Использование спектроскопии кругового дихроизма для анализа супервторичной структуры нативных и денатурированных белков тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат физико-математических наук Василенко, Константин Станиславович

• Василенко, Константин Станиславович
• кандидат физико-математических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Василенко, Константин Станиславович

Список использованных сокращений и обозначений.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР.

1.1. Основные методы анализа структуры белков по их спектрам кругового дихроизма.

1.1.1. Анализ с помощью спектров «идеальных» элементов вторичной структуры.

1.1.1.1. Использование спектров модельных пептидов.

1.1.1.2. Получение базовых спектров из спектров белков с известной структурой.

1.1.1.3. Метод выпуклого граничного анализа спектров КД.

1.1.2. Непосредственное использование в разложении спектров белков с известной вторичной структурой.

1.1.2.1. Метод гребневой регрессии.

1.1.2.2. Разложение по существенным значениям.

1.1.2.3. Метод гибкого выбора решения.

1.1.2.4. Метод нейронных сетей.

1.1.3. Чувствительность спектров КД к супер вторичной структуре глобулярных белков.

1.2. Белки в состоянии «расплавленной глобулы».

1.2.1. Равновесное состояние расплавленной глобулы.

1.2.2. Расплавленная глобула как кинетический интермедиат.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Получение набора спектров белков с известным классом третичной структуры.

2.2. Методы факторного анализа и теории распознавания образов.

2.2.7. Поиск значащих компонент.

2.2.2. Метод решающих функций.

2.2.3. Метод иерархической классификации, или кластерного анализа.

2.3. Получение и анализ спектров КД белков в состоянии расплавленной глобулы.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

ГЛАВА 3. АНАЛИЗ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ СПЕКТРОВ КД

ГЛОБУЛЯРНЫХ БЕЛКОВ К КЛАССУ ТРЕТИЧНОЙ СТРУКТУРЫ.

3.1. Представление спектра в виде точки в пространстве амплитуд.

3.2. Получение набора спектров белков с известным классом третичной структуры.

3.3. Визуализация распределения образов в пространстве.

3.4. Исследование распределения образов с помощью иерархической классификации.

3.5. Построение алгоритма определения класса третичной структуры белка по его спектру КД.

ГЛАВА 4. АНАЛИЗ СПЕКТРОВ КД БЕЛКОВ В СОСТОЯНИИ

РАСПЛАВЛЕННОЙ ГЛОБУЛЫ.

4.1. Спектры КД нативных белков и белков в состоянии расплавленной глобулы.

4.2. Информационное содержание спектров КД расплавленных глобул.

4.3. Оценка содержания вторичной структуры в расплавленных глобулах по спектрам КД: сравнение срентгеноструктурными данными.

ВЫВОДЫ.

Благодарности.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Использование спектроскопии кругового дихроизма для анализа супервторичной структуры нативных и денатурированных белков»

Актуальность проблемы. Спектроскопия кругового дихроизма (КД) широко применяется для анализа интегральных параметров вторичной структуры глобулярных белков. Такое использование метода основано на предположении, что вид спектра в дальней ультрафиолетовой (УФ) области в наибольшей степени зависит от локальной конформации полипептидной цепи, которая как раз и описывается в терминах вторичной структуры. Однако, в последнее время становится все более очевидно, что подобная простая интерпретация спектральных данных является слишком грубой моделью, возможности которой ограничены. Имеется ряд свидетельств, как экспериментальных, так и теоретических, указывающих на то, что более высокие уровни организации белков также могут оказывать существенное влияние на форму и амплитуду спектров. Прежде всего, речь идет об особенностях укладки элементов вторичной структуры в белковую глобулу. С другой стороны, за последние годы накоплен большой экспериментальный материал по белкам в частично денатурированном состоянии, так называемых "расплавленных глобулах". Считается, что в таких белках третичные взаимодействия ослаблены, но основная часть вторичной структуры остается неизменной. Систематическое сравнение спектров белков в нативном и частично денатурированном состоянии позволит исследовать влияние плотной упаковки на спектры КД. Представленная работа посвящена исследованию чувствительности спектров кругового дихроизма к супервторичной структуре глобулярных белков. Рассмотрена возможность определения класса третичной структуры белка по его спектру. Также проанализированы спектры КД белков в состоянии расплавленной глобулы и исследована возможность оценки их структурных параметров. Цель и задачи исследования. Основной целью работы является исследование возможности анализа супервторичной структуры глобулярных белков с помощью спектроскопии кругового дихроизма. В задачи исследования входило:

1. Систематический анализ большого набора спектров КД белков различных структурных классов. Проверка наличия корреляции между формой спектра белка и его классом третичной структуры.

2. Создание алгоритма определения класса третичной структуры глобулярного белка по его спектру КД. Определение достоверности метода.

3. Сравнение информационного содержания набора спектров белков в нативном и в "расплавленном" состоянии. Проверка предположения о нативоподобности вторичной структуры расплавленных глобул.

Научная новизна работы. Впервые статистически достоверно показано наличие корреляции между формой спектров КД глобулярных белков и принадлежностью их к определенному классу третичной структуры. Показано, что спектральные образы в многомерном пространстве амплитуд образуют выраженные кластеры, соответствующие тому или иному классу третичной структуры. Впервые предложен численный метод определения класса третичной структуры белка по его спектру КД. Достоверность определения составляет 75-100% в зависимости от класса. Впервые исследовано информационное содержание набора спектров КД белков в "кислой" денатурированной форме и показано, что оно заметно ниже, чем в случае нативных белков. Продемонстрировано наличие корреляции между формой спектра и содержанием вторичной структуры в денатурированном белке. Предложен метод анализа вторичной структуры ненативных белков по их спектрам КД.

Практическое значение работы. Практическое применение полученных результатов возможно в двух областях:

- оперативное определение параметров третичной структуры глобулярных белков в растворе. Метод активно используется на практике - на него ссылаются в двух учебниках и в 15ти научных статьях.

- анализ параметров вторичной структуры частично денатурированных белков, для которых неприменимы стандартные методы, основанные на спектроскопии КД.

Структура диссертации. Диссертационная работа состоит из «Введения», четырех глав, «Выводов» и «Списка литературы». Во «Введении» освещены актуальность изучаемой проблемы и цели исследования, а также отражена научная новизна работы. Глава 1 посвящена описанию и анализу литературных данных, отражающих современное состояние проблемы анализа структуры глобулярных белков по спектрам КД, а также освещены основные аспекты исследования белков в состоянии расплавленной глобулы. В главе 2 описаны материалы и методы, использованные в данной работе. В главе 3 представлено исследование чувствительности спектров кругового дихроизма к классу третичной структуры глобулярных белков. Глава 4 посвящена анализу спектров КД белков в состоянии расплавленной глобулы. В конце диссертации приведены основные выводы данной работы и список цитируемой литературы в алфавитном порядке.

Основные результаты диссертации опубликованы в 7ми печатных работах, в том числе в 4х статьях в рецензируемых журналах.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Василенко, Константин Станиславович

выводы

1. Показано наличие корреляции между спектрами КД глобулярных белков и принадлежностью их к определенному классу третичной структуры.

2. Впервые предложен численный метод определения класса третичной структуры белка по его спектру КД. Достоверность определения составляет 75-100% в зависимости от класса.

3. Исследовано информационное содержание спектров КД белков в "кислой" денатурированной форме. Показано, что оно заметно ниже, чем в случае нативных белков.

4. Показано наличие корреляции между спектрами КД белков в состоянии расплавленной глобулы и содержанием вторичной структуры в нативных белках. Впервые показано наличие соответствия между содержанием (3-структуры в нативном белке и в промежуточном состоянии.

5. Продемонстрирована возможность анализа вторичной структуры ненативных белков по их спектрам КД. th,

Благодарности.

Большая часть данной работы выполнена в лаборатории физики белка Института белка РАН.

Я хочу выразить признательность и благодарность моему руководителю и учителю Олегу Борисовичу Птицыну, к сожалению, ныне покойному, прежде всего за трезвый взгляд на науку, который он старался мне привить и за постоянную поддержку. Я благодарен Геннадию Васильевичу Семисотнову за внимание к моей работе, а также Владимиру Николаевичу Уверскому за его неуемную энергию и неоценимую помощь. Спасибо Алексею Витальевичу Финкельштейну и всему коллективу лаборатории физики белка за бесценные советы, постоянную помощь и создание изумительной рабочей атмосферы. Особая благодарность Сергею Юрьевичу Веньяминову, который инициировал эту работу.

Отдельно мне хочется поблагодарить мою жену Олю и всех моих родных и друзей за моральную поддержку и помощь.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Василенко, Константин Станиславович, 2004 год

1. Болотина И. А. Определение вторичной структуры белков из спектров кругового дихроизма. V. Вторичная структура белков в состоянии "расплавленной глобулы". // Мол. Биол. 1985. Т.21. С.1625-1635.

2. Болотина И. А., Чехов М. О., Лугаускас В. Ю., Финкельштейн А. В., Птицын О.Б. Определение вторичной структуры белков из спектров кругового дихроизма. I. Спектры а-, (3- и неупорядоченной структур. // Мол. Биол. 1980a. Т.14. С.701-709.

3. Болотина И. А., Чехов М. О., Лугаускас В. Ю., Птицын О.Б. Определение вторичной структуры белков из спектров кругового дихроизма. И. Расчет вклада p-поворотов. // Мол. Биол. 1980b. Т.14. С.709-715.

4. Болотина И. А., Чехов М. О., Лугаускас В. Юм Птицын О.Б. Определение вторичной структуры белков из спектров кругового дихроизма. III. Получение реперных спектров для паралледьной и антипараллельной Р-структуры. // Мол. Биол. 1981. Т.15. С.130-137.

5. Долгих Д: А., Абатуров Л. В., Бражников Е. В., Лебедев Ю.О., Чиргадзе Ю.Н. Кислая форма карбангидразы В; "расплавленная глобула" со вторичной структурой. // Докл. АН СССР 1983. Т.272. С. 1481-1484.

6. Птицын О.Б. Многостадийный механизм самоорганизации белковых молекул.//Докл. АН СССР 1973. Т.212. С.1213-1215.

7. Родионова Н.А., Семисотнов Г.В., Кутышенко В.П., Уверский В.Н., Болотина И.А., Бычкова В.Е., Птицын О.Б. Двустадийное равновесное разворачивание карбангидразы В. // Мол. Биол. 1989. Т.23. С.683-692.

8. Тихонов А.Н., Арсенин В.Ю. Методы решения некорректно поставленых задач. М. Р. Наука 1974.

9. Уверский В.Н., Птицын О.Б. Трехстадийное равновесное разворачивание малых глобулярных белков сильными денатуратами: Карбангидраза В // Мол. Биол. 1996. Т.ЗО. С. 1124-1134.

10. Шубин В.В., Хазин М.Л., Ефимовская Т.В. Определение вторичной структуры глобулярных белков по их спектрам кругового дихроизма. // Мол. Биол. 1990. Т.24. С. 165-1-76.

11. Adler A. J., Greenfield N. J., Fasman G. D. Circular dichroism and optical rotatory dispersion of proteins and polypeptides. // Methods Enzymol. 1973. V.27. P.675-735.

12. Adzhubei A. A., Sternberg M. J. E. Left-handed polyproline II helices commonly occur in globular proteins // J. Mol. Biol. 1993. V.229. P.472-493.

13. Andrade M. A., Chacon. P., Merelo J. J., Moran. F. Evaluation of secondary structure of protein from UV circular dichroism spectra using an unsupervised learning neural network. // Protein Eng. 1993. V.6. P.383-390.

14. Aune K.C., Salahuddin A., Zarlengo M.H., Tanford C. Evidence for residual structure in acid- and heat-denatured proteins. // J. Biol. Chem. 1967. V.242. P.4486-4489.

15. Baldwin R.L., Roder H. Characterizing protein folding intermediates. // Current Biol. 1991. V.l. P.218-220.

16. Baldwin R.L. Experimental studies of pathways of protein folding. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1993. V.3. P.84-91.

17. Baum J., Dobson C.M., Evans P.A., Hanly C., // Characterization of a partly folded protein by NMR methods. P. jstudies on the molten globule state of guinea pig oc-jlactalbumin. Biochemistry 1989. V.28. P.7-13.

18. Bernstein F.C., Koetzle T.F., Williams G.J.B., Meyer E.F., Brice M.D., Rodgers J.R., Kennaro O., Shimanouchi Т., Tasumi M. The Protein Data Bank. P. a computer-based archival file for macromolecular structures. // J.Mol.Biol. 1977. V.l 12. P.535-542.

19. Bohm G., Muhr R., Jaenicke. R. Quantitative analysis of protein for UVcircular dichroism spectra by neural network. // Protein Eng. 1992. V.5. P.191-195.

20. Brahms S., Brahms J. Determination of protein secondary structure in solution by vacuum ultraviolet circular dichroism. // Mol. Biol. 1980. V.138. P.149-178.

21. Brandts J.F., Hunt L. The thermodynamics of protein denaturation. 3. The denaturation of ribonuclease in water and in aqueous urea and aqueous ethanol mixtures. // J. Am. Chem. Soc. 1967. V.89. P.4826-4838.

22. Bychkova V.E., Berni R., Rossi G.L., Kutyshenko V.P. Ptitsyn O.B. Retinol-binding protein is in the molten globule state at low pH. Biochemistry 1992. V.31. P.7566-7571.

23. Chang. С. Т. Wu C.-S. C., Yang. J. T. Circular dichroic analysis of protein conformation. II. Inclusion of (3-turns. // Anal. Biochem. 1978. V.91. P. 13-31.

24. Chen Y.-H., Yang. J. T. A new approach to the calculation of secondary structures of globular proteins by optical rotatory dispersion and circular dichroism. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1971. V.44. P.1285-1291.

25. Chen Y.-H., Yang. J. Т. and Chau К. H. Determination of the helix and (3-form of proteins in aqueous solution by circular dichroism. // Biochemistry 1974. V.13. P.3350-3359.

26. Chen Y.-H., Yang J. Т., Martinez H. M. Determinaton of the secondary structures of proteins by circular dichroism and optical rotatory dispersion. // Biochemistry 1972. V.ll. P.4120-4131.

27. Chen. G. C., Yang. J. T. Two-point calibration of circular dichrometer with d- 10-camphor-sulfonic acid. // Anal. Lett. 1977. V.10. P.l 195-1207.

28. Chou P. Y., Fasman G. D. (3-Turns in proteins // J. Mol. Biol. 1977. V.l 15. P.135-175.

29. Christensen H., Pain R.H. Molten globule intermediates and protein folding. // Eur. Biophys. J. 1991. V.19. P.221-229.

30. Ghyan C.-L., Wormald C., Dobson C.M., Evans P.A. Baum J. Structure and stability of the molten globule state of guinea-pig a-lactalbumin: a hydrogen exchange study. // Biochemistry 1993. V.32. P.5681-5691.

31. Colon W., Elove G.A., Wakem P., Sherman F. Roder H. Side chain packing of the N- and C-terminal helices plays a critical role in the kinetics of cytochrome с folding. // Biochemistry 1996. V.35. P.5538-5549.

32. Compton. L. A., Johnson. W. C. Jr. Analysis of protein circular dichroism spectra for secondary structure using a simple matrix multiplication. // Anal. Biochem. 1986. V.155. P.155-167.

33. Cooper T.M., Woody R.W. The effect of conformation on the CD of interacting helices. P. a theoretical study of tropomyosin. // Biopolymers 1990. V.30. P.657-676.

34. Dalmas. В., Hunter. G. J., Bannister W. H. Prediction of protein secondary structure from circular dichroism spectra using artificial neural network techniques. // Biochem. Mol. Biol. Int. 1994. V.34. P.17-26.

35. Damaschun G., Gernat C., Damaschun H., Вychkova V.E. Ptitsyn O.B. Comparison of intramolecular packing of a protein in native and "molten globule" states. // Int. J. Biol. Macromol 1986. V.8. P.226-230.

36. Denton J.В., Konishi Y. Sheraga Н.А. Folding of ribonuclease A from a partially disordered conformation. Kinetic study under folding conditions. // Biochemistry 1983. V.21. P.5155-5163.

37. Dobson C.M. Resting places on folding pathways. // Curr.Opin. Struct. Biol. 1992. V.2.P.6-12.

38. Dolgikh D.A., et al., Ptitsyn O.B. Compact state of a protein molecule with pronounced small-scale mobility: bovine a-lactalbumin. // Eur. Biophys. J. 1985. V.13. P. 109-121.

39. Dolgikh D.A., Gilmanshin R.I. Brazhnikov E.V., Bychkova V.E., Semisotnov G.V., Venyaminov S.Yu., Ptitsyn O.B. a-Lactalbumin: compact state with fluctuating tertiary structure? // FEBS Lett. 1981. V.136. P.311-315.

40. Dolgikh D.A., Kolomiets A.P., Bolotina I.A., Ptitsyn O.B. 'Moltenglobule' state accumulates in carbonic anhydrase folding. // FEBS Lett. 1984. V.165. P.88-92.

41. Eliezer D., Wright P.E. Is Apomyoglobin a Molten Globule? Structural Characterization by NMR. //J. Mol. Biol. 1984. V.263. P.531-538.

42. Eliezer D., Yao J., Dyson H.J. Wright P.E. Structural and dynamic characterization of partially folded states of apomyoglobin and implications for protein folding. // Nature Struct. Biol. 1998. V.5. P. 148-155.

43. Elove G.A., Chaffotte A.F., Roder H. Goldberg M.E. Early steps in cytochrome с folding probed by time-resolved circular dichroism and fluorescence spectroscopy. // Biochemistry 1992. V.31. P.6876-6883.

44. Elove G.A., Chaffotte A.F., Roder H., Goldberg M.E. Early steps in cytochrome с folding probed by time-resolved circular dichroism and fluorescence spectroscopy. // Biochemistry 1992. V.31. P.6876-6883.

45. Fersht A.R. The sixth Datta Lecture. Protein folding and stability. P. the pathway of folding of barnase. // FEBS Lett. 1993. V.325. P.5-16.

46. Fink A.L. Compact intermediate states in protein folding. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995. V.24. P.495-522.

47. Finkeistein. A. V. Ptitsyn. О. В.,and Kozilsyn. A. A. Theory of protein molecule self-organization. II. A comparison of calculated thermodynamic parameters of local secondary structure with experiments. // Biopolymers 1977. V.16. P.497-524.

48. Gast K., Zirver D„ Welfle H., Bychkova V.E. Ptitsyn O.B. Quasielastic light scattering of human a-lactalbumin. P. comparison of molecular dimensions in native and "molten globule" states. // Int. J. Biol. Macromol. 1986. V.8. P.231-236.

49. Goto Y. Fink A.L. Conformational states of (3-lactamase. P. molten globule states at acidic and alkaline pH with high salt. // Biochemistry 1989. V.28. P.945-952.

50. Goto Y., Calciano L.J. Fink A.L. Acid-induced folding of proteins. // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990. V.87. P.573-577.

51. Greenfield N. J., and Fasman G. D. Computed circular dichroism spectra for the evaluation of protein conformation. // Biochemistry 1969. V.8. P.4108-4116.

52. Griko Yu.V., Privalov P.L., Venyaminov S.Yu. Kutyshenko V.P. Thermodynamic study of the apomyoglobin structure. // J.Mol.Biol. 1988. V.202. P.127-138.

53. Harding M.M., Williams D.H., Woolfson D.N. Characterization of a partially denatured state of a protein by two-dimensional NMR. P. reduction of the hydrophobic interactions in ubiquitin. // Biochemistry 1991. V.30. P.3120-3128.

54. Hennessey J. P., Jr., Johnson W. C., Jr. Experimental errors and their effect on analyzing circular dichroism spectra of proteins. // Anal. Biochem. 1982. V.125. P.177-188.

55. Hennessey J. P., Jr. and Johnson W. C., Jr. Information content in the circular dichroism of proteins. // Biochemistry 1981. V.20. P. 1085-1094.

56. Hughson F.M., Wright P.E. Baldwin R.L. Structural characterization of a partly folded apomyoglobin intermediate. // Science 1990. V.249. P.1544-1548.

57. Jaenicke L. A rapid micromethod for the determination of nitrogen and phosphate in biological material. // Anal. Biochem. 1974. V.61. P.623-627.

58. James T. L. Jr. Assessment of quality of derived macromolecular structure. // Methods Enzymol. 1994. V.239. P.416-439.

59. Jeng M.-F., Englander S.W., Elove G.A., Wand A.J. Roder H. Structural description of acid-denatured cytochrome с by hydrogen exchange and 2D NMR. // Biochemistry 1990. V.29. P.10433-10437.

60. Johnson W. C. Jr. Secondary structure of proteins through circular dichroism spectroscopy. // Anna. Rev. Biophys. Chem. 1988. V.17. P.145-166.

61. Johnson W. C., Jr. Circular dichroism and its empirical application to biopolymers. II Methods Biochem. Anal. 1985. V.31. P.61-163.

62. Johnson. W. C., Jr. Protein secondary structure and circular dichroism: A % practical guide. // Proteins 1990. V.7. P.205-214.

63. Kabsch W., Sander C. Dictionary of protein secondary structure: Pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features. // Biopolvmers 1983. V.22. P.2577-2637.

64. Kay M.S., Baldwin R.L. Packing interactions in the apomyglobin folding intermediate. // Nature Struct. Biol. 1996. V.3. P.439-445.

65. Kim P.S., Baldwin R.L. Intermediates in the folding reactions of small proteins. // Annu Rev Biochem. 1990. V.59. P.631-660.

66. Kuwajima K. A folding model of a-lactalbumin deduced from the three-state denaturation mechanism. // J. Mol. Biol. 1977. V.l 14. P.241-258.

67. Kuwajima K. The molten globule state as a clue for understanding the folding and cooperativity of globular-protein structure. // Proteins: Structure Function and Genetics 1989. V.6. P.87-103.

68. Kuwajima K., Hiraoka Y., Ikeguchi M., Sugai S. Comparison of the transient folding intermediates in lysozyme and a-lactalbumin. // Biochemistry 1985. V.24. P.874-881.

69. Kuwajima K., Nitta K., Yoneyama M., Sugai S. Three-state denaturation of a-lactalbumin by guanidine hydrochloride. // J. Mol. Biol. 1976. V.106. P.359-373.

70. Magar M. E. On the analysis of the optical rotatory dispersion of proteins. // Biochemistry 1968. V.7. P.617-620.

71. Manavalan P., Johnson W. C., Jr. Variable selection method improves the prediction of protein secondary structure from circular dichroism // Anal. Biochem. 1987. V. 167. P.76-85.

72. Manavalan P., Johnson W. С Jr. Sensitivity of circular dichroism to protein tertiary structure class // Nature 1983. V.305. P.831-832.

73. Manning M. C. Underlying assumptions in the estimation of secondary structure content in proteins by circular dichroism spectroscopy A critical review//J. Pharm. Biomed. Anal. 1989. V.7. P.l 103-1119.

74. Manning M.C., Woody R.W. Theoretical determination of the CD of proteins containing closely packed antiparallel (3-sheets. // Biopolymers 1987. V.26. P. 1731-1752.

75. Marmorino J.L., Pielak С J. A native tertiary interaction stabilizes the A state of cytochrome с. II Biochemistry 1995. V.34. P.3140-3143.

76. Morozova L.A., Haynie D.T., Arico-Muendel C., Van Dael H. Dobson C.M. Structural basis of the stability of a lysozyme molten globule. // Nature Struct. Biol. 1995. V.2. P.871-875.

77. Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T„ Chothia C. SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. //J. Mol. Biol. 1995. V.247. P.536-540.

78. Nozaka M., Kuwajima K., Nitta K„ Sugai S. Detection and characterization of the intermediate on the folding pathway of human a-lactalbumin. // Biochemistry 1978. V.17. P.3753-3758.

79. Oberg K.A., V.N. Uversky Secondary structure of homologous proteins a-fetoprotein and serum albumin from their circular dichroism and infrared spectra. // Prot. Pept. Lett. 2001. V.8. P.297-302.

80. Ohgushi M., Wada A. 'Molten-globule state'. P. a compact form of globular proteins with mobile side-chains. // FEBS Lett. 1983. V.164. P.21-24.

81. Pancoska P., Blazek M., Keiderling T. A. Relationships between secondary structure fractions for globular proteins. Neural network analyses of crystallographic data sets. // Biochemistry 1992. V.31. P. 10250-10257.

82. Pancoska P., Keiderling T. A. Systematic comparison of statistical analyses of electronic and vibrational circular dichroism for secondary structure prediction of selected proteins. // Biochemistry 1991. V.30. P.6885-6895.

83. Pancoska P., Yasui S. C., Keiderling T. A. Statistical analysis of the vibrational circular dichroism of selected proteins and relationship to secondary structure // Biochemistry 1991. V.30. P.5089-5103.

84. Park K., Perczel A., Fasman G. D. Differentiation between transmembrane helices and peripheral helices by the deconvolution of circular dichroism spectra of membrane proteins. // Protein Sci. 1992. V.l. P.1032-1049.

85. Pauling L., Corey R. B. Configurations of polypeptide chains with favored orientations around single bonds. P. Two new pleated sheets. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1951. V.37. P.729-740.

86. Pauling L., Corey R. В., Branson. H. R. The structure of proteins. P. Two hydrogen-bonded helical configurations of the polypeptide chain. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1951. V.37. P.205-211.

87. Perczel A., Fasman G. D. Effect of spectral window size on circular dichroism spectra deconvolution of protein. // Biophys. J. 1993. V.48. P.19-29.

88. Perczel A., Park K., Fasman G. D. Deconvolution of the circular dichroism spectra of proteins. P. The circular dichroism spectra of the antiparallel (3-sheet in proteins. // Proteins Struct.Funct. Genet. 1992a. V.3. P.57-69.

89. Perczel A., Park K., Fasman G. D. Analysis of the circular dichroism spectrum of proteins using the convex constraint algorithm. P. A practical guide. // Anal. Biochem. 1992b. V.203. P.38-93.

90. Perczel A., Hollosi M., Tusnady G., Fasman G. D. Convex constraint analysis. P. A natural deconvolution of circular dichroism curves of proteins // Protein Eng. 1991 V.4. P.669-679.

91. Pribic R. Principal component analysis of Fourier transform infrared and/or circular dichroism spectra of proteins applied in a calibration of protein secondary structure. // Anal. Biochem. 1994. V.223. P.26-34.

92. Privalov P. L., Tiktopulo E. I., Venyaminov S. Y. Griko Y. V., Makhatadze G. I., Khechinashvili N. N. Heat capacity and conformation of proteins in the denatured state. // J. Mol. Biol. 1989. V.205. P.737-750.

93. Privalov P.L. Stability of proteins: small globular proteins. // Adv. Protein

94. Chem. 1979. V.33. P. 167-241.

95. Provencher S. W. A constrained regularization method for inverting data represented by linear algebraic or integral equations // Comput. Phys. Commun. 1982a. V.27. P.213-227.

96. Provencher S. W. CONTIN: A general purpose constrained regularization program for inverting noisy linear algebraic and integral equations // Comput. Phys. Commun. 1982b. V.27. P.229-242.

97. Provencher S. W. CONTIN user manual // EMBL technical report DA05 1982c.

98. Provencher S. W., Glockner. J. Estimation of globular protein secondary structure from circular dichroism // Biochemistry 1981. V.20. P.33-37.

99. Ptitsyn O.B. How does protein synthesis give rise to the 3D-structure? // FEBS Lett. 1991. V.285. P.176-181.

100. Ptitsyn O.B. // J. Protein Chem. 19. V.6. P.273-279.

101. Ptitsyn O.B. The molten globule state. // In: Protein folding. (Creighton Т.Е., ed.), W.H. Freeman Co., New York, 1992. pp. 245-302.0

102. Ptitsyn O.B. Molten globule and protein folding. // Adv. Prot. Chem. 1995a. V.47. P.83-229.

103. Ptitsyn O.B. Structures of folding intermediates. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1995b. V.5. P.74-78.

104. Ptitsyn O.B. How molten is the molten globule? // Nature Struct. Biol. 1996. V.3. P.488-490.

105. Ptitsyn O.B., Uversky V.N. The molten globule is a third thermodynamical state of protein molecules. // FEBS Lett. 1994. V.341. P. 15-18.

106. Radford S.E., Dobson C.M., Evans P.A. The folding of hen lysozyme involves partially structured intermediates and multiple pathways. // Nature 1992. V.358. P.302-307.

107. Radford S.E., Dobson C.M. Evans P.A. The folding of hen lysozyme involves partially structured intermediates and multiple pathways. // Nature 1992. V.358. P.302-307.

108. Richardson J.S. The anatomy and taxonomy of protein structure. 11 Adv. Protein. Chem. 1981. V.34. P. 167-339.

109. Rosenkranz H., Scholten W. An improved method for the evaluation of helical protein conformation by means of circular dichroism. // Hoppe-Seyler's Z. Physoil. Chem. 1971. V.352. P.896-904.

110. Saxena V. P., Wetlaufer D. B. A new basis for interpreting the circular dichroism spectra of proteins. // Proc. Nail. Acad. Sci. USA 1971. V.68. P.969-972.

111. Schulz G. E. and Schirmer. R. H. // In: P. Principles of Protein Structure (C. R. Cantor ed.), Springer-Verlag. Berlin, 1990. PP.66-107.

112. Seigel J. В. Steinmetz W. E., Long G. L. A computer-assisted model for estimating protein secondary structure from circular dichroic spectra. P. Comparison of animal lactate dehydrogenases // Anal. Biochem. 1980. V.104. P.160-167.

113. Shakhnovich E.I., Finkelstein A.V. Theory of cooperative transitions in protein molecules. I. why denaturation of globular protein is a first-order phase transition. // Biopolymers 1989. V.28. P.1667-1680

114. Sreerama N., Woody R. W. A self-consistent method for the analysis of protein secondary structure from circular dichroism. // Anal. Biochem. 1993. V.209. P.32-44.

115. Sreerama. N., Woody R. W. Poly(Pro) II helices in globular proteins. P. Identification and circular dichroic analysis // Biochemistry 1994b V.33. P. 10022-10025.

116. Tanford C. Protein denaturation. // Adv. Protein. Chem. 1968. V.23. P. 121282.

117. Toumadje A., Alcorn S. W., Johnson W. C., Jr. Extending CD spectra ofproteins to 168 nm improves the analysis of secondary structure. I I Anal. Biochem. 1992. V.200. P.321-331.

118. Uversky V. N. Use of fast protein size-exclusion chromatography to study the unfolding of proteins which denature through the molten globule. // Biochemistry 1993. V.32. P.13288-13298.

119. Uversky V. N., Ptitsyn О. B. All-or-none solvent-induced transitions ^ between native molten globule and unfolded states in globular proteins. // Fold.

120. Des. 1996. V.l. P.l 17-122.

121. Varley P., Gronenborn A. M., Christencen H., Wingfield P. Т., Pain R. H. Clore G. M. Kinetics of folding of the all-|3 sheet protein interleukin-1 (3. // * Science 1993. V.260. P.l 110-1113.

122. Vassilenko K.S., Uversky V.N. Native-like secondary structure of molten globules. // Biochim Biophys Acta. 2002. V.1594. P. 168-177.

123. Venyaminov S. Y., Baikalov I. A., Shen Z. M., Wu C.-S. C., Yang J. T. Circular dichroic analysis of denatured proteins: Inclusion of denatured protein in the reference set. // Anal. Biochem. 1993. V.214. P. 17-24.

124. Venyaminov S. Yu., Yang J. T. Determination of protein secondary structure. // In: Circular dichroism and the conformational analysis of biomolecules. (Fasman G.D., ed.), Plenum Press New York, 1996. PP. 69-108.

125. Venyaminov S. Y., Vassilenko K. S. Determination of protein tertiary structure class from circular dichroism spectra. Anal. Biochem 1994. V.222. P. 176-184.

126. Venyaminov S. Y., Baikalov I. A., Wu. C.-S. C., Yang J. T. Some problems of CD analysis of protein conformation. Anal. Biochem. 1991. V.198. P.250-255.

127. Wagner U. G., Miiller N., Schmitzberger W., Falk H., Kratky C. Structure determination of the biliverdin apomyoglobin complex: crystal structure analysis of two crystal forms at 1.4 and 1.5 A resolution. // J. Mol. Biol. 1995. V.247. P.326-337.

128. Wong K.-P., Hamlin L. M. Acid denaturation of bovine carbonic anhydrase B. // Biochemistry 1974. V.13. P.2678-2682.

129. Woody R. W. Circular dichroism and conformation of unordered polypeptides. // Adv. Biophys. Chem. 1992. V.2. P.37-79.

130. Woody R. W., Dunker A. K. Aromatic and cystine side-chain circular dichroism in proteins. // In: Circular dichroism and the conformational analysis of biomolecules. (Fasman G.D., ed.) Plenum Press New York, 1996. PP. 69-108.

131. Woody R. W. Circular dichroism of peptides. // In: The Peplides Vol. 7 (V. J. Hruby ed.), Academic Press New York, 1985. PP. 15-114.

132. Wu J., Yang J. Т., Wu C.-S. C. (3-II conformation of all-(3 proteins can be distinguished from unordered form by circular dichroism. // Anal. Biochem. 1992. V.200. P.359-364.

133. Yang J. T. Optical rotatory dispersion and circular dichroism in. P. A Laboratory Manual of Analytical Methods // In: Protein Chemistry (P. Alexander and H. P. Lundgren, eds.), Pergamon Press. Elmsford. NY, 1969. PP. 23-92.

134. Yang J. Т., Wu C.-S. C., Martinez H. M. Calculation of protein conformation from circular dichroism. // Methods Enzymol. 1986. V.30. P.208-269.