Микроорганизмы цикла углерода в осадочных породах венда московской синеклизы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.16, кандидат биологических наук Первушина, Ксения Александровна

  • Первушина, Ксения Александровна
  • кандидат биологических науккандидат биологических наук
  • 2007, Ярославль
  • Специальность ВАК РФ03.00.16
  • Количество страниц 207
Первушина, Ксения Александровна. Микроорганизмы цикла углерода в осадочных породах венда московской синеклизы: дис. кандидат биологических наук: 03.00.16 - Экология. Ярославль. 2007. 207 с.

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Первушина, Ксения Александровна

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Развитие геомикробиологии.

1.2. Роль микроорганизмов в цикле углерода.

1.3. Методы изучения микробных сообществ подземной биосферы.

1.4. Распространение жирнокислотных биомаркеров в природных средах.

1.5. Условия существования микроорганизмов в подземной среде.

1.6. Концепции функционирования подземной биосферы.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2.1. Объекты исследования.

2.1.1. Характеристика Высоковской скважины.

2.1.2. Характеристика кернов осадочных пород, вскрытых ВПС-1.

2.2. Обоснование методики изучения подземной биосферы.

2.3. Подготовка керна породы к микробиологическому анализу.

2.4. Хромато-масс-спектрометрическое исследование липидных профилей кернов осадочных пород, вскрытых ВПС-1, на содержание микробных маркеров.

2.5. Выделение микроорганизмов различных эколого-трофическихгрупп.

2.5.1. Водородные бактерии.

2.5.2. Метаногены.

2.5.3. Автотрофные ацетогены.

2.5.4. Сульфатредукторы.

2.5.5. Метанолокисляющие бактерии.

2.5.6. Алканотрофы.

2.5.7. Целлюлозоразлагающие бактерии.

2.5.8. Бродильщики.

2.5.9. Копиотрофы и олиготрофы.

2.6. Методы количественного учета микроорганизмов.

2.7. Методы первичной идентификации изолятов.

2.8. Методы изучения адаптивных свойств изолятов.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Анализ липидных профилей кернов осадочных пород, вскрытых ВПС-1.

3.2. Реконструкция микробных сообществ кернов песчаника и аргиллита.

3.3. Выделение эколого-трофических групп микроорганизмов, участвующих в цикле углерода в породах, вскрытых ВПС-1.

3.4. Численность и биоразнообразие микроорганизмов эколого-трофических групп в осадочных породах, вскрытых ВПС-1.

3.4.1. Особенности результатов выделения культивируемых микроорганизмов исследуемых эколого-трофических групп.

3.4.2. Водородные бактерии.

3.4.3. Метаногены.

3.4.4. Ацетогены.

3.4.5. Сульфатредукторы.

3.4.6. Метанолокисляющие бактерии.

3.4.7. Алканотрофы.

3.4.7.1. Предпосылки выделения культивируемых УОБ из осадочных пород, вскрытых ВПС-1.

3.4.7.2. Численность.

3.4.7.3. Алканотрофные изоляты, выделенные из кернов песчаника и аргиллита в атмосфере пропана и бутана.

3.4.7.4. Алканотрофные изоляты, выделенные из кернов песчаника и аргиллита на среде с гексадеканом.

3.4.7.5. Оценка возможности существования культивируемых алканотрофов в условиях глубоких горизонтов земной коры.

3.4.8. Целлюлозоразлагающие бактерии.

3.4.9. Бродилыцики.И

3.4.10. Олиготрофы и копиотрофы.

3.4.9.10. Характеристика культивируемых олиготрофных микроорганизмов.

3.4.10.2. Характеристика культивируемых копиотрофных микроорганизмов.

3.4.10.3. Олиготрофные изоляты, выделенные из керна песчаника.

3.4.10.4. Олиготрофные изоляты, выделенные из керна аргиллита.

3.4.10.5. Копиотрофные изоляты, выделенные из керна песчаника.

3.4.10.6. Копиотрофные изоляты, выделенные из керна аргиллита.

3.4.10.7. Сопоставление характеристик олиготрофных и копиотрофных изолятов.

3.4.11. Оценка возможности функционирования цикла углерода в осадочных породах, вскрытых ВПС-1.

ВЫВОДЫ.

Рекомендованный список диссертаций по специальности «Экология», 03.00.16 шифр ВАК

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Микроорганизмы цикла углерода в осадочных породах венда московской синеклизы»

Актуальность проблемы. В настоящее время установлено [56], что микроорганизмы могут функционировать в литосфере на глубинах до 6820 м (Тюменская сверхглубокая скважина). Подземная биосфера участвует в регуляции потока вещества и энергии на нашей планете, поддерживая ее гомеостаз [180], при этом цикл углерода является ведущим в системе биогеохимических круговоротов и сопряжен с циклами других важнейших элементов - О, N, Р и S [23]. Максимальный возраст исследованных к настоящему времени осадочных отложений составил 400 млн лет и соответствовал девонским нефтеносным песчаникам, в которых обнаружили функционирующих анаэробных сульфатредукторов и метаногенов [139]. Особенности микроорганизмов в докембрийских осадочных отложениях глубоких горизонтов земной коры и возможность их активности in situ в настоящее время, ранее не изучались. Имеющиеся сведения о распространении микроорганизмов и их активности, в подпочвенных горизонтах в целом фрагментарны, что послужило основой для концептуального подхода к изучению так называемой «подземной биосферы». В настоящее время известны: концепция гидробиохимической зональности подземных вод Крамаренко [38]; модель хемолитоавтотрофных экосистем - функционирующих в глубоких кристаллических породах за счет первичной продукции из СОг и Н2 - Стивенса [205] и Педерсена [179]; концепция структурно-функциональных групп подземной биосферы Верховцевой и соавт. [7], концепция трех «бактериальных фильтров» в литосфере Земли Оборина [56]. Тем не менее, прогностическое значение этих концепций остается дискуссионным, поскольку они основаны на изучении изолятов и не сопровождались применением методов молекулярной экологии. Оценить метаболические возможности подпочвенных микроорганизмов можно с помощью метода меченых атомов. Однако все вышеуказанные методы дороги, требуют специального оборудования и больших затрат времени. Нами выбран более дешевый и экспрессный метод анализа жирнокислотных биомаркеров в липидных профилях пород [58], который, благодаря применению газовой хроматографии - масс-спектрометрии, позволяет определять количество микробных клеток и соотносить их с известными таксонами. Комплексный анализ биоценозов осадочных пород, залегающих на глубинах более 1000 м, основанный на сочетании методов, без выделения и с выделением культивируемых микроорганизмов, ранее не проводился.

Цель исследования; изучение биоразнообразия, численности и активности микроорганизмов основных эколого-трофических групп цикла углерода на примере осадочных пород венда Московской синеклизы с использованием маркерного анализа и микробиологических методов.

Задачи исследования;

1. Выделить доминантные эколого-трофические группы микроорганизмов цикла углерода в осадочных породах, вскрытых Высоковской поисковой скважиной №1, сочетая анализ биомаркеров в липидном профиле породы и выделение из нее микроорганизмов на лабораторных элективных средах.

2. Изучить качественные и количественные характеристики микроорганизмов каждой эколого-трофической группы.

3. Изучить адаптивные свойства микроорганизмов, выделенных из кернов осадочных пород, вскрытых Высоковской поисковой скважиной №1, к условиям подземной среды.

4. Оценить возможность биогеохимической активности микроорганизмов цикла углерода в осадочных породах, вскрытых Высоковской поисковой скважиной №1, в настоящее время.

Научная новизна работы. Впервые в осадочных породах венда Московской синеклизы с помощью анализа липидных биомаркеров определена общая численность микроорганизмов. Методами посева показано, что только часть пула микроорганизмов активна и высевается на питательные среды, ее массовая доля зависит от флюидопроницаемости пород. Результаты исследования свидетельствуют, что в осадочных породах подземной биосферы есть условия для сосуществования, как аэробных, так и анаэробных микроорганизмов. Таким образом, впервые на основе комплексного анализа биоценозов осадочных пород, вскрытых в интервалах глубин 2350-2580 м, сконструирована схема цикла углерода, протекание которого возможно в условиях изученных горизонтов.

Теоретическая и практическая значимость. Работа расширила существующие представления о подземной биосфере. Показана возможность функционирования цикла углерода в неисследованных ранее осадочных породах с различной флюидопроницаемостью - песчанике и аргиллите, вскрытых Высоковской скважиной.

В работе показана прогностическая значимость метода липидного анализа, который позволяет вести целенаправленный поиск микроорганизмов в породах еще до получения геологической информации. Подтверждением тому является идентификация изолированных из кернов бактерий рр. Corynebacterium и Propionibacterium, биомаркеры которых присутствовали в липидных профилях соответствующих пород. Выделенные микроорганизмы, могут быть потенциально перспективными объектами биотехнологии.

Экспериментально показано присутствие в породах пула микроорганизмов, который обнаруживает потенциальную активность при проникновении человека в недра Земли.

Результаты работы включены в содержание курсов «Экология организмов» (раздел «Экология микроорганизмов») и «Микробиология и вирусология» (раздел «Экология и геохимическая деятельность микроорганизмов») факультета биологии и экологии ЯрГУ им. П.Г. Демидова.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены, доложены и обсуждены:

- на региональных конференциях: 11-ой и 12-ой "Структура, вещество, история литосферы Тимано-Североуральского сегмента" (Сыктывкар, 2002, 2003); «Стратегия взаимодействия микроорганизмов с окружающей средой" (Саратов, 2004); «Биоразнообразие Верхневолжья: состояние и проблемы сохранения» (Ярославль, 2004);

- на всероссийских конференциях: посвященной 200-летию ЯрГУ им. П.Г. Демидова (Ярославль, 2003); "Экологические механизмы динамики и устойчивости биоты" (Екатеринбург, 2004); «Актуальные проблемы современной биологии» (Астрахань, 2005); «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2005); аспирантов и студентов по приоритетному направлению «Рациональное природопользование» (Ярославль, 2005); «Экологические проблемы уникальных природных и антропогенных ландшафтов» (Ярославль, 2006); «Наука. Образование. Молодежь» (Майкоп, 2007);

- на международных конференциях: «Микробное разнообразие: состояние, стратегия сохранения, биологический потенциал» (Пермь, 2005); «Эколого-биологические проблемы бассейна Каспийского моря» (Астрахань, 2005); интернет-конференции «Современные направления теоретических и прикладных исследований '2007» (Одесса, 2007); IV международном семинаре «Минералогия и жизнь» (Сыктывкар, 2007).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 11 работ, в том числе 1 статья в издании, рекомендованном ВАК.

Основные положения диссертации, выносимые на защиту:

1. Доминирующую эколого-трофическую группу осадочных пород венда Московской синеклизы составляют углеводородокисляющие микроорганизмы.

2. Обнаружившие активность микроорганизмы могут осуществлять в изученных горизонтах цикл углерода.

3. Основным фактором, определяющим интенсивность цикла углерода в исследуемых горизонтах, является флюидопроницаемость пород.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 178 страницах машинописного текста, иллюстрирована 48 таблицами и 18 рисунками. Список литературы включает 228 наименований работ.

Автор выражает глубокую благодарность за помощь в работе и ценные рекомендации д.б.н. Г.А. Осипову (группа академика Ю.Ф. Исакова), д.б.н. А.Л. Степанову (МГУ) и геологу И.С. Грибовой (ФГУП НПЦ «Недра»).

Похожие диссертационные работы по специальности «Экология», 03.00.16 шифр ВАК

Заключение диссертации по теме «Экология», Первушина, Ксения Александровна

выводы

1. По результатам анализа биомаркеров в липидных профилях осадочных пород венда Московской синеклизы обнаружены эколого-трофические группы микроорганизмов цикла углерода. Они могут развиваться за счет углерода флюидов (водородные бактерии, метаногены, сульфатредукторы, метанолокисляющие бактерии, алканотрофы) либо за счет рассеянного органического вещества пород (целлюлозоразлагающие бактерии, бродилыцики, олиготрофы, копиотрофы).

2. Доминирующую эколого-трофическую группу осадочных пород, вскрытых Высоковской скважиной, по результатам посевов, составляют углеводородокисляющие микроорганизмы. Культивируемые микроорганизмы в порядке убывания численности при температуре in situ располагаются в ряд: алканотрофы > олиготрофы > копиотрофы > бродилыцики > водородные бактерии > метанолокисляющие бактерии > метаногены.

3. Наиболее адаптированными к условиям изученных глубоких горизонтов являются грамположительные спорообразующие палочковидные бактерии, способные к азотфиксации, росту при температуре пласта за счет использования присутствующих в породах абиогенных углеводородов, биогенных спиртов и ацетата. Некоторые из этих бактерий получают дополнительные питательные вещества за счет ассоциации с дрожжами.

4. Обнаружившие активность микроорганизмы могут осуществлять в изученных горизонтах цикл углерода за счет продуцентов (автотрофных метаногенов, сульфатредукторов, водородных бактерий и алканотрофов) и редуцентов (ацетокластических метаногенов, метанолокисляющих бактерий, целлюлозоразлагающих бактерий, бродильщиков, олиготрофов, копиотрофов).

5. Основным фактором, определяющим интенсивность цикла углерода в исследуемых горизонтах, является флюидопроницаемость пород.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Первушина, Ксения Александровна, 2007 год

1. Абрамова О.П. Горные растворы и содержание в них органического вещества / Я.А. Ходжакулиев, М.И. Суббота, О.П. Абрамова // Водорастворенное органическое вещество и его нефтегазопоисковое значение. Ашхабад: Статистика, 1972. - Гл. 8. - С. 158-166.

2. Андреева И.С. Морфологический анализ аэробных микроорганизмов в керне глубокого бурения (оз. Байкал) / И.С. Андреева, Е.И. Рябчикова, Н.И. Печуркина и др. // Геология и геофизика. 2001. - Т.42, - №.1- 2. - С.220-230.

3. Бабьева И.П., Чернов И.Ю. Биология дрожжей / И.П. Бабьева, И.Ю. Чернов. М.: Товарищество научных изданий КМК, 2004. - 221 с.

4. Бактериальная палеонтология / Под ред. А.Ю. Розанова. М.: ПИН РАН, 2002.- 188 с.

5. Борзенков И.А. Свойства углеводородокисляющих бактерий, изолированных из нефтяных месторождений Татарстана, Западной Сибири и Вьетнама / И.А. Борзенков, Е.И. Милехина, М.Т. Готоева и др. // Микробиология. 2006. - Т. 75. - №1. - С. 82 - 89.

6. Вернадский В.И. Научная мысль как планетное явление / Отв. ред. А.Л. Яншин.-М.: Наука, 1991.-270 с.

7. Верховцева Н.В. Структурные группы биоценоза подземной биосферы / Н.В. Верховцева, Н.В. Шеховцова, Г.В. Кондакова и др. // Недра. Разведка и охрана недр. 1996. - №7. - С. 37-39.

8. Виноградов В.М. Геологические концепции, изотопная геохимия и сверхглубокое бурение / В.М. Виноградов // Советская геология. 1981. -№ 8.-С. 46-51.

9. Воробьева Л.И. Пропионовокислые бактерии. М.: МГУ, 1995. - 288с.

10. Высоковская поисковая скважина ВСК 99: Отчет о НИР/ ФГУП НПЦ Недра. Ярославль, 2001. - 615 с.

11. Глубокое бурение в Пучеж-Калужской импактной структуре/ Под. ред. В. Л. Массайтис, Л. А. Певзнер. Спб.: ВСЕГЕИ, 1999. - 392 с.

12. Голдовский A.M. Промежуточные состояния между анабиозом и жизнедеятельностью мезабиоз / A.M. Голдовский // Анабиоз и преданабиоз микроорганизмов. - Рига: Зинатне, 1973. - С. 23-30.

13. ГОСТ 3134-78. Уайт-спирит. Нефрас-С4-155/200. М.: Изд-во стандартов, 1978. Юс.

14. Гусев М.В. Микробиология / М.В. Гусев, Л.А. Минеева. М.: МГУ, 2003.-376 с.

15. Гуцало Л.К. О процессах радиолиза воды в земной коре / Л.К. Гуцало // Сов. Геология. 1974. -№ 8. С. 91-106.

16. Деткова E.H. Физиология, биохимия и биоэнергетика галофильных и алкалофильных ацетогенных бактерий: Автореф. дис. .канд. биол. наук: Спец.: 03.00.07 / E.H. Деткова; ИНМИ. М., 2003. - 24 с.

17. Жизнь растений. М.: Просвещение, 1974. - Т.1. - 395 с.

18. Заварзин Г.А. Литотрофные микроорганизмы / Г.А. Заварзин. М.: Наука, 1972.-324 с.

19. Заварзин Г.А. Водородные бактерии и карбоксидобактерии / Г.А. Заварзин. -М.: Наука, 1978.-212 с.

20. Заварзин Г.А. Особенности эволюции прокариот / Г.А. Заварзин. -М.: Наука, 1987.-С. 144-158.

21. Заварзин Г.А. Развитие микробных сообществ в истории Земли / В кн.: Проблемы доантропогенной эволюции биосферы. М.: Наука, 1993. - С. 212-222.

22. Заварзин Г.А. Становление системы биогеохимических циклов / Г.А. Заварзин // Палеонтологический журнал. 2003. - № 3. - С. 16-24.

23. Заварзин Г.А. Лекции по природоведческой микробиологии / Г.А. Заварзин. М.: Наука, 2004. - 348 с.

24. Заварзин Г.А. Введение в природоведческую микробиологию: Учеб. пособие / Г.А. Заварзин, H.H. Колотилова. М.: Книжный дом «Университет», 2001. - 256 с.

25. Звягинцев Д.Г. Биология почв: Учеб. / Д.Г. Звягинцев, И.П. Бабьева, Г.М. Зенова. М.: МГУ, 2005. - 445 с.

26. Ившина И.Б. Пропанокисляющие родококки / И.Б. Ившина, Р.В. Пшеничнов, A.A. Оборин. Свердловск: УНЦ АН СССРД, 1987. -78 с.

27. Ильченко А.П. Метаболизм этанола у дрожжей / А.П. Ильченко, О.Г. Чернявская, Т.В. Финогенова // Прикладная биохимия и микробиология. 2005. - Т. 41. - №5. - С. 487-494.

28. Калакуцкий A.B. Развитие актиномицетов / A.B. Калакуцкий, Н.С. Агре. М.:Наука, 1977. - 285 с.

29. Калесник C.B. Ладожское озеро / C.B. Калесник. Л.: Гидрометеоиздат, 1968. - 159 с.

30. Коваленко Г.А. Проникновение биокатализа в химическую индустрию / Г.А. Коваленко // Бюллетень Российского химического общества им. Д.И. Менделеева. 1999. -№10. - С. 12-16.

31. Кожевин П.А. Экология почвенных микроорганизмов / П.А. Кожевин. // Экология микроорганизмов / Под ред. А.И. Нетрусова. М.: Academa, 2004.-С. 71-74.

32. Кожевина JT. С. Микробные системы литосферы / Л. С. Кожевина // Геоэкология. 1999. -№4. -С. 304-309.

33. Кондакова Г.В. Бактериальные процессы трансформации соединений углерода и азота в термальных минерализованных подземных водах с различной степенью контаминации: Автореф. дис. .канд. биол. наук. Спец.: 03.00.16 / Г.В. Кондакова; МГУ. М., 2001. - 28 с.

34. Кондакова Г.В. Углеводородокисляющие бактерии глубинных вод литосферы / Г.В. Кондакова, H.A. Богатова // Структура, вещество, история литосферы Тимано-Североуральского сегмента: Материалы 12-й научн. конф., 5-7 дек. 2003.-Сыктывкар, 2003.-С. 126- 128.

35. Кондратьева E.H. Автотрофные прокариоты / E.H. Кондратьева. -М.: МГУ, 1996.-312 с.

36. Короновский Н.В. Основы геологии / Н.В. Короновский, А.Ф. Якушева. М.: Наука, 1991.-457 с.

37. Крамаренко Л.Е. Геохимическое и поисковое значение микроорганизмов в подземных водах / Л.Е. Крамаренко. Л.: Недра, 1973. - 216 с.

38. Кудряков В.А. Органические вещества подземных вод -дополнительный источник нефти и газа / В.А. Кудряков // Органическая геохимия вод и поисковая геохимия. -М.: Наука, 1982. С. 62-65.

39. Кузнецов С.И. Введение в геологическую микробиологию / С.И. Кузнецов, М.В. Иванов, H.H. Ляликова. М.: Изд-во АН СССР, 1963. - 172 с.

40. Кузнецов С.И. Геохимическая деятельность микроорганизмов в месторождениях полезных ископаемых / С.И. Кузнецов // Изв. АН СССР, сер. биол. М.: Изд-во АН СССР, 1972. - В. 5. - С. 102-112.

41. Кузнецов С.И. Методы водной микробиологии / С.И. Кузнецов, Г.А. Дубинина. М.: Наука, 1989. - 286 с.

42. Лейн А.Ю. Биомаркеры сульфидных руд современных и древних "черных курильщиков" / А.Ю. Лейн, H.H. Глущенко, Г.А. Осипов и др. / ДАН, 1998.- Т. 359.-№4.- С. 525-528.

43. Лысак Л.В. Методы оценки бактериального разнообразия почв и идентификации почвенных бактерий / Л.В. Лысак, Т.Г. Добровольская, H.H. Скворцова. М.: МАКС Пресс, 2003. - 120 с.

44. Методы почвенной микробиологии и биохимии: Учеб. пособие / Под ред. Д.Г. Звягинцева. М.:МГУ, 1991.-304 с.

45. Могилевский Г.А. Распространение и активность бактерий, окисляющих и образующих горючие газы / Г.А. Могилевский, В.М. Богданова, Е.В. Стадник и др. // Роль микроорганизмов в круговороте газов в природе. М.: Наука, 1979. - С. 256-275.

46. Назина Т.Н. Химические и микробиологические методы исследования пластовых жидкостей и кернов нефтяных месторождений / Т.Н. Назина, Е.П. Розанова, С.С. Беляев, М.В. Иванов. Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 1998. - 25 с.

47. Назина Т.Н. Филогенетическое разнообразие аэробных сапротрофных бактерий из нефтяного месторождения Дацин / Т.Н. Назина,

48. A.A. Григорьян, К.Ф. Сью и др. // Микробиология. 2002. - Т.71. - №1. - С. 103-110.

49. Назина Т.Н. Биологическое и метаболическое разнообразие микроорганизмов нефтяных месторождений / Т.Н. Назина, С.С. Беляев / Под ред. С.С. Беляева. М.: Наука, 2004. - С. 289-316. (Сб. науч. тр. / ИНМИ им. С.Н. Виноградского; Вып. XII).

50. Нестеренко O.A. Нокардиоподобные и коринеподобные бактерии / O.A. Нестеренко, Е.И. Квасников, Т.М. Ногина. Киев: Наук. Думка, 1985. -341 с.

51. Нетрусов А.И. Методы экологии микроорганизмов / А.И. Нетрусов // Экология микроорганизмов / Под ред. А.И. Нетрусова. Москва: Academia, 2004.-С. 221-245.

52. Оборин A.A. Нефтегазопоисковая геомикробиология / A.A. Оборин, Е.В. Стадник. Екатеринбург, 1996. - 408 с.

53. Оборин A.A. Концепция организованности подземной биосферы / A.A. Оборин, J1.M. Рубинштейн, В.Т. Хмурчик, Н.С. Чурилова. -Екатеринбург: УрО РАН, 2004. 148 с.

54. Определитель бактерий Берджи / Под ред. Дж. Хаулта. М.: Мир, 1997.-9-е изд. - Т.2. - 800 с.

55. Осипов Г.А. Способ определения родового (видового) состава ассоциации микроорганизмов. Патент РФ № 2086642, Класс C12N 1/00, 1/20, C12Q 1/04, Опубликовано 10.08.97, Бюллетень № 22. По заявке № 057595/13 от 24.12.93.

56. Осипов Г.А. Сравнительное масс-спектрометрическое исследование состава клеточных маркеров микроорганизмов в крови и биоптатах слизистой оболочки кишечника / Г.А. Осипов, А.И. Парфенов, М.О. Богомолов // Рос. Гастроэнторол. Журн. 2001. - №1. - С. 54-69.

57. Постникова И.Е. Литолого-геохимические предпосылки нефтегазоносности докембрийских отложений Пачелмского авлакогена / И.Е. Постникова, O.K. Баженова, Т.А. Косарева // Геология нефти и газа. 1998. -№1. С. 45-51.

58. Практикум по микробиологии: Учеб. пособие / Под ред. Н.С. Егорова. М.:МГУ, 1997. - 307 с.

59. Розанова Е.П. Микрофлора нефтяных месторождений / Е.П. Розанова, С.И. Кузнецов. М.: Наука, 1974. - 197 с.

60. Розанова Е.П. Углеводородокисляющие бактерии и их активность в нефтяных пластах / Е.П. Розанова, Т.Н. Назина // Микробиология. 1982. -Т. 51. - № 2. - С. 342-347.

61. Сергеев В.Н. Цианобактериальные сообщества на ранних этапах эволюции биосферы / В кн.: Проблемы доантропогенной эволюции биосферы. М.: Наука, 1993. - С. 254-265.

62. Современная микробиология: прокариоты / Под ред. И. Ленглера, Г. Древса, Г. Шлегеля. М.: Мир, 2005. - Т.1. - 656 с.

63. Соколов Б.С. Ранние этапы развития жизни на Земле / Б.С. Соколов, М.А. Федонкин // Современная палеонтология. М.: Недра, 1988. - Т.2. - С. 118-141.

64. Турова Т.П. Молекулярная экология микроорганизмов / Т.П. Турова // Экология микроорганизмов / Под ред. А.И. Нетрусова. М.: Academa, 2004. - С. 246-258.

65. Турова Е.С. Изучение микробного сообщества, ответственного за трансформацию минералов железа в каолине / Е.С. Турова, Г.А. Осипов // Микробиология. 1996. - В. 65. - №. 5. С. 106-114.

66. Федонкин М.А. Сужение геохимического базиса жизни и эвкариотизация биосферы: причинная связь / М.А. Федонкин // Палеонтологический журнал. 2003. - №6. - С. 33-40.

67. Финогенова Т.В. Перспективы производства органических кислот дрожжами / Т.В. Финогенова, И.Г. Моргунов, С.В. Камзолова, О.Г. Чернявская // Прикладная биохимия и микробиология. 2005. - Т.41. - №5. -С.478-486.

68. Чурбанова И.Н., Микробиология: Учеб. / И. Н. Чурбанова. М.: Высшая школа, 1987. - 239 с.

69. Шеховцова Н. В. О некоторых особенностях выделения микроорганизмов аборигенов глубоких горизонтов земной коры / Н.В. Шеховцова, Г.В. Кондакова, Г.А. Осипов и др. // Недра. Разведка и охрана недр. - №6. - 2003. - С. 63- 66.

70. Шлегель Г. Общая микробиология: Учеб. / Г. Шлегель. М.: Мир, 1987.-567 с.

71. Adams A.D. Microbial activities in soil near natural gas leaks / A.D. Adams, J. Hocks, A.M. de Bont // Arch. Microbiol. 1972. - V.83. - P. 32-51.

72. Alexandrino M. Stable-isotope-based labeling of styrene-degrading microorganisms in biofilters / M. Alexandrino, C. Knief, A. Lipski // Appl. Environ. Microbiol. -2001. -V. 67. -№10. P. 4796^1804.

73. Anesti V. Isolation and molecular detection of methylotrophic bacteria occurring in the human mouth / V. Anesti, I.R. McDonald, M. Ramaswamy // Environ. Microbiol. -2005. V.7. -№8. -P. 1227-1238.

74. Arrage A.A. Survival of subsurface microorganisms exposed to UV radiation and hydrogen peroxide / A.A. Arrage, T.J. Phelps, R.E. Benoit, D.C. White // Appl. Environ. Microbiol. 1993. -V. 59. -№3. - P. 3545-3550.

75. Atlas R.M. Microbial degradation of petroleum hydrocarbons: an environmental perspective / R.M. Atlas // FEMS Microbiol. Rev. 1981. - V. 45. -№ 1. - P. 180-209.

76. Bachoon D.S. Microbial community dynamics and evaluation of bioremediation stratigies in oil-impacted salt marsh sediment microcosms / D.S. Bachoon, R. Araujo, M. Molina, R.E. Hodson // J. Ind. Microbiol.&Biotechnol. -2001.-V. 27.-P. 72-79.

77. Balkwill D.L. Phylogenetic characterization of bacteria in the subsurface microbial culture collection / D.L. Balkwill, R.H. Reeves, G.R. Drake // FEMS Microbiol. Rev. 1997. -V. 20. - P. 201-216.

78. Balkwill D.L. Microbial communities in high and low recharge environments: implications for microbial transport in the vadose zone / D.L. Balkwill, E.M. Murphy, D.M. Fair//Microb. Ecol. 1998. -V.35. - P. 156-171.

79. Basso O. The effect of cleaning and disinfecting the sampling well on the microbial communities of deep subsurface water samples / O. Basso, J.-F. Lascourreges, M. Jarry, M. Magot // Environ, microbio. 2005. - V. 7. - №l. - P. 13-21.

80. Ben-David E.A. The use of phospholipid fatty acid analysis to measure impact of acid rock drainage on microbial communities in sediments / E.A. BenDavid, P.J. Holden, D.J. Stone et al. // Microb. Ecol. 2004. -V. 48. - №3. - P. 300-315.

81. Blochl E. Pyrolobus fumarii, gen. and sp. nov., represents a novel group of archaea, extending the upper temperature limit for life to 113 °C / E. Blochl, R. Rachel, S. Burggraf //Extremophiles. 1997. -V. 1. -№ 1. - P. 14-21.

82. Bobbie R.J. Characterization of benthic microbial community structure by high-resolution gas chromatography of fatty acid methyl esters / R.J. Bobbie, D.C. White //Appl. Environ. Microbiol. 1980. -V. 39. -№6. - P. 1212-1222.

83. Boiko O.V. Acetogenic bacteria from stratal waters of oil deposits / O.V. Boiko, S.A. Ilarionov, A.A. Oborin // The 1999 International Symposium on Subsurface Microbiology (ISSM) in Colorado USA: Abstracts. - Colorado, 1999. - P. 46.

84. Boivin-Jahns V. Bacterial diversity in a deep-subsurface clay environment / V. Boivin-Jahns, R. Ruimy, A. Bianchi et al. //Appl. Environ. Microbiol. 1996. -V. 62. -№ 9. - P. 3405-3412.

85. Boschker H.T.S. Stable isotope analysis of biomarkers in microbial ecology / H.T.S. Boschker, J.J. Middelburg // FEMS Microb. Ecol. -2002. V. 40. -P. 85-95.

86. Bouchez Nai'tali M. Diversity of bacterial strains degrading hexadecane in relation to the mode of substrate uptake / M. Bouchez Nai'tali, H. Rakatozafy, R. Marchal et al. // J. Appl. Microbiol. 1999. - V. 86. -№3. P. 421-428.

87. Buford P. P. Temperature dependence of metabolic rates for microbial growth, maintenance, and survival / P. P. Buford, T. Sowers // PNAS. 2004. - V. 101.-№13. -P. 4631-4636.

88. Chapelle F.H. Rates of microbial metabolism in deep coastal plain aquifers / F.H. Chapelle, D.R. Lovely // Appl. Environ. Microbiol. 1990. - V. 56. -P. 1865-1874.

89. Chapelle F.H. Microbial acetogenesis as a source of organic acids in ancient Atlantic Coustal Plain sediments / F.H. Chapelle, P.M. Bradley // Geology. 1996. - V. 24.-P. 925-928.

90. Chapelle F.H. The significance of microbial processes in hydrogeology and geochemistry / F.H. Chapelle // J. Hydrogeol. -2000. V. 8. - P. 41-46.

91. Chapelle F.H. A hydrogen-based subsurface microbial community dominated by methanogens / F.H. Chapelle, K. O'Neill, P.M. Bradley et al. // Nature. 2002. - V. 415. - P. 312-315.

92. Cho J.-Ch. Cultivation and growth characteristics of a diverse group of oligotrophic marine Gammaproteobacteria / J.-Ch. Cho, S.J. Giovannoni // Appl. Environ. Microbiol. 2004. - V. 70. - №1. - P. 432-440.

93. Coates J.D. Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contamivated aquifer / J.D. Coates, D.J. Ellis, C.V. Gaw, D.R. Lovley // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. - V. 49. - №4. - P. 1615-1622.

94. Coates J.D. Diversity and ubiquity of bacteria capable of utilizing humic substances as electron donors for anaerobic respiration / J.D. Coates, K.

95. Cole, R. Chakraborty et al. // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - V. 68. - №5. - P. 2445-2452.

96. Colwell F.S. Microorganisms from deep, high temperature sandstones: constraints on microbial colonization / F.S. Colwell, T.C. Onstott, M. Delwiche et al. // FEMS Microb. Rev. 1997. - V. 20. - P. 425^35.

97. Cypionka H. Oxygen respiration by Desulfovibrio species / H. Cypionka //Ann. Rev. Microbiol. 2000. - V. 54. - P. 827-848.

98. De Carvalhoa C.C.R. Degradation of hydrocarbons and alcohols at different temperatures and salinities by Rhodococcus erythropolis DCL14 / C.C.R. De Carvalhoa, M.M.R. De Fonsecaa // FEMS Microbiol. Letters. 2005. - V. 51. -№3. - P. 389-394.

99. Deejing S. Purification and characterization of hyperthermotolerant leucine aminopeptidase from Geobacillus thermoleovorans 47b / S. Deejing, K. Yoshimune, S. Lumyong, M. Moriguchi // J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2005 -V. 4. - №2.-P. 269-276.

100. Defives C. Total counts, culturable and viable, and non-culturable microflora of a French mineral water: a case study / C. Defives, S. Guyard, M.M. Qulare et al. //J. Appl. Microbiol. 1999. -V. 86. - P. 1033-1038.

101. Delong E.F. Biochemical function and ecological significance of novel bacterial lipids in deep-sea prokaiyotes / E.F. Delong, A.A.Yayanos // Appl. Environ. Microbiol. 1986. -V. 51. -№4. - P. 730-737.

102. Duine J.A. Quinoprotein alcohol dehydrogenase from a non-methylotroph Acinetobacter calcoaceticus / J.A. Duine, J. Frank // J. Gen. Microbiol. 1981. - V.122. -№2. - P. 201-209.

103. Dumenil G. Conditions for pigmentation of a facultatively methylotrophic bacterial strain: Corynebacterium sp. XG / G. Dumenil, M. Laget, A. Cremieux // Ann. Pharm. Fr. 1983. - V. 41. - №5. - P. 427-435.

104. Edwards K.J. Geomicrobiology and oceanography: microbe-mineral interactions at and below the seaflore / K.J. Edwards, W. Bach, T.M. McCollom // Trends Microbiol. -2005. -V. 13. №9. -P. 449^56.

105. Eiler A. Heterotrophic bacterial growth efficiency and community structure at different natural organic carbon concentrations / A. Eiler, S. Langenheder, S. Bertilsson, L.J. Tranvik // Appl. Environ. Microbiol. 2003. V.69.-№7.-P. 3701-3709.

106. Ekendahl S. Characterization of yests isolated from deep igneous rock aquifers of the Fennoscandian Shield / S. Ekendahl, A.H. O'Neill, E. Thomsson, K. Pedersen // Microb. Ecol. -2003. V.4. -№46. - P. 416^128.

107. Eriksson M. Biological degradation of selected hydrocarbons in an old PAH creosote contaminated soil from a gas work siti / M. Eriksson, G. Dalhammaz, A.- K. Borg-Karlson // Microbiol. Biotechnol. Appl. -2000. -№53. -P. 619-626.

108. Fredrickson J.K. Microbial community structure and biogeochemistry of Miocene subsurface sediments: implication for long-term microbial survival / J.K. Fredrickson, J.P. McKinley, S.A. Nierwicki-Bauer et al. // Microb. Ecol. -1995.-№4.-P. 619-626.

109. Fredrickson J.K. Geomicrobiology of high-level nuclear waste-contaminated vadose sediments at the Hanford site, Washington State / J.K. Fredrickson, J.M. Zachara, D.L. Balkwill // Appl. Environ. Microbiol. 2004. - V.70.-№7.-P. 4230—4241.

110. Friedrich B. Genetics of hydrogenase from aerobic lithoautotrophic bacteria / B. Friedrich, C. Kortluke, C. Hogrefe // Biochimie. 1986. - V. 68. -№1.-P. 133-145.

111. Fritze H. Distribution of microbial biomass and phospholipids fatty acids in Podzol profiles under coniferous forest / H. Fritze, J. Pietikainen, T. Pennanen // Eur. J. Soil Science. 2000. - V. 51. - №4. - P. 565-573.

112. Frostegard A. Changes in microbial community structure during long-term incubation in two soils experimentally contaminated with metals / A. Frostegard, A. Tunlid, E. Baath // Soil Biol. Biochem. 1996. - V. 28. - P. 55-63.

113. Fuhrman J.F. Phylogenetic diversity of subsurface marine microbial communities from the Atlantic and Pasific Oceans / J.F. Fuhrman, K. McCallum, A.A. Davis // Appl. Environ. Microbiol. 1993. - V. 59. -№5. - P. 1294-1302.

114. Godden B. Identification and evolution of the cellulolytic microflora present during composting of cattle manure: on the role of Actinomycetes sp./ B. Godden, M.J. Penninckx // Ann. Microbiol. 1984. - V. 135. -№1. - P. 69-78.

115. Gold Th. The deep, hot biosphere / Th. Gold // Microbiology. 1992. -V. 89.-P. 6045-6049.

116. Grzeszik C. Location, catalytic activity, and subunit composition of NAD-reducing hydrogenases of some Alcaligenes strains and Rhodococcus opacus MR22 / C. Grzeszik, K. Ross, K. Schneider et al. // Arch. Microbiol. 1997. - V. 167.-№2-3.-P. 172-176.

117. Guerrero R. Crucial crises in biology: life in the deep biosphere / R. Guerrero // Int. Microbiol. 1998. - V.l. -№ 4. - P. 285-294.

118. Guerrero R. Microbial mats and the search for minimal ecosystems / R. Guerrero, M. Piqueras, M. Berlanga // Int. Microbiol. 2002. - V. 5. - P. 177-188.

119. Guezennec J. Bacterial abundance and diversity in the Barbados trench determined by phospholipids analysis / J. Guezennec, A. Fiala-Medioni // FEMS Microbiol. Ecol. 1996. - V. 19. - P. 83-93.

120. Hamamura N. Isolation and characterization of alkane-utilizing Nocardioides sp. strain CF8 / N. Hamamura, D.J. Arpa // FEMS Microbiol. Letters. 2000. - V. 186. - № 1. - P. 21 -26.

121. Haveman S.A. Evidence of a deep hydrogen-driven biosphere in hard rock aquifers / S.A. Haveman, K. Pedersen // The 1999 International Symposium on Subsurface Microbiology (ISSM) in Colorado USA. / Abstract. - Colorado, 1999.-P. 52.

122. Hedrick D.B. In situ microbial ecology of hydrothermal vent sediments / D.B. Hedrick, R.D. Pledger, D.C. White, J.A. Baross // FEMS Microbiol. Ecol. -1992.-V. 101.-P. 1-10.

123. Hottes A.K. Transcriptional profiling of Caulobacter crescentus during growth on complex and minimal media / A.K. Hottes, M. McEwen, D. Yang et al. //J. Bacterid.-2004.-V. 186.-№5.-P. 1448-1461.

124. Ibekwe A.M. Phospholipid fatty acid profiles and carbon utilization patterns for analysis of microbial community structure under field and greenhouse conditions / A.M. Ibekwe, A.C. Kennedy // FEMS Microbiol. Ecol. 1998. -V. 26.-№2.-P. 151-163.

125. Inagaki F. Microbial communities associated with geological horizons in coastal subseafloor sediments from the sea of Okhotsk / F. Inagaki, M. Suzuki, K. Takai et al. //Appl. Environ. Microbiol. 2003. V. 69. №12. P. 7224-7235.

126. Ishida Y. Existence of obligately oligotrophic bacteria as a dominant population in the south China Sea and the west Pacific Ocean / Y. Ishida, M. Eguchi, H. Kadota // Mar. Ecol. Prog. Ser. 1986. - V. 30. - P.197-203.

127. Ivanov M.V. Microbial activity in waterflooded oil fields and Its possible regulation / M.V. Ivanov, S.S. Belyaev // Int. Conf. on Microb. Engancement of Oil Recovery: Proc. Washington, 1983. - P. 47-54.

128. Jandl G. The concentrations of fatty acids in organo-mineral particle-size fractions of a Chernozem / G. Jandl, P. Leinweber, H.-R. Schulten, K. Eusterhues // Eur. J. Soil Science. 2004. - V. 55. - №3. - P. 459-470.

129. Johns R.B. Lipids of the marine bacterium Flexibacter polymorphus / R.B. Johns, G.J. Peny//Arch. Microbiol. 1977. -V. 114. - P. 267-271.

130. Kashefi K. Extending the upper temperature limit for life / K. Kashefi, D.R.Lovley//Science.-2003.-V. 15.- №301.- P. 934.

131. Kaye J.P. Carbon fluxes, nitrogen cycling, and soil microbial communities in adjacent urban, native and agricultural ecosystems / J.P. Kaye, R.L. McCulley, I.C. Burke // Global Change Biology. 2005. - V. 11. - № 4. - P. 575-582.

132. Kieft T.L. Microbiological comparison within and across contiguous lacustrine, paleosol, and fluvial subsurface sediments / T.L. Kieft, J.K. Fredrickson, J.P. McKinley et al. // Appl. Environ. Microbiol. 1995. - V. 61. -№2. -P. 749-757.

133. Kieft T.L. Microbial transport, survival, and succession of buried sediments / T.L. Kieft, E.M. Murfy, D.L. Haldemann et al. // Microb. Ecol. 1998. -V.36.-P. 336-348.

134. Kiesel B. Phage Acm 1-mediated transduction in the facultatively methanol-utilizing Acetobacter methanolicus MB 58/4 / B. Kiesel, L. Wunsche // J. Gen. Virol. 1993. - V.74. -№. 9. - P. 1741-1745.

135. Kimura H. Distribution of microorganisms in the subsurface of the Manus basin hydrothermal vent field in Papua New Guinea / H. Kimura, R. Asada, A. Masta, T. Naganuma // Appl. Environ. Microbiol. 2003. - V. 69. - №1. - P. 644-648.

136. Kopke B. Microbial diversity in coastal subsurface sediments: a cultivation approach using various electron acceptors and substrate gradients / B. Kopke, R. Wilms, B. Engelen et al. // Appl. Environ. Microbiol. 2005. - V. 71. -№12.-P. 7819-7830.

137. Kotelnikova S.V. Evidence for methanogenic Archaea and homoacetogenic Bacteria in deep granitic rock aquifers / S.V. Kotelnikova, K. Pedersen // FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V. 20. - №3^1. - P. 339-343.

138. Kotelnikova S.V. Distribution and activity of methanogens and homoacetogens in deep granitic aquifers at Aspo Hard laboratory, Sweden / S.V. Kotelnikova, K. Pedersen // FEMS Microbiol. Ecol. 1998. - V. 26. - №2. - P. 121-134.

139. Krumholz L.R. Microbial communities in the deep subsurface / L.R. Krumholz // Hydrogeology. 2000. - №8. - P. 4-10.

140. Leahy J.G. Microbial degradation of hydrocarbons in the environment / J.G. Leahy, R.R. Collwell // FEMS Microbiol. Rev. 1990. - V. 54. - №3. - P. 305-315.

141. Lechevalier M.P. Lipids in bacterial taxonomy a taxonomist's view / M.P. Lechevalier// Crit. Rev. Microbiol. - 1977. - V.5. - P. 109-210.

142. Li H. Molecular phylogenetic diversity of the microbial community associated with a high-temperature petroleum reservoir at an offshore oilfield / H. Li, S.Z. Yang, B.Z. Mu et al. // FEMS Microbiol. Ecol. 2007. - V. 60. - №1. -P.74-84.

143. Lovely D.R. Humics as an electron donor in anaerobic respiration / D.R. Lovely, J. Coates, J.L. Fraga, E.L. Blunt-Harris // Env. Microbial. 1999. -V.l -№1. -P. 89-98.

144. Ludvigsen L. Distribution and composition of microbial populations in a landfill leachate contaminated aquifer (Grindsted, Denmark) / L. Ludvigsen, H. Albrechtsen, D.B. Ringelberg et al. // Microb. Ecol. 1999. - V. 37. - №3. - P. 197-207.

145. MacNaughton S.J. Microbial population changes during bioremediation of an experimental oil spill / S.J. MacNaughton, J.R. Stephen, A.D. Venosa et al. // Appl. Environ. Microbiol. 1999. -V. 65. -№8. - P. 3566-3574.

146. Matsushita K. Methanol and ethanol oxidase respiratory chains of the methylotrophic acetic acid bacterium, Acetobacter methanolicus / K. Matsushita, K. Takahashi, M. Takahashi et al. // J. Biochem. (Tokyo). 1992. - V. 111. - №6. -P.739-747.

147. Mayberry W.R. Identification of Bacteroides species by cellular fatty acid profiles / W.R. Mayberry, D.W. Lambe, H.P. Ferguson // Int. J. Syst. Bacteriol. 1982. - V. 32. - № 1. - P. 21.

148. Moeller R. Role of pigmentation in protecting Bacillus sp. endospores against environmental UV radiation / R. Moeller, G. Horneck, R. Facius, E. Stackebrandt // FEMS Microbiol. Ecol. 2005. - V. 51. - P. 231-236.

149. Morita R.Y. Is H2 the universal energy source for long-term survival? / R.Y. Morita // Microb. Ecol. 2000. - V. 38. - P. 307-320.

150. Naganuma T. Search for life in deep biosphere / T. Naganuma //Biol. Sei. Space.-2003.-V. 17.-№4.-P. 310-317.

151. Naganuma T. Apparent microfloral response to organic degradation on bathyal seafloor: an analysis based on sediment fatty acids / T. Naganuma, H. Mutsuo, A. Kazumi et al. // Marine Ecology. - 2001. - V. 22. -№3. - P. 267-282.

152. Navarrete A. Physiological status and community composition of microbial mats of the Ebro Delta, Spain, by signature lipid biomarkers / A. Navarrete, A. Peacock, S.J. Macnaughton et al. // Microb Ecol. 2000. - V. 39. -№1. - P. 92-99.

153. Nicholson W.L. Resistance of Bacillus Endospores to Extreme Terrestrial and Extraterrestrial Environments / W.L. Nicholson, N. Munakata, G. Horneck et al. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000. - V. 64. - № 3. - P. 548-572.

154. Noble P.A. Application of neural computing methods for interpreting phospholipid fatty acid profiles of natural microbial communities / Noble P.A., J. S. Almeida, Ch. R. Lovell et al. // Appl. Environ. Microbiol. 2000. - V. 66. - №2. -P. 694-699.

155. Ogawa M. Geological and microbial anomalies in the extinct, submarine volcano, Shiribeshi Seamount, in the eastern margin of the Japan Sea / M. Ogawa, T. Akira, H. Mutsuo et al. // The Island Arc. 2002. - V. 11. - №4. -P. 274-286.

156. Onstott T.C. The deep gold mines of South Africa: windows into the subsurface biosphere (submitted) / T.C. Onstott, K. Tobin, H. Dong et al. // Proc. SPIE Int. Soc. Optical. Eng. 1997. - №3111. - P. 344-357.

157. Onstott T.C. Indigenous and contaminant microbes in ultradeep mines / T.C. Onstott, D.P. Moser, S.M. Pfiffner et al.// Environ. Microbiol. 2003. - V. 5. -№ l.-P. 1168-1191.

158. Ortega-Morales O. Phototrophic biofilms on ancient Mayan buildings in Yucatan, Mexico / O. Ortega-Morales, J. Guezennec, G. Hernandez-Duque et al. // Curr. Microbiol. 2000. - V. 40. - № 2. - P. 81-85.

159. Osipov G.A. Studying species composition of microbial communities with the use of gas chromatography-mass spectrometry. Microbial community of kaolin / G.A. Osipov, E.S. Turova // FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V. 2. - P. 437-446.

160. Parkes R.J. Deep sub-seafloor prokaryotes stimulated at interfaces over geological time / R.J. Parkes, G. Webster, B.A. Cragg et al. // Nature. 2005. - № 436.-P. 390-394

161. Pedersen K. Microbial life in granitic rock / K. Pedersen // FEMS Microbiol. Rev. -1997. V. 20. - P. 399-414.

162. Pedersen K. Exploration of deep intraterrestrial microbial life: current perspectives / K. Pedersen // FEMS Microbiol. Letters. 2000. - V. 185. - P. 96.

163. Perry G.J. Fatty acids of bacterial origin in contemporary marine sediments / G.J. Perry, J.K. Volkman, R.B. Johns, H.J. Bavor // Geochimica et Cosmochimica Acta. -1979.-V. 43.-№11.-P. 1715-1725.

164. Phelps T.J. Factors influencing the abundance and metabolic capacities of microorganisms in eastern coastal plain sediments / T.J. Phelps, E.M. Murphy, S.M. Pfiffner, D.C. White // Microb. Ecol. 1994. - V. 28. - P. 335-349.

165. Phillips L.E. Enrichment and characterisation of sulfate-reducing bacteria from sandstone rock cores from the UK Continental shelf / L.E. Phillips, H.M. Lappin-Scott // FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V. 20. - №3-4. - P. 415423.

166. Pinhassi J. Coupling between bacterioplankton species composition, population dynamics, and organic matter degradation / J. Pinhassi, F. Azam, J. Hemphâlâ // Aquat. Microb. Ecol. 1999. - V. 17. - P. 13-26.

167. Ringelberg D.B. Biomass, bioactivity and biodiversity: microbial ecology of the deep subsurface: analysis of ester-linced phospholipids fatty acids / D.B. Ringelberg, S. Sutton, D.C. White // FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V. 20. -P. 371-377.

168. Roslev P. Radioactive fingerprinting of microorganisms that oxidize atmospheric methane in different soils / P. Roslev, N. Iversen // Appl. Environ. Microbiol. 1999. - V. 65. - № 9. - P. 4064-4070.

169. Sani R.K. Dissimilatory reduction of Cr (VI), Fe (III) and U (VI) by Cellulomonas isolates / R.K. Sani, B.M. Peyton, W.A. Smith // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2002. - V. 60. - P. 192-199.

170. Sargent K.A. Geology and hydrology ofthe deep subsurface microbiology, sompling site of Savanna River Plant, South Carolina / K.A. Sargent, C.B. Fliermans // Geomicrobiol. J. 1989. - V. 3. - P. 3-13.

171. Sass H. Isolation of sulfate-reducing bacteria from the terrestrial deep subsurface and description of Desulfovibrio cavernae sp. nov. / H. Sass, H. Cypionka // Syst. Appl. Microbiol. 2004. - V. 27. -№ 5. - P. 541-548.

172. Schneider S. Cell wall and sheath constituents of the cyanobacterium Gloebacter violaceous / S. Schneider, U.J. Jurgens // Arch. Microbiol. 1991. - V. 56.-№ 4.-P. 312-318.

173. Shekhovtsova N.V. Analysis of lipid biomarkers in rocks of Archean crystalline basement / N.V. Shekhovtsova, G.A. Osipov, N.V. Verkhovtseva, L.A. Pevzner // Proceedings of SPIE. 2003. - V. 4939. - P. 160-168.

174. Shmitz C. Competition between n-alkane-assimilating yests and bacteria during colonization of sandy soil microcosms / C. Shmitz, I. Goebel, S. Wagner et al. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2000. - V.5. - P. 126-132.

175. Schryver J.C. Nonlinear analysis of community-geochemistry relationships / J.C. Schryver, C.C. Brandt, S.M. Pfiffner et al. // Microb. Ecol. -2006.-V. 51.-P. 177-188.

176. Simu K. Oligotrophic bacterioplankton with a novel single-cell life strategy / K. Simu, A. Hagstrom // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. - № 4. -P. 2445-2451.

177. Sleep N.H. H2-rich fluids from serpentinization: geochemical and biotic implications / N.H. Sleep, A. Melbom, Th. Fridriksson et al. // PNAS. 2001. - V. 98.-№.5.-P. 2158-2163.

178. Slobodkin A.I. Dissimilatory reduction of Fe(III) by thermophilic bacteria and archea in deep subsurface petroleum reservoirs of Western Siberia / A.I. Slobodkin, Ch. Jeanthon, S. L'Haridon // Curr. Microbiol. 1999. - V. 39. -P. 99-102.

179. Smith G.A. Fatty acid composition and microbial activity of benthic marine sediment from McMurdo Sound, Antarctica / G.A. Smith, P.D. Nichols, D.C. White // FEMS Microbiol. Ecol. 1986. -V. 38. - P. 219-231.

180. Smoot J.C. Spatial and seasonal variation in a reservoir sedimentary microbial community as determined by phospholipids analysis / J.C. Smoot, R.H. Findley // Microb. Ecol. 2001. - V. 42. - P. 350-358.

181. Stevens T.O. Lithoautotrophic microbial ecosystems in deep basalt aquifers the subsurface / T.O. Stevens, J.P. McKinley // Science. 1995. - V. 270. - P. 450-454.

182. Stevens T.O. Lithoautotrophy in the subsurface / T.O. Stevens // FEMS Microbial. Rev. 1997. - V. 20. - P. 327-337.

183. Sublette K. Monitoring subsurface microbial ecology in a sulfate-amended, gasoline-contaminated aquifer / K. Sublette, A. Peacock, D.C. White et al. // Ground Water Monitoring & Remediation. 2006. - V. 26. - №2. - P. 7078.

184. Sutton S.D. Sedimentary microbial community dynamics in a regulated stream: East Fork of the Little Miami River, Ohio / S.D. Sutton, R.H. Findlay // Environ. Microbiol. 2003. - V.5. - №4. - P. 256-266.

185. Tseng H.-Y. A tectogenetic origin for the deep subsurface microorganisms of Taylorsville Basin: thermal and fluid flow model constraints / H.-Y. Tseng, T.C. Onstott // FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V. 20. - P. 391-397.

186. Van Hamme J.D. Recent advances in petroleum microbiology / J.D. Van Hamme, A. Singh, O.P. Ward // Microbiol. Mol. Biol .Rev. 2003. - V. 67. -№4.-P. 503-549.

187. Van Schie P.M. Adhesion of biodegradative anaerobic bacteria to solid surfaces / P.M. Van Schie, M. Fletcher // Appl. Environ. Microbiol. 1999. - V. 65.-№ 11. -P. 5082-5088.

188. Vettori C. Amplification of bacterial DNA bound on clay minerals by the random am-plifed polymorphic DNA (RAPD) technique / C. Vettori, D. Piqffetti, G. Pietramellara et al. // FEMS Microbiol. Ecol. 1996. - V. 20. - P. 251-260.

189. Vreeland R.H. The question of uniqueness of antient bacteria / R.H. Vreeland, W.D. Rosenzweig // J. Industr. Microbiol. Biotechnol. 2002. - V. 28. -P. 32-41.

190. Wellsbury P. Geomicrobiology of deep, low organic carbon sediments in the Woodlark Basin, Pacific Ocean / P. Wellsbury, I. Mather, R.J. Parkes // FEMS Microbiol. Ecol.-2002. -V. 42. -№1. P. 59-70.

191. Wenzel M. Aerobic and facultatively anaerobic cellulolytic bacteria from the gut of the termite Zootermopsis angusticollis / M. Wenzel, I. Schonig, M. Berchtold // J. Appl. Microbiol. 2002. - V. 92. - № 1. - P. 32-40.

192. White D.C. Determination of sedimentary microbial biomass by extractible lipid phosphate / D.C. White, J.D. Davis, J.S. Nickels et al.// Oecologia. 1972. - V. 40.-P. 51-62.

193. White D.C. Validation of quantitative analysis for microbial biomass, community structure, and metabolic activity / D.C. White // Adv. Limnol. 1988. -V.31.-P. 1-18.

194. White D.C. Chemical ecology: possible linkage between macro- and microbial ecology / D.C. White // Oikos. 1995. - V. 74. - P. 174-181.

195. Whitman W.B. Prokaryotes: the unseen majority / W.B. Whitman, D.C. Coleman, W.J. Wiebe // Appl. Environ. Microb. 1998. - V. 95. - P. 6578-6583.

196. Wilde E. Oxygen tolerance of strictly aerobic hydrogen-oxidizing bacteria / E. Wilde, H.G. Schlegel // Antonie Van Leeuwenhoek. 1982. - V. 48. -№2.-P. 131-143.

197. Wilkinson B.J. Phospholipid composition and metabolism of Micrococcus denitrificans / B.J. Wilkinson, M.R. Morman, D.C. White // J. Bacteriol. 1972. - V.l 12. -№3. - P. 1288-1294.

198. Wong T.Y. Enrichment for hydrogen-oxidizing Acinetobacter spp. In the rhizosphere of hydrogen-evolving soybean root nodules / T.Y. Wong, L. Graham, E. O'hara, R.J. Maier // Appl. Environ. Microb. 1986. - V. 52. - №5. -P. 1008-1013.

199. Yazava K. Eicosapeptoenoic acid productivity of the bacteria isolated from fish intestines / K. Yazava, K. Araki, K. Watanabe et al. // Nippon Suisan Gakkaishi. 1988. - V. 54. - P. 1835-1838.

200. Ye Y.F. Characterization of a strain Sphingobacterium sp. and its degradation to herbicide mefenaset / Y.F. Ye, H. Min, Y.F. Du // J. Environ. Sci. (China). 2004. - V. 16. - №2. - P. 343-347.228. http://www.dsmz.de/media/med 830.htm

Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.