Горизонтальный перенос генов устойчивости к соединениям ртути и антибиотикам в природных популяциях палеобактерий тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, доктор биологических наук Петрова, Майя Александровна

• Петрова, Майя Александровна
• доктор биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации доктор биологических наук Петрова, Майя Александровна

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. ОБНАРУЖЕНИЕ ЖИЗНЕСПОСОБНЫХ БАКТЕРИЙ В МНОГОЛЕТНЕМЁРЗ ЛЫХ ОТЛОЖЕНИЯХ

2. ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС ГЕНОВ

3. ДЕТЕРМИНАНТЫ УСТОЙЧИВОСТИ К СОЕДИНЕНИЯМ РТУТИ И ИХ ГОРИЗНОТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС

3.1. Содержание устойчивых к соединениям ртути бактерий в природных популяциях

3.2. Механизмы устойчивости к ртути

3.3. Строение /нег-оперонов и их распространение в природных популяциях

бактерий

3.3.1. Мозаичная структура тег-оперонов и их распространение в природных популяциях

3.4. Участие плазмид в переносе детерминант устойчивости к ртути

3.5. Транспозоны устойчивости к ртути

3.5.1. Транспозоны семейства ТпЗ

3.5.1.1. Транспозоны из подгруппы Тп2У

3.5.1.2. Транспозоны из подгруппы Тп5041

3.5.1.3. Транспозоны из подгруппы Тп5044

3.5.1.4. Транспозоны из подгруппы Тп5070

3.5.2. Транспозоны Тп5053/Тп402 семейства

3.5.3. Транспозоны грамположительных бактерий

3.5.4. Рекомбинантные /нег-транспозоны и механизмы их образования

3.5.5. Распространение /не/'-транспозонов и их горизнотальный перенос

4. ПРОИСХОЖДЕНИЕ, ЭВОЛЮЦИЯ И ГОРИЗОНТАЛЬНЫЙ ПЕРЕНОС ГЕНОВ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ

4.1. Возникновение проблемы лекарственной устойчивости

4.2. Биохимические механизмы устойчивости к антибиотикам

4.2.1. Энзиматическая инактивация

4.2.2. Модификация молекулы мишени

4.2.3. Ограничение доступа антибиотика к мишени

4.2.4. Другие механизмы устойчивости

4.2.5. Многообразие механизмов устойчивости бактерий к одному антибиотику

4.3. Разнообразие генов устойчивости к антибиотикам

4.4. Происхождение детерминант устойчивости к антибиотикам

4.4.1. Сравнительный анализ структуры генов продуцентов-антибиотиков и генов клинических штаммов бактерий

4.4.2. Происхождение детерминант устойчивости к антибиотикам от хромосомных генов домашнего хозяйства (house-keeping genes)

4.5. Горзонтальный перенос генов устойчивости к антибиотикам

4.5.1. Классические IS-элементы и составные транспозоны

4.5.2. \SEcpl и родственные элементы

4.5.3. ISC7? элементы

4.5.4. Роль транспозонов в распространении генов устойчивости к антибиотикам

4.5.4.1. Гены устойчивости к стрептомицину и роль транспозона Тп5393 и его производных в их распространении

4.5.5. Интегроны и их роль в распространении множественной лекарственной устойчивости

4.5.5.1. Общие свойства интегронов

4.5.5.2. Классы мобильных ишпегронов

4.5.5.3. Проксхоз/сдепие генных кассет

4.5.5.4. Распространение мобильных ишпегронов и их роль в обеспечении

множественной лекарственной устойчивости

4.5.6. Плазмиды и их эволюция

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. ОТБОР И ДОСТАВКА ОБРАЗЦОВ

2. ХАРАКТЕРИСТИКА ОБРАЗЦОВ

3. ПИТАТЕЛЬНЫЕ СРЕДЫ И АНТИБИОТИКИ

4. МЕТОДЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЧИСЛЕННОСТИ И КАЧЕСТВЕННОГО СОСТАВА МИКРООРГАНИЗМОВ, УСТОЙЧИВЫХ К РТУТИ И АНТИБИОТИКАМ

5. ВЫДЕЛЕНИЕ И ИДЕНТИФИКАЦИЯ ЧИСТЫХ КУЛЬТУР

6. ЛАБОРАТОРНЫЕ ШТАММЫ БАКТЕРИЙ

7. ПЛАЗМИДЫ

8. ОПЫТЫ ПО КОНЪЮГАТИВНОМУ ПЕРЕНОСУ ПЛАЗМИД

9. ОПЫТЫ ПО ТРАНСПОЗИЦИИ

10. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ

10.1. Выделение геномной ДНК

10.2. Выделение плазмидной ДНК для ссквенированпя

10.3. Упрощенное приготовление препаратов геномной ДНК для ПЦР

10.4. Элюция фрагментов ДНК из агарозы

10.5. Использованные праймеры

10.6. Очистка ПЦР продуктов

10.7. Зонды для гибридизации, использованныс в работе

10.8. Секвеннрование ДНК

11. БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. ВЫДЕЛЕНИЕ УСТОЙЧИВЫХ К РТУТИ БАКТЕРИЙ ИЗ МНОГОЛЕТНЕМЕРЗЛЫХ ОТЛОЖЕНИЙ

1.1. Гарантии древности бактерий, выделяемых из мерзлоты

1.2. Создание коллекции бактерий, устойчивых к соединениям ртути и антибиотикам

2. ПЕРВИЧНЫЙ АНАЛИЗ ДЕТЕРМИНАНТ УСТОЙЧИВОСТИ У ШТАММОВ МЕРЗЛОТНОЙ КОЛЛЕКЦИИ

2.1. Определение наличия шег-онерона в мезофильных штаммах древних бактерий

2.2. Идентификация генов устойчивости к стрептомицину

3. ЛОКАЛИЗАЦИЯ ДЕТЕРМИНАНТ УСТОЙЧИВОСТИ У ДРЕВНИХ БАКТЕРИЙ

3.1. Детерминанты устойчивости, локализованные на плазмидах

3.2. Поиск интегронов

3.3. Детерминанты устойчивости, входящие в состав транспозонов

3.3.1. Транспозоны подгруппы Тп5044

3.3.2. Транспозоны подгруппы Тп5041

3.3.3. Транспозоны подгруппы Тп2/

3.3.4. Транспозоны семейства Тп5053

4. ИССЛЕДОВАНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ РАНЕЕ НЕИЗВЕСТНЫХ ТРАНСПОЗОНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К РТУТИ

4.1. "Древний" транспозон Тп5060 - безинтегронный предшественник Тп21

4.2. Новый транспозон 1п5042\ его структура и распространение среди современных и древних бактерий

5. ХАРАКТЕРИСТИКА ТРАНСПОЗОНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К СТРЕПТОМИЦИНУ, РОДСТВЕННЫХ Тп5393

6. ИССЛЕДОВАНИЕ РАНЕЕ НЕИЗВЕСТНЫХ МОБИЛЬНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ, УЧАСТВУЮЩИХ В РАСПРОСТРАНЕНИИ ГЕНОВ УСТОЙЧИВОСТИ К АНТИБИОТИКАМ

6.1. Новый сложный транспозон Тп5045

6.2. Новый IS-элемент ISPpyl и его роль в перемещении генов устойчивости к антибиотикам

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Приложение 1. Использованные в диссертационнной работе штаммы бактерий,

выделенные из многолетнемёрзлых отложений

Приложение 2. Праймеры, использованные для обнаружения генов устойчивости к антибиотикам, компонентов интегронов, генов

траспозиционного модуля Тп5393

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Горизонтальный перенос генов устойчивости к соединениям ртути и антибиотикам в природных популяциях палеобактерий»

ВВЕДЕНИЕ

Посвящается светлой памяти Д.А. Гиличинского

Актуальность проблемы

Результаты многочисленных исследований полных геномов прокариот и эукариот свидетельствуют о существовании горизонтального переноса генов между разными видами и даже царствами живых организмов. В связи с этим механизмы эволюции предстают в совершенно ином свете. Биосфера теперь представляется единой информационной средой, в которой вирусы и другие мобильные элементы распространяют генетическую информацию. Особенно активно горизонтальный перенос происходит у прокариот. Получается, что любое "удачное изобретение" одного из видов бактерий становится доступным и может быть заимствовано всеми остальными, что позволяет им быстро адаптироваться к самым различным изменениям и неблагоприятным воздействиям внешней среды. Неприятными для человека последствиями такой способности бактерий являются возникновение новых патогенных штаммов у ранее непатогенных бактерий, а также быстрое распространение множественной устойчивости к антибиотикам среди клинических штаммов, что создает проблемы для медицины и вызывает уже сильную тревогу в связи с неэффективностью дальнейшего использования антибиотиков в лечебных целях (Gillings & Stokes, 2012; Millar, 2012).

Исследования механизмов горизонтального переноса и, в частности, механизмов возникновения и распространения множественной лекарственной устойчивости активно ведутся во многих лабораториях мира. Вопрос о масштабах и механизмах горизонтального переноса генов в природных популяциях представляет не только большой научный интерес с точки зрения исследования механизмов эволюции геномов бактерий, но имеет и прикладное значение в связи с необходимостью оценки риска интродукции бактерий, созданных методами генной инженерии, в природные экосистемы.

Несмотря на огромное количество работ, выполненных по этой теме, интерес к таким исследованиям не снижается. Следует отметить, что все современные теории, касающиеся происхождения как самих генов устойчивости к антибиотикам, так и мобильных элементов, участвующих в их горизонтальном переносе, в основном базируются на изучении клинических бактерий, которые живут в условиях сильного искусственного селективного давления, вызванного применением лекарственных препаратов. Несомненно, что для их подтверждения необходимо изучение природных бактерий. Но таких работ крайне мало. К тому же, по мнению самих исследователей, в этих случаях нельзя исключить возможности вторичного занесения детерминант устойчивости, например из больниц или фермерских хозяйств, что не позволяет делать однозначных выводов из этих исследований (Davies, 1997; D'Costa et al., 2006). Очевидно одно, что проблема антибиотикорезистентности среди клинически значимых микроорганизмов уходит своими корнями в сложные экологические и эволюционные отношения между самими микроорганизмами, сложившиеся задолго до появления человека как биологического вида.

В лаборатории молекулярных основ генетики (ЛМГМ) ИМГ РАН на протяжении многих лет на примере детерминант устойчивости к соединениям ртути велось изучение горизонтального переноса генов среди бактерий из природных источников. Было показано, что в природных популяциях обнаруживается сравнительно небольшое число одних и тех же типов ртутных транспозонов и /яег-оперонов, составляющих общий генофонд различных групп грамотрицательных бактерий на всей планете. В связи с этими данными возник вопрос: не является ли такое доминирование небольшого числа детерминант устойчивости в природных микробоценозах следствием антропогенного загрязнения биосферы. С другой стороны, гены устойчивости к ртути и антибиотикам часто входят в состав одних и тех же R-плазмид и транспозонов, преимущественно из подгруппы Тп21 (Liebert et al., 1999), причем такие транспозоны обнаруживаются не

только в клинике, но и в природе. Из всего вышесказанного становится очевидным, что для разрешения всех вопросов, связанных с возникновением, эволюцией и распространением детерминант устойчивости как к ртути, так и к антибиотикам, необходимо исследовать бактерии из экосистем, никогда не подвергавшиеся антропогенному воздействию. Уникальную возможность для изучения всего комплекса проблем, связанных с происхождением детерминант устойчивости и механизмами их переноса у природных штаммов, предоставляют бактериальные сообщества из многолетнемерзлых отложений. К настоящему времени показано, что микробные сообщества, законсервированные естественным путем в толще мерзлых пород, способны сохранять жизнеспособность в течение тысяч и даже миллионов лет (Vorobyova et al., 1997). Часто в многолетнемерзлых грунтах содержание жизнеспособных бактерий не намного меньше, чем в современных тундровых почвах. Однако, несмотря на принципиальную значимость исследований устойчивых штаммов микроорганизмов из мерзлоты, до самого последнего времени их изучению почти не уделяли внимания. Были опубликованы только отдельные работы, свидетельствующие о присутствии устойчивых к антибиотикам штаммов среди бактерий, выделенных из мерзлых осадков (Tiedje et al., 1994; Ponder et al., 2005). Однако каких-либо систематических исследований с целью сравнительного изучения детерминант устойчивости древних и современных бактерий до последнего времени не проводилось.

Цель работы и задачи исследования

Целью данной работы было сравнительное изучение детерминант устойчивости к ртути и антибиотикам древних (выделенных из многолетнемерзлых грунтов) и современных бактерий. В задачи данного исследования входило:

1. Выделить устойчивые к ртути и антибиотикам древние бактерии из образцов многолетнемерзлых отложений, дать их первичную характеристику и создать коллекцию штаммов палеобактерий.

2. Идентифицировать у штаммов из мерзлотной коллекции известные гены устойчивости к ртути и антибиотикам и несущие их транспозоны.

3. Выявить плазмиды, содержащие гены устойчивости к ртути и антибиотикам у штаммов палеобактерий.

4. Выделить активные транспозоны, содержащие гены устойчивости к ртути и антибиотикам из штаммов древних бактерий и охарактеризовать их.

5. Определить молекулярно-генетическую структуру ранее неизвестных транспозонов, обнаруженных у древних бактерий, и изучить их распространение.

6. Провести сравнительный анализ молекулярно-генетической структуры транспозонов древних и современных бактерий.

Научная новизна и практическая ценность работы

Впервые была создана и охарактеризована коллекция устойчивых к ртути и антибиотикам бактерий из многолетнемерзлых отложений. Штаммы из созданной коллекции используются в фундаментальных научных исследованиях не только в нашей лаборатории, но и в других российских и зарубежных научных коллективах (например Мтс1оск е1 а1., 2001; АгЬа1зку е1 а1., 2010 и др.). В настоящей работе показано значительное разнообразие детерминант устойчивости, содержащихся у штаммов этой коллекции. У древних бактерий обнаружены транспозоны, высокогомологичные широко распространённым современным природным транспозонам. В то же время у древних бактерий выявлены ранее неизвестные мобильные элементы. Так, впервые обнаружен и исследован простой транспозон, содержащий /??<?г-оперон, названный Тп5060, близкородственный гипотетическому предку сложного транспозона множественной лекарственной устойчивости Тп21, широко распространенного среди современных, в том числе и клинических, штаммов бактерий. Одновременно с ним в мерзлоте в составе ранее неизвестного комплексного транспозона Тп5045 обнаружен интегрон 1пС*, родственный гипотетическому предшественнику подгруппы современных интегронов 1п2-1п5, активно

участвующих в распространении множественной лекарственной устойчивости. Транспозон Тп5060 и интегрон 1пС* являются недостающими до этого звеньями в схемах происхождения и эволюции комплексных транспозонов множественной лекарственной устойчивости и содержащихся у них интегронов. Также нами обнаружен и охарактеризован ранее неизвестный ртутный транспозон Тп5042, транспозиционный модуль которого принадлежит к 1Б элементам. Показано, что Тп5042 является еще одним, ранее неизвестным, типом ртутных транспозонов, активно участвующих в горизонтальном переносе генов шег-оперона как среди древних, так и среди современных штаммов природных бактерий. В мерзлоте также обнаружен необычный по ряду свойств 18-элемент, \SPpyl, обладающий способностью к мобилизации с высокой частотой прилежащих к нему генов устойчивости к антибиотикам посредством одноконцевой транспозиции или путем формирования новых составных транспозонов. Результаты изучения Тп5042 и \SPpyl вносят существенный вклад в понимание роли 18-элементов в распространении различных детерминант устойчивости. Полученные данные свидетельствуют о том, что широко распространенные среди современных природных штаммов бактерий детерминанты устойчивости возникли и перемещались задолго до начала антропогенного загрязнения биосферы.

В целом полученные в ходе данного исследования новые научные данные значительно дополняют и уточняют существующие представления о происхождении и эволюции различных типов детерминант устойчивости и путях их распространения. Результаты работы могут быть использованы при составлении курсов лекций для студентов высших учебных заведений, обучающихся по специальностям в области общей генетики, молекулярной генетики и медицины.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Петрова, Майя Александровна

выводы

1. Впервые из многолетиемерзлых отложений выделена коллекция устойчивых к соединениям ртути и различным антибиотикам палеобактерий, относящихся к родам Pseudomonas, Xanthomonas, Stenotrophomonas, Acinetobacter, Brevundimonas, Psychrobacter, Plesiomonas, Sphingomonas, Paenibacillus, Exiguobacterium.

2. Продемонстрировано наличие у древних штаммов бактерий конъюгативных и неконъюгативных плазмид, содержащих тег-опероны и гены устойчивости к антибиотикам.

3. У Hg-r палеобактерий обнаружены все основные типы содержащих тег-оперон транспозонов, повсеместно распространенных среди современных природных бактерий, что свидетельствует об их широком распространении еще до начала антропогенного загрязнения биосферы.

4. В древнем штамме Pseudomonas sp. обнаружен простой транспозон Тп5060, практически идентичный гипотетическому предку, сложного MDR транспозона Тп21, что служит подтверждением гипотезы о происхождении сложных клинических MDR транспозонов подгруппы Тп21 от простого ртутного транспозона.

5. В штамме Pseudomonas fluorescens из мерзлоты обнаружен ртутный транспозон нового типа, названный Тп5042, транспозиционный модуль которого гомологичен мобильным элементам из семейства IStfd Тп5042 широко распространен как среди древних, так и среди современных бактерий.

6. У ряда штаммов палеобактерий обнаружены гены устойчивости к стрептомицину aadA2 и strA-strB, а также транспозоны близкородственные Тп5393, активно участвующему в горизонтальном переносе генов strA-strB среди современных клинических и природных бактерий. Это свидетельствует о возникновении детерминант устойчивости к стрептомицину и их широком распространении среди природных бактерий задолго до начала использования антибиотиков.

7. В природной плазмиде древнего штамма Psychrobacter maritimus обнаружен новый IS-элемент, названный ISPpyl, относящийся к семейству IS3, а также гены устойчивости к стрептомицину strA-strB и к тетрациклину tetR-tet(H), высоко гомологичные генам современных клинических штаммов бактерий. ISPpyl способен осуществлять горизонтальный перенос этих генов устойчивости либо путем одноконцевой транспозиции, либо за счет формирования составных транспозонов.

8. Открыта новая подгруппа IS-элементов в составе семейства ISJ, единственным функционально охарактеризованным представителем которой является ISPpyl.

9. В хромосоме древнего штамма Pseudomonas sp. обнаружен новый сложный транспозон, названный Тг\5045, состоящий из трех различных мобильных элементов, вставленных последовательно один в другой. Все мобильные элементы, входящие в состав Тп5045, высокогомологичны современным, но в целом образуют уникальный ранее неизвестный сложный транспозон.

10. Составные элементы (простые ртутные транспозоны, интегроны и кассетные гены устойчивости к антибиотикам) сложных транспозонов множественной лекарственной устойчивости подгруппы Тп27 возникли у природных штаммов бактерий задолго до начала хозяйственной деятельности человека, а в результате применения ртутных препаратов и антибиотиков в медицине в клинике произошло быстрое формирование сложных транспозонов из подгруппы Тп21 и их распространение.

11. Природные бактерии являются естественным «резервуаром» генов устойчивости, попадающих в клинические штаммы бактерий путем горизонтального переноса.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Благодаря тому, что нам удалось создать коллекцию палеобактерий, обладающих устойчивостью к соединениям ртути и различным антибиотикам, стало возможным проведение сравнительного изучения молекулярно-генетической структуры древних и современных детерминант устойчивости современных и древних бактерий и их распространения до начала активного антропогенного воздействия на биосферу. Было обнаружено, что, как и у современных штаммов, у палеобактерий детерминанты устойчивости к ртути часто входят в состав плазмид и транспозонов. Среди совсем небольшого числа штаммов из созданной коллекции были обнаружены все основные типы известных современных транспозонов, участвующих в распространении генов устойчивости к ртути и стрептомицину (табл. 1). Обнаруженный нами в мерзлоте ранее неизвестный транспозон нового типа, Тп5042, также оказался широко распространен как среди древних, так и среди современных бактерий. В ходе данной работы мы выявили ряд ярких примеров горизонтального переноса различных детерминант устойчивости и ИС-элементов (табл. 1). Из таблицы 1 видно, что формирование и широкое распространение всех основных типов транспозонов произошло уже в древности. До сих пор большая часть из них продолжает встречаться по всему миру у штаммов, обитающих в природных сообществах. Некоторые же обнаруживаются у клинических штаммов, убедительно свидетельствуя о том, что именно природные популяции бактерий служат основным источником как самих детерминант устойчивости, так и их отдельных частей, для клинических штаммов.

Хозяйственная деятельность человека привела к быстрому формированию из уже существовавших до этого мобильных генетических элементов новых сложных транспозонов, типа Тп 21, несущих одновременно детерминанты множественной лекарственной устойчивости и /7г<?/'-оперон. Об этом мы можем судить по обнаружению в

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Петрова, Майя Александровна, 2013 год

СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Бурашникова E.IL, Гоготов И. 1-І. 1994. Свойства пурпурной несерной бактерии, выделенной из многолетней мерзлой породы Колымской низменности. Микробиология 63: 868-875.

2. Вайнштейн М.Б., Гоготова Г.И., Хиппе X. 1995. Сульфатвосстанавливающая бактерия из вечной мерзлоты. Микробиология 64: 514-518.

3. Горленко Ж.М., Каляева Э.С., Басс И.А., Петрова М.А., Миндлин С.З. 2004. Распространение в природных популяциях бактерий транспозонов Тп5044 и Тп5070, несущих неканонические тег-опероны. Генетика 40: 1717-1721.

4. Данилевич В.Н., Степашин Ю.Г., Воложанцев Н.Н., Волковой А.И. 1980. Выделение и характеристика делеционных мутантов ts плазмиды pEGl. Генетика 16: 1958-1966.

5. Звягинцев Д.Г., Благодатский С.А., Гиличинский Д.А., Воробьева Е.А., Хлебникова Г.М, Архангелов А.А., Кудрявцева Н.И. 1985. Длительность сохранения микроорганизмов в постоянномерзлых осадочных породах и погребенных почвах. Микробиология 54: 153-163.

6. Звягинцев Д.Г., Федоров-Давыдов Д.Г., Хлебникова Г.М, Кудрявцева Н.И., Воробьева Е.А., Гиличинский Д.А. 1988. Микробиологические исследования почв и педолитов в криолитозоне. - в сб. "Естественная и антропогенная эволюция почв", Пущино, 57-73.

7. Звягинцев Д.Г. 1992. Микроорганизмы в вечной мерзлоте. Успехи микробиологии 25: 3-21.

8. Каляева Э.С., Холодин Г.Я., Басс И.А., Горленко Ж.М., Юрьева О.В., Никифоров В.Г. 2001. Тп5037 - Тп2/-подобный ртутный транспозон, обнаруженный у Thiobacillus feirooxidans. Генетика 37: 1160-1164.

9. Ломовская О.Л., Никифоров В.Г. 1988. Нуклеотидные последовательности детерминант устойчивости к ртути бактерий, обитающих в ртутных месторождениях: обнаружение семейств рекомбинантных ртутных транспозонов в плазмидах бактерий рода Acinetobacter. Генетика 24: 1539-1549.

10. Миллер Дж. 1976. Эксперименты в молекулярной генетике. М: Мир.

11. Миндлин С.З., Горленко Ж.М., Ломовская О.Л., Богданова Е.С., Каляева Э.С., Грагеров А.И., Никифоров В.Г., Хесин Р.Б. 1986. Плазмиды, определяющие устойчивость к HgCb Acinetobacter. распространенность в различных ртутных месторождениях. Генетика 22: 2684-2692.

12. Миндлин С.З., Горленко Ж.М., Басс И.А., Хачикян Н.А. 1990. Спонтанная трансформация в смешанных культурах различных видов Acinetobacter и при совместном росте Acinetobacter calcoaceticus с Escherichia coli и Pseudomonas aeruginosa. Генетика 26: 1729-1739.

13. Миндлин С.З., Минахина С.В., Холодий Г.Я., Коптева А.В., Никифоров В.Г. 1996. Изучение встраивания Тп5053 и Тп402 в различные плазмиды. Генетика 32: 1426-1430.

14. Миндлин С.З., Басс И.А., Богданова Е.С., Горленко Ж.М., Каляева Э.С., Петрова М.А., Никифоров В.Г. 2002. Горизонтальный перенос генов устойчивости к соединениям ртути в природных популяциях бактерий. Мол. биология 36: 216-227.

15. Миндлин С.З., Басс И.А., Богданова Е.С., Горленко Ж.М., Каляева Э.С., Петрова М.А., Холодий Г.Я., Никифоров В.Г. 2003. Горизонтальный перенос генов в природных популяциях бактерий. Гены и транспозоны устойчивости к соединениям ртути. М.: Наука.

16. Никифоров В.Г., Басс И.А., Богданова Е.С., Горленко Ж.М., Каляева Э.С., Коптева А.В., Ломовская О.Л., Минахин Л.С., Минахина С.В., Миндлин С.З., Петрова М.А., Холодий Г.Я., Юрьева О.В. 1999. Распространение транспозонов устойчивости к ртути в природных популяциях бактерий. Мол. биология 33: 5562.

17. Соина B.C., Лебедева Е.В., Голышина О.В., Федоров-Давыдов Д.Г., Гиличинский Д.А. 1991. Нитрифицирующие бактерии из вечномерзлых отложений Колымской низменности. Микробиология 60: 187-190.

18. Хесин Р.Б. 1984. Непостоянство генома. М.: Наука.

19. Хлебникова Г.М., Гиличинский Д.А., Федоров-Давыдов Д.Г., Воробьева Е.А. 1990. Количественная оценка микроорганизмов в многолетнемерзлых отложениях и погребенных почвах. Микробиология 59: 148-155.

20. Холодий Г.Я. 1995. Инверсионная активность системы резолюции транспозонов Тп5055 и Тп402, обладающих нестандартно организованной ms-областыо. Генетика 311: 1700-1703.

21. Холодий Г.Я., Миндлин С.З., Горленко Ж.М., Басс И.А., Каляева Э.С., Никифоров В.Г. 2000. Молекулярно- генетический анализ системы транспозиции Тп5041 Генетика 36: 459-469

22. Akiba Т., Коуата К., Ishiki Y., Kimura S., Fukushima .T 1960. On the mechanism of the development of multiple-drug-resistant clones of Shigella Jpn. J. Microbiol. 4: 219-227.

23. Alberts В., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J. 1994. Molecular Biology of the Cell, 3rd edition. New York: Garland Science.

24. Alekshun M., Levy S., 2007. Molecular Mechanisms of Antibactial Multidrug Resistance. Cell. 128: 1037-1050.

25. Allmansberger R., Brau В., Piepersberg W. 1985. Genes for gentamicin-(3)-N-acetyl-transferase III and IY. II. Nucleotide sequences of three AAC(3)-III genes and evolutionary aspects. Mol.Gen.Genet. 198. P. 514-520.

26. Altschul S., Gish V., Miller W., Myers E., Lipman D. 1990. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215: 403 410.

27. Aminov R. & Mackie R. 2007. Evolution and ecology of antibiotic resistance genes. FEMS Microbiol. Lett. 271: 147-161.

28. Andersson, J. O. 2005. Lateral gene transfer in eukaryotes.Cell. Mol. Life Sci. 62: 1182-1197.

29. Bapteste E., O'Malley M., Beiko R., Ereshefsky M., Gogarten J., Franklin-Iiall L„ Lapointe F., Dupré J., Dagan T., Boucher Y., Martin W. 2009. Prokaryotic evolution and the tree of life are two different things. Biol Direct. 4: 34.

30. Baranov P., Gesteland R., Atkins J. 2002. Recoding: translational bifurcations in gene expression. Gene 286: 187-201.

31. Barkay T., Fouts D., Olson O. 1985. Preparation of a DNA probe for deteciton of mercury resistantce genes in gram-negative bacteria communities. Appl. Environ. Microbiol. 49: 686-692.

32. Barlow R., Pemberton J., Desmarchelier P., Gobius K. 2004. Isolation and characterization of integron-containing bacteria without antibiotic selection. Antimicrob Agents Chemother. 48: 838-842.

33. Barlow R. & Gobius K. 2006. Diverse class 2 intégrons in bacteria from beef cattle sources. J. Antimicrob. Chemother. 58: 1133-1138.

34. Bennett P., Grinsted J., Choi C., Richmond M. 1978. Characterisation of Tn501, a transposon determining resistance to mercuric ions. Molecular and General Genetics MGG 159(1): 101-106

35. Bennett P. 2008. Plasmid encoded antibiotic resistance: acquisition and transfer of antibiotic resistance genes in bacteria. Br. J. Pharmacol. 153 Suppl 1: S347-57.

36. Benveniste R., Davies J. 1973. Aminoglycoside antibiotic-inactivation enzymes in actinimycetes similar to those present in clinical isolates of antibiotic-resistance bacteria. Proc. Natl. Acad. Sci.USA. 70: 2276-2280.

37. Berrard S., Brice A., Lottspeich F., Braun A., Barde Y.-A., Mallet J. 1987. cDNA cloning and complete sequence of porcine choline acetyltransferase: in vitro translation of the corresponding RNA yields an active protein. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 84. 9280-9284.

38. Bissonnette L. & Roy P. 1992. Characterization of InO of Pseudomonas aeruginosa plasmid pVSl, an ancestor of intégrons of multiresistance plasmids and transposons of gram-negative bacteria. J Bacteriol. 174: 1248-1257.

39. Bissonnette L., Champetier S., Buisson J.-P., Roy P.H. 1991. Characterization of the nonenzymatic chloramphenicol resistance (cmlA) gene of the In4 integron of Tn1696: similarity of the product to transmembrane transport proteins. J. Bacteriol. 173: 44934502.

40. Biswas S., Raoult D., Rolain J.-M., 2008. A bioinformatic approach to understanding antibiotic resistance in intracellular bacteria through whole genome analysis. Int. J. Antimicrob. Agents 32: 207-220.

41. Blanco M., Gutierrez-Martin C., Rodriguez-Ferri E., Roberts M., Navas J. 2006. Distribution of tetracycline resistance genes in Actinobacillus pleuropneumoniae isolates from Spain. Antimicrob. Agents. Chemother. 50: 702-708.

42. Bogdanova E., Mindlin S., Pakrova E., Kocur M., Rouch D. 1992. Mercuruc resistance in environmental Gram-positive bacteria sensitive to mercury. FEMS Microbiol. Lett. 97:95-100.

43. Bogdanova E., Minakhin L., Bass I., Volodin A., Hobman J., Nikiforov V. 2001. Class II broad-spectrum mercury resistance transposons in Gram-positive bacteria from natural environments. Res.Microbiol.152: 503-514.

44. Boto L. 2010. Horizontal gene transfer in evolution: facts and challenges. Proc Biol Sci. 277: 819-827.

45. Bramucci M., Chen M. and Nagarajan V. 2006. Genetic organization of a plasmid from an industrial wastewater bioreactor. Appl. Microbiol. Biotechnol. 71 (1): 67-74.

46. Branco R, Chung A., Johnston T, Gurel V, Morais P, Zhitkovich A. 2008. The chromate-inducible chrBACF operon from the transposable element TnOtChr confers resistance to chromium(VI) and superoxide. J. Bacteriol. 190: 6996-7003.

47. Brisson-Noel A., Arthur M., Courvalin P. 1988. Evidence for natural gene transfer from Gram-positive cocci to Escherichia coli. J. Bacteriol. 170. 1739-1745.

48. Brown N., Ford S., Pridmore R., Fritzinger D. 1983. Nucleotide sequence of gene from the Pseudomonas transposon Tn501 encoding mercuric reductase. Biochem. 22: 4089-4095.

49. Brown N., Misra T., Winnie J., Schmidt A., Seiff M., Silver S. 1986. The nucleotide sequence of the mercuric resistance operons of plasmid R100 and transposon Tr\501\ further evidence for mer genes which enchance the activity of the mercuric ion detoxification system. Mol.Gen.Genet. 202: 143-151.

50. Brown N. & Evans L. 1991. Transposition in prokaryotes: transposon Tn501. Res Microbiol. 142: 689-700.

51. Brown H., Stokes H., Hall R. 1996. The integrons InO, In2, and In5 are defective transposon derivatives. J.Bacteriol. 178: 4429-4437.

52. Bunny K., Hall R., Stokes H. 1995. New mobile gene cassettes containing an aminoglycoside resistance gene, aacA 7, and a chloramphenicol resistance gene, catB3, in an integron in pBWH301. Atimicrob. Agents Chemother. 39: 686-693.

53. Cain A.& Hall R. 2011. Transposon Tn5393c carrying the aphAl-containing transposon Tn6023 upstream of strAB does not confer resistance to streptomycin. Microb. Drug Resist. 17: 389-394.

54. Cambray G., Guerout A.-M., Mazel D. 2010. Intégrons. Annu. Rev. Genet. 44: 14116 6.

55. Carattoli A. 2001. Importance of intégrons in the diffusion of resistance. Vet. Res. 32: 43-259.

56. Carattoli A., Villa L., Pezzella C., Bordi E., Visca P. 2001. Expanding drug resistance through integron acquisition by IncFI plasmids of Salmonella enterica Typhimurium. Emerg. Infect. Dis. 7: 444-447.

57. Chandler M. & Mahillon J. 2002. Insertion sequences revisited. In: Mobile DNA II. Craig N. Craigie R., Gellert M., Lambowitz A., eds. 305-366. ASM Press, Washington, DC.

58. Chang A., Cohen S. 1978. Construction and characterization of amplifiable multicopy DNA cloning vehicles derived from the P15A cryptic miniplasmid. J Bacteriol. 134: 1141-1156.

59. Chiou C. & JonesA. 1993. Nucleotide sequence analysis of a transposon (Tn5395) carrying streptomycin resistance genes in Envinia amylovora and other gram-negative bacteria. J. Bacteriol. 175: 732-740.

60. Chopra I., Roberts M. 2001. Tetracycline antibiotics: mode of action, applications, molecular biology, and epidemiology of bacterial resistance. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 65: 232-260.

61. Courvalin P. & Carlier C. 1987. Tn1545: a conjugative shuttle transposon. Mol. Gen. Genet. 206: 259-264.

62. Courvalin P. 1994. Transfer of antibiotics resistance genes between gram-positive and gram-negative bacteria. Atimicrob. Agents Chemother. 38. 1447-1451.

63. Courvalin P. 2006. Vancomycin resistance in gram-positive cocci. Clin Infect Dis. 42 (Suppl 1): S25-34.

64. Collis C. & Hall R.M. 1992a. Gene cassettes from the insert region of intégrons are excised as covalently closed circles. Mol Microbiol. 6: 2875-2885.

65. Collis C. & Hall R. 1992b. Site-specific deletion and rearrangement of integron insert genes catalyzed by the integron DNA integrase. J Bacteriol. 174: 1574-1585.

66. Craig N. 1997. Target site selection in transposition. Annu. Rev. Biochem. 66: 437474.

67. Dahlberg C. and Hermansson M. 1995. Abundance of Tn3, Tn27, and Tn501 transposase {tnpA) sequences in bacterial community DNA from marine environments. Appl. Environ. Microbiol., 61: 3051-3056.

68. Datta N., Hughes V. 1983. Plasmids of the same Inc groups in Entcrobacteria before and after the medical use of antibiotics. Nature. 306: 616-617.

69. Davies J., Smith D. 1978. Plasmid-determined resistance to antimicrobial agents. Annu. Rev. Microbiol. 32: 469-518.

70. Davies J. 1994. Inactivation of antibiotics and the dissemination of resistance genes. Science 264: 375-382.

71. Davies J. 1997. Origins, acquisition and dissemination of antibiotic resistance determinants. Ciba Found. Symp. 207: 15-27.

72. D'Costa V., McGrann K., Hughes D., Wright G. 2006. Sampling the antibiotic resistome. Science 311: 374-377.

73. D'Costa V.M., Griffiths E., Wright G.D. 2007. Expanding the soil antibiotic resistome: exploring environmental diversity. Curr. Opin. Microbiol. 10: 481-489.

74. D'Costa V., King C., Kalan L., Morar M., Sung W., Schwarz C., Froese D., Zazula G., Calmels F., Debruyne R., Golding G., Poinar II., Wright G. 2011. Antibiotic resistance is ancient. Nature 477: 457-61

75. Delcour A., 2009. Outer membrane permeability and antibiotic resistance. Biochimica et Biophysica Acta. 1794: 808-816.

76. De la Cruz F., Grinsted J. 1982. Genetic and molecular characterization of Tn21, a multiple resistance transposon from R100.1. J Bacteriol. 151: 222-228.

77. Delorme C., Ehrlich S. Renault P. 1992. Histidine biosynthesis genes in Lactococcus lactis subsp. Lactis. J. Bacteriol. 174: 6571-6579.

78. Dereeper A., Guignon V., Blanc G., Audic S., Buffet S., Chevenet F., Dufayard J., Guindon S., Lefort V., Lescot M., Claverie J., Gascuel O. 2008. Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist. Nucleic Acids Res. 36(Web Server issue): W465-469.

79. Doolittle W. 1999. Phylogenetic classification and the universal tree. Science. 284: 2124-2129.

80. Droge M., Puhler A., Selbitschka W. 2000. Phenotypic and molecular characterization of conjugative antibiotic resistance plasmids isolated from bacterial communities of activated sludge. Mol Gen Genet. 263: 471-482.

81. Essa A., Julian D., Kidd S., Brown N., Hobman J. 2003. Mercury resistance determinants related to Tn21, Tn1696, and Tn5053 in Enterobacteria from the Preantibiotic era. Antimicrob. Agents Chemother. 47: 1115-1119.

82. Evers S., Quintiliani R., Courvalin P. 1996. Genetics of glycopeptide resistance in enterococci. Microb Drug Resist. 2: 219-23.

83. Fajardo A., Martinez-Martin N., Mercadillo M., Galan J.C., Ghysels B., Matthijs S., Cornelis P., Wiehlmann L., Tümmler B., Baquero F., Martinez J.L., 2008. The Neglected Intrinsic Resistome of Bacterial Pathogens. PLoS ONE 3 (2): el 619.

84. Feiton J., Michaelis A., Wright. 1980. Mutations in two unlinked genes are required to produce asparagine auxotrophy in Escherichia coli. J. Bacteriol. 142: 221-228.

85. Fernández L., Breidenstein Elena B.M., Hancock Robert E.W. 2011. Creeping baselines and adaptive resistance to antibiotics. Drug Res. Updat. 14: 1 - 21

86. Foster T. 1983. Plasmid determined resistance to antimicrobial drugs and toxic metal ions in bacteria Microbiol. Rev. 47: 361-409.

87. Galas D. & ChandlerM. 1981 On the molecular mechanisms of transposition. Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 78: 4858-4862.

88. Gilichinsky D., Vorobyova E., Erokhina L., Fedorov-Davidov D., Chaikovskaya N. 1992. Long-term preservation of microbial ecosystems in permafrost. Adv. Space Res. 12: 255-263.

89. Gillings M., Stokes II. 2012. Are humans increasing bacterial evolvability? Trends Ecol. Evol. 27: 346-352.

90. Gillings M., Krishnan S., Worden P., Ilardwick S. 2008. Recovery of diverse genes for class 1 integron-integrases from environmental DNA samples. FEMS Microbiol. Lett. 287: 56-62.

91. Gray S.& Fitch W. 1983. Evolution of antibiotic resistance genes: the DNA sequences of a kanamycin resistance gene from Staphylococcus aureus. Mol.Biol.Evol. 1. 57- 66.

92. Gribaldo S., Brochier C. 2009. Phylogeny of prokaryotes: does it exist and why should we care? Res Microbiol. 160: 513-521

93. Griffin H., Foster T., Silver S., Misra T. 1987. Cloning and DNA sequence of the mercuric- and organomercurial-resistance determinants of plasmid pDU1358. PNAS. 84: 3112-3116.

94. Grinsted J., de la Cruz F., Altenbuchner J., Schmitt R. 1982. Complementation of transposition oftnpA mutants oíTn3, Tn21, TnSOl, and Tnl72l. Plasmid 8: 276-286.

95. Grinsted J., and Brown N. 1984. Tn27 terminal sequence within Tn507: complementation of tnpA gene function and transposon evolution. Mol. Gen. Genet. 197: 497-502.

96. Grinsted J., De La Cruz F., Schmitt R. 1990. The Tn21 subgroup of bacterial transposable elements. Plasmid 24: 163-189.

97. Guerra B., Soto S., Ilelmuth R., Mendoza M.C. 2002. Characterization of a self-transferable plasmid from Salmonella enterica serotype Typhimurium clinical isolates carrying two integron-borne gene cassettes together with virulence and drug resistance genes. Atimicrob. Agents Chemother. 46: 2977-2981.

98. Gupta A., Phung L.T., Chakravarty L., Silver S. 1999. Mercury resistance in Bacillus cereus RC607: transcriptional organization and two new open reading frames. J.Bacteriol. 181 .-7080-7086.

99. I-Iachler H., Santanam P., Kayser F. 1996 Sequence and characterization of a novel chromosomal aminoglycoside phosphotransferase gene, aph (3')-IIb, in Pseudomonas aeruginosa. Antimicrob. Agents Chemother. 40: 1254-1256.

100. Halary S., Leigh J., Cheaib B., Lopez P., Bapteste E. 2010. Network analyses structure genetic diversity in independent genetic worlds. Proc Natl Acad Sci USA. 107: 127132.

101. Han. C.-G., Shiga Y., Tobe T., Sasakawa C., Ohtsubo E. 2001. Structural and functional characterization of IS679 and /Stftf-family elements. J. Bacteriol.183: 42964304.

102. Hansson K., Sundstrom L., Pelletier A., Roy P. 2002. IntI2 integron integrase in Tn7. J. Bacteriol. 184: 1712-1721.

103. Hart M., Elliott G., Osborn A., Ritchie D., Strike P. 1998. Diversity amongst Bacillus merA genes amplified from mercury resistant isolates and directly from mercury polluted ¿oil. FEMS Microbiol. Ecology. 27: 73-84.

104. Hawkey P., Constable H. 1988. Selection of netilmicin resistance, associated with increased aminoglycoside acetyltransferase activity, in Serratia marcescens. J. Antimicrob. Chemother. 21. 535-544.

105. Hayes J., Wolf C. 1990. Molecular mechanisms of drug resistance. Biochem. J. 1990. V. 272:281-295.

106. Hegde S., Vetting M., Roderick S., Mitchenall L., Maxwell A., Takiff II., Blanchard J. 2005. A fluoroquinolone resistance protein from Mycobacterium tuberculosis that mimics DNA. Science 308: 1480-1483.

107. I-Ieinzel P., Werbitzky O., Distler J., Piepersberg W. 1988. A second streptomycin resistance gene from Streptomyces griseus codes for streptomycin -3"-phosphotransferase. Relationships between antibiotic and protein kinases. Arch. Microbiol. 150:184-192.

108. Hensel A & Helmuth R. 2006. Risk analysis according to the Federal Institute for Risk Assessment international symposium "Towards a Risk Analysis of Antibiotic Resistance". Int. J. Med. Microbiol., 296: 19-23.

109. Herbert C., Sarwar M., Ner S., Giles I., Akhtar M. 1986. Sequence and iterspecies transfer of an aminoglycoside phosphotransferase gene (APH) of Bacillus circulans. Biochem. J. 233. 383-393.

110. Hobman J., Kholodii G., Nikiforov V., Ritchie D. A., Strike P., Yurieva O. 1994. The sequence of the mer operon of pMER327/419 and transposon ends of pMER327/419, 330 and 05. Gene 146: 73-78.

111. Hobman J., Brown N. 1997. Bacterial Mercury Resistance Genes. In Metal Ions in Biological Systems, NY: Marcel Dekker, 527-567.

112. Holmes A., Gillings M., Nield B., Mabbut B., Nevaloinen K., Stokes II. 2003. The gene cassette metagenome ia a basic resource for bacterial genome evolution. Environ. Microbiol. 5: 383-394.

113. Hon W., McKay G., Tnompson P., Sweet R., Yang D., Wright G., Berghuis A. 1997. Structure of an enzyme required for aminoglycoside antibiotic resistance reveals homology to eukaryotic protein kinases. Cell. 89. 887-895.

114. Hooper D. 2000. Mechanisms of action and resistance of older and newer fluoroquinolones. Clin. Infect. Dis. Suppl 2: S24-28.

115. I-Iorinouchi S., Furuya K., Nishiyama M., Suzuki II., Beppu T. 1987. Nucleotide sequence of the streptothricin acetyltransferase gene from Streptomyces lavendulae and its expression in heterologous hosts. J. Bacteriol. 169: 1929-1937.

116. Hotta K., Ishikava J., Ogata T., Mizuno S. 1992. Secondary aminoglycoside resistance in aminoglycoside-producing strains of Streptomyces. Gene 115. 113-117.

117. Houndt T., Ochman II.2000. Long-term shifts in patterns of antibiotic resistance in enteric bacteria. Appl. Environ. Microbiol. 66: 5406-5409.

118. Huang Ch.-Ch., Narita M., Yamagata T., Itoh Y., Endo G. 1999a. Structure analysis of a class II transposon encoding the mercury resistance of the Gram-positive bacterium Bacillus megaterium MB1, a strain isolated from Minamata Bay, Japan. Gene 234: 361-369.

119. Huang Ch.-Ch., Narita M., Yamagata T. Endo G. 1999b. Identification of three mer B genes and characterization of a broad-spectrum mercury resistance module encoded by a class II transposon of Bacillus megaterium strain MB1. Gene 239: 361-366.

120. Hughes V.M., Datta N. 1983. Conjugative plasmids in bacteria of the 'preantibiotic era'. Nature 302: 725-726.3.

121. Inoue C., Sugawara K., Kusano T. 1991. The merR regulatory gene in Thiobacillus ferrooxidans is spaced apart from the mer structural genes. Mol. Microbiol. 5: 27072718.

122. Ivey D.M., Guffanti A.A., Shen Z., Kudyan N., Krulwich T.A. 1992. The cadC gene product of alkaliphilic Bacillus firmus OF4 partially restores Na+ resistance to an Escherichia coli strain lacking an Na+/?I+ antiporter (NhaA). J Bacteriol. 174: 48784884.

123. Jain R., Rivera M., Lake J. 1999. Horizontal gene transfer among genomes: the complexity hypothesis.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96(7): 3801-3806.

124. Jain R., Rivera M., Moore J., Lake J. 2002. Horizontal gene transfer in microbial genome evolution. Theor. Popul. Biol. 61: 489-495.

125. Jobling M.G., Peters S.E., Ritchie D.A. 1988a. Plasmid-borne mercury resistance in aquatic bacteria. FEMS Microbiol. Letters 49: 31-37.

126. Jobling M.G., Peters S.E., Ritchie D.A. 1988b. Restriction pattern and polypeptide homology among plasmid-borne mercury resistance determinants. Plasmid. 20: 106112.

127. Johnson T., Nolan L. 2009. Pathogenomics of the virulence plasmids of Escherichia coli. Microbiol Mol Biol Rev. 73: 750-774.

128. Jové T., Da Re S., Denis F., Mazel D., Ploy M. 2010. Inverse correlation between promoter strength and excision activity in class 1 intégrons. PLoS Genet. 6: el 000793.

129. Juhas M., van der Meer J., Gaillard M., Harding R., Hood D., Crook D. 2009. Genomic islands: tools of bacterial horizontal gene transfer and evolution. FEMS Microbiol Rev. 33: 376-393.

130. Kallova J., Macickova T., Majtanova A., Aghova A., Adam D., Kettner M. 1995. Transferable amikacin resistance in gram-negative bacterial isolates. Chemotherapy. 41. 187-192.

131. Kamali-Moghaddam M., Sundstrom L. 2000. Transposon targeting determined by resolvase. FEMS Microbiology Letters 186: 55-59.

132. Keeling P., Palmer J. 2008. Horizontal gene transfer in eukaryotic evolution. Nat. Rev. Genet. 9: 605-618.

133. Kehrenberg C., Salmon S., Watts J., Schwarz S. 2001. Tetracycline resistance genes in isolates of Pasteurella multocida, Matmhcimia haemolytica, Mannheimia glacosida and Mannheimia varigena from bovine and swine respiratory disease: intergeneric spread of the tet(H) plasmid pMIiTl. J. Antimicrob. Chemother. 48: 631-640.

134. Kelly W.J., Reanney D.C. 1984. Mercury resistance among soil bacteria; ecology and transferability of genes, encoding resistance. Soil Biol. Biochem. 16: 1-8.

135. Khesin R.B., Karasyova E.V. 1984. Mercury-resistant plasmid in bacteria from a mercury and antimony deposit area. Mol. Gen. Genet. 197: 280-285.

136. Kholodii G. Ya., Gorlenko Zh. M., Lomovskaya O. L., Mindlin S. Z., Yurieva O. V., Nikiforov V. G. 1993a. Molecular characterization of an aberrant mercury resistance transposable element from an environmental Acinetobacter strain. Plasmid 30: 303308.

137. Kholodii G.Ya., Yurieva O.V., Lomovskaya O.L., Gorlenko Zh.M., Mindlin S.Z., Nikiforov V.G. 1993b. Tn5053, a mercury resistance transposon with integron's ends. J. Mol. Biol. 230: 1103-1107.

138. Kholodii, G.Y., S.Z. Mindllin, I.A. Bass., O.V. Yurieva, S.V. Minakhina, and V.G. Nikiforov. 1995. Four genes, two ends, and a res region are involved in the transposition of Tn5053: a paradigm for a novel family of transposons carryng either a mer operon or an integron. Mol. Microbiol. 17:1189-1200.

139. Kholodii G.Ya., Yurieva O.V., Gorlenko Zh.M., Mindlin S.Z., Bass I.A., Lomovskaya O.L., Kopteva A.V., Nikiforov V.G. 1997. Tn5041: a chimeric mercury resistance

transposon closely related to a toluene degradative transposon Tn4651. Microbiology 143:2549-2556.

140. Kholodii, G., O. Yurieva, S. Mindllin, Z. Gorlenko, V. Rybochkin, and V.G. Nikiforov. 2000. Tn5044, a novel Tn3 family transposon coding for temperature-sensitive mercury resistance. Res. Microbiol. 151: 291-312.

141. Kholodii G., Gorlenko Zh„ Mindlin S., Hobman J. and Nikiforov V. 2002. Tn5041-like transposons: molecular diversity, evolutionary relationships and distribuyion of distinct variants in environmental bacteria. Microbiology 148: 3569-3582.

142. Kholodii G., Bogdanova E. 2002a. 7/z5£W-conferred mercury resistance depends on temperature: the complexity of the character of thermosensitivity. Genetica 115: 233241.

143. Khrapunov S., Brenowitz M. 2011. Stability, denaturation and refolding of Mycobacterium tuberculosis MfpA, a DNA mimicking protein that confers antibiotic resistance. Biophys. Chem. 159: 33-40.

144. Kiyono M., Omura T., Fujimori H., Pan-Hou H. 1995. Organomercurial resistance determinants in Pseudomonas K-62 are present on two plasmids. Arch. Microbiol. 163: 242-247.

145. Kohanski M., Dwyer D., Collins J., 2010. How antibiotics kill bacteria: from targets to networks. Nat. Rev. Microbiol. 8: 423 -435.

146. Koonin E., Makarova K., Aravind L. 2001. Horizontal gene transfer in prokaryotes: quantification and classification. Annu Rev Microbiol. 55: 709-42.

147. Kratz J., Schmidt F, Wiedemann B. 1983. Characterization of Tn2411 and Tn2410, two transposons derived from R-plasmid R1767 and related to Tn2603 and Tn21. J Bacteriol. 155: 1333-1342.

148. Kumar A., Schweizer H., 2005. Bacterial resistance to antibiotics: active efflux and reduced uptake. Adv. Drug Deliv. Rev., 57: 1486 - 1513.

149. Labbate M., Roy Chowdhury P., Stokes H. 2008. A class 1 integron present in a human commensal has a hybrid transposition module compared to Tn402: evidence of interaction with mobile DNA from natural environments. J Bacteriol. 190: 5318-5327.

150. Labbate M., Case R., Stokes H. 2009. The integron/gene cassette system: an active player in bacterial adaptation. Methods Mol. Biol. 532: 103-125.

151. L'Abee-Lund T. & Sorum II. 2000. Functional Tn5393-like transposon in the R plasmid pRAS2 from the fish pathogen Aeromonas salmonicida subspecies salmonicida isolated in Norway. Appl. Environ. Microbiol. 66: 5533-5535.

152. Laddaga R.A., Chu L., Misra T.K., Silver. S. 1987. Nucleotide sequence and expression of the mercurial-resistance operon from Staphylococcus aureus plasmid pI258. PNAS 84:5106-5110.

153. Lane D. 1991 16/23S rRNA sequencing, 115-175. In E.Stackebrandt and M. Goodfellow (ed.), Nucleic acid techniques in bacterial systematics. John Wiley & Sons Ltd., West Sussex, England.

154. Lambert T., Gerbaud G., Trieu-Cuot P., Courvalin P. 1985. Structural relationship between the genes encoding 3'-aminoglycoside phosphotransferases in Campylobacter and in gram- positive cocci. Ann.Inst. Pasteur Microbiol. 136B(2): 135-150.

155. Leng Zh., Riley D., Berger R., Krieger J., Roberts M. 1997. Distribution and mobility of the tetracycline resistance determinant tetQ. J.Antimicrob.Chemother.40. 551-559.

156. Levy S., Marshal B. 2004. Antibacterial resistance worldwide: causes, challenges and responses. Nature Medicine 10: 122 - 129.

157. Li X.-Z., Nikaido I-L, 2010. Efflux Mediated Resistance in Bacteria: an Update. Drugs, 69(12): 1555- 1623.

158. Liebert, C.A., Wireman J., Smith T., and Summers A.O. 1997. Phylogeny of mercury resistance (mer) operons of gram-negative bacteria isolated from fecal flora of primates. Appl. Environ. Microbiol. 63: 1066-1076.

159. Liebert C., Hall R., Summers A. 1999. Transposon Tn21, flagship of the floating genome. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 63. 507-522.

160. Liebert C.A., Watson A.L., Summers A.O. 2000. The quality of merC, a module of the mer mosaic. J. Mol. Evol. 51: 607-622.

161. Lomovskaya O.L., Mindlin S.Z., Gorlenko Zh.M., Khesin R.B. 1986 A nonconjugative mobilizable broad host range plasmid of Acinetobacter sp., that determines HgCl2 resistance. Mol. Gen.Genet. 202: 286-290.

162. Lopez-Cabrera M, Perez-Gonzalez J.A ., Heinzel P., Piepersberg W., Jimenez A. 1989. Isolation and nucleotide sequencing of an aminocyclitol acetyltransferase gene from Streptomyces rimosus formaparomomycinus. J. Bacteriol. 171: 321-328.

163. Mahillon J. & Chandler M. 1998. Insertion sequencies. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62: 725-774.

164. Mahler I., Levinson II.S., Wang Y., Ilalvorson H.O. 1986. Cadmium- and mercury-resistant Bacillus strains from a salt marsh and from Boston Harbor. Appl. Environ. Microbiol. 52: 1293-1298.

165. Mantengoli E. & Rossolini G. 2005. Tn5393d, a complex Tn5393 derivative carrying the PER-1 extended-spectrum beta-lactamase gene and other resistance determinants. Antimicrob. Agents Chemother. 49: 3289-3296.

166. Marquez B., 2005. Bacterial efflux systems and efflux pumps inhibitors. Biochimie 87: 1137- 1147.

167. Marquez C., Labbaie M., Ingold A., RoyChowdhury P., Ramírez M., Centrón D., Borthagaray G., Stokes H. 2008a. Recovery of a functional class 2 integron from an Escherichia coli strain mediating a urinary tract infection. Antimicrob. Agents Chemother. 52:4153-4154.

168. Márquez C., Labbate M., Raymondo C., Fernández J., Gestal A., Holley M., Borthagaray G., Stokes H. 2008b. Urinary tract infections in a South American population: dynamic spread of class 1 intégrons and multidrug resistance by homologous and site-specific recombination. J Clin Microbiol. 46: 3417-3425.

169. Marshall C., Lessard I., Park I., Wright G. 1998. Glycopeptide antibiotic resistance genes in glycopeptide-producing organisms. Antimicrob Agents Chemother. 42: 22152220.

170. Martin P., Jullien E., Courvalin P. 1988. Nucleotide sequence of Acinetobacter baumannii aphA-6 gene: evolutionary and functional implications of sequence homologies with nucleotide-binding proteins, kinases and other aminoglycoside-modifying enzymes. Mol. Microbiol. 2. 615-625.

171. Martinez E., de la Cruz F. 1990. Genetic elements involved in Tn21 site-specific integration, a novel mechanism for the dissemination of antibiotic resistance genes. EMBO J. 9: 1275-81.

172. Martinez J.L., Baquero F., Andersson D.I., 2007. Predicting antibiotic resistance. Nat. Rev. Microbiol., 5: 958 - 965.

173. Martínez J.L. 2008. Antibiotics and antibiotic resistance genes in natural environments. Science. 321: 365-367.

174. Maynard S.J., Dowson C.G., Sprott B.G. 1991. Localized sex in bacteria. Nature 349: 29-31.

175. Maynard C., Fairbrother J., Bekal S., Sanschagrin F., Levesque R., Brousseau R., Masson L., Larivière S., Harel J. 2003. Antimicrobial resistance genes in enterotoxigenic Escherichia coli 0149:K91 isolates obtained over a 23-year period from pigs. Antimicrob. Agents Chemother. 47: 3214-3221.

176. Mazel D., Dychinco B., Webb V.A., Davies J. 1988. A distinctive class of integron in the Vibrio cholerae genome. Science. 280. 605-608.

177. Mazel D., Dychinco B., Webb V.A., Davies J. 2000. Antibiotic resistance in the ECOR collection: intégrons and identification of a novel aad gene. Antimicrob. Agents Chemother. 44: 1568-1574.

178. Mazel D., 2006. Intégrons: agents of bacterial evolution. Nat. Reviews Microbiol., 4: 608 - 620.

179. Meyer J., Nies B., Kratz J, Wiedemann B. 1985. Evolution of Tn21-related transposons: isolation of Tn2425, which harbours IS 161. J Gen Microbiol. 131: 11231130.

180. Millar M. 2012. Constraining the use of antibiotics: applying Scanlon's contractualism. J. Med. Ethics. 38: 465-469.

181. Miller G. H., Sabatelli F.J., Hare R.S., Waitz J.A. 1980. Survey of aminoglycoside resistance Patterns. Dev. Ind. Microbiol. 21: 91-104.

182. Miller S.M., Massey V., Wiliams C.H., Ballou D.P., and Walsh C.T. 1991. Communication between the active sites in dimeric mercuric ion reductase: an alternating sites hypothesis for catalysis. Biochemistry 30: 600-2612.

183. Minakhina S.V., Kholodii G.Ya., Mindlin S.Z., Yurieva O.V., Nikiforov V.G. 1999. Tn5053 family transposons are res site hunters sensing plasmidal res sites occupied by cognate resolvases. Mol. Microbiol. 33: 1059-1068.

184. Mindlin S.Z., Kholodii G.Ya., Gorlenko Zh.M., Minakhina S.V., Minakhin L.S., Kalyaeva E.S., Kopteva A.V., Petrova M.A., Yurieva O.V., Nikiforov V.G. 2001. Mercury resistance transposons of Gram-negative environmental bacteria and their classification. Res. Microbiol. 152:811-822.

185. Mingeot-Leclercq M.-P., Glupczynski Y., Tulkens P.M. 1999. Aminoglycosides: activity and Resistance. Antimicrob. Agents Chemother. 43: 727-737.

186. Miranda C., Kehrenberg C., Ulep C., Schwarz S., Roberts M. 2003. Diversity of tetracycline resistance genes in bacteria from Chilean salmon farms. Antimicrob. Agents. Chemother. 47: 883-888.

187. Misra T.K. 1992. Bacterial resistances to inorganic mercury salts and organomercurials. Plasmid 27:4-16.

188. Montero C., Mateu G., Rodriguez R., Takiff II. 2001. Intrinsic resistance of Mycobacterium smegmatis to fluoroquinolones may be influenced by new pentapeptide protein MfpA. Antimicrob. Agents Chemother. 45: 3387 - 3392.

189. Naas T., Mikami Y., Imai T., Poirel T., Nordmann P. 2001. Characterization of In53, a class 1 plasmid- and composite trasposon- located integron of Escherichia coli which carries an unusual array of gene cassettes. J. Bacteriol.183: 235-249.

190. Nakamura K., Silver S. 1994. Molecular analysis of mercury-resistant Bacillus isolates from sediment of Minamata Bay, Japan. Appl. Environ. Microbiol. 60: 4596-4599.

191. Nandi S., Maurer J.J., Hofacre C., Summers A.O. 2004. Gram-positive bacteria are a major reservoir of class 1 antibiotic resistance integrons in poultry litter. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101: 7118-7122.

192. Narita M., Chiba K., Nishizawa II., Ishii II., Huang C., Kawabata Z., Silver S., Endo G. 2003. Diversity of mercury resistance determinants among Bacillus strains isolated from sediment of Minamata Bay. FEMS Microbiol Lett. 223: 73-82.

193. Narita M., Matsui K., Huang C., Kawabata Z., Endo G. 2004. Dissemination of TnMERIl-like mercury resistance transposons among Bacillus isolated from worldwide environmental samples. FEMS Microbiol Ecol. 48: 47-55.

194. Nedelcu, A. M., Miles, I. II., Fagir, A. M. & Karol, K. 2008 Adaptative eukaryote-to-eukaryote lateral gene transfer: stress-related genes of algal origin in the closest unicellular relatives of animals. J. Evol. Biol. 21: 1852-1860.

195. Ng S., Davis B., Palombo E., Bhave M. 2009. A Tn5051-like mer-containing transposon identified in a heavy metal tolerant strain Achromobacter sp. A022. BMC Res Notes. 2: 38.

196. Nemergut D.R., Martin A.P., Scchmidt S.K. 2004. Integron diversity in heavy-metal-contaminated mine tailings and inferences about integron evolution. Appl. Environ. Microbiol. 70. 1160-1168.

197. Newby D., Josephson K., Pepper I. 2000. Detection and characterization of plasmid pJP4 transfer to indigenous soil bacteria. Appl. Environ. Microbiol.66: 290-296.

198. Nikaido H. 2001. Preventing drug access to targets: cell surface permeability barriers and active efflux in bacteria. Seminars in Cell & Developmental Biology 12: 215-223.

199. Nikaido H. 2003. Molecular basis of bacterial outer membrane permeability revisited. Microbiol. Mol. Biol. Reviews 67: 593-656.

200. Nikaido II. 2009. Multidrug resistance in bacteria. Annu Rev Biochem. 78: 119-146.

201. Nordstrom K., Austin S. 1989. Mechanisms that contribute to the stable segregation of plasmids. Annu. Rev. Genet. 23: 37-69.

202. Novais A., Baquero F., Machado E., Canton R., Peixe L., Coque T. 2010. International spread and persistence of TEM-24 is caused by the confluence of highly penetrating enterobacteriaceae clones and an IncA/C2 plasmid containing Tnl696::Tnl and IS5075-Tn21. Antimicrob. Agents. Chemother. 2010 54: 825-834.

203. Novick R., Murphy E. 1985. MLS-resistance determinants in Staphylococcus aureus and their molecular evolution. J. Antimicrob. Chemother. 16. Suppl. A. 101-110.

204. Ochiai K., Yamanaka T., Kimura K., Sawada, O. 1959. «Inheritance of drug resistance (and its tranfer) between Shigella strains and Between Shigella and E. coli strains» (Japanese). Hihon Iji Shimpor 1861: 34.

205. Ochman II., Lawrence J., Groisman E. 2000. Lateral gene transfer and the nature of bacterial innovation. Nature 405: 299-304.

206. Ogawa H.I., Tolle C.L., Summers A.O. 1998. Physical and genetic map of the organomercury resistance (Omr) and inorganic mercury resistance (Ilgr) loci of the IncM plasmid R83lb. Gene 32: 311-320.

207. Ojo K., Tung D., Luis II., Bernardo M., Leitao J., Roberts M. 2004. Gram-positive merA gene in gram-negative oral and urine bacteria. FEMS Microbiol Lett. 238: 411416.

208. Olsen R.H., Shipley P.L. 1975. RP1 properties and fertility inhibition among P, N, W, and X incompatibility group plasmids. J Bacteriol.123: 28-35.

209. Olson B.H., Barkay T., Colwell R.R. 1979. Role of plasmids in mercury transformation by bacteria isolated from the aquatic environment. Appl. Env. Microbiol. Sept., 478485.

210. Osborn A. M., Bruce K.D., Strike P., Ritchie D.A. 1993. Polymerase chain reaction-restriction fragments length polymorphism analysis shows divergence among mer determinants from gram-negative soil bacteria indistinguishable by DNA-DNA hybridization. Appl. Environ. Microbiol. 59: 4024-4030.

211. Osborn A. M., Bruce K. D., Strike P., Ritchie D.A. 1995. Sequence conservation between regulatory mercury resistance genes in bacteria from mercury polluted and pristine environments. Syst. Appl. Microbiol. 18: 1-6.

212. Osborn A. M., Bruce K. D., Ritchie D.A. Strike P. 1996. The mercury resistance operon of the incJ plasmid pMERPH exhibits structural and regulatory divergence from other Gramnegative mer opérons. Microbiology 142: 337-345.

213. Osborn A.M., Bruce K.D., Strike P., Ritchie D.A. 1997. Distribution, diversity and evolution of the bacterial mercury resistance (mer) operon. FEMS Microbiol. Rev. 19: 239-262.

214. Osbourn S.E.V., Turner A.K. Grinsted J. 1995. Nucleotide sequence within Tn3926 confirms this as Tn21-like transposable element and provides evidence for the origin of the mer operon carried by plasmid pKLH2. Plasmid 33: 25-29.

215. Partridge S.R., Collis C.M., Hall R.M. 2002. Class 1 integron containing a new gene cassette, aadAlO, associated with Tnl404 from R151. Antimicrob. Agents Chemother. 46. 2400-2408.

216. Partridge S., Tsafnat G., Coiera E., Iredell J. 2009. Gene cassettes and cassette arrays in mobile resistance intégrons. FEMS Microbiol. Rev. 33: 757-784.

217. Partridge S. 2011. Analysis of antibiotic resistance regions in Gram-negative bacteria. FEMS Microbiol. Rev. 35: 820-55.

218. Payie K.G., Rather P.N., Clarke A.J. 1995. Contribution of gentamicin 2'-acetyltransferase to the O acetylation of peptidoglycan in Providencia stuartii. J. Bacteriol. 177. 4303-4310.

219. Pearson A.J., Bruce K.D., Osborn A.M., Ritchie D.A., Strike P. 1996. Distribution of class II transposase and resolvase genes in soil bacteria and their association with mer genes. Appl Environ Microbiol. 62: 2961-5.

220. Petrovski S., Blackmore D., Jackson K., Stanisich V. 2011. Mercury(II)-resistance transposons Tn502 and Tn512, from Pseudomonas clinical strains, are structurally different members of the Tn5053 family. Plasmid 65: 58-64.

221. Pezzella C., Ricci A., DiGiannatale E., Luzzi I., Carattoli A. 2004. Tetracycline and streptomycin resistance genes, transposons, and plasmids in Salmonella enterica isolates from animals in Italy. Antimicrob. Agents Chemother. 48. 903-908.

222. Piepersberg W., Distler J., Heinzel P., Perez-Gonzalez J.-A. 1988. Antibiotic resistance by modification: many resistance genes could be derived from cellular control genes in actinomycetes - a hypothesis. Actinomycetologica. 2. 83-98.

223. Poehlsgaard J., Douthwaite S. 2005. The bacterial ribosome as a target for antibiotics. Nat. Rev. Microbiol. 3: 870 - 880.

224. Polard P., Seroude L., Fayet 0., et al. 1994. One-ended insertion of IS911. J Bacteriol. 176: 1192-1196.

225. Ponder M., Gilmour S., Bergholz P., Mindock C., Iiollingsworth R., Thomashow M., Tiedje J. 2005. Characterization of potential stress responses in ancient Siberian permafrost psychroactive bacteria. FEMS Microbiol. Ecol. 53: 103-115.

226. Porter F.D., Silver S., Ong C., Nakahara H. 1982. Selection for mercurial resistance in hospital settings. Antimicrob Agents Chemother, 22: 852-858.

227. Price K.E., Kresel P.A., Farchione L.A., Siskin S.B., Karpow S.A. 1981. Epidemiological studies of aminoglycoside resistance in the U. S. A. J. Antimicrob. Chemother. 8: Suppl. A. 89-105.

228. Queenan A., Bush K. 2007. Carbapenemases: the versatile P-lactamases. Clin. Microbiol. Rev. 20: 440-458

229. Radstrom P., Skod O., Swedberg G., Flensburg J., Roy P.h., Sundstrom L. 1994. Transposon Tn5090 of plasmid R751, which carries an integron, is related to Tn7, Mu, and the retroelements. J.Bacteriol. 176: 3257-3268.

230. Ramirez M., Tolmasky M. 2010. Aminoglycoside modifying enzymes. Drug Res. Updat. 13: 151-171.

231. Recchia G.D., Hall R.M. 1995. Gene cassettes: a new class of mobile element. Microbiology 141: 3015-3027.

232. Recchia G.D., Hall R.M. 1997. Origins of the mobile gene cassettes found in integrons. Trends Microbiol. 5. 389-394.

233. Reniero D., Mozzon E., Galli E., Barbieri P. 1998 Two aberrant mercury resistance transposons in the Pseudomonas stutzery plasmid pPB. Gene 208: 37-42.

234. Riccio M.L., Pallecchi L., Fontana R., Rossolini G.M. 2001. In70 of plasmid pAX22, a blavim-1-containing integron carrying a new aminoglycoside phosphotransferase gene cassette. Antimicrob. Agents Chemother. 45. 1249-1253.

235. Riha V., Namburska K. 1985. The frecuency of bacteria resistant to heavy metals in ponds of southern Bohemia. Heavy Metals Water Organ: 155-167.

236. Rivkina, E., D. Gilichinsky, S. Wagener, J. Tiedje, and J. McGrath. 1998. Biogeochemical activity of anaerobic microorganisms from buried permafrost sediments. Geomicrobiology Journal 15: 187-193.

237. Roberts M.C., Hiller S.L., Hale J., Holmes K.K., Kenny G.E. 1986. Tetracycline resistance and tetM in pathogenic urogenital bacteria. Antimicrob. Agents Chemother. 30.810-812.

238. Roberts M., Sutcliffe J., Courvalin P., Jensen L., Rood J., Seppala E. 1999. Nomenclature for macrolide and macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance determinants. Antimicrob. Agents Chemother. 43: 2823-2830

239. Rowe-Magnus D. & Mazel D. 2002. The role of integrons in antibiotic resistance gene capture. Int. J. Med. Microbiol. 292: 115-125.

240. Saitia S., Narula N. 1989. Heavy metals resistance and hydrocarbon utilization by Azotobacter chroococcum. Indian J. Microbiol. 29: 213-215.

241. Salauze D., Perez-Gonzalez J., Piepersberg W., Davies J. 1991. Characterization of aminoclycoside acetyltransferase-encoding genes of neomycin-producing Micromonospora chalcea and Streptomyces fradiae. Gene. 101: 143-148.

242. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. 1989. Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Lab. Press.

243. Schmidt F., Nocken E., Henschke R. 1989. Structure and function of hot spots providing signals for site-directed specific recombination and gene expression in Tn21 transposons. Mol. Microbiol. 3: 1545-1555.

244. Schmidt H. & Ilensel M. 2004. Pathogenicity islands in bacterial pathogenesis. Clin Microbiol Rev. 17: 14-56.

245. Schmidt A., Bruun M., Larsen J., Dalsgaard I. 2001. Characterization of class 1 integrons associated with R-plasmids in clinical Aeromonas salmonicida isolates from various geographical areas. J. Antimicrob. Chemother. 47: 735-743.

246. Schnabel E. & Jones A. 1999. Distribution of tetracycline resistance genes and transposons among phylloplane bacteria in Michigan apple orchards. Appl. Environ. Microbiol. 65 :4898-4907.

247. Schneiker S., Keller M., Droge M., Lanka E., Puhler A., Selbitschka W. 2001. The genetic organization and evolution of the broad host range mercury resistance plasmid pSB102 isolated from a microbial population residing in the rhizosphere of alfalfa. Nucleic Acids Res. 29: 5169-5181

248. Sengelov G., Agerso Y., Halling-Sorensen B., Baloda S., Andersen J., Jensen L. 2003. Bacterial antibiotic resistance levels in Danish farmland as a result of treatment with pig manure slurry. Environ. Int. 28: 587-595.

249. Shaw K., Hare R., Sabatelli F., Rizzo M., Cramer C., Naples L., Kocsi S., Munayyer II., Mann P., Miller G., Verbist L., Van Landuyt H., Glupczynski Y., Catalano M., Voloj M. 1991. Correlation between aminoglycoside resistance profiles and DNA hybridization of clinical isolates. Antimicrob. Agents Chemother. 35: 2253-2261.

250. Shaw K., Rather P., Sabatelli F., Mann P., Munayyer H., Mierzwa R., Petrikkos G., Hare R., Miller G., Bennett P., Downey P. 1992. Characterization of the chromosomal

aac(6') -Ic gene from Serratia marcescens. Antimicrob. Agents Chemother. 36: 14471455.

251. Shaw K., Rather P., Hare R., Miller G. 1993. Molecular genetics of aminoglycoside resistance genes and familial relationships of the aminoglycoside-modifying enzymes. Microbiol. Rev. 57: 138-163.

252. Shi T., Reeves R., Gilichinsky D., Friedmann E. 1997. Characterization of viable bacteria from Siberian permafrost by 16S rDNA sequencing. Microbial Ecology 33: 169-179.

253. Shimizu K., Kumada T., Hsieh W.-C., Chung II.-Y., Chong Y., Hare R., Miller G., Sabatelli F., Howard J. 1985. Comparison of aminoglycoside resistance patterns in Japan, Formosa, and Korea, Chile, and the United states. Antimicrob. Agents Chemother. 28: 282-288.

254. Siguier P., Gagnevin L., Chandler M. 2009. The new IS 1595 family, its relation to IS1 and the frontier between insertion sequences and transposons. Res. Microbiol. 160: 232-241.

255. Silver S. & Phung L.T. 1996. Bacterial heavy metal resistance: new surprises. Annu. Rev. Microbiol. 50: 753-789.

256. Singh M., Dominy B. 2012. The evolution of cefotaximase activity in the TEM lactamase. J. Mol. Biol. 415: 205-220.

257. Smalla K., Haines A., Jones K., Krogerrecklenfort E., Heuer II., Schloter M., Thomas C. 2006. Increased abundance of IncP-lbeta plasmids and mercury resistance genes in mercury-polluted river sediments: first discovery of IncP-lbeta plasmids with a complex mer transposon as the sole accessory element Appl. Environ. Microbiol. 72: 7253-7259.

258. Smillie C., Garcillan-Barcia M., Francia M., Rocha E., de la Cruz F. 2010. Mobility of plasmids. Microbiol Mol Biol 74: 434-452.

259. Smit E., Wolters A., van Elsas J. 1998. Self-transmissible mercury resistance plasmids with gene-mobilizing capacity in soil bacterial populations: influence of wheat roots and mercury addition. Appl. Environ. Microbiol. 64: 1210-1219.

260. Smith D., Dushoff J., Perencevich E.N, Harris A., Levin S. 2004. Persistent colonization and the spread of antibiotic resistance in nosocomial pathogens: resistance is a regional problem. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 101: 3709 - 3714.

261. Soge O., Beck N., White T., No D., Roberts M. 2008. A novel transposon, Tn6009, composed of a Tn916 element linked with a Staphylococcus aureus mer operon. J Antimicrob Chemother. 62: 674-680.

262. Spangler W., Spigarelli J., Rose J., Flippiu., R., Miller II. 1973. Degradation of methylmercury by bacteria isolated from environmental samples. Appl. Microbiol 25: 448-493.

263. Spratt B. 1994. Resistance to antibiotics mediated by target alterations. Science. 264: 388-393.

264. Stalder T., Barraud O , Casellas M , Dagot C., Ploy M. 2012. Integron involvement in environmental spread of antibiotic resistance. Front. Microbiol. 3: article 119.

265. StanisichV., Bennett P., Richmond M. 1977. Characterization of a translocation unit encoding resistance to mercuric ions that occurs on a nonconjugative plasmid in Pseudomonas aeruginosa. J. Bacteriol 129: 1227-33.

266. Stanish V., Arwas R., Bennett P., de la Cruz F. 1989. Characterization of Pseudomonas mercury-resistance transposon Tn502, which has a preferred inswertion in RP1. J. Gen. Mcrobiol. 135:2909-2915.

267. Stokes II., Hall R. 1989. A novel family of potentially mobile DNA elements encoding site-specific gene-integration functions: intégrons. Mol. Microbiol. 3: 1669-1683.

268. Stokes H., Elbourne L., Hall R. 2007. Tnl403, a multiple-antibiotic resistance transposon made up of three distinct transposons. Antimicrob. Agents Chemother. 51 : 1827-1829.

269. Stokes II., Gillings M. 2011. Gene flow, mobile genetic elements and the recruitment of antibiotic resistance genes into Gram-negative pathogens. FEMS Microbiol Rev. 35: 790-819.

270. Sugihara H., Andrisani V., Salvaterra P.M. 1990. Drosophila choline acetyltransferase uses a non-AUG initiation codon and full length RNA is inefficiently translated. J.Biol. Chem. 265.21714-21719.

271. Summers A., Silver S. 1978. Microbial transformation of metals. Ann. Rev. Microbiol. 32: 637-672.

272. Summers A. 1986. Organization, expression, and evolution of genes for mercury resistance. Ann. Rev. Microbiol. 40: 607-634.

273. Sunde M. & Norstrôm M. 2005 The genetic background for streptomycin resistance in Escherichia coli influences the distribution of MICs. J. Antimicrob. Chemother. 56: 8790.

274. Sundin G., Monks D., Bender C. 1995. Distribution of the streptomycin-resistance transposon Tn5393 among phylloplane and soil bacteria from managed agricultural habitats Can. J. Microbiol. 41. 792-799.

275. Sundin G. & Bender C. 1996. Dissemination of the strA-strB streptomycin-resistance genes among commensal and pathogenic bacteria from humans, animals, and plants. Mol. Ecol. 5: 133-143.

276. Sundin G. 2002. Distinct recent lineages of the strA- strB streptomycin-resistance genes in clinical and environmental bacteria. Curr. Microbiol 45: 63-69.

277. Sundstrom L., Swedberg G., Skold O. 1993. Characterization of transposon Tn5086, carrying the site-specifically inserted gene dhfrVII mediating trimethoprim resistance. J Bacteriol. 175: 1796-1805.

278. Suter T., Viswanathan V., Cianciotto N. 1997. Isolation of a gene encoding a novel spectinomycin phosphotransferase from Legionella pneumophila. Antimicrob. Agents Chemother. 41. 1385-1388.

279. Syvanen M. 1985. Cross-species gene transfer; implications for a new theory of evolution. J. Theor. Biol. 112: 333-343

280. Szczepanowski R., Braun S., Riedel V., Schneiker S., Krahn I., Puhler A., Schluter A. 2005. The 120 592 bp IncF plasmid pRSB107 isolated from a sewage-treatment plant encodes nine different antibiotic-resistance determinants, two iron-asquisition systems and other putative virulence-associated functions. Microbiology. 151. 1095-1 111.

281. Tanaka M, Yamamoto T, Sawai T. 1983a. Fine structure of transposition genes on Tn2603 and complementation of its tnpA and tnpR mutations by related transposons. Mol Gen Genet. 191: 442-50.

282. Tanaka M, Yamamoto T, Sawai T. 1983b. Evolution of complex resistance transposons from an ancestral mercury transposon. J Bacteriol. 153: 1432-8.

283. Tauch A., Krieft S., Kalinowski J., Puhler A. 2000. The 51,409-bp R-plasmid pTPIO from the multiresistant clinical isolate Corynebacterium striatum M82B is composed of DNA segments initially identified in soil bacteria and in plant, animal, and human pathogen. Mol. Gen.Genetics. 263. 1-11.

284. Tauch A., Schluter A., Bischoff N., Goesmann A., Meyer F., Puhler A. 2003. The 79,370-bp conjugative plasmid pB4 consists of an IncP-lbeta backbone loaded with a chromate resistance transposon, the strA-strB streptomycin resistance gene pair, the oxacillinase gene bla(NPS-l), and a tripartite antibiotic efflux system of the resistance-nodulation-division family. Mol. Genet. Genomics. 268. 570-584.

285. Thaker M., Spanogiannopoulos P., Wright G.D., 2010. The tetracycline resistome. Cell. Mol. Life Sci., 67: 419-431

286. Thomas C. & Nielsen K. 2005. Mechanisms of, and barriers to, horizontal gene transfer between bacteria. Nat Rev Microbiol. 3:711-721.

287. Thompson C., Gray G. 1983. Nucleotide sequence of a streptomycete aminoglycoside phosphotransferase gene and its relatioship to phosphotransferase encoded by resistance plasmids. Proc. Natl. Acad. Sci.USA. 80A 5190-5194.

288. Thompson C., Ward J., Ilopwood D. 1980. DNA cloning in Streptomyces: resistance genes from antibiotic-producing species. Nature 286: 525-527.

289. Tiedje, J., Petrova M., Moyer C. 1998. Phylogenetic diversity of archaea from ancient Siberian permafrost. 323. In: Abstract of 8 International Symposium on Microbial Ecology (ISME-8), Halifax, Canada.

290. Toleman M., Bennett P., Walsh T. 2006. ISCR elements: novel gene-capturing systems of the 21st century? Microbiol. Мої. Biol. Rev. 70: 296-316.

291. Toleman M„ Biedenbach D., Bennett D., Jones R., Walsh T. 2003. Genetic characterization of a novel metallo-beta-lactamase gene, blaIMP-13, harboured by a novel Tn5051-type transposon disseminating carbapenemase genes in Europe: report from the SENTRY worldwide antimicrobial surveillance programme. J Antimicrob Chemother. 52: 583-590.

292. Trieu-Cuot P., Courvalin P. 1986. Evolution and transfer of aminoglycoside resistance genes under natural conditions. J. Antimicrob. Chemother. 18. Suppl. C. 93-102.

293. Tsuda M. & lino T. 1987. Genetic analysis of a transposon carrying toluene degrading genes on a TOL plasmid pWWO. Мої Gen Genet. 210: 270-276

294. Tsuda M., Minegishi K.-I., lino T. 1989. Toluene transposons Tn4651 and Tn4653 are classll transposons. J. Bacteriol. 171: 1386-1393.

295. van der Klundert J. & Vliegenthart J. 1993. PCR detection of genes coding for aminoglycoside-modifying enzymes. 547-552. In D.H. Persing., T.F. Smith, F.C. Tenover, T.J. White (ed.), Diagnostic molecular microbiology. American Society for Microbiology, Washington, D.C.

296. van I-Ioek A., Mevius D., Guerra B., Mullany P., Roberts A., Aarts II. 2011. Acquired antibiotic resistance genes: an overview. Front. Microbiol. 2: Article 203.

297. Vega C. 1986. Resistance to heavy metals by Pseudomonas aureus clinical isolates. Microbios 48: 159-163.

298. Velasco A., Acebo P., Flores N., Perera J. 1999. The mer operon of the acidophilic bacterium Thiobacillus ferrooxidans counterpart. Extremophiles 3: 35-43.

299. Velkov V. 2001. Stress-induced evolution and the biosafety of genetically modified microorganisms released into the environment. J Biosci. 26: 667-683.

300. Villa L., Visca P., Tosini F., Pezzela C., Carattoli A. 2002. Composite integron array generated by insertion of an ORF341-type integron within a Tn21-like element. Microb. Drug Resist. 8. 1-7.

301. Vishnivetskaya T., Kathariou J., McGrath K., Gilichinsky D., Tiedje J. 2000. Low-temperature recovery strategies for the isolation of bacteria from ancient permafrost sediments. Extremophiles 4: 165-173.

302. Vorobyova E., Soina V., Gorlenko V., Minkovskaya N., Zalinova N., Mamukelashvili A., Gilichinsky D., Rivkina E., Vishnivetskaya T. 1997. The deep cold biosphere: facts and hypothesis. Fems Microbiology Reviews 20: 277-290.

303. Wagner A. 2006. Cooperation is fleeting in the world of transposable elements. PLoS Comput. Biol. 2: el62.

304. Walker J., Colwell R. 1974. Mercury-resistant bacteria and petroleum degradation. Appl. Microbiol. 27: 285-287.

305. Wang Y., Moore M., Levinson H.S., Silver S., Walsh C., Mahler I. 1989. Nucleotide sequence of a chromosomal mercury resistance determinant from a Bacillus sp. with broad-spectrum mercury resistance. J. Bacteriol. 171: 83-92.

306. Watkins, R. & Gray, M. 2006. The frequency of eubacterium-to-eukaryote lateral gene transfer shows significant cross-taxa variation within Amoebozoa. J. Mol. Evol. 63: 801 -814.

307. Welsh E., Liberton M., Stockel J., Loh T., Elvitigala T., Wang C., Wollam A., Fulton R., Clifton S., Jacobs J., Aurora R., Ghosh B., Sherman L., Smith R., Wilson R., Pakrasi H. 2008. The genome of Cyanothece 51142, a unicellular diazotrophic cyanobacterium important in the marine nitrogen cycle. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105: 15094-15099.

308. Werner G., Ililderbrandt B., Witte W. 2001. Aminoglycoside-streptothricin resistance gene cluster aadE-sat4-aphA-3 disseminated among multiresistant isolates of Enterococcus faecium. Antimicrob. Agents Chemother. 45: 3267-3269.

309. White P., Mclver C. 2001. Rawlinson W.D. Integrons and gene cassettes in the Enterobacteriaceae. Antimicrob. Agents Chemother. 45: 2658-2661.

310. Wilcox M. H., 2009. The tide of antimicrobial resistance and selection. Int. J. Antimicrob. Agents 34: 6-10.

311. Womble D., Rownd R. 1988. Genetic and physical map of plasmid NR1: comparison with other IncFII antibiotic resistance plasmids. Microbiol Rev. 52: 433-51.

312. Willerslev E., Hansen A., Poinar II. 2004. Isolation of nucleic acids and cultures from fossil ice and permafrost. Trends Ecol Evol. 19: 141-147.

313. World Health Organization, 2000. Overcoming antibiotic resistance. World Health Organization Report in Infectious Diseases.

314. Wright G., Ladak P. 1997. Overexpression and characterization of the chromosomal aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase from Enterococcus faecium. Antimicrob. Agents Chemother. 41. 956-960.

315. Wright G., Thomson P. 1999. Aminoglycoside phosphotransferases: proteins, structure, and Mechanism. Front. Biosci. 4. 9-21.

316. Wright G., 2005. Bacterial resistance to antibiotics: enzymatic degradation and modification. Adv. Drug Delivery, 57: 1451 - 1470.

317. Wright G. 2007. Antibiotic resistome: the nexus of chemical and genetic diversity. Nat. Rev. Microbiol., 5: 175 - 186.

318. Wright G. 2010. Antibiotic resistance in the environment: a link to the clinic? Curr. Opin. Microbiol. 13: 589-594.

319. Yanisch-Perron C., Vieira J., Messing J. 198. Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mpl8 and pUC19 vectors. Gene. 33: 10319.

320. Yoshikawa A., Isono S., Shebak A., Isono K.1987. Cloning and nucleotide sequencingof the genes riml and rimJ which encode enzymes acetylating ribosomal proteins S18 and S5 of Escherichia coli K12. Mol. Gen. Genet. 210: 481-488.

321. Yurieva O., Kholodii G., Minakhin L., Gorlenko Zh., Kalyaeva E., Mindlin S., Nikiforov V. 1997. Intercontinental spread of promiscuous mercury resistance operons in environmental bacteria. Mol. Microbiol. 24: 321-329.

322. Zgurskaya H.I., 2002. Molecular analysis of efflux pump-based antibiotic resistance. Int. J. Med. Microbiol., 292: 95 - 105.

323. Zhou, J., Davey M., Figueras J, Rivkina E., Gilichinsky D., Tiedje J. 1997. Phylogenetic diversity of a bacterial community determined from Siberian tundra soil DNA. Microbiology-Uk 143: 3913-3919

324. Zühlsdorf M. & Wiedemann B. 1993. Functional and physiological characterization of the Tn21 cassette for resistance genes in Tn2426. J Gen Microbiol. 139: 995-1002.