Экспресс-детекция и выявление генов факторов патогенности бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Орлова, Клавдия Александровна

• Орлова, Клавдия Александровна
• кандидат биологических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Орлова, Клавдия Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Характеристика бактерий - возбудителей острых кишечных инфекций.

1.2. Факторы патогенности бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций и их генетическая детерминация.

1.3. Молекулярно-биологические методы идентификации бактериальных возбудителей ОКИ.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Методы взятия и транспортировки проб.

2.2. Методики выделения ДНК в процессе подготовки к проведению ПЦР.

2.3. Проведение ГШР-амплификации фрагментов генома энтеробактерий.

2.4. Регистрация результатов.

2.5. Учет результатов.

2.6. Анализ плазмидного состава энтеробактерий.

2.7. Статистическая обработка результатов.

ГЛАВА 3. Результаты собственных исследований и их обсуждение.

3. 1. Разработка ПЦР тест-системы для экспресс-детекции шигелл и энтероинвазивных эшерихий.

3.2. Апробация и оптимизация к проведению практических исследований экспериментальных вариантов ПЦР тест-систем для детекции бактериальных возбудителей ОКИ: сальмонелл, кампилобактеров, йерсиний.

3.3. Изучение распространенности генов факторов патогенности бактериальных возбудителей ОКИ с использованием метода ПЦР.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Экспресс-детекция и выявление генов факторов патогенности бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций»

Актуальность темы

В настоящее время острые кишечные инфекции продолжают оставаться серьезной проблемой для здравоохранения многих стран, в том числе и России. В последние годы из-за снижения уровня жизни и ухудшения экологической ситуации в нашей стране отмечается рост заболеваемости острыми кишечными инфекциями, в особенности шигеллезом (Черкасов Б.Л., 1997; Сергевнин В.И.,1999).

Согласно официальным данным службы Госсанэпиднадзора, по России в 80% случаев кишечных заболеваний не выявляется этиологический агент. Несовершенство методической лабораторной базы ЛПУ приводит к тому, что диагностика ОКИ во многих случаях поздняя, а число диагностических ошибок достигает 12,2-14,7% и остается стабильным (Ющук Н.Д., 2000; Покровский В.И. и др. 2002). В связи с этим важной задачей является разработка новых ускоренных, прямых, высокочувствительных и специфичных методов диагностики, обеспечивающих раннее выявление возбудителя и изучение его биологических свойств.

Всем этим требованиям соответствуют диагностические системы, базирующиеся на ПЦР-технологии: продолжительность анализа 6-7 часов, чувствительность до 10-100 бактерий в образце, при удачном подборе праймеров практически 100% специфичность, возможность анализировать до 100-200 и более образцов за день.

Быстрое, своевременное определение возбудителя, источника инфекции, круга инфицированных лиц является важным условием оперативного контроля над эпидемиологической ситуацией, целенаправленного государственного санитарно-эпидемиологического надзора за сырьем и пищевыми продуктами, оценки эффективности комплекса противоэпидемических мероприятий и назначения адекватной этиотропной терапии.

Цель работы:

Разработка ПЦР тест-системы для выявления бактерий рода Shigella и энтероинвазивных E.coli, совершенствование диагностики острых кишечных инфекций применением ПЦР-детекции наиболее распространенных бактериальных возбудителей диарейных инфекций.

Задачи исследования:

1. Разработать ПЦР тест-систему для детекции бактерий рода Shigella и энтероинвазивных Е. coli в клиническом материале, продуктах питания, объектах внешней среды.

2. Оптимизировать отечественные экспериментальные ПЦР тест-системы, выявляющие бактерии рода Salmonella, для внедрения в практическую медицину.

3. Оценить целесообразность комплексного ПЦР-исследования клинического материала на наличие распространенных бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций.

4. Изучить распространенность генов факторов патогенности в клинических изолятах шигелл, сальмонелл и эшерихий.

Научная новизна исследований

Подобраны оригинальные праймеры, позволяющие проводить эффективный высококачественный синтез консервативного участка оперона инвазивности шигелл и энтероинвазивных эшерихий. На базе данных праймеров разработана отечественная тест-система для детекции бактерий рода Shigella и энтероинвазивных Е. coli в клиническом материале, продуктах питания и объектах внешней среды.

Получены новые данные, характеризующие степень патогенности клинических изолятов шигелл, сальмонелл, эшерихий, выделенных в Волго-Вятском регионе. Показано широкое распространение генетических детерминант инвазивности (33,0%), токсигенности (22,6%) и подвижности

11,4%) микроорганизмов. Из генов токсигенности выявлен ген шигоподобного токсина 1. У штаммов Е. coli 0127 выявлены генетические структуры, сходные с генами адгезии tcpA V. cholerae и V. eltor. Основные положения, выносимые на защиту

1. ПЦР тест-система, разработанная на основе оригинальных праймеров, специфичных к оперону инвазивности, позволяет с высокой чувствительностью и специфичностью проводить выявление шигелл и энтероинвазивных эшерихий в клиническом материале от больных ОКИ.

2. Применение в клинических исследованиях и санитарно-эпидемиологических мероприятиях ПЦР-детекции шигелл и сальмонелл позволяет более чем в 2 раза увеличить эффективность выявления указанных инфекционных агентов.

3. Экспериментальные отечественные ПЦР тест-системы для изучения патогенных свойств энтеробактерий позволяют получать новую, объективную информацию о наличии генетических детерминант факторов патогенности в клинических изолятах Shigella, Salmonella, E.coli.

4. Комплексное ПЦР-исследование на наличие бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter и Yersinia enterocolitica на стадии первичного анализа клинического материала от больных ОКИ позволяет в увеличить выявление этиологического фактора и проследить циркуляцию труднокультивируемых возбудителей ОКИ.

Практическая значимость

Созданная в ходе настоящей работы ПЦР тест-система для детекции шигелл и энтероинвазивных эшерихий в 2,5 раза эффективнее выявляет инфекционный агент в клиническом материале по сравнению с бактериологическим методом, сокращает время проведения анализа до одного рабочего дня.

Апробированные и в ряде случаев оптимизированные экспериментальные тест-системы для выявления бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter и Yersinia enterocolitica позволяют увеличить выявляемость этиологического фактора ОКИ более чем в 2 раза. При проведении комплексного ПЦР-исследования клинического материала возбудитель ОКИ был выявлен методом ПЦР в 37% случаев, бактериологическим методом - в 16%.

Использование метода ПЦР для характеристики патогенных свойств клинических изолятов энтеробактерий позволило получить объективную научную информацию о циркуляции эпидемически значимых штаммов микроорганизмов в регионе. В 33% исследованных штаммов энтеробактерий выявлен оперон инвазивности, в 22,6% - ген шигоподобного токсина 1, и в 11,4% - ген белка фимбрий Н7, все культуры шигелл, выделенные от больных ОКИ, имеют оперон инвазивности. Выявление гена шиготоксина 1 в клинических изолятах S. flexneri 2а коррелирует с тяжелым проявлением заболевания.

Внедрение результатов работы

Подготовлена и прошла первый этап проверки в ГИСК им Л.А. Тарасевича документация (научно-производственный регламент, временная фармакопейная статья и инструкция по применению) на ПЦР тест-систему "Amply-Inv" для детекции бактерий рода Shigella и энтероинвазивных E.coli.

Подготовлено и опубликовано пособие для врачей «Принципы отбора, хранения и транспортировки биологических субстратов для проведения ПЦР-диагностики бактериальных и вирусных инфекций» (Н.Новгород, 2002).

Результаты, полученные при ПНР-исследовании клинического материала от больных ОКИ, проб продуктов питания, объектов внешней среды использовались лечебными учреждениями для подтверждения этиологии в диагностике ОКИ и проведения адекватной этиотропной терапии, а центрами ГСЭН - при проведении санитарно-эпидемиологических мероприятий, что подтверждено актами внедрения.

Апробация работы

Основные положения диссертации доложены и обсуждены на научно-практической конференции «Генодиагностика инфекционных заболеваний» (Н. Новгород 2002), на научно-практической конференции, посвященной 100-летию со дня рождения Елкина И.И. "Актуальные проблемы эпидемиологии инфекционных болезней" (Н.Новгород, 2003), на заседании Ученого совета и межлабораторного семинара Нижегородского НИИ эпидемиологии и микробиологии им. акад. РАМН И.Н. Блохиной.

По теме диссертации опубликовано 11 печатных работ

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Орлова, Клавдия Александровна

ВЫВОДЫ

1. Разработана ранее неизвестная отечественная ПЦР тест-система для детекции бактерий рода Shigella и энтероинвазивных Е. coli, основанная на оригинальных праймерах к консервативному участку оперона инвазивности.

2. Обнаружено, что эффективность выявления бактерий родов Shigella и Salmonella методом ПЦР при исследовании клинического материала, смывов с объектов внешней среды и продуктов питания в 2,5 раза выше, чем при микробиологичеком анализе.

3. Показана целесообразность комплексного ПЦР-исследования клинического материала на наличие бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter и Yersinia enterocolytica, позволяющего быстро и одновременно анализировать большое количество образцов, обнаруживать труднокультивируемые формы возбудителей, повысить образцов, обнаруживать труднокультивируемые формы возбудителей, повысить эффективнось выявления этиологического фактора ОКИ более чем в 2 раза.

4. Выявлено присутствие генов инвазивности (33%) токсигенности (22,6%) и подвижности (11,4%) микроорганизмов в клинических изолятах энтеробактерий, выделенных в Н. Новгороде и в Волго-Вятском регионе. Токсигенные формы представлены штаммами E.coli и S.flexneri 2а, содержащими ген шигоподобного токсина 1 (22,6%). Впервые выявлено наличие у E.coli 0127 генетических структур, сходных с геном адгезии холерного вибриона.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Несмотря на свою изученность, бактериальные возбудители острых кишечых инфекций остаются объектами внимания ученых и практиков во всем мире. Ежегодно в структуре кишечных заболеваний в Российской Федерации до 80% случаев не выявляется этиологический агент. Об актуальности усовершенствования диагностики ОКИ свидетельствуют многочисленные публикации в отечественной и западной литературе.

Современное состояние лабораторной диагностики ОКИ не отвечает требованиям практического здравоохранения. Актуальной задачей становится внедрение новых диагностических методов, которые позволят увеличить выявляемость возбудителя в более ранние сроки и с меньшими финансовыми затратами.

Молекулярно-биологические методы уже вышли на тот этап научно-практической разработки, когда их можно с уверенностью предложить для внедрения в клиническую и эпидемиологическую практику.

Особенно наглядным в этом отношении может быть пример метода ПЦР, который позволяет в короткое время с большой эффективностью выявлять самый широкий спектр возбудителей.

Целью нашей работы являлась разработка и адаптация к практическому применению ПЦР тест-систем для детекции бактериальных возбудителей ОКИ, выявление методом ПЦР генов факторов патогенности клинических изолятов энтеробактерий.

В ходе настоящей работы нами совместно с сотрудниками Центрального НИИ эпидемиологии МЗ РФ была разработана ПЦР тест-система для детекции бактерий рода Shigella и энтероинвазивных эшерихий, значительно превосходящая по рабочим характеристикам тест-системы первого поколения. Разработанная тест-система основана на оригинальных праймерах, специфичных к консервативному участку оперона инвазивности шигелл, который является родовым признаком этих энтеробактерий. В данную тест-систему входят стандартные комплекты реактивов для подготовки проб к ПЦР и для выявления продукта амплификации методом электрофореза в агарозном геле. Для стадии ПЦР предусмотрены два варианта ее проведения: «буст»-ПЦР и стандартная одностадийная ПЦР, комплект для ПЦР включает две реакционных смеси: «нижняя реакционная смесь» - раствор праймеров и дезоксинуклеотидтрифосфатов (для «буст»-ПЦР-2 пары праймеров; для стандартного варианта - 1 пара); «верхняя реакционная смесь», состоящая из компонентов ПЦР-буфера, термостабильной ДНК-полимеразы, глицерина, красителя-маркера для электрофореза. Нижняя реакционная смесь заранее вносится в микропробирки и запечатывается легкоплавким воском. При такой комплектации тест-системы для постановки ПЦР достаточно внести в пробирку верхнюю реакционную смесь, вазелиновое масло и исследуемую пробу. Разделение компонентов рабочей смеси предотвращает низкотемпературный неспецифический синтез на стадии подготовки к ПЦР. В тест-системе предусмотрено использование ВКО с целью отслеживания ингибирования ПЦР. Для уменьшения вероятности контаминации и получения ложно-положительных результатов применяется урацилгликозилазная обработка ампликонов. При исследовании клинического материала от больных ОКИ разработанная ПЦР тест-система показала высокую специфичность и чувствительность. Эффективность выявления шигелл и энтероинвазивных эшерихий методом ПЦР была выше по сравнению с микробиологическим методом более чем в 2 раза. На разработанную ПЦР тест-систему составлена научно-техническая документация, которая прошла первый этап проверки в ГИСКе им. Л.А.Тарасевича.

Не менее актуальной проблемой является совершенствование методической базы органов ГСЭН в процессе мониторинга за ОКИ, улучшение контроля за сырьем и продуктами питания, выявление источника инфекции и своевременное проведение санитарно-эпидемиологических мероприятий во время групповых вспышек заболеваемости ОКИ. Сальмонеллез занимает одно из ведущих мест в структуре заболеваний ОКИ и экспресс-детекция сальмонелл является не менее важной задачей. Использование метода ПЦР для решения проблем эпидемиологии не нашло пока практического применения в РФ, но экспериментальные ПЦР тест-системы для детекции сальмонелл прошли этап научной разработки. Поэтому вторая задача нашей работы носила методический характер и заключалась в апробации и адаптации к требованиям практической медицины двух отечественных экспериментальных тест-систем для детекции бактерий рода Salmonella.

В рамках решения этой задачи мы провели сравнительные испытания на клиническом материале экспериментальных ПЦР тест-систем для выявления сальмонелл разработки ГУ МНИИЭМ РАМН им. Г.Ф. Гамалеи (Москва) и ЦНИИЭ МЗ РФ (Москва).

ПЦР тест-система ГУ МНИИЭМ РАМН им. Г.Ф. Гамалеи относится к тест-системам первого поколения и отличается сложной комплектацией реактивов (6 пробирок), многоэтапной программой амплификации (5 этапов) и длительностью анализа (26 час.). Для получения интерпретируемого результата и повышения эффективности синтеза специфического фрагмента ДНК требуется культивирование пробы в накопительной среде, что существенно увеличивает продолжительность исследования. Тем не менее чувствительность этой тест-системы была достаточно высокой (1000 кл/мл), и эффективность выявления сальмонелл по сравнению с микробиологическим методом выше в 2 раза. На этапе проверки специфичности первой ПЦР тест-системы мы оптимизировали программу амплификации, что позволило сократить время проведения ПЦР и улучшить качество результата: «горячий старт» сократили с 10 до 4 минут, процесс проводили при температуре отжига праймеров 57° С. Кроме этого, на 25% уменьшили количество вносимых в реакционную смесь праймеров, что улучшило качество электрофореграммы.

В процессе работы мы провели сравнительные испытания различных способов подготовки клинического материала к проведению ПЦР: кипячение на водяной бане, ферментативный лизис с фенольно-хлороформной депротеинизацией и неферментативный лизис нитрозогуанидинтиоцианатом с последующей сорбцией ДНК на сорбенте. Последний из указанных методов был более технологичным, позволял существенно сократить стадию пробоподготовки, получить наиболее чистый препарат ДНК и не содержал токсичных веществ.

ПЦР тест-система «Ампли-сенс-Salmonella species 250» ЦНИИЭ МЗ РФ относится к тест-системам нового поколения. Достоинства этой тест-системы заключаются в стандартизации всех этапов ПЦР-анализа, что является существенным для применения в практических лабораториях. Удобная комплектация тест-системы (2 пробирки), простая программа амплификации фрагмента ДНК (3 этапа), универсальный набор для обработки проб и непродолжительность анализа (6-8 час) позволяли получать стабильный результат при исследовании смывов с объектов внешней среды и продуктов питания. Чувствительность данной тест-системы в 2 раза превышала чувствительность тест-системы первого поколения и составила 500 кл/мл, а эффективность выявления сальмонелл по сравнению с бактериологическим методом была достоверно выше более чем в 2 раза.

Проведенные исследования показали преимущества ПЦР тест-системы «Ампли-сенс-Salmonella species 250» по рабочим характеристикам по сравнению с тест-системой ГУ МНИИЭМ РАМН им. Г.Ф. Гамалеи. Простота, технологичность, и стабильность делает ПЦР тест-систему «Ампли-сенс-Salmonella species 250» доступной для ПЦР-лабораторий лечебных учреждений и центров ГСЭН.

Разработанные в 2003 г. ЦНИИЭ МЗ РФ ПЦР тест-системы для детекции кампилобактеров и йерсиний предоставили нам возможность решения задачи комплексного ПЦР-исследования клинического материала на наиболее значимые и распространенные бактериальные возбудители ОКИ. Внедрение комплексного ПЦР-иссследования в диагностике позволит увеличить выявляемость этиологического фактора ОКИ и усовершенствовать лабораторную диагностику диарейных заболеваний. Такой подход становится особенно актуальным при необходимости обследовать большое количество заболевших или контактных при групповых вспышках кишечных заболеваний.

ПЦР тест-системы для детекции бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter и Yersinia enterocolytica укомплектованы по одной схеме. Это позволило проводить исследования в стандартных условиях: использовать единый метод обработки проб, общую схему приготовления рабочей реакционной смеси, только две программы амплификации, что упростило проведение анализа и снизило его себестоимость, сократило продолжительность работ.

Полученные результаты исследования клинического материала свидетельствуют о более высокой эффективности комплексной ПЦР-детекции бактериальных возбудителей ОКИ по сравнению с микробиологическим методом. Методом ПЦР этиологический фактор установлен в 37% случаев, при микробиологическом исследовании - в 16%. Статистическая обработка показала, что выявляемость этиологического фактора ОКИ методом ПЦР достоверно выше более чем в 2 раза по сравнению с бактериологическим методом.

Использование разработанных в РФ и исследованных в нашей работе ПЦР тест-систем для детекции бактериальных возбудителей ОКИ увеличивает выявляемость инфекционного агента в 2,5 раза по сравнению с классическими методами, сокращает время исследования до 1 рабочего дня и позволяет анализировать одновременно большое количество образцов. И метод ПЦР, и разработанные тест-системы являются стандартными и могут применяться в любой клинической лаборатории, оборудованной соответствующей стандартной аппаратурой.

Внедрение метода ПЦР в практическую медицину позволит ускорить детекцию возбудителя ОКИ, особенно в первые дни заболевания, и увеличит вероятность выявления инфекционного агента при проведении санитарно-эпидемиологических мероприятий, при обследовании контактных лиц и бактерионосителей во время групповых вспышек ОКИ. В современных экономических условиях, когда микробиологические исследования, особенно на труднокультивируемые микроорганизмы, зачастую превышают стоимость ПЦР, целесообразным является комплексный ПЦР-анализ и при спорадических заболеваниях.

Внедрение ПЦР-исследования на кампилобактеры и йерсинии позволит практическому здравоохранению решить проблему с диагностикой диарейных заболеваний, вызываемых этими возбудителями и получить новые данные о циркуляции данных микроорганизмов. Нельзя не согласиться с мнением Б.Л. Черкасского, утверждающего, что низкая заболеваемость в РФ кампилобактериозом и йерсиниозом связана с недостаточной лабораторной диагностикой этих инфекций.

Поскольку изучение биологических характеристик патогенных микроорганизмов является фундаментальной задачей микробиологии и научной информации по этой проблеме недостаточно, мы провели ПЦР-исследование клинических изолятов энтеробактерий на наличие генов факторов патогенности с использованием отечественных ПЦР тест-систем.

Полученные в ходе многолетних исследований результаты свидетельствуют о распространенности в клинических изолятах энтеробактерий генов инвазивности (33%), токсигенности (22,6%) и подвижности (11,4%) микроорганизмов. Штаммы, имеющие ген шигоподобного токсина 1, выявлены в 22,6% изолятов энтеробактерий, при этом на первом этапе работы было выявлено больше токсигенных эшерихий (5,8%), а на последнем этапе ген VT1 чаще выявлялся у шигелл (16,5%).

Особо следует отметить выявление у штаммов E.coli 0127 генетических детерминант, имеющих гомологию с геном адгезии V.cholerae tcpA. Информации по данному факту нами не обнаружено.

Проведенные в нашей работе исследования патогенных свойств клинических штаммов эитеробактерий позволили получить ценную информацию о присутствии генов факторов патогенности в изученных изолятах и высветили ряд научных и практических проблем, связанных с изучением биологических свойств бактериальных возбудителей ОКИ.

Применение молекулярно-биологических методов, в том числе и метода ПЦР представляются нам перспективными в таких областях как:

1. в качестве оперативного скринингового теста для диагностики широко распространенных бактериальных возбудителей;

2. как основной прямой тест для выявления труднокультивируемых микроорганизмов;

3. как дополнительный тест к бактериологическому исследованию для характеристики патогенных свойств возбудителей.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Орлова, Клавдия Александровна, 2004 год

1. Аксенов М.Ю., Гинцбург А.Л. Диагностика инфекционных заболеваний с помощью метода ПЦР // Мол. ген. микроб, и вирус. 1993. - №4. -С.3-8.

2. Безруков В.М., Шипулин Г.А., Федоров Н.А., Шобухова Т.С., Филимонова И.Н., Постникова Т.М., Блоха В.В., Эльберт Е.В. Полимеразная цепная реакция в диагностике бактериальных инфекций // Клин.лаб. диагностика 1996. - №1. - С.20-23.

3. Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности и гельминтами. Санитарные правила. М: Федеральный центр ГСЭН МЗ РФ.-1999.-107с.

4. Белохвостов А.С. Полимеразная цепная реакция и лигазные реакции, принципы, традиционные методики и нововведения // Мол. генетика. -1995.- №2.-С. 21-26.

5. Блохина И.Н., Бруснигина Н.Ф., Скобло Л.Е., Мазепа В.Н., Барышева Н.Н. Применение метода молекулярной гибридизации для изучения энтеротоксигенных свойств сальмонелл // Журн. микробиол. 1990. -№6-С.20-23.

6. Блохина И.Н., Леванова Г.Ф., Антонов А.С. Систематика бактерий (с основами геносистематики). Н.Новгород. 1992. - 170с.

7. Бондаренко В.М. Факторы патогенности бактерий и их роль в развитии инфекционного процесса // Журн. микробиол. 1999. - №5. - С.34-39.

8. Бондаренко В.М., Шахмарданов М.З. Современнные представления о молекулярно-биологических основах патогенеза шигеллезов // Журн. микробиол. 1998. - №6. - С.88-92.

9. Боровой В.Н., Терехов В.И., Шпонько Ю.Б. Генодиагностика патогенных эшерихий в Краснодарском крае. // Сб. Генодиагностика инф. забол. Москва. 2002. - С.323-324.

10. Ю.Бухарин О.В. Биомедицинские аспекты персистенции бактерий // Журн. микробиол. 1994. - (Прил.) - С.4-12.

11. П.Бухарин О.В. Персистенция бактериальных патогенов как результат отношений в системе паразит-хозяин // Журн. микробиол. 1997. - №4. - С.3-9.

12. Бухарин О.В., Каган Ю.Д., Бурмистрова A.JI. Сальмонеллы и сальмонеллезы. Екатеринбург. 2000. - 163с.

13. Вертиев Ю.В. Бактериальные токсины: биологическая сущность и происхождение//Журн. микробиол. 1996.- №3.-С.43-46.

14. Воробьев А.А., Бондаренко В.М. Роль микробиологии в снижении инфекционной заболеваемости // Эпидем. и инфек. бол. 1997. - №4. -С.7-11.

15. Гинцбург А.Л., Зигангирова Н.А., Романова Ю.М. Современное состояние и перспективы молекулярно-генетических методов в решении задач медицинской микробиологии // Журн. микробиол. 1999. - №5. -С.22-26.

16. Гинцбург А.Л., Романова Ю.М. Некультивируемые формы бактерий и их роль в сохранении сапронозов во внешней среде // Журн. микробиол. -1997.- №3. С. 116-121.

17. Гинцбург А.Л., Романова Ю.М., Алексеева Н.В., Ковалев Ю.Н., Аляпкина Ю.С., Чегаева Е.В. Мезанизм действия и природа факторов, индуцирующих образование некультивируемых форм Salmonella tiphymurium // Журн. микробиол. 1999. - №6. - С.3-8.

18. Гущин А.Е., Гладышев Е.В., Шипулин Г.А. Использование урацил-ДНК-гликозилазы (УДГ) для снижения риска контаминации продуктами ПЦР // Сб. "Генодиагностика инф. забол". Москва. 2002. - С. 404-408.

19. Домарадская Т.И., Езепчук Ю.В. Пептидные термостабильные токсины энтеробактерий (генетический контроль, структура, механизмы действия, тестирование) // Мол. генетика. 1993. - №1. - С.3-8.

20. Домарадская Т.И., Езепчук Ю.В., Мотин B.JL, Микулькис А.В., Коробко

21. B.Г. Определение термостабильного и термолабильного энтеротоксинов в штаммах Escherichia coli генетическими, биологическими и иммуносерологическими методами // Мол. генетика. 1992. - №9-10.1. C.11-13.

22. Домарадский И.В. Некоторые проблемы адаптации патогенных бактерий к окружающей среде // Журн. микробиол. 1997. - №4. -С.29-34.

23. Дубинина И.Г., Щербо С.Н., Макаров В.Б. Метод ПЦР в лабораторной практике // Клин. лаб. диагностика. 1997. - №7. - С.5-9.

24. Езепчук Ю.В. Патогенность как функция биомолекул. Москва. "Медицина". 1985. - 235с.24.3айнуллин Л.И., Ахмадеев P.M., Алимов A.M. Дифференциация штаммов сальмонелл методом RAPD ПЦР // Сб. «Генодиагностика инф. забол.". Москва. - 2002. - С. 337-338.

25. Ильина Т.С. Структурная организация и механизмы перемещений генных кассет, кодирующих резистентность к антибиотикам и факторы вирулентности бактерий // Мол. генетика. 2001. - №3. - С.3-12.

26. Куракин Е.С., Катков В.П. Плазмидный анализ штаммов Shigella flexneri, обусловивших вспышку в стационаре психоневрологического профиля // Журн. микробиол. 1996. - №6. - С.69-70.

27. Леванова Г.Ф., Парфенова О.В., Кашников С.Ю. Молекулярно-биологические способы идентификации и дифференциации бактерий // Методические рекомендации. Москва. 1995.

28. Ломовцев А.Э., Каминский Г.Д. Анализ клонального распределения штаммов Shigella flexneri, циркулирующих в Тульской области, на основе определения их плазмидного профиля // Журн. микробиол. -1996. №6. - С.67-69.

29. Мазепа В.Н., Бруснигина Н.Ф., Скобло Л.Е., Барышева Н.Н. Изучение распространения энтеротоксигенных энтеробактерий с помощью зондов разной степени очистки // В кн. "Регуляция биологических систем". Н. Новгород-1991.-С. 10-13.

30. Малов В.А. Клинико-патогенетическое значение интоксикации у больных острыми кишечными заболеваниями. Автореферат дис. д.м.н-Москва. 1992.

31. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М., Мир 1984 - 479с.

32. Медицинская микробиология. Под ред. Покровский В.И., Поздеев O.K.// Москва. ГЭОТАР МЕДИЦИНА. - 1998.- 1200с.

33. Медицинские лабораторные технологии. Под ред. проф. А.И. Карпищенко // «Интермедика» Санкт-Петербург. - 1998. - 2т. - с. 680.

34. Методические указания МЗ СССР по микробиологической диагностике заболеваний, вызванных энтеробактериями // Москва. 1984.

35. Министерство здравоохранения СССР, приказ 22 апреля 1985г. №535 "Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений".

36. Пак С.Г., Турьянов М.Х., Пальцев М.П. Сальмонеллез. М., Медицина. -1988.-304 с.

37. Петровская В.Г., Бондаренко В.М. Общие принципы генетического контроля патогенности бактерий // Журн. микробиол. 1994. - №3. -С.106-110.

38. Петровская В.Г., Бондаренко В.М. Роль хромосомы и ее взаимодействие с внехромосомными детерминантами в процессе генетического контроля патогенности бактерий // Мол. генетика. 1994. - №5. - С.3-8.

39. Подколзин А.Т., Яцышина С.Б., Свистунова Т.С., и др. Изучение чувствительности и специфичности диагностических ПЦР тест-систем для выявления микроорганизмов рода Salmonella // Сб. "Генодиагностика инф. забол." Москва. 2002. - С.240-244.

40. Покровский В.В., Шипулин Г.А., Безруков В.М., и др. Методические рекомендации по проведению работ в диагностических лабораториях, использующих метод ПЦР. Москва. 1995. - 10 с.

41. Покровский В.И. Энтеробактерии. Москва. "Медицина". 1985. - 321с.

42. Покровский В.И., Малеев В.В. Актуальные проблемы инфекционной патологии//Эпид. и инфек. бол. 1999. - №2.- С. 17-20.

43. Покровский В.И., Онищенко Г.Г., Черкасский Б.Л. Актуальные направления совершенствования профилактики инфекционных болезней // Эпид. и инфек. бол. 2000. - №2 - С.4-8.

44. Покровский В.И., Онищенко Г.Г., Черкасский Б.Л. Инфекционные болезни в конце XX века и санитарно-эпидемиологическое благополучие в России в XXI веке // Журн. микробиол. 2002. - №3. -С. 16-23.

45. Покровский В.И., Черкасский Б.Л., Сальмонеллезы. Москва. АО "Медицинская газета". 1995. -С.286.

46. Попова Т.А., Сыпченко А.Я., Шишкина Л.И. Вспышка ОКИ, вызванных Е. coli 0157:Н7, в Тульской области // Эпид. и инфек. бол. 2000. - №3. -С. 19-21.

47. Ратинер Ю.А., Бондаренко В.М., Siitonen А. Энтерогеморрагические кишечные палочки и вызываемые ими заболевания // Журн. микробиол. 1998.-№5.-С.87-96.

48. Романова Ю.М. Плазмиды вирулентности бактерий рода Shigella // Мол. генетика. 1991. - №6 - С.3-9.

49. Романова Ю.М., Бошнаков Р.Х., Баскаков Т.В., Гинцбург А.Л. Механизмы активации патогенных бактерий в организме хозяина // Журн. микробиол. 2000. - №4. - С.7-11.

50. Романова Ю.М., Гинцбург А.Л. Есть ли сходство в механизмах образования "некультивируемых форм" у грамотрицательных бактерий и спор у бацилл? // Мол. генетика. 1993. - №6. - С.34-37.

51. Романова Ю.М., Гинцбург А.Л. Участие мобильных элементов в формировании свойств патогенных бактерий // Журн. микробиол. -1999.-№5.-С.22-29.

52. Рябченко Л.Е., Ряпис А.А. Рестрикционный анализ хромосомной ДНК штаммов S. enteritidis // Мол. генетика. 1993. - №6. - С.31-34.

53. Саики Р., ГиленстенУ., Эрлих Г. Полимеразная цепная реакция // Анализ генома. Методы. Под ред. Дейвиса К. М.: Мир. - 1990. -С. 176-190.

54. Сергевнин В.И. Методические подходы к расследованию вспышек ОКИ // Эпид. и инфек. бол. 1999. - №1. - С.27-28.

55. Сергевнин В.И. Этиологическая структура и экологическая классификация острых кишечных инфекций // Эпид. и инфек. бол. -1997.- №6 С.8-9.

56. Скобло Л.Е., Уланова Т.И., Мазепа В.Н., Бруснигина Н.Ф., Барышева Н.Н. Плазмиды бактерий семейства Enterobacteriaceae, несущие ген термолабильного энтеротоксина // В кн. "Биотехнология и генетика". -Н. Новгород. 1991. - С. 14-16.

57. Ставицкая Е.Л., Нарвская О.В., Мокроусов И.В., и др. Генотипирование S. flexneri 2а, выделенных от пациентов с острой дизентерией в Санкт-Петербурге // Журн. микробиол. 1998. - №3. - С.5-7.

58. Тимаков В.Д., Петровская В.Г., Бондаренко В.М. Биологические и генетические характеристики бактерий рода Shigella. Москва. 1980. -148с.

59. Чайка Н.А., Хазенсон Л.Б., Butzler J.M. и др. Кампилобактериоз. Москва. Медицина. 1988. - С.115-135.

60. Черкасский Б.Л. Современные особенности эпидемиологии кишечных инфекций в Российской Федерации // Эпид. и инфек. бол. 1997. - №5 -С.12-15.

61. Шагинян И.А. Геномный полиморфизм в решении фундаментальных и прикладных проблем микробиологии и эпидемиологии // Журн. микробиол. 1996. - №3. - С.21-24.

62. Шагинян И.А. Идентификация и типирование патогенных бактерий: современные подходы // Вест. РАМН. -2000. 1:22-8.

63. Шагинян И.А., Гинцбург A.JI. ПЦР-генетическое типирование патогенных микроорганизмов // Генетика. 1995. - Т.31. - №5. -С.600-609.

64. Шагинян И.А., Першина М.Ю. Генетические маркеры в эпидемиологии бактериальных инфекций // Журн. микробиол. 1997. - №4. - С.5-9.

65. Шагинян И.А., Романова Ю.М., Уткин В.В. и др. Изучение геномного полиморфизма штаммов Shigella flexneri, изолированных в разных географических регионах // Мол. генетика. 1993. - №1. - С.8-13.

66. Шагинян И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом анализе внутрибольничных инфекций // Лаб. диагностика. 2000. - Т.2. - №3. - С. 1-21.

67. Шахмарданов М.З. Инвазивные свойства возбудителя в патогенезе шигеллеза Флекснера 2а // Эпид. и инфек. бол. 2000. - №1. - С. 25-27.

68. Шмитт К.К., Мейсик К.С., О'Брайен А.Д. Бактериальные токсины: друзья или враги? // Клин, микробиол. и химиотер. 2000. - №2. - С.4-15.

69. Шувалова Е.И., Беляева Т.В., Осипова Г.И. Клинико-морфологические и иммунологические особенности дизентерии Флекснера // Эпид. и инфек. бол. №6 - 2002. - С. 18-23.

70. Ющук Н.Д., Бродов JI.E. Острые инфекционные диарейные болезни // Мед. газета 2000. - №31.

71. Ющук Н.Д., Розенблюм А.Ю., Пархоменко Ю.Г. и др. Клинико-морфологические особенности шигеллеза Флекснера у больных с отягощенным преморбидным фоном //Журн. микробиол. 2002. - №2. -С.26

72. Aabo S., Rasmussen O.F., Rossen L et al. Salmonella identification by the polymerase chain reaction // Molecular and Cellular probes. 1993. - Vol. 10.- №3 - P. 171-178.

73. A1-Hasani K., Adler В., Rajakumar K., Sakellaris H. Distribution and structural variation of the she pathogenicity island in enteric bacterial pathogens // Med. Microbiol. 2001. - Vol. 50. - №9. - P. 780-786.

74. Altwegg, Perschil I., Gruner E. Molecular biology detection and antibiotic sensitivities of Shigella spp. and enteroinvasive Escherichia coli (EIEC) in patients returning from the tropics // Schweiz Rundsch Med Prax. 1997. -Vol.86. - №9 - P. 348-351.

75. Bai S., Li X., Xia G. et al. Gena types of Shigella enterotoxins of S. flexneri 2a // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2000. - Vol. 21. - №4. - P. 280-282.

76. Bando S.Y., do Valle G.R., Martinez M.B., Trabulsi L.R., Moreira-Filho C.A. Characterization of enteroinvasive Escherichia coli and Shigella strains by RAPD analysis // FEMS Microbiol Lett. 1998. - Vol. 165. -№1. - P. 159-165.

77. Barlow R.S., Hirst R.G., Norton R.E., Ashhurst-Smith C., Bettelheim K.A. A novel serotype of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) as a major pathogen in an outbreak of infantile diarrhoea // J Med Microbiol. 1999.

78. Vol. 48.- №12.-P. 1123-1125.

79. Belanger S.D., Boissinot M., Menard C., Picard F.J., Bergeron M.G. Rapid detection of Shiga toxin-producing bacteria in feces by multiplex PCR with molecular beacons on the smart cycler // J. Clin. Microbiol. 2004. - Vol.40.- № 4. P. 1436-1440.

80. Beutin L., Strauch E., Fischer I. Isolation of Shigella sonnei lysogenic for a bacteriophage encoding gene for production of Shiga toxin // Lancet. 1999.- Vol.353. №9163.-P.1498.

81. Birnboim H.C., Doly J. // Nucleic. Acid. Res. 1979. - Vol. 7. - №6. -P.l 513-1523.

82. Boom R., Sol C., Salimans V. Rapid and simple method for purification of nucleic acid. // J. Clin. Microbiol. 1990 - Vol. 28. - №6. - P.495-503.

83. Carniel E., Guilvout I., Prentice M. Characterization of a large chromosomal " High Pathogenicity Island" in biotype IB Yersinia enterocolitica // J. Bact.- 1996.-Vol. 178.-P. 6743-6751.

84. Cheetham B.F., Katz M.E. A role for bacteriophages in the evolution and transfer of bacterial virulence determinants // Gene. 1995. - Vol. 165. -P.53-58.

85. Coimbra R.S., Grimont F., Grimont P.A. Identification of Shigella serotypes by restriction of amplified O-antigen gene cluster. // Res Microbiol. 1999. -Vol.150.-№8.- P. 543-553.

86. Coimbra R.S., Lenormand P., Grimont F., Bouvet P., Matsushita S., Grimont P.A. Molecular and phenotypic characterization of potentially new Shigella dysenteriae serotype.// J Clin Microbiol. 2001. - Vol.39. - № 2. - P. 618621.

87. David H. Pershing, Ed. PCR protocols for emerging infectious diseases // American society for microbiology. Washington, DC. 1996. - P.526.

88. Doran J.L., Collinson S.K., Burian J. et al. DNA-based diagnostic tests for Salmonella species targeting agfA, the structural gene for thin, aggregative fimbriae // J Clin Microbiol. 1993. - Vol. 31. - №9. - P. 2263-2273.

89. Donnenberg M.S., Welch R.A. Virulence determinants of uropathogenic Echerichia coli // Urinari Tract Infectious Molecular Pathogenesis and Clinical Management // Ed.H.Mobley, J. W. Warren. Washington. - P. 465496.

90. DuPont H.L., Enteropathogenic organisms: New etiological agents and concepts of disease // Med. Clin. North Am. 1997. - Vol. 62. - P. 945-949.

91. Eckhardt T. A rapid method for the identification of plasmid

92. Desoxiribonucleic acid in bacteria // Plasmid. J. 1978. - Vol. 21. - P. 584588.

93. Elliot S.J., Wainwright L.A., McDaniel Т.К. et.al. Structural analysis of locus enterocyte effacement genomic islands among enteropathogenic (EPEC) and enterohemorrhagic (ЕНЕС) E. coli // Mol. Microbiol. - 1998. -Vol. 28.-P. 1-4.

94. Elwell L.P., Shipley P.L. Plasmid-mediated factors associated with virulence of bacteria to animals // Annu. Rev. Microbiol. 1991. - Vol. 34. -P. 465-496.

95. Falkow S. The evolution of pathogenecity in Escherichia, Shigella, and Salmonella // Escherichia coli and Salmonella Cellular and Molecular Biology / (Ed.-in-chief) F.C. Neidhardt. Wachington. - 1999. - P. 27232729.

96. Finkelstein R.A., Ben Marchlewicz A., Donald R. et al. Isolation and characterization of a cholera related enterotoxin from Salmonella typhimurium // FEMS Microbiol. Lett. 1990. - Vol. 17. - P. 239-241.

97. Finkelstein R.A., Boesman-Finkelstein M., Holt P. et al. Vibrio cholerae hemaglutinin-lectin-pronase hydrolises fibronectin and ovomucin // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1993. - Vol. 80. - P. 1092-1095.

98. Foultier В., Troisfontaines P., Muller S. et al. Characterization of the ysa pathogenicity locus in the chromosome of Yersinia enterocolitica and phylogeny analysis of type III secretion systems // Mol Cell Probes. 1994. -Vol.8.-№4.-P. 285-290.

99. Friedrich M.J., Kinsey N.E., Vila J., Kadner R.J. Nucleotide sequence of a 13,9 kb segment of the 90 kb virulence plasmid of Salmonella typhimurium: the presence of the fimbrial biosynthetic genes // Mol. Microbiol. 1993. - Vol. 8. - P. 543-558.

100. Fukushima M., Kakinuma K., Kawaguchi R. Phylogenetic analysis of Salmonella, Shigella, and Escherichia coli strains on the basis of the gyrB gene sequence // J. Clin. Microbiol. 1998. - Vol. 32. - P. 3072-3078.

101. Gascon J., Vargas M., Quinto L. et al. Enteroaggregative Escherichia coli strains as a cause of traveler's diarrhea: a case-control study // J. Infect. Dis. -1998.-Vol. 177.-№5.-P. 1409-1412.

102. Gates R. Infectious disease secrets. Philadelfia. Hanley & Belfus. 1998.- P. 96.

103. Grant M.A., Weagant S.D., Feng P. Glutamate decarboxylase genes as a prescreening marker for detection of pathogenic Escherichia coli groups // Appl Environ Microbiol. 2001. - Vol. 67. - №7. - P. 3110-3114.

104. Groisman E.A., Ochman H. Cognate gene clusters govern invasion of host epithelial cells by Salmonella typhimurium and Shigella flexneri // EMBO J.- 1993. Vol. 142. - P. 3779-3787.

105. Haker J., Blum Oehler G., Muhldorfer I., Tschape H. Pathogenecity Islands of virulent bacteria: structure, function and impact on microbial evolution // Mol. Microbiol. 1997. - Vol. 23. - P. 1089-1097.

106. Houng H.S., Venkatesan M.M. Genetic analysis of Shigella sonnei form I antigen: identification of a novel IS630 as an essential element for the form I antigen expression. // Microb Pathog. 1998. - Vol. 25. - №4. - P. 165-173.

107. Hsu S.C., Tsen H.Y. PCR primers designed from malic acid dehydrogenase gene and their use for detection of Escherichia coli in water and milk samples // Int. J. Food Microbiol. 2001. - Vol.64. - № 1-2. - P. 111.

108. Hulton C.S., Higgins C.F., Sharp P.M. ERIC sequences: a novel family of Repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria //Mol. Microbiol. 1991. - Vol. 35. -P. 825-834.

109. Ina K., Kusugami K., Ohta M. Bacterial hemorrhagic enterocolitis // J. Gastroenterol. 2003. -Vol.38. - №2. - P. 111-120.

110. Islam M.S., Hossain M.S., Hasan M.K. et al. Detection of Shigellae from stools of dysentery patients by culture and polymerase chain reaction techniques // J. Diarrhoeal. Dis. Res. 1998. - Vol. 14. - №4. - P. 248-251.

111. Ito K., Watanabe H., Toyosato M., Kosaka Т., Mizuno K. Genetic analysis of Shigella pathogenesis and rapid detection method of Shigella virulencegene by the polymerase chain reaction // Nippon Rinsho. 1992. - Vol. 50. -P. 368-372.

112. Jackson M.P. Detection of Shiga toxin-producing Shigella dysenteriae type 1 and Escherichia coli by using polymerase chain reaction with incorporation of digoxigenin-ll-dUTP // J. Clin Microbiol. 1991. - Vol. 29.-№9.-P. 1910-1914.

113. James P. Nataro and James B. Kaper. Diarreagenic Echerichia coli. // Clin. Microbiol. Rev. 1998. -Vol. 11. - P. 142-201.

114. Kaplan B.S. Hemolytic uremic syndrome and thrombotic thrombocytopenic purpura//N.Y. 1992. - P. 54.

115. Kobayashi K., Seto K., Makino M. Detection of two Shiga-like toxins from Escherichia coli 0157:H7 isolates by the polymerase chain reaction method // Nippon Saikingaku Zasshi. 1990. - Vol. 45. - №3 - P. 649-652.

116. Kobayashi K. A simple and rapid confirmation method of the bacterial contamination using polymerase chain reaction // Kansenshogaku Zasshi. -1994. Vol. 68. - №4. - P. 495-499.

117. Kongmuang U., Luk J.M., Lindberg A.A. Comparison of three stool-processing methods for detection of Salmonella serogroups В, C2 and D by PCR. // J. Clin. Microbiol. 1994. - Vol. 32. - P. 3072-3074.

118. Lampel K.A., Jagow J.A., Trucksess M., Hill W.E. Polymerase chain reaction for detection of invasive Shigella flexneri in food // Appl. Environ. Microbiol. 1990.-Vol. 56.-№6.-P. 1536-1540.

119. Lan R., Lumb В., Ryan D et al. Molecular evolution of large virulence plasmid in Shigella clones and enteroinvsive Escherichia coli. // Infect. Immun. 2001. - Vol. 65. - P. 2685-2692.

120. Lindqvist R. Detection of Shigella spp. in food with a nested PCRmethod-sensitivity and performance compared with a conventional culture method // J. Appl. Microbiol. 1999. - Vol. 86. - №6. - P. 971-978.

121. Liu P.Y., Lau Y.J., Hu B.S., et al. Analysis of clonal relationships among isolates of Shigella sonnei by different molecular typing methods // J Clin Microbiol. 1995. - Vol. 33. -№7. - P. 1779-1783.

122. Ludwig A., Tengel C., Bauer S. et al. SlyA, a regulatory protein from Salmonella typhimurium, induces a haemolytic and pore-forming protein in Escherichia coli // Mol. Gen. Genet. 1995. - Vol. 249. - №5. - P. 474486.

123. Luo W., Wang S., Peng X. Identification of shiga-toxin producing bacteria by a new immuno-capture toxin gene PCR // J. Clin. Microbiol. 1998. -Vol. 28.-P. 543-548.

124. Luscher D., Altwegg M. Detection of shigellae, enteroinvasive and enterotoxigenic Escherichia coli using the polymerase chain reaction (PCR) in patients returning from tropical countries // Mol. Cell. Probes. 1994. -Vol. 8. - №4. - P. 285-290.

125. Luscher D., Graf Settah S., Altwegg M. Bacterial pathogens in diarrhea: demonstration of verotoxin-producing Escherichia coli using the polymerase chain reaction // Schweiz. Med. Wochenschr. 1992. - Vol. 122. -№50.- P. 1911-1918.

126. Mainil J. Shiga/verocytotoxins and Shiga/verotoxigenic Escherichia coli in animals // Vet. Res. 1999. - Vol. 30. - №2-3. - P. 235-257.

127. Mariani-Kurkdjian P., Bingen E. Hemolytic-uremic syndrome after verotoxin-producing Escherichia coli infection // Presse Med. 1995. - Vol. 24.-№2.-P. 99-101.

128. Marquart M.E., Picking W.L., Picking W.D. Structural analysis of invasion plasmid antigen D (IpaD) from Shigella flexneri // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995. - Vol. 214. - №3. - P. 963-970.

129. Maurelli A.T., Blackmon В., Curtiss R. Loss of pigmentation in Shigella flexneri 2a is correlated with loss of virulence and virulence-associated plasmid // Infect Immun. 1994. - Vol. 43. - №1. - P. 397-401.

130. Mclver C.J., White P.A., Jones L.A. et al. Epidemic strains of Shigella sonnei biotype g carrying integrons // J Clin Microbiol. 2002. - Vol. 40. -№4.-P. 1538-1540.

131. McDaniel Т.К., Jarvis K.G., Donnenberg M.S., Kaper J.B. A genetic locus of enterocyte effacement concerved among diverse enterobacterial pathogens // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1995. - Vol. 95. -№5. - P.1664-1668.

132. Meng J., Zhao S., Doyle M.P., Mitchell S.E., Kresovich S. A multiplex PCR for identifying Shiga-like toxin-producing Escherichia coli 0157:H7// Lett. Appl. Microbiol. 1997. - Vol. 24. - №3. - P. 172-176.

133. Muller M., Kruse L., Tabrett A.M. et al. Detection of a single base exchange in PCR-amplified DNA fragments using agarose gel electrophoresis containing bisbensimide-PEG // Nucleic Acids Res. 1997. -Vol.25. - № 24. - P.5125-5126.

134. Nataro J.P., Seriwatana J., Fasano A. et al. Identification and cloning of a novel plasmid-encoded enterotoxin of enteroinvasive Escherichia coli and Shigella strains // Infect Immun. 1995. - Vol. 63. - №12. - P. 4721-4728.

135. Noriega F.R., Liao F.M., Formal S.B., Fasano A., Levine M.M. Prevalence of Shigella enterotoxin 1 among Shigella clinical isolates of diverse serotypes // J. Infect. Dis. 1995. - Vol. 172. - №5. - P. 1408-1410.

136. Olive D.M., P.Bean. Principes and application of methods for DNA-based typing of microbial organisms // J. Clin. Microbiol. 1999. - Vol. 37. - P. 1661-1669.

137. Oyofo B.A., Mohran Z.S., el-Etr S.H. et al. Detection of enterotoxigenic Escherichia coli, Shigella and Campylobacter spp. by multiplex PCR assay // J. Diarrhoeal. Dis. Res. 1996. - Vol. 14. - №3. - P. 207-210.

138. Parreira V.R., Gyles C.L. Shiga toxin genes in avian Escherichia coli \\ Mol. Microbiol. 1995. - Vol. 5. - P. 825-834.

139. Peng X., Luo W., Zhang J., Wang S., Lin S. Rapid detection of Shigella species in environmental sewage by an immunocapture PCR with universal primers // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - Vol. 68. - №5. - P. 25802583.

140. Petrovskaya V.G., Bondarenko V.M., Nastichkin J.A. A chromosome map of Shigella flexneri with the loci related to pathogenicity // Мол. генетика. -1994.-№1.-С. 3-10.

141. Pierard D., Stevens D., Moriau L., Lior H., Lauwers S. Isolation and identification virulence factors of verocytotoxin-producing Escherichia coli in human stool samples // Clin Microbiol Infect. 1997. - Vol. 3. - №5. - P. 531-540.

142. Pronk L.M., Sanderson K.E. Intervening sequences in rrl genes and fragmentation of 23 S rRNA in genera of the family Enterobacteriaceae // J. Bacterid.-2001.-Vol. 183.-№19.-P. 5782-5787.

143. Qadri F., Hossain S.A., Ciznar I. et al. Congo red binding and salt aggregation as indicators of virulence in Shigella species // J. Clin. Microbiol. 1988. - Vol. 26. - №7. - P. 1343-1348.

144. Read S.C., Clarke R.C., Martin A. et al. Polymerase chain reaction for detection of verocytotoxigenic Escherichia coli isolated from animal and food sources // Mol.Cell. Probes. 1992. - Vol. 6. - №2. - P. 153-161.

145. Rosqvist R., Hakansson S., Forsberg A., Wolf-Watz H. Functional conservation of the secretion and translocation machinery for virulence proteins of yersiniae, salmonellae and shigellae // EMBO J. 1995. - Vol. 14. -№17.-P. 4187-4195.

146. Sabat G., Rose P., Hickey W.J., Harkin J.M. Selective and sensitive method for PCR amplification of Escherichia coli 16S rRNA genes in soil. // Appl. Environ. Microbiol. 2000. - Vol. 66. - №2. - P. 844-849.

147. Sakai Т., Sasakawa C., Makino S., Kamata K., Yoshikawa M. Molecular cloning of a genetic determinant for Congo red binding ability which is essential for the virulence of Shigella flexneri // Infect. Immun. 1986. -Vol. 51.-№2.-P. 476-482.

148. Sasakawa C., Kamata K., Sakai T. et al. Virulence-associated genetic regions comprising 31 kilobases of the 230-kilobase plasmid in Shigella flexneri 2a // J. Bacterid. 1988. - Vol. 170. - №6. - P. 2480-2484.

149. Sasakawa C., Kamata K., Sakai T. et al. Molecular alteration of the 140-megadalton plasmid associated with loss of virulence and Congo red binding activity in Shigella flexneri // Infect. Immun. 1986. - Vol. 51. - №2. - P. 470-475.

150. Sasakawa C., Komatsu R., Tobe Т., et al. Eight genes in region 5 that from an operon are essential for invasion of Epithelial cells by Shigella flexneri 2a // J. Bacteriol. 1993. - Vol.175. - P. 2334-2346.

151. Schuch R., Maurelli A.T. Virulence plasmid instability in Shigella flexneri 2a is induced by virulence gene expression // Infect. Immun. 1997. - Vol. 65.-№9.-P. 3686-3692.

152. Sethabutr O., Venkatesan M., Murphy G.S. et al. Detection of Shigellae and enteroinvasive Escherichia coli by amplification of the invasion plasmid antigen H DNA sequence in patients with dysentery // J. Infect. Dis. 1993. -Vol. 167.-№2.-P. 458-461.

153. Sethabutr O., Venkatesan M., Yam S. et al. Detection of PCR products of the ipaH gene from Shigella and enteroinvasive Escherichia coli by enzyme linked immunosorbent assay // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2000. - Vol. 37. -№1. - P. 11-16.

154. Sharma K., Rishi P., Grewal J.S., Ram S., Tiwari R.P. Correlation between Congo red binding and contact haemolysin production in Shigella species // Microbios. 2001. - Vol. 106. - №413. - P. 31-38.

155. Small P.L., Falkow S. Development of DNA probe for the virulence plasmid of Shigella ssp. and enteroinvasive Escherichia coli // Microbiol. -1986. American Society for Microbiology, Washington D.C. - P. 121-124.

156. Spierings G., Ockhuijsen C., Hofstra H., Tommassen J. Polymerase chain reaction for the specific detection of Escherichia coli/Shigella // Res. Microbiol. 1993. - Vol. 144. - №7. - P. 557-564.

157. Szakal D., Gado I., Pal T. A colony blot immunoassay to detect enteroinvasive Escherichia coli and Shigella in water samples // J. Appl.

158. Microbiol. 2001. - Vol. 90. - №2. - P. 229-236.

159. Theron J., Morar D., Du Preez M. et al. A sensitive seminested PCR method for the detection of Shigella in spiked environmental water samples // Water Res. 2001. - Vol. 35. - №4. - P. 869-874.

160. Unkmeir A., Schmidt H. Structural analysis of phage-borne stx genes and their flanking sequences in shiga toxin-producing Escherichia coli and Shigella dysenteriae type 1 strains // Infect. Immun. 2000. - Vol. 68. - №9. -P. 4856-4864.

161. Vantarakis A., Komninou G., Venieri D., Papapetropoulou M. Development of a multiplex PCR detection of Salmonella spp. and Shigella spp. in mussels // Lett. Appl. Microbiol. 2000. - Vol. 31. - №2. - P. 105109.

162. Vargas M., Gascon J., Jimenez De Anta M.T., Vila J. Prevalence of Shigella enterotoxins 1 and 2 among Shigella strains isolated from patients with traveler's diarrhea. // J. Clin. Microbiol. 1999. - Vol. 37. - №11. - P. 3608-3611.

163. Villalobo E., Torres A. PCR for detection of Shigella spp. in mayonnaise // Appl. Environ. Microbiol. 1998. - Vol. 64. - №4. - P. 1242-1245.

164. Wang R.F., Cao W.W., Cerniglia C.E. A universal protocol for PCR detection of 13 species of foodborne pathogens in foods // Appl. Microbiol. -1997. Vol. 83. -№6. - P. 727-736.

165. Wang RF, Cao WW, Cerniglia CE. Phylogenetic analysis and identification of Shigella spp. by molecular probes // Mol Cell Probes. -1997. Vol. 11. - №6. - P. 427-432.

166. Watanabe H., Nakamura A., Timmis K.N. Structural analysis of the virulence plasmid of Shigella ssp. // Ibid. 1995. - Vol. 43. - P. 55.

167. Way J.S., Josephson K.L., Pillai S.D. et al. Specific detection of Salmonella spp. by multiplex polymerase chain reaction // Appl. Environ. Microbiol. 1993. - Vol. 59. - №5. - P. 1473-1479.

168. Wawer C., Ruggeberg H., Meyer G., Muyzer G. A simple and rapid electrophoresis method to detect sequence variation in PCR-amplified DNA fragments // Nucleic Acids Res. 1995. - Vol. 23. - №11. - P.4928-4929.

169. Xu J., Cheng В., Wu Y. A new diarrhea pathogen: entero-SLTs-producing and invasive Escherichia coli was over-looked as normal flora E. coli // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 1994. - Vol. 15. - №6 - P. 333-338.

170. Yavzori M., Cohen D., Wasserlauf R. et al. Identification of Shigella species in stool specimens by DNA amplification of different loci of the Shigella virulence plasmid // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1994. -Vol. 13. -№3 - P. 232-237.

171. Yavzori M., Uriel N., Porat N. et al. Development of molecular tests for rapid detection of enteropathogens // Harefuah. 2000. - Vol. 138. - №9. -P. 758-762, 805.

172. Ye L.Y, Lan F.H., Zhu Z.Y. et al. Detection of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli using polymerase chain reaction // J. Diarrhoeal. Dis. Res. 1993. - Vol. 11. - №1. - P. 38-40.

173. Yokoigawa К., Hirasawa R., Ueno H. et al. Gene cloning and characterization of alanine racemases from Shigella dysenteriae, Shigella boydii, Shigella flexneri, and Shigella sonnei // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. - Vol. 288. - P. 676-684.