Совершенствование молекулярно-генетических методов лабораторной диагностики дифтерии и коклюша тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Пименова, Алена Сергеевна

• Пименова, Алена Сергеевна
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Пименова, Алена Сергеевна

ВВЕДЕНИЕ..........................................................................................................................................................................5

Актуальность темы исследования................................................................................................................5

Степень разработанности темы исследования..................................................................................7

Цель исследования......................................................................................................................................................10

Задачи исследования................................................................................................................................................10

Научная новизна............................................................................................................................................................11

Теоретическая и практическая значимость..........................................................................................13

Методология и методы исследования......................................................................................................15

Штаммы микроорганизмов................................................................................................................................15

Образцы клинического материала................................................................................................................19

Микробиологические методы исследования......................................................................................21

Молекулярно-генетические методы исследования......................................................................25

Серологические методы исследования....................................................................................................28

Биоинформационные и статистические методы исследования..........................................29

Личное участие автора в получении результатов..........................................................................31

Основные положения диссертации, выносимые на защиту................................................32

Степень достоверности и апробация результатов исследования....................................32

Объем и структура диссертации......................................................................................................................33

ГЛАВА 1. Обзор литературы............................................................................................................................35

1.1.Современное состояние лабораторной диагностики коклюшной инфекции..............................................................................................................................................................................35

1.1.1.Микробиологическая характеристика бактерий рода Bordetella, вызывающих коклюш и коклюшеподобные заболевания..................................................37

1.1.2. Методы лабораторной диагностики коклюшной инфекции........................39

1.2.Современное состояние лабораторной диагностики дифтерийной инфекции..........................................................................................................................................................................52

1.2.1.Микробиологическая характеристика бактерий рода

Corynebacterium, вызывающих дифтерию и дифтериеподобные

заболевания............................................................................... 55

1.2.2.Методы лабораторной диагностики дифтерийной инфекции........... 59

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

ГЛАВА 2. Совершенствование генодиагностики коклюша........................ 67

2.1.Оптимизация метода ускоренной диагностики коклюша на основе

изотермической амплификации (LAMP).............................................. 67

2.2.Оценка аналитической надежности разработанного метода.................. 70

2.3.Оценка валидности разработанного метода...................................... 74

2.4.Результаты применения разработанного метода для обследования больных на разных сроках от начала заболевания, при различных формах клинического течения и на фоне антибиотикотерапии, а также детей в возрасте до 1 года.......................................................................... 79

2.5.Результаты применения разработанного метода для обследования контактных лиц в эпидемических очагах и в организованных коллективах

с длительно кашляющими детьми.................................................... 82

2.6.Результаты применения разработанного метода для обследования семейных очагов коклюшной инфекции............................................ 87

ГЛАВА 3. Разработка метода генодиагностики дифтерийной инфекции на

основе изотермической амплификации (LAMP)................................. 94

3.1.Разработка метода ускоренной генодиагностики для выявления ДНК

возбудителя дифтерии................................................................... 94

3.2.Оценка аналитической чувствительности разработанного метода

генодиагностики............................................................................ 99

З.З.Оценка аналитической специфичности разработанного метода

генодиагностики........................................................................... 101

3.4.Апробация метода генодиагностики в модельных экспериментах на

иммитантах клинических образцов................................................... 102

ГЛАВА 4. Разработка метода генодиагностики дифтерийной инфекции на основе мультиплексной ПЦР.............................................................. 105

4.1.Разработка метода генодиагностики в мультиплексном формате для

выявления ДНК возбудителя дифтерии............................................................................................105

4.2.Оценка аналитической специфичности разработанных вариантов

метода генодиагностики......................................................................................................................................115

4.3.Результаты апробации метода генодиагностики на иммитантах

клинических образцов..........................................................................................................................................120

ЗАКЛЮЧЕНИЕ............................................................................................................................................................125

ВЫВОДЫ............................................................................................................................................................................138

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ....................................................................................................140

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ..................................................141

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ..................................................................................................................................142

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ....................................................................................................................................143

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Совершенствование молекулярно-генетических методов лабораторной диагностики дифтерии и коклюша»

Актуальность темы исследования

Коклюш и дифтерия являются воздушно-капельными бактериальными инфекциями, управляемыми средствами массовой иммунизации, введение которой в Российской Федерации (РФ) с 1959 года привело к значительному улучшению эпидемиологической обстановки и показало социально-экономическую значимость вакцинопрофилактики для поддержания санитарно-эпидемиологического благополучия по этим инфекциям в нашей стране [68, 69, 73, 82, 106, 112, 129, 130].

С 1990-х годов в странах с высоким уровнем охвата профилактическими прививками регистрируется подъем заболеваемости коклюшем [147, 148, 216], что связано с недостатками вакцинации ацеллюлярными вакцинами, изменением генотипических свойств возбудителя, а также широким внедрением молекулярно-генетических методов для идентификации B.pertussis [148, 149, 216, 217]. С 2012 года в России заболеваемость коклюшем стабилизировалась на уровне 3,0 - 5,0 на 100 тыс. населения [118]. Вместе с тем в 2016 году отмечался рост заболеваемости: регистрировались высокая заболеваемость среди детей до 1 года и локальные вспышки с формированием очагов разной интенсивности в организованных детских коллективах [7, 8, 97]. Кроме того, в последние годы в структуре заболеваемости увеличивается удельный вес стертых и легких форм болезни среди детей старшей возрастной группы и взрослых [6, 9, 20, 93, 97, 98, 196, 242], а также участились случаи выявления бактерионосителей среди практически здоровых людей [179, 196, 247].

Несмотря на успехи вакцинопрофилактики, дифтерия по-прежнему является серьезной проблемой общественного здравоохранения в странах с недостаточным уровнем иммунизации. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) и Центров по контролю и профилактике заболеваний США (Centers for Disease Control and Prevention, CDC) в Иране, Непале, Пакистане, Индии, Индонезии, Гане, Бразилии, Гаити, Доминиканской Республике дифтерия по сей день остается эндемичным заболеванием [145, 146], регистрируются локальные

вспышки в Таиланде, Лаосе и странах Африки [135]. А также в странах Европы появились сообщения о случаях заболевания дифтерией среди мигрантов и туристов, посетивших эндемичные по этой инфекции территории [135]. В России за последние 16 лет (2001 - 2016 гг.) показатели заболеваемости снизились в 63 раза (с 0,63 до 0,0007 случаев на 100 тыс. населения) [131]. Однако актуальность проблемы дифтерии в условиях спорадической заболеваемости по сей день сохраняется [68, 69, 73, 120, 121, 129, 130], так как существует бактерионосительство, эпидемический процесс протекает среди привитого населения, а также утрачивается опыт клинического и бактериологического распознавания дифтерии [131]. При этом в условиях единичных случаев заболеваний ведущая роль в распространении инфекции отводится бактерионосителям токсигенных коринебактерий, поскольку они являются резервуаром возбудителя и поддерживают его существование как биологического вида.

Поэтому, учитывая, что в последние годы увеличивается доля неиммунных лиц среди населения за счет отказа от вакцинации, заболеваемость коклюшем и дифтерией может стать серьезной проблемой здравоохранения.

До сих пор не разработаны методы генодиагностики, которые с наименьшими финансовыми и трудозатратами позволят идентифицировать возбудителей дифтерии и коклюша. При коклюшной инфекции с 2004 года используется комплекс трех методов (бактериологический, серологический и молекулярно-генетический), применение которых определяется сроком развития заболевания. Наиболее эффективным среди этих методов является молекулярно-генетический, позволяющий выявить фрагмент / фрагменты генома В.реПтзгя., в том числе геномов нескольких видов бордетелл методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени, начиная с 1-й по 4-ю недели заболевания. Вместе с тем применение тест-систем в формате ПЦР в режиме реального времени (ПЦР-РВ) сопряжено с рядом недостатков: высокая стоимость исследования и квалификация персонала, необходимость в приобретении дорогостоящего оборудования и иногда возникающие сложности при

интерпретации полученных результатов, что требует проведения повторного исследования. Разработка альтернативных более простых и надежных методов и тест-систем, направленных на выявление ДНК В.реПтзгя, остается перспективным направлением по улучшению диагностики коклюша, так как снижение стоимости самого исследования экономически целесообразно для региональных лабораторий с разными системами финансирования. Поэтому вопрос о выборе того или иного метода генодиагностики коклюша, в том числе при обследовании пациентов с диагностической целью, а также контактных лиц в очагах, остается открытым. В лабораторной диагностике дифтерии применяется только бактериологический метод, и методы генодиагностики до сих пор не используются.

Следовательно, разработка методов своевременной и быстрой идентификации этих возбудителей, как с диагностической целью, так и с профилактической в случае дифтерии, несомненно, будет способствовать быстрому выявлению больных и бактерионосителей, назначению своевременной терапии, а также поддержанию санитарно-эпидемиологического благополучия по этим инфекциям.

Степень разработанности темы исследования

За последние 40 лет достигнуты значительные успехи в совершенствовании методов идентификации патогенных микроорганизмов. На смену серологическим методам диагностики, позволяющим выявлять специфические антитела или поверхностные антигены, пришли методы определения их генетических детерминант. Разработка молекулярно-генетических технологий открыла новые перспективы и возможности в проведении эпидемиологического надзора за инфекционными заболеваниями.

Отечественными и зарубежными исследователями предложены разные методы амплификации нуклеиновых кислот (пев1её-ПЦР, ПЦР в режиме реального времени), с помощью которых возможно проводить идентификацию различных участков генома ВреПтягз'. гена коклюшного токсина (КТ) [140, 162,

172, 194, 225, 226], аденилатциклазного токсина (АЦТ) [154], порина [185, 186], повторяющихся последовательностей хромосомы [76, 138, 159, 165, 190, 235, 236]. На территории РФ зарегистрирован лишь один набор реагентов для выявления и дифференциации ДНК возбудителей коклюша, паракоклюша и бронхисептикоза методом ПЦР «АмплиСенс® Bordetella multi-FL» [101, 102]. Вместе с тем до сих пор нет международной унифицированной молекулярно-генетической тест-системы, существуют различия в выборе генов-мишеней и систем для их детектирования, трудности достоверной дифференциации нескольких видов бордетелл, обусловленной высокой гомологией геномов, что в итоге препятствует стандартизации и созданию единой концепции диагностики коклюша с помощью амплификационных технологий.

Лабораторная диагностика дифтерии в нашей стране до сих пор базируется только на бактериологических исследованиях. Она создавалась на протяжении десятилетий несколькими поколениями микробиологов, среди которых ведущая роль принадлежит сотрудникам МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского. Однако основным и определяющим недостатком этого метода является его продолжительность, которая составляет минимум три дня в случае положительного результата и пять дней - в случае отрицательного. Кроме того, проведение этих исследований сопряжено с использованием большого числа питательных сред и реагентов, в том числе биологического происхождения, что увеличивает стоимость анализа. Правильность проведения исследования в значительной степени зависит от качественной постановки всех тестов, что в практических условиях вызывает большие сложности. Предпринятые попытки разработки молекулярно-генетических тест-систем для ПЦР, ПЦР в режиме реального времени, мультиплекс-ПЦР, в том числе с дифференциацией C.ulcerans и C.pseudotuberculosis, направлены на определение токсигенных свойств у коринебактерий, выделенных в чистой культуре [136, 203, 207, 211, 212, 213, 215, 227, 228, 233]. Единичные разработки амплификационных технологий, основанные на выявлении специфических фрагментов генома C.diphtheria непосредственно в патологическом материале [134, 135, 144, 191, 215, 227],

требуют дальнейшего развития, а предложенные наборы реагентов представлены только экспериментальными моделями.

За последние 20 лет сотрудниками ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского были предложены два варианта молекулярно-генетической диагностики дифтерии. В конце 1990-х годов разработан способ на основе метода ПЦР с электрофоретической детекцией, позволяющий в клиническом материале от больных в течение 5 - 6 часов выявить фрагмент гена tox размером 340 п.н. с дифференциацией НТТН-штаммов diphtheriae, содержащих делецию нуклеотида G в гене дифтерийного токсина (ДТ) [38, 64]. В 2000-х годах совместно с сотрудниками ФБУН ГНЦ ПМБ (пос. Оболенск) был разработан мультиплексный вариант ПЦР, позволяющий выявить фрагменты генов tox и amy с возможностью одновременного определения токсигенности и биовара возбудителя дифтерии [12, 15, 88, 141]. Вместе с тем методы генодиагностики, с помощью которых стало возможным определять в биологическом материале специфические фрагменты генома C.diphtheriae, далеки от совершенства и требуют дальнейшей доработки.

В течение последних 10 лет перспективным направлением является разработка технологий на основе изотермической амплификации, в частности метод петлеобразующей изотермической амплификации (loop-mediated isothermal amplification, LAMP), который обладает высокой чувствительностью, специфичностью и амплификационной эффективностью за счет использования нескольких пар праймеров на один фрагмент генома и биологических особенностей Bst ДНК-полимеразы и не требует использования дорогостоящего оборудования [209]. Этот метод применен и для диагностики коклюша [143, 174, 209, 210]. Однако предложенный зарубежными учеными вариант апробирован только на штаммах B.pertussis, а во время проведения испытаний на ограниченном количестве клинических образцов регистрировались ложноположительные результаты. Кроме того, способ предусматривал использование дорогостоящих реагентов, что представляет определенные ограничения для широкого применения. В 2009 году коллективом авторов ФБУН

МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского разработан способ ускоренной генодиагностики коклюша на основе изотермической амплификации (LAMP), позволяющий выявить ДНК B.pertussis в клиническом материале в течение 9 - 10 часов от начала исследования с эффективностью 84,9 % [12, 13, 14, 87]. Применение зарубежными исследователями технологии LAMP для идентификации возбудителя дифтерии было проведено только на чистых культурах C.diphtheriae [213].

Таким образом, имеющиеся на сегоднящний день и применяемые в практическом здравоохранении методы генодиагностики коклюша и дифтерии требуют совершенствования, так как не в полной мере отвечают всем необходимым требованиям. Они досточно дороги, что ограничивает их использование в лабораториях разного уровня финансирования, требуют высокой квалификации персонала или длительного времени для получения результата. Внедрение современных технологий, таких как изотермическая амплифиация (LAMP), в диагностический процесс позволит повысить эффективность, ускорить и удешевить проведение исследования. Использование мультиплексных технологий расширит возможности выявления C.ulcerans, вызывающего дифтериеподобные заболевания, а также позволит проводить мониторинг генотипических свойств циркулирующих C.diphtheriae на более высоком уровне.

Цель исследования - совершенствование и апробация молекулярно-генетических методов лабораторной диагностики дифтерии и коклюша, основанных на технологиях амплификации нуклеиновых кислот.

Задачи исследования:

1. Оптимизировать метод ускоренной генодиагностики на основе изотермической амплификации (LAMP) для выявления ДНК возбудителя коклюша в клиническом материале.

2. Апробировать разработанный метод лабораторной диагностики коклюша при обследовании больных на разных сроках от начала заболевания, с

различными формами клинического течения и на фоне антибиотикотерапии, в частности детей в возрасте до 1 года в реальных клинических условиях.

3. Апробировать разработанный метод генодиагностики коклюша при обследовании контактных лиц в эпидемических очагах и в организованных коллективах с длительно кашляющими детьми.

4. Разработать способ ускоренной генодиагностики на основе изотермической амплификации (LAMP) для выявления ДНК возбудителя дифтерийной инфекции в клиническом материале.

5. Разработать способ генодиагностики для выявления нуклеотидных последовательностей генов дифтерийного токсина, репрессора дифтерийного токсина, амилазы и РНК-полимеразы C.diphtheriae методом ПЦР в формате мультиплекс.

6. Провести апробацию и определить возможности разработанных способов генодиагностики дифтерийной инфекции в модельных экспериментах на C.diphtheriae и других представителях рода Corynebacterium с использованием коллекционных и свежевыделенных штаммов микроорганизмов, вызывающих заболевания дыхательных путей, и на иммитантах клинических образцов.

Научная новизна

Оптимизирован ускоренный метод генодиагностики, основанный на изотермической амплификации (LAMP), позволяющий выявлять ДНК возбудителя B.pertussis в клиническом материале от больного. Метод показал высокую эффективность: диагностическая чувствительность составила 99,6 %, диагностическая специфичность - 98,7 %, индекс точности (диагностическая эффективность) - 99,4 % (патент на изобретение РФ № 2542396 от 21.01.2015 г.).

Разработанный метод генодиагностики коклюша позволил обнаружить ДНК B.pertussis у 17,9 % обследованных контактных лиц в трех эпидемических очагах и у 5,2 % человек в организованных коллективах с длительно кашляющими

детьми. Среди контактных взрослых в семейных очагах выявлено 47,5 % больных стертыми и легкими формами коклюша и в 27,5 % случаях обнаружено бактерионосительство B.pertussis, которое в зависимости от длительности контакта в 72,7 % случаев сопровождалось наличием специфических противококлюшных антител разных классов.

Разработан способ ускоренной генодиагностики на основе изотермической амплификации (LAMP), позволяющий обнаружить ДНК возбудителя дифтерийной инфекции в клиническом материале от больного в течение 4 - 4,5 часов от начала исследования; аналитическая чувствительность метода составила

-5

2,3 х 10 3 ГЭ / мл, аналитическая специфичность - 100 % (патент на изобретение РФ № 2623149 от 22.06.2017 г.).

Предложена новая комбинация ДНК-мишеней (нуклеотидные последовательности генов дифтерийного токсина, репрессора дифтерийного токсина, амилазы и РНК-полимеразы), что позволяет в одной мультиплексной ПЦР выявить генетические детерминанты, определяющие биотип и токсигенность возбудителя дифтерии, а также дифференцировать C.diphtheriae от других клинически значимых представителей рода Corynebacterium.

Разработан способ идентификации C.diphtheriae, C.ulcerans и Corynebacterium spp. на основе метода ПЦР в формате мультиплекс, посредством которого проводится дифференциация токсигенных и нетоксигенных штаммов C.diphtheriae биоваров gravis и mitis, НТТН-штаммов C.diphtheriae, содержащих в гене tox делецию нуклеотида G в позиции 55 или мобильный генетический IS-1 элемент, токсигенных и нетоксигенных штаммов C.ulcerans и других представителей рода Corynebacterium.

С целью использования в практическом здравоохранении разработан способ выявления ДНК токсигенных штаммов C.diphtheriae биоваров gravis и mitis и C.ulcerans на основе метода ПЦР в формате мультиплекс в клиническом материале от больного; аналитическая чувствительность метода составила

-5

2,3 х 10 3 ГЭ / мл, аналитическая специфичность - 100 %.

Теоретическая и практическая значимость

Результаты применения разработанных методов генодиагностики коклюша и дифтерии обосновывают использование высокотехнологичных и ускоренных амплификационных технологий в лабораторной диагностике этих инфекций с целью оказания квалифицированной медицинской помощи населению.

Предложенные методы генодиагностики определили новые методологические подходы обследования пациентов для выявления бактерионосителей, являющихся резервуаром возбудителей этих социально-значимых вакциноуправляемых инфекций, а также для дальнейшего изучения механизмов и продолжительности бактерионосительства.

Оптимизированный способ генодиагностики на основе изотермической амплификации (LAMP) позволяет в течение 4 - 5 часов обследовать больных с подозрением на коклюш, что будет способствовать быстрому лабораторному подтверждению диагноза независимо от сроков заболевания, формы клинического течения и антибиотикотерапии, в частности у детей в возрасте до 1 года.

Показана возможность применения молекулярно-генетических методов, в том числе и разработанного, для обследования контактных в эпидемических очагах коклюша, а также в организованных коллективах с длительно кашляющими лицами с целью выявления в максимально сжатые сроки заболевших и установления причин длительного кашля среди детей и взрослых.

Разработанные способы генодиагностики дифтерии обосновывают возможности использования молекулярно-генетических технологий при обследовании пациентов как с диагностической целью, так и с профилактической, а также контактных лиц в очагах, что будет способствать сокращению времени выдачи ответа до одного рабочего дня.

В Государственную коллекцию патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-ОБОЛЕНСК» Федерального бюджетного учреждения науки «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» (ФБУН ГНЦ ПМБ) депонировано 60 штаммов микроорганизмов: восемнадцать

штаммов e (В-7813; В-7815; В-7816; В-7817; В-7970; В-7071; В-7972;

В-7073; В-7974; В-7975; В-7976; В-7977; В-7978; В-7979; В-7980; В-7981; В-7991; В-7992), одиннадцать штаммов C.ulcerans (В-7818; В-7819; В-7982; В-7983; В-7984; В-7985; В-7986; В-7987; В-7988; В-7989; В-7990), тринадцать штаммов микроорганизмов рода Corynebacterium (В-7820; В-7993; В-7994; В-7995; В-7996; В-7997; В-7998; В-7999; В-8000; В-8001; В-8002; В-8003; В-8004), десять штаммов B.pertussis (В-7392; В-7393; В-7394; В-8011; В-8012; В-8013; В-8014; В-8015; В-8016; В-8017), шесть штаммов B.parapertussis (В-7821; В-8006; В-8007; В-8008; В-8009; В-8010) и два штамма B.bronchiseptica (В-7822; В-8005). Задепонированные типовые штаммы можно использовать для проведения внешнего контроля качества бактериологических исследований по выделению и идентификации бактерий e и Bordetella spp., а также научных исследований при

изучении биологических свойств возбудителей в системе эпидемиологического надзора за дифтерийной и коклюшной инфекциями, а также микробного пейзажа микрофлоры ротоглотки у больных с патологией верхних дыхательных путей и у практически здоровых людей.

Создана рабочая коллекция образцов ДНК микроорганизмов рода Corynebacterium и рода Bordetella с целью дальнейшего изучения их внутривидового и межвидового генетического полиморфизма.

В рамках работы Референс-центра по мониторингу за возбудителями кори, краснухи, эпидемического паротита, коклюша и дифтерии на базе Федерального бюджетного учреждения науки «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора) результаты исследований были представлены в информационном материале при проведении региональных семинаров по лабораторной диагностике дифтерии и коклюша (2012 г., Екатеринбург; 2013 г., Хабаровск; 2014 г., Горно-Алтайск; 2015 г. и 2016 г., Москва; 2015 г. и 2016 г., Ростов-на-Дону; 2016 г., Ярославль; 2016 г., Санкт-Петербург; 2016 г., Ставрополь; 2016 г., Калининград; 2017 г., Нижний Новгород;

Методология и методы исследования

Методология настоящего исследования спланирована согласно поставленной цели. Предметом исследования является разработка методов генодиагностики дифтерии и коклюша на основе технологий амплификации нуклеиновых кислот. Анализ научной литературы, посвященной созданию и применению методов генодиагностики при выявлении возбудителей бактериальных воздушно-капельных инфекций, проведен на основе формальнологических методов. Планирование и проведение исследований осуществлялось на основе общенаучных и специфических методов: микробиологических, молекулярно-генетических, биоинформационных и методов статистической обработки результатов.

Штаммы микроорганизмов

В работе использованы типовые коллекционные (Таблица 1) и свежевыделенные (Таблицы 2, 3, 4) штаммы микроорганизмов. Объем проведенных исследований представлен в таблице 5.

Таблица 1 - Коллекционные штаммы микроорганизмов, использованные в работе

№ Вид микроорганизма и номер штамма Коллекция

1. Corynebacterium diphtheriae 665 Государственная коллекция патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ - ОБОЛЕНСК» ФБУН ГНЦ ПМБ

2. Corynebacterium diphtheriae 6765

3. Corynebacterium diphtheriae 178-01

4. Corynebacterium diphtheriae 145-12

5. Corynebacterium diphtheriae 2-15

6. Corynebacterium diphtheriae 14-15

7. Corynebacterium diphtheriae PW 8 Государственная коллекция патогенных микроорганизмов ФГБУ «НЦЭСМП» МЗ РФ

8. Corynebacterium pseudodi

№ Вид микроорганизма и номер штамма Коллекция

9. Corynebacterium pseudodiphtheriticum 43-13 Государственная коллекция патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ - ОБОЛЕНСК» ФБУН ГНЦ ПМБ

10. Corynebacterium ulcerans 675

11. Corynebacterium ulcerans 258-03

12. Corynebacterium ulcerans 105-00

13. Corynebacterium xerosis 1911

14. Corynebacterium xerosis ATCC 373 American Type Culture Collection

15. Corynebacterium renale ATCC 19412

16. Corynebacterium minutissimum ATCC 23348

17. Corynebacterium jeikeium ATCC 43734

18. Bordetella pertussis 703 Государственная коллекция патогенных микроорганизмов ФГБУ «НЦЭСМП» МЗ РФ

19. Bordetella parapertussis 402

20. Bordetella pertussis 39 Государственная коллекция патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ - ОБОЛЕНСК» ФБУН ГНЦ ПМБ

21. Bordetella pertussis 143

22. Bordetella pertussis 688

23. Bordetella pertussis 796

24. Bordetella pertussis ST-3

25. Bordetella pertussis ST-5

26. Bordetella pertussis ST-8

27. Bordetella parapertussis

28. Bordetella bronchiseptica 9

29. Staphylococcus aureus Wood-46

30. Streptococcus pyogenes Dick I

31. Bordetella bronchiseptica NCTC 8344 National Collection of Type Cultures

32. Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae NCTC 5055

№ Вид микроорганизма и номер штамма Коллекция

33. Candida albicans ATCC 10231 American Type Culture Collection

34. Staphylococcus aureus ATCC 25923

35. Staphylococcus aureus ATCC 29213

Таблица 2 - Штаммы микроорганизмов, выделенные из клинического материала от пациентов с подозрением на коклюш и дифтерию*

№ Вид микроорганизма Количество выделенных штаммов Показания к обследованию

1. Corynebacterium diphtheriae 195 С диагностической и профилактической целями

2. Corynebacterium ulcerans 9

3. Corynebacterium pseudotuberculosis 2

4. Bordetella pertussis 187 С диагностической целью

5. Bordetella parapertussis 15

6. Bordetella bronchiseptica 1

ИТОГО 409

*

Штаммы микроорганизмов получены в период 2012 - 2016 гг. из бактериологических лабораторий лечебно-профилактических организаций (ЛПО) и Федеральных бюджетных учреждений здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии» (ФБУЗ ЦГиЭ) в субъектах РФ в соответствии с письмом Роспотребнадзора от 19.06.2012 г. № 01/6830-12-32 «Об организации исследований культур возбудителей дифтерии и коклюша»

Таблица 3 - Штаммы микроорганизмов рода Corynebacterium, выделенные из

клинического материала от пациентов с различными формами хронического

*

тонзиллита и патологией полости носа*

№ Вид микроорганизма Количество выделенных штаммов

1. Corynebacterium accolens 1

2. Corynebacterium afermentas subsp. lipophilum 3

3. Corynebacterium amycolatum 5

4. Corynebacterium aurimucosum 10

5. Corynebacterium coyleae 1

6. Corynebacterium durum 3

7. Corynebacterium imitans 1

№ Вид микроорганизма Количество выделенных штаммов

8. Corynebacterium jeikeium 1

9. Corynebacterium maris 1

10. Corynebacterium minutissimum 4

11. Corynebacterium mucifaciens 1

12. Corynebacterium paurometabolum 1

13. Corynebacterium propinqium 2

14. Corynebacterium pseudodiphtheriticum 9

15. Corynebacterium simulans 1

16. Corynebacterium tuberculostearicum 11

17. Corynebacterium urealyticum 2

18. Corynebacterium erosis 1

ИТОГО 58

*

Штаммы микроорганизмов выделены в период 2013 - 2014 гг. от 79 пациентов, которые были планово госпитализированы в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Научно-исследовательский клинический институт оториноларингологии им. Л.И. Свержевского» Департамента здравоохранения города Москвы (ГБУЗ НИКИО им. Л.И. Свержевского ДЗМ)

Таблица 4 - Штаммы микроорганизмов других родов, выделенные из

клинического материала от пациентов с различными формами хронического

*

тонзиллита и патологией полости носа

№ Вид микроорганизма Количество выделенных штаммов

1. Actinomyces viscosus 1

2. Candida albicans 2

3. Haemophilus influenzae 1

4. Pseudomonas aeruginosa 1

5. Staphylococcus aureus 20

6. Staphylococcus epidermidis 10

7. Staphylococcus hominis 1

8. Streptococcus mitis 9

9. Streptococcus oralis 2

№ Вид микроорганизма Количество выделенных штаммов

10. Streptococcus parasanguinis 15

11. Streptococcus pneumoniae 2

12. Streptococcus pyogenes 25

13. Streptococcus salivarius 12

ИТОГО 101

*

Штаммы микроорганизмов выделены в период 2013 - 2014 гг. от 79 пациентов, госпитализированных в плановом порядке в ГБУЗ НИКИО им. Л.И. Свержевского ДЗМ

Таблица 5 - Объем проведенных исследований

Вид исследования Число исследований

Бактериологические исследования 567

Методом MALDI-TOF MS 159

Молекулярно- генетические методы Метод петлеобразующей изотермической амплификации (LAMP) 1544

Метод ПЦР ПЦР в классическом формате 412

ПЦР в формате мультиплекс 1660

ПЦР в режиме реального времени 809

Секвенирование ПЦР-фрагментов ПЦР-фрагмент гена 16SrRNA 159

ПЦР-фрагмент гена rpoB 58

Образцы клинического материала

Количество клинических образцов, полученных при обследовании больных с подозрением на коклюш и контактных лиц в очагах, представлено в таблице 6.

Клинический материал брали двумя сухими стерильными одноразовыми зондами-тампонами (COPAN, Италия) с задней стенки ротоглотки, не касаясь щек и языка и предварительно аккуратно прижав язык пациента индивидуальным шпателем. Рабочие части зондов с вискозными тампонами помещали в одну

пробирку типа эппендорф с 0,5 мл физиологического раствора и отламывали их концы. Транспортирование и хранение исследуемого материала осуществляли в соответствии с методическими рекомендациями МР 3.1.2.0072-13 «Диагностика коклюша и паракоклюша» [26].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Пименова, Алена Сергеевна, 2017 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алексеева, Е.А. Современные подходы к комплексным лабораторным исследованиям на дифтерию / Е.А. Алексеева, Г.Я. Ценева, Л.А. Липатова, Г.И. Беспалова, Л.А. Краева // Инфекция и иммунитет. - 2012. - Т. 2, № 4. - С. 729-734.

2. Амфитеатрова, Н.Ф. Разработка непрямого иммунофлюоресцентного метода для выявления возбудителя коклюша / Н.Ф. Амфитеатрова, А.Н. Савинова, Н.Н. Амерханова. - Казань, 1989. - 11 с. - Деп. в ВИНИТИ Рос. акад. наук 19.01.90, № 399-В90.

3. Амфитеатрова, Н.Ф. Применение непрямого иммунофлюоресцентного метода для выявления В.рвПтзгя при диагностике коклюша / Н.Ф. Амфитеатрова,

A.Н. Савинова, Н.Н. Амерханова. - Казань, 1990. - 14 с. - Деп. в ВИНИТИ Рос. акад. наук 10.05.90, № 1942-В90.

4. Бабаченко, И.В. Особенности эпидемиологии и клиники коклюша в г. Санкт-Петербурге / И.В. Бабаченко, В.Н. Тимченко, А.С. Мартынкин // Здравоохранение Российской Федерации. - 2002. - № 4. - С. 31-33.

5. Бабаченко, И.В. Клинико-лабораторные особенности коклюшной инфекции у детей в современных условиях: дис. ... д-ра мед. наук: 14.00.10, 03.00.07 / Бабаченко Ирина Викторовна. - СПб., 2007. - 332 с.

6. Бабаченко, И.В. Коклюш у детей: монография / И.В. Бабаченко, С.М. Харит, Н.Н. Курова, Г.Я. Ценева. - М.: Комментарий, 2014. - 176 с.

7. Басов, А.А. Особенности распространения коклюша в организованном коллективе с высоким уровнем привитости против этой инфекции / А.А. Басов, О.В. Цвиркун, А.Г. Герасимова, О.Ю. Борисова, Н.В. Россошанская,

B.Н. Бабенко // Жизнь без опасностей. Здоровье. Профилактика. Долголетие. - 2013. - Т. 8, № 4. - С. 60-64.

8. Басов, А.А. Эпидемический процесс коклюша на современном этапе: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 14.02.02 / Басов Артем Александрович. - М., 2016. - 24 с.

9. Борисов, А.С. Коклюш и паракоклюш в современной практике участкового педиатра / А.С. Борисов, Е.С. Цуканова, О.В. Гурович, Е.В. Пухова, Н.А. Степанищева, Ю.В. Мешкова, Г.Г. Волосовец, В.С. Кузнецова, Е.А. Усачева // Вестник научных конференций. - 2017. - № 1-1 (17). - С. 34-36.

10. Борисова, И.Э. Антигенный дрейф коклюшного микроба / И.Э. Борисова, Т.С. Селезнева // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2008. - № 1(38). - С. 39-44.

11. Борисова, О.Ю. Патогенные и молекулярно-генетические свойства штаммов

diphtheriae, циркулирующих на территории России в течение 1994 - 1998 гг.: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.00.07 / Борисова Ольга Юрьевна. - М., 1999. - 29 с.

12. Борисова, О. Ю. Молекулярно-генетические особенности структуры генов патогенности возбудителей коклюша и дифтерии; совершенствование лабораторной диагностики при этих инфекциях: дис. ... д-ра мед. наук: 03.00.07 / Борисова Ольга Юрьевна. - М., 2009. - 293 с.

13. Борисова, О.Ю. Ускоренный молекулярно-генетический метод выявления возбудителя коклюша / О.Ю. Борисова, Н.Т. Гадуа, М.С. Петрова, О.П. Попова, С.Ю. Комбарова, И.К. Мазурова, В.А. Алешкин // Медицинский альманах. - 2009. - № 2. - С. 51-53.

14. Борисова, О.Ю. Прямой ускоренный метод выявления возбудителя коклюша / О.Ю. Борисова, М.С. Петрова, Н.Т. Гадуа, В.Г. Скачкова, В.С. Савинкова, О.П. Попова, И.К. Мазурова, А.В. Алешкин // Клиническая лабораторная диагностика. - 2010. - № 5. - С. 53-55.

15. Борисова, О.Ю. Генотипические различия между штаммами Corynebacterium diphtheriae биоваров gravis и mitis / О.Ю. Борисова, Н.В. Воложанцев, В.Г. Мельников, И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, В.А. Алешкин // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2013. - № 3. - С. 24-31.

16. Борисова, О.Ю. К вопросу о применении коммерческих транспортных сред для взятия патологического материала при обследовании на дифтерию / О.Ю. Борисова, И.А. Чагина, Н.Т. Гадуа // Медицинский алфавит. - 2014. - Т. 3, №

15. - С. 21-23.

17. Бугаев, Е.А. Полимеразная цепная реакция в диагностике дифтерийной инфекции / Е.А. Бугаев, В.Г. Мельников, С.Ю. Комбарова, О.Ю. Борисова, Т.В. Платонова, Г.А. Шипулин, С.В. Малинина, М.Ю. Корочкина, И.К. Мазурова // Материалы VIII Всероссийского съезда общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов ; Москва, 26-28 марта 2002 года: сб. ст. в 4 т. -М.: ООО «Росинэкс», 2002. - Т. 3. - С. 236-237.

18. Васильев, Д.А. Разработка системы молекулярно-генетической идентификации Corynebacterium ulcerans на основе ПЦР в режиме реального времени / Д.А. Васильев, А.В. Мастиленко, О.Ю. Борисова, Т.Н. Полетаева, Н.В. Макшанова // Молекулярная диагностика 2014: сб. тр. VIII Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием в 2 т. - М.: ООО «Издательство МБА», 2014. - Т. 2. - Разд. 27. - С. 487-488.

19. Гадуа, Н.Т. Особенности генетической структуры современных штаммов Bordetella pertussis: автореф. ... дис. канд. мед. наук: 03.02.03 / Гадуа Натия Торникеевна. - М., 2012. - 27 с.

20. Герасимова, А.Г. Клинико-эпидемиологическая характеристика современного коклюша / А.Г. Герасимова, М.С. Петрова, Н.Т. Тихонова, О.В. Цвиркун, О.П. Попова // Вакцинация. Новости вакцинопрофилактики. - 2004. - № 5(35). - С. 4-5.

21. Гланц, С. Медико-биологическая статистика / С. Гланц; пер. с англ. Ю.А. Данилова; под ред. Н.Е. Бузикашвили, Д.В. Самойлова. - М.: Практика, 1998. -459 с.

22. Гореликова, Е.В. Оптимизация клинико-лабораторной диагностики и эпидемиологического надзора за коклюшем: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 14.00.30, 03.00.07 / Гореликова Екатерина Владимировна. - Пермь, 2006. - 25 с.

23. ГОСТ Р 53022.2-2008. Технологии лабораторные клинические. Требования к качеству клинических лабораторных исследований. Часть 2. Оценка аналитической надежности методов исследования (точность, чувствительность, специфичность). - Введ. 2010-01-01.- М.: Стандартинформ,

2009. - 31 с.

24. ГОСТ Р 53022.3-2008. Требования к качеству клинических лабораторных исследований. Часть 3. Правила оценки клинической информативности лабораторных тестов. - Введ. 2010-01-01. - М.: Стандартинформ, 2009. - 22 с.

25. Грачева, Н.М. Коклюш (клиника, диагностика, лечение): методические рекомендации / Н.М. Грачева, Н.А. Малышев, М.С. Петрова, О.П. Попова, О.Ю. Борисова, Е.И. Келли, Е.Н. Абрамова. - М.: Департамент здравоохранения города Москвы, 2009. - 26 с.

26. Диагностика коклюша и паракоклюша: методические рекомендации МР 3.1.2.0072-13: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ 24.05.2013. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2013. - 56 с.

27. Зайцев, Е.М. Применение моноклональных антител для изучения антигенного строения и выявления дифтерийного токсина: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 14.00.36 / Зайцев Евгений Михайлович. - М., 1988. - 22 с.

28. Зайцев, Е.М. Особенности постинфекционного и поствакцинального гуморального иммунитета к коклюшу: дис. ... д-ра мед. наук: 14.03.09, 03.02.03 / Зайцев Евгений Михайлович. - М., 2012. - 258 с.

29. Зверякина, Н.Н. К вопросу о повышении эффективности бактериологического метода диагностики коклюшной инфекции / Н.Н. Зверякина, Г.Я. Ценева, Н.Н. Курова, Л.В. Лосева, Г.А. Курова, В.П. Лямина // Клиническая лабораторная диагностика. - 2002. - № 2. - С. 44-45.

30. Инструкция по бактериологическому и серологическому исследованиям при коклюше и паракоклюше (для бактериологических лабораторий санитарно-эпидемиологических станций и больниц): утверждена начальником Главного управления карантинных инфекций Минздрава СССР 09.09.1983. - М.: Министерство здравоохранения, 1983. - 36 с.

31. Иоффе, В.И. Коклюш (микробиология, иммунология, специфическая профилактика) / В.И. Иоффе, П.В. Осипова, Н.Н. Склярова, Н.А. Козлова. - Л.: Медицина, 1964. - 284 с.

32. Калиногорская, О.С. Микробиологические аспекты коклюшной инфекции у детей: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.00.07 / Калиногорская Ольга Серафимовна. - СПб., 2006. - 20 с.

33. Калиногорская, О.С. Особенности течения коклюша у детей на современном этапе: состояние поствакцинального иммунитета и антиинфекционной резистентности слизистой ротоглотки / О.С. Калиногорская, А.С. Кветная // Профилактическая и клиническая медицина. - 2008. - № 3. - С. 102-105.

34. Каратаев, Г.И. Мобильные генетические элементы Bordetella pertussis и их роль в регуляции генов вирулентности возбудителя коклюша: автореф. дис. ... д-ра биол. наук: 03.00.07, 03.00.15 / Каратаев Геннадий Иванович. - М., 2008. -48 с.

35. Каратаев, Г.И. Инсерционная инактивация оперона вирулентности в популяции персистирующих бактерий Bordetella pertussis / Г.И. Каратаев, Л.Н. Синяшина, А.Ю. Медкова, Е.Г. Семин, З.В. Шевцова, А.З. Матуа, И.Г. Конджария, А.А. Амичба, Д.Т. Кубрава, З.Я. Миквабиа // Генетика. - 2016. - Т. 52, № 4. - С. 422.

36. Кветная, А. С. Диагностика коклюшной инфекции у детей на современном этапе / А.С. Кветная, О.С. Калиногорская // Детские инфекции. - 2007. - Т. 6, № 1. - С. 13-17.

37. Кириллова, Г.А. Опыт применения иммуноферментного анализа для диагностики коклюша / Г.А. Кириллова, Е.Е. Сухинова, Е.И. Шмелева, Н.У. Мерцалова, Т.Н. Ремова, М.Н. Озерецковская, Н.С. Захарова, Э.П. Петрова, В.Я. Антишина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1994. - № 6. - С. 83-84.

38. Комбарова, С.Ю. Усовершенствование методики постановки полимеразной цепной реакции для выявления гена дифтерийного токсина / С.Ю. Комбарова, В.Г. Мельников, О.Ю. Борисова, Т.В. Платонова, Б.Н. Соков, Г.Н. Смердов, Н.С. Ушакова, Н.И. Степанова, Е.А. Бугаев, И.К. Мазурова // Проблемы инфекционных болезней: сб. науч. тр. Московского НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского. - М., 2000. - Ч. 1. - С. 47-52.

39. Комбарова, С.Ю. Микробиологический и молекулярно-генетический мониторинг возбудителя дифтерийной инфекции: автореф. дис. ... д-ра биол. наук: 03.00.07 / Комбарова Светлана Юрьевна. - М., 2007. - 49 с.

40. Кондратьева, А.М. Характеристика возбудителя коклюша в период массовой специфической профилактики: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.00.07 / Кондратьева Алла Михайловна. - М., 1977. - 20 с.

41. Корженкова, М.П. Особенности клиники дифтерии в условиях циркуляции возбудителя дифтерии высокой степени токсигенности: пособие для врачей / М.П. Корженкова, Т.В. Платонова, В.В. Черкасова, Н.А. Малышев, О.В. Кудряшова, А.И. Берко, В.А. Арсеньев. - М., 2002. - 31 с.

42. Корженкова, М.П. Клиника дифтерии в период высокой и низкой заболеваемости / М.П. Корженкова // Вакцинация. Новости вакцинопрофилактики. - 2006. - № 14(3). - С. 4-6.

43. Костюкова, Н.Н. Дифтерийное бактерионосительство (микробиологическое и иммунологическое исследование): автореф. дис. ... д-ра мед. наук: 096 / Костюкова Наталья Николаевна. - M., 1971. - 31 с.

44. Костюкова, Н.Н. Микробиологические факторы, определяющие носительство при воздушно-капельных инфекциях / Н.Н. Костюкова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1997. - № 4. - С. 10-15.

45. Костюкова, Н.Н. Уроки дифтерии / Н.Н. Костюкова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1999. - № 2. - С. 92-96.

46. Краева, Л.А. Этиологическое значение Corynebacterium non diphtheriae у больных с различной патологией / Л.А. Краева, Ж.Н. Манина, Г.Я. Ценева, А.Г. Радченко // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -2007. - № 5. - С. - 3-7.

47. Красильникова, В.М. Восстановление «молчащего» гена tox Corynebacterium diphtheriae в модельных экспериментах / В.М. Красильникова, Н.В. Воложанцев, В.А. Баннов, В.П. Мякинина // Идеи Пастера в борьбе с инфекциями; Санкт-Петербург, 4-5 сентября 2003 года: материалы Третьей междунар. конф., посвящ. 80-летию инст. им. Пастера. - СПб., 2003. - С. 27.

48. Крылова, М.Д. Дифтерийная инфекция (биологические, генетические и эпидемиологические аспекты): монография / М.Д. Крылова. - М.: Медицина, 1976. - 215 с.

49. Кузнецова, Л.С. Эпидемиология современного коклюша и вопросы рационализации его профилактики: автореф. дис. ... д-ра мед. наук: 14.00.30 / Кузнецова Людмила Сергеевна. - М., 1979. - 25 с.

50. Кузнецова, Л.С. Вакцинопрофилактика острых детских инфекций в научных исследованиях нашего института / Л.С. Кузнецова, Н.М. Максимова, Т.Ф. Чернышова, Д.К. Садыкова // Эпидемиологический надзор как основа профилактики капельных и кишечных инфекций: сб. науч. тр. - М., 1990. - С. 22-30.

51. Курова, Н.Н. Молекулярно-биологическая характеристика Bordetella pertussis, циркулирующих в период подъема заболеваемости, и совершенствование лабораторной диагностики коклюша: дис. ... канд. мед. наук: 03.00.07 / Курова Наталия Николаевна. - СПб., 2003. - 135 с.

52. Лабораторная диагностика дифтерийной инфекции: методические указания МУ 4.2.698-98: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ 09.01.1998. - М.: Интерсэн, 1998. - 47 с.

53. Лабораторная диагностика дифтерийной инфекции: методические указания МУК 4.2.3065-13: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ 14.07.2013. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2013. - 63 с.

54. Лобзин, Ю.В. Клинико-эпидемиологическая характеристика коклюша у детей первых месяцев жизни / Ю.В. Лобзин, И.В. Бабаченко, О.В. Шамшева, А.А. Тетенкова, Н.В. Бахарева, В.П. Бойцов, Н.Н.Зверева // Детские инфекции. -2011. - Т. 10, № 4. - С. 5-9.

55. Лыткина, И.Н. Заболеваемость коклюшем в Москве и организация мероприятий по ее снижению / И.Н. Лыткина, Г.Г. Чистякова, Н.Н. Филатов // Вакцинация. Новости вакцинопрофилактики. - 2004. - № 5(35). - С. 8-9.

56. Мазурова, И.К. Разработка и применение реакции пассивной

гемагглютинации для обнаружения дифтерийных противомикробных антител у больных дифтерией и бактерионосителей: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 096 / Мазурова Изабелла Константиновна. - М., 1971. - 27 с.

57. Мазурова, И.К. Детекция токсина и оценка степени токсинообразования с помощью иммуноферментного анализа / И.К. Мазурова, Е.Е. Потемкина, В.В. Свиридов, Е.М. Зайцев // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1989. - № 6. - С. 66-71.

58. Мазурова, И.К. Индикация дифтерийного токсина методами иммуноферментного анализа и реакции непрямой гемагглютинации: методические указания / И.К. Мазурова, Е.Е. Потемкина, С.Ю. Комбарова, А.Б. Жебрун, В.В. Свиридов, Е.М. Зайцев, И.М. Тымчаковская. - М., 1991. - 27 с.

59. Мазурова, И.К. Комплексная система лабораторной диагностики и наблюдения за возбудителем дифтерии: автореф. дис. ... д-ра мед. наук: 03.00.07 / Мазурова Изабелла Константиновна. - М., 1993. - 62 с.

60. Мазурова, И.К. Лабораторная диагностика в системе эпиднадзора за дифтерийной инфекцией / И.К. Мазурова, В.Г. Мельников, С.Ю. Комбарова, О.Ю. Борисова // Идеи Пастера в борьбе с инфекциями; Санкт-Петербург, 610 июня 1995 года: материалы междунар. конф., посвящ. году Пастера. - СПб., 1995. - С. 16.

61. Мазурова, И.К. Современные методы лабораторной диагностики и наблюдения за возбудителем дифтерийной инфекции / И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, В.Г. Мельников, О.Ю. Борисова // Материалы VII съезда Всероссийского съезда общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов; Москва, 28-31 января 1997 года: сб. ст. в 3 т. - М., 1997. - Т. 1. -С. 462-463.

62. Мазурова, И. К. Наблюдение за нетоксигенными штаммами С.&рЫЬвпав в период снижения заболеваемости дифтерией в России / И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, О.Ю. Борисова, В.Г. Мельников, Т.В. Платонова // Идеи Пастера в борьбе с инфекциями; Санкт-Петербург, 2-4 сентября 1998 года: материалы

Второй междунар. конф., посвящ. 75-летию инст. им. Пастера. - СПб., 1998. -С. 186.

63. Мазурова, И.К. Характеристика Corynebacterium diphtheriae, циркулирующих в России в период 1984 - 1998 гг. (микробиологический мониторинг в системе эпиднадзора за дифтерийной инфекцией): пособие для врачей / И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, В.Г. Мельников, О.Ю. Борисова. - М., 1999. - 20 с.

64. Мазурова, И.К. Ускоренные методы лабораторной диагностики и наблюдения за возбудителем дифтерийной инфекции: методические рекомендации / И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, В.Г. Мельников, О.Ю. Борисова, Т.В. Платонова, Е.А. Бугаев. - М., 2001. - 12 с.

65. Мазурова, И.К. Динамика изменчивости основных генов патогенности штаммов pertussis, выделенных от больных коклюшем в Москве (1948 -2005 гг.) / И.К. Мазурова, О.Ю. Борисова, С.Ю. Комбарова, Н.Т. Гадуа, В.А. Алешкин // Молекулярная медицина. - 2008. - № 1. - С. 40-45.

66. Мазурова, И.К. Мониторинг возбудителя дифтерийной инфекции / И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, О.Ю. Борисова, В.Г. Мельников, Н.М. Максимова, Н.Т. Гадуа, Л.С. Наумов, Н.В. Воложанцев // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2009. - № 3(46). - С. 17-22.

67. Максимова, Н.М. Дифтерия / Н.М. Максимова, С.С. Маркина, Н.Н. Костюкова // Эволюция инфекционных болезней в России в XX веке: руководство для врачей / В.И. Покровский, Г.Г. Онищенко, Б.Л. Черкасский. - М.: Медицина, 2003. - Гл. 2. - С. 214-236.

68. Максимова, Н.М. Развитие эпидемического процесса дифтерии в России в условиях высокого уровня специфического иммунитета / Н.М. Максимова, С.С. Маркина, К.А. Яцковский, Н.А. Кошкина // Медицинский альманах. -2009. - № 2. - С. 105-108.

69. Максимова, Н.М. Дифтерия в России в 2005 - 2009 годах / Н.М. Максимова, С.С. Маркина, К.А. Яцковский, В.В. Черкасова, М.П. Корженкова, А.В. Сафронова, Н.А. Кошкина // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2010. -№ 3. - С. 31-36.

70. Маниатис, Т. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук; пер. с англ. под ред. А.А. Баева и К.Г. Скрябина. - М.: Мир, 1984. - 480 с.

71. Маркина, С.С. Эпидемический процесс дифтерийной инфекции в РСФСР в условиях внедрения эпидемиологического надзора / С.С. Маркина, И.М. Тымчаковская, Н.М. Максимова, Н.Л. Сухорукова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1989. - № 5. - С. 38-40.

72. Маркина, С.С. Заболеваемость дифтерией в России в 1993 - 1995 гг. / С.С. Маркина, Н.М. Максимова, Е.А. Котова, Н.Я. Жилина // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 1997. - № 4. - С. 8-10.

73. Маркина, С.С. Заболеваемость дифтерией в настоящее время / С.С. Маркина, Н.М. Максимова, Г.Ф. Лазикова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2005. - № 1. - С. 31-37.

74. Мастиленко, А.В. Разработка системы дифференциации B.bronchiseptica и

B.pertussis на основе мультиплексной ПЦР в режиме «реального времени» / А.В. Мастиленко, Д.А. Васильев, О.Ю. Борисова, Ю.Б. Васильева // Вестник Ульяновской государственной сельскохозяйственной академии. - 2014. - № 1(25). - С. 50-54.

75. Медкова, А.Ю. Распространенность стертых форм коклюша и анализ фазовых состояний бактерий Bordetella pertussis / А.Ю. Медкова, Ю.С. Аляпкина, Л.Н. Синяшина, И.П. Амелина, Я.И. Алексеев, Г.И. Каратаев, А.Г. Боковой // Детские инфекции. - 2010. - Т. 9, № 4. - С. 19-22.

76. Медкова, А.Ю. Инсерционная инактивация оперона вирулентности бактерий Bordetella pertussis в диагностике типичных и атипичных форм коклюша: дис. ... канд. мед. наук: 03.02.03, 14.01.09 / Медкова Алиса Юрьевна. - М., 2013. -105 с.

77. Мельников, В.Г. Нетоксигенные штаммы Corynebacterium diphtheriae, несущие ген дифтерийного токсина: пособие для врачей / В.Г. Мельников,

C.Ю. Комбарова, О.Ю. Борисова, И.К. Мазурова. - М., 2002. - 12 с.

78. Мельников, В.Г. Характеристика нетоксигенных штаммов Corynebacterium

diphtheriae, несущих ген дифтерийного токсина / В.Г. Мельников, С.Ю. Комбарова, О.Ю. Борисова, Н.В. Воложанцев, В.В. Веревкин, К.И. Волковой, И.К. Мазурова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2004. - № 1. - С. 3-7.

79. Михайлович, В.М. Использование метода ДНК-ДНК гибридизации для изучения штаммов Corynebacterium diphtheriae / В.М. Михайлович, В.Л. Заикин, И.К. Мазурова // Молекулярная генетика, микробиология, вирусология. - 1994. - № 6. - С. 27-29.

80. Нарвская, О.В. Применение полимеразной цепной реакции для диагностики дифтерии и изучения возбудителя: пособие для врачей / О.В. Нарвская, И.В. Мокроусов. - СПб., 1995. - 20 с.

81. Николаева, И.В. Коклюш: актуальные вопросы эпидемиологии, диагностики и профилактики / И.В. Николаева, А.Д. Царегородцев // Российский вестник перинатологии и педиатрии. - 2015. - Т. 60, № 5. - С. 162-167.

82. Онищенко, Г.Г. Эпидемиологическое благополучие населения России / Г.Г. Онищенко // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -2013. - №1. - С. 42-51.

83. Организация и проведение серологического мониторинга состояния коллективного иммунитета к инфекциям, управляемым средствами специфической профилактики (дифтерия, столбняк, коклюш, корь, краснуха, эпидемический паротит, полиомиелит, гепатит В): методические указания МУ 3.1.2943-11: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ 15.07.2011. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2011. - 19 с.

84. Патент 2209831 Российская Федерация, МПК C 12 Q 1/68, G 01 N 33/48. Способ дифференциации Corynebacterium diphtheria , содержащих функционально активный ген дифтерийного токсина, от Corynebacterium diphtheria , содержащих функционально неактивный ген дифтерийного токсина / В.Г. Мельников, И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова; заявитель и патентообладатель ГУ МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского. - № 2001135409/09;

заявл. 28.12.2001; опубл. 10.08.2003, Бюл. № 22 . - 4 с.

85. Патент 2247388 Российская Федерация, МПК7 G 01 N 33/569. Способ экспресс-диагностики коклюша / А.С. Кветная, О.С. Калиногорская; заявитель и патентообладатель НИИДИ. - № 2003119018/15; заявл. 24.06.2003; опубл. 27.02.2005, Бюл. № 6. - 7 с.

86. Патент 2316768 Российская Федерация, МПК G 01 N 33/569. Способ получения коклюшного диагностического реагента / В.Н. Сперанская, А.М. Николаева, А.В. Казьянин, Л.Ю. Пагнуева, Е.В. Зиновьева; заявитель и патентообладатель ФГУП «НПО «Микроген» Минздрава России. - № 2006127547/15; заявл. 31.07.2006; опубл. 10.02.2008, Бюл. № 4. - 5 с.

87. Патент 2346987 Российская Федерация, МПК C 12 Q 1/68, C 12 N 15/10. Способ и набор для ускоренной диагностики коклюша / О.Ю. Борисова, И.К. Мазурова, С.Ю. Комбарова, Н.Т. Гадуа, М.С. Петрова, О.П. Попова, А.В. Алешкин; заявитель и патентообладатель ФГУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора. - № 2007147797/13; заявл. 25.12.2007; опубл. 10.02.2009, Бюл. № 5. - 6 с.

88. Патент 2351656 Российская Федерация, МПК C 12 Q 1/68. Способ дифференцирования штаммов Corynebacterium diphtheriae биовара gravis / О.Ю. Борисова, Н.В. Воложанцев, С.Ю. Комбарова, Н.Т. Гадуа, И.К. Мазурова; заявитель и патентообладатель ФГУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского Роспотребнадзора. - № 2007140879/13; заявл. 07.11.2007; опубл. 10.04.2009, Бюл. № 10. - 5 с.

89. Петри, А. Наглядная медицинская статистика: учебное пособие для вузов / А. Петри, К. Сэбин; пер. с англ. под ред. В.П. Леонова. - 2-е изд., перераб. и доп. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2010. - 168 с.

90. Петрова М.С. Коклюш в 70-е годы по материалам очагов инфекции: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 14.00.09 / Петрова Марина Семеновна. - М., 1978. - 24 с.

91. Петрова, М.С. Коклюш и паракоклюш (профилактика, клиника, лечение): методические рекомендации / М.С. Петрова, О.П. Попова, Т.Н. Москалева. -

М., 2000. - 25 с.

92. Петрова, М.С. Особенности эпидемиологии и клиники коклюша в период эпидемического неблагополучия / М.С. Петрова, Л.А. Сигаева, О.П. Попова, В.П. Маркелов, С.В. Звонарева // Проблемы инфекционных болезней: сб. науч. тр. Московского НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского. - М., 2000. - Ч. 1. - С. 80-86.

93. Петрова, М.С. Коклюш у детей раннего возраста / М.С. Петрова, О.П. Попова, О.Ю. Борисова, Е.Н. Абрамова, Р.В. Вартанян, Е.И. Келли // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2012. - № 6. - С. 12-24.

94. Платонов, А.Е. Статистический анализ в медицине и биологии: задачи, терминология, логика, компьютерные методы / А.Е. Платонов. - М.: РАМН, 2000. - 52 с.

95. Покровский, В.И. Эволюция инфекционных болезней в России в XX веке: руководство для врачей / В.И. Покровский, Г.Г. Онищенко, Б.Л. Черкасский. -М.: Медицина, 2003. - 664 с.

96. Попова, О.П. Клинико-эпидемиологические аспекты коклюшной инфекции в современных условиях / О.П. Попова, Т.С. Селезнева, В.И. Милюкова // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 1999. - № 3. - С. 24-26.

97. Попова, О.П. Клинические особенности коклюша у взрослых / О.П. Попова, М.С. Петрова, О.Ю. Борисова, Т.А. Скирда, Н.М. Грачева, Н.А. Малышев // Терапевтический архив. - 2014. - Т. 86, № 11. - С. 78-81.

98. Попова, О.П. Коклюш у детей: клинико-иммунологические аспекты, диагностика и лечение: автореф. дис. ... д-ра мед. наук: 14.01.09 / Попова Ольга Петровна. - М., 2014. - 45 с.

99. Попова, О.П. Особенности специфического гуморального ответа и цитокиновой регуляции при коклюше у детей / О.П. Попова, Т.А. Скирда, И.М. Федорова, С.И. Котелева // Эпидемиология и инфекционные болезни. -2015. - Т. 20, №5. - С. 42-48.

100. Попова, О.П. Диагностическая ценность метода ИФА при коклюше у детей / О.П. Попова, Т.А. Скирда, И.М. Федорова, М.С. Петрова, О.Ю. Борисова,

С.Ю. Комбарова, С.В. Бунин, М.В. Пенкина // Детские инфекции. - 2016. - Т. 15, № 2. - С. 36-40.

101. Прадед, М.Н. ПЦР-диагностика инфекций, вызванных B.pertussis, B.parapertussis и B.bronchiseptica / М.Н. Прадед, С.Б. Яцышина, Т.С. Селезнева, С.В. Малинина, Н.В. Бирюлева, Т.Е. Любимова, Н.С. Воробьева // Клиническая лабораторная диагностика. - 2013. - № 1. - С. 53-56.

102. Прадед, М.Н. Клиническая апробация набора реагентов для диагностики коклюша методом ПЦР / М.Н. Прадед, С.Б. Яцышина, Т.С. Селезнева, Н.С. Воробьева, С.В. Малинина, Т.Е. Любимова, Л.А. Наумова, Т.Т. Козыренко, Л.В. Королева, Т.Т. Лазарова, Т.А. Гречанинова, Г.В. Забулаева, Т.В. Демакова, Н.С. Григорьева, М.А. Юферова, В.С. Лямина, Л.Н. Сушкова, И.Б. Блиман, Н.Н. Зверякина, Л.Ю. Жирнова // Молекулярная диагностика 2014: сб. тр. VIII Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием в 2 т. - М.: ООО «Издательство МБА», 2014. - Т. 1. - Разд. 10. - С. 325-326.

103. Профилактика дифтерии: санитарно-эпидемиологические правила СП 3.1.2.3109-13: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ

09.10.2013. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2015. - 27 с.

104. Профилактика коклюша: санитарно-эпидемиологические правила СП 3.1.2.3162-14: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ

17.03.2014. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2015. - 23 с.

105. Савинова, А.Н. Эффективность новых иммунологических методов выявления Bordetella pertussis и секреторных антител: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.00.07 / Савинова Альфия Николаевна. - Казань, 1991. - 20 с.

106. Селезнева, Т.С. Влияние вакцинопрофилактики на эпидемический процесс управляемых инфекций в Российской Федерации / Т.С. Селезнева, Н.С. Титова, А.И. Заргарьянц, Н.М. Максимова, С.С. Маркина // Эпидемиология и инфекционные болезни - 2002. - №2. - С. 6-11.

107. Семенов, Б.Ф. Подъем заболеваемости коклюшем на фоне массовой

вакцинации. Гипотезы, объясняющие этот феномен / Б.Ф. Семенов, Н.С. Захарова, И.К. Мазурова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2003. - № 6. - С. 70-73.

108. Сигаева, Л.А. Заболеваемость коклюшем в условиях отмены второй ревакцинации / Л.А. Сигаева, Л.С. Кузнецова // Эпидемиология, микробиология и профилактика капельных инфекций: сб. науч. тр. - М.: МНИИЭМ, 1983. - С. 67-73.

109. Сигаева, Л.А. Заболеваемость коклюшем и состояние привитости / Л.А. Сигаева, Л.С. Кузнецова, Е.А. Окиншевич // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1986. - № 3. - С. 43-47.

110. Сперанская, В.Н. Совершенствование лабораторной диагностики коклюша /

B.Н. Сперанская, А.М. Николаева, И.В. Фельдблюм, А.В. Казьянин, Е.В. Гореликова // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2011. - № 3. - С. 4650.

111. Степаншина, В.Н. Взаимосвязь состава питательных сред с ростовыми и биологическими свойствами B.pertussis / В.Н. Степаншина, Л.Н. Алексеева, О.В. Коробова, Л.В. Логачева, А.П. Шепелин, Г.А. Анисимов, К.И. Волковой // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1994. - № 6. -

C. 26-27.

112. Таточенко, В.К. Коклюш - управляемая инфекция / В.К. Таточенко // Вакцинация. Новости вакцинопрофилактики. - 2004. - № 5(35). - С. 2-3.

113. Тимченко, В.Н. Клинико-эпидемиологическая эволюция коклюшной инфекции в Санкт-Петербурге с 1925 по 2001 годы / В.Н. Тимченко, О.В. Парков, И.В. Бабаченко, Е.В. Тимофеева, В.А. Иванькович // Детские инфекции. - 2003. - № 1. - С. 24-26.

114. Туморина, С. З. Эпидемиологическая характеристика дифтерийной инфекции у взрослых людей: автореф. ... дис. канд. мед. наук:14.00.30 / Туморина Светлана Захаровна. - Л.,1989. - 23 с.

115. Тюкавкина, С.Ю. Коклюш: эпидемиология, биологические свойства Bordetella pertussis, принципы лабораторной диагностики и специфической

профилактики / С.Ю. Тюкавкина, Г.Г. Харсеева // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2014. - Т. 19, № 4. - С. 50-59.

116. Фаворова, Л.А. Об эпидемиологическом надзоре / Л.А. Фаворова, Н.Л. Сухорукова, Л.М. Иванова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 1981. - № 8. - С. 8-13.

117. Фаворова, Л.А. Дифтерия: монография / Л.А. Фаворова, Н.В. Астафьева, М.П. Корженкова, Л.С. Кузнецова, Н.М. Максимова, В.В. Михайлов, Н.Л. Сухорукова, В.В. Черкасова, Е.А. Шмелева. - М.: Медицина, 1988. - 208 с.

118. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Инфекционная заболеваемость в Российской Федерации за январь-декабрь 2015 года [Электронный ресурс] // Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. - М., 2016. - ШЬ: http://rospotrebnadzor.ru/activities/statisticalmaterials /statictic_details.php?ELEMENT_ID=5525 (дата обращения: 17.11.2016).

119. Феклисова, Л.В. Применение новой тест-системы для диагностики коклюшной инфекции / Л.В. Феклисова, Г.В. Спирина, Т.С. Шобухова, М.Ю. Кириллов, Е.В. Кабишева, В.М. Шебекова, Т.А. Митрофанова // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2000. - № 2. - С. 59-61.

120. Фокина, Е.Г. Современное состояние проблемы дифтерийной инфекции. Ч. 1 / Е.Г. Фокина // Врач. - 2016. - № 9. - С. 6-9.

121. Фокина, Е.Г. Современное состояние проблемы дифтерийной инфекции. Необходимость замены действующей российской квалификации. Ч. 2 / Е.Г. Фокина // Врач. - 2016. - № 10. - С. 8-12.

122. Ценева, Г.Я. Применение полимеразной цепной реакции в диагностике дифтерийной инфекции / Г.Я. Ценева, Е.Е. Щедеркина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2000. - № 5. - С. 72-74.

123. Ценева, Г.Я. Микробиологическая характеристика возбудителя коклюша и лабораторная диагностика коклюша / Г.Я. Ценева, Н.Н. Курова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2003. - Т. 5, № 4. - С. 329341.

124. Чагина, И.А. Антибиотикочувствительность и молекулярно-генетическая характеристика штаммов СогупеЪас1вгтт ЖрЫНвпав: автореф. дис. ... канд. мед. наук: 03.02.03 / Чагина Ирина Алексеевна. - М., 2016. - 26 с.

125. Чистякова, Г.Г. Дифтерия у взрослых: эпидемиология и вакцинопрофилактика: дис. ... канд. мед. наук: 14.00.30 / Чистякова Галина Геннадиевна. - М., 2002. - 149 с.

126. Шагинян, И.А. Идентификация и типирование патогенных бактерий: современные подходы / И.А. Шагинян // Вестник РАМН. - 2000. - № 1. - С. 2228.

127. Шагинян, И.А. Молекулярно-генетические технологии в изучении эволюции возбудителей инфекционных заболеваний / И.А. Шагинян, А.Л. Гинцбург // Генодиагностика инфекционных болезней: сб. тр. 5-ой Всерос. науч.-практ. конф. в 2 т. - М.: Медицина для всех, 2004. - Т. 2. - С. 145-149.

128. Эпидемиологический надзор за дифтерией: методические указания МУ 3.1.3018-12: утверждены Главным государственным санитарным врачом РФ 07.06.2012. - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2012. - 27 с.

129. Якимова, Т.Н. Эпидситуация по дифтерии в России и в субъектах Российской Федерации с 2005 - 2011 гг. / Т.Н. Якимова, С.С. Маркина, Н.М. Максимова // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. - 2012. - № 5(87). - С. 151-154.

130. Якимова, Т.Н. Дифтерия сегодня / Т.Н. Якимова, С.С. Маркина, Н.М. Максимова // Здоровье населения и среда обитания. - 2013. - № 12. - С. 18-19.

131. Якимова, Т.Н. Эпидемиологический надзор за дифтерией в России в период регистрации единичных случаев заболевания: дис. ... канд. мед. наук: 14.02.02 / Якимова Татьяна Николаевна. - М., 2015. - 191 с.

132. Ясинский, А.А. Вакцинопрофилактика управляемых инфекционных заболеваний в Российской Федерации (1995 - 2004 гг.) / А.А. Ясинский, Е.А. Котова, О.П. Чернявская, А.Е. Ершов, А.Л. Перевощикова // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2005. - № 5(24). - С. 8-14.

133. Ясинский, А.А. Эпидемиологическая ситуация в Российской Федерации в 2004 году / А.А. Ясинский, Е.А. Котова, А.Л. Перевощикова, Е.Г. Скворцова, Г.Ф. Лазикова // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2005. - № 2(21). -C. 6-14.

134. Яцышина, С.Б. Разработка набора реагентов для диагностики дифтерии методом ПЦР и мониторинга за C.diphtheriae и токсигенными C.ulcerans / С.Б. Яцышина, М.Н. Прадед, Т.С. Селезнева, В.Г. Щелокова, К.А. Коновалова, Н.С. Воробьева, М.Н. Елькина // Молекулярная диагностика 2014: сб. тр. VIII Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием в 2 т. - М.: ООО «Издательство МБА», 2014. - Т. 1. - Разд. 10. - С. 332-333.

135. Яцышина, С.Б. Валидизация набора реагентов для ПЦР-диагностики дифтерии / С.Б. Яцышина, М.М. Елькина, Т.С. Селезнева, В.Г. Щелокова, К.А. Коновалова, М.А. Вайтович, О.А. Краус, Л.А. Липатова, Л.В. Белоусова, С.В. Куземцева, А.И. Кобяков // Молекулярная диагностика 2017: сб. тр. IX Всерос. науч.-практ. конф. с междунар. участием в 2 т. - Тамбов: ООО фирма «Юлис», 2017. - Т. 1. - Разд. 4. - С. 215-216.

136. Aravena-Roman, M. Polymerase chain reaction for the detection of toxigenic Corynebacterium diphtheriae / M. Aravena-Roman, R. Bowman, G. O'Neill // Pathology. - 1995. - Vol. 27, № 1. - P. 71-73.

137. Babu, M. Virulence factors of Bordetella pertussis / M. Babu, J. Bhargavi, R.S. Saun, S.K. Singh // Current Science. - 2001. - Vol. 80, № 12. - P. 1512-1522.

138. Backman, A. Nested PCR optimized for detection of Bordetella pertussis in clinical nasopharyngeal samples / A. Backman, B. Johansson, P. Olcen // Journal of Clinical Microbiology. - 1994. - Vol. 32, № 10. - P. 2544-2548.

139. Betsou, F. The C-terminal domain is essential for protective activity of the Bordetella pertussis adenylate cyclase-hemolysin / F. Betsou, P. Sebo, N. Guiso // Infection and Immunity. - 1995. - Vol. 63, № 9. - P. 3309-3315.

140. Birkebaek, N.H. Bordetella pertussis diagnosed by polymerase chain reaction / N.H. Birkebaek, I. Heron, K. Skjodt // APMIS. - 1994. - Vol. 102, № 4. - Р. 291 -294.

141. Borisova, O.Yu. Investigation of the amylase gene structure of orynebacterium diphtheriae / O.Yu. Borisova, S.Yu. Kombarova, N.V. Volozhantsev, I.K. Mazurova // Ninth International Meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD) and Diphtheria Surveillance Network (DIPNET); Vouliagmeni, Greece, 15-17 November 2006: programme and abstracts book. -Vouliagmeni, 2006. - P. 67.

142. Borisova, O. Antigenic divergence between Bordetella pertussis clinical isolates from Moscow, Russia, and vaccine strains / O. Borisova, S.Yu. Kombarova, N.S. Zakharova, M. van Gent, V.A. Aleshkin, I. Mazurova, F.R. Mooi // Clinical and Vaccine Immunology. - 2007. - Vol. 14, № 3. - P. 234-238.

143. Brotons, P. Validation of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid diagnosis of pertussis infection in nasopharyngeal samples / P. Brotons, H.D. de Paz, C. Esteva, I. Latorre, C. Munoz-Almagro // Expert Review of Molecular Diagnostics. - 2016. - Vol. 16, № 1. - P. 125-130.

144. Cassiday, P.K. Analysis of toxigenic Corynebacterium ulcerans strains revealing potential for false-negative real-time PCR results / P.K. Cassiday, L.C. Pawloski, T. Tiwari, G.N. Sanden, P.P. Wilkins // Journal of Clinical Microbiology. - 2008. -Vol. 46, № 1. - P. 331-333.

145. Centers for Disease Control and Prevention. Diptheria [Электронный ресурс] // Manual for the surveillance of vaccine-preventable diseases. - 5th ed. - Atlanta: Centers for Disease Control and Prevention, 2011. - Chap. 1. - 9 p. - URL: https://www.cdc.gov/vaccines/pubs/surv-manual/chpt01-dip.pdf (дата обращения: 05.01.2017).

146. Centers for Disease Control and Prevention. Diphtheria [Электронный ресурс] // Yellow Book 2018: health information for international travel. - New York: Oxford University Press, 2017. - Chap. 3. - URL: https://wwwnc.cdc.gov/travel/ yellowbook/2018/infectious-diseases-related-to-travel/diphtheria (дата обращения: 03.06.2017).

147. Centers for Disease Control and Prevention. Pertussis Epidemic - Washington, 2012 [Электронный ресурс] // Morbidity and mortality weekly report (MMWR). -

2012. - Vol. 61, № 28. - P. 517-522. - URL: https://www.cdc.gov/mmwr/pdf/wk/ mm6128.pdf (дата обращения: 17.11.2016).

148. Centers for Disease Control and Prevention. Pertussis Epidemic - California, 2014 [Электронный ресурс] // Morbidity and mortality weekly report (MMWR). - 2014.

- Vol. 63, № 48. - P. 1129-1132. - URL: https://www.cdc.gov/mmwr/pdf/wk/ mm6348.pdf (дата обращения: 17.11.2016).

149. Centers for Disease Control and Prevention. Pertussis [Электронный ресурс] // Manual for the surveillance of vaccine-preventable diseases. - Atlanta: Centers for Disease Control and Prevention, 2015. - Chap. 10. - 12 p. - URL: https: //www.cdc.gov/vaccines/pubs/surv-manual/chpt10-pertussis.pdf (дата обращения: 17.11.2016).

150. Cianciotto, N.P. Characterization of bacteriophages from tox-containing non-toxigenic isolates of Corynebacterium diphtheriae / N.P. Cianciotto, N.B. Groman // Microbial Pathogenesis. - 1997. - Vol. 22, № 6. - P. 343-351.

151. Corti, M.A. Rare human skin infection with Corynebacterium ulcerans: transmission by a domestic cat / M.A. Corti, G.V. Bloemberg, S. Borelli, H. Kutzner, G. Eich, L. Hoelzle, S. Lautenschlager // Infection. - 2012. - Vol. 40, № 5.

- P. 575-578.

152. Cummings, C.A. Bordetella species are distinguished by patterns of substantial gene loss and host adaptation / C.A. Cummings, M.M. Brinig, P.W. Lepp, S. van de Pas, D.A. Relman // Journal of Bacteriology. - 2004. - Vol. 186, №5. - P. 14841492.

153. Diez-Aguilar, M. Non-diphtheriae Corynebacterium species: an emerging respiratory pathogen / M. Diez-Aguilar, P. Ruiz-Garbajosa , A. Fernandez-Olmos, P. Guisado, R. del Campo, C. Quereda, R. Canton, M.A. Meseguer // European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. - 2013. - Vol. 32, № 6. -P. 769-772.

154. Douglas, E. Identification of Bordetella pertussis in nasopharyngeal swabs by PCR amplification of a region of the adenylate cyclase gene / Е. Douglas, J.G. Coote, R. Parton, W. McPheat // Journal of Medical Microbiology. - 1993. - Vol. 38, № 2. - Р.

140-144.

155. Efstratiou, A. Comparison of phenotypic and genotypic methods for detection of diphtheria toxin among isolates of pathogenic corynebacteria / A. Efstratiou, K.H. Engler, C.S. Dawes, D. Sesardic // Journal of Clinical Microbiology. - 1998. - Vol. 36, № 11. - P. 3173-3177.

156. Farrell, D.J. Nested duplex PCR to detect Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis and its application in diagnosis of Pertussis in Nonmetropolitan Southeast Queensland, Australia / D.J. Farrell, G. Daggard, T.K.S. Mukkur // Journal of Clinical Microbiology. - 1999. - Vol. 37, № 3. - P. 606-610.

157. Gerlach, G. Evolutionary trends in the genus Bordetella / G. Gerlach, F. von Wintzingerode, B. Middendorf, R. Gross // Microbes and Infection. - 2001. - Vol. 3, № 1. - P. 61-72.

158. Giammanco, A. European sero-epidemiology network 2: standardisation of immunoassay results for pertussis requires homogeneity in the antigenic preparations / A. Giammanco, A. Nardone, R. Pebody, G. Kafatos, N. Andrews, A. Chiarini, S. Taormina, F. de Ory, K. Prosenc, B. Krize, H. Hallander, M. Ljungman, E. Marva, A. Tsakris, D. O'Flanagan, F. Schneider, A. Griskevicius, R. Vranckx, I. Karacs // Vaccine. - 2008. - Vol. 26, № 35. - P. 4486-4493.

159. Glare, E.M. Analysis of a repetitive DNA sequence from Bordetella pertussis and its application to the diagnosis of pertussis using the polymerase chain reaction / E.M. Glare, J.P. Paton, R.R. Premier, A.J. Lawrence, I.T. Nisbet // Journal of Clinical Microbiology. - 1990. - Vol. 28, №9. - P. 1982-1987.

160. Glushkevich, T.G. The etiology of diphtheria in the Ukraina / T.G. Glushkevich, L.S. Nekrasova, N.N. Zherebko // Sixth International Meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD); Brussels, Belgium, 21-24 June 2000: programme and abstracts book. - Brussels, 2000. - P. 37.

161. Granstrom, G. Evaluation of serologic assays for diagnosis of whooping cough / G. Granstrom, B. Wretlind, C.R. Salenstedt, M. Granstrom // Journal of Clinical Microbiology. - 1988. - Vol. 26, № 9. - P. 1818-1823.

162. Grimprel, E.P. Comparison of polymerase chain reaction, culture and Western

immunoblot serology for diagnosis of Bordetella pertussis infections / E.P. Grimprel, P. Begue, I. Anjak, F. Betsou, N. Guiso // Journal of Clinical Microbiology. - 1993. - Vol. 31, № 10. - P. 2745-2750.

163. Groman, N. B. Detection and expression of DNA homologous to the toxin nontoxigenic isolates of Corynebacterium diphtheriae / N. B. Groman, N. Cianciotto, M. Bjorn, M. Rabin // Infection and Immunity. - 1983. - Vol. 42, № 1. -P. 48-56.

164. Harnden, A. Whooping cough in school age children with persistent cough: prospective cohort study in primary care / A. Harnden, C. Grant, T. Harrison, R. Perera, A.B. Brueggemann, R. Mayon-White, D. Mant // BMJ. - 2006. - Vol. 333, № 7560. - P. 174-177.

165. He, Q. Comparison of polymerase chain reaction with culture and enzyme immunoassay for diagnosis of pertussis / Q. He, J. Mertsola, H. Soini, M. Skurnik, O. Ruuskanen, M.K. Viljanen // Journal of Clinical Microbiology. - 1993. - Vol. 31, № 3. - P. 642-645.

166. He, Q. Evaluation of pooled and individual components of Bordetella pertussis as antigens in an enzyme Immunoassay for diagnosis of pertussis / Q. He, J. Mertsola, J.P. Himanen, O. Ruuskanen, M.K. Viljanen // European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. - 1993. - Vol. 12, № 9. - P. 690-695.

167. Heininger, U. A controlled study of the relationship between Bordetella pertussis infection and sudden unexpected deaths in German infants / U. Heininger, W.J. Kleemann, J.D. Cherry // Pediatrics. - 2004. - Vol. 114, № 1. - P. 9-15.

168. Hoppe, J.E. Methods for isolation of Bordetella pertussis from patients with whooping cough / J.E. Hoppe // European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. - 1988 - Vol. 7, № 5. - P. 616-620.

169. Hoppe, J. E. Comparison of three kinds of blood and two incubation atmospheres for cultivation of Bordetella ert ssis on charcoal agar / J.E. Hoppe, M. Scblagenhauf // Journal of Clinical Microbiology. - 1989. - Vol. 27, № 9. - P. 21152117.

170. Hoppe, J.E. Comparison of cefsulodin and cephalexin as selective agents in agar

for Bordetella pertussis / J.E. Hoppe, M. Schlagenhauf // Immunität und Infektion. -1990. - Vol. 18, № 2. - P. 40-41.

171. Hot, D. Differential modulation of Bordetella pertussis virulence genes as evidenced by DNA microarray analysis / D. Hot, R. Anotine, G. Renauld-Mongenie, V. Caro, B. Hennuy, E. Levillain, L. Huot, G. Wittmann, D. Poncet, F. Jacob-Dubuisson, C. Guyard, F. Rimlinger, L. Aujame, E. Godfroid, N. Guiso, M.J. Quentin-Millet, Y. Lemoine, C. Locht // Molecular Genetics and Genomics. - 2003.

- Vol. 269, № 4. - P. 475-486.

172. Houard, S. Specific identification of Bordetella pertussis by the polymerase chain reaction / S. Houard, C. Hackel, A. Herzog, A. Bollen // Research in Microbiology.

- 1989. - Vol. 140, № 7. - P. 477-487.

173. Indumathi, V.A. Diphtheria-like illness in a fully immunised child caused by Corynebacterium pseudodiphtheriticum / V.A. Indumathi, R. Shikha, D.R. Suryaprakash // Indian Journal of Medical Microbiology. - 2014. - Vol. 32, № 4. -P. 443-445.

174. Kamachi, K. Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid diagnosis of Bordetella pertussis infection / K. Kamachi, H. Toyoizumi-Ajisaka, K. Toda, S.C. Soeung, S. Sarath, Y. Nareth, Y. Horiuchi, K. Kojima, M. Takahashi, Y. Arakawa // Journal of Clinical Microbiology. - 2006. - Vol. 44, № 5. - P. 1899-1902.

175. Kamachi, K. Laboratory-based surveillance of pertussis using multitarget real-time PCR in Japan: evidence for Bordetella pertussis infection in preteens and teens / K. Kamachi, S. Yoshino, C. Katsukawa, N. Otsuka, Y. Hiramatsu, K. Shibayama // New Microbes and New Infections. - 2015. - Vol. 8. - P. 70-74.

176. Kamada, T. Case of acute pharyngitis caused by Corynebacterium ulcerans in Ibaraki Prefecture / T. Kamada, A. Hatanaka, A. Tasaki, K. Honda, A. Tsunoda, K. Kitamura // Journal of Otolaryngology of Japan. - 2012. - Vol. 115, № 7. - P. 682686.

177. Kersters, K. Bordetella avium sp. nov., isolated from the respiratory tracts of turkeys and other birds / K. Kersters, K.H. Hinz, A. Hertle, P. Segers, A. Lievens,

O. Siegmann, J. De Ley // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1984. - Vol. 34, № 1. - P. 56-70.

178. King, A.J. Changes in the genomic content of circulating Bordetella pertussis strains isolated from the Netherlands, Sweden, Japan and Australia: adaptive evolution or drift? / A.J. King, T. van Gakom, H.G. van der Heide, A. Advani, S. van der Lee // BMC Genomics. - 2010. - Vol. 11:64. - P. 1-15.

179. Klement, E. An outbreak of pertussis among young Israeli soldiers / E. Klement, L. Uliel, I. Engel, T. Hasin, M. Yavzori, N. Orr, N. Davidovitz, N. Lahat, I. Srugo, E. Zangvil, D. Cohen // Epidemiology and Infection. - 2003. - Vol. 131, № 3. - P. 1049-1054.

180. Ko, K.S. New species of Bordetella, Bordetella ansorpii sp. nov., isolated from the purulent exudate of an epidermal cyst / K.S. Ko, K.R. Peck, W.S. Oh, N.Y. Lee, J.H. Lee, J.H. Song // Journal of Clinical Microbiology. - 2005. - Vol. 43, № 5. - P. 2516-2519.

181. Kolodkina, V. Multiplex real-time PCR assay for detection and differentiation of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis / V. Kolodkina, M. Martinov, A. Babenko // Iranian Journal of Microbiology. - 2014. - Vol. 6, № 3. - P. 140-148.

182. Konrad, R. Possible human-to-human transmission of toxigenic Corynebacterium ulcerans / R. Konrad, S. Hormansdorfer, A. Sing // Clinical Microbiology and Infection. - 2015. - Vol. 21, № 8. - P. 768-771.

183. Lanotte, Ph. Evaluation of four commercial Real-Time PCR assays for detection of Bordetella spp. in nasopharyngeal aspirates / Ph. Lanotte, Ch. Plouzeau, Ch. Burucoa, C. Grelaud, S. Guillot, N. Guiso, F. Garnier // Journal of Clinical Microbiology. - 2011. - Vol. 49, № 11. - P. 3943-3946.

184. Leininger, E. Comparative roles of the Arg-Gly-Asp sequence present in the Bordetella pertussis adhesions pertactin and filamentous hemagglutinin / E. Leininger, C.A. Ewanowich, A. Bhargava, M.S. Peppler, J.G. Kenimer, M.J. Brennan // Infection and Immunity. - 1992. - Vol. 60, № 6. - P. 2380-2385.

185. Li, Z.M. Cloning and sequencing of the structural gene for the porin protein of Bordetella pertussis / Z.M. Li, J.H. Hannah, S. Stibitz, N.Y. Nguyen, C.R.

Manclark, M.J. Brennan // Molecular Microbiology. - 1991. - Vol. 5, № 7. - Р. 1649-1656.

186. Li, Z.M. Identification of Bordetella pertussis infection by shared-primer PCR / Z.M. Li, D.L. Jansen, T.M. Finn, S.A. Halperin, A. Kasina, S.P. O'Connor, T. Aoyama, C.R. Manclark, M.J. Brennan // Journal of Clinical Microbiology. - 1994. - Vol. 32, № 3. - Р. 783-789.

187. Lind-Brandberg, L. Evaluation of PCR for diagnosis of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis infections / L. Lind-Brandberg, C. Welinder-Olsson, T. Lagergard, J. Taranger, B. Trollfors, G. Zackrisson // Journal of Clinical Microbiology. - 1998. - Vol. 36, № 3. - P. 679-683.

188. Litt, D.J. Detection of anti-pertussis toxin IgG in oral fluids for use in diagnosis and surveillance of Bordetella pertussis infection in children and young adults / D.J. Litt, D. Samuel, J. Duncan, A. Harnden, R.C. George, T.G. Harrison // Journal of Medical Microbiology. - 2006. - Vol. 55, № 9. - P. 1223-1228.

189. Litt, D.J. Direct molecular typing of Bordetella pertussis from clinical specimens submitted for diagnostic quantitative (real-time) PCR / D.J. Litt, E. Jauneikaite, D. Tchipeva, T.G. Harrison, N.K. Fry // Journal of Medical Microbiology. - 2012. -Vol. 61, № 12. - P. 1662-1668.

190. Loeffelholz, M. Towards improved accuracy of Bordetella pertussis nucleic acid amplification tests / M. Loeffelholz // Journal of Clinical Microbiology. - 2012. -Vol. 50, № 7. - P. 2186-2190.

191. Mancini, F. Identification and molecular discrimination of toxigenic and nontoxigenic diphtheria Corynebacterium strains by combined real-time polymerase chain reaction assays / F. Mancini, M. Monaco, M. Pataracchia, C. von Hunolstein, A. Pantosti, A. Ciervo // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2012. -Vol. 73, № 2. - P. 111-120.

192. Markina, S.S. Diphtheria in the Russian Federation in the 1990s / S.S. Markina, N.M. Maksimova, C.R. Vitek, E.Y. Bogatyreva, A.A. Monisov // The Journal of Infection Diseases. - 2000. - Vol. 181 Suppl. 1. - Р. S27-S34.

193. Martini, H. Improving specificity of Bordetella pertussis detection using a four

target real-time PCR / H. Martini, L. Detemmerman, O. Soetens, E. Yusuf,

D. Pierard // PLoS One. - 2017. - Vol. 12, № 4. - e0175587.

194. Mastrantonio, P. Polymerase chain reaction for the detection of Bordetella pertussis in clinical nasopharyngeal aspirates / P. Mastrantonio, P. Stefanelli, M. Giuliano // Journal of Medical Microbiology. - 1996. - Vol. 44, № 4. - P. 261-266.

195. Mathieu, A. Life on human surfaces: skin metagenomics / A. Mathieu, T.O. Delmont, T.M. Vogel, P. Robe, R. Nalin, P. Simonet // PLoS One. - 2013. - Vol. 8, № 6. - e65288.

196. Mattoo, S. Molecular pathogenesis, epidemiology, and clinical manifestations of respiratory infections due to Bordetella pertussis and other Bordetella subspecies / S. Mattoo, J.D. James // Clinical Microbiology Reviews. - 2005. - Vol. 18, № 2. - P. 326-382.

197. Mazurova, I.K. Characterization of non-toxigenic tox-bearing Corynebacterium diphtheriae the waning Russian epidemic / I.K. Mazurova, O.J. Borisova, S.J. Kombarova, V.G. Melnikov, T.V. Platonova, J. Reiss, C. Kim, T. Popovic // Fifth International Meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD); Thessaloniki, Greece, June 1998: programme and abstracts book. -Thessaloniki, 1998. - P. 33.

198. Mazurova, I.K. Laboratory diagnosis of diphtheria as part of diphtheria surveillance in Russia / I.K. Mazurova, V. Melnikov, S.J. Kombarova, O. Borisova,

E.A. Bugaev // Seventh International meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD) and Diphtheria Surveillance Network (DIPNET); Vienna, Austria, 12-14 June 2002: programme and abstracts book. - Vienna, 2002. -P. 53.

199. McNicol, P. Evaluation and validation of a monoclonal immunofluorescent reagent for direct detection of Bordetella pertussis / P. McNicol, S.M. Giercke, M. Gray, D. Martin, B. Brodeur, M.S. Peppler, T. Williams, G. Hammond / Journal of Clinical Microbiology. - 1995. - Vol. 33, № 11. - P. 2868-2871.

200. Melnikov, V.G. Molecular screening for the «identification» of non-toxigenic tox bearing strains of Corynebacterium diphtheriae from the Russian Federation / V.G.

Melnikov, A. De Zoysa, I.K. Mazurova, S.J. Kombarova, O.J. Borisova, K.H. Engler, A. Efstratiou // Sixth International Meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD); Brussels, Belgium, 21-24 June 2000: programme and abstracts book. - Brussels, 2000. - P. 60-61.

201. Melnikov, V. Etiological value of non-toxigenic tox-bearing (NTTB) Corynebacterium diphtheriae strains / V. Melnikov, S. Kombarova, O. Borisova, I.K. Mazurova // Seventh International meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD) and Diphtheria Surveillance Network (DIPNET); Vienna, Austria, 12-14 June 2002: programme and abstracts book. -Vienna, 2002. - P. 80.

202. Mertsola, J. Serologic diagnosis of pertussis: evaluation of pertussis toxin and other antigens in enzyme-linked immunosorbent assay / J. Mertsola, O. Ruuskanen, T. Kuronen, O. Meurman, M.K. Viljanen // The Journal of Infection Diseases. -1990. - Vol. 161, № 5. - P. 966-971.

203. Mikhailovich, V.M. Application of PCR for detection of toxigenic Corynebacterium diphtheriae strains isolated during the Russian diphtheria epidemic, 1990 through 1994 / V.M. Mikhailovich, V.G. Melnikov, I.K. Mazurova, I.K. Wachsmuth, J.D. Wenger, M. Wharton, H. Nakao, T. Popovic // Journal of Clinical Microbiology. - 1995. - Vol. 33, № 11. - P. 3061-3063.

204. Moore, L.S. Corynebacterium ulcerans cutaneous diphtheria / L.S. Moore, A. Leslie, M. Meltzer, A. Sandison, A. Efstratiou, S. Sriskandan // The Lancet. Infectious diseases. - 2015. - Vol. 15, № 9. - P. 1100-1107.

205. Morril, W.E. Effects of transport temperature and medium on recovery of Bordetella ert ssis from nasopharyngeal swabs / W.E. Morril, J.M. Barbaree, B.S. Fields, G.N. Sanden, W.T. Martin // Journal of Clinical Microbiology. - 1988. - Vol. 26, № 9. - P. 1814-1817.

206. Nakao, H. Heterogeneity of diphtheria toxin gene, tox, and its regulatory element, dtxR, in Corynebacterium diphtheriae strains causing epidemic diphtheria in Russia and Ukraine / H. Nakao, J.M. Pruckler, I.K. Mazurova, O.V. Narvskaia, T.G. Glushkevich, V.F. Marijevski, A.N. Kravetz, B.S. Fields, I.K. Wachsmuth, T.

Popovic // Journal of Clinical Microbiology. - 1996. - Vol. 34, № 7. - P. 1711-1716.

207. Nakao, H. Development of a direct PCR assay for detection of the diphtheria toxin gene / H. Nakao, T. Popovic // Journal of Clinical Microbiology. - 1997. - Vol. 35, № 7. - P. 1651-1655.

208. Nhan, T.X. Microbiological investigation and clinical significance of Corynebacterium spp. in respiratory specimens / T.X. Nhan, J.J. Parienti, G. Badiou, R. Leclercq, V. Cattoir // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2012. - Vol. 74, № 3. - P. 236-241.

209. Notomi, T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA / T. Notomi, H. Okayama, H. Masubuchi, T. Yonekawa, K. Watanabe, N. Amino, T. Hase // Nucleic Acids Research. - 2000. - Vol. 28, № 12. - P. E63.

210. Notomi, T. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): principle, features, and future prospects / T. Notomi, Y. Mori, N. Tomita, H. Kanda // The Journal of Microbiology. - 2015. - Vol. 53, № 1. - P. 1-5.

211. Pallen, M.J. Rapid screening for toxigenic Corynebacterium diphtheriae by the polymerase chain reaction / M.J. Pallen // Journal of Clinical Pathology. - 1991. -Vol. 44, №12. - P. 1025-1026.

212. Pallen, M.J. Polymerase chain reaction for screening clinical isolates of corynebacteria for the production of diphtheria toxin / M.J. Pallen, A.J. Hay, L.H. Puckey, A. Efstratiou // Journal of Clinical Pathology. - 1994. - Vol. 47, № 4. - P. 353-356.

213. Patent JP 2007228868 A, IPC C 12 N 15/09, C 12 Q 1/68, G 01 N 21/78, G 01 N 21/83. Method for detecting diphtheria toxin gene by LAMP method and primer set therefor / I. Masaaki, T. Motohide, A. Yoshichika; applicant Japan Health Science Foundation. - № JP20060054058 2006-02-28, 2007-03-13. - 9 p.

214. Perez-Parra, S. Letal endocarditis due to Corynebacterium pseudodiphtheriticum / S. Perez-Parra, A. Pena, E. Blanca, F. Garcia // Revista Chilena de Infectologia. -2016. - Vol. 33, № 2. - P. 229-31.

215. Pimenta, F.P. A multiplex PCR assay for simultaneous detection of Corynebacterium diphtheriae and differentiation between non-toxigenic and

toxigenic isolates / F.P. Pimenta, R.Jr. Hirata, A.C. Rosa, L.G. Milagres, A.L. Mattos-Guaraldi // Journal of Medical Microbiology. - 2008. - Vol. 57, № 11. - P. 1438-1439.

216. Qin, X. Multitarget PCR for diagnosis of pertussis and its clinical implications / X. Qin, E. Galanakis, E.T. Martin, J.A. Englund / Journal of Clinical Microbiology. -2007. - Vol. 45, № 2. - P. 506-511.

217. Qin, X. Resurgence of Pertussis and its laboratory diagnosis / X. Qin // Clinical Microbiology Newsletter. - 2015. - Vol. 37, № 9. - P. 69-76.

218. Regan, J. Enrichment medium for the isolation of Bordetella / J. Regan, F. Lowe // Journal of Clinical Microbiology. - 1977. - Vol. 6, №3. - P. 303-309.

219. Riffelmann, M. Performance of commercial enzyme-linked immunosorbent assays for detection of antibodies to Bordetella pertussis / M. Riffelmann, K. Thiel, J. Schmetz, C. H. Wirsing von Koenig // Journal of Clinical Microbiology. - 2010. -Vol. 48, № 12. - P. 4459-4463.

220. Rodgers, L. Epidemiologic and laboratory features of a large outbreak of pertussislike illnesses associated with cocirculating Bordetella holmesii and Bordetella pertussis - Ohio, 2010-2011 / L. Rodgers, S.W. Martin, A. Cohn, J. Budd, M. Marcon, A. Terranella, S. Mandal, D. Salamon, A. Leber, M.L. Tondella, K. Tatti, K. Spicer, A. Emanuel, E. Koch, L. McGlone, L. Pawloski, M. Lemaile-Williams, N. Tucker, R. Iyer, T.A. Clark, M. Diorio // Clinical Infectious Diseases. - 2013. -Vol. 56, № 3. - P. 322-331.

221. Rothstein, E. Health burden of pertussis in adolescents and adults / E. Rothstein, K. Edwards // The Pediatric Infectious Disease Journal. - 2005. - Vol. 24 Suppl. 5. - P. S44-S47.

222. Saeki, J. The detection of toxigenic Corynebacterium ulcerans from cats with nasal inflammation in Japan / J. Saeki, C. Katsukawa, M. Matsubayashi, H. Nakanishi, M. Furuya, H. Tani, K. Sasai // Epidemiology and Infection. - 2015. -Vol. 143, № 12. - P. 2660-2665.

223. Sangal, V. Diphtheria-like disease caused by toxigenic Corynebacterium ulcerans strain / V. Sangal, L. Nieminen, B. Weinhardt, J. Raeside, N.P. Tucker, C.D.

Florea, K.G. Pollok, P.A. Hoskisson // Emerging Infectious Diseases. - 2014. - Vol. 20, № 7. - P. 1257-1258.

224. Sanz Moreno, J.C. Laboratory diagnosis of pertussis. Role of serology / J.C. Sanz Moreno, F. de Ory Manchon, A.J. Gonzalez, J.L. de La Torre, F. Salmeron, A. Limia, O. Tello, I. Pachon, C. Amela, J. Vazquez, F. de Ory, J.C. Sanz // Enfermedades Infecciosas y Microbiologia Clinica. - 2002. - Vol. 20, № 5. - P. 212218.

225. Schlapfer, G. Use of the polymerase chain reaction to detect Bordetella pertussis in patients with mild or atypical symptoms of infection / G. Schlapfer, H.P. Senn, R. Berger, M. Just // European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. - 1993. - Vol. 12, № 6. - P. 459-463.

226. Schlapfer, G. Polymerase chain reaction identification of Bordetella pertussis infections in vaccinees and family members in a pertussis vaccine efficacy trial in Germany / G. Schlapfer, J.D. Cherry, U. Heininger, M. Uberal, S. Schmitt-Grohe, S. Laussucq, M. Just, K. Stehr // The Pediatric Infectious Disease Journal. - 1995. -Vol. 14, № 3. - P. 209-214.

227. Schuhegger, R. Detection of toxigenic Corynebacterium diphtheriae and Corynebacterium ulcerans strains by a novel real-time PCR / R. Schuhegger, M. Lindermayer, R. Kugler, J. Heesemann, U. Bursch, A. Sing // Journal of Clinical Microbiology. - 2008. - Vol. 46, № 8. - P. 2822-2823.

228. Sing, A. Rapid detection and molecular differentiation of toxigenic Corynebacterium diphtheriae and Corynebacterium ulcerans strains by LightCycler PCR / A. Sing, A. Berger, W. Schneider-Brachert, T. Holzmann, U. Reischl // Journal of Clinical Microbiology. - 2011. - Vol. 49, № 7. - P. 2485-2489.

229. Skoff, T.H. Sources of infant pertussis infection in the United States / T.H. Skoff, C. Kenyon, N. Cocoros, J. Liko, L. Miller, K. Kudish, J. Baumbach, S. Zansky, A. Faulkner, S.W. Martin // Pediatrics. - 2015. - Vol. 136, № 4. - P. 635-641.

230. Stone, B.L. Duration of Bordetella pertussis polymerase chain reaction positivity in confirmed pertussis illness / B.L. Stone, J. Daly, R. Srivastava // Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society. - 2014. - Vol. 3, № 4. - P. 347-349.

231. Tatti, K.M. Novel multitarget real-time PCR assay for rapid detection of Bordetella species in clinical specimens / K.M. Tatti, K.N. Sparks, K.O. Boney, M.L. Tondella // Journal of Clinical Microbiology. - 2011. - Vol. 49, № 12. - P. 4059-4066.

232. Titov, L. Biological properties of non-toxigenic Corynebacterim diphtheriae isolates circulating in Belarus (1996 - 1997) / L. Titov, V. Kolodkina, A. Dronina, P. Grimont, C. Andronescu // Sixth International Meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD); Brussels, Belgium, 21-24 June 2000: programme and abstracts book. - Brussels, 2000. - P. 59.

233. Torres, Lde.F. Multiplex polymerase chain reaction to identify and determine the toxigenicity of Corynebacterium spp with zoonotic potential and an overview of human and animal infections / Lde.F. Torres, D. Ribeiro, Jr.R. Hirata, L.G. Pacheco, M.C. Souza, L.S. dos Santos, C.S. dos Santos, M. Salah, M.M. Costa, M.G. Ribeiro, S.A. Selim, V.A. Azevedo, A.L. Mattos-Guaraldi // Memorias do Instituto Oswaldo Cruz. - 2013. - Vol. 108, № 3. - P. 272-279.

234. van Amersfoorth, S.C.M. Analysis of Bordetella pertussis populations in European countries with different vaccination policies / S.C.M. van Amersfoorth, L.M. Schouls, H.G.J. van der Heide, A. Advani, H.O. Hallander, K. Bondeson, C.H.W. von Konig, M. Riffelmann, C. Vahrenholz, N. Guiso, V. Caro, E. Njamkepo, Q. He, J. Mertsola, F.R. Mooi // Journal of Clinical Microbiology. - 2005. - Vol. 43, № 6. -P. 2837-2843.

235. van der Zee, A. Polymerase chain reaction assay for pertussis: simultaneous detection and discrimination of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis / A. van der Zee, C. Agterberg, M. Peeters, J. Schellekens, F.R. Mooi // Journal of Clinical Microbiology. - 1993. - Vol. 31, № 8. - P. 2134-2140.

236. van der Zee, A. A clinical validation of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis polymerase chain reaction: comparison with culture and serology using samples from patients with suspected whooping cough from a highly immunized population / A. van der Zee, C. Agterberg, M. Peeters, F. Mooi, J. Schellekens // The Journal of Infectious Diseases. - 1996. - Vol. 174, №1. - P. 89-

237. van der Zee, A. Laboratory diagnosis of Pertussis / A. van der Zee, J.F. Schellekens, F.R. Mooi // Clinical Microbiology Reviews. - 2015. - Vol. 28, № 4. -P. 1005-1026.

238. Vandamme, P. Bordetella hinzii sp. nov., isolated from poultry and humans / P. Vandamme, J. Hommez, M. Vancanneyt, M. Monsieurs, B. Hoste, B. Cookson, C.H. Wirsing von Konig, K. Kersters, P.J. Blackall // International Journal of Systematic Bacteriology. - 1995. - Vol. 45, № 1. - P. 37-45.

239. Vandamme, P. Bordetella trematum sp. nov., isolated from wounds and ear infections in humans, and reassessment of Alcaligenes denitrificans Rüger and Tan 1983 / P. Vandamme, M. Heyndrickx, M. Vancanneyt, B. Hoste, P. De Vos, E. Falsen, K. Kersters, K.H. Hinz // International Journal of Systematic Bacteriology. -1996. - Vol. 46, № 4. - P. 849-858.

240. Vandamme, P.A. Bordetella bronchialis sp. nov., Bordetella flabilis sp. nov. and Bordetella sputigena sp. nov., isolated from human respiratory specimens, and reclassification of Achromobacter sediminum Zhang et al. 2014 as Verticia sediminum gen. nov., comb. nov. / P.A. Vandamme, C. Peeters, M. Cnockaert, E. Inganas, E. Falsen, E.R. Moore, O.C. Nunes, C.M. Manaia, T. Spilker, J.J. LiPuma // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2015. - Vol. 65, № 10. - P. 3674-3682.

241. Vandentorren, S. Toxigenic Corynebacterium ulcerans in a fatal human case and her feline contacts, France, March 2014 / S. Vandentorren, N. Guiso, E. Badell, P. Boisrenoult, M. Micaelo, G. Troche, P. Lecouls, M.J. Moquet, O. Patey, E. Belchior // Euro surveillance: European communicable disease bulletin. - 2014. - Vol. 25, № 19(38). - P. 20910.

242. Versteegh, F.G. Bordetella pertussis and mixed infections / F.G. Versteegh, T.A. Mooi-Kokenberg, J.F. Schellekens, J.J. Roord // Minerva Pediatrica. - 2006. - Vol. 58, № 2. - P. 131-137.

243. Viljanen, M.K. Serological diagnosis of pertussis: IgM, IgA and IgG antibodies against Bordetella ert ssis measured by enzymelinked immunosorbent assay

(ELISA) / M.K. Viljanen, O. Ruuskanen, C. Granberg, T.T. Salmi // Scandinavian Journal of Infectious Diseases. - 1982. - Vol. 14, № 2. - P. 117-122.

244. Vitek, C.R. Risk of diphtheria among schoolchildren in the Russian Federation in relation to time since last vaccination / C.R. Vitek, M.B. Brennan, C.A. Gotway, V.Y. Bragina, N.V. Govorukina, O.N. Kravtsova, P.H. Rhodes, K.M. Bisgard, P.M. Strebel // The Lancet. - 1999. - Vol. 353, № 9150. - P. 355-358.

245. Volozhantsev, N. V. Mechanism of blockage of tox gene expression in NTTB Corynebacterim diphtheriae strains and reactivation of the «silent» tox gene / N. V. Volozhantsev, V. M. Bannov, V. M. Krasilnikova, A. Efstratiou // Eighth International Meeting of the European Laboratory Working Group on Diphtheria (ELWGD) and Diphtheria Surveillance Network (DIPNET); Copenhagen, Denmark, 16-18 June 2004: programme and abstracts book. - Copenhagen, 2004. -P. 41.

246. von Wintzingerode, F. Bordetella petrii sp. nov., isolated from an anaerobic bioreactor, and emended description of the genus Bordetella / F. von Wintzingerode, A. Schattke, R.A. Siddiqui, U. Rosick, U.B. Gobel, R. Gross // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2001. - Vol. 51, № 4. - P. 1257-1265.

247. Waters, V. Outbreak of atypical pertussis detected by polymerase chain reaction in immunized preschool-aged children / V. Waters, F. Jamieson, S.E. Richardson, M. Finkelstein, A. Wormsbecker, S.A. Halperin // The Pediatric Infectious Disease Journal. - 2009. - Vol. 28, № 7. - P. 582-587.

248. Wensley, A. Risk factors for pertussis in adults and teenagers in England / A. Wensley, G.J. Hughes, H. Campbell, G. Amirthalingam, N. Andrews, N. Young, L. Coole // Epidemiology and Infection. - 2017. - Vol. 145, № 5. - P. 1025-1036.

249. Weyant, R.S. Bordetella holmesii sp. nov., a new gram-negative species associated with septicemia / R.S. Weyant, D.G. Hollis, R.E. Weaver, M.F. Amin, A.G. Steigerwalt, S.P. O'Connor, A.M. Whitney, M.I. Daneshvar, C.W. Moss, D.J. Brenner // Journal of Clinical Microbiology. - 1995. - Vol. 33, № 1. - P. 1-7.

250. Wood, N. Pertussis: review of epidemiology, diagnosis, management and

prevention / N. Wood, P. McIntyre // Paediatric Respiratory Reviews. - 2008. - Vol. 9, № 3. - Р. 201-211.

251. World Health Organization. Infections and infectious diseases [Электронный ресурс] // A manual for nurses and midwives in the WHO European Region. -Copenhagen: World Health Organization, 2001. - 271 p.- URL: http://www.euro.

who.int/_data/assets/pdf_file/0013/102316/e79822.pdf?ua=1 (дата обращения:

05.01.2017).

252. World Health Organization. Pertussis (whooping cough) [Электронный ресурс] // WHO-recommended standards for surveillance of selected vaccine-preventable diseases. - Geneva: World Health Organization, 2003. - P. 28-30. - URL: http: //apps.who.int/iris/bitstream/10665/68334/1/WHO_V-B_03.01_eng.pdf?ua=1 (дата обращения: 05.01.2017).

253. Zackrisson, G. Immunoglobulin A antibodies to pertussis toxin and filamentous hemagglutinin in saliva from patients with pertussis / G. Zackrisson, T. Lagergard, B. Trollfors, I. Krantz // Journal of Clinical Microbiology. - 1990. - Vol. 28, № 7. -P. 1502-1505.