Разработка альтернативного каркасного белка на основе 5OS рибосомального белка L35Ae из экстремофильной археи Pyrococcus horikoshii тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Ломоносова, Анна Викторовна

  • Ломоносова, Анна Викторовна
  • кандидат науккандидат наук
  • 2017, Пущино
  • Специальность ВАК РФ03.01.03
  • Количество страниц 183
Ломоносова, Анна Викторовна. Разработка альтернативного каркасного белка на основе 5OS рибосомального белка L35Ae из экстремофильной археи Pyrococcus horikoshii: дис. кандидат наук: 03.01.03 - Молекулярная биология. Пущино. 2017. 183 с.

Оглавление диссертации кандидат наук Ломоносова, Анна Викторовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

1 ВВЕДЕНИЕ

1.1 Актуальность темы исследования

1.2 Цель и задачи исследования

1.3 Научная новизна

1.4 Теоретическая и практическая значимость работы

1.5 Методология и методы исследования

1.6 Положения, выносимые на защиту

1.7 Степень достоверности и апробация результатов

2 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1 Экстремофильные белки

2.1.1 Белки гипертермофильного происхождения

2.1.2 Применение термофильных/гипертермофильных белков

2.2 Рибосомальные белки: белки Ь35Ае

2.2.1 Рибосомальные белки

2.2.2 Рибосомальный белок Ь35Ае (еЬ33)

2.3 Специфично связывающие белковые молекулы и их комбинаторные библиотеки

2.3.1 Системы селекции из комбинаторных библиотек специфично связывающих белков

2.3.2 Метод фагового дисплея. Основные принципы

2.4 Антитела

2.4.1 Иммуноглобулины. Классификация, строение и применение иммуноглобулинов

2.4.2 Фрагменты иммуноглобулинов

2.4.3 Комбинаторные библиотеки на основе фрагментов иммуноглобулинов. Применение фрагментов иммуноглобулинов

2.5 Альтернативные каркасные белки

2.5.1 Искусственно созданные альтернативные каркасные белки

2.5.2 Альтернативные каркасные белки на основе природных белковых молекул и библиотеки на их основе

2.5.3 Альтернативные каркасные белки, полученные на основе белковых

структур экстремофильного происхождения

2.5.4. Применение альтернативных связывающих белков

3 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1 Материалы

3.1.1 Химические реактивы и реагенты, ферменты и белковые препараты

3.1.2 Буферные растворы

3.1.3 Среды

3.1.4 Бактериальные штаммы и векторы

3.1.5 Клеточные линии млекопитающих

3.1.6 Рекомбинантные гены и праймеры

3.1.7 Прочие расходные материалы

3.2 Методы

3.2.1 Получение мутантных форм Ь35Ае и анализ их структурных свойств

3.2.1.1 Расчет энергии электростатических взаимодействий в гШТ Ь35Ае и его мутантных формах

3.2.1.2 Электрофорез в геле агарозы

3.2.1.3 Получение мутантных форм на основе гШТ Ь35Ае: Ь35Ае 6Х и Ь35Ае 10Х

3.2.1.4 Экспрессия и выделение рекомбинантных Ь35Ае методами металл-аффинной и ионообменной хроматографии

3.2.1.5 Определение вторичной структуры рекомбинантных Ь35Ае методом

кругового дихроизма

3.2.1.6. Определение термостабильности рекомбинантных Ь35Ае методом дифференциальной сканирующей микрокалориметрии

3.2.1.7 Изучение устойчивости рекомбинантных Ь35Ае к денатурации гуанидин гидрохлоридом

3.2.1.8 Изучение олигомеризации и агрегации рекомбинантных Ь35Ае методом химического «сшивания» глутаровым альдегидом

3.2.1.9 Изучение олигомеризации и агрегации рекомбинантных Ь35Ае методом динамического рассеяния света

3.2.1.10 Гель-фильтрация образцов Ь35Ае

3.2.1.11 Исследование взаимодействия рекомбинантных Ь35Ае с клеточной

линией млекопитающих НЕК 293

3.2.2 Конструирование и сборка комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х и оценка ее функциональности

3.2.2.1 1п зШсо анализ и выбор потенциальных сайтов рандомизации Ь35Ае 10Х

3.2.2.2 Конструирование, сборка и амплификация комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х

3.2.2.3 Характеризация комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х

3.2.2.4 Селекция клонов, специфичных к лизоциму куриного яйца, из комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х

3.2.2.5 Непрямой иммуноферментный анализ поликлональных и моноклональных фаговых частиц из комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х, обогащенной на лизоциме куриного яйца

3.2.2.6 Клонирование в растворимом формате АСБ Ь4 и Ь7

3.2.2.7 Экспрессия и выделение АСБ Ь4/Ь7 и Ь35Ае 10Х-шуе

3.2.2.8 Определение активности препаратов АСБ Ь4 и Ь7 методом непрямого иммуноферментного анализа

3.2.2.9 Сравнение устойчивости рекомбинантных АСБ Ь4/Ь7 и Ь35Ае 10Х-тус к денатурации гуанидин гидрохлоридом

3.2.2.10 Сравнение склонности к олигомеризации и агрегации АСБ Ь4/Ь7 и Ь35Ае 10Х-тус методом химического «сшивания» глутаровым альдегидом

3.2.2.11 Определение равновесных констант диссоциации АСБ Ь4 и Ь7 методом поверхностного плазмонного резонанса

4 РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

4.1 Оптимизация структуры гШТ Ь35Ае

4.1.1 Структурные свойства rWT L35Ae

4.1.2 Изучение взаимодействия гШТ Ь35Ае с клеточной линией млекопитающих НЕК293

4.1.3 Оптимизация структуры гШТ Ь35Ае методом направленного мутагенеза с целью снижения его взаимодействия с мембранами клеток линии НЕК293 и склонности к агрегации

4.1.4 Сравнение структурных свойств гШТ Ь35Ае и его мутантной формы Ь35Ае 10Х

4.2 Конструирование и сборка комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х и оценка ее функциональности

4.2.1 Сборка и амплификация комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х

4.2.2 Характеризация комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х

4.2.3 Селекция АСБ к лизоциму куриного яйца из комбинаторной фаговой библиотеки вариантов Ь35Ае 10Х и их характеризация

4.2.4 Анализ физико-химических свойств индивидуальных АСБ в растворимом формате, селектированных по сродству к лизоциму куриного яйца

5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ

6 ВЫВОДЫ

7 СПИСОК ОСНОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ

8 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

9 БЛАГОДАРНОСТИ

183

Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка альтернативного каркасного белка на основе 5OS рибосомального белка L35Ae из экстремофильной археи Pyrococcus horikoshii»

1 ВВЕДЕНИЕ

1.1 Актуальность темы исследования

Незаменимым инструментом, используемым в диагностике, терапии и лабораторных исследованиях, являются белковые молекулы, обладающие способностью специфично связывать определенные мишени. В 20 веке в качестве таких специфично связывающих белков (ССБ) применяли моноклональные и поликлональные антитела (иммуноглобулины) животных и человека. Интенсивное развитие белковой инженерии во второй половине прошлого века привело к возникновению такой отрасли биотехнологии, как инженерия рекомбинантных антител в различных форматах, в том числе, минимальных (мини-антител), а также к созданию комбинаторных библиотек мини-антител, из которых получают связывающие молекулы к различным мишеням для диагностики, терапии, тест-систем и лабораторных исследований. Несмотря на большую популярность и распространенное использование, иммуноглобулины и их различные минимальные формы обладают рядом недостатков. Для получения моноклональных антител применяется довольно дорогостоящая, время- и трудо-затратная гибридомная технология; продукция рекомбинантных моноклональных антител из-за их большого молекулярного веса, сложной мульти-субъединичной структуры и обязательной посттрансляционной модификации требует дорогостоящих эукариотических систем экспрессии; крупные размеры антител ограничивают их доступ к части участков антигенов, а также сопряжены с низкой проникающей способностью; рекомбинантные мини-антитела легко экспрессируются в бактериальных системах, что значительно снижает их себестоимость, но обладают низкой структурной стабильностью, которая во многом зависит от правильности формирования внутримолекулярных дисульфидных мостиков и дополнительных стабилизирующих факторов (например, наличия в структуре константных доменов), что значительно усложняет их продуктивную наработку.

Недостатки, которыми обладают антитела, позволяет «обойти» новая отрасль белковой инженерии, появившееся в конце прошлого века, направленная на конструирование альтернативных связывающих белков (АСБ) на основе иммуноглобулин-подобных и неиммуноглобулиновых белковых структур, так называемых «альтернативных каркасных белков» (АКБ), или «скэффолдов»

(scaffolds). В основе АКБ лежит сравнительно компактный стабильный белковый каркас, несущий полипептидные участки, подвергаемые генетической рандомизации для достижения широкого репертуара (105-1013) структур с нативноподобной стабильностью. Селекция из такой комбинаторной библиотеки структур, отличающихся вариабельной частью АКБ, направленная на достижение максимального сродства к мишени, позволяет получать альтернативные связывающие белки (АСБ), сравнимые с антителами по сродству и селективности взаимодействия с мишенью, но обладающие рядом преимуществ: низкой молекулярной массой (ниже, примерно, на порядок величины, характерной для антител), простой субъединичной структурой, повышенной стабильностью, отсутствием необходимости посттрансляционных модификаций и малой предрасположенностью к агрегации. Перечисленные свойства позволяют эффективно нарабатывать АСБ в бактериальных системах экспрессии, обеспечивая низкую себестоимость их производства. Благодаря малым размерам, АСБ лучше проникают в здоровые и опухолевые ткани, способны взаимодействовать с недоступными для антител эпитопами, а также более селективно блокировать центры связывания отдельных лигандов в мультилигандных рецепторах.

Эти привлекательные свойства АСБ объясняют появление нескольких десятков АКБ, основанных на искусственных (Top7) или природных белковых структурах. К наиболее разработанным из них относят Adnectin, Affibody, Anticalin и DARPin. Хотя многие АКБ находятся еще на стадии разработки/испытаний, некоторые АСБ уже нашли применение в биотехнологии и биоаналитике для детекции и хроматографического разделения молекул, в биохимических и клеточных исследованиях в качестве ингибиторов/антагонистов и агентов, облегчающих кристаллизацию белков, а также в диагностике. В настоящее время несколько терапевтических АСБ проходят клинические испытания: Angiocal (PRS-050, для лечения твердых опухолей за счет связывания VEGF-A), MP0112 (для лечения диабетического отека макулы и экссудативной формы возрастной макулярной дегенерации за счет связывания VEGF), Angiocept (CT-322/BMS-844203, для лечение твердых опухолей путем ингибирования VEGFR-2 рецептора) и т. д. Одно из лекарственных средств на основе АКБ, Kalbitor/Ecallantide,

предназначенное для купирования острых приступов отёка Квинке, уже вышло на мировой рынок.

Доказанная способность АСБ дополнять антитела или конкурировать с ними делает актуальным оптимизацию существующих и разработку новых АКБ. Последний вариант особенно заманчив, так как позволяет обходить существующие патенты, связанные с АКБ.

Поскольку создание комбинаторных библиотек на основе АКБ включает в себя экстенсивный мутагенез, способный серьезно нарушить структуру и стабильность белка, для конструирования АКБ подходят лишь белки, успешно сохраняющие стабильность при внесении многочисленных аминокислотных замен, делеций и вставок. В этом отношении особенно привлекательны белковые молекулы, происходящие из экстремофильных организмов, обладающие структурной стабильностью, существенным образом превышающей таковую для их мезофильных аналогов. Некоторые из известных АКБ были разработаны именно на основе белков из экстремофилов, включая Sso7d и Sac7d из термоацидофильных архей Sulfolobus solfataricus и Sulfolobus acidocaldarius, соответственно. Поскольку использование обоих белков в качестве АКБ было запатентовано, представляется перспективным создание АКБ на основе других белков из экстремофилов.

1.2 Цель и задачи исследования

Целью настоящей работы является разработка оригинального неиммуноглобулинового альтернативного каркасного белка на основе 50S рибосомального белка L35Ae (eL33) из гипертермофильной археи Pyrococcus horikoshii. Выбор белка обусловлен рядом факторов, благоприятствующих использованию белка для разработки АКБ, включая малый размер, потенциально высокую структурную стабильность, наличие укладки цепи, не использованной ранее для создания АКБ, а также присутствию в структуре белка CDR-подобных участков. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

1. Наработка в E. coli, выделение и физико-химическая характеризация рекомбинантного белка L35Ae дикого типа (rWT).

2. Оптимизация свойств гШТ Ь35Ае методом точечного мутагенеза, направленная на коррекцию характеристик белка, критически важных для разработки АКБ.

3. Выбор участков оптимизированного белка Ь35Ае, перспективных для использования в качестве антигенсвязывающего центра белка.

4. Конструирование комбинаторной фаговой библиотеки путем рандомизации аминокислотных остатков, выбранных в качестве паратопной области оптимизированного белка Ь35Ае.

5. Апробация фаговой библиотеки вариантов оптимизированного белка Ь35Ае посредством селекции методом фагового дисплея клонов, специфичных к модельному антигену, лизоциму куриного яйца.

6. Характеризация физико-химических и функциональных свойств полученных вариантов белка Ь35Ае, специфичных к лизоциму.

1.3 Научная новизна

В рамках представленной работы впервые были исследованы и оптимизированы физико-химические свойства рекомбинантного 508 рибосомального белка Ь35Ае из гипертермофильной археи Р. копкоъки («гШТ Ь35Ае»), с последующим конструированием на его основе и апробацией на модельной мишени комбинаторной библиотеки структур Ь35Ае.

С целью снижения сродства гШТ Ь35Ае к поверхности клеточной линии НЕК293 и склонности белка к агрегации методом рационального дизайна получена мутантная форма Ь35Ае 10Х, сохранившая вторичную структуру и стабильность, но не проявляющая сродство к поверхности клеток НЕК293, обладающая пониженной склонностью к агрегации, при повышенной предрасположенности к олигомеризации.

Впервые с применением петлевой рандомизации разработана комбинаторная фаговая библиотека вариантов Ь35Ае 10Х с репертуаром 2*108, из которой методом фагового дисплея получены два АСБ, специфичных к модельной мишени - лизоциму куриного яйца. Отобранные АСБ демонстрируют повышенную, в сравнении с Ь35Ае 10Х, структурную стабильность, при возросшей склонности к агрегации.

Совокупность полученных в работе данных свидетельствует о перспективности использования белка Ь35Ае в качестве основы для конструирования АКБ. Поскольку белок Ь35Ае обладает фолдом, не использованным ранее при создании АКБ, он является оригинальным АКБ, подлежащим дальнейшей разработке и апробации с использованием других антигенраспознающих участков и более широкого спектра мишеней.

1.4 Теоретическая и практическая значимость работы

Проделанная работа позволила приблизиться к получению уникального АКБ - основы АСБ, обладающих коммерческим потенциалом в качестве агентов детекции для тест-систем, лабораторных исследований и диагностики.

1.5 Методология и методы исследования

Работа выполнена с использованием современного оборудования и методов молекулярной биологии (молекулярное клонирование и мутагенез), биотехнологии (рекомбинантная экспрессия белков и фаговый дисплей), биохимии (хроматографическое разделение белковых молекул и электрофорез белков в полиакриламидном геле, непрямой иммуноферментный анализ и т.д.) и биофизики (флуориметрия, дифференциальная сканирующая микрокалориметрия, спектроскопия кругового дихроизма и т.д.).

1.6 Положения, выносимые на защиту

1. Изучены физико-химические свойства гШТ Ь35Ае.

2. Методом точечного мутагенеза проведена коррекция свойств гШТ Ь35Ае, не удовлетворяющих основным характеристикам АКБ, включая склонность к агрегации и взаимодействию с поверхностью клеток НЕК293.

3. Анализ консервативности первичной структуры белков Ь35Ае архей позволил выбрать участки аминокислотной последовательности белка Ь35Ае, подлежащие рандомизации с целью формирования паратопной области белка.

4. Получена комбинаторная фаговая библиотека вариантов Ь35Ае с рандомизированной паратопной областью.

5. Продемонстрирована функциональность полученной комбинаторной библиотеки вариантов Ь35Ае в ходе ее апробации на модельном антигене.

6. Полученная мутантная форма L33Ae отвечает основным требованиям, предъявляемым к АКБ, и может служить оригинальным АКБ при рандомизации CDR-подобных участков белка.

1.7 Степень достоверности и апробация результатов

Цели, поставленные в работе, достигнуты, сделанные в работе выводы обоснованы. Результаты работы опубликованы в рецензируемых научных журналах и представлены на российских и международных конференциях, а также доложены на расширенном семинаре Пущинского научного центра РАН. Публикации в научных журналах:

1. Lomonosova A.V., Ovchinnikova E.V., Kazakov A.S., Denesyuk A.I., Sofin A.D., Mikhailov R.V., Ulitin A.B., Mirzabekov T.A., Permyakov E.A., Permyakov S.E. Extremophilic 30S ribosomal RNA-binding protein L33Ae as a basis for engineering of an alternative protein scaffold // PLoS One. 2013, Aug 6. Vol. 10. №8. e0134906. doi: 10.1371/journal.pone, 0134906, eCollection 2013. P. 1-21.

2. Lomonosova A.V., Ulitin A.B., Kazakov A.S., Mirzabekov T.A., Permyakov E.A., Permyakov SE. Derivative of Extremophilic 30S Ribosomal Protein L33Ae as an Alternative Protein Scaffold // PLoS One. 2017, Jan 19. Vol. 12 . №1. e0170349. doi: 10.1371/journal.pone, 0170349, eCollection 2017. P. 1-21.

Тезисы конференций:

1. Ломоносова А. В. Создание альтернативного каркасного белка на основе 50S рибосомального белка L35Aе из Pyrococcus horikoshii. // XXI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов - 2014». - Сборник тезисов - Секция биология - Москва, 7-11 апреля 2014, С. 252..

2. Ломоносова А.В., Улитин А.Б., Овчинникова Е.В., Казаков А.С., Соколов А.С., Пермяков С.Е. Создание альтернативного каркасного белка на основе 50S рибосомального белка L35Aе из Pyrococcus horikoshii. // XVII Всероссийская медико-биологическая конференция молодых исследователей (с международным участием) «Фундаментальная наука и клиническая медицина - Человек и его здоровье». - Сборник тезисов - Санкт-Петербург, 19 апреля 2014, С. 272.

2 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1 Экстремофильные белки

Экстремофилы - организмы/микроорганизмы (бактерии, археи, эукариоты), приспособленные жить и размножаться в экстремальных (неблагоприятных для большинства живых организмов) условиях окружающей среды. Открытие экстремофильных организмов вызвало большой интерес исследователей, так как белки экстремофильного происхождения обладают уникальными свойствами и остаются функциональными в жестких условиях. В зависимости от условий обитания экстремофилы подразделяются на следующие классы (de Champdore et al., 2007):

• термофилы и гипертермофилы (температура среды обитания до 75°C и 115°C, соответственно);

• психрофилы (низкие температуры среды обитания от -10°C до +15°C);

• ацидофилы и алкалифилы (обитают в кислых (pH 0-1) (Matin et al., 1999) и щелочных средах (pH 10-12), соответственно);

• халофилы (живут в средах с высокой концентрацией солей (5-30%));

• металлофилы (существуют в среде обитания с высокой концентрацией ионов металлов);

• радиофилы (обитают в средах с высоким уровнем радиоактивного излучения) и т. д.

Белки экстремофильного происхождения представляют собой ценный источник молекул, в особенности, ферментов, применяемых в биокатализе и других биотехнологических процессах. Из них наиболее изученными являются белковые молекулы из термофилов и гипертермофилов (de Champdore et al., 2007), которые, благодаря своей высокой термостабильности и устойчивости к химической денатурации хаотропными агентами, детергентами, органическими растворителями и экстремальным значениям pH среды, нашли применение в биотехнологии и индустрии (Nucci et al., 1995; D'Auria et al., 1996; D'Auria et al., 1998). Эти белки используют также в качестве моделей при конструировании белковых молекул с новыми свойствами (Cowan, 1992) и для фундаментальных исследований факторов, определяющих стабильность белковой структуры (Van den Burg et al., 1998).

Рассмотрим более подробно белки из термофильных/гипертермофильных организмов.

2.1.1 Белки гипертермофильного происхождения

Микроорганизмы, чья оптимальная температура роста варьирует от 80°С до 115°С, называются гипертермофилами (Vieille and Zeikus, 2001). Гипертермофильные организмы представлены только в двух доменах: эубактерии, Eubacteria, (Thermotoga и Aquifex) и археи, Archaea, (подразделяется на Crenarchaeota (Sulfolobus, Desulfurococcus, Pyrodictium, Thermofilum, Thermoproteus и Pyrolobus) и Euryarchaeota (Methanococcus, Thermococcus, Methanopyrus и Pyrococcus)) (de Miguel Bouzas et al., 2006; Mukaiyama and Takano, 2009). Большинство из них морского происхождения, однако некоторые были найдены в континентальных термальных источниках и сольфатарах, а также глубоких геотермических нефтесодержащих слоях земли (Ladenstein and Antranikian, 1998; Charlier and Droogmans, 2003; de Miguel Bouzas et al., 2006). На сегодняшний день описано более 70 видов гипертермофильных организмов (de Miguel Bouzas et al., 2006), показано, что они являются наиболее медленно эволюционирующими организмами (Ladenstein and Antranikian, 1998).

Белки гипертермофильного происхождения обычно обладают более высокой стабильностью, чем их мезофильные гомологи, поэтому изучение стабилизирующих их факторов позволяет получить сведения об основных механизмах стабилизации нативной конформации белковых молекул (Vieille and Zeikus, 2001). Рассмотрим ключевые факторы стабильности белковых молекул гипертермофильного происхождения.

Первичная структура. Сравнительное исследование первичной структуры термофильных белков и их мезофильных гомологов показало, что между ними существует высокая степень гомологии, в то время как отличия, вероятно, являются результатом филогенетического расхождения (Kumar et al., 2000) и играют существенную роль в определении термостабильности белков. Vieille и Zeikus обнаружилили, что взаимодействия аминокислотных остатков, стабилизирующие структуру гипретермофильных белков, всегда осуществляются в менее консервативных участках (Vieille and Zeikus, 2001). В термофильных белках меньше термолабильных аминокислотных остатков, нестабильных при

температурах выше 80°C (цистеин, метионин, серин, треонин, аспарагин, глутамин (Siddiqui et al., 2008), а также аминокислотных остатков, дестабилизирущих элементы вторичной структуры (Kumar et al., 2000).

Рассмотрим роль индивидуальных аминокислотных остатков в стабилизации термофильных белковых структур. Авторы (Watanabe et al., 1997) считают, что остатки пролина, присутствующие в петлевых участках, увеличивают термостабильность белков, благодаря уменьшению конформационной энтропии денатурированного состояния. Напротив, рядом авторов (Kumar et al., 2000) было обнаружено, что в термостабильных белках и их мезофильных гомологах количество пролина в петлевых участках примерно одинаково. Подверженность цистеина окислению при высокой температуре позволяет предположить, что гипертермофильные белки должны содержать меньше остатков этой аминокислоты, чем их мезофильные гомологи (Matsumura et al., 1989, Vieille and Zeikus, 2001), что и обнаружено на самом деле (Kumar et al., 2000): количество остатков цистеина составляет 0,6% и 1%, для термофильных и мезофильных белков, соответственно. Эти же авторы (Kumar et al., 2000) показали снижение содержания остатков серина для термофильных белков по сравнению с их мезофильными гомологами (4,0% и 5,5%, соответственно), и повышение содержания остатков аргинина (4,6% и 3,6 %, соответственно) и тирозина (4,5% и 3,7%, соответственно), а также увеличение числа а-спиральных участков для термофильных белков, по сравнению с их мезофильными гомологами. а-Спиральные участки в них отличается и по аминокислотному составу, а именно, происходит увеличение содержания аргинина (5,5% и 3,9%, соответственно), а содержание цистеина (0,1% и 0,8%, соответственно), гистидина (2,0% и 3,3%, соответственно) и пролина (0,7% и 1,3%, соответственно) - снижается. Статистический анализ (Vieille and Zeikus, 2001) термофильных белков, по сравнению с их мезофильными гомологами, обнаруживает тенденцию замены глицина на аланин и лизина на аргинин, а также несколько большее содержание ароматических и гидрофобных аминокислотных остатков в термофильных белках. Напротив, данные (Kumar et al., 2000) свидетельствуют о том, что для термофильных белков и их мезофильных гомологов характерно практически одинаковое содержание гидрофобных аминокислотных остатков.

Гидрофобность и плотность укладки структуры. В настоящее время нельзя определенно сказать, что более плотная укладка и сниженная гидрофобность поверхности являются универсальными факторами стабилизации термофильных белков. Так, Vieille и Zeikus (Vieille and Zeikus, 2001) обнаружили у термофильных белков уменьшение доступных растворителю гидрофобных поверхностей, по сравнению с их мезофильными гомологами, в то время, как работа (Kumar et al., 2000) свидетельствует об отсутствии различий в гидрофобности структуры. В обзорах (Karshikoff and Ladenstein, 1998; Kumar et al., 2000) было также продемонстрировано отсутствие различий в плотности укладки структуры в термофильных белках и их мезофильных гомологах, хотя Vieille с соавторами (Vieille and Zeikus, 2001) привели несколько примеров термофильных белков, обладающих большей плотностью укладки структуры, чем их мезофильные гомологи. Согласно Russell с соавторами (Russell et al., 1997), одним из возможных факторов стабилизации структуры термофильных белков является удаление/укорачивание петлевых участков.

Электростатические взаимодействия и олигомеризация. Как показано в ряде работ (Yip et al., 1995; Haney et al., 1997; Russell et al., 1997; Russell et al., 1998; Kumar et al., 2000; Vieille and Zeikus, 2001; Wong et al., 2003 и т.д.), количество электростатических взаимодействий, представленных в молекуле белка, заметно коррелирует с термостабильностью белковых структур. Для термофильных, а, в особенности, для гипертермофильных белков, по сравнению с их мезофильными гомологами, было продемонстрировано увеличение количества поверхностных электростатических взаимодействий (солевых мостиков) и сетей на основе поверхностных электростатических взаимодействий. Таким образом, именно этот механизм стабилизации является универсальным.

Кроме того, возможным, но не универсальным фактором, стабилизирующим структуру термофильных белков, может служить олигомеризация белка (Kumar et al., 2000; Vieille and Zeikus, 2001).

Таким образом, единственной характерной чертой, определяющей высокую структурную стабильность термофильных/гипертермофильных белков, в сравнении с мезофильными гомологами, является увеличение числа представленных в их структуре электростатических взаимодействий. Стабилизация

термофильных/гипертермофильных белковых молекул может осуществляется также и с помощью других дополнительных механизмов, среди которых нельзя выделить уникальные и характерные только для них.

2.1.2 Применение термофильных/гипертермофильных белков

В качестве основы для разработки белковых структур с желаемыми свойствами для индустрии и биотехнологии особое внимание исследователей привлекают природные белковые молекулы термофильного/гипертермофильного происхождения ввиду их высокой растворимости, стабильности, способности сохранять функциональность в жестких условиях (de Miguel Bouzas et al., 200б; de Champdore et al., 2007) и возможности успешной экспрессии в бактериальных (E. coli) и дрожжевых системах, что в значительной степени облегчает их наработку и выделение (D'Auria et al., 199б; Vieille and Zeikus, 2001; de Miguel Bouzas et al., 200б). Сравнение кристаллических структур рекомбинантных гипертермофильных белков со структурами их мезофильных гомологов говорит об отсутствии существенных отличий между ними (Vieille and Zeikus, 2001). Рассмотрим несколько примеров применения гипертермофильных белков.

Ферментация в биотехнологической промышленности. Благодаря способности сохранять функциональную активность в жестких условиях, многие ферменты гипертермофильного происхождения используются в процессах биокатализа в биотехнологической промышленности (Vieille and Zeikus, 2001). Так, а-амилазы из гипертермофильных организмов Pyrococcus woesei, Pyrococcus furiosus и Thermococcus profundus (Koch et al., 1991; Chung et al., 1993; Lee et al., 199б; Dong et al., 1997; Jorgensen et al., 1997) применяются в промышленности для деградации крахмала. Для этой же цели используется а-глюкозидаза из бактерии Thermotoga maritime (Raasch et al., 2000; de Miguel et al., 200б). Термостабильные пуллуланазы (для гидолдиза крахмала) из Thermococcus celer, Desulfurococcus mucosus, Staphylothermus marinus, Thermococcus agregans, Pyrococcus furiosus, Thermococcus litoralis, Thermococcus hydrothermalis и Thermotoga maritime (Gantelet and Duchiron, 1998; Bauer et al., 1999; Niehaus et al., 1999) и ксиланазы (в качестве отбеливающего агента) из Dictyoglomus thermophilum, Thermotoga sp^ Pyrococcus furiosus (Saul et al., 1993; Morris et al., 1998; Bauer et al., 1999; Xue and Shao, 2004; Li et al., 2013) нашли применение в целлюлозно-бумажной промышленности (de

Miguel Bouzas et al., 2006). Термостабильные липазы из Pyrobaculum calidifontis, Pyrococcus furiosus и Pyrococcus horikoshii используются в биокатализе в пищевой, целлюлозно-бумажной и текстильной промышленности, при проведении тонкого органического синтеза и производстве детергентов (Ikeda and Clark, 1998; Ando et al., 2002,; Hotta et al., 2002; de Miguel Bouzas et al., 2006).

Применение гипертермофильных белков в лабораторных исследованиях. Одним из первых белков термофильного происхождения, нашедших применение в лабораторных исследованиях, а именно, для проведения ПЦР, является Taq ДНК полимераза из бактерии Thermus aquaticus (Chien et al., 1976; Saiki et al., 1988). В дальнейшем для этих же целей были получены ДНК полимеразы: Pfu из Pyrococcus furiosus, Vent из Thermococcus litoralis, Pwo из Pyrococcus woesei (Cariello et al., 1991; Lundberg et al., 1991; Mattila et al., 1991; Frey and Suppmann, 1993). Широко используются ДНК лигазы термофильного происхождения: Pfu и Tcs из Pyrococcus furiosus и Thermus scodoductus, соответственно (de Miguel Bouzas et al., 2006). На сегодняшний день известно несколько протеаз из термофилов Thermotoga maritima, Thermococcus aggregans, Thermococcus celer, Thermococcus litoralis, Pyrococcus sp. KODI и Pyrococcus furiosus, также нашедших применение в лабораторных исследованиях (Klingeberg et al., 1993; Fujiwara et al., 1996; Halio et al., 1996; Harwood et al., 1997; Tsunasawa et al., 1998; de Miguel Bouzas et al., 2006).

Гипертермофильные белки, применяемые для детекции различных соединений. Одним из примеров термофильных белков, используемых для детекции, является термостабильная глюкокиназа из Bacillus Stearothermophilus, являющаяся рабочим агентом в обратимом сенсоре глюкозы (D'Auria et al., 2000). Белковые молекулы Sso7d и Sac7d из термоацидофильных архей Sulfolobus solfataricus и Sulfolobus acidocaldarius, соответственно, применяются как альтернативные каркасные белки, на основе которых сконструированы функциональные комбинаторные библиотеки альтернативных связывающих белков. Из полученных библиотек селектированы связывающие и детектирующие агенты к различным мишеням, представляющие собой привлекательную по своим свойствам замену иммуноглобулинам и их фрагментам (Mouratou et al., 2007; Gera et al., 2011).

2.2 Рибосомальные белки: белки L35Ae 2.2.1 Рибосомальные белки

В клетках всех организмов синтез белка осуществляется на рибосомах -белково-рибонуклеиновых комплексах, связывающих определенным образом матричную РНК (мРНК), аминоацил-/пептидил-тРНК (транспортные РНК) и факторы трансляции с последующим точным декодированием мРНК и синтезом белка (Ramakrishnan and White, 1998). Рибосомы состоят из двух субъединиц: большой, L (в зависимости от константы седиментации подразделяется на 60S -для эукариот и 50S - для прокариот и архей), осуществляющей связывание тРНК и опосредующей функцию транспептидации, и малой, S (40S - для эукариот и 30S -для прокариот и архей), отвечающей за связывание мРНК, ее декодирование и точность этого процесса (Ramakrishnan and White, 1998; Li, Zhang et al., 2005; Korobeinikova et al., 2012; Armache et al., 2013).

Основные элементы рибосомы и процесс ее сборки сходны во всех организмах (Ramakrishnan and White, 1998; Spahn et al., 2001; Chandramouli et al., 2008; Snyder et al., 2012). Сборка осуществляется последовательным включением в рибосомальную частицу рибосомальной РНК (рРНК) и рибосомальных белков. Вначале с рРНК специфично взаимодействуют рибосомальные белки первичного связывания, затем во взаимодействие вступают белки вторичного и третичного связывания (Held et al., 1974; Babiano and de la Cruz, 2010). Количество белковых молекул, входящих в структуру рибосомы, варьирует от 50 до 80 и зависит от принадлежности организму: так рибосомы бактерий и архей содержат 50-60 рибосомальных белков, а у эукариот их около 70 (Korobeinikova et al., 2012). В зависимости от принадлежности к S- или L-субъединице рибосомы, а также от подвижности в ходе двухмерного электрофореза, рибосомальные белки подразделяют на S- и L-белки (Wittmann, 1982). Каждый структурный белок представлен в рибосомальной частице только одной копией, за исключением димерных L7/L12 (Ramakrishnan and White, 1998). На сегодняшний день, исходя из анализа гомологии первичной структуры рибосомальных белков, выделено 102 семейства данных структур, среди которых 31 семейство содержит рибосомальные белки, встречающиеся во всех живых организмах (Wool et al., 1995; Gasteiger et al., 2003; Benson et al., 2008; Korobeinikova et al., 2012), называемые универсальными

Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная биология», 03.01.03 шифр ВАК

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Ломоносова, Анна Викторовна, 2017 год

8 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry (NC-IUB). Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences. Recommendations 1984 // Biochem J. 1985. Vol. 229 №2. P. 281-286.

2. Aggregation of therapeutic proteins. - A John Wiley & Sons, Inc, 2010.

3. The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 // Nucleic Acids Res 38(Database issue): D142-148, 2010.

4. Abedi M.R., Caponigro G. and Kamb A. Green fluorescent protein as a scaffold for intracellular presentation of peptides // Nucleic Acids Res. 1998. Vol. 26. №2. P. 623630.

5. Ahmad Z.A., Yeap S.K., Ali A.M.,. Ho W.Y, Alitheen N.B. and Hamid M. ScFv antibody: principles and clinical application // Clin Dev Immunol . 2012. P. 980250.

6. Amstutz P., Binz H.K., Parizek P., Stumpp M.T., Kohl A., Grutter M.G., Forrer P. and Pluckthun A. Intracellular kinase inhibitors selected from combinatorial libraries of designed ankyrin repeat proteins // J Biol Chem. 2005. Vol. 280. №26. P. 24715-24722.

7. Amstutz P., Koch H., Binz H.K., Deuber S.A. and Pluckthun A. Rapid selection of specific MAP kinase-binders from designed ankyrin repeat protein libraries // Protein Eng Des Sel. 2006. Vol. 19. №5. P. 219-229.

8. Ando S., Ishida H., Kosugi Y. and Ishikawa K. Hyperthermostable endoglucanase from Pyrococcus horikoshii // Appl Environ Microbiol. 2002. Vol. 68. №1. P. 430-433.

9. Arcus V.L., Baake M.J. and Steemson D. OB fold domains // I. p. i. A. (Ed.). -Australia, 2007.

10. Armache J.P., Anger A.M., Marquez V., Franckenberg S., Frohlich T., Villa E., Berninghausen O., Thomm M., Arnold G.J., Beckmann R. and Wilson D.N. Promiscuous behaviour of archaeal ribosomal proteins: implications for eukaryotic ribosome evolution // Nucleic Acids Res. 2013. Vol. 41. №2. P. 1284-1293.

11. Armache J.P., Jarasch A., Anger A.M., Villa E., Becker T., Bhushan S., Jossinet F., Habeck M., Dindar G., Franckenberg S., Marquez V., Mielke T., Thomm M., Berninghausen O., Beatrix B., Soding J., Westhof E., Wilson D.N. and Beckmann R. Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution // Proc Natl Acad Sci U S A. 2010. Vol. 107. №46. P. 19748-19753.

12. Armache J.P., Jarasch A., Anger A.M., Villa E., Becker T., Bhushan S., Jossinet F., Habeck M., Dindar G., Franckenberg S., Marquez V., Mielke T., Thomm M., Berninghausen O., Beatrix B., Soding J., Westhof E., Wilson D.N. and Beckmann R. Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-A cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome // Proc Natl Acad Sci U S A. 2010. Vol. 107. №46. P. 19754-19759.

13. Attucci, S., Gauthier A., Korkmaz B., Delepine P., Martino M.F., Saudubray F., Diot P.and Gauthier F. EPI-hNE4, a proteolysis-resistant inhibitor of human neutrophil elastase and potential anti-inflammatory drug for treating cystic fibrosis //J Pharmacol Exp Ther. 2006. Vol. 318. №2. P. 803-809.

14. Babiano R. and de la Cruz J. Ribosomal protein L35 is required for 27SB pre-rRNA processing in Saccharomyces cerevisiae // Nucleic Acids Research. 2010. Vol. 38. №15. P. 5177-5192.

15. Baggio R., Burgstaller P., Hale S.P., Putney A.R., Lane M., Lipovsek D., Wright M.C., Roberts R.W., Liu R., Szostak J.W. and Wagner R.W. Identification of epitope-like consensus motifs using mRNA display // J Mol Recognit. 2002. Vol. 15. №3. P. 126134.

16. Baker N.A., Sept D., Joseph S., Holst M.J. and McCammon J.A. Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome // Proc Natl Acad Sci U S A. 2001. Vol. 98. №18. P. 10037-10041.

17. Ban N., Beckmann R., Cate J.H., Dinman J.D., Dragon F., Ellis S.R., Lafontaine D.L., Lindahl L., Liljas A., Lipton J.M., McAlear M.A., Moore P.B., Noller H.F., Ortega J.,. Panse V.G, Ramakrishnan V., Spahn C.M., Steitz T.A., Tchorzewski M., Tollervey D., Warren A.J., Williamson J.R., Wilson D., Yonath A. and Yusupov M.A new system for naming ribosomal proteins // Curr Opin Struct Biol. 2014. Vol. 24. P. 165-169.

18. Barbas C.F. 3rd, Bain J.D., Hoekstra D.M. and Lerner R.A. Semisynthetic combinatorial antibody libraries: a chemical solution to the diversity problem // Proc Natl Acad Sci U S A. 1992. Vol. 89. №10. P. 4457-4461.

19. Barbas C.F. 3rd, Kang A.S., Lerner R.A. and Benkovic S.J. Assembly of combinatorial antibody libraries on phage surfaces: the gene III site // Proc Natl Acad Sci U S A. 1991. Vol. 88. №18. P. 7978-7982.

20. Bauer M.W., Driskill L.E., Callen W.,. Snead M.A, Mathur E.J. and Kelly R.M. An endoglucanase, EglA, from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus

hydrolyzes beta-1,4 bonds in mixed-linkage (1-->3),(1-->4)-beta-D-glucans and cellulose // J Bacteriol. 1999.Vol. 181. №1. P. 284-290.

21. Baumann, Knapp H.S., Karshikoff A., Ladenstein R. and Hard T. DNA-binding surface of the Sso7d protein from Sulfolobus solfataricus // Journal of Molecular Biology. 1995. Vol. 247. №5. P. 840-846.

22. Baumann, Knapp H.S., Lundback T., Ladenstein R. and Hard T. Solution structure and DNA-binding properties of a thermostable protein from the archaeon Sulfolobus solfataricus // Nat Struct Biol. 1994. Vol. 1. №11. P. 808-819.

23. Beatty J. D., Beatty B.G. and Vlahos W.G. Measurement of monoclonal antibody affinity by non-competitive enzyme immunoassay // J Immunol Methods. 1987. Vol. 100. №1-2. P. 173-179.

24. Behar G., Bellinzoni M., Maillasson M., Paillard-Laurance L., Alzari P.M., He X., Mouratou B.and Pecorari F. Tolerance of the archaeal Sac7d scaffold protein to alternative library designs: characterization of anti-immunoglobulin G Affitins // Protein Eng Des Sel. 2013. Vol. 26. №4. P. 267-275.

25. Benson D.A., Karsch-Mizrachi I., Lipman D.J., Ostell J. and Wheeler D.L. GenBank // Nucleic Acids Res. 2008. Vol. 36. (Database issue). D25-30.

26. Bes C., Briant-Longuet L., Cerruti M., De Berardinis P., Devauchelle G., Devaux C., Granier C. and Chardes T. Efficient CD4 binding and immunosuppressive properties of the 13B8.2 monoclonal antibody are displayed by its CDR-H1-derived peptide CB1 // Febs Letters. 2001. Vol. 508. №1. P. 67-74.

27. Bes C., Briant-Longuet L., Cerutti M., Heitz F., Troadec S., Pugniere M., Roquet F., Molina F., Casset F., Bresson D., Peraldi-Roux S., Devauchelle G., Devaux C., Granier C. and Chardes T. Mapping the paratope of anti-CD4 recombinant Fab 13B8.2 by combining parallel peptide synthesis and site-directed mutagenesis // J Biol Chem. 2003. Vol. 278. №16. P. 14265-14273.

28. Bes C., Cerutti M., Briant-Longuet L., Bresson D., Peraldi-Roux S., Pugniere M., Mani J.C., Pau B., Devaux C., Granier C., Devauchelle G. and Chardes T. The chimeric mouse-human anti-CD4 Fab 13B8.2 expressed in baculovirus inhibits both antigen presentation and HIV-1 promoter activation // Hum Antibodies. 2001. Vol. 10. №2. P. 67-76.

29. Beste G., Schmidt F.S., Stibora T. and Skerra A. Small antibody-like proteins with prescribed ligand specificities derived from the lipocalin fold // Proc Natl Acad Sci U S A. 1999. Vol. 96. №5. P. 1898-1903.

30. Better M., Chang C.P., Robinson R.R. and Horwitz A.H. Escherichia coli secretion of an active chimeric antibody fragment // Science. 1988. Vol. 240. №4855. P. 1041-1043.

31. Binz H.K., Amstutz P., Kohl A., Stumpp M.T., Briand C., Forrer P., Grutter M.G. and Pluckthun A. High-affinity binders selected from designed ankyrin repeat protein libraries // Nat Biotechnol. 2004. Vol. 22. №5. P. 575-582.

32. Binz H.K., Amstutz P. and Pluckthun A. Engineering novel binding proteins from nonimmunoglobulin domains // Nat Biotechnol. 2005. Vol. 23. №10. P. 1257-1268.

33. Binz H.K., Stumpp M.T., Forrer P., Amstutz P. and Pluckthun A. Designing repeat proteins: well-expressed, soluble and stable proteins from combinatorial libraries of consensus ankyrin repeat proteins // Journal of Molecular Biology. 2003. Vol. 332. №2. P. 489-503.

34. Bloom J.D.,. Labthavikul S.T,. Otey C.R and Arnold F.H. Protein stability promotes evolvability // Proc Natl Acad Sci U S A. 2006. Vol. 103. №15. P. 5869-5874.

35. Boder E.T. and Wittrup K.D. Yeast surface display for screening combinatorial polypeptide libraries // Nat Biotechnol. 1997. Vol. 15. №6. P. 553-557.

36. Borghouts C., Kunz C. and Groner B. Peptide aptamers: recent developments for cancer therapy // Expert Opin Biol Ther. 2005. Vol. 5. №6. P. 783-797.

37. Bork P. Hundreds of ankyrin-like repeats in functionally diverse proteins: mobile modules that cross phyla horizontally? // Proteins. 1993. Vol. 17. №4. P. 363-374.

38. Boschek C.B., Apiyo D.O., Soares T.A., Engelmann H.E., Pefaur N.B., Straatsma T.P. and Baird C.L. Engineering an ultra-stable affinity reagent based on Top7 // Protein Eng Des Sel. 2009. Vol. 22. №5. P. 325-332.

39. Brack S.S., Dinkelborg L.M. and Neri D. Molecular targeting of angiogenesis for imaging and therapy // Eur J Nucl Med Mol Imaging. 2004. Vol. 31. №9. P. 1327-1341.

40. Bradbury A.R. and Marks J.D. Antibodies from phage antibody libraries // J Immunol Methods. 2004. Vol. 290. №1-2. P. 29-49.

41. Breitling F., Dubel S., Seehaus T., Klewinghaus I. and Little M. A surface expression vector for antibody screening // Gene. 1991. Vol. 104. №2. P. 147-153.

42. Brignole C., Pastorino F., Marimpietri D., Pagnan G., Pistorio A., Allen T.M., Pistoia V. and Ponzoni M. Immune cell-mediated antitumor activities of GD2-targeted liposomal c-myb antisense oligonucleotides containing CpG motifs // J Natl Cancer Inst. 2004. Vol. 96. №15. P. 1171-1180.

43. Brinkmann U., Reiter Y., Jung S.H., Lee B. and Pastan I.A recombinant immunotoxin containing a disulfide-stabilized Fv fragment // Proc Natl Acad Sci U S A. 1993.Vol. 90. №16. P. 7538-7542.

44. Brodersen D.E., Clemons W.M. Jr., Carter A.P., Wimberly B.T. and Ramakrishnan V. Crystal structure of the 30 S ribosomal subunit from Thermus thermophilus: structure of the proteins and their interactions with 16 S RNA // Journal of Molecular Biology. 2002. Vol. 316. №3. P. 725-768.

45. Buckler D.R., Park A., Viswanathan M., Hoet R.M. and Ladner R.C. Screening isolates from antibody phage-display libraries // Drug Discov Today. 2008. Vol. 13. №78. P. 318-324.

46. Buddelmeijer N., Krehenbrink M., Pecorari F. and Pugsley A.P. Type II secretion system secretin PulD localizes in clusters in the Escherichia coli outer membrane // J Bacteriol. 2009. Vol. 191. №1. P. 161-168.

47. Burstein E.A. and Emelyanenko V.I. Log-normal description of fluorescence spectra of organic fluorophores // Photochemistry and Photobiology. 1996. Vol. 64. №2. P. 316-320.

48. Burton D.R., Scott J.K. and Silverman G.J. Phage Display: A Laboratory Manual. - NY.: Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, 2001.

49. Cabilly S. The basic structure of filamentous phage and its use in the display of combinatorial peptide libraries // Mol Biotechnol. 1999. Vol. 12. №2. P. 143-148.

50. Campochiaro P.A., Channa R., Berger B.B., Heier J.S., Brown D.M., Fiedler U., Hepp J. and Stumpp M.T. Treatment of Diabetic Macular Edema With a Designed Ankyrin Repeat Protein That Binds Vascular Endothelial Growth Factor: A Phase I/II Study // American Journal of Ophthalmology. 2013. Vol. 155. №4. P. 697-704.

51. Campos I.T., Silva M.M., Azzolini S.S., Souza A.F., Sampaio C.A., Fritz H. and Tanaka A.S. Evaluation of phage display system and leech-derived tryptase inhibitor as a tool for understanding the serine proteinase specificities // Arch Biochem Biophys. 2004. Vol. 425. №1. P. 87-94.

52. Cariello N.F., Swenberg J.A. and Skopek T.R. Fidelity of Thermococcus litoralis DNA polymerase (Vent) in PCR determined by denaturing gradient gel electrophoresis // Nucleic Acids Res. 1991. Vol. 19. №15. P. 4193-4198.

53. Casadevall A. and Scharff M.D. Serum therapy revisited: animal models of infection and development of passive antibody therapy // Antimicrob Agents Chemother. 1994. - Vol. 38. №8. P. 1695-1702.

54. Cavallo L., Kleinjung J. and Fraternali F. POPS: A fast algorithm for solvent accessible surface areas at atomic and residue level // Nucleic Acids Res. 2003. Vol. 31. №13. P. 3364-3366.

55. Ceci L.R., Volpicella M., Rahbe Y., Gallerani R., Beekwilder J. and Jongsma M.A. Selection by phage display of a variant mustard trypsin inhibitor toxic against aphids // Plant Journal. 2003. Vol. 33. №3. P. 557-566.

56. Cembrowski G.S. and Mosher D.F. Plasma fibronectin concentration in patients with acquired consumptive coagulopathies // Thromb Res. 1984. Vol. 36. №5. P. 437445.

57. Chames P. and Baty D. Bispecific antibodies for cancer therapy: the light at the end of the tunnel? // MAbs. 2009. Vol. 1. №6. P. 539-547.

58. Chan C.E., Chan A.H., Hanson B.J. and Ooi E.E. The use of antibodies in the treatment of infectious diseases // Singapore Med J. 2009. Vol. 50. №7. P. 663-672 (quiz 673).

59. Chandramouli P., Topf M., Menetret J.F., Eswar N., Cannone J.J., Gutell R.R., Sali A. and Akey C.W. Structure of the mammalian 80S ribosome at 8.7 A resolution // Structure. 2008. Vol. 16. №4. P. 535-548.

60. Chari R.V. Targeted delivery of chemotherapeutics: tumor-activated prodrug therapy // Adv Drug Deliv Rev 1998. Vol. 31. №1-2. P. 89-104.

61. Charlier D. and Droogmans L. Microbial life at high temperature, the challenges, the strategies // Cell Mol Life Sci. 2005. Vol. 62. №24. P. 2974-2984.

62. Chien A., Edgar D.B. and Trela J. M. Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus // J Bacteriol. 1976. Vol. 127. №3. P. 15501557.

63. Chowdhury P.S., Viner J.L., Beers R. and Pastan I. Isolation of a high-affinity stable single-chain Fv specific for mesothelin from DNA-immunized mice by phage

display and construction of a recombinant immunotoxin with anti-tumor activity // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. Vol. 95. №2. P. 669-674.

64. Christmann A., Walter K., Wentzel A., Kratzner R. and Kolmar H. The cystine knot of a squash-type protease inhibitor as a structural scaffold for Escherichia coli cell surface display of conformationally constrained peptides // Protein Eng. 1999. Vol. 12. №9. P. 797-806.

65. Chung Y.C., Kobayashi T., Kanai H., Akiba T. and Kudo T. Purification and Properties of Extracellular Amylase from the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus profundus DT5432 // Appl Environ Microbiol. 1995. Vol. 61. №4. P. 1502-1506.

66. Clackson T., Hoogenboom H.R., Griffiths A.D. and Winter G. Making antibody fragments using phage display libraries // Nature. 1991. Vol. 352. №6336. P. 624-628.

67. Clackson T. and Wells J.A. In vitro selection from protein and peptide libraries // Trends Biotechnol. 1994. Vol. 12. №5. P. 173-184.

68. Clark M.A. Standard Protocols for the Construction of Fab Libraries. - Totowa, New Jersey: Humana Press Inc., 2002.

69. Colas P., Cohen B., Jessen T., Grishina I., McCoy J. and Brent R. Genetic selection of peptide aptamers that recognize and inhibit cyclin-dependent kinase 2 // Nature. 1996. Vol. 380. №6574. P. 548-550.

70. Colby D.W., Chu Y., Cassady J.P., Duennwald M., Zazulak H., Webster J.M., Messer A., Lindquist S., Ingram V.M. and Wittrup K.D. Potent inhibition of huntingtin aggregation and cytotoxicity by a disulfide bond-free single-domain intracellular antibody // Proc Natl Acad Sci U S A. 2004. Vol. 101. №51. P. 17616-17621.

71. Correa A., Pacheco S., Mechaly A.E., Obal G., Behar G., Mouratou B., Oppezzo P., Alzari P.M. and Pecorari F. Potent and specific inhibition of glycosidases by small artificial binding proteins (affitins) // PLoS One. 2014. Vol. 9. №5. P. e97438.

72. Cota E., Steward A., Fowler S.B. and Clarke J. The folding nucleus of a fibronectin type III domain is composed of core residues of the immunoglobulin-like fold // Journal of Molecular Biology. 2001. Vol. 305. №5. P. 1185-1194.

73. Coughlin M., Lou G., Martinez O., Masterman S.K., Olsen O.A., Moksa A.A., Farzan M., Babcook J.S. and Prabhakar B.S. Generation and characterization of human

monoclonal neutralizing antibodies with distinct binding and sequence features against SARS coronavirus using XenoMouse // Virology. 2007. Vol. 361. №1. P. 93-102.

74. Cowan D.A. Enzymes from thermophilic archaebacteria: current and future applications in biotechnology // Biochem Soc Symp. 1992. Vol. 58. P. 149-169.

75. Cwirla S.E., Peters E.A., Barrett R.W. and Dower W.J. Peptides on phage: a vast library of peptides for identifying ligands // Proc Natl Acad Sci U S A. 1990. Vol. 87. №16. P. 6378-6382.

76. D'Auria S., Di Cesare N., Gryczynski Z., Gryczynski I., Rossi M. and Lakowicz J.R. A thermophilic apoglucose dehydrogenase as nonconsuming glucose sensor // Biochem Biophys Res Commun. 2000. Vol. 274. №3. P. 727-731.

77. D'Auria S., Moracci M., Febbraio F., Tanfani F., Nucci R. and Rossi M. Structure-function studies on beta-glycosidase from Sulfolobus solfataricus. Molecular bases of thermostability // Biochimie. 1998. Vol. 80. №11. P. 949-957.

78. D'Auria S., Morana A., Febbraio F., Vaccaro C., De Rosa M. and Nucci R. Functional and structural properties of the homogeneous beta-glycosidase from the extreme thermoacidophilic archaeon sulfolobus solfataricus expressed in Saccharomyces cerevisiae // Protein Expr Purif. 1996. Vol. 7. №3. P. 299-308.

79. D'Auria S., Rossi M., Barone G., Catanzano F., Del Vecchio P., Graziano G. and Nucci R. Temperature-induced denaturation of beta-glycosidase from the archaeon Sulfolobus solfataricus // J Biochem. 1996. Vol. 120. №2. P. 292-300.

80. Dai K., Zhu H. and Ruan C. Generation and characterization of recombinant single chain Fv antibody that recognizes platelet glycoprotein Ibalpha // Thromb Res. 2003. Vol. 109. №2-3. P. 137-144.

81. Das S., Sudarsan R., Sivakami S. and Sharma S. Erythrocytic Stage-dependent Regulation of Oligomerization of Plasmodium Ribosomal Protein P2 // Journal of Biological Chemistry. 2012. Vol. 287. №49. P. 41499-41513.

82. Daugherty P.S., Chen G., Olsen M.J., Iverson B.L. and Georgiou G. Antibody affinity maturation using bacterial surface display // Protein Eng. 1998. Vol. 11. №9. P. 825-832.

83. de Champdore M., Staiano M., Rossi M. and D'Auria S. Proteins from extremophiles as stable tools for advanced biotechnological applications of high social interest // J R Soc Interface. 2007. Vol. 4. №13. P. 183-191.

84. de Graaf M., van der Meulen-Muileman I.H., Pinedo H.M. and Haisma H.J. Expression of scFvs and scFv fusion proteins in eukaryotic cells // Methods Mol Biol. 2002. Vol. 178. P. 379-387.

85. de Kruif J., Boel E. and Logtenberg T. Selection and application of human single chain Fv antibody fragments from a semi-synthetic phage antibody display library with designed CDR3 regions // Journal of Molecular Biology. 1995. Vol. 248. №1. P. 97-105.

86. de Miguel Bouzas T., Barros-Velazquez J. and Villa T.G. Industrial applications of hyperthermophilic enzymes: a review // Protein Pept Lett. 2006. Vol. 13. №7. P. 645651.

87. de Wildt R.M., Finnern R., Ouwehand W.H., Griffiths A.D., van Venrooij W.J. and Hoet R.M. Characterization of human variable domain antibody fragments against the U1 RNA-associated A protein, selected from a synthetic and patient-derived combinatorial V gene library // Eur J Immunol. 1996. Vol. 26. №3. P. 629-639.

88. de Wolf F.A. and Brett G.M. Ligand-binding proteins: their potential for application in systems for controlled delivery and uptake of ligands // Pharmacol Rev. 2000. Vol. 52. №2. P. 207-236.

89. Del Vecchio P., Graziano G., Granata V., Barone G., Mandrich L., Rossi M. and Manco G. Denaturing action of urea and guanidine hydrochloride towards two thermophilic esterases // Biochem J. 2002. Vol. 367. Pt 3. P. 857-863.

90. Deng L.W., Malik P. and Perham R.N. Interaction of the globular domains of pIII protein of filamentous bacteriophage fd with the F-pilus of Escherichia coli // Virology. 1999. Vol. 253. №2. P. 271-277.

91. Dennis M.S. and Lazarus R.A. Kunitz domain inhibitors of tissue factor-factor VIIa. I. Potent inhibitors selected from libraries by phage display // J Biol Chem. 1994. Vol. 269. №35. P. 22129-22136.

92. Devlin J.J., Panganiban L.C. and Devlin P.E. Random peptide libraries: a source of specific protein binding molecules // Science. 1990. Vol. 249. №4967. P.404-406.

93. Devy L., Rabbani S.A., Stochl M., Ruskowski M., Mackie I., Naa L., Toews M., van Gool R., Chen J., Ley A., Ladner R.C., Dransfield D.T. and Henderikx P. PEGylated DX-1000: pharmacokinetics and antineoplastic activity of a specific plasmin inhibitor // Neoplasia. 2007. Vol. 9. №11. P. 927-937.

94. Dillman R.O., Shawler D.L., Dillman J.B. and Royston I. Therapy of chronic lymphocytic leukemia and cutaneous T-cell lymphoma with T101 monoclonal antibody // J Clin Oncol. 1984. Vol. 2. №8. P. 881-891.

95. Dong G., Vieille C., Savchenko A. and Zeikus J.G. Cloning, sequencing, and expression of the gene encoding extracellular alpha-amylase from Pyrococcus furiosus and biochemical characterization of the recombinant enzyme // Appl Environ Microbiol. 1997. Vol. 63. №9. P. 3569-3576.

96. Dornieden S., Muller-Schiffmann A., Sticht H., Jiang N., Cinar Y., Wordehoff M., Korth C., Funke S.A. and Willbold D. Characterization of a single-chain variable fragment recognizing a linear epitope of abeta: a biotechnical tool for studies on Alzheimer's disease? // PLoS One. 2013. Vol. 8. №3. P. e59820.

97. Dreier T., Lorenczewski G., Brandl C., Hoffmann P., Syring U., Hanakam F., Kufer P., Riethmuller G., Bargou R. and Baeuerle P.A. Extremely potent, rapid and costimulation-independent cytotoxic T-cell response against lymphoma cells catalyzed by a single-chain bispecific antibody // Int J Cancer. 2002. Vol. 100. №6. P. 690-697.

98. Dutta S., Batori V., Koide A. and Koide S. High-affinity fragment complementation of a fibronectin type III domain and its application to stability enhancement // Protein Sci. 2005. Vol. 14. №11. P. 2838-2848.

99. Edmondson S.P. and Shriver J.W. DNA binding proteins Sac7d and Sso7d from Sulfolobus // Methods Enzymol. 2001. Vol. 334. P. 129-145.

100. Enever C., Tomlinson I. M., Lund J., Levens M. and Holliger P. Engineering high affinity superantigens by phage display // Journal of Molecular Biology. 2005. Vol. 347. №1. P. F107-120.

101. Falquet L., Pagni M., Bucher P., Hulo N., Sigrist C.J., Hofmann K. and Bairoch A. The PROSITE database, its status in 2002 // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30. №1. P. 235-238.

102. Farrar J.E., Nater M., Caywood E., McDevitt M.A., Kowalski J., Takemoto C.M., Talbot C.C. Jr., Meltzer P., Esposito D., Beggs A.H., Schneider H.E., Grabowska A., Ball S.E., Niewiadomska E., Sieff C.A., Vlachos A., Atsidaftos E., Ellis S.R., Lipton J.M., Gazda H.T. and Arceci R.J. Abnormalities of the large ribosomal subunit protein, Rpl35a, in Diamond-Blackfan anemia // Blood. 2008. Vol. 112. №5. P. 1582-1592.

103. Feng J. N., Russel M. and Model P.A permeabilized cell system that assembles filamentous bacteriophage // Proc Natl Acad Sci U S A. 1997. Vol. 94. №8. P. 40684073.

104. Fernandez-Carneado J., Grell D., Durieux P., Hauert J., Kovacsovics T. and Tuchscherer G. Surface grafting onto template-assembled synthetic protein scaffolds in molecular recognition // Biopolymers. 2000. Vol. 55. №6. P. 451-458.

105. Finn R.D., Mistry J., Tate J., Coggill P., Heger A., Pollington J.E., Gavin O.L., Gunasekaran P., Ceric G., Forslund K., Holm L., Sonnhammer E. L., Eddy S. R. and Bateman A. The Pfam protein families database // Nucleic Acids Res. 2010. Vol. 38. -(Database issue). D211-222.

106. Firer M.A. and Gellerman G. Targeted drug delivery for cancer therapy: the other side of antibodies // J Hematol Oncol. 2012. Vol. 5. P. 70.

107. Fishwild D.M., O'Donnell S.L., Bengoechea T., Hudson D.V., Harding F., Bernhard S.L., Jones D., Kay R.M., Higgins K.M., Schramm S.R. and Lonberg N. High-avidity human IgG kappa monoclonal antibodies from a novel strain of minilocus transgenic mice // Nat Biotechnol. 1996. Vol. 14. №7. P. 845-851.

108. FitzGerald K. In vitro display technologies - new tools for drug discovery // Drug Discov Today. 2000. Vol. 5. №6. P. 253-258.

109. Forrer P., Binz H.K., Stumpp M.T. and Pluckthun A. Consensus design of repeat proteins // Chembiochem. 2004. Vol. 5. №2). P. 183-189.

110. Francisco J.A., Campbell R., Iverson B.L. and Georgiou G. Production and fluorescence-activated cell sorting of Escherichia coli expressing a functional antibody fragment on the external surface // Proc Natl Acad Sci U S A. 1993. Vol. 90. №22. P. 10444-10448.

111. Frejd F.Y. Novel alternative scaffolds and their potential use for tumor targeted radionuclide therapy. - Springer, 2008.

112. Frey B. and Suppmann B. Demonstration of the expand™ PCR system's greater fidelity and higher yields with a lacl-based PCR fidelity assay. - Penzberg, Germany, Boehringer Mannheim GmbH, Department of Molecular Biology: Nonnenwald, 1995. D-82372

113. Friedman M., Nordberg E., Hoiden-Guthenberg I., Brismar H., Adams G.P., Nilsson F.Y., Carlsson J. and Stahl S. Phage display selection of Affibody molecules

with specific binding to the extracellular domain of the epidermal growth factor receptor // Protein Eng Des Sel. 2007. Vol. 20. №4. P. 189-199.

114. Friedman, M., Orlova A., Johansson E., Eriksson T.L., Hoiden-Guthenberg I., Tolmachev V., Nilsson F.Y. and Stahl S. Directed evolution to low nanomolar affinity of a tumor-targeting epidermal growth factor receptor-binding affibody molecule // Journal of Molecular Biology. 2008. Vol. 376. №5. P. 1388-1402.

115. Fuchs P., Breitling F., Dubel S., Seehaus T. and Little M. Targeting recombinant antibodies to the surface of Escherichia coli: fusion to a peptidoglycan associated lipoprotein // Biotechnology (N Y). 1991. Vol. 9. №12. P. 1369-1372.

116. Fujiwara S., Okuyama S. and Imanaka T. The world of archaea: genome analysis, evolution and thermostable enzymes // Gene. 1996. Vol. 179. №1. P. 165-170.

117. Gai S.A. and Wittrup K.D. Yeast surface display for protein engineering and characterization // Curr Opin Struct Biol. 2007. Vol. 17. №4. P. 467-473.

118. Galan A., Comor L., Horvatic A., Kules J., Guillemin N., Mrljak V. and Bhide M. Library-based display technologies: where do we stand? // Mol Biosyst. 2016. Vol. 12. №8. P. 2342-2358.

119. Galeffi P., Lombardi A., Pietraforte I., Novelli F., Di Donato M., Sperandei M., Tornambe A., Fraioli R., Martayan A., Natali P.G., Benevolo M., Mottolese M., Ylera F., Cantale C. and Giacomini P. Functional expression of a single-chain antibody to ErbB-2 in plants and cell-free systems // J Transl Med. 2006. Vol. 4. P. 39.

120. Gantelet H. and Duchiron F. Purification and properties of a thermoactive and thermostable pullulanase from Thermococcushydrothermalis , a hyperthermophilic archaeon isolated from a deep-sea hydrothermal vent // Applied Microbiology and Biotechnology. 1998. Vol. 49. №6. P. 770-777.

121. Gao C., Mao S., Kaufmann G., Wirsching P., Lerner R.A. and Janda K.D. A method for the generation of combinatorial antibody libraries using pIX phage display // Proc Natl Acad Sci U S A. 2002. Vol. 99. №20. P. 12612-12616.

122. Gao C., Mao S., Lo C.H., Wirsching P., Lerner R.A. and Janda K.D. Making artificial antibodies: a format for phage display of combinatorial heterodimeric arrays // Proc Natl Acad Sci U S A. 1999. Vol. 96. №11. P. 6025-6030.

123. Gasteiger E., Gattiker A., Hoogland C., Ivanyi I., Appel R.D. and Bairoch A. ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis // Nucleic Acids Res. 2003. Vol. 31. №13. P. 3784-3788.

124. Gebauer M. and Skerra A. Engineered protein scaffolds as next-generation antibody therapeutics // Curr Opin Chem Biol. 2009. Vol. 13. №3. P. 245-255.

125. Gebauer M. and Skerra A. Anticalins small engineered binding proteins based on the lipocalin scaffold // Methods Enzymol. 2012. Vol. 503. P. 157-188.

126. Gera N., Hill A.B., White D.P., Carbonell R.G. and Rao B.M. Design of pH sensitive binding proteins from the hyperthermophilic Sso7d scaffold // PLoS One. 2012. Vol. 7. №11. P. e48928.

127. Gera N., Hussain M., Wright R.C. and Rao B.M. Highly stable binding proteins derived from the hyperthermophilic Sso7d scaffold // J Mol Biol. 2011. Vol. 409. №4. P. 601-616.

128. Getmanova E.V., Chen Y., Bloom L., Gokemeijer J., Shamah S., Warikoo V., Wang J., Ling V.and Sun L. Antagonists to human and mouse vascular endothelial growth factor receptor 2 generated by directed protein evolution in vitro // Chem Biol. 2006. Vol. 13. №5. P. 549-556.

129. Gill D.S. and Damle N.K. Biopharmaceutical drug discovery using novel protein scaffolds // Curr Opin Biotechnol. 2006. Vol. 17. №6. P. 653-658.

130. Glaser F., Pupko T., Paz I., Bell R.E., Bechor-Shental D., Martz E. and Ben-Tal N. ConSurf: identification of functional regions in proteins by surface-mapping of phylogenetic information // Bioinformatics. 2003. Vol. 19. №1. P. 163-164.

131. Goldsby R.A., Kindt T.J., Osborne B.A. and Kuby J. // Immunology. - New York; W. H. Freeman and Company, 2003.

132. Gouet P., Courcelle E., Stuart D.I. and Metoz F. ESPript: analysis of multiple sequence alignments in PostScript // Bioinformatics. 1999. Vol. 15. №4. P. 305-308.

133. Granata V., Graziano G., Ruggiero A., Raimo G., Masullo M., Arcari P., Vitagliano L. and Zagari A. Chemical denaturation of the elongation factor 1alpha isolated from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus // Biochemistry. 2006. Vol. 45. №3. P. 719-726.

134. Granata V., Vecchio P.D., Barone G., Shehi E., Fusi P., Tortora P. and Graziano G. Guanidine-induced unfolding of the Sso7d protein from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus // Int J Biol Macromol. 2004. Vol. 34. №3. P. 195-201.

135. Gray C.W., Brown R.S. and Marvin D.A. Adsorption complex of filamentous fd virus // Journal of Molecular Biology. 1981. Vol. 146. №4. P. 621-627.

136. Griep R.A., van Twisk C., van der Wolf J.M. and Schots A. Fluobodies: green fluorescent single-chain Fv fusion proteins // J Immunol Methods. 1999. Vol. 230. №1-2. P. 121-130.

137. Griffiths A.D. and Duncan A.R. Strategies for selection of antibodies by phage display // Curr Opin Biotechnol. 1998. Vol. 9. № 1. P. 102-108.

138. Griffiths A.D., Williams S.C., Hartley O., Tomlinson I.M., Waterhouse P., Crosby W.L., Kontermann R.E., Jones P.T., Low N.M., Allison T.J. and et al. Isolation of high affinity human antibodies directly from large synthetic repertoires // Embo Journal. 1994. Vol. 13. №14. P.3245-3260.

139. Grimm S., Lundberg E., Yu F., Shibasaki S., Vernet E., Skogs M., Nygren P.A. and Graslund T. Selection and characterisation of affibody molecules inhibiting the interaction between Ras and Raf in vitro // N Biotechnol. 2010. Vol. 27. №6. P. 766-773.

140. Grimm S., Salahshour S. and Nygren P.A. Monitored whole gene in vitro evolution of an anti-hRaf-1 affibody molecule towards increased binding affinity // N Biotechnol. 2012. Vol. 29. №5. P. 534-542.

141. Grove T.Z., Cortajarena A.L. and Regan L. Ligand binding by repeat proteins: natural and designed // Curr Opin Struct Biol. 2008. Vol. 18. №4. P. 507-515.

142. Guagliardi A., Cerchia L. and Rossi M. The Sso7d protein of Sulfolobus solfataricus: in vitro relationship among different activities // Archaea. 2002. Vol. 1. №2. P. 87-93.

143. Gunneriusson E., Nord K., Uhlen M. and Nygren P. Affinity maturation of a Taq DNA polymerase specific affibody by helix shuffling // Protein Eng. 1999. Vol. 12. №10. P. 873-878.

144. Guo J.Q., You S.Y., Li L., Zhang Y.Z., Huang J.N. and Zhang C.Y. Construction and high-level expression of a single-chain Fv antibody fragment specific for acidic isoferritin in Escherichia coli // J Biotechnol. 2003. Vol. 102. №2. P. 177-189.

145. Hackel M., Hinz H.J. and Hedwig G.R. Partial molar volumes of proteins: amino acid side-chain contributions derived from the partial molar volumes of some tripeptides over the temperature range 10-90 degrees C // Biophys Chem. 1999. Vol. 82. №1. P. 3550.

146. Halio S.B., Blumentals II, Short S.A., Merrill B.M. and Kelly R.M. Sequence, expression in Escherichia coli, and analysis of the gene encoding a novel intracellular protease (Pfpl) from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus // J Bacteriol. 1996. Vol. 178. №9. P. 2605-2612.

147. Hanes J., Jermutus L., Weber-Bornhauser S., Bosshard H.R. and Pluckthun A. Ribosome display efficiently selects and evolves high-affinity antibodies in vitro from immune libraries // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. Vol. 95. №24. P. 14130-14135.

148. Hanes J. and Pluckthun A. In vitro selection and evolution of functional proteins by using ribosome display // Proc Natl Acad Sci U S A. 1997. Vol. 94. №10. P.4937-4942.

149. Haney P., Konisky J., Koretke K.K., Luthey-Schulten Z. and Wolynes P.G. Structural basis for thermostability and identification of potential active site residues for adenylate kinases from the archaeal genus Methanococcus // Proteins. 1997. Vol. 28. №1. P. 117-130.

150. Harms J., Schluenzen F., Zarivach R., Bashan A., Bartels H., Agmon I. and Yonath A. Protein structure: experimental and theoretical aspects // Febs Letters. 2002. Vol. 525. №1-3. P. 176-178.

151. Hartley O. The use of phage display in the study of receptors and their ligands // J Recept Signal Transduct Res. 2002. Vol. 22. №1-4. P. 373-392.

152. Harwood V.J., Denson J.D., Robinson-Bidle K.A. and Schreier H.J. Overexpression and characterization of a prolyl endopeptidase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus // J Bacteriol. 1997. Vol. 179. №11. P. 3613-3618.

153. Hawlisch H., Muller M., Frank R., Bautsch W., Klos A. and Kohl J. Site-specific anti-C3a receptor single-chain antibodies selected by differential panning on cellulose sheets // Anal Biochem. 2001. Vol. 293. №1. P. 142-145.

154. He J., Zhou G., Liu K.D. and Qin X.Y. Construction and preliminary screening of a human phage single-chain antibody library associated with gastric cancer // J Surg Res. 2002. Vol. 102. №2. P. 150-155.

155. He M. and Taussig M.J. Antibody-ribosome-mRNA (ARM) complexes as efficient selection particles for in vitro display and evolution of antibody combining sites // Nucleic Acids Res. 1997. Vol. 25. №24. P. 5132-5134.

156. He Y., Honnen W.J., Krachmarov C.P., Burkhart M., Kayman S.C., Corvalan J. and Pinter A. Efficient isolation of novel human monoclonal antibodies with neutralizing activity against HIV-1 from transgenic mice expressing human Ig loci // J Immunol. 2002. Vol. 169. №1. P. 595-605.

157. Held W.A., Ballou B., Mizushima S. and Nomura M. Assembly mapping of 30 S ribosomal proteins from Escherichia coli. Further studies // J Biol Chem. 1974. Vol. 249. №10. P. 3103-3111.

158. Hey T., Fiedler E., Rudolph R. and Fiedler M. Artificial, non-antibody binding proteins for pharmaceutical and industrial applications // Trends Biotechnol. 2005. Vol. 23. №10. P. 514-522.

159. Hill H.R. and Stockley P.G. Phage presentation // Mol Microbiol. 1996.Vol. 20. №4. P. 685-692.

160. Ho M., Nagata S. and Pastan I. Isolation of anti-CD22 Fv with high affinity by Fv display on human cells // Proc Natl Acad Sci U S A. 2006. Vol. 103. №25. P. 9637-9642.

161. Hogbom M., Eklund M., Nygren P.A. and Nordlund P. Structural basis for recognition by an in vitro evolved affibody // Proc Natl Acad Sci U S A. 2003. Vol. 100. №6. P. 3191-3196.

162. Hohlbaum A.M. and Skerra A. Anticalins: the lipocalin family as a novel protein scaffold for the development of next-generation immunotherapies // Expert Rev Clin Immunol. 2007. Vol. 3. №4. P. 491-501.

163. Holliger P. and Hudson P.J. Engineered antibody fragments and the rise of single domains // Nat Biotechnol. 2005. Vol. 23. №9. P. 1126-1136.

164. Holliger P., Prospero T. and Winter G. "Diabodies": small bivalent and bispecific antibody fragments // Proc Natl Acad Sci U S A. 1993. Vol. 90. №14. P. 6444-6448.

165. Holt L.J., Basran A., Jones K., Chorlton J., Jespers L.S., Brewis N.D. and Tomlinson I.M. Anti-serum albumin domain antibodies for extending the half-lives of short lived drugs // Protein Eng Des Sel. 2008. Vol. 21. №5. P. 283-288.

166. Holt L.J., Herring C., Jespers L.S., Woolven B.P. and Tomlinson I.M. Domain antibodies: proteins for therapy // Trends Biotechnol. 2003. Vol. 21. №11. P. 484-490.

167. Hoogenboom H.R. Selecting and screening recombinant antibody libraries // Nat Biotechnol. 2005. Vol. 23. №9. P. 1105-1116.

168. Hoogenboom H.R. and Chames P. Natural and designer binding sites made by phage display technology // Immunol Today. 2000. Vol. 21. №8. P. 371-378.

169. Hoogenboom H.R., de Bruine A.P., Hufton S.E., Hoet R.M., Arends J.W. and Roovers R.C. Antibody phage display technology and its applications // Immunotechnology. 1998. Vol. 4. №1. P. 1-20.

170. Hoogenboom H.R., Griffiths A.D., Johnson K.S., Chiswell D.J., Hudson P. and Winter G. Multi-subunit proteins on the surface of filamentous phage: methodologies for displaying antibody (Fab) heavy and light chains // Nucleic Acids Res. 1991. Vol. 19. №15. P. 4133-4137.

171. Hoogenboom H.R. and Winter G. By-passing immunisation. Human antibodies from synthetic repertoires of germline VH gene segments rearranged in vitro // Journal of Molecular Biology. 1992. Vol. 227. №2. P. 381-388.

172. Hosse R.J., Rothe A. and Power B.E. A new generation of protein display scaffolds for molecular recognition // Protein Sci. 2006. Vol. 15. №1. P. 14-27.

173. Hotta Y., Ezaki S., Atomi H. and Imanaka T. Extremely stable and versatile carboxylesterase from a hyperthermophilic archaeon // Appl Environ Microbiol. 2002. Vol. 68. №8. P. 3925-3931.

174. Houshmand H., Froman G. and Magnusson G. Use of bacteriophage T7 displayed peptides for determination of monoclonal antibody specificity and biosensor analysis of the binding reaction // Anal Biochem. 1999. Vol. 268. №2. P. 363-370.

175. Hoyer W. and Hard T. Interaction of Alzheimer's A beta peptide with an engineered binding protein--thermodynamics and kinetics of coupled folding-binding // Journal of Molecular Biology. 2008. Vol. 378. №2. P. 398-411.

176. Hu X., O'Dwyer R. and Wall J.G. Cloning, expression and characterisation of a single-chain Fv antibody fragment against domoic acid in Escherichia coli // J Biotechnol. 2005. Vol. 120. №1. P. 38-45.

177. Hufton S.E., Moerkerk P.T., Meulemans E.V., de Bruine A., Arends J. W. and Hoogenboom H. R. Phage display of cDNA repertoires: the pVI display system and its applications for the selection of immunogenic ligands // J Immunol Methods. 1999. Vol. 231. №1-2. P. 39-51.

178. Huls G.A., Heijnen I.A., Cuomo M.E., Koningsberger J.C., Wiegman L., Boel E., van der Vuurst de Vries A.R., Loyson S.A., Helfrich W., van Berge Henegouwen G.P., van Meijer M., de Kruif J. and Logtenberg T.A recombinant, fully human monoclonal antibody with antitumor activity constructed from phage-displayed antibody fragments // Nat Biotechnol. 1999. Vol. 17. №3. P. 276-281.

179. Hust M., Dubel S. and Schirrmann T. Selection of recombinant antibodies from antibody gene libraries // Methods Mol Biol. 2007. Vol. 408. P. 243-255.

180. Hust M., Maiss E., Jacobsen H.J. and Reinard T. The production of a genus-specific recombinant antibody (scFv) using a recombinant potyvirus protease // J Virol Methods. 2002. Vol. 106. №2. P. 225-233.

181. Iannolo G., Minenkova O., Petruzzelli R. and Cesareni G. Modifying filamentous phage capsid: limits in the size of the major capsid protein // Journal of Molecular Biology. 1995. Vol. 248. №4. P. 835-844.

182. Ikeda M. and Clark D.S. Molecular cloning of extremely thermostable esterase gene from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus in Escherichia coli // Biotechnol Bioeng. 1998. Vol. 57. №5. P. 624-629.

183. Jespers L., Schon O., James L.C., Veprintsev D. and Winter G. Crystal structure of HEL4, a soluble, refoldable human V(H) single domain with a germ-line scaffold // Journal of Molecular Biology. 2004. Vol. 337. №4. P. 893-903.

184. Jespers L.S., Messens J.H., De Keyser A., Eeckhout D., Van den Brande I., Gansemans Y.G., Lauwereys M.J., Vlasuk G.P. and Stanssens P.E. Surface expression and ligand-based selection of cDNAs fused to filamentous phage gene VI // Biotechnology (N Y). 1995. Vol. 13. №4. P. 378-382.

185. Jones P.T., Dear P.H., Foote J., Neuberger M.S. and Winter G. Replacing the complementarity-determining regions in a human antibody with those from a mouse // Nature. 1986. Vol. 321. №6069. P. 522-525.

186. Jonsson A., Dogan J., Herne N., Abrahmsen L. and Nygren P.A. Engineering of a femtomolar affinity binding protein to human serum albumin // Protein Eng Des Sel. 2008. Vol. 21. №8. P, 515-527.

187. Jorgensen S., Vorgias C.E. and Antranikian G. Cloning, sequencing, characterization, and expression of an extracellular alpha-amylase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus in Escherichia coli and Bacillus subtilis // J Biol Chem. 1997. Vol. 272. №26. P. 16335-16342.

188. Jost C. and Pluckthun A. Engineered proteins with desired specificity: DARPins, other alternative scaffolds and bispecific IgGs // Current opinion in structural biology. 2014. Vol. 27C. P. 102-112.

189. Juraja S.M., Mulhern T.D., Hudson P.J., Hattarki M.K., Carmichael J.A. and Nuttall S.D. Engineering of the Escherichia coli Im7 immunity protein as a loop display scaffold // Protein Eng Des Sel. 2006. Vol. 19. №5. P. 231-244.

190. Kang A.S., Barbas C.F., Janda K.D., Benkovic S.J. and Lerner R.A. Linkage of recognition and replication functions by assembling combinatorial antibody Fab libraries along phage surfaces // Proc Natl Acad Sci U S A. 1991. Vol. 88. №10. P. 4363-4366.

191. Karatan E., Merguerian M., Han Z., Scholle M.D., Koide S. and Kay B. K. Molecular recognition properties of FN3 monobodies that bind the Src SH3 domain // Chem Biol. 2004. Vol. 11. №6. P. 835-844.

192. Karshikoff A. and Ladenstein R. Proteins from thermophilic and mesophilic organisms essentially do not differ in packing // Protein Eng. 1998. Vol. 11. №10. P. 867872.

193. Karshikoff A. and Ladenstein R. Ion pairs and the thermotolerance of proteins from hyperthermophiles: a "traffic rule" for hot roads // Trends Biochem Sci. 2001. Vol. 26. №9. P. 550-556.

194. Kasai H., Nadano D., Hidaka E., Higuchi K., Kawakubo M., Sato T.A. and Nakayama J. Differential expression of ribosomal proteins in human normal and neoplastic colorectum // Journal of Histochemistry & Cytochemistry. 2003. Vol. 51. №5. P. 567-573.

195. Kawarabayasi Y., Sawada M., Horikawa H., Haikawa Y., Hino Y., Yamamoto S., Sekine M., Baba S., Kosugi H., Hosoyama A., Nagai Y., Sakai M., Ogura K., Otsuka R., Nakazawa H., Takamiya M., Ohfuku Y., Funahashi T., Tanaka T., Kudoh Y., Yamazaki J., Kushida N., Oguchi A., Aoki K. and Kikuchi H. Complete sequence and gene organization of the genome of a hyper-thermophilic archaebacterium, Pyrococcus horikoshii OT3 (supplement) // DNA Res. 1998. Vol. 5. №2. P. 147-155.

196. Kawe M., Forrer P., Amstutz P. and Pluckthun A. Isolation of intracellular proteinase inhibitors derived from designed ankyrin repeat proteins by genetic screening // J Biol Chem. 2006. Vol. 281. №52. P. 40252-40263.

197. Kehoe J.W. and Kay B.K. Filamentous phage display in the new millennium // Chem Rev. 2005. Vol. 105. №11. P. 4056-4072.

198. Kelley K.W. and Lewin H.A. Monoclonal antibodies: pragmatic application of immunology and cell biology // J Anim Sci. 1986. Vol. 63. №1. P. 288-309.

199. Khalil A.S., Ferrer J.M., Brau R.R., Kottmann S.T., Noren C.J., Lang M.J. and Belcher A.M. Single M13 bacteriophage tethering and stretching // Proc Natl Acad Sci U S A. 2007. Vol. 104. №12. P. 4892-4897.

200. Kim S.J., Park Y. and Hong H. J. Antibody engineering for the development of therapeutic antibodies // Mol Cells. 2005. Vol. 20. №1 P. 17-29.

201. Kimura R.H., Levin A.M., Cochran F.V. and Cochran J.R. Engineered cystine knot peptides that bind alphavbeta3, alphavbeta5, and alpha5beta1 integrins with low-nanomolar affinity // Proteins. 2009. Vol. 77. №2. P.359-369.

202. Kipriyanov S.M. and Le Gall F. Recent advances in the generation of bispecific antibodies for tumor immunotherapy // Curr Opin Drug Discov Devel. 2004. Vol. 7. №2. P. 233-242.

203. Klimka A., Barth S., Matthey B., Roovers R.C., Lemke H., Hansen H., Arends J. W., Diehl V., Hoogenboom H.R. and Engert A. An anti-CD30 single-chain Fv selected by phage display and fused to Pseudomonas exotoxin A (Ki-4(scFv)-ETA') is a potent immunotoxin against a Hodgkin-derived cell line // Br J Cancer. 1999. Vol. 80. №8. P. 1214-1222.

204. Klingeberg M., Galunsky B., Sjoholm C., Kasche V. and Antranikian G. Purification and Properties of a Highly Thermostable, Sodium Dodecyl Sulfate-Resistant

and Stereospecific Proteinase from the Extremely Thermophilic Archaeon Thermococcus stetteri // Appl Environ Microbiol. 1995. Vol. 61. №8. P. 3098-3104.

205. Knapp S., Mattson P.T., Christova P., Berndt K.D., Karshikoff A., Vihinen M., Smith C.I. and Ladenstein R. Thermal unfolding of small proteins with SH3 domain folding pattern // Proteins. 1998. Vol.31. №3. P. 309-319.

206. Kobayashi N., Ohtoyo M., Wada E., Kato Y., Mano N. and Goto J. Generation of a single-chain Fv fragment for the monitoring of deoxycholic acid residues anchored on endogenous proteins // Steroids. 2005. Vol. 70. №4. P. 285-294.

207. Koch H., Grafe N., Schiess R. and Pluckthun A. Direct selection of antibodies from complex libraries with the protein fragment complementation assay // Journal of Molecular Biology. 2006. Vol. 357. №2. P. 427-441.

208. Koch R., Spreinat A., Lemke K. and Antranikian G. Purification and properties of a hyperthermoactive a-amylase from the archaeobacterium Pyrococcus woesei // Archives of Microbiology. 1991. Vol. 155. №6. P. 572-578.

209. Kohl A., Amstutz P., Parizek P., Binz H.K., Briand C., Capitani G., Forrer P., Pluckthun A. and Grutter M.G. Allosteric inhibition of aminoglycoside phosphotransferase by a designed ankyrin repeat protein // Structure. 2005. Vol. 13. №8. P. 1131-1141.

210. Kohl A., Binz H.K., Forrer P., Stumpp M.T., Pluckthun A. and Grutter M.G. Designed to be stable: crystal structure of a consensus ankyrin repeat protein // Proc Natl Acad Sci U S A. 2003. Vol. 100. №4. P. 1700-1705.

211. Kohler G. and Milstein C. Continuous cultures of fused cells secreting antibody of predefined specificity // Nature. 1975. Vol. 256. №5517. P. 495-497.

212. Koide A., Abbatiello S., Rothgery L. and Koide S. Probing protein conformational changes in living cells by using designer binding proteins: application to the estrogen receptor // Proc Natl Acad Sci U S A. 2002. Vol. 99. №3. P. 1253-1258.

213. Koide A., Bailey C.W., Huang X. and Koide S. The fibronectin type III domain as a scaffold for novel binding proteins // Journal of Molecular Biology. 1998. Vol. 284. № 4. P. 1141-1151.

214. Koide A., Gilbreth R.N., Esaki K., Tereshko V. and Koide S. High-affinity singledomain binding proteins with a binary-code interface // Proc Natl Acad Sci U S A. 2007. Vol. 104. №16. P. 6632-6637.

215. Koide A., Jordan M.R., Horner S.R., Batori V. and Koide S. Stabilization of a fibronectin type III domain by the removal of unfavorable electrostatic interactions on the protein surface // Biochemistry. 2001. Vol. 40. №34. P. 10326-10333.

216. Koide A. and Koide S. Monobodies: antibody mimics based on the scaffold of the fibronectin type III domain // Methods Mol Biol. 2007. Vol. 352. P. 95-109.

217. Kolmar H. Alternative binding proteins: biological activity and therapeutic potential of cystine-knot miniproteins // Febs Journal. 2008. Vol. 275. №11. P. 26842690.

218. Kolmar H. Engineered cystine-knot miniproteins for diagnostic applications // Expert Rev Mol Diagn. 2010. Vol. 10. №3. P. 361-368.

219. Kolonin M., Pasqualini R. and Arap W. Molecular addresses in blood vessels as targets for therapy // Curr Opin Chem Biol. 2001. Vol.5. №3. P. 308-313.

220. Kondo A. and Ueda M. Yeast cell-surface display--applications of molecular display // Appl Microbiol Biotechnol. 2004. Vol. 64. №1. P. 28-40.

221. Korobeinikova A.V., Garber M.B. and Gongadze G.M. Ribosomal proteins: structure, function, and evolution // Biochemistry (Mosc). 2012. Vol. 77. №6. P. 562574.

222. Krause S, Schmoldt H.U., Wentzel A., Ballmaier M., Friedrich K. and Kolmar H. Grafting of thrombopoietin-mimetic peptides into cystine knot miniproteins yields high-affinity thrombopoietin antagonists and agonists // Febs Journal. 2007. Vol. 274. №1. P. 86-95.

223. Krauss G. Biochemistry of signal transduction and regulation. - Weinheim; WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 2003.

224. Kretzschmar T. and Geiser M. Evaluation of antibodies fused to minor coat protein III and major coat protein VIII of bacteriophage M13 // Gene. 1995. Vol. 155. №1. P. 61-65.

225. Kroes R. A., Jastrow A., McLone M. G., Yamamoto H., Colley P., Kersey D. S., Yong V. W., Mkrdichian E., Cerullo L., Leestma J. and Moskal J. R. The identification of novel therapeutic targets for the treatment of malignant brain tumors // Cancer Letters. 2000. Vol. 156. №2. P. 191-198.

226. Kronqvist N., Lofblom J., Jonsson A., Wernerus H. and Stahl S. A novel affinity protein selection system based on staphylococcal cell surface display and flow cytometry // Protein Eng Des Sel. 2008. Vol. 21. №4. P. 247-255.

227. Kronqvist N., Malm M., Gostring L., Gunneriusson E., Nilsson M., Hoiden Guthenberg I., Gedda L., Frejd F.Y., Stahl S. and Lofblom J. Combining phage and staphylococcal surface display for generation of ErbB3-specific Affibody molecules // Protein Eng Des Sel. 2011.-Vol. 24. №4. P. 385-396.

228. Kuhlman B., Dantas G., Ireton G.C., Varani G., Stoddard B.L. and Baker D. Design of a novel globular protein fold with atomic-level accuracy // Science. 2003. Vol. 302. №5649. P. 1364-1368.

229. Kumar S., Tsai C.J. and Nussinov R. Factors enhancing protein thermostability // Protein Eng. 2000. Vol. 13. №3. P. 179-191.

230. Kuroki M., Arakawa F., Khare P.D., Liao S., Matsumoto H., Abe H. and Imakiire T. Specific targeting strategies of cancer gene therapy using a single-chain variable fragment (scFv) with a high affinity for CEA // Anticancer Res. 2000. Vol. 20. №6A. P. 4067-4071.

231. Kwasnikowski P., Kristensen P. and Markiewicz W.T. Multivalent display system on filamentous bacteriophage pVII minor coat protein // J Immunol Methods. 2005. Vol. 307. №1-2. P.135-143.

232. Laboissiere M.C., Young M.M., Pinho R.G., Todd S., Fletterick R.J., Kuntz I. and Craik C.S. Computer-assisted mutagenesis of ecotin to engineer its secondary binding site for urokinase inhibition // J Biol Chem. 2002. Vol. 277. №29. P. 26623-26631.

233. Ladenstein R. and Antranikian G. Proteins from hyperthermophiles: stability and enzymatic catalysis close to the boiling point of water // Adv Biochem Eng Biotechnol. 1998. Vol. 61. P. 37-85.

234. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature. 1970. Vol. 227. №5259. P. 680-685.

235. Lai Z., Kimmel R., Petersen S., Thomas S., Pier G., Bezabeh B., Luo R. and Schreiber J.R. Multi-valent human monoclonal antibody preparation against Pseudomonas aeruginosa derived from transgenic mice containing human immunoglobulin loci is protective against fatal pseudomonas sepsis caused by multiple serotypes // Vaccine. 2005. Vol. 23. №25. P. 3264-3271.

236. Lamdan H., Gavilondo J.V., Munoz Y., Pupo A., Huerta V., Musacchio A., Perez L., Ayala M., Rojas G., Balint R.F. and Larrick J.W. Affinity maturation and fine functional mapping of an antibody fragment against a novel neutralizing epitope on human vascular endothelial growth factor // Mol Biosyst. 2013. Vol. 9. №8. P. 20972106.

237. Lamla T. and Erdmann V.A. Searching sequence space for high-affinity binding peptides using ribosome display // Journal of Molecular Biology. 2003. Vol. 329. №2. P. 381-388.

238. Lamla T. and Erdmann V.A. The Nano-tag, a streptavidin-binding peptide for the purification and detection of recombinant proteins // Protein Expr Purif. 2004. Vol. 33. №1. P. 39-47.

239. Lecompte O., Ripp R., Thierry J.C., Moras D. and Poch O. Comparative analysis of ribosomal proteins in complete genomes: an example of reductive evolution at the domain scale // Nucleic Acids Res. 2002. Vol. 30. №24. P. 5382-5390.

240. Lee C.V., Liang W.C., Dennis M.S., Eigenbrot C., Sidhu S.S. and Fuh G. High-affinity human antibodies from phage-displayed synthetic Fab libraries with a single framework scaffold // J Mol Biol. 2004. Vol. 340. №5. P. 1073-1093.

241. Lee J.T., Kanai H., Kobayashi T., Akiba T. and Kudo T. Cloning, nucleotide sequence, and hyperexpression of a-amylase gene from an archaeon, Thermococcus profundus // Journal of Fermentation and Bioengineering. 1996. Vol. 82. №5. P. 432-438.

242. Lehmann A. Ecallantide (DX-88), a plasma kallikrein inhibitor for the treatment of hereditary angioedema and the prevention of blood loss in on-pump cardiothoracic surgery // Expert Opin Biol Ther. 2008. Vol. 8. №8. P. 1187-1199.

243. Li M. Applications of display technology in protein analysis // Nature Biotechnology. 2000. Vol. 18. №12. P. 1251-1256.

244. Li X., Zhang S.C., Liu Z.H. and Li H.Y. Ribosomal protein genes S23 and L35 from amphioxus Branchiostoma belcheri tsingtauense: identification and copy number // Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 2005. Vol. 37. №8. P. 573-579.

245. Li X., Zhao J., Shi P., Yang P., Wang Y., Luo H. and Yao B. Molecular cloning and expression of a novel beta-glucosidase gene from Phialophora sp. G5 // Appl Biochem Biotechnol. 2013. Vol. 169. №3. P. 941-949.

246. Li Y., Moysey R., Molloy P.E., Vuidepot A.L., Mahon T., Baston E., Dunn S., Liddy N., Jacob J., Jakobsen B.K. and Boulter J. M. Directed evolution of human T-cell receptors with picomolar affinities by phage display // Nat Biotechnol. 2005. Vol. 23. №3. P. 349-354.

247. Lindner P., Bauer K., Krebber A., Nieba L., Kremmer E., Krebber C., Honegger A., Klinger B., Mocikat R. and Pluckthun A. Specific detection of his-tagged proteins with recombinant anti-His tag scFv-phosphatase or scFv-phage fusions // Biotechniques. 1997. Vol. 22. №1. P. 140-149.

248. Lipovsek D. Adnectins: engineered target-binding protein therapeutics // Protein Eng Des Sel. 2011. Vol. 24. №1-2. P. 3-9.

249. Litvinovich S.V. and Ingham K.C. Interactions between type III domains in the 110 K^a cell-binding fragment of fibronectin // Journal of Molecular Biology. 1995. Vol. 248. №3. P. 611-626.

250. Liu S. Y., Eary J.F., Petersdorf S.H., Martin P.J., Maloney D.G., Appelbaum F.R., Matthews D.C., Bush S.A., Durack L.D., Fisher D.R., Gooley T.A., Bernstein I.D. and Press O.W. Follow-up of relapsed B-cell lymphoma patients treated with iodine-131-labeled anti-CD20 antibody and autologous stem-cell rescue // J Clin Oncol. 1998. Vol. 16. №10. P. 3270-3278.

251. Livingstone C.D. and Barton G.J. Protein-Sequence Alignments - a Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue Conservation // Computer Applications in the Biosciences. 1993. Vol. 9. №6. P. 745-756.

252. Lofblom J., Frejd F.Y. and Stahl S. Non-immunoglobulin based protein scaffolds // Curr Opin Biotechnol. 2011. Vol. 22. №6. P. 843-848.

253. Lofblom J., Wernerus H. and Stahl S. Fine affinity discrimination by normalized fluorescence activated cell sorting in staphylococcal surface display // FEMS Microbiol Lett. 2005. Vol. 248. №2. P. 189-198.

254. Looger L.L., Dwyer M.A., Smith J.J. and Hellinga H.W. Computational design of receptor and sensor proteins with novel functions // Nature. 2003. Vol. 423. №6936. P. 185-190.

255. Lopez C. D., Martinovsky G. and Naumovski L. Inhibition of cell death by ribosomal protein L35a // Cancer Letters. 2002. Vol. 180. №2. P. 195-202.

256. Luka J., Arlen P.M. and Bristol A. Development of a serum biomarker assay that differentiates tumor-associated MUC5AC (NPC-1C ANTIGEN) from normal MUC5AC // J Biomed Biotechnol. 2011. P. 934757.

257. Luke K.A., Higgins C.L. and Wittung-Stafshede P. Thermodynamic stability and folding of proteins from hyperthermophilic organisms // FEBS J. 2007. Vol. 274. №16. P. 4023-4033.

258. Lundberg K.S., Shoemaker D.D., Adams M.W., Short J.M., Sorge J.A. and Mathur E.J. High-fidelity amplification using a thermostable DNA polymerase isolated from Pyrococcus furiosus // Gene. 1991. Vol. 108. №1. P. 1-6.

259. Ma D. and Li M. Applications of display technologies to proteomic analyses // J Cell Biochem Suppl Suppl. 2001. Vol. 37. P. 34-41.

260. Macmillan M.A., Fisher D.I., Roberts K. and Orme J.P. Cellular assay optimization: part I: the use of large-scale transiently transfected cryobanks and introduction of a c-Myc tag to design a standardized ELISA process // J Biomol Screen. 2011. Vol. 16. №9. P. 959-966.

261. Maeder D.L., Weiss R.B., Dunn D.M., Cherry J.L., Gonzalez J.M., DiRuggiero J. and Robb F.T. Divergence of the hyperthermophilic archaea Pyrococcus furiosus and P. horikoshii inferred from complete genomic sequences // Genetics. 1999. Vol. 152. №4. P. 1299-1305.

262. Mager W.H., Planta R.J., Ballesta J.G., Lee J.C., Mizuta K., Suzuki K., Warner J.R. and Woolford J. A new nomenclature for the cytoplasmic ribosomal proteins of Saccharomyces cerevisiae // Nucleic Acids Res. 1997. Vol. 25. № 24. P. 4872-4875.

263. Main A.L., Harvey T.S., Baron M., Boyd J. and Campbell I.D. The three-dimensional structure of the tenth type III module of fibronectin: an insight into RGD-mediated interactions // Cell. 1992. Vol. 71. №4. P. 671-678.

264. Maitta R.W., Datta K., Lees A., Belouski S.S. and Pirofski L.A. Immunogenicity and efficacy of Cryptococcus neoformans capsular polysaccharide glucuronoxylomannan peptide mimotope-protein conjugates in human immunoglobulin transgenic mice // Infect Immun. 2004. Vol. 72. №1. P. 196-208.

265. Marciano D.K., Russel M. and Simon S.M. An aqueous channel for filamentous phage export // Science. 1999. Vol. 284. №5419. P. 1516-1519.

266. Marion M.J. and Marion C. Localization of ribosomal proteins on the surface of mammalian 60S ribosomal subunits by means of immobilized enzymes. Correlation with chemical cross-linking data // Biochem Biophys Res Commun. 1987. Vol. 149. №3. P. 1077-1083.

267. Marks J.D., Hoogenboom H.R., Bonnert T.P., McCafferty J., Griffiths A.D. and Winter G. By-passing immunization. Human antibodies from V-gene libraries displayed on phage // Journal of Molecular Biology. 1991. Vol. 222. №3. P. 581-597.

268. Marquardt D.W. An algorithm for least-squares estimation of nonlinear parameters // Journal of the Society for Industrial and Applied Mathematics. 1963. Vol.11. №2. P. 431-441.

269. Martin L., Stricher F., Misse D., Sironi F., Pugniere M., Barthe P., Prado-Gotor R., Freulon I., Magne X., Roumestand C., Menez A., Lusso P., Veas F. and Vita C. Rational design of a CD4 mimic that inhibits HIV-1 entry and exposes cryptic neutralization epitopes // Nat Biotechnol. 2003. Vol. 21. №1. P. 71-76.

270. Marvin D. A. Filamentous phage structure, infection and assembly // Curr Opin Struct Biol. 1998. Vol. 8. №2. P. 150-158.

271. Masullo M., Raimo G., Parente A., Gambacorta A., De Rosa M. and Bocchini V. Properties of the elongation factor 1 alpha in the thermoacidophilic archaebacterium Sulfolobus solfataricus // Eur J Biochem. 1991. Vol. 199. №3. P. 529-537.

272. Matin A. pH homeostasis in acidophiles // Novartis Found Symp. 1999. Vol. 221. P. 152-163; discussion P. 163-156.

273. Matsumura M., Signor G.and Matthews B.WSubstantial increase of protein stability by multiple disulphide bonds // Nature. 1989. Vol. 342. №6247. P. 291-293.

274. Matter C.M., Schuler P.K., Alessi P., Meier P., Ricci R., Zhang D., Halin C., Castellani P., Zardi L., Hofer C.K., Montani M., Neri D. and Luscher T.F. Molecular imaging of atherosclerotic plaques using a human antibody against the extra-domain B of fibronectin // Circ Res. 2004. Vol. 95. №12. P. 1225-1233.

275. Mattheakis L.C., Bhatt R.R. and Dower W.J. An in vitro polysome display system for identifying ligands from very large peptide libraries // Proc Natl Acad Sci U S A. 1994. Vol. 91. №19. P. 9022-9026.

276. Mattila P., Korpela J., Tenkanen T. and Pitkanen K. Fidelity of DNA synthesis by the Thermococcus litoralis DNA polymerase--an extremely heat stable enzyme with proofreading activity // Nucleic Acids Res. 1991. Vol. 19. №18. P. 4967-4973.

277. McCafferty J., Griffiths A.D., Winter G. and Chiswell D.J. Phage antibodies: filamentous phage displaying antibody variable domains // Nature, 1990. Vol. 348. №6301. P. 552-554.

278. McCrary B.S., Edmondson S.P. and Shriver J.W. Hyperthermophile protein folding thermodynamics: differential scanning calorimetry and chemical denaturation of Sac7d // J Mol Biol. 1996. Vol. 264. №4. P. 784-805.

279. McWilliam H., Li W., Uludag M., Squizzato S., Park Y.M., Buso N., Cowley A.P. and Lopez R. Analysis Tool Web Services from the EMBL-EBI // Nucleic acids research. 2013. Vol. 41(Web Server issue). W597-600.

280. Mercader J.V. and Skerra A. Generation of anticalins with specificity for a nonsymmetric phthalic acid ester // Anal Biochem. 2002. Vol. 308. №2. P. 269-277.

281. Mikawa Y.G., Maruyama I.N. and Brenner S. Surface display of proteins on bacteriophage lambda heads // Journal of Molecular Biology. 1996. Vol. 262. №1. P. 2130.

282. Miller R.A., Oseroff A.R., Stratte P.T. and Levy R. Monoclonal antibody therapeutic trials in seven patients with T-cell lymphoma // Blood. 1983. Vol. 62. №5. P. 988-995.

283. Milovnik P., Ferrari D., Sarkar C.A. and Pluckthun A. Selection and characterization of DARPins specific for the neurotensin receptor 1// Protein Eng Des Sel. 2009. Vol. 22. №6. P. 357-366.

284. Mirick G.R., Bradt B.M., Denardo S.J. and Denardo G.L. A review of human antiglobulin antibody (HAGA, HAMA, HACA, HAHA) responses to monoclonal antibodies. Not four letter words // Q J Nucl Med Mol Imaging. 2004. Vol. 48. №4. P. 251-257.

285. Moghaddam A., Borgen T., Stacy J., Kausmally L., Simonsen B., Marvik O.J., Brekke O.H. and Braunagel M. Identification of scFv antibody fragments that specifically recognise the heroin metabolite 6-monoacetylmorphine but not morphine // J Immunol Methods. 2003. Vol. 280. №1-2. P. 139-155.

286. Monnet C., Laune D., Laroche-Traineau J., Biard-Piechaczyk M., Briant L., Bes C., Pugniere M., Mani J.C., Pau B., Cerutti M., Devauchelle G., Devaux C., Granier C.

and Chardes T. Synthetic peptides derived from the variable regions of an anti-CD4 monoclonal antibody bind to CD4 and inhibit HIV-1 promoter activation in virus-infected cells // J Biol Chem. 1999. Vol. 274. №6. P. 3789-3796.

287. Morino K., Katsumi H., Akahori Y., Iba Y., Shinohara M., Ukai Y., Kohara Y. and Kurosawa Y. Antibody fusions with fluorescent proteins: a versatile reagent for profiling protein expression // J Immunol Methods. 2001. Vol. 257. №1-2. P. 175-184.

288. Morris D.D., Gibbs M.D., Chin C.W., Koh M.H., Wong K.K., Allison R.W., Nelson P.J. and Bergquist P.L. Cloning of the xynB gene from Dictyoglomus thermophilum Rt46B.1 and action of the gene product on kraft pulp // Appl Environ Microbiol. 1998. Vol. 64. №5. P. 1759-1765.

289. Morrison S.L., Johnson M.J., Herzenberg L.A. and Oi V.T. Chimeric human antibody molecules: mouse antigen-binding domains with human constant region domains // Proc Natl Acad Sci U S A. 1984. Vol. 81. №21. P. 6851-6855.

290. Moser A.C. and Hage D.S. Immunoaffinity chromatography: an introduction to applications and recent developments // Bioanalysis. 2010. Vol. 2. №4. P. 769-790.

291. Mouratou B., Behar G., Paillard-Laurance L., Colinet S. and Pecorari F. Ribosome display for the selection of Sac7d scaffolds // Methods Mol Biol. 2012. Vol. 805. P. 315331.

292. Mouratou B., Schaeffer F., Guilvout I., Tello-Manigne D., Pugsley A.P., Alzari P.M. and Pecorari F. Remodeling a DNA-binding protein as a specific in vivo inhibitor of bacterial secretin PulD // Proc Natl Acad Sci U S A. 2007. Vol. 104. №46. P. 1798317988.

293. Mross K., Richly H., Fischer R., Scharr D., Buchert M., Stern A., Gille H., Audoly L.P. and Scheulen M.E. First-in-human phase I study of PRS-050 (Angiocal), an Anticalin targeting and antagonizing VEGF-A, in patients with advanced solid tumors // PLoS One. 2013. Vol. 8. №12. P. e83232.

294. Mukaiyama A. and Takano K. Slow unfolding of monomeric proteins from hyperthermophiles with reversible unfolding // Int J Mol Sci. 2009. Vol. 10. №3. P. 13691385.

295. Murzin A.G., Brenner S.E., Hubbard T. and Chothia C. SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures // Journal of Molecular Biology. 1995. Vol. 247. №4. P. 536-540.

296. Nakamura M., Tsumoto K., Kumagai I. and Ishimura K. A morphologic study of filamentous phage infection of Escherichia coli using biotinylated phages // Febs Letters. 2003. Vol. 536. №1-3. P. 167-172.

297. Nakamura T., Peng K.W., Harvey M., Greiner S., Lorimer I.A., James C.D. and Russell S.J. Rescue and propagation of fully retargeted oncolytic measles viruses // Nat Biotechnol. 2005. Vol. 23. №2. P. 209-214.

298. Nelson A.L. Antibody fragments: hope and hype // MAbs. 2010. Vol. 2. №1. P. 77-83.

299. Nelson A.L. and Reichert J.M. Development trends for therapeutic antibody fragments // Nat Biotechnol. 2009. Vol. 27. №4. P. 331-337.

300. Nelson D.L. and Cox M.C. Lehninger: principles of biochemistry. - New York; W. H. Freeman & Co, 2004..

301. Nelson P.N., Reynolds G.M., Waldron E.E., Ward E., Giannopoulos K. and Murray P.G. Monoclonal antibodies // Mol Pathol. 2000. Vol. 53. №3. P. 111-117.

302. Nemoto N., Miyamoto-Sato E., Husimi Y. and Yanagawa H. In vitro virus: bonding of mRNA bearing puromycin at the 3'-terminal end to the C-terminal end of its encoded protein on the ribosome in vitro // Febs Letters. 1997. Vol. 414. №2. P. 405-408.

303. Nicaise M., Valerio-Lepiniec M., Minard P. and Desmadril M. Affinity transfer by CDR grafting on a nonimmunoglobulin scaffold // Protein Sci. 2004. Vol. 13. №7. P. 1882-1891.

304. Niehaus F., Bertoldo C., Kahler M. and Antranikian G. Extremophiles as a source of novel enzymes for industrial application // Appl Microbiol Biotechnol. 1999. Vol. 51. №6. P. 711-729.

305. Nissim A., Hoogenboom H.R., Tomlinson I.M., Flynn G., Midgley C., Lane D. and Winter G. Antibody fragments from a 'single pot' phage display library as immunochemical reagents // Embo Journal 1. 1994. Vol. 3. №3. P. 692-698.

306. Nord K., Gunneriusson E., Ringdahl J., Stahl S., Uhlen M. and Nygren P.A. Binding proteins selected from combinatorial libraries of an alpha-helical bacterial receptor domain // Nat Biotechnol. 1997. Vol. 15. №8. P. 772-777.

307. Nord K., Gunneriusson E., Uhlen M. and Nygren P.A. Ligands selected from combinatorial libraries of protein A for use in affinity capture of apolipoprotein A-1M and taq DNA polymerase // J Biotechnol. 2000. Vol. 80. №1. P. 45-54.

308. Nord K., Nilsson J., Nilsson B., Uhlen M. and Nygren P. A. A Combinatorial Library of an Alpha-Helical Bacterial Receptor Domain // Protein Engineering. 1995. Vol. 8. №6. P. 601-608.

309. Nord K., Nord O., Uhlen M., Kelley B., Ljungqvist C. and Nygren P.A. Recombinant human factor VIII-specific affinity ligands selected from phage-displayed combinatorial libraries of protein A. // European Journal of Biochemistry. 2001. Vol. 268. №15. P. 4269-4277.

310. Nucci R., D'Auria S., Febbraio F., Vaccaro C., Morana A., De Rosa M. and Rossi M. A thermostable b-glycosidase from Sulfolobus solfataricus: temperature and SDS effects on its functional and structural properties // Biotechnol. Appl. Biochem. 1995. Vol. 21. P. 265-274.

311. Nygren P.A. and Skerra A. Binding proteins from alternative scaffolds // J Immunol Methods. 2004. Vol. 290. №1-2. P. 3-28.

312. Offner S., Hofmeister R., Romaniuk A., Kufer P. and Baeuerle P.A. Induction of regular cytolytic T cell synapses by bispecific single-chain antibody constructs on MHC class I-negative tumor cells // Mol Immunol. 2006. Vol. 43. №6. P. 763-771.

313. Okada T., Akada M., Fujita T., Iwata T., Goto Y., Kido K., Matsuzaki Y., Kobayashi K., Matsuno S., Sunamura M. and Kawakami Y. A novel cancer testis antigen that is frequently expressed in pancreatic, lung, and endometrial cancers // Clin Cancer Res. 2006. Vol. 12. №1. P. 191-197.

314. Opalka N., Beckmann R., Boisset N., Simon M.N., Russel M. and Darst S.A. Structure of the filamentous phage pIV multimer by cryo-electron microscopy // Journal of Molecular Biology. 2003. Vol. 325. №3. P. 461-470.

315. Orengo C.A., Michie A.D., Jones S., Jones D.T., Swindells M.B. and Thornton J.M. CATH-a hierarchic classification of protein domain structures // Structure. 1997. Vol. 5. №8. P. 1093-1108.

316. Orlova A., Magnusson M., Eriksson T.L., Nilsson M., Larsson B., Hoiden-Guthenberg I., Widstrom C., Carlsson J., Tolmachev V., Stahl S. and Nilsson F.Y. Tumor imaging using a picomolar affinity HER2 binding affibody molecule // Cancer Research. 2006. Vol. 66. №8. P. 4339-4348.

317. Pace C.N., Vajdos F., Fee L., Grimsley G. and Gray T. How to measure and predict the molar absorption coefficient of a protein // Protein Sci. 1995. Vol. 4. №11. P. 2411-2423.

318. Pancer Z. and Cooper M.D. The evolution of adaptive immunity // Annu Rev Immunol. 2006. Vol. 24. P. 497-518.

319. Parizek P., Kummer L., Rube P., Prinz A., Herberg F.W. and Pluckthun A. Designed ankyrin repeat proteins (DARPins) as novel isoform-specific intracellular inhibitors of c-Jun N-terminal kinases // ACS Chem Biol. 2012. Vol. 7. №8. P. 13561366.

320. Parker M.H., Chen Y., Danehy F., Dufu K., Ekstrom J., Getmanova E., Gokemeijer J., Xu L. and Lipovsek D. Antibody mimics based on human fibronectin type three domain engineered for thermostability and high-affinity binding to vascular endothelial growth factor receptor two // Protein Eng Des Sel. 2005. Vol. 18. №9. P. 435444.

321. Parmley S.F. and Smith G.P. Antibody-selectable filamentous fd phage vectors: affinity purification of target genes // Gene. 1988. Vol. 73. №2. P. 305-318.

322. Parrish J.R., Gulyas K.D. and Finley R.L. Jr. Yeast two-hybrid contributions to interactome mapping // Curr Opin Biotechnol. 2006. Vol. 17. №4. P. 387-393.

323. Permyakov S.E., Bakunts A.G., Denesyuk A.I., Knyazeva E.L., Uversky V.N. and Permyakov E.A. Apo-parvalbumin as an intrinsically disordered protein // Proteins. 2008. Vol. 72. №3. P. 822-836.

324. Permyakov S.E., Khokhlova T.I., Nazipova A.A., Zhadan A.P., Morozova-Roche L.A. and Permyakov E.A. Calcium-binding and temperature induced transitions in equine lysozyme: new insights from the pCa-temperature "phase diagrams" // Proteins. 2006. Vol. 65. №4. P. 984-998.

325. Peterson N.C. Advances in monoclonal antibody technology: genetic engineering of mice, cells, and immunoglobulins // ILAR J. 2005. Vol. 46. №3. P. 314-319.

326. Pluckthun A. Designed Ankyrin Repeat Proteins (DARPins): Binding Proteins for Research, Diagnostics, and Therapy // Annual Review of Pharmacology and Toxicology. 2015. Vol. 55. P. 489-511.

327. Privalov P.L. and Potekhin S.A. Scanning microcalorimetry in studying temperature-induced changes in proteins // Methods Enzymol. 1986. Vol. 131. P. 4-51.

328. Puigbo P., Guzman E., Romeu A. and Garcia-Vallve S. OPTIMIZER: a web server for optimizing the codon usage of DNA sequences // Nucleic Acids Res. 2007. Vol. 35 (Web Server issue). W126-131.

329. Qasba P.K. and Kumar S. Molecular divergence of lysozymes and alpha-lactalbumin // Crit Rev Biochem Mol Biol. 1997. Vol. 32. №4. P. 255-306.

330. Raasch C., Streit W., Schanzer J., Bibel M., Gosslar U. and Liebl W. Thermotoga maritima AglA, an extremely thermostable NAD+-, Mn2+-, and thiol-dependent alpha-glucosidase // Extremophiles. 2000. Vol. 4. №4. P. 189-200.

331. Rader C. and Barbas C.F. 3rd Phage display of combinatorial antibody libraries // Curr Opin Biotechnol. 1997. Vol. 8. №4. P. 503-508.

332. Rahbarizadeh F., Rasaee M.J., Forouzandeh Moghadam M., Allameh A.A. and Sadroddiny E. Production of novel recombinant single-domain antibodies against tandem repeat region of MUC1 mucin // Hybrid Hybridomics. 2004. Vol. 23. №3. P. 151-159.

333. Rakonjac J. and Model P. Roles of pIII in filamentous phage assembly // Journal of Molecular Biology. 1998. Vol. 282 . №1. P. 25-41.

334. Ramakrishnan V. and White S.W. Ribosomal protein structures: insights into the architecture, machinery and evolution of the ribosome // Trends Biochem Sci. 1998. Vol. 23. №6. P. 208-212.

335. Ravn P., Danielczyk A., Jensen K.B., Kristensen P., Christensen P.A., Larsen M., Karsten U. and Goletz S. Multivalent scFv display of phagemid repertoires for the selection of carbohydrate-specific antibodies and its application to the Thomsen-Friedenreich antigen // Journal of Molecular Biology. 2004. Vol. 343. №4. P. 985-996.

336. Reiss S., Sieber M., Oberle V., Wentzel A., Spangenberg P., Claus R., Kolmar H. and Losche W. Inhibition of platelet aggregation by grafting RGD and KGD sequences on the structural scaffold of small disulfide-rich proteins // Platelets. 2006. Vol. 17. №3. P. 153-157.

337. Ren Z. and Black L.W. Phage T4 SOC and HOC display of biologically active, full-length proteins on the viral capsid // Gene. 1998. Vol. 215. №2. P. 439-444.

338. Renberg B., Nordin J., Merca A., Uhlen M., Feldwisch J., Nygren P.A. and Karlstrom A.E. Affibody molecules in protein capture microarrays: evaluation of multidomain ligands and different detection formats // Journal of Proteome Research. 2007. Vol. 6. №1. P. 171-179.

339. Renberg B., Shiroyama I., Engfeldt T., Nygren P.K. and Karlstrom A.E. Affibody protein capture microarrays: synthesis and evaluation of random and directed immobilization of affibody molecules // Anal Biochem. 2005. Vol. 341. №2. P. 334-343.

340. Richards J., Miller M., Abend J., Koide A., Koide S. and Dewhurst S. Engineered fibronectin type III domain with a RGDWXE sequence binds with enhanced affinity and specificity to human alphavbeta3 integrin // Journal of Molecular Biology. 2003. Vol. 326. №5. P. 1475-1488.

341. Riechmann L. and Holliger P. The C-terminal domain of TolA is the coreceptor for filamentous phage infection of E. coli // Cell. 1997. Vol. 90. №2. P. 351-360.

342. Roberts B.L., Markland W., Ley A.C., Kent R.B., White D.W., Guterman S.K. and Ladner R.C. Directed evolution of a protein: selection of potent neutrophil elastase inhibitors displayed on M13 fusion phage // Proc Natl Acad Sci U S A. 1992. Vol. 89. №6. P. 2429-2433.

343. Roberts B.L., Markland W., Siranosian K., Saxena M.J., Guterman S.K. and Ladner R.C. Protease inhibitor display M13 phage: selection of high-affinity neutrophil elastase inhibitors // Gene. 1992. Vol. 121. №1. P. 9-15.

344. Roberts R.W. Totally in vitro protein selection using mRNA-protein fusions and ribosome display // Curr Opin Chem Biol. 1999. Vol. 3. №3. P.268-273.

345. Roberts R.W. and Szostak J.W. RNA-peptide fusions for the in vitro selection of peptides and proteins // Proc Natl Acad Sci U S A. 1997. Vol. 94. №23. P. 12297-12302.

346. Rogozin I.B., Solovyov V.V. and Kolchanov N.A. Somatic hypermutagenesis in immunoglobulin genes. I. Correlation between somatic mutations and repeats. Somatic mutation properties and clonal selection // Biochim Biophys Acta. 1991. Vol. 1089. №2. P. 175-182.

347. Romanov V.I. Phage display selection and evaluation of cancer drug targets // Curr Cancer Drug Targets. 2003. Vol. 3. №2. P. 119-129.

348. Ronnmark J., Gronlund H., Uhlen M. and Nygren P.A. Human immunoglobulin A (IgA)-specific ligands from combinatorial engineering of protein A // European Journal of Biochemistry. 2002. Vol. 269. №11. P. 2647-2655.

349. Ronnmark J., Kampf C., Asplund A., Hoiden-Guthenberg I., Wester K., Ponten F., Uhlen M. and Nygren P.A. Affibody-beta-galactosidase immunoconjugates produced as

soluble fusion proteins in the Escherichia coli cytosol // J Immunol Methods. 2003. Vol. 281. №1-2. P. 149-160.

350. Rottgen P. and Collins J. A human pancreatic secretory trypsin inhibitor presenting a hypervariable highly constrained epitope via monovalent phagemid display // Gene. 1995. Vol.164. №2. P. 243-250.

351. Rudnick S.I. and Adams G.P. Affinity and avidity in antibody-based tumor targeting // Cancer Biother Radiopharm. 2009. Vol. 24. №2. P. 155-161.

352. Russell R.J., Ferguson J.M., Hough D.W., Danson M.J. and Taylor G.L. The crystal structure of citrate synthase from the hyperthermophilic archaeon pyrococcus furiosus at 1.9 A resolution // Biochemistry. 1997. Vol. 36. №33. P. 9983-9994.

353. Russell R.J., Gerike U., Danson M.J., Hough D.W. and Taylor G.L. Structural adaptations of the cold-active citrate synthase from an Antarctic bacterium // Structure. 1998. Vol. 6. №3. P. 351-361.

354. Saerens D., Ghassabeh G.H. and Muyldermans S. Single-domain antibodies as building blocks for novel therapeutics // Current Opinion in Pharmacology. 2008. Vol. 8. №5. P. 600-608.

355. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Scharf S.J., Higuchi R., Horn G.T., Mullis K.B. and Erlich H.A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase // Science. 1988. Vol. 239. №4839. P. 487-491.

356. Sakai K., Shimizu Y., Chiba T., Matsumoto-Takasaki A., Kusada Y., Zhang W., Nakata M., Kojima N., Toma K., Takayanagi A., Shimizu N. and Fujita-Yamaguchi Y. Isolation and characterization of phage-displayed single chain antibodies recognizing nonreducing terminal mannose residues. 1. A new strategy for generation of anti-carbohydrate antibodies // Biochemistry. 2007. Vol. 46. №1. P. 253-262.

357. Sali A. and Blundell T.L. Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints // J Mol Biol. 1993. Vol. 234. №3. P. 779-815.

358. Samoylova T.I., Morrison N.E., Globa L.P. and Cox N.R. Peptide phage display: opportunities for development of personalized anti-cancer strategies // Anticancer Agents Med Chem. 2006. Vol. 6. №1. P. 9-17.

359. Santini C., Brennan D., Mennuni C., Hoess R.H., Nicosia A., Cortese R. and Luzzago A. Efficient display of an HCV cDNA expression library as C-terminal fusion to

the capsid protein D of bacteriophage lambda // Journal of Molecular Biology. 1998. Vol. 282. №1. P. 125-135.

360. Sarkar C.A., Lowenhaupt K., Horan T., Boone T.C., Tidor B. and Lauffenburger D.A. Rational cytokine design for increased lifetime and enhanced potency using pH-activated "histidine switching // Nat Biotechnol. 2002. Vol. 20. №9. P. 908-913.

361. Saul D.J., Williams L.C., Reeves R.A., Gibbs M.D. and Bergquist P.L. Sequence and expression of a xylanase gene from the hyperthermophile Thermotoga sp. strain FjSS3-B.1 and characterization of the recombinant enzyme and its activity on kraft pulp // Appl Environ Microbiol. 1995. Vol. 61. №11. P. 4110-4113.

362. Scandurra R., Consalvi V., Chiaraluce R., Politi L. and Engel P.C. Protein thermostability in extremophiles // Biochimie. 1998. Vol. 80. №11. P. 933-941.

363. Schirrmann T., Meyer T., Schutte M., Frenzel A. and Hust M. Phage Display for the Generation of Antibodies for Proteome Research, Diagnostics and Therapy // Molecules. 2011. Vol. 16. №1. P. 412-426.

364. Schlehuber S., Beste G. and Skerra A. A novel type of receptor protein, based on the lipocalin scaffold, with specificity for digoxigenin // Journal of Molecular Biology. 2000. Vol. 297. №5. P. 1105-1120.

365. Schlehuber S. and Skerra A. Duocalins: engineered ligand-binding proteins with dual specificity derived from the lipocalin fold // Biol Chem. 2001. Vol. 382. №9. P. 1335-1342.

366. Schlehuber S. and Skerra A. Lipocalins in drug discovery: from natural ligand-binding proteins to "anticalins" // Drug Discov Today. 2005. Vol. 10. №1. P. 23-33.

367. Schlenzka J., Moehler T.M., Kipriyanov S.M., Kornacker M., Benner A., Bahre A., Stassar M.J., Schafer H.J., Little M., Goldschmidt H. and Cochlovius B. Combined effect of recombinant CD19 x CD16 diabody and thalidomide in a preclinical model of human B cell lymphoma // Anticancer Drugs. 2004. Vol. 15. №9. P. 915-919.

368. Schneider S., Buchert M., Georgiev O., Catimel B., Halford M., Stacker S.A., Baechi T., Moelling K. and Hovens C.M. Mutagenesis and selection of PDZ domains that bind new protein targets // Nat Biotechnol. 1999. Vol. 17. №2. P. 170-175.

369. Schnyder A. and Huwyler J. Drug transport to brain with targeted liposomes // NeuroRx. 2005. Vol. 2. №1. P. 99-107.

370. Schonfeld D., Matschiner G., Chatwell L., Trentmann S., Gille H., Hulsmeyer M., Brown N., Kaye P.M., Schlehuber S., Hohlbaum A.M. and Skerra A. An engineered lipocalin specific for CTLA-4 reveals a combining site with structural and conformational features similar to antibodies // Proc Natl Acad Sci U S A. 2009. Vol. 106. №20. P. 8198-8203.

371. Schroff R.W., Foon K.A., Beatty S.M., Oldham R.K. and Morgan A.C. Jr. Human anti-murine immunoglobulin responses in patients receiving monoclonal antibody therapy // Cancer Res. 1985. Vol. 45. №2. P. 879-885.

372. Schweizer A., Roschitzki-Voser H., Amstutz P., Briand C., Gulotti-Georgieva M., Prenosil E., Binz H.K., Capitani G., Baici A., Pluckthun A. and Grutter M.G. Inhibition of caspase-2 by a designed ankyrin repeat protein: specificity, structure, and inhibition mechanism // Structure. 2007. Vol. 15. №5. P. 625-636.

373. Scott J.K. and Smith G.P. Searching for peptide ligands with an epitope library // Science. 1990. Vol. 249. №4967. P. 386-390.

374. Sergeeva A., Kolonin M.G., Molldrem J.J., Pasqualini R. and Arap W. Display technologies: application for the discovery of drug and gene delivery agents // Adv Drug Deliv Rev. 2006. Vol. 58. №15. P. 1622-1654.

375. Shadidi M. and Sioud M. An anti-leukemic single chain Fv antibody selected from a synthetic human phage antibody library // Biochem Biophys Res Commun. 2001. Vol. 280. №2. P. 548-552.

376. Sharma D., Feng G., Khor D., Genchev G.Z., Lu H. and Li H. Stabilization provided by neighboring strands is critical for the mechanical stability of proteins // Biophys J. 2008. Vol. 95. №8. P. 3935-3942.

377. Sharma D., Perisic O., Peng Q., Cao Y., Lam C., Lu H. and Li H. Single-molecule force spectroscopy reveals a mechanically stable protein fold and the rational tuning of its mechanical stability // Proc Natl Acad Sci U S A. 2007. Vol. 104. №22. P. 9278-9283.

378. Sheets M.D., Amersdorfer P., Finnern R., Sargent P., Lindquist E., Schier R., Hemingsen G., Wong C., Gerhart J.C. and Marks J.D. Efficient construction of a large nonimmune phage antibody library: the production of high-affinity human single-chain antibodies to protein antigens // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. Vol. 95. №11. P. 61576162.

379. Shibata Y., Hosogi Y., Hayakawa M., Hori N., Kamada M. and Abiko Y. Construction of novel human monoclonal antibodies neutralizing Porphyromonas gingivalis hemagglutination activity using transgenic mice expressing human Ig loci // Vaccine. 2005. Vol. 23. №29. P. 3850-3856.

380. Sibille M., Patat A., Caplain H. and Donazzolo Y. A safety grading scale to support dose escalation and define stopping rules for healthy subject first-entry-into-man studies: some points to consider from the French Club Phase I working group // Br J Clin Pharmacol. 2010. Vol. 70. №5. P. 736-748.

381. Siddiqui K.S., Thomas T. and Uversky V.N., Eds. Protein Adaptation in Extremophiles // Molecular Anatomy and Physiology of Proteins. - New York; Nova Science Publishers, 2008.

382. Silverman A.P., Kariolis M.S. and Cochran J.R. Cystine-knot peptides engineered with specificities for alpha(IIb)beta(3) or alpha(IIb)beta(3) and alpha(v)beta(3) integrins are potent inhibitors of platelet aggregation // J Mol Recognit. 2011. Vol. 24. №1. P. 127135.

383. Silverman A.P., Levin A.M., Lahti J.L. and Cochran J.R. Engineered cystine-knot peptides that bind alpha(v)beta(3) integrin with antibody-like affinities // Journal of Molecular Biology. 2009. Vol. 385. №4. P. 1064-1075.

384. Silverman J., Liu Q., Bakker A., To W., Duguay A., Alba B.M., Smith R., Rivas A., Li P., Le H., Whitehorn E., Moore K.W., Swimmer C., Perlroth V., Vogt M., Kolkman J. and Stemmer W.P. Multivalent avimer proteins evolved by exon shuffling of a family of human receptor domains // Nat Biotechnol. 2005. Vol. 23. №12. P. 15561561.

385. Sioud M. and Hansen M.H. Profiling the immune response in patients with breast cancer by phage-displayed cDNA libraries // Eur J Immunol. 2001. Vol. 31. №3. P. 716725.

386. Skerra A. Engineered protein scaffolds for molecular recognition // J Mol Recognit. 2000. Vol. 13. №4. P. 167-187.

387. Skerra A. Lipocalins as a scaffold // Biochim Biophys Acta. 2000. Vol. 1482. №12. P. 337-350.

388. Skerra A. Imitating the humoral immune response // Curr Opin Chem Biol. 2003. Vol. 7. №6. P. 683-693.

389. Skerra A. Alternative non-antibody scaffolds for molecular recognition // Curr Opin Biotechnol. 2007. Vol. 18. №4. P. 295-304.

390. Skerra A. Alternative binding proteins: anticalins - harnessing the structural plasticity of the lipocalin ligand pocket to engineer novel binding activities // Febs Journal. 2008. Vol. 275. №11. P. 2677-2683.

391. Smith G.P. Filamentous fusion phage: novel expression vectors that display cloned antigens on the virion surface // Science. 1985. Vol. 228. №4705. P. 1315-1317.

Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.