Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.09, кандидат биологических наук Лашин, Сергей Александрович

• Лашин, Сергей Александрович
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лашин, Сергей Александрович

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1 Понятия популяции и сообщества и их роль в эволюции.

1.2 Обзор эволюционных теорий.

1.2.1. Организмоцентрическая и эпигенетическая концепции эволюции.

1.2.2. Теория прерывистой эволюции.

1.2.3. Экосистемная теория эволюции.

1.2.4. Симбиогенная теория эволюции.

1.2.5. Коэволюционные теории.

1.2.6. Недарвиновские теории эволюции.

1.3 Обзор методов моделирования популяционно-эволюционных процессов.

Глава 2. Методика моделирования «Эволюционный конструктор».

2.1. Описание методики «Эволюционный конструктор».

2.1.1. Описание окружающей среды.

2.1.2. Описание популяций.

2.1.3. Описание поглощения и секреции субстратов.

2.1.4. Моделирование метаболизма.

2.1.5. Итерационный процесс.

2.2. Программная реализация Эволюционного конструктора.

2.2.1. Высокоэффективные схемы распараллеливания.

2.3. Проверка биологической адекватности методики. Исследование классических задач

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов»

Исследование биологической эволюции является одной из актуальных задач современной науки. Большие объёмы экспериментальных данных о генах и белках, появившиеся в последние годы, привели к развитию новых методов исследования эволюции, прежде всего, эволюционной биоинформатики и, в частности, методов филогенетического анализа. Эти методы позволяют реконструировать эволюционную историю и, путём сопоставления полученных филогенетических данных с палеонтологическими, экологическими и морфологическими, исследовать направление, закономерности и скорость эволюции. Однако методы компьютерного филогенетического анализа ограничены в своей применимости, поскольку имеют дело не столько с эволюцией организмов, сколько с эволюцией последовательностей макромолекул. При таком подходе затруднительно учесть влияние таких факторов эволюции, как модификационная изменчивость, стресс, экологические факторы. Экспериментальное исследование эволюции также крайне затруднено для большинства таксонов, поскольку процессы макро- и микроэволюции протекают на интервалах от тысяч до миллионов лет. Поэтому математическое и компьютерное моделирование становится важным инструментом исследования эволюции, и разработка реалистичных многопараметрических моделей эволюции и видообразования, учитывающих влияние условий окружающей среды, трофических взаимодействий, географических факторов, генетической структуры организмов и пр. являются одной из основных задач для биологии, математики и информатики ХХГ века.

Сообщества прокариот являются незаменимой частью биосферы Земли. Кооперируясь в сообщества, различные виды прокариот обеспечивают протекание всех основных биогеохимических циклов. Вплоть до неопротерозойской революции (3.8 — 1 млрд. лет назад) биосфера оставалась целиком прокариотической [Заварзин, 2001]. В настоящее время, прокариоты продолжают доминировать среди редуцентов и обеспечивают глобальные биогеохимические циклы серы, азота и значительную долю цикла фосфора. Их совокупная биомасса оценивается в 50-90% от массы всей планетарной биоты [Заварзин, 2003а]. Прокариоты освоили практически все биотопы Земли. Функционирование, а значит и эволюция прокариот происходит в основном сообществах — бактериальных матах или биоплёнках, общий пул метаболитов которых зачастую организует замкнутый цикл [Заварзин, 2001, 2003а,б]. Наличие таких циклов способствует оптимизации метаболизма членов сообщества, с учётом ограничений, специфических для прокариот: специализированного типа питания — пинотрофии, отсутствия компартментов и активного внутриклеточного транспорта, а также оперонной структуры генома.

Другое эволюционное преимущество таких прокариотических сообществ — преодоление катастрофы мутационных ошибок путём образования метагенома - совокупного генома всех организмов сообщества. Любая популяция имеет верхнюю границу темпов мутирования, превышение которой ведёт к гибели. Гаплоидные организмы достигают её, когда за один цикл репликации возникает как минимум одна леталь на геном. При постоянной частоте мутаций вероятность получить леталь тем выше, чем больше длина генома. Согласно общепринятой гипотезе, прокариоты подошли к этой катастрофе [Computer Analysis., 1994], что ограничило дальнейший рост их геномов и их информационную ёмкость. Последние годы ознаменовались появлением большого количества экспериментальных данных, посвящённых метагено-мам сообществ, населяющих океаны, моря, озёра и почвы [Buckley, Schmidt 2003; Handelsman, 2005]. Эти данные позволяют сделать вывод, что выходом из этого эволюционного тупика прокариот стало появление метагеномов, которые могли хранить гигантской объём информации, не меняя организацию и размеры отдельных геномов.

Тесная ассоциация бактерий в биоплёнке повышает вероятность горизонтального переноса генетического материала между отдельными бактериями, что позволяет им приобретать новые функции [Ochman et al., 2000, Шестаков, 2003а]. Например, у термофильных бактерий Thermotoga maritima и Aquifex aeolicus -15 - 20% генома — типично архейные гены. [Nelson et al., 1999, Nesbo et al., 2001]. Важность горизонтального переноса подтверждают недавно открытые в геномах прокариот естественные векторы для клонирования чужеродных генов - интегроны и суперинтегроны [Ильина, 2006].

Таким образом, большинство прокариот существует в составе сообществ. Подтверждением этому является наличием большого числа видов прокариот, неспособных к росту в чистой культуре (некультивируемые прокариоты) [Amman et al., 1995]. Эволюция таких высокоинтегрированных сообществ имеет свои качественные особенности и несводима к эволюции составляющих их отдельных популяций. Поэтому, несмотря на то, что скорость размножения прокариот крайне высока, экспериментальное исследование эволюции прокариот также затруднено, поскольку требует исследования всего прокариотического сообщества.

Традиционные подходы к моделированию эволюционно-популяционных процессов включают в себя методы динамики популяций [Базыкин, 2003; Одум, 1975; Рубин, 1999] и методы популяционной генетики [Ратнер, 1977; Ли, 1978; Свирежев, Пасеков, 1982]. Методы моделирования динамики популяций описывают изменение численности популяций во времени с учётом условий окружающей среды, трофических взаимодействий между популяциями и других факторов. Большая часть этих методов основана на теории динамических систем [Базыкин, 2003; Ризниченко, 2003] и с их помощью, как правило, нельзя исследовать изменение генетической структуры популяции. Что касается методов популяционной генетики, основанных в основном на методах теории вероятностей и математической статистики, то они, напротив, позволяют исследовать эволюцию генетической структуры популяции, но не позволяют детально моделировать процессы популяционной динамики и экологических отношений. Дальнейшее развитие методов эволю-ционно-популяционного моделирования привело к появлению «гибридных» методик моделирования [Семовский и др., 2002; Dieckmann et al., 2004; Мос-калейчик, 2005], позволяющих одновременно исследовать изменение, как численности, так и генетической структуры популяции. Однако стоит отметить, что подавляющее большинство этих методов (как и остальных методов генетики популяций), ориентировано на моделирование популяций диплоидных организмов (как правило, с половым размножением).

Структура моделей, построенных с использованием описанных выше подходов, в определённом смысле является статичной — число уравнений, переменных и параметров модели в процессе расчёта не меняется. Это накладывает естественное ограничение на возможные постановки задач — например, появление нового вида в экосистеме можно описать только заранее предусмотрев динамическую переменную, описывающую этот вид, а также соответствующее уравнение.

Методы имитационного (индивидуально-ориентированного, портретного) моделирования [Меншуткин, 1971; Metz, Diekkman, 1986] отчасти решают проблему статичности структуры модели, поскольку построенные с помощью этих методов модели могут содержать переменное количество объектов (например, особей). Поскольку для каждой особи при таком подходе необходим «собственный» объект, то имитационные модели эволюции и динамики популяций весьма требовательны к размеру оперативной памяти, а также имеют большую вычислительную сложность. И если для моделирования популяций диплоидных организмов с половым размножением мощностей современных компьютеров достаточно (ввиду того, что, как правило, эффективная численность таких популяций не превышает порядка 100-1000 особей), то для моделирования популяций гаплоидных организмов (в частности бактерий) прямое имитационное моделирование зачастую проблематично (эффективная численность бактериальных популяций составляет 106-109 особей и выше)1.

Таким образом, для адекватного моделирования эволюции бактериальных сообществ (или более общо — сообществ одноклеточных гаплоидных ор

1 Под эффективной численностью у прокариот мы понимаем численность клеток в стадии цитокинеза, когда происходит подготовка к делению н деление клетки. ганизмов) необходима методика моделирования, позволяющая строить и исследовать существенно динамические модели (модели с изменяющимся количеством как переменных, так и уравнений) сообществ высокой численностью (109 особей и более). В диссертации представлена методика моделирования «Эволюционный конструктор», позволяющая проводить теоретические исследования эволюции бактериальных сообществ с учётом высокой мута-бильности клеток, возможности горизонтального переноса генетического материала и появления новых видов, а также с учётом экологических взаимоотношений между клетками и средой обитания. Одновременный учёт генетико-популяционных и экологических факторов является попыткой замены редукционистского подхода синтетическим и находится в русле современной системной биологии. В работе приводятся результаты моделирования и биологические выводы о функционировании и эволюции прокариотических сообществ.

Цели и задачи диссертационной работы. Целью настоящей работы является исследование эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов методами математического и компьютерного моделирования. В этой связи в работе решаются следующие задачи:

1) Разработка методики моделирования эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов с учётом генетической структуры популяций-членов сообщества, трофических отношений популяций с окружающей средой, а также между собой. Методика должна позволять моделировать горизонтальный перенос генетического материала между организмами разных видов и сопутствующее видообразование. Проверка адекватности методики на классических задачах математической биологии.

2) Компьютерное моделирование функционирования сильно замкнутых сообществ одноклеточных гаплоидных организмов с различными механизмами трофического взаимодействия между членами сообщества (симбиоти-ческими и антагонистическими).

3) Теоретическое исследование эволюционной роли горизонтального переноса генетического материала между клетками разных видов.

4) Компьютерное моделирование популяций одноклеточных гаплоидных организмов с богатым метаболизмом. Исследование эволюции внутриклеточного метаболизма.

5) Теоретическое исследование сообществ, реализующих различные механизмы трофических отношений, анализ их конкурентных преимуществ в различных экологических условиях.

Научная новизна и практическая значимость работы. Впервые разработана методика компьютерного моделирования эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов, учитывающая, с одной стороны, генетическую структуру популяций-членов сообществ, а с другой стороны, попу-ляционно-динамические и экологические отношения популяций со средой обитания и между собой для популяций огромного размера. Разработан программный комплекс «Эволюционный конструктор», реализующий данную методику. Арифметика генетических спектров, разработанная для описания генетического разнообразия популяций, позволяет вычислительно эффективно описывать полиаллельность одного или нескольких генов в популяции, причём число аллелей в процессе расчёта может изменяться (отдельные аллели могут появляться и исчезать). Также отличительной особенностью разработанной методики является возможность моделирования таких эволюци-онно-популяционных процессов, которые требуют интенсивной перестройки структуры модели в процессе её расчёта. К таким процессам относятся, например, горизонтальный перенос генетического материала и видообразование. Эти процессы могут изменять количество переменных и уравнений в модели непосредственно в процессе расчёта, и возможность такого расширения модели также является оригинальной особенностью методики моделирования.

Впервые с помощью компьютерного моделирования исследованы эволюционные последствия горизонтального переноса генетического материала между бактериями для доноров и акцепторов, построены математические модели эволюционного усложнения метаболизма бактериальных клеток, согласующиеся с данными о происхождении эукариот.

Для трофически замкнутых (циклически) симбиотических бактериальных сообществ в жёстких условиях окружающей среды впервые показана возможность несовпадения краткосрочного и долгосрочного эволюционного преимущества: сообщества, обладавшие более высокой средней приспособленностью, имели большую скорость потери биоразнообразия, чем сообщества менее приспособленные.

Положения, выносимые на защиту.

Методика и программный комплекс «Эволюционный конструктор» являются высокоэффективным инструментом для моделирования и компьютерного анализа функционирования и эволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов.

Формулируются биологически значимые теоретические результаты, основанные на анализе моделей, разработанных с помощью программы «Эволюционный конструктор»:

• эволюции симбиотических прокариотических трофических сетевых сообществ;

• эволюции взаимно-ингибирующих прокариотических сетевых сообществ;

• усложнения метаболизма прокариот вследствие симбиогенеза;

• функционирования сообществ, реализующих различные трофические отношения.

Апробация работы. Основные результаты работы были представлены на следующих научных конференциях:

Первое международное рабочее совещание «Biosphere origin and evolution», 26-29 июня 2005 года, Новосибирск;

Международная Школа-Семинар BGRS «Эволюция, системная биология и суперкомпьютерные вычисления в биоинформатике», 11-16 сентября 2005 года, Новосибирск;

Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006), July 16-22, 2006, Novosibirsk;

Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB 07), July 27-31, 2007, Moscow, Russia;

Вторая международная конференция «Biosphere origin and evolution», October 28 - November 2, 2007, Loutraki, Greece;

Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2008), 22-28 июня 2008 года, Новосибирск;

The BGRS'2008 International Summer School for Young Scientists «Evolution, Systems Biology and High Performance Computing Bioinformatics», June 29-July 2, 2008, Novosibirsk;

IX Всероссийская Конференция Молодых Учёных по Математическому Моделированию и Информационным Технологиям (YM2008), 28-30 октября 2008 года, Кемерово;

V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, 21-27 июня 2009, Москва;

Fourth International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'09), July 20-23, 2009, Moscow, Russia.

Заключение диссертации по теме «Математическая биология, биоинформатика», Лашин, Сергей Александрович

Выводы

1. Впервые созданы методика моделирования и программный комплекс «Эволюционный конструктор», позволяющие моделировать эволюционно-популяционные процессы в прокариотических сообществах с учётом генетической структуры популяций, трофических и экоценотических взаимоотношений, горизонтального переноса генетического материала между клетками и видообразования, т.е. исследовать системы с непредсказуемо изменяющейся структурой. С помощью ЭК построены и исследованы модели функционирования и эволюции различных прокариотических сообществ.

2. Показано, что в прокариотических симбиотических трофических сетях изменения генетической структуры в одной из популяций, негативно влияющие на численность популяции, могут позитивно влиять на численность сообщества в целом, и наоборот.

3. Показано, что прокариотические сообщества с взаимным субстратным ингибированием между популяциями динамически неустойчивы по отношению к мутациям: схожие мутации приводят к разным режимам функционирования (стационары, затухающие и незатухающие колебания, хаосоподоб-ная динамика).

4. Впервые показано эволюционное преимущество горизонтального переноса генетического материала между клетками разных видов не только для популяции-акцептора горизонтального переноса, но и для популяции-донора.

5. Впервые показано возникновение автономных видов бактерий с богатым внутриклеточным метаболизмом посредством серии горизонтальных переносов генов из более простых бактерий-симбионтов, что, согласно биологическим данным, соответствует представлениям о появлении эукариот.

6. Впервые показано, что в изменяющихся и неблагоприятных условиях среды прокариотические сообщества с компенсаторной трофикой более стабильны с точки зрения сохранения и увеличения биомассы, тогда как сообщества с некомпенсаторной трофикой — с точки зрения сохранения биоразнообразия.

Заключение

В настоящей работе предложены оригинальная методика моделирования коэволюции сообществ одноклеточных гаплоидных организмов и программа «Эволюционный конструктор» (ЭК), реализующая данную методику. ЭК позволяет моделировать процессы, протекающие в популяциях и в окружающей среде. Описание среды включает в себя описание объёма, скоростей протоков и концентраций метаболитов в среде. Описание популяций включат в себя описание генетического разнообразия и связанных с ним событий (мутации, горизонтальный перенос генов, отбор) посредством арифметики генетических спектров, а также описание их трофической активности и метаболизма. Ключевой особенностью ЭК является возможность моделирования существенно динамических систем — систем с меняющимся числом уравнений, переменных и параметров. Для подтверждения адекватности предложенной методики построена серия моделей, повторяющих классические выводы динамики популяций и популяционной генетики.

Построены и исследованы модели кольцевых сообществ с различными вариантами трофических взаимоотношений — симбиотическими и антагонистическими. Показано, что в симбиотических сообществах увеличение средней приспособленности одной популяции-члена сообщества может отрицательно сказываться на средней приспособленности сообщества в целом. И наоборот, увеличение средней приспособленности сообщества может быть связано с уменьшением средней приспособленностей особей отдельных популяций. Для антагонистических сообществ показана их неустойчивость к внешним воздействиям (мутациям) — получены разнообразные режимы функционирования таких систем, включая затухающие и незатухающие колебания, а также хаосоподобное поведение.

Для симбиотических сообществ построены и исследованы модели горизонтального переноса генетического материала между бактериями, с образованием новых видов. Показаны эволюционные преимущества горизонтального переноса в нестабильных условиях окружающей среды, как для популяций клеток-акцепторов, так и для популяций клеток-доноров. Построены и исследованы математические модели эволюционного усложнения метаболизма бактериальных клеток — появления автономных видов после серии горизонтальных переносов, что согласуется с данными о происхождении эукариот.

Построены и исследованы модели конкуренции сообществ, реализующих две разные трофические стратегии — компенсаторным и некомпенсаторным питанием. Показано, что в изменчивых условиях окружающей среды компенсаторные системы обладают существенно лучшей адаптируемостью по сравнению некомпенсаторными системами. В то же время некомпенсаторные системы существенно дольше сохраняют своё биоразнообразие, что свидетельствует о существовании нескольких вариантов реализации эволюционного преимущества в трофических сообществах подобной структуры.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лашин, Сергей Александрович, 2010 год

1. Авилов К.К., Романюха А.А. Математическое моделирование процессов распространения туберкулёза и выявления больных // Автоматика и телемеханика, 2007, № 9, с. 145-160.

2. Алексеев В.В., Крышев М.М., Сазыкина Т.Г. Физическое и математическое моделирование экосистем. // Спб.: Гидрометеоиздат, 1992, 368 стр.

3. Анистратенко В.В. Гомеоморфия: суть явления и его значение для систематики и филогенетики (на примере брюхоногих моллюсков) // Вестник зоологии. 1998. Т. 32, № 1-2. С. 98-107.

4. Апонина Е.А., Апонин Ю.М., БазыкинА.Д. Анализ сложного динамического поведения в модели хищник—две жертвы // Проблемы экологического мониторинга и моделирования экосистем. JL: Гидрометеоиздат, 1982, т. 5, с. 163-180.

5. Атсафьев А.К., Говорунов, А.В. Методология исследования макроэволюции и проблема критериев прогресса. // Микро- и макроэволюция. Тарту: Изд-во ТГУ. 1980, с. 145-149.

6. Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Консервативные особенности ДНК-связывающих доменов класса «гомеодомен», обусловленные коадап-тивными заменами аминокислотных остатков // ДАН. 2001, т. 380, №5, с. 691-695.

7. Базыкин А.Д. Нелинейная динамика взаимодействующих популяций. // М.-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2003, 368 стр.

8. Бауэр Э. С. Теоретическая биология. М. — JL: Изд. ВИЭМ, 1935. — С.206 .

9. Ю.Беклемишев Н.В. Основные понятия биоценологии в приложении к животным компонентам наземных сообществ // Биоценологические основы современной паразитологии. М.: Наука, 1970, С. 53-89.

10. Белых JI.H. Анализ некоторых математических моделей в иммунологии. // М.: АН СССР, Отдел вычислительной математики, 1984, 148 стр.

11. Беляев Д.К. О некоторых проблемах коррелятивной изменчивости и их значении для теории и селекции животных // Изв. СО АН СССР. Сер. биол.-мед. наук. 1962. № 10. С. 111-124.

12. З.Беляев Д.К. Дестабилизирующий отбор как фактор изменчивости при доместикации животных // Природа, 1979, №2, с.36-45.

13. Н.Беляев Д.К., Трут J1.H. Генетические взаимоотношения специфических изменений стандартной окраски серебристо-черных лисиц («подпалов» и «звездочки»), возникших в процессе доместикации // Генетика. 1986. Т. XXII. № 1.С. 119-128.

14. Берг JI. С. Труды по теории эволюции, 1922—1930. JL: Наука, 1977, 387 стр.

15. Берг P.JI. Корреляционные плеяды и стабилизирующий отбор // Генетика и эволюция: Избр. Тр. Новосибирск: Наука, 1993а, с. 137-178.

16. Берг P.JI. Экологическая интерпретация корреляционных плеяд // Генетика и эволюция: Избр. Тр. Новосибирск: Наука, 19936, с. 123-137.

17. Бердников В.А. Основные факторы макроэволюции. // Новосибирск: Наука, 1990, 253 стр.

18. Биоразнообразие: сущность и опыт создания онтологии. // Биоразнообразие и динамика экосистем. Ред. Шумный В.К., Шокин Ю.И., Колчанов Н.А., Федотов A.M. Новосибирск: Издательство Сибирского отделения Российской Академии Наук, 2006, с. 21-94.

19. Бигон М., Харпер Дж., Таунсенд К. Экология. Особи, популяции и сообщества (Том 1) // М: Мир. 1989, 667 стр.

20. Бонгард М.М., Лосев И.С., Смирнов М.С. Проект модели организации поведения — «Животное» // Моделирование обучения и поведения. Ред. Смирнов М.С., 1975, с. 152-171.

21. Борисов А.Н., Иванов В.В. Имитационное моделирование динамики темнохвойных древостоев при выборочных рубках // Хвойные боре-альной зоны, XXV, 2008, №1-2 (май), с. 135-141.

22. Бородин П.М. Стресс и генетическая изменчивость // Генетика. 1987. Т. 23. С. 1003-1010.

23. Бородин П.М., Беляев Д.К. Влияние стресса на частоту кроссинговера во 2-й хромосоме домовой мыши // Докл. АН СССР. 1980. Т. 253. С. 727-729.

24. Булгакова Т.И., Кулагина О.С., Ляпунов А.А. К вопросу о моделировании эволюционного процесса с учетом отбора // Проблемы кибернетики, I: 1968, вып. 20, с.257-263; II: 1970, вып. 23, с.247-260; Проблемы эволюции, III: 1973, вып. 3, с. 143-151.

25. Буч Г., Максимчук Р.А., Энгл М. Объектно-ориентированный анализ и проектирование с примерами приложения. // М.: Вильяме, 2008, 720 стр.

26. Вавилов Н.И. Линнеевский вид как система // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1931. Т. 26, Вып. 3, С. 109-134.

27. Вавилов Н.И. Мировые центры сортовых богатств (генов) культурных растений // Н.И. Вавилов Избранные труды в 5 томах. Т.5. М.: Наука. 1965. С. 108-119.

28. Вавилов Н.И. Научные основы селекции пшеницы // Избр. произведения: В 2 т. Л.: Наука, 1967, Т. 2. С. 7-259.

29. Васильев В.П., Васильева Е.Д., Осипов А.Г. Первое свидетельство в пользу основной гипотезы сетчатого видообразования у позвоночных // Докл. АН СССР. 1983, 271. 4. с.1009-1012.

30. Вернадский В.И. Биосфера. Избр. Соч. // М: Изд-во АН СССР, 1960. т.5, с. 7-102.

31. Виноградский С.Н. О роли микробов в общем круговороте жизни // Вестник РАН, 1996, т.66, №12, с. 1116-1120.

32. Вольтерра В. Математическая теория борьбы за существование. // М.: Наука, 1976, 286 стр.

33. Воронцов Н. Н. Эволюция дарвинизма (Развитие эволюционных идей в биологии). М.: УНЦ ДО, 1999. 630 с.

34. Гаазе-Рапопорт М.Г., Поспелов Д.А. От амебы до робота: модели поведения // М.: Наука, 1987, 288 стр.

35. Гаузе Г.Ф. Математический подход к проблемам борьбы за существование // Зоол. Журн., 1933, т. 12, №3, с. 170-177.

36. Гаузе Г.Ф. Экспериментальное исследование борьбы за существование между P.caudatum и P.aurelia // Зоол. Журн., 1934, т. 13, №1, 18.

37. Гаузе Г. Ф. Экология и некоторые проблемы происхождения видов // Экология и эволюционная теория, Л.:, Наука, 1984, с. 5-108.

38. Гаузе Г.Ф. Борьба за существование. // М.; Ижевск: Ин-т компьютерных исслед., 2002. 160 с.

39. Гимельфарб А.А., Гинзбург JI.P., Полуэктов Р.А., Пых Ю.А., Ратнер В.А. Динамическая теория биологических популяций. // М.: Наука, 1974.

40. Грант В. Эволюционный процесс: Критический обзор эволюционной теории. // Пер. с англ. М.: Мир, 1991, 488 стр.

41. Гродницкий Д.Л. Две теории биологической эволюции / 2-е изд., // Саратов: Изд-во «Научная книга», 2001, 160 стр.

42. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. и др. Генетические механизмы морфологической эволюции. Ч. 1 // Сиб. экол. журнал. 2004а. Т. 11. №5. С. 599-610.

43. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. и др. Генетические механизмы морфологической эволюции. Ч. 2 // Сиб. экол. журнал. 20046. Т. 11. №5. С. 611-621.

44. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция // Информационный вестник ВОГиС. 2007, 11(2), с. 373-400.

45. Гусев М.В., Минеева JI.A. Микробиология. 8-е изд. // М.: Академия, 2008. 464 стр.

46. Дажо А. Основы экологии // М.: Прогресс, 1976, 450 стр.

47. Дарвин Ч. Происхождение видов путем естественного отбора. // СПб.: Наука, 1991.539 стр.

48. Дегерменджи А.Г. Механизмы и критерии сосуществования взаимодействующих микробных популяций в проточных системах (гомогенных и пространственно распределённых) // Экологический прогноз. — М.: Изд-во Моск. ун-та, 1986. — 196 стр.

49. Догель В.А. Курс общей паразитологии. // JL: Учпедгиз, 1947, 372 стр.

50. Дубинин Н.П. Общая генетика. // М.: Наука, 1986, 560 стр.

51. Еганов Э.А. Фосфоритообразованне и строматолиты // Новосибирск: Наука, 1988. 89 стр.

52. Жаботинский A.M. Концентрационные автоколебания. // М.: Наука, 1974. 179 стр.

53. Жданова О.Л., Фрисман Е.Я. Динамические режимы в модели одноло-кусного плотностно-зависимого отбора // Генетика, 2005, т.41, №11, с.1575-1584.

54. Жерихин В.В. Эволюционная биоценология: проблема выбора моделей // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. М.: Недра, 1994а. с. 13-20.

55. Жерихин В.В. Генезис травяных биомов // Экосистемные перестройки и эволюция биосферы. М.: Недра, 19946. с. 132-137.

56. Жмур С.И., Бурзин М.В., Горленко В.М. Цианобактериальные маты и формирование углеродистых пород докембрия // Литология и полезн. ископ. 1995. - № 1. - С. 206-214.

57. Заварзин Г.А. Становление биосферы // Вестник Российской Академии Наук, 2001, с. 988-1001

58. Заварзин Г.А. Лекции по природоведческой биологии. // М.: Наука, 2003а, 348 стр.

59. Заварзин Г.А. Эволюция геосферно-биосферной системы // Природа. 20036, с. 27-35.

60. Ильина Т.С. Суперинтегроны бактерий — источники новых генов с адаптивными функциями // Генетика, 2006, т. 42, №11, с. 1536-1546.

61. Инге-Вечтомов С.Г. Генетика с основами селекции. // М.: Высшая школа, 1989. 591 стр.

62. Иорданский Н.Н. Макроэволюция: Системная теория. // М: Наука, 1994, 112 стр.

63. Иорданский Н.Н. Макроэволюция: макрогенез и типогенез // Журн. общей биологии. 2004, т. 65, №6, с. 451-463.

64. Каменщиков Л.П. О машинном моделировании эволюционного процесса // Проблемы кибернетики, вып. 25, М.: Наука, 1972, с. 63-76.

65. Камшилов М.М. Отбор в различных условиях проявления признака // Биол. Журн. 1935. Т. 4, № 6. С 1005-1013.

66. Камшилов М.М. Отбор, как фактор меняющий зависимость признака от изменений внешних условий // Докл. АН СССР. 1939. Т. 23, № 4. С. 361-364.

67. Камшилов М.М. Проявление признака и изменчивость. Эффект порога проявления // ДАН. 1940а. Т. 26, № 6. С. 605-608.

68. Камшилов М.М. Изменчивость и проявление. Проблема нормального фенотипа // ДАН. 19406. Т. 29, № 3. С. 239-243.

69. Камшилов М.М. Эволюция биосферы. 2 изд., М.: Наука, 1974. 256 стр.

70. Карпов А.С. Некоторые свойства искусственно полученных симбиоти-ческих ассоциаций амёб с хлорофитовыми водорослями Chlorella sp. II Цитология, 1993, т.35, №4, с. 127-133.

71. Кельтон В., Jloy А. Имитационное моделирование. Классика CS. 3-е изд. // СПб.: Питер, 2004, 847 стр.

72. Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности. // М.: Мир, 1985,400 стр.

73. Клек Д. Трудный путь на сушу // В мире науки. 2006. № 3. С. 52—59.

74. Колмогоров А.Н. Уклонение от формул Харди при частичной изоляции // Докл. АН СССР. 1935. Т. 3. № 7. с. 129-132.

75. Колмогоров А.Н. Качественное исследование математических моделей динамики популяций // Проблемы кибернетики, вып. 25, М.: Наука, 1972, с. 100-106.

76. Кордюм В.А. Эволюция и биосфера. // Киев: Наук.думка. 1982, 261 стр.

77. Корочкин Л.И. Онтогенез, эволюция и гены // Природа. 2002. № 7. С. 10-19.

78. Корнеев В.Д. Параллельное программирование в MPI. // Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2003, 304 стр.

79. Костерин О.Э., Колесникова Т.Д. О чём писал Дарвин // Вестник ВО-ГиС, 2009, т. 13, №2, с. 448-479.

80. Красилов В.А. Нерешенные проблемы теории эволюции. Владивосток: ДВНЦ АН СССР, 1986.-С.138.

81. Красилов В.А. Происхождение и ранняя эволюция цветковых растений. //М.: Наука, 1989. 264 стр.

82. Красилов В.А. Метаэкология // М.:ПИН РАН. 1997. С.208.

83. Кузнецов В.И., Козлов Н.И., Хомяков П.М. Математическое моделирование эволюции леса для целей управления лесным хозяйством. // М.: Ленанд, 2005, 232 стр.

84. Кулагина О.С., Ляпунов А.А. К вопросу о моделировании эволюционного процесса // Проблемы кибернетики, вып. 16, М.: Наука, 1966, с. 147-170.

85. Куприянова Л.А. Некоторые цитогенетические закономерности сетчатого видообразования однополых ящериц (REPTILIA, LACERTILIA) и других групп позвоночных животных // Цитология, 1997, т. 39, №12, с. 1089-1108.

86. Курочкин Е.Н. Параллельная эволюция тероподных динозавров и птиц //Зоол. журн. 2006. Т. 85, № 3. С. 283-297.

87. Лавров А.В., Потапова Е.Г. «Dinofelis» (Felidae) — особое звено в эволюции хищных млекопитающих // Современные проблемы биологической эволюции, 2007, М.: ИПЭЭ РАН с.29-30.

88. Ламарк Ж.Б. Избранные произведения (в 2 т.) // М.: Изд-во АН СССР, 1955-1959, 968 стр.

89. Левонтин Р. Генетические основы эволюции. // М.: Мир, 1978, 351 стр.

90. Левченко В.Ф. Модели в теории биологической эволюции. // СПб.: Наука 1993.-С.384.

91. Левченко В.Ф. Эволюция биосферы до и после появления человека. // СПб: Наука, 2004. 166 стр.

92. Левченко В.Ф., Старобогатов Я.И. Канализирующие факторы в эволюции биосферы // Эволюция экосистем : Тез. междунар. симп. М. : Па-леонтол. ин-тРАН, 1995а. С.71.

93. Левченко В.Ф., Старобогатов Я.И. Факторы формирования разнообразия надвидовых таксонов // Факторы таксономического и биохронологического разнообразия : Тез. докл. совещ. СПб : Изд-во Зоол. ин-та РАН, 19956. С.43.

94. Ли Ч. Введение в популяционную генетику // Москва: Мир. 1978. 555 стр.

95. Лима-де-Фариа А. Эволюция без отбора: Автоэволюция формы и функции. // М.: Мир, 1991, 455 стр.

96. Логофет Д.О., Белова И.Н., 2007. Неотрицательные матрицы как инструмент моделирования динамики популяций: классические модели и современные обобщения // Фундаментальная и прикладная математика. Т. 13. №4. С. 145-164.

97. Любищев А.А. О постулатах современного селектогенеза // Проблемы эволюции. Новосибирск: Наука, 1973. Т. 3. С. 31-56.

98. Ляпунов А.А. О кибернетических вопросах биологии // Проблемы кибернетики, вып. 25, М.: Наука, 1972, с. 5-40.

99. Мазер К., Джинкс Дж. 1985. Биометрическая генетика. // М.: Мир. 463 стр.

100. Малинецкий Г.Г., Медведев И.Г., Маевский В.И. и др. Кризисы современной России и научный мониторинг // Вестн. РАН, 2003, т.73, №7, С. 579-593.

101. Майр Э. Популяции, виды и эволюция. // М.: Мир, 1974, 460 стр.

102. Маркель A.JI. Современные концепции эволюционной генетики // Стресс и эволюция: концепция Д.К. Беляева и её развитие / Под ред. В.К. Шумного, А.Л. Маркеля. Новосибирск: ИЦиГ СО РАН, 2000. С. 103-114.

103. Маркель А.Л. Стресс и эволюция // Вестник ВОГиС, 2008, т. 12, № 1/2, с.206-215.

104. Марков А. В. Проблема происхождения эукариот // Палеонтологический журнал. — 2005, №2, с.3-12.

105. Марков А.В., Куликов A.M. Происхождение эвкариот: выводы из анализа белковых гомологий в трех надцарствах живой природы // Палеонтологический журнал — 2005. Т. 306.

106. Марков А.В., Захаров И.А. Крупные и мелкие перестройки в эволюции прокариотических геномов // Генетика, 2006, т.42, №11, с. 15471557.

107. Марчук Г.И. Математические модели в иммунологии. Вычислительные методы и эксперименты. // М.: Наука, 1991. 300 стр.

108. Матушкин Ю.Г., Родин С.Н., Ратнер В.А. О возможности коэволюции в проточной системе вирулентный фаг-бактерия // Журн. общ. биологии, 1986, т. 47, с. 64-71.

109. Мельниченко О.А., Романюха А.А. Модель эпидемиологии туберкулёза. Анализ данных и оценка параметров // Математическое Моделирование, 2008, т.20, №8, с.107-128.

110. Меншуткин В.В. Моделирование популяций и сообществ водных животных. //Л.: Наука, 1971, 196 стр.

111. Меншуткин В.В., Показеев К.В., Филатов Н.Н. Гидрофизика и экология озер. Том 2. Экология. // М.: Изд-во Моск. Гос. Университета, 2004, 277 стр.

112. Мережковский К.С. Теория двух плазм как основа симбиогенези-са, нового учения о происхождении организмов. // Казань, 1909, 102 стр.

113. Момыналиев К.Т. Геномно-протеомная характеристика вариабельности Helicobacter pylori II Дисс. докт. биол. наук, М., 2009.

114. Мосалов О.П., Редько В.Г., Прохоров Д.В. Моделирование эволюции автономных адаптивных агентов // Матем. моделирование, 2008, т.20, №2, с.21-31.

115. Москалейчик Ф.Ф. Взаимосвязь воспроизводительной способности подразделённой популяции и её генетической структуры // Генетика. 2005, Т. 41, № 10. С. 1419-1427.

116. Недорезов JI.B. Введение в экологическое моделирование: Учеб. пособие. Т.1. // Новосибирск: Изд-во НГУ, 1998, 216 стр.

117. Одум Ю. Основы экологии // М. Мир. 1975, 740 стр.

118. Оно С. Генетические механизмы прогрессивной эволюции. // М.: Мир, 1973.

119. Павловский Е.Н., Организм как среда обитания // Природа, 1934, №1,с. 80-91.

120. Павловский Е.Н., О природной очаговости инфекционных и паразитарных болезней //Вестн. АН СССР, 1939, т.Ю, С. 98-108.

121. Перцев Н.В. Анализ устойчивости стационарного решения модифицированной модели противовирусного иммунного ответа // Вестник Омского университета, 1998, Вып.З, с.19-21.

122. Перцев Н.В. Исследование решений интегральной модели Лот-ки-Вольтерра// Сиб. журн. индустр. матем., 1999, т.2, №2, с.153-167.

123. Печуркин Н.С. Популяционная микробиология. // Новосибирск: Наука, 1978, 192 стр.

124. Пичугин Б.Ю. Стохастическая модель изолированной популяции с сезонным размножением и самолимитированием // Сиб. журн. индустр. математики. 2003. Т.6. №4(16). с.75-81.

125. Полевой В.В. Физиология растений: Учеб. для биол. спец. вузов. // М.: Высш. шк., 1989. 464 стр.

126. Полетаев И.А. Модели Вольтерра «хищник-жертва» и некоторые их обобщения с использованием принципа Либиха // Ж. общ. биол. 1973, Т. 34. №1.с.43-57.

127. Полетаев И.А. О некоторых математических моделях популяций с учётом влияния окружающей среды // Журн. общ. биол. 1979, т.40, №6, с.915-925.

128. Полянский Ю.И. О закономерностях микро- и макроэволюции у одноклеточных эукариот // Проблемы генетики и теории эволюции / Ред. Шумный В.К., Колчанов Н.А., Рувинский А.О. Новосибирск: Наука, 1991. С. 229-241.

129. Пономаренко А.Г. Основные события в эволюции биосферы. Биотическая обусловленность экологических кризисов // Проблемы до-антропогенной эволюции биосферы. // М: Наука. 1993. с. 15-25.

130. Прозоров А.А. Альтруизм в мире бактерий? // Усп. совр. биол. 2002. Т.122., №5. С.403-413.

131. Пых Ю.А. Исследование устойчивости в динамических моделях популяционной генетики // Проблемы эволюции. Ред. Воронцов Н.Н. Новосибирск: Наука, Сиб. Отд., 1973, т.З, с.214-221.

132. Пых Ю.А. Равновесие и устойчивость в моделях популяционной динамики М.: Наука, 1983.

133. Разумовский С. М. Закономерности динамики биоценозов. // М.: Наука, 1981,231 стр.

134. Разумовский С. М. Избранные труды: Сборник научных статей. // М.: КМК Scientific Press, 1999. 560 стр.

135. Райков И.Б. Ядро простейших. Морфология и эволюция // Л.: Наука, 1978, 328 стр.

136. Расницын А.П. Темпы эволюции и эволюционная теория (гипотеза адаптивного компромисса) // Эволюция и биоценотические кризисы. М.: Наука, 1987. с. 46-64.

137. Ратнер В.А. Математическая теория эволюции менделевских популяций // Проблемы эволюции. Ред. Воронцов Н.Н. Новосибирск: Наука, Сиб. Отд., 1973, т.З, с.151-213.

138. Ратнер В.А. Математическая популяционная генетика (элементарный курс). // Новосибирск: Наука, 1977, 126 стр.

139. Ратнер В.А. Внешние и внутренние факторы и ограничения молекулярной эволюции. // Современные проблемы теории Эволюции. Ред. Татаринов Л.П. М.: Наука, 1993, С.60-80.

140. Ратнер В.А. Генетика. Молекулярная кибернетика: Личности и проблемы. // Новосибирск: Наука, 2002, 272 стр.

141. Ратнер, Васильева. 1993. Мобильные генетические элементы (МГЭ) и эволюция геномов // Современные проблемы теории эволюции (ред. Л.П.Татаринов). М.: Наука, 1993, с. 43-59.

142. Ратнер В.А., Жарких А.А., Колчанов Н.А. Родин С.Н, Соловьёв В.В., Шамин В.В. Проблемы теории молекулярной эволюции. // Новосибирск: Наука, 1985. 260 стр.

143. Ратнер В.А., Шамин В.В. Сайзеры: моделирование фундаментальных особенностей молекулярно биологической организации // Математические модели эволюционной генетики. Новосибирск: ИЦиГ, 1980, с. 66-126.

144. Ратнер В.А., Шамин В.В. Сайзеры: моделирование фундаментальных особенностей молекулярно биологической организации. Соответствие общих свойств и конструктивных особенностей коллективов макромолекул // Журн. общ. биологии. 1983, т.44, №1, с. 51-61.

145. Раутиан А.С. Могут ли обмениваться свойствами далекие виды? // В книге «Современная биотехнология. Мифы и реальность». Москва. 2004. С.87-97.

146. Редько В.Г. Эволюция, нейронные сети, интеллект: Модели и концепции эволюционной кибернетики. (Серия «Синергетика: от прошлого к будущему») // М.: КомКнига, 2007, 224 стр.

147. Ризниченко Г.Ю. Математические модели в биофизике и экологии // Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований. 2003. 184 стр.

148. Ризниченко Г.Ю. Рубин А.Б. Математические модели биологических продукционных процессов: Учебное пособие. // М.: Изд-во МГУ, 1993. 302 стр.

149. Родин С.Н. Идея коэволюции. // Новосибирск: Наука, 1991, 271 стр.

150. Родин С.Н., Матушкин Ю.Г. Вирусная инфекция как фактор прогрессивной дивергенции иммунной системы в ходе эволюции // Журн. общ. биологии, 1987, т.48, с. 845-852.

151. Родин С.Н., Пахомчук Д.В., Риггс А.Д. Эпигенетические изменения и репозиционирование определяют эволюционную судьбу дупли-цированных генов // Биохимия. 2005. Т. 70. № 5. С. 680-689.

152. Родин С.Н., Ратнер В.А. Теоретический анализ коэволюции белков в системе фаг-бактерия. Детерминированная модель отдельного этапа микроэволюции // Журн. общ. биологии, 1982, т.43, с. 175-185.

153. Розанов А.Ю. Закономерности морфологической эволюции археоциат и вопросы ярусного расчленения нижнего кембрия. М.: Наука, 1973. 164 стр.

154. Романюха А. А., Каркач А.С. Индивидуально-ориентированная модель динамики инфекционного процесса в неоднородной популяции // Матем. Моделирование, 2003, т.15, №5, с.95-105.

155. Романюха А. А., Яшин А. И., Математическая модель возрастных изменений в популяции периферических Т-лимфоцитов // Успехи геронтологии, 2001, № 8, с. 58-69.

156. Свирежев Ю.М., Пасеков В.П. Основы математической генетики. //М.: Наука, 1982, 512 стр.

157. Семёнов Г.А. Географическая изменчивость и систематическое положение некоторых форм белой трясогузки Motacilla alba (sensu lato) // Орнитология. Вып. 35 (в печати).

158. Семовский С. В. Стохастическая модель стаи рыб — от индивидуального поведения к групповому // Матем. моделирование, 1989, т.1, №6, с.49-55.

159. Семовский С.В. Водные экосистемы: от космических наблюдений к математическому моделированию. // Иркутск: изд-во ИГ СО РАН, 1999, 582 стр.

160. Семовский С.В., Букин Ю.С., Щербаков Д.Ю. Модели симпатри-ческого видообразования в изменяющихся условиях среды // Сиб. экол. журн., 2004, т.5, с.621-629.

161. Смирнова О.В., Загульнова Л.Б., Попадюк Р.В. Популяционная концепция в биоценологии // Журн. общей биологии. 1993, т. 54, №3, с. 438-447.

162. Старобогатов Я.И. Проблема видообразования // Итоги науки и техники. Общая геология. Вып. 20. М.: ВИНИТИ, 1985. с. 1-94.

163. Старобогатов Я.И. О соотношениях между микро- и макроэволюцией // Дарвинизм: история и современность. Л.: Наука, 1988, с. 13 8145.

164. Старобогатов Я.И., Левченко В.Ф. Экоцентрическая концепция макроэволюции // Журн. общей биологии. 1993, т. 54, №4, с. 389-407.

165. Старобогатов Я.И., Левченко В.Ф. Возрастание биоразнообразия как основной путь эволюции экосистем // электронная публикация, 1999, ссылка: http://www.evol.nw.ru/labs/lab3 8/levchenko/articles/biodiv.htm

166. Стегний В.Н. Системная реорганизация генома при видообразовании // Эволюционная биология. Материалы конференции «Проблема вида и видообразования». Томск: Томский гос. университет, 2001. Т.1. С. 128-137.

167. Степаненко И.Л. Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода // Экологическая генетика 2004 г., том 2, в. 1, с. 4-12.

168. Страуструп Б. Язык программирования С++ (специальное издание) // BHV. 2008, 1104 стр.

169. Сукачёв В.Н. Избранные труды в трёх томах / под ред. Е. М. Лав-ренко. // Л.: Наука. Т. 1 : Основы лесной типологии и биогеоценоло-гии. 1972, 419 стр.

170. Суслов В.В., Колчанов Н.А. Дарвиновская эволюция и регуля-торные генетические системы // Вестник ВОГиС, 2009,. т. 13, №2, с. 410-439.

171. Татаринов Л.П. Морфологическая эволюция териодонтов и общие вопросы филогенетики. М.: Наука, 1976. 257 стр.

172. Татаринов Л. П. Молекулярная генетика и эпигенетика в механизмах морфогенеза // Журн. общей биологии, 2007, т. 68, №3, с. 165169.

173. Терновский Д.В. Биология куницеобразных. // Новосибирск. Наука, 1977. 280 стр.

174. Тимофеев-Ресовский Н.В. О взаимоотношениях микро- и макроэволюции. // Микро- и макроэволюция. 1980. Тарту: Изд-во ТГУ, с. 5157.

175. Тимофеев-Ресовский Н.В., Воронцов И.Н., Яблоков А.В. Краткий очерк теории эволюции. М.: Наука, 1977. 297 стр.

176. Тиходеев О.Н., Гетманова Е.В., Тихомирова В.Л., Инге-Вечтомов С.Г. Неоднозначность трансляции у дрожжей: генетический контроль и модификации. // В кн.: Молекулярные механизмы генетических процессов. М.: Наука, 1990. С. 218-228.

177. Тофолли Т., Марголус Н. Машины клеточных автоматов. // М.: Мир, 1991, 280, стр.

178. Трапезов О.В. Регуляторные эффекты генов поведения и управление окрасочным формообразованием у американских норок (mustela vison schreber, 1777) //Вестник ВОГиС, 2008, т. 13, №1/2, с.63-82.

179. Трифонов В.А., Перельман П.Л., Романенко С.А., Графодатский А.С. Эволюционно-цитогенетическое разнообразие. // Биоразнообразие и динамика экосистем. Ред. Шумный В.К., Шокин Ю.И., Колчанов

180. Н.А., Федотов A.M. Новосибирск: Издательство Сибирского отделения Российской Академии Наук, с. 361-367.

181. Трут JT.H. Эволюционные идеи Д.К. Беляева как концептуальный мост между биологией, социологией и медициной // Вестник ВОГиС, 2008, т. 12, №1/2, с. 7-17.

182. Уиттекер Р. Сообщества и экосистемы. // М.: Прогресс, 1980, 327 стр.

183. Фазалова В.Р., Семовский С.В., Щербаков Д.Ю., Менье Г. Исследование влияния демографических факторов популяции и индивидуальных биологических параметров на скорость нейтральной молекулярной эволюции // Генетика, 2007, т.43, №9, с. 1172-1180.

184. Фаминцын А.С. О роли симбиоза в эволюции организмов // Записки Императ. Академии наук. Физико-матем. Отдел., Сер. VIII, т. XX, №3, Труды Ботанич. Лабор. Импер. Акад. Наук, №9, 1907, с. 1-14.

185. Филипченко Ю.А. Эволюционная идея в биологии. // М.: Наука, 1977. 227 стр.

186. Фомин С.В., Беркинблит М.Б. Математические проблемы в биологии.// М.: Наука, 1973, 200 стр.

187. Фрисман Е.Я., Шапиро А.П. Избранные математические модели дивергентной эволюции популяций. // М.: Наука, 1977. С. 150.

188. Фрисман Е.Я., Жданова О.Л. Модели структурированной локальной популяции: изменение генетической структуры и численности // Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование. Новосибирск, СО РАН. - 2006. — С. 385-393.

189. П.В.Фурсова, А.П.Левич, В.Л.Алексеев. Успехи современной биологии, 2003, том 123, № 2, с. 115-137.

190. Хемосинтез: К 100-летию открытия С. Н. Виноградским. (Сборник). / Ответственный редактор академик М.В. Иванов, Институт микробиологии АН СССР. // М.: Наука, 1989, 256 стр.

191. Хорстманн К.С., Корнелл Г., Java 2. (т. 1 и 2) 7-е изд.: Пер. с англ. // М.: Вильяме, 2006.

192. Цетлин M.JI. Исследования по теории автоматов и моделирование биологических систем. // М.: Наука, 1969, 316 стр.

193. Чернавский Д.С., Иерусалимский Н.Д. К вопросу об определяющем звене в системе ферментативных реакций // Изв. АН СССР, сер. биол. 1965, №5, с. 665-672.

194. Четвериков С.С. О некоторых моментах эволюционного процесса с точки зрения современной генетики // Журн. экспер. биол., 1926, 2, вып. 1, с. 3-54.

195. Чураев Р.Н. Математико-логические модели молекулярных систем управления // Исследования по математической генетике. Ред. Ратнер В.А., Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 1975а, с.67-76.

196. Чураев Р.Н. Гипотеза об эпигене // Исследования по математической генетике. Ред. Ратнер В.А., Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 19756, с.77-94.

197. Чураев Р.Н. Генные и эпигенные сети: два уровня организации наследственной системы // Вестник ВОГиС, 2005, т.9, №2, с. 199-208.

198. Чураев Р.Н., Ратнер В.А. Моделирование молекулярно-генетических систем управления на языке теории автоматов. Сообщ. 1. Опероны и оперонные системы // Исследования по теоретической генетике. Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 1972, с. 210-228.

199. Чураев Р.Н., Ратнер В.А. Моделирование динамики системы управления развитием А,-фага // Исследования по математической генетике. Ред. Ратнер В.А., Новосибирск: ИЦиГ СО АН, 1975, с.5-66.

200. Шаталкин А.И. Высший уровень деления в классификации организмов. 1. Прокариоты и эукариоты // Журн. общей биологии, 2004а, т. 65, №1, с. 19-38.

201. Шаталкин А.И. Высший уровень деления в классификации организмов. 2. Архебактерии, эубактерии и эукариоты // Журн. общей биологии, 20046, т. 65, №2, с. 99-115.

202. Шварц С.С. Экологические закономерности эволюции. // М.: Наука, 1980, 277 стр.

203. Шеннон Р. Имитационное моделирование систем — искусство и наука. // М.: Мир, 1978, 418 стр.

204. Шестаков С.В. О ранних этапах биологической эволюции с позиции геномики // Палеонтологический журнал. 2003а. - № 6. - С. 50-57.

205. Шишкин М.А. Эволюция как эпигенетический процесс. // Современная палеонтология. Ред. Меннер В.В., Макридин В.П. М.: Недра. 1988а, с.142-169.

206. Шишкин М.А. Закономерности эволюции онтогенеза. // Современная палеонтология. Ред. Меннер В.В., Макридин В.П. М.: Недра. 19886, с. 169-209.

207. Шлегель Г. Общая микробиология. // М: Мир. 1987. 568 стр.

208. Шмальгаузен И.И. Факторы эволюции (Теория стабилизирующего отбора). //М.: Наука. 1968, 452 стр.

209. Шмидт-Ниельсен К. Размёры животных: почему они так важны? М.: Мир.-1987. 260 стр.

210. Шрёдингер Э. Что такое жизнь? Физический аспект живой клетки. // Москва-Ижевск: Регулярная и хаотическая динамика. — 2002, С.92.

211. Эйген М. Самоорганизация материи и эволюция биологических макромолекул. // М.: Мир, 1973, 216 стр.

212. Эйген М., Шустер. П. Гиперцикл: принципы самоорганизации макромолекул. // М.: Мир. 1982, 272 стр.

213. Эшби У.Р. Введение в кибернетику. // М.: Изд-во иностр. лит., 1959, 432 стр.

214. Яблоков А.В. Существует ли специальный механизм макроэволюции? // Микро- и макроэволюция. 1980. Тарту: Изд-во ТГУ, с. 62-64.

215. Яблоков А.В. Популяционная биология. // М: Высш. шк., 1987. -303 стр.

216. Abouheif Е., Wray G. A. Evolution of the gene network underlying wing polyphenism in ants // Science. 2002. Vol. 297. № 5579. P. 249-252.

217. Adami C, Seki R., Krdaw R. Critical exponent of species-size distribution in evolution // Artificial Life VI. MIT Press, 1998, pp. 221-227.

218. Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. CRASP: a program for analysis of coordinated substitutions in multiple alignments of protein sequences // Nucleic Acids Res, 2004, V.32 , pp. 64-68.

219. Afonnikov D.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Detection of conserved physicochemical characteristics of proteins by analyzing clusters of positions with coordinated substitutions // Bioinformatics, 2001, Vol. 17, N11, pp. 1035-1046.

220. Agrawal A., Eastman Q.M., Schatz D.G. Transposition mediated by RAG1 and RAG2 and its implications for the evolution of the immune system. //Nature. 1998. Vol.394. №6695. P.744-751.

221. Akam M. Hox genes, homeosis and the evolution of segment identity: no need for hopeless monsters // The Int. J. of Developmental Biology. 1998. Vol.42. №3. P.445-451.

222. Amann, R. I., W. Ludwing, and К. H. Schleifer. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation //Microbiol. Rev., 1995, Vol. 59, p. 143-169.

223. Arbiza L., Dopazo J., Dopazo H. Positive selection, relaxation, and acceleration in the evolution of the human and chimp genome // PLoS Corn-put. Biol. 2006. Vol 2, N 4. e38. Epub 2006 Apr 28.

224. Asmussen M.A. Regular and chaotic cycling in models of ecological genetics // Theoret. Population Biology, 1979, Vol.16, №2, p. 172-190.

225. Asmussen M.A.Density-dependent selection incorporating intraspecif-ic competition. II. A diploid model // Genetics, 1983, Vol. 103, p.335-350.

226. Asmussen M.A., Cartwright R.A., Spencer H.G. Frequency-dependent selection with dominance: A window onto the behavior of the mean fitness // Genetics, 2004, Vol. 167, p.499-512.

227. Ayala F. J., Rzhetsky A., Ayala F. J. Origin of the metazoan phyla: molecular clocks confirm paleontological estimates // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998. Vol. 95. № 2. P. 606-611.

228. Babu M.M., Luscombe N.M., Aravind L., Gerstein M, Teichmann S.A. Structure and evolution of transcriptional regulatory networks // Curr. Opin. Struct. Biol. 2004. Vol. 14, N 3. P. 283-291.

229. Balavoine G., de Rosa R., Adoutte A. Hox clusters and bilaterian phy-logeny // Mol. Phylogenet. Evol., 2002 Sep;24(3):366-73.

230. Beiko R.G., Harlow T.J., Ragan M.A. Highways of gene sharing in prokaryotes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. - Vol. 1002, N 40. - P. 14332-14337.

231. Biehs В., Sturtevant M. A., Bier E. Boundaries in the Drosophila wing imaginal disc organize vein-specific genetic programs // Development. 1998. Vol. 125. № 21. P. 4245-4257.

232. Biosphere origin and evolution. // Eds: Dobretsov N., Kolchanov N., Rozanov A., Zavarzin G. / Springer, 2008, 428 p.

233. Botkin D.B., Janak J.F., Wallis J.R. Some Ecological Consequences of a Computer Model of Forest Growth // Journal of Ecology, 1972, Vol. 60, №.3, pp. 849-872.

234. Brosius J. Genomes were forged by massive bombardments with re-troelements and retrosequences // Genetica. 1999. Vol.107. №1-3. P.209-238.

235. Buckley D. H., Schmidt Т. M. Diversity and dynamics of microbial communities in soils from agro-ecosystems // Environmental Microbiology, 2003, 5, p. 441-452.

236. Carroll S.B. Homeotic genes and the evolution of arthropods and chordates // Nature. 1995, Vol. 376, pp. 479-485.

237. Carroll S.B. Endless Forms Most Beautiful. The New Science of Evo Devo and the Making of the Animal Kingdom. // W.W. Norton & Co., New York, 2005, 350 p.

238. Carver R.H., Tai K.C. Modern Multithreading: Implementing, Testing, and Debugging Multithreaded Java and C++/Pthreads/Win32 Programs // Wiley, 2005, 480 p.

239. Cavalier-Smith T. The neomuran origin of archaebacteria, the negi-bacterial root of the universal tree and bacterial megaclassiflcation // Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002a, Vol. 52, pt. 1. pp. 7-76.

240. Cavalier-Smith T. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylo-genetic classification of Protozoa // Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 20026, Vol. 52, pt. 2. pp. 297-354.

241. Computer Analysis of Genetics Macromolecules: Structure, Function and Evolution // Eds. N.A. Kolchanov, H.A. Lim. Singapore, a.o.: World Scientific, 1994. 556 p.

242. Crespi BJ. The evolution of social behavior in microorganisms // Trends Ecol. Evol. 2001. - Vol. 16, № 4. - P. 178-183.

243. CSAC — Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome // Nature. 2005, Vol. 437, № 7055. P. 69-87.

244. Daubin V., Lerat E., Perriere G. The source of laterally transferred genes in bacterial genomes. // Genome Biol. 2003. Vol .4, N 9. - R57.

245. Deutschman D. H., Levin S. A., Devine C., Buttel L. A., Scaling from Trees to Forests: Analysis of a Complex Simulation Model, Science Online, 1997.

246. Diao X., Freeling M., Lisch D. Horizontal Transfer of a Plant Trans-poson // PLoS Biol. 2006 Vol. 4. - № 1, p.l 19-128.

247. Dieckmann U., Doebeli M., Metz J.A.J, Tautz D. Adaptive speciation. // Cambridge Univ. Press. 2004, 476 p.

248. Doebeli M.; Dieckmann U. Adaptive dynamics as a mathematical tool for studying the ecology of speciation processes // Journal of Evolutionary Biology. 2005, 18(5): 1194-1200.

249. Douglas S., Zauner S., Fraunholz M., Beaton M., Penny S., Deng L.T., Wu X., Reith M., Cavalier-Smith Т., Maier U.G. The highly reduced genome of an enslaved algal nucleus // Nature, 2001, Vol.410, p.1091-1096.

250. Duret L., Mouchiroud D. Determinants of substitution rates in mammalian genes: expression pattern affects selection intensity but not mutation rate // Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. № 1. P. 68-74.

251. Dynesius M., Jansson R. Evolutionary consequences of changes in species' geographical distributions driven by Milankovitch climate oscillations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97, N 16, p.9115-9120.

252. Eldredge N., Gould S.J., Punctuated equilibria: an alternative to phy-letic gradualism. // In T.J.M. Schopf, ed., Models in Paleobiology. San Francisco: Freeman, Cooper and Company. 1972, pp. 82-115.

253. Embley T.M., Martin W. Eukaryotic evolution, changes and challen-gesc// Nature, 2006, V 440, N30, p. 623-630.

254. Engelberg-Kulka H, Glaser G. Addiction modules and programmed cell death and antideath in bacterial cultures. // Annu. Rev. Microbiol. 1999. Vol.53. P.43-70.

255. Ferrier D.E., Holland P.W. Ancient origin of the Hox gene cluster // Nat. Rev. Genet., 2001 Jan;2(l):33-8.

256. Fisher R.A. The genetical theory of natural selection. // Oxford: Clarendon Press, 1930.

257. Fisher R.A. Average excess and average effect of a gene substitution. // Ann. Eugen. 1941, V 9, pp. 53-63.

258. Fredrickson A. G. Formulation of structured growth models // Biotechnology and Bioengineering, 1976, Vol. 18, №19, p.1481-1486.

259. Gardner M. The Fantastic Combinations of John Conway's New Solitaire Game "Life" // Sc. Am., 1970, Vol.223, №4, p.120-123.

260. Gardner M. Wheels, Life and Other Mathematical Amusements. // Sanfrancisco: Freeman. 1983.

261. Garcia-Vallve S., Guzman E., Montero M.A., Romeu A. HGT-DB: A database of putative horizontally transferred genes in prokaryotic complete genomes.

262. Gause G.F. The struggle for existence. // Baltimore: Williams and Wilkins, 1934.

263. Gerhart J., Kirschner M. Cells, Embryos and Evolution. // Blackwell Science. 1997, 642 p.

264. Glazko G., Veeramachaneni V., Nei M., Makalowski W. Eighty percent of proteins are different between humans and chimpanzees // Gene. 2005, Feb 14;346:215-9.

265. Gojobori Т., Moriyama E.N., Kimura M. Molecular clock of viral evolution, and the neutral theory // PNAS December 1, 1990 ,Vol. 87, no.24, pp. 10015-10018.

266. Goldschmidt R. The material basis of evolution. // New Heaven: Yale Univ. Press, 1940, 436 p.

267. Goldschmidt R. Ecotype, ecospecies and macroevolution // Experien-tia Suppl., 1980, V. 35, p. 140-153.

268. Grimm V. Ten years of individual-based modeling in ecology: what have we learned and what could we learn in the future? // Ecological modelling. 1999. Vol. 115, pp.129-148.

269. Haldane J.B.S. A mathematical theory of natural and artificial selection //Proc. Camb. Phil. Soc. 1924-1932, Vol. 23, pp. 19-41; 158-163; 363372; 607-615; 838-844; Vol. 26, pp. 220-230; Vol. 27, pp. 131-142; Vol. 28, pp.244-248.

270. Haldane J.B.S. The causes of evolution. // London: Harper, 1932.

271. Handelsman, J. Metagenomics or megagenomics? // Nature Reviews Microbiology. 2005, 3, p. 457-458.

272. Hardy G.H. Mendelian proportions in a mixed population // Science, 1908, Vol. 28, p.49-50.

273. Hassell M.P., Lawton J.N., May R.M. Patterns of dynamical behavior in single species populations // J. Anim. Ecol. 1976. - Vol. 45, N 2. P. 471486.

274. He X., Zhang J. Rapid subfunctionalization accompanied by prolonged and substantial neofunctionalization in duplicate gene evolution // Genetics. 2005. V. 169. № 2. P. 1157-1164.

275. Hooper S.D., Berg O.G. Duplication is more common among laterally transferred genes than among indigenous genes. // Genome Biol. 2003. Vol.4. №8. R48. Epub 2003 Jul 11.

276. Huxley J.S. Evolution. The modern synthesis. 2-nd ed. — London: Publisher, NY.: Harper & Brothers, 1943. 645 p.

277. Huxley J.S. The Evolutionary Process // Huxley J.S., Hardy A.C., Ford E.B. (eds.) Evolution as a Process. London: G. Allen & Unwin, 1954. P. 1-23.

278. Jacob F. Evolution and tinkering // Science, 1977, Vol.196, pp. 11611166.

279. Jain R., Rivera M.C., Moore J.E. et al. Horizontal gene transfer in microbial genome evolution // Theor. Popul. Biol. 2002. - Vol. 61, № 4. - P. 489-495.

280. Jekely G. Origin of phagotrophic eukaryotes as social cheaters in microbial biofilms // Biology Direct, 2007, Jan;2(2):3.

281. Jorgensen S.E. Lake management. // Oxford: Pergamon Pr. 1980, 167p.

282. Jorgensen S.E., Bendoricchio G. Fundamentals of ecological modelling. // Elsevier, 2001. 530 p.

283. Juan D., Pazos F., Valencia A. Co-evolution and co-adaptation in protein networks // FEBS Letters, 2008, Vol. 582,1. 8, pp. 1225-1230.

284. Kann M.G., Shoemaker B.A., Panchenko A.R., Przytycka T.M. Correlated evolution of interacting proteins: looking behind the mirrortree // Journal of Molecular Biology, 2009, Vol. 385,1. 1,, pp. 91-98.

285. Karniadakis G.E., Kirby R.M. 'Parallel Scientific Computing in С++ and MPI. // Cambridge University Press, 2003, 628 pp.

286. Kauffman S.A. Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets // J. Theor. Biol. 1969a, Mar; Vol. 22(3), p. 437-67.

287. Kauffman S.A. Homeostasis and differentiation in random genetic control networks //Nature, 1969b, Vol. 224, №215, p. 177-178.

288. Kauffman S.A. Gene regulation networks: A theory for their global structure and behaviors // Current Topics in Developmental Biology. N.Y.: Academic Press. 1977. Vol. 6. P. 145-182.

289. King M.C., Wilson A.C. Evolution at two levels in humans and chimpanzees // Science. 1975. V. 188. P. 107-116.

290. Kluver N., Kondo M., Herpin A. et al. Divergent expression patterns of Sox9 duplicates in teleosts indicate a lineage specific subfunctionalization // Dev. Genes Evol. 2005. V. 215. № 6. P. 297-305.

291. Knibbe C., Mazet O., Chaudier F., Fayard J.M., Beslon G. Evolutionary coupling between the deleteriousness of gene mutations and the amount of non-coding sequences // Journal of Theoretical Biology 2007, 244(4):621-630.

292. Kolmogoroff A.N. Sulla teoria di Volterra della lotta per l'esistenza // Giornale dell'Istituto Italiano degli attuari. 1936, T.7, p.74-80.

293. Koonin E.V. Orthologs, paralogs, and evolutionary genomics // Annual Review of Genetics. 2005. Vol. 39, p. 309-338

294. Kondrashov A.S. Deleterious mutations and the evolution of sexual reproduction//Nature, 1988, Vol. 336, N 6198, p. 435-440.

295. Kostitzin V.A. La biologie mathematique. // Paris: A.Colin, 1937.

296. Krammer P. H. CD95's deadly mission in the immune system // Nature. 2000. Vol. 407. № 6805. P. 789-795.

297. Lawrence J.G., Ochman H. Molecular archaeology of the Escherichia coli genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. - Vol. 95, N 16. - P. 9413-9417.

298. Lawton-Rauh A.L., Alvarez-Buylla E.A., Purugganan M.D. Molecular evolution of flower development // Trends Ecol. Evol. 2000, Vol.15, p.144-149.

299. Leslie P.H. On the use of matrices in certain population mathematics //Biometrika, 1945, 33(3), p. 183-212; doi: 10.1093/biomet/33.3.183.

300. Leslie P.H. Some further notes on the use of matrices in population mathematics // Biometrika, 1948, Vol. 35, No. 3/4, pp. 213-245.

301. Li S., Nosenko Т., Hackett J.D., Bhattacharya D. Phylogenomic analysis identifies red algal genes of endosymbiotic origin in the chromalveo-lates // Mol. Biol. Evol. 2006 Mar, 23(3):663-74.

302. Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. Evolutionary conditionality of additional latent phenotype appearance in the simplest model of cell evolution. // Biodiversity and Dynamics of ecosystems in North Eurasia, Novosibirsk, 2000, Vol.1, p.191-194.

303. Lotka A.G. Elements of Physical Biology. // Baltimore: Williams and Wilkins, 1925.

304. Lowe S.W., Lin A.W. Apoptosis in cancer // Carcinogenesis. 2000. Vol. 21. №3. P. 485-495.

305. Lynch M., Force A. The probability of duplicate gene preservation by subfunctionalization // Genetics. 2000. V. 154. № 1. P. 459-473.

306. Malthus T.R. An essay on the principle of population. // London: Johnson, 1978 (Русский перевод Т. Мальтус «Опыт закона о народонаселении». СПб., 1908).

307. Margulis L. Origin of Eukaryotic Cells. // New Heaven, Yale Univ. Press, 1970, 350 p.

308. Margulis L. Symbiotic Planet: A New Look at Evolution. // Basic Books, 1999, 176 p.

309. May R.M., Oster G.F. Bifurcations and dynamical complexity in simple ecological models // Amer. Natur. Vol. 110, №974, pp.573-599.

310. McAffer J., Lemieux J.M. Eclipse Rich Client Platform: Designing, Coding, and Packaging Java™ Applications // Addison Wesley Professional, 2005, pp. 552.

311. Meier P., Finch A., Evan G. Apoptosis in development // Nature. 2000. Vol. 407. № 6805. P. 796-801.

312. Metz J.A.J., Diekmann O. The Dynamics of Physiologically structured populations. // Lecture Notes in Biomath., 68, Springer, 1986.

313. Mliji el M., Hamadi F., Latrache H., Cohen N., El Ghmari A., Timi-nouni M. Association between plasmid carrying an expanded-spectrum cephalosporin resistance and biofilm formation in Escherichia coli. // New Microbiol. -2007. -Vol. 30, № 1. P. 19-27.

314. Monod J. La technique de culture continue. Theorie et applications // Ann Inst. Pasteur. 1950. V. 79. P. 390-410.

315. Moran P.A.P. Some remarks on animal population dynamics // Biometrics, 1950, 6, p.250-258.

316. Muller H.J. The relation of recombination to mutational advance // Mutant. Res., 1964, Vol. 1, p. 2-9.

317. Murray J.D. Mathematical biology. // Springer, 2002, 551 p.

318. Nei M., Rooney A.P. Concerted and birth-and-death evolution of mul-tigene families // Annual Review of Genetics, 2005, Vol. 39: pp. 121-152.

319. Nelson K.E, Clayton R.A, Gill S.R, et al. Evidence for lateral gene transfer between Archaea and bacteria from genome sequence of Thermoto-ga maritime // Nature. 1999. - Vol. 399, № 6734. - p. 323-329.

320. Nesbo C.L., L'Haridon S., Stetter K.O., Doolittle W.F. Phylogenetic analyses of two "archaeal" genes in thermotoga maritima reveal multiple transfers between archaea and bacteria // Mol. Biol. Evol. 2001. - Vol. 18, N3.-P. 362-375.

321. Novikova O.S., Fet V., Blinov A.G. Horizontal transfer of non-ltr re-trotransposons // Вестник ВОГиС, 2009, т. 13, №1, c.76-83.

322. Ochman H., Lawrence J.G., Groisman E.A. Lateral gene transfer and the nature of bacterial innovation // Nature. 2000. Vol. 405, N 6784. p. 299304.

323. Osborn H.F. The continuous origin of certain unit characters as observed by a paleontologist // Harvey Lectures. Ser. 1911-1912. Philadelphia: Press of J.B. Lippincott Company, p. 153-204.

324. Page R.D., Clayton D.H., Paterson A.M. Lice and cospeciation: a response to Barker // Int. J. Parasitol., 1996, Feb 26(2):213-8.

325. Paterson A.H., Bowers J.E., Chapman B.A. Ancient polyploidization predating divergence of the cereals, and its consequences for comparative genomics // Proc Natl Acad Sci USA. 2004. V. 101. № 26. P. 9903-9908.

326. Pearson К. On a generalized theory of alternative inheritance, with special references to Mendel's laws // Phil. Trans. Roy. Soc. A, 1904, 203, 53-86.

327. Peterson K.J., Eernisse D.J. Animal phylogeny and the ancestry of bi-laterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences // Evol. Dev., 2001, May-Jun;3(3): 170-205.

328. Piskur J. Origin of the duplicated regions in the yeast genomes // Trends Genet. 2001 Jun;17(6):302-3.

329. Potgens A.J.G., Drewlo S., Kokozidou M., Kaufmann P. Syncytin: the major regulator of trophoblast fusion? Recent developments and hypotheses on its action // Human Reproduction Update, 2004, Vol.10, No.6 pp. 487496.

330. Prager E.M. Wilson A.C. Slow evolutionary loss of the potential for intersspecific hybridization in birds: a manifestation of slow regulatory evolution // PNAS. USA. 1975. Vol. 72, N 1. P. 200-204.

331. Prince V.E., Pickett F.B. Splitting pairs: the diverging fates of duplicated genes // Nature Rev. Genet. 2002. V. 3. № 11. P. 827-837.

332. Ramkrishna D., Fredrickson A. G., Tsuchiya H. M. Dynamics of microbial propagation: Models considering inhibitors and variable cell composition // Biotechnology and Bioengineering, 1967, Vol. 9, №2, p.129-170.

333. Raff R.A., Sly B.J. Modularity and dissociation in the evolution of gene expression territories in development // Evol. Dev. 2000. Vol. 2, N 2. P. 102-113.

334. Richardson M.K., Keuck G. Haeckel's ABC of evolution and development // Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 2002. Vol. 77, N 4. P. 495-528.

335. Ricker W.E. Stock and recruit // Theor. J. Fish. Res. Bard. Can. -1954.-Vol. 2,-N5.-P. 559-623.

336. Ricker W.E. Handbook of computations of biological statistics of fish populations // Fish Res. Bd. Canada Bull. 1957, 119 p.

337. Rosen R. Abstract biological systems as sequential machines // Bull. Math. Biophys., 1964, Vol. 26, 2.

338. Rubel E. The Replaceability of Ecological Factors and the Law of the Minimum//Ecology. 1935. V. 16. № 3.P. 336-341.

339. Rubel A.E. Ecology, plant geography, and geobotany: their history and aim // Bot. Gaz. 1927. Vol. 84, № 4. P. 428-439.

340. Sanchez-Dehesa Y., Parsons D., Pena J.M., Beslon G. Modelling Evolution of Regulatory Networks in Artificial Bacteria // Mathematical Modelling of Natural Phenomena (MMNP), 2008, 3(2):27-66.

341. Semovski S.V., Verheyen E., Sherbakov D.Yu. Simulating the evolution of neutrally evolving sequences in a population under environmental changes // Ecological modeling, 2004, Vol.176, p.99-107.

342. Shindyalov T.N., Kolchanov N.A., Sander C. Can three-dimensional contacts in protein structures be predicted by analysis of correlated mutations? // Protein Eng. 1994 Mar; 7(3), pp. 349-58.

343. Sonneborn T. The Paramecium aurelia complex of fourteen sibling species // Trans. Amer. Micros. Soc. 1975. v.91, N 2. p.155-178.

344. Snel В., van Noort V., Huynen M.A. Gene co-regulation is highly conserved in the evolution of eukaryotes and prokaryotes // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32, N 16. P. 4725-4731.

345. Srinivasan M., Laychock S.G., Hill D.J., Patel M.S. Neonatal nutrition: metabolic programming of pancreatic islets and obesity // Exp Biol Med (Maywood). 2003 Jan; 228(1): 15-23.

346. Tamames J. Evolution of gene order conservation in prokaryotes. // Genome Biol. 2001. Vol.2. №6. RESEARCH0020. Epub 2001 Jun 01.

347. Tansley A.G., The use and abuse of vegetational concepts and terms // Ecology, 1935, V. 16, No 3, p. 284-307.

348. Tchuraev R.N. A new method for the analysis of the dynamics of the molecular genetic control sysyems. I. Description of the method of the generalized threshold models // J. Theor. Biol., 1991, Vol.151, p.71-87.

349. Tchuraev R.N., Stupak I.V., Tropynina T.S., Stupak E.E. Epigenes: design and construction of new hereditary units // FEBS Lett. 2000. V. 486. p. 200-202.

350. Teichmann S.A., Babu M.M. Conservation of gene co-regulation in prokaryotes and eukaryotes // Trends Biotechnol. 2002, Vol.20. №10. P.407-410.

351. Teichmann S.A, Babu M.M. Gene regulatory network growth by duplication // Nat. Genet. 2004. Vol. 36, N 5. P.492-496.

352. Thomas R. Boolean formalization of genetic control circuits // J. Theor. Biol., 1973, Vol. 42, №3, p.563-585.

353. Thomas R., Thieffry D., Kauffman M. Dynamical behaviour, of biological regulatory networks. I. Biological role of feedback loops and practical use of the concept of the loop-characteristic state //Bull. Math. Biol., 1995, Vol. 57, №2, p.247-276.

354. Torgerson D.G., Singh R.S. Rapid evolution through gene duplication and subfunctionalization of the testes-specific alpha4 proteasome subunits in Drosophila // Genetics. 2004. V. 168. № 3. P. 1421-1432.

355. Vadlamudi S., Kalhan S.C., Patel M.S. Persistence of metabolic consequences in the progeny of rats fed a HC formula in their early postnatal life // Am J Physiol. 1995 Oct;269(4 Pt l):E731-8.

356. Verhulst P.F. Notice sur la loi que la population suit dans son accrois-sement//Corr. Math et Phys., 1838, vol. 10, p. 113-121.

357. Volterra V. Lecons sur la theorie mathematique de la lutte pour la vie. //Paris: Gauthiers-Villars, 1931.380. von Neumann J. Theory of self reproducing automata. // University of Illinois, Urbana. USA. 1966.

358. Waddington C.H. The evolution of an evolutionist. // N.Y.: Cornell University Press, Ithaca, 1975. 219 p.

359. Wang R.L., Stec A., Hey J., Lukens L., Doebley J. The limits of selection during maize domestication // Nature. 1999 Mar 18;398(6724):236-9.

360. Weinberg W. Uber der Nachwies der Vererbung beim Menschen // Jahresh. Verein f. vater. Naturk. in Wurtemberg, 1908, 61, p.368-382.

361. Wilson A.C., Maxson L.R., Sarich V.M. Two types of molecular evolution. Evidence from studies of interspecific hybridization. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974a, Jul;71(7):2843-7.

362. Wilson A.C., Sarich V.M., Maxson L.R. The importance of gene rearrangement in evolution: evidence from studies on rates of chromosomal, protein, and anatomical evolution // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974b, Aug;71(8):3028-30.

363. Woese C.R. Interpreting the universal phylogenetic tree // Proc Natl Acad Sci USA, 2000, 97(15), pp. 8392-8397.

364. Woese C.R. On the evolution of cells // Proc Natl Acad Sci USA, 2002, 99(13), pp. 8742-8750.

365. Wright S. Systems of mating, I V. // Genetics, 1921, Vol. 6, №1-2, p. 111-178.

366. Wright S. Evolution in Mendelian populations // Genetics, 1931, Vol. 16, N 1, p. 97-159.

367. Wright S. The genetic structure of populations // Ann. Eugenics, 1951, Vol.15, p.323-354.

368. Wright S. Evolution and the Genetics of Populations, 2. The Theory of Gene Frequencies // Chicago: Univ. Chicago Press, 1969.

369. Wyckoff G.J., Wang W., Wu C.I. Rapid evolution of male reproductive genes in the descent of man // Nature. 2000. V. 403. № 6767. P. 304309.

370. Yang Z., Swanson W.J., Vacquier V.D. Maximumlikelihood analysis of molecular adaptation in abalone spermlysin reveals variable selective pressures among lineages and sites // Mol. Biol. Evol. 2000. V. 17. № 10. P. 1446-1455.

371. Zuse K., Reclmender R., Vieweg, Braunschweig (1969) translated as "Calculating Space," Tech. Transl. AZT-70-164-GEMIT, MIT Project MAC (1970).