Факультативно-анаэробные микроскопические грибы в почвах тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Лаврентьев, Роман Борисович

• Лаврентьев, Роман Борисович
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лаврентьев, Роман Борисович

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Глава 1. Классификация и разнообразие бактерий, растущих при различной концентрации кислорода.

1.1. Разнообразие,грибов, растущих при различной концентрации.

1 4 t кислорода.

Глава 2. Энергетический метаболизм грибов и бактерий в анаэробных условиях.

2.1. Энергетика анаэробного роста прокариот.

2.2. Брожение - анаэробный энергетический метаболизм у грибов.

2.2.1. Брожение у дрожжевых и мицелиальных грибов.

2.2.2. Биохимия брожения у хитридиомицетов.

2.3. Диссимиляторное восстановление нитратов и нитритов у грибов.

2.4. Выделение закиси азота грибами в условиях гипоксии.

Глава 3. Особенности роста дрожжевых и мицелиальных грибов в анаэробных условиях.

3.1. Влияние содержания диоксида углерода в атмосфере на рост грибов.

3.2. Влияние состава культуральной среды на рост грибов в анаэробных условиях.

Глава 4. Анаэробиоз в почвах и возможность развития в этих условиях грибов.

Глава 5. Объекты и методы.

5.1. ОБЪЕКТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

5.2. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

5.2.1. Определение биомассы мицелия грибов в почвах.'.

5.2.2. Выделение чистых культур грибов в анаэробных условиях и определение численности их колониеобразующих единиц в почвах.

5.2.3. Выделение микроскопических грибов в полевых условиях.

5.2.4. Определение радиальной скорости роста грибов в аэробных и анаэробных условиях.

5.2.5. Определение биомассы гриба Fusarium oxysporum lldnl при росте на жидкой среде в аэробных и анаэробных условиях.

5.2.6. Идентификация культур грибов.

5.2.7. Изучение культурально-морфологических особенностей роста грибов в анаэробных условиях на агаровых средах.

5.2.8. Электронная микроскопия клеток Fusarium oxysporum 1 ldnl.

5.2.9. Определение активности спиртового брожения у грибов.

5.2.10. Определение активности выделения закиси азота факультативно-анаэробными грибами на питательных средах и в стерильной почве.

Глава 6. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

6.1. Влияние восстановительного режима в почвах на биомассу и численность грибов.

6.2. Численность колоний микроскопических грибов, выделяемых в анаэробных условиях из почв.

6.3. Видовое разнообразие факультативно-анаэробных микроскопических грибов в почвах.

6.4. Способность к спиртовому брожению у факультативно-анаэробных мицелиальных грибов.

6.5. Радиальная скорость роста и накопление биомассы грибами в анаэробных условиях.

6.6. Культурально-морфологические особенности роста грибов в анаэробных условиях.

6.7. Выделение закиси азота факультативно-анаэробными грибами.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Факультативно-анаэробные микроскопические грибы в почвах»

Для почвы, как среды обитания микроорганизмов, характерно наличие множества местообитаний, различных по своим свойствам (по содержанию газов в почвенном воздухе, элементов питания, воды). Среди них значительную часть составляют отдельные микрозоны, агрегаты (> 5 мм), или целые горизонты, где часто возникают восстановительные условия, а в болотных и пойменных почвах они могут преобладать в течение продолжительных периодов времени (Орлов, 1987).

Традиционно считается, что бактерии единственные организмы, функционирующие в условиях лимитированного обеспечения кислородом в почвах. Облигатно-анаэробные грибы представлены группой хитридиомицетов (виды родов Caecomyces, Piromyces, Neocalimastix, Anaeromyces, Orpinomyces), которые обитают в рубце жвачных животных. (Trinci et al., 1994). В то же время известно, что существуют не только дрожжевые, но и мицелиальные микроскопические грибы способные к брожению, что позволяет им быть активными при ограниченном поступлении или отсутствии кислорода и наличии легкодоступных Сахаров» (Bartnicki-Garsia Nickerson, 1961; Tabak, Cooke, 1968; Curtis, 1969; Gunner, Alexander 1964; Лаврентьев, Кураков, 2004).

Грибы доминируют по биомассе во многих почвах и поэтому неизбежно попадают в ситуации, характеризующиеся пониженным парциальным давлением кислорода или анаэробными условиями. Мицелиальные микромицеты рассматривали в большинстве случаев как аэробные организмы, поэтому информация о видовом разнообразии факультативно-анаэробных грибов, их обилии и особенностях состава в почвах разных типов крайне ограничена. Существует всего- несколько сообщений о выделении микроскопических грибов (Fusarium solani, Trichoderma harzianum) из почв, торфа и органических материалов при f анаэробных условиях (Marchant et al.5 1994; Wainwright et al., 1994; Сизова и др., 1998).

Недостаточно сведений имеется о морфологии грибов при росте в анаэробных условиях, причем описание их развития дано, как правило, для условий жидкой культуры (Bartnicki-Garsia, Nickerson, 1961; Tabak, Cooke, 1968; Curtis, 1969; Marchant et al., 1994). Крайне ограничена информация о характере роста факультативно-анаэробных микромицетов на твердой среде, которая более адекватна условиям почвы.

В последнее десятилетие установлено, что существуют грибы, которые в условиях лимитированного обеспечения кислородом, способны к образованию закиси азота (Shoun et al., 1992, Кураков и др., 1997; Пахненко и др., 1999). В связи с этим, актуальным представлялось изучить возможность выделения закиси азота различными видами факультативно-анаэробных грибов, определить удельную активность этого процесса непосредственно в почве.

Целью работы было определение разнообразия факультативно-анаэробных мицелиальных микроскопических грибов в почвах, особенностей их роста и активности образования закиси азота. В задачи исследования входило:

1. Оценка количества жизнеспособного грибного мицелия в почвах с длительным восстановительным режимом.

2. Определение численности колониеобразующих единиц и разнообразия микроскопических грибов, выделяемых в анаэробных условиях, из почв разных типов.

3. Определение скорости роста и культурально-морфологических особенностей мицелиальных микроскопических грибов в анаэробных условиях на твердой среде.

4. Определение удельной активности образования закиси азота факультативно-анаэробными грибами в почве.

J,

Научная новизна. Впервые проведена оценка разнообразия факультативно-анаэробных микроскопических грибов в почвах разных типов. Способность роста в анаэробных условиях впервые показана для представителей Trichoderma aureoviride, Т. atroviride, Т. viride, Т. polysporum, Umbelopsis (Mortierella) isabellina, Zygorhynchas heterogamus, Clonostachys rosea f. rosea, Sphaerostilbella aureonitens, Paecilomyces lilacinns, Humicola grisea, Tolypocladium inflatum, Acremonium strictum, Clonostachys grammicospora, Absidia glauca, Actinomncor elegans, Lecanicillium lecanii, Aspergillus terreus. Дана сравнительная оценка радиальной скорости роста грибов в аэробных и анаэробных условиях и охарактеризованы культурально-морфологические особенности и ультраструктура митохондрий у микромицетов при развитии на твердых средах в условиях анаэробиозиса. Показано,- что в почвах при длительном восстановительном режиме сохраняет жизнеспособность довольно значительная часть мицелия* грибов. Впервые установлена удельная активность образования закиси азота (в расчете на единицу биомассы) грибами при функционировании непосредственно» в почвенных условиях.

Практическая значимость. Разработаны приемы по выделению грибов из почв- и других местообитаний в анаэробных условиях. Создана коллекция факультативно-анаэробных микроскопических грибов, которая используется на кафедрах биологии почв и микробиологии МГУ в учебном процессе и для поиска природных изолятов с высокой активностью спиртового брожения. Определена удельная активность образования закиси* азота грибами в почве, что важно для расчетов баланса этого парникового газа в атмосфере.

Апробация работы. Результаты исследования были представлены на Докучаевских молодежных чтениях «Почвы и, биоразнообразие» (Санкт-Петербург, 2001); Второй научной конференции «Актуальные вопросы биотехнологии» (Москва, 2001); 6-ой Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI, века»

Пущино, 2002); 17th World-Congress of Soil Science (Thailand, Bangkok, 2002); Первом съезде медицинских микологов (Москва, 2003); XIV и XV Конгрессах Европейских Микологов (Кацивели, Украина, 2003 и Санкт-Петербург, 2007).

If и

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Лаврентьев, Роман Борисович

выводы

1. Существует ограниченная в таксономическом отношении группа факультативно-анаэробных грибов, способных функционировать в почве в условиях лимитированного доступа кислорода. Доля, мицелия, сохраняющего жизнеспособность в длительно (более месяца) инкубируемых в анаэробных условиях автоморфных почвах составляет 1020% от биомассы живого мицелия и 30-40% - в почве верхового болота.

2. Она включает немногим более 30 видов митоспоровых грибов аскомицетного аффинитета - порядков Hypocreales и Eurotiales и отдела Zygomycota порядка Mucorales и Mortierellales. Наиболее часто в анаэробных условиях из почв выделялись виды Fusarium, Trichoderma, Mucor, Rhizopus, Zygorhynchus, реже — Absidia, Actinomucor, Mortierella, Aspergillus, Clonostachys, Tolypocladium, Acremonium, Paecilomyces, Humicola. Обнаружены различия в относительном обилии факультативно-анаэробных грибов в почвах разных типов.

3. Впервые способность роста в анаэробных условиях установлена у представителей Trichoderma aureoviride, Т. atroviride, Т. viride, Т. polysporum, Umbelopsis isabellina, Zygorhynchus heterogamus, Sphaerostilbella aureonitens, Paecilomyces lilacinus, Humicola grisea, Tolypocladium inflatum, Acremonium strictum, Clonostachys grammicospora, C. rosea var. rosea, Absidia glauca, Actinomucor elegans, Lecanicillium lecanii, Aspergillus terreus.

4. Микроскопические мицелиальные грибы развиваются на твердой среде при отсутствии кислорода (атмосфера N2) преимущественно в виде мицелия со скоростью роста в 1,3-4 раза меньшей, чем в атмосфере воздуха. Они не образуют характерных половых и бесполых структур, а формируют редкие одиночные бластоспоры или артроспоры, мицелий отличается неравномерной толщиной и в среднем меньшим диаметром.

При наличии в атмосфере азота двуокиси углерода (30%) у Mucor circinelloides обнаружен переход к дрожжевому росту (мультипочкованию). При анаэробных условиях в митохондриях грибов (Fusarium oxysporum) происходила редукция крист, они уменьшались в размерах или вообще не обнаруживались в отдельных клетках, что свидетельствовало о переходе микромицета к брожению.

5. Изученные штаммы факультативно-анаэробных грибов способны к спиртовому брожению. Многие из них выделяют закись азота с удельной активностью близкой к таковой у пропионовых бактерий и энтеробактерий, и заметно более низкой, чем у денитрифицирующих бактерий. Впервые установлена удельная активность выделения закиси азота грибами в почве, которая была близка к интенсивности ее образования на средах с нитратами.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Полученные данные свидетельствуют, что в свежих образцах верхних горизонтов гидроморфных почв, характеризующихся восстановительными условиями, доля жизнеспособного мицелия варьирует в пределах 50-95% от его общего количества, а в нижнем торфяном горизонте не превышает 20% (в целом была в пределах от десятков до 1 тысячи м в 1 г). Установлено, что как в гидроморфных, так и автоморфных почвах существуют грибы, способные в мицелиальной-форме довольно длительное время (более месяца) сохраняться в, анаэробных условиях. В гидроморфных торфяных почвах доля таких грибов выше (30-40% от биомассы.живого мицелия в исходной почве, не подвергавшейся такому длительному инкубированию при- анаэробиозисе), по сравнению с автоморфной дерново-подзолистой почвой (10-20% от биомассы живого мицелия). При* очень длительной анаэробной инкубации (12 месяцев) образцов дерново-подзолистой почвы в них не было-обнаружено живых гиф грибов, а довольно значительное количество спор сохранили жизнеспособность.

Для выделения микроскопических грибов- из почв в анаэробных условиях нами была разработана модификация метода Хангейта. Ее особенности, в отличие от традиционной методики, используемой, для выделения и культивирования анаэробных бактерий, заключаются в использовании твердых сред, свежих образцов, посеве мелкоземом или очень малых разведений, увеличение периода и снижении температуры инкубации, внесении повышенных концентраций антибиотиков.

Из постоянно затопленных водой, характеризующихся анаэробиозисом горизонтов верховых болот (глубина 40-60" см) грибы, способные расти в- таких условиях, можно изолировать, погружая» непосредственно в эти слои на длительный срок чашки Петри с разными питательными средами.

Согласно данным выделения грибов из почв при анаэробных условиях инкубации посевов, численность микромицетов, способных развиваться в отсутствии кислорода в 50-200 раз ниже, чем в посевах, инубируемых в обычных условиях (от полутора до нескольких сотен КОЕ в 1 г почвы). Колонии грибов вырастали только при низких разведениях свежих образцов почв 1:10 - 1:50, либо^ при посеве мелкозема. Из высушенных образцов почв, в которых, как известно, резко снижается биомасса живого мицелия, грибы не выделялись. При посеве в анаэробных условиях почвы, инкубировавшейся в течение одного года при анаэробиозисе, грибы, не выделялись. В тоже время, при инкубации, посевов в атмофере воздуха количество КОЕ грибов в них достигало 2-3 тысяч в 1 г. На основании этих данных и результатов, люминесцентной микроскопии живого мицелия-и спор, можно сделать вывод о-том, что в анаэробных условиях грибы развиваются-и формируют колонии на средах из фрагментов мицелия, а не из спор.

Все выделенные нами в анаэробных условиях культуры грибов росли и в аэробных условиях, т.е. это представители факультативно анаэробных организмов.

Систематическая принадлежность этих грибов была установлена на основе культурально-морфологических признаков, а нескольких десятков штаммов - и анализе последовательности 26s рДНК (Di/D2 домен). Способностью к росту в анаэробных условиях обладают представители родов Mucor, Rhizopus, Zygorhynchus, Umbelopsis, Mortierella, Actinomucor, Fusarium, Trichoderma, Clonostachys, Acremonium, Humicola, Paecelomyces. Доминировали виды Mucor hiemalis, Mucor circineloides, Rhizopus arrhizus var. arrhizus, Fusarium solani, F. oxysporum, Trichoderma atroviride, T. polysporum, T. harzianum, T. aureoviride, T. viride, T. koningii. Реже встречались Zygorhynchus moelleri, Z. heterogamus, Clonostachys rosea f. rosea, Acremonium strictum, Actinomucor elegans, Mucor racemosus и виды родов Umbelopsis и Mortierella. Редко выделялись в анаэробных условиях (меньше 7% от общего числа колоний, либо единичные колонии) виды Paecilomyces lilacinus, Humicola grisea, Sphaerostilbella aureonitens, Clonostachys grammicospora, Aspergillus terreus, Tolypocladium inflatum, Acremonium strictum, Lecanicillium lecanii. Таким образом, факультативно-анаэробные грибы относятся к обычным, часто выделяемым из почв видам микросокопических грибов. Они представляют узкую группу светлоокрашенных митотических грибов и зигомицетов, для многих из которых отмечена способность к выживанию в неблагоприятных условиях, многие являются оппортунистическими видами.

Факультативно-анаэробные митоспоровые микромицеты относились к отделу Ascomycota порядку Hypocreales семействам Nectriaceae (более 7 видов), Нуросгеасеае (6 видов), Clavicipitaceae (2 вида) и порядку Eurotiales семейству Trichocomaceae (3 вида) и отделу Zygomycota порядку Mucorales семействам Mucoraceae (8 видов) и Umbelopsidaceae (1 вид) и порядку Mortierellales семейству Mortierellaceae (1 вид) (Kirk et al., 2008).

В литературе крайне мало сообщений о выделении мицелиальных грибов непосредственно из природных объектов в анаэробных условиях. В единственной работе методом световой1 микроскопии отмечен рост гриба вокруг почвенных частиц, помещенных на поверхность олиготрофной среды с силикагелем и инкубированных в анаэробных условиях (атмосфера С02 и смесь С02+Н2). Выделенный гриб был идентифицирован как Fusarium solani (Mart.) Sacc. (Wainwright et al, 1994). Из образцов торфа верхового болота при анаэробных условиях был выделен гриб Trichoderma harzianum (Сизова и др., 1998). Гриб, предварительно идентифицированный как F. solani, изолировали после длительной (более года) инкубации в атмосфере N2 в жидкой минеральной среде с красителями тканей в качестве источника углерода, инокулированной I почвой и органическими субстратами (Marchant et al, 1994).

В данной работе при изоляции грибов из образцов почв, торфов и с поверхности зеленых и сфагновых мхов способность к росту в анаэробных условиях впервые установлена у представителей Trichoderma aureoviride, Т. atroviride, Т. viride, Т. polysporum, Umbelopsis (Mortierella) isabellina, Zygorhynchus heterogamus, Sphaerostilbella aureonitens, Clonostachys rosea f. rosea, Paecilomyces lilacinus, Humicola grisea, Tolypocladium inflatum, Acremonium strictum, Clonostachys grammicospora, Absidic glauca, Actinomucor elegans, Lecanicillium lecanii, Aspergillus terreus.

Все выделенные штаммы росли на твердой среде с глюкозой, содержащей витамины и микроэлементы, в атмосфере молекулярного азота в виде мицелия, стелящегося по поверхности. Скудный воздушный мицелий образовывали лишь виды родов Fusarium, Trichoderma, Clonostachys, Acremonium, Humicola, Paecilomyces и Sphaerostilbella aureonitens. Наиболее часто встречаемые значения толщины мицелия в анаэробных условиях меньше, чем при росте в анаэробных условиях. Наблюдали изменение диаметра гиф, появление вздутий, тонких участков и усиленного ветвления. Уменьшение толщины мицелия отмечено другими исследователями у грибов, подвергающихся действию неблагоприятных факторов внешней среды, например, при их росте в почве по сравнению с питательной средой.

При росте в атмосфере N2 грибы росли в виде светлого стелющегося мицелия (зигомицеты), а митосторовые грибы формировали небольшие колонии с воздушным мицелием. Микромицеты не образовывали типичных половых и бесполых спороношений, характерных для роста в атмосфере воздуха. Наблюдали образование одиночных спор, по типу бластоспор или артроспор, у Zygorhynchus moelleri, Trichoderma harzianum, Sphaerostilbella aureonitens, Fusarium solani, F. oxysporum, Humicola grisea, Rhizopus arrhizus var. arrhizus и Mucor circinelloides. Введение в атмосферу N2 до 30% С02 приводило к переходу Mucor circinelloides к дрожжевому росту. Аналогичное явление было описано ранее для Mucor rouxii (Amylomyces rowcii) (Bartnicki-Garsia, Nickerson, 1961).

Все изученные штаммы факультативно-анаэробных грибов осуществляют спиртовое брожение в анаэробных условиях. Максимальной скоростью образования этанола обладают представители мукоровых -Mucor, Rhizopus и Zygorhynchus. Они накапливают в среде количество этанола, близкое к количеству, образуемому природными штаммами сахаролитических дрожжей. Среди других продуктов брожения у грибов отмечены ацетат и менее летучие спирты и кислоты с 3- и 4-углеродистыми цепочками. В условиях анаэробиоза в митохондриях грибов {Fusarium oxysporum) происходила редукция крист, они уменьшались в размерах или вообще не обнаруживались в отдельных клетках, что свидетельствовало о переходе микромицета к брожению.

Не менее значимым продуктом функционирования грибов в анаэробных условиях наряду с органическими спиртами и кислотами является закись азота. Культуры факультативно-анаэробных грибов, принадлежащих к родам Fusarium, Trichoderma, Paecylomyces, способны к образованию N20 в условиях гипоксии на среде с нитритами. Такая способность была отмечена ранее для штаммов этих видов, выделенных в аэробных условиях (Кураков и др., 1997; Пахненко и др., 1999). Штаммы F. oxysporum и F. solani были наиболее активными продуцентами N20, причем некоторые из них образовывали N20 и на среде с нитратами. Впервые определена удельная активность образования закиси азота грибами непосредственно в почве. Она была значительно ниже, чем у грибов на средах с нитратами и близкой к таковой - на нитратах. Активность образования N20 грибами на питательных средах существенно ниже, чем скорость продукции газообразных форм азота у респираторных бактерий-денитрификаторов, таких как Pseudomonas stutzeri, Paracoccus denitrificans (Mahne, Tiedje, 1995; Matsubara, 1971; Zumft, 1997). У грибов она близка к скорости продукции N20 бактериями Propionibacterium freudenreichii, Propionibacterium acnes и Enterobacter aerogenes, у которых редукция нитритов до закиси азота имеет детоксикационный механизм.

Оценка вклада грибов в общую эмиссию газообразных форм азота из почвы показала, что он составляет от долей процентов до 8-10%. В тоже время роль грибов в образование N20, которая является у них, в отличие от бактерий, конечным продуктом анаэробного восстановления нитратов и нитритов, в почвах может быть значительно выше. Об этом свидетельствуют проводимые в настоящее время работы и других авторов (Ma et al., 2008).

Выделение N20 грибами из стерильной дерново-подзолистой почвы обнаружено нами не только в типичных условиях для денитрификации, но и при более низкой влажности почвы или при инкубации почвы во флаконах с атмосферой воздуха, когда существуют микроаэробные условия. Это соответствует данным, полученным ранее в опытах на питательных средах по оценке активности образования N20 грибами в аэробных, микроаэробных и анаэробных условиях (Кураков и др., 1997). Данные наблюдения важны при оценке формирования потока N20 из почв в природных условиях.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лаврентьев, Роман Борисович, 2009 год

1. Бабьева И. П., Зенова Г. М. Биология почв.- М.: издательство Московского Университета, 1989. с. 246

2. Бабьева И. П., Чернов И. Ю. Биология дрожжей.- М.: Тов-во научных изданий КМК, 2004. 221 с.

3. Баринова Н.П. Влияние диоксида углерода на рост плесневых грибов//Микробиология, 1953. т. 22. с. 391-398

4. Боргардтъ А.И. Интрамолекулярное дыхание плесневых грибков/Труды Агрономической Лаборатории Императорского Новороссийского Университета, 1911, Одесса, с. 31

5. Беккер 3. Э. Физиология грибов и их практическое использование.- М.: МГУ, 1963. с. 25

6. Берри Д. Биология дрожжей.- М.: Мир, 1985. с. 19, 25

7. Билай В. И. Фузарии.- Киев: Наукова Думка, 1977. с. 56

8. Билай В.И. (ред.) Методы экспериментальной микологии. Справочник.-Киев. Наукова Думка, 1982. 550 с.

9. Бирюзова В. И. Мембранные структуры микроорганизмов.- М.: Наука, 1973. с. 112

10. Ю.Вайнштейн М. В., Лауринавичус К. С. Учет и культивирование анаэробных бактерий.- Пущино, 1988. с. 4-5, 22

11. Великанов Л.Л. Роль грибов в формировании мико- и микробиоты почв естественных и нарушенных биоценозов и агроэкосистем: Дис. . д-ра биол. наук, М., 1997

12. Вишневская Б. Н., Емельянов А. М. Окислительно-восстановительные свойства целинных и освоенных черноземов Кустанайской области//Изв. АН Каз ССР. Сер. биол., 1970. № 1

13. З.Воронин А.Д. Основы физики почв. М.: Изд-во МГУ, 1986. 243 с.

14. Головченко А.В. Особенности пространственного распределения и структуры микробных комплексов болотно-лесных экосистем, Автореф. канд. дисс., Москва, 1992. с.7, с. 12

15. Головченко А.В., Полянская JI.M., Добровольская Т.Г., Васильева JI.B., Чернов И.Ю., Звягинцев Д.Г. Особенности пространственного распределения и структуры микробных комплексов болотно-лесных экосистем//Почвоведение. 1993. №10. с. 78-89

16. Головченко А.В., Семенова Т.А., Полякова А.В., Инишева Л.И. Структура микромицетного комплекса олиготрофных торфяников южно-таежной подзоны западной Сибири//Микробиология. 2002. том 71. №5. с. 667-674

17. Горшкова Е.И. Изменение органического вещества сухо-степных и степных почв под влиянием культуры риса : Автореф. канд. дисс. М.: МГУ. 1972

18. Готтшалк Г. Метаболизм бактерий.- М.: Мир, 1982. с. 187, 191

19. Гусев М.В., Минеева Н.В. Микробиология.- М.: Академия, 2004. с. 127

20. Добровольская Т. Г., Полянская JI. М., Головченко А. В., Смагина М. В., Звягинцев Д. Г. Микробный пул в торфяных почвах//Почвоведение. 1991. №7. с. 69-77

21. Звягинцев Д.Г. ред. Методы почвенной микробиологии и биохимии М.: изд-воМГУ, 1991. с. 156-163,166-168

22. Кауричев И. С., Тарарина JL Ф. Об окислительно-росстаноБительных условиях внутри и вне агрегатов серой лесной почвы// Почвоведение. 1972. №10. с. 18

23. Кауричев И. С., Орлов Д. С. Окислительно-восстановительные процессы и их роль в генезисе и плодородии почв.- М.: Колос, 1982. 247 с.

24. Классификация почв России, сост-ли Л.Л. Шишов, В.Д. Тонконогов, И.И. Лебедева.- М.: Почвенный институт им. В.В.Докучаева РАСХН, 1997. 236 с.

25. Коновалов С. А. Биохимия дрожжей.- М.: Москва, Пищепромиздат, 1962. 110 с.

26. Костычев С.П. Избранные труды по физиологии и биохимии микроорганизмов,- М.: Изд-во АН СССР, 1956. II. с.

27. Кураков А. В., Пахненко О. А., Костина Н. В., Умаров М. М. Образование закиси азота микроскопическими грибами на* питательных средах и в почве//Почвоведение. 1997. №12. с. 1497-1503

28. Кураков А.В. Роль микроскопических грибов в трансформации азота в почвах/Труды Всероссийской конф., посвященной 100-летию со дня рождения Е.Н. Мишустина: Перспективы развития почвенной биологии. М.: МаксПресс, 2001. с. 133-162

29. Кураков А. В. Грибы в круговороте азота в почвах. Москва, 2003. автореф. докт. биол. наук. с. 31-37

30. Лаврентьев Р. Б., Кураков А. В. Активность спиртового брожения и разнообразие факультативно-анаэробных мицелиальных микромицетов в почвах/Материалы Международ. Конференции. Биотехнология -охране окружающей среды. М.: МБЦ, 2004. с.103-108

31. Марфенина О.Е., Попова Л.В., Звягинцев Д.Г. Особенности циклов развития микроскопических грибов в почвах//Почвоведение. 1991. № 8, с. 80-87

32. Марфенина О.Е. Антропогенная экология почвенных грибов.- М.: Медицина для всех, 2005. с. 195

33. Мирчинк T.F. Почвенная микология.- М.: Изд-во МГУ, 1988. 220 с.

34. Морозкина Е.В., Кураков А.В., Носиков А.Н., Сапова Е;В., Львов Н.П. Свойства нитратредуктазы гриба Fusarium oxysporum lldnl, выращенного в аэробных и анаэробных условиях // Прикл. биохимия и микробиология. 2005. Т. 41(3), с. 298-302

35. Мюллер Э., Леффлер В: Микология,- М.: Изд-во Мир, 1995. 343 с.

36. Никитин Д. И. Роль микроорганизмов в образовании и удалении, этилена// сборник «Роль микроорганизмов в круговороте газов, в природе». М.: АН СССР, Наука, 1979. с. 241-254

37. Орлов Д. е., Химия почв.- М.: изд-во МГУ, 1985. с. 320, с. 33540.0рлов Д. С., ред. Комплексная^ химическая характеристика почв Нечерноземья.-М.: Изд-во Московского университета, 1987.,с. 118

38. Пахненко О.А., Кураков А.В., Костина Н.В., Умаров М.М. Образование и восстановление закиси азота почвенными микроскопическими грибами//Почвоведение. 1999: № 2. с. 235-240

39. Полякова А.В., Чернов И.Ю., Паников Н.С.,Биоразнообразие дрожжей в гидроморфных почвах на примере травяно-сфагнового болота (Западная Сибирь) и кочкарной тундры (Барроу, Аляска)//Микробиология, 2001. т. 70. вып. 5. с. 714-720

40. Полякова А.В., Дрожжи в торфяно-болотных почвах. Автореф. дис. . канд. биол. наук. М. 2002. с. 24

41. Практикум по микробиологии, п/р Н.С. Егорова.- М.: изд-во Московского университета, 1976. с. 184

42. Пименова М. Н., Гречушкина Н. Н., Азова JI. Г. Руководство к практическим занятиям по микробиологии.- М.: изд-во Московского университета, 1971. с. 82

43. Росихина О. Г. Дрожжи лесных экосистем и их участие в превращениях соединений азота, Автореф. канд. дисс. Москва. 1986. с. 27

44. Сэги Й. Методы почвенной микробиологии.- М.: Колос, 1983. с.

45. Уайт Д. Технология дрожжей.- М.: Пищепромиздат, 1957. с.

46. Фостер Д. Химическая деятельность грибов.- М.: Иностранная литература, 1950. с. 651

47. Хидиров К. С., Кураков А. В. Активность спиртового брожения и образования этилена факультативно-анаэробными микроскопическими грибами/Доклады МОИП. Графикон-принт. Москва. 2005. Т.36. с. 143145

48. Шлегель Г. Общая микробиология.- М.: Колос, 1983. с. 476

49. Экология микроорганизмов, п/р. А.И. Нетрусова.- Москва, Академия, 2004. с. 37

50. Abe Т., Hoshino Т., Nakamura А., Takaya N. Anaerobic elemental sulfur reduction by fungus Fusarium oxysporum//Biosci. Biotechnol. Biochem. 2007. v. 71(10). p. 2402-2407

51. Allison С., Macfarlane G.T. Dissimilatory nitrate reduction by Propionibacterium acnes//A^\. Environ. Microbiol. 1989. v.55. p. 28992903

52. Bartnicki-Garsia S., Nickerson W.J. Thiamine and nicotinic acid: anaerobic growth factors for Mucor rouxii //J. Bacteriol., 1961 Vol. 82, p. 142-148

53. Bartnicki-Garsia S., Nickerson WJ. Induction of yeastlike development in Mucor by carbon dioxide//J. Bacteriol., 1962a. Vol. 84. p. 829-840

54. Bartnicki-Garsia S., Nickerson W J. Nutrition, growth, and morphogenesis of Mucor rouxii//J. Bacteriol., 1962b. Vol. 84. p. 841-858

55. Bauchop T. Rumen anaerobic fungi of cattle and shtep//Appi. Environ. Microbiol. 1979. Vol. 38. p. 148-158

56. Bell R. G. Studies on the decomposition of organic matter in flooded soil// Soil Biol. Biochem. 1969. Vol. 1. p. 105-116

57. Bergey Manual of determinative bacteriology. Ninth Edition. Ed. J.G. Holt, N.R. Krieg, Peter H.A. Smath, J.T. Stanley S.T. Williams.: more ets. William and Wilkins. 1994. 787 p.

58. Bergman H. F. J. Oxygen deficiency as a cause os disease of plants//Bot: Rev. 1959. Vol. 25. p. 417-485

59. Bleakley В. H., Tiedje J. M. Nitrous oxide production by organisms- other than nitrifiers or denitrifiers//Appl. Environ. Microbiol. 1982. Vol. 44. No. 6. p. 1342-1348

60. Bollag J. M., Tung G. Nitrous oxide release by soil fungi//Soil Biol. Biochem. 1972. Vol. 4. p. 271-276

61. Booth C., Fusarium. Laboratory guide to the identification of the major species. Commonwealth Mycological Inst. Kew, Surrey, 1977. 58 p.

62. Brock T. D., Smith D. W., Madigan M. T. Biology of microorganisms, IV ed., N. Y., Prentice-Hall; Inc., 1984. p.847

63. Bull A.T. and Bushell M.E. The filamentous fungi. Ed. Smith J.E. and Berry D.R.: London: Arnold, 1976. 1-31 p.

64. Burges A., Fenton E. The effect of carbon dioxide on the growth of certain soil fungi//Trans. br. mycol. soc. 1953. Vol. 36. p. 104-108

65. Burth I., Ottow J. Bakterien und Fusarium solani in Abhangigkeit von der Wasserstoff Ionenkonzentration. Landwirt. Forsch.-1982, Bd. 34, N.38, s. 655-666

66. Carlile M. J., Watkinson S. C., Gooday G. G. W. The Fungi/ The Effect of the Environment on Growth/The aeration complex, sec. ed., Academic Press, San Diego, San Francisco, New York, Boston, London, Sydney, Tokyo, 2001. p. 145-148

67. Chague V., Elad Y.,Barakat R., Tudzunski P., Sharon A. Ethylene biosyntesis in Botrytis cinerea/fFEMS Microbiology Ecology. 2002. V. 40. p. 143-149

68. Cochrane V.W. Physiology of fungi. John Wiley&Sons, N.Y., 1958. p:

69. Considine P. J., Flinn N., Patching J. W. Ethylene production by soil microorganisms//Appl. and Environ. Microbiol. 1977. Vol. 33. p. 977-979

70. Crenshaw C.L., Lauber C., Sinsabaugh R.L., Stavely L.K. Fungal control of nitrous oxide production in semiarid grassland//Biogeochemistry. 2008. V.87. P. 17-27

71. Curtis P. J. Anaerobic growth of fungi//Trans. br. mycol. soc. 1969 Vol. 53. p. 299-302

72. Domsch'K.H. Distribution of soil fungi. In: Hasegawa T. (ed.), Proc. First Int. Congr. IAMS. Vol.2. Developmental microbiology. Ecology. Science Council of Japan, p. 340-353

73. Domsch K.H., W.Gams and T.Anderson. Compendium of Soil Fungi, 1993, Vols. 1. IHW-Verlag. p. 860

74. Domsh К. H. Das pillspectrum einer bodenprobe. 3. Nachmeis der einzelrilse. Arch. Mikrobiol. 1960. Vol. 35. p. 181-195

75. Foster J. W. Chemical activities of fungi.- New York. Academic Press, 1949. P

76. Gallmetzer M., Meraner J., Burgstaller W. Succinate synthesis and excretion by Penicillium simplicissimum under aerobic and anaerobic conditions//FEMS Microbiology Letters, 2002. Vol. 210. Issue 2. p. 221-225

77. Gibb E., Walsh J.'H. Effect of nutritional factors and carbon dioxide on growth of Fusarium moniliforme and other fungi in reduced oxygen concentrations//Trans. Br. mycol. Soc. 1980. Vol. 74(1). p. 111-118

78. Glauert A. M. Fixation, dehydration and embedding of biological.specimens, 1980, A.M. Glauert (ed:), Practical methods in Electron microscopy, n.Holland Publishing Co., Amsterdam, v.3. p. 1

79. Golding N. S. The gas requirements of molds 4. A preliminary interpretation of the growth rates of four common mold cultures on the basis of absorbed gases J. Dairy-sci. 1945, Vol. 28, p. 737-750

80. Greenwood DJ. The effect of oxygen concentration on the decomposition of, organic materials in soil//Plant Soil, 1961. Vol. 14. p. 360-367

81. Griffin D. M. Soil physical factors and the ecology of fungi. 4.1nfluence of the soil atmosphere// Trans, br. mycol. soc. 1966. Vol. 49. p. 115-119

82. Griffin D. H. Fungal physiology.- N.Y. John Wiley & Sons, 1981. 383 p.

83. Gunner H. В., Alexander M. Anaerobic growth of Fusarium oxysporum!'/J. Bact. 1964. No. 87. p. 1309-1316

84. Hattori T. Soil aggregates as microhabitats for microorganisms// Rep. Inst. Agric. Res. Tohoku Univ. 1988. Vol. 37. p. 23-26.

85. Hobson P. N., Wallace R. J. Microbial ecology and activities in the rumen, part-I//Critical Reviews in Microbiology, 1982. Vol. 9. p. 165-225

86. Hollis I. P. Oxygen and1 carbon dioxide relation of Fusarium oxysporum Schlecht. and Fusarium eumartii Carp.//Phytopathology, 1948. Vol. 38. p. 761-775

87. Hungate R. E. A role tube method for cultivation of strict anaerobes, 1969, In I. R. Norris and D. W. Ribbons (ed.) Methods in microbiology. 3B. Academic Press, Inc., London, p. 117-132

88. Kaspar H:E. Nitrite: reduction to nitrous oxide by Propionibacteria: Detoxication mechanism//ArchMicrobiol, 1982. v.l 11. p.126-130;

89. Kirk P. M, Cannon P: F., Minter D; W., Stalpers J. A. Ainsworth & Bisby's Dictionary of the Fungi (10th edition);// Wallingford (UK): CABI Europe -UK, 2008. p. 640

90. Khidirov K.S., Kurakov A.V. Ethanol, fermentation? by natural strains;; of microscopic fungi: / Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica. (Abstracts of the Fourth Hungarian Conference of Mycology). 2008. vol. 55. Number 2. p.207

91. Klein A. D., Thayer J. S. Interaction betweemsoil microbial:communities and organometallic compounds//Soil Biochemistry J.M. Bollag, G.Stotzky (Eds) V.6. Marcel Dekker. NewYork. 1990. p. 431-481

92. Kobayashi M., Matsuo Y., Takimoto A., Suzuki S., Maruo F. and Shoun H. Denitrification, a novel type of respiratory metavolism in fungal; mitochodrion// The Journal of Biological Chemistry, 1996. Vol: 271. No. 27. p. 16263-16267

93. Kobayashi M., Shoun H. The copper-containing dissimllatory nitrite reductase involved; in the denitrilying system of the fungus Fusarium oxysporum/П. Biol. Chem. 1995. Vol. 270. p. 4146-4151

94. Kurakov. A.V., Nosikov A.N., Skrynnikova E.V., L'vov N.P; Nitrate reductase and nitrouse oxide production by Fusarium oxysporum 1 lnl under aerobic and anaerobic conditions//Gurrent microbiology, 2000. Vol. 41. No. 2. p. 114-119

95. Kurtzman C. P., Fell S. W. (eds.), The yeasts, a taxonomic study. 4th ed. 1998; Elsevier Sci. В: V. Amsterdam, The Netherlands, p. 1055;

96. Laughlin. R.J., R.J.Stevens. Evidence for fungal dominance of denitrification and codenitrification in a grassland soil // Soil Sci. Soc. Am. J. 2002: V. 66, p. 1540-1548

97. Lodder J. The yeasts a taxonomic stady, 2nd ed., North-Holland Publishing Co., Amsterdam, 1970. p. 1385

98. Lubbehusen T.L., Nielsen J., Mclntyre M. Morphology and physiology of the dimorphic fungus Mucor circinelloides (syn. M. racemosus) during anaerobic growth// Mycological Research, 2003. Vol. 107. Issue 2. p. 223230

99. Lubbehusen T.L., Nielsen J., Mclntyre M. Aerobic and anaerobic ethanol production by Mucor circinelloides during submerged growth// Appl. Microbiol. Biotech. 2004. Vol. 63. Issue 5. p. 543-548

100. Lynch J. M., Harper S. H. T. Formation of ethylene by a soil fiingus//J. Gen. Microbiol. 1974. Vol. 80. p. 187-195

101. Ma W.K., Farrell R.E., Siciliano S.D. Soil formate regulates the fungal nitrous oxide emission pathway// Appl. Environ. Microbiol. 2008. Vol.74, p. 6690-6696

102. Macauley B. J. and Griffin D.M. Effect of carbon dioxide and oxygen on the activity of some soil fungi//Trans. Br. Mycol. Soc. 1969. Vol. 53. p. 5362

103. Mahne I, Tiedje J.M. Criteria and methodology for identifying respiratory denitrifiers// Appl. Environ. Microbiol., 1995, v.61, p.l 110-1115

104. Malinowsky P., Ottow J.C.C. Okologiche Bedingungen der "Denitrifikation" bei Pilzen, Landwirt. Forsch. 1985, Bd.38, № 1-2, s. 115121

105. Marchant R., Nigam P., Banat I. M. An unusual facultatively anaerobic filamentous fungus isolated under prolonged enrichment culture conditions/ZMycol. Res. 1994. 98(7). p. 757-760

106. Matsubara T. Studies on denitrification. ХП1: Some properties of the N20-anaerobically grown cell// J. Bacteriol. 1971. V.69. P.991-1001

107. Morrison M., Mackie R. I., Kistner A. Evidence that cellulolysis by an anaerobic ruminal fungus is catabolite regulated by glucose cellobiose and soluble starch//Appl. Environ. Microbiol. 1990. Vol. 56. p. 3227-3229

108. Orpin C. G. Studies on the rumen flagellate Neocallimastix frontalis/'/J. Gen. Microbiol. 1975. Vol. 91. p. 249-262

109. Pushalkar S., Rao K.K. Ethanol fermentation by a cellulolytic fungus Aspergillus terreus, short communication//World Journal of Microbiology & Biotechnology, 1998. Vol. 14. p. 289-291

110. Reynolds T. S. The use of lead citrate at high pH as en electron opaque stain in electron microscopy//J.Cell Biol. 1963. V. 17. p. 208

111. Rifai M.A. A revision of the genus Trichoderma!'I Mycol. Paper, 1962. Vol.ll6.p. 3-56

112. Robertson K. Nitrous oxide emission from soil on extrapolation from soil enviromental factors/ Linkoping Univer. Linkoping. 1995. p. 9-44

113. Samuels G.J. Trichoderma a review of biology and systematics of the genus//Mycol.Res. 1996. Vol. 100. p. 923-935

114. Schipper M.A.A. A study on variability in Mucor hiemalis and related species//Studies in Mycology, 1973. No. 4. 40 p.

115. Sextone A. J., Mains C. N. Production of methane and ethylene in organic horizons of spruce forest soils//Soil Biol. Biochem. 1990. Vol. 22. No. 2. p. 135-139

116. Sharifia Mahnaz, Karimi Keikhosro, Production of ethanol by filamentous and yeast-like forms of Mucor indicus from fructose, glucose, sucrose, andmolasses//Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 2008. Vol. 35. No. 11. p. 1253-1259

117. Sherwood R. T. and Hagerdorn D. J. Effect of oxygen tension on growth of Aphanomyces euteiches// Phytopatology, 1961. Vol. 51. No. 7. p. 492-493

118. Shoun H., Tanimoto T. Denitrification by the fungus Fusarium oxysporum and involvement of cytochrome P-450 in the respiratory nitrite reduction//J. Biol. Chem. 1991. Vol. 266. No. 17. p. 11078-11082

119. Shoun H., Kim D. H., Ushiyama H., Sugiyma J. Denitrification by fungi//FEMS Microbiol. Lett. 1992. V. 92. p. 277-282

120. Smith K. A. A model of anaerobic zones in aggregeted soils, and its potential application to estimates of denitrification//J. Soil Sci. 1980. Vol. 31. p. 263-277

121. Smith K. A., Dowdell R. J. Field studies of the soil atmosphere I. Relationships between ethylene, oxygen, soil moisture content and temperature//J. Soil Sci. 1974. Vol. 25. p. 217-230

122. Soderstrom В. E. Vital staining of fungi in pure cultures and in soil with fluorescein diacetate//Soil Biol. Biochem. 1977. Vol. 9. p. 59-63

123. Spokas K., Wang D., Venterea R., Sadowsky M. Mechanisms of N20 production following chloropicrin fumigation // Appl. Soil Ecology, 2006. V.31. P.101-109.

124. Stotzky G., Goos R. D. Effect of high C02 and low 02 tensions of the soil microbiota//Can. J. Microbiol. 1965. Vol. 11. p. 853-868

125. Suihko M.-L. The fermentation of different carbon sources by Fusarium oxysporum!rQ\otQc\mo\ogy Letters, 1983. Vol. 5. p. 721-724

126. Tabak H.H. and Cooke W.B. Growth and metabolism of fungi in an atmosphere of nitrogen/ZMycologia. 1968. Vol. 69. p. 115-140

127. Takaya N. Dissimilatory nitrate reduction metabolisms and their control in fungi//J. Biosci. Bioeng, 2002. Vol. 94(6). p. 506-510.

128. Tanimoto Т., Nakahara К., Shoun H. Diauxic growth of Fusarium oxysporum during aerobic culture in the presence of nitrate/nitrite// Biosci. Biotechnol. Biochem. 1992. Vol. 56. p. 2058-2059

129. Toler R. W., Dukes P. D., Jenkins S. F., Jr. Growth response of Fusarium oxysporum f. tracheiphilum in vitro to varying oxygen and carbon dioxide tensions/ZPhytopatology, 1966. Vol. 56. p. 183-186

130. Trinci A. P. J., Davies D. R., Gull K., Lawrence M. I., Nielsen В. В., Rickers A., Theodorou M. K. Anaerobic fungi in herbivorous animals// Mycol. Res. 1994. Vol. 98 (2). p. 129-152

131. Tsuji Т., Kawasaki Y., Sekiya Т., Tanaka S. A new fluorescence staining assay for visualizing living microorganisms in soil//Appl. Environ. Microbiol. 1995. Vol. 61. No 9. p. 3415-3421

132. Uchimura H., Enjoji H., Seki Т., Taguchi A., Takaya N., Shoun H. Nitrate reductase-formate dehydrogenase couple involved in the, fungal denitrification by Fusarium oxysporum!'/J. Biochem. 2002. Vol. 131. p. 579586

133. Usuda K., Toritsuka N., Matsuo Y., Kim D., Shoun H. Denitrification by the fungus Cylindrocarpon tonkinense: anaerobic cell growth and two isozyme forms of cytochrome P-450nor//Appl. Environ. Microbiol. 1995. Vol. 61. No. 3. p. 883-889

134. Walsh J. H., Stewart C. S. Effect of temperature, oxygen and carbon dioxide on cellulolytic activity of some fungi//Trans. Br. Mycol. Soc. 1971. Vol. 57(1). p. 75-84

135. Walsh J. H., Growth and deteriorative ability of fungi at low oxygen tensions/Applied science publishers limited Proceedings of the 2nd International biodeterioration symposium, Lunteren, The Netherlands, 1971. P

136. Wainwright M. Metabolic diversity of fungi in relation to growth and mineral cycling in soil a review // Trans. Br. Mycol. Soc. 1988. Vol. 90. №2. p. 159-170

137. Wainwright M., Ali T. A., Killham K. Anaerobic growth of fungal mycelium from soil particles onto nutrient-free silica gel // Mycol. Res. 1994. Vol. 98(7). p. 761-762

138. Wells J. M., Uota M. Germination and growth of five fungi in low-oxygen and high-carbon dioxide atmospheres // Phytopathology, 1970. Vol. 60. p. 50-53

139. Zhou Z., Takaya N., Sakairi M.A.C., Shoun H. Oxygen requirement for the denitrification by the filamentous fungus Fusarium oxysporum II Arch. Microbiol, 2001. Vol. 175. p. 19-25

140. Zhou Z., Takaya N., Nakamura A., Yamaguchi M., Takeo K., Shoun H. J. Ammonia fermentation, a novel anoxic metabolism of nitrate by fungi // Biol. Chem. 2002. Vol. 277. p. 1892-1896

141. Zumft W.G. Cell biology and molecular basis of denitrification // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997. Vol. 61. p. 533-616