Изучение механизмов действия белка Rpf - фактора реактивации покоящихся форм актинобактерий тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат биологических наук Никитушкин, Вадим Дмитриевич

• Никитушкин, Вадим Дмитриевич
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Никитушкин, Вадим Дмитриевич

ВВЕДЕНИЕ.

Глава I. Обзор литературы.

1. Пути развития туберкулезной инфекции. Латентное течение заболевания.

1.1. Микобактерии и латентность туберкулёзной инфекции.

2. Реактивация покоящихся форм микобактерии.

3. Особенности строения клеточной стенки покоящихся форм бактерий.

3.1 Строение клеточной стенки микобактерий.

4. Роль бактериальных гидролаз в регуляции клеточного цикла микобактерий.

4.1. Ферменты гидролиза клеточной стенки.

4.2. Белки семейства Rpf- пептидогликангидролазы.

4.3. Белок Rip - эндопептидаза.

5. Молекулярные факторы реактивации покоящихся форм микобактерий. Роль муропептидов в процессе реактивации покоящихся форм бактерий.

5.1.Роль бактериальных серин/треонин протеинкиназ в процессе реактивации из покоящегося состояния.

6. Современные подходы поиска лекарственных препаратов, направленных против реактивации латентных форм туберкулёза.

Глава Ш Материалы и методы.

Глава III. Результаты и обсуждение.

1. Объект исследования - Resuscitation promoting factor.

1.2. Изучение структуры белка Rpf методом кругового дихроизма.

2. Поиск веществ - ингибиторов ферментативной активности Rpf.

Нитрофенилтиоцианаты.

2.1. Влияние структуры НФТ на их ингибирующию способность.

2.2. Кинетика ингибирования Rpf нитрофенилтиоцианатами.

2.3. Изучение взаимодействия нитрофенилтиоцианатов с Rpf методом тушения собственной флуоресценции белка.

2.3.1. Определение поверхностной доступности триптофановых остатков.

2.4. Специфичность действия НФТ.

2.5. Способность НФТ ингибировать процесс реактивации покоящихся форм микобактерий.

3. Изучение механизмов действия белка в процессе реактивации покоящихся форм микобактерий.

3.1. Гипотеза 1. Роль Rpf в разрушении клеточных агрегатов покоящихся форм актинобактерий.

3.2. Гипотеза 2. Роль продуктов гидролиза пептидогликана под действием Rpf в процессе реактивации покоящихся форм микобактерий.

3.2.1. Действие Rpf на клеточную стенку микобактерий.

3.2.2. Роль фрагментов пептидогликана (ФПГ) в процессе реактивации покоящихся форм микобактерий.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение механизмов действия белка Rpf - фактора реактивации покоящихся форм актинобактерий»

Способность бактерий переживать неблагоприятные условия среды является важным фактором в организации их устойчивости и патогенности. При этом существуют различные пути устойчивости, например, некоторые бактерии образуют споры [Piggot et al. 2004], в то время как другие переходят в состояние низкой метаболической активности - в состояние жизнеспособности, но «некультивируемости» ("Viable but Non-Cuiturable state") [Oliver JD, 2005].

Бактерии, находящиеся в состоянии покоя (англ. dormancy) характеризуются морфологическими изменениями формы, утолщением клеточной стенки, а' также отсутствием роста на типичных питательных средах и способности формировать колонии, поскольку клетки в данном состоянии проявляют низкую метаболическую активность. В частности, клетки, находящиеся в данном состоянии, способны восстанавливать красители, что указывает на проявление их метаболической активности. В некоторых случаях такие бактерии могут быть культивированы в специальных условиях, т.е. может быть проведена процедура реактивации (resuscitation process). Реактивация — это процесс перехода «некультивируемых» клеток в состояние высокой метаболической'активности. Хотя известно, что в природе при наступлении благоприятных условий, процесс перехода в метаболически активное состояние может происходить спонтанно.

Способность микроорганизмов длительное время находиться в метаболически неактивном сосотоянии свойственна более чем шестидесяти* видам бактерий, включая многие патогены человека, такие как Campylobacter sp. - бактерии, которые провоцируют развитие инфекционного заболевания, поражающего желудочно-кишечный тракт; Helicobacter pylori - микроорганизмы, инфецирующие различные отделы желудка; Legionella pneumophila — возбудитель, вызывающий легионеллез, заболевание, поражающее органы дыхания, ЦНС; Salmonella typhimurium — бактерии, которые вызывают сальмонеллез и др.

Mycobacterium tuberculosis, в частности, способен находиться в состоянии покоя десятилетиями. По данным ВОЗ, одна треть населения планеты заражена латентным туберкулезом. Латентная форма туберкулёза может сохраняться на протяжении всей жизни инфицированного индивида, но при ослаблении иммунитета или под действием ряда других, в том числе и неизученных факторов, может переходить в активное состояние, вызывая развитие заболевания.

Считается, что покоящиеся формы M.tuberculosis из-за низкой метаболической активности устойчивы к антибиотикам, что является предпосылкой развития хронической туберкулезной инфекции в организме хозяина. Биохимические механизмы, контролирующие процесс образования «некультивируемых» форм, а также процесс перехода этих форм в активное состояние до сих пор окончательно не изучены. Важные шаги по направлению к пониманию данных процессов у актинобактерий, включая Mycobacterium tuberculosis, были сделаны в нашей лаборатории [Mukamolova et al., 1998, 2002]. В нашей лаборатории впервые был обнаружен секретируемый бактериями белок Rpf (Resuscitation promoting factor), стимулирующий реактивацию покоящихся форм Micrococcus luteus [Mukamolova et al., 1998]. Проведенный анализ банка генов Genbank показал наличие гомологов гена rpf среди целого ряда грамположительных Г-Ц богатых бактерий, включая Mycobacterium tuberculosis (МТБ). Экспериментальные данные показали, что белки > Rpf проявляют эффект реактивации в чрезвычайно низких (пикомолярных) концентрациях, что изначально позволило рассматривать белок как бактериальный цитокин, связывающийся с неким рецептором на поверхности клеток и запускающий процесс реактивации. Однако подобный рецептор обнаружить не удалось. Детальное изучение аминокислотной последовательности консервативного домена белка-Rpf, а также сопоставление его с рядом известных структур показало, что консервативный домен белка Rpf по своей структуре аналогичен ферменту, гидролизующиму бактериальный пептидогликан, а именно, лизоциму [Cohen-Gonsaudetal., 2004]. Но с другой стороны, белок Rpf также проявляет гомологию и по отношению к ряду литических трансгликозилаз Е. coli (Slt35, Slt70). Несмотря на важную роль белка Rpf в процессе реактивации покоящихся форм микобактерий in vitro и in vivo, механизм его реактивирующего действия остается невыясненным. Имеющиеся экспериментальные данные позволяют предположить, что ферментативный гидролиз пептидогликана под действием Rpf является важным звеном в процессе реактивации «некультивируемых» бактерий. Но возникает вопрос, каким образом связаны процесс гидролиза пептидогликана клеточной стенки и процесс реактивации покоящихся клеток. В связи сэтим, изучение молекулярных механизмов, лежащих в основе биологической активности белка Rpf, в частности — роли Rpf в процессе реактивации покоящихся форм микобактерий является актуальной задачей.

Одним из эффективных подходов для изучения ферментативной активности является ингибиторный анализ, с приминением которого возможно изучение механизма действия Rpf, и соответсвенно, изучение механизмов реактивации микобактерий.

Однако, до последнего времени не сообщалось о существовании химических соединений - ингибиторов Rpf. В ходе данной работы был изучен ряд химических соединений - нитрофенилтиоцианатов (НФТ), проявляющих ингибирующую активность как на моделях in vitro, так и in vivo, что позволяет рассматривать данные соединения, как л % перспективные предшественники для создания лекарственных препаратов нового

1 » поколения, направленных на предотвращение реактивации латентных форм туберкулеза^ Поскольку на сегодняшний день повсеместно отмечается значительный рост как заболеваемости, так и смертности от туберкулезной инфекции, то изучение туберкулеза,, его активной и латентной форм, а также создание препаратов с антитуберкулезной активностью, является одной из самых важных проблем здравоохранения. Известные лекарственные препараты с антитуберкулезной активностью, в основном, направлены на лечение активной формы туберкулеза, тогда как практически нет лекарств, направленных против латентной формы туберкулеза. Но латентная форма туберкулеза при ослаблении иммунитета (прием иммуносупрессоров), ВИЧ инфекции, диабете может трансформироваться в активную форму. Для успешного решения проблемы, связанной с переходом клеток в активное состояние, и, как следствие, проявление туберкулезной инфекции, необходимо создать эффективные лекарственные препараты, предотвращающие реактивацию покоящихся форм микобактерий. В качестве молекулярной мишени можно использовать Rpf, так как поиск соединений, способных ингибировать данный белок, позволил бы предотвратить реактивацию латентного туберкулёза. г

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Никитушкин, Вадим Дмитриевич

выводы

1. Обнаружен новый класс соединений нитрофенилтиоцианатов, обладающих ингибирующим эффектом по отношению к ферментативной активности белков семейства Rpf.

2. Нитрофенилтиоцианаты подавляют реактивацию микобактерий из покоящегося состояния in vitro и in vivo.

3. Белок Rpf вызывает дезагрегацию ассоциатов покоящихся форм микобактерий.

4. Белок Rpf гидролизует пептидогликан клеточных стенок микобактерий с образованием как высокомолекулярных фрагментов пептидогликана (ФПГ) — 71 кДа, так и низкомолекулярных с молекулярной массой от 0.9 до 3 кДа.

5. Фрагменты пептидогликана, образующиеся под действием Rpf, обладают реактивирующей активностью по отношению к покоящимся формам микобактерий.

6. Предполагается, что в процессе реактивации покоящихся форм Rpf может оказывать как непосредственное действие, приводящее к диссоциации клеточных агрегатов, так и опосредованное, приводящее к образованию ФПГ. В последнем случае, ФПГ могут связываться со специфическим рецептором на поверхности мембраны микобактерий, с последующей передачей сигнала, приводящего к инициации деления клеток.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Никитушкин, Вадим Дмитриевич, 2011 год

1. Anderson, R.G., Hussey, H., and Baddiley, J. (1972) The mechanism of wall synthesis in bacteria. The organization of enzymes and isoprenoid phosphates in the membrane. Biochem. J., 127, 11-25.

2. Atrih A, Zollner P, Allmaier G, Williamson MP, Foster SJ. (1998) Peptidoglycan structural dynamics during germination of Bacillus. J Bacteriol. V. 180 Nol7. P. 4603

3. Atrih, A., and Foster, S.J. (1999) The role of peptidoglycan structure and structural dynamics during endospore dormancy and germination. Antonie van Leeuwenhoek, No 75, P. 299-307.

4. Av-Gay Y, Everett M. (2000) The eukaryotic-like Ser/Thr protein kinases of Mycobacterium tuberculosis. Trends Microbiol. V. 8 No5 P.238-44.

5. Bald D, Koul A. (2010) Respiratory ATP synthesis: the new generation of mycobacterial drug targets. FEMS Microbiol Lett. V.308, Nol, P.l-7.

6. Barer MR, Harwood CR. (1999) Bacterial viability and culturability. Adv Microb Physiol., №41 P.93-137.12.

7. Barford, D., Das, A.K., andEgloff, M.P. (1998) The structure and mechanism of protein phosphatases: insights into catalysis and regulation. Annu Rev Biophys Biomol Struct 27: 133-164.

8. Barry C.E., 3d & Cheung M.S. (2009) New Tactics in the Fight against Tuberculosis Scientific American. Feb, 23. online edition

9. Barry, C.E. Ill, Lee, R.E., Mdluli, K., Sampson, A.E., Schroeder, B.G., Slayden, R.A., and Yuan, Y. (1998) Mycolic acids: structure, biosynthesis and physiological functions.Prog. Lipid Res., 37, P. 143-179.

10. Barthe, P. Mukamolova, G.V, Roumestand, C, Cohen-Gonsaud, M (2010) The structure of PknB extracellular PASTA domain from mycobacterium tuberculosis suggests a ligand-dependent kinase activation/ Structure. V. 18. №5. P.606-615.

11. Bateman A, Holden MT, Yeats C. (2005) The G5 domain: a potential N-acetylglucosamine recognition domain involved in biofilm formation.Bioinformatics. V21.No8. P.1301-3.

12. Besra GS, Brennan PJ. (1997) The mycobacterial cell wall: biosynthesis of arabinogalactan and lipoarabinomannan. Biochem Soc Trans. V.25 No3. P. 845-50.

13. Darouiche R.O., Mansouri M.D., Gawande P.V., Ma-dhyastha S. (2009) Antimicrobial and antibiofilm efficacy of triclosan and DispersinB combinatiomo J. Antimicrob Chemother. V. 64. No 1. P. 88-93.

14. Dasgupta A, Datta P, Kundu M, Basu J. (2006) The serine/threonine kinase PknB of Mycobacterium tuberculosis phosphorylates PBPA, a penicillin-binding protein required for cell division. Microbiology. No 152. P. 493-504.

15. DeMaio J, Zhang Y, Ko C, Young DB, Bishai WR. (1996) A stationary-phase stress-response sigma factor from Mycobacterium tuberculosis. Proc Natl Acad Sci USA. № 93 Vol.7, P. 2790-4.

16. Dessen A, Mouz N, Gordon E, Hopkins J, Dideberg O. (2001) Crystal structure of PBP2x from a highly penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae clinical isolate: a mosaic framework containing 83 mutations. J Biol Chem. V.276, No48, P.45106-12.

17. Dhople AM (1983). Effect of lysozyme on Mycobacterium leprae. Lepr India. V.55, No3, P. 455-64.

18. Dmitriev, B.A., Ehlers, S., and Rietschel, E.T. (1999) Layered murein revisited: a fundamentally new concept of bacterial cell wall structure, biogenesis and fiinction.Med. Microbiol. Immunol. (Berlin;, No 187, P.173-181.

19. Dmitriev, B.A., Ehlers, S., Rietschel, E.T., and Brennan, P.J. (2000) Molecular mechanics of the mycobacterial cell wall: from horizontal layers to vertical scaffolds. Int. J. Med.Microbiol., No290, P. 251-258.

20. Domingue, G.J. Woody, H.B. (1997) Bacterial persistence and expression of disease / Clin Microbiol Rev. V.10. №2, P.320-344.

21. Doyle RJ, Koch AL. (1987) The functions of autolysins in the growth and division of Bacillus subtilis. Crit Rev Microbiol. V.15, No2, P. 169-222.

22. Draper P. (1998) The outer parts of the mycobacterial envelope as permeability barriers.Front. Biosci., No3, P. 1253-1261.

23. Draper, P. (1982) The anatomy of mycobacteria. In Ratledge, C., and Stanford, J. (eds.), The biology of the mycobacteria vol. 1. Academic Press, London, pp. 9-52.

24. DuBois M, Gilles K.A, Hamilton J.K, Rebers P.A, Smith F (1956) Colorimetric Method for Determination of Sugars and Related Substances. Analytical Chemistry No 28, P.350-356,

25. Durocher D, Jackson SP(2002). The FHA domain. FEBS Lett. V. 513, Nol P. 5866.

26. Dye C, Williams BG. (2010) The population dynamics and control oftuberculosis. Science. V. 328, No5980, P.856-61.

27. Fernandez P, Saint-Joanis B, Barilone N, Jackson M, Gicquel B, Cole ST, Alzari PM. (2006) The Ser/Thr protein kinase PknB is essential for sustaining mycobacterial growth. J Bacteriol. V. 188., No22.,P. 7778-84.

28. Foster SJ, Johnstone K. (1987) Purification and properties of a germination-specific cortex-lytic enzyme from spores of Bacillus megaterium KM. Biochem J. V. 242, No2, P.573-9.

29. Gaidenko TA, Kim TJ, Price CW. (2002) The PrpC serine-threonine phosphatase and PrkC kinase have opposing physiological roles in stationary-phase Bacillus subtilis cells. J Bacteriol. V.184, No22, P. 6109-14.

30. Ghuysen, J.M. (1998) Use of bacteriolytic enzymes in determination of wall structure and their role in cell metabolism. Bacteriol. Rev., No 32, P. 425-464.

31. Girardin, S.E. Bonega, I.G., Carneiro, L.A (2003). Nodi detects a unique muropeptide from gram-negative bacterial peptidoglycan/ Science V.300. №5625. P.1584-1587.

32. Girardin, S.E. Travassos, L.H., Herve, M (2003) Peptidoglycan molecular requirements allowing detection by Nodi and Nod2/ J.* Biol. Chem. V.278. №43. P.41702-41708.

33. Goffin C, Ghuysen JM (1998). Multimodular penicillin-binding proteins: an enigmatic family of orthologs and paralogs. Microbiol Mol Biol Rev V. 62, No4., P. 1079-93.

34. Goren M.B., Hart P.D., Young M.R., Armstrong J.A. (1976) Prevention of phagosome lysosome fusion in cultured macrophages by sulfatides of Mycobacterium tuberculosis. Proc. Nat. Acad. Sci. USA.Vol. 73, No 7, P. 2510-2514, 1976

35. Hanks, S.K., and Hunter, T. (1995) Protein kinases 6. The eukaryotic protein kinase superfamily: kinase (catalytic) domain structure and classification. FASEB J 9: 576-596.

36. Hayes, C.S. Sauer, R.T (2003) Cell Toxin-antitoxin pairs in bacteria: killers or stress regulators? Cell. 2003. V.l 12. №1. P.2-4.

37. Hett E., Rubin E (2008). Bacterial growth and cell division: a mycobacterial perspective. Microbiology and molecular biology reviews. V. 72, №1., P. 126-156

38. Hett, E.C. Chao M.C., Deng L.L., Rubin EJ (2008). A Mycobacterial enzyme essential for cell division synergizes with resuscitation-promoting factors/ Plos pathogens. V.4. No2.

39. Hett, E.C. Chao M.C., Steyn A.J., Fortune S.M., Deng L.L., Rubin E. J (2007) A partner for the resuscitation-promoting factors of Mycobacterium tuberculosis/ Mol Microbiol. V66.№3. P.658-668.

40. Hett, E.C. Chao, MC, Rubin, EJ. (2010) Interaction and modulation of two antagonistic cell wall enzymes of mycobacteria/ PLoS Pathog. V.6. №7.

41. Hett, E.C. Hung, D. Targeting multiple biofilm pathways. T Chem Biol. V.16., №12., P.1216-1218.

42. Heidrich C, Hôltje JV. (2001) Enzymology of elongation and constriction of the murein sacculus of Escherichia coli. V. 83, Nol, P. 103-8.

43. Higashi, Y., Siewert, G., and Strominger, J.L. (1970) Biosynthesis of the peptidoglycan of bacterial cell walls. XIX. Isoprenoid alcohol phosphokinase. J. Biol. Chem., No245, P. 3683-3690.

44. Hoeltje JV, Mirelman D., Sharon N., Schwarz U. (2009) Novel type of murein transglycosylase in Escherichia coli. Journal of bacteriology. V. 124. № 3., P. 1067-1076

45. Hugonnet, J.E. Tremblay, L.W., Boshoff, H.I., Barry, C.E3rd, Blanchard, J.S. (2009) Meropenem-clavulanate is effective against extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis. Science 2009. V.323. № 5918. P.1215-1218.

46. Hunter, T. (1995) Protein kinases and phosphatases: the yin and yang of protein phosphorylation and signaling. Cell No 80, P. 225-236.

47. Jollès P. (1996) From the discovery of lysozyme to the characterization of several Iysozyme families. No75, P. 3-5.

48. Kana B., Mizrahi V. (2010) Resuscitation-promoting factors as lytic enzymes for bacterial growth and signaling. FEMS Immunol Med Microbiol. V.58. №1. P.39-50.

49. Kang CM, Abbott DW, Park ST, Dascher CC, Cantley LC, Husson RN. (2005) The Mycobacterium tuberculosis serine/threonine kinases PknA and PknB: substrate identification and regulation of cell shape. Genes Dev. V.19, Nol4, P. 1692-704.

50. Kaprelyants A.S. & Kell D.B (1993). Appl Environ Microbiol. V.59, P.3187

51. Kaprelyants, A.S. Gottschal, J.C. & Kell D.B (1993). Dormancy in non-sporulating bacteria FEMS Microbiol Rev. V. 104. P. 271.

52. Karakousis, P.C. Lamichhane, G., Woolwine, S.C., Nuermberger, E.L., Grosset, J., Bishai, W.R. (2004). Dormancy phenotype displayed by extracellular Mycobacterium tuberculosis within artificial granulomas in mice J Exp Med. V.200. №5. P.647-657.

53. Karamanos Y. (1997). Endo-N-acetyl-beta-D-glucosaminidases and their potential substrates: structure/function relationships. Res Microbiol. V.148, No8, P.661-71. Review

54. Keep, N.H., Ward, JM, Cohen-Gonsaud, M, Henderson, B. (2006) Wake up! Peptidoglycan lysis and bacterial non-growth states/ Trends Microbiol. V.14., №6. P. 271-276.

55. Kennelly, P.J. (2002) Protein kinases and protein phosphatases in prokaryotes: a genomic perspective. FEMS Microbiol Lett, No 206, P. 1-8.

56. Kjelleberg, S., Albertson, N., Flardh, K., Holmquist, L., Jouper-Jaan, A., Marouga, R., Ostling, J., Svenblad, B., Weichart, D (1993) How do non-differentiating bacteria adapt to starvation? Antonie Van Leeuwenhoek. V.63. №3-4. P.333-341.

57. Khomenko AG, Averbach MM, Litvinov VI, Gergert VJ, Chukanov VI (1984) Effects of chemotherapy on the immunological characteristics of patients with primary destructive pulmonary tuberculosis. Bull World Health Organ. V.62, No5, P.763-71.

58. Mauck J, Chan L, Glaser L. (1971) Turnover of the cell wall of Gram-positive bacteria. J Biol Chem. V. 246, N06, P. 1820-7.

59. Miyata M, Biro S, Kaieda H, Tanaka H. Lipoprotein(a) stimulates the proliferation of cultured human arterial smooth muscle cells through two pathways. FEBS Lett. V. 377, No3, P.493-6.

60. Mahapatra, S., Crick, D.C., and Brennan, P.J. (2000) Comparison of the UDP-vV-acetylmuramate:L-alanine ligase enzymes from Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae. J. Bacteriol. V.182, P. 6827-6830.

61. McMurray DN (1996) Mycobacteria and Nocardia. Baron S, editor. Medical Microbiology. 4th edition. Galveston (TX): University of Texas Medical Branch at Galveston; Chapter 33

62. McNeil, M. (1999) Arabinogalactan in mycobacteria: structure, biosynthesis, and genetics. In Goldberg, J.B. (ed.), Genetics of bacterial polysaccharides. CRC Press, Washington, D.C., P. 207-223.

63. McMurray, D.N., Collins, F.M., Dannenberg, A.M., Smith, D.W (1996). Pathogenesis of Pathogenesis of experimental tuberculosis in animal models. Curr Top Microbiol Immunol. -V.215., P. 157-179.

64. McNeil, M., Besra, G.S., and Brennan, P.J. (1996) Chemistry of the mycobacterial cell wall. In Rom, W.N., and Garay, S.M. (eds.), Tuberculosis. Little, Brown and Company, Boston, P. 171-185.

65. McNeil, M., Daffe, M., and Brennan, P.J. (1990) Evidence for the nature of the link between the arabinogalactan and peptidoglycan of mycobacterial cell walls. J. Biol. Chem., No 265, P. 18200-18206

66. McNeil, M.R., Robuck, K.G., Harter, M., and Brennan, P.J. (1994) Enzymatic evidence for the presence of a critical terminal hexa- arabinoside in the cell walls ofMycobacterium tuberculosis. Glycobiology, No4, P. 165-173

67. Medlar EM (1952) Survival of bacilli in tuberculosis. Am Rev Tuberc. V. 66, No3, P. 381-2.

68. Molle, V., Kremer, L (2010) Division and cell envelope regulation by Ser/Thr phosphorylation: Mycobacterium shows the way. Mol Microbiol. V.75.,№5., P. 10641077.

69. Mukamolova, G.V., Kaprelyants, A.S., Young, D.I., Young, M„ Kell, D.B (1998) A bacterial cytokine. Proc Natl Acad Sci USA. V.95. №15. P. 8916-8921.

70. Mukamolova, G.V. Kaprelyants, A.S., Kell, D.B. (1995) Secretion of an antibacterial factor during resuscitation of dormant cells in Micrococcus luteus cultures held in an extended stationary phase. Antonie Van Leeuwenhoek. V.67. №3. P289-295.

71. Mukamolova, G.V., Kaprelyants, A.S., Kell, D.B., Young, M (2003) Adoption of the transiently non-culturable state a bacterial survival strategy/ Adv Microb Physiol. V.47., P.65-129.

72. Mukamolova, G.V., Kormer, S.S., Kell, D.B., Kaprelyants, A.S. (1999). Stimulation of the multiplication of Micrococcus luteus by an autocrine growth factor/ Arch Microbiol. V.172. №1. P 9-14.

73. Mukamolova, G.V., Turapov, O.A, Young, D.I, Kaprelyants, A.S, Kell, DB, Young, M. (2002) A family of autocrine growth factors in Mycobacterium tuberculosis/ Mol Microbiol. V.46. №3. P. 623-635.

74. Mukamolova, G.V.,Turapov, O.A., Kazarian, K, Telkov, M, Kaprelyants, AS, Kell, DB, Young, M. (2002). The rpf gene of Micrococcus luteus encodes an essential secreted growth factor/ Mol Microbiol. V.46. №3. P.611-621.

75. Muñoz-Dorado, J., Inouye, S., andlnouye, M. (1991) A gene encoding a protein serine-threonine kinase is required for normal development of Myxococcus xanthus a Gram-negative bacterium. Cell No 67., P. 995-1006.

76. Mattucumaru D.G., Roberts G., Hinds J., Stabler R.A., Parish, T (2004). Gene expression profile of Mycobacterium tuberculosis in a non-replicating state. Tuberculosis (Edinb). V.84. №3-4., P.239-246.

77. Meroueh SO, Bencze KZ, Hesek D, Lee M, Fisher JF, Stemmler TL, Mobashery S. (2006). Three-dimensional structure of the bacterial cell wall peptidoglycan. V. 103, No 12, P. 4404-9.

78. O'shera, R. & Moser, H.E. (2008) Physicochemical properties of antibacterial compounds: implications for drug discovery J Med Chem. V.51. №10, P.2871-2878.

79. Ortiz-Lombardia M, Pompeo F, Boitel B, Alzari PM. (2003) Crystal structure of the catalytic domain of the PknB serine/threonine kinase from Mycobacterium tuberculosis. J Biol Chem. 2003 V. 278. No 15, P. 13094-100.

80. Paidhungat M, Setlow P. (2001) Localization of a germinant receptor protein (GerBA) to the inner membrane of Bacillus subtilis spores. J Bacteriol. V.183, Nol3, P. 3982-90.

81. Pang, X., Vu, P., Byrd, T.F (2007) Evidence for complex interactions of stress-associated regulons in an mprAB deletion mutant of Mycobacterium tuberculosis. Microbiol. V.153. PI229-1242.

82. Parrish, N.M., Dick, J.D., Bishai, W.R. (1998) Mechanisms of latency in Mycobacterium tuberculosis. Trends Microbiol. V.6., №3., P.107-12.

83. Pei J, Grishin NV. (2005) COG3926 and COG5526: a tale of two new lysozyme-like protein families. V.14, NolO, P.2574-81.

84. Piggot P, Hilbert D. (2004) Sporulation in Bacillus subtilis. Curr Opin Microbiol. N06, P. 579-586.

85. Pignolo, R.J. Rotenberg, M.O., Cristofalo, V.J. (1994) Alterations in contact and density-dependent arrest state in senescent WI-38 cells/ In Vitro Cell Dev Biol Anim. V. 30. № 7. P471-476.

86. Popham DL, Helin J, Costello CE, Setlow P (1996). Analysis of the peptidoglycan structure of Bacillus subtilis endospores. J Bacteriol. V.178, No22, P. 6451-8.

87. Postgate JR. Soil bacteria parasitic on Azotobacteriaceae. (1967) Antonie Van Leeuwenhoek. V.33, Nol, P. 113-20.

88. Rachman, H., Strong, M., Ulrichs, T., Grode, L., Schuchhardt, J., Mollenkopf, H., Kosmiadi, G., Eisenberg, D. Kaufmann (2006) Unique transcriptome signature of Mycobacterium tuberculosis. S. Infect Immun. V.74. P.1233-1242.

89. Rahman I, Shahamat M, Chowdhury MA, Colwell RR. (1996) Potential virulence of viable but nonculturable Shigella dysenteriae type 1. Appl Environ Microbiol. №62, P.l 15-20.

90. Raman, S., Hazra R., Dascher, C.C. Husson, R.N (2004). Transcription regulation by the Mycobacterium tuberculosis alternative sigma factor SigD and its role in virulence/ J Bacteriol. -V., 186. №19, P. 6605-6616.

91. Roszak DB, Colwell RR. (1987) Metabolic activity of bacterial cells enumerated by direct viable count. Appl Environ Microbiol. V.53, Nol2, P. 2889-93.

92. Romeis T, Vollmer W, Höltje JV. (1993) Characterization of three different lytic transglycosylases in Escherichia coli. FEMS Microbiol Lett. V.l 11, No2-3, P.141-6.

93. Ruggiero, A., Tizzano B., Pedone E., Pedone C., Wilmanns M., Berisio R. (2009) Crystal structure of the resuscitation-promoting factor ADUFRpfB from Mycobacterium tuberculosis. J Mol Biol. V.385. №1. P. 153-162.

94. Rustad TR., Harrell MI., Liao R., Sherman DR.The Enduring Hypoxic Response of Mycobacterium tuberculosis. PLoS ONE. 2008; 3(1): el502.

95. Scheuerwater E., Reid C., Clarke A (2008). Lytic transglycosylases: bacterial space-making autolysins. Int. Journal of Biochemistry and Cell Biology, .№40, P. 586591

96. Schleifer K.H, Kandler O. (1972) Peptidoglycan types of bacterial cell walls and their taxonomic implications. Bacteriol. Rev., V.36, P. 407-477.

97. Shah I & Dworkin J. (2010) Induction and regulation of a secreted peptidoglycan hydrolase by a membrane Ser/Thr kinase that detects muropeptides. Mol Microbiol, V.75, No5, P. 1232-1244.

98. Shah I, Laaberki M, Popham D. L., Dworkin J. (2008). A eukaryotic-like Ser/Thr kinase signals bacteria to exit dormancy in response to peptidoglycan fragments. Cell. V.135.,№3, P.486-496.

99. Shubin, V.V., Khazin, M.L., Efimovskaia T.V (1990). Determination of secondary structure of globular proteins using circular dichroism spectra/ Mol Biol (Mosk). V.24. -P. 189-201.

100. Shockman GD, Daneo-Moore L, Kariyama R, Massidda O. (1996). Bacterial walls, peptidoglycan hydrolases, autolysins, and autolysis. V.2, Nol, P.95-8

101. Singh R, Manjunatha U, Boshoff HI, Ha YH, Niyomrattanakit P, Ledwidge R, Dowd CS, Lee IY, Kim P, Zhang L, Kang S, Keller TH, Jiricek J, Barry CE 3rd. (2008) PA-824 kills nonreplicating Mycobacterium tuberculosis by intracellular NO release.

102. Stephenson K„ Hoch J. (2002). Two-component and phosphorelay signal-transduction system as therapeutic targets. Curr Opin Pharmacol. V 2., No 5., P. 507-12.

103. Stephenson, K., Lewis, R.J. (2005). Molecular insights into the initiation of sporulation in Gram-positive bacteria: new technologies for an old phenomenon. FEMS Microbiol Rev.- V. 29. №2. P.281-301.

104. Strynadka NC, James MN. (1996) Lysozyme: a model enzyme in protein crystallography. No75, P. 185-222.

105. Stock A.M., Robinson V.L., Goudreau, P.N. (2000) Two-component signal transduction. Annu Rev Biochem No 69, P. 183-215.

106. Templin MF, Ursinus A, Höltje JV(1999). A defect in cell wall recycling triggers autolysis during the stationary growth phase of Escherichia coli. EMBO J. V.18, Nol5, P. 4108-17.

107. Tufariello, J.M., Jacobs, W.R., & Chan, J. (2004) Individual Mycobacterium tuberculosis resuscitation-promoting factor homologues are dispensable for growth in vitro and in vivo. Infect. Immun. V72, P515-526.

108. Thunnissen AM., Dijkstra BW. (1994) 'Holy' proteins. II: The soluble lytic transglycosylase. Curr Opin Struct Biol V.4, No6, P.810-3. Review.

109. Vollmer W, Höltje JV. (2004). The architecture of the murein (peptidoglycan) in gram-negative bacteria: vertical scaffold or horizontal layer(s). J Bacteriol. V. 186, No 18, P.5978-87.

110. Vollmer W., Joris B., Charlier P., Foster S.(2008) Bacterial peptidoglycan (murein) hydrolases. FEMS Microbiol Rev №32. P. 259 286.

111. Voskuil MI, Schnappinger D, Visconti KC, Harreil MI, Dolganov GM, Sherman DR, Schoolnik GK (2003). Inhibition of respiration by nitric oxide induces a Mycobacterium tuberculosis dormancy program. J Exp Med. V. 198 No 5, P. 705-13.

112. Voskuil MI. (2004) Mycobacterium tuberculosis gene expression during environmental conditions associated with latency. Tuberculosis (Edinb). V.84, No 3-4, P. 138-43

113. Voskuil, M.I., Schnappinger, D., Visconti, K.C., Harrell, M.I.,,Dolganov, G.M., Sherman, D.R., Schoolnik, G.K. (2003) Inhibition of respiration by nitric oxide induces a Mycobacterium tuberculosis dormancy program/ J Exp Med V.198. №5. P705-713.

114. Voskuil, M.I., Visconti, K.C., Schoolnik, G.K (2004). Mycobacterium tuberculosis gene expression during adaptation to stationary phase and low-oxygen dormancy/ Tuberculosis (Edinb). V.84. №3-4, P218-227.

115. Warth AD, Strominger JL. (1969) Structure of the peptidoglycan of bacterial spores: occurrence of the lactam of muramic acid. Microbiology Vol. 64, P. 528-535

116. Wayne LG, Lin KY (1982) Glyoxylate metabolism and adaptation of Mycobacterium tuberculosis to survival under anaerobic conditions. Infect Immun. V37, No3, P. 1042-9

117. Wayne, L.G. (1976) Dynamics of submerged growth of Mycobacterium tuberculosis under aerobic and microaerophilic conditions Am Rev Respir Dis. V.114., №4., P. 807-811.

118. Wayne, L.G. (1977) Synchronized replication of Mycobacterium tuberculosis Infect Immun. V.17. №3. P.528-530.

119. Wayne, L.G., Sramek, H.A. (1994). Metronidazole is bactericidal to dormant cells of Mycobacterium tuberculosis/ Antimicrob Agents Chemother. V38. №9. P2054-2058.

120. Williams KN, Brickner SJ, Stover CK, Zhu T, Ogden A, Tasneen R, Tyagi S, Grosset JH, Nuermberger EL. (2009) Addition of PNU-100480 to first-line drugs shortens the time needed to cure murine tuberculosis. Am J Respir Crit Care Med. V.180, No4, P.371-6.

121. Wurgler-Murphy, S.M., and Saito, H. (1997) Two-component signal transducers and MAPK cascades. TIBS. No22, P 172-176.

122. Yeats C, Finn RD, Bateman A. (2002) The PASTA domain: a beta-lactam-binding domain. Trends Biochem Sei. V. 27 No9, P. 438.

123. Young, D.B., Gideon, H.P. & Wilkinson, R.J (2009) Eliminating latent tuberculosis/Trends Microbiol. V.17. №5. P.183-188.

124. Zhang, C.C. (1996) Bacterial signalling involving eukaryotic-type protein kinases. Mol Microbiol 20, P. 9-15.

125. Zhang, Y., Yang, Y., Woods, A., Cotter, R. J. & Sun, Z. (2001). Resuscitation of dormant Mycobacterium tuberculosis by phospholipids or specific peptides/ Biochem Biophys Res Commun. Vol. 284., P. 542-547.

126. Волошин C.A., Капрельянц A.C. (2005) Изучение клеточной агрегации в культурах Mocrococcus luteus методом динамического светорассеивания. Прикладная Биохимия и Микробиология. № 6.Т. 44, Стр. 647-651.

127. Мукамолова Г.В, Янг М., Келл Д., Капрельянц A.C. Бактериальные феромоны и клеточное деление // Успехи биологической химии. 1999. Т. 39. С. 225-254

128. Олескин A.B. Надорганизменный уровень взаимодействия в микробных популяциях // Микробиология. 1993. Т. 62. С. 389-403.

129. Перельман М. И., Корякин В. А., Богадельникова И. В. Фтизиатрия. ОАО Издательство «Медицина», 2004.

130. Салина Е.Г, Жогина Ю.А., Шлеева М.О., Сорокоумова Г.М., Селищева A.A., Капрельянц A.C. Биохимические и морфологические изменения в покоящихся («некультивируемых») клетках M.smegmatis/ Биохимия. 2010. Т.75, No 1, С. 72 -80.

131. Шебанов Ф.В. Туберкулез. М., «Медицина», 1976, 464 с.

132. Шлеева М.О, Салина Е.Г., Капрельянц A.C. Покоящиеся формы микобактерий/ Микробиология. 2010. № 1. Стр. 3-15.