Вовлечение регуляторных элементов генома в формирование хозяйственно - полезных признаков на примере крупного рогатого скота (Bos taurus) и американского бизона (Bison bison) тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Скобель Ольга Игоревна

• Скобель Ольга Игоревна
• кандидат наук
• 2026

Оглавление диссертации кандидат наук Скобель Ольга Игоревна

ВВЕДЕНИЕ

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Геномика для сохранения биоразнообразия

1.2. Транспозоны

1.3. Род Bos

1.4. Заключение

Глава 2. Материалы и методы

2.1. Материалы для биоинформатического анализа

2.2. Методы

Глава 3. Доменная организация мобильных генетических элементов и продуктов их рекомбинации в хромосоме 1 крупного рогатого скота

3.1. Анализ распределения мобильных генетических элементов

3.2. Анализ позиционирования мобильных генетических элементов

3.3. Эволюционная консервативность синтении группы структурных генов

3.4. Оценка эволюционной консервативности генетического сцепления трех

генов, ассоциированных с хозяйственно-полезными признаками

Глава 4. Анализ нуклеотидных последовательностей продуктов рекомбинации мобильных генетических элементов, расположенных в структурных генах

4.1. Анализ эволюционной консервативности группы сцепления структурных генов у крупного рогатого скота и бизона

4.2. Анализ трехчленных продуктов рекомбинации вида LINE/ERVK/LINE в синтенном блоке генов у крупного рогатого скота

4.3. Анализ трехчленных продуктов рекомбинации вида LINE/ERVK/LINE в

синтенном блоке генов у бизона

Глава 5. Вовлеченность различных элементов регуляторных сетей в

формирование хозяйственно-полезных признаков

5.1. Потенциальные сайты связывания фактора упаковки хроматина CTCF

5.2. Продукты рекомбинации ретротранспозонов как источник микроРНК

5.3. Потенциальные векторы горизонтального переноса BovB

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение А. Патент на изобретение №

Приложение Б. Акт внедрения в образовательную деятельность ФГБНУ НИИПЗК

Приложение В. Карта обратной связи ФГБОУ ВО «Ставропольский

государственный аграрный университет»

Приложение Г. Акт внедрения в учебный процесс ФГБНУ ФНЦ БСТ РАН

Приложение Д. Акт внедрения АО «Московское» по племенной работе»

Приложение Е. Виды, в которых встречается синтенный блок 12 генов (по

данным GenBank на 02.2021 г.)

Приложение Ж. Функциональная аннотация 12 структурных генов с

использованием веб-сервиса DAVID у крупного рогатого скота

Приложение З. Сравнение нуклеотидных последовательностей, извлеченных из различных сборок генома крупного рогатого скота

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Вовлечение регуляторных элементов генома в формирование хозяйственно - полезных признаков на примере крупного рогатого скота (Bos taurus) и американского бизона (Bison bison)»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования. В современных условиях сокращения биоразнообразия, необходимости рационального использования генофонда сельскохозяйственных видов животных особую актуальность приобретают исследования молекулярно-генетических механизмов, определяющих биологические закономерности формирования хозяйственно-полезных качеств животных. Одной из естественных моделей для изучения таких механизмов являются процессы доместикации, в ходе которых происходит популяционно-генетическая адаптация видов к вхождению в нишу доместикатора - человека [1]. Описанные ранее «признаки доместикации» [2-4], а также характеристики диких видов животных, препятствующие их одомашниванию [5], демонстрируют широкую вариабельность от одной пары видов к другой. Если у одних пар диких и доместицированных форм присутствуют отличия по одному - двум признакам доместикации, как например, у буйвола и яка, то у других их число может достигать десяти, как у домашней собаки и волка [6,7].

Сравнительный анализ профилей генной экспрессии у пар доместицированных и близкородственных диких видов выявил, что в дифференциацию между ними вовлекаются гены, участвующие в формировании резистентности животных к заболеваниям, поведенческих характеристик [8,9], но у исследованных пар видов набор подобных генов отличался. В общем, универсальными отличиями доместицированных от близкородственных диких видов и на фенотипическом, и на геномном уровнях остается повышенная внутривидовая изменчивость, в том числе и элементов регуляторных сетей, определяющих профили генной экспрессии, ответственных за формирование продуктивных и адаптивных качеств [10-12]. Одним из источников сайтов посадки факторов регуляции транскрипции являются мобильные генетические элементы (МГЭ) (или транспозоны, TE) [13-19]. Их поиски становятся актуальной задачей в выявлении ДНК-маркеров ключевых характеристик

сельскохозяйственных видов животных, таких как продуктивность, адаптивность и воспроизводство [12].

Наибольший интерес, в том числе и с экономической точки зрения, по изучению молекулярно-генетических механизмов, определяющих хозяйственно важные характеристики, представляет крупный рогатый скот (Bos taurus, КРС), об организации генома которого накоплен обширный массив открытых данных, для сравнения которых возможно использование геномных данных близкородственного дикого вида, американского бизона (Bison bison). Сравнение с близкородственным диким видом (бизоном) позволяет оценить эволюционные изменения, связанные с доместикацией, включая давление отбора на продукты рекомбинации ретротранспозонов, их вклад в изменения элементов регуляторных сетей, таких как микроРНК и ландшафт сайтов связывания транскрипционного фактора CTCF (архитектурного белка хроматина). Решение этих задач открывает перспективы для разработки новых подходов к рациональному использованию генетических ресурсов животных.

Степень разработанности темы исследования. В последние годы роль мобильных генетических элементов в фундаментальных биологических процессах, в регуляции профилей генной экспрессии активно исследуется. Накапливаются данные о неслучайности локализации транспозонов внутри генома и ее возможной связи с особенностями проявления генов [20-22]. Однако до сих пор такие работы остаются достаточно редкими, особенно у сельскохозяйственных видов животных, и акцентируются, в основном, на изменчивости полноразмерных транспозонов, а не на приносимых ими регуляторных элементах [23]. Констатируется сам факт вовлеченности ТЕ в изменчивость экспрессии генов, реализацию продуктивных и адаптивных качеств млекопитающих, но недостаточно исследованными остаются механизмы таких связей. Механизмы работы регуляторных сетей только начинают последовательно изучаться [24].

Цель и задачи. Цель настоящей работы заключается в выявлении закономерностей в геномном распределении наиболее широко представленных

транспозонов (LINE, ERV), а также возможных механизмов их консервативности и изменчивости при формировании хозяйственно-полезных признаков у сельскохозяйственных видов на примере крупного рогатого скота (Bos Taurus) и близкородственного ему дикого вида, бизона (Bison bison). Задачи исследования:

1. Выполнить оценку закономерностей частот встречаемости мобильных генетических элементов и неслучайности их распределения на хромосоме 1 крупного рогатого скота, в том числе провести анализ распределения и позиционирования транспозонов на участке хромосомы 1 (13436028 п.н.) крупного рогатого скота, а также сопоставить частоты их рекомбинаций.

2. Оценить структурные гены и их участки, в которых продукты рекомбинации транспозонов имеют повышенную плотность, а также выполнить анализ их групп сцепления и направления их функциональной активности.

3. Выделить консервативный продукт рекомбинации между транспозонами в структурных генах с повышенной плотностью их локализации на участке хромосомы 1 крупного рогатого скота и оценить в нем присутствие регуляторных последовательностей микроРНК.

4. Оценить присутствие сайтов связывания CTCF в продуктах рекомбинации транспозонов, в структурных генах с повышенной плотностью их локализации, на участке хромосомы 1 крупного рогатого скота.

5. Выполнить сравнительный анализ присутствия выявленных микроРНК и сайтов связывания CTCF у пары близкородственных доместицированных и диких видов представителей рода Bos на примере крупного рогатого скота и бизона.

Научная новизна. Впервые получены данные о рекомбинации ряда мобильных генетических элементов и высокой консервативности нуклеотидных последовательностей продуктов их рекомбинации на протяжении участка хромосомы 1 (более 13 миллионов пар оснований - Мб) крупного рогатого скота. Впервые выявлена группа белок-кодирующих генов с высокой частотой встречаемости таких продуктов рекомбинации, доказана эволюционная

консервативность генетического сцепления между этими генами у ряда видов млекопитающих, начиная с утконоса.

Установлены возможные функциональные связи, способствующие сохранению генетического сцепления этих генов. Показано, что причиной сохранения гомологичных по нуклеотидным последовательностям продуктов рекомбинации между мобильными элементами в генах этой синтенной группы является присутствие в них общих элементов регуляторных сетей - различных вариантов микроРНК и мишеней посадки «архитектурного белка», фактора регуляции транскрипции - CTCF.

Впервые выявлены и описаны межвидовые отличия плотности и состава элементов регуляторных сетей у представителей рода Bos, на примере высокоспециализированной мясной породы крупного рогатого скота герефорд и близкородственного дикого вида, бизона.

Показано, что у породы крупного рогатого скота имеются новые регуляторные сети, ассоциированные с направленным отбором по хозяйственно -полезным признакам, которые способны существенно меняться, в том числе за счет формирования новых вариантов микроРНК и мишеней регуляции транскрипции, по сравнению с близкородственным диким видом, бизоном.

Теоретическая и практическая значимость работы. Результаты исследований позволяют расширить теоретическое представление о молекулярно-генетических механизмах формирования таких сложных фенотипических признаков, как продуктивные и адаптивные качества на разных уровнях организации генома, генетически детерминированных механизмов адаптации к меняющимся условиям окружающей среды, выявлять «островки» повышенной плотности локализации элементов регуляторных сетей для разработок методов оценки и управления генетическим потенциалом животных, что является основой сохранения биоразнообразия. Полученные данные перспективны для решения традиционных задач контроля и управления генетическими ресурсами сельскохозяйственных видов животных, дальнейших исследований в области доместикации, определения генетических основ изменчивости сложных

фенотипических признаков, что востребовано и в селекционной работе, а также в медицинских исследованиях.

Полученные данные также могут быть использованы для разработки методик по повышению эффективности селекционной работы, в том числе с помощью геномного редактирования, так как свидетельствуют о важности и необходимости предварительного подробного анализа структурно-функциональной организации участка генома при выборе гена-мишени [25,26]. Накопленные данные позволили предсказать различия в выживаемости и фенотипической изменчивости кроликов с нокаутом генов рецептора лептина, lepr, миостатина (mstn) и galnt17 (N-ацетилгалактозаминилтрансфераза) (приложение А), вошедших в состав УНУ «Коллекция линий генно-редактированных кроликов», являющейся единственной в мире коллекцией генно-редактированных нелабораторных животных в нескольких поколениях (код коллекции - 4144883).

Кроме того, представленные результаты вошли в образовательную программу дополнительного профессионального образования - повышения квалификации: «Образовательная программа дополнительного

профессионального образования в области геномики сельскохозяйственных животных для промышленного кролиководства», используются при реализации программ аспирантуры ФГБНУ НИИПЗК, внедрены в учебный процесс ФГБОУ ВО «Ставропольский государственный аграрный университет», ФГБНУ ФНЦ БСТ РАН, а также на предприятии агропромышленного комплекса АО «Московское» по племенной работе» (приложения Б - Д).

Методология и методы исследования. В работе использовали широкий спектр современных биоинформатических методов, программного обеспечения и баз данных. В качестве материала для исследования выбраны геномы крупного рогатого скота (Baylor Btau_4.6.1/bosTau7 October 2011, ARS-UCD1.3., ARS-UCD2.0.), бизона (Bison_UMD1.0 и ARS-UCSC_bison1.0), человека (GCF_000001405.40), утконоса (GCF_004115215.2), кролика (GCF_009806435.1), кур (GCF_016699485.2), прыткой ящерицы (GCF_009819535.1), собак разных

пород (лабрадор-ретривер (ROS_Cfam_1.0), боксер (Dog10K_Boxer_Tasha), немецкая овчарка (UU_Cfam_GSD_1.0), басенджи (UNSW_CanFamBas_1.2)) и собаки Динго (ASM325472v2).

Положения, выносимые на защиту:

1. Продукты рекомбинации между ретротранспозонами LINE и LTR ERV имеют закономерности в распределении по геному крупного рогатого скота, которые формируют трехчленные структуры, локализованные в 12 генах (kcne2, gart, tmem50b, il10rb, ifnar2, urb1, grik1, usp16, ltn1, cyyr1, app, jam2), ассоциированных с функционированием центральной нервной системы у млекопитающих.

2. Продукты рекомбинации L1 и ERV, локализованные в генах, связанных с нервной деятельностью, находятся под большим давлением позитивных и негативных факторов отбора у крупного рогатого скота по сравнению с бизоном, что проявляется в их повышенной частоте встречаемости и большему сходству по нуклеотидным последовательностям у доместицированного вида.

3. Продукты рекомбинации между ретротранспозонами LINE BovB и BTLTR1 являются источниками микроРНК, появившимися в процессе направленного отбора и вовлеченных в регуляцию экспрессии генов, ассоциированных с хозяйственно-полезными признаками крупного рогатого скота

4. Сельскохозяйственные и близкородственные дикие виды рода Bos отличаются по плотности распределения сайтов связывания с CTCF, что обуславливает видоспецифичность мишеней регуляции транскрипции и архитектуры хроматина.

5. Впервые выявленная эволюционная консервативность синтении генов (kcne2, gart, tmem50b, il10rb, ifnar2, urb1, grik1, usp16, ltn1, cyyr1, app, jam2) у 60 видов объясняется наличием в них общих элементов регуляторной сети (микроРНК и сайтов связывания с CTCF), вносящих возможность синхронизированной коррекции их экспрессии.

Степень достоверности и апробация результатов. Достоверность полученных результатов исследований подтверждается значительным объемом

проанализированных данных высокого качества. Кроме того, современный методический уровень обработки и анализа данных, сопоставление с внушительным объемом актуальной научной литературы, свидетельствуют о надежности результатов обработки результатов.

Результаты работы вошли в ежегодные отчёты ФГБНУ ЦЭЭРБ (2016 - 2017 гг.), ФГБНУ НИИПЗК (2021 - 2025 гг.). Результаты диссертации докладывались на российских и международных конференциях: Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» (2017 г., 2021 г.); на Международной научной конференции по доместикации «Доместикация как основа аграрной цивилизации», посвященной памяти академика Дмитрия Константиновича Беляева (2021 г., 2022 г., 2023 г., 2024 г.); на Международной научно-практической конференции «Вавиловские чтения - 2021» (VVRD, 2021 г.); на Московской конференции по вычислительной молекулярной биологии (МССМВ) (2023 г., 2025 г.); на 14-ой Международной Мультиконференции «Биоинформатика регуляции и структуры геномов/ системная биология» (BGRS/SB, 2024 г.); на IV Международной научно-практической конференции «Кролиководство России: современное состояние, проблемы и перспективы развития» (2025 г.).

Список публикаций по теме диссертации. Всего по материалам диссертационной работы опубликовано 13 научных работ, из них 5 - входят в международные реферативные базы данных и системы цитирования Scopus и Web of Science, 2 - в изданиях, включенных в Перечень рецензируемых научных изданий, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России, 1 патент, 5 -материалы конференций.

Личный вклад автора. Личный вклад соискателя состоит в участии в постановке цели, задач и методов исследования, проведении экспериментальной работы. Формулировка гипотез исследования, постановка задач и выбор стратегии их решения проводились совместно с Косовским Г.Ю. Интерпретация результатов, формулировка выводов, а также подготовка и публикация научных статей проводились совместно с Косовским Г.Ю.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 158 страницах и состоит из следующих разделов: введение, главы 1 - 5, заключение, список литературы, список сокращений и условных обозначений и приложения (А - З). Работа содержит 30 рисунков и 19 таблиц. Список литературы содержит 363 источника.

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

Глава 1. Обзор литературы 1.1. Геномика для сохранения биоразнообразия

Генетические основы доместикации привлекают все большее внимание прежде всего потому, что зависимость человека от биологических ресурсов и ускоренная их деградация последовательно нарастает в соответствии с ростом численности человека. Время существования аграрной цивилизации и ее распространения по планете затрагивает последние 12 тысяч лет [1], что в эволюционном масштабе очень короткий срок. Но в настоящее время доместицированные виды по своей массе конкурируют со своими дикими предшественниками: так современная масса человека (0,06 гигатон углерода (1 Гт C = 1015 г углерода)) и масса сельскохозяйственных видов животных (0,1 Гт С) минимум на порядок превышают массу всех диких млекопитающих (0,007 Гт С). Сумма биомассы по всем таксонам составляет примерно 550 Гт С, из них доминирующим царством являются растения, в основном, наземные (-450 Гт С), животные (-2 Гт С) - преимущественно морские, бактерии (-70 Гт С) и археи (-7 Гт С) - в большинстве случаев обитающие глубоко под поверхностью (Рисунок 1) [27].

Появляются доказательства того, что проблема сокращения биоразнообразия обусловлена, прежде всего, деятельностью человека «аграрного». Оказалось, что анализ темпов вымирания млекопитающих за последние 126 000 лет позволяет проверить гипотезу об их вымирании по вине человека. Обнаружено, что численность популяций человека позволяет предсказать прошлые вымирания с точностью до 96%, в отличие от предсказаний, основанных на изменениях климата. В этой связи к 2100 году прогнозируется

беспрецедентный рост скорости исчезновения видов млекопитающих (Рисунок 2) [28].

Рисунок 1 - Графическое представление глобального распределения биомассы по

таксонам

(А) Абсолютные биомассы различных таксонов представлены с использованием диаграммы,

площадь каждой ячейки которой пропорциональна глобальной биомассе этого таксона (конкретная форма каждого многоугольника не имеет значения). (Б) Абсолютная биомасса

различных таксонов животных [27]

Рисунок 2 - Ожидается увеличение темпов вымирания для большинства отрядов

млекопитающих и географических регионов Представлена 95% интервальная плотность предполагаемых темпов вымирания в 2100 году,

основанная на различных сценариях прогнозирования биоразнообразия. Показатели вымирания, обозначенные красным цветом, оценены на основе смоделированных будущих вымираний по статусам угрозы вымирания для видов в каждой подгруппе. Эти прогнозы скорости вымирания неизменно выше, чем текущие показатели, рассчитанные на базе недавних

вымираний (желтый цвет). Для нескольких пространственных подмножеств (В, С, Е, F и Н) прогнозируется увеличение скорости, основываясь исключительно на увеличении численности

человеческой популяции (Ни, зеленый) [28]

Сформировавшиеся глобальные угрозы биоразнообразию млекопитающих приводят к необходимости поиска методов его управлением. Особое значение это имеет для сельскохозяйственных видов, поскольку рост численности населения непосредственно зависит от них. В той связи особое значение приобретает поиск методов управления сельскохозяйственными биоресурсами [29-31].

По данным FAO, только в период с 2000 по 2014 годы 99 пород получили статус исчезнувших. В развивающихся странах для 85% локальных пород не определен статус риска, поскольку о них отсутствуют популяционные данные. Из общего числа 8146 пород, принадлежащих к 38 видам сельскохозяйственных животных, идентифицированных в информационной системе по разнообразию домашних животных FAO, 7043 породы являются локальными (представлены только в одной стране), а число трансграничных пород составляет 1103 (Рисунок 3). То есть, млекопитающие обеспечивают нужды современного человека, в основном, за счет локальных пород, количество которых постоянно сокращается [32-34].

■ Локальные породы млекопитающих

■ Региональные трансграничные породы млекопитающих

■ Международные трансграничные породы млекопитающих

■ Локальные породы пищ

■ Региональные трансграничные породы пищ

■ Международные трансграничные породы пищ

Рисунок 3 - DAD-IS (fao.org) предоставляет данные о более чем 8800 породах, принадлежащих около 40 видам из 182 стран (Последнее обновление: 28.09.2023)

Разработка методов контроля генетических потоков сельскохозяйственных видов ведется с доисторических времен, ключевым событием этого процесса являлось в XVII веке введение в практику методического отбора, племенных книг.

96159

К настоящему времени становится очевидно, что именно современные методы геномики могут предоставить огромные возможности для понимания фундаментальных основ биологии живых организмов, таких как, например, адаптация к внешним условиям, фенотипические особенности, динамика популяций, что необходимо для сохранения и управления биоресурсами [35-38]. Сравнительная геномика считается одним из самых информативных и мощных общих подходов к решению этих вопросов, пониманию биоразнообразия окружающего мира [39,40]. С разработкой новых методов сбора ДНК [41], развитием и удешевлением высокопроизводительного секвенирования, становится возможным получить генетическую информацию от практически любых организмов [42], а сравнительный анализ этих огромных данных постоянно совершенствующимися биоинформатическими методами позволяет предположить генетические основы различных биологических процессов и проследить их эволюцию [43]. Так, например, сравнительный анализ геномов бактерий очень важен для понимания механизмов вирулентности и метаболических различий между штаммами, а также описания эволюции устойчивости к антибиотикам для ее дальнейшего преодоления [44].

Все большее число видов диких животных имеют доступные референсные сборки генома, изучение которых позволяет получать информацию о демографии, инбридинге, гибридизации, восприимчивости к болезням, поведенческой экологии и адаптации, филогении, что, в свою очередь, способствует разработке планов по их сохранению и защите, а также ведет к пониманию основ процессов эволюции и доместикации [45,46]. Для обработки столь масштабных наборов данных начинают активно использовать технологии искусственного интеллекта (например, для фунциональной аннотации некодирующих однонуклеотидных вариантов [47], для рассмотрения состояний организации хроматина и эпигенетических модификаций [48,49]).

Для сравнительной геномики млекопитающих в 2015 году создан проект Зоономия (7оопош1а), в рамках которого предполагается изучение эволюции геномов млекопитающих по мере того, как виды расходились и адаптировались к

широкому спектру экологических ниш [50]. Особую роль в подобных исследованиях играет изучение молекулярно-генетических маркеров [51-53].

Первые генетические маркеры, основанные на менделирующих признаках, появились в работах А.С. Серебровского [54]. Затем использовались для животных такие моногенные признаки, как группы крови - антигены белков на плазматической мембране эритроцитов, потом - электрофоретические варианты белков. Далее началась эпоха использования ДНК маркеров полиморфизма различных геномных участков. Первое поколение ДНК маркеров, связанное с полиморфизмом длин фрагментов геномной рестрикции (Restriction Fragment Length Polymorphism - RFLP), получило широкое распространение начиная с 1980 годов, в 1990-х годах распространилась полимеразная цепная реакция (ПЦР), позволяющая размножать любой участок генома с использованием затравок (праймеров) к его флангам. После 2000 года и развития полногеномного секвенирования появился новый подход к многолокусному генотипированию, основанный на выявлении мононуклеотидных полиморфизмов (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) [55]. Затем особое внимание стали уделять изменчивости по копийности коротких последовательностей нуклеотидов (Copy Number Variations — CNV - включают делеции, дупликации, транслокации и инверсии) [56].

В связи с накоплением экспериментальных данных по полногеномному сквенированию и выявлению SNP, активно формируется область, получившая название «пангеномики», в которой возможно установление ассоциаций между комплексами SNP и изменчивостью проявления фенотипических характеристик, как в персонофицированной медицине, так и в поисках ДНК-маркеров хозяйственно-ценных количественных признаков. Эта область получила название исследования общегеномных ассоциаций (Genome-Wide Association Study -GWAS) [57,58]. Результаты таких работ привели к выводу о том, что основные SNP, изменчивость которых ассоциирована с изменчивостью целевых фенотипических признаков, локализованы в некодирующих последовательностях ДНК (например, [59-62]). Следовательно, изменчивость фенотипических признаков тесно связана с регуломом - совокупностью геномных элементов,

определяющих пространственно-временную изменчивость экспрессии генов, кодирующих белки.

В процессе эволюции организмов наблюдается постепенное увеличение размера генома, однако появление новых видоспецифичных генов не идет соответствующими темпами [63,64]. К тому же некоторые гены образуют эволюционно-консевативные синтенные блоки [65]. В то же время, в эволюции животных количество некодирующей белок ДНК увеличивается с повышением сложности развития и когнитивных функций, достигая у человека 98,5%.

Более того, высокопроизводительный анализ показал, что большая часть генома млекопитающих дифференциально и динамически транскрибируется во время развития с образованием десятков, если не сотен тысяч коротких и длинных некодирующих белок РНК. Эти РНК функционируют на многих различных уровнях регуляции экспрессии генов и клеточной биологии, включая контроль трансляции, формирование субклеточных доменов и управление эпигенетическими процессами, которые лежат в основе развития, функций мозга и физиологической адаптации, что усиливается за счет наложения структурной пластичности путем редактирования РНК, модификации РНК и мобилизации ретротранспозонов. В настоящее время имеются доказательства того, что в архитектурно организованных и пространственно специализированных многоклеточных организмах существует массивная сеть регуляторных трансакций, управляемых РНК, которая распространяется и на трансгенерационное наследование [66,67].

Основным источником некодирующей ДНК являются мобильные генетические элементы или транспозоны (ТЕ) [68].

1.2. Транспозоны

Мобильные генетические элементы («прыгающие гены» или транспозоны (ТЕ)) - последовательности ДНК, которые могут перемещаться из одного геномного участка в другой с помощью транспозиции. ТЕ присутствуют в

геномах практически всех организмов и могут составлять значительную часть генома (до 90%, например, у растений [69], более 50% генома человека [70] и до 45% генома сельскохозяйственных видов животных [71]).

Начиная с их открытия в 1940-х годах сначала у растений [72], а затем у животных [73], понимание роли ТЕ в геномах организмов кардинально поменялось от «геномного мусора» [74] до центрального значения в различных биологических процессах (например, [75], [76], [18], [77]). Одним из основных вкладов ТЕ в эволюцию генома хозяина является их участие в сборке новых генов и формирование новых функций. Например, за счет встройки ТЕ в различные области гена может произойти существенное изменение экспрессии, образоваться новый белок или новый экзон [78-80]. Кроме того, ТЕ регулируют размер генома, его трехмерную организацию, модификацию хроматина, генные регуляторные сети и метилирование ДНК [71]. Существует предположение, что в том числе ТЕ сыграли ключевую роль в развитии всех защитных систем, использующих в той или иной форме изменение генома, включая CRISPR-Cas и адаптивный иммунитет у позвоночных [81,82].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Скобель Ольга Игоревна, 2026 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Zeder M. A. Core questions in domestication research // Proc Natl Acad Sci U S A. 2015. Т. 112, № 11. С. 3191-3198.

2. Боголюбский С. Н. Происхождение и преобразование домашних животных: Учеб. пособие для гос. ун-тов. Москва: Сов. наука, 1959. 593 с.

3. Paterson A. H. и др. Convergent domestication of cereal crops by independent mutations at corresponding genetic Loci // Science. 1995. Т. 269, № 5231. С. 1714-1718.

4. Tang H., Sezen U., Paterson A. H. Domestication and plant genomes // Curr Opin Plant Biol. 2010. Т. 13, № 2. С. 160-166.

5. Diamond J. Evolution, consequences and future of plant and animal domestication // Nature. 2002. Т. 418, № 6898. С. 700-707.

6. Sanchez-Villagra M. R., van Schaik C. P. Evaluating the self-domestication hypothesis of human evolution // Evol Anthropol. 2019. Т. 28, № 3. С. 133-143.

7. Zeder M. A. Straw Foxes: Domestication Syndrome Evaluation Comes Up Short // Trends in Ecology & Evolution. 2020. Т. 35, № 8. С. 647-649.

8. Wilkins A. S., Wrangham R. W., Fitch W. T. The "Domestication Syndrome" in Mammals: A Unified Explanation Based on Neural Crest Cell Behavior and Genetics // Genetics. 2014. Т. 197, № 3. С. 795-808.

9. Albert F. W. и др. A Comparison of Brain Gene Expression Levels in Domesticated and Wild Animals // PLoS Genet. 2012. Т. 8, № 9. С. e1002962.

10. Glazko V., Zybailov B., Glazko T. Asking the Right Question about the Genetic Basis of Domestication: What is the Source of Genetic Diversity of Domesticated Species? // Adv Genet Eng. 2015. Т. 04, № 02. С. 1000125.

11. Kingsley N. B. и др. Functionally Annotating Regulatory Elements in the Equine Genome Using Histone Mark ChlP-Seq // Genes. 2019. Т. 11, № 1. С. 3.

12. Benitez-Burraco A., Uriagereka J., Nataf S. The genomic landscape of mammal domestication might be orchestrated by selected transcription factors regulating

brain and craniofacial development // Dev Genes Evol. 2023. Т. 233, № 2. С. 123— 135.

13. Feschotte C. Transposable elements and the evolution of regulatory networks // Nat Rev Genet. 2008. Т. 9, № 5. С. 397-405.

14. Carelli F. N. и др. The life history of retrocopies illuminates the evolution of new mammalian genes // Genome Res. 2016. Т. 26, № 3. С. 301-314.

15. Schrader L., Schmitz J. The impact of transposable elements in adaptive evolution // Mol Ecol. 2019. Т. 28, № 6. С. 1537-1549.

16. Hermant C., Torres-Padilla M.-E. TFs for TEs: the transcription factor repertoire of mammalian transposable elements // Genes Dev. 2021. Т. 35, № 1-2. С. 22-39.

17. Lee H. J. и др. Epigenomic analysis reveals prevalent contribution of transposable elements to cis -regulatory elements, tissue-specific expression, and alternative promoters in zebrafish // Genome Res. 2022. Т. 32, № 7. С. 1424-1436.

18. Lawson H. A., Liang Y., Wang T. Transposable elements in mammalian chromatin organization // Nat Rev Genet. 2023. Т. 24, № 10. С. 712-723.

19. Snowbarger J., Koganti P., Spruck C. Evolution of Repetitive Elements, Their Roles in Homeostasis and Human Disease, and Potential Therapeutic Applications // Biomolecules. 2024. Т. 14, № 10. С. 1250.

20. Adelson D. L., Raison J. M., Edgar R. C. Characterization and distribution of retrotransposons and simple sequence repeats in the bovine genome // Proc Natl Acad Sci U S A. 2009. Т. 106, № 31. С. 12855-12860.

21. Adelson D. L. и др. Interspersed repeats in the horse (Equus caballus); spatial correlations highlight conserved chromosomal domains // Anim Genet. 2010. Т. 41 Suppl 2. С. 91-99.

22. Lu J. Y. и др. Genomic Repeats Categorize Genes with Distinct Functions for Orchestrated Regulation // Cell Rep. 2020. Т. 30, № 10. С. 3296-3311.e5.

23. Глазко В. И. и др. Видоспецифичные ISSR-PCR-маркеры и пути их формирования // Известия Тимирязевской Сельскохозяйственной Академии. 2012. № 1. С. 118-125.

24. Deakin J. E. и др. Chromosomics: Bridging the Gap between Genomes and Chromosomes // Genes. 2019. Т. 10, № 8. С. 627.

25. Yang D. и др. Production of CFTR-AF508 Rabbits // Front. Genet. 2021. Т. 11. С. 627666.

26. Tian S. и др. A microRNA is the effector gene of a classic evolutionary hotspot locus // Science. 2024. Т. 386, № 6726. С. 1135-1141.

27. Bar-On Y. M., Phillips R., Milo R. The biomass distribution on Earth // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2018. Т. 115, № 25. С. 6506-6511.

28. Andermann T. и др. The past and future human impact on mammalian diversity // Sci. Adv. 2020. Т. 6, № 36. С. eabb2313.

29. Krivoruchko A. и др. Selection Signatures in the Genome of Dzhalgin Merino Sheep Breed // Animals. 2025. Т. 15, № 19. С. 2871.

30. Блохина Н. В., Храброва Л. А. Анализ генетической структуры 29 пород лошадей Российской селекции по STR-маркерам // Генетика. 2024. Т. 60, № 8. С. 54-65.

31. Седых Т. А. и др. Влияние полиморфизма гена лептина на продуктивность мясного скота // RSHN. 2020. № 5. С. 54-58.

32. Саприкина Т. Ю., Криворучко А. В., Скокова А.В. Генетические аномалии крупного рогатого скота (Обзор) // Сельскохозяйственный журнал. 2022. № 2(15). С. 92-102.

33. Блохина Н. В., Храброва Л. А. Генетическая характеристика лошадей местных пород по локусам микросателлитов ДНК // Vestn. VOGiS. 2025. Т. 29, № 1. С. 113-121.

34. Калашникова Л. А. и др. Состояние генофонда в племенном животноводстве Российской Федерации // Зоотехния. 2022. № 12. С. 13-16.

35. Hohenlohe P. A., Funk W. C., Rajora O. P. Population genomics for wildlife conservation and management // Mol Ecol. 2021. Т. 30, № 1. С. 62-82.

36. Kardos M. и др. The crucial role of genome-wide genetic variation in conservation // Proc Natl Acad Sci U S A. 2021. Т. 118, № 48. С. e2104642118.

37. Xia C. h gp. The genetic structure and demographic history revealed by whole-genome resequencing provide insights into conservation of critically endangered Artocarpus nanchuanensis // Front Plant Sci. 2023. T. 14. C. 1224308.

38. Sharma R. h gp. Next-generation sequencing in the biodiversity conservation of endangered medicinal plants // Environ Sci Pollut Res Int. 2022. T. 29, № 49. C. 73795-73808.

39. O'Brien S. J. h gp. The Promise of Comparative Genomics in Mammals // Science. American Association for the Advancement of Science, 1999. T. 286, № 5439. C. 458-481.

40. Ellegren H. Comparative genomics and the study of evolution by natural selection // Mol Ecol. 2008. T. 17, № 21. C. 4586-4596.

41. Lynggaard C. h gp. Airborne environmental DNA captures terrestrial vertebrate diversity in nature // Mol Ecol Resour. 2023.

42. Supple M. A., Shapiro B. Conservation of biodiversity in the genomics era // Genome Biol. 2018. T. 19. C. 131.

43. Yang A. h gp. Review on the Application of Machine Learning Algorithms in the Sequence Data Mining of DNA // Front Bioeng Biotechnol. 2020. T. 8. C. 1032.

44. Bochkareva O. O. h gp. Genome rearrangements and phylogeny reconstruction in Yersinia pestis // PeerJ. 2018. T. 6. C. e4545.

45. Brandies P. h gp. The Value of Reference Genomes in the Conservation of Threatened Species // Genes (Basel). 2019. T. 10, № 11. C. 846.

46. Schultz D. T. h gp. Ancient gene linkages support ctenophores as sister to other animals // Nature. 2023. T. 618, № 7963. C. 110-117.

47. Penzar D. h gp. LegNet: a best-in-class deep learning model for short DNA regulatory regions // Bioinformatics / nog peg. Birol I. 2023. T. 39, № 8. C. btad457.

48. Dixit S. h gp. Advancing genome editing with artificial intelligence: opportunities, challenges, and future directions // Front. Bioeng. Biotechnol. 2024. T. 11. C. 1335901.

49. Fudenberg G., Kelley D. R., Pollard K. S. Predicting 3D genome folding from DNA sequence with Akita // Nat Methods. 2020. Т. 17, № 11. С. 1111-1117.

50. Christmas M. J. и др. Evolutionary constraint and innovation across hundreds of placental mammals // Science. 2023. Т. 380, № 6643. С. eabn3943.

51. Yakupova A. и др. Chromosome-Length Assembly of the Baikal Seal (Pusa sibirica) Genome Reveals a Historically Large Population Prior to Isolation in Lake Baikal // Genes (Basel). 2023. Т. 14, № 3. С. 619.

52. Martínez-Noguez J. J., García-De León F. J. Using genome-wide diversity and population structure to define management units in the cirio (Fouquieria columnaris), an emblematic tree of the Sonoran Desert // Biodivers Conserv. 2023. Т. 32, № 8. С. 2709-2729.

53. Zhou C. и др. Comparative genomics sheds light on the predatory lifestyle of accipitrids and owls // Sci Rep. 2019. Т. 9. С. 2249.

54. Серебровский А. С. Генетический анализ // Наука. 1970. 342 с.

55. Глазко В. И. Молекулярная биология для животноводства // Farm Animals. 2012. Т. 1, № 1. С. 24-29.

56. Pos O. и др. DNA copy number variation: Main characteristics, evolutionary significance, and pathological aspects // Biomed J. 2021. Т. 44, № 5. С. 548-559.

57. Wang Z.-H. и др. iSheep: an Integrated Resource for Sheep Genome, Variant and Phenotype // Front Genet. 2021. Т. 12. С. 714852.

58. A.V. Kirichenko A. V. и др. The GWAS-MAP|ovis platform for aggregation and analysis of genome-wide association study results in sheep // Vavilovskii Zhurnal Genet Selektsii. 2022. Т. 26, № 4. С. 378-384.

59. Liu Y. и др. Integration of multi-omics data reveals cis-regulatory variants that are associated with phenotypic differentiation of eastern from western pigs // Genet Sel Evol. 2022. Т. 54, № 1. С. 62.

60. Ma W. и др. DeepSATA: A Deep Learning-Based Sequence Analyzer Incorporating the Transcription Factor Binding Affinity to Dissect the Effects of Non-Coding Genetic Variants // IJMS. 2023. Т. 24, № 15. С. 12023.

61. Chen S. и др. Comparative epigenomics reveals the impact of ruminant-specific regulatory elements on complex traits // BMC Biol. 2022. Т. 20. С. 273.

62. Orozco G. Fine mapping with epigenetic information and 3D structure // Semin Immunopathol. 2022. Т. 44, № 1. С. 115-125.

63. Kumar R. P. и др. Repeat performance: how do genome packaging and regulation depend on simple sequence repeats? // Bioessays. 2010. Т. 32, № 2. С. 165-174.

64. Luis Villanueva-Canas J. и др. New Genes and Functional Innovation in Mammals // Genome Biol Evol. 2017. Т. 9, № 7. С. 1886-1900.

65. Damas J. и др. Evolution of the ancestral mammalian karyotype and syntenic regions // Proc Natl Acad Sci U S A. 2022. Т. 119, № 40. С. e2209139119.

66. Mattick J., Amaral P. RNA, the Epicenter of Genetic Information: A new understanding of molecular biology. 1-е изд. Boca Raton: CRC Press, 2022.

67. Mattick J. S. A Kuhnian revolution in molecular biology: Most genes in complex organisms express regulatory RNAs // BioEssays. 2023. Т. 45, № 9. С. 2300080.

68. Глазко В. И., Косовский Г. Ю., Глазко Т. Т. Геномные источники разнообразия как драйверы доместикации (обзор) // Сельскохозяйственная биология. Т. 57, № 5. С. 832-851.

69. Huang C. R. L., Burns K. H., Boeke J. D. Active Transposition in Genomes // Annu Rev Genet. 2012. Т. 46. С. 651-675.

70. Hoyt S. J. и др. From telomere to telomere: The transcriptional and epigenetic state of human repeat elements // Science. American Association for the Advancement of Science, 2022. Т. 376, № 6588. С. eabk3112.

71. Almeida M. V. и др. Taming transposable elements in vertebrates: from epigenetic silencing to domestication // Trends Genet. 2022. Т. 38, № 6. С. 529-553.

72. McClintock B. The Origin and Behavior of Mutable Loci in Maize // Proc Natl Acad Sci U S A. 1950. Т. 36, № 6. С. 344-355.

73. Georgiev G. P. и др. Isolation of eukaryotic DNA fragments containing structural genes and the adjacent sequences // Science. 1977. Т. 195, № 4276. С. 394-397.

74. Doolittle W. F., Sapienza C. Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution // Nature. 1980. Т. 284, № 5757. С. 601-603.

75. Yushkova E., Moskalev A. Transposable elements and their role in aging // Ageing Res Rev. 2023. T. 86. C. 101881.

76. Alkailani M. I., Gibbings D. The Regulation and Immune Signature of Retrotransposons in Cancer // Cancers (Basel). 2023. T. 15, № 17. C. 4340.

77. Galbraith J. D., Hayward A. The influence of transposable elements on animal colouration // Trends in Genetics. Elsevier, 2023. T. 39, № 8. C. 624-638.

78. Bejerano G. h gp. A distal enhancer and an ultraconserved exon are derived from a novel retroposon // Nature. 2006. T. 441, № 7089. C. 87-90.

79. Ogata H. h gp. Protein Coding Palindromes Are a Unique but Recurrent Feature in Rickettsia // Genome Res. 2002. T. 12, № 5. C. 808-816.

80. Cam H. P. h gp. Host genome surveillance for retrotransposons by transposon-derived proteins // Nature. 2008. T. 451, № 7177. C. 431-436.

81. Koonin E. V., Krupovic M. Evolution of adaptive immunity from transposable elements combined with innate immune systems // Nature reviews. Genetics. NIH Public Access, 2015. T. 16, № 3. C. 184.

82. Koonin E. V., Makarova K. S. Mobile Genetic Elements and Evolution of CRISPR-Cas Systems: All the Way There and Back // Genome Biology and Evolution. Oxford University Press, 2017. T. 9, № 10. C. 2812.

83. Ivancevic A. M. h gp. Horizontal transfer of BovB and L1 retrotransposons in eukaryotes // Genome Biol. 2018. T. 19, № 1. C. 85.

84. Walsh A. M. h gp. Widespread horizontal transfer of retrotransposons // Proc Natl Acad Sci U S A. 2013. T. 110, № 3. C. 1012-1016.

85. Daubin V., Szöllosi G. J. Horizontal Gene Transfer and the History of Life // Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2016. T. 8, № 4.

86. Dunemann S. M., Wasmuth J. D. Horizontal transfer of a retrotransposon between parasitic nematodes and the common shrew // Mobile DNA. 2019. T. 10, № 1. C. 24.

87. Hackl T. h gp. Novel integrative elements and genomic plasticity in ocean ecosystems // Cell. 2023. T. 186, № 1. C. 47-62.e16.

88. Kojima K. K. Structural and sequence diversity of eukaryotic transposable elements // Genes & Genetic Systems. 2019. Т. 94, № 6. С. 233-252.

89. Wicker T. и др. A unified classification system for eukaryotic transposable elements // Nat Rev Genet. 2007. Т. 8, № 12. С. 973-982.

90. Kapitonov V. V., Jurka J. A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase // Nat Rev Genet. 2008. Т. 9, № 5. С. 411-412; author reply 414.

91. Bourque G. и др. Ten things you should know about transposable elements // Genome Biol. 2018. Т. 19, № 1. С. 199.

92. Liao X. и др. Repetitive DNA sequence detection and its role in the human genome // Commun Biol. 2023. Т. 6. С. 954.

93. Jurka J. и др. Repetitive sequences in complex genomes: structure and evolution // Annu Rev Genomics Hum Genet. 2007. Т. 8. С. 241-259.

94. Kordis D., Gubensek F. Unusual horizontal transfer of a long interspersed nuclear element between distant vertebrate classes // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. Т. 95, № 18. С. 10704-10709.

95. Mei L. и др. AluScan: a method for genome-wide scanning of sequence and structure variations in the human genome // BMC Genomics. 2011. Т. 12. С. 564.

96. Ng S.-K. и др. Feature co-localization landscape of the human genome // Sci Rep. 2016. Т. 6. С. 20650.

97. Colonna Romano N., Fanti L. Transposable Elements: Major Players in Shaping Genomic and Evolutionary Patterns // Cells. 2022. Т. 11, № 6. С. 1048.

98. Ivancevic A., Chuong E. B. Transposable elements teach T cells new tricks // Proc Natl Acad Sci U S A. 2020. Т. 117, № 17. С. 9145-9147.

99. Regulatory Transposable Elements in the Encyclopedia of DNA Elements | bioRxiv [Электронный ресурс]. URL: https://www.biorxiv.Org/content/10.1101/2023.09.05.556380v1 (дата обращения: 05.10.2023).

100. Schmidt D. h gp. Waves of Retrotransposon Expansion Remodel Genome Organization and CTCF Binding in Multiple Mammalian Lineages // Cell. 2012. T. 148, № 1-2. C. 335-348.

101. Sharif J., Koseki H., Parrish N. F. Bridging multiple dimensions: roles of transposable elements in higher-order genome regulation // Curr Opin Genet Dev. 2023. T. 80. C. 102035.

102.Klenova E. M. h gp. CTCF, a conserved nuclear factor required for optimal transcriptional activity of the chicken c-myc gene, is an 11-Zn-finger protein differentially expressed in multiple forms. // Mol Cell Biol. 1993. T. 13, № 12. C. 7612-7624.

103.Moon H. h gp. CTCF is conserved from Drosophila to humans and confers enhancer blocking of the Fab-8 insulator // EMBO Rep. 2005. T. 6, № 2. C. 165170.

104.Nakahashi H. h gp. A Genome-wide Map of CTCF Multivalency Redefines the CTCF Code // Cell Rep. 2013. T. 3, № 5. C. 1678-1689.

105.Lobanenkov V. V., Gudvin G. G. [CCCTC-binding protein: a new nuclear protein factor which interaction with 5'-flanking sequence of chicken c-myc oncogene correlates with repression of the gene] // Dokl Akad Nauk SSSR. 1989. T. 309, № 3. C. 741-745.

106.Baniahmad A. h gp. Modular structure of a chicken lysozyme silencer: involvement of an unusual thyroid hormone receptor binding site // Cell. 1990. T. 61, № 3. C. 505-514.

107.Burcin M. h gp. Negative protein 1, which is required for function of the chicken lysozyme gene silencer in conjunction with hormone receptors, is identical to the multivalent zinc finger repressor CTCF. // Mol Cell Biol. 1997. T. 17, № 3. C. 1281-1288.

108. Chen H. h gp. Comprehensive Identification and Annotation of Cell Type-Specific and Ubiquitous CTCF-Binding Sites in the Human Genome // PLoS One. 2012. T. 7, № 7. C. e41374.

109. Kim T. H. и др. Analysis of the vertebrate insulator protein CTCF binding sites in the human genome // Cell. 2007. Т. 128, № 6. С. 1231-1245.

110.Phillips J. E., Corces V. G. CTCF: Master Weaver of the Genome // Cell. 2009. Т. 137, № 7. С. 1194-1211.

111.Nikolaev L. G. и др. Vertebrate Protein CTCF and its Multiple Roles in a Large-Scale Regulation of Genome Activity // Curr Genomics. 2009. Т. 10, № 5. С. 294302.

112. Максименко О. Г. и др. CTCF как пример ДНК-связывающих транскрипционных факторов, содержащих кластеры цинковых пальцев С2Н2-типа // Acta Naturae (русскоязычная Версия). 2021. Т. 13, № 1. С. 31-46.

113.Marina-Zarate E. и др. Low-affinity CTCF binding drives transcriptional regulation whereas high-affinity binding encompasses architectural functions // iScience. 2023. Т. 26, № 3. С. 106106.

114.Wutz G. и др. Topologically associating domains and chromatin loops depend on cohesin and are regulated by CTCF, WAPL, and PDS5 proteins // EMBO J. 2017. Т. 36, № 24. С. 3573-3599.

115.Kyrchanova O. V., Bylino O. V., Georgiev P. G. Mechanisms of enhancer-promoter communication and chromosomal architecture in mammals and Drosophila // Front Genet. 2022. Т. 13. С. 1081088.

116.Piriyapongsa J., Jordan I. K. A family of human microRNA genes from miniature inverted-repeat transposable elements // PLoS One. 2007. Т. 2, № 2. С. e203.

117. Smalheiser N., Torvik V. Mammalian microRNAs derived from genomic repeats // Trends in Genetics. 2005. Т. 21, № 6. С. 322-326.

118. Johnson R., Guigo R. The RIDL hypothesis: transposable elements as functional domains of long noncoding RNAs // RNA. 2014. Т. 20, № 7. С. 959-976.

119.Lee R. C., Feinbaum R. L., Ambros V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 // Cell. 1993. Т. 75, № 5. С. 843-854.

120.Penso-Dolfin L. и др. The evolutionary dynamics of microRNAs in domestic mammals // Sci Rep. 2018. Т. 8, № 1. С. 17050.

121. Santovito D., Weber C. Non-canonical features of microRNAs: paradigms emerging from cardiovascular disease // Nat Rev Cardiol. 2022. T. 19, № 9. C. 620-638.

122. Zhang K. h gp. A Novel Class of MicroRNA Recognition Elements That Function Only in Open Reading Frames // Nat Struct Mol Biol. 2018. T. 25, № 11. C. 10191027.

123.Berezikov E. h gp. Mammalian Mirtron Genes // Mol Cell. 2007. T. 28, № 2. C. 328-336.

124. Stavast C. J., Erkeland S. J. The Non-Canonical Aspects of MicroRNAs: Many Roads to Gene Regulation // Cells. 2019. T. 8, № 11. C. 1465.

125.Fukunaga R. h gp. Dicer Partner Proteins Tune the Length of Mature miRNAs in Flies and Mammals // Cell. 2012. T. 151, № 3. C. 533-546.

126.Meijer H. A., Smith E. M., Bushell M. Regulation of miRNA strand selection: follow the leader? // Biochemical Society Transactions. 2014. T. 42, № 4. C. 11351140.

127.Luna Buitrago D., Lovering R. C., Caporali A. Insights into Online microRNA Bioinformatics Tools // Noncoding RNA. 2023. T. 9, № 2. C. 18.

128.Nozawa M., Miura S., Nei M. Origins and Evolution of MicroRNA Genes in Drosophila Species // Genome Biology and Evolution. Oxford University Press, 2010. T. 2. C. 180.

129. Qin S. h gp. The Role of Transposable Elements in the Origin and Evolution of MicroRNAs in Human // PLoS ONE / nog peg. Navarro A. 2015. T. 10, № 6. C. e0131365.

130. Ambros V. h gp. A uniform system for microRNA annotation // RNA. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2003. T. 9, № 3. C. 277.

131.Kozomara A., Griffiths-Jones S. miRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data // Nucleic Acids Res. 2014. T. 42, № Database issue. C. D68-73.

132.Rs P., Sn B., W F. Repression of protein synthesis by miRNAs: how many mechanisms? // Trends in cell biology. Trends Cell Biol, 2007. T. 17, № 3.

133. Simonson B., Das S. MicroRNA Therapeutics: the Next Magic Bullet? // Mini reviews in medicinal chemistry. NIH Public Access, 2015. T. 15, № 6. C. 467.

134.Correia C. N. h gp. Circulating microRNAs as Potential Biomarkers of Infectious Disease // Front. Immunol. 2017. T. 8.

135.Malvisi M. h gp. Responses of Bovine Innate Immunity to Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Infection Revealed by Changes in Gene Expression and Levels of MicroRNA // PLoS One. 2016. T. 11, № 10. C. e0164461.

136.Dysin A. P., Barkova O. Y., Pozovnikova M. V. The Role of microRNAs in the Mammary Gland Development, Health, and Function of Cattle, Goats, and Sheep // Noncoding RNA. 2021. T. 7, № 4. C. 78.

137.Deb R., Sengar G. S. Comparative miRNA signatures among Sahiwal and Frieswal cattle breeds during summer stress // 3 Biotech. 2021. T. 11, № 2. C. 79.

138.Hu G. h gp. Emerging Roles of Non-Coding RNAs in the Feed Efficiency of Livestock Species // Genes. 2022. T. 13, № 2. C. 297.

139.Romao J. M. h gp. MicroRNAs in bovine adipogenesis: genomic context, expression and function // BMC Genomics. 2014. T. 15, № 1. C. 137.

140. Jabed A. h gp. Targeted microRNA expression in dairy cattle directs production of p-lactoglobulin-free, high-casein milk // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012. T. 109, № 42. C. 16811-16816.

141.Bhogireddy S. h gp. Regulatory non-coding RNAs: a new frontier in regulation of plant biology // Funct Integr Genomics. 2021. T. 21, № 3-4. C. 313-330.

142. Lee I. H. T. h gp. The genome and sex-dependent responses to temperature in the common yellow butterfly, Eurema hecabe // BMC Biology. BMC, 2023. T. 21.

143. Zhang K. h gp. Evolution and domestication of the Bovini species // Anim Genet. 2020. T. 51, № 5. C. 637-657.

144. Pitt D. h gp. Domestication of cattle: Two or three events? // Evol Appl. 2018. T. 12, № 1. C. 123-136.

145. Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium h gp. The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution // Science. 2009. T. 324, № 5926. C. 522-528.

146.Genome-Wide Survey of SNP Variation Uncovers the Genetic Structure of Cattle Breeds // Science. 2009. Т. 324, № 5926. С. 528-532.

147. Rosen B. D. и др. De novo assembly of the cattle reference genome with single-molecule sequencing // GigaScience. 2020. Т. 9, № 3. С. giaa021.

148.Garcia-Etxebarria K., Sistiaga-Poveda M., Jugo B. M. Endogenous Retroviruses in Domestic Animals // Curr Genomics. 2014. Т. 15, № 4. С. 256-265.

149.Long J.-E., Chen H.-X. Identification and Characteristics of Cattle MicroRNAs by Homology Searching and Small RNA Cloning // Biochem Genet. 2009. Т. 47, № 5-6. С. 329-343.

150.Le Guillou S. и др. Characterization of Holstein and Normande whole milk miRNomes highlights breed specificities // Sci Rep. 2019. Т. 9. С. 20345.

151.Foissac S. и др. Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals // BMC Biol. 2019. Т. 17, № 1. С. 108.

152. Eché C. и др. A Bos taurus sequencing methods benchmark for assembly, haplotyping, and variant calling // Sci Data. 2023. Т. 10, № 1. С. 369.

153. Smith T. P. L. и др. The Bovine Pangenome Consortium: democratizing production and accessibility of genome assemblies for global cattle breeds and other bovine species // Genome Biol. 2023. Т. 24, № 1. С. 139.

154. Зиновьева Н. А. Гаплотипы фертильности голштинского скота // S-h. biol. 2016. Т. 51, № 4. С. 423-435.

155. Ablondi M. и др. Genetic Diversity in the Italian Holstein Dairy Cattle Based on Pedigree and SNP Data Prior and After Genomic Selection // Front. Vet. Sci. 2022. Т. 8. С. 773985.

156. Зиновьева Н. А. и др. Генетические ресурсы животных: развитие исследований аллелофонда российских пород крупного рогатого скота — миниобзор // s-h. biol. 2019. Т. 54, № 4. С. 631-641.

157.Zinovieva N. A. и др. Selection signatures in two oldest Russian native cattle breeds revealed using high-density single nucleotide polymorphism analysis // PLoS ONE / под ред. Chaubey G. 2020. Т. 15, № 11. С. e0242200.

158. Sweet- Jones J. и др. Resequencing and signatures of selection scan in two Siberian native sheep breeds point to candidate genetic variants for adaptation and economically important traits // Animal Genetics. 2021. Т. 52, № 1. С. 126-131.

159.Buggiotti L., Yudin N. S., Larkin D. M. Copy Number Variants in Two Northernmost Cattle Breeds Are Related to Their Adaptive Phenotypes // Genes. 2022. Т. 13, № 9. С. 1595.

160. Wu D.-D. и др. Pervasive introgression facilitated domestication and adaptation in the Bos species complex // Nat Ecol Evol. 2018. Т. 2, № 7. С. 1139-1145.

161. Low W. Y. и др. Gaur genome reveals expansion of sperm odorant receptors in domesticated cattle // BMC Genomics. BMC, 2022. Т. 23.

162. Stroupe S. и др. Genomic evaluation of hybridization in historic and modern North American Bison (Bison bison) // Sci Rep. 2022. Т. 12, № 1. С. 6397.

163. Achilli A. и др. Mitochondrial genomes of extinct aurochs survive in domestic cattle // Curr Biol. 2008. Т. 18, № 4. С. R157-158.

164.Oppenheimer J. и др. A Reference Genome Assembly of American Bison, Bison bison bison // Journal of Heredity / под ред. Koepfli K.-P. 2021. Т. 112, № 2. С. 174-183.

165.Dobson L. K. и др. De novo assembly and annotation of the North American bison ( Bison bison ) reference genome and subsequent variant identification // Animal Genetics. 2021. Т. 52, № 3. С. 263-274.

166. Stroupe S. и др. Chromosome-level reference genome for North American bison ( Bison bison ) and variant database aids in identifying albino mutation // G3: Genes, Genomes, Genetics / под ред. Mallarino R. 2023. Т. 13, № 10. С. jkad156.

167.Cherin M., D'Allestro V., Masini F. New Bovid Remains from the Early Pleistocene of Umbria (Italy) and a Reappraisal of Leptobos merlai // J Mammal Evol. 2019. Т. 26, № 2. С. 201-224.

168.Т. Т. Глазко, Г. Ю. Косовский, В. И. Глазко. Пластичность генома при доместикации и микроэволюции. Кролиководство и звероводство, 2020.

169. Scherf B., Pilling D. The Second Report on the State of the World's Animal Genetic Resources for Food and Agriculture. Rome, Italy: FAO, 2015. 606 с.

170. Cow [ Bos taurus ] Genomic Dataset. 2011.

171. Smit A., Hubley R., Green P. RepeatMasker 0pen-4.0. 2013.

172.O'Leary N. A. h gp. Exploring and retrieving sequence and metadata for species across the tree of life with NCBI Datasets // Sci Data. 2024. T. 11, № 1. C. 732.

173.Nicol J. W. h gp. The Integrated Genome Browser: free software for distribution and exploration of genome-scale datasets // Bioinformatics. 2009. T. 25, № 20. C. 2730-2731.

174.Benson D. A. h gp. GenBank // Nucleic Acids Res. 2014. T. 42, № Database issue. C. D32-D37.

175.Warde-Farley D. h gp. The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function // Nucleic Acids Research. 2010. T. 38, № suppl_2. C. W214-W220.

176. Szklarczyk D. h gp. The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest // Nucleic Acids Research. 2023. T. 51, № D1. C. D638-D646.

177. Sherman B. T. h gp. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update) // Nucleic Acids Res. 2022. T. 50, № W1. C. W216-W221.

178.Huntley R. P. h gp. The GOA database: Gene Ontology annotation updates for 2015 // Nucleic Acids Res. 2015. T. 43, № Database issue. C. D1057-D1063.

179.Paysan-Lafosse T. h gp. InterPro in 2022 // Nucleic Acids Res. 2023. T. 51, № D1. C. D418-D427.

180.Kanehisa M., Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes // Nucleic Acids Res. 2000. T. 28, № 1. C. 27-30.

181.Letunic I., Khedkar S., Bork P. SMART: recent updates, new developments and status in 2020 // Nucleic Acids Research. 2021. T. 49, № D1. C. D458-D460.

182. The UniProt Consortium h gp. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023 // Nucleic Acids Research. 2023. T. 51, № D1. C. D523-D531.

183. Sievers F. и др. Fast, scalable generation of high- quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega // Molecular Systems Biology. 2011. Т.

7, № 1. С. 539.

184.Lassmann T., Frings O., Sonnhammer E. L. L. Kalign2: high-performance multiple alignment of protein and nucleotide sequences allowing external features // Nucleic Acids Research. 2009. Т. 37, № 3. С. 858-865.

185. Waterman M. S., Eggert M. A new algorithm for best subsequence alignments with application to tRNA-rRNA comparisons // Journal of Molecular Biology. 1987. Т. 197, № 4. С. 723-728.

186.KB Nicholas H. B. N. J. GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence alignments. Pittsburgh Supercomputing Center's National Resource for Biomedical Supercomputing, ver. 2.7. 000. 1997.

187.Kohany O. и др. Annotation, submission and screening of repetitive elements in Repbase: RepbaseSubmitter and Censor // BMC Bioinformatics. 2006. Т. 7. С. 474.

188.Ambrosini G., Groux R., Bucher P. PWMScan: a fast tool for scanning entire genomes with a position-specific weight matrix // Bioinformatics. 2018. Т. 34, № 14. С. 2483-2484.

189.Fornes O. и др. JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles // Nucleic Acids Res. 2020. Т. 48, № D1. С. D87-D92.

190. Zhang Z. и др. A greedy algorithm for aligning DNA sequences // J Comput Biol. 2000. Т. 7, № 1-2. С. 203-214.

191.Morgulis A. и др. Database indexing for production MegaBLAST searches // Bioinformatics. 2008. Т. 24, № 16. С. 1757-1764.

192. Глазко В. И. и др. Доменная организация мобильных генетических элементов в 1 -й хромосоме крупного рогатого скота // Сельскохозяйственная биология. 2017. Т. 52, № 4. С. 658-668.

193.Ivancevic A. M. и др. LINEs between Species: Evolutionary Dynamics of LINE-1 Retrotransposons across the Eukaryotic Tree of Life // Genome Biol Evol. 2016. Т.

8, № 11. С. 3301-3322.

194. Saylor B. и др. A novel application of ecological analyses to assess transposable element distributions in the genome of the domestic cow, Bos taurus // Genome / под ред. Bainard J. 2013. Т. 56, № 9. С. 521-533.

195. Almeida L. M. и др. The contribution of transposable elements to Bos taurus gene structure // Gene. 2007. Т. 390, № 1. С. 180-189.

196.Davis M. B. и др. Transposable Element Insertions Respecify Alternative Exon Splicing in Three Drosophila Myosin Heavy Chain Mutants // Genetics. 1998. Т. 150, № 3. С. 1105-1114.

197.Varagona M. J., Purugganan M., Wessler S. R. Alternative splicing induced by insertion of retrotransposons into the maize waxy gene. // Plant Cell. 1992. Т. 4, № 7. С. 811-820.

198. Mager D. L. и др. Endogenous Retroviruses Provide the Primary Polyadenylation Signal for Two New Human Genes (HHLA2 and HHLA3) // Genomics. 1999. Т. 59, № 3. С. 255-263.

199.Косовский Г. Ю., Скобель О. И., Глазко Т. Т. Геномика высшей нервной деятельности: эволюционная консервативность синтении блока генов, вовлекаемых в нейропатологии // Журнал высшей нервной деятельности им. И.П. Павлова. 2025. Т. 75, № 2. С. 239.

200. Ho C. L. A., Fichtel C., Huber D. The gray mouse lemur (Microcebus murinus) as a model for early primate brain evolution // Current Opinion in Neurobiology. 2021. Т. 71. С. 92-99.

201.Dogliero A. и др. Semen Collection and Spermatozoa Characteristics in the Kea Parrot ( Nestor notabilis ) // Journal of Avian Medicine and Surgery. 2017. Т. 31, № 1. С. 24-28.

202.Kelly C. J., Chitko-McKown C. G., Chuong E. B. Ruminant-specific retrotransposons shape regulatory evolution of bovine immunity // Genome Res. 2022. Т. 32, № 8. С. 1474-1486.

203.Hirata Y. и др. Association study of GRIK1 gene polymorphisms in schizophrenia: case-control and family-based studies // Hum Psychopharmacol. 2012. Т. 27, № 4. С. 345-351.

204.Le-Niculescu H. h gp. Convergent functional genomics of genome-wide association data for bipolar disorder: comprehensive identification of candidate genes, pathways and mechanisms // Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2009. T. 150B, № 2. C. 155-181.

205.Tatarnikova O. G., Orlov M. A., Bobkova N. V. Beta-Amyloid and Tau-Protein: Structure, Interaction, and Prion-Like Properties // Biochemistry Moscow. 2015. T. 80, № 13. C. 1800-1819.

206. Vallino Costassa E. h gp. Characterization of Amyloid-p Deposits in Bovine Brains // J Alzheimers Dis. 2016. T. 51, № 3. C. 875-887.

207. Chu J. h gp. A mouse forward genetics screen identifies LISTERIN as an E3 ubiquitin ligase involved in neurodegeneration // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009. T. 106, № 7. C. 2097-2103.

208.Khondoker M. h gp. Linking Genetics of Brain Changes to Alzheimer's Disease: Sparse Whole Genome Association Scan of Regional MRI Volumes in the ADNI and AddNeuroMed Cohorts // J Alzheimers Dis. 2015. T. 45, № 3. C. 851-864.

209.Wilcock D. M., Griffin W. S. T. Down's syndrome, neuroinflammation, and Alzheimer neuropathogenesis // J Neuroinflammation. 2013. T. 10, № 1. C. 864.

210. Vilardell M. h gp. Meta-analysis of heterogeneous Down Syndrome data reveals consistent genome-wide dosage effects related to neurological processes // BMC Genomics. 2011. T. 12, № 1. C. 229.

211. Van Cleve S. N., Cohen W. I. Part I: Clinical Practice Guidelines for Children With Down Syndrome From Birth to 12 Years // Journal of Pediatric Health Care. 2006. T. 20, № 1. C. 47-54.

212. Van Cleve S. N., Cannon S., Cohen W. I. Part II: Clinical Practice Guidelines for Adolescents and Young Adults With Down Syndrome: 12 to 21 Years // Journal of Pediatric Health Care. 2006. T. 20, № 3. C. 198-205.

213.Nielsen J. B. h gp. Gain-of-function mutations in potassium channel subunit KCNE2 associated with early-onset lone atrial fibrillation // Biomarkers in Medicine. 2014. T. 8, № 4. C. 557-570.

214. Cunningham S. A. h gp. A Novel Protein with Homology to the Junctional Adhesion Molecule // Journal of Biological Chemistry. 2000. T. 275, № 44. C. 34750-34756.

215. Weber C., Fraemohs L., Dejana E. The role of junctional adhesion molecules in vascular inflammation // Nat Rev Immunol. 2007. T. 7, № 6. C. 467-477.

216. Kuwahara N. Gastric adenocarcinoma arising in gastritis cystica profunda presenting with selective loss of KCNE2 expression // WJG. 2013. T. 19, № 8. C. 1314.

217.Hajjari M. h gp. Junctional adhesion molecules 2 and 3 may potentially be involved in progression of gastric adenocarcinoma tumors // Med Oncol. 2013. T. 30, № 1. C. 380.

218. Zhao H. h gp. Effect of junctional adhesion molecule-2 expression on cell growth, invasion and migration in human colorectal cancer // International Journal of Oncology. 2016. T. 48, № 3. C. 929-936.

219. Cong X. h gp. Increased expression of glycinamide ribonucleotide transformylase is associated with a poor prognosis in hepatocellular carcinoma, and it promotes liver cancer cell proliferation // Human Pathology. 2014. T. 45, № 7. C. 13701378.

220.Tanaka S. h gp. Interferon (Alpha, Beta and Omega) Receptor 2 Is a Prognostic Biomarker for Lung Cancer // Pathobiology. 2012. T. 79, № 1. C. 24-33.

221.Cremonesi P. h gp. Response of the goat mammary gland to infection with Staphylococcus aureus revealed by gene expression profiling in milk somatic and white blood cells // BMC Genomics. 2012. T. 13, № 1. C. 540.

222.Hikami K. h gp. Association of IL-10 receptor 2 (IL10RB) SNP with systemic sclerosis // Biochemical and Biophysical Research Communications. 2008. T. 373, № 3. C. 403-407.

223. Shouval D. S. h gp. Interleukin-10 Receptor Signaling in Innate Immune Cells Regulates Mucosal Immune Tolerance and Anti-Inflammatory Macrophage Function // Immunity. 2014. T. 40, № 5. C. 706-719.

224. Yoo K. H. и др. Association of IL10, IL10RA, and IL10RB Polymorphisms with Benign Prostate Hyperplasia in Korean Population // J Korean Med Sci. 2011. Т. 26, № 5. С. 659.

225.Muotri A. R. и др. L1 retrotransposition in neurons is modulated by MeCP2 // Nature. 2010. Т. 468, № 7322. С. 443-446.

226.Takahashi T. и др. LINE-1 activation in the cerebellum drives ataxia // Neuron. 2022. Т. 110, № 20. С. 3278-3287.e8.

227. Snyder-Mackler N. и др. Social determinants of health and survival in humans and other animals // Science. 2020. Т. 368, № 6493. С. eaax9553.

228. Wilkins A. S. A striking example of developmental bias in an evolutionary process: The «domestication syndrome» // Evol Dev. 2020. Т. 22, № 1-2. С. 143-153.

229. Трут Л. Н. Доместикация животных в историческом процессе и в эксперименте // Информационный Вестник Вогис. 2007. Т. 11, № 2. С. 273289.

230.Iwashita S. и др. Gene organization of bovine BCNT that contains a portion corresponding to an endonuclease domain derived from an RTE-1 (Bov-B LINE), non-LTR retrotransposable element: duplication of an intramolecular repeat unit downstream of the truncated RTE-1 // Gene. 2001. Т. 268, № 1-2. С. 59-66.

231.Eusebi P. G. и др. Gene expression profiles underlying aggressive behavior in the prefrontal cortex of cattle // BMC Genomics. 2021. Т. 22, № 1. С. 245.

232. Кушнир А. В. Характер изменчивости основных свойств нервных процессов и типы высшей нервной деятельности крупного рогатого скота // Физиология холодоустойчивости крупного рогатого скота. 1979. С. 89-129.

233. Shen J.-F. и др. Genome-wide association study identifies quantitative trait loci affecting cattle temperament // Zoological Research. 2022. Т. 43, № 1. С. 14-25.

234.Ghoreishifar S. M. и др. Signatures of selection reveal candidate genes involved in economic traits and cold acclimation in five Swedish cattle breeds // Genet Sel Evol. 2020. Т. 52, № 1. С. 52.

235.Duarte I. N. H. и др. Cross-population selection signatures in Canchim composite beef cattle // PLoS ONE / под ред. Ambrosio C. E. 2022. Т. 17, № 4. С. e0264279.

236. Pitt D. h gp. Demography and rapid local adaptation shape Creole cattle genome diversity in the tropics // Evol Appl. 2019. T. 12, № 1. C. 105-122.

237.Braud M. h gp. Genome-Wide microRNA Binding Site Variation between Extinct Wild Aurochs and Modern Cattle Identifies Candidate microRNA-Regulated Domestication Genes // Front Genet. 2017. T. 8. C. 3.

238.Glatzer S. h gp. A Single Nucleotide Polymorphism within the Interferon Gamma Receptor 2 Gene Perfectly Coincides with Polledness in Holstein Cattle // PLoS ONE / nog peg. Wade C. 2013. T. 8, № 6. C. e67992.

239. Stafuzza N. B. h gp. Genome-wide association study provides insights into genes related with horn development in Nelore beef cattle // PLoS One. 2018. T. 13, № 8. C. e0202978.

240.Flori L. h gp. A Quasi-Exclusive European Ancestry in the Senepol Tropical Cattle Breed Highlights the Importance of the slick Locus in Tropical Adaptation // PLoS ONE / nog peg. Caramelli D. 2012. T. 7, № 5. C. e36133.

241. Simon R., Drogemuller C., Luhken G. The Complex and Diverse Genetic Architecture of the Absence of Horns (Polledness) in Domestic Ruminants, including Goats and Sheep // Genes. 2022. T. 13, № 5. C. 832.

242. Lim D. h gp. Genomic Footprints in Selected and Unselected Beef Cattle Breeds in Korea // PLoS ONE / nog peg. Brockmann G. A. 2016. T. 11, № 3. C. e0151324.

243. Doyle J. L. h gp. Genomic Regions Associated With Skeletal Type Traits in Beef and Dairy Cattle Are Common to Regions Associated With Carcass Traits, Feed Intake and Calving Difficulty // Front. Genet. 2020. T. 11. C. 20.

244. Yan Z. h gp. Identification of whole- genome significant single nucleotide polymorphisms in candidate genes associated with body conformation traits in Chinese Holstein cattle // Anim Genet. 2020. T. 51, № 1. C. 141-146.

245.Medeiros de Oliveira Silva R. h gp. Genome-Wide Association Study for Carcass Traits in an Experimental Nelore Cattle Population // PLoS ONE / nog peg. Davoli R. 2017. T. 12, № 1. C. e0169860.

246. Zhang F. h gp. Genetic architecture of quantitative traits in beef cattle revealed by genome wide association studies of imputed whole genome sequence variants: I: feed efficiency and component traits // BMC Genomics. 2020. T. 21, № 1. C. 36.

247. Wang Y. h gp. Genetic architecture of quantitative traits in beef cattle revealed by genome wide association studies of imputed whole genome sequence variants: II: carcass merit traits // BMC Genomics. 2020. T. 21, № 1. C. 38.

248.Okada D. h gp. An intersection network based on combining SNP coassociation and RNA coexpression networks for feed utilization traits in Japanese Black cattle1 // Journal of Animal Science. 2018. T. 96, № 7. C. 2553-2566.

249.Tumasian R. A. h gp. Skeletal muscle transcriptome in healthy aging // Nat Commun. 2021. T. 12, № 1. C. 2014.

250.Pedrosa V. B. h gp. Genomewide Association Analyses of Lactation Persistency and Milk Production Traits in Holstein Cattle Based on Imputed Whole-Genome Sequence Data // Genes. 2021. T. 12, № 11. C. 1830.

251. Wen Y. h gp. Copy number variation of the USP16 gene and its association with milk traits in Chinese Holstein cattle // Animal Biotechnology. 2022. T. 33, № 1. C. 98-103.

252. Fritz S. h gp. Detection of haplotypes associated with prenatal death in dairy cattle and identification of deleterious mutations in GART, SHBG and SLC37A2 // PLoS One. 2013. T. 8, № 6. C. e65550.

253.Girard A. h gp. Global gene expression in granulosa cells of growing, plateau and atretic dominant follicles in cattle // Reprod Biol Endocrinol. 2015. T. 13, № 1. C. 17.

254.Verardo L. L. h gp. Genome-Wide Analyses Reveal the Genetic Architecture and Candidate Genes of Indicine, Taurine, Synthetic Crossbreds, and Locally Adapted Cattle in Brazil // Front. Genet. 2021. T. 12. C. 702822.

255.Lemay D. G. h gp. The bovine lactation genome: insights into the evolution of mammalian milk // Genome Biol. 2009. T. 10, № 4. C. R43.

256. Manville R. W., Abbott G. W. The Amyloid Precursor Protein C99 Fragment Modulates Voltage-Gated Potassium Channels // Cell Physiol Biochem. 2021. T. 55, № Suppl 3. C. 157-170.

257.Quintela-Lopez T., Lezmy J. Homeostatic plasticity of axonal excitable sites in Alzheimer's disease // Front Neurosci. 2023. T. 17. C. 1277251.

258.Moldrich R. X. h gp. Transmembrane protein 50b (C21orf4), a candidate for Down syndrome neurophenotypes, encodes an intracellular membrane protein expressed in the rodent brain // Neuroscience. 2008. T. 154, № 4. C. 1255-1266.

259. Kong X. D., Liu N., Xu X. J. Bioinformatics analysis of biomarkers and transcriptional factor motifs in Down syndrome // Braz J Med Biol Res. 2014. T. 47, № 10. C. 834-841.

260. Li Z. h gp. Asynchronous excitatory neuron development in an isogenic cortical spheroid model of Down syndrome // Front Neurosci. 2022. T. 16. C. 932384.

261.Justice E. D., Barnum S. J., Kidd T. The WAGR syndrome gene PRRG4 is a functional homologue of the commissureless axon guidance gene // PLoS Genet / nog peg. Desplan C. 2017. T. 13, № 8. C. e1006865.

262.McKenzie A. T. h gp. DGCA: A comprehensive R package for Differential Gene Correlation Analysis // BMC Syst Biol. 2016. T. 10, № 1. C. 106.

263.Luo L. h gp. Identification of potential biomarkers in the peripheral blood of neonates with bronchopulmonary dysplasia using WGCNA and machine learning algorithms // Medicine. 2024. T. 103, № 4. C. e37083.

264.Farhang S. h gp. Expression Analysis of Ermin and Listerin E3 Ubiquitin Protein Ligase 1 Genes in the Periphery of Patients with Schizophrenia // J Mol Neurosci. 2022. T. 72, № 2. C. 246-254.

265.Hui K. K. h gp. Translation from the Ribosome to the Clinic: Implication in Neurological Disorders and New Perspectives from Recent Advances // Biomolecules. 2019. T. 9, № 11. C. 680.

266. Shan L. h gp. Nucleolar URB1 ensures 3' ETS rRNA removal to prevent exosome surveillance // Nature. 2023. T. 615, № 7952. C. 526-534.

267.Geryk J. и др. The Key Role of Purine Metabolism in the Folate-Dependent Phenotype of Autism Spectrum Disorders: An In Silico Analysis // Metabolites. 2020. Т. 10, № 5. С. 184.

268. Cipolletti M. и др. A functional genetic screen for metabolic proteins unveils GART and the de novo purine biosynthetic pathway as novel targets for the treatment of luminal A ERa expressing primary and metastatic invasive ductal carcinoma // Front. Endocrinol. 2023. Т. 14. С. 1129162.

269.Adorno M. и др. Usp16 contributes to somatic stem-cell defects in Down's syndrome // Nature. 2013. Т. 501, № 7467. С. 380-384.

270.McMullan S. M. и др. Metabotropic Glutamate Receptors Inhibit Microglial Glutamate Release // ASN Neuro. 2012. Т. 4, № 5. С. AN20120044.

271. Staurenghi E. и др. Altered Brain Cholesterol Machinery in a Down Syndrome Mouse Model: A Possible Common Feature with Alzheimer's Disease // Antioxidants. 2024. Т. 13, № 4. С. 435.

272. Wu Z. и др. Integrative Analysis of the Age-Related Dysregulated Genes Reveals an Inflammation and Immunity-Associated Regulatory Network in Alzheimer's Disease // Mol Neurobiol. 2024. Т. 61, № 8. С. 5353-5368.

273.Ghiurcuta C. G., Moret B. M. E. Evaluating synteny for improved comparative studies // Bioinformatics. 2014. Т. 30, № 12. С. i9-i18.

274. Simakov O. и др. Deeply conserved synteny resolves early events in vertebrate evolution // Nat Ecol Evol. 2020. Т. 4, № 6. С. 820-830.

275. Косовский Г. Ю. и др. Домашний кролик как модель геномного редактирования // asj. 2024. № 8. С. 79-85.

276.Pifferi F., Epelbaum J., Aujard F. Strengths and Weaknesses of the Gray Mouse Lemur (Microcebus murinus) as a Model for the Behavioral and Psychological Symptoms and Neuropsychiatric Symptoms of Dementia // Front. Pharmacol. 2019. Т. 10. С. 1291.

277.Kalds P. и др. When Less Is More: Targeting the Myostatin Gene in Livestock for Augmenting Meat Production // J. Agric. Food Chem. 2023. Т. 71, № 10. С. 42164227.

278. Криворучко А. Ю. и др. Новые полиморфизмы генов мясной продуктивности MSTN и MyoD1 у овец породы манычский меринос // Известия Санкт-Петербургского государственного аграрного университета. 2024. № 2(76). С. 51-63.

279. Храброва Л. А. и др. Генетические маркеры работоспособности лошадей // Коневодство и конный спорт. 2022. № 3. С. 8-10.

280. Wang X. и др. SINE Insertion May Act as a Repressor to Affect the Expression of Pig LEPROT and Growth Traits // Genes. 2022. Т. 13, № 8. С. 1422.

281.Chen C.-Y. и др. Galnt17 loss-of-function leads to developmental delay and abnormal coordination, activity, and social interactions with cerebellar vermis pathology // Developmental Biology. 2022. Т. 490. С. 155-171.

282.Косовский Г. Ю., Скобель О. И., Глазко Т. Т. Потенциальные источники негативных эффектов генного редактирования у животных // S-h. biol. 2024. Т. 59, № 6. С. 1118-1130.

283.Grobet L. и др. A deletion in the bovine myostatin gene causes the double-muscled phenotype in cattle // Nat Genet. 1997. Т. 17, № 1. С. 71-74.

284.Kambadur R. и др. Mutations in myostatin ( GDF8 ) in Double-Muscled Belgian Blue and Piedmontese Cattle // Genome Res. 1997. Т. 7, № 9. С. 910-915.

285. Saunders M. A. и др. Human Adaptive Evolution at Myostatin (GDF8), a Regulator of Muscle Growth // The American Journal of Human Genetics. 2006. Т. 79, № 6. С. 1089-1097.

286. Stinckens A. и др. Characterization of the complete porcine MSTN gene and expression levels in pig breeds differing in muscularity // Animal Genetics. 2008. Т. 39, № 6. С. 586-596.

287. Sahu A. R. и др. Novel report on mutation in exon 3 of myostatin (MSTN) gene in Nilagiri sheep: an endangered breed of South India // Trop Anim Health Prod. 2019. Т. 51, № 7. С. 1817-1822.

288.Narimatsu Y. и др. Genetic glycoengineering in mammalian cells // Journal of Biological Chemistry. 2021. Т. 296. С. 100448.

289.Kosovsky G. Yu., Glazko G. V., Skobel O. I. Bos taurus and Bison bison conservative retrotransposon recombination products // Front. Vet. Sci. 2025. Т. 12. С. 1516731.

290. Kim J. и др. False gene and chromosome losses in genome assemblies caused by GC content variation and repeats // Genome Biol. 2022. Т. 23. С. 204.

291.Rhie A. и др. Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species // Nature. 2021. Т. 592, № 7856. С. 737-746.

292. Seidl F. и др. Variation in hybrid gene expression: implications for the evolution of genetic incompatibilities in interbreeding species // Mol Ecol. 2019. Т. 28, № 20. С. 4667-4679.

293. Sloan D. B. и др. Incompatibility and Interchangeability in Molecular Evolution // Genome Biol Evol. 2022. Т. 15, № 1. С. evac184.

294. Скобель О. И. и др. Рекомбинации между мобильными генетическими элементами как источник микроРНК // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. 2017. № 4. С. 70-98.

295. Скобель О. И. и др. Ретротранспозоны при выявлении межвидовой и межпородной дифференциации у представителей рода Bos // Кролиководство и звероводство. 2022. № 6. С. 28-39.

296. Giordano J. и др. Evolutionary History of Mammalian Transposons Determined by Genome-Wide Defragmentation // PLoS Comput Biol. 2007. Т. 3, № 7. С. e137.

297. Singer T. и др. LINE-1 retrotransposons: mediators of somatic variation in neuronal genomes? // Trends in Neurosciences. 2010. Т. 33, № 8. С. 345-354.

298. Prudencio M. и др. Repetitive element transcripts are elevated in the brain of C9orf72 ALS/FTLD patients // Human Molecular Genetics. 2017. Т. 26, № 17. С. 3421-3431.

299. Wang G.-D. и др. Structural variation during dog domestication: insights from gray wolf and dhole genomes // National Science Review. 2019. Т. 6, № 1. С. 110-122.

300. Глазко В. И. и др. Полилокусное генотипирование крупного рогатого скота по участкам гомологии к ретротранспозонам // Сельскохозяйственная биология. 2015. Т. 50, № 6. С. 766-775.

301. Liu W. h gp. Decrease of gene expression diversity during domestication of animals and plants // BMC Evol Biol. 2019. T. 19, № 1. C. 19.

302.Rittenhouse N. L. h gp. Functional impact of cancer-associated cohesin variants on gene expression and cellular identity // Genetics. 2021. T. 217, № 4. C. iyab025.

303.Tandon D. h gp. Homozygosity for Mobile Element Insertions Associated with WBSCR17 Could Predict Success in Assistance Dog Training Programs // Genes (Basel). 2019. T. 10, № 6. C. 439.

304.Roberts J. T., Cardin S. E., Borchert G. M. Burgeoning evidence indicates that microRNAs were initially formed from transposable element sequences // Mob Genet Elements. 2014. T. 4. C. e29255.

305.Ambros V. The functions of animal microRNAs // Nature. 2004. T. 431, № 7006. C. 350-355.

306. Hanif Q. h gp. In silico identification of conserved miRNAs and their selective target gene prediction in indicine (Bos indicus) cattle // PLOS ONE. Public Library of Science, 2018. T. 13, № 10. C. e0206154.

307.Manku H. K. h gp. Biocomputational identification and validation of novel microRNAs predicted from bubaline whole genome shotgun sequences // Comput Biol Chem. 2017. T. 70. C. 96-106.

308.Baier S. R. h gp. MicroRNAs Are Absorbed in Biologically Meaningful Amounts from Nutritionally Relevant Doses of Cow Milk and Affect Gene Expression in Peripheral Blood Mononuclear Cells, HEK-293 Kidney Cell Cultures, and Mouse Livers // The Journal of Nutrition. 2014. T. 144, № 10. C. 1495-1500.

309.Marzano F. h gp. Plant miRNAs Reduce Cancer Cell Proliferation by Targeting MALAT1 and NEAT1: A Beneficial Cross-Kingdom Interaction // Front Genet. 2020. T. 11. C. 552490.

310. Huang S. h gp. Plant miR397 and its functions // Functional Plant Biol. 2021. T. 48, № 4. C. 361-370.

311.Banigan M. G. h gp. Differential Expression of Exosomal microRNAs in Prefrontal Cortices of Schizophrenia and Bipolar Disorder Patients // PLoS One. 2013. T. 8, № 1. C. e48814.

312.Li H. h gp. By downregulating PBX3, miR-526b suppresses the epithelialmesenchymal transition process in cervical cancer cells // Future Oncol. 2019. T. 15, № 14. C. 1577-1591.

313.Liu Y.-Q. h gp. MiR-526b suppresses cell proliferation, cell invasion and epithelial-mesenchymal transition in breast cancer by targeting Twist1 // Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2020. T. 24, № 6. C. 3113-3121.

314.Pandey R. K., Sundar S., Prajapati V. K. Differential Expression of miRNA Regulates T Cell Differentiation and Plasticity During Visceral Leishmaniasis Infection // Front Microbiol. 2016. T. 7. C. 206.

315.Zarski L. M. h gp. Transcriptomic Profiling of Equine and Viral Genes in Peripheral Blood Mononuclear Cells in Horses during Equine Herpesvirus 1 Infection // Pathogens. 2021. T. 10, № 1. C. 43.

316. Yu J. h gp. High-throughput sequencing reveals differential expression of miRNAs in prehierarchal follicles of laying and brooding geese // Physiol Genomics. 2016. T. 48, № 7. C. 455-463.

317. Lee J. h gp. Analysis of circulating-microRNA expression in lactating Holstein cows under summer heat stress // PLoS One. 2020. T. 15, № 8. C. e0231125.

318. Zheng Y. h gp. Identification and bioinformatics analysis of microRNAs associated with stress and immune response in serum of heat-stressed and normal Holstein cows // Cell Stress Chaperones. 2014. T. 19, № 6. C. 973-981.

319.Alsaweed M. h gp. Human Milk MicroRNA and Total RNA Differ Depending on Milk Fractionation // J. Cell. Biochem. 2015. T. 116, № 10. C. 2397-2407.

320. Schanzenbach C. I. h gp. Can milk cell or skim milk miRNAs be used as biomarkers for early pregnancy detection in cattle? // PLoS ONE / nog peg. Xue Y. 2017. T. 12, № 2. C. e0172220.

321. Li R. h gp. Comparative Analysis of the miRNome of Bovine Milk Fat, Whey and Cells // PLoS One. 2016. T. 11, № 4. C. e0154129.

322. Zhang B.-W. h gp. miR-30-5p Regulates Muscle Differentiation and Alternative Splicing of Muscle-Related Genes by Targeting MBNL // Int J Mol Sci. 2016. T. 17, № 2. C. E182.

323. Stowe H. M. h gp. The bull sperm microRNAome and the effect of fescue toxicosis on sperm microRNA expression // PLoS One. 2014. T. 9, № 12. C. e113163.

324. Lai C.-Y. h gp. Modulated expression of human peripheral blood microRNAs from infancy to adulthood and its role in aging // Aging Cell. 2014. T. 13, № 4. C. 679689.

325.Mishra R., Krishnamoorthy P., Kumar H. MicroRNA-30e-5p Regulates SOCS1 and SOCS3 During Bacterial Infection // Front Cell Infect Microbiol. 2021. T. 10. C. 604016.

326. He M. h gp. Diagnostic and Therapeutic Potential of Exosomal MicroRNAs for Neurodegenerative Diseases // Neural Plast. 2021. T. 2021. C. 8884642.

327. Cheng T. h gp. Resolvin D1 Improves the Treg/Th17 Imbalance in Systemic Lupus Erythematosus Through miR-30e-5p // Front Immunol. 2021. T. 12. C. 668760.

328.McLean C. S. h gp. Gene and MicroRNA Expression Responses to Exercise; Relationship with Insulin Sensitivity // PLoS ONE / nog peg. Moro C. 2015. T. 10, № 5. C. e0127089.

329.Zhang S. h gp. miR- 30e- 5p represses angiogenesis and metastasis by directly targeting AEG- 1 in squamous cell carcinoma of the head and neck // Cancer Sci. 2020. T. 111, № 2. C. 356-368.

330. Chair S.-Y. h gp. Exploration of Potential Genetic Biomarkers for Heart Failure: A Systematic Review // Int J Environ Res Public Health. 2021. T. 18, № 11. C. 5904.

331. Wells J. N., Feschotte C. A Field Guide to Eukaryotic Transposable Elements // Annu Rev Genet. 2020. T. 54. C. 539-561.

332.Ayarpadikannan S., Kim H.-S. The Impact of Transposable Elements in Genome Evolution and Genetic Instability and Their Implications in Various Diseases // Genomics Inform. 2014. T. 12, № 3. C. 98-104.

333.Jurka J. RTE-type non-LTR retrotransposon from sea urchin // Repbase Reports. 2009. T. 9, № 2. C. 507.

334. Skobel O., Kosovsky G., Glazko V. Candidate vectors of horizontal transfer of BovB retrotransposon // BIO Web Conf. 2022. T. 43. C. 01014.

335. Schoch C. L. и др. NCBI Taxonomy: a comprehensive update on curation, resources and tools // Database (Oxford). 2020. Т. 2020. С. baaa062.

336.Puinongpo W. и др. Existence of Bov-B LINE Retrotransposons in Snake Lineages Reveals Recent Multiple Horizontal Gene Transfers with Copy Number Variation // Genes (Basel). 2020. Т. 11, № 11. С. E1241.

337. Годакова С. А., Севастьянова Г. А., Семенова С. К. Особенности структуры и распространения ретротранспозона Bov-B LINE // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 34, № 1. С. 9-12.

338. Sotero-Caio C. G. и др. Evolution and Diversity of Transposable Elements in Vertebrate Genomes // Genome Biology and Evolution. 2017. Т. 9, № 1. С. 161177.

339.Gallus S. и др. Evolutionary Histories of Transposable Elements in the Genome of the Largest Living Marsupial Carnivore, the Tasmanian Devil // Molecular Biology and Evolution. 2015. Т. 32, № 5. С. 1268-1283.

340.Benson D. A. и др. GenBank // Nucleic Acids Research. 2012. Т. 41, № D1. С. D36-D42.

341.Onyiche T. E. и др. Global Distribution of Babesia Species in Questing Ticks: A Systematic Review and Meta-Analysis Based on Published Literature // Pathogens. 2021. Т. 10, № 2. С. 230.

342.Niu Q. и др. Genetic characterization and molecular survey of Babesia bovis, Babesia bigemina and Babesia ovata in cattle, dairy cattle and yaks in China // Parasites Vectors. 2015. Т. 8, № 1. С. 518.

343. Sivakumar T., Igarashi I., Yokoyama N. Babesia ovata: Taxonomy, phylogeny and epidemiology // Veterinary Parasitology. 2016. Т. 229. С. 99-106.

344.Bohaliga G. A. R. и др. Identification of proteins expressed by Babesia bigemina kinetes // Parasites Vectors. 2019. Т. 12, № 1. С. 271.

345. Yoshinari T. и др. A PCR Based Survey of Babesia ovata in Cattle from Various Asian, African and South American Countries // J. Vet. Med. Sci. 2013. Т. 75, № 2. С. 211-214.

346. Sivakumar T. и др. Genetic Analysis of Babesia Isolates from Cattle with Clinical Babesiosis in Sri Lanka // J Clin Microbiol / под ред. Fenwick B. 2018. Т. 56, № 11. С. e00895-18.

347. He L. и др. Babesiosis as a potential threat for bovine production in China // Parasites Vectors. 2021. Т. 14, № 1. С. 460.

348. Белов Ю. А. и др. К вопросу о северной границе ареала и хозяевах клеща Haemaphysalis longicornis (Acari: Ixodidae) в Приморском крае // Чтения памяти А.И.Куренцова. 2019. № 30. С. 177-182.

349. Гулюкин М. И., Заболоцкий В. Т., Белименко В. В. Мониторинг эпизоотической ситуации по протозойным кровепаразитарным болезням домашних животных в Российской Федерации (2007-2012) // Российский ветеринарный журнал. Сельскохозяйственные животные. 2013. № 4. С. 32-34.

350. Yamagishi J. и др. Whole-genome assembly of Babesia ovata and comparative genomics between closely related pathogens // BMC Genomics. 2017. Т. 18, № 1. С. 832.

351. Jackson A. P. и др. The evolutionary dynamics of variant antigen genes in Babesia reveal a history of genomic innovation underlying host-parasite interaction // Nucleic Acids Research. 2014. Т. 42, № 11. С. 7113-7131.

352. Ren Y. и др. Adaptive selection signatures in river buffalo with emphasis on immune and major histocompatibility complex genes // Genomics. 2021. Т. 113, № 6. С. 3599-3609.

353.Ting P. T., Freiman A. The story of Clostridium botulinum : from food poisoning to Botox // Clin Med. 2004. Т. 4, № 3. С. 258-261.

354. Ерусланов Б. В. и др. Ботулизм: характеристика возбудителя и лабораторные методы его диагностики // Бактериология. 2018. Т. 3, № 4. С. 47-59.

355. Peck M. и др. Historical Perspectives and Guidelines for Botulinum Neurotoxin Subtype Nomenclature // Toxins. 2017. Т. 9, № 1. С. 38.

356. Zhang S. и др. Identification and characterization of a novel botulinum neurotoxin // Nat Commun. 2017. Т. 8, № 1. С. 14130.

357. Souillard R. h gp. Asymptomatic Carriage of C. botulinum Type D/C in Broiler Flocks as the Source of Contamination of a Massive Botulism Outbreak on a Dairy Cattle Farm // Front. Microbiol. 2021. T. 12. C. 679377.

358.Frye E. A. h gp. Outbreak of botulism type A in dairy cows detected by MALDI-TOF mass spectrometry // J VET Diagn Invest. 2020. T. 32, № 5. C. 722-726.

359. Mariano V. h gp. A severe outbreak of botulism in cattle in Central Italy // Vet Ital. 2019. T. 55, № 1. C. 57-62.

360. Gilbert C., Cordaux R. Viruses as vectors of horizontal transfer of genetic material in eukaryotes // Curr Opin Virol. 2017. T. 25. C. 16-22.

361.Hofacre A., Fan H. Jaagsiekte Sheep Retrovirus Biology and Oncogenesis // Viruses. 2010. T. 2, № 12. C. 2618-2648.

362.Borobia M. h gp. Jaagsiekte sheep retrovirus found in milk macrophages but not in milk lymphocytes or mammary gland epithelia of naturally infected sheep // J VET Diagn Invest. 2022. T. 34, № 1. C. 112-115.

363.Hurwitz J. L. h gp. Hypothesis: RNA and DNA Viral Sequence Integration into the Mammalian Host Genome Supports Long-Term B Cell and T Cell Adaptive Immunity // Viral Immunology. 2017. T. 30, № 9. C. 628-632.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение А Патент на изобретение № 2855115

Акт внедрения в образовательную деятельность ФГБНУ НИИПЗК

Результаты научных исследований Скобель Ольги Игоревны по диссертационной работе на тему «Вовлечение регуляторных элементов генома в формирование хозяйственно-полезных признаков на примере крупного рогатого скота (Bos Taurus) и американского бизона (Bison Bison)» внедрены в образовательную деятельность Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Научно-исследовательский институт пушного звероводства и кролиководства имени В.А. Афанасьева» (ФГБНУ НИИПЗК). Они используются как справочный материал для лекций и лабораторно-практических занятий при реализации образовательной программы дополнительного профессионального образования - повышения квалификации «Образовательная программа дополнительного профессионального образования в области геномики сельскохозяйственных животных для промышленного кролиководства», а также используются при подготовке научно-педагогических кадров в аспирантуре по направлениям 36.06.01 - Ветеринария и зоотехния (4.2.4. Частная зоотехния, кормление, технологии приготовления кормов и производства продукции животноводства) и 06.06.01 - Биологические науки (1.5.6. Биотехнология).

Заведующий отделом послевузовского образования, кандидат технических наук,

Акт внедрения

доцент

А.В. Закабунин

Карта обратной связи ФГБОУ ВО «Ставропольский государственный

Результаты научных исследований Скобель Ольги Игоревны по диссертационной работе на тему «Вовлечение регуляторных элементов генома в формирование хозяйственно-полезных признаков на примере крупного рогатого скота (Bos Taurus) и американского бизона (Bison Bison)», приняты к внедрению в учебный процесс. Они используются как справочный материал для лекций и лабораторно-практических занятий по специальностям 36.05.01 Ветеринария, 36.03.02 Зоотехния и будут учтены при выполнении научных исследований аспирантов и соискателей кафедры физиологии, хирургии и акушерства.

Материалы рассмотрены на заседании кафедры физиологии, хирургии и акушерства, протокол №7 от 02.03.2026 года.

Заведующий кафедрой физиологии, хирургии и акушерства,

доктор биологических наук, профессор, профессор РАН ¿¡ЛА^ А.Н. Квочко

Наименование организации:

Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Ставропольский государственный аграрный университет», кафедра физиологии, хирургии и акушерства

Почтовый адрес:

Адрес: 255017, г. Ставрополь, пер. Зоотехнический 12

Тел.: [phone], 35-22-83

Факс:[phone]

E-mail: [e-mail]. [e-mail]

аграрный университет»

Первый ' проректор \ ФГБОУ ВО «Ставропольский 'государственный

аграрный университет», профессор

УТВЕРЖДАЮ

КАРТА ОБРАТНОЙ СВЯЗИ

1

Акт внедрения в учебный процесс ФГБНУ ФНЦ БСТ РАН

министерство наукйтг ВЫёШЕГО обрАЗОВАЯИЯ российской федераций федеральное государственное бюджетное научное учреждение

«федеральный научный центр биологических систем и агротехнологий российской академии наук» (фгбну фнц бст ран)

9 Января ул., л.29, г. Оренбург, 460000 ОКПО 00495255, ОГРН 1025601026241 E-mail: /[e-mail] http://fhcbsl.ru ИНН 5610012694, КПП 561001001_тел, (факс) 8(3532)308-170

Результаты научных исследований Скобель Ольги Игоревны по диссертационной работе на тему «Вовлечение регуляторных элементов генома в формирование хозяйственно-полезных признаков на примере крупного рогатого скота (Bos Taurus) и американского бизона < {Bison Bison)» приняты к использованию в учебном процессе по программе подготовки научных и научно-педагогических кадров в аспирантуре по научной специальности 4.2.5 «Разведение, селекция, генетика и биотехнология животных», а также по программе высшего образования - программы магистратура по специальности 36.04.02 «Зоотехния» «Питание сельскохозяйственных животных и кормопроизводство».

Руководитель