РОЛЬ ПОВЕРХНОСТНЫХ АНТИГЕНОВ В АДГЕЗИВНОСТИ БАКТЕРИЙ YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS К МАКРОФАГАМ J774 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Конышев Илья Владимирович

• Конышев Илья Владимирович
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Конышев Илья Владимирович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Методы, используемые для оценки силовых взаимодействий в биологии

1.1.1. Атомно-силовая микроскопия

1.1.2. Магнитный пинцет

1.1.3. Диэлектро форез

1.1.4. Оптический пинцет

1.2. Использование оптического пинцета в биологических исследованиях

1.2.1. Нуклеиновые кислоты

1.2.2. Белки

1.2.3. Субклеточные структуры, органоиды

1.2.4. Эритроциты

1.2.5. Манипуляции в системе «прокариоцит - эукариоцит»

1.2.5.1. Система «прокариоцит - модель эукариоцита»

1.2.5.2. Система «модель прокариоцита - модель эукариоцита»

1.2.5.3. Система «модель прокариоцита - эукариоцит

1.3. Адгезины патогенных иерсиний

1.3.1. Установленные факторы адгезии иерсиний

1.3.2. Липополисахарид как возможный фактор адгезии иерсиний

1.3.3. Порины как возможные факторы адгезии иерсиний 36 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ 38 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Оборудование

2.2. Приготовление растворов

2.3. Определение вязкости ФБР

2.4. Штаммы и условия культивирования

2.5. Выделение ЛПС

2.6. Определение сухого веса

2.7. Определение содержания белка

2.8. Пробоподготовка эукариоцитов

2.9. Подсчёт клеток в камере Горяева

2.10. Использованные антителосодержащие препараты

2.11. Просвечивающая электронная микроскопия

2.12. Лазерный пинцет

2.13. Статистическая обработка полученных результатов 42 ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Отработка условий определения силы связи в системе «модель прокариоцита-макрофаг» методом оптической ловушки

3.1.1. Обоснование выбора клеточной культуры

3.1.2. Выбор эукариоцита в условиях эксперимента

3.1.3. Выбор частотного диапазона исключения при калибровке

3.1.4. Выбор фильтра, регулирующего интенсивность лазерного излучения

3.1.5. Построение калибровочных кривых

3.1.6. Оценка влияния макрообъекта на калибровочные коэффициенты

3.1.7. Калибровка на малом расстоянии от клеток

3.1.8. Отработка способа регистрации силы связи между микросферами и поверхностью макрофага

3.1.9. Критерии выбраковки первичных данных

3.2. Значимость поверхностных антигенов для адгезивности иерсиний, оценённая методом оптической ловушки

3.2.1. Оценка роли ЛПС как адгезина иерсиний

3.2.1.1. Сенсибилизация микросфер препаратами ЛПС

3.2.1.2. Обработка сенсибилизированных микросфер антителосодержащими препаратами

3.2.1.3. Верификация факта сенсибилизации микросфер препаратом ЛПС-10

3.2.1.4. Количественная оценка значимости ЛПС в адгезии иерсиний

3.2.2. Оценка роли порина OmpF как адгезина Y. pseudotuberculosis 78 3.2.2.1. Сенсибилизация микросфер препаратом порина OmpF

3.2.2.2. Верификация факта сенсибилизации микросфер препаратом порина

OmpF 78 3.2.2.3. Количественная оценка значимости порина OmpF для адгезивности

Y. pseudotuberculosis

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы. В настоящее время бактериальная адгезия рассматривается как один из главных факторов реализации патогенетического потенциала возбудителей инфекционных заболеваний на стадии первичного контакта с эукариоцитами [1-4]. Учитывая сохраняющуюся тенденцию к росту числа случаев бактериальных инфекций, изучение тонких механизмов микробной адгезии представляет значительный интерес для медицинской микробиологии, физиологии микроорганизмов, вакционологии, молекулярной биологии и эпидемиологии [5 - 7].

Род Yersinia включает три вида патогенных для человека грамотрицательных бактерий: Y. enterocolitica, Y. pseudotuberculosis, Y. pestis. Первые два вида являются энтеропатогенами, входными воротами для которых служит слизистая тонкого кишечника. Передаваясь алиментарным путём (с загрязнённой пищей или водой), они вызывают заболевания, протекающие с симптомами энтероколита с сопутствующими поражениями Пейеровых бляшек и регионарных лимфатических узлов, нередко переходящие в хроническую форму [8, 9]. У пациентов с иммунодефицитными состояниями отмечается генерализованная септическая форма, смертность от которой составляет около 50% для инфекции Y. enterocolitica [10] и более 75% для псевдотуберкулёза [11].

Бактерии Y. pestis вызывают тяжелое системное заболевание, передаваемое либо через укус блох, либо аэрогенно. Практика специальных противоэпидемических мероприятий в отношении патогенных иерсиний имеет существенные недостатки. По-прежнему не разработаны вакцины к инфекциям, вызываемым Y. pseudotuberculosis и Y. enterocolitica, а используемая в настоящее время живая чумная вакцина EV обладает высокой реактогенностью, средства иммунохимической диагностики иерсиниозов недостаточно чувствительны и/или специфичны.

Наибольшее количество зарегистрированных случаев псевдотуберкулёза и иерсиниозного энтероколита отмечается в странах Северной, Центральной Европы, а также в Канаде [9]. В России, по данным Роспотребнадзора, общая

заболеваемость псевдотуберкулёзом за 2014 и 2015 годы составила 0,98 и 0,77 на 100 тыс. населения соответственно, что сопоставимо с такими инфекционными заболеваниями, как корь и менингококковая инфекция. Относительно высок показатель заболеваемости среди детей до 17 лет - 3,37 (2014 г.) и 2,79 (2015 г.) на 100 тыс. населения соответственно.

Основным компонентом наружной мембраны грамотрицательных бактерий (в том числе иерсиний), покрывающим, по оценкам разных авторов, до 75 % поверхности микроба, является липополисахарид (ЛПС) [12]. Такое высокое его содержание в наружной мембране и морфологическая картина его экспрессии на поверхности микробной клетки сами по себе предполагают участие ЛПС в первичном контакте бактерии и эукариоцита - положительное или даже отрицательное. Ослабление адгезивных свойств может объясняться экранированием липополисахаридом, в первую очередь его полисахаридными О-боковыми цепями, поверхностных белков, адгезивность которых считается установленной [13-15]. Прямых экспериментальных данных об участии ЛПС в адгезивности бактерий к эукариоцитам практически нет, а вопрос о роли О-боковых цепей (О-антигена) в процессе адгезии и инвазии бактерий является предметом научной дискуссии. С одной стороны, О-антиген, являясь компонентом ЛПС, в значительной мере определяет его вклад в патогенетический потенциал грамотрицательных бактерий, особенно на первых этапах взаимодействия с клеткой хозяина, участвует в нейтрализации бактерицидного действия сыворотки, катионных белков, проявлении антифагоцитарной активности, в том числе и путём влияния на экспрессию других факторов патогенности [16-18]. В части работ, выполненных с использованием микробиологических методов, показана значимость О-антигена в адгезии и инвазии бактерий (Shigella flexneri [19-21], Salmonella enterica [22], Campylobacter jejuni [23], Escherichia. coli [24], Pseudomonas aeruginosa [25]). В работе N. Okamura [26], посвящённой изучению влияния О-антигена на адгезивные свойства Shigella flexneri, это отрицается.

Малоизученной остаётся роль в процессах адгезии поринов - наиболее распространённых интегральных гомотримерных белков наружной мембраны (105 молекул на клетку) грамотрицательных бактерий [27, 28]. Порины различаются по выполняемым ими функциям, обеспечивая транспорт некоторых нутриентов и ряда ксенобиотиков, рецепцию бактериофагов [29-31], некоторые (например, Sfp из Y. enterocolitica [32]) являются адгезинами.

В настоящее время для изучения адгезивных свойств микроорганизмов активно применяются биофизические методы, среди которых особое место занимают атомно-силовая микроскопия и метод оптической ловушки [33, 34]. Несмотря на широкое применение последнего в молекулярно-биологических исследованиях белков, нуклеиновых кислот и их комплексов [35, 36], а также при изучении микромеханических свойств мембран клеток, зависимость адгезивности бактерий, в том числе и рода Yersinia, к эукариоцитам от химического состава поверхностных структур возбудителей с помощью лазерного пинцета ранее не изучалась.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «РОЛЬ ПОВЕРХНОСТНЫХ АНТИГЕНОВ В АДГЕЗИВНОСТИ БАКТЕРИЙ YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS К МАКРОФАГАМ J774»

Цель и задачи работы

Цель работы заключалась в исследовании значимости поверхностных антигенов (ЛПС и порина OmpF) в адгезивности Yersinia pseudotuberculosis к макрофагам J774 в модельной системе «прокариоцит - эукариоцит» методом оптической ловушки.

В связи с поставленной целью были сформулированы следующие задачи:

1. Экспериментально обосновать методические подходы к иммунохимической функционализации микросфер для оценки значимости поверхностных антигенов Yersinia pseudotuberculosis в адгезивности бактерий;

2. Разработать способ регистрации силы взаимодействия между микросферами и поверхностью жизнеспособных эукариоцитов с помощью оптического пинцета;

3. Выявить роль О-боковых цепей ЛПС и порина OmpF в адгезивности клеток Yersinia pseudotuberculosis к макрофагам J774 методом оптической ловушки.

Научная новизна. В ходе исследований разработаны методические подходы к иммунохимической функционализации микросфер, основанные на их сенсибилизации антигенами иерсиний (ЛПС и порина OmpF) с последующей обработкой антителосодержащими препаратами различной специфичности. Обоснован способ количественной оценки сил связывания функционализированных микросфер с эукариоцитами методом оптической ловушки, подтвержденный получением патента на изобретение №2604191; сформулированы критерии физического контакта между исследуемыми микросферами и эукариоцитами. С помощью лазерного пинцета установлена существенная роль порина OmpF и О-боковых цепей ЛПС в адгезивности бактерий Y. pseudotuberculosis к макрофагам J774.

Научно-практическая значимость. Полученные оригинальные результаты имеют важное научно-практическое значение для понимания роли ЛПС и порина OmpF Y. pseudotuberculosis в обеспечении адгезивности патогена к эукариоцитам. Разработанный способ регистрации силы взаимодействия модельных микросфер с клетками-мишенями может быть востребован в аналогичных исследованиях по оценке вклада того или иного антигена в адгезивную способность конкретного возбудителя, что может быть использовано при разработке лечебных, профилактических и диагностических препаратов.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Разработаны методические подходы к иммунохимической функционализации полистироловых микросфер, позволяющие оценивать вклад поверхностных антигенов в адгезивность бактерий к эукариоцитам методом оптической ловушки.

2. Экспериментально обоснован количественный способ оценки силы связи между макрофагом и функционализированными микросферами с использованием лазерного пинцета.

3. Установлена значимость в адгезивности бактерий Yersinia pseudotuberculosis О-боковых цепей липополисахарида и порина OmpF к макрофагам J774.

Достоверность результатов исследований подтверждается использованием современного высокоточного оборудования; выявленные различия обоснованы с использованием стандартных методов статистического анализа данных. По материалам исследований опубликованы статьи в рецензируемых научных журналах из списка ВАК.

Апробация работы. Основные результаты диссертационной работы были изложены на II Всероссийской молодёжной научной конференции «Молодёжь и наука на Севере» (Сыктывкар, 2013), XIII Всероссийской молодёжной научной конференции Института физиологии Коми НЦ УрО РАН «Физиология человека и животных: от эксперимента к клинической практике», XI Всероссийском съезде по фундаментальным проблемам теоретической и прикладной механики (Казань, 2015), на V съезде биофизиков России (Ростов-на-Дону, 2015), на III Всероссийской научной конференции молодых учёных «Проблемы биомедицинской науки третьего тысячелетия» (Санкт-Петербург, 2016).

Личный вклад автора. Основные результаты получены автором самостоятельно. Материалы, вошедшие в представленную работу, обсуждались и публиковались лично и совместно с научным руководителем. Автор лично выполнял методики и обобщал полученные результаты. Выводы сделаны на основе собственных оригинальных данных. Микробиологические, иммунохимические исследования, работа с перевиваемыми клеточными культурами проводились на кафедре биотехнологии Вятского государственного университета (ВятГУ) и в лаборатории физиологии микроорганизмов Института физиологии Коми НЦ УрО РАН (г. Киров), просвечивающая электронная микроскопия, а также работы с лазерным пинцетом выполнялись на базе НОЦ по направлению нанотехнологии ВятГУ. Выделение порина ОшрБ производилось сотрудниками лаборатории молекулярных основ антибактериального иммунитета Тихоокеанского института биоорганической химии им. Г.Б. Елякова (г. Владивосток).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 13 печатных работ, включая 4 статьи из списка ВАК, 8 тезисов в сборниках статей и материалов конференций, 1 патент на изобретение.

Структура и объём диссертации. Диссертация состоит из введения, трёх глав, заключения, выводов и списка литературы.

Во введении обозначены проблема и актуальность работы, объект исследования, сформулированы цель и задачи, а также научно-практическая значимость и новизна исследования.

В первой главе представлен обзор литературы, содержащий краткую сравнительную информацию о биофизических методах исследования, используемых в клеточной и молекулярной биологии в настоящее время (атомно-силовая микроскопия, диэлектрофорез, магнитный пинцет, оптический пинцет). Более подробно описано устройство, принцип работы и способ калибровки оптического пинцета, использованного в настоящей работе. Рассмотрен ряд экспериментальных исследований, в которых используется метод оптической ловушки на разных уровнях организации биологических систем (молекулярном, субклеточном и клеточном). Основное внимание уделено разработанным к настоящему времени моделям для изучения взаимодействия в системе «прокариоцит-эукариоцит», а также анализу достоинств и недостатков каждой модели. Приводится информация об основных адгезинах бактерий рода Yersinia и анализируются данные о влиянии поринов и липополисахарида на адгезивные свойства грамотрицательных бактерий.

Вторая глава содержит описание объекта и структуры исследования. В ней перечислены использованные в работе реактивы и оборудование, приведены стандартные протоколы культивирования микроорганизмов и пробоподготовки эукариоцитов, выделения препаратов ЛПС, получения антителосодержащих препаратов. Кратко описаны использовнные методы физико-химического анализа препаратов и растворов, а также использованная в работе измерительная установка (оптический пинцет),

В третьей главе обоснован выбор клеточной культуры для проведения экспериментов, описаны разработанные способы сенсибилизации микросфер антигенными препаратами и верификации факта сенсибилизации, а также стадии отработки способа регистрации сил отрыва микросфер от поверхности макрофагов J774. На основе обширного экспериментального материала формулируется окончательный алгоритм способа регистрации указанных силовых характеристик. Путём обработки микросфер, сенсибилизированных препаратом ЛПС Y. pseudotuberculosis, соответствующими антителами установлена роль О-боковых цепей ЛПС данного типа в реализации адгезивных функций возбудителя псевдотуберкулёза. Получены данные, позволяющие утверждать участие в процессах адгезии данного патогена не только полисахаридного, но и белкового компонента (порин OmpF).

В заключении сформулированы основные выводы по полученным результатам. Библиографический список включает 265 наименований, из них 10 отечественных и 255 иностранных. Работа изложена на 11 7 страницах машинописного текста, содержит 23 рисунка и 5 таблиц.

Благодарности

Автор выражает глубокую благодарность научному руководителю -доктору медицинских наук Бывалову Андрею Анатольевичу профессору кафедры биотехнологии ВятГУ за всестороннюю поддержку в проведении исследований; доктору физико-математических наук, ведущему научному сотруднику Института биохимической физики РАН им. Н.М. Эмануэля Кононенко Вадиму Леонидовичу за ценные теоретические и практические рекомендации при проведении исследований с использованием лазерного пинцета; коллективу лаборатории молекулярных основ антибактериального иммунитета Тихоокеанского института биоорганической химии им. Г.Б. Елякова ДВО РАН за предоставленные образцы порина; коллективу кафедры биотехнологии ВятГУ за помощь и поддержку во время выполнения и обсуждения диссертационной работы.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Методы, используемые для оценки силовых взаимодействий в биологии

За последние несколько десятилетий существенно расширился спектр биофизических методов, используемых в биологических исследованиях для оценки силовых взаимодействий.

Использование данных методов позволяет производить высокоточные манипуляции с микрообъектами: перемещение, сближение и отдаление, разъединение с оценкой сил связывания и т.д. Наиболее часто в биологических исследованиях используются атомно-силовая микроскопия (АСМ), магнитный (МП) и оптический пинцеты (ОП), а также диэлектрофорез (ДЭФ). Принцип действия каждого из указанных методов схематически показан на рисунке 1.

1.1.1. Атомно-силовая микроскопия

Основой АСМ является использование жёсткого типа (иглы), прикреплённого к гибкому кантилеверу, для сканирования изучаемой поверхности. В процессе сканирования тип, а вместе с ним и кантилевер, на боковую часть которого направлен лазерный луч, отклоняются [37]. Это, в свою очередь, приводит к изменению хода отражённого луча, который проецируется на квадрантный фотодетектор (КвФД), и результирующий сигнал переводится в единицы силы через калибровочные коэффициенты.

Достоинствами данного метода являются, во-первых, значительная жёсткость типа, позволяющая регистрировать достаточно большие величины силы отрыва (Таблица 1), во-вторых, возможность сканирования ограниченного участка подложки или исследуемого объекта, что повышает вероятность обнаружения специфических межмолекулярных взаимодействий. Данный факт позволяет использовать атомно-силовой микроскоп в широком спектре научных исследований: для оценки эластичности и адгезивных свойств клеточных мембран [38], при изучении клеточной топографии [39], а также при

исследовании структуры хроматина, нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) и других биомолекул [40].

1.1.2. Магнитный пинцет

Принцип действия данного прибора основан на удержании парамагнитных частиц (в простейшем случае - микросфер диаметром 1 - 5 мкм с металлическим напылением) в магнитном поле [41]. Помимо стандартных манипуляций (подведение/отведение, определение среднеквадратичного смещения) использование магнита обеспечивает ротационные смещения микросфер. Прибор позволяет анализировать изменение положения микрочастицы как в горизонтальной, так и в вертикальной плоскостях [42, 43]. Высокая точность метода позволяет использовать МП для изучения межмолекулярных взаимодействий - ДНК [44], белков [45], - а также с целью подтверждения работоспособности ряда биофизических моделей [46].

Лазер

1^^^^ Квадрантный л в фотолетектор

Магнит

Микросфера

Подложка

A

Б

х

Перетяжка луч а

Центр

ЛОВУШКИ

—СТЛАЛА

Б = кх

1 РОЕР +

ооооооо

ОЕР

Лазерный луч

В

Г

Рисунок 1 - Схематическое изображение принципа действия основных биофизических методов, применяющихся в биологии: атомно-силовая микроскопия (А) [47], магнитный пинцет (Б) [48], оптический пинцет (В) [49], диэлектрофорез (Г) [50].

1.1.3. Диэлектрофорез

ДЭФ применяется в опытах с использованием нейтральных микрочастиц из диэлектрического материала. В основе метода лежит способность таких частиц при поляризации перемещаться в неоднородном электростатическом поле. При этом становится возможным смещать микрочастицу в заданном направлении, контролируя расстояние (в случае отрыва также и силу) смещения [51]. В простейшем случае (Рисунок 1Г) диэлектрофоретическая установка представляет собой очень тонкую трубку, в разных частях которой создаётся градиент электростатического поля, за счёт чего объект (например, клетка) втягивается в неё [52].

В связи с развитием чиповых технологий в последние годы получили распространение градиентные микрочипы с нанесёнными на их поверхность биомолекулами: белками, ферментами, в том числе меченными флуорохромами [53, 54]. ДЭФ широко используется как в биологических, так и в биомедицинских исследованиях: при электропорации клеток в генноинженерных исследованиях [55], при очистке вакцинных препаратов [56], клеточном сортинге [57, 58].

В Таблице 1 представлены данные литературы о четырёх наиболее распространённых методах манипуляции микрообъектами в рамках биологических исследований.

Таблица 1 - Сравнение основных биофизических методов при работе с микрообъектами в биологических исследованиях [59]

Метод Принцип метода Диапазон регистрируемых сил, пН Минимальное регистрируемое смещение частиц, нм Жёсткость, пН/нм Преимущества Недостатки

АСМ Использование типа на конце кантилевера для сканирования поверхности образца 5 - 104 0.5 - 1 10 - 104 Возможность маломасштабного сканирования с высокой частотой; высокое разрешение Единичные клетки должны быть прочно прикреплены к поверхности; минимальная регистрируемая сила отрыва кантилевера достаточно велика

МП Использование градиента электромагнитного поля для манипуляций с намагничиваемыми микросферами 0.05 - 20 5 - 10 (2 - 10) 10-6 - 10-1 Возможность ротации микросферы в магнитном поле Намагниченные микросферы способны ковалентно или нековалентно связываться с поверхностью клеток

Продолжение таблицы 1

ДЭФ Перемещение диэлектрических микрочастиц в градиенте электростатического поля 0.01 - 50 н/д1 _2 Простота выполнения манипуляций Вероятность нагревания живых объектов

ОП Создание оптического градиента при использовании сфокусированного лазерного луча 0.1 - 100 0.1 - 2 10-6 - 10-1 Дальнодействующий характер удерживающей силы ловушки; высокая точность определения мгновенного смещения микрообъекта Вероятность фотоповреждения и нагревания живых объектов

Примечания: 1 нет данных;

2 в данном приборе параметр не учитывается.

1.1.4. Оптический пинцет

Существование феномена импульса световой волны (light momentum) впервые было опытно подтверждено в начале ХХ века. Влияние этого явления на макроскопические объекты ничтожно, однако использование светового пучка для манипуляций с микрочастицами открыло широкие возможности для изучения разнообразных физико-химических процессов, том числе на моделях живых систем.

Прообразом современных оптических пинцетов является оптическая ловушка, созданная Артуром Ашкиным (Arthur Ashkin) в 1970 г. [60]. В 1986 г. он совместно со своими сотрудниками создал её усовершенствованный аналог, в котором микрообъект из диэлектрического материала удерживался сфокусированным лазерным лучом определённой мощности [61]. Тогда же в научной литературе впервые был использован термин «оптический пинцет» [62].

Важным обстоятельством при работе с оптическим пинцетом является выбор микрочастиц определённого диаметра (d) и используемой длины волны лазерного излучения (X). Теоретические расчёты показывают [63], что наиболее приемлемыми для работы являются объекты, диаметр которых лежит в диапазоне 0,1 - 10 X. Большинство используемых в биологических исследованиях объектов (клетки бактерий или микроскопических грибов, органоиды), а также коммерческие микросферы из искусственных материалов имеют приблизительно такие же размеры. Использование микрочастиц, меньших, чем длина волны используемого лазера, не рекомендуется [64].

В качестве источника постоянного излучения в большинстве современных моделей ОП используется сапфировый кристалл с добавками ионов некоторых металлов (Nd:YAG или Nd:YLF), что позволяет генерировать излучение инфракрасного диапазона с X = 1064 нм. Излучение с именно такой длиной волны приемлемо для опытов, связанных с манипуляциями с биообъектами. Использование лазеров с X = 830 - 970 нм, либо менее 800 нм, по некоторым данным, вызывало фотоповреждения эукариотических [65, 66] и бактериальных [67] клеток. Вероятность фотоповреждения снижалась при использовании

анаэробных условий [68], однако в ряде опытов, например, при исследовании живых клеток человека и животных, такое ограничение недопустимо.

Принципиальная схема устройства ОП приведена на рисунке 2. В современных приборах имеется возможность мультипликации ловушек [64] и использование источника ультрафиолетового излучения в случае применения флуоресцентных меток. Изменение положения объекта относительно поверхности регулируется пьезостоликом. Проходящий через систему линз и зеркал лазерный луч удерживает объект и в конечном итоге проецируется на поверхность КвФД. Последний изготавливается из полупроводниковых материалов на основе кремния или 1п-Оа-Лв-композитов в зависимости от рабочей длины волны лазера (до 1000 нм - для кремниевых и 1000 - 2000 нм - для индиево-галлиево-мышьяковых).

Освещение! ^ I

Инвертированный КвФД Н микроскоп

блок управления ; — пь езостолик

лазером ] ЫI

I лазер Н-Н-

I дихроическое зеркало

Камера

Рисунок 2 - Общая схема устройства оптического пинцета [64]. Ход лазерного луча показан красным цветом, система освещения микроскопа - синим.

Плоскость КвФД разделена диэлектрическим материалом на четыре участка (квадранта), в каждом из которых изменение сигнала при смещении микрообъекта в ловушке фиксируется независимо (Рисунок 3), суммарное же напряжение, регистрируемое прибором, представляет собой алгебраическую сумму напряжений на каждом из четырёх участков КвФД. Таким образом, любое, даже самое незначительное отклонение микрообъекта от центра фокуса, вызывает изменение общего вольтажа с фотодетектора [69].

ИИ

конденсор

объектив

КвФД

Рисунок 3 - Схема регистрации смещений микрообъекта по оси ОХ с помощью КвФД [64].

В определённом масштабе (до нескольких сотен нанометров) зависимость сигнала КвФД от величины смещения микрообъекта из фокуса ловушки носит линейный характер. В случае, когда отклонение удерживаемого объекта превосходит предельное значение, определяемое для каждого прибора, характер зависимости меняется. Последний факт ограничивает применение оптического пинцета в тех случаях, когда сила связывания изучаемых объектов и, как следствие, дистанция смещения микрообъекта из фокуса, достаточно велики.

Основными преимуществами использования лазерной ловушки являются, во-первых, достаточно точно определяемое мгновенное положение микрообъекта в луче, а во-вторых, дальнодействующий характер удерживающей силы ловушки. Имеющийся недостаток - возможность фотоповреждения биообъекта -нивелируется при использовании отдельных типов лазерных установок и выборе адекватных поставленным задачам значений мощности лазера.

Величина сил, измеряемых с помощью ОП, зависит от ряда факторов: мощности лазера, формы фокуса, размера и формы используемых микрообъектов, от их показателя преломления по отношению к таковому параметру для окружающей среды [59]. Вследствие этого измерение сил напрямую весьма затруднительно, поэтому для пересчёта первичного сигнала КвФД в силу отрыва дополнительно проводится калибровка КвФД и ловушки путём определения коэффициентов чувствительности и жёсткости [59]. Перевод вольтажного сигнала

(В), регистрируемого КвФД, в единицы смещения (м) осуществляется с использованием коэффициента чувствительности (В/м). Высокая точность определения мгновенного положения объекта относительно центра лазерного луча достигается благодаря использованию конденсора с высоким значением числовой апертуры (NA). Существуют три основных способа калибровки ловушек [69].

В простейшем случае объект, удерживаемый лучом в фокусе, уподобляется упругой пружине. Тогда внешняя сила выталкивающая микрообъект из центра фокуса, вычисляется по формуле:

F = - (1)

где к - жёсткость ловушки (пН/нм), Ах - смещение микрообъекта (нм).

Такой способ калибровки довольно прост, но применим лишь для малых смещений, не превышающих половину радиуса объекта.

В основе второго, по принципу действия похожего на описанный выше, способа калибровки лежит вычисление силы вязкого трения (силы Стокса) упругого микрообъекта при движении его в жидкости. При смещении частицы радиусом г со скоростью v в жидкости с вязкостью п максимум действующей силы трения может быть вычислен по формуле [69]:

F = 6лп^ (2)

Наконец, третий способ, реализованный в использованном нами приборе, основан на регистрации мгновенных броуновских смещений микрообъекта. Известно, что с находящейся в жидкой фазе частицей, размеры которой лежат в микрометровом диапазоне, постоянно сталкиваются молекулы окружающей жидкости. При этом среднее квадратичное смещение (СКС) свободно диффундирующей частицы описывается уравнением:

СКС = ^ + т) - x(t)>2, (3)

где x(t) - положение частицы в момент начала наблюдения, x(t + т) - положение частицы в момент времени т от начала наблюдения.

Однако, микрообъект, удерживаемый лазерным лучом, не может смещаться от фокуса на неограниченное расстояние. Для описания характера смещений

микрочастицы в среде предложено уравнение Ланжевена, допускающее возможность рассмотрения такой системы с точки зрения терминов классической механики - инерции и силы вязкого трения [70]:

тх = -ух + (4)

где m - масса частицы, у - коэффициент трения (для сферической частицы радиуса г справедливо равенство: у = 6ппг), £ - параметр флуктуации, учитывающий вклад температуры среды в колебания частицы.

При вычислении параметра £ для объекта в лазерной ловушке уравнение 4 записывается в форме:

тх + ух + kx = (5)

Учитывая, что вклад инерционной составляющей для временного промежутка в несколько микросекунд при нахождении микрочастицы в жидкой среде ничтожно мал, конечное уравнение принимает вид:

ух + kx = £ (6)

Решение уравнения 6 через преобразование Фурье позволяет построить график зависимости спектральной плотности мощности от частот, начиная от нескольких герц до нескольких десятков килогерц. Учитывая, что общая энергия системы равна 1/2квТ, получаемая зависимость 8(0 имеет вид:

где S(f) - спектральная плотность мощности (В2/Гц), 1 - угловая частота, Гц, f - частота, Гц

По мере увеличения частоты спектр постепенно сглаживается. Разбиение графика на две части и последующее сглаживание дают две условные пересекающиеся прямые. Абсцисса точки их пересечения соответствует значению искомой угловой частоты. Последняя величина связана с коэффициентом жёсткости (кж) уравнением:

При известных параметрах вязкости среды, в которой проводятся измерения, размере частиц и температуре через значения коэффициентов чувствительности и жёсткости легко устанавливается связь между мгновенным смещением микрообъекта и «силой» такого смещения и соответствующим им изменением сигнала, регистрируемого КвФД [71, 72].

1.2. Использование оптического пинцета в биологических исследованиях

Все манипуляции, связанные с изучением структуры и функций биологических макромолекул, построены по единой схеме: создание моделей строится на наличии «подвижной» (любое изменение её состояния фиксируется прибором) и «статичной» (служит для закрепления и удержания объекта) фаз. В роли первой чаще всего выступает диэлектрическая (полистироловая или латексная) микросфера, в роли неподвижной фазы - прикреплённые микросферы, микропипетка либо поверхность рабочей камеры, про- или эукариоцит.

1.2.1. Нуклеиновые кислоты

Размеры некоторых объектов (ДНК, РНК, белковые молекулы), используемых при непрямых манипуляциях, не превышают длины волны лазерного луча, что создаёт определённые трудности при работе с ними. Большинство исследований структуры нуклеиновых кислот основано на измерениях сил, вызванных изменениями формы самих молекул. В роли неподвижной фазы (носителя) в таких исследованиях используются микрообъекты из синтетических полимерных материалов. Так, T.T. Perkins et al. [73] исследовали эластические свойства одноцепочечной ДНК путём прикрепления её молекул к двум латексным микросферам. Смещение столика с постоянной скоростью вызывало встречное давление жидкости на микросферу и вызывало растяжение молекулы ДНК. G.V. Shivashankar и J. Libchaber [74] в

похожих опытах использовали систему, состоящую из ДНК, с одной стороны прикреплённой к кантилеверу, с другой - к поверхности силиконовой подложки. J. Liphardt et al. [75] использовали в аналогичном эксперименте вместо кантилевера АСМ оптическую ловушку. Подобный же способ использован M.L. Bennink et al. [76] при изучении взаимодействий в системе «ДНК - белок»: молекула ДНК с двух сторон связывалась с микросферами, покрытыми белками RecA и YOYO-1 посредством биотин-стрептавидиновых сшивок. G.J.L. Wuite et al. [77] похожим образом изучали взаимодействие ДНК с ДНК-полимеразой.

Следующая ступень организации ДНК - хроматин - детально изучена с использованием ОП Y. Cui и C. Bustamante [78]. Согласно предложенной ими схеме, два конца биотинилированного хроматинового тяжа соединялись с двумя полистироловыми микросферами, обработанными авидином. В дальнейшем одна из бусин, находившаяся в оптической ловушке, смещалась с помощью пьезостолика, вторая же удерживалась микропипеткой. В другой работе [79] для изучения разрывов двухцепочечной ДНК использовались кластеры из 40 латексных микрочастиц диаметром 0.2 мкм.

M.H. Larson et al. [80] и E.A. Galburt et al. [81], исследуя механизм бактериальной транскрипции, применяли пары бусин различного диаметра: к меньшей с помощью биотин-стрептавидиновой сшивки присоединялась молекула РНК, к большей - через диоксигенин-антидикоксигениновую - ДНК.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Конышев Илья Владимирович, 2017 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Cabrijan, L. Adhesion molecules in keratinocytes / L. Cabrijan, J. Lipozencic // Clin. Dermatol. - 2011. - V. 29. - P. 427-431.

2. Bonazzi, M. Impenetrable barriers or entry portals? The role of cell-cell adhesion during infection / M. Bonazzi, P. Cossart // J. Cell. Biol. - 2011. - V. 195. - P. 348357.

3. Hauck, C.R. Cellular adhesion molecules as targets for bacterial infection / C.R. Hauck, F. Agerer, P. Muenzner, T. Schmitter // Eur. J. Cell. Biol. - 2006. - V. 85. - P. 235-242.

4. Hall-Stoodley, L. Bacterial biofilms: from the natural environment to infectious diseases / L. Hall-Stoodley, J.W. Costerton, P. Stoodley // Nat. Rev. Microbiol. - 2004. - V. 2. - P. 95-108.

5. Klinth, J. E. The influence of pH on the specific adhesion of P-piliated Escherichia coli / J. E. Klinth, M. Castelain, B. E. Uhlin, O. Axner // PLoS One. - 2011. - V. 7. -e38548.

6. Galy, O. Remote magnetic actuation of micrometric probes for in situ 3D mapping of bacterial biofilm physical properties / O. Galy, K. Zrelli, P. Latour-Lambert, L. Kirwan, N. Henry // Journal of Visualized Experiments (JoVE). - 2014. - V. 87. - e50857.

7. Lau, P.C. Absolute quantitation of bacterial biofilm adhesion and viscoelasticity by microbead force spectroscopy / P.C. Lau, J.R. Dutcher, T.J. Beveridge, J.S. Lam // Biophysical journal. - 2009. - V. 96. - P. 2935-2948.

8. Hill, A.A. The infectious cause of the chronic effect / A.A. Hill, G.E. Diehl // Cell Host Microbe. - 2015. - V. 18. - P. 383-385.

9. Galindo, C. L. Pathogenesis of Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis in human yersiniosis / C. L. Galindo, J. A. Rosenzweig, M. L. Kirtley, A.K. Chopra // Journal of Pathogens. - 2011. - e182051.

10. Cover, T.L. Yersinia enterocolitica / T.L. Cover, R.C. Aber // N. Engl. J. Med. -1989. - V. 321. - P. 16-24.

11. Deacon, A.G. Septicemia due to Yersinia pseudotuberculosis - a case report / A. G. Deacon, A. Hay, J. Duncan // Clinical microbiology and infection. - 2003. - V. 9. - P. 1118-1119.

12. Lu, Q. Understanding the molecular interactions of lipopolysaccharides during E. coli initial adhesion with a surface forces apparatus / Q. Lu, J. Wang, A. Faghihnejad, H. Zeng, Y. Liu // Soft Matter. - 2011. - V.7. - P. 9366-9379.

13. Kukkonen, M. Lack of O-antigen is essential for plasminogen activation by Yersinia pestis and Salmonella enterica / M. Kukkonen, M. Suomalainen, P. Kyllonen, K. Lahteenmaki, H. Lang, R. Virkola, I.M. Helander, T.K. Korhonen // Mol. Microbiol. -2004. - V. 51. - P. 215-225.

14. Skurnik, M. The biosynthesis and biological role of lipopolysaccharide O-antigens of pathogenic Yersiniae / M. Skurnik, J.A. Bengoechea // Carbohydr. Res. - 2003. - V. 338. - P. 2521-2529.

15. Tsang, T.M. Ail proteins of Yersinia pestis and Y. pseudotuberculosis have different cell binding and invasion activities / T.M. Tsang, J.S. Wiese, S. Felek, M. Kronshage, E.S. Krukonis // PLOS One. - 2003. - V. 8. - e83621.

16. Bengoechea, J.A. Regulation of O-antigen biosynthesis in Yersinia enterocolitica / J.A. Bengoechea // Adv. Exp. Med. Biol. - 2003. - V. 529. - P. 267-274

17. Bengoechea, J.A. Lipopolysaccharide O-antigen status of Yersinia enterocolitica O:8 is essential for virulence and absence of O-antigen affects the expression of other Yersinia virulence factors / J.A. Bengoechea, H. Najdenski, M. Skurnik // Mol. Microbiol. - 2004. - V. 52. - P. 451-469

18. Tang, K. Investigation of the conformational states of Wzz and the Wzz-O-antigen complex under near-physiological conditions / K. Tang, H. Guo, W. Yi, M. Tsai, P.G. Wang // Biochemistry. - 2007. - V. 46. - P. 11744-11752.

19. Hoare, A. The normal chain length distribution of the O antigen is required for the interaction of Shigella flexneri 2a with polarized Caco-2 cells / A. Hoare, D. Bravo, M. Martinic, M. A. Valvano, I. Contreras, S. A. Alvarez // Biol. Res. - 2012. - V. 45. - P. 21-26.

20. West, N.P. Optimization of virulence functions through glucosylation of Shigella LPS / N.P. West, P. Sansonetti, J. Mounier, R.M. Exley, C. Parsot, S. Guadagnini, M.C. Prevost, A. Prochnicka-Chalufour, M. Delepierre, M. Tanguy, C.M. Tang // Science. -2005. - V. 307. - P. 1313-1317.

21. Kohler, H. Shigella flexneri interactions with the basolateral membrane domain of polarized model intestinal epithelium: role of lipopolysaccharide in cell invasion and in activation of the mitogen-activated protein kinase ERK / H. Kohler, S.P. Rodrigues, B.A. McCormick // Infect. Immun. - 2002. - V. 70. - P. 1150-1158.

22. Hoare, A. The outer core lipopolysaccharide of Salmonella enterica serovar typhi is required for bacterial entry into epithelial cells / A. Hoare, M. Bittner, J. Carter, S. Alvarez, M. Zaldivar, D. Bravo, M.A. Valvano, I. Contreras // Infect. Immun. - 2006. -V. 74. - P. 1555-1564.

23. Kanipes, M.I. A deep-rough mutant of Campylobacter jejuni 81-176 is noninvasive for intestinal epithelial cells / M.I. Kanipes, L.C. Holder, A.T. Corcoran, A.P. Moran, P. Guerry // Infect. Immun. - 2004. - V. 72. - P. 2452-2455.

24. Klena, J. The core lipopolysaccharide of Escherichia coli is a ligand for the dendritic-cell-specific intercellular adhesion molecule nonintegrin CD209 receptor / J. Klena, P. Zhang, O. Schwartz, S. Hull, T. Chen // J. Bacteriol. - 2005. - V. 187. - P. 1710-1715.

25. Zaidi, T.S. Lipopolysaccharide outer core is a ligand for corneal cell binding and ingestion of Pseudomonas aeruginosa / T.S. Zaidi, S.M. Fleiszig, M.J. Preston, J.B. Goldberg, G.B. Pier // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. - 1996. - V.37. - P. 976-986.

26. Okamura, N. HeLa cell invasiveness and O-antigen of Shigella flexneri as separate and prerequisite attributes of virulence to evoke keratoconjunctivitis in guinea pigs / N. Okamura, T. Nagai, R. Nakaya, S. Kondo, M. Murakami, E.K. Hisatune // Infect. Immun. - 1983. - V. 39. - P. 505-513.

27. Rosenbusch, J.P. Characterization of the major envelope protein from Escherichia coli. Regular arrangement on the peptidoglycan and unusual dodecyl sulfate binding / J.P. Rosenbusch // J. Biol. Chem. - 1974. - V. 249. - P. 8019-8029.

28. Nikaido, H. Molecular basis of bacterial outer membrane permeability revisited / H. Nikaido // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2003. - V.67. - P. 593-656.

29. Liu, X. An analysis of multifactorial influences on the transcriptional control of OmpF and OmpC porin expression under nutrient limitation / X. Liu, T. Ferenci // Microbiology. - 2001. -V. 147. - P. 2981-2989.

30. Ceccarelli, M. Microscopic mechanism of antibiotics translocation through a porin / M. Ceccarelli, C. Danelon, A. Laio, M. Parrinello // Biophysical Journal. - 2004. - V. 87. - P. 58-64.

31. Zhao, X. Outer membrane proteins Ail and OmpF of Yersinia pestis are involved in the adsorption of T7-related bacteriophage Yep-phi / X. Zhao, Y. Cui, Y. Yan, Z. Du, Y. Tan, H. Yang, R. Yang // Journal of Virology. - 2013. - V. 87. - P. 12260-12269.

32. Mildiner-Earley, S. Characterization of a novel porin involved in systemic Yersinia enterocolitica infection // S. Mildiner-Earley, V.L. Miller. - 2006. - V. 74. - P. 43614365.

33. Ikai, A. A review on: atomic force microscopy applied to nano-mechanics of the cell / A. Ikai // Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. - 2010. - V. 119. - P. 47-61.

34. Ayala, Y.A. Rheological properties of cells measured by optical tweezers / Y.A. Ayala, B. Pontes, D.S. Ether, L.B. Pires, G.R. Araujo, S. Frases, L.F. Romao, M. Farina, V. Moura-Neto, N.B. Viana, H.M. Nussenzveig // BMC Biophys. - 2016. - V. 9. - e5.

35. Gutierrez-Medina, B. / B. Gutierrez-Medina, A.N. Fehr, S.M. Block // Direct measurements of kinesin torsional properties reveal flexible domains and occasional stalk reversals during stepping // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2009. - V. 106. - P. 17007-17012.

36. Dholakia, K. Optical micromanipulation takes hold / K. Dholakia, P. Reece // Nanotoday. - 2006. - V. 1. - P. 18-27.

37. Vahabi, S. Atomic force microscopy application in biological research: a review study / S. Vahabi, S.B. Nazemi, A. Javanmard // Iranian Journal of Medical Sciences. -2013. - V. 38. - P. 76-83.

38. Khater, M.M. Dynamic potential and surface morphology study of sertraline membrane sensors / M.M. Khater, Y.M. Issa, H.B. Hassib, S.H. Mohammed // J. Adv. Res. - 2015. - V. 6. - P. 459-469.

39. Mukherjee, R. Nanoscale surface characterization of human erythrocytes by atomic force microscopy: a critical review / R. Mukherjee, M. Saha, A. Routray, C. Chakraborty // IEEE Trans. Nanobioscience. - 2015. - V. 14. - P. 625-633.

40. Kalle, W. Atomic force microscopy on chromosomes, chromatin and DNA: a review / W. Kalle, P. Strappe // Micron. - 2012. - V. 43. - P. 1224-1231.

41. Bijamov, A. Quantitative modeling of forces in electromagnetic tweezers / A. Bijamov, F. Shubitidze, P.M. Oliver, D.V. Vezenov // J. Appl. Phys. - 2010. - V. 108. - e104701.

42. Sun, Z. Parallel lipoplex folding pathways revealed using magnetic tweezers / Z. Sun, E.B. Tikhonova, H.I. Zgurskaya, V.V. Rybenkov // Biomacromolecules. - 2012. -V. 13. - P. 3395-3400.

43. te Velthuis, A.J. Quantitative guidelines for force calibration through spectral analysis of magnetic tweezers data / A.J. te Velthuis, J.W. Kerssemakers, J. Lipfert, N.H. Dekker // Biophys. J. - 2010. - V. 99. - P. 1292-1302.

44. de Vlaminck, I. Magnetic forces and DNA mechanics in multiplexed magnetic tweezers / I. de Vlaminck, T. Henighan, M.T. van Loenhout, D.R. Burnham, C. Dekker // PLoS One. - 2012. - V. 7. - e41432.

45. van Loenhout, M.T. Scanning a DNA molecule for bound proteins using hybrid magnetic and optical tweezers / M.T. van Loenhout, I. de Vlaminck, B. Flebus, J.F. den Blanken, L.P. Zweifel, K.M. Hooning, J.W. Kerssemakers, C. Dekker // PLoS One. -2013. - V. 8. - e65329.

46. Kim, K. A high-resolution magnetic tweezer for single-molecule measurements / K. Kim, O.A. Saleh // Nucleic Acids Research. - 2009. V. 37. - e136.

47. Variola, F. Atomic force microscopy in biomaterials surface science / F. Variola // Phys. Chem. Chem. Phys. - 2015. - V. 17. - P. 2950-2959.

48. Lipferta, J. Double-stranded RNA under force and torque: similarities to and striking differences from double-stranded DNA / J. Lipferta, G.M. Skinnera, J.M.

Keegstraa, T. Hensgensa, T. Jagera, D. Dulina, M. Köbera, Z. Yua, S.P. Donkersa, F.-C. Chouc, R. Dasc, N.H. Dekker // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2014. - V. 111. - P. 15408-15413.

49. Pollard, M.R. Optically trapped probes with nanometer-scale tips for femto-Newton force measurement / M.R. Pollard, S.W. Botchway, B. Chichkov, E. Freeman, R.N.J. Halsall, D.W.K. Jenkins, I. Loader, A.Ovsianikov, A.W. Parker, R. Stevens // New Journal of Physics. - 2010. - V. 11. - P. 1-14.

50. Gossett, D.R. Label-free cell separation and sorting in microfluidic systems / D.R. Gossett, W.M. Weaver, A.J. Mach, S.C. Hur, H.T. Tse, W. Lee, H. Amini // Anal. Bioanal. Chem. . - 2010. - V. 397. - e3249.

51. Shah, J. Electrochemical biosensors for detection of biological warfare agents / J. Shah, E. Wilkins // Electroanalysis. - 2003. - V. 15. - P. 157-167.

52. Cheng, Q. Dielectrophoresis for bioparticle manipulation / Q. Cheng, H. Haibo, C. Liguo, L. Xiangpeng, G. Zunbiao, C. Tao, Y. Zhan, S. Lining // Int. J. Mol. Sci. - 2014.

- V. 15. - P. 18281-18309.

53. Shao, B. Manipulation of microspheres and biological cells with multiple agile vcsel traps / B. Shao, S. Zlatanovic, M. Ozkan, A.L. Birkbeck, S.C. Esener // Sens. Actuators B. - 2006. - V. 113. - P. 866-874.

54. Huang, S.-B. High-purity and label-free isolation of circulating tumor cells (CTCS) in a microfluidic platform by using optically-induced-dielectrophoretic (ODEP) force / S.-B. Huang, M.-H. Wu, Y.-H. Lin, C.-H. Hsieh, C.-L. Yang, H.-C. Lin, C.-P. Tseng, G.-B. Lee // Lab. Chip. - 2013. - V. 13. - P. 1371-1383.

55. Clow, A.L. A novel micropit device integrates automated cell positioning by dielectrophoresis and nuclear transfer by electrofusion / A.L. Clow, P.T. Gaynor, B.J. Oback // Biomed. Microdevices. - 2010. - V. 12. - P. 777-786.

56. Regtmeier, J. Dielectrophoretic manipulation of DNA: Separation and polarizability / J. Regtmeier, T.T. Duong, R. Eichhorn, D. Anselmetti, A. Ros // Anal. Chem. - 2007.

- V. 79. - P. 3925-3932.

57. Hu, X. Marker-specific sorting of rare cells using dielectrophoresis / X. Hu, P.H. Bessette, J. Qian, C.D. Meinhart, P.S. Daugherty, H.T. Soh // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2005. - V. 102. - P.15757-15761.

58. Fu, A.Y. An integrated microfabricated cell sorter / A.Y. Fu, H.-P. Chou, C. Spence, F.H. Arnold, S.R. Quake // Anal. Chem. - 2002. - V. 74. - P. 2451-2457.

59. Zhang, H. Optical tweezers for single cells / H. Zhang, K.-K. Liu // J. R. Soc. Interface. - 2009. - V.5. - P. 671-690.

60. Ashkin, A. Acceleration and trapping of particles by radiation pressure / A. Ashkin // Phys. Rev. Lett. - 1970. - V. 24. - P. 156-159

61. Ashkin, A. Observation of a single-beam gradient force optical trap for dielectric particles / A. Ashkin, J.M. Dziedzic, J.E. Bjorkholm, S. Chu // Opt. Lett. - 1986. - V. 11. - P. 288-290

62. Ashkin, A. Optical trapping and manipulation of viruses and bacteria / A. Ashkin, J.M. Dziedzic // Science. - 1987. - V. 235. - P. 1517-1520.

63. Nieminen, T. A. Optical tweezers computational toolbox / T. A. Nieminen, V. L. Y. Loke, A. B. Stilgoe, G. Knoner, A. M. Branczyk, N. R. Heckenberg, H. J. Rubinsztein-Dunlop // Opt. A. - 2007. - V. 9. - P. 196-203.

64. Bowman, R.W. Optical trapping and binding / R.W. Bowman, M.G. Padgett // Rep. Prog. Phys. - 2013. - V. 76. - e026401.

65. Konig K. Effects of ultraviolet exposure and near infrared laser tweezers on human spermatozoa / K. Konig, Y. Tadir, P. Patrizio, M.W. Berns, B.J. Tromberg // Hum. Reprod. - 1996. - V. 11. - P. 2162-2164.

66. Liang, H. Wavelength dependence of cell cloning efficiency after optical trapping / H. Liang, K.T. Vu, P. Krishnan, T.C. Trang, D. Shin, S. Kimel, M.W. Berns // Biophys. J. - 1996. - V. 70. - P. 1529-1533.

67. Neuman, K.C. Characterization of photodamage to Escherichia coli in optical traps / K.C. Neuman, E.H. Chadd, G.F. Liou, K. Bergman, S.M. Block // Biophys. J. - 1999. -V. 77. - 2856-2863.

68. Leitz, G. Stress response in Caenorhabditis elegans caused by optical tweezers: wavelength, power, and time dependence / G. Leitz, E. Fallman, S. Tuck, O. Axner // Biophys. J. - 2002. - V. 82. - P. 2224-2231.

69. Svoboda, K. Biological applications of optical forces / K. Svoboda, S. M. Block // Ann. Rev. Biophys. Struct. - 2009. - V. 23. - 247-285.

70. Lemons D.S. Paul Langevin's 1908 paper 'On the theory of Brownian motion' / D.S. Lemons // Am. J. Phys. - 1997. - V. 65. - 1079-1081.

71. Neuman, K.C. Single-molecule force spectroscopy: optical twezeers, magnetic twezeers and atomic force microscopy / K.C. Neuman, A. Nagy // Nat. Methods. -2008. - V. 5. - P. 491-505.

72. Neuman, K.C. Optical trapping / K.C. Neuman, S.M. Block // Rev. Sci. Instrum. -2004. - V. 75. - P. 2787-2809.

73. Perkins, T.T. Relaxation of a single DNA molecule observed by optical microscopy / T. T. Perkins, S. R. Quake, D. E. Smith, S. Chu // Science. - 1994. - V. 264. - P. 822826.

74. Shivashankar, G.V. Single DNA molecule grafting and manipulation using a combined atomic force microscope and an optical tweezer / G. V. Shivashankar, A. Libchaber // Appl. Phys. Lett. - 1997. - V. 71. - P. 3727-3729.

75. Liphardt, J. Reversible unfolding of single RNA molecules by mechanical force / J. Liphardt, B. Onoa, S. B. Smith, I. Tinoco, C. Bustamante // Science. - 2001. - V. 292. -P. 733-737.

76. Bennink, M.L. Single-molecule manipulation of double-stranded DNA using optical tweezers: Interaction studies of DNA with RecA and YOYO-1 / M. L. Bennink, O. D. Scharer, R. Kanaar, K. Sakata-Sogawa, J. M. Schins, J. S. Kanger, B. G. de Grooth, J. Greve // Cytometry. - 1999. - V. 36. - P. 200-208..

77. Wuite, G.J.L. Single-molecule studies of the effect of template tension on T7 DNA polymerase activity / G. J. L. Wuite, S. B. Smith, M. Young, D. Keller, C. Bustamante // Nature. - 2000. - V. 404. - P. 103-106.

78. Cui, Y. Pulling a single chromatin fiber reveals the forces that maintain its higherorder structure / Y. Cui, C. Bustamante // Proc.Nat. Acad. Sci. U.S.A. - 2000. - V. 97. -P. 127-132.

79. Hirano, K. Manipulation of single coiled DNA molecules by laser clustering of microparticles / K. Hirano, Y. Baba, Y. Matsuzawa, A. Mizuno // Appl. Phys. Lett. -

2002. - V. 80. - P. 515-517.

80. Larson, M.H. Applied force reveals mechanistic and energetic details of transcription termination / M. H. Larson, W. J. Greenleaf, R. Landick, S. M. Block // Cell. - 2008. - V. 132. - P. 971-982.

81. Galburt, E. A. Single molecule transcription elongation / E. A. Galburt, S. W. Grill, C. Bustamante // Methods. - V. 48. - P. 323-332.

82. Landry, M.P. Characterization of photoactivated singlet oxygen damage in singlemolecule optical trap experiments / M. P. Landry, P. M. McCall, Z. Qi, Y. R. Chemla // Biophys. J. - 2009. - V. 97. - P. 2128-2136.

83. Hyeon, C. Force-dependent hopping rates of RNA hairpins can be estimated from accurate measurement of the folding landscapes / C. Hyeon, G. Morrison, D. Thirumalai // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2008. - V. 105. - P. 9604-9609.

84. Robert, J. Probing complex RNA structures by mechanical force / J. Robert, S. Harlepp, A. Xayaphoumine, J. F. Leger, D. Chatenay, H. Isambert // Eur. Phys. J. E. -

2003. - V. 12. - P. 605-615.

85. Li, D. Probing the mechanical folding kinetics of TAR RNA by hopping, forcejump, and force-ramp methods / D. Li, P. T. X. Collin, S. B. Smith, C. Bustamante, I. Tinoco // Biophys. J. - 2006. - V. 90. - P. 250-260.

86. Green, L. Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots / L. Green, C. Kim, C. Bustamante, I. Tinoco Jr. // J. Mol. Biol. - 2008. - V. 375. - P. 511528.

87. Block, S.M. Bead movement by single kinesin molecules studied with optical tweezers / S. M. Block, L. S. B. Goldstein, B. J. Schnapp. - Nature (London). - 1990. -V. 348. - P. 348-352.

88. Svoboda, K. Direct observation of kinesin stepping by optical trapping interferometry / K. Svoboda, C. F. Schmidt, B. J. Schnapp, S. M. Block // Nature (London). - 1993. - V. 365. - P. 721-727.

89. Svoboda, K. Force and velocity measured for single kinesin molecules / K. Svoboda, S. M. Block // Cell. - 1994. - V. 77. - P. 773-784.

90. Kojima, H. Mechanics of single kinesin molecules measured by optical trapping nanometry / H. Kojima, E. Muto, H. Higuchi, T. Yanagida // Biophys. J. - 1997. - V. 73. - P. 2012-2022.

91. Jeney, S. Mechanical properties of single motor molecules studied by three-dimensional thermal force probing in optical tweezers / S. Jeney, E. H. K. Stelzer, H. Grubmuller, E. L. Florin // Chem. Phys. Chem. - 2004. - V. 5. - P. 1150-1158.

92. Butterfield, A.E. Bidirectional power stroke by ncd kinesin / A. E. Butterfield, R. J. Stewart, C. F. Schmidt, M. Skliar // Biophys. J. - 2010. - V. 99. - P. 3905-3915.

93. Carter, N.J. Mechanics of the kinesin step / N. J. Carter, R. A. Cross // Nature (London). - 2005. - V. 435. - P. 308-312.

94. Bormuth, V. Protein friction limits diffusive and directed movements of kinesin motors on microtubules / V. Bormuth, V. Varga, J. Howard, E. Schaeffer // Science. -2009. - V. 325. - P. 870-873.

95. Guydosh, N.R. Direct observation of the binding state of the kinesin head to the microtubule / N. R. Guydosh, S. M. Block // Nature (London). - 2009. - V. 461. - P. 125-137.

96. Cappello, G. Myosin V stepping mechanism / G. Cappello, P. Pierobon, C. Symonds, L. Busoni, J. C. M. Gebhardt, M. Rief, J. Prost // Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A.

- 2007. - V. 104. - P. 15328-15333.

97. Kaya, M. Nonlinear elasticity and an 8-nm working stroke of single myosin molecules in myofilaments / M. Kaya, H. Higuchi // Science. - 2010. - V. 329. - P. 686-689.

98. Finer, J.T. Single myosin molecule mechanics - piconewton forces and nanometer steps / J. T. Finer, R. M. Simmons, J. A. Spudich // Nature (London). - 1994. - V. 368.

- P. 113-119.

99. Ichikawa, M. Optical transport of a single cell-sized liposome / M. Ichikawa, K. Yoshikawa // Appl. Phys. Lett. - 2001. - V. 79. - P. 4598-4600.

100. Foo, J. J. Thermal effect on a viscously deformed liposome in a laser trap / J.J. Foo, K. Liu, V. Chan // Ann. Biomed. Eng. - 2003. - V. 31. - P. 354-362.

101. Khatibzadeh, N. Determination of motility forces on isolated chromosomes with laser tweezers / N. Khatibzadeh, A.B. Stilgoe, A.A. Bui, Y. Rocha, G.M. Cruz, V. Loke, L.Z. Shi, T.A. Nieminen, H. Rubinsztein-Dunlop, M.W. Berns // Sci Rep. - 2014. - V. 4. - P. 1-9.

102. Nishimura, Y. The active digestion of uniparental chloroplast DNA in a single zygote of Chlamydomonas reinhardtii is revealed by using the optical tweezer / Y. Nishimura, O. Misumi, S. Matsunaga, T. Higashiyama, A. Yokota, T. Kuroiwa // Proc.Nat. Acad. Sci. U.S.A. - 1999. - V. 96. - P. 12577-12582.

103. Bronkhorst, P. J. A new method to study shape recovery of red blood cells using multiple optical trapping / P. J. Bronkhorst, P. J. H. Streekstra, J. Grimbergen, E. J. Nijhof, J. J. Sixma G.J. Brakenhoff // Biophys. J. - 1995. - V. 69. - P. 1666-1673.

104. Sleep, J. Elastic properties of the red blood cell membrane measured using optical tweezers: relation to haemolytic disorders / J. Sleep, D. Wilson, K. Parker, C.P. Winlove, R. Simmons W. Gratzer // Biophys. J. - 1999. - V. 77. - P. 3085-3095.

105. Lenormand, G. Direct measurement of the area expansion and shear moduli of the human red blood cell membrane skeleton / G. Lenormand, S. Henon, A. Richert, J. Simeon, F. Gallet // Biophys. J. - 2001. - V. 81. - P. 43-56.

106. Gu, M. A single beam near-field laser trap for optical stretching, folding and rotation of erythrocytes / M. Gu, S. Kuriakose, X. Gan // Opt. Express. - 2007. - V. 13. - P. 1369-1375.

107. Suresh, S. Connections between single-cell biomechanics and human disease states: gastrointestinal cancer and malaria / S. Suresh, J. Spatz, J.P. Mills, A. Micoulet, M. Dao, C.T. Lim, M. Beil T. Sefferlein // Acta Mater. - 2005. - V. 1. - P. 16-30.

108. Darfeuille-Michaud, A. Adhesion of enterotoxigenic Escherichia coli to the human colon carcinoma cell line Caco-2 in culture / A. Darfeuille-Michaud, D.Aubel,

G.Chauviere, C.Rich, M.Bourges, A.Servin, B.Joly // Infection and immunity. - 1990. -V. 58. - P. 893-902.

109. Moroni, O. Inactivation of adhesion and invasion of food-borne Listeria monocytogenes by bacteriocin-producing Bifidobacterium strains of human origin / O. Moroni, E. Kheadr, Y. Boutin, C. Lacroix, I. Fliss // Applied and environmental microbiology . - 2006. - V. 72. - P. 6894-6901.

110. Jankowska, A. Competition of Lactobacillus paracasei with Salmonella enterica for adhesion to Caco-2 cells / A. Jankowska, D. Laubitz, H. Antushevich, R. Zabielski, E. Grzesiuk // Journal of Biomedicine and Biotechnology. - 2008. - Article ID 357964. - P. 1-6.

111. Rasmussen, M.B. Optical tweezers cause physiological damage to Escherichia coli and Listeria bacteria / M.B. Rasmussen, L.B. Oddershede, H. Siegumfeldt // Appl. Environ. Microb. - 2008. - V. 74. - P. 2441-2446.

112. Konig, K. Cell damage in near-infrared multimode optical traps as a result of multiphoton absorption / K. Konig, H. Liang, M.W. Berns, B.J. Tromberg // Opt. Lett. -1996. - V. 21. - P. 1090-1092.

113. Fallman, E. Optical tweezers based force measurement system for quantitating binding interactions: system design and application for the study of bacterial adhesion / E. Fallman, S. Schedin, J. Jass, M. Andersson, B.E. Uhlin, O. Axner // Biosens. Bioelectron. - 2004. - V. 19. - P. 1429-1437.

114. Liang, M.N. Measuring the forces involved in polyvalent adhesion of uropathogenic Escherichia coli to mannose-presenting surfaces / M.N. Liang, S.P. Smith, S.J. Metallo, I.S. Choi, M. Prentiss, G.M. Whitesides // Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. - 2000. - V. 97. - P. 13092-13096.

115. Bjornham, O. Physical properties of the specific PapG-galabiose binding in E. coli P pili-mediated adhesion / O. Bjornham, H. Nilsson, M. Andersson, S. Schedin // Eur. Biophys. J. - 2009. - V. 38. - P. 245-254.

116. Jass, J. Physical properties of Escherichia coli P pili measured by optical tweezers / J. Jass, S. Schedin, E. Fallman, J. Ohlsson, U.J. Nilsson, B.E. Uhlin, O. Axner // Biophys. J. - 2004. - V. 87. - P. 4271-4283.

117. Whitesides G. M., Gorman, C. B. Self-assembled monolayers: models for organic surface chemistry. Boca Raton: CRC, 1995. P. 713-732.

118. Lahirim J. A strategy for the generation of surfaces presenting ligands for studies of binding based on an active ester as a common reactive intermediate: a surface plasmon resonance study / J. Lahiri, L. Isaacs, J. Tien, G. M. Whitesides // Anal. Chem. - 1999. - V. 71. - P. 777-790.

119. Mrksichm M. Using self-assembled monolayers to understand the interactions of man-made surfaces with proteins and cells / M. Mrksich G. M. Whitesides // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. - 1996. - V. 25. - P. 55-78.

120. Simpson, K.H. Measurement of adhesive forces between individual Staphylococcus aureus MSCRAMMs and protein-coated surfaces by use of optical tweezers // Journal of bacteriology. - 2003. - V. 185. - P. 2031-2035.

121. Resnick, A. Use of optical tweezers to probe epithelial mechanosensation / A. Resnick // Journal of Biomedical Optics. - 2010. - V. 15. - P. 1-8.

122. Wei, M.-T. The interaction of lipopolysaccharide with membrane receptors on macrophages pretreated with extract of Reishi polysaccharides measured by optical tweezers / M.-T. Wei, K.-F. Hua, J. Hsu, A. Karmenyan, K.-Y. Tseng, C.-H. Wong, H.Y. Hsu, A. Chiou // Optics Express. - 2007. - V. 15. - P. 11020-11032.

123. Sieben, C. Influenza virus binds its host cell using multiple dynamic interactions /

C. Sieben, C. Kappel, R. Zhu, A. Wozniak, C. Rankl, P. Hinterdorfer, H. Grubmuller, A. Herrmann // PNAS. - 2012. - V. 109. - P. 13626-13631

124. Stones, D.H. Against the tide: the role of bacterial adhesion in host colonization /

D.H. Stones, A.M. Krachler // Biochem. Soc. Trans. - 2016. - V. 44. - P. 1571-1580.

125. Lawrenz, M. B. A novel autotransporter adhesin is required for efficient colonization during bubonic plague / M. B. Lawrenz, J. D. Lenz, V. L. Miller // Infection and Immunity. - 2009. - V. 77. - P. 317-326.

126. Felek, S. The Yersinia pestis autotransporter YapC mediates host cell binding, autoaggregation and biofilm formation / S. Felek, M.B. Lawrenz, E.S. Krukonis // Microbiology. - 2008. - V. 154. - P. 1802-1812.

127. Nair, M.K.M. Adhesive properties of YapV and paralogous autotransporter proteins of Yersinia pestis / M.K.M. Nair, L. de Masi, M. Yue, E.M. Galvan, H. Chen, F. Wang, D.M. Schifferli // Infect. Immun. - 2015. - V. 83. - P. 1809-1819.

128. Lenz, J. D. Expression during host infection and localization of Yersinia pestis autotransporter proteins / J. D. Lenz, M. B. Lawrenz, D.G. Cotter, M. C. Lane, R. J. Gonzalez, M. Palacios, V. L. Miller // Journal of Bacteriology. - 2011. - V. 193. - P. 5936-5949.

129. Isberg, R.R. Signaling and invasin-promoted uptake via integrin receptors / R.R. Isberg, Z. Hamburger, P. Dersch // Microbes Infect. - 2000. - V. 2. - P. 793-801.

130. Grassl, G.A. Interaction of Yersinia enterocolitica with epithelial cells: invasion beyond invasion // Int. J. Med. Microbiol. - 2003. - V. 293. - P. 41-54.

131. Forman, S. yadBC of Yersinia pestis, a new virulence determinant for bubonic plague / S. Forman, C.R. Wulff, T. Myers-Morales, C. Cowan, R.D. Perry, S.C. Straley // Infect. Immun. - 2008. - V. 76. - P. 578-587.

132. Felek, S. Three Yersinia pestis adhesions facilitate Yop delivery to eukaryotic cells and contribute to plague virulence / S. Felek, T.M. Tsang, E. S. Krukonis // Infect.Immun. - 2010. - V. 78. - P. 4134-4150.

133. Biedzka-Sarek, M. Functional mapping of YadA- and Ail-mediated binding of human factor H to Yersinia enterocolitica serotype O:3 / M. Biedzka-Sarek, S. Salmenlinna, M. Gruber, A.N. Lupas, S. Meri, M. Skurnik // Infect. Immun. - 2008. -V. 76. - P. 5016-5027.

134. Yang, Y. The psa locus is responsible for thermoinducible binding of Yersinia pseudotuberculosis to cultured cells / Y. Yang, J.J. Merriam, J.P. Mueller, R.R. Isberg // Infect. Immun. - 1996. - V. 64. - P. 2483-2489.

135. Huang, X.Z. The pH6 antigen is an antiphagocytic factor produced by Yersinia pestis independent of Yersinia outer proteins and capsule antigen / X.Z. Huang, L.E. Lindler // Infect. Immun. - 2004. - V. 72. - P. 7212-7219.

136. Lindler, L.E. Yersinia pestis pH6 antigen forms fimbriae and is induced by intracellular association with macrophages / L.E. Lindler, B.D. Tall // Mol. Microbiol. -1993. - V. 8. - P. 311-324.

137. Zav'yalov, V.P. pH6 antigen (PsaA protein) of Yersinia pestis, a novel bacterial Fc-receptor / V.P. Zav'yalov, V.M. Abramov, P.G. Cherepanov, G.V. Spirina, T.V. Chernovskaya, A.M. Vasiliev // FEMS Immunol. Med. Microbiol. - 1996. - V. 14. - P. 53-57.

138. Eitel, J. The YadA protein of Yersinia pseudotuberculosis mediates high-efficiency uptake into human cells under environmental conditions in which invasion is repressed / J. Eitel, P. Dersch // Infect. Immun. - 2002. - V. 70. - P. 4880-4891.

139. Lambris, J.D. Complement evasion by human pathogens / J.D. Lambris, D. Ricklin, B.V. Geisbrecht // Nat. Rev. Microbiol. - 2008. - V. 6. - P. 132-142.

138. Hoiczyk, E. Structure and sequence analysis of Yersinia YadA and Moraxella UspA reveal a novel class of adhesins / E. Hoiczyk, A. Roggenkamp, M. Reichenbecher, A. Lupas, J. Heesemann // EMBOJ. - 2000. - V. 19. - P. 5989-5999.

140. Visser, L.G. Role of Yops in inhibition of phagocytosis and killing of opsonized Yersinia enterocolitica by human granulocytes / L.G. Visser, A. Annema, R. van Furth // Infect. Immun. - 1995. - V. 63. - P. 2570-2575.

141. Beesley, E.D. Pesticins. Expression of coagulase and mechanism of fibrinolysis / E.D. Beesley, R.R. Brubaker, W.A. Janssen, M.J. Surgalla // J. Bacteriol. - 1967. - V. 94. - P. 19-26.

142. Haiko, J. Invited review: breaking barriers-attack on innate immune defences by omptin surface proteases of enterobacterial pathogens / J. Haiko, M. Suomalainen, T. Ojala, K. Lahteenmäki, T. K. Korhonen // Innate Immun. - 2009. - V. 15. - P. 67-80.

143. Sodeinde, O.A. A surface protease and the invasive character of plague / O.A. Sodeinde, Y.V. Subrahmanyam, K. Stark, T. Quan, Y. Bao, J.D.Goguen // Science. -1992. - V. 258. - P. 1004-1007.

144. Miller, V.L. Identification of regions of Ail required for the invasion and serum resistance phenotypes / V.L. Miller, K.B. Beer, G. Heusipp, B.M. Young, M.R. Wachtel // Mol. Microbiol. - 2001. - V. 41. - P. 1053-1062.

145. Achtman, M. Yersinia pestis, the cause of plague, is a recently emerged clone of Yersinia pseudotuberculosis / M. Achtman, K. Zurth, C. Morelli, G. Torrea, A.

Guiyoule, E. Carniel // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 1999. - V. 96. - P. 1404314048.

146. Lahteenmaki, K. The Pla surface protease/adhesin of Yersinia pestis mediates bacterial invasion into human endothelial cells / K. Lahteenmaki, M. Kukkonen, T.K. Korhonen // FEBS Lett. - 2001. - V. 504. - P. 69-72.

147. Goguen, J.D. Role of the pleiotropic effects of plasminogen deficiency in infection experiments with plasminogen-deficient mice / J.D. Goguen, T. Bugge, J.L. Degen // Methods. - V. 21. - P. 179-183.

148. Matsuura, M. Structural modifications of bacterial lipopolysaccharide that facilitate Gram-negative bacteria evasion of host innate immunity / M. Matsuura // Frontiers in Immunology. - 2013. - V.4. - e109.

149. Raetz, C. R. Lipopolysaccharide endotoxins // C. R. Raetz, C. Whitfield // Annu. Rev. Biochem. - 2002. - V. 71. - P. 635-700.

150. Raetz, C.R. Lipid A modification systems in gram-negative bacteria / C.R. Raetz, C.M. Reynolds, M.S. Trent, R.E. Bishop // Annu. Rev. Biochem. - 2007. - V. 76. - P. 295-329.

151. Aussel, L. Novel variation of lipid A structures in strains of different Yersinia species / L. Aussel, H. Thérisod, D. Karibian, M.B. Perry, M. Bruneteau, M. Caroff // FEBS Lett. - 2000. - V. 465. - P. 87-92.

152. Rebeil, R. Variation in lipid A structure in the pathogenic yersiniae / R. Rebeil, R.K. Ernst, B.B. Gowen, S.I. Miller, B.J. Hinnebusch // Mol. Microbiol. - 2004. - V. 52. - P. 1363-1373.

153. Pérez-Gutiérrez, C. Role of lipid A acylation in Yersinia enterocolitica virulence / C. Pérez-Gutiérrez, E. Llobet, C.M. Llompart, M. Reinés, J.A. Bengoechea // Infect. Immun. - 2010. - V. 78. - P. 2768-2781.

154. Reinés, M. Deciphering the acylation pattern of Yersinia enterocolitica lipid A / M. Reinés, E. Llobet, K.M. Dahlström // PLoS Pathogens. - 2012. - V. 8. - e1002978.

155. Knirel, Y.A. Lipopolysaccharide of Yersinia pestis, the cause of plague: structure, genetics, biological properties / Y.A. Knirel, A.P. Anisimov // Acta Naturae. - 2012. -N 4. - P. 46-58.

156. Byvalov, A.A. Influence of cultivation temperature of Yersinia pseudotuberculosis on the immunobiological properties of lipopolysaccharide / A.A. Byvalov, Iu.D. Eremenko, V.I. Drobkov, I.V. Smirnova, L.B. Gavrilova, D.V. Pechenkin, A.V. Kozhemiako, L.G. Bobrova // Zh. Mikrobiol. Epidemiol. Immunobiol. - 2009. - N 2. -P. 7-11.

157. Kiljunen, S. Identification of the lipopolysaccharide core of Yersinia pestis and Yersinia pseudotuberculosis as the receptor for bacteriophage 9A1122 / S. Kiljunen, N. Datta, S.V. Dentovskaya, A.P. Anisimov, Y.A. Knirel, J.A. Bengoechea, O. Holst, M. Skurnik // J. Bacteriol. - 2011. - V. 193. - P. 4963-4972.

158. Knirel, Y.A. New features of Yersinia lipopolysaccharide structures as revealed by high-resolution electrospray ionization mass spectrometry / Y.A. Knirel, A.N. Kondakova, O.V. Bystrova, B. Lindner, R.Z. Shaikhutdinova, S. V. Dentovskaya, A.P. Anisimov // Adv. Sci. Lett. - 2008. - N 1. - P. 192-198.

159. Dentovskaya, S.V. Structural diversity and endotoxic activity of the lipopolysaccharide of Yersinia pestis / S.V. Dentovskaya, I.V. Bakhteeva, G.M. Titareva, R.Z. Shaikhutdinova, A.N. Kondakova, O.V. Bystrova, B. Lindner, Y.A. Knirel, A.P. Anisimov // Biochemistry (Mosc). - 2008. - V. 73. - N 2. - P. 192-199.

160. Schnaitman, C.A. Genetics of lipopolysaccharide biosynthesis in enteric bacteria / C.A. Schnaitman, J.D. Klena // Microbiol. Rev. - 1993. - V. 57. - N 3. - P. 655-682.

161. Оводов, Ю.С. Липополисахариды псевдотуберкулёзного микроба / Ю.С. Оводов, Р.П. Горшкова // Химия природных соединений. - 1988. - N 2. - С. 163171.

162. Hartley, J. L. Chemical and physical properties of lipopolysaccharide of Yersinia pestis / J. L. Hartley, G.A. Adams, T. G. Tornabene // J. Bacteriol. - 1974. - V. 118. -P. 848-854.

163. Kawahara, K. Modification of the structure and activity of lipid A in Yersinia pestis lipopolysaccharide by growth temperature / K. Kawahara, H. Tsukano, H. Watanabe, B. Lindner, M. Matsuura // Infect. Immun. - 2002. - V. 70. - N 8. - P. 4092-4098

164. Darveau, R. P. Effects of growth temperature, 47-megadalton plasmid, and calcium deficiency on the outer membrane protein porin and lipopolysaccharide composition of Yersinia pestis EV76 / R. P. Darveau, W. T. Charnetzky, R. E. Hurlbert, R. E. W. Hancock // Infect. Immun. - 1983. - V. 42. - N 3. - P. 1092-1101.

165. Moran A. P. Relevance of fucosylation and Lewis antigen expression in the bacterial gastroduodenal pathogen Helicobacter pylori / A. P. Moran // Carbohydr. Res. - 2008. - V. 343. - N 12. - P. 1952-1965.

166. Wright S. D. CD14, a receptor for complexes of lipopolysaccharide (LPS) and LPS binding protein / S. D. Wright, R. A. Ramos, P. S. Tobias, R. J. Ulevitch, J. C. Mathison // Science. - 1990. - V. 249. - P. 1431-1433.

167. Schumann R. R. Structure and function of lipopolysaccharide binding protein / R. R. Schumann, S. R. Leong, G. W. Flaggs, P. W. Gray, S. D. Wright, J. C. Mathison // Science. - V. 249. - P. 1429-1431.

168. Tobias P. S. Lipopolysaccharide binding protein-mediated complexation of lipopolysaccharide with soluble CD14 / P. S. Tobias, K. Soldau, J. A. Gegner, D. Mintz, R. J. Ulevitch // J. Biol. Chem. - 1990. - V. 270. - P. 10482-10488.

169. Strauss J. Atomic force microscopy study of the role of LPS O-antigen on adhesion of E. coli / J. Strauss, N.A. Burnham, T.A. Camesano // J Mol Recognit. - 2009. - V. 22. - P. 347-355.

170. Ivanov I.E. Relating the physical properties of Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharides to virulence by atomic force microscopy // I.E. Ivanov, E.N. Kintz, L.A. Porter, J.B. Goldberg, N.A. Burnham, T.A. Camesano // J. Bacteriol. - 2010. - V. 193. - P. 1259-1266.

171. Jones J.F. Oriented adhesion of Escherichia coli to polystyrene particles / J.F. Jones, J.D. Feick, D. Imoudu, N. Chukwumah, M. Vigeant, D. Velegol // Appl. Environ. Microbiol. - 2003. - V. 69. - P. 6515-6519.

172. Burks G.A. Macroscopic and nanoscale measurements of the adhesion of bacteria with varying outer layer surface composition / G.A. Burks, S.B. Velegol, E. Paramonova, B.E. Lindenmuth, J.D. Feick, B.E. Logan // Langmuir. - 2003. - V. 19. -P. 2366-2371.

173. Yang, K. Host Langerin (CD207) is a receptor for Yersinia pestis phagocytosis and promotes dissemination / K. Yang, C.G. Park, C. Cheong, S. Bulgheresi, S. Zhang, P. Zhang, T. Chen // Immunology and Cell Biology. - 2015. - V. 93. - P. 815-824.

174. Kukkonen, M. Lack of O-antigen is essential for plasminogen activation by Yersinia pestis and Salmonella enterica / M. Kukkonen, M. Suomalainen, P. Kyllönen, K. Lähteenmäki, H. Läng, R. Virkola, I.M. Helander, O. Holst, T.K. Korhonen // Mol Microbiol. - 2004. - V. 51. - P. 215-225.

175. Zhang, S. Plasminogen activator Pla of Yersinia pestis utilizes murine DEC-205 (CD205) as a receptor to promote dissemination / S. Zhang, C. G. Park, P. Zhang, S. S. Bartra, G. V. Plano, J. D. Klena, T. Chen // The Journal of Biological Chemistry. - V. 283. - P. 31511-31521.

176. Bialas, N. Bacterial cell surface structures in Yersinia enterocolitica / N. Bialas, K. Kasperkiewicz, J. Radziejewska-Lebrecht, M. Skurnik // Arch. Immunol. Ther. Exp. (Warsz.). - 2012. - V. 60. - P. 199-209.

177. Basle, A. Crystal structure of osmoporin OmpC from E. coli at 2.0 A. / A. Basle, G. Rummel, P. Storici, J.P. Rosenbusch, T. Schirmer // J. Mol. Biol. - 2006. - V. 362. -P. 933-942.

178. Cowan, S.W. Crystal structures explain functional properties of two E. coli porins / S.W. Cowan, T. Schirmer, G. Rummel, M. Steiert, R. Ghosh // Nature. - 1992. - V. 358. - P. 727-733.

179. Delcour, A.H. Outer membrane permeability and antibiotic resistance / A.H. Delcour // Biochim. Biophys. Acta. - 2009. - V. 1794. - P. 808-816.

180. Stenkova, A.M. Trends of the major porin gene (ompF) evolution: insight from the genus Yersinia / A.M. Stenkova, M. P. Isaeva, F. N. Shubin, V. A. Rasskazov, A. V. Rakin // PLOS One. - 2011. - V. 6. - e20546.

181. Galdiero, S. Microbe-host interactions: structure and role of Gram-negative bacterial porins / S. Galdiero, A. Falanga, M. Cantisani, R. Tarallo, M. E. D. Pepa, V. D'Oriano, M. Galdiero // Current Protein & Peptide Science. - 2012. - V. 13. - P. 843854.

182. di Donato, A. Do porins inhibit the macrophage phagocyting activity by stimulating the adenylate cyclase? / A. di Donato, G.F. Draetta, G. Illiano, M.A. Tufano, L. Sommese, F.J. Galdiero // Cyclic Nucleotide Prot. Phosphor. Res. - 1986. -V. 11. - P. 87-97.

183. Rolhion, N. OmpC and the sigma(E) regulatory pathway are involved in adhesion and invasion of the Crohn's disease-associated Escherichia coli strain LF82 / N. Rolhion, F.A. Carvalho, A. Darfeuille-Michaud // Mol Microbiol. - 2007. - V. 63. - P. 1684-1700.

184. Hara-Kaonga, B. B. OmpD but not OmpC is involved in adherence of Salmonella enterica serovar typhimurium to human cells / B.B. Hara-Kaonga, T.G. Pistole // Can. J. Microbiol. - 2004. - V. 50. - P. 719-727.

185. Negm, R.S. The porin OmpC of Salmonella typhimurium mediates adherence to macrophages / R.S. Negm, T.G. Pistole // Can. J. Microbiol. - 1999. - V. 45. - P. 658669.

186. Negm, R.S. Macrophages recognize and adhere to an OmpD-like protein of Salmonella typhimurium / R.S. Negm, T.G. Pistole // FEMS Immunol. Med. Microbiol.

- 1998. - V. 20. - P. 191-199.

187. Brzostek, K. The YompC protein of Yersinia enterocolitica: molecular and physiological characterization / K. Brzostek, A. Raczkowska // Folia Microbiol. (Praha).

- 2007. - V. 52. - P. 73-80.

188. Brzostek, K. Outer membrane permeability and porin proteins of Yersinia enterocolitica // K. Brzostek, W.W. Nichols // FEMS Microbiol. Lett. - V. 58. - P. 275-277.

189. Westphal O. Bacterial lipopolysaccharides extraction with phenol-water and further applications of the procedure / O. Westphal, K. Jann // Methods Carbohydr. Chem. - 1965. - V. 5. - P. 83-91.

190. Методы исследования углеводов / К. М. Бробст [и др.] Перевод с англ. В. А. Несмеянова; Под ред. д-ра хим. наук, проф. А. Я. Хорлина. - М: Мир, 1975. 445 с.

191. Lowry, O.H. Protein measurement with the Pholin phenol reagent / O.H. Lowry, N.J. Rosebrough, A.L. Farr, R.J. Randall // J. Biol. Chem. - 1951. - V. 193. - P. 265275.

192. Перфильева, Е.А. Совершенствование подсчёта клеток в компонентах крови / Е.А. Перфильева, Л.Г. Плеская, Т.В. Фокина, Н.Н. Калинин // Гематология и трансфузиология. - 2003. - Т. 48. - N 2. - С.44-48.

193. Абдувалиев, А.А. Дифференциальное окрашивание опухолевых клеток трипановым синим для определения апоптоза / А.А. Абдувалиев, М.С. Гильдиева // Клиническая лабораторная диагностика. - 2006. - N 2. - С. 36-38.

194. Byvalov, A.A. Study of Yersinia pseudotuberculosis surface antigen epitopes using monoclonal antibodies / Byvalov A.A., Dudina L.G., Litvinets S.G., Novikova O.D., Khomenko V.A., Portniagina O.Y., Ovodov Y.S. // Prikl. Biokhim. Mikrobiol. - 2014.

- V. 50. - N 2. - P. 203-210.

195. Byvalov, A.A. Immunochemical activity of the Yersinia pseudotuberculosis Bantigen / A.A. Byvalov, L. G. Dudina, A. V. Chernyad'ev, I. V. Konyshev, S. G. Litvinets, Yu. S. Ovodov // Molecular Genetics, Microbiology and Virology. - 2015. -V. 30. - N 2. - P. 93-100.

196. Silverman B.W. Density estimation for statistics and data analysis. London: Chapman and Hall, 1986. 175 p.

197. Strong, P.C.R. Identification and characterisation of a novel adhesin Ifp in Yersinia pseudotuberculosis / P.C.R. Strong, S. J. Hinchliffe, H. Patrick, S.Atkinson, O. L. Champion, B.W. Wren // BMC Microbiol. - 2011. - V. 11. - e85.

198. Correa, H., Anti-inflammatory effects of the gorgonian Pseudopterogorgia elisabethae collected at the Islands of Providencia and San Andrés (SW Caribbean) / H. Correa, A.L. Valenzuela, L.F. Ospina, C. Duque // J. Inflamm. (Lond). - 2009. - V. 6.

- e5.

199. Terao, Y. Fba, a novel fibronectin-binding protein from Streptococcus pyogenes, promotes bacterial entry into epithelial cells, and the fba gene is positively transcribed under the Mga regulator / Terao Y. S. Kawabata, E. Kunitomo, J. Murakami, I. Nakagawa, S. Hamada // Mol. Microbiol. - 2001. - V. 42. - P. 75-86.

200. Murakami, J. Group A Streptococcus adheres to pharyngeal epithelial cells with salivary proline-rich proteins via GrpE chaperone protein / J. Murakami, Y. Terao, I. Morisaki, S. Hamada, S. Kawabata // J. Biol. Chem. - 2012. - V. 287. - P. 2226622275.

201. Molleken, K. The Chlamydia pneumoniae invasin protein Pmp21 recruits the EGF receptor for host cell entry / K. Molleken K., E. Becker, J.H. Hegemann // PLoS Pathog. - 2013. - V. 9. - e1003325.

202. Kamisago, S. Role of sulfatides in adhesion of Helicobacter pylori to gastric cancer cells / S. Kamisago, M. Iwamori, T. Tai, K. Mitamura, Y. Yazaki, K. Sugano // Infect. Immun. - 1996. - V. 64. - P. 624-628.

203. Kerneis, S. Expression of receptors for enterotoxigenic Escherichia coli during enterocytic differentiation of human polarized intestinal epithelial cells in culture / S. Kerneis, G. Chauviere, A. Darfeuille-Michaud, D. Aubel, M. H. Coconnier, B. Joly, A.L. Servin // Infect. Immun. - 1992. - V. 60. - N 7. - P. 2572-2580.

204. Paolillo, R. Immunomodulatory effects of Lactobacillus plantarum on human colon cancer cells / R. Paolillo, C. Romano Carratelli, S. Sorrentino, N. Mazzola, A. Rizzo // Int. Immunopharmacol. - 2009. - V. 9. - P. 1265-1271.

205. Chen, J. Polyamines are required for expression of Toll-like receptor 2 modulating intestinal epithelial barrier integrity / J. Chen, J.N. Rao, T. Zou, L. Liu, B.S. Marasa, L. Xiao, X. Zeng, D.J. Turner, J.Y. Wang// Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver. Physiol. -2007. - V. 293. - P. 568-576.

206. Simiantonaki, N. Reduced expression of TLR4 is associated with the metastatic status of human colorectal cancer / N. Simiantonaki, U. Kurzik-Dumke, G. Karyofylli, C. Jayasinghe, R. Michel-Schmidt, C.J. Kirkpatrick // Int. J. Mol. Med. - 2007. - V. 20. - P. 21-29.

207. Soliman, A. Platelet-activating factor induces TLR4 expression in intestinal epithelial cells: implication for the pathogenesis of necrotizing enterocolitis / A. Soliman, K. S. Michelsen, H. Karahashi // PLoS One. - 2010. - V. 5. - e15044.

208. Killeen, S.D. Bacterial endotoxin enhances colorectal cancer cell adhesion and invasion through TLR-4 and NF-KB-dependent activation of the urokinase plasminogen

activator system / S.D. Killeen, J.H. Wang, E.J. Andrews, H.P. Redmond // Br. J. Cancer. - 2009. - V. 100. - P. 1589-1602.

209. Watanabe, T. Positive and negative regulation of cell proliferation through prostaglandin receptors in NIH-3T3 cells / T. Watanabe, H. Satoh, M. Togoh, S. Taniguchi, Y. Hashimoto, K. Kurokawa // J. Cell Physiol. - 1996. - V. 169. - P. 401409.

210. Russel, M.F. Mouse NIH 3T3 cells expressing human colony-stimulating factor 1 (CSF-1) receptors overgrow in serum-free medium containing human CSF-1 as their only growth factor / M.F. Russel, C.J. Sherr // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 1989. -V. 86. - P. 7924-7927.

211. Higashida, H. Bradykinin B2 receptors and signal transduction analyzed in NG108-15 neuroblastoma x glioma hybrid cells, B2 receptor-transformed CHO cells and ras-transformed NIH/3T3 fibroblasts / H. Higashida, M. Hashii, S. Yokoyama, M. Taketo, N. Hoshi, M. Noda, Z.G. Zhong, M. Shahidullah, Y. Minabe, S. Nakashima, Y. Nozawa // Prog. Brain Res. - 1996. - V. 113. - P. 215-230.

212. Moscatelli, D. Turnover of functional basic fibroblast growth factor receptors on the surface of BHK and NIH 3T3 cells / D. Moscatelli, P. Devesly // Growth Factors. -1990. - V. 3. - P. 25-33.

213. Kochhar, K.S. PDGF-independent activation of PDGF-beta receptors in NIH-3T3 cells transformed by c-met protooncogene / K.S. Kochhar, D. Linnekin, A.P. Iyer // Exp. Cell Res. - 1994. - V. 212. - P. 414-421.

214. Choi, S.-H. Lipoprotein accumulation in macrophages via TLR4-dependent fluid phase uptake / S.-H. Choi, R. Harkewicz, J. H. Lee, A. Boullier, F. Almazan, A. C. Li, J. L. Witztum, Y.S. Bae, Y.I. Miller // Circ. Res. - 2009. - V. 104. - P. 1355-1363.

215. Finney, S.J. Differences in lipopolysaccharide- and lipoteichoic acid-induced cytokine/chemokine expression / S. J. Finney, S. K. Leaver, T.W. Evans, A.Burke-Gaffney // Intensive Care Med. - 2012. - V. 38. - P. 324-332.

216. da Silva Correia, J., Soldau K., Christen U., Tobias P.S., Ulevitch R.J. Lipopolysaccharide is in close proximity to each of the proteins in its membrane receptor complex transfer from CD14 to TLR4 and MD-2 / J. da Silva Correia, K.

Soldau, U. Christen, P.S. Tobias, R.J. Ulevitch // J. Biol. Chem. - 2001 - V. 276. - P. 21129-21135.

217. Miyake, K. Innate recognition of lipopolysaccharide by Toll-like receptor 4-MD-2 / K. Miyake // Trends Microbiol. - 2004. - V. 12. - P. 186-192.

218. Matayoshi, S. Lysophosphatidic acid receptor 4 signaling potentially modulates malignant behavior in human head and neck squamous cell carcinoma cells / S. Matayoshi, S.Chiba, Y. Lin, K. Arakaki, H. Matsumoto, T. Nakanishi, M. Suzuki, S.Kato // Int. J. Oncol. - 2013. - V. 42. - N 5. - P. 1560-1568.

219. Chen, S.-M. Streptococcal collagen-like surface protein 1 promotes adhesion to the respiratory epithelial cell / S.-M. Chen, Y.-S. Tsai, C.-M. Wu, S.-K. Liao, L.-C. Wu,

C.-S. Chang, Y.-H. Liu, P.-J. Tsai // BMC Microbiol. - 2010. - V. 10. - e320.

220. Edwards, L.A. Bacterial-epithelial contact is a key determinant of host innate immune responses to enteropathogenic and enteroaggregative Escherichia coli / L.A. Edwards, M. Bajaj-Elliott, N.J. Klein, S.H. Murch, A. D. Phillips, M. B. Fessler // PLoS One. - 2011. - V. 6. - e27030.

221. Xie, M. Expression of folate receptors in nasopharyngeal and laryngeal carcinoma and folate receptor-mediated endocytosis by molecular targeted nanomedicine / M. Xie, H. Zhang, Y. Xu, T. Liu, S. Chen, J. Wang, T. Zhang // Int. J. Nanomedicine. - 2013. - V. 8. - P. 2443-2451.

222. Donalisio, M. M. Inhibition of human respiratory syncytial virus infectivity by a dendrimeric heparan sulfate-binding peptide / Donalisio, M. Rusnati, V. Cagno, A. Civra, A. Bugatti, A. Giuliani, G. Pirri, M. Volante, M. Papotti, S. Landolfo, D. Lembo // Antimicrob. Agents Chemother. - 2012. - V. 56. - P. 5278-5288.

223. Samen, U. The surface protein Srr-1 of Streptococcus agalactiae binds human keratin 4 and promotes adherence to epithelial Hep-2 cells / U. Samen, B.J. Eikmanns,

D.J. Reinscheid, F. Borges // Infect. Immun. - 2007. - V. 75. - N 11. - P. 5405-5414.

224. Nabokina, S. M. Tspan-1 interacts with the thiamine transporter-1 in human intestinal epithelial cells and modulates its stability / S. M. Nabokina, S. R. Senthilkumar, H. M. Said // Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver. Physiol. - 2011. - V. 301. - P. 808-813.

225. Mishra, J. Lipopolysaccharide increases cell surface P-glycoprotein that exhibits diminished activity in intestinal epithelial cells / Mishra J., Q. Zhang, J.L. Rosson, J. Moran, J.M. Dopp, B.L. Neudeck // Drug Metab. Dispos. - 2008. - V. 36. - P. 21452149.

226. Vora, P. Beta-defensin-2 expression is regulated by TLR signaling in intestinal epithelial cells / P. Vora, A. Youdim, L.S. Thomas, M. Fukata, S.Y. Tesfay, K. Lukasek, K.S. Michelsen, A. Wada, T. Hirayama, M. Arditi, M.T. Abreu // J. Immunol. - 2004. - V. 173. - P. 5398-5405.

227. Gan, X. Production of matrix metalloproteinase-9 in Caco-2 cells in response to inflammatory stimuli / X. Gan, B. Wong, S.D. Wright, T.Q. Cai // J. Interferon Cytokine Res. - 2001. - V. 21. - N 2. - P. 93-98.

228. Lievin-Le Moal, V. Pathogenesis of human enterovirulent bacteria: lessons from cultured, fully differentiated human colon cancer cell lines / V. Lievin-Le Moal, L. Alain Servin // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2013. - V. 77. - P. 380-439.

229. Vidal, J.E. Contact with enterocyte-like Caco-2 cells induces rapid upregulation of toxin production by Clostridium perfringens type C isolates J.E. Vidal, Ohtani K., Shimizu T., McClane B.A. // Cell. Microbiol. - 2009. - V. 11. - P. 1306-1328.

230. Ghosal, A. Enterotoxigenic Escherichia coli infection and intestinal thiamin uptake: studies with intestinal epithelial Caco-2 monolayers / A. Ghosal, N.S. Chatterjee, T. Chou, H.M. Said // American Journal of Physiology - Cell Physiology. -2013. - V. 305. - P .1185-1191.

231. Tareen, A.M. The Campylobacter jejuni Cj0268c protein is required for adhesion and invasion in vitro / A.M. Tareen, C.G.K. Lüder, A.E. Zautner, U. Groß, M.M. Heimesaat, S. Bereswill, R. Lugert // PLoS One. - 2013. - V. 8. - e81069.

232. Boyanovsky, B.B. Syndecan-4 mediates macrophage uptake of group V secretory phospholipase A2-modified LDL / B. B. Boyanovsky, P. Shridas, M. Simons, D. R. van der Westhuyzen, N. R. Webb // J. Lipid Res. - 2009. - V. 50. - P. 641-650.

233. Drevets, D.A. Dissemination of Listeria monocytogenes by infected phagocytes / D.A. Drevets // Infect. Immun. - 1999. - V. 67. - P. 3512-3517.

234. Vogel, J.P. Cell biology of Legionella pneumophila / J.P. Vogel, R.R. Isberg // Curr. Opin. Microbiol. - 1999. - V. 2. - P. 30-34.

235. Gross, A. In vitro Brucella suis infection prevents the programmed cell death of human monocytic cells / A. Gross, A. Terraza, S. Ouahrani-Bettache, J.P. Liautard, J. Dornand. - Infect. Immun. - 2000. - V. 68. - P. 342-351.

236. Zychlinsky, A., Sansonetti P.J. Apoptosis as a proinflammatory event or, what we can learn from bacterial induced cell death / A. Zychlinsky, P.J. Sansonetti // Trends Microbiol. - 1997. - V. 5. - P. 201-204.

237. Brambilla, C. Mycobacteria clumping increase their capacity to damage macrophages / C. Brambilla, M. Llorens-Fons, E. Julián, E. Noguera-Ortega, C. Tomás-Martínez, M. Pérez-Trujillo, M. Luquin // Frontiers in Microbiology. - 2016. - V. 7. -e1562.

238. Aepfelbacher, M. The tranquilizing injection of Yersinia proteins: a pathogen's strategy to resist host defense / M. Aepfelbacher, R. Zumbihl, K. Ruckdeschel, C.A. Jacobi, C. Barz, J. Heesemann // Biol. Chem. - 1999. - V. 380. - P. 795-802.

239. Navarre, W.W. Pathogen-induced apoptosis of macrophages: a common end for different pathogenic strategies / W.W. Navarre, A. Zychlinsky // Cellular Microbiology. - 2000. - V. 2. - P. 265-273.

240. Li, N. Microbial cell components induced tolerance to flagellin-stimulated inflammation through Toll-like receptor pathways in intestinal epithelial cells / N. Li, M.C. Quidgley, F.H. Kobeissy, J.J. Neu // Cytokine. - 2012. - V. 60. - 806-811.

241. Sidorin, E.V. Isolation and characterization of a low-molecular-weight immunoglobulin-binding protein from Yersinia pseudotuberculosis / E.V. Sidorin, N.Y. Kim, E.V. Leichenko, S.D. Anastyuk, P.S. Dmitrenok, G.A. Naberezhnykh, T.F. Solov'eva // Biochemistry (Moscow). - 2006. - V. 71. - P. 1278-1283.

242. Makoveichuk, E. Ph6 antigen of Yersinia pestis interacts with plasma lipoproteins and cell membranes / E. Makoveichuk, P. Cherepanov, S. Lundberg, Á. Forsberg G. Olivecrona // J. Lipid Res. - 2003. - V. 44. - P. 320-330

243. Skurnik, M. Molecular genetics, biochemistry and biological role of Yersinia lipopolysaccharide / M. Skurnik // Adv. Exp. Med. Biol. - 2003. - V. 529. - P. 187197.

244. Holst, O. Lipopolysaccharides of Yersinia / O. Holst // Adv. Exp. Med. Biol. -2003. - V. 529. - P. 219-228.

245. Псевдотуберкулёз / Сомов Г.П. [и др.]; М.: Медицина, 2001. 256 с.

246. Bengoechea, J.A. Regulation of O-antigen biosynthesis in Yersinia enterocolitica / J.A. Bengoechea // Adv. Exp. Med. Biol. - 2003. - V. 529. - P. 267-274.

247. Bengoechea, J.A. Lipopolysaccharide O-antigen status of Yersinia enterocolitica O:8 is essential for virulence and absence of O-antigen affects the expression of other Yersinia virulence factors / J.A. Bengoechea, H. Najdenski, M. Skurnik // Mol. Microbiol. - 2004. - V. 52. - P. 451-469.

248. Tang, K. Investigation of the conformational states of Wzz and the Wzz-O-antigen complex under near-physiological conditions / K. Tang, H. Guo, W. Yi, M. Tsai, P.G. Wang // Biochemistry. - 2007. - V. 46. - P. 11744-11752.

249. Galdiero, F. Activation of complement system by porins extracted from Salmonella typhimurium / F. Galdiero, M.A.Tufano, L.A. Sommese, A. Folgore, F. Tedesco // Infect. Immun. - 1984. - V. 46. - P. 559-563.

250 Banerjee, P. Porin-incorporated liposome induces Toll-like receptors 2- and 6-dependent maturation and type 1 response of dendritic cell / P. Banerjee, A. Biswas, T. Biswas // Int. Immunol. - 2008. - V. 20. - P. 1551-1563.

251. Galdiero, M. Haemophilus influenzae porin induces Toll-like receptor 2-mediated cytokine production in human monocytes and mouse macrophages / M. Galdiero, E. Finamore, F. Rossano, M. Gambuzza, M.R. Catania, G. Teti, A. Midiri, G. Mancuso // Infect. Immun. - 2004. - V. 72. - P. 1204-1209.

252. Massari, P. Cutting edge: Immune stimulation by neisserial porins is toll-like receptor 2 and MyD88 dependent / P. Massari, P. Henneke, Y. Ho, E. Latz, D.T. Golenbock, L.M. Wetzler // J. Immunol. - 2002. - V. 168. - P. 1533-1537.

253. Massari, P. Meningococcal porin PorB binds to TLR2 and requires TLR1 for signaling / P. Massari, A. Visintin, J. Gunawardana, K.A. Halmen, C.A. King, D.T. Golenbock, L.M. Wetzler // J. Immunol. - 2006. - V. 176. - P. 2373-2380.

254. Ray, A. Porin of Shigella dysenteriae enhances mRNA levels for Toll-like receptor 2 and MyD88, up-regulates CD80 of murine macrophage, and induces the release of interleukin-12 / A. Ray, N.S. Chatterjee, S.K. Bhattacharya, T. Biswas // FEMS Immunol. Med. Microbiol. - 2003. - V. 39. - P. 213-219.

255. Jin, M.S. Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide / M.S. Jin, S.E. Kim, J.Y. Heo, M.E. Lee, H.M. Kim, S.G. Paik, H. Lee, J.O. Lee // Cell. - 2007. - V. 130. - P. 1071-1082.

256. Sukumaran, S.K. Entry and intracellular replication of Escherichia coli K1 in macrophages require expression of outer membrane protein A / S.K. Sukumaran, H. Shimada, N.V. Prasadarao // Infect. Immun. - 2003. - V. 71. P. 5951-5961.

257. Krishnan, S. Outer membrane protein A and OprF - versatile roles in Gramnegative bacterial infections / S. Krishnan, N. V. Prasadarao // The FEBS Journal. -2012. - V. 279. - P. 919-931.

258. Lee, J.S. Outer membrane protein a of Salmonella enterica serovar typhimurium activates dendritic cells and enhances Th1 polarization / J.S. Lee, I.D. Jung, C.M. Lee, J.W. Park, S.H. Chun, S.K. Jeong, T.K. Ha, Y.K. Shin, D.J. Kim, Y.M. Park // BMC Microbiol. - 2010. - V. 10. - e263.

259. Choi, C.H. Acinetobacter baumannii invades epithelial cells and outer membrane protein A mediates interactions with epithelial cells / C.H. Choi, J.S. Lee, Y.C. Lee, T.I. Park, J.C. Lee // BMC Microbiol. - 2008. - V. 8. - e216.

260. Torres, A.G. Multiple elements controlling adherence of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 to HeLa cells / A.G. Torres, J.B. Kaper // Infect. Immun. -2003. - V. 71. - P. 4985-4995.

261. Sato K. OmpA variants affecting the adherence of ulcerative colitis-derived Bacteroides vulgatus / K. Sato, W. Kumita, T. Ode, S. Ichinose, A. Ando, Y. Fujiyama, T. Chida, N. Okamura // J. Med. Dent. Sci. - 2010. - V. 57. - e55.

262. Hu, Q. OmpA is a virulence factor of Riemerella anatipestifer / Q. Hu, X. Han, X. Zhou, C. Ding, Y. Zhu, S. Yu. // Vet. Microbiol. - 2011. - V. 150. - P. 278-283.

263. Dabo, S.W. Molecular and immunological characterization of Pasteurella multocida serotype A:3 OmpA: evidence of its role in P. multocida interaction with extracellular matrix molecules / S.M. Dabo, A.W. Confer, R.A. Quijano-Blas // Microb. Pathog. - 2003. - V. 35. - P. 147-157.

264. Vázquez-Juárez R.C. Adhesive properties of a LamB-like outer-membrane protein and its contribution to Aeromonas veronii adhesion / R.C. Vázquez-Juárez, M.J. Romero, F. Ascencio // Journal of Applied Microbiology. - 2004. - V. 96. - P. 700708.

265. Achouak, W. Multiple facets of bacterial porins // W. Achouak, T. Heulin, J.-M. Pagès // FEMS Microbiology Letters. - 2001. - V. 199. - P. 1-7