Молекулярная филогения дрожжей рода Lachancea тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Серпова, Елена Владимировна

  • Серпова, Елена Владимировна
  • кандидат биологических науккандидат биологических наук
  • 2009, Москва
  • Специальность ВАК РФ03.00.15
  • Количество страниц 142
Серпова, Елена Владимировна. Молекулярная филогения дрожжей рода Lachancea: дис. кандидат биологических наук: 03.00.15 - Генетика. Москва. 2009. 142 с.

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Серпова, Елена Владимировна

Введение

Обзор литературы

ГЛАВА 1. Основные концепции вида у дрожжей

1.1. Фенотипическая концепция вида

1.2. Биологическая концепция вида 11 1.3 .Филогенетическая концепция вида

1.3.1. Молярный % гуанина и цитозина и ДНК-ДНК реассоциация

1.3.2. Филогенетический анализ различных участков рДНК

1.3.2.1. Определение нуклеотидной последовательности молекул ДНК

1.3.2.2. Полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (ПДРФ-анализ)

1.4. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК

1.5. ПЦР с неспецифичными праймерами

ГЛАВА 2. Современная систематика аскомицетовых дрожжей

2.1. Филогенетические схемы, построенные на основании нуклеотидных последовательностей домена D1/D2 гена 26S рРНК

2.2. Клада "Saccharomyces"

2.2.1. Род Saccharomyces

2.2.2. Род Lachancea Kurtzman gen. nov.

2.3. Сравнительный анализ полноразмерных геномов аскомицетовых дрожжей

ГЛАВА 3. а-Галактозидазные гены ферментации мелибиозы

3.1. Семейства полимерных генов ферментации Сахаров

3.2. Общая характеристика а-галактозидаз

3.3. Аскомицетовые дрожжи, способные ферментировать мелибиозу

3.4. а-Галактозидазные гены дрожжей рода Saccharomyces

3.4.1. 5". cerevisiae

3.4.2. S. ba.ya.nus, S. mikatae, S. paradoxus и S. pastorianus A

3.5. а-Галактозидазные гены других родов дрожжей 48 Экспериментальная часть

ГЛАВА 4. Материалы и методы исследования

4.1. Объекты исследования

4.2. Микробиологические методы

4.3. ПЦР-анализ

4.3.1. Амплификация рибосомальных последовательностей

4.3.2. Амплификация а-галактозидазных генов

4.4. Анализ полиморфизма длин рестриктазных фрагментов (ПДРФ)

4.5. Пульс-электрофорез хромосомных ДНК и Саузерн-гибридизация хромосом дрожжей

4.5.1. Выделение интактной хромосомной ДНК

4.5.2. Пульс-электрофорез нативных хромосомных ДНК 59 4.5.3 Саузерн-гибиридизация

4.6. Методы генной инженерии

4.7. Филогенетический анализ

ГЛАВА 5. Сравнительный анализ геномов дрожжей рода Lachancea 63 5.1 Определение видовой принадлежности изученных штаммов

5.1.1. Рестриктазный анализ некодирующих участков рДНК

5.1.2 Секвенирование домена D1/D

5.2. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей

5.8 S-ITS-y частка

5.2.1. L. thermotolerans и Lachancea sp.

5.2.2. L. kluyveri

5.2.3. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей

5.8S-ITS участка 8 видов Lachancea

5.3. Молекулярные кариотипы дрожжей Lachancea

5.3.1. L. thermotolerans и Lachancea sp.

5.3.2 L. kluyveri

5.3.3. L. cidri, L. fermentati и L. meyersii

5.3.4. Видовые особенности молекулярных кариотипов дрожжей Lachancea

5.4. Обсуждение

ГЛАВА 6. а-Галактозидазные гены дрожжей Lachancea 82 6.1. L. kluyveri

6.2. L. cidri

6.3. L. fermentati

6.4. Lachancea sp.

6.5. L. thermotholerans

6.6. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей а-галакгозидаз дрожжей рода Lachancea

6.7. Обсуждение

ГЛАВА 7. Сравнительный анализ а-галактозидаз клады "Saccharomyces"

7.1. Определение видовой принадлежности штаммов Ме1+

7.2. Гены MEL дрожжей S. cerevisiae, S. paradoxus. S. bayanus и S. mikatae

7.2.1. 5". cerevisiae

7.2.2. S. paradoxus

7.2.3. S. bayanus 103 1.2 A. S. mikatae

7.3. Сравнительный анализ последовательностей а-галактозидаз и домена D1/D2 26S рРНК дрожжей клады "Saccharomyces"

7.4. Обсуждение 114 Заключение 115 Выводы 118 Список литературы

Рекомендованный список диссертаций по специальности «Генетика», 03.00.15 шифр ВАК

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярная филогения дрожжей рода Lachancea»

Дрожжи широко распространены во многих экосистемах, играя важную роль в различных пищевых связях. Таксономически наиболее изучен дрожжевой род Saccharomyces (Naumov et al, 2000; Kurtzman, 2003; Wang et Bai, 2008). Семь биологических видов этого рода (S. cerevisiae, S. arboricolus, S. bayanus, S. cariocanus, S. paradoxus, S. kudriavzevii, S. mikatae), являются хорошей моделью для изучения фундаментальных биологических проблем, включая генетические и молекулярные механизмы видообразования. Дрожжи S. cerevisiae стали первым эукариотическим организмом, у которого была определена нуклеотидная последовательность генома (Goffeau et al., 1996). В геноме этих дрожжей обнаружено 55 дуплицированных блоков, включающих в себя несколько сотен пар гомологичных генов (Wolfe, Shields, 2007). Одинаковый порядок и ориентация паралогичных генов в дуплицированных блоках послужили доказательством того, что геном дрожжей S. cerevisiae сформировался в результате дупликации и последующих массовых хромосомных перестроек и делеционных потерь отдельных генов. За последнее десятилетие проведено секвенирование полноразмерных геномов еще более 20 видов аскомицетовых дрожжей. Сравнительный анализ геномных последовательностей ряда видов дрожжей показал, что полная дупликация восьми предковых хромосом у дрожжей S. cerevisiae произошла после их расхождения с дрожжами Kluyveromyces waltii (Kellis et al., 2004). Гаплоидное число хромосом у дрожжей S. cerevisiae равно 16, а у К. waltii - 8.

Молекулярно-генетическое изучение одного из ближайших родственников дрожжей Saccharomyces - рода Kluyveromyces van der Walt emend, van der Walt показало, что этот род очень гетерогенен и содержит ряд дрожжей не находящихся в близком родстве между собой и с типовым видом рода - К. polysporus (Cai et al., 1996; Kurtzman, 2003; Kurtzman, Robnett, 2003; Naumov, Naumova, 2002). В то же время обнаружена небольшая группа видов из различных родов (Zygosaccharomyces cidri, Z. fermentati, К. thermotolerans, К. waltii, S. kluyveri), имеющих в той или иной степени близкие рибосомальные последовательности. На базе пяти указанных видов был образован новый род Lachancea, а в качестве типового вида выбран L. thermotolerans (Kurtzman, 2003). Недавно описаны еще два новых вида L. meyersii (Fell et al., 2004) и L. dasiensis (Lee et al., 2009). В отличие от Saccharomyces, род Lachancea изучен очень мало.

Помимо дупликации всего генома в ходе эволюции дрожжей S. cerevisiae происходили множественные дупликации отдельных хромосом, сегментов хромосом и отдельных генов. Чрезвычайно высокая концентрация повторов практически на всех уровнях молекулярно-генетической организации характерна для большинства эукариотических организмов, у которых дупликация является основным механизмом приобретения новых генов. В геноме дрожжей Saccharomyces гены, представленные большим числом копий, образуют мультигенные семейства. Гены рибосомалыюй РНК расположены на XII хромосоме по типу тандемных повторов, образуя последовательность ген-спейсер-ген-спейсер. Гаплоидный геном дрожжей S. cerevisiae содержит примерно 120-200 наборов генов рРНК (Maleszka, Clark-Walker, 1993). Упорядоченная структура рРНК и единообразие последовательностей в повторах сохраняются за счет так называемой "концертной" эволюции, при которой тандемные повторы эволюционируют как единое целое ("члены одного оркестра") (Nei, Rooney, 2005). При этом происходит гомогенизация тандемных повторов, так как возникающие мутации элиминируются или распространяются по другим повторам за счет неравного кроссинговера или генной конверсии. Изучение нуклеиновых кислот позволяет решать многие проблемы эволюции, филогении и систематики организмов (Белозерский, 1969; Антонов, 2005). С начала 90-х годов прошлого века стал широко применяться анализ последовательностей рибосомальной РНК для установления родства дрожжей, как на видовом, так и на более высоких таксономических уровнях. Это способствовало активному развитию филогенетической систематики дрожжей (Valente et al., 1999; Kurtzman, 2000; Suh et al., 2006). Семь биологических видов Saccharomyces практически неразличимы по последовательностям генов 18S и 26S рРНК (Naumov et al., 2000; Kurtzman, 2003; Wang, Bai, 2008), но четко дифференцируются по последовательностям некодирующих участков рДНК - внутренних транскрибируемых спейсеров ITS1/ITS2 и межгенного спейсера IGS2. ITS-район характеризуется значительной межвидовой дивергенцией и низким уровнем внутривидового полиморфизма; его длина постоянна у штаммов одного и того же вида, а последовательность может варьировать (James et al., 1998).

Другой тип организации имеют нетандемные или "диспергированные" повторы, рассеянные по геному. К числу таких мультигенных семейств относятся полимерные гены ферментации различных Сахаров дрожжей S. cerevisiae. Как правило, эти гены расположены в субтеломерных районах хромосом - наиболее динамичных участках дрожжевого генома (Kellis et al., 2003). Особый интерес представляют а-галактозидазные гены ферментации мелибиозы. а-Галактозидазы [К.Ф.3.2.1.22] - широко распространенные ферменты, которые присутствуют у мицелиальных грибов, растений и животных, но довольно редко встречаются у дрожжей. Среди дрожжей Saccharomyces и Lachancea известны как штаммы, способные сбраживать мелибиозу, так и штаммы негативные по этому признаку. Известно, что не сбраживающие мелибиозу штаммы S. cerevisiae даже не содержат молчащей последовательности MEL (Naumov et al., 1991; Turakainen et al, 1993). К этим штаммам относятся генетические линии, использованные в международном проекте по секвенированию генома дрожжей S. cerevisiae (Goffeau et al., 1996). a-Галактозидазные гены дрожжей Lachancea ранее практически не изучались.

Целью настоящей работы является изучение молекулярного полиморфизма, таксономии и эволюции дрожжей рода Lachancea на материале штаммов различного экологического и географического происхождения.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Похожие диссертационные работы по специальности «Генетика», 03.00.15 шифр ВАК

Заключение диссертации по теме «Генетика», Серпова, Елена Владимировна

выводы

1. Впервые проведен сравнительный анализ геномов дрожжей Lachancea. Кариотипический анализ показал, что все 8 видов рода Lachancea имеют одинаковое гаплоидное число хромосом равное 8.

2. Выявлен значительный внутривидовой и межвидовой полиморфизм кариотипов дрожжей рода Lachancea. Наибольший размах размеров хромосомных ДНК отмечен у штаммов L. cidri (от 400 до 2800 т.п.н.), а наименьший - у L. waltii (от 1400 до 2800 т.п.н.).

3. С помощью молекулярного кариотипирования и анализа последовательностей генов рРНК обнаружен новый вид Lachancea sp., близкородственный дрожжам L. thermotolerans.

4. Впервые изучены а-галактозидазные гены MEL у дрожжей рода Lachancea. Обнаружены полимерные гены MEL у L. fermentati, L. cidri и Lachancea sp.

5. Молекулярно-генетическим анализом у дрожжей S. paradoxus выявлены полимерные гены MELpl и MELp2, которые картированы, соответственно, в хромосомах X и VI.

6. Сравнительный филогенетический анализ а-галактозидаз клады "Saccharomyces" свидетельствует о родовой и видовой специфичности генов MEL аскомицетовых дрожжей.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенный нами молекулярный анализ указывает на близкое генетическое родство изученных штаммов Lachancea. На основании сравнительного анализа рибосомальных последовательностей и молекулярного кариотипирования обнаружен новый вид Lachancea sp., близкородственный дрожжам L. thermotolerans и обладающий способностью ферментировать мелибиозу.

На материале штаммов различного экологического и географического происхождения изучены видовые особенности геномов дрожжей Lachancea. Кариотипический анализ выявил значительный полиморфизм размеров хромосом у дрожжей Lachancea. Хромосомная ДНК большинства штаммов разделилась на восемь электрофоретических полос. Таким образом, все виды рода Lachancea, по-видимому, имеют одинаковое гаплоидное число хромосом равное 8. Это указывает на эволюционное родство дрожжей L. thermotolerans, L. cidri, L. fermentati, L. kluyveri, L. meyersii, L. waltii и Lachancea sp. Кариотипы всех указанных видов содержат хромосомную полосу размером около 2800 т.п.н. Однако, в отличие от дрожжей Saccharomyces, предельные размеры хромосом у разных видов Lachancea существенно отличаются. Это может свидетельствовать о различных размерах геномов изученных видов. Наибольший размах размеров хромосомных полос отмечен у штаммов L. cidri (от 400 до 2800 т.п.н.), а наименьший - у L. waltii (от 1400 до 2800 т.п.н.). Поскольку диапазон размеров хромосомных полос практически одинаков у штаммов одного вида, этот признак является видоспецифичным.

Помимо межвидовых различий кариотипических профилей, у ряда видов Lachancea мы обнаружили внутривидовой полиморфизм размеров хромосомных полос. Почти каждый из изученных штаммов L. thermotolerans, L. fermentati и L. cidri имеет уникальный паттерн. В то же время, независимо от кариотипического профиля, штаммы одного вида имеют практически идентичные ITS1 и ITS2 последовательности. Например, гомогенные по молекулярным кариотипам дрожжи L. kluyverii оказались наиболее полиморфными по ITS-последовательностям: до 3 нуклеотидных замен.

Изменчивость размеров индивидуальных хромосом у дрожжей Lachancea подтверждает большую динамичность дрожжевых хромосом, обнаруженную при сравнительном анализе полных геномов S. cerevisiae и других видов. Помимо дупликации всего генома, в ходе эволюции дрожжей S. cerevisiae происходили множественные дупликации отдельных хромосом, коротких сегментов хромосом и отдельных генов, а также массовая потеря около 90% дуплицированных генов, в основном, за счет небольших делеций (Wolfe, Shields, 1997; Langkjasr et al., 2000; Piskur, Langkjser, 2004). Крупные хромосомные перестройки (реципрокные транслокации), обнаруженные у дрожжей Saccharomyces, вызывают значительное снижение фертильности межвидовых гибридов и, вероятно, являются одной из причин репродуктивной изоляции и образования новых биологических видов (Naumov et al., 2000; Delneri, 2003). Известно, что реципрокные транслокации способны индуцировать образование мультивалентов во время мейоза и приводить при расхождении хромосом к частому формированию анеуплоидных гамет, снижающих фертильность гибридов. В процессе эволюции у дрожжей Lachancea, по-видимому, сохранилось предковое количество хромосом, равное 8. Обнаруженная нами вариабельность кариотипов может быть результатом различных хромосомных перестроек (дупликаций и делеций коротких сегментов хромосом или отдельных генов, реципрокных транслокаций и др.), происходивших в процессе эволюции дрожжей Lachancea.

Известно, что субтеломерные районы хромосом представляют собой наиболее пластичную часть генома, которая обеспечивает приспособляемость дрожжам к различным условиям среды. В субтеломерных районах хромосом дрожжей локализованы различные мультигенные семейства, такие как семейства генов, контролирующих ферментацию различных Сахаров: мальтозы, сахарозы, мелибиозы и др. (Mortimer et al., 1992). Особый интерес представляют а-галактозидазные гены ферментации мелибиозы, которые широко представлены у мицелиальных грибов, растений и животных, но довольно редко встречаются у аскомицетовых дрожжей. Сбраживающие мелибиозу штаммы обнаружены у четырех из 14 родов клады "Saccharomyces": Lachancea, Saccharomyces, Zygotorulospora и Torulospora. Из восьми видов рода Lachancea штаммы Ме1+ не известны только у L. meyersii и L. waltii. Среди дрожжей L. thermotolerans и L. fermentati нами обнаружены как штаммы, способные сбраживать мелибиозу, так и штаммы, негативные по этому признаку. Подобно дрожжам S. cerevisiae, не сбраживающие мелибиозу штаммы Lachancea не содержат даже молчащей последовательности MEL. Саузерн-гибридизация показала, что Ме1+штаммы S. bayanus, S. mikatae, S. paradoxus и L. kluyveri имеют только по одной копии гена MEL и не накапливают их как некоторые популяции S. cerevisiae. В то же время, обнаружены полимерные гены MEL у дрожжей L. cidri, Lachancea sp. и у некоторых штаммов L. fermentati. Молекулярно-генетическое изучение дрожжей Saccharomyces не европейского происхождения позволило впервые обнаружить у S. paradoxus полимерные гены MELpl и MELp2, имеющие 98.7% сходства и расположенные, соответственно. На хромосомах X и VI. Сравнительный анализ а-галактозидаз дрожжей Lachancea показал, что уровень их сходства внутри одного вида составляет 94-100%, а у разных видов 68-86%.

Сравнительный филогенетический анализ а-галактозидаз аскомицетовых дрожжей свидетельствует о видоспецифичности генов MEL дрожжей клады "Saccharomyces". В общем виде топологии филогенетических деревьев, построенных на основании аминокислотных последовательностей а-галактозидаз и нуклеотидных последовательностей домена D1/D2 26S рРНК совпадают. На обоих деревьях дрожжи клады "Saccharomyces" со 100%-ной достоверностью выделяются в отдельную группу от дрожжей не входящих в эту кладу. Это указывает на общее эволюционное происхождение а-галактозидазных генов дрожжей Lachancea, Saccharomyces, Zygotorulaspora и Torulaspora. В то же время филогения а-галактозидаз не во всем совпадает с филогенией рибосомальных генов. Наиболее существенным отличием двух типов филогений является положение на филогенетических деревьях дрожжей L. kluyveri, которые сформировали отдельный кластер на филогенетическом древе, построенном по данным сравнительного анализа аминокилотных последовательностей а-галактозидаз. Следует отметить, что дрожжи L. kluyveri достаточно сильно отличаются от остальных видов рода Lachancea по ряду молекулярных и физиологических признаков (Kurtzman, 2003) и могут относиться к отдельному роду, родственному дрожжам Lachancea.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Серпова, Елена Владимировна, 2009 год

1. Антонов А.С. Геносистематика: достижения, проблемы и перспективы // Усп. совр. биол. 1974. Т. 77. №2. С. 31^17.

2. Антонов А.С. Геносистематика: от Э. Чаргаффа и А.Н. Белозерского до наших дней // Молек. биология. 2005. Т. 39. №4. С. 581-589.

3. Бабьева И.П., Чернов И.Ю. Биология дрожжей / М.: Товарищество научных изданий КМК. 2004. 221 с.

4. Бачинская А.А. История развития и культуры нового дрожжевого грибка -Saccharomyces paradoxus //Микробиология. 1914. Т. 1. № 3/5. С. 231-247.

5. Белозерский А.Н. Нуклеиновые кислоты и их связь с эволюцией, филогенией и систематикой организмов. Второй Всесоюзный биохимический съезд / Изд-во ФАН СССР. 1969.

6. Булат С.А., Мироненко Н.В. Идентификация микромицетов на основе видоспецифичных ПЦР паттернов // Выделение, идентификация и хранение микромицетов и других микроорганизмов. Вильнюс. 1990. С. 25-27.

7. Домарадский И.В., Градова Н.Б. / чл.-кор. РАН И.Б. Ушаков. (Ред.). Очерки микологии для экологов. М.: Истоки. 2007. С. 86.

8. Журавлева Г.А., Инге-Вечтомов С.Г. Возникновение новых белков за счет дупликации генов что общего в эволюции зрительных цветочувствительных белков и факторов терминации трансляции // Молекулярная биология. 2009. Т. 43. №5. С. 759-771.

9. Захаров И.А., Кожин С.А., Кожина Т.Н., Федорова И.В. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов. Л.: Изд-во Наука. 1984. 144с.

10. Кудрявцев В.И. / Систематика дрожжей. М.: Изд-во АН СССР. 1954. 427 с.

11. Молекулярная клиническая диагностика. Методы, под ред. С. Херрингтона и Дж. Макги / М.: Изд-во "Мир". 1999. 558с.

12. Наумов Г.И. К вопросу о генетической изоляции дрожжей Saccharomyces И Вестн. Моск. ун-та. Биол., почв. 1969. № 4. С. 44.

13. Наумов Г.И. Генетические основы классификации дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Изучение скрещиваемости // Журнал общ. биол. 1979. Т 40. № 2. С. 282-288.

14. Наумов Г.И. Генетическая дифференциация и экология дрожжей Saccharomyces paradoxus Batschinskaia // ДАН СССР. 1986. Т. 291. № 3. С. 754-757.

15. Наумов Г.И. Дивергентная популяция дрожжей Saccharomyces paradoxus на Гавайях: вид in statu nascendi // ДАН. 1999. Т. 364. № 2. С. 281-283.

16. Наумов Г.И. Генетическая концепция рода у грибов // ДАН СССР. 1978. Т. 241. №4. С. 952-954.

17. Наумов Г.И. Генетические основы классификации дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Изучение скрещиваемости // Журнал общ. биол. 1979. Т 40. № 2. С. 282-288.

18. Наумов Г.И. Идентификация полимерных генов ферментации мелибиозы у дрожжей Saccharomyces cerevisiae II ДАН. 1989. Т. 304. №6. С. 1475-1477.

19. Наумов Г.И. Новая разновидность Saccharomyces bayanus var. uvarum comb, nov., установленная генетическим анализом // Микробиология. 2000. Т. 69. №3. С. 410-414.

20. Наумов Д.Г. Филогенетический анализ а-галактозидаз семейства GH27 // Молекулярная биология. 2004. Т. 38. №3. С. 463-476.

21. Наумов Г.И. Гибридологический анализ нового биологического вида Saccharomyces arboricolus Wang et Bai // ДАН. 2009. Т. 426. №3. С. 424-426.

22. Наумов Г.И., Юркевич В.В. Изменчивость биохимических признаков, используемых в таксономии дрожжей Saccharomyces II Успехи совр. биол. 1970. Т. 70. вып. 3(6). С. 315-125.

23. Наумов Г.И., Кондратьева В.И., Наумова Т.И., Гудкова Н.К. Генетические основы классификации дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Изучение выживаемости аскоспор гибридов // Журнал общ. биол. 1983. Т. 44. № 5. С. 648-660.

24. Наумов Г.И., Кондратьева В.И. Наумова Е.С. Методы гибридизации гомоталличных дрожжей диплонтов и гаплонтов // Биотехнология. 1986. № 6. С. 33-36.

25. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Дивергенция геномов культурных и диких дрожжей Saccharomyces sensu stricto: четыре вида-двойника // ДАН. 1987. Т. 294. №2. С. 476^79.

26. Наумов Г.И., Никоненко Т.А. Восточная Азия вероятная родина культурных дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Изв. СО АН СССР. 1988. №20. вып. З.С. 97-101.

27. Наумов Г.И., Наумова Е.С. Saccharomyces douglasii nom.nud. синоним S. paradoxus согласно гибридологическому анализу // ДАН СССР. 1990. Т. 311. № 4. С. 975-977.

28. Наумов Г.И., Наумова Е.С. Дикая популяция Saccharomyces cerevisiae обнаруженная в Сибири // Микробиология. 1991. Т. 60. С. 537-540.

29. Наумов Г.И., Наумов Д.Г., Луис Э.Д. Локализация семейства а-галактозидазных генов MEL в правых и левых теломерах дрожжей // ДАН. 1995. Т. 341. №1. С. 134-136.

30. Наумов Г.И., Наумов Д.Г. Генетическое картирование нового дивергентного семейства а-галактозидазных генов MEL у дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Биотехнология. 1997a. №1. С. 26-28.

31. Наумов Г.И., Наумов Д.Г. Суперсемейство а-галактозидазных генов MEL у дрожжей Saccharomyces cerevisiae // ДАН. 19976. Т. 353. №3. С. 426^429.

32. Наумов Г.И., Наумова Е.С., Коршунова И.В., Якобсен М. Сравнительная генетика дрожжей: Новый альфа-галактозидазный ген MEL15 II Генетика. 2002. Т.38. №10. С.1330-1336.

33. Наумов Г.И., Газдиев Д.О., Наумова Е.С. Обнаружение биологического вида Saccharomyces bayanus в Дальневосточной Азии // Микробиология. 2003. Т. 72. № 6. С. 834-839.

34. Наумова Е.С., Наумов Г.И., Майклз К.А., Бериташвили Д.Р. Идентификация хромосомных ДНК у дрожжей Saccharomyces bayanus и S. pastorianus II ДАН СССР. 1991. Т.361. №3. С.744-746.

35. Наумова Е.С, Наумов Г.И., Корхола М. Молекулярные кариотипы различных генетических линий дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Биотехнология. 1993. № 4. С. 2-5.

36. Наумова Е.С., Коршунова И.В., Наумов Г.И. Молекулярный анализ а-галактозидазных генов MEL дрожжей Saccharomyces cerevisiae II Молекулярная биология. 2003. Т. 37. №5. С. 825-833.

37. Наумова Е.С., Серпова Е.В., Наумов Г.И. Видообразование у дрожжей Lachancea thermotolerans: молекулярно-генетичеекие данные // ДАН. 2005. Т. 405. №5. С. 711-714.

38. Ратнер В.А. Молекулярная эволюция // Соросовский Образовательный Журнал. 1998. № 3. С. 41-48.

39. Рысков А.П., Мультилокусный ДНК фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия // Молекулярная биология. 1999. Т. 33. № 6. С. 997-1011.

40. Филиппов Г. С. Порча фруктовых консервов, вызванная дрожжевым грибком // Тр. Центр, н.-и. биохим. ин-та пищ. и вкус, пром-ти Наркомснаба. 1932. Т.П. с.26.

41. Adjiri A., Chanet R., Mezard С., Fabre F. Sequence comparison of the ARG4 chromosomal regions from the two related yeasts, Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces douglasii II Yeast. 1994. V. 10, P. 309-317.

42. Banno I. Studies on the sexuality of Rhodotorula II J. Gen. Appl. Microbiol. 1967. V. 13. P. 169-196.

43. Barnett J.A. The utilization of disaccharides and some other sugars by yeasts // Adv. Carbhydr. Chem. Biochem. 1981. V. 39, P. 347-404.

44. Barns S.M., Lane D.J., Sogin M.L., Bibeau C., Weisburg W.G. Evolutionary relationships among pathogenic Candida species and relatives // J. Bacteriol. 1991. V. 173. P. 2250-2255.

45. Belloch C., Querol A., Garcia M.D., Barrio E. Phylogeny of the genus Kluyveromyces inferred from the mitochondrial cytochrome-c oxidase II gene // Int. J. System. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 405-416.

46. Bishop D.F., Kornreich R., Desnick R.J. Structural organization of the human a-galactosidase A gene: further evidence for the absence of 3'-untranslated region // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 3903-3907.

47. Boekhout Т., Renting M., Scheffers W.A., Bosboom R. The use of karyotyping in the systematics of yeast // Ant. van Leeuwenhoek J Microbiol. 1993. V. 63. P. 157-163.

48. Bruns T.D., White T.J., Taylor J.W. Fungal molecular systematics // Annu. Rev. Ecol. Syst. 1991. V.22. P. 525-564.

49. Carle G.F., Olson M.V. Separation of chromosomal DNA molecules from yeast by orthogonal field alternation gel electrophoresis // Nucl. Acids Res. 1984. V. 12. P. 5647-5664.

50. Carle G.F., Olson M.V. An electrophoretic karyotype for yeast // Proc Natl Acad Sci USA. 1985. V. 82. P. 3756-3760.

51. Charron M.J., Read E., Haut S.R., Michels C.A. Molecular evolution of the telomere-associated MAL loci of Saccharomyces // Genetics. 1989. V. 122. P. 307-316.

52. Chen W. Restriction fragment length polymorphisms in enzymatically amplified ribosomal DNAs of three heterothallic Pythium species // Phytopathology. 1992. V. 82. P. 1467-1472.

53. Chen W., Hoy J.W., Schneider R.W. Species-specific polymorphysms in transcribed ribosomal DNAs of Pythium species // Exptl. Mycol. 1992. V. 16. P. 22-34.

54. Chow T.H.C., Sollitti P., Marmur J. Structure of the multigene family of MAL lociin Saccharomyces II Mol. Gen. Genet. 1989. V. 217. P. 60-69.

55. Daniel H.-M., Meyer W. Evaluation of ribosomal RNA and actin gene sequences for the identification of ascomycetous yeast // Int. J. Food Microbiol. 2003. V.86. P. 61-78.

56. Dey P.M., Pridham J.B. Biochemistry of a-galactosidases // In Meister A. (eds.): Advances in enzymology and related areas of molecular biology. Interscience publishers, a division of John Wiley & Sons, New York, London, Sydney, Toronto. 1972.

57. Dietrich F.S., Voegeli S., Brachat S., et al. The Ashbya gossypii genome as a tool for mapping the ancient Saccharomyces cerevisiae genome // Science. 2004. V. 304. P. 304-307.

58. Dlauchy D., Tornai-Lehoczki J., Peter G. Restriction enzyme analysis of PCR amplified rDNA as a taxonomic tool in yeast identification // Syst. Appl. Microbiol. 1999. V. 22. P. 445 -453.

59. Dujon В., Sherman D., Fischer G., et al. Genome evolution in yeasts // Nature. 2004. V. 430. P. 35-44.

60. Esteve-Zarzoso В., Belloch C., Uruburu F., Querol A. Identification of yeasts by RFLP analysis of the 5.8S rDNA gene and two ribosomal internal transcribed spacers // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 329-337.

61. Ezeronye O.U., Legras J.L. Genetic analysis of Saccharomyces cerevisiae strains isolated from palm wine in eastern Nigeria. Comparison with other African strains // J. Appl. Microbiol. 2009. V. 106. P. 1569-1678.

62. Felsenstein J. PHYLIP (Phylogenetic Inference Package), version 3,5c. / Department of Genetics, University of Washington, Seattle. 1993.

63. Fell J.W., Boekhout Т., Fonseca A., Scorzetti G., Statzell-Tallman A. Biodiversity and systematics of basidiomycetous yeasts as determined by large-subunit rDNA D1/D2 domain sequence analysis // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 1351-1371.

64. Fell J.W., Statzell-Tallman A., Kurtzman C.P. Lachancea meyersii sp. nov., an ascosporogenous yeast from mangrove region in the Bahamas Islands // Studies in Mycology. 2004. V. 50. P. 359-363.

65. Fernandez-Espinar H.T., Barrio E., Querol A. Analysis of the genetic variability in the species of the Saccharomyces sensu stricto complex // Yeasts. 2003. V. 20. P. 1213-1226.

66. Fischer G., James S.A., Roberts I.N., Oliver S.G., Louis E.S. Chromosomal evolution in Saccharomyces И Nature. 2000. V. 405. P. 451-454.

67. Fitzpatrick D.A., Logue M.E., Stajich J.E., Butler G. A fungal phytogeny based on 42complete genomes derived from supertree and combined gene analysis // BMC Evol. Biol. 2006. V. 6. P. 99.

68. Foury F., Roganti Т., Lecrenier N., Purnelle B. The complete sequence of the mitochondrial genome of Saccharomyces cerevisiae II FEBS Lett. 1998. V. 440.1. P. 325-331.

69. Fujimoto Z., Kaneko S., Momma M., Kobayashi H., Mizuno H. Crystal structure of rice a-galactosidase complexed with D-galactose // J. Biol. Chem. 2003. V. 272. No. 22. P. 20313-20318.

70. Galagan J.E., Henn M.R., Ma L.J., Cuomo C.A., Birren B. Genomics of the fungal kingdom: insights into eukaryotic biology // Genome Res. 2005. 15. P. 16201631.

71. Garman S.C., Hannick L., Zhu A., Garboczi D.N. The 1.9 A structure of a-N-acetylgalactosaminidase: molecular basis of glycosidase deficiency diseases // Structure. 2002. V. 10. P. 425-434.

72. Garman S.C., Garboczi D.N. The molecular defect leading to Fabry disease: structure of human a-galactosidase //J. Mol. Biol. 2004. V. 337. P. 319-335.

73. Gojkovic Z, Paracchini S, Piskur J. A new model organism for studying the catabolism of pyrimidines and purines // Purine and Pyrimidine Metabolism in Man IX, edited by Griesmacher at al. Plenum Press, New York. 1998. V. 94. P. 475-479.

74. Gouliamova D.E., Hennebert G.L. Phylogenetic relationships in the Saccharomyces cerevisiae complex of species // Mycotaxon. 1998. V. LXVI. P. 337-353.

75. Guilliermond A. Monographie des levures rapportees d'Afrique Occidentale par la mission Chevalier // Ann. Sci. Nat. 9 Ser. Bot. 1914. V. 19. P. 1-32.

76. Hansen E.C. Undersogelser over alkoholgjaersvampenes fysiologi og morfologi. II. Om askosporedannelsen hos slaegten Saccharomyces II Medd. Carlsberg Lab. 1883. V. 2. P. 29-86.

77. Hansen E.C. Recherches sur la physiologie et la morphologie des ferments alcooliques // C.R. Trav. Lab. Carlsberg. 1888. V. 2. P. 143-167.

78. Hansen E.C. Recherches sur la physiologie et la morphologie des ferments alcooliques. XIII. Nouvelles etudes sur des levures de brasserie a fermentation basse// Compte. Rend. Trav. Lab. Carlsberg. 1908. 7: 179-217.

79. Heckman D.S., Geiser D.M., Eidell B.R., et al. Molecular evidence for the early colonization of land by fungi and plants // Science. 2001. V. 293. P. 1129-1133.

80. Henrissat B. A classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities //Biochem. J. 1991. V. 208. P. 309-316.

81. Henrissat B, Bairoch A. Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases //Biochem. J. 1996. V. 316. 695-696.

82. Herbert С.J., Maeadre С., Beean A-M., Lazowska J., Slonimski P.P. The MRS1 gene of S. douglasii: co-evolution of mitochondrial introns and specific splicing proteins encoded by nuclear genes // Gene Expr. 1992. V. 2. P. 203-214.

83. Hohmann S., Zimmermann F.K. Cloning and expression on a multicopy vector of five invertase genes of Saccharomyces cerevisiae И Curr. Genet. 1986. V. 11. P. 217-225.

84. Hohmann S., Gozalbo D. Comparison of the nucleotide sequences of a yeast gene family. I. Distribution and spectrum of spontaneous base substitutions // Mutation Res. 1989. V. 215. P. 79-87.

85. Huang C.H., Lee F.L., Tai C.J. The p-tubulin gene as a molecular phylogenetic marker for classification and discrimination of the Saccharomyces sensu stricto complex // Ant. Van Leeuwenhoek. 2009. V. 95. P. 135-142.

86. Huffman J.L., Molina F.I., Jong S.-C. Authentication of ATCC strains in the Saccharomyces cerevisiae complex by PCR fingerprinting // Experimental Mycology. 1992. V. 16. P. 316-319.

87. James S.A., Collins M.D., Roberts I.N. Use of an rRNA internal transcribed spacer region to distinguish phylogenetically closely related species of the genera Zygosaccharomyces and Torulaspora 11 Int. J. Syst. Bacteriol. 1996. V. 46. №1. P. 189-194.

88. James S.A., Roberts I.N., Collins M.D. Phylogenetic heterogeneity of the genus Williopsis as revealed by 18S rRNA gene sequences // Int J Syst Bacteriol. 1998. V. 48 P. 591-596.

89. James T.Y., Kauff F., Schoch C.L., et al. Reconstructing the early evolution of fungi using a six-gene phylogeny // Nature. 2006. V. 443. P. 818-822.

90. Josepa S., Guillamon J.M., Cano J. PCR differentiation of Saccharomyces cerevisiae from Saccharomyces bayanus / Saccharomyces pastorianus using specific primers // FEMS Microbiol. Lett. 2000. V. 193. P. 255-259.

91. Kaback D.V., Davidson N. Organization of the ribosomal DNA gene cluster in the yeast Saccharomyces cerevisiae И J. Mol. Biol. 1980. V.138. P.745-754.

92. Kellis M, Patterson N, Endrizzi M, Birren B, Lander ES. Sequencing and comparison of yeast species to identify genes and regulatory elements // Nature. 2003. V.15.P. 241-254.

93. Kellis M., Birren B.W., Lander E.S. Proof and evolutionary analysis of ancient genome duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae II Nature. 2004. V. 428. P. 617-624.

94. Kodama K. Ascosporogenous yeasts isolated from tree exudates in Japan // Ann. Microbiol, ed Enzymol. 1974. V. 24. № 2. P. 215-231.

95. Kreger-van Rij N.J.W. (eds.) The Yeasts, a Taxonomic Study / 3rd revised and enlarged edition. Amsterdam: Elsevier. 1984. 1082 p.

96. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment // Briefings in bioinformatics. 2004. V. 5. N. 2. P. 150-163.

97. Kurtzman C.P. Molecular taxonomy of the fungi // In Bennett J.W. & Lasure L.L. (eds.): Gene manipulations in fungi. Academic Press. New York. 1985. P. 35-56.

98. Kurtzman C.P. Prediction of biological relatedness among yeasts from comparison of nuclear DNA complementarity. Stud Mycol. 1987. V. 30. P. 459^168.

99. Kurtzman C.P. DNA relatedness avong species of the genus Zigosaccharomyces II Yeast. 1990. V.6. P. 213-219.

100. Kurtzman C.P. DNA-DNA hybridization approaches to species identification in small genome organisms // In Zimmer E. A., White T. J., Cann R. L.,Wilson A.C. (eds.): Methods in enzymology. Academic, New York. 1993. V 224. P. 335-348.

101. Kurtzman C.P. Molecular taxonomy of yeast // Yeast. 1994. V. 10. P. 1727-1740.

102. Kurtzman C.P. Systematics and taxonomy of yeasts // In Ernst J.F., Schmidt A. (eds.): Dimorphism in human pathogenic and apathogenic yeasts. Contrib. Microbiol. Basel. Karger. 2000. V. 5. P. 1-14.

103. Kurtzman C.P. New species and a new combination in the Hyphopichia and Yarrowia yeast clades // Ant. Van Leeuwenhoek. 2005 V. 88. P. 121-130.

104. Kurtzman C.P. New species and new combinations in the yeast genera Kregervanrija gen. nov., Saturnispora and Candida //.FEMS Yeast Res. 2006. V. 6. P. 288-297.

105. Kurtzman C.P., Phaff H.J., Meyer S.A. Nucleic acid relatedness among yeasts // In Smith A.R.W., Spencer J.F.T., Spencer D.M. (eds.): Yeast genetics. Fundamental and applied aspects. Springer, Berlin Heidelberg New York. 1983. P. 139-166.

106. Kurtzman C.P., Phaff H.J. Molecular taxonomy // In Rose A.H., Harrison J.S. (eds.): The yeasts. 2nd edn. Academic, London. 1987. V 1. P 63-94.

107. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Molecular relationships among hyphal ascomycetous yeasts and yeastlike taxa// Can.J. Bot. 1995. V. 73. Suppl. 1. P. S824-S830.

108. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Identification of clinically important ascomycetous yeasts based on nucleotide divergence in the 5' end of the large subunit (26S) ribosomal DNA gene // J. Clin. Microbiol. 1997. V. 35. P. 1216-1223.

109. Kurtzman C.P., Blanz P.A. Ribosomal RNA/DNA sequence comparisons for assessing phylogenetic realtionships // In Kurtzman C.P., Fell J.W. (eds.): The Yeasts, a Taxonomic Study 4th revised and enlarged edition. Elsevier. Amsterdam 1998. P. 69-74.

110. Kurtzman C.P., Fell J.M. The Yeasts a Taxonomic Study / Amsterdam: Elsevier Science Publ. 1998. 1055p.

111. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Identification and phylogeny of ascomycetous yeasts from analysis of nuclear large subunit (25S) ribosomal DNA partial sequences // Ant. van Leeuwenhoek. 1998. V. 73. P. 331-371.

112. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Phylogenetic relationships among yeasts of the "Saccharomyces complex" determined from multigene sequence analyses // FEMS Yeast Res. 2003. V. 3. P. 417-432.

113. Kurtzman C.P., Albertyn J., Basehoar-Powers E. Multigene phylogenetic analysis of the Lipomycetaceae and the proposed transfer of Zygozyma species to Lipomyces and Babjeviaanomala to Dipodascopsis // FEMS Yeast Res. 2007a. V. 7. P. 1027-1034

114. Kurtzman C.P., Robnett C.J. Multigene phylogenetic analysis of the Trichomonascus, Wickerhamiella and Zygoascus yeast clades, and the proposal of Sugiyamaella gen. no v. and 14 new species combinations // FEMS Yeast Research. 2007b. V. 7. P. 141-151.

115. Lachance M.-A. Kluyveromyces van der Walt emend, van der Walt. / In: The Yeasts, a Taxonomic Study. Eds. C. P. Kurtzman, J. W. Fell. Amsterdam: Elsevier, 1998. P. 227-247.

116. Lachance M.A., Starmer W.T., Bowles J.M., Phaff H.J., Rosa C.A. Ribosomal DNA, species structure, and biogeography of the cactophilic yeast Clavispora opuntiae II Can. J. Microbiol. 2000. V 46. P. 195-200.

117. Lee C.-F., Yao C.-H., Liu Y.-R, Hsieh C.-W., Young S.-S. Lachancea dasiensis sp. nov., and ascosporogenous yeast isolated from soil and leaves in Taiwan // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009. V. 59. P. 1818-1822.

118. Legakis P.A. A contribution to the study of the yeast flora of apples and apple wine.Thesis. University of Athens, in Greek. 1961.

119. Lieckfeldt E., Meyer W., Borner T. Rapid identification and differentiation of yeasts by DNA and PCR fingerprinting // J. Basic Microbiol. 1993. V. 33. № 6. P. 413—426.

120. Liljestr6m P.L. The nucleotide sequence of the yeast MEL1 Gene // Nucl. Acids Res. 1985. V. 13. P. 7257-7268.

121. Liljestrom P.L., Liljestrom P. Nucleotide sequence of the melA gene, coding for a-galactosidase in Escherichia coli K-12 // Nucl. Acids Res. 1987. V. 15. P. 22132220.

122. Liu Z., Kurtzman C.P. Phylogenetic relationships among species of Williopsis and Saturnospora gen. nov. as determined from partial rRNA sequences // Ant. van Leeuwenhoek. 1991. V.60. P. 21-30.

123. Lodder J. (ed.) The Yeasts, a Taxonomic Study / 2nd revised and enlarged edition. North-Holland Publ. Company. Delft. The Netherlands. 1970.

124. Lodder J., Kreger-van Rij N.J.W. The Yeast, a Taxonomic Study / North-Holland publishing company, Amsterdam. 1952.

125. Louis E.J., Borts R.H. A complete set of marked telomeres in Saccharomyces cerevisiae for physical mapping and cloning // Genetics. 1995. V. 139. P. 125— 136.

126. Magge B.B., D'Souza T.M., Magge P.T. Strain and species identification by restriction fragment length polymorphisms in the ribosomal DNA repeat of Candida species // J. Bacteriol. 1987. V. 169. №4. P. 1639-1643.

127. Maleszka R, Clark-Walker G.D. Yeasts have four-fold variation in ribosomal DNA composition // Yeast. 1993. V.9. P.53-58.

128. Margolles-Clark E., Tenkanen M., Luonteri E., Penttila M. Three a-galactosidase genes of Trichoderma reesei cloned by expression in yeast // Eur. J. Biochem. 1996. V. 240. P. 104-111.

129. Mayr E. Systematics and the origin of species / New York: Columbia University Press. 1942.

130. Meyen J., Jahresbericht iiber die Resultate der Arbeiten im Felde der physiologischen Botanik von der Jahre // Arch. Naturgesch. zweiter Band. 1838. V.4.P. 1-186.

131. Mikata K. Descriptive catalogue of IFO yeast collection IV // IFO Res. Commun. 1983. V. 11. P. 77-80.

132. Miranda I., Silva R., Santos M.A. Evolution of the genetic code in yeasts // Yeast. 2006. 23. P. 203-213.

133. Molina F.I., Jong Sh.-Ch., Huffman J.L. PCR amplification of the 3'-external transcribed and itergenic spacers of the ribosomal DNA repeat unit in three species of Saccharomyces ИFEMS Microbiol. Lett. 1993. V. 108. P. 259-264.

134. Molnar O., Messner R., Prillinger H., Stahl U., Slavikova E. Genotypic identification of Saccharomyces species using random amplified polymorphic DNA analysis // System. Appl. Microbiol. 1995. V. 18. P. 136-145.

135. Montrocher R., Verner M.-C., Briolay J., Gautier C., Marmeisse R. Phylogenetic analysis of Saccharomyces cerevisiae group based on polymorphisms of rDNA spacer sequences // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 295-303.

136. Mortimer R.K., Contopoulou C.R., King J.S. Genetic and physical maps of Saccharomyces cerevisiae, edition 11 // Yeast. 1992. V. 8. P. 817-902.

137. Mullis K.B., Falcona F.A. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase -catalyzed chain reaction // Methods Enzymol. 1987. V. 155. P. 335-350.

138. Musters W., Boon K., van der Sande C.A., Harm van Heerikhuizen and Planta R.J. Functional analysis of transcribed spacers of yeast ribosomal DNA // The EMBO J. 1990. V. 9. №9. P. 3989-3996.

139. Nau J J., Summers K.R., Galbraith A.M., Bullard S.A., Malone R.E. Isolation of early meiotic recombination genes analogous to S. cerevisiae REC104 from the yeasts S. paradoxus and S. pastorianus II Curr. Genet. 1997. V. 31. P. 7-14.

140. Naumoff D.G. Development of a hierarchical classification of the tim-barrel type glycoside hydrolases // Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2006. V. 1. 294-298.

141. Naumov G.I. Genetic basis for classification and identification of the ascomycetous yeasts // Studies in Mycology. 1987. V. 30. P. 469^4-75.

142. Naumov G.I. Genetic identification of biological species in the Saccharomyces sensu stricto complex // J. Indust. Microbiol. 1996. V. 17. P. 295-302.

143. Naumov G., Turakainen H., Naumova E., Aho S., Korhola M. A new family of polymorphic genes in Saccharomyces cerevisiae: a-galactosidase genes MEL\-MEL1II Mol. Gen. Genet. 1990. V. 224. P. 119-128.

144. Naumov G., Naumova E., Turakainen H., Suominen P., Korhola M. Polymeric genes MEL8, MEL9 and MEL 10 new members of a-galactosidase gene family in Saccharomyces cerevisiae II Curr. Genet. 1991. V. 20. P. 269-276.

145. Naumov G., Naumova E., Korhola M. Genetic identification of natural Saccharomyces sensu stricto yeasts from Finland, Holland and Slovakia // Antonie van Leeuwenhoek. 1992a. V. 61. P. 237-243.

146. Naumov G.I., Naumova E.S., Lantto R.A., Louis E.J., Korhola M. Genetic homology between Saccharomyces cerevisiae and its sibling species S. paradoxus and S. bayanus electrophoretic karyotypes // Yeast. 1992b. V. 8. P. 599-612.

147. Naumov G.I., Naumova E.S., Gaillardin C., Turakainen H., Korhola M. Identification of new chromosomes of Saccharomyces bayanus using gene probes from S. cerevisiae H Hereditas. 1994. V. 120. P. 121-126.

148. Naumov G.I., Naumova E.S., Korhola M. Karyotypic relationships among species of Saccharomyces sensu lato: S. castellii, S. dairenensis, S. unisporus and S. servazzii// Syst. Appl. Microbiol. 1995a. V. 18. P. 103-108.

149. Naumov G.I., Naumova E.S., Hagler A.N., Mendonca-Hagler L.C., Louis E.J. A new genetically isolated population of the Saccharomyces sensu stricto complex from Brazil // Antonie van Leeuwenhoek. 1995b. V. 67. P. 351-355.

150. Naumov G.I., Naumova E.S., Louis E.J. Two new genetically isolated populations of the Saccharomyces sensu stricto complex from Japan // J. Gen. Appl. Microbiol. 1995c. V. 41. P. 499-505.

151. Naumov G.I., Naumova E.S., Louis E.J. Genetic mapping of the a-galactosidase MEL gene family on right and left telomeres of Saccharomyces cerevisiae II Yeast. 1995d. V. 11. P. 481-483.

152. Naumov G.I., Naumova E.S., Sancho ' E.D. Genetic reidentification of Saccharomyces strains associated with black knot disease of trees in Ontario and Drosophila species in California // Can. J. Microbiol. 1996a. V. 42. P. 335-339.

153. Naumov G.I., Naumova E.S., Turakainen H., Korhola M.P. Identification of the a-galactosidase MEL genes in some populations of Saccharomyces cerevisiae: a new gene MELl 1 // Genet. Res. Camb. 1996b. V. 67. P. 101-108.

154. Naumov G.I., Naumova E.S., Sniegowski P.D. Differentiation of European and Far East Asian populations of Saccharomyces paradoxus by allozyme analysis // Int. J. Syst. Bacteriol. 1997. V. 47. № 2. P. 341-344.

155. Naumov G.I., Naumova E.S., Sniegowski P.D. Saccharomyces paradoxus and Saccharomyces cerevisiae are associated with exudates of North American oaks // Can. J. Microbiol. 1998. V. 44. P. 1045-1050.

156. Naumov G.I., Masneuf I., Naumova E.S., Aigle M., Dubourdien D. Association of Saccharomyces bayanus var uvarum with some French wines: genetic analysis of yeast populations // Res. Microbiol. 2000b. V. 151. № 8. P. 683-691.

157. Naumov G.I., Nguyen H.-V., Naumova E.S:, Michel A., Aigle M., Gaillardin C. Genetic identification of Saccharomyces bayanus var. uvarum, a cider-fermenting yeast // Int. J. Food Microbiol. 2001. V. 65. P. 163-171.

158. Naumov G.I., Naumova E.S. Five new combinations in the yeast genus Zygofabospora Kudriavzev emend. G. Naumov (pro parte Kluyveromyces) based on genetic data // FEMS Yeast Research. 2002. V. 2. P. 39-46.

159. Naumova E.S., Turakainen H., Naumov G.I., Korhola M. Superfamily of a-galactosidase MEL genes of the Saccharomyces sensu stricto species complex // Mol. Gen. Genet. 1996. V. 253. P. 111-117.

160. Naumova E.S., Naumov G.I., Molina F.I. Genetic variation among European strains of Saccharomyces paradoxus: results from DNA fingerprinting // Syst. Appl. Microbiol. 2000. V. 23. P. 86-92.

161. Naumova E.S., Bulat S.A., Mironenko N.V., Naumov G.I. Differentiation of six sibling species in the Saccharomyces sensu stricto complex by multilocus enzyme electrophoresis and UP-PCR analysis // Ant. van Leeuwenhoek. 2003a. V. 83. P. 155-166.

162. Naumova E.S., Korshunova I.V., Jespersen L., Naumov G.I. Molecular genetic identification of Saccharomyces sensu stricto strains from African sorghum beer // FEMS Yeast Research. 2003b. V.3. №2. P. 177-184.

163. Naumova E.S., Naumov G.I., Masneuf-Pomarede I., Aigle M., Dubordieu D. Molecular genetic study of introgression between Saccharomyces bayanus and S. cerevisiae II Yeast. 2005. V. 22. № 14. P. 1099-1115.

164. Nei M., Rooney A. Concerted and birth-and-death evolution of multigene families // Annu. Rev. Genet. 2005. V. 39. P. 121-152.

165. Oda Y., Tonomura K. a-Galactosidase from the yeast Torulaspora delbrueckii IFO 1255 //J. Appl. Bacteriol. 1996. V. 80. P. 203-208.

166. Oda Y., Yabuki M., Tonomura K., Fukunaga M. A phylogenetic analysis of Saccharomyces species by the sequence of 18S 28S rRNA spacer regions // Yeast. 1997. V. 13. P. 1243-1250.

167. Oda Y., Fukunaga M. Isolation and characterization of MELt gene from Torulaspora delbrueckii IFO 1255 //Yeast. 1999. V. 15. P. 1797-1801.

168. Oda Y., Yabuki M., Tonomura K., Fukunaga M. Sequence analysis of 18S 28S rRNA spacer regions from Saccharomyces kunashirensis, Saccharomycesmartiniae, Saccharomyces rosinii and Saccharomyces transvaalensis // Curr. Microbiol. 1999. V. 38. P. 61-63.

169. Oda Y., Fujisawa T. Nucleotide sequence of a-galactosidase MEL gene from Zygosaccharomyces mrakii II Curr. Microbiol. 2000. V. 41. P. 220-222.

170. Oda Y., Fujisawa T. Intraspeciflc divergence of Saccharomyces kluyveri as revealed by the nucleotide sequences of 18S-28S rRNA spacer regions and a-galactosidase MEL genes // Biosci. Biotechnol. Biochem. 2001. V. 65. P. 164166.

171. Ohno S. Evolution by gene duplication. Springer-Verlag: Heidelberg, Germany, 1970.

172. Petersen R.F., Nilsson-Tillgren Т., Piskur J. Karyotypes of Saccharomyces sensu lato species 11 Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. V. 49. P. 1925-1931.

173. Peterson S.W., Kurtzman C.P. Ribosomal, RNA sequence divergence among sibling species of yeasts // Syst. Appl. Microbiol. 1991. V. 14. P. 124-129.

174. Phaff H.J. The species concept in yeast: physiologic, morphologic, genetic, and ecological parameters // In Stewart G.G., Russell I. (eds) Current development in yeast research. Pergamon press, Oxford. 1981. P. 635-643.

175. Phaff H.J. Trends in yeast research // Yeast (Spec Issue) 1989. V. 5. P. 341-349.

176. Phaff H.J., Starmer W.T., Tredick-Kline J. Pichia kluyveri sensu lato a proposal for two new varieties and a new anamorph // Stud Mycol. 1987. V. 30. P. 403414.

177. Price C.W., Fuson G.B., Phaff H.J. Genome comparison in yeast systematics: delimitation of species within the genera Schwanniomyces, Saccharomyces, Debaryomyces and Pichia 11 Microbiol. Rev. 1978. V. 24. P. 161-193.

178. Ragnini A., Grisanti P., Rinaldi Т., Frontali L., Palleschi C. Mitochondrial genome of Saccharomyces douglasii: genes coding for components of the protein synthetic apparatus // Curr. Genet. 1991. V. 19. P. 169-174.

179. Reddy M.S., Kramer C.L. A taxonomic revision of the Protomycetales // Mycotaxon. 1975. V. 3. P. 1-50.

180. Reess M., Botanische Untersuchungen iiber die Alkoholgarhungspilze / 1870. Felix, Leipzig.

181. Roberts С., Ganesan A.T., Haupt W. Genetics of melibiose fermentation in Saccharomyces italicus var. melibiosi II Heredity. 1959. V. 13. P. 499-517.

182. Rokas A., Williams B.L., King N., Carroll S.B. Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies // Nature. 2003. V. 425. P. 798804.

183. Sampaio J.P., Gonipalves P. Natural populations of Saccharomyces kudriavzevii in Portugal are associated with oak bark and are sympatric with S. cerevisiae and S. paradoxus // Appl Environ Microbiol. 2008. V. 74. P. 2144-2152.

184. Scannell D.R., Butler G., Wolfe K.H. Yeast genome evolution the origin of the species // Yeast. 2007. V. 24. P. 929-942.

185. Schacherer J., Shapiro J.A., Ruderfer D.M., Kruglyak L. Comprehensive polymorphism survey elucidates population structure of Saccharomyces cerevisiae II Nature. 2009. V. 458. P. 342 346.

186. Scheda R., Yarrow D. The instability of physiological properties used as criteria in the taxonomy of yeasts // Arch. Mikrobiol. 1966. V. 55. P. 209-225.

187. Scheda R., Yarrow D. Variation in the fermentation pattern of some Saccharomyces species // Arch. Mikrobiol. 1968. V. 61. P. 310-316.

188. Seehaus Т., Rodicio R., Heinisch J., Aquilera A., Schmitt H.D., Zimmermann F.K. Specific gene probes as tods in yeast taxonomy // Curr. Genet. 1985. V. 10. P. 103-110.

189. Seoighe C., Wolfe K.H. Extent of genomic rearrangement after genome duplication in yeast // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. Vol. 95, pp. 4447-4452.

190. Sidenberg G. S., Lachance M. A. Electrophoretic isoenzyme variation in Kluyveromyces population and revision of Kluyveromyces marxianus (Hansen) van der Walt // Intern. J. Syst. Bacteriol. 1986. V.36. №1. P. 91-102.

191. Souciet J.-L., Dujon B. Gaillardin C., Johnston M., Baret P.V., Cliften P., Sherman D.J., Weissenbach J., Westhof E., Wincker P., Jubin C., Poulain J., Barbe V., Sёgurens В., Artiguenave F., Anthouard V., Vacherie B, Val M.E.,

192. Spangenberg P., Andre C., Dion M., Rabiller C., Mattes R. Comparative study of new a-galactosidases in ransglycosylation reactions // Carbohydr. Res. 2000. T. 329. P. 65-73.

193. Spirek M., Yang J., Groth C., Petersen R.F., Langkjaer R.B., Naumova E.S., Sulo P., Naumov G.I., Piskur J. High-rate evolution of Saccharomyces sensu lato chromosomes // FEMS Yeast Res. 2003. V. 3. P. 363-373.

194. Stelling-Dekker N.M. Die Hefesammlung des "Centraalbureau voor Schimmelcultures", Beitrage zu einer Monographie der Hefearten I. Teil, die sporogenen Hefen // Verh. K. Ned. Akad. Wet. Afd. Natuurk., Sect. II. 1931. V. 28. P. 1-547.

195. Suh S.O., Blackwell M., Kurtzman C.P., Lachance M.A. Phylogenetics of Saccharomycetales, the ascomycete yeasts. Mycologia. 2006. V. 98. P. 10061017.

196. Sumner-Smith M., Rafalski J., Sugiyama Т., Stoll M., Soil D. Conservation and variability of wheat alpha/beta gliadin genes // Nucl. Acids Res. 1985. V. 13. P. 3905-3916.

197. Turakainen H., Korhola M., Aho S. Cloning, sequence and chromosomal location of a MEL gene from Saccharomyces carlsbergensis NCYC396 // Gene. 1991. V. 101. P. 97-104.

198. Turakainen H., Naumov G., Naumova E., Korhola M. Physical mapping of the MEL gene family in Saccharomyces cerevisiae II Curr. Genet. 1993a. V. 24. P. 461^464.

199. Turakainen H., Aho S., Korhola M. MEL gene polymorphism in the genus Saccharomyces 11 Appl. Environ. Microbiol. 1993b. V. 59. No. 8. P. 2622-2630.

200. Turakainen H., Kristo P., Korhola M. Consideration of the evolution of the Saccharomyces cerevisiae MEL gene family on the basis of the nucleotide sequences of the genes and their flanking regions // Yeast. 1994a V. 10. P. 15591568.

201. Turakainen H., Hankaanpaa M., Korhola M., Aho S. Characterization of MEL genes in the genus Zygosaccharomyces II Yeast. 1994b. V. 10. P. 733-745.

202. Vaughan Martini A. Saccharomyces paradoxus comb, nov., a newly separated species of the Saccharomyces sensu stricto complex based upon nDNA/nDNA homologies // System. Appl. Microbiol. 1989. V. 12. P. 179-182.

203. Vaughan-Martini A. Saccharomyces barnettii and Saccharomyces spencerorum: two new species of Saccharomyces sensu lato (van der Walt) // Antonie van Leeuvenhoek. 1995. V. 68. P. 111-118.

204. Vaughan-Martini A., Kurtzman C.P. Deoxyribonucleic acid relatedness among species of the genus Saccharomyces sensu stricto // Int J Syst Bacteriol. 1985. V. 35. P. 508-511.

205. Vaughan Martini A., Martini A. Three newly delimited species of Saccharomyces sensu stricto // Antonie van Leeuwenhoek. 1987. V. 53. P. 77-84.

206. Vaughan-Martini A., Martini A., Cardinali G. Electrophoretic karyotyping as a taxonomic tool in the genus Saccharomyces // Antonia van Leeuwenhoek. 1993. V. 62. P. 145-156.

207. Vilgalys R., Hester M. Rapid genetic identification and mapping of enzymatically amplified ribosomal DNA from several Cryptococcus species // J. Bacteriol. 1990. V. 172. №8. P. 4238^1246.

208. Vollrath D., Davis R.W., Connelly C., Hieter P. Physical mapping of large DNA by chromosome fragmentation // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 6027-6031.

209. Walker W.F. 5S ribosomal RNA sequences from ascomycetes and evolutionary implications // Syst. Appl. Microbiol. 1985. V. 6. P. 48-53.

210. Walker W.F., Doolittle W.F. Redividing the basidiomycetes on the basis of 5S rRNA sequences //Neture. 1982. V. 299. P. 723-724.

211. Wang S.-A., Bai F.-Y. Saccharomyces arboricolus sp. nov., a yeast species from tree bark // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008. V. 58. P. 510-514.

212. Weising K., Nybom H., Wolff K., Meyer W. DNA fingerprinting in plants and fungi // CRC Press. USA. 1995.

213. Wickerham L.J. Taxonomy of yeasts // US Department of Agriculture Technical bulletin, Washington. 1951. V. 1069. P. 1-56.

214. Wiley E.O. Phylogenetics. The theory and practice of phylogenetics sistematics. 1981. Wiley, New York.

215. Williams J.G.K., Kubelic A.R., Livak K.J., Rafaski J.A., Tingey S.V. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucl. Acid Res. 1990. V. 18. P. 6531-6535.

216. Williams D.W., Wilson M.J., Lewis M.A.O., Potts A.J.C. Identification of Candida species by PCR and restriction fragment length polymorphism analysis of intergenic spacer regions of ribosomal DNA // J. Clin. Microbiol. 1995. V. 33. №9. P. 24762479.

217. Winge O., Laustsen O. On 14 new yeast types, produced by hybridization // Compt. Rend. Trav. Lab. Carldberg. Ser. Physiol. 1939. V. 22. P. 337.

218. Wolfe K.H., Shields D.C. Molecular evidence for an ancient duplication of the entire yeast genome // Nature. 1997. V. 387. P. 708-713.

219. Wong S., Butler G., Wolfe K.H. Gene order evolution and paleopolyploidy in hemiascomycete yeasts // PNAS. 2002. V. 99. №14. P. 9272-9277.

220. Yarrow D. Four new combinations in yeast // Antonie van Leeuwenhoek. 1972. V. 38. №3. P. 357-360.

221. Yarrow D. Genus 22. Saccharomyces Meyen ex Reess // In Kreger-van Rij N.J.W. (eds.): The yeasts a taxonomic study. 3rd edn. Elsevier. Amsterdam. 1984a. P. 379-395.

222. Yarrow D. Zygosaccharomyces Barker // In Kreger-van Rij N.J.W. (eds.): The yeasts a taxonomic study. 3rd edn. Elsevier. Amsterdam. 1984b. P. 449-465.

223. Yarrow D. Methods for the isolation, maintenance and identification of yeasts // In Kurtzman C.P., Fell J.W. (eds.) The yeasts a taxonomic study, 4th edn. Elsevier, Amsterdam. 1998. P. 77-100

224. Zhu A., Goldstein J. Cloning and functional expression of a cDNA encoding coffee bean a-galactosidase // Gene (Amst.). 1994. V. 140. P. 227-231.

Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.