Фитопатогенные бактерии рода Agrobacterium: генетическое разнообразие, диагностика, меры защиты тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Воронина Майя Васильевна

• Воронина Майя Васильевна
• кандидат наук
• 2018

Оглавление диссертации кандидат наук Воронина Майя Васильевна

ВВЕДЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Род Agrobacterium/Rhizobium, физиологические и генетические свойства, таксономическое положение, разнообразие, основные представители-патогены растений

1.1.1. Систематическое положение Agrobacterium

1.1.2. Таксономическая внутриродовая структура Agrobacterium

1.1.3. Физиологические признаки Agrobacterium

1.1.4. Геном штаммов Agrobacterium

1.1.5. Вирулентность и распространение бактерий рода Agrobacterium

1.2. Этиология и экология заболеваний, вызываемых Agrobacterium

1.2.1. Плодовые и декоративные растения

1.2.2. Овощные культуры

1.2.3. Другие инфекционные и неинфекционные заболевания, сходные с бородатостью корней по симптомам

1.2.4. Молекулярный механизм трансформации растений и использование бактерий рода Agrobacterium в генной инженерии

1.2.5. Эволюция бактерий рода Agrobacterium с точки зрения возникновения новых патогенов

1.3. Растения-хозяева Agrobacterium spp.: огурец, розоцветные (роза и плодовые культуры, наиболее поражаемые патогенами) - ботаническая характеристика, физиология и особенности агротехники в гидропонной тепличной культуре

1.3.1. Огурец обыкновенный (лат. Cucumis sativus)

1.3.2. Розовые (Розоцветные) (лат. Rosaceae)

1.4. Пестициды с бактерицидным действием и средства биологической защиты растений от бактериозов

1.4.1. Химические бактерициды

1.4.2. Биологические препараты с бактерицидным действием

1.5. Методы диагностики болезней, вызываемых Agrobacterium

1.5.1. Фенотипические методы диагностики

1.5.2. Методы ДНК фингерпринтинга

1.5.3. Диагностика на основе полифазной систематики бактерий

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Оценка распространенности заболеваний, вызванных Agrobacterium

2.2.Использованные штаммы фитопатогенных бактерий и бактерий-антагонистов

2.2.1. Штаммы Agrobacterium

2.2.2. Коллекция штаммов фитопатогенных бактерий других видов

2.2.3. Коллекция штаммов бактерий-антагонистов

2.3. Методы определения фитопатогенов рода Agrobacterium в растениях, семенах, почве и воде

2.3.1. Техника изоляции и питательные среды

2.3.2. Оценка фенотипических признаков Agrobacterium

2.3.3. Основные дифференцирующие биохимические характеристики видов Agrobacterium

2.4. Методы определения патогенности Agrobacterium, инокуляции растений-хозяев, оценки развития болезни

2.5. Методы оценки эффективности средств химической и биологической защиты против фитопатогенов растений и Agrobacterium in vitro

2.5.1. Анализ бактерицидной активности бактерий-антагонистов

2.5.2. Анализ бактерицидной активности пестицидов и антибиотиков

2.6. Пробоподготовка для ПЦР и БИО-ПЦР диагностики возбудителя бородатости корней огурца и томата в гидропонной культуре, в воде и семенах растений

2.7. Молекулярно-генетические методы идентификации и оценки разнообразия популяции патогена

3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Распространение фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium в открытом и защищенном грунте в России

3.1.1. Распространение фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium в открытом грунте в России

3.1.2. Встречаемость других бактерий в пораженных растениях

3.1.3 Распространение фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium в защищенном грунте в России

3.2. Физиологическое и генетическое разнообразие возбудителей корончатого

галла и бородатости корней в России

3.2.1. Изучение физиолого-биохимических особенностей Argobacterium

3.2.2. Изучение вирулентности и патогенности штаммов Agrobacterium

3.3.1. Анализ генетического разнообразия методом ПЦР фингерпринтинга

3.3.2.Изучение генетического разнообразия исследуемой коллекции Agrobacterium с помощью метода мультилокусного генотипирования (МЬБТ)

3.4. Разработка метода ПЦР диагностики возбудителя бородатости корней огурца

и томата в гидропонной культуре

3.4.1. Идентификация возбудителей бактериозов методом ПЦР

3.4.2. Пробоподготовка для ПЦР и БИО-ПЦР диагностики возбудителя бородатости корней огурца и томата в гидропонной культуре, в воде и семенах растений

3.5. Изучение бактерицидной активности бактерий-антагонистов, антибиотиков и химических пестицидов

3.6. Оценка эффективности средств химической и биологической защиты растений от возбудителей корончатого галла и бородатости корней и других

бактериозов в производственных условиях

Заключение

Список литературы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Фитопатогенные бактерии рода Agrobacterium: генетическое разнообразие, диагностика, меры защиты»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Овощные культуры защищенного грунта (огурец, томат и др.) являются важными объектами в сельскохозяйственном производстве России. Они дают высокие и устойчивые урожаи, обеспечивая население витаминами, минеральными веществами и клетчаткой в зимний период. Другим важным направлением является производство в защищенном грунте декоративных культур. В конце 2015 г. в Российской Федерации действовали более 2050 га зимних промышленных теплиц, объем производства овощей в защищенном грунте составил 37,8% от уровня потребности населения страны в тепличных овощах. Валовой сбор тепличных овощных культур по состоянию на 12 мая 2015 года в целом по стране составил 174,2 тыс. тонн, в том числе огурцов - 150,6 тыс. тонн, томатов - 17,8 тыс. тонн, прочих овощных культур - 5,8 тыс. тонн (http://www.mcx.ru). Вместе с тем целый ряд болезней существенно снижает продуктивность производства.

Степень разработанности темы исследований. К числу важнейших из них относят бактериозы, которые широко распространены в последние годы, вызываемые бактериями рода Agrobacterium. Agrobacterium 8рр. поражают более 140 видов двудольных растений, принадлежащих 93 семействам (Каёо, 2002). Agrobacterium Ште/аЫет и Agrobacterium rhizogenes (син. ЯЫ1оЫит гаШоЬа^ег) - виды грамотрицательных, облигатно аэробных почвенных бактерий семейства ЯЫ1оЫасеае. Бактерии способны трансформировать клетки растений при помощи плазмид, вызывая образование корончатых галлов или бородатость корней (корневой мат) у растений (АириМ et а1., 2011). Agrobacterium широко используется в генной инженерии для трансформации растений. Бактерии этого рода часто поражают виноград, плодовые и ягодные культуры, технические (хлопчатник), бобовые (конские бобы) и цветочно-декоративные культуры

(хризантема, роза и др.). Болезни растений, вызываемые этими патогенами, приводят к серьезным экономическим потерям, так как они вызывают ослабление и преждевременную гибель многолетних и снижение урожайности однолетних культур. Вредоносность болезней, вызываемых Agrobacterium, усиливается при латентном заражении посадочного материала и поскольку его производство для винограда, плодовых и декоративных культур часто сосредоточено в странах с благоприятным для бактериозов климатом, бактерии этого рода легко распространяются по всему миру. В связи с этим, борьба с этими патогенами, в том числе ранняя диагностика, становится все более важной. Видовое разнообразие фитопатогенных бактерий Agrobacterium 8рр. в РФ мало изучено, методы борьбы и диагностики практически не разрабатывались, в связи с чем актуальность и новизна исследований в этой области не вызывает сомнений.

Цели и задачи исследований. Целями проводимых исследований являлось изучение разнообразия популяции фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium, поражающих в РФ овощные и декоративные растения защищенного грунта, этиологии заболеваний, обоснование и усовершенствование методов идентификации патогенов, разработка и усовершенствование мер борьбы с корончатым галлом и бородатостью корней, включая использование бактерий-антагонистов для оптимизации микробиоценозов.

Для достижения поставленных целей планировалось решение следующих задач:

1. Оценить распространение болезней растений, вызываемых Agrobacterium в Российской Федерации.

2. Создать коллекцию штаммов рода Agrobacterium, поражающих овощные и декоративные культуры защищенного грунта в РФ и типовых штаммов соответствующих видов патогена, а также определить их видовое разнообразие по молекулярно-генетическим признакам, включая

мультилокусное секвенирование генов «домашнего хозяйства» (MLST).

3. Разработать методы диагностики зараженности растений, почвы и поливной воды фитопатогенами рода Agrobacterium на основе ПЦР, ПЦР в реальном времени и БИО-ПЦР.

4. Разработать и усовершенствовать методы химической и биологической защиты растений от заболеваний, вызываемых агробактериями, и провести поиск бактерий-антагонистов для борьбы с бактериальными болезнями растений.

Научная новизна. Собрана коллекция из 44 штаммов Agrobacterium, поражающих различные виды растений в РФ.

При проведении исследований, впервые в России выделены штаммы ризогенных A. biovar 1, поражающие огурец и томат в гидропонной культуре защищенного грунта. На основе подобранных праймеров для гена galls разработаны методики диагностики ризогеных A. biovar 1. На основании ранее известных и вновь подобранных праймеров и селективной среды разработан метод БИО-ПЦР диагностики для A. biovar 1.

Выявлен эффект синергизма действия антибиотиков (таблица 37) и препарата Зерокс® в отношении штаммов, устойчивых к действию антибиотиков. Вместе с тем, практически не отмечено усиления действия эффективных антибиотиков при добавлении препарата серебра. Показана высокая эффективность применения штамма В1 (Bacillus subtilis), для снижения вредоносности возбудителей корончатого галла розы и бородатости корней огурца и томата.

Практическая значимость результатов исследований. В результате исследований была создана референтная коллекция российских штаммов фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium (44 штамма). По материалам проведенных исследований разработаны методические рекомендации по выявлению и идентификации возбудителя бородатости корней овощных культур в защищенном грунте, которые используются при проведении

экспертизы на наличие вредных организмов в тепличных хозяйствах. Установлена высокая эффективность препаратов на основе бактерий-антагонистов в борьбе с распространением инфекции в защищённом грунте. Разработаны оригинальные ПЦР праймеры для анализа возбудителя бородатости корней на основе целевой последовательности гена galls (putative crown gall tumor protein VirCl) - функционального гомолога гена virE2.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Впервые в России выделены ризогенные бактерии Agrobacterium biovar

1. вызывающие бородатость корней огурца и томата в гидропонной культуре.

2. Проведенная оценка генетического разнообразия коллекции Agrobacterium с помощью метода мультилокусного генотипирования (MLST) по 9 различным генам «домашнего хозяйства» бактерий, показала, что штаммы Agrobacterium biovar 1, выделенные в РФ, имели высокое генетическое разнообразие, и группировались с различными референтными штаммами Agrobacterium.

3. На основе анализа последовательностей гена galls подобраны специфичные праймеры для диагностики возбудителя бородатости корней, позволяющие идентифицировать его с чувствительностью не менее 5,2 клеток/мл.

4. Показана высокая антибактериальная активность препарата на основе бактерии-антагониста (штамм В-1, Bacillus subtilis) против возбудителей корончатого галла розы, бородатости корней огурца и других бактериозов.

Методология и методы исследований. Работа выполнена с использованием общепринятых, а также оригинальных микробиологических и молекулярно-генетических методик, которые были разработаны ведущими учеными в данной области (N.W. Schaad, D. Stead, S. Weller, L. Bosmans) и подробно изложены в главе «Материалы и методы».

Апробация работы. Основные положения и результаты исследований

диссертационной работы доложены на Международной научно-практической конференции «Бактериальные и фитоплазменные болезни сельскохозяйственных культур: научные и практические аспекты», (15-18 октября 2014 г., ВНИИ фитопатологии, Большие Вяземы), семинарах компании «Гавриш» (13 мая 2014 г. и 7 октября 2015 г., г. Москва); Ассоциации Теплицы России «Современные технологии выращивания овощных культур - повышение эффективности работы» (19-23 мая 2014 г., Краснодарский край), на Международной научно-практической конференции «Научное и кадровое обеспечение продовольственной безопасности России» (2-4 декабря 2014 г., ФГБОУ ВПО РГАУ-МСХА имени К.А. Тимирязева, г. Москва), UK PlantSci 2016 Conference (10-11 апреля 2016 г., Norwich, Великобритания), «Мониторинг, моделирование и менеджмент городских почв» (3MUS), SUITMA 9 (18-21 мая 2017 г., РУДН, г. Москва), и Advances in IPM 2017: Reinventing agriculture to reduce dependency on pesticides (Newport, UK).

Личный вклад автора. Автор принимал личное участие во всех этапах исследований, а именно в постановке целей, задач, разработке плана, экспериментальных исследованиях, обработке, анализе и интерпретации полученных данных.

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 15 научных работ, из них 4 в журналах, рекомендованных ВАК РФ, 2 в международных цитатно-аналитических базах данных и 9 в прочих изданиях.

Объём и структура работы. Диссертационная работа изложена на 180 страницах и состоит из введения, списка сокращений использованных в работе, 3 глав, заключения, выводов, практических рекомендаций, списка использованной литературы включающего 245 источников (из них 187 - на иностранном языке). В диссертации содержится 34 рисунка и 44 таблицы.

Автор выражает благодарность к.б.н., доценту АТИ РУДН - Пакиной Е.Н., сотрудникам ВНИИ фитопатологии РАСХН к.б.н. Пехтеровой Э.Ш., к.б.н.

Политыко В.А., к.б.н Будынкову Н.И. за помощь в овладении методами работы. Автор выражает признательность Ахатову А.К., Борисовой И.П., Юварову В.Н. за предоставленный растительный материал для проведения исследований. Автор благодарит к.б.н. Корнева К.П. и к.б.н. Мазурина Е.С. за помощь в выполнении экспериментальной части работы.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ

АТФ, АДФ аденозинтрифосфорная/аденозиндифосфорная кислота

ПААГ-ДСН полиакриламидный гель с додецилсульфатом натрия

п. о. пара оснований

AFLP анализ полиморфизма длины амплификационных фрагментов

ARDRA анализ рестрикции амплифицированной рибосомальной ДНК

BOX-ПЦР амплификация поторяющихся BOX последовательнотей

DAF фингерпринтинг на основе амплификации ДНК

dNTP дезоксинуклеозидтрифосфат

FAME анализ профилей метиловых эфиров жирных кислот

FAO продовольственная и сельскохозяйственная организация ООН

galls D-galacto se-1 -dehydro genase

pSym симбиотические плазмиды Rhizobium

pTi иpRi плазмиды Agrobacterium spp.

RAPD-ПЦР случайная амплификация полиморфной ДНК

RFLP анализ полиморфизма длины фрагментов рестрикции

Rol rol-гены (root locus) - rolA, rolB, rolC и rolD, содержатся в Т-ДНК

SCAR-ПЦР амплификация с применением геном-специфичных маркеров

SDS додецилсульфат натрия

SNP (Single Nucleotide Polymorphism) полиморфизм одного нуклеотида

Чувство (англ. Quorum Sensing) способность некоторых бактерий (возможно, и

кворума других микроорганизмов) общаться и координировать своё поведение

за счёт секреции молекулярных сигналов

PSA пептонно-сахарозный агар

T4SS бактериальная транспортная (секреторная) система 4-го типа (Type 4 Secretion System)

1. Обзор литературы

Agrobacterium tumefaciens (лат.) - вид грамотрицательных, облигатно аэробных палочковидных почвенных альфа-протеобактерий. Отличительная особенность бактерий этого рода - способность к генетической трансформации клеток растений при помощи Т-ДНК фрагмента плазмиды (Ti, Ri) размером не менее 4000 тыс. п.о. и бактериальной транспортной (секреторной) системы 4-го типа (Type 4 Secretion System, T4SS) (Windeis et al., 2003). Фитопатоген вызывает образование корончатых галлов или «бородатых (бородчатых) корней» у большого числа видов растений, ассоциируется с ризосферой растений, а также является условным (факультативным) патогеном для людей и животных (http://medbiol.ru). Род Agrobacterium широко используется в генной инженерии и биотехнологии для генетической трансформации растений и грибов и изучения транзиентной экспрессии генов в растениях (Лутова и соавт., 1998).

1.1. Род Agrobacterium/ Rhizobium, физиологические и генетические свойства, таксономическое положение, разнообразие, основные представители - патогены растений

1.1.1. Систематическое положение Agrobacterium

Царство Прокариоты, Факультативный паразит (гемибиотроф). Род Agrobacterium принадлежит к семейству Rhizobiaceae, которое было включено в Альфа-2 подкласс Proteobacteria на основании сравнения последовательностей рибосомальных РНК генов. Бактерии этого рода стержнеобразные (от 0,6-1,0 мм до 1,5-3,0 мкм), располагаются по одной или парами, без эндоспор и имеют один или шесть подвижных перитрихиальных жгутика (Kersters and Ley, 1984; Willems and Collins, 1993).

Синонимы вида: A. radiobacter var. tumefaciens (Smith & Townsend) Keane, Kerr & New, A. radiobacter pv. tumefaciens (Smith & ^wnsend) Kerr, Young & Panagopolos, Bacillus radiobacter var. tumefaciens (Smith & Townsend) Israilsky, Bacterium tumefaciens Smith & Townsend, Pseudomonas radiobacter var. tumefaciens (Smith & ^wnsend) Duggar, Phytomonas tumefaciens (Smith & Townsend) (Bergey et al. 2010).

Ближайшие родственные бактерии в рамках семейства Rhizobiaceae принадлежат родам Amorphomonas, Carbophilus, Ciceribacter, Kaistia, Candidatus Liberibacter, Neorhizobium, Pararhizobium, Pseudorhizobium, Rhizobium, Shinella, Ensifer и Sinorhizobium, в основном ассоциированым с растениями как симбионты или фитопатогены.

В порядок Rhizobiales входят патогенные для человека и животных виды родов Brucella, Bartonella и симбионты растений рода Bradyrhizobium (https://www.ncbi.nlm.nih.gov).

Рисунок 1. Бактериальная клетка (электронно-микроскопическая фотография) и колонии Agrobacterium Штв/аавт на среде ЬБ (Н. Башаёа е1;. а1. 1993).

Проблемы систематики бактерий рода Agrobacterium

Вид свободноживущих, симбиотических и патогенных бактерий A. tumefaciens complex (син. Rhizobium radiobacter) исторически описан как две

линии синонимов:

1) Вид R. radiobacter впервые был описан М.В. Бейеринком (M.W. Beijerinck) и А. ван Делденом (А. van Delden) в 1902 г. под названием Bacillus radiobacter. Микробиологи-систематики несколько раз переносили этот вид в другие рода: Ф.Лёхнис (F. Lohnis) в 1905 - в Bacterium, E. Примбран (E. Pribram) в 1933 - в Rhizobium, Д.Г.Берджи (David Hendricks Bergey) в 1934 - в Achromobacter, Г.Д. Конн (H.J. Conn) в 1939 - в Alcaligenes и в 1942 г. - в род Rhizobium (http://www.bacterio.net/rhizobium.html#radiobacter).

2) A. tumefaciens вначале был описан Е. Смитом (Е. Smith) и С.О. Тоунзендом (С.О. Townsend) в 1907 г. под названием Bacterium tumefaciens (от tumor - «галл, нарост» и facere- «делать, действовать» - в названии была отражена способность бактерии вызывать галлы на растениях). Затем следовало несколько переносов в другие рода (Pseudomonas - Phytomonas -Polymonas), пока в 1942 г. Г.Д. Конн (H.J Conn) не ре-классифицировал вид под названием A. tumefaciens (http://www.bacterio.net).

В 1993 г. Г. Савада (H. Sawada) и др. предложили отменить название Agrobacterium tumefaciens (Smith et Townsend 1907) Conn 1942 как нелегитимный поздний синоним названия Agrobacterium radiobacter (Beijerinck and van Delden 1902) Conn 1942 (Sawada H., 1993), однако международная таксономическая комиссия зарезервировала Agrobacterium tumefaciens как типовой вид рода Agrobacterium Conn 1942. (Judicial commission, 1994).

В 2001 г. Д.М. Янг (J. M. Young) и др. предложили перевести виды Agrobacterium, включая Agrobacterium tumefaciens, в род Rhizobium, что решало вопрос о видовом эпитете tumefaciens, который перестал быть законсервированным после упразднения рода (Frank 1889, de Lajudie et al. 1998, J. M. Young, L. D. Kuykendall, E. Martinez-Romero, A. Kerr and H. Sawada 2001) и обе линейки синонимов вида слились бы в Rhizobium radiobacter (Beijerinck and van Delden 1902) (Young et al., 2001). Тем не менее,

оба названия до сих пор применяются в научной литературе. 1.1.2 Таксономическая внутриродовая структура Agrobacterium

Исторически, представителей рода Agrobacterium распределяли по меньшей мере на 3 крупные таксономические группы по данным анализа хромосомной ДНК (Ruger and Hofle. 1992; Chilton et al., 1980) и сравнению электрофоретических моделей белка (Kersters and De Ley, 1975). Были выделены пять видов в роде Agrobacterium (Ruger and Hofle. 1992), или по меньшей мере 4-х самостоятельных таксона без видового статуса (Bouzar, 1993; Holmes and Roberts, 1981; Sawada et al., 1993). Позднее, исследования ДНК-ДНК гомологии показали, что эти таксоны соответствовали трем видам: Agrobacterium tumefaciens (ранее biovar 1 и 2) (Bouzar, 1994) (Sawada et al., 1993) A.vitis (ранее biovar 3) (Ophel and Kerr, 1990) и A.rubi (Sawada et al., 1993).

Хотя, предложенная схема является хорошим решением для дифференциации рода, её было сложно принять исследователям поскольку долгое время использовалась микробиологическая номенклатура (табл. 1). В дальнейшем, филогенетические отношения видов рода Agrobacterium также были определены секвенированием гена 16S рРНК (Sawada et al., 1993, Willems and Collins, 1992).

Две основных линии различались: первая включала A. rhizogenes с большинством видов Rhizobium, вторая включала Agrobacterium tumefaciens, A.vitis, A.rubi и отдельный штамм, NCPPB 1650, сгруппированный вместе с Rhizobium galegae. Таким образом биохимическое описание видов рода Agrobacterium могло быть описано в терминах изменчивости генов 16S рРНК.

Поскольку инструменты для молекулярных исследований сейчас повсеместно доступны для проведения классификации и филогенетических исследований, возможно в будущем будут обнаружены новые виды:

например, отличающиеся от известных групп штаммы Agrobacterium были изолированы из фикуса (Ficus benjamina) (Bouzar, 1995) и дикой ежевики (Canfield and Moore, 1989).

Генетическое разнообразие A.vitis начало изучаться недавно. Кроме определения Ti-плазмидных групп, были определены хромосомные характеристики штаммов A.vitis при помощи генотипирования межгенного участка 16S-23S рРНК, и было обнаружено высокое соответствие между хромосомным генотипом и типом Ti-плазмид (Otten at al., 1996).

Таблица 1. Сравнение старой и новой номенклатуры видов рода

Agrobacterium (Schaad et al., 2001)

Новая систематика* Старая систематика

A. tumefaciens A. tumefaciens biovar 1 A. radiobacter biovar 1 A. rhizogenes biovar 1

A. rhizogenes A. tumefaciens biovar 2 A. radiobacter biovar 2 A. rhizogenes biovar 2

A. vitis A. tumefaciens biovar 3 A. radiobacter biovar 3

A. rubi A. rubi

*Отдельные штаммы вида могут вызывать образование корончатых галлов, бородатость корней или быть не патогенными.

Таблица 2. Биосинтез опинов штаммами видов Agrobacterium (Владимиров и др., 2015)

Тип плазмиды Синтезируемые галлами опины

Нопалиновые pTiC58, pTiT37 Нопалин, нопалиновая кислота, агроцинпины А и В

Октопиновые pTiA6, pTiB6S3 Маннопин, агропин, октопин, лизопин, гистопин, маннопиновая, агропиновая, лизопиновая кислота

Агропиновые pRiA4, pRiA281 Маннопин, маннопиновая кислота, агропин, агропиновая кислота

Маннопиновые pRi8196 Маннопин, маннопиновая кислота

В настоящее время, род Agrobacterium включает 11 видов и 13 геномовидов (таблица 3) в составе комплекса Agrobacterium tumefaciens (https://www.ncbi.nlm.nih.gov), определенные главным образом по результатам мультилокусного секвенирования генов домашнего хозяйства (Sawada, 2014; Bosmans et al., 2015) или сравнительному анализу полных геномов (Slater et al. 2009).

Таблица 3. Таксономическое внутриродовое разделение Agrobacterium с модификациями (https://www.ncbi.nlm.nih.gov)

№ Виды и геномовиды

1 Agrobacterium agile

2 Agrobacterium albertimagni

3 Agrobacterium arsenijevicii

4 Agrobacterium aurantiacum

5 Agrobacterium larrymoorei

6 Agrobacterium rhizogenes

7 Agrobacterium rubi

8 Agrobacterium tumefaciens complex

8.1 Agrobacterium fabrum

8.2 Agrobacterium tumefaciens (включая Agrobacterium radiobacter)

8.3 Agrobacterium genomosp. 1*

8.4 Agrobacterium genomosp. 13

8.5 Agrobacterium genomosp. 2

8.6 Agrobacterium genomosp. 3

8.7 Agrobacterium genomosp. 5

8.8. Agrobacterium genomosp. 6

8.9 Agrobacterium genomosp. 7

8.10 Agrobacterium genomosp. 9

9. Agrobacterium viscosum

10. Agrobacterium vitis

*Геномовиды 1-13 определены по сходству ДНК, геномовидам 4, 8, 10, 11 присвоен видовой статус на основании различий физиологических признаков.

1.1.3. Физиологические признаки Agrobacterium

Согласно описанию рода, бактерия-хемоорганогетеротроф, облигатный

аэроб. Она не требует специфических факторов для роста на искусственных питательных средах и способна использовать относительно большой спектр органических веществ как единственный источник углерода, включая К-ацетилглюкозамин, а-аланин, в-аланин, арабинозу, аспартат, дульцит и т. д.), способна расти в ЬБ-бульоне.

На агаризованных питательных средах Agrobacterium образуют выпуклые, круглые гладкие непигментированные или слабо-бежевые колонии. На картофельном агаре колонии приподнятые, влажно-блестящие, светло-бежевые с ровным просвечивающим краем.

Утилизируют маннитол и другие углеводы с образованием кислоты. Бактерии оксидазо-положительны, образуют уреазу, не образуют индол (Бе^еу, 2010).

Рост патогена на средах с углеводами сопровождается обильным образованием внеклеточной полисахаридной слизи. Крахмал не гидролизуют. Молоко створаживают, но не пептонизируют. Лакмусовое молоко подкисляют. Нитраты редуцируют. Желатин не разжижают или разжижают очень медленно. Реакция на каталазу, оксидазу и уреазу, как правило, положительная. Выделяют индол, сероводород и аммиак.

Образуют кислоту на сахарозе, декстрозе, лактозе, фруктозе, арабинозе, галактозе, манните. Патоген растет при 0-37 °С, оптимальная температура роста 25-30 °С, максимальная 37 °С, термальная точка их гибели в растениях 51 °С. Оптимальный диапазон рН 6,0-9,0 (Бе^еу, 2010).

Биохимические признаки используются для дифференциации видов, биотипов и штаммовых групп внутри данного рода (Таблица 4), а также для разработки селективных питательных сред для выделения и идентификации патогенов.

Таблица 4. Таксономические подразделения рода Agrobacterium и ключевые диагностические признаки для их дифференциации (по БеЬааё е! а1., 2001)

Диагностический тест Agrobacterium Ште/аает A.rhizogenes A.vitis

Симптомы болезни Наросты на стебле, корнях Бородатый корень Наросты на стебле, корнях

Окраска по Граму - - -

Подвижность + + +

Окраска и вид колоний Белые,кремовые, края ровные Белые,кремовые, края ровные Белые,кремовые, края ровные

Диффузный пигмент - - -

Гранулы В-гидроксибутурата +/- +/- +/-

Оксидаза + + +

О/Б О О О

Гидролиз крахмала - - -

Нитраты в нитриты +/- +/- +/-

3-кетолактоза + +/- +/-

Рост на 2% КаС1 + - +

Рост при 35°С + +/- +/-

Лакмусовое молоко Щ К Щ

Кислота из:

эритритола - + -

мелицитозы + - -

Щелочь из кислоты:

малоновой - + +

(метандикарбоновая кислота)

винной - + +

слизевой (галактаровая) - + -

Цитрат аммония + - -

Использование цитрата +/- + +

Кислотное растворение мела на среде РЭЛ+СаСО3 - + -

Подвижность при рН 7.0 + + -

Пектолитические св-ва при рН 4,5 - - +

- 80% или более штаммов отрицательно; Щ/К - щелочная/кислая реакция; +/-вариабельно; О-окислительный катаболизм глюкозы.

1.1.4. Геном штаммов Agrobacterium

Первый секвенированный геном A. radiobacter штамм С58 (выделенный как A. tumefaciens) имеет размер 5,67М п.о. и состоит из двух хромосом (кольцевой и линейной) (Allardet-Servent at all, 1993) и двух плазмид. Отмечен большой уровень гомологии генома этого штамма с геномом Sinorhizobium meliloti, что предполагает их недавнее эволюционное расхождение (Wood at al., 2001).

В настоящее время полные или частичные геномные последовательности агробактерий получены для 73 штаммов (https://www.ncbi.nlm.nih.gov).

Хромосомы

Кольцевая хромосома штамма С58 A. radiobacter имеет размер 2841580 п.н. и содержит 2819 генов, из которых 2765 кодируют белки (https://www.ncbi.nlm.nih.gov). Линейная хромосома же имеет размер 2075577 п.н. и содержит 1884 гена, из которых 1851 кодируют белки (https://www.ncbi.nlm.nih.gov). Наличие кольцевой и линейной хромосомы характерно и для других штаммов A. radiobacter, например, для штамма MAFF301001 (https ://www.j stage.j st.go .jp).

Плазмиды

A. radiobacter штамм С58 содержит две плазмиды: At-плазмиду и Ti-плазмиду. At-плазмида (от Agrobacterium tumefaciens) представляет собой кольцевую двуцепочечную молекулу ДНК размером 542868 п.н. и содержит 557 гена, из которых 542 кодируют белки (https://www.ncbi.nlm.nih.gov).

Ti-плазмида (от англ. tumor-inducing) обуславливает патогенность бактерии и способна встраиваться в геном растения-хозяина, перенося Т-ДНК в процессе сайт-специфической рекомбинации (Tzfira at al., 2003, Li at al., 2005), а также может частично встраиваться в геном Saccharomyces cerevisiae путём негомологичной рекомбинации (Bundock and Hooykaas,

1996). Однако заражение мышей патогенными А. га^оЪа^г не вызывает экспрессии репортерных генов в тканях животного (Рейита а! а1., 2008).

Т1-плазмида штамма С58 А. га&оЪаМвг представляет собой кольцевую двуцепочечную молекулу ДНК размером 214233 п.н. и содержит 199 генов, из которых 197 кодируют белки (https://www.ncbi.n1m.nih.gov/).

в)

Рисунок 2. а, б) Физическая карта Т и Ш-плазмиды Я.(А.) tumefaciens (пример)(Реёпекаг, 2014); в) Генетическая карта Т^плазмиды октопинового типа (Оиеп, 2001); г) Схематическое изображение Ш плазмиды агропинового типа А. rhizogenes (Ozyigit, 2013)

Ti-плазмида содержит гены контролирующие синтез и катаболизм-опинов (opines, лат. opinio - взгляд и -in(e)- суффикс, обозначающий «подобный») - химических соединений, производных аргинина, продуктов конденсации аминокислоты с кетокислотой и сахаром.

Известно несколько видов опинов: октопин, нопалин, агропин (Moore at

а1., 1997), кукумопин (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) использующихся бактериями А. гад,юЪас1ег в качестве специфичного источника питания. Т-ДНК собственно представляет собой интегрируемый участок И-плазмиды, несущий гены вирулентности, синтеза фитогормонов - цитокининов и ауксинов (они вызывают дифференцировку тканей растения) и опинов (https://pubchem.ncbi.n1m.nih.gov).

а)

Н Н HN

N N

н н

б)

и и

I !

н н

В) " " г)

Рисунок 3. Структурные формулы основных опинов: а) октопина, б) нопалина, в) агропина, г) кукумопина (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov).

1.1.5 Вирулентность и распространение бактерий рода Agrobacterium

Agrobacterium - род повсеместно распространенных почвенных бактерий, который включает фитопатогенные изоляты, заражающие растения около 90 семейств двудольных культур (Bradbury, 1986; De Cleene and Deley, 1976).

Патоген поражает экономически важные фруктовые (яблоня, груша,

айва, слива), ореховые (миндаль, фундук, грецкий орех) культуры, виноград, декоративные растения (розы, хризантемы, георгины). В некоторых случаях, поражаются и однолетние растения (капуста, рапс, томат, огурец и т.д.). Этот фитопатоген имеет широкое распространение в разных странах мира. Он встречается на всей территории России, где выращивают плодовые и ягодные культуры (Рисунок 4).

Рисунок 4. Зоны распространения и вредоносности Agrobacterium tumefaciens (www.agroatlas.ru).

При заражении растений бактериями рода Agrobacterium происходит аномальная клеточная пролиферация (гиперплазия), которая приводит к образованию корончатых галлов или к образованию «волосяного», «бородатого» или «бородчатого» корня (Ходыкина М.В. и др., 2014).

В результате чего, корневая система отстаёт в развитии и происходит нарушение движения воды и сока по сосудам в стебле/стволе. Деревья миндаля (Prunus dulcis (Mill.) D.A. Webb) поражённые корончатым галлом, механически повреждаются при сильном ветре, в результате чего поражаются грибной инфекцией и быстро гибнут (Kennedy, 1980; Moore and Cooksey, 1981).

Патогенные штаммы Agrobacterium spp. несут в себе по меньшей мере одну Ti или Ri-плазмиду (Van Larebeke, et al., 1975). Вирулентность

определяется различными участками плазмиды включая транспортируемую ДНК (T-ДНК) и генами вирулентности (vir-гены). Гены вирулентности являются посредниками в передаче T-ДНК в инфицируемые растительные клетки (Chilton et al., 1980).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Воронина Майя Васильевна, 2018 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абаева, Л.Ф. Наночастицы и нанотехнологии сегодня и завтра / Л.Ф. Абаева, В.И. Шумский, Е.Н. Петрицкая, Д. А. Рогаткин, П.Н. Любченко // Альманах клинической медицины. - 2010. - № 22. - С. 10-17.

2. Ангизитова, Н.В. Розы. / Н.В. Ангизитова // М.: Кладезь -Букс, - 2006. -95 с.

3. Анненков, Н.И. Ботанический словарь / Н.И. Анненков // сост. СПб. : Тип. Имп. АН, - 1878. - XXI - 645с.

4. Анфимова, Н.А. Фото динамическая терапия: патогенетическое обоснование эффективности при вульгарных угрях / Н.А. Анфимова, Н. Потекаев, С.Б. Ткаченко, Е.А. Шугинина// Экспериментальная и клиническая дерматокосметология. - 2005. - № 5. - с. 35-40.

5. Ахатов, А.К. Защита картофеля и овощных культур открытого грунта / А.К. Ахатов, Ф.Б. Ганнибал, Ю.И. Мешков, Ф.С. Джалилов, В.Н. Чижов, А.Н. Игнатов, В.П. Полищук // Товарищество научных изданий КМК, М. - 2013. - С. 200.

6. Бабаян, А.А. Бактериальный рак виноградной лозы в Северо-Восточной зоне Армении и меры борьбы с ними / А.А. Бабаян, А.А. Оганесян, Ж.А. Нагапетян // Бактериальные болезни растений (ред. Горленко М.В.). М.: Колос, - 1977. С. 85-93.

7. Бабушкина, И.В. Регенерация экспериментальной раны под влиянием наночастиц цинка / И. В. Бабушкина, Е.В. Гладкова, И. А. Мамонова // Вестник новых медицинских технологий. - 2012. - Т. XIX. - № 4. - С. 16-18.

8. Броун, И.В. Инфекционные болезни сортовых роз дендропарка «Александрия» / И.В. Броун, Л. А. Плескач, Т.Г. Трегуб // Ботанические сады в современном мире: теоретические и прикладные исследования: Материалы Всеросс. науч. конф / Демидов А.С. - М.: Т-во науч. изданий КМК, - 2011. - с 60-63.

9. Владимиров, И.А. Гены биосинтеза и катаболизма опинов Agrobacterium Шшв/аавт и Agrobacterium rhizogenes 2015 г. / И.А. Владимиров, Т.В. Матвеева, Л.А. Лутова / Генетика, - 2015, - том 51, -№ 2, - с. 137-146.

10. Гинюк, В.А. Применение фототерапии в комплексном лечении экспериментальных гнойных ран / В.А. Гинюк, Г.П. Рычагов, Т.А. Летковская, В.В. Слизень, В.М. Русинович // Экспериментальная хирургия. -2011. - №1. - Т. 19. - с. 8-15.

11. Глик, Б. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение / Глик Б., Пастернак Д. // Пер с англ. - М. Мир, - 2002. - с. 589.

12. Головченко, Л.А. Фитосанитарное состояние импортного посадочного материала розы / Головченко Л.А., Тимофеева В.А. // Защита растений. Сборник научных трудов. Минск, -2015. - Выпуск 39. - с. 64-76.

13. Головченко, Л.А. Болезни розы в тепличных хозяйствах Беларуси / Л.А. Головченко, В.А. Тимофеева, С.О. Стахович // Центральный ботанический сад НАН Беларуси, г. Минск, Беларусь, - 2016. - с. 390392.

14. Голышин, Н.М. Фунгициды / Н.М. Голышин // М.: Колос. - 1993. - с. 319.

15. Горленко, М.В. Бактериальные болезни растений / М.В. Горленко //(ред. Соколов Н.А.) М.: Высшая школа. -1966. - 291 с.

16. Горленко, М.В. Бактерициды: Микроорганизмы и низшие растения -разрушители материалов и изделий / М.В. Горленко // М.: - 1979 - с. 254.

17. Гребенщиков, С.К. Справочное пособие по защите растений для садоводов и огородников / С.К. Гребенщиков // М.: Росагропромиздат. -1991. - с. 208.

18. Егорова, Е.М. Биологические эффекты наночастиц металлов / Е.М. Егорова, А.А. Кубатиаев, В .И. Швец // М.: Наука. - 2014. - 350 с.

19. Егорова, Е.М. Наночастицы металлов в растворах: биохимический синтез, свойства и применение: автореф. дис. докт. хим. наук: 03.01.06 / Е.М. Егорова - М. - 2011. - с. 56.

20. Заурембеков, А. А. Выращивание роз в теплицах. Часть 1. Культивационные сооружения / А.А. Заурембеков // Электронный ресурс Теплицы.ру - промышленные теплицы, тепличные технологии. (http://www.greenhouses.ru/Vyrastchivanie-ros. (Дата обращения 15.01.2015).

21. Зорина, Е.В. Биологические особенности выгоночных роз в защищенном грунте Южного Приморья: диссертация кандидата биологических наук: 03.00.05 / Е.В. Зорина // Владивосток, 61 08-3/114, - 2008. - 153 с.

22. Иванов, А.И. Некоторые вопросы совершенствования мер борьбы с корневым раком яблони в питомниках центра нечерноземной зоны РСФСР Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата сельскохозяйственных наук / А.И. Иванов // М. - 1986. - с. 20.

23. Игнатов, А.Н. Распространение бактериальных и фитоплазменных болезней растений в России / Игнатов А.Н., Егорова М.С., Ходыкина М.В. // Защита и карантин растений. - 2015. - № 5. - С. 6-9.

24. Исаева, Е.В. Меры борьбы с корневым раком плодовых культур / Е.В. Исаева // Всесоюзный симпозиум по бактериальным заболеваниям растений (тез. докл.) (ред. Бельтюкова К.И.). Киев: Наукова думка. -1966. - с. 31-32.

25. Кирюхина, Р.И. Методические указания по диагностике бактериального рака. / Р.И. Кирюхина // - М.: ВАСХНИЛ. - 1981. - 20 с.

26. Кнунянц, И.Л. Химическая энциклопедия. / И.Л. Кнунянц // М.: Сов. энциклопедия, - 1983. - 792 с.

27. Костин, И.И. Патогенез гриба Coniothyrium wernsdorffiae Laub. C.

fuckelli Sacc. в открытом и закрытом грунте на розах. / И.И. Костин // Бюл. ВИЗР. - 1973. - № 25. - с. 50-53.

28. Кузьмичев, А.А. Меры борьбы с бактериальным раком винограда / А. А. Кузьмичев // Методические указания. - М.: ВАСХНИЛ - 1976. - 6 с.

29. Кулинич, О.А. Бактерии, связанные с нематодамим-ксилофагами рода Bursaphelenchus, как возможные возбудители вилта хвойных пород / Кулинич О.А., Дренова Н.В., Арбузова Е.Н., Козырева Н.И., Мазурин Е.С. // Карантин растений. Наука и практика. - 2016. 4 (18) - 25-35с.

30. Лутова, Л.А. Роль меристемо специфичных генов растений в формировании генетических опухолей / Л.А. Лутова, И.Е. Додуева // Онтогенез. - 2007. -Т. 38. - № 6. - с. 350-362.

31. Лутова, Л.А. Агробактериальная трансформация как способ изменения гормонального метаболизма у высших растений: (Обзор) / Л.А. Лутова, З.Б. Павлова, М.М. Иванова // Генетика. - 1998. - Т. 34. - № 2. - С. 165182.

32. Магер, М.К. Изучение причин повреждения плодовых культур в Молдавии бактериальным (корневым) раком / Состояние и перспективы развития научных исследований по предотвращению резистентности у вредителей и возбудителей болезней к пестицидам и разработка эффективных мер борьбы с бактериальными болезнями растений (тез. докл. на 4 совещании) (Горленко М.В. и др.) / М.К. Магер// М.: ВАСХНИЛ. - 1980. - с. 112-113.

33. Макрушина, А.Т. Бактериальный рак на виноградных саженцах / Макрушина А.Т.// Бактериальные болезни растений (ред. Горленко М.В.) М.: Колос. - 1977. - с. 80-85.

34. Мамедов, А.Х. Бактериальный рак виноградной лозы / Мамедов А.Х. // Фитопатогенные бактерии (ред. Затула Д.Г.). - Киев: Наукова думка. -1975. - с. 282-283.

35. Мамедов, А.Х. Использование микробов-антагонистов и антибиотиков в борьбе с бактериальным раком виноградной лозы / Мамедов А.Х. // Третья Всесоюзная конференция по бактериальным болезням растений (тез. докл.). - Тбилиси: Мецниереба. - 1976. - с. 153-155.

36. Матвеева, Е.В. Методические указания по изоляции и идентификации фитопатогенных бактерий / Е.В. Матвеева и соавт. // - М.: ВАСХНИЛ. -1986. - 45с.

37. Матвеева, Е.В. Основные методы диагностики фитопатогенных бактерий / Е.В. Матвеева и соавт. // - М.: ВАСХНИЛ. - 1990. - с. 50.

38. Миско, Л.А. Розы. Болезни и защитные мероприятия / Л.А. Миско // М.: Наука. - 1986. - 248 с.

39. Мялова, Л.А. Корневой рак плодовых культур в условиях юга Украины и меры борьбы с ними / Л.А. Мялова // Материалы конференции. Фитонциды. Бактериальные болезни растений (ред. Гвоздяк Р.И. и др.). Ч. 2. - Киев - Львов: КГТ - 2, 1990. - с. 129-130.

40. Нагапетян, Ж.А. К изучению рака виноградной лозы в СевероВосточной зоне Армянской ССР. / Ж.А. Нагапетян // Фитопатогенные бактерии (ред. Затула Д.Г.). - Киев: Наукова думка. - 1975. - с. 276-278.

41. Нагапетян, Ж.А. Поражаемость виноградников Араратской равнины бактериальным раком / Ж.А. Нагапетян, Л.В. Казарян // Состояние и перспективы развития научных исследований по предотвращению резистентности у вредителей и возбудителей болезней к пестицидам и разработка эффективных мер борьбы с бактериальными болезнями растений (тез. докл. на 4 совещании) (ред. Горленко М.В. и др.). - М.: ВАСХНИЛ. - 1980. - С. 122-123.

42. Палавандишвили, И.В. Итоги изучения бактериального рака виноградной лозы в Грузии и меры борьбы с ним / И.В. Палавандишвили, Г.А. Цилосани // Третья Всесоюзная конференция по бактериальным болезням растений (тез. докл.) (Канчавелли Л.А. и др.).

- Тбилиси: Мецниереба. - 1976. - с. 156-157.

43. Панфилова, Л.Г. Бактериальный рак винограда в Крыму и перспективы исследований по борьбе с ним / Л.Г. Панфилова // Состояние и перспективы развития научных исследований по предотвращению резистентности у вредителей и возбудителей болезней к пестицидам и разработка эффективных мер борьбы с бактериальными болезнями растений (тез. докл. на 4 совещании) (ред. Горленко М.В.). - М.: ВАСХНИЛ. - 1980. - с. 123-124.

44. Плешко, Л.В. Государственный реестр средств защиты растений (пестицидов) и удобрений, разрешенных к применению на территории Республики Беларусь / Л.В. Плешко // - Мн.: ООО «Земледелие и защиты растений». - 2014. - 627 с.

45. Проворов, Н.А. Моделирование коэволюции бактерий и растений при образовании мутуалистического симбиоза / Н.А. Проворов, Н.И. Воробьев // -Том 6, - № 2. - 2008. - С. 35-48.

46. Санин, С.С. Проблемы фитосанитарии России на современном этапе / С.С. Санин // Известия ТСХА, выпуск 6, - 2016. - с. 45-55.

47. Спайнк, Г. Rhizobiaceae. Молекулярная биология бактерий, взаимодействующих с растениями. / Г. Спайнк, А. Кондороши, П. Хукас // Бионт. ISBN: 9780792351801 - 2002. - с. 558.

48. Титок, В.В. Цветоводство: история, теория, практика / В.В. Титок и соавт. // Материалы VII Международной научной конференции (24-26 мая 2016, Минск, Беларусь) / редкол. - Минск: Конфидо, - 2016. - 411 с.

49. Трейвас, Л. Болезни и вредители роз. / Л. Трейвас // Атлас -определитель. Фитон+, ISBN 978-5-93457-289-2. - 2010. - C 194.

50. Ходыкина, М.В. Новая бактериальная болезнь тепличного огурца / М.В. Ходыкина, Э.Ш. Пехтерева, Е.И. Кырова, С.В. Виноградова, А.К. Ахатов, В.Н. Юваров, И.П. Борисова, А.Н. Игнатов // Гавриш. -2014. -

№ 3. - С. 24-29.

51. Ходыкина, М.В. Бородатость корней тепличного огурца в России / М.В. Ходыкина, Э.Ш. Пехтерева, Е.И. Кырова, С.В. Виноградова, А.К. Ахатов, В.Н. Юваров, И.П. Борисова, А.Н. Игнатов // Защита картофеля. -2014. -№2. - с. 108-111

52. Ходыкина, М.В. Антибактериальная активность антибиотиков в сочетании с препаратом серебра Зерокс® против возбудителей ряда бактериозов растений/ М.В. Ходыкина, В. А. Политыко, Е.И. Кырова, Ю.А. Крутяков, П.М. Жеребин, А.Н. Игнатов // Защита картофеля. -2014. -№2. - С. 83-86.

53. Чумаков, А.Е. Основные методы фитопатологических исследований / А.Е. Чумаков // Колос. - 1974. - 190 с.

54. Шпаар, Д. Бактериозы культурных растений / Д. Шпаар, Г. Клейнхемпель, Г. Мюллер, К. Науманн // Справочная книга (пер. Попковой К.В.) - М.: Колос. - 1980. - С. 111-112.

55. Kado, C.I. Promiscuous DNA transfer system of Agrobacterium tumefaciens: role of the virB operon in sex pilus assembly and synthesis / C.I. Kado // Molecular Microbiology. - 1994. - 12(1). - Р. 17-22.

56. Agric, J. Food Chem / J. Agric// - 2001. - 49 (8). - Р. 3746-3752.

57. Alazard, D. Nitrogen fixation in pure culture by rhizobia isolated from stem nodules of tropical Aeschynomene species / D. Alazard // FEMS Microbiol Let. -1990. - t 68. - P. 177-182.

58. Allardet-Servent, A. et al. Presence of one linear and one circular chromosome in the Agrobacterium tumefaciens C58 genome / A. Allardet-Servent // J Bacteriol. - 1993. - 175(24):7869. Р.74.

59. Almeida, N.F. PAMDB, a multilocus sequence typing and analysis database and website for plant-associated microbes // N. F. Almeida, S. Yan, R. Cai, C. R. Clarke, C. E. Morris, N. W. Schaad, & J. A. Castillo// Phytopathology. - 2010. - 100(3). Р. 208-215.

60. Anderson, A.R. Host specificity in the genus Agrobacterium / A. R. Anderson and L.W. Moore //Phytopathology. - 1979. - P. 320-323.

61. Banta, L. Stability of the Agrobacterium tumefaciens VirB1O protein is modulated by growth temperature and periplasmic osmoadaption / L. Banta, M.J. Bohne, and S.D. Lovejoy // J. Bacteriol. - 1998. - P. 6597-6560.

62. Bazzi, C. Biological control of Agrobacterium vitis using non-tumorigenic agrobacteria vitis / C. Bazzi et al. // - 1999. -38 (1). - P. 31-35.

63. Bemaerts, M. J. A biochemical test for crown gall bacteria / M. J. Bemaerts and J. de Ley // Nature. - 1963. - P. 406-407.

64. Bertani, G. Studies on lysogenesis. I. The mode of phage liberation by lysogenic Escherichia coli / G. Bertani // J. Bacteriol. - 1951. - P. 293-300.

65. Bosmans, L. Assessment of the genetic and phenotypic diversity among rhizogenic Agrobacterium biovar 1 strains infecting solanaceous and cucurbit crops / L. Bosmans et al. // FEMS microbiology ecology. - 2015. -C. 1-16.

66. Bouzar, H. Agrobacterium larrymoorei sp. nov., a pathogen isolated from aerial tumours of Ficus benjamina / H. Bouzar, J. B. Jones // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology - 2001. - T. 51. - №. 3. - C. 1023-1026.

67. Bouzar, H. Request for a Judicial Opinion concerning the type species of Agrobacterium / H. Bouzar // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1994. - P. 373-374.

68. Bouzar, H. Differential characterization of Agrobacterium species using carbon-source utilization patterns and fatty acid profiles / H. Bouzar, J. B. Jones and N. C. Hodge // Phytopathology. - 1993. - P. 733-739.

69. Bouzar, H. A new Agrobacterium strain isolated from aerial tumors on Ficus benjamina L. / H. Bouzar, W. S. Chilton, X. Nesme, Y. Dessaux, V. Vaudequin, A. Petit, J. B. Jones and N. C. Hodge // Appl. Environ. Microbiol. - 1995. - P. 65-73.

70. Bradbury, J. F. Guide to Plant Pathogenic Bacteria / J. F. Bradbury // Ferry

Lane, Kew, Surrey, England. CAB International. - 1986. - P. 332

71. Brisbane, P.G. Selective media for three biovars of Agrobacterium / P. G. Brisbane and A. Kerr // J. Appl. Bacteriol. -1983. - P. 425-431.

72. Bundock, P. Integration of Agrobacterium tumefaciens T-DNA in the Saccharomyces cerevisiae genome by illegitimate recombination / P. Bundock et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - Vol. 93. - P. 1527215275.

73. Burr, T.J. Survival and Tumorigenicity of Agrobacterium vitis in Living and Decaying Grape Roots and Canes in Soil / T.J. Burr et al. // Plant Dis. -1995. -79. - P. 677-682.

74. Burr, T. J. Use of Ti plasmid DNA probes for determining tumorigenicity of Agrobacterium strains / T. J. Burr, J. L. Norelli, B. H. Katz and A. L. Bishop // Appl. Env. Microbiol. - 1990. - P. 1782-1785.

75. Canfield, M.L. Unusual characteristics of Agrobacterium tumefaciens isolated from wild blackberry / M.L. Canfield and L.W. Moore // Phytopathology - 1989. - P. 1181.

76. Chaintreuil, C. Photosynthetic bradyrhizobia are natural endophytes of the African wild rice Oryza breviligulata / C. Chaintreuil, E. Giraud, Y. J. Prin, J. Lorquin, A. Ba , M. Gillis, P. de Lajudie & B. Dreyfus// Appl Environ Microbiol. - 2000. - P. 5437-5447.

77. Chilton, M. D. T-DNA from Agrobacterium is in the nuclear DNA fraction of crown gall tumor cells / M.D. Chilton, R.K. Saiki, N. Yadav, M.P. Gordon and F. Quetier // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1980. - P. 4060-4064.

78. Clark, A. G. A selective medium for the isolation of Agrobacterium species / A. G. Clark // J. Appl. Bacteriol. - 1969. - 32. - P. 348-351.

79. Cleene, M. The host range of crown gall / M. Cleene and J. Deley // Bot. Rev. - 1976. -42. - P. 389-466.

80. Costechareyre, D. Rapid and efficient identification of Agrobacterium species by recA allele analysis: Agrobacterium recA diversity / D.

Costechareyre, A. Rhouma, C. Lavire, P. Portier, D. Chapulliot, F. Bertolla, A. Boubaker, Y. Dessaux & X. Nesme // Microb Ecol. - 2010. - 60. - P. 862-872.

81. Coutinho, T. A. Pantoea ananatis: an unconventional plant pathogen / T. A. Coutinho & S. N Venter // Molecular Plant Pathology. - 2009. - 10(3). - P. 325-335.

82. Cruz, A.T. Pantoea agglomerans, a Plant Pathogen Causing Human Disease / A.T. Cruz, A. C. Cazacu, C. H. Allen// Journal of Clinical Microbiology. - 2007. - 45 (6) doi: 10.1128/JCM.00632-07

83. De Oliveira Costa, L.E. Isolation and characterization of endophytic bacteria isolated from the leaves of the common bean (Phaseolus vulgaris) / L.E. De Oliveira Costa, M.V. de Queiroz, A.C. Borges, C.A. de Moraes, E.F. de Araujo // Braz J Microbiol. - 2012. - Oct.43(4). - P. 1562-75.

84. Deakin, W.J. Symbiotic use of pathogenic strategies: rhizobial protein secretion systems / W.J. Deakin, W.J. Broughton // Nat Rev Microbiol. -2009.- 7. - P. 312-320.

85. Denison, R.F. Legume sanctions and the evolution of symbiotic cooperation by rhizobia / R.F. Denison // The Amer. Naturalist. - Vol. 156. - 2000. - P. 567-576.

86. Denison, R. F. Lifestyle alternatives for rhizobia: mutualism, parasitism and forgoing symbiosis / R.F. Denison, E.T. Kiers // FEMS Microbiol. Lett. -2004. - Vol. 237. - P. 187-193.

87. Dikinson, M. Molecular Plant Pathology / M. Dikinson // Published by BIOS Scientific publishers. - 2003. - P. 256.

88. Djordjevic, M. A. Rhizobium - The refined parasite of legumes / M. A. Djordjevic, D. W. Gabriel and B. G. Rolfe // Annu. Rev. Phytopathol. -1987. - 25. - P. 145-168.

89. Duckely, M. The VirE2 protein of Agrobacterium tumefaciens: the Yin and Yang of T-DNA transfer / M. Duckely, B. Hohn // Vol. 223. - Issue 1. - 6. -

2003. - P. 1-6.

90. Dutkiewicz, J. Pantoea agglomerans: A mysterious bacterium of evil and good. Part III. Deleterious effects: Infections of humans, animals and plants. / J. Dutkiewicz, B. Mackiewicz, M. Kinga Lemieszek, M. Golec, J. Milanowski //Annals of Agricultural and Environmental Medicine. - 2016. -23 (2). - P. 197-205.

91. Eaglesham, A. R. J. Aerial stem nodules on Aeschynomene spp. / A. R. J. Eaglesham & A. A. Szalay // Plant Sci Lett. - 1983. - 29. - P. 265-272.

92. Egamberdieva, D. Iidole -acetic acid production by root associated bacteria and its role in plant growth and development In: Auxins: Structure, Biosynthesis and Functions / D. Egamberdieva // Nova Science Publishers -2011. ISBN: 978-1-62100-504-9

93. Egorova, E. M. Biological effects of silver nanoparticles / E. M. Egorova // Silver nanoparticles: Properties, Characterization and Applications / E.M. Egorova // (Ed. by Audrey E. Welles).-Nova Science Publishers-New York. - 2010.-P. 221-258.

94. Evans, W. R. Bacteriochlorophyll and photosynthetic reaction centers in Rhizobium strain BTAi 1 / W. R. Evans, D. E. Fleischman, H. E. Calvert, P. V. Pyati, G. M. Alter & N. S. Rao // Appl Environ Microbiol. - 1990. - 56. -P. 3445-3449.

95. Faist, H. Crown galls of grapevine (Vitis vinifera) host distinct microbiota / H. Faist, A. Keller, U. Hentschel & R. Deeken //Applied and Environmental Microbiology. - 2016. - AEM-01131.

96. Farrand, S. K. Agrobacterium is a definable genus of the family Rhizobiaceae / S. K. Farrand, P. B. Van Berkum, & P. Oger, // Int J. Syst Evol Microbiol. - 2003. - 53. - P. 1681-1687.

97. Felsenstein, J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap. / J. Felsenstein // Evolution. - 1985. - 39. P. 783-791.

98. Fleischman, D. Photosynthetic rhizobia / D. Fleischman & D. Kramer//

Biochim Biophys Acta. - 1998. - 1364. - P 17-36.

99. Frenkiel-Krispin, D. Plant Transformation by Agrobacterium tumefaciens modulation of single stranded DNA-VirE2 complex assembly by VirE1 / D. Frenkiel-Krispin // JBC Papers. - 2006. - DOI 10.1074/jbc.M605270200

100. Garcia-Rodriguez, F.M. The Agrobacterium VirE3 effector protein: a potential plant transcriptional activator. / F.M. Garcia-Rodriguez, B. Schrammeijer, P.J. Hooykaas // Nucleic Acids Res. - 2006. - 34. - P. 64966504.

101. Gelvin, B. et al Agrobacterium - Mediated Plant Transformation: the Biology behind the «Gene-Jockeying» / B. Gelvin et al // Microbiology and molecular biology reviews. - 2003. - P. 16-37.

102. Giraud, E. Nitrogen-fixing symbiosis between photosynthetic bacteria and legumes / E. Giraud & D. Fleischman // Photosynth Res. - 2004. - 82. P. 115-130.

103. Giraud, E. Effect of Bradyrhizobium photosynthesis on stem nodulation of Aeschynomene sensitive / E. Giraud, L. Hannibal, J. Fardoux, A. Vermeglio & B. Dreyfus // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2000. -97. - P. 14795- 14800.

104. Giraud, E. Legumes symbioses: absence of Nod genes in photosynthetic bradyrhizobia / E. Giraud, L. Moulin, D. Vallenet, V. Barbe, E. Cytryn, J. C. Avarre, M. Jaubert, D. Simon, F. Cartieaux // Science. - 2007. - 316. - P. 1307-1312.

105. Glaeser, S.P. Multilocus sequence analysis (MLSA) in prokaryotic taxonomy / S.P. Glaeser, P. Kämpfer //Systematic and applied microbiology.-2015.-T. 38.-№. 4.-P. 237-245.

106. Goodner, B. Genome Sequence of the Plant Pathogen and Biotechnology Agent Agrobacterium tumefaciens C58 / B. Goodner, G. Hinkle, S.Gattung, N. Miller et al // Science. - 2001. - 294. - P. 2323-2328.

107. Gould, J. Transformation of Zea mays L. Using Agrobacterium tumefaciens and the Shoot / J. Gould et al. //Plant Physiology February. -

1991. - vol. 95. - № 2 - R 426-434.

108. Haas, J. H. Universal primers for detection of pathogenic Agrobacterium strains / J. H. Haas, L. W. Moore, W. Ream, and S. Manulis //Appl. Environ. Microbiol. - 1995. - 6. - R. 2879-2884.

109. Hall, T.A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT / T.A. Hall // Nucl. Acids. Symp. Ser. - 1999. - 41- R. 95- 98.

110. Hayward, A. C. Characteristics of Pseudomonas solanacearum / A. C. Hayward// J. Appl. Bacteriol. - 1964 - 27 - R. 265-277.

111. Hendrickson, A.A. Studies on certain physiological characters of Phytomonas tumefaciens, Phytomonas rhizogenes and Bacillus radiobacter / A. A. Hendrickson , I. L. Baldwin and A. J. Riker // J. Bacteriol. - 1934. -28. - R. 597-618.

112. Hevesi, M. Contribution to the mechanism of infection of Erwinia uredovora, a parasite of rust fungi / M. Hevesi and S.F. Mashaal // Acta Phytopath. Hung. - 1975. - R. 275-280.

113. Hildebrand, D.C. Bacterial enhancement of self-limiting outgrowth formation on Datura / D.C. Hildebrand, J.P. Thompson and M.N. Schroth // Phytopathology - 1966. - 56. - R. 365-366.

114. Hirsch, P. Blastobacter aggregatus sp. nov., Blastobacter capsulatus sp. nov., and Blastobacter denitrificans sp. nov., new budding bacteria from freshwater habitats / P. Hirsch & M. Muller // Syst Appl Microbiol. - 1985. - 6. R. 281-286.

115. Holmes, B. The classification, identification and nomenclature of agrobacteria / B. Holmes and P. Roberts // J. Appl. Bacteriol. - 1981. - 50. -r. 443-467.

116. Hosni, T. Sharing of quorum-sensing signals and role of interspecies communities in a bacterial plant disease / T. Hosni, C. Moretti, G. Devescovi, Z.R. Suarez-Moreno, M.B. Fatmi, C. Guarnaccia, S. Pongor, A.

Onofri, R. Buonaurio, V. Venturi // ISME J. - 2011. - 5. Р. 1857-1870.

117. Huang, S. The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. / Huang, S. et al. // Nature genetics.-2009.-T. 41.-№. 12.-Р. 1275-1281.

118. Huang, H.C. Biology and epidemiology of Erwinia rhapontici, causal agent of pink seed and crown rot of plants. / H.C. Huang, T.F. Hsieh and R.S. Erickson // Plant Pathol. Bull. - 2003. - 12. - Р. 69-76.

119. Ignatov, A.N. of microorganisms in hydroponic system of cucumber in response to Agrobacterium bv1 (root mat) infection / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, K.A. Kromina & F.S.U Dzhalilov // - 2017. - SUITMA 9.

120. Ignatov, A.N. First Report of Agrobacterium vitis Causing Crown Galls of Wine Grape in Russia / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, S.V. Vinogradova, V.A. Polityko, K.P. Kornev and E.S. Mazurin // Plant Dis. 100:1, 2016; published online as http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-09-15-1101-PDN, WOS IF=3.02

121. Ignatov, A.N. First Report of Rhizogenic Strains of Agrobacterium biovar1 Causing Root Mat of Cucumber and Tomato in Russia. / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, S.V. Vinogradova, V.A. Polityko, V.G. Plyuschikov, K.P. Kornev // Plant Diseases. 2016. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-11-15-1382-PDN

122. Ignatov, A.N. «Crazy roots» of vegetables in Russia, Europe and Asia -epidemics, diagnostics, protection / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, K. A. Kromina, E.N. Pakina // Картофель и овощи. - 2016. -№3. - С. 24-29.

123. Ignatov, A.N. First report of Serratia marcescens causing yellow wilt disease on sunflower in Russia / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, V.A. Polityko, M.V. Sukhacheva// New Disease Reports 33, 8.2016. [http ://dx.doi.org/10.5197/j.2044-0588.2016.033.008]

124. Ignatov, A.N. «Root mat» on hydroponic vegetables in Russia: epidemics and protection. / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, K.A. Kromina // Proceedings of UK PlantSci 2016 Conference. 10-1/04/2016. Norwich. PCS2015/0000489

125. Ignatov, A.N. Genetic Diversity of Agrobacterium radiobacter bv1 Causing Root Mat in Russia / A.N. Ignatov, M.V. Khodykina, K.A. Kromina, P.A. Dokukin, E.N. Pakina // Proceedings of Microbe 2016. Conference of AMS. 2016-LB-6645-MICR0BE

126. Jianjian, Qi A genomic variation map provides insights into the genetic basis of cucumber domestication and diversity / Jianjian Qi, Xin Liu et al. // Nature Genetics - 2013. - 45. - R. 1510-1515. doi: 10.1038/ng.2801

127. Jianxiong, L. Involvement of KU80 in T-DNA integration in plant cells. / L. Jianxiong et al. // PNAS. - 2005. - vol. 102. - № 52. - R. 19231-19236.

128. Jones, J.B. Systemic movement of Agrobacterium tumefaciens in symptomless stem tissue of Chrysanthemum morifolium. / J. B. Jones and B. C. Raju // Plant Dis. - 1988. - 72. - R. 51-54.

129. Jouanin, L. Restriction map of an agropine-type Ri plasmid and its homologies with Ti plasmids / L. Jouanin // Plasmid. - 1984. - 12. - R. 91102.

130. Judicial commission: Minutes of the Meetings, 2 and 6 July 1994, Prague, Czech Republic. Int. / Judicial commission // J. Syst. Bacteriol. - 1995. - 45. - R. 195-196.

131. Kado, E.I. Selective media for isolation of Agrobacterium, Coryne bacterium, Erwinia, Pseudomonas, and Xanthomonas / E. I. Kado and M. G. Heskett // Phytopathology. - 1970. - 60. - R. 969-976.

132. Kauffman, M. Isolation of Agrobacterium vitis from grapevine propagating material by means of PCR after immunocapture cultivation. Vitis / M. Kauffman , H.H. Kassemeyere and L. Otten // - 1996. - 35. -151-153.

133. Keane, P. J. Crown gall of stone fruit. II. Identification and nomenclature of Agrobacterium isolates / P. J. Keane, A. Kerr & R. B. New // Aust J Biol Sci. - 1970. - 23. - R. 585-595.

134. Kelly, B.A. Agrobacterium-mediated T-DNA transfer and integration into

the chromosome of Streptomyces lividans / B.A. Kelly, C.I. Kado // Mol Plant Pathol. - 2002. - 3. - Р. 125-134.

135. Kennedy, B.W. Estimates of U.S. crop losses to procaryote plant pathogens / B.W. Kennedy // Plant Dis. - 1980. - 647. - Р. 674-676.

136. Kerr, A. Biotypes of Agrobacterium radiobacter var. tumefaciens and their biological control / A. Kerr and C.G. Panagopoulos // Phytopathology. -1977. - Р. 172-179.

137. Kersters, K. Genus Agrobacterium / K. Kersters & J. De Ley // In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. - 1984. - vol. 1. - Р. 361-373.

138. Kersters, K. Genus 3. Agrobacterium Conn 1942. / K. Kersters & J. De Ley // Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. - vol. 1. - 1984. - Р. 244-254.

139. Kersters, K. Identification and grouping of bacteria by numerical analysis of their electrophoretic protein patterns. / K. Kersters & J. De Ley // J. Gen. Microbiol. - 1975. -Р. 333-342.

140. Khodykina, M.V. Genetic diversity in pectolityc strains of enterobacteria isolated from potato and vegetables in Russia / M.V. Khodykina, Vo Thi Ngoc Ha, A.P. Kabanova, K.A. Miroshnikov, V.A. Polityko, E.Sh. Pekhtereva, N.W. Schaad, A.N. Ignatov // Защита картофеля. - 2016, - № 2. - с. 3-9.

141. King, E.O. et al Two simple media for the demonstration of pyocyanin and fluorescin. / E.O. King et al // J Lab Clin Med. - 1954. - 44(2). - Р. 301-7.

142. Krishnamohan Efficient vir gene induction in Agrobacterium tumefaciens requires virA, virG, and vir box from the same Ti plasmid / Krishnamohan, Atmakuri, V. Balaji, K. Veluthambi // Journal of Bacteriology. - 183 (13). -2001. - Р. 4079-4089. ISSN 0021-9193

143. Kumar, S. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets / S. Kumar, G. Stecher and K. Tamura // Molecular Biology and - 2016. Evolution 33:1870-1874.

144. Kunik, T. Genetic transformation of HeLa cells by Agrobacterium / T. Kunik, Т. Tzfira, Y. Kapulnik, Y. Gafni, С. Dingwall, V. Citovsky // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2001. 98:1871-1876.

145. Lal The T-Pilus of Agrobacterium tumefaciens / Lal, Erh-Min, Kado, I. Clarence // Trends in Microbiology. - 2000. - 8 (8). - Р. 361-369. doi:10.1016/s0966-842x(00)01802-3.

146. Lang, J. Functions and regulation of quorum sensing in Agrobacterium tumefaciens / J. Lang, D. Faure // Front Plant Sci. - 2014. - 5:14. - doi: 10.3389/fpls.2014.00014.

147. Lan-Ying Lee T-DNA Binary Vectors and Systems / Lan-Ying Lee and Stanton B. Gelvin // Plant Physiology, February - 2008. - Vol. 146. - Р. 325-332.

148. Larkin, M.A. Clustal W and Clustal X version 2.0. / M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.D. Thompson, T.J. Gibson, D.G. Higgins // Bioinformatics - 2007. - Р. 2947-2948.

149. Lehoczky, J. Spread of Agrobacterium tumefaciens in the vessels of the grapevine after natural infection / J. Lehoczky // Phytopath. - 1968. - Р. 239-246.

150. Lippincott, J. A. Tumor-initiation ability and nutrition in the genus Agrobacterium / J. A. Lippincott and B.B. Lippincott // J. Gen. Microbiol. -1969. - Р. 57-75.

151. Mahapatra, A. Enterobacter cloacae: A predominant pathogen in neonatal septicaemia / A. Mahapatra, S.K. Ghosh, S. Mishra, D. Pattnaik, K. Pattnaik, S.K. Mohanty // Indian J Med Microbiol. - 2002. - Р. 110-112.

152. Manulis, S. Pantoea agglomerans pv. gypsophilae and betae, recently evolved pathogens / S. Manulis, I. Barash //Molecular plant pathology.-2003.-Т. 4.-№. 5.-Р. 307-314.

153. Martens, M. Multilocus sequence analysis of Ensifer and related taxa / M.

Martens, M. Delaere, R. Coopman, P. De Vos, M. Gillis & A. Willems // Int J Syst Evol Microbiol. - 2007. - P. 489-503.

154. Matveeva, T.V. Hormonal control of tumor formation in radish / T.V. Matveeva, N.V. Frolova, R. Smets et al. // J. Plant Growth Regulation. -2004. - V. 23. - P. 37-43.

155. Matveeva, T.V. Search for T-DNA-Like Sequences in Plant Genomes, Using Real-Time PCR with Degenerate Primers and Probe / T.V. Matveeva, L.A. Lutova, D.I. Bogomaz // Biotechnology in the Agriculture and Food Industry. Ed. Zaikov G. E. New York, Nova Science Publishers. - 2006. - P. 101-104.

156. Matveeva, T.V. Horizontal gene transfer from Agrobacterium to the plant Linaria in nature / T.V. Matveeva, D.I. Bogomaz, O.A. Pavlova et al. // Mol. Plant Microbe Interact. - 2012. - Vol. 25. - P. 1542-1551.

157. Menkissoglu-Spiroudi, U. Hypervalent iodine compounds as potent antibacterial agents / U. Menkissoglu-Spiroudi, K. Karamanoli, S. Spyroudis // J.agr.Food, Chem. against ice nucleation active (INA) Pseudomonas syringae. - 2001. - Vol.49. - № 8. - P. 3746-3752.

158. Miche, L. Diversity analyses of Aeschynomene symbionts in Tropical Africa and Central America reveal that nod-independent stem nodulation is not restricted to photosynthetic bradyrhizobia / L. Miche, L. Moulin, C. Chaintreuil, J.L. Contreras-Jimenez, J.A. Munive-Hernändez, M. Del Carmen Villegas-Hernandez, F. Crozier, G. Bena // Environ Microbiol. -2010. - 2152-2164.

159. Molouba, F. Photosynthetic bradyrhizobia from Aeschynomene spp. are specific to stem-nodulated species and form a separate 16S ribosomal DNA restriction fragment length polymorphism group / F. Molouba, J. Lorquin, A. Willems, B. Hoste, E. Giraud, B. Dreyfus, M. Gillis, P. de Lajudie & C. Masson-Boivin // Appl Environ Microbiol. - 1999. - P. 3084-3094.

160. Montecchia, M.S. Analysis of genomic diversity among photosynthetic

stem-nodulating rhizobial strains from northeast Argentina / M. S. Montecchia, N. L. Kerber, N. L. Pucheu, А. Perticari & F. Garca // Syst Appl Microbiol. - 2002. - Р. 423-433.

161. Moore, L.W. Crown Gall Disease of Nursery Crops / L.W. Moore // Pacific Northwest Plant Disease Management Handbook URL: https://pnwhandbooks.org/node/409 (дата обращения: 28.07.2017).

162. Moore, L.W. Biology of Agrobacterium tumefaciens plant interactions. Biology of the Rhizobiaceae / L. W. Moore and D. A. Cooksey // Academic Press, New York - 1981. - Р. 15-46.

163. Moore, L.W. Research findings of crown gall and its control. / L.W. Moore // American Nurseryman. - 1976. - 144. - Р. 8-9.

164. Moore, L.W. Diversity of opines and opine-catabolizing bacteria isolated from naturally occurring crown gall tumors / L.W. Moore, W. S. Chilton, M. L. Canfield //Applied and Environmental Microbiology. - 1997. - 63(1). - Р. 201-207.

165. Mougel, C. Mathematical method for determining genome divergence and species delineation using AFLP / С. Mougel, J. Thioulouse, G. Perrievre & X. A. Nesme // Int J. Syst Evol Microbiol. - 2002. - 52. - Р. 573-586.

166. Murdoch, C.W. Bacterial species associated with wetwood of elm / C. W. Murdoch, R.J. Campana //Phytopathology. - 1983. - Т. 73. - №. 9. - Р. 1270-1273.

167. Nemeghaire, S. The ecological importance of the Staphylococcus sciuri species group as a reservoir for resistance and virulence genes / S. Nemeghaire, М.А. Argudin , А.Т. Febler, Т. Hauschild, S. Schwarz, & Р. Butaye // Veterinary microbiology. - 2014. - 171(3). - Р. 342-356.

168. New, P. B. A selective medium for Agrobacterium radiobacter Biotype 2. / P. B. New and A. J. Kerr // Appl. Bacteriol. - 1971. - 34. - Р. 233-23.

169. Noel, R. Krieg Bergey's Manual of Systematic Bacteriology / R. Krieg, James T. Staley, Daniel R. Brown et al // - Vol.4. - Springer. - 2010. - Р.

170. Nzoue, A. Multilocus sequence analysis of bradyrhizobia isolated from Aeschynomene species in Senegal / A. Nzoue, A. Klonowska, L. Miche, G. Laguerre, P. de Lajudie & L. Moulin //Syst Appl Microbiol. - 2009. - 32. -P. 400-412.

171. Ophel, K. Agrobacterium vitis sp. nov. for strains of Agrobacterium biovar3 from grapevines /K. Ophel and A. Kerr // Int. J. Syst. Bacteriol. -1990. - 40. - P. 236-241.

172. Otten, L. Phylogenetic relationships between Agrobacterium vitis isolates and their Ti plasmids / L. Otten, P. D. Ruffray A. E. Momol, M. T. Momol, and T. J. Burr. // Mol. Plant-Mirobe Interact. - 1996. - 9. - P. 782-786.

173. Parsons, T.J. Transformation of Poplar by Agrobacterium tumefaciens / T.J. Parsons et al //Nature Biotechnology. - 1986. - 4. - P. 533-536.

174. Patel, M. K. An improved method of isolating Pseudomonas tumefaciens. (Smith and Towsend) / M. K. Patel // Phytopathology. - 1926. - 16. - P. 577.

175. Patten, C.L. Role of Pseudomonas putida indoleacetic acid in development of the host plant root system / C.L. Patten & B.R. Glick // Applied and environmental microbiology. - 2002. - 68(8). - P. 3795-3801.

176. Pauli, O. Chemie der Pflanzenschutz- und Schadlingsbekampfungsmittel, B / O. Pauli // - 1976. - P. 99-259.

177. Perry, K.L. Characteristics of Ti plasmids from broad-host-range and ecologically specific biotype 2 and 3 strains for Agrobacterium tumefaciens / K. L. Perry and C. I. Kado // J. Bacteriol. - 1982. - 151. - 343-350.

178. Petrunia, I.V. Agrobacterium tumefaciens - Induced Bacteraemia Does Not Lead to Reporter Gene Expression in Mouse Organs / I.V. Petrunia, O.Y. Frolova, T.V. Komarova, S.L. Kiselev, V. Citovsky et al. // PLoS ONE. -2008. - 3(6). - e2352. doi:10.1371/journal.pone.0002352

179. Popoff, M.Y. Taxonomic position of Agrobacterium strains of hospital origin. / M. Y. Popoff, K. Kersters, M. Kiredjian, I. Miras & C. Coynault //

Ann Microbiol (Paris). - 1984. - 135. - R. 427-442.

180. Portier, P. Identification of genomic species in Agrobacterium biovar 1 by AFLP genomic markers / P. Portier, M. Fischer-Le Saux, C. Mougel, C. Lerondelle, D. Chapulliot, J. Thioulouse & X. Nesme // Appl Environ Microbiol - 2006. - 72. - R. 7123-7131.

181. Prithiviraj, B. Staphylococcus aureus pathogenicity on Arabidopsis thaliana is mediated either by a direct effect of salicylic acid on the pathogen or by SA dependent, NPR1 independent host responses / B. Prithiviraj, H.R. Bais, A.K. Jha, J. M. Vivanco //The Plant Journal. - 2005. -T. 42. - №. 3. - R. 417-432.

182. Provorov, N.A. Macro - and micro - evolution of bacteria in symbiotic systems / N. A. Provorov, N. I. Vorobyov, E.E. Andronov // Russian Journal of Genetics. - Vol. 44. - 2008. - P. 6-20.

183. Rivas, R. Multilocus sequence analysis of the genus Bradyrhizobium / R.Rivas, M. Martens, R. de Lajudie & A.Willems // Syst Appl Microbiol. -2009. - 32. - R. 101-110.

184. Rogel, M. A. Symbiovars in rhizobia reflect bacterial adaptation to legumes / M.A. Rogel, E. Ormeno-Orrillo & E. Martinez Romero // Syst Appl Microbiol. - 2011. - 34. - R. 96-104.

185. Rojas, A.M. Erwinia toletana sp. nov., associated with Pseudomonas savastanoi-induced tree knots. // A. M. Rojas, J. E. G. de los Rios, M. Fischer-Le Saux, R. Jimenez, R. Reche, S. Bonneau, M. McClelland // International journal of systematic and evolutionary microbiology. - 2004. -54(6). - R. 2217-2222.

186. Root, M. Glow in the dark biotechnology / M. Root // Bioscience. - 1988. - R. 745-747.

187. Roy, M. A medium selective for Agrobacterium tumefaciens biotype 3 / M. Roy and M. Sasser // Phytopathology - 1983. - 73. - R. 810.

188. Ruger, H.J. Marine star-shaped aggregate-forming bacteria:

Agrobacterium atlanticum sp. nov.; Agrobacterium meteori sp. nov.; Agrobacterium errugineum sp. nov., nom. rev.; Agrobacterium gelantinovorum sp. nov., nom. rev.; and Agrobacterium stellulatum sp. nov., nom. rev./ H. J. Ruger and M. G. Hofle // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1992. -42. - P. 133-143.

189. Saitou, N. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees / N. Saitou, M. Nei // Molecular Biology and Evolution. -

1987. Vol. 4. - issue 4. - P. 406-425.

190. Sawada, H. Studies on the classification and evolution of phytopathogenic bacteria of the genera Agrobacterium and Pseudomonas / H. Sawada //Journal of General Plant Pathology: JGPP. - 2014. - T. 80. - №. 6. - P. 519.

191. Sawada, H. Proposal for rejection of Agrobacterium tumefaciens and revised descriptions for the genus Agrobacterium and for Agrobacterium radiobacter and Agrobacterium rhizogenes / H. Sawada, H. Icki, H. Oyaizu and S. Matumoto // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1993. - 43. - P. 694-702.

192. Sawada, H. PCR detection of Ti and Ri plasmdids from phytopathogenic Agrobacterium stains / H. Sawada, H. Icki, and I. Matsuda // Appi. Environ. Microbiol. -1995. - 61. - P. 828-831.

193. Schaad, N.W. Laboratory guide for identification of plant pathogenic bacteria. Third Edition. Laboratory guide for identification of plant pathogenic bacteria / N. W. Schaad et al. //APS Press, 3340 Pilot Knob Road, St. Paul, MN, 55121-2097, USA. - 2001. - P. 1-373.

194. Schell J. The Ti-plasmid of Agrobacterium tumefaciens, a natural vector for the introduction of nif genes in plants / J. Schell, M. Van Montagu // Basic Life Sci. -1977. - 9. - 159-79.

195. Schmu Uing, T. Single genes from Agrobacterium rhizogenes influence plant development / T. Schmu Uing, J. Schell and A. Spena / EMBO J. -

1988. - 7. - P. 2621-2629.

196. Schroeder, B. K. First report of Enterobacter cloacae causing onion bulb rot in the Columbia Basin of Washington State / B. K. Schroeder, L. J. Du Toit, H. F. Schwartz // Plant Disease. - 2009. - T. 93. - №. 3. - P. 323.

197. Schroth, M.N. Isolation of Agrobacterium tumefaciens - A. radiobacter group from soil / M.N. Schroth, J.P. Thompson and D.C. Hildebrand // Phytopathology. - 1965. - 55. - P. 645-647.

198. Schuenzel, E.L. A multigene phylogenetic study of clonal diversity and divergence in North American strains of the plant pathogen Xylella fastidiosa / E.L. Schuenzel, M. Scally, R. Stouthamer & L. Nunney // Applied and environmental microbiology. - 2005. - 71(7). - P. 3832-3839.

199. Scott, E. A plant cell factor induces Agrobacterium tumefaciens vir gene expression (virulence gene expression/vir gene induction/plant-synthesized vir-inducing factor/bacterial-plant cell recognition) /E. Scott et al. // -1986. - Vol. 83. - P. 379-383.

200. Scott, E. Identification of the signal molecules produced by wounded plant cells that activate T-DNA transfer in Agrobacterium tumefaciens /E. Scott et al. // Nature. - 1985. - 318. - P. 624-629. doi:10.1038/318624

201. Simmons, J. S. A culture medium for differentiating organisms of typhoid-colon aerogenes groups and for islolation of certain fungi. / J. S. Simmons// J. Infect. Dis. -1926. - 39. - P. 209-214.

202. Slater, S.C. Genome sequences of three Agrobacterium biovars help elucidate the evolution of multichromosome genomes in bacteria / S.C. Slater et al. //Journal of bacteriology. - 2009. - T. 191. - №. 8. - P. 25012511.

203. So, R.B. Photosynthetic symbionts of Aeschynomene spp. form a cluster with bradyrhizobia on the basis of fatty acid and rRNA analyses / R.B. So, J. K. Ladha & J. P. W. Young // Int J Syst Bacteriol. - 1994. - 44. - P. 392403.

204. Stachel, S.E. Identification of signal molecules produced by wounded

plant cells that activate T-DNA transfer in Agrobacterium tumefaciens / S.E. Stachel, E. Messens, M. Van Montagu, P. Zambryski // Nature. - 1985. -318. - P. 624-630.

205. Stachel, S.E. Generation of single - stranded T-DNA molecules during the initial stages of T-DNA transfer from Agrobacterium tumefaciens to plant cells / S.E. Stachel, B. Timmerman , P. Zambryski // Nature. - 1986. - 322. - P. 706-712.

206. Stachel, S.E. Activation of Agrobacterium tumefaciens vir gene expression generates multiple single - stranded T-strand molecules from the pTiA6 T -region: requirement for 5 virD gene products. / S.E. Stachel, B. Timmerman , P. Zambryski // - 1987. - EMBO J. - P. 857-863.

207. Stachel, S.E. Agrobacterium tumefaciens and the susceptible plant cell: a novel adaptation of extracellular recognition and DNA conjugation. / S.E. Stachel, P. Zambryski // Cell. - 1986. - 47. - P. 155-157.

208. Stackebrandt, E. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology / E. Stackebrandt, B.M. Goebel // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1994. - T. 44. - №. 4. - P. 846-849.

209. Sugui, J.A. Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of Aspergillus fumigatus: an efficient tool for insertional mutagenesis and targeted gene disruption. / J.A. Sugui, Y.C. Chang, K.J. Kwon-Chung // Appl Environ Microbiol. - 2005. - 71(4). - P. 1798-1802.

210. Sundberg, C. VirEl Protein Mediates Export of the Single-Stranded DNA Binding Protein VirE2 from Agrobacterium tumefaciens into Plant / C. Sundberg et.al. // Cells Journal of bacteriology. - 1996. - P. 1207-1212.

211. Tamura, K. Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method / K. Tamura , M. Nei, and S. Kumar// Proceedings of the National Academy of Sciences (USA) - 2004. 101: 11030-11035.

212. Tarbah, F. A. Rapid detection of Agrobacterium tumefaciens in grapevine propagating material and the basis for an efficient indexing system / F. A. Tarbah and R. N. Goodman // Plant Dis. - 1986. - 70. - R. 566-568.

213. Tzvi, Tzfira Site-Specific Integration of Agrobacterium tumefaciens T-DNA via Double-Stranded Intermediates / Tzvi Tzfira et al. // Plant Physiology. - 2003. - Vol. 133. - R. 1011-1023.

214. Van Berkum, P. Proposal for combining Bradyrhizobium spp. (Aeschynomene indica) with Blastobacter denitrificans and to transfer Blastobacter denitrificans (Hirsch and Muller, 1985) to the genus Bradyrhizobium as Bradyrhizobium denitrificans (comb. nov.) /R. Van Berkum, J.M. Leibold & B.D. Eardly // Syst Appl Microbiol 29. - 2006. - R. 207-215.

215. Van Berkum, P. Nonpigmented and bacteriochlorophyll-containing bradyrhizobia isolated from Aeschynomene indica. / R. Van Berkum, R.E. Tully & D.L. Keister// Appl Environ Microbiol. - 1995. - 61. - R. 623-629.

216. Van Larebeke, N. Acquisition of tumor-inducing ability by non-oncogenic agrobacteria as a result of plasmid transfer / N. Van Larebeke, C. Genetello J. Schell R.A. Schil-eroort, A. K. Hermans, M. P. Hemalsteens, and M. Van Montagu// Nature. - 1975. - 255. - R. 742-743.

217. Vaudequin-Dransart, V. The cryptic plasmid of Agrobacterium tumefaciens cointegrates with the Ti plasmid and cooperates for opine degradation. Molec. / V. Vaudequin-Dransart, A. Petit, W.S. Chilton, Y. Dessaux // Plant-microbe Interact. - 1998. -11. -R. 583-591.

218. Velazquez, E.Analysis of core genes supports the reclassification of strains Agrobacterium radiobacter K84 and Agrobacterium tumefaciens AKE10 into the species Rhizobium rhizogenes. / E. Velazquez, J. L. Palomo, R. Rivas, H. Guerra, A. Peix, M.E. Trujillo, R. Garca-Benavides, P. F. Mateos, H. Wabiko & E. MartnezMolina // Syst Appl Microbiol. - 2010. - 33. -R. 247-251.

219. Vidaver, A.K. Synthetic and complex media for the rapid detection of fluorescence of phytopathogenic pseudomonads: Effect of the carbon source. / A.K. Vidaver// Appl. Microbiol. - 1967. - 15. - P. 1523-1524.

220. Ward Agrobacterium VirE2 gtes the VIP1 treatment in plant nuclear import / Ward et al. // Trends in Plant Science. - 2002. -7 (1). - 1-3. doi:10.1016/s1360-1385(01)02175-6.

221. Weller, S.A.Detection of root mat associated Agrobacterium strains from plant material and other sample types by post-enrichment TaqMan PCR / S.A.Weller, D.E. Stead // Journal of Applied Microbiology. - 2002. - 92. - P. 118-126.

222. Weller, S.A. Rhizogenic Agrobacterium biovar 1 strains and cucumber root mat in the UK / S.A.Weller, D.E. Stead , T.M. O'Neill, D. Hargreaves, G.M. McPherson // Plant Pathology. - 2000. - 49. - P. 43-50.

223. Weller, S.A. Acquisition of an Agrobacterium Ri plasmid, and pathogenicity, by other alfa-Proteobacteria in cucumber and tomato crops affected by root mat / S.A.Weller, D.E. Stead , J.P.W. Young // Applied and Environmental Microbiology. - 2004. - 70. - P. 2779-85.

224. Willems, A. Philogenetic Analisys of rhizobia and agrobacteria based on 16s rRNA gene Sequences Int. / A. Willems and M. Collins // J.Syst. Bacteriol. -1993. - 43. - P. 305-13.

225. Willems, A. AFLP fingerprint analysis of Bradyrhizobium strains isolated from Faidherbia albida and Aeschynomene species / A. Willems, F. Doignon-Bourcier, R. Coopman, B. Hoste, P. de Lajudie & M. Gillis // Syst Appl Microbiol -2000. - 23. - P. 137-147.

226. Willems, A. DNA-DNA hybridization study of Bradyrhizobium strains. / A. Willems, F. Doignon-Bourcier, J. Goris, R. Coopman, P. de Lajudie, P. De Vos, & M. Gillis. // Int J Syst Evol Microbiol. - 2001. - 51. - P. 13151322.

227. Willems, A. In most Bradyrhizobium groups, sequence comparison of

16S-23S rDNA internal transcribed spacer regions corroborates DNA-DNA hybridizations / A. Willems, A. Munive, P. de Lajudie, & M. Gillis. // Syst Appl Microbiol. - 2003. - 26. - P. 203-210.

228. Williams International Committee on Systematics of Prokaryotes; subcommittee on the taxonomy of Agrobacterium and Rhizobium: minutes of the meetings, Gent, Belgium / Williams & Wilkins, K. Lindstro & J. P.W. Young // Int J Syst Evol Microbiol. - 2009. - 59. - P. 921-922.

229. Windels, P. T-DNA integration in Arabidopsis chromosomes. Presence and origin of DNA sequences / P. Windels, S. De Buck, E. Van Bockstaele et al. // Plant Physiol. - 2003. - V. 133. - P. 2061-2068.

230. Wood, D.W. The Genome of the Natural Genetic Engineer Agrobacterium tumefaciens C58. / D.W. Wood, J.C. Setubal, R. Kaul, D.E. Monks et al.// Science. - 2001. - 294. - P. 2317-2323.

231. Young, J.M. A revision of Rhizobium Frank 1889, with an emended description of the genus, and the inclusion of all species of Agrobacterium Conn 1942 and Allorhizobium undicola de Lajudie et al. 1998 as new combinations: Rhizobium radiobacter, R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola and R. vitis. / J.M.Young, L. D. Kuykendall, E. Martnez-Romero, A. Kerr & H. Sawada// Int J Syst Evol Microbiol. - 2001. - 51. - P. 89-103.

232. Young, J.M. Proposal that Agrobacterium radiobacter has priority over Agrobacterium tumefaciens. Request for an opinion / J.M. Young, S.R. Pennycook & D. R. Watson // Int J Syst Evol Microbiol. - 2006. -56. - P. 491-493.

233. Yurkov, V.V. Aerobic anoxygenic phototrophic bacteria / V.V. Yurkov & J.T. Beatty // Microbiol Mol Biol Rev. - 1998. - 62. - P. 695-724.

234. Zambryski, P. Ti plasmid vector for introduction of DNA into plant cells without alteration of their normal regeneration capacity / P. Zambryski et al. // EMBO J. - 1983. - 2. - P. 2143-2150.

235. Zhu, W.Y. A high-density genetic linkage map for cucumber (Cucumis

sativus L.): based on specific length amplified fragment (SLAF) sequencing and QTL analysis of fruit traits in cucumber / W.Y. Zhu et al. //Frontiers in plant science. - 2016. - Т. 7.

236. Zupan, J. The transfer of DNA from Agrobacterium tumefaciens into plants: a feast of fundamental insights. / J. Zupan, T.R. Muth, O. Draper, Р. Zambryski // Plant J. - 2000. - 23. - Р. 11-28.

237. Образовательно-научный портал по биологии и медицине (Электронный ресурс). http://medbiol.ru (дата обращения: 17.07.2014).

238. Сайт производителя СЗР (Электронный ресурс). http://pharmbiomed.ru (дата обращения: 10.05.2013).

239. Агроэкологический атлас России и сопредельных стран (Электронный ресурс). http://www.agroatlas.ru (дата обращения: 05.09.2014).

240. Служба сельскохозяйственных исследований США (Электронный ресурс). http://www.ars.usda.gov/ba/bhnrc/ndl. (дата обращения: 19.05.2014).

241. База данных систематики прокариотов (Электронный ресурс). http://www.bacterio.net (дата обращения: 12.03.2013).

242. Энциклопедия по номенклатуре таксонов растений (Электронный ресурс). http://www.theplantlist.org (дата обращения: 18.01.2014).

243. Международная база генетических данных (Электронный ресурс). https://www.ncbi.nlm.nih.gov (дата обращения: 17.04.2016).

244. Сайт производителя СЗР (Электронный ресурс). https://zerebra-agro.com (дата обращения: 10.02.2014).

245. Электронный журнал по микробиологии (Электронный ресурс). www.microbiologyresearch.org (дата обращения: 15.08.2015).