Микробиом желудочно-кишечного тракта и экспрессия генов иммунного ответа промышленной птицы при применении препарата на основе эфирных масел в условиях заражения Salmonella Enteritidis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 06.02.02, кандидат наук Дубровин Андрей Валерьевич

• Дубровин Андрей Валерьевич
• кандидат наук
• 2021

Оглавление диссертации кандидат наук Дубровин Андрей Валерьевич

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Строение и физиология пищеварения птиц, роль слепых отростков кишечника

1.2. Микрофлора слепых отростков сельскохозяйственной птицы

1.2.1. Нормофлора

1.2.2. Дисбактериозы

1.2.3. Сальмонеллёзы птиц

1.3. Экспрессия генов имунного ответа птицы

1.4. Гуморальный иммунитет крови птиц

1.5. Методы коррекции микробиоты кишечника птицы

1.5.1. Антибиотики

1.5.2. Кормовые добавки, эфирные масла

1.5.3. Препарат Интебио

1.6. Современные методы оценки микрофлоры пищеварительного тракта

ГЛАВА II. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1.1. Экспериментальная часть

2.1.2. Иммунологический анализ крови

2.1.3. Метагеномные исследования

2.1.4. Анализ экспрессии генов иммунного ответа

2.1.5. Математическая и статистическая обработка результатов

2.2. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.2.1. Микробиоценоз в слепых отростках и экспрессия генов иммунного ответа цыплят-бройлеров при применении препарата Интебио

2.2.1.1. Зоотехнические показатели опытных цыплят-бройлеров

2.2.1.2. Т-КЕЬР-анализ бактериального сообщества слепых отростков цыплят-бройлеров

2.2.1.3. Оценка состава микробиоты ЖКТ цыплят методом NGS

2.2.1.4. Анализ экспрессии генов, участвующих в иммунном ответе цыплят -бройлеров

2.2.2. Микробиоценоз в слепых отростках и экспрессия генов иммунного ответа кур-несушек при применении препарата Интебио

2.2.2.1. Результаты анализа зоотехнических показателей яичной продуктивности и биохимических показателей крови кур-несушек

2.2.2.2. Оценка состава микробиоты ЖКТ кур-несушек методом NGS

2.2.2.3. Оценка экспрессии генов, участвующих в иммунном ответе и генов продуктивности у кур-несушек

2.2.3. Сравнительный анализ результатов исследования микробиоты и экспрессии генов между цыплятами-бройлерами и курами-несушками

ГЛАВА III. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота;

HHK - рибонуклеиновая кислота;

ЛЖК - летучие жирные кислоты;

НПС - некрахмалистые полисахариды;

БАСК - бактерицидная активность сыворотки крови;

АЛТ - аланинаминотрансфераза;

АСТ - аспартатаминотрансфераза;

об/мин - оборотов в минуту;

ПЦР - полимеразная цепная реакция;

NGS (Next-generation sequencing) - секвенирование нового поколения; qPCR - (quantitative polymerase chain reaction) количественная полимеразная цепная реакция;

T-RFLP - (Terminal restriction fragment length polymorphism) полиморфизм длин терминальных рестрикционных фрагментов.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Микробиом желудочно-кишечного тракта и экспрессия генов иммунного ответа промышленной птицы при применении препарата на основе эфирных масел в условиях заражения Salmonella Enteritidis»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Птицеводство является одной из самых широких в

мире отраслей сельского хозяйства, в год производится более 90 миллиардов тонн

куриного мяса (Food and Agricultural Organization, 2017). При этом подход к

выращиванию сельскохозяйственной птицы остаётся достаточно упрощённым.

Организм высокопродуктивной птицы тяжелее переносит промышленные

условия содержания, высокое напряжение физиологических возможностей

организма (Герасименко В.Г., 1987; Рубан Б.В., 2002). В погоне за объёмами

продукции многие факторы здорового развития организма не учитываются, а

возникающие проблемы, вызванные бактериальными или вирусными

инфекциями, во многих странах решаются до сих пор упрощённо, массовым

применением разнообразных антибактериальных или химических препаратов

(Landers T.F. et al, 2012; Sahoo K.C. et al, 2010; Boamah V.E. et al, 2016). При этом

бесконтрольное применение антибактериальных препаратов привело к всплеску

явлений резистентности бактерий, вирусов и простейших к этим препаратам

(Коротаев А.И., Бабичев С.А., 2008). Последние годы активно выявляются

условно-патогенные и патогенные бактерий с выраженной устойчивостью к

воздействию новых препаратов, в том числе и бактерии рода Salmonella (Пименов

Н.В., 2014), остающихся одними из значимых возбудителей заболеваний в

мировом и отечественном птицеводстве (Эпизоотическая ситуация в Российской

Федерации, 2017; Эпизоотическая ситуация в Российской Федерации, 2018;

Ленченко Е.М. и др., 2017; Antunes P. et al., 2016; Mouttotou N. et al., 2017;

Witkowska D. et al., 2018). В 2020 году в России вступает в силу закон «Об

органической продукции о внесении изменений в отдельные законодательные

акты Российской федерации». Согласно закону, при производстве органической

продукции запрещается использование пестицидов, антибиотиков, стимуляторов

роста животных, гормональных препаратов, за исключением тех, которые

разрешены к применению действующими в Российской Федерации

национальными, межгосударственными и международными стандартами в сфере

производства органической продукции. Фермерам необходимо позаботиться о

5

создании условий, способствующих сохранению здоровья животных, их ветеринарному благополучию, естественному воспроизводству; и обеспечении оптимальных санитарно-гигиенических показателей их содержания.

Замена кормовых антибиотиков другими безопасными и натуральными веществами является важной задачей для птицеводства и, вероятно, эффективно выполнить эту задачу способно применение эфирных масел. В последние годы накоплены свидетельства того, что эфирные масла являются эффективными натуральными иммуномодуляторами (Zeng Z. et al., 2015; Крюков В.С., Глебова И.В., 2017).

Были отмечены эффективные бактерицидные, а также фунгицидные свойства эфирных масел (Hammer K.A. et al., 1999; Edris A.E., 2007; Hood J.R. et al., 2010; Ownagh A. et al., 2010; Hulánková R., Borilová G., 2011; Roofchaee A. et al., 2011; Solorzano-Santos F., Miranda-Novales M.G., 2012; Kurekci C. et al., 2013; Nimbarte S. et al., 2013; Alali W.Q. et al., 2013; Zengin H., Baysal A.H., 2014). Вместе с повышенным интересом к применению эфирных маслел можно считать актуальным более детальное изучение их влияния не только на патогенные микроорганизмы, но и на микрофлору ЖКТ птиц в целом, а также изучение реакции организма на молекулярном уровне.

Степень разработанности темы исследования. Ранее было показано, что нормализация кишечной микробиоты при помощи эфирных масел способна сдерживать развитие инфекционных заболеваний макроорганизма, в том числе сальмонеллёзов (Solorzano-Santos F., Miranda-Novales M.G., 2012; Adaszynska-Skwirzynska, Szczerbinska, 2017). В ряде отечественных исследований отмечалась эффективность применения фитобиотиков для стимуляции роста цыплят-бройлеров, уменьшения загрязнения скорлупы яйца (Околелова Т.М. и др., 2014; Егоров И.А. и др., 2018, Федотов В.А. и др., 2018).

Одними из наиболее современных и корректных методов анализа кишечной микробиоты являются молекулярно-генетические метагеномные анализы (PCR, T-RFLP, NGS). Применение подобных методов анализа предоставляет возможность

изучать сообщества микроорганизмов на новом уровне, без ограничений

6

традиционных методов микробиологии, в т.ч. сложностей создания подходящих условий культивирования для большинства известных сегодня бактериальных видов, а также трудностей точной идентификации (Эрнст Л.К., Зиновьева Н.А,, 2008; Брюханов А.Л., 2012, Nelson et al., 2003; Handelsman J., 2004).

Цель и задачи исследований. Изучение микробиома желудочно-кишечного тракта и экспрессии генов иммунного ответа промышленной птицы с использованием комплекса молекулярно-генетических методов, а также анализ эффективности препарата на основе смеси эфирных масел - препарата Интебио при инфицировании птиц штаммом S. Enteritidis.

В ходе работы были поставлены следующие задачи:

- изучить с использованием комплекса молекулярно-биологических методов микробиом желудочно-кишечного тракта цыплят-бройлеров и кур-несушек;

- изучить влияние патогенного штамма S. Enteritidis, а также препарата Интебио на состав микрофлоры желудочно-кишечного тракта цыплят-бройлеров и кур-несушек;

- изучить закономерности экспрессии генов, связанных с иммунным ответом при заражении промышленной птицы;

- изучить иммунологические показатели крови кур-несушек при заражении штаммом S. Enteritidis;

- провести интегральный анализ для сопоставления полученных данных от цыплят-бройлеров и кур-несушек.

Научная новизна. Впервые проведен комплексный анализ с использованием молекулярно-генетических методик T-RFLP, NGS и qPCR для определения состояния организма птицы по показателям таксономического состава микрофлоры, экспрессии генов, ответственных за продуктивность и иммунный ответ. В результате выявлены изменения, происходящие под воздействием эфирных масел, составляющих основу препарата, как в условиях здорового выращивания, так и при заражении птицы штаммом S.Enteritidis.

Теоретическая и практическая ценность работы. Получены сведения об

изменениях в составе микрофлоры и экспрессии генов при заражении

7

промышленной птицы культурой ^ Enteritidis, а также применении фитобиотика на основе смеси эфирных масел. Данные о таксономической представленности микроорганизмов, а также об уровне экспрессии исследованных генов могут быть использованы в качестве индикаторов для выявления изменений динамического баланса в организме птицы.

Результаты исследований были использованы как основа руководства «Методические рекомендации по использованию современных биотехнологий для оценки экспрессии генов, связанных с продуктивностью и устойчивостью птицы к неблагоприятным факторам», утверждённого УМК ФЗТА в ФГБОУ ВО МГАВМиБ - МВА имени К.И. Скрябина (протокол №13 от 3.11.2019).

Методология и методы исследований.

В работе использовали методологические принципы, учитывающие условия содержания птицы на птицефабриках, режим кормления и поения, факторы передачи возбудителя.

В работе использованы следующие методы исследований: микробиологический, молекулярно-генетический, иммунологический, биохимический, клинический, патологоанатомический и статистический.

Объектом исследования служили цыплята-бройлеры и куры-несушки. Штамм Enteritidis был использован как тест-модель для исследования эффективности препарата.

Основные положения, выносимые на защиту:

- применение современных молекулярно-генетических методик позволяет подробно изучать изменения в составе микрофлоры и экспрессии генов организма птицы;

- заражение птицы штаммом Е^егШ&Б вносит выраженно негативные изменения в состав микрофлоры ЖКТ организма, обнаруживаемые уже спустя сутки после заражения, тогда как применение в рационе птицы препарата на основе смеси растительных масел оказывает позитивное корректирующее воздействие на микрофлору ЖКТ;

- введение в рацион птицы препарата на основе смеси растительных масел оказывает положительное воздействие на зоотехнические показатели кур-несушек, в том числе среднюю массу яиц;

- препарат на основе смеси растительных масел оказывает стимулирующее действие на иммунологические показатели крови птицы как при обычных условиях, так и на фоне заражения штаммом S. Enteritidis.

Степень достоверности и апробация работы. Научные положения и выводы основаны на аналитических и экспериментальных данных, степень достоверности которых доказана путём статистической обработки с использованием пакета прикладных программ PAST, R-Studio, Megan, Excel и др. Выводы и предложения основаны на научных исследованиях, проведённых с использованием современных методов анализа и расчёта.

Материалы исследований диссертационной работы были представлены: на XVIII Молодежной научной конференции «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии» (Москва, 19-20 апреля 2018г.); на XV Европейской конференции птицеводства - XV European poultry conference (Дубровник, Хорватия 17-21 сентября 2018 г.);; на Международной научно-практической конференции «Молекулярно-генетические технологии для анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных» (Москва, 21-22 ноября 2019 г.); на 2-й Научной конференции с международным участием «Микробиота человека и животных» (Санкт-Петербург, 18-19 сентября 2020 г.); на 2-й Международной научно-практической конференции «Молекулярно-генетические технологии для анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных» (Москва, 25 декабря 2020 г.); других научных и научно-практических конференциях.

Личный вклад соискателя. Автором поставлена научная проблема, сформулированы цели и задачи, а также проведена работа по поиску и анализу отечественных и зарубежных литературных данных по теме диссертационной работы. Вклад автора является определяющим и заключается в непосредственном участии во всех этапах исследований.

Соответствие научной специальности. Диссертационная работа является завершённой научно-исследовательской работой и соответствует следующим научным специальностям: 06.02.02 - ветеринарная микробиология, вирусология, эпизоотология, микология с микотоксикологией и иммунология.

Публикация результатов исследований.

По теме диссертации опубликовано 25 научных публикации, в том числе 7 публикаций в изданиях, рекомендованных ВАК Министерства образования и науки РФ, 3 публикации, входящие в международный индекс цитирования Web of Science и Scopus, 11 публикаций научных и научно-практических конференций. Также материалы исследований были включены в 2 монографии и стали основой для 1 методических рекомендаций. По результатам проведённых исследований получен 1 патент РФ на изобретение (RU 2 689 709 C1).

Объём и структура диссертации. Диссертационная работа изложена на 185 страницах компьютерной вёрстки, содержит 15 таблиц, 17 рисунков, структурно включает следующие разделы: введения, обзор литературы, методологии и методов исследований, результатов и обсуждения результатов, заключения, практических предложений, списка использованной литературы и приложения. Список литературы включает 367 источников, в том числе 242 на иностранном языке.

Благодарность. Автор выражает благодарность своему научному руководителю О.Б. Новиковой за постановку задачи, внимание к работе и обучение постановке эксперимента на живой птице. Также автор выражает благодарность коллективу ФГБОУ ВО МГАВМиБ - МВА имени К.И. Скрябина во главе с Кочишом И.И. за оказанную поддержку в исследовании. Особую благодарность автор выражает коллективу ООО «БИОТРОФ» во главе с Лаптевым Г.Ю. и, в частности, коллективу отдела молекулярно-генетических исследований во главе с Ильиной Л.А. за предоставленную возможность проведения молекулярно-генетических исследований, за подготовку и обучение молекулярно-генетическим методикам.

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Строение и физиология пищеварения птиц, роль слепых отростков кишечника

Пищеварение - это жизненно важный процесс, который охватывает взаимосвязанные биофизические и биохимические процессы. В процессе пищеварения основные питательные вещества, биополимеры расщепляются до более простых мономеров, а витамины и минеральные вещества из недоступных или труднодоступных для организма соединений переходят в доступную форму.

Процессы пищеварения протекают засчёт пищеварительных ферментов, вырабатываемым различными органами и микроорганизмами.

У разных видов животных различают три основных типа пищеварения.

• Собственное пищеварение - происходит в результате выработки организмом собственных ферментов для расщепления питательных веществ.

• Аутолитическое пищеварение - происходит в процессе расщепления питательных веществ ферментами, содержащимися в корме.

• Симбионтное пищеварение - основывается на расщеплении питательных веществ ферментами бактерий, составляющими часть микробиоты макроорганизма (Швыдков А.Н., 2017).

Пищеварение птиц начинается с поступления корма в ротовую полость. Как

правило в промышленных условиях птица получает сухой корм с постоянным

доступом воды. В ротовой полости корм смачивается секретом желез,

содержащими слизь, муцин и фермент амилазу. При помощи движений языка

пища далее направляется в глотку, а затем в зоб. Роль зоба заключается в

предварительной подготовке питательных веществ к перевариванию. В зобе

гидролизуется до пятой части растворимых углеводов корма под действием

протеолитических и липолитических ферментов и ферментов, вырабатываемых

микроорганизмами, частично расщепляются белки и жиры (Скопичев В.Г. и др.,

11

2004; Макрушин П.В., Лазарев В.М., 1990). Далее содержимое зоба переправляется в железистый желудок, где происходит его взаимодействие с муцином, после чего далее поступает в мышечный желудок, где за счёт мышечных сокращений происходит перетирание пищи. (Богданов Г.А., 1990). Из мышечного желудка пищевой ком направляется в тонкий кишечник. Тонкий кишечник состоит из двенадцатиперстной, тощей и подвздошной кишок. Функция тонкого кишечника заключается в расщеплении и всасывании питательных веществ корма. Далее пища попадает в толстый отел кишечника. К толстому отделу относятся пара слепых отростков и прямая кишка. Первичная роль слепых отростков заключается в обеспечении окончательного переваривания клетчатки, протеинов, жиров, углеводов, а также всасывание переваренных жирных кислот, аминокислот, воды. В слепых отростках содержится основная часть бактериальной флоры (до 1012 клеток/г). Симбионтные представители микроорганизмов, населяющих слепые отростки, вырабатывают, целлюлазу и прочие пищеварительные ферменты, в дополнение к собственным ферментам слепых отростков птицы: липазе, альфа-амилазе, глюкозидазе, фруктофуронидазе. Бактериальные ферменты расщепляют целлюлозу, растительную клетчатку, которую организм птицы не способен переварить под действием собственных ферментов. В слепых отростках происходит также бактериальный синтез витаминов группы В (Макрушин П.В., Лазарев В.М., 1990). Засчёт содержания в слепых отростках наибольшего количества микроорганизмов, в сравнении с остальными органами пищеварения, слепые отростки являются основным местом переваривания растительной целлюлозы и образования летучих жирных кислот.

Об особом значении слепых отростков в пищеварении также

свидетельствует и значительная их величина. Так, например, было установлено,

что при удалении слепых отростков у цыплят кросса СК-Русь, возрастало

потребление корма, при этом среднесуточный прирост живой массы падал в

сравнении с контрольной группой. Вместе с тем, отмечалось, что численность

амилолитических и лактатферментирующих бактерий в подвздошной кишке

возрастала в сравнении с контролем в 6 и 93,7 раз соответственно (Каблучеева

12

Т.И., 2007). В то же время, в другом исследовании при применении препарата на основе расторопши, вместе с повышением прироста живой массы, было отмечено увеличение длины слепых отростков цыплят-бойлеров в сравнении с контрольной группой (Олива Т.В., 2012). Исследование Кочкарева П.В. (2014) на белых куропатках показало значение слепых отростков птиц в выводе из организма тяжелых металлов.

1.2. Микрофлора слепых отростков сельскохозяйственной птицы

1.2.1. Нормофлора

Исследования давно установили, что микробы обнаруживаются во всех отделах пищеварительного тракта (Topley W.W., Wilson G., 1948; Перетц Л.Г., 1955) и находятся между собой в разнообразных связях. При этом по мнению экологов и микробиологов, микробные популяции подчиняются общим экологическим закономерностям (Clarke R.J., Bauchop T., 1977).

Макроорганизм и его микрофлору можно рассматривать как единую экологическую систему, находящуюся в состоянии динамического равновесия. Между тем, на микрофлору пищеварительного тракта птицы могут влиять различные факторы: возраст птицы, состав корма, применение антибиотиков и других веществ (Biggs P. et al., 2007; Chichlowski M. et al 2007; Stanley D. et al., 2014). В связи с этим, можно считать актуальным вопрос изучения влияния различных факторов на качественный и количественный состав микрофлоры кишечника птицы.

У безмикробных животных в свою очередь отмечалось истончение стенки кишечника, при этом уменьшение поверхности слизистой оболочки, повышение секреции желудочного сока, нарушения перистальтики и реактивности гладкой мускулатуры снижение обменных процессов, активности и скорости миграции эритроцитов по микроворсинкам, нарушенияработы прочих органов и систем (Павлова Н. и др., 2002).

Несмотря на важную роль микрофлоры пищеварительного тракта в жизнедеятельности макроорганизма-хозяина, до настоящего времени нет её единой классификации.

По мнению Дубоса (Dubos К, 1963) в процессе эволюции кишечная индигенная микрофлора разделилась, как минимум, на две большие группы, диаметрально различающихся по своим физиологическим характеристикам: автохтонные (непатогенные) и аллахтонные (условно-патогенные и патогенные) микроорганизмы.

В свою очередь Джерниган (Jernigan М.А.,1985) обозначил такие типы бактерий, как существующие в тесной связи с эпителием слизистой оболочки, и свободно живущие в просвете пищеварительного тракта. В связи с чем был сделан вывод, что способность микроорганизмов к адгезии не является обязательным признаком.

Значительно позже Лаптевым с соавторами (Лаптев Г.Ю. и др., 2016) в результате проведения широких мониторинговых исследований состава микрофлоры слепых отростков желудочно-кишечного тракта бройлеров методом Т-Я^ЪР и сопоставления представленности отдельных таксонов с показателями продуктивности и состояния здоровья были выделены следующие экологические группы микроорганизмов:

1. Нормофлора (нормальная микрофлора) - микроорганизмы, находящиеся с макроорганизмом в симбионтных отношениях, способствующие усвоению питательных веществ рационов или обладающие антимикробными свойствами в отношении патогенов (бактероиды, эубактерии, лахноспиры, руминококки, лактобактерии, бифидобактерии, бациллы, селеномонады и пр.);

2. Условно-патогенная (оппортунистическая) микрофлора -микроорганизмы, обнаруживаемые в норме в кишечниках птиц, но вызывающие заболевания при стрессе и ослаблении иммунитета (энтеробактерии, актиномицеты);

3. Патогенная микрофлора - возбудители инфекционных заболеваний

(стафилококки, микоплазмы, фузобактерии, пастереллы, кампилобактерии и пр.);

14

4. Транзитная микрофлора - прочие микроорганизмы, поступающие с кормом.

Под термином нормофлоры в приказе Минздрава 2003 года понимают соотношение разнообразных популяций микробов отдельных органов и систем, поддерживающее биохимическое, метаболическое и иммунологическое равновесие, необходимое для сохранения (ОСТ 91500.11.0004-2003)

Нормальная микрофлора желудочно-кишечного тракта обеспечивает макроорганизм не только питательными веществами за счёт производства целлюлозолитических и амилолитических ферментов, которые птица не способна выработать сама, но также витаминами, белками, гормонами, бактериоцинами и другими соединениями, являющимися продуктами жизнедеятельности бактерий-симбионтов (Фисинин В.И., 2016; Пинегин Б.В., 1984).

Многочисленные исследования ^аП:а1а М. е1 а1., 1973; Ш§Ьу С. е1 а1., 1979; Зон Г.А., 1992; Павлова Н. и др., 2002) позволили установить, что нормальная микрофлора организма принимает участие в функциях сердечно-сосудистой, эндокринной, кроветворной, нервной и других системах, оказывает антагонистическую активность в отношении патогенных микроорганизмов.

Одной из важнейших функций нормальной микрофоры является колонизационная резистентность. Это совокупность защитных механизмов, обеспечивающих защиту нормофлоры и препятствующих развитие в макроорганизме нежелательными микроорганизмами (Егоров Н.С., 2004; Степаненко И.П., 2001). Важное значение при этом имеет специфическая адгезия бактерий, позволяющая создавать на слизистой оболочке кишечника биоплёнку, состоящую из муцина и находящихся в нём микроорганизмов, обеспечивая тем самым защитный слой с высокой устойчивостью к разрушительным воздействиям (Чахава О.В., Горская Е.М., 1982).

Нормофлора кишечника способна вырабатывать адъювантные вещества,

оказывающие стимулирующее влияние на иммунную систему макроорганизма.

Таким образом, одна из важнейших функций нормальной микрофлоры - участие

в обеспечении естественной резистентности организма хозяина. Нарушения

15

данной функции ведут к стремительному развитию патогенной и условно-патогенной микрофлоры (Шендеров Б.А., 1998).

Нормофлора кишечника также участвует в детоксикации токсических веществ, выступая в роли естественного биологического сорбента попадающих внутрь, а также образующихся непосредственно в организме хозяина токсических продуктов.

Нормальная микрофлора кишечника обеспечивает организм хозяин необходимыми витаминами. Лактобактерии и бифидобактерии способны синтезировать витамины В1, В2, В6, В12, С, никотиновую кислоту, фолиевую кислоту, а также биотин. Иные бактерии способны синтезировать витамины К и В12 (УоПаМ Б.1 е1 а1., 1987).

В молекулярно-генетической лаборатории ООО «БИОТРОФ» в 2010 году (Лаптев Г.Ю. и др., 2016) была отмечена закономерность между составом микрофлоры слепых отростков ЖКТ бройлеров и усвоением различных аминокислот. Стоит отметить, что основное место в кормлении птицы отводится кормовому протеину - незаменимому компоненту рационов, поскольку прирост живой массы осуществляется в основном за счёт белка. Известно, что использование кормов с недостатком протеина, а также с нарушением баланса аминокислот, особенно незаменимых, может оказывать негативное влияние на жизнедеятельность и продуктивность птицы. В то же время низкая переваримость протеина может вызывать нефриты, заболевания суставов ног и др. Было изучено влияние микробного фона слепых отростков желудочно-кишечного тракта птицы на метаболизм 20 незаменимых аминокислот и их усвоение. Показано, что численность доминирующих видов бактерий коррелируется с использованием аминокислот организмом.

Часть микроорганизмов пищеварительного тракта получают энергию

используя микробные сахаролитические ферменты производя гидролиз

моносахаридов и олигосахаридов, поступающих в организм с пищей или

образующихся в толстой кишке из более сложных субстратов (крахмал, пектины,

целлюлоза, гемицеллюлоза). В результате образуются в больших концентрациях

16

летучие жирные кислоты и других органические кислоты. Наиболее активная амилолитическая активность была отмечена среди бактерий родов Lactobacillus, Bifidobacterium, Peptococcus, Fusobacteria (Ардатская М.Д., 2001).

До недавнего времени большинство имеющихся сведений о кишечной микрофлоре птицы были получены с использованием классических микробиологических методов, согласно которым основу сообщества составляют бифидобактерии, лактобактерии и бактероиды (Тимошко М.А., 1990, Engberg R.M. et al., 2000), что было опровергнуто современными молекулярно-генетическими методами исследования (Лаптев Г.Ю. и др., 2014; Ильина Л.А. и др., 2015). Ранее сведения о микробном сообществе зависели от классических методик, основанных на росте микрофлоры на селективных питательных средах. Данные методики были трудоёмкими, продолжительными по времени и требовали использования различных селективных питательных сред для разных видов бактерий, что приводило к погрешностям в наблюдениях. При помощи классических методик особенно сложно было исследовать анаэробные виды микроорганизмов чувствительных к кислороду (Langendijk P.S. et al., 1995; Barnes E. et al., 1979; Miller T.L. et al., 1986).

Одно из главных преимуществ совеременных молекулярно-биологических методик по сравнению с классическими культуральными методами - отсутствие необходимости культивирования микроорганизмов. Большая часть кишечной микрофлоры не развивается на многих средах в искусственных условиях, поскольку необходимые условия для роста большинства бактерий всё ещё неизвестны науке и не могут быть выполнены в лабораторных условиях (Hanson R.S., 1996).

С использованием современного молекулярно-генетического метода T-RFLP было обнаружено, что в слепых отростках ЖКТ цыплят-бройлеров более половины микроорганизмов приходится на представителей некультивируемых бактерий. Данную группу микроорганизмов не представляется возможным выявить и изучить с помощью традиционных культуральных методов

микробиологии (Лаптев Г.Ю. и др., 2016).

17

При помощи современных молекулярно-генетических методик, в содержимом слепых отростков цыплят-бройлеров было обнаружено высокое разнообразие микроорганизмов. В одном из исследований Егорова с соавторами (Егоров И.А. и др., 2019) при исследовании бактериального сообщества кишечника с помощью медота T-RFLP было установлено присутствие высокого числа филотипов микроорганизмов, общее число которых в зависимости от породы птицы и рациона варьировало от 125,65±3,12 до 170,36±6,09 40. Также при помощи анализа обходящего стадию культивирования было выявлено более 100 родов бактерий, относящихся к некультивируемым видам. В другом исследовании изучение микрофлоры слепых отростков цыплят показало, что более 75% бактерий относятся к родам Eubacteria spp. и Clostridium spp. 10% составили представители рода Clostridium IV группы, синтезирующие масляную кислоту, а также вида Faecalibacterium prausniti. Присутствие рода Atopobium составило 3,6%, Bacterioides - 1,9%, Actinomyces - 1,3%, Pseudomonas - 0,7%, остальные представители относились к некультивируемым бактериям (Xiang Y. Zhu et al., 2002; Bjerrum L., 2005).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Дубровин Андрей Валерьевич, 2021 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Аллергические болезни у детей. Руководство для врачей / под ред. М.Я. Студеникина, И.И. Балаболкина - М.: Медицина, 1998. - 352 с.

2. Ардатская, М.Д. Дисбактериозы кишечника: современные аспекты изучения проблемы, принципы диагностики и лечения / М.Д. Ардатская, О.Н. Минушкин // Терапевтический архив. - 2001.- №2.- С.67-72.

3. Баркова, О.Ю. Обзор генов ассоциированных с резистентностью домашней курицы / О. Ю. Баркова // Международный научно-исследовательский журнал. — 2018. — № 07 (73). — С. 44—46.

4. Блохина, И.Н. Дисбактериозы / И.Н. Блохина, В.Т. Дорофейчук. - Л., «Медицина», 1979. .- 275 с.

5. Бовкун, Г.Ф. Дисбактериозы молодняка - проблема актуальная / Г.Ф. Бовкун, В.П. Трошин, Н.И. Малик // Птицеводство.- 2005.- №6.- С.25-27.

6. Богданов, Г.А. Кормление сельскохозяйственных животных: учеб. для студ. высш. учебн. завед. по спец. «Зоотехния» / Г. А. Богданов. - М.: Агропромиздат, 1990. - 624 с.

7. Болотников, И.А. Физиолого-биохимические основы иммунитета сельскохозяйственной птицы / И.А. Болотников, Ю.В. Конопатов.- Л.: Наука, 1987.- 164 с.

8. Большаков, В.Н. Фитопробиотик Провитол для поросят-сосунов. / В.Н. Большаков, Н.И. Новикова, В.В. Солдатова // Животноводство России.- 2013. - Специальный выпуск по свиноводству. - С. 53.

9. Большаков, В.Н. Препарат Провитол для коров и телят. / В.Н. Большаков, В.В. Солдатова, Н.И. Новикова // Животноводство России.- 2010.-Специальный выпуск по молочному скотоводству.- С. 37.

10. Брюханов, А.Л. Молекулярная микробиология: Учебник для вузов. / А.Л.Брюханов, К.В. Рыбак., А.И. Нетрусов. - Издательство Московского университета Москва, 2012. - 480 с.

11. Воробьев, А.А. Дисбактериозы - актуальная проблема медицины / А.А. Воробьев, Н.А. Абрамов, В.М. Бондаренко и др. // Вестн. РАМН.- 1997.- № 3.- С. 4-7.

12. Георгиевский, В.И. Физиология сельскохозяйственных животных / В.И. Георгиевский.- М., Агропромиздат, 1990.- 511 с.

13. Герасименко, В.Г. Биохимия продуктивности и резистентности животных / В.Г. Герасименко. - Киев: Вища шк., 1987. - 224 с.

14. Гладков, Б.А. Некоторые физиологические и возрастные особенности иммунной системы у кур. / Б.А. Гладков // Диагностика, патоморфология. патогенез и профилактика болезней в промышленном животноводстве. -Саратов, 1990.- Ч.2.- С. 132-135.

15. Горфункель Е.П. Enterococcus cecorum - новая угроза промышленному птицеводству / Е.П. Горфункель, Д.Г. Тюрина, Л.А. Ильина, А.В. Дубровин, Е.А. Йылдырым, В.А. Филиппова // Птицеводство. - №01. - 2020. - С.51-57.

16. Грозина, А.А. Состав микрофлоры желудочно-кишечного тракта у цыплят-бройлеров при воздействии пробиотика и антибиотика (по данным T -RFLP-RT-PCR) / А.А. Грозина // С.-х. биол., 2014.- №6.- С. 45-48

17. Грозина, А.А. Влияние состава рациона на микробиологические показатели желудочно-кишечного тракта цыплят- бройлеров при скармливании препаратов Стафак-110 и Целлобактерин-Т: дисс. ... канд. биол. наук: 06.02.08 / Грозина Алена Андреевна - М., 2016. - 181 с.

18. Дорофейчук, В. Г. Определение активности лизоцима нефелометрическим методом / В. Г. Дорофейчку // Лабораторное дело, 1968. - №1. - С. 28-30.

19. Дорофейчук, В.Г. Значение дефицита бифидофлоры при гастроэнтерологических заболеваниях у детей и коррекция ее антацидным бифилактом / В.Г. Дорофейчук, Л.В. Байер, Г.И. Карасева и др. // Сб. науч. тр. ВНИИ антибиотиков.- М., 1986.- С. 122-127.

20. Дубровин А.В. Влияние кормовой добавки на основе эфирных масел на здоровье и продуктивность цыплят кур / А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев, Л.А.

Ильина, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, И.И. Кочиш, О.Б. Новикова // Ветеринария. - 2018. - № 12. - С. 12-16.

21. Дубровин А.В. Влияние кормовой добавки на основе эфирных масел на микрофлору кишечника цыплят при заражении бактерией рода Salmonella. // Материалы 73-й международной научной конференции молодых ученых и студентов СПбГАВМ. - Издательство ФГБОУ ВО СПбГАВМ, - 2019 г. - С. 78-80.

22. Дубровин А.В. Влияние кормовой добавки на основе эфирных масел на яичную продуктивность и иммунный ответ кур-несушек при заражении эпизоотическим штаммом Salmonella enteritidis / А.В. Дубровин, Л.А. Ильина, О.Б. Новикова // Известия Санкт-Петербургского государственного аграрного университета. - 2019. - № 1 (54). С. 107-111.

23. Дубровин А.В. Влияние кормовых добавок на здоровье и эффективность выращивания птиц / А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев, О.Б. Новикова // В сборнике: Роль молодых учёных в решении актуальных задач АПК Сборник по материалам международной научно-практической конференции молодых учёных. - 2018. - С. 101-104.

24. Дубровин А.В. Влияние кормовых добавок различных групп на микробиоценоз кишечника цыплят-бройлеров в различных производственных условиях / А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев, М.Е. Дмитриева, Л.А. Ильина, О.Б. Новикова // В сборнике: Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии Сборник тезисов XVIII Всероссийской конференции молодых учёных, посвященной памяти академика РАСХН Георгия Сергеевича Муромцева. - 2018. - С. 216-218.

25. Дубровин А.В. Влияние препаратов группы фторхинолонов и пробиотика на основе Lactobacillus acidophilus на микробиоценоз кишечника цыплят-бройлеров при заражении возбудителями сальмонеллёза птиц // Материалы 17-ой Всероссийской молодежной научной конференции «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и ветеринарии» - 2017 - С. 7-10

26. Дубровин А.В. Исследование влияния кормовой добавки на основе эфирных масел на показатели иммунитета кур-несушек / А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, О.Б. Новикова, И.И. Кочиш // В сборнике: Материалы Международной научно-практической конференции "Молекулярно-генетические технологии для анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных"

- 2019. - С. 83-92.

27. Дубровин А.В. Исследование влияния кормовых добавок на основе эфирных масел на иммунологические показатели крови кур-несушек / А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, О.Б. Новикова, И.И. Кочиш // Вопросы нормативно-правового регулирования в ветеринарии.

- 2019. - № 1. - С. 163-165.

28. Дубровин А.В. Сравнительный анализ микрофлоры пищеварительного тракта молодых цыплят-бройлеров и взрослых кур-несушек при факторах заражения и применения эфирных масел / А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, Бражник Е.А., О.Б. Новикова, И.И. Кочиш // В сборнике: Материалы 2-й Международной научно-практической конференции "Молекулярно-генетические технологии для анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных" - 2020. - С.125-135.

29. Егоров И.А. Замещение кормовых антибиотиков в рационах. Сообщение II. Микробиота кишечника и продуктивность мясных кур (Gallus Gallus L.) на фоне фитобиотика. / И.А. Егоров, Т.А. Егорова, Т.Н. Ленкова, В.Г. Вертипрахов, В.А. Манукян, И.Н. Никонов, А.А. Грозина, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев // Сельскохозяйственная биология. - 2019. - Т. 54. - № 4. - С. 798-809.

30. Егоров, И.А. Включение в комбикорма для цыплят-бройлеров фитобиотика «Провитол». / И.А. Егоров, В.А. Манукян, Т.Н. Ленкова, Т.А. Егорова, В.Г. Вертипрахов, И.Н. Никонов, Г.Ю. Лаптев // Материалы 19 Международной

конференции. Мировые и Российские тренды развития птицеводства: реалии и вызовы будущего. Сергиев Посад, 2018.- С. 197-200.

31. Егоров, И.А. Микробиота кишечника и продуктивность мясных кур (Gallus Gallus L.) на фоне фитобиотика. / И.А. Егоров, Т.А. Егорова, Т.Н. Ленкова, В.Г. Вертипрахов, В.А. Манукян, И.Н. Никонов, А.А. Грозина, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, А.В. Дубровин, Г.Ю. Лаптев // Сельскохозяйственная Биология - 2019. - Т.54. - №4. - С. 780-809.

32. Егоров И.А. Возрастные изменения секреторной функции поджелудочной железы и микрофлоры кишечника у цыплят родительских форм и гибридов мясных кур / И.А. Егоров, В.Г. Вертипрахов, А.А. Грозина, Г.Ю. Лаптев, И.Н. Никонов, Н.И. Новикова, Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, В.А. Филиппова, А.В. Дубровин, В.А. Манукян, Т.Н. Ленкова // Сельскохозяйственная биология. - 2017. - Т. 52. - № 4. - С. 757-766.

33. Егоров, Н.С. Основы учения об антибиотиках: учеб / Н.С. Егоров. - изд. 6-е -М.: Наука, 2004. - 528 с.

34. Емельяненко, П.А. Ветеринарная микробиология: учебник для вузов / П.А. Емельяненко, Д.Г. Кудлай и др. - М.: Колос, 1982. - 304 с.

35. Емцев, В.Т. Микробиология: учеб. для вузов / В.Т. Емцев, Е.Н. Мишустин. -5-е изд., перераб. и доп. - М.: Дрофа, 2005. - 445 с.

36. Забровская, А.В. Устойчивость к антимикробным препаратам сальмонелл, выделенных о т животных и из продуктов в Ленинградской области в 2004 -2010гг. / А.В. Забровская, Л.А. Кафтырева, С.А. Егорова, Л.В. Селиванова, Л.Ю. Малышева, Н.А. Антипова, А.Н. Борисенкова, О.Б. Новикова // Международный вестник ветеринарии. - 2011. - №3.- С.15-18.

37. Забровская, А.В. Эпизоотологический анализ распространения антибиотикорезистентных штаммов возбудителей инфекционных болезней сельскохозяйственных животных в северо-западном федеральном округе российской федерации: дис. ... доктора наук: 06.02.02 / Забровская Анна Владленовна. СПб, 2018.- 323 с.

38. Зон, Г.А. Аутохтоная микрофлора птицы / Г.А.Зон // Птицеводство.- 1992.-№6. - С.20-22.

39. Иванова, А.Б. Влияние пробиотического препарата «Ветом-3» на качество мяса цыплят-бройлеров / А.Б. Иванова, Г.А. Ноздрин // Ветеринария. - 2007. - № 8. - С. 69-73.

40. Илиеш, В.Д. Пробиотики - путь к качеству и безопасности продуктов питания / В. Д. Илиеш, М. М. Горячева // Свиноводство. - 2012. - №6. - С.25-27.

41. Ильина, Л.А. Изучение микрофлоры рубца крупного рогатого скота на основе молекулярно-биологического метода Т-ЯЕЪР с целью разработки способов ее оптимизации: дисс. ... канд. биол. наук: 03.01.06 / Ильина Лариса Александровна.- СПб, 2012.- 197 с.

42. Ильина, Л.А. Таксономическое разнообразие микробиома слепых отростков кишечника у цыплят-бройлеров и его изменение под влиянием комбикормов с подсолнечным шротом и сниженной обменной энергией / Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, И.Н. Никонов, В.А. Филиппова, Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, А.А. Грозина, Т.Н. Ленкова, В.А. Манукян, В.И. Фисинин, И.А. Егоров // Сельскохозяйственная биология. - 2015.- Т.50.- №6.- С. 817-824.

43. Йылдырым Е.А. Микробиом кур: современный взгляд / Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, Е.П. Горфункель, А.В. Дубровин, Н.И. Новикова, Д.Г. Тюрина, Г.Ю. Лаптев // Птицеводство. - 2019. - № 1. - С. 4349.

44. Йылдырым Е.А. Можно ли обойтись без пробиотиков? / Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, А.В. Дубровин, В.А. Филиппова, Н.И. Новикова, Д.Г. Тюрина, Г.Ю. Лаптев, В.Х. Меликиди // Птицеводство. - №03. - 2020. - С.33-38.

45. Йылдырым, Е.А. Теоретические и экспериментальные основы микробиологической безопасности консервированных кормов для жвачных сельскохозяйственных животных: дисс. ... доктора биол. наук: 03.01.06, 06.02.08 / Йылдырым Елена Александровна. Дубровник, 2019. - 469 с.

46. Йылдырым Е.А. Нормы содержания микроорганизмов в ЖКТ животных и птицы / Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, Н.И. Новикова, Д.Г. Тюрина, А.В. Дубровин, В.А. Филиппова, Г.Ю. Лаптев // Комбикорма. - 2019. - № 10. - С. 70-74.

47. Йылдырым Е.А. Почему не все пробиотики одинаково полезны / Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, Н.И. Новикова, Е.А. Бражник, А.В. Дубровин, В.А. Филиппова, Д.Г. Тюрина, Г.Ю. Лаптев // Комбикорма. - 2019. - № 9. - С. 7578.

48. Йылдырым Е.А. Современные биотехнологии в кормлении птицы / Е.А. Йылдырым, Е.А. Бражник, Л.А. Ильина, А.В. Дубровин, В.А. Филиппова, Н.И. Новикова, Г.Ю. Лаптев // Птицеводство. - 2019. - № 5. - С. 19-24.

49. Каблучеева, Т.И. Переваримость и усвояемость азотистых веществ и углеводов корма при удалении слепых отростков кишечника у молодняка мясных кур кросса СК-Русь / Т.И. Каблучеева // С.-х. биол.- 2007.- №6.-С.72-76.

50. Колабская, Л.С. Естественная резистентность птицы / Л.С. Колабская // Справочник ветеринарного врача птицеводческого предприятия. М.: Колос, 1982. - С. 237-243.

51. Коротаев, А.И. Медицинская микробиология, иммунология, вирусология: учеб. для мед. вузов / А.И. Коротаев, С.А. Бабичев.- 4-е изд. - СПб: СпецЛит, 2008. - 767 с.

52. Костина, М.А. Определение классов иммуноглобулинов методом дискретного осаждения / М.А. Костина // Проблемы повышения резистентности новорожденных животных. Сб. науч. тр./ВНИИНБЖ.-Воронеж, 1983.- с.76-80.

53. Кочиш И.И. Методические рекомендации по использованию современных

биотехнологий для оценки экспрессии генов, связанных с продуктивностью и

устойчивостью птицы к неблагоприятным факторам / И.И. Кочиш, М.Н.

Романов, Г.Ю. Лаптев, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, А.В.

Дубровин, Н.И. Новикова, Д.Г. Тюрина, Н.В. Тарлавин, Т.П. Дуняшев, М.В.

124

Селина, К.Е. Берникова, М.С. Мотин // М.: «Сельскохозяйственные технологии, - 2019 - 112 с.

54. Кочиш И.И. Патент РФ на изобретение Яи 2 689 709 С1 «Способ кормления сельскохозяйственной птицы, способствующий увеличению экспрессии бета-дефензинов» / И.И. Кочиш, Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, В.И. Смоленский, Л.А. Ильина, Д.Г. Тюрина, В.А. Филиппова, Д.М. Богданова, А.В. Дубровин, Д.В. Соболев, Е.А. Йылдырым, Э.У. Шихбабаев - Публикация патента: 28.05.2019.

55. Кочкарев, П.В. Роль слепых отростков белой куропатки (Ьа§орш 1а§орш МоШш. 1776) в процессе регулирования микроэлементного состава / П.В. Кочкарев // Вестник КрасГАУ, 2014.- №10.- С. 122-126.

56. Красноголовец, В.Н. Дисбактериоз кишечника и его клиническое значение / В.Н. Красноголовец. - М.: Медицина, 1979. - С. 189.

57. Кривущев, Б.И. Дисбактериоз и пробиотики / Б.И. Кривущев // Здоровье Ребенка. - 2010.- №3.- С. 75-79.

58. Крюков, В.С. Антибактериальное действие эфирных масел лекарственных растений (обзор) / В.С. Крюков, И.В. Глебова // Проблемы биологии продуктивных животных.- 2017.- №3.- С. 5-25.

59. Лаптев Г.Ю. Микробиом сельскохозяйственных животных: связь со здоровьем и продуктивностью / Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, А.В. Дубровин, Н.В. Тарлавин. -СПб. : Проспект Науки, 2020. - 336 с.

60. Лаптев Г.Ю. Определение микробиоценозов кишечника кур породы "Хайсекс" методом Т-ЯЕЪР в онтогенезе / Г.Ю. Лаптев, Л.А. Ильина, И.Н. Никонов, И.И. Кочиш, М.Н. Романов, В.И. Смоленский, А.Н. Панин, Е.А. Йылдырым, Н.И. Новикова, В.А. Филлипова, А.В. Дубровин // В книге: Высокопроизводительное секвенирование в геномике II Всероссийская конференция с международным участием. Сер. "АС:а№Шгаи" 2017. С. 33а.

61. Лаптев Г.Ю. Резервуары инфекций на птицефабриках / Г.Ю. Лаптев, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, А.В. Дубровин, В. А. Филиппова, Н.И. Новикова, Д.Г. Тюрина, А.Х. Меликиди // Комбикорма. - №6. - 2020. - С.70-74.

62. Лаптев Г.Ю. Успешная стратегия управления микробиомом кур / Г.Ю. Лаптев, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, Е.П. Горфункель,

A.В. Дубровин, И.И. Кочиш // Комбикорма. - 2019. - № 1. - С. 80-83.

63. Лаптев Г.Ю. Фитобиотик Интебио на защите иммунитета птицы / Г.Ю. Лаптев, Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, В.А. Филиппова, А.В. Дубровин, О.Б. Новикова, И.И. Кочиш // Птицеводство. - 2019. - № 7-8. - С. 25-30.

64. Лаптев, Г.Ю. Здоровый микробиом кур / Г.Ю. Лаптев, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, В.А. Филиппова, Е.П. Горфункель, А.В. Дубровин, Н.И. Новикова, Д.Г. Тюрина // Ценовик. - 2018. - №10. - С.44-52.

65. Лаптев, Г.Ю. Целлобактерин и Провитол в молочном скотоводстве. / Г.Ю. Лаптев, В.В. Солдатова, А.А. Лебедев, Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, Т.П. Дуняшев, О.Н. Соколова // Научное обеспечение развития АПК в условиях импортозамещения: сборник научных трудов по материалам международной научно-практической конференции «Развитие агропромышленного комплекса на основе современных научных достижений и цифровых технологий». Ч.1. - СПбГАУ, СПб. - 2019.- С. 217-219.

66. Лаптев, Г.Ю., Нормы содержания микрофлоры в желудочно-кишечном тракте цыплят-бройлеров. Методические рекомендации / Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, И.Н. Никонов, В.А. Филиппова,

B.В. Солдатова, В.Н. Большаков, Е.П. Горфункель, Е.Г. Дубровина, А.В. Дубровин. - СПб.: ООО «БИОТРОФ». - 2016.- 28 с.

67. Лаптев, Г.Ю. Нормы содержания микрофлоры в желудочно-кишечном тракте цыплят-бройлеров. Методические рекомендации / Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, Л.А Ильина, Е.А. Йылдырым и др. СПб.: БИОТРОФ, - 2014. - 23 с.

68. Лаптев, Г.Ю. Кормовая добавка «Микс-Ойл» в кормлении свиней. / Г.Ю. Лаптев, В.Н. Большаков, В.В. Солдатова // Сельскохозяйственные Вести. -2012.- №1.- С.24.

69. Лебедев, А.А. Фитопробиотик Провитол в кормлении дойных коров. / А.А. Лебедев, В.М. Дуборезов, Г.Ю. Лаптев, В.В. Солдатова. // Сельскохозяйственные Вести. - 2012. - №2. - С.26.

70. Ленгелер, Й. Современная микробиология. Прокариоты. Том 1. / Й. Ленгелер, Г. Древс, Г. Шлегель - М., Мир. - 2005. - 656 с.

71. Ленивкина, И.А. Использование бифидобактерий в рационах поросят-сосунов / И.А. Ленивкина, Л.А. Литвина, К.Я. Мотовилов // Проблемы сельскохозяйственной экологии: докл. и тез. докл. науч.-практ. конф. -Новосибирск, 2000. - С. 112.

72. Ленченко, Е.М., Этиологическая структура и дифференциальная диагностика сальмонеллеза птиц. / Е.М. Ленченко, Ф.В. Кхай, Ю.А. Ватников, И.Н. Медведев, В.А. Гаврилов. // Вестник РУДН. Серия: Агрономия и животноводство. - 2017. - №4.

73. Литвина, Л.А. Экологически безопасные продукты / Л.А. Литвина, К.Я. Мотовилов, Ш.А. Нугаев, А.В. Киселев // Проблемы сельскохозяйственной экологии.: Доклады и тезисы докладов науч.-практ. конф. - Новосибирск, 2000. - С.53.

74. Лобзин, Ю.В. Дисбактериоз кишечника. / Ю. В.Лобзин, В. Г. Макарова, Е.Р. Корвякова, С.М.Захаренко. - СПб: Фолиант, 2006. - 265 с.

75. Лысов, В.Ф. Физиология и этология животных / В.Ф. Лысов, В.И.Максимов [и др.]. - М.: КолосС, 2013. - 605 с.

76. Лысов, В.Ф. Физиология и этология животных / В.Ф. Лысов, Т.В. Ипполитова, В.И. Максимов, Н.С. Шевелев. - М., Колос, 2004. - 568 с.

77. Макрушин, П.В. Физиология и продуктивность сельскохозяйственных животных: учеб. пособие / П.В. Макрушин, В.М. Лазарев. - Саратов: [б. и.], 1990. - Ч. 2. - 68 с.

78. Малик, Н.И. Ветеринарные пробиотические препараты. / Н.И. Малик, А.Н. Панин. // Ветеринария.-2001.- №1.- С. 46-51.

79. Мальцев, С.В. Что такое биопленка? / С.В. Мальцев, Г.Ш. Мансурова. // ПМ.- 2011. - №53.

80. Мелехин, Г.П. Физиология сельскохозяйственной птицы / Г.П. Мелехин, Н.Я. Гридин. - М.: Колос, 1977. - С. 155-200.

81. Михкмева, В.С. Возрастная динамика иммуноглобулинов сыворотки крови цыплят Методы иммунологии птиц / В.С. Михкмева // Карельский филиал АН СССР. - 1976. - С.44-49.

82. Митюшников, В.М. Естественная резистентность сельскохозяйственной птицы / В.М. Митюшников. - М., Россельсхозиздат, 1985. - 160 с.

83. Новикова А.Ф. Профилактическое средство против колибактериоза на основе выделенных белковых фракций термолабильного и термостабильного штаммов эшерихий / А.Ф. Новикова, О.Б. Новикова, А.В. Дубровин, В.Н. Ласкавый // Вопросы нормативно-правового регулирования в ветеринарии. -2016. - № 4. - С. 84-86.

84. Новикова, О.Б. Система контроля бактериальных болезней птиц в современных условиях промышленного птицеводства. / О.Б. Новикова, М.А. Павлова. // Инновации в АПК: проблемы и перспективы. - 2017. - №4 (16). -С.153-159

85. Новикова, О.Б. Профилактика бактериальных болезней птиц при помощи пробиотиков / О.Б. Новикова, М.А. Павлова, С.В. Щепеткина. // Актуальные вопросы образования и науки. Сборник научных трудов по материалам международной научно-практической конференции. - 2018. - С. 83-84.

86. Околелова, Т.М. Микс-Ойл в рационах кур-несушек. / Т.М. Околелова, Г.Ю. Лаптев, В.Н. Большаков. // Животноводство России. - 2014. - Специальный выпуск по птицеводству. - С.2-3.

87. Олива, Т.В. Интеракция длины кишечника с живой массой цыплят-бройлеров // Вестник Курской государственной сельскохозяйственной академии. - 2012. - №8.

88. ОСТ 91500.11.0004-2003 Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника., Приказ Минздрава РФ от 09.06.2003 N 231 (по состоянию на 2007 год)

89. Павлова, Н.В. Значение нормальной микрофлоры пищеварительного тракта птиц для их организма/ Н.В. Павлова, Ф.С. Киржаев, Р. Лапискайте // Био. -2002 - №1. - С.4-7.

90. Панин, А.Н. Пробиотики - неотъемлемый компонент рационального кормления животных / А.Н. Панин, Н.И. Малик // Ветеринария. - 2006. - №7. - С. 3-6.

91. Панин, А.Н. Пробиотики: теоретические и практические аспекты / А.Н. Панин, Н.И. Малик, И.Ю. Вершинина // БИО. - 2002. - № 2 - С. 4-7.

92. Панин, А.Н. Факторы, индуцирующие изменения кишечной микрофлоры птиц и их коррекция пробиотиками / А.Н. Панин, Р.Т. Маннапова, Л.З. Батретдинова // Птицеводство. - 2009. - № 2. - С. 241-244.

93. Перетц, Л.Г. Значение нормальной микрофлоры для организма человека. / Л.Г. Перетц. - М.: Медгиз. - 1955. - 250 с.

94. Перетц, Л.Г. Микрофлора человеческого тела / Л.Г. Перетц // Руководство по микробиологии, клинике и эпидемиологии инфекционных болезней, М. Медгиз. - 1962. - С. 667.

95. Петровская, В.Г. Микрофлора человека в норме и патологии. / В.Г. Петровская, О.П. Марко. - М.: Медицина, 1976.- С. 172.

96. Пименов, Н.В. Эффективность применения бивалентного бактериофага против сальмонеллы для обезвреживания продуктов убоя в птицеводстве. / Н.В. Пименов, С.В. Редькин, Ю.В. Амбражеевич. // Ветеринария, зоотехния и биотехнология. - 2014. - № 1. - С. 31-35.

97. Пинегин, Б.В. Дисбактериозы кишечника / Б.В. Пинегин, В.Н. Мальцев, В.М. Коршунов. - М.: Медицина, 1984. - 127 с.

98. Планельес, Х.Х., Харитонова А.М. В кн.: Побочные явления при бактериальных инфекциях.- М., 1960.- С. 293-327

99. Покровский, В.Н. Антибиотики и бактерии / В.Н. Покровский. - М.: Знание, 1990. - С. 41-43.

100. Фисинин, В. И. Кормление сельскохозяйственной птицы / В.И. Фисинин, И. А. Егоров, Т. М. Околелова, Ш. А. Имангулов. - Сергиев Посад: ВНИТИП, 2004. - 375 с.

101. Ройт, А. Иммунология (Пер с англ.) / А. Ройт, Дж. Брюсстофф, Д. Мейл. -М.: Мир, 2000. — 592 с. — ISBN 5-03-003362-9.

102. Романов М.Н. Разработка современных биотехнологий для оценки экспрессии генов в связи с устойчивостью к болезням и продуктивностью у домашней птицы / М.Н. Романов, Г.Ю. Лаптев, В.А. Филиппова, Е.А. Йылдырым, Л.А. Ильина, И.И. Кочиш, А.В. Дубровин, Н.И. Новикова, Т.П. Дуняшев, О.Б. Новикова, М.Е. Дмитриева, В.И. Смоленский, П.Ф. Сурай // В сборнике: Материалы Международной научно-практической конференции "Молекулярно-генетические технологии для анализа экспрессии генов продуктивности и устойчивости к заболеваниям животных" - 2019. - С. 11-41.

103. Рубан, Б.В. Птицы и птицеводство: учеб. пособие / Б.В. Рубан. - Харьков: Эспада, 2002. - 520 с.

104. Садовников, Н.В. Общие и специальные методы исследования крови птиц промышленных кроссов / Н.В. Садовников, Н.Д. Придыбайло, Н.А. Верещак,

A.С. Заслонов. - Екатеринбург - Санкт Петербург: Уральская ГСХА, НПП «АВИВАК», 2009. - 85 с.

105. Салеева, И.П. Пробиотик Биомин С-ЕХ для цыплят-бройлеров / И.П. Салеева // Зоотехния. - 2006. - № 8. - С. 28-30.

106. Семенихина, В.Ф. Антибиотики и микроэкология человека и животных /

B.Ф. Семенихина, Э.Е. Грудзинская, И.В. Скобелева. // Тр. ВНИИ антибиотиков. - М., 1988.- С. 130-133.

107. Смирнов, В.В. Спорообразующие аэробные бактерии продуценты биологически активных веществ. / В.В. Смирнов, С.Р. Резник, И.А. Василевская - Киев: Наукова думка, 1982. - 278 с.

108. Степаненко, И.П. Влияние пробиотического препарата стрептобифида форте на иммуногенез и формирование кишечного микробиоценоза цыплят: дисс.

канд. биол. наук:16.00.03/ Степаненко Ирина Петровна. - М., 2001. - 150 с.

130

109. Тараканов, Б.В. Механизм действия пробиотиков на микрофлору пищеварительного тракта и организм животных. - Ветеринария. - 2000. -№1. - С. 47-54.

110. Тараканов, Б.В. Методы исследования микрофлоры пищеварительного тракта сельскохозяйственных животных и птицы. - М.: «Научный мир», 2006. - 188 с.

111. Тимошко, М.А. Микрофлора пищеварительного тракта сельскохозяйственных животных. - Кишинев: «Штиинца». 1990. - 161 С.

112. Урбан, В.П. Болезни молодняка в промышленном животноводстве / В.П. Урбан, И.Л. Найманов. - М.: Колос, 1984. - 207 с.

113. Федотов, В.А. Фитобиотик в кормлении птицы. / В.А. Федотов, В.Е. Никитченко, Д.В. Никитченко, И.А. Егоров, Т.В. Егорова. // - Птицеводство. - 2018. - №8. - С.33-37.

114. Фисинин В.И. Современные представления о микрофлоре кишечника птицы при различных рационах питания: молекулярно-генетические подходы / В.И. Фисинин, Г.Ю. Лаптев, И.А. Егоров, А.А. Грозина, Т.Н. Ленкова, В.А. Манукян, И.Н. Никонов, Л.А. Ильина, Н.И. Новикова, Е.А. Йылдырым, В.А. Филиппова, А.В. Дубровин, Е.П. Горфункель, О.Ю. Баркова, Т.В. Егорова, Т.А. Егорова, А.Н. Косилов, Г.А. Пазникова, Н.Ф. Уфимцева // Всероссийский научно-исследовательский и технологический институт птицеводства Российской академии наук; Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+». Сергиев Посад. - 2017. - 263 с.

115. Фисинин В.И. Влияние структуры комбикормов на микрофлору кишечника бройлеров / В.И. Фисинин, И.А. Егоров, Т.Н. Егорова, Т.Н. Ленкова, В.А. Манукян, А.А. Грозина, Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, И.Н. Никонов, В.А. Филиппова, А.В. Дубровин // Комбикорма. -2016. - № 12. - С. 94-96.

116. Фисинин, В.И. Изменение бактериального сообщества в желудочно-

кишечном тракте кур в онтогенезе. / В.И. Фисинин, Г.Ю. Лаптев, И.Н.

Никонов, Л.А. Ильина, Е.А. Йылдырым, В.А. Филиппова, Н.И. Новикова,

131

А.А. Грозина, Т.А. Егорова, Т.Н. Ленкова, В.А. Манукян, И.А. Егоров. // Сельскохозяйственная биология. - 2016. - Т. 51. - № 6. - С. 883-890.

117. Фисинин, В.И. Кормление сельскохозяйственной птицы / В.И. Фисинин, И.А. Егоров, Т.М. Околелова, Ш.А. Имангулов. - Сергиев Посад: ВНИТИП, 2003. - 375 с.

118. Чахава, О.В. Микробиологические и иммунологические основы гнотобиологии / О.В. Чахава, Е.М. Горская, С.З. Рубан. - М., «Медицина», 1982. - 159 с.

119. Швыдков, А.Н. Экспериментальное обоснование использования кормовых добавок в промышленном птицеводстве Западной Сибири / Швыдков Александр Николаевич. Диссертация на соискание ученой степени доктора сельскохозяйственных наук -Новосибирск, 2017. - 419 с.

120. Шендеров, Б.А. Нормальная микрофлора и ее роль в поддержании здоровья человека / Б.А. Шендеров // Рос. журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 1998. - № 1. - С. 61-65.

121. Шендеров, Б.А. Медицинская микробная экология и функциональное питание: Т.1: Микрофлора человека и животных и ее функции / Б.А. Шендеров. - М.,«Грантъ», 1998. - 288 с.

122. Эпизоотическая ситуация в Российской Федерации 2017 год [Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор)] / Сост. О.Н. Петрова, А.К. Караулов, Н.С. Бардина, Е.Е. Таценко, Ф.И. Коренной, Д.С. Баташова. // ФГБУ ВНИИЗЖ ИАЦ Управления ветнадзора. -г. Владимир. - URL: https://www.fsvps.ru/fsvps-docs/ru/iac/rf/2017/iac2017.pdf (дата обращения: 04.10.2019)

123. Эпизоотическая ситуация в Российской Федерации 2018 год [Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор)] / Сост. А.К. Караулов, О.Н. Петрова, А.В. Варкентин, Н.С. Бардина, Н.А. Семенова, Д.С. Баташова, Ф.И. Коренной. // ФГБУ ВНИИЗЖ ИАЦ Управления ветнадзора - г. Владимир. - URL: https://www.fsvps.ru/fsvps-

docs/ru/iac/rf/2018/iac2018.pdf (дата обращения: 04.10.2019)

132

124. Эпштейн-Литвак, Р.В. Бактериологическая диагностика дисбактериоза кишечника. Методические рекомендации. / Р.В. Эпштейн-Литвак, Ф.Л. Вильшанская. - М.:, 1977. - 20 с.

125. Эрнст, Л.К. Биологические проблемы животноводства в XXI веке./ Л.К. Эрнст, Н.А. Зиновьева. - М.: РАСХН, 2008. - 501 с.

126. Abbas, A.K. Cellular and Molecular Immunology. 8th ed / A.K. Abbas, A.H. Lichtman, S. Pillai. - Philadelphia, PA, Saunders/Elsevier, 2014 - 544 p. - ISBN: 9780323316149.

127. Adaszynska-Skwirzynska, M. Use of essential oils in broiler chicken production -a review. / M. Adaszynska-Skwirzynska, D. Szczerbinska. // Annals of Animal Science. - 2017 - Vol.17, №2. - P.317-335. - doi:10.1515/aoas-2016-0046.

128. Adessi, C. Solid phase DNA amplification: characterisation of primer attachment and amplification mechanisms / C. Adessi, G. Matton, G. Ayala, G. Turcatti, J.J. Mermod, P. Mayer, E. Kawashima. // Nucleic acids research. - 2000. - Vol.28 -№20. - E87. - https://doi.org/10.1093/nar/28.20.e87.

129. Aguilar, C.A.L. Rosewood (Aniba rosaeodora Ducke) oil in broiler chickens diet / C.A.L. Aguilar, K.R.S. Lima, M.C. Manno, J.G.S. Maia, D.L. Fernandes Neto, F.B. Tavares, T.J.L. Roque, R.A. Mendonca, E.S.N. Carmo // Revista Brasileira de Saude e Produ?ao Animal. - 2014 - Vol.15 - №.1 - P.108-119 -http://dx.doi.org/10.1590/S1519-99402014000100014.

130. Agyare, C. Antibiotic Use in Poultry Production and Its Effects on Bacterial Resistance / C. Agyare, V. Etsiapa Boamah, C. Ngofi Zumbi, F. Boateng Osei // Antimicrobial Resistance - A Global Threat. - 2019. -doi: 10.5772/intechopen.79371.

131. Akbari, M.R. Expression of antimicrobial peptides in cecal tonsils of chickens treated with probiotics and infected with Salmonella enterica Serovar Typhimurium / M.R. Akbari, H.R Haghighi., J.R. Chambers, J. Brisbin, L.R. Read, S. Sharif // Clinical and Vaccine Immunology. - 2008. - Vol.15 - №.11 - P.1689-1693. - doi: 10.1128/CVI.00242-08.

132. Alali, W.Q. Effect of essential oil compound on shedding and colonization of Salmonella enterica serovar Heidelberg in broilers / W.Q. Alali, C.L. Hofacre, G.F. Mathis, G. Faltys // Poult Science. - 2013. - Vol.92 - №.3 - P.836-841. - doi: 10.3382/ps.2012-02783.

133. Al-Kassie, G.A.M. The role of peppermint (Mentha piperita) on performance in broiler diets / G.A.M. Al-Kassie // Agriculture and Biology Journal of North America. - 2010. - Vol.1 - P.1009-1013. -doi:10.5251/abjna.2010.1.5.1009.1013.

134. Altekruse, S.F. Salmonella enteritidis in broiler chickens, United States, 2000-2005 / S.F. Altekruse, N. Bauer, A. Chanlongbutra, R. DeSagun, A. Naugle, W. Schlosser, R. Umholtz, P. White // Emerging infectious diseases. - 2006. - Vol.12

- №.12. - P.1848-1852. - https://doi.org/10.3201/eid1212.060653.

135. Angulo, F.J. Origins and consequences of antimicrobial-resistant nontyphoidal Salmonella: implications for the use of fluoroquinolones in food animals / F.J. Angulo, K.R. Johnson, R.V. Tauxe, M.L. Cohen // Microbial drug resistance (Larchmont, N.Y.). - 2000. - Vol.6. - №1. - P.77-83. - doi: 10.1089/mdr.2000.6.77.

136. Antunes, P. Salmonellosis: the role of poultry meat / P. Antunes, J. Mourao, J. Campos, L. Peixe // Clinical Microbiology and Infection. - 2016. - Vol.22. - №2 -P. 110-121. - doi:10.1016/j.cmi.2015.12.004.

137. Apajalahti, J. Characteristics of the gastrointestinal microbial communities, with special reference to the chicken / J. Apajalahti, A. Kettunen, H. Graham // World's Poult. Sci. J. - 2004.-Vol.60 -№2. - P.223-232.

138. Apata, D.F. Antibiotic resistance in poultry / D.F. Apata // International Journal of Poultry Science. - 2009. - Vol.8. - №.4 - P.404-408. - doi: 10.3923/ijps.2009.404.40.

139. Awaad, M.H.H. Immunostimulant effects of essential oils of peppermint and eucalyptus in chickens / M.H.H. Awaad, G.A. Abdel-Alim, K.S. Sayed, K.A. Ahmed, A.A. Nada, A.S.Z. Metwalii, A.N. Alkhala // Pakistan Veterinary Journal.

- 2010. - Vol.30. - №2. - P.61-66.

140. Azadegam Mehr, M. Supplementation of clove essential oils and probiotic to the broiler's diet on performance, carcass traits and blood components. / M. Azadegam Mehr, A. Hassanabadi, H. Nassiri Moghaddam, H. Kermansha-hi // Iranian Journal of Applied Animal Science. - 2014. - Vol.4. - №1 - P.117-122.

141. Bailey, R. Intestinal Microbiota and the Pathogenesis of Dysbacteriosis in Broiler Chickens / R. Bailey // Ph.D. thesis, University of East Anglia, Norwich. - 2010. -doi: 10.13140/RG.2.2.14492.59525.

142. Bakkali, F. Biological effects of essential oils - A review / F. Bakkali, S. Averbeck, D. Averbeck, M. Idaomar // Food and Chemical Toxicology. - 2008. -Vol.46 - №2 - P.446-475. - doi: 10.1016/j.fct.2007.09.106.

143. Barbour, E.K. Safety and antiviral activity of essential oil against avian influenza and Newcastle disease viruses / E.K. Barbour, R.H. Yaghi, L.S. Jaber, H.A. Shaib, S. Harakeh // The International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine. - 2010. - Vol.8. - №1 - P.60-64.

144. Barbour, E.K. Evaluation of essential oils in the treatment of broilers co-infected with multiple respiratory etiologic agents / E.K. Barbour, M.F. Saade, A.M.A. Nour, G. Kayali, S. Kodess, R. Ghannam, H. Shaib // The International Journal of Applied Research in Veterinary Medicine. - 2011. - Vol.9. - №4. - P.317-333.

145. Barcelo, D. Pharmaceutical-residue analysis / D. Barcelo // Trends in Analytical Chemistry. - 2007. - Vol.26 - P.454. - e5.

146. Barnes, E. The intestinal microbiota of poultry and game birds during life and after storage / E. Barnes // Journal of Applied Microbiology - 1979. - Vol.46. - P.407-419.

147. Barrow, P.A. Observations on the pathogenesis of experimental Salmonella typhimurium infection in chickens / P.A. Barrow, M.B. Huggins, M.A. Lovell, J.M. Simpson. // Research in Veterinary Science. - 1987. - Vol.42. - №2. - P.194-199.

148. Baylis, M. The Genetics of Scrapie in Sheep and Goats / M. Baylis, W. Goldmann // Current Molecular Medicine. - 2004. - Vol.4. - №4. - P.385-396. - doi: 10.2174/1566524043360672.

149. Beinke, S. Functions of NF-kappa B1 and NF-kappa B2 in immune cell biology / S. Beinke, S.C. Ley // Biochemical Journal. - 2004. - Vol.382. - P.393-409. - doi: 10.1042/BJ20040544.

150. Berndt, A. Chicken cecum immune response to Salmonella entericaserovars of different levels of invasiveness / A. Berndt, A. Wilhelm, C. Jugert, J. Pieper, K. Sachse, U. Methner / Infection and Immunity. - 2007. - Vol.75 - №2. - P.5993-6007. - doi: 10.1128/IAI.00695-07.

151. Berkes, J. Intestinal epithelial responses to enteric pathogens: effects on the tight junction barrier, ion transport, and inflammation / J. Berkes, V.K. Viswanathan, S.D. Savkovic, G. Hecht // Gut. - 2003. - Vol.52 - №3. - P.439-451. - doi: 10.1136/gut.52.3.439.

152. Bermudez, A.J. Principles of disease prevention: diagnosis and control. / A.J. Bermudez // In: Diseases of poultry. USA: Iowas State University Press; 2003. -P.3-6. - ISBN-13: 978-0-813 8-0718-8/2008.

153. Betancourt, L. Effect of Origanum chemotypes on broiler intestinal bacteria. / L. Betancourt, F. Rodriguez, V. Phandanouvong, C. Ariza-Nieto, M. Hume, D. Nisbet, G. Afanador-Tellez, A.M. Van Kley, A. Nalian // Poultry Science. -2014. - Vol.93. №10. - P.2526-2535. - doi: 10.3382/ps.2014-03944.

154. Biggs, P. The effects of several oligosaccharides on growth performance, nutrient digestibilities, and cecal microbial populations in young chicks. / P. Biggs, C.M. Parsons, G.C. Fahey // Poultry Science. - 2007. - Vol.86 - №11. - P.2327-2336. doi: 10.3382/ps.2007-00427.

155. Bjerrum, L. The intestinal microbiota of broiler chickens / L. Bjerrum // PhD Thesis, Denmark, 2005.- P.132-145.

156. Boamah, V.E. Antibiotic practices and factors influencing the use of antibiotics in selected poultry farms in Ghana. / V.E. Boamah, C. Agyare, H. Odoi, A. Dalsgaard // Journal of Antimicrobial Agents. - 2016. - Vol.2. - №2. - P.120. - doi: 10.4172/2472-1212.1000120.

157. Braden, C.R. Salmonella enterica serotype Enteritidis and eggs: a national epidemic in the United States. / C.R. Braden // Clinical Infectious Diseases. - 2006

- Vol.43. - №4. - P.512-517. - doi: 10.1086/505973.

158. Burmen, L.G. Influence of antimicrobiol agents on host-parasite Enteractions / L.G. Burmen // Scandinavian Journal of Infectious Diseases - 1980. - Vol.24. -P.179-187.

159. Burt, S. Essential oils: their antibacterial properties and potential applications in foods - a review. / S. Burt // The International Journal of Food Microbiology. -2004. - Vol.94. - №3 - P.223-53. - doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2004.03.022.

160. Calislar, S. Effects of Orego-Stim® on broiler chick performance and some blood parameters. / S. Calislar, I. Gemci, A. Kamalak // Journal of Animal and Veterinary Advances. - 2009. - Vol.8. - №12. - P.2617-2620.

161. Cao, Y. A Review on the Applications of Next Generation Sequencing Technologies as Applied to Food-Related Microbiome Studies. / Y. Cao, S. Fanning, S. Proos, K. Jordan, S. Srikumar // Frontiers in microbiology. - 2017. -Vol.8. - P.1829. - doi:10.3389/fmicb.2017.01829.

162. Callewaert, L. Lysozymes in the animal kingdom. / L. Callewaert, C.W. Michiels // Journal of Biosciences - 2010. - Vol.35. - №.1. - P.127-160. - doi: 10.1007/s12038-010-0015-5.

163. Carvalho, I.T. Antibiotics in the aquatic environments: a review of the European scenario. / I.T. Carvalho, L. Santos // Environment International. - 2016. - Vol.94.

- P.736.-757. - doi: 10.1016/j.envint.2016.06.025.

164. Castanon, J.I.R. History of the use of antibiotic as growth promoters in European poultry feeds. / J.I.R. Castanon // Poultry Science. - 2007. - Vol.86. - №11. -P.2466-2471 - doi: 10.3382/ps.2007-00249.

165. Chan, T.Y. Health hazards due to clenbuterol residues in food. / T.Y. Chan // Journal of Toxicology: Clinical Toxicology. - 1999. - Vol.37. - P.517-519. - doi: 10.1081/CLT-100102525.

166. Chao, S. Inhibition of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) by essential oils. / S. Chao, G. Young, K. Nakaoka // Flavour and Fragrance Journal. -2008. - Vol.23. - №6. - P.444-449. - doi: 10.1002/ffj.1904.

167. Charalampopoulos, D. Prebiotics and Probiotics Science and Technology Vol. 1 / D. Charalampopoulos, R.A. Rastall. New York, NY: Springer. - 2009. - 1247 p. -doi: 10.1007/978-0-387-79058-9.

168. Chattopadhyay, M.K. Use of antibiotics as feed additives: a burning question. / M.K. Chattopadhyay // Frontiers in microbiology. - 2014. - Vol.5. - P.334. - doi: 10.3389/fmicb.2014.00334.

169. Chiang, H.I. Genomic Approaches to Study Innate Immune Response to Salmonella Enteritidis Infection in Chickens. Doctoral dissertation. / Chiang Hsin-I. Texas A&M University, 2008. - 165 p.

170. Chichlowski, M. Metabolic and physiological impact of probiotics or direct-fed microbials on poultry / M. Chichlowski, J. Croom, B.W. McBride, G.B. Havenstein, M.D. Koci // International Journal of Poultry Science. - 2007. - Vol.6. - №10. - P.694-704 - doi: 10.3923/ijps.2007.694.704.

171. Choct, M. Alternatives to in-feed antibiotics in monogastric animal industry. / M. Choct // ASA Technical Bulletin. - 2001. - Vol.30. - P. 1-7

172. Claesson, M.J. Comparative analysis of pyrosequencing and a phylogenetic microarray for exploring microbial community structures in the human distal intestine / M.J. Claesson, O. O'Sullivan, Q. Wang, J. Nikkil a, J.R. Marchesi, H. Smidt, W.M. de Vos, R.P. Ross, P.W. O'Toole // PLoS ONE. - 2009. - Vol.4. -№8. - e6669. - doi: 10.1371/journal.pone.0006669.

173. Clarke, R.J.T. Microbial ecology of the gut / R.J.T. Clarke, T. Bauchop - New York. - San Francisco: Acad. Press, 1977. - P.17.

174. Coble, D.J. Impacts of Salmonella Enteritidis infection on liver transcriptome in broilers. / D.J. Coble, E.E. Sandford, T. Ji, J. Abernathy, D. Fleming, H. Zhao, S.J. Lamont. Genesis. - 2013. - Vol.51 - №5. - P.357-364. - doi: 10.1002/dvg.22351.

175. Code of Federal Regulations 2011. Title 21. Food and drugs. Chapter I. Food and

Drug Administration. Subchapter E. Animal drugs, feeds, and related products.

138

Part 582. Substances generally recognized as safe. Subpart A. Synthetic flavoring substances and adjuvants. 21 CFR 582.60.

176. Cogliani, C. Restricting antimicrobial use in food animals: Lessons from Europe / C. Cogliani, H. Goossens, C. Greko. // Microbe. - 2011. -Vol.6 - P.274-279. -doi: 10.1128/MICROBE.6.274.1.

177. Cordova-Kreylos, A.L. Diversity, composition, and geographical distribution of microbial communities in california salt marsh sediments. / A.L. Cordova-Kreylos, Y.P. Cao, P.G. Green, H.M. Hwang, K.M. Kuivila, M.G. LaMontagne, L.C. Van De Werfhorst, P.A. Holden, K.M. Scow. // Applied and Environmental Microbiology. - 2006. - Vol.72. - P.3357-3366. - doi: 10.1128/AEM.72.5.3357-3366.2006

178. Crhanova, M. Immune response of chicken gut to natural colonization by gut microflora and to Salmonella enterica serovar Enteritidis infection / M. Crhanova, H. Hradecka, M. Faldynova, M. Matulova, H. Havlickova, F. Sisak, I. Rychlik // Infection and Immunity. - 2011. - Vol.79 - №7. - P.2755-2763 - doi: 10.1128/IAI.01375-10.

179. Crosby, L.D. Understanding bias in microbial community analysis techniques due to rrn operon copy number heterogeneity. / L.D. Crosby, C.S. Criddle. // Biotechniques. - 2003. Vol.34. - №.4. - P.790-764. - doi: 10.2144/03344rr01.

180. Croswell, A. Prolonged impact of antibiotics on intestinal microbial ecology and susceptibility to enteric Salmonella infection. / Croswell A., Amir E., Teggatz P., Barman M., Salzman N.H. // Infection and Immunity. - 2009.- Vol.77. - №.7. -P.2741-2753. - doi: 10.1128/IAI.00006-09.

181. CSCRA. Systeme canadien de surveillance de la resistance aux antimicrobiens e rapport De 2016 / Agence de la santé publique du Canada, 2016.

182. Cuperus, T. Avian host defense peptides. / T. Cuperus, M. Coorens, A. van Dijk, H.P. Haagsman // Developmental and Comparative Immunology. - 2013. - Vol.41 - №3. - P.352-369. - doi: 10.1016/j.dci.2013.04.019.

183. Danzeisen, J.L. Modulations of the chicken cecal microbiome and metagenome in

response to anticoccidial and growth promoter treatment. / J.L. Danzeisen, H.B.

139

Kim, R.E. Isaacson, Z.J. Tu, T.J. Johnson // PLoS One. - 2011. - Vol.6. - e27949.

- doi:10.1371/journal.pone.0027949.

184. de Rapper, S. Antimicrobial Activity of Lavandula angustifolia Essential Oil in Combination with Other Aroma-Therapeutic Oils / S. de Rapper, G. Kamatou, A. Viljoen, S. van Vuuren // The In Vitro Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine. - 2013. - Vol.2013:852049. - doi:10.1155/2013/852049

185. Diarra, M.S. Antibiotics in canadian poultry productions and anticipated alternatives / M.S. Diarra, F. Malouin // Frontiers in Microbiology. - 2014. -Vol.5.

- P.282. - doi: 10.3389/fmicb.2014.00282.

186. Dibner, J.J. Antibiotic growth promoters in agriculture: history and mode of action / J.J. Dibner, J.D. Richards // Poultry Science. - Vol.84 - №4. - P.634-643. - doi: 10.1093/ps/84.4.634.

187. Ding, J. Inheritance and Establishment of Gut Microbiota in Chickens / J. Ding, R. Dai, L. Yang, C. He, K. Xu, S. Liu, W. Zhao, L. Xiao, L. Luo, Y. Zhang, H. Meng // Frontiers in microbiology. - 2017. - Vol.8. - P.1967. -doi: 10.3389/fmicb.2017.01967.

188. Dobson, A. Bacteriocin production: a probiotic trait? / A. Dobson, P.D. Cotter, R.P. Ross, C. Hill. // Applied and Environmental Microbiology. - 2012. - Vol.78.

- №1. - P.1-6. - doi: 10.1128/AEM.05576-11.

189. Doubek, J. Veterinarni hematologie / J. Doubek, J. Bouda, M. Doubek, M. Furll, Z. Knotkova, S. Pejrilova, D. Pravda, P. Scheer, Z. Svobodova, R. Vodicka // Brno: Noviko, 2003. - 464 p. - ISBN 80-86542-02-5.

190. Dubos, R. Composition, alteration, and effects of the intestinal flora / R. Dubos, R.W. Schaedler, R. Costello // Feed Proc. - 1963. - Vol.22. - P.1322-1329.

191. Durmic, Z. Bioactive plants and plant products: effects on animal function, health and welfare. / Z. Durmic, D. Blache // Animal Feed Science and Technology. -2012. - Vol.176. - P.150-162. - doi:10.1016/j.anifeedsci.2012.07.018.

192. Dunn, I.C. Polymorphisms in eggshell organic matrix genes are associated with

eggshell quality measurements in pedigree Rhode Island Red hens / I.C. Dunn,

N.T. Joseph, M. Bain, A. Edmond, P.W. Wilson, P. Milona, Y. Nys, J. Gautron,

140

M. Schmutz, R. Preisinger, D. Waddington. // Animal Genetics. - 2009. - Vol.40. - P. 110-114. - doi: 10.1111/j.1365-2052.2008.01794.x.

193. Dunn, I.C. New hypotheses on the function of the avian shell gland derived from microarray analysis comparing tissue from juvenile and sexually mature hens. / I.C. Dunn, P.W. Wilson, Z. Lu, M.M. Bain, C.L. Crossan, R.T. Talbot, D. Waddington. General and Comparative Endocrinology. - 2009. - Vol.163. -P.225-232. - doi: 10.1016/j.ygcen.2009.03.006.

194. Dworkin, M. The Prokaryotes. Bacteria: a handbook on the biology of bacteria. Vol. 4. Firmicutes, Cyanobacteria. / M. Dworkin, S. Falkow // New York, NY: Springer, 2006. - ISBN 978-0-387-30740-4.

195. Edris, A.E. Pharmaceutical and therapeutic potentials of essential oils and their individual volatile constituents: A review. / A.E. Edris // Phytotherapy Research. -2007. - Vol.21. - P.308-323. - doi: 10.1002/ptr.2072.

196. Engberg, R.M. Effect of zinc bacitracin and salinomicin on intestinal microflora and performance of broilers / R.M. Engberg, M.S. Hedemann, T.D. Lesser // Poultry Science. - 2000. - Vol.79. - №9. - P.1311-1319. - doi: 10.1093/ps/79.9.1311.

197. Erhan, M.K. Biological activities of pennyroyal (Mentha pulegium L.) in broilers. / M.K. Erhan, S.C. Bolukbas, H. Urusan // Livestock Science. - Vol.146. - P.189-192. - doi: 10.1016/j.livsci.2012.01.014.

198. Esper, R.H. Potential of essential oils for protection of grains contaminated by aflatoxin produced by Aspergillus flavus. / R.H. Esper, E. Goncalez, M.O. Marques, R.C. Felicio, J.D. Felicio // Frontiers in microbiology. - 2014. - Vol.5 -P.269 - doi: 10.3389/fmicb.2014.00269.

199. ESVAC. Sales of veterinary antimicrobial agents in 30 European countries in 2015. Trends from 2010 to 2015. Seventh ESVAC Report. Ema/184855/2017. -2017.

200. Evaldson, G. The Normal Human anaerobic microflora / G. Evaldson, A. Heimdahi, J. Kagar, C.E. Nord // Scandinavian Journal of Infectious Diseases. -1982. - Vol.35. - P.9-15.

201. Fan, S. The influences of SE infection on layers' production performance, egg quality and blood biochemical indicators. / S. Fan, J. Zheng, Z. Duan, N. Yang, G. Xu. // Journal of Animal Science and Biotechnology. - 2014. - Vol.5. - №1. - P.4.

- doi: 10.1186/2049-1891-5-4.

202. Fang, S.C. Anti-inflammatory effects of phenolic compounds isolated from the fruits of Artocarpus heterophyllus. / S.C. Fang, C.L. Hsu, G.C. Yen. // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2008. - Vol.56. - №12. - P.4463-4468. - doi: 10.1021/j f800444g.

203. Faramarzi, S. Study on the effect of Thymus vulgaris essential oil on humoral immunity and performance of broiler chickens after La Sota vaccination / S. Faramarzi, M.H. Bozorgmehrifard, A. Khaki, H. Moomivand, M.S. Ezati, S. Rasoulinezhad, A.J. Bahnamiri, B. Dizaji // Annals of Biological Research. - 2013.

- Vol.4 - №6 - P.290-294.

204. Fascina, V.B. Phytogenic additives and organic acids in broiler chicken diets / Fascina V.B., Sartori J.R., Gonzales E., Carvalho F.B., Souza I.M.G.P., Polycarpo G.V., Stradiotti A.C., Pelicia V.C. // Revista Brasileira de Zootecnia. - 2012. -Vol.41 - №10. - P.2189-2197. - doi: 10.1590/S1516-35982012001000008.

205. Fasina, Y.O. Effect of Clostridium perfringens infection and antibiotic administration on microbiota in the small intestine of broiler chickens / Y.O. Fasina, M.M. Newman, J.M. Stough, M.R. Liles // Poultry Science. - 2016. -Vol.95 - №2 - P.247-260. - doi: 10.3382/ps/pev329.

206. Fedurco, M. BTA, a novel reagent for DNA attachment on glass and efficient generation of solid-phase amplified DNA colonies / M. Fedurco, A. Romieu, S. Williams, I. Lawrence, G. Turcatti // Nucleic acids research. - 2006. - Vol.34 -№3. - e22. https://doi.org/10.1093/nar/gnj023.

207. Fernandez, M.S. Partial biomimetic reconstitution of avian eggshell formation. / M.S. Fernandez, K. Passalacqua, J.I. Arias, J.L. Arias. // Journal of Structural Biology. - 2004. - Vol.148. - №1. - P.1-10. - doi.org/10.1016/j.jsb.2004.05.003.

208. Food and Agricultural Organization. FAO Publications Catalogue 2017 / United

Nations: Food and Agricultural Organization, 2017.

142

209. Franklin, R.B. Multi-scale variation in spatial heterogeneity for microbial community structure in an eastern Virginia agricultural field / R.B. Franklin, A.L. Mills. // FEMS Microbiology Ecology. - 2003. - Vol.44 - P.335-346. - doi: 10.1016/S0168-6496(03)00074-6.

210. Franks, A.H. Variation of bacterial population in human feces measured by fluorescent in situ hybridization with group-specific 16S rRNA-targered oligonucleotide probes / A.H.Franks, H.J. Harmsen, G. Jansen, G.C. Raangs et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 1998. - Vol.64 - №9. - P.3336-3345. - doi: 10.1128/AEM.64.9.3336-3345.1998.

211. Friedrich, M.W. Axial differences in community structure of Crenarchaeota and Euryarchaeota in the highly compartmentalized gut of the soil-feeding termite Cubitermes orthognathus. / M.W. Friedrich, D. Schmitt-Wagner, T. Lueders, A. Brune. // Applied and Environmental Microbiology. - 2001. - Vol.67. - №10. -P.4880-4890. - doi: 10.1128/AEM.67.10.4880-4890.2001.

212. Fuller, R. Probiotics in man and animals. / R. Fuller // Journal of Applied Microbiology. - 1989. - Vol.66. - №5. - P.365-78.

213. Fudge, A.M. Laboratory Medicine: Avian and Exotic Pets. / A.M. Fudge // Philadelphia, Pa, USA, 1st edition, 2000. - 486 p.

214. Fung, S. Ceca Microbiome of Mature Broiler Chickens Fed with or without Salinomycin. / S. Fung, H. Rempel, V. Forgetta, K. Dewar, E. Topp, M.S. Diarra // Keystone Symposia: The Gut Microbiome: The Effector/Regulatory Immune Network (B3), Taos, New Mexico, USA, 2013.

215. Galán, J.E. Interactions of Salmonella with host cells: encounters of the closest kind. / J.E. Galán // Proceedings of the National Academy of Sciences of USA. -1998. - Vol.95. - №24. - P.14006-14008. - doi:10.1073/pnas.95.24.14006.

216. Ganz, T. Increased inflammation in lysozyme M-deficient mice in response to Micrococcus luteus and its peptidoglycan. / T. Ganz, V. Gabayan, H.I. Liao, L. Liu, A. Oren, T. Graf, A.M. Cole // Blood. - 2003. - Vol.101 - №6 - P.2388-2392. - doi: 10.1182/blood-2002-07-2319.

217. Gaucher, M.L. Impact of a drug-free program on broiler chicken growth performances, gut health, Clostridium perfringens and Campylobacter jejuni occurrences at the farm level. / M.L. Gaucher, S. Quessy, A. Letellier, J. Arsenault, M. Boulianne // Poultry Science. - 2015. - Vol.94. - №8 - P.1791-1801. - doi: 10.3382/ps/pev142.

218. Gassner, B. Pharmacokinetic and toxicological aspects of the medication of beef-type calves with an oral formulation of chloramphenicol palmitate. / B. Gassner, A. Wuethrich // Journal of Veterinary Pharmacology and Therapeutics. - 1994. -Vol.17. - №4 - P.279-283. - doi: 10.1111/j.1365-2885.1994.tb00246.x.

219. Gautron, J. Function of eggshell matrix proteins. / J. Gautron, Y. Nys // in Bioactive Egg Compounds, Berlin, Springer-Verlag, 2007. - P.109-115. -doi: 10.1007/978-3-540-37885-3_16.

220. Gibson, G.R. Dietary modulation of the human colonic microbiota: introducing the concept of prebiotics / G.R. Gibson, M.B. Robenfroid // The Journal of Nutrition -1995. - Vol.125. - P.1401-1412. - doi: 10.1093/jn/125.6.1401.

221. Gonzalez Ronquillo, M. Antibiotic and synthetic growth promoters in animal diets: review of impact and analytical methods. / M. Gonzalez Ronquillo, J.C. Angeles Hernandez // Food Control. - 2017. - Vol.72 - P.255-267. -doi: 10.1016/j.foodcont.2016.03.001.

222. Gopi, M. Essential oils as a feed additive in poultry nutrition / M. Gopi, K. Karthik, H.V. Manjunathachar, P. Tamilmahan, M. Kesavan, M. Dashprakash, B.L. Balaraju, M.R. Purushothaman // Advances in Animal and Veterinary Sciences. - 2014 - Vol.2. - №1 - P.1-7. - doi:10.14737/journal.aavs/2014.2.1.1.7.

223. Grant, R.J. Microbial community changes during the bioremediation of creosote-contaminated soil / R.J. Grant, L.M. Muckian, N.J.W. Clipson, E.M. Doyle. // Letters in Applied Microbiology. - 2007. - Vol.44 - №3 - P.293-300. - doi: 10.1111/j.1472-765X.2006.02066.x.

224. Gutowska, M.S. Carbonic anhydrase in the calcification of the egg shell / M.S. Gutowska, C.A. Mitchell. // Poultry Science. - 1945. - Vol.24 - P.159-167.

225. Hammer, K.A. Antimicrobial activity of essential oils and other plant extracts. / K.A. Hammer, C.F. Carson, T.V. Riley // Journal of Applied Microbiology. -1999. - Vol.86 - №6. - P.985-990. - doi: 10.1046/j.1365-2672.1999.00780.x.

226. Handelsman, J. Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms. / J. Handelsman // Microbiology and molecular biology reviews. - 2004. - Vol.68. - №4. - P.669-685. - doi: 10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004.

227. Hanson, R.S. Methanotrophic bacteria / R.S. Hanson, T.E. Hanson // Microbiological Reviews. - 1996. -Vol.60 - №2. - P.439-471.

228. Harms, R.H. Influence of virginiamycin on broilers fed four levels of energy / R.H. Harms, N. Ruiz, R.D. Miles. // Poultry Science. - 1986. - Vol.65. - №10 -P.1984-1986. - doi: 10.3382/ps.0651984.

229. Hasenstein, J. Chicken Gallinacin Gene Cluster Associated with Salmonella Colonization in Two Advanced intercross Lines / J. Hasenstein, S. Lamont // Iowa State University Animal Industry Report. - 2007. - Vol.653. -doi:10.31274/ans_air-180814-152

230. van Hemert, S. Gene expression profiling of chicken intestinal host. 2007. PhD thesis. / Saskia van Hemert. Netherland, Wageningen University. - 159 p.

231. Hill, D.A. Metagenomic analyses reveal antibiotic-induced temporal and spatial changes in intestinal microbiota with associated alterations in immune cell homeostasis / D.A. Hill, C. Hoffmann, M.C. Abt, Y. Du, D. Kobuley, T.J. Kirn, F.D. Bushman, D. Artis. // Mucosal Immunology. - 2010. - Vol.3. - №2. - P.148-158. - doi: 10.1038/mi.2009.132.

232. Hinton, A. Jr. In vitro inhibition of Salmonella typhimurium and Escherichia coli 0157: H7 by an anaerobic gram-positive coccus isolated from the cecal contents of adult chickens. / A. Hinton Jr., D.E. Corrier, J.R. DeLoach // Journal of Food Protection. - 1992. - Vol.55. - №3 - P.162-166. - doi: 10.4315/0362-028X-55.3.162.

233. Hoffmann, C. Community-wide response of the gut microbiota to

enteropathogenic Citrobacter rodentium infection revealed by deep sequencing / C.

Hoffmann, D.A. Hill, N. Minkah, T. Kirn, A. Troy, D. Artis, F. Bushman. //

145

Infection and Immunity. - 2009. - Vol.77. - №10. - P.4668-4678. -doi: 10.1128/IAI.00493-09.

234. Hong, J.C. Effects of supplemental essential oil on growth performance, lipid metabolites and immunity, intestinal characteristics, microbiota and carcass traits in broilers. / J.C. Hong, T. Steiner, A. Aufy, T.F. Lien // Livestock Science., 2012. - Vol.144 - №3 - P.253-262. - doi: 10.1016/j.livsci.2011. 12.008.

235. Hood, J.R. The effect of Leptospermum petersonii essential oil on Candida albicans and Aspergillus fumigatus. / J.R. Hood, D.M. Burton, J.M. Wilkinson, H.M. Cavanagh // Medical Mycology. - 2010 - Vol.48. - №7. - P.922-931. - doi: 10.3109/13693781003774697.

236. Hulánková, R. In vitro combined effect of oregano essential oil and caprylic acid against Salmonella serovars, Escherichia coli O157:H7, Staphylococcus aureus and Listeria monocytogenes / R. Hulánková, G. Borilová // Acta Veterinaria Brno. -2011. - V0L.80 - P.343-348. - doi: 10.2754/avb201180040343.

237. Ilyina, L. Bacterial community in broiler intestinal caeca in connection with nutritive diets of different composition / L. Ilyina, E. Yildirim, I. Nikonov, V. Filippova, A. Dubrovin, G. Laptev, N. Novikova, A. Grozina, V. Fisinin // В книге: The Proceedings of XXV World's Poultry Congress Abstracts. - 2016. - С. 87.

238. Ilyina, L. Influence of the phytobiotic additive on weight parameters, microbiome balance and immune response in broiler chickens / L. Ilyina, A. Dubrovin, V. Filippova, E. Yildirim, N. Novikova, G. Laptev, I. Kochish, M. Dmitrieva, O. Novikova // В сборнике: The XVth European Poultry Conference Conference Information and Proceedings. World's Poultry Science Association, Croatian Branch. - 2018. - С. 525.

239. Jamroz, D. Use of active substances of plant origin in chicken diets based on maize and locally grown cereals. / D. Jamroz, A. Wiliczkiewicz, T. Wertelecki, J. Orda, J. Skorupinska // British Poultry Science. - 2005. - Vol.46 - №4 - P.485-493. - doi: 10.1080/00071660500191056.

240. Jernigan, M.A. Probiotics in poultry nutrition - a review / M.A. Jernigan, R.D. Miles, A.S. Arafa // World's Poultry Science Journal. - 1985. - Vol.41. - №2. - P. 99-107. -doi:10.1079/WPS19850008.

241. Jozefiak, D. Effect of ß -glucanase and xylanase supplementation of barley- and rye-based diets on caecal microbiota of broiler chickens / D. Jozefiak, A. Rutkowski, S. Kaczmarek, B.B. Jensen, R.M. Engberg, O. Hojberg // British Poultry Science. - 2010. - Vol.51 - №4 - P.546-557. - doi: 10.1080/00071668.2010.507243.

242. Juricova, H. Influence of Salmonella enterica serovar Enteritidis infection on the development of the cecum microbiota in newly hatched chicks / H. Juricova, P. Videnska, M. Lukac, M. Faldynova, V. Babak, H. Havlickova, F. Sisak, I. Rychlik // Applied and Environmental Microbiology. - 2013 - Vol.79 - №2 - P.745-747. -doi: 10.1128/AEM.02628-12.

243. Kanagawa, T. Bias and artifacts in multitemplate polymerase chain reactions (PCR). / T. Kanagawa // Journal of Bioscience and Bioengineering. - 2003. -Vol.96. - №3. - P.317-323. - doi:10.1016/S1389-1723(03)90130-7.

244. Kelly, C. The In Vitro and In Vivo Effect of Carvacrol in Preventing Campylobacter Infection, Colonization and in Improving Productivity of Chicken Broilers / C. Kelly, O. Gundogdu, G. Pircalabioru, A. Cean, P. Scates, M. Linton, L. Pinkerton, E. Magowan, L. Stef, E. Simiz, I. Pet, S. Stewart, R. Stabler, B. Wren, N. Dorrell, N. Corcionivoschi // Foodborne Pathogens and Disease. - 2017. - Vol.14 - №6. - P.341-349. - doi: 10.1089/fpd.2016.2265.

245. Khosravinia, H. Litter quality and external carcass defects in broiler chicken influenced by supplementation of drinking water with savory (Satureja khuzistanica) essential oils. / H. Khosravinia // Global Journal of Animal Scientific Research. - 2015. - Vol.3 - №1 - P.247-252.

246. Klindworth, A. Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for

classical and next-generation sequencing-based diversity studies / A. Klindworth,

E. Pruesse, T. Schweer, J. Peplies, C. Quast, M. Horn, F.O. Glöckner // Nucleic

acids research. - 2013. - Vol.41. - №1. - doi:10.1093/nar/gks808.

147

247. Klotman, M.E. Defensins in innate antiviral immunity / M.E. Klotman, T.L. Chang // Nature reviews. Immunology. - 2006. - Vol.6. - №6 - P.447-456. -doi: 10.1038/nri1860.

248. Kogut, M.H. Heterophils are decisive components in the early responses of chickens to Salmonella Enteritidis infections / Kogut M.H., G.I. Tellez, E.D. McGruder, B.M. Hargis, J.D. Williams, D.E. Corrier, J.R. DeLoach // Microbial pathogenesis. - 1994. - Vol.16. - №2 - P.141-151. - doi: 10.1006/mpat.1994.1015.

249. Krishan, G. Use of essential oils in poultry nutrition: a new approach / G. Krishan, A. Narang // Journal of Advanced Veterinary and Animal Research. - 2014. -Vol.1. - №4. - P.156-162. - doi: 10.5455/javar.2014.a36.

250. Kummerer, K. Antibiotics in the aquatic environment a review part I. / K. Kummerer // Chemosphere. - 2009. - Vol.75. - №4 - P.417-434. -doi: 10.1016/j. chemosphere.2008.11.086.

251. Kurata, S. Reevaluation and reduction of a PCR bias caused by reannealing of templates / S. Kurata, T. Kanagawa, Y. Magariyama, K. Takatsu, K. Yamada, T. Yokomaku, and Y. Kamagata // Applied and Environmental Microbiology. - 2004 - Vol.70 - №12 - P.7545-7549. - doi: 10.1128/AEM.70.12.7545-7549.2004.

252. Kurekci, C. Antimicrobial activity of essential oils and five terpenoid compounds against Campylobacter jejuni in pure and mixed culture experiments / C. Kurekci, J. Padmanabha, S.L. Bishop-Hurley, E. Hassan, R.A. Al Jassim, C.S. McSweeney // International journal of food microbiology. - 2013. - Vol.166. - №3 - P.450-457. - doi:10.1016/j.ijfoodmicro.2013.08.014.

253. Lammers, A. Successive immunoglobulin and cytokine expression in the small intestine of juvenile chicken / A. Lammers, W.H. Wieland, L. Kruijt, A. Jansma, T. Straetemans, A. Schots, G. den Hartog, H.K. Parmentier // Developmental and Comparative Immunology. - 2010. - Vol.34. - №12. - P.1254-1262. - doi: 10.1016/j.dci.2010.07.001.

254. Lan, Y. The role of the commensal gut microbial community in broiler chickens /

Y. Lan, M.W.A. Werstegen, S. Tamminga, B.A. Williams // World's poultry

148

science. - 2005. - Vol.61. - №1. - P.95-104. - doi: https://doi.org/10.1079/WPS200445.

255. Landers, T.F. A review of antibiotic use in food animals: Perspective, policy, and potential / T.F. Landers, B. Cohen, T.E. Wittum, E.L. Larson // Public Health Reports. - 2012. - Vol.127. - №1. - P.4-22 - doi: 10.1177/003335491212700103.

256. Langendijk, P.S. Quantative fluorescence in situ hybridization of Bifidobacterium spp. with genus-specific 16S rRNA-targered probes and its application in fecal samples / P.S. Langendijk, F. Schut, G.J. Jansen, G.C. Raangs, G.R. Kamphuis, M.H. Wilkinson, G.W. Welling // Applied and environmental microbiology. -1995. - Vol.61 - №8. - P.3069-3075. - doi:10.1128/AEM.61.8.3069-3075.1995.

257. Laptev, G.Y. Effects of Essential Oils-Based Supplement and Salmonella Infection on Gene Expression, Blood Parameters, Cecal Microbiome, and Egg Production in Laying Hens / G.Y. Laptev, E.A. Yildirim, L.A. Ilina, V.A. Filippova, I.I. Kochish, E.P. Gorfunkel, A.V. Dubrovin, E.A. Brazhnik, V.G. Narushin, N.I. Novikova, O.B. Novikova, T.P. Dunyashev, V.I. Smolensky, P.F. Surai, D.K. Griffin, M.N. Romanov // Animals, - 2021, - V.11(2), - P.360. - DOI: 10.3390/ani11020360.

258. Laptev, G.Yu. Examination of the Expression of Immunity Genes and Bacterial Profiles in the Caecum of Growing Chickens Infected with Salmonella Enteritidis and Fed a Phytobiotic / G.Yu. Laptev, V.A. Filippova, I.I. Kochish, E.A. Yildirim, L.A. Ilina, A.V. Dubrovin, E.A. Brazhnik, N.I. Novikova, O.B. Novikova, M.E. Dmitrieva, V.I. Smolensky, P.F. Surai, D.K. Griffin, M.N. Romanov. // Animals, -2019. - 9(9), 615. doi: 10.3390/ani9090615

259. Larmonier, C.B. Reduced colonic microbial diversity is associated with colitis in NHE3-deficient mice / C.B. Larmonier, D. Laubitz, F.M. Hill, K.W. Shehab, L. Lipinski, M.T. Midura-Kiela, R.M. McFadden, R. Ramalingam, K.A. Hassan, M. Golebiewski, D.G. Besselsen, F.K. Ghishan, P.R. Kiela // American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology. - 2013. - Vol.305. - №10. -P.667-677. - doi: 10.1152/ajpgi.00189.2013.

260. Lee, K.W. Effects of anticoccidial and antibiotic growth promoter programs on

broiler performance and immune status / K.W. Lee, Y. Ho Hong, S.H. Lee, S.I.

149

Jang, M.S. Park, D.A. Bautista, G.D. Ritter, W. Jeong, H.Y. Jeoung, D.J. An, E.P. Lillehoj, H.S. Lillehoj // Research in veterinary science. - 2012. - Vol.93. - №2 -P.721-728. - doi:10.1016/j.rvsc.2012.01.001.

261. Lehmann, A. Intestinal SGLT1 in metabolic health and disease / A. Lehmann, P.J. Hornby // American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology. -

2016. - Vol.310. - №11. - P.887-898. - doi:10.1152/ajpgi.00068.2016.

262. Li, J. Microbial Shifts in the Intestinal Microbiota of Salmonella Infected Chickens in Response to Enrofloxacin / J. Li, H. Hao, G. Cheng, C. Liu, S. Ahmed, M. Shabbir, H.I. Hussain, M. Dai, Z. Yuan // Frontiers in Microbiology. - 2017. -Vol.8. - P.1711. - doi:10.3389/fmicb.2017.01711.

263. Lin, J. Response of intestinal microbiota to antibiotic growth promoters in chickens / Lin J., Hunkapiller A.A., Layton A.C., Chang Y.J., Robbins K.R. // Foodborne pathogens and disease. - 2013. - Vol.10. - №4 - P.331-337. -doi:10.1089/fpd.2012.1348.

264. Lindstrom, S. Trends in bacterial and fungal communities in ant nests observed with Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) and Next Generation Sequencing (NGS) techniques-validity and compatibility in ecological studies / S. Lindstrom, O. Rowe, S. Timonen, L. Sundstrom, H. Johansson // PeerJ. - 2018. - Vol.6. - e5289. - https://doi.org/10.7717/peerj.5289.

265. Liu, Y. Effects of a protected inclusion of organic acids and essential oils as antibiotic growth promoter alternative on growth performance, intestinal morphology and gut microflora in broilers / Y. Liu, X. Yang, H. Xin, S. Chen, C. Yang, Y. Duan, X. Yang // Animal science journal = Nihon chikusan Gakkaiho. -

2017. - Vol.88. - №9 - P.1414-1424. - doi:10.1111/asj.12782.

266. Lu, J. Diversity and succession of the intestinal bacterial community of the maturing broiler chicken. / J. Lu, U. Idris, B. Harmon, C. Hofacre, J.J. Maurer, M.D. Lee // Applied and environmental microbiology. - 2003. - Vol.69 - №11. -P.6816-6824. - doi: 10.1128/aem.69.11.6816-6824.2003.

267. Lueders, T. Evaluation of PCR amplification bias by terminal restriction fragment

length polymorphism analysis of small-subunit rRNA and mcrA genes by using

150

defined template mixtures of methanogenic pure cultures and soil DNA extracts / T. Lueders, M.W. Friedrich // Applied and environmental microbiology. 2003. -Vol.69. - №1. - P.320-326. - doi: 10.1128/aem.69.1.320-326.2003.

268. Lukow, T. Use of the T-RFLP technique to assess spatial and temporal changes in the bacterial community structure within an agricultural soil planted with transgenic and non-transgenic potato plants / T. Lukow, P.F. Dunfield, W. Liesack // FEMS Microbiology Ecology. - 2000. - Vol.32. - №3. - P.241-247. -doi: 10.1111/j.1574-6941.2000.tb00717.x.

269. Lupp, C. Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae / C. Lupp, M.L. Robertson, M.E. Wickham, I. Sekirov, O.L. Champion, E.C. Gaynor, B.B. Finlay // Cell Host & Microbe. - 2007. - Vol.2. - №2 - P. 119-129. - doi: 10.1016/j.chom.2007.06.010.

270. Livak, K.J. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. / K.J. Livak, T.D. Schmittgen // Methods (San Diego, Calif.). - 2001. - V.25. - №4. - P.402-408. https://doi.org/10.1006/meth.2001.1262.

271. Lynn, D.J. Avian beta-defensin nomenclature: a community proposed update / D.J. Lynn, R. Higgs, A.T. Lloyd, C. O'Farrelly, V. Herve-Grepinet, Y. Nys, F.S. Brinkman, P.L. Yu, A. Soulier, P. Kaiser, G. Zhang, R.I. Lehrer // Immunology letters. - 2007. - Vol.110. - №1 - P.86-89. - doi: 10.1016/j.imlet.2007.03.007.

272. Maron, D.F. Restrictions on antimicrobial use in food animal production: An international regulatory and economic survey / D.F. Maron, T.J.S. Smith, K.E. Nachman // Globalization and Health. - 2013. - Vol.9. - P.48. -doi: 10.1186/1744-8603-9-48.

273. Matulova, M. Characterization of chicken spleen transcriptome after infection with Salmonella enterica serovar Enteritidis / M. Matulova, J. Rajova, L. Vlasatikova, J. Volf, H. Stepanova, H. Havlickova, F. Sisak, I. Rychlik // PLoS One. - 2012. -Vol.7. - №10. - e48101. - doi: 10.1371/journal.pone.0048101.

274. Matulova, M. Chicken innate immune response to oral infection with Salmonella

enterica serovar Enteritidis / M. Matulova, K. Varmuzova, F. Sisak, H.

151

Havlickova, V. Babak, K. Stejskal, Z. Zdrahal, I. Rychlik // Veterinary Research,.

- 2013. - Vol.44. - №1. - doi: 10. 1186/1297-9716-44-37.

275. Menendez, A. Defensins in the immunology of bacterial infections / A. Menendez, B.B. Finlay // Current Opinion in Immunology. - 2007. - Vol.19. - №4. - P.385-391. - doi: 10.1016/j.coi.2007.06.008.

276. Metzker, M.L. Sequencing technologies - the next generation / Metzker M.L. // Nature Reviews Genetics. - 2009. - Vol.11. - №1. - P.31-46. -doi: 10.1038/nrg2626.

277. Mev, J. The two mucus layers of colon are organized by the MUC2 mucin, whereas the outer layer is a legislator of host-microbial interactions / J. Mev // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.

- 2011. - Vol.108. - P.4659-4665. - doi: 10.1073/pnas.1006451107.

278. Meyer, D.J. Medicina de Laboratório Veterinária: Interpreta?ao e Diagnóstico / D.J. Meyer, E.H. Coles, L.J. Rich // Sao Paulo: Roca, 1995. - 308p.

279. Miller, T.L. Methanogens in human and animal intestinal tracts / T.L. Miller, M.J.Wolin // Systematic and Applied Microbiology. - 1986. - Vol.7. - P.223-239.

- doi:10.1016/S0723-2020(86)80010-8.

280. Moser, B. Chemokines: multiple levels of leukocyte migration control / B. Moser, M. Wolf, A. Walz, P. Loetscher // Trends in immunology. - 2004. - Vol.25. - №2.

- P.75-84. - doi: 10.1016/j.it.2003.12.005.

281. Mountzouris, K.C. Assessment of a phytogenic feed additive effect on broiler growth performance, nutrient effect of phytogenic additives on performance, morphology, digestibility and cecal microflora composition / K.C. Mountzouris, V. Parasevas, P. Tsirtsikos, I. Palamidi, T. Steiner, G. Schatzmayr, K. Fegeros // Animal Feed Science and Technology. 2011. - Vol.168. - №3-4. - P.223-231. -doi: 10.1016/j.anifeedsci.2011.03.020.

282. Mouttotou, N. Prevalence, Risks and Antibiotic Resistance of Salmonella in Poultry Production Chain. / N. Mouttotou, S. Ahmad, Z. Kamran, K.C. Koutoulis // Current Topics in Salmonella and Salmonellosis. - 2017. - P.1-6 -doi:10.5772/67438

283. Mukhopadhyay, C.S. Gallinacin and Fowlicidin: Two Promising Antimicrobial Peptides in Chickens—A Review / C.S. Mukhopadhyay, R. Kumar, G.S. Brah // Veterinary World. - 2010. - Vol.3 - №6. - P.297-300. - doi: 10.5455/vetworld.2010.297-300.

284. Mulyaningsih, S. Antibacterial activity of essential oils from Eucalyptus and of selected components against multidrug-resistant bacterial pathogens. / S. Mulyaningsih, F. Sporer, J. Reichling, M. Wink // Pharmaceutical biology. - 2011. - Vol.49. - №9. - P.893-899. - doi:10.3109/13880209.2011.553625.

285. Mulyaningsih, S. Synergistic properties of the terpenoids aromadendrene and 1,8-cineole from the essential oil of Eucalyptus globulus against antibiotic-susceptible and antibiotic-resistant pathogens / S. Mulyaningsih, F. Sporer, S. Zimmermann, J. Reichling, M. Wink // Phytomedicine. - 2010. - Vol.17. -№13. -P.1061-1066. -doi:10.1016/j.phymed.2010.06.018.

286. Mummey, D.L. Spatial and temporal variability of bacterial 16S rDNA-based T-RFLP patterns derived from soil of two Wyoming grassland ecosystems / D.L. Mummey, P.D. Stahl. // FEMS Microbiology Ecology. - 2003. - Vol.46. - №1. -P.113-120. - doi: 10.1016/S0168-6496(03)00208-3.

287. Murry, A.Jr. Inhibition of growth of Escherichia coli, Salmonella typhimurium, and Clostridia perfringens on chicken feed media by Lactobacillus salivarius and Lactobacillus plantarum / A. Jr. Murry, A. Jr. Hinton,; H. Morrison // International Journal of Poultry Science. - 2004. - Vol.3. - №9. - P.603-607. - doi: 10.3923/ijps.2004.603.607.

288. Narushin, V.G. Modelling effects of phytobiotic administration on coherent responses to Salmonella infection in laying hens / V.G. Narushin, G.Yu. Laptev, E.A. Yildirim, L.A. Ilina, V.A. Filippova, I.I. Kochish, E.P. Gorfunkel, A.V. Dubrovin, N.I. Novikova, O.B. Novikova, T.P. Dunyashev, V.I. Smolensky, P.F. Surai, Y.V. Bondarenko, D.K. Griffin, Michael N. Romanov // Italian Journal of Animal Science. - 2020. - V.19:1. - P.282-287. - DOI: 10.1080/1828051X.2020.1733445.

289. Nash, J.A. The peptidoglycan-degrading property of lysozyme is not required for bactericidal activity in vivo / J.A. Nash, T.N. Ballard, T.E. Weaver, H.T. Akinbi // Journal of immunology. - 2006. - Vol.177. - №1. - P.519-526. -doi: 10.4049/jimmunol.177.1.519.

290. Nelson, K.E. Phylogenetic analysis of the microbial populations in the wild herbivore gastrointestinal tract: insights into an unexplored niche / K.E. Nelson, S.H. Zinder, I. Hance, P. Burr, D. Odongo, D. Wasawo, A. Odenyo, R. Bishop // Environmental Microbiology. - 2003. - Vol.5. - №11. - P.1212-1220. - doi: 10.1046/j.1462-2920.2003.00526.x.

291. Nelson, K.E. Phenotypic and phylogenetic characterization of ruminal tannintolerant bacteria / K.E. Nelson, M. L. Thonney, T.K. Woolston, S.H. Zinder, A.N. Pell // Applied and environmental microbiology. - 1998. - Vol.64 - №10. -P.3824-3830. - doi: 10.1128/AEM.64.10.3824-3830.1998.

292. Nikonov, I. Metagenomic profiles of the gastrointestinal tract in chicken embryos / I. Nikonov, E. Yildirim, E. Gorfunkel, L. Ilina, G. Laptev, N. Novikova, V. Fisinin, A. Dubrovin // В книге: The Proceedings of XXV World's Poultry Congress Abstracts. - 2016. - С. 529.

293. Nimbarte, S. Comparative phytochemical analysis and resilience pattern exhibited by thyme and tea tree oil against selected poultry isolates. / S. Nimbarte, A. Kulkarni // Journal of Agriculture and Veterinary Science. - 2013. - Vol.4. - №4. - P. 113-117. - doi: 10.9790/2380-044113117.

294. Nissle, A. Ober die Grundlagen liner e neur erachlichen Bekamphfimg der pathologischen Darmflora / A. Nissle // Dischn.med.wsch. - 1916. - Vol.42. - P. 1181-1184.

295. Norkina, O. Bacterial overgrowth in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator null mouse small intestine / O. Norkina, T.G. Burnett, R.C. De Lisle // Infection and Immunity. - 2004. - Vol.72. - P.6040-6049. -doi: 10.1128/IAI.72.10.6040-6049.2004.

296. Osborn, A.M. An evaluation of terminal restriction fragment length polymorphism

(T-RFLP) analysis for the study of microbial community structure and dynamics /

154

A.M. Osborn, E.R.B. Moore, K.N. Timmis. // Environmental microbiology. -

2000. - Vol.2. - №1. - P.39-50. - doi:10.1046/j.1462-2920.2000.00081.x.

297. Ownagh, A. Antifungal effects of thyme, agastache and satureja essential oils on Aspergillus fumigatus, Aspergillus flavus and Fusarium solani / A. Ownagh, A. Hasani, K. Mardani, S. Ebrahimzadeh // Veterinary Research Forum. - 2010. -Vol.1. - №2. - P.99-105.

298. Patel, J.B. 16S rRNA gene sequencing for bacterial pathogen identification in the clinical laboratory / J.B. Patel // Molecular diagnosis. - 2001. - Vol.6. - №4. -P.313-321. - doi: 10.1054/modi.2001.29158.

299. Peana, A.T. (A)-Linalool produces antinociception in two experimental models of pain. / A.T. Peana, P.S. D'Aquila, M.L. Chessa, M.D.L. Moretti, G. Serra, P. Pippia // European Journal of Pharmacology. - 2003. - Vol.460. - №1- P.37-41. -doi: 10.1016/S0014-2999(02)02856-X.

300. Petrova, J. Microbiological quality of fresh chicken breast meat after rosemary essential oil treatment and vacuum packaging / J. Petrova, A. Pavelkova, L. Hleba, J. Pochop, K. Rovna, M. Kaniova // Animal Science and Biotechnologies. - 2013.

- Vol.46. - №1. - P.140-144.

301. Placha, I. Effect of thyme essential oil and selenium on intestine integrity and antioxidant status of broilers / I. Placha, J. Takacova, M. Ryzner, K. Cobanova, A. Laukova, V. Strompfova, K. Venglovska, S. Faix // British poultry science. - 2014.

- Vol. 55. - №1. - P.105-114. - doi:10.1080/00071668.2013.873772.

302. Puneet, C. Use of Terminal Restriction Length Polymorphism (T-RFLP) Analysis to Evaluate Uncultivable Microbial Community Structure of Soil. / C. Puneet, S. Charlotte, Y. Woo-Jong, T. Sherlyn, K. Chang-Gi, S. Tongmin. // Korean Journal of Soil Science And Fertlizer. - 2011. - Vol.44 - №1. - P.127-145. - doi: 10.7745/KJSSF.2011.44.1.127.

303. Qui, X. Evaluation of PCR-generated chimeras, mutations, and heteroduplexes with 16S rRNA gene-based cloning / X. Qui, L. Wu, H. Huang, P.E. McDonel, A.V. Palumbo, J.M. Tiedje, J. Zhou // Applied and environmental microbiology. -

2001. - Vol.67. - №2. - P. 880-887. - doi:10.1128/AEM.67.2.880-887.2001.

155

304. Quinn, P.J. Concise review of veterinary microbiology / P.J. Quinn, B.K. Markey // Blackwell Pub., Oxford; Ames, Iowa, 2003. - 208 p.

305. Ramos, F.A. Effects of dietary oregano essential oil and vitamin E on the lipid oxidation stability of cooked chicken breast meat / F.A. Ramos, A.P. Martinez, E.S. Montes, J.M. Garcia, C.M. Perez, J.L. Valesco, C.N. Gaytran // Poultry Science. - 2011. - Vol.91. - №2.- P.505-511. - doi: 10.3382/ps.2011-01731.

306. Rantala, M. Prevention of the growth of Salmonella infantis in chickens by flora of the alimentary tract of chickens / M. Rantala, E. Nurmi // British poultry science. -1973. - Vol.14 - №6. - P.627-630. - doi: 10.1080/00071667308416073.

307. Rigby, C. Some factors affecting Salmonella typhymurium infection and shedding in chickens raised on litter / C. Rigby, J. Pettit // Avian Diseases. - 1979. - Vol.23. - P.442-455

308. Roofchaee, A. Effect of dietary oregano (Origanum vulgare L.) essential oil on growth performance, cecal microflora and serum antioxidant activity of broiler chickens / A. Roofchaee, I. Mehradad, M.A. Ebrahimzadeeh, M.R. Akbari // African Journal of Biotechnology. - 2011. - Vol.10. - №32. - P.6177-6183. - doi: 10.5897/AJB10.2596.

309. Rosen, G.D. Pronutrient antibiotic replacement standards discussed. / G.D. Rosen // Feedstuffs. - 1996. - Vol.75. - P. 11-13.

310. Rowe, B. Multidrug-resistant Salmonella typhi: a worldwide epidemic. / B. Rowe, L.R. Ward, E.J. Threlfall // Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America. - 1997. - Vol.24. - Suppl.1. - P.106-109. - doi: 10.1093/clinids/24.supplement_1 .s106.

311. Sadeyen, J.R. Salmonella carrier state in chicken: comparison of expression of immune response genes between susceptible and resistant animals / J.R. Sadeyen, J. Trotereau, P. Velge, J. Marly, C. Beaumont, P.A. Barrow, N. Bumstead, A.C. Lalmanach. // Microbes and infection. - 2004. - Vol.6. - №14. - P. 1278-1286. -doi: 10.1016/j.micinf.2004.07.005.

312. Sadlon, A.E. Immune-modifying and antimicrobial effects of eucalyptus oil and simple inhalation devices / A.E. Sadlon, D.W. Lamson // Alternative medicine review : a journal of clinical therapeutic. - 2010. - Vol.15. - №1. - P.33-47.

313. Sahoo, K.C. Antibiotic use, resistance development and environmental factors: A qualitative study among healthcare professionals in Orissa, India / K.C. Sahoo, A.J. Tamhankar, E. Johansson, C.S. Lundborg // BioMedical Central Public Health. - 2010. - Vol.10. - P.629. - doi: 10.1186/1471-2458-10-629.

314. Saleh, N. The effects of dietary supplementation of different levels of thyme (Thymus vulgaris) and ginger (Zingiber officinale) essential oils on performance, hematological, biochemical and immunological parameters of broiler chickens / N. Saleh, T. Allam, A.A. El-latif, E. Ghazy // Global Veterinaria. - 2014. -Vol.12. -№6. - P.736-744.

315. Salminen, S. Gut flora in normal and disordered states / S. Salminen, E. Isolauri, T. Onela // Chemotherapy. - 1995. - Vol.41. - P.5-15.

316. Salmon, D.E. The Discovery of the germ of swine-plague. / D.E. Salmon // Science. - 1884. - Vol.3. - №53. - P.155-158. - doi: 10.1126/science.ns-3.53.155.

317. Savage, D.C. Microbial ecology of gastrointestinal / D.C. Savage // Annual review of microbiology. - 1977. - Vol.31. - P.107-113. - doi: 10.1146/annurev.mi.31.100177.000543.

318. Savage, D.C. Morphological diversity among members of the gastrointestinal microflora / D.C. Savage // International review of cytology. - 1983. - Vol.82. -P.305-334. - doi: 10.1016/s0074-7696(08)60827-x.

319. Schaedler R.W. The fecal flora of various strains of mice/ R.W. Schaedler, R.J. Dubos// Journal of Experimental Medicine. - 1962. - Vol.115. - №6. - P.1149-1160. - doi: 10.1084/jem.115.6.1149

320. Schat, K.A. Avian Immunology. 2nd ed. / K.A. Schat, B. Kaspers, P. Kaiser // Elsevier, San Diego, CA., 2014. - 456 p.

321. Sekirov, I. Antibiotic-induced perturbations of the intestinal microbiota alter host susceptibility to enteric infection / I. Sekirov, N.M. Tam, M. Jogova, M.L.

Robertson, Y. Li, C. Lupp, B.B. Finlay // Infection and immunity. - 2008. -Vol.76. - №10. - P.4726-4736. - doi: 10.1128/IAI.00319-08.