Свойства ксиланаз, β-глюканаз и ксилоглюканаз Aspergillus japonicus тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.15, кандидат химических наук Гришутин, Сергей Геннадьевич

  • Гришутин, Сергей Геннадьевич
  • кандидат химических науккандидат химических наук
  • 2004, Москва
  • Специальность ВАК РФ02.00.15
  • Количество страниц 177
Гришутин, Сергей Геннадьевич. Свойства ксиланаз, β-глюканаз и ксилоглюканаз Aspergillus japonicus: дис. кандидат химических наук: 02.00.15 - Катализ. Москва. 2004. 177 с.

Оглавление диссертации кандидат химических наук Гришутин, Сергей Геннадьевич

Список сокращений.

ВВЕДЕНИЕ.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Современные представления о классификации карбогидраз.

1.2. Структура и функции ксилоглюкана клеточных стенок растений.

1.3. Ферменты гидролизующие ксилоглюкан.

1.4. Структура и функции нецеллюлозных р-глюканов.

1.5. Ферменты гидролизующие Р-глюканы.

1.6. Ферменты Aspergillus.

II. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Глава 2. Объекты исследования и методика эксперимента.

2.1. Использованные вещества.

2.2. Хроматографическое фракционирование и очистка ферментов.

2.2.1. Разделение препарата A.japonicus.

2.2.2. Хроматографический анализ препаратов A.japonicus.

2.2.3. Разделение препарата T.reesei.

2.3. Определение ферментативной активности и белка.

2.4. Определение биохимических характеристик ферментов.

2.5. Определение рН-зависимости активности ферментов.

2.6. Изучение термостабильности ферментов.

2.7. Определение кинетических параметров действия ферментов.

2.8. Проведение гидролиза Р-глюкана, ксилоглюкана и арабиноксилана под действием ферментов.

2.9. Исследование изменения молекулярно-массового распределения полисахаридов.

2.10. Исследование состава низкомолекулярных продуктов гидролиза полисахаридов.

2.11. Определение вискозиметрической активности по р-глюкану и карбоксиметилцеллюлозе с одновременным определением выхода ВС.

2.12. Масс спектрометрический анализ пептидного фингерпринта выделенных белков.

III. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

Глава 3. Выделение и очистка ферментов A.japonicus.

3.1. фракционирование исходного препарата A.japonicus с помощью ионообменной хроматографии на Source 15Q.

3.2. Очистка р-глюканазы 28 кДа и ксиланазы 35 кДа.

3.3. Очистка ксиланазы 22 кДа с помощью гидрофобной хроматографии на Phenyl-Superose.

3.4. Очистка ксилоглюканазы 32 кДа с помощью ионообменной хроматографии на Mono Q.

3.5. Очистка арабиноксилан-арабинофурангидролазы 33 кДа.

Глава 4. Идентификация выделенных ферментов с помощью протеолиза трипсином с последующей масс-спектрометрией пептидов.

Глава 5. Изучение свойств выделенных ферментов Ajaponicus.

5.1. Активность и кинетические параметры действия ферментов на различные субстраты.

5.2. рН - зависимости и термостабильность ферментов.

5.3. Механизм гидролиза р-глюкана под действием Р-глюканаз, эндоглюканаз и экзо-Р-глюкозидазы.

5.3.1. Изучение продуктов гидролиза с помощью ГПХ.

5.3.2. Изучение продуктов исчерпывающего гидролиза р-глюкана.

5.3.3. Сравнение продуктов исчерпывающего гидролиза р-глюкана BG 28 Ajaponicus и лихеназой B.subtilis.

5.3.4. Изучение начальной стадии гидролиза Р-глюкана с помощью вискозиметрии.

5.4. Механизм гидролиза ксилоглюкана под действием ксилоглюканаз и эндоглюканаз.

5.4.1. Изучение продуктов гидролиза ксилоглюкана с помощью ГПХ. щ 5.4.2. Изучение продуктов исчерпывающего гидролиза ксилоглюкана.

Глава 6. Анализ качественного и количественного состава ферментных препаратов A.japonicus.

6.1. Характеристики исходных препаратов.

6.2. Хроматографическое разделение и определение активности фракций.

6.3. Анализ состава и содержания ферментов в препаратах.

6.3.1. Идентификация известных ферментов Ajaponicus.

6.3.2. Оценка количественного содержания индивидуальных ферментов.

ВЫВОДЫ.

Рекомендованный список диссертаций по специальности «Катализ», 02.00.15 шифр ВАК

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Свойства ксиланаз, β-глюканаз и ксилоглюканаз Aspergillus japonicus»

В настоящее время ферменты, расщепляющие полисахариды (карбогидразы), находят все более широкое применение в различных отраслях промышленности и сельского хозяйства: для конверсии растительной биомассы, обработки текстильных изделий, в целлюлозно-бумажной промышленности, в пищевой промышленности, в качестве добавок, улучшающих питательные свойства кормов для животных [1, 2, 3, 4].

Широкое разнообразие и повсеместная распространенность ферментов-карбогидраз обуславливается разнообразием структур полисахаридов, встречающихся в природе, а также узкой субстратной специфичностью ферментов к типу моносахаридного остатка, типу связи между остатками, и ближайшему окружению расщепляемой связи. Одними из самых распространенных в природе являются полисахариды клеточных стенок растений. Они могут быть условно разделены на три группы: целлюлоза, гемицеллюлозы и пектины [5].

Целлюлоза является основным компонентом клеточной стенки и представляет собой линейный полимер, состоящий из остатков D-глюкозы, соединенных р-1,4-связями. Полимеры целлюлозы присутствуют как упорядоченные структуры (арматура) и их основная функция — обеспечение жесткости клеточной стенки растений [5, 6].

Гемицеллюлозы - группа структурно различных гетерополисахаридов, часто встречающихся вместе с целлюлозой. Основным гемицеллюлозным полимером злаков и лиственных деревьев является ксилан. Основная цепь ксилана построена из остатков D-ксилозы, соединенных (3-1,4-связями, и может содержать различные заместители (или короткие боковые цепи), такие как L-арабинозу, D-глюкуроновую кислоту, D-ксилозу, а также ацетил- ферулоил- и и-кумароильные группы [7].

Другими распространенными гемицеллюлозными полимерами являются галактоманнаны и галактоглюкоманнаны. Они составляют основную фракцию гемицеллюлоз хвойных деревьев [8], а также служат запасными полисахаридами, например, в семенах бобовых [9].

К гемицеллюлозам относят также ксилоглюканы и р-глюканы, основная цепь которых содержит остатки D-глюкозы, соединенные |3-1,4-связями в случае ксилоглюкана,- и большое количество боковых заместителей или остатки глюкозы, соединенные 0-1,4, р-1,3-связями в случае р-глюканов злаков. В семенах некоторых растений эти полисахариды выполняют также функцию углеводного запаса [5, 9].

Пектины образуют следующую группу гетерополисахаридов. В зависимости от растительного источника структура пектинов может достаточно сильно различаться. Общим в структуре пектинов является линейная последовательность а-1,4-галактуронана, которая перемежается встроенными участками линейного рамногалактуронана, к которому в свою очередь присоединены боковые цепи, что делает структуру пектинов разветвленной. В качестве боковых цепей наиболее часто присутствуют линейные и разветвленные а-1,5-арабинофурананы, несущие ответвления в позициях 02 и 03, а также арабино-р-1,4-галактаны и арабино-р-1,3-1,6-галактаны, которые содержат большее или меньшее количество арабинофуранозы в виде боковых заместителей и в виде последовательностей а-1,5-арабинофуранана. Указанные арабинаны и галактаны часто содержатся и в ковалентно-несвязанном с пектином виде [5,6,9].

На сегодняшний день выделено и охарактеризовано большое количество ферментов - карбогидраз из различных источников. На основании гомологии их первичной аминокислотной последовательности они разбиты на семьи гиликозил-гидролаз [10, 11], причем, часто микроорганизм продуцирует несколько ферментов одного типа действия. Например, гриб-продуцент целлюлаз Trichoderma reesei продуцирует 5 эндоглюканаз (I - V), две целлобиогидролазы (I, П) и три ксиланазы (I, II, III) [11,12]. Представители рода Aspergillus часто продуцируют по нескольку разных ксиланаз и полигалактуроназ [13].

Ксиланазы расщепляют гликозидные связи в основной цепи Р-1,4-ксилана. Массированное изучение ксиланаз происходит на протяжении более 50 лет. В настоящее время становится все более актуальной фундаментальная задача выявления особенностей действия на субстрат ферментов с одинаковой специфичностью, но принадлежащих к разным семьям гликозил-гидролаз. Кроме этого, задача поиска новых ферментов, не имеющих гомологии с известными ксиланазами и, возможно, обладающих новыми важными свойствами и особенностями действия на сложный гетерополисахарид, остается актуальной.

Основную цепь таких полисахаридов как ксилоглюкан и р-глюкан злаков могут расщеплять по эндо-деполимеразному механизму многие эндо-Р-1,4-глюканазы (целлюлазы). Однако, ферменты, специфичные только к данному полисахариду (Р-глюкану или ксилоглюкану) и неактивные по отношению к другим р-1,4-глюканам, крайне мало изучены. Исключением являются бактериальные лихеназы (эндо-р-1,3-1,4глюканазы), расщепляющие |3-глюканы. В случае же ксилоглюканаз довольно хорошо изучены лишь специфические ферменты растений - ксилоглюкан-эндо-трансгликозилазы. Только недавно (в 1999-2004 гг.) появились первые сообщения о специфичных грибных ксилоглюканазах и р-глюканазах.

В нашей лаборатории на протяжении ряда лет изучается мицелиальный гриб Aspergillus japonicus — продуцент ксиланаз, р-глюканаз, пектиназ и других карбогидраз. Однако, систематического изучения ферментного комплекса данного гриба ранее не проводилось и сведения, касающиеся ферментов, которые он продуцирует, в научной литературе практически отсутствуют.

Целью работы являлось изучение состава ферментного комплекса, секретируемого грибом A.japonicus и выявление наиболее важных и перспективных ферментов. Далее мы поставили цель подробно изучить свойства обнаруженных нами ксиланаз, [3-глюканазы и ксилоглюканазы и сравнить их со свойствами аналогичных ферментов из других источников. Для двух последних ферментов в качестве «стандарта для сравнения» выбрали хорошо изученные эндо-р-1,4-глюканазы I, II и III мицелиального гриба Trichoderma reesei и лихеназу (эндо-(3-1,3-1,4-глкжаназу) из Bacillus subtilis, а также мало изученные ксилоглюканазы из T.reesei и Chrysosporium lucknowense.

Для достижения указанных целей в рамках диссертационной работы было необходимо решить следующие задачи:

• Выделить основные (мажорные) карбогидразы ферментного комплекса A.japonicus.

• Разработать схему экспрессного хроматографического анализа качественного и количественого состава ферментных препаратов, продуцируемых мутантными штаммами Ajaponicus.

• Изучить свойства и механизм действия специфичных р-глюканазы и ксилоглюканазы A.japonicus и сравнить их действие с эндо-Р-1,4-глюканазами T.reesei и лихеназой В.subtilis, а также ксилоглюканазами T.reesei и C.lucknowense.

Похожие диссертационные работы по специальности «Катализ», 02.00.15 шифр ВАК

Заключение диссертации по теме «Катализ», Гришутин, Сергей Геннадьевич

выводы

1. Разработан экспрессный метод определения компонентного состава ферментных препаратов, полученных с помощью мутантных штаммов A.japonicus. Метод основан на FPLC-хроматографии на колонке Mono Q. Определено содержание мажорных компонентов в трех препаратах, продуцируемых мутантньши штаммами Ajaponicus. Показано, что основными белками комплекса являются: (3-глюканаза 28 кДа -BG 28 (10-12% по белку), ксиланаза 35 кДа - Xyl 35 (14-19%), ксиланаза 22 кДа - Xyl 22 (2-16%) а также глюкоамилаза 140 кДа - GA 140 (7-13%) и арабиноксилан-арабинофурангидролаза 33 кДа - АХН 33 (3-5%). Содержание минорной ксилоглюкаиазы 32 кДа - XG 32 составляет 0,5-0,7%. Препараты содержат также полигалактуроназы, точное содержание которых не определено.

2. В гомогенном состоянии выделены BG 28, Xyl 35, Xyl 22, АХН 33, XG 32. Изучены биохимические и физико-химические свойства выделенных ферментов, определена их субстратная специфичность.

3. Масс-спектрометрический анализ трипсиновых гидролизатов выделенных белков показал, что ксиланазы Ajaponicus идентичны или проявляют высокую гомологию с известными аспергильными ферментами. Xyl 35 идентифицировалась как

Ф ксиланаза 10-ой семьи гликозил-гидролаз (XylA), Xyl 22 - как ксиланаза 11-ой семьи (Xyl

В), АХН 33 — как арабиноксилан-арабинофурангидролаза (АХН) 62-ой семьи. Ферментов, похожих на BG 28 и XG 32, в базах данных не обнаружено.

4. Установлено, что BG 28 A.japonicus является эндо-Р-1,4-глюканазой, специфичной к р-1,3-1,4-глюканам. Сравнение продуктов исчерпывающего гидролиза Р-глюкана ячменя и лихенана под действием изучаемого фермента и лихеназы B.subtilis выявило отличия в субстратной специфичности этих ферментов. BG 28 A.japonicus, расщепляет Р-1,4-гликозидную связь перед Р-1,3-связью в Р-глюканах, в то время как бацильные лихеназы расщепляют Р-1,4-гликозидную связь после р-1,3-связи.

5. Проведено сравнение степени упорядоченности действия BG 28 Ajaponicus, эндоглюканаз I, II, III T.reesei и лихеназы B.subtilis при гидролизе р-глюкана ячменя. Методом ГПХ показано, что все ферменты снижают среднюю молекулярную массу полимера примерно одинаково при одинаковой глубине гидролиза (до глубины гидролиза 10-15%). Методом вискозиметрии с одновременным измерением выхода восстанавливающих Сахаров (ВС) показано, что все ферменты дают близкие значения отношения вискозиметрической активности к активности по выходу ВС. Полученные данные свидетельствуют об одинаковом эндо-деполимеразном механизме гидролиза Р-глюкана всеми исследованными ферментами.

6. Изучено действие XG 32 на ксилоглюкан тамаринда. Фермент является эндо-р-1,4-глюканазой, специфичной к ксилоглнжану, и практически не обладает активностью по отношению к КМЦ и Р-глюкану. Взятые для сравнения специфичные ксилоглюканазы T.reesei и C.lucknowense отщепляли от полимерного субстрата олигосахариды, содержащие четыре глзокозных остатка в основной цепи, по экзо-деполимеразному или промежуточному типу действия. Таким образом, две последние ксилоглюканазы проявляли свойства т.н. процессивных ферментов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Гришутин, Сергей Геннадьевич, 2004 год

1. Godfrey Т., West S.: Industrial enzymology, 2nd ed. Macmillan Press, London, 1996, 609p

2. Синицын А.П., Гусаков A.B., Черноглазое B.M. Биоконверсия лигноцеллюлозных материалов. Москва, Изд-во МГУ, 1995, 224с

3. Bhat М.К. Cellulases and related enzymes in biotechnology //Biotech. Adv., 2000, 18, 355-383.

4. Clarke A J.: Biodegradation of cellulose. Enzymology and Biotechnology.

5. Technomic Publishing Company, Inc., 1997, 261 p

6. Гудвин Т., Мерсер Э. Введение в биохимию растений, Москва, Мир, 1986,Т.1, с 92

7. Carpita N.C., Gibeaut D.M Structural models of primary cell walls in flowering plants: consistency of molecular structure with the physical properties of the walls during growth //Plant J., 1993, 3,1-30

8. Coughlan M.P., Hazlewood G.P. (editors) Hemicellulose and Hemicellulases. Portland Press Research Monograph. London and Chapel Hill. Vol. IV, 1993, 120p

9. Азаров В.И., Буров A.B., Оболенская A.B. Химия древесины и синтетических полимеров. СПб, СПбЛТА, 1999,628с.

10. Food Polysaccharides and Their Applications (Ed. by A.M. Stephen), Marcel Dekker, Inc., New York, 1995.

11. Henrissat В., Davies G. Structural and sequence-based classification of hydrolases //Curr. Opin. Struct. Biol., 1997, 7, 637-644.11. http://afmb.cnrs-mrs.fr/CAZY/

12. Рабинович M.JI., Мельник M.C., Болобова A.B. Структура и механизм действия целлюлолитических ферментов //Биохимия, 2002, 67, 1026-1050

13. De Vries R. P. Accessory enzymes from Aspergillus involved in xylan and pectin degradation. PhD thesis, The Wageningen Agricultural University, Wageningen, Netherlands, 1999

14. NC-IUBMB Enzyme nomenclature 1992. Recommendations of the nomenclature committee of the International Unoin of Biochemistry and Molecular Biology on the nomenclature and classification of enzymes. Academic Press, Orlando, 1992

15. Henrissat В A classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities //Biochem. J., 1991, 280, 309-316

16. Henrissat В., Bairoch A. New families in the classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities. //Biochem. J., 1993, 293, 781-788

17. Henrissat В., Bairoch A. Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases. //Biochem. J., 1996, 316, 695-696

18. Henrissat В., Teeri T.T., Warren R.A.J. A scheme for desingating enzymes that hydrolyse the polysaccharides in the cell walls of plants //FEBS Lett., 1998, 425, 352-354

19. Sinnott M.L. Catalytic mechanisms of enzymic glycosyl transfer // Chem. Rev., 1990,90, 1171-1202.

20. McCarter J.D., Whithers S.G. Mechanisms of enzymatic glycoside hydrolysis //Curr. Opin. Struct. Biol., 1994,4, 885-892.

21. Hayashi Т., Xyloglucans in the primary cell walls// Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol., 1989,40, P.139-168.

22. Reid J.S.G., Edwards M.E., Galactomannans and other cell wall storage polysaccharides in seeds / in Food Polysaccharides (Ed. by A.M. Stephen), Marcel Dekker, N.-Y.,1995, P. 155-186

23. KoimanP. Amyloids of plant seeds //Nature, 1957, 179,107-109.

24. Koiman P. On the occurence of amyloids in plant seeds //Acta Bot. Neerl., 1960, 9, 208-219.

25. Gidley M.J., Lillford P.J., Rowlands D.W., Lang P., Dentini M., Crescenzi V., Edwards M., Fanutti C., Reid J.S.G., Structure and solution properties of tamarind-seed polysacsharide// Carbohydr. Res., 1991, 214, P. 299.

26. York W.S., van Halbeek H., Darvill A.G., Albershaim P., Structural analysis of xyloglucan olygosaccharides by ^-nmr spectroscopy and fast atom bombardment mass spectrometry // Carbohydr. Res., 1990, 200,9.

27. Fanutti C., Gidley M.J., Reid J.S.G., Action of a pure xyloglucan endo-transglycosylase (formely called xyloglucan specific endo (1—>4) (3-D-glucanase) from the cotyledons of germinated nasturtium seeds // Plant J., 1993, 3, P.691.

28. Hayashi Т., Delmer D.P., Xyloglucan in the cell walls of cotton fiber // Carbohydr. Res. 1988, 181,273-277.

29. Vincken J.P., Beldman G., Niessen W.M.A., Voragen A.G.J., Degradation of apple fruit xyloglucan by endoglucanase // Carbohydr. Polymers, 1996, 29, 75-85.

30. Vincken J-P., York W.S. Beldman G., Voragen A.G.J. Two general branching patterns of xyloglucan, XXXG and XXGG // Plant Physiol., 1997,114, 9-13

31. York W.S., Kolli V.S.C, Orlando R., Albersheim P., Darwill A.G. The structures of arabinoxyloglucans produced by solanaceous plants // Carborbohydr. Res., 1996, 285, 99-128

32. Ray В., Loutelier-Bourhis C., Lange C., Condamine E., Driouich A., Lerouge P // Structural investigation of hemicellulosic polysaccharides from Argania spinosa: characterization of a novel xyloglucan motif// Carbohydr. Res., 2004, 339,201-208

33. York W.S., Oates J.E., van Halbeek H., Darvill A.G., Albershaim P. et al., Location of the O-acetyl substituents on a nonasaccharide repeating unit of sycamore extracellular xyloglucan//Carbohydr. Res., 1988,173,113-132.

34. Darley C.P., Forrester A.M., McQueen-Mason SJ. The molecular basis of plant cell wall extension. //Plant Mol. Biol., 2001, 47, 179-195

35. Pauly M., Albersheim P., Darvill A., York W.S. Molecular domains of the cellulose/xyloglucan network in the cell walls of higher plants // The Plant J.,1999, 20(6), 629-639

36. Усов А.И. Олигосахарины новый класс сигнальных молекул в растениях // Успехи химии, 1993, 62, 1119

37. Долгих Ю.И., Шайкина Е.Ю., Усов А.И. Трисахаридный фрагмент ксилоглюкана как регулятор морфогенеза у растений //Докл. АН/РАН, 1998, 360,3,417-419

38. Edwards М., Dea I.C.M., Bulpin P.V., Reid J.S.G., Purification and properties of a novel xyloglucan-specific endo (1—>4) P-D-glucanase from germinated nasturtium seeds (Tropaeolum majus L.) II J. Biol. Chem., 1986,261, 9489.

39. De Silva J., Jarman C.D., Arrowsmith D.A., Stronach M.S., Chengappa S., Reid J.S.G., Molecular characterization of a xyloglucan specific endo (l-»4) P-D-glucanase (xyloglucan endo-transglycosylase) from nasturtium seeds// Plant J. 1993,3,701.

40. Fanutti C., Gidley M.J., Reid J.S.G., A xyloglucan-olygosaccharide-specific a-D-xylosidase or exo-olygoxyloglucan-a-hydrolase from germinated nasturtium (Tropaeolum majus ) seeds // Planta, 1991, 184, 137

41. Edwards M., Bowman Y.J.L., Dea I.C.M., Reid J.S.G., A P-galactosidase from nasturtium (Tropaeolum majus L.) cotyledons purification, properties and demonstration that xyloglucan is the natural substrate // J. Biol. Chem., 1988, 263,4333

42. Pauly M., Qiang Qin, Albersheim P., Darvill A., York W.S Changes in the structure of xyloglucan during cell elongation // Planta, 2001, 212, 842-850

43. Schulein M., Outtrup H., Jorgensen; P. L. Bjornvad M. E. Xyloglucan-specific alkaline xyloglucanase from bacillus //US patent, 6,268,197, My 7, 1998

44. Irwin D.C., Cheng M, Bosong Xiang, Rose J.K.C, Wilson D.B. Cloning, expression and characterisation of family-74 xyloglucanase from Thermobillda fusca//Eur. J. Biochem., 2003, 270, 3083-3091

45. Hasper A. A, Dekkers E., van Mil M, van de Vondervoort PJ.I, de Graaf L. H. EglC, a new endoglucanase from Aspergillus niger with major activity towards xyloglucan. //Appl. Environ. Microbiol., 2002, 68 (4), 1556-1560

46. Yaoi K., Mitsuishi Y. Purification, characterization, cloning, and expression of a novel xyloglucan-specific glycosidase, olygoxyloglucan reducing end-specific cellobiohydrolase.//J. Biol. Chem., 2002, 277, 48276-48281.

47. Yaoi K., Mitsuishi Y. Purification, characterization, cDNA cloning, and expression of a xyloglucan endoglucanase from Geotrichum sp. M128. //FEBS Lett., 2004, 560, 45-50

48. Yincken J.P., Beldman G., Yoragen A.G.J., Substrate specificity of endoglucanases: what determines xyloglucanase activity? // Carbohydr. Res., 1997,298, P.299-310

49. Марков A.B. Свойства ферментных комплексов, продуцируемых мутантными штаммами Trichoderma reesei. Диссертация на соискание степени канд. хим. наук., Москва, МГУ, 2003,201 с.

50. Dalboge Н., Andersen L.N., Kofod L.V., Kauppinen M.S., Christgau S./ World Pat.W094/14953 (1994)

51. Бухтояров Ф.Е.,. Устинов Б. Б, Саланович Т. Н., Антонов А. И., Гусаков А. В, Окунев О. Н, Синицын А. П. Целлюлазный комплекс гриба Chrysosporium lucknowensei выделение и характеристика эндоглюканаз и цел лобиогидрол аз .//Биохимия, 2004, 69, 666-677

52. Cahhabra S.R., Kelly R.M., Biochemical characterization of Thermotoga maritima endoglucanase Cel 74 with and without a carbohydrate binding module (CBM) // FEBS Lett., 2002, 531, 375-380

53. Biely P., Vrsanska M., Claeyssens M.// Eur. J. Biochem., 1991, 200,157-163

54. Claeyssens M., van Tilbeurgh H., Kamerling J.P., Berg J.,Vrsanska M., Biely P. Studies of the cellulolytic system of the filamentous fungus Trichoderma reesei

55. QM 9414. Substrate specificity and transfer activity of endoglucanase I

56. Biochem. J., 1990,270, 251-256

57. Macarron R., Acebal C., Castillion M.P., Domingues J.M., de la Mata I., Petterson G., Tomme P., Claeyssens MУ/ Biochem. J., 1993, 289, 867-873

58. Claeyssens M., Nerinckx W., Piens K. (editors) Carbohydrases from Trichoderma reesei and other microorganisms. Structure, biochemistry, genetics and applications. The Royal Society of Chemistry., 1998, 238p

59. Stone B.A, Clarke A.E., Chemistry and biology of 1,3-P-glucans/ La Trobe University press, Bundoora, Australia, 1992

60. Peat S., Whelan W.J., Roberts J.G. The structure of lichenan.// J. Chem. Soc., 1957, 3916-3924

61. Pitson S.M., Seviour R.J., McDougall B.M.: Noncellulolytic fungal (i-glucanases: Their physiology and regulation.// Enzyme Microbial Technol., 1993, 15, 178-192

62. Read S.M., Currie G., Bacic A. Analysis of the structural heterogenuity of laminarin by electrospray- ionisation-mass spectrometry // Carbohydr. Res., 1996, 281,187-201

63. Chizhov A.O., Dell A., Morris H.R., Reason A.J., Haslam S.M., McDowell R.A., Chizhov O.S., Usov A.I. Structural analysis of laminarans by MALDI and FAB mass spectrometry // Carbohydr. Res., 1998,' 310, 203-210

64. Izydorczyk, M. S., Macri, LJ. and MacGregor, A.W. Structure and physiochemical properties of barley non-starch polysaccharides I. Water-extractable fi-glucans and arabinoxylans. //Carbohydr. Polymers, 1998, 35, 249-258.

65. Izydorczyk, M. S., Macri, L J. and MacGregor, A.W. Structure and physiochemical properties of barley non-starch polysaccharides П. Alkali-extractable B-glucans and arabinoxylans.//Carbohydr. Polymers, 1998, 35, 259-269.

66. Reese E.T, Mandels M. p-1,3 Glucanases in Fungi //Can. J. Microbiol., 1959, 5, 173-185

67. Planas A. Bacterial 1,3-1,4-P-glucanases: structure, function and protein engeneering.// Biochim. Biophys. Acta, 2000, 1543, 361-382

68. Hrmova M., Fincher G.F. Structure-function relationships of p-glucan endo-and exohydrolases from higher plants // Plant Mol. Biol., 2001, 47, 73-91

69. MacCleary B.V. Lichenase from Bacillus subtilis //Methods Enzymol., 1988, 160, 572-575

70. Lichenase from Bacilus subtilis, Product Data Sheet, Megazyme, Australia, 11,1999 (www.megazyme. com)

71. Hahn M., Pons J., Planas A., Querol E., Heinemann U. Crystal structure of Bacillus licheniformis 1,3-1,4-p-D-glucan 4-glucanohydrolase at 1.8A resolution //FEBS Lett., 1995, 374, 221-224

72. Hahn M., Olsen O., Politz O., Borris R., Heinemann U. Crystal structure and site-directed mutagenesis of Bacillus macerans endo-l,3-l,4-beta-glucanase.//J. Biol. Chem., 1995, 270, 3081-3088

73. Keitel Т., Simon O., Borris R., Heinemann U. Molecular and active-site structure of a Bacillus 1,3-1,4-beta-glueanase//Procl. Natl. Acad.Sci. USA, 1993, 90, 1287-1291

74. Hahn M., Keitel Т., Heinemann U. Crystal and molecular structure at 0.16-nm resolution of the hybrid Bacillus endo-l,3-l,4-beta-D-glucan 4-glucanohydrolase H(A16-M) //Eur. J. Biochem., 1995,232, 849-58.

75. Keitel Т., Meldgaard M, Heinemann U. Cation binding to a Bacillus (l,3-l,4)-beta-glucanase. Geometry, affinity and effect on protein stability //Eur. J. Biochem., 1994, 222, 203-214

76. Viladot J.L., de Ramon E., Durany O., Planas A. Probing the mechanism of Bacillus 1,3-1,4-p-D-glucan 4-glucanohydrolases by chemical rescue of inactive mutants at catalytically essential residues //Biochemistry, 1998,37,11332-11342

77. Planas A., Malet C. Contribution of subsites to catalysis and specificity in the extended binding cleft of Bacillus 1,3-1,4-b-D-glucan 4-glucanohydrolase /in

78. Pettersen S.B., Svensson В., Pedersen S. Carbohydrate Bioengineering, Elsevier, Amsterdam, 1995, 85-95

79. Malet C., Planas A. Mechanism of Bacillus 1,3-1,4-P-D-glucan 4-glucanohydrolase: kinetics and pH studies with 4-methyIumbelliferyI P-glucan oligosaccharides//Biochemistry, 1997, 36, 13838-48

80. Viladot J.L., Stone B.A., Driguez H., Planas A. Expeditious synthesis of a new hexasaccharide using transglycosilation reaction catalyzed by Bacillus 1,3-1,4-P-D-glucan 4-glucanohydrolase // Carbohydr. Res., 1998, 311, 95-99

81. Malet C., Planas A. From P-glucanase to p-glucansynthase: glycosyl transfer to a-glycosyl fluorides catalyzed by a mutant endoglucanase lacking its catalytic nucleophile//FEBS Lett., 1998,440,208-212

82. Fort S., Boyer V., Grefee L., Davies G.J., Moroz O., Cristiansen L., Shulein M., Cottaz S., Driguez H.// J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 5429-5437

83. Parenicova L. Pectinases of Aspergillus niger: a molecular and biochemical characterization. PhD thesis, The Wageningen Agricultural University, Wageningen, Netherlands, 2000.

84. Verbruggen M.A., Beldman G., Voragen A.G.J. Enzymic degradation of sorghum glucuronoarabinoxylan leading to tentative structures. // Carbohydr. Res., 1998, 306, 275-282

85. Verbruggen M.A., Spronk B.A., Shcols H.A., Beldman G., Voragen A.G.J., Thomas J.R., Kamerling J.P., Vliegenthart J.F.G. Structures of enzymically derivedoligosaccharides from sorghum glucuronoarabinoxylan // Carbohydr. Res., 1998, 306, 265-274

86. Fujimoto H., Ooi Т., Wang S.-L., Takiwaza Т., Hidaka H., Murao S., Arai M. Purification and properties of three xylanases from Aspergillus aculeatus II Biosci., Biotech., Biochem., 1995, 59, 538-540

87. Kormelink F.J.M., Searle-van Leeuwen M.J.F., Wood T.M., Voragen A.G.J. Purification and characterization of three endo-l,4-p-xylanases and one xylosidase from Aspergillus awamori//J. Biotechnol., 1993, 27, 249-265

88. Ito K., Ikemasu Т., Ishikawa T. Purification and properties of acid stable xylanases from Aspergillus kawachii //Biosci., Biotech., Biochem., 1992, 56, 547-550

89. Gorbacheva I.V., Rodionova N.A. Studies on xylan degrading enzymes. I Purification and characterization of endo-l,4-p-xylanase from Aspergillus niger strain 14.// BBA, 1977, 484, 79-93

90. Frederick M.M., Frederick J.R., Frayzke A.R., Reilly P.J. Purification and characterization of a xylobiose- and xylose-producing endo-xylanase from Aspergillus niger II Carbohydr. Res., 1981,97, 87-103

91. Saha B.C. a-L-Arabinofuranosidases: biochemistry, molecular biology and application in biotechnology. Research review paper. //Biotechnology Advances, 2000, 18, 403-423

92. Beldman G., Searle-van Leeuwen M.J.F., de Ruiter G.A., Siliha H.A., Voragen A.G.J. Degradation of arabinans by arabinases from Aspergillus aculeatus and Aspergillus niger. //Carbohydr. Polymers, 1993, 20, 159-168

93. Luonteri E., Siika-aho M., Tenkanen M., Viikari L. Purification and characterization of three alpha-arabinofuranosidases from Aspergillus terreus. //J. Biotechnol., 1995, 38, 279-291

94. Kormelink F.J.M., van Leewan M.J.F.S., Wood T.M., Voragen A.G.J.: Purification and characterization of a (l,4)-P-arabinixylan arabinofuranohydrolase from Aspergillus awamori. //Appl. Microbiol. Biotechnol., 1991,35,753-758

95. Gielkens M.M.C., Visser J., de Graaf L.H. Arabinoxylan degradation by fungi: characterization of the arabinoxylan-arabinofuranhydrolase encoding genes from Aspergillus niger and Aspergillus tubingensis //Curr. Genet., 1997, 31, 22-29

96. Pitson S.M., Voragen A.G.J., Beldman G. Stereochemical course of hydrolysis catalysed by arabinofuranosyl hydrolases //FEBS Lett., 1996,398, 7-11

97. Flipphi M.J. A., Visser J., Veen van der P., de Graaf L.H. Cloning of the Aspergillus niger gene encoding a-L-arabinofuranosidase A //Appl. Microbiol. Biotech., 1993, 39, 335-340

98. Flipphi M.J.A., van Heuvel M., Veen van der P., Visser J., de Graaf L.H. Cloning and characterisation of the abfB gene coding for the major a-L-arabinofuranosidase (AbfB) of Aspergillus niger И Curr. Genet., 1993,24, 525-532

99. Kormelink F.J.M., Gruppen H., Voragen A.G. J Mode of action of (l,4)-p-D-xylan arabinoxylan arabinofuranhydrolase and a-L-arabinofuranosidases on alkali-extractable wheat-flour arabinoxylan //Carbohydr. Res., 1993, 249, 345-353

100. Остерман JI.А. Хроматография белков и нуклеиновых кислот. М. Наука, 1985, 536с.

101. Protein Purification Techniques. A practical approach (Ed. by S.Roe)/Oxford University Press, 2001

102. Инструкции фирм производителей оборудования.

103. Medve J., Lee D., Tjerneld F. Ion-exchange chromatographic purification and quantitative analysis of Trichoderma reesei cellulases cellobiohydrolase I, П and endoglucanase П by fast protein liquid chromatography //J. Chromatogr., 1998, 808, 153-165

104. Fox J.D., Robyt J.F. Miniaturization of Three Carbohydrate Analyses Using a Microsample Plate Reader // Anal. Biochem., 1991, 195, 93-96.

105. Garcia E., Johnson D.,Whitaker J.R.,Shoemaker S.P. Assesement of endo-1,4-beta glucanase activity by a rapid colorimetric assay using disodium-2,2'-bicinchoninate.//J. Food Biochem., 1993,17, 135-145.

106. Doner L.W, Irwin P.L Assay of reducing end-groups in olygosaccharide homologues with 2,2'-bicinchoninate //Anal. Biochem., 202 (1992), 50-53

107. Somogui M.J. Notes on sugar determination//!. Biol. Chem., 1952,195,19-23.

108. Синицын А.П., Черноглазов B.M., Гусаков A.B. Методы изучения и свойства целлюлолитических ферментов (под ред. Варфоломеева С.Д.)//Итоги науки и техники, сер. Биотехнология, т.25, ВИНИТИ, 1993 г, 152 с118. Лабораторная методика

109. Досон Р., Эллиот Д. Эллиот У, Джонс К. (1991) Справочник биохимика, Мир, Москва, 544 с.

110. Chaplin M.F., Kennedy J.F (eitors) Carbohydrate Analysis. A practical approach Oxford University Press, 1994, 324 p.

111. Гусаков A.B., Марков A.B., Гришутин С.Г., Семенова М.В., Кондратьева Е.Г., Синицын А.П. Вискозиметрический метод определения общей эндодеполимеразной активности пектиназ. //Биохимия, 2002, 67, 6, 815-822

112. В.Е. Smith, Protein sequencing protocols, Humana Press, Totowa, 1997

113. Семенова M.B. Выделение и изучение свойств ферментов пектиназного комплекса из гриба Aspergillus japonicus, Дипл. работа, Химич. ф-т, МГУ, 2001.

114. Федорова Е.А. Выделение и изучение глюкоамилаз из аспергилльных источников. Дипл. работа, Химич. ф-т, МГУ, 2003

115. Семенова М.В., Федорова Е.А., Синицын А.П и др. Сравнение «тяжелых» и «легких» форм глюкоамилаз из аспергиллов. Материалы II Московского Международного Конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития", 10-14 ноября 2003, Москва, С.6.23

116. Семенова М.В., Гришутин С.Г., Гусаков А.В., Окунев О.Н., Синицын А.П. Выделение и свойства пектиназ из гриба Aspergillus japonicus. Биохимия, 2003, 68, 5,686-697

117. Yatesin J.R. Mass spectrometry and the age of proteome I I J. Mass Spectrom., 1998, 33,1-19

118. James P. (Ed.), Proteome research: mass spectrometry, Springer-Verlag, Berlin, 2001

119. Rappsilber J., Moniatte M., Nielsen M.L., Podtelejnikov A.V., Mann M. Experienses and perspectives of MALDI MS and MS/MS in proteomic research // Int. J. Mass Spectrom., 2003, 226,223-237

120. Biely P., Vrsanska M., Tenkanen M., Kluepfel D. Endo-P-xylanase families: differences in catalytic properties.// J. Biotechnol., 1997, 57, №1-3,151-166

121. Barley Beta-Glucan (medium viscosity), Product Data Sheet, Megazyme, Australia, 11, 1999 (www.megazyme.com)

122. Faure D. The family-3 glycoside hydrolases: from housekeeping functions to host-microbe interactions //Appl. Environmental Microbiol., 2002, 68, 4, 1485-1490.

123. Клесов A.A., Рабинович M.JL, Синицын А.П., Чурилова И.В., Григораш С.Ю. Ферментативный гидролиз целлюлозы. I. Активность и компонентный состав целлюлазных комплексов из различных источников. //Биоорган, химия, 1980, 6, №8, 1225-1242

124. Hulme М.А. Viscometric determination of carboxymethylcellulase activity. In: Methods in Enzymology Vol. 160 (Eds. Wood W.A., Kellogg S.T.) Academic Press, NY, 1988, 130-135.

125. Wilhelmi C., Morgan K. The hydrolysis of barley P-glucan by cellulase EC 3.2.1.4 under dilute conditions is identical to that of barley solubilase //Carbohydr. Res., 2001, 330, 373-380.

126. Николаев И.В., Ходова O.M., Тимохина E.A., Винецкий Ю.П. Молекулярные характеристики секретируемой Р-галактозидазы Penicillium canescens. //Биохимия, 1989, 54,1294-1299

127. Николаев И.В., Беккер О.Б., Серебрянный В.А., Чулкин А.М., Винецкий Ю.П. Суперпродукция секретируемой Р-галактозидазы мицелярным грибом Penicillium canescens: структура гена и конструкция мультикопийного продуцента. //Биотехнология, 1999, № 3, 3-13.

128. Xyloglucan (tamarind), Product Data Sheet, Megazyme, Australia, 11, 1999 (www.megazyme.com)

Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.