Эффективность дифференциальной диагностики ОРВИ методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.02, кандидат биологических наук Лободанов, Сергей Александрович

• Лободанов, Сергей Александрович
• кандидат биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лободанов, Сергей Александрович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Классификация и общая характеристика респираторных вирусов

1.1.1 РНК-содержащие вирусы - возбудители ОРВИ

1.1.2 ДНК-содержащие вирусы

1.1.3 Другие вирусы, ассоциированные с респираторными симптомами

1.2 Роль вирусов в этиологии респираторных заболеваний человека

1.2.1 Тяжелые респираторные заболевания вирусной этиологи

1.2.2 "Простудные" заболевания

1.2.3 Респираторные вирусы как пусковой механизм бронхиальной астмы

1.3 Методы молекулярной диагностики респираторных вирусных инфекций

1.3.1 Полимеразная цепная реакция и ее модификации

1.3.2 Методы изотермической амплификации нуклеиновых кислот

1.3.3 Технологии, основанные на молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот

1.3.4 Системы внешнего и внутреннего контроля качества молекулярной диагностики

1.3.5 Показатели диагностической ценности наборов реагентов

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Материалы

2.1.1 Лабораторные штаммы вирусов

2.1.2 Панели клинических образцов

2.1.3 Клеточные линии

2.1.4 Химические реактивы

2.1.5 Наборы реагентов для выявления респираторных вирусов методом ПЦР-РВ

2.2 Методы

2.2.1 Изоляция и идентификация вирусов гриппа в клетках культуры тканей МОСК

2.2.2 Анализ нуклеотидных последовательностей in silico

2.2.3 Получение мазков из полости носа для исследования методом ПЦР

2.2.4 Выделение вирусных нуклеиновых кислот

2.2.5 Реакция обратной транскрипции

2.2.6 ПЦР-РВ с флуоресцентной детекцией в модификации TaqMan

2.2.7 Гель-электрофорез ДНК

2.2.8 Клонирование ПЦР-продуктов в плазмиде и секвенирование фрагментов геномов вирусов

2.2.9 Получение фрагментов геномов РНК-содержащих вирусов в реакции транскрипции

2.2.10 Статистическая обработка результатов исследований

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Оптимизация условий выявления 12 групп респираторных вирусов методом мультиплексной ПЦР в режиме реального времени (ПЦР-РВ)

3.1.1 Подбор праймеров и зондов для дифференциального выявления респираторных вирусов методом ПЦР-РВ

3.1.2 Оптимизация условий и формата постановки мультиплексной реакции обратной транскрипции и ПЦР-РВ

3.1.3 Приготовление пулов контрольных образцов и контрольных образцов чувствительности для набора реагентов

3.1.4 Апробация набора реагентов для прибора Rotor-Gene™ 6000

3.2 Определение диагностической ценности метода мультиплексной ПЦР-РВ для расшифровки случаев ОРВИ

3.2.1 ПЦР-анализ панелей клинических образцов, в том числе охарактеризованных в культуре клеток MDCK на наличие вирусов гриппа А и гриппа В

3.2.2 Участие в международной программе контроля качества молекулярной диагностики

3.2.3 Определение показателей диагностической ценности мультиплексной ПЦР-РВ: диагностической чувствительности, специфичности, воспроизводимости

3.3 Исследование видовой структуры риновирусов и коронавирусов, циркулирующих в Московском регионе

3.3.1 Отработка условий дифференциального выявления разных видов риновирусов и коронавирусов

3.3.2 Изучение видового разнообразия риновирусов и коронавирусов, циркулирующих в Московском регионе

3.3.3 Оценка роли риновирусов и коронавирусов в этиологии ОРВИ различной степени тяжести

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Эффективность дифференциальной диагностики ОРВИ методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени»

ВВЕДЕНИИЕ

Актуальность темы

Острые респираторные вирусные инфекции (ОРВИ) и грипп по числу случаев превосходят все другие инфекционные болезни вместе взятые. ОРВИ занимают первое место в структуре заболеваемости взрослых и детей болезнями органов дыхания и являются основной причиной обращений за медицинской помощью к участковому терапевту или врачу общей практики. Широкому распространению ОРВИ по всему миру способствуют аэрогенный путь передачи инфекции и большое количество самих респираторных возбудителей (более 200 видов и типов) [45]. При этом разнообразие серологических типов вирусов одного семейства и рода определяет возможность развития заболевания даже в тех случаях, когда ранее человек уже был инфицирован близкородственными вирусами [37, 46, 227].

Для вирусов, относящихся к возбудителям ОРВИ, характерны следующие общие черты - воздушно-капельный путь передачи, тропность вирусов к эпителию верхних и нижних дыхательных путей, сходные клинические проявления инфекционного процесса.

В России ежегодно регистрируют от 27,3 до 41,2 млн. случаев гриппа и других ОРВИ (в том числе в Москве - 2,5-3 млн.) [16, 22]. Удельный вес гриппа в общей структуре ОРВИ варьирует и по данным разных авторов составляет 5-25% [215, 17, 4]. Исторически, гриппу уделяется наибольшее внимание, поскольку вирус гриппа вызывает эпидемии и пандемии, поражая людей всех возрастов, а заболевание часто протекает с осложнениями [120, 25]. Частота осложнений при гриппе может достигать 15-20%. В подавляющем числе случаев осложнения вызываются патогенными или условно-патогенными бактериями, ингода могут наблюдаться грибковые осложнения. Именно осложнения ответственны за летальность при гриппе [232, 259]. Особенно опасно заражение этим вирусом лиц из групп риска: детей дошкольного возраста, пожилых людей (старше 65 лет), лиц с иммунодефецитными состояниями, больных хроническими заболеваниями сердечно-сосудистой и дыхательной систем, беременных женщин и т.д. [128, 157]. Для профилактики гриппа, в отличие от остальных ОРВИ, ежегодно проводится масштабная

прививочная кампания, в которой используются вакцины, разрабатываемые, на основе прогноза о структуре циркулирующих штаммов [11].

Вместе с тем, остальным респираторным вирусам, к которым относятся аденовирусы (АДВ), риновирусы (РВ), респираторно-синцитиальный вирус (PCB), вирусы парагриппа 1-4 типа (ВПГ 1-4), коронавирусы (КВ) и некоторые другие, уделяется меньшее внимание. Отчасти, это связанно с отсутствием средств для специфической профилактики и препаратов для этиотропной терапии таких инфекций. В то же время АДВ, PCB и ВПГ 1-4 вызывают тяжелые поражения респираторного тракта (синдром крупа, бронхиолит, пневмония и др.) [248, 72, 135]. Также традиционно имеется представление, что такие респираторные патогены, как РВ и КВ, ассоциированы исключительно с заболеваниями верхних дыхательных путей легкой и средней тяжести [73]. В последнее время появились исследования, которые опровергают такое представление [115, 76]. В 2003 г. мир столкнулся с угрозой пандемии атипичной пневмонии (тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС, англ. SARS)). Вирус, выделенный от больных ТОРС, был идентифицирован как коронавирус [102, 231]. Имеются также исследования, свидетельствующие о том, что риновирусы могут вызывать поражения и нижних дыхательных путей, "запуская" развитие таких тяжелых заболеваний, как бронхиальная астма и хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ) [117].

Методами клинической диагностики врач не может с точностью определить возбудителя респираторного заболевания, поэтому лечение, как правило, является эмпирическим. С точностью идентифицировать возбудителя респираторного заболевания можно только при помощи лабораторных методов диагностики [32].

Традиционные методы идентификации респираторных вирусов имеют недостатки, прежде всего связанные с недостаточной чувствительностью (иммунофлуоресцентные методы), большой длительностью, трудоемкостью, неуниверсальностью процедуры (культуральный метод). Выявление антител к вирусам в сыворотке пациентов с помощью твердофазного иммуноферментного анализа (ИФА) является ретроспективным методом (выявляет не самого возбудителя, а регистрирует ответ организма на инфекцию). Выявление методом ИФА вирусных антигенов в клинических образцах ограничено недостаточной чувствительностью метода. Использование иммунохимических и серологических методов затрудняет

также высокое антигенное разнообразие некоторых групп респираторных вирусов -аденовирусов, риновирусов, энтеровирусов и др. Традиционные методы, в силу перечисленных ограничений, не позволяют одновременно и с высокой чувствительностью выявлять в клинических образцах основные группы респираторных вирусов.

В настоящее время в лабораторной диагностике респираторных инфекций широко используются молекулярные подходы, в том числе полимеразная цепная реакция (ПЦР) и ее различные модификации. Важнейшее значение в диагностике таких инфекций, имеет ПЦР с детекцией в режиме реального времени (ПЦР-РВ) [87, 254, 255, 60, 188, 171, 203, 160, 209, 84, 223]. В последние годы для диагностики ОРВИ все чаще используется такая наукоёмкая технология, как технология ДНК-микрочипов (DNA microarray) [177, 194, 144]. Преимуществами молекулярных методов являются высокая специфичность, чувствительность, универсальность процедуры, малое время проведения анализа, автоматизация процессов, возможность выявления сразу нескольких патогенов [32]. В перспективе, с развитием методов специфического лечения респираторных вирусных заболеваний, тест-системы, разработанные на основе молекулярных методах диагностики, найдут применение в клинической практике для постановки диагноза и назначения адекватного лечения.

Респираторные вирусы, как и все вирусы, быстро эволюционируют, чему способствуют многократно усилившиеся в последние годы миграционные процессы в мире. В этих условиях человечество всё чаще встречается с появлением новых респираторных вирусов или хорошо известных, но отличающихся повышенной патогенностью штаммов (коронавирус ТОРС, вирус птичьего гриппа A/H5N1), что требует от органов эпидемиологического надзора состояния постоянной готовности. Одним из наиболее перспективных инструментов эпидимеологического надзора за широким спектром респираторных вирусных инфекций становится в настоящее время метод мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени (ПЦР-РВ).

Цель и задачи исследования

Целями настоящего исследования являлись: оценка эффективности дифференциальной диагностики ОРВИ методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени, а также исследование видовой структуры риновирусов и коронавирусов,

циркулирующих в Московском регионе и оценка их роли в этиологии ОРВИ различной степени тяжести.

Для реализации поставленных целей необходимо было решить следующие задачи:

1) разработать лабораторный образец набора реагентов для одновременного выявления 12 групп респираторных вирусов методом мультиплексной ПЦР-РВ,

2) провести ПЦР-анализ панели клинических образцов, охарактеризованных в культуре клеток МОСК на наличие вирусов гриппа А и вирусов гриппа В,

3) методом мультиплексной ПЦР-РВ проанализировать панели клинических образцов от больных с симптомами ОРВИ неустановленной этиологии,

4) провести внешний контроль качества ПЦР-диагностики ОРВИ, приняв участие в международной программе контроля качества молекулярной диагностики,

5) оценить диагностическую ценность метода мультиплексной ПЦР-РВ по показателям диагностической чувствительности, специфичности и воспроизводимости,

6) на основе метода ПЦР-РВ отработать условия дифференциального выявления разных видов риновирусов и коронавирусов,

7) изучить видовое разнообразие риновирусов и коронавирусов, циркулирующих в Московском регионе,

8) оценить роль риновирусов и коронавирусов в этиологии ОРВИ различной степени тяжести.

Научная новизна

Разработана и апробирована оригинальная тест-система для одновременного выявления в клинических образцах от больных ОРВИ 12 основных групп респираторных вирусов методом мультиплексной ПЦР-РВ: вирусов гриппа А и В, вирусов парагриппа 1, 2, 3, 4 типов, аденовирусов, бокавирусов, респираторно-синцитиального вируса, риновирусов, энтеровирусов и коронавирусов.

Используя разработанную в ходе выполнения работ ПЦР-тест-систему впервые в России дана всесторонняя и объективная оценка диагностической ценности метода мультиплексной ПЦР-РВ для диагностики ОРВИ.

Определена видовая структура риновирусов и коронавирусов выделенных на территории Москвы и Московской области в период 2007-2012 гг. Показана одновременная циркуляция всех видов риновирусов (РВ-А, РВ-В и РВ-С), а также четырех видов коронавирусов - 229Е, ОС43, N1,63 и НКШ.

Предложен комплексный подход к изучению видовой структуры таких широко распространенных респираторных вирусов как риновирусов и коронавирусов в этиологии ОРВИ. Дана дифференциальная клиническая оценка этих патогенов.

Практическая значимость

1 Разработаны методические подходы, которые легли в основу набора реагентов «ОРВИ-Монитор», который приказом Росздравнадзора разрешен к производству, продаже и применению на территории Российской Федерации. Данная тест-система может быть использована службами эпидемиологического надзора при мониторинге ситуации по гриппу и ОРВИ, а также в клинической практике для постановки этиологического диагноза пациентам с ОРВИ.

2 Получен патент РФ №2460803 от 10.09.2012 «Способ дифференциальной диагностики респираторных вирусных инфекций методом мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени и перечень последовательностей для его осуществления».

Основные положения, выносимые на защиту

1. Мультиплексная ПЦР с детекцией в режиме реального времени является эффективным методом дифференциальной диагностики ОРВИ. Доля расшифрованных случаев ОРВИ превышает 70% при условии соблюдения критериев отбора, хранения и транспортировки образцов, а также при использовании качественных наборов для выделения вирусной РНК.

2. Разработан экспериментальный набора реагентов (ЭНР) для одновременного выявления в клинических образцах двенадцати основных возбудителей ОРВИ методом мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени.

3. Метод мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени при выявлении вирусов гриппа А (ВГА) и вирусов гриппа В (ВГВ) значительно

превосходит по диагностической чувствительности метод изоляции вирусов гриппа в культуре клеток 1УЮСК

4. На территории Московского региона в настоящее время циркулируют все виды риновирусов (РВ-А, РВ-В и РВ-С) и коронавирусы КВ-МЬ63, КВ-229Е, КВ-ОС43 и КВ-НКШ.

5. Вопреки общепринятому представлению риновирусы и коронавирусы являются возбудителями не только простудных заболеваний. У детей эти патогены с высокой частотой вызывают и более тяжелые заболевания, требующие госпитализации.

Заключение диссертации по теме «Вирусология», Лободанов, Сергей Александрович

117 ВЫВОДЫ

1. Разработана и апробирована ПЦР-тест-система для дифференциального выявления нуклеиновых кислот 12 респираторных вирусов (вирусов гриппа А и В, вирусов парагриппа 1, 2, 3, 4 типов, аденовирусов, бокавирусов, респираторно-синцитиального вируса, риновирусов, энтеровирусов и коронавирусов) в клиническом материале методом мультиплексной обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени.

2. ПЦР-анализ на широкий спектр респираторных вирусов, а также соблюдение правил и критериев отбора, хранения и транспортировки клинических образцов позволяет определить этиологию ОРВИ более в чем 70% случаев.

3. Показана высокая диагностическая ценность разработанной ПЦР-тест-системы: диагностическая чувствительность составила 96,7%, диагностическая специфичность -99,2% и воспроизводимость - 98,1%.

4. Метод мультиплексной ПЦР-РВ по диагностической чувствительности выявления вирусов гриппа А и В значительно превосходит метод изоляции данных вирусов в культуре клеток МОСК.

5. Установлено, что на территории Московского региона в настоящее время циркулируют все виды риновирусов (РВ-А, РВ-В и РВ-С) и коронавирусы N1.63, 229Е, ОС43 и НКШ.

6. Отдельные виды РВ и КВ вызывают у детей тяжелые респираторные заболевания.

7. У 78% детей с РВ-С инфекцией наблюдались случаи тяжелого течения заболевания, потребовавшее госпитализацию, а среди детей, у которых выявили КВ-ОС43 и КВ-ЫЪбЗ, госпитализированы были все 100%.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает глубокую благодарность научному руководителю работы: кандидату биологических наук Файзулоеву Евгению Бахтиёровичу за построение логики работы и помощь в интерпретации результатов.

Особую благодарность автор выражает своему учителю и коллеге к.б.н. Никоновой Александре Александровне за всестороннюю помощь и поддержку в работе. Кроме того, автор выражает глубокую благодарность сотрудникам лаборатории молекулярной вирусологии ФГБУ "НИИ вакцин и сывороток им. И. И. Мечникова" РАМН за консультативную и практическую помощь при выполнении работы. Отдельную признательность автор выражает к.б.н. Аммур Юлии Игоревне и к.б.н. Дмитриеву Григорию Владимировичу (ФГБУ "НИИ вакцин и сывороток им. И. И. Мечникова" РАМН) за помощь в отдельных этапах выполнения работы.

За помощь в сборе клинических образцов автор выражает благодарность д.м.н. Каире Алле Николаевне, д.м.н. Костинову Михаилу Петровичу (ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова» РАМН), к.м.н. Целипановой Елене Евгеньевне (МОНИКИ им. М. Ф. Владимирского), Фильченковой Фаине Эммануиловне (Роспотребнадзор по Московской области), врачу высшей категории Полухиной Галине Михайловне (МУ «Дзержинская городская больница»), к.б.н. Трушаковой Светлане Викторовне (ФГБУ «НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского» Минздрава РФ).

Также выражаю благодарность за содействие в выполнении работы директору ФГБУ НО Инновационно-технологического центра «Биологически активные соединения и их применение» РАН Суровцеву В.В.

Отдельную благодарность автор выражает Борунову Александру Михайловичу за моральную поддержку в работе над диссертацией.

119

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Ввиду широкой распространённости и неоднородности различных острых респираторных инфекций часто возникает необходимость проведения дифференциального диагноза в целях установления точной причины болезни. Знание принципов дифференциальной диагностики различных ОРВИ необходимо для предупреждения различных осложнений и коррекции тактики лечения больного. Для нашей страны этиологическая диагностика ОРВИ и гриппа в ЛПУ с помощью лабораторных методов все еще остается не рутинной практикой, а скорее исключением из правил. В развитых странах такая диагностика является стандартной процедурой. Реализация государственной программы развития здравоохранения в России, главной задачей которой является вхождение нашей страны в эпоху персонализированной медицины, невозможна без разработки и внедрения новых эффективных методов диагностики различных заболеваний. Традиционные методы имеют ряд существенных недостатков, в отличие от современных молекулярно-генетических методов, которые играют все большую роль для быстрой и надежной расшифровки причины заболевания как у конкретного больного, так и вспышки ОРВИ в целом.

По мнению многих ученых и организаторов здравоохранения различные модификации ПЦР с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени становятся новым "золотым стандартом" как для диагностики вирусных инфекций в целом, так и для диагностики ОРВИ в частности [184, 276, 246, 226, 214, 38, 122]. В нашей работе показана высокая диагностическая ценность метода мультиплексной ПЦР-РВ для выявления широкого спектра вирусов - возбудителей ОРВИ. Используя разработанный в ходе выполнения работ набор реагентов для одновременного дифференциального выявления 12 основных групп респираторных вирусов методом ПЦР-РВ, было расшифровано более половины случаев ОРВИ. При сравнении результатов анализа клинических образцов набором реагентов и референтными методами, разработанный набор реагентов продемонстрировал высокие значения таких показателей как диагностическая чувствительность диагностическая специфичность и воспроизводимость. Участие в международной программе внешнего контроля качества молекулярной диагностики с разрабатываемым набором продемонстрировало, что результаты, полученные при анализе зашифрованных панелей, соответствуют среднемировому уровню. Набор был апробирован как на планшетных термоциклерах, так и на термоциклерах роторного типа.

В нашем исследовании по установлению видовой структуры риновирусов и коронавирусов также использовался метод ПЦР-РВ. Возможности этого и других современных методов, основанных на амплификации нуклеиновых кислот, делают возможным проводить более тонкую генетическую характеристику возбудителей ОРВИ и сопоставлять результаты с клиническими проявлениями на предмет оценки в уровне патогенности тех или иных респираторных вирусов. В научной литературе такие данные появляются регулярно.

Несмотря на успехи в области диагностики ОРВИ вызывает удивление тот факт, что Международный классификатор болезней (МКБ) 10 пересмотра в разделе "Острые респираторные инфекции дыхательных путей" не содержит нозологических единиц с уточнением вирусных этиологических агентов, хотя роль респираторных вирусов в этиологии этих заболеваний является ведущий. Возможно, это связано со сложностями, возникающими при дифференциальной диагностике ОРВИ. С другой стороны, этиологический фактор непременно учитывается в классификации бронхитов и пневмоний. Таким образом, представляется целесообразным, расширить список нозологий с установленным этиологическим агентом в разделе "Острые респираторные инфекции дыхательных путей" при следующем пересмотре МКБ, который запланирован на 2015 г.

Оснащение новым оборудованием вирусологических лабораторий в Центрах гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, так и в различных ЛПУ, в том числе, детектируемыми термоциклерами, а также создание отечественных наборов для ПЦР-диагностики различных инфекционных заболеваний делает возможным проводить все более масштабные эпидемиологические исследования. Дифференциальная диагностика ОРВИ методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени, при соблюдении на всех этапах правил постановки анализа, начиная от отбора образца и заканчивая корректной интерпретацией результатов, может позволить увеличить быстроту и точность эпидемиологических исследований, повысить процент респираторных заболеваний с установленной этиологией, что, в конечном счете, позволит с большей эффективностью планировать профилактические и противоэпидемические мероприятия.

Быстрая этиологическая диагностика ОРВИ создаст предпосылки для своевременного реагирования санитарно-эпидемиологических и медицинских служб на изменение эпидемиологической ситуации. Применение мультиплексной ПЦР в диагностике инфекций дыхательных путей позволит улучшить качество медицинской помощи, поможет выбрать врачу препараты для этиотропного лечения, снизить частоту неоправданного назначения антибактериальных препаратов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лободанов, Сергей Александрович, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Баральди Е., Занконато С., Карраро С. Бронхиолит: от эмпиризма до научных доказательств // Лечащий врач. - 2011. - №6. - С. 24-29.

2. Борисова О.Ю., Петрова М.С., Гадуа Н.Т. и др. Прямой ускоренный метод выявления возбудителя коклюша // Клин. лаб. диагностика. - 2010. - №5. - С. 5355.

3. Быков A.C. Парамиксовирусы (семейство Paramyxoviridae) // Медицинская микробиология, вирусология и иммунология. В 2-х т. Том 2: учебник / под ред. В.В. Зверева, М.Н. Бойченко. - М.: ГЭОТАР-Медицина, 2010. - сс. 307-316.

4. Гендон Ю.З. Пандемия гриппа: можно ли с ней бороться? // Вопр. вирус. - 1998. -№ 1.-С. 43-46.

5. Гервазиева В.Б., Сверановская, В.В., Штерншис Ю.А. и др. Роль респираторных вирусов в развитии аллергии // Цитокины и восполение. - 2003. - Т. 2. - № 3. - С. 1-8.

6. Гланц С. Медико-биологическая статистика / Гланц С. - М., Практика, 1998. — 459 с.

7. Голиусов А.Т., Воробьева М.С., Михайлов М.И. и др. Быстрые и простые методы определения вирусных инфекций в лабораторной службе России: методические рекомендации / под. ред. В.В. Покровского - М., 2004. - 124 с.

8. Горенков Р.В. Актуальные вопросы диагностики и лечения острых респираторных заболеваний в практике врача // Лечащий врач. - 2010. - №11. - С. 78-82.

9. Горенков Р.В. Острые респираторные заболевания и грипп - методы борьбы // Лечащий врач. - 2012. - №3. - С. 92.

10. Григорьев К.И., Запруднов A.M. Простудные заболевания и гипертермия // Лечащий врач. - 2002. - №9. - С. 30-33.

11. Грипп и гриппоподобные инфекции (включая особо опасные формы гриппозной инфекции). Фундаментальные и прикладные аспекты изучения: Бюллетень проблемной комиссии / под ред. Покровского В.И. [и др.] - СПб: Роза мира, 2008. -Вып.2. - 109с.

12. Грядунов Д.А., Зименков Д.В., Михайлович В.М. и др. Технология гидрогелевых биочипов и ее применение в медицинской лабораторной диагностике // Лаборатория. - 2009. - Т. 3.-№11.-С. 10-14.

13. Зайцев А. А., Кулагина И. Ц., Пучнина Т. В. Современные режимы антибактериальной терапии инфекций нижних дыхательных путей // Лечащий врач.-2011.-№9.-С. 9-13.

14. Зарубаев В.В., Слита A.B., Сироткин А.К. и др. Экспериментальное изучение противовирусной активности Ингавирина® в отношении аденовируса человека // Антибиотики и химиотерапия. - 2010. - Т. 55. - № 9-10. - С. 9-10.

15. Кишкурно Е.П., Амвросьева Т.В. Энтеровирусная инфекция у детей: клиника, диагностика, подходы к терапии // Медицина неотложных состояний. - 2007. -№2(9).-С. 125-128.

16. Ключников С.О. Острые респираторные заболевания у детей: учебно-методическое пособие // Ключников С. О. [и др.]. М. - 2009. - С. 36.

17. Кокорева С.П., Сахарова Л.А., Куприна Н.П. Этиологическая характеристика и осложнения острых респираторных инфекций у детей // Вопросы современной педиатрии. - 2008. - Т. 7. - № 1. - С. 47-50.

18. Кондюрина Е.Г., Елкина Т.Н., Зеленская В.В. ОРВИ и бронхиальная астма // Лечащий врач. - 2005. - №9. - С. 28-32.

19. Ленева И.А. Пандемический вирус гриппа 2009 H1N1 и современные противогриппозные препараты // РМЖ. - 2010. - Т. 18. - №9. - С. 597-600.

20. Лободанов С.А., Никонова A.A., Полухина Г.М. и др. Роль риновирусов и коронавирусов в этиологии ОРВИ // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2011. - №3 (79), часть 1.-С. 165-167.

21. Лукашов А.Н. Роль рекомбинации и эволюции энтеровирусов // Микробиология. -2005,-№4.-С. 83-89.

22. Лыткина И.Н., Волкова H.A. Оценка эффективности некоторых современных препаратов при проведении неспецифической профилактики ОРВИ в детских организованных коллективах // Детские инфекции. - 2004. - № 4. - С. 49-54.

23. Львов Д. К., Колобухина Л. В., Щелканов М. Ю. Грипп: история, клиника, патогенез// Лечащий врач. -2011. -№10.-С. 33-38.

24. Мажуль Л.А., Исаева Е.И., Злобин В.И. и др. Бокавирус человека // Вопр. вирус. -2009.-Т. 54. -№3. - С. 4-7.

25. Марииич И.Г., Тимошенко О.Ф., Г.С. Игнатьева и др. Летальность от гриппа, других острых респираторных заболеваний и острой пневмонии в Санкт-Петербурге // Вакцинация. - 1999. - № 5. - С. 4-5.

26. Мачарадзе Д. Ш. Вирусы и астма: больше вопросов, чем ответов // Лечащий врач. -2009.-№10.-С. 58-62.00

27. Медико-социальная помощь детям с ВИЧ инфекцией: учебно-методическое пособие / H.A. Геппе [и др.]. - 2-е изд., доп. - М., 2009. - 275 с.

28. Методические указания МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I - IV групп патогенности», Москва, 2009.

29. Методические указания МУ 3.1.1.2130-06 "Энтеровирусные заболевания: клиника, лабораторная диагностика, эпидемиология, профилактика" (утв. и введены в действие Главным государственным санитарным врачом РФ 9 сентября 2006 г.).

30. Михайлович В.М. Идентификация инфекционных агентов, генетических детерминант патогенности и лекарственной устойчивости микроорганизмов и вирусов на биологических микрочипах: автореф. дисс... док. биол. наук / В.М. Михайлович. - М.: ИМБ, 2009. - с. 53.

31. Нестерова И.В. Проблемы лечения вирусно-бактериальныз респираторных инфекций у "часто и длительно болеющих" иммунокомпрометированных детей // Лечащий врач. - 2009. - № 6. - С. 26-29.

32. Никонова A.A. Выявление и идентификация респираторных вирусов методом мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени: Дис. ... канд. биол. наук. Москва. 2009. - 141с.

33. Никонова A.A., Успенская Е.С., Лободанов С.А и др. Применение метода мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени для дифференциальной диагностики респираторных вирусных инфекций // ЖМЭИ. -2009.-№1.-С. 67-70.

34. Новое применение альфа-симпатомиметиков, имеющих 2-имидазолиновую структуру. Патент 2397764 Рос. Федерация / Захер Ф., заявитель и патентообладатель - Мерк Патент Гмбх., Германия. - №2007116719/15, заявл. 20.11.08, опубл. 27.08.10, Бюл. №24. - 14 с: ил.

35. Оксанич А.С. Разработка молекулярных методов выявления в воде и клинических образцах вирусов - этиологических агентов заболеваний с фекально-оральным механизмом передачи: Дис. ... канд. биол. наук. Москва. 2008. - 126с.

36. Основы полимеразной цепной реакции (методическое пособие) / сост. В.В. Зорина -М., 2012. -76с.

37. Острые респираторные заболевания у детей: лечение и профилактика. Научно-практическая программа Союза педиатров России. М.: Международный фонд охраны здоровья матери и ребенка, 2002.

38. Патрушева Ю.С., Куличенко Т.В. Лабораторная диагностика респираторно-синцитиальной вирусной инфекции у детей // Вопросы диагностики в педиатрии. -2009.-№ 1.-С. 24-27.

39. Приказ Минздрава РФ № 9 от 26.01.94.

40. Протоколы лабораторной диагностики инфекции, вызванной Chlamidia trachomatis (урогенитальной хламидийной инфекции): учеб.-метод. пособие / И. Шиманская [и др.] - Минск: БелМАПО, 2009. - 40 с.

41. ПЦР в реальном времени / Под ред. Ребрикова Д.В., - М., БИНОМ. Лаборатория знаний. -2009.-215с.

42. ПЦР-анализ в клинической лаборатории: учеб. пособие / Медведева Т.В. [и др.] -Иркутск: РИО ИГИУВа, 2009. - 88 с.

43. Синдром крупа при острых инфекционных заболеваниях у детей. Методические рекомендации / Ю.С. Цека [и др.]. - 2003. - Саратов. - 47с.

44. Способ дифференциальной диагностики респираторных вирусных инфекций методом мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени и перечень последовательностей для его осуществления. Патент 2460803 Рос. Федерация / Авторы: Файзулоев Е.Б., [и др.], заявитель и патентообладатель - Министерстов промышленности и торговли Российской Федерации, РФ. - №2010143681/10, заявл. 27.10.2010, опубл. 10.05.2012, Бюл. №13. - 15 с.

45. Учайкин В.Ф. Диагностика, лечение и профилактика гриппа и острых респираторных заболеваний у детей. Пособие для врачей. М., 2001, с. 2

46. Учайкин В.Ф. Руководство по инфекционным заболеваниям у детей. М.: ГЭОТАР-Медицина, 1998.

47. Файзулоев Е.Б., Никонова А.А., Зверев В.В. Риновирусные заболевания: патогенез, диагностика и лечение // Журн. микробиол. - 2005. - №5. - С. 115-121.

48. Фриго Н.В., Ротанов С.В., Кубанов А.А. и др. Система внешнего и внутреннего контроля качества лабораторной диагностики заболеваний, передаваемых половым путем, в Российской Федерации (основные положения) / под рук. А.А. Кубановой -М., 2006.-40с.

49. Чан В. Т.-В. Гибридизация нуклеиновых кислот // Молекулярная клиническая диагностика. Методы / под ред. Херрингтона С., Макги Дж., - М.: Мир. - 1999. - с. 374-395.

50. Щелканов М. Ю., Львов Д. К. Генотипическая структура рода Influenza A virus II Вестник РАМН.-2011.-№5.-С. 19-23.

51. Яцышина С.Б., Шипулин Г.А. Совершенствование лабораторной диагностики гриппа и ОРЗ / Сборник научных работ: Грипп и гриппоподобные инфекции. -СПб.: Роза мира, 2008. - С. 43 - 49.

52. Abdul-Rasool S., Fielding B.C. Understanding human coronavirus HCoV-NL63// Open Virol. J. - 2010. - Vol. 4. - P.76-84.

53. Allander Т., Jartti Т., Gupta S. et al. Human bocavirus and acute wheezing in children // Clin. Infect. Dis. - 2007. - Vol. 44. - №7. - P. 904-910.

54. Allander Т., Tammi M.T., Eriksson M. et al. Cloning of a human parvovirus by molecular screening of respiratory tract samples//Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2005. -Vol. 102. -№ 36. -P.12891-12896.

55. Allander Т., Andreasson K., Gupta S. et al. Identification of a third human polyomavirus //J. Virol. -2007. - Vol. 81. -№8. - P. 4130-4136.

56. Apalsch A.M., Green M., Ledesma-Medina J. et al. Parainfluenza and influenza virus infections in pediatric organ transplant recipients // Clin. Infect. Dis. - 1995. - Vol. 20. -№2.-P. 394-349.

57. A-Z of quantitative PCR // (IUL Biotechnology, No. 5) / Edited by Bustin S.A. - La Jolia, CA, USA: International University Line, 2004. - 881 p.

58. Baigent S.J., McCauley J.W. Influenza type A in humans, mammals and birds: Determinants of virus virulence, host-range and interspecies transmission // Bioessays. -2003.- Vol.25. - №7,- P. 657-671.

59. Balada-Llasat J.M., LaRue H., Kelly C. et al. Evaluation of commercial ResPlex II v2.0, MultiCode-PLx, and xTAG respiratory viral panels for the diagnosis of respiratory viral infections in adults // J. Clin. Virol. - 2011. - Vol. 50. - №1. - P. 42-45.

60. Bellau-Pujol S., Vabret A., Legrand L. et al. Development of three multiplex RT-PCR assays for the detection of 12 respiratory RNA viruses // J. Virol. Methods. - 2005. - № 126. - P.53-63.

61. Berk A.J. Adenoviridae: The Viruses and Their Replication // In Fields Virology. 5th ed. / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 2355-2394.

62. Bermingham A., Chand M.A., Brown C.S. et al. Severe respiratory illness caused by a novel Coronavirus, in a patient transferred to the United Kingdom from the Middle East, September 2012 // Euro Surveill. - 2012. - Vol. 17. - №40. - P.20290.

63. Berns K., Parrish C.R. Parvoviridae II In Fields Virology. 5th ed. / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 2437-2379.

64. Bitko V., Musiyenko A., Shulyayeva O. et al. Inhibition of respiratory viruses by nasally administered siRNA // Nat. Med. - 2005. - Vol. 11. - №1. - P. 50-55.

65. Bizzintino J., Lee W.M., Laing I.A. et al. Association between human rhinovirus C and severity of acute asthma in children // Eur. Respir. J. - 2011. - Vol. 37. - №5. - P. 10371042.

66. Blomqvist S., Roivainen M.,Puhakka T. et al. Virological and serological analysis of rhinovirus infections during the first two years of life in a cohort of children // J. Med. Virol. - 2002. - Vol. 66. - №2. - P. 263-268.

67. Bocchini J.A. (Jr.), Bernstein H.H., Bradley J.S. et al. Policy Statement_Modified Recommen-dations for Use of Palivizumab for Prevention of Respiratory Syncytial Virus Infections // Pediatrics. - 2009. - Vol. 124. - №6. - P. 1694-1701.

68. Bochkov Y.A., Gern J.E. Clinical and molecular features of human rhinovirus C // Microbes Infect. - 2012. - Vol. 14. - №6. - P.485-494.

69. Bochkov Y.A., Hanson K.M., Keles S. et al. Rhinovirus-induced modulation of gene expression in bronchial epithelial cells from subjects with asthma // Mucosal. Immunol. -2010. - Vol. 3. - №1. - P. 69-80.

70. Bohmer A., Schildgen V., Liisebrink J. et al. Novel application for isothermal nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) // J. Virol. Methods. - 2009. - Vol. 158. -№1-2.-P. 199-201.

71. Bouvier N.M., Palese P. The biology of influenza viruses // Vaccine. - 2008. - 26 (Suppl 4). P. D49-53.

72. Breese H. C. Respiratory syncytial virus and parainfluenza virus//N. Engl J Med. -2001. -V. 344. -№. 25. - P. 1917-1928.

73. Brittain-Long R., Westin J., Olofsson S.et al. Prospective evaluation of a novel multiplex real-time PCR assay for detection of fifteen respiratory pathogens - Duration of symptoms significantly affects detection rate // J. Clin. Virol. - 2010. - Vol. 47. - № 3.-P. 263-267.

74. Brittain-Long R., Nord S., Olofsson S. et al. Multiplex real-time PCR for detection of respiratory tract infections // J. Clin. Virol. - 2008. - Vol. 41. - №1. - P. 53-56.

75. Buckwalter S.P., Teo R., Espy M.J. et al. Real-time qualitative PCR for 57 human adenovirus types from multiple specimen sources // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50. -№3.-P. 766-771.

76. Busse W.W., Lemanske Jr. R.F., Gern J.E. Role of viral respiratory infections in asthma and asthma exacerbations // Lancet. - 2010. - Vol. 376. - № 9743. - P. 826-834.

77. Bustin S.A., Mueller R. Real-time revers transcription PCR (qRT-PCR) and its potential use in clinical diagnosis // Clin. Sci. (Lond.) - 2005. - Vol. 109. - №4. - P. 365-379.

78. Cai Z., Lou G., Cai T. et al. Development of a novel genotype-specific loop-mediated isothermal amplification technique for Hepatitis B virusgenotypes B and C genotyping and quantification // J. Clin. Virol. - 2011. - Vol. 52. - №4. - P. 288-294.

79. Caramori G., Papadopoulos N., Contoli M. et al. Asthma: a chronic infectious disease? // Clin. Chest. Med. -2012. - Vol. 33. -№3. - P. 473-484.

80. Chen W., Calvo P.A., Malide D. et al. A novel influenza A virus mitochondrial protein that induces cell death // Nat. Med. - 2001. -№7. - P. 1306-1312.

81. Cheng J., Zhang Y., Li Q. Real-time PCR genotyping using displacing probes // Nucleic Acids Res. - 2004. - Vol. 32. - №7. - P. e61

82. Cheng P., Lau C.S., Lai A. et al. A novel reovirus isolated from a patient with acute respiratory disease // J. Clin. Virol. - 2009. - Vol. 45. - №1. - P. 79-80.

83. Cheung Т.К., Poon L.L. Biology of influenza A irus // Ann. N. Y. Acad. Sci. - 2007. -№ 1102.-P 1-25.

84. Chidlow G.R., Laing I.A., Harnett G.B. et al. Respiratory viral pathogens associated with lower respiratoiy tract disease among young children in the highlands of Papua New Guinea // J. Clin. Virol. - 2012. - Vol. 54. - № 3. - P. 235-239.

85. Chieochansin Т., Vichiwattana P., Korkong S. et al. Molecular epidemiology, genome characterization, and recombination event of human parechovirus // Virology. - 2011. -Vol. 421.-№2.-P. 159-166.

86. Chua K.B., Crameri G., Hyatt A. et al. A previously unknown reovirus of bat origin is associated with an acute respiratory disease in humans // Proc. Natl. Acad. Sci. US A.-2007.-Vol. 104.-№27.-P. 11424-11429.

87. Coiras M.T., Aguilar J.C., Garcia M.L. et al. Simultaneous detection of fourteen respiratory viruses in clinical specimens by two multiplex reverse transcription nested-PCR assays//.! Med Virol. - 2004. - № 72. - P.484-495.

88. Collins P.L., Crowe J.E.(Jr.) Respiratory Syncytial Virus and Metapneumovirus // In Fields Virology. 5th edition / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 1601-1646.

89. Collins P.L., Graham B.S. Viral and host factors in human respiratory syncytial virus pathogenesis // J. Virol. - 2008. - Vol. 82. -№5. - P. 2040-2055.

90. Costa A.M., Lamb D., Garland S.M. et al. Evaluation of LightCycler as a platform for nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) in real-time detection of enteroviruses // Curr. Microbiol. - 2008. - Vol. 56. - №1. - P. 80-83.

91. Coughlin M.M., Prabhakar B.S. Neutralizing human monoclonal antibodies to severe acute respiratory syndrome corona virus: target, mechanism of action, and therapeutic potential // Rev Med. Virol. - 2012. - Vol. 22. - №1. - P. 2-17.

92. Creer D.D., Dilworth J.P., Gillespie S.H. et al. Aetiological role of viral and bacterial infections in acute adult lower respiratory tract infection (LRTI) in primary care // Thorax.-2006.-Vol. 61.-№1.-P. 75-79.

93. Cruz J.L., Sola I., Becares M. et al. Coronavirus gene 7 counteracts host defenses and modulates virus virulence // PLoS Pathog. - 2011. - Vol. 7. - №6. - P. el002090.

94. Cunha B.A., Pherez F., Walls N. Severe cytomegalovirus (CMV) community-acquired pneumonia CAP) in a nonimmunocompromised host // Heart Lung. - 2009. - Vol. 38. -№3. - P. 243-248.

95. Curtis K.A., Rudolph D.L., Nejad I. et al. Isothermal amplification using a chemical heating device for point-of-care detection of HIV-1 // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - №2. - P:e31432.

96. Dare R.K., Chittaganpitch M., Erdman D.D. Screening pneumonia patients for mimivirus // Emerg. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 14. - №3. - P. 465-467.

97. Darwish I., Mubareka S., Liles W.C. Immunomodulatory therapy for severe influenza // Expert Rev. Anti. Infect. Ther. - 2011. - Vol. 9. - №7. - P. 807-822.

98. Davies H.W., Appleyard G., Cunningham P. et al. The use of a continuous cell line for the isolation of influenza viruses // Bull. World Health Organ. - 1978. - Vol. 56. - №6. -P. 991-993.

99. DeVincenzo J., Lambkin-Williams R., Wilkinson T. et al. A randomized, double-blind, placebo-controlled study of an RNAi-based therapy directed against respiratory syncytial virus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2010. - Vol. 107. -№19. - P. 8800-8805.

100.Didenko V.V. DNA probes using fluorescence resonance energy transfer (FRET): designs and applications // Biotechniques. - 2001. - Vol. 31. - №5. - P. 1106-1121.

101. Dijkman R., Jebbink M.F., Gaunt E. et al. The dominance of human coronavirus OC43 and NL63 infections in infants // J Clin Virol. - 2012. - Vol. 53. - №2. - P. 135-139.

102.Drosten C., Gunther S., Preiser W. et al. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome //N. Engl. J. Med. - 2003. - Vol. 348. -№20.-P. 1967-1976.

103. Epstein-Barr Virus (Infectious Disease and Therapy) / Edited by Tsekis A. and Jenson H.B. - USA: Informa Healthcare, 2006. - 432 p.

104. Escutenaire S., Mohamed N., Isaksson M. et al. SYBR Green real-time reverse transcription-polymerase chain reaction assay for the generic detection of coronaviruses //Arch. Virol. - 2007. - Vol. 152,- №1.-P. 41-58.

105. Espy M.J., Uhl J.R., Sloan L.M. et al. Real-time PCR in clinical microbiology: applications for routine laboratory testing // Clin. Microbiol. Rev. - 2006. - Vol. 19. -№1. - P. 165-256.

lOó.Everard M.L. The relationship between respiratory syncytial virus infections and the development of wheezing and asthma in children // Curr. Opin. Allergy Clin. Immunol. -2006. - Vol. 6. - № 1. - P. 56-61.

107.Fendrick A.M., Monto A.S., Nightengale B. et al. The economic burden of non-influenza-related viral respiratory tract infection in the United States // Arch. Intern. Med. - 2003 - Vol. 163 -№4. - P. 487-494.

108.Fesenko E.E., Kireyev D.E., Gryadunov D.A. et al. Oligonucleotide microchip for subtyping of influenza A virus // Influenza Other Respi. Viruses. - 2007. - Vol. 1. - №3. -P 121-129.

109. Fielding B.C. Human coronavirus NL63: a clinically important virus? // Future Microbiol. - 2011. - Vol. 6. - №2. - P. 153-159.

110. Freymuth F., Vabret A., Cuvillon-Nimal D. et al. Comparison of multiplex PCR assays and conventional techniques for the diagnostic of respiratory virus ilnfections in children admitted to hospital with an acute respiratory illness // J. Med. Virol. - 2006. - Vol. 78. -№11. -P.1498-1504.

111.Fry A.M., Lu X., Chittaganpitch M. et al. Human bocavirus: a novel parvovirus epidemiologically associated with pneumonia requiring hospitalization in Thailand // J. Infect. Dis.-2007.-Vol. 195.-№7.-P. 1038-1045.

112. Fuchs R., Blaas D. Uncoating of human rhinoviruses // Rev. Med. Virol. - 2010. - Vol. 20,-№5. -P. 281-297.

113. Gadsby N.J., Hardie A., Claas E.C. et al. Comparison of the Luminex Respiratory Virus Panel fast assay with in-house real-time PCR for respiratory viral infection diagnosis // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - №6. - P. 2213-2216.

114. García-García M.L., Calvo Rey C., Pozo Sánchez F. et al. Human bocavirus infections in Spanish 0-14 year-old: clinical and epidemiological characteristics of an emerging respiratory virus // An. Pediatr. (Bare). - 2007. - Vol. 67. - №3. - P. 212-219.

115. Gaunt E.R., Hardie A., Claas E.C. et al. Epidemiology and clinical presentations of the four human coronaviruses 229E, HKU1, NL63 and OC43 detected over 3 years using a novel multiplex real-time PCR // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48 - № 8 - P. 29402947.

116. Gaynor A.M., Nissen M.D., Whiley D.M. et al. Identification of a novel polyomavirus from patients with acute respiratory tract infections // PLoS Pathog. - 2007. - Vol. 3 -№5.-e64.

117. Gern J.E. The ABCs of rhinoviruses, wheezing, and asthma // J. Virol. - 2010. - Vol. 84. -№ 15.-P. 7418-7426.

118. Gern J.E. Viral respiratory infection and the link to asthma // Pediatr. Infect. Dis. J. -

2008. -№27(10 Suppl). - P. S97-103.

119. Gern J.E., Busse W.W. Learning from molecular sleuths // J. Allergy Clin. Immunol. -

2009.-Vol. 123.-№1.-P. 105-106.

120. Glezen W.P., Greenberg S.B., Atmar R.L. et al. Impact of respiratory virus infections on persons with chronic underlying conditions // JAMA. - 2000. - Vol. 283. - № 4. - P. 499-505.

121. Gooskens J., Templeton K.E., Claas E.C. et al. Quantitative detection of herpes simplex virus DNA in the lower respiratory tract // J. Med. Virol. - 2007. - Vol. 79. - №5. - P. 597-604.

122. Gordon A., Videa E., Saborio S. et al. Performance of an influenza rapid test in children in a primary healthcare setting in Nicaragua // PLoS One. - 2009. - Vol. 4. - №11. - P. e7907.

123.Gorse G.J., O'Connor T.Z., Hall S.L. et al. Human coronavirus and acute respiratory illness in older adults with chronic obstructive pulmonary disease // J. Infect. Dis. - 2009. - Vol. 199. - №6 - P.847-857.

124. Goto M., Honda E., Ogura A. et al. Colorimetric detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by using hydroxy naphthol blue // Biotechniques. - 2009. - Vol. 46.-№3.-P. 167-172.

125. Gurda B.L., Parent K.N., Bladek H. et al. Human bocavirus capsid structure: insights into the structural repertoire of the parvoviridae // J. Virol. - 2010. - Vol. 84. - №12. - P. 5880-5889.

126. Hakim F.A., Tleyjeh I.M. Severe adenovirus pneumonia in immunocompetent adults: a case report and review of the literature // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2008. -Vol. 27.-№2.-P. 153-158.

127. Hale B.G., Albrecht R.A., García-Sastre A. Innate immune evasion strategies of influenza viruses // Future Microbiol. - 2010. - Vol. 5. - №1. - P. 23-41.

128. Hampson A. W., Mackenzie J. S. The influenza viruses // MJA. - 2006. - Vol. 185. -№ 10. -P.39-43.

129. Han X., Lin X., Liu B. et al. Simultaneously subtyping of all influenza A viruses using DNA microarrays // J. Virol. Methods. - 2008. - Vol. 152. - №1-2. - P. 117-121.

130. Harrison M.S., Sakaguchi T., Schmitt A.P. Paramyxovirus Assembly and Budding: Building Particles that Transmit Infections // Int. J. Biochem. Cell Biol. - 2010. - Vol. 42,-№9.-P. 1416-1429.

131. Hay den F.G. Rhinovirus and the lower respiratory tract // Rev. Med. Virol. - 2004. -Vol. 14. -№1. - P. 17-31.

132.Hayden F.G., Herrington D.T., Coats T.L. et al. Efficacy and safety of oral pleconaril for treatment of colds due to picornaviruses in adults: results of 2 double-blind, randomized, placebo-controlled trials // Clin. Infect. Dis. - 2003. - Vol. 36. - №12. - P. 1523-1532.

133.Heid C.A., Stevens J., Livak K.J. et al. Real time quantitative PCR // Genome Res. -1996. - Vol. 6. -№10. - P. 986-994.

134.Henquell C., Mirand A., Deusebis A.L. et al. Prospective genotyping of human rhinoviruses in children and adults during the winter of 2009-2010 // J. Clin. Virol. -2012. - Vol. 53. -№4. - P. 280-284.

135. Henrickson K. J. Parainfluenza Viruses // Clinical Microbiology Review. - 2003. - №4. -P. 242-264.

136.Herrler G., Diirkop I., Becht, H. et al. The glycoprotein of influenza C virus is the haemagglutinin, esterase and fusion factor // J. Gen. Virol. - 1988. - №69 (Pt. 4). - P. 839-846.

137.Hibbitts S., Rahman A., John R. et al. Development and evaluation of NucliSens basic kit NASBA for diagnosis of parainfluenza virus infection with 'end-point' and 'real-time' detection // J. Virol. Methods. - 2003 - Vol. 108. - №2. - P. 145-155.

138.Hindiyeh M.Y., Keller N., Mandelboim M. et al. High rate of human bocavirus and adenovirus coinfection in hospitalized Israeli children // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46. -№1. - P. 334-337.

139.Hiyoshi M., Hosoi S. Assay of DNA denaturation by polymerase chain reaction-driven fluorescent label incorporation and fluorescence resonance energy transfer // Anal. Biochem. -1994.-Vol. 221,-№2.-P. 306-311.

140. Hoke C.H. Jr., Hawksworth A., Snyder C.E. Jr. Initial assessment of impact of adenovirus type 4 and type 7 vaccine on febrile respiratory illness and virus transmission in military basic trainees, March 2012 // MSMR. - 2012. - Vol. 19. - №3. - P. 2-4.

141.Horimoto T., Kawaoka Y. Influenza: lessons from past pandemics, warnings from current incidents // Nat. Rev. Microbiol. - 2005. - Vol. 3. - №8. - P. 591-600.

142. Horwitz M.S., Wold W.S.M. Adenoviruses // In Fields Virology. 5th ed. / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. -P. 2395-2437.

143.Huguenel E.D., Cohn D., Dockum DP. et al. Prevention of rhinovirus infection in chimpanzees by soluble intercellular adhesion molecule-1 // Am. J. Respir. Crit. Care Med.- 1997.- Vol. 155.-№4.-P. 1206-1210.

144.Huguenin A., Moutte L., Renois F. et al. Broad respiratory virus detection in infants hospitalized for bronchiolitis by use of a multiplex RT-PCR DNA microarray system // J. Med. Virol. - 2012. - Vol. 84. - № 6. - P. 979-985.

145. Hui D.S., Chan P.K. Severe acute respiratory syndrome and coronavirus // Infect. Dis. Clin. North. Am. - 2010. - Vol. 24 - № 3. - P.619-638.

146. Hurwitz J.L. Respiratory syncytial virus vaccine development // Expert Rev. Vaccines. -2011.-Vol. 10-№10.- P. 1415-1433.

147. Jacobson L.M., Redd J.T., Schneider E. et al. Outbreak of lower respiratory tract illness associated with human enterovirus 68 among American Indian children // Pediatr. Infect. Dis J.-2012.-Vol. 31. -№3. - P. 309-312.

148. Jang Y.J., Wang J.H., Kim J.S. et al. Levocetirizine inhibits rhinovirus-induced ICAM-1 and cytokine expression and viral replication in airway epithelial cells // Antiviral Res. - 2009. - Vol. 81.-№3.-P. 226-233.

149. Jansen R.R., Schinkel J., Koekkoek S. et al. Development and evaluation of a four-tube real time multiplex PCR assay covering fourteen respiratory viruses, and comparison to its corresponding single target counterparts // J. Clin. Virol. - 2011. - Vol. 51. - №3. - P. 179-185.

150. Jiang S.S., Chen T.C., Yang J.Y. et al. Sensitive and quantitative detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus infection by real-time nested polymerase chain reaction // Clin. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 38. - №2. - P. 293-296.

151. Johnston S.L., Pattemore P.K., Sanderson G. et al. Community study of role of viral infections in exacerbations of asthma in 9-11 year old children // Br. Med. J. - 1995. -Vol. 310.-№6989.-P. 1225-1229.

152.Karron R.A., Collins P.L. Parainfluenza Viruses // In Fields Virology. 5th edition / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. -2006.-P. 1498-1521.

153.Katpally U., Fu T.M., Freed D.C. et al. Antibodies to the buried N terminus of rhinovirus VP4 exhibit cross-serotypic neutralization // J. Virol. - 2009. - Vol. 83. -№14.-P. 7040-7048.

154. Kawayama T., Okamoto M., Imaoka H. et al. Interleukin-18 in pulmonary inflammatory diseases // J. Interferon Cytokine Res. - 2012. - Vol.32. - №10. - P. 443-449.

155. Keightley M.C., Sillekens P., Schippers W. et al. Real-time NASBA detection of SARS-associated coronavirus and comparison with real-time reverse transcription-PCR // J. Med. Virol. - 2005. - Vol. 77. - №4. - P. 602-608.

156. Kennedy J.L., Turner R.B., Braciale T. et al. Pathogenesis of rhinovirus infection // Curr. Opin. Virol. - 2012. - Vol. 2. - №3. - P. 287-293.

157.Kesson A. M. Respiratory virus infections // Paediatr. Respir. Rev. - 2007. - Vol. 8. -№ 3. - P. 240-248.

158. Khodakov D.A., ZakharovaN.V., Gryadunov D.A. et al. An oligonucleotide microarray for multiplex real-time PCR identification of HIV-1, HBV, and HCV // Biotechniques. -2008. - Vol. 44. - №2. - P. 241-6, 248.

159.Kiang D., Kalra I., Yagi S. et al. Assay for 5'noncoding region analysis of all human rhinovirus prototype strains // J. Clin. Microbiol. - 2008. - Vol. 46. - №11. -P. 3736-3745.

160. Kim C., Ahmed J.A., Eidex R.B. et al. Comparison of nasopharyngeal and oropharyngeal swabs for the diagnosis of eight respiratory viruses by real-time reverse transcription-PCR assays // PLoS One. - 2011. - Vol. 6. - № 6. - P. 1-6.

161. Klotchenko S.A., Vasin A.V., Sandybaev N.T. et al. Oligonucleotide microarray for subtyping of influenza A viruses // Journal of Physics: Conference Series - 2012. - №345 -P. 012041.

162.Koelsch S., Tschaikin M., Sacher F. Anti-rhinovirus-specific activity of the alpha-sympathomimetic oxymetazoline // Arzneimittelforschung. - 2007. - Vol. 57. - №7. - P. 475-482.

163.Korner R.W., Soderlund-Venermo M., van Koningsbruggen-Rietschel S. et al. Severe human bocavirus infection, Germany // Emerg. Infect. Dis. - 2011. - Vol. 17. - №12. -P. 2303-2305.

164. Krunic N., Yager T.D., Himsworth D. et al. xTAG RVP assay: analytical and clinical performance // J. Clin. Virol. - 2007. - Vol.40 - Suppl. 1. - P. S39-S46.

165.Kunz A.N., Ottolini M. The role of adenovirus in respiratory tract infections // Curr. Infect. Dis. Rep. - 2010. - Vol. 12. - №2. - P. 81-87.

166. Kupfer B., Vehreschild J., Comely O. et al. Severe pneumonia and human bocavirus in adult // Emerg. Infect. Dis. - 2006. - Vol. 12. - №10. - P. 1614-1616.

167. La Scola B., Marrie T.J., Auffray J.P. et al. Mimivirus in pneumonia patients // Emerg. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 11. - №3. - P. 449-452.

168. Laconi S., Madeddu M.A., Pompei R. Study of the biological activity of novel synthetic compounds with antiviral properties against human rhinoviruses // Molecules. 2011 — Vol. 16 -№ 5. - P. 3479-3487.

169. Lai M.M.C., Perlman S., Anderson L.J. Coronaviridae II In Fields Virology. 5th ed. / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. -2006.- P. 1305-1335.

170. Lamb R.A., Parks G.D. Paramyxoviridae: the viruses and their replication // In Fields Virology. 5th edition / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 1449-1496.

171. Lambert S.B., Whiley D.M., O'Neill N.T. et al. Comparing nose-throat swabs and nasopharyngeal aspirates collected from children with symptoms for respiratory virus identification using real-time polymerase chain reaction // Pediatrics. - 2008. - Vol. 122. -№ 3. - P. 615-620.

172. Lau L.T., Feng X.Y., Lam T.Y. Et al. Development of multiplex nucleic acid sequence-based amplification for detection of human respiratory tract viruses // J. Virol. Methods. -2010.-Vol. 168.- №1-2.-P. 251-254.

173.Lauber C., Gorbalenya A.E. Toward genetics-based virus taxonomy: comparative analysis of a genetics-based classification and the taxonomy of picornaviruses // J. Virol.

- 2012. - Vol. 86. - №7. - P. 3905-3915.

174. Lee W.M., Lemanske R.F. (Jr.), Evans M.D. et al. Human Rhinovirus Species and Season of Infection Determine Illness Severity // Am. J. Respir. Crit. Care Med. -2012.

175. Lemanske R.F. (Jr.), Jackson D.J., Gangnon R.E. et al. Rhinovirus illnesses during infancy predict subsequent childhood wheezing // J. Allergy Clin. Immunol. - 2005. -Vol. 116. -№3. - P. 571-577.

176. Li Q., Luan G., Guo Q. et al. A new class of homogeneous nucleic acid probes based on specific displacement hybridization // Nucleic. Acids Res. - 2002. - Vol. 30. - №2. -P.E5.

177. Lin B., Blaney K.M., Malanoski A.P. et al. Using a resequencing microarray as a multiple respiratory pathogen detection assay // J Clin Microbiol - 2007. - Vol. 45. -№2.-P. 443-452.

178. Lin L., Li Y., Pyo H.M. et al. Identification of RNA helicase A as a cellular factor that interacts with influenza A virus NS1 protein and its role in the virus life cycle // J. Virol. -2012.-Vol. 86.-№4.-P. 1942-1954.

179. Loeffelholz M.J., Pong D.L., Pyles R.B. et al. Comparison of the FilmArray Respiratory Panel and Prodesse real-time PCR assays for detection of respiratory pathogens // J. Clin. Microbiol. -2011. - Vol. 49. -№12. - P. 4083-4088.

180.Longtin J., Bastien M., Gilca R. et al. Human bocavirus infections in hospitalized children and adults // Emerg. Infect. Dis. - 2008. - Vol. 14. - №2. - P. 217-221.

181. Lu R., Yu X., Wang W. et al. Characterization of human coronavirus etiology in Chinese adults with acute upper respiratory tract infection by real-time RT-PCR assays // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - №6. - P. e38638.

182.Lukashok S.A., Horwitz M.S. New perspectives in adenoviruses // Curr. Clin. Top. Infect. Dis. -1998. - Vol. 18. - P. 286-305.

183. Ma X, Endo R, Ishiguro N. et al. Detection of human bocavirus in Japanese children with lower respiratory tract infections // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. - №3. - P. 1132-1134.

184. Mackay I.M., Arden K.E., Nitsche A. Real-time PCR in virology // Nucleic Acids Res.

- 2002. -Vol. 30. - №6. - P. 1292-1305.

185.Mackay I.M., Arden K.E., Speicher D.J. et al. Co-circulation of four human coronaviruses (HCoVs) in Queensland children with acute respiratory tract illnesses in 2004 // Viruses. - 2012. - Vol. 4. - № 4. - P. 637-653.

186.Mackie P. L. The classification of viruses infecting the respiratory tract // Paediatric reviews. - 2003. - № 4. - P. 84-90.

187.Macneil A., Nichol S.T., Spiropoulou C.F. Hantavirus pulmonary syndrome // Virus Res.-2011.-Vol. 162.-№1-2.-P. 138-147.

188. Mahony J., Chong S., Merante F. et al. Development of a respiratory virus panel (RVP) test for the detection of twenty human respiratory viruses by using multiplex PCR and a fluid microbead-based assay//J. Clin. Microbiol. - 2007. -№ 45. - P. 2965-2670.

189.Manji R., Lotlikar M., Zhang F. Et al. Clinical evaluation of NucliSENS magnetic extraction and NucliSENS analytical specific reagents for the real-time detection of respiratory syncytial virus (RSV) in paediatric respiratory specimens // J. Clin. Pathol. -2009. - Vol. 62. -№11. - P. 998-1002.

190. Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza / WHO Global Influenza Surveillance Network, 2011. - 153 p.

191. Masters P.S. The molecular biology of coronaviruses // Adv.Virus Res. - 2006. - №66. -P. 193-292.

192. McErlean P., Shackelton L.A., Andrews E. et al. Distinguishing molecular features and clinical characteristics of a putative new rhinovirus species, human rhinovirus C (HRV C) // PLoS One. -2008. - Vol. 3. - №4. - P. el 847.

193.Megremis S., Demetriou P., Makrinioti H. et al. The genomic signature of human rhinoviruses A, B and C // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - №9. - P. e44557.

194.Mehlmann M.,Bonner A.B., Williams J.V. et al. Comparison of the MChip to viral culture, reverse transcription-PCR, and the QuickVue influenzaA+B test for rapid diagnosis of influenza // J Clin Microbiol. - 2007. - Vol. 45. - №4. - P. 234-237.

195. Merante F., Yaghoubian S., Janeczko R. et al. Principles of the xTAG respiratory viral panel assay (RVP Assay) // J. Clin. Virol. - 2007. - Vol.40 - Suppl. 1. - P. S31-S35.

196. Message S.D., Laza-Stanca V., Mallia P. et al. Rhinovirus-induced lower respiratory illness is increased in asthma and related to virus load and Thl/2 cytokineand IL-10 production//Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. - 2008 - Vol. 105.-№36.-P. 13562-13567.

197. Metzgar D., Gibbins C., Hudson N.R. et al. Evaluation of multiplex type-specific realtime PCR assays using the LightCycler and joint biological agent identification and diagnostic system platforms for detection and quantitation of adult human respiratory adenoviruses // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - №4. - P. 1397-1403.

198. Mhlanga M.M., Malmberg L. Using molecular beacons to detect single-nucleotide polymorphisms with real-time PCR // Methods. - 2001. - Vol. 25. - №4. - P. 463-471.

199. Molecular cloning: a laboratory manual // Edited by Sambrook J., Russell D.W. 3th ed. New York. - Cold Spring Harbor Laboratory Press. - 2001. - In 3 volume.

200. Monis P.T., Giglio S., Saint C.P. Comparison of SYT09 and SYBR Green I for realtime polymerase chain reaction and investigation of the effect of dye concentration on amplification and DNA melting curve analysis // Anal. Biochem. - 2005. - Vol. 340. -№1. P. 24-34.

201. Moscona A. Entry of parainfluenza virus into cells as a target for interrupting childhood respiratory disease // J. Clin. Invest.- 2005. - Vol. 115. - №7. - P. 1688-1698.

202. Mourez T., Bergeron A., Ribaud P. et al. Polyomaviruses KI and WU in immunocompromised patients with respiratory disease // Emerg. Infect. Dis. - 2009. -Vol. 15. -№1. - P. 107-109.

203. Murali S., Langston A. A., Nolte F.S. et al. Detection of respiratory viruses with a multiplex polymerase chain reaction assay (MultiCode-PLx Respiratory Virus Panel) in patients with hematologic malignancies // Leuk. Lymphoma. - 2009. - Vol. 50. - № 4. -P. 619-624.

204. Murphy B.R. Current approaches to the development of vaccines effective against parainfluenza viruses // Bull. World Health Organ. - 1988. - Vol. 66. - №3. - P. 391397.

205. Murphy B.R., Prince G.A., Collins P.L. et al. Current approaches to the development of vaccines effective against parainfluenza viruses // Virus Res. - 1988. - Vol. 1. - №1. - P. 1-15.

206. National institute of Allergy and Infectious Diseases: "Common Cold" http://www.niaid.nih.gov/topics/commonCold/Pages/cause.aspx

207. Nolte F.S., Marshall D.J., Rasberry C. et al. MultiCode-PLx system for multiplexed detection of seventeen respiratory viruses // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 45. - №9. -P. 2779-2786.

208.Notomi T., Okayama H., Masubuchi H. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNAI I Nucleic Acids Res. - 2000. - Vol. 28. - №12. - P. E63.

209. O'Callaghan-Gordo C., Bassat Q., Morais L. et al. Etiology and epidemiology of viral pneumonia among hospitalized children in rural Mozambique: a malaria endemic area with high prevalence of human immunodeficiency virus // Pediatr Infect Dis J. - 2011. -Vol. 30.-№ l.-P. 39-44.

210. Ordas J., Boga J.A., Alvarez-Argiielles M. et al. Role of metapneumovirus in viral respiratory infections in young children // J. Clin. Microbiol.- 2006. - Vol. 44. - №8. -P. 2739-4272.

211. Osamura T., Mizuta R., Yoshika H. et al. Isolation of adenovirus type 11 from the brain of a neonate with pneumonia and encephalitis // Eur. J. Pediatr. - 1993. - Vol. 152. - № 6.-P. 496-499.

212.Palese P., Shaw M.L. Orthomyxoviridae: the viruses and their replication // In Fields Virology. 5th edition / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 1647-1689.

213. Papadopoulos N.G., Xepapadaki P., Mallia P. et al. Mechanisms of virus-induced asthma exacerbations: state-of-the-art // Allergy. - 2007. - Vol.62. - №5. - P. 457-740.

214.Parida M.M. Rapid and real-time detection technologies for emerging viruses of biomedical importance // J. Biosci. - 2008. - Vol. 33. - №4. - P. 617-628.

215.Patel J.A., Nair S., Revai K. et al. Nasopharyngeal acute phase cytokines in viral upper respiratory infection // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2009. - № 11. - P. 1002-1007.

216.Pavia A.T. Viral infections of the lower respiratory tract: old viruses, new viruses, and the role of diagnosis // Clin. Infect. Dis. - 2011. - №52 (Suppl 4) - P. S284-S289.

217.Pene F., Merlat A,. Vabret A., et al. Coronavirus 229E-related pneumonia in immunecomprom-ised patients // Clin. Infect. Dis. - 2003. - Vol. 37. - №7. - P. 929932.

218.Perlman S., Netland J. Coronaviruses post-SARS: update on replication and pathogenesis // Nat. Rev. Microbiol. - 2009. - Vol. 7. - №6. - P. 439-450.

219. Pfefferle S., Schopf J., Kogl M. et al. The SARS-coronavirus-host interactome: identification of cyclophilins as target for pan-coronavirus inhibitors // PLoS Pathog. -2011.-Vol. 7.-№10.-P. el002331.

220. Pierce V.M., Elkan M., Leet M. et al. Comparison of the Idaho Technology FilmArray system to real-time PCR for detection of respiratory pathogens in children // J. Clin. Microbiol. -2012. -Vol. 50. -№2. - P. 364-371.

221.Pinti M., Troiano L., Nasi M. et al. Development of real time PCR assays for the quantification of Fas and FasL mRNA levels in lymphocytes: studies on centenarians // Mech. Ageing. Dev. - 2003. - Vol. 124. - №4. - P. 511-516.

222. Piyaratna R., Tollefson S.J., Williams J.V. et al. Genomic Analysis of Four Human Metapneumovirus Prototypes // Virus. Res. - 2011. - Vol. 160. - № 1-2. - P. 200-205.

223. Proenca-Modena J.L., Pereira Valera F.C., Jacob M.G. et al. High rates of detection of respiratory viruses in tonsillar tissues from children with chronic adenotonsillar disease // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - № 8. - P. 1-11.

224. Puppe W., Weigl J.A., Aron G. et al. Evaluation of a multiplex reverse transcriptase PCR ELISA for the detection of nine respiratoiy tract pathogens // J. Clin. Virol. - 2004. -Vol. 30. -№2. -P.165-174.

225. Racaniello V.R. Picornaviridae: The Viruses and Their Replication // In Fields Virology. 5th edition / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 795-838.

226. Ratcliff R.M., Chang G., Kok T. Et al. Molecular diagnosis of medical viruses // Curr. Issues Mol. Biol. - 2007. - Vol. 9. - №2. - P. 87-102.

227. Red Book: 2012. Report of the Committee on Infection Diseases. 29th edition: American Academy of Pediatrics, 2012.

228. Robb N.C., Smith M., Vreede F.T. et al. NS2/NEP protein regulates transcription and replication of the influenza virus RNA genome // J. Gen. Virol. - 2009. - №90 (Pt 6). -P. 1398-1407.

229. Robinson C., Echavarria M. Adenoviruses. // In Manual of Clinical Microbiology. 9th ed. / Editor Murrray P. - Washington D.C: ASM Press. - 2007. - P. 1589-1600.

230. Robinson C.M., Shariati F., Gillaspy A.F. et al. Genomic and bioinformatics analysis of human adenovirus type 37: new insights into corneal tropism // BMC Genomics. - 2008. -Vol. 9.-P. 213.

231. Rota P.A., Oberste M.S., Monroe S.S. et al. Characterization of a novel Coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome // Science. - 2003. - Vol. 300. - № 5624.-P. 1394-1399.

232. Rothberg M.B., Haessler S.D., Brown R.B. Complications of viral influenza // Am. J. Med. - 2008. - Vol. 121. - №4. - P. 258-264.

233.Roxas M., Jurenka J. Colds and influenza: a review of diagnosis and conventional, botanical, and nutritional considerations // Altern. Med. Rev. - 2007. - Vol. 12. - №1. -P. 25-48.

234. Ruuskanen O., Lahti E., Jennings L.C. et al. Viral pneumonia // Lancet. - 2011. - Vol. 377. -№9773. - P. 1264-1275.

235. Rux J.J., Burnett R.M. Adenovirus structure // Hum. Gene Ther. - 2004. - Vol. 15. -№12. -P. 1167-1176.

236. Ryabinin V.A., Kostina E.V., Maksakova G.A. et al. Universal oligonucleotide microarray for sub-typing of Influenza A virus // PLoS One. - 2011 - Vol. 6. - №4. - P. el7529.

237. Saha B.K., Tian B., Bucy R.P. Quantitation of HIV-1 by real-time PCR with a unique fluorogenic probe // J. Virol. Methods - 2001. - Vol. 93. - №1-2. - P. 33^12.

238. Sails A.D. Applications of real-time PCR in clinical microbiology // In Real-Time PCR. An Essential Guide / Edited by Edwards K., Logan J., Saunders N.: Norfolk, U.K. -Horison Biosciene. - 2004. - 247-326.

239. Saitou N., Nei M. Tne neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees // Molecular Biology and Evolution. - 1987. - Vol. 4. - №4. - P. 406425.

240. Schaap-Nutt A., Liesman R., Bartlett E.J. et al. Human parainfluenza virus serotypes differ in their kinetics of replication and cytokine secretion in human tracheobronchial airway epithelium // Virology. - 2012. - Vol. 433. - №2. - P. 320-328.

241. Schildgen V., van den Hoogen B., Fouchier R. et al. Human Metapneumovirus: Lessons Learned over the First Decade // Clin. Microbiol. Rev. - 2011. - Vol. 24. - №4. - P. 734754.

242. Schneeberger C., Speiser P., Kury F. et al. Quantitative detection of reverse transcriptase-PCR products by means of a novel and sensitive DNA stain // PCR Metods Appl. - 1995. - Vol. 4. - №4. - P. 234-238.

243. Schomacker H., Schaap-Nutt A., Collins P.L. et al. Pathogenesis of acute respiratory illness caused by human parainfluenza viruses // Curr. Opin. Virol. - 2012. - Vol. 2. -№3. - P. 294-199.

244. Seto D., Chodosh J., Brister J.R. et al. Using the whole-genome sequence to characterize and name human adenoviruses // J. Virol. - 2011. - Vol. 85. - №11. - P. 5701-5702.

245.Sidoti F., Bergallo M., Terlizzi M.E. et al. Development of a quantitative real-time nucleic acid sequence-based amplification assay with an internal control using molecular beacon probes for selective and sensitive detection of human rhinovirus serotypes // Mol. Biotechnol. - 2012. -Vol. 50. -№3. - P. 221-228.

246. Simmerman J.M., Chittaganpitch M., Erdman D. et al. Field performance and new uses of rapid influenza testing in Thailand // Int. J. Infect. Dis. - 2007. - Vol. 11. - №2. - P. 166-171.

247. Simmonds P., Mclntyre C., Savolainen-Kopra C. Et al. Proposals for the classification of human rhinovirus species C into genotypically assigned types // J. Gen. Virol. - 2010. -№91(Pt. 10). - P. 2409-2419.

248. Simoes E.A., Carbonell-Estrany X. Impact of severe disease caused by respiratory syncytial virus in children living in developed countries // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2003. -Vol. 22,-№2.-P. 13-18.

249. Simoes E.A., Groothuis J.R., Carbonell-Estrany X. et al. Palivizumab prophylaxis, respiratory syncytial virus, and subsequent recurrent wheezing // J. Pediatr. - 2007. -Vol. 151.-№1.-P. 134-142.

250. Stempel H.E., Martin E.T., Kuypers J. et al. Multiple viral respiratory pathogens in children with bronchiolitis // Acta Paediatr. - 2009. - Vol. 98. - №1. - P. 123-126.

251. Stensballe L.G., Devasundaram J.K., Simoes E.A. Respiratory syncytial virus epidemics: the ups and downs of a seasonal virus // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2003. - № 22 (Suppl. 2).-P. S21-S32.

252. Strizhkov B.N., Drobyshev A.L., Mikhailovich V.M. et al. PCR amplification on a microarray of gel-immobilized oligonucleotides: detection of bacterial toxin- and drug-resistant genes and their mutations // Biotechniques. - 2000. - Vol. 29. - №4. - P. 844-8, 850-2, 854 passim.

253. Sung J.Y., Lee H.J., Eun B.W. et al. Role of human coronavirus NL63 in hospitalized children with croup // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2010. - Vol. 29. - №9. - P. 822-826.

254. Syrmis M.W., Whiley D.M., Thomas M. et al. A sensitive, specific, and cost-effective multiplex reverse transcriptase-PCR assay for the detection of seven common respiratory viruses in respiratory samples // J Mol Diagn. - 2004. - Vol. 6. - № 2. - P. 125-131.

255. Templeton K.E., Scheltinga S.A., Beersma M.F. et al. Rapid and sensitive method using multiplex real-time PCR for diagnosis of infections by influenza A and influenza B viruses, respiratory syncytial virus, and parainfluenza viruses 1, 2, 3, and 4 // J Clin Microbiol. - 2004. -№ 42. - P. 1564-1569.

256. Thelwell N., Millington S., Solinas A. et al. Mode of action and application of Scorpion primers to mutation detection // Nucleic Acids Res. - 2000. - Vol. 28. - №19. - P. 37523761.

257. Tomita N., Mori Y., Kanda H. et al. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products // Nature Protocols. - 2008. -Vol. 3. -№5. -P.877-882.

258. Toriniwa H., Komiya T. Rapid detection and quantification of Japanese encephalitis virus by real-time reverse transcription loop-mediated isothermal amplification // Microbiol. Immunol. -2006. - Vol. 50. - №5. - P.379-387.

259. Treaner J.J. Influenza viruses, including avian influenza and swine influenza / In: Mandell G.L., Bennett J.E., Dolin R., eds. Principles and Practice of Infectious Diseases: Volume 1. 7th ed. -Philadelphia, PA: Churchill Livingstone, 2010. - p. 2265-2288.

260. Tseng C.T., Sbrana E., Iwata-Yoshikawa N. et al. Immunization with SARS Coronavirus vaccines leads to pulmonary immunopathology on challenge with the SARS virus //PLoS One. -2012. -Vol. 7,-№4.-P. e35421.

261. Turner R.B. The common cold / In: Mandell G.L., Bennett J.E., Dolin R., eds. Principles and Practice of Infectious Diseases: Volume 1. 7th ed. - Philadelphia, PA: Churchill Livingstone, 2010. - p. 809-814.

262. Turner R.B., Couch R.B. Rhinoviruses // In Fields Virology. 5th ed. / Edited by Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia. - PA: Lippricott Williams & Wilkins. - 2006. - P. 896-911.

263. Vabret A., Mourez T., Gouarin S., et al. An outbreak of Coronavirus OC43 respiratory infection in Normandy, France // Clin. Infect. Dis. - 2003. - Vol. 36. - №8. - P. 985989.

264. van de Pol A. C., van Loon A. M., Wolfs T. F. et al. Increased detection of respiratory syncytial virus, influenza viruses, parainfluenza viruses, and adenoviruses with real-time PCR in samples from patients with respiratory symptoms // J. Clin. Microbiol. - 2007. -Vol. 45. - №7. - P. 2260-2262.

265. van den Hoogen B.G., de Jong J.C., Groen J. et al. A newly discovered human pneumovirus isolated from young children with respiratory tract disease // Nat. Med. -2001. - Vol 7. -№6. - P. 719-724.

266. van den Worm S.H., Eriksson K.K., Zevenhoven J.C. et al. Reverse genetics of SARS-related coronavirus using vaccinia virus-based recombination // PLoS One. - 2012. -Vol. 7. - №3. - P. e32857.

267. van der Hoek L., Pyre K., Jebbink M.F. et al. Identification of a new human coronavirus // Nat. Med. - 2004 - Vol. 10. - №4. - P. 368-373.

268. van der Hoek L., Sure K., Ihorst G. et al. Croups associated with the novel coronavirus NL63 // PLoS Med. - 2005. - Vol. 2. - №8. - P. e240.

269. van Elden L.J., van Kraaij M. G., Nijhuis M. et al.. Polymerase chain reaction is more sensitive than viral culture and antigen testing for the detection of respiratory viruses in adults with hematological cancer and pneumonia // Clin. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 34. -№2. -P.177-183.

270. Vernet G. Molecular diagnostics in virology // J. Clin. Virol. - 2004. - Vol. 31.- №4. -P. 239- 247.

271. von Linstow M.L., Hoist K.K., Larsen K. et al. Acute respiratory symptoms and general illness during the first year of life: a population-based birth cohort study // Pediatr. Pulmonol. - 2008. - Vol. 43. - №6. - P. 584-593.

272. Wallace P.S., MacKay W.G. Quality in the molecular microbiology laboratory // Methods Mol. Biol. - 2013. - Vol. 943. - P. 49-79.

273. Wang Q.Q., Zhang J., Hu JS. et al. Rapid detection of hepatitis C virus RNA by a reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay // FEMS Immunol. Med. Microbiol. -2011. - Vol. 63. -№1. - P. 144-147.

274. Weber J.M. Adenain, the adenovirus endoproteas // Acta Microbiol. Immunol. Hung. -2003.-Vol. 50. -№1. - P. 95-101.

275. Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T. et al. Evolution and ecology of influenza A viruses //Microbiol. Rev. - 1992. - Vol. 56. -№1. - P. 152-179.

276. Weinberg G.A., Erdman D.D., Edwards K.M. et al. Superiority of reverse-transcription polymerase chain reaction to conventional viral culture in the diagnosis of acute respiratory tract infections in children // J. Infect. Dis. - 2004. - Vol. 189. - №4. - P. 706-710.

277. WHO/Europe recommendations on influenza vaccination during the 2012/2013 winter season (Рекомендации ЕРБ ВОЗ по вакцинации против гриппа в течение зимнего периода 2012-2013 гг.). - Европейское региональное бюро ВОЗ. 2012 г. - 2 стр.

278. WHO: Novel coronavirus infection - update (13 February 2013).

279. Wildenbeest J.G., van den Broek P.J., Benschop K.S. et al. Pleconaril revisited: clinical course of chronic enteroviral meningoencephalitis after treatment correlates with in vitro susceptibility // Antivir. Ther. - 2012. - Vol. 17. - №3. - P. 459-466.

280. Wittwer C.T., Ririe K.M., Andrew, R.V. et al. The LightCycler: a microvolume multisample fluorimeter with rapid temperature control // Biotechniques. - 1997. - Vol. 22. -№1. - P. 176-181.

281. Woo P.C., Lau S.K., Chu C.M. et al. Characterization and complete genome sequence of a novel coronavirus, coronavirus HKU1, from patients with pneumonia // J. Virol. -2005. - Vol. 79. -№2. - P.884-895.

282. Woo P.C., Lau S.K., Tsoi H.W. et al. Clinical and molecular epidemiological features of coronavirus HKU1-associated community-acquired pneumonia // J. Infect. Dis. -2005.-Vol. 192. -№11. -P. 1898-1907.

283. World Health Organization. Fact sheet, influenza (www.who.int/mediacentre/factsheets/ fs211/en/).

284. World Health Organization. Global alert and response (GAR): cumulative number of confirmed human cases of avian influenza A/(H5N1) reported to WHO. ('www.who.int/csr/disease/avianinfluenza/country/cases_table_2010_12_08/en/index.htm 1)

285. World Health Organization. Weekly epidemiological record // 2011. - Vol. 86. - №42. -P. 457-468.

286.Xiang Z, Gonzalez R, Xie Z. et al. Human rhinovirus С infections mirror those of human rhinovirus A in children with community-acquired pneumonia // J. Clin. Virol. -2010.-Vol.49.-№2.-P. 94-99

© f)

287.Xiang Z., Gonzalez R., Wang Z.et al. Coxsackievirus A21, enterovirus 68, and acute respiratory tract infection, China // Emerg. Infect. Dis. - 2012. - Vol. 18 - №5. - P. 821824.

288.Yoneyama T., Kiyohara T., Shimasaki N. et al. Rapid and real-time detection of hepatitis A virus by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay // J. Virol. Methods. - 2007. - Vol. 145. - №2. - P. 162-8.

289. Zaki A.M., van Boheemen S., Bestebroer T.M. et al. Isolation of a novel Coronavirus from a man with pneumonia in Saudi Arabia // N. Engl. J. Med. - 2012. - Vol. 367. -№19.-P. 1814-1820.

290. Zhang W., Tripp R.A. RNA interference inhibits respiratory syncytial virus replication and disease pathogenesis without inhibiting priming of the memory immune response // J. Virol. - 2008. - Vol. 82.-№24.-P. 12221-12231.