Сравнительное исследование полиморфных вариантов генов атипичных семейных микобактериозов в сибирских популяциях и у больных туберкулезом тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Гараева, Анна Фидусовна

• Гараева, Анна Фидусовна
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Гараева, Анна Фидусовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Генетика подверженности туберкулезу

1.2 Синдром атипичных семейных микобактериозов

1.2.1 Роль IL-12 и его рецептора в патогенезе синдрома

1.2.2 Роль IFN-y и его рецепторов

1.2.3 Роль гена STAT1

1.2.4 Роль гена NEMO

Глава 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Характеристика исследуемых групп

2.2 Характеристика методов исследования

2.2.1 Клинико-лабораторные методы

2.2.2 Молекулярно-генетические методы

2.3 Статистические методы анализа

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Скрининг мутаций генов противоинфекционного иммунитета IL-

12/IFN-y у русских и тувинцев

3.2 Межпопуляционные различия в распространении частот аллелей

и генотипов генов антимикобактериального иммунитета

3.3 Анализ ассоциаций полиморфизмов генов атипичных семейных микобактеризов с туберкулезом в сибирских популяциях

3.4 Исследование блоков сцепления полиморфизмов генов атипичных семейных микобактериозов

3.4.1 Структура неравновесия по сцеплению в гене IL12RB

3.4.2 Структура неравновесия по сцеплению в гене IFNGR1

3.5 Анализ межгенных взаимодействий у больных туберкулезом в

117

различных популяциях

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Сравнительное исследование полиморфных вариантов генов атипичных семейных микобактериозов в сибирских популяциях и у больных туберкулезом»

Введение

Актуальность проблемы

В 1991 году ВОЗ объявила туберкулез (ТБ) глобальной проблемой здравоохранения [Lin P.L., Flynn J.A.L. et al, 2010; Lienhardt C. et al., 2012]. В мире по разным оценкам регистрируется от восьми до десяти миллионов случаев впервые заболевших ТБ, а смертность от заболевания и его осложнений достигает двух миллионов случаев ежегодно [Boechat A.L., 2013; Cobat A. et al., 2013; Rudko A.A. et al., 2016] и занимает второе месте по численности умерших от инфекций после СПИДа [Sahiratmadja E. et al. 2007; WHO, 2016]. Введено понятие «глобального бремени туберкулеза» («global tuberculosis burden»), которое несет мировое сообщество из-за повсеместного распространения ТБ среди населения планеты.

Распространен ТБ неравномерно: около 80% ежегодных новых случаев заболевания приходится на 22 страны, в том числе и Россию [WHO, 2014]. Эпидемический порог существенно превышен в странах Африки, Латинской Америки, Юго-Восточной Азии [Li D.D. et al., 2013]. В России особенно напряженной остается ситуация на территории Сибирского федерального округа и Дальнего востока [Шилова М.В., 2014].

Одной из основных причин неослабевающего интереса к ТБ является вариабельность его клинического течения. Подсчитано, что примерно 30% мирового населения инфицировано M. tuberculosis, но только в 5-15% случаев инфицирование ведет к развитию активного туберкулезного процесса с/или без короткой латентной фазы (так называемый первичный ТБ) [Lin M.Y., Ottenhoff T.H.M., 2008; Ridruechai C. et al. 2010]. Первичная форма, как правило, характерна для детей, протекает остро и часто ассоциирована с внелегочными поражениями, возникающими вследствие гематогенного распространения микобактерии [Stewart G.R. et al., 2003; Marais B.J. et al. 2006; Cruz A.T., Starke J. R. 2007; Hunter R.L. et al. 2014; Djouahra A.M. et al., 2016].

У подавляющего большинства инфицированных развивается латентная туберкулезная инфекция, когда присутствие микобактерии в организме подтверждено результатами иммунологических анализов, но отсутствуют клинические и рентгенологические признаки заболевания [Lee H.W. et al., 2005; Abel L., Casanova J.L. 2010; Lin P. L., Flynn J.A.L. et al., 2010; Ernst J.D. 2012]. Исследователи отмечают, что в 90-95% случаев ТБ не переходит в активную фазу до конца жизни, однако у оставшихся 5-10% зараженных позднее появляются клинические признаки заболевания [O'Garra A. et al., 2013; Abel L., 2014].

Состояние латентного носительства определяется балансом иммунной системы организма-хозяина, которая контролирует распространение патогена, но не может полностью уничтожить бактерии. Нарушение такого баланса является триггерным фактором реактивация инфекции. Наиболее известными факторами, ведущими к этому, являются факторы среды (переохлаждение, перенаселенность, недоедание), ВИЧ-инфицирование [Cooper A.M., 2009; Nouhin J. et al., 2017], возраст, диабет второго типа, применение иммунодепрессантов [Keane J., 2001; Srujitha M. et al., 2017], и наконец, генетические особенности организма-хозяина [Alcais A. et al. 2005; Lin M.Y., Ottenhoff H.T.M., 2008; Boisson-Dupuis S. et al. 2011; Boechat A. L., 2013; Rudko A.A. et al., 2016] и самого возбудителя [Gurjav U. et al., 2016].

Изучение восприимчивости человека к ТБ является активно развивающимся направлением генетических исследований, в основе которого лежит выявление патологических вариантов генов, значимых для развития заболевания. В контексте изучения генетических факторов организма человека, играющих ключевую роль в патогенезе ТБ, важное место отводят генам цитокинов, а также генам транскрипционных и регуляторных факторов, которые определяют эффективность иммунного ответа на внедрение патогена и способность к его элиминации из организма. Наиболее устойчивые ассоциации с развитием ТБ, реплицированные в разных популяциях мира, установлены для ограниченного числа изученных генов-кандидатов, включая гены SLC11A1 [Bellamy R. et al., 1998; Фрейдин М.Б. и др., 2006], IFNG [Mosaad Y.M. et. al., 2010], MCP1

[Casanova J.L., Abel A., 2002], CCL5 [Hu et al., 2015], TIRAP/MAL [Awomoyi A.A. et al., 2004] и PTPN22 [Boechat A.L., 2013].

Особый интерес представляет исследование неспособности к развитию адекватной иммунной реакции не только в ответ на M. tuberculosis, но и к менее патогенным видам микобактерий, не вызывающим в норме патологических реакций (так называемым «микобактериям окружающей среды»). Такого рода иммунодефицит описан в качестве отдельной нозологии в 1951 году J. Mimouni и в 1996 году вошел в каталог МакКьюсика в качестве отдельной нозологии (OMIM 209950) как синдром атипичных семейных микобактериозов [Beaucoudrey L. et al., 2010; Boisson-Dupuis S. et al., 2015]. Заболевание характеризуется локальными или генерализованными воспалительными реакциями после БЦЖ-вакцинации, часто заканчивающимися летально [Cottle L.E., 2011]. С 1964 года, когда H. Engbaek впервые описал семейный случай фатального генерализованного инфицирования M. avium трех членов семьи в Дании, эта патология привлекла значительное внимание [Engbaek H.C., 1964]. В настоящее время ведется активное изучение редких мутаций генов системы противоинфекционного клеточного иммунитета, связанных с нетипичными формами микобактериальных инфекций, которые проявляют менделевский характер наследования. Описаны мутации ряда генов, лежащие в основе нарушения ГЬ-ШШ^у-опосредованной активации клеточного иммунитета, включая гены IL12B, IL12RB1, IFNGR1, IFNGR2, STAT1 и NEMO, критически важные для TM-опосредованного иммунного ответа.

Исследования синдрома атипичных семейных микобактериозов привели к описанию первых случаев генетической подверженности ТБ. У многих пациентов, особенно носителей дефекта IFNyR1 [Dorman S.E. et al., 2004] и IL-12p40 [Picard C. et al., 2002] были описаны не только микобактериозы, но и ТБ. Это и позволило предположить возможность моногенной подверженности ТБ. Впервые эта гипотеза подтвердилась, когда у нескольких пациентов с одним и тем же генетическим дефектом ТБ был описан как единственная инфекция в анамнезе [Boisson-Dupuis S. et al., 2015].

Важной отличительной особенностью в распространении ТБ является значительная этническая специфичность, которая не может быть объяснена только с позиции средовых факторов и социальным неблагополучием населения. Специфичность проявляется, прежде всего, в том, что частота заболевания в этнически различных популяциях отличается, даже если они проживают на одной территории [Фрейдин М.Б. и др., 2006; Azad A., 2012]. Вероятнее всего, это обусловлено тем, что генофонд отдельно взятой популяции формируется в результате длительного эволюционного процесса, когда происходит отбор «наиболее выгодных» генетических вариантов с точки зрения эндемичных для региона заболеваний. В 1949 г. Дж. Б. С. Холдейн выдвинул гипотезу, согласно которой именно микроорганизмы являлись главным фактором естественного отбора у человека на протяжении последних 5000 лет [Гинтер Е.К., Пузырев В.П., 2017]. Генетическое разнообразие различных популяций обеспечивается влиянием инфекций - одной из основных причин смертности на протяжении сотен лет [Bellamy R., 2006]. Согласно данной теории, в Европе в ходе естественного отбора более распространены варианты, обеспечивающие резистентность к ТБ [Hill A.V.S., 2006; Рудко А.А. и др., 2011]. Так как именно это заболевание в Европе было эндемичным более длительное время, исследователи предполагают, что именно поэтому в настоящее время африканцы в большей степени подвержены ТБ и среди них чаще встречаются фульминантные (молниеносные) формы заболевания [Bellamy R., 2006]. В поддержку данной теории свидетельствуют случаи вспышек заболеваемости ТБ при освоении территорий, население которых не контактировало с возбудителем. К настоящему времени опубликовано множество работ по исследованию этнических различий в восприимчивости ТБ [Apt A.S. et al., 2017] в различных частях света, включая Северную и Южную Америку [Coimbra Jr. C.E. et al., 2007; Zembrzuski V.M. et al., 2010; Enarson D.A., 1998], Австралию [Robertus L.M. et al., 2011], Африку [Amirzargar A. et al., 2006; Newport M.J., Finan C., 2011]. Результаты, полученные коллективом НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ, посвящены исследованию генетических факторов в развитии ТБ среди

различных этнических групп России, в том числе у населения Республики Тува, которое в силу географической изолированности и малой доле пришлого населения относительно недавно столкнулось с микобактерией. В ряде районов было показано своеобразие генетических характеристик населения Республики и наличие у него предрасположенности различным многофакторным заболеваниям [Ондар Э. А., 2006; Рудко А.А. и др., 2006; Фрейдин М.Б. и др., 2006; Кучер А.Н. и др., 2009; Бабушкина Н.П. и др. 2010; Рудко А.А. и др., 2011].

Несмотря на очевидные успехи, достигнутые в исследовании роли генов, ассоциированных с ТБ, остается много нерешенных вопросов в области диагностики, профилактики и лечения этого инфекционного заболевания. Отсутствует понимание генетических механизмов реактивации латентной инфекции, которая создает огромный резервуар опасного распространения заболевания на многие годы, недостаточность информации о редких генетических дефектах в генах системы клеточно-опосредованного иммунитета, связанных с неэффективностью иммунного ответа и развитию ТБ, неизученный популяционно-генетический аспект. Таким образом, исследование генетических особенностей в развитии данной патологии в этнически дифференцированных популяциях является актуальным научным направлением.

Степень научной разработанности темы исследования:

К настоящему моменту опубликовано множество работ по исследованию генетических основ подверженности ТБ. В свете данной проблемы изучались сотни генов самых различных генов в различных популяциях мира [Amirzargar A. et al., 2006; Coimbra Jr. C.E. et al., 2007; Zembrzuski V.M. et al., 2010; Robertus L.M. et al., 2011; Newport M.J., Finan C., 2011; Apt A.S. et al., 2017]. Параллельно исследуются мутации генов системы IL-12/IFN-y противоинфекционного иммунного ответа, приводящие к формированию патологических реакций на непатогенные микобактерии (синдрому атипичных семейных микобактериозов). Неполная пенетрантность ряда мутаций дает основания предположить их более широкое распространение в популяции и влияние на подверженность ТБ. Аспект этнически дифференцированной подверженности многофакторным заболеваниям, в том числе

ТБ, активно обсуждается в литературе, в частности коллективом НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ, который на протяжении длительного времени занимается изучением генетических факторов в развитии ТБ среди различных этнических групп России, в том числе у населения Республики Тува. В ряде районов было показано своеобразие генетических характеристик населения Республики и наличие у него предрасположенности различным многофакторным заболеваниям [Golubenko M.V. et al., 2001; Рудко А.А. и др., 2006; Ондар Э.А., 2006; Фрейдин М.Б. и др., 2006; Кучер А.Н. и др., 2009; Бабушкина Н.П. и др., 2010; Рудко А.А. и др., 2011; Пузырев В.П. и др., 2011; Степанов В.А. и др., 2014].

Цель работы: оценить распространенность мутаций и редких вариантов генов атипичных семейных микобактериозов в сибирских популяциях (русские и тувинцы) и их связь с клиническими проявлениями туберкулеза.

Задачи:

1. Провести скрининг известных ТБ-ассоциированных мутаций и редких вариантов генов IL12B, IL12RB1, IFNGR1, IFNGR2, STAT1, NEMO, связанных с синдромом атипичных семейных микобактериозов, у больных ТБ русских и тувинцев.

2. Провести секвенирование экзонов выбранных генов системы IL-12/IFN-y у пациентов с наиболее агрессивным течением первичного ТБ.

3. Оценить популяционную распространенность выявленных при секвенировании вариантов генов у жителей Сибирского региона (русские, тувинцы).

4. Провести анализ ассоциаций выявленных вариантов генов с развитием ТБ в изученных популяциях.

5. Оценить сцепление исследуемых полиморфных вариантов в этнически дифференцированных группах.

Научная новизна:

В результате настоящего исследования впервые проведено изучение популяционной распространенности полиморфных вариантов генов атипичных семейных микобактериозов (IL12B, IL12RB1, IFNGR1, IFNGR2, STAT1 и NEMO)

среди русских жителей г. Томска и коренного населения Республики Тува. Адекватное функционирование белковых продуктов перечисленных генов играет ключевую роль в иммунном ответе на внедрение микобактерии, а именно в этих регионах заболеваемость ТБ высока. Установлена этническая специфичность распространенности аллелей и генотипов при сравнении частот генотипов и аллелей изученных вариантов генов у русских и тувинцев с частотами в различных популяциях мира, представленными в базе данных проекта «1000 геномов».

Проведена оценка значимости изучаемых полиморфных вариантов в развитии восприимчивости ТБ. Впервые в мире получены данные об ассоциации ^2066797 гена STAT1 с ТБ у русских жителей г. Томска. При разделении группы больных ТБ русских на подгруппы больных первичной и вторичной формами заболевания, установлено рисковое значение аллеля А гена STAT1 относительно развития вторичного ТБ. Кроме того, полученные результаты свидетельствуют о рисковом влиянии аллеля ге17882555*С гена ^12Ш1 на развитие инфильтративной формы ТБ у русских жителей г. Томска.

Популяции русских и тувинцев имеют выраженные гаплотипические отличия согласно оценке блоков сцепления исследуемых полиморфных вариантов. При оценке межгенного взаимодействия отмечается отсутствие суммарного эффекта изучаемых генов в отношении развития ТБ.

Теоретическая и практическая значимость работы:

Полученные в ходе выполнения настоящего исследования данные существенно расширяют представления о генетической предрасположенности к ТБ и вкладе изучаемых вариантов генов атипичных семейных микобактериозов в формирование подверженности ТБ и его различным клиническим проявлениям. Полученные данные могут стать основой дальнейшего изучения генетической предрасположенности к ТБ, в частности при расширении спектра рассматриваемых в патогенезе генов. Результаты работы в дальнейшем могут быть использованы в диагностике синдромов атипичных семейных микобактериозов, прогнозировании течения заболевания и определении тактики

лекарственной терапии. Кроме того, результаты исследовательской работы могут быть включены в учебные программы сертификационных циклов профессиональной переподготовки и повышения квалификации врачей-генетиков.

Методология и методы исследования:

Феномен атипичных семейных микобактериозов мог бы с иных нетрадиционных позиций осветить некоторые стороны патогенеза ТБ. В основе методологии данного исследования лежит предположение о том, что генетические дефекты, приводящие к формированию клинических проявлений синдрома, могут быть распространены в популяции с более высокой частотой, чем мутации; соответственно редкие полиморфные варианты с выраженным влиянием на развитие ТБ могут быть весомой причиной подверженности заболеванию в популяции в целом. В связи с этим для установления степени значимости моногенной компоненты в структуре наследственной подверженности ТБ в результате исследования выполнен скрининг мутаций генов, лежащих в основе нарушения 1Ь-12/1РК-у-опосредованной активации клеточного иммунитета и оценена их патогенетическая значимость в отношении развития ТБ в двух популяциях (русские и тувинцы).

Это исследование потребовало применения современных молекулярно-генетических методов исследования ТБ: ПЦР-ПДРФ-анализ, секвенирование первичной последовательности генов по методу Сэнгера. Для статистической обработки полученных результатов использовался классический подход. Проверка соответствия наблюдаемых частот генотипов ожидаемым при равновесии Харди-Вайнберга проводилась с помощью точного теста Фишера. Для сравнения частот аллеей и генотипов между исследуемыми группами использовали критерий %2 с поправкой Йетса на непрерывность. В случаях, когда при анализе таблиц сопряженности наблюдаемое значение хотя бы в одной ее ячейке не превышало 5, использовался двусторонний точный тест Фишера. Об ассоциации генотипов с развитием заболевания судили исходя из величины отношения шансов (OR). Оценка сцепления в блоки для исследуемых

полиморфных вариантов проводилась в программе Haploview 4.2, с применением алгоритма «непрерывного гребня неравновесия по сцеплению» (solid spine of LD). Анализ межгенных взаимодействий проведен методом снижения многофакторной размерности в среде открытой программы MDR v.1.1.0 (www.epistasis.org/mdr.html). Для обнаруженных полиморфных вариантов, локализующихся в 3'- и 5'-UTR регионах была проведена оценка регуляторного потенциала in silico с использованием базы данных RegulomeDB, доступной онлайн (http://www.regulomedb.org/). В базе учитываются экспериментальные данные проекта ENCODE, Chip-seq данные о распределении сайтов связывания для транскрипционных факторов в геноме, а также данные об экспрессии локусов количественных признаков.

Экспериментальные исследования выполнены на базе Центра коллективного пользования научно-исследовательским оборудованием и экспериментальным биологическим материалом "Медицинская геномика" НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ (г. Томск).

Положения, выносимые на защиту:

1. Среди больных (русские и тувинцы) с наиболее агрессивным клиническим течением ТБ отсутствуют мутации генов системы IL-12/IFN-y (Gln32Ter; Gln376Ter; Arg213Trp; Ile87Thr; 1-bp и 4-bp Del, NT818; 2-bp Del, 278AG; Thr168Asn; 663Del27; Leu706Ser; Gln463His; Glu320Gln), которые по данным литературы связаны с синдромом атипичных семейных микобактериозов.

2. У детей с тяжелым первичным ТБ (русские) в возрасте до 18 лет не установлено носительство новых мутаций генов системы IL-12/IFN-y, но идентифицировано 12 полиморфных вариантов исследуемых генов.

3. Представители популяций Сибирского региона (русские жители г. Томска и коренные жители Республики Тува) характеризуются специфичностью распространенности генотипов, аллелей и гаплотипов генов атипичных семейных микобактериозов.

4. У русских жителей г. Томска полиморфный вариант rs2066797 гена STAT1 ассоциирован с развитием вторичной формы ТБ, а вариант rs17882555 гена IL12RB1 определяет особенности клинического течения заболевания. Исследуемые варианты не оказывают влияния на предрасположенность ТБ у коренных жителей Республики Тува.

Степень достоверности и апробация результатов:

Высокая степень достоверности данных, полученных в ходе выполнения настоящего исследования, обеспечивается, во-первых, достаточным объемом исследуемых популяционных групп в количестве 610 русских жителей г. Томска (из них 331 больной ТБ и 279 здоровых доноров) и 503 коренных жителя Республики Тува (238 больных ТБ и 265 здоровых доноров). Во-вторых, использованием современных молекулярно-генетических методов исследования и статистической обработки полученных результатов.

Апробация материалов диссертации:

Основные результаты диссертационного исследования были представлены и обсуждены на VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием (Москва, 2010); II Всероссийской научно-практической конференции с международным участием (Курск, 2011); «Актуальные вопросы охраны здоровья населения регионов Сибири» (Красноярск, 2012); The eighth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure\systems biology (Новосибирск, 2012); XXIII Национальном конгрессе по болезням органов дыхания (Казань, 2013); VI съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС) (Ростов-на-Дону, 2014); European respiratory society congress (Мюнхен, 2014); International symposium human genetics (Новосибирск, 2014); International symposium systems biology and biomedicine (Новосибирск, 2016).

Работа выполнена при финансовой поддержке грантов РФФИ «Вклад редких вариантов генов противоинфекционного иммунитета в развитие туберкулеза у человека» (соглашение №09-04-00558, 2009-2011); ФЦП «Генетическая подверженность туберкулезу и его отдельным клиническим формам в Сибирских популяциях» (государственный контракт от 31.07.2009 №П443, 2009-2011); Гранта

Президента РФ «Структура генетической подверженности туберкулезу в сибирских популяциях» (соглашение № МК-2115.2009.7, 2009-2010).

Публикации:

По теме опубликовано 17 научных работ, в том числе 3 статьи - в журналах, рекомендованных Высшей аттестационной комиссией Министерства образования и науки Российской Федерации для публикации материалов диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук и 1 - в зарубежном журнале.

Личный вклад автора:

Основные результаты настоящего исследования получены автором самостоятельно (создание базы данных, подготовка образцов для молекулярно-генетического анализа, проведение генотипирования в исследуемых группах, секвенирование ДНК). Изучение литературы по теме диссертации, экспериментальная работа, анализ, обобщение и статистическая обработка собственных результатов, написание диссертации выполнено лично автором. Кроме того, диссертант участвовал на всех этапах в обсуждении полученных результатов и их опубликовании.

Структура и объем диссертации:

Диссертационная работа изложена на 168 страницах машинописного текста и состоит из введения, 3 глав (аналитического обзора литературы, описания материала и методов исследования, результатов собственных исследований и их обсуждения), заключения, выводов, практических рекомендаций, списка условных сокращений, и указателя литературы, включающего 262 источник, из них 28 отечественных и 236 иностранных. Работа содержит 14 таблиц (и 2 таблицы в приложении) и 14 рисунков.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Генетика подверженности туберкулезу

Туберкулез (ТБ) - инфекционное заболевание, вызванное группой филогенетически родственных микобактерий: M. tuberculosis, M. bovis и M. africanum. Это заболевание сопровождает человека с древнейших времен и существует две альтернативные гипотезы о заражении человека микобактерией. Согласно первой, систематический контакт человека с M. tuberculosis возник около 10 тысяч лет назад во время одомашнивания крупного рогатого скота, и предшественником микобактерии стала M. bovis [Stead W., 1997; Salem S., Gros P., 2013]. Приверженцы второй гипотезы считают, что M. tuberculosis complex имеет совершенно другое, отличное от микобактерий животных, происхождение; более того, согласно их мнению, по времени возникновения данное заболевание значительно древнее [Comas I. et al., 2013; Brites D., Gardneux S., 2015]. Достоверно одно - описаны 500 000-летние останки Homo erectus, обнаруженные в Турции, с характерными для ТБ повреждениями. Это дало возможность исследователям предположить, что данное заболевание - первая инфекция, с которой контактировал человек [Roberts C.A. et al., 2009; Gagneux S., 2012]. Мумифицированные останки древних египтян, датируемые 2-3 тысячами лет до н.э., также отмечены признаками данной инфекции. Туберкулезный спондилит описан в захоронениях аборигенов в высокогорьях Анд в Перу [Stead W., 1997]. Клинические проявления заболевания начали описывать еще в Древней Греции, Вавилоне - уже тогда интуитивно подозревалась возможность заражения. На основе случаев наблюдений семейной кластеризации ТБ было сделано предположение о наследственной его природе [Alcais A. et al., 2005; Mahasirimongkol S. et. al., 2009].

В 1546 году врач-итальянец Джироламо Фракасторо в своем труде «Контагиозные болезни» высказал мысль о существовании «незримых семян болезни». По его предположению ими заражена мокрота больного, окружающий его воздух, одежда, побывавшие в руках предметы. Эти «семена» порождают себе

подобные. Само понятие «контагий» им было определено, как живое начало инфекции и предугаданы пути передачи ее через соприкосновение с больным, его вещами, через воздух и пищу. И спустя 100 лет ученые подтвердили предположение о том, что больной действительно становится источником ТБ и что дети заражаются от родителей, а супруги — друг от друга. В XVI— XIX веках в Испании, Португалии, Италии и других странах заразность ТБ из страха перед ним преувеличивалась непомерно. Власти требовали от врачей не только дезинфицировать жилища заболевших легочной чахоткой, но и сжигать все, чем пользовались больные. Так у заболевшего Фредерика Шопена в номере гостиницы в Барселоне началось легочное кровотечение. Хозяин отеля распорядился не только сжечь все вещи (в том числе и мебель и предметы, к которым он прикасался), но и убытки отнес в счет композитора.

Сам термин «tuberculum» впервые употреблен в XV веке французским анатомом Якобусом Сильвиусом (Жаком Дюбуа) при описании легочных поражений умерших от ТБ. Активно изучались пути заражения: исследователи наблюдали заболеваемость на морских судах, пытались заразить лабораторных животных [Перельман М.И. и др., 2004].

Революционное открытие микробной теории заболеваний Л. Пастера заставило исследователей сосредоточить внимание на поиске возбудителя ТБ [Alcais A. et al., 2005]. Описание Р. Кохом M. tuberculosis (палочки Коха) в 1882 году привлекло внимание непосредственно к возбудителю, способам диагностики, профилактики и лечения заболевания, при этом исследователи фактически стали игнорировать характеристики организма-хозяина [Bellamy R., 1998]. В то время для Европы вопрос инфекционных заболеваний становится крайне актуален из-за быстрых темпов урбанизации, начавшейся с конца XVIII -начала XIX веков, и, как следствие, происходили эпидемии ТБ и других инфекций.

Методы лечения заболевания также быстро развивались: если в начале XIX века применялись диета и курортно-санаторный режим, то в 1882 году Карло Форланини предложил искусственный пневмоторакс, метод использовался до

1943 года, когда Зельман Абрахам Ваксман и Альберт Шац получили стрептомицин для лечения ТБ легких, гортани и туберкулезного менингита. С 1952 года началось применение парааминосалициловой кислоты (ПАСК) и других производных [Перельман М.И. и др., 2004]. И далее спектр противотуберкулезных препаратов стремительно расширялся. Однако активное применение антибиотиков привело к возникновению другой серьезной проблемы - развитию резистентности возбудителя, которая приобретает все большее значение в распространенности ТБ в настоящее время. Мультирезистентные формы на данный момент, по данным некоторых авторов, достигают 5% [Qu et al., 2011], и врачам становится все сложнее контролировать течение заболевания [Lienhardt C., 2010; Gehre F. et al., 2016]. В России в 1999 году зарегистрировано 1,7 больных на 100 тыс. с множественной лекарственной устойчивостью (1,9% от общего числа больных), но уже в 2012 году - 4,1 на 100 тыс. (16,3%) [Шилова М.В., 2014]. Кроме того, Россия входит в семерку стран с самыми низкими показателями излечения ТБ наряду с Угандой, Эфиопией, Зимбабве, Нигерией, Бразилией и ЮАР [Балина Т.А., Морсковатых Н.И., 2013].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Гараева, Анна Фидусовна, 2017 год

Список литературы

1. Бабушкина, Н.П. Изучение полиморфизма генов-кандидатов подверженности туберкулезу у разных этнотерриториальных групп Российской Федерации / Н.П. Бабушкина , А.А. Рудко, М.Б. Фрейдин и др.// Якутский медицинский журнал. - 2010. - №1. - С. 35-39.

2. Балина, Т.А., Морсковатых. Н.И. Туберкулез как индикатор качества жизни населения: географический аспект изучения / Т.А. Балина, Н.И. Морсковатых // Географический вестник. - 2013. -№4(27). - С. 9-16.

3. Бочков. Н.П., Пузырев. В.П., Смирнихина С. А. Клиническая генетика: Учебник / под ред. Н.П. Бочкова. - 4-е изд., перераб. и доп. -М.: ГЭОТАР-МЕД, 2011. - 592с.

4. Вейр, Б. Анализ генетических данных: Пер. с англ. - М.: Мир, 1995. -400 с.

5. Гланц, С. Медико-биологическая статистика. Перевод с англ. "Практика", Москва. - 1999 - 459 с.

6. Голубенко, М.В. Полиморфизм митохондриальной днк у коренного населения республики тува: автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. биол. наук: 03.00.15 / Голубенко Мария Владимировна. - Т., 1998. - 22 с.

7. Животовский, Л.А. Популяционная биометрия. М.: Наука, 1991. 269 с.

8. Колоколова, О.В. Аллельные варианты генов-кандидатов подверженности туберкулезу у русского населения Западной Сибири: автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. мед. наук: 03.00.15, 14.00.26 / Колоколова Ольга Валентиновна. - Т., 2005. - 18 с.

9. Конева, Л.А. Метод МОЯ для анализа межгенных и ген-средовых взаимодействий / Л.А. Конева // Генетика человека и патология. Проблемы эволюционной медицины: сб. науч. трудов / под ред. В.П. Пузырева. - Вып. 9. - Томск: «Печатная мануфактура», 2011. - С. 171178.

10. Кучер, А.Н., Ондар, Э.А., Степанов, В.А. и др. Тувинцы: гены, демография, здоровье. - Томск: Изд-во «Печатная мануфактура», 2003. - 123с.

11. Кучер, А.Н. Изменчивость полиморфных вариантов генов интерлейкинов и их рецепторов у представителей четырех этнических групп сибирского региона / А.Н. Кучер, Н.П. Бабушкина, Е.Ю. Брагина и др. // Медицинская генетика. - 2009. - №10. - Том 8, - С. 43-52.

12. Лакин, Г.Ф. Биометрия. - М.: Высшая школа. - 1990. - 352 с.

13. Маниатис, Т., Фрич, Э., Сэмбук, Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. - М.: Мир, 1984. - 480 с.

14. Наследственные болезни: национальное руководство: краткое издание / под ред. Е. К. Гинтера, В. П. Пузырева. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2017. - 464с.: ил.

15. Ондар, Э.А. Туберкулез в Республике Тыва: эпидемиология, клинико-социальные особенности и генетические основы подверженности: дис. д-ра мед. наук: 14.00.26, 03.00.15/ Ондар Эренмаа Алдын-ооловна. -Т., 2006. - 322с.

16. Перельман, М.И. Фтизиатрия / М.И. Перельман, В.А. Корякин, И.В. Богадельникова. - 3-е изд., перераб. и доп. - М.: Медицина, 2004. -520 с.

17. Пузырев, В.П., Фрейдин, М.Б., Кучер, А.Н. Генетическое разнообразие народонаселения и болезни человека. - Томск: Изд-во «Печатная мануфактура», 2007. - 320с.

18. Пузырев, В.П. Анализ мультилокусных генотипов, гаплотипов и оценка параметров неравновесия по сцеплению по полиморфным вариантам генов-кандидатов многофакторных заболеваний в сибирских популяциях // В.П. Пузырев, А.Н. Кучер, Н.П. Бабушкина и др. // Медицинская генетика. - 2011. - №2(104). - Том 10. - С. 36-48.

19. Пузырева, Л.В. Территориальные различия заболеваемости

туберкулезом, в пределах одного округа крупного промышленного центра Западной Сибири / Л.В. Пузырева, И.И. Николаева, О.С. Юрьева и др. // Сибирское медицинское обозрение. - 2011. - №6. - С. 44-46.

20. Ревякина, О. В. Прогноз развития эпидемической ситуации с туберкулезом в Республике Тыва / О. В. Ревякина, П. Н. Филимонов, Г. С. Мурашкина и др. // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2011. -№78. -Том 2. - С. 167-171.

21. Рудко, А.А. Гены подверженности туберкулезу у тувинцев: популяционная распространенность, связь с заболеванием и его клиническими проявлениями / А.А. Рудко, Э.А. Ондар, М.Б. Фрейдин, В.П. Пузырев // Молекулярная медицина. - 2006. - № 3. - С. 57-63.

22. Рудко, А.А. Наследственная подверженность туберкулезу / А.А. Рудко, М.Б. Фрейдин, В.П. Пузырев // Молекулярная медицина. -2011. - №3. - С. 3-10.

23. Рудко, А.А. Аллельные варианты генов подверженности к туберкулезу у тувинцев: автореф. дис. на соиск. учен. степ. канд. мед. наук: 03.00.15 / Рудко Алексей Анатольевич. - Т., 2004. - 20 с.

24. Рудко, А.А., Пузырев В.П. Генетическая подверженность туберкулезу / Генетика бронхолегочных заболеваний: Монография / под ред. Пузырева В.П. , Огородовой Л.М. (Серия монографий Российского респираторного общества; Гл. ред. Серии Чучалин А.Г.). - М.: Издательский холдинг «Атмосфера». 2010.С. 122-139.

25. Степанов, В.А. Репликативный анализ ассоциаций генетических маркеров когнитивных признаков с болезнью Альцгеймера в российской популяции / В.А. Степанов, А.В. Бочарова, А.В. Марусин и др. // Молекулярная биология. - 2014. - №6. - Том 48. - С. 952-962.

26. Степанов, В.А., Харьков, В.Н., Трифонова, Е.А., Марусин Е.А. Методы статистического анализа в популяционной и эволюционной

генетике человека (Наследственность и здоровье): учебно-методическое пособие / Под ред. В. П. Пузырева. - Томск: Печатная мануфактура, 2014. - 100с.

27. Фрейдин, М.Б. Сравнительный анализ структуры наследственной компоненты подверженности туберкулезу у тувинцев и русских / М.Б. Фрейдин, А.А. Рудко, О.В. Колоколова и др. // Молекулярная биология. - 2006. - №2. - Том 40. - С. 252-262.

28. Шилова, М.В. Взгляд на эпидемическую ситуацию с туберкулезом в российской федерации (в современных социально-экономических условиях) / М.В. Шилова // Российский электронный журнал лучевой диагностики. -2014. - №1. - Том 4. - С. 34-42.

29. Abel, L. Human genetics of tuberculosis: a long and winding road / L. Abel, J. El-Baghdadi, A.A. Bousfiha et al. // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. S. -2014. - №369(1645).

30. Abel, L. Human genetics of tuberculosis / L. Abel, J.L. Casanova // Bull. Acad. Natl. Med. - 2010. - №6. - P. 943-950.

31. Akahoshi, M. Influence of interleukin-12 receptor pi polymorphisms on tuberculosis / M. Akahoshi, H. Nakashima, K. Miyake et al. // Hum. Genet. - 2003. - №112. - P. 237-243.

32. Alcais, A. Human genetics of infectious diseases: between proof of principle and paradigm / A. Alcais, L. Abel, J.L. Casanova // J. Clin. Invest. - 2010. - №119. -P. 2506-2514.

33. Alcais, A. Tuberculosis in children and adults: two distinct genetic diseases / A. Alcais, C. Fieschi, L. Abel and J.L. Casanova // J. Exp. Med. - 2005. -№202. -P. 1617-1621.

34. Alcais, A. Life-threatening infectious diseases of childhood: single-gene inborn errors of immunity? / A. Alcais, L. Quintana-Murci, D.S. Thaler et al. // Ann. N Y Acad. Sci. - 2010. - №1214. - P. 18-33.

35. Al-Muhsen, S. The genetic heterogeneity of mendelian susceptibility to mycobacterial diseases / S. Al-Muhsen, J.L. Casanova // J. Allergy Clin.

Immunol. - 2008. - №122. - P. 1043-1051.

36. Altare, F. Impairment of mycobacterial immunity in human interleukin-12 receptor deficiency / F. Altare, A. Durandy, D. Lammas et al. // Science. -1998. - №280(5368). - P.1432-1435.

37. Altare, F. Interleukin-12 receptor b1 deficiency in a patient with abdominal tuberculosis / F. Altare, A. Ensser, A. Breiman et al. // JID. - 2001. -№184. - P. 231-236.

38. Altare, F. Inherited interleukin 12 deficiency in a child with bacille Calmette-Guérin and Salmonella enteritidis disseminated infection / F. Altare, D. Lammas, P. Revy // J. Clin. Invest. - 1998. - №102. - P. 20352040.

39. Amirzargar, A. Th1 and Th2 cytokine gene polymorphisms in two indigenous ethnic groups in Iran / A. Amirzargar, M. Sadeghi, F. Khosravi et al. // Int. J. Immunogenet. - 2006. - №33. - P. 429-437.

40. Apt, A.S. Host genetics in susceptibility to and severity of mycobacterial diseases / A.S. Apt, N.N. Logunova, T.K. Kondratieva // Tuberculosis/ -2017. - doi: 10.1016/j.tube.2017.05.004.

41. Averbuch, D. The clinical spectrum of patients with deficiency of signal transducer and activator of transcription-1 / D. Averbuch, A. Chapgier, S. Boisson-Dupuis et al. // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2011. - №30(4). - P. 352355.

42. Awomoyi, A.A. No association between interferon-y receptor-1 gene polymorphism and pulmonary tuberculosis in a Gambian population sample / A.A. Awomoyi, S. Nejentsev, A. Richardson et al // Thorax. -2004. - №59. - P. 291-294.

43. Azad, A.K. Innate immune gene polymorphisms in tuberculosis / A.K. Azad, W. Sadee, L.S. Schlesinger // Infect. Immun. - 2012. - №10. - P. 3343-3359.

44. Bach, E.A. The IFNy receptor: a paradigm for cytokine receptor signaling / E.A. Bach, M. Aguet, R.D. Schreiber // Annu. Rev. Immunol. - 1997. -

№15. - P. 563-591.

45. Bach, E.A. Ligand-induced autoregulation of IFN-y receptor b chain expression in T helper cell subsets / E.A. Bach, S.J. Szabo, A.S. Dighe et al. // Science. -1995. - №270. - P. 1215-1218.

46. Barret, J.C. Haploview: analysis and validization of LD and haplotype maps / J.C. Barret, B. Fry, J. Maller et al. // Bioinformatics. - 2005. - №21. - P. 263-265.

47. Bassuny, W.M. Association study between interleukin-12 receptor b1/b2 genes and type 1 diabetes or asthma in the Japanese population / W.M. Bassuny, K. Ihara, J. Kimura et al.// Immunogenetics. - 2003. - №55. - P. 189-192.

48. Bax, H.J. Interferon alpha treatment of patients with impaired interferon gamma signaling / H.J. Bax, A.F. Freeman, L. Ding // J. Clin. Immunol. -2013. - №33(5). - P. 991-1001.

49. Beaucoudrey, L. Revisiting human IL-12Rß1 deficiency: A survey of 141 patients from 30 countries / L. Beaucoudrey, A. Samarina, J J. Bustamante et al. // Medicine. - 2010. - №6. - P. 381-402.

50. Bellamy, R. Genetic susceptibility to tuberculosis in human populations / R. Bellamy // Thorax. - 1998. - №53. - P. 588-593.

51. Bellamy, R. Genome-wide approaches to identifying genetic factors in host susceptibility to tuberculosis / R. Bellamy // Microbes and Infection. -2006. -№ 8. - P. 1119-1123.

52. Bellamy, R. Genetic susceptibility to tuberculosis in Africans: a genome-wide scan / R. Bellamy, N. Beyers, K.P. McAdam et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2000. - №97. - P. 8005-8009.

53. Ben-Mustapha, I. A 1,100-year-old founder effect mutation in IL12B gene is responsible for Mendelian susceptibility to mycobacterial disease in Tunisian patients / I. Ben-Mustapha, M. Ben-Ali, N. Mekki et al.// Immunogenetics. -2014. - №66. - P. 67-71.

54. Boechat, A. L. Association between the PTPN22 1858C/T gene

polymorphism and tuberculosis resistance / A. L. Boechat // Infect. Genet. Evol. - 2013. - №16. - P. 310-313.

55. Bogunovic, D. Mycobacterial disease and impaired IFN-y immunity in humans with inherited ISG15 deficiency / D. Bogunovic, M. Byun, L.A. Durfee et al. // Science. - 2012. - №337(6102). - P. 1684-1688.

56. Bohuslav, J. Regulation of an Essential Innate Immune Response by the p50 Subunit of NF-kB / J. Bohuslav, V.V. Kravchenko, G.C.N. Parry et al. // J. Clin. Invest. - 1998. - №102. - P. 1645-1652.

57. Boisson-Dupuis, S. Inherited and acquired immunodeficiencies underlying tuberculosis in childhood / S. Boisson-Dupuis, J. Bustamante, J. El-Baghdadi et al. // Immunol. Rev. - 2015. - №264(1). - P. 103-120.

58. Boisson-Dupuis, S. IL-12Rbeta1 deficiency in two of fifty children with severe tuberculosis from Iran, Morocco, and Turkey / S. Boisson-Dupuis, J. El Baghdadi, N. Parvaneh et al. // PLoS ONE. - 2011. - №6(4). - e18524.

59. Boudjemaa, S. Disseminated bacillus Calmette-Guérin osteomyelitis in twin sisters related to STAT1 gene deficiency / S. Boudjemaa, L. Dainese, S. Héritier // Pediatr. Dev. Pathol. - 2017. - №20(3). - P. 255-261.

60. Brites, D. Co-evolution of Mycobacterium tuberculosis and Homo sapiens / D. Brites, S. Gardneux // Immunol. Rev. - 2015. - 264(1). - P. 6-24.

61. Bustamante, J. Germline CYBB mutations that selectively affect macrophages in kindreds with X-linked predisposition to tuberculous mycobacterial disease / J. Bustamante, A.A. Arias, G. Vogt et al. // Nat. Immunol. - 2011. - №12. - P. 213-221.

62. Bustamante, J. Mendelian susceptibility to mycobacterial disease: genetic, immunological, and clinical features of inborn errors of IFN-y immunity / J. Bustamante, S. Boisson-Dupuis, L. Abel et al. // Semin. Immunol. -2014. - 26(6). - P. 454-470.

63. Bustamante, J. A novel X-linked recessive form of Mendelian susceptibility to mycobaterial disease / J. Bustamante, C. Picard, C. Fieschi et al. // J Med Genet. - 2007. - №44. - P. 65-72.

64. Canedo, P. The interferon gamma receptor 1 (IFNGR1) -56C/T gene polymorphism is associated with increased risk of early gastric carcinoma / P. Canedo, G. Corso, F. Pereira et al.// Gut. - 2008. - №57(11). - P. 15041508.

65. Caragol, I. Inherited disorders of the Interleukin-12/Interferon-gamma axis: Mendelian predisposition to mycobacterial disease in man / I. Caragol, J.L. Casanova // Immunologia. - 2003. - 22(3). - P. 263-276.

66. Caragol, I. Clinical tuberculosis in 2 of 3 siblings with interleukin-12 receptor p1 deficiency / I. Caragol, M. Raspall, C. Fieschi et al. // Clinical Infectious Diseases. - 2003. - №37. - P. 302-306.

67. Casanova, J.L. Genetic dissection of immunity to mycobacteria: the human model / J.L. Casanova, L. Abel // Annu. Rev. Immunol. - 2002. - №20. -P. 581-620.

68. Casanova, J.L. Human genetics of infectious diseases: a unified theory / J.L. Casanova, L. Abel // The EMBO Journal. - 2007. - №26. - P. 915922.

69. Catici, D.A.M. Polyubiquitin drives the molecular interactions of the NF-kB essential modulator (NEMO) by allosteric regulation / D.A.M. Catici, J.E. Horne, G.E. Cooper et al. // The Journal of Biological Chemistry. -2015. - №290(22). - P. 14130-14139.

70. Cervino, A.C. Fine mapping of a putative tuberculosis-susceptibility locus on chromosome 15q11-13 in African families / A.C. Cervino, S. Lakiss, O. Sow et al. // Hum. Mol. Genet. - 2002. - №11. - P. 1599-1603.

71. Chapgier, A. Novel STAT1 alleles in otherwise healthy patients with mycobacterial disease / A. Chapgier, S. Boisson-Dupuis, E. Jouanguy et al. // PLoS Gene. - 2006. - 2(8). - P. 1193-1206.

72. Chapgier, A. A partial form of recessive STAT1 deficiency in humans / A. Chapgier, X.F. Kong, S. Boisson-Dupuis et. al. // J. Clin. Invest. - 2009. -№119(6). - P. 1502-1514.

73. Chapgier, A. Human complete Stat-1 deficiency is associated with

defective type I and II IFN responses in vitro but immunity to some low virulence viruses in vivo / A. Chapgier, R.F. Wynn, E. Jouanguy et al. // The Journal of Immunology. - 2006. - №176. - P. 5078-5083.

74. Chua, A.O. Expression cloning of a human IL-12 receptor component: a new member of the cytokine receptor superfamily with strong homology to gp130 / A.O. Chua, R. Chizzonite, B.B. Desai et al. // J. Immunol. - 1994. - №153. - P. 128-136.

75. Cobat, A. High heritability of antimycobacterial immunity in an area of hyperendemicity for tuberculosis disease / A. Cobat, C.J. Gallant, L. Simkin et al. // The JID. - 2010. - №201. - P. 15-19.

76. Cobat, A. Host gemonics and control of tuberculosis infection / A. Cobat, M. Orlova, L.F. Barrera et al. // Public Health Genomics. - 2013. - №16(1-2). - P. 44-49.

77. Coimbra Jr., C.E. The burden of tuberculosis in indigenous peoples in Amazonia, Brazil / C.E. Coimbra Jr., P.S. Basta // Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. - 2007. - №101. - P. 635-636.

78. Comas, I. Out-of-Africa migration and Neolithic coexpansion of Mycobacterium tuberculosis with modern humans / I. Comas, M. Coscolla, T. Luo et al. // Nat. Genet. - 2013. - №45(10). - P. 1176-1182.

79. Comstock, G.W. Tuberculosis in twins: a re-analysis of the Prophit survey / G.W. Comstock // Am Rev Respir Dis. - 1978. - №4. - P. 621-624.

80. Conte, M.I. Insight into IKBKG/NEMO locus: report of new mutations and complex genomic rearrangements leading to incontinentia pigmenti disease / M.I. Conte, A. Pescatore, M. Paciolla et al. // Hum Mutat. - 2014. -№35(2). - P. 165-177.

81. Contursi, C. IFN consensus sequence binding protein potentiates STAT1-dependent activation of IFNg-responsive promoters in macrophages / C. Contursi, I.M. Wang, L. Gabriele et al. // PNAS. - 2000. - №1. - P. 91-96.

82. Cooke, G.S. Polymorphism within the Interferon-y/Receptor complex is associated with pulmonary tuberculosis / G.S. Cooke, S.J. Campbell, J.

Sillah et al. // Am. J. Respir. Crit. Care. Med. - 2006. - №174. - P. 339343.

83. Cooper, A.M. T cells in mycobacterial infection and disease / A.M. Cooper // Curr. Opin. Immunol. - 2009. - №21. - P. 378-384.

84. Cottle, L.E. Mendelian susceptibility to mycobacterial disease / L.E. Cottle // Clin. Genet. - 2011. - №79. - P. 17-22.

85. Crozat, K. Comparative genomics as a tool to reveal functional equivalences between human and mouse dendritic cell subsets / K. Crozat, R. Guiton, M. Guilliams et al. // Immunol. Rev. - 2010. - №234(1). - P. 177-198.

86. Cruz, A.T. Clinical manifestations of tuberculosis in children / A.T. Cruz, R.S. Starke // Paediatr. Respir. Rev. - 2007. - №8. - P. 107-117.

87. Culqui, D.R. Tuberculosis in indigenous population of Peru 2008 / D.R. Culqui, O.V. Trijillo, N. Cueva et al. // Rev. Peru Med. Exp. Salud. Publica. - 2010. - №27. - P. 8-15.

88. Curtis, M.M. Interleukin-17 in host defense against bacterial, mycobacterial and fungal pathogens / M.M. Curtis, S.S. Way // Immunology. - 2009. - №126. - P. 177-185.

89. Daya, M. Investigating the role of gene-gene interactions in TB susceptibility / M. Daya, L. van der Merwe, P.D. van Helden et al. // PLoS One. - 2015. - №10(4). - e0123970.

90. de Jong, R. Severe Mycobacterial and Salmonella Infections in Interleukin-12 Receptor-Deficient Patients / R. de Jong, F. Altare, I.A. Haagen et al. // Science. - 1998. - №280. - P. 1435-1438.

91. Djouahra, A.M. The difficulties of childhood tuberculosis diagnosis / A.M. Djouahra, M. Ifticene, D. Yala et al. // Int. J. Mycobacteriol. - 2016. - №5. - Vol. 1- S10-S11.

92. Dittrich, N. Toll-like receptor 1 variations influence susceptibility and immune response to Mycobacterium tuberculosis / N. Dittrich, L.C. Berrocal-Almanza, S. Thada et al. // Tuberculosis (Edinb). - 2015. -

№95(3). - P. 328-335.

93. Doffinger, R. Partial interferon-y receptor signaling chain deficiency in a patient with bacille Calmette-Guerin and mycobacterium abscessus infection / R. Doffinger, E. Jouanguy, S. Dupuis et al. // J Infect. Dis. -2000. - №181. - P. 379-384.

94. Doffinger, R. X-linked anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency is caused by impaired NF-kappaB signaling / R. Doffinger, A. Smahi, C. Bessia et al. // Nat. Genet. - 2001. -№27(3). - P. 277-285.

95. Dorman, S.E. Mutation in the signal-transducing chain of the interferon-y receptor and susceptibility to mycobacterial infection / S.E. Dorman, S.M. Holland // J Clin Invest. - 1998. - №101. - P. 2364-2369.

96. Dorman, S.E. Clinical features of dominant and recessive interferon y receptor 1 deficiencies / S.E. Dorman, C. Picard, D. Lammas // Lancet. -2004. - №364. - P. 2113-2121.

97. Dupuis, S. Impairment of mycobacterial but not viral immunity by a germline human STAT1 mutation / S. Dupuis, C. Dargemont, C. Fieschi et al. // Science. - 2001. - №293. - P. 300-303.

98. Dupuis, S. Impaired response to interferon-alpha/beta and lethal viral disease in human STAT1 deficiency / S. Dupuis, E. Jouanguy, S. Al-Hajjar et al. // Nat Genet. - 2003. - №33. - P. 388-391.

99. Duraes, C. Polymorphisms in the TNFA and IL6 genes represent risk factors for autoimmune thyroid disease / C. Duraes, C.S. Moreira, I. Alvelos et al. // PLoS One. - 2014. - №9(8). - e105492.

100. Edeer Karaca, N. Granulomatous skin lesions, severe scrotal and lower limb edema due to mycobacterial infections in a child with complete IFN-y receptor-1 deficiency / N. Edeer Karaca, S. Boisson-Dupuis, G. Aksu et al. // Immunotherapy. - 2012. - №4(11). - P. 1121-1127.

101. Elloumi-Zghal, H. Clinical and genetic heterogeneity of inherited autosomal recessive susceptibility to disseminated Mycobacterium bovis

bacille Calmette-Guérin infection / H. Elloumi-Zghal, M.R. Barbouche, J. Chemli et al. // JID. - 2002. - №185. - P. 1468-1475.

102. Engbaek, H.C. Three cases in the same family of fatal infection with M. avium / H.C. Engbaek // Acta Tuberc. Scand. - 1964. - №45. - P. 105-117.

103. Ernst, J.D. The immunological life cycle of tuberculosis / J.D. Ernst // Nat. Rev. Immunol. - 2012. - №12. - P. 581-591.

104. Evanson, D.A. Tuberculosis in aboriginals in Canada / D.A. Evanson // Int. J. Tuberc. Lung Dis. - 1998. - №2(1). - P. 16-22.

105. Farnia, P. The importance of single nucleotide polymorphisms in interferon gamma receptor-1 gene in pulmonary patients infected with rapid grower mycobacterium / P. Farnia, J. Ghanavi, P. Tabasri et al. // Int. J. Mycobacteriol. - 2016. - №5. Suppl 1: S210-S211.

106. Fieschi, C. A novel form of complete IL-12/IL-23 receptor pi deficiency with cell surface-expressed nonfunctional receptors / C. Fieschi, M. Bosticardo, L. de Beaucoudrey et al. // Blood. - 2004. - №104. - P. 20952101.

107. Fieschi, C. The role of interleukin-12 in human infectious diseases: only a faint signature / C. Fieschi, J.L. Casanova // Eur. J. Immunol. - 2003. -№33. - P. 1461-1464.

108. Fieschi, C. Low penetrance, broad resistance, and favorable outcome of Interleukin 12 receptor p1 deficiency: medical and immunological implications / C. Fieschi, S. Dupuis, E. Catherinot et al. // J. Exp. Med. -2003. - №4. - P. 527-535.

109. Fieschi, C. High levels of interferon gamma in the plasma of children with complete interferon gamma receptor deficiency / C. Fieschi, S. Dupuis, C. Picard et al. // Pediatrics. - 2001. - №107(4). - P. E48.

110. Filipe-Santos, O. Inborn errors of IL-12/23- and IFN-gamma-mediated immunity: molecular, cellular, and clinical features / O. Filipe-Santos, J. Bustamante, A. Chapgier et al. // Semin. Immunol. - 2006. - №18. - P. 347-361.

111. Filipe-Santos, O. X-linked susceptibility to mycobacteria is caused by mutations in NEMO impairing CD40-dependent IL-12 production / O. Filipe-Santos, J. Bustamante, M.H Haverkamp et al. // J. Exp. Med. -2006. - №203(7). - P. 1745-1759.

112. Fortin, A. Host genetics of mycobacterial diseases and men: forward genetic studies of BCG-osis and tuberculosis / A. Fortin, L. Abel, J.L. Casanova, and P. Gros // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. - 2007. - №8.

- P. 163-192.

113. Frucht, D.M. IL-12-independent costimulation pathways for interferon-gamma production in familial disseminated mycobacterium avium complex infection / D.M. Frucht, S. Di, M.R. Brown et al. // Clin. Immunol. - 1999.

- №91. - P. 234-241.

114. Frucht, D.M. Defective monocyte costimulation for interferon gamma production in familial disseminated Mycobacterium avium complex infection / D.M. Frucht, S.M. Holland // J. Immunol. - 1996. - №157. - P. 411-416.

115. Gagneux, S. Host-pathogen coevolution in human tuberculosis / S. Gagneux // Phil. Trans. R. Soc. B. - 2012. - №367. - P. 850-859.

116. Galal, N. Mendelian susceptibility to mycobacterial disease in Egyptan children / N. Galal, J. Boutros, A. Marsafy et al. // Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. - 2012. - №4(1). - e2012033.

117. Ghamari, E. Susceptibility to pulmonary tuberculosis: host genetic deficiency in tumor necrosis factor alpha (TNF-a) gene and tumor necrosis factor receptor 2 (TNFR2) / E. Ghamari, P. Farnia, S. Saif et al. // Int. J. Mycobacteriol. - 2016. - №5. - Suppl 1: S136-S137.

118. Gehre, F. The emerging threat of pre-extensively drug-resistant tuberculosis in West Africa: preparing for large-scale tuberculosis research and drug resistance surveillance / F. Gehre, J. Otu, L.Kendall et al. // BMC Med. - 2016. - №14(1). - P. 160.

119. Golubenko, M.V. Distribution of deletion-insertion polymorphism of mitochondrial DNA intragenic region v among indigenous population of the Tuva republic / M.V. Golubenko, V.B. Salyukov, A.N. Kucher et al.// Russian journal of genetics. - 2000. - №36(3). - P. 293-297.

120. Golubenko, M.V. Distribution of "mongoloid" haplogroups of mitochondrial dna among indigenous population of the tuva republic / M.V. Golubenko, V.P. Puzyrev, V.B. Salyukov, A.N. Kucher, N.O. Sanchat // Russian Journal of Genetics. - 2001. - № 6. Vol.37. - P. 683-691.

121. Gong, C. Functional mechanisms for diabetic nephropathy-associated genetic variants / C. Gong, Y. Xu, Y. Fan et al. // Genes Genom. - 2016. -№38. - P. 595-600.

122. Gunsten, S. IL-12 p80-dependent macrophage recruitment primes the host for increased survival following a lethal respiratory viral infection / S. Gunsten, C.L. Mikols, M.H. Grayson et al. // Immunology. - 2009. -№126(4). - P. 500-513.

123. Gurjav, U. Whole Genome Sequencing Demonstrates Limited Transmission within Identified Mycobacterium tuberculosis Clusters in New South Wales, Australia / U. Gurjav, A.C. Outhred, P. Jelfs et al. // PLoS One. - 2016. - №11(10). - e0163612.

124. Hambleton, S. Mutations in IRF8 and human dendritic dell immunodeficiency / S. Hambleton, S. Salem, J. Bustamante et al. // N. Engl. J. Med. - 2011. - №365(2). - P. 127-138.

125. Hamzaoui, A. Childhood tuberculosis: a concern of the modern world / A. Hamzaoui, S. Yaalaoui, F. Tritar Cherif et al. // Eur. Respir. Rev. - 2014. -№ 23. - P. 278-291.

126. Hanson, E.P. Hypomorphic nuclear factor-kappaB essential modulator mutation database and reconstitution system identifies phenotypic and immunologic diversity / E.P. Hanson, L. Monaco-Shawver, L.A. Solt et al. // J. Allergy Clin. Immunol. - 2008. - №122. - P. 1169-1177.

127. Haverkamp, M.H. Correlating Interleukin-12 stimulated interferon-y production and the absence of ectodermal dysplasia and anhidrosis (EDA) in patients with mutations in NF-kB Essential modulator (NEMO) / M.H. Haverkamp, B.E. Marciano, D.M. Frucht et al. // J. Clin. Immunol. - 2014. - №34(4). - P. 436-443.

128. He, J. Analysis of functional SNP in Ifng/Ifngrl in chinese Han population with tuberculosis / J. He, J. Wang, D. Lei et al. // Scand. J. Immunol. -2010. - №71(6). - P. 452-458.

129. Hijikata, M. Association of IFNGR2 gene polymorphisms with pulmonary tuberculosis among the Vietnamese / M. Hijikata, J. Shojima, I. Matsushita et al. // Hum. Genet. - 2012. - №131(5). - P. 675-682.

130. Hill, A.V.S. Aspects of genetic susceptibility to human infectious diseases / A.V.S. Hill // Annu. Rev. Genet. - 2006. - №40. - P. 469-486.

131. Holland, S.M. Treatment of refractory disseminated nontuberculous mycobacterial infection with interferon gamma / S.M. Holland, E.M. Einstein, D.B. Kuhns et al. // N. Eng. J. Med. - 1994. - №330. - P. 13481355.

132. Hsieh, Y.Y. Interleukin-2 receptor beta (IL-2R beta)-627*C homozygote but not IL-12B beta 1 codon 378 or IL-18 105 polymorphisms is associated with higher susceptibility to endometriosis / Y.Y. Hsieh, C.C. Chang, F.J. Tsai et al. // Fertil. Steril. - 2005. - №84(2). - P. 510-512.

133. Hunter, R.L. Pathogenesis of post primary tuberculosis: immunity and hypersensitivity in the development of cavities / R.L. Hunter, J.K. Actor, S.A. Hwang et al.// Ann. Clin. Lab. Sci. - 2014. - №44(4). - P. 365387.

134. Hussain, S.K. Nucleotide variation in IL10 and IL12 and their receptors and cervical and vulvar cancer risk: a hybrid case-parent triad and case-control study / S.K. Hussain, M.M. Madeleine, L.G. Johnson et al. // Int. J. Cancer. - 2013. - №133(1). - P. 201-213.

135. Jiang, S.Y. The effects of SP110's associated genes on fresh cavitary pulmonary tuberculosis in Han Chinese population / S.Y. Jiang, L.L. Li, J. Yue et al. // Clin. Exp. Med. - 2016. - №16(2). - P. 219-225.

136. Joshi, L. Serum Vitamin D Levels and VDR Polymorphisms (BsmI and Fokl) in Patients and their Household Contacts Susceptible to Tuberculosis / L. Joshi, M. Ponnana, S.R. Penmetsa et al. // Scandinavian Journal of Immunology. - 2014. - №79(3). - P.113-119.

137. Jouanguy, E. Interferon-gamma-receptor deficiency in an infant with fatal bacille Calmette-Guerin infection / E. Jouanguy, F. Altare, S. Lamhamedi et. al. // N. Engl. J. Med. - 1996. - №335(26). - P. 1956-1961.

138. Jouanguy, E. In a novel form of IFN-gamma receptor 1 deficiency, cell surface receptors fail to bind IFN-gamma / E. Jouanguy, S. Dupuis, A. Pallier et al. // J. Clin. Invest. - 2000. - №105(10). - P. 1429-1436.

139. Jouanguy, E. Partial interferon-y receptor 1 deficiency in a child with tuberculoid bacillus Calmette-Guerlin infection and a sibling with clinical tuberculosis / E. Jouanguy, S. Lamamedi-Cherradi, F. Altare et al. // J. Clin. Invest. - 1997. - №100. - P. 2658-2664.

140. Jouanguy, E. A human IFNGR1 small deletion hotspot associated with dominant susceptibility to mycobacterial infection / E. Jouanguy, S. Lamamedi-Cherradi, D. Lammas et al. // Nature Genetics. - 1999. - №21. - P. 370-378.

141. Juliger, S. Functional analysis of a promoter variant of the gene encoding the interferon-gamma receptor chain I / S. Juliger, M. Bongartz, A.J. Luty et al. // Immunogenetics. - 2003. - №54(10). - P. 675-680.

142. Keane, J. Tuberculosis associated with infliximab, a tumor necrosis factor alpha-neutralizing agent / J. Keane, S. Gershon, R.P. Wise et al. // N. Engl. J. Med. - 2001. - №345. - P. 1098-1104.

143. Koch, O. IFNGR1 gene promoter polymorphisms and susceptibility to cerebral malaria / O. Koch, A. Awomoyi, S. Usen et al. // J. Infect. Dis. -2002. - №185. - P. 1684-1687.

144. Kong, X.F. A novel form of human STAT1 deficiency impairing early but not late responses to interferons / X.F. Kong, M. Ciancanelli, S. Al-Hajjar et al. // Blood. - 2010. - №116(26). - P. 5895-5906.

145. Kong, X.F. Haploinsufficiency at the human IFNGR2 locus contributes to mycobacterial disease / X.F. Kong, G Vogt., Y. Itan et al. // Human Molecular Genetics. - 2013. - №22(4). - P. 769-781.

146. Kristensen, I.A. Novel STAT1 alleles in a patient with impaired resistance to mycobacteria / I.A. Kristensen, J.E. Veirum, B.K. Möller et. al. // J. Clin. Immunol. - 2011. - №31. - P. 265-271.

147. Kuai, S.G. Functional polymorphisms in the gene encoding macrophage migration inhibitory factor (MIF) are associated with active pulmonary tuberculosis / S.G. Kuai, Q.F. Ou, D.H. You et al. // Infect. Dis. (Lond). -2016. - 48(3). - P. 222-228.

148. Kusuhara, K. Association of IL12RB1 polymorphisms with susceptibility to and severity of tuberculosis in Japanese: a gene-based association analysis of 21 candidate genes / K. Kusuhara, K. Yamamoto, K. Okada et al. // Int. J. Immunogenetics. - 2007. - №34. - P. 35-44.

149. Lee, H.W. Lack of an association between interleukin-12 receptor ß1 polymorphisms and tuberculosis in Koreans / H.W. Lee, H.S. Lee, D.K. Kim et al. // Respiration. - 2005. - №72. - P. 365-368.

150. Lee, J. Interferon-y regulates the death of M. tuberculosis-infected macrophages / J. Lee, H. Kornfeld // J. Cell. Death. - 2010. - №3. - P. 111.

151. Leonard, W.J. Role of Jak kinases and STATs in cytokine signal transduction / W.J. Leonard // Int. J. Hematol. - 2001. - №73(3). - P. 271277.

152. Leung, D.Y.M. Human atopic dermatitis complicated by eczema herpeticum is associated with abnormalities in IFN-y response / D.Y.M. Leung, P.S. Gao, D.N. Grigoryev et al. // J. Allergy Clin. Immunol. - 2011. - №127(4). - P. 965-973.

153. Levin, M. Familial disseminated atypical mycobacterium infection in early childhood: a human mycobacterial susceptibility gene? / M. Levin, M.J. Newport, S. D'Souza et al. // Lancet. - 1995. - №345. - P. 79-83.

154. Li, D.D. Interleukin-18 promoter gene -607C/A polymorphism and tuberculosis risk: a meta-analysis / D.D. Li, L.Q. Jia, S.J. Guo et al. // Chin. Med. J. - 2013. - №126(17). - P. 3360-3363.

155. Liang, Y. NF-kB and Its Regulation on the Immune System / Y. Liang, Y. Zhou, P. Shen // Cellular & Molecular Immunology. - 2004. - №1(5). - P. 343-350.

156. Lienhardt, C. Global tuberculosis control: lessons learnt and future prospects / C. Lienhardt, P. Glaziou, M. Uplekar et al. // Nat. Rev. Microbiol. - 2012. - №10(6). - P. 407-416.

157. Lienhardt, C. New drugs and new regimens for the treatment of tuberculosis: review of the drug development pipeline and implications for national programmes / C. Lienhardt, A Vernon., M.C. Raviglione // Current Opinion in Pulmonary Medicine. - 2010. - №3. - P. 186-193.

158. Lin, M.Y. Host-pathogen interactions in latent Mycobacterium tuberculosis infection: identification of new targets for tuberculosis intervention / M.Y. Lin, T.H.M. Ottenhoff // Endocrine, Metabolic & Immune Disorders -Drug Targets. - 2008. - №8. - P. 15-29.

159. Lin, P.L. Understanding latent tuberculosis: a moving target / P.L. Lin, J.A.L. Flynn // J Immunol. - 2010. - №1. - P. 15-22.

160. Lu, J. Genetic polymorphisms of IFHG and IFNGR1 in association with the risk of pulmonary tuberculosis / J. Lu, H. Pan, Y. Chen et al. // Gene. -2014. - №543(1). - P. 140-144.

161. Lu, S. Single nucleotide polymorphisms within interferon signaling pathway genes are associated with colorectal cancer susceptibility and survival / S. Lu, B. Pardini, B. Cheng et al. // PLoS One. - 2014. - №9(10). - e111061.

162. Mahasirimongkol, S. Genome-wide association studies of tuberculosis in Asians identify distinct at-risk locus for young tuberculosis / S. Mahasirimongkol, H. Yanai, T. Mushiroda et al. // J. Hum. Genet. - 2012.

- №57. P. - 363-367.

163. Mahasirimongkol, S. Genome-wide SNP-based linkage analysis of tuberculosis in Thais / S. Mahasirimongkol, H. Yanai, N. Nishida et al. // Genes and Immunity. - 2009. - №10. - P. 77-83.

164. Manry, J. Evolutionary genetics evidence of an essential, nonredundant role of the IFN-c pathway in protective immunity / J. Manry, G. Laval, E. Patin et al. // Hum. Mutat. - 2011. - №32. - P. 633-642.

165. Mansouri, D. Inherited disorders of the IL-12-IFN-c axis in patients with disseminated BCG infection / D. Mansouri, P. Adimi, M. Mirsaeidi et al. // Eur. J. Pediatr. - 2005. - №164. - P. 753-757.

166. Mao, X. Structural bases of unphosphorylated STAT1 association and receptor binding / X. Mao, Z. Ren, G.N. Parker et al. // Mol. Cell. - 2005. -№17. - P. 761-771.

167. Marais, B.J. Childhood Pulmonary Tuberculosis: Old Wisdom and New Challenges / B.J. Marais, R.P. Gie, H.C. Schaaf et al. // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2006. - №173. - P. 1078-1090.

168. Marazzi, M.G. Disseminated Mycobacterium scrofulaceum infection in a child with interferon-g receptor 1 deficiency / M.G. Marazzi, A. Chapgier, A.C. Defilippi et al. // International Journal of Infectious Diseases. - 2010.

- №14. - P. 167-170.

169. Marquis, J.F. Disseminated and rapidly fatal tuberculosis in mice bearing a defective allele at IFN regulatory factor 8 / J.F. Marquis, R. LaCourse, L. Ryan et al. // J. Immunol. - 2009. - №182. - P. 3008-3015.

170. Matsuda, A. Genetic polymorphisms in the promoter of the interferon gamma receptor 1 gene are associated with atopic cataracts / A. Matsuda, N. Ebihara, N. Kumagai et al. // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. -2007. - №48(2). - P. 583-589.

171. McKusick V.A. Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) [Электронный ресурс] / V.A. McKusick // Baltimore: Johns Hopkins Univ. Press. - 1998. - Режим доступа: http: //www. ncbi .nlm. nih. gov/Omim/

172. Merchant, R.H. XDR TB in a case of IL12Rß1 deficiency: a case report of Mendelian susceptibility to mycobacterial disease from India / R.H. Merchant, J. Ahmed, N. Ahmad // Indian J. Pediatr. - 2013. - №80(9). - P. 781-782.

173. Merlin, G. The gene for the ligand binding chain of the human interferon gamma receptor / G. Merlin, B.J. van der Leede, K. McKune et al. // Immunogenetics. - 1997. - №45. - P. 413- 421.

174. Miller, E.N. Genome-wide scans for leprosy and tuberculosis susceptibility genes in Brazilians / E.N. Miller, S.E. Jamieson, C. Joberty et al. // Genes Immun. - 2004. - №5. - P. 63-67.

175. Möller, M. Past, present and future directions in human genetic susceptibility to tuberculosis / M. Möller, E. de Wit, E.G. Hoal // FEMS Immunol Med Microbiol. - 2010. - №58. - P. 3-26.

176. Moore, J.H. New strategies for identifying gene-gene interactions in hypertension / J.H. Moore, S.W. Williams // Ann. Med. - 2002. - №34. -P. 88-95.

177. Mosaad, Y.M. Interferon-gamma +874 T/A and interleukin-10 -1082 A/G single nucleotide polymorphism in Egiptian children with tuberculosis / Y.M. Mosaad, O.E. Soliman, Z.E. Tawhid et al. // Scand. J. Immunol. -2010. - 72(4). - P. 358-364.

178. Motsinger-Reif, A.A. Polymorphisms in IL-1ß, vitamin D receptor Fok1, and Toll-like receptor 2 are associated with extrapulmonary tuberculosis / A.A. Motsinger-Reif, P.R. Antas, N.O. Oki et al. // BMC Medical Genetics. - 2010. - №11. - P. 37-47.

179. Mountain, J.L. Assessing genetic contributions to phenotypic differences among 'racial' and 'ethnic' groups / J.L. Mountain, N. Risch // Nature Genetics (Supplement). - 2004. - №36(11). - P. S48-S53.

180. Moynagh, P.N. The NF-B pathway / P.N. Moynagh // Journal of Cell Science. - 2005. - №118(20). - P. 4389-4392.

181. Naka, I. IFNGR1 polymorphisms in Thai malaria patients / I. Naka, J. Patarapotikul, H. Hananantachai et al. // Infection, Genetics and Evolution. - 2009. - №9. - P. 1406-1409.

182. Nedorost, S.T. Rosacea-like lesions due to familial mycobacterium avium-intracellulare infection / S.T. Nedorost, B. Elewsk, J.W. Tomford et al. // Int. J. Dermatol. - 1991. - №30(7). - P. 491-497.

183. Newport, M.J. A mutation in the Interferon-g-receptor gene and susceptibility to mycobacterial infection / M.J. Newport, C.M. Huxley, S. Huston et al. // N Engl J Med. - 1996. - №335. - P.1941-1949.

184. Newport, M.J. The genetics of nontuberculous mycobacterial infection / M.J. Newport // Expert Rev. Mol. Med. - 2003. - №5(6). - P. 1-13.

185. Newport, M.J. Genome-wide association studies and susceptibility to infectious diseases / M.J. Newport, Finan C. // Brief Funct/ Genomics. -2011. - №10(2). - P. 98-107.

186. Noordzij, J.G. Two patients with complete defects in interferon gamma receptor-dependent signaling / J.G. Noordzij, N.G. Hartwig, F.A.W. Verreck et al. // Journal of Clinical Immunology. - 2007. - №27(5). - P. 490-496.

187. Nouhin, J. Interleukin-1 receptor antagonist, a biomarker of response to anti-TB treatment in HIV/TB co-infected patients / J. Nouhin, P. Pean, Y. Madec et al. // J. Infect. - 2017. - №74(5). - P. 456-465.

188. O'Garra, A. The immune response in tuberculosis / A. O'Garra, P.S. Redford, F.W. McNab et al. // Annu. Rev. Immunol. - 2013. - №31. - P. 475-527.

189. Ottenhoff, T.H.M. Control of human host immunity to mycobacteria / T.H.M. Ottenhoff, F.A.W. Verreck, M.A. Hoeve, E. van de Vosse // Tuberculosis. - 2005. - №85. - P. 53-64.

190. Özbek, N. Interleukin-12 receptor ß1 chain deficiency in a child with disseminated tuberculosis / N. Özbek, C. Fieschi, B.T. Yilmaz et al. // Clinical Infectious Diseases. - 2005. - №40. - P. 55-58.

191. Park, H.Y. Interleukin-12 receptor ß1 polymorphisms and nontuberculous mycobacterial lung diseases / H.Y. Park, Y.S. Ki C-S. Kwon et al. // Lung. - 2008. - №186. - P. 241-245.

192. Patel, S.Y. Genetically determined susceptibility to mycobacterial infection / S.Y. Patel, R. Döffinger, G. Barcenas-Morales et al. // J. Clin. Pathol. -2008. - №61. - P. 1006-1012.

193. Pearce, N. What does the odds ratio estimate in a case-control study? / N. Pearce // Int. J. Epidemiol. - 1993. - № 6. - Vol. 26. - P. 1189-1192.

194. Pedraza-Sanchez, S. Bacille Calmette-Guer rin infection and disease with fatal outcome associated with a point mutation in the interleukin-12/interleukin-23 receptor beta-1 chain in two Mexican families / S. Pedraza-Sanchez, M.T. Herrera-Barrios, R. Aldana-Vergara et al. // International Journal of Infectious Diseases. - 2010. - №14. - P. 256-260.

195. Pereira, S.M. BCG vaccine against tuberculosis: its protective effect and vaccination policies / S.M. Pereira, O.M.S. Dantas, R. Ximenes, M. Barreto // Rev Saude Publica. - 2007. - №41. P. 59-66.

196. Picard, C. Mendelian traits that confer predisposition or resistance to specific infections in humans / C. Picard, J.L. Casanova, L. Abel // Current Opinion in Immunology. - 2006. - №18. - P. 383-390.

197. Picard, C. Inherited interleukin-12 deficiency: IL12B genotype and clinical phenotype of 13 patients from six kindreds / C. Picard, C. Fieschi, F. Altare et al. // Am. J. Hum. Genet. - 2002. - №70. - P. 336-348.

198. Pierre-Audigier, C. Fatal disseminated Mycobacterium smegmatis infection in a child with inherited Interferon y receptor deficiency / C. Pierre-

Audigier, E. Jouanguy, S. Lamhamedi et al. // Clinical Infectious Diseases. - 1997. - №24. - P. 982-984.

199. Png, E. A genome wide association study of pulmonary tuberculosis susceptibility in Indonesians / E. Png, B. Alisjahbana, E. Sahiratmadja et al. // BMC Med. Genet. - 2012. - №13. - P. 5.

200. Prando, C. Paternal uniparental isodisomy of chromosome 6 causing a complex syndrome including complete IFN-y receptor 1 deficiency / C. Prando, S. Boisson-Dupuis, A. Grant et. al. // Am. J. Med. Genet. A. -2010. - №152(3). - P. 622-629.

201. Prando, C. Inherited IL-12p40 Deficiency genetic, immunologic, and clinical features of 49 patients from 30 kindreds / C. Prando, A.Samarina, J. Bustamante et al. // Medicine. - 2013. - №92. - P. 109-122.

202. Presky, D.H. A functional interleukin 12 receptor complex is composed of two beta-type cytokine receptor subunits / D.H. Presky, H. Yang, L.J. Minetti et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - №93. - P. 1400214007.

203. Puel, A. The NEMO mutation creating the most-upstream premature stop codon is hypomorphic because of a reinitiation of translation / A. Puel, J. Reichenbach, J. Bustamante et al. // The American Journal of Human Genetics. - 2006. - №78. - P. 691-701.

204. Pulickal, A.S. Biliary cirrhosis in a child with inherited interleukin-12 deficiency / A.S. Pulickal, S. Hambleton, M.J. Callaghan et al. // Journal of Tropical Pediatrics. - 2008. - №54(4). - P. 269-271.

205. Qu, H-Q. Knowledge gaining by human genetic studies on tuberculosis susceptibility / H-Q. Qu, S.P. Fisher-Hoch, J.B. McCormick // J Hum Genet. - 2011. - №56. - P. 177-182.

206. Ramirez-Alejo, N. Molecular analysis for patients with IL-12 receptor ß1 deficiency / N. Ramirez-Alejo, L. Blancas-Galicia, M. Yamazaki-Nakashimada et al. // Clin Genet. - 2014. - №86(2). - P. 161-166.

207. Ramirez-Alejo, N. Novel hypomorphic mutation in IKBKG impairs NEMO-ubiquitylation causing ectodermal dysplasia, immunodeficiency, incontinentia pigmenti, and immune thrombocytopenic purpura / N. Ramirez-Alejo, J.C. Alcantara-Montiel, M. Yamazaki-Nakashimada et al. // Clin. Immunol. - 2015. - №160(2). - P. 163-171.

208. Remus, N. Association of IL12RB1 polymorphisms with pulmonary tuberculosis in adults in Morocco / N. Remus, J.E. Baghdadi, C. Fieschi // The Journal of Infectious Diseases. - 2004. - №190. - P. 580-587.

209. Renauld, J.C. Class II cytokine receptors and their ligands: key antiviral and inflammatory modulators / J.C. Renauld // Nat. Rev. Immunol. - 2003. - №3(8). - P. 667-676.

210. Ridruechai, C. Association analysis of susceptibility candidate region on chromosome 5q31 for tuberculosis / C. Ridruechai, S. Mahasirimongkol, J. Phromjai et al. // Genes and Immunity. - 2010. - №11. - P. 416-422.

211. Roberts, C. A. Letter to the editor: was tuberculosis present in Homo erectus in Turkey? / C. A. Roberts, L. A. Pfister, S. Mays // Am. J. Phys. Anthropol. - 2009. - №139. - P. 442-444.

212. Robertus, L.M. Tuberculosis in Australian indigenous population: history, current situation and future challenges / L.M. Robertus, A. Konstantinos, N.E. Hayman et al. // Aust. N. Z. J. Public Health. - 2011. - №35. - P. 6-9.

213. Roesler, J. Listeria monocytogenes and recurrent mycobacterial infections in a child with complete interferon-y-receptor (IFNyR1) deficiency: Mutational analysis and evaluation of therapeutic options / J. Roesler, B. Kofink, J. Wendisch et al. // Experimental Hematology. - 1999. - №27. -P. 1368-1374.

214. Roesler, J. Hematopoietic stem cell transplantation for complete IFN-y receptor 1 deficiency: a multi-institutional survey / J. Roesler, M.E. Horwitz, C. Picard et al. // J. Pediatr. - 2004. - №145. - P. 806-812.

215. Romero-Sandoval, N.C. Pulmonary tuberculosis in an indigenous community in the mountains of Ecuador / N.C. Romero-Sandoval, O.F.

Flores-Carrera, N.J. Sanchez-Perez et al. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. -2007. - №11. - P. 550-555.

216. Rosenzweig, S.D. A novel mutation in IFN-gamma receptor 2 with dominant negative activity: biological consequences of homozygous and heterozygous states / S.D. Rosenzweig, S.E. Dorman, G. Uzel et al. // J. Immunol. - 2004. - 173(6). - P. 4000-4008.

217. Rudko, A.A. The genetics of susceptibility to tuberculosis: Progress and challenges / A.A. Rudko, E.Yu. Bragina, V.P. Puzyrev et al. // Asian Pac. J. Trop. Dis. - 2016. - №6(9). - P. 680-684.

218. Sahiratmadja, E. Association of polymorphisms in IL-12/IFN-y pathway genes with susceptibility to pulmonary tuberculosis in Indonesia / E. Sahiratmadja, R. Baak-Pablo, A.W. de Visser // Tuberculosis. - 2007. -№4. - P. 303-311.

219. Sakai, T. Missense mutation of the interleukin-12 receptor ß1 chain-encoding gene is associated with impaired immunity against Mycobacterium avium complex infection / T. Sakai, M. Matsuoka, M. Aoki et al. // Blood. - 2001. - №97. - P. 2688-2694.

220. Salem, S. Genetic determinants of susceptibility to mycobacterial infections: IRF8, a new kid on the block / S. Salem, P. Gros // Adv Exp Med Biol. - 2013. - №783. - P. 45-80.

221. Salih, M.A. IFNG and IFNGR1 gene polymorphisms and susceptibility to post-kala-azar dermal leishmaniasis in Sudan / M.A. Salih, M.E. Ibrahim, J.M. Blackwell et al. // Genes and Immunity. - 2007. - №8. - P. 75-78.

222. Sampaio, E.P. A novel STAT1 mutation associated with disseminated mycobacterial disease / E.P. Sampaio, H.I. Bax, A.P. Hsu et al. // J. Clin. Immunol. - 2012. - №32. - P. 681-689.

223. Sanal, O. Presentation of interleukin-12/-23 receptor ß1 deficiency with various clinical symptoms of Salmonella infections / O. Sanal, T. Turul, T. de Boer et al. // Journal of Clinical Immunology. - 2006. - №26. - P. 1-6.

224. Santos-Neto, M. Spatial analysis of death from pulmonary tuberculosis in the city of Sao Luis, Brasil / M. Santos-Neto, M. Yamamura, M.C. da Cunha Garcia et al.// J.Bras.Pneumol. - 2014. - №40(5). - P. 543-551.

225. Schneider, E. Tuberculosis among American Indians and Alaska natives in the United States, 1993-2002 / E. Schneider // Am. J. Public Health. -2005. - №95. - P. 873-880.

226. Schurr, E. Is susceptibility to tuberculosis acquired or inherited? / E. Schurr // Journal of Internal Medicine. - 2007. - №261. - P. 106-111.

227. Sharma, V.K. Disseminated Mycobacterium avium complex infection in a child with partial dominant interferon gamma receptor 1 deficiency in India / V.K. Sharma, G. Pai, C. Deswarte et al. // J. Clin. Immunol. - 2015. -№35(5). - P. 459-462.

228. Sivangala, R. Association of cytokine gene polymorphisms in patients with tuberculosis and their household contacts / R. Sivangala, M. Ponnana, S. Thada et al. // Scandinavian Journal of Immunology. - 2014. - №79(3). -P. 197-205.

229. Sogabe, S. Neutralizing epitopes on the extracellular interferon gamma receptor (IFNgammaR) alpha-chain characterized by homolog scanning mutagenesis and X-ray crystal structure of the A6 fab-IFNgammaR1-108 complex / S. Sogabe, F. Stuart, C. Henke et al. // J. Mol. Biol. - 1997. -№273. - P. 882-897.

230. Sologuren, I. Partial recessive IFN-gR1 deficiency: genetic, immunological and clinical features of 14 patients from 11 kindreds / I. Sologuren, S. Boisson-Dupuis, J. Pestano et al. // Human Molecular Genetics. - 2011. -№20(8). - P. 1509-1523.

231. Srujitha, M. Protective effect of metformin against tuberculosis infections in diabetic patients: an observational study of south Indian tertiary healthcare facility / M. Srujitha, S. Padmanav, P. Swathi et al. // Braz. J. Infect. Dis. - 2017. - №21(3). - P. 312-316.

232. Staines-Boone, A.T. Multifocal recurrent osteomyelitis and hemophagocytic lymphohistiocytosis in a boy with partial dominant IFN-yR1 deficiency: case report and review of the literature / A.T. Staines-Boone, C. Deswarte, E. Venegas Montoya et al. // Front. Pediatr. - 2017. -№3. - P. 5-75.

233. Stead, W. The origin and erratic global spread of tuberculosis. How the past explains the present and is the key to the future / W. Stead // Clin. Chest. Med. - 1997. - №18. - P. 65-77.

234. Stead, W. Racial differences in susceptibility to infection by Mycobacterium tuberculosis / W. Stead, J. Senner, W. Reddick, J. Lofgren // New Engl J Med. - 1990. - №322. - P. 422-427.

235. Stein, C.M. Linkage and association analysis of candidate genes for TB and TNFa cytokine expression: evidence for association with IFNGR1, IL-10, and TNF receptor 1 genes / C.M. Stein, S. Zalwango, A.B. Chiunda et al. // Hum. Genet. - 2007. - №121. - P. 663-673.

236. Stewart, G.R. Tuberculosis: a problem with persistence / G.R. Stewart, B.D. Robertson, D.B. Young // Nat. Rev. Microbiol. - 2003. - №1(2). - P. 97-105.

237. Tabarsi, P. Lethal tuberculosis in a previously healthy adult with IL-12 receptor deficiency / P. Tabarsi, M. Marjani, N. Mansouri et al. // J. Clin. Immunol. - 2011. - №31. - P. 537-539.

238. Thye, T. Common variants at 11p13 are associated with susceptibility to tuberculosis / T. Thye, E. Owusu-Dabo, F.O. Vannberg et al. // Nat. Genet. - 2012. - №44. - P. 257-259.

239. Thye, T. Genome-wide association analyses identifies a susceptibility locus for tuberculosis on chromosome 18q11.2 / T. Thye, F.O. Vannberg, S.H. Wong et al. // Nat. Genet. - 2010. - №42. - P. 739-741.

240. Toyoda, H. Impairment of IL-12-dependent STAT4 nuclear translocation in a patient with recurrent mycobacterium avium infection / Toyoda H., M. Ido, T. Hayashi et al. // J Immunol. - 2004. - №172. - P. 3905-3912.

241. Trinchieri, G. Interleukin-12: a cytokine at the interface of inflammation and immunity / G. Trinchieri // Adv. Immunol. - 1998. - №70. - P. 83243.

242. Ushiyama, N. Possible monocyte killing defect in familial atypical mycobacteriosis / N. Ushiyama, G.R. Greene, B.J. Warren et al. // J. Pediatr. - 1981. - №98. - P. 785-788.

243. Vairo, D. Severe impairment of IFN-y and IFN-a responses in cells of a patient with a novel STAT1 splicing mutation / D. Vairo, L. Tassone, G. Tabellini et al. // Blood. - 2011. - №118. - P. 1806-1817.

244. Vallabhapurapu, S. Regulation and function of NF-kappaB transcription factors in the immune system / S. Vallabhapurapu, M. Karin // Ann. Rev. Immunol. - 2009. - №27. - P. 693-733.

245. van de Veerdonk, F.L. STAT1 mutations in autosomal dominant chronic mucocutaneous candidiasis / F.L. van de Veerdonk, T.S. Plantinga, A. Hoischen et al. // N. Engl. J. Med. - 2011. - №365. - P. 54-61.

246. van de Vosse, E. Mycobacterium bovis BCG-itis and cervical lymphadenitis due to Salmonella enteritidis in a patient with complete interleukin-12/-23 receptor beta1 deficiency / E. van de Vosse, T.H.M. Ottenhoff, R.A. de Paus et al. // Infection. - 2010. - № 38(2). - P. 128-130.

247. van de Vosse, E. Molecular complementation of IL-12Rß1 deficiency reveals functional differences between IL-12Rß1 alleles including partial IL-12Rß1 deficiency / E. van de Vosse, R.A. de Paus, J.T. van Dissel et al // Hum. Molecular Genetics. - 2005. - №14(24). - P. 3847-3855.

248. van de Vosse, E. IL-12Rß1 deficiency: mutation update and description of the IL12RB1 variation database / E. van de Vosse, M.H. Haverkamp, N. Ramirez-Alejo et al. // Hum. Mutat. - 2013. - №34(10). - P. 1329-1339.

249. van de Vosse, E. Human genetics of intracellular infectious diseases: molecular and cellular immunity against mycobacteria and salmonellae / E. van de Vosse, M.A. Hoeve, T.H.M. Ottenhoff // Lancet Infect. Dis. -2004. - №4. - P. 739-749.

250. van de Vosse, E. Human host genetic factors in mycobacterial and Salmonella infection: lessons from single gene disorders in IL-12/IL-23-dependent signaling that affect innate and adaptive immunity / E. van de Vosse, T.H.M. Ottenhoff // Microbes and Infection. - 2006. - №8. - P. 1167-1173.

251. Vogt, G. Complementation of a pathogenic IFNGR2 misfolding mutation with modifiers of N-glycosylation / G. Vogt, J. Bustamante, A. Chapgier et al. // J. Exp. Med. - 2008. - №205(8). - P. 1729-1737.

252. Vogt, G. Gains of glycosylation comprise an unexpectedly large group of pathogenic mutations / G. Vogt, A. Chapgier, K. Yang et al. // Nature Genetics. - 2005. - №37(7). - P. 692-700.

253. Wang, I.M. An IFN-g-Inducible transcription factor, IFN consensus sequence binding protein (ICSBP), ztimulates IL-12 p40 expression in macrophages / I.M. Wang, C. Contursi, A. Masumi // J. Immunol. - 2000. - №165.- P. 271-279.

254. Wang, J. Association of genetic polymorphisms in the IL12-IFNG pathway with susceptibility to and prognosis of pulmonary tuberculosis in a Chinese population / J. Wang, S. Tang, H. Shen // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2010. - №29. - P. 1291-1295.

255. Wang, L.H. Impact of molecular diagnosis on treating Mendelian susceptibility to mycobacterial diseases / L.H. Wang, C.L. Yen, T.C. Chang et al.// J. of Microbiology, Immunology and Infection. - 2012. -№45. - P. 411-417.

256. World Health Organization. Global tuberculosis report 2014. Geneva: WHO; 2014.

257. World Health Organization. Global tuberculosis report 2016. Geneva: WHO; 2016

258. Wu, L. Screening toll-like receptor markers to predict latent tuberculosis infection and subsequent tuberculosis disease in a Chinese population / L.

Wu, Y. Hu, D. Li et al. // BMC Medical Genetics. - 2015 - №16. - P. 1922.

259. Zembrzuski, V.M. Cytokine genes are associated with tuberculin skin test response in a native Brazilian population / V.M. Zembrzuski, P.C. Basta, S.M. Callegari-Jacques et al. // Tuberculosis. - 2010. - №90. - P. 44-49.

260. Zhang, L. Polymorphisms in genes of interleukin 12 and its receptors and their association with protection against severe malarial anaemia in children in western Kenya / L. Zhang, D. Prather, J. Vanden Eng et al. // Malaria Journal. - 2010. - №9. - P. 87-97.

261. Zhong, M. Implications of an antiparallel dimeric structure of nonphosphorylated STAT1 for the activation-inactivation cycle / M. Zhong, M.A. Henriksen, K. Takeuchi et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A.

- 2005. - №102. - P. 3966-3971.

262. Zhou, J. A regulatory polymorphism in interferon-gamma receptor 1 promoter is associated with the susceptibility to chronic hepatitis B virus infection / J. Zhou, D.Q. Chen, V.K. Poon et al. // Immunogenetics. - 2009.

- №61. - P. 423-430.