Сравнительный анализ органоспецифичных профилей генной экспрессии у свиней тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 06.02.10, кандидат биологических наук Хлопова, Наталия Сергеевна

• Хлопова, Наталия Сергеевна
• кандидат биологических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Хлопова, Наталия Сергеевна

Введение.

Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1 Современное состояние изученности генома свиньи.

1.2 Методы молекулярного анализа экспрессии генов, обоснование необходимости внедрения технологии ДНК-чипов в практику широкомасштабного транскриптомного анализа.

1.3 Перспективы использования ДНК микроматриц в фундаментальных и прикладных исследованиях.

1.3.1 Поиск различий в профилях генной экспрессии мышечной и жировой ткани в разные периоды онтогенеза у разных пород свиней.

1.3.2 Исследование динамики тканеспецифичных ПГЭ при применении различных рационов кормления и кормовых добавок, влияющих на проявление качественных и количественных характеристик мясосальной продуктивности свиней разных пород.

1.3.3 Применение ДНК матричных технологий для глубокого и детального изучения молекулярных основ системы репродукции свиней.

1.3.4 Широкомасштабный анализ изменений ПГЭ в ответ на патологические состояния, возникающие в организме в ответ на повреждающее действие болезнетворных агентов, с целью диагностики и контроля развития заболеваний животных на молекулярном уровне.

1.3.5 Создание баз данных о межорганных особенностях ПГЭ у животных, состояние здоровья которых находится в пределах клинической нормы.

1.3.6 Разработка тест систем для эндокринного контроля развития хозяйственно-полезных признаков у свиней.

1.3.7 Другие направления использования ДНК матриц.

1.3.8 Интеграция анализа ПГЭ с 8МР анализом.

1.4 Геномное сканирование методом 8№> анализа.

1.5 Поиск полиморфизмов в генах-кандидатах контроля липидного метаболизма и миогенеза у свиней.

Глава II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

2.1 Объект исследования.

2.2 Материал исследований.

2.2.1 Дизайн и печать микроматриц для анализа ПГЭ.

2.2.2 Сбор образцов и процедура выделения нуклеиновых кислот (РНК, ДНК).-.

2.2.3 Получение первичных экспериментальных данных ПГЭ.

2.2.4 Получение первичных данных по 8ЫР в промоторах генов-кандидатов липидного обмена и маркеров развития мышечной ткани.

2.3 Методы исследований.

2.3.1 Анализ первичных данных ПГЭ.

2.3.2 Анализ первичных данных генотипирования.

Глава III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.

3.1 Источники ошибок при анализе профилей генной экспрессии в печени, почках, сердце и тимусе свиней.

3.2 Органоспецифические особенности профилей генной экспрессии в печени и почках свиней.

3.3 Анализ воспроизводимости результатов оценок ПГЭ печени свиней.

3.4 Возможные молекулярные механизмы влияния мононуклеотидных замен в промоторах генов Lep, Sed, Myf-6, Myod и Opn на прочность связывания с факторами регуляции транскрипции.

3.5 Анализ ассоциаций SNP в промоторной области генов-кандидатов контроля липидного обмена и миогенеза с хозяйственно-полезными признаками.

3.6 Анализ влияния мононуклеотидных полиморфизмов в промоторных областях ключевых генов-кандидатов метаболизма липидов и миогенеза на сальные характеристики свиней.

3.6.1 Статистический анализ ассоциаций генотипов по SNP с показателем толщины шпика у животных, попадающие в экстремальные 5%-ные интервалы распределения значений этого признака.

3.6.2 Статистический анализ ассоциаций генотипов по SNP с хозяйственно-полезными характеристиками у всей выборки животных двух- и трехпородных помесей.

3.6.3 Статистический анализ ассоциаций межгенных взаимодействий на проявление хозяйственно-полезных признаков.

Обсуждение результатов исследований.

Выводы.

Предложения производству.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Сравнительный анализ органоспецифичных профилей генной экспрессии у свиней»

Актуальность темы исследования. Развитие животноводства требует ускорения селекционного процесса, что невозможно без увеличения надежности оценки генетического потенциала племенного поголовья. В этих целях разрабатываются методы применения молекулярно-генетических маркеров развития желательного фенотипа (количества и качества конечной продукции, устойчивости к условиям содержания, контроля наличия наследственных заболеваний и инфицированности патогенами) (Зиновьева Н.А. и др., 2010). ДНК микроматрицы (матрицы ДНК проб) позволяют осуществлять одновременное генотипирование многих геномных участков по мононуклеотидным полиморфизмам (Single Nucleotide Polymorphisms -SNP), оценивать активность транскрипции различных генов (профили генной экспрессии - ПГЭ). Включение генетических маркеров в селекционные программы увеличивает надежность селекционной работы при сохранении оптимального уровня генетического разнообразия, обеспечивает проведение отбора и подбора животных с учетом генотипической оценки (Дунин И.М. и др., 1994; Калашникова JI.A. и др., 2001; Харченко П.Н., Глазко В.И., 2006; Эрнст JI.K., 2008). В свиноводстве с использованием ДНК микроматриц получено огромное количество данных о ткане- и органоспецифической экспрессии генов как у здоровых свиней (Lin C.S., Hsu C.W., 2005; Li M.Z. et al., 2008; Damon M. et al., 2012), так и при различных патологических состояниях (Chomwisarutkun К. et al., 2011; Maak S. et al., 2009). Выявлены определенные ассоциации между SNP в структурных и регуляторных областях генов и желательным развитием хозяйственно-полезных признаков (Wyszynska-Koko J. et al., 2006; Guiatti В. et al., 2011). Однако низкая воспроизводимость таких данных ограничивает внедрение маркерной селекции в животноводство. Это может быть связано с рядом причин: сложностью систем регуляции генной экспрессии (Шихов И.Я., 2007; Cheon

Y. et al., 2005), возможностью перекрестной гибридизации ДНК проб (Okoniewski М. J., Miller С. J., 2006), техническими и статистическими погрешностями обработки данных (Nguyen Т.Т. et al., 2010), изменчивостью вкладов генотипической и паратипической компонент в проявление признака в разных условиях окружающей среды. В этой связи особую актуальность приобретают исследования возможных причин неоднозначности выявленных ассоциаций между ПГЭ, SNP регуляторных областей предполагаемых «критических» генов и желательным проявлением хозяйственно-полезныхпризнаков.

Целью работы являлось повышение надежности прогнозирования развития основных хозяйственно-полезных признаков у свиней на основе использования современных методов молекулярно-генетического анализа.

Для достижения поставленной цели решались следующие задачи:

1. Оценить и проанализировать профили генной экспрессии почек, печени, сердца и тимуса у свиней породы ландрас на основе использования метода гибридизации флуоресцентно-меченных ДНК;

2. Сопоставить результаты полученных оценок экспрессии структурных генов с пробами ДНК микроматриц, гомологичных к разным участкам кДНК;

3. Провести анализ индивидуальной изменчивости оценок экспрессии структурных генов и выявить факторы, её определяющие в группе свиней породы ландрас;

4. Оценить степени взаимосвязи показателей мясной продуктивности у свиней двух- и трехпородных помесей в различных половозрастных группах на основе ассоциаций мононуклеотидного полиморфизма регуляторных областей (промоторов) ключевых генов контроля липидного метаболизма (Lep, Scd) и миогенеза (Myf-6, Myod);

5. Оценить уровень изменчивости показателей мясной продуктивности и скорости роста помесных животных в зависимости от структуры комплексных генотипов по мононуклеотидным полиморфизмам в промоторах генов Lep, Sed, Myf-6, Myod, Opn.

Научная новизна исследований. Впервые выявлены факторы, влияющие на изменчивость оценок экспрессии генов в разных органах и тканях отдельных особей, и между разными животными. Выявлен фактор (перекрестная гибридизация), связанный с наличием гомологичных последовательностей как внутри отдельных структурных генов, так и между разными генами, что приводит к перекрестной гибридизации проб ДНК микроматриц с кДНК более чем одной мРНК. Показано, что индивидуальная изменчивость экспрессии разных генов тесно связана с функциональными особенностями кодируемых ими белков и количеством метаболических путей, в регуляции которых они участвуют. Впервые выявлены и описаны две, хорошо идентифицируемые, составляющие органоспецифичного ПГЭ, одна включает гены, экспрессия которых отличается у разных животных, обозначенная нами как «вариабельная» часть ПГЭ, и другая объединяет гены, оценки экспрессии которых не имели индивидуальной изменчивости, составляющие, по нашему определению, «конститутивную» часть ПГЭ. Впервые получены данные о том, что продукты генов «вариабельной» части профиля участвуют в контроле в два раза большего количества метаболических путей и находятся в более сложных межгенных сетевых взаимоотношениях по сравнению с генами «конститутивной» части, что позволяет выделить в качестве ведущего фактора индивидуальной изменчивости их экспрессии средовую компоненту. На основании генотипирования SNP в регуляторных последовательностях (промоторах) ключевых генов липидного обмена и миогенеза обнаружено, что ассоциации между моногенными и комплексными генотипами с характеристиками сальности свиней и динамикой миогенеза зависят от пола, возраста исследуемых животных, а также от особенностей типа скрещивания (двух- и трехпородные помеси).

Практическая значимость работы. Обнаруженная в работе подразделенность ПГЭ на конститутивную и вариабельную части, обусловленная вовлеченностью генов в разное количество метаболических путей, позволяет планировать подбор генов для получения органоспецифичных ПГЭ в целях повышения надежности выявления генов, экспрессия которых вносит определяющий вклад в проявление хозяйственно-полезных характеристик свиней.

Впервые получены и проанализированы данные об ассоциациях между мононуклеотидными полиморфизмами промоторов генов-кандидатов контроля липидного обмена и миогенеза, как отдельных, так и комплексных генотипов, и проявлением характеристик сальности и динамики миогенеза. Показано, что выявленные моногенные и комплексные генотипы могут быть непосредственно использованы для прогноза проявления хозяйственно-полезных характеристик с учетом ограничений надежности таких связей возрастом, полом и типом скрещивания свиней (двух- и трехпородные помеси).

Основные положения, выносимые на защиту:

1) Воспроизводимость оценок ПГЭ зависит от наличия/отсутствия перекрестной гибридизации между пробами ДНК микроматриц и участками гомологии внутри- и между кДНК мРНК разных генов.

2) Подразделенность ПГЭ на конститутивную и вариабельную части обусловлена функциональными особенностями кодируемых белков и их участием в контроле разного количества метаболических путей.

3) Ассоциации между молекулярно-генетическими маркерами -мононуклеотидными полиморфизмами промоторов генов-кандидатов контроля проявления мясной продуктивности у свиней приемлемы для прогноза развития признаков продуктивности с учетом ограничений надежности такого прогноза возрастом, полом и типом скрещивания животных (двух- и трехпородные помеси).

Апробация результатов диссертации. Основные положения диссертации были представлены в виде докладов на VI Международном научном симпозиуме «Прикладные исследования для улучшения производства свинины и их влияние на развитие сельских территорий» (Быдгощ-Торунь, Польша, 2012); III Международном симпозиуме для аспирантов и студентов аграрный вузов (Быдгощ-Торунь, Польша, 2012), 25й Международной конференции «Генетические Дни» (Вроцлав, Польша, 2012); Международной конференции «Достижения в микрочиповых технологиях» \ АМТ (Гамбург, Германия, 2011); 7й и 8й международных конференциях по биоинформатике регуляции генома и структурной/системной биологии / ВОЯ8\8В (Новосибирск, 2010; 2012); Международной московской конференции по вычислительной молекулярной биологии / МССМВ (Москва, 2009; 2011); XVI, XVII и XIX Международных конференциях студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов» (Москва, 2009; 2010; 2012); VI Московском международном конгрессе «Биотехнология: состояние и перспективы развития» (Москва, 2011); Международной научной конференции молодых ученых и специалистов, посвященной 145-летию академии имени К. А. Тимирязева (Москва, 2010); Международной конференции по бионаукам и биотехнологии / 1СВВ (Осло, Норвегия, 2009), 49й встрече американского общества по клеточной биологии / АБСВ (Сан-Диего, США, 2009); Международной научно-технической конференции: нанотехнологии и наноматериалы (Москва, 2009); 62-й Международной студенческой научной конференции (Москва, 2009) Международной научно-практической конференции Нанотехнологии в сельском хозяйстве (Москва, 2008).

Публикации результатов исследования. По теме диссертации опубликовано 24 научных работы общим объемом 6,3 п.л. с личным вкладом автора (75%), включая 4 статьи в рецензируемых научных журналах, определенных ВАК Минобрнауки РФ и 1 статью в иностранном англоязычном издании.

Заключение диссертации по теме «Частная зоотехния, технология производства продуктов животноводства», Хлопова, Наталия Сергеевна

Выводы

1. Выявлены различия в оценках экспрессии отдельных генов, представленных на ДНК микроматрицах более чем одной пробой. Эти различия обусловлены протяженными участками гомологии нуклеотидов в разных генах. Как правило, такие гены принадлежат к супергенным семействам, имеющим общее происхождение, обусловливающее наличие общих функциональных участков (доменов).

2. Различия в оценках экспрессии структурных генов печени и почек свиней породы ландрас определены по генам ионного баланса крови, метаболизма ксенобиотиков, полиплоидизации клеток (в частности, динактин 3 - р22), что обусловлено функциональными и гистологическими отличиями между органами животного.

3. Данные полученных профилей генной экспрессии по образцам печени и почек свиней породы ландрас можно условно подразделить на конститутивную часть, включающую гены, уровень экспрессии которых постоянен у исследованных животных, и вариабельную часть, объединяющую гены, уровень экспрессии которых различается у разных животных.

4. Гены вариабельной части находятся под влиянием общих для печени и почек регуляторных факторов, о чем свидетельствует статистически достоверная (Р<0,05; Р<0,01) корреляция (г=0,96-1,00) между оценками уровня экспрессии в разных органах у разных животных. Гены, отнесенные к вариабельной части профиля, участвуют в два раза большем количестве метаболических путей, образуют более многообразные и сложные межгенные взаимодействия по сравнению с генами, отнесенными к конститутивной части профиля.

5. Выявлены статистически достоверные взаимосвязи показателей развития мясной продуктивности и скорости роста у свиней двух- и трехпородных помесей с мононуклеотидным полиморфизмом регуляторных областей (промоторов) ключевых генов контроля липидного метаболизма (Lep, Sed) и миогенеза (Myf-6, Myod), а так же определены факторы, лимитирующие достоверность прогноза исследуемых селекционных показателей у свиней: пол, возраст, тип скрещивания.

6. Уровень изменчивости показателей мясной продуктивности и скорости роста помесных животных зависит от структуры комплексных генотипов по мононуклеотидным полиморфизмам в промоторах генов Lep, Sed, Myf-6, Myod, Opn.

Предложения производству

1. При включении в селекционную работу с применением мировых генетических ресурсов импорт генетического материала для увеличения точности и надежности прогноза мясной продуктивности свиней следует учитывать характеристики экспрессии генов, входящих в конститутивную часть ПГЭ.

2. Для повышения уровня достоверности прогноза мясной продуктивности у двухпородных помесей свиней (крупная белая х дюрок) следует использовать оценку генотипов: по промоторам стеарил-КоА-десатуразы, остеопонтина и лептина у самцов, и по миогенному фактору 6 - у самок для прогноза скорости роста их живой массы.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Хлопова, Наталия Сергеевна, 2012 год

1.H. Молекулярные и физиологические механизмы старения. -Спб.: Изд-во "Наука", 2003. -468 с.

2. Глазко В.И. Геномная селекция крупного рогатого скота: исследовательские и прикладные задачи // Известия ТСХА.-2011.-№ 5.-С. 126-135.

3. Дружевская A.M. Полиморфизмы генов миогенного фактора 6 и альфа-актина-3 и их ассоциация со структурой и функцией склетных мышц человека: Автореф. дис. . канд. биол. наук: 03.01.04-Спб. 2010. -20 с.

4. Дунин И.М., Лебенгарц Я.З., Аджубеков К.К. Генотипическая и возрастная изменчивость ферментов сыворотки крови молочного скота различных экологических зон // Молекулярно генетические маркеры животных.- 1994.-С. 16-17.

5. Зиновьева H.A., Костюнина О.В., Гладырь Е.А., Банникова А.Д., Харзинова В.Р., Ларионова П.В., Шавырина K.M., Эрнст Л.К. Роль ДНК-маркеров признаков продуктивности сельскохозяйственных животных // Зоотехния. -2010. -№ 1. -С. 8-10.

6. Калашникова Л.А., Дунин И.М., Глазко В.И. Селекция XXI века: использование ДНК-технологий / Минсельхоз РФ. ВНИИПлем.-Моск. обл.: Лесные Поляны, 2001. 50 с.

7. Козликин A.B. Мясная продуктивность и биологические особенности чистопородных и помесных свиней: Дис. . канд. с.-х. наук: 06.02.01, 06.02.04- п. Персиановский, 2006.-169 с.

8. Орешин A.M. Оценка генотипа и фенотипа свиней (Sus scrofa) по гену лептина: Автореф. дис. канд. биол. наук: 06.02.01,06.02.07-Саранск, 2010. -19 с.

9. Харченко П.Н., Глазко В.И. ДНК-технологии в развитии агробиологии.-М.: Воскресенье, 2006. -480 с.

10. Ширинский В.П., Степанова О.В., Куликова Т.Г., Хапчаев А.Ю. Молекулярно-генетические механизмы развития сердца и перспективы восстановления миокарда при сердечной недостаточности // Кардиологический вестник.-2009.-№ 2.-С. 70-77.

11. Шихов И.Я. Интерференционная РНК как защита клетка от трансгенеза // Сельскохозяйственная биология. Серия: Биология животных. 2009. -№ 4. -С. 3-13.

12. Шихов И.Я. Нанотехнологии в изучении работы генов // Сельскохозяйственная биология. Серия: Биология животных. 2007. - № 6. -С. 3-8.

13. Эрнст JI.K. Роль биологии в развитии животноводства в XXI веке // Достижения науки и техники АПК. -2008. -№ 10. -С. 7-8.

14. Agsteribbe E., Faassen H., Hartog M.V., Reversma Т., Taanman J.W., Pannekoek H., Evers R.F., Welling G.M., Berger R. Nucleotide sequence of cDNA encoding human fumarylacetoacetase // Nucleic Acids Research.-1990 .-Vol. 18.-P. 1887.

15. Andersen B., Rosenfeld M.G. POU domain factors in the neuroendocrine system: lessons from developmental biology provide insights into human disease. Endocrine Reviews.-2001.-Vol. 22.-P. 2-35.

16. Aromolaran K.A., Benzow K.A., Koob M.D., Piedras-Rentería E.S.The Kelch-like protein 1 modulates P/Q-type calcium current density // Neuroscience.-2007.-Vol. 145.-P. 841-850.

17. Bajic V.B., Tan S.L., Christoffels A., Schonbach C., Lipovich L., Yang L., Hofmann O., Kruger A., Hide W., Kai C., Kawai J., Hume D.A., Carninci P., Hayashizaki Y. Mice and men: their promoter properties // PLoS Genetics.-2006.-Vol. 2.-P.54.

18. Biswas M.G., Russell D.W., Expression cloning and characterization of oxidative 17beta- and 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenases from rat and human prostate // Journal of Biological Chemistry.-1997.-Vol. 272.-P. 15959-15966.

19. Blair A. , Ngo L. , Park J ., Paulsen I.T. , Saier M.H.Jr. Phylogenetic analyses of the homologous transmembrane channel-forming proteins of the F0F1-ATPases of bacteria, chloroplasts and mitochondria // Microbiology.-1996.-Vol. 142.-P. 17-32.

20. Caetano A.R., Johnson R.K., Ford J.J., Pomp D. Microarray profiling for differential gene expression in ovaries and ovarian follicles of pigs selected for increased ovulation rate//Genetics.-2004.Vol. 168.-P. 1529-1537.

21. Cagnazzo M., Pas M.F., Priem J., Wit A.A., Pool M., Davoli R., Russo V.V. Comparison of prenatal muscle tissue expression profiles of two pig breeds differing in muscle characteristics // Journal of animal science.-2006.-Vol. 84.-P. 1-10.

22. Canovas A., Quintanilla R., Amills M., Pena R. N. Muscle transcriptomic profiles in pigs with divergent phenotypes for fatness traits // BMC Genomics.-2010,-Vol. 11.-P. 372.

23. Carmeliet P., Collen D. Genetic Analysis Of The Plasminogen And Coagulation System In Mice // Haemostasis.-1996.-Vol. 26.-P. 132-153.

24. Cartharius K. Matlnspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites // FASEB Journal.-2003.-Vol. 17.-P. 1228-1237.

25. Cartharius K., Freeh K., Grote K., Klocke B., Haltmeier M., Klingenhoff A., Frisch M., Bayerlein M., Werner T. Matlnspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites Bioinformatics.-2005.-Vol. 21.-P. 29332942.

26. Chen C.C., Chang T., Su H.Y. Genetic polymorphisms in porcine leptin gene and their association with reproduction and production traits // Australian Journal of Agricultural Research.-2004.-Vol. 55.-P. 699-704.

27. Chen J., Song C., Redinger R.N. Effects of dietary cholesterol on hepatic production of lipids and lipoproteins in isolated hamster liver // Hepatology.-1996.-Vol. 24.-P. 424-434.

28. Chomwisarutkun K., Murani E., Ponsuksili S., Wimmers K. Microarray analysis reveals genes and functional networks relevant to the predisposition to inverted teats in pigs // Journal of Animal Science.-2012.-Vol. 90.-P. 1-15

29. Costa N., McGillivray C., Bai Q., Wood J.D., Evans G., Chang K.C. Restriction of dietary energy and protein induces molecular changes in young porcine skeletal muscles // The Journal of nutrition.-2004.-Vol. 134.-P. 2191-2199.

30. Courtois G., Morgan J.G., Campbell L.A., Fourel G., Crabtree G.R. Interaction of a liver-specific nuclear factor with the fibrinogen and alpha 1-antitrypsin promoters // Science.-1987.-Vol. 238.-P. 688-692.

31. Damon M., Wyszynska-Koko J., Vincent A., Hérault F., Lebret B. Comparison of muscle transcriptome between pigs with divergent meat quality phenotypes identifies genes related to muscle metabolism and structure // PLoS One.-2012.-Vol. 7.-P. 33763.

32. D'Andrea M., Dal Monego S., Pallavicini A., Modonut M., Dreos R., Stefanon B., Pilla F. Muscle transcriptome profiling in divergent phenotype swine breeds during growth using microarray and RT-PCR tools // Animal Genetics.-2011.-Vol. 42.-P. 501-509.

33. Dang D.T., Pevsner J., Yang V.W. The biology of the mammalian Kruppel-like family of transcription factors // The International Journal of Biochemistry and Cell Biology.-2000.-Vol. 32.-P.1103-1121.

34. David H. Quantitative and qualitative changes in the mitochondria in hepatocytes during postnatal development of male rats // Experimental Pathology.-1979.-Vol. 17.-P. 359-373.

35. Dvorak C.M., Hyland K.A., Machado J.G., Zhang Y., Fahrenkrug S.C., Murtaugh M.P. Gene discovery and expression profiling in porcine Peyer's patch // Veterinary immunology and immunopathology.-2005.-Vol. 105.-P. 301-315.

36. Dworkin S., Malaterre J., Hollande F., Darcy P.K., Ramsay R.G., Mantamadiotis T. cAMP response element binding protein is required for mouseneural progenitor cell survival and expansion // Stem Cells.-2009.-Vol. 27.-P. 1347-1357.

37. Ekmekci O.B., Ekmekci H. // Vitronectin in atherosclerotic disease. International Journal of Clinical Chemistry and Diagnostic Laboratory Medicine.-2006,-Vol. 368.-P. 77-83.

38. Ezashi T., Telugu B.P., Alexenko A.P., Sachdev S., Sinha S., Roberts R.M. Derivation of induced pluripotent stem cells from pig somatic cells // Proceedings of the National Academy of Sciences.-2009.-Vol. 106.-P. 10993-10998.

39. Flori L., Fritz S., Jaffrezic F., Boussaha M. Gut I., Heath S., Foulley J.-L., Gautier M. The Genome Response to Artificial Selection: A Case Study in Dairy Cattle // PLoS ONE.-2009.-Vol. 4.-P. 6595.

40. Flowers M.T., Ntambi J.M. Role of stearoyl-coenzyme A desaturase in regulating lipid metabolism // Current Opinion in Lipidology.-2008.-Vol.19.-P. 248-256.

41. Forman B.M., Chen J., Blumberg B., Kliewer S.A., Henshaw R., Ong E.S., Evans R.M. Cross-talk among ROR alpha 1 and the Rev-erb family of orphan nuclear receptors // Molecular Endocrinology.-1994.-Vol. 8.-P. 1253-1261.

42. Foster S.L., Hargreaves D.C., Medzhitov R. Gene-specific control of inflammation by TLR-induced chromatin modifications // Nature.-2007,-Vol. 447.-P. 972-978.

43. Foster T.E., Puskas B.L., Mandelbaum B.R., Gerhardt M.B., Rodeo S.A. Platelet-Rich Plasma: From Basic Science to Clinical Applications // The American Journal of Sports Medicine.-2009.-Vol. 37.-P. 2259-2272.

44. Gachon F., Olela F.F., Schaad O., Descombes P., Schibler U. The circadian PAR-domain basic leucine zipper transcription factors DBP, TEF, and HLF modulate basal and inducible xenobiotic detoxification // Cell Metabolism.-2006.-Vol. 4.-P. 25-36.

45. Gladney C.D., Bertani G.R., Johnson R.K., Pomp D. Evaluation of gene expression in pigs selected for enhanced reproduction using differential display PCR and human microarrays: I. Ovarian follicles // Journal of animal science.-2004.-Vol. 82.-P. 17-31.

46. Glenn K.C., Frost G.H., Bergmann J.S., Carney D.H. Synthetic peptides bind to high-affinity thrombin receptors and modulate thrombin mitogenesis // Peptide Research.-1988.-Vol. l.-P. 65-73.

47. Granadino B.; Perez-Sanchez C.; Rey-Campos J. Fork Head Transcription Factors // Current Genomics.-2000.-Vol. l.-P. 353-382.

48. Green J.A., Kim J.G., Whitworth K.M., Agca C., Prather RS. The use of microarrays to define functionally-related genes that are differentially expressed in the cycling pig uterus // Reproduction (Cambridge, England).-2006.-Vol. 62.-P. 163-176.

49. Guiatti D., Sgorlon S., Chessa S., Raschetti M., Stefanon B. Targeting DNA variability in the promoter region of candidate genes to carcass traits of heavy pigs // Italian Journal of Animal Science.-201 l.-Vol. 10.-P. 14.

50. Guyonnet B., Marot G, Dacheux J.L., Mercat M.J., Schwob S., Jaffrezic F., Gatti J.L. The adult boar testicular and epididymal transcriptomes // BMC Genomics.-2009.-Vol. 10.-P. 369.

51. Hammamieh R., Bi S., Das R., Neill R., Jett M. Modeling of SEB-induced host gene expression to correlate in vitro to in vivo responses // Biosensors and Bioelectronics.-2004.-Vol. 20.-P. 719-727.

52. Haumaitre C., Barbacci E., Jenny M., Ott M.O., Gradwohl G., Cereghini S. Lack of TCF2/vHNFl in mice leads to pancreas agenesis // Proceedings of the National Academy of Sciences USA.-2005.-Vol. 102.-P. 1490-1495.

53. Hausman G.J., Poulos S.P., Richardson R.L., Barb C.R., Andacht T., Kirk H.C., Mynatt R.L. Secreted proteins and genes in fetal and neonatal pig adipose tissue and stromal-vascular cells // Journal of animal science.-2006.-Vol. 84. -P. 1666-1681.

54. Hazard D., Liaubet L., SanCristobal M., Mormede P. Gene array and real time PCR analysis of the adrenal sensitivity to adrenocorticotropic hormone in pig // BMC Genomics.-2008.-Vol. 9.-P. 101.

55. He C., Cheng H., Zhou R. GATA family of transcription factors of vertebrates: phylogenetics and chromosomal synteny // Journal of Biosciences.-2007.-Vol. 32.-P. 1273-1280.

56. Helle K.B., Corti A., Metz-Boutigue M.H., Tota B. The endocrine role for chromogranin A: a prohormone for peptides with regulatory properties // Cellular and Molecular Life Sciences.-2007.-Vol. 64.-P. 2863-2886.

57. Horcher M., Souabni A., Busslinger M.Pax 5/BSAP maintains the identity of B cells in late B lymphopoiesis // Immunity.-2001.-Vol. 14.-P. 779-790.

58. Hornshoj H. Application of bioinformatics for microarray platform development and analysis of global gene expression in porcine tissues: Dissertation for the PhD Degree: -University of Aarhus, 2008.-171 p.

59. Hornshoj H., Conley L.N., Hedegaard J., Sorensen P., Panitz F., Bendixen C. Microarray expression profiles of 20.000 genes across 23 healthy porcine tissues // PLoS One.-2007.-Vol. 2.-P. 1203.

60. Huang L, Yoneda M, Kimata K, A serum-derived hyaluronan-associated protein (SHAP) is the heavy chain of the inter alpha-trypsin inhibitor // Journal of Biological Chemistry.-1993.-Vol. 268.-P. 26725-2630.

61. Humm A, Fritsche E, Steinbacher S, Huber R. Crystal structure and mechanism of human L-arginine:glycine amidinotransferase: a mitochondrial enzyme involved in creatine biosynthesis // EMBO Journal.-1997.-Vol. 16.-P. 3373-3385.

62. Huttner W.B, Gerdes H.H, Rosa P. The granin (chromogranin/secretogranin) family // Trends in Biochemical Sciences.-1991.-Vol. 16.-P. 27-30.

63. Jay L, Zweier J.L, Wooten J.B, Cohen J.S. Studies of anion binding by transferrin using carbon-13 nuclear magnetic resonance spectroscopy // Biochemistry.-1981.-Vol. 20.-P. 3505-3510.

64. Jenner R.G, Young R.A. Insights into host responses against pathogens from transcriptional profiling // Nature Reviews Microbiology.-2005.-Vol.3.-P. 281-294.

65. Jetten A.M. Retinoid-related orphan receptors (RORs): critical roles in development, immunity, circadian rhythm, and cellular metabolism // Nuclear Receptor Signaling.-2009.-Vol.7.-P. 3.

66. Jitrapakdee S., St Maurice M., Rayment I., Cleland W.W., Wallace J.C., Attwood P.V. Structure, mechanism and regulation of pyruvate carboxylase // Biochemical Journal.-2008.-Vol. 413.-P. 369-387.

67. Jones S.E., Jomary C. Clusterin // The international journal of biochemistry and cell biology.-2002.-Vol. 34.-P. 427-431.

68. Jorgensen R., Sogaard T. M., Rössing A.B., Martensen P.M., Justesen J. Identification and Characterization of Human Mitochondrial Tryptophanyl-tRNA Synthetase // The Journal of biological chemistry.-2000.-Vol. 275.-P. 1682016826.

69. Jouffe V., Rowe S., Liaubet L., Buitenhuis B., Hornshoj H., SanCristobal M., Mormede P., Koning DJ. Using microarrays to identify positional candidate genes for QTL: the case study of ACTH response in pigs // BMC Proceedings.-2009.-Vol. 3.-P. 14.

70. Kanzaki T., Wang A. M., and Desnick R. J. Lysosomal alpha-N-acetylgalactosaminidase deficiency, the enzymatic defect in angiokeratoma corporis diffusum with glycopeptiduria // The Journal of Clinical Investigation.-1991.-Vol 88.-P. 701-711.

71. Kim M., Mc Ginnis W. Phosphorylation of Grainy head by ERK is essential for wound-dependent regeneration but not for development of an epidermal barrier

72. Proceedings of the National Academy of Sciences USA.-201 l.-Vol. 108.-P. 650655.

73. Klingenhoff A., Freeh K., Werner T. Regulatory modules shared within gene classes as well as across gene classes can be detected by the same in silico approach // In Silico Biology.-2002.-Vol. 2.-P. 17-26.

74. Kostecka Z., Blahovec J., Animal insulin-like growth factor binding proteins and their biological functions // Veterinary medicine.-2002.-Vol. 47.-P. 75-84.

75. Lahmers S., Wu Y., Call D.R., Labeit S., Granzier H. Developmental control of titin isoform expression and passive stiffness in fetal and neonatal myocardium // Circulation research.-2004.-Vol. 94.-P. 505-513.

76. Larsson L.I., St-Onge L., Hougaard D.M., Sosa-Pineda B., Gruss P. Pax 4 and 6 regulate gastrointestinal endocrine cell development // Mechanisms of Development.-1998.-Vol. 79.-P. 153-159.

77. Ledger T.N., Pinton P., Bourges D., Roumi P., Salmon H., Oswald I.P. Development of a macroarray to specifically analyze immunological gene expression in swine // Clinical and diagnostic laboratory immunology.-2004.-Vol. 11.-P. 691-698.

78. Li S., Zhang H., Gao P., Chen Z., Wang C., Li J. A functional mutation at position -155 in porcine APOE promoter affects gene expression // BMC Genetics.-2011.-Vol. 12.-P. 40.

79. Li Y., Zhou H., Wen Z., Wu S., Huang C., Jia G., Chen H., Jin M. Transcription analysis on response of swine lung to H1N1 swine influenza virus // BMC Genomics.-2011.-Vol. 12.-P. 398.

80. Lin C.S., Hsu C.W. Differentially transcribed genes in skeletal muscle of Duroc and Taoyuan pigs // Journal of animal science.-2005. -Vol. 84.-P. 20752086.

81. Liu D., Hu Y., Yang X., Liu Y., Wei S., Jiang Y. Identification and genetic effects of a novel polymorphism in the distal promoter region of porcine leptin gene // Molecular Biology Reports.-201 l.-Vol. 38.-P. 2051-2057.

82. Liu Y., Zhang J.Recent development in NMDA receptors // Chinese medical journal.-2000.-Vol. 113.-P. 948-956.

83. Machado J.G., Hyland K.A., Dvorak C.M., Murtaugh M.P. Gene expression profiling of jejunal Peyer's patches in juvenile and adult pigs // Mammalian Genome.-2005.-Vol. 16.-P. 599-612.

84. Merritt C.M., Board P.G., Structure and characterisation of a duplicated human alpha 1 acid glycoprotein gene // Gene.-1988.-Vol. 66.-P. 97-106.

85. Mindnich R., Moller G., Adamski J. The role of 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenases // Molecular and Cellular Endocrinology 2004.-Vol. 218.-P. 7-20.

86. Mitchell J.W., Baik N., Castellino F.J., Miles L.A. Plasminogen inhibits TNFa-induced apoptosis in monocytes // Blood.-2006.-Vol. 107.-P. 4383-4390.

87. Mittal V., Ma B., Hernandez N. SNAP(c): a core promoter factor with a built-in DNA-binding damper that is deactivated by the Oct-1 POU domain // Genes.-1999,-Vol. 13.-P. 1807-1821.

88. Moe M., Lien S., Bendixen C., Hedegaard J., Hornshoj H., Berget I., Meuwissen T.H., Grindflek E. Gene expression profiles in liver of pigs with extreme high and low levels of androstenone // BMC Veterinary Research.-2008.-Vol. 4.-P. 29.

89. Moe M., Meuwissen T., Lien S., Bendixen C., Wang X., Conley L.N., Berget I., Tajet H., Grindflek E. Gene expression profiles in testis of pigs with extreme high and low levels of androstenone // BMC Genomies.-2007.-Vol. 8.-P. 405.

90. Montminy M.R., Bilezikjian L.M. Binding of a nuclear protein to the cyclic-AMP response element of the somatostatin gene // Nature.-1987.-Vol. 328.-P. 175 178.

91. Moody D.E., Zou Z., Mclntyre L. Cross-species hybridisation of pig RNA to human nylon microarrays // BMC Genomics.-2002.-Vol. 3.-P. 27.

92. Moon J.K., Kim K.S., Kim J.J., Choi B.H., Cho B.W., Kim T.H., Lee C.K.Differentially expressed transcripts in adipose tissue between Korean native pig and Yorkshire breeds // Animal Genetics.-2009.-Vol. 40.-P. 115-118.

93. Mosesson M.W. Fibrinogen and fibrin structure and functions // Journal of Thrombosis and Haemostasis.-2005.-Vol. 3.-P. 1894-1904.

94. Mosesson M.W. Fibrinogen gamma chain functions. Journal of Thrombosis andHaemostasis.-2003.-Vol. l.-P. 231-238.

95. Nei M., Rogozin I.B., Piontkivska H. Purifying selection and birth-and-death evolution in the ubiquitin gene family // Proceedings of the National Academy of Sciences USA.-2000.-Vol. 97.-P. 10866-10871.

96. Nguyen T.T., Almon R.R., DuBois D.C., Jusko W.J., Androulakis I.P. Importance of replication in analyzing time-series gene expression data:

97. Corticosteroid dynamics and circadian patterns in rat liver, available at http://www.biomedcentral.com/1471 -2105/11 /279.

98. Nobis W, Ren X, Suchyta S.P, Suchyta T.R, Zanella A.J, Coussens P.M. Development of a porcine brain cDNA library, EST database, and microarray resource//Physiological genomics.-2003.-Vol. 16.-P. 153-159.

99. Novak S, Ruiz-Sanchez A, Dixon W.T, Foxcroft G.R, Dyck M.K. Seminal plasma proteins as potential markers of relative fertility in boars // Journal of Andrology.-2010.-Vol. 31.-P. 188-200.

100. Okomo-Adhiambo M, Beattie C, Rink A. cDNA microarray analysis of host-pathogen interactions in a porcine in vitro model for Toxoplasma gondii infection // Infection and immunity.-2006,-Vol. 74.-P. 4254-4265.

101. Okoniewski M. J, Miller C. J. Hybridisation interactions between probesets in short oligo microarrays lead to spurious correlations // BMC Bioinformatics.-2006.-Vol. 7.-P. 276.

102. Oliveira Peixoto J, Facioni Guimaraes S.E, Savio Lopes P, Menck Soares M.A, Vieira Pires A, Gualberto Barbosa M.V, de Almeida Torres R, de Almeida

103. E. S.M. Associations of leptin gene polymorphisms with production traits in pigs // Journal of Animal Breeding and Genetics.-2006.-Vol. 123.-P. 378-383.

104. Pas M.F., Wit A.A., Priem J., Cagnazzo M., Davoli R., Russo V., Pool M. Transcriptome expression profiles in prenatal pigs in relation to myogenesis. // Journal of muscle research and cell motility.-2005.-Vol. 26.-P. 157-165.

105. Prochownik E.V., Markham A.F., Orkin S.H. Isolation of a cDNA clone for human antithrombin III // Journal of Biological Chemistry.-1983.-Vol. 258.-P. 8389-8394.

106. Qiao M., Wu H.Y., Li F.E., Jiang S.W., Xiong Y.Z., Deng C.Y. Molecular characterization, expression profile and association analysis with carcass traits of porcine LCAT gene // Molecular Biology Reports.-2010.-Vol. 37.-P. 2227-2234.

107. Qu A., Rothschild M.F., Stahl C.H. Effect of dietary phosphorus and its interaction with genetic background on global gene expression in porcine muscle // Journal of Animal Breeding and Genetics.-2007.-V. 124.-P. 214-224.

108. Ramji D.P. and Foka P. CCAAT/enhancer-binding proteins: structure, function and regulation // Biochemical Journal.-2002.-Vol. 365.-P. 561-575.

109. Redondo C., Vouropoulou M., Evans J., Findlay John. // Identification of the retinol-binding protein (RBP) interaction site and functional state of RBPs for the membrane receptor // The FASEB Journal.-2008.-Vol. 22.-P. 1043-1054.

110. Reiner G., Hepp S., Hertrampf B., Kliemt D., Mackenstedt U., Daugschies A., Zahner H. Genetic resistance to Sarcocystis miescheriana in pigs following experimental infection // Veterinary Parasitology.-2007.-Vol. 145.-P. 2-10.

111. Reiner G., Willems H., Pesch S., Ohlinger V.F. Variation in resistance to the porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) in Pietrain and Miniature pigs // Journal of Animal Breeding and Genetics.-2010.-Vol. 127.-P. 100-106.

112. Ren J., Knorr C., Guo Y.-M., Ding N.-S., Ai H.-S., Brenig B., Huang L.-S. Characterization of five single nucleotide polymorphisms in the porcine stearoyl-CoA desaturase (SCD) gene // Animal Genetics.-2004.-Vol. 35.-P. 255-257.

113. Sancho P., Troyano A., Fernández C., Blas E., Aller P. Differential Effects of Catalase on Apoptosis Induction in Human Promonocytic Cells. Relationshipswith Heat-Shock Protein Expression // Molecular Pharmacology.- 2003.-Vol. 63.-P. 581-589.

114. Seale P., Rudnicki M.A. Looking back to the embryo: defining transcriptional networks in adult myogenesis // Nature Reviews Genetics.-2003.-Vol. 7.-P. 497 -507.

115. Setty R.S. Biotechnology, Cell Biology and Genetics Part-1. New Age International, 2006.-190 p.

116. Shih H.H., Xiu M., Berasi S.P., Sampson E.M., Leiter A., Paulson K. E., Yee A.S. HMG box transcriptional repressor HBP1 maintains a proliferation barrier in differentiated liver tissue // Molecular and Cellular Biology.-2001.-Vol. 21.-P. 5723-5732.

117. Smith T.P., Fahrenkrug S.C., Rohrer G.A., Simmen F.A., Rexroad C.E., Keele J.W. Mapping of expressed sequence tags from a porcine early embryonic cDNA library // Animal genetics.-2001.-Vol. 32.-P. 66-72.

118. Sole R.V., Valverde S. Are network motifs the spandrels of cellular complexity? // Trends in Ecology and Evolution.-2006.-Vol. 21.-P. 419-422.

119. Stachowiak M., Flisikowski K., Szydlowski M., Fries R., Switonski M. Postnatal transcription profile and polymorphism of the ADIPOR1 gene in five pig breeds // Animal Genetics.-2010.-Vol. 41.-P. 97-100.

120. Stewart J.D., Lou Y., Squires E.J., Coussens P.M. Using human microarrays to identify differentially expressed genes associated with increased steroidogenesis in boars//Animal biotechnology.-2005.-Vol. 16.-P. 139-151.

121. Stratil A., Peelman L.J., Mattheeuws M., Van Poucke M., Reiner G., Geldermann H. A novel porcine gene, alpha-1-antichymotrypsin 2 (SERPINA3-2): sequence, genomic organization, polymorphism and mapping // Gene.-2002.-Vol. 292.-P. 113-119.

122. Sugimoto H., Yang C., LeBleu V.S.,. Soubasakos M.A , Giraldo M., Zeisberg M., Kalluri R. BMP-7 functions as a novel hormone to facilitate liver regeneration // The FASEB Journal.-2007.-Vol. 21.-P. 256-264.

123. SwitonskiM., Stachowiak M., Cieslak J., Bartz M., Grzes M. Genetics of fat tissue accumulation in pigs: a comparative approach // Journal of Applied Genetics. -2010.-V.51 .-P. 153-168.

124. Tanaka T., Yoshida N., Kishimoto T., Akira S. Defective adipocyte differentiation in mice lacking the C/EBPbeta and/or C/EBPdelta gene // EMBO Journal.-1997.-Vol. 16.-P. 7432-7443.

125. Urbanski P., Kury J. New SNPs in the coding and 5' flanking regions of porcine MYOD1 (MYF3) and MYF5 genes // Journal of Applied Genetics.-2004.-Vol. 45.-P. 325-329.

126. Weiler J., Ron M. Invited review: quantitative trait nucleotide determination in the era of genomic selection // Journal of Dairy Science.-201 l.-Vol. 94.-P. 1082-1090.

127. Wexler I.D., Du Y., Lisgaris M.V., Mandal S.K., Freytag S.O., Yang B.-S., Liu T.-C., Kwon M., Patel M.S., Kerr D.S., Primary amino acid sequence and structure of human pyruvate carboxylase // Biochimica et Biophysica Acta.-1994.-Vol. 1227.-P. 46-52.

128. Wimmers K., Murani E., Schellander K. , Ponsuksili S. Combining QTL-and expression-analysis: identification of functional positional candidate genes for meat quality and carcass traits // Archives of Animal Breeding.-2005.-Vol. 48.-P. 23-31.

129. Wimmers K., Murani E., Te Pas M.F., Chang K.C., Davoli R., Merks J.W., Henne H., Muraniova M., da Costa N., Harlizius B., Schellander K., Boll I., Braglia S., de Wit A.A., Cagnazzo M., Fontanesi L., Prins D., Ponsuksili S.

130. Associations of functional candidate genes derived from gene-expression profiles of prenatal porcine muscle tissue with meat quality and muscle deposition // Animal Genetics.-2007.-Vol. 38.-P. 474-484.

131. Wimmers K., Trong Ngu N., Murani E., Schellander K. & PonsuksiliS. () Linkage and expression analysis to elucidate the genetic background of muscle structure and meat quality in the pig // Archives of Animal Breeding.- 2006.-Vol. 49.-P. 116-125.

132. Wohlwend A., Belin D., Vassalli J-D. Plasminogen activator-specific inhibitors prodused by human monocytes/macrophages // Journal of Experimental Medicine.-1987.-Vol 165.-P. 320-339.

133. Wyszynska-Koko J., Kuryl J. Porcine MYF6 gene: sequence, homology analysis, and variation in the promoter region // Animal Biotechnology.-2004.-Vol. 15.-P. 159-173.

134. Xu J., Zhang J., Wang L., Zhou J., Huang H, Wu J., Zhong Y., Shi Y. Solution structure of Urml and its implications for the origin of protein modifiers // Proceedings of the National Academy of Sciences USA.-2006.-Vol. 103.-P. 11625-11630.

135. Yuan D., Ma X., Ma J. Sequences outside the homeodomain of bicoid are required for protein-protein interaction // Journal of Biological Chemistry.-1996.-Vol. 271.-P. 21660-21665.

136. Zhang X., Tseng H. Basonuclin-null mutation impairs homeostasis and wound repair in mouse corneal epithelium // PLoS One.-2007.-Vol. 2.-P. 1087.

137. Zhao S.H., Kuhar D., Lunney J.K., Dawson H., Guidry C., Uthe J.J., Bearson S.M., Recknor J., Nettleton D., Tuggle C.K. Gene expression profiling in

138. Salmonella Choleraesuis-infected porcine lung using a long oligonucleotide microarray//Mammalian Genome.-2006.-Vol. 17.-P. 777-789.

139. Zhao S.H, Nettleton D, Liu W, Fitzsimmons C., Ernst C.W, Raney N.E, Tuggle C.K. Complementary DNA macroarray analyses of differential gene expression in porcine fetal and postnatal muscle // Journal of animal science.-2003.-Vol. 81.-P. 2179-2188.

140. Zhao S.H, Recknor J, Lunney J.K, Nettleton D, Kuhar D, Orley S, Tuggle C.K. Validation of a first-generation long-oligonucleotide microarray for transcriptional profiling in the pig // Genomics.-2005.-Vol. 86.-P. 618-625.

141. Zhou Q.Y, Fang M.D, Huang Т.Н., Li C.C, Yu M, Zhao S.H. Detection of differentially expressed genes between Erhualian and Large White placentas on day 75 and 90 of gestation // BMC Genomics.-2009.-Vol. 10.-P. 337.

142. NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov

143. Nextbio database: http://www.nextbio.com

144. SPAM project: http://www.pigoligoarray.org

145. Uniprot database: http://www.uniprot.orgсоюз

146. СПРАВКА О ВНЕДРЕНИИ результатов исследований Н.С. Хлоповой в практику российскогосвиноводства

147. Считаем также обоснованным продолжение исследований в данном направлении с целью расширения объемов и конкретизации полученных результатов в