Факторы и механизмы структурно-функциональных изменений поверхностного гликопротеина ВИЧ-1 gp120 в течение ВИЧ-инфекции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, доктор биологических наук Набатов, Алексей Анатольевич

• Набатов, Алексей Анатольевич
• доктор биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации доктор биологических наук Набатов, Алексей Анатольевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ.

1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

1.1 Актуальность проблемы

1.2 Цели и задачи исследования

1.3 Основные положения, выносимые на защиту

1.4 Научная новизна работы

1.5 Практическая ценность

1.6 Личный вклад соискателя

1.7 Форма выполнения диссертационной работы

1.8 Апробация работы

1.9 Публикации

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1 Свойства вируса иммунодефицита человека

2.1.1. Таксономия, строение вириона и жизненный цикл ВИЧ.

2.1.2. Структурные белки ВИЧ

2.1.3. Регуляторные белки ВИЧ

2.2 Ген епу. Структура и функции поверхностных гликопротеинов ВИЧ-1.

2.3. Проникновение ВИЧ-1 в клетку.

2.4. Хемокины и хемокиновые рецепторы

2.5. Фенотипические характеристики изолятов ВИЧ-1.

2.6. Патогенез ВИЧ-1.

2.6.1. Клиническая картина ВИЧ-инфекции.

2.6.2. Причины снижения концентрации Т4-лимфоцитов и возникновения иммунодефицита

2.6.2.1. ВИЧ-индуцированное изменение в составе Т клеток

2.6.2.2. Изменения в составе дендритных клеток

2.7. Механизмы адаптации вируса в течение индивидуальной ВИЧ-1 инфекции.

2.7.1. Механизмы, определяющие генетическую изменчивость ВИЧ

2.7.2. Компенсаторные мутации '

2.8. Фенотипические изменения ВИЧ и их связь с патогенезом.

2.9. Роль УЗ петли в формировании фенотипа ВИЧ-1.

2.9.1. Структура УЗ петли.

2.9.2. Участие УЗ-петли во взаимодействии с рецепторами хемокинов.

2.10. Факторы определяющие изменение фенотипа ВИЧ

2.10.1. Уровень хемокинов и хемокиновых рецепторов

2.10.2. Гуморальный иммунный ответ на ВИЧ

2.10.3. Роль УЗ-петли влгейтрализации вируса и возможность изучения гуморального ответа на УЗ-петлю

2.11. ВИЧ-1 и дендритные клетки

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1. Пациенты

3.2. Доноры и донорский материал

3.3. Создание банка сывороток ВИЧ-инфицированных пациентов

3.3. Вирусы

3.4. Эксперименты по моделированию вирусной адаптации 48 3.4. Получение флюоресцентномеченного вируса

3.5. Культивирование эукариотических клеток

3.5.1. Выделение и культивирование первичных донорских клеток

3.5.1.1. Получение мононуклеарных клеток периферической крови (МКГ1К)

3.5.1.2. Выделение CD4+ лимфоцитов

3.5.1.3. Выделение клеток Лангерганса.

3.5.1.4. Получение ДК путем искусственной дифференцировки моноцитов (МДК)

3.5.2. Культуры клеток

3.5.2.1. Клеточные линии

3.5.2.2. Получение клеток имеющих фенотип клеток Лангерганса путем искусственной дифференцировки клеточной линии

3.5.2.3. Трапсфекция эукариотических клеток СЗЗА рекомбинантными плазмидами содержащими полный геном вируса, с целью получения инфекционного вируса

3.5.3. Статины и обработка клеток статинами

3.5.4. Определение вирусного антигена в культуральной жидкости.

3.5.5. Определение инфекционной дозы (ИД) ВИЧ-1.

3.5.6. Методы нейтрализации (ингибирования) вируса.

3.5.7. Определение корецепторной специфичности ВИЧ

3.5.8.Связывание Raji-DC-SIGN клетками ВИЧ

3.5.9. Вирусная репликация в присутствии RAJI-DC-SIGN клеток или ДК.

3.5.10. Ингибирование маннаном ВИЧ-1 инфекции

3.5.11. Нейтрализация ВИЧ-1 в присутствии Raji-DC-SIGN клеток

3.5.12. Перенос захваченного нейтрализованного вируса.

3.5.13. Проточная цитофлюорометрия.

3.5.13.1. Экстраклеточное окрашивание

3.5.13.2. Внутриклеточное окрашивание

3.6. Серологические методы

3.6.1. Определение RANTES в культуральной жидкости

3.6.2. Иммунотипирование ВИЧ с использованием синтетических пептидов.

3.6.2.1. Синтетические пептиды

3.6.2.2. Твердофазный иммуноферментный анализ

3.7. Методы работы с нуклеиновыми кислотами

3.7.1. Методы выделения и очистки НК 62 3. 7.1.1. Выделение ДНК из МКПК ВИЧ-инфицированных пациентов 62 3.7.1.2. Выделение плазмидной ДНК 62 3. 7.1.3. Выделение фрагментов ДНК из легкоплавкой агарозы 63 3. 7.1.4. Очистка ДНК между ферментативными реакциями 63 3. 7.1.5. Универсальное выделение нуклеиновых кислот.

3.7.2. Амплификация ВИЧ-специфичных фрагментов

3.7.2.1. Полимеразная цепная реакция

3.7.2.2. Праймеры для амплификации 66 3. 7.2.3. Синтез кДНК с последующей ПЦР

3.7.2.4. Определение делетированной формы гена CCR5 у доноров крови. 67 3. 7.2.5. Амплификация на основе нуклеотидной последовательности РНКNucelic Acid Sequence Based Amplification (NASBA)

3.7.3. Анализ нуклеиновых кислот

3.7.3.1. Электрофорез препаратов ДНК

3.7.3.2. Препаративный электрофорез препаратов ДНК в легкоплавкой агарозе

3.7.3.3. Электрофорез препаратов ДНК в ПААГ в неденатурирующих условиях

3.7.4. Клонирование амплифицированных ВИЧ-специфичных фрагментов 69 3.7.4.1. Подготовка плазмидного вектора для клонирования 69 3. 7.4.2. Подготовка амплифицированного фрагл1ента для клонирования

3.7.4.3. Модификация концов амплифицироваиных фрагментов

3.7.4.4. Фосфорширование концов амплифицироваиных фрагментов

3.7.4.5. Лигирование 71 3. 7.4. б. Подготовка компетентных клеток E.coli для трансформации 71 3. 7.4.7. Трансформация клеток E.coliрекомбинантными плазмидами

3.7.4.8. Отбор рекомбинантных клонов

3.7.4.9. Анализ клонированных фрагментов 72 3.7.5. Секвенирование фрагментов ДНК

3.7.5.1. Секвенирование клонированных фрагментов ДНК 1Ъ

3.7.5.2. Прямое секвенирование амплифицироваиных фрагментов ДНК 1Ъ

3.8. Математические методы анализа данных

3.8.1. [Методы анализа многомерных данных

3.8.2. Поиск и использование полученных ранее генетических последовательностей

3.8.3. Методы филогенетического анализа

3.8.3.1. Подготовка последовательностей для анализа

3.8.3.2. Определение генетических дистанций

3.8.3.3. Построение филогенетических деревьев

3.8.4. Анализ схожести аминокислотных последовательностей

3.8.5. Методы статистического анализа и математического моделирования

3.9. Методы микроскопии 78 3.9.1. Конфокальная микроскопия

3.9.1.1. Конфокальная микроскопия вирусного захвата клетками при 37°С. 78"

3.9.1.2. Конфокальная микроскопия захвата вируса при 4°С.

4. РЕЗУЛЬТАТЫ

4.1. Взаимосвязь между изменениями фенотипических свойств ВИЧ-1 и гуморальных факторов иммунного ответа

4.1.1. Изучение популяционного разнообразия первичной аминокислотной последовательности УЗ-петли и основ этого разнообразия

4.1.2. Взаимосвязь между структурой УЗ-петли и специфичностью сыворотки к ней

4.1.3. Статиныкак средство манипуляции сети хемокин-хемокиновый рецептор при ВИЧ-инфекции.

4.1.3.1. Эффект статинов на предствленность CD4 и хемокиновых рецепторов на ЦПМ: Снижение представленности CCR

4.1.3.2. Статины усиливают секрецию RANTES CD4+ Тлимфоцитами.

4.1.3.3. Статины предпочтительнее сниэюают инфекцию CD4+ Тлимфоцитов вызванную R5 вирусами, чем Х4 вирусами.

4.1.4. Изменения в структуре gpl 20 в течение ВИЧ-инфекции как отражение приспособляемости к иммунным гуморальных факторам.

4.1.4.1. Влияние заряда V3 петли и профиля N-гликозилирования V1V2 и V3 петель на использование того или иного хемокинового рецептора.

4.1.4.2. Низкий заряд V3 петли приводит к низкой чувствительности к RANTES.

4.1.4.3. Высокий заряд V3 петли соответствует низкой чувствительности ВИЧ-1 к ингибированию хемокином SDF-1 альфа.

4.1.4.4. Чувствительность к нейтрализации ВИЧ-1 зависит от профиля гликозилирования VI и V3 доменов gpl20.

4.2. Механизмы изменений gpl20 в течение ВИЧ-инфекции

4.2.1. Механизмы восстановления функциональности дефектного по фолдингу gpl

4.2.2. Восстановление уровня вирусной репликации

4.2.3. Чувствительность мутантов к ингибированию растворимым CD4 и AMD

4.2.4. Чувствительность мутантов к нейтрализации антителами b 12 и 2G

4.3. Взаимодействие специфических лектинов дендритных клеток с gp 120 и влияние этих взаимодействий на ВИЧ

4.3.1. Уровень DC-SIGN-опосредованного усиления репликации ВИЧ-1 зависит от изменений в V1V2 и V3 петле.

4.3.2. Корреляция между уровнем усиления вирусной репликации и силой связывания вируса RAJI-DC-SIGN клетками.

4.3.3. Вирусная репликация в присутствии DC-SIGN эскпрессирующих клеток происходит без изменения вирусного тропизма

4.3.4. Повышенный захват 2Р5-нейтрализованного вируса нМДК

4.3.5. DC-SIGN усиливает захват 2F5-нейтрализованных вирусов

4.3.6. Нейтрализация вируса может быть обратима при кокультивированиии DC-SIGN-экспрессирующих клеток с CD4+ Т лимфоцитами

4.3.7. 2Р5-нейтрализованный вирус становится вновь инфекционным при трансмиссии посредством DC-SIGN-экспрессирующих клеток

4.3.8. ВИЧ-1 частицы, нейтрализованные антителами направленными на поверхностный гликопротеин gpl20, захватываются и освобождаются как инфекционные вирусы

4.3.9. Fe рецепторы усиливают DC-SIGN-опосредованный захват 2F5-нейтрализованного вируса нМДК клетками

4.3.10. Взаимодействие gpl20 с лангерином приводит к ингибированию ВИЧ инфекции в культуре.

5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

5.1. Индивидуальная специфичность сывороток к V3-петле ВИЧ

5.2. Изменения в структуре gpl20 V1V2- и УЗ-регионов во время ВИЧ-инфекции в одном пациенте модулируют вирусную устойчивость к хемокинам и нейтрализующим антителам

5.3. Олигосахарид, ассоциированный с аспарагином 386 в gpl20 В1/1Ч-1 вовлечен в каскад компенсаторных мутаций, приводящих к восстановлению репликативных способностей вируса после разрушения цистеинового мостика 385-418.

5.4. Взаимодействие ВИЧ-1 с DC-SIGN зависит от модификаций gpl20, ассоциированных с прогрессией заболевания

5.5. Эффективный захват нейтрализованного антителами ВИЧ-1 клетками, экспрессирующими DC-SIGN, и его перенос С04+-лимфоцитам.

5.6. Статины дерегулируют представленность CCR5 и секрецию RANTES у CD4+ Т-лифоцигов in vitro и преимущественно снижают инфекцию R5 ВИЧ

5.7. Лангерин является естественным барьером для ВИЧ-1 трансмиссии КЛ

6. ВЫВОДЫ

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Набатов, Алексей Анатольевич

6. выводы

1. Гуморальный иммунный ответ на УЗ-петлю поверхностного гликопротеина §р\20 ВИЧ-1 в течение ВИЧ-инфекции носит ярко выраженный консервативный и индивидуальный характер.

2. БС-ЗЮИ-экспрессирующис дендритные клетки способны оказывать поддерживающее влияние не только на ранних стадиях ВИЧ-инфекции в организме, но также и на критических стадиях смены фенотипа Я5—>Х4, связанных с большей доступностью С04-связывающего домена поверхностного гликопротеина цр120 ВИЧ-1.

3. Изменения в структуре поверхностного гликопротеина ВИЧ-1 §р120, связанные с приобретением новых свойств, происходят по механизму компенсаторных мутаций, включающему три этапа: 1) возникновение и отбор первичной мутации, 2) появление мутации, направленной на восстановление репликативных способностей вируса, 3) гонкая настройка конформации под определенные условия окружающей среды.

4. Способность вируса к быстрому изменению профиля Ы-гликозилирования является механизмом не только избегания иммунного давления, но и восстановления его репликационных свойств.

5. Клетки Лангерганса способны оказывать ингибирующее влияние на репликацию ВИЧ-1 посредством связывания gpl20 с лангерином.

6. Статины являются выраженными модуляторами функциональных взаимодействий сети ССК5-ЯА]\ГГЕ8, вследствие чего они способны оказывать ингибирующее действие на репликацию Я5-штаммов ВИЧ-1.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Набатов, Алексей Анатольевич, 2009 год

1. Allan J.S., Coligan J.E., Barin F., McLane M.F., Sodroski J.G., Rosen C.A., Haseltine W.A., Lee T.H., and Essex M. Major glycoprotein antigens that induce antibodies in AIDS patients are encoded by HTLV-III // Science 1985. - V. 228. - P. 1091-1094

2. Ashish Garg R., Anguita J. and Krueger J.K. Binding of full-length HIV-1 gpl20 to CD4 induces structural reorientation around the gpl20 core// Biophys. 2006. - V. 91. - P.69-71

3. Back N.K.T., Smit L., de Jong J.J., Keulen W., Schutten M., Goudsmit J., and Tersmette M. An N-glycan within the human immunodeficiency virus type 1 gpl20 V3 loop affects virus neutralization// Virol. 1994. - V.199. - P.431-438

4. Baggiolini M. Chemokines and leukocyte traffic//Nature. 1998. - V.392. - P.565-568

5. Banchereau J., Briere F., Caux C., Davoust J., Lebecque S., Liu Y.J., Pulendran B., and Palucka K. Immunobiology of dendritic cells// Annu. Rev. Immunol. 2000. - V.18. - P.767-811

6. Banchereau J., Steinman R.M. Dendritic cells and the control of immunity// Nature. 1998. -V.392. - P.245-252

7. Bebenek K., Abbotts J., Roberts J.D., Wilson S.N., Kunkel T.A. Specificity and mechanism of error-prone replication by human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase// J. Biol. Chem. -1989. V.264.- P. 16948-16956

8. Berger E.A. HIV entry and tropism: the chemokine receptor connection// AIDS 11 Suppl A. 1997.- P.3-16

9. Berger E.A., Doms R.W., Fenyo E.M., Korber B.T., Littman D.R., Moore J.P., Sattentau Q.J., Schuitemaker H., Sodroski J., Weiss R.A. A new classification for HIV-1// Nature. 1998. - V.391.- P.240

10. Berger E.A., Murphy P.M., Farber J.M. Chemokine receptors as HIV-1 coreceptors: roles in viral entry, tropism, and disease// Annu. Rev. Immunol. 1999. - V.17. - P.657-700

11. Berkhout B., Jeang K.-T., Functional roles for the TATA promoter and enhancers in basal and Tat induced expression of the human immunodeficiency virus type 1 long terminal repeat// J. Virol. -1992. V.66. -P.139-149

12. Binette J., Cohen E.A. Recent advances in the understanding of HIV-1 Vpu accessory protein functions// Curr. Drug Targets. Immune. Endocr. Metabol. Disord. 2004. - V.4. - P.297-307

13. Bleul C.C., Farzan M., Choe H., Parolin C„ Clark-Lewis I., Sodroski J., Springer T.A., 1996. The lymphocyte chemoattractant SDF-1 is a ligand for LESTR/fiisin and blocks HIV-1 entry // Nature -1985 -V. 382 -P. 829-833

14. Bleul C.C., Wu L., Iloxie J.A., Springer T.A., Mackay C.R. The HIV coreceptors CXCR4 and CCR5 are differentially expressed and regulated on human T lymphocytes// Proc Natl Acad Sci U S A. 1997. - V.94. - P.1925-1930

15. Boom R., Sol C.J.A., Salimans M.M.M., Jansen C.L., Wertheim-van Dillen P.M.E., van der Noordaa J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids// J. Clin. Microbiol. 1990. -V.28- P.495-503

16. Boyer P.L., Gao H.Q., Hughes S.H. A mutation at position 190 of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase interacts with mutations at positions 74 and 75 via the template primer// Antimicrob. Agents Chemother. 1998. - V.42. - P.447-452

17. Brinchmann J.E., Albert J., Vartdal F. Few infected CD4+ T cells but a high proportion of replication-competent provirus copies in asymptomatic human immunodeficiency virus type 1 infection//J. Virol. 1991. - V.65. - P.2019-2023

18. Bursch L.S., Wang L., Igyarto B., Kissenpfennig A., Malissen B., Kaplan D.H., Hogquist K.A. Identification of a novel population of Langerin+ dendritic cells// J. Exp. Med. 2007. - V.204. -P.3147-3156

19. Burton D.R., Parren P.W. Vaccines and the induction of functional antibodies: time to look beyond the molecules of natural infection?//Nat. Med. 2000. - V.6. - P. 123-125

20. Cameron P.U., Freudenthal P.S., Barker J.M., Gezelter S., Inaba K., Steinman R.M. Dendritic cells exposed to human immunodeficiency virus type-1 transmit a vigorous cytopathic infection to CD4+ T cells// Science. 1992. - V.257. - P.383-387

21. Carrillo A., Ratner L. Cooperative effects of the human immunodeficiency virus type 1 envelope variable loops VI andV3 in mediating infectivity for T cells//J Virol. -1996. V.70. - P. 1310-1316

22. Carrington M., Dean M., Martin M.P., O'Brien S.J. Genetics of HIV-1 infection: chemokine receptor CCR5 polymorphism and its consequences// Hum. Mol. Genet. 1999. - V.8. - P. 19391945

23. Chabot D.J., Broder C.C. Substitutions in a homologous region of extracellular loop 2 of CXCR4 and CCR5 alter coreceptor activities for HIV-1 membrane fusion and virus entry// J Biol Chem. -2000. V.275. - P.23774-23782

24. Chong Y., Ikematsu H., Ariyama I., Chijiwa K., Li W., Yamaji K., Kashiwagi S., and Hayashi, J. Evidence of B cell clonal expansion in HIV type 1-infected patients // AIDS Res. Hum. Retroviruses-2001 -V.17. P. 1507-1515

25. Cocchi F., DeVico A.L., Garzino-Demo A., Arya S.K., Gallo R.C., and Lusso P. Identification of RANTES, MIP-1 alpha, and MIP-1 beta as the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T cells // Science 1995 - V.270. - P. 1811 -1815

26. Constant S.L. B lymphocytes as antigen-presenting cells for CD4+ T cell priming in vivo // J. Immunol. 1999. - V.162. - P.5695-5703

27. Croteau G., Doyon L., Thibeault D., McKercher G., Pilote L., and Lamarre D. Impaired fitness of human immunodeficiency virus type 1 variants with high-level resistance to protease inhibitors // J. Virol. 1997.-V.71.-P. 1089-1096

28. Dohlman H.G., Thorner J., Caron M.G., and Lefkowitz R.J. Model systems for the study of seven-transmembrane-segment receptors // Annu. Rev. Biochem 1991. - V.60. - P. 653-688

29. Doyon L., Croteau G., Thibeault D., Poulin F., Pilote L., and Lamarre D. Second locus involved in human immunodeficiency virus type 1 resistance to protease inhibitors // J. Virol. 1996. - V.70. -P. 3763-3769

30. Dragic T., Litwin V., Allaway G.P., Martin S.R., Huang Y., Nagashima K.A., Cayanan C., Maddon P.J., Koup R.A., Moore J.P., and Paxton W.A. HIV-1 entry into CD4+ cells is mediated by the chemokine receptor CC-CKR-5 // Nature 1996 - V.3 81. - P. 667-673

31. Dykes C. and Demeter L.M. Clinical significance of human immunodeficiency virus type 1 replication fitness // Clin. Microbiol. Rev. 2007. - V.20. -P. 550-578

32. Eggink D., Melchers M., and Sanders R.W. Antibodies to HIV-1: aiming at the right target // Trends Microbiol. 2007. -V.15. -P. 291-294

33. Feinberg H., Mitchell D.A., Drickamer K.5 and Weis W.I. Structural basis for selective recognition of oligosaccharides by DC-SIGN and DC-SIGNR// Science 2001. -V.294. - P. 2163-2166

34. Fouchier R.A.M. and Schuitemaker H. Molecular determinants of human immunodeficiency virus type 1 phenotype variability // Eur. J. Clin. Invest. 1996. - V.26. - P. 175-185

35. Fredericksen B.L., Wei B.L., Yao J., Luo T., and Garcia J.V. Inhibition of endosomal/lysosomal degradation increases the infectivity of human immunodeficiency virus// J. Virol. 2002. - V.76. -P.11440-11446

36. Fust G. Enhancing antibodies in HIV infection//Parasitology 1997. - V.115 Suppl. - P. S127-S140

37. Geyer H., Holschbach C., Hunsmann G., and Schneider J. Carbohydrates of human immunodeficiency virus. Structures of oligosaccharides linked to the envelope glycoprotein 120//J. Biol. Chem. 1988. - V.263. - P. 11760-11767

38. Goodenow M., Huet T., Saurin W., Kwok S., Sninsky J., and Wain-Hobson S. HIV-1 isolates are rapidly evolving quasispecies: evidence for viral mixtures and preferred nucleotide substitutions//.!. AIDS 1989. - V.2. - P.344-352

39. Goudsmit J., BackN.K.T., and Nara P.L. Genomic diversity and antigenic variation of HIV-1: links between pathogenesis, epidemiology and vaccine development// FASEB J. 1991. - V.5. - P.2427-2436

40. Goudsmit J., Ljunggren K., Smit L., Jondal M., and Fenyo E.-M. Biological significance of the antibody response to HIV antigens expressed on the cell surface//Arch. Virol. 1988a. - V.103. -P. 189-206

41. Goudsmit J. and Lukashov V.V. Dating the origin of HIV-1 subtypes//Nature 1999. - V.400. -P.325-326

42. Goudsmit J., Smit L., and Meloen R.H. Conserved location and structure of a HIV-1 neutralization epitope with restricted antibody binding specificity//Proceedings UCLA symposia: Technological Advances in Vaccine Development 1988b. - V.84. - P.345-355

43. Gougeon M.L. and Montagnier L. Apoptosis in AIDS//Science 1993. - V.260. - P. 1269-1270

44. Gray E.S., Moore P.L., Pantophlet R.A., and Morris L. N-linked glycan modifications in gpl20 of human immunodeficiency virus type 1 subtype C render partial sensitivity to 2G12 antibody neutralization//.!. Virol. 2007. -V.81. - P. 10769-10776

45. Hahn B.H., Shaw G.M., Arya S.K., Popovic M., Gallo, R.C., and Wong-Staal F. Molecular cloning and characterization of the HTLV-III virus associated with AIDS// Nature 1984. - V.312. - P. 166169

46. Hart D.N. Dendritic cells: unique leukocyte populations which control the primary immune response//Blood 1997. - V.90. - P.3245-3287

47. Hazenberg M.D., Hamann D., Schuitemaker H., and Miedema F. T cell depletion in HIV-1 infection: how CD4+ T cells go out of stock //Nat. Immunol. 2000. - V.l - P.285-289

48. Heath S.L., Tew J.G., Szakal A.K., and Burton G.F. Follicular dendritic cells and human immunodeficiency virus infectivity//Nature 1995. - V.377. - P.740-744

49. Hill M., Tachedjian G., and Mak J. The packaging and maturation of the FIIV-1 Pol proteins//Curr. HIV. Res. 2005. - V.3 - P.73-85

50. Ho D.D., Neumann A.U., Perelson A.S., Chen W., Leonard J.M., and Markowitz M. Rapid turnover of plasma virions and CD4 lymphocytes in HIV-1 infection//Nature 1995. - V.373 - P. 123-126

51. Flomsy J., Meyer M., Tateno M., Clarkson S., and Levy J.A. The Fc and not CD4 receptor mediates antibody enhancement of HIV infection in human cells//Science 1989. -V.244 - P. 1357-1360

52. Hwang S.S., Boyle T.J., Lyerly PI.K., and Cullen B.'R. Identification of envelope V3 loop as the major determinant of CD4 neutralization sensitivity of FIIV-1//Science 1992. V.257. - P.535-537

53. Jansson M., Popovic M., Karlsson A., Cocchi F., Rossi P., Albert J., and Wigzell H. Sensitivity to inhibition by beta-chemokines correlates with biological phenotypes of primary HIV-1 isolates//Proc Natl Acad Sci U S A 1996. - V.93. - P. 15382-15387

54. Jolly C., Kashefi K., Hollinshead M., and Sattentau Q.J. FIIV-1 Cell to Cell Transfer across an Env-induced, Actin-dependent Synapse//J Exp Med 2004. - V.l99. - P.283-293

55. Kameyoshi Y., Dorschner A., Mallet A.I., Christophers E., and Schroder J.M. Cytokine RANTES released by thrombin-stimulated platelets is a potent attractant for human eosinophils//J Exp Med -1992. V.176. - P.587-592

56. Kimura M. Estimation of evolutionary distances between homologous nucleotide sequences//Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1981. - V.78. - P.454-458

57. Kimura M. The neutral theory of evolution. Cambridge: Cambridge University Press, 1983.

58. Koito A., Stamatatos L., and Cheng-Mayer C. Small amino acid sequence changes within the V2 domain can affect the function of a T-cell line-tropic human immunodeficiency virus type 1 envelope gpl20//Virol. 1995. - V.206 - P.878-884

59. Kramer B., Pelchcn-Matthews A., Deneka M., Garcia E., Piguet V., and Marsh M. HIV interaction with endosomes in macrophages and dendritic cells//Blood Cells Mol. Dis. 2005. - V.35. - P. 136142

60. Kremer M. and Schnierle B.S. HIV-1 Vif: HIV's weapon against the cellular defense factor APOBEC3G//Curr. HIV. Res. 2005. -V.3. -P.339-344

61. Kuiken C.L., Lukashov V.V., Baan E., Dekker J., Leunissen J.A.M., and Goudsmit J. Evidence for limited within-person evolution of the V3 domain of the HIV-1 envelope in the Amsterdam population//AIDS 1996. - V.10. - P.31-37

62. Kulkarni P.S., Butera S.T., and Duerr A.C. Resistance to HIV-1 infection: lessons learned from studies of highly exposed persistently seronegative (HEPS) individuals//AIDS Rev. 2003. - V.5 -P.87-103

63. Kwon O.J., Jose P.J., Robbins R.A., Schall T.J., Williams T.J., and Barnes P.J. Glucocorticoid inhibition of RANTES expression in human lung epithelial cells//Am J Respir. Cell Mol Biol -1995. V.12.-P.488-496

64. Mammano F., Kondo E., Sodroski J., Bukovsky A., and Gottlinger II.G. Rescue of human immunodeficiency virus type 1 matrix protein mutants by envelope glycoproteins with short cytoplasmic domains//J. Virol. 1995. -V.69. - P.3824-3830

65. Mammano F., Petit C., and Clavel F. Resistance-associated loss of viral fitness in human immunodeficiency virus type 1: phenotypic analysis of protease and gag coevolution in protease inhibitor-treated patients//J. Virol. N,12. - P.7632-7637

66. Manes S., Mira E., Gomez-Mouton C., Lacalle R.A., Keller P., Labrador J.P., and Martinez A. Membrane raft microdomains mediate front-rear polarity in migrating cells//EMBO J 1999. -V. 18. - P.6211-6220

67. Martinez-Picado J., Savara A.V., Sutton L., and D'Aquila R.T. Replicative fitness of protease inhibitor-resistant mutants of human immunodeficiency virus type 1// J. Virol. 1999. - V.73. -P.3744-3752

68. Masharsky A.E., Klimov N.A., and Kozlov A.P. Molecular cloning and analysis of full-length genome of HIV type 1 strains prevalent in countries of the former Soviet Union//AIDS Res Hum Retroviruses 2003. - V.19. - P.933-939

69. McCune J.M., Rabin L.B., Feinberg M.B., Lieberman M., Kosek J.C., Reyes G.R., and Weissman I.L. Endoproteolytic cleavage of gpl60 required for the activation of human immunodeficiency virus//Cell 1988. - V.53. - P.55-67

70. McDonald D., Wu L., Bohks S.M., KewalRamani V.N., Unutmaz D., and Hope T.J. Recruitment of HIV and its receptors to dendritic cell-T cell junctions//Science 2003. - V.300. - P.1295-1297

71. McKnight A., Weiss R.A., Shotton C., Takeuchi Y., Hoshino PI., and Clapham P.R. Change in tropism upon immune escape by human immunodeficiency virus//J. Virol. 1995. V.69. - P.3167-3170

72. Michael N.L. and Moore J.P. Viral phenotype and CCR5 genotype//Nat. Med. 1999. - V.5.-P.1330.

73. Milich L., Margolin B., and Swanstrom,R. V3 loop of the human immunodeficiency virus type 1 env protein: interpretating sequence variability//Journal of Virology 1993. - V.67. - P.5623-5634

74. Miller C.J., McChesney M., and Moore P.F. Langerhans cells, macrophages and lymphocyte subsets in the cervix and vagina of rhesus macaques//Lab Invest 1992. - V.67. - P.628-634

75. Mitchell D.A., Fadden A. J., and Drickamer K. A novel mechanism of carbohydrate recognition by the C-type lectins DC-SIGN and DC-SIGNR. Subunit organization and binding to multivalent ligands//J Biol Chem 2001. - V.276. - P.28939-28945

76. Moore J.P. and Ho D.D. HIV-1 neutralization: the consequences of viral adaptation to growth on transformed T cells//AIDS 1995. - V.9 Suppl A. - P.S117-S136

77. Moore J.P., Kitchen S.G., Pugach P., and Zack J.A. The CCR5 and CXCR4 coreceptors-central to understanding the transmission and pathogenesis of human immunodeficiency virus type 1 infection//AIDS Res. Hum. Retroviruses 2004. - V.20. - P.111-126

78. MRC/BIIF Heart Protection Study of cholesterol lowering with simvastatin in 20,536 high-risk individuals: a randomised placebo-controlled trial// Lancet 2002.- V.360. - P.7-22

79. Mullcr S., Wang H., Silverman G.J., Bramlet G., Haigwood N., and Kohler H. B-cell abnormalities in AIDS: stable and clonally-restricted antibody response in HIV-1 infection//Scand. J. Immunol. -1993. V.38. - P.327-334

80. Nabatov A.A., Masharsky A.E., Verevochkin S.V., Emelyanov A.V., and Kozlov A.P. Host-dependent serum specificity to the V3 domain of HIV-l//Scand. J Immunol 2004a. - V.60. -P.471-476

81. Nabatov A.A., Pollakis G., Linnemann T., Paxton W.A., and De Baar M.P. Statins Disrupt CCR5 and RANTES Expression Levels in CD4 T Lymphocytes In Vitro and Preferentially Decrease Infection of R5 Versus X4 HIV-l//PLoS. ONE. 2007b. - V. 2. - P. e470

82. Nakowitsch S., Quendler H., Fekete H., Kunert R., Katinger H., and Stiegler G. HIV-1 mutants escaping neutralization by the human antibodies 2F5, 2G12, and 4E10: in vitro experiments versus clinical studies//AIDS 2005. - V.19. - P. 1957-1966

83. Narayan O. and Clements J.E. Review article: Biology and pathogenesis of lentiviruses//J. Gen. Virol. 1989. - V.70. - P.1617-1639

84. Nekhai S. and Jeang K.T. Transcriptional and post-transcriptional regulation of HIV-1 gene expression: role of cellular factors for Tat and Rev// Future. Microbiol. 2006. - V.l. - P.417-426

85. Nelson P.J. and.Krensky A.M. Chemokines, lymphocytes and viruses: what goes around, comes around//Curr. Opin. Immunol 1998. - V.l0. - P.265-270

86. Neuhaus O., Strasser-Fuchs S., Fazekas F., Kieseier B.C., Niederwieser G., Hartung H.P., and Archelos J.J. Statins as immunomodulators: comparison with interferon-beta lb in MS//Neurology -2002. V.59. - P.990-997

87. Nguyen D.H. and Taub D. CXCR4 function requires membrane cholesterol: implications for HIV infection//J Immunol 2002b. - V.168. - P.4121-4126

88. Nguyen D.H. and Taub D. Cholesterol is essential for macrophage inflammatory protein 1 beta binding and conformational integrity of CC chemokine receptor 5// Blood 2002a. - V.99. - P.4298-4306

89. O'Brien T.R., Winkler C., Dean M., Nelson J.A., Carrington M., Michael N.L., and White G.C. HIV-1 infection in a man homozygous for CCR5 delta 32//Lancet 1997. - V.349. - P.1219

90. Onuffer J.J. and Horuk R. Chemokines, chemokine receptors and small-molecule antagonists: recent developments//Trends Pharmacol. Sci. 2002. - V.23 - P. 459-467

91. Papsidero L.D., Sheu M., and Ruscetti F.W. Human immunodeficiency virus type 1-neutralizing monoclonal antibodies which react with pi7 core protein: characterization and epitope mapping//J. Virol. 1989. - V.63. - P.267-272

92. Paxton W.A., Kang S., Liu R., Landau N.R., Gingeras T.R., Wu L., Mackay C.R., and Koup R.A. HIV-1 infectability of CD4+ lymphocytes with relation to beta-chemokines and the CCR5 coreceptor//Immunol Lett. 1999. - V.66. - P.71-75

93. Pazhanisamy S., Partaledis J.A., Rao B.G., and Livingston D.J. In vitro selection and characterization of VX-478 resistant HIV-1 variants//Adv. Exp. Med. Biol. 1998. - V.436. - P.75-83

94. Percherancier Y., Planchenault T., Valenzuela-Fernandez A., Virelizier J.L., Arenzana-Seisdedos

95. F., and Bachelerie F. Palmitoylation-dependenl control of degradation, life span, and membrane expression of the CCR5 receptor//J Biol Chem 2001. - V.276. - P.31936-31944

96. Plantier J.C., Damond F., Souquieres S., Brun-Vezinet F., Simon F., and Barin F. V3 serological subtyping of human immunodeficiency virus type 2 infection is not relevant//J Clin Microbiol. -2001. V.39. - P.3803-3807

97. Pope M., Betjes M.G., Romani N., Hirmand H., Cameron P.U., Hoffman L., Gezelter S., Schuler

98. G., and Steinman R.M. Conjugates of dendritic cells and memory T lymphocytes from skin facilitate productive infection with HIV-l//Cell 1994. - V.78. - P.389-398

99. Popovic M., Sarngadharan M.G., Read E., and Gallo R.C. Detection, isolation, and continuous production of cytopathic retroviruses (HTLV-III) from patients with AIDS and pre-AIDS//Science -1984. V.224.-P.497-500

100. Preston B.D., Poiesz B.J., and Loeb L.A. Fidelity of HIV-1 reverse transcriptase// Science 1988. -V.242. -P.l 168-1171

101. Profy A.T., Salinas P.A., Eckler L.I., Dunlop N.M., Nara P.L., and Putney S.D. Epitopes recognized by the neutralizing antibodies of an HIV-1-infected individual// J. Immunol. 1990. - V.144. -P.4641-4647

102. Robert-Guroff M., Brown M., and Gallo R.C. HTLV-III-neutralizing antibodies in patients with AIDS and AIDS-related complex//Nature 1985. - V.316. - P.72-74.

103. Roberts J.D., Bebenek K., and Kunkel T.A. The accuracy of reverse transcriptase from HIV-1//Science 1988. - V.242. - P.1171-1173

104. Roeth J.F. and Collins K.L. Human immunodeficiency virus type 1 Nef: adapting to intracellular trafficking pathways. Microbiol//Mol. Biol. Rev. 2006. - V.70. P.548-563

105. Roncalli M., Sideri M., Gie P., and Servida E. Immunophenotypic analysis of the transformation zone of human cervix//Lab Invest 1988. - V.58. - P. 141-149

106. Roux K.H. and Taylor K.A. AIDS virus envelope spike structure//Curr. Opin. Struct. Biol. 2007. -V.17. - P.244-252

107. Rudolph M.G., Stanfield R.L., and Wilson I.A. How TCRs bind MIICs, peptides, and coreceptors//Annu. Rev. Immunol. 2006. - V.24. - P.419-466

108. Samson M., Labbe O., Mollereau C., Vassart G., and Parmentier M. Molecular cloning and functional expression of a new human CC-chemokine receptor gene// Biochem. 1996a. - V.35. -P.3362-3367

109. Samuelsson A., Sonnerborg A., Heuts N., Coster J., and Chiodi F. Progressive B cell apoptosis and expression of Fas ligand during human immunodeficiency virus type 1 infection//AIDS Res. Hum. Retroviruses 1997. - V. 13. - P. 1031-1038

110. Sattentau Q.J., Dalgleish A.G., Weiss R.A., and Beverley P.C.L. Epitopes of the CD4 antigen and IIIV infection// Science 1986. - V.234. - P.l 120-1123

111. Scarlata S. and Carter C. Role of HIV-1 Gag domains in viral assembly// Biochim. Biophys. Acta -2003.- V.1614. -P. 62-72

112. Schall T.J., Bacon K., Toy K.J., and Goeddel D.V. Selective attraction of monocytes and T lymphocytes of the memory phenotype by cytokine RANTES//Nature 1990. - V.347. - P.669-671

113. Schock H.B., Garsky V.M., and Kuo L.C. Mutational anatomy of an HIV-1 protease variant conferring cross-resistance to protease inhibitors in clinical trials. Compensatory modulations of binding and activity//J Biol Chem 1996. - V.271. - P.31957-31963

114. Selvan R.S., Butterfíeld J.H., and Krangel M.S. Expression of multiple chemokine genes by a human mast cell leukemia//J Biol Chem 1994. - V.269. - P. 13893-13898

115. Soilleux E.J., Morris L.S., Rushbrook S., Lee B., and Coleman N. Expression of human immunodeficiency virus (HlV)-binding lectin DC-SIGNR: Consequences for HIV infection and immunity//Hum Pathol. 2002. - V.33. - P.652-659

116. Spear G.T., Zariffard M.R., Xin J., and Saifuddin M. Inhibition of DC-SIGN-mediated trans infection of T cells by mannose-binding lectin//Immunol. 2003. - V.l 10. - P.80-85

117. Spenlehauer C., Kirn A., Aubertin A.M., and Moog C. Antibody-mediated neutralization of primary human immunodeficiency virus type 1 isolates: investigation of the mechanism of inhibition//J. Virol. 2001. - V.75. - P.2235-2245

118. Steinman R.M. and Nussenzweig M.C. Avoiding horror autotoxicus: the importance of dendritic cells in peripheral T cell tolerance//Proc Natl Acad Sci U S A 2002. - V.99. - P.351-358

119. Stoiber PL, Kacani L., Speth C., Wurzner R., and Dierich M.P. The supportive role of complement in HIV pathogenesis//Immunol Rev. 2001. - V.180. - P. 168-176

120. Su S.V., Hong P., Baik S„ Negrete O.A., Gurney K.B., and Lee B. DC-SIGN binds to HIV-1 glycoprotein 120 in a distinct but overlapping fashion compared with ICAM-2 and ICAM-3//J Biol Chem 2004. - V.279. - P.19122-19132

121. Takeuchi S. and Furue M. Dendritic cells: ontogeny//Allergol. Int. 2007. - V.56. - P.215-223.

122. Thelen M. Dancing to the tune of chemokines//Nat. Immunol 2001. - V.2. - P. 129-134.

123. Tscherning C., Alaeus A., Fredriksson R., Bjorndal A., Deng H., Littman D.R., Fenyo E.M., and Albert J. Differences in chemokine coreceptor usage between genetic subtypes of HIV-1//Virol. -1998. V.241. - P.181-188

124. Turville S., Wilkinson J., Cameron P., Dable, J., and Cunningham, A.L. The role of dendritic cell C-type lectin receptors in HIV pathogenesis// J Leukoc. Biol 2003.- V.74. - P.710-718

125. Turville S.G., Arthos J., Donald K.M., Lynch G., Naif H., Clark G., Hart D., and Cunningham A.L. HIV gpl20 receptors on human dendritic cells//Blood 2001. - V.98. - P.2482-2488

126. Turville S.G., Cameron P.U., Handley A., Lin G., Pohlmann S., Doms R.W., and Cunningham A.L. Diversity of receptors binding HIV on dendritic cell subsets//Nat. Immunol. 2002. - V.3. - P.975-983

127. Unutmaz D., KewalRamani V.N., and Littman D.R. G protein-coupled receptors in HIV and SIV entry: new perspectives on lentivirus-host interactions and on the utility of animal models//Semin. Immunol 1998. - V.10. - P.225-236

128. Vartanian J.-P., Meyerhans A., Asjo B., and Wain-Hobson S. Selection, recombination and G X A hypermutation of human immunodeficiency virus type 1 genomes//J. Virol. 1991. - V.65. -P.1779-1788

129. Vieillard V., Strominger J.L., and Debre P. NK cytotoxicity against CD4+ T cells during HIV-1 infection: a gp41 peptide induces the expression of an NKp44 ligand// Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2005. - V.102. - P.10981-10986

130. Wain-Hobson S., Sonigo P., Danos O., Cole S., and Alizon M. Nucleotide sequence of the AIDS virus, LAV// Cell 1985. - V.40. - P.9-17

131. Weiss R.A., Clapham P.R., Cheingsong-Popov R., Dalgleish A.G., Carne C.A., Weller I.V.D., and Tedder R.S. Neutralization of human T-lymphotropic virus type III by sera of AIDS and AIDS-risk patients/ZNature 1985. - V.316. - P.69-72

132. Wiley R.D. and Gummuluru S. Immature dendritic cell-derived exosomes can mediate HIV-1 trans infection//Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2006. - V.103. - P. 738-743

133. Wong-Staal F., Shaw G.M., Hahn B.H., Salahuddin S.Z., Popovic M„ Markham P., Redfield R., and Gallo R.C. Genomic diversity of human T-lymphotropic virus type III (HTLV-III)//Science -1985.-V.229.-P.759-762

134. Wu L., Martin T.D., Carrington M., and KewalRamani V.N. Raji B cells, misidentified as THP-1 cells, stimulate DC-SIGN-mediated HIV transmission//Virol. 2004. - V.318. - P. 17-23

135. Wyatt R., Kwong P.D., Desjardins E., Sweet R.W., Robinson J., Hendrickson W.A., and Sodroski J.G. The antigenic structure of the HIV gpl20 envelope glycoprotein// Nature 1998. - V.393.

136. Wyatt R. and Sodroski J. The HIV-1 envelope glycoproteins: fusogens, antigens, and immunogens//Science 1998. - V.280. - P. 1884-1888

137. Xiao L., Rudolph D.L., Owen S.M., Spira T.J., and Lai R.B. Adaptation to promiscuous usage of CC and CXC-chemokine coreceptors in vivo correlates with HIV-1 disease progression//AIDS -1998. V.12 -P.F137-F143

138. Yamamoto H. and Matano T. Anti-HIV adaptive immunity: determinants for viral persistence// Rev. Med. Virol. 2008. - V.18. - P.293-303

139. Zhang J. and Temin H.M. Retrovirus recombination depends on the length of sequence identity and is not error prone//J. Virol. 1994. - V.68. - P.2409-2414

140. Zhang Y.J. and Moore J.P. Will multiple coreceptors need to be targeted by inhibitors of human immunodeficiency virus type 1 entry?// J Virol 1999. - V.73. - P.3443-3448.

141. Zou Y.R., Kottmann A.H., Kuroda M., Taniuchi I., and Littman D.R. Function of the chemokine receptor CXCR4 in haematopoiesis and in cerebellar development// Nature 1998. - V.393. - P.595