Разработка устройства для отбора проб воздуха и его применение в оценке микробного загрязнения птицеводческих помещений тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Соколова Ксения Андреевна

• Соколова Ксения Андреевна
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Соколова Ксения Андреевна

ВВЕДЕНИЕ

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Биоразнообразие микробиоты воздушной среды в птицеводческих помещениях

1.2. Влияние повышенной микробной обсемененности воздуха на здоровье и продуктивность птицы

1.3. Устройства и методы для отбора проб воздуха для анализа состава микроорганизмов

1.4. Характеристика существующих молекулярно-генетических методов изучения микроорганизмов

1.5. Изучение микробиоты воздушной среды птицеводческих помещений с применением молекулярно-генетических методов

2. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы и методы исследования

2.2. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ АНАЛИЗ

2.2.1. РАЗРАБОТКА УСТРОЙСТВА ДЛЯ ОТБОРА ПРОБ МИКРОБИОТЫ ВОЗДУШНОЙ СРЕДЫ

2.2.2. СРАВНИТЕЛЬНЫЕ ИСПЫТАНИЯ УСТРОЙСТВА ДЛЯ ОТБОРА МИКРОБИОТЫ ВОЗДУШНОЙ СРЕДЫ С ПРИМЕНЕНИЕМ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИХ И МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ

2.2.2.1. Сравнительная оценка применения устройства для отбора микробиоты воздушной среды

2.2.2.2. Испытание устройства для отбора микробиоты воздуха в условиях вивария

2.2.3. АНАЛИЗ МИКРОБНЫХ ЗАГРЯЗНЕНИЙ ВОЗДУШНОЙ СРЕДЫ В ЗАВИСИМОСТИ ОТ СЕЗОННЫХ ИЗМЕНЕНИЙ В ПРОМЫШЛЕННОМ ПТИЦЕВОДСТВЕ

2

2.2.3.1. Идентификация представителей микробиоты воздушной среды при выращивании ремонтного молодняка

2.2.3.2. Идентификация представителей микробиоты воздушной среды при содержании промышленного стада

2.2.3.3. Влияние сезонного фактора на состав микробиоты воздушной среды при содержании промышленного стада кур-несушек кросса Ломанн Уайт

2.2.4. СОЗДАНИЕ БИОИНФОРМАЦИОННОЙ БАЗЫ ДАННЫХ СОСТАВА МИКРОБИОТЫ ВОЗДУШНОЙ СРЕДЫ ПТИЦЕВОДЧЕСКИХ

ПОМЕЩЕНИЙ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Выводы

Рекомендации по использованию научных выводов

Перспективы дальнейшей разработки темы

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Приложение 1. Характеристика представителей микробиоты воздушной среды на уровне родов при выращивании ремонтного молодняка яичной

продуктивности кросса Ломанн Браун

Приложение 2. Характеристика представителей микробиоты воздушной среды на уровне родов при содержании промышленного стада кур яичной

продуктивности кросса Ломанн Браун

Приложение 3. Устройство для отбора микробиоты воздушной среды (заявка

на патент № 2024138872 от 23.12.2024)

Приложение 4. Акт внедрения устройства в производство АО «Птицефабрика

Роскар»

Приложение 5. Свидетельство о государственной регистрации базы данных №

2025620385 от

Приложение 6. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2025622101 от

Приложение 7. Письмо признания актуальности создания базы данных

от Российского птицеводческого союза

Приложение 8. Акт внедрения базы данных в производство

АО «Птицефабрика Роскар»

Приложение 9. Акт внедрения базы данных в ВНИИГРЖ

Приложение 10. Акт внедрения базы данных в производство

ООО «Майские просторы»

Приложение 11. Диплом «Золотая осень 2024»

Приложение 12. Свидетельство к золотой медали

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка устройства для отбора проб воздуха и его применение в оценке микробного загрязнения птицеводческих помещений»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования. Промышленное птицеводство, основанное на интенсивных технологиях содержания бройлеров и кур-несушек в специализированных закрытых помещениях с использованием клеточных батарей (Бабаханов Ю. М., 1982; Баланин В. И., 1988; Бобылева А. А., 2024), сталкивается с рядом существенных проблем, связанных с микробиологическим состоянием воздушной среды (Кочиш И. И. с соавт., 2024).

В последние годы наблюдается рост интереса к изучению микробиоты воздушной среды, что связано с развитием молекулярно-генетических методов, таких как высокопроизводительное секвенирование (NGS), которые позволяют выявлять не только культивируемые, но и некультивируемые микроорганизмы. Эти методы открывают новые возможности для более глубокого понимания структуры и функций микробных сообществ, что особенно важно в условиях интенсивного птицеводства (Равин Н. В. с соавт., 2015; Морозов В. Ю. с соавт., 2023).

Современные исследования демонстрируют, что микробиота воздушной среды птицеводческих помещений тесно связана с микробиомом кишечника птиц, влияя на их здоровье и продуктивность. Микроорганизмы, циркулирующие в воздухе, включая бактерии (Escherichia coli) и споры грибов (Aspergillus spp.), способны проникать в организм птиц через дыхательные пути и желудочно-кишечный тракт, что подтверждается работами ученных (Kandpal M. et al., 2022; Wang X. et al., 2024). Например, плесневые грибы, попадая в кишечник, подавляют рост полезных бактерий, таких как Lactobacillus spp., нарушая ферментативную активность и снижая усвоение питательных веществ. Этот процесс усугубляется в условиях стресса, вызванного высокой плотностью поголовья или температурными колебаниями, которые увеличивают проницаемость слизистых оболочек и снижают иммунную защиту, облегчая колонизацию патогенами (Antonissen G. et al., 2014). Также в условиях неблагоприятного микроклимата, включая,

5

загрязненность воздуха различными микроорганизмами, в том числе, токсинообразующими, у сельскохозяйственной птицы могут ухудшиться показатели продуктивности, состояние иммунитета, повыситься восприимчивость к заболеваниям (Абдурагимова Р. М. с соавт., 2020).

Проанализированные данные создают предпосылки для своевременного анализа микробного фона воздушной среды для предотвращения вспышек инфекционных заболеваний и поддержания микробного баланса в организме птиц.

С точки зрения экологической безопасности деятельность птицеводческих предприятий подразумевает минимизацию негативного воздействия на окружающую среду, включая выбросы микроорганизмов в атмосферу (федеральный закон от 10 января 2002 г. № 7-ФЗ «Об охране окружающей среды»). В свою очередь минимизация микроорганизмов невозможна без своевременного анализа микробиоты воздушной среды на территории ветеринарных объектов. Регулярный её мониторинг позволяет не только контролировать уровень микробной контаминации внутри помещений, но и предотвращать распространение патогенов за их пределы, что соответствует принципам устойчивого развития санитарного благополучия и экологической безопасности (Тюрин В. Г. с соавт., 2019; Givanoudi S. et а1., 2023; Ката1 М. et а1., 2024).

Однако действующие нормативы предельно допустимой концентрации микроорганизмов в воздухе (РД-АПК 1.10.05.04-13 от 30.09.2013), установленные для взрослой птицы (250 тыс. микробных тел/м3) и молодняка (50-150 тыс. микробных тел/м3, в зависимости от возраста), не учитывают современных тенденций развития отрасли, включая внедрение высокопродуктивных кроссов, автоматизированных систем микроклимата и ужесточение международных ветеринарно-санитарных требований, которые актуализируют вопрос пересмотра устаревших нормативов (Колесников Р. О., 2017).

Таким образом, разработка новых устройств и современных методов для мониторинга микробиоты воздушной среды в промышленном птицеводстве является актуальной научной задачей, направленной на совершенствование систем биобезопасности, с целью снижения инфекционных рисков, повышения сохранности и продуктивности птицы.

Цель исследования: Разработка устройства для отбора проб микробиоты воздушной среды с целью выявления закономерностей сезонных изменений микробного загрязнения в промышленном птицеводстве.

Задачи исследования:

1. Провести анализ методов и способов контроля микробиоты воздушной среды.

2. Разработать устройство для отбора проб микробиоты воздушной среды.

3. Провести сравнительные испытания устройства для отбора микробиоты воздушной среды с применением микробиологических и молекулярно-генетических методов.

4. Провести анализ микробных загрязнений воздушной среды в зависимости от сезонных изменений в промышленном птицеводстве с целью создания биоинформационной базы данных.

Научная новизна. Разработано «Устройство для отбора микробиоты воздушной среды» (заявка на патент № 2024138872 от 23.12.2024), обеспечивающее эффективный отбор проб с сохранением жизнеспособности микроорганизмов и позволяющее проводить комплексный анализ культивируемых и некультивируемых форм. Применение данного Устройства и современного метода исследования (qPCR) впервые позволило установить распределение микроорганизмов, выявленных при выращивании бройлеров кросса «Росс-308» на трехъярусной клеточной батареи. Впервые детально описан видовой состав микробиоты воздушной среды птицеводческих помещений, выявлены специфические таксоны для каждого сезона, что позволило создать биоинформационную базу данных «Сезонная динамика разнообразия микроорганизмов в воздушной среде промышленного

птицеводства» (свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2025622101 от 19.05.2025), содержащую информацию о видовом разнообразии и динамике изменения микробного сообщества.

Теоретическая и практическая ценность работы. Для практической деятельности ветеринарных специалистов предложено новое высокоэффективное «Устройство для отбора микробиоты воздушной среды»; с целью планирования профилактических мероприятий в зависимости от времени года, в условиях промышленного птицеводства, предложена биоинформационная база данных микробиоты воздушной среды.

Результаты исследований создают теоретическую базу о составе, особенностях и динамике микробиоты воздушной среды в условиях интенсивного птицеводства. Созданная биоинформационная база данных представляет собой уникальный научный ресурс, который может быть использован для дальнейших исследований в области ветеринарной санитарии, гигиены, экологии и биобезопасности. Установленные сезонные изменения в составе микробиоты и динамика ее развития в течение производственного цикла создают предпосылки для разработки новых концепций мониторинга и контроля микробиоты воздушной среды. А также могут быть использованы для планирования ветеринарно-санитарных мероприятий на объектах промышленного птицеводства.

Полученные практические и теоретические знания могут быть использованы ветеринарными специалистами в научных целях, являться дополнительным материалом при составлении учебных справочных пособий, чтении лекций и проведении практических занятий в высших учебных заведениях.

Материалы и методы исследований. Методологической основой проведённых исследований является разработка и применение: «Устройство для отбора микробиоты воздушной среды» в условиях птицеводческих помещений, которое обеспечивает эффективный отбор проб с сохранением идентификационной способности микроорганизмов для последующего

анализа с использованием современных молекулярно-генетических методов, таких как количественная полимеразная цепная реакция (qPCR) и высокопроизводительное секвенирование второго поколения (NGS). Результаты были получены микробиологическими, молекулярно-генетическими, статистическими и биоинформатическими методами исследования. Они важны для совершенствования зоогигиенических, санитарных и противоэпизоотических мероприятий в условиях промышленных птицеводческих предприятий.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Усовершенствование методов и способов выявления микробиоты воздушной среды в условиях интенсификации промышленного птицеводства может быть достигнуто путем применения новых практических решений.

2. Разработано «Устройство для отбора микробиоты воздушной среды» (заявка на патент № 2024138872 от 23.12.2024), обеспечивающее высокое качество улавливания микроорганизмов одновременно в четыре сменные пробирки, что позволяет сократить время отбора проб.

3. Эффективность применения «Устройства для отбора микробиоты воздушной среды» может быть достигнута за счет совместимости с молекулярно-генетическими методами, что позволяет выявить некультивируемые микроорганизмы, недоступные для микробиологических методов.

4. Для планирования профилактических мероприятий, в зависимости от времени года, в условиях промышленного птицеводства предлагается использовать биоинформационную базу данных воздушной среды «Сезонная динамика разнообразия микроорганизмов в воздушной среде промышленного птицеводства» (свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2025622101 от 19.05.2025) с целью снижения инфекционных рисков, повышения сохранности и продуктивности птиц.

Степень достоверности и апробация результатов. Достоверность полученных результатов подтверждается использованием

сертифицированного оборудования, современных методов сбора и обработки данных, а также применением статистического анализа. Представленные данные опубликованы в рецензируемых источниках, а также получили апробацию в ходе обсуждений на научных конференциях.

Основные положения диссертационной работы были представлены, обсуждены и положительно охарактеризованы на: Ученом совете института животноводства и аквакультуры имени В. И. Наумова федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет» (Санкт-Петербург - Пушкин, 2022-2025 гг.); международной научно-практической конференции молодых учёных и обучающихся «Интеллектуальный потенциал молодых учёных как драйвер развития АПК» (Санкт-Петербург - Пушкин, 2023 г.); научно-практической конференции с международным участием «Актуальные проблемы ветеринарной медицины, ветеринарно-санитарной экспертизы и биологической безопасности сельскохозяйственной продукции» под девизом «Здоровое животное -безопасная пища - здоровый человек» (Москва, 2024 г.); XXI международной конференции «Мировое и российское птицеводство: динамика и перспективы развития - научные разработки по генетике и селекции сельскохозяйственной птицы, кормлению, инновационным технологиям производства и переработки яиц и мяса, ветеринарии, экономики отрасли» (Сергиев Посад, 2024 г.); международной научно-практической конференции профессорско-преподавательского состава, посвященная академику почвоведу и первому ректору университета К. Д. Глинке (Санкт-Петербург - Пушкин, 2024 г.).

В составе разработчиков получили признание и награждены золотыми медалями и дипломами: на международной агропромышленной выставке-ярмарке «Агрорусь-2024» (Санкт-Петербург, 2024 г.), XXVI Российской агропромышленной выставке «Золотая осень 2024» (Москва, 2024 г.).

Исследования выполнены в рамках государственных контрактов с Министерством сельского хозяйства Российской Федерации по теме:

«Разработка рекомендаций по определению микробиома воздушной среды животноводческих помещений культуральным и молекулярно-генетическими методами с целью рационального применения средств биологической защиты животных (государственное задание № 082-03-2023-207 от 30.01.2023, II этап)»; «Создание биоинформационной базы данных микробиома воздушной среды птицеводческих помещений» (государственное задание № 082-2024-218 от 26.01.2024).

Результаты научно-исследовательской работы внедрены в АО «Птицефабрика Роскар», Ленинградская область, Выборгский район и в ООО «Майские просторы», Московская Область, г.о. Сергиево-Посадский, г. Сергиев Посад. Материалы исследований используются в учебном процессе и научных исследованиях в федеральном государственном бюджетном образовательном учреждении высшего образования «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет».

Личный вклад соискателя. Диссертационная работа представляет собой результаты исследований автора за период с 2022 по 2025 г. Основная часть научных исследований, описанных в работе: отбор проб, проведение опытов, микробиологические и молекулярно-генетические исследования воздушной среды птицеводческих помещений, анализ полученных результатов, статистическая обработка данных и их интерпретация, апробация результатов исследований на научных конференциях, подготовка основных публикаций и патентов выполнена соискателем самостоятельно. Доля участия соискателя при выполнении работы составляет 90 %.

Публикация результатов исследований. Автором по теме диссертации опубликовано 13 научных работ, в которых отражены основные положения и выводы по теме диссертации, в том числе 3 статьи в изданиях, включенных в Перечень Российских рецензируемых научных журналов и изданий для опубликования основных научных результатов диссертаций (Российский журнал «Проблемы ветеринарной санитарии, гигиены и экологии», «Птица и Птицепродукты», «Труды Кубанского государственного аграрного

университета»), 1 статья в базе данных Scopus (International Scientific and Practical Conference «From Modernization to Rapid Development: Ensuring Competitiveness and Scientific Leadership of the Agro-Industrial Complex» (IDSISA 2024)), подана 1 заявка на патент Российской Федерации на изобретение «Устройство для отбора микробиоты воздушной среды» (заявка № 2024138872 от 23.12.2024) и 2 свидетельства о государственной регистрации базы данных «Сезонные изменения микроорганизмов в воздушной среде в промышленном птицеводстве» (№ 2025622101 от 19.05.2025) и «Микробиота воздушной среды при выращивании и содержании ремонтного молодняка, промышленного стада яичных кур и цыплят-бройлеров по данным NGS-секвенирования» (№ 2025620385 от 22.01.2025), а также изданы 2 учебных пособия: «Рекомендации по индикации и оптимизации микробиоты в воздухе животноводческих помещений» (2022) и «Рекомендации по определению микробиома воздушной среды животноводческих помещений культуральным и молекулярно-генетическими методами» (2023).

Объем и структура работы. Диссертация изложена на 144 страницах компьютерного текста и состоит из: введения, обзора литературы, собственных исследований, заключения, выводов, списка литературы и 12 приложений. Работа иллюстрирована 10 таблицами и 26 рисунками. Список литературы содержит 158 источников, в том числе 110 зарубежных авторов.

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Биоразнообразие микробиоты воздушной среды в птицеводческих помещениях

Микробиота воздуха в птицеводческих помещениях состоит из микромицетов, бактерий, дрожжей и вирусов (Cambra-Lopez M. et al., 2010).

Установлено (Duan H. et al., 2007), что количество бактерий в воздухе птичников составляет от 3,8*105 до 2,6х106 КОЕ/м3, тогда как, по другим данным (Brodka K. et al., 2012), оно составляет от 4,7*104, достигая значительных показателей - 1,9*108 КОЕ/м3. Эти результаты перекликаются с данными Matkovic K. с коллективом соавторов (2009), согласно которым количество бактерий в воздухе птичников составляет от 104 до 108 КОЕ/м3. В исследовании, проведённом Bakutis B. с соавторами (2004), общее количество бактерий в воздухе птичников не превышало 105 КОЕ/м3. Так же Agranovski V. с соавторами (2007) в своей работе зафиксировали значения для бактерий в диапазоне 1,12*105 - 6,38*106 КОЕ/м3, где преобладали грамположительные виды (Журавчук Е. В., 2019).

Результаты исследований Almatawah Q. A. с соавторами (2023) продемонстрировали, что на состав микроорганизмов воздуха птицеводческих помещений влияют многие абиотические и биотические факторы, в том числе генотип птицы, возраст, методы содержания и т.д. Так, концентрация бактерий в воздухе была выше в птичниках для цыплят-бройлеров по сравнению с помещениями для содержания яичной птицы (Kim K. Y. et al., 2020), и выше при содержании птицы на глубокой подстилке, по сравнению с другими системами содержания (Soliman E. S. et al., 2020).

Что касается сезона и микроклиматических условий, то предыдущие исследования не выявили однозначного мнения о том, как эти факторы влияют на концентрацию бактерий в воздухе в птичниках. Например, сообщалось (Wojcik A. et al., 2010), что общее количество бактерий зимой выше, чем летом,

в то время как Chen H. с соавторами (Chen Н. et al., 2022) получили противоположные результаты. В исследовании на мясной птице (Lawniczek-Walczyk А. et al., 2013) показано, что количество бактерий значительно коррелирует с относительной влажностью, но не продемонстрировано какой-либо связи с температурой воздуха. В другом исследовании (Banhazi T. M. et al., 2008) отмечена значимая положительная корреляцию между количеством бактерий и температурой воздуха, но не зафиксировано связи с относительной влажностью. Показано (Saleh М. et al., 2005), что в теплый период года в птичниках для мясной птицы концентрация пыли ниже, чем в холодный период, что объясняется более высокой скоростью вентиляции летом.

В целом, в воздушной микробиоте доминируют грамположительные бактерии, причем чаще всего сообщалось о различных стафилококках (Indari Y. R. et al., 2021) в количестве от 106 до 107 КОЕ/м3 воздуха (Oppliger А. et al., 2008). Высокая доля грамположительных бактерий в воздухе птицеводческих помещений может быть обусловлена их устойчивостью к условиям окружающей среды благодаря более прочной клеточной стенке (Seedorf J. et al., 1998). В отличие от них, грамотрицательные бактерии составляют незначительную долю переносимых по воздуху бактерий от 0,02 % до 5,2 % (Zucker B. A. et al., 2000). Часто встречаются в высоких концентрациях Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae и Pseudomonas aeruginosa, особенно в помещениях с плохой вентиляцией и повышенной влажностью (Taye A. L. et al., 2022).

Стоит отметить, что в воздушной среде достаточно широко представлены микромицеты, прежде всего, филумами Ascomycota (39,568,2 %) и Basidiomycota (3,5-37,5 %) (Yang W. et al., 2018). Наиболее распространенными видами и родами микромицетов считаются Aspergillus sydowii (28,2 %), Aschersonia sp. A-8 (11,9 %) и Penicillium sp. (10,0 %) (Wang Х. et al., 2024). Было выявлено, что их концентрация может составлять от 4,4х103 до 6,2х105 КОЕ/м3 (Agranovski V. et al., 2007)

Среди дрожжей обнаруживаются такие виды и роды, как Geotrichum candidum, Cryptococcus neoformans, Rhodotorula, Candida, особенно высоко представленные при высокой влажности и вызывающие множество неблагоприятных последствий для здоровья птиц (Grzinic G. et al., 2023).

Так в исследовании, проведенном на цыплятах-бройлерах и курах-несушках на 10 птицефабриках с поголовьем от 8000 до 42000 особей, обнаружил, что концентрация микроорганизмов в осевшей пыли составила 3,2*109 КОЕ/г для бактерий и 1,2х106 КОЕ/г для грибов. Следующие виды грибов были выделены с наибольшей частотой встречаемости: Aspergillus penicillioides (72,5%), Eurotium chevelierii (32,5 %), Mucor fragilis (27,5%), Absidia glauca (27,5%) (Skora J. et al., 2016; Морозов В. Ю. с соавт., 2023).

Таблица 1 - Разнообразие грибов и дрожжей, выделенных из образцов осевшей пыли в условиях птицефабрик ^кога J. et а1., 2016)

№ п/п Вид Частота присутствия в пробах (%) Доля в сообществе (%) Место изоляции*

1 Absidia glauca 27,5% 7,2% I—III; V; VII; X

2 Alternaria alternata 10,0% 0,8% III; VI

3 Aspergillus fumigatus 15,0% 5,3% V; VI

4 Aspergillus penicillioides 72,5% 32,5% I-X

5 Candida pelliculosa 15,0% 2,3% III; VII; VIII

6 Cephaliophora tropica 5,0% 0,0% II

7 Chaetomium globosum 15,0% 0,7% II; VI; X

8 Cryptococcus uniguttulatus 25,0% 8,5% I-VI

9 Eurotium chevelierii 32,5% 15,2% IV-V; IX; X

10 Mucor fragilis 27,5% 20,2% II; IV; V; VII; VIII; X

11 Mucor pirimiformis 17,5% 2,1% I; II; V; VI; VIII

12 Paeciliomyces variotii 60,0% 4,0% I-X

13 Rhodotorula mucilaginosa 27,5% 1,2% I-V; VIII

Примечание: * - I-X - условные номера птицефабрик

Нужно отметить, что воздушная микробиота аналогична микробиоте подстилочного помета (Bindari Y. R. et al., 2021). Микроорганизмы входящие в состав подстилки влияет на состав микробиоты дыхательной системы птиц (Dunlop M. W. et al., 2016). Показано, что воздушная пыль может содержать такие кишечные бактерии, как Bacteroides, Phascolarctobacterium, Romboutsia, Blautia и Faecalibacterium или бактерии из подстилки, такие, как Acinetobacter, Corynebacterium, Brachybacterium, Aerococcus, Brevibacterium, Jeotgallicoccus, Weissella, Facklamia, Oceanobacillus и Yaniella (Liu D. et al., 2019). Из-за отсутствия питательных веществ в воздухе - бактерии не размножаются. Однако воздушная среда объединяет практически все микроэкосистемы различных звеньев технологической цепи производства сельскохозяйственной птицы, то есть - кишечную и подстилочную микробиоту, микробиоту воды, кожи и дыхательных путей. Тем не менее, опубликованы также результаты исследований, демонстрирующие низкое сходство между микробиотой кишечника и воздуха (Luiken R. E. C. et al., 2020).

Таким образом, систематический мониторинг динамики накопления, видового и количественного состава микроорганизмов воздушной среды в птицеводческих помещениях является ключевым элементом для своевременного выявления и контроля патогенных и условно-патогенных микроорганизмов (бактерии, вирусы, микромицеты), предотвращая вспышки инфекций.

1.2. Влияние повышенной микробной обсемененности воздуха на здоровье и продуктивность птицы

Нередко в воздухе птицефабрик обнаруживают патогенные таксоны бактерий, например, Pseudomonas, Bacillus, Corynebacterium, Pasteurella, Vibrio, Enterobacter, Salmonella, Brucella, Leptospira, Haemophilus, Mycoplasma, Yersinia, Staphyloccocus, Streptococcus, Micrococcus, Pantoea и Sarcina, которые представляют угрозу для здоровья птиц (Морозов В. Ю., 2019; Chang K. M. et al., 2021). Например, нередко обнаруживаемые грамположительные

стафилококки могут вызывать стафилококкоз - остро или хронически протекающее инфекционное заболевание, сопровождающееся септицемией, артритами, реже везикулярным дерматитом. С одной стороны, исследования показали, что стафилококки являются распространёнными обитателями кишечного тракта сельскохозяйственной птицы (Salanitro J. P. et al., 1978). Однако присутствие данных микроорганизмов в кишечнике может иметь нежелательные последствия, поскольку стафилококки могут быть и патогенами (Rosenstein R. et al., 2013). Исследования, проведённые на сельскохозяйственной птице, продемонстрировали связь заболеваний как с коагулазоположительными стафилококками, так и с коагулазонегативными стафилококками (Nazia K. K. M. et al., 2015). Коагулазонегативные стафилококки, такие, как Staphylococcus simulans, были связаны с эндокардитом у бройлеров (Stepien-Pysniak D. et al., 2017), другие исследователи (Cheville N. F. et al., 1988) сообщили о фибринозно-гнойном блефарите и конъюнктивите вызванных S. hyicus у сельскохозяйственной птицы. Кроме того, устойчивые к противомикробным препаратам стафилококки, такие как метициллин-резистентный S. aureus (MRSA), который когда-то считался патогеном, связанным с больницами, на сегодняшний день часто выделяют из патологического материала сельскохозяйственной птицы, а также из продуктов питания (Cuny C. et al., 2015).

Показано, что недостаточная вентиляция, высокие концентрации аммиака и пыли, могут явиться факторами, предрасполагающими к появлению в воздухе патогенной кишечной палочки - Escherichia coli APEC, которая впоследствии может заселять дыхательные пути птицы (Davis M. et al., 2005). Энтеробактерии являются одними из самых устойчивых к антибиотикам возбудителями инфекций. Эндотоксины представляют собой структурные элементы клеточной стенки грамотрицательных бактерий, основу которых составляют липополисахариды (далее - ЛПС). Эти соединения включают две ключевые составляющие: гидрофобный фрагмент, известный как липид А, и гидрофильную полисахаридную зону, часто обозначаемую как «О-антиген». Основная часть биологической активности ЛПС связана именно с липидом А,

который отвечает за запуск иммунных реакций и воспалительных процессов. Однако полисахаридная область также имеет существенное значение, поскольку она способствует успешной колонизации бактериями тканей организма-хозяина, обеспечивая их устойчивость к внешним воздействиям и взаимодействие с иммунной системой (Raetz C. R., 2002).

Энтеробактерии и их токсины, присутствующие в воздухе, вызывают угнетение иммунной системы в легких. У сельскохозяйственной птицы при высоких концентрациях ЛПС отмечали поражения ткани легких и легочную артериальную гипертензию, снижение способности связывать иммунные белки, увеличение уровня РНК интерферона и TLR4 (Roque K. et al., 2015).

Грибки, присутствующие в воздухе на птицефабриках, представляют значительный риск возникновения опасных заболеваний у птиц, и имеют высокий потенциал распространения и инфицирования. Грибы Aspergillus spр. особенно значимы в связи с возникновением респираторных заболеваний, аллергических реакций и тяжелых системных инфекций (Paulussen C. et al., 2017). Так, Aspergillus sydowii был связан со случаями легочного аспергиллеза (Nagashima A. et al., 2023). Присутствующие в воздухе птицефабрик грибки Penicillium spр., также, как и Aspergillus spр., продуцируют вторичные метаболиты - микотоксины (Visagie C. M. et al., 2014) и могут вызывать различные инвазивные заболевания (Lyratzopoulos G. et al., 2002). Интересно, что Colletotrichum sp., который обычно связан с заболеваниями растений, может вызывать кератит, а также подкожные и системные инфекции (Fernandez V. et al., 2002). Cladosporium spp., обнаруживаемый в воздушной среде - это распространенный сапрофитный грибок в окружающей среде, который может вызывать подкожные и глубокие инфекции у птиц (Sandoval-Denis M. et al., 2016).

Что касается присутствия в составе микробиоты воздуха дрожжей, то найденные там дрожжи рода Candida способны вызвать у птиц кандидамикоз - заболевание, сопровождающееся поражением слизистых оболочек, различных органов и тканей (Mba A. N. et al., 2024).

Таким образом, сбор информации о количестве и составе микроорганизмов в воздухе птицеводческих помещений необходим для лучшего понимания взаимосвязи между факторами среды и заболеваниями птицы.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Соколова Ксения Андреевна, 2025 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абдурагимова, Р.М. Санитарно-бактериологическая оценка воздушной среды птичника / Р.М. Абдурагимова, Т.Л. Майорова, Д.Г. Мусиев [и др.] // Ученые записки Казанской государственной академии ветеринарной медицины им. Н. Э. Баумана. - 2020. - Т. 241, № 1. - С. 6-11. -DOI: 10.31588/2413-4201-1883-241-1-6-11.

2. Акмалов, А.Е. Высокопроизводительный аэрозольный пробоотборник с рециркуляцией жидкой фазы и предварительным концентрированием / А.Е. Акмалов, Г.Е. Котковский, С.В. Столяров [и др.] // Вестник РГМУ. - 2018. - № 4. - С. 29-36. - DOI: 10.24075/vrgmu.2018.049.

3. Андрюков, Б.Г. Механизмы адгезивно-коагезивного взаимодействия бактерий при формировании биопленки / Б.Г. Андрюков, Р.В. Ромашко, Т.А. Ефимов [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2020. - Т. 38. - № 4. - С. 155-161.

4. Бабаханов, Ю.М. Вентиляционно-отопительное оборудование систем микроклимата / Ю. М. Бабаханов. - М. : Россельхозиздат, 1982. - 127 с.

5. Баланин, В.И. Зоогигиенический контроль микроклимата в животноводческих и птицеводческих помещениях / В.И. Баланин. - Л. : Агропромиздат, 1988. - 144 с.

6. Бобылева, А.А. Усовершенствование клеточной батареи КБЛ-3Н для содержания цыплят-бройлеров в условиях кафедры птицеводства / А.А. Бобылева // Идеи молодых ученых - агропромышленному комплексу: развитие зоотехнии и технологий переработки сельскохозяйственной продукции : материалы Междунар. науч. конф. студентов, аспирантов и молодых ученых Института ветеринарной медицины, Троицк, 08-12 апр. 2024 г. - Челябинск : Южно-Уральский государственный аграрный университет, 2024. - С. 39-45.

7. Борисенкова, А.Н. О проблеме кампилобактериоза в птицеводстве / А.Н. Борисенкова, Т.Н. Рожденственская, О.Б. Новикова // Российский ветеринарный журнал. - 2008. - № 4.

8. Гапочко, К.Г. Средства и методы изучения микробных аэрозолей / К. Г. Гапочко, О.П. Мисников, К.К. Раевский. - Л. : Медицина, 1985. - 176 с.

9. Гордина, Е.М. Видовой спектр и биологические свойства стафилококков, изолированных от птиц, в условиях крупной птицефабрики / Е.М. Гордина, Э.С. Горовиц, С.В. Поспелова, Е.В. Афанасьевская // Медицинский альманах. - 2014. - № 2 (32). - С. 84-87.

10. Деревенщикова, М.И. Использование молекулярно-генетических методов для микробиологического контроля пищевой продукции / М.И. Деревенщикова, М.Ю. Сыромятников, В.Н. Попов // Техника и технология пищевых производств. - 2018. - Т. 48. - № 4. - С. 87-113. -DOI: 10.21603/2074-9414-2018-4-87-113.

11. Дмитриев, А.Ф. Улавливатель микроорганизмов : пат. 72406 Российская Федерация : МПК A 61 M 1/00 (2006.01) / А.Ф. Дмитриев ; заявитель и патентообладатель ФГОУ ВПО Ставропольский государственный аграрный университет. - № 2007141943/22 ; заявл. 12.11.07 ; опубл. 20.04.08, Бюл. № 11. - 7 с.

12. Довлатов, И.М. Увеличение живой массы разводимой птицы при очистке воздуха комбинированным рециркулятором / И.М. Довлатов, Л. Ю. Юферев // Электротехнологии и электрооборудование в АПК. - 2020. -Т. 67. - № 3 (40). - С. 124-131. - DOI: 10.22314/2658-4859-2020-67-3-124-131.

13. Журавчук, Е.В. Применение бактерицидных ультрафиолетовых облучателей амальгамного типа при выращивании цыплят-бройлеров : диссертация ... кандидата сельскохозяйственних наук : 06.02.10 Сергиев Посад 2019

14. Зайцева, А. Г. Оценка эффективности дезинфекции воздуха и контактных поверхностей с помощью химического средства «INVADEZ VET» на свиноводческом комплексе / А.Г. Зайцева, Э.О. Сайтханов, И. С. Кузьмин // Вестник Чувашского государственного аграрного университета. - 2024. - № 2 (29). - С. 76-82. - DOI: 10.48612/vch/2nrx-f4xz-v3b5.

15. Ильина, Л.А. Микробиом рубца северных оленей Rangifer tarandus Арктических регионов России / Л.А. Ильина, К.А. Лайшев, Г.Ю. Лаптев [и др.]. - Санкт-Петербург : ООО "Биотроф", 2020. - 272 с.

16. Йылдырым, Е. А. Теоретические и экспериментальные основы микробиологической безопасности консервированных кормов для жвачных сельскохозяйственных животных : специальность 06.02.08 "Кормопроизводство, кормление сельскохозяйственных животных и технология кормов" : диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук / Йылдырым Елена Александровна, 2019. - 469 с.

17. Калиткина, К.А. Молекулярно-генетические методы контроля микробиома воздушной среды птицеводческих помещений / К. А. Калиткина // Интеллектуальный потенциал молодых ученых как драйвер развития АПК : Материалы международной научно-практической конференции молодых ученых и обучающихся, Санкт-Петербург - Пушкин, 15-17 марта 2023 года. - Санкт-Петербург: Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 2023. - С. 206-209.

18. Колесников, Р.О. Переносное устройство для контроля качества аэрозольной дезинфекции : пат. на пром. образец № 127592 Российская Федерация / Р.О. Колесников, В.Ю. Морозов, М.С. Колесникова [и др.] ; заявитель федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный аграрный университет». - № 2021501065 ; заявл. 02.03.2021 ; опубл. 23.09.2021.

19. Колесников, Р.О. Разработка метода санации воздуха птицеводческих помещений и его влияние на иммунобиологические качества и продуктивность цыплят-бройлеров : специальность 06.02.05 "Ветеринарная санитария, экология, зоогигиена и ветеринарно-санитарная экспертиза" : диссертация на соискание ученой степени кандидата ветеринарных наук / Колесников Роман Олегович. - Ставрополь, 2017. - 147 с.

20. Кочиш, И.И. Роль гигиенических и экологических факторов при производстве безопасной продукции животноводства / И.И. Кочиш, С.В. Позябин, В.Г. Тюрин // Зоогигиена и экология - залог здоровья и благополучия животных : материалы Междунар. науч.-практ. конф., посвященной 100-летию создания кафедры зоогигиены и птицеводства им. А. К. Даниловой, Москва, 30-31 янв. 2024 г. - Москва, 2024. - С. 26-40.

21. Лаптев, Г. Резервуары инфекций на птицефабриках / Г. Лаптев, Е. Йылдырым, Л. Ильина [и др.] // Комбикорма. - 2020. - № 6. - С. 61-65.

22. Лаптев, Г.Ю. Микробиом сельскохозяйственных животных: связь со здоровьем и продуктивностью / Г.Ю. Лаптев, Н.И. Новикова, Е. А. Йылдырым [и др.]. - Санкт-Петербург : Проспект Науки, 2020. - 336 с.

23. Литвина, Л.А. Микробиота воздушной среды: учебно-методическое пособие / Новосиб. гос. аграр. ун-т, Ин-т экол. и пищ. биотехнологии; сост.: Л. А. Литвина, И. Ю. Анфилофьева, В. Г. Горских. - 4-е изд., испр. и доп. -Новосибирск: Изд-во НГАУ, 2024. - 49 с.

24. Методические рекомендации по технологическому проектированию птицеводческих предприятий : РД-АПК 1.10.05.04-13. - Утв. и введены в действие: и. о. директора Департамента научно-технологической политики и образования Минсельхоза России Бураком П. И. 30 сент. 2013 г. // Система рекомендательных документов АПК МСХ РФ. - Москва, 2013. - 217 с.

25. Морозов, В. Ю. Индикация микрофлоры воздуха закрытых помещений и ее влияние на чувствительность организма : дис. ... канд. вет. наук : 16.00.03 / В. Ю. Морозов. - Ставрополь, 2005. - 130 с.

26. Морозов, В.Ю. Влияние микробиоценоза воздуха птицеводческих помещений на здоровье птиц / В.Ю. Морозов, В.И. Дорожкин, И.П. Салеева [и др.] // Российский журнал Проблемы ветеринарной санитарии, гигиены и экологии. - 2023. - № 3(47). - С. 353-358. -DOI 10.36871^^ад^.есо1.202303014.

27. Морозов, В.Ю. Влияние микробиоценоза воздуха птицеводческих помещений на здоровье птиц / В. Ю. Морозов, В. И. Дорожкин, И. П. Салеева

[и др.] // Российский журнал Проблемы ветеринарной санитарии, гигиены и экологии. - 2023. - № 3 (47). - С. 353-358.

28. Морозов, В.Ю. Методы индикации, средства и технологии оптимизации микробиоты в воздухе животноводческих помещений : дис. ... д-ра вет. наук : 06.02.05 / В. Ю. Морозов. - Санкт-Петербург, 2019. - 456 с.

29. Морозов, В.Ю. Рекомендации по определению микробиома воздушной среды животноводческих помещений культуральным и молекулярно-генетическими методами : Учебное пособие для аспирантов, обучающихся по специальности 4.2.2. Санитария, гигиена, экология, ветеринарно-санитарная экспертиза и биобезопасность / В. Ю. Морозов, В. И. Дорожкин, И.П. Салеева [и др.]. - Санкт-Петербург : Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 2022. - 88 с.

30. Морозов, В.Ю. Санитария, гигиена, экология, ветеринарно-санитарная экспертиза и биобезопасность. Рекомендации по индикации и оптимизации микробиоты в воздухе животноводческих помещений : учебное пособие для аспирантов, обучающихся по специальности 4.2.2 Санитария, гигиена, экология, ветеринарно-санитарная экспертиза и биобезопасность / В.Ю. Морозов, И.П. Салеева, Р.О. Колесников [и др.]. -Санкт-Петербург : Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 2023. - 102 с.

31. Морозов, В.Ю. Улавливатель микроорганизмов : пат. 2668820 С1 Российская Федерация : МПК С12М 1/12, С12М 1/26 / В. Ю. Морозов, А. Ф. Дмитриев, В. И. Дорожкин [и др.] ; заявитель федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Ставропольский государственный аграрный университет». -№ 2017132766 ; заявл. 19.09.2017 ; опубл. 02.10.2018.

32. Наркевич, И.А. Состав и функции микробиома слепых отростков кишечника ОгуСю^ш dominis под влиянием комплексной кормовой добавки / И. А. Наркевич, Е. А. Йылдырым, Т. Ф. Черных [и др.] // Сельскохозяйственная биология. - 2022. - № 6.

33. Ожередова, Н.А Санитарная микробиология : учеб. пособие / Н. А. Ожередова, А. Ф. Дмитриев, В. Ю. Морозов [и др.]. - Санкт-Петербург : Лань, 2020. - 176 с.

34. Ожередова, Н.А. Санитарная микробиология / Н. А. Ожередова, А. Ф. Дмитриев, В. Ю. Морозов. - Ставрополь : АГРУС, 2014. - 180 с.

35. Пахомов, Ю.Д. Биоопасность жизнеспособных некультивируемых микроорганизмов / Ю. Д. Пахомов, Л. П. Блинкова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2019. - № 3. - С. 83-91.

36. Правила проведения дезинфекции и дезинвазии объектов государственного ветеринарного надзора : утв. Минсельхозпродом РФ 15 июля 2002 г. № 13-5-02/0525. - М., 2002. - 24 с.

37. Равин, Н.В. Метагеномика как инструмент изучения «некультивируемых» микроорганизмов / Н.В. Равин, А.В. Марданов, К. Г. Скрябин // Генетика. - 2015. - Т. 51, № 5. - С. 519-528.

38. Ребриков, Д.В. ПЦР в реальном времени / Д. В. Ребриков, Г. А. Саматов, Д.Ю. Трофимов. - 2-е изд., испр. и доп. - М. : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. - 223 с.

39. Ребриков, Д.В. NGS: высокопроизводительное секвенирование / Д. В. Ребриков, Д. О. Коростин, Е. С. Шубина, В. В. Ильинский. - 2-е изд. -М. : БИНОМ. Лаборатория знаний, 2015. - 232 с.

40. Руководство по содержанию Ломанн : [электронный ресурс]. -URL: https://lohmannbreeders.com/files/downloads/MG/Parent%20Stock/LB_MG _Cage_PS_LSL%2BLB_RU_08.21_V01-24_high.pdf

41. Руководство по эксплуатации ЕВКН 4.471.014(-01). Устройство автоматического отбора проб биологических аэрозолей воздуха ПУ-1 Б / ПУ-1 Бисп.1.2004 - 11 с.

42. Сытник, Д.А. Санитарно-бактериологические исследования воздушной среды животноводческих помещений и контроль качества деконтаминации : дис. ... канд. вет. наук : 06.02.02 / Д. А. Сытник. -Ставрополь, 2016. - 118 с.

43. Тихомиров, В.К. Экспериментальное сравнение методов отбора проб воздуха в санитарно-гигиенических исследованиях при бактериологических исследованиях / В.К. Тихомиров, Г. М. Павловский, В. М. Тарасенко // Гигиена и санитария. - 1986. - № 4. - С. 70-72.

44. Троценко, Ю.А. Аэробные метилотрофы - перспективные объекты современной биотехнологии / Ю.А. Троценко, М.Л. Торгонская // Журнал СФУ. Биология. - 2012. - № 3.

45. Трухачев, В.И. Способ микробиологического анализа воздуха / В. И. Трухачев, А. Ф. Дмитриев, В. Ю. Морозов // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета. - 2015. - № 108. - С. 500-511.

46. Тюрин, В.Г. Охрана окружающей среды на животноводческих предприятиях / В.Г. Тюрин, Г.А. Мысова, К.Н. Бирюков // Ветеринария. -2019. - № 7. - С. 3-8. - DOI: 10.30896/0042-4846.2019.22.7.03-08.

47. Тюрина, Д.Г. Сравнительная оценка влияния вирджиниамицина и пробиотика на состав кишечного микробиома и зоотехнические показатели цыплят-бройлеров (Gallus gallus L.) / Д.Г. Тюрина, Г.Ю. Лаптев, Е. А. Йылдырым [и др.] // Сельскохозяйственная биология. - 2020. - Т. 55. -№ 6. - С. 1220-1232.

48. Федеральный закон № 7-ФЗ «Об охране окружающей среды» от 10.01.2002 (ред. от 08.08.2024) // Собрание законодательства РФ. - 2002. -№ 2. - Ст. 133.

49. Agranovski, V. Survey of bioaerosol emissions from Australian poultry buildings / V. Agranovski, T. Reponen, Z.D. Ristovski // European Aerosol Conference. - Salzburg, 2007. - URL: http://www.gaef.de/eac2007/eac2007abstracts/T04Abstractpdf/T04A003.pdf.

50. Almatawah, Q.A. Microbiological indoor and outdoor air quality in chicken fattening houses / Q. A. Almatawah, H. S. Al-Khalaifah, A. S. Aldameer, et al., // Journal of Environmental and Public Health. - 2023. - Vol. 2023, №1. -P. 3512328. - DOI: 10.1155/2023/3512328.

51. Antonissen, G. The impact of Fusarium mycotoxins on human and animal host susceptibility to infectious diseases / G. Antonissen, A. Martel, F. Pasmans et al., // Toxins (Basel). - 2014. - Vol. 6, №2. - Pp. 430-452. -DOI: 10.3390/toxins6020430.

52. Aruwa, C.E. Poultry gut health - microbiome functions, environmental impacts, microbiome engineering and advancements in characterization technologies / C. E. Aruwa, C. Pillay, M. M. Nyaga [et al.,] // Journal of Animal Science and Biotechnology. - 2021. - Vol. 12. - P. 119. - DOI: 10.1186/s40104-021-00640-9.

53. Bailén, M. Bioinformatic strategies to address limitations of 16rRNA short-read amplicons from different sequencing platforms / M. Bailén, C. Bressa, M. Larrosa, R. González-Soltero // Journal of Microbiological Methods. - 2020. -Vol. 169. - P. 105811. - DOI: 10.1016/j.mimet.2019.105811.

54. Bajagai, Y.S. Layer chicken microbiota: a comprehensive analysis of spatial and temporal dynamics across all major gut sections / Y.S. Bajagai, T. T. H. Van, N. Joat [et al.,] // Journal of Animal Science and Biotechnology. -2024. - Vol. 15. - P. 20. - DOI: 10.1186/s40104-023-00979-1.

55. Bakutis, B. Analyses of airborne contamination with bacteria, endotoxins and dust in livestock barns and poultry houses / B. Bakutis, E. Monstviliene, G. Januskeviciene // Acta Veterinaria Brno. - 2004. - Vol. 73. - Pp. 283-289. -DOI: 10.2754/avb200473020283.

56. Banhazi, T.M. Identification of the risk factors for high airborne particle concentrations in broiler buildings using statistical modelling / T. M. Banhazi, J. Seedorf, M. Laffrique, D. L. Rutley // Biosystems Engineering. - 2008. -Vol. 101. - Pp. 100-110.

57. Bankevich, A. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov et al., // Journal of Computational Biology. - 2012. - Vol. 19, №5. - P. 455-477. -DOI: 10.1089/cmb.2012.0021.

58. Bindari, Y. R. Microbial communities of poultry house dust, excreta and litter are partially representative of microbiota of chicken caecum and ileum / Y. R. Bindari, R. J. Moore, T. T. H. Van, M. Hilliar, S. B. Wu, S. W. Walkden-Brown, P. F. Gerber // PLoS One. 2021. - Vol. 16. - №8. - Pp. e0255633. -DOI: 10.1371/journal.pone.0255633.

59. Bindari, Y.R. Microbial communities of poultry house dust, excreta and litter are partially representative of microbiota of chicken caecum and ileum / Y. R. Bindari, R. J. Moore, T. T. H. Van, et al., // PLoS One. - 2021. - Vol. 16, №8. - P. e0255633. - DOI: 10.1371/journal.pone.0255633.

60. Bonk, F. PCR-based quantification of taxa-specific abundances in microbial communities: Quantifying and avoiding common pitfalls / F. Bonk, D. Popp, H. Harms, F. Centler // Journal of Microbiological Methods. - 2018. -Vol. 153. - Pp. 139-147. - DOI: 10.1016/j.mimet.2018.09.015.

61. Breitwieser, F.P. A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly / F. P. Breitwieser, J. Lu, S. L. Salzberg // Briefings in Bioinformatics. - 2019. - Vol. 20, №4. - Pp. 1125-1136. -DOI: 10.1093/bib/bbx120.

62. Brodka, K. The variability of bacterial aerosol in poultry houses depending on selected factors / K. Brodka, A. Kozajda, A. Buczynska et al., // International Journal of Occupational Medicine and Environmental Health. -2012. - Vol. 25. - Pp. 281-293. - DOI: 10.2478/S13382-012-0032-8.

63. Bustin, S.A. Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription polymerase chain reaction assays / S. A. Bustin // Journal of Molecular Endocrinology. - 2000. - Vol. 25, №2. - Pp. 169-193. -DOI: 10.1677/jme.0.0250169.

64. Cambra-Lopez, M. Airborne particulate matter from livestock production systems: a review of an air pollution problem / M. Cambra-Lopez, A. J. A. Aarnink, Y. Zhao, S. Calvet, A. G. Torres // Environmental Pollution. - 2010. - Vol. 158. -Pp. 1-17. - DOI: 10.1016/j.envpol.2009.07.011.

65. Chang, K. M. An unusual case of streptococcus anginosus endocarditis in a healthy host with bicuspid aortic valve / K. M. Chang, S. L. Hsieh, R. Koshy // Cureus. - 2021. - Vol. 13, №2. - DOI: 10.7759/cureus.13171.

66. Chen, H. Seasonal dynamics in bacterial communities of closed-cage broiler houses / H. Chen, H. Yan, Y. Xiu, et al. // Front Vet Sci. - 2022. - Vol. 9. -Pp. 1019005. - DOI: 10.3389/fvets.2022.1019005.

67. Chen, H. Seasonal dynamics in bacterial communities of closed-cage broiler houses / H. Chen, H. Yan, Y. Xiu, et al., // Frontiers in Veterinary Science. -2022. - Vol. 9. - P. 1019005.

68. Cheville, N.F. Acute fibrinopurulent blepharitis and conjunctivitis associated with Staphylococcus hyicus, Escherichia coli, and Streptococcus sp. in chickens and turkeys / N. F. Cheville, J. Tappe, M. Ackermann, A. Jensen // Veterinary Pathology. - 1988. - Vol. 25. - Pp. 369-375.

69. Church, D.L. Performance and application of 16S rRNA gene cycle sequencing for routine identication of bacteria in the clinical microbiology laboratory / D. L. Church, L. Cerutti, A. Gürtler, et al., // Clinical Microbiology Reviews. - 2020. - Vol. 33, №4. - DOI: 10.1128/cmr.00053-19.

70. Claesson, M.J. A clinician's guide to microbiome analysis / M. J. Claesson, A. G. Clooney, P. W. O'Toole // Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. - 2017. - Vol. 14. - Pp. 585-595. - DOI: 10.1038/nrgastro.2017.97.

71. Clarridge, J.E. Impact of 16S rRNA gene sequence analysis for identification of bacteria on clinical microbiology and infectious diseases / J. E. Clarridge // Clinical Microbiology Reviews. - 2004. - Vol. 17, №4. - Pp. 840862. - DOI: 10.1128/CMR.17.4.840-862.2004.

72. Claussnitzer, M.A brief history of human disease genetics / M. Claussnitzer, J. H. Cho, R. Collins, et al., // Nature. - 2020. - Vol. 577, №7789. -Pp. 179-189.

73. Cole, J.R. Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis / J. R. Cole, Q. Wang, J. A. Fish et al., // Nucleic Acids Research. -2014. - Vol. 42, №D1. - Pp. D633-D642. - DOI: 10.1093/nar/gkt1244.

74. Cuny, C. Livestock-associated MRSA: the impact on humans / C. Cuny, L. H. Wieler, W. Witte // Antibiotics (Basel). - 2015. - Vol. 4. - Pp. 521-543.

75. David, B. Air Quality in Alternative Housing Systems may have an Impact on Laying Hen Welfare. Part II-Ammonia. / B. David, C. Mejdell, V. Michel, V. Lund, R. O. Moe // Animals (Basel). - 2015. - Vol. 5. - №3. - Pp. 886-96. -DOI: 10.3390/ani5030389.

76. Davis, M. Relative ammonia concentrations, dust concentrations, and presence of Salmonella species and Escherichia coli inside and outside commercial layer facilities / M. Davis, T. Y. Morishita // Avian Diseases. - 2005. - Vol. 49. -Pp. 30-35.

77. DeLong, E.F. Environmental diversity of bacteria and archaea / E. F. DeLong, N. R. Pace // Systematic Biology. - 2001. - Vol. 50, №4. - Pp. 470478. - DOI: 10.1080/106351501750435040.

78. Dong, S. Improving quality of poultry and its meat products with probiotics, prebiotics, and phytoextracts / S. Dong, L. Li, F. Hao et al., // Poultry Science. - 2024. - Vol. 103, №2. - P. 103287. - DOI: 10.1016/j.psj.2023.103287.

79. Duan, H. Microbiological aerosols in poultry houses and its ambience / H. Duan, T. Chai, X. Zhang, R. Ma // Proceedings of the 13th International Congress in Animal Hygiene. - 2007. - Vol. 1. - Pp. 526-532.

80. Duncan, S.H. Lactate-utilizing bacteria, isolated from human feces, that produce butyrate as a major fermentation product / S. H. Duncan, P. Louis, H. J. Flint // Applied and Environmental Microbiology. - 2004. - Vol. 70, №10. -Pp. 5810-5817. - DOI: 10.1128/AEM.70.10.5810-5817.2004.

81. Dunlop, M. W. The multidimensional causal factors of 'wet litter' in chicken-meat production / M. W. Dunlop, A. F. Moss, P. J. Groves, et al., // Science of the Total Environment. - 2016. - Vol. 562. - Pp. 766-776. -DOI: 10.1016/j.scitotenv.2016.03.147.

82. Fernandez, V. Colletotrichum keratitis / V. Fernandez, D. Dursun, D. Miller, E. C. Alfonso // American Journal of Ophthalmology. - 2002. - Vol. 134. - Pp. 435-438.

83. Garcia, J.G. Polymerase chain reaction: a landmark in the history of gene technology / J. G. Garcia, S. F. Ma // Critical Care Medicine. - 2005. - Vol. 33, №№12 Suppl. - Pp. 429-432.

84. Givanoudi, S.A Review on Bio- and Chemosensors for the Detection of Biogenic Amines in Food Safety Applications: The Status in 2022 / S. Givanoudi, M. Heyndrickx, T. Depuydt, et al. // Sensors. - 2023. - Vol. 23, №2. - P. 613. -DOI: 10.3390/s23020613.

85. Grzinic, G. Intensive poultry farming: A review of the impact on the environment and human health / G. Grzinic, A. Piotrowicz-Cieslak, A. Klimkowicz-Pawlas et al., // Science of the Total Environment. - 2023. - Vol. 858, №3. -P.160014.

86. Hakeem, M.J. Survival and Control of Campylobacter in Poultry Production Environment / M. J. Hakeem, X. Lu // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2021. - Vol. 10. - P. 615049. - DOI: 10.3389/fcimb.2020.615049.

87. Handelsman, J. Metagenomics: application of genomics to uncultured microorganisms / J. Handelsman // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2004. - Vol. 68, №4. - Pp. 669-685. - DOI: 10.1128/MMBR.68.4.669-685.2004.

88. Heather, J.M. The sequence of sequencers: the history of sequencing DNA / J. M. Heather, B. Chain // Genomics. - 2016. - Vol. 107, №1. - Pp. 1-8.

89. Higuchi, R. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions / R. Higuchi, C. Fockler, G. Dollinger, R. Watson // Biotechnology (N Y). - 1993. - Vol. 11, №9. - Pp. 1026-1030. -DOI: 10.1038/nbt0993-1026.

90. Howard, A. Acinetobacter baumannii: an emerging opportunistic pathogen / A. Howard, M. O'Donoghue, A. Feeney, R. D. Sleator // Virulence. 2012 - Vol. 3, №3. - Pp. 243-50. - DOI: 10.4161/viru.19700.

91. Hugenholtz, P. Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity / P. Hugenholtz, B. M. Goebel, N. R. Pace // Journal of Bacteriology. - 1998. - Vol. 180, №18. - Pp. 4765-4774. -DOI: 10.1128/JB.180.18.4765-4774.1998.

92. Huson, D.H. MEGAN analysis of metagenomic data / D. H. Huson, A. F. Auch, J. Qi, S. C. Schuster // Genome Research. - 2007. - Vol. 17, №3. - Pp. 377-386. - DOI: 10.1101/gr.5969107.

93. Indari, Y.R. Microbial taxa in dust and excreta associated with the productive performance of commercial meat chicken flocks / Y.R. Indari, R. J. Moore, T. T. H. Van et al., // Animal Microbiome. - 2021. - Vol. 3. - P. 66.

94. ISO 14698-1:2003. Cleanrooms and associated controlled environments -biocontamination control. Part 1: general principles and methods.

95. Jones, C.B. Incorporation of Data From Multiple Hypervariable Regions when Analyzing Bacterial 16S rRNA Gene Sequencing Data / C. B. Jones, J. R. White, S. E. Ernst, et al., // Frontiers in Genetics. - 2022. - Vol. 13. -DOI: 10.3389/fgene.2022.799615.

96. Kamal, M. Seasonal Monitoring of Indoor Air Quality and Hygiene Score in Closed Hen House and Its Impact on Egg Production / M. Kamal, Z. Ahmed, M. Khalaf. - 2024.

97. Kandpal, M. Dysbiosis of Gut Microbiota from the Perspective of the Gut-Brain Axis: Role in the Provocation of Neurological Disorders / M. Kandpal, O. Indari, B. Baral et al., // Metabolites. - 2022. - Vol. 12, №11. - Pp. 1064. -DOI: 10.3390/metabo12111064.

98. Kim, K.Y. Field survey on concentration and emission of dust in different types of poultry houses of South Korea / K. Y. Kim, H. J. Ko // Atmosphere. -2020. - Vol. 11. - Pp. 530. - DOI: 10.3390/atmos11050530.

99. Kollarcikova, M. Different Bacteroides species colonise human and chicken intestinal tract / M. Kollarcikova, M. Faldynova, J. Matiasovicova, et al., // Microorganisms. - 2020. - Vol. 8, №10. - Pp. 1483. -DOI: 10.3390/microorganisms8101483.

100. Kubista, M. The real-time polymerase chain reaction / M. Kubista, J. M. Andrade, M. Bengtsson, et al. // Molecular Aspects of Medicine. - 2006. -Vol. 27, №2-3. - Pp. 95-125. - DOI: 10.1016/j.mam.2005.12.007.

101. Kursa, O. The microbial community of the respiratory tract of commercial chickens and turkeys / O. Kursa, G. Tomczyk, K. Adamska, J. Chrzanowska, A. Sawicka-Durkalec // Microorganisms. 2022. Vol. 10, №5. -Pp. 987. - DOI: 10.3390/microorganisms10050987.

102. Lawniczek-Walczyk, A. Occupational exposure to airborne microorganisms, endotoxins and P-glucans in poultry houses at different stages of the production cycle / A. Lawniczek-Walczyk, R.L. Gorny, M. Golofit-Szymczak // Annals of Agricultural and Environmental Medicine. - 2013. -Vol. 20. - Pp. 259-268.

103. Li X. Effect of air mixing on high-solids anaerobic digestion of cow manure: Performance and mechanism / Li X., Deng L., Li F. et al. // Bioresource Technology. - 2023. - Vol. 370. - Pp. 128545. -DOI: 10.1016/j.biortech.2022.128545.

104. Li, L. Species-level respiratory microbiome profiling for etiologic diagnosis of children pneumonia using full length 16S rRNA gene sequencing / L. Li, J. Ma, M. Li et al., // Indian J Med Microbiol. - 2023. - Vol. 43. - Pp. 1117. - DOI: 10.1016/j.ijmmb.2022.09.012.

105. Lin, Y. Artificial intelligence and metagenomics in intestinal diseases / Y. Lin, G. Wang, J. Yu, J.J.Y. Sung // Journal of Gastroenterology and Hepatology. - 2021. - Vol. 36. - Pp. 841-847.

106. Liu, D. Microbiome composition of airborne particulate matter from livestock farms and their effect on innate immune receptors and cells / D. Liu, R. Mariman, M. E. Gerlofs-Nijland, et al. // Science of the Total Environment. -2019. - Vol. 688. - Pp. 1298-1307.

107. Loman, N. J. Twenty years of bacterial genome sequencing / N. J. Loman, M. J. Pallen, // Nature Reviews Microbiology. - 2015. - Vol. 13, №12. - Pp. 787-794. DOI: 10.1038/nrmicro3565.

108. Louis, P. Formation of propionate and butyrate by the human colonic microbiota / P. Louis, H. J. Flint // Environmental Microbiology. - 2017. - Vol. 19, №1. - Pp. 29-41.

109. Luiken, R. E. C. Farm dust resistomes and bacterial microbiomes in European poultry and pig farms / R.E.C. Luiken, L. Van Gompel, A. Bossers, et al. // Environment International. - 2020. - Vol. 143. - P. 105971. - DOI: 10.1016/j.envint.2020.105971.

110. Lyratzopoulos, G. Invasive infection due to Penicillium species other than P. marneffei / G. Lyratzopoulos, M. Ellis, R. Nerringer, D. W. Denning // Journal of Infection. - 2002. - Vol. 45. - Pp. 184-195.

111. Macher, J.M. Review of methods to collect settled dust and isolate culturable microorganisms // Indoor Air. - 2001. - Vol. 11, №2. - Pp. 99-110. DOI: 10.1034/j.1600-0668.2001.110204.x.

112. Matkovic, K. Influence of microclimate on dust and on concentration of microorganisms in the air of poultry houses for laying hens / K. Matkovic, M. Vucemilo, B. Vinkovic, // Stocarstvo. - 2009. - Vol. 63. - Pp. 57-63.

113. Mba, A.N. Fungal contamination of air and water samples from poultry farms that practice floor and cage housing systems in Anambra state, Nigeria / A. N. Mba, C. C. Ekwealor, I. A. Ekwealor // The Bioscientist Journal. - 2024. -Vol. 12, №1. - Pp. 76-86.

114. Mridha, D. Identification and characterization of Salmonella spp. from samples of broiler farms in selected districts of Bangladesh / D. Mridha, M. N. Uddin, B. Alam, et al. // Veterinary World. - 2020. - Vol. 13, №2. - Pp. 275283.

115. Nagashima, A. Uncommon occurrence of pulmonary Aspergillosis caused by Aspergillus sydowii: A case report / A. Nagashima, T. Nagato, T. Kobori, et al. // Cureus. - 2023. - Vol. 15. - P. e51353.

116. Nazia, K. K. M. Prevalence of septic arthritis caused by Staphylococcus aureus in poultry birds at Tandojam, Pakistan / K.K.M. Nazia, N.U. Durrani, A.A. Kamboh, et al., // Journal of Animal Health and Production. - 2015. - Vol. 3. - Pp. 73-77.

117. Niu, M. Abundance and composition of airborne archaea during springtime mixed dust and haze periods in Beijing, China / M. Niu, F. Zhou, Y. Yang

et al., // Science of The Total Environment. - 2021. - Vol. 752. - Art. 141641. -DOI: 10.1016/j. scitotenv.2020.141641.

118. Nurk, S. MetaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler / S. Nurk, D. Meleshko, A. Korobeynikov, P.A. Pevzner, // Genome Research. -2017. - Vol. 27, №5. - Pp. 824-834. DOI: 10.1101/gr.213959.116.

119. Oppliger, A. Exposure to bioaerosols in poultry houses at different stages of fattening; use of real-time PCR for airborne bacterial quantification / A. Oppliger, N. Charriere, P. O. Droz, // Annals of Occupational Hygiene. - 2008. -Vol. 52. - Pp. 405-412. -DOI: 10.1093/annhyg/men021.

120. Pace, N.R. A molecular view of microbial diversity and the biosphere // Science. - 1997. - Vol. 276, №5313. - Pp. 734-740. DOI: 10.1126/science.276.5313.734.

121. Pasquarella, C. The Index of microbial air contamination / C. Pasquarella, O. Pitzurra, A. Savino, // Journal of Hospital Infection. - 2000. -Vol. 46. - Pp. 241-256. - DOI: 10.1053/jhin.2000.0820.

122. Pasquarella, C., Air microbial sampling: the state of the art / C. Pasquarella, R. Albertini, P. Dall'Aglio, et al. // Igiene e Sanita Pubblica. - 2008. - Vol. 64, №1. - Pp. 79-120.

123. Paulussen, C. Ecology of aspergillosis: Insights into the pathogenic potency of Aspergillus fumigatus and some other Aspergillus species / C. Paulussen, J. E. Hallsworth, S. Alvarez-Perez, et al. // Microbial Biotechnology. - 2017. - Vol. 10. - Pp. 296-322.

124. Peccia, J. Incorporating polymerase chain reaction-based identification, population characterization, and quantification of microorganisms into aerosol science: A review / J. Peccia, M. Hernandez // Atmospheric Environment. - 2006. -Vol. 40, №21. - Pp. 3941-3961. - DOI: 10.1016/j.atmosenv.2006.02.029.

125. Pfaffl, M.W. A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR // Nucleic Acids Research. - 2001. - Vol. 29, №9. - Pp. e45. -DOI: 10.1093/nar/29.9.e45.

126. Raetz, C.R., Whitfield C. Lipopolysaccharide endotoxins // Annual Review of Biochemistry. - 2002. - Vol. 71. - Pp. 635-700. -DOI: 10.1146/annurev.biochem .71.110601.135414.

127. Riesenfeld, C.S. Metagenomics: genomic analysis of microbial communities / C. S. Riesenfeld, P. D. Schloss, J. Handelsman // Annual Review of Genetics. - 2004. - Vol. 38. - Pp. 525-552. -DOI: 10.1146/annurev.genet.38.072902.091216.

128. Roque, K. Relationship between chicken cellular immunity and endotoxin levels in dust from chicken housing environments / K. Roque, K. M. Shin, J. H. Jo, et al. // Journal of Veterinary Science. - 2015. - Vol. 16. - Pp. 173-177.

129. Rosenstein, R. What distinguishes highly pathogenic staphylococci from medium- and non-pathogenic? / R. Rosenstein, F. Gotz, // Current Topics in Microbiology and Immunology. - 2013. - Vol. 358. - Pp. 33-89.

130. Rychlik, I. Composition and function of chicken gut microbiota // Animals. - 2020. - Vol. 10, №1. - Pp. 103. - DOI: 10.3390/ani10010103.

131. Rychlik, I. Microbiota of chickens and their environment in commercial production / I. Rychlik, D. Karasova, M. Crhanova, // Avian Diseases. - 2023. -Vol. 67, №1. - Pp. 1-9. - DOI: 10.1637/aviandiseases-D-22-00048.

132. Sadek, S.A.S. Campylobacteriosis in poultry: A review / S. A. S. Sadek, R. M. Shaapan, A. M. A. Barakat // Journal of World's Poultry Research. - 2023. - Vol. 13, №2. - Pp. 168-179. - DOI: 10.36380/jwpr.2023.19.

133. Salanitro, J.P. Bacteria isolated from the duodenum, ileum, and cecum of young chicks / J. P. Salanitro, I. G. Blake, P. A. Muirehead, et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 1978. - Vol. 35. - Pp. 782-790.

134. Saleh, M. Influence of animal age and season on bio-aerosol concentrations in a broiler house / M. Saleh, J. Seedorf, J. Hartung // Proceedings of the 12th International Congress in Animal Hygiene. Warsaw, Poland. - Vol. 2. -Pp. 37-40.

135. Sandoval-Denis, M. New species of Cladosporium associated with human and animal infections / M. Sandoval-Denis, J. Gené, D. A. Sutton, et al. // Persoonia. 2016. - Vol. 36. - Pp. 281-298.

136. Sauter, E. A. The airborne microflora of poultry houses / E. A. Sauter, C. F. Petersen, E. E. Steele, et al. // Poult Sci. - 1981. - Vol. 60, №3. - Pp. 569-74. - DOI: 10.3382/ps.0600569.

137. Seedorf, J. Concentrations and emissions of airborne endotoxins and microorganisms in livestock buildings in northern Europe / J. Seedorf, J. Hartung, M. Schröder, et al. // Journal of Agricultural Engineering Research. -1998. - Vol. 70. - Pp. 97-109.

138. Shehata, A. A. Probiotics, prebiotics, and phytogenic substances for optimizing gut health in poultry / A. A. Shehata, S. Yalçin, J. D. Latorre, et al. // Microorganisms. - 2022. - Vol. 10, №2. - Pp. 395. - DOI: 10.3390/microorganisms10020395.

139. Shen, C. Verrucomicrobial elevational distribution was strongly influenced by soil pH and carbon/nitrogen ratio / C. Shen, Y. Ge, T. Yang et al., // Journal of Soils and Sediments. - 2017. - Vol. 17. - Pp. 2449-2456. -DOI: 10.1007/s11368-017-1680-x.

140. Skora, J. Evaluation of microbiological and chemical contaminants in poultry farms / J. Skora, K. Matusiak, P. Wojewodzki et al., // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2016. - Vol. 13, №2. - Pp. 192. - DOI: 10.3390/ijerph13020192.

141. Soliman, E.S. Influence of housing floor on air quality, growth traits, and immunity in broiler chicken farms / E. S. Soliman, R. A. Hassan // Advances in Animal and Veterinary Sciences. - 2020. - Vol. 8. - Pp. 997-1008.

142. St-Germain, M. W. Longitudinal survey of total airborne bacterial and archaeal concentrations and bacterial diversity in enriched colony housing and aviaries for laying hens / M. W. St-Germain, V. Létourneau, P. Cruaud, et al. // Poult Sci. - 2024. - Vol. 103. - №11. - Pp. 104119. - DOI: 10.1016/j.psj.2024.104119.

143. Staley, J.T. Measurement of in situ activities of nonphotosynthetic microorganisms in aquatic and terrestrial habitats / J. T. Staley, A. Konopka // Annual Review of Microbiology. - 1985. - Vol. 39. - Pp. 321-346. -DOI: 10.1146/annurev.mi.39.100185.001541.

144. Stepien-Pysniak, D. Staphylococcus simulans associated with endocarditis in broiler chickens / D. Stepien-Pysniak, J. Wilczynski, A. Marek, et al. // Avian Pathology. - 2017. - Vol. 46. -Pp. 44-51.

145. Tadepalli, S. Fusobacterium necrophorum: a ruminal bacterium that invades liver to cause abscesses in cattle / S. Tadepalli, S. K. Narayanan, G. C. Stewart, et al. // Anaerobe. 2009. - Vol. 15, №1-2. - Pp. 36-43. DOI: 10.1016/j.anaerobe.2008.05.005.

146. Taye, A.L. Distribution of microorganisms in the air within poultry farmhouse environment / A. L. Taye, A. A. Titilola // Journal of Global Agriculture and Ecology. - 2022. Vol. 14, №4. - Pp. 114-120. -DOI: 10.56557/jogae/2022/v14i47999.

147. Viani, I. Passive air sampling the use of the index of microbial air contamination / I. Viani, M. E. Colucci, M. Pergreffi, et al. // Acta BioMedica. -2020. - Vol. 91, №3-S. - Pp. 92-105.

148. Visagie, C.M. Identification and nomenclature of the genus Penicillium / C. M. Visagie, J. Houbraken, J. C. Frisvad, et al. // Studies in Mycology. - 2014. -Vol. 78. - Pp. 343-371.

149. Wang, X. Bacterial and fungal aerosols in poultry houses: PM2.5 metagenomics via single-molecule real-time sequencing / X. Wang, L. Chen, G. Yang, et al. // Poultry Science. - 2024. - Vol. 103, №12. - P. 104348. DOI: 10.1016/j.psj.2024.104348.

150. Wang, Y. Genetic manipulation of Patescibacteria provides mechanistic insights into microbial dark matter and the epibiotic lifestyle / Y. Wang, L. A. Gallagher, P. A. Andrade, et al., // Cell. - 2023. - Vol. 186, №22. - Pp. 48034817. - DOI: 10.1016/j.cell.2023.08.017.

151. Woese, C.R. Bacterial evolution // Microbiological Reviews. 1987. -Vol. 51, №2. - Pp. 221-271. DOI: 10.1128/mr.51.2.221-271.1987.

152. Wójcik, A. Microbial air contamination in poultry houses in the summer and winter / A. Wójcik, L. Chor^zy, T. Mituniewicz, et al. // Polish Journal of Environmental Studies. - 2010. - Vol. 19. - Pp. 1045-1050.

153. Wyatt, R.D. Candida species and crop mycosis in broiler chickens / R. D. Wyatt, P. B. Hamilton // Poultry Science. - 1975. - Vol. 54, №5. - Pp. 16631666. - DOI: 10.3382/ps.0541663.

154. Yal?m, S. Probiotics, prebiotics, and phytogenic substances for optimizing gut health in poultry / S. Yal?m, J. D. Latorre, S. Basiouni, et al. // Microorganisms. - 2022. - Vol. 10, №2. - Pp. 395. -DOI: 10.3390/microorganisms10020395.

155. Yan, H. Spatial distribution of airborne bacterial communities in caged poultry houses / H. Yan, H. Chen, L. Jiang, et al. // Journal of the Air & Waste Management Association. - 2023. - Vol. 73, №5. - Pp. 417-427. -DOI: 10.1080/10962247.2023.2193162.

156. Yang, W. Detection and analysis of fine particulate matter and microbial aerosol in chicken houses in Shandong Province, China / W. Yang, M. Guo, G. Liu, et al. // Poultry Science. - 2018. - Vol. 97. - Pp. 995-1005.

157. Yang, X. Antimicrobial peptides produced by Brevibacillus spp.: structure, classification, and bioactivity: a mini review / X. Yang, A.E. Yousef // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2018. - Vol. 34. - Pp. 57.

158. Zucker, B.A., Airborne Gram-negative bacterial flora in animal houses / B. A. Zucker, S. Trojan, W. Müller // Journal of Veterinary Medicine, Series B. -2000. - Vol. 47. Pp. 37-46. - DOI: 10.1046/j.1439-0450.2000.00308.x.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение 1. Характеристика представителей микробиоты воздушной среды на уровне родов при выращивании ремонтного молодняка яичной

продуктивности кросса Ломанн Браун

№ п/п Наименование родов Весенний период Летний период

1 Brevundimonas 6,13±5,16 6,26±0,33

2 Acinetobacter 6,05±1,33 6,12±0,68

3 Lactobacillus 5,76±0,77 0,27±0,02

4 Planococcaceae 5,22±3,00 0,00

5 Enterococcus 3,98±1,60 0,63±0,07

6 Sphingobacterium 3,36±2,27 25,78±0,28

7 Lachnospiraceae 2,94±0,08 0,00

8 Subdoligranulum 2,33±0,42 0,00

9 Aerococcus 12,51±6,47 0,38±0,03

10 Clostridia UCG-014 1,98±0,01 0,07±0,01

11 Ruminococcus torques 1,95±0,09 0,25±0,03

12 Vagococcus 1,93±0,90 0,00

13 Faecalibacterium 1,93±0,21 0,00

14 Chryseobacterium 1,75±0,79 27,06±0,57

15 Blautia 1,65±0,21 0,00

16 Kurthia 1,57±0,69 0,52±0,03

17 Flavobacterium 1,56±0,40 0,20±0,01

18 Massilia 1,38±0,33 3,32±0,06

19 Stenotrophomonas 1,37±0,66 1,34±0,01

20 Weissella 1,28±0,39 0,00

21 Comamonadaceae I.S. 1,24±0,14 0,09±0,01

22 Sellimonas 1,09±0,11 0,00

23 Corynebacterium 1,00±0,49 0,11±0,02

24 Devosia 0,96±0,55 0,00

25 Ruminococcaceae I.S. 0,96±0,29 0,04±0,01

26 Pedobacter 0,92±0,52 0,31±0,12

27 Carnobacterium 0,87±0,11 0,00

28 Staphylococcus 0,86±0,10 0,00

29 Pseudomonas 0,84±0,17 3,09±0,01

30 Lachnospiraceae I.S. 0,84±0,10 0,00

31 Glutamicibacter 0,83±0,47 0,32±0,13

32 Weeksellaceae I.S. 0,81±0,29 0,00

33 Kocuria 0,72±0,31 0,00

34 Leucobacter 0,68±0,39 0,00

35 Brachybacterium 0,61±0,07 0,00

36 Myroides 0,60±0,07 0,00

№ п/п Наименование родов Весенний период Летний период

37 Trichococcus 0,59±0,07 0,00

38 Oscillospiraceae I.S. 0,58±0,30 0,00

39 Lachnoclostridium 0,52±0,15 0,00

40 Chloroplast 0,52±0,03 0,00

41 Erysipelatoclostridium 0,51±0,11 0,00

42 Alkanindiges 0,50±0,22 6,35±0,35

43 Eubacterium coprostanoligenes 0,49±0,04 0,00

44 CHKCI001 0,48±0,04 0,00

45 Empedobacter 0,46±0,22 0,53±0,01

46 Psychrobacter 0,43±0,01 3,71±0,32

47 Jeotgalicoccus 0,41±0,14 0,00

48 Paeniglutamicibacter 0,40±0,22 0,00

49 Delftia 0,39±0,22 0,00

50 Arthrobacter 0,38±0,21 0,00

51 Sanguibacter 0,38±0,21 0,18±0,03

52 Eubacterium hallii 0,38±0,02 0,00

53 Micrococcus 0,37±0,21 0,00

54 RF39 0,36±0,03 0,00

55 Rothia 0,35±0,24 0,27±0,14

56 Arcticibacter 0,35±0,16 0,00

57 Bifidobacterium 0,35±0,02 0,00

58 Fournierella 0,34±0,28 0,00

59 Micrococcaceae I.S. 0,34±0,19 0,00

60 Dietzia 0,34±0,11 0,00

61 Pediococcus 0,30±0,12 0,00

62 Sphingopyxis 0,30±0,10 0,00

63 Negativibacillus 0,30±0,06 0,00

64 Anaerostipes 0,30±0,04 0,00

65 Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium 0,27±0,15 0,24±0,01

66 Coriobacteriales I.S. 0,26±0,14 0,00

67 CAG-56 0,26±0,04 0,00

68 Streptococcus 0,26±0,01 0,00

69 Peptostreptococcaceae I.S. 0,25±0,16 0,00

70 Romboutsia 0,25±0,14 0,00

71 Luteimonas 0,24±0,13 0,11±0,01

72 Cellvibrio 0,23±0,09 0,00

73 Rhizobiaceae I.S. 0,23±0,05 0,00

74 Comamonas 0,22±0,12 1,82±0,01

75 Butyricicoccus 0,22±0,02 0,00

76 Paenochrobactrum 0,20±0,11 0,00

77 Pseudochrobactrum 0,20±0,11 0,00

78 Ruminococcus gauvreauii 0,20±0,04 0,00

№ п/п Наименование родов Весенний период Летний период

79 Jeotgalibaca 0,17±0,09 0,00

80 Christensenellaceae R-7 group 0,17±0,02 0,04±0,01

81 Eisenbergiella 0,17±0,01 0,00

82 Erysipelothrix 0,15±0,05 0,00

83 UCG-005 0,15±0,03 0,00

84 Enterobacteriaceae I.S. 0,15±0,02 0,36±0,02

85 Proteiniclasticum 0,14±0,08 0,00

86 Tissierella 0,14±0,06 0,00

87 Dyadobacter 0,12±0,06 0,18±0,02

88 Rhodobacteraceae I.S. 0,12±0,06 0,06±0,01

89 Escherichia-Shigella 0,12±0,05 0,86±0,01

90 Marvinbryantia 0,12±0,02 0,00

91 Microbacteriaceae I.S. 0,11±0,06 0,25±0,05

92 Mitochondria 0,11±0,06 0,00

93 Rhodococcus 0,11±0,06 0,00

94 Sphingomonas 0,11±0,04 2,37±0,14

95 Arcobacter 0,11±0,02 0,00

96 Monoglobus 0,11±0,02 0,05±0,01

97 GCA-900066575 0,10±0,05 0,00

98 Dysgonomonas 0,10±0,04 0,00

99 Defluviitaleaceae UCG-011 0,10±0,01 0,00

100 Desemzia 0,09±0,05 0,00

101 Lactococcus 0,08±0,04 0,00

102 NK4A214 0,08±0,04 0,00

103 Shinella 0,08±0,04 0,00

104 Caulobacteraceae I.S. 0,07±0,04 0,00

105 Ochrobactrum 0,07±0,04 0,00

106 Erysipelotrichaceae I.S. 0,07±0,03 0,00

107 Acetoanaerobium 0,06±0,03 0,00

108 Asticcacaulis 0,06±0,03 0,00

109 Candidatus Saccharimonas 0,06±0,03 0,00

110 Cyclobacteriaceae I.S. 0,06±0,03 0,00

111 Fermentimonas 0,06±0,03 0,00

112 Novosphingobium 0,06±0,03 0,06±0,01

113 Roseomonas 0,06±0,03 0,00

114 Alistipes 0,06±0,01 0,00

115 Ruminococcus 0,05±0,03 0,00

116 Bergeyella 0,05±0,02 0,00

117 Flavonifractor 0,05±0,02 0,00

118 Simplicispira 0,05±0,02 0,00

119 Alcaligenaceae 0,05±0,01 0,00

120 Brevibacterium 0,04±0,02 0,00

№ п/п Наименование родов Весенний период Летний период

121 Oxalobacteraceae I.S. 0,04±0,02 0,00

122 Proteocatella 0,04±0,02 0,00

123 Tyzzerella 0,04±0,02 0,00

124 Acidovorax 0,03±0,03 0,47±0,02

125 Candidimonas 0,03±0,03 0,00

126 AD3011 0,03±0,02 0,00

127 Akkermansiaceae 0,03±0,02 0,00

128 Anaerofustis 0,03±0,02 0,00

129 Bosea 0,03±0,02 0,04±0,01

130 Ezakiella 0,03±0,02 0,00

131 Gallicola 0,03±0,02 0,00

132 Gammaproteobacteria I.S. 0,03±0,02 0,00

133 Gelidibacter 0,03±0,02 0,00

134 Intrasporangiaceae I.S. 0,03±0,02 0,00

135 Methylobacterium-Methylorubrum 0,03±0,02 0,14±0,01

136 Oceanobacillus 0,03±0,02 0,00

137 Olsenella 0,03±0,02 0,00

138 Oscillibacter 0,03±0,02 0,00

139 Rickettsiaceae I.S. 0,03±0,02 0,00

140 Sphingomonadaceae I.S. 0,03±0,02 0,00

141 Spirosomaceae I.S. 0,03±0,02 0,00

142 Taibaiella 0,03±0,02 0,00

143 Helicobacter 0,03±0,01 0,00

144 Bacteroides 0,02±0,01 0,00

145 Caproiciproducens 0,02±0,01 0,00

146 Eubacterium brachy 0,02±0,01 0,00

147 Oligoflexus 0,02±0,01 0,00

148 JG30-KF-CM45 0,01±0,01 0,00

149 Deinococcus 0,00 0,58±0,12

150 Enhydrobacter 0,00 1,91±0,01

151 Erwiniaceae I.S. 0,00 0,59±0,01

152 Exiguobacterium 0,00 1,51±0,14

153 Hymenobacter 0,00 0,19±0,01

154 Pantoea 0,00 0,29±0,01

155 Paracoccus 0,00 0,60±0,01

156 Polaromonas 0,00 0,03±0,01

Приложение 2. Характеристика представителей микробиоты воздушной среды на уровне родов при содержании промышленного стада кур

яичной продуктивности кросса Ломанн Браун

№ п/п Наименование родов Весенний период Летний период Осенний период Зимний период

1 Acinetobacter 7,37±0,78 6,88±1,05 3,85±1,19 1,02±0,85

2 Planococcaceae 4,57±4,00 0,58±0,24 0,30±0,07 0,00

3 Ruminococcus torques 4,01±1,31 1,51±0,07 2,25±0,07 0,00

4 Pseudomonas 3,94±2,60 2,97±1,43 1,23±0,38 0,37±0,30

5 Aerococcus 3,10±1,46 3,04±1,16 2,76±0,90 1,15±0,22

6 Subdoligranulum 2,78±0,35 2,14±0,42 2,38±0,26 1,84±1,63

7 Faecalibacterium 2,73±0,61 1,11±0,10 1,55±0,29 1,11±0,93

8 Flavobacterium 2,60±1,50 2,08±0,74 0,16±0,08 0,74±0,74

9 Psychrobacter 2,54±0,84 3,14±0,20 1,39±0,48 14,85±13,34

10 Lachnospiraceae 2,51±0,51 0,75±0,18 2,06±0,36 0,40±0,26

11 Chryseobacterium 2,27±0,68 1,92±0,66 0,61±0,17 1,01±0,49

12 Sphingobacterium 2,21±0,92 3,79±1,78 0,63±0,09 0,33±0,25

13 Kocuria 2,18±1,95 1,91±0,98 1,40±0,08 2,88±1,30

14 Staphylococcus 2,00±1,04 3,66±1,17 2,46±0,64 0,46±0,23

15 Clostridia UCG-014 2,00±0,18 0,98±0,28 3,60±0,41 0,00

16 Lactobacillus 11,76±3,29 10,28±2,17 14,05±1,98 7,24±6,21

17 Pedobacter 1,98±0,99 1,43±0,46 0,06±0,04 0,23±0,18

18 Brevundimonas 1,36±0,54 1,92±0,81 0,29±0,13 0,30±0,23

19 Chloroplast 1,34±0,65 1,31±0,20 1,21±0,27 0,58±0,31

20 Lachnoclostridium 1,07±0,18 0,53±0,12 0,76±0,12 0,34±0,27

21 O scillospiraceae I.S. 1,01±0,40 0,22±0,10 0,48±0,07 0,00

22 Rickettsiella 0,96±0,51 7,57±2,45 11,96±6,84 0,91±0,33

23 Macrococcus 0,92±0,83 0,18±0,08 0,35±0,01 0,26±0,25

24 Kurthia 0,92±0,46 0,63±0,37 0,29±0,02 0,02±0,02

25 Megamonas 0,91±0,32 0,44±0,04 0,49±0,03 0,05±0,03

26 Enterococcus 0,87±0,36 0,97±0,12 0,76±0,12 0,32±0,27

27 Weissella 0,85±0,29 0,93±0,29 0,82±0,08 0,26±0,11

28 Blautia 0,82±0,18 0,69±0,24 1,02±0,08 0,31±0,27

29 Bacteroides 0,81±0,60 0,02±0,02 0,35±0,08 0,97±0,65

30 Carnobacterium 0,70±0,14 1,36±0,15 0,55±0,10 36,17±18,65

31 Lachnospiraceae I.S. 0,69±0,05 0,44±0,04 0,76±0,10 0,00

32 Sellimonas 0,67±0,13 0,32±0,07 0,47±0,08 0,10±0,08

33 Romboutsia 0,66±0,31 1,93±0,61 5,35±0,83 2,34±1,14

34 Ruminococcaceae I.S. 0,66±0,03 0,30±0,15 0,66±0,06 0,00

35 Arthrobacter 0,64±0,18 1,34±0,48 0,17±0,07 0,25±0,19

36 Alkanindiges 0,64±0,09 0,52±0,16 0,08±0,04 0,03±0,03

37 Weeksellaceae I.S. 0,60±0,34 0,88±0,48 0,28±0,19 0,00

38 Corynebacterium 0,60±0,24 1,15±0,33 1,93±0,20 2,46±1,74

№ п/п Наименование родов Весенний период Летний период Осенний период Зимний период

39 Rothia 0,55±0,35 0,27±0,08 0,90±0,14 1,34±1,11

40 Myroides 0,55±0,29 1,19±0,35 0,37±0,18 0,10±0,09

41 Coriobacteriales I.S. 0,51±0,07 0,29±0,07 0,39±0,03 0,00

42 Bifidobacterium 0,47±0,12 0,37±0,10 0,64±0,06 2,43±1,18

43 Stenotrophomonas 0,45±0,15 1,07±0,33 0,18±0,06 0,07±0,07

44 Eubacterium hallii 0,45±0,04 0,23±0,15 0,52±0,09 0,00

45 Micrococcaceae I.S. 0,44±0,23 0,90±0,23 0,15±0,05 0,00

46 Erysipelatoclostridium 0,43±0,06 0,20±0,05 0,55±0,10 0,17±0,14

47 Negativibacillus 0,41±0,22 0,07±0,05 0,22±0,06 0,04±0,04

48 Eisenbergiella 0,40±0,24 0,00 0,14±0,04 0,00

49 Janthinobacterium 0,40±0,16 0,11±0,11 0,09±0,03 0,00

50 Christensenellaceae R-7 group 0,40±0,09 0,16±0,03 0,34±0,07 0,04±0,04

51 Delftia 0,39±0,15 0,41±0,15 0,15±0,04 0,00

52 Massilia 0,39±0,14 0,11±0,03 0,07±0,07 0,03±0,01

53 Jeotgalicoccus 0,38±0,19 0,75±0,25 0,38±0,09 0,03±0,02

54 Brachybacterium 0,37±0,23 0,57±0,04 0,33±0,13 0,16±0,07

55 Oxalobacteraceae I.S. 0,37±0,16 0,13±0,09 0,00 0,00

56 Olsenella 0,37±0,10 0,33±0,05 0,43±0,02 0,68±0,51

57 Comamonadaceae I.S. 0,36±0,26 0,38±0,20 0,13±0,06 0,00

58 GCA-900066575 0,34±0,22 0,06±0,01 0,04±0,04 0,00

59 Peptococcus 0,34±0,09 0,26±0,08 0,51±0,08 0,30±0,23

60 Mitochondria 0,34±0,08 0,72±0,09 0,48±0,09 0,10±0,03

61 Oscillibacter 0,31±0,15 0,04±0,01 0,14±0,04 0,02±0,02

62 Paludicola 0,30±0,27 0,01±0,01 0,03±0,02 0,00

63 Rikenellaceae RC9 gut group 0,29±0,27 0,00 0,00 0,03±0,01

64 Simplicispira 0,28±0,11 0,68±0,27 0,05±0,04 0,06±0,06

65 NK4A214 0,26±0,09 0,12±0,04 0,13±0,03 0,00

66 Monoglobus 0,25±0,11 0,09±0,05 0,14±0,03 0,06±0,05

67 CHKCI001 0,25±0,11 0,33±0,13 1,34±0,81 0,00

68 Eubacterium coprostanoligenes 0,25±0,06 0,11±0,04 0,42±0,07 0,00

69 Paeniglutamicibacter 0,23±0,09 0,92±0,49 0,26±0,09 0,07±0,07

70 Peptostreptococcaceae I.S. 0,22±0,09 0,26±0,05 0,47±0,02 0,00

71 Marvinbryantia 0,22±0,07 0,08±0,01 0,13±0,01 0,00

72 Alistipes 0,21±0,21 0,01±0,01 0,01±0,01 0,70±0,65