Квантово-химическое моделирование механизмов реакций в биохимических системах тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.04, кандидат химических наук Доброгорская, Яна Игоревна

• Доброгорская, Яна Игоревна
• кандидат химических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат химических наук Доброгорская, Яна Игоревна

Введение.

Глава 1. Литературный обзор.

1.1. Строение и механизм действия сериновых протеаз.

1.1.1. Строение активного центра сериновых протеаз.

1.1.2. Механизм действия сериновых протеаз типа трипсина и хемотрипсина.

1.1.3. Участие имидазольного кольца гистидина в каталитическом цикле.

1.1.4. Водородные связи в каталитической триаде.

1.1.5. Теоретическое моделирование реакции гидролиза пептидной связи в активном центре сериновых протеаз

2.1 Соединения меди с молекулами С02, CS2 и OCS.

2.1.1. Реакции меди с С02.

2.1.2. Реакции меди с OCS.

2.1.3. Реакции меди с CS2.

1.3 Строение координационной сферы цинка в активном центре белка NCp7.

1.4. ДНК алкилирующие агенты на основе комплексов платины и их свойства.

1.4.1. Механизм действия комплексов платины на примере цисплатина.

1.4.2. Взаимодействие комплексов платины (IV) с биомолекулами.

1.5. Методы моделирования механизмов реакций в биохимических системах, использованные в данной работе.

Глава 2. Построение профиля ППЭ и механизм реакции гидролиза субстрата, катализируемой сериновыми протеазами.

2.1. Методы расчета.

2.2. Используемая модель.

2.3. Построение профиля ППЭ реакции гидролиза пептидной связи в активном центре сериновых протеаз.

Глава 3. Моделирование профиля реакции внедрения атомов меди eC-X(X = S,0) связь.6о

3.1. Методы расчета.6о

3.2. С02, CS2 и OCS.

3.3. CuS и CS.

3.4. Исследование ППЭ взаимодействия атомов меди с дисульфидом углерода.

3.4.1. Механизм реакции.

3.4.2. Альтернативные пути взаимодействия.

3.4.3. Сравнение с экспериментальными данными.

3.5. Исследование ППЭ взаимодействия атомов меди с сульфид карбонилом.

3.5.1. Механизм реакции.

3.5.2. Сравнение с экспериментальными результатами.

3.6. Исследование ППЭ взаимодействия атомов меди с диоксидом углерода.

Глава 4• Моделирование взаимодействия фрагмента белка ядерной оболочки вируса иммунодефицита человека с азодикарбонамидом.

4.1. Методы расчета.

4.2. Строение реагентов.

4.2.1. Цинксодержащий фрагмент белка NCp7.

4.2.2. Азодикарбонамид.

4.3. Построение сечений ППЭ реакции азодикарбонамида и модели активного центра белка.8о

4.3.1. Взаимодействие цис- АДА(ЫН+) с цинксодержащим фрагментом.

4.3.2. Взаимодействие транс- АДА(СОН+) с цинксодержащим фрагментом.

4.3.3. Взаимодействие цис- АДА(ЫН3+) с цинксодержащим фрагментом.

4.3.4. Взаимодействие транс- АДА с цинксодержащим фрагментом.

4.4. Механизм взаимодействия АДА с цинксодержащим фрагментом белка NCp7.

Глава 5. Моделирование реакции [Pt(NH3)2Cl4] и SCH3-.

5.1. Методы расчета.

5.2. Поиск окрестности переходного состояния.

5.3. Выбор модели реагента.

5.4. Электронное строение комплекса.

5-5- Моделирование реакции цис - [Pt(NH3)2Cl4] метил тиолят ионом без учета окружения.

5.6. Моделирование реакции цис - [Pt(NH3)2Cl4] с метил тиолят ионом в водном окружении.

5.7. Влияние учета электронной корреляции на энергию активации реакции.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Квантово-химическое моделирование механизмов реакций в биохимических системах»

Молекулярное моделирование становится все более распространенным способом исследования механизмов биохимических процессов. С позиций квантовой химии задача заключается в построении поверхностей потенциальной энергии (ППЭ) и нахождении профилей путей реакции, что включает локализацию стационарных точек на ППЭ, отвечающих реагентам, продуктам, переходным состояниям и возможным промежуточным соединениям. К особенностям биохимических систем относится наличие достаточно сложного многоатомного молекулярного окружения реакционного центра, а также частое присутствие металлов в реакционных центрах. Учет этих особенностей создает дополнительные сложности в квантово - химических расчетах энергетических профилей реакций. Накопление опыта и формулировки практически полезных рекомендаций при расчетах сечений ППЭ для биохимических реакций, протекающих в сложном молекулярном окружении, современными методами квантовой химии представляет актуальную задачу молекулярного моделирования. В работе рассмотрены следующие задачи:

- Расчет и анализ энергетического профиля для стадии ацилирования в катализируемой сериновыми протеазами реакции гидролиза пептидной связи.

- Анализ координации лигандов и электронного строения металлсодержащих участков ферментов в конкретных системах: реакции атомарной меди с молекулами СО2, CS2 и OCS и реакции цинксодержащего фрагмента белка ядерной оболочки (NCp7) вируса иммунодефицита человека с азодикарбонамидом.

- Моделирование реакции комплекса цис - диамминплатины(1\/) тетрахлорида [Pt(NH3)2Cl4] с глютатионом в водной среде.

Целью работы является изучение механизмов конкретных реакций, важных в биохимических системах, методами квантовой химии, тестирование различных алгоритмов и методик локализации стационарных точек и построения энергетических профилей реакций. Основное внимание уделялось:

- Выбору методики расчета для моделирования пути реакции;

- Анализу строения стационарных точек, найденных в ходе квантово-химического расчета;

- Определению влияния молекулярного окружения на энергетический профиль реакции.

Научная новизна и практическая значимость. Впервые было проведено квантово-химическое моделирование механизма взаимодействия активного центра белка NCp7 с азодикарбонамидом, а также комплекса цис - диамминплатины(1\/) тетрахлорида [PUNHbfeCU] с глютатионом. Результаты работы могут быть использованы при поиске новых лекарственных препаратов на основе азодикарбонамида и комплексов платины.

Впервые был построен полный профиль поверхности потенциальной энергии квантово-химическими методами с использованием довольно большой модели, в состав которой входит 56 атомов и которая учитывает особенности строения активного центра сериновых протеаз типа субтилизина, стадии ацилирования реакции гидролиза пептидной связи, катализируемой сериновыми протеазами. Результаты моделирования подтверждают предполагаемый механизм катализа и могут быть использованы при разработке методик направленного тонкого органического синтеза с участием сериновых протеаз.

Апробация работы и публикации:

Материалы диссертации были представлены на II, V, VI Всероссийской школе-конференции по квантовой и вычислительной химии им. В. А. Фока (Новгород Великий, февраль 2000 г., май 2002 г., май 2003 г.), Международном конгрессе "6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists. (WATOC'02)" (Лугано, Швейцария, август 2002 г.), Международной конференции студентов и аспирантов по фундаментальным наукам "Ломоносов-2003" (Москва, апрель 2003 г.), XI Международном конгрессе по квантовой химии (Германия, июль 2003 г.), заседаниях научных семинанаров лаборатории строения и квантовой механики молекул (2000 - 2003) и лаборатории химической кибернетики (2000 - 2003) химического факультета МГУ.

Результаты работы опубликованы в 9 печатных работах, в том числе 6 тезисах докладов.

Заключение диссертации по теме «Физическая химия», Доброгорская, Яна Игоревна

Основные результаты и выводы.

- С использованием неэмпирических методов квантовой химии построен профиль поверхности потенциальной энергии (ППЭ) гидролиза модельного субстрата в активном центре сериновых протеаз. Изучено строение стационартных точек, локализованных на пути реакции, позволяющие детализировать механизм реакции. Показано, что изменения энергии на участке между первым переходным состоянием и ацил - ферментным комплексом не превышает 2 ккал/моль.

- Изучены каналы реакций, приводящие к образованию комплексов внедрения состава XCuCY, где X,Y - (0,S). Показано, что результаты моделирования согласуются с экспериментальными спектральными данными. Полученные результаты позволяют характеризовать связи Си - О, Си - S в белках.

- Построены профили ППЭ взаимодействия молекулы азодикарбонамида (АДА) с модельным фрагментом активного центра белка NCp7 с учетом возможности протонирования реагентов в физиологическом растворе. Показано, что только при взаимодействии с цис - АДА (NH+) происходит химическая модификация цинксодержащего фрагмента, тогда как в случае взаимодействия остальных протонированных изомеров результатом взаимодействия является перенос протона с АДА на один из лигандов координационной сферы цинка.

- С использованием неэмпирических методов квантовой химии построен профиль ППЭ модельной реакции восстановления цис -диамминплатины (IV) тетрахлорида глютатионом. Исследовано влияние гидратных оболочек на геометрические конфигурации и относительные энергии стационарных точек.

- Показано, что в простых реакциях (п.2,3), в которых влияние окружения не является критическим, обычные методики поиска окрестности стационарных точек, соответствующих переходным состояниям и методы расчета энергетических профилей (IRC) довольно удобны и надежны. Для реакции в более сложном молекулярном окружении, характерном для биохимических систем, указанные выше методы могут оказаться менее универсальными, и необходимо использовать методики, в которых учитывается реорганизация окружения. В частности, оказывается полезным использовать методику линейного синхронного перехода (linear synchronous transit (LST)) для нахождения точки пересечения потенциальных кривых, отвечающим разным координациям окружения.

СО

О + со 3о со ю со со

CN 00 W

-W см ч W

СО £ J,

•'. о

W JL со см от / о о Jj т- (Л см СО (O^t 3 3 от О от О О о ООО

I I I I I I I I О C4C*),tlO<ONOOO>T" гм со о Ю 1

СО

9 4/° со I со' М

->> со

I \ i г о о тг о со

LO см о о яио1/м/ив>1>1 'BHJdaHe

Схематический профиль ППЭ взаимодействия Си и CS2, энергия рассчитана с использованием метода CCSD(T)/6-311+G(3df), в скобках указана энергия комплекса по отношению к энергии реагентов, ккал/моль.

СО

О + о з О оо ■ ю со о 3 о О со / 0 1 3 о

I" о о о со о о . 3 о о ю о о яио1Л1/ивмм 'BHJdaHe

Схематический профиль ППЭ взаимодействия Си и 0CS, энергия рассчитана с использованием метода CCSD(T)/6-311+G(3df), в скобках указана энергия комплекса по отношению к энергии реагентов, ккал/моль. h-СО О

О +

СО 3 о со т

CNT О С

Ю ■ о О 3

О СО м я оГ

CNJ^ О ю

Л о" г СМ

S=- Р" ■ ■ т- СМ

СО о

О + 3 О

О) г © о о о см о о' о о яиоуу/ивня 'KHjdaHe о см ■

Схематический профиль ППЭ взаимодействия Си и OCS, энергия рассчитана с использованием метода CCSD(T)/6-311+G(3df), в скобках указана энергия комплекса по отношению к энергии реагентов, ккал/моль. in

CD CD О

О +

О з О со

CN со о о з О О со

CD о с о / о

О' ч О

О + з О о о о ю о о яисл/м/иенн 'bHJdaHe

Схематический профиль ППЭ взаимодействия Си и OCS, энергия рассчитана с использованием метода CCSD(T)/6-311+G(3df), в скобках указана энергия комплекса по отношению к энергии реагентов, ккал/моль.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Доброгорская, Яна Игоревна, 2004 год

1. Я. Кольман, К.-Г. Рем, Наглядная биология Н Москва, Мир, 2000, с. 470

2. L. Hedstrom, Serine Protease Mechanism and Specificity // Chem. Rev., 2002, 102, p. 4501-4523

3. J. Kraut, Serine Proteases: Structure and Mechanism of Catalysis // Ann. Rev. Biochem., 1977, V. 46, p. 331-358

4. J. Cui, F. Marankan, W. Fu, D. Crich, et. a\, An Oxyanion-Hole Selective Serine Protease Inhibitor in Complex with Trypsin // Bioorg. Med. Chem., 2002, V. 10, p. 41-46

5. J. C. Powers, J. L. Asgian, O. D. Ekici, К. E. James, Irreversible Inhibitors of Serine, Cysteine, and Threonine Proteases // Chem. Rev., 2002, V. 102, p. 4639-4475

6. F. Bordusa, Proteases in Organic Synthesis // Chem. Rev., 2002, V. 102, p. 4817-4867

7. H.J. Duggleby, S.P. Tolley, C.P. Hill, E.J. Dodson, et. al, Penicillin acylase has a single-amino-acid catalytic centre// Nature, 1995, V. 373, p. 264-268

8. G. Brannigan, H.J. Dodson, P.C.E. Duggleby, J.L. Moody, et. al, A protein catalytic framework with an N-terminal nucleophile is capable of self-activation // Nature, 1995, V. 378, p. 416-419

9. S.E. Jackson, A.R. Fersht, Contribution of Long-Range Electrostatic Interactions to the Stabilization of the Catalytic Transition State of the Serine Protease Subtilisin BPN' // Biochemistry, 1993, V. 32, p. 1390932916

10. A.J. Russell, A.R. Fersht, Rational Modification of Enzyme Catalysis by Engineering Surface Charge // Nature, 1987, V. 328, p. 496-500

11. N.H. Yerinawar, H.P. Yennawar, G.K. Farber, X-Ray Crystal Structure of Gamma -Chymotrypsin in Hexane // Biochemistry, 1994, V. 33, p. 7326-7336

12. X. Qiu, K. P. Padmanabhan, V. E. Carperos, A. Tulinsky, et al., Structure of the Hurolog 3-Thrombin Complex and Nature of the S' Subsites of Substrates and Inhibitors // Biochemistry, 1992, V. 31, p. 11689-111697

13. H. Dutler, S.A. Bizzozero, Mechanism of the Serine Protease Reaction. Stereoelectronic, Structural, and Kinetic Considerations as Guidelines to Deduce Reaction Paths // Acc. Chem. Res., 1992, V. 22, p. 322-327

14. Птицын О. Б., Финкельштейн А.В., Физика белка. Курс лекций (2-е издание), кн. дом "Университет", 2002

15. A. Warshel, G. Naray-Szabo, F. Sussman, J.-К. Hwang, How Do Serine Proteases Really Work? // Biochemistry, 1989, V. 28, p. 36293637

16. A. Ordentlich, D. Barak, Ch. Kronman, N. Ariel, et. al., Functional Characteristics of the Oxyanion Hole in Human Acetylcholinesterase // J. Biol. Chem., 1998, V. 273, p. 19509-19517

17. Y. Zhang, J. Kua, and J. A. McCammon, Role of the Catalytic Triad and Oxyanion Hole in Acetylcholinesterase Catalysis: An ab initio QM/MM Study II J. Am. Chem. Soc., 2002, V. 124, p. 10572-10577

18. W.W. Bachovchin, 15NMR Spectroscopy of Hydrogen-Bonding Interactions in the Active Site of Serine Proteases: Evidence for a Moving Histidine Mechanism // Biochemistry, 1986, V. 25, p. 7751-7759

19. S. R. Presnell, G. S. Patil, С. Мига, К. M. Jude, et. al., Oxyanion-Mediated Inhibition of Serine Proteases // Biochemistry, 1998, V. 37, p. 17068-17081

20. M. Topf, P. Varnai, and W. G. Richards, Ab Initio QM/MM Dynamics Simulation of the Tetrahedral Intermediate of Serine Proteases: Insights into the Active Site Hydrogen-Bonding Network // J. Am. Chem. Soc., 2002, V. 124(49), p. 14780-14788

21. T. Ishida, Sh. Kato, Theoretical Perspectives on the Reaction Mechanism of Serine Proteases: The Reaction Free Energy Profiles of the Acylation Process // J. Am. Chem. Soc., 2003, V. 125, p. 1203512048

22. R. С. Wilmouth, К. Edman, R. Neutze, P. A. Wright, et. al., X-ray Snapshots of Serine Protease Catalysis Reveal a Tetrahedral Intermediate II Nat. Struct. Biol., 2001, V. 8, p. 689-694

23. J. P. Elrod, J. L. Hogg, D. M. Quinn, K. S. Venkatasubban, et. al., Protonic Reorganization and Substrate Structure in Catalysis by Serine Proteases II J. Am. Chem. Soc., 1980, V. 102, p. 3917-3922

24. R.D. Gandour, N.A.R. Nabulsi, F.R. Fronczek, Structural Model of a Short Carboxyl-lmidazole Hydrogen Bond with a Neraly Centrally Located Proton: Implications for the Asp-His Dyad in Serine Proteases // J. Am. Chem. Soc. , 1990, V. 112, p. 7816-7817

25. F.M.L.G. Stamato, E. Longo, L.M. Yoshioka, R.C. Ferreira, The Catalytic Mechanism of Serine Proteases: Single Proton versus Double Proton Transfer// J. Theor. Biol., 1984, V. 107, p. 329-338

26. M. A. Massiah, C. Viragh, P. M. Reddy, I. M. Kovach, et al., Short, Strong Hydrogen Bonds at the Active Sire of Human Acetylcholinesterase: Proton NMR Studies // Biochemistry, 2001, V. 40, p. 5682-5690

27. C.S. Cassidy, J. Lin, P.A. Frey, The Deuterium Isotope Effect on the NMR Signal of the Low-Barrier Hydrogen Bond in a Transition-State Analog Complex of Chymotrypsin // Biochem. and Biophys. Res. Comm., 2000, V. 273, p. 789-792

28. C. Viragh, Т. K. Harris, P. M. Reddy, M. A. Massiah, et. al., NMR Evidence for a Short, Strong Hydrogen Bond at the Active Site of a Cholinesterase II Biochemistry, 2000, V. 39, p. 16200-16205

29. C.S. Cassidy, J. Lin, P.A. Frey, A New Concept for the Mechanism of Action of Chymotrypsin: The Role of the Low-Barrier Hydrogen Bond // Biochemistry, 1997, V. 36, p. 4576-4584

30. J.-K. Hwang, A. Washel, Semiquantitative Calculations of Catalytic Free Energies in Generally Modified Enzymes // Biochemistry, 1987, V. 26, p. 2669-2673

31. A. Warshei, S. Russell, Theoretical Correlation of Structure and Energetics in the Catalytic Reaction of Trypsin // J. Am. Chem. Soc., 1986, V. 108, p. 6569-6579

32. P.A. Molina, R.S. Sikorski, J.H. Jensen, NMR Chemical Shifts in the Low-pH Form of a-Chymotrypsin. A QM/MM and ONIOM-NMR Study // Theor. Chem. Acc., 2003, V. 109, p. 100-107

33. S. Schroder, V. Daggett, P. Kollman, A Comparison of the AM1 and PM3 Semiempirical Models for Evaluating Model Compounds Relevant to Catalysis by Serine Proteases // J. Am. Chem. Soc., 1991, V. 113, p. 8922-8925

34. A.V. Nemukhin, LA. Topoi, S.K. Burt, Energy Profiles for the Rate-Limiting Stage of the Serine Protease Prototype Reaction // Int. J. Quant. Chem., 2002, V. 88, p. 34-40

35. V. Daggett, S. Schroder, P. Kollman, Catalytic Pathway of Serine Proteases: Classical and Quantum Mechanical Calculations // J. Am. Chem. Soc., 1991, V. 113, p. 8926-8935

36. R.V. Stanton, M. Perakyla, D. Bakowies, P.A. Kollman, Combined ab initio and Free Energy Calculations to Study Reactions in Enzymes and Solution: Amide Hydrolysis in Trypsin and Aqueous Solution // J. Am. Chem. Soc., 1998, V. 120, p. 3448-3457

37. M. Perakyla, P.A. Kollman, Why Does Trypsin Cleave BPTI so Slowly? // J. Am. Chem. Soc., 2000, V. 122, p. 3436-3444

38. Kondo, Т., Mitsudo, Т., Metal-Catalyzed Carbon-Sulfur Bond Formation I I Chem. Rev., 2000, V. 100, p. 3205-3220

39. R.M. Roat Malone, Bioinorganic Chemistry: A Short Course // Wiley&Sons, 2002, c.348

40. Krishna K. Pandey, Reactivities of Carbonyl Sulfide (OCS), Carbon Disulfide (CS2), and Carbon Dioxide (C02) with Transition Metal Complexes II Coord. Chem. Rev., 1995, V. 140, p. 37-114

41. R. Becerra, J. P. Cannady, R. Walsh, Reactions of silylene with unreactive molecules. 1: carbon dioxide; gas-phase kinetic and theoretical studies // J. Phys. Chem. A, 2002, V. 106, p. 4922-4927

42. J. Mascetti, M. Tranquille, Fourier Transform Infrared Studies of Atomic Ti, V, Cr, Fe, Co, Ni, and Cu Reactions with Carbon Dioxide in Low-Temperature Matrices // J. Phys. Chem., 1988, V. 92, p. 2177-2184

43. C. Mealli, R. Hoffmann, A. Stockis, A Molecular Orbital Analysis of the Bonding Capabilities of CS2 and C02 Toward Transition Metal Fragments // Inorg. Chem., 1984, V. 23, p. 56-65

44. M. Zhou, B. Liang, L. Andrews, Infrared Spectra of OMCO (M = Cr-Ni), OMCO' (M = Cr-Cu), and MC02' (M = Co-Cu) in Solid Argon // J. Phys. Chem. A, 1999, V. 103, p. 2013-2023

45. M. Zhou, L. Andrews, Infrared Spectra and Density Functional Calculations for OMCO, OM-(n2-CO), OMCO+, and OMOC+ (M = V, Ti) in Solid Argon // J. Phys. Chem. A, 1999, V. 103, p. 2066-2075

46. R. Caballol, E.S. Marcos, J.-C. Barthelat, Theoretical Study of the Different Coordination Modes of Copper Carbon Dioxide Complex // J. Phys. Chem., 1987, V. 91, p. 1328-1333

47. S. Ashuri, J.D. Miller, The uptake of carbon dioxide by some ruthenium(ll) complexes // Inorg. Chem. Acta, 1984, V. 88, L1-L3

48. G.-H. Jeung, Theoretical study on coordination of C02 to third row metal atoms (Ca-Mn, Cu, Zn) // Chem. Phys. Lett., 1995, V. 232, p. 319327

49. M. Zhou, L. Andrews, Infrared Spectra and Density Functional Calculations of Си(СО)+-,.4> CuCCO)^, and Си(СО)"^ in Solid Neon // J. Chem. Phys., 1999, V. 111, p. 4548-4557

50. C. Rue, P. B. Armentrout, I. Kretzschmar, D. Schroder, et al., Guided Ion Beam Studies of the Reactions of Ni+, Cu+, and Zn+ with CS2 and OCS // J. Phys. Chem. A, 2002, V. 106, p. 9788-9797

51. C. Bianchini, C.A. Ghilardi, A. Meli, S. Midollini, et. al, Reactivity of copper(l) tetrahydroborates toward C02 and COS. Structure of (triphos)Cu(h1-02CH) // Inorg. Chem., 1985, V. 24, p. 924-931

52. M. Zhou, L. Andrews, Reactions of Co, Ni, and Cu Atoms with CS2: Infrared Spectra and Density-Functional Calculations of SMCS, M-(d2-CS)S, M-CS2, and MCS2+ in Solid Argon // J. Phys. Chem. A, 2000, V. 104, p. 4394-4401

53. G.-H. Jeung, Theoretical study on coordination of CS2 to third row metal atoms (M = Ca Mn, Cu, Zn) II Chem. Phys. Lett., 1995, V. 237, p. 65-71

54. R. M. Roat Malone, Bioinorganic Chemistry. A Short Course. // Wiley& Sons, Inc., 2000, c. 348

55. У. Mely, Н. De Rocquigny, N. Morellet, B.P. Roques, D. Gerad, Zinc-binding to the HIV-1 nucleocapsid protein: a thermodynamic investigation by fluorescence spectroscopy // Biochemistry, 1996, V. 35(16), p. 5175-5182

56. D.W. Deerfield, L.G. Pedersen, Structure and Relative Acidity for a Model Zinc Finger // J.Molec.Struct. (Theochem), 1997, V. 419, p. 221226

57. J. M. Berg, Zinc finger proteins // Curr. Opin. Struct. Biol., 1993, V. 3, p. 11-16

58. J. M. Berg, Y. Shi, The galvanization of biology: A growing appreciation for the roles of zinc// Science, 1996, V. 271, p. 1081-1085

59. T. L. South, P. R. Blake, R. C. Sowder, III, L. O. Arthur, et al., The nucleacapsid protein isolated from HIV-1 particles binds zinc and forms retroviral-type zinc fingers // Biochemistry, 1990, V. 29, p. 7786-7789

60. S. Ramboarina, N. Moreller, M.C. Fournie-Zaiuski, B.P. Roques, Structural investigation on the requirement of CCHH zinc finger type in nucleocapsid protein of human immunodeficiency virus 1 // Biochemistry, 1999, V. 38(30), p. 9600-9607

61. S. P. Stoylov, C. Vuilleumier, E. Stoylova, H. De Rocquigny, et al., Ordered aggregation of ribonucleic acids by the human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid protein II Biopolymers, 1997, V. 41, p. 301-312

62. M. Lapadat-Tapolsky, C. Gabus, M. Rau, J.L. Darlix, Possible roles of HIV-1 nucleocapsid protein in the specificity of proviral DNA synthesis and in its variability // J.Mol.Biol., 1997, V. 268 (2), p. 250 260

63. M. Lapadat-Tapolsky, H. De Rocquigny, D. Van Gent, B. Roques, et al., Interactions between HIV-1 nucleocapsid protein and viral DNA may have important functions in the viral life cycle // Nucleic Acids Res., 1993, V. 21(4), p. 831-839

64. E. Le Cam, D. Coulaud, E. Delain, P. Petitjean, et al., Properties and growth mechanism of the ordered aggregation of a model RNA by the HIV-1 nucleocapsid protein: An electron microscopy investigation // Biopolymers, 1998, V. 3, p. 217-229

65. K. Sakaguchi, et al., Identification of a binding site for the human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid protein // Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A., 1993, V. 90(11), p. 5219-5223

66. LA. Topol, J.R. Casas-Finet, R. Gussio, S.K. Burt, et. al, A Quantum-Mechanical Study of Metal Binding Sites in Zinc Finger Structures // J.Molec.Struct. (Theochem), 1998, V. 423, p. 13-28

67. K. N. Kudin, J.L. Margrave, V.N. Khabashesku, Ab initio and density functional theoretical studies of structures, vibrational spectra, anddimerization dynamics of simple transient germenes // J. Phys. Chem. A, 1998, V. 102, p. 744-753

68. J. M. Domagala, J. P. Bader, R. D. Gogliotti, J. P. Sanchez, et a!., A new class of anti-HIV-1 agents targeted toward the nucleocapsid protein NCp7: the 2,2'-dithiobisbenzamides // Bioorg. Med. Chem., 1997, V. 5, p. 569-579

69. J. M. Domagala, J. P. Bader, R. D. Gogliotti, J. P. Sanchez, et a!., A new class of anti-HIV-1 agents targeted toward the nucleocapsid protein NCp7: the 2,2-dithiobisbenzamides // Bioorg. Med. Chem., 1997, V. 5, p. 569-579

70. M. Huang, A. Maynard, J. A. Turpin, L. Graham, et al., Anti-HIV Agents that Selectively Target Retroviral Nucleocapsid Protein Zinc Fingers Without Affecting Cellular Zinc Finger Proteins // J. Med. Chem., 1998, V. 41(9), p. 1371-1381

71. W. G. Rice, J. A. Turpin, M. Huang, D. Clanton, et al., Azodicarbonamide inhibits HIV-1 replication by targeting the nucleocapsid protein // Nat. Med., 1997, V. 3, p. 341-345

72. J. A. Loo, T. P. Holler, J. Sanchez, R. Gogliotti, et al., Biophysical Characterization of Zinc Ejection from HIV Nucleocapsid Protein by Anti-HIV 2,2'-Dithiobisbenzamides. and Benzisothiazolones // J.Med.Chem., 1996, V. 39 (21), p. 4313-4320

73. Y. Hathout, D. Fabris, M.S. Han, RC 2nd Sowder, et. al., Characterization of intermediates in the oxidation of zinc fingers in human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid protein P7 // Drug Metab. Dispos., 1996, V. 24, p. 1395-1400

74. R.G. Pearson, Hard and soft acids and bases? The evolution of a chemical concept// Coord.Chem. Rev., 1990, V. 100, p. 403-425

75. R.G. Parr & R.G. Pearson, Absolute hardness: companion parameter to absolute electronegativity // J. Am. Chem. Soc., 1983, V. 105, p. 7512-7516

76. R.G. Parr, W. Yang, Density Functional Theory of Atoms and Molecules // Oxford Univ. Press, Oxford, 1986, pp. 333

77. W. Kohn, A. Becke, R.G. Parr, Density Functional Theory of Electronic Structure I I J. Phys. Chem., 1996, V. 100, p. 12974-12980

78. A.T. Maynard, M. Huang, IN.G. Rice, D.G. Covell, Reactivity of the HIV-1 nucleocapsid protein p7 zinc finger domains from the perspectiveof density-functional theory // Proc. Nat. Acad. Sci., 1998, V. 95, p. 11578-11583

79. I. A. Topol, A. V. Nemukhin, M. Chao, L. K. Iyer, et al., Quantum Chemical Studies of Reactions of the Cyclic Disulfides with the Zinc Finger Domains in the HIV-1 Nucleocapsid Protein (NCp7) // J. Am.Chem. Soc., 2000, V. 122, p. 7087-7094

80. M Vandevelde, M Witvrouw, JC Schmit, S Sprecher, et. al., VADA, a potential anti-HIV drug //AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1996, V. 12(7), p. 567-568

81. W. G. Rice, J. A. Turpin, M. Huang, D. Clanton, et al., Azodicarbonamide inhibits HIV-1 replication by targeting the nucleocapsid protein // Nat. Med., 1997, V. 3, p. 341-345

82. W. G. Rice, J. A. Turpin, C. A. Schaeffer, L. Graham, et al., Evaluation of Selected Chemotypes in Coupled Cellular and Molecular Target-Based Screens Identifies Novel HIV-1 Zinc Finger Inhibitors // J. Med. Chem., 1996, V. 39, p. 3606-3616

83. Б. Албертс, Д. Брей, Дж. Льюис, Р. Мартин и др., Молекулярная биология клетки // Москва, Мир, 1994, т.З, с. 460

84. В. Rosenderg, L. Van Camp, Т. Krigas, Inhibition of cell division in E.coli by electrolysis products from a platinum electrode // Nature, 1965, V. 205, p. 698-699

85. В Rosenberg, L Van Camp, J Trosko, V. Mansour, Platinum compounds: a new class of potent antitumour agent // Nature, 1969, V. 222, p. 385-386

86. S.E. Sherman, S.J. Lippard, Structural Aspects of Platinum Anticancer Drug Interactions with DNA // Chem. Rev., 1987, V. 87, p. 1153-1181

87. Arvi Rauk, Orbital Interaction Theory of Organic Chemistry, Second Edition // John Wiley & Sons, Inc., 2001, c. 177

88. E.G. Talman, Yo. Kidani, L. Mohrmann, J. Reedijk, Can Pt(IV)-Amine Complexes Act As 'Prodrugs' // Inorg. Chem. Acta, 1998, V. 283, p. 251-255

89. R.R. Barefoot, Speciation of platinum compounds: a review of recent applications in studies of platinum anticancer drugs // Journal of Chromatography 6, 2001, V. 751, p. 205-211

90. M. D. Hall, T. W. Hambley, Platinum(IV) antitumour compounds: their bioinorganic chemistry// Coord. Chem. Rev., 2002, V. 232, p. 49-67

91. K. Lemma, J. Berglund, N. Farell, L.I. Elding, Kinetics and mechanism for reduction of anticancer-active tetrachloroam(m)ine platinum(IV) compounds by glutathione // J. Biol. Inorg. Chem., 2000, V. 5, p. 300-306

92. K. Hindmarsh, D.A. House, R. van Eldik, The Redox Kinetics of Platinum (ll)/(IV) Complexes // Inorg. Chem. Acta, 1998, V. 278, p. 3242

93. G. Natile, M. Coluccia, Current status of trans-platinum compounds in cancer therapy// Coord. Chem. Rev., 2001, V. 216-217, p. 383-410

94. H. Basch, M. Krauss, W.J. Stevens, D. Cohens, Electronic and Geometric Structures of Pt(NH3)2+, Pt(NH3)2CI2, Pt(NH3)3X, and Pt(NH3)2XY (X, Y = H20, OH') // Inorg. Chem., 1985, V. 24, p. 33133317

95. P. Carloni, W. Andreoni, J. Hutter, A. Curioni, et. al, Structure and Bonding in Cisplatin and Other Pt(ll) Complexes // Chem. Phys. Lett., 1995, V. 234, p. 50-56

96. D.V. Deubel, On the Competition of the Purine Bases, Functionalities of Peptide Side Chains, and Protecting Agents for the Coordination Sites of Dicationic Cisplatin Derivatives // J. Am. Chem. Soc.t 2002, V. 124, p. 5834-5842

97. E. Tornaghi, W. Andreoni, P. Carloni, J. Hutter, et. al, Carboplatin versus cisplatin: density functional approach to their molecular properties // Chem. Phys. Lett., 1995, V. 246, p. 469-474

98. P.J. Hay, W.R. Wadt, Ab initio effective core potentials for molecular calculations. Potentials for main group elements Na to Bi II J. Chem. Phys., 1985, V. 82, p. 284-298

99. Г.М. Жидомиров, A.A. Багатурьянц, И.А. Абронин, Прикладная квантовая химия // Москва, Химия, 1979, 296 с.

100. F. Aprile, D.S. Martin, Chlorotriammineplatinum(ll) Ion. Acid Hydrolysis and Isotopic Exchange of Chloride Ligand I I Inorg. Chem., 1962, V. 1, p. 551-557

101. J.W. Reishus, D.S. Martin Jr., Cis-Dichlorodiammineplatinum(ll). Acid Hydrolysis and Isotopic Exchange of the Chloride Ligands // J. Am. Chem. Soc., 1961, V. 83, p. 2457-2462

102. J. Kozelka, J. Berges, R. Attias, J. Fraitag, H "" Pt(ll) : Hydrogen Bond with a Strong Dispersion Component // Angew. Chem., 2000, V. 112, p. 204 207; Angew. Chem. Int. ED. Engl., 2000, V. 39, p. 198-201

103. J. Langlet, J. Berges, J. Caillet, J. Kozelka, Hydration of Platinum (II) Complexes: A Molecular Mechanics Study Using Atom Based Force -Field Parameters // Theor. Chem. Acc., 2000, V. 104, p. 247-251

104. Z. Chval, M. Sip, Pentacoordinated Transition States of Cisplatin Hydrolysis ab initio Study // J. Mol. Struct. (Theochem), 2000, V. 532, p. 59-68

105. P. Carloni, M. Sprik, W. Andreoni, Key Steps of the cis-Platin-DNA Interaction: Density Functional Theory-Based Molecular Dynamics Simulations II J. Phys. Chem. B, 2000, V. 104, p. 823-835

106. Y. Zhang, Z. Guo, X.-Z. You, Hydrolysis Theory for Cisplatin and Its Analogues Based on Density Functional Studies // J. Am. Chem. Soc., 2001, V. 123, p. 9378-9387

107. J. Kozelka, F. Legendre, F. Reeder, J.-CI. Chottard, Kinetic aspects of interactions between DNA and platinum complexes // Coord. Chem. Rev., 1999, V. 190-192, p. 61-82

108. G. Natile, M. Coluccia, Current status of trans-platinum compounds in cancer therapy// Coord. Chem. Rev., 2001, V. 216-217, p. 383-410

109. N.M Neumann, S Tran-Dinh, JP Girault, JC Chottard, et. al, DNA fragment conformations. A 1H-NMR conformational analysis of the d(G-G)-chelated platinum-oligonucleotide d(A-T-G-G)cisPt // Eur J Biochem, 1984, V. 141, p. 465-472

110. A. M. J. Fichtinger-Schepman, J. L. van der Veer, J. H. J. den Hartog, P. H. M. Lohman, Adducts of the antitumor drug cis-diamminedichloroplatinum(ll) with DNA: formation, identification, and quantitation // Biochemistry, 1985, V. 24, p. 707-713

111. N.P. Johnson, A.M. Mazard, J. Escalier, J.P. Macquet, Mechanism of the Reaction Between cis PtC!2(NH3)2. and DNA in Vitro // J. Am. Chem. Soc., 1985, V. 107, p. 6376-6380

112. Eastman, A., Reevaluation of interaction of cis-dichloro-(ethylenediamine)-platinum(ll) with DNA// Biochemistry, 1986, V. 25, p. 3912-3915

113. M.-H. Baik, R.A. Friesner, and S.J. Lippard, Theoretical Study of Cisplatin Binding to Purine Bases: Why Does Cisplatin Prefer Guanine over Adenine? // J. Am. Chem. Soc., 2003, V. 125(46), p. 14082-14092

114. H. Basch, M. Krauss, W.J. Stevens, D. Cohens, Binding of Pt(NH3)32+ to Nucleic Acid Bases // Inorg. Chem., 1986, V. 25, p. 684688

115. K. Cochran, G. Forde, G.A. Hill, L. Gorb, J. Leszczynski, cis-Diamminodichloronickel and Its Interaction With Guanine and Guanine-Cytosine Base Pair// Struct. Chem., 2002, V. 13(2), p. 133-140

116. J. V. Burda, J. Sponer, J. Leszczynskic, The Influence of Square Planar Platinum Complexes on DNA Base Pairing. An ab initio DFT Study// Phys. Chem. Chem. Phys., 2001, V. 3, p. 4404-4411

117. G. A. Hill, G. Forde, L. Gorb, J. Leszczynski, cis-Diamminedichloropalladium and Its Interaction with Guanine and Guanine-Cytosine Base Pair // Int. J. Quant. Chem., 2002, V. 90, p. 1121-1128

118. J.E. Sponer, F. Glahe, J. Leszczynski, B. Lippert, et. al, How Nucleobases Rotate When Bonded to a Metal Ion: Detailed View from an Ab Initio Quantum Chemical Study of a Cytosine Complex of trans-a2Pt" // J. Phys. Chem. B, 2001, V. 105, p. 12171-12179

119. J. Sponer, J.E. Sponer, L. Gorb, J. Leszczynski, et. al, Metal-Stabilized Rare Tautomers and Mispairs of DNA Bases: N6-Metalated Adenine and N4-Metalated Cytosine, Theoretical and Experimental Views// J. Phys. Chem. A, 1999, V. 103, p. 11406-11413

120. P. Carloni, W. Andreoni, Platinum-Modified Nucleobase Pairs in the Solid State: A Theoretical Study // J. Phys. Chem., 1996, V. 100, p. 17797-17800

121. J.V. Burda, J. Sponer, J. Leszczynski, The interactions of square platinum(ll) complexes with guanine and adenine: a quantum-chemical ab initio study of metalated tautomeric forms // J. Biol. Inorg. Chem., 2000, V. 5, p. 178-188

122. K. Lemma, J. Berglund, N. Farrell, L.I. Elding, Kinetics and mechanism for reduction of anticancer-active tetrachloroam(m)ine platinum(IV) compounds by glutathione // J. Biol. Inorg. Chem., 2000, V. 5, p. 300-306

123. T. Shi, J Berglund, LI Elding, Kinetics and Mechanism for Reduction of trans-ichlorotetracyanoplatinate (IV) by Thioglycolic Acid, L

124. Cysteine, DL Penicillamine, and Gluthatione in Aqueous Solution // Inorg Chem, 1996, V. 35, p. 3498-3503

125. K. Lemma, T. Shi, L. Elding, Kinetics and Mechanism for Reduction of the Anticancer Prodrug trans,trans,trans-PtCI2(OH)2(c-C6H11NH2)(NH3). (JM335) by Thiols // Inorg. Chem., 2000, V. 39, p. 1728-1734

126. K. Lemma, D.A. House, N. Retta, L.I. Elding, Kinetics and mechanism for reduction of halo- and haloam(m)ine platinum(IV) complexes by L-ascorbate // Inorg. Chim. Acta, 2002, V. 331, p. 98-108

127. M.J. Arendse, G.K. Anderson, R.N. Majola, N.P. Rath, Synthesis and reactions of platinum(IV) complexes with sodium ascorbate // Inorg. Chim. Acta, 2002, V. 340, p. 65-69

128. H.C. Freeman, Inorganic Biochemistry// Elsevier, New York, 1973, p.121

129. D. Shi, T.W. Hambley, H.C. Freeman, Three new platinum(ll)-dipeptide complexes II J. Inorg. Biochem., 1999, V. 73, p. 173-186

130. A. lakovidis, N. Hadjiliadis, Complex compounds of platinum (II) and (IV) with amino acids, peptides and their derivatives // Coord. Chem. Rev., 1994, V. 135 136, p. 17-63

131. W.R. Mason, Platinum(ii)-catalyzed substitutions of platinum(iv) complexes I I Coord. Chem. Rev., 1972, V. 7, p. 241-255

132. L. Drougge, L Elding, Mechanisms for acceleration of halide anation reactions of platinum(IV) complexes. REOA versus ligand assistance and platinum(ll) catalysis Without central ion exchange // Inorg. Chim. Acta, 1986, V. 121(2), p. 175-183

133. Н.Ф. Степанов, Квантовая механика и квантовая химия // Мир, 2001, с. 520

134. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry // Willey, England, 1999, p. 429

135. W.J. Stevens, H. Basch, M. Krauss, Compact effective potentials and efficient shared-exponent basis sets for the first- and second-row atoms// J. Chem. Phys., 1984, V. 81(12), p. 6026-6033

136. L.F. Pacios, P.A. Christiansen, Ab initio relativistic effective potentials with spin-orbit operators. I. Li through Ar I I J. Chem. Phys., 1985, V. 82(6), p. 2664-2671

137. L. A. LaJohn, P. A. Christiansen, R. B. Ross, J. M. Powers et al. Ab initio relativistic effective potentials with spin-orbit operators. IV. Cs through Rn II J. Chem. Phys., 1990, V. 93(9), p. 6654-6670

138. F. Maseras, K. Morokuma, IMOMM: a New Integrated Ab Initio + Molecular Mechanics Geometry Optimization Scheme of Equilibrium Structures and Transition States // J. Comput. Chem., 1995, V. 16(9), p. 1170-1179

139. R. A. Friesner, R. B. Murphy, M. D. Beachy, M. N. Ringnalda, et al., Correlated ab Initio Electronic Structure Calculations for Large Molecules// J. Phys. Chem. A, 1999, V. 103, p. 1913-1928

140. Y. Zhang, H. Liu, W. Yang, Free energy calculation on enzyme reactions with an efficient iterative procedure to determine minimum energy paths on a combined ab initio QM/MM potential energy surface // J. Chem. Phys., 2000, V. 112, p. 3483-3492

141. R.Car, M. Parrinello, Unified Approach for Molecular Dynamics and Density-Functional Theory II Phys. Rev. Lett., 1985, V. 55, p. 2471-2474

142. M. Eichinger, P. Tavan M., J. Hutter, M. Parrinello, A hybrid method for solutes in complex solvents: Density functional theory combined with empirical force fields // J. Chem. Phys., 1999, V. 110, p. 10452-10467

143. S.E. Worthington, M. Krauss, Effective fragment potentials and the enzyme active site // Сотр. and Chem., 2000, V. 24, p. 275-285

144. D. Bakowies, W. Thiel, Hybrid Models for Combined Quantum Mechanical and Molecular Mechanical Approaches II J. Phys. Chem., 1996, V. 100, p. 10580-10594

145. W. Yang, T.-S. Lee, Density-matrix divide-and-conquer approach for electronic structure calculations of large molecules // J. Chem. Phys., 1995, V. 103, p. 5674-5678

146. S.L. Dixon., K.M. Merz, Fast, accurate semiempirical molecular orbital calculations for macromolecules 11 J. Chem. Phys., 1997, V. 107, p. 879-893

147. V. Kairys, J.H. Jensen, QM/MM Boundaries Across Covalent Bonds: A Frozen Localized Molecular Orbital-Based Approach for the Effective Fragment Potential Method // J. Phys.Chem. A, 2000, V. 104, p. 66566665

148. Paul N. Day, Jan H. Jensen, Mark S. Gordon, Simon P. Webb, et al., An effective fragment method for modeling solvent effects in quantum mechanical calculations II J. Chem. Phys., 1996, V. 105, p. 1968-1986

149. M. S. Gordon, M. A. Freitag, P. Bandyopadhyay, J. H. Jensen, et al., The Effective Fragment Potential Method: A QM-Based MM Approach to Modeling Environmental Effects in Chemistry // J. Phys. Chem. A, 2001, V. 105, p. 293-307

150. A.A.Granovsky, http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/ index.html

151. Т.Н. Dunning, Jr., Gaussian basis sets for use in correlated molecular calculations. The atoms boron through neon and hydrogen // J. Chem. Phys., 1989, V. 90, p. 1007-1032

152. K. Ishida, K. Morokuma, A. Komornicki, The intrinsic reaction coordinate. An ab initio calculation for HNC HCN and H"+CH4 -CH4+H"// J.Chem.Phys., 1977, V. 66, p. 2153-2156

153. С. Gonzales, Н.В. Schlegel, An improved algorithm for reaction path following // J. Chem. Phys., 1989, V. 90, p. 2154-2161

154. A. E. Reed, L A. Curtiss, F. Weinhold, Intermolecular interactions from a natural bond orbital, donor-acceptor viewpoint // Chem. Rev., 1988, V. 88, p. 899-926

155. K.-D. Jany, G. Lederer, B. Mayer, Amino Acid Sequence of Proteinase К from the Mold Tritirachium album Limber. Proteinase К a subtilisin-related enzyme with disulphide bonds // FEBS, 1986, V. 199, p. 139-144

156. C. Betzel, G.P. Pal, M. Struck, K.-D. Jany, et. al, Active Site Geometry of Proteinase K. Crystallographic study of its complex with a dipeptide chloromethyl ketone inhibitor// FEBS, 1986, V. 197, p. 105110

157. G.P. Palap, C.A. Kavounisay, K.D. Janyb, D. Tsepogloua, The three-dimensional structure of the complex of proteinase К with its naturally occurring protein inhibitor, PK13 // FEBS Letters, 1994, V. 341, p. 167170

158. C. Betzel, S. Gourinath, P. Kumar, P Kaur, et. al., Structure of a Serine Protease Proteinase К from Tritirachium album Limber at 0.98 A Resolution // Biochemistry, 2001, V. 40(10), p. 3080-3088

159. W.M. Wolf, J. Bajorath, A. Muller, S. Raghunathan, et. al, Inhibition of proteinase К by methoxysuccinyl-Ala-Ala-Pro-Ala- chloromethyl ketone. An x-ray study at 2.2-A resolution // J. Biol. Chem., 1991, V. 266(26), p. 17695-17699

160. AD. Beck, Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange // J. Chem. Phys., 1993, V. 98, p. 5648-5652

161. C. Lee, W. Yang, R.G. Parr, Development of the Colle-Salvetti correlation-energy formula into a functional of the electron density // Phys. Rev. B, 1988, V. 37, p. 785-789

162. P.J. Stephens, F.J. Devlin, C.F. Chabalowski, M. Fritsch, et al. Ab Initio Calculation of Vibrational Absorption and Circular Dichroism Spectra Using Density Functional Force Fields // J. Phys. Chem., 1994, V. 98, p. 11623-11627

163. A. Schafer, H. Horn, R. Ahlrichs, Fully optimized contracted Gaussian basis sets for atoms Li to Kr// J. Chem. Phys., 1992, V. 97, p. 2571-2577

164. I. Papai, Ya. Hannachi, S. Gwizdala, J. Mascetti, Vanadium Insertion into C02, CS2, and OCS: A Comparative Theoretical Study // J. Phys. Chem. A, 2002, V. 106, p. 4181-4186

165. K.P. Huber, G. Herzberg, Constants of Diatomic Molecules: Van Nostrand Reinhold // New York, 1979

166. NIST Chemistry Webbook, NIST standard Reference Data Base Number 69, February 2000 Release (http://webbook.nist.qov/chemistrv/)

167. Q. Kong, A. Zeng, M. Chen, M. Zhou, et al., Infrared Spectra and Density Functional Calculations of the Copper Thiocarbonyls: CuCS, Cu(CS)2, and Cu2CS in Solid Argon // J. Chem. Phys., 2003, V. 118, p. 7267-7272

168. Молекулярные постоянные неорганических соединений, Лен., 1979

169. J. March, Advanced Organic Chemistry: Reactions, Mechanisms, and Structure // 4th ed, John Wiley & Sons: New York, 1992

170. A V Nemukhin, В L Grigorenko, A V Bochenkova, I A Topol, A QM/MM approach with effective fragment potentials applied to thedipeptide-water structures II J Molec Struct (THEOCHEM), 2002, V. 581, p. 167-175

171. D.C. Young, Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Problems II John Wiley & Sons, Inc., 2001, p. 152

172. Li Chong-de, J. Li-Juan, T. Wen-Xia, Vibrational Spectra and Normal Coordinate Analysis for cis-diamminetetrachloroplatinum // Spectrochim. Acta, 1993, V. 49A, p. 339-343

173. G. Jensen, Introduction to Computational Chemistry // Willey&Sons, 1999, c. 429

174. Я Полина, Общая химия // Москва, 1974, с. 845

175. P. Carloni, W. Andreoni, J. Hutter, A. Curioni, et. al, Structure and Bonding in Cisplatin and Other Pt(ll) Complexes // Chem. Phys. Lett., 1995, V. 234, p. 50-56

176. Основные публикации по теме диссертации:

177. Доброгорская Я.И., Немухин А.В., "Моделирование реакции ацилирования субстрата в активном центре сериновых протеаз", Вестник Московского Университета, сер.2, Химия, 2003, т.44, N2, С. 103-107

178. Dobrogorskaya Ya.l., Mascetti J., Papai I., Nemukhin A.V., Hannachi Y., "Theoretical investigation of the reactivity of copper atoms with carbon disulfide", J. Phys. Chem. A, 2003, V. 107 , P. 2711 -2715

179. Доброгорская Я.И., "Моделирование реакции ацилирования субстрата в активном центре сериновых протеаз", Международная конференция студентов и аспирантов по фундаментальным наукам "Ломоносов-2003" (Москва, апрель2003 г.), Сборник тезисов докладов, С. 262

180. Dobrogorskaya Ya., Nemukhin A., "Mechanism of the tetrachloroamine platinum (IV) reduction by methyl thiolate anion in aqueous solution", XI International Congress of Quantum Chemistry (Bonn, Germany, июль 2003 г.), Book of Abstract, C83