Молекулярно-генетическая идентификация карбонизированных зерновок ячменя из раскопов Усвятского городища (XII век) на территории современной Псковской области тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Семилет Татьяна Вячеславовна

• Семилет Татьяна Вячеславовна
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Семилет Татьяна Вячеславовна

Оглавление

Оглавление

Список сокращений

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Изучение древней ДНК ископаемых останков живых организмов

1.2. Палеогенетические исследования древней ДНК зерновых

1.3. Видоспецифические признаки зерновых, выявляемые морфологическим анализом зерновок

1.4. Анализ участков генома для выявления генетического сходства древних

и современных растений

1.5. Гены доместикации, ассоциированные с хозяйственно-ценными признаками ячменя

1.5.1 Гены, определяющие архитектонику колоса

1.5.2 Гены, ассоциированные с адаптивным потенциалом растений

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1. Материалы исследования

2.1.1. Карбонизированные зерновки Усвятского городища

2.1.2. Современные образцы ячменя мировой коллекции ВИР

2.2. Методы исследования

2.2.1. Морфологический метод определения видовой принадлежности зерновых

по анализу микрорельефа зерновок

2.2.2. 1п зШсо анализ генов, ассоциированных с хозяйственно ценными признакамия ячменя

2.2.3. Молекулярно-генетические методы исследования. Изолирование современной и древней ДНК

2.2.4. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

2.2.5. Электрофорез в агарозном геле

2.2.6. Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля и секвенирование по методу Сэнгера 55 Глава 3. Результаты исследования

3.1. Морфологический анализ семян XII века. Определение их видовой принадлежности 57 3.2 Получение препаратов древней ДНК. Постановка рефрагментации образцов древней ДНК

3.3. Поиск и анализ однонуклеотидного полиморфизма для оценки генетического сходства древних и современных образцов ячменя

3.3.1 Исследование локуса ранней зрелости древнего и современных образцов ячменя коллекции ВИР

3.3.2 Поиск однонуклеотидного полиморфизма в кодирующих последовательностях генов биосинтеза флавоноидных соединений

3.4. Изучение у древнего ячменя XII века генов доместикации, ассоциированных с архитектоникой колоса

3.4.1. Определение аллельного состояния гена Nud древнего ячменя

3.4.2. Изучение генов Ыг1 и Ыг2 древнего ячменя XII века

3.4.3. Определение рядности колоса ячменя, возделываемого на территории Усвятского городища в XII веке 80 ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ 83 4.1 Современные подходы к изучению палеоматериала. Морфологический и молекулярно-генетические анализы древних зерновок

4.2. Однонуклеотидный полиморфизм генов как важная составляющая определения генетического сходства и выявления родства современных и древних организмов

4.3. Реконструкция архитектоники колосьев древних зерновых и определение такономической группы 90 Заключение

Выводы

Список литературы

Приложение 1. Перечень праймеров, использованных в работе

Приложение 2. Организация помещений для работы с дДНК

Приложение 3. Подробный протокол изолирования древней ДНК ячменя с модификациями

Приложение 4. Справки о внедрении результатов

Список сокращений

AFLP - Полиморфизм длин амплифицированных фрагментов (Amplified fragment length polymorphism) aDNA - древняя ДНК (ancient DNA) дДНК - древняя ДНК

Adh2 - алкоголь дегидрогеназа 2 (Alcohol dehydrogenase 2)

Btr - гены, ассоциированные с ломколосостью ячменя (от англ. brittle rachis)

Btrl (Non-brittle rachis 1) и Btr2 (Non-brittle rachis 2)

Chi - ген, кодирующий халконфлаванонизомеразу (Chalcone-flavanone

isomerase)

CHI -халконфлаванонизомераза (Chalcone-flavanone isomerase) Chs - ген, кодирующий халконсинтазу (Chalcone synthase) Chs - Халконсинтаза (Chalcone synthase)

Dfr - ген, кодирующий дигидрофлавонол 4-редуктазу (Dihydroflavonol reductase)

DFR - дигидрофлавонол 4-редуктаза (Dihydroflavonol reductase) dNTP - дезоксирибонуклеотидтрифосфаты

Elf3 - ген, регулирующий время цветения ячменя (Early flowering 3)

F3h - флаванон 3-гидроксилаза (Flavanone-3-hydroxylase)

HGP - Промотор гена высокомолекулярной субъединицы глютенина (The high

molecular weight glutenin subunit gene promoter)

Nud - ген, контролирующий пленчатость зерновок ячменя (от англ. Nudum) NCBI - Национальный центр биотехнологической информации (National Center for Biotechnology Information)

SNP - однонуклеотидный полиморфизм (Single Nucleotide Polymorphism) ПЦР -Полимеразная цепная реакция PTB - (N-phenylacyl thiazolium bromide)

Vrs - гены, контролирующие рядность колоса ячменя (от англ. Six-Rowed Spike)

п.н. - пара нуклеотидов ФТ - фактор транскрипции

Введение

Актуальность исследования

Вопросы возникновения и доместикации культурных растений в силу сложности и многоэтапности эволюционных процессов являются не до конца изученными, оставляя пробелы в понимании культуры и быта наших предков. Огромное внимание истории земледелия уделял Николай Иванович Вавилов, комплексно исследуя очаги мирового разнообразия культурных растений и территории современного на тот момент растениеводства (Вавилов, 1924; 1927). Генетический материал, привлеченный им в мировую коллекцию культурных растений и их диких родичей, позволил охарактеризовать существующее агробиоразнообразие и пролить свет на происхождение многих таксонов. Помимо мирового генофонда культурной флоры, сохраняемой в живом виде, важными артефактами, позволяющими уточнять филогенетические взаимоотношения, происхождение и пути распространения культурных растений, служат карбонизированные остатки, найденные археологами на территориях древних поселений. Наряду с идентификацией древнего материала по морфологическим признакам, которая зачастую невозможна из-за поверхностного повреждения семян, сегодня, для исследования археологических находок растительного происхождения, все чаще применяются методы молекулярной генетики (Blatter et al., 2002; Elbaum et al., 2006; Hansson et al., 2008; Kistler et al., 2015; Filatova et al., 2021; Perez-Escobar et al., 2022). Исследования исторических памятников широко проводятся на территории Дуги плодородия и в ряде других очагов мирового земледелия (Fuller et al., 2007; Brown et al., 2009; Bilgic et al., 2016). Вместе с тем пути распространения культурных растений в северные широты и, в том числе, связанная с этим история земледелия в ранние века становления нашего отечества, до настоящего времени исследовалась лишь при помощи методов идентификации по морфологическим признакам. Анализ древней ДНК образцов растений, найденных на территории России, до настоящей работы не

был известен. Вместе с тем все новые археологические находки представляют интерес для комплексных исследований, включая методы палеогенетики. Так, большое количество растительных остатков было обнаружено археологами в 2019 году на территории Усвяты в Псковской области. В результате исследования Усвятского городища, датированного XII веком, и анализа почвенного слоя было найдено скопление карбонизированных семян. Первичный морфологический анализ выявил особенность находки - высокую долю зерна, относящихся к роду ИоМвит L. (ячмень), в сравнении с родами ТгШеит L. (пшеница) и 8веа!в L. (рожь), но при этом не позволил определить близость к культурному или дикому ячменю. Разрушенные зерновки невозможно было однозначно идентифицировать с точностью до рода. Поэтому, кроме морфологического метода потребовалось применение современных палеогенетических подходов для уточнения таксономической принадлежности артефактов. А с учетом расположения Усвят на пути «из варяг в греки» интерес представляло сравнение с образцами ячменя различного географического происхождения, сохраняемыми в живом виде в коллекции ВИР.

Цель и задачи работы

Цель настоящей работы - идентифицировать и охарактеризовать при помощи морфологического и молекулярно-генетического анализов карбонизированные остатки растений ячменя из раскопов Усвятского городища.

Задачи работы :

1) Провести разбор и определение таксономической принадлежности при помощи морфологического анализа ископаемых остатков растений из раскопок Усвятского городища (XII век).

2) На основе модификации методов выделения древней ДНК (дДНК) разработать и валидировать протокол получения препаратов дДНК зерновых культур для дальнейшего проведения ПЦР и секвенирования по Сэнгеру.

3) Разработать подход для молекулярно-генетической идентификации карбонизированных остатков ячменя среди древних семян растений, степень разрушенности которых не позволяет определить видовую принадлежность при морфологическом анализе зерновок.

4) Определить возможность использования результатов секвенирования ген-специфичных ампликонов для сравнительной оценки генетического сходства древних и современных образцов ячменя.

5) При помощи анализа полиморфизма нуклеотидных последовательностей фрагментов генов ЫМ. ¥^1. Е1т1 и Ыт2 реконструировать морфологию колоса ископаемых растений ячменя, выявленных при раскопках Усвятского городища.

Научная новизна

Впервые проведено комплексное палеогенетическое исследование исторического материла культурных растений, используемых в XII веке на Северо-Западе Руси. Предложен новый метод (ПЦР-тест) для идентификации остатков растительного материала, относящегося к роду ИоМвиш. Впервые на основе изучения аллельного состояния «генов доместикации» (Ыий., У^1, Ыт1. Ыг2) карбонизированных зерновок ячменя реконструирована морфология колоса исторической находки на территории России. В результате установлено, что в хозяйственной деятельности изучаемого городища в XII веке использовался компонент смеси, представленный семенами от растений двурядного пленчатого ломкоколосого ячменя, таксономическая принадлежность которого указывает на «завозной» (с более южных территорий) характер смеси находящееся на пути «из варяг в греки» городище Усвяты.

Теоретическая и практическая значимость работы

Результаты проведенного комплексного палеогенетического исследования. указывающие на происхождение скопления зерен ячменя, найденного при раскопках Усвятского городища XII века, а именно на их завозной характер и характеризующие биологические особенности

найденного материала, а именно - сходство с Hordeum spontaneum C. Koch по морфологии колоса, имеют теоретическое значение для выявления деталей традиций ведения хозяйства и логистических связей Усвят с южными регионами, для уточнения таксономических и биологических особенностей археологического растительного материала и для развития междисциплинарных исследований на стыке археологии и генетики культурных растений в целом.

Разработанные в ходе исследования протокол получения препаратов дДНК зерновых культур, метод ПЦР-тестирования для установления таксономической принадлежности, а также способ сравнительной оценки генотипов древних и современных образцов ячменя, имеют практическое значение для дальнейшего развития работ по палеогенетике культурных растений.

Полученные результаты используются в образовательных программах магистратуры в Университете «Сириус» и в курсах дополнительных образовательных программ ВИР.

Методология и методы исследования

Методология исследования основана на современных естественнонаучных подходах, анализе теории и поиске новых разработок, применяемых в биологии. Использован ряд методов: морфологический анализ (анализ формы и поверхности семян), молекулярно-генетические методы (изолирование современного и древнего генетического материала, проверка качества препаратов спектрофотометрическим методом, рефрагментация дДНК, постановка ПЦР, проверка результатов амплификации электрофоретическим методом, элюция фрагментов гена и секвенирование по методу Сэнгера), аналитический (in silico анализ полногеномных баз данных: поиск аннотированных референсных последовательностей и мутаций в генах интереса, конструирование праймеров, выравнивание прочтений и поиск идентичных участков последовательностей нуклеиновых кислот).

Положения, выносимые за защиту

1) Разработанный ПЦР-тест "HORDELF" позволяет определить принадлежность разрушенных карбонизированных остатков, не пригодных к морфологическому анализу зерновок, к роду Hordeum L.

2) Ископаемый материал Усвятского городища (XII век) принадлежит, согласно данным молекулярного анализа генов Nud, Vrsl, Btrl и Btr2, ячменю, имеющему двурядный ломкий колос с пленчатыми зерновками.

Степень достоверности и апробация результатов Достоверность результатов обеспечена проведением исследований с использованием классических и современных методик, согласно правилам и требованиям работы с древней ДНК, а также использованием высокотехнологичного оборудования. Результаты подтверждаются их воспроизводимостью в ходе эксперимента. Интерпретация данных, научные положения и сформулированные выводы подкреплены иллюстративным материалом, таблицами и рисунками. Результаты исследования опубликованы в международных и отечественных изданиях, рекомендованных высшей аттестационной комиссией РФ (ВАК).

Результаты диссертационного исследования представлены на международных конференциях: XXXV научная конференция «Новгород и Новгородская земля. История и археология», посвященной 80-летию А.С. Хорошева (г. Великий Новгород, 26-29 января, 2021 г.); V International Conference «Modern problems of genetics, radiobiology and evolution (2021)» dedicated to N.W. Timofeeff-Ressovsky and his scientific school (Армения, 5-9 октября, 2021); Plantgen (г. Казань, 10-15 июня, 2023 г.); научный семинар «Палеогенетика» (г. Санкт-Петербург, 30 ноября, 2023 г.); заседание Русского ботанического общества (г. Санкт-Петербург, 25 апреля, 2024 г.); IV Международный биотехнологический форум BioAsia Altai2024 (г. Барнаул, 23-28 сентября, 2024 г.); ВИР-130 Генетические ресурсы растений (г. Санкт-Петербург, 05-09 ноября, 2024 г.).

Публикации: Результаты исследования опубликованы в четырех статьях в журналах, рекомендованных ВАК, и входящих в международные системы цитирования Scopus и Web of Science.

Работа выполнена в рамках темы НИР № 0481-2022-0007 «Выявление новых генетических маркеров селекционно значимых свойств и новых аллельных вариантов хозяйственно ценных генов в генофонде культурных растений и их диких родичей при помощи геномных и постгеномных технологий».

Благодарности.

Автор выражает огромную благодарность своему научному руководителю и коллегам, способствовавшим реализации исследования. Автор глубоко признателен научному консультанту к.б.н. Шипилиной Л.Ю. и сотрудникам отдела агроботаники и in situ сохранения генетических ресурсов растений. Автор выражает благодарность к.и.н., Еремееву И.И. с.н.с. отдела славяно-финской археологии ИИМК РАН за предоставленный материал.

Личный вклад автора

Основная часть исследовательской работы выполнена автором самостоятельно. Некоторые работы выполнены в сотрудничестве с другими научными сотрудниками, что отражено в совместных публикациях. Часть молекулярно-генетических исследований древних зерновок ячменя выполнены с магистром Санкт-Петербургского государственного университета - Смирновой Н.В. Морфологический анализ зерновок ячменя выполнен совместно с сотрудниками отдела агроботаники и in situ сохранения генетических ресурсов растений к.б.н. Шипилиной Л.Ю. и к.б.н. Чухиной И.Г. Основная часть работы проведена в лаборатории постгеномных исследований ВИР в соответствии с темой НИР № 0481-2022-0007 «Выявление новых генетических маркеров селекционно значимых свойств и новых аллельных вариантов хозяйственно ценных генов в генофонде культурных растений и их диких родичей при помощи геномных и постгеномных технологий».

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Молекулярно-генетическая идентификация карбонизированных зерновок ячменя из раскопов Усвятского городища (XII век) на территории современной Псковской области»

Структура работы

Работа состоит из введения, основной части, содержащей 10 таблиц и 36 иллюстраций, заключения, списка литературы (включает 183 наименования из них 160 на иностранном языке) и 4 приложений. Общий объем диссертации 134 страницы.

Глава 1. Обзор литературы

Основные центры формообразования важнейших культурных растений неотъемлемо связаны с историей и эволюцией человека, распределением очагов человеческой культуры и с центрами разнообразия домашних животных. Если сопоставить карту основных центров происхождения культур Старого Света с распределением цветности человеческих рас до миграции новейшего времени, то мы заметим совпадение расселения человеческих темнокожих рас с центрами земледелия (Вавилов, 1927). Переход от кочевого образа жизни к оседлому, расселение на новые земли из Африки на все континенты, кроме Антарктиды способствовали развитию земледелия (CavaШ-Sforza, 2003). Первые данные свидетельствовали о возникновении примитивной формы земледелия на грани верхнего палеолита (50-40 тыс. лет до н. э.), в Передней Азии и Африке, где господствовала эпоха кроманьонцев (Дорофеев и др., 1982).

Появление элементарных навыков обработки земли коренным образом изменили существование наших предков и способствовали доместикации диких растений и животных. Доместикация - процесс изменения диких видов животных и растений под воздействием искусственного отбора, в результате которого создаются культурные формы, наделенные интересующими человека признаками. Зачастую на стоянках первобытного человека осуществлялось «непреднамеренное» выращивание, так как почва удобрялась золой, отходами жизнедеятельности и заносились семена растений, употребляемых в пищу. Таким образом стимулировался рост рудеральной флоры и существенно менялся ее состав (Гончаров, 2013).

Первыми культурными формами растений являлись представители трибы Triticeae (Семейство Poaceae Barnhart), которые заняли доминирующее положение на Востоке. В трибу пшеницевые входят рода зерновых, которые в настоящее время широко возделываются по всему миру - р. Иordвum, р. Sвcalв, р. ТгШеит. Впервые растения данных родов стали повсеместно

выращивать еще во времена каменного неолита (Nesbitt, 2002). В 7500-6500 г. до н.э. человек развил основные навыки возделывания ячменя и пшеницы, которые являлись важным источником питания (Гончаров, 2013).

Описание и история классификации ячменя берут начало с древних времен. Первое описание, дошедшее до наших дней, принадлежит философу Теофрасту (IV век). К. Линней во второй половине XVIII века заложил основы научной систематики растений. Известное в этот период разнообразие форм дикорастущего и культурного ячменя было объединено в роде Hordeum (Лукьянова и др., 1990).

Род объединяет однолетние (яровые и озимые) и многолетние травянистые растения, которые образуют дернину. Корневая система мочковатая. Стебель - полая соломина, имеющая 3-4 (6) узлов. Листья линейной формы, располагаются очередно на соломине. Соцветие - прямой или поникающий сложный колос. У диких видов ломкий колос, легко распадающийся на отдельные членики. Колоски на уступах колосового стержня расположены строго по три. Средний колосок сидячий и плодовитый, боковые на коротких ножках (редко сидячие), могут быть фертильными или стерильными. Все колоски одноцветковые. Плодовитость среднего и боковых колосков определяют рядность культурных форм ячменя и являются важным признаком урожайности в селекции растений. Тычинок три. Плод - зерновка, продолговатая, с внутренней стороны вогнуто-желобчатая, обычно срастающаяся с чешуями (пленчатые формы), редко не срастающаяся (голозерные формы). Набор хромосом 2n=14, 28, 42 (Лукьянова и др., 1990).

Культурный ячмень характеризуется огромным ботаническим разнообразием. К настоящему времени описано 218 ботанических разновидностей, различающихся по целому комплексов признака (Поморцев, 2023). Диким предком культурной формы ячменя H. vulgare L. является вид H. spontaneum, который произрастал от Туркменистана до Марокко (Helback, 1959). Также процессы эволюции и возникновение культурного ячменя от H.

spontaneum происходят в странах Передней Азии (Турция, Сирия, Израиль, Иордания, Месопотамия и Закавказье) (Вавилов, 1966).

Согласно археологическим и палеоботаническим данным, Дуга плодородия - область, где впервые возникло земледелие и стали выращиваться зерновые на обширных площадях. Дуга плодородия имеет границы - Ливан на Западе, турецко-сирийская граница на Севере, от Ирака и Ирана вниз к Персидскому заливу на Юго-Востоке (Riehl et al., 2014). На этих территориях появились первые одомашненные виды зерновых, такие как Triticum monococcum Dum и H. vulgare. Культурный ячмень впоследствии распространился от Юго-Западной Азии в Европу и Африку (Vavilov, 1924, 1929; Warren et al., 1968; Zohary, Hopf, 2000; Badr et al., 2000; Lister et al., 2018).

Исследования сирийских археологических памятников свидетельствуют, что ячмень являлся основной культурой предков современного человека (Riehl et al., 2014). В 2010 году зарегистрировали ячмень при раскопках археологического памятника в западной части Средней Азии на юге Туркменистана (Charles, Bogaard, 2010). Также растительные остатки были найдены на кавказском регионе (5 ты. до н.э.) (Zohary, Hopf, 2000). Однако самые ранние сведения об одомашнивании ячменя были собраны в Южной Азии (Мехргархе, Пакистан) (Costantini, 1984). Примечательно, что на данной территории авторами отмечено преобладание голозерных форм ячменя. В Хузестане на территории Али Кош обнаружены самые ранние шестирядные голозерные формы, которые возделывались около 9000 лет (Helback, 1959; Lister et al., 2013).

Культурные формы ячменя обладали рядом важных видоспецифических признаков, о времени и месте возникновения которых нет точных данных на сегодняшний день. Зерновки диких предков ячменя имеют цветковые чешуи в составе оболочек зерновок, служащие для защиты зародыша семени. Образцы культурного ячменя в зависимости от плотности срастания цветковых чешуй делятся на голозерные или пленчатые формы.

Пленчатый ячмень впервые выращивался в докерамическом неолите (9700-9300 г. до. н.э.). Огромное разнообразие пленчатых ячменей, которое включает эндемичные формы, описывает Н.И. Вавилов в Абиссинии. Примечательным является и то, что на территории эфиопской империи сосредоточено огромное количество форм с антоцианово-окрашенными колосьями. Расы голозерного ячменя, которые имеют бесцветные оболочки, на данной территории преимущественно черные (Вавилов, 1927).

Самые ранние упоминания о голозерном ячмене встречаются в документах, обнаруженных в Хузестане (Юго-Запад Ирана), где наряду с голозерным ячменем найдены шестирядные формы. Н.И. Вавилов отмечал, что центром формирования голозерных ячменей являются Восточная и Юго-Восточная Азия, Китай, Япония, Тибет и примыкающие к нему страны (Вавилов, 1966; Гончаров, 2013). Азиатский китайско-японский центр дал начало безостым или полуостистым ячменям. Среди представленных в Абиссинии образцов мы встречаем множество своеобразных форм, распространенных в Северной Индии, Алтае и Западных Гималаев (Вавилов, 1924).

На Иракском Курдистане (7 тыс. до н.э.) выращивались образцы ячменя, зерновки которых не имели пленок. Некоторые формы имели боковые цветки на короткой ножке. По этому признаку культурный ячмень схож с H. spontaneum (Helback, 1959).

На сегодняшний день ряд авторов считает, что еще отдельным центром доместикации голозерного ячменя являются Гималаи. Отмечается сосуществование гималайских пленчатых и голозерных ячменей, при этом уровень разнообразия голозерных образцов намного меньше, чем пленчатых (Murphy, Witcombe, 1986). Это объясняется влиянием генетического дрейфа или эффектом основателя, а высокий уровень разнообразия пленчатых форм -широкомасштабным культивированием для кормления животных и пивоварения (Manjunatha et al., 2007; Железнов и др., 2013). На основании анализа агрономических признаков и ДНК-маркеров, H. vulgare был

объединен в кластеры в соответствии с регионами происхождения. Гималайские местные линии образовали восточный и западный кластеры (Badr et al., 2000; Dickin et al., 2012).

Интересна история возделывания двурядных и шестирядных ячменей. Самые ранние археологические образцы семян ячменя были обнаружены на сельскохозяйственных стоянках на Ближнем Востоке датируемыми периодом от 19000 до 9000 лет назад (Zohary, Hopf, 2000).

Двурядный ячмень начал впервые возделываться примерно за 4000 л. до того, как была построена первая египетская пирамида, и превалировал над шестирядными формами, пока ареалы возделывания не переместились в искусственно орошаемую среду (в 5-м тыс. н.э. сельское хозяйство распространяется на речные бассейны Месопотамии и Египта). В находках из Месопотамской равнины, датируемых 9 в. н.э. , встречаются остатки двурядного ячменя (Helback, 1959).

О раннем происхождении шестирядного ячменя, свидетельствуют находки в египетских гробницах и швейцарских жилищах. Около 7000-6000 лет назад ячмень выращивался на аллювиальных почвах Месопотамии, а позже на почвах Нижнего Египта. Шестирядный ячмень стал доминирующей и важной культурой Ближневосточной неолитической цивилизации (Harlan, 1968; Zohary, Hopf, 2000). С началом 7 тыс. до н.э. отмечается появление форм ячменя с различными морфологическими признаками, дающими возможность адаптироваться к изменяющимся климатическим и экологическим условиям окружающей среды (Helback, 1959).

Кроме перечисленных признаков предками человека осуществлялся отбор растений, имеющих неломкий колос. У диких предков ячменя ломкий колос позволяет распространяться с помощью ветра, животных и занимать новые ареалы, что является неотъемлемым условием устойчивого развития растений (Helback, 1959). Однако для человека предпочтителен фенотип с неломким колосом, который будет обеспечивать сбор зрелого зерна. Для отбора на уменьшение ломкоколосости у древних земледельцев уходило более

1000 лет. Селекция на увеличение массы зерна и крупнозерность происходила еще медленнее. По свидетельству археологов, размеры ископаемых зерен пшеницы и ячменя оставались практически неизменными в течение 3 тыс. (Таппо, Willcox, 2006; Гончаров, 2013).

Археологи и археоботаники, получая материал во время раскопок, анализируют внешний облик - форму, поверхность, цвет растительных остатков. Однако для достоверности определения фрагментированного материала, необходимо применять новые методы исследования. Палеогенетическое изучение ископаемых остатков растений позволяет не только определять видовую принадлежность, но и реконструировать внешний облик далеких предков современных культурных форм, возделываемых по всему миру. Кроме того, появляется возможность проследить, как становилось сельское хозяйство от древних времен до настоящего времени. Современные агротехнические приемы возделывания различных культур базируются на многовековом опыте ведения сельского хозяйства при контрастных условиях окружающей среды. Накопление и использование этих знаний позволит избежать повторения ошибок и даст возможность вести селекцию по пути создания высокоустойчивых урожайных сортов, которые будут являться основой продовольственной безопасности нашей страны.

1.1. Изучение древней ДНК ископаемых останков живых организмов

На протяжении многих лет ученые искали ответы на вопросы о географии и истории земледелия, которые важны при интродукции растений. Археоботаники, исследуя главным образом артефакты, обнаруживаемые при раскопках древних поселений и мест погребений, находят интересные факты об историческом прошлом человечества. Главным образом исследуется культурный слой раскопов памятников, которые состоят из предметов быта человека и органических остатков (Синская, 1969). На сегодняшний день филогения и эволюционная генетика переходят на новый этап исследований

благодаря развитию методологических подходов и повышению достоверности результатов. Применение полимеразной цепной реакции привело к крупномасштабным работам по созданию ДНК-маркеров, позволяющих фрагментарно изучать генотип древних организмов. Получаемые фрагменты ДНК имеют определенную возрастную категорию: 1) древняя ДНК (ancient DNA, дДНК) от нескольких веков до 1 млн. лет; 2) старая ДНК (Old DNA) -генетический материал, полученный из музейных экспонатов возрастом несколько сотен лет; 3) геологически древняя ДНК - допотопная ДНК, полученная из организмов, зафиксированных в янтаре (Пилипенко и др., 2010).

Изучение дДНК осуществляется естественнонаучными методами палеогенетики - новой дисциплины, получившей свое начало на стыке археологии, молекулярной биологии, генетики и палеонтологии. Благодаря современным исследованиям возможно фрагментарное восстановление последовательности нуклеотидов в ДНК древних организмов и сравнение с генетическим материалом ныне существующих видов. Данные работы позволяют изучить процессы эволюции, проанализировать палеоэкологические изменения окружающей среды. Кроме того, получаемая информация дает возможность выявить родство между вымершими и современными видами на уровне генотипа, отследить этапы процесса доместикации растений и животных.

Долгое время исследования ископаемых останков растений и животных методами молекулярной генетики вызывали скепсис у ученых из-за сложности организации работ. При изучении древней ДНК высока вероятность контаминации искомой последовательности с генетическим материалом бактерий, микроорганизмов и современных объектов исследований. Небольшие объемы экстрагированной ДНК позволяют работать лишь с отдельными фрагментами генома (Hagelberg, Hofreiter, 2015). Однако современные методологические достижения и развитие новых технологий

изучения древней ДНК решают многие проблемы при постановках экспериментов (Дружкова и др. 2015; Fulton et al., 2019).

Начало работы с древней ДНК положено 40 лет назад, когда группа ученых выделила генетический материал из ископаемых останков южноафриканской лошади и установили их близкое филогенетическое родство с зебрами (Higuchi et al., 1984). Сегодня в качестве объектов древней ДНК для палеогенетических исследований могут служить кости человека и животных, копролиты, мягкие ткани, волосы, микроорганизмы и растительные остатки. Современными учеными осуществляется изучение древней ДНК млекопитающих и человека (Poinar et al., 2001; Poinar et al., 2006; Leonard et al., 2007; Campos et al., 2010; Reich et al., 2010; Dabney et al., 2013; Weyrich et al., 2015), бактерий (Willerslev et al., 2004). Работы, связанные с палеогенетическими исследованиями растений, немногочисленны.

Наиболее ценными объектами исследования являются древние семена и пыльца (Blatter et al., 2002; Bennett, Parducci, 2006). Примечательно, что качество экстрагированной древней ДНК зависит от условий, из которых изъят материал. На основании современных археологических находок ученые отмечают, что семена сохраняются при высушивании, заболачивании, полном или частичном обугливании (семена «консервируются» в результате пожаров природного или антропогенного происхождения) и минерализации (кальцификации) (Fernandez et al., 2013; Wales, Kistler, 2019). При анаэробном заболачивании происходит потеря кислорода, однако гидролиз быстро разрушает ДНК. Лучше всего генетический материал сохраняется в высохших останках, так как из-за быстрой потери воды ДНК меньше фрагментируется. Анализ данных дДНК, экстрагированной из обугленного материала, свидетельствует о наихудшей сохранности нуклеиновых кислот с низкой вероятностью восстановления (Fernandez et al., 2013). Серый цвет обугленных семян свидетельствует о том, что исследуемые образцы перенесли очень высокую температуру по сравнению с черными (Bilgic et al., 2016).

Кроме семян и пыльцы в археологических памятниках находят следы дикорастущих растений, использовавшихся человеком в быту или обрядах (Korolyuk et al., 2018), а также окаменелые стволы деревьев (Inglis et al., 2018). Известны работы с древней ДНК, которая была выделена из древних колосьев ячменя и початков кукурузы (Mascher et al., 2016; Ramos-Madrigal et al., 2016), одревесневшего материала тыквенных и косточковых (плоды в виде косточек, кожура и плодоножки) (Pollmann et al., 2005; Elbaum et al., 2006; Kistler et al., 2015).

Ведутся работы по генетическому анализу древней ДНК, найденной на предметах быта древнего человека - орудиях труда, применяющихся во время вспашки и сбора урожая, осколках посуды, в которой хранился и транспортировался растительный материал (Liepelt et al., 2006). Так, например, внутри греческих амфор возрастом 2400 лет обнаружили генетический материал и в дальнейшем амплифицированы фрагменты ДНК растений (Hansson, Foley, 2008).

При исследовании донных отложений водоемов (аллювий озер, ил) и пещер возможно найти одновременно остатки нескольких видов древних растений (Bremond et al., 2017; Bennett, Parducci, 2017). Также можно изучать дДНК древних растений, экстрагированную из волос, зубного камня, содержимого желудочно-кишечного тракта и палеофекалий среди останков древних животных и людей (Poinar et al., 2001; Rawlence et al., 2014; Weyrich et al., 2015).

В Европейской части найдены остатки древних растений, которые имеют различную датировку и степень сохранности генетического материала. Молекулярно-генетические методы позволяют изучить ядерную, митохондриальную и хлоропластную ДНК. Более точные данные дает генетический материал, полученный из митохондрий и пластид, т.к. он наследуется от одного родителя и редко претерпевает генетическую рекомбинацию.

На сегодняшний день проведена экстракция и секвенирование ядерной и хлоропластной ДНК из ископаемых остатков виноградных косточек и лоз (Wales et al., 2016). Дикий виноград Vitis vinifera L. ssp. sylvestris - двудомное растение, естественный ареал, которого простирается от Средиземного моря до западной части Гималаев. Одомашненные формы винограда появились около 8000 лет назад в Западной Азии. Из коллекции археологических находок (17 образцов), полученных с раскопов по всей Евразии, изолирована ДНК и проведен филогенетический анализ. Несмотря на изменения генома (наличие вставок) ядерной и хлоропластной ДНК, удалось провести сравнение и найти сходство с современными образцами винограда, возделываемыми на территории Западной Европы (Wales et al., 2016).

Также была предпринята попытка изолировать древнюю ДНК и провести сравнение с гербарным материалом староместных Хорватских сортов винограда (Malenica et al., 2014). Древние остатки - образцы возрастом 2000 лет - найдены в воде при изучении Trstenik / Lucica - Kastel Sucurac (Хорватия). С помощью SSR-маркеров предполагалось провести профилирование ДНК сортов винограда «Zinfandel» и «Pribidrag» и определить их видоспецифичность. Однако, авторами не получено достоверных результатов, т.к. отмечалась контаминация древней ДНК с генетическим материалом планктона и современных образцов (Malenica et al., 2014).

Интересным объектом для изучения генетических перестроек является хлопчатник. Род Gossypium L. включает около 40 диплоидных и тетраплоидных видов, которые претерпели большие независимые перестройки генома. При раскопках археологических памятников Старого и Нового Света: Египет, Перу и Бразилия найдены образцы р. Gossypium на дДНК которой было проведено высокопроизводительное секвенирование (Palmer et al., 2012). Это исследование представляло собой первую идентификацию археоботанических остатков хлопчатника на уровне вида. В работе выявлены образцы G. herbaceum L., африканского происхождения и G.

barbadense L. южноамериканского происхождения. Сравнительный анализ профилей ретротранспозонов древнего и современных геномов хлопчатника показал значительные изменения генетического материала (A- и D- геномов) у одомашненных форм (Palmer et al., 2012).

Исследования в области палеогенетики позволяют найти ответы на вопросы о раннем садоводстве. Морфологические методы анализа плодов не дают возможность точно установить, выращивались ли растения на территории археологических памятников или привезены в виде сухофруктов. Проведено изучение садоводства, возникшего в северных и альпийских регионах (Pollmann et al., 2005). На заболоченных участках южного берега реки Рейн (раскоп vicus Tasgetium вторая половина II в. н.э., Швейцария) найдены хорошо сохранившиеся фруктовые косточки. Авторами отмечено, что благодаря прочному эндокарпию плода из гидрофобной одревесневшей ткани, ископаемый материал защищен от гидролиза и воздействия микроорганизмов. Разработанные маркеры к хлоропластной (межгенный спейсер trn L - trn F) и спейсерной ДНК, расположенной между генами рибосомальной рРНК (ITS), позволили выявить видовую принадлежность одного из образцов к Prunus spinosa L. Наличие аутентичной ДНК подтверждено с помощью филогенетического анализа последовательностельностей генетических маркеров хлоропластной (rbc L) и ядерной (ITS1) ДНК P. avium L. и P. cerasus L. (Pollmann et al., 2005).

Большинство исследований по древней ДНК осуществляется с образцами, полученными при раскопках Дуги плодородия, региона на Ближнем Востоке, где большинство находок составляют зерновки и колосья. Это не удивительно, так как это область, где начался сбор диких видов и появление первых одомашненных форм зерновых в керамическом неолите (Riehl et al., 2014). Начало земледелия в эпоху неолита связано с пятью основными растениями: пшеницей, рисом, кукурузой, ячменем и сорго (Pankin, Korff, 2017).

1.2. Палеогенетические исследования древней ДНК зерновых

Значительные объемы данных, накопленные археологами и палеогенетиками, свидетельствуют о том, что предки современного человека широко возделывали культурные зерновые. Одна из первых работ по изучению древней ДНК зерновых была проведена на кукурузе (Goloubinoff et al., 1993). В результате сравнения амплифицированных участков гена, кодирующего алкогольдегидрогеназу 2 (Adh2), выявлено сходство древних образцов кукурузы с современными, что свидетельствует о происхождении от одного дикого предка.

У древних образцов пшеницы Triticum spelta L. определен уровень плоидности и установлено, что процесс доместикации сопровождался увеличением числа хромосом и изменением фенотипа. Географическое распространение культурной пшеницы осуществлялось по мере освоения человеком новых территорий (Brown et al., 1994).

Проводилось изучение обугленных образцов древней пшеницы, которые получены с северного региона Альп. Проверка наличия аутентичной ДНК осуществлялась с помощью ПЦР-амплификации фрагмента промотора гена высокомолекулярной субъединицы глютенина (HGP). Однако, экстрагировать древнюю ДНК из образцов зерновок не удалось из-за сильного повреждения последовательности нуклеотидов в результате пожара (Blatter et al., 2002).

Позднее, в 2016 году изучали образцы обугленной древней пшеницы (8400 лет) из археологического памятника в Турции - поселение Чатал-Хююк эпохи неолита и энеолита (южная Анатолия). Фрагмент гена, кодирующего синтез белка глютенина, сравнивался с генетическим материалом современных пшениц T. monococcum, T. dicoccum Schrank ex Schübl., T. durum Desf., T. aestivum L., T. diccocoudes Flaksb. Установлено, что искомые фрагменты генома древней гексаплоидной пшеницы сходны с таковыми современной гексаплоидной пшеницей T. spelta и тетраплоидной T. durum.

Возделывание гексаплоидной пшеницы осуществлялось от Дуги плодородия до Европы на современной территории Турции (Bilgic et al., 2016).

Рожь является злаком, который вторично одомашнен и поначалу встречался в посевах пшеницы как сорняк. Самые ранние свидетельства одомашнивания ржи датированы серединой 7 тыс. до н. э. во времена керамического неолита в Южной Центральной Анатолии (Hillman, 1978; Nesbitt, 2002). Выращивание одомашненной ржи берет начало во времена бронзового века на территории Центральной Анатолии (Alaca Hoyuk), между 4 и 2 тыс. до нашей эры (Hillman, 1978; Zohary, 2012). Археоботанические данные предполагают, что одомашненная форма ржи попала в Европу как сорняк во времена неолитический культуры Центральной Европы, ок. 4400 лет до н.э. (Behre, 1992; Zohary et al., 2012). Со временем рожь культивировалась по всей Европе (доримский железный век), особенно к востоку и северу от реки Рейн, в IV и V веках нашей эры.

На сегодняшний день проведено комплексное изучение высушенных остатков соломы ржи возрастом 1637-1954 лет н.э., найденных Wellerholzer (Germany) (Filatova et al., 2021). С помощью археоботанического подхода к исследованию растительных остатков установлено, что посев на территории Wellerholzer являлся осенним (проанализировано время цветения), вспашка осуществлялась отвальным способом, а наличие широкого спектра культурных зерновых и сорняков указывает на наличие севооборота (трехпольная система). Условия, в которых хранилась солома древних образцов ржи, позволили выделить и секвенировать древнюю ДНК. Сравнение фрагментов генома и проведенный филогенетический анализ ядерной и хлоропластной ДНК древних и современных образцов показал, что рожь из Wellerholzer образует одну кладу с современными видами рода Secale.

Изучение центров одомашнивания ячменя и установление его происхождения проводилось с помощью AFLP-анализа. При анализе генома Hordeum sp. определено, что современные и староместные сорта ячменя из

разных географических мест сформировали единую монофилетическую группу (Badr et al., 2000).

Исходя из анализа структуры популяции и полиморфизма SSR-маркеров выявлено генетическое разнообразие у трех таксонов ячменя: культурный ячмень (H. vulgare L. subsp. vulgare), дикий двурядный ячмень (H. vulgare subsp. spontaneum) и шестирядный ячмень (H. vulgare subsp. vulgare f. agriocrithon (Äberg) Bowd.) (Lister et al., 2018). На основании морфологических особенностей и времени цветения культурный ячмень подразделяется на генофонды, которые имеют четкое хронологическое распределение по

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Семилет Татьяна Вячеславовна, 2025 год

Список литературы

1. Аджиева, В.Ф., Бабак, О.Г., Шоева, О.Ю., Кильчевский, А.В., Хлесткина, Е.К. Молекулярно-генетические механизмы формирования окраски плодов и семян растений / В.Ф. Аджиева, О.Г. Бабак, О.Ю. Шоева, А.В. Кильчевский, Е.К. Хлесткина // Вавиловский журнал генетики и селекции

- 2015. Т. 19 - №5 - С. 562-572. DOI: 10.18699/VJ15.073

2. Вавилов, Н.И. О восточных центрах происхождения культурных растений / Н.И. Вавилов // Новый Восток - 1924. - №6 - С. 291- 305

3. Вавилов, Н.И. Географические закономерности в распределении генов культурных растений: предварительное сообщение / Н.И. Вавилов // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции - 1927. - №217/3 - С. 411-428

4. Вавилов, Н.И. Азия - источник видов / Н.И. Вавилов // Раст. Ресурсы - 1966.

- Т. II - Вып. 4 - С. 577-580

5. Вихорев, А.В., Стрыгина, К.В., Хлесткина, Е.К. Идентификация и анализ генов флавоноид 3'-гидроксилазы и флавоноид 3',5'-гидроксилазы в геноме ячменя / А.В. Вихорев, К.В. Стрыгина, Е.К. Хлесткина // Материалы 4-ой Международной конференции «Генофонды и селекция расттений». Новосибирск - 2018

6. Гончаров, Н.П. Доместикация растений / Н.П. Гончаров // Вавиловский журнал генетики и селекции - 2013. - №4/2 - С. 884-899

7. Грекова, Е.С. Внешняя торговля как важнейший компонент экономики Древней Руси / Е.С. Грекова // Студенческий электронный журнал «Стриж». - 2022 - №3/44 - С. 31-33

8. Григоренко, А.П., Боринская, С.А., Янковский, Н.К., Рогаев, Е.И. Достижения и особенности в работе с древней ДНК и ДНК из сложных криминалистических образцов / А.П. Григоренко, С.А. Боринская, Н.К. Янковский, Е.И. Рогаев //Acta Naturae (русскоязычная версия). - 2009. - Т. 1. - №. 3. - С. 64-76

9. Дорофеев, В.Ф., Бараш, С.И., Трофимовская, А.Я., Наскидашвили, П.П. К вопросу древности земледелия на Русской равнине / В.Ф. Дорофеев, С.И. Бараш, А.Я. Трофимовская, П.П. Наскидашвили // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. - 1982 - Т.73 - №3 - С. 129 - 135

10.Дружкова, А.С., Воробьева, Н.В., Трифонов, В.А., Графодатский, А.С. Древняя ДНК: итоги и перспективы (к 30-летию начала исследований) / А.С. Дружкова, Н.В. Воробьева, В.А. Трифонов, А.С. Графодатский // Генетика - 2015. - №51/6 - С. 627-643

11.Еремеев, И.И. Новый этап исследований средневекового усвята /И.И. Еремеев // Сборник трудов конференции «Экспедыцыя працягласцю у жыццё». - 2021 - С. 447-467

12.Еремеев, И.И., Фурасьев, А.Г. Древнерусский усвят: в поисках города Ярослава Мудрого / И.И. Еремеев, А.Г. Фурасьев // Изд-во Института истории материальной культуры Российской академии наук. Санкт-Петербург. - 2021 -52 с. DOI: 10.31600/978-5-907298-21-7

13. Железнов, А.В., Кукоева, Т.В., Железнова, Н.Б. Ячмень голозерный: происхождение, распространение и перспективы использования / А.В. Железнов, Т.В. Кукоева, Н.Б. Железнова // Вавиловский журнал генетики и селекции - 2013 - №17/2 - С. 286-297

14. Жуковский, П.М. Культурные растения и их сородичи / П.М. Жуковский // Изд. «Колос». Ленинград - 1964 - 745 с.

15. Лукьянова, М.В., Трофимовская, А.Я., Гудкова, Г.Н., Терентьева, И.А., Ярош Н.П. Культурная флора СССР: Ячмень / М.В. Лукьянова, А.Я. Трофимовская, Г.Н. Гудкова, И.А. Терентьева, Н.П. Ярош // Л.: Агропромиздат, Ленингр. Отд-ние. - 1990 - T. II - Ч. 2 - 421 с

16. Лукьянова, М.В., Ильина, Н.В., Иванова, Н.С., Хохлова, Г., Иванова, О.А., Лукина, Н.И., Тюлина, Н.Р., Аникина, Л.В., Богданова, Г.М., Иванова, Н.Н., Никитина, Н.Д., Терентьева, И.А. Каталог мировой коллекции ВИР. Ячмень. Исходный материал для селекции в Нечерноземной зоне России / М.В. Лукьянова, Н.В. Ильина, Н.С. Иванова, Г. Хохлова, О.А. Иванова,

Н.И. Лукина, Н.Р. Тюлина, Л.В. Аникина, Г.М. Богданова, Н.Н. Иванова, Н.Д. Никитина, И.А. Терентьева // Санкт-Петербург: ВИР. -1992 - №632

17. Орлов, А.А. Ячмени Абиссинии и Эритреи / А.А. Орлов // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. - 1929 -Т. 20 - C. 283-345

18. Пилипенко, А.С., Молодин, В.И., Ромащенко, А.Г. Палеогенетический анализ в археологических исследованиях / А.С. Пилипенко, В.И. Молодин, А.Г. Ромащенко // Вестник ВОГиС. - 2010 - №14/2 - С. 280-311

19. Поморцев, А.А. Дикий предок и центр происхождения (доместикации) культурного ячменя (Hordeum vulgare L.) / А.А. Поморцев // Москва. - 2023 - 70 с

20.Семилет, Т.В., Швачко, Н.А., Ковалева, О.Н., Шипилина, Л.Ю., Хлесткина, Е.К. Полиморфизм ДНК в локусах, связанных с адаптацией ячменя к условиям окружающей среды, при сравнении выборок семян из археологических раскопов XII века с образцами из коллекции ВИР различного географического происхождения / Т.В. Семилет, Н.А. Швачко, О.Н. Ковалева, Л.Ю. Шипилина, Е.К. Хлесткина // Биотехнология и селекция растений. - 2024а - №7/2 - C. 67 - 74. DOI: 10.30901/2658-6266-2024-2-o6

21.Семилет Т.В., Смирнова Н.В., Швачко Н.А., Ковалева О.Н., Хлесткина Е.К. Восстановление архитектоники колоса древнего ячменя из раскопа Усвятского городища XII века / Т.В. Семилет, Н.В. Смирнова, Н.А. Швачко, О.Н. Ковалева, Е.К. Хлесткина// Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. - 2024б - №185/3. С. 199 - 209. DOI: 10.30901/22278834-2024-3-1-1

22. Синская, Е.Н. Историческая география культурной флоры (на заре земледелия) / Е.Н. Синская // Научные труды. Л., отделение издательства «Колос». - 1969 - 480 с

23. Шоева, О.Ю., Стрыгина, К.В., Хлесткина, Е.К. Гены, контролирующие синтез флавоноидных и меланиновых пигментов ячменя / О.Ю. Шоева,

К.В. Стрыгина, Е.К. Хлесткина // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2018- №22/3 - С. 333-342. DOI: 10.18699/VJ18.36

24. Badr, A., Sch, K.M.R., Rabey, H.El., Effgen, S., Ibrahim, H.H., Pozzi, C., Rohde, W., Salamini, F. On the origin and domestication history of barley (Hordeum vulgare) / A. Badr, K.M.R. Sch, H.El. Rabey, S. Effgen, H.H. Ibrahim, C. Pozzi, W. Rohde, F. Salamini // Molecular biology and evolution. - 2000 -№17/4 - P. 499-510. DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026330

25. Bakker, F.T. Herbarium genomics: skimming and plastomics from archival specimens / F.T. Bakker // Webbia. - 2017 - V. 72 - P. 35-45

26.Bardakci, F., Abdelgadir, A., Alam, M.J., Biyik, H.H., Siddiqui, A.J., Badraoui, R., Adnan, M., Alreshidi, M., Koc, A., Snoussi, M. A global evaluation of mitochondrial DNA diversity and distribution of dromedary, Camelus dromedarius from north-central Saudi Arabia / F. Bardakci, A. Abdelgadir, M.J. Alam, H.H. Biyik, A.J. Siddiqui, R. Badraoui, M. Adnan, M. Alreshidi, A. Koc, M. Snoussi // Journal of genetics. - 2024 - №103.

27. Behre, K. The history of rye cultivation in Europe / K. Behre // Veg. Hist. Archaeobot. - 1992 - №1 - P.141-156

28. Bennett, K.D., Parducci L. DNA from pollen: principles and potential / K.D. Bennett // The Holocene. - 2006 - №16/8 - P. 1031-1034. DOI: 10.1177/0959683606069383

29. Bilgic, H., Hakki, E.E., Pandey, A., Khan, M.K., Akkaya, M.S. Ancient DNA from 8400 Year-old catalhöyük wheat: implications for the origin of neolithic agriculture / H. Bilgic, E.E. Hakki, A. Pandey, M.K. Khan, M.S. Akkaya // PLOS ONE. - 2016 - №11/3. DOI: 10.1371/journal.pone.0151974

30. Blatter, R.H.E., Jacomet, S., Schlumbaum, A. Little evidence for the preservation of a single-copy gene in charred archaeological wheat / R.H.E. Blatter, S. Jacomet, A. Schlumbaum //Ancient Biomolecules. - 2002 - №4/2 -P. 65-77. DOI: 10.1080/1358612021000010677

31. Boden, S.A., Weiss, D., Ross, J.J., Davies, N.W., Trevaskis, B., Chandler, P.M., Swain, S.M. Early flowering3 regulates flowering in spring barley by mediating

gibberellin production and Flowering locus T expression / S.A. Boden, D. Weiss, J.J. Ross, N.W. Davies, B. Trevaskis, P.M. Chandler, S.M. Swain // The Plant Cell. - 2014 - №26/4 - P. 1557-1569. DOI: 10.1105/tpc.114.123794

32. Bogs, J., Downey, M.O., Harvey, J.S., Ashton, A.R., Tanner, G.J., Robinson, S.P. Proanthocyanidin synthesis and expression of genes encoding leucoanthocyanidin reductase and anthocyanidin reductase in developing grape berries and grapevine leaves / J. Bogs, M.O. Downey, J.S. Harvey, A.R. Ashton, G.J. Tanner, S.P. Robinson // Plant Physiol. - 2005 - №139/2 - P.652-663. DOI 10.1104/pp.105.064238

33. Bothmer, von R., Jacobsen, N., Baden, C., Jorgensen, R.B., Linde-Laursen, I. An ecogeographical study of the genus Hordeum. / von R. Bothmer, N. Jacobsen, C. Baden, R.B. Jorgensen, I. Linde-Laursen // Systematic and ecogeographic studies on crop genepools (International Plant Genetic Resources Institute, Rome). - 1995 - V.7.

34. Bremond, L., Favier, C., Ficetola, G.F., Tossou, M.G., Akouegninou, A., Gielly, L., Giguet-Covex, C., Oslisly, R., Salzmann, U. Five thousand years of tropical lake sediment DNA records from Benin / L. Bremond, C. Favier, G.F. Ficetola, M.G. Tossou, A. Akouegninou, L. Gielly, C. Giguet-Covex, R. Oslisly, U. Salzmann // Quaternary Science Reviews. - 2017 - №170 - P. 203-211. DOI: 10.1016/j.quascirev.2017.06.025

35. Brown, T.A., Allaby, R.G., Brown, K.A., O'Donoghue, K., Sallares, R. DNA in wheat seeds from European archaeological sites / T.A. Brown, R.G. Allaby, K.A. Brown, K. O'Donoghue, R. Sallares // Experientia. - 1994 - №50/6 - P. 571575. DOI:10.1007/bf01921727

36. Brown, T.A., Jones, M.K., Powell, W., Allaby, R.G. The complex origins of domesticated crops in the Fertile Crescent / T.A. Brown, M.K. Jones, W. Powell, R.G. Allaby // Trends Ecol Evol. - 2009 - №24/2 - P.103-109. DOI: 10.1016/j.tree.2008.09.008

37. Bull, H., Casao, M.C., Zwirek, M., Flavell, A.J., Thomas, W.T.B., Guo, W., Zhang, R., Rapazote-Flores, P., Kyriakidis, S., Russell, J. Barley SIX-ROWED

SPIKE3 encodes a putative Jumonji C-type H3K9me2/me3 demethylase that represses lateral spikelet fertility / H. Bull, M.C. Casao, M. Zwirek, A.J. Flavell, W.T.B. Thomas, W. Guo, R. Zhang, P. Rapazote-Flores, S. Kyriakidis, J. Russell // Nature Communications. - 2017 - №8 - P. 1-9.

38. Camilla, B.H., Li, C. Genetic architecture of flowering phenology in cereals and opportunities for crop improvement / B.H. Camilla, C. Li // Front Plant Sci. -2016 - №19/ 7 - P.1-23. DOI: 10.3389/fpls.2016.01906

39. Campos, P.F., Willerslev, E., Sher, A., Orlando, L., Axelsson, E., Tikhonov, A., Aaris-S0rensen, K., Greenwood, A.D., Kahlke, R.D., Kosintsev, P., Krakhmalnaya, T., Kuznetsova, T., Lemey, P., MacPhee, R., Norris, C.A., Shepherd, K., Suchard, M.A., Zazula, G.D., Shapiro, B., Gilbert, M.T. Ancient DNA analyses exclude humans as the driving force behind late Pleistocene musk ox (Ovibos moschatus) population dynamics / P.F. Campos, E. Willerslev, A. Sher, L. Orlando, E. Axelsson, A. Tikhonov, K. Aaris-S0rensen, A.D. Greenwood, R.D. Kahlke, P. Kosintsev, T. Krakhmalnaya, T. Kuznetsova, P. Lemey, R. MacPhee, C.A. Norris, K. Shepherd, M.A. Suchard, G.D. Zazula, B. Shapiro, M.T. Gilbert // Proc Natl Acad Sci USA. - 2010 - №107/12 - P. 567580. DOI: 10.1073/pnas.0907189107

40. Cavalli-Sforza, L.L., Feldman, M.W. The application of molecular genetic approaches to the study of human evolution / L.L. Cavalli-Sforza, M.W. Feldman // Nature Genet. - 2003 - V.33 - P. 266-275.

41. Civan, P., Brown, T.A. A novel mutation conferring the nonbrittle phenotype of cultivated barley / P. Civan, T.A. Brown // New Phytol. - 2017 - №21/41 -P.468-472. DOI: 10.1111/nph.14377

42. Charles, M., Bogaard, A. Charred plant macro-remains from Jeitun: implications for early cultivation and herding practices in western Central Asia. In: Harris DR (ed) Origins of agriculture in western Central Asia. An environmental-archaeological study / M. Charles, A. Bogaard // University of Pennsylvania Museum of Archaeology and Anthropology, Philadelphia. - 2010 - P. 150-165

43. Chen, N., Zhang, Z., Hou, J., Chen, J., Gao, X., Tang, L., Wangdue, S., Zhang, X., Sinding, M.S., Liu, X., Han, J., Lü, H., Lei, C., Marshall, F., Liu, X. Evidence for early domestic yak, taurine cattle, and their hybrids on the Tibetan Plateau / N. Chen, Z. Zhang, J. Hou, J. Chen, X. Gao, L. Tang, S. Wangdue, X. Zhang, M.S. Sinding, X. Liu, J. Han, H. Lü, C. Lei, F. Marshall, X. Liu // Science Advantage. - 2023 - №9/50. DOI: 10.1126/sciadv.adi6857

44. Christensen, A.B., Gregersen, P.L., Schröder, J., Collinge, D.B. A chalcone synthase with an unusual substrate preference is expressed in barley leaves in response to UV light and pathogen attack / A.B. Christensen, P.L. Gregersen, J. Schröder, D.B. Collinge // Plant Mol. Biol. - 1998 - №37/5 - P. 849-857.

45. Cockram, J., White, J., Zuluaga, D.L., Smith, D., Comadran, J., Macaulay, M., Luo, Z., Kearsey, M.J., Werner, P., Harrap, D., Tapsell, C., Liu, H., Hedley, P.E., Stein, N., Schulte, D., Steuernagel, B., Marshall, D.F., Thomas, W.T., Ramsay, L., Mackay, I., Balding, D.J. The AGOUEB Consortium, Waugh R., O'Sullivan D.M. Genome-wide association mapping to candidate polymorphism resolution in the unsequenced barley genome / J. Cockram, J. White, D.L. Zuluaga, D. Smith, J. Comadran, M. Macaulay, Z. Luo, M.J. Kearsey, P. Werner, D. Harrap, C. Tapsell, H. Liu, P.E. Hedley, N. Stein, D. Schulte, B. Steuernagel, D.F. Marshall, W.T. Thomas, L. Ramsay, I. Mackay, D.J. Balding, J. Consortium, R. Waugh, D.M. O'Sullivan // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2010 - №107/50 - P. 21611-21616. DOI: 10.1073/pnas.1010179107

46. Cooper, A., Poinar, H.N. Ancient DNA: Do It Right or Not at All. / A. Cooper, H.N. Poinar // Science. - 2000 - 289 - P. 1139. DOI: 10.1126/science.289.5482.1139b

47. Costantini, L. The beginning of agriculture in the Kachi plain: the evidence of Mehrgarh / L. Costantini // In: Allchin B (ed) South Asian archaeology. Cambridge University Press. Cambridge. - 1984 - P. 29-33

48. Dabney, J., Knappb, M., Glocke, I., Gansaugea, M.-T., Weihmanna, A., Nickela, B., Valdioserad, C., Garciad, N., Pääbo, S., Arsuaga, J.-L., Meyer, M. Complete mitochondrial genome sequence of a middle pleistocene cave bear reconstructed

from ultrashort DNA fragments / J. Dabney, M. Knappb, I. Glocke, M.-T. Gansaugea, A. Weihmanna, B. Nickela, C. Valdioserad, N. Garciad, S. Pääbo, J.-L. Arsuaga, M. Meyer, J. Dabney, M. Knappb, I. Glocke, M.-T. Gansaugea, A. Weihmanna, B. Nickela, C. Valdioserad, N. Garciad, S. Pääbo, J.-L. Arsuaga, M. Meyer // PNAS. - 2013 - №110/39 - P. 15758-15763. DOI: 10.1073/pnas.1314445110

49. Deng, W., Clausen, J., Boden, S., Oliver, S.N., Casao, M.C., Ford, B., Anderssen, R.S., Trevaskis, B. Dawn and dusk set states of the circadian oscillator in sprouting barley (Hordeum vulgare) seedlings / W. Deng, J. Clausen, S. Boden, S.N. Oliver, M.C. Casao, B. Ford, R.S. Anderssen, B. Trevaskis // PLoS One. - 2015 - №10/6 - P.1-18. DOI: 10.1371/journal.pone.0129781

50. Di Ferdinando, M., Brunetti, C., Fini, A., Tattini, M. Flavonoids as antioxidants in plants under abiotic stresses / M. Di Ferdinando, C. Brunetti, A. Fini, M. Tattini // A biotic Stress Responses in Plants. - 2011 - P.159-179. DOI: 10.1007/978-1-4614-0634-1_9

51. Dickin, E., Steele, K., Edwards-Jones, G., Wright, D. Agronomic diversity of naked barley (Hordeum vulgare L.): a potential resource for breeding new food barley for Europe / E. Dickin, K. Steele, G. Edwards-Jones, D. Wright // Euphitica. - 2012 - V.184 - No. 1- P. 85-99

52. Druka, A., Kudrna, D., Rostoks, N., Brueggeman, R., von Wettstein, D., Kleinhofs, A. Chalcone isomerase gene from rice (Oryza sativa) and barley (Hordeum vulgare): physical, genetic and mutation mapping / A. Druka, D. Kudrna, N. Rostoks, R. Brueggeman, D. von Wettstein, A. Kleinhofs // Gene. -2003 -302 - P.171-178. DOI: 10.1016/S0378-1119(02)01105-8

53. Elbaum, R., Melamed-Bessudo, C., Boaretto, E., Galili, E., Lev-Yadun, S., Levy, A.A., Weiner, S. Ancient olive DNA in pits: preservation, amplification and sequence analysis / R. Elbaum, C. Melamed-Bessudo, E. Boaretto, E. Galili, S. Lev-Yadun, A.A. Levy, S. Weiner // Journal of Archaeological Science. -2006 -№33/1 - P.77-88. DOI: 10.1016/j.jas.2005.06.011

54.Emery, M.V., Bolhofner, K., Spake, L., Ghafoor, S., Versoza, C.J., Rawls, E.M., Winingear, S., Buikstra, J.E., Loreille, O., Fulginiti, L.C., Stone, A.C. Targeted enrichment of whole-genome SNPs from highly burned skeletal remains / M.V. Emery, K. Bolhofner, L. Spake, S. Ghafoor, C.J. Versoza, E.M. Rawls, S. Winingear, J.E. Buikstra, O. Loreille, L.C. Fulginiti, A.C. Stone // Forensic Science. - 2024 - №69/5 - P. 1558-1577. DOI: 10.1111/1556-4029.15482

55. Esse, van G.W., Walla, A., Finke, A., Koornneef, M., Pecinka, A., Korff, von M. Six-Rowed Spike3 (VRS3) is a histone demethylase that controls lateral spikelet development in barley / van G.W. Esse, A. Walla, A. Finke, M. Koornneef, A. Pecinka, M. von Korff // Plant Physiology. - 2017 - V.174 - P. 2397-2408

56. Faure, S., Higgins, J., Turner, A., Laurie, D.A. The Flowering locus T-Like gene family in barley (Hordeum vulgare). / S. Faure, J. Higgins, A. Turner, D.A. Laurie // 2007 - №176/1 - P.599-609. DOI: 10.1534/genetics.106.069500

57. Faure, S., Turner, A.S., Gruszka, D., Christodoulou, V., Davis, S. J., Korffet, von M., Laurie, D. Mutation at the circadian clock gene Early maturity 8 adapts domesticated barley (Hordeum vulgare) to short growing seasons / S. Faure, A.S. Turner, D. Gruszka, V. Christodoulou, S.J. Davis, von M. Korffet, D. Laurie // PNAS. - 2012 - №109/21 - P. 8328-8333. DOI: 10.1073/pnas.1120496109

58. Fedak, G., Tsuchiya, T., Helgason, S.B. Use of monotelotrisomics for linkage mapping in barley / G. Fedak, T. Tsuchiya, S.B. Helgason // Canadian Journal of Genetics and Cytology. - 1972 -V. 14 - P. 949-957

59. Fernandez, E., Thaw, S. Brown, T.A., Arroyo-Pardo, E., Buxo, R., Serret, M.D., Araus, J.L. DNA analysis in charred grains of naked wheat from several archaeological sites in Spain / E. Fernandez, S. Thaw, T.A. Brown, E. Arroyo-Pardo, R. Buxo, M.D. Serret, J.L. Araus // Journal of Archaeological Science. -2013 - № 40/1 - P.659-670. DOI: 10.1016/j.jas.2012.07.014

60.Ferreira, R.C., Rodrigues, C.R., Broach, J.R., Briones, M.R.S. Convergent mutations and single nucleotide variants in mitochondrial genomes of modern humans and neanderthals / R.C. Ferreira, C.R. Rodrigues, J.R. Broach, M.R.S.

Briones // International Journal of Molecular Sciences - 2024 - № 25 DOI: 10.3390/ijms25073785

61. Filatova, S., Claassen, B., Torres, G., Krause-Kyora Holtgrewe Stukenbrock, B., Kirleis, W. Toward an investigation of diversity and cultivation of rye (Secale cereale ssp. cereale L.) in Germany: Methodological Insights and First Results from Early Modern Plant Material / Filatova S., Claassen B., Torres G., Krause-Kyora Holtgrewe Stukenbrock B., W. Kirleis // Agronomy. - 2021 - 11- P. 2451. DOI: 10.3390/agronomy11122451

62. Fuller, D.Q. Contrasting patterns in crop domestication and domestication rates: recent archaeobotanical insights from the old world / D.Q. Fuller // Annals of Botany. - 2007 - №100/5 - P. 903-924. DOI: 10.1093/aob/mcm048

63. Fulton, T.L., Shapiro, B. Setting up an ancient DNA laboratory / T.L. Fulton, B. Shapiro // Ancient DNA Methods and Protocols. 2nd ed. - 2019 - P. 1-15. DOI: 10.1007/978-1-4939-9176-1

64.Gerasimova, S.V., Hertig, C., Korotkova, A.M., Kolosovskaya, E.V., Otto, I., Hiekel, S., Kochetov, A.V., Khlestkina, E.K., Kumlehn, J. Conversion of hulled into naked barley by Cas endonuclease-mediated knockout of the NUD gene / S.V. Gerasimova, C. Hertig, A.M. Korotkova, E.V. Kolosovskaya, I. Otto, S. Hiekel, A.V. Kochetov, E.K. Khlestkina, J. Kumlehn // BMC Plant Biology. -2020. DOI: 10.1186/s12870-020-02454-9

65. Gilbert, M.T.P., Bandelt, H.-J., Hofreiter, M., Barnes, I. Assessing ancient DNA studies / M.T.P. Gilbert, H.-J. Bandelt, M. Hofreiter, I. Barnes //Trends in ecology & evolution. - 2005. - №. 10. - P. 541-544.

66.Goloubinoff, P., Pääbo, S., Wilson, A.C. Evolution of maize inferred from sequence diversity of an Adh2 gene segment from archaeological specimens / P. Goloubinoff, S. Pääbo, A.C. Wilson // Proc Natl Acad Sci USA. - 1993 - №90/5 - P.1997-2001. DOI: 10.1073/pnas.90.5.1997

67. Gordeeva, E.I., Glagoleva, A.Y., Kukoeva, T.V., Khlestkina, E.K., Shoeva, O.Y. Purple-grained barley (Hordeum vulgare L.): marker-assisted development of NILs for investigating peculiarities of the anthocyanin biosynthesis regulatory

network / E.I. Gordeeva, A.Y. Glagoleva, T.V. Kukoeva, E.K. Khlestkina, O.Y. Shoeva // BMC Plant Biol. - 2019 - DOI: 10.1186/s12870-019-1638-9

68. Green, E.J., Speller, C.F. Novel substrates as sources of ancient DNA: prospects and hurdles / E.J. Green, C.F. Speller // Genes. - 2017 - P.1-26

69.Hagelberg, E., Hofreiter, M., Keyser, C. Introduction. Ancient DNA: the first three decades / E. Hagelberg, M. Hofreiter, C. Keyser // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. - 2015 - №370/1660. DOI: 10.1098/rstb.2013.0371

70. Hansson, M.C., Foley, B.P. Ancient DNA fragments inside classical greek amphoras reveal cargo of 2400-year-old shipwreck / M.C. Hansson, B.P. Foley // Journal of Archaeological Science. - 2008 - №35/5 - P. 1169-1176. DOI: 10.1016/j.jas.2007.08.009

71. Harlan, H.V. Some distinctions in our cultivated barleys with reference to their use in plant breeding / H.V. Harlan // US Dept. Agric. Bul. - 1914 - 137 - P. 38. DOI: 10.5962/bhl.title.109258

72. Harlan, J.R. Barley: origin, botany, culture, winter hardiness / J.R. Harlan // Genetics, Utilization, Pests. Washington, DC: U.S. Department of Agriculture. -1968 - P. 9-31

73. Helback, B.H. Domestication of food plants in the old world: joint efforts by botanists and archeologists illuminate the obscure history of plant domestication / B.H. Helback // Science. - 1959 - №130/3372 - P. 365-372 - DOI: 10.1126/science.130.3372.365

74. Hemming, M.N., Walford, S.A., Fieg, S., Dennis, E.S., Trevaskis, B. Identification of high-temperature-responsive genes in cereals / M.N. Hemming, S.A. Walford, S. Fieg, E.S. Dennis, B. Trevaskis // Plant Physiology. - 2012158 - P. 1439-1450

75. Higuchi, R., Bowman, B., Freiberger, M., Ryder, O.A., Wilson, A.C. DNA sequences from the quagga, an extinct member of the horse family / R. Higuchi, B. Bowman, M. Freiberger, O.A. Ryder, A.C. Wilson // Nature. - 1984 - №312 - P. 282-284. DOI :10.1038/312282a0

76. Hillman, G. On the origins of domestic rye-Secale cereale: The finds from aceramic Can Hasan III in Turkey / G. Hillman // Anatol. Stud. - 1978 - №28 -P. 157-174.

77. Himi, E., Yamashita, Y., Haruyama, N., Yanagisawa, T., Maekawa, M., Taketa, S. Ant28 gene for proanthocyanidin synthesis encoding the R2R3 MYB domain protein (Hvmyb10) highly affects grain dormancy in barley / E. Himi, Y. Yamashita, N. Haruyama, T. Yanagisawa, M. Maekawa, S. Taketa // Euphytica.

- 2011- №188/1 - P. 141-151. DOI: 10.1007/s10681-011-0552-5

78. Himi, E., Taketa, S. Isolation of candidate genes for the barley Ant1 and wheat Rc genes controlling anthocyanin pigmentation in different vegetative tissues / E. Himi, S. Taketa // Mol. Genet. Genomics. - 2015- №290/4 - P.1287-1298. DOI 10.1007/s00438-015-0991-0

79.Höss, M., Jaruga, P., Zastawny, T.H., Dizdaroglu, M., Pääbo, S. DNA damage and DNA sequence retrieval from ancient tissues / M. Höss, P. Jaruga, T.H. Zastawny, M. Dizdaroglu, S. Pääbo // Nucleic acids research. - 1996. - №. 7/24

- P. 1304 - 1307. DOI: 10.1093/nar/24.7.1304

80. Huang, H., Gehan, M.A., Huss, S.E., Alvarez, S., Lizarraga, C., Gruebbling, E.L., Gierer, J., Naldrett, M.J., Bindbeutel, R.K., Evans, B.S., Mockler, T.C., Nusinow, D.A. Cross-species complementation reveals conserved functions for EARLY FLOWERING 3 between monocots and dicots / H. Huang, M.A. Gehan, S.E. Huss, S. Alvarez, C. Lizarraga, E.L. Gruebbling, J. Gierer, M.J. Naldrett, R.K. Bindbeutel, B.S. Evans, T.C. Mockler, D.A. Nusinow // Plant Direct. - 2017

- №1/4. DOI: 10.1002/pld3.18

81. Hui, C., Bin, Y., Xiaoping, Y., Long, Y., Chunye, C., Mantian, M., Wenhua, L. Anticancer activities of an anthocyanin-rich extract from black rice against breast cancer cells in vitro and in vivo / C. Hui, Y. Bin, Y. Xiaoping, Y. Long, C. Chunye, M. Mantian, L. Wenhua // Nutr. Cancer. - 2010 - 62 - P.1128-1136. DOI: 10.1080/01635581.2010.494

82. Iltis, H.H. From teosinte to maize: The catastrophic sexual transmutation /I.I. Iltis// Science. - 1983 - P.886-894. DOI: 10.1126/science.222.4626.886.

83.Inglis, P.W., Pappas Md., C.R., Resende, L.V., Grattapaglia, D. Fast and inexpensive protocols for consistent extraction of high quality DNA and RNA from challenging plant and fungal samples for high-throughput SNP genotyping and sequencing applications / P.W. Inglis, Md. C.R. Pappas, L.V. Resende, D. Grattapaglia // PloS one. Edited by R. Kalendar. - 2018 - №13/10. DOI: 10.1371/journal.pone.0206085

84.Jacomet, S. Identification of cereal remains from archaeological sites / S. Jacomet //Basel University, Basel. - 2006 - P.61

85. Jamieson, A., Carmagnini, A., Howard-McCombe, J., Doherty, S., Hirons, A., Dimopoulos, E., Lin, A.T., Allen, R., Anderson-Whymark, H., Barnett, R., Batey, C., Beglane, F., Bowden, W., Bratten, J., De Cupere, B., Drew, E., Foley, N.M., Fowler, T., Fox, A., Geigl, E.M., Gotfredsen, A.B., Grange, T., Griffiths, D., Groß, D., Haruda, A., Hjermind, J., Knapp, Z., Lebrasseur, O., Librado, P., Lyons, L.A., Mainland, I., McDonnell, C., Muñoz-Fuentes, V., Nowak, C., O'Connor, T., Peters, J., Russo, I.M., Ryan, H., Sheridan, A., Sinding, M.S., Skoglund, P., Swali, P., Symmons, R., Thomas, G., Trolle Jensen, T.Z., Kitchener, A.C., Senn, H., Lawson, D., Driscoll, C., Murphy, W.J., Beaumont, M., Ottoni, C., Sykes, N., Larson, G., Frantz, L. Limited historical admixture between European wildcats and domestic cats / A. Jamieson A, A. Carmagnini, J. Howard-McCombe, S. Doherty, A. Hirons, E. Dimopoulos, A.T. Lin, R. Allen, H. Anderson-Whymark, R. Barnett, C. Batey, F. Beglane, W. Bowden, J. Bratten, B. De Cupere, E. Drew, N.M. Foley, T. Fowler, A. Fox, E.M. Geigl, A.B. Gotfredsen, T. Grange, D. Griffiths, D. Groß, A. Haruda, J. Hjermind, Z. Knapp, O. Lebrasseur, P. Librado, L.A. Lyons, I. Mainland, C. McDonnell, V. Muñoz-Fuentes, C. Nowak, T. O'Connor, J. Peters, I.M. Russo, H. Ryan, A. Sheridan, M.S. Sinding, P. Skoglund, P. Swali, R. Symmons, G. Thomas, T.Z. Trolle Jensen, A.C. Kitchener, H. Senn, D. Lawson, C. Driscoll, W.J. Murphy, M. Beaumont, C. Ottoni, N. Sykes, G. Larson, L. Frantz // Current Biology. - 2023 - №33/21 - P.4751-4760.e14. DOI: 10.1016/j.cub.2023.08.031

86.Kikuchi, S., Taketa, S., Ichii, M., Kawasaki, S. Efficient fine mapping of the naked caryopsis gene (nud) by HEGS (high efficiency genome scanning) /AFLP in barley / S. Kikuchi, S. Taketa, M. Ichii, S. Kawasaki // Theoretical and applied genetics. - 2003 - V.108 - P. 73-78

87. Kistler, L., Newsom, L.A., Ryan, T.M., Clarke, A.C., Smith, B.D., Perry, G.H. (Gourds and squashes (Cucurbita spp.) adapted to megafaunal extinction and ecological anachronism through domestication / L. Kistler, L.A. Newsom, T.M. Ryan, A.C. Clarke, B.D. Smith, G.H. Perry // Proceedings of the national academy of sciences. - 2015 - №112/49 - P.15107-15112. DOI: 10.1073/pnas.1516109112

88. Kervinen, T., Peltonen, S., Utriainen, M., Kangasjarvi, J., Teeri, T.H., Karjalainen, R. Cloning and characterization of cDNA clones encoding phenylalanine ammonialyase in barley / T. Kervinen, S. Peltonen, M. Utriainen, J. Kangasjarvi, T.H. Teeri, R. Karjalainen // Plant Sci. - 1997 - №123/1. P.143-150. DOI: 10.1016/S0168-9452(96)04570-0;

89. Khlestkina, E., Salina, E., Matthies, I., Leonova, I., Borner, A., Roder, M. Comparative molecular marker-based genetic mapping of flavanone 3-hydroxylase genes in wheat, rye and barley / E. Khlestkina, E. Salina, I. Matthies, I. Leonova, A. Borner, M. Roder // Euphytica. - 2011 - №179 - P.333-341. DOI: 10.1007/s10681-010-0337-2

90. Khlestkina, E.K. The adaptive role of flavonoids: emphasis on cereals / E.K. Khlestkina // Cereal Res. Commun. - 2013 - P.185-198. DOI: 10.1556/CRC.2013.0004

91. Komatsuda, T., Tanno, K. Comparative high resolution map of the six-rowed locus 1 (vrs1) in several populations of barley, Hordeum vulgare L. / T. Komatsuda, K. Tanno // Hereditas. - 2004 - №141 - P.68-73

92. Komatsuda, T., Pourkheirandish, M.C., Azhaguvel, He P., Kanamori, H., Perovic, D., Stein, N., Graner, A., Wicker, T., Tagiri, A., Lundqvist, U., Fujimura, T., Matsuoka, M., Matsumoto, T., Yano, M. Six-rowed barley originated from a mutation in a homeodomain-leucine zipper I-class homeobox

gene / T. Komatsuda, M.C. Pourkheirandish, He P. Azhaguvel, H. Kanamori, D. Perovic, N. Stein, A. Graner, T. Wicker, A. Tagiri, U. Lundqvist, T. Fujimura, M. Matsuoka, T. Matsumoto, M. Yano // PNAS. - 2007 - №104 - P.1424- 1429

93. Koppolu, R., Anwar, N., Sakuma, S., Tagiri, A., Lundqvist, U., Pourkheirandish, M., Rutten, T., Seiler, C., Himmelbach, A., Ariyadasa, R., Youssef, H.M., Stein, N., Sreenivasulu, N., Komatsuda, T., Schnurbusch, T. Six-rowed spike4 (Vrs4) controls spikelet determinacy and row-type in barley / R. Koppolu, N. Anwar, S. Sakuma, A. Tagiri, U. Lundqvist, M. Pourkheirandish, T. Rutten, C. Seiler, A. Himmelbach, R. Ariyadasa, H.M. Youssef, N. Stein, N. Sreenivasulu, T. Komatsuda, T. Schnurbusch // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013 - №110 - P.13198- 3203

94.Korolyuk, E.A., Krasnikov, A.A., Polosmak, N.V. Panicoids in Xiongnu burial ground (Mongolia, First Century AD): problems of identification / E.A. Korolyuk, A.A. Krasnikov, N.V. Polosmak // Turczaninowia. - 2018 - №21/2 -P.145-159. DOI: 10.14258/turczaninowia.21.2.15

95. Kristiansen, K.N., Rohde, W. Structure of the Hordeum vulgare gene encoding dihydroflavonol-4-reductase and molecular analysis of antl8 mutants blocked in flavonoid synthesis / K.N. Kristiansen, W. Rohde // Mol. Gen. Genet. - 1991 -№230. P.49- 59. DOI: 10.1007/BF00290650

96. Kumar, S., Stecher, G., Tamura, K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 / S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura // Mol. Biol. Evol. -2016 - №33/7 - P.1870- 1874. DOI: 10.1093/molbev/msw054 A

97.Leonard, J.A., Shanks, O., Hofreiter, M., Kreuz, E., Hodges, L., Ream, W., Wayne, R.K., Fleischera, R.C. Animal DNA in PCR reagents plagues ancient DNA research / J.A. Leonard, O. Shanks, M. Hofreiter, E. Kreuz, L. Hodges, W. Ream, R.K. Wayne, R.C.J. Fleischera // Archaeol Science. - 2007 - №34/9 -P.1361- 1366

98. Liepelt, S., Sperisen, C., Deguilloux, M.F., Petit, R.J., Kissling, R., Spencer, M., de Beaulieu, J.L., Taberlet, P., Gielly, L., Ziegenhagen, B. Authenticated DNA from ancient wood remains / S. Liepelt, C. Sperisen, M.F. Deguilloux, R.J. Petit,

R. Kissling, M. Spencer, J.L. de Beaulieu, P. Taberlet, L. Gielly, B. Ziegenhagen // Annals of Botany. - 2006 - №98/5 - P.1107- 1111. DOI: 10.1093/aob/mcl188

99. Lindahl T. Instability and decay of the primary structure of DNA / T. Lindahl //Nature. - 1993. - №. 6422/362- P. 709-715

100. Lister, D.L., Jones, H., Jones, M.K., O'Sullivan, D.M., Cockram, J. Analysis of DNA polymorphism in ancient barley herbarium material: validation of the KASP SNP genotyping platform / D.L. Lister, H. Jones, M.K. Jones, D.M. O'Sullivan, J. Cockram // Taxon. - 2013 - №62/4 - P.779-89

101. Lister, D.L., Jones, H., Oliveira, H.R., Petrie, C.A., Liu, X., Cockram, J., Kneale, C.J., Kovaleva, O., Jones, M.K. Barley heads east: Genetic analyses reveal routes of spread through diverse Eurasian landscapes / D.L. Lister, H. Jones, H.R. Oliveira, C.A. Petrie, X. Liu, J. Cockram, Kneale J.C., O. Kovaleva, M.K. Jones // PLoS ONE. - 2018 - №13/7. DOI: 10.1371/journal.pone.0196652

102. Loskutov, I.G., Blinova, E.V., Gavrilova, O.P., Gagkaeva, T.Y. The valuable characteristics of oats genotypes and resistance to Fusarium ease. / I.G. Loskutov, E.V. Blinova, O.P. Gavrilova, T.Y. Gagkaeva // Russ. J. Genet. Appl. Res.- 2016 - №20/3 - P.286 - 294. DOI: 10.18699/VJ16.151

103. Lu, Y., Rausher, M.D. Evolutionary rate variation in anthocyanin pathway genes / Y. Lu, M.D. Rausher // Molecular Biology and Evolution. - 2003 -№20/11 -P.1844 - 1853. DOI: 10.1093/molbev/msg197

104. Lundqvist, U., Franckowiak, J.D., Konishi, T. Barley genet newsletter / U. Lundqvist, J.D. Franckowiak, T. Konishi // 1997 - P. 516.

105. Malenica, N., Maletic, E., Simon, S., Pejic, I. Grapevine variety determination from herbarium and archeological specimens / N. Malenica, E. Maletic, S. Simon, I. Pejic // Acta Hortic. - 2014 - 1046 - P. 603-608 DOI: 10.17660/ActaHortic.2014.1046.83

106. Manjunatha, T., Bisht, I.S., Bhat, K.V., Stingh, B.P. Genetic diversity in barley (Hordeum vulgare L., ssp. vulgare) landraces from Uttaranchal Himalaya of India / T. Manjunatha, I.S. Bisht, K.V. Bhat, B.P. Stingh // Genetic Res. Evol. - 2007 - V.54 - P. 55 - 65

107. Mascher, M., Schuenemann, V. J., Davidovich, U., Marom, N., Himmelbach, A., Hübner, S., Korol, A., David, M., Reiter, E., Riehl, S., Schreiber, M., Vohr, S.H., Green, R.E., Dawson, I.K., Russell, J., Kilian, B., Muehlbauer, G.J., Waugh, R., Fahima, T., Krause, J., Weiss, E., Stein, N. Genomic analysis of 6,000-year-old cultivated grain illuminates the domestication history of barley / M. Mascher, V.J. Schuenemann, U. Davidovich, N. Marom, A. Himmelbach, S. Hübner, A. Korol, M. David, E. Reiter, S. Riehl, M. Schreiber, S.H. Vohr, R.E. Green, I.K. Dawson, J. Russell, B. Kilian, G.J. Muehlbauer, R. Waugh, T. Fahima, J. Krause, E. Weiss, N. Stein // Nature Genetics. - 2016 - №48/9 - P. 1089 - 1093. DOI: 10.1038/ng.3611

108. Matsuoka, Y., Vigouroux, Y., Goodman, M.M., Sanchez, G. J., Buckler, E., Doebley, J. A single domestication for maize shown by multilocus microsatellite genotyping / Y. Matsuoka, Y. Vigouroux, M.M. Goodman, G.J. Sanchez, E. Buckler, J. Doebley // PNAS. - 2002 - P.6080-6084. DOI: 10.1073/pnas.052125199

109. Mauray, A., Felgines, C., Morand, C., Mazur, A., Scalbert, A., Milenkovic, D. Bilberry anthocyanin-rich extract alters expression of genes related to atherosclerosis development in aorta of apo E-deficient mice. / A. Mauray, C. Felgines, C. Morand, A. Mazur, A. Scalbert, D. Milenkovic // Nutr. Metab. Cardiovasc. Dis. - 2012 - №22/1 - P. 72-80. DOI 10.1016/j.numecd.2010.04.011

110. Meldgaard, M. Expression of chalcone synthase, dihydroflavonol reductase, and flavanone-3-hydroxylase in mutants of barley deficient in anthocyanin and proanthocyanidin biosynthesis / M. Meldgaard // Theor. Appl. Genet. - 1992 -83 - P. 695 - 706

111. McClung, C.R. Circadian clock components offer targets for crop domestication and improvement / C.R. McClung // Genes (Basel) - 2021 -№12/3 - P.374. DOI: 10.3390/genes12030374

112. Murphy, P.J., Witcombe, J.R. Covered and naked barleys from the Himalaya. 1. Evidence of multivariate differences between two types / P.J. Murphy, J. R.

Witcombe // Theor. Appl. Genet. - 1986 - V.71. - P.730-735. DOI: 10.1007/bf00263271

113. Nesbitt, M. When and where did domesticated cereals fi rst occur in southwest Asia? / M. Nesbitt // The down of farming in the Near East. Berlin: Ex Oriente. - 2002 - P.113 - 132

114. Offerman, J.D., Rychlik, W. Oligo primer analysis software. In: Krawetz SA, Womble DD (eds) Introduction to bioin-formatics: a theoretical and practical approach / J.D. Offerman, W. Rychlik // HumanaPress Inc. New Jersey. - 2003

- P.45-361

115. Okonechnikov, K., Golosova, O., Fursov, M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Golosova, M. Fursov // Bioinformatics. - 2012 - №28/8 - P.1166-1167. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091

116. Paabo, S., Higuchi, R.G., Wilson, A.C. Ancient DNA and the polymerase chain reaction: the emerging field of molecular archaeology (Minireview) / S. Paabo, R.G. Higuchi, A.C. Wilson // The Journal of biological chemistry. - 1989.

- T. 264. - №. 17. - C. 9709-9712

117. Paabo, S., Poinar, H., Serre, D., Jaenicke-Despres, V., Hebler, J., Rohland, N., Hofreiter, M. Genetic Analyses from Ancient DNA / S. Paabo S., H. Poinar, D. Serre, V. Jaenicke-Despres, J. Hebler, N. Rohland, M. Hofreiter // Annual Review of Genetics. - 2004 - №38/1 - P.645-679. DOI: 10.1146/annurev.genet.37.110801.143214

118. Palmer, S.A., Clapham, A.J., Rose, P., Freitas, F.O., Owen, B.D., Beresford-Jones, D., Moore, J.D., Kitchen, J.L., Allaby, R.G. Archaeogenomic evidence of punctuated genome evolution in Gossypium / S.A. Palmer, A.J. Clapham, P. Rose, F.O. Freitas, B.D. Owen, D. Beresford-Jones, J.D. Moore, J.L. Kitchen, R.G. Allaby // Molecular Biology and Evolution. - 2012. - №29/8 - P.2031-2038. DOI: 10.1093/molbev/mss070

119. Pankin, A., Korff, M.V. Co-evolution of methods and thoughts in cereal domestication studies: a tale of barley (Hordeum vulgare) / A. Pankin, M.V. Korff // Current Opinion in Plant Biology. - 2017 - 36 - P.15-21

120. Parducci, L., Bennett, K.D. The real significance of ancient DNA / L. Parducci, K.D. Bennett //Am J BotJun. - 2017 - №104/6. P. 800-802. DOI: 10.3732/ajb.1700073

121. Parson, W., Amory, C., King T., Preick, M., Berger, C., König, A., Huber, G., Anslinger, K., Bayer, B., Weichhold, G., Sänger, T., Lutz-Bonengel, S., Pfeiffer, H., Hofreiter, M., Pfründer, D., Hohoff, C., Brinkmann, B. Kaspar Hauser's alleged noble origin - New molecular genetic analyses resolve the controversy / W. Parson, C. Amory, T. King, M. Preick, C. Berger, A. König, G. Huber, K. Anslinger, B. Bayer, G. Weichhold, T. Sänger, S. Lutz-Bonengel, H. Pfeiffer, M. Hofreiter, D. Pfründer, C. Hohoff, B. Brinkmann // iScience - 2024 - №27/9. DOI: 10.1016/j.isci.2024.110539

122. Pavlik, B.M., Del Rio, A., Bamberg, J., Louderback, L.A. Evidence for human-caused founder effect in populations of Solanum jamesii at archaeological sites: II. Genetic sequencing establishes ancient transport across the Southwest USA / B.M. Pavlik, A. Del Rio, J. Bamberg, L.A. Louderback // American journal of botany. -2024 - №111/7. DOI: 10.1002/ajb2.16365

123. Pecchioni, N., Vale, G., Toubia-Rahme, H., Faccioli, P., Terzi, V., Delogu, G. Barley-Pyrenophora graminea interaction: QTL analysis and gene mapping / N. Pecchioni, G. Vale, H. Toubia-Rahme, P. Faccioli, V. Terzi, G. Delogu // Plant Breed. - 1999 - №118/1 - P.29-35. DOI: 10.1046/j.1439-0523.1999.118001029.x

124. Perez-Escobar, O.A., Tusso, S., Przelomska, N.A.S., Wu, S., Ryan, P., Nesbitt, M., Silber, M.V., Preick, M., Fei, Z., Hofreiter, M., Chomicki, G., Renner, S.S. Genome Sequencing of up to 6,000-Year-Old Citrullus Seeds Reveals Use of a Bitter-Fleshed Species Prior to Watermelon Domestication / O.A. Perez-Escobar, S. Tusso, N.A.S. Przelomska, S. Wu, P. Ryan, M. Nesbitt, M.V. Silber, M. Preick, Z. Fei, M. Hofreiter, G. Chomicki, S.S. Renner //

Molecular biology and evolution. - 2022 - №39/8. DOI: 10.1093/molbev/msac168

125. Peukert, M., Weise, S., Röder, M.S., Matthies, I.E. Development of SNP markers for genes of the phenylpropanoid pathway and their association to kernel and malting traits in barley / M. Peukert, S. Weise, M.S. Röder, I.E. Matthies // BMC Genet. - 2013. DOI: 10.1186/1471-2156-14-97

126. Poinar, H.N., Kuch, M., Sobolik, K.D., Barnes, I., Stankiewicz, A.B., Kuder, T., Spaulding, W.G., Bryant, V.M., Cooper, A., Pääbo, S. A molecular analysis of dietary diversity for three archaic Native Americans / H.N. Poinar, M. Kuch, K.D. Sobolik, I. Barnes, A.B. Stankiewicz, T. Kuder, W.G. Spaulding, V.M. Bryant, A. Cooper, S. Pääbo // Proceedings of the National Academy of Sciences - 2001 - №98/8 - P. 4317-4322. DOI: 10.1073/pnas.061014798

127. Poinar, H.N., Schwarz, C., Qi, J., Shapiro, B., Macphee, R.D., Buigues, B., Tikhonovdaniel, A., Huson, D., Tomsho, L.P., Auch, A., Ramp, M., Miller, W., Schuster, S.C. Metagenomics to paleogenomics: large-scale sequencing of mammoth DNA / H.N. Poinar, C. Schwarz, J. Qi, B. Shapiro, R.D. Macphee, B. Buigues, A. Tikhonovdaniel, D. Huson, L.P. Tomsho, A. Auch, M. Ramp, W. Miller, S.C. Schuster // Science. - 2006 - №311/5759 - P.392-394

128. Pollmann, B., Jacomet, S., Schlumbaum, A. Morphological and genetic studies of waterlogged Prunus species from the Roman vicus Tasgetium (Eschenz, Switzerland) / B. Pollmann, S. Jacomet, A. Schlumbaum // Journal of Archaeological Science. - 2005 - №32/10 - P. 1471-1480. DOI: 10.1016/j.jas.2005.04.002

129. Pourkheirandish, M., Hensel, G., Kilian, B., Senthil, N., Chen, G., Sameri, M., Azhaguvel, P., Sakuma, S., Dhanagond, S., Sharma, R., Mascher, M., Himmelbach, A., Gottwald, S., Nair, S.K., Tagiri, A., Yukuhiro, F., Nagamura, Y., Kanamori, H., Matsumoto, T., Willcox, G., Middleton, C.P., Wicker, T., Walther, A., Waugh, R., Fincher, G.B., Stein, N., Kumlehn, J., Sato, K., Komatsuda, T. Evolution of the Grain Dispersal System in Barley / M. Pourkheirandish, G. Hensel, B. Kilian, N. Senthil, G. Chen, M. Sameri, P.

Azhaguvel, S. Sakuma, S. Dhanagond, R. Sharma, M. Mascher, A. Himmelbach, S. Gottwald, S.K. Nair, A. Tagiri, F. Yukuhiro, Y. Nagamura, H. Kanamori, T. Matsumoto, G. Willcox, C.P. Middleton, T. Wicker, A. Walther, R. Waugh, G.B. Fincher, N. Stein, J. Kumlehn, K. Sato, T. Komatsuda // Cell. - 2015 - №162/3. P. 527-39. DOI: 10.1016/j.cell.2015.07.002

130. Ramos-Madrigal, J., Smith, B.D., Moreno-Mayar, J.V., Gopalakrishnan, S., Ross-Ibarra, J., Gilbert, M.T.P., Wales, N. Genome Sequence of a 5,310-Year-Old Maize Cob Provides Insights into the Early Stages of Maize Domestication / J. Ramos-Madrigal, B.D. Smith, J.V. Moreno-Mayar, S. Gopalakrishnan, J. Ross-Ibarra, M.T.P. Gilbert, N. Wales // Current Biology. - 2016 - №26/23 - P. 3195-3201. DOI: 10.1016/j.cub.2016.09.036

131. Ramsay, L., Comadran, J., Druka, A., Marshall, D.F., Thomas, W.T., Macaulay, M., MacKenzie, K., Simpson, C., Fuller, J., Bona,r N., Hayes, P.M., Lundqvist, U., Franckowiak, J.D., Close, T.J., Muehlbauer, G.J., Waugh, R. INTERMEDIUM C, a modifier of lateral spikelet fertility in barley, is an ortholog of the maize domestication gene TEOSINTE BRANCHED 1 / L. Ramsay, J. Comadran, A. Druka, D.F. Marshall, W.T. Thomas, M. Macaulay, K. MacKenzie, C. Simpson, J. Fuller, N. Bonar, P.M. Hayes, U. Lundqvist, J.D. Franckowiak, T.J. Close, G.J. Muehlbauer, R. Waugh // Nature Genetics. - 2011 - 43 - P.169-172

132. Ranere, A.J., Piperno, D.R., Holst, I., Dickau, R., Iriarte, J. The cultural and chronological context of early holocene maize and squash domestication in the central balsas river valley, mexico / A.J. Ranere, D.R. Piperno, I. Holst, R. Dickau, J. Iriarte // PNAS. - 2009 - P. 5014-5018. DOI: 10.1073/pnas.0812590106

133. Rausher, M.D., Miller, R.E., Tiffin, P. Patterns of evolutionary rate variation among genes of the anthocyanin biosynthetic pathway / M.D. Rausher, R.E. Miller, P. Tiffin // Molecular Biology and Evolution. -1999 - №16/2 - P. 266274. DOI: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026108

134. Rausher, M.D., Lu, Y., Meyer, K. Variation in constraint versus positive selection as an explanation for evolutionary rate variation among anthocyanin genes / M.D. Rausher, Y. Lu, K. Meyer // Journal of Molecular Evolution. -2008 - №67/2 - P.137-144. DOI: 10.1007/s00239-008-9105-5

135. Rawlence, N.J., Lowe, D.J., Wood, J.R., Young, J.M., Churchman, G.J., Huang, Y.-T., Cooper A. Using palaeo environmental DNA to reconstruct past environments: progress and prospects / N.J. Rawlence, D.J. Lowe, J.R. Wood, J.M. Young, G.J. Churchman, Y.-T. Huang, A. Cooper // Journal of Quaternary Science. - 2014 - №29/7 - P.610-626. DOI: 10.1002/jqs.2740

136. Reddivari, L., Vanamala, J., Chintharlapalli, S., Safe, S.H., Miller, Jr.J.C. Anthocyanin fraction from potato extracts is cytotoxic to prostate cancer cells through activation of caspase-dependent and caspaseindependent pathways. Carcinogenesis / L. Reddivari, J. Vanamala, S. Chintharlapalli, S.H. Safe, Jr J.C. Miller // 2007 - №28/10 - P.2227-2235. DOI 10.1093/carcin/bgm117

137. Reich, D., Green, R.E., Kircher, M., Krause, J., Patterson, N., Durand, E.Y., Viola, B., Briggs, A.W., Stenzel, U., Johnson, P.L.F., Maricic, T., Good, J.M., Marques-Bonet, T., Alkan, C., Fu, Q., Mallick, S., Li, H., Meyer, M., Eichler, E.E., Stoneking, M., Richards, M., Talamo, S., Shunkov, M.V., Derevianko,

A.P., Hublin, J.-J., Kelso, J., Slatkin, M., Paabo, S. Genetic history of an archaic hominin group from Denisova Cave in Siberia / D. Reich, R.E. Green, M. Kircher, J. Krause, N. Patterson, E.Y. Durand, B. Viola, A.W. Briggs, U. Stenzel, P.L.F. Johnson, T. Maricic, J.M. Good, T. Marques-Bonet, C. Alkan, Q. Fu, S. Mallick, H. Li, M. Meyer, E.E. Eichler, M. Stoneking, M. Richards, S. Talamo, M.V. Shunkov, A.P. Derevianko, J.-J. Hublin, J. Kelso, M. Slatkin, S. Paabo // Nature. - 2010 - №468/7327 - P.1053-1060. DOI:10.1038/nature09710

138. Richards, S.M., Li, L., Breen, J., Hovhannisyan, N., Estrada, O., Gasparyan,

B., Gilliham, M., Smith, A., Cooper, A., Zhang, H. Recovery of chloroplast genomes from medieval millet grains excavated from the Areni-1 cave in southern Armenia / S.M. Richards, L. Li, J. Breen, N. Hovhannisyan, O. Estrada,

B. Gasparyan, M. Gilliham, A. Smith, A. Cooper, H. Zhang // Scientific reports. - 2022 - №12/1. DOI: 10.1038/s41598-022-17931-4

139. Riehl, S., Pustovoytov, K.E., Weippert, H., Klett, S., Hole, F. Drought stress variability in ancient Near Eastern agricultural systems evidenced by 13C in barley grain / S. Riehl, K.E. Pustovoytov, H. Weippert, S. Klett, F. Hole // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2014 - DOI: 10.1073/pnas.1409516111

140. Rizzi, E., Lari, M., Gigli, E., De Bellis, G., Caramelli, D. Ancient DNA studies: new perspectives on old samples / E. Rizzi, M. Lari, E. Gigli, G. De Bellis, D. Caramelli // Genetics Selection Evolution. — 2012 -D0I:10.1186/1297-9686-44-21

141. Rohde, W., Dörr, S., Salamini, F., Becker, D. Structure of a chalcone synthase gene from Hordeum vulgare / W. Rohde, S. Dörr, F. Salamini, D. Becker // Plant Mol. Biol. - 1991 - №16 - P.1103-1106

142. Rohland, N., Pollack, J.L., Nagel, D., Beauval, C., Airvaux, J., Pääbo, S., Hofreiter M. The population history of extant and extinct hyenas / N. Rohland, J.L. Pollack, D.Nagel, C. Beauval, J. Airvaux, S. Pääbo, M. Hofreiter //Molecular biology and evolution. - 2005. - №12/22 - P. 2435- 2443

143. Sadder, M., Brake, M., Ayoub, S., Abusini, Y., Al-Amad, I., Haddad, N. Complete mitochondrial genome sequence of historical olive (Olea europaea Linnaeus 1753 subsp. europaea) cultivar Mehras in Jordan / M. Sadder, M. Brake, S. Ayoub, Y. Abusini, I. Al-Amad, N. Haddad // Mitochondrial DNA Part B Resourses. - 2023 - №8/11- P.1205-1208. DOI: 10.1080/23802359.2023.2275828

144. Sandoval-Velasco, M., Dudchenko, O., Rodríguez, J.A., Pérez Estrada, C., Dehasque, M., Fontsere, C., Mak, S.S.T., Khan, R., Contessoto, V.G., Oliveira Junior, A.B., Kalluchi, A., Zubillaga Herrera, B.J., Jeong, J., Roy, R.P., Christopher, I., Weisz, D., Omer, A.D., Batra, S.S., Shamim, M.S., Durand, N.C., O'Connell, B., Roca, A.L., Plikus, M.V., Kusliy, M.A., Romanenko, S.A., Lemskaya, N.A., Serdyukova, N.A., Modina, S.A., Perelman, P.L., Kizilova,

E.A., Baiborodin, S.I., Rubtsov, N.B., Machol, G., Rath, K., Mahajan, R., Kaur, P., Gnirke, A., Garcia-Treviño, I., Coke, R., Flanagan, J.P., Pletch, K., Ruiz-Herrera, A., Plotnikov, V., Pavlov, I.S., Pavlova, N.I., Protopopov, A.V., Di Pierro, M., Graphodatsky, A.S., Lander, E.S., Rowley, M.J., Wolynes, P.G., Onuchic, J.N., Dalén, L., Marti-Renom, M.A., Gilbert, M.T.P., Aiden, E.L. Three-dimensional genome architecture persists in a 52,000-year-old woolly mammoth skin sample / M. Sandoval-Velasco, O. Dudchenko, J.A. Rodríguez, C. Pérez Estrada, M. Dehasque, C. Fontsere, S.S.T. Mak, R. Khan, V.G. Contessoto, A.B. Oliveira Junior, A. Kalluchi, B.J. Zubillaga Herrera, J. Jeong, R.P. Roy, I. Christopher, D. Weisz, A.D. Omer, S.S. Batra, M.S. Shamim, N.C. Durand, B. O'Connell, A.L. Roca, M.V. Plikus, M.A. Kusliy, S.A. Romanenko, N.A. Lemskaya, N.A. Serdyukova, S.A. Modina, P.L. Perelman, E.A. Kizilova, S.I. Baiborodin, N.B. Rubtsov, G. Machol, K. Rath, R. Mahajan, P. Kaur, A. Gnirke, I. Garcia-Treviño, R. Coke, J.P. Flanagan, K. Pletch, A. Ruiz-Herrera, V. Plotnikov, I.S. Pavlov, N.I. Pavlova, A.V. Protopopov, M. Di Pierro, A.S. Graphodatsky, E.S. Lander, M.J. Rowley, P.G. Wolynes, J.N. Onuchic, L. Dalén, M.A. Marti-Renom, M.T.P. Gilbert, E.L. Aiden // Cell - 2024 - №187/14 -P.3541-3562. DOI: 10.1016/j.cell.2024.06.002. PMID: 38996487

145. Schubert, M., Ermini, L., Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., Martin, M.D., Fernández, R., Kircher, M., McCue, M., Willerslev, E., Orlando, L. Characterization of ancient and modern genomes by SNP detection and phylogenomic and metagenomic analysis using PALEOMIX / M. Schubert, L. Ermini, C. Sarkissian, H. Jónsson, A. Ginolhac, R. Schaefer, M.D. Martin, R. Fernández, M. Kircher, M. McCue, E. Willerslev, L. Orlando // Nature Protocols. - 2014 - №9 - P. 1056-1082. DOI: 10.1038/nprot.2014.063

146. Semilet, T., Shvachko, N., Smirnova, N., Shipilina, L., Khlestkina, E. Using DNA markers to reconstruct the lifetime morphology of barley grains from carbonized cereal crop remains unearthed at Usvyaty Settlement / T. Semilet, N. Shvachko, N. Smirnova, L. Shipilina, E. Khlestkina // Biological Communications. - 2023 - №68/1 - P.3-9. DOI: 10.21638/spbu03.2023.101

147. Shapiro, B., Drummond, A.J., Rambaut, A., Wilson, M.C., Matheus, P.E., Sher, A.V., Pybus, O.G., Thomas, M., Gilbert, P., Barnes, I., Binladen, J., Willerslev, E., Hansen, A.J., Baryshnikov, G.F., Burns, J.A., Davydov, S., Driver, J.C., Froese, D.G., Harington, C.R., Keddie, G., Kosintsev, P., Kunz, M.L., Martin, L.D., Stephenson, R.O., Storer, J., Tedford, R., Zimov, S., Cooper, A. Rise and fall of the Beringian steppe bison / B. Shapiro, A.J. Drummond, A. Rambaut, M.C. Wilson, P.E. Matheus, A.V. Sher, O.G. Pybus, M. Thomas, P. Gilbert, I. Barnes, J. Binladen, E. Willerslev, A.J. Hansen, G.F. Baryshnikov, J.A. Burns, S. Davydov, J.C. Driver, D.G. Froese, C.R. Harington, G. Keddie, P. Kosintsev, M.L. Kunz, L.D. Martin, R.O. Stephenson, J. Storer, R. Tedford, S. Zimov, A. Cooper //Science. - 2004. - №5701/306 - P. 1561-1565. DOI: 10.1126/science. 1101074.

148. Shapiro, B., Hofreiter, M. A paleogenomic perspective on evolution and gene function: new insights from ancient DNA / B. Shapiro B., M. Hofreiter // Science. - 2014. - №6169/349. DOI: 10.1126/science.1236573

149. Sherlock, M.B., Streicher, J.W., Gower, D.J., Maddock, S.T., Nussbaum, R.A., Oommen, O.V., Serra Silva, A., Day, J.J., Wilkinson, M. Genomic SNPs resolve the phylogeny of an ancient amphibian island radiation from the Seychelles / M.B. Sherlock, J.W. Streicher, D.J. Gower, S.T. Maddock, R.A. Nussbaum, O.V. Oommen, A. Serra Silva, J.J. Day, M. Wilkinson // Molecular phylogenetics evolution. - 2024. DOI: 10.1016/j.ympev.2024.108130

150. Shoeva, O.Y., Kukoeva, T.V., Börner, A., Khlestkina, E.K. Barley Ant1 is a homolog of maize C1 and its product is part of the regulatory machinery governing anthocyanin synthesis in the leaf sheath / O.Y. Shoeva, T.V. Kukoeva, A. Börner, E.K. Khlestkina // Plant Breed. - 2015 -№134 - P.400-405. DOI: 10.1111/pbr.12277

151. Shoeva, O.Y., Mock, H.P., Kukoeva, T.V., Börner, A., Khlestkina, E.K. Regulation of the flavonoid biosynthesis pathway genes in purple and black grains of Hordeum vulgare / O.Y. Shoeva, H.P. Mock, T.V. Kukoeva, A. Börner,

E.K. Khlestkina // PloS ONE. - 2016 - №11/10. DOI 10.1371/journal.pone.0163782

152. Shoeva, O.Y., Glagoleva, A.Y., Khlestkina, E.K. The factors affecting the evolution of the anthocyanin biosynthesis pathway genes in monocot and dicot plant species / O.Y. Shoeva, A.Y. Glagoleva, E.K. Khlestkina // BMC Plant Biology. - 2017. DOI: 10.1186/s12870-017-1190-4

153. Shvachko, N.A., Loskutov, I.G., Semilet, T.V., Popov, V.S., Kovaleva, O.N., Konarev, A.V. Bioactive Components in Oat and Barley Grain as a Promising Breeding Trend for Functional Food Production / N.A. Shvachko, I.G. Loskutov, T.V. Semilet, V.S. Popov, O.N. Kovaleva, A.V. Konarev // Molecules. - 2021 -№26/8. DOI 10.3390/molecules26082260

154. Smith, L. Genetics and cytology of barley / L. Smith // The Botanical Review. -1951 -№17 - P.133-202. DOI: 10.1007/BF02861800

155. Strygina, K.V., Börner, A., Khlestkina, E.K. Identification and characterization of regulatory network components for anthocyanin synthesis in barley aleurone / K.V. Strygina, A. Börner, E.K. Khlestkina // BMC Plant Biol.

- 2017 - №17/1184. DOI 10.1186/ s12870-017-1122-3

156. Takahashi, R., Hayashi, J. Linkage study of two complementary genes for brittle rachis in barley / R. Takahashi, J. Hayashi // Ber. Ohara Inst. landw. Biol., Okayama Univ. - 1964 - P.99-105.

157. Taketa, S., Kikuchi, S., Awayama, T., Yamamoto, S., Ichii, M., Kawasaki, S. Monophyletic origin of naked barley inferred from molecular analyses of a marker closely linked to the naked caryopsis gene (nud) / S. Taketa, S. Kikuchi, T. Awayama, S. Yamamoto, M. Ichii, S. Kawasaki // Theor Appl Genet. - 2004

- P. 1236-42. DOI: 10.1007/s00122-003-1560-1

158. Taketa, S., Amano, S., Tsujino, Y., Sato, T., Saisho, D., Kakeda, K., Nomura, M., Suzuki, T., Matsumoto, T., Sato, K., Kanamori, H., Kawasaki, S., Takeda, K. Barley grain with adhering hulls is controlled by an ERF family transcription factor gene regulating a lipid biosynthesis pathway / S. Taketa, S. Amano, Y. Tsujino, T. Sato, D. Saisho, K. Kakeda, M. Nomura, Suzuki, T., Matsumoto, T.,

K. Sato, H. Kanamori, S. Kawasaki, K. Takeda // Proc Natl Acad Sci. - 2008 -P.4062-4067. DOI: 10.1073/pnas.0711034105

159. Tanno, K., Taketa, S., Takeda, K., Komatsuda, T. A DNA marker closely linked to the vrs1 locus (row type gene) indicates multiple origins of six-rowed cultivated barley (Hordeum vulgare L.) / K. Tanno, S. Taketa, K. Takeda, T. Komatsuda // Theoretical and Applied Genetics. - 2002 - P. 54-60

160. Tanno, K., Willcox, G. How fast was wild wheat domesticated? / K. Tanno, G. Willcox // Science. - 2006 - V.311 - P.1886

161. Tester, M., Langridge, P. Breeding technologies to increase crop production in a changing world / M. Tester, P. Langridge // Science. - 2010 - №32/5967 -P. 818-822. DOI: 10.1126/science.1183700

162. Vallebueno-Estrada, M., Rodríguez-Arévalo, I., Rougon-Cardoso, A., Martínez González, J., García Cook, A., Montiel, R., Vielle-Calzada, J.P. The earliest maize from san marcos tehuacán is a partial domesticate with genomic evidence of inbreeding / M. Vallebueno-Estrada, I. Rodríguez-Arévalo, A. Rougon-Cardoso, J. Martínez González, A. García Cook, R. Montiel, J.P. Vielle-Calzada // PNAS. - 2016. DOI: 10.1073/pnas.1609701113

163. Vallebueno-Estrada, M., Hernández-Robles, G.G., González-Orozco, E., Lopez-Valdivia, I., Rosales Tham, T., Vásquez Sánchez, V., Swarts, K., Dillehay, T.D., Vielle-Calzada, J.P., Montiel, R. Domestication and lowland adaptation of coastal preceramic maize from Paredones, Peru. / M. Vallebueno-Estrada, G.G. Hernández-Robles, E. González-Orozco, I. Lopez-Valdivia, T. Rosales Tham, V. Vásquez Sánchez, K. Swarts, T.D. Dillehay, J.P. Vielle-Calzada, R. Montiel // Elife. - 2023. DOI: 10.7554/eLife.91314

164. Vavilov, N.I. About the eastern centers of origin of cultivated plants / N.I. Vavilov // New East. - 1924 - 6. - P. 290-305

165. Vavilov, N.I. The problem of the origin of cultivated plants, as conceived of at the present time / N.I. Vavilov // 1929 - P. 11-22

166. Vikhorev, A.V., Strygina, K. V., Khlestkina, E.K. Duplicated flavonoid 3'-hydroxylase and flavonoid 3',5'-hydroxylase genes in barley genome / A.V. Vikhorev, K.V. Strygina, E.K. Khlestkina // PeerJ. - 2019 - №7/1. DOI: 10.7717/peerj.6266

167. Wales, N., Ramos Madrigal, J., Cappellini, E., Carmona Baez, A., Samaniego Castruita, J. A., Romero-Navarro, J. A. Gilbert, M. T. P. The limits and potential of paleogenomic techniques for reconstructing grapevine domestication / N. Wales, J. Ramos Madrigal, E. Cappellini, B.A. Carmona, S. Castruita, J.A. Romero-Navarro, J.A. Gilbert // Journal of Archaeological Science. - 2016 - 72 - P.5770. DOI: 10.1016/j.jas.2016.05.014

168. Wales, N., Kistler, L. Extraction of Ancient DNA from Plant Remains / N. Wales N., L. Kistler // Methods Mol Biol. - 2019 - P.45-55. DOI: 10.1007/978-1-4939-9176-1_6

169. Warren, P., Jarman, M.R., Jarman, H.N., Shackleton, N.J., Evans, J.D. Knossos Neolithic, part II. / P. Warren, M.R. Jarman, H.N. Jarman, N.J. Shackleton, J.D. Evans // Annu Brit School Athens. - 1968 - №63 - P.239-276

170. Weyrich, L.S., Dobney, K., Cooper, A. Ancient DNA analysis of dental calculus / L.S. Weyrich, K. Dobney, A. Cooper, L.S. Weyrich, K. Dobney, A. Cooper // Journal of Human Evolution. - 2015 - №79 - P.119-124. DOI: 10.1016/j.jhevol.2014.06.018.

171. Willerslev, E., Hansen, A.J., Poinar, H.N. Isolation of nucleic acids and cultures from fossil ice and perma frost / E. Willerslev, A.J. Hansen, H.N. Poinar // Trends Ecol. Evol. 2004 - V.19 - №3 - P.141-147

172. Willerslev E., Cooper A. Ancient DNA / E. Willerslev, A. Cooper // Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2005. - V. 272 -№1558 - P. 3-16.

173. Williams, M.P., Flegontov, P., Maier, R., Huber, C.D. Testing times: disentangling admixture histories in recent and complex demographies using ancient DNA / M.P. Williams, P. Flegontov, R. Maier, C.D. Huber // Genetics. -2024 - №228/1 DOI: 10.1093/genetics/iyae110

174. Wise, R.P., Rohde, W., Salamini, F. Nucleotide sequence of the Bronze-1 homologous gene from Hordeum vulgare / R.P. Wise, W. Rohde, F. Salamini // Plant Mol. Biol. - 1990 - №14/2 - P.277-279

175. Yan, L., Fu, D., Li, C., Blechl, A., Tranquilli, G., Bonafede, M., Sanchez, A., Valarik, M., Yasuda, S., Dubcovsky, J. The wheat and barley vernalization gene VRN3 is an orthologue of FT / L. Yan, D. Fu, C. Li, A. Blechl, G. Tranquilli, M. Bonafede, A. Sanchez, M. Valarik, S. Yasuda, J. Dubcovsky // Proc Natl Acad Sci USA. - 2006 - №103/51 - P. 19481-19586. DOI: 10.1073/pnas.0607142103

176. Yang, L., Zhang, X., Hu, Y., Zhu, P., Li, H., Peng, Z., Xiang, H., Zhou, X., Zhao, X. Ancient mitochondrial genome depicts sheep maternal dispersal and migration in Eastern Asia / L. Yang, X. Zhang, Y. Hu, P. Zhu, H. Li, Z. Peng, H. Xiang, X. Zhou, X. Zhao // Journal of genetics and genomics. - 2024 - №51/1 -P.87-95. DOI: 10.1016/j.jgg.2023.06.002

177. Youdim, K.A., Qaiser, M.Z., Begley, D.J., Rice-Evans, C.A., Abbott, N.J. Flavonoid permeability across an in situ model of the blood-brain barrier / K.A. Youdim, M.Z. Qaiser, D.J. Begley, C.A. Rice-Evans, N.J. Abbott // Free Radic. Biol. Med. - 2004 - №36/5 - P.592-604. DOI: 10.1016/j.freeradbiomed.2003.11.023

178. Zakhrabekova, S., Gough, S.P., Braumann, I., Müller, A.H., Lundqvist, J., Ahmannet, K., Dockter, C., Matyszczak, I., Kurowska, M., Druka, A., Waugh, R., Graner, A., Stein, N., Steuernagel, B., Lundqvist, U., Hansson, M. Induced mutations in circadian clock regulator Mat-a facilitated short-season adaptation and range extension in cultivated barley / S. Zakhrabekova, S.P. Gough, I. Braumann, A.H. Müller, J. Lundqvist, K. Ahmannet, C. Dockter, I. Matyszczak, M. Kurowska, A. Druka, R. Waugh, A. Graner, N. Stein, B. Steuernagel, U. Lundqvist, M. Hansson // Proc Natl Acad Sci USA. - 2012 - №109/11 - P. 43264331. DOI: 10.1073/pnas. 1113009109

179. Zedane, L., Hong-Wa, C., Murienne, J., Jeziorski, C., Baldwin, B.G., Besnard, G. Museomics illuminate the history of an extinct, paleoendemic plant lineage (Hesperelaea, Oleaceae) known from an 1875 collection from Guadalupe Island,

Mexico / L. Zedane, C. Hong-Wa, J. Murienne, C. Jeziorski, B.G. Baldwin, G. Besnard // Biological Journal of the Linnean Society. - 2016 - №117/1 - P. 4457. DOI: 10.1111/bij.12509

180. Zhu, F. Anthocyanins in cereals: composition and health effects. / F. Zhu // Food. - 2018. DOI: 10.1016/j.foodres.2018.04.015

181. Zohary, D., Hopf, M. Domestication of 3lants in the Old World / D. Zohary, M. Hopf // Oxford Univ Press, New York. - 2000. D0I:10.1093/acprof: osobl/9780199549061.001.0001

182. Zohary, D., Hopf, M., Weiss, E. Domestication of Plants in the Old World, 4th ed. / D. Zohary, M. Hopf, E. Weiss // Oxford University Press: Oxford, UK. -2012.

183. Zwirek, M., Waugh, R., McKim, S.M. Interaction between row-type genes in barley controls meristem determinacy and reveals novel routes to improved grain / M. Zwirek, R. Waugh, S.M. McKim // New Phytol. - 2019 - №221/4 - P. 1950-1965. DOI:10.1111/nph.155

Приложение 1 Перечень праймеров, использованных в работе

Название анализируемой последовательности Прямой праймер Обратный праймер Размер продукта п.н. Автор

1 2 3 4 5

HvNudl ACCTGATCACACTTTCTTAACC CATTCCGCAGAGAAACATC 940 Yu et al., 20l5

HvNud2 GAAGAGGAGGGTGTGGTTG GGAAGTTGGTCTTGGCGTT l32 Yu et al., 20l5

Factor elongation (FE) 1a AAGGATCTCAAGCGTGGG GTGGGATGTGTGGCAGTC l54 Yu et al., 20l5

HvNud3 GGTACAGTCCAAGAAGAAGTT CGTCTCAAAGGTGCCCAA 3l5 *

HvNud4 CGAGATCAGGCATCCTCTCCT GGAAGTTGGTCTTGGCGTT 328 *

HvNud5 TTGGGCACCTTTGAGACG AGGACGACGAGCCAA l78 *

HvNud6 TTGGCTCGTCGTCCT CTCCTTGTTGAGCTCGA 206 *

HvNud7 CATGACCGTCGAGCT CGATCCTCTCTTCGTCCTC l44 *

HvNud8 GAGGACGAAGAGAGGATCG CTTCAGATGAGGAGGCTGC ll6 *

HvBtr-1 TCTGAGCAGGCTCGA ATGTTCGCCACGCT 20l *

HvBtr-la CCGCAATGGAAGGCGATGTA ATGGAGCACCAGGAGCT 240 *

HvBtr-lb ATAGTCAGC GTGGTGGTGG CGTGGAGCTGCTCTTCCAT 255 *

HvBtr-lc ACGTTGCTGCATTCCGC CGTGGAGCTGCTCTTCCAT 337 *

HvBtr-2 TCGTAGCTTGACCTACATCA AGAGGGAGAAGACGTTGC 233 *

HvBtr-2a ATGGAGGTTTGGAGGAAGAC AGAGGGAGAAGACGTTGC 27l *

HvBtr-2b GCAACGTCTTCTCCCTCT TCAGCCATGCAGAAGCAT 328 *

HvBtr-2g ATGGAGGTTTGGAGGAAGAC TCAGCCATGCAGAAGCAT 58l *

HvVrsl GATCGGAAAGCACTCAGCC GC TGATGC TTGTCCATGC TT 26l *

HvVrs2 TCCAGTTCCTGAGCACACC CGTCATCACATGCGTGTCC 256 *

HvVrs3 GCCAATGGTACACACGACGC CTCAGCTCCAGAATCTCGGC 29l *

HvVrs4 GAGATGGAC GGAGGAGGG GAGCAAGCATACCTCGTTCTC 282 *

HvVrs5 CGCCACAAGAACAAGACGCT TGTCCGCCATCCACAGAT 292 *

HvVrs6 CTGCTGAGGCTGAAGGAGA GGACGCACATCATCAGGTCAT 229 *

HvVrs7 TCCTTCTCGACGGGAACCT TTCTGCCGATCTTGAAGCCCTAT 248 *

HvVrs8 AGCCGAGATAGCTGCTGC ACTTAACGCACGCCTAGAGAT 320 *

HvVrs9 GATCGGAAAGCACTCAGCC GAGCAAGCATACCTCGTTCTC 80l *

HvVrslO CGCCACAAGAACAAGACGCT ACTTAACGCACGCCTAGAGAT 846 *

ELF3-l CACCAGAGACACAGACCCTT GCCATGC TCAC TCAC TCA 288 *

ELF3-2 TGAGTGAGTGAGCATGGC GGACGCTGAACTGCT 200 *

ELF3-3 ATTGGTGGGATCGACAGAC TTAGAACGAGGACGCACTC 287 *

ELF3-4 CAGAGACAACAACGCCA GTTTGCTGGTGCTTTGTCC 295 *

ELF3-5 GGACAAAGCACCAGCAAAC TCTCATTCCTTGTTCTAGCCT 200 *

ELF3-6 AGGCTAGAACAAGGAATGAGA CGATAGCTCTTCTTGCTTTCC 285 *

ELF3-7 TCAGCAGCGGGTTTTTG CCAAGGCATGGATCTCCTTC 240 *

Продолжение таблицы

1 2 3 4 5

ELF3-8 GGAAAGCAAGAAGAGCTATCG CCAAGGCATGGATCTCCTTC 1037 *

ELF3-9 GAAGGAGATCCATGCCTTGG CTTGTTGTCGGTAGGAGCAG 279 *

ELF3-10 CTGCTCCTACCGACAACAAG CTGAAAGGCGGGAAGTACAT 295 *

ELF3-11 ATGTACTTCCCGCCTTTCAG CCCTGCTGCCTGTCAAAAG 242 *

CHI-1 CGGACAAGGTGACGGAGAA GGAGAAGGCGACGGTGAG 176 Shoeva, et al., 2015

CHI-2 GCCACTTCATCAAGTTCACG GC GGCAGGATCATTGTC 260 *

CHI-1 CGGACAAGGTGACGGAGAA AGC TCA GCG ACC CTG TT 316 *

CHI-2 GCCACTTCATCAAGTTCACG AGC TCA GCG ACC CTG TT 594 *

DFR-1 GCGTCGGGTTTCGTAGGGTC CGCGATGGCCTCGTTGAAG 309/192 Shoeva, et al., 2015

DFR-2 ATGAAGCTCCTCCAGGC ACGTCTCTGCACCAATGG 1312 *

DFR-3 AGCGAGGATGGCAGCTT GAGGTGAAGACGATGCGTTT 279 *

DFR-4 AAACGCATCGTCTTCACCTC GCCTTGGACACGAAGTACAT 248 *

DFR-5 ATGTACTTCGTGTCCAAGGC TC GTGGGAGGAGCAGAT 287 *

DFR-6 ATCTGCTCCTCCCACGA ACGTCTCTGCACCAATGG 310 *

F3h-1 CACCATAACGCTCCTCCT GCCTGCTGCTCTCCC 303/194 Shoeva, et al., 2015

F3h-2 TGAGCAACGAGACGTTCC CGTCATGTC GGC GATGA 257 *

F3h-2 TGAGCAACGAGACGTTCC TGCTGCTGGAGCTGCA 1060 *

F3h-3 TCATCGCCGACATGACG ATTGCACGACAGCCCCAT 269 *

F3h-4 ATGGGGCTGTCGTGCAAT GCAGGAGGAGCGTTATGG 190 *

F3h-5 AGAGCAGCAGGCTGTCG TTTCGTTGAGGGGCTTGG 270 *

Примечание: * Праймеры, построенные с использованием программы Oligo Primer Analysis Software v.7 и базы Integrated DNA Technolog

Организация помещений для работы с дДНК

А. Б.

Рисунок 2.1 - Внешний вид помещения для выделения древней ДНК: А-общий коридор; Б - второе помещение для работы

Рисунок 2.2 - Подготовка к работе с древней ДНК: А- Спец. одежда халат белый медицинский, сменная обувь, маска, одноразовая шапочка; Б -Спец. одежда халат хирургический одноразовый

А. Б.

Рисунок 2.3 - Подготовка лаборатории (древнего бокса) для работы с дДНК: А - Обработка УФ-светом в ламинаре; Б- Обработка УФ-светом помещения с оборудованием

А. Б.

Рисунок 2.4 - Проведение молекулярно-генетических исследований в боксе для работы с древней ДНК: А- Ламинар, подготовленный к работе; Б-Осуществление работы с древней ДНК

Подробный протокол изолирования древней ДНК ячменя с модификациями

Выделение древней ДНК

Оборудование:

1. Центрифуга дли микропробирок (с охлаждением);

2. Твердотельный термостат;

3. Встряхиватель для микропробирок;

4. Дозаторы переменного объема на 20 мкл, 200 мкл, 1000 мкл

5. Вортекс

Выделение ДНК осуществлялось набором QIAGEN Plant mini kit (Germany) согласно протоколу производителя с модификациями, которые в тексте выделены жирным курсивом.

Перед началом работы осуществлялась подготовка рабочих растворов буферов: AW1, AW2 и AP1 путем разбавления их этанолом. Перед работой поместить лизирующий буфер AP1 в термостат (65oC) для растворения осадка. Геномную ДНК выделяли из древних карбонизированных зерен ячменя. Древнюю ДНК выделяли из пула зерновок (2-3 шт).

Гомогенизация материала

Карбонизированные зерновки (2-3 шт) измельчали в пробирке типа эппендорф объемом 1,5 мл до состояния порошка без добавления буферов и заморозки в жидком азоте. Для гомогенизации использовались одноразовые пластиковые пестики.

Лизис клеток

1. В каждую пробу добавить 400 мкл буфера AP1. Не добавлять ферменты, устраняющие РНК (по протоколу 4 мкл RNAse A);

2. Инкубировать пробы при 65° С, перемешивая каждые 2-3 минуты переворачиванием;

3. Добавить 130 мкл буфера P3 в каждую пробу;

4. Перемешать на вортексе и инкубировать 5 мин на льду. Поместить пробы в морозильную камеру на 1-2 часа;

5. Центрифугировать лизат 5 мин при 14000 rpm (20000 x g), используя центрифугу с охлаждением (+10oC).

Осаждение дДНК

6. Перенести надосадочную жидкость на мембрану колонок QIAshredder и центрифугировать 2 мин при 14000 rpm (20000 x g), используя центрифугу с охлаждением (+10oC);

7. После центрифугирования перенести жидкость в пробирку объемом 2 мл и добавить 1,5 объема буфера AW1;

8. Плавно перемешать растворы пипетированием (2-3 раза);

9. Перенести жидкость (объемом не более 650 мкл) на мембрану колонки DNesy Mini.

10.Центрифугировать колонки 1 мин при 8000 rpm (6000 x g), используя центрифугу с охлаждением (+10oC). Удалить жидкость после центрифугирования.

*Повторить пункты 9 и 10, если остается жидкость

Промывка дДНК

11. Перенести колонки в новые пробирки объемом 2 мл;

12. Добавить на мембраны колонок 400 мкл буфера AW2;

13. Центрифугировать пробирки 1 мин при 8000 rpm (6000 x g);

14. Удалить жидкость и промокнуть пробирки на фильтровальной бумаге;

15. Повторно добавить на мембраны колонок 400 мкл буфера AW2;

16. Центрифугировать пробирки 1 мин при 10000 rpm (8000 x g).

Элюция (растворение) дДНК

17. Поместить колонки в чистые пробирки объемом 1,5 мл;

18. Добавить на мембраны колонок от 30 - 50 мкл элюирующего раствора AE;

19.Инкубировать 5 мин при комнатной температуре (15-25oC);

20. Центрифугировать пробирки 1 мин при 8000 rpm (6000 x g), используя центрифугу с охлаждением (+20oC).

*После выделения дДНК осуществлялось измерение концентрации препаратов ДНК при помощи спектрофотометра NanoDrop и постановка реакции рефрагментации с помощью коммерческого набора Sigma-Aldrich GenomePlex Complete Whole Genome Amplification (WGA) Kit согласно протоколу производителя.

Справки о внедрении результатов

Университет

Сириус

АВТОНОМНАЯ НЕКОММЕРЧЕСКАЯ ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ «НАУЧНО-ТЕХНОЛОГИЧЕСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ «СИРИУС»

Олимпийский пр-кт д 1 пгт Сириус феоер&пьнав тс-сентори« »Cnpt*vc^ Красморарский край. 354340 ОГРН 1192375046930, ИНН 2367010021

Тел./факс: <;600) 100 41 55

«-mall n'oO*' usunwciiity tu с »irr игсгчч^-му iu

0fJS. А0Л«

В Диссертационный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических наук

доктора биологических наук (24.1.235.01) при ФГБНУ «Федеральный

исследовательский центр Всероссийский Институт генетических ресурсов растений имени Н.И. Вавилова»

ул. Большая Морская, д. 42,44, Санкт-Петербург. 190031 тел.: [phone] эл. почта: [e-mail]

Справка о внедрении

Настоящим Научно-исследовательский университет «Сириус» подтверждает научно-практическое использование результатов диссертационной работы Семилет Татьяны Вячеславовны «Молекулярно-генетическая идентификация карбонизированных зерновок ячменя из раскопа Усвятского городища (XII век) на территории современной Псковской области», представленной на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 1.5.7. - Генетика.

Экспериментальные данные и теоретические выводы работы Семилет Татьяны Вячеславовны, опубликованные в журналах «Biological Communications» (2023, V. 68, P. 3-9), «Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции» (2024, Т. 185, С. 199-209), «Биотехнология и селекция растений» (2024, Т. 7, С. 67-74), использовались при чтении лекций в модуле «Генетические ресурсы и генетика растений» в 2021 году как пример применения совреме^нах^етодов в разработке маркеров для маркер-ориентированной селекции.

Врио Директора

АНОО ВО «Университет «Сириус»

С. Больняков

Исп.: Ефремова Ольга Сергеевна

Те*,: + 7 (952) 394-9S-33

Эл. почта: efrcmovaosig'UliTitiuspeh.r'u