveals posttranslational responses to aneuploidy in yeast // eLife. — 2014. — Vol. 3. — e03023.

92. Derkatch I. L., Bradley M. E., Hong J. Y., Liebman S. W. Prions affect the appearance of other prions: the story of [PIN+] // Cell. — 2001. — Vol. 106, no. 2. — Pp. 171-182.

93. Derkatch I. L., Bradley M. E., Zhou P., Chernoff Y. O., Liebman S. W. Genetic and environmental factors affecting the de novo appearance of the [PSI+] prion in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1997. — Vol. 147, no. 2. — Pp. 507-519.

94. Derkatch I. L., Chernoff Y. O., Kushnirov V. V., Inge-Vechtomov S. G., Liebman S. W. Genesis and variability of [PSI] prion factors in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1996. — Vol. 144, no. 4. — Pp. 1375-1386.

95. Dever T. E., Green R. The elongation, termination, and recycling phases of translation in eukaryotes // Cold Spring Harbor perspectives in biology. — 2012. — Vol. 4, no. 7. — a013706.

96. Dever T. E., Kinzy T. G., Pavitt G. D. Mechanism and regulation of protein synthesis in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2016. — Vol. 203, no. 1. — Pp. 65-107.

97. Drozdova P. B., Tarasov O. V., Matveenko A. G., Radchenko E. A., Sopova J. V., Polev D. E., Inge-Vechtomov S. G., Dobrynin P. V. Genome sequencing and comparative analysis of Saccharomyces cerevisiae strains of the Peterhof genetic collection // PloS one. — 2016. — Vol. 11, no. 5. — e0154722.

98. Drozdova P, Matveenko A. Prions in yeast: Thinking outside of the brain // The Prion Phenomena in Neurodegenerative Diseases: New Frontiers in Neuroscience / ed. by G. Legname, G. Giachin. — Nova Science Publishers, 2015. — Pp. 209-236.

99. Drozdova P, Rogoza T, Radchenko E., Lipaeva P, Mironova L. Transcriptional response to the [ISP+] prion of Saccharomyces cerevisiae differs from that induced by the deletion of its structural gene, SFP1 // FEMS yeast research. — 2014. — Vol. 14, no. 8. — Pp. 1160-1170.

100. Du Z., Crow E. T., Kang H. S., Li L. Distinct subregions of Swi1 manifest striking differences in prion transmission and SWI/SNF function // Molecular and cellular biology. — 2010. — Vol. 30, no. 19. — Pp. 4644-55.

101. Du Z., Park K.-W., Yu H., Fan Q., Li L. Newly identified prion linked to the chromatin-remodeling factor Swi1 in Saccharomyces cerevisiae // Nature genetics. — 2008. — Vol. 40, no. 4. — Pp. 460-465.

102. Duina A. A., Miller M. E., Keeney J. B. Budding yeast for budding geneticists: a primer on the Saccharomyces cerevisiae model system // Genetics. — 2014. — Vol. 197, no. 1. — Pp. 33-48.

103. Dytham C. Choosing and Using Statistics: A Biologist's Guide. — John Wiley & Sons, 2011. — P. 298.

104. Dzialo M. C., Travaglini K. J., Shen S., Roy K., Chanfreau G. F., Loo J. A., Clarke S. G. Translational roles of elongation factor 2 protein lysine methylation // Journal of Biological Chemistry. — 2014. — Vol. 289, no. 44. — Pp. 30511-30524.

105. Engel S. R. et al. The reference genome sequence of Saccharomyces cerevisiae: then and now // G3. — 2014. — Vol. 4, no. 3. — Pp. 389-98.

106. Entian K.-D., Kotter P. Yeast genetic strain and plasmid collections //. Vol. 36. — Elsevier, 2007. — Pp. 629-666.

107. Erdman S., Lin L., Malczynski M., Snyder M. Pheromone-regulated genes required for yeast mating differentiation // Journal of Cell Biology. — 1998. — Vol. 140, no. 3. — Pp. 461-483.

108. Esposito M. S., Maleas D. T., Bjornstad K. A., Bruschi C. V. Simultaneous detection of changes in chromosome number, gene conversion and intergenic recombination during mitosis of Saccharomyces cerevisiae: spontaneous and ultraviolet light induced events // Current Genetics. — 1982. — Vol. 6, no. 1. — Pp. 5-11.

109. Fermi B., Bosio M. C., Dieci G. Multiple roles of the general regulatory factor Abf1 in yeast ribosome biogenesis // Current genetics. — 2016. — Pp. 1-4.

110. Ferreira P. C., Ness F., Edwards S. R., Cox B. S., Tuite M. F. The elimination of the yeast [PSI+] prion by guanidine hydrochloride is the result of Hsp104 inactivation // Molecular Microbiology. — 2001. — Vol. 40, no. 6. — Pp. 1357-1369.

111. Firczuk H., Kannambath S., Pahle J., Claydon A., Beynon R., Duncan J., Westerhoff H., Mendes P, McCarthy J. E. An in vivo control map for the eukaryotic mRNA translation machinery // Molecular systems biology. — 2013. — Vol. 9, no. 635. — P. 635.

112. Fitzpatrick D. A., O'Brien J., Moran C., Hasin N., Kenny E., Cormican P., Gates A., Morris D. W., Jones G. W. Assessment of inactivating stop codon mutations in forty Saccharomyces cerevisiae strains: implications for [PSI+] prion-mediated phenotypes // PloS one. — 2011. — Vol. 6, no. 12. — e28684.

113. Foury F., Talibi D. Mitochondrial control of iron homeostasis. A genome wide analysis of gene expression in a yeast frataxin-deficient strain // Journal of Biological Chemistry. — 2001. — Vol. 276, no. 11. — Pp. 7762-7768.

114. Freckleton G., Lippman S. I., Broach J. R., Tavazoie S. Microarray profiling of phage-display selections for rapid mapping of transcription factor-DNA interactions // PLoS Genet. — 2009. — Vol. 5, no. 4. — e1000449.

115. Frolova L., Le Goff X., Rasmussen H. H., Cheperegin S., Drugeon G., Kress M., Arman I., Haenni A.-L., Celis J. E., Philippe M., et al. A highly conserved eukaryotic protein family possessing properties of polypeptide chain release factor // Nature. — 1994. — Vol. 372, no. 6507. — Pp. 701-703.

116. Gallwitz D., Sures I. Structure of a split yeast gene: complete nucleotide sequence of the actin gene in Saccharomyces cerevisiae // PNAS U. S. A. — 1980. — Vol. 77, no. 5. — Pp. 2546-2550.

117. Gerlach W. L. Genetic properties of some amber-ochre supersuppressors in Saccharomyces cerevisiae // Molecular & general genetics. — 1975. — Vol. 138, no. 1. — Pp. 53-63.

118. Gietz D., St Jean A., Woods R., Schiestl R. H. Improved method for high efficiency transformation of intact yeast cells // Nucleic acids research. — 1992. — Vol. 20, no. 6. — P. 1425.

119. Gilmore R. A., Stewart J. W., Sherman F. Amino acid replacements resulting from super-suppression of nonsense mutants of iso-1-cytochrome c from yeast // Journal of Molecular Biology. — 1971. — Vol. 61, no. 1. — Pp. 157-173.

120. Goffeau A. et al. Life with 6000 genes // Science. — 1996. — Vol. 274, no. 5287. — Pp. 546, 563-567.

121. Goldstein A. L., McCusker J. H. Three new dominant drug resistance cassettes for gene disruption in Saccharomyces cerevisiae // Yeast. — 1999. — Vol. 15, no. 14. — Pp. 1541-1553.

122. Golosova O. et al. Unipro UGENE NGS pipelines and components for variant calling, RNA-seq and ChIP-seq data analyses // PeerJ. — 2014. — Vol. 2. — e644.

123. Gong H., Romanova N. V., Allen K. D., Chandramowlishwaran P., Gokhale K., Newnam G. P, Mieczkowski P, Sherman M. Y., Chernoff Y. O. Polyglutamine toxicity is controlled by prion composition and gene dosage in yeast // PLoS genetics. — 2012. — Jan. — Vol. 8, no. 4. — e1002634.

124. Goto K., Iwatuki Y., Kitano K., Obata T., Kara S. Cloning and nucleotide sequence of the KHR killer gene of Saccharomyces cerevisiae // Agricultural and Biological Chemistry. — 1990. — Vol. 54, no. 4. — Pp. 979-984.

125. Gurevich A., Saveliev V., Vyahhi N., Tesler G. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies // Bioinformatics. — 2013. — Vol. 29, no. 8. — Pp. 1072-1075.

126. Haar T. von der A quantitative estimation of the global translational activity in logarithmically growing yeast cells // BMC systems biology. — 2008. — Vol. 2, no. 1. — P. 1.

127. Haar T. von der, Tuite M. F. Regulated translational bypass of stop codons in yeast // Trends in microbiology. — 2007. — Vol. 15, no. 2. — Pp. 78-86.

128. Haase S. B., Reed S. I. Improved flow cytometric analysis of the budding yeast cell cycle // Cell Cycle. — 2002. — Vol. 1, no. 2. — Pp. 117-121.

129. Haber J. E., George J. P. A mutation that permits the expression of normally silent copies of mating-type information in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1979. — Vol. 93, no. 1. — Pp. 13-35.

130. Halfmann R., Jarosz D. F., Jones S. K., Chang A., Lancaster A. K., Lindquist S. Prions are a common mechanism for phenotypic inheritance in wild yeasts // Nature. — 2012a. — Vol. 482, no. 7385. — Pp. 363-8.

131. Halfmann R., Wright J. J. R., Alberti S., Lindquist S., Rexach M. Prion formation by a yeast GLFG nucleoporin // Prion. — 2012b. — Vol. 6, no. 4. — Pp. 391-9.

132. Harrison P. M., Gerstein M. A method to assess compositional bias in biological sequences and its application to prion-like glutamine/asparagine-rich domains in eukaryotic proteomes // Genome biology. — 2003. — Vol. 4, no. 6. — R40.

133. Hartwell L., Dutcher S., Wood J., Garvik B. The fidelity of mitotic chromosome reproduction in S. cerevisiae // Rec Adv Yeast Mol Biol. — 1982. — Vol. 1. — Pp. 28-38.

134. Hatin I., Fabret C., Namy O., Decatur W. A., Rousset J.-P. Fine-tuning of translation termination efficiency in Saccharomyces cerevisiae involves two factors in close proximity to the exit tunnel of the ribosome // Genetics. — 2007. — Vol. 177, no. 3. — Pp. 1527-1537.

135. Hatin I., Fabret C., Rousset J.-P., Namy O. Molecular dissection of translation termination mechanism identifies two new critical regions in eRF1 // Nucleic acids research. — 2009. — Vol. 37, no. 6. — Pp. 1789-98.

136. Hawthorne D., Mortimer R. Genetic mapping of nonsense suppressors in yeast // Genetics. — 1968. — Vol. 60, no. 4. — P. 735.

137. Hawthorne D. C. UGA mutations and UGA suppressors in yeast // Biochimie. — 1976. — Vol. 58, no. 1. — Pp. 179-182.

138. Hawthorne D. C., Leupold U. Suppressors in yeast // Current topics in microbiology and immunology. — Springer, 1974. — Pp. 1-47.

139. Hibbs M. A., Hess D. C., Myers C. L., Huttenhower C., Li K., Troyanskaya O. G. Exploring the functional landscape of gene expression: directed search of large microarray compendia // Bioinformatics. — 2007. — Vol. 23, no. 20. — Pp. 2692-9.

140. Hinnebusch A. G. Translational regulation of GCN4 and the general amino acid control of yeast // Annual Review of Microbiology. — 2005. — Vol. 59, no. 1. — Pp. 407-450.

141. Hinnebusch A. G. Molecular mechanism of scanning and start codon selection in eukaryotes // Microbiology and molecular biology reviews : MMBR. — 2011. — Sept. — Vol. 75, no. 3. — Pp. 434-67.

142. Holt C., Yandell M. MAKER2: an annotation pipeline and genome-database management tool for second-generation genome projects // BMC bioinformatics. — 2011. — Vol. 12, no. 1. — P. 491.

143. Hongay C., Jia N., Bard M., Winston F. Mot3 is a transcriptional repressor of ergosterol biosynthetic genes and is required for normal vacuolar function in Saccharomyces cerevisiae // The EMBO journal. — 2002. — Vol. 21, no. 15. — Pp. 4114-4124.

144. Hose J., Yong C. M., Sardi M., Wang Z., Newton M. A., Gasch A. P. Dosage compensation can buffer copy-number variation in wild yeast // eLife. — 2015. — Vol. 4. — e05462.

145. Hothorn T., Hornik K., Wiel M. A. van de, Zeileis A. Implementing a class of permutation tests: The coin package // Journal of Statistical Software. — 2008a. — Vol. 28, no. 8.

146. Hothorn T., Bretz F., Westfall P. Simultaneous inference in general parametric models // Biometrical Journal. — 2008b. — Vol. 50, no. 3. — Pp. 346-363.

147. Huang V. J., Stein K. C., True H. L. Spontaneous variants of the [RNQ+] prion in yeast demonstrate the extensive conformational diversity possible with prion proteins // PLoS ONE / ed. by J. Ma. — 2013. — Vol. 8, no. 10. — e79582.

148. Huber A., French S. L., Tekotte H., Yerlikaya S., Stahl M., Perepelkina M. P, Tyers M., Rougemont J., Beyer A. L., Loewith R. Sch9 regulates ribosome biogenesis via Stb3, Dot6 and Tod6 and the histone deacetylase complex RPD3L // The EMBO journal. — 2011. — Vol. 30, no. 15. — Pp. 3052-3064.

149. Hughes J. D., Estep P. W., Tavazoie S., Church G. M. Computational identification of cis-regulatory elements associated with groups of functionally related genes in Saccharomyces cerevisiae // Journal of molecular biology. — 2000. — Vol. 296, no. 5. — Pp. 1205-1214.

150. Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G., Philippe M. Eukaryotic release factors (eRFs) history // Biology of the Cell. — 2003. — Vol. 95, 3-4. — Pp. 195-209.

151. Inge-Vechtomov S., Ilmov E., Mironova L., Tikchomirova V., Volkov K., Zadorsky S. Yeast approach to protein "prionization": SUP35-[PSI] system // Prions and Brain Diseases in Animals and Humans. — Springer, 1998. — Pp. 99-109.

152. Inoue H., Nojima H., Okayama H. High efficiency transformation of Escherichia coli with plasmids // Gene. — 1990. — Vol. 96, no. 1. — Pp. 23-28.

153. Ishiguro J., Ono B.-I., Masurekar M., McLaughlin C. S., Sherman F. Altered ribosomal protein S11 from the SUP46 suppressor of yeast // Journal of molecular biology. — 1981. — Vol. 147, no. 3. — Pp. 391-397.

154. IUPAC-IUB JCBN. IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN). Nomenclature and symbolism for amino acids and peptides. Recommendations 1983 // The Biochemical journal. — 1984. — Vol. 219, no. 2. — Pp. 345-73.

155. Jones G. W., Song Y., Masison D. C. Deletion of the Hsp70 chaperone gene SSB causes hypersensitivity to guanidine toxicity and curing of the [PSI+] prion by increasing guanidine uptake in yeast // Molecular Genetics and Genomics. — 2003. — Vol. 269, no. 3. — Pp. 304-311.

156. Jones G., Stalker J., Humphray S., West A. A systematic library for comprehensive overexpression screens in Saccharomyces cerevisiae // Nature methods. — 2008. — Vol. 5, no. 3. — Pp. 239-241.

157. Jorgensen P, Nishikawa J. L., Breitkreutz B.-J., Tyers M. Systematic identification of pathways that couple cell growth and division in yeast // Science. — 2002. — Vol. 297, no. 5580. — Pp. 395-400.

158. Juliani M. H., Costa S., Bacila M. Non-chromosomal respiratory deficient mutants induced by guanidine hydrochloride in Saccharomyces cerevisiae // Biochemical and Biophysical Research Communications. — 1973. — Vol. 53, no. 2. — Pp. 531-538.

159. Jung G., Jones G., Masison D. C. Amino acid residue 184 of yeast Hsp104 chaperone is critical for prion-curing by guanidine, prion propagation, and thermotolerance // PNAS U. S. A. — 2002. — Vol. 99, no. 15. — Pp. 9936-41.

160. Kaiser C, Michaelis S., Mitchell A. Methods in Yeast Genetics. — 1994 Edition. — NY : CSHL PRESS, 1994. — P. 234.

161. Kaiser C. J., Grotzinger S. W., Eckl J. M., Papsdorf K., Jordan S., Richter K. A network of genes connects polyglutamine toxicity to ploidy control in yeast // Nature communications. — 2013. — Vol. 4. — P. 1571.

162. Kapp L. D., Lorsch J. R. The molecular mechanics of eukaryotic translation // Annual review of biochemistry. — 2004. — Vol. 73, no. 1. — Pp. 657-704.

163. Kasahara K., Ohtsuki K., Ki S., Aoyama K., Takahashi H., Kobayashi T, Shirahige K., Kokubo T. Assembly of regulatory factors on rRNA and ribosomal protein genes in Saccharomyces cerevisiae // Molecular and cellular biology. — 2007. — Vol. 27, no. 19. — Pp. 6686-6705.

164. Kervestin S., Jacobson A. NMD: a multifaceted response to premature translational termination // Nature reviews Molecular cell biology. — 2012. — Vol. 13, no. 11. — Pp. 700-712.

165. Khoshnevis S., Gross T., Rotte C., Baierlein C., Ficner R., Krebber H. The iron-sulphur protein RNase L inhibitor functions in translation termination // EMBO reports. — 2010. — Vol. 11, no. 3. — Pp. 214-219.

166. Kiktev D., Moskalenko S., Murina O., Baudin-Baillieu A., Rousset J.-P., Zhouravleva G. The paradox of viable sup45 STOP mutations: a necessary equilibrium between translational readthrough, activity and stability of the protein // Molecular Genetics and Genomics. — 2009. — Vol. 282, no. 1. — Pp. 83-96.

167. Kim S. Y., Craig E. A. Broad sensitivity of Saccharomyces cerevisiae lacking ribosome-associated chaperone Ssb or Zuo1 to cations, including aminoglycosides // Eukaryotic Cell. — 2005. — Vol. 4, no. 1. — Pp. 82-89.

168. King C.-y., Diaz-Avalos R. Protein-only transmission of three yeast prion strains.

169. Kobayashi O., Suda H., Ohtani T., Sone H. Molecular cloning and analysis of the dominant flocculation gene FLO8 from Saccharomyces cerevisiae // Molecular & General Genetics. — 1996. — Vol. 251, no. 6. — Pp. 707-715.

170. Kuenzler M., Balmelli T., Egli C. M., Paravicini G., Braus G. H. Cloning, primary structure, and regulation of the HIS7 gene encoding a bifunctional glutamine amidotransferase: cyclase from Saccharomyces cerevisiae // J. Bacteriol. — 1993. — Vol. 175, no. 17. — Pp. 5548-5558.

171. Kushnirov V. V., Ter-Avanesyan M. D., Telckov M. V., Surguchov a. P, Smirnov V. N., Inge-Vechtomov S. G. Nucleotide sequence of the SUP2

(SUP35) gene of Saccharomyces cerevisiae // Gene. — 1988. — Vol. 66, no. 1. — Pp. 45-54.

172. Kwon A. T., Arenillas D. J., Hunt R. W., Wasserman W. W. oPOSSUM-3: advanced analysis of regulatory motif over-representation across genes or ChIP-Seq datasets // G3: Genes— Genomes— Genetics. — 2012. — Vol. 2, no. 9. — Pp. 987-1002.

173. Lacroute F. Non-Mendelian mutation allowing ureidosuccinic acid uptake in yeast // J. Bacteriol. — 1971. — Vol. 106, no. 2. — Pp. 519-522.

174. Lada A. G., Stepchenkova E. I., Waisertreiger I. S. R., Noskov V. N., Dhar A., Eudy J. D., Boissy R. J., Hirano M., Rogozin I. B., Pavlov Y. I. Genome-wide mutation avalanches induced in diploid yeast cells by a base analog or an APOBEC deaminase // PLoS genetics. — 2013. — Vol. 9, no. 9. — e1003736.

175. Lancaster A. K., Bardill J. P., True H. L., Masel J. The spontaneous appearance rate of the yeast prion [PSI+] and its implications for the evolution of the evolvability properties of the [PSI+] system // Genetics. — 2010. — Vol. 184, no. 2. — Pp. 393-400.

176. Langmead B., Salzberg S. L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 // Nature methods. — 2012. — Vol. 9, no. 4. — Pp. 357-9.

177. Laten H., Gorman J., Bock R. M. Isopentenyladenosine deficient tRNA from an antisuppressor mutant of Saccharomyces cerevisiae // NAR. — 1978. — Vol. 5, no. 11. — Pp. 4329-4342.

178. Le Goff C., Zemlyanko O., Moskalenko S., Berkova N., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. Mouse GSPT2, but not GSPT1, can substitute for yeast eRF3 in vivo // Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms. — 2002. — Vol. 7, no. 10. — Pp. 1043-57.

179. Lee C.-S., Haber J. E. Mating-type gene switching in Saccharomyces cerevisiae // Microbiology spectrum. — 2015. — Vol. 3, no. 2. — pages.

180. Lee P. S., Greenwell P. W., Dominska M., Gawel M., Hamilton M., Petes T. D. A fine-structure map of spontaneous mitotic crossovers in the yeast Saccharomyces cerevisiae // PLoS genetics. — 2009. — Vol. 5, no. 3. — e1000410.

181. Legras J.-L., Merdinoglu D., Cornuet J.-M., Karst F. Bread, beer and wine: Saccharomyces cerevisiae diversity reflects human history // Molecular ecology. — 2007. — Vol. 16, no. 10. — Pp. 2091-102.

182. Lempiainen H., Uotila A., Urban J., Dohnal I., Ammerer G., Loewith R., Shore D. Sfp1 interaction with TORC1 and Mrs6 reveals feedback regulation on TOR signaling // Molecular cell. — 2009. — Vol. 33, no. 6. — Pp. 704-716.

183. Li H., Handsaker B., Wysoker A., Fennell T., Ruan J., Homer N., Marth G., Abecasis G., Durbin R., et al. The sequence alignment/map format and SAMtools // Bioinformatics. — 2009. — Vol. 25, no. 16. — Pp. 2078-2079.

184. Li J., Wang L., Wu X., Fang O., Wang L., Lu C., Yang S., Hu X., Luo Z. Polygenic molecular architecture underlying non-sexual cell aggregation in budding yeast // DNA research. — 2013. — Vol. 20, no. 1. — Pp. 55-66.

185. Libuda D. E., Winston F. Amplification of histone genes by circular chromosome formation in Saccharomyces cerevisiae // Nature. — 2006. — Oct. — Vol. 443, no. 7114. — Pp. 1003-7.

186. Lieb J. D., Liu X., Botstein D., Brown P. O. Promoter-specific binding of Rap1 revealed by genome-wide maps of protein-DNA association // Nature genetics. — 2001. — Vol. 28, no. 4. — Pp. 327-334.

187. Liebman S. W., Chernoff Y. O. Prions in yeast // Genetics. — 2012. — Vol. 191, no. 4. — Pp. 1041-72.

188. Liebman S. W., Sherman F., Stewart J. W. Isolation and characterization of amber suppressors in yeast // Genetics. — 1976. — Vol. 82, no. 2. — Pp. 251-272.

189. Liebman S. W., Srodulski Z., Reed C. R., Stewart J. W., Sherman F., Brennan G. Yeast amber suppressors corresponding to tRNA 3 Leu genes // Journal of molecular biology. — 1984. — Vol. 178, no. 2. — Pp. 209-226.

190. Liebman S. W., Stewart J. W., Parker J. H., Sherman F. Leucine insertion caused by a yeast amber suppressor // Journal of molecular biology. — 1977. — Vol. 109, no. 1. — Pp. 13-22.

191. Liko D., Slattery M. G., Heideman W. Stb3 binds to ribosomal RNA processing element motifs that control transcriptional responses to growth

in Saccharomyces cerevisiae // Journal of Biological Chemistry. — 2007. — Vol. 282, no. 36. — Pp. 26623-26628.

192. Lin C. A., Ellis S. R., True H. L. The Sua5 protein is essential for normal translational regulation in yeast // Molecular and cellular biology. — 2010. — Vol. 30, no. 1. — Pp. 354-363.

193. Lin J. P, Aker M., Sitney K. C., Mortimer R. K. First position wobble in codon-anticodon pairing: amber suppression by a yeast glutamine tRNA // Gene. — 1986. — Vol. 49, no. 3. — Pp. 383-388.

194. Lindegren C. C. The yeast cell, its genetic and cytology. — 1st ed. — (Educational Publishers, Inc.), 1949. — P. 396.

195. Liti G. et al. Population genomics of domestic and wild yeasts // Nature. — 2009. — Vol. 458, no. 7236. — Pp. 337-41.

196. Liu H., Styles C. A., Fink G. R. Saccharomyces cerevisiae S288C has a mutation in FLO8, a gene required for filamentous growth // Genetics. — 1996. — Vol. 144, no. 3. — Pp. 967-978.

197. Liu R., Liebman S. W. A translational fidelity mutation in the universally conserved sarcin/ricin domain of 25S yeast ribosomal RNA. // RNA. — 1996. — Vol. 2, no. 3. — Pp. 254-263.

198. Lund P. M., Cox B. S. Reversion analysis of [psi ] mutations in Saccharomyces cerevisiae // Genetical research. — 1981. — Vol. 37, no. 2. — Pp. 173-82.

199. MacIsaac K. D., Wang T., Gordon D. B., Gifford D. K., Stormo G. D., Fraenkel E. An improved map of conserved regulatory sites for Saccharomyces cerevisiae // BMC bioinformatics. — 2006. — Vol. 7, no. 1. — P. 1.

200. Manente M., Ghislain M. The lipid-translocating exporter family and membrane phospholipid homeostasis in yeast // FEMS Yeast Research. — 2009. — Vol. 9, no. 5. — Pp. 673-687.

201. Manogaran A. L., Fajardo V. M., Reid R. J. D., Rothstein R., Liebman S. W. Most, but not all, yeast strains in the deletion library contain the [PIN +] prion // Yeast. — 2010. — Vol. 27, no. 3. — Pp. 159-66.

202. Marion R. M., Regev A., Segal E., Barash Y., Koller D., Friedman N., O'Shea E. K. Sfp1 is a stress-and nutrient-sensitive regulator of ribosomal

protein gene expression // PNAS U. S. A. — 2004. — Vol. 101, no. 40. — Pp. 14315-14322.

203. Martin D. E., Soulard A., Hall M. N. TOR regulates ribosomal protein gene expression via PKA and the Forkhead transcription factor FHL1 // Cell. — 2004. — Vol. 119, no. 7. — Pp. 969-79.

204. Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads // EMBnet. journal. — 2011. — Vol. 17, no. 1. — pp-10.

205. Masison D. C., Wickner R. B. Prion-inducing domain of yeast Ure2p and protease resistance of Ure2p in prion-containing cells // Science. — 1995. — Vol. 270, no. 5233. — Pp. 93-95.

206. Matveenko A. G., Drozdova P. B., Belousov M. V., Moskalenko S. E., Bondarev S. A., Barbitoff Y. A., Nizhnikov A. A., Zhouravleva G. A. SFP1-mediated prion-dependent lethality is caused by increased Sup35 aggregation and alleviated by Sis1 // Genes to cells. — 2016. — Vol. 21, no. 12. — Pp. 1290-1308.

207. Maxam A. M., Gilbert W. A new method for sequencing DNA // PNAS U. S. A. — 1977. — Vol. 74, no. 2. — Pp. 560-564.

208. Measday V. et al. Systematic yeast synthetic lethal and synthetic dosage lethal screens identify genes required for chromosome segregation // PNAS U. S. A. — 2005. — Vol. 102, no. 39. — Pp. 13956-13961.

209. Meira L. B., Henriques J. A., Magana-Schwencke N. 8-Methoxypsoralen photoinduced plasmid-chromosome recombination in Saccharomyces cerevisiae using a centromeric vector // Nucleic acids research. — 1995. — Vol. 23, no. 9. — Pp. 1614-20.

210. Merritt G. H., Naemi W. R., Mugnier P., Webb H. M., Tuite M. F., Haar T. von der Decoding accuracy in eRF1 mutants and its correlation with pleiotropic quantitative traits in yeast // NAR. — 2010. — Vol. 38, no. 16. — Pp. 5479-5492.

211. Michelitsch M. D., Weissman J. S. A census of glutamine/asparagine-rich regions: implications for their conserved function and the prediction of novel prions // PNAS U. S. A. — 2000. — Vol. 97, no. 22. — Pp. 11910-5.

212. Moriyama H., Edskes H. K., Wickner R. B. [URE3] prion propagation in Saccharomyces cerevisiae: requirement for chaperone Hsp104 and curing by overexpressed chaperone Ydj1p // Molecular and cellular biology. — 2000. — Dec. — Vol. 20, no. 23. — Pp. 8916-22.

213. Mortimer R. K., Johnston J. R. Genealogy of principal strains of the yeast genetic stock center // Genetics. — 1986. — Vol. 113, no. 1.

214. Moskalenko S., Chabelskaya S., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. Viable nonsense mutants for the essential gene SUP45 of Saccharomyces cerevisiae // BMC molecular biology. — 2003. — Vol. 4, no. 2. — Pp. 1-15.

215. Mulla W., Zhu J., Li R. Yeast: a simple model system to study complex phenomena of aneuploidy // FEMS microbiology reviews. — 2014. — Vol. 38, no. 2. — Pp. 201-212.

216. Nakatsukasa K., Nishikawa S., Hosokawa N., Nagata K., Endo T. Mnl1p, an alpha -mannosidase-like protein in yeast Saccharomyces cerevisiae, is required for endoplasmic reticulum-associated degradation of glycoproteins // Journal of Biological Chemistry. — 2001. — Vol. 276, no. 12. — Pp. 8635-8.

217. Nakayashiki T, Kurtzman C. P, Edskes H. K., Wickner R. B. Yeast prions [URE3] and [PSI+] are diseases // PNAS U. S. A. — 2005. — Vol. 102, no. 30. — Pp. 10575-80.

218. Ness F., Aigle M. RTM1: a member of a new family of telomeric repeated genes in yeast // Genetics. — 1995. — Vol. 140, no. 3. — Pp. 945-56.

219. Newby G. A., Lindquist S. Blessings in disguise: biological benefits of prion-like mechanisms // Trends in cell biology. — 2013. — June. — Vol. 23, no. 6. — Pp. 251-9.

220. Nijkamp J. F. et al. De novo sequencing, assembly and analysis of the genome of the laboratory strain Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D, a model for modern industrial biotechnology // Microbial Cell Factories. — 2012. — Vol. 11, no. 1. — P. 36.

221. Nizhnikov A. A., Antonets K. S., Inge-Vechtomov S. G., Derkatch I. L. Modulation of efficiency of translation termination in Saccharomyces

cerevisiae: turning nonsense into sense // Prion. — 2014. — Vol. 8, no. 3. - Pp. 247-260.

222. Nizhnikov A. A., Magomedova Z. M., Rubel A. A., Kondrashkina A. M., Inge-Vechtomov S. G., Galkin A. P. [NSI+] determinant has a pleiotropic phenotypic manifestation that is modulated by SUP35, SUP45, and VTS1 genes // Current genetics. — 2012. — Vol. 58, no. 1. — Pp. 35-47.

223. Ogle J. M., Ramakrishnan V. Structural insights into translational fidelity // Annu. Rev. Biochem. — 2005. — Vol. 74. — Pp. 129-177.

224. Okonechnikov K., Conesa A., García-Alcalde F. Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data // Bioinformatics. — 2015. — Vol. 32, no. 2. — btv566.

225. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. — 2012. — Vol. 28, no. 8. — Pp. 1166-7.

226. Ono B., Fujimoto R., Ohno Y., Maeda N., Tsuchiya Y., Usui T., Ishino-Arao Y. UGA suppressors in Saccharomyces cerevisiae: allelism, action spectra and map positions // Genetics. — 1988. — Vol. 118, no. 1. — Pp. 41-47.

227. Ono B.-I., Stewart J. W., Sherman F. Yeast UAA suppressors effective in

strains: Leucine-inserting suppressors // Journal of molecular biology. — 1979a. — Vol. 132, no. 3. — Pp. 507-520.

228. Ono B.-I., Stewart J. W., Sherman F. Yeast UAA suppressors effective in

strains serine-inserting suppressors // Journal of molecular biology. — 1979b. — Vol. 128, no. 1. — Pp. 81-100.

229. Ono B.-i., Tanaka M., Awano I., Okamoto F., Satoh R., Yamagishi N., Ishino-Arao Y. Two new loci that give rise to dominant omnipotent suppressors in Saccharomyces cerevisiae // Current genetics. — 1989. — Vol. 16, 5-6. — Pp. 323-330.

230. Ono B.-I., Tanaka M., Kominami M., Ishino Y., Shinoda S. Recessive UAA suppressors of the yeast Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1982. — Vol. 102, no. 4. — Pp. 653-664.

231. Ono B.-I., Wills N., Stewart J. W., Gesteland R. F., Sherman F. Serine-inserting UAA suppression mediated by yeast tRNASer // Journal of molecular biology. — 1981. — Vol. 150, no. 3. — Pp. 361-373.

232. Ono B.-i., Yoshida R., Kamiya K., Sugimoto T. Suppression of termination mutations caused by defects of the NMD machinery in Saccharomyces cerevisiae // Genes & genetic systems. — 2005. — Vol. 80, no. 5. — Pp. 311-316.

233. Outten C. E., Albetel A.-N. Iron sensing and regulation in Saccharomyces cerevisiae: ironing out the mechanistic details // Current opinion in microbiology. — 2013. — Vol. 16, no. 6. — Pp. 662-668.

234. Pagani A., Villarreal L., Capdevila M., Atrian S. The Saccharomyces cerevisiae Crs5 metallothionein metal-binding abilities and its role in the response to zinc overload // Molecular microbiology. — 2007. — Vol. 63, no. 1. — Pp. 256-269.

235. Palmer E., Wilhelm J. M., Sherman F. Phenotypic suppression of nonsense mutants in yeast by aminoglycoside antibiotics // Nature. — 1979. — Vol. 277. — Pp. 148-150.

236. Parent S. A., Fenimore C. M., Bostian K. A. Vector systems for the expression, analysis and cloning of DNA sequence in S. cerevisiae // Yeast. — 1985. — Vol. 1, no. 2. — Pp. 83-138.

237. Parenteau J., Durand M., Morin G., Gagnon J., Lucier J.-F., Wellinger R. J., Chabot B., Elela S. A. Introns within ribosomal protein genes regulate the production and function of yeast ribosomes // Cell. — 2011. — Vol. 147, no. 2. — Pp. 320-331.

238. Parra G., Bradnam K., Korf I. CEGMA: a pipeline to accurately annotate core genes in eukaryotic genomes // Bioinformatics. — 2007. — Vol. 23, no. 9. — Pp. 1061-1067.

239. Parry E. M., Cox B. The tolerance of aneuploidy in yeast // Genetical research. — 1970. — Vol. 16, no. 03. — Pp. 333-340.

240. Patel B. K., Gavin-Smyth J., Liebman S. W. The yeast global transcriptional co-repressor protein Cyc8 can propagate as a prion // Nature cell biology. — 2009. — Mar. — Vol. 11, no. 3. — Pp. 344-9.

241. Patterson G., Day R. N., Piston D. Fluorescent protein spectra // Journal of cell science. — 2001. — Vol. 114, Pt 5. — Pp. 837-838.

242. Peterson C. L., Herskowitz I. Characterization of the yeast SWI1, SWI2, and SWI3 genes, which encode a global activator of transcription // Cell. — 1992. — Vol. 68, no. 3. — Pp. 573-583.

243. Petrova A., Kiktev D., Askinazi O., Chabelskaya S., Moskalenko S., Zemlyanko O., Zhouravleva G. The translation termination factor eRF1 (Sup45p) of Saccharomyces cerevisiae is required for pseudohyphal growth and invasion // FEMS Yeast Research. — 2015. — Vol. 3, October 2014. — Pp. 1-13.

244. Pezza J. A., Villali J., Sindi S. S., Serio T. R. Amyloid-associated activity contributes to the severity and toxicity of a prion phenotype // Nature communications. — 2014. — Vol. 5.

245. Piper P. W., Wasserstein M. Nonsense suppressors of Saccharomyces cerevisiae can be generated by mutation of the tyrosine tRNA anticodon // Nature. — 1976. — Vol. 262. — Pp. 757-761.

246. Planta R. J., Mager W. H. The list of cytoplasmic ribosomal proteins of Saccharomyces cerevisiae // Yeast. — 1998. — Vol. 14, no. 5. — Pp. 471-477.

247. Plocik A. M., Guthrie C. Diverse forms of RPS9 splicing are part of an evolving autoregulatory circuit // PLoS genetics. — 2012. — Vol. 8, no. 3. — e1002620.

248. Pnueli L., Arava Y. Genome-wide polysomal analysis of a yeast strain with mutated ribosomal protein S9 // BMC genomics. — 2007. — Vol. 8. — P. 285.

249. Protchenko O., Ferea T., Rashford J., Tiedeman J., Brown P. O., Botstein D., Philpott C. C. Three cell wall mannoproteins facilitate the uptake of iron in Saccharomyces cerevisiae // Journal of Biological Chemistry. — 2001. — Vol. 276, no. 52. — Pp. 49244-49250.

250. Prusiner S. B. Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie // Science. — 1982. — Vol. 216, no. 4542. — Pp. 136-144.

251. Pure G. A., Robinson G. W., Naumovski L., Friedberg E. C. Partial suppression of an ochre mutation in Saccharomyces cerevisiae by multicopy plasmids containing a normal yeast tRNAGln gene // Journal of molecular biology. — 1985. — Vol. 183, no. 1. — Pp. 31-42.

252. Quinlan A. R., Hall I. M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features // Bioinformatics. — 2010. — Vol. 26, no. 6. — Pp. 841-2.

253. R Core Team R: A Language and Environment for Statistical Computing / R Foundation for Statistical Computing. — Vienna, Austria, 2015. — URL: http://www.r-project.org/.

254. Radchenko E., Rogoza T., Khokhrina M., Drozdova P., Mironova L. SUP35 expression is enhanced in yeast containing [ISP+], a prion form of the transcriptional regulator Sfpl // Prion. — 2011. — Vol. 5, no. 4. — Pp. 317-22.

255. Raiser M., Kuhl H. The Saccharomyces cerevisiae W303-K6001 cross-platform genome sequence: insights into ancestry and physiology of a laboratory mutt // Open biology. — 2012. — Vol. 2, issue 8. — P. 120093.

256. Rebora K., Laloo B., Daignan-Fornier B. Revisiting purine-histidine cross-pathway regulation in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2005. — Vol. 170, no. 1.

257. Rogoza T., Goginashvili A., Rodionova S., Ivanov M., Viktorovskaya O., Rubel A., Volkov K., Mironova L. Non-Mendelian determinant [ISP+] in yeast is a nuclear-residing prion form of the global transcriptional regulator Sfp1 // PNAS U. S .A. — 2010. — Vol. 107, no. 23. — Pp. 10573-7.

258. Romanova N. V., Chernoff Y. O. Hsp104 and prion propagation // Protein and peptide letters. — 2009. — Vol. 16, no. 6. — Pp. 598-605.

259. Rose M., Winston F. Identification of a Ty insertion within the coding sequence of the S. cerevisiae URA3 gene // Molecular & general genetics. — 1984. — Vol. 193, no. 3. — Pp. 557-60.

260. Roy B., Jacobson A. The intimate relationships of mRNA decay and translation // Trends in Genetics. — 2013. — Vol. 29, no. 12. — Pp. 691-699.

261. Roy B., Leszyk J. D., Mangus D. A., Jacobson A. Nonsense suppression by near-cognate tRNAs employs alternative base pairing at codon positions 1 and 3 // PNAS U. S. A. — 2015. — Vol. 112, no. 10. — Pp. 3038-3043.

262. Rubtsov P, Musakhanov M., Zakharyev V., Krayev A., Skryabin K., Bayev A. The structure of the yeast ribosomal RNA genes. I. The complete nucleotide

sequence of the 18S ribosomal RNA gene from Saccharomyces cerevisiae // NAR. — 1980. — Vol. 8, no. 23. — Pp. 5779-5794.

263. Saifitdinova A. F., Nizhnikov A. a., Lada A. G., Rubel A. a., Magomedova Z. M., Ignatova V. V., Inge-Vechtomov S. G., Galkin A. P. [NSI+]: a novel non-Mendelian nonsense suppressor determinant in Saccharomyces cerevisiae // Current genetics. — 2010. — Oct. — Vol. 56, no. 5. — Pp. 467-78.

264. Saito K., Ito K. Genetic analysis of L123 of the tRNA-mimicking eukaryote release factor eRF1, an amino acid residue critical for discrimination of stop codons // NAR. — 2015. — Vol. 43, no. 9. — Pp. 4591-4601.

265. Samanfar B. et al. A global investigation of gene deletion strains that affect premature stop codon bypass in yeast, Saccharomyces cerevisiae // Molecular bioSystems. — 2014. — Vol. 10, no. 4. — Pp. 916-924.

266. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual, second edition. — Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbour, New York, 1989.

267. Sandbaken M. G., Culbertson M. R. Mutations in elongation factor EF-1 alpha affect the frequency of frameshifting and amino acid misincorporation in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1988. — Vol. 120, no. 4. — Pp. 923-934.

268. Sanger F., Coulson A. R. A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase // Journal of molecular biology. — 1975. — Vol. 94, no. 3. — Pp. 441-448.

269. Sanger F., Nicklen S., Coulson A. R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // PNAS U. S. A. — 1977. — Vol. 74, no. 12. — Pp. 5463-7.

270. Schindelin J., Rueden C. T., Hiner M. C., Eliceiri K. W. The ImageJ ecosystem: An open platform for biomedical image analysis // Molecular reproduction and development. — 2015. — Vol. 82, 7-8. — Pp. 518-529.

271. Schleiffer A., Maier M., Litos G., Lampert F., Hornung P, Mechtler K., Westermann S. CENP-T proteins are conserved centromere receptors of the Ndc80 complex // Nature Cell Biology. — 2012. — Vol. 14, no. 6. — Pp. 604-613.

272. Shewmaker F., Wickner R. B. Ageing in yeast does not enhance prion generation // Yeast. - 2006. - Vol. 23, no. 16. - Pp. 1123-1128.

273. Sikorski R. S., Hieter P. A system of shuttle vectors and yeast host strains designed for efficient manipulation of DNA in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. - 1989. - Vol. 122, no. 1. - Pp. 19-27.

274. Singh A., Ursic D., Davies /.Phenotypic suppression and misreading in Saccharomyces cerevisiae // Nature. - 1979. - Vol. 277. - Pp. 146-148.

275. Sinha A. K., Bhattacharjee J. K. Lysine biosynthesis in Saccharomyces. Conversion of a-aminoadipate into a-aminoadipic-semialdehyde // The Biochemical journal. - 1971. - Vol. 125, no. 3. - Pp. 743-9.

276. Smith M. W., Meskauskas A., Wang P., Sergiev P. V., DinmanJ.D. Saturation Mutagenesis of 5S rRNA in Saccharomyces cerevisiae // Molecular and cellular biology. - 2001. - Vol. 21, no. 24. - Pp. 8264-8275.

277. Smyth G. K. Limma: linear models for microarray data // Bioinformatics and computational biology solutions using {R} and Bioconductor / ed. by R. Gentleman, V. Carey, S. Dudoit, R. Irizarry, W. Huber. - Springer, 2005. - Pp. 397-420. - URL: http://www.statsci.org/smyth/pubs/limma-biocbook-reprint.pdf.

278. Sondheimer N., Lindquist S. Rnq1: An epigenetic modifier of protein function in yeast // Molecular Cell. - 2000. - Vol. 5, no. 1. - Pp. 163-172.

279. Song G., Dickins B. J. A., Demeter J., Engel S., Dunn B., Cherry J. M. AGAPE (Automated Genome Analysis PipelinE) for pan-genome analysis of Saccharomyces cerevisiae // PloS one. - 2015. - Vol. 10, no. 3. -e0120671.

280. Song H, Mugnier P., Das A. K., Webb H. M., Evans D. R., Tuite M. F., Hemmings B. A., Barford D. The crystal structure of human eukaryotic release factor eRF1-mechanism of stop codon recognition and peptidyl-tRNA hydrolysis // Cell. - 2000. - Vol. 100, no. 3. -Pp. 311-321.

281. Song J. M., Picologlou S., Grant C. M., Firoozan M., Tuite M. F., Liebman S. Elongation factor EF-1 alpha gene dosage alters translational fidelity in Saccharomyces cerevisiae // Molecular and cellular biology. - 1989. -Vol. 9, no. 10. - Pp. 4571-5.

282. Stansfield I., Jones K. M., Ter-Avanesyan M. D., Tuite5 M. F. The products of the SUP45 (eRF1) and SUP35 genes interact to mediate translation termination in Saccharomyces cerevisiae // The EMBO Journal. — 1995. — Vol. 14, no. 17. — Pp. 4365-4373.

283. Stein K. C., True H. L. The [RNQ+] prion: a model of both functional and pathological amyloid // Prion. — 2011. — Jan. — Vol. 5, no. 4. — Pp. 291-8.

284. Stirling P. C., Bloom M. S., Solanki-Patil T., Smith S., Sipahimalani P, Li Z., Kofoed M., Ben-Aroya S., Myung K., Hieter P. The complete spectrum of yeast chromosome instability genes identifies candidate CIN cancer genes and functional roles for ASTRA complex components // PLoS genetics. — 2011. — Vol. 7, no. 4. — e1002057.

285. Strope P. K., Skelly D. A., Kozmin S. G., Mahadevan G., Stone E. A., Magwene P. M., Dietrich F. S., McCusker J. H. The 100-genomes strains, an S. cerevisiae resource that illuminates its natural phenotypic and genotypic variation and emergence as an opportunistic pathogen // Genome Research. — 2015. — Vol. 25. — Pp. 1-13.

286. Supek F., Bosnjak M., Skunca N., Smuc T. REVIGO summarizes and visualizes long lists of gene ontology terms // PloS one / ed. by C. Gibas. —

2011. — Vol. 6, no. 7. — e21800.

287. Surosky R. T., Tye B. K. Construction of telocentric chromosomes in Saccharomyces cerevisiae // PNAS U. S. A. — 1985. — Vol. 82, no. 7. — Pp. 2106-2110.

288. Suzuki G., Shimazu N., Tanaka M. A yeast prion, Mod5, promotes acquired drug resistance and cell survival under environmental stress // Science. —

2012. — Vol. 336, no. 6079. — Pp. 355-9.

289. Tamazian G., Dobrynin P, Krasheninnikova K., Komissarov A., Koepfli K.-P., O'Brien S. J. Chromosomer: a reference-based genome arrangement tool for producing draft chromosome sequences // GigaScience. — 2016. — Vol. 5, no. 1. — P. 38.

290. Tawfik O. W., Papasian C. J., Dixon A. Y., Potter L. M. Saccharomyces cerevisiae pneumonia in a patient with acquired immune deficiency syndrome // Journal of Clinical Microbiology. — 1989. — Vol. 27, no. 7. — Pp. 1689-1691.

291. Taylor D., Unbehaun A., Li W., Das S., Lei J., Liao H. Y., Grassucci R. a., Pestova T. V., Frank J. Cryo-EM structure of the mammalian eukaryotic release factor eRF1-eRF3-associated termination complex // PNAS U. S. A. — 2012. — Vol. 109, no. 45. — Pp. 18413-18418.

292. Ter-Avanesyan M. D., Kushnirov V. V., Dagkesamanskaya A. R., Didichenko S. A., Chernoff Y. O., Inge-Vechtomov S. G., Smirnov V. N.Deletion analysis of the SUP35 gene of the yeast Saccharomyces cerevisiae reveals two non-overlapping functional regions in the encoded protein // Molecular Microbiology. — 1993. — Vol. 7, no. 5. — Pp. 683-692.

293. Thorburn R. R., Gonzalez C., Brar G. a., Christen S., Carlile T. M., Ingolia N. T., Sauer U., Weissman J. S., Amon A. Aneuploid yeast strains exhibit defects in cell growth and passage through START // Molecular biology of the cell. — 2013. — Vol. 24, no. 9. — Pp. 1274-89.

294. Toh-E A., Ueda Y., Kakimoto S. I., Oshima Y. Isolation and characterization of acid phosphatase mutants in Saccharomyces cerevisiae // Journal of Bacteriology. — 1973. — Vol. 113, no. 2. — Pp. 727-738.

295. Torres E. M., Sokolsky T., Tucker C. M., Chan L. Y., Boselli M., Dunham M. J., Amon A. Effects of aneuploidy on cellular physiology and cell division in haploid yeast // Science. — 2007. — Vol. 317, no. 5840. — Pp. 916-24.

296. Trumbly R. J. Cloning and characterization of the CYC8 gene mediating glucose repression in yeast // Gene. — 1988. — Vol. 73, no. 1. — Pp. 97-111.

297. Tuite M. F., Cox B. S. Ultraviolet mutagenesis studies of [psi], a cytoplasmic determinant of Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1980. — Vol. 95, no. 3. — Pp. 611-630.

298. Tuite M. F., Mundy C. R., Cox B. S. Agents that cause a high frequency of genetic change from [psi+] to [psi'] in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 1981. — Vol. 98, no. 4. — Pp. 691-711.

299. Tuite M. F., Firoozan M., Duarte J. A., Grant C. M., et al. Control of translational accuracy in yeast: the role of the SAL4 (SUP45) protein // Post-Transcriptional Control of Gene Expression. — Springer, 1990. — Pp. 611-622.

300. Ueta R., Fujiwara N., Iwai K., Yamaguchi-Iwai Y. Iron-induced dissociation of the Aft1p transcriptional regulator from target gene promoters is an

initial event in iron-dependent gene suppression // Molecular and cellular biology. — 2012. — Vol. 32, no. 24. — Pp. 4998-5008.

301. Valenzuela P, Bell G. I., Masoarz F. R., Degennaro L. J., Rutter W. J. Nucleotide sequence of the yeast 5S ribosomal RNA gene and adjacent putative control regions // Nature. — 1977. — Vol. 267, no. 5612. — Pp. 641-643.

302. Valouev I. A., Fominov G. V., Sokolova E. E., Smirnov V. N., Ter-Avanesyan M. D. Elongation factor eEF1B modulates functions of the release factors eRF1 and eRF3 and the efficiency of translation termination in yeast // BMC molecular biology. — 2009. — Vol. 10. — P. 60.

303. Velichutina I. V., Hong J. Y., Mesecar A. D., Chernoff Y. O., Liebman S. W. Genetic interaction between yeast Saccharomyces cerevisiae release factors and the decoding region of 18 S rRNA // Journal of molecular biology. — 2001. — Vol. 305, no. 4. — Pp. 715-727.

304. Vincent A., Liebman S. W. The yeast omnipotent suppressor SUP46 encodes a ribosomal protein which is a functional and structural homolog of the Escherichia coli S4 ram protein // Genetics. — 1992. — Vol. 132, no. 2. — Pp. 375-86.

305. Volkov K. V., Aksenova A. Y., Soom M. J., Osipov K. V., Svitin A. V., Kurischko C., Shkundina I. S., Ter-Avanesyan M. D., Inge-Vechtomov S. G., Mironova L. N. Novel non-Mendelian determinant involved in the control of translation accuracy in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2002. — Vol. 160, no. 1. — Pp. 25-36.

306. Wach A., Brachat A., Pohlmann R., Philippsen P. New heterologous modules for classical or PCR-based gene disruptions in Saccharomyces cerevisiae // Yeast. — 1994. — Vol. 10, no. 13. — Pp. 1793-808.

307. Wada M., Ito K. A genetic approach for analyzing the co-operative function of the tRNA mimicry complex, eRF1/eRF3, in translation termination on the ribosome // Nucleic acids research. — 2014. — Vol. 42, no. 12. — Pp. 7851-66.

308. Wang P, Kim Y., Pollack J., Narasimhan B., Tibshirani R. A method for calling gains and losses in array CGH data // Biostatistics (Oxford, England). — 2005. — Vol. 6, no. 1. — Pp. 45-58.

309. Wang W, Czaplinski K., Rao Y., Peltz S. W. The role of Upf proteins in modulating the translation read-through of nonsense-containing transcripts // The EMBO journal. — 2001. — Vol. 20, no. 4. — Pp. 880-890.

310. Wapinski I., Pfiffner J., French C., Socha A., Thompson D. A., Regev A. Gene duplication and the evolution of ribosomal protein gene regulation in yeast // PNAS U. S. A. — 2010. — Vol. 107, no. 12. — Pp. 5505-5510.

311. Warner J. R. The economics of ribosome biosynthesis in yeast // Trends in biochemical sciences. — 1999. — Vol. 24, no. 11. — Pp. 437-40.

312. Wei W. et al. Genome sequencing and comparative analysis of Saccharomyces cerevisiae strain YJM789 // PNAS U. S. A. — 2007. — Vol. 104, no. 31. — Pp. 12825-30.

313. Weiss W. A., Edelman I., Culbertson M. R., Friedberg E. C. Physiological levels of normal tRNA (CAGGln) can effect partial suppression of amber mutations in the yeast Saccharomyces cerevisiae // PNAS U. S. A. — 1987. — Vol. 84, no. 22. — Pp. 8031-8034.

314. Welinder C., Ekblad L. Coomassie staining as loading control in Western blot analysis // Journal of proteome research. — 2011. — Vol. 10, no. 3. — Pp. 1416-9.

315. Wickham H. ggplot2: elegant graphics for data analysis. — Springer Science & Business Media, 2009.

316. Wickner R. B. [URE3] as an altered URE2 protein: evidence for a prion analog in Saccharomyces cerevisiae // Science. — 1994. — Vol. 264, no. 5158. — Pp. 566-9.

317. Wickner R. B. Prions and RNA viruses of Saccharomyces cerevisiae // Annual review of genetics. — 1996. — Vol. 30. — Pp. 109-39.

318. Wickner R. B., Taylor K. L., Edskes H. K., Maddelein M.-L., Moriyama H., Roberts B. T. Prions in Saccharomyces and Podosporaspp.: Protein-Based Inheritance // Microbiology and Molecular Biology Reviews. — 1999. — Vol. 63, no. 4. — Pp. 844-861.

319. Winston F., Dollard C., Ricupero-Hovasse S. L. Construction of a set of convenient Saccharomyces cerevisiae strains that are isogenic to S288C // Yeast. — 1995. — Vol. 11, no. 1. — Pp. 53-55.

320. Wolfe K. H., Shields D. C. Molecular evidence for an ancient duplication of the entire yeast genome // Nature. — 1997. — Vol. 387, no. 6634. — Pp. 708-13.

321. Wolfe K. H. Origin of the yeast whole-genome duplication // PLoS Biology. — 2015. — Vol. 13, no. 8. — e1002221.

322. Woolford J. L., Baserga S. J. Ribosome biogenesis in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2013. — Nov. — Vol. 195, no. 3. — Pp. 643-81.

323. Xu Z., Norris D. The SFP1 gene product of Saccharomyces cerevisiae regulates G2/M transitions during the mitotic cell cycle and DNA-damage response // Genetics. — 1998. — Vol. 150, no. 4. — Pp. 1419-28.

324. Yadavalli S. S., Ibba M. Chapter 1 - Quality control in aminoacyl-tRNA synthesis: Its role in translational fidelity // Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. Vol. 86. — 2012. — Pp. 1-43.

325. Yamaguchi-Iwai Y., Ueta R., Fukunaka A., Sasaki R. Subcellular localization of Aft1 transcription factor responds to iron status in Saccharomyces cerevisiae // Journal of Biological Chemistry. — 2002. — Vol. 277, no. 21. — Pp. 18914-18918.

326. Yona A. H., Manor Y. S., Herbst R. H., Romano G. H., Mitchell A., Kupiec M., Pilpel Y., Dahan O. Chromosomal duplication is a transient evolutionary solution to stress // PNAS U. S. A. — 2012. — Vol. 109, no. 51. — Pp. 21010-5.

327. Yuen K. W. Y., Warren C. D, Chen O, Kwok T., Hieter P., Spencer F. A. Systematic genome instability screens in yeast and their potential relevance to cancer // PNAS U. S. A. — 2007. — Vol. 104, no. 10. — Pp. 3925-30.

328. Zadorsky S., Sopova Y., Andreichuk D., Startsev V., Medvedeva V., Inge-Vechtomov S. Chromosome VIII disomy influences the nonsense suppression efficiency and transition metal tolerance of the yeast Saccharomyces cerevisiae // Yeast. — 2015. — Vol. 32, no. 6. — Pp. 479-497.

329. Zaman S., Lippman S. I., Zhao X., Broach J. R. How Saccharomyces responds to nutrients // Annual review of genetics. — 2008. — Vol. 42. — Pp. 27-81.

330. Zeevi D., Sharon E., Lotan-Pompan M., Lubling Y., Shipony Z., Raveh-Sadka T., Keren L., Levo M., Weinberger A., Segal E. Compensation for differences in gene copy number among yeast ribosomal proteins is encoded within their promoters // Genome research. — 2011. — Vol. 21, no. 12. — Pp. 2114-28.

331. Zhang H, Zeidler A. F. B, Song W., Puccia C. M, Malc E., Greenwell P. W., Mieczkowski P. A., Petes T. D., Argueso J. L. Gene copy-number variation in haploid and diploid strains of the yeast Saccharomyces cerevisiae // Genetics. — 2013. — Vol. 193, no. 3. — Pp. 785-801.

332. Zhang T., Lei J., Yang H., Xu K., Wang R., Zhang Z. An improved method for whole protein extraction from yeast Saccharomyces cerevisiae // Yeast. — 2011. — Vol. 26, October. — Pp. 795-798.

333. Zhou C., Yang Y., Jong A. Mini-prep in ten minutes. // Biotechniques. — 1990. — Vol. 8, no. 2. — P. 172.

334. Zhouravleva G., Frolova L., Le Goff X., Le Guellec R., Inge-Vechtomov S., Kisselev L., Philippe M. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3 // The EMBO Journal. — 1995. — Vol. 14, no. 16. — Pp. 4065-4072.

335. Zhu C. et al. High-resolution DNA-binding specificity analysis of yeast transcription factors // Genome research. — 2009. — Vol. 19, no. 4. — Pp. 556-66.

336. Zhu J., Pavelka N., Bradford W. D., Rancati G., Li R. Karyotypic determinants of chromosome instability in aneuploid budding yeast // PLoS Genet. — 2012. — Vol. 8, no. 5. — e1002719.

Автор приносит искреннюю благодарность своему научному руководителю, Галине Анатольевне Журавлевой, за чуткое и внимательное руководство, предоставленную свободу действий и полезные советы, Людмиле Николаевне Мироновой за руководство в бакалавриате и магистратуре и неоценимую помощь в работе над текстом, а также Элине Александровне Радченко и Татьяне Михайловне Рогозе за введение в тему и помощь в освоении методов.

Хочу также поблагодарить Станислава Александровича Бондарева, Андрея Георгиевича Матвеенко, Олега Витальевича Тарасова и Сергея Георгиевича Инге-Вечтомова за обсуждение результатов. Я признательна Татьяне Михайловне Рогозе и Полине Витальевне Липаевой за помощь в проведении экспериментов, Андрею Георгиевичу Матвеенко за бесценные методические советы, Павлу Владимировичу Добрынину и Гайку Симаковичу Тамазяну за помощь в анализе данных, Юлии Викторовне Соповой за помощь в поиске литературы и штаммов, Елене Игоревне Степченковой, Елене Викторовне Самбук и Андрею Михайловичу Румянцеву, а также всем сотрудникам нашей лаборатории за полезные советы. Отдельное большое спасибо Михаилу Владимировичу Бе-лоусову, Ольге Васильевне Бондаревой, Станиславу Александровичу Бондареву, Антону Николаевичу Гуркову, Анне Сергеевне Жук и Олегу Витальевичу Тарасову за помощь в работе над текстом.

Хочу поблагодарить Томаса Питеса за предоставленную возможность выполнять эксперименты в его лаборатории и всесторонную помощь в организации этих экспериментов, а также выразить признательность Маргарет Доминска и Энтони Моору за помощь в освоении методов.

Я признательна преподавателям ЭБЦ «Крестовский остров», кафедры генетики СПбГУ и Института биоинформатики за знания и навыки и благодарна моей семье и Антону Николаевичу Гуркову за понимание и бесконечное терпение.

Приношу глубочайшие извинения коллегам, которых я не упомянула, но без которых эта работа выглядела бы иначе.

Праймеры, использованные в работе

Название Последовательность 5'—^3' Использование Источник

F-ADH1-RT CAAGTCGTCAAGTCCATCTC ОТПЦР-РВ Cankorur-Cetinkaya et al., 2012

R-ADH1-RT GTAGACAAGCCGACAACCT

F-RPS9A-RT CCAACATCTCCATTCGGTGG Plocik, Guthrie, 2012

R-RPS9A-RT AAAATCAGCACAATTATTCTTCA

F-RPS9B-RT GCTAGAAGAAACGCTGCTAGA

R-RPS9B-RT TGAAAAATGATCCGTGATTTGA

SUP45_F CGATCCAAGACTAGCATGTAAG Е. А. Андреева

SUP45_R CTTGAACATACTTGACATTGGC

FIT2-qPCR-F1 GCTACTACAGTTATGACTGCCG http://research.stowers-institute.org/ cws/Scerevisiae_qPCR_primers.zip

FIT2-qPCR-R1 TGTCGGTAACGACCTTAGTGT

FIG1-F-RT TCCCTTATACAGAGACTTGGAAATTCA Bester et al., 2012

FIG1-R-RT AATTGGGCTAACTTCAAAATGTTCA

Hsp104_F1 AGGAAATTGAGACCAAGA Проверка делеции HSP104 (праймеры 1+4) А. Ю. Аксенова

Hsp104_R1 GCTGTAGTGAAAGGATTGATAA

pFA6_CRF1_del_f CATTTAACTGAACAGCAGCGGTAT AGTACGGAATAAAAAAGTCTTTTA AACGGATCCCCGGGTTAATTAA Получение ПЦР-продукта для замещения CRF1 Данная работа

pFA6-CRF1_del_r TCATATTTTCCTTTAAAAGACGAT AATGATTCTTCTGGAATATCAAATAA CATCGATGAATTCGAGCTCG

CRF1_inner_f CCGACAATACCACAGTCCTTCG Проверка делеции CRF1 (праймеры 2+4)

CRF1_r_down TCCAAGTTGATCTTCGCTGAC

RPS9A_del_f TAAAAACACAAGAAAACTAATACA GCAACAGAAATACAAAAGTATACA ACCGGATCCCCGGGTTAATTAA Получение ПЦР-продукта для делеции RPS9A

RPS9A_del_r TGCCAGTATCGTGATTTCAACACG TAATTAAGAAATAAAAATCAGCAC AACATCGATGAATTCGAGCTCG

RPS9A_inner_f CCCAAGAACATATTCCAAGACTT Проверка делеции RPS9A (праймеры 2+4)

RPS9A_check_r GTGAATACAACTCCCCTATCG

pFA6 inner f GTTTCTGAAACATGGCAAAGGTAG Проверка замены генов (узнаёт последовательность в ORF kanMX; праймер 3)

RPS9A-F-XmaJI AAGTACCTAGGATGCCAAGTACGTCGTTAATC Амплификация RPS9A

RPS9A-R-XhoI AAATCCTCGAGATTATTCTTCATCGGCCTCATC

HIS7_F_HindIII_ GTAACAAGCTTTCTTTCCTCTACCACTGCCAA Амплификация his7-1

HIS7_R_HindIII_ ACCATAAGCTTTGGTACAATTTCTCCAAGCTG

Гены с преждевременными стоп-кодонами в геноме штамма 25-25-2В-П3982

Хромосома ORF Ген Функция продукта или информация об ORF Длина мутантного / нормального белка Тип стоп-кодона Примечание

I YAL059W ECM1 Участвует в экспорте npe-60S субъединицы рибосомы в цитоплазму 5/212 UGA

I YAR015W ADE1 №сукцинил-5-аминоимидазол-4-карбоксамидриботид-синтетаза; участвует в пути биосинтеза пуриновых нуклеотидов de novo; в мутантных клетках накапливается красный пигмент 243 / 306 UGA ade1-14

I YAR028W YAR028W Предположительно мембранный белок из семейства DUP240; продукция активирована при обработке ме-тилметансульфонатом 140 / 234 UGA

I YAR030C YAR030C N/A 4/113 UGA

I YAR031W PRM9 Белок из семейства DUP240 33 / 298 UAG

II YBL096C YBL096C N/A 101 / 102 UGA

II YBR109W-A YBR109W-A N/A 64/74 UAA

II YBR113W YBR113W N/A 17/160 UGA

II YBR115C LYS2 Альфа-аминоадипат-редуктаза; катализирует восстановление альфа-аминоадипиновой кислоты до 6-полу-альдегида альфа-аминоадипиновой кислоты (пятая реакция в пути биосинтеза лизина) 1154 / 1392 UGA lys2-87

оо ho

II УБЯ248С ИШ7 Имидазолглицеринфосфат-синтаза; глутамин-амидо-трансфераза.циклаза; катализирует пятую реакцию в пути биосинтеза гистидина и также производит 5-ами-ноимидазол-4-карбоксамид-риботид, предшественник в биосинтезе пуринов 76 / 552 иАА Ыз7-1

III УСЯ022С YCR022C К/А 28 / 114 ША