Генетическое разнообразие Francisella tularensis из природных очагов России тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Тимофеев, Виталий Сергеевич

• Тимофеев, Виталий Сергеевич
• кандидат наук
• 2015

Оглавление диссертации кандидат наук Тимофеев, Виталий Сергеевич

ВВЕДЕНИЕ..............................................................................................................................................................................4

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 27

1.1 Общие сведения о туляремийном микробе........................................................27

1.2 Таксономия и вирулентность рода Francisella....................................................32

1.3 Лабораторная диагностика F. tularensis..................................................................33

1.4 Внутривидовая дифференциация F. tularensis 34

1.4.1 Генотипирование F. tularensis............................................................................................36

1.4.2 Генетические основы основных биохимических различий подвидов F. tularensis..................................................................... 47

1.5 Заключение по обзору литературы....................................... 59

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ................................................................................62

ГЛАВА 2 ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ ТУЛЯРЕМИЙНОГО МИКРОБА............................................................................................................................................62

2.1 Генотипическая гетерогенность и географическое разнообразие штаммов F. tularensis из коллекции ГНЦ ПМБ по данным VNTR-типирования их ДНК по А. Johansson...................................... 62

2.2 Обнаружение F. tularensis subsp. mediasiatica на территории 70 Российской Федерации.........................................................

2.3 Определение минимального числа VNTR-локусов, позволяющего сохранить разрешающую способность MLVA.................... 75

2.4 Обсуждение и выводы........................................................ 76

ГЛАВА 3 ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ОСНОВ БИОХИМИЧЕСКИХ

РАЗЛИЧИЙ ПОДВИДОВ ТУЛЯРЕМИЙНОГО МИКРОБА........... 77

3.1 Изучение генетических детерминант ß-лактамазной активности F. tularensis........................................................................................ 77

3.1.1 Анализ распространененности генов ß-лактамаз и их последовательностей у штаммов разных подвидов F. tularensis................ 78

3.1.2 Изучение расположения генов ß-лактамаз в геноме штаммов разных подвидов F. tularensis................................................ 86

3.1.3 Изучение экспрессии генов ß-лактамаз в культурах

F. tularensis штаммов 15 НИИЭГ и 120 Дриг.................................. 89

3.1.4 Получение и оценка биологических свойств вариантов штамма F. tularensis 15 НИИЭГ с инактивированными генами ß-лактамаз............................................................................................. 89

3.1.5 Получение Дblal и ДЫаЗ мутантов F. tularensis 15 НИИЭГ с помощью плазмиды pGM5................................................... 90

3.1.6 Получение плазмиды pGM6........................................... 91

3.1.7 Получение А.Ыа2 мутантов F. tularensis 15 НИИЭГ с помощью плазмиды pGM6........................................................... 92

3.1.8 Оценка ростовых, патогенных и протективных свойств му-тантных шаммов 15ДЫа2 и 15ДЫа123................................. 93

3.1.9 Изучение экспрессии мРНК в штаммах с инактивированными генами ß-лактамаз............................................................... 95

3.1.10 Изучение чувствительности Р. ш1агепш к антибиотикам класса Р-лактамов............................................................... 95

3.1.11 Сравнение чувствительности к Р-лактамам штаммов

Б. Ш1аге1шз в зависимости от подвидовой принадлежности..... ..... 96

3.1.12 Определение чувствительности к антибиотикам штаммов

Р. Ш1агепз1з с инактивированными генами Р-лактамаз................. 101

3.1.13 Комплементация чувствительности к ампициллину плазми-дами, несущими маркер ампициллин-резистентности.................. 107

3.1.14 Изучение сравнительной Р-лактамазной активности

Р. шШгетгь зиЬэр тесИаз1аНса и Ио1агсНса...................................... 108

3.2 Изучение генетических основ цитруллинуреидазной активности Р. Ш1агею1$............................................................................ 116

3.2.1 Филогенетический анализ аминокислотных последовательностей гена цитруллинуреидазы у представителей рода Ргат1се11а и гетерологичных микроорганизмов с помощью алгоритма иРОМА 117

3.2.2 Сравнение нуклеотидных последовательностей генов цитруллинуреидазы штаммов туляремийного микроба разных подвидов 119

3.2.3 Сравнение аминокислотных последовательностей генов цитруллинуреидазы штаммов туляремийного микроба разных подвидов..................................................................................... 122

3.3 Выявление генетических особенностей, потенциально ответственных за устойчивость К ш1агеп$1$ эиЬэр. Ио1агсИса Ьу. II к эритромицину........................................................................... 126

3.4 Выявление генетических основ различной способности подвидов Р. Ы1агет1$ к сбраживанию сахарозы.................................... 128

3.5 Применение ПЦР для идентификации Р. ш1агет1$ и ее подвидовой дифференциации в смеси культур и клиническом материале 138

3.6 Изучение возможности одновременного применения прайме-ров комплементарных гену 1§,1С с праймерами сЬШ в тест-системе

для подвидовой идентификации Р. Ы1агет\$................................. 144

ЗАКЛЮЧЕНИЕ.................................................................................. 146

ВЫВОДЫ......................................................................................... 149

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ, УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ, СИМВОЛОВ,

ЕДИНИЦ И ТЕРМИНОВ..................................................................... 151

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ....................................... 153

СПИСОК РАБОТ ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ............ 164

ПРИЛОЖЕНИЯ................................................................................. 165

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическое разнообразие Francisella tularensis из природных очагов России»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность проблемы

Туляремия - зоонозная природно-очаговая особо опасная инфекция, возбудитель которой - Francisella tularensis - инфицирует более 250 видов животных и передается человеку множеством способов - прямым контактом с зараженным животным, приёмом внутрь контами-нированной воды и пищи, аэрогенным путем, а также через укусы клещей, мух и комаров. Возбудитель туляремии принадлежит к семейству Francisellaceae, роду Francisella [175]. Согласно принятой в настоящее время зарубежной классификации, в пределах вида F. tularensis выделяют четыре подвида туляремийного микроба: tularensis (то же, что и nearctica) - тип A, holarctica (то же, что и palaearctica) - тип В, mediasiatica и novicida. Подвид holarctica включает в себя три биологических варианта: japónica - японский биовар, биовар I Ery(S) (эритромицинчувстви-тельный) и биовар II Ery(R) (эритромицинрезистентный).

Степень патогенности различна у разных подвидов F. tularensis [56]. Наибольшей вирулентностью для человека обладает F. tularensis подвида tularensis (nearctica) - уровень смертности зараженных штаммами этого подвида людей без лечения достигает 60 % [69]. Генетические основы для высокой степени вирулентности до сих пор неизвестны. F. tularensis subsp. tularensis распространен в Северной Америке, однако публиковались данные о выделении штаммов этого подвида на территории Европы [92, 104]. Европейские изоляты F. tularensis в основном относятся к подвиду holarctica, и, хотя инфекция, вызванная штаммами F. tularensis subsp. holarctica очень контагиозна и вызывает тяжелую патологию, болезнь редко заканчивается смертельным для человека исходом [56]. На территории России встречается F. tularensis подвида holarctica представленного двумя биоварами - I Ery(S) и II Ery(R), циркуляция которых осуществляется главным образом среди грызунов и зайцеобразных. По поводу вирулентности встречающегося в средней азии среднеазиатского подвида F. tularensis - subsp. mediasiatica - опубликованы немногочисленные данные, свидетельствующие о способности этих бактерий вызывать инфекцию у человека и кроликов [144]. Возбудитель F. tularensis подвида novicida считается невирулентным для человека, единичные случаи выделения туляремийного микроба этого подвида от людей касались только лиц со сниженным иммунным статусом [117].

С учетом вышеизложенного, подвидовая идентификация культур F. tularensis, выделенных из клинических изолятов или объектов среды, является важнейшим этапом диагностики, так как обеспечивает предварительную оценку степени вирулентности и эпидемиологической опасности выделенной культуры.

Степень разработанности темы исследования

До настоящего времени внутривидовая дифференциация возбудителя туляремии традиционно основывается на различиях подвидов по ряду фенотипических признаков: - способности к сбраживанию сахарозы и глицерина, активности цитруллинуреидазы, р-лактамазной активности, чувствительности к эритромицину.

Подвидовые особенности метаболизма Р. шШгет'м могут быть связаны со множеством генетических причин - с утратой гена, обуславливающего признак, с его инактивацией, с нарушением его регуляции, однако данных об этом опубликовано очень мало.

В частности, известно, что резистентность бактерий к антибиотикам группы (3-лактамов обеспечивает фермент Р-лактамаза, активность которой (гидролиз лактамного кольца) диагностируют по цветной реакции в присутствии субстрата и хромогена [143, 136]. Публиковались данные о наличии у Р. 1и1агет'м двух Р-лактамаз, при этом среднеазиатский подвид Р. Ш1агет1$ не имеет лактамазной активности, однако резистентен к Р-лактамным антибиотикам. В научной литературе мы не нашли упоминаний о причинах этого противоречия и молекулярных механизмах редуцированной р-лактамазной активности Р. 1и1агеп.ч1.^ эиЬзр. тесИа.51аИса.

Точно также в доступной научной литературе отсутствуют данные о генетических механизмах и причинах внутривидовой вариабельности других биохимических свойств Р. 1и1агет1.ч, которые используют в качестве признаков, определяющих подвидовую принадлежность Р. 1и1агепн1ъ - таких как устойчивость к эритромицину, способность к сбраживанию сахарозы и глицерина, гидролизу цитруллина.

Современный уровень науки обозначает новые требования к диагностике инфекций, которые включают в себя знание молекулярно-генетических детерминант, обуславливающих видовые и внутривидовые различия возбудителей опасных инфекций.

В настоящее время для подвидовой дифференциации туляремийного микроба стали широко применяться методы молекулярного типирования: определение межгенных повторяющихся (ЕШС-РСЯ.) и внегенных палиндромных последовательностей (КЕР-РСЯ), применение универсальных (случайных) праймеров в системе КАРВ-РСИ. [151], анализ полиморфизма единичных нуклеотидов - ЗИР-типирование [147], МТУ А- типирование [105].

Результаты генотипирования являются базой для эпидемиологического расследования эпизоотий и вспышек туляремии среди населения, а также основой для совершенствования эффективных средств инфекционной диагностики и выбора оптимальных молекулярных мишеней для нового поколения диагностических методов. Каждый из методов имеет свои достоинства и недостатки, практическое использование многих ограничено сложностями методики, проблемами с воспроизводимостью и оценкой результатов.

Одним из наиболее успешных методов, применимых для внутривидового типирования микроорганизмов, в т.ч. и F. tularensis, является метод ML VA (Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis) - определение кратности вариабельных тандемных повторов того или иного локуса, позволяющий не только отнести исследуемый штамм к тому или иному подвиду, но и определить географический регион его происхождения. Так, в 2004 году A. Johansson с соавторами предложил схему MLVA-типирования штаммов туляремийного микроба на основе анализа 25 локусов, содержащих тандемные повторы, по которой им были оттипированы 192 изолята преимущественно Североамериканского и Северо-Европейского происхождения. В Российской Федерации A.C. Водопьянов [5] применил MLVA - типирование по четырем локу-сам для коллекции из 352 штаммов туляремийного микроба. Следует отметить, что качество подвидовой и штаммовой идентификации F. tularensis напрямую зависит от количества локус-ных вариабельных тандемных повторов. Так, при ML VA- типировании с использованием 25 локусов [105] 192 изолятов F. tularensis было выделено 120 индивидуальных генотипов, а MLVA-анализ 352 штаммов по четырем локусам позволил выделить всего 61 индивидуальный генотип.

Учитывая все вышесказанное, на настоящий момент изучение генетического разнообра- ■ зия штаммов F. tularensis, встречающихся на территории России, по методике, предложенной A. Johansson, а также изучение генетических детерминант, определяющих подвидовую дифференциацию F. tularensis является актуальной задачей диагностики туляремии.

Цели и задачи исследования

Цель исследования:

изучение генетического разнообразия туляремийного микроба методом MLVA-типирования и генетический анализ биохимических особенностей подвидов F. tularensis.

Задачи исследования:

1. Проведение MLVA-типирования штаммов туляремийного микроба из «ГКПМ-Оболенск»

2. Определение минимального набора локусов, позволяющего с высокой разрешающей способностью проводить MLVA-типирование.

3. Изучение генетических детерминант ß-лактамазной активности F. tularensis, способности к гидролизу цитруллина и сахарозы и устойчивости к эритромицину.

4. Конструирование и апробация праймеров и зондов для определения подвидовой принадлежности штаммов F. tularensis на основе выявленных генетических особенностей.

Научная новизнаисследования

По результатам МЬУА-типирования по 25 локусам установлены филогенетические связи 159 штаммов Р. Ш1агет18 из Государственной коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур "ГКПМ-Оболенск", среди которых выявлено 127 индивидуальных МЬУА25-генотипов. Определен минимальный набор из 17 УКТЯ-локусов, позволяющий в полном объеме сохранить достоверность получаемых данных о внутривидовой кластеризации штаммов .Г. ш1агет1Я. Выявлен кластер штаммов, объединяющих в своих МЬУА-профилях признаки, присущие как подвиду Ы1агет1$, так и подвиду Ио1агсйса.

Впервые показано, что на территории Российской Федерации циркулирует Р. Ы1агеп$18 эиЬзр. тесИа^1Ш1са.

Получены новые знания о наличии (3-лактамазной активности у .Р. 1и1агепн\н эиЬзр. те-(Лал1а11са.

Определены генетические детерминанты устойчивости к эритромицину у штаммов туля-ремийного микроба, относящихся к II типу голарктического подвида.

Выявлены генетические основы таких биохимических особенностей подвидов Р. 1и1агепн1н, как способность к к гидролизу цитруллина и сахарозы.

Теоретическая и практическая значимость исследования

Установлена распространенность Р. шШгетгя эиЬзр. тесИси1аИса на территории Южной Сибири и на основании анализа данных о географическом распространении штаммови их генетических особенностей предложена эволюционная модель возникновения и распространения среднеазиатского подвида Р. Ш1агет1$.

Сконструирована плазмида рОМб для целевой инактивации генов Р. 1и1агепн'т методом гомологичной рекомбинации с повышенной эффективностью.

В Государственную коллекцию патогенных микроорганизмов и клеточных культур ФБУН ГНЦ ПМБ («ГКПМ-Оболенск») депонированы авторские штаммы - Р. ш1агет1$ эиЬзр. коШгсНса 15 НИИЭГ АЫа2 с делетированным геном Ыа2, кодирующим функционально активную (3-лактамазу, и Р. ш1агет1х зиЬэр. ко1агсИса 15 НИИЭГ ДЫа123 с делетированными генами Ыа1, Ыа2 и ЫаЗ. Штаммы необходимы для изучения роли (3-лактамаз в устойчивости возбудителя туляремии к Р-лактамным антибиотикам, а также как модельные штаммы для генно-инженерных экспериментов с использованием плазмид, несущих в качестве маркера детерминанты устойчивости к Р-лактамным антибиотикам.

Создана система праймеров и зондов для дифференциации Р. Ш1агет1$ от других фран-циссел и определения подвидовой принадлежности (за исключением подвида тесИа$1аИса) штаммов Р. Ш1агет1з методом ПЦР-РВ.

Результаты исследований использованы для получения патента на изобретение: «Способ дифференцирования подвидов туляремийного микроба» №2478717 от 23.09.2011 (Оболенск, 2011), а также для составления методических рекомендаций «Проведение работ по характеризации изолятов РгапйзеПа Ыагет1$у> (Оболенск, 2013) и «Определение минимальной бактерицидной концентрации (МБК) антибиотиков для Р. ш1агеп$1$ колориметрическим методом» (Оболенск, 2015) учрежденческого уровня внедрения.

Методология и методы исследования

Методология исследований соответствовала поставленным задачам. Предметом исследования явилось изучение генетического разнообразия штаммов Р. Ш1агет18 из Государственной коллекции патогенных микроорганизмов и клеточных культур ФБУН ГНЦ ПМБ («ГКПМ-Оболенск»), а также молекулярно-генетическая характеристика подвидовых особенностей Р. Ш1агет15. Анализ научных источников по упомянутым проблемам проводился на основе формально-логических методов исследования. Планирование и проведение экспериментов проводилось на основе общенаучных и специфических методов.

Материалы Штаммы микроорганизмов

В работе были использованы штаммы Р. Ш1агет1$ и гетерологичных микроорганизмов из "ГКПМ-Оболенск». Все исследования со штаммами выполнялись в соответствии с санитарно-эпидемиологическими правилами [30, 31]. Перечень всех использованных штаммов представлен в таблицах 1 и 2.

Таблица 1 - Штаммы Р. Ш1агет1$ и Р. philomiragia, использованные для МЬУА-типирования

Название штамма Подвид Дата выде- Место выделения

ления

1-329 Ьо1агс1:юа 1974 Республика Бурятия

1-346 1ю1агс1юа 1978 Республика Бурятия

1-347 Ьо1агсйса 1978 Республика Бурятия

1-349 1ю1агс1:юа 2006 Читинская обл..

1-365 Ьо1агс1лса 1988 Республика Бурятия

1-367 1ю1агс1лса 1989 Читинская обл..

Название штамма Подвид Дата выделения Место выделения

1-373 holarctica 1990 Читинская обл..

1-382 holarctica 1991 Республика Бурятия

1-387 holarctica 2011 Новосибирская обл..

1-388 holarctica 2011 Новосибирская обл..

1045 holarctica 2011 Алтайский край

15 holarctica н/д Московская обл..

503/840 holarctica 1980 Московская обл..

С-4 holarctica 1976 Грузинская ССР

С-7 holarctica 1967 Ставропольский край

С-12 holarctica 1974 Ставропольский край

С-13 holarctica 1959 Ставропольский край

345 holarctica 1983 Мурманская обл..

543/6 holarctica 1966 Среднеазиатский ПЧИ

55 holarctica 1974 Среднеазиатский ПЧИ

С-22 holarctica 1987 Азербайджанская ССР

С-24 holarctica 1985 Грузинская ССР

С-26 holarctica 1986 Калмыцкая АССР

С-28 holarctica 1985 Калмыцкая АССР

С-30 holarctica 1986 Ставропольский край

С-31 holarctica 1986 Ставропольский край

С-34 holarctica 1989 Краснодарский край

С-36 holarctica 1990 Краснодарский край

С-38 holarctica 1991 ДАССР

319/358 holarctica 1920 Красноярский край

С-51 holarctica 2000 Краснодарский край

С-55 holarctica 2000 Краснодарский край

С-56 holarctica 2000 Краснодарский край

С-58 holarctica 1991 ДАССР

С-62 holarctica 2003 Краснодарский край

С-64 holarctica 2003 Краснодарский край

С-65 holarctica 2003 Краснодарский край

С-66 holarctica 2003 Республика Калмыкия

С-67 holarctica 2003 Республика Калмыкия

С-68 holarctica 2003 Ставропольский край

С-69 holarctica 2003 Ставропольский край

С-70 holarctica 2003 Ставропольский край

С71 holarctica 2003 Ставропольский край

С-72 holarctica 2003 Ставропольский край

С-76 holarctica 2003 Ставропольский край

С-77 holarctica 2003 Ставропольский край

С-80 holarctica 2004 Краснодарский край

С-81 holarctica 2004 Краснодарский край

С-82 holarctica 2007 Краснодарский край

С-84 holarctica 2007 Краснодарский край

С-85 holarctica 2007 Краснодарский край

1-305 holarctica 1972 Читинская обл..

384* holarctica 1946 Сталинградская обл.

2* holarctica 1964 Краснодарский край

155* holarctica 1949 Украина, Харьков

Название штамма Подвид Дата выделения Место выделения

«ОН»* holarctica 1954 Турция

«ГБ»* holarctica 1954 н/д

ВН 8859* holarctica 1958 США

824* holarctica 1961 Дагестанская АССР

457* holarctica 1961 Краснодарский край

46/6* holarctica 1942 Саратовская обл.

5-ground squirrels* holarctica 1945 Ростовская обл.

309* holarctica 1949 Украина, Полтавская обл.

0/284* holarctica 1959 США

«Biryuchiy»* holarctica 1962 Украина Херсонская обл.

503/840r* holarctica 1949 Московская обл.

lr* holarctica 1981 Ростов-на-Дону

34* holarctica 1981 Ростов-на-Дону

323* holarctica 1982 Украина, Черкасская обл.

250* holarctica 1988 Ростовская обл.

162* holarctica 1988 Ростовская обл.

16 b/sample №796* holarctica 1989 Ростовская обл.

72* holarctica 1989 Ростовская обл.

1* holarctica н/д н/д

38* holarctica 1987 Калмыцкая АССР

30* holarctica 1989 Украина, Крымская обл.

627* holarctica 1989 Украина, Крымская обл.

A-297(101)* holarctica 1985 Уральская обл.

A-299(472)* holarctica 1986 Казахская ССР

401* holarctica 1987 Казахская ССР

777* holarctica 1988 Уральская обл.

1203* holarctica 1987 Уральская обл.

1-364* holarctica 1988 Иркутская обл..,

1-365 R* holarctica 1988 Бурятская АССР

1-367 R* holarctica 1989 Красноярский край

3- 53* holarctica Н/Д ГДР

R121/81* holarctica н/д Швеция

R 8/88* holarctica Н/д Швеция

Kr-16* holarctica 1989 Чехословакия

Japonski Downs* holarctica н/д Болгария

Palacarctica holarctica н/д Болгария

Chatcauroux*

11* holarctica 1989 Ростовская обл.

13* holarctica 1989 Ростовская обл.

12* holarctica 1989 н/д

517* holarctica 1989 Ленинградская обл.

822* holarctica 1989 Украина, Одесская обл.

325* holarctica 1988 Калмыцкая АССР

134* holarctica 1989 Крымская обл.

Название штамма Подвид Дата выделения Место выделения

379* holarctica 1991 Ленинградская обл.

668* holarctica 1983 Молдавская ССР

45:ап* holarctica н/д н/д

989* holarctica 1990 Украина, Хмельницкая

обл.

М-48* holarctica 1986 Астраханская обл.

М-80* holarctica 1991 Татарская АССР

М-157* holarctica н/д Челябинская обл..

М-1354* holarctica 1988 Астраханская обл..

74* holarctica 1989 Московская обл..

84* holarctica 1977 Московская обл.

А-408(217)* holarctica 1978 Уральская обл.

1-288* holarctica 1975 Сахалинская обл.

1-311* holarctica 1972 Сахалинская обл.

1-346* holarctica 1972 Бурятская АССР

1238* holarctica 1977 Ростовская обл.

45* holarctica 2004 Краснодарский край

С-52(7)* holarctica 2000 Краснодарский край

96* holarctica 2004 Краснодарский край

179* holarctica 2002 Краснодарский край

М-24* holarctica 1980 Куйбышевская обл.

623* holarctica 1961 Краснодарский край

7 Ь/зашр1е №816* holarctica 1989 Краснодарский край

893* holarctica 1959 н/д

Х-1/23 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-1/25 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-10 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-2/26 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-3 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-3/23 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-3-2 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-4 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-7 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-7-2 holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-8К holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

Х-8М holarctica 2013 Ханты-Мансийский АО

9 holarctica

503 holarctica 1949 Московская обл..

21/400 holarctica 1949

1-282 holarctica 1971 Читинская обл..

Мшга holarctica bv. japónica 1975 Япония

^Бое holarctica bv. japónica 1974 Япония

ТэисЫуа * holarctica bv. japónica н/д Н/д

117 mediasiatica 1960 Среднеазиатский

НИПЧИ

120 mediasiatica 1968 Среднеазиатский

НИПЧИ

554 mediasiatica 2011 Алтайский край

678 mediasiatica 2011 Алтайский край

Название штамма Подвид Дата выделения Место выделения

823 mediasiatica 2011 Алтайский край

120(113)* mediasiatica 1965 Казахская ССР

150(31)* mediasiatica 1969 Казахская ССР

122* mediasiatica 1973 н/д

А-122 (543)* mediasiatica 1965 Казахская ССР

60 (Б-57)* mediasiatica 1960 Каракалпакская АССР

112 novicida 1955 США, Юта

320 novicida 1972 США

D9876* novicida-like 1977 США, Луизиана

8859 tularensis 1958 США

Schu tularensis 1941 США

В 399 tularensis 1972 США

Nevada 14* tularensis 1953 США

0-402* tularensis 1964 США, Мэриленд

0-328* tularensis 1935 Канада

F9693* F. philomiragia 1986 США, Массачусетс

* Штаммы, отмеченные звездочкой (*) представлены в коллекции лишь в виде препаратов хромосомной ДНК. Н/Д - нет данных.

Таблица 2 - Штаммы микроорганизмов, использованные для молекулярно-генетических

работ

Название Характеристика Источник или ссылка

F. tularensis subsp. holarctica Вакцинный штамм «ГКПМ-Оболенск»

15 НИИЭГ

F tularensis \5Ablal Производный вакцинного штамма 15 НИИЭГ с инактиви-рованным геном Ыа1 НИ

F. tularensis \ 5Abla2 Производный вакцинного штамма 15 НИИЭГ с инактиви-рованным геном Ыа2 НИ

F. tularensis 15 АЫаЗ Производный вакцинного штамма 15 НИИЭГ с инактиви-рованным геном ЫаЗ НИ

F tularensis \5Ablal3 Производный вакцинного штамма 15 НИИЭГ с инактиви-рованными генами Ыа1 и ЫаЗ НИ

F tularensis \5Ablal23 Производный вакцинного штамма 15 НИИЭГ с инактиви-рованными генами blal, Ыа2 и ЫаЗ НИ

F tularensis subsp. mediasiatica 120 Apur Производный природного штамма 120 с инактивирован-ным геном риг «ГКПМ-Оболенск»

E coli DH5a ¥~supE44 AlacUl69 ((p801acZAM15)/wdR17 (rk-mr) «ГКПМ-Оболенск» [Sambrook, 19891

Название Характеристика Источник или ссылка

гесА 1 9 endAl gyrА96 thi-I elA\

Bacillus anthracis СТИ-1 Вакцинный штамм «ГКПМ-Оболенск»

Yersinia pseudotuberculosis серотип 0:3 83 Природный штамм «ГКПМ-Оболенск»

Yersinia pestis subsp. pestis bv. orientalis EV Вакцинный штамм «ГКПМ-Оболенск»

Штаммы микроорганизмов, использованных для анализа т ъШсо, представлены в таблице 3.

Таблица 3 - Перечень штаммов, использованных для анализа т зШсо

Штамм Вид Подвид Номер аннотированного генома в базе данных ЫСВ1*

LVS F. tularensis holarctica ЫС 007880.1

0SU18 F. tularensis holarctica N0 008369.1

FSC200 F. tularensis holarctica ИС 019551.1

FTNF002-00 F. tularensis holarctica N0 009749.1

FSC147 F. tularensis mediasiatica N0 010677.1

SCHU S4 F. tularensis tularensis ЫС 006570.2

WY96-3418 F. tularensis tularensis N0 009257.1

FSC198 F. tularensis tularensis ИС 008245.1

U112 F. tularensis novicida N0 008601.1

3523 F. tularensis novicida N0 017449.1

Fxl F. tularensis novicida N0 017450.1

Toba 04 F. noatunensis orientalis N0 017909.1

АТСС 25017 F. philomiragia philomiragia N0 010336.1

* http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Francisella

Клеточные линии

Линия мышиных макрофагоподобных клеток 1744.А1 получена из Российской Коллекции Клеточных Культур, г. С.-Петергбург, Россия.

Плазмиды и праймеры

Таблица 4 - Список использованных в работе плазмид

Название Характеристика Источник или ссылка

pGM5 Атрг, Стг, Предоставлена Мокриевичем А.Н

pGM5/blal Атрг, Стг, 5асД содержит регион хромосомной ДНК .Р. ш1аге}15 НИИЭГ с делетированным геном Ыа1 НИ

pGM5 /ЫаЗ Атрг, Стг, яасД содержит регион хромосомной ДНК Р. 15 НИИЭГ с делетированным геном ЫаЗ НИ

pGM5 /ars Атрг, Стг, 5асД содержит регион хромосомной ДНК Р. tularensis 15 НИИЭГ с делетированным геном аги НИ

рОМб

Ашрг, Сшг, .ъасВ

НИ

рОМб/Ыа2 Атрг, Стг, насВ, содержит регион хромосомной ДНК НИ _К Ш1агет18 15 НИИЭГ с делетированным геном Ыа2_

Последовательности праймеров, использованных в работе и их целевое назначение при ведены в таблицах 5-8. Олигонуклеотидные праймеры и зонды, использующиеся в данной ра боте, были синтезированы биотехнологической компанией «Синтол» (г. Москва, Россия). Таблица 5 - Праймеры, использованные для МЬУА-типирования Локус Последовательность прямого праймера 5'—>3' Последовательность обратного праймера5'—>3'

П-М1 ОАССТОСТСААСТТТАТТТААОТА

П-М2 ТТТАТСАТААООАТОАТТТААААСААААТА

РМУ13 СТТТТСАССТСТТОТСТССТАТСА

РМУИ ААААОООСОООТТАСТОАОО

РМИ5 ТАООСАТСАСАААСССТССТАТ

Рг-Мб ТТТТОООТТТТСТСТАААСАТТТСТА

РМЧ7 АТТСССТСАТТТОСАТОСТТО

Р1-М8 АСТААТСТАСССААССТААТА

РьМ9 ААООАССТАТТТТТАСАТСАОТ

РьМ10 СТТССССААССТААААТААТАОС

РЫИП АААССТАСААТСААСАТСТСАСААТ

Р1-М12 СССТАСАТСОТОСТОАТАСТАТСТТ

Р1-М13 ТТТОСААСТАСТАССТСТССАСАТ

РМУ114 АССОССАТСТТТТСТАТСАТА АТ

Рг-м 15 ОСАТОСАСАТСАОТСТСТАТСОСОТАОАТС

¥г-М\6 АООАААОСАТАСССААСАТТАТТ

РИМ 17 ССТАТАОСАОТАААТСТАСОСТСАА

Р1-М18 ААСАОССТТСАААССАССТТ

РММ19 ТССООТТСО АТАСОТОТТСО АТТ

Р1-М20 ССАТААСТТТТСАОАСААТТССТССАОАТ-ОАТС

¥Х-М2\ ССАСАССТАвССАСАССЛААТ

Р1-М22 СТСААААТСТСААОАТОАССААА-

ТАТТТСААТССТ

¥1-М23 ТОАОАТОТООААСТТТАТАООТТСАА

РММ24 АТАСОСТССТААТААТАТТССТОТСА

РМУ125 ОТООТСТТТТААОСОТСТТАОСААОСТСОАС

САСОАТТССТТСААСАТСАТА

ОСТТАААТСТСОСААТАССАТОТААТ

СААААОСААСАОСААААТТСАСААА

ОТАТСАААТАОСОСАААААТААСТОС

САОСТССААСТССОТСАТАС

СААТТСАОСОАААСССТАТСТТА

САОСТССААСТССОТСАТАС

САОСТССААСТССОТСАТАС

САОСТССААСТССОТСАТАС

САОСТССААСТССОТСАТАС

ГГСТТАТАТТААССТСАТСАОТТСАА ТТТА

ССТОСТАОААААСССАТАТТТАСАТ

ТТОАТАТТССАААТОАТСААОТТТТ

ААССТТААОТОАТАААТАТААСССАААА

ОАТАААООААТОТТТТААА-

ТААТОТОАТОТТТТОСАТС

ССАААОАТСОССОТОАТТ

АСАТАТСООТООАТСАСТАТСАА

САТААААТАСАОСТТСААТАААСААТСТТ

АООСООАОАТСТАООААССТТТ

ОАССОССАОТАТАТОСТТОАССТТОАСТСС

АОТТТООСОСОАОСТТААТ ООАОТТТТТТСТСОТССОСТОТТАОТОАТТТ

ТОТАААСТААААОАТААСТААТООСААТТТ АТТСАТТТАТАОАТОССТТТОТТАСС ОООТАСССАТСССАТАТОТААОТА-САААТОТАОС

Таблица 6 - Праймеры, использованные для получения мутантов /Warett.s7.s75 НИИЭГ с деле-тированными генами (3-лактамаз. Сайты рестрикции выделены подчеркиванием

Назва- ген- Последовательность 5'-3' Размер ампликона, п.о.

ние ми-

шень Исход- Мутант-

ный ныи

Праймеры для амплификации фланкирующих ген областей

В1а1-П Ыа 1 АААААСТССАСТОАААТССАССТАТТОАСАООСТ 1123

В1а1-Я1 ААААААСАТСТСАООТСТТТТСССААОСОС

В1а1-Р2 АААААССАТССААОСАААТАСАААОТТААААОСТС 333

В1а1-Я2 АААААСТССАСТАОСТТТТААСТТТОТАТТТОСТТС

В1а2-Рп1 Ыа2 АААААСТССАСАОТТСТООТТАТОАСАОАООАС 533

В1а2- АААААССАТССССААОТААТОААОАААТТАТТСА

Яп1

Назва- ген- Последовательность 5'-3' Размер ампликона, п.о.

ние ми-

шень Исход- Мутант-

ный ныи

В1а2-Рп2 ААААААСАТСТОСТТТСОТТАТАТТТСАТСТТАОТ 768

В1а2- АААААСТССАССТТСАТТАТТОТТАТСТТОСС

Яп2

В1аЗ-Р1 ЫаЗ АААААСТССАСААТАТСТАТССААОТТСАОТААСС 1463

В1аЗ-Ш ААААААОА ГСТАТТАААСААТАСТАСОАААААТСССТ

В1аЗ-Р2 АААААССАТССАТТСТААТТТАОАААСТАТТТСАОСТТ 371

В1аЗ-Я2 АААААСТССАСАСТСААССАССААТТААСТСАС

Праймеры для отбора мутантных клонов

В1а1-КР Ыа\ СТААОАААСТАССГСССОСАТСАОС 1019 632

В1а1- КЯ САОСТТСААТАААТААТСТТААТТТССС

В1а2- Ыа2 СТОТСАТАААТАСССТСТССТСААТСТС 795 179

КРп1

В1а2-№ ТТСОСАТСТАСАСТСТСААСАСТОАТСА

В1а КЗР ЫаЗ ТСТССАСААТСТАТАТСТАОСТСАТСАТСТ 1454 546

В1а КЗЯ САТССТСГГСААССАТТОАТТАААТАТСА

Таблица 7 - Праймеры, использованные для детекции генов р-лактамаз в геноме исследуемого штамма и для детекции мРНК соответствующего гена при анализе его экспрессии

Название ген-мишень Последовательность 5'—>3'

В1а1 № Ыа\ ААССАТСТОТАСССОТААСТАТТССАТО

В1а1 № ТТАСАОСТТСТГСОТТСТООТСОАСС

В1а2№ Ыа2 АСОСААТАСОГГССТОАТТТТТАООС

В1а2№ ТТСОСАТСТАСАСТСТСААСАСТОАТСА

BlaЗNf ЫаЗ ООТТТАОСАТТТТТТГССОАТТОООТ

В1аЗ№ СААТОАСТОТОАААСААСТТГСССААОС

АгэЖ агк ААСТОООАААСАТОСТАААТСТСОАС

АгбИГ ТСССТАААООСОАТОТТССААСТТ

Таблица 8 - Праймеры, использованные для секвенирования исследуемых генов

Признак Ген- Название Последовательность 5'—>3'

мишень праймера

Устойчивость к эрит- 23Б-РНК 23зеяР ААСООТССТААООТАСССАААТТСС

ромицину 23seqR СССТСАСТСТСОСАОТСААОСС

Цитруллинуреидазная СШ сШП ТООАСОАООААТТСАСТОТАТТАСТАТС

активность сШГ2 СГСОАСАСТААААТТАТТСААОСАОСТ

сШР4 САГГСАТОСОСАТСОТТСОАТ

СШР8 ТОСТССТТТТААССТТТСОСАТАС

сШШ ТООТОАОАТТАТОСАСОТТАОААСТС

СШ112 ТОСАТСАСТСТТТОССААТОАТС

сшЯЗ АТСОААССАТССОСАТСААТС

сШЯ8 ОАТТСАТСААТООТТТТАОСТАААТСАА

Признак

Ген-мишень

Название праймера

Последовательность 5'—>3'

ß-лактамазная актив- Ыа\ и ars BlalseqFl ность Blal seqF2

BlalseqRl BlalseqR2 BIalseqR.3 Ыа2 Bla2seqFl Bla2Nf Bla2seqF2 Bla2seqF3 Bla2seqRl Bla2Nr Bla2seqR2 ЫаЪ Bla3seqFl Bla3seqF2 Bla3seqF3 Bla3seqRl Bla3seqR2 Bla3seqR3

AACTGGGAAACATGCTAAATCTCGAC

AACCATCTGTACCCGTAAGTATTCCATG

TTGACAGCCTGTACGTAACAC

TTACAGCTTCTTGGTTCTGGTGGACC

TCCCTAAAGGCGATGTTCCAACTT

GGATGAGCGAATCTGGGCAA

ACGCAATAGGTTGCTGATTTTTAGGC

GCTTTCGTTATATTTGATGTTAGT

TATTTAAGCCTTTGTAGCTAAACAAAC

ACCCACATAAGATATGAGATGGA

TTGGCATCTACACTCTCAACACTGATGA

CCAAGTAATGAAGAAATTATTCA

CCAATTCTAAGGCGTAGGTAGTC

ATTCTAATTTAGAAACTATTTGAGGTT

AAACCATTCACCAACATTATGGCG

ACTCAACCAGCAATTAACTCAG

GTTGGTGCAATACTTAAACAAAGTATGAC

CAATTAAACAATACTACGAAAAATGC

Среды и условия культивирования

Штаммы F. tularensis культивировали при температуре 37 °С на плотной питательной среде FT-arap (ФБУН ГНЦ ПМБ) и в жидкой питательной среде [14] с добавлением полимик-сина В до концентрации 100 мг/л.

Штаммы Е. coli культивировали при температуре 37 °С на жидкой и плотной питательной среде LB (Himedia Laboratories Pvt. Limited, Индия) [133]

При необходимости в среды добавляли: ампициллин - от 100 до 1000 мг/л, хлорамфени-кол - до концентрации 10 мг/л. Суспензии клеток штаммов F. tularensis готовили в забуферен-ном физиологическом растворе с использованием стандарта мутности (ОСО 42-28-85-2012 ФГБУ НЦЭСМП).

Клеточную линию мышиных макрофагов J774.A1 культивировали в пластиковых флаконах для культур тканей (Corning Costar, США) в концентрации 2-9 х 105 клеток/мл в среде DMEM (HyClone, США) с добавлением 10 % инактивированной фетальной сыворотки теленка, 2 мМ L-глутамина и 0,2 % бикарбоната натрия при 37 °С и 5 % СО2 в ССЬ-инкубаторе (Sanyo, США).

Экспериментальные животные

Для проведения экспериментов были использованы мыши линии BALBc (возраст 68 недель) из вивария ФБУН ГНЦ ПМБ в соответствии с требованиями к качеству лабораторных грызунов и условиям их содержания [15].

Методы Анализ in silico

Поиск нуклеотидных и аминокислотных последовательностей проводили с использованием баз данных, доступных на информационном портале NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov). Поиск аналогов целевых генов и белков проводился с помощью алгоритма BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Множественное выравнивание нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, дизайн олигонуклеотидных праймеров и зондов, расчет их температур плавления, трансляция in silico, анализ расположения на хромосоме исследуемых генов, и их гомологов, а также их фрагментов проводились с помощью пакета программ Vector NTI 10.0.1. (Invitrogen Corporation), построение филогенетических деревьев по аминокислотным последовательностям белков проводилось с помощью программы MEGA 6.0 (http://www.megasoftware.net). Построение филогенетических деревьев по результатам MLVA-типирования проводили с помощью программы Bionumerics 5.1 (Applied Math NV, Бельгия).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Тимофеев, Виталий Сергеевич, 2015 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

Аронова, Н.В. Фазовые вариации липополисахарида Francisella tularensis при инфекции человека. / Н.В. Аронова, Н.В. Павлович // Журн. микробиол., эпидемиол. и им-мунобиол. - 2005. - №4 - С. 8-12.

Ашмарин, И.П. Статистические методы в микробиологических исследованиях / И.П. Ашмарин, A.A. Воробьев. - Д.: Медгиз., 1962. - С. 85-104. Вахрамеева, Г.М. ПЦР дифференциация подвидов Francisella tularensis с помощью одного праймера./ Г.М. Вахрамеева, A.A. Лапин, В.М. Павлов и др. // Проблемы особо опасных инфекций. -2011. -№107. - С. 46-46.

Водопьянов, A.C. Генотипическая гетерогенность и географическое разнообразие коллекционных штаммов F. tularensis по данным VNTR-анализа их ДНК. / A.C. Водопьянов, Б.Н. Мишанькин, Н.В. Павлович и др. // Мол. генет., микробиол. и виру-сол. - 2007. - №2. - С. 33-40.

Водопьянов, A.C. Генотипическое разнообразие Francisella tularensis : VNTR- анализ / A.C. Водопьянов. II Автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. мед. Наук // Ставрополь, 2009.-18 с.

Воробьев, A.A. Оценка вероятности использовании биоагентов в качестве биологического оружия / A.A. Воробьев // Эпидемиол. и инф. болезни. - 2001. - №6 - С. 54-56. Гааль Э. Электрофорез в разделении биологических макромолекул / Э. Гааль, Г. Медьеши, Л. Верецкеи. - М.: Мир, 1982. - 448 с.

Девяткин, Е. В. Кайнозой Внутренней Монголии / Е. В. Девяткин. - М.: Наука, 1981, - 195 с.

Домарадский, И.В. Проблемы патогенности франсиселл и пути их решения / И.В. Домарадский // Журн. Микробиол. Эпидемиол. Иммунобиол. - 2005. - №1. -С. 106-110. НЕТ НА НЕГО ССЫЛКИ НИГДЕ

Доссон, Р. Справочник биохимика / Р. Доссон, Д. Эллиот - М.: Мир, 1991. - 544 с. Дубровина, В.И. Неспецифическая резистентность морских свинок в отношении F. tularensis с разными фенотипическими свойствами./ В.И. Дубровина, Ж.А. Коновалова, С.А. Татарников и др. // В кн.: Матер. VIII Межгос. науч.-практ. конф. государств-участников СНГ; 25-26 сентября 2007; Саратов. - 2007. - С. 198— 200. НЕТ НА НЕГО ССЫЛКИ НИГДЕ

Комаров, В.Л. Введение к флорам Китая и Монголии / В.Л. Комаров // Избр. соч. -М„ Л.: Изд-во АН СССР, 1947. - Т.2 - 377с.

Куделина, Р.И. Дифференциация географических рас туляремийного микроба при помощи некоторых антибиотиков./ Р.И. Куделина, Н.Г. Олсуфьев // ЖМЭИ. - 1973. -№4 - С. 3-9.

Лапин, A.A. Простая жидкая питательная среда для молекулярно-генетических исследований Francisella tularensis / A.A. Лапин, В.М. Павлов, А.Н. Мокриевич и др. // Пробл. Особо Опасн. Инф. - 2009. - Вып. 102. - С. 66-67.

Лившиц, Ю.И. Требования к качеству лабораторных грызунов и условия их содержания / Ю.И. Лившиц // В кн. Руководство по вакцинному и сывороточному делу. - М.: Медицина, 1978. - С. 24-36.

Маниатис, Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук - М.: Мир, 1984. - 480 с.

Мишанькин, Б.Н. Туляремия / Б.Н. Мишанькин, Н.В. Павлович, Л.В. Романова и др. // В кн. Лабораторная диагностика возбудителей особо опасных инфекционных болезней. - 1998.-№ 1-С. 111-143.

МУК 4.2.2495-09. Определение чувствительности возбудителей опасных бактериальных инфекций (чума, сибирская язва, холера, туляремия, бруцеллез, сап, мелиоидоз) к антибактериальным препаратам. // Методические указания. - 2009. -128 с.

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28

29

30

31

32

33

34

35

Олсуфьев, Н.Г. Сравнительное изучение штаммов туляремийных бактерий Старого и Нового Света и их таксономия. / Н.Г.Олсуфьев, О.С. Емельянова, Т.Н. Дунаева // Ж. Гигиены, эпидемиологии, микробиологии и иммунитета. - 1959. - №3 - С. 138-49. Олсуфьев, Н.Г. Внутривидовая таксономия возбудителя туляремии Francisella tularensis. / Н.Г. Олсуфьев, И.С. Мещерякова // Ж. Гигиены Эпидемиол. Микробиол. Иммунол. - 1982. -№ 26. - С. 291-299.

Олсуфьев, Н.Г. Таксономия, микробиология и лабораторная диагностика возбудителя туляремии. / Н.Г. Олсуфьев - М.: Медицина, 1975. - 192 с.

Онищенко, Г.Г. Лабораторная диагностика опасных инфекционных болезней: практическое руководство // под ред. ак. РАМН, проф. Г.Г. Онищенко, чл.-корр. РАМН, проф. В.В. Кутырева. - М., 2009. - 472 с.

Онищенко, Г.Г. Организация и проведение учебного процесса по подготовке специалистов в области биобезопасности и лабораторной диагностики возбудителей некоторых опасных инфекционных болезней. / Г.Г. Онищенко, Е.Б. Ежова, Ю.В. Демина и др. // Учебно-методическое пособие для врачей-бактериологов, эпидемиологов, лаборантов. Иркутск, - 2012 - 376 с.

Оноприенко, H.H. Роль липополисахарида в токсичности бактерий рода Franciceila. H.H. Оноприенко, Н.В. Павлович // Мол. Генет. Микробиол. Вирусол. - 2003. -№3. -С. 25-28.

Осина, H.A. Идентификация подвидов туляремийного микроба методом мультиплексной полимеразной цепной реакции / H.A. Осина и др. // Пробл.особо-опасных инфекций - 2007. - № 1 - С. 92 - 93.

Павлович, Н.В. Получение бескапсульных вариантов Francisella tularensis. / H.B. Павлович, Б.Н. Мишанькин, Г.И. Данилевская и др. // Ж. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. - 1993. -№2. - С. 7-11.

Перечень возбудителей (патогенов) человека, животных и растений, генетически измененных микроорганизмов, токсинов, подлежащих экспортному контролю в целях защиты национальных интересов и обеспечения выполнения международных обязательств Российской Федерации, вытекающих из Конвенции о запрещении разработки, производства и пополнения запасов бактериального (биологического) и токсин-ного оружия и об их уничтожении- Указ Президента РФ №1004 от 8.08.2001. Родионова И.В. Дифференциация географических рас Francisella tularensis на основании активности цитруллинуреидазы / И.В. Родионова // Лабор. дело. - 1970. - №1. -С. 42-43.

Родионова, И.В. Антигенный состав белков наружней мембраны туляремийного микроба. / И.В. Родионова, В.И. Захаренко // Мол. ген. микробиол. и вирусол. - 1990. -№11 - С. 16-8.

СП 1.3.1285-03 «Безопасность работы с микроорганизмами I—II групп патогенности». -М., 2003.

СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы с микроорганизмами III - IV групп патогенности» - М., 2008.

Хлебников, B.C. Изучение биохимических, антигенных и протективных свойств внешней мембраны возбудителя туляремии. / B.C. Хлебников, И.Р. Головлев, Д.П. Кулевацкий и др. // Мол. генет., микробиол. и вирусол. - 1991. - № 7 - С. 15-20. Цимбалистова, М.В. Особенности формирования устойчивости F. tularensis subsp. mediasiatica к бета-лактамным антибиотикам / М.В. Цимбалистова, Н.В. Павлович // Журн. микробиол. - 2014. - №1 - С. 3-8.

Шеенков, Н.В. Факторы персистенции Francisella tularensis. / Н.В. Шеенков,

Э.Ф. Опочинский, A.B. Валышев и др. // Ж. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. -

2006. - № 1 - С. 63-6.

Шиманюк, Н.Я. Супероксид-дисмутазная активность у представителей рода Francisella. / Н.Я. Шиманюк, Н.В. Павлович, Б.Н. Мишанькин // Ж. микробиологии,

36

37

38

39

40

41

42

43

44

45

46

47

48

49

50

51

52

53

54

эпидемиологии и иммунобиологии. - 1992. - №5-6. - С. 7-9.

Шишкова, Н.А.Использование сЫ-последовательности для дифференциации штаммов возбудителя сибирской язвы от близкородственных бацилл / Н.А. Шишкова, А.Н. Мокриевич, В.М. Павлов и др. // Пробл. особо опасн. инф. . - 2014. - №2. -С. 97-100.

Abd, Н. Survival and growth of Francisella tularensis in Acanthamoeba castellanii.l H. Abd, T. Johansson et al. II Appl. Environ. Microbiol. - 2003. - V. 69. - P. 600-606. Abraham, E P. Selective reminiscences of P-lactam antibiotics: early research on penicillin and cephalosporins. / E.P. Abraham // Bioessays.- 1990. - V. 12 - P. 601-606. Abraham, E.P. An enzyme from bacteria able to destroy penicillin. / E.P. Abraham, E. Chain // Nature - 1940. - V. 373 - P. 837.

Ambler, R.P. The structure of b-lactamases. / R.P. Ambler // Philos Trans R Soc Lond (Biol.) - 1980.-V. 289 - P. 321-31.

Ancuta, P. Inability of the Francisella tularensis lipopolysaccharide to mimic or to antagonize the induction of the cell activation by endotoxins. I P. Ancuta, T. Pedron, R. Girard et al. II Infect. Immun. - 1996. - V. 64 - P. 2041-2046.

Antunes, N.T. The class A p-lactamase FTU-1 is native to Francisella tularensis. / N.T. Antunes, H. Frase, M. Tother al. // Antimicrob. Agents Chemother. - 2012. -V. 56(2) -P. 666-671.

Baker, C.N. Antimicrobial susceptibilitytesting of Francisella tularensis with a modified Mueller-Hinton broth. / C.N. Baker, D.G. Hollis and C. Thornsberry // J. Clin. Microbiol. -1985.-Vol. 22-P. 212-215.

Barker, J.H. Basis for the failure of Francisella tularensis lipopolysaccharide to prime human polymorphonuclear leukocytes. / J.H Barker, J. Weiss, M.A. Apicella et al. II Infect. Immun. - 2006. - V. 74 - P. 3277-3284.

Barns, S.M. Detection of diverse new Francisella-like bacteria in environmental samples / S.M. Barns, C.C. Grow, R.T. Okinaka et al. II Appl. Environ. Microbiol. - 2005. - V. 71(9) - P.5494-5500.

Bina, X.R. The Bla2 P-lactamase from the live-vaccine strain of Francisella tularensis encodes a functional protein that is only active against penicillin-class P-lactam antibiotics. / X.R. Bina, C.Wang, M.A. Miller et al. II Arch. Microbiol. - 2006. - V. 186(3) - P. 219-28. Biswas, S. A bioinformatic approach to understanding antibiotic resistance in intracellular bacteria through whole genome analysis. / S. Biswas, D. Raoult, J.M. Rolain // International Journal of Antimicrobial. Agents - 2008. - V. 32(3) - P. 207-220.

Bockmann, J. Characterization of a chromosomally encoded, non-PTS metabolic pathway for sucrose utilization in Escherichia coli EC3132./ J. Bockmann., H. Heuel, J.W. Lengeler // Mol. Gen. Genet. - 1992. - V. 235 - P. 22-32.

Boyce, J.M. Recent trends in the epidemiology of tularemia in the United States. / J.M. Boyce // J. Infect. Dis. - 1975,-V. 131(2)-P. 197-199;

Brevik, O. J. Multiple-locus, variable number of tandem repeat analysis (MLVA) of the fish-pathogen Francisella noatunensis / O.J. Brevik, K.F. Ottem, A. Nylund // BMC Vet Res.-2011.-V. 7-P. 5.

Broekhuijsen, M. Genome-wide DNA microarray analysis of Francisella tularensis strains demonstrates extensive genetic conservation within the species but identifies regions that are unique to the highly virulent F. tularensis subsp. tularensis / M. Broekhuijsen, P. Lars-son, A. Johansson et al. И J. Clin. Microbiol. - 2003. - V. 41(7) - P. 2924-31. Broman, T. Molecular detection of persistent Francisella tularensis subspecies holarctica in natural waters. / T. Broman, J. Thelaus, A.C. Andersson et al. // Int. J. Microbiol. - 2011. -V. 2011 - Article ID 851946 - http://dx.doi.Org/10.l 155/2011/851946. Bruckner, R. Characterization of a sucrase gene from Staphylococcus xylosus.l R. Bruckner, E. Wagner, F. Gotz // J. Bacteriol. 1993. - V. 175(3) - P. 851-7.

Bush, K. Updated Functional Classification of P-Lactamases / K. Bush, G. Jacoby // Anti-

55

56

57

58

59

60

61

62

63

64

65

66

67

68

69

70

71

72

microb. Agents Chemother. - 2010. - V. 54(3) - P. 969-976. Cebula, T.A., Chips and SNPs, bugs and thugs: a molecular sleuthing perspective. / T.A. Cebula, S.A. Jackson, E.W. Brown et al. II J. Food Prot. - 2005. - V. 68(6) - P. 12711284.

Champion, M.D. Comparative genomic characterization of Francisella tularensis strains be-longing to low and high virulence subspecies / M.D Champion, Q. Zeng, E.B. Nix et al. Il PLoSPathog. - 2009. - V. 5(5) - el000459.

Chang, C.H. VNTRDB: a bacterial variable number tandem repeat locus database. /

C.H.Chang, Y.C. Chang, A. Underwood // Nucleic Acids Res. - 2007. - V. 35 - P. D416— D421.

Chanturia, G. Phylogeography of Francisella tularensis subspecies holarctica from the country of Georgia / G. Chanturia, D.N. Birdsell, M. Kekelidze et al. II BMC Microbiol.-2011,-V. 11 -P. 139.

Checroun, C. Autophagy-mediated reentry of Francisella tularensis into the endocytic compartment after cytoplasmic replication. / C. Checroun,, T.D. Wehrly, E.R. Fischer et al. II Proc. Nat. Acad. Sci USA.- 2006. - V. 26;103(39) - P. 14578-83. Chen, Y. Crystal structures of penicillin-binding protein 6 from Escherichia coli./ Y. Chen, W. Zhang, Q. Shi et al. II J. Am. Chem. Soc. - 2009. - V. 131 - P. 14345-14354. Clarridge, J.E. Characterization of two unusual clinically significant Francisella strains./ J.E. Clarridge, T.J. Raich, A. Sjôsted et al. II J. Clin. Microbiol. - 1996. - V. 34(8) -P. 1995-2000.

Clemens, D.L. Francisella tularensis enters macrophages via a novel process involving pseudopod loops. / D.L. Clemens, B.Y Lee, M.A. Horwitz // Infect. Immun. - 2005. -V.73(9) - P. 5892-5902.

Clutterbuck, P.W. The formation from glucose by members of the Pénicillium chrysogenum series of a pigment, an alkali-soluble protein and penicillin - the antibacterial substance of Fleming./ P. W. Clutterbuck, R. Lovell ,R. Raistrick // Biochem. J. - 1932. - V. 26 -P. 1907-1918.

Colquhoun, D.J. Francisella infections in farmed and wild aquatic organisms / D.J. Colqu-houn and S. Duodu // Veterinary Research - 2011. - V. 8 - P. 42-47. Cowley, S.C. Immunity to Francisella / S.C. Cowley, K.L. Elkins // Front Microbiol. 2011-V. 16-P. 2:26.

Cowley, S.C. Phasa variation in Francisella tularensis growth, lipopolisaccharide antigen-city and nitric oxide production. / S.C. Cowley, S.V. Myltseva, F.E. Nano // Mol. Microbiol. - 1996. - V. 20(4) - P. 867-74.

Crowfoot, D. X-ray crystallographic investigation of the structure of penicillin /

D. Crowfoot, C.W. Bunn, B.W. Rogers-Low, A. Turner-Jones II. In H.T. Clarke, J.R. Johnson, R. Robinson, (ed). Chemistry of Penicillin. Princeton University Press. - 1949. - P. 310-367.

Dennis, D.T. Tularemia as a biological weapon: medical and public health management. / D.T. Dennis, T.V. Inglesby, D.A. Henderson et al. II J. Am. Med. Assoc. - 2001. - V. 285. -P. 2763.

Dienst, F.T. Tularemia: a perusal of three hundred thirty-nine cases / F.T. Dienst // J. La State Med. Soc. - 1963. - V. 115-P. 114-127.

Duodu, S. An improved multiple-locus variable-number of tandem repeat analysis (MLVA) for the fish pathogen Francisella noatunensis using capillary electrophoresis. / S. Duodu, X. Wan, N.M. Tandstad et al. II BMC Vet Res. - 2013. - V. 9 - P. 252. Dworzanski, J.P. Classification and identification of bacteria using mass spectrometry-based proteomics / J.P. Dworzanski, A.P. Snyder // Expert Rev. Proteomics - 2005. - V. 2 -P. 863—878.

Dworzanski, J.P. Mass pectrometry based proteomics combined with bioinformatic tools for bacterial classification./ J.P. Dworzanski, S.V. Deshpande, R. Chen et al. //J. Proteome

73

74

75

76

77

78

79

80

81

82

83

84

85

86

87

88

89

90

91

Res. - 2006. - V. 5 - P. 76—87.

Eigelsbach, H.T. Genus Francisella Dorofe'ev 1947 176AL / H.T. Eigelsbach and V.G. McGann. In N. R. Krieg and J. G. Holt (ed.), Bergey's manual of systematic bacteriology, The Williams & Wilkins Co., Baltimore - 1984. - V. 1 - P. 39-399.

Ellis, J. Tularemia. / J. Ellis, P.C.F. Oyston, M. Green et al. II Clin. Microbiol. Rev. - 2002 -V. 15-P. 631-646.

Ericsson, M., Persistence of cell mediated immunity and decline of humoral immunity to the intracellular bacterium Francisella tularensis 25 years after natural infection. / M. Ericsson, G. Sandstrom, A. Sjostedt, and A. Tarnvik. // J Infect Dis - 1994. - V. 70. -P. 110-114.

Esaki H., Noda K., Otsuki N., Kojima A., Asai T., Tamura Y., Takahashi T. Rapid detection of quinolone-resistant Salmonella by real time SNP genotyping // J. Microbiol. Methods. - 2004. - V. 58.-P. 131-134.

Evans, M.E. Tularemia: a 30-year experience with 88 cases / M.E. Evans, D.W. Gregory,

W. Schaffner et al. II Medicine (Baltimore) - 1985. - V. 64. - P. 251-269.

Farlow, J. Francisella tularensis in the United States / J. Farlow, D.M. Wagner,

M. Dukerich, etal.ll Emerg Infect Dis. - 2005. - V. 11.-P. 1835-41.

Fleming, A. On the antibacterial action of cultures of a Pénicillium, with special reference

to their use in the isolation of B. influenza. / A. Fleming // J Exp Pathol. - 1929. - V. 10. -

P. 226-236.

Fleming, D.E. Studies on the physiology of virulence of Pasteurella tularensis. I. Citrulline ureidase and deamidase activity. / D.E. Fleming, L. Foshay // J Bacteriol. - 1955. - V. 70. -P. 345-9.

Fleming, D.E. Studies on the physiology of virulence of Pasteurella tularensis. II. Serine deaminase and transaminase activity. / D.E. Fleming, L. Foshay // J. Bacteriol. - 1956. -V. 71.-P. 324-327.

Fleming, P.C. Observations on the nature, distribution, and significance of cephalospori-nase / P.C. Fleming, M. Goldner, D. G. Glass // Lancet - 1963. - V. I. - P. 1399-401. Francis, E. A summary of present knowledge of Tularaemia. / E. Francis // Medicine. -1928.-V. 7:-P. 411-432.

Gering, M. Transcriptional regulation of the sucrase gene of Staphylococcus xylosus by the repressor ScrR./ M. Gering, R. Bruckner // J Bacteriol - 1996. - V. 178. - P. 462-9. Gestin, B. Phenotypic and genetic characterization of macrolide resistance in Francisella tularensis subsp. holarctica biovar I. / B. Gestin, E. Valade, F. Thibault, et al II J. Antimi-crob. Chemother. - 2010. - V. 65. - P. 2359-67.

Gevers, D. Applicability of rep-PCR fingerprinting for identification of Lactobacillus species. / D. Gevers, G. Huys, J. Swings //FEMS Microbiol Lett - 2001. - V. 205. - P. 31 -36. Goering, R. V. Epidemiological interpretation of chromosomal macro-restriction fragment patterns analyzed by pulsedfield gel electrophoresis / R. V. Goering, F. C. Tenover // J Clin Microbiol - 1997. - V. 35. - P. 2432—2433.

Goering, R. V. Molecular epidemiology of nosocomial infection:analysis of chromosomal restriction fragment patterns by pulsedfield gel electrophoresis / R.V. Goering // Infect Control Hosp Epidemiol - 1993. - V. 14. - P. 595-600.

Goethert, H.K. Metapopulation structure for perpetuation of Francisella tularensis. / H.K. Goethert, B. Saviet, S.R. Telford //BMC Microbiol. - 2009. - V. 9. - P. 147. Golovliov, I. Identification of proteins of Francisella tularensis induced during growth in macrophages and cloning of the gene encoding a prominently induced 23-kilodalton protein. /1. Golovliov, M. Ericsson, G. Sandstrom, et al II Infect Immun. - 1997. - V. 65. -P. 2183-9.

Gray, C.G. The identification of five genetic loci of Francisella novicida associated with intracellular growth./ C.G. Gray, S.C. Cowley, C. Cheung, et al. II FEMS Microbiol Lett. -2002.-V. 24.-P. 53-6.

92

93

94

95

96

97

98

99

100

101

102

103

104

105

106

107

108

109

110

Gurycova, D. First isolation of Francisella tularensis subsp. tularensis in Europe / D. Gu-rycova // Eur. J. Epidemiol. - 1998. - V. 14. - P. 797-802.

Hall, J.D. Francisella tularensis replicates within alveolar type II epithelial cells in vitro and in vivo following inhalation. / J.D. Hall, R.R. Craven, J.R. Fuller, et al. II Infect Immun. -2007,-V. 75.-P. 1034-1039.

Helvaci, S. Tularemia in Bursa, Turkey: 205 cases in ten years / S. Helvaci, S. Gedikoglu, H. Akalin et al. II Eur J Epidemiol. - 2000. - V. 16. - P. 271-276.

Hill, B. A case of tularemia meningitis in Sweden. / B. Hill G. Sandström S. Schröder et al. II Scand J Infect Dis. - 1990. -V. 22. - P. 95-9.

Hochhut, B. CTnscr94, a conjugative transposon found in Enterobacterial B. Hochhut, K. Jahreis, J.W. Lengeier et al. II J Bacteriol - 1997. - V. 179. - P. 2097-102. Hollis, D.G. Francisellaphilomiragia comb. nov. (formerly Yersinia philomiragia) and Francisella tularensis biogroup novicida (formerly Francisella novicida) associated with human disease / D.G. Hollis., R.E. Weaver, A.G. Steigerwalt et al. II J. Clin. Microbiol. -1989,-V. 27.-P. 1601-1608.

Hood, A.M. Virulense factors of Francisella tularensis. / A.M. Hood // J. Hyg. (Lond.). -1977.-V. 79. -P. 47-60.

Huber, B. Description of Francisella hispaniensis sp. nov., isolated from human blood, reclassification of Francisella novicida (Larson et al. 1955) Olsufiev et al. 1959 as Francisella tularensis subsp. novicida comb. nov. and emended description of the genus Francisella / B. Huber, R. Escudero, H.J. Busse et al. II Int. J. Approved Lists of Bacterial Names Skerman etal., Syst. Evol. Microbiol. - 2010. - V. 60. - P. 1887-1896. Hunter, P.R. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity. / P.R. Hunter, M.A. Gaston // J Clin Microbiol - 1988. -V. 26.-P. 2465-2466.

Ikäheimoa, I. In vitro antibiotic susceptibility of Francisella tularensis isolated from humans and animals /1. Ikäheimoa, H. Syrjäläb, J. Karhukorpic et al. II J. Antimicrob. Chemother. - 2000. - V. 46 - P. 287-290.

Jackson, K.A. Optimisation of intact cell MALDI method for fingerprinting of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. / K.A. Jackson, V. Edwards-Jones, C.W. Sutton et al. // J Microbiol Methods - 2005. - V. 62 - P. 273—284.

Jahreis, K. Adaptation of sucrose metabolism in the Escherichia coli wild-type strain EC3132 / K. Jahreis, L. Bentier, J. Bockmann, et al. II J. Bacteriol. - 2002. - V. 184 -P. 5307-5316.

Johansson, A. Evaluation of PCR-based methods for discrimination of Francisella species and subspecies and development of a specific PCR that distinguishes the two major subspecies of Francisella tularensis. / A. Johansson, A. Ibrahim, I.A Göransson, et al. II J. Clin. Microbiol. - 2000. - V. 38 - P. 4180-4185.

Johansson, A. Worldwide genetic relationships among Francisella tularensis isolates determined by Multiple-Locus Variable-Number Tandem Repeat Analysis / A. Johansson, J. Farlow, P. Larsson, et al. II J. Bacteriol. Sep - 2004. - V. 186 - P. 5808-5818. Johansson A.The development of tools for diagnosis of tularemia and typing of Francisella tularensis. / A. Johansson, M. Forsman, A. Sjostedt // APMIS.- 2008. - V. 112,- P. 898907.

Kilmury, S.L.N. The Francisella tularensis proteome and its recognition by antibodies. /

S.L.N. Kilmury, S.M. Twine // Front Microbiol. - 2010. - V. 1 - P. 143.

Kingry, L.C. Comparative review of Francisella tularensis and Francisella novicida.lL.C.

Kingry, J.M. Petersen // Front Cell Infect Microbiol. - 2014. - V. 13 - P. 35

Koning, S.M. Sugar transport in (hyper) thermophilic archaea./ S.M. Koning, S.V. Albers,

W.N. Konings et al. II Res Microbiol - 2002. - V. 153 - P. 61-7

Koskela, P. Humoral immunity against Francisella tularensis after natural infection. /

P. Koskela, A. Salminen. // J. Clin. Microbiol. - 1985. - V. 153 - P. 973-979

Ill

112

113

114

115

116

117

118

119

120

121

122

123

124

125

126

127

128

129

Kudelina, R.I. Sensitivity to macrolide antibiotics and lincomycin in Francisella holarctica. / R.I. Kudelina, N.G. OlfsuQev // J. Hyg. Epidemiol. Microbiol. Immunol. - 1980. - V. 24 -P. 84-91

Kugeler, K.J. Discrimination between Francisella tularensis and Francisella-like endo-symbionts when screening ticks by PCR / K.J. Kugeler, N. Gurfield, J.G. Creek, et al. II Appl Environ Microbiol. - 2005. - V. 71 - P. 7594-7597.

Larsson, P. Canonical insertion-deletion markers for rapid DNA typing of Francisella tularensis. / P. Larsson, K. Svensson, L. Karlsson et al. II Emerg Infect Dis. - 2007. - V. 13 -P. 1725-1732.

Larsson, P. The complete genome sequence of Francisella tularensis , the causative agent of tularemia. / P. Larsson, P. C. Oyston, P. Chain et al. II Nat. Genet. - 2005. - V. 37 -P.153-159.

Lauriano, C. M. Allelic exchange in Francisella tularensis using PCR products / C. M. Lauriano, J. R. Barker, F. E. Nano et al. II FEMS Microbiol. Lett. - 2003. - V. 229 -P. 195-202.

Leclercq, R. Mechanisms of Resistance to Macrolides and Lincosamides: Nature of the Resistance Elements and Their Clinical Implications / R.Leclercq // Clin. Infect. Dis. - 2002. -V. 34(4) - P. 482-492.

Leelaporn, A. Emergence of Francisella novicida Bacteremia, Thailand. / A. Leelaporn, S. Yongyod, S. Limsrivanichakorn et al. II Emerg Infect Dis. - 2008. - V. 14(12) - P. 19351937.

Lindgren, H. Distinct roles of reactive nitrogen and oxygen species to control infection with the facultative intracellular bacterium Francisella tularensis. / H. Lindgren, S. Stenmark, W. Chen et al. II Infect. Immun. - 2004. - V. 72 - P. 7172-7182.

Lindgren, H. Resistance of Francisella tularensis strains against reactive nitrogen and oxygen species with special reference to the role of KatG. / H. Lindgren, H. Shen, C. Zingmark et al. II Infect. Immun. - 2007. - V. 75 - P. 1303-1309.

Livermore, D.M. b-lactams: mode of action and mechanisms of bacterial resistance. /

D.M. Livermore, J.D. Williams // In: Lorian V., editor. Antibiotics in laboratory medicine. Baltimore: Williams & Wilkins - 1991. - P. 503-78.

LoVullo, E.D. Genetic tools for highly pathogenic Francisella tularensis subsp. tularensis /

E.D. LoVullo, L.A. Sherrill, L.L. Perez et al. II Microbiology - 2006. - V. 152(11) -P. 3425-3435.

Mahawar, M. Contribution of Citrulline Ureidase to Francisella tularensis Strain Schu S4 Pathogenesis. M. Mahawar, G.S. Kirimanjeswara, D.W. Metzger et al. II J. Bacteriol. -2009. - V. 191(15) - P. 4798-4806.

Mahillon, J. Insertion sequences / J. Mahillon, M. Chandler.// Microbiol. Mol.Biol. Rev. -1998.-V. 62-P. 725-774.

Maiden, M.C. Multilocus sequence typing of bacteria. / M.C. Maiden, //Annu Rev Microbiol - 2006. - V 60 - P. 561—588.

Marchette, N.J. Virulence and citrulline ureidase activity of Pasteurella tularensis / N.J. Marchette, P.S. Nicholes. // J. Bacteriol. - 1961. - V. 82 P. 26-32. Maslow, J. Epidemiologic typing systems. / J. Maslow, M.E. Mulligan. // Infect. Control Hosp. Epidemiol. - 1996. - V. 17 - P. 595—604.

Mayer, L.W. Use of plasmid profiles in epidemiologic surveillance of disease outbreaks and in tracing the transmission of antibiotic resistance. / L.W. Mayer // Clin. Microbiol. Rev. -1988.-V. 1 - P. 228—243.

McCaffrey, R.L. Francisella tularensis LVS evades killing by human neutrophils via inhibition of the respiratory burst and phagosome escape. / R.L. McCaffrey, L.A. Allen // J. Leukoc. Biol. - 2006. - V. 80. - P. 1224-30.

McCoy, G.W. Further observations on a plaguelike disease of rodents with a preliminary note on the causative agent, Bacterium tularense. / G.W. McCoy, C.W Chapin // J. Infect.

Dis. - 1912. - V. 10-P. 61-72.

130 Meadow, N.D. The bacterial phosphoenolpyruvate: glycose phosphotransferase system / N.D. Meadow, D.K. Fox, S. Roseman // Ann. Rev. Biochem. - 1990. - V. 59 - P. 497-542.

131 Michelet, L. Discriminating Francisella tularensis and Francisella-like endosymbionts in Dermacentor reticulatus ticks: evaluation of current molecular techniques / L. Michelet, S. Bonnet,N. Madani et al. II Vet. Microbiol. - 2013. - V. 3 - P. 163-4.

132 Mikalsen, J. Virulence and pathogenicity of Francisella philomiragia subsp. noatunensis for Atlantic cod, Gadus morhua L., and laboratory mice / J. Mikalsen, A.B. Olsen, H. Rudra et al. II J. Fish Dis. - 2009. - 32(4) - P. 377-81.

133 Miller, J.H. Experiments in Molecular Genetics. N.Y. / J.H. Miller // Gold Harbor Laboratory..- 1972. - P. 280.

134 Mitsuhashi, S. Mechanisms of resistance to beta-lactam antibiotics. / S. Mitsuhashi,

M. Inoue // In: Mitsuhashi S., editors. Beta-lactam antibiotics. New York: Springer-Verlag -1981.-P. 41-56.

135 Mollaret, H. Report (1966-1970) of Subcommittee on Pasteurella, Yersinia and Francisella to the International Committee on nomenclature of bacteria / H. Mollaret, W. Knapp // Int. J. syst. Bact. - 1971. - V. 21. - P. 157.

136 Montgomery, K., L. Chromogenic cephalosporin spot test to detect beta-lactamase in clinically significant bacteria / K. Montgomery, L. Jr. Raymundo, W.L. Drew.// J. Clin. Microbiol. - 1979. - V. 92 - P. 205-207.

137 Morner, T. The ecology of tularemia / T, Morner // Rev Sci Tech. - 1992. - V. 11-P. 1123-1130.

138 Mosmann, T. Rapid colorimetric assay for cellular growth and survival: application to proliferation and cytotoxicity assays. / T. Mosmann // J Immunol Methods. - 1983. - V. 65 -P. 55-63.

139 Nagle, S.C. Jr. Chemically defined medium for the growth of Pasteurella tularensis . / S.C. Jr. Nagle, R.E. Anderson, N.D. Gary //J Bacteriol. . - 1960. - V. 79 - P. 566-71.

140 Nano, F.E. A Francisella tularensis pathogenicity island required for intramacrophage growth. / F.E. Nano, N. Zhang, S.C. Cowley et al. II J. Bacteriol. - 2004. - V. 186 -P. 6430-6.

141 Nano, F.E. Identification of a heat-modifiable protein of Francisella tularensis and molecular cloning of the encoding gene./ F.E.Nano // Microb Pathog. - 1988. - V. 5 - P. 109-19.

142 Nigrovic, L.E. Tularemia. / L.E. Nigrovic, S.L. Wingerter // Infect. Dis. Clin. North Am. -2008.-V. 22(3)-P. 489.

143 O'Callaghan, C.H. Novel method for detection of P-lactamase by using a chromogenic cephalosporin substrate / C.H. O'Callaghan, A. Morris, S.M. Kirby et al. II Antimicrob. Agents Chemother. - 1972. - V. 1 - P. 283-288.

144 Olsufjev, N.G. Subspecific taxonomy of Francisella tularensis McCoy and Chapin 1912 / N.G Olsufjev and I. S. Meshcheryakova. // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1983. - V. 33 - P. 872874.

145 Oyston, P.C. Tularaemia: bioterrorism defence renews interest in Francisella tularensis. / P.C. Oyston, A. Sjostedt, R.W. Titball.// Nat Rev Microbiol. - 2004. - V. 2. - P. 967-978.

146 Oyston, P.C.F. Francisella tularensis: unravelling the secrets of an intracellular pathogen. / P.C. Oyston // J. Med. Microbiol. - 2008. - V. 57 - P. 921-30.

147 Pandya, G.A. Whole genome single nucleotide polymorphism based phylogeny of Francisella tularensis and its application to the development of a strain typing assay / G.A Pandya, M.H. Holmes, J.M. Petersen et al. II BMC Microbiology - 2009. - V. 9- P. 213.

148 Pechous, R.D. Working toward the future: Insights into Francisella tularensis pathogenesis and vaccine development. / R.D. Pechous, T.R. McCarthy and T.C. Zahrt. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2009. - V. 73 - P. 684-711.

149 Phillips, N.J. Novel modification of lipid A of Francisella tularensis. / N.J. Phillips. B. Schilling, M.K. McLendon, et al. II Infect. Immun. - 2004. - V. 72 - P. 5340-5348.

150

151

152

153

154

155

156

157

158

159

160

161

162

163

164

165

166

167

168

Prior, J. L. Characterization of the O antigen gene cluster and structural analysis of the O antigen of Francisella tularensis subsp.tularensis. / J.L. Prior, R.G. Prior, P.G. Hitchen, et al. II J. Med. Microbiol. - 2003. - V. 52 - P. 845-851.

Puente-Redondo, V.A. Comparison of different PCR approaches for typing of Francisel-la tularensis strains. / V.A. Puente-Redondo, N. Garcia del Blanco, C.B. Gutierrez-Martin et al. Hi. Clin. Microbiol. -2000. - V. 38-P. 1016-1022.

Rahhal, R. M. Differential effects of Francisella tularensis lipopolysaccharide on B lymphocytes. / R. M. Rahhal, T. J. V. Bush, M. K. McLendon et al. IIJ Leukoc Biol. - 2007. -V. 82-P. 813-820.

Raynaud, C. Role of the wbt locus of Francisella tularensis in lipopolysaccharide O-antigen biogenesis and pathogenicity. / C. Raynaud, K.L. Meibom, M.A. Lety, et al. II Infect Immun. - 2007. - V. 75 - P. 536-541.

Reid, S.J. Sucrose utilisation in bacteria: genetic organisation and regulation / S.J. Reid, V.R. Abratt // Appl. Microbiol. Biotechnol. - 2005. - V. 67 - P. 312-21 Richmond, M.H. The p-lactamases of gram-negative bacteria and their possible physiological role / M.H. Richmond, R.B. Sykes // Adv. Microb. Physiol. - 1973. - V. 9 - P. 31-88. Rodionova, I.V. Citrulline ureidase activity in geographical races of Francisella tularensis / I.V. Rodionova // Dokl. Akad. Nauk SSSR.- 1968. - V. 179 - P. 457-60. Rolinson, G.N. 6-APA and development of the P-lactam antibiotis. / G.N. Rolinson. // J. Antimicrob. Chemother - 1979. - V. 5 - P. 7-14.

Ryan, S. Molecular characterization of the arginine deiminase system in Listeria monocytogenes: regulation and role in acid tolerance. / S. Ryan, M. Begley, C. G. Gahan, et al. II Environ. Microbiol. - 2009. - P. 11432-445.

Sabri, S. Molecular control of sucrose utilization in Escherichia coli W, an efficient sucrose-utilizing strain. / S. Sabri, L.K. Nielsen, C. E. Vickers // Appl. Environ. Microbiol. -2013.-V. 79-P. 478-87.

Sainz-Polo, M.A. Three-dimensional structure of Saccharomyces invertase: role of a non-catalytic domain in oligomerization and substrate specificity./ M.A. Sainz-Polo, M. Ramírez-Escudero, A. Lafraya et al. II J Biol Chem. - 2013. - V. 288 - P. 9755-66. Sandstrom, G. A capsule deficient mutant of Francisella tularensis LVS exhibits enhanced sensitivity to killing by serum but diminished sensitivity to killing by polymorphonuclear leukocytes. / G. Sandstrom, S. Lofgren, A. Tarnvik // Infect. Immun. - 1988. - V. 56 -P.1194-202.

Sandstrom, G. Characterization and classification of strains of Francisella tularensis isolated in the central Asian focus of the Soviet Union and in Japan. / G. Sandstrom, A. Sjóstedt, M. Forsman, et al. Hi. Clin. Microbiol. - 1992. - V. 30 - P. 172-5. Sandstrom, G. Immunogenicity and toxicity of lipopolysaccharide from Francisella tularensis LVS. / G. Sandstrom, A. Sjostedt, T. Johansson // FEMS Microbiol. Immunol. -1992.-V. 5-P. 201-10.

Santic, M. A Francisella tularensis pathogenicity island protein essential for bacterial proliferation within the host cell cytosol. / M. Santic, M. Molmeret, J.R. Barker et al. II Cell Microbiol. - 2007. - V. 9 - P. 2391-2403.

Sawai, T. Drug resistance of enteric bacteria. XIV. Comparison of b-lactamases in gramnegative bacteria resistant to a-aminobenzylpenicillin./ T. Sawai, S. Mitsuhashi, S. Yamagishi. // Jpn. J. Microbiol. - 1968. - V. 12 - P. 423-434.

Schmid, K. Plasmid-mediated uptake and metabolism of sucrose by Escherichia coli K-12 / K. Schmid, M. Schupfner and R. Schmitt // J. Bacteriol. - 1982. - V. 151 - P. 68-76. Schuerman, P.L. 3-Ketoglycoside-mediated metabolism of sucrose in E. coli as conferred by genes from Agrobacterium tumefaciens / P.L. Schuerman., J.S. Liu, H. Mou et al. II Appl. Microbiol. Biotechnol. - 1997. - V. 47 - P. 560-5.

Selander, R.K. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematics / R.K. Selander, D.A. Caugant, H. Ochman et al. //Appl. Environ.

169

170

171

172

173

174

175

176

177

178

179

180

181

182

183

184

185

186

187

Microbiol. - 1986. - V. 51 - P. 873—884.

Siddaramappa, S. Common ancestry and novel genetic traits of Francisella novicida-like isolates from North America and Australia as revealed by comparative genomic analyses. / S. Siddaramappa, J.F. Challacombe, J.M. Petersen et al. II Appl. Environ. Microbiol. -2011.-V. 77-P. 5110-22.

Sjodin, A. Genome characterisation of the genus Francisella reveals insight into similar evolutionary paths in pathogens of mammals and fish I A. Sjodin, K. Svensson, C. Ohrman, et al. II BMC Genomics. - 2012. - V. 13 - P. 268.

Sjostedt, A. Family XVII. Francisellaceae, genus I. Francisella. // In D. J. Brenner (ed.), Bergey's manual of systematic bacteriology // Springer-Verlag, New York, N.Y. - 2003. -P.111-135.

Sjostedt, A. Several membrane polypeptides of the live vaccine strain Francisella tularensis LVS stimulate T cells from naturally infected individuals. / A. Sjostedt, G. Sandstrom, A. Tarnvik // J. Clin. Microbiol. - 1990. - V. 28 - P. 43-8.

Sjostedt, A. The T-cell-stimulating 17-kilodalton protein of Francisella tularensis LVS is a lipoprotein./ A. Sjostedt, A. Tarnvik, G. Sandstrom // Infect. Immun. - 1991. - P. 3163-8. Sjostedt, A. Virulence determinants and protective antigens of Francisella tularensis. / A. Sjostedt, // Curr. Opin. Microbiol. - 2003. - V. 6 - P. 66-71.

Sjostedt, A.B. Francisella The Proteobacteria, part B. Bergey's manual of systematic bacteriology, 2nd ed / In D. J. Brenner, N. R. Krieg, J. T. Staley // Springer-Verlag, New York, N.Y. - 2005. - V. 2 - P. 200-210.

Snyder, L.A. Microarray genomotyping of key experimental strains of Neisseria gonorrhoeae reveals gene complement diversity and five new neisserial genes associated with Minimal Mobile Elements. / L.A. Snyder, J.K. Davies, N.J. Saunders // BMC Genomics. -2004.-V. 5-P. 23.

Sonck, K.A. The proteome of Salmonella typhimurium grown under in vivo-mimicking conditions. / K.A. Sonck, G. Kint, G. Schoofs, et al. II Proteomics - 2009. - P. 9565-579. Soriano V.E., Tellez G., Hargis B. M. et al. Typing of Haemophilus paragallinarum strains by using enterobacterial repetitive intergenic consensus-based polymerase chain reaction. / V. E. Soriano, G. Tellez, B. M. Hargis et al. II Avian Dis - 2004. - V. 48 - P. 890—895. Soto, E. Attenuation of the fish pathogen Francisella sp. by mutation of the iglC gene / E. Soto, D. Fernandez, J.P. Hawke // J. Aquat Anim. Health. - 2009. - V. 21 - P. 140-9. Southern E. M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. / E. M. Southern // J Mol Biol - 1975. - V. 98 - P. 503—517. Struelens M. J. Consensus guidelines for appropriate use and evaluation of microbial epidemiologic typing systems. / M. J. Struelens // Clin. Microbiol. Infect. - 1996. - V. 2 -P. 2-11.

Stuart, B.M. Tularemic pneumonia: review of American literature and report of 15 additional cases / B.M. Stuart and R.I. Pullen // Am. J. Med. Sci. - 1945. - V. 210 - P. 223-236. Sun, L. V. Francisella-like endosymbionts of ticks./ L. V. Sun, G. A. Scoles, D. Fish, S. L. O'Neill. //J. Invertebr. Pathol. - 2000. - V. 76 - P. 301-303.

Surcel, H.M. Membrane proteins of Francisella tularensis LVS differ in ability to induce proliferation of lymphocytes from tularemia-vaccinated individuals. / H.M. Surcel, M. Sarvas, J.M. Helander, et al. II Microbiol. Patogen. - 1989. - V. 7 - P. 411-19. Svensson K. A Real-Time PCR Array for Hierarchical Identification of Francisella Isolates / K. Svensson, M. Granberg, L.a Karlsson, et al. II PLoS One. - 2009. - V. 4 - P. e8360. Sykes R. The 2009 Garrod Lecture: The evolution of antimicrobial resistance: aDarwinian perspective. / R. Sykes. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2010. - V. 65 -P. 1842-1852.

Sykes R.B. The (3-lactamases of gram-negative bacteria and their role in resistance to P-lactam antibiotics. / R.B. Sykes, M. Matthew //J Antimicrob Chemother - 1976. - V. 2 -P. 115-57.

188 Tarnvik, A. Nature of protective immunity to Francisella tularensis. / A. Tarnvik // Rev. Infect. Dis. - 1989. - V. 11. - P. 440-451.

189 Teanpaisan, R. Molecular fingerprinting of Porphyromonas gingivalis by PCR of repetitive extragenic palindromic (REP) sequences and comparison with other fingerprinting methods. / R. Teanpaisan, C.W. Douglas // J Med Microbiol. - 1999. - V. 48. - P. 741—749.

190 Thomas, R.M. Discrimination of Human Pathogenic Subspecies of Francisella tularensis by Using Restriction Fragment Length Polymorphism / R.M. Thomas, A.S. Johansson, B. Neeson et al. II Journal of Clinical Microbiology. - 2003. - V. 41. - P. 50-57.

191 Thomas, R.M. The immunologically distinct O antigens from Francisella tularensis subspecies tularensis and Francisella novicida are both virulence determinants and protective antigens. / R.M. Thomas, R.W. Titball, P.C. Oyston // Infect. Immun. - 2007. - V. 75. -P. 371-378.

192 Trevisanato, S.I. The biblical plague of the Philistines now has a name, tularemia. / S.I. Trevisanato // Med. Hypotheses. - 2007. - V. 69. - P. 1144-1146

193 Varrot A. «NAD+ and metal-ion dependent hydrolysis by family 4 glycosidases: structural insight into specificity for phospho-beta-D-glucosides./ A. Varrot, V.L. Yip, Y. Li, S.S.Rajan, X. Yang, W.F.Anderson, J.Thompson, S.G.Withers, G.J. Davies //J Mol Biol -2005.-V. 346-P. 423-35.

194 Versage, J. L. Development of a Multitarget Real-Time TaqMan PCR Assay for Enhanced Detection of Francisella tularensis in Complex Specimens / J. L. Versage, D. D. M. Severin, M. C. Chu, J. M. Petersen //J. Clin. Microbiol. - 2003. - V. 41 - P. 5492-5499.

195 Vinogradov, E. Structural analysis of Francisella tularensis lipopolysaccharide. /

E. Vinogradov, M.B. Perry, J.W. Conlan // Eur. J. Biochem. - 2002. - V. 269 - P. 61126118.

196 Vogler, A.J. An optimized, multiplexed multi-locus variable-number tandem repeat analysis system for genotyping Francisella tularensis .1 A.J. Vogler, D. Birdsell, D.M. Wagner et al. II Lett. Appl. Microbiol. - 2009. - V. 48 - P. 140-4.

197 Vogler, A.J. Phylogeography of Francisella tularensis : Global Expansion of a Highly Fit Clone / A.J. Vogler // J. Bacteriol. - 2009. - V. 191 - P. 2474-2484.

198 Walsh, T.R. Emerging carbapenemases: a global perspective / T.R. Walsh // Int. J. Antimi-crob. Agents-2010.-V. 36-P. S8-S14.

199 Wang, X. Structure and biosynthesis of free lipid A molecules that replace lipopolysaccharide in Francisella tularensis subsp. novicida. / X. Wang, A. A. Ribeiro,, Z.Guan et al. II Biochemistry - 2006. - V. 45 - P. 14427-14440.

200 Webb, E.C., editor. Enzyme nomenclature. / E. C.Webb - London: Academic Press Inc. Ltd., 1984.-P. 366-74.

201 World Health Organization. WHO. Guidelines on Tularaemia: WHO Press - 2007. - 115 p.

202 Wu, G.Y. Macrophages can convert citrulline into arginine. / G.Y. Wu and J.T. Brosnon.// Biochemistry - 1992. -P. 28145-48.

203 Zhang, F. Detection of Francisella tularensis in ticks and identification of their genotypes using multiple-locus variable-number tandem repeat analysis / F. Zhang, W. Liu, X. Wu, et al. II BMC Microbiol. - 2008. - V. 8 - P. 152.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Публикации в журналах ВАК:

1 Тимофеев, B.C. Молекулярное типирование штаммов Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности числа тандемных повторов /

B.C. Тимофеев, Т.Ю. Кудрявцева, А.Н. Мокриевич, В.М. Павлов., И.А. Дятлов // Мол. генет.. микробиол. и вирусол.. - 2014. - N 1. - С. 8-15

2 Мокриевич, А.Н. Выделение среднеазиатского подвида туляремийного микроба на территории Алтайского края./ А.Н. Мокриевич, B.C. Тимофеев, Т.Ю. Кудрявцева, Г.И. Уланова, С.Б. Карбышева, Р.И.Миронова, Г.М.Вахрамеева, Т.И.Губарева, В.М. Павлов, И.А. Дятлов // Пробл. особо опасн. инф. - 2013. N 115(1) - С.66-69. Патенты:

3 Вахрамеева Г.М., Лапин А.А., Тимофеев B.C., Мокриевич А.Н., Кудрявцева Т.Ю., Павлов В.М. Патент на изобретение «Способ дифференцирования подвидов туляремийного микроба» под № 2478717 10.04.2013 МПК C12Q1/04 (2006.01)

Тезисы в материалах конференций:

4 Тимофеев B.C. Однопраймерное ПЦР-типирование подвидов туляремийного микроба / B.C. Тимофеев, А.А. Лапин, Г.М. Вахрамеева, Р.И. Миронова, А.Н .Мокриевич, В.М. Павлов, И.А. Дятлов // Инфекционные болезни. - 2012. - Т. 10, прил. 1. - С. 376

5 Тимофеев, B.C. Роль нуклеотидных замен в V домене 23S-PHK Francisella tularensis в формировании резистентности туляремийного микроба к эритромицину / B.C. Тимофеев, А.Н. Мокриевич, В.М. Павлов // Актуальные проблемы эпидемиологии и профилактической медицины. 2014. с.112

6 Мокриевич, А.Н. Обнаружение среднеазиатского подвида туляремийного микроба на территории Алтайского края / А.Н. Мокриевич, B.C. Тимофеев, Т.Ю. Кудрявцева,

Г.И. Уланова, С.Б. Карбышева, Р.И. Миронова, Г.М. Вахрамеева Т.И. Губарева, В.М. Павлов, И.А. Дятлов // Инфекция и иммунитет. - 2013. - Т.З, №2 - С. 155

ПРИЛОЖЕНИЕ А

Филогенетическое дерево, построенное по 25 локусам по алгоритму UPGMA

н

н 41

£

rf

н

ч: н н ч

н _н

Strain Subspecies Location

320 novicida USA

D9876 novicida-like USA, Louisiana

112 novicida USA, Utah

Japonski Downs holarctica Bulgaria

Nevada 14 tularensis USA

0/284 holarctica USA

I-282 holarctica Chita region

I-305 holarctica Chita region

A-1045 holarctica Altai Territory

I-367 holarctica Krasnoyarsk Territory

I-373 holarctica Chita region

I-347 holarctica Buryat Republic

I-365 holarctica Buryat Republic

I-346 holarctica Buryat Republic

I-387 holarctica Novosibirsk region

I-388 holarctica Novosibirsk region

I-349 holarctica Chita region

I-382 holarctica Buryat Republic

I-329 holarctica Buryat Republic

1203 holarctica Kazakhstan, Uralsk region

668 holarctica Moldavia

155 holarctica Kharkov region

M-1354 holarctica Astrakhan region

1238 holarctica Rostov region

Biryuchiy holarctica Herson region

I-288 holarctica Sakhalin

I-346R holarctica Buryat Republic

1-311 holarctica Sakhalin

X-3 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-3-2 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-2/26 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-4 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-7 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-7-2 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-8K holarctica Khanty-Mansiysk region

X-8M holarctica Khanty-Mansiysk region

X-1/23 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-1/25 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-3/23 holarctica Khanty-Mansiysk region

X-10 holarctica Khanty-Mansiysk region

401 holarctica Kazakhstan

A-408(217) holarctica Kazakhstan, Uralsk region

I-365 R holarctica Buryat Republic