Исследование изменчивости ДНК периферической крови людей, подвергшихся радиационному воздействию тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.02, кандидат наук Митрошина, Ирина Юрьевна

• Митрошина, Ирина Юрьевна
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Митрошина, Ирина Юрьевна

Оглавление

Введение

1 Обзор литературы

1.1 Детекция молекулярных нарушений для целей

диагностики и мониторинга некоторых онкологических патологий

1.1.1 Молекулярные маркеры для диагностики и

мониторинга рака молочной железы

1.1.1.1 Ранняя диагностика рака молочной железы

1.1.1.2 Прогнозирование течения рака молочной железы

1.1.2 Молекулярные маркеры для диагностики и мониторинга

рака легких

1.1.2.1 Ранняя диагностика рака легких

1.1.2.2 Прогнозирование течения рака легких

1.2 Методы лечения онкологических патологий молочной

железы и легких. Воздействие на неопухолевые ткани

1.2.1 Радиотерапия в лечении рака молочной железы

и рака легких

1.2.2 Химиотерапия в лечении рака молочной железы

и рака легких

1.3 Источники внеклеточной ДНК

1.3.1 Ядерная ДНК

1.3.2 Митохондриальная ДНК

1.4 Полиморфизм ДНК человека на разных уровнях

организации генома

1.4.1 Вариабельность мини - и микросателлитных повторов

в некодирующих областях генома человека

1.4.2 Вариабельность микросателлитных тринуклеотидных повторов (СТО)п в 3' - нетранслируемой области гена

миотонической протеинкиназы человека

1.4.3 Неизвестные мутации митохондриальной ДНК

1.4.4 Количественные изменения нуклеиновых кислот, циркулирующих в плазме крови

2 Методы и материалы

2.1 Исследуемые группы

2.2 Выделение ДНК

2.3 Анализ вариабельности микросателлитных повторов

2.4 Анализ частоты аллелей (CTG)n

2.5 Определение доли внеклеточной митохондриальной

ДНК с мутациями

2.6 Определение копийности ядерного АСТВ и митохондриального ND1 генов

3 Результаты исследований и обсуждение 72 3.1 Изучение изменчивости микросателлитных повторов ДНК

некодирующих областей генома

3.1.1 Изучение изменения уровня полиморфизма микросателлитных повторов ДНК из периферической крови в отдаленные сроки после облучения

3.1.2 Изучение уровня полиморфизма микросателлитных

повторов после воздействия курсов радиационной и химиотерапии

3.1.3 Анализ частоты аллелей (CTG)n

3.1.4 Определение доли внеклеточной митохондриальной

ДНК с мутациями

3.1.5 Изменение соотношения числа копий митохондриального и ядерного генов

4 Заключение

5 Выводы

6 Список сокращений

7 Список литературы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование изменчивости ДНК периферической крови людей, подвергшихся радиационному воздействию»

Введение

Актуальность проблемы. Ионизирующая радиация является неотъемлемым компонентом окружающей среды, однако при увеличении интенсивности превращается в негативный фактор воздействия на здоровье и благополучие человека. В настоящее время пагубность воздействие радиации не требует дополнительных доказательств в связи с активным изучением последствий атомных бомбардировок, аварийных ситуаций на АЭС и широким распространением радиоактивных элементов в окружающей среде. Эффекты острого воздействия больших доз радиации на организм человека и биоты выявлены и изучены достаточно хорошо. Однако биологическое воздействие малых доз ионизирующего излучения на живые организмы до сих пор изучено недостаточно. Нерешенным вопросом остается влияние хронического облучения в малых дозах, поскольку его эффекты нивелируются адаптацией организма с вовлечением комплекса процессов, реализующихся на клеточном, тканевом и организменном уровнях. Эффекты воздействия могут проявляться спустя годы после непосредственного контакта с источником излучения (Аклеев, 2009). Существуют способы количественной оценки повреждений, вызванных средними и большими дозами ионизирующей радиации. Они основаны на обнаружении мутаций в поврежденных радиацией областях ДНК, кодирующих белки. Такой подход имеет множество ограничений, связанных с поиском мест локализации генетических повреждений, невозможностью их обнаружения через длительные периоды времени. Эти ограничения можно преодолеть, расширяя число анализируемых мест в геноме. Для этого используют выявление полиморфизма микросателлитных локусов, известных своей вариабельностью и широким распространением в некодирующих областях ДНК человека (ENCODE Project Consortium, 2007). Неповторимость каждого генома обусловливает возможность

формирования индивидуального ответа каждого человека, подверженного воздействию генотоксических факторов.

Использование новых подходов, в частности поиск мутаций не только ядерной, но и менее защищенной митохондриальной ДНК (Газиев, Шайхаев, 2007), дает надежду на их практическое применение в медицинских целях в будущем, в том числе для мониторинга злокачественных новообразований, что является одной из важнейших задач современной медицины.

Все это создает предпосылки для дальнейшего исследования эффектов хронического облучения в малых дозах на организм человека.

Целью работы является исследование изменчивости ядерной и митохондриальной ДНК в периферической крови людей, подвергшихся хроническому воздействию ионизирующего излучения.

Для достижения поставленной цели были определены следующие.задачи:

1. Определение уровня изменчивости микросателлитных повторов в препаратах ДНК периферической крови мужчин-работников производственного объединения «Маяк» (г. Озерск), подверженных воздействию ионизирующей радиации в течение длительного периода профессиональной деятельности.

2. Определение уровня изменчивости микросателлитных повторов в препаратах ДНК периферической крови онкологических пациентов в процессе радиационной и химиотерапии.

3. Определение уровня изменчивости микросателлитных тринуклеотидных (СГС)п в З'-нетранслируемой области гена миотонической протеинкиназы человека в препаратах ДНК периферической крови онкологических пациентов в процессе радиационной и химиотерапии.

4. Определение уровня внеклеточной митохондриальной ДНК с мутациями в составе общей циркулирующей ДНК плазмы крови больных раком легких, прошедших курс радиотерапии.

5. Определение изменения соотношения числа копий митохондриального и ядерного генов в плазме крови больных раком легких, прошедших курс радиотерапии. Научная новизна.

1. Показана возможность использования метода полимеразной цепной реакции с мультилокусным праймером для анализа микросателлитной нестабильности генома человека в условиях воздействия генотоксических факторов in vivo.

2. Выявлена нестабильность микросателлитных (CTG)n повторов в 3'-нетранслируемой области гена миотонической протеинкиназы человека у онкологических пациентов.

3. Показана возможность выявления мутаций во внеклеточной митохондриальной ДНК плазмы крови онкологических пациентов, прошедших курс радиационной терапии, с использованием ферментативного метода, основанного на расщеплении CEL-I эндонуклеазой участков ДНК с неспаренными основаниями.

4. Выявлены индивидуальные изменения динамики ядерной и митохондриальной ДНК в плазме крови онкологических пациентов в процессе лечения.

Научно-практическая значимость. Выполнены исследования изменчивости молекулярно-генетических маркеров в группах пациентов онкологической клиники, у здоровых лиц, подвергшихся пролонгированному воздействию ионизирующей радиации, а также у здоровых людей, не имевших контактов с генотоксическими факторами. Стандартизация клинического материала по ряду важных параметров (характер производственной деятельности, сходство патологии, схем лечения) позволила выявить и исследовать индивидуальные ответы в гетерогенных группах людей.

Показана возможность выявления с помощью исследуемых молекулярных маркеров индивидуальной реакции пациентов, страдающих онкологическими

заболеваниями, на проводимые им курсы радиационной и химиотерапии. Маркеры, очевидно, могут служить сигнальными молекулами для мониторинга злокачественных новообразований.

Исследование малых доз ионизирующего излучения, хронически воздействующего на организм человека, актуально с точки зрения оценки вреда здоровью людей, проживающих в неблагополучных регионах с повышенным радиоактивным фоном, а также для оценки генетических рисков, связанных с производственной деятельностью на предприятиях атомной энергетики. Предварительные данные позволяют приблизиться к практической оценке хронического воздействия на организм человека малых доз ионизирующей радиации.

Апробация диссертации и публикации. По теме диссертации опубликовано 19 печатных работ, в том числе 6 статей в рецензируемых журналах из списка ВАК, 13 - в тезисах научных конференций.

Результаты работы были представлены на российских и международных

конференциях: 10 - 17 Пущинская школа - конференция молодых ученых

«Биология - наука 21 века» (Пущино 2006 - 2013 г), II Международный

молодежный медицинский конгресс (Санкт-Петербург 2007г), «Биологические

эффекты малых доз ионизирующей радиации и радиоактивное загрязнение

среды» (Сыктывкар 2009г), VI Съезд по радиационным исследованиям (Москва th

2010г), 7 International Meeting on the Effect of Low Doses of Radiation in Biological Systems LOWRAD (Portugal 2008), 38th Annual Meeting of the European Radiation Research Society (Sweden 2010), 39th Annual Meeting of the European Radiation Research Society (Italy 2012).

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, методов исследования, результатов исследования и их обсуждения, основных выводов работы, заключения и списка литературы.

Диссертация изложена на 132 страницах машинописного текста, содержит 5 рисунков, 20 таблиц. Список литературы включает 156 ссылок, из них 102 на английском языке.

1 Обзор литературы

1.1 Детекция молекулярных нарушений для целей диагностики и мониторинга некоторых онкологических патологий

Развитие злокачественной опухоли является сложным многостадийным процессом, в основе которого лежит накопление генетических изменений, вызывающих злокачественные трансформации клеток. Основной причиной возникновения и развития злокачественного новообразования является нарушение в функционировании относительно небольшого числа генов, в частности протоонкогенов и антионкогенов (генов - супрессоров опухолевого роста). Кроме того, существуют гены-модуляторы, которые не вызывают непосредственно злокачественную трансформацию, но способствуют распространению опухоли в организме (Копнин 2000).

1.1.1 Молекулярные маркеры для диагностики и мониторинга рака молочной железы

Как и многие злокачественные опухоли, рак молочной железы (РМЖ) имеет мультифакторную природу. В патогенезе заболевания важную роль играют онкогены и гены опухолевой супрессии. В основе инактивации генов-супрессоров опухолей и селективного роста злокачественных клеток лежат генетические и эпигенетические повреждения. Механизмом эпигенетических изменений служит обратимое присоединение метальной группы к цитозину в Св - динуклеотидах, расположенных в регуляторных участках генов. Это явление получило название аномального метилирования генов в опухоли. Считается, что эпигенетические нарушения при малигнизации являются наиболее ранними и

могут иметь место задолго до клинической манифестации заболевания (Логинов и соавт. 2012).

К настоящему времени установлено, что метилирование генов ассоциировано с агрессивной формой опухоли и прогрессией заболевания. Следовательно, определение степени метилирования генов-супрессоров опухолевого роста может служить ранним маркером агрессивности опухолевого процесса и применяться для прогноза течения заболевании и выработки стратегии при лечении РМЖ (там же).

В настоящее время задачей практических онкологов является определение того набора наиболее значимых, дополняющих друг друга, показателей, который позволил бы при минимально возможной сложности обследования обеспечить максимальную эффективность лечения каждого больного.

1.1.1.1 Ранняя диагностика рака молочной железы

Большая часть пациенток со злокачественными новообразованиями обращаются в медицинские учреждения при распространенном процессе. У многих даже при операбельной форме опухолевого процесса диагностируются отдаленные микрометастазы. Это обусловливает необходимость разработки новых и совершенствование существующих методов диагностики и лечения РМЖ.

В работе Логинова и соавт. (2012) был проведен анализ метилирования промоторных районов генов 11А88Р1А, 11А11Ь2 и 8ЕМАЗВ. Он показал достоверное увеличение метилирования данных регионов по сравнению с прилежащей гистологически нормальной тканью. Для пациенток с первично -множественными злокачественными новообразованиями гиперметилирование этих опухолевых генов - супрессоров было найдено также в прилежащей гистологически нормальной ткани. В то же время метилирование промоторного района гена ЯАЗЗНА в ДНК, полученных от доноров без онкологических

заболеваний в анамнезе, выявлено не было. По результатам анализов было показано, что эпигенетические изменения в опухоли возникают раньше, чем структурные изменения ДНК и морфологические изменения в ткани.

Частота метилирования промоторного района гена ЛАЙМ составила 46% при РМЖ и статистически достоверно отличалась от таковой в гистологически нормальной прилежащей ткани. Наличие метилирования промоторной области гена КАЯр2 в некоторых образцах ДНК гистологически нормальной ткани молочной железы и яичников пациенток, выявляемое с частотой до 2^4%, означает, что эта модификация может происходить в начале онкогенеза, предшествуя структурным изменениям в ДНК тканей. Была выявлена связь частоты изменения метилирования промоторного района гена 11А11(32 со стадией, степенью анаплазии и размером опухоли при РМЖ (там же).

Было показано, что промоторная область гена 8ЕМАЗВ достоверно чаще метилирована в ДНК опухоли, чем в ДНК прилежащей гистологически нормальной ткани молочной железы. Также была выявлена достоверная прямая корреляция плотности метилирования со степенью злокачественности и стадией при РМЖ. Высокая частота метилирования в образцах ДНК опухолей и феномен выявления метилирования в нормальной ткани у пациентов с РМЖ (еще до возникновения морфологических изменений) могут указывать на связь метилирования гена 8ЕМАЗВ с началом онкогенеза, что важно для использования этого теста в качестве маркера при комплексной диагностике рака.

Все это позволяет считать метилирование этих генов ранним событием в патогенезе РМЖ как процессе переключения функционирования тканевой системы от контролируемого метаболического состояния к аномальному метаболизму и неупорядоченному клеточному делению.

Многочисленные исследования выявили ряд антигенов, ассоциированных с РМЖ.

СА 15-3 - онкомаркер, обладающий достаточно высокой специфичностью по отношению к РМЖ, наиболее распространен для анализа онкопатологии в

Европе. Его аналог - СА 27.29 наиболее представлен в этнической группе Северной Америки и используется с той же целью (Bidard et al. 2012). Этот антиген продуцируется клетками карциномы молочной железы и определяется на поверхности секретирующих его клеток. Используется, как правило, для мониторинга эффективности лекарственного лечения опухоли. Два последовательных повышения уровня маркера указывают на прогрессию заболевания и могут служить основанием прекращения проводимой терапии или ее изменения. При рецидивах или метастазах рост концентрации этого маркера может опережать появление клинических симптомов на 6-9 месяцев.

Для прогрессии опухоли необходима собственная система кровообращения. Без развития новых сосудов невозможен рост опухоли, достигшей размеров 2 мм. В процессе неоангиогенеза ключевая роль отведена фактору роста эндотелия сосудов - VEGF и его рецепторов. При индукции роста клеток эндотелия и формировании новых капилляров происходит частичное поступление этого фактора роста в кровь, что имеет диагностическое значение.

Немаловажное значение имеет определение в крови содержания EGF и его растворимого рецептора р185. EGF - глобулярный белок, действующий как сильный митоген. Он контролирует пролиферацию эпидермальных и эпителиальных клеток. В комбинации с другими цитокинами он является фактором, опосредующим процессы ангиогенеза, играет важную роль в канцерогенезе.

pl85 - гликопротеин, продукт гена HER2. В норме на эпителиальных клетках большинства органов присутствует в небольших количествах. Гиперэкспрессия этого белка наблюдается на большей части злокачественных новообразований. Высокая гомологичность этого белка с рецептором эпидермального фактора роста предполагает, что белок р 185 может быть вовлечен в регуляцию клеточного роста и трансформации. Внеклеточный домен р 185 высвобождается с поверхности раковых клеток, в которых происходит его гиперэкспрессия, что дает

возможность определить его в сыворотке крови для ранней диагностики и мониторинга распространения опухоли.

Для большинства злокачественных опухолей, в том числе и для РМЖ, характерна чрезмерная продукция изомерной формы пируваткиназы (Tu М2-РК). Повышенное содержание этого маркера указывает на перестройку клеток с нормального типа метаболизма на опухолевый, что связано с ускоренным ростом опухолевых клеток. Однако он не является специфичным для РМЖ. Tu М2-РК отражает базовые сдвиги в метаболизме при многих видах опухолей. Его использование целесообразно для обеспечения дополнительной информации, облегчающей диагностику опухолевого процесса (Гапеенко, Державец 2011).

Некоторые антигены не являются специфическими к опухолевым клеткам, но их определение может быть использовано для ранней диагностики отдаленных метастазов.

Раковоэмбриональный антиген (Carcinoembryonic Antigen - CEA) - это гликопротеин, расположенный на поверхности клетки, который отвечает за клеточную адгезию. В норме он не представлен в крови здорового человека. В исследовании группы 53 женщин с метастазирующим РМЖ уровни CA 15-3 и CEA были оценены как 94% и 69% соответственно. Если был проведен анализ CA 15-3, то при этом значение CEA не играет решающей роли в диагностике заболевания. Однако если таких исследований не было произведено, то уровни CEA могут дать важную информацию для врача в дополнение к клиническим и радиологическим исследованиям (Harris et al. 2007).

1.1.1.2 Прогнозирование течения рака молочной железы

Клеточные маркеры, первыми включенные в практику лечения больных РМЖ, были рецепторы стероидных гормонов: рецепторы эстрогена, прогестерона (Семиглазов и соавт. 2001). Рецепторы стероидных гормонов представляют собой белки, специфически связывающие соответствующие стероиды после их

проникновения в клетку и опосредующие таким образом их биологические эффекты. Присутствие рецепторов эстрогена в первичной опухоли молочной железы свидетельствует о ее потенциальной чувствительности к лечебным мероприятиям, направленным на противодействие эффектам эстрогена. Рецепторы прогестерона являются первым необходимым звеном реакции клетки на прогестерон и определяют ее чувствительность к соответствующим препаратам. Известно, что гормонозависимые опухоли молочной железы, содержащие оба или один из рецепторов, имеют более благоприятное течение и прогноз у больных, независимо от лечения. Эффект проводимого адъювантного лечения будет лучше, чем у больных с рецепторотрицательными опухолями.

Определение рецепторов эстрогенов и прогестерона в ткани опухоли на сегодняшний день рассматривается как обязательное условие для успешного гормонального лечения РМЖ (Герштейн и соавт. 1998, Аникеева 2006).

Her-2/neu является мембранным белком семейства рецепторов эпидермального фактора роста EGFR/ErbB, у человека кодируемый геном ERBB2. Амплификация и гиперэкспрессия этого гена наблюдается в 15-30% вновь диагностированных опухолей молочной железы, и ассоциирована с более агрессивным их поведением. Также динамику этого маркера используют для предсказания устойчивости опухоли к эндокринной терапии, некоторым химиопрепаратам, таким как циклофосфамид, метотрексат, и для предсказания пользы от применения анти-НЕК2 терапии, в частности при применении препарата трастузумаб (Harris et al. 2007).

10-20% всех диагностированных РМЖ характеризуется отрицательными показателями, как для гормональных рецепторов, так и для Her-2/neu. Для данного подтипа отмечена повышенная вероятность смертельных исходов в связи с высокой степенью метастазирования и рецидивирования. Как правило, лечение заключается в назначении курсов адъювантной химиотерапии, поскольку этот подтип более чувствителен к ней по сравнению с другими типами РМЖ. Для

мониторинга хода лечения этого подтипа были предложены несколько маркеров, в частности Е-кадерин и KÍ67.

Е-кадерин является молекулой клеточной адгезии, низкий уровень экспрессии которого рассматривается как фактор плохого прогноза. Экспрессия Е-кадерина и KÍ67 была положительной в 57% и 34% случаев РМЖ. Уровень экспрессии KÍ67 был значительно выше на 2 и 3 стадиях заболевания. Сочетание отрицательной экспрессии Е-кадерина и KÍ67 показало достоверную связь с ухудшением общей выживаемости пациентов, получивших адъювантную химиотерапию (Kashiwagi et al. 2011).

В литературе обсуждается значение циклооксигеназы - 2, повышенный уровень которой ассоциирован с плохим прогнозом в развитии и метастазировании опухолевых клеток (Singh 2011). Показано также, что циклооксигеназа - 2 может быть целью для таргетной терапии, поскольку ее ингибирование в сочетании с классическими лечебными подходами приводит к снижению прогрессирования опухоли (Sobolewski 2010).

Около 5 - 10% РМЖ относятся к наследственным формам рака. Из них 2/з связаны с мутациями в BRCA 1, 2 (breast cancer associated gene). BRCA 1, 2 являются супрессорными генами с аутосомно-доминантным типом наследования и высокой пенетрантностью в пределах одной семьи. Наследственные мутации гена BRCA1 обуславливают 56-87% риска развития РМЖ в возрасте 70 лет и 3350% в возрасте 50 лет. Мутации гена BRCA2 отвечают за 65-95% риска развития РМЖ. Различия в молекулярном патогенезе между BRC - ассоциированными и ненаследственными опухолями молочной железы предполагают, что эти опухоли могут кардинальным образом различаться по фенотипическим и прогностическим признакам, а терминальные мутации BRCA можно рассматривать как молекулярно-генетические маркеры, имеющие прогностическое значение (Добренький, Добренький 2005).

Опухоль - ассоциированные протеазы иРА и PAI-1 являются показателями метастатической и инвазивной активности опухоли. В сообщении Foekens et al.

(2000) приведены результаты исследования опухоли молочной железы 2780 больных. Было показано, что риск возврата заболевания возрастает в 1,88 и в 2,74 раза при высоком уровне в опухоли иРА (>1,21 нг/мг белка) и РА1-1 (>45,28 нг/мг белка) соответственно. Дальнейшие исследования показали, что иРА и РА1-1 являются независимыми факторами неблагоприятного прогноза, более значимыми, чем размер опухоли, степень ее злокачественности и рецепторный статус.

Ген ТР53 является одним из ключевых генов - супрессоров опухолевого роста, функция которого направлена на ограничение вероятности возникновения генетически нестабильных клеток. Белок р53 осуществляет регуляцию широкого спектра клеточных процессов, выступая «молекулярным полисменом», ведущим надзор за состоянием генома и устраняющим опасные в плане злокачественной трансформации клетки. ТР53 является высокочувствительной мишенью мутагенеза, как наиболее транскрипционно активный, чья экспрессия индуцируется многими стрессорными стимулами. До 50% опухолей молочной железы содержат мутации в гене ТР53, приводящие к частичной либо полной потере функциональности белка и, более того, часто способствующие приобретению им онкогенных свойств. Мутационная изменчивость данного гена, обусловленная вариабельностью, эпигенетическими модификациями, потерей гетерозиготности и соматическими мутациями у больных РМЖ, служит проявлением опухолевой прогрессии заболевания. Мутации ТР53 при учете профилей экспрессии генов контроля клеточного цикла, а также в сочетании со стандартными прогностическими критериями, такими как размер опухоли и вовлечение лимфоузлов, являются «предсказателями» выживаемости (Ьап§егос1 е1 а1. 2007). Мутантный статус ТР53 положительно ассоциирован с такими неблагоприятными признаками, как отсутствие на опухолевых клетках экспрессии рецепторов к эстрогенам и прогестерону, анеуплоидией и высокой пролиферативной активностью (Рек1,1гт^ег-Р^ег 2004).

На сегодняшний день поиск маркеров для диагностика РМЖ продолжает быть актуальным, поскольку специфичность и чувствительность признанных онкомаркеров оставляет желать лучшего. Несмотря на то, что онкомаркеры разрабатывались для ранней (на бессимптомной стадии) диагностики рака, на практике достоверный диагноз устанавливается только по результатам биопсии. Значительное повышение уровня онкомаркера нередко наблюдается на более поздних стадиях, когда опухоль уже достаточно развита. Поэтому именно ранняя диагностика опухолей, когда они еще небольших размеров и ограничены местом образования, может стать спасением многих жизней.

1.1.2 Молекулярные маркеры для диагностики и мониторинга рака легких

В настоящее время накоплен достаточно большой объем данных, касающихся отдельных молекулярно-генетических характеристик различных типов рака легких (РЛ). Существующие на сегодняшний день рутинные методы диагностики PJI практически не позволяют обнаружить опухоль на ранних стадиях, когда условиях для ее лечения были бы оптимальными. Однако диагностика PJI на I стадии повышает выживаемость больных до 70 %, что объясняет интерес онкологов к молекулярным исследованиям. Многие генетические маркеры превосходят по чувствительности традиционно используемые клинические методы и позволяют выявить трансформированные клетки до проявления клинических симптомов опухолевого роста.

1.1.2.1 Ранняя диагностика рака легких

Генетическая нестабильность, включающая потерю гетерозиготности - LOH (loss of heterozygosity) и микросателлитную нестабильность является частым молекулярным событием, происходящим на ранней стадии развития рака легких. Потеря гетерозиготности чаще всего связана с делениями (потерей одной копии

данного локуса) внутри кодирующих регионов гена или в некодирующих областях генома, где расположены микросателлитные локусы (Czarnecka et al. 2013).

Предполагается, что LOH приводит к инактивации антионкогенов в опухолевых клетках в результате того, что утрата одного аллеля дает возможность проявления фатальных рецессивных мутаций в оставшемся. Чем выше процент делеций в данном локусе при данной патологии, тем вероятнее нахождение в нем гена - супрессора. Частота LOH, превышающая 60%, свидетельствует о присутствии в данном районе генов - супрессоров, специфичных для данного заболевания (Новое в терапии рака легких, 2003).

Наиболее частым и ранним событием LOH при немелкоклеточном PJI являются делеции различных локусов хромосом Зр, 4q, 5q21, 9р21, 17р13 (Hirsch et al. 2001, Larsen 2011). Наиболее показательным признаком наличия трансформированных клеток эпителия бронхов являются делеции короткого плеча хромосомы 3. Данный тип повреждении наблюдается в 100% случаев мелкоклеточного PJI и в 60-65% случаев немелкоклеточного PJI (Minna et al. 2002).

В качестве прогностических факторов развития PJ1 используется определение LOH в 17р13, где расположен ген TP 53, и регион 7р12, который затрагивает локус гена эпидермального фактора роста (EGFR) (Czarnecka et al. 2013). В этой же работе представлены данные по исследованию микросателлитной нестабильности, оцениваемой по 13 различным микросателлитным локусам. Показано, что LOH, либо микросателлитная нестабильность наблюдались во всех 13 исследуемых регионах.

Метилирование генов - супрессоров и генов-модуляторов опухолевого роста является ранним и частым событием при PJL Метилирование р16 было обнаружено в образцах мокроты у 63% пациентов, страдающих PJ1, тогда как у здоровой группы составило лишь 3%. Используя современные методы, можно обнаружить аберрантное метилирование этого гена в малом количестве

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Митрошина, Ирина Юрьевна, 2014 год

Список литературы

1.Аклеев A.B., Дуброва Ю.Е., Площанская О.Г., Козионова О.С. Влияние хронического воздействия ионизирующего излучения на частоту возникновения мутаций в МНС локусах ДНК лиц, проживающих в прибрежных сёлах реки Теча // Радиобиология. Радиоэкология. 2007. Т. 47. № 5. С. 558-566.

2. Аклеев A.B. Реакции тканей на хроническое воздействие ионизирующих излучений // Радиационная биология. Радиоэкология. 2009. Т.49. №1. С. 5-20.

3. Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях. М. ИКЦ «Академкнига». 2003.

4. Аникеева Н.В. Роль рецепторов эстрогенов, прогестерона, андрогенов, онкобелка HER-2, антигена Ki-67 в прогнозе рака молочной железы. Автореферат на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Спб. 2006.

5. Асеева Е.А., Снигирева Г.П., Неверова A.JL, Новицкая H.H., Хазинс Е.Д., Домрачева Е.В. Клетки с множественными хромосомными нарушениями в группах лиц, подвергшихся облучению при различных ситуациях, и их возможная биологическая роль // Радиационная биология. Радиоэкология. 2009. Т. 49. №5. С. 552-562.

6. Безлепкин В.Г., Васильева Г.В., Ломаева М.Г., Сирота Н.П., Газиев А.И. Исследование нестабильности генома методом анализа фингерпринтов ДНК потомства самцов-мышей, подвергнутых хроническому гамма-облучению в малых дозах // Радиационная биология. Радиоэкология. 2000. Т.40. №5. С. 506512.

7. Безлепкин В.Г., Ломаева М.Г., Фоменко Л.А. Геномная нестабильность, выявляемая микроядерным тестом, у потомства Fl-поколения мышей, подвергнутых воздействию ионизирующей радиации // Генетические последствия чрезвычайных радиационных ситуаций: Тез. докл. III Междунар. конф. Дубна. 4-7 октября 2005 г. М.: РУДН. 2005. С.10.

8. Боева В.А. Идентификация и анализ тандемных повторов и близких структурированных сигналов в ДНК. Диссертация на соискание ученой степени. М. 2006.

9. Бойко A.B., Дарьялова C.JL, Черниченко A.B., Бочарова И.А. Лучевая терапия. Онкология: Национальное руководство. Под ред. В. И. Чиссова, М.И. Давыдова. М.: ГЭОТАР - Медиа. 2008.

10. Вейко H.H., Спитковский Д.М. Накопление одиночных разрывов не приводит к парному разрыву ДНК - особенность транскрибируемого фрагмента рибосомного оперона человека, позволяющего его детектировать в биологических жидкстях при гибели различных клеток организма // Радиационная биология. Радиоэкология. Т. 40. №4. 2000. С. 396-404.

11. Газиев А.И., Шайхаев Г.О. Ядерно - митохондриальные псевдогены // Молекулярная биология. Т. 44. № 3. 2010. С. 405-417.

12. Добренький М.Н., Добренький A.M. Молекулярно-биологические и биохимические факторы прогноза при раке молочной железы // Вестник РНЦРР МЗ РФ N5.2005.

13. Гапеенко Е.В., Державец Л.А. Уровень опухолевых маркеров, факторов роста, регуляторов неоангиогенеза у больных раком молочной железы // Здравоохранение. №4. 2011. С. 31-33.

14. Гарбуков Е. Ю., Е. М. Слонимская, Н. А. Красулина, А. В. Дорошенко, Ю. Л. Кокорина Неоадъювантная химиотерапия при раке молочной железы // Сибирский онкологический журнал. № 2(14). 2005. С. 63.

15. Герштейн Е.С., Муавия М.А., Летягин В.П., Кушлинский Н.Е. Прогностическое значение определения рецепторов эпидермального фактора роста у больных раком молочной железы I-II стадии: результаты шестилетнего наблюдения // Вопросы онкологии. Т. 44 (4). 1998. С. 383-389.

16. Дуброва Ю.А. Нестабильность генома среди потомков облученных родителей. Факты и их интерпретация // Генетика. Т.42. №10. 2006. С. 1335 - 1347.

17. Ермаков А. В., Костюк C.B., Еголина H.A., Малиновская Е.М., Вейко H.H., Спитковский Д.М. Фрагменты ДНК, обнаруживаемые в среде культивирования после воздействия ионизирующей радиации в адаптирующих дозах, являются факторами стресс-сигнализации между лимфоцитами и клетками-свидетелями // Радиационная биология. Радиоэкология. Т. 47. №2. 2007. С. 133140.

18. Заключение 2-ой Международной конференции «Отдаленные медицинские последствия Чернобыльской катастрофы» 1999 // Международный журнал радиационной медицины. № 1. 1999.

19. Ильин М.А., Сотников В.М., Панынин Г.А., Котляров П.М., Харченко В.П. Лучевая терапия средними фракциями периферического немелкоклеточного рака легкого с увеличением эквивалентной суммарной очаговой дозы // Вестник РНЦР. № 11.2011.

20. Ильин М.А, Барышникова Д.В., Ядыков O.A., Ивашин A.B., Сотников В.М., Паныиин Г.А., Котляров П.М., Харченко В.П., Солодкий В.А., Гваришвили A.A. Результаты лучевой терапии периферического рака легкого с эскалацией дозы// Вестник РНЦРР МЗ РФ. № 12. 2012.

21. Карташов С.М., Олешко Е.М., Мусаев Р.И. Результаты лечения и микросателлитная нестабильность у больных раком эндометрия разных возрастных групп // Клиническая онкология. №1 (9). 2013. С. 50-52.

22. Картель H.A., Макеева E.H., Мезенко А. М. Генетика: Энциклопедический словарь. Мн.: Тэхналопя. 1999.

23. Клаг У.С., Каммингс М.Р. Основы генетики. Изд-во «Техносфера». 2007.

24. Копнин Б.П. Мишени действия онкогенов и опухолевых супрессоров: ключ к пониманию базовых механизмов канцерогенеза // Биохимия. Т. 65. Вып. 1. 2000. С. 5-33.

25. Костюк C.B., Замулаева И.А., Агапова Р.К., Ермаков A.B., Саенко A.C., Орлова Н.В., Смирнова С.Г., Вейко Н.И., Спитковский Д.М. Изменение

свойств внеклеточной ДНК периферической крови и частоты TCR - мутантных клеток при действии на организм человека ионизирующей радиации // Радиационная биология. Радиоэкология. Т. 48. № 1. 2008. С. 5-13.

26. Курбатов A.B., Вологодская И.А., Григорьева Е.С. Генетико-эпидемиологическое исследование репродуктивных исходов в популяции Озерска, расположенного в зоне наблюдения ПО «Маяк» // Радиационная биология. Радиоэкология. Т. 42. № 6. 2002. С. 687-689.

27. Лимборская С.А., Хуснутдинова Э.К., Балановская Е.В. Этногеномика и геногеография народов Восточной Европы. М.: Наука. 2002.

28. Линденбратен Л.Л., Королюк И.П. Медицинская радиология (основы лучевой диагностики и лучевой терапии) // М. Изд-во «Медицина». 2000.

29. Линдербратен Л.Л., Лясс Ф.М. Медицинская радиология // М. Изд-во «Медицина». 1986.

30. Логинов В.И., Казубская Т.П., Ходырев Д.С., Пронина И.В., Ермилова

B.Д., Паяниди Ю.Г., Сельчук В.Ю., Кашурников А.Ю., Огай Д.С., Брага Э.А. Роль метилилрования генов-супрессоров в ранней диагностике первично-множественного и солитарного рака молочной железы и яичников // РМЖ. Приложение. Онкология. Т. 3. №1. 2012. С. 20-24.

31. Ломаева М.Г., Малахова Л.В., Захарова М.Л., Соколова С.Н., Фоменко Л.А., Антипова В.Н., Соболева И.Ю., Безлепкин В.Г., Кириллова E.H., Газиев А.И Вариабельность простых нуклеотидных повторов в ДНК клеток периферической крови мужчин, подвергшихся пролонгированному воздействию ионизирующей радиации // Радиационная биология. Радиоэкология. Т 53. № 1. 2013. С. 25-32.

32. Муравлева Л.Е., Молотов - Лучанский В.Б., Клюев Д.А., Танкибаева Н.У, Койков В.В. Внеклеточные нуклеиновые кислоты: происхождение и функции. Миниобзор // Современные проблемы науки и образования. № 2. 2010.

C. 15-20.

33. Неруш Е.В., Новицкий В.В., Севостьянова Н.В., Чердынцева Н.В., Плотникова H.H., Коломеец С.А., Черемисина О.В., Дмитриева А.И., Давыдова H.A. Особенности репаративного синтеза ДНК у больных раком легких // Бюллетень СО РАМН. №2 (116). 2005. С. 79-81.

34. Новое в терапии рака легких под ред. Переводчиковой Н. И. Издательская группа РОНЦ им. Блохина. Москва. 2003.

35. Патрушева В.Е., Патрушев М.В., Ушакова Т.Е., Газиев А.И Нестабильность митохондриальной и ядерной ДНК в клетках периферической крови онкологических больных при проведении радио-химиотерапии // WWW.MEDLINE.RU ТОМ 9. Онкология. 2008.

36. Плошница А.И., Джикия Е.Л., Боженко В.А. Анализ соматических мутаций опухоли в периферической крови // Вестник РНЦРР. 2006.

37. Пристман Т.Дж. Практическая химиотерапия злокачественных опухолей. Изд-во «Практическая медицина». 2011.

38. Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю., Семёнов П.А., Савилова A.M., Кофиади И.А., Абрамов Д.Д. ПЦР «в реальном времени». Изд-во «Бином». М. 2009.

39. Семиглазов В.Ф., Нургазиев К.Ш., Арзуманов A.C. Опухоли молочной железы (лечение и профилактика). Алматы. 2001.

40. Сиянова Е.Ю., Миркин С.М. Экспансия тринуклеотидных повторов // Молекулярная биология. Т 35. №2. 2001. С. 208-223.

41. Скил Т.Р. Противоопухолевая химиотерапия. Изд - во ГЭОТАР -Медиа. 2011.

42. Скосырев B.C., Васильева Г.В., Ломаева М.Г., Малахова Л.В., Антипова В.Н., Безлепкин В.Г. Специализированный программный продукт для сравнительного анализа многокомпонентных ДНК - фингерпринтов // Генетика. Т. 49. №4. 2013. С. 431.

43. Спитковский Д.М., Вейко H.H., Ермаков A.B., Кузьмина И.В., Макаренков A.C., Салимов А.Г., Терехов С.М., Карпухин A.B. Структурные и

функциональные преобразования, индуцируемые Х-радиацией в диапазоне адаптирующих доз, в нормальных и дефектных по репарации двойных разрывов ДНК G0 лимфоцитах человека // Радиационная биология. Радиоэкология. Т. 43. №2. 2003. С. 136-143.

44. Стрелкова И.Ю., Абдуллаев С.А., Снигирева Г.П., Безлепкин В.Г., Газиев А.И. Доля мутантной внеклеточной митохондриальной ДНК повышается у больных раком легких после радиотерапии // Биомедицинская химия. Т. 56. Вып. 4. 2010. С. 517-525.

45. Тамкович С.Н., Власова В.В., Лактионов П.П. Циркулирующие ДНК крови и их использование в медицинской диагностике // Молекулярная биология. Т 42. № .,2008. С. 12-23.

46. Тяжелова В.Г. Закономерности пострадиационной кинетики пролиферирующих клеточных популяций организма и межвидовые экстраполяции лучевых реакции. Автореферат на соискание ученой степени доктора биологических наук. М. 1990.

47. Фридман М.В., Куприян С.В., Дугин A.B. Анализ смертельных осложнений, связанных с ростом и метастазированием злокачественных опухолей // «Белорусский государственный медицинский университет». № 2. 2002 г..

48. Харченко В.П., Сотников В.М., Панынин Г.А., Лютфалиев Т.А., Ильин М.А. Проблема дозы в современной лучевой терапии немелкоклеточного рака легкого // Медицинская радиология и радиационная безопасность. Т. 52. №3. 2007. С.61-70.

49. Хмелевский Е.В., Добренький М.Н., Сергоманова H.H., Снигирева Г.П., Пархоменко P.A., Богомазова А.Н Факторы риска постлучевых повреждений у больных раком молочной железы // Вестник РНЦРР МЗ РФ N5. 2005.

50. Ходжаян А.Б., Краснова Л.А., Федоренко H.H., Болдырева Г.И. К некоторым вопросам медицинской биологии и генетики. Учебное пособие для студентов 1 курса. Ставрополь. 2008.

51. Цыб А.Ф., Будагов P.C., Замулаева И.А., Кондрашова Т.В., Палыга Г.Ф., Петин В.Г., Потетня В.И., Проскуряков С .Я., Рябченко Н.И., Саенко A.C., Севанькаев A.B., Скворцов В.Г., Соколов В.А., Степаненко В.Ф., Хвостунов И.К. Радиация и патология // М. Изд-во «Высшая школа». 2005.

52. Уордли Э., Чен У.И. Рак молочной железы. Изд-во «Рид Элсивер». 2009.

53. Чу Э., Де Вита-младший В. Химиотерапия злокачественных новообразований. Изд-во «Практика». 2008.

54. Ярмоненко С.П. Жизнь, рак и радиация. М.: ИздАТ. 1993.

55. Aaltonen L.A, Peltomäki P., Leach F.S., Sistonen P., Pylkkänen L., Mecklin J.P., Järvinen H., Powell S.M., Jen J., Hamilton S.R. Petersen J.M., Kenneth W.K., Vogelstein В., de la Chapelle A.. Clues to the pathogenesis of familial colorectal cancer // Science. № 260 (5109). 1993. P. 812-816.

56. Alexandrov L.B., Nik-Zainal S., Wedge D.C., Aparicio S.A., Behjati S., Biankin A.V., Bigneil G.R., Bolli N., Borg A., Borresen-Dale A.L., Boyault S., Burkhardt В., Butler A.P.,Caldas C., Davies H.R., Desmedt C., Eils R., Eyfjörd J.E., Foekens J.A., Greaves M., Hosoda F., Hutter В., Ilicic Т., Imbeaud S., Imielinski M., Jäger N., Jones D.T., Jones D., Knappskog S., Kool M., Lakhani S.R. et al. Signatures of mutational processes in human cancer // Nature. № 500 (7463). 2013. P 415-421.

57. Philippe A., Mulcahy H., Chen X.Q. and Stroun M. Detection of circulating tumor DNA in the blood (plasma/serum) of cancer patients // Cancer and Metastasis Reviews. №18. 1999. P. 65-73.

58. Annane D., Duboc D., Mazoyer В., Merlet P., Fiorelli M., Eymard В., Radvanyi H., Junien C., Fardeau M., Gajdos P. Correlation between decreased myocardial glucose phosphorylation and the DNA mutation size in myotonic dystrophy // Circulation. № 90 (6). 1994. P. 2629-2634.

59. Bezlepkin V.G., Vasil'eva G.V., Lomaeva M.G., Sirota N.P., Gaziev A.I. Study of genome instability using DNA fingerprinting of the offspring of male mice

subjected to chronic low dose gamma irradiation // Радиационная биология. Радиоэкология. Т. 40. № 5. 2000. С. 506 - 512.

60. Bidard F-C., Hajage D., Bachelot Т., Delaloge S., Brain E., Campone M., Cottu P., Beuzeboc P., Rolland E., Mathiot C. and Pierga J-Y. Assessment of circulating tumor cells and serum markers for progression - free survival prediction in metastatic breast cancer: a prospective observational study // Breast Cancer Research. № 14. Is.l. 2012. R 29.

61. Bogacka I., Hui X., George A.B. and Steven R.S. Pioglitazone Induces Mitochondrial Biogenesis in Human Subcutaneous Adipose Tissue In Vivo // DIABETES. Vol. 54. 2005. P 1392-1399.

62. Brook J.D., McCurrach M.E., Harley H.G., Buckler A.J., Church D., Aburatani H., Hunter K., Stanton V.P., Thirion J.P., Hudson Т., Sohn R., Zemelman В., Snell R.G., Rundle S.A., Crow S., Davies J., Shelbourne P., Buxton J., Jones C., Juvonen V., Johnson K., Harper P.S., Shaw D.J. Molecular basis of myotonic dystrophy: expansion of a trinucleotide (CTG) repeat at the 3' end of a transcript encoding a protein kinase family member // Cell. Vol. 68. 1992. P. 799-808.

63. Brown D.T., Samuels D.C., Michael E.M., Turnbull D.M. and Chinnery P.F. Random Genetic Drift Determines the Level of Mutant mtDNA in Human Primary Oocytes // Am. J. Hum. Genet. № 68. 2001. P. 533 - 536.

64. Caetano-Anolles G., Gresshoff P.M. Staining nucleic acids silver: an alternative to radioisotopic and fluorescent labeling // Promega Notes Magazine. V.45. 1994. P. 13-18.

65. Chao C., Omura-Minamisawa M., Kang Y., Нага Т., Koike I. and Inoue T. Quantification of circulating cell-free DNA in the plasma of cancer patients during radiation therapy // Cancer Sci. V. 100. № 2. 2008. P. 303-309.

66. Cheng C., Omura-Minamisawa M., Kang Y., Нага Т., Koike I., Inoue T. Quantification of circulating cell-free DNA in the plasma of cancer patients during radiation therapy // Cancer Sci. V. 100. №2. 2009. P. 303-309.

67. Chiu R.W., Chan L.Y., Lam N.Y., Tsui N.B., Ng E.K., Rainer T.H., Lo Y.M. Clin. Chem. № 49. 2003. P. 719-726.

68. Cooper C.A., Carby F.A., Bubb V.J., Lamb D., Kerr K.M., Wyllie A.H. The pattern of K-ras mutation in pulmonary adenocarcinoma defines a new pathway of tumour development in the human lung// The Journal of pathology. № 181 (4). 1997. P. 401-404.

69. Cooper D.N., Krawczak M. The mutational spectrum of single base-pair substitutions causing human genetic disease: patterns and predictions // Hum Genet. № 85. 1990. P. 55-74.

70. Cooper D.N. and Krawczak M. Mechanisms of insertionai mutagenesis in human genes causing genetic disease // Hum Genet. № 87. 1991. P. 409-415.

71. Correa C.R., Litt H.I., Hwang W-T., Ferrari V.A., Solin L.J. and Harris E.E. Coronary Artery Findings After Left-Sided Compared With Right-Sided Radiation Treatment for Early-Stage Breast Cancer // JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY. V.25. №21. 2007. P. 3031-3037.

72. Czarneska K.H., Migdalska-Sek M., Antczak A., Pastuszak-Lewandoska D., Kordiak J., Nawrot E., Domanska D., Kaleta D., Gorski P., Brzezianska E.B. Allelic imbalance in lp, 7q, 9p, 1 lp, 12q and 16q regions in non-small cell lung carcinoma and its clinical association: a pilot study // Mol. Biol. Rep. 40. 2013. P. 6671-6684.

73. Doss M. Linear no-threshold model vs. radiation hormesis // Dose-Response. №11. 2013. P. 495-512.

74. Ellegren H. Microsatellites simple sequences with complex evolution // Nature Genetics. V. 5. 2004. P. 5435-5445.

75. Jorg E., Albers P., Muller S.C., Ruecker A. and Bastian P.J. Circulating mitochondrial DNA in the serum of patients with testicular germ cell cancer as a novel noninvasive diagnostic biomarker // BJU INTERNATIONAL. № 104. 2009. P. 48-52.

76. ENCODE Project Consortium, Bernstein B. E., Birney E., Dunham I., Green E.D., Gunter C., Snyder M. et al An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome // Nature. № 489 (7414). 2012. P. 57-74.

77. Feki A., Irminger-Finger I. Mutational spectrum of p53 mutations in primary breast and ovarian tumors // Crit. Rev. Oncol. Hematol. № 52 (2). 2004. P. 103116.

78. Fishel R., Lescoe M.K., Rao M.R., Copeland N.G., Jenkins N.A., Garber J., Kane M., Kolodner R. The human mutator gene homolog MSH2 and its association with hereditary nonpolyposis colon cancer// Cell. № 75 (5). 1993. P. 1027-1038.

79. Foekens J.A., Peters H.A., Look M.P., Portengen H., Schmitt M., Kramer M.D., Brtinner N., Janicke F., Meijer-van Gelder M.E., Henzen-Logmans S.C., van Putten W.L., Klijn J.G. The urokinase system of plasminogen activation and prognosis in 2780 breast cancer patients // Cancer Reseach. № 60 (3). 2000. P. 636-643.

80. Fong K.M., Kida Y., Zimmerman P.V., Ikenaga M., Smith P.J. Loss of heterozygosity frequently affects chromosome 17q in non-small cell lung cancer // Cancer research. № 55 (19). 1995. P. 4268-4272.

81. Fournie G.J., Courtin J.P., Laval F., Chale J.J., Pourrat J.P., Pujazon M.C., Lauque D., Carles P. Plasma DNA as a marker of cancerous cell death. Investigations in patients suffering from lung cancer and in nude mice bearing human tumours // Cancer Lett. №91. 1995. P. 221-227.

82. Gahan P.B. Circulating nucleic acids in plasma and serum: diagnosis and prognosis in cancer // EPMA Journal. № 1. 2010. P. 503-512.

83. Greber B., Tandara H., Lehrach H., Himmelbauer H.. Comparison of PCR-based mutation detection methods and application for identification of mouse Sultlal mutant embryonic stem cell clones using pooled templates // Human mutation, № 25 (5), 2005. P. 483-490.

84. Greenblatt M.S., Bennett W.P., Hollstein M., Harris CC Mutations in the p53 Tumor Suppressor Gene: Clues to Cancer Etiology and Molecular Pathogenesis // Cancer Res. № 54. 1994. P. 4855-4878.

85. Grompe M., Muzny D.M., Caskey C.T. Scanning detection of mutations in human ornithine transcarbamoylase by chemical mismatch cleavage // Proceedings of

the National Academy of Sciences of the United States of America. № 86 (15). 1989. P. 5888-5892.

86. Gupta M., Chyi Y.S., Romero-Severson J., Owen J.L. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genomes using single primers of simple-sequence repeats // Theor. Appl. Genet. V.89. 1994. P. 998-1006.

87. Harpole D.H.Jr, Herndon J.E. 2nd, Wolfe W.G., Iglehart J.D., Marks J.R. A prognostic model of recurrence and death in stage I non-small cell lung cancer utilizing presentation, histopathology, and oncoprotein expression // Cancer research. № 55 (1). 1995. P. 51-56.

88. Haslett K., Pottgen C., Stuschke M., Faivre-Finn C. Hyperfractionated and accelerated radiotherapy in non-small cell lung cancer // J Thorac Dis. № 6(4). 2014. P. 328-335.

89. Holdenrieder S., Stieber P. Clinical use of circulating nucleosomes // Critical Reviews in Clinical Laboratory Sciences. №46(1). 2009. P. 1-24.

90. Lalioti M.D., Scott H.S., Buresi C., Rossier C., Bottani A., Morris M.A., Malafosse A., Antonarakis S.E. Dodecamer repeat expansion in cystatin B gene in progressive myoclonus epilepsy // Nature. 386 (6627). 1997. P. 847 - 851.

91. Lyndsay H., Fritsche H., Mennel R., Norton L., Ravdin P., Taube S., Somerfield M.R., Hayes D.F. and Bast R.C.Jr American Society of Clinical Oncology 2007 Update of Recommendations for the Use of Tumor Markers in Breast Cancer // JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY. V. 25. №33. 2007. P. 5287-5312.

92. Hayashi K., Yandell D.W. How sensitive is PCR-SSCP? // Human mutation. № 2 (5). 1993. P. 338-346.

93. Herrera L.J., Raja S., Gooding W. E., El-Hefnawy T., Kelly L., Luketich J.D. and Godfrey T.E. Quantitative Analysis of Circulating Plasma DNA as a Tumor Marker in Thoracic Malignancies // Clinical Chemistry. № 51:1. 2005. P. 113-118.

94. Hirsch F.R., Franklin W.A., Gazdar A.F., Bunn P.A.Jr. Early detection of lung cancer: clinical perspectives of recent advances in biology and radiology // Clin. Cancer Res. № 7 (1). 2001. P. 5-22.

95. Hooning M.J., Aleman B.M.P., Hauptmann M., Baaijens M.H.A., Klijn J.G.M., Noyon R., Stovall M. and van Leeuwen F.E. Roles of Radiotherapy and Chemotherapy in the Development of Contralateral Breast Cancer // V.26. № 34. 2008. P. 5561-5568.

96. Jakupciak J.P., Maragh S., Markowitz M.E., Greenberg A.K., Hoque M.O., Maitra A., Barker P.E., Wagner P.D., Rom W.N., Srivastava S., Sidransky D. and O'Connell C.D. Performance of mitochondrial DNA mutations detecting early stage cancer // BMC Cancer. № 8: 285. 2008.

97. Jeffreys A.J. Highly variable minisatellites and DNA fingerprints // Biochem. Soc. Trans. V. 15. 1987. P. 309-317.

98. Jiang S.X., Kameya T., Sato Y., Yanase N., Yoshimura H., Kodama T. Bcl-2 protein expression in lung cancer and close correlation with neuroendocrine differentiation // The American journal of pathology. № 148 (3). 1996. P. 837-846.

99. Kimura H., Fujiwara Y., Sone T., Kunitoh H., Tamura T., Kasahara K.and Nishio K. EGFR mutation status in tumour-derived DNA from pleural effusion fluid is a practical basis for predicting the response to gefitinib // British Journal of Cancer. № 95.2006. P. 1390-1395.

100. Kohler C., Radpour R., Barekati Z., Asadollahi R., Bitzer J., Wight E., Burki N., Diesch C., Holzgreve W. and Zhong X.Y. Levels of plasma circulating cell free nuclear and mitochondrial DNA as potential biomarkers for breast tumors // Molecular Cancer. №8:105. 2009.

101. LA Fonseca F., VL Sant Ana A., Bendit I., Arias V., Costa L.J. Systemic chemotherapy induces microsatellite instability in the peripheral blood mononuclear cells of breast cancer patients // Breast Cancer Res. № 7. 2005. P. 28-32.

102. Langerod A., Zhao H., Borgan O., Nesland J.M., Bukholm I.RK, Ikdahl T., Karesen R., Borresen-Dale A-R. and Jeffrey S.S. TP53 mutation status and gene expression profiles are powerful prognostic markers of breast cancer // Breast Cancer Research. № 9. 2007. R 30.

103. Larsen J.E., Minna J.D. Molecular Biology of Lung Cancer: Clinical Implications // Clin. Chest Med. 32 (4). 2011. P. 703-740.

104. Leon S.A., Shapiro B., Sklaroff D.M. and Yaros M.J. Free DNA in the Serum of Cancer Patients and the Effect of Therapy // CANCER RESEARCH. № 37. 1977. P. 646-650.

105. Lee S.D., Chang A.G., Boland C.R., Bugbee W., Boyle D.L. and Firestein G.S. Microsatellite Instability and Suppressed DNA Repair Enzyme Expression in Rheumatoid Arthritis // The Journal of Immunology. № 170. 2003. P. 2214-2220.

106. Little M.P. Do non-targeted effects increase or decrease low dose risk in relation to the linear-non-threshold (LNT) model? // Mutat. Res. 687 (1-2). 2010. P. 1727.

107. Lo Y.M.D., Timothy H.R., Chan L.Y.S., Hjelm N.M. and Cocks R.A. Plasma DNA as a Prognostic Marker in Trauma Patients // Clinical Chemistry. № 46: 3. 2000. P. 319-323.

108. Maniatis T., Fritsch E.F., Sambrook J. Molecular cloning. A laboratory manual//«CSH». 1982.

109. Melacini P., Villanova C., Menegazzo E., Novelli G., Danieli G., Rizzoli G., Fasoli G., Angelini C., Buja G., Miorelli M. et al. Correlation between cardiac involvement and CTG trinucleotide repeat length in myotonic dystrophy // Journal of the American College of Cardiology. № 25 (1). 1995. P. 239-245.

110. Micke P., Hengstler J.G., Ros R., Bittinger F., Metz T., Gebhard S., Beeh K.M., Oesch F., Buhl R. c-erbB-2 expression in small-cell lung cancer is associated with poor prognosis // International journal of cancer. № 92 (4). 2001. P. 474-479.

111. Minna J.D., Roth J.A. and Gazdar A.F. Focus on lung cancer // CANCER CELL. V. 1. №1. 2002. P. 49-52.

112. Miyako K., Takamatsu C., Umeda S., Tajiri T., Furuichi M., Nakabeppu Y., Sekiguchi M., Hamasaki N., Takeshige K. and Kang D. Accumulation of Adenine DNA Glycosylase-sensitive Sites in Human Mitochondrial DNA // The Journal of biological chemistry. V. 275. No. 16. 2000. P. 12326 - 12330.

113. Morgenlander J.C., Nohria V., Saba Z. EKG abnormalities in pediatric patients with myotonic dystrophy // Pediatric neurology. № 9 (2). 1993. P. 124-126.

114. Murata T., Hibasami H., Maekawa S., Tagawa T., Nakashima K. Preferential binding of cisplatin to mitochondrial DNA and suppression of ATP generation in human malignant melanoma cells // Biochem Int. 20(5). 1990. P. 949 -955.

115. Oleykowski C.A., Bronson Mullins C.R., Godwin A.K., Yeung A.T. // Nucleic Acids Research. V. 26. №20. 1998. P. 4597 - 4602.

116. Palmisano W. A., Divine K. K., Saccomanno G., Gilliland F. D., Baylin S. B., Herman J. G., Belinsky S. A.. Predicting lung cancer by detecting aberrant promoter methylation in sputum // Cancer Res., № 60 (21), 2000. P. 5954-5958.

117. Pistoni M., Ghigna C. and Gabellini D. Alternative splicing and muscular dystrophy // RNA Biology. №7 (4). 2010. P. 441-452.

118. Qiao Y.L., Tockman M.S., Li L, Erozan Y.S., Yao S.X., Barrett M.J., Zhou W.H., Giffen C.A., Luo X.C., Taylor P.R. A case-cohort study of an early biomarker of lung cancer in a screening cohort of Yunnantin miners in China // Cancer epidemiology, biomarkers & prevention: a publication of the American Association for Cancer Research, cosponsored by the American Society of Preventive Oncology. № 6 (11). 1997. P. 893-900.

119. Qiu P., Shandilya H., D'Alessio J.M., O'Connor K., Durocher J., Gerard G.F. Mutation detection using Surveyor nuclease // Biotechniques. № 36 (4), 2004. P. 702-707.

120. Salani R., Davidson B., Fiegl M., Marth C., Muller-Holzner E., Gastl G., Huang H-Y., Hsiao J-C., Lin H-S., Wang T-L., Lin B-L. and Shih I-M. Measurement of Cyclin E Genomic Copy Number and Strand Length in Cell-Free DNA Distinguish Malignant versus Benign Effusions // Clin Cancer Res. № 13. 2007. P. 5805-5809.

121. Sun Y. p53 and its downstream proteins as molecular targets of cancer // Mol. Carcinog. 45(6). 2006. P. 409-415.

122. Santos J., Perez de Castro I., Herranz M., Fernandez-Piqueras J. Eight new polymorphic microsatellites in mouse gene loci // Cytogenet. Cell Genet. V.71. 1995. P. 223-224.

123. Schultz-Hector S., Trott KR. Radiation-induced cardiovascular diseases: is the epidemiologic evidence compatible with the radiobiologic data? // Int. J. Radiat. Oncol. Biol. Phys. 67(1). P. 10-18.

124. Shin K-C., Lee K-H., Lee C-H., Shin I-H., Suh H-S., Jeon C-H. MAGE Al-A6 RT-PCR and MAGE A3 andpl6 methylation analysis in induced sputum from patients with lung cancer and non-malignant lung diseases // Oncol Rep. 27(4). 2012. P. 911-916.

125. Singh B., Cook K.R., Vincent L., Hall C.S., Martin C. and Lucci A. Role of COX-2 in tumorospheres derived from a breast cancer cell line // J Surg Res. 168(1). 2011. e39-e49.

126. Shinichiro K., Yashiro M., Takashima T., Aomatsu N., Ikeda K., Ogawa Y., Ishikawa T. and Hirakawa K. Advantages of adjuvant chemotherapy for patients with triple-negative breast cancer at Stage II: usefulness of prognostic markers E-cadherin and Ki67 // Breast Cancer Reseach. 13(6). 2011. R 122.

127. Sobolewski C., Cerella C., Dicato M., Ghibelli L. and Diederich M. The Role of Cyclooxygenase-2 in Cell Proliferation and Cell Death in Human Malignancies // International Journal of Cell Biology. 2010.

128. Sokurenko E.V., Tchesnokova V., Yeung A.T., Oleykowski C.A., Trintchina E., Hughes K.T., Rashid R.A., Mark Brint J., Moseley S.L., Lory S. Detection of simple mutations and polymorphisms in large genomic regions // Nucleic Acids Research. V. 29. №22. 2001. el 11.

129. Sozzi G., Conté D., Mariani L., Vullo S., Roz L., Lombardo C., Pierotti M.A. and Tavecchio L. Analysis of Circulating L.Tumor DNA in Plasma at Diagnosis and during Follow-Up of Lung Cancer Patients // CANCER RESEARCH. № 61. 2001. P. 4675-4678.

130. Stemmer C., Beau-Faller M., Pencreach E., Guerin E., Schneider A., Jaqmin D., Quoix E., Gaub M., Oudet P. Use of Magnetic Beads for Plasma Cell-free DNA Extraction: Toward Automation of Plasma DNA Analysis for Molecular Diagnostics // Clin. Chem. № 49. 2003. P. 1953-1955.

131. Stroun M., Anker P., Maurice P., Lyautey J., Lederrey C., Beljanski M. Neoplastic characteristics of the DNA found in the plasma of cancer patients. Oncology. №46. 1989. P. 318-22.

132. Takanori T., Niida Y. Development of a simple and highly sensitive mutation screening system by enzyme mismatch cleavage with optimized conditions for standard laboratories // Electrophoresis. № 29. 2008. P. 1473-1483.

133. Tamkovich S.N., Litviakov N.V., Bryzgunova O.E., Dobrodeev A.Y., Rykova E.Y., Tuzikov S.A., Zav'ialov A.A., Vlassov V.V., Cherdyntseva N.V. and Laktionov P.P. Cell-Surface-Bound Circulating DNA as a Prognostic Factor in Lung Cancer// Annals of the New York Academy of Sciences. № 1137. 2008. P. 214-217.

134. Tautz D. Notes on the definition and nomenclature of tandemly repetitive DNA sequences // EXS. V.67. 1993. P. 21-28.

135. Taylor R.W., Taylor G.A., Durham S.E. and Turnbull D.M. DNA sequences in single cells: implications for the study of somatic mitochondrial DNA point mutations // Nucleic Acids Research. V .29. № 15. 2001. E.74.

136. Thein S. L., Jeffreys A. J., Gooi H. C., Cotter F., Flint J., O'Connor N. T. J., Weatherall D. J. and Wainscoa J. S. Detection of somatic changes in human cancer DNA by DNA fingerprint Analysis // British journal of cancer. № 55 (4). 1987. P. 353356.

137. Tomizawa Y., Adachi J., Kohno T., Hamada K., Saito R., Noguchi M., Matsuno Y., Hirohashi S., Yamaguchi N., Yokota J. Prognostic significance of allelic imbalances on chromosome 9p in stage I non-small cell lung carcinoma // Clinical Cancer research. № 5 (5). 1999. P. 1139-1146.

138. Travis L.B., Ng A.K., Allan J.M., Pui C-H., Kennedy A.R., Xu X.G., Purdy J.A., Applegate K., Yahalom J., Constine L.S., Gilbert E.S., Boice J.D.Jr. Second

Malignant Neoplasms and Cardiovascular Disease Following Radiotherapy // JNCI. Commentary. V. 104. Is. 5. P. 357-370.

139. Uitterlinden A. G., Vijg J. In: Two-dimensional DNA typing a parallel approach to genome analysis / Ed. Ellis Horwood. N. Y.: 1994.

140. Van der Vaart M., Pretorius P.J. The Origin of Circulating Free DNA // Clinical Chemistry 53. No. 12. 2007. P. 2215

141. Vasil'eva G.V., Bezlepkin V.G., Lomaeva M.G., Sirota N.P., Gaziev A.I. AP-PCR assay of DNA alterations in the progeny of male mice to low-level y-radiation // Mutation Research/DNA Repair. V.5. № 2. 2001. P. 133 - 141.

142. Wallace D.C. A Mitochondrial Paradigm of Metabolic and Degenerative Diseases, Aging, and Cancer: A Dawn for Evolutionary Medicine // Annu. Rev. Genet. № 39. 2005. P. 359 - 407.

143. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. V.18, 1990. P. 7213 -7218.

144. Welsh J., Rampino N., Mcclelland M., Perucho M. Nucleic acid fingerprinting by PCR-based methods: applications to problems in aging and mutagenesis // Mutat. Res. V. 338 (1-6). 1995. P. 215-229.

145. Wilding C.S., Relton C.L., Rees G.S., Tarone R.E., Whitehouse C.A., Tawn E.J. DNA repair gene polymorphisms in relation to chromosome aberration frequencies in retired radiation workers // Mutat. Res. 2005. V. 570 (1). № 15. P. 137145.

146. Williams J. G. K., Kubtlik A. R., Livak K. J. et al. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Proc. Natl. Acad. Sei. USA, v.18. 1990. P. 6531-6535.

147. Wyman A.R. and White R. A highly polymorphic locus in human DNA // Proc. Nat. Acad. Sei. USA. V. 77. № 11. 1980. P. 6754-6758.

148. Xinarianos G., Liloglou T., Prime W., Maloney P., Callaghan J., Fielding P., Gosney J.R, Field J.K. hMLHl and hMSH2 expression correlates with allelic

imbalance on chromosome 3p in non-small cell lung carcinomas // Cancer Res. 60(15). 2000. P. 4216-4221.

149. Yakes F.M., Houten B.V. Mitochondrial DNA damage is more extensive and persists longer than nuclear DNA damage in human cells following oxidative stress // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 94. 1997. P. 514-519.

150. Yamagata H., Kinoshita M., Komori T., Kondo I., Miki T. Molecular analysis of two pre-mutations in myotonic dystrophy // Clinical Genetics. V.54. 1998. P. 354-357.

151. Yoon K.-A., Park S., Lee S. H., Jin Hee Kim, and Jin Soo Lee Comparison of Circulating Plasma DNA Levels between Lung Cancer Patients and Healthy Controls // Journal of Molecular Diagnostics. V. 11. №. 3. 2009. P. 182-185.

152. Yuan A., Yu C.J., Kuo S.H., Chen W.J., Lin F.Y., Luh K.T., Yang P.C., Lee Y.C. Vascular endothelial growth factor 189 mRNA isoform expression specifically correlates with tumor angiogenesis, patient survival, and postoperative relapse in non-small-cell lung cancer // Journal of clinical oncology: official journal of the American Society of Clinical Oncology. № 19 (2). 2001. P. 432-441.

153. Zborovskaya I., Gasparian A., Kitaeva M., Polotzky B., Tupitzin N., Machaladze Z., Gerasimov S., Shtutman M., Jakubovskaya M., Davidov M., Tatosyan A. Simultaneous detection of genetic and immunological markers in non-small cell lung cancer: prediction of metastatic potential of tumor // Clinical & experimental metastasis. № 14(6). 1996. P. 490-500.

154. Zhong X.Y., Ladewig A., Schmid S., Wight E., Hahn S., Holzgreve W. Elevated level of cell-free plasma DNA is associated with Breast Cancer // Archives of gynecology and obstetrics. № 276. 2007. P. 327-331.

155. Zhou X., Kemp B.L., Khuri F.R, Liu D., Lee J.J., Wu W., Hong W.K., Mao L. Prognostic implication of microsatellite alteration profiles in early-stage non-small cell lung cancer // Clinical Cancer research. № 6 (2). 2000. P. 559-565.

156. Zerylnick C., Torroni A., Sherman S.L. and Warren S.T. Normal Variation at the Myotonic Dystrophy Locus in Global Human Populations // American Journal of Human Genetics. № 56 (1). 1995. P. 123-130.