Механизмы адаптационного ответа бактерий-деструкторов алифатических и ароматических углеводородов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Лайков Александр Владимирович

• Лайков Александр Владимирович
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Лайков Александр Владимирович

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Факторы, ограничивающие ремедиацию углеводородного загрязнения

1.2 Стрессовые воздействия углеводородов и способы адаптационного ответа микроорганизмов

1.2.1 Воздействие углеводородов на микробное сообщество

1.2.2 Гидрофобность углеводородов как стрессовое воздействие

1.2.3 Токсичность углеводородов

1.2.4 Генотоксичность углеводородов

1.3 Механизмы утилизации отдельных классов углеводородов

1.3.1 Метаболизм алканов микроорганизмами

1.3.2 Метаболизм полициклических ароматических углеводородов

Заключение по обзору литературы

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Объект исследования

2.2 Отбор проб и пробоподготовка

2.3 Химические методы анализа отходов

2.4 Культивирование микроорганизмов

2.5 Методы газовой хроматографии

2.6 Определение снижения поверхностного натяжения культуральной жидкости и ионогенных свойств секретируемых биоПАВ

2.7 Сканирующая электронная микроскопия

2.8 Молекулярно-генетические методы

2.8.1 Выделение ДНК

2.8.2 Идентификация изолятов по последовательности гена 16Б рРНК

2.8.3 Определение состава бактериального сообщества по последовательности гена 16Б рРНК

2.8.4 Полногеномный анализ

2.9 Методы протеомного анализа

2.9.1 Выделение белка

2.9.2 Дифференциальный двумерный гель-электрофорез

2.9.3 Трипсинолиз белков

2.9.4 Идентификация белков с помощью МЛЬВ1 масс-спектрометрии

2.9.5 Идентификация белков с помощью ЬС-МБ/МБ

2.9.6 Количественная оценка белков с помощью ЬС-МЯМ/МБ

2.10 Статистическая обработка результатов

3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1 Характеристика промышленных отходов по физико-химическим и бактериологическим показателям

3.2 Таксономическая структура бактериальных сообществ на этапах формирования шлама

3.4 Характеристика культивируемой части микрофлоры шлама, ответственной за утилизацию полициклических ароматических углеводородов

3.4.1 Физиолого-биохимические свойства штамма Р. 8Ш12еп КОБ6

3.4.2 Генетические свойства штамма Р. 8Ш12еп КОБ6

3.4.3 Изменение протеома штамма Р. 8Ш12вп КОБ6 под действием нафталина

3.5 Характеристика культивируемого представителя бактерий, утилизирующих алканы

3.5.1 Физиолого-биохимические свойства штамма Т. 1уго$то8оЬет РБ2

3.5.2 Генетические свойства штамма Т. ХугоятояоЬет РБ2

3.5.3 Протеомное профилирование штамма Т. 1уго$то8оЬет РБ2 в присутствии различных источников углерода и энергии

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1 Отходы химического производства как экстремальная среда для формирования бактериальных сообществ

4.2 Механизмы адаптации к утилизации ПАУ штаммом Р. stutzeri КОБ6

4.3 Механизмы адаптации к утилизации алканов штаммом

Т. tyrosinosolvens РБ2

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы адаптационного ответа бактерий-деструкторов алифатических и ароматических углеводородов»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

Отходы химического и нефтехимического производства являются экологической нишей, сочетающей комплекс факторов, неблагоприятных для жизнедеятельности микроорганизмов. Химический состав отходов характеризуется высоким содержанием углеводородов различных классов и тяжелых металлов. Физические условия, воздействующие на микроорганизмы в составе отхода, включают неоптимальные значения температуры, морфологической структуры, доступности свободной воды и кислорода [Tian et al., 2020; Gong et al., 2022]. Часть отходов, включающая сточные воды, подвергается биологической и химической очистке, сбрасывается в водоемы или возвращается в оборот предприятия, другая часть, в основном представленная нерастворимыми в воде компонентами, в виде шламов депонируется в накопителях [Jafarinejad, Jiang, 2019; Jain et al., 2020]. Сроки хранения шламов могут составлять десятилетия, при этом возрастающие объемы накопленных отходов представляют угрозу для окружающей среды и жизнедеятельности человека [Gaur et al., 2022].

Несмотря на ряд неблагоприятных факторов отходы не являются безжизненными. Численность обитающих в них бактерий может достигать значений, сопоставимых с природными эконишами [Khatoon, Malik, 2019]. При этом микроорганизмы могут оставаться активными, осуществляя процессы утилизации компонентов отходов, благодаря наличию специфических метаболических путей [Cai et al., 2021]. Помимо этого, экстремальные для жизнедеятельности бактерий-деструкторов условия требуют дополнительных механизмов адаптации, позволяющих нивелировать негативное воздействие внешней среды. Вследствие чего выживают микроорганизмы, представляющие интерес для использования как в технологиях биоремедиации, так и в качестве каталитических единиц в процессах метаболической инженерии [Jaroensuk et al., 2020].

Ответ микроорганизмов на неблагоприятные внешние факторы может развиваться по нескольким направлениям, зачастую дополняющих и усиливающих друг друга. В частности, выделяют морфологические изменения, выражающиеся в варьировании размеров бактериальных клеток, модификации композиции клеточной стенки, образовании мультимембранных структур и формировании везикул [Luong et al., 2022]. Также описаны поведенческие изменения, проявляющиеся в активации положительного или отрицательного хемотаксиса, и физиологические изменения, которые проявляются в виде индукции синтеза протекторных молекул, экспрессии ферментов, ответственных за метаболизм поллютантов и др. [Ren et al., 2018].

Усовершенствованные за последние десятилетия методы анализа микробиома позволяют оценивать изменения, происходящие в сообществе в ответ на воздействие поллютантов. Широко представлены исследования таксономического и функционального метагеномного состава бактериальных сообществ различных классов промышленных отходов, включающих сточные воды [Zhang et al., 2018; Barak et al., 2020], активный ил [Xu et al., 2018; Yang et al., 2020] и нефтяные шламы [Hentati et al., 2022; Peng et al., 2022]. В то же время данные о комплексном анализе микробных сообществ на всех стадиях образования отходов, от поступающих сточных вод до хранимых десятилетиями шламов, являются ограниченными.

В настоящее время становится очевидным, что обнаружения генетических детерминант, к которым можно отнести как метаболические пути в составе генома, так и маркерные последовательности отдельных микроорганизмов в метагеноме, может быть недостаточно для доказательства возможности деградации целевого субстрата. При подобном подходе имеется высокая вероятность упустить альтернативные метаболические пути [Spagnuolo et al., 2018], не учесть регуляцию экспрессии на уровне транскрипции [Kotoky et al., 2022] и трансляции [Pozdnyakova-Filatova et al., 2020], а также ассоциированные изменения на

уровне отдельной клетки или сообщества. По этой причине в последнее десятилетие наблюдается увеличение количества работ, исследующих системный ответ бактериальной клетки на неблагоприятное воздействие поллютантов с применением комплекса методов генетического, протеомного и метаболомного анализа [Das et al2020; Kong et al2021; Tang et al., 2021; Xu et al., 2022].

Цель и задачи исследования

Цель работы - оценить изменения в структуре сообщества микроорганизмов на различных этапах формирования химических отходов и установить механизмы адаптации отдельных его представителей к углеводородному загрязнению.

Решаемые задачи:

1. Охарактеризовать жидкие и твердые отходы предприятия химического синтеза по физико-химическим и биологическим показателям.

2. Определить состав бактериальных сообществ в различных сточных водах и осадках и оценить их вклад в формирование микрофлоры депонированного шлама.

3. Выделить из шлама штамм-деструктор полициклических ароматических углеводородов, способный утилизировать модельный углеводород - нафталин, и охарактеризовать его генетические и культуральные особенности.

4. Оценить изменения физиологии штамма-деструктора полициклических ароматических углеводородов на протеомном уровне при утилизации нафталина в качестве единственного источника углерода и энергии.

5. Выделить из шлама штамм-деструктор алканов, способный утилизировать модельный углеводород - гексадекан, и охарактеризовать его генетические и культуральные особенности.

6. Охарактеризовать основные физиологические изменения штамма-деструктора алканов, связанные с утилизацией гексадекана, на протеомном уровне.

Научная новизна полученных результатов. Впервые охарактеризована пространственно-временная структура микробного сообщества загрязненных углеводородами отходов химического предприятия на всех этапах - от поступающих сточных вод до формирования химического шлама.

Впервые был проанализирован микробиом депонированного химического шлама как модели экониши со значительным хроническим углеводородным загрязнением и получены данные об изменении состава микробного сообщества при длительном хранении отходов химического производства.

Проведено полногеномное исследование углеводородокисляющих бактериальных изолятов, выделенных из химического шлама. Впервые обнаружено уникальное сочетание генов деградации нафталина с системой фиксации азота для штамма Р. 8Ш12еп КОБ6, а также одновременное присутствие двух систем деградации алканов - алкан-1-монооксигеназы и цитохром Р450 алкан-монооксигеназы для штамма Т. 1уго8то8оЬет РБ2, в обоих случаях локализованных на бактериальной хромосоме.

Протеомное профилирование нафталин-окисляющего штамма Р. 8Ш12еп КОБ6 при культивировании на различных источниках углерода впервые позволило охарактеризовать системный ответ клетки на стресс в целом и регуляцию путей утилизации нафталина в частности.

Протеомное профилирование штамма Т. 1уто8то8оЬет РБ2 позволило выявить активацию обеих систем окисления алканов, Л1кВ и Р450, при выращивании штамма на углеводородах со средней длиной цепи.

Теоретическая и практическая значимость работы. Полученные в ходе работы данные о структуре микробных сообществ, населяющих экстремально загрязненные промышленные отходы, расширяют

представления об экологической и функциональной роли перспективных бактерий-деструкторов, а также раскрывают механизмы их адаптации к стрессу. Расшифровка полных геномов культивируемых представителей углеводородокисляющей микрофлоры шлама, относящихся к родам Pseudomonas и Tsukamurella, позволила выявить ранее не описанное сочетание метаболических путей, связанное с экстремальной средой обитания, что расширяет представления о генетической вариабельности и роли этих бактерий в экологической системе.

Наряду с установленной каталитической активностью в отношении деградации углеводородов штаммами P. stutzeri KOS6 и T. tyrosinosolvens PS2 выявленные дополнительные адаптивные свойства, такие как продукция биологических поверхностно-активных веществ и способность к восстановлению молекулярного азота, делают данные штаммы перспективными объектами для использования в экологической биотехнологии.

Протеомное профилирование исследуемых изолятов P. stutzeri KOS6 и T. tyrosinosolvens PS2 при варьировании условий культивирования позволило оценить физиологию данных бактерий на системном уровне и открыло новые возможности для создания управляемых биотехнологических процессов на их основе.

Методология и методы исследования. Для характеристики напряженности среды с точки зрения обитания микроорганизмов шлам и источники его формирования (сточные воды и их осадки) были проанализированы по химическим и физико-химическим параметрам. Численность, состав и свойства микробиоты исследуемых отходов определяли с использованием методов микробиологических посевов и молекулярно-генетических подходов, независимых от культивирования. Методы секвенирования нового поколения были успешно использованы для установления нуклеотидных последовательностей геномов выделенных и отобранных изолятов. Метаболическую активность отдельных изолятов

исследовали с использованием методов газовой хроматографии. Качественный и количественный протеомный анализ проводили с использованием методов масс-спектрометрии с хроматографическим или электрофоретическим разделением белков.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. По мере формирования осадков сточных вод и их депонирования в шламонакопителе доля доминирующего в микробиоме сточных вод класса Betaproteobacteria снижается за счет увеличения долей Alphaproteobacteria и Gammaproteobacteria.

2. Среди культивируемых аэробных деструкторов нафталина доминирует штамм Pseudomonas stutzeri KOS6, несущий одновременно детерминанты деградации нафталина и азотфиксации. Под воздействием нафталина активируются пути утилизации нафталина, салицилата и катехола, а также эффлюксные системы, обеспечивающие выведение токсичных соединений из клетки.

3. В ответ на воздействие гексадекана деструктор алканов Tsukamurella tyrosinosolvens PS2 одновременно активирует две системы окисления алканов: алкан-1-монооксигеназную и цитохром Р450 алкан-монооксигеназную и увеличивает экспрессию белков стресс-ответа.

Апробация работы. Основные положения диссертации представлены на Международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Казань, 2014), Международной школе молодых ученых по молекулярной генетике «Геномика и системная биология» (Московская обл., 2014), Российском симпозиуме «Белки и пептиды» (Новосибирск, 2015), Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2016, 2017, 2018), Международной конференции «Биоинформатика регуляции генома и структурная\системная биология» (Новосибирск, 2016), Съезде биохимиков России (Сочи, 2016), Всероссийском конгрессе молодых ученых-биологов «Симбиоз-Россия-2017»

(Казань, 2017), Всероссийской с международным участием школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» (Нижний Новгород, 2018), Всероссийском молодежном научном форуме с международным участием «Open Science 2020» (Гатчина, Москва, 2020), Всероссийской научной конференции с международным участием «Инновационные технологии защиты окружающей среды в современном мире» (Казань, 2021).

Место выполнения и личный вклад соискателя. Работа выполнена лично автором в научно-исследовательской лаборатории «Омиксные технологии» Института фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет». Совместно с научным руководителем автором диссертации определены основные направления работы, сформулированы цель и задачи исследования. Автором диссертации лично, либо при непосредственном участии получены представленные в работе экспериментальные данные. Диссертантом лично осуществлен поиск и анализ литературы, проведено описание и обсуждение полученных результатов, сформулированы выводы. Автором совместно с научным руководителем и соавторами проводились обсуждение и подготовка статей к публикации.

Химический анализ сточных вод и твердых отходов проводился совместно с сотрудниками санитарно-промышленной лаборатории ПАО «Казаньоргсинтез».

Сканирующая электронная микроскопия проводилась совместно с сотрудниками центра коллективного пользования Казанского (Приволжского) федерального университета «Аналитическая микроскопия».

Геномный и протеомный анализ штамма Pseudomonas stutzeri KOS6 проводился автором совместно с сотрудниками лабораторий протеомного, геномного и биоинформатичекого анализа ФНКЦ «Физико-химической медицины» (г. Москва) под руководством академика В. М. Говоруна.

Связь работы с научными программами. Исследования выполнены в рамках Российской правительственной программы повышения конкурентоспособности Казанского федерального университета среди ведущих мировых научно-исследовательских центров, при поддержке гранта Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России» по теме «Разработка основ безотходных технологий утилизации нефтесодержащих отходов», государственный контракт № 16.515.11.5043. Работа поддержана грантом «Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере» по теме «Разработка и производство полифункциональных биопрепаратов для решения проблем, связанных с добычей и переработкой нефти», соглашение №ГС1/7907.

Публикация результатов исследования. По теме диссертации опубликовано 28 работ, в том числе 7 статей в рецензируемых научных журналах, индексируемых в базах цитирования Scopus, Web of Science и 2 патента Российской Федерации.

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, заключения, материалов и методов исследования, результатов собственного исследования, обсуждения результатов, выводов и списка цитируемой литературы. Текст изложен на 162 страницах машинописного текста, включает 24 рисунка и 6 таблиц, список литературы содержит 327 библиографических источника.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Факторы, ограничивающие ремедиацию углеводородного загрязнения

Источником углеводородного загрязнения окружающей среды могут служить процессы добычи, транспортировки, переработки углеводородного сырья, а также предприятия, осуществляющие химический и нефтехимический синтез [Овва1 & а!., 2020]. Подходы к очистке загрязненных объектов могут включать различные абиотические физико-химические процессы, такие как испарение, сорбция, фото- и автоокисление. В биологической очистке центральная роль принадлежит микроорганизмам, обладающим метаболическими возможностями для трансформации и утилизации поллютантов [Truskewycz & а!., 2019]. Реализуемый микроорганизмами адаптационный ответ представляет собой не только трофический отклик на новый субстрат, но и более глобальную реакцию клетки на стрессовое воздействие, обусловленное рядом неблагоприятных для жизнедеятельности свойств углеводородов.

Под стрессом понимают негативное воздействие на микробную клетку, которое приводит к нарушению ее жизнедеятельности. Не в каждом случае стрессовое воздействие приводит к гибели клетки, его негативное проявление может выражаться в разрушении клеточных мембран, агрегировании белков и повреждении ДНК. В то же время, микроорганизмы, длительное время находящиеся в благоприятных условиях, могут демонстрировать низкую экологическую приспособленность, по сравнению с культурами, подвергающимися умеренному стрессу [Hallsworth & а!., 2018]. Стрессовые факторы окружающей среды могут вызывать у микроорганизмов активный ответ, проявляющийся в изменении физиологических, генетических, эпигенетических свойств и приводит к адаптации бактерий к новым условиям [Thammavongs & а!., 2008].

От степени адаптации микроорганизмов и ряда других факторов, проявляющихся как на уровне отдельных клеток, так и сообщества

микроорганизмов в целом, будет зависеть эффективность утилизации углеводородного загрязнения. К подобным факторам, имеющим биотическую природу, можно отнести наличие и численность активных бактерий-деструкторов. При отсутствии утилизирующих углеводороды бактерий скорость ремедиации загрязненного объекта будет лимитирована абиотической трансформацией [Kebede et al., 2021]. В подобных случаях эффективность утилизации поллютантов может быть повышена путем внесения экзогенных деструкторов, например, в рамках реализуемых технологий биоагументации [Raper et al., 2018]. Также показано, что повышение численности деструкторов в некоторых случаях ассоциировано с увеличением скорости деградации токсикантов [Peng et al., 2022].

Следующим фактором эффективной утилизации поллютантов является структура микробного сообщества, внутри которого реализуются как мутуалистические, так и конкурентные взаимоотношения. Ограниченная доступность биогенных элементов, необходимых для жизнедеятельности микроорганизмов, может приводить к конкуренции за макро- и микроэлементы, в том числе среди деструкторов углеводородов [Peng et al., 2022]. С другой стороны, внутри сообщества могут быть реализованы такие взаимодействия как синтрофия и обмен продуктами метаболизма, влияющими на скорость утилизации поллютантов [Hu et al., 2020]. Так, на примере почвы, загрязненной бенз[а]пиреном было показано, что бактериальные и грибные представители микробного сообщества могут обмениваться метаболитами, что приводит в ускорению процессов деградации [Gu et al., 2022].

Наличие и разнообразие метаболических путей внутри микробного сообщества вносят вклад в процессы утилизации углеводородов. Этим фактором может быть обусловлено направление деградации, приводящее либо к полной минерализации поллютанта, либо к накоплению интермедиатов, ингибирующих или стимулирующих рост других представителей сообщества [Wang et al., 2020a]. От разнообразия

метаболических возможностей зависит способность микробиоты переходить к альтернативным путям при изменении условий окружающей среды, в том числе реализовывать как аэробные, так и анаэробные механизмы утилизации углеводородов [Patel et al., 2020a]. К этой категории можно отнести и способность бактерий продуцировать протекторные молекулы, а также вещества, улучшающие доступность углеводородов для потребления микробной клеткой, такие как биологические поверхностно-активные вещества (биоПАВ) [Karlapudi et al., 2018].

Среди абиотических факторов выделяют физико-химические параметры окружающей среды, в которой происходит утилизация поллютантов. Температура среды влияет на доступность гидрофобных соединений для клетки. С ее увеличением возрастает растворимость в воде и скорость диффузии углеводородов в клетку, однако падает растворимость кислорода, что может ограничивать рост аэробных микроорганизмов [Imron et al., 2020]. Способность утилизировать субстраты в определенном диапазоне температур зависит от физиологических и биохимических особенностей групп микроорганизмов. Подавляющее большинство бактерий-деструкторов являются мезофилами с оптимумом роста при 15-45 °С [Kebede et al., 2021]. Однако известны психрофильные виды, способные метаболизировать углеводороды при температуре ниже 20 °С. Они описаны среди представителей видов Aeromonas salmonicida, Pseudomonas brenneri и Pseudomonas kielensis [Semenova et al., 2022], а также среди представителей родов Colwellia, Cycloclasticus, Loktanella, Marinomonas и Sulfitobacter [Brakstad et al., 2017], утилизирующих алканы. При температуре выше 50 °С утилизацию способны вести термофильные представители, известные среди родов Bacillus и Geobacillus [Elumalai et al., 2019].

Следующим фактором, влияющим на микробную деструкцию углеводородов, является значение pH. Большинство утилизирующих углеводороды микроорганизмов имеют оптимальный для роста pH в нейтральном или слабощелочном диапазоне [Imron et al., 2020]. Однако

существуют ацидофильные и алкалифильные бактерии, способные выживать и активно метаболизировать поллютанты при экстремальных значениях рН [Rajkumari et al., 2019]. Кроме общего для всех микроорганизмов негативного влияния высоких и низких значений pH, в случае бактерий-деструкторов проявляется дополнительный эффект, выражающийся в снижении эмульгирующей способности ионогенных биоПАВ при значениях pH отличных от оптимальных [Whang et al., 2009].

Помимо перечисленных на эффективность утилизации углеводородного загрязнения влияют также многие другие факторы, к которым можно, в частности отнести соленость, доступность кислорода и воды, наличие и баланс биогенных элементов и микроэлементов [Kebede et al, 2021].

Ряд неблагоприятных воздействий на микроорганизмы оказывается непосредственно углеводородами, вследствие особенностей их природы. Некоторые из них, а также механизмы адаптации микроорганизмов к подобным воздействиям, будут рассмотрены более детально ниже.

1.2 Стрессовые воздействия углеводородов и способы адаптационного ответа микроорганизмов

1.2.1 Воздействие углеводородов на микробное сообщество

Микроорганизмы в составе микробного сообщества находятся в контакте друг с другом через систему трофических, энергетических и конкурентных взаимодействий. Эволюционно наиболее древние метаболические пути являются общими для большинства микроорганизмов, другие пути встречаются у ограниченного числа представителей микрофлоры, что обуславливает специализацию функций отдельных групп микроорганизмов в составе сообщества [Заварзин, 2004]. В результате продукт-субстратных взаимодействий микроорганизмов формируются локальные и глобальные биогеохимические циклы углерода, азота, фосфора, кальция и др.

Поступление в пределы отдельного биотопа углеводородного загрязнения нарушает сформировавшийся баланс элементов углерода, азота и фосфора и приводит к изменениям в количественном и качественном составе физиологических групп микроорганизмов [Truskewycz et al., 2019]. Высокое содержание органического вещества в форме водорастворимых и нерастворимых углеводородов способствует увеличению деструктивной ветви цикла углерода. Показано, что при попадании нефти в почву сообщество микроорганизмов смещается в сторону преобладания деструкторов соответствующих классов углеводородов, при этом падает общее разнообразие бактерий [Mukherjee et al., 2014]. Увеличение представленности утилизирующих углеводороды микроорганизмов является полезным для деятельности человека с точки зрения процессов биоремедиации и зачастую поддерживается путем внесения недостающих биогенных элементов. Несмотря на повышение доли деструкторов в сообществе, их абсолютное количество также может снижаться, что отражает воздействие комплекса негативных факторов по отношению к почвенной микрофлоре [Liao et al., 2015].

Помимо микроорганизмов-деструкторов в состав микробного сообщества загрязненных углеводородами систем входит ряд других представителей микрофлоры. Они могут не вносить существенного вклада в утилизацию компонентов загрязнения, находясь в покоящемся состоянии [Cardoso et al., 2017], а могут оказывать опосредованное влияние в результате взаимодействия с активными деструкторами. В основе подобных взаимодействий лежит обмен или поглощение одной из сторон продуктов метаболизма в результате контакта клеток разных видов друг с другом, либо через водную среду, что приводит к формированию межвидовых метаболических сетей [Pande, Kost, 2017].

В работе Hu et al., 2020 продемонстрирован пример взаимодействия алкан-утилизирующей бактерии Dietzia sp. и неспособной к метаболизму алканов Pseudomonas stutzeri. По профилю экспрессируемых белков и

секретируемых метаболитов в условиях сокультивирования исследователям удалось доказать факт обмена соединениями между двумя культурами. Так, актинобактерия окисляла гексадекан, при этом образующиеся гексадеканоат, 3-гидроксибутаноат и а-кетоглутарат потреблялись штаммом псевдомонады. Последний, в свою очередь, продуцировал в окружающую среду ацетат и глутамат, усиливающие катаболическую активность Dietzia sp., что в целом приводило к повышению эффективности деградации алкана.

При значительном загрязнении почвы, а также при загрязнении донных отложений углеводородами доступность кислорода для микроорганизмов снижается. В данных условиях могут происходить процессы анаэробного метаболизма поллютантов. В качестве акцепторов электронов при этом выступают ионы нитратов, сульфатов, трехвалентного железа и гидрокарбонаты [Mcintosh et al., 2017].

Наряду с нарушением цикла углерода, углеводородное загрязнение разнонаправлено влияет на цикл азота в зависимости от типа поллютанта и его количества. В некоторых работах продемонстрировано угнетение процессов нитрификации под воздействием углеводородов нефти как на уровне сообщества микроорганизмов [Urakawa et al., 2019], так и на уровне чистых культур [Urakawa et al., 2012]. Результаты исследований процессов денитрификации под действием нефтяного загрязнения более противоречивы. Данные отдельных работ свидетельствуют об увеличении активности и количества бактерий, осуществляющих процессы восстановления нитратов и нитритов при попадании в биотоп нефтяных углеводородов [Ribeiro et al, 2016; Zhao et al, 2020]. Другие исследователи демонстрируют противоположные результаты [Pietroski et al., 2015; Levine et al., 2017]. Некоторые представители свободноживущих диазотрофных бактерий ранее продемонстрировали способность к окислению отдельных классов углеводородов [Коршунова с соавт., 2019]. Показано, что после загрязнения почв и прибрежных осадков количество маркерных генов нитрогеназы nif возрастает, как и процессы восстановления азота

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Лайков Александр Владимирович, 2023 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Анохина, Т.О. Альтернативный путь метаболизма нафталина у штамма Rhodococcus opacus 3D, включающий образование орто-фталевой и производных коричной кислоты / Т.О. Анохина, Т.З. Есикова, А.Б. Гафаров, В.Н. Поливцева, Б.П. Баскунов, И.П. Соляникова // Биохимия. - 2020. - Т. 85. - №. 3. - С. 412-427.

2. Баженова, О.К. Геология и геохимия нефти и газа / О.К. Баженова, Ю.К. Бурлин, Б.А. Соколов, В.Е. Хаин ; под ред. Б. А. Соколова. - М. : Изд-во МГУ, 2000. - 384 с.

3. Берцова, Ю.В. Дыхательная защита нитрогеназного комплекса у Azotobacter vinelandii / Ю.В. Берцова, О.В. Демин, А.В. Богачев // Успехи биологической химии. - 2005. - Т. 45. - С. 205-234.

4. Заварзин, Г.А. Лекции по природоведческой микробиологии / Г.А. Заварзин - М. : Наука, 2004. - 348 с.

5. Коршунова, Т.Ю. Микроорганизмы в ликвидации последствий нефтяного загрязнения (обзор) / Т.Ю. Коршунова, С.П. Четвериков, М.Д. Бакаева, Е.В. Кузина, Г.Ф. Рафикова, Д.В. Четверикова, О.Н. Логинов // Прикладная биохимия и микробиология. - 2019. - Т. 55. - №. 4. - С. 338-349.

6. Кузнецов, А.Е. Прикладная экобиотехнология. / А.Е. Кузнецов, Н.Б. Градова, С.В. Лушников, М. Энгельхарт, Т. Вайссер, М.В. Чеботаева - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2010. - Т. 1. - 629 с.

7. Наумова, Р.П. Метаболизм s-капролактама у псевдомонад в связи с его плазмидной обусловленностью / Р. П. Наумова, Т. З. Есикова, О.Н. Ильинская, В.Г. Грищенков, А.М. Боронин // Микробиология. - 1988. - Т. 57. - С. 426430.

8. Наумова, Р.П. Предварительная оценка потенциала фиторемедиации твердых химических отходов / Р.П. Наумова, В.Н. Кудряшов, Т.В. Григорьева, Р.Р. Гафуров, И.Р. Мухаметшин, Р.Х. Хузаянов, А.А. Несмелов // Ученые записки Казанского университета. Серия Естественные науки. -2008. - T. 150. - №. 2. - С. 155-166.

9. Несмелов, А.А. Углеводородный шлам: подготовка к фиторемедиации и оптимизация параметров обработки / А.А. Несмелов, Р.Х. Хузаянов, А.А. Смолко, Е.В. Никитина, Е.В. Гицарева, Т.В. Григорьева, Р.П. Наумова // Вестник Казанского технологического университета. - 2013. - Т. 16. - №. 7. -С. 180-184.

10. Никитина, Е.В. Токсикологические аспекты биоремедиации нефтехимического шлама / Е.В. Никитина, Р.П. Наумова, О.И. Якушева, А.В. Гарусов // Ученые записки Казанского университета. Серия Естественные науки. - 2005. - Т. 147. - №. 2. - С. 161-171.

11. Околелова, А.А. Методы определения и расчета органических поллютантов в нефтезагрязненных почвах / А.А. Околелова, А.С. Карасева, И.А. Куницына // Фундаментальные исследования. - 2011. - №. 8. - С. 687689.

12. ПНД Ф 16.1:2.2.22-98 Количественный химический анализ почв. Методика выполнения измерений массовой доли нефтепродуктов в минеральных, органогенных, органоминеральных почвах и донных отложениях методом ИК-спектрометрии. - М., 1998. - 21 с.

13. ПНД Ф 14.1:2:4.5-95 Количественный химический анализ вод. Методика измерений массовой концентрации нефтепродуктов в питьевых, поверхностных и сточных водах методом ИК-спектрометрии. - М., 1995. -18 с.

14. Теппер, Е.З. Практикум по микробиологии / Е.З. Теппер, В.К. Шильникова, Г.И. Переверзева - М. : Дрофа, 2004. - 256 с.

15. Франк, Ю.А. Повышение эффективности ремедиации нефтезагрязненных почв в природно-климатических условиях севера Томской области и сопредельных регионов с применением аборигенных микроорганизмов / Ю.А. Франк, К.Л. Никитчук, А.А. Сапега, Е.А. Лукьянова, Д.А. Ивасенко, А.В. Косов, А.Л. Герасимчук, Н.С. Евсеева // Известия Томского политехнического университета. Инжиниринг георесурсов. - 2020. - Т. 331. - №. 9. - С. 130-139.

16. Abd El-Fattah D.A. Effect of carrier materials, sterilization method, and storage temperature on survival and biological activities of Azotobacter chroococcum inoculants / D.A. Abd El-Fattah, W.E. Eweda, M.S. Zayed, M.K. Hassanein // Annals of Agricultural Sciences. - 2013. - V. 58. (2). - P. 111-118.

17. Adebusuyi, A.A. The EmhABC efflux pump in Pseudomonas fluorescens LP6a is involved in naphthalene tolerance but not efflux / A.A. Adebusuyi, J.M. Foght // Applied microbiology and biotechnology. - 2013. - V. 97. (6). - P. 25872596.

18. Aguelmous, A. Landfilling and composting efficiency to reduce genotoxic effect of petroleum sludge / A. Aguelmous, Y. Zegzouti, A. Khadra, L.E. Fels, S. Souabi, M. Hafidi // Environmental Technology & Innovation. - 2020. - V. 20. -P. 1-8.

19. Aguelmous, A. The fate of total petroleum hydrocarbons during oily sludge composting: a critical review / A. Aguelmous, L.E. Fels, S. Souabi, M. Zamama, M. Hafidi // Reviews in Environmental Science and Bio/Technology. - 2019. - V. 18. (3). - P. 473-493.

20. An, W. Comparative genomics analyses on EPS biosynthesis genes required for floc formation of Zoogloea resiniphila and other activated sludge bacteria / W. An, F. Guo, Y. Song, N. Gao, S. Bai, J. Dai, H. Wei, L. Zhang, D. Yu, M. Xia, Y. Yu, M. Qi, C. Tan, H. Chen, Z. Wu, T. Zhang, D. Qiu // Water Research. - 2016. -V. 102. - P. 494-504.

21. Averhoff, B. Natural transformation in Gram-negative bacteria thriving in extreme environments: from genes and genomes to proteins, structures and regulation / B. Averhoff, L. Kirchner, K. Pfefferle, D. Yaman // Extremophiles. -2021. - V. 25. (5). - P. 425-436.

22. Awala, S.I. Methylococcus geothermalis sp. nov., a methanotroph isolated from a geothermal field in the Republic of Korea / S.I. Awala, L.A. Bellosillo, J.-H. Gwak, N.-L. Nguyen, S.-J.Kim, B.-H. Lee, S.-K. Rhee // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2020. - V. 70. (10). - P. 55205530.

23. Balachandran, C. Petroleum and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) degradation and naphthalene metabolism in Streptomyces sp. (ERI-CPDA-1) isolated from oil contaminated soil / C. Balachandran, V. Duraipandiyan, K. Balakrishna, S. Ignacimuthu // Bioresource Technology. - 2012. - V. 112. - P. 8390.

24. Bankevich, A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing / A.Bankevich, S. Nurk, D. Antipov et al. // Journal of computational biology. - 2012. - V. 19. (5). - P. 455-477.

25. Barak, H. Temporal distribution of microbial community in an industrial wastewater treatment system following crash and during recovery periods / H. Barak, A. Brenner, A. Sivan, A. Kushmaro // Chemosphere. - 2020. - V. 258. - P. 1-9.

26. Barbato, M. Hydrocarbonoclastic Alcanivorax isolates exhibit different physiological and expression responses to n-dodecane / M. Barbato, A. Scoma, F. Mapelli, R.D. Smet, I.M. Banat, D. Daffonchio, N. Boon, S. Borin // Frontiers in microbiology. - 2016. - V. 7. - P. 1-14.

27. Barcenas-Moreno, G. Adaptation of soil microbial communities to temperature: comparison of fungi and bacteria in a laboratory experiment / G. Barcenas-Moreno, M. Gomez-Brandon, J. Rousk, E. Baath // Global Change Biology. - 2009. - V. 15. (12). - P. 2950-2957.

28. Beck, D.A.C. A metagenomic insight into freshwater methane-utilizing communities and evidence for cooperation between the Methylococcaceae and the Methylophilaceae / D.A.C. Beck, M.G. Kalyuzhnaya, S. Malfatti, S.G. Tringe, T.G. del Rio, N. Ivanova, M.E. Lidstrom, L. Chistoserdova // PeerJ. - 2013. - V. 1. - P. 1-23.

29. Beer, L.A. Protein detection in gels using fixation / L.A. Beer, D.W. Speicher // Current protocols in protein science. - 2018. - V. 91. (1). - P. 1-26.

30. Bhaganna, P. Hydrophobic substances induce water stress in microbial cells / P. Bhaganna, R.J.M. Volkers, A.N.W. Bell, K. Kluge, D.J. Timson, J.W.

McGrath, H.J. Ruijssenaars, J.E. Hallsworth // Microbial Biotechnology. - 2010. -V. 3. (6). - P. 701-716.

31. Bosch, R. Complete nucleotide sequence and evolutionary significance of a chromosomally encoded naphthalene-degradation lower pathway from Pseudomonas stutzeri AN10 / R. Bosch, E. Garcia-Valdes, E.R.B. Moore // Gene.

- 2000. - V. 245. (1). - P. 65-74.

32. Bosch, R. Genetic characterization and evolutionary implications of a chromosomally encoded naphthalene-degradation upper pathway from Pseudomonas stutzeri AN10 / R. Bosch, E. Garcia-Valdes, E.R.B Moore // Gene. -1999a. - V. 236. (1). - P. 149-157.

33. Bosch, R. NahW, a novel, inducible salicylate hydroxylase involved in mineralization of naphthalene by Pseudomonas stutzeri AN10 / R.Bosch, E.R.B. Moore, E. Garcia-Valdes, D.H. Pieper // Journal of bacteriology. - 1999b. - V. 181. (8). - P. 2315-2322.

34. Bradford M.M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding / M.M. Bradford // Analytical biochemistry. - 1976. - V. 72. - P. 248-254.

35. Brakstad, O.G. Biodegradation of petroleum oil in cold marine environments / O.G. Brakstad, S. Lofthus, D. Ribicic, R. Netzer //Psychrophiles: From biodiversity to biotechnology. - Cham : Springer, 2017. - P. 613-644.

36. Brunet-Galmes, I. Complete genome sequence of the naphthalene-degrading bacterium Pseudomonas stutzeri AN10 (CCUG 29243) / I. Brunet-Galmes, A. Busquets, A. Pena, M. Gomila, B. Nogales, E. Garcia-Valdés, J. Lalucat, A. Bennasar, R. Boscha // Journal of Bacteriology. - 2012. - V. 194. (23).

- P. 6642-6643.

37. Bugg, T. Uptake and active efflux of polycyclic aromatic hydrocarbons by Pseudomonasfluorescens LP6a / T. Bugg, J.M. Foght, M.A. Pickard, M.R. Gray // Applied and environmental microbiology. - 2000. - V. 66. (12). - P. 5387-5392.

38. Burlingame, R. Stereospecificity in meta-fission catabolic pathways / R. Burlingame, P.J. Chapman // Journal of Bacteriology. - 1983. - V. 155. (1). - P. 424-426.

39. Bussmann, I. Methylomonas albis sp. nov. and Methylomonas fluvii sp. nov.: Two cold-adapted methanotrophs from the river Elbe and emended description of the species Methylovulum psychrotolerans / I. Bussmann, F. Horn, M. Hoppert, K.-W. Klings, A. Saborowski, J. Warnstedt, S. Liebner // Systematic and Applied Microbiology. - 2021. - V. 44. (6). - P. 126248.

40. Cai, Y. Bioremediation of petroleum hydrocarbons using Acinetobacter sp. SCYY-5 isolated from contaminated oil sludge: Strategy and effectiveness study / Y. Cai, R. Wang, P. Rao, B. Wu, L. Yan, L. Hu, S. Park, M. Ryu, X. Zhou // International journal of environmental research and public health. - 2021. - V. 18. - №. 2. - P. 819.

41. Caporaso, J.G. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data / J.G.Caporaso, J. Kuczynski, J. Stombaugh et al. // Nature methods. - 2010. - V. 7. (5). - P. 335-336.

42. Carattoli, A. In silico detection and typing of plasmids using PlasmidFinder and plasmid multilocus sequence typing / A. Carattoli, E. Zankari, A. García-Fernández, M.V. Larsen, O. Lund, L. Villa, F. M. Aarestrup, H. Hasman // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2014. - V. 58. (7). - P. 3895-3903.

43. Cardoso, D.C. Comparison of the active and resident community of a coastal microbial mat / D.C. Cardoso, A. Sandionigi, M.S. Cretoiu, M. Casiraghi, L. Stal, H. Bolhuis // Scientific Reports. - 2017. - V. 7. - №. 1. - P. 1-10.

44. Carlson, C.A. Pseudomonas stutzeri and related species undergo natural transformation / C.A. Carlson, L.S. Pierson, J.J. Rosen, J.L. Ingraham // Journal of Bacteriology. - 1983. - V. 153. (1). - P. 93-99.

45. Chan, S.I. Catalytic machinery of methane oxidation in particulate methane monooxygenase (pMMO) / S.I. Chan, W.-H. Chang, S.-H. Huang, H.-H. Lin, S.S.-F. Yu // Journal of Inorganic Biochemistry. - 2021. - V. 225. - P. 1-13.

46. Chao, A. Iron acquisition in Mycobacterium tuberculosis / A.M. Goral, K.L. Tkaczuk, M. Chruszcz, O. Kagan, A. Savchenko, W. Minor // Chemical reviews. -2019. - V. 119. (2). - P. 1193-1220.

47. Chen, W. High efficiency degradation of alkanes and crude oil by a salttolerant bacterium Dietzia species CN-3 / W. Chen, J. Li, X. Sun, J. Min, X. Hu // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2017. - V. 118. - P. 110-118.

48. Chiciudean, I. Complete genome sequence of Tsukamurella sp. MH1: A wide-chain length alkane-degrading actinomycete / I. Chiciudean, Y. Nie, A.-M. Tänase, I. Stoica, X.-L. Wu // Journal of biotechnology. - 2018. - V. 268. - P. 1-5.

49. Chistoserdova, L. Methylotrophy in a lake: from metagenomics to single-organism physiology / L. Chistoserdova // Applied and environmental microbiology. - 2011. - V. 77. (14). - P. 4705-4711.

50. Chong, H. Microbial production of rhamnolipids: opportunities, challenges and strategies / H. Chong, Q. Li // Microbial cell factories. - 2017. - V. 16. (1). -P. 1-12.

51. Christofi, N. Microbial surfactants and their use in field studies of soil remediation / N. Christof!, I.B. Ivshina // Journal of Applied Microbiology. - 2002. - V. 93. (6). - P. 915-929.

52. Chroust, K. Quantitative structure-activity relationships for toxicity and genotoxicity of halogenated aliphatic compounds: Wing spot test of Drosophila melanogaster / K. Chroust, M. Pavlova, Z. Prokop, J. Mendel, K. Bozkova, Z. Kubat, V. Zajickova, J. Damborsky // Chemosphere. - 2007. - V. 67. (1). - P. 152159.

53. Cirigliano, M.C. Isolation of a bioemulsifier from Candida lipolytica / M.C. Cirigliano, G.M. Carman // Applied and environmental microbiology. - 1984. - V. 48. - I. 4. - P. 747-750.

54. Clergé, A. Oxy-PAHs: occurrence in the environment and potential genotoxic/mutagenic risk assessment for human health / A. Clergé, J. Le Goff, C. Lopez, J. Ledauphin, R. Delépée // Critical reviews in toxicology. - 2019. - V. 49. (4). - P. 302-328.

55. Colclough, A.L. RND efflux pumps in Gram-negative bacteria; regulation, structure and role in antibiotic resistance / A.L. Colclough, I. Alav, E.E. Whittle, H.L. Pugh, E.M. Darby, S.W. Legood, H.E. McNeil, J.M.A. Blair // Future Microbiology. - 2020. - V. 15. (2). - P. 143-157.

56. Collavino, M.M. nifH pyrosequencing reveals the potential for location-specific soil chemistry to influence N2-fixing community dynamics / M.M. Collavino, H.J. Tripp, I.E. Frank, M.L. Vidoz, P.A. Calderoli, M. Donato, J.P. Zehr, O.M. Aguilar // Environmental microbiology. - 2014. - V. 16. (10). - P. 3211-3223.

57. Costa, P.M. Current aspects of DNA damage and repair in ecotoxicology: A mini-review / P.M. Costa // Ecotoxicology. - 2022. - V. 31. - P. 1-11.

58. Cotta, S.R Disentangling the lifestyle of bacterial communities in tropical soda lakes / S.R. Cotta, T.A. Pellegrinetti, A.P.D. Andreote, J.S. Costa, H. Sarmento, M.F. Fiore // Scientific reports. - 2022. - V. 12. (1). - P. 1-10.

59. Cox, J. Accurate proteome-wide label-free quantification by delayed normalization and maximal peptide ratio extraction, termed MaxLFQ / J. Cox, M.Y. Hein, C.A. Luber, I. Paron, N. Nagaraj, M. Mann // Molecular & cellular proteomics. - 2014. - V. 13. (9). - P. 2513-2526.

60. Cox, J. MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized ppb-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification / J. Cox, M. Mann // Nature biotechnology. - 2008. - V. 26. (12). - P. 1367-1372.

61. Cray, J.A. A universal measure of chaotropicity and kosmotropicity / J.A. Cray, J.T. Russell, D.J. Timson, R.S. Singhal, J.E. Hallsworth // Environmental Microbiology. - 2013. - V. 15. (1). - P. 287-296.

62. Cray, J.A. Chaotropicity: a key factor in product tolerance of biofuel-producing microorganisms / J.A. Cray, A. Stevenson, P. Ball, S.B. Bankar, E.C.A. Eleutherio, T.C. Ezeji, R.S. Singhal, J.M. Thevelein, D.J. Timson, J.E. Hallsworth // Current opinion in biotechnology. - 2015. - V. 33. - P. 228-259.

63. Das, D. Transcriptome analysis of crude oil degrading Pseudomonas aeruginosa strains for identification of potential genes involved in crude oil

degradation / D. Das, G.T. Mawlong, Y.N. Sarki, A.K. Singh, C. Chikkaputtaiah, H.P.D. Boruah // Gene. - 2020. - V. 755. - P. 1-17.

64. Das, N. Paradigm shift in antibiotic-resistome of petroleum hydrocarbon contaminated soil / N. Das, R. Kotoky, A.P. Maurya, B. Bhuyan, P. Pandey // Science of The Total Environment. - 2021. - V. 757. - P. 1-10.

65. Dashti, N. Most hydrocarbonoclastic bacteria in the total environment are diazotrophic, which highlights their value in the bioremediation of hydrocarbon contaminants / N. Dashti, N. Ali, M. Eliyas, M. Khanafer, N.A. Sorkhoh, S.S. Radwan // Microbes and environments. - 2015. - V. 30. (1). - P. 70-75.

66. de Araujo, S.S. Structural and kinetic characterization of recombinant 2-hydroxymuconate semialdehyde dehydrogenase from Pseudomonas putida G7 / S.S. de Araujo, C.M.L. Neves, S.L. Guimaraes, C.P. Whitman, W.H. Johnson Jr., R. Aparicio, R.A.P. Nagem // Archives of biochemistry and biophysics. - 2015. -V. 579. - P. 8-17.

67. De Smet, K.A.L. Three pathways for trehalose biosynthesis in mycobacteria / K.A.L. De Smet, A. Weston, I.N. Brown, D.B. Young, B.D. Robertson // Microbiology. - 2000. - V. 146. (1). - P. 199-208.

68. de Sousa, L.P. Mobile genetic elements in Pseudomonas stutzeri / L.P. de Sousa // Current Microbiology. - 2020. - V. 77. (2). - P. 179-184.

69. DeSantis, T.Z. Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB / T.Z. DeSantis, P. Hugenholtz, N. Larsen, M. Rojas, E.L. Brodie, K. Keller, T. Huber, D. Dalevi, P. Hu, G.L. Andersen //Applied and environmental microbiology. - 2006. - V. 72. (7). - P. 5069-5072.

70. Desnoues, N. Nitrogen fixation genetics and regulation in a Pseudomonas stutzeri strain associated with rice / N. Desnoues, M. Lin, X. Guo, L. Ma, R. Carreno-Lopez, C. Elmerich // Microbiology. - 2003. - V. 149. (8). - P. 22512262.

71. Diaz, E. Identification of functional residues in a 2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase: a new member of the a/p hydrolase-fold family of

enzymes which cleaves carbon-carbon bonds / E. Diaz, K.N. Timmis // Journal of Biological Chemistry. - 1995. - V. 270. (11). - P. 6403-6411.

72. Dixon, R. Genetic regulation of biological nitrogen fixation / R. Dixon, D. Kahn // Nature Reviews Microbiology. - 2004. - V. 2. (8). - P. 621-631.

73. Dubbels, B.L. Butane monooxygenase of 'Pseudomonas butanovora': purification and biochemical characterization of a terminal-alkane hydroxylating diiron monooxygenase / B.L. Dubbels, L.A. Sayavedra-Soto, D.J. Arp // Microbiology. - 2007. - V. 153. (6). - P. 1808-1816.

74. Dutta, K. Effects of secondary carbon supplement on biofilm-mediated biodegradation of naphthalene by mutated naphthalene 1, 2-dioxygenase encoded by Pseudomonas putida strain KD9 / K. Dutta, S. Shityakov, I. Khalifa, A. Mal, S.P. Moulik, A.K. Panda, C. Ghosh // Journal of hazardous materials. - 2018. - V. 357. - P. 187-197.

75. Dyrda, G. The effect of organic solvents on selected microorganisms and model liposome membrane / G. Dyrda, E. Boniewska-Bemacka, D. Man, K. Barchiewicz, R. Slota // Molecular biology reports. - 2019. - V. 46. (3). - P. 32253232.

76. Eberlein, C. Immediate response mechanisms of Gram-negative solventtolerant bacteria to cope with environmental stress: cis-trans isomerization of unsaturated fatty acids and outer membrane vesicle secretion / C. Eberlein, T. Baumgarten, S. Starke, H.J. Heipieper // Applied microbiology and biotechnology. - 2018. - V. 102. (6). - P. 2583-2593.

77. Eckl, P.M. Genotoxicity of lipid oxidation compounds / P.M. Eckl, N. Bresgen // Free radical biology and medicine. - 2017. - V. 111. - P. 244-252.

78. El-Sherbeny, T.M.S. Response of peanut (Arachis hypogaea L.) plant to bio-fertilizer and plant residues in sandy soil / T.M.S. El-Sherbeny, A.M. Mousa, M.A. Zhran // Environmental Geochemistry and Health. - 2022. - P. 1-13.

79. Elumalai, P. Role of thermophilic bacteria (Bacillus and Geobacillus) on crude oil degradation and biocorrosion in oil reservoir environment / P. Elumalai,

P. Parthipan, J. Narenkumar, B. Anandakumar, J. Madhavan, B.-T. Oh, A. Rajasekar // 3 Biotech. - 2019. - V. 9. - №. 3. - P. 1-11.

80. Fan, F. Cloning, sequence analysis, and purification of choline oxidase from Arthrobacter globiformis: a bacterial enzyme involved in osmotic stress tolerance / F. Fan, M. Ghanem, G. Gadda // Archives of biochemistry and biophysics. - 2004. - V. 421. (1). - P. 149-158.

81. Fang, H. Role of the Group 2 Mrp sodium/proton antiporter in rapid response to high alkaline shock in the alkaline-and salt-tolerant Dietzia sp. DQ12-45-1b / H. Fang, X.-Y. Qin, K.-D. Zhang, Y. Nie, X.-L. Wu // Applied microbiology and biotechnology. - 2018. - V. 102. (8). - P. 3765-3777.

82. Farsang, A. Evaluating the effects of sewage sludge compost applications on the microbial activity, the nutrient and heavy metal content of a Chernozem soil in a field survey / A. Farsang, I. Babcsanyi, Z. Ladanyi, K. Perei, A. Bodor, K.T. Csanyi, K. Barta // Arabian Journal of Geosciences. - 2020. - V. 13. (19). - P. 1-9.

83. Filatova, I.Y. Protein SgpR of Pseudomonas putida strain AK5 is a LysR-type regulator of salicylate degradation through gentisate / I.Y. Filatova, A.S. Kazakov, E.N. Muzafarov, M.V. Zakharova // FEMS Microbiology Letters. -2017. - V. 364. (12). - P. 1-7.

84. Fillet, S. Transcriptional control of the main aromatic hydrocarbon efflux pump in Pseudomonas / S. Fillet, C. Daniels, C. Pini, T. Krell, E. Duque, P. Bernal, A. Segura, D. Lu, X. Zhang, J.-L. Ramos // Environmental microbiology reports. - 2012. - V. 4. (2). - P. 158-167.

85. Foght, J. Nitrogen fixation and hydrocarbon-oxidizing bacteria / J. Foght // Cellular Ecophysiology of Microbe: hydrocarbon and lipid interactions. Handbook of hydrocarbon and lipid microbiology. - Cham : Springer, 2018. - P. 431-448.

86. Foster, P.L. Stress-induced mutagenesis in bacteria / P.L. Foster // Critical reviews in biochemistry and molecular biology. - 2007. - V. 42. (5). - P. 373-397.

87. Fu, P.P. Phototoxicity and environmental transformation of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) - light-induced reactive oxygen species, lipid

peroxidation, and DNA damage / P.P. Fu, Q. Xia, X. Sun, H. Yu // Journal of Environmental Science and Health, Part C. - 2012. - V. 30. (1). - P. 1-41.

88. Fuchs, G. Microbial degradation of aromatic compounds - from one strategy to four / G. Fuchs, M. Boll, J. Heider // Nature Reviews Microbiology. -2011. - V. 9. (11). - P. 803-816.

89. Gallo, G. Differential proteomic analysis of an engineered Streptomyces coelicolor strain reveals metabolic pathways supporting growth on n-hexadecane / G. Gallo, L. Lo Piccolo, G. Renzone, R. La Rosa, A. Scaloni, P. Quatrini, A.M. Puglia // Applied microbiology and biotechnology. - 2012. - V. 94. (5). - P. 12891301.

90. Gaur, V.K. Evolution in mitigation approaches for petroleum oil-polluted environment: recent advances and future directions / V.K. Gaur, S.Gupta, A. Pandey // Environmental Science and Pollution Research. - 2022. - V. 29 - P. 61821-61837.

91. Gibu, N. Characterization and transcriptional regulation of n-alkane hydroxylase gene cluster of Rhodococcus jostii RHA1 / N. Gibu, D. Kasai, T. Ikawa, E. Akiyama, M. Fukuda // Microorganisms. - 2019. - V. 7. (11). - P. 1-15.

92. Goins, C.M. Mycolyltransferase from Mycobacterium tuberculosis in covalent complex with tetrahydrolipstatin provides insights into antigen 85 catalysis / C.M. Goins, S. Dajnowicz, M.D. Smith, J.M. Parks, D.R. Ronning // Journal of Biological Chemistry. - 2018. - V. 293. (10). - P. 3651-3662.

93. Goldfarb, J.L. Vapor pressures and enthalpies of sublimation of ten polycyclic aromatic hydrocarbons determined via the Knudsen effusion method / J.L. Goldfarb, E.M. Suuberg // Journal of Chemical & Engineering Data. - 2008. -V. 53. (3). - P. 670-676.

94. Gong, W.J. How the soil microbial communities and activities respond to long-term heavy metal contamination in electroplating contaminated site / W.-J. Gong, Z.-F. Niu, X.-R. Wang, H.-P. Zhao // Microorganisms. - 2021. - V. 9. (2). -P. 1-12.

95. Gong, Z. A review of application and development of combustion technology for oil sludge / Z. Gong, H. Zhang,Y. Juan, L. Zhu,W. Zheng, J. Ding, M. Tian, X. Li, J. Zhang,Y. Guo, G. Li // Journal of Environmental Science and Health, Part A. - 2022. - V. 57. (5). - P. 396-412.

96. Goral, A.M. Crystal structure of a putative isochorismatase hydrolase from Oleispira antarctica / A.M. Goral, K.L. Tkaczuk, M. Chruszcz, O. Kagan, A. Savchenko, W. Minor // Journal of structural and functional genomics. - 2012. -V. 13. (1). - P. 27-36.

97. Gradova, N.B. Use of bacteria of the genus Azotobacter for bioremediation of oil-contaminated soils / N.B. Gradova, I.B. Gornova, R. Eddaudi, R.N. Salina // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2003. - V. 39. (3). - P. 279-281.

98. Grady, S.L. A comprehensive multi-omics approach uncovers adaptations for growth and survival of Pseudomonas aeruginosa on n-alkanes / S.L. Grady, S.A. Malfatti, T.S. Gunasekera, B.K. Dalley, M.G. Lyman, R.C. Striebich, M.B. Mayhew, C.L. Zhou, O.N. Ruiz, L.C. Dugan // BMC genomics. - 2017. - V. 18. (1). - P. 1-19.

99. Grant, C. Identification and use of an alkane transporter plug-in for applications in biocatalysis and whole-cell biosensing of alkanes / C. Grant, D. Deszcz, Y.-C. Wei, R. Martinez-Torres, P. Morris, T. Folliard, R. Sreenivasan, J. Ward, P. Dalby, J. Woodley, F. Baganz // Scientific reports. - 2014. - V. 4. (1). -P. 1-9.

100. Graupner, S. Type IV pilus genes pilA and pilC of Pseudomonas stutzeri are required for natural genetic transformation, and pilA can be replaced by corresponding genes from nontransformable species / S. Graupner, V. Frey, R. Hashemi, M.G. Lorenz, G. Brandes, W. Wackernagel // Journal of bacteriology. -2000. - V. 182. (8). - P. 2184-2190.

101. Grigoryeva, T.V. Draft genome of the nitrogen-fixing bacterium Pseudomonas stutzeri strain KOS6 isolated from industrial hydrocarbon sludge / T.V. Grigoryeva, A.V. Laikov, R.P. Naumova, A.I. Manolov, A.K. Larin, I.Y.

Karpova, T.A. Semashko, D.G. Alexeev, E.S. Kostryukova, R. Müller, V.M. Govorun // Genome announcements. - 2013. - V. 1. (1). - P. 1-2.

102. Gu, D. Synergy between fungi and bacteria promotes polycyclic aromatic hydrocarbon cometabolism in lignin-amended soil / D. Gu, X. Xiang, Y. Wu, J. Zeng, X. Lin // Journal of Hazardous Materials. - 2022. - V. 425. - P. 1-9.

103. Guerrero-Cruz, S. Methanotrophs: discoveries, environmental relevance, and a perspective on current and future applications / S. Guerrero-Cruz, A. Vaksmaa, M.A. Horn, H. Niemann, M. Pijuan, A. Ho // Frontiers in Microbiology. - 2021. - V. 12. - P. 1-28.

104. Gunasekera, T.S. Genomic and transcriptomic characterization revealed key adaptive mechanisms of Marinobacter hydrocarbonoclasticus NI9 for proliferation and degradation of jet fuel / T.S. Gunasekera, L.L. Bowen, O. Radwan, R.C. Striebich, O.N. Ruiz // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2022. - V. 175. - P. 1-12.

105. Gupta, R.S. The phylogeny of proteobacteria: relationships to other eubacterial phyla and eukaryotes / R.S. Gupta // FEMS Microbiology Reviews. -2000. - V. 24. (4). - P. 367-402.

106. Haddock, J.D. Aerobic degradation of aromatic hydrocarbons: enzyme structures and catalytic mechanisms / J.D. Haddock // Handbook of hydrocarbon and lipid microbiology. - Cham : Springer, 2010. - P. 1057-1069.

107. Hakemian, A.S. The biochemistry of methane oxidation / A.S. Hakemian, A.C. Rosenzweig // Annual Review of Biochemistry. - 2007. - V. 76. - P. 223241.

108. Hallsworth, J.E. Chaotropic solutes cause water stress in Pseudomonas putida / J.E. Hallsworth, S. Heim, K.N. Timmis // Environmental Microbiology. -2003. - V. 5. (12). - P. 1270-1280.

109. Hallsworth, J.E. Stress-free microbes lack vitality / J.E. Hallsworth // Fungal biology. - 2018. - V. 122. - №. 6. - P. 379-385.

110. Hanson, B.T. Role of nitrogen fixation in the autecology of Polaromonas naphthalenivorans in contaminated sediments / B.T. Hanson, J.M. Yagi, C.O.

Jeon, E.M. Madsen // Environmental Microbiology. - 2012. - V. 14. (6). - P. 1544-1557.

111. Harwood, C.S. The beta-ketoadipate pathway and the biology of self-identity / C.S. Harwood, R.E. Parales // Annual review of microbiology. - 1996. -V. 50. - P. 553-591.

112. Havis, S. A universal stress protein that controls bacterial stress survival in Micrococcus luteus / S. Havis, A. Bodunrin, J. Rangel, R. Zimmerer, J. Murphy, J.D. Storey, T.D. Duong, B. Mistretta, P. Gunaratne, W.R. Widger, S.J. Barka // Journal of bacteriology. - 2019. - V. 201. (24). - P. 1-14.

113. Hearn, E.M. Identification and characterization of the emhABC efflux system for polycyclic aromatic hydrocarbons in Pseudomonas fluorescens cLP6a /

E.M. Hearn, J.J. Dennis, M.R. Gray, J.M. Foght // Journal of bacteriology. - 2003.

- V. 185. (21). - P. 6233-6240.

114. Heipieper, H.J. Toxicity of hydrocarbons to microorganisms / H.J. Heipieper, P.M. Martinez // Cellular Ecophysiology of Microbe: Hydrocarbon and Lipid Interactions - Cham : Springer, 2018. - P. 335-344.

115. Hentati, D. Biotreatment of oily sludge by a bacterial consortium: Effect of bioprocess conditions on biodegradation efficiency and bacterial community structure / D. Hentati, R.M.M. Abed, N. Abotalib, A.M.E. Nayal, I. Ashraf, W. Ismail // Frontiers in microbiology. - 2022. - V. 13. - P. 998076-998076.

116. Herbst, F.-A. Sulfur-34S stable isotope labeling of amino acids for quantification (SULAQ34) of proteomic changes in Pseudomonas fluorescens during naphthalene degradation / F.-A. Herbst, M. Taubert, N. Jehmlich, T. Behr,

F. Schmidt, M. von Bergen, J. Seifert // Molecular & Cellular Proteomics. - 2013.

- V. 12. (8). - P. 2060-2069.

117. Hirakawa, K. Catechol and hydroquinone have different redox properties responsible for their differential DNA-damaging ability / K. Hirakawa, S. Oikawa, Y. Hiraku, I. Hirosawa, S. Kawanishi // Chemical research in toxicology. - 2002. -V. 15. (1). - P. 76-82.

118. Hirose, J. A new ICEc/c subfamily integrative and conjugative element responsible for horizontal transfer of biphenyl and salicylic acid catabolic pathway in the PCB-degrading strain Pseudomonas stutzeri KF716 / J. Hirose, T. Watanabe, T. Futagami, H. Fujihara, N. Kimura, H. Suenaga, M. Goto, A. Suyama, K. Furukawa // Microorganisms. - 2021. - V. 9. (12). - P. 1-11.

119. Horn, G. Structure and function of bacterial cold shock proteins / G. Horn, R. Hofweber, W. Kremer, H.R. Kalbitzer // Cellular and molecular life sciences. -2007. - V. 64. (12). - P. 1457-1470.

120. Hu, B. Metabolic exchange with non-alkane-consuming Pseudomonas stutzeri SLG510A3-8 improves n-alkane biodegradation by the alkane degrader Dietzia sp. strain DQ12-45-1b / B. Hu, M. Wang, S. Geng, L. Wen, M. Wu, Y. Nie, Y.-Q. Tang, X.-L. Wu // Applied and environmental microbiology. - 2020. -V. 86. - №. 8. - P. 1-15.

121. Hu, F. Rational strain improvement for surfactin production: enhancing the yield and generating novel structures / F. Hu , Y. Liu, S. Li // Microbial cell factories. - 2019. - V. 18. (1). - P. 1-13.

122. Huerta-Cepas, J. eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses / J. Huerta-Cepas, D. Szklarczyk, D. Heller et al. // Nucleic acids research. - 2019. - V. 47. (D1). - P. D309-D314.

123. Iglesias, G. The toxicity of behenyl alcohol: I. Genotoxicity and subchronic toxicity in rats and dogs / G. Iglesias, J.J. Hlywka, J.E. Berg, M.H. Khalil, L.E. Pope, D. Tamarkin // Regulatory Toxicology and Pharmacology. - 2002. - V. 36. (1). - P. 69-79.

124. Imam, A. Biological machinery for polycyclic aromatic hydrocarbons degradation: A review / A. Imam, S.K. Suman, P.K. Kanaujia, A. Ray // Bioresource Technology. - 2022. - V. 343. - P. 1-11.

125. Imron, M.F. Future challenges in diesel biodegradation by bacteria isolates: a review / M.F. Imron, S.B. Kurniawan, N.I. Ismail, S.R.S. Abdullah // Journal of Cleaner Production. - 2020. - V. 251. - P. 1-18.

126. Iwama, R. Functional roles and substrate specificities of twelve cytochromes P450 belonging to CYP52 family in n-alkane assimilating yeast Yarrowia lipolytica / R. Iwama, S. Kobayashi, C. Ishimaru, A. Ohta, H. Horiuchi, R. Fukuda // Fungal Genetics and Biology. - 2016. - V. 91. - P. 43-54.

127. Izmalkova, T.Y. Molecular classification of IncP-9 naphthalene degradation plasmids / T.Y. Izmalkova, D.V. Mavrodi, S.L. Sokolov, I.A. Kosheleva, K. Smalla, C.M. Thomas, A.M. Boronin // Plasmid. - 2006. - V. 56. (1). - P. 1-10.

128. Izmalkova, T.Y. The organization of naphthalene degradation genes in Pseudomonasputida strain AK5 / T.Y. Izmalkova, O.I. Sazonova, M.O. Nagornih, S.L. Sokolov, I.A. Kosheleva, A.M. Boronin // Research in microbiology. - 2013. - V. 164. (3). - P. 244-253.

129. Jafarinejad, S. Current technologies and future directions for treating petroleum refineries and petrochemical plants (PRPP) wastewaters / S. Jafarinejad, S.C. Jianga // Journal of Environmental Chemical Engineering. - 2019. - V. 7. -№. 5. - P. 1-11.

130. Jain, C. High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries / C. Jain, L.M. Rodriguez-R, A.M. Phillippy, K.T. Konstantinidis, S. Aluru // Nature communications. - 2018. - V. 9. - P. 1-8.

131. Jain, M. A review on treatment of petroleum refinery and petrochemical plant wastewater: a special emphasis on constructed wetlands / M. Jain, A. Majumder, P.S. Ghosal, A.K. Gupta // Journal of Environmental Management. -2020. - V. 272. - P. 1-21.

132. Jaroensuk, J. Enzymatic reactions and pathway engineering for the production of renewable hydrocarbons / J. Jaroensuk, P. Intasian, W. Wattanasuepsin, N. Akeratchatapan, C. Kesornpun, N. Kittipanukul, P. Chaiyen // Journal of biotechnology. - 2020. - V. 309. - P. 1-19.

133. Ji, Y. Structural insights into diversity and n-alkane biodegradation mechanisms of alkane hydroxylases / Y. Ji, G. Mao,Y. Wang, M. Bartlam // Frontiers in microbiology. - 2013. - V. 4. - P. 1-13.

134. Jia, B. Evolutionary, computational, and biochemical studies of the salicylaldehyde dehydrogenases in the naphthalene degradation pathway / B. Jia, X. Jia, K.H. Kim, Z.J. Pu, M.-S. Kang, C.O. Jeon // Scientific reports. - 2017. - V. 7. (1). - P. 1-13.

135. Juhasz, A.L. Microbial degradation and detoxification of high molecular weight polycyclic aromatic hydrocarbons by Stenotrophomonas maltophilia strain VUN 10,003 / A.L. Juhasz, G.A. Stanley, M.L. Britz // Letters in Applied Microbiology. - 2000. - V. 30. (5). - P. 396-401.

136. Kaczorek, E. The impact of biosurfactants on microbial cell properties leading to hydrocarbon bioavailability increase / E. Kaczorek, A. Pacholak, A. Zdarta, W. Smulek // Colloids and Interfaces. - 2018. - V. 2. (3). - P. 1-22.

137. Kanaly, R.A. Advances in the field of high molecular weight polycyclic aromatic hydrocarbon biodegradation by bacteria / R.A. Kanaly, S. Harayama // Microbial biotechnology. - 2010. - V. 3. (2). - P. 136-164.

138. Kang, Y.-S. Protection against diesel oil toxicity by sodium chloride-induced exopolysaccharides in Acinetobacter sp. strain DR1 / Y.-S. Kang, W. Park // Journal of bioscience and bioengineering. - 2010. - V. 109. (2). - P. 118-123.

139. Karlapudi, A.P. Role of biosurfactants in bioremediation of oil pollution-a review / A.P. Karlapudi, T.C. Venkateswarulu, J. Tammineedi, L. Kanumuri, B.K. Ravuru, V. ramu Dirisala, V.P. Kodali // Petroleum. - 2018. - V. 4. (3). - P. 241249.

140. Kebede, G. Factors influencing the bacterial bioremediation of hydrocarbon contaminants in the soil: mechanisms and impacts / G. Kebede, T. Tafese, E.M. Abda, M. Kamaraj, F. Assefa // Journal of Chemistry. - 2021. - V. 2021. - P. 1-17.

141. Khatoon, K. Screening of polycyclic aromatic hydrocarbon degrading bacterial isolates from oil refinery wastewater and detection of conjugative plasmids in polycyclic aromatic hydrocarbon tolerant and multi-metal resistant bacteria / K. Khatoon, A. Malik // Heliyon. - 2019. - V. 5. (10). - P. 1-7.

142. Khider, M.L.K. Methane monooxygenases: central enzymes in methanotrophy with promising biotechnological applications / M.L.K. Khider, T.

Brautaset, M. Irla // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2021. -V. 37. (4). - P. 1-11.

143. Kim, J. Expression and deletion analyses of cspE encoding cold-shock protein E in Acinetobacter oleivorans DR1 / J. Kim, S. Ha, W. Park // Research in microbiology. - 2018. - V. 169. (4-5). - P. 244-253.

144. Kim, Y.-J. Molecular cloning of the nahC gene encoding 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase from Pseudomonas fluorescens / Y.-J. Kim, N.-R. Lee, S.-Y. Choi, K.-H. Min // Journal of microbiology and biotechnology. -2002. - V. 12. (1). - P. 172-175.

145. Klindworth, A. Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies / A. Klindworth, E. Pruesse, T. Schweer, J. Peplies, C. Quast, M. Horn, F.O. Glockner // Nucleic acids research. - 2013. - V. 41. (1). - P. 1-11.

146. Ko, Y. Draft genome sequence of Desemzia sp. strain C1, producing hydrogen peroxide, isolated from oil-contaminated soil / Y. Ko, Y. Yang, S. Ghatge, S. Kim, H.-G. Hura // Microbiology Resource Announcements. - 2022. -V. 11. (6). - P. 1-2.

147. Kong, W. Characterization and transcriptome analysis of a long-chain n-alkane-degrading strain Acinetobacter pittii SW-1 / W. Kong, C. Zhao, X. Gao, L. Wang, Q. Tian, Y. Liu, S. Xue, Z. Han, F. Chen, S. Wang // International journal of environmental research and public health. - 2021. - V. 18. - №. 12. - P. 1-15.

148. Koolivand, A. Biodegradation of oil tank bottom sludge using a new two-phase composting process: Kinetics and effect of different bulking agents / A. Koolivand, H. Abtahi, K. Godini, R. Saeedi, M.S. Rajaei, M. Parhamfar, H. Seifi // Journal of Material Cycles and Waste Management. - 2019. - V. 21. (6). - P. 1280-1290.

149. Koshlaf, E. Effect of biostimulation on the distribution and composition of the microbial community of a polycyclic aromatic hydrocarbon-contaminated landfill soil during bioremediation / E. Koshlaf, E. Shahsavari, N. Haleyur, A.M. Osborn, A.S. Ball // Geoderma. - 2019. - V. 338. - P. 216-225.

150. Kotani, T. Gene structure and regulation of alkane monooxygenases in propane-utilizing Mycobacterium sp. TY-6 and Pseudonocardia sp. TY-7 / T.Kotani, Y. Kawashima, H. Yurimoto, N. Kato, Y. Sakai // Journal of bioscience and bioengineering. - 2006. - V. 102. (3). - P. 184-192.

151. Kotoky, R. The structure-function relationship of bacterial transcriptional regulators as a target for enhanced biodegradation of aromatic hydrocarbons / R. Kotoky, N. Ogawa, P. Pandey // Microbiological Research. - 2022. - V. 262. - P. 1-18.

152. Kour, D. Beneficial microbiomes for bioremediation of diverse contaminated environments for environmental sustainability: present status and future challenges / D. Kour, T. Kaur, R. Devi, A. Yadav et al. // Environmental Science and Pollution Research. - 2021. - V. 28. (20). - P. 24917-24939.

153. Krzyszczak, A. Occurrence and toxicity of polycyclic aromatic hydrocarbons derivatives in environmental matrices / A. Krzyszczak, B. Czech // Science of The Total Environment. - 2021. - V. 788. - P. 1-11.

154. Kügler, J.H. Surfactants tailored by the class Actinobacteria / J.H. Kügler, M. Le Roes-Hill, C. Syldatk, R. Hausmann // Frontiers in microbiology. - 2015. -V. 6. - P. 1-23.

155. Kügler, J.H. Trehalose lipid biosurfactants produced by the actinomycetes Tsukamurella spumae and T. pseudospumae / J.H. Kügler, C. Muhle-Goll, B. Kühl, A. Kraft, R. Heinzler, F. Kirschhöfer, M. Henkel, V. Wray, B. Luy, G. Brenner-Weiss, S. Lang, C. Syldatk, R. Hausmann // Applied microbiology and biotechnology. - 2014. - V. 98. (21). - P. 8905-8915.

156. Kumar, A. Myco-remediation: a mechanistic understanding of contaminants alleviation from natural environment and future prospect / A. Kumar, A.N. Yadav, R. Mondal et al. // Chemosphere. - 2021. - V. 284. - P. 1-22.

157. Kumar, S. MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms / S. Kumar, G. Stecher, M. Li, C. Knyaz, K. Tamura // Molecular biology and evolution. - 2018. - V. 35. (6). - P. 1547-1549.

158. Kuyukina, M.S. Advanced bioreactor treatments of hydrocarbon-containing wastewater / M.S. Kuyukina, A.V. Krivoruchko, I.B. Ivshina // Applied Sciences.

- 2020. - V. 10. (3). - P. 1-19.

159. Kuyukina, M.S. Trehalolipid biosurfactants from nonpathogenic Rhodococcus actinobacteria with diverse immunomodulatory activities / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina, T.A. Baeva, O.A. Kochina, S.V. Gein, V.A. Chereshnev // New biotechnology. - 2015. - V. 32. (6). - P. 559-568.

160. Lakshmi, M.B. Bioremediation of phenanthrene by Mycoplana sp. MVMB2 isolated from contaminated soil / M.B. Lakshmi, V.P. Anandaraj, M. Velan // Clean-Soil, Air, Water. - 2013. - V. 41. (1). - P. 86-93.

161. Lalucat, J. Biology of Pseudomonas stutzeri / J. Lalucat, A. Bennasar, R. Bosch, E. Garcia-Valdes, N.J. Palleroni // Microbiology and molecular biology reviews. - 2006. - V. 70. (2). - P. 510-547.

162. Lamark, T. The complex bet promoters of Escherichia coli: regulation by oxygen (ArcA), choline (BetI), and osmotic stress / T. Lamark, T.P. Rokenes, J. McDougall, A.R. Storm // Journal of Bacteriology. - 1996. - V. 178. (6). - P. 1655-1662.

163. Lambadi, P.R. Facile biofunctionalization of silver nanoparticles for enhanced antibacterial properties, endotoxin removal, and biofilm control / P.R. Lambadi, T.K. Sharma, P. Kumar, P. Vasnani, S.M. Thalluri, N. Bisht, R. Pathania, N.K. Navani // International journal of nanomedicine. - 2015. - V. 10. -P. 2155-2171.

164. Lanfranconi, M.P. Physiological role of NahW, the additional salicylate hydroxylase found in Pseudomonas stutzeri AN10 / M.P. Lanfranconi, J.A. Christie-Oleza, C. Martín-Cardona, L.Y. Suárez-Suárez, J. Lalucat, B. Nogales, R. Bosch // FEMS microbiology letters. - 2009. - V. 300. (2). - P. 265-272.

165. Lankas, G.R. Effect of alkane tumor-promoting agents on chemically induced mutagenesis in cultured V79 Chinese hamster cells / G.R. Lankas, C.S. Baxter, R.T. Christian // Journal of Toxicology and Environmental Health. - 1978.

- V. 4. (1). - P. 37-41.

166. Letinski, D.J. Water solubility of selected C9-C18 alkanes using a slow-stir technique: Comparison to structure-property models / D.J. Letinski, T.F. Parkerton, A.D. Redman, M.J. Connelly, B. Peterson // Chemosphere. - 2016. - V. 150. - P. 416-423.

167. Levine, B.M. Impacts of the long-term presence of buried crude oil on salt marsh soil denitrification in Barataria Bay, Louisiana / B.M. Levine, J.R. White, R.D. DeLaune // Ecological Engineering. - 2017. - V. 99. - P. 454-461.

168. Li, C. Characterization of a protocatechuate catabolic gene cluster in Rhodococcus ruber OA1 involved in naphthalene degradation / C. Li, C. Zhang, G. Song, H. Liu, G. Sheng, Z. Ding, Z. Wang, Y. Sun, Y. Xu, J. Chen // Annals of microbiology. - 2016. - V. 66. (1). - P. 469-478.

169. Li, F.-L. Oleiliquidispirillum nitrogeniifigens gen. nov., sp. nov., a new member of the family Rhodospirillaceae isolated from oil reservoir water / F.-L. Li, X.-T. Wang, J.-J. Shan, S. Li, Y.-X. Zhang, X.-Z. Li, D.-A. Li, W.-J. Li, L. Wang // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. -2020. - V. 70. (5). - P. 3468-3474.

170. Li, L. Crystal structure of long-chain alkane monooxygenase (LadA) in complex with coenzyme FMN: unveiling the long-chain alkane hydroxylase / L. Li, X. Liu, W. Yang, F. Xu, W. Wang, L. Feng, M. Bartlam, L. Wang, Z. Rao // Journal of molecular biology. - 2008. - V. 376. (2). - P. 453-465.

171. Li, Y.P. Elucidation of multiple alkane hydroxylase systems in biodegradation of crude oil n-alkane pollution by Pseudomonas aeruginosa DN1 / Y.P. Li, J.C. Pan, Y.L. Ma // Journal of applied microbiology. - 2019. - V. 128. (1). - P. 151-160.

172. Li. S.-S. Quantitative analysis of cellular proteome alterations of Pseudomonas putida to naphthalene-induced stress / S.-S. Li, X. Hu, H. Zhao, Y.-X. Li, L. Zhang, L.-J. Gong, J. Guo, H.-B. Zhao // Biotechnology letters. - 2015. -V. 37. (8). - P. 1645-1654.

173. Liao, J. Long-term oil contamination causes similar changes in microbial communities of two distinct soils / J. Liao, J. Wang, D. Jiang, M.C. Wang, Y.

Huang // Applied microbiology and biotechnology. - 2015. - V. 99. (23). - P. 10299-10310.

174. Lin, W. Effects of rhamnolipids on the cell surface characteristics of Sphingomonas sp. GY2B and the biodegradation of phenanthrene / W. Lin, S. Liu, L. Tong, Y. Zhang, J. Yang, W. Liu, C. Guo, Y. Xie, G. Lu, Z. Dang // RSC advances. - 2017. - V. 7. (39). - P. 24321-24330.

175. Liu, K. HbzF catalyzes direct hydrolysis of maleylpyruvate in the gentisate pathway of Pseudomonas alcaligenes NCIMB 9867 / K. Liu, T.-T. Liu, N.-Y. Zhou // Applied and environmental microbiology. - 2013. - V. 79. (3). - P. 10441047.

176. Liu, Y. A Pseudomonas sp. strain uniquely degrades PAHs and heterocyclic derivatives via lateral dioxygenation pathways / Y. Liu, H. Hu, G. Zanaroli, P. Xu, H. Tang // Journal of Hazardous Materials. - 2021. - V. 403. - P. 1-10.

177. Lo Piccolo, L. Involvement of an alkane hydroxylase system of Gordonia sp. strain SoCg in degradation of solid n-alkanes / L. Lo Piccolo, C. De Pasquale, R. Fodale, A.M. Puglia, P. Quatrini // Applied and Environmental Microbiology. -2011. - V. 77. (4). - P. 1204-1213.

178. Lorenz, M.G. High frequency of natural genetic transformation of Pseudomonas stutzeri in soil extract supplemented with a carbon/energy and phosphorus source / M.G. Lorenz, W. Wackernagel // Applied and Environmental Microbiology. - 1991. - V. 57. (4). - P. 1246-1251.

179. Lu, X.-Y. Bacteria-mediated PAH degradation in soil and sediment / X.-Y. Lu, T. Zhang, H.H.-P. Fang // Applied microbiology and biotechnology. - 2011. -V. 89. (5). - P. 1357-1371.

180. Luong, T.M. Hydrocarbons biodegradation by Rhodococcus: assimilation of hexadecane in different aggregate states / T.M. Luong, I. Puntus, N. Suzina, I. Nechaeva, L. Akhmetov, A. Filonov, E. Akatova, S. Alferov, O. Ponamoreva // Microorganisms. - 2022. - V. 10. - №. 8. - P. 1-17.

181. MacLean, B. Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments / B. MacLean, D.M. Tomazela, N. Shulman // Bioinformatics. - 2010. - V. 26. (7). - P. 966-968.

182. Mahren, S. The FecI extracytoplasmic-function sigma factor of Escherichia coli interacts with the P' subunit of RNA polymerase / S. Mahren, V. Braun // Journal of bacteriology. - 2003. - V. 185. (6). - P. 1796-1802.

183. Maleki, F. Bacterial heat shock protein activity / F. Maleki, A. Khosravi, A. Nasser, H. Taghinejad, M. Azizian // Journal of clinical and diagnostic research. -2016. - V. 10. (3). - P. 1-3.

184. Mathe, I. Diversity, activity, antibiotic and heavy metal resistance of bacteria from petroleum hydrocarbon contaminated soils located in Harghita County (Romania) / I. Mathe, T. Benedek, A. Tancsics, M. Palatinszky, S. Lanyi, K. Marialigeti // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2012. - V. 73. - P. 41-49.

185. McIntosh, P. Bioremediation and phytoremediation of total petroleum hydrocarbons (TPH) under various conditions / P. McIntosh, C.P. Schulthess, Y.A. Kuzovkina, K. Guillard // International journal of phytoremediation. - 2017. - V. 19. (8). - P. 755-764.

186. McKew, B.A. Efficacy of intervention strategies for bioremediation of crude oil in marine systems and effects on indigenous hydrocarbonoclastic bacteria / B.A. McKew, F. Coulon, M.M. Yakimov, R. Denaro, M. Genovese, C.J. Smith, A.M. Osborn, K.N. Timmis, T.J. McGenity // Environmental Microbiology. -2007. - V. 9. (6). - P. 1562-1571.

187. Medic, A. Efficient biodegradation of petroleum n-alkanes and polycyclic aromatic hydrocarbons by polyextremophilic Pseudomonas aeruginosa san ai with multidegradative capacity / A. Medic, M. Ljesevic, H. Inui, V. Beskoski, I. Kojic, K. Stojanovicd, I. Karadzic // RSC advances. - 2020. - V. 10. (24). - P. 1406014070.

188. Meyer, E.E. Recent progress in understanding hydrophobic interactions / E.E. Meyer, K.J. Rosenberg, J. Israelachvili // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2006. - V. 103. (43). - P. 15739-15746.

189. Mohapatra, B. Microbial degradation of naphthalene and substituted naphthalenes: Metabolic diversity and genomic insight for bioremediation / B. Mohapatra, P.S. Phale // Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. - 2021. -V. 9. - P. 1-28.

190. Moisander, P.H. Spatial-temporal variability in diazotroph assemblages in Chesapeake Bay using an oligonucleotide nifH microarray / P.H. Moisander, A.E. Morrison, B.B. Ward, B.D. Jenkins, J.P. Zehr // Environmental Microbiology. -2007. - V. 9. (7). - P. 1823-1835.

191. Moody, J.D. Degradation of benzo[a]pyrene by Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 / J.D. Moody, J.P. Freeman, P.P. Fu, C.E. Cerniglia // Applied and Environmental Microbiology. - 2004. - V. 70. - №. 1. - P. 340-345.

192. Morita, R. Molecular mechanisms of the whole DNA repair system: a comparison of bacterial and eukaryotic systems / R. Morita, S. Nakane, A. Shimada, M. Inoue, H. Iino, T. Wakamatsu, K. Fukui, N. Nakagawa, R. Masui, S. Kuramitsu // Journal of nucleic acids. - 2010. - V. 2010. - P. 1-32.

193. Mukherjee, S. Spatial patterns of microbial diversity and activity in an aged creosote-contaminated site / S. Mukherjee, H. Juottonen, P. Siivonen, C.L. Quesada, P. Tuomi, P. Pulkkinen, K. Yrjala // The ISME journal. - 2014. - V. 8. (10). - P. 2131-2142.

194. Müller, M.M. Rhamnolipids - next generation surfactants? / M.M. Müller, J.H. Kügler, M. Henkel, M. Gerlitzki, B. Hörmann, M. Pöhnlein, C. Syldatk, R. Hausmann // Journal of biotechnology. - 2012. - V. 162. (4). - P. 366-380.

195. Myers, J.N. Benzo (a) pyrene-induced cytotoxicity, cell proliferation, DNA damage, and altered gene expression profiles in HT-29 human colon cancer cells / J.N. Myers, K.L. Harris, P.V. Rekhadevi, S. Pratap, A. Ramesh // Cell Biology and Toxicology. - 2021. - V. 37. - №. 6. - P. 891-913.

196. Naumova, R.P. Diazotrophs originated from petrochemical sludge as a potential resource of waste remediation / R.P. Naumova, T.V. Grigoryeva, A.A. Rizvanov, J.V. Gogolev, N.V. Kudrjashova, A.V. Laikov // World Applied Sciences Journal. - 2009. - V. 6. (2). - P. 154-157.

197. Nie, Y. Diverse alkane hydroxylase genes in microorganisms and environments / Y. Nie, C.-Q. Chi, H. Fang, J.-L. Liang, S.-L. Lu, G.-L. Lai, Y.-Q. Tang, X.-L. Wu // Scientific reports. - 2014. - V. 4. (1). - P. 1-11.

198. Nie, Y. Two novel alkane hydroxylase-rubredoxin fusion genes isolated from a Dietzia bacterium and the functions of fused rubredoxin domains in long-chain n-alkane degradation / Y. Nie, J. Liang, H. Fang, Y.-Q. Tang, X.-L. Wu // Applied and environmental microbiology. - 2011. - V. 77. (20). - P. 7279-7288.

199. Nikaido, H. Structure and mechanism of RND-type multidrug efflux pumps / H. Nikaido // Advances in enzymology and related areas of molecular biology. -2011. - V. 77. - P. 1-45.

200. Nikitina, E.V. Distribution and physiological state of microorganisms in petrochemical oily sludge / E.V. Nikitina, O.I. Yakusheva, S.A. Zaripov, R.A. Galiev, A.V. Garusov, R.P. Naumova // Microbiology. - 2003. - V. 72. (5). - P. 621-627.

201. Noda, Y. Molecular cloning of the protocatechuate 4, 5-dioxygenase genes of Pseudomonas paucimobilis / Y. Noda, S. Nishikawa, K.-I. Shiozuka, H. Kadokura, H. Nakajima, K. Yoda, Y. Katayama, N. Morohoshi, T. Haraguchi, M. Yamasaki // Journal of Bacteriology. - 1990. - V. 172. (5). - P. 2704-2709.

202. Nzila, A. Update on the cometabolism of organic pollutants by bacteria / A. Nzila // Environmental Pollution. - 2013. - V. 178. - P. 474-482.

203. Ossai, I.C. Remediation of soil and water contaminated with petroleum hydrocarbon: A review / I.C. Ossai, A. Ahmed, A. Hassan, F.S. Hamid // Environmental Technology & Innovation. - 2020. - V. 17. - P. 1-42.

204. Pande, S. Bacterial unculturability and the formation of intercellular metabolic networks / S. Pande, C. Kost // Trends in microbiology. - 2017. - V. 25. - №. 5. - P. 349-361.

205. Parales, R.E. The role of active-site residues in naphthalene dioxygenase / R.E. Parales // Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. - 2003. - V. 30. (5). - P. 271-278.

206. Park, C. Survival and energy producing strategies of alkane degraders under extreme conditions and their biotechnological potential / C. Park, W. Park // Frontiers in microbiology. - 2018. - V. 9. - P. 1-15.

207. Park, H.H. In vitro binding of purified NahR regulatory protein with promoter Psal / H.H. Park, W.K Lim, H.J. Shin // Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-General Subjects. - 2005b. - V. 1725. (2). - P. 247-255.

208. Park, H.H. NahR: effects of replacements at Asn 169 and Arg 248 on promoter binding and inducer recognition / H.H. Park, H.Y. Lee, W.K. Lim, H.J. Shin // Archives of biochemistry and biophysics. - 2005a. - V. 434. (1). - P. 6774.

209. Park, W. Interaction of NahR, a LysR-type transcriptional regulator, with the a subunit of RNA polymerase in the naphthalene degrading bacterium, Pseudomonas putida NCIB 9816-4 / W. Park, C.O. Jeon, E.L. Madsen // FEMS microbiology letters. - 2002. - V. 213. (2). - P. 159-165.

210. Park, Y.R. Biocatalytic oxidations of substrates through soluble methane monooxygenase from Methylosinus sporium 5 / Y.R. Park, H.S. Yoo, M.Y. Song, D.-H. Lee, S.J. Lee // Catalysts. - 2018. - V. 8. (12). - P. 1-16.

211. Patek, M. Stress response in Rhodococcus strains / M. Patek, M. Grulich, J. Nesvera // Biotechnology Advances. - 2021. - V. 53. - P. 1-22.

212. Patel, A.B. Polycyclic aromatic hydrocarbons: sources, toxicity, and remediation approaches / A.B. Patel, S. Shaikh, K.R. Jain, C. Desai, D. Madamwar // Frontiers in Microbiology. - 2020a. - V. 11. - P. 1-23.

213. Patel, S.K.S. Methanol production by polymer-encapsulated methanotrophs from simulated biogas in the presence of methane vector / S.K.S. Patel, R. Shanmugam, V.C. Kalia, J.-K. Lee // Bioresource technology. - 2020b. - V. 304. -P. 1-8.

214. Peng, C. Bacterial diversity and competitors for degradation of hazardous oil refining waste under selective pressures of temperature and oxygen / C. Peng, X. Wan, J. Zhang, B. Zhang, S. Wang, T. Ma, Y. Bian, W. Wang // Journal of Hazardous Materials. - 2022. - V. 427. - P. 1-14.

215. Pérez-Pantoja, D. Aerobic degradation of aromatic hydrocarbons / D. Pérez-Pantoja, B. González, D.H. Pieper // Handbook of hydrocarbon and lipid microbiology. - Cham : Springer, 2010. - P. 799-837.

216. Perez-Panto ja, D. Endogenous stress caused by faulty oxidation reactions fosters evolution of 2,4-dinitrotoluene-degrading bacteria / D. Perez-Pantoja, P.I. Nikel, M. Chavarria, V. de Lorenzo // PLoS genetics. - 2013. - V. 9. (8). - P. 1-11.

217. Phadtare, S. Role of CspC and CspE in regulation of expression of RpoS and UspA, the stress response proteins in Escherichia coli / S. Phadtare, M. Inouye // Journal of bacteriology. - 2001. - V. 183. (4). - P. 1205-1214.

218. Phale, P.S. A pathway for biodegradation of 1-naphthoic acid by Pseudomonas maltophilia CSV89 / P.S. Phale, M.C. Mahajan, C.S. Vaidyanathan // Archives of microbiology. - 1995. - V. 163. (1). - P. 42-47.

219. Phale, P.S. Degradation strategies and associated regulatory mechanisms/features for aromatic compound metabolism in bacteria / P.S. Phale, H. Malhotra, B.A. Shah // Advances in Applied Microbiology. - 2020. - V. 112. -P. 1-65.

220. Piepenbrink, K.H. DNA uptake by type IV filaments / K.H. Piepenbrink // Frontiers in Molecular Biosciences. - 2019. - V. 6. - P. 1-13.

221. Pietroski, J.P. Fresh and weathered crude oil effects on potential denitrification rates of coastal marsh soil / J.P. Pietroski, J.R. White, R.D. DeLaune, J.J. Wang, S.K. Dodla // Chemosphere. - 2015. - V. 134. - P. 120-126.

222. Pimviriyakul, P. Microbial degradation of halogenated aromatics: molecular mechanisms and enzymatic reactions / P. Pimviriyakul, T. Wongnate, R. Tinikul, P. Chaiyen // Microbial Biotechnology. - 2019. - V. 13. (1). - P. 67-86.

223. Pozdnyakova-Filatova, I. The naphthalene catabolic genes of Pseudomonas putida BS3701: Additional regulatory control / I. Pozdnyakova-Filatova, K.

Petrikov, A. Vetrova, A. Frolova, R. Streletskii, M. Zakharova // Frontiers in Microbiology. - 2020. - V. 111. - P. 1-12.

224. Prenafeta-Boldu, F.X. Fungal communities in hydrocarbon degradation / Prenafeta-Boldu F. X., De Hoog G. S., Summerbell R. C. // Microbial Communities Utilizing Hydrocarbons and Lipids: Members, Metagenomics and Ecophysiology. - Cham : Springer, 2018. - P. 1-36.

225. R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/.

226. Radwan, S.S. Ability of the so-called obligate hydrocarbonoclastic bacteria to utilize nonhydrocarbon substrates thus enhancing their activities despite their misleading name / S.S. Radwan, M.M. Khanafer, H.A. Al-Awadhi // BMC microbiology. - 2019. - V. 19. (1). - P. 1-12.

227. Rahman, P.K.S.M. Production, characterisation and applications of biosurfactants-Review / P.K.S.M. Rahman, E. Gakpe // Biotechnology. - 2008. -V. 7 (2). - P. 360-370.

228. Rajkumari, J. Environmental applications of microbial extremophiles in the degradation of petroleum hydrocarbons in extreme environments / J. Rajkumari, B. Bhuyan, N. Das, P. Pandey // Environmental Sustainability. - 2019. - V. 2. - №. 3. - P. 311-328.

229. Raper, E. Industrial wastewater treatment through bioaugmentation / E. Raper, T. Stephenson, D.R. Anderson, R. Fisher, A. Soares // Process Safety and Environmental Protection. - 2018. - V. 118. - P. 178-187.

230. Reid, S.J. Sucrose utilisation in bacteria: genetic organisation and regulation / S.J. Reid, V.R. Abratt // Applied microbiology and biotechnology. - 2005. - V. 67. (3). - P. 312-321.

231. Ren, X. Sorption, transport and biodegradation - an insight into bioavailability of persistent organic pollutants in soil / X. Ren, G. Zeng, L. Tang, J. Wang, J. Wan, Y. Liu, J. Yu, H. Yi, S. Ye, R. Deng // Science of the total environment. - 2018. - V. 610. - P. 1154-1163.

232. Ren, X. Sorption, transport and biodegradation-an insight into bioavailability of persistent organic pollutants in soil / X. Ren, G. Zeng, L. Tang, J. Wang, J. Wan, Y. Liu, J. Yu, H. Yi, S. Ye, R. Deng // Science of the total environment. - 2018. - V. 610. - P. 1154-1163.

233. Resnick, S.M. Diverse reactions catalyzed by naphthalene dioxygenase from Pseudomonas sp. strain NCIB 9816 / S.M. Resnick, K. Lee, D.T. Gibson // Journal of industrial microbiology. - 1996. - V. 17. (5). - P. 438-457.

234. Ribeiro, H. Differential effects of crude oil on denitrification and anammox, and the impact on N2O production / H. Ribeiro, A.P. Mucha, I. Azevedo, P. Salgado, C. Teixeira, C.M.R. Almeida, S. B. Joye, C. Magalhaes // Environmental Pollution. - 2016. - V. 216. - P. 391-399.

235. Rodrigues, E.M. Hydrocarbonoclastic bacterial species growing on hexadecane: implications for bioaugmentation in marine ecosystems / E.M. Rodrigues, D.E. Cesar, R.S. de Oliveira, T.P. Siqueira, M.R. Totola // Environmental Pollution. - 2020. - V. 267. - P. 1-9.

236. Rojas-Gätjens, D. Methylotrophs and hydrocarbon-degrading bacteria are key players in the microbial community of an abandoned century-old oil exploration well / D. Rojas-Gätjens, P. Fuentes-Schweizer, K. Rojas-Jiménez, D. Pérez-Pantoja, R. Avendaño, R. Alpízar, C. Coronado-Ruíz, M. Chavarría // Microbial ecology. - 2022. - V. 83. (1). - P. 83-99.

237. Rojo, F. Degradation of alkanes by bacteria / F. Rojo // Environmental microbiology. - 2009. - V. 11. (10). - P. 2477-2490.

238. Rojo, F. Enzymes for aerobic degradation of alkanes / F. Rojo // Handbook of hydrocarbon and lipid microbiology. - Cham : Springer, 2010. - P. 781-797.

239. Rojo, F. Hydrocarbon degraders as pathogens / F. Rojo, J.L. Martínez // Health Consequences of Microbial Interactions with Hydrocarbons, Oils, and Lipids. - Cham : Springer, 2020. - P. 267-281.

240. Ron, E.Z. Bacterial stress response / E.Z. Ron // The prokaryotes. -Singapore, 2006. - P. 1012-1027.

241. Roncarati, D. Regulation of heat-shock genes in bacteria: from signal sensing to gene expression output / D. Roncarati, V. Scarlato // FEMS microbiology reviews. - 2017. - V. 41. (4). - P. 549-574.

242. Rossello, R. Genotypic and phenotypic diversity of Pseudomonas stutzeri / R. Rossello, E. Garcia-Valdes, J. Lalucat, J. Ursing // Systematic and applied microbiology. - 1991. - V. 14. (2). - P. 150-157.

243. Roy, A. Review on the biosurfactants: properties, types and its applications / A. Roy // Journal of Fundamental Renewable Energy and Applications - 2017. -V. 8. - P. 1-14.

244. Ruelle, P. The n-octanol and n-hexane/water partition coefficient of environmentally relevant chemicals predicted from the mobile order and disorder (MOD) thermodynamics / P. Ruelle // Chemosphere. - 2000. - V. 40. (5). - P. 457-512.

245. Rufino, R.D. Characterization and properties of the biosurfactant produced by Candida lipolytica UCP 0988 / R.D. Rufino, J.M. de Luna, G.M. de Campos Takaki, L.A. Sarubbo // Electronic Journal of Biotechnology. - 2014. - V. 17. - P. 34-38.

246. Sabirova, J.S. Proteomic insights into metabolic adaptations in Alcanivorax borkumensis induced by alkane utilization / J.S. Sabirova, M. Ferrer, D. Regenhardt, K.N. Timmis, P.N. Golyshin // Journal of bacteriology. - 2006. - V. 188. (11). - P. 3763-3773.

247. Sabirova, J.S. Transcriptional profiling of the marine oil-degrading bacterium Alcanivorax borkumensis during growth on n-alkanes / J.S. Sabirova, A. Becker, H. Lunsdorf, J.-M. Nicaud, K.N. Timmis, P.N. Golyshin // FEMS microbiology letters. - 2011. - V. 319. (2). - P. 160-168.

248. Saito, A. A novel phenanthrene dioxygenase from Nocardioides sp. strain KP7: expression in Escherichia coli / A. Saito, T. Iwabuchi, S. Harayama // Journal of Bacteriology. - 2000. - V. 182. (8). - P. 2134-2141.

249. Samir, P. Identification of changing ribosome protein compositions using mass spectrometry / P. Samir, C.M. Brown, Rahul, M. Sun, B. Shen, W. Li, J. Frank, A.J. Link // Proteomics. - 2018. - V. 18. (20). - P. 1-19.

250. Sarkar, J. Biostimulation of indigenous microbial community for bioremediation of petroleum refinery sludge / J. Sarkar, S.K. Kazy, A. Gupta, A. Dutta, B. Mohapatra, A. Roy, P. Bera, A. Mitra, P. Sar // Frontiers in microbiology. - 2016. - V. 7. - P. 1-20.

251. Sazykin, I. Expression of SOD and production of reactive oxygen species in Acinetobacter calcoaceticus caused by hydrocarbon oxidation / I. Sazykin, M. Sazykina, L. Khmelevtsova, M. Khammami, S. Karchava, M. Zhuravleva, E. Kudeevskaya // Annals of microbiology. - 2016. - V. 66. (3). - P. 1039-1045.

252. Sazykin, I.S. Antioxidant enzymes and reactive oxygen species level of the Achromobacter xylosoxidans bacteria during hydrocarbons biotransformation / I.S. Sazykin, M.A. Sazykina, L.E. Khmelevtsova, E.Y. Seliverstova, K. Sh. Karchava, M.V. Zhuravleva // Archives of microbiology. - 2018. - V. 200. (7). - P. 10571065.

253. Schell, M.A. Transcriptional control of the nah and sal hydrocarbon-degradation operons by the nahR gene product / M.A. Schell // Gene. - 1985. - V. 36. (3). - P. 301-309.

254. Scheps, D. Regioselective ©-hydroxylation of medium-chain n-alkanes and primary alcohols by CYP153 enzymes from Mycobacterium marinum and Polaromonas sp. strain JS666 / D. Scheps, S.H. Malca, H. Hoffmann, B.M. Nest, B. Hauer // Organic & biomolecular chemistry. - 2011. - V. 9. (19). - P. 67276733.

255. Seaver, L.C. Alkyl hydroperoxide reductase is the primary scavenger of endogenous hydrogen peroxide in Escherichia coli / L.C. Seaver, J.A. Imlay // Journal of bacteriology. - 2001. - V. 183. (24). - P. 7173-7181.

256. Seemann, T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation / T. Seemann // Bioinformatics. - 2014. - V. 30. (14). - P. 2068-2069.

257. Semenova, E.M. Microbial communities of seawater and coastal soil of Russian arctic region and their potential for bioremediation from hydrocarbon pollutants / E.M. Semenova, T.L. Babich, D.S. Sokolova, A.P. Ershov, Y.I. Raievska, S.K. Bidzhieva, A.L. Stepanov, M.V. Korneykova, V.A. Myazin, T.N. Nazina // Microorganisms. - 2022. - V. 10. - №. 8. - P. 1-22.

258. Setubal, J.C. Genome sequence of Azotobacter vinelandii, an obligate aerobe specialized to support diverse anaerobic metabolic processes / J.C. Setubal, P. dos Santos, B.S. Goldman, H. Ertesväg et al. // Journal of bacteriology. - 2009.

- V. 191. (14). - P. 4534-4545.

259. Sharma, R. Polymyxin B in combination with meropenem against carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae: pharmacodynamics and morphological changes / R. Sharma, S. Patel, C. Abboud, J. Diep, N.S. Ly, J.M. Pogue, K.S. Kaye, J. Li, G.G. Rao // International journal of antimicrobial agents.

- 2017. - V. 49. (2). - P. 224-232.

260. Shin, B. Succession of microbial populations and nitrogen-fixation associated with the biodegradation of sediment-oil-agglomerates buried in a Florida sandy beach / B. Shin, I. Bociu, M. Kolton, M. Huettel, J.E. Kostka // Scientific reports. - 2019. - V. 9. - №. 1. - P. 1-11.

261. Shiri, Z. Isolation and characterization of an n-hexadecane degrading Acinetobacter baumannii KSS1060 from a petrochemical wastewater treatment plant / Z. Shiri, R.K. Kermanshahi, M.R. Soudi, D. Farajzadeh // International Journal of Environmental Science and Technology. - 2015. - V. 12. (2). - P. 455464.

262. Shleeva, M.O. Free trehalose accumulation in dormant Mycobacterium smegmatis cells and its breakdown in early resuscitation phase / M.O. Shleeva, K.A. Trutneva, G.R. Demina, A.I. Zinin, G.M. Sorokoumova, P.K. Laptinskaya, E.S. Shumkova, A.S. Kaprelyants // Frontiers in microbiology. - 2017. - V. 8. - P. 1-12.

263. Sievers, F. Fast, scalable generation of high quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega / F. Sievers, A. Wilm, D. Dineen et al. // Molecular systems biology. - 2011. - V. 7. (1). - P. 1-6.

264. Sikorski, J. Highly different levels of natural transformation are associated with genomic subgroups within a local population of Pseudomonas stutzeri from soil / J. Sikorski, N. Teschner, W. Wackernagel //Applied and environmental microbiology. - 2002. - V. 68. (2). - P. 865-873.

265. Slade, A.H. The relationship between BOD: N ratio and wastewater treatability in a nitrogen-fixing wastewater treatment system / A.H. Slade, G.J.S. Thorn, M.A. Dennis // Water Science and Technology. - 2011. - V. 63. (4). - P. 627-632.

266. Song, W.F. Shifts of the indigenous microbial communities from reservoir production water in crude oil-and asphaltene-degrading microcosms / W.-F. Song, J.-W. Wang, Y.-C. Yan, L.-Y. An, F. Zhang, L. Wang, Y. Xu, M.-Z. Tian, Y. Nie, X.-L. Wu // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2018. - V. 132. -P. 18-29.

267. Sorokin, D.Y. An obligate methylotrophic, methane-oxidizing Methylomicrobium species from a highly alkaline environment / D.U. Sorokin, B.E. Jones, J.G. Kuenen // Extremophiles. - 2000. - V. 4. (3). - P. 145-155.

268. Sota, M. Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and its transposon Tn 4655 suggests catabolic gene spread by a tyrosine recombinase / M. Sota, H. Yano, A. Ono, R. Miyazaki, H. Ishii, H. Genka, E. M. Top, M. Tsuda // Journal of bacteriology. - 2006. - V. 188. (11). - P. 4057-4067.

269. Spagnuolo, M. Alternative substrate metabolism in Yarrowia lipolytica / M. Spagnuolo, M.S. Hussain, L. Gambill, M. Blenner // Frontiers in microbiology. -2018. - V. 9. - P. 1-14.

270. Spellerberg, I.F. A tribute to Claude Shannon (1916-2001) and a plea for more rigorous use of species richness, species diversity and the 'Shannon-Wiener'

Index / I.F. Spellerberg, P.J.A. Fedor // Global ecology and biogeography. - 2003. - V. 12. (3). - P. 177-179.

271. Subashchandrabose, S.R. Biodegradation of high-molecular weight PAHs by Rhodococcus wratislaviensis strain 9: Overexpression of amidohydrolase induced by pyrene and BaP / S.R. Subashchandrabose, K. Venkateswarlu, R. Naidu, M. Megharaj // Science of the Total Environment. - 2019. - V. 651. - P. 813-821.

272. Sun, K. Application of hydrochar altered soil microbial community composition and the molecular structure of native soil organic carbon in a paddy soil / K. Sun, L. Han, Y. Yang, X. Xia, Z. Yang, F. Wu, F. Li, Y. Feng, B. Xing // Environmental Science & Technology. - 2020. - V. 54. (5). - P. 2715-2725.

273. Tang, S. Transcriptome profiling of Pseudomonas aeruginosa YH reveals mechanisms of 2, 2', 4, 4'-tetrabrominated diphenyl ether tolerance and biotransformation / S. Tang, H. Yin, X. Yu, S. Chen, G. Lu, Z. Dang // Journal of Hazardous Materials. - 2021. - V. 403. - P. 1-10.

274. Taubert, M. Communal metabolism by Methylococcaceae and Methylophilaceae is driving rapid aerobic methane oxidation in sediments of a shallow seep near Elba, Italy / M. Taubert , C. Grob, A. Crombie, A.M. Howat , O.J. Burns, M. Weber, C. Lott, A.-K. Kaster, J. Vollmers, N. Jehmlich, M. von Bergen, Y. Chen, J.C. Murrell // Environmental microbiology. - 2019. - V. 21. (10). - P. 3780-3795.

275. Teramoto, N. Trehalose and trehalose-based polymers for environmentally benign, biocompatible and bioactive materials / N. Teramoto, N.D. Sachinvala, M. Shibata // Molecules. - 2008. - V. 13. (8). - P. 1773-1816.

276. Thammavongs, B. Response to environmental stress as a global phenomenon in biology: the example of microorganisms / B. Thammavongs, E. Denou, G. Missous, M. Gueguen, J.M. Panoff // Microbes and environments. -2008. - V. 23. - №. 1. - P. 20-23.

277. Thavasi, R. Evaluation of screening methods for the isolation of biosurfactant producing marine bacteria / R. Thavasi, S. Sharma, S. Jayalakshmi //Journal of Petroleum and Environmental Biotechnology. - 2011. - V. 2. - P. 1-7.

278. Thompson, L.C. 2-Hydroxychromene-2-carboxylic acid isomerase: a kappa class glutathione transferase from Pseudomonas putida / L.C. Thompson, J.E. Ladner, S.G. Codreanu, J. Harp, G.L. Gilliland, R.N. Armstrong // Biochemistry. -2007. - V. 46. (23). - P. 6710-6722.

279. Throne-Holst, M. Identification of novel genes involved in long-chain n-alkane degradation by Acinetobacter sp. strain DSM 17874 / M. Throne-Holst, A. Wentzel, T.E. Ellingsen, H.-K. Kotlar, S.B. Zotchev // Applied and environmental microbiology. - 2007. - V. 73. (10). - P. 3327-3332.

280. Tian, X. A comprehensive review on toxic petrochemical wastewater pretreatment and advanced treatment / X. Tian, Y. Song, Z. Shen, Y. Zhou, K. Wang, X. Jin, Z. Han, T. Liu // Journal of cleaner production. - 2020. - V. 245. -P. 1-25.

281. Tinberg, C.E. Dioxygen activation in soluble methane monooxygenase / C.E. Tinberg, S.J. Lippard // Accounts of chemical research. - 2011. - V. 44. (4). -P. 280-288.

282. Travkin, V.M. Salicylate or phthalate: the main intermediates in the bacterial degradation of naphthalene / V.M. Travkin, I.P. Solyanikova // Processes. - 2021. - V. 9. (11). - P. 1-19.

283. Tripathi, L. Bacterial sigma factors as targets for engineered or synthetic transcriptional control / L. Tripathi, Y. Zhang, Z. Lin // Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. - 2014. - V. 2. - P. 1-7.

284. Truskewycz, A. Petroleum hydrocarbon contamination in terrestrial ecosystems - fate and microbial responses / A. Truskewycz, T.D. Gundry, L.S. Khudur, A. Kolobaric, M. Taha, A. Aburto-Medina, A.S. Ball, E. Shahsavari // Molecules. - 2019. - V. 24. (18). - P. 1-20.

285. Truskewycz, A. Petroleum hydrocarbon contamination in terrestrial ecosystems - fate and microbial responses / A. Truskewycz, T.D. Gundry, L.S.

Khudur, A. Kolobaric, M. Taha, A. Aburto-Medina, A.S. Ball, E. Shahsavari // Molecules. - 2019. - V. 24. (18). - P. 1-20.

286. Urakawa, H. A sensitive crude oil bioassay indicates that oil spills potentially induce a change of major nitrifying prokaryotes from the Archaea to the Bacteria / H. Urakawa, J.C. Garcia, P.D. Barreto, G.A. Molina, J.C. Barreto // Environmental Pollution. - 2012. - V. 164. - P. 42-45.

287. Urakawa, H. Ecological response of nitrification to oil spills and its impact on the nitrogen cycle / H. Urakawa, S. Rajan, M.E. Feeney, P.A. Sobecky, B. Mortazavi // Environmental microbiology. - 2019. - V. 21. - №. 1. - P. 18-33.

288. van Beilen, J.B. Analysis of Pseudomonas putida alkane-degradation gene clusters and flanking insertion sequences: evolution and regulation of the alk genes / J.B. van Beilen, S. Panke, S. Lucchini, A.G. Franchini, M. Rothlisberger, B. Witholt // Microbiology. - 2001. - V. 147. (6). - P. 1621-1630.

289. van Beilen, J.B. Characterization of two alkane hydroxylase genes from the marine hydrocarbonoclastic bacterium Alcanivorax borkumensis / J.B. van Beilen, M.M. Marin, T.H.M. Smits, M. Röthlisberger, A.G. Franchini, B. Witholt, F. Rojo // Environmental microbiology. - 2004. - V. 6. (3). - P. 264-273.

290. van Beilen, J.B. Cytochrome P450 alkane hydroxylases of the CYP153 family are common in alkane-degrading eubacteria lacking integral membrane alkane hydroxylases / J.B. van Beilen, E.G. Funhoff, A. van Loon, A. Just, L. Kaysser, M. Bouza, R. Holtackers, M.Rothlisberger, Z. Li, B. Witholt // Applied and environmental microbiology. - 2006. - V. 72. (1). - P. 59-65.

291. Van Bogaert, I.N.A. Microbial synthesis of sophorolipids / I.N.A. Van Bogaert, J. Zhang, W. Soetaert // Process Biochemistry. - 2011. - V. 46. (4). - P. 821-833.

292. van Hamme, J.D. Recent advances in petroleum microbiology / J.D. van Hamme, A. Singh, O.P. Ward // Microbiology and molecular biology reviews. -2003. - V. 67. (4). - P. 503-549.

293. Varjani, S. Influence of abiotic factors, natural attenuation, bioaugmentation and nutrient supplementation on bioremediation of petroleum crude contaminated

agricultural soil / S. Varjani, V.N. Upasani // Journal of environmental management. - 2019. - V. 245. - P. 358-366.

294. Vasiliou, V. Role of aldehyde dehydrogenases in endogenous and xenobiotic metabolism / V. Vasiliou, A. Pappa, D.R. Petersen // Chemico-biological interactions. - 2000. - V. 129. (1-2). - P. 1-19.

295. Venieraki, A. The nitrogen-fixation island insertion site is conserved in diazotrophic Pseudomonas stutzeri and Pseudomonas sp. isolated from distal and close geographical regions / A. Venieraki, M. Dimou, E. Vezyri, A. Vamvakas, P.A. Katinaki, I. Chatzipavlidis, A. Tampakaki, P. Katinakis // PLoS One. - 2014. -V. 9. (9). - P. 1-8.

296. Wang, C. Absence of the nahG-like gene caused the syntrophic interaction between Marinobacter and other microbes in PAH-degrading process / C. Wang, Y. Huang, Z. Zhang, H. Hao, H. Wang // Journal of hazardous materials. - 2020a. - V. 384. - P. 1-10.

297. Wang, H. Transmembrane transport of polycyclic aromatic hydrocarbons by bacteria and functional regulation of membrane proteins / H. Wang, R. Jiang, D. Kong, Z. Liu, X. Wu, J. Xu, Y. Li // Frontiers of Environmental Science & Engineering. - 2020b. - V. 14. (1). - P. 1-21.

298. Wang, H.L. Cellulolytic bacteria capable of nitrogen fixation in saline-sodic grassland soils / H.L. Wang, Z.K. Gong, J.H. Wu, D. Wang, D.B. Liu, D.L. Wang // Applied Ecology and Environmental Research. - 2021. - V. 19. (2). - P. 867879.

299. Wang, S. Conjugative transfer of megaplasmids pND6-1 and pND6-2 enhancing naphthalene degradation in aqueous environment: characterization and bioaugmentation prospects / S. Wang, S. Li, D. Du, D. Wang, W. Yan // Applied microbiology and biotechnology. - 2020c. - V. 104. (2). - P. 861-871.

300. Wang, S. Plasmid pND6-1 enhances the stability and conjugative transfer of co-resident companion plasmid pND6-2 in the naphthalene-degradative Pseudomonas putida strain ND6 / S. Wang, M. Liu, D. Wang, S. Li, W. Yan // Electronic Journal of Biotechnology. - 2022. - V. 59. - P. 74-82

301. Wang, V.C.-C. Alkane oxidation: methane monooxygenases, related enzymes, and their biomimetics / V.C.-C. Wang, S.Maji, P.P.-Y. Chen, H.K. Lee, S.S.-F. Yu, S.I. Chan // Chemical reviews. - 2017. - V. 117. (13). - P. 8574-8621.

302. Wang, W. Diversity of flavin-binding monooxygenase genes (almA) in marine bacteria capable of degradation long-chain alkanes / W. Wang, Z. Shao // FEMS microbiology ecology. - 2012. - V. 80. (3). - P. 523-533.

303. Wang, W. The long-chain alkane metabolism network of Alcanivorax dieselolei / W. Wang, Z. Shao // Nature Communications. - 2014. - V. 5. (1). - P. 1-11.

304. Wang, X. Degradation of petroleum hydrocarbons (C6-C40) and crude oil by a novel Dietzia strain / X.-B. Wang, C.-Q. Chi, Y. Nie, Y.-Q. Tang, Y. Tan, G. Wu, X.-L. Wu // Bioresource technology. - 2011. - V. 102. (17). - P. 7755-7761.

305. Wang, Y. Crude oil degrading fingerprint and the overexpression of oxidase and invasive genes for n-hexadecane and crude oil degradation in the Acinetobacter pittii H9-3 strain / Y. Wang, Q. Wang, L. Liu // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2019. - V. 16. (2). - P. 114.

306. Wentzel, A. Bacterial metabolism of long-chain n-alkanes / A. Wentzel, T.E. Ellingsen, H.-K. Kotlar, S.B. Zotchev, M. Throne-Holst // Applied microbiology and biotechnology. - 2007. - V. 76. (6). - P. 1209-1221.

307. Wentzel, A. Bacterial metabolism of long-chain n-alkanes / A. Wentzel, T.E. Ellingsen, H.-K. Kotlar, S.B. Zotchev, M. Throne-Holst // Applied microbiology and biotechnology. - 2007. - V. 76. (6). - P. 1209-1221.

308. Westmann, C.A. Transcriptional regulation of hydrocarbon efflux pump expression in bacteria / C.A. Westmann, L.F. Alves, T.C. Borelli, R. Silva-Rocha, M.-E. Guazzaroni // Cellular Ecophysiology of Microbe: Hydrocarbon and Lipid Interactions. - Cham : Springer, 2018. - P. 177-200.

309. Whang, L.M. Application of rhamnolipid and surfactin for enhanced diesel biodegradation - effects of pH and ammonium addition / L.-M. Whang, P.-W.G.

Liu, C.-C. Ma, S.-S. Cheng // Journal of Hazardous Materials. - 2009. - V. 164. -№. 2-3. - P. 1045-1050.

310. Wilkens, S. Structure and mechanism of ABC transporters / S. Wilkens // F1000prime reports. - 2015. - V. 7. - P. 1-9.

311. Wolgel, S.A. Purification and characterization of protocatechuate 2,3-dioxygenase from Bacillus macerans: a new extradiol catecholic dioxygenase / S.A. Wolgel, J.E. Dege, P.E. Perkins-Olson, C.H. Juarez-Garcia, R.L. Crawford, E. Munck, J.D. Lipscomb // Journal of bacteriology. - 1993. - V. 175. (14). - P. 4414-4426.

312. Wu, M. Effect of compost amendment and bioaugmentation on PAH degradation and microbial community shifting in petroleum-contaminated soil / M. Wu, X. Guo, J. Wu, K. Chen // Chemosphere. - 2020. - V. 256. - P. 1-10.

313. Xu, A. Integrated comparative genomic analysis and phenotypic profiling of Pseudomonas aeruginosa isolates from crude oil / A. Xu, D. Wang, Y. Ding, Y. Zheng, B. Wang, Q. Wei, S. Wang, L. Yang, L.Z. Ma // Frontiers in Microbiology. - 2020. - V. 11. - P. 1-13.

314. Xu, H.X. Comparative transcriptome analysis reveals different adaptation mechanisms for degradation of very long-chain and normal long-chain alkanes in Dietzia sp. DQ12-45-1b / H.-X. Xu, Y.-Q. Tang, Y. Nie, X.-L. Wu // Environmental Microbiology. - 2022. - V. 24. - №. 4. - P. 1932-1945.

315. Xu, S. Analysis of bacterial community structure of activated sludge from wastewater treatment plants in winter / S. Xu, J. Yao, M. Ainiwaer, Y. Hong, Y. Zhang // BioMed research international. - 2018. - V. 2018. - P. 1-8.

316. Yakimov, M.M. Obligate oil-degrading marine bacteria / M.M. Yakimov, K.N Timmis, P.N. Golyshin // Current opinion in biotechnology. - 2007. - V. 18. (3). - P. 257-266.

317. Yan, Y. Nitrogen fixation island and rhizosphere competence traits in the genome of root-associated Pseudomonas stutzeri A1501 / Y. Yan, J. Yang, Y. Dou, M. Chen, S. Ping, J. Peng, W. Lu, W. Zhang, Z. Yao, H. Li, W. Liu, S. He, L. Geng, X. Zhang, F. Yang, H. Yu, Y. Zhan, D. Li, Z. Lin, Y. Wang, C.

Elmerich, M. Lin, Q. Jin // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2008. - V. 105. (21). - P. 7564-7569.

318. Yang, Y. Activated sludge microbial community and treatment performance of wastewater treatment plants in industrial and municipal zones / Y. Yang, L. Wang, F. Xiang, L. Zhao, Z. Qiao // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2020. - V. 17. - №. 2. - P. 1-15.

319. Yin, C.F. Wide distribution of the sad gene cluster for sub-terminal oxidation in alkane utilizers / C.-F. Yin, Y. Xu, T. Li, N.-Y. Zhou // Environmental Microbiology. - 2022. - P. 1-13.

320. Zehr, J.P. Nitrogenase gene diversity and microbial community structure: a cross-system comparison / J.P. Zehr, B.D. Jenkins, S.M. Short, G.F. Steward // Environmental microbiology. - 2003. - V. 5. (7). - P. 539-554.

321. Zemskaya, T.I. Microbial communities in the estuarine water areas of the rivers in the southeastern part of Lake Baikal / T.I. Zemskaya, S.V. Bukin, A.S. Zakharenko, C.M. Chernitsyna, O.V. Shubenkova // Limnology and Freshwater Biology. - 2019. - V. 4. - P. 259-265.

322. Zhang, B. Seasonal bacterial community succession in four typical wastewater treatment plants: correlations between core microbes and process performance / B. Zhang, Q.Yu, G. Yan, H. Zhu, X.Y. Xu, L. Zhu // Scientific reports. - 2018. - V. 8. - №. 1. - P. 1-11.

323. Zhang, D. Cytochrome P450 family member CYP96B5 hydroxylates alkanes to primary alcohols and is involved in rice leaf cuticular wax synthesis / D. Zhang, H. Yang, X. Wang, Y. Qiu, L. Tian, X. Qi, L.Q. Qu // New Phytologist. -2020. - V. 225. (5). - P. 2094-2107.

324. Zhang, Y.-M. Membrane lipid homeostasis in bacteria / Y.-M. Zhang, C.O. Rock // Nature Reviews Microbiology. - 2008. - V. 6. (3). - P. 222-233.

325. Zhao, Y. The effects of crude oil on microbial nitrogen cycling in coastal sediments / Y. Zhao, W. Chen, D. Wen // Environment international. - 2020. - V. 139. - P. 1-10.

326. Zhao, Z. Effects of rhamnolipids on cell surface hydrophobicity of PAH degrading bacteria and the biodegradation of phenanthrene / Z. Zhao, A. Selvam, J.W.-C. Wong // Bioresource technology. - 2011. - V. 102. (5). - P. 3999-4007.

327. Zhou, L. Contribution of autochthonous diazotrophs to polycyclic aromatic hydrocarbon dissipation in contaminated soils / L. Zhou, X. Wang, W. Ren, Y. Xu, L. Zhao, Y. Zhang, Y. Teng // Science of The Total Environment. - 2020. - V. 719. - P. 1-8.