Популяции микробных патогенов в отделяемом дыхательных путей при пневмонии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Колотова Ольга Николаевна

• Колотова Ольга Николаевна
• кандидат наук
• 2026

Оглавление диссертации кандидат наук Колотова Ольга Николаевна

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования

Степень разработанности темы исследования

Цель исследования

Задачи исследования

Научная новизна исследования

Теоретическая и практическая значимость исследования

Методология и методы исследования

Материалы исследования

Бактериологические методы исследования

Питательные среды

Выделение культур бактерий и грибов с последующей идентификацией

Определение факторов патогенности бактериальных культур

Выявление антибиотикорезистентности бактериальных изолятов

Молекулярно-генетические методы исследования культур бактерий

Идентификация бактерий и определение детерминант резистентности к

антимикробным препаратам методом ПЦР

Полногеномное секвенирование ^ОБ)

Статистическая обработка данных

Личный вклад автора в получение результатов

Основные положения диссертации, выносимые на защиту

Степень достоверности и апробация результатов исследования

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Характеристика микробных патогенов возможных возбудителей пневмоний

1.1.1. Структура микробных популяций возбудителей пневмоний

1.1.2. Фенотипический профиль и генетические детерминанты антибиотикорезистентности бактериальных патогенов

1.2. Бактериальные изоляты из аутопсийного материала ткани легкого

пациентов с диагнозом пневмония

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

ГЛАВА 2. СТРУКТУРА ПОПУЛЯЦИЙ МИКРОБНЫХ ПАТОГЕНОВ ОТДЕЛЯЕМОГО НДП

2.1. Популяции микроорганизмов, изолированные из НДП пациентов в

период 2020 - 2022 гг

2.1.1. Сравнительная характеристика частоты выявления основных бактериальных патогенов в инфекционных моногоспиталях Тюменской области

2.2. Микробные популяции отделяемого НДП в постковидный период

2.3. Фенотипический профиль резистентности возбудителей пневмоний

ГЛАВА 3. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ПНЕВМОНИЙ

3.1. Генетические особенности штаммов K. pneumoniae

3.2. Генетические особенности штаммов A. baumannii

3.3. Характеристика детерминант резистентности прочих бактериальных

патогенов

ГЛАВА 4. ФЕНОТИПЫ И ГЕНОТИПЫ РЕЗИСТЕНТНОСТИ АССОЦИАЦИЙ ПОПУЛЯЦИЙ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ПНЕВМОНИЙ, ИЗОЛИРОВАННЫХ ИЗ ОТДЕЛЯЕМОГО НДП

4.1. Копатогены K. pneumoniae

4.2. Копатогены A. baumannii

ГЛАВА 5. АНАЛИЗ БАКТЕРИАЛЬНОЙ СТРУКТУРЫ ПАТОЛОГОАНАТОМИЧЕСКОГО МАТЕРИАЛА (ЛЕГКОЕ) ПАЦИЕНТОВ С ДИАГНОЗОМ ПНЕВМОНИЯ

5.1. Микробные популяции ткани легкого

5.2. Биопрофиль K. pneumoniae и A. baumannii

5.3. Факторы патогенности K. pneumoniae и A. baumannii

5.4. Подобие штаммов K. pneumoniae, изолированных из отделяемого НДП и

ткани легкого

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение №

СПИСОК НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Популяции микробных патогенов в отделяемом дыхательных путей при пневмонии»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

Пневмония - важная медико-социальная проблема здравоохранения и причина частых госпитализаций [250]. Инфекции нижних дыхательных путей (НДП), включая пневмонию, среди всех причин смерти, занимающие третье место, уступая лишь острому нарушению мозгового кровообращения и ишемической болезни сердца (данные Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ)) [28]. Статистика показывает, что число случаев внебольничной пневмонии в России в 2019 г. составило 410 на 100 тыс. населения. В период пандемии COVID-19 в 2020 г. отмечался рост заболеваемости до 1854,18 на 100 тыс. населения, начало спада заболеваемости регистрировалось в 2021 г. до 1148,43. В 2022 г. показатель заболеваемости пневмониями снизился доковидного уровня и составил 407,29 на 100 тыс. населения. Период 2023 - 2024 гг. характеризуется незначительным ростом заболеваемости (500,0 и 866,62 на 100 тыс. населения, соответственно) [54]. За последние десятилетия пандемии стали глобальной мировой проблемой с многочисленными вспышками вирусных инфекций [25]. В начале января 2020 г. в Китае изолирован новый патогенный коронавирус человека, который вызвал вспышку с высоким уровнем смертности в декабре 2019 г. в Ухане, в последствии распространившимся по всему миру затронув миллионы людей [9, 14, 50, 57, 65, 128, 200, 216, 258, 266]. Всемирная организация здравоохранения 11 марта 2020 г. объявила о пандемии острого респираторного синдрома (SARS), вызванного коронавирусом типа 2 (SARS-CoV-2), введя термин «коронавирусная болезнь 2019» [17, 42, 143, 216, 265]. Тяжелое течение данной инфекции характеризовалось развитием пневмонии, респираторного дистресс-синдрома, поражением почек, желудочно-кишечного тракта, нервной системы и других органов [101, 120, 141, 215].

Согласно опубликованным данным, бактериальными ассоциантами при инфекциях, обусловленных вирусами гриппа, являлись Streptococcus

pneumoniae, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae [26]. Инфекции вирусной этиологии наносят серьезный удар по иммунной системе человека, что позволяет условно-патогенным бактериям приобретать этиологическое значение [28, 62, 101, 264]. Иммунокомпроментированные и пациенты старшего поколения характеризовались более тяжелым течением пневмонии и обнаружением в клинических образцах нижних дыхательных путей грамотрицательных бактерий, таких как Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa [53, 54, 67, 166, 242, 263].

В настоящее время одной из самых значительных проблем в здравоохранении является распространение грамотрицательных патогенов с множественной лекарственной устойчивостью [75, 119, 188, 237]. Развитие резистентности у штаммов бактерий в процессе лечения антибактериальными препаратами является естественным процессом. Нерациональное использование, не соблюдение режимов дозирования способствует формированию антибиотикорезистентности микроорганизмов [214, 229]. Для лечения воспалительных процессов, вызванных грамотрицательными бактериями с множественной лекарственной устойчивостью, используются бета-лактамные антибиотики - карбапенемы, что способствует широкому распространению карбапенемаза-продуцирующих патогенов [196]. В период пандемии новой коронавирусной инфекции большинству госпитализированных пациентов с диагнозом пневмония антибиотики назначались эмпирически [127].

Изучение возможных изменений в бактериальной структуре возбудителей пневмоний, их фенотипического и генотипического профиля патогенности в постковидный период является актуальным.

Степень разработанности темы исследования

Данные о бактериальных возбудителях внебольничных пневмоний и частоте их встречаемости в период пандемии COVID-19 широко представлены в российских и зарубежных источниках [5, 52, 65, 121, 122,

163, 195, 217, 235, 245]. Сравнительный анализ структуры микробных популяций, изолированных из биоматериала ковидпозитивных и ковиднегативных пациентов при пневмониях, выявил их региональные особенности, включая различия чувствительности к антибиотикам [9, 81, 100, 155].

Многими авторами описаны клинически значимые агенты, возбудители вторичной бактериальной инфекции, их профили фенотипической и генотипической резистентности [3, 59, 66, 73, 84, 99, 125, 150, 211, 257]. Вместе с тем, результаты исследования влияния бактериальных ассоциантов на резистентность друг друга в источниках литературы малочисленны [76]. Данных о фенотипическом и генотипическом профиле бактерий K. pneumoniae и A. baumannii, находящихся в ассоциациях с другими бактериальными патогенами в источниках литературы не найдено.

В Тюменской области анализ структуры бактериальных возбудителей пневмоний в период пандемии COVID-19 и постковидный период, а также изучение их комплексов генов резистентности к антибиотикам и вирулентности не проводился.

Изучение основных патогенов в монокультуре и копатогенов, циркулирующих в конкретных стационарах региона, позволит углубленно изучить их биопрофиль для возможности обоснования антибиотикотерапии при пневмониях, в том числе ковидассоциированных.

Цель исследования

Изучить фенотипические и молекулярно-генетические характеристики популяций микробных агентов, изолированных от пациентов с пневмониями (период 2020 - 2025 гг.).

Задачи исследования

1. Изучить динамику изменения структуры патогенов (бактерий и грибов), изолированных из дыхательных путей пациентов, в ковидный (2020 - 2022 гг.) и постковидный периоды (2023 - 2025 гг.) в Тюменской области.

2. Проанализировать биологические свойства бактериальных патогенов при пневмониях, их антибиотикорезистентность и вирулентность в динамике за период 2020 - 2025 гг.

3. Оценить молекулярные механизмы резистентности и вирулентности бактериальных агентов, значимых в этиологии пневмонии.

4. Исследовать структуру ассоциантов бактерий Klebsiella pneumoniae и Acinetobacter baumannii в общей популяции микробных патогенов при пневмониях и провести сравнительную оценку наличия детерминант резистентности к бета-лактамным антибиотикам K. pneumoniae и A. baumannii, находящихся в монокультуре и популяциях.

5. Исследовать частоту обнаружения различных видов бактериальных патогенов, выделенных из аутопсийного материала ткани легкого, определить маркеры антибиотикорезистентности и вирулентности изолятов K. pneumoniae и A. baumannii, как наиболее значимых в развитии пневмоний с летальным исходом в период 2020 - 2025 гг.

Научная новизна исследования

Проведен анализ структуры популяций микробных патогенов и микст-патогенов - возбудителей пневмоний у пациентов вне зависимости от статуса ковидпринадлежности в период 2020 - 2025 гг. Показано, что наиболее значимыми возбудителями пневмоний являлись грамотрицательные бактерии K. pneumoniae, A. baumannii, обладающие множественной лекарственной устойчивостью к антибиотикам. Антибиотикорезистентность K. pneumoniae в консорциуме с A. baumannii достоверно превалировала в сравнении с резистентностью в монокультуре к фторхинолонам, аминогликозидам, цефалоспоринам III поколения, ингибиторозащищенным пенициллинам, карбапенемам.

Доля генов ctx—M, tem, shv, характеризующих резистентность к бета лактамам, в изолятах K. pneumoniae, находящихся в сочетании с другими бактериальными патогенами, превышала их долю вне ассоциации.

Сравнительный анализ наличия детерминант резистентности показал, что, гены оксациллиназ oxa-23-like, oxa-40-like и ndm регистрировалось только у K. pneumoniae, находящихся в бактериальных ассоциациях.

Отмечено, что у пациентов со сроком госпитализации до 5 дней в штаммах K. pneumoniae детектировались гены бета-лактамаз молекулярного класса А (крс, shv, tem и ctx). При более длительных сроках госпитализации дополнительно обнаруживались гены оксациллиназ.

В период 2023 - 2025 гг. прослеживается тенденция к увеличению резистентных штаммов K. pneumoniae в ассоциации с Candida spp. к цефотаксиму, цефтазидиму и амоксициллин/клавулановой кислоте, и достоверно значимо в отношении имипенема и меропенема.

Выявлена циркуляция штаммов ST512 и ST395, обладающих комплексами генов вирулентности и резистентности к широкому спектру антимикробных препаратов (АМП). В постковидный период показана тенденция к увеличению частоты обнаружения в штаммах генов гипервирулентности в различных сочетаниях. В штаммах K. pneumoniae ST512 зафиксировано появление репликонов плазмид вирулентности repB, чего не наблюдалось в период 2020 - 2022 гг. Показано, что изоляты A. baumannii в исследованный период накапливают гены устойчивости (разнообразие генов устойчивости к аминогликозидам и бета-лактамам) и комплексы генов вирулентности (ацинетобактинов, экзотоксинов).

Идентифицирован панрезистентный штамм A. baumannii, обладающий сочетанием генов вирулентности и резистентности к лекарственным препаратам. Получен патент РФ на изобретение № 2711922 от 23.01.2020 г.

Выявлена корреляционная зависимость между протеинограммами штаммов K. pneumoniae, изолированных из отделяемого нижних дыхательных путей и ткани легкого, полученных в период с 2020 г. по 2022 г., свидетельствующая о длительной циркуляции в стационаре пула бактерий, отнесенных к ST512 и обладающих высоким патогенным потенциалом.

Отмечено, достоверно значимое превалирование частоты обнаружения K. pneumoniae (р<0,003) и A. baumannii (р=0,01) устойчивых к амикацину, цефотаксиму, цефтазидиму, ципрофлоксацину, имипенему и меропенему, изолированных из аутопсийного материала в сравнении с устойчивостью изолятов из образцов нижних дыхательных путей. Доля детектированных генов вирулентности изолятов A. baumannii, выделенных из ткани легкого преобладала в 1,7 раза для bauABCDEF, basABCDFGJ, ompA и в 2 раза -plcD, lpsB, при сравнении с данными характеристиками изолятов из нижних дыхательных путей.

Теоретическая и практическая значимость исследования

Теоретическая значимость работы заключается в расширении данных о структуре и генотипических профилях популяций бактериальных патогенов, которые могут быть использованы для оценки динамики формирования патогенного потенциала госпитальных клонов и мониторинга их циркуляции. Проявление множественной антибиотикорезистентности, наличие генов вирулентности и резистентности позволило определить изоляты K. pneumoniae, A. baumannii, S. aureus, S. haemolyticus, E. faecium, как этиологически значимые возбудители пневмоний в ковидный и посковидный периоды.

Данные о значимом увеличении частоты проявления фенотипической резистентности K. pneumoniae в консорциуме с A. baumannii к амоксициллин/клавулановой кислоте, ципрофлоксацину, цефотаксиму, цефтазидиму, амикацину, имипенему, меропенему могут быть использованы для коррекции антибиотикотерапии.

Полученные нуклеотидные последовательности 110 изолятов внесены в «Национальный интерактивный каталог патогенных микроорганизмов и биотоксинов» в процессе реализации федерального проекта Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека «Санитарный щит - безопасность для здоровья (предупреждение, выявление, реагирование)».

Для изучения генетического потенциала бактерий, способных вызывать вспышки инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, построения их филогенетических деревьев и оценки эволюционных связей, нуклеотидные последовательности 59 штаммов K. pneumoniae и A. baumannii, с различными спектрами антибиотикорезистентности, внесены в Национальную базу данных геномных последовательностей VGARus; 3 штамма A. baumannii, обладающих множественной фенотипической резистентностью к антибиотикам, маркерами резистентности и вирулентности депонированы в Государственную коллекцию патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск» (номера штаммов: B-8564, B-8561, B-8568) их нуклеотидные последовательности внесены в GenBank базы NCBI с открытым доступом (VBXL00000000.1, VBXJ00000000.1, VBXP00000000.1).

Для изучения эффективности разрабатываемых антибактериальных, антисептических и дезинфицирующих средств предлагается штамм A. baumannii 5720, характеризующийся сочетанием генов устойчивости: к бета-лактамам (oxa, tem, adc), MLS-антибиотикам (mph, msr), сульфаниламидам (sul2), тетрациклинам tet, ферментов, обуславливающих резистентность к аминогликозидам (aph(3'), aph(6), armA), об, и генов вирулентности -ацинетобактинов (bauABCDEF, basABCDFGHIJ); белков наружной мембраны ompА; адгезинов fimTUV, pilBCEFGHIJMNOPQRSUVN); белков, связанных с образованием биопленки (csuABCDE, pgaABCD, ABBFA RS17110, ABSDFRS00340, ABTJ RS18515), белков поверхностного антигена (surA1) и экзотоксина (plc1/2/D). Получен патент РФ на изобретение № 2711922 от 23.01.2020 г.

Практическая значимость диссертационной работы заключается во включении результатов исследований видовой структуры популяций патогенов, выделенных из образцов мокроты пациентов с диагнозом пневмония, и их антибиотикорезистентности в монографию: «COVID-19: научно-практические аспекты борьбы с пандемией в Российской Федерации» (Саратов: Амирит, 2021).

Результаты диссертационного исследования включены в учебно-методические материалы учебного процесса в рамках программы дополнительного профессионального образования по специальности «Бактериология» в Федеральном бюджетном учреждении науки «Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (акт внедрения от 01.09.2025 г.) и цикл лекций кафедры микробиологии Федерального государственного бюджетного образовательное учреждение высшего образования «Тюменский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (акт внедрения от 24.10.2025 г.).

Методология и методы исследования

Методология научной работы спланирована согласно поставленной цели и задачам. В основе научного исследования положен принцип изучения и анализа таксономической структуры и биопрофиля резистентности микробных популяций патогенов, изолированных от пациентов с диагнозом пневмония. Для достижения поставленной цели диссертации и решения задач исследования использовали классические бактериологические, молекулярно-генетические, биоинформатические и статистические методы. Исследования проводились в соответствии с Письмом Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека № 02/7045-202026 от 15.04.2020 г.

В основу диссертационной работы положены классические бактериологические, масс-спектрометрические, молекулярно-генетические и статистические методы.

Материалы исследования

Для достижения поставленной цели и решения задач исследования проведен бактериологический анализ 2298 проб образцов отделяемого НДП, давших рост бактерий и грибов на дифференциально-диагностических средах.

Биоматериал получен от госпитализированных пациентов с диагнозом пневмония из трех моноинфекционных ковидных госпиталей: г. Тюмени (МО-1), г. Тобольска (МО-2), рабочего поселка Голышманово (МО-3) и многопрофильных стационаров и поликлиник г. Тюмени (прочие МО), в период 2020 - 2022 гг. Средний возраст пациентов составил Ме 62 (51 - 70) года. Срок пребывания в стационаре на момент забора биоматериала варьировался от 2 суток до 4 месяцев. В этот же период проведено исследование 1411 проб патологоанатомического материала (фрагмент ткани легкого), полученных от умерших пациентов с диагнозом пневмония, средний возраст составил Ме 67 (56 - 81) лет. В период 2023 - 2025 гг. в исследование включены 344 образца отделяемого НДП, полученных от пациентов с диагнозом пневмония и 452 образца ткани легкого. Данные о количестве исследованных проб, выделенных изолятов, проведенных фенотипических и молекулярно-генетических исследованиях представлены в таблице 1.

Таблица 1 - Объем выполненных исследований

Исследования Всего

Период 2020 - 2022 гг.

- Образцы отделяемого НДП пациентов 2298

- Образцы ткани легкого 1411

Период 2023 - 2025 гг.

- Образцы отделяемого НДП пациентов 344

- Образцы ткани легкого 452

Определение чувствительности диско-диффузионным методом:

- отделяемого НДП 8360

- ткань легкого 7551

Определение мукоидного типа бактерий K. pneumoniae (string-тест) 134

Определение наличия ДНК S. pneumoniae методом ПЦР 308

Определение генов бета-лактамаз штаммов K. pneumoniae,

A. baumannii методом ПЦР, полученных из:

- отделяемого НДП 142

- ткани легкого 75

Полногеномное секвенирование

штаммов бактерий из:

- отделяемого НДП 112

- ткани легкого 48

Определение генов резистентности к антимикробным

препаратам, вирулентности методом WGS штаммов из:

- отделяемого НДП 112

- ткани легкого 48

Транспортировка отобранных образцов биоматериала с целью бактериологического исследования проводилась в соответствии с требованиями нормативной документации [71]. Информационное письмо Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор) от 21.01.2020 г. № 02/706-2020-27 «О направлении временных рекомендаций по организации лабораторной диагностики новой коронавирусной инфекции (2019-nCoV)».

Бактериологические методы исследования

Бактериологическое исследование биологического материала выполнено в соответствии МУ 3.1.2/4.2.3973-23 «Эпидемиологический надзор за внебольничными пневмониями» [49], МР 4.2.0114-16 «Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии» [48].

Питательные среды

Посев биоматериала для получения бактериальных изолятов осуществляли на питательные среды:

- Мясо-пептонный агар (г. Оболенск, Россия);

- Кровь баранья дефибринированная («БиоХолд», Россия);

- Набор для приготовления шоколадного агара (HiMedia Laboratories Pvt Ltd., Индия);

- Желточно-солевой агар для выделения стафилококков, микрококков (г. Оболенск, Россия);

- Среда Эндо для культивирования энтеробактерий (г. Оболенск, Россия);

- Среда Сабуро для культивирования грибов (г. Оболенск, Россия);

- Энтерококкагар для культивирования энтерококков (г. Оболенск, Россия).

Выделение культур бактерий и грибов с последующей идентификацией Для выделения чистой культуры бактерий выполнены десятикратные разведения отделяемого НДП в физиологическом растворе. Для бронхоальвеолярного лаважа посев на плотные питательные среды

осуществляли из разведений - 10-1, 10-3. Посев мокроты осуществляли из разведений 10-1, 10-4, 10-5. Инкубирование проводили при температуре (37±1) °С.

Посев паталогического материала: фрагмент ткани легкого при помощи пестика растирали в ступке с добавлением физиологического раствора. Полученную суспензию в количестве 0,1 мл засевали на питательные среды: 5,0% кровяной агар, желточно-солевой, Эндо.

Идентификация изолированных штаммов бактерий выполнялась методом времяпролетной масс-спектрометрии, оценка соответствия исследуемого спектра известному таксону выполнялась по показателю Score с помощью настольного времяпролетного масс-спектрометра MALDI-TOF MS (Bruker, Германия). Методика экстракции белков заключается в обработке микробной суспензии, нанесенной на 96 луночный планшет 70,0% муравьиной кислотой и раствора матрицы. В результате воздействия лазерного излучения ионизированные белки двигались к детектору. Программное обеспечение прибора преобразовывало время пролета частиц в спектр молекулярных масс (масс-спектр), представленный в виде отношения массы и заряда. Полученный масс-спектр неизвестного микроорганизма сравнивался с референсными спектрами из базы данных компании Bruker Daltonik GmbH и, на основании наличия определенных белков, их массы, частоты встречаемости осуществлялась идентификация микроорганизма.

Видовую идентификацию S. pneumoniae подтверждали оптохином («НИЦФ», Россия) и латексной агглютинацией - набор «Dry Spot Pneumo» («OXOID», Великобритания).

Для изучения однородности анализируемых штаммов бактерий с помощью программного обеспечения настольного времяпролетного масс-спектрометра MALDI-TOF MS (Bruker, Германия) проведен кластерный анализ протеинограмм идентифицированных бактерий.

Определение факторов патогенности бактериальных культур

Для определения мукоидного фенотипа штаммов K. pneumoniae применяли постановку string-теста. Для этого K. pneumoniae, культивировали

на 5,0% кровяном агаре при (37 ± 1) °С в течении 24 часов, тест считали положительным если при поднятии колонии петлей образовывался тяж более 5 мм.

Продукцию гемолизина определяли на кровяном агаре, просматривая чашки с посевами против источника света, определяя зону просветления среды вокруг колонии бактерий.

Для выявления каталазной активности Staphylococcus spp. на предметное стекло наносили каплю 3,0% раствора перекиси водорода и смешивали петлей бактериальной культурой. Выделение пузырьков газа свидетельствовало о продукции каталазы исследуемым штаммом. Лецитиназную активность бактерий рода Staphylococcus выявляли методом их посева на желточно-солевой агар. После инкубирования в течение 18-24 часов при (37 ± 1) °С фиксировали зоны опалесценции вокруг колоний, продуцирующих лецитиназу. Плазмокоагулазную активность Staphylococcus spp. выявляли с помощью цитратной кроличьей плазмы. Суточную культуру Staphylococcus spp. вносили в пробирку с цитратной плазмой, разведенной изотоническим раствором натрия хлорида в соотношении 1:4, инкубировали при (37±1) °С. Оценку реакции осуществляли по наличию сгустка в пробирке. Реакция считалась положительной независимо от степени свертывания плазмы, согласно инструкции производителя [43].

Выявление антибиотикорезистентности бактериальных изолятов

Определение резистентности к антимикробным препаратам выполняли диско-диффузионным методом на среде Мюллер-Хинтон (HiMedia, Индия) в соответствии с методическими указаниями [31]. Оценку резистентности штаммов определяли с помощью дисков производства ООО «НИЦФ», Россия для: Streptococcus spp. - с оксациллином 1 мкг, ампициллином 2 мкг, бензилпенициллин 1 ЕД (скрининг), эритромицином 15 мкг, клиндамицином 2 мкг, цефотаксимом 5 мкг; Enterococcus spp. - с ампициллином 2 мкг (скрининг), ципрофлоксацином 5 мкг, гентамицином 30 мкг (скрининг), ванкомицином 5 мкг; Staphylococcus spp. - с эритромицином 15 мкг

(скрининг), клиндамицином 2 мкг, амикацином 30 мкг, ципрофлоксацином 5 мкг, цефокситин 30 мкг (скрининг). Чувствительность грамотрицательных бактерий оценивали дисками - c ципрофлоксацином 5 мкг, амикацином 30 мкг, амоксициллин/клавулановой кислотой 20/10 мкг, ампициллин/сульбактамом 10/10 мкг, цефтазидимом 10 мкг, цефотаксимом 5 мкг, цефепимом 30 мкг, имипенемом 10 мкг, меропенемом 10 мкг.

Молекулярно-генетические методы исследования культур бактерий

Идентификация бактерий и определение детерминант резистентности к антимикробным препаратам методом ПЦР

Бактериальную ДНК выделяли набором «Проба-НК/50, (ООО «ДНК-технология», Россия). Определение наличия ДНК S. pneumoniae в образцах мокроты - «Набор для выявления ДНК Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae и S. pneumoniae «АмплиСенс»» (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Россия). Для обнаружения генов устойчивости к бета-лактамам методом ПЦР использовали набор «БакРезиста» (ООО «ДНК-технология», Россия).

Наличие в биопробах РНК вируса SARS-CoV-2 определяли при помощи тест-систем SARS-CoV-2/SARS-CoV («ДНК-технология», Россия) и Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG (ГНЦ «Вектор», Россия).

Полногеномное секвенирование (WGS)

Выделение ДНК бактерий для последующего секвенирования проводили методом СТАВ [13]. Замер концентрации нуклеиновых кислот выполняли при помощи флуориметра Qubit 4 («Thermo Fisher Scientific») и набора реагентов для измерения концентрации ДНК «Spectra Q HS» Rassol Bio («SESANA», Россия).

Для приготовления полногеномных библиотек использовали набор «SG GM» Rassol Bio («SESANA», Россия). Для процесса фрагментации 10 мкл образца ДНК с концентрацией 20 нг/мкл смешивали с 16 мкл мастер-микса и помещали в амплификатор с установленной программой для фрагментации. После завершения фрагментации переходили к этапу лигирования, для этого

25 мкл мастер-микса вносили к образцам и вновь помещали пробирки в амплификатор с программой для лигирования. Затем этап очистки этиловым спиртом с применением магнитных частиц. Для постановки индексной ПЦР к каждому образцу добавляли по 2 мкл индивидуального праймерного микса из планшета с праймерами Plate1_SG_GM / Plate2_SG_GM («SESANA», Россия). Затем добавляли к образцам мастер-микс по 26,25 мкл и помещали в амплификатор с программой для индексной ПЦР. По завершению программы проводили очистку этиловым спиртом с применением магнитных частиц.

WGS штаммов A. baumannii (n = 9) выполнено на платформе Illumina MiSeq, с использованием наборов Nextera DNA Library Preparation Kit и MiSeq Reagent Kits v3 (600-Cycle Kit). Картирование сборок геномов проводили в программе MAUVE (http://darlinglab.org/mauve/mauve.html). Мультилокусное сиквенс-типирование (MLST) проводили на основании поиска генов - cpn60, fusA, gltA, pyrG, recA, rplB, rpoB, с использованием сервера 2.0 MLST (https://github.com/tseemann/mlst). Поиск генов, связанных с вирулентностью и маркеров антибиотикорезистентности, штаммов A. baumannii использовали сервер ResFinder 3.0 (https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/). Верификацию полученных результатов проводили в программе Mauve (http://gel.ahabs.wisc.edu/mauve/) и BLAST Nucleotide collection (nr/nt) (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov).

На приборе FASTASeq выполнено WGS бактериальных штаммов (n=151), с использованием наборов FASTASeq 300 Sequencing Reagent (FCH 300cycles) V1.0, FASTASeq 300 Library Denaturing and Diluting Reagent V1.0, FASTASeq 300 Sequencing buffer V1.0. На платформе DNBseq G50/G400 MGI выполнена сборка нуклеотидных последовательностей. Первичный контроль качества сырых ридов проводился при помощи программы FastQC (https://github.com/icaoberg/singularity-fastqc). Таксономия ридов проводилась при помощи Kraken2 (https://github.com/DerrickWood/kraken2) и GTDBTk (https://github.com/Ecogenomics/GTDBTk). Поиск генов резистентности и вирулентности осуществляли в программе «prokka»

(https://github.com/tseemann/prokka). Определение сиквенс типов K. pneumoniae и A. baumannii осуществляли с помощью базы данных института Пастера на основании поиска аллелей генов жизнеобеспечения (https://bigsdb.pasteur.fr/). Наличие репликонов плазмид определяли в программе «Klebsiella Analyzer» (https: //antiplague. ru/scientific-activity/publication/klebsiella-analyzer-programma -dlya-analiza-dannykh-polnogenomnogo-sekvenirovaniya-klebsiella-pneumon/).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Колотова Ольга Николаевна, 2026 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Авдеев, С. Н. Внебольничная пневмония: федеральные клинические

рекомендации по диагностике и лечению / С. Н. Авдеев, А. В. Дехнич, А. А. Зайцев, Р. С. Козлов, С. А. Рачина, В. А. Руднов, А. И. Синопальников, И. Е. Тюрин, О. В. Фесенко, А. Г. Чучалин // Пульмонология. - 2022. - Т. 32, № 3.

- С. 295-355.

2. Авдеев, С. Н. Современные подходы к диагностике, лечению и профилактике тяжелой внебольничной пневмонии у взрослых: обзор литературы / С. Н. Авдеев, Б. З. Белоцерковский, А. В. Дехнич, А. А. Зайцев, Р. С. Козлов, Д. Н. Проценко, С. А. Рачина, А. И. Синопальников, С. В. Яковлев, А. И. Ярошецкий // Вестник интенсивной терапии имени А.И. Салтанова. - 2021. - № 3. - С. 27-46.

3. Авдеева, М. Г. Микробный пейзаж у госпитальных больных с новой коронавирусной инфекцией COVID-19, сравнительная антибиотикорезистентность с «доковидным» периодом:проспективное исследование / М. Г. Авдеева, М. И. Кулбужева, С. В. Зотов, Е. В. Журавлева, А. В. Яцукова // Кубанский научный медицинский вестник. - 2021. - Т. 28, № 5.

- С. 14-28.

4. Агеевец, В. A. Конвергенция множественной резистентности и гипервирулентности у Klebsiella pneumoniae / В. A. Агеевец, И. В. Агеевец, С. В. Сидоренко // Инфекция и иммунитет. - 2022. - Т. 12, № 3. - C. 450-460.

5. Акулкина, Л. А. Случай тяжелого течения новой коронавирусной инфекции (COVID-19) у пациентки с прогрессирующим фиброзирующим интерстициальным заболеванием легких / Л. А. Акулкина, М. Ю. Бровко, А. А. Щепалина, В. И. Шоломова, А. А. Китбалян, А. С. Моисеев, П. П. Потапов, С. В. Моисеев // Пульмонология. - 2022. - Т. 32, № 5. - С. 763-769.

6. Алексеева, А. Е. Молекулярногенетическая характеристика карбапенем-устойчивого штамма Klebsiella pneumoniae KP254 как представителя эволюционной ветки высоковирулентных штаммов / А. Е. Алексеева, Н. Ф. Бруснигина, Н. А. Гординская // Инфекция и иммунитет. -

2021. - Т. 11, №3. - C. 506-516.

7. Бардашева, А. В. Генетическая характеристика клинических изолятов клебсиелл, циркулирующих в Новосибирске / А. В. Бардашева, Н. В. Фоменко, Т. В. Калымбетова, И. В. Бабкин, С. О. Кретьен, Е. В. Жираковская, Н. В. Тикунова, В. В. Морозова // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2021. - Т. 25, № 2. - С. 234-245.

8. Батурин, В. А. Нарастание резистентности к антибактериальным средствам в постковидный период в поликлинике и многопрофильном стационаре / Батурин, В. А., Муравьева А. А., Ткачев А. В., Афанасьев Н. Е., Куницина Е. А. // Проблемы стандартизации в здравоохранении. - 2021. -№ 5-6. - С. 50-54.

9. Бондаренко, А. П. Характеристика бактериальной микрофлоры, выделенной из проб мокроты больных пневмонией в Хабаровске и Хабаровском крае в начальный период пандемии COVID-19 (май-июнь 2020 г.) / А. П. Бондаренко, В. А. Шмыленко, О. Е. Троценко, В. О. Котова, Л. В. Бутакова, Е. А. Базыкина // Проблемы особо опасных инфекций. - 2020. - № 3. -С. 43-49.

10. Боровиков, В.П. STATISTICA: Статистический анализ и обработка данных в среде Windows / В.П. Боровиков, И.П. Боровиков. - М.: Филинъ, 1997. - 608 с.

11. Бочарова, Ю. А. Хромосомные гены ESKAPE-патогенов, мутации в которых индуцируют антибиотикорезистентность / Ю. А. Бочарова, Т. А. Савинова, И. В. Чеботарь // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2023. - Т. 25, № 2. - С. 187-201.

12. Быстрицкая, Е. В. Заболеваемость, инвалидность и смертность от болезней органов дыхания в Российской Федерации (2015-2019) / Е. В. Быстрицкая, Т. Н. Биличенко // Пульмонология. - 2021. - Т. 31, № 5. - С. 551-561.

13. Василенко, С. Л. Биотехнология прокариот и грибов. Практикум: учебно-методическое пособие / С. Л. Василенко, В. Е. Мямин, В. В. Лысак. -М.: БГУ, 2023 - 59 с.

14. Веселова, Е. И. Новая коронавирусная инфекция / Е. И. Веселова, А. Е. Русских, Г. Д. Каминский, О. В. Ловачева, А. Г. Самойлова, И. А. Васильева // Туберкулез и болезни легких. - 2020. - Т. 98, №. 4. - С. 6-14.

15. Визель, А. А. Антибактериальная терапия: вопросы, которые ставит COVID-19, и реальная клиническая практика / А. А. Визель, И. Ю. Визель // Медицинский совет. - 2023. - Т. 17, № 4. - С. 43-49.

16. Воронина, О. Л. Геномные особенности резистентных изолятов Klebsiella pneumoniae, выделенных из кровяного русла и ликвора пациентов детского стационара / О. Л. Воронина, М. С. Кунда, Н. Н. Рыжова, Е. И. Аксенова, З. З. Садеева, И. Е. Новикова, А. В. Лазарева, О. В. Карасева, А. П. Фисенко, А. Л. Гинцбург // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2023. - Т. 100, № 6. - С. 399-409.

17. Временные методические рекомендации «Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19)», версия 7. - М.: Минздрав, 2020. - 166 с.

18. Гостев, В. В. Современные представления об устойчивости Staphylococcus aureus к бета-лактамным антибиотикам / В. В. Гостев, О. Е. Пунченко, С. В. Сидоренко // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2021. - Т. 23, № 4. - С. 375-388.

19. Гришина, Н. И. Методология и первые результаты экспертизы качества медицинской помощи по поводу коронавирусной инфекции с летальным исходом / Н. И. Гришина, А. А. Старченко // Обязательное медицинское страхование в Российской Федерации. - 2020. - № 2. - С. 46-57.

20. Гудуева, Е. Н. Устойчивость к антимикробным препаратам Acinetobacter baumannii / Е. Н. Гудуева, О. С. Чемисова, В. А. Лычман, С. Ю. Темякова, М. В. Полеева, А. К. Носков, Ф. В. Логвин // Клиническая лабораторная диагностика. - 2024. - Т. 69, № 2. - С. 97-103.

21. Драпкина, О. М. COVID-19 и региональная смертность в Российской Федерации / О. М. Драпкина, И. В. Самородская, Е. П. Какорина, В. Ю. Семенов // Профилактическая медицина. - 2021. - Т. 24, № 7. - С. 14-21.

22. Драпкина, О. М. Методические аспекты оценки заболеваемости, распространенности, летальности и смертности при COVID-19 / О. М. Драпкина, И. В. Самородская, М. Г. Сивцева, Е. П. Какорина, Н. И. Брико, С. Н. Черкасов, В. А. Цинзерлинг, П. Г. Мальков // Кардиоваскулярная терапия и профилактика. - 2020. - Т. 19, № 3. - С. 2585.

23. Евсеева, М. А. Молекулярно-генетические особенности Klebsiella pneumoniae и продукция микроцинов / М. А. Евсеева, В. А. Авдеева, И. А. Ларионова, Л. В. Коломбет, О. Е. Хохлова // Бактериология. - 2024. - Т. 9, № 2.

- С. 58-66.

24. Зайратьянц, О. В. Патологическая анатомия COVID-19: опыт 2000 аутопсий / О. В. Зайратьянц, М. В. Самсонова, А. Л. Черняев, О. Д. Мишнев, Л. М. Михалева, Н. М. Крупнов, Д. В. Калинин // Судебная медицина. - 2020.

- Т. 6, № 4. - С. 10-23.

25. Зайцев, А. А. «Трудная» пневмония / А. А. Зайцев, А. И. Синопальников // Терапевтический архив. - 2021. - Т. 93, № 3. - С. 300-310.

26. Зайцев, А. А. Нетяжелая внебольничная пневмония / А. А. Зайцев // Российский медицинский журнал. - 2021. - № 3. - С. 19-23.

27. Зарубин, Е. А. Патогенез и морфологические изменения в легких при COVID-19 / Е. А. Зарубин, Е. А. Коган // Архив патологии. - 2021. -Т. 83, № 6.

- С. 54-59.

28. Захаренков, И. А. Этиология тяжелой внебольничной пневмонии у взрослых: результаты первого российского многоцентрового исследования / И. А. Захаренков, С. А. Рачина, Н. Н. Дехнич, Р. С. Козлов, А. И. Синопальников, Н. В. Иванчик, С. Б. Яцышина, М. А. Елькина, М. В. Архипенко, С. А. Гордеева, М. С. Лебедева, У. С. Портнягина // Терепевтический архив. - 2020. - Т. 92, № 1. - С. 36-42.

29. Зубова, К. В. Бактерии порядка Flavobacteriales: экологические особенности и клиническое значение в развитии патологии человека: обзор / К. Зубова // Вестник Пермского университета. Серия Биология. - 2023. -Вып. 1. - С. 58-64.

30. Кароли, Н. А. Частота и характер бактериальной инфекции у больных COVID-19 / Н. А. Кароли, А. П. Ребров // Южно-Российский журнал терапевтической практики. - 2023. - Т. 4, № 1. - С. 28-39.

31. Клинические рекомендации «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам», версия 2024-02. - М.: Межрегиональной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии, 2024. - 192 с.

32. Кравченко, Н. А. Пневмонии и COVID-19: анализ заболеваемости и смертности / Н. А. Кравченко, З. А. Зайкова, Т. А. Баянова, Е. В. Бобкова Социальные аспекты здоровья населения. - 2022. - Т. 68, № 4. - С. 2.

33. Кузьменков, А. Ю. AMRmap — система мониторинга антибиотикорезистентности в России / А. Ю. Кузьменков, А. Г. Виноградова, И. В. Трушин, М. В. Эйдельштейн, А. А. Авраменко, А. В. Дехнич, Р. С. Козлов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. -2021. - Т. 23, № 2. - С. 117-123.

34. Лавриненко, А. В. Пневмонии, ассоциированные с SARS-COV-2 / А. В. Лавриненко., С. И. Колесниченко, А. А. Т^рм^хамбетова, И. А. Кадырова // Вестник Казахского Национального медицинского университета. - 2020. - № 4. - С. 294-300.

35. Лахин, Р. Е. Внебольничная и нозокоминальная пневмония: семиотика поражения легких, микробиологический спектр и чувствительность возбудителей к антибиотикам / Р. Е. Лахин, Е. А. Жирнова, И. Н. Грачев // Военно-медицинский журнал. - 2019. - № 4. - С. 35-41.

36. Левченко, К. В. Вирусно-бактериальная пневмония при COVID-19: клинико-лабораторная характеристика пациентов и спектр бактериальных возбудителей / К. В. Левченко, В. Н. Бондаренко, В. М. Мицура, Д. В. Тапальский // Проблемы здоровья и экологии. - 2023. - Т. 20, № 2. - С. 27-34.

37. Лисовская, С. А. Частота колонизации ротоглотки и резистентность к азолам грибов Candida spp., выделенных у реанимационных пациентов с COVID-19 / С. А. Лисовская, Г. Ш. Исаева, И. В. Николаева, С. Е. Гусева, Л. Р.

Гайнатуллина, Н. С. Чумарев // Инфекция и иммунитет. - 2023. - Т. 13. № 2. -C. 347-354.

38. Любасовская, Л. А. Особенности стратифицированных показателей девайс-ассоциированных инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии для пациентов с COVID-19 / Л. А. Любасовская, Н. А. Карпун, С. Н. Галкина, А. С. Рыбалко, Ю. А. Персова, Е. А. Золотова, М. Ю. Персов, О. Ю. Филимонова, А. В. Тутельян, С. В. Сметанина // Бактериология. - 2024. - Т. 9, № 1. - С. 22-29.

39. Максимова, Е. А. Микрофлора мокроты и аутопсийного материала пациентов с COVID-19 / Е. А. Максимова, А. В. Козлов, А. В. Лямин, А. В. Жестков, О. А. Гусякова, М. О. Золотов // Клиническая лабораторная диагностика. - 2022. - Т. 67, № 6. - С. 380-384.

40. Маржохова, А. Р. Клинико-лабораторная характеристика острых респираторных вирусных инфекций по данным инфекционного стационара г. Нальчика / А. Р. Маржохова, А. А. Плоскирева, Л. Э. Балагова // Современные проблемы науки и образования. - 2020. - №. 4. - С. 133.

41. Мартынова, А. В. Молекулярно-эпидемиологические особенности формирования антибиотикоустойчивости штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у лиц пожилого возраста / А. В. Мартынова, О. С. Павлова, О. А. Чулакова // Успехи геронтологии. - 2020. - Т. 33, № 3. - С. 471-478.

42. Маукаева, С. Б. COVID-19 в Казахстане и Восточно-Казахстанской области / С. Б. Маукаева, А. З. Токаева, Ж. Б. Исабекова, Е. М. Смаил, Г. И. Нуралинова, В. А. Тренина, С. С. Каримова, А. Ж. Киебаева, С. Н. Битимиров, Е. Т. Жунусов // Наука и Здравоохранение. - 2020. - Т. 22, № 3. -С. 12-16.

43. Микробиологические методы: учебное пособие / соавт.: Г. К. Давлетшина, М. М. Туйгунов, Ю. З. Габидуллин, А. А. Ахтариева, А. К. Булгаков, Т. А. Савченко. - Уфа: Издательство ФГБОУ ВО БГМУ Минздрава РФ, 2018. - 119 с.

44. Миронов, А. Ю. Генетика микробов (справочник микробиолога) / А. Ю.

Миронов, И. А. Шепелин. - М.: ООО «Типография Копиринг», 2024. - 212 с.

45. Миронов, К. О. Антигенная и генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных от больных инвазивными и неинвазивными пневмококковыми инфекциями, с использованием высокопроизводительного секвенирования / К. О. Миронов, И. И. Гапонова, В. И. Корчагин, Ю. В. Михайлова, А. А. Шеленков, В. В. Каптелова, А. Н. Чагарян, Н. В. Иванчик, Р. С. Козлов // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2021. - Т. 98, № 5. - С. 512-518.

46. Митрохин, С. Д. Опыт применения антибактериальной терапии у пациентов с новой коронавирусной инфекцией COVID-19 на госпитальном этапе лечения (предварительные итоги и рекомендации) / С. Д. Митрохин, О. Е. Орлова, О. С. Янковская, И. В. Гостева, А. А. Галицкий, И. В. Карпова, С. Г. Ведяшкина, А. С. Шкода // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2022. - Т. 24, № 2. - С. 181-192.

47. Михайловская, В. С. Распространенность генов qacEAl, qacE, oqxA, oqxB, acrA, cepA и zitB среди мультирезистентных Klebsiella pneumoniae, выделенных в кардиохирургическом стационаре / В. С. Михайловская, П. А. Селиванова, М. В. Кузнецова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2024. - Т. 101, № 4. - С. 502-511.

48. Методические рекомендации МР 4.2.0114-16 «Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии». - М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2017. - 39 с.

49. Методические указания МУ 3.1.2/4.2.3973-23 «Эпидемиологический надзор за внебольничными пневмониями». - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2023. - 63 с.

50. Никифоров, В. В. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): клинико-эпидемиологические аспекты / В. В. Никифоров, Т. Г. Суранова, Т. Я. Чернобровкина, Я. Д. Янковская, С. В. Бурова // Архивъ внутренней медицины. - 2020. - Т. 10, № 2. - С. 87-93.

51. Новикова, И. Е. Антибиотикорезистентность и вирулентность карбапенем-устойчивых штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных у детей в реанимационных и хирургических отделениях / И. Е. Новикова, З. З. Садеева, Н. М. Алябьев, Е. А. Самойлова, О. В. Карасева, О. Г. Янюшкина, А. В. Лазарева // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -2023. - Т. 100, № 4. - С. 321-332.

52. Носков, А. К. Молекулярно-генетический анализ возбудителей бактериальных пневмоний, ассоциированных с COVID-19, в стационарах г. Ростова-на-Дону / А. К. Носков, А. Ю. Попова, А. С. Водопьянов, Р. В. Писанов, О. С. Чемисова, Н. В. Павлович, Ю. В. Демина, Е. Н. Гудуева, Е. В. Ковалев, Г. В. Карпущенко // Здоровье населения и среда обитания. - 2021. -Т. 1, № 12. - С. 64-71.

53. Нурпейсова, А. Х. Клинико-лабораторные особенности COVID-19 у людей молодого возраста / А. Х. Нурпейсова, Л. К. Алимова, Ж. Б. Понежева, И. В. Маннанова, К. Н. Попова, А. И. Бикмухаметова, Д. Н. Проценко, И. Н. Тюрин, А. М. Домкина // Лечащий Врач. - 2021. - № 3. - С. 45-50.

54. Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2023 году». - М., 2024. - 364 с.

55. Ортенберг, Э. А. Почти два года с COVID-19: новые аспекты использования антибиотиков / Э. А. Ортенберг // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2021. - Т. 23, № 3. - С. 246-251.

56. Павлович, Н. В. Внебольничные пневмонии бактериальной этиологии и спектр чувствительности возбудителей к антибиотикам у коронапозитивных и коронанегативных больных г. Ростова-на-Дону / Н. В. Павлович, М. В. Цимбалистова, Н. В. Аронова, А. С. Анисимова, С. О. Водопьянов, А. С. Водопьянов, Е. Н. Гудуева, М. М. Сагакянц, Е. В. Ковалев, А. К. Носков // Антибиотики и химиотерапия. - 2021. - Т. 66, № 1-2. - С. 26-32.

57. Панова, А. Е. Коронавирусы - возбудители тяжелых респираторных заболеваний / А. Е. Панова, И. Б. Куликова, Д. А. Лагуткин, А. С. Винокуров,

М. В. Шульгина, И. А. Васильева // Туберкулез и болезни легких. - 2020. - Т. 98, № 7. - С. 6-12.

58. Патент 2696101 Российская Федерация, МПК G01N 33/483 (2006.01), СПК G01N 33/483 (2019.05); G01N 33/6848 (2019.05). Способ расшифровки вспышек бактериальных инфекций и определения источника заражения / Катаева Л. В., Колотова О. Н., Степанова Т. Ф.; заявитель и патентообладатель: Федеральное бюджетное учреждение науки «Тюменский научно-исследовательский институт краевой инфекционной патологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. - № 2018127230/04; заявл. 24.07.2018; опубл. 31.07.2019, Бюл. № 22. - 9с.

59. Первухин, С. А. Антибиотикорезистентность грамотрицательных возбудителей нозокомиальной пневмонии у пациентов отделения реанимации и интенсивной терапии / С. А. Первухин, И. А. Стаценко, Е. Ю. Иванова, А. В. Пальмаш, И. В. Витковская, О. В. Жидкова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2019. - Т. 21, № 1. - С. 62-68.

60. Первухин, С. А. Этиология госпитальной пневмонии у пациентов с осложненной травмой шейного отдела позвоночника / С. А. Первухин, Е. А. Филичкина, И. А. Стаценко, А. В. Пальмаш, И. В. Витковская, М. Н. Лебедева // Вестник интенсивной терапии им. А.И. Салтанова. - 2020. - № 3. - С. 104-114.

61. Попов, Д. А. Носительство K. pneumoniae и молекулярная структура продуцируемых ими карбапенемаз у детей первого года жизни с врожденными пороками сердца / Д. А. Попов, Р. А. Осокина, Т. Ю. Вострикова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2023. - Т. 25, № 2. - С. 202-210.

62. Попова, А. Ю. Этиология внебольничных пневмоний в период эпидемического распространения Covid-19 и оценка риска возникновения пневмоний, связанных с оказанием медицинской помощи / А. Ю. Попова, Е. Б. Ежлова, Ю. В. Демина, А. К. Носков, Е. В. Ковалев, Г. В. Карпущенко, О. С. Чемисова, Н. Л. Пичурина, Н. В. Павлович, С. О. Водопьянов, Е. Н. Гудуева,

С. С. Слись, Н. Ю. Пшеничная, А. Р. Литовко, Н. Ю. Асмолова // Здоровье населения и среда обитания. - 2021. - № 7. - С. 67-75.

63. Портенко, С. А. Этиологическая структура внебольничных пневмоний в условиях пандемии новой коронавирусной инфекции в Саратовской области / С. А. Портенко, Е. С. Казакова, Е. В. Найденова, Н. А. Осина, М. В. Проскурякова, А. Д. Катышев, Е. А. Шаркова, О. В. Кедрова, Е. А. Чумачкова, М. Р. Шамьюнов, В. Ф. Харитонова, Л. А. Гурьева, Н. Ю. Попова, Л. В. Максимова, С. А. Бугоркова, С. А. Щербакова, В. В. Кутырев // Инфекция и иммунитет. - 2022. - Т. 12, № 1. - С. 95-104.

64. Прикладная медицинская статистика: учебное пособие / В.М. Зайцев, В.Г. Лифляндский, В.И. Маринкин. - Спб: Фолиант, 2006. - 432 с.

65. Пшеничная, Н. Ю. Соу1ё-19 - новая глобальная угроза человечеству / Н. Ю. Пшеничная, Е. И. Веселова, Д. А. Семенова, С. С. Иванова, А. С. Журавлев // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2020. - Т. 10, № 1. - С. 6-13.

66. Рачина, С. А. Диагностика и антибактериальная терапия нозокомиальной пневмонии у взрослых: от рекомендаций к реальной практике / С. А. Рачина, Л. В. Федина, М. В. Сухорукова, И. Н. Сычев, Е. С. Ларин, А. А. Алхлавов // Терапевтический архив. - 2023. - Т. 95, № 11. - С. 996-1003.

67. Ромашов, О. М. Оценка резистентности микроорганизмов многопрофильного стационара и модернизация схем антимикробной терапии в условиях пандемии СОУГО-19-инфекции / О. М. Ромашов, О. Г. Ни, А. О. Быков, А. Н. Круглов, Д. Н. Проценко, И. Н. Тюрин // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2021. - Т. 3, № 23. - С. 293303.

68. Рыбакова, М. Г. Патологическая анатомия новой коронавирусной инфекции СОУГО-19 по материалам аутопсий 2020 г. / М. Г. Рыбакова, А. М. Фионик, Д. М. Данилова, А. Э. Мюрзеп, А. М. Сычева, А. Д. Царегородцева // Ученые записки Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета имени академика И. П. Павлова. - 2021. - Т. 28, № 3. - С. 39-46.

69. Садеева, З. З. Бактериемии и инфекции ЦНС у детей, ассоциированные с Klebsiella pneumoniae: молекулярно-генетическая характеристика и клинические особенности / З. З. Садеева, И. Е. Новикова, А. В. Лазарева, Н. М. Алябьева, О. В. Карасева, О. Г. Янюшкина, М. Г. Вершинина, А. П. Фисенко // Инфекция и иммунитет. - 2023. - Т. 13, № 6. - C. 1117-1128.

70. Самородская, И. В. Динамика и структура смертности от болезней органов дыхания и COVID-19 в Российской Федерации за 2019-2021 гг. / И. В. Самородская, Е. В. Болотова, А. В. Дудникова // Клиническая медицина. -2022. - Т. 100, № 11-12. - С. 535-539.

71. Санитарные правила и нормы СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней». - М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2021. - 1056 с.

72. Семенова, Д. Р. Частота колонизации «гипервирулентными» штаммами Klebsiella pneumoniae новорожденных и грудных детей с внебольничной и нозокомиальной клебсиеллезной инфекцией / Д. Р. Семенова, И. В. Николаева, С. В. Фиалкина, Х. С. Хаертынов, В. А. Анохин, И. Р. Валиуллина // Российский вестник перинатологии и педиатрии. - 2020. - Т. 65, № 5. - С. 158-163.

73. Смирнов, А. В. Патологическая анатомия коронавирусной инфекции в современных условиях / А. В. Смирнов, А. И. Бисинбекова, Н. В. Григорьева, Д. Ю. Гуров, Л. И. Александрова, Р. П. Самусев, В. С. Замараев // Волгоградский научно-медицинский журнал. - 2021. - №. 4. - С. 5-11.

74. Смирнов, В. С. Врожденный иммунитет при коронавирусной инфекции / В. С. Смирнов, Арег А. Тотолян // Инфекция и иммунитет. - 2020. - Т. 10, № 2. - С. 259-268.

75. Сомова, М. Н. Влияние антибиотикорезистентности на структуру экономических затрат фармакотерапии COVID-19 / М. Н. Сомова, Д. С. Радченко, Т. Е. Котельникова, О. А. Мубаракшина, Е. В. Елфимова // Научно-медицинский вестник Центрального Черноземья. - 2022. - № 90. С. 5-9.

76. Спэтару, Д. Ю. Особенности антибиотикорезистентности внутрибольничных штаммов микроорганизмов, изолированных в монокультурах и в ассоциациях / Д. Ю Спэтару, В. И. Присакарь // МедиАль.

- 2018. - Т. 22, №2. - С. 33-35.

77. Старикова, Е. В. Роль микробиома верхних дыхательных путей в здоровье человека: биотопы и изменчивость / Е. В. Старикова, Ю. С. Галеева, Е. Н. Ильина // Пульмонология. - 2022. - Т. 32, № 5. - С. 745-754.

78. Стецюк, О. У. Андреева И. В., Егорова О. А. Антибиотикорезистентность основных возбудителей ЛОР-заболеваний / О. У. Стецюк, И. В. Андреева, О. А. Егорова // Российский медицинский журнал. Медицинское обозрение. -2019.

- Т. 3, № 9 (II). - С. 78-83.

79. Сухорукова, М. В. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов ЕЫегоЪас1вга1в8 в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015-2016» / М. В. Сухорукова, М. В. Эйдельштейн, Н. В. Иванчик, Е. Ю. Склеенова, Э. Р. Шайдуллина, И. С. Азизов, Е. А. Шек, А. Ю. Кузьменков, А. В. Дехнич, Р. С. Козлов, Н. В. Семенова, С. А. Слепакова, Н. В. Шепотайлова, В. В. Стребкова, Н. А. Рыбина, Н. З. Яранцева, Е. Ю. Перевалова, С. М. Розанова, С. Г. Наговицина, М. Г. Молдовану, З. З. Насыбуллова, М. В. Архипенко, Р. М. Шахмурадян, И. А. Нижегородцева, Е. В. Варибрус, И. А. Александрова, А. В. Лазарева, О. А. Крыжановская, Н. Н. Маркелова, Ю. Л. Чернявская, Е. В. Лебедева, Г. Ш. Кириллова, Г. Г. Беккер, Л. Д. Попова, Е. В. Елохина, Ю. Е. Смолькова, Д. Ю. Зиновьев, Л. Н. Итяева, Г. Ю. Блинова, Н. А. Зубарева, В. П. Витязева, М. Г. Плаксина, О. Ю. Куцевалова, Н. И. Панова, Т. Н. Суборова, О. В. Полухина, Т. М. Ворошилова, Е. М. Чурикова, Е. Н. Москвитина, О. И. Кречикова, Т. А. Петрова, Н. М. Мартьянова, К. О. Хохлова, Л. В. Гудкова, С. А. Быконя, Р. М. Хохлявина, Л. В. Шпилькина, Е. Г. Бурасова, В. А. Хребтовская, И. В. Молчанова, О. В. Звонарева, П. А. Корнилова, В. Г. Крянга, У. С. Портнягина, С. Х. Шамаева // Клиническая микробиология и

антимикробная химиотерапия. - 2019. - Т. 21, № 2. - С. 147-159.

80. Тапальский, Д. В. Антибиотикорезистентность Klebsiella pneumoniae на фоне пандемии COVID-19: опыт многопрофильного стационара / Д. В. Тапальский, Е. В. Карпова, О. М. Акуленок, В. К. Окулич, И. И. Генералов, Н. Ю. Лескова, Е. Г. Антонова, И. В. Жильцов, О. В. Осипкина, Л. В. Можаровская, О. Ю. Баранов // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. - 2021. - Т. 10, № 3. - С. 15-22.

81. Троценко, О. Е. Оценка потенциальной опасности внешней среды двух больничных стационаров г. Хабаровска в период новой коронавирусной инфекции (декабрь 2020 г. — март 2021 г.) / О. Е. Троценко, А. П. Бондаренко, Н. Ю. Пшеничная, Т. А. Зайцева, Ю. А. Гарбуз, И. В. Чишагорова, В. А. Шмыленко, Е. А. Базыкина, О. Н. Огиенко // Инфекция и иммунитет. - 2022. - Т. 12, № 3. - C. 535-542.

82. Устюжанин, А. В. Распространенность генов антибиотикорезистентности bla-CTX-M, bla-SHV, bla-TEM в штаммах энтеробактерий, выделенных от пациентов перинатального центра / А. В. Устюжанин, Г. Н. Чистякова, И. И. Ремизова, А. А. Маханек // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. - 2022. - Т. 21, № 3. - С. 44-49.

83. Фесенко О. В. Пневмонии, вызванные Klebsiella pneumoniae (фридлендеровские пневмонии) / О. В. Фесенко, С. Н. Швайко // Практическая пульмонология. - 2019. - № 1. - С. 22-31.

84. Харитонов, М. А. Вирусные пневмонии: новый взгляд на старую проблему (обзор литературы) / М. А. Харитонов, В. В. Салухов, Е. В. Крюков, М. Б. Паценко, Ю. В. Рудаков, А. Б. Богомолов, В. В. Иванов, А. А. Минаков // Медицинский Совет. - 2021. - № 16. - С. 60-77.

85. Хохлова, О. Е. Механизмы антибиотикорезистентности основных возбудителей гнойно-воспалительных осложнений у онкологических больных / О. Е. Хохлова, И. А. Ларионова, О. В. Перьянова, Р. С. Козлов, М. В. Эйдельштейн, А. А. Модестов, О. Г. Еремеева, И. В. Лазарева, Д. Н.

Акушева, Т. И. Лобова, Н. К. Поткина, С. В. Сидоренко, Т. Ямамото // Инфекция и иммунитет. - 2021. - Т. 11, № 2. - С. 324-336.

86. Чеботарь, И. В. Почему Klebsiella pneumoniae становится лидирующим оппортунистическим патогеном / И. В. Чеботарь, Ю. А. Бочарова, И. В. Подопригора, Д. А. Шагин // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2020. - Т. 22, № 1. - С. 4-19.

87. Чернышев, В. М. О состоянии здоровья населения и здравоохранения Сибирского федерального округа в период пандемии (некоторые итоги 2020 года) / В. М. Чернышев, М. И. Воевода, О. В. Стрельченко, Л. С. Шалыгина, И. Ф. Мингазов. // Сибирский научный медицинский журнал. - 2021. - Т. 41, № 6. - С. 101-109.

88. Честнова, Т. В. Ассоциация SARS-^V-2 с бактериальными, вирусными и грибковыми патогенами как возможная причина тяжелых форм COVID-19 (обзор литературы) / Т. В. Честнова, А. С. Подшибякина // Вестник новых медицинских технологий. - 2021. - №3. - С. 58-63.

89. Яковлев, С. В. Инфекции, вызванные карбапенеморезистентными энтеробактериями: эпидемиология, клиническое значение и возможности оптимизации антибактериальной терапии / С. В. Яковлев, М. П. Суворова, А. О. Быков // Антибиотики и химиотерапия. - 2020. - Т. 65, № 5-6. - С. 41-69.

90. Ярец, Ю. И. Патогенный потенциал бактерий группы ESKAPE, выделенных из ран: характеристика фено- и генотипических маркеров и возможность их практического применения / Ю. И. Ярец // Журнал Гродненского государственного медицинского университета. - 2022. - Т. 20, № 4. - С. 400-413.

91. Ahmed, M. A. E. E. Emergence of hypervirulent carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae coharboring a blaNDM-1-carrying virulent plasmid and a blaKPC-2-carrying plasmid in an egyptian hospital / M. A. E. E Ahmed, Y. Yang, Y. Yang, B. Yan, G. Chen, R. M. Hassan, L. L. Zhong, Y. Chen, A. P. Roberts, Y. Wu, R. He, X. Liang, M. Qin, M. Dai, L. Zhang, H. Li, F. Yang, L. Xu, G. B. Tian // mSphere. - 2021. - Vol. 6, № 3. - P. e00088-21.

92. Aldarhami, A. Prevalence and risk factors associated with multidrug-resistant bacteria in COVID-19 patients / A. Aldarhami, A. A. Punjabi, A. S. Bazaid, N. K. Binsaleh, O. W. Althomali, S. Sherwani, O. Hafiz, A. A. Almishaal // Medicine (Baltimore). - 2024. - Vol. 103, № 10. - P. e37389.

93. Alharbi, M. T. Antimicrobial resistance pattern, pathogenicity and molecular properties of hypervirulent Klebsiella pneumoniae (hvKp) among hospital-acquired infections in the Intensive Care Unit (ICU) / M. T. Alharbi, M. S. Almuhayawi, M. K. Nagshabandi, M. K. Tarabulsi, M. H. Alruhaili, H. S. Gattan, S. K. Al Jaouni, S. Selim, A. Alanazi, Y. Alruwaili, S. M. Zaied, O. A. Faried // Microorganisms. - 2023. - Vol. 11, № 3. - Р. 661.

94. Alnimr, A. M. Bacterial and fungal coinfection in critically ill COVID-19 cases and predictive role of procalcitonin during the first wave at an academic health center / A. M. Alnimr, M. S. Alshahrani, S. Alwarthan, S. Y. AlQahtani, Hassan AA, N. N. BuMurah, S. Alhajiri, H. Bukharie // Journal of Epidemiology and Global Health. - 2022. - Vol. 12, № 2. - P. 188-195.

95. Alshaikh, F. S. Prevalence of bacterial coinfection and patterns of antibiotics prescribing in patients with COVID-19: a systematic review and meta-analysis / F. S. Alshaikh, B. Godman, O. N. Sindi, R. A. Seaton, A. Kurdi // PLoS One. -2022. - Vol. 17, № 8. - P. e0272375.

96. Arcari, G. Genotypic evolution of Klebsiella pneumoniae sequence type 512 during ceftazidime/avibactam, meropenem/vaborbactam, and cefiderocol treatment, Italy / G. Arcari, F. Cecilia, A. Oliva, R. Polani, G. Raponi, A. De Francesco, F. Pugliese, A. Carattoli // Emerging Infectious Diseases. - 2023. -Vol. 29, № 11. - P. 2266-2274.

97. Arredondo-Alonso, S. Plasmids shaped the recent emergence of the major nosocomial pathogen Enterococcus faecium / S. Arredondo-Alonso, J. Top, A. McNally, S. Puranen, M. Pesonen, J. Pensar, P. Marttinen, J.C. Braat, M. R. C. Rogers, W. van Schaik, S. Kaski, R. J. L. Willems, J. Corander, A. C. Schürch // mBio. - 2020. - Vol. 11, № 1. - P. e03284-19.

98. Asmarawati, T. P. The clinical impact of bacterial co-infection among

moderate, severe and critically ill COVID-19 patients in the second referral hospital in Surabaya / T. P. Asmarawati, A. N. Rosyid, S. D. Suryantoro, B. A. Mahdi, C. Windradi, P. A. Wulaningrum, M. V. Arifianto, B. Bramantono, E. A. Triyono, M. Rusli, B. E. Rachman, E. Marfiani, P. D. Endraswari, U. Hadi, K. Kuntaman, N. Nasronudin // F1000research. - 2021. - Vol. 10. - P. 113.

99. Baghdadi, J. D. Antibiotic use and bacterial infection among inpatients in the first wave of COVID-19: a retrospective cohort study of 64,691 patients / J. D. Baghdadi, K. C. Coffey, T. Adediran, K. E. Goodman, L. Pineles, L. S. Magder, L. M. O'Hara, B. L. Pineles, G. Nadimpalli, D. J. Morgan, ADet. Harris // Antimicrob Agents Chemother. - 2021. - Vol. 65, № 11. - P. e0134121.

100. Bahfe, Y. G. Evaluation of bacterial agents isolated from endotracheal aspirate cultures of Covid-19 general intensive care patients and their antibiotic resistance profiles compAred to pre-pandemic conditions / Y. G. Bahfe, O. Acer, O. Ozudogru // Microbial Pathogenesis. - 2022. - Vol. 164. - P. 105409.

101. Baig, A. M. Neurological manifestations in COVID-19 caused by SARS-CoV-2 / A. M. Baig // CNS Neuroscience & Therapeutics. - 2020. - Vol. 26, № 5.

- P. 499-501.

102. Baiou, A. Clinical characteristics and risk factors for the isolation of multi-drug-resistant Gram-negative bacteria from critically ill patients with COVID-19 / A. Baiou, A. A. Elbuzidi, D. Bakdach, A. Zaqout, K. M. Alarbi, A. A. Bintaher, M. M. B. Ali, A. M. Elarabi, G. A. M. Ali, J. Daghfal, M. A. Almaslamani, A. S. S. Ibrahim, A. Alkhal, A. S. Omrani // Journal of Hospital Infection. - 2021. - № 110.

- P. 165-171.

103. Baker, M. A. The Impact of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) on Healthcare-Associated Infections / M. A. Baker, K. E. Sands, S. S. Huang, K. Kleinman, E. J. Septimus, N. Varma, J. Blanchard, R. E. Poland, M. H. Coady, D. S. Yokoe // Clinical Infectious Diseases. - 2022. - Vol. 74, № 10. - P. 1748-1754.

104. Baleivanualala, S. C. Environmental contamination with carbapenem resistant Acinetobacter baumannii in healthcare settings in Fiji: a potential source of infection / S. C. Baleivanualala, S. Matanitobua, Y. Samisoni, V. Soqo, S.

Smita, J. Mailulu, I. Nabose, A. Lata, C. Shayam, R. Sharma, D. Wilson, J. A. Crump, J. E. Ussher. // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2024. -Vol. 14. - P. 1429443.

105. Baleivanualala, S. C. Molecular and clinical epidemiology of carbapenem resistant Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Enterobacterales in Fiji: a multicentre prospective observational study / S. C. Baleivanualala, S. Matanitobua, V. Soqo, S. Smita, J. Limaono, S. C. Sharma, S. V. Devi, L. V. Boseiwaqa, N. Vera, S. Kumar, A. Lalibuli, J. Mailulu, D. Wilson, Y. Samisoni, J. A. Crump, J. E. Ussher // Lancet Regional Health - West Pac. - 2024. - Vol. 47. - P. 101095.

106. Baleivanualala, S. C. Molecular and clinical epidemiology of carbapenem resistant Acinetobacter baumannii ST2 in Oceania: a multicountry cohort study / S. C. Baleivanualala, L. Isaia, S. V. Devi, B. Howden, C. L. Gorrie, S. Matanitobua, S. Sharma, D. Wilson, S. Kumar, K. Maharaj, S. Beatson, L. V. Boseiwaqa, K. Dyet, J. A. Crump, P. C. Hill, J. E. Ussher // Lancet Regional Health - West Pac. - 2023. - Vol. 40. - P. 100896.

107. Bardi, T. Nosocomial infections associated to COVID-19 in the intensive care unit: clinical characteristics and outcome / T. Bardi, V. Pintado, M. Gomez-Rojo, R. Escudero-Sanchez, A. Azzam Lopez, Y. Diez-Remesal, N. Martinez Castro, P. Ruiz-Garbajosa, D. Pestaña // European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 40, № 3. - Р. 495-502.

108. Bartoletti, M. Epidemiology of Invasive Pulmonary Aspergillosis Among Intubated Patients With COVID-19: A Prospective Study / M. Bartoletti, R. Pascale, M. Cricca, M. Rinaldi, A. Maccaro, L. Bussini, G. Fornaro, T. Tonetti, G. Pizzilli, E. Francalanci, L. Giuntoli, A. Rubin, A. Moroni, S. Ambretti, F. Trapani, O. Vatamanu, V. M. Ranieri, A. Castelli, M. Baiocchi, R. Lewis, M. Giannella, P. Viale, PREDICO Study Group // Clinical Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 73, № 11. - P. e3606-e3614.

109. Baskaran, V. Co-infection in critically ill patients with COVID-19: an observational cohort study from England / V. Baskaran, H. Lawrence, L. E.

Lansbury, K. Webb, S. Safavi, N. I. Zainuddin, T. Huq, C. Eggleston, J. Ellis, C. Thakker, B. Charles, S. Boyd, T. Williams, C. Phillips, E. Redmore, S. Platt, E. Hamilton, A. Barr, L. Venyo, P. Wilson, T. Bewick, P. Daniel, P. Dark, A. R. Jeans, J. McCanny, J. D. Edgeworth, M. J. Llewelyn, M. L. Schmid, T. M. McKeever, M. Beed, W. S. Lim // Journal of Medical Microbiology. - 2021. - Vol. 70, № 4. - P. 001350.

110. Bazaid, A. S. Bacterial coinfection and antibiotic resistance profiles among hospitalised COVID-19 patients / A. S. Bazaid, H. Barnawi, H. Qanash, G. Alsaif, A. Aldarhami, H. Gattan, B. Alharbi, A. Alrashidi, W. A. Al-Soud, S. Moussa, F. Alfouzan // Microorganisms. - 2022. - Vol. 10, № 3. - P. 495.

111. Bhatt, P. J. Risk factors and outcomes of hospitalized patients with severe coronavirus disease 2019 (COVID-19) and secondary bloodstream infections: a multicenter case-control study / P. J. Bhatt, S. Shiau, L. Brunetti, Y. Xie, K. Solanki, S. Khalid, S. Mohayya, P. H. Au, C. Pham, P. Uprety, R. Nahass, N. Narayanan // Clinical Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 72, № 12. - P. e995-e1003.

112. Bialka, S. Severe bacterial superinfection of influenza pneumonia in immunocompetent young patients: case reports / S. Bialka, M. Zielinski, M. Latos, M. Skurzynska, M. Zak, P. Palaczynski, S. Skoczynski // Journal of Clinical Medicine. - 2024. - Vol. 13, № 19. - P. 5665.

113. Bush, K. Epidemiology of P-Lactamase-Producing Pathogens / K. Bush, P. A. Bradford // Clinical Microbiology Reviews. - 2020. - Vol. 33, № 2. - P. e00047-19.

114. Campbell, C. Accumulation of succinyl coenzyme a perturbs the methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) succinylome and is associated with increased susceptibility to beta-lactam antibiotics / C. Campbell, C. Fingleton, M. S. Zeden, E. Bueno, L. A. Gallagher, D. Shinde, J. Ahn, H. M. Olson, T. L. Fillmore, J. N. Adkins, F. Razvi, K. W. Bayles, P. D. Fey, V. C. Thomas, F. Cava, G. C. Clair, J. P. O'Gara // mBio. - 2021. - Vol. 12, № 3. - P. e0053021.

115. Carvajal, L. P. Novel insights into the classification of staphylococcal beta-lactamases in relation to the cefazolin inoculum effect / L. P. Carvajal, S. Rincon, A. M. Echeverri, J. Porras, R. Rios, K. M. Ordonez, C. Seas, S. I. Gomez-Villegas,

L. Diaz, C. A. Arias, J. Reyes // Antimicrob Agents Chemother. - 2020. - Vol. 64, № 5. - P. e02511-19.

116. Cataño-Correa, J. C. Bacterial superinfection in adults with COVID-19 hospitalized in two clinics in Medellín-Colombia / J. C. Cataño-Correa, J. A. Cardona-Arias, J. P. Porras Mancilla, M. T. García // PLoS One. - 2021. - Vol. 16, № 7. - P. e0254671.

117. Chatterjee, A. Stp1 loss of function promotes beta-Lactam resistance in Staphylococcus aureus that is independent of classical genes / A. Chatterjee, R. Poon, S. S. Chatterjee // Antimicrob Agents Chemother. - 2020. - Vol. 64, № 6. -P. e02222-19.

118. Che Yusof, R. Bacterial coinfection and antibiotic resistance in hospitalized COVID-19 patients: a systematic review and meta-analysis / R. Che Yusof, M. N. Norhayati, Y. Mohd Azman // PeerJ. - 2023. - № 11. - P. e15265.

119. Chen, J. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae / J. Chen, H. Zhang, X. Liao // Infection and Drug Resistance. - 2023. - № 16. - P. 5243-5249.

120. Chen, N. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study / N. Chen, M. Zhou, X. Dong, J. Qu, F. Gong, Y. Han, Y. Qiu, J. Wang, Y. Liu, Y. Wei, J. Xia, T. Yu, X. Zhang, L. Zhang // Lancet. - 2020. - Vol. 395, № 10223. - P. 507-513.

121. Chen, S. Clinical and etiological analysis of co-infections and secondary infections in COVID-19 patients: an observational study / S. Chen, Q. Zhu, Y. Xiao, C. Wu, Z. Jiang, L. Liu, J. Qu // The Clinical Respiratory Journal. - 2021. -№ 15. - P. 815e25.

122. Chen, X. The microbial coinfection in COVID-19 / X. Chen, B. Liao, L. Cheng, X. Peng, X. Xu, Y. Li, T. Hu, J. Li, X. Zhou, B. Ren // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2020. - Vol. 104, № 18. - P. 7777-7785

123. Chin, M.H. Uncomfortable Truths - What COVID-19 Has Revealed about Chronic-Disease Care in America / The New England Journal of Medicine- 2021. - Vol. 385, № 18. - P. 1633-1636.

124. Choby, J. E. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae - clinical and molecular perspectives / J. E. Choby, J. Howard-Anderson, D. S. Weis // Journal of Internal Medicine. - 2020. - Vol. 287, № 3. - P. 283-300.

125. Chong, W. H. State-of-the-art review of secondary pulmonary infections in patients with COVID-19 pneumonia / W. H. Chong, B. K. Saha, R. Ananthakrishnan, A. Chopra // Infection: A Journal of Infectious Diseases - 2021.

- Vol. 49, № 4. - Р. 591-605.

126. Clancy, C. J. Bacterial superinfections among persons with coronavirus disease 2019: a comprehensive review of data from postmortem studies / C. J. Clancy, I. S. Schwartz, B. Kula, M. H. Nguyen // Open Forum Infectious Diseases.

- 2021. - Vol. 8, № 3. - P. ofab065.

127. Cohen, R. High rate of bacterial respiratory tract co-infections upon admission amongst moderate to severe COVID-19 patients / R. Cohen, T. Finn, F. Babushkin, K. Geller, H. Alexander, M. Shapiro, M. Uda, A. R. Mostrchy, R. Amash, Z. Shimoni, S. Paikin, A. Ilani, J. Lellouche // Infectious diseases (London, England). - 2022. - Vol. 54, № 2. - Р. 134-144.

128. The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2 / Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses // Nature Microbiology. -2020. - P. 536-544.

129. Cucchiari, D. Pneumococcal superinfection in COVID-19 patients: A series of 5 cases / D. Cucchiari, J. M. Pericás, J. Riera, R. Gumucio, E. Coloma, D. Nicolás // Medicina clínica. - 2020. - Vol. 155, № 11. - Р. 502-505.

130. Darby, E. M. RND pumps across the genus Acinetobacter: AdeIJK is the universal efflux pump / E. M. Darby, V. N. Bavro, S. Dunn, A. McNally, J. M. A. Blair // Microb Genom. - 2023. - Vol. 9, № 3. - Р. mgen000964.

131. De Francesco, M. A. Bacterial and fungal superinfections are detected at higher frequency in critically ill patients affected by SARS CoV-2 infection than negative patients and are associated to a worse outcome / M. A. De Francesco, L.

Signorini, S. Piva, S. Pellizzeri, B. Fumarola, S. Corbellini, G. Piccinelli, F. Simonetti, V. Carta, L. Mangeri, M. Padovani, D. Vecchiati, N. Latronico, F. Castelli, A. Caruso // Journal of Medical Virology - 2023. - Vol. 95, № 7. - P. e28892.

132. Deekshit, V. K. «To be, or not to be» - The dilemma of «silent» antimicrobial resistance genes in bacteria / V. K. Deekshit, S. Srikumar // Journal Applied Microbiology. - 2022. - Vol. 133, № 5. - P. 2902-2914.

133. Dehbanipour, R. Acinetobacter baumannii: pathogenesis, virulence factors, novel therapeutic options and mechanisms of resistance to antimicrobial agents with emphasis on tigecycline / R. Dehbanipour, Z. Ghalavand // Journal of Clinical Pharmacy and Therapeutics. - 2022. - Vol. 47, № 11. - P. 1875-1884.

134. DeLeo, F. R. Interaction of multidrug-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae with components of human innate host defense / F. R. DeLeo, A. R. Porter, S. D. Kobayashi, B. Freedman, M. Hao, J. Jiang, Y. T. Lin, B. N. Kreiswirth, L. Chen // mBio. - 2023.- Vol. 14, № 5. - P. e0194923.

135. Demmer, J. K. Structure of ATP synthase from ESKAPE pathogen Acinetobacter baumannii / J. K. Demmer, B. P. Phillips, O. L. Uhrig, A. Filloux, L. P. Allsopp, M. Bub-litz, T. Meier // Science Advances. - 2022. - Vol. 8, № 7. -P. eabl5966.

136. d'Humieres, C. Two original observations concerning bacterial infections in COVID-19 patients hospitalized in intensive care units during the first wave of the epidemic in France / C. d'Humieres, J. Patrier, B. Lortat-Jacob, A. Tran-Dinh, L. Chemali, N. Maataoui, E. Rondinaud, E. Ruppe, C. Burdet, S. Ruckly, P. Montravers, J. F. Timsit, L. Armand-Lefevre // PLoS One. - 2021. - Vol. 16, № 4. - P. e0250728.

137. Di Mitri, C. IMUSG. COVID-19 and non-COVID-19 pneumonia: a compArison / C. IMUSG Di Mitri, G. Arcoleo, E. Mazzuca, G. Camarda, E. M. Farinella, M. Soresi, A. Carroccio // Annalsof Medicine. - 2021. - Vol. 53, № 1. - P. 2321-2331.

138. Dier-Pereira, A. P. Methicillin-Resistant Staphylococcus haemolyticus Displaying Reduced Susceptibility to Vancomycin and High Biofilm-Forming

Ability / A. P. Dier-Pereira, I. R. Trevizani Thihara, F. C. Duarte, R. S. da Silva, J. P. Santos, E. R. Tavares, C. F. de Oliveira, P. Pinge-Filho, G. Kerbauy, M. R. E. Perugini, L. M. Yamauchi, S. F. Yamada-Ogatta // Infect Disord Drug Targets. -2021. - Vol. 21, № 7. - P. e160921191517.

139. Dinda, V. Whole genome sequencing and genotyping Klebsiella pneumoniae multi-drug resistant hospital isolates from Western Kenya / V. Dinda, A. N. Kimang'a, D. Kariuki, A. W. Sifuna, T. J. O'Brien, M. Welch, O. N. Reva // Access Microbiol. - 2024. - Vol. 6, № 1. - P. 000667.v4.

140. Dong, W. Identification and characterization of a vancomycin intermediate-resistant Staphylococcus haemolyticus isolated from Guangzhou, China / W. Dong, Q. Peng, X. Tang, T. Zhong, S. Lin, Z. Zhi, J. Ye, B. Yang, N. Sun, W. Yuan. // Infection and Drug Resistance. - 2023. - Vol. 16. - P. 3639-3647.

141. Dong, Y. A novel simple scoring model for predicting severity of patients with SARS-CoV-2 infection / Y. Dong, H. Zhou, M. Li, Z. Zhang, W. Guo, T. Yu, D. Hu // Transboundary and Emerging Diseases. - 2020. - Vol. 67, № 6. - P. 2823-2829.

142. Du, P. The role of plasmid and resistance gene acquisition in the emergence of ST23 multi-drug resistant, hypervirulent Klebsiella pneumoniae / P. Du, C. Liu, S. Fan, S. Baker, J. Guo. // Microbiology Spectrum. - 2022. - Vol. 10, № 2. -P. e0192921.

143. Du, Toit A. Measles increases the risk of other infections / Toit A. Du // Nature Reviews Microbiology. - 2019. - Vol. 18, № 1. - Р. 2.

144. Dupont, D. Pulmonary aspergillosis in critically ill patients with Coronavirus Disease 2019 COVID-19 / D. Dupont, J. Menotti, J. Turc, C. Miossec, F. Wallet, J-C. Richard, L. Argaud, S. Paulus, M. Wallon, F. Ader, F. Persat // Journal of Medical and Veterinary Mycology. - 2021. - Vol. 59, № 1. - P. 110-114.

145. Durán-Manuel, E. M. Clonal dispersion of Acinetobacter baumannii in an intensive care unit designed to patients COVID-19 / E. M. Durán-Manuel, C. Cruz-Cruz, G. Ibáñez-Cervantes, J. C. Bravata-Alcantará, O. Sosa-Hernández, L. Delgado-Balbuena, G. León-García, I. A. Cortés-Ortíz, M. A. Cureño-Díaz, G. Castro-Escarpulli, J. M. Vélez-Reséndiz, J. M. Bello-López // Journal of Infection

in Developing Countries. - 2021. - Vol. 15, № 1. - Р. 58-68.

146. Elabbadi, A. Bacterial coinfection in critically ill COVID-19 patients with severe pneumonia / A. Elabbadi, M. Turpin, G. T. Gerotziafas, M. Teulier, G. Voiriot, M. Fartoukh // Journal of infection. - 2021. - Vol. 49. - P. 559-562.

147. Eltwisy, H. O. Clinical infections, antibioti c resistance, and pathogenesis of Staphylococcus haemolyticus / H. O. Eltwisy, H. O. Twisy, M. H. Hafez, I. M. Sayed, M. A. El-Mokhtar // Microorganisms. - 2022. - Vol. 10, № 6. - P. 1130.

148. Fattorini, L. Unit of antibiotic resistance and special pathogens; unit of antibiotic resistance and special pathogens of the department of infectious diseases, istituto superiore di sanitá, rome. Bacterial coinfections in COVID-19: an underestimated adversary / L. Fattorini, R. Creti, C. Palma, A. Pantosti // Annali dell'Istituto Superiore di Sanitá. - 2020. - Vol. 56, № 3. - P. 359-364.

149. Flores-Valdez, M. Whole genome sequencing of pediatric Klebsiella pneumoniae strains reveals important insights into their virulence-associated traits. / M. Flores-Valdez, M. A. Ares, R. Rosales-Reyes, J. Torres, J. A. Girón, B. C. Weimer, A. Mendez-Tenorio, MA De la Cruz // Frontiers in Microbiology. -2021. - Vol. 12. - P. 711577.

150. Foschi, C. Respiratory bacterial co-infections in intensive care unithospitalized COVID-19 patients: conventional culture vs BioFire FilmArray pneumonia Plus panel / C. Foschi, A. Zignoli, P. Gaibani, C. Vocale, G. Rossini, S. Lafratta, A. Liberatore, G. Turello, T. Lazzarotto, S. Ambretti // Journal of Microbiological Methods. - 2021. - Vol. 186. - P. 106259.

151. Freitas, A. R. Multidrug-resistant high-risk Enterococcus faecium clones: can we really define them? / A. R. Freitas, A. P. Pereira, C. Novais, L. Peixe // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2021. - Vol. 57, № 1. - P. 106227.

152. Ganaie, F. A new pneumococcal capsule type, 10D, is the 100th serotype and has a large cps fragment from an oral Streptococcus / F. Ganaie, J. S. Saad, L. McGee, A. J. van Tonder, S. D. Bentley, S. W. Lo, Gladstone R. A, P. Turner, J.D. Keenan, R. F. Breiman, M. H. Nahm // mBio. - 2020. - Vol. 11, № 3. - P. e00937-20.

153. Garcia-Vidal, C. Incidence of co-infections and superinfections in

hospitalized patients with COVID-19: a retrospective cohort study / C. Garcia-Vidal, G. Sanjuan, E. Moreno-Garci'a, P. Puerta-Alcalde, N. Garcia-Pouton, M. Chumbita, M. Fernandez-Pittol, C. Pitart, A. Inciarte, M. Bodro, L. Morata, J. Ambrosioni, I. Grafia, F. Meira, I. Macaya, C. Cardozo, C. Casals, A. Tellez, P. Castro, F. Marco, F. Garcia, J. Mensa, J. A. Martinez, A. Soriano // Clinical Microbiology and Infection. - 2021. - Vol. 27. - P. 83e8.

154. Gargis, A. S. Difficult-to-detect Staphylococcus aureus: meca-positive isolates associated with oxacillin and cefoxitin false-susceptible results / A. S. Gargis, B. B. Yoo, D. R. Lonsway, K. Anderson, D. Campbell, T. O. Ewing, A. Lawsin, M. J. Machado, N. Yamamoto, A. L. Halpin, J. D. Lutgring, M. Karlsson, J. K. Rasheed, C. A. Elkins // Journal of Clinical Microbiology. - 2020. - Vol. 58, № 4. - P. e02038-19.

155. Gaudet, A. ICU-acquired colonization and infection related to multidrug-resistant bacteria in COVID-19 patients: a narrative review / A. Gaudet, L. Kreitmann, S. Nseir // The Journal of Antibiotics. - 2023. - Vol. 12, № 9. - Р. 1464.

156. Getahun Strobel, A. The changing epidemiology of antimicrobial resistance in Fiji: a descriptive analysis of antimicrobial susceptibility and trends of endemic and emerging pathogens, 2019-2022 / A. Getahun Strobel, P. Prasad, C. R. Lane, R. Naidu, S. Autar, T. Young-Sharma, M. Richards, A. Suka, D. Cameron, R. James, R. Prasad, K. Buising, B. P. Howden, V. Prasad // Lancet Regional Health - West Pac. - 2024. - Vol. 45. - P. 101036.

157. Gök, §. M. Klinik örneklerden izole edilen Enterococcus faecium ve Enterococcus faecalis izolatlarmm antibiyotik direnci ve virülans faktörlerinin araçtirilmasi [Investigation of antibiotic resistance and virulence factors of Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis strains isolated from clinical samples] / §. M. Gök, H. Türk Dagi, F. Kara, U. Arslan, D. Findik // Bulletin of Microbiology. - 2020. - Vol. 54, № 1. - Р. 26-39.

158. Gostev, V. In vitro selection of highlevel beta-lactam resistance in methicillin-susceptible Staphylococcus aureus / V. Gostev, O. Kalinogorskaya, K. Ivanova, E. Kalisnikova, I. Lazareva, P. Starkova, S. Sidorenko // The Journal of

Antibiotics. - 2021. - Vol. 10, № 6. - Р. 637.

159. He, S. Clinical characteristics of COVID-19 patients with clinically diagnosed bacterial co-infection: A multi-center study / S. He, W. Liu, M. Jiang, P. Huang, Z. Xiang, D. Deng, P. Chen, L. Xie // PLoS One. - 2021. - Vol. 16, № 4.

- Р. e0249668.

160. Helleberg, M. Invasive aspergillosis in patients with severe COVID-19 pneumonia / M. Helleberg, M. Steensen, M. C. Arendrup // Clinical Microbiology and Infection. - 2021. - Vol. 27. - Р. 147-148.

161. Hoque, M. N. Microbial co-infections in COVID-19: Associated microbiota and underlying mechanisms of pathogenesis / M. N. Hoque, S. Akter, I. D. Mishu, M. R. Islam, M. S. Rahman, M. Akhter, I. Islam, M. M. Hasan, M. M. Rahaman, M. Sultana, T. Islam, M. A. Hossain // Microbial pathogenesis. - 2021. - Vol. 156. - Р. 104941.

162. Hourigan, D. Promiscuous, persistent and problematic: insights into current enterococcal genomics to guide therapeutic strategy / D. Hourigan, E. Stefanovic, C. Hill, R. P. Ross // BMC Microbiology. - 2024. - Vol. 24, № 1. - Р. 103.

163. Hughes, S. Bacterial and fungal coinfection among hospitalised patients with COVID-19: a retrospective cohort study in a UK secondary care setting / S. Hughes, O. Troise, H. Donaldson, N. Mughal, L. S. Moore // Clinical Microbiology and Infection. - 2020. - Vol. 26, № 10. - Р. 1395-9.

164. Hyun, M. Clinical and microbiologic analysis of Klebsiella pneumoniae Infection: hypermucoviscosity, virulence factor, genotype, and antimicrobial susceptibility / M. Hyun, J. Y. Lee, H. A. Kim // Diagnostics (Basel, Switzerland).

- 2024. - Vol. 14, № 8. - P. 792.

165. Ji, T. A rapid and visual detection of Staphylococcus haemolyticus in clinical specimens with RPA-LFS / T. Ji, J. Zhang, Y. Gao, C. Zhao, X. Gao // Analytica Chimica Acta. - 2023. - Vol. 1273. - Р. 341534.

166. Jin, J. M. Gender Differences in Patients With COVID-19: Focus on Severity and Mortality / J. M. Jin, P. Bai, W. He, F. Wu, X. F. Liu, D. M. Han, S. Liu, J. K. Yang // Frontiers in Public Health. - 2020. - Vol. 8. - Р. 152.

167. Kalizang'oma, A. Streptococcus pneumoniae serotypes that frequently colonise the human nasopharynx are common recipients of penicillin-binding protein gene fragments from Streptococcus mitis / A. Kalizang'oma, C. Chaguza, A. Gori, C. Davison, S. Beleza, M. Antonio, B. Beall, D. Goldblatt, B. Kwambana-Adams, S. D. Bentley, R. S. Heyderman // Microbial genomics. -2021. - Vol. 7, № 9. - P. 000622.

168. Karata§, M. Secondary bacterial infections and antimicrobial resistance in COVID-19: compArative evaluation of pre- pandemic and pandemic-era, a retrospective single center study / M. Karata§, M. Ya§ar-Duman, A. Tünger, F. Qilli, §. Aydemir, V. Özenci // Annals of clinical microbiology and antimicrobials. - 2021. - Vol. 20, № 1. - P. 51.

169. Kareem, S. M. Detection of gyrA and parC mutations and prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance genes in Klebsiella pneumoniae / S. M. Kareem, I. M. S. Al-Kadmy, S. S. Kazaal, A. N. Mohammed Ali, S. N. Aziz, R. R. Makharita, A. M. Algammal, S. Al-Rejaie, T. Behl, G. E. Batiha, M. A. El-Mokhtar, H. F. Hetta // Infection and Drug Resistance. - 2021. - Vol. 14. - P. 555-563.

170. Khedkar, S. Landscape ofmobile genetic elements and their antibiotic resistance cargo inprokaryotic genomes / S. Khedkar, G. Smyshlyaev, I. Letunic, O. M. Maistrenko, L. P. Coelho, A. Orakov, S. K. Forslund, F. Hildebrand, M. Luetge, T. S. B. Schmidt, O. Barabas, P. Bork // Nucleic Acids Research. - 2022. -Vol. 50, № 6. - P. 3155-68.

171. Kochan, T. J. Genomic surveillance for multidrug-resistant or hypervirulent Klebsiella pneumoniae among United States bloodstream isolates / T. J. Kochan, S. H. Nozick, R. L. Medernach, B. H. Cheung, S. W. M. Gatesy, M. Lebrun-Corbin, S. D. Mitra, N. Khalatyan, F. Krapp, C. Qi, E. A. Ozer, A. R. Hauser // BMC Infectious Diseases. - 2022. - Vol. 22, № 1. - P. 603.

172. Kochan, T. J. Klebsiella pneumoniae clinical isolates with features of both multidrug-resistance and hypervirulence have unexpectedly low virulence / T. J. Kochan, S. H. Nozick, A. Valdes, S. D. Mitra, B. H. Cheung, M. Lebrun-Corbin, R. L. Medernach, M. B. Vessely, J. O. Mills, C. M. R. Axline, J. A. Nelson, E.M.

VanGosen, T. J. Ward, E. A. Ozer, D. van Duin, L. Chen, B. N. Kreiswirth, S. W. Long, J. M. Musser, Z. P. Bulman, R. G. Wunderink, A. R. Hauser // Nature Communications. - 2023. - Vol. 14, № 1. - P. 7962.

173. Kostyanev, T. Phenotypic and molecular characterizations of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii isolates collected within the EURECA study / T. Kostyanev, B. B. Xavier, M. García-Castillo, C. Lammens, J. Bravo-Ferrer Acosta, J. Rodríguez-Baño, R. Cantón, Y. Glupczynski, H. Goossens; EURECA/WP1B Group // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2021. -Vol. 57, № 6. - P. 106345.

174. Kreitmann, L. Early bacterial co-infection in ARDS related to COVID-19 / L. Kreitmann, C. Monard, O. Dauwalder, M. Simon, L. Argaud // Intensive Care Medicine. - 2020.- Vol. 46. - Р. 1787-1789.

175. Kubin, C. J. Characterization of Bacterial and Fungal Infections in Hospitalized Patients With Coronavirus Disease 2019 and Factors Associated With Health Care-Associated Infections / C. J. Kubin, T. H. McConville, D. Dietz, J. Zucker, M. May, B. Nelson, E. Istorico, L. Bartram, J. Small-Saunders, M. E. Sobieszczyk, A. Gomez-Simmonds, A-C. Uhlemannet // Open Forum Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 8, № 6. - P. ofab201.

176. Lai, C. C. Co-infections among patients with COVID-19: the need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? / C. C. Lai, C.Y. Wang, P. R. Hsueh // Journal of Microbiology, Immunology and Infection. - 2020. - Vol. 53, № 4. - Р. 505-512.

177. Lai, K. Benralizumab efficacy and safety in severe asthma: a randomized trial in Asia / K. Lai, D. Sun, R. Dai, R. Samoro, H. S. Park, A. Ástrand, D. Cohen, M. Jison, V. H. Shih, V. Werkström, Y. Yao, Y. Zhang, W. Zheng, N. Zhong; MIRACLE Study Investigators; Principle investigators; A. Jr. Albert, B. Jianping, C. Bi, C. Lijun, C. Mei, C. Min, C. Ping, C. Zhimin, C. Chih-Feng, C. Y. Sook, F. Xiuhua, G. Xiwen, G. Wei, H. Wei, H. Zhihai, H. X. Wei, H. Kewu, H. Mao, I. M. Grace Dawn, J. Inbeom, J. Luning, J. Mingyan, J. Shanping, J. Meiling, K. Jian, K. J. Woo, K. Sang-Ha, K. Jiulong, K. Ping-Hung, L. Jie, L. Manxiang, L. Minjing, L.

Ruoran, L. Wen, L. Xianhua, L. Yanming, L. S. Yong, L. Chuanhe, L. Chuntao, L. Jing, L. Xiaoxia, L. Huiyu, L. Zhuang, M. Shengxi, M. Liangping, M. K. Hoon, M. Lin, P. Choon-Sik, P. H. Sim, P. Hye-Kyung, P. Jung-Won, P. Diahn-Warng, S. Ronnie, S. Guochao, S. Debin, S. Dejun, W. Chun-Hua, W. Guangfa, W. Limin, W. Xuefen, W. Yan, W. Liping, W. Haihong, X. Yi, X. Zuke, X. Canmao, X. Jin-Fu, X. Xingxiang, X. Xiyuan, Y. Jianping, Y. Hongzhong, Y. H. Joo, Y. Wencheng, Z. Jin, Z. Longju, Z. Min, Z. Wei, Z. Jianping, Z. Ziwen, Z. Xiaoli, Z. Yingqun; Other investigators; AstraZenenca; ClinChoice // Respiratory Medicine. - 2024. -Vol. 1. - Р. 107611.

178. Lalaoui, R. Spread of carbapenem and colistin-resistant Klebsiella pneumoniae ST512 clinical isolates in Israel: a cause for vigilance / R. Lalaoui, S. Bakour, K. Livnat, M. V. Assous, S. M. Diene, J. M. Rolain // Microbial Drug Resistance. - 2019. - Vol. 25, № 1. - P. 63-71.

179. Langford, B. J. Predictors and microbiology of respiratory and bloodstream bacterial infection in patients with COVID-19: living rapid review update and meta-regression / B. J. Langford, M. So, V. Leung, S. Raybardhan, J. Lo, T. Kan, F. Leung, D. Westwood, N. Daneman, D. R. MacFadden, J. R. Soucy // Clinical Microbiology and Infection. - 2022. - Vol. 28, № 4. - P. 491-501.

180. Lardaro, T. Characteristics of COVID-19 patients with bacterial coinfection admitted to the hospital from the emergency department in a large regional healthcare system / T. Lardaro, A. Z. Wang, A. Bucca, A. Croft, N. Glober, D. B. Holt, P. I. Musey Jr. MSc, K. D. Peterson, R. A. Trigonis, J. T. M. D. Schaffer, B. R. Hunter // Journal of Medical Virology - 2021. - Vol. 93. - P. 2883e9.

181. Lee, Y-M. Impact of the coronavirus disease 2019 pandemic on healthcare-associated infections at intensive care units in South Korea: Data from the Korean National Healthcare-Associated Infections Surveillance System (KONIS) / Y-M. Lee, D. Y. Kim, E. J. Kim, K-H. Park, M. S. Lee // Journal of Hospital Infection. -2023. - Vol. 138. - P. 52-59.

182. Li, J. Etiology and antimicrobial resistance of secondary bacterial infections in patients hospitalized with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective analysis /

J. Li, J. Wang, Y. Yang, P. Cai, J. Cao, X. Cai, Y. Zhang // Antimicrobial Resistance & Infection Control. - 2020. - Vol. 9, № 1. - P. 153.

183. Lima, W. G. Ventilator-associated pneumonia (VAP) caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in patients with COVID-19: Two problems, one solution? / W. G. Lima., J. C. M. Brito, W. S. da Cruz Nizer // Medical Hypotheses. - 2020. - Vol. 144. - P. 110139.

184. Lin, Y. T. Molecular and clinical characterization of multidrug-resistant and hypervirulent Klebsiella pneumoniae strains from liver abscess in Taiwan / Y. T. Lin, Y. H. Cheng, C. Chuang, S. H. Chou, W. H. Liu, C. H. Huang, T. C. Yang, B. N. Kreiswirth, L. Chen // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2020. - Vol. 64, № 5. - P. e00174-20.

185. Lingscheid, T. Characterization of antimicrobial use and co-infections among hospitalized patients with COVID-19: a prospective observational cohort study / T. Lingscheid, L. J. Lippert, D. Hillus, T. Kruis, C. Thibeault, E. T. Helbig, P. Tober-Lau, F. Pfäfflin, H. Müller-Redetzky, M. Witzenrath, T. Zoller, A. Uhrig, B. Opitz, N. Suttorp, T. S. Kramer, L. E. Sander, M. S. Stegemann, F. Kurth // Infection: A Journal of Infectious Diseases. - 2022. - Vol. 50, № 6. - P. 1441-1452.

186. Liu, C. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae is emerging as an increasingly prevalent K. pneumoniae pathotype responsible for nosocomial and healthcare-associated infections in Beijing, China / C. Liu, P. Du, N. Xiao, F. Ji, T. A. Russo, J. Guo // Virulence. - 2020. - Vol. 11, № 1. - P. 1215-1224.

187. Liu, H. H. Bacterial and fungal growth in sputum cultures from 165 COVID-19 pneumonia patients requiring intubation: evidence for antimicrobial resistance development and analysis of risk factors / H. H. Liu, D. Yaron, A. S. Piraino, L. Kapelusznik // Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials. -2021. - Vol. 20, № 1. - P. 69.

188. Lv, F. Genome-based analysis of a multidrug-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae / F. Lv, W. Wang, Y. Luo, H. Wang, T. Zhi, X. Li, Z. Guo, Z. Zhao // Microbial Drug Resistance. - 2022. - Vol. 28, № 8. - P. 853-860.

189. Mama, O. M. Penicillin susceptibility among invasive MSSA infections: a

multicentre study in 16 Spanish hospitals / O. M. Mama, C. Aspiroz, C. Lozano, L. Ruiz-Ripa, J. M. Azcona, C. Seral, E. Cercenado, L. Lopez-Cerero, P. Palacian, A. Belles-Belles, P. Berdonces, M. Siller, A. Aguirre-Quinonero, M. Zarazaga, C. Torres // The Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2021. - Vol. 76, № 10. - P. 25192527.

190. Marua, A. M. Evaluation of Bacterial Co-Infections and Antibiotic Resistance in Positive COVID-19 Patients / A. M. Marua, N. D. Shethwala, P. Bhatt, A. Shah // Maedica, Journal of clinical medicine. - 2022. - Vol. 17, № 2. -P. 350-356.

191. Matono, T. Genomic insights into virulence factors affecting tissue-invasive Klebsiella pneumoniae infection / T. Matono, M. Morita, N. Nakao, Y. Teshima, M. Ohnishi // Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials. - 2022. - Vol. 21, № 1. - P. 2.

192. Meyer, C. Contribution of RND-type efflux pumps in reduced susceptibility to biocides in Acinetobacter baumannii / C. Meyer, K. Lucaßen, S. Gerson, K. Xanthopoulou, T. Wille, H. Seifert, P.G. Higgins // Antibiotics (Basel). - 2022. -Vol.11, № 11. - P. 1635.

193. Mike, L. A. A systematic analysis of hypermucoviscosity and capsule reveals distinct and overlapping genes that impact Klebsiella pneumoniae fitness / L. A. Mike, A. J. Stark, V. S. Forsyth, J. Vornhagen, S. N. Smith, M. A. Bachman, H. L. T. Mobley // PLOS Pathogens. - 2021. - Vol. 17, № 3. - P. e1009376.

194. Mikkelsen, K. The novel membrane-associated auxiliary factors AuxA and AuxB modulate beta-lactam resistance in MRSA by stabilizing lipoteichoic acids / K. Mikkelsen, W. Sirisarn, O. Alharbi, M. Alharbi, H. Liu, K. N0hr-Meldgaard, K. Mayer, M. Vestergaard, L. A. Gallagher, J. P. Derrick, A. J. McBain, J. Biboy, W. Vollmer, J. P. O'Gara, T. Grunert, H. Ingmer, G. Xia // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2021. - Vol. 57, № 3. - P. 106283.

195. Mirzaei, R. Bacterial co-infections with SARS-CoV-2 / R. Mirzaei, P. Goodarzi, M. Asadi, A. Soltani, H. A. A. Aljanabi, A. S. Jeda, S. Dashtbin, S. Jalalifar, R. Mohammadzadeh, A. Teimoori, K. Tari, M. Salari, S. Ghiasvand, S.

Kazemi, R. Yousefimashouf, H. Keyvani, S. Karampoor // Biochemistry and Molecular Biology International. - 2020. - Vol. 72, № 10. - P. 2097-2111.

196. Mmatli, M. Molecular screening of clinical multidrug-resistant gramnegative bacteria shows endemicity of carbapenemases, coexistence of multiple carbapenemases, and rarity of mcr in south Africa / M. Mmatli, T. M. S. Leshaba, L. B. Skosana, N. M. Mbelle, J. Osei Sekyere // Microbial Drug Resistance. -2022. - Vol. 2S, № 11. - Р. 102S-1036.

197. Morales-León, F. Molecular Characterization of the Convergent Carbapenem-Resistant and Hypervirulent Klebsiella pneumoniae Strain K1-ST23, Collected in Chile during the COVID-19 Pandemic / F. Morales-León, M. Matus-Köhler, P. Araya-Vega, F. Aguilera, I. Torres, R. Vera, C. Ibarra, S. Venegas, H. Bello-Toledo, G. González-Rocha, A. Opazo-Capurro // Microbiology Spectrum. - 2023. - Vol. 11, № 3. - Р. e0054023.

19S. Muraya, A. Antimicrobial resistance and virulence characteristics of Klebsiella pneumoniae Isolates in Kenya by whole-genome sequencing / A. Muraya, C. Kyany'a, S. Kiyaga, H. J. Smith, C. Kibet, M. J. Martin, J. Kimani, L. Musila // Pathogens. - 2022. - Vol. 11, № 5. - P. 545.

199. Musuuza, J. S. Prevalence and outcomes of coinfection and superinfection with SARS-CoV-2 and other pathogens: a systematic review and meta-analysis / J. S. Musuuza, L. Watson, V. Parmasad, N. Putman-Buehler, L. Christensen, N. Safdar // PLoS One. - 2021. - Vol. 16. - P. e0251170.

200. Nair, G. B. Updates on community acquired pneumonia management in the ICU / G. B. Nair, M. S. Niederman // Pharmacology & Therapeutics. - 2021. -Vol. 217. - Р. 107663.

201. Naseef, H, A. Bacterial and fungal co-infections among ICU COVID-19 hospitalized patients in a Palestinian hospital: a retrospective cross-sectional study / H. A. Naseef, U. Mohammad, N. Al-Shami, Y. Sahoury, A. D. Abukhalil, M. Dreidi, I. Alsahouri, M. Farraj // F1000Research. - 2022. - Vol. 11. - P. 30.

202. Nasr, P. Genetics, epidemiology, and clinical manifestations of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii / P. Nasr // Journal of Hospital Infection. -

2020. - Vol. 104, № 1. - P. 4-11.

203. Ngoi, S. T. p-Lactam resistance in upper respiratory tract pathogens isolated from a tertiary hospital in Malaysia / S. T. Ngoi, A. N. Muhamad, C. S. J. Teh, C. W. Chong, K. Abdul Jabar, L. C. Chai, K. C. Leong, L. H. Tee, S. AbuBakar // Pathogens. - 2021. - Vol. 10, № 12. - P. 1602.

204. Nie, D. Outer membrane protein A (OmpA) as a potential therapeutic target for Acinetobacter baumannii infection / D. Jorgovanovic, M. Song, L. Wang, Y. Zhang // Journal of Biomedical Science. - 2020. - Vol. 27, № 1. - Р. 26.

205. Nucci, A. Latent evolution of biofilm formation depends on life-history and genetic background / A. Nucci, E. P. C. Rocha, O. Rendueles // NPJ Biofilms Microbiomes. - 2023. - Vol. 9, № 1. - P. 53.

206. Omar, S. Z. Evaluation of bacterial coinfections and susceptible antibiotic profiles in hospitalized COVID-19 patients in Koya district, Iraq / S. Z. Omar, S. K. Mustafa // Journal of Infection in Developing Countries. - 2023. - Vol. 17, № 11. - P. 1537-1543.

207. Pai, L. A growing battlefield in the war against biofilm-induced antimicrobial resistance: insights from reviews on antibiotic resistance / L. Pai, S. Patil, S. Liu, F. Wen // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2023. -Vol. 13. - P. 1327069.

208. Pakzad, R. Worldwide prevalence of microbial agents' coinfection among COVID-19 patients: A comprehensive updated systematic review and metaanalysis / R. Pakzad, P. Malekifar, Z. Shateri, M. Zandi, S. Akhavan Rezayat, M. Soleymani, M. R. Karimi, S. E. Ahmadi, R. Shahbahrami, I. Pakzad, F. Abdi, A. Farahani, S. Soltani, M. M. Kesheh, P. Hosseini // Journal of clinical laboratory analysis. - 2022. - Vol. 36, № 1. - P. e24151.

209. Pan, Y. Viral load of SARS-CoV-2 in clinical samples / Y. Pan, D. Zhang, P. Yang, L. L. M. Poon, Q. Wang // The Lancet Infectious Diseases. - 2020. - Vol. 20, № 4. - Р. 411-412.

210. Perez, S. Increase in hospital-acquired carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii infection and colonization in an acute care hospital during a surge in

COVID-19 admissions - New Jersey, February-July 2020 / G. K. Innes, M. S. Walters, J. Mehr, J. Arias, R. Greeley, D. Chew // Morbidity and Mortality Weekly Report. - 2020. - Vol. 69, № 48. - P. 1827-1831.

211. Pourajam, S. Secondary bacterial infection and clinical characteristics in patients with COVID-19 admitted to two intensive care units of an academic hospital in Iran during the first wave of the pandemic / S. Pourajam, E. Kalantari, H. Talebzadeh, H. Mellali, R. Sami, F. Soltaninejad, B. Amra, M. Sajadi, M. Alenaseri, F. Kalantari, H. Solgi // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2022. - Vol. 12. - P. 784130.

212. Puzniak, L. A multicenter analysis of the clinical microbiology and antimicrobial usage in hospitalized patients in the US with or without COVID-19 / L. Puzniak, L. Finelli, K. C. Yu, K. A. Bauer, P. Moise, C. De Anda, L. Vankeepuram, A. Sepassi, V. Gupta // BMC Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 21, № 1. - P. 227.

213. Rangel, K. Acinetobacter baumannii Infections in Times of COVID-19 Pandemic / K. Rangel, T. P. G. Chagas, S. G. De-Simone // Pathogens. - 2021. -Vol. 10, № 8. - P. 1006.

214. Rawson, T. M. Understanding the role of bacterial and fungal infection in COVID-19 / T. M. Rawson, R. C. Wilson, A. Holmes // Clinical Microbiology and Infection. -2021. - Vol. 27, № 1. - P. 9-11.

215. Ren, L. L. Identification of a novel coronavirus causing severe pneumonia in human: a descriptive study / L. L. Ren, Y. M. Wang, Z. Q. Wu, Z. C. Xiang, L. Guo, T. Xu, Y. Z. Jiang, Y. Xiong, Y. J. Li, X. W. Li, H. Li, G. H. Fan, X. Y. Gu, Y. Xiao, H. Gao, J. Y. Xu, F. Yang, X. M. Wang, C. Wu, L. Chen, Y. W. Liu, B. Liu, J. Yang, X. R. Wang, J. Dong, L. Li, C. L. Huang, J. P. Zhao, Y. Hu, Z. S. Cheng, L. L. Liu, Z. H. Qian, C. Qin, Q. Jin, B. Cao, J. W. Wang // Chinese Medical Journal (CMJ). - 2020. - Vol. 133, № 9. - P. 1015-1024.

216. Reusken, C. B. E. M. Laboratory readiness and response for novel coronavirus (2019-nCoV) in expert laboratories in 30 EU/EEA countries / C. B. E. M. Reusken, E. K. Broberg, B. Haagmans, A. Meijer, V. M. Corman, A. Papa, R.

Charrel, C. Drosten, M. Koopmans, K. Leitmeyer; EVD-LabNet and ERLI-Net // Euro Surveill. - 2020. - Vol. 25, № 6. - P. 2000082.

217. Ripa, M. Secondary infections in patients hospitalized with COVID19: incidence and predictive factors / M. Ripa, L. Galli, A. Poli, C. Oltolini, V. Spagnuolo, A. Mastrangelo, C. Muccini, G. Monti, G. De Luca, G. Landoni, L. Dagna, M. Clementi, P. Rovere Querini, F. Ciceri, M. Tresoldi, A. Lazzarin, A. Zangrillo, P. Scarpellini, A. Castagna // Clinical Microbiology and Infection. -2021. - Vol. 27. - P. 451e7.

218. Rossi, C. C. Staphylococcus haemolyticus: an updated review on nosocomial infections, antimicrobial resistance, virulence, genetic traits, and strategies for combating this emerging opportunistic pathogen / C. C. Rossi, F. Ahmad, M. Giambiagi-deMarval // Microbiological Research. - 2024. - Vol. 282. - P. 127652.

219. Rothe, K. Evaluation of a multiplex PCR screening approach to identify community-acquired bacterial co-infections in COVID-19: a multicenter prospective cohort study of the German competence network of community-acquired pneumonia (CAPNETZ) / K. Rothe, C. D. Spinner, M. Panning, M. W. Pletz, G. Rohde, J. Rupp, M. Witzenrath, J. Erber, F. Eberhardt, A. Essig, J. Schneider; Members of the CAPNETZ study group // Infection. - 2021. - Vol. 49, № 6. - P. 1299-1306.

220. Ruan, X. Characterization of multidrug resistance in clinical Klebsiella pneumoniae strains carrying drug efflux pumps and multiple repetitive tandem blaKpC-2 core structures / X. Ruan, W. Wang, D. Wang, L. Ma. // Journal of Infection and Public Health. - 2025. - Vol. 18, № 10. - P. 102850.

221. Russo, T. A. Differentiation of hypervirulent and classical Klebsiella pneumoniae with acquired drug resistance / T. A. Russo, C. L. Alvarado, C. J. Davies, Z. J. Drayer, U. Carlino-MacDonald, A. Hutson, T. L. Luo, M. J. Martin, B. W. Corey, K. A. Moser, J. K. Rasheed, A. L. Halpin, P. T. McGann, F. Lebreton // mBio. - 2024. - Vol. 15, № 2. - P. e0286723.

222. Russo, T. A. Hypervirulent Klebsiella pneumoniae / T. A. Russo, C. M. Marr // Clinical Microbiology Reviews. - 2019. - Vol. 32, № 3. - P. e00001-19.

223. San Martín Andrade, D. Candida albicans: factor agravante en pacientes con covid-19 [Candida albicans: risk factor in covid-19 patients] / D. San Martín Andrade, C. A. Cárdenas Amendaño, A. B. Solórzano Cuenca, J.M. Ulloa Pacheco, P. Medina-Sotomayor // Revista Científica Odontologica (Universidad Cientifica del Sur). - 2023. - Vol. 10, № 4. - P. e132.

224. Santella, B. Lower Respiratory tract pathogens and their antimicrobial susceptibility pattern: a 5-year study / B. Santella, E. Serretiello, A. De Filippis, F. Veronica, D. Iervolino, F. Dell'Annunziata, R. Manente, F. Valitutti, E. Santoro, P. Pagliano, M. Galdiero, G. Boccia, G. Franci // Antibiotics (Basel). - 2021. - Vol. 10, № 7. - P. 851.

225. Sathyakamala, R. CompArative study on bacterial co-infections and prevalence of multidrug resistant organisms among patients in COVID and non-COVID intensive care units / R. Sathyakamala, A. R. Peace, P. A. Shanmugam // Journal of Preventive Medicine and Hygiene. - 2022. - Vol. 63, № 1. - P. e19-E26.

226. Sato, Y. Staphylococcus haemolyticus attenuates the antibacterial effect of teicoplanin via aggregates and biofilms / Y. Sato, N. Hatayama, S. Tanzawa, Y. Kimura, Y. Wakabayashi, T. Kitazawa, N. Seki, Y. Yoshino // Microbial Pathogenesis. - 2023. - Vol. 180. - P. 106152.

227. Segrelles-Calvo, G. Candida spp. co-infection in COVID-19 patients with severe pneumonia: Prevalence study and associated risk factors / G. Segrelles-Calvo, G. R. de S Araújo, E. Llopis-Pastor, J. Carrillo, M. Hernández-Hernández, L. Rey, N. R. Melean, I. Escribano, E. Antón, C. Zamarro, M. García-Salmones, S. Frases // Respiratory Medicine. - 2021. - Vol. 188. - P. 106619.

228. Shah, M. M. Bacterial and viral infections among adults hospitalized with COVID-19, COVID-NET, 14 states, March 2020-April 2022 / M. M. Shah, K. Patel, J. Milucky, C. A. Taylor, A. Reingold, I. Armistead, J. Meek, E. J. Anderson, A. Weigel, L. Reeg, K. Como-Sabetti, S. L. Ropp, A. Muse, S. Bushey, E. Shiltz, M. Sutton, H. K. Talbot, R. Chatelain, F. P.; CDC COVID-NET Surveillance Team // Influenza Other Respir Viruses. - 2023 - Vol. 17, №2 3. - P. e13107.

229. Sharifipour, E. Evaluation of bacterial co-infections of the respiratory tract

in COVID-19 patients admitted to ICU / E. Sharifipour, S. Shams, M. Esmkhani, J. Khodadadi, R. Fotouhi-Ardakani, A. Koohpaei, Z. Doosti, S. Ej Golzari // BMC Infectious Diseases. - 2020. - Vol. 20, № 1. - P. 646.

230. Sharma, S. Different efflux pump systems in Acinetobacter baumannii and their role in multidrug resistance / S. Sharma, V. Kaushik, M. Kulshrestha, V. Tiwari // Advances in experimental medicine and biology. - 2023. - Vol. 1370. -P. 155-168.

231. Shelenkov, A. International Clones of High Risk of Acinetobacter Baumannii - Definitions, History, Properties and Perspectives / A. Shelenkov, V. Akimkin, Y. Mikhaylova // Microorganisms. - 2023. - Vol. 11. - P. 2115.

232. Silva-Caso, W. Identification and clinical characteristics of community-acquired Acinetobacter baumannii in patients hospitalized for moderate or severe COVID-19 in Peru / W. Silva-Caso, G. Pérez-Lazo, M. A. Aguilar-Luis, A. Morales-Moreno, J. Ballena-López, F. Soto-Febres, J. Martins-Luna, L. J. Del Valle, S. Kym, D. Aguilar-Luis, D. Denegri-Hinostroza, J. Del Valle-Mendoza // Antibiotics (Basel). - 2024. - Vol. 13, № 3. - P. 266.

233. Singhal, L. Mucoid Staphylococcus haemolyticus: an unheeded multidrug-resistant pathogen / L. Singhal, V. Gupta, S. Sharma, A. Agarwal, P. Gupta // Brazilian Journal of Microbiology. - 2023. - Vol. 54, № 1. - P. 191-198.

234. Sivarajan, K. Deciphering the impact of Acinetobacter baumannii on human health, and exploration of natural compounds as efflux pump inhibitors to treat multidrug resistance / K. Sivarajan, R. Ravindhiran, J. N. Sekar, R. Murugesan, K. Chidambaram, K. Dhandapani // Journal of Medical Microbiology. - 2024. - Vol. 73, № 8. - P. 001867.

235. Soltani, S. Bacterial coinfection among coronavirus disease 2019 patient groups: an updated systematic review and meta-analysis / S. Soltani, S. Faramarzi, M. Zandi, R. Shahbahrami, A. Jafarpour, S. Akhavan Rezayat, I. Pakzad, F. Abdi, P. Malekifar, R. Pakzad // New Microbes and New Infections. - 2021. - Vol. 43. -P.100910.

236. Sommer, A. Mutations in the gdpP gene are a clinically relevant mechanism

for beta-lactam resistance in meticillin-resistant Staphylococcus aureus lacking mec determinants / A. Sommer, S. Fuchs, F. Layer, C. Schaudinn, R. E. Weber, H. Richard, M. B. Erdmann, M. Laue, C. F. Schuster, G. Werner, B. Strommenger // Microbial genomics. - 2021. - Vol. 7, № 9. - P. 000623.

237. Souza, S. G. P. Bacteria with a Potential for Multidrug Resistance in Hospital Material / S. G. P. Souza, I. C. D. Santos, M. A.D. Bondezan, L. F. M. Corsatto, I. C. D. S. Caetano, M. M. Zaniolo, R. D. Matta, L. S. Merlini, L. N. Barbosa, D. D. Gonfalves // Microbial Drug Resistance. - 2021. - Vol. 27, № 6. -P. 835-842.

238. Spadar, A. Large-scale genomic analysis of global Klebsiella pneumoniae plasmids reveals multiple simultaneous clusters of carbapenem-resistant hypervirulent strains / A. Spadar, J. Perdigao, S. Campino, T. G. Clark // Genome Medicine. - 2023. - Vol. 15, № 1. - P. 3.

239. Speck, S. Borderline resistance to oxacillin in Staphylococcus aureus after treatment with sub-lethal sodium hypochlorite concentrations / S. Speck, C. Wenke, A.T. Feßler, J. Kacza, F. Geber, A.D. Scholtzek, D. Hanke, I. Eichhorn, S. Schwarz, M. Rosolowski, U. Truyen // Heliyon. - 2020. - Vol. 6, № 6. - P. e04070.

240. Sreenath, K. Coinfections with other respiratory pathogens among patients with COVID-19 / K. Sreenath, P. Batra, E.V. Vinayaraj, R. Bhatia, K. SaiKiran, V. Singh, S. Singh, N. Verma, U.B. Singh, A. Mohan, S. Bhatnagar, A. Trikha, R. Guleria, R. Chaudhry // Microbiology Spectrum. - 2021. - Vol. 9, № 1. - P. e0016321.

241. Starkova, P. Emergence of hybridresistance and virulence plasmids harboring New Delhi metallo-ß-lactamase in Klebsiella pneumoniae in Russia / P. Starkova, I. Lazareva, A. Avdeeva, O. Sulian, D. Likholetova, V. Ageevets, M. Lebedeva, V. Gostev, J. Sopova, S. Sidorenko // Antibiotics (Basel). - 2021. - Vol. 10, № 6. - P. 691.

242. Stefan, N. Obesity and impaired metabolic health in patients with COVID-19 / N. Stefan, A. L. Birkenfeld, M. B. Schulze, D. S. Ludwig // Nature Reviews Endocrinology. - 2020. - Vol. 16, № 7. - P. 341-342.

243. Suranadi, I. W. A Retrospective analysis of the bacterial infections, antibiotic use, and mortality predictors of COVID-19 patients / I. W. Suranadi, I. M. A. K. Sucandra, N. N. D. Fatmawati, A. D. F. Wisnawa // International Journal of General Medicine. -2022. - Vol. 15. - P. 3591-3603.

244. Tang, M. Epidemiological characteristics and formation mechanisms of multidrug-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae / M. Tang, X. Kong, J. Hao, J. Liu // Frontiers in Microbiology. - 2020, Vol. 11. P. 581543.

245. Tay, M. Z. The trinity of COVID-19: immunity, inflammation and intervention / M. Z. Tay, C. M. Poh, L. Renia, P. A. MacAry, F. P. NgL // Nature Reviews Immunology. - 2020. - Vol. 20. - P. 363-374.

246. Teng, G. Analysis of risk factors for early-onset ventilator-associated pneumonia in a neurosurgical intensive care unit / G. Teng, N. Wang, X. Nie, L. Zhang, H. Liu // BMC Infectious Diseases. - 2022. - Vol. 22, № 1. - P. 66.

247. Tian, Y. Detection of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii by metagenomic next-generation sequencing in central nervous system infection after neurosurgery: a case report / Y. Tian, H. Xia, L. Zhang, J. X. Zhou // Frontiers in Public Health. - 2022. - Vol. 10. - P. 1028920.

248. Tiku, V. Acinetobacter baumannii: Virulence strategies and host defense mechanisms / V. Tiku // DNA Cell Biology. - 2022. - Vol. 41, № 1. - P. 43-8.

249. Toombs, J. M. Pneumococcal coinfection in COVID-19 patients / J. M. Toombs, K. Van den Abbeele, J. Democratis, A. K. J. Mandal, C. G. Missouris // Journal of Medical Virology. - 2021. - Vol. 93, № 1. - P. 177-179.

250. Torres, A. Pneumonia / A. Torres, C. Cilloniz, M. S. Niederman, R. Menéndez, J. D. Chalmers, R. G. Wunderink, T. van der Poll // Nature Reviews Disease Primers. - 2021. - Vol. 7, № 1. - P. 25.

251. Vidal-Cortés, P. Coinfección bacteriana en el paciente COVID-19 crítico: incidencia, impacto y necesidad de tratamiento antibiótico [Bacterial coinfection in the critically-ill COVID-19 patient: incidence, impact and need for antimicrobial therapy] / P. Vidal-Cortés, J. Nieto Del Olmo, A. I. Tizón Varela, E. Seoane Fernández, F. Eiras Abalde, J. Blanco Chapela, L. Larrañaga Sigwald, D. E. Suárez

Fernández, P. Fernández Ugidos, L. Del Río Carbajo // Revista Española de Quimioterapia. - 2023. - Vol. 36, № 6. - P. 612-620.

252. Vijay, S. Secondary infections in hospitalized COVID-19 patients: Indian experience / S. Vijay, N. Bansal, B. K. Rao, B. Veeraraghavan, C. Rodrigues, C. Wattal, J. P. Goyal, K. Tadepalli, P. Mathur, R. Venkateswaran, R. Venkatasubramanian, S. Khadanga, S. Bhattacharya, S. Mukherjee, S. Baveja, S. Sistla, S. Panda, K. Walia // Infection and Drug Resistance. - 2021. - Vol. 14. -P. 1893-1903.

253. Walker, K. A. The intersection of capsule gene expression, hypermucoviscosity and hypervirulence in Klebsiella pneumoniae / K. A. Walker, V. L. Miller // Current Opinion in Microbiology. - 2020. - Vol. 54. - P. 95-102.

254. Wang, L. An observational cohort study of bacterial co-infection and implications for empirical antibiotic therapy in patients presenting with COVID-19 to hospitals in North West London / L. Wang, A. K. Amin, P. Khanna, A. Aali, A. McGregor, P. Bassett, G. Gopal Rao // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. -2021. - Vol. 76, № 3. - P. 796-803.

255. Wang, Q. Genomic insights into the evolution and mechanisms of carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae co-harboring blaKPC and blaNDM: implications for public health threat mitigation / Q. Wang, Y. Liu, R. Chen, M. Zhang, Z. Si, Y. Wang, Y. Jin, Y. Bai, Z. Song, X. Lu, M. Hao, Y. Hao // Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials. - 2024. - Vol. 23, № 1. - P. 27.

256. Westblade, L. F. Bacterial coinfections in coronavirus disease 2019 / L. F. Westblade, M. S. Simon, M. J. Satlin // Trends in Microbiology. - 2021. - Vol. 29, № 10. - P. 930-941.

257. Wu, H. Y. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) associated bacterial coinfection: Incidence, diagnosis and treatment / H. Y. Wu, P. H. Chang, K. Y. Chen, I. F. Lin, W. H. Hsih, W. L. Tsai, J. A. Chen, S. S. Lee; GREAT working group // Journal of microbiology, immunology, and infection. - 2022. - Vol. 55, № 6 Pt. 1. - P. 985-992.

258. Wu, Z. Characteristics of and important lessons from the coronavirus disease

2019 (COVID-19) outbreak in China: summary of a report of 72314 cases from the Chinese center for disease control and prevention / Z. Wu, J. M. McGoogan // Journal of the American Medical Association. - 2020. - Vol. 323, № 13. - Р. 1239-1242.

259. Xu, R. Molecular basis and evolutionary cost of a novel macrolides/lincosamides resistance phenotype in Staphylococcus haemolyticus / R. Xu, Q. Wang, S. Wu, H. Wang, T. Song, C. Zhao, M. Wang, H. Du, H. Zhang // Microbiology Spectrum. - 2023. - Vol. 11, № 5. - Р. e00441-23.

260. Yang, X. Functional characterization of plasmid-borne rmpADC homologues in Klebsiella pneumoniae / X. Yang, X. Liu, E. W. Chan, R. Zhang, S. Chen // Microbiology Spectrum. - 2023. - Vol. 11, № 3. - P. e0308122.

261. Yao, S. Harnessing the Native Type I-F CRISPR-Cas System of Acinetobacter baumannii for Genome Editing and Gene Repression / S. Yao, X. Wu, Y. Li, Y. Song, C. Wang, G. Zhang, J. Feng // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2023. - Vol. 62, № 5. - P. 106962.

262. Yihunie, B. W. Mechanism of antibacterial resistance, strategies and next-generation antimicrobials to contain antimicrobial resistance: a review / B. W. Yihunie, G. Melese, T. B. Addis, T. Z. Hibstu, D. Abebe, Z. T. Ketsela, A. R. Belete, G. A. Abie, F. Abebe, Y. Getasew, T. Adane, A. Yibeltal // Frontiers in Pharmacology. - 2024. - Vol. 15. - P. 1444781

263. Yu, F. Measures for diagnosing and treating infections by a novel coronavirus responsible for a pneumonia outbreak originating in Wuhan, China / F. Yu, L. Du, D. M. Ojcius, C. Pan, S. Jiang // Microbes and Infection. - 2020. -Vol. 22, № 2. - P. 74-79.

264. Zheng, Y. Y. COVID-19 and the cardiovascular system / Y. Y. Zheng, Y. T. Ma, J. Y. Zhang, X. Xie // Nature Reviews Cardiology. - 2020. - Vol. 17, № 5. -P. 259-260.

265. Zhou, P. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin / P. Zhou, X. L. Yang, X. G. Wang, B. Hu, L. Zhang, W. Zhang, H. R. Si, Y. Zhu, B. Li, C. L. Huang, H. D. Chen, J. Chen, Y. Luo, H. Guo,

R. D. Jiang, M. Q. Liu, Y. Chen, X. R. Shen, X. Wang, X. S. Zheng, K. Zhao, Q. J. Chen, F. Deng, L. L. Liu, B. Yan, F. X. Zhan, Y. Y. Wang, G. F. Xiao, Z. L. Shi // Nature. - 2020. - Vol. 579, № 7798. - P. 270-273.

266. Zhu, J. An outbreak of ST859-K19 carbapenem-resistant hypervirulent Klebsiella pneumoniae in a Chinese teaching hospital / J. Zhu, X. Jiang, L. Zhao, M. Li // mSystems. - 2022. - Vol. 7, № 3. - P. e0129721.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение № 1

Характеристика изолятов, внесенных в «Национальный интерактивный каталог патогенных микроорганизмов и биотоксинов»

№ п/п № штамма Наименование патогена Локус Год рождения Дата проведения анализа № в интерактивном каталоге SARS-CoV-2

1 425-20 E. faecium НДП 28.09.1938 22.09.2020 рк-0043 0

2 64-20 E. faecium НДП 1927 г.р. 25.05.2020 рк-0205 1

3 342-20 E. faecium НДП 03.10.1960 21.08.2020 рк-0206 0

4 133-20 E. faecium НДП 12.02.1987 15.06.2020 рк-0212 1

5 370-20 E. faecium НДП 19.08.1948 03.09.2020 рк-0257 1

6 211-2020 S. haemolyticus НДП 21.11.1960 20.07.2020 рк-0053 1

7 212-2020 S. haemolyticus НДП 1974 г.р. 20.07.2020 рк-0054 1

8 307-2020 S. haemolyticus НДП 14.02.1967 10.08.2020 рк-0055

9 351-2020 S. haemolyticus НДП 07.11.1948 25.08.2020 рк-0057 1

10 437-2020 S. haemolyticus НДП 25.04.1905 25.09.2020 рк-0058 1

11 425-2020 S. haemolyticus НДП 28.09.1938 22.09.2020 рк-0060 1

12 309-2020 S. haemolyticus НДП 01.01.1946 10.08.2020 рк-0062

13 452-20 S. haemolyticus НДП 13.05.1960 30.09.2020 рк-0207 1

14 370-20 S. haemolyticus НДП 19.08.1948 03.09.2020 рк-0208 1

15 408-20 S. haemolyticus НДП 05.08.1964 15.09.2020 рк-0209 1

16 44-2022 K. pneumoniae НДП 17.01.1939 20.01.2022 рк-0073 1

17 1541-21 K. pneumoniae НДП 06.01.1955 22.10.2021 рк-0270 1

18 67-22 K. pneumoniae НДП 22.05.1941 12.01.2022 рк-0074 1

19 110-22 K. pneumoniae НДП 14.02.1932 17.01.2022 рк-0075 1

20 174-22 K. pneumoniae НДП 14.01.1938 25.01.2022 рк-0079 1

21 199-22 K. pneumoniae НДП 29.12.1939 28.01.2022 рк-0080 1

22 266-22 K. pneumoniae НДП 1959 г.р. 09.02.2022 рк-0081 1

23 255-22 K. pneumoniae НДП 1963 г.р. 04.02.2022 рк-0082

24 279-22 K. pneumoniae НДП 05.10.1958 11.02.2022 рк-0083 1

25 337-22 K. pneumoniae НДП 03.02.1948 21.02.2022 рк-0085

26 372-22 K. pneumoniae НДП 19.12.1938 28.02.2022 рк-0086 1

27 464-22 K. pneumoniae НДП 26.01.1958 16.03.2022 рк-0088

28 467-22 K. pneumoniae НДП 15.08.1946 17.03.2022 рк-0089 1

29 468-22 K. pneumoniae НДП 15.08.1946 17.03.2022 рк-0090 1

30 485-22 K. pneumoniae НДП 28.11.1943 21.03.2022 рк-0091 1

31 486-22 K. pneumoniae НДП 19.09.1942 21.03.2022 рк-0092 1

32 1752-21 K. pneumoniae НДП 1936 г.р. 16.11.2021 рк-0133 1

33 1561-21 K. pneumoniae НДП 1958 г.р. 25.10.2021 рк-0134 1

34 1735-21 K. pneumoniae НДП 1949 г.р. 15.11.2021 рк-0136 1

35 43-22 K. pneumoniae НДП 14.10.2029 10.01.2022 рк-0211 0

36 1304-21 K. pneumoniae НДП 02.10.1957 27.09.2021 рк-0258 1

№ п/п № штамма Наименование патогена Локус Год рождения Дата проведения анализа № в интерактивном каталоге SARS-CoV-2

37 1081-21 K. pneumoniae НДП 04.04.1945 17.08.2021 рк-0259 1

38 1845-21 K. pneumoniae НДП 14.02.1961 29.11.2021 рк-0260 1

39 1455-21 K. pneumoniae НДП 24.01.1947 15.10.2021 рк-0261 1

40 1778-21 K. pneumoniae НДП 08.03.1946 19.11.2021 рк-0262 0

41 1079-21 K. pneumoniae НДП 07.04.1957 17.08.2021 рк-0263 1

42 1627-21 K. pneumoniae НДП 12.12.1963 01.11.2021 рк-0264 0

43 1382-21 K. pneumoniae НДП 24.10.1974 08.10.2021 рк-0265 0

44 1584-21 K. pneumoniae НДП 26.02.1984 27.10.2021 рк-0266 1

45 1381-21 K. pneumoniae НДП 30.07.1937 08.10.2021 рк-0267 1

46 1054-21 K. pneumoniae НДП 18.04.1961 10.08.2021 рк-0269 1

47 263-22 A. baumannii НДП 1936 г.р. 08.02.2022 рк-0063 1

48 371-22 A. baumannii НДП 19.05.1951 28.02.2022 рк-0065 0

49 434-22 A. baumannii НДП 25.12.1935 11.03.2022 рк-0066 1

50 464-22 A. baumannii НДП 26.01.1958 16.03.2022 рк-0067 0

51 486-22 A. baumannii НДП 19.09.1942 21.03.2022 рк-0068 1

52 494-22 A. baumannii НДП 07.08.1979 23.03.2022 рк-0069 0

53 497-22 A. baumannii НДП 27.11.2029 30.03.2022 рк-0070 1

54 503-22 A. baumannii НДП 11.10.1949 01.04.2022 рк-0071 0

55 514-22 A. baumannii НДП 23.09.2009 13.04.2022 рк-0072 0

56 1264-21 A. baumannii НДП 02.04.2003 21.09.2021 рк-0132 1

57 1453-21 A. baumannii НДП 28.12.1971 14.10.2021 рк-0129 1

58 1645-21 A. baumannii НДП 02.06.1970 03.11.2021 рк-0130 1

59 1736-21 A. baumannii НДП 02.05.1955 15.11.2021 рк-0131 1

60 1430-21 A. baumannii НДП 30.12.1984 13.10.2021 рк-0210 1

61 126-20 A. baumannii НДП 01.12.1962 10.06.2020 рк-0247 1

62 1418-21 A. baumannii НДП 24.04.1952 11.10.2021 рк-0248 1

63 1812-21 A. baumannii НДП 25.09.1940 24.11.2021 рк-0249 1

64 1846-21 A. baumannii НДП 05.04.1954 29.11.2021 рк-0250 1

65 1081-21 A. baumannii НДП 04.04.1945 17.08.2021 рк-0251 1

66 1412-21 A. baumannii НДП 27.11.1946 11.10.2021 рк-0252 1

67 1633-21 A. baumannii НДП 10.02.1939 01.11.2021 рк-0253 1

68 1701-21 A. baumannii НДП 02.06.1970 11.11.2021 рк-0254 1

69 1516-21 A. baumannii НДП 02.09.1954 20.10.2021 рк-0256 1

70 786-20 E. faecium легкое 01.01.1950 24.09.2020 рк-0049 -

71 885-20 E. faecium легкое 15.08.1946 12.10.2020 рк-0050 -

72 947-20 E. faecium легкое 27.01.1968 19.10.2020 рк-0052 -

73 296-2022 K. pneumoniae легкое 14.09.1970 23.03.2022 рк-0103 -

74 333-2022 K. pneumoniae легкое 06.06.1971 31.03.2022 рк-0104 -

75 334-2022 K. pneumoniae легкое 07.01.1940 31.03.2022 рк-0105 -

76 337-22 K. pneumoniae легкое 10.06.1967 01.04.2022 рк-0106 -

№ п/п № штамма Наименование патогена Локус Год рождения Дата проведения анализа № в интерактивном каталоге SARS-CoV-2

77 346-22 K. pneumoniae легкое 29.09.1939 05.04.2022 рк-0107 -

78 373-22 K. pneumoniae легкое 27.08.1949 12.04.2022 рк-0108 -

79 745-20 K. pneumoniae легкое 04.04.1971 09.09.2020 рк-0109 -

80 882-20 K. pneumoniae легкое 10.12.1935 12.10.2020 рк-0111 -

81 1192-23 K. pneumoniae легкое - 13.11.2023 рк-0922 -

82 1053-23 K. pneumoniae легкое 10.08.1965 06.10.2023 рк-0926 -

83 1193-23 K. pneumoniae легкое 13.06.1983 13.11.2023 рк-0927 -

84 954-23 K. pneumoniae легкое 25.09.1940 15.09.2023 рк-0941 -