Исследования структуры архейного фактора инициации трансляции 2 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Столбоушкина, Елена Александровна

• Столбоушкина, Елена Александровна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Столбоушкина, Елена Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ФАКТОР ИНИЦИАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ 2 ЭУКАРИОТИЧЕСКОГО ТИПА -СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ АСПЕКТЫ

1. Краткая характеристика системы инициации трансляции у бактерий, архей и эукариот.

2. Фактор инициации трансляции 2 эукариотического типа.

2.1. Общая организация молекулы e/aIF2.

2.2. Взаимодействие e/aIF2 с ииициаторной метиоиил-тРНК и малой рибосомной субчастицей.

2.3. Роль факторов elFl, elFIA, eIF2B, eIF3 и eIF5 в работе eIF2.

2.4. Участие eIF2 в регуляции трансляции.

2.5. мРНК-связывающие свойства e/aIF2.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. Материалы и реагенты.

2. Буферы и среды.

3. Бактериальные штаммы и плазмиды.

4. Приборы.

5. Методы генной инженерии и микробиологии.

5.1. Клонирование генов субъединиц SsoIF2.

5.2. Экспрессия клонированных генов sso a, ssoaD3, ssossoy в клетках Е. coli.

5.3. Конструирование плазмид для суперпродукции инициаторных mPHKE. coli и S. solfataricus в клетках Е. coli.

5.4. Выделение больших количеств плазмидной ДНК.

5.5. Проведение расщепления ДНКрестриктазами.

5.6. Получение компетентных клеток Е. coli с применением хлористого кальция.

5.7. Трансформация клеток Е. coli плазмидной ДНК.

6. Биохимические методы.

6.1. Препаративная очистка GDPNP.

6.2. Анализ чистоты препаратов нуклеотидов.

6.3. Препаративное выделение и очистка изолированных субъединиц SsolF2 из клеток штаммов-суперпродуцентов Е. coli.

6.4. Препаративное выделение и очистка гетеротримера SsoIF из клеток штаммов-суперпродуцентов Е. coli.

6.5. Выделение и очистка метиотш-тРНК-синтетазы Е. coli.

6.6. Получение и очистка фрагментов матричных РНКархей.

6.7. Получение мРНК-белковых комплексов.

6.8. Препаративное выделение и очистка инициаторных mPHKE. coli и S. solfataricus из клеток штаммов-суперпродуцентов.

6.9. Аминоацилирование тРНК.

6.10. Получение и препаративная очистка

Met-tRNAfSsoIF2aD3yGDPNP(GDPCP) комплекса.

6.11. Спектрофотометрическое определение концентраций белков, нуклеиновых кислот и нуклеотидов.

6.12. Электрофорез ДНК в геле агарозы.

6.13. Электрофорез РНК в ПААГ в денатурирующих условиях.

6.14. Электрофорез в геле агарозы РНК-белковых комплексов.

6.15. Электрофорез белков в ПААГ в присутствии ДДС-Na.

6.16. Электрофорез белков в ПААГ в неденатурирующих условиях в кислой среде.

6.17. Получение кристаллов полноразмерного SsoIF2 и кристаллов у-субъединицы в свободной и нуклеотид-связанной формах.

6.18. Кристаллизация Met-tRNAfSsoIF2aD3yGDPNP(GDPCP) комплекса.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

1. Выделение гетеротримерного фактора SsoIF2 и его субъединиц.

2. Кристаллизация SsoIF2 и исследования его структуры.

3. Кристаллизация и исследования структуры и свойств у-субъединицы SsoIF2.

4. Получение и кристаллизация тройственного комплекса

Met-TPHKf SsoIF2aD3yGDPNP.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследования структуры архейного фактора инициации трансляции 2»

Инициация биосинтеза белка на рибосоме - важнейший этап в реализации генетической информации и клеточной регуляции. Это сложное многоэтапное событие, которое обеспечивает точное узнавание начала кодирующей последовательности и задает фазу всего дальнейшего считывания мРНК по триплетам. В инициации трансляции участвует большое количество различных факторов - белков, молекул РНК, низкомолекулярных соединений. Большое число работ было опубликовано по механизму инициации трансляции у эукариот и бактерий, значительно меньше известно об инициации трансляции у архей. Известно, что система инициации трансляции у архей сочетает в себе как черты бактериальной системы, так и эукариотической. .Что касается белковых факторов инициации трансляции, известно, что архейные факторы гомологичны эукариотическим и не похожи на бактериальные.

Ключевую роль в процессе инициации биосинтеза белка играет второй фактор инициации трансляции (IF2), который осуществляет доставку инициаторной тРНК в Р-участок малой рибосомной субчастицы. У эукариот и архей фактор инициации трансляции 2 (e/aIF2) состоит из трех субъединиц (сфу). Тогда как у бактерий IF2 является мономерным белком и не имеет гомологии ни с одной субъединицей e/aIF2. У эукариот фосфорилирование а-субъединицы eIF2 является важнейшим механизмом регуляции синтеза белка в клетке. Имеются данные, что у архей также существует киназа, которая способна фосфорилировать aIF2 по остатку серина, расположенного в структуре архейной а-субъедииицы практически там же, где фосфорилируемый остаток серина расположен в эукариотическом гомологе. Недавно у архей была обнаружена неканоническая функция у-субъедипицы aIF2 — защита мРНК от 5'—>3' направленной деградации. Причем в качестве субстрата может выступать любая мРНК, на 5-конце которой находится трифосфат.

За последние 30 лет накоплен большой объем информации о функционировании второго фактора инициации трансляции эукариотического типа. Однако структурные исследования e/aIF2 начались значительно позднее, 7 лет назад. К настоящему времени опубликовано ряд работ по структурному анализу изолированных субъединиц, межсубъединичных димеров ау, Ру и неполноразмерного aIF2, в котором первый и второй домены а-субъединицы удалены. Определена также структура комплекса а-субъединицы eIF2 с каталитическим доменом протеин-киназы PKR. Основная масса структурных исследований сделана на факторе aIF2 из гипертермофильных архей. Отставание в рентгеноструктурных исследованиях эукариотического eIF2 обусловлено техническими трудностями выделения гомогенных препаратов этого фактора из клеток эукариот, большой сложностью клонирования эукариотических генов и получения суперпродуцентов, а также проблемами с получением совершенных кристаллов эукариотических белков. Структурное сходство архейного и эукариотического факторов e/aIF2 позволяет аппроксимировать кристаллографические данные для aIF2 на многочисленные функциональные данные для эукариотического eIF2, что вносит существенный вклад в наше понимание того, как устроен механизм инициации белкового синтеза не только у архей, но и у эукариот.

Целью данной работы явилось структурное исследование aIF2 из гипертермофильной археи Sulfolobus solfataricus (SsoIF2). В настоящей работе представлены методические разработки по выделению отдельных субъедипиц и полноразмерного гетеротримерного SsoIF2, а также инициаторной тРНК Escherichia coli в препаративных количествах. Нами впервые были получены кристаллы полноразмерного архейного фактора инициации трансляции 2, па основе которых была определена его пространственная структура. Сравнительный анализ полученной структуры и определенных ранее структур межсубъединичных димеров ау, Ру и неполноразмерного aIF2 позволил выявить высокую подвижность в а- и Р-субъединицах данного фактора, что, по-видимому, необходимо для функционирования этого фактора в клетке. Мы также закристаллизовали изолированную у-субъединицу SsoIF2 в нескольких функциональных состояниях (в свободном от нуклеотида и в комплексах с ГДФ, ГТФ и аналогами ГТФ). Полученные кристаллы позволили определить структуру SsoIF2y в нескольких состояниях, а анализ этих структур привел к выдвижению оригинальной модели взаимодействия aIF2 с инициаторной метионил-тРНК. Кроме того, анализ структур SsoIF2y в составе различных комплексов выявил дополнительный, ранее никем не обнаруживавшийся, сайт связывания ГТФ на поверхности у-субъединицы, который согласно проведенным нами экспериментам по конкурентному связыванию может являться местом для взаимодействия 5'-концевого гуанозин-5'-трифосфата мРНК. Мы также впервые получили кристаллы тройственного комплекса Met-TPIIKfaIF2*rTO, что открывает перспективы для структурных исследований этого важнейшего компонента инициации трансляции.

Обзор литературы посвящен структурным и функциональным особенностям второго фактора инициации трансляции эукариотического типа. В начале обзора дана краткая характеристика системы инициации трансляции у бактерий, архей и эукариот.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ФАКТОР ИНИЦИАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ 2 ЭУКАРИОТИЧЕСКОГО ТИПА - СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ АСПЕКТЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Столбоушкина, Елена Александровна

выводы

В настоящей диссертационной работе получены следующие основные результаты:

1. Получены штаммы-суперпродуценты Е. coli для всех субъединиц белка aIF2 S. solfataricus и инициаторных тРНК Е. coli и S. solfataricus. Разработаны процедуры выделения данных макромолекул, а также гетеротримера SsoIF2 в препаративных количествах.

2. Получены кристаллы изолированной у-субъединицы SsoIF2 в свободной форме и в комплексе с ГДФ и негидролизуемыми аналогами ГТФ, что позволило определить пространственные структуры этого белка в нескольких состояниях.

3. Показано, что нуклеотид-связывающий карман, расположенный на G-домене у-субъединицы, обладает более высоким сродством к ГДФ, чем к негидролизуемому аналогу ГТФ.

4. Впервые обнаружен дополнительный сайт связывания ГТФ на у-субъединице aIF2. Проверено предположение, что этот сайт может являться местом для взаимодействия 5'-концевого гуанозин-трифосфата мРНК с у-субъединицей: показано, что добавление ГТФ или его негидролизуемых аналогов к у-субъединице ингибирует ее связывание с мРНК, тогда как ГДФ подобного действия не оказывает.

5. Получены кристаллы интактного гетеротримерного SsoIF2, что позволило впервые определить и проанализировать полную структуру этого фактора. Показано, что фактор aIF2 состоит из конформационно-стабильной сердцевинной части (у-субъединица и 3 домен а-субъединицы) и двух подвижных «крыльев» (1 и 2 домены а-субъединицы, центральная и С-концевая части Р-субъединицы).

6. Разработана методика реконструкции in vitro тройственного комплекса Met-tRNAf*SsoIF2aD3yGDPNP. Выращены крупные кристаллы этого комплекса, с которых собраны дифракционные данные с разрешением до 3.2 А.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Столбоушкина, Елена Александровна, 2009 год

1. Дмитриев С.Е., Теренин И.М., Рубцова М.П., Шатекий И.Н. (2003) Незначительные вариации вторичной структуры 5'-нетранслируемой области мРНК |3-глобипа изменяют требования к концентрации фактора инициации eIF2. Молекулярная биология, 37, 494-503.

2. Abrahams J.P., Kraal В., Clark B.F. and Bosch L. (1991) Isolation and stability of ternary complexes of elongation factor Tu, GTP and aminoacyl-tRNA. Nucleic Acids Res., 19, 553-557.

3. Alexander R.W. and Schimmel P. (1999) Evidence for breaking domain-domain functional communication in a synthetase-tRNA complex. Biochemistry, 38, 16359-16365.

4. Algire M.A., Maag D. and Lorsch J.R. (2005) Pi release from eIF2, not GTP hydrolysis, is the step controlled by start-site selection during eukaryotic translation initiation. Mol. Cell, 20, 251— 262.

5. Allende J.E., Monro R. and Lipmann F. (1964) Resolution of the E. coli amino acyl sRNA transfer factor into two complementary fractions. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 51, 1211-1216.

6. Alone P.V. and Dever Т.Е. (2006) Direct binding of translation initiation factor eIF2gamma-G domain to its GTPase-activating and GDP-GTP exchange factors eIF5 and eIF2B epsilon. J. Biol. Chem., 281, 12636-12644.

7. Alone P.V., Cao C. and Dever Т.Е. (2008) Translation initiation factor 2 gamma mutant alters start codon selection independent of Met-tRNA binding. Mol. Cell. Biol., 28, 6877-6888.

8. Andreev D.E, Terenin I.M., Dunaevsky Y.E., Dmitriev S.E., and Shatsky I.N. (2006) A leaderless mRNA can bind to mammalian 80S ribosomes and direct polypeptide synthesis in the absence of translation initiation factors. Mol Cell Biol., 26, 3164-3169.

9. Anthony D.D.Jr., Kinzy T.G. and Merrick W.C. (1990) Affinity labeling of eukaryotic initiation factor 2 and elongation factor 1 alpha beta gamma with GTP analogs. Arch. Biochem. Biophys., 281, 157-162.

10. Antonsson B. and Leberman R. (1982) Stabilization of the ternary complex EF-Tu.GTP.valyl-tRNAval by ammonium salts. Biochimie, 64, 1035-1040.

11. Arlinghaus R., Favelukes G. and Schweet R. (1963) A ribosome-bound intermediate in polypeptide synthesis. Biochem. Biophys. Res. Commun., 11, 92-96.

12. Asano K., Clayton J., Shalev A. and Hinnebusch A.G. (2000) A multifactor complex of eukaryotic initiation factors, elFl, eIF2, eIF3, eIF5, and initiator tRNA(Met) is an important translation initiation intermediate in vivo. Genes Dev., 14, 2534-2546.

13. Balakin A.G., Skripkin E.A., Shatsky I.N. and Bogdanov A.A. (1992) Unusual ribosome binding properties of mRNA encoding bacteriophage X repressor. Nucleic Acids Research., 20, 563-571.

14. Barrieux A. and Rosenfeld M.G. (1977) Comparison of mRNA binding by Met-tRNAf binding protein and mRNA-associated proteins. J. Biol. Chem., 252, 392-398.

15. Bell S.D. and Jackson S.P. (1998) Transcription and translation in Archaea: a mosaic of eukaryal and bacterial features. Trends Microbiol., 6, 222—228.

16. Benelli D., Maone E. and Londei P. (2003) Two different mechanisms for ribosome/mRNA interaction in archaeal translation initiation. Mol. Microbiol., 50, 635-643.

17. Benne R. and Hershey J.W. (1978) The mechanism of action of protein synthesis initiation factors from rabbit reticulocytes. J. Biol. Chem., 253, 3078-3087.

18. Benne R., Wong C., Luedi M. and Hershey J.W. (1976) Purification and characterization of initiation factor IF-E2 from rabbit reticulocytes. J. Biol. Chem., 251, 7675-7681.

19. Berchtold H., Reshetnikova L., Reiser C.O.A., Schirmer N.K., Sprinzl M. and Hilgenfeld R. (1993) Crystal structure of active elongation factor Tu reveals major domain rearrangements. Nature, 365,126-132.

20. Birnboim H.C. and Doly J. (1979) A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucleic Acids Res., 1, 1513-1523.

21. Bommer U.A. and Kurzchalia T.Y. (1989) GTP interacts through its ribose and phosphate moieties with different subunits of the eukaryotic initiation factor eIF-2. FEBS Lett., 244, 323— 327.

22. Boyce M., Bryant K.F., Jousse C., Long K., Harding H.P., Scheuner D., Kaufman R.J., Ma D., Coen D.M., Ron D. and Yuan J. (2005) A selective inhibitor of eIF2alpha dephosphorylation protects cells from ER stress. Science, 307, 935-939.

23. Brown J.R. and Doolittle W.F. (1997) Archaea and the prokaryote-to-eukaryote transition. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 61, 456-502.

24. Castilho-Yalavicius В., Thompson G.M. and Donahue T.F. (1992) Mutation analysis of the Cys-X2-Cys-X19-Cys-X2-Cys motif in the beta subunit of eukaryotic translation initiation factor 2. Gene Expr., 1992, 297-309.

25. Chakrabarti A. and Maitra U. (1991) Function of eukaryotic initiation factor 5 in the formation of an 80 S ribosomal polypeptide chain initiation complex. J. Biol. Chem., 266, 14039-14045.

26. Cherbas L. and London I.M. (1976) On the mechanism of delayed inhibition of protein synthesis in heme-defecient rabbit reticulocyte lysates. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 73, 35063510.

27. Cho S. and Hoffman D.W. (2002) Structure of the beta subunit of translation initiation factor 2 from the archaeon Methanococcus jannaschii: a representative of the eIF2beta/eIF5 family of proteins. Biochemistry, 41, 5730-5742.

28. Choi S.K., Lee J.H., Zoll W.L., Merrick W.C. and Dever Т.Е. (1998) Promotion of met-tRNAiMet binding to ribosomes by yIF2, a bacterial IF2 homolog in yeast. Science, 280, 17571760.

29. Cigan A.M., Feng L. and Donahue T.F. (1988) tRNAi(met) functions in directing the scanning ribosome to the start site of translation. Science, 242, 93-97.

30. Clark S.J., Ashford A.J., Price N.T. and Proud C.G. (1989) Casein kinase-2 phosphorylates serine-2 in the beta-subunit of initiation factor-2. Biochim. Biophys. Acta., 1010, 377—380.

31. Clemens M.J., Bushell M. and Morley S.J. (1998) Degradation of eukaryotic polypeptide chain initiation factor (elF) 4G in response to induction of apoptosis in human lymphoma cell lines. Oncogene, 17, 2921-2931.

32. Colthurst D.R. and Proud C.G. (1986) Eukaryotic initiation factor 2 from rat liver: no apparent function for the beta-subunit in the formation of initiation complexes. Biochim. Biophys. Acta, 868, 77-86.

33. Condo I., Ciammaruconi A., Benelli D., Ruggero D. and Londei P. (1999) Cis-acting signals controlling translational initiation in the thermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus. Mol. Microbiol., 34, 377-384.

34. Dar A.C., Dever Т.Е. and Sicheri F. (2005) Higher-order substrate recognition of eIF2alpha by the RNA-dependent protein kinase PKR. Cell, 122, 887-900.

35. Das A., Bagchi M.K., Ghosh-Dastidar P. and Gupta N.K. (1982) Protein synthesis in rabbit reticulocytes. A study of peptide chain initiation using native and beta-subunit-depleted eukaryotic initiation factor 2. J! Biol. Chem., 257, 1282-1288.

36. Das S., Maiti Т., Das K. and Maitra U. (1997) Specific interaction of eukaryotic translation initiation factor 5 (eIF5) with the beta-subunit of eIF2. J. Biol. Chem., 272, 31712—31718.

37. Davies D. and Segal D. (1971) Protein crystallization: microtechniques involving vapor diffusion. Methods Enzymol., 22, 266-269.

38. De Benedetti A. and Baglioni C. (1983) Phosphorylation of initiation factor eIF-2 alpha, binding of mRNA to 48S complexes, and its reutilization in initiation of protein synthesis. J. Biol. Chem., 258, 14556-14562.

39. Deckwerth T.L. and Johnson E.M.Jr. (1993) Temporal analysis of events associated with programmed cell death (apoptosis) of sympathetic neurons deprived of nerve growth factor. J. Cell. Biol., 123, 1207-1222.

40. Del Angel R.M., Papavassiliou A.G., Fernandez-Tomas C., Silverstein S.J. and Racaniello V.R. (1989) Cell proteins bind to multiple sites within the 5' untranslated region of poliovirus RNA. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 86, 8299-8303.

41. Dever Т.Е., Feng L., Wek R.C., Cigan A.M., Donahue T.F. and Hinnebusch A.G. (1992) Phosphorylation of initiation factor 2 alpha by protein kinase GCN2 mediates gene-specific translational control of GCN4 in yeast. Cell, 68, 585-596.

42. Dever Т.Е., Glynias M.J. and Merrick W.C. (1987) GTP-binding domain: three consensus sequence elements with distinct spacing. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 1814—1818.

43. Di Segni G., Rosen H. and Kaempfer R. (1979) Competition between alpha- and beta-globin messenger ribonucleic acids for eukaryotic initiation factor 2. Biochemistry, 18, 2847-2854.

44. Donahue T.F., Cigan A.M., Pabich E.K. and Valavicius B.C. (1988) Mutations at a Zn(II) finger motif in the yeast eIF-2p gene alter ribosomal start-site selection during the scanning process. Cell, 54, 621-632.

45. Dorris D.R., Erickson F.L. and Hannig E.M. (1995) Mutations in GCD11, the structural gene for eIF-2 gamma in yeast, alter translational regulation of GCN4 and the selection of the start site for protein synthesis. EMBOJ., 14, 2239-2249.

46. Drabkin H.J. and RajBhandary U.L. (1998) Initiation of protein synthesis in mammalian cells with codons other than AUG and amino acids other than methionine. Mol. Cell. Biol., 18, 51401547.

47. Drabkin H.J., Helk B. and RajBhandary U.L. (1993) The role of nucleotides conserved in eukaryotic initiator methionine tRNAs in initiation of protein synthesis. J. Biol. Chem., 268, 25221-25228.

48. Elson N.A., Adams S.L., Merrick W.C., Safer B. and Anderson W.F. (1975) Comparison of fMet-tRNAf and Met-tRNAf from Escherichia coli and rabbit liver in initiation of hemoglobin synthesis. J. Biol. Chem., 250, 3074-3079.

49. Engelberg-Kulka H., Sat В., Reches M., Amitai S. and Hazan R. (2004) Bacterial programmed cell death systems as targets for antibiotics. Trends Microbiol., 12, 66-71.

50. Erickson F.L. and Hannig E.M. (1996) Ligand interactions with eukaryotic translation initiation factor 2: role of the gamma-subunit. EMBOJ., 15, 6311-6320.

51. Erickson F.L., Harding L.D., Dorris D.R. and Hannig E.M. (1997) Functional analysis of homologs of translation initiation factor 2gamma in yeast. Mol. Gen. Genet., 253, 711-719.

52. Fabian J.R., Kimball S.R., Heinzinger N.K. and Jefferson L.S. (1997) Subunit assembly and guanine nucleotide exchange activity of eukaryotic initiation factor-2B expressed in Sf9 cells. J. Biol. Chem., 272, 12359-12365.

53. Farrell P.J., Balkow K., Hunt Т., Jackson R.J. and Trachsel H. (1977) Phosphorylation of initiation factor elF-2 and the control of reticulocyte protein synthesis. Cell, 11, 187-200.

54. Fessenden J.M. and Moldave K. (1963) Studies on aminoacyl transfer from soluble ribonucleic acid to ribosomes. Resolution of two soluble transferring activities. J. Biol. Chem., 238,1479-1484.

55. Flynn A., Oldfield S. and Proud C.G. (1993) The role of the beta-subunit of initiation factor eIF-2 in initiation complex formation. Biochim. Biophys. Acta, 1174, 117-121.

56. Flynn A., Shatsky I.N., Proud C.G. and Kaminski A. (1994) The RNA-binding properties of protein synthesis initiation factor eIF-2. Biochim. Biophys. Acta, 1219, 293-301.

57. Gaspar N.J., Kinzy T.G., Scherer B.J., Humbelin M., Hershey J.W. and Merrick W.C. (1994) Translation initiation factor eIF-2. Cloning and expression of the human cDNA encoding the gamma-subunit. J. Biol. Chem., 269, 3415-3422.

58. Gomez E., Mohammad S.S. and Pavitt G.D. (2002) Characterization of the minimal catalytic domain within eIF2B: the guanine-nucleotide exchange factor for translation initiation. EMBO J., 21,5292-5301.

59. Gonsky R., Lebendiker M.A., Harary R., Banai Y. and Kaempfer R. (1990) Binding of ATP to eukaryotic initiation factor 2. Differential modulation of mRNA-binding activity and GTP-dependent binding of methionyl-tRNAMetf. J. Biol. Chem., 265, 9083-9089.

60. Gonsky, R., Itamar, D., Harary, R. and Kaempfer, R. (1992) Binding of ATP and messenger RNA by the beta-subunit of eukaryotic initiation factor 2. Biochimie, 74, 427—434.

61. Gonzatti M.I. and Traugh J.A. (1988) 2,3-Bisphosphoglycerate inhibits hemoglobin synthesis and phosphorylation of initiation factor 2 by casein kinase II in reticulocyte lysates. Biochem. Biophys. Res. Commun., 157, 134-139.

62. Gordon J. (1968) A stepwise reaction yielding a complex between a supernatant fraction from E. coli, guanosine 5'-triphosphate, and aminoacyl-sRNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 59, 179-183.

63. Greenshpan H. and Revel M. (1969) Initiator protein dependent binding of messenger RNA to ribosomes. Nature, 224, 331—335.

64. Grill S., Gualerzi C.O., Londei P. and Blasi U. (2000) Selective stimulation of translation of leaderless mRNA by initiation factor 2: evolutionary implications for translation. EMBO J., 19, 4101-4110.

65. Gross M, Wing M., Rundquist C. and Rubino M.S. (1987) Evidence that phosphorylation of eIF-2(alpha) prevents the eIF-2B-mediated dissociation of eIF-2 X GDP from the 60S subunit of complete initiation complexes. J. Biol. Chem., 262, 6899-6907.

66. Gupta N.K., Chatterjee N.K., Bose K.K., Bhaduri S. and Chung A. (1970) Roles of methionine transfer RNA's in protein synthesis in rabbit reticulocytes. J. Mol. Biol., 54, 145-154.

67. Harary R. and Kaempfer R. (1990) Distinct epitopes in eukaryotic initiation factor 2 for binding of mRNA and for ternary complex formation with methionyl-tRNA(f) and GTP. Biochim. Biophys. Acta, 1050, 129-133.

68. Harbitz I. and Hauge J.G. (1976) Purification and properties of a methionine formylmethionyl-tRNA-binding initiation factor from pig liver. Arch. Biochem. Biophys., 176, 766-778.

69. Harding H.P., Zhang Y. and Ron D. (1999) Protein translation and folding are coupled by an endoplasmic-reticulum-resident kinase. Nature, 397, 271—274.

70. Hartz D., McPheeters D.S. and Gold L. (1989) Selection of the initiator tRNA by Escherichia coli initiation factors. Genes Dev., 3, 1899—1912.

71. Hasenohrl D., Lombo Т., Kaberdin V., Londei P. and Blasi U. (2008) Translation initiation factor a/eIF2(gamma) counteracts 5' to 3' mRNA decay in the archaeon Sulfolobus solfataricus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 105, 2146-2150.

72. Flashimoto N.N., Carnevalli L.S. and Castilho B.A. (2002) Translation initiation at non-AUG codons mediated by weakened association of eukaryotic initiation factor (elF) 2 subunits. Biochem. J., 367, 359-368.

73. Hepler J.R. and Gilman A.G. (1992) G proteins. Trends Biochem. Sci., 17, 383-387.

74. Hinnebusch A.G. (1996) Translation control of GCN4: gene-specific regulation by phosphorylation of eIF2. In Translation Control of Gene Expression, Gold Spring Harbor, NY, 199-244.

75. Horikami S.M., De Ferra F. and Moyer S.A. (1984) Characterization of the infections of permissive and nonpermissive cells by host range mutants of vesicular stomatitis virus defective in RNA methylation. Virology, 138, 1-15.

76. Housman D., Jacobs-Lorena M., Rajbhandary U.L. and Lodish H.F. (1970) Initiation of haemoglobin synthesis by methionyl-tRNA. Nature, 227, 913-918.

77. Huang H.K., Yoon PI., Hannig E.M. and Donahue T.F. (1997) GTP hydrolysis controls stringent selection of the AUG start codon during translation initiation in Saccharomyces cerevisiae. Genes Dev., 11, 2396-2413.

78. Imataka H., Gradi A. and Sonenberg N. (1998) A newly identified N-terminal amino acid sequence of human eIF4G binds poly(A)-binding protein and functions in poly(A)-depcndent translation. EMBO J., 17, 7480-7489.

79. Itamar D., Gonsky R., Lebendiker M. and Kaempfer R. (1984) The nature of the interaction of eukaryotic initiation factor 2 with double-stranded RNA. Eur. J. Biochem., 145, 373-379.

80. Ito, Т., Marintchev, A. and Wagner, G. (2004) Solution structure of human initiation factor eIF2alpha reveals homology to the elongation factor eEFlB. Structure, 12, 1693-1704.

81. Janssen J.R. (1993) Eubacterial, archaebacterial and eukaryotic genes that encode leaderless mRNAs. In Industrial Microorganisms: Basic and Applied Molecular Genetics, Washington DC: American Society for microbiology, 59-67.

82. Jay G. and Kaempfer R. (1974) Sequence of events in initiation of translation: a role for initiator transfer RNA in the recognition of messenger RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 71, 3199-3203.

83. Jay G. and Kaempfer R. (1975) Initiation of protein synthesis. Binding of messenger RNA. J. Biol. Chem., 250, 5742-5748.

84. Kaempfer R. and Konijn A.M. (1983) Translational competition by mRNA species encoding albumin, ferritin, haemopexin and globin. Eur. J. Biochem., 131, 545-550.

85. Kaempfer R., Hollender R., Abrams W., and Israeli R. (1978a) Specific binding of messenger RNA and methionyl-tRNA by the same initiation factor for eukaryotic protein synthesis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 75, 209-213.

86. Kaempfer R., Rosen H. and Israeli R. (1978b). Translation control: recognition of the methylated 5' end and an internal sequence in eukaryotic mRNA by the initiation factor thai binds methionyl-tRNAfMet. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 75, 650-654.

87. Kaempfer R., Van Emmelo J. and Fiers W. (1981) Specific binding of eukaryotic initiation factor 2 to satellite tobacco necrosis virus RNA at a 5'-terminal sequence comprising the ribosome binding site. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78, 1542-1546.

88. Kapp L.D. and Lorsch J.R. (2004) GTP-dependent recognition of the methionine moiety on initiator tRNA by translation factor cIF2. J. Mol. Biol., 335, 923-936.

89. Kimball S.R., Everson W.V., Myers L.M. and Jefferson L.S. (1987) Purification and characterization of eukaryotic initiation factor 2 and a guanine nucleotide exchange factor from rat liver. J. Biol. Chem., 262, 2220-2227.

90. Kimball S.R., Heinzinger N.K., Horetsky R.L. and Jefferson L.S. (1998) Identification of interprotein interactions between the subunits of eukaryotic initiation factors eIF2 and cIF2B. J. Biol. Chem., 273, 3039-3044.

91. Kjeldgaard M, Nissen P, Thirup S. and Nyborg J. (1993) The crystal structure of elongation factor EF-Tu from Thermus aquaticus in the GTP conformation. Structure, 1, 35-50.

92. Kjeldgaard M. and Nyborg J. (1992) Refined structure of elongation factor EF-Tu from Escherichia coli. J. Mol. Biol., 223, 721—742.

93. Kolakofsky D., Ohta T. and Thach R.E. (1968) Junction of the 50S ribosomal subunit with the 30S initiation complex. Nature, 220, 244-247.

94. Kozak M. (1978) How do eucaryotic ribosomes select initiation regions in messenger RNA? Cell, 15, 1109-1123.

95. Kozak M. (1980) Role of ATP in binding and migration of 40S ribosomal subunits. Cell, 22, 459^167.

96. Kozak M. (1999) Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes. Gene, 234, 187— 208.

97. Kyrpides N.C. and Woese C.R. (1998) Archaeal translation initiation revisited: The initiation factor 2 and eukaryotic initiation factor 2B a-b-d subunit families. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 3726-3730.

98. Laemmli U.K. (1970) Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 227, 680-685.

99. Laurino J.P., Thompson G.M., Pacheco E. and Castilho B.A. (1999) The beta subunit of eukaryotic translation initiation factor 2 binds mRNA through the lysine repeats and a region comprising the C2-C2 motif. Mol. Cell. Biol., 19, 173-181.

100. Lee J.H., Choi S.K., Roll-Mecak A., Burley S.K. and Dever Т.Е. (1999) Universal conservation in translation initiation revealed by human and archaeal homologs of bacterial translation initiation factor IF2. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96, 4342-4347.

101. Lloyd M.A., Osborne J.C. Jr., Safer В., Powell G.M. and Merrick W.C. (1980) Characteristics of eukaryotic initiation factor 2 and its subunits. J. Biol Chem., 255, 1189-1193.

102. Lo H.J., Huang H.K. and Donahue T.F. (1998) RNA polymerase I-promoted HIS4 expression yields uncapped, polyadenylated mRNA that is unstable and inefficiently translated in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol., 18, 665-675.

103. Lomakin I.B., Kolupaeva V.G., Marintchev A., Wagner G. and Pestova T.V. (2003) Position of eukaryotic initiation factor elFl on the 40S ribosomal subunit determined by directed hydroxyl radical probing. Genes Dev., 17, 2786-2797.

104. Londei P. (2005) Evolution of translational initiation: new insights from the archaea. FEMS Microbiol Rev., 29, 185-200.

105. Lucas-Lenard J. and Lipmann F. (1966) Separation of three microbial amino acid polymerization factors. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 55, 1562-1566.

106. Lutsch G., Bielka H., Enzmann G. and Noll F. (1983) Electron microscopic investigations on the location of rat liver ribosomal proteins S3a, S5, S6, S7 and S9 by means of antibody labeling. Biomed. Biochim. Acta, 42, 705-723.

107. Lutsch G., Noll F. Theise H., Enzmann G. and Bielka H. (1979) Localization of proteins SI, S2, S16 and S23 on the surface of small subunits of rat liver ribosomes by immune electron microscopy. Mol Gen. Genet., 176, 281-291.

108. Lutsch G., Stahl J., Kargel H.J., Noll F. and Bielka H. (1990) Immunoelectron microscopic studies on the location of ribosomal proteins on the surface of the 40S ribosomal subunit from rat liver. Eur. J. Cell Biol, 51, 140-150.

109. Maag D., Fekete C.A., Gryczynski Z. and Lorsch J.R. (2005) A conformational change in the eukaryotic translation preinitiation complex and release of elFl signal recognition of the start codon. Mol Cell, 17, 265-275.

110. Mandel M. and Higa A. (1970) Calcium-dependent bacteriophage DNA infection. J. Mol Biol, 53, 159-162.

111. Marck C. and Grosjean H. (2002) tRNomics: analysis of tRNA genes from 50 genomes of Eukarya, Archaea, and Bacteria reveals anticodon-sparing strategies and domain-specific features. RNA, 8, 1189-1232.

112. Marintchev A. and Wagner G. (2004) Translation initiation: structures, mechanisms and evolution. Quarterly Reviews of Biophysics, 37, 197—284.

113. Marissen W.E., Guo Y., Thomas A.A., Matts R.L. and Lloyd R.E. (2000) Identification of caspase 3-mediated cleavage and functional alteration of eukaryotic initiation factor 2 alpha in apoptosis. J. Biol Chem., 275, 9314-9323.

114. Martin M.E., Alcazar A. and Salinas M. (1990) Subcellular and regional distribution of casein kinase II and initiation factor 2 activities during rat brain development. Int. J. Dev. Neurosci., 8, 47-54.

115. Meinnel Т., Mechulam Y. and Fayat G. (1988) Fast purification of a functional elongator tRNAmet expressed from a synthetic gene in vivo. Nucleic Acids Res., 16, 8095-8096.

116. Mitsui K., Datta A. and Ochoa S. (1981) Removal of beta subunit of the eukaryotic polypeptide chain initiation factor 2 by limited proteolysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78, 4128^4132.

117. Moll I., Grill S., Gualerzi C.O. and Blasi U. (2002) Leaderless mRNAs in bacteria: surprises in ribosomal recruitment and translational control. Mol. Microbiol., 43, 239-246.

118. Moll I., Hirokawa G., Kiel M.C., Kaji A. and Blasi U. (2004) Translation initiation with 70S ribosomes: an alternative pathway for leaderless mRNAs. Nucleic Acids Res., 32, 3354— 3363.

119. Morley S.J., McKendrick L. and Bushell M. (1998) Cleavage of translation initiation factor 4G (eIF4G) during anti-Fas IgM-induced apoptosis does not require signalling through the p38 mitogen-activated protein (MAP) kinase. FEBSLett., 438, 41-^18.

120. Murzin A.G. (1993) OB(oligonucleotide/oligosaccharide binding)-fold: common structural and functional solution for non-homologous sequences. EMBOJ., 12, 861—867.

121. Nika J., Rippel S. and Hannig E.M. (2001) Biochemical analysis of the eIF2 beta gamma complex reveals a structural function for eIF2 alpha in catalyzed nucleotide exchange. J. Biol. Chem., 276, 1051-1056.

122. Nika J., Yang W., Pavitt G.D., Hinnebusch A.G. and Hannig E.M. (2000) Purification and kinetic analysis of eIF2B from Saccharomyces cerevisiae. J. Biol. Chem., 275, 26011-26017.

123. Nishizuka Y. and Lipmann F. (1966) Comparison of guanosine triphosphate split and polypeptide synthesis with a purified E. coli system. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 55, 212-219.

124. Nissen P., Kjeldgaard M., Thirup S., Polekhina G., Reshetnikova L., Clark B.F. and Nyborg J. (1995) Crystal structure of the ternary complex of Phe-tRNAPhe, EF-Tu, and a GTP analog. Science, 270, 1464-1472.

125. Nonato M.C., Widom J. and Clardy J. (2002) Crystal structure of the yV-terminal segment of human eukaryotic translation initiation factor 2 alpha. J. Biol. Chem., 277, 17057-17061.

126. Nyborg J., Nissen P., Kjeldgaard M., Thirup S., Polekhina G. and Clark B.F. (1996) Structure of the ternary complex of EF-Tu: macromolecular mimicry in translation. Trends Biochem. Sci., 21, 81-82.

127. Nygard O., Westermann P. and Hultin T. (1980) Met-tRNA-Met-f is located in close proximity to the beta subunit of eIF-2 in the eukaryotic initiation complex, eIF-2*Met-tmAMetf GDPCP. FEBS Lett., 113, 125-128.

128. O'Donnell S.M. and Janssen G.R. (2002) Leaderless mRNAs bind 70S ribosomes more strongly than 30S ribosomal subunits in Escherichia coli. J. Bacteriology, 184, 6730-6733.

129. Olsen D.S., Savner E.M., Mathew A., Zhang F., Krishnamoorthy Т., Phan L. and Hinnebusch A.G. (2003) Domains of elFIA that mediate binding to eIF2, eIF3 and eIF5B and promote ternary complex recruitment in vivo. EMBOJ., 22, 193-204.

130. Panniers R. and Henshaw E.C. (1983) A GDP/GTP exchange factor essential for eukaryotic initiation factor 2 cycling in Ehrlich ascites tumor cells and its regulation by eukaryotic initiation factor 2 phosphorylation. J. Biol. Chem., 258, 7928-7934.

131. Panniers R., Rowlands A.G. and Henshaw E.C. (1988) The effect of Mg2+ and guanine nucleotide exchange factor on the binding of guanine nucleotides to eukaryotic initiation factor 2. J. Biol. Chem., 263, 5519-5525.

132. Passmorc L.A., Schmeing T.M., Maag D., Applefield D.J., Acker M.G., Algire M.A., Lorsch J.R. and Ramakrishnan V. (2007) The eukaryotic translation initiation factors elFl and elFIA induce an open conformation of the 40S ribosome. Mol. Cell, 26, 41-50.

133. Pathak V.K., Nielsen P.J., Trachsel H. and Hershey J.W. (1988) Structure of the beta subunit of translational initiation factor eIF-2. Cell, 54, 633-639.

134. Pavitt G.D., Ramaiah K.V., Kimball S.R. and Hinnebusch A.G. (1998) eIF2 independently binds two distinct eIF2B subcomplexes that catalyze and regulate guanine-nucleotide exchange. Genes Dev., 12, 514-526.

135. Pedulla, N., Palermo, R., Hasenohrl, D., Blasi, U., Cammarano, P. and Londei, P. (2005) The archaeal eIF2 homologue: functional properties of an ancient translation initiation factor. Nucleic Acids Res., 33, 1804-1812.

136. Perez-Bercoff R. and Kaempfer R. (1982) Genomic RNA of mengovirus V. Recognition of common features by ribosomes and eucaryotic initiation factor 2. J. Virol., 41, 30-41.

137. Pestova T.V. and Kolupaeva V.G. (2002) The roles of individual eukaryotic translation initiation factors in ribosomal scanning and initiation codon selection. Genes Dev., 16, 29062922.

138. Pestova T.V., Borukhov S.I. and Hellen C.U. (1998) Eukaryotic ribosomes require initiation factors 1 and 1A to locate initiation codons. Nature, 394, 854-859.

139. Pestova T.V., Lomakin I.B., Lee J.H., Choi S.K., Dever Т.Е. and Hellen C.U. (2000) The joining of ribosomal subunits in eukaryotes requires eIF5B. Nature, 403, 332-335.

140. RajBhandary U.L. and Chow C.M. (1995) Initiator tRNAs and initiation of protein synthesis. In tRNA: structure, biosynthesis, and function, American Society for Microbiology, Washington, 511-528.

141. Ramaiah K.V., Dhindsa R.S., Chen J.J., London I.M. and Levin D. (1992) Recycling and phosphorylation of eukaryotic initiation factor 2 on 60S subunits of 80S initiation complexes and polysomes. Proc. Natl. Acad. Sci USA., 89, 12063-12067.

142. Roll-Mecak, A., Alone, P., Cao, C., Dever, Т.Е. and Burley, S.K. (2004) X-ray structure of translation initiation factor eIF2y: implications for tRNA and eIF2a binding. J. Biol. Chem., 279, 10634-10642.

143. Rosen H. and Kaempfer R. (1979) Mutually exclusive binding of messenger RNA and initiator methionyl transfer RNA to eukaryotic initiation factor 2. Biochem. Biophys. Res. Commun., 91, 449^155.

144. Rosen H., Di Segni G. and Kaempfer R. (1982) Translational control by messenger RNA competition for eukaryotic initiation factor 2. J. Biol. Chem., 257, 946-952.

145. Rosen H., Knoller S. and Kaempfer R. (1981) Messenger ribonucleic acid specificity in the inhibition of eukaryotic translation by double-stranded ribonucleic acid. Biochemistry, 20, 3011— 3020.

146. Rowlands A.G., Panniers R. and Henshaw E.C. (1988) The catalytic mechanism of guanine nucleotide exchange factor action and competitive inhibition by phosphorylated eukaryotic initiation factor 2./. Biol. Chem., 263, 5526-5533.

147. Rowlands A.G., Panniers R. and Henshaw E.C. (1988) The catalytic mechanism of guanine nucleotide exchange factor action and competitive inhibition by phosphorylated eukaryotic initiation factor 2. J. Biol. Chem., 263, 5526-5533.

148. Safer B. (1983) 2B or not 2B: regulation of the catalytic utilization of eIF-2. Cell, 33, 7-8.

149. Safer В., Adams S.L., Anderson W.F. and Merrick W.C. (1975) Binding of Met-tRNAf and GTP to homogeneous initiation factor MP. J. Biol. Chem., 250, 9076-9082.

150. Salimans M., Goumans H., Amesz H., Benne R. and Voorma H.O. (1984) Regulation of protein synthesis in eukaryotes. Mode of action of eRF, an eIF-2-recycling factor from rabbit reticulocytes involved in GDP/GTP exchange. Eur. J. Biochem., 145, 91-98.

151. Sat В., Hazan R., Fisher Т., Khaner H., Glaser G. and Engelberg-Kulka H. (2001) Programmed cell death in Escherichia coli: some antibiotics can trigger mazEF lethality. J. Bacteriol., 183,2041-2045.

152. Satoh S., Hijikata M., Handa H. and Shimotohno K. (1999) Caspase-mediated cleavage of eukaryotic translation initiation factor subunit 2 alpha. Biochem. J., 342, 65-70.

153. Scheper G.C., Thomas A.A. and Voorma H.O. (1991) The 5' untranslated region of encephalomyocarditis virus contains a sequence for very efficient binding of eukaryotic initiation factor eIF-2/2B. Biochim. Biophys. Acta, 1089, 220-226.

154. Schmitt, E., Blanquet, S. and Mechulam, Y. (2002) The large subunit of initiation factor aIF2 is a close structural homologue of elongation factors. EMBO J., 21, 1821-1832.

155. Schreier M.H. and Staehelin T. (1973) Initiation of eukaryotic protein synthesis: (Met-tRNAf-40S ribosome) initiation complex catalysed by purified initiation factors in the absence of mRNA. Nat. New Biol., 242, 35-38.

156. Schreier M.H., Erni B. and Staehelin T. (1977) Initiation of mammalian protein synthesis. I. Purification and characterization of seven initiation factors. J. Mol. Biol., 116, 727—753.

157. Scott C.E. and Adebodun F. (1999) 13C-NMR investigation of protein synthesis during apoptosis in human leukemic cell lines. J. Cell. Physiol., 181, 147—152.

158. Seal S.N., Schmidt A. and Marcus A. (1989) Ribosome binding to inosine-substituted mRNAs in the absence of ATP and mRNA factors. J. Biol. Chem., 264, 7363-7368.

159. Shatkin A.J. (1976) Capping of eucaryotic mRNAs. Cell, 9, 645-653.

160. Shi Y., Vattem K.M., Sood R., An J., Liang J., Stramm L. and Wek R.C. (1998) Identification and characterization of pancreatic eukaryotic initiation factor 2 alpha-subunit kinase, РЕК, involved in translational control. Mol. Cell. Biol., 18, 7499-509.

161. Shulman R.G., Hilbers C.W. and Miller D.L. (1974) Letters to the editor: nuclear magnetic resonance studies of protein-RNA interactions. I. The elongation factor Tu-GTP aminoacyl-tRNA complex. J. Mol Biol, 90, 601-607.

162. Slupska M.M., King A.G., Fitz-Gibbon S, Besemer J., Borodovsky M. and Miller J.H. (2001) Leaderless transcripts of the crenarchaeal hyperthermophile Pyrobaculum aerophilum. J. Mol. Biol., 309, 347-360.

163. Sokabe, M., Yao, M., Sakai, N., Toya, S. and Tanaka, I. (2006) Structure of archaeal translational initiation factor 2Py-GDP reveals significant conformational change of the (3-subunit and switch 1 region. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 13016-13021.

164. Sonenberg N. (2008) Translation control of learning and memory. Abstract book of the HHMI Meeting of International Research Scholars, Lisbon, Portugal, 19-22 June, 44.

165. Studier F., Rosenberg A., Dunn J. and Dubendorff J. (1990) Use of T7 RNA polymerase to direct expression of cloned genes. J. Methods EnzimoX., 185, 60-89.

166. Sundari R.M., Stringer E.A., Schulman L.H. and Maitra U. (1976) Interaction of bacterial initiation factor 2 with initiator tRNA. J. Biol. Chem., 251, 3338-3345.

167. Szer W. and Leffler S. (1974) Interaction of Escherichia coli 30S ribosomal subunits with MS2 phage RNA in the absence of initiation factors. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 71, 3611-3615.

168. Tahara M., Ohsawa A., Saito S. and Kimura M. (2004) In vitro phosphorylation of initiation factor 2 alpha (aIF2 alpha) from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii OT3. J. Biochem., (Tokyo) 135, 479^185.

169. Tarun S.Z.Jr. and Sachs A.B. (1995) A common function for mRNA 5' and 3' ends in translation initiation in yeast. Genes Dev., 9, 2997-3007.

170. Tarun S.Z.Jr. and Sachs A.B. (1996) Association of the yeast poly(A) tail binding protein with translation initiation factor eIF-4G. EMBOJ., 15, 7168-7177.

171. Tarun S.Z.Jr., Wells S.E., Deardorff J.A. and Sachs A.B. (1997) Translation initiation factor eIF4G mediates in vitro poly(A) tail-dependent translation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 9046-9051.

172. Terenin I.M., Dmitriev S.E., Andreev D.E. and Shatsky I.N. (2008) Eukaryotic translation initiation machinery can operate in a bacterial-like mode without eIF2. Nat. Struct. Mol. Biol., 15, 836-841.

173. Thomas N.S., Matts R.L., Levin D.H. and London I.M. (1985) The 60S ribosomal subunit as a carrier of eukaryotic initiation factor 2 and the site of reversing factor activity during protein synthesis. J. Biol. Chem., 260, 9860-9806.

174. Thompson G.M., Pacheco E., Melo E.O. and Castilho B.A. (2000) Conserved sequences in the beta subunit of archaeal and eukaryal translation initiation factor 2 (eIF2), absent from eIF5, mediate interaction with eIF2gamma. J. Biochem., 347, 703-709.

175. Ting N.S., Kao P.N., Chan D.W., Lintott L.G. and Lees-Miller S.P. (1998) DNA-dependent protein kinase interacts with antigen receptor response element binding proteins NF90 and NF45. J. Biol. Chem., 273, 2136-2145.

176. Tolstrup N„ Sensen C.W., Garrett R.A. and Clausen I.G. (2000) Two different and highly organized mechanisms of translation initiation in the archaeon Sulfolobus solfataricus. Extremophiles, 4, 175-179.

177. Trachsel H. and Staehelin T. (1979) Initiation of mammalian protein synthesis. The multiple functions of the initiation factor eIF-3. Biochim. Biophys. Acta, 565, 305-314.

178. Trachsel H., Erni В., Schreier M.H. and Staehelin T. (1977) Initiation of mammalian protein synthesis. II. The assembly of the initiation complex with purified initiation factors. J. Mol. Biol, 116, 755-767.

179. Udagawa Т., Shimizu Y. and Ueda T. (2004) Evidence for the translation initiation of leaderless mRNAs by the intact 70 S ribosome without its dissociation into subunits in eubacteria. J Biol Chem., 279, 8539-8546.

180. Valasek L., Nielsen K.H. and Hinnebusch A.G, (2002) Direct eIF2-eIF3 contact in the multifactor complex is important for translation initiation in vivo. EMBOJ., 21, 5886-5898.

181. Van der Hofstad G.A., Foekens J.A., Bosch L. and Voorma H.O. (1977) The involvement of a complex between formylmethionyl-tRNA and initiation factor IF-2 in prokaryotic initiation. Eur. J. Biochem., 11, 69-75.

182. Van Heugten H.A., Kasperaitis M.A., Thomas A.A. and Voorma H.O. (1991) Evidence that eukaryotic initiation factor (elF) 2 is a cap-binding protein that stimulates cap recognition by elF-4B and eIF-4F. J. Biol. Chem., 266, 7279-7284.

183. Van Heugten H.A., Thomas A.A. and Voorma H.O. (1992) Interaction of protein synthesis initiation factors with the mRNA cap structure. Biochimie, 74, 463-475.

184. Varshney U., Lee C.P., Seong B.L. and RajBhandary U.L. (1991) Mutants of initiator tRNA that function both as initiators and elongators. J. Biol. Chem., 266, 18018-18024.

185. Vasile F., Pechkova E. and Nicolini C. (2007) Solution structure of the beta-subunit of the translation initiation factor aIF2 from archaebacteria Sulfolobus solfataricus. Proteins, 70, 11121115.

186. Vermeer C., van Alphen W., van Knippenberg P. and Bosch L. (1973) Initiation factor-dependent binding of MS2 RNA to 30-S ribosomes and the recycling of IF-3. Eur. J. Biochem., 40, 295-308.

187. Von Pawel-Rammingen U., Astrom S. and Bystrom A.S. (1992) Mutational analysis of conserved positions potentially important for initiator tRNA function in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Cell. Biol., 12, 1432-1442.

188. Wagner Т., Gross M. and Sigler P.B. (1984) Isoleucyl initiator tRNA does not initiate eucaryotic protein synthesis. J. Biol. Chem., 259, 4706-4709.

189. Walton G.M. and Gill G.N. (1975) Nucleotide regulation of a eukaryotic protein synthesis initiation complex. Biochim. Biophys. Acta, 390, 231—245.

190. Walton G.M. and Gill G.N. (1976) Preferential regulation of protein synthesis initiation complex formation by purine nucleotides. Biochim. Biophys. Acta, 447, 11-19.

191. Wells S.E., Hillner P.E., Vale R.D. and Sachs A.B. (1998) Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors. Mol. Cell, 2, 135-140.

192. Welsh G.I., Price N.T., Bladergroen B.A., Bloomberg G. and Proud C.G. (1994) Identification of novel phosphorylation sites in the beta-subunit of translation initiation factor eIF-2. Biochem. Biophys. Res. Commun., 201, 1279—1288.

193. Westermann P., Heumann W., Bommer U.A., Bielka H., Nygard O. and Hultin T. (1979) Crosslinking of initiation factor eIF-2 to proteins of the small subunit of rat liver ribosomes. FEBS Lett.,91, 101-104.

194. Westermann P., Nygard O. and Bielka FI. (1981) Cross-linking of Met-tRNAf to eIF-2 beta and to the ribosomal proteins S3a and S6 within the eukaryotic inhibition complex, elF-2-GMPPCP'Met-tRNAf'small ribosomal subunit. Nucleic Acid Res., 9, 2387-2396.

195. White B.N. and Bayley S.T. (1972a) Methionine transfer RNAs from the extreme halophile, Halobacterium cutirubrum. Biochim. Biophys. Acta, 272, 583-587.

196. White B.N. and Bayley S.T. (1972b) Functional aspects of tRNA from the extreme halophile, Halobacterium cutirubrum. Biochim. Biophys. Acta, 272, 588-595.

197. Yang W. and Plinnebusch A.G. (1996) Identification of a regulatory subcomplex in the guanine nucleotide exchange factor eIF2B that mediates inhibition by phosphorylated eIF2. Mol. Cell. Biol., 16, 6603-6616.

198. Yatime, L., Mechulam, Y., Blanquet, S. and Schmitt, E. (2006) Structural switch of the у subunit in an archaeal aIF2ay heterodimer. Structure, 14, 119-128.

199. Yatime, L., Mechulam, Y., Blanquet, S. and Schmitt, E. (2007) Structure of an archaeal heterotrimeric initiation factor 2 reveals a nucleotide state between GTP and GDP states. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 18445-18450.

200. Yatime, L., Schmitt, E., Blanquet, S. and Mechulam, Y. (2004) Functional molecular mapping of archaeal translation initiation factor 2. J. Biol. Chem., 279, 15984-15993.

201. Yatime, L., Schmitt, E., Blanquet, S. and Mechulam, Y. (2005) Structure-function relationships of the intact aIF2a subunit from the archaeon Pyrococcus abyssi. Biochemistry, 44,

202. Zubay G. (1962) The isolation and frac" " 111 'bonucleic acid./. Mol. Biol., 4,8749-8756.3161.347.356.