Генотипическая и фенотипическая характеристика патогенного потенциала энтеробактерий с генетическими детерминантами хелаторов железа тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Здвижкова Ирина Александровна

• Здвижкова Ирина Александровна
• кандидат наук
• 2026

Оглавление диссертации кандидат наук Здвижкова Ирина Александровна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. Современное представление о персистенции и патогенности условно-патогенных энтеробактерий (обзор литературы)

1.1 Экология условно-патогенных энтеробактерий и их биологическое значение в организме человека

1.2 Патогенный потенциал и антибиотикорезистентность

энтеробактерий: генетическая и фенотипическая характеристика

1.3 Персистенция энтеробактерий, роль ингибиторов лизоцима в персистенции грамотрицательных бактерий

1.4 Сидерофоры и железосвязывающие системы у представителей семейства Enterobacteriaceae

1.5 Современные методы идентификации энтеробактерий и

определения их патогенного потенциала

ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования

2.1 Культуры микроорганизмов, использованные в работе

2.2 Методы выделения и идентификации микроорганизмов

2.2.1 Метод выделения культур энтеробактерий из кишечника человека

2.2.2 Метод выделения штаммов бактерий из мочи человека

2.2.3 Метод выделения культур из спермоплазмы мужчин

2.2.4 Метод идентификации штаммов по биохимическим признакам

2.2.5 Идентификация штаммов методом масс-спектрометрии

2.3 Молекулярно-генетические методы исследования энтеробактерий

2.3.1 Метод конструирования родоспецифичных праймеров для

детекции генов хелаторов железа (clbBN, iucBC) у энтеробактерий

2.3.2 Скрининг генетических детерминант clbBN и iucBC методом ПЦР

у штаммов E. coli и K. pneumoniae

2.3.3 Определение филогенетических групп штаммов E. coli

2.3.4 Полногеномное секвенирование штаммов энтеробактерий,

анализ их геномов с помощью базы данных NCBI и системы Proksee

2.3.5 Праймеры и режим амплификации тест-системы мультиплекс-ПЦР для выявления персистентного и патогенного потенциала энтеробактерий

2.4 Изучение биологических свойств энтеробактерий

2.4.1 Изучение протеолитической активности энтеробактерий

2.4.2 Определение гемолитической активности микроорганизмов

2.4.3Определение чувствительности штаммов к антибиотикам

2.4.4 Исследование ростовых свойств микроорганизмов

2.4.5 Определение уровня антилизоцимной активности культур

2.4.6 Изучение биопленкообразующей способности энтеробактерий

2.4.7 Определение продукции железосвязывающих соединений у штаммов E. coli и K. pneumoniae

2.4.8 Определение уровня антикарнозиновой активности культур

2.4.9 Определение антипептидной активности энтеробактерий

2.4.10 Определение антииммуноглобулиновой активности штаммов

2.4.11 Регуляция персистентных свойств и продукции хелаторов железа

у штаммов энтеробактерий ионами железа

2.5 Изучение сочетанного влияния карнозина и лизоцима с антимикробными препаратами в отношении штаммов энтеробактерий

2.6 Методы статистической обработки полученных результатов

ГЛАВА 3. Распространенность генетических детерминант

хелаторов железа в популяции условно-патогенных энтеробактерий, их генетический и фенотипический профиль

3.1 Анализ нуклеотидных последовательностей хелаторов железа (clbBN

и iucBC) у энтеробактерий для конструирования праймеров

3.2 Детекция генов clbBN/iucBC и их комбинации среди штаммов энтеробактерий, выделенных из различных биотопов человека

3.3 Анализ геномов референтных штаммов энтеробактерий,

положительных и отрицательных по генам clbBN и iucBC

3.4 Характеристика способности к продукции железосвязывающих

соединений штаммов энтеробактерий с генами clbBN и iucBC

ГЛАВА 4. Характеристика патогенного потенциала штаммов E. coli и K. pneumoniae с генами clbBN и iucBC

4.1 Факторы патогенности и антибиотикочувствительность штаммов энтеробактерий, носителей детерминант clbBN и iucBC

4.2 Факторы персистенции штаммов энтеробактерий с генетическими детерминантами хелаторов железа

4.3 Регуляция персистентных свойств и продукции железосвязывающих

соединений у штаммов энтеробактерий ионами железа (II)

ГЛАВА 5. Прикладные аспекты изучения персистентного и патогенного потенциала условно-патогенных энтеробактерий

5.1 Сочетанное влияние карнозина и лизоцима с антибиотиками

в отношении штаммов K. pneumoniae c генами clbBN и iucBC

5.2 Разработка тест-системы мультиплекс-ПЦР для определения

персистентного и патогенного потенциала энтеробактерий

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

РЕКОМЕНДАЦИИ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ РЕЗУЛЬТАТОВ

ДИССЕРТАЦИИ В ПРАКТИКЕ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генотипическая и фенотипическая характеристика патогенного потенциала энтеробактерий с генетическими детерминантами хелаторов железа»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследований и степень ее разработанности

Для роста и выживания большинства микроорганизмов в биосфере необходимы микроэлементы, среди которых одним из важнейших является железо, поскольку оно выступает в роли кофактора для многих регуляторных белков и ферментов с редокс-активностью, участвуя в процессах выработки энергии, переноса кислорода и репликации ДНК прокариот. Хотя железо очень распространено в земной коре, его биодоступность очень низка, так как трехвалентное железо в аэробных условиях и при нейтральном рН в значительной степени нерастворимо [62]. В организме человека также содержится существенное количество железа, но оно связано с транспортными и запасными белками, такими как трансферрин, ферритин, гемоглобин, а также с антимикробными белками -лизоцимом, лактоферрином, поэтому уровень свободного железа очень низок [169]. Однако многие бактерии при дефиците железа выработали множество механизмов для растворения и получения микроэлемента из окружающей среды и запасов организма хозяина [45]. Универсальной формой получения бактериями этого микроэлемента является секреция сидерофоров [33, 61]. Сидерофоры - это внеклеточные хелаторы, обладающие высокой аффиностью к различным металлам, включая железо. Большинство исследований в этой области посвящены изучению молекулярно-генетической основы процессов синтеза сидерофоров, их поглощения и регуляции в бактериальной клетке. Накоплены данные о классах структурно различных молекул сидерофоров, которые представляют собой вторичные метаболиты, извлекающие микроэлементы из окружающей среды и доставляющие их в клетки через специфические рецепторы [65, 144].

Кроме того, на сегодняшний день актуальным является изучение экологических и эволюционных аспектов секреции бактериями

железосвязывающих факторов, а именно, их значение в формировании патогенного и персистентного потенциала прокариот. Так, показано, что потеря способности бактериальных клеток синтезировать сидерофоры коррелирует с потерей вирулентности у патогенов Pseudomonas aeruginosa [120], Vibrio anguillarum [142]. Наличие связи секреции сидерофоров с вирулентностью бактерий обратило внимание исследователей к пониманию биохимических и молекулярных механизмов поглощения железа патогенами в условиях инфекции [26, 112, 116].

Вместе с тем, научный интерес представляет изучение данных факторов среди условно-патогенных микроорганизмов, колонизирующих слизистые оболочки организма человека и являющихся симбионтными бактериями хозяина [10, 16, 53]. Микроорганизмы семейства Enterobacteriaceae широко распространены в природных эконишах, но подавляющее большинство видов, прежде всего Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae, адаптировались к обитанию в кишечнике млекопитающих, в том числе и человека [41]. В настоящее время показана способность энтеробактерий к продукции таких сидерофоров, как энтеробактин, сальмохелин, иерсиниабактин и аэробактин [154, 158, 161, 173, 174]. Многочисленные исследования продемонстрировали ключевую роль аэробактина в усвоении железа энтеробактериями, даже в штаммах, обладающих всеми четырьмя локусами, кодирующими сидерофоры. Установлено, что аэробактин имеет решающее значение в колонизации бактерий биотопов хозяина, в том числе обеднённых железом [144]. Хелатирующей активностью, помимо цитотоксического действия, обладает и пептид-поликетид - колибактин, синтез которого обеспечивается кластером поликетидсинтазного генного островка pks [104, 105].

Известно, что при определенных условиях энтеробактерии способны проявлять свой патогенный потенциал, распространяясь в различные ткани и органы, становясь причиной развития оппортунистических инфекций: поражение лёгких, инфекции мочевыводящих путей и кровотока, сепсис [159]. В настоящее время обсуждается вопрос распространения в популяции K. pneumoniae гипервирулентных штаммов, у которых наличие в геноме детерминант синтеза

иерсиниабактина (ybt), аэробактина (iuc) и колибактина (clb) рассматривается как основной критерий вирулентного патотипа [103, 109].

Вместе с тем, появляется все больше данных, что хелатирующие факторы бактерий имеют решающее значение не только в формировании их патогенного потенциала, но и в процессах колонизации и выживания энтеробактерий в организме человека. Следует отметить, что в организме человека хелатирующие молекулы бактерий способны извлекать железо из комплексов с белками, выполняющими функцию факторов антимикробной защиты хозяина [26, 69]. Известно, что инактивация локальных факторов врожденного иммунитета хозяина определяет их способность к персистенции в различных биотопах человека, обеспечивающей устойчивое сосуществование энтеробактерий с хозяином [9]. Для выживания в различных биотопах человека микроорганизмы используют широкий спектр персистентных свойств, таких как антилизоцимная, антииммуноглобулиновая, антилактоферриновая активности и др. [16, 18]. У энтеробактерий описаны периплазматические ингибиторы лизоцима, кодируемые гомологами гена pliC у штаммов K. pneumoniae и гена ivyC у штаммов E. coli и K. pneumoniae [2, 101].

Изучение взаимосвязей между способностью энтеробактерий продуцировать хелаторы железа и экспрессией факторов персистенции, а также между условиями культивирования (различные концентрации ионов железа) и выраженностью синтеза данных факторов, позволит получить новые данные об особенностях формирования их патогенного и персистентного потенциала, обеспечивающего их выживание в организме и распространение в природных эконишах, а также разработать способы индикации таких штаммов в популяции энтеробактерий. Практическое значение имеют данные о влиянии различных факторов - концентрация ионов железа в среде, сочетанное влияние хелаторов железа хозяина (карнозин, лизоцим) с противомикробными препаратами на рост, персистентные и патогенные свойства энтеробактерий с генетическими детерминантами clbBN/iucBC, которые открывают перспективы для разработки

новых стратегий контроля нахождения их в окружающей среде, организме хозяина и современных подходов в создании антимикробных средств.

Указанные моменты и предопределили тематическую направленность наших исследований, направленных на изучение патогенного и персистентного потенциала штаммов энтеробактерий с генетическими детерминантами хелаторов железа - колибактина (clbBN) и аэробактина (iucBC), а также на разработку тест-системы мультиплекс-ПЦР для выявления данной группы микроорганизмов.

Цель и задачи исследования

Цель настоящей диссертационной работы заключалась в определении генотипических и фенотипических особенностей энтеробактерий с детерминантами clbBN/iucBC для разработки микробиологической тест-системы определения их персистентного и патогенного потенциала.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Оценить частоту распределения детерминант хелаторов железа (аэробактина и колибактина) и их комбинации у клинических штаммов E. coli и K. pneumoniae жителей Оренбургской и Тюменской области, с использованием сконструированных праймеров clbBN и iucBC.

2. Охарактеризовать особенности генотипического и фенотипического профиля продукции хелаторов железа, экспрессии факторов патогенности и персистенции у штаммов E. coli и K. pneumoniae с генами clbBN и iucBC.

3. Изучить влияние различных концентраций ионов Fe (II) на рост, биопленкообразование, антилизоцимную активность и уровень продукции железосвязывающих соединений у штаммов энтеробактерий положительных и отрицательных на генетические детерминанты clbBN и iucBC.

4. На положительных и отрицательных по генетическим детерминантам clbBN и iucBC штаммах энтеробактерий оценить сочетанное действие карнозина и лизоцима с антибактериальными препаратами.

5. На основе выявленных особенностей генотипического и фенотипического профиля штаммов E. coli и K. pneumoniae разработать микробиологическую тест-систему определения персистентного и патогенного потенциала клинических штаммов энтеробактерий методом мультиплекс -ПЦР.

Научная новизна работы

Впервые охарактеризован персистентный и патогенный потенциал условно-патогенных кишечных штаммов E. coli и K. pneumoniae с генетическими детерминантами хелаторов железа, выделенных от жителей Оренбургской и Тюменской области. Установлены региональные особенности распределения генов clbBN и iucBC (колибактина и аэробактина) в популяции условно-патогенных энтеробактерий: среди культур E. coli и K. pneumoniae, выделенных из кишечника жителей Оренбургской области, преобладали штаммы с генами clbBN, в Тюменской области - с генами iucBC.

Выявлены особенности генома секвенированных штаммов энтеробактерий с clbBN и iucBC, характеризующиеся наличием генов биосинтеза и транспорта колибактина и аэробактина, а также генов ингибиторов лизоцима (ivy, mliC, pliC, lprI espC), факторов патогенности (sfaD, hlyA, sinH) и резистентности к антимикробным препаратам (pmrA, ampC).

Показано, что штаммы E. coli и K. pneumoniae с генетическими детерминантами clbBN и iucBC обладают выраженной гемолитической активностью, продукцией железосвязывающих соединений, а также протеазной активностью в отношении антимикробных факторов хозяина (антилизоцимная, антикарнозиновая, антипептидная, антииммуноглобулиновая активности) и

биопленкообразованием, что позволяет их использовать в качестве маркеров персистентного и патогенного потенциала условно-патогенных кишечных энтеробактерий.

Установлено регулирующее влияние различных концентраций ионов железа в среде на уровень антилизоцимной активности и продукции железосвязывающих соединений у штаммов с генетическими детерминантами колибактина и аэробактина, а также бактериостатическое действие ряда антибиотиков с карнозином и лизоцимом по принципу сочетанного эффекта.

Продемонстрировано, что использование оригинальных праймеров для одновременного выявления генетических детерминант хелаторов железа (iucBC, clbBN) и ингибиторов лизоцима (ivyC и pliC, espC) по единому алгоритму амплификации в мультиплекс-ПЦР позволяет проводить ускоренное, высокочувствительное выявление в популяции условно-патогенных энтеробактерий штаммов с персистентным и патогенным потенциалом, что соотносится с их генотипическими и фенотипическими характеристиками (патент РФ N 2662930).

Теоретическая и практическая значимость исследования

Результаты исследования имеют как теоретическое, так и практическое значение. Полученные в работе данные расширяют представление о персистентном и патогенном потенциале штаммов с генетическими детерминантами хелаторов железа - колибактина (clbBN) и аэробактина (iucBC) в популяции условно-патогенных кишечных энтеробактерий.

Сконструированные в ходе исследования оригинальные праймеры позволили провести скрининг генетических детерминант хелаторов железа (clbBN и iucBC) и сформировать представление о фактической распределенности этих генов в популяции кишечных штаммов E. coli и K. pneumoniae жителей Оренбургской и

Тюменской области, а также установить региональные особенности распределения генов clbBN и iucBC у штаммов E. coli и K. pneumoniae.

Оригинальные праймеры были использованы при разработке единой тест-системы определения персистентного и патогенного потенциала энтеробактерий методом мультиплекс-ПЦР, позволяющей одновременно выявлять детерминанты колибактина (clbBN), аэробактина (iucBC) и ингибиторов лизоцима (ivyC, pliC и espC) (патент РФ N 2662930).

В базу данных GenBank были депонированы геномы, собранные до уровня скаффолдов размещены 6 геномов штаммов (K. pneumoniae ICIS-278 -NZ_NCVU01000008.1, K. pneumoniae ICIS-277 - JAKNCI000000000.1, E. coli ICIS3 - JASSKE000000000.1, E. coli ICIS6 - NZ_JAWRCL000000000.1, E. coli ICIS7 -NZ_JAWRCM000000000.1, E. coli ICIS38 - JBLNIE000000000) с персистентным и патогенным потенциалом с различными комбинациями хелаторов железа колибактина и аэробактина, в числе которых один уроштамм (E. coli ICIS6).

Выявленный эффект влияния уровня ионов железа в среде на антилизоцимную активность и продукцию железосвязывающих соединений энтеробактериями с генами clbBN и iucBC, а также установленный результат сочетанного антимикробного действия лизоцима или карнозина с антимикробными препаратами открывает перспективу разработки современных антибактериальных средств.

Разработанная тест-система определения персистентного и патогенного потенциала условно-патогенных энтеробактерий методом мультиплекс-ПЦР внедрена в работу ФГБОУ ВО Тюменского ГМУ Минздрава России (акт внедрения №19 от 13.09.2024).

Родоспецифичные праймеры для определения нуклеотидных последовательностей, кодирующих биосинтез и транспорт хелаторов железа: clbBN и iucBC у штаммов энтеробактерий методом мультиплекс-ПЦР внедрены в работу ИКВС УрО РАН (акт внедрения № 01-01-01-13/192 от 24.09.24).

Методология и методы исследования

Основным методологическим принципом работы явился инфектологический подход в изучении генотипических и фенотипических профилей энтеробактерий с генетическими детерминантами clbBN и iucBC для разработки тест-системы мультиплекс-ПЦР для выявления маркеров персистенции и патогенности энтеробактерий. Предметом исследования явились 300 штаммов микроорганизмов, выделенных из различных источников, а также референсные штаммы отечественных коллекций. Для достижения цели и решения поставленных задач автором проведен комплексный анализ с использованием общепризнанных апробированных и современных микробиологических и молекулярно-генетических методов.

Все исследования одобрены локальным комитетом по биоэтике ИКВС УрО РАН (Протокол №6 от 25.11.2022 г.).

Положения, выносимые на защиту

1. Штаммы E. coli и K. pneumoniae с генетическими детерминантами clbBN и iucBC характеризуются наличием генотипических и фенотипических признаков продукции железосвязывающих соединений, гемолитической активности и протеазной активности в отношении антимикробных факторов хозяина, что позволяет их использовать в качестве маркеров персистентного и патогенного потенциала условно-патогенных энтеробактерий.

2. Разработанная мультиплекс-ПЦР микробиологическая тест-система с использованием сконструированных праймеров: clbBN, iucBC, pliC, ivyC и espC обеспечивает одновременное скрининговое выявление штаммов с персистентным и патогенным потенциалом в популяции условно-патогенных энтеробактерий.

Степень достоверности и апробация результатов работы

Достоверность результатов диссертационного исследования основана на значительном обьеме полученных данных. Исследования проведены с помощью современных бактериологических, масс-спектрометрических, молекулярно-генетических методов исследования с использованием сертифицированного и поверенного оборудования, программного обеспечения для биоинформатического и статистического анализов полученных результатов.

Первичная научная документация проверена комиссией (акт проверки от 16.06.2025г.). Диссертация апробирована на заседании Ученого совета ФБУН ОФИЦ УрО РАН, Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН (протокол № 8 от 26 июня 2025 года.)

Автор является лауреатом премии губернатора Оренбургской области для талантливой молодежи в (2018 г. и 2022 г.) Основные результаты диссертационной работы были представлены на Международной выставке «Биоиндустрия», удостоены золотой медали (Санкт-Петербург, 2017 г.); III Всероссийской молодежной научной школе-конференции с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах» (Оренбург, 2017 г.); региональной выставке «Медицина, красота, здоровье» (Оренбург, 2017 г.); IV Всероссийской научной конференции с международным участием «Персистенция и симбиоз микроорганизмов» (Оренбург, 2018 г.); четвертой Всероссийской молодёжной научной школе конференции с международным участием "Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах" (г. Оренбург, 4-8 октября 2021 г.), X Всероссийской научной конференции с международным участием «Персистенция и симбиоз микроорганизмов» (Оренбург, 2023 г.), XII Российско-китайской

конференции по медицинской микробиологии, иммунологии и фармакологии XXVIII Кашкинские чтения (г. Санкт- Петербург, 2025 г.).

Личное участие автора

Автор участвовал на всех этапах диссертационного исследования. Планирование научной работы, формулировка цели и задач, определение методологии и общей концепции диссертационного исследования проводились совместно с научным руководителем д.м.н., доцентом Е.В. Ивановой. Обработка полученных результатов проводилась совместно с сотрудниками лаборатории инфекционной симбиологии ФГБУН ИКВС УрО РАН (зав. лабораторией - д.м.н., доцент Иванова Е.В.). Совместно с сотрудниками Центра коллективного пользования ФГБУН ИКВС УрО РАН (зав. ЦКП - к.м.н., доцент Плотников А.О.) осуществлялось секвенирование исследуемых штаммов энтеробактерий. На базе микробиологической лаборатории НИЦ ОрГМУ (зав. лаборатории - к.м.н., доцент Борисов С.Д.) выполнялось определение масс-спектров протеомных профилей кишечных изолятов. Статистическая обработка первичных данных и анализ полученных результатов, написание и оформление рукописи диссертации осуществлялось соискателем лично. Основные моменты диссертационного исследования представлены в виде научных публикаций и докладов на научно -практических мероприятиях соискателем как лично, так и в соавторстве.

Публикации по теме диссертации

Основные положения диссертации отражены в 9 печатных работах. Из них 2 статьи в научных изданиях, индексируемых базой данных RSCI; 2 статьи в научных изданиях, индексируемых базой данных Scopus, перечень которых определен в

соответствии с рекомендациями ВАК; а также 3 статьи - РИНЦ, 1 тезисы и 1 патент на изобретение.

Связь работы с научными программами

Диссертационное исследование выполнено в рамках темы НИР ОФИЦ УрО РАН «Роль микробного фактора в функционировании физиологических систем организма человека» (2016-2021 г., № гос. регистрации 116021510073), «Исследования симбиотических систем про- и эукариот в биологии и медицине» (2022-2026 г., № гос. регистрации 122020100106-5).

Исследование частично выполнено в рамках научных проектов фундаментальных исследований УрО РАН № 15-5-4-7, № 15-3-4-36»; гранта программы «УМНИК-2015».

Структура и объем диссертации

Материалы диссертационной работы изложены на 154 страницах компьютерного текста, иллюстрированы 17 таблицами и 23 рисунками. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, главы с описанием материалов и методов исследования, 3 глав результатов собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, перспектив дальнейшей разработки темы, списка сокращений, списка литературы, включающего 177 источников, из которых 57 - отечественных, 120 - зарубежных.

Благодарности

Автор выражает искреннюю признательность научному руководителю д.м.н., доценту Е.В. Ивановой за проявленное внимание и всемерную поддержку на протяжении всего периода работы над исследованием. Особая благодарность адресована сотрудникам лаборатории инфекционной симбиологии ИКВС УрО РАН: академику РАН О.В. Бухарину, д.м.н., профессору РАН Н.Б. Перуновой, д.м.н., профессору Чайниковой И.Н., к.м.н. С.В. Андрющенко и к.б.н. А.В. Бекпергеновой за оказанную помощь на всех этапах исследования. Отдельная благодарность заведующему Центром коллективного пользования ФГБУН ИКВС УрО РАН ЦКП - к.м.н., доценту Плотникову А.О. и его коллективу за секвенирование исследуемых штаммов.

ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННОЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЕ О ПЕРСИСТЕНЦИИ И ПАТОГЕННОСТИ УСЛОВНО-ПАТОГЕННЫХ ЭНТЕРОБАКТЕРИЙ

(обзор литературы)

1.1 Экология условно-патогенных энтеробактерий и их биологическое

значение в организме человека

Микроорганизмы семейства Enterobacteriaceae - гетерогенная группа гаммапротеобактерий, имеющих форму прямых палочек и не образующих спор; они могут быть как неподвижны, так и подвижны с помощью перитрихиальных жгутиков, являются факультативными анаэробами. В среднем они имеют длину 24 мкм, ширину 0,4-0,6 мкм, с закругленными концами и временем генерации in vitro от 20 до 30 минут [41, 48]. Семейство энтеробактерий насчитывает более тридцати родов и несколько сотен видов микроорганизмов. Кроме того, непрекращается процесс выявления и описания новых родов и видов, а также ведется активный процесс детализации таксономического положения отдельных, уже известных родов и видов [89].

Энтеробактерии - повсемесно распространенные микроорганизмы, которые успешно заселяют множество разнообразных экониш, включая воду и почву. Они устойчивы к широкому спектру неблагоприятных условий и нередко являются возбудителями заболеваний у широкого круга живых организмов (беспозвоночных и позвоночных), а также к человеку. Способность утилизировать углеводы, спирты, аминокислоты, целый комплекс циклических органических соединений; участие в процессах нитрификации, денитрификации, денитрификации и азотфиксации позволяет энтеробактериям занимать различные биотопы [22, 56, 130, 133]. Однако подавляющее большинство родов, прежде всего Escherichia spp. и Klebsiella spp., адаптировалось к обитанию в кишечнике млекопитающих, в том числе и человека [41, 90, 91]. Кишечные микроорганизмы способны к синтезу множества витаминов.

Так бактерии, синтезирующие витамин В12, могут обитать как в толстой, так и в тонкой кишке. Среди этих микроорганизмов наиболее активны в данном аспекте представители Pseudomonas spp. и Klebsiella spp. В тоже время, Escherichia coli превосходит все остальные бактерии кишечной микробиоты по способности синтезировать витамины, синтезируя тиамин, рибофлавин, никотиновую и пантотеновую кислоты, пиридоксин, биотин, фолиевую кислоту, цианокобаламин и витамин К. E. coli участвует в обмене билирубина, холина и холестерина, влияет на усвоение организмом кальция и железа. Также штаммы E. coli способствуют нормализации микробиоты после антибактериальной терапии, воспалительных и инфекционных заболеваний. Роль данной бактерии в науке и медицине также нельзя переоценить, ее используют при разработке вакцин, производстве аналога инсулина, L-треонина, пенициллина, гормона роста человека соматотропина, L-фенилаланина [52].

В тоже время, среди клинически значимых микроорганизмов выделяют группы видов ESKAPE, к которым относят Enterococcus spp., Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae, и Enterobacter spp., создающие терапевтические проблемы из-за появления устойчивости к антимикробным препаратам, тем самым представляющие угрозу общественному здравоохранению, поскольку они связаны с развитием тяжелых инфекций в больницах и имеют прямую связь с высокими показателями смертности [63, 176]. Следует отметить, что, хотя E. coli не включена в патогены ESKAPE, она идентифицирована как основная причина внутрибольничных инфекций и инфекций за пределами лечебных учреждений. К таким инфекциям могут относиться сепсис и инфекции мочевыделительной системы. Грамотрицательная бактерия E. coli, являющаяся комменсалом кишечника млекопитающих, в том числе и человека, обладает способностью к горизонтальному переносу генов резистентности. Особенно значимым является приобретение таких генов от представителей порядка Enterobacterales, что обуславливает формирование у данного вида устойчивости к широкому спектру антибактериальных препаратов [60, 134, 175]. Большинство патогенных

штаммов E. coli относятся к филогенетической группе B2 [29, 163]. Напротив, филогенетические группы A и B1 составляют большую долю непатогенных (комменсальных) штаммов - колонизаторов кишечной микробиоты человека [170].

Вместе с тем, выделяют большую группу диарегенных штаммов E. coli (DEC), которые характеризуются наличием генов патогенности, клинико-эпидемиологическими проявлениями вызываемых ими заболеваний и особенностями патогенеза, чем отличаются от комменсальных штаммов. Штаммы E. coli часто используются в качестве индикаторной культуры для диагностики устойчивости к противомикробным препаратам в связи с тем, что данные микроорганизмы способны легко обретать факторы резистентности и имеют большое значение в формировании резистентных б aктериaльных популяций у широкого круга хозяев [77, 119, 125, 141]. Еще одним ярким представителем семейства энтеробактерий являются Klebsiella pneumoniae - грамотрицательные бактерии, которые широко распространены в окружающей среде, способны контаминировать объекты в лечебно-профилактических организациях и различные поверхности, а также заселяют слизистые мочеполовой системы, носоглотку и кожные покровы и относятся к условно-патогенной микробиоте человека, входящие в состав микробиома [25, 76, 107, 108]. В то же время, K. pneumoniae являются причиной развития тяжёлых инфекций различных локализаций. Более того, данные микроорганизмы занимают лидирующее место среди возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи из-за приобретения генов устойчивости к антимикробным препаратам [80, 81, 82, 121, 132].

Способность энтеробактерий к выживанию и адаптации к различным стрессовым факторам внутренней среды хозяина реализуется как при участии механизмов, направленных на выживание прокариот в конкретном биотопе, так и процессов, имеющих общий универсальный характер [9, 13, 16].

1.2 Патогенный потенциал и антибиотикорезистентность энтеробактерий: генетическая и фенотипическая характеристика

Вирулентный потенциал энтеробактерий (в частности, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli) весьма вариабелен. В связи с этим, они являются частыми возбудителями инфекций у человека [94, 106]. Так, при ослаблении резистентности организма, энтеробактерии способны колонизировать различные ткани и системы хозяина, инициируя развитие внекишечной инфекции [50, 52].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Здвижкова Ирина Александровна, 2026 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абрамзон, О. М. Биологические свойства возбудителей и их коррекция при острых гнойных заболеваниях легких и плевры : специальность 03.00.07 «Микробиология», 14.00.07. «Хирургия» : диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук: / Абрамзон Олег Моисеевич; ГОУВПО "Оренбургская государственная медицинская академия". Оренбург. - 2004. - 243 с

2. Андрющенко С.В. Гомологи гена периплазматического ингибитора лизоцима plic и их роль в антилизоцимной активности энтеробактерий / С.В Андрющенко, Н.Б. Перунова, О.В. Бухарин. - Текст : непосредственный // Микробиология. - 2004. - Т. 83. - №3. - с. 211-219.

3. Андрющенко, С. В. Генетические детерминанты специфических секретируемых ингибиторов лизоцима в антилизоцимной активности энтеробактерий : специальность 03.02.03 «Микробиология» : автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук. -Оренбург, 2012. - 23 с. - Текст : непосредственный.

4. Андрющенко, С.В. Генетические детерминанты специфических секретируемых ингибиторов лизоцима в антилизоцимной активности энтеробактерий специальность 03.02.03 "Микробиология" : диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук / Андрющенко, Сергей Валерьевич; ГОУВПО "Оренбургская государственная медицинская академия". Оренбург. - 2012. - 95 с.

5. Антилизоцимная активность и биоплёнкообразование бифидобактерий при стрессорном воздействии / О. И. Сидорова, Е. В. Иванова, Перунова Н. Б. // - Текст : непосредственный//Вестник ОГУ. - 2014. - №13. - С. 100-103

6. Бекпергенова, А. В. Биологические свойства микроорганизмов в ассоциациях облигатно-анаэробных бактерий кишечника человека : специальность 03.02.03 "Микробиология" : диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук / Бекпергенова Анастасия Владимировна ; ФГБНУ "Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова". - Москва. - 2018. - 132 с.

7. Биргер М.О. Справочник по микробиологическим и вирусологическим методам исследования. Москва: Медицина, 1982. - 464 с.

8. Бондаренко, В.М. Наличие генов генотоксина, ассоциированных с pks островом патогенности, у пробиотического штамма Escherichia coli M -17 / В.М. Бондаренко, С.В. Фиалкина. - Текст : непосредственный/Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2012. - № 5. - С. 25-27

9. Бондаренко, Т.А. Характеристика ассоциаций микроорганизмов и их влияние на антимикробные факторы толстого кишечника человека : специальность 03.02.03 «Микробиология» : диссертация на соискание ученой степени кандидата наук: / Бондаренко Таисия Александровна; Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза Уральского отделения Российской академии наук. -Оренбург, 2023. - 142с. - Текст непосредственный.

10. Бухарин О. В. Персистенция патогенных бактерий: монография / О. В. Бухарин. - Москва: Медицина, 1999. - 366 с. - Текст: непосредственный.

11. Бухарин, О. В. Симбиоз и его роль в инфекции : монография / О. В. Бухарин [и др.]. - Екатеринбург : под ред. РАН, УрО, 2011. - 299 с. - Текст : непосредственный.

12. Бухарин, О.В. Инфекционная симбиология / О.В. Бухарин. - Текст : непосредственный// Микробиология. - 2015. - №4. - С. 4-9.

13. Бухарин, О.В. Антицитокиновая активность микроорганизмов / О.В. Бухарин, Н.Б. Перунова, И.Н. Чайникова [и др.] // Журн. микробиол. - Текст: непосредственный. - 2011. - №4. - С. 56-61.

14. Бухарин, О.В. Бактерионосительство (медико-экологический аспект) / О.В. Бухарин, Б.Я. Усвяцов. - Екатеринбург: УрО РАН, 1996. - 208 с. - Текст : непосредственный.

15. Бухарин, О.В. Инфекция - модельная система ассоциативного симбиоза / О.В. Бухарин // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - Текст: непосредственный. - 2009. - Т. 86. - №1. - C. 83-86.

16. Бухарин, О.В. Механизмы выживания бактерий/ О.В. Бухарин, А.Л Гинцбург., Ю.М Романова., Г.И. Эль-Регистан. - Москва: Медицина, 2005 г. - 367 с. - Текст: непосредственный.

17. Бухарин, О.В. От персистенции к симбиозу / О.В. Бухарин. - Текст: непосредственный //Микробиология. - 2012. - T. 4. - C. 4-9.

18. Бухарин, О.В. Патогенные бактерии в природных экосистемах: монография / О.В. Бухарин. - Екатеринбур: УрО РАН, 1997. - 269 с. - Текст: непосредственный.

19. Бухарин, О.В. Экология микроорганизмов человека / Под ред О.В. Бухарина. - Екатеринбург: УрО РАН, 2006. - 480 с. - Текст : непосредственный.

20. Валышев, А. В. Факторы персистенции энтеробактерий и влияние на них пробиотиков при дисбиозе кишечника: специальность 03.00.07 «Микробиология» : автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук /А.В. Валышев. - Оренбург, 1997. - 16 с. - Текст : непосредственный.

21. Гланц, С. Медико-биологическая статистика / С. Гланц. пер. с англ. -М., Практика, 1998. - 459 с. Текст: непосредственный.

22. Гриценко В. А. Роль факторов персистенции в биологии и экологии Escherichia coli : специальность 03.00.07 «Микробиология», 03.00.16 «Экология» : автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора медицинских наук: / Гриценко Виктор Александрович; Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза Уральского отделения РАН. - Оренбург, 2001. - 48 с. - Текст : непосредственный.

23. Ермилова Е. В. Молекулярные аспекты адаптации прокариот: Монография/ Е. В. Ермилова - Санкт-Петербург: Санкт-Петербургский гос. ун-т, 2007, - 341с. - Текст непосредственный

24. Загороднева, Е. А. Факторы персистенции энтеробактерий при дисбактериозах различной этиологии : специальность 03.00.07 «Микробиология» : автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук / Е. А. Загороднева. - Волгоград, 2002. - 23 с. - Текст : непосредственный.

25. Иванова, Е. В. Роль бифидофлоры а ассоциативном симбиозе кишечной микробиоты человека : специальность 03.00.07 «Микробиология» : диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук: / Иванова Елена Валерьевна; Южно-Уральский государственный университет. - Челябинск, 2018. - 295с. - Текст : непосредственный.

26. Комисарова, Е.В., Гипервирулентная Klebsiella pneumoniae - новая инфекционная угроза / Е. В. Комисарова, Н. В. Воложанцев. - Текст : электронный // Инфекционные болезни. - 2019. - Т.17. - № 3. - С. 81-89. -URL:https://doi.org/10.20953/1729-9225-2019-3-81-89 (дата обращения 16.04.2025).

27. Кузнецова, М. В. Генетические профили адгезии и адгезивная вариабельность уропатогенных штаммов Escherichia coli // М. В. Кузнецова, Ю. С. Гизатуллина. - Текст : электронный // Инфекция и иммунитет. - 2021. - №3. - URL: https://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskie-profili-adgezii-i-adgezivnaya-variabelnost-uropatogennyh-shtammov-escherichia-coli (дата обращения: 06.02.2025).

28. Леонов, В. В. Восприимчивость организма к патогенам в зависимости от гомеостаза железа / В. В. Леонов, А. Ю. Миронов. - Текст : непосредственный // Курский научно- практический вестник «Человек и его здоровье». - 2016. - № 2. - С. 69-73.

29. Ляшенко И. Э. Факторы персистенции Escherichia coli : специальность 03.02.03 «Микробиология» : автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук; Оренбургская государственная медицинская академия. -Оренбург, 1995. - 23 с. - Текст : непосредственный.

30. Макарова, М. А. Современное представление о диареегенных Escherichia coli — возбудителях острых кишечных инфекций / М. А. Макарова. -Текст : электронный // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2023. - Т. 100. - №4. - C. 333-344. - URL:https:// doi: 10.36233/0372-9311-410 (data accesses 16.04.2025).

31. Маниатис, Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук. - Москва: Мир, 1984. - 480 c. - Текст: непосредственный

32. Маркелова, Н. Н. Возможные пути преодоления антибиотикорезистентности нозокомиальных патогенов Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia / Маркелова, Н. Н., Е. Ф. Семенова. // - Текст : непосредственный // Антибиотики и химиотерапия. - 2018. - № 63. - С. 45-54

33. Методические указания по определению чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам:. - Москва, 2004. - С. 91. URL: https://docs.cntd.ru/document/1200038583 (data accesses 16.04.2025).

34. Миронов, А. Ю. Железо, вирулентность и межмикробные взаимодействия условно-патогенных микробов / А. Ю. Миронов, В. В. Леонов. -Текст : непосредственный // Успехи современной биологии. - 2016. - Т. 136. - № 3. - С. 285-294.

35. Молекулярные механизмы устойчивости грамотрицательных бактерий семейства Enterobacteriaceae к цефалоспориновым антибиотикам / С.В. Сидоренко, А.Г. Березин, Д.В. Иванов. - Текст : непосредственный// Антибиотики и химиотерапия. - 2011. №49. - С.6-16.

36. Острова патогенности» условно-патогенных энтеробактерий / А. Р. Мавзютов, С. В. Фиалкина, В. М. Бондаренко. - Текст: непосредственный //Ж. микробиол. - 2002. - №6. - С. 5-9

37. Паньков, А.С. Характеристика микробных биоценозов кишечника при сальмонеллезе у детей раннего возраста : специальность 03.00.07 «Микробиология», 14.00.09 «педиатрия» :дисертация на соискание ученой

степени кандидата медицинских наук Паньков Александр Сергеевич; ГОУВПО "Оренбургская государственная медицинская академия". Оренбург. - 2004. - 138 с.

38. Патент N 2638 453 Российская Федерация, МПК С^ 1/00 (2006.01). Способ выявления и оценки уровня патогенности возбудителей оппортунистических инфекций у женщин репродуктивного возраста и новорожденных детей для прогнозирования течения и развития осложнений инфекционных заболеваний: заявлено 30.11.2016: опубликовано 13.12.2017 / Припутневич Т. В., Любасовская Л. А., Гордеев А. Б., Муравьева В. В., Дубоделов Д. В., Родченко Ю. В., Трофимов Д. Ю., Быстрицкий А. А., Кирилов М. Ю., Байрамова Г. Р.; заявитель и правообладатель ФГБУ "Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ЯИ). - 25 с. - Текст : непосредственный.

39. Патент № 2132879 С1 Российская Федерация, МПК С12 Q1/04. Способ определения антикарнозиновой активности микроорганизмов: заявл. 27.04.1996 : опубликовано 10.07.1999 / Бухарин О.В., Чернова О.Л., Матюшина С.Б.; заявитель ИКВС. - 8с. - Текст: непосредственный.

40. Перунова, Н.Б. Характеристика биологических свойств микроорганизмов в бактериально-грибковых ассоциациях кишечника : специальность 03.00.07 «Микробиология» : диссертация на соискание ученой степени кандидата наук: / Перунова Наталья Борисовна; ГОУВПО "Оренбургская государственная медицинская академия". Оренбург. - 2003. - 129 с.

41. Поздеев О.К. Энтеробактерии / О. К. Поздеев, Р. В. Федоров. - Москва: ГЭОТАР-Медиа, 2007. - 720 с. - Текст : непосредственный. 720С, 2007г.

42. Поздеев, О. К. Медицинская микробиология: учебное пособие для студ.мед.вузов / О. К. Поздеев, ред. В. И. Покровский. - Москва : ГЭОТАР-Медиа. - 2005. - 768с. Текст : непосредственный.

43. Практикум по микробиологии: учебное пособие / А. И. Нетрусов, М. А.Егорова, Л. М. Захарчук [и др.]. Под ред. А. И. Нетрусова. - Москва: Академия, 2005. - Текст : непосредтственный.

44. Распространенность и характеристика БЛРС- продуцирующих энтеробактерий - возбудителей различных инфекционных заболеваний / Л.А. Кафтырева, С.А. Егорова, М.А. Макарова [и др.]. - Текст : непосредственный // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2010. - Т 17. - № 17. - С. 124-129. УДК: 616.981.48

45. Результаты применения методов амплификации нуклеиновых кислот для выявленияя диарогенных E. coli / А. Т. Коновалова, А. В. Бондарева, А. Т. Подколзин [и др.]. - Текст : непосредственный //Молекулярная диагностика. -2010. - Т. 2. - С.348-350.

46. Сгибнев А.В. Механизмы выживания бактреий в условиях окислительного стресса и дефицита ионов железа / А.В. Сгибнев. - Текст : непосредственный // Журнал микробиология. - 2006. - № 4. - С. 20-22.

47. Сидерофоры бактерий: структура, функции и роль в патогенезе инфекций / Д. А. Кузнецова, В. А. Рыкова, О. Н. Подладчикова. - Текст электронный // Проблемы особо опасных инфекций. - 2022. - Т. 3. - С.14-22. -URL:https://doi.org/10.21055/0370-1069-2022-3-14-22 (date accesses: 14.04.2025).

48. Сидоренко, С.В. Микроорганизмы семейства Enterobacteriaceae: клиническое значение и этиотропная терапия / С. В. Сидоренко. - Текст : непосредственный // Consilium Medicum. - 2004. - Т. 6. - №1. - C. 46-50.

49. Современная микробиология. Прокариоты (в 2-х томах). Под редакцией Й.Ленгелера, Г.Древса, Г. Шлегеля. - Москва : Мир, 2005. - 1152с. -Текст : непосредственный.

50. Сурикова Е. В. Факторы персистенции клебсиелл: специальность 03.00.07 «Микробиология»: автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук: /Сурикова Е.В; Челябинский государственный медицинский иниверситет. - Челябинск, 1992.- 22с. - Текст : непосредственный.

51. Тарасенко Н. Ф. Применение лизоцима в комплексной антибактериальной терапии острых пневмоний у детей: специальность 14.00.09 «Педиатрия» : Автореферат на соискание ученой степени кандидата медицинских наук : / Тарасенко Наталья Федоровна; Моск. НИИ педиатрии. - Москва, 1983. - 18 с. - Текст : непосредственный.

52. Филогенетические группы и гены вирулентности штаммов Escherichia coli, выделенных из микробиоты кишечника детей / Л. В. Сужаева, М. А. Макарова, Л. А. Кафтырева - Текст : электронный // Клиническая лабораторная диагностика. - 2020. - №4. - URL: https://cyberleninka.ru/article/n/filogeneticheskie-gruppy-i-geny-virulentnosti-shtammov-escherichia-coli-vydelennyh-iz-mikrobioty-kishechnika-detey (дата обращения: 28.04.2025).

53. Функции кишечной микрофлоры организма в норме и при патологии / О. С. Моложавая, Т. В. Ивахнюк, А. Н. Макаренко [и др.]. - Текст : электронный // Актуальш проблеми сучасно! медицини: Вюник украшсько! медично! стоматолопчно! академп. - 2016. - № 4-1. - (56). URL: https://cyberleninka.ru/article/n/funktsii-kishechnoy-mikroflory-organizma-v-norme-i-pri-patologii (дата обращения: 18.04.2025).

54. Черкасов, С. В. Ассоциативный симбиоз как биологическая основа колонизационной резистентности хозяина : специальность 03.02.03 «Микробиология» : автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора медицинских наук: / Черкасов Сергей Викторович. - Оренбург, 2011. - 47 с. - Текст : непосредственный.

55. Эйдельштейн, М.В. Выявление в-лактамаз расширенного спектра у грамотрицательных бактерий с помощью фенотипических методов / М.В. Эйдельштейн. - Текст : непосредственный// Клиническая Микробиология и Антимикробная Химиотерапия. - 2001. - №2. - С.183-189.

56. Эйдельштейн, М.В. Динамика распространенности и чувствительности БЛРС-продуцирующих энтеробактерий к различным антимикробным препаратам в ОРИТ России / М. В. Эйдельштейн, Л. С.

Страчунский. - Текст : непосредственный// Клин микробиол антимикроб химиотер. - 2005. - №7. - С.323-336.

57. Этиологическая значимость условно патогенных энтеробактерий при острых кишечных заболеваниях и дисбиотических состояниях кишечника / М. А. Макарова, Л. А. Кафтырева, С. А. Егорова. - Текст : непосредственный // Инфекция и иммунитет. - 2011. - № 2. - URL: https://cyberleninka.ru/article/n/etiologicheskaya-znachimost-uslovno-patogennyh-enterobakteriy-pri-ostryh-kishechnyh-zabolevaniyah-i-disbioticheskih-sostoyaniyah (дата обращения: 06.02.2025).

58. A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex / M. M. C. Lam, R. R.Wick, S.C. Watts [et al.]. - Text : electronic // Nat Commun. - 2021. - Vol. 12. - URL: https://doi.org/10.1038/s41467-021-24448-3 (data accesses 16.04.2025).

59. A New Family of Lysozyme Inhibitors Contributing to Lysozyme Tolerance in Gram-Negative Bacteria / L. Callewaert, A. Aertsen, D. Deckers [et al.]. - Text : electronic// PLoS Pathog. - 2008. - Vol. 4. - № 3. -URL:https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000019 (data accesses 18.04.2025).

60. Andrews, S. C. Bacterial iron homeostasis / S. C. Andrews, A. K. Robinson, F. Rodriguez-Quinones. - Text : electronic // FEMS Microbiol Rev. - 2003. - Vol. 27.

- P.215-237. - URL:https:// DOI: 10.1016/S0168-6445(03)00055-X (date accesses: 14.04.2025).

61. Antibiotic resistance in Enterobacteriaceae: mechanisms and clinical implications / J. Iredell, J. Brown, K .Tagg. - Text : electronic // BMJ. 2016;352:h6420.

- 2016. - Vol. 652. - URL: https://doi:10.1136/bmj.h6420 (data accesses: 14.04.2025).

62. Bacterial iron homeostasis / S.C. Andrews, A.K. Robinson, F. Rodríguez-Quiñones. - Text : electronic // FEMS Microbiol Rev. - 2003. - Vol. 27. - P. 215-237.

- URL:http://doi: 10.1016/S0168-6445(03)00055-X (data accesses 16.04.2025).

63. Bacterial siderophores in community and host interactions / J. Kramer, Ö. Özkaya, R. Kümmerli. - Text : electronic // Nature Reviews Microbiology. - 2020. Vol. 18. - P. 152-163. - URL: https://doi: 10.1038/s41579-019-0284-4 (data accesses 16.04.2025).

64. Bacteriophages for ESKAPE: role in pathogenicity and measures of control / A. Patil, R. Banerji, P. Kanojiya [et. al.]. - Text : electronic // Expert Rev Anti Infect Ther. - 2021. - V. 19. - № 7. - URL: https:// doi: 10.1080/14787210.2021.1858800 (date accessed: 14.04.2025).

65. Barber, M. F. Buried treasure: evolutionary perspectives on microbial iron piracy / M. F. Barber, N. C. Elde. - Text : electronic // Trends Genet. - 2015. - Vol. 31. - P. 627-636. - URL:https:// doi: 10.1016/j.tig.2015.09.001 (date accesses: 14.04.2025).

66. Bengoechea J. A. Klebsiella pneumoniae infection biology: living to counteract host defences / J. A Bengoechea, J. Sa Pessoa- Text : electronic // FEMS Microbiology Reviews. - 2019. - Vol. 43. - № 2. - P. 123-144. - - URL: https://doi.org/10.1093/femsre/fuy043(data accesses 16.04.2025).

67. Boyd, P.W. The biogeochemical cycle of iron in the ocean / P.W. Boyd, M.J. Ellwood. - Text : electronic // Nat Geosci. - 2010. - Vol.3. - P.675-682. - URL:https:// https://www.nature.com/articles/ngeo964 (date accesses: 14.04.2025).

68. Breastfeeding and maternal health outcomes: a systematic review and metaanalysis / R. Chowdhury, B. Sinha, M.J. Sankar [et. al.]. - Text : electronic // Acta Paediatr. - 2015. - Vol.104. - P. 96-113. - URL:https:// doi: 10.1111/apa.13102 (date accessed: 14.04.2025).

69. Carlson-Banning, K.M. Enterohemorrhagic Escherichia coli outwits hosts through sensing small molecules / K. M. Carlson-Banning, V. Sperandio. - Text : electronic // Curr Opin Microbiol. - 2018. - Vol. 41. - P. 83-88. - URL: https://doi:10.1016/j.mib.2017.12.002 (data accesses 16.04.2025).

70. Cassat, J.E. Iron in infection and immunity / J.E. Cassat, E. P. Skaar. - Text : electronic // Cell Host Microbe. - 2013. - Vol. 13. - P.509-519. - URL:https:// DOI: 10.1016/j.chom.2013.04.010 (date accesses: 14.04.2025).

71. Cassat, J.E. Metal ion acquisition in Staphylococcus aureus: overcoming nutritional immunity / J. E. Cassat, E. P. Skaar. - Text : electronic // Semin Immunopathol. - 2012. - Vol. 34. - № 2. - P. 215-235. - URL:https://doi: 10.1007/s00281 -011 -0294-4 (date accesses: 14.04.2025).

72. Cavas, L. Characterization of siderophores from Escherichia coli strains through genome mining tools: an antiSMASH study / L. Cavas, I. Kirkiz. - Text : electronic // AMB Express. - 2022. - Vol. 12. - № 1. - URL:http://doi:10.1186/s13568-022-01421-x (data accesses 16.04.2025).

73. Chemical Synthesis of Staphyloferrin B Affords Insight into the Molecular Structure, Iron Chelation, and Biological Activity of a Polycarboxylate Siderophore Deployed by the Human Pathogen Staphylococcus aureus / J. L. Madsen, T. C. Johnstone, E. M. Nolan. - Text : electronic // J Am Chem Soc. - 2015. - Vol. 137. - № 28. - P. 9117-9127. - URL: https://doi:10.1021/jacs.5b04557 (data accesses 16.04.2025).

74. ClbS Is a Cyclopropane Hydrolase That Confers Colibactin Resistance / P. Tripathi, E. E. Shine, A. R. Healy [et al.]. - Text : electronic// J Am Chem Soc. - 2017.

- Vol. 139. - P. 17719-17722. - URL:http:// doi: 10.1021/jacs.7b09971 (data accesses 16.04.2025).

75. Clinical and Microbiological Characteristics of Recurrent Escherichia coli Bacteremia / T. Kobayashi, M. Ikeda, Y. Okada. - Text : electronic // Microbiol Spectr.

- 2021. - Vol. 9.- № 3. - URL:https:// doi: 10.1128/Spectrum.01399-21 (data accesses 18.04.2025).

76. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice / J. D. Thompson, D.G. Higgins, T.J. Gibson. - Text : electronic// Nucleic Acids Res. - 1994. - Vol. 22. - P. 4673-4680. - URL:http:// doi: 10.1093/nar/22.22.4673 (data accesses 16.04.2025).

77. Comparative analysis of Klebsiella pneumoniae strains isolated in 20122016 that differ by antibiotic resistance genes and virulence genes profiles / A. I. Lev, E. I. Astashkin, A. A. Kislichkina [et al.]. - Text : electronic // Pathog Glob Health. - 2018.

- Vol. 112. - №3. - P. 142-151. - URL:https:// doi: 10.1080/20477724.2018 (data accesses 16.04.2025).

78. Crohn's disease-associated Escherichia coli LF82 aggravates colitis in injured mouse colon via signaling by flagellin / F. A. Carvalho, N. Barnich, P. Sauvanet

[et al.]. - Text : electronic // Inflamm Bowel Dis. - 2008. - Vol. 14. - P. 1051-1060. -URL:http://dx.doi.org/10.1002/ibd.20423 (data accesses 16.04.2025).

79. Crumbliss, A. L. Iron sequestration by small molecules: thermodynamic and kinetic studies of natural siderophores and synthetic model compounds / A. L. Crumbliss, J. M. Harrington. - Text : electronic // Adv. Inorg. Chem. - 2009. - Vol.61. - P. 179-250. - URL:https:// doi:10.1016/S0898-8838(09)00204-9 (date accesses 14.04.2025).

80. Current understandings of colibactin regulation Open Access / E. Addington1, S. Sandalli, A. J. Roe - Text : electronic // Microbiology. - 2024. - Vol. 170. - № 2. - URL:https://doi.org/10.1099/mic.0.001427 (data accesses 18.04.2025).

81. Dai, P. The making of Kvirulent Klebsiella pneumoniae / P. Dai, D. Hu. -Text : electronic// J Clin Lab Anal. - 2022. - Vol. 36. -URL:https://doi:10.1002/jcla.24743 (data accesses 18.04.2025).

82. Distinct evolutionary dynamics of horizontal gene transfer in drug resistant and virulent clones of Klebsiella pneumoniae / K. L. Wyres, R. R. Wick, L. M. Judd [et al.]. - Text : electronic // PLoS Genet. - 2019. - Vol. 15. - URL:https:// doi: 10.1371/journal.pgen.1008114 (date accesses 14.04.2025).

83. Dudeja, S. Neonatal Sepsis: Treatment of Neonatal Sepsis in Multidrug-Resistant (MDR) Infections: Part 2 / S. Dudeja. - Text : electronic // Indian J Pediatr. -2020. - Vol. 87. - № 2. - P. 122-124. - URL:https://doi: 10.1007/s12098-019-03152-7 (data accesses 16.04.2025).

84. Effect of 5-aminosalicylate use on colorectal cancer and dysplasia risk: a systematic review and metaanalysis of observational studies / F. S. Velayos, J. P. Terdiman, J. M. Walsh. - Text : electronic // Am J Gastroenterol. - 2005. - Vol. 100. -P. 1345-1353. - URL: http://dx.doi.org/10.1111/j.1572-0241.2005.41442.x (data accesses 14.04.2025).

85. Emerson, D. The microbial ferrous wheel: iron cycling in terrestrial, freshwater, and marine environments / D. Emerson, E. Roden, B. S. Twining. - Text : electronic //Front Microbiol. - 2012. - Vol. 3. - URL:https:// doi.org/10.3389/fmicb.2012.00383 (date accesses: 14.04.2025).

86. Enterobacteriaceae act in concert with the gut microbiota to induce spontaneous and maternally transmitted colitis / W.S. Garrett, C.A. Gallini, T. Yatsunenko [et al.]. - Text : electronic // Cell Host Microbe. - 2010. - Vol. 8. - P. 292300. - URL: http://dx.doi.org/10.1016/jxhom.2010.08.004 (data accesses 14.04.2025).

87. Enterobactin: an archetype for microbial iron transport / K. N. Raymond, E. A. Dertz, S. S. Kim. - Text : electronic // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2003. - Vol. 100.

- №7. - P. 3584-3588. - URL:https://doi: 10.1073/pnas.0630018100 (date accesses 14.04.2025).

88. Escherichia coli induces DNA double-strand breaks in eukaryotic cells / J-P. Nougayrede, S. Homburg, F. Taieb [et al.]. - Text : electronic// Science. - 2006. - Vol. 313. - P. 848-851. M. Boury, Brzuszkiewicz E et al. 2006; 313:848-851. - URL:https:// doi: 10.1126/science. 1127059 (data accesses 18.04.2025).

89. Escherichia coli ykfE ORFan gene encodes a potent inhibitor of C-type lysozyme / V. Monchois, C. Abergel, J. Sturgis. [et al.]. - Text : electronic// J Biol Chem.

- 2001. - Vol. 276. - № 21. - P. 18437-18441. -URL:https://doi:10.1074/jbc.M010297200 (data accesses 18.04.2025).

90. Ewing W. H. Edwards and Ewing's identification of Enterobacteriaceae. 4th edition. - New York City: Elsevier Science Publishing Co. Inc. 1986. - 536 p. - URL: https://www.cabidigitallibrary.org/doi/full/10.5555/19872036986 (data accessed : 14.04.2025).

91. Exploring Dangerous Connections between Klebsiella pneumoniae Biofilms and Healthcare-Associated Infections / M. Bandeira, P. A. Carvalho, A. Duarte. [et al.]. - Text : electronic // Pathogens. - 2014. - Vol. 3. - P. 720-731. - URL:https://doi: 10.3390/pathogens3030720 (data accesses 18.04.2025).

92. Functional Characterization of Inflammatory Bowel Disease-Associated Gut Dysbiosis in Gnotobiotic Mice / H. Nagao-Kitamoto, A. B. Shreiner, M. G. Gillilland 3rd. [et al.]. - Text : electronic//Cell Mol Gastroenterol Hepatol. - 2016. - Vol. 2. - №4.

- P. 468-481. - URL:https://doi:10.1016/j.jcmgh.2016.02.003 (data accesses 18.04.2025).

93. Function-related replacement of bacterial siderophore pathways / H. Bruns, M. Crüsemann, A. C. Letzel [et al.]. - Text : electronic // ISME J. - 2018. Vol 12. - № 2. - P. 320-329. - URL: https://doi:10.1038/ismej.2017.137 (data accesses 16.04.2025).

94. Functions of the siderophore esterases IroD andIroE in iron-salmochelin utilization / M. Zhu, M. Valdebenito,G. Winkelmann [et al.]. - Text : electronic // Microbiology. - 2005. - Vol. 151. P. 2363-2372. - URL:https://doi 10.1099/mic.0.27888-0 (date accesses 14.04.2025).

95. Genomic analysis of diversity, population structure, virulence, and antimicrobial resistance in Klebsiella pneumoniae, an urgent threat to public health / K. E. Holt, H. Wertheim, R. N. Zadoks [et al.]. - Text : electronic // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 2015. - Vol. 112. - P. 3574-3581. - URL:https:// DOI: 10.1073/pnas.1501049112 (date accesses 14.04.2025).

96. Genomic insights into virulence factors affecting tissue-invasive Klebsiella pneumoniae infection / T. Matono, M. Morita, N. Nakao [et al.]. - Text : electronic // Ann Clin Microbiol Antimicrob. - 2022. - Vol. 5. - № 1. - URL:https://doi: 10.1186/s12941-022-00494-7 (date accesses 14.04.2025).

97. Genotoxicity of Escherichia coli Nissle 1917 strain cannot be dissociated from its probiotic activity / M. Olier, I. Marcq, C. Salvador-Cartier [et al.]. - Text : electronic // Gut Microbes. - 2012. - Vol. 3. - P. 501-509. - URL:https:// doi: 10.4161/gmic.21737 (data accesses 14.04.2025).

98. Gut Microbiota and Colorectal Cancer Development: A Closer Look to the Adenoma-Carcinoma Sequence / M. Vacante, R. Ciuni, F. Basile [et al.]. - Text : electronic // Biomedicines. - 2020. - Vol. 8. - № 11. - URL: https:// doi:10.3390/biomedicines8110489 (data accesses 16.04.2025).

99. Hider, R.C. Chemistry and biology of siderophores / R.C. Hider, X. Kong - Text : electronic // Nat Prod Rep. - 2010. - Vol. 27. - № 5. P. 637-657. -- URL:https:// doi: 10.1039/b906679a. PMID: 20376388 (date accesses: 14.04.2025).

100. Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae / C. Lupp, M. L. Robertson, M. E. Wickham [et al.]. - Text : electronic // Cell Host Microbe. - 2007. - Vol. 2. -

URL:http://dx.doi.org/10.1016/j.chom.2007.08.002; PMID: 18030708 (data accesses 14.04.2025).

101. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae - clinical and molecular perspectives / J. E. Choby, J. Howard-Anderson, D. S. Weiss. - Text : electronic // J Intern Med. -202. - Vol. 287. - № 3. - P. 283-300. - URL:https://doi:10.1111/joim.13007 (date accesses 14.04.2025).

102. Identification of a bacterial inhibitor against g-type lysozyme / L. Vanderkelen, J. M V. Herreweghe, K. G. Vanoirbeek [et. al.]. - Text : electronic // Cell Mol Life Sci. - 2011. - Vol. 68. - № 6. - P. 1053-1064. - URL: :https://doi: 10.1007/s00018-010-0507-3 (data accesses 16.04.2025).

103. Insight into the binding mechanism of rutin and lysozyme: Based on spectroscopy and molecular simulation technology // L. Liu, L. Yang, H. Chen. [et. al.]. - Text : electronic // Food Chemistry. - 2025. - Vol. 474. - P. 143-176. - URL: https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2025.143176 (data accesses 16.04.2025).

104. Insights into evolution and coexistence of the colibactin- and yersiniabactin secondary metabolite determinants in enterobacterial populations /H. Wami, A. Wallenstein, D. Sauer. - Text : electronic // Microbial genomics. - 2021. - Vol. 7. -URL:https://doi:10.1099/mgen.0.000577 (data accesses 14.04.2025).

105. Interplay between siderophores and colibactin genotoxin biosynthetic pathways in Escherichia coli / P. Martin, I. Marcq, G. Magistro [et al.]. - Text : electronic // PLoS Pathog. - 2013. - Vol. 9. - № 7. - URL:http://doi: 10.1371/journal.ppat.1003437 (data accesses 16.04.2025).

106. Iron homeostasis regulates the genotoxicity of Escherichia coli producing colibactin / S. Tronnet, C. Garcie, N. Rehm [et al.]. - Text : electronic// Infect Immun. -2016. - Vol. 84. - P. 3358-3368. - URL:https://doi: 10.1128/IAI.00659-16 (data accesses 16.04.2025).

107. Is 16S rDNA a reliable phylogenetic marker to characterize relationships below the family level in the enterobacteriaceae? / M. Naum, E. W. Brown, R. J. Mason-Gamer. - Text : electronic // J Mol Evol. - 2008. - Vol. 66. - № 6. - P. 630-642. -URL:https://doi:10.1007/s00239-008-9115-3 (data accesses 18.04.2025).

108. Klebsiella pneumoniae: Virulence, Biofilm and Antimicrobial Resistance / E.T.Piperaki, G.A. Syrogiannopoulos, L.S. Tzouvelekis [et. al.]. - Text : electronic // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2017. - Vol. 36. - P. 1002-1005. - URL:https:// DOI: 10.1097/INF.0000000000001675 (date accesses: 14.04.2025).

109. Klebsiella species: Taxonomy, hypervirulence and multidrug resistance / N. Dong, X. Yang, E. W.-C. Chan [et al.]. - Text : electronic // eBioMedicine. - 2022. -Vol. 79. - URL:https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.103998 (data accesses 14.04.2025).

110. Koraimann, G. Spread and Persistence of Virulence and Antibiotic Resistance Genes: A Ride on the F Plasmid Conjugation Module / G. Koraimann. - Text : electronic // EcoSal. Plus. - 2018. - Vol. - 8. - № 1. - 2018; 8(1). - URL:https:// doi: 10.1128/ecosalplus.ESP-0003-2018. PMID: 30022749 (data accesses 16.04.2025).

111. Lam, M.M.C., A genomic surveillance framework and genotyping tool for Klebsiella pneumoniae and its related species complex / M.M.C. Lam, R.R Wick,., S.C. Watts [et al.]. - Text : electronic // Nat Commun. - 2021. - Vol. 12. -URL:https://doi.org/10.1038/s41467-021-24448-3 (data accesses 16.04.2025).

112. Lipoprotein LprI of Mycobacterium tuberculosis Acts as a Lysozyme Inhibitor / D. Sethi, S. Mahajan, C. Singh [et. al.]. - Text : electronic// Journal of Biological Chemistry. - 2016. - Vol. 291. - № 6. - P.2938-2953. -URL:https://doi.org/10.1074/jbc.M115.662593 (data accesses 16.04.2025).

113. Liu, C. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae (hypermucoviscous and aerobactin positive) infection over 6 years in the elderly in China: antimicrobial resistance patterns, molecular epidemiology and risk factor / C. Liu, J. Guo. - Text : electronic // Ann Clin Microbiol Antimicrob. - 2019. - Vol. 18. - №1. -URL:https://doi:10.1186/s12941-018-0302-9 (date accesses 14.04.2025).

114. Manipulating virulence factor availability can have complex consequences for infections / M. Weigert, A. Ross-Gillespie, A. Leinweber. - Text : electronic // Evol Appl. - 2016. - Vol. 10. - P. 91-101. - URL: https://doi:10.1111/eva.12431 (data accesses 16.04.2025).

115. Martin, R. M. Colonization, Infection, and the Accessory Genome of Klebsiella pneumoniae / R. M. Martin, M.A. Bachman. - Text : electronic // Front. Cell. Infect. Microbiol. - 2018. - Vol. 8. - № 4. - URL:https:// 10.3389/fcimb.2018.00004 (date accesses: 14.04.2025).

116. Mdt(A), a New Efflux Protein Conferring Multiple Antibiotic Resistance in Lactococcus lactis and Escherichia coli / V. Perreten , F. V. Schwarz, M. Teuber [et al.]. - Text : electronic// Antimicrob Agents Chemother. - 2001. - Vol. 45. -URL:https://doi.org/10.1128/aac.45.4.1109-1114.2001 (data accesses 16.04.2025).

117. Microbial siderophores and their potential applications: a review / M. Saha, S. Sarkar, B. Sarkar [et al.]. - Text : electronic // Environ Sci Pollut Res Int. - 2016. -Vol. 23. - № 5. P. 3984-3499. - URL:https://doi: 10.1007/s11356-015-4294-0 (date accesses 14.04.2025).

118. Miethke, M. Siderophore-based iron acquisition and pathogen control / M. Miethke, M. A. Marahiel. - Text : electronic // Microbiol Mol Biol Rev. - 2007. -Vol.71. - P.413-451 - URL:https:// DOI: 10.1128/MMBR.00012-07 (date accesses: 14.04.2025).

119. Mitophagy con-fers resistance to siderophore-mediated killing by Pseudomonas aeruginosa / N. V. Kirienko, F. M. Ausubel, G. Ruvkun. - Text : electronic // Proc. Natl Acad. Sci. USA. - 2015. - Vol. 112. - № 6. - P. 1821-1826. -URL:https://D0I:10.1073/pnas.1424954112 (date accesses: 14.04.2025).

120. Molecular mechanisms of Escherichia coli pathogenicity / M. A. Croxen, B. B. Finlay. - Text : electronic // Nat Rev Microbiol. - 2010. - V.8. - №1. P.26-38. -URL:https:// doi: 10.1038/nrmicro2265 (date accessed: 14.04.2025).

121. Motility of Acinetobacter baumannii: regulatory systems and controlling strategies / G. J. Jeong, F. Khan, N. Tabassum [et al.]. - Text : electronic // Appl Microbiol Biotechnol. - 2024. - Vol. 3. - URL:https://doi.org/10.1007/s00253-023-12975-6 (data accesses 16.04.2025).

122. Multi-functional analysis of Klebsiella pneumoniae fimbrial types in adherence and biofilm formation / M. D. Alcantar-Curiel, D. Blackburn, Z. Saldana. [et

al.]. - Text : electronic// Virulence. - 2013. - Vol. 4. - № 2. - P. 129-138. -URL:https://doi: 10.4161/viru.22974 (data accesses 18.04.2025).

123. Nairz, M. Iron in infection and immunity / M. Nairz, G. Weiss. - Text : electronic // Mol Aspects Med. - 2005. - Vol. 75. -URL:https://doi:10.1016/j.mam.2020.100864 (date accesses: 14.04.2025).

124. Nakouti, I. Incorporation of L-lysine and 2,2'-dipyridyl in the growth media promotes desferrioxamine E production by an actinobacterium / I. Nakouti, G. Hobbs. -Text : electronic // World J Microbiol Biotechnol. - 2014. - Vol. 30. - № 1. - P. 331-334.

- URL:http://doi: 10.1007/s11274-013-1425-y (data accesses 16.04.2025).

125. Navon-Venezia, S. Klebsiella pneumoniae: A major worldwide source and shuttle for antibiotic resistance / S. Navon-Venezia, K. Kondratyeva, A. Carattoli. - Text : electronic // FEMS Microbiol. Rev. - 2017. - Vol. 41. - P. 252-275. - URL:https:// 10.1093/femsre/fux013 (date accesses: 14.04.2025).

126. Negative interactions andvirulence differences drive the dynamics inmultispecies bacterial infections / D. A. Schmitz, R. C. Allen, R. Kümmerli. - Text : electronic // Proc Biol Sci. - 2023. - Vol. 290. - URL: https://doi: 10.1098/rspb.2023.1119 (data accesses 16.04.2025).

127. Neilands, J. B. Microbial iron compounds / J. B. Neilands, Annu. - Text : electronic // Rev. Biochem. - 1981. - Vol.50. - P. 715-731. - URL:https://doi: 10.1146/annurev.bi.50.070181.003435 (date accesses 14.04.2025).

128. OToole, G.A. Biofilm formation as microbial development / G.A. OToole

- Text : electronic// Ann Rev Microbiol. - 1999. - № 54. - P. 49-79. - URL:http://doi: 10.1146/annurev.micro.54.1.49 (data accesses 16.04.2025).

129. Paczosa, M.K. Klebsiella pneumoniae: Going on the Offense with a Strong Defense / M. K. Paczosa, J. Mecsas. - Text : electronic // Microbiol Mol Biol Rev 80. -2016. - Vol. 80. - № 3. - P. 629-661. - URL:https://https://doi.org/10.1128/mmbr.00078-15 (date accesses 14.04.2025).

130. Pakarian, P. A novel set of vectors for Fur-controlled protein expression under iron deprivation in Escherichia coli / P. Pakarian, P.D. Pawelek. - Text :

electronic// BMC Biotechnol. - 2016. - V. 16. - URL:http:// doi: 10.1186/s12896-016-0298-1 (data accesses 16.04.2025).

131. Paul, A. Characterization of Protein Involve in Nitrogen Fixation and Estimation of CO Factor / A. Paul, R. Dubey. - Text : electronic // nternational Journal of Advanced Biotechnology and Research. - 2014. - Vol. 5. - P. 582-597. - URL:https:// https ://bipublication.com/files/IJABR-V5I4 -2014-4.pdf (date accesses 14.04.2025).

132. Photoactive siderophores: Structure, function and biology / A. Butler, T. Harder, A. D. Ostrowski [et al.]. - Text : electronic // Biochem. - 2021. - Vol. 221. -URL:https://doi:10.1016/j.jinorgbio.2021.111457 (data accesses: 14.04.2025).

133. Podschun, R. Klebsiella spp. as nosocomial pathogens: epidemiology, taxonomy, typing methods, and pathogenicity factors / R. Podschun, U. Ullmann. - Text : electronic // Clin Microbiol Rev. - 1998. - Vol. 11. - № 4. - P. 589-603. -URL:https://doi: 10.1128/CMR.11.4.589 (data accesses 16.04.2025).

134. Population genomics of Klebsiella pneumoniae / K. L. Wyres, M. M. Lam, K. E. Holt. - Text : electronic // Nat. Rev. Microbiol. - 2020. - Vol. 18. - P. 344-359.

- URL:https:// doi: 10.1038/s41579-019-0315-1 (date accesses 14.04.2025).

135. Prestinaci, F. Antimicrobial resistance: a global multifaceted phenomenon / F. Prestinaci, P. Pezzotti, A. Pantosti - Text : electronic// Pathogens and Global Health.

- 2015. - Vol. 109. - P. 309 - 318. - URL:https:// doi:10.1179/2047773215Y.0000000030 (data accesses 18.04.2025).

136. Prevalence and pathologic effects of colibactin and cytotoxic necrotizing factor-1 (Cnf 1) in Escherichia coli: experimental and bioinformatics analyses / R. N. Morgan, S. E. Saleh, H. A. Farrag [et al.]. - Text : electronic// Gut Pathog. - 2019. - Vol. 11. - URL:https:// doi:10.1186/s13099-019-0304-y

137. Production of desferrioxamine B (Desferal) using corn steep liquor in Streptomyces pilosus / M. Chiani, A. Akbarzadeh, A. Farhangi [et al.]. - Text : electronic // Pak J Biol Sci. - 2010. - Vol. 13. - P. 1151-1155. - URL:http://doi: 10.3923/pjbs.2010.1151.1155 (data accesses 16.04.2025).

138. Pyocyanin-enhanced neutrophil extracellular trap formation requires the NADPH oxidase / B. Rada, M. A. Jendrysik, L. Pang [et al.]. - Text : electronic // PLoS

One. - 2013. - Vol. 8. - №1. -- URL:https://DOI:10.1371/journal.pone.0054205 (date accesses: 14.04.2025).

139. Pyoverdine, a siderophore from Pseudomonas aeruginosa, translocates into C. elegans, removes iron, and activates a distinct host response / D. Kang, D. R. Kirienkoa, P. Webster. - Text : electronic // Virulence. - 2018. - Vol. 9. - P. 804-817.

- URL: https://doi.org/10.1080/21505594.2018.1449508 (data accesses 16.04.2025).

140. Qi, B. Microbial Siderophore Enterobactin Promotes Mitochondrial Iron Uptake and Development of the Host via Interaction with ATP Synthase / B. Qi, H. Min.

- Text : electronic // Cell. - 2018. - Vol.175. - № 2. - P. 571-582. - URL: https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.07.032 (data accesses 16.04.2025).

141. Rapid and simple determination of the Escherichia coli phylogenetic group / O. Clermont, S. Bonacorsi, E. Bingen. - Text : electronic // Appl Environ Microbiol. -2000. - Vol. 66. - P. 4555-4558. - 2000. 66:4555-4558. - URL:https://doi: 10.1128/AEM.66.10.4555-4558.2000 (data accesses 18.04.2025).

142. Recent advances in understanding enteric pathogenic Escherichia coli / M. A. Croxen, R.J. Law, R. Scholz [et. al.]. - Text : electronic // Clin Microbiol Rev. - 2013.

- Vol. 26. - №4. - URL:https:// doi: 10.1128/CMR.00022-13 (date accessed: 14.04.2025).

143. Remodulation of bacterial transcriptome after acquisition of foreign DNA: the case of irp-HPI high-pathogenicity island in Vibrio anguillarum / M. A. Lages, A. do Vale, M. L. Lemos [et al.]. - Text : electronic // ASM Journals. - 2024. - Vol. 9. - № 1.

- URL:https://doi.org/10.1128/msphere.00596-23 (data accesses 16.04.2025).

144. Rolhion, N. When pathogenic bacteria meet the intestinal microbiota /N. Rolhion, B. Chassaing. - Text : electronic // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. -2016. - Vol. 371. - URL: https://doi:10.1098/rstb.2015.0504 (data accesses 16.04.2025).

145. Russo, T. A. Aerobactin Synthesis Proteins as Antivirulence Targets in Hypervirulent Klebsiella pneumoniae / T. A. Russo, A. M. Gulick. - Text : electronic // ACS Infect Dis. - 2019. - Vol. 5. - № 7. - P. 1052-1054. - URL:https://doi: 10.1021/acsinfecdis.9b00117 (date accesses 14.04.2025).

146. Russo, T.A. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae / T.A. Russo, C.M. Marr.

- Text : electronic // Clin Microbiol Rev. - 2019. - Vol. 32. - №3. -URL:https:// 10.1128/CMR.00001-19 (date accesses: 14.04.2025).

147. Schaberg, D. R. Major trends in the microbial etiology of nosocomial infection / D. R. Schaberg, D. H. Culver, R. P. Gaynes. - Text : electronic // Am J Med.

- 1991. - Vol. 91. - P. 72-75. - URL: https://doi:10.1016/0002-9343(91)90346 (date accessed: 14.04.2025).

148. Schalk, I. J. Bacterial siderophores: diversity, uptake pathways and applications / I. J. Schalk. - Text : electronic // Nat Rev Microbiol. - 2025. - Vol. 23. -№1. - P. 23-40. - URL:https://doi: 10.1038/s41579-024-01090-6 (date accesses 14.04.2025).

149. Schwyn, B. Universal chemical assay for the detection and determination of siderophores / B. Schwyn, J. B Neilands. - Text : electronic// Anal Biochem. - 1987. -Vol. 160. - № 1. - P. 47-56. - URL:http://doi: 10.1016/0003-2697(87)90612-9 (data accesses 16.04.2025).

150. Siderophore Production by Rhizosphere Biological Control Bacteria Brevibacillus brevis GZDF3 of Pinellia ternata and Its Antifungal Effects on Candida albicans / M. M. Sheng, H. K. Jia, G.Y. Zhang [et al.]. - Text : electronic// Microbiol Biotechnol. - 2020. - Vol. 30. - № 5. - P. 6878-699. - URL:http:// doi: 10.4014/jmb.1910.10066 (data accesses 16.04.2025).

151. Siderophore-based microbial adaptations to iron scarcity across the eastern Pacific Ocean / R. M. Boiteau, D. R. Mende, N. J. Hawco [et al.]. - Text : electronic // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2016. - Vol.113. - P.14237-14242. - URL:https:// DOI: 10.1073/pnas.1608594113 (date accesses: 14.04.2025).

152. Siderophore-Mediated Iron Transport in Bacillus subtilis and Corynebacterium glutamicum / E. A. Dertz, A. Stintzi, K. N. Raymond. - Text : electronic // Journal of Biological Inorganic Chemistry. - 2006. - Vol. 4. - №13. - P. 1087-1097. - URL:http://doi.org/10.1007/s00775-006-0151-4 (date accesses 14.04.2025).

153. Siderophores: an alternative bioremediation strategy? / Z. Roskova, R. Skarohlid, L. McGachy. - Text : electronic //Sci Total Environ. - 2022. - Vol. 819. -URL: https://doi:10.1016/j.scitotenv.2022.153144 (data accesses 16.04.2025).

154. Siderophores: From natural roles to potential applications / M. Albelda-Berenguer, M. Monachon, E. Joseph. - Text : electronic // Adv Appl Microbiol. - 2019. - Vol. 106. - C. 193-225. - URL:http://doi:10.1016/bs.aambs.2018.12.001 (data accesses 16.04.2025).

155. Siderophores: Importance in bacterial pathogenesis and applications in medicine and industry / B. Khasheii, P. Mahmoodi, A. Mohammadzadeh - Text : electronic // Microbiol Res. - 2021, - Vol. 250. - URL:https://doi: 10.1016/j.micres.2021.126790 (date accesses 14.04.2025).

156. Signature-tagged mutagenesis of Klebsiella pneumoniae to identify genes that influence biofilm formation on extracellular matrix material / J. D. Boddicker, R. A. Anderson, J. Jagnow. [et al.]. - Text : electronic// Infect Immun. - 2006. - Vol. 74. - P. 4590-4597. - URL:https:// doi: 10.1128/IAI.00129-06 (data accesses 18.04.2025).

157. Synthesis and biological activity of pyochelin, a siderophore of Pseudomonas aeruginosa / R. G. Ankenbauer, T. Toyokuni, A. Staley [et al.]. - Text : electronic// 1988. J Bacteriol. - 1988. - Vol. 170. - P. 5344-5351. - URL:http:// doi: 10.1128/jb.170.11.5344-5351.1988 (data accesses 16.04.2025).

158. Tailoring a Global Iron Regulon to a Uropathogen / R. Banerjee, E. Weisenhorn, K. J. Schwartz. [et al.]. - Text : electronic// mBio. - 2020. - Vol. 11. - № 2. - URL:https://doi:10.1128/mBio.00351-20

159. The alternative role of enterobactin as an oxidative stress protector allows Escherichia coli colony development / C. Adler, N. S. Corbalan, D. R. Peralta. - Text : electronic // PLoS One. - 2014. - Vol. 9. - №1. --URL:https://DOI:10.1371/journal.pone.0084734 (date accesses: 14.04.2025).

160. The Characteristic of Virulence, Biofilm and Antibiotic Resistance of Klebsiella pneumoniae / G. Wang, G. Zhao, X. Chao [et. al.]. - Text : electronic // Int. J. Environ. Res. Public Health. - 2020. - Vol. 17. - P. 62-78. - URL: https://doi.org/10.3390/ijerph17176278 (date accesses: 14.04.2025).

161. The characterization of functions involved in the establishment and maturation of Klebsiella pneumoniae in vitro biofilm reveals dual roles for surface exopolysaccharides / D. Balestrino, J. M. Ghigo, N. Charbonnel. [et al.]. - Text : electronic// Environ Microbiol. - 2008. - Vol. 10. - P. 685-701. 2008;10(3):685-701. -URL:https://doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01491.x (data accesses 18.04.2025).

162. The effect of synthetic iron chelators on bacterial growth in human serum / J. H. Brock, J. Liceaga, G.J. Kontoghiorghes. - Text : electronic // FEMS Microbiol Immunol. - 1988. - Vol. 1. - P. 55-60. - URL:http://doi: 10.1111/j.1574-6968.1988.tb02490.x (data accesses 16.04.2025).

163. The iron (III) coordinating properties of citrate and a-hydroxycarboxylate containing siderophores / R.C. Hider, A. M. N. Silva, A. Cilibrizzi. - Text : electronic // Biometals. - 2024. - URL:https://doi.org/10.1007/s10534-024-00607-z (date accesses: 14.04.2025).

164. The link between phylogeny and virulence in Escherichia coli extraintestinal infection / B. Picard, J. S. Garcia, S. Gouriou. - Text : electronic // Infect Immun. - 1999. - Vol. 67. - P. 546-553. - URL:https:// doi: 10.1128/IAI.67.2.546-553.1999 (data accesses 18.04.2025).

165. The plasmid-encoded regulator activates factors conferring lysozyme resistance on enteropathogenic Escherichia coli strains / N. Salinger, B. Kokona, R. Fairman [et al.]. - Text : electronic //Appl Environ Microbiol. - 2009. - Vol. 75. - P. 275-280. - URL:https://doi: 10.1128/AEM.01734-08 (data accesses 14.04.2025).

166. The population genetics of pathogenic Escherichia coli / E. Denamur, O. Clermont, S. Bonacorsi [et al.]. - Text : electronic // Nat Rev Microbiol. - 2021. - Vol. 19. - № 1. - C. 37-54. 2021;19(1):37-54. - URL:http://doi:10.1038/s41579-020-0416-x (data accesses 16.04.2025).

167. The Rapid Synthesis of Colibactin Warhead Model Compounds Using New Metal-Free Photocatalytic Cyclopropanation Reactions Facilitates the Investigation of Biological Mechanisms / A. Bosveli, N. Griboura, I. Kampouropoulos [et al.]. - Text : electronic // Chemistry a European Journal. - 2023. -V.29. - №56. -URL:https://doi.org/10.1002/chem.202301713 (data accesses 14.04.2025).

168. The Yersiniabactin Biosynthetic Gene Cluster of Yersinia enterocolitica: Organization and Siderophore-Dependent Regulation / C. Pelludat, A. Rakin, C. A. [et al.]. - Text : electronic// Journal of Bacteriology. - 1998. - Vol. 180. - P. 538-546. -URL:http:// doi:10.1128/JB.180.3.538-546.1998 (data accesses 16.04.2025).

169. Two Polyketides Intertwined in Complex Regulation: Posttranscriptional CsrA-Mediated Control of Colibactin and Yersiniabactin Synthesis in Escherichia coli / N. Rehm, A. Wallenstein, M. Keizers [et al.]. - Text : electronic//mBio. - 2021. - Vol. 13. - № 1. - URL:http://doi:10.1128/mbio.03814-21 (data accesses 16.04.2025).

170. Ullah, I. Key players in the regulation of iron homeostasis at the host-pathogen interface / I. Ullah, M. Lang. - Text : electronic // Front Immunol. - 2023. -Vol. 14. - URL: doi: 10.3389/fimmu.2023.1279826 (data accesses 16.04.2025).

171. Variation in siderophore biosynthetic gene distribution and production across environmental and faecal populations of Escherichia coli / L. J. Searle, G. Méric, I. Porcelli [et al.]. - Text : electronic // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - № 3. - URL:http:// doi: 10.1371/journal.pone.0117906 (data accesses 16.04.2025).

172. Vera-Aviles, M., Moreno-Fernandez, J., Kose, T. et al. Effect of histidine and carnosine on haemoglobin recovery in anaemia induced-kidney damage and iron-loading mouse models / M.Vera-Aviles, J. Moreno-Fernandez, T. Kose, et al. [et al.]. -Text : electronic // Amino Acids. - 2025. - Vol. 57. - №26. -URL:https://doi.org/10.1007/s00726-025-03451-8 (data accesses 16.04.2025).

173. Vinuesa, V. McConnell, M.J. Recent Advances in Iron Chelation and Gallium-Based Therapies for Antibiotic Resistant Bacterial Infections / V. Vinuesa, M. J. McConnell. - Text : electronic // Int. J. Mol. Sci. - 2021. - Vol. 22. - № 6. - URL: https://doi.org/10.3390/ijms22062876 (data accesses 16.04.2025).

174. Virulent clones of Klebsiella pneumoniae: Identification and evolutionary scenario based on genomic and phenotypic characterization / S. Brisse, C. Fevre, V. Passet [et al.]. - Text : electronic // PLoS ONE. - 2009. - Vol. 4. - № 3. - URL:https:// https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004982 (date accesses 14.04.2025).

175. Whole genome sequencing analysis of avian pathogenic Escherichia coli from China / X. Chen, W. Liu, H. Li [et al.]. - Text : electronic // Vet Microbiol. - 2021.

- Vol. 259. - URL:https:// doi: 10.1016/j.vetmic.2021.109158 (data accesses 14.04.2025).

176. Wyres, K. L. Klebsiella pneumoniae as a key trafficker of drug re-sistance genes from environmental to clinically important bacteria / K. L. Wyres, K. E. Holt. -Text : electronic // Curr Opin Microbiol. - 2018. - Vol. 45. - P. 131-139. - URL: https:// doi: 10.1016/j.mib.2018.04.004 (data accesses 16.04.2025).

177. Yarets, Y. I., Pathogenic potential of ESKAPE group bacteria isolated from wounds: characterization of phenotypic and genotypic markers and possibility of their practical application. - Text : electronic // Journal of the Grodno State Medical University. - 2022. - Vol. 20. - № 4. - P. 400-413. - URL: https: // D0I:10.25298/2221-8785-2022-20-4-400-413 (date accessed: 14.04.2025).

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Здвижкова, И.А. Скрининг генетических детерминант патогенного потенциала энтеробактерий / И. А. Здвижкова, С. В. Андрющенко. - Текст : непосредственный // Вестник Оренбургского государственного университета. -2017. - № 9. - С. 57 - 61. (РИНЦ)

2. Draft genome sequence of Klebsiella pneumoniae strain ICIS-278_PBV, isolated from the feces of a healthy 59-year-old man from Orenburg, Russia / S. V. Andryuschenko, I. A. Zdvizhkova, N. B. Perunova, O. V. Bukharin. - Text : electronic // Microbiology Resource Announcements. - 2018. - Vol. 6. - № 27 (Scopus Q3)

3. Анализ антибиотикорезистентности клинических изолятов Es^en^ia coli с генетическими детерминантами clbBN и iucBC / О. В. Бухарин, Е. В. Иванова, И. А. Здвижкова, Н. Б. Перунова. - Текст : непосредственный //Клиническая лабораторная диагностика.- 2023. - Т. 68. - №8. - С. 489-495 (Scopus Q3)

4. Видовой состав и антибиотикорезистентность энтеробактерий, изолированных из различных биотопов организма человека / Н. Б. Перунова, Е. В.

Иванова, А. В. Бекпергенова, Т. А. Бондаренко, И. А. Здвижкова, Т. Х. Тимохина, А. А. Марков. - Текст : непосредственный // Бюллетень Оренбургского научного центра УрО РАН. - 2023. - С. 1-10 (РИНЦ).

5. Синергидная активность лизоцима и карнозина с антимикробными препаратами в отношении Klebsiella pneumoniae / О. В. Бухарин, Е. В. Иванова, И.

A. Здвижкова. - Текст : непосредственный // Вестник Российской академии наук. 2024. - Т. 94. - №4. - C. 358-365 (RSCI, приравнивается к К1).

6. Персистентный профиль штаммов Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae с генетическими детерминантами хелаторов железа / О. В. Бухарин, Е.

B. Иванова, Н. Б. Перунова, Здвижкова И. А. - Текст : непосредственный // Микробиология. - 2025. - Т. 94. - № 94. - С. 157-164 (RSCI, приравнивается к К1)

7. Структура распределения генетических детерминант хелаторов железа среди кишечных штаммов энтеробактерий, изолированных от жителей оренбургской и тюменской областей / И.А. Здвижкова, Е.В. Иванова, М.В. Николенко, Д.С.Сивкова, Т.Х. Тимохина - Текст : электронный // Бюллетень Оренбургского научного центра УрО РАН. - 2025. - С. 1: 15c.- URL:https:// doi: 10.24411/2304-9081-2025-11002 (РИНЦ).

8. Здвижкова, И.А. Анализ генетических детерминант патогенности и персистенции штаммов Escherichia coli М-17 и LEGM-18 по результатам полногеномного секвенирования / И.А. Здвижкова, Е.В. Иванова / XXVIII Кашкинские чтения: сборник тезисов, Санкт-Петербург, 5-6 июня 2025 // Проблемы медицинской микологии. - Т. 27. - № 2. - 2025. - С. 143

9. Патент N 2662930 Российская Федерация. МПК C12Q 1/6806, Система мониторинга патогенного потенциала энтеробактерий методом полимеразной цепной реакции: № 2017119197/10 (033289); заявл. 01.06.2017; опубликовано 31.07.2018 / Андрющенко С. В., Здвижкова И. А., Перунова Н. Б., Бухарин О. В., Котова Е. В., Степанова Т. Ф., Катаева Л. В.; заявитель и патентообладатель: ИКВС УрО РАН. 9с. : ил. - Текст : непосредственный.