Молекулярно-биологические подходы к отбору бактериальных культур при создании заквасок для биотехнологии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, доктор биологических наук Ботина, Светлана Геннадиевна

• Ботина, Светлана Геннадиевна
• доктор биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации доктор биологических наук Ботина, Светлана Геннадиевна

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава I. МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ, ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ И ИЗУЧЕНИЯ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ПРИРОДНЫХ И ПРОМЫШЛЕННЫХ ШТАММОВ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ

1.1. Проблемы, возникающие при фенотипической идентификации молочнокислых бактерий

1.2. Особенности Г+Ц состава ДНК молочнокислых бактерий. Применение метода ДНК-ДНК-гибридизации для идентификации молочнокислых бактерий

1.3. Методы типирования ДНК

1.3.1. Методы, основанные на рестрикции ДНК

1.3.2. Применение метода геномной рестрикции для идентификации и паспортизации культур молочнокислых бактерий

1.3.3. Использование метода ДНК-типирования с помощью ПЦР для идентификации молочнокислых бактерий

1.4. Использование данных анализа последовательностей генов 16S рРНК для идентификации молочнокислых бактерий и установления их филогенетического родства

1.5. Сравнительная характеристика некоторых молекулярно-генетических методов типирования бактерий

Глава II. ЧАСТНАЯ БИОЛОГИЯ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ, ИССЛЕДУЕМЫХ В РАБОТЕ

2.1. Частная биология бактерий вида Streptococcus thermophilus

2.1.1. История становления современной классификации грамположительных каталазоотрицательных кокков

2.1.2. Фенотипическая характеристика

2.1.3. Генотипические особенности

2.2. Частная биология молочнокислых лактобацилл

2.2.1. Морфологические свойства

2.2.2. Культуральные свойства

2.2.3. Биохимические свойства

2.2.4. Систематика

Глава III. ПРАКТИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ И ПРОИЗВОДСТВЕННО-ЦЕННЫЕ СВОЙСТВА МОЛОЧНОКИСЛЫХ СТРЕПТОКОККОВ И МОЛОЧНОКИСЛЫХ ЛАКТОБАЦИЛЛ

3.1. Использование молочнокислых бактерий в пищевой промышленности в качестве заквасочных культур при производстве кисломолочных продуктов и пробиотических препаратов. Основные производственно-ценные свойства.

3.1.1. Кислотообразование МегторкИш

3.1.2. Активность 5. МегторкИш по отношению к галактозе

3.2. Синтез экзополисахаридов штаммами молочнокислых бактерий

3.2.1. Структурно - функциональная характеристика экзополисахаридов молочнокислых бактерий

3.2.2. Биосинтез ЭПС

3.2.3. Использование ЭПС+ штаммов молочнокислых бактерий в качестве заквасок при производстве кисломолочных продуктов

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Глава IV. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

4.1. Штаммы микроорганизмов

4.2. Питательные среды и условия культивирования бактерий

4.3. Микробиологические методы исследования

4.3.1. Микроскопирование

4.3.2. Определение ферментационной активности штаммов

4.3.3. Способность бактерий утилизировать сахара

4.3.4. Способность бактерий расщеплять эскулин

4.3.5. Определение спектра чувствительности к антибактериальным препаратам

4.3.6. Кислотообразующая активность штаммов 90 "

4.3.7. Способность штаммов синтезировать экзополисахариды

4.3.8. Способность бактерий ферментировать галактозу

4.4. Аналитические методы исследования

4.4.1. Количественное определение ЭПС

4.4.2. Определение содержания водорастворимых витаминов методом ВЭЖХ

4.5. Генетические и молекулярно-биологические методы исследования

4.5.1. Выделение тотальной ДНК

4.5.2. Получение препаратов плазмидной ДНК

4.5.3. Рестрикция плазмидной и геномной ДНК

4.5.4. Электрофорез нативной и рестрицированной ДНК

4.5.5. Приготовление препаратов для проведения пульс-гель электрофореза геномной ДНК

4.5.6. Пульс-гель электрофорез геномной ДНК

4.5.7. Анализ рестриктограмм геномной ДНК, полученных методом геномной рестрикции и пульс гель электрофореза (РЕОЕ)

4.5.8. Компьютерный анализ подбора праймеров

4.5.9. Проведение полимеразной цепной реакции (ПЦР)

4.5.10. Выделение и очистка ДНК

4.5.11. Секвенирование фрагментов генов

4.5.12. Филогенетический анализ последовательностей генов 16S рРНК

4.5.13. Проведение RAPD-PCR

4.5.14. Анализ рестриктограмм геномной ДНК, полученных методом RAPD-PCR, построение филогенетических деревьев и определение генетических дистанций

4.5.15. Генотипирование генов вирулентности

4.5.16. Генотипирование генов устойчивости к антибиотикам

4.5.17. Генотипирование генов репликации и конъюгативного переноса

4.5.18. Геномный анализ

4.6. Статистическая обработка полученных данных

4.7. Программное обеспечение

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

Глава V. ПРИМЕНЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКИХ ПОДХОДОВ ДЛЯ ВИДОВОЙ ИДЕНТИФИКАЦИИ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ

5.1. Сравнение данных генотипических и биохимических характеристик штаммов Streptococcus thermophilus, выделенных из кисломолочных продуктов

5.2. Филогенетический анализ типовых штаммов бактерий группы salivarius рода Streptococcus на основании данных о строении генов 16SpPHK

5.3. Идентификация подвидов Lactococcus lactis на основании данных о строении генов 16S рРНК

5.4. Реклассификация таксономической принадлежности отечественных пробиотических штаммов лактобацилл

Глава VI. ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ БАКТЕРИЙ РОДА ENTEROCOCCUS, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ КИСЛОМОЛОЧНЫХ ПРОДУКТОВ

6.1. Видообразование у бактерий: сравнение генов 16S рРНК у близкородственных видов энтерококков

6.2. Генотипирование молочнокислых энтерококков на возможное присутствие генов вирулентности, свойственных патогенным энтерококкам

Глава VII. ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНАОБРАЗИЯ И АНАЛИЗ РАЗМЕРОВ ГЕНОМОВ ШТАММОВ STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS

Глава VIII. ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ПРИРОДНЫХ И ПРОМЫШЛЕННЫХ ШТАММОВ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ

8.1. Изучение генетического разнообразия природных штаммов бактерий вида Streptococcus thermophilus

8.2. Генетическая паспортизация производственных пробиотических культур бактерий рода Lactobacillus

Глава IX. ХАРАКТЕРИСТИКА УСТОЙЧИВОСТИ К АНТИБИОТИКАМ ПРОБИОТИЧЕСКИХ БАКТЕРИЙ РОДА LACTOBACILLUS

Глава X. ИЗУЧЕНИЕ ТЕХНОЛОГИЧЕСКИХ СВОЙСТВ ШТАММОВ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ

10.1. Технологические свойства штаммов Streptococcus thermophilus, выделенных из кисломолочных продуктов

10.2. Изучение технологических характеристик бактерий рода Enterococcus, выделенных из кисломолочных продуктов

10.3. Идентификация и отбор антагонистически активных культур Lactococcus lactis subsp. lactis

10.4. Разработка заквасок с низкой постокислительной активностью

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-биологические подходы к отбору бактериальных культур при создании заквасок для биотехнологии»

Актуальность проблемы

В настоящее время производственные процессы, основанные на жизнедеятельности микроорганизмов, приобрели особое значение. Современная биотехнология неразрывно связана с использованием новых подходов к созданию и отбору новых микроорганизмов, что влечет за собой увеличение разнообразия биотехнологической продукции. Фундаментальные основы промышленной биотехнологии микроорганизмов, направленные на получение продуктов питания и пробиотических препаратов нового поколения, заложены в трудах российских и зарубежных ученых [30, 34, 39, 40,41, 176, 191].

Исследования и фундаментальные достижения последних десятилетий в микробиологии, генетике и молекулярной биологии дали возможность изучения генетического разнообразия бактериальных штаммов. С развитием генетической систематики, с расширением круга используемых методов, направленных на изучение бактериального генома и накоплением экспериментальных данных, касающихся генетического разнообразия различных таксономических групп бактерий, современная таксономия бактерий стала быстро развиваться, что позволило решить многие спорные вопросы систематики конкретных групп микроорганизмов [37]. Вместе с тем оставались нерешенными проблемы, связанные с противоречиями между данными молекулярной систематики и традиционными представлениями, основанными на анализе фенотипа в отношении группы молочнокислых бактерий, имеющих практическое применение.

До недавнего времени при отборе штаммов для создания бактериальных заквасок использовались только стандартные микробиологические подходы оценки стартерных культур, такие как выделение, идентификация таксономического положения на основе изучения их морфологических, физиолого-биохимических свойств, определение условий культивирования и их технологических свойств. Однако применение только этих традиционных технологий не всегда позволяет эффективно отбирать безопасные и технологичные штаммы молочнокислых бактерий для использования их в качестве заквасочных культур в производстве кисломолочных продуктов и пробиотических препаратов. Многими исследователями отмечалось, что у микробиологов возникают трудности при идентификации на видовом и дифференциации на внутривидовом уровне бактерий различных родов факультативных анаэробов. Особенно трудно идентифицировать виды внутри родов: Enterococcus, Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus, Lactobacillus с помощью классических фенотипических методов [52, 67, 141, 145, 122-126, 141, 145, 304, 325]. В этой связи особую актуальность приобретает использование современных фундаментальных научных достижений изучения бактериального генетического разнообразия в прикладных областях науки. Фенотипическая характеристика штамма, применяемая для идентификации, паспортизации и типирования штаммов бактерий, в настоящее время уже не является достаточной для установления таксономического положения изучаемого организма и целостной характеристики его свойств. Что же касается штаммов молочнокислых бактерий, практически использующихся в пищевой промышленности, применение современных молекулярно-биологических подходов для таксономической идентификации, молекулярно-генетической паспортизации, генотипирования бактерий позволит выбирать лучшие стартовые культуры для промышленного применения и получения качественных и безопасных пищевых продуктов и бактериальных препаратов.

Цель работы - применение комплекса молекулярно-биологических методов для изучения генетического разнообразия штаммов молочнокислых бактерий и использование результатов этого исследования при отборе бактериальных культур для создания заквасок, позволяющих гарантировать производство качественных и безопасных кисломолочных продуктов и пробиотических препаратов.

Задачи исследования

1. Выделить природные штаммы молочнокислых бактерий из естественной среды обитания (молоко, кисломолочные продукты домашнего изготовления, микробиота человека).

2. Показать необходимость использования молекулярно-биологических методов при установлении видовой принадлежности молочнокислых бактерий. Применить метод анализа последовательности гена 16S рРНК для идентификации бактериальных штаммов, принадлежащих к родам Streptococcus, Lactococcus, Lactobacillus и Enterococcus.

3. Изучить генетическое разнообразие природных штаммов Streptococcus thermophilus с использованием методов геномной рестрикции и PFGE.

4. Продемонстрировать возможность использования метода анализа данных о последовательности гена 16S рРНК для внутривидовой дифференциации подвидов L. lactis subsp. cremoris и L. lactis subsp. Iactis. Применить этот метод для идентификации бактериоцинпродуцирующих штаммов L. lactis.

5. Изучить разрешающую способность метода RAPD-PCR для штаммовой идентификации молочнокислых бактерий и осуществить генетическую паспортизацию природных и промышленных культур бактерий Streptococcus и Lactobacillus с использованием этого метода.

6. Обосновать необходимость проведения исследований с использованием молекулярно-биологических подходов для изучения антибиотикорезистентности производственных штаммов молочнокислых бактерий. Применить метод ПЦР-генотипирования штаммов лактобацилл на наличие генов, кодирующих устойчивость к антибиотикам и генов репликации и конъюгативного переноса.

7. Протестировать штаммы Streptococcus thermophilics на наличие технологичных и пробиотических свойств (способность синтезировать экзополисахариды, витамины и утилизировать галактозу) и отобрать среди них наиболее перспективные культуры для использования в качестве заквасок и бактериальных концентратов при производстве кисломолочных продуктов общего и функционального назначения.

Научная новизна работы

Впервые проведено выделение и изучение новых штаммов молочнокислых бактерий из различных экологических ниш (молоко, кисломолочные продукты домашнего изготовления, микробиота человека: гастроинтестинальный тракт, ротовая полость и грудное молоко кормящих женщин) и разных географических регионов (Россия, страны Восточной и Западной Европы), на основании этого получены новые фундаментальные знания о физиолого-биохимических и генетических особенностях штаммов бактерий родов Streptococcus, Lactococcus, Lactobacillus и Enterococcus.

Получены новые фундаментальные знания о внутривидовом разнообразии природных изолятов молочнокислых бактерий Streptococcus thermophilus. При использовании методов геномной рестрикции и пульс-гель электрофореза (PFGE) и сравнительного анализа подобия' геномных фингерпринтов приведены доказательства вариабельности изученных штаммов по размерам их геномов. Показано, что размер геномов у исследованных штаммов сильно варьирует — от 1417 до 2075 т.п.н., т.е. различия между минимальным и максимальным значением размера генома составляет около 600 т.п.н., что свидетельствует о внутривидовом генетическом полиморфизме бактерий данного вида.

Впервые выявлено генетическое разнообразие изученных в работе штаммов бактерий рода Enterococcus, что послужило основой классификации организмов, имеющих существенное отличие в нуклеотидных последовательностях генов rrs, как нового вида - Enterococcus lactis.

Нуклеотидная последовательность гена 16S рРНК типового штамма нового вида Enterococcus lactis СК1114 депонирована в базе данных NCBI (номер депонированной последовательности AY902459. Штамм депонирован в коллекции ВКПМ ФГУП ГосНИИгенетики и селекции промышленных микроорганизмов (номер депонированного штамма В8713).

Впервые выявлено существование уникальных замен в проксимальной области гена 16S рРНК у штаммов подвида Lactococcus lactis subsp. cremoris, дающее возможность проводить точную молекулярную таксономическую идентификацию культур L. lactis subsp. cremoris и L. lactis subsp. lactis, трудно дифференцируемых с использованием классических микробиологических подходов.

Теоретическая значимость работы

Теоретически обоснована необходимость использования молекулярно-биологических подходов для отбора бактериальных стартерных культур при создании заквасок для биотехнологии, позволяющих гарантировать выпуск качественных и безопасных кисломолочных продуктов и пробиотических препаратов.

Полученные новые данные о таксономическом, генетическом разнообразии и биохимических, технологических, пробиотических и генетических свойствах штаммов бактерий родов Streptococcus, Lactococcus, Lactobacillus и Enterococcus расширяют границы фундаментальных знаний о бактериях этих систематических групп и возможностях их использования в различных биотехнологических процессах.

Практическое значение работы

Изучение генетического разнообразия природных штаммов бактерий родов Lactococcus, Streptococcus, Lactobacillus, Enterococcus дало возможность целенаправленно проводить отбор штаммов, перспективных для использования в биотехнологии, с • учетом их генетических характеристик.

Проведена реклассификация (с применением методов молекулярно генетической идентификации) некоторых производственных культур рода Lactobacillus, применяемых в промышленности РФ в качестве заквасок при изготовлении кисломолочных продуктов и пробиотических препаратов, что 1 позволяет производителям использовать современные данные об истинном таксономическом положении культур и их генетических характеристиках.

Показана необходимость проведения исследований с помощью молекулярно-биологических подходов для изучения антибиотикорезистентности производственных штаммов молочнокислых бактерий. Примененное ПЦР-генотипирование штаммов лактобацилл на наличие генов, кодирующих устойчивость к антибиотикам и генов репликации и конъюгативного переноса служит основанием исключения из состава заквасок культур, которые могут быть источником трансмиссивных генов антибиотикорезистентности в микробиоте человека.

Проведенная паспортизация промышленно-ценных штаммов с помощью методики RAPD-PCR и неспецифических праймеров дает возможность защиты правообладателей бактериальных культур от г несанкционированного использования штаммов, авторами которых они. являются, в аналогичных биотехнологических процессах недобросовестными производителями.

Полученные данные о наличии технологических, производственно -ценных и пробиотических свойств у штаммов Streptococcus thermophilic (способность синтезировать экзополисахариды, витамин и утилизировать галактозу) могут быть критерием отбора наиболее перспективных культур для применения в качестве заквасок и бактериальных концентратов при изготовлении кисломолочных продуктов . общего и функционального назначения в ГНУ ВНИМИ Россельхозакадемии. Штаммы термофильного молочнокислого стрептококка, обладающие важными производственноценными свойствами, депонированы в коллекцию молочнокислых культур и бифидобактерий ГНУ ВНИМИ Россельхозакадемии.

Определенные в ходе проведения работы нуклеотидные последовательности генов 16S рРНК некоторых из изучаемых штаммов лактококков, лактобацилл, стрептококков и энтерококков были депонированы в базу данных Nucleotide Sequence Database of National Center for Biotechnology Information (GenBank NCBI) в качестве референтных последовательностей при проведении филогенетических и биоинформатических исследовательских работ www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/?term=Botina). Номера депонированных последовательностей: DQ255948, AY902459, AY683836, AY902456, AY902457, AY902458, AY902459, AY902460, AY902461, AY683829, AY683830, AY683831, AY683832, AY683833, AY683834, AY683835, AY683836, DQ255948, DQ255951, DQ255952, DQ255953, DQ255954, EF102815, EF102814, EF114309, EF114308, EF114307, EF114306, EF114305, EF100778, EF100777, DQ255951, DQ255952, DQ255953, DQ255954, EF102815, EF102814, EF114309, EF114308, EF114307, EF114306, EF114305, EF100778, EF100777, GU560031, GU560032, GU560033, GU560034, GU560035, GU560036, GU560037, GU560038, GU560039, GU560040, GU560041, GU560042, GU560043.

Внедрение результатов работы

Полученные данные о технологических и производственно-ценных свойствах культур термофильных молочнокислых стрептококков послужили основой для оформления патента на изобретение №2337953, Российская Федерация, МПК C12N1/20, А23С9/12, заявка 2007117139/13 от 08.05.2007, публикация патента 11.10.2008 г., бюллетень № 31. «Штамм бактерий Streptococcus thermophilics для сквашивания молока в процессе приготовления кисломолочных продуктов, включая йогурты».

На основании теоретических и практических результатов были разработаны «Методические указания по санитарно-эпидемиологической оценке безопасности и функционального потенциала пробиотических микроорганизмов, используемых для производства пищевых продуктов». (Рекомендованы Государственной Комиссией по санитарно-эпидемиологическому нормированию при Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, протокол № 2 от 14.10.2010. Утверждены Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации Г.Г. Онищенко 6 декабря 2010).

Современные молекулярно-биологические методики, примененные и модифицированные в ходе исследования, используются при проведении научных исследований в ГНУ ВНИМИ Россельхозакадемии.

Основные результаты работы нашли применение в лекционных курсах по повышению квалификации для практикующих микробиологов молочного производства «Микробиология молока и молочных продуктов», «Методы и организация производственного контроля» и в обучающем процессе при подготовке аспирантов ГНУ ВНИМИ Россельхозакадемии.

Апробация работы

Диссертация апробирована на расширенном заседании Ученого Совета ГНУ Всероссийского научно-исследовательского института молочной промышленности Россельхозакадемии 24 ноября 2010 г., протокол № 8.

Основные результаты работы доложены на международных и российских научных конференциях: Вторая Международная Научно-Практическая конференция «Перспективы развития биотехнологий в России» (2005, Пущино), 10-ая школа-конференция молодых ученых «Биология - наука XXI века» (Пущино, 2006), Международная научная конференция: «Современное состояние и перспективы развития микробиологии и биотехнологии» (Минск, 2006), ASM Conference on Streptococcal Genetics, (France, Sain-Malo 2006), Международная конференция «Успехи биотехнологии» (г. Цахкадзор, Республика Армения, 2006), Международная конференция «Микробные биотехнологии» (Одесса, 2006), Российская школа-конференция «Генетика микроорганизмов и биотехнология», посвященная 100-летию со дня рождения С.И. Алиханяна (Москва - Пущино, 2006), Международный конгресс по пробиотикам (Санкт-Петербург, 2007), The 3-th European Conference on Prokaryotic Genomics, ProkaGENOMICS (2007, Gottingen), Second International Congress of Central Asia Infectious Diseases (Alma Aty, 2008), Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (Москва, 2009), 13-ая международная Пущинская школа -конференция молодых ученых «Биология-наука 21 века» (Пущино, 2009), Юбилейный Пятый Московский международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития" (Москва, 2009), 11-й международный славяно-балтийский научный форум "Санкт-Петербург - Гастро-2009" (Санкт Петербург, 2009), XXXII International Congress of the Society for Microbial Ecology and Disease (2009, St. Petersburg, Russia), Международная научно-практическая конференция «Актуальные проблемы, биологии, нанотехнологий и медицины», (Ростов-на-Дону, 2009), Конференция РАСХН-РФФИ. Ориентированные фундаментальные исследования и их реализация в АПК России. (Сергиев Посад, 2009), Второй Международный Конгресс-партнеринг и выставка по биотехнологии, биоэнергетике и биоэкономике (Москва, 2010).

Исследования, составившие основу работы, были поддержаны грантами РФФИ, грантами Президента Российской Федерации для молодых российских ученых кандидатов наук.

Публикации. По материалам диссертации опубликована 61 научная работа, из них 29 статей в изданиях, рекомендованных ВАК Минобрнауки

РФ, 30 - в материалах научных конференций, 1 патент на изобретение, 1 методические указания.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 287 страницах машинописного текста, включает 26 таблиц, 26 рисунков, состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов исследования, результатов собственных исследований и их обсуждения, заключения, выводов, практических рекомендаций и списка цитируемой литературы, включающего 41 отечественный и 323 зарубежных цитируемых источников.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Ботина, Светлана Геннадиевна

выводы

1. Установлена вариабельность изученных штаммов Streptococcus thermophilus по величине их геномов. Показано, что размер геномов у исследованных штаммов (определенный на основании данных геномной рестрикции и PFGE) сильно варьирует - от 1417 до 2075 т.п.н., что свидетельствует о внутривидовом генетическом полиморфизме бактерий данного вида.

2. Выявлено генетическое разнообразие изученных в работе штаммов рода Enterococcus, выражающееся в особом строении гена 16S рРНК. Предложено отнести организмы, имеющие существенное отличие в последовательностях генов 16S рРНК к новому виду - Enterococcus lactis sp. nov.

3. Продемонстрировано существование уникальных замен в проксимальных областях генов 16S рРНК подвидов Lactococcus lactis subsp. lactis и L. lactis subsp. cremoris, позволяющее проводить точную молекулярную идентификацию культур внутри вида L. lactis.

4. Установлено, что метод RAPD-PCR обладает хорошей разрешающей способностью при видовой и штаммовой идентификации бактерий Streptococcus thermophilus, Lactobacillus plantarum, L. helveticus, L. casei, L. rhamnosus, L. fermentum. Продемонстрированы преимущества метода RAPD-PCR с применением праймера М13 для штаммовой паспортизации S. thermophilus и с применением праймера ERIC-1 - для паспортизации перечисленных видов лактобацилл.

5. Проведена реклассификация систематического положения (на основании анализа нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК) и генетическая паспортизация методом RAPD-PCR некоторых производственных культур рода Lactobacillus, использующихся в промышленности РФ в качестве заквасок при изготовлении кисломолочных продуктов и пробиотических препаратов, что позволяет производителям использовать современные данные об истинном таксономическом положении культур и их генетических характеристиках.

6. Показана необходимость проведения исследований с применением молекулярно-биологических подходов для изучения антибиотикорезистентности производственных штаммов молочнокислых бактерий. Применено ПЦР-генотипирование штаммов лактобацилл на наличие генов, кодирующих устойчивость к антибиотикам и генов репликации и конъюгативного переноса, что дает возможность исключения из состава заквасок культур, которые могут служить источником трансмиссивных генов антибиотикорезистентности в микробиоте человека.

7. Определено наличие технологических и пробиотических свойств (способность синтезировать экзополисахариды, витамин и утилизировать галактозу) у штаммов Streptococcus thermophilus, что позволило отобрать наиболее перспективные культуры для использования в качестве заквасок и бактериальных концентратов в ГНУ ВНИМИ Россельхозакадемии.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

1. При таксономической идентификации штаммов молочнокислых бактерий, принадлежащих родам Streptococcus, Lactococcus, Lactobacillus и Enterococcus следует опираться на результаты исследований, полученных с применением молекулярно-биологических методов, основанных на анализе последовательности рибосомальных генов.

2. При генетической паспортизации промышленных штаммов молочнокислых бактерий следует использовать метод RAPD-PCR, позволяющий получать индивидуальные геномные паттерны, что служит дактилоскопическими характеристиками штамма и защищает авторов культуры от несанкционированного применения.

3. При изучении антибиотикорезистентности штаммов молочнокислых бактерий необходимо использовать молекулярно-биологические подходы, основанные на генотипированиии наличия генов, кодирующих устойчивость к антибиотикам и генов репликации и конъюгативного переноса с целью исключения из состава заквасок культур, которые могут служить источником генов трансмиссивной антибиотикорезистентности в микробиоте человека.

4. Применение в лабораторной практике комплексного подхода; реализуемого с помощью молекулярно-биологических методов при видовой идентификации, молекулярно-генетической паспортизации и определения в составе геномов генов, отвечающих за антибиотикорезистентность, позволяет проводить отбор безопасных производственных культур с целью их применения в качестве заквасок при производстве кисломолочных продуктов питания и пробиотических препаратов.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Ботина, Светлана Геннадиевна, 2011 год

1. Ботина С.Г., Лобанов А.О., Лысенко A.M., Суходолец В.В. Генетическое многообразие штаммов молочнокислых термофильных бактерий на территории стран СНГ // Биотехнология. 2004. - Т.2. -С.3-12.

2. Ботина С.Г., Суходолец В.В. Отечественные штаммы энтерококков, используемые в качестве заквасок, не содержат генов вирулентности, обычно присутствующих в патогенных штаммах Е. faecalis // Биотехнология. 2005. - №2. - С.33-37.

3. Ботина С.Г. Видовая идентификация и генетическая паспортизация молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования // Молочная промышленность. 2008. - №3. - С.50-52.

4. Ботина С.Г. Штаммы Streptococcus thermophilus, ферментрующие галактозу // Молочная промышленность. 2008. - №4. - С.54-56.

5. Ботина С.Г., Климина K.M., Коробан Н.В., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. Реклассификация отечественных пробиотических культур бактерий рода Lactobacillus // Генетика. 2010. Т.46. - №11. - С. 13061313.

6. Ботина С.Г., Корниенко М.А., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. Технологические свойства штаммов Streptococcus thermophilus, выделенных из кисломолочных продуктов // Биотехнология. 2007.-№3.- С.21-27.

7. Ботина С.Г., Коробан Н.В., Климина K.M., Глазова A.A., Захаревич Н.В., Зинченко В.В., Даниленко В.Н. Генетическое разнообразие бактерий рода Lactobacillus из гастроинтестинальной микробиомы людей //Генетика. -2010. Т.46. №12. - С.1589-1597.

8. Ботина С.Г., Лысенко А.М., Суходолец В.В. Выяснение таксономического положения отечественных штаммов термофильных молочнокислых бактерий по данным секвенирования генов 16S рРНК // Микробиология. 2005. - Т.74. - №4. - С.520-525.

9. Ботина С.Г., Пиксасова О.В., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. Генетическое разнообразие природных штаммов бактерий вида Streptococcus thermophilus // Генетика. 2007. - Т. 43. - №5. - С.601-608.

10. Ботина С.Г., Пиксасова О.В., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. Сравнительный анализ размеров геномов штаммов Streptococcus thermophilus // Генетика. 2007. - Т.43. - №7. - С.891-897.

11. Ботина С.Г., Рожкова И.В., Семенихина В.Ф. Экзополисахариды молочнокислых бактерий. Использование штаммов, синтезирующих ЭПС в производстве кисломолочных продуктов питания // Хранение и переработка сельхозсырья. 2010. - №1. - С.42-45.

12. Ботина С.Г., Рожкова И.В., Семенихина В.Ф. Синтез витаминов стартовыми культурами молочнокислых бактерий Streptococcus thermophilus // Хранение и переработка сельхозсырья. 2010. - №3. -С.54-56.

13. Ботина С.Г., Рожкова И.В., Семенихина В.Ф. Штаммы Streptococcus thermophilus, продуцирующие экзополисахариды // Хранение и переработка сельхозсырья. 2010. - №2. - С.33-35.

14. Ботина С.Г., Семенихина В.Ф., Рожкова И.В. Генотипические и метаболические характеристики бактерий рода Enterococcus, выделенных из молочных продуктов // Молочная промышленность. -2009. №8. - С.47-49.

15. Ботина С.Г., Семенихина В.Ф., Рожкова И.В. Идентификация подвидов Lactococcus lactis // Молочная промышленность. 2009. -№6. - С.68-69.

16. Ботина С.Г., Суходолец В.В. Видообразование у бактерий: сравнение генов 16S рРНК у близкородственных видов энтерококков // Генетика. 2006. - Т.42. - №3. - С.325-332.

17. Ботина С.Г., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. Идентификация промышленных штаммов молочнокислых бактерий методами молекулярно-генетического типирования // Генетика. 2006. - Т.42. -№12. - С.1621-1635.

18. Ботина С.Г., Цыганков Ю.Д., Суходолец В.В. Филогенетический анализ типовых штаммов бактерий группы salivarius рода Streptococcus на основании данных о строении генов 16S рРНК // Микробиология. -2007. Т.76. - №3. - С.429-432.

19. Гусев М.В., Минеева JI.A. Микробиология. 2003. М.: Академия. 464 с.

20. Доронин А.Ф., Шендеров Б.А. Функциональное питание // Грантъ. -2002.- 294 с.

21. Ивашкина Н.Ю., Ботина С.Г., Маев И.В. Оригинальный отечественный пробиотик аципол: молекулярно-биологические и метаболические характеристики // Российский журнал гастероэнтерологии, гепатологии и колипроктологии. 2009. - №2. -С.72-78.

22. Ленгелер И., Древе Г., Шлегель Г. Современная микробиология: прокариоты: в 2-х томах. Т. 2. - 2005. - М.: Мир. - 496 с.

23. Лысенко А.М., Ботина С.Г., Суходолец В.В. Подтверждение систематического положения Streptococcus salivarius // Микробиология. 2002.- Т.71.- № 5. - С.713-716.

24. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир. - 1984. - 479 с.

25. Материалы круглого стола «Рациональный выбор пробиотика в практике гастроэнтеролога» // Рос. мед. вести. 2007. Т. 12. - №4. - С. 46—48.

26. Мецлер Д. Биохимия. М.: Мир. 1980. - 2 т. - 606 с.

27. Нечаева A.A., Суходолец В.В. Генетическое изучение производственных штаммов Lactococcus lactis: выявление трансмиссибельных плазмид по признаку сбраживания лактозы // Генетика. 1996. - Т.32. - №2. - С.218-227.

28. Онищенко Г.Г., Алешкин В.А., Афанасьев С.С., Поспелова В.В. Иммунологические препараты и перспективы их применения в инфектологии // ГОУ ВУНМЦ МЗ РФ Москва. - 2002. - 608с.

29. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам (УК 4.2.1890-04) // Клин. Микробиол. Антимикроб. Химиотер. 2004. - Т.6. - №4. - С.306-359.

30. Полтев В.И. Болезни пчел. Л.: Колос. 1964. - 4 изд. - 288 с.

31. Семенихина В.Ф., Рожкова И.В., Ботина С.Г., Абрамова A.A. Закваски с низкой постокислительной активностью // Молочная промышленность. 2009. - № 5. - С.61-62.

32. Степаненко П.П. Микробиология молока и молочных продуктов / Учебник для ВУЗов. Сергиев Посад: ООО "Все для Вас -Подмосковье". - 1999. - 415 с.

33. Стоянова Л.Г., Сультимова Т.Д., Ботина С.Г., Нетрусов А.И. Выделение и идентификация бактериоцинпродуцирующих штаммов Lactococcus lactis subsp. lactis из свежего молока // Прикладная биохимия и микробиология. 2006. - Т.42. - №5. - С.560-568.

34. Суходолец В.В., Ботина С.Г., Лысенко A.M., Тренина М.А. Молочнокислые энтерококки Enterococcus faecium и Enterococcus durans: разнообразие в последовательностях нуклеотидов в генах 16S рРНК // Микробиология. 2005. - Т.74. - №6. - С.810-815.

35. Турова Т.П. Применение данных ДНК-ДНК-гибридизации и анализа генов 16S рРНК для решения таксономических проблем на примере порядка Haloanaerobiales // Микробиология. 2000. - Т.69. - №6. -С.741 - 752.

36. Хоулт Дж. (ред). Краткий определитель бактерий Берджи / М: Мир. 1997. Т.2. - 780 с.

37. Шендеров Б. А. Современное состояние и перспективы развития концепции. Пробиотики, пребиотики и синбиотики // Пищевые ингридиенты. Сырье и материалы. 2005. - №2. - С.23-26.

38. Шендеров Б.А. Медицинская микробная экология и функциональное питание. Т.З: Пробиотики и функциональное питание / М.: Грантъ. -2001.-288 с.

39. Шидловская В.П. Органолептические свойства молока и молочных продуктов. Справочник. М.: Колос. 2000. - 200 с.

40. Acedo-Felix Е. and Perez-Martinez G. Significant differences between Lactobacillus casei subsp. casei АТСС 393T and a commonly used plasmid-cured derivative revealed by a polyphasic study // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.-2003.- V.53.-N.1.- P.67-75.

41. Agerholm-Larsen L., Bell M.L., Grunwald G.K., Astrup A. The effect of a probiotic milk product on plasma cholesterol: a meta-analysis of short-term intervention studies // Eur. J. Clin. Nutr. 2000. - V.54. - N.ll. - P.856 -860.

42. Ajdic D., Sutcliffe I.C., Russel R.R.B., Ferretti J.J. Organization and nucleotide sequence of the Streptococcus mutans galactose operon // Gene. 1996. V. 180.- N.4. - P. 137-144.

43. Amann R., Glocker F-O., Neef A. Modern methods in subsurface microbiology: in situ identification of microorganisms with nucleic acid probes //FEMS Microbiol. Rev. 1997. - V.20. -N.3. - P. 191 -P.200.

44. Amann R., Ludwig W. Ribosomal RNA-targeted nucleic acid probes for studies in microbial ecology // FEMS Microbiol. Rev. 2000. - V.24. -N.3. - P.555 — 565.

45. Ammor M.S., Florez A.B., Mayo B. Antibiotic resistance in non-enterococcal lactic acid bacteria and bifidobacteria // Food Microbiol. -2007. V.24. - N.6. - P.559-570.

46. Anderson D.G., McKay L.L. Simple and rapid method for isolating large plasmid DNA from lactic streptococci // Appl. Env. Microbiol. 1983. -V.46. - N.3. - P.549-552.

47. Anderson Ph., Roth J. Spontaneous tandem genetic duplications, in Salmonella typhimurium arise by unequal recombination between rRNA (rrn) cistrons // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1981. - V.78. - N.5. -P.3113-3117.

48. Andrighetto C., De Dea P., Lombardi A., Neviani E., Rossetti L., Giraffa G. Molecular identification and cluster analysis of homofermentative thermophilic lactobacilli isolated from dairy products // Res. Microbiol. 1998. V.149. - N.9. - P.631-643.

49. Andrighetto C., Kniff E., Lombardi A., Torriani S., Vancanneyt M., Kersters K., Swings J., Dellaglio F. Phenotypic and genetic diversity of enterococci isolated from Italian cheeses // J. Dairy Res. 2001. - V.68. -N.2. -P.303 -316.

50. Appuhamy S., Parton R., Coote J.G., Gibb H.A. Genomic fingerprinting of Haemophilus somnus by a combination of PCR methods // J. Clin. Microbiol. 1997. - V.35. - N3. - P.288-291.

51. Aquilanti L., Garofalo C., Osimani A., Silvestri G., Vignaroli C., Clementi F. Isolation and molecular characterization of antibiotic-resistant lactic acid bacteria from poultry and swine meat products // J. Food Prot. 2007. - V.70. - N.3. - P.557-565.

52. Aswathy R.G., Ismail B., John R.P., Nampoothiri K.M. Evaluation of the probiotic characteristics of newly isolated lactic acid bacteria //Appl. Biochem. Biotechnol. 2008. - V.151. - N.2. - P.244-255.

53. Aymerich T., Martin B., Garriga M., Hugas M. Microbial quality and direct PCR identification of lactic acid bacteria and nonpathogenic Staphylococci from artisanal low-acid sausages // Appl. Environ. Microbiol. 2003. - V.69. - N.8. - P.4583 - 4594.

54. Basaran P., Basaran N., Cakir I. Molecular differentiation of Lactococcus lactis subspecies lactis and cremoris strains by ribotyping and site specific-PCR // Curr. Microbiol. -2001.- V.42. N. 1. - P.45-48.

55. Begley M., Gahan C.G.M., Hill C. The interaction between bacteria and bile // FEMS Microbiol. Rev. 2005. - V.45 -N.29. -P.625-651.

56. Belicov A., Krzkov L., Krajcovic J., Jurkovic D., Sojka M., Ebringer L., Duinsk R. Antimicrobial susceptibility of Enterococcus species isolated from Slovak Bryndza cheese // Folia Microbiol (Praha). 2007. — V.52. — N.2. - P. 115-119.

57. Bellomo G., Mangiagle A., Nicastro L., Frigerio L. A controlled doubleblind study of SF68 strain as a new biological preparation for the treatment of diarrhea in paediatrics // Curr. Ther. Res. 1980. - V.28. - N.l. -P.927934.

58. Benateya A., Bracquart P., Linden G. Galactose-fermenting mutants of Streptococcus thermophilus // Can. J. Microbiol. 1991. V.37. N.2. -P. 136-140.

59. Bergey's manual of systematic bacteriology / Eds. Krieg N.R., Holt J.G. -Baltimore: Williams and Wilkins. 1984. - P.8-11.

60. Bernardeau M., Vernoux J.P., Henri-Dubernet S., Guguen M. Safety assessment of dairy microorganisms: the Lactobacillus genus // Int. J. Food Microbiol. 2008. - V.126. -N.3. - P.278-285.

61. Betran E., Rozas J., Navarro A., Barbadilla A. The estimation of the number and length distribution of gene conversion tracts from population DNA sequence data // Genetics. 1997. - V.146. - N.4. - P.89-99.

62. Bezkorovainy A. Probiotics: determinants of survival and growth in the gut //Am. J. Clin. Nutr. 2001. - V.73. -N.5. - P.399-405.

63. Biasucci G., Rubini M., Riboni S., Retetangos C., et al. Mode of delivery affects the bacterial community in the newborn gut. // Early Hum. Dev. 2010. V.98. -N.l. - P. 13-15.

64. Bizzarro R., Torri Tarelli G., Giraffa G., Neviani E. Phenotypic and genotypic characterisation of lactic acid bacteria isolated from Pecorino Toscano cheese // Ital. J. Food Sci. 2000. V.12. -N.3. - P.303-316.

65. Boutrou R., Thuault D., Bourgeois C.M. Identification and characterization of Streptococcus thermophilus strains by pulsed-field gel electrophoresis // J. Appl. Bacteriol. 1995. - V.79. -N.4. - P.454-458.

66. Bridge P.D., Sheath P.H.A. Numerical taxonomy of Streptococcus // J. Gen. Microbiol. 1983. - V.129. - N.3. - P.565 - 579.

67. Cai Y., Matsumoto M., Benno Y. Bifidobacterium lactis Meile et al. 1997 is a subjective synonym of Bifidobacterium animalis (Mitsuoka, 1969) Scardovi and Trovatelli, 1974 // Microbiol. Immunol. 2000. - V.44. - N.6. - P.815-820.

68. Callón C., Millet L., Montel M.C. Diversity of lactic acid bacteria isolated from AOC Salers cheese // J. Dairy Res. 2004. - V.71. - N.4. - P.231 -244.

69. Cantón R. Antibiotic resistance genes from the environment: a perspective through newly identified antibiotic resistance mechanisms in the clinical setting // Clin. Microbiol. Infect. 2009. - V.l. -N.l. - P.20-25.

70. Cerning J. and Marshall V.M.E. Exopolysaccharides produced by dairy lactic acid bacteria. Recent Results Develop // Microbiol. 1999. - V.54. -N.3.- P. 195-209.

71. Cerning J. Exocellular polysaccharides produced by lactic acid bacteria // Fed. Eur. Microbiol. Soc. Microbiol. Rev. 1990. - V.87. - N.2. - P.113-118.

72. Cerning J., Bouillanne C., Landon M. Desmazeaud M. J. Comparison of exocellular polysaccharide production by thermophilic lactic acid bacteria // Sci. Aliments. 1990. - V.10. - N3. - P.443-449.

73. Cerning J. Production of exocellular polysaccharides by lactic acid bacteria and dairy propionibacteria // Lait. 1995. - V.75. - N. 1. - P.463-472.

74. Chakrabortty, Das S., Majumdar S., Mukhopadhyay K., et al. Use of RNA arbitrarily primed-PCR fingerprinting to identify Vibrio cholerae genes differentially expressed in the host following infection // Infect. Immun. -2000. V.68. - N.7. - P.3878-3887.

75. Chana P., E.M. Bik, D.B. DiGiulio, D.A. Relman, and P.O. Brown. Development of the Human Infant Intestinal Microbiota // PLoS Biol. -2007. V.5. -N.7. -P.177- 182.

76. Chassy B.M., Beall J.R., Bielawski R.M., Porter E.V., Donkersloot J.A. Occurrence and distribution of sucrose-metabolizing enzymes in oral streptococci // Infect. Immun. 1976. - V.14. -N.2. - P.408 - 415.

77. Chevallier B., Hubert J.C., Kammerer B. Determination of chromosome size and number of rrn loci in Lactobacillus plantarum by pulsed-field gel electrophoresis // FEMS Microbiol. Lett. 1994. - V.120. - N.l. - P.51 -56.

78. Chlegel L., Grimont F., Grimont P. A. D., Bouvet A. Identification of Major Streptococcal Species by rrn-Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis // J. Clin. Microbiol. 2003. - V.41. - N.2. - P.657-666.

79. Cilia V., Lafay B., Christen R. Sequence heterogeneities among 16S ribosomal RNA sequences, and their effect on phylogenetic analyses at the species level // Mol. Biol. Evol. 1996. - V.13. - N.3. - P.451- 461.

80. Cilia V., Lafay B., Lambert C., Nicolas J.L., Corre S. Vibrio pectenicida sp. nov., a pathogen of scallop (Pecten maximus) larvae // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. - V.48. - N.2. -P.481-487.

81. Cocolin L., Rantsiou K., Iacumin L., Urso R., Cantoni C., Comi G. Study of ecology of fresh sausages end characterization of populations of lactic acid bacteria by molecular methods // Appl. Environ. Microbiol. 2004. -V.70.-N.3. -P.1883 -1894.

82. Cohan F.M. What are bacterial species? // Annu. Rev. Microbiol. 2002. -V.56. - N.4. - P.457-487.

83. Collins M.D., Rodrigues U., Pigott N.E., Facklam R.R. Enterococcus dispar sp. nov. a new Enterococcus species from human sources // Lett. Appl. Microbiol. 1991. - V.12. -N.5. - P.95 -98.

84. Colwell R.R. Polyphasic taxonomy of the genus Vibrio: numerical taxonomy of Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, and related Vibrio species. // J. Bacteriol. 1970. - V.104. -N.3. - P.410 - 433.

85. Cotter P.D., Hill C. Surviving the acid test: responses of gram-positive bacteria to low pH // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2003. - V.67. - N.6. -P.429-453.

86. Crittenden R.G., Martinez N.R., Playne M.J. Synthesis and utilisation of folate by yoghurt starter cultures and probiotic bacteria // Int. J. Food Microbiol. 2003. - V.80. -N.3. - P.217-222.

87. Dabour N., LaPointe G. Identification and molecular characterization of the chromosomal exopolysaccharide biosynthesis gene cluster from Lactococcus lactis subsp. cremoris SMQ-461 // Appl Environ Microbiol. 2005.- V.71. -N.ll. P.7414-7425.

88. D'Aimmo M.R., Modesto M., Biavati B. Antibiotic resistance of lactic acid bacteria and Bifidobacterium spp. isolated from dairy and pharmaceutical products // Int. J. Food Microbiol. 2007. - V.l 15. - N. 1. - P.35-42.

89. D'Costa V.M., Griffiths E, Wright G.D. Expanding the soil antibiotic resistome: exploring environmental diversity // Curr. Opin. Microbiol. 2007. V.10. -N.5. - P.481-489.

90. D'Costa V.M., McGrann K.M., Hughes D.W., Wright G.D. Sampling the antibiotic resistome // Science. 2006. - V.311. - N.5759. - P.374-377.

91. De Angelis M., Gobbetti M. Environmental stress responses in Lactobacillus: a review // Proteomics. 2004. - V.67. -N.4. - P. 106-122.

92. De Vuyst L., De Vin F., Vaningelgem F. and Degeest B. Recent developments in the biosynthesis and applications of heteropolysaccharides from lactic acid bacteria // Int. Dairy J. 2001. — V.65. — N. 11. — P.687-707.

93. De Vuyst, L. and B. Degeest. Heteropolysaccharides from lactic acid bacteria//FEMS Microbiol. Rev. 1999. - V.23. -N.l. - P. 153-177.

94. Degeest B., Vaningelgem F. and De Vuyst L. Microbial physiology, fermentation kinetics, and process engineering of heteropolysaccharideproduction by lactic acid bacteria // Int. Dairy J. 2001. - V.65. - N.l 1. - P. 747-757.

95. Delcour J., Ferain T., Deghorain M., Palumbo E. and Hols P. The biosynthesis and functionality of the cell-wall of lactic acid bacteria // Antonie van Leeuwenhoek. 1999. - V.76. - N.3. - P. 159-184.

96. Delgado S., Delgado T., Mayo B. Technological performance of several Lactococcus and Enterococcus strains of dairy origin in milk // J. Food. Prot. 2002. - V.65. - N.l0. - P. 1590 - 1596.

97. Dellaglio F., Felis G.E., Castioni A. Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus subsp. nov., isolated from Indian dairy products // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. - V.55. -N.l. - P.401-404.

98. Devirgiliis C., Caravelli A., Coppola D., Barile S., Perozzi G. Antibiotic resistance and microbial composition along the manufacturing process of Mozzarella di Bufala Campana // Int. J. Food Microbiol. 2008. - V.128. -N.2. - P.378-384.

99. Doco T., Wieruszeski J-M. and Fournet B., Structure of an exocellular polysaccharide produced by Streptococcus thermophilus // Carbohydr. Res. 1990. - V. 198. -N.3. -P.313-321.

100. Donkora O. N., Henrikssonb A., Vasiljevica T., Shaha N. P. Effect of acidification on the activity of probiotics in yoghurt during cold storage // International Dairy Journal. 2005. - V. 10. - N.l. - P. 1-9.

101. Duboc F., Mollet B. Application of exopolysaccharides in the dairy industry // Int. Dairy J. 2001. - V.76. - N. 11. - P.759-768.

102. Dutka-Malen S., Evers S., Courvalin P. Detection of glycopeptide resistance genotypes and identification to the species level of clinically relevant enterococci by PCR // J. Clin. Microbiol. 1995. - V.33. - N.2. -P.24 -27.

103. Eaton T.J., Gasson M.J. Molecular screening of Enterococcus virulens determinants and potential for genetic exchange between food and medical isolates // Appl. and Environ. Microbiol. 2001. - V.67. - N.3. - P. 16281635.

104. Eaton T.J., Gasson M.J. Molecular screening of Enterococcus virulens determinants and potential for genetic exchange between food and medical isolates // Appl. and Environ. Microbiol. - 2001. - V.67. - N.2. - P. 1628 -1635.

105. Eckburg, P.B., Bik, E.M., Bernstein, C.N. Diversity of the human intestinal microbial flora// Science. 2005. - V.308. -N.5728. - P. 1635-1638.

106. Elli M., Callegari M.L., Ferrari S. Survival of yogurt bacteria in human gut // Applied and environtmental microbiology. 2006. - V.72. - N.7. -P.5113-5117.

107. Facklam R., Hollis D., Collins M.D. Identification of gram-positive coccal and cocobacillary vancomicin-resistant bacteria // J. Clinic. Microbiol. 1989. -V.27. -N.4. -P.724- 730.

108. Facklam R. R. What happened to the Streptococci: overview of taxonomic and nomenclature changes // Clinical Microbiology Reviews. 2002. -V.15. - N.4. - P.613-630.

109. Facklam R.R., Padula J.F., Thacker L.G., Wortham E.C., Sconyers B.J. Presumptive identification of group. A, B, and D streptococci // Appl. Microbiol. 1974. - V.27. - N.l. - P. 107-113.

110. Facklam R.R., Thacker L.G., Fox B., Erique L. Presumptive identification of streptococci with a new test system // J. Clin. Microbiol. 1982. - V.15. -N.6. - P.987-990.

111. Farrow J.A.E., Collins M.D. DNA base composition, DNA-DNA homology and long-chain fatty acid studies on Streptococcus thermophilus and Streptococcus salivarius // J. Gen. Microbiol. 1984. - V.130. - N.4. -P.357-362.

112. Favier C.F., W.M. De Vos, and Akkermans A.D. Development of bacterial and bifidobacterial communities in feces of newborn babies // Anaerobe. -2003. V.56. -N.9. - P.219-229.

113. Fertally S.S., Facklam R. Comparison of physiologic tests used to identify non-beta-hemolytic aerococci, enterococci, and streptococci // J. Clinic. Microbiol. 1987. - V.25. -N.l. - P.1845 - 1850.

114. Fitz-Gibbon S.T., House C.H. Whole genome-based phylogenetic analysis of free-living microorganisms // Nucl. Acid. Res. 1999. - V.27. - N.4. -P.4218 — 4222.

115. Flint S. H., Ward J. H., Brooks J. D. Streptococcus waius sp. nov,, a thermophilic streptococcus from a biofilm // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. - V.49. - N.3. - P.759-767.

116. Fons M., Hege T., Ladire M., Raibaud P., Ducluzeau R., Maguin E. Isolation and characterization of a plasmid from Lactobacillus fermantumconferring erythromycin resistance // Plasmid. 1997. - V.37. - N.3. -P. 199-203.

117. Fox G.E., Wisotzkey J.D., Jurshuk P. How close is close: 16S rRNA sequene identity may not be sufficient to quarantee species identity. // Int. J. Syst. Bacteriol. 1992. - V.42. -N.2. - P. 166 - 170.

118. Fujita Y., Okamoto T., Irie R. Plasmid distribution in lactic streptococci // Agric. Biol. Chem. 1984. - V.48. -N.7. - P. 1885 - 1898.

119. Gagnaire V., Piot M., Camier B., Vissers J.P., Jan G., Leonil J. Survey of bacterial proteins released in cheese: a proteomic approach // Int. J. Food Microbiol. 2004. - V.94. - N.4. - P. 185 - 201.

120. Galli D., Lottspeich F., Wirth R. // Mol. Microbiol. 1990. - V.4. - N. 1. -P.895-904.

121. Gelsomino R., Vancanneyt M., Cogan T.M., Condon S., Swings J. Source of enterococci in a farmhouse raw-milk cheese. // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - V.68. -N.7. - P.3560 - 3565.

122. Gillespie B.E., Jayarao B.M., Oliver S.P. Identification of Streptococcus species by randomly amplified polymorphic deoxyribonucleic acid fingerprinting // J. Dairy Sci. 1997. - V.80. -N.3. - P.471^176.

123. Gilmore M.S., Segarra R.A., Booth M.C., Bogie C.P., Hall L.R., Clewell D.B. // J. Bacteriol. 1994. -V. 176. - N.2. -P.7335-7344.

124. Giraffa G, Rossetti L. Monitoring of the bacterial composition of dairy starter cultures by RAPD-PCR // FEMS Microbiol. Lett. 2004. - V.237. N.l. - C.133-138.

125. Giraffa G. Enterococci from foods // FEMS Microb. Rev. 2002. - V.26. -N.2. - P.163-171.

126. Giraffa G. Functionality of enterococci in dairy products // Int. J. Food Microbiol. 2003. - V.88. -N.2. -P.215-222.

127. Giraffa G., Chanishvili N., Widyastuti Y. Importance of lactobacilli in food and feed biotechnology // Res. Microbiol. — 2010. — V.161. N.6. — P.480-487.

128. Giraffa G., Carminati D., Neviani E. Enterococci isolated from dairy products: a review of risks and potential technological use // J. Food Prot. -1997. V.60. -N.l. - P.732-738.

129. Giraffa G., Neviani E. Molecular identification and characterisation of food-associated lactobacilli // Ital. J. Food Sci. 2000. - V.12. - N.3 -P.403- 423.

130. Giraffa G., Paris A., Valcavi L. Genotypic and phenotypic heterogeneity of Streptococcus thermophilus strains isolated from dairy products // J. Appl. Microbiol. 2001. - V.91. - N.2. - P.937 - 943.

131. Godon J.-J., Chopin M.-C., Erlich S.D. Branched-chain amino acid biosynthesis genes in Lactococcus lactis subsp. lactis. // J. Bacteriol. -1992. V.174. -N.3. - P.6580 - 6589.

132. Gonzalez C.F., Kunka B.S. Transfer of sucrose-fermenting ability and nisin production phenotype among lactic streptococci // Appl. Environ. Microbiol. 1985. - V.49. -N.l. - P.627 -633.

133. Goodfellow M., Minnikin D.E. Introduction to chemosystematics. In: Chemical Methods in Bacterial Systematics. eds. M. Goodfellow, D.E. Minnikin / London. Acad. Press. - 1985. - P. 1-16.

134. Goodfellow M., O'Donnell A.G. Handbook of New Bacterial Systematics / Eds Goodfellow M., O'Donnell A.G. / L.: Academic Press Ltd. 1993. -P.3-54.

135. Gordillo M.E., Singh K.V., Baker C.J., Murrey B.E. Typyng of group B streptococci: comparison of pulsed-field electrophoresis and conventional electrophoresis // J. Clin. Microbiol. 1993. - V.31. -N.2. - P. 1430- 1434.

136. Grimont P.A.D. Use of DNA reassociation in bacterial classification // Can. J. Microbiol. 1988. - V.34. -N.2. - P.541 - 546.

137. Grossiord B., Vaughan E.E., Leusink E., de Vos W.M. Genetics of galactose utilisation via the Leloir pathway in lactic acid bacteria // Lait. -1998. V.78. -N.4. - P.77-84.

138. Gueimonde M., Laitinen K., Salminen S., and Isolauri E. Breast milk: a source of bifidobacteria for infant gut development and maturation? // Neonatology. 2007. - V.92. -N.2. -P.64-66.

139. Gutell R.R., Larsen N., Woese C.R. Lesson from evolving rRNA: 16S and 13S rRNA structures from a comparative perspective // Microbiol. Rev. -1994. V.58. - N.2. - P. 10-26.

140. Hammes W.P., Hertel C. The genera Lactobacillus and Carnobacterium / In: Prokaryotes. 2006. - P.320-403.

141. Hashimoto J.G., Stevenson B.S., Schmidt T.M. Rates and consequences of recombination between rRNA operons // J. Bacteriol. 2003. - V.185. -N.2. - P.966-972.

142. Heller K. J. Probiotic bacteria in fermented foods: product characteristics and starter organisms // Am. J. Clin. Nutr. 2001. - V.73. - N.l. - P.374-379.

143. Higashimura M., Mulder-Bosman B., Reich R., Iwasaki T. and Robijn G.W. Solution properties of Viilian, the exopolysaccharide from Lactococcus lactis subsp. cremoris SBT 0495 // Biopolimers. 2000. — V.54. -N.2. -P.143-158.

144. Higuchi W., Muramatsu M., Dohmae S. et al. Identification of probiotic lactobacilli used for animal feeds on the basis of 16S ribosomal RNA gene sequence // Microbiol. Immunol. 2008. - V.52. -N.l 1. - P.559-63.

145. Holton J. B. Galactose disorder: an overview // J. Inherited Metab. Dis. -1990. V.13. -N.3. - P.476-486.

146. Holzapfel W.H., Haberer P., Geisen R. Taxonomy and important features of probiotic microorganisms in food and nutrition // Am. J. Clin. Nutr. -2001. V.73. -N.2. - P.365-373.

147. Huang C.H., Lee F.L., Liou J.S. Rapid discrimination and classification of the Lactobacillus plantarum group based on a partial dnaK sequence and DNA fingerprinting techniques // Antonie Van Leeuwenhoek. 2010. -V.97. — N.3. - P.289-296.

148. Huey B., Hall J. Hypervariable DNA fingerprinting in E. coli minisatellite probe from bacteriophage M13 // J. Bacteriol. 1989. - V.171. - N.3. -P.2528-2532.

149. Hulton C.S.J., Higgins C.F., Sharp P.M. ERIC sequences: a novel family of repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium, and other enterobacteria // Mol. Microbiol. 1991. - V.5. -N.2. - P.825-834.

150. Hummel A.S., Hertel C., Holzapfel W.H., Franz C.M. Antibiotic resistances of starter and probiotic strains of lactic acid bacteria // Appl. Env. Microbiol. 2007. - V.73. -N.3. - P.730-739.

151. Hutkins R. W., Morris H. A. Carbohydrate metabolism by Streptococcus thermophilus: a review // J. Food Prot. 1987. - V.50. -N.l. - P.876-884.

152. Hutkins R. W., Morris H. A., McKay L. L. Galactokinase activity in Streptococcus thermophilus // Appl. Environ. Microbiol. 1985. - V.50. -N.l. - P.777-780.

153. Hutkins R. W., Nannen N. L. pH homeostasis in lactic acid bacteria // J. Dairy Sei. 1993. - V.76. -N.2. - P.2354-2365.

154. Huys G., D'Haene K., Danielsen M., Egervärn M., Vandamme P. Phenotypic and molecular assessment of antimicrobial resistance in Lactobacillus paracasei strains of food origin // J. Food Prot. 2008. -V.71. —N.2. - P.339-344.

155. Izawa N., Hanamizu .T, Iizuka R., Sone T., Mizukoshi H., Kimura K., Chiba K. Streptococcus thermophilus produces exopolysaccharides including hyaluronic acid // J. Biosci. Bioeng. — 2009. V.107. - N.2. -P.l19-123.

156. Jang J., Kim B., Lee J., Han H. A rapid method for identification of typical Leuconostoc species by 16S rDNA PCR-RFLP analysis // J. Microbiol. Methods. 2003. - V.55. -N.l. - P.295 - 302.

157. Jeffrei S.R., Dobgosz W.J. Transport of 3-galactosides in Lactobacillus plantarum NC2 // Applied and environmental microbiology. 1990. -V.56. - N.8. - P.2484-2487.

158. Jenkins J.K., Harper W.J., Courtney P.D. Genetic diversity in Swiss cheese starter cultures assessed by pulsed field gel electrophoresis and arbitrarily primed PCR // Letters in Applied Microbiology. 2002. - V.35. - N.12. -P.423-427.

159. Jensen M. A., Webster J. A., Straus N. Rapid identification of bacteria on the basis of polymerase chain reaction-amplified ribosomal DNA spacer polymorphisms // Appl. Environ. Microbiol. 1993. - V.59. -N.4. - P.945-952.

160. Jones D. Comparison and differentiation of genus Streptococcus // Streptococci / Eds. Skinner F.A., Quesnel L.G. London: Academic Press. -1978.- P. 1-49.

161. Jorn A. Aas, Bruce J. Paster, Lauren N. Stokes, Ingar Olsen, and Floyd E. Dewhirst Defining the Normal Bacterial Flora of the Oral Cavity // J. Clin. Microbiol. 2005. - V.43. -N.ll. — P. 123-128.

162. Josephson J. The microbial "resistome" // Environ. Sci. Technol. 2006. -V.40. -N.21. - P.6531-6534.

163. Kashiwagi T., Suzuki T., Kamakura T. Lactobacillus nodensis sp. nov., isolated from rice bran // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009. - V.59. -N.l. - P.83-86.

164. Khalid N.M., Marth E.H. Lactobacilli their enzymes and role in ripening and spoilage of cheese: a review // Journal of dairy science. - 1990. - V.73. - N.2. - P.2669-2684.

165. Kilpper-Balz R., Fischer G., Schleifer K.H. Nucleic acid hybridization of group N and group D streptococci // Curr. Microbiol. 1982. - V.7. - N.2. -P.245 — 250.

166. Kindstedt P.S. Effect of manufacturing factors, composition, and proteolysis on the functional characteristics of mozzarella cheese // Crit. Rev. Food Sei. Nutr. 1993. - V.33. -N.l. - P. 167-187.

167. Klappenbach J.A., Dunbar J.M., Schmidt T.M. rRNA operon copy number reflects ecological strategies of bacteria // Appl. Environ. Microbiol. -2000. V.66. - N.2. - P.1328-333.

168. Klappenbach J.A., Saxman P.R., Cole J.R., Schmidt T.M. rrndb: the ribosomal operon copy number database // Nucleic Acids Res. 2001. -V.29. -N.2. - P.181-184.

169. Klein G., Pack A., Bonaparte C., Reuter G. Taxonomy and physiology of probiotic lactic acid bacteria // Int. J. Food Microbiol. 1988. - V.41. -N.3. - P.103-125.

170. Knauf H.J., Vogel R.F., Hammes W.P. Cloning, sequencing, and phenotypic expression of catA, which encodes the catalase of Lactobacillus sakei LTH667 // Applied and environmental microbiology. 1992. - V.58. N.3. - P.832-839.

171. Knight G.C., Nicol R.S., McMeekin T.A. Temperature step changes: a novel approach to control biofilms of Streptococcus thermophilus in a pilot plant-scale cheese-milk pasteurisation plant // Int. J. Food Microbiol. -2004. V.93. -N.3. - P.305- 318.

172. Kuhler G., Ludwig W., Schleifer K.H. Differentiation of lactococci by rRNA gene restriction analysis // FEMS Microbiol. Lett. 1991. - V.68. -N.3. - P.307-312.

173. Kumar S., Tamura K. Nei M. MEGA: molecular evolutionary genetic analysis, version 1.0. / The Pennsylvania State University. University Park. - PA. - 1993.

174. Kwon D.-H., El-Zaatari F.A.K., Woo J.-S., Perng C.-L., Graham D.Y., Goo M.F. Rep-PCR fragments as biomarkers for differentiating gastroduodenal disease-specific Helicobacter pylori // Dig. Dis. Sci. -1998. V.43. - N.2. - P.980-987.

175. Lan R., Reeves P.R. Gene transfer is a major factor in bacterial evolution // Mol. Biol. Evol. 1996. - V.13. -N.l. - P.47-55.

176. Lan R., Reeves P.R. Intraspecies variation in bacterial genomes: the need for a species genome concept // Trends Microbiol. 2000. - V.8. — N.9. -P.396-401.

177. Lancefield R.C. A serological differentiation of human and other group of streptococci // J. Exp. Med. 1933. - V.59. -N.2. - P.441-458.

178. Lane D.J. 16S/23S rRNA sequencing. In Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics / Edited by E. Stackebrandt & M. Goodfellow. -1991. Chichester: Wiley.- P.115-175.

179. Larkin M. Probiotics strain for credibility // The Lancet. 1999. - V.354. -N.l. - P.1884-1889.

180. Le Bourgeois P., Lautier M., Mata M., Ritzenthaler P. Physical and genetic map of the chromosome of Lactococcus lactis subsp. lactis IL1403 // J. Bacteriol. 1992. - V.174. -N.21. - P.6752-6762.

181. Le Bourgeois P., Lautier M., Ritzenthaler P. Chromosome mapping in lactic acid bacteria // FEMS Microbiology Reviews. 1993. - V.12. - N.3. - P.109-124.

182. Le Bourgeois P., Mata M., Ritzenthaler P. Genome comparison of Lactococcus strains by pulsed-field gel electrophoresis // FEMS Microbiol. Lett. 1989. - V.50. -N.l. - P.65-69.

183. Lebeer S., Vanderleyden J., De Keersmaecker S.C. Genes and molecules of lactobacilli supporting probiotic action // Microbiol Mol Biol Rev. -2008. V.72. -N.4. - P.728-764.

184. Letort C., Juillard V. Development of a minimal chemically defined medium for the exponential growth of Streptococcus thermophilus // J. Appl. Microbiol. 2001. - V.91. -N.3. - P. 1023-1029.

185. Letort C., Nardi M., Garault P., Monnet Y., Juillard V. Casein utilisation by Streptococcus thermophilus results in diauxic growth in milk // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - V.68. -N.6. - P.3162-3165.

186. Liao D. Gene conversion drives within genie sequences: concerted evolution of ribosomal RNA genes in bacteria and archaea // J. Mol. Evol. 2000. V.51. - N.2. - P.305-317.

187. Lick S., Drescher K., Heller K.J. Survival of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus and Streptococcus thermophilus in the terminal ileum of fistulated Gottingen Minipigs // Appl. Environ. Microbiol. 2001. - V.67. — N.9. - P.4137-4143.

188. Lilburnl T.G., Garrity G.M. Exploring prokaryotic taxonomy // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2004. - V.54. -N.2. - P.7-13.

189. Lin C.F., Chung T.C. Cloning of erythromycin-resistance determinants and replication origins from indigenous plasmids of Lactobacillus reuteri for potential use in construction of cloning vectors // Plasmid. 1999. - V.42. -N.l. - P.31-41.

190. Liong M.T., Shah N.P. Acid and bile tolerance and cholesterol removal ability of lactobacilli strains // Journal of dairy science. 2005. - V.88. -N.2. - P.55-66.

191. Liu G., Hale G. E., Hughes C. L. Galactose metabolism and ovarian toxicity // Reprod. Toxicol. 2000. - V.14. -N.2: - P.377-384.

192. Ludwig W., Schleifer K.-H. Phylogeny of bacteria beyond the 16S rRNA standard // ASM News. 1999. - Y.65. - N.2. - P.752 - 757.

193. Ludwig W., Seewaldt E., Kilpper-Balz R., Schleifer K.H., Magrum L., Woese C.R., Fox G.E., Stakebrandt E. The phylogenic position of Streptococcus and Enterococcus // J. Gen. Microbiol. 1985. - V.131. -N.6. - P.543 - 551.

194. Lund B., Edlund C., Barkholt L., Nord C.E., Tvede M., Poulsen R.L. Impact on human intestinal microflora of an Enterococcus faeciumprobiotic and vancomicin // Scand. J. Infect. Dis. 2000. - V.32 -N.6. - P. 627-632.

195. Lupski J.R., Weinstock S. Short, interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genome // J. Bacteriol. 1992. - V.174. - N.2. - P.4525 - 4529.

196. Mac K., Wichmann-Schauer H., Peters J., Ellerbroek L. Species identification and detection of vancomycin resistance genes in enterococci of animal origin by multiplex PCR // Int. J. Food Microbiol. 2003. - V.88. -N.2. - P.305-309.

197. MacPherson, A.J., Uhr T. Induction of protective IgA by intestinal dendritic cells carrying commensal bacteria // Science. 2004. - V.303. -N.2 - P. 1662— 1665.

198. Maidak B.L., Cole J.R., Lilburn T.G., Parker C.T., Saxman P.R., Stredwick J.M., Garrity G.M., Olsen G.J., Pramanik S., Schmidt T.M., Tiedje J.M. The RDP (Ribosomal Database Project) continues // Nucleic Acid Res. 2000. - V.28. - N.2 - P.173 - 174.

199. Manes-Lazaro R., Ferrer S., Rossello-Mora R., Pardo I. Lactobacillus oeni sp. nov., from wine // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009. - V.59. - N.8. -P.2010-2004.

200. Marsh P.D., Percival R.S. The oral microflora—friend or foe? Can we decide? // Int. Dent J. 2006. - V.56. - N.2. - P.233-239.

201. Martin R., Heilig HJ., Zoetendal E.G., Jimenez E., et al. Cultivation-independent assessment of the bacterial diversity of breast milk among healthy women // Res. Microbiol. 2007. - V.56. - N.5. - P.31-37.

202. Martin, R., S. Langa, C. Reviriego, E. Jiminez, et al. The commensal microflora of human milk: new perspectives for food bacteriotherapy and probiotics//Trends Food Sei. Technol. 2004. - V.15. -N.4. -P.121-127.

203. Martinez-Murcia A.J., Collins M.D. A phylogenetic analysis of the genus Leuconostoc based on reverse transcriptase sequencing of 16S rRNA // FEMS Microbiol. Lett. 1990. - V.58. -N.l. - P.73 - 83.

204. Masaru N., Kobayashi M., and Okamoto T. Rapid PCR-Based Method Which Can Determine Both Phenotype and Genotype of Lactococcus lactis Subspecies //Appl. Environ. Microbiol. 2002. - V.68. - N.5. - P.2209-2213.

205. Mathur S., Singh R. Antibiotic resistance in food lactic acid bacteria-a review // Int. J. Food Microbiol. 2005. - V.105. -N.3. - P.281-295.

206. McMahon D.J., Oberg C.J. and McManus W., Functionality of Mozzarella cheese // Aust. J. Dairy Thecnol. 1993. - V.48. - N.5. - P.99-104.

207. Melissa P. Gut Reaction: Environmental Effects on the Human Microbiota // Environ Health Perspect. 2009. - V. 117. - N.5. - P. 198-205.

208. Mercenier A. Molecular genetics of Streptococcus thermophilus. // FEMS Microbiol. Rev. 1990. - V.7. - N.2. - P.61-77.

209. Mohn S.C., Ulvik A., Jureen R., Willems R.J., Leavis H., Harthug S., Langeland N. Duplex real-time PCR assay for rapid detection of ampicillin-resistant Enterococcus faecium // Antimicrob. Agents. Chemother. 2004. - V.48. - N.2. - P.556 - 560.

210. Monsan P., Bozonnet S., Albenne C., Joucla G., Willemot R.-M. and Remaud-Simeon M., Homopolisacharides from lactic acid bacteria. Int. Dairy J. -2001. -V.56.-N.il. -P.675-685.

211. Montel M.C, Champomier M.C. Arginine catabolism in Lactobacillus sake isolated from meat //Applied and environmental microbiology. 1987. — V.53. -N.ll. P.2683-2685.

212. Montersino S., Prieto A., Munoz R., de Las Rivas B. Evaluation of exopolysaccharide production by Leuconostoc mesenteroides strains isolated from wine // J. Food Sci. 2008. - V.73. -N.4. - P. 196-199.

213. Mora D., Fortina M.G., Parini C. et al. Genetic diversity and technological properties of Streptococcus thermophilus strains isolated from dairy products // J. Appl. Microbiol. 2002. - V.93. - N.4. - P.278 -287.

214. Morelli, L., Wright, A.V., Probiotic bacteria and transferable antibiotic resistance-safety aspects. Demonstration of the Nutritional Functionality of Probiotic // Foods News Letter. 1997. - V.45. - N.2. - P.9-14.

215. Mundt, J.O. Lactic acid streptococci / In P.H.A. Sneath, N.S. Mair, M.E. Sharpe, and J.G. Holt (ed.). / Bergey's manual of systematic bacteriology 1986. vol. 2: The Williams & Wilkins Co., Baltimore, Md. p. 1065-1066.

216. MacKay L.L. Functional properties of plasmids in lactic streptococci // Antonie van Leeuwenhoec. 1983. - V.49. -N.2. - P.259 - 274.

217. Narendranath N.V., Hynes S.H., Thomas K.C., Ingledew W.M., Effects of lactobacilli on yeast-catalyzed ethanol fermentations // Applied and environmental microbiology. 1997. - V.63. - N.ll. -P.4158-4163.

218. Nosova T., Jousimies- Somer H., Jokelainen K., Heine R., Salaspuro M. Acetaldehyd production and metabolism by human indigenous and probiotic Lactobacillus and Bifidobacterium strains // Alchohol and alchoholism. 2000. - V.35. - N.6. -P.561-568.

219. Novelli G., Reichardt K. V. Molecular basis of disorders of human galactose metabolism: past, present, and future // Mol. Genet. Metab. -2000. V.71.-N.2.-P.62-65.

220. Ogier J.C., Son O., Gruss A., Tailliez P., Delacroix-Buchet A. Identification of the bacterial microflora in dairy products by temporal temperature gradient gel electrophoresis // Appl. Environ. Microbiol. -2002. V.68. -N.3. - P.3691—3701.

221. Olive D.M., Bean P. Principles and applications of methods for DNA-based typing of microbial organisms: minireview // J. Clin. Microbiol. -1999. V.37. -N.6. - P.1661-1669.

222. Olsen G.J., Larsen G., Woese C.R. The ribosomal RNA database project // Nucleic Acid Res. 1991. - V. 19. - N. 1. - P.2017 - 2021.

223. O'sullivan D.J., Klaenhammer T.R. Rapid Mini-Prep Isolation of High-Quality Plasmid DNA from Lactococcus and Lactobacillus spp. // Appl. Environ. Microbiol. 1993. - V.59. -N.8. - P.2730-2733.

224. O'Sullivan T., Daly C. Plasmid DNA in Leuconostoc species // Irish J. Food Sci. Technol. 1982. - V.6. - N.2. - P.206-211.

225. O'Sullivan T.F., Fitzgerald G.F. Comparison of Streptococcus thermophilus strains by pulse field gel electrophoresis of genomic DNA // FEMS Microb. Lett. 1998. - V.168. -N.2. - P.213-219.

226. Ottogalli G., Galli A., Dellagllio F. Taxonomic relations between Streptococcus thermophilus and some other streptococci // J. Dairy Res. -1979. V.46. — N.5. - P. 127—131.

227. Pace N.R. New perspective on the natural microbial world: molecular microbial ecology // Feature. 1996. - V.62. - N.2. - P.463 - 470.

228. Pereira D. I. A., Gibson G. R. Cholesterol assimilation by lactic acid bacteria and Bifidobacteria isolated from the human gut // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - V.68. -N.9. - P.4689-4693.

229. Perez P.F., J. Dore, M. Leclerc, F. Levenez, et al. Bacterial imprinting of the neonatal immune system: lessons from maternal cells? // Pediatrics. -2007.- V. 119. N. 1. - P.724-732.

230. Perreten V., Vorlet-Fawer L., Slickers P., Ehricht R., Kuhnert P. and Frey J. Microarray-based detection of 90 antibiotic resistance genes of Grampositive bacteria // J. Clin. Microbiol. 2005. - V.43. - N.3. - P.2291-2302.

231. Peterson S. D., Marshall R. T., Nonstarter lactobacilli in cheddar cheese: a review// Journal of dairy science. 1990. - V.73.-N.1.-P.1395-1410.

232. Poolman B. Energy transduction in lactic acid bacteria // FEMS Microbiol. Rev. 1993. - V.12. -N.2. - P. 125-148.

233. Poznanski E., Cavazza A., Cappa F., Cocconcelli P.S. Indigenous raw milk microbiota influences the bacterial development in traditional cheese from an alpine natural park // Int. J. Food Microbiol. 2004. - V.92. - N.2. -P.141 - 151.

234. Prodelalov J., Spanov A., Rittich B. Application of PCR, rep-PCR and RAPD techniques for typing of Lactococcus lactis strains // Folia Microbiol (Praha). -2005. V.50. -N.2. - P. 150-154.

235. Rajilic-Stojanovic, M., Smidt, H. & de Vos, W. M. Diversity of the human gastrointestinal tract microbiota revisited // Environ. Microbiol. 2007. -V.9.-N.9. -P. 2125-2136.

236. Renault P., Gaillardin C., Heslot H, Role of malolactic fermentation in lactic acid bacteria // Biochemie. 1988. - V.70. -N.2. -P.375-379.

237. Rodrigues U., Collins M.D. Phylogenetic analysis of Streptococcus saccharolyticus based on 16S rRNA sequencing // FEMS Microbiol. Lett. -1990. V.59. -N.l. - P.231 -234.

238. Rogosa M., Mitchell J.A., Wiseman R.F. A selective medium for the isolation and enumeration of oral and fecal lactobacilli // Journal of bacteriology. 1951. - V.62. -N.6. - P. 132-133.

239. Romano A.H., Trifone J.D., Brustolon M. Distribution of the phosphoenolpyruvaterglucose phosphotransferase system in fermentative bacteria // Journal of bacteriology. 1979. - V. 139. - N. 1. - P.93-97.

240. Rossello-Mora R., Amann R. The species concept for prokaryotes // FEMS Microbiol. Rev. 2001. - V.25. - N.4. - P.39-67.

241. Rossetti L., Giraffa G. Rapid identification of dairy lactic acid bacteria by M13-generated, RAPD-PCR fingerprint databases // J. Microbiol. Methods. 2005. - V.63. - N.2. - P. 135-144.

242. Roussel Y., Colmin C., Simonet J.M., Decaris B. Strain characterization, genome size and plasmid content in the Lactobacillus acidophilus group (Hansen and Mocquot) // J. Appl. Bacteriol. 1993. - V.74. - N.5. - P.549-556.

243. Roussel Y., Bourgoin F., Guedon G. Analysis of the genetic polymorphism between three Streptococcus thermophilus strains by comparing their physical and genetic organization // Microbiology. 1997. - V. 143. - N.2. -P.1335-1343.

244. Roussel Y., Pebay M., Guedon G., Simonet J.M., Decaris B. Physical and genetic map of Streptococcus thermophilus A054. // J. Bacteriol. 1994. -V.176. - N.24. - P.7413.-7422.

245. Ruoff K.L., Ferraro M.J., Holden J., Kunz L.J. Identification of Streptococcus bovis and Streptococcus salivarius in clinical laboratories // J. Clin. Microbiol. 1984. - V.20. -N.l. - P.223-226.

246. Saarela M., Mogensen G., Fonden R., Matto J., Mattila-Sandholm T. Probiotic bacteria: safety, functional and technological properties // J. Biotechnol. -2000. — V.84. -N.3. P.197-215.

247. Saidet J.A.O., Gilliland S.E. Antioxidative activity of lactobacilli measured by oxygen radical absorbence capacity // Journal of dairy science. 2005. - V.88. — N.2. — P. 1352-1357.

248. Salama M., Sandine W., Giovannoni S. Development and application of oligonucleotide probes for identification of Lactococcus lactis subsp. cremoris. Appl Environ Microbiol. 1991. - V.57. -N.5. -P.1313-1318.

249. Salzano G, Moschetti G, Villani F, Coppola S. Biotyping of Streptococcus thermophilus strains by DNA fingerprinting // Res. Microbiol. 1993. -V.144. —N.5. - P.381-387.

250. Sanz Y., Sanchez E., Marzotto M., Calabuig M. Differences in faecal bacterial communities in coeliac and healthy children as detected by PCR and denaturing gradient gel electrophoresis // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2007. - Y.51. -N.3. - P.562-568.

251. Schleifer K.H., Ehrmann M., Krusch U. Neve H. Revival of the species Streptococcus thermophilus (ex Orla-Jensen, 1919) nom. rev. // Syst. Applied Microbiol. 1991. - V.14.-N.2. - P.386-388.

252. Schleifer K.H., Kilpper-Balz R. Molecular and chemotaxonomic approaches to the classification of streptococci, Enterococci and Lactococci: a rewiew // System. Appl. Microbiol. 1987. - V.10. - N.l. -P.l-19.

253. Serio A, Paparella A, Chaves-Lopez C, Corsetti A, Suzzi G. Enterococcus populations in Pecorino Abruzzese cheese: biodiversity and safety aspects //J. Food Prot. 2007. - V.70. -N.7. - P. 1561-1568.

254. Servin A.L. Antagonistic activities of lactobacilli and bifidobacteria against microbial pathogens // FEMS microbiology reviews. 2004. -V.28. — N.2.- P.405-440.

255. Shah N.P., Ravula R.R. Infuence of water activity on fermentation, organic acids production and viability of probiotic bacteria // Australian Journal of Dairy Technology. 2000. - V.55. - N.2 - P. 127-131.

256. Sherman J.M. The Streptococci // Bacteriol. Rev. 1937. - V.l. - N.2. - P. 3-97.

257. Sherman J.M., Wing H.U. Streptococcus durans nov. sp. // J. Dairy Sci. 1937. V.20. -N.l. - P. 165-167.

258. Siegumfeldt H., Rechinger K. B., Jakobsen M. Dynamic changes of intracellular pH in individual lactic acid bacterium cells in response to a rapid drop in extracellular pH // Appl. Environ. Microbiol. 2000. - V.66. -N.6. - P.2330-2335.

259. Snel B., Bork P., Huynen M.A. Genome phylogeny based on gene content //Nat. Genet. 1999.-V.21.-N.1.- P.108-110.

260. Stackebrandt E., Goebel B.M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present definition in bacteriology // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. - Y.44. - N.2. - P.846-849.

261. Starshinova N.V., Filimonova M.N. Nuclease biosynthesis and growth of Serratia marcescens in the presence of 2-(p-Aminobenzenesulfonamide)-thiazole //Microbiology. 2004. - V.56. -N.3. - P.64-80.

262. Stecchini M.L., Del Torre M., Munari M. Determination of peroxy radical-scavenging of lactic acid bacteria // International journal of microbiology. -2000. V.64. - N.2. - P. 183-188.

263. Stern M.J., Ames G.F.L., Smith N.H., Robinson E.C., Higgins C.F. Repetitive extragenic palindromic sequences: a major component of the bacterial genome // Cell. 1984. - V.37. -N.2. - P.825-834.

264. Stingele F., Neeser J.-R., and Mollet B. Identification and characterization of the eps (exopolysaccharide) gene cluster of Streptococcus thermophilus Sfi6 //J. Bacteriol. 1996. -V. 178. -N.2. - P. 1680-1690.

265. Stingele F., Newel J. and Neeser J. Unraveling the function of glycosyltransferases in Streptococcus thermophillus Sfi6 // Journal of Bacteriology. 1999.- V.181. -N.4.-P.6354-6360.

266. Su Y.A., Sulavik M.C., He P., Makinen K.K., Makinen P-L., Fiedler S., Wirth R., Sutherland I.W. Bacterial exopolysaccharides // Adv. Microbiol. Physiol. 1972. - V.8. -N.l. -P.143-213.

267. Sybesma W., Starrenburg M., Tijsseling L., Hoefnagel M.H., Hugenholtz J. Effects of cultivation conditions on folate production by lactic acid bacteria // Appl Environ Microbiol. 2003. - V.69. -N.8. - P.4542-4548.

268. Talwalkar A., Kailasapathy K. Metabolic and biochemical responses of probiotic bacteria to oxygen // Journal of dairy science. 2003. - V.86. -N.l. — P.2537-2546.

269. Tanskanen E.I., Tulloch D.L., Hiller A. J., Davidson B. E. Pulsed-field gel electrophoresis of Smal digests of lactococcal genomic DNA, a novel method of strain identification // Appl. Environ. Microbiol. 1990. - V.56. -N.10. - P.3105-3111.

270. Teanpaisan R., Hintao J., Dahlen G. Oral Lactobacillus species in type 2 diabetic patients living in southern Thailand // Anaerobe. 2009. - V.15. -N.4. - P. 160-163.

271. Tekaia F., Lazcano A., Dujon B. The genomic tree as revealed from whole proteome comparisons // Genome Res. 1999. - V.9. — N.4. - P.550-557.

272. Terzic-Vidojevic A Vukasinovic M, Veljovic K, Ostojic M, Topisirovic L. Characterization of microflora in homemade semi-hard white Zlatar cheese // Int. J. Food Microbiol. 2007. - V. 114. - N. 1. - P.36-42.

273. Tettelin H. Streptococcal genome provide food for thought // Nature Biotechnology. 2004. - V.22. - N.12. - P.1523-1524.

274. Teuber M., Schwarz F., Perreten V. Molecular structure and evolution of the conjugative multiresistance plasmid pRE25 of Enterococcus faecalis isolated from a raw-fermented sausage // Int. J. Food Microbiol. 2003. -V.88. -N.2. - P.325-329.

275. Torriani S., Zaparolli G., Dellaglio F. Use of PCR-based methods for rapid differentiation of Lactobacillus delbrueckii subs, bulgaricus and L. delbrueckii subs, lactis // Appl. Environ. Microbiol. 1999. - Y.65. -N.10. - P.4351-4356.

276. Turgeon N., Frenette M., Moineau S. Characterization of a theta-replicating plasmid from Streptococcus thermophilus // Plasmid. 2004. -V.51. —N.l. - P.24 -36.

277. Turgeon N., Moineau S. Isolation and characterization of a Streptococcus thermophilus plasmid closely related to the pMV158 family. // Plasmid. -2001.-V.45. N.3. - P.171-183.

278. Ursing J.B., Rossello-Mora R.A., Garcia-Valdes E., Lalucat J. Taxonomic note: a pragmatic approach to the nomenclature of phenotypically similar genomic groups // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. - V.45. -N.2. - P.604-610.

279. Vadeboncoeur C., Moineau S. The relevance of genetic analysis to dairy bacteria: building upon our heritage // Microbial Cell Factories. 2004. -V.3. -N.3. - P.15-18.

280. Vaillancourt K., LeMay J. D., Lamoureux M., Frenette M., Moineau S., Vadeboncoeur C. Characterization of a galactokinase-positive recombinant strain of Streptococcus thermophilus // Appl. Environ. Microbiol. 2004. -V.70. — N.4. - P.4596-4603.

281. Van de Guchte M., Serror P., Chervaux C. Stress responses in lactic acid bacteria// Antonie van Leeuwenhoek. 2002. - V.45. -N.2. - P.187-216.

282. Vancanneyt M., Snauwaert C., Cleenwerck I., Baele M., Descheemaeker P., Goossens H., Pot B., Vandamme P., Swings J., Haesebrouck F.,

283. Devriese L.A. Enterococcus villorum sp. nov., an enteroadherent bacterium associated with diarrhea in piglets // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. - V.51. -N.2. - P.393^100.

284. Vandamme P., Pot B., Gilis M., De Vos P., Swings J. Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics // Microbiol. Rev. 1996. V.60. -N.4. - P.407-438.

285. Vaughan E.E., van den Bogaard P.T.C., Catzeddu P., Kuipers O.P., de Vos W.M. Activation of silent gal genes in the lac-gal regulon of Streptococcus thermophilus//J. Bacteriol. -2001. V.183. -N.2. - P. 1184-1194.

286. Veljovic K., Terzic-Vidojevic A., Vukasinovic M., Strahinic I., Begovic J., Lozo J., Ostojic M., Topisirovic L. Preliminary characterization of lactic acid bacteria isolated from Zlatar cheese // J. Appl. Microbiol. 2007. -V.103. —N.6. - P.2142-2152.

287. Ventura M., O'Flaherty S., Claesson J. Genome-scale analyses of health-promoting bacteria: probiogenomics // Nat. Rev. Microbiol. 2009. - V.7. -N.l. - P.61-71.

288. Ventura M. and Zink R. Rapid identification, differentiation, and proposed new taxonomic classification of Bifidobacterium lactis // Appl. Environ. Microbiol. 2002. - V.68. -N.12. - P.6429-6434.

289. Walter, J. The microecology of lactobacilli in the gastrointestinal tract / In G. W. Tannock (ed.), Probiotics & prebiotics: scientific aspects / 2005. -Caister Academic Press. Norfolk. - United Kingdom. - P.51-82.

290. Ward L.J., Brown J.C., Davey G.P. Two methods for the genetic differentiation of Lactococcus lactis ssp. lactis and cremoris based on differences in the 16S rRNA gene sequence // FEMS Microbiol. Lett. -1998. V. 166. - N. 1.- P. 15-20.

291. Welman A. and Maddox S. Exopolysaccharides from lactic acid bacteria: perspectives and challenges // Trends Biotechnol. 2003. - V.21. - N.2. -P.269-274.

292. Welman A.D. and Maddox I.S. Exopolysaccharides from lactic acid bacteria: perspectives and challenges // Trends Biotechnol. 2003. - V.21. -N.2.-P.269-274.

293. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers // Nucleic Acids Res. 1990. - V.18. -N.2. - P.7213-7218.

294. Whilei R.A., Hardie J.M. Streptococcus vestibularis sp. nov. from the human oral cavity // Int. J. Syst. Bact. 1988. - V.38. -N.4. - P.335-339.

295. Whiley R.A., Beighton D. Current classification of the oral streptococci // Oral Microbiol. Immunol. 1998. - V.13. -N.4. - P.195:216.

296. Williams J. G., Kubelik A. R., Livak K. J., et al. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful genetic markers // Nucleic Acids Res. 1990. - V.18. -N.3. - P.6531-6535.

297. Woese C.R. Bacterial evolution // Microbiol. Rev. 1987. - V.51. - N.2. -P.221-271.

298. Wolf G., Arendt E.K., Pfahler U., Hammes W.P. Heme-dependent and heme-independent nitrite reduction by lactic acid bacteria results in different N-containing products // International journal of food microbiology. 1990. - V.10. -N.l. -P.323-329.

299. Wright G.D. The antibiotic resistome: the nexus of chemical and genetic diversity//Nat. Rev. Microbiol. 2007. - V.5. -N.3. - P. 175-186.

300. Wright G.D. Q&A: Antibiotic resistance: where does it come from and what can we do about it? //BMC Biol. 2010. - V.20 -N.8. - P.123-129.

301. Yoon J.H, Kang S.S., Cho Y.G., Lee S.T., Kho Y.H., Kim C J., Park Y.H. Rhodococcus pyridinivorans sp. nov., a pyridine-degrading bacterium // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. - V.50. -N.2. - P.2173 - 2180.

302. Yother, J., Trieu-Cuot, P., Klaenhammer, T.R., de Vos, W.M. Genetics of streptococci, lactococci, and enterococci: review of the Sixth International Conference // Journal of Bacteriology. 2002. - V.184. - N.22. - P.6085-6092.

303. Young J.M. Implications of alternative classifications and horizontal gene transfer for bacterial taxonomy // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. -V.51. — N.3. - P.945-953.

304. Zhang W., Yu D., Sun Z., Chen X., Bao Q., Meng H., Hu S., Zhang H. Complete nucleotide sequence of plasmid plac36 isolated from Lactobacillus casei Zhang//Plasmid. 2008. - V.60. -N.2. - P.131-135.

305. Zhang Z., Schwartz S., Wagner L. and Miller W. A greedy algorithm for aligning DNA sequences // J. Comput. Biol. 2000. - V.7. - N.l. - P.203-214.

306. Zourari A., Accolas J. P., Desmazeaud M. J. Metabolism and biochemical characteristics of yogurt bacteria. A review // Lait. 1992. V.72. - N.3. - P. 1-8.1. БЛАГОДАРНОСТИ

307. Выражаю глубокую благодарность и признательность всем участникам совместных исследований.