Особенности репликации и структуры ДНК малых колициногенных плазмид тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Зверев, Виталий Васильевич

• Зверев, Виталий Васильевич
• кандидат биологических наук
• 1985

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Зверев, Виталий Васильевич

ВВЕДЕНИЕ

ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

МЕХАНИЗМЫ РЕПЛИКАЦИИ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ПЛАЗМВД". II

Глава I. Участие клетки-хозяина в репликации плазмвдной ДНК . II

1.1. Роль ДНК-полимераз . II

1.2. Роль синтеза белка и РНК

1.3. Участие продуктов сСгьа генов

Глава 2. Механизмы регуляции репликации плазмиды Co^EI и других плазмид Со£Е1-типа

2.1. Инициация синтеза " leading » нити ДНК Co^EI

2.2. Инициация репликации " " нити ДНК Со£Е

2.3. РНК I- основной негативно-контролирующий фактор инициации репликации и несовместимости плазмид Co^EI-типа

2.4. Белок &ор - негативно контролирующий элемент инициации репликации плазмид Co^EI-типа

Глава 3. Структура репликативного аппарата и контроль инициации репликации плазмид не Co^EI-типа

3.1. Оридкины и направление репликации

3.2. Структура репликативных участков и плазмидоспецифические белки, позитивно-регулирующие репликацию плазмидной ДНК

3.3. Регуляция инициации репликации и несовместимости

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности репликации и структуры ДНК малых колициногенных плазмид»

Актуальность темы. В настоящее время изучение вне хромосомной наследственности бактерий представляет широкий теоретический и практический интерес. Обнаружение в клетках бактерий плазмид, сообщающих им ряд новых свойств и дополнявдиющих стабильную систему хромосомного наследования, дало начало новому этапу в развитии генетики и биохимии бактерий. Плазмиды определяют такие важные свойства бактерий, как способность к передаче генетического материала от клетки к клетке, синтез специфических антибактериальных веществ, устойчивость к различным лекарственным препаратам и ряд других свойств.

Клетки, несущие плазмиды, могут служить моделью для изучения взаимоотношений хромосомной и вне хромосомной наследственности. Кроме того, небольшие размеры плазмид, позволяющие выделять их в неповрежденном виде, делают их удобными объектами для изучения различных клеточных процессов, таких как репликация, транскрипция, репарация, рекомбинация.

Одной из наиболее важных проблем биологии является изучение механизмов регуляции клеточного деления. Эта проблема неразрывно связана с изучением репликации ДНК, так как эти два процесса взаимозависимы. Однако, изучать регуляцию репликации ДНК в клетке на молекулярном уровне очень трудно, так как даже небольшие нарушения этого процесса вызывают гибель клетки. Поэтому бактериальные плазмиды, существование которых не обязательно для клетки, обладающие независимым репликоном, очень удобны и популярны как модельные системы для изучения механизмов синтеза ДНК. Именно благодаря успешному использованию плазмид в последние годы достигнуты столь значительные успехи в понимании механизмов репликации

ДНК.

В настоящее время широкое развитие получила генная инженерия - новая область молекулярной биологии, которая занимается проблемами конструирования организмов с заранее заданными свойтрудмя переоцените ствами. Значение плазмид в этих работах по генной инженерии Большой интерес в этом плане представляют прежде всего малые мультикопийные плазмиды. К этой группе плазмид относятся малые колициногенные плазмиды, представитель которых плазмида Co^EI достаточно хорошо изучена и одной из первых была использована в качестве вектора для клонирования бактериальных генов ( НргзА-et а£. t 1974). Очевидно, что успешное использование плазмид в теоретических исследованиях и прикладных работах возможно только при активном изучении их молекулярной природы и механизмов, контролирующих специфические синтезы, которые определяются этими плазмидами.

Состояние вопроса. Малые колициногенные плазмиды - большая и разнообразная группа плазмид кишечных бактерий. Все они могут стабильно существовать в клетках В. со£с . Это плазмиды с небольшой молекулярной массой (до 5,0 Щ). Они кодируют колицины-специфические белки-антибиотики узкого спектра действия, ингиби-рувдие рост близкородственных организмов ( Hardy , 1975;

Hit$£e<& ei а/. , 1978).

Большое внимание, особенно в последние годы, к этой группе бактериальных плазмид объясняется несколькими причинами. Коли-цины, наиболее изученный класс бактериоцинов, вызывают значительный теоретический и практический интерес как узкоспецифические ингибиторы различных макромолекулярных синтезов бактериальной клетки, а сами колициногенные плазмиды являются удобной моделью для изучения репликации и транскрипции ДНК, а также перспективными векторами для молекулярного клонирования в работах по генной инженерш.

Большой интерес цредставляет тот факт, что синтез различных колицинов определяется исключительно плазмидными генами. Происхождение колициногенных плазмид, обеспечивающих существенные селективные преимущества клеткам бактерий, несущим их, в настоящее время неясно. Поэтому изучение колициногенных плазмид имеет значение также для понимания процесса эволюции микроорганизмов. Исследуемые в настоящей работе малые колициногенные плазмиды Со (к, Со/7Г), СоЙ32 и Со^К кодируют колицины с молекулярной массой 60.000; 90.000; 60.000 и 45.000, соответственно. Из этих колицинов лучше всего изучено действие колицина Е2. Показано, что этот белок является ДНКазой и деградирует клеточную ДНК до олигонук-леотидов. Механизм действия остальных колицинов изучен хуже. Колицины А и К относятся к группе колицинов, изменяющих мембранный потенциал и нарушающих проницаемость мембран, а колицин D специфически ингибирует белковый синтез ( к^опсбк^ , 1982).

Репликация плазмид Со£к% Со^К, Со/# и CofE2 к началу настоящей работы практически не была изучена. Имелись лишь данные, что для репликации плазмид Со^К и Со£Е2 необходима ДНК полимера-за I ( kirtgs&urtf, Hetinstl, 1970; Тлсо* , 1981) и что репликация плазмиды Со&С может происходить в присутствии хпорам^еникола ( Та сон , 1981).

Цель "работы - изучение генетического контроля и механизмов регуляции репликации малых колициногенных плазмид.

Конкретными задачами были:

1) выделить и охарактеризовать малые колициногенные плазмиды из мультиплазмидных штаммов коллекции Фредерика;

2) изучить особенности репликации группы малых колициногенных плазмид, сравнительно с репликацией Cofel и хромосомной ДНК;

3) выделить участки ДНК колициногенных плазмид, ответственных за их автономную репликацию, провести сравнительный анализ их структуры.

Научная новизна диссертации состоит в следующем:

- из мультикопийных штаммов В. coil выделены и охарактеризованы колициногенные плазмиды Со^А, Со{£> и СоЕк, определены их свойства;

- показано влияние продуктов генов d/га I, dna & и d/^a С, участвующих в репликации хромосомы, на репликацию малых колициногенных плазмид;

- показано, что плазмиды Со (к, Со( Ю и СоЙС содержат в своем геноме участки ДНК, гомологичные репликативноаду району плазмиды Co^EI, что говорит об эволюционном родстве этих плазмид;

- показано, что репликация плазмиды Co<fE2 отличается от репликации других изученных в работе малых колициногенных плазмид; эта плазмида не содержит областей гомологии с репликативным участком плазмиды Coftjl, т.е. обладает репликоном, отличающимся от репликона плазмид Со<?Е1-типа;

- определена нуклеотидная последовательность участков ДНК, ответственных за автономную репликацию плазмид Со {к и . Определены участки инициации транскрипции двух РНК, участвующих в регуляции репликации плазмид Со/а и Показано, что, несмотря на невысокую степень гомологии нуклеотидных последовательностей этих РНК у плазмид CoifA, Coif Я) и Co^EI, они могут иметь одинаковую вторичную структуру.

В целом, работа расширяет представления о механизмах репликации ДНК бактериальных плазмид. Результаты, представленные в работе, имеют также значение и для понимания процесса эволюции бактерий.

Практическое значение полученных в работе данных связано с возможностью использования изученных плазмид в качестве векторов при молекулярном клонировании в работах по генной инженерии.

ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

МЕХАНИЗМЫ РЕПЛИКАЦИИ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ПЛАЗМИД

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Зверев, Виталий Васильевич

ВЫВОДЫ

1. Из мультиплазмидных штаммов коллекции Фредерика выделены и охарактеризованы малые мультикопийные колициногенные плазмиды Со/А, Со/д и Со/К. Определены молекулярные веса этих плазмид и число копий в нормальных условиях роста и в присутствии хлорамфеникола.

2. Показано сходство генетического контроля репликации плазмид Со/А, СоL7), Со/К и Со/Е2. Для их репликации необходимы ДНК-полимераза I и продукт гена сСгиъЪ. Инициация репликации ДНК этих плазмид может происходить в течение длительного времени в отсутствие продуктов генов dnak и dn&.С, принимающих участие в инициации репликации хромосомной ДНК. При этом количество синтезированной ДНК этих плазмид снижается, что говорит об участии продуктов этих генов в репликации плазмид.

3. Показано, что в регуляции репликации исследованных плазмид имеется существенное различие: плазмиды Со/А, Co/i?H Со/'к способны длительное время реплицироваться при подавлении синтеза белка, репликация плазмиды Со/Е2 в этих условиях резко подавляется.

4. Построены подробные рестрикционные карты плазмид Со/А, Со IT) ж Со/К. С помощью блотт-гибридизации и гетеродуплексного анализа показано, что плазмиды Со/А, Со/2?и Со/К содержат участки ДНК, гомологичные репликативному району плазмиды Со/Ж. Плазмида Со/Е2 не имеет гомологии с решшкативной областью плазмиды Co/El, т.е. ее репликон отличается от решшкона плазмиды Co/EI.

5. Клонирован участок ДНК плазмиды СоL7) /1,1т.п.н./, ответственный за ее автономную репликацию. Определена нуклеотидная последовательность решшкативных фрагментов плазмид Со/А и Со/Д Проведен сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей областей, ответственных за автономную репликацию плазмид Со/А, Со/Д Со/EI и других плазмид СобЕ1-типа. Установлено, что все эти плазмиды содержат один и тот же репликон.

6. Локализованы ориджины репликации {ore ) и участки инициации синтеза РНК I и РНК II плазмид Со/А и Со /Д Показано, что несмотря на слабую гомологию последовательностей РНК I и РНК II у плазмид Со/А, Со67)ж Со/EI, эти РНК могут образовывать одинаковую вторичную структуру.

7. Обнаружено, что в области о~ъс плазмцд Со/А и Со/2?, имеются участки ДНК, аналогичные участкам связывания белка dna А в районе ore репликации в хромосомной ДНК £. ede .

3.4. Заключение

Впервые существование активного механизма регуляции распределения и наследования бактериального генома было продемонстрировано Жакобом с соавторами. Ими же была выдвинута концепция репликона. Согласно этой гипотезе, система контроля репликации состоит из двух компонентов: I) структурный ген, кодирующий транс-действующий белок-инициатор, и 2) цис-активный оператор репликации (репликатор), который специфически узнается инициатором. Эта модель позитивной регуляции репликации предполагает также существование специфической связи между реплицирующейся ДНК и мембраной. По этой модели, число копий плазмидной ДНК ограничивается числом таких связывающих ДНК участков мембраны. Родственные плазмиды, конкурируя за эти участки, подавляют репликацию друт друга, и эта конкуренция фенотипически выражается в их несовместимости ( cl£ f 1963).

Через несколько лет Притчард с соавторами ( Pr-i£cAo-rd., 1969; а£ , 1969) предложили модель негативной регуляции репликации ДНК. По их модели, важная роль в контроле репликации принадлежит белку-репрессору или друтому транс-действующему элементу, который, специфически соединяясь с оператором, ингибирует инициацию репликации ДНК. Во время клеточного деления снижается критический уровень репрессора и инициируется новый цикл репликации ДНК. Родственные плазмиды имеют одинаковый репрессор и мишень для него. Поэтому репрессор может связываться с оператором родственных плазмид и контролировать не только число копий своей плазмиды, но и определять функцию несовместимости. Как показало исследование регуляции репликации всех изученных в настоящее время плазмид, несмотря на более сложную картину регуляции, чем предполагают эти модели и разнообразие механизмов инициации репликации плазмид, вторая модель представляется более правильной. Во всяком случае можно говорить о том, что в репликации всех изученных плазмид содержится элемент негативного контроля.

Все плазмиды для своей репликации используют белки и ферменты, необходимые для репликации хромосомной ДНК ( , 1980: Afordstr От , 1983). Кроме того, их репликон содержит один или несколько репликативных орилдинов ( ore ), один или несколько генов для негативного контроля репликации и может содержать структурный ген для позитивной функции ( л у ).

Некоторые плазмиды (Co^EI и другие плазмиды этого типа) не кодируют позитивно действующих в репликации белков, в то время как другие, в основном, малокопийные плазмиды, содержат в своем геном Г£р ген: £{ rzpFl , рТ /// - г-ер С, pSCffif--rtpM, trfj, F -F; BSFScSO-r-epC, B6C-~pi^.

Биохимическая функция этих генов неизвестна, показано только, чтое белки-продукты генов pi г- ( 1С) и rep С (рТ181) могут инициировать репликацию своих плазмид in а о ( FJnuz^kiz, HeLrrZlci , 1978а,б; fcjta-rt eF al , 1981; fro vie к 1982).

Что касается негативного контроля репликации, то негативно-контролирующим элементом может быть небольшой белок (80-100 аминокислот) (Co£EI - Ct£a.rcH>i , 1982; - Мо&гс <d al. 1981; к d v~ More!sirот^ъУ) и/или маленькая (80-110 нуклеотидов) РНК (Coto - Лоб , ToryUz&^a , 1980; & I -^съ^ёсыа- e,£ , 1981; pTI8I - A/ovCck ed at, 1984). Все эти ингибиторы действуют Cn и синтезируются конститутивно; их концентрация зависит от дозы гена. В плазмидах р , , рSC(о{, ESFYD/o и £Р4 подобных негативно-контролирующих факторов не обнаружено, но их существование не исключено. Негативный контроль этих плазмид, как представляется в настоящее время, связан с присутствием в их репликативном аппарате прямых повторов размером обычно около 20 нуклеотидных пар. Точная функция этих повторов неизвестна, но, возможно, они служат для связывания позитивно-действующих в репликации белков, аналогично повторам в области бгь бактериофага / и плазмид / civ, связывающим белок 0, обладающий репликативной функцией ( A/ordS-irom , 1983).

Таким образом, в настоящее время, можно говорить о том, что существует по крайней мере несколько систем регуляции репликации плазмидной ДНК и несовместимости, в которых используются различные принципы контроля, и не представляется возможным создать единую модель этого процесса.

Еще несколько лет назад при попытке классифицировать плазмиды по репликативным свойствам, их разделяли на плазмиды с "ослабленным" и "строгим" контролем репликации (Брода, 1982). К первой группе относили плазмиды с большим числом копий на хромосому, ко второй - малокопийные плазмиды . Однако, в настоящее время разделение плазмид на эти две группы устарело, так как не отражает конкретных механизмов регуляции репликации плазмид. Было показано, что в регуляции репликации плазмид первой и второй группы имеется много общего (например, Co/El и плазмиды группы Р U ), а регуляция репликации плазмид с большим числом копий может цроисходить по разным механизмам (например, Со<?Е1 и .

Вероятно, все плазмиды по способу репликации можно разделить на две большие группы: I) плазмиды, синтезирующие позитивно регулирующий репликацию белок и 2) плазмиды, не синтезирующие такого белка. Первую группу по способу негативной регуляции репликации можно разделить на две подгруппы: I) плазмиды, в негативной регуляции репликации которых главная роль принадлежит РНК и 2) плазмиды, негативная регуляция репликации которых связана с кластерами повторяющихся последовательностей. Такое деление может тоже оказаться условным. Возможно, что в механизмах репликации этих групп плазмид имеется более существенные отличия или, наоборот, общие свойства. К сожалению, в настоящее время изучена репликация лишь очень небольшого числа плазмид и трудно сказать, исчерпывают ли описанные модели все существующие типы репликации плазмидной ДНК.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

I. Штаммы бактерий, плазмиды. Таблица I. Штаммы Escherichia coli использованные в работе. название генотип источник

1 2 KI2S 0600 rk~mk~ пр.ототроф, cml, strr leuE6, thr-I, thi-I, rk" str , toxiA2I, supE44 , mk"~, музей ИМГ АН СССР

3 0600( ColEI) маркеры 0600, также ColEI IT

4- KI2 W3II0 thy, C01E2-P9 и

С01Е2-Р9)

5 ABII57C Collb- thr, leu, proA2, his, argE, thi, и

P9 drdl) lac, gal, ara, mal, ColIb-P9drdI

6 KL405 leuB6, proC32, hisF860, polAI2 thyA54, tt

7 0600( ColEI- leu. thr. thi, ColEI-kan tt kan)

8 K235 прототроф, ColK, ColX Лиходед В. Г. г.Москва

9 CAJI прототроф, ColA п

10 CA23 прототроф, ColD, ColX ft

II CA46 прототроф, ColG tf 11

12 CA58 прототроф, ColH

15 EI 01 thr, leu, thi, thy, dnaF Жестянников

БД. г.Ленинград

14 PC5 leu, thy, dnaG »»

15 E508 thr, leu, thi, thy, lac, tonA, SuII*, dnaA508 strr, Смирнов Г.Б. г.Москва

16 CR34 thr, leu, lac, thy, met, dnaB,T4r ••

17 PCI-I leu6, thyA4-7, dra3, strA,dnaС ••

18 W3110 thy, polA •t

19 PJ478 маркеры wjlio, также polAI tt

20 0600( Col A) маркеры обоо, также ColA Эта работа

21 06OCX ColD) »» A M ColD м

22 0600( ColK) - M - - " - ColK ••

23 06 00( ColE2 ) - " - ~ И " ColE2 и

24 E508( Col A) маркеры Е508, также ColA tt

25 E508( ColD) п >> ColD tt

26 E5U8(ColEI) - " - - " - ColEI tt

27 E508( ColE2) - " - - " - ColE2 tt

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Зверев, Виталий Васильевич, 1985 год

1. Брода П. 1982. Плазмиды. М. Мир.

2. Воробьева И.П., Богданова С.Л., Хмель И.А. 1977. Молекулярная структура и репликация бактериальных плазмид. Успехи совр. биол., т.83, с.323-338.

3. Воробьева Й.П., Хмель И.А., Фетисова И.В. 1973. Индукция ко-лициногенного фактора EI под действием ингибиторов белкового синтеза. Молек. биол., т.7, 5, с.738-744.

4. Данилевская О.Н., Грагеров А.И. 1980. Элиминация плазмид из клеток Е.соц KI2 под действием кумермицина. Генетика, т.14, II, с.1942-1946.

5. Дрыгин Ю.Ф., Зверев В.В. 1982. Применение нуклеазы si для определения молекулярной массы ДНК в мультиплазмидных штаммах Е. сои. Молек. биол., т. 16, 3, с.633-636.

6. Зайцев И.З., Яковлев А. А., Шапиро Ю.Н., Гиндилис В.М. 1983. Вакуумный перенос на фильтры для выявления межиндивидуального полиморфизма методом блотт-гибридизации. Бюллетень экспер. биол. и медицины, 10, с.31-34.

7. Хлебалина О.Н., Калинина Н.А., Степанов А.И., Бебуров М.Ю., Кривцов Г.Г., Дебабов В.Г. 1976. Получение гибридной плазмиды СЫЕ1-В6К. Докл. АН СССР, т.226, 2, с.482-485.

8. Чувпило С.А., Кравченко В.В. 1983. Твердофазный метод определения нуклеотидных последовательностей ДНК. Биоорг. химия,т.9, 12, с.1634-1637.

9. Abe M. Replication of Col E1 plasmid deoxyribonucleic acid in a thermosensitive dna A mutant of E.coli.- J# Bacterid., 1980, v.141, 3, p.1024-1030.

10. Arai K., Romberg A. Mechanism of dna Б protein action. II.ATP hydrolysis by dna Б protein dependent on single-02 doublestran-ded DNA*- J. Biol. Chem., 1981a, v.256, 10, p.5253-5259.

11. Arai K., Kornberg A. Mechanism of dna Б protein action. III.A1-losteric role of ATP in the alteration of DNA structure bydna Б protein in priming replication.- J. Biol. Chem., 1981b, v.256, 10, p.5260-5266.

12. Arai K., Kornberg A. Mechanism of dna В protein action. IV.General priming of DNA replication by dna В protein and primase compared with RNA polymerase.- J. Biol. Chem., 1981c, v.256, 10, p.5267-5272.

13. Arai K,, Kornberg A* Unique primed start of phage *$X174 DNA replication and mobility of primosome in a direction opposite chain synthesis.- Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 198ld, v.78, 1, p.69-73.

14. Arai K., Low R., Kornberg A, Movement and site selection for priming by the primosome in phage tfX174 DNA replication.-Proc. Natl, Acad. Sci. USA, 1981a, v.78, 2, p.707-711.

15. Arai K., Low R., Kobori J., Shlomai J., Kornberg A. Mechanism of dna В protein action. V.Association of dna В protein, protein nf, and other prepriming proteins in the primosome of DNA replication.- J. Biol. Chem., 1981b, v.256, 10, p.5273-5280.

16. Arai K., McMacken R., Yasuda S,, Kornberg A. Purification and properties of E.coli protein i, a prepriming protein in jz£X174 DNA replication,- J. Biol. Chem., 19Q1c, v.256, 10, p.52815286.

17. Backman K., Betlach M., Boyer Н», Yanowsky S»:- Senetic and physical studies on the replication of ColE1-type plasmids.- Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol,, 1978, v.43, p.69-76.

18. Bastia D. The nucleotide sequence surrounding the origin of DNA replication of ColE1.- Nucl, Acids Res., 1977, v.4,p.3123-3142.

19. Bastia D. Determination of restriction sites and the nucleotide sequence surrounding the relaxation site of ColB1.- J. Mol. Biol., 1978, v.124, 4, p.601-639.

20. Bastia D., Germino J., Crosa J., Ram J. The nucleotide sequence surrounding the replication terminus of R6K,- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1981, v,78, p.2095-2029.

21. Bazaral H., Helinski D. Circular DNA forms of colicinogenic factors E1, E2 and E3 from E.coli.- J. Mol. Biol., 1968a, v.36, 2, p.185-194.

22. Bazaral M., Helinski D. Characterization of multiple circular DNA forms of colicinogenic factor E1 from Proteus mirabilis. Biochemistry, 1968b, v.10, p.3513-3519.

23. Bazaral М,, Helinski D. Replication of a bacterial plasmid and episome in E.coli.- Biochemistry, 1970, v.9, 2, p.399-406.

24. Bazzi-Calupo P., Tocchini-Valentini G. Curing of an E.coli episome by rifampicin.- Proc. Natl, Acad. Sci. USA, 1972, v.69,1, p.298-304.

25. Ben-Gurion R, Chloramphenicol and puromycin as inducers of co-cinogenic bacteria.- Biol. Biophys, Res. Commun., 1970, v„40, 6, p.1281-1289.

26. Bercower J,, Leis J., Hurwitz J. Isolation of an endonuclease from E.coli specific for ribonucleic acid in ribonucleic acid-deoxyribonucleic acid hybrid structures.- J. Biol. Chem,, 1973, v.248, 17, P.5914-5921,

27. Bezanson G,, Goebel W. In vitro system for the replication of the mini RS factor Rsc 11.- Mol, Gen, Genet., 1979, v.170, 1, p.49-56.

28. Bigging M.D,, Gibson T.G., Hong G.F. Buffer gradient gels and 35

29. JS label as an aid to rapid DNA sequence determination, -Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 1983, v.80, 13, p.3963-3965.

30. Blair D,, Clewell D,, Sherratt D,, Helinski D. Strandspecific supercoiled DNA-protein relaxation complex: comparison of the complexes of bacterial plasmids ColEI and ColE2.~ Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1971, v.68, 1, p,210-214,

31. Blair D., Sherratt D., Clewell D,, Helinski D, Isolation of supercoiled colicinogenic factor E1 DNA sensitive to ribonuc-lease and alkali,- Proc, Natl, Acad, Sci. USA, 1972, v,69,p.2518-2522.

32. Boldicke T,, Hillenbrand G., Lanka E,, Staudenbauer W. Rifam-picin-resistant initiation of DNA synthesis on the isolated strands of ColEI plasmid DNA.- Nucleic Acids Res., 1981, v.9,20, p.5215-5231.

33. Bolivar P., Betlach M., Heyneker H., Shine J#, Rodriguez R., Boyer H* Origin of replication of pBR345 plasmid DNA.- Proc. Natl. Acad, Sci. USA, 1977, v.74, p.5265-5269.

34. Bouche J., Rowen L., Kornberg Ae The RNA primer synthesized by primase to initiate phage G4 DNA replication.- J# Biol. Chem., 1978, v.253, 3, p.765-769.

35. Burton K. A study of the conditions and mechanism of the diphe-nilamine reaction for the calorimetirc estimation of deoxyribonucleic acid.- Biochem. J., 1956, v.62, 2, p.315-322.

36. Cabello P., Timmis K„, Cohen S. Replication control in a composite plasmid constructed by in vitro linkage of two distinct replicons.- Nature, 1976, v.259, p.258-290.

37. Cesareni G. The RITA primer promoter, as defined in vitro, isessential for pMB1 plasmid replication in vivo»- J. Mol. Biol.,1982, v.160, 1, p.123-126.

38. Cesareni G,, Cornelissen M., Locatena R,, Castagnoli L. Control of pMB1 replication: inhibition of primer formation by Rop requires RITA I.- EMBO J., 1984, 3, p.1365-1369.

39. Cesareni G., Muesing M.A., Polisky B, Control of ColE1 DNA replication. The rop gene product negatively affects transcription from the replication primer promoter,- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1982, v,79, p.6313-6317.

40. Churchward G,, binder P., Caro L. The nucleotide sequence of replication and maintenance functions encoded by plasmid pSC101.-Nucleic Acids Res,, 1983, v«11, 16, p.5645-5659.

41. Clewell D. Nature of col E, plasmid replication in E.coli in the presence of chloramphenicol,- J. Bacterid,., 1972, v,110, 2, 667-576.

42. Clewell D,, Helinski D, Supercoiled circular DNA-protein complex in E.coli: purification and induced conversion to an open circular DNA form,- Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 1969, v,62,p.1159-1170.

43. Cohen S.N., Chang A.C.Y., Hsu L. Non-chromosomal antibiotic resistance in bacteria: genetic transformation of E.coli by R factor DNA.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1972, v.69, p.2110-2114.

44. Collins J., Williams P., Helinski D, Plasmid ColE1 dna replication in E.coli strains temperature-sensitive for DNA replication,- Mol. Gen. Genet., 1973, v.136, 3, p.273-289.

45. Conrad S,, Campbell J. Role of plasmid-coded RNA and ribonucle-ase III in plasmid DNA replication.- Cell, 1979, 18, 1, p.61-71.

46. Greusot F., Cristman J. Rapid electrophoretic analysis of DNA in limited nuclease digests of chromatin and nuclei.- Anal. Biochem., 1980, v.103, p.343-349.

47. Grosa J, Three origins of replication are active in vivo in the R-plasmid RSI4040.- J. Biol. Ghem., 1980, v.255,p.11075-11077.

48. Crosa J.H., Luttropp L.K., Falkow S. Nature of R-factor replication in the presence of chloramphenicol,- Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 1975, v.72, 3, p.654-658.

49. Grosa J., Luttropp L., Falkow S. Molecular cloning of replication and incompatibility regions from the R-plasmid R6K»- J. Mol. Biol., 1978, v.124, 3, p.443-468.

50. Grozel V,, Lazdunski C,, Govard D. Localization of genes responsible for replication and immunity to colicin A on plasmid ColA-CA31 Mol. Gen. Genet., 1983,v.192, 3, p.500-505.

51. Danbara H., Brady G., Timmis J.K., Timmis K.N. Regulation of DNA replication: "Target" determination of the replication control elements of plasmid R6-5 lies within a control element gene.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1981, v.78, 8, p.4699-4703.

52. Davis R.W., Simon M., Davidson N. Electron microscope hetero-duplex methods for mapping regions of base sequence homology in nucleic acids.^Ini Grossman L,, Moldave K. (Eds). Methods in enzymology, Acad. Press, N.Y.-L., 1971, v.21, p.413-428.

53. Davidson J. Mechanism of control of DNA replication and incompatibility in ColE1-type plasmids.- Gene, 1984, v.28, 1, p.1-15.

54. Diaz R., Ortega S, Initiation of plasmid R1 replication in vitro is independent of transcription by host RNA polymerase.-Nucl. Acids Res., 1984, v.12, 13, p.5175-5191.

55. Donis-Keller H. Site specific enzymatic cleavage of RNA.- Nucl. Acids Res., 1979, v.7, 1, 179-192.

56. Donoghue D., Sharp P. Replication of ColE1 plasmid DNA in vivo requires no plasmid-encoded proteins.- J. Bacterid., 1978, v.133, p.1287-1294

57. Durkacz B,W,, Kennedy O.K., Sherratt D.J. Plasmid replication and the induced synthesis of colicins E1 and E2 in E.coli.- J. Bacterid., 1974, v. 117, p.940-946.

58. Durkaez В., Sherratt D, Segregation factor GolE1 from a bacterial population temperature-sensitive for DNA polymerase I.-Mol, Gen. Genet., 1973, v.121, 1, p.71-75*

59. Eichenlaub R. Synthesis of colicin E1 in cell-free system,- J. Bacterid., 1974, v. 120, p. 1476-1477.

60. Felton J., Wright A. Plasmid p SC 101 replication in integra-tively suppressed cells requires dna A function.- Mol. Gen. Genet., 1979, v.175, 2, p.231-233.

61. Figurski D., Helinski D. Replication of an origin-containing derivative of plasmid RK2 dependent upon a plasmid function provided in trans.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1979, v.76,p.1648-1652.

62. Fisher L., Mizuuchi K., O'Dea M,, Ohmori H., Gellert M, Site-specific interaction of DNA gyrase with DNA.- Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 1981, v.78, p.4165-4169.

63. Fitzwater T., Tamm J., Polisky B. RNAI is sufficient to mediate plasmid ColE1 incompatibility in vivo.- J. Mol. Biol., 1984, v.175, 3, p.409-417.

64. Prey J#, Chandler M«, Caro L. The effects of an E.coli dnaA ts mutation on the replication of the plasmid ColE1, pSC101, R100.1 and RTP-TC.- Mol. Gen. Genet., 1979, v. 174, 1 ,sp. 117-126.

65. Prey J*, Chandler M«, Caro L. Overinitiation of chromosome and plasmid replication in a dna A cos mutant of E.coli K12. Evidence for dna A dna В interactions.- J, Mol. Biol., 19Q4, v.179, 2, p.171-183.

66. Puke M,, Inselburg J, Electron microscopic studies of replicating and catenated colicin factor E1 DNA isolated from mini-cells.- Proc, Natl. Acad. Sci, USA, 1972, v.69, 1, P.89-92.

67. Puller R#S«, Kaguni J.M., Kornberg A# Enzymatic replication of the origin of the E.coli chromosome.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1981, v.78, 11, p.7370-7374.

68. Germino J., Bastia D. Interaction of the plasmid R6K-encoded replication initiator protein with its binding sites on DNA.-Cell, 1983b, v. 34, 1, p.125-134.

69. Goebel W. Replication of the DNA of the colicinogenic factor

70. E1 fColEl) at the restrictive temperature in a replication mutant thermosensitive of DNA polymerase III.- NNB, 1972, v.237, p.67-70.

71. Goebel V/. The influence of dna A and dna С mutation on the initiation of plasmid DNA replication.- Biochem. Biophys. Res. Commun., 1973, v.51, 4, p.1000-1007.

72. Goebel W. Studies on the initiation of plasmid D1TA replication.-Eur. J. Biochem., 1974a, v.41, 1, p.51-62.

73. Goebel W. Integrative suppression of temperature-sensitive mutants with a lesion in the initiation of DNA replication. Replication of autonomous plasmids in the suppressed state.- Eur. J. Biochem., 1974b, v.43, 1, p.120-125.

74. Goebel W., Schrempf H. Replication of the minicircular DNA of E.coli 15 is dependent on DNA polymerase I but independent of DNA polymerase III,- Biochem, Biophys, Res, Commun,, 1972a, v.49, p.591-600,

75. Goebel W,, Schrempf N. Replication of plasmid DNA in temperature sensitive DNA replication mutants of E.coli.- Biochem. Biophys. Res. Commun., 1972b, v.262, 1, p.32-41,

76. Grindley N.D.I1,, Kelley W.S. Effects of different alleles of the E.coli K12 polA gene on the replication of non-transfering plasmids.- Mol. Gen. Genet., 1976, v.143, 3, p.311-318.

77. Grindley J,, Nakada D. The nucleotide sequence of the replication origin of plasmid NTP1Nucl. Acids Res,, 1981, v.9,17, p.4355-4366.

78. Gross J,, Gross M. Henetic analysis of an E,coli strain with a mutation effecting DNA polymerase,- Nature, 1969, v.224, p,1166-1168.

79. Gunther E., Bagdasarian M,, Schuster H. Cloning of the dna В gene of E.coli: the dna В gene of groPB534 and gropB6l2 and the replication of phage Mol. Gen, Genet,, 1984, v,193, 2,p.225-230.

80. Hansen E.B., Atlung Т., Hansen F.G., Skovgaard 0,, von Meyen-burg K. Pine structure genetic map and complementation analysis of mutations in the dna A gene of E.coli.- Mol. Gen. Genet.,1984, v.196, 3, p.387-396.

81. Hansen E,, Hansen P., Meyenburg K. The nucleotide sequence of the dna A gene and the first part of the dna N gene of E.coli.-Nucl. Acids Res., 1982, v.10, p.7373-7385.

82. Hansen F„G., von Meyenburg K. Characterization of the dna A, gyr Б and other genes in the dna A region of the E.coli chromosome on specialized transducing phages tna.- Mol. Gen. Genet., 1979, v.175, 1, p.135-144.

83. Hargy K. Colicinogeny and related phenomena.- Bacterid.Rev., 1975, v.39, 4, p.464-515.

84. Hasunuma K., Furukawa K, Analysis of plasmid DNA synthesis by double tracer method, Different effects of rifampicin and chloramphenicol on the replication of pSC101 and ColEI-amp in E.coli K12.- Radioisotopes, 1983, v.32, p.609-6l6.

85. Herschman H., Helinski D. Purification and characterization of colicin E2 and colicin E3.- J. Biol. Chem., 1967, v.242,1. P.5360-5367.

86. Hershfield V., Boyer H., Yanofsky C., Lovett M., Helinski D. Plasmid ColEI as a molecular vehicle for cloning and amplification of DNA.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974, v.71, 9,1. P.3455-3459.

87. Hershfield V., Boyer H., Chow L., Helinski D. Characterization of a mini-ColEI plasmid.- J. Bacterid., 1976, v. 126, 2,p.447-453.

88. Hillenbrand G., Staudenbauer W.L. Discriminatory function of ribonuclease H in the selective initiation of plasmid DNA replication.- Nucl. Acids Res., 1982, v.10, 3, p.833-853.

89. Hirota У., Gefter M., Mindich L. A mutant of E.coli defective in DNA polymerase II activity.- Proc. Natl, Acad. Sci, USA,1972, v. 69, p.3238-3242.

90. Hirota Y., Mordoh J., Jacob P. On the process of cellular division in E.coli. III.Thermosensitive mutants of E.coli altered in the process of DNA initiation.- J. Mol. Biol., 1970, v.53, 3, p.369-387.

91. Holmes D,, Quigley M. A rapid method for the preparation of bacterial plasmids.- Anal. Biochem,, 1981, v.114, 1, p.193-197.

92. Horiuchi Т., Maki H., Sekiguchi H. RNase H-defective mutantsof E.coli: a possible discriminatory role of RNase H in initiatior of DNA replication.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.185, 1, p.17-22.

93. Hughes V., Grie^ S., Hughes C,, Meynell G. Two major groups.of colicin factors: their molecular weights.- Mol. Gen. Genet., 1978, v.159, 2, p.219-221.

94. Imber R., Low R., Ray D. Identification of a primosome assembly site in the region of the ori2 replication origin of the E.coli,-Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 1983, v.80, p.7132-7136.

95. Inselburg J. Replication of colicin E1 plasmid DNA in minicells from a unique replication initiation site.- Proc. Natl. Acad, Sci. USA, 1974, v.71, p,2256-2259.

96. Inselburg J., Puke M. Replicating DNA: structure of colicin factor e3.- Science, 1970, v,169, p.590-591.

97. Inselburg J., Puke M. Isolation of catenated and replicating DNA molecules of colicin factor E1 from minicells,- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1971, v.68, p.2839-2842.

98. Inselburg J., Oka A. Discontinuous replication of colicin E1 plasmid deoxyribonucleic acid.- J. Bacterid,, 1975, v.123, P.739-742,

99. Inuzuka M., Helinski D. Replication of antibiotic resistance plasmid R6K DNA in vitro.- Biochemistry, 1978a, v.17,р.2567-2573.

100. Inuzuka М., Helinski D. Requirement of a plasmid.-encod.ed protein for replication in vitro of plasmid R6K#-Pr.oc. Nat. Acad. Sci. USA, 1978b, v.75, p.5381-5385.

101. Inuzuka N., Inuzuka M., Helinski D. Activity in vitro of three replication origins of the antibiotic resistance plasmid RSF1040.-J. Biol. Chem., 1980, v.255, P.11071-11074.

102. Itoh Т., Tomizawa J. Initiation of replication of plasmid ColEI DNA by RNA polymerase, ribonuclease H and DNA polymerase I.-Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1978, v.43, p.409-417.

103. Itoh Т., Tomizawa J. Formation of an RNA primer for initiation of replication of ColEI by ribonuclease H.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1980, v.77, p.2450-2454.

104. Itoh Т., Tomizawa J. Purification of ribonuclease H as a factor required for in vitro ColEI DNA replication.- Nucl. Acids Res., 1982, v.10, 19, P.5949-5965.

105. Jackson R., Cram D., Ray A., Di Berardino D., Skurray R. Cloning and analysis of pif, replication and leading regions of the P plasmid.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.197, 1, p.129-136.

106. Jacob P., Brenner S., Cuzin P. On the regulation of DNA replication in bacteria. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1963, v.28, p.329-348.

107. Jonston J., Richmond H„ The increased rate of loss penicillinase plasmid from Staphylococcus aureus in the presence of rifampi-cin.- J. Gen. Microbiol., 1970, v.60, 1, p.137-139.

108. Kaguni J.M., Puller R.S., Kornberg A. Enzymatic replication of E.coli chromosomal origin is biderectional.- Nature, 1982, v.296, 5858, p.623-627.

109. Kaguni J., Kornberg A. Replication initiated at the origin (oriC)of the E.coli chromosome reconstituted with purified enzymes.-Cell, 1984,v.38, 1, 183-190.

110. Katz L., Kingsbury D., Helinski D, Stimulation by cyclic adenosine monophosphate of plasmid DNA replication and catabolite repression of the plasmid DNA-protein relaxation complex.- J. Bacterid., 1973, v.114, P.577-591.

111. Khan S., Novick R. Complete nucleotide sequence of pT181, a tetracycline-resistance plasmid from Staphylococcus aureus.-Plasmid, 1983, v.10, 3, p.251-259.

112. Kingsbury D.T., Helinski D.R. DNA polymerase as a requirement for the maintenance of the bacterial plasmid colicinogenic factor E1Biochem. Biophys. Res. Commun., 1970, v.41, 7, p.1538-1545.

113. Kleinschmidt A#T. Monolayer technique in electron microscopy of nucleic acid molecules.- Methods in enzymology, 1968, v.12B, 2, p.361-377.

114. Kline B. Role of DNA transcription in the initiation of E.coli sex factor (F) DNA replication.- Biochem, Biophys. Res, Commun., 1973, v,50, 2, p,280-288.

115. Kobori J., Kornberg A. The E.coli dna С gene product. III.Properties of the dna B-dna С protein complex.- J. Biol. Chem., 1982b, v.257, 22, p.13770-13775.

116. Kolter R. Replication properties of plasmid R6K.- Plasmid, 1981, v.5, 1, p.2-9.

117. Kolter R., Helinski D. Construction of plasmid R6K derivatives in vitro: characterization of the R6K replication region.- Plasmid, 1978, v.1, 3, p.571-580.

118. Kolter R., Helinski D. Regulation of initiation of DM replication.- Annu. Rev. Genetics, 1979, v.13, 2, p.355-391.

119. Kolter R., Helinski D. Plasmid R6K DNA replication. II. Direct nucleotide sequence repeats are required for an active -origin.- J. Mol. Biol., 1982, v.161, 1, p.45-56.

120. Kolter R,, Inuzuka H,, Helinski D. Transcomplementation-depen-dent replication of a low molecular weight origin fragment from plasmid R6K.- Cell, 1978, v.15, 3, p.1199-1208.

121. Konisky J. Colicins and other bacteriocins with established modes of action.- Ann. Rev. Microbiol., 1982, v.36, p.125-144.

122. Kornacki J., West A., Pirshein W» Proteins encoded by the transacting replication and maintenance regions of broad host range plasmid RK2.- Plasmid, 1984, v.11, 1, p.48-57.

123. Kornberg A. DNA replication, 1980, Preeman, San Prancisco.

124. Korhberg A. Mechanisms of replication of the E.coli chromosome.-Eur. J. Biochem., 1983, v.137, p.377-382.

125. Kornberg A. DNA replication.- Trends in Biochem. Sci., 1984, v.9, 4, p.122-124.

126. Kremery V., Janouskova J. Effect of rifampicin on stability and transfer of R-factors,- Z. fur Allg. Microb., 1971, v.11, p.97-103.

127. Lacatena R., Banner D., Costaguoli L,, Cesareni G. Control of initiation of pMB1 replication: purified protein and RNA1 effect primer formation in vitro.- Cell, 1984, v.37, 3, p.1009-1014.

128. Lane H, Replication and incompatibility of P and plasmids in the IncF1 group.- Plasmid, 1981, v.5, 1, p.100-126.

129. Lane D., Gardner . Second EcoRI fragment of F capable of self-replication.- J. Bacterid., 1979, v.139, 1, p.141-151.

130. Lanka E., Geschke В., Schuster H. E.coli dna В mutant defective in DNA initiation: Isolation and properties of the dna В protein.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1978, v.75, 2, p.799-803.

131. Lanka E., Lurr R,, Kroger M., Purste J, Plasmid RP4 encodes two forms of a DNA primase.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.194, 1, p. 65-72.

132. Lanka E., Scherringer E., Gunter E., Schuster H. A DNA primase specified by J-like plasmids.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1979, v.76, p.3632-3636.

133. Lark K., Repko Т., Hoffman E. The effect of amino acid deprivation on subsequent DNA replication.- Biochim. et Biophys. Acta, 1963, v.76, 1, p.9-13.

134. Light J., Molin S. Replication control functions of plasmid R1 act as inhibitors of expression of a gene required for replication.- Mol. Gen. Genet., 1981, v.184, 1, p.56-61.

135. Light J., Molin S. Expression of a copy number control gene (cop B) of plasmid RS is constitutive and growth rate dependent,- J, Bacterid., 1982, v. 151, p. 1129-1135.

136. Lin L., Meyer R. Nucleotide sequence and functional properties of DNA encoding incompatibility in the broad host-range plasmid R1162.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.194, 3, p.423-431.

137. Lindahl G., Lindahl T. Initiation of DNA replication in E.coli: RNase H-deficient mutants do not require the dna A function.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.196, 2, p.283-289.

138. Louarn J., Patte J., Louarn J.-M. Suppression of E.colidna A mutations by integration of plasmid R100.1 derivatives: constraint imposed by the replication terminus.- J. Bacteri-ol., 1982, v.151, p.657-667.

139. Lovett M,, Katz L,, Helinski D, Unidirectional replication of plasmid ColE1 DNA and relation of the origin-terminus to the nicked site in the GolE1 relaxation complex,- Nature, 1974, v.251, p.337-340.

140. Low R., Arai K., Kornberg A. Conservation of the primosome in successive stages of ji$X 174 DNA replication.- Proc. Natl, Acad. Sci. USA, 1981, v.78, 3, p.1436-1440,

141. Low R., Shlomai J,, Kornberg A, Protein n, a primosomal DNA replication protein of E.coli.- J. Biol. Ghem., 1982, v.257, 11, p,6242-6250,

142. Lurz R,, Danbara H., Rucker В., Timmis K, Plasmid replication functions. VII.Electron microscopic localization of RNA polymerase binding sites in the replication control regionof plasmid R6-5,- Mol, Gen. Genet,, 1981, v.183, 3, p.490-496.

143. Maki S,, Miki Т., Horiuchi T. DNA sequence of an amber replication mutant indicates that a 29 kd protein is the product of the P plasmid replication gene.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.194, p.337-339.

144. Maniatis Т., Pritsch E.P., Sambrook J. Molecular cloning. Cold Spring Harbor Lab., 1982,

145. Marians K,, Sieller W., Zipursky S. Maximal limits of the E.coli replication factor У effector site sequences in pBR322 DM,- J. Biol. Che., 1982, v.257, 10, p.5656-5662.

146. Masai IT., Kaziro У, , Arai K. Definition of ori Rf the minimum DM segment essential for initiation of R1 plasmid replication in vitro.- Proc. Natl. Acad, Sci. USA, 1983, v,80, p.6814-6818.

147. Massy В., Payet 0., Kogota T, Multiple origin usage for DM replication in sdr (rnh) mutants of E.coli K-12. Initiation in the absence of oriC.- J. Mol. Biol., 1984, v.178, 2,p.227-236.

148. Maxam A.M., Gilbert W, Sequencing end-labeled DM with hase-specific chemical cleavages,- Methods in enzymology, 1980, v,65, p.499-560.

149. Messing J,, Staudenbauer W,L,, Hofschneider P,H. Inhibition of mini circular DM replication in E,coli 15 by rifampicin.-Nature New Biol., 1972, v.238, p,202-203.

150. Meyer R,R,, Glossberg J., Kornberg A. An E.coli mutant defective in single-strand binding protein is defective in DNA replication.- Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 1979, v.76, 1, p.1702-1705.

151. Meyer R,, Hinds M, Multiple mechanisms for expression of incompatibility by broad host-range plasmid RK2,- J, Bacteriol., 1982, v.152, 3, p.1078-1090,

152. Miki Т., Easton A,, Rownd R, Cloning or replication, incom1. Г/kJ—patibility, and stability function of R plasmid NR1.- J. Bacterid., 1980, v. 141, 1, p.87-99.

153. Miki Т., Hiraga S., Nagata Т., Yura T, Bacteriophage carrying the E.coli chromosomal region of the replication origin.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1978, v.75, p.5099-5103.

154. Molin S., Stougaard P., Uhlin В., Gustofsson P., Nordstrom K. Clustering of genes involved in replication, incompatibility, and stable maintenance of the resistance plasmid R1.- J. Bacteriol., 1979, v.138, 1, p.70-79.

155. Moody E., Runge R., The integration of autonomous t£*ansmissi-ble plasmids into the chromosome of E.coli K-12.- Genet. Res., 1972, v.19, p.181-186.

156. Morita M,, Oka A, The structure of a transcriptional unitof colicin E1 plasmid.- Eur. J, Biochem., 1979, v.97, p.435-443.

157. Morion J., Cavard D., Lazdunski C. Physical map of pColA-CA31, an amplifiable plasmid and location of colicin A structural gene.- Gene, 1982, v.17, p.317-321.

158. Moser D*, Ma D., Moser C., Campbell J. cis-acting mutations that affect гор protein control of plasmid copy number.-Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 1984, v.81, 14, p.4465-4469.

159. Muesing M,, Tamm J., Shepard H,, Polisky B. A single base-pair alteration is responsible for the DNA overproduction phenotype of a plasmid copy-number mutant.- Cell, 1981, v.24, 1, p.295-242.

160. ColE1-type plasmid: isolation of mutations in the ori region,- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.77, 1980, p.6744-6748.

161. Nakayama N., Arai N., Bond H., Kaziro Y., Arai K. Nucleotide sequence of dna В and the primary structure of the dna В protein from E.coli.- J. Biol. Chem., 1984, v,259, 1, p.97-101.

162. Nishimura Y., Caro L., Berg C., Hirota Y. Chromosome replication in E.coli. IV.Control of chromosome replication and cell division by an integrated episome.- J. Mol. Biol., 1971, v.55, p.441-456.

163. Nomura N,, Low R.L., Ray D.S. Identification of ColE1 DNA sequences that direct single strand-to-double strand conversion by а $И74 type mechanism.- Proc. Natl. Acad. 6ci. USA, 1982, v.79, p.3153-3157.

164. Nomura N., Ray D. Expression of a DNA strand initiation sequence of ColE1 plasmid in a single-stranded DNA phage.-Proc, Natl. Acad. Sci. USA, 1980, v.77, 11, p.6566-6570.

165. Nordstrom K. Control of plasmid replication: a synthesis occasioned by the recent ЕШВ0 workshop "Replication of pro-karyotic DNA".- Plasmid, 1983, v.9, 1, p.1-7.

166. Nossal N.G. Procaryotic DNA replication systems.- Annu.Rev. Biochem., 1983, v.53, p.581-615.

167. Novick R,, Adler G., Majumder S., Khan S., Carleton S.,

168. Rosenblum W., Jordanescu S. Coding sequence for the pT181rep С product: a plasraid-coded protein uniquely required for replication.- Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 1982, v.79, p.4108-4212.

169. Novick R., Clowes R., 1 Cohen S,, Curtiss R,, Datta N., Fal-kow S. Uniform nomenclature for bacterial plasmids: a pro^1' posal.- Bacteriol. Revs., 1976, v.40, 1, p.168-189.

170. Ogawa Т., Okazaki T. Function of RNase H in DNA replication revealed by RNase H defective mutants of E.coli.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.193, 2, p.231-237.

171. Ogawa Т., Pickett G., Kogoma Т., Kornberg A. RNase H confers specificity in the dna A-dependent initiation of replication at the unique origin of the E.coli chromosome in vivo andin vitro.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, v.81, 4, p.1040-1044.

172. Ohtsubo E,, Feingold J., Ohtsubo H., Mickel S., Bauer W. Uniderectional replication in E.coli of three small plasmids derived from R factor R12,- Plasmid, 1977, v.1, 1, p.8-18.

173. Oka A., Inselburg J. Replicative intermediates of colicin E1 plasmid DNA in minicells.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1975, v.72, p.829-833.

174. Polaczek P., Ciesla Z. Rifampicin-induced replication of the plasmid pBR322 in E.coli strains carrying dna A mutations.-Mol. Gen. Genet., 1983, v.190, p.326-330.

175. Tolaczek P., Ciesla Z. Effect of altered efficiency of the RNA I and RNA II promoters on in vivo replication of ColE1-like plasmids in E.coli.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.194, 1/2, p.227-231.

176. Pritchard R. Control of replication of genetic material in bacteria. In: Bacterial episomes and plasmids. Ciba Foundation Symposium, London, 1969, p.65-74.

177. Rigby P., Dieckmann H., Rhodes C., Berg P. Labeling deoxyribonucleic acid to high specific activity in vitro by nick translation with DNA pol I.- J. Mol. Biol., 1977, v.113,p.237-251.

178. Robertus J., Ladner J., Pinch J., Rhodes D., Brown R., Clark В., Klug A. Structure of yeast phenylalanine tRNA at ЗА resolution.- Nature, 1974, v.250, 5467, p.546-551.

179. Rosen J., Ryder Т., Inokuchi H,, Ohtsubo H., Ohtsubo E, Genes and sites involved in replication and incompatibility of an R100 plasmid derivative based on nucleotide sequence analysis.

180. Mol. Gen, Genet., 1980, v.179, 3, p.527-537.

181. Rosen J., Ryder Т., Ohtsubo H., Ohtsubo E. Role of RITA transcripts in replication incompatibility and copy number control in antibiotic resistance plasmid derivatives.- Nature, 1981, v.290, p.794-799.

182. Round R. Plasmid replication. In: Molineux 0., Kohoyima (eds.). DNA synthesis: present and future.- Plenum Publ. Corp., N.Y,, 1978, p.751-772.

183. Rowen L., Kornberg A, Primase, the dna G protein of E.coli, An enzyme which starts DNA chains.- J. Biol. Chem., 1978, v.253, 3, p.758-764.

184. Rowen L., Kornberg A. A ribo-deoxyribonucleotide primer synthesized by primase.- J. Biol. Chem., v.253, 3, p.770-774.

185. Sakakibara Y., Tomizawa J. Replication of colicin E1 plasmid in cell extracts.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974a, v.71, p.802-806.

186. Sakakibara Y., Tomizawa J. Replication of colicin E1 plasmid in cell extracts, II.Selective synthesis of early replicative intermediates.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1974b, v.71, p.1403-1407.

187. Sakakibara Y., Yuasa S. Continuous synthesis of the dna A gene product of E.coli in the cell cycle.- Mol. Gen. Genet., 1982, v.186, 1, p.87-94.

188. Sasakawa C., Yoshikawa M. Requirement for suppression of a dna G mutation by an J type plasmid.- J. Bacteriol., 1978, v.133, 2, p.485-491.

189. Scherringer E., Bagdasarian M., Scholz P., Lurz R,, Ruckert B,, Bagdasarian M. Replication of the broad host range plasmid RSJ4010: requirement for three plasmid-encoded proteins.

190. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, v.81, 3, p.654-658.

191. Scheuermann R., Tarn S., Burgers P., Lu C,, Echols H. Identification of the -submit of E.coli DNA polymerase III ho-loenzyme as the dna Q gene product: a fidelity subunit for DNA replication.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1983, v.80, 23, p.7085-7089.

192. Schmidhauser Т., Filutowicz H., Helinski D. Replication of derivatives of the broad host range plasmid RK2 in two distantly related bacteria.- Plasmid, 1983, v.9, 3, p.325-330.

193. Scott J.R. Regulation of plasmid replication.- Microbiol. Rev., 1984, v.48, 1, p.1-23.

194. Scott J., Vapnek D. Regulation of replication of the P1 plasmid prophage. In: Alberts B. (ed.). Mechanistic studies of DNA replication and genetic recombination.- Acad. Press Inc., N.Y., 1980, p.335-345.

195. Seelke R., Kline В., Trawick J., Ritts G. Genetic studies of F plasmid maintenance genes involved in copy number control, incompatibility and partitioning.- Plasmid, 1982, v.7, 2, p.163-179.

196. Selaer G., Tomizawa J. Specific cleavage of the p15A primer precursor by ribonuclease H at the origin of DNA replication.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1982, v*79, 22, p.7082-7086.i

197. Sezer G., Som Т., Itoh Т., Tomizawa J. The origin of replication of plasmid p15A and comparative studies on the nucle-tide sequences around, the origin of related plasmids,- Cell, 1983, v.32, 1, p.119-129.

198. Shafferman A,, Kolter R., Stalker D,, Helinski D. Plasmid R6K DNA replication. III.Regulatory properties of the initiation protein.- J. Mol. Biol,, 1982, v.161, 1, p. 57-76.

199. Sharp P., Sugden В., Sambrook J. Detection of two restriction endonuclease activities in Haemophilus parainfluenzae using analytical agarose-ethidiumbromide electrophoresis.-Biochemistry, 1973, v.12, 16, p.3055-3063.

200. Shingler V., Thomas C. Transcription in the trf A region of broad host range plasmid RK2 is regulated by trf В and kor B.-Mol. Gen. Genet., 1984, v.195, p.523-529.

201. Shlomai J., Kornberg A. An E.coli replication protein that recognized a unique sequence within a hairpin region in $£174 DNA.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1980, v.77, 2,p.799-803.

202. Shlomai J., Polder L., Arai K., Kornberg A. Replication of $C174 DNA with purified enzymes. I.Conversion of viral DNA to a supercoiled, biologically active duplex.- J. Biol. Chem., 1981, v.256, 10, p.5233-5238.

203. Smith H., Humphreys G., Anderson E. Genetic and molecular characterization of some non-transferring plasmids.- Mol. Gen. Genet., 1974, v.129, 3, p.229-242.

204. Smith C., Thomas C. Molecular genetic analysis of the trfB and korB region of broad host range plasmid RK2.- J. Gen. Microbiol., 1984a,v.130, p.1651-1663.

205. Smith C., Thomas C. Nucleotide sequence of the trfA gene of broad host-range plasmid RK2.- J. Mol. Biol., 1984fc, v.175, 3, p.251-262.

206. Sogaard-Andersen L., Rokeach L., Molin S, Regulated expression of a gene inmortant for replication of plasmid P in E.coli.- EMB0 J., 1984, v.3, 2, p.257-262.

207. Som Т., Tomizawa S. Replication origin of plasmid RSP1030.-Mol. Gen. Genet., 1982, v.187, p.375-383.

208. Som R,, Tomizawa J, Regulatory regions of ColEI that are involved in determination of plasmid copy number.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1983, v.80, p.3232-3236.

209. Sotomura H,, Yoshikawa H. Reinitiation of chromosome replication in the presence of chloramphenicol under an integra-tively suppressed state by R6K.- J. Bacterid., 1975, v. 122, p.623-628.

210. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis.- J. Mol. Biol., 1975, v.98, p.503-517»

211. Stalker D., Kolter R,, Helinski D. Nucleotide sequence of an origin of replication of the antibiotic resistance plasmid R6K.- Proc. Natl. Acad, Sci. USA, 1979, v.76, p.1150-1154.

212. Stalker D., Kolter R., Helinski D, Plasmid R6IC DNA replication, 1,Complete nucleotide sequence of an autonomously replicating segment,- J, Mol. Biol., 1982, v,.161, 1, p.33-43.

213. Stalker D,, Thomas C., Helinski D. Nucleotide sequence of the region of replication of the broad host range plasmid RK2.- Mol. Gen. Genet., 1981, v.181, 1, p.8-12.

214. Staudenbauer V/. Replication of small plasmids in extracts of E.coli.- Mol. Gen. Genet., 1976a, v.145, 3, p.273-280.

215. Staudenbauer W.L, Replication of small plasmids in extracts of E.coli: Requirement for both DNA polymerases I and III,-Mol, Gen, Genet., 1976b, v.149, 2, p,151-158,

216. Staudenbauer W. Replication of the ampicillin resistance plasmid RSF1030 in extracts of E.coli: separation of the replication cycle into early and late stages,- Mol. Gen. Genet,, 1977, v.156, p.27-34.

217. Staudenbauer W.L, Structure and replication of the colicin

218. E1 plasmid.- Current Topics in Microbiol.Immunol., 1978, v.83, P.93-156.

219. Staudenbauer W,, Lanka E., Schuster H. Replication of small plasmids in extracts of E.coli: Involvement of the dna В and dna С protein in the replication of early replicative intermediates,- Mol. Gen. Genet., 1978, v.162, p.243-249.

220. Stuitje A., Spelt C,, Voltkamp E., Nijkamp H, Identificationof mutations affecting replication control of plasmid CloDF13.-Nature, 1981, v.290, p.264-267.

221. Stuitje A,, Veltkamp E., Maat J,, Iteyneker H. The nucleotide sequence surrounding the replication origin of the сорЗ mutant of the bacteriocinogenic plasmid CloDF13.~ Nucl. Acids Res., 1980, v.8, p.1459-1474.

222. Sugino Y., Tomizawa J., Kakefuda T. Location of non-DNA components of closed circular colicin E1 plasmid DNA.- Nature, 1975, v.253, p.652-654.

223. Sutcliffe J, Complete nucleotide sequence of the E.coli plasmid pBR322,- Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1978, v.43, p.77-90.

224. Tacon W,, Bhamra S., Sunar В., Sherratt D. Structure and function of plasmid ColK.- Plasmid, 1981, v.6, 3, p.358-359.

225. Tacon W., Sherratt D. ColET plasmid replication DNA polymerase 1-deficient strains of E.coli.- Mol. Gen. Genet., 1976, v.147, P.331-335.

226. Tait R., Kado C., Rodrigues R. A comparison of the origin of replication of pSa with R6K.- Mol. Gen. Genet., 1983, v.192, 1, p.32-38.

227. Tamm J., Polisky B. Structural analysis of RITA molecules involved in plasmid copy number control,- Fuel. Acids Res., 1983, v.11, p.6381-6397.

228. Terawaki Y., Rownd R,, Nakaya R. Effects of inhibition and restoration of protein synthesis on the replication of the R factor Rts1 in Proteus mirabilis.- J. Bacterid., 1974, v.117, p.687-695.

229. Tanimoto K., lino T, An essential gene for replication of the mini-F plasmid from .origin I.- Mol. Gen. Genet., 1984, v.196, 1, p.59-63.

230. Thomas C,, Heyer R,, Helinski D, Regions of broad-host-range plasmid RK2 which an essential for replication and maintenance." J. Bacterid., 1980, v.141, 1, p,213-222,

231. Thomas C., Stalker D., Helinski D. Replication and incompatibility properties of segments of the origin region of replication of broad host range plasmid RK2,- Mol, Gen, Genet,, 1981, v.181, 1, p. 1-7.

232. Thompson R., Broda P. DNA polymerase III and the replication of F and ColVBtrp in E.coli K-12.- Mol. Gen. Genet., 1973, v.127, 3, p.255-258.

233. Timmis K., Cobello F., Cohen S. Utilization of two distinct modes of replication by a hybrid plasmid constructed in vitro from separate replicons.- Proc. Natl, Acad, Sci, USA, 1975, v,72, p.2242-2246,

234. Timmis К., Donbara H., Brady G., Lurz R, Inheritance functions of group IncFII transmissible antibiotic resistance plas-mids.- Plasmid, 1981, v.5, p.53-75.

235. Tinoco I., Dengler В., Levine B,, Uhlenbeck 0., Crothers D., Gralla J. Improved estimation of secondary structure in ribonucleic acids.- Nature New Biol., 1973, v.246, p.40-41.

236. Tinoco I., Uchlenbeck 0., Levine M. Estimation of secondary structure in ribonucleic acids.- Nature, 1971, v.230, 5293, p.362-367.

237. Tippe-Schindler R., Zahn G., Messer W. Control of the initiation of DNA replication in E.coli I negative control of initiation.- Mol. Gen. Genet., 1979, v.168, 2, p.185-195.

238. Tomizawa S. Two distinct mechanisms of synthesis of DNA fragments on colicin E1 plasmid DNA,- Nature, 1975, v,257, p.253-254.

239. Tomizawa S., Itoh T. Plasmid ColE1 incompatibility determined by interaction of RNAI with primer transcript.- Proc. Natl, Acad. Sci, USA, 1981, v.78, p.6096-6100,

240. Tomizawa J., Itoh T. The importance of RNA secondary structure in ColE1 primer formation.- Cell, 1982, v.31, p.575-583.

241. Tomizawa J,, Itoh T,, Selzer G., Som T. Inhibition of ColE1 RITA primer formation by a plasmid-specified small RITA.- Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 1981, v.78, p.1421-1425.

242. Tomizawa J., Ohmori H., Bird R, Origin of replication of colicin E1 plasmid DNA.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1977, v.74, p.1865-1869.

243. Tomizawa J., Selzer G. Initiation of DNA synthesis in E.coli.-Annu, Rev. Biochem., 1979, v,48, p.999-1034.

244. Twigg A., Sherratt D. Trans-complementable copy number mutants of plasmid ColE1.- Nature, 1980, v.294, p.216-218.

245. Van der Ende A., Teertstra R., Weisbeek P. n1 protein activator sites of plasmid pBR322 are not essential for its DNA replication.- J, Mol. Biol., 1983, v.167, 3, p.751-756.

246. Veltkamp E. , Barendsen VI. , Nijkamp H. J, Influence of protein and ribonucleic acid synthesis on the replication of the bacteriocinogenic factor CloDF13 in E.coli cells and mini-cells.- J. Bacterid., 1974, v.118, p.165-174.

247. Veltkamp E,, Nijkamp H.J.J. Bacteriocinogenic factor CloDP13. Mol. Gen. Genet., 1973, v.125, p.329-340.

248. Veltkamp E., Nijkamp H.J.J. Replication of the bacteriocinogenic plasmid CloDF13 in thermosensitive E.coli mutants defective in initiation or elongation of deoxyribonucleic acid replication.- J. Bacteriol., 1974, v.120, p.1227-1237.

249. Veltkamp E,, Stuitje A. Replication and structure of the bacteriocinogenic plasmids CloDF13 and ColE1.- Plasmid, 1981, v.5, 1, p.76-99.

250. Vocke C., Bastia D# DNA-protein interaction at the origin of DNA replication of the plasmid pSC101.- Plasmid, 1984, v.11, 2, p.190.

251. Wada M., Kadokami Y., Itikawa H# Thermosensitive synthesis of DNA and RNA in dna J mutants of E.coli К-12,- Jpn. J.

252. Genet,, 1982, p,57, 4, p.407-413.

253. Watson L., Phua S., Bergquist P., Lane H. An M 29000 protein is essential for mini F maintenance in E.coli.- Gene, 1982, v. 19, 2, p,.173-178.

254. Watson R., Visentin L, Restriction endonuclease mapping of ColE2-P9 and ColE3-CA38 plasmid.- Gene, 1980, v.10, p.307-318.

255. Wechsler J. Genetic and phenotypic characterization of dna С mutations.- J. Bacterid., 1975, v.121, 2, p.594-599.

256. Wechsler J., Gross J. E.coli mutants temperature-sensitive for DM synthesis.- Mol, Gen. Genet., 1971, v.113, 3,p.273-284.

257. Wickner S, DNA or RNA priming of bacteriophage G4 DNA synthesis by E.coli dna G protein.- Proc. Natl, Acad, Sci, USA, 1977, v,74, 7, p.2815-2819,

258. Wickner S, DNA replication proteins of E.coli.- Annu. Rev. Biochem,, 1978, v.47, P.1163-1191.

259. Wickner S., Hurwitz J. Interaction of E.coli dna В and dna С (I gene products in vitro.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1975, v.72, 3, p.921-925.

260. Williams P., Boyer H., Helinski D. Size and base composition of RNA in supercoiled plasmid DNA.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1973, v.70, p.3744-3748.

261. Y/ohlhieter J., Falkow S,, Citarella R, Purification of epi-somal DNA with cellulose nitrate membrane filters,- Biochem. Biophys, Acta, 1966, v.129, p.475-481.

262. Womble D., Dong X., Wu R,, Luckow V,, Martinez A., Rownd R. IncII plasmid incompatibility product and its target are both RNA transcript. J. Bacterid., 1984, v.160, 1, p.28-35.

263. Yochem J,, Uchida H,, Sunchine H,, Saito H,, Georgopoulos C.,

264. Feiss H. Genetic analysis of two genes dna J and dna K, necessary for E.coli and bacteriophage lambda DNA replication.^- Mol. Gen. Genet., 1978, v.164, 1, p.9-14.

265. Yoshikawa M. Identification and mapping of the replication genes of an R factor R100-1, integrated into the chromosome of E.coli K-12.- J. Bacterid., 1974, v.118, p. 1123-1131.

266. Zahn G., Messer W. Control of the intiation of DNA replication in E.coli: function of the dna A product.- Mol. Gen. Genet., 1979, v.168, 2, p.197-209.

267. Zipursky S.L., Marians K.J. Identification of two E.coli factor Y effector sites near the origins of replication of the plasmids ColF1 and pBR322.- Proc. Natl. Acad. Sci. USA,1980, v.77, 11, P.6521-6525.

268. Ziskind J.W., Smith D.W. Novel E.coli dna В mutant: direct involvement of the dna В 252 gene product in the synthesis of an origin-ribonucleic acid species during initiation of a round of DNA replication.- J. Bacterid., 1977, v,129, p.1476-1486.