Диагностика и прогнозирование течения хронического лимфоцитарного лейкоза с учетом результатов высокопроизводительного секвенирования тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Михалева Мария Андреевна

• Михалева Мария Андреевна
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Михалева Мария Андреевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О ГЕНОМНОМ ЛАНДШАФТЕ ХРОНИЧЕСКОГО ЛИМФОЦИТАРНОГО ЛЕЙКОЗА

1.1 Клеточное происхождение и реактивное микроокружение опухоли

1.2 Геномный ландшафт

1.2.1 Хромосомные нарушения

1.2.2 Рекуррентные мутации в генах

1.3 Сигнальные клеточные пути

ГЛАВА 2. ПРОГНОСТИЧЕСКАЯ РОЛЬ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ ИЗМЕНЕНИЙ

2.1 Прогностическая значимость хромосомных аберраций

2.2 Прогностическая роль комплексного кариотипа

2.3 Мутационный статус гена вариабельного региона тяжелой цепи иммуноглобулинов

2.4 Мутации в генах как прогностические биомаркеры

2.4.1 Рекуррентные мутации в генах с установленным прогностическим значением

2.4.2 Рекуррентные мутации в генах с неустановленной ролью

2.5 Проблемы и перспективы диагностики и прогнозирования хронического лимфоцитарного лейкоза

2.5.1 Мутации в генах миелоидного клонального гемопоэза

2.5.2 Совместное развитие генетических аномалий и их прогностическая значимость

2.6 Подходы к терапии хронического лимфоцитарного лейкоза

2.7 Перспективные терапевтические опции

ГЛАВА 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.1 Характеристика исследуемой когорты

3.2 Молекулярно-генетические методы исследования

3.2.1 Стандартное кариотипирование

3.2.2 Исследование методом флюоресцентной т^Ии гибридизации

3.2.3 Исследование мутационного статуса гена вариабельного региона тяжелой цепи иммуноглобулинов

3.2.4 Таргетное секвенирование нового поколения

3.3 Авторский алгоритм оценки вариантов

3.3.1 Ранжирование вариантов

3.3.2 Определение и классификация миелоидного клонального гемопоэза неопределенного

потенциала

3.4 Статистическая обработка данных

ГЛАВА 4. МУТАЦИОННЫЙ ЛАНДШАФТ ХРОНИЧЕСКОГО ЛИМФОЦИТАРНОГО ЛЕЙКОЗА

4.1 Профиль мутированных генов и активируемые сигнальные пути

4.2 Функциональный анализ генов

4.3 Гены миелоидного клонального гемопоэза неопределенного потенциала

4.4 Опухолевая мутационная нагрузка

4.5 Ассоциация мутаций с клинико-биологическими характеристиками заболевания

ГЛАВА 5. ПРОГНОСТИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ ВЫЯВЛЕННЫХ МУТАЦИЙ

5.1 Время до начала первой линии терапии

5.2 Общая выживаемость

5.3 Выживаемость без прогрессии

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ А

ПРИЛОЖЕНИЕ Б

ПРИЛОЖЕНИЕ В

ПРИЛОЖЕНИЕ Г

ПРИЛОЖЕНИЕ Д

ПРИЛОЖЕНИЕ Е

ПРИЛОЖЕНИЕ Ж

ПРИЛОЖЕНИЕ И

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Диагностика и прогнозирование течения хронического лимфоцитарного лейкоза с учетом результатов высокопроизводительного секвенирования»

Актуальность темы исследования

Хронический лимфоцитарный лейкоз (ХЛЛ) является одним из наиболее распространенных видов гемопоэтических опухолей, встречающийся преимущественно у лиц пожилого возраста. Заболевание имеет отчетливую связь с возрастом, полом, расой, национальными особенностями, содержит наследственный фактор распространения [1-4].

Согласно критериям международной рабочей группы 2018 (International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia, iwCLL) ХЛЛ определяется как злокачественное лимфопролиферативное заболевание из малых В-лимфоцитов в количестве не менее 5 х 109/л в крови и экспрессирующих CD5, CD19, CD20 и CD23 [5]. Клинические проявления и течение ХЛЛ крайне геторогенны: от бессимптомного, не требующего лечения, до агрессивного, демонстрирующего резистентность к терапии, с фульминантным течением и значимым ухудшением показателей выживаемости [1].

Развитие и практическое применение знаний о клинической гетерогенности, являющейся отражением молекулярного разнообразия опухолевого клона [6], служит ключевой целью изучения ХЛЛ. Современные подходы к пониманию и диагностике ХЛЛ требуют использования передовых методов исследования, которые позволяют более достоверно определять генетические и молекулярные особенности заболевания.

Классические исследования генома: цитогенетика, флюоресцентная in-situ гибридизация (fluorescent in-situ hybridization, FISH) и полимеразная цепная реакция (ПЦР) позволили установить роль генетических изменений в патогенезе ХЛЛ. Результаты данных исследований используются при стратификации пациентов на группы риска.

Оценка мутационного статуса гена вариабельного региона тяжелой цепи иммуноглобулинов (immunoglobulin heavy-chain variable region, IGHV) [7-10] и наличия четырех основных цитогенетических аберраций (делеции длинного плеча 13 хромосомы - del(13q), трисомии 12 хромосомы - (+12), делеции длинного плеча 11 хромосомы - del(11q) и делеции короткого плеча 17 хромосомы - del(17p)) [11] позволяет сформировать прогностические группы, в которых различная природа опухолевых клонов генетически детерминирует течение заболевания.

Тем не менее, прогноз заболевания, построенный на положениях классических методов исследования генома и правильно выбранной терапевтической тактики, не всегда коррелирует с течением болезни. Внедрение в рутинную клиническую практику таргетных препаратов

предусматривает идентификацию генетических нарушений у данной группы пациентов, с использованием методов молекулярной биологии.

Методы исследования генома за последние десятилетия претерпели существенные изменения: от анализа хромосомных аберраций до секвенирования ДНК/РНК отдельных клеток (single-cell DNA/RNA-sequencing), что позволило расширить знания о клеточном происхождении ХЛЛ, его микроокружении и молекулярных изменениях. Одним из перспективных направлений среди современных диагностических методов стало секвенирование нового поколения (next-generation sequencing, NGS). Технология NGS обеспечивает анализ генетического профиля с точностью до одного нуклеотида, не теряя преимуществ по времени и стоимости получения результатов.

Первые крупные исследования с применением полноэкзомного (whole-exome sequencing, WES) и полногеномного (whole-genome sequencing, WGS) секвенирования позволили создать подробную молекулярную карту ХЛЛ и установить роль сигнальных клеточных путей в патогенезе и прогнозе заболевания [12-20].

Исследования последних пяти лет, проводимые на больших когортах пациентов, позволили идентифицировать ранее не описанные гены-драйверы и установить, что у подавляющего числа больных ХЛЛ (> 96%) выявляется как минимум одна мутация [21]. Генетические аберрации, определяемые с частотой > 10%, встречаются лишь в ограниченном количестве генов (например, ATM, NOTCH1, SF3B1, TP53). Тогда как превалирующая часть мутаций определяется в более чем 100 генах с очень низким процентным соотношением (1-5% случаев), что подтверждает генетическую гетерогенность ХЛЛ и наличие опухолевых субклонов [22].

Дизайн, создание и внедрение диагностических NGS панелей открывает возможности для разработки новых исследовательских алгоритмов, совершенствования прогнозирования течения заболевания и оптимизации терапевтических стратегий. В итоге это способствует улучшению результатов лечения больных с ХЛЛ, повышению качества их жизни и снижению затрат на лечение. Проведение комплексных исследований, направленных на изучение молекулярно-генетических основ ХЛЛ с использованием NGS, своевременно и имеет важное значение в Российской Федерации.

Степень разработанности темы

В настоящее время опубликовано множество работ, посвященных изучению молекулярно-генетических нарушений при ХЛЛ [1; 7-45]. Установлены ключевые генетические маркеры (немутированный IGHV, del(17p), del(11q), TP53, ATM, NOTCH1, SF3B1), ассоциированные с

агрессивным течением заболевания, резистентностью к терапии и неблагоприятным прогнозом. Разработаны прогностические системы [46], применяемые как в рутинной практике, так и в клинических исследованиях: международный прогностический индекс ХЛЛ (international prognostic index for patients with chronic lymphocytic leukemia, CLL-IPI) [47], прогностические индексы консорциума Барселона-Брно (Barcelona-Brno score) [48] и онкологического центра MD Андерсона (MD Anderson Cancer Center prognostic index, MDACC2007) [49].

Секвенирование нового поколения идентифицировало рекуррентные мутации в генах BIRC3, RPS15, XPO1, MYD88, SAMHD1, POT1 и FBXW7, а также установило их прогностическую роль. Несмотря на существенный прогресс в расшифровке геномного ландшафта ХЛЛ, ряд вопросов остается недостаточно изученными. Комплексное влияние сочетанных мутаций на фенотип заболевания, включая формирование резистентности к таргетной терапии, требует углубленного анализа синергетических эффектов генетических аберраций как между собой, так и с другими клинико-лабораторным параметрами.

Выявление соматических мутаций в генах миелоидной направленности (например, DNMT3A, TET2 и ASXL1) у больных ХЛЛ влечет за собой необходимость изучения феномена клонального гемопоэза (КГ), а именно клонального гемопоэза неопределенного потенциала (clonal hematopoiesis of indeterminate potential, CHIP). A. Vijenthira et al. исследовали распространенность миелоидного CHIP (M-CHIP) у больных ХЛЛ, которая составила 12% для пациентов не получавших терапию и 24% для ранее леченых больных. Наличие > 2 мутаций в генах M-CHIP ассоциировалось с сокращением общей выживаемости (ОВ), но не влияло на показатель времени до начала первой линии терапии (ВТ1) [50]. Результаты демонстрируют необходимость дальнейшего изучения роли M-CHIP мутаций в прогнозе ХЛЛ, особенно в контексте персонифицированной терапии.

Актуальной задачей является определение роли отдельных мутаций в качестве независимых прогностических маркеров ВТ1, ОВ и выживаемости без прогрессии (ВБП), а также ответа на противоопухолевую терапию. Интеграция таргетного секвенирования в стандартные алгоритмы диагностики и мониторинга заболевания позволит своевременно выявлять клональную эволюцию опухоли и адаптировать терапевтические стратегии. Необходимость преодоления этих ограничений стала основой для определения цели и задач настоящего исследования.

Цель исследования

Установить распространенность и прогностическую роль мутаций в генах, идентифицированных методом NGS, у пациентов с хроническим лимфоцитарным лейкозом.

Задачи исследования

1. Определить панель генов, вовлеченных в ключевые сигнальные клеточные пути хронического лимфоцитарного лейкоза, и установить ее диагностическую значимость.

2. Создать алгоритм интерпретации результатов таргетного NGS для пациентов с хроническим лимфоцитарным лейкозом.

3. Исследовать мутационный статус генов у больных хроническим лимфоцитарным лейкозом и изучить взаимосвязи встречаемых мутаций в генах с клиническими параметрами и стандартными прогностическими факторами.

4. Оценить влияние отдельных генетических мутаций на клиническое течение хронического лимфоцитарного лейкоза, включая ВТ1, ОВ и ВБП.

5. Определить частоту встречаемости и прогностическую роль мутаций в M-CHIP генах у больных хроническим лимфоцитарным лейкозом.

Научная новизна

В рамках настоящего исследования разработана кастомная диагностическая панель для высокопроизводительного секвенирования на базе Научно-исследовательского Центра клеточной и молекулярной патологии ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России, которая предназначена для работы на платформе NextSeq (Illumina, США).

Впервые создан алгоритм интерпретации результатов NGS, представляющий собой эффективное решение для предварительной фильтрации и аннотации вариантов нуклеотидных последовательностей. Алгоритм позволяет выделять соматические варианты мутаций в условиях отсутствия возможности секвенирования герминальной ДНК.

Впервые в РФ проведено комплексное исследование геномного профиля больных ХЛЛ методом NGS. Изучена взаимосвязь выявленных мутаций с клинико-биологическими характеристиками заболевания и оценено их прогностическое значение. Минорные опухолевые клоны (субклоны) являются независимыми биомаркерами сокращения показателя беспрогрессивной выживаемости больных ХЛЛ.

Впервые исследована опухолевая мутационная нагрузка у больных ХЛЛ и доказана ее роль в качестве неблагоприятного предиктора сокращения времени до начала противоопухолевой терапии первой линии больных ХЛЛ.

Впервые проведен анализ мутаций в генах M-CHIP в исследуемой выборке и показано, что мутации в генах M-CHIP ассоциированы с неблагоприятными прогностическими маркерами ХЛЛ.

Теоретическая и практическая значимость работы

Оценена распространенность мутаций в генах когорты больных ХЛЛ методом NGS. Результаты проведенного исследования дополняют имеющиеся данные о частоте и спектре мутаций в генах ХЛЛ, а также их прогностической значимости. Полученные данные могут быть использованы для дополнения протоколов диагностики и алгоритмов лечения, что позволит использовать комбинации лекарственных препаратов для воздействия на молекулярные мишени опухоли. Разработана и внедрена таргетная NGS панель для диагностики молекулярно-генетических нарушений при злокачественных заболеваниях системы крови в ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России. Продемонстрирована актуальность применения NGS для персонифицированного подхода к диагностике ХЛЛ, что способствует более точной стратификации пациентов по группам риска и более обоснованному выбору тактики ведения пациентов.

Методология и методы исследования

Методологическую основу диссертационного исследования составляют общенаучные принципы познания: анализ, синтез, сравнение, обобщение. Методология базируется на системном подходе, интегрирующем современные представления об этиологии, патогенезе, диагностике и терапии ХЛЛ. В работе использованы клинические, лабораторные и статистические методы исследования.

Положения выносимые на защиту

1. Апробация таргетной NGS панели, охватывающей ключевые гены, ассоциированные c патогенезом ХЛЛ, подтвердила ее клиническую валидность с высоким пределом детекции соматических мутаций.

2. Разработанный алгоритм интерпретации результатов таргетного NGS позволяет фильтровать и аннотировать варианты нуклеотидной последовательности в условиях отсутствия возможности попарного секвенирования герминальной ДНК, способствуя тем самым выделению соматических мутаций.

3. Мутационный ландшафт больных ХЛЛ является комплексным, о чем свидетельствует выявление пула наиболее часто мутированных генов (NOTCH1, SF3B1, XPO1, ATM, TP53 и EP300), субклональных соматических мутаций (NSD2, SMC1A, DEK, KRAS и KMT2C), доминирующих сигнальных клеточных путей (модификации хроматина, контроля клеточного цикла и повреждения ДНК, RTK/RAS и регуляции транскрипции) и определение взаимосвязей мутаций в генах с клинико-биологическими характеристиками заболевания.

4. Немутированный IGHV, мутированный IKZF3 и высокая опухолевая мутационная нагрузка являются неблагоприятными биомаркерами сокращения времени до инициации противоопухолевой терапии первой линии. Биомаркерами, ухудшающими показатель ВБП у пациентов с ХЛЛ, ранее не получавших терапию, был мутированный ген BCR, а у пациентов с рецидивным/рефрактерным течением заболевания - мутации в гене IKZF3 и присутствие субклональных драйверных мутаций.

5. Мутации в генах M-CHIP встречаются у больных ХЛЛ значительно чаще по сравнению с общей популяцией. Пациентам с > 2 мутациями в генах M-CHIP или мутированным ASXL1 противоопухолевая терапия первой линии инициирована в более ранние сроки.

Степень достоверности и апробации результатов

Достоверность результатов настоящего исследования определяется репрезентативным объемом выборки пациентов, современными методами научного исследования, обработки и анализа данных. Выводы диссертации обоснованы и логически вытекают из полученных результатов. Основные теоретические и практические положения диссертационной работы представлены в виде устных и постерных докладов на научных конференциях всероссийского и международного уровня: научно-практическая конференция молодых ученых «Актуальные проблемы клинической гематологии» (2019 г., Санкт-Петербург), IV научно-практическая конференция «Актуальные вопросы высокотехнологичной помощи в терапии» (2020 г., Санкт-Петербург), VI всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Генетика опухолей кроветворной системы - от диагностики к терапии» (2021 г., Санкт-Петербург), объединенный VI Конгресс гематологов России и III Конгресс трансфузиологов России (2022 г., Москва), XX International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia (2023 г., Бостон), Annual Meeting of the Japanese Society of Hematology (2023 г., Токио), 65th ASH Annual Meeting (2023 г., Сан-Диего), EHA2024 Hybrid Congress (2024 г., Мадрид), 66th ASH Annual Meeting (2024 г., Сан-Диего), VIII Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Генетика опухолей кроветворной системы - от диагностики к терапии» (2025 г., Санкт-Петербург), EHA2025 Congress (2025 г., Милан), XI Петербургский международный онкологический форум «Белые ночи 2025» (2025 г., Санкт-Петербург).

Публикации

По теме диссертации опубликовано 10 статей, из них 7 - в журналах, входящих в перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, рекомендованных ВАК Министерства науки и высшего образования Российской Федерации для публикации результатов

диссертационных исследований. Опубликовано 16 тезисов, из них 13 - в зарубежной печати. Получено свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2025620793 от 19.06.2025 (Приложение А).

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Научные положения диссертации соответствуют паспорту специальности 3.1.28. Гематология и переливание крови. Результаты проведенной научно-практической работы соответствуют области исследования специальности 3.1.28. Гематология и переливание крови, а именно: п. 3, п. 4 и п. 13.

Внедрение результатов исследования

Результаты исследования внедрены в научно-исследовательскую работу Центра клеточной и молекулярной патологии, Научно-исследовательского отдела гематологии и трансфузиологии, а также в практическую работу клинических подразделений ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России.

Личный вклад автора

Личное участие автора в получении научных результатов, излагаемых в диссертационном исследовании, осуществлялось на всех этапах работы: дизайн исследования; подбор и анализ доступных российских и международных литературных источников; определение генов, вовлеченных в ключевые сигнальные клеточные пути ХЛЛ, и рекомендации для их включения в кастомную панель для высокопроизводительного секвенирования; оценка результатов таргетного NGS; сбор и анализ ретроспективных/проспективных данных; проектирование и оптимизация структуры электронной базы данных с последующим ее наполнением; статистическая обработка и анализ данных; обобщение и оформление результатов исследования; формулировка выводов и подготовка материалов к публикациям, устным и постерным докладам.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 162 страницах машинописного текста. Квалификационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, перспектив дальнейшей разработки темы, списка литературы (254 источника: 243 - зарубежных и 11 - отечественных). Работа иллюстрирована 34 рисунками и 23 таблицами.

ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О ГЕНОМНОМ ЛАНДШАФТЕ ХРОНИЧЕСКОГО ЛИМФОЦИТАРНОГО ЛЕЙКОЗА

Хронический лимфоцитарный лейкоз - лимфопролиферативное новообразование (ЛПН), характеризующееся моноклональной пролиферацией зрелых В-лимфоцитов, экспрессирующих CD5, CD19, CD20 и CD23 [1].

В Европейских странах заболеваемость ХЛЛ составляет 3-6,4 на 100 тыс. человек, с медианой возраста в 72 года [1; 51-53]. В США заболеваемость - 4,7 на 100 тыс. населения, с диапазоном возраста 65-74 года [3; 54; 55]. В РФ заболеваемость ХЛЛ по данным 2023 г. отмечена на уровне 3,14 на 100 тыс. человек с пиком заболеваемости в возрастной группе 6569 лет и соотношением мужчин и женщин 1,12:1 (Рисунок 1) [4]. Стандартизированные мировые показатели заболеваемости ХЛЛ с учетом индекса человеческого развития представлены в Приложении Б.

Рисунок 1 - Заболеваемость ХЛЛ по полу и возрастным группам в РФ в 2023 г. Примечание - График разработан автором на основе опубликованных данных [4].

Наиболее высокая заболеваемость ХЛЛ отмечается у неиспаноязычных представителей белой расы (~ 4-7 на 100 тыс.), промежуточная - среди африканцев и афроамериканцев, наименьшая - среди азиатов и жителей тихоокеанского региона (~ 0,1-0,2 на 100 тыс.) [2; 56-59]. Исследование S. Yi et al. продемонстрировало географические различия в мутационном профиле у лиц с ХЛЛ европеоидного и азиатского (Китай) происхождения: частота мутаций в генах MYD88 составила 2-4% vs. 10% и KMT2D - 0,7% vs. 10%, соответственно [60].

Повышенный риск развития ХЛЛ отмечается у лиц, в семье которых есть зарегистрированные случаи ХЛЛ или иные варианты ЛПН [61-63], а также наличие терминальных мутаций в гене АТМ [29; 64].

Клинический полиморфизм ХЛЛ характеризуется формами от индолентного течения, не требующих инициации противоопухолевого лечения, до агрессивного - с развитием ранних рецидивов и резистентности к проводимым программ терапии. Данная вариабельность напрямую связана с неоднородностью геномного ландшафта ХЛЛ, в котором каждая молекулярно-генетическая аномалия способствует формированию уникального фенотипа. Интеграция классических и современных методов исследований генома позволяет раскрыть взаимосвязь между мутационным профилем, клональной эволюцией и клиническими исходами заболевания.

1.1 Клеточное происхождение и реактивное микроокружение опухоли

Идентификация «нулевой» клетки, в которой возникла злокачественная трансформация, позволяет получить данные о клональной эволюции. Результатами десятилетних исследований стало понимание этапов дифференцировки и биологии В-лимфоцитов [6]. Это позволило выделить несколько типов клеток в качестве потенциальных клеток-предшественниц ХЛЛ (Рисунок 2) [32; 65-71].

В настоящее время принято считать, что ХЛЛ развивается из зрелых В-лимфоцитов, что подтверждается экспрессией характерных маркеров (CD5, CD19, CD20) и наличием клональных перестроек гена IGHV [65-69]. Выделены две группы в зависимости от наличия или отсутствия мутаций в гене IGHV: мутированный IGHV (mutated IGHV, M-IGHV) и немутированный IGHV (unmutated IGHV, UM-IGHV), что отражает связь с разными этапами дифференцировки В-лимфоцитов. Так, M-IGHV вариант ХЛЛ развивается из В-лимфоцитов, прошедших через герминативный центр (germinative center, GC), тогда как UM-IGHV может происходить из наивных CD5+CD27- В-лимфоцитов, не прошедших через герминативный центр (non-GC). Эпигенетические исследования подтвердили связь подтипов ХЛЛ с этапами дифференцировки В-клеток [71].

МВКЛ M-IGHV хлл

CD5*CD27

B-лимфоциты МВКЛ UM-IGHV ХЛЛ

Рисунок 2 - Клеточное происхождение ХЛЛ

Примечания: BCR - В-клеточный рецептор, GC - герминативный центр, IGHV- вариабельные области тяжелых цепей иммуноглобулинов; M-IGHV- мутации в гене IGHV; Non-GC - В-лимфоциты, не прошедшие через герминативный центр; Post-GC - В-лимфоциты, прошедшие через герминативный центр; UM-IGHV - отсутствие мутаций в гене IGHV; ГСК - гемопоэтическая стволовая клетка; МВКЛ - моноклональный В-клеточный лимфоцитоз; ХЛЛ - хронический лимфоцитарный лейкоз. Рисунок разработан автором на основе работ [32; 70] с помощью BioRender.com.

Выдвинута гипотеза о гемопоэтической стволовой клетке (ГСК), как исходной клетке в развитии ХЛЛ. Гипотеза основана на клинических наблюдениях за пациентами после трансплантации аллогенных ГСК, экспериментах с трансплантацией культуры ГСК и обнаружении специфичных мутаций (NOTCH1, SF3B1) в очищенной культуре ГСК пациентов с ХЛЛ [1; 69].

Однако представленные данные противоречивы: технические сложности выделения очищенной культуры ГСК затрудняют интерпретацию результатов, а феномен КГ наблюдается и у здоровых лиц с риском развития злокачественных заболеваний системы крови в целом и ХЛЛ в частности [72; 73]. Поиск клетки-предшественницы ХЛЛ остается одной из ключевых научных проблем, объединяющей молекулярные и экспериментальные исследования.

Важную роль в патогенезе ХЛЛ играет коммуникация трансформированных В-клеток с реактивным микроокружением, клеточные компоненты которого взаимодействуют с опухолевыми В-лимфоцитами посредством многообразной и переплетенной сети молекул адгезии, хемокиновых рецепторов, членов семейства факторов некроза опухоли (tumor necrosis factor, TNF) и растворимых факторов, а также сигнальных путей, участвующих в хоуминге (направленной миграции) клеток, их выживании и пролиферации.

Основными компонентами реактивного микроокружения опухоли являются: «клетки-няньки», мезенхимальные стромальные, эндотелиальные, дендритные, Т- и NK-клетки.

«Клетки-няньки» моноцитарного происхождения активируют сигнальный путь В-клеточного рецептора (B-cell receptor, BCR), индуцируют хемотаксис и увеличивают жизнеспособность клеток ХЛЛ посредством секреции хемокинов CXCL12/13, а также экспрессии В-клеточного активирующего фактора (B-cell activating factor, BAFF) и индуцирующего пролиферацию лиганда (a proliferation inducing ligand, APRIL) [74-76].

Мезенхимальные стромальные клетки костного мозга являются «питательным» слоем для клеток-предшественников и поддерживают архитектуру костного мозга [76]. Стромальные клетки секретируют хемокины, которые обеспечивают выживание опухолевых В-лимфоцитов и способствуют развитию лекарственной устойчивости (защита от медикаментозного апоптоза посредством сохранения контакта с мезенхимальными клетками) [74-76].

Эндотелиальные и дендритные клетки играют ключевую роль в удержании опухолевых В-лимфоцитов в тканях [76], способствуя их выживанию, активации и развитию лекарственной устойчивости посредством адгезии и клеточного контакта. Взаимодействие с эндотелиальными и дендритными клетками регулируется через интегрины ß1 и ß2, молекулы BAFF, APRIL [75; 76] и CD44 [74].

Т- и NK-клетки играют ключевую роль в презентации антигена и активации В-лимфоцитов через взаимодействие CD40+ В-лимфоцитов с лигандом CD40 на активированных CD4+ Т-лимфоцитах, что способствует выживанию опухолевых клеток ХЛЛ. Увеличение количества эффекторных клеток памяти CD4+ и CD8+ связано с более поздней стадией заболевания и повышенной экспрессией белка запрограммированной гибели клеток 1 (programmed cell death protein 1, PD-1), в то время как ХЛЛ клетки экспрессируют высокие уровни лиганда PD-1 [75; 76]. Гиперэкспрессия молекулы лейкоцитарного антигена G человека (human leukocyte antigens G, HLA-G) у пациентов с ХЛЛ снижает цитотоксичность NK-клеток и способствует их апоптозу. В то же время растворимый BAFF препятствует лизису клеток ХЛЛ, опосредованному натуральными киллерами, что может объяснять уклонение опухолевых В-лимфоцитов от иммуноопосредованного разрушения [75].

1.2 Геномный ландшафт 1.2.1 Хромосомные нарушения

Использование цитогенетических методов в диагностике ХЛЛ предоставило важную информацию о биологии опухолевого клона, продемонстрировав, что заболевание часто связано

с утратой или добавлением большого количества хромосомного материала. Согласно проведенным исследованиям, более чем у 80% пациентов с ХЛЛ выявляются хромосомные аберрации [11].

Делеция длинного плеча 13 хромосомы представляет собой наиболее часто наблюдаемую генетическую аберрацию у пациентов с ХЛЛ (55% случаев) [11]. Биаллельная del(13q) отмечается у 30% больных [24]. Патофизиологическая роль малых некодирующих РНК (микроРНК) MIR15A и MIR16, находящихся в критической области del(13q14), подтверждена in vivo. У мышей с делецией, затрагивающей локус miR-15a/16-1, развивается ЛПН подобное ХЛЛ [77; 78] и приводит к негативной регуляции экспрессии гена BCL2 [79]. Данные исследования позволяют предположить, что del(13q) служит одним из драйверных событий в патогенезе ХЛЛ.

Трисомия 12 хромосомы обнаруживается у 10-20% пациентов [11]. Трисомия 12 хромосомы может возникать одновременно с другими хромосомными нарушениями, например, с делециями (14q, 13q, 11q, 17p) или транслокациями с вовлечением гена IGH. В настоящее время активно изучаются функциональные последствия (+12), но учитывая, что пораженный участок - целая хромосома, возникают сложности в определении «набора» генов-кандидатов. Мутации в гене NOTCH1 наиболее часто встречаются у пациентов с (+12), особенно при UM-IGHV варианте ХЛЛ [25; 26]. Трисомия 12 хромосомы в основном рассматривается как драйверное событие, оказывающее влияние на ранних стадиях эволюции опухолевого клона при ХЛЛ и способствующее появлению вторичных хромосомных аберраций или мутаций в генах NOTCH1, TP53 и FBXW7. Кроме того, более высокая частота IGHV1 и IGHV4-39 вариантов при UM-IGHV обнаружена у пациентов с (+12) [24].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Михалева Мария Андреевна, 2025 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Hallek, M. Chronic lymphocytic leukemia: 2022 update on diagnostic and therapeutic procedures / M. Hallek, O. Al-Sawaf // American Journal of Hematology. - 2021. - Vol. 96, № 12. - P. 1679-1705.

2. Miranda-Filho, A. Epidemiological patterns of leukaemia in 184 countries: a population-based study / A. Miranda-Filho, M. Piñeros, J. Ferlay [et al.] // The Lancet Haematology. - 2018. - Vol.

5, № 1. - P. e14-e24.

3. Siegel, R. L. Cancer statistics, 2023 / R. L. Siegel, K. D. Miller, N. S. Wagle [et al.] // CA Cancer Journal for Clinicians. - 2023. - Vol. 73, № 1. - P. 17-48.

4. Злокачественные новообразования в России в 2023 году : (заболеваемость и смертность) / под ред. А. Д. Каприна [и др.]. - М. : МНИОИ им. П. А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2024. - 275 с. ISBN 978-5-85502-298-8.

5. Hallek, M. iwCLL guidelines for diagnosis, indications for treatment, response assessment, and supportive management of CLL / M. Hallek, B. D. Cheson, D. Catovsky [et al.] // Blood. - 2018. -Vol. 131, № 25. - P. 2745-2760.

6. Михалева, М. А. Хронический лимфоцитарный лейкоз: геномный ландшафт и сигнальные клеточные пути / М. А. Михалева, Е. О. Куневич, А. Ю. Кувшинов [и др.] // Клиническая онкогематология. Фундаментальные исследования и клиническая практика. - 2025. - Т. 18, № 1. - С. 21-37.

7. Hamblin, T. J. Unmutated Ig V(H) genes are associated with a more aggressive form of chronic lymphocytic leukemia / T. J. Hamblin, Z. Davis, A. Gardiner [et al.] // Blood. - 1999. - Vol. 94, № 6. - P. 1848-1854.

8. Damle, R. N. Ig V gene mutation status and CD38 expression as novel prognostic indicators in chronic lymphocytic leukemia / R. N. Damle, T. Wasil, F. Fais [et al.] // Blood. - 1999. - Vol. 94, №

6. - P. 1840-1847.

9. Ghia, P. ERIC recommendations on IGHV gene mutational status analysis in chronic lymphocytic leukemia / P. Ghia, K. Stamatopoulos, C. Belessi [et al.] // Leukemia. - 2007. - Vol. 21, № 1. - P. 1-3.

10. Agathangelidis, A. Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: the 2022 update of the recommendations by ERIC, the European Research Initiative on CLL / A. Agathangelidis, A. Chatzidimitriou, T. Chatzikonstantinou [et al.] // Leukemia. - 2022. - Vol. 36, № 8. - P. 1961-1968.

11. Döhner, H. Genomic aberrations and survival in chronic lymphocytic leukemia / H. Döhner, S. Stilgenbauer, A. Benner [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2000. - Vol. 343, № 26. - P. 1910-1916.

12. Puente, X. S. Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia / X. S. Puente, M. Pinyol, V. Quesada [et al.] // Nature. - 2011. - Vol. 475, № 7354. - P. 101-105.

13. Quesada, V. Exome sequencing identifies recurrent mutations of the splicing factor SF3B1 gene in chronic lymphocytic leukemia / V. Quesada, L. Conde, N. Villamor [et al.] // Nature Genetics.

- 2011. - Vol. 44, № 1. - P. 47-52.

14. Wang, L. SF3B1 and other novel cancer genes in chronic lymphocytic leukemia / L. Wang, M. S. Lawrence, Y. Wan [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2011. - Vol. 365, № 26. - P. 2497-2506.

15. Fabbri, G. Analysis of the chronic lymphocytic leukemia coding genome: role of NOTCH1 mutational activation / G. Fabbri, S. Rasi, D. Rossi [et al.] // Journal of Experimental Medicine. - 2011.

- Vol. 208, № 7. - P. 1389-1401.

16. Puente, X. S. Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia / X. S. Puente, S. Bea, R. Valdes-Mas [et al.] // Nature. - 2015. - Vol. 526, № 7574. - P. 519-524.

17. Landau, D. A. Evolution and impact of subclonal mutations in chronic lymphocytic leukemia / D. A. Landau, S. L. Carter, P. Stojanov [et al.] // Cell. - 2013. - Vol. 152, № 4. - P. 714726.

18. Landau, D. A. Novel putative driver gene mutations in chronic lymphocytic leukemia (CLL): results from a combined analysis of whole-exome sequencing of 262 primary CLL samples / D A. Landau, C. Stewart, J. G. Reiter [et al.] // Blood. - 2014. - Vol. 124, № 21. - P. 1952.

19. Landau, D. A. Mutations driving CLL and their evolution in progression and relapse / D.A. Landau, E. Tausch, A. N. Taylor-Weiner [et al.] // Nature. - 2015. - Vol. 526, № 7574. - P. 525-530.

20. Ljungstrom, V. Whole-exome sequencing in relapsing chronic lymphocytic leukemia: clinical impact of recurrent RPS15 mutations / V. Ljungstrom, D. Cortese, E. Young [et al.] // Blood. -2016. - Vol. 127, № 8. - P. 1007-1016.

21. Knisbacher, B. A. Molecular map of chronic lymphocytic leukemia and its impact on outcome / B. A. Knisbacher, Z. Lin, C. K. Hahn [et al.] // Nature Genetics. - 2022. - Vol. 54, № 11. -P. 1664-1674.

22. Mollstedt, J. Precision diagnostics in chronic lymphocytic leukemia: past, present and future / J. Mollstedt, L. Mansouri, R. Rosenquist. - Текст : электронный // Frontiers in Oncology. - 2023. -Vol. 13. - URL: https://doi.org/10.3389/fonc.2023.1146486 (дата обращения: 14.09.2023).

23. Juliusson, G. Prognostic subgroups in B-cell chronic lymphocytic leukemia defined by specific chromosomal abnormalities / G. Juliusson, D. G. Oscier, M. Fitchett [et al.] // New England Journal of Medicine. - 1990. - Vol. 323, № 11. - P. 720-724.

24. Puiggros, A. Genetic abnormalities in chronic lymphocytic leukemia: where we are and where we go / A. Puiggros, G. Blanco, B. Espinet. - Текст : электронный // BioMed Research

International. - 2014. - Vol. 2014, №» 1. - URL: https://doi.org/10.1155/2014/435983 (дата обращения: 23.03.2022).

25. Jeromin, S. SF3B1 mutations correlated to cytogenetics and mutations in NOTCH1, FBXW7, MYD88, XPO1 and TP53 in 1160 untreated CLL patients / S. Jeromin, S. Weissmann, C. Haferlach [et al.] // Leukemia. - 2014. - Vol. 28, № 1. - P. 108-117.

26. Larrayoz, M. Non-coding NOTCH1 mutations in chronic lymphocytic leukemia; their clinical impact in the UK CLL4 trial / M. Larrayoz, M. J. J. Rose-Zerilli, L. Kadalayil [et al.] // Leukemia. - 2017. - Vol. 31, № 2. - P. 510-514.

27. Brown, J. R. Integrative genomic analysis implicates gain of PIK3CA at 3q26 and MYC at 8q24 in chronic lymphocytic leukemia / J. R. Brown, M. Hanna, B. Tesar [et al.] // Clinical Cancer Research. - 2012. - Vol. 18, № 14. - P. 3791-3802.

28. Zenz, T. From pathogenesis to treatment of chronic lymphocytic leukaemia / T. Zenz, D. Mertens, R. Küppers [et al.] // Nature Reviews Cancer. - 2010. - Vol. 10, № 1. - P. 37-50.

29. Lampson, B. L. Rare germline ATM variants influence the development of chronic lymphocytic leukemia / B. L. Lampson, A. Gupta, S. Tyekucheva [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2023. - Vol. 41, № 5. - P. 1116-1128.

30. Hallek, M. Addition of rituximab to fludarabine and cyclophosphamide in patients with chronic lymphocytic leukaemia: a randomised, open-label, phase 3 trial / M. Hallek, K. Fischer, G. Fingerle-Rowson [et al.] // The Lancet. - 2010. - Vol. 376, № 9747. - P. 1164-1174.

31. Zenz, T. TP53 mutation profile in chronic lymphocytic leukemia: evidence for a disease specific profile from a comprehensive analysis of 268 mutations / T. Zenz, D. Vollmer, M. Trbusek [et al.] // Leukemia. - 2010. - Vol. 24, № 12. - P. 2072-2079.

32. Seiffert, M. Exploiting biological diversity and genomic aberrations in chronic lymphocytic leukemia / M. Seiffert, S. Dietrich, A. Jethwa [et al.] // Leukemia & Lymphoma. - 2012. - Vol. 53, № 6. - P. 1023-1031.

33. Yu, L. Survival of del17p CLL depends on genomic complexity and somatic mutation / L. Yu, H. T. Kim, S. Kasar [et al.] // Clinical Cancer Research. - 2017. - Vol. 23, № 3. - P. 735-745.

34. Mikhaleva, M. Higher mutational burden is an independent predictor of shorter time to first treatment in untreated chronic lymphocytic leukemia patients / M. Mikhaleva, S. Tyekucheva, K. Mashima [et al.] // Blood. - 2023. - Vol. 142, № S1. - P. 3270.

35. Rigolin, G. M. Chromosome aberrations detected by conventional karyotyping using novel mitogens in chronic lymphocytic leukemia with "normal" FISH: correlations with clinicobiologic parameters / G. M. Rigolin, F. Cibien, S. Martinelli [et al.] // Blood. - 2012. - Vol. 119, № 10. - P. 2310-2313.

36. Baliakas, P. Chromosomal translocations and karyotype complexity in chronic lymphocytic leukemia: a systematic reappraisal of classic cytogenetic data / P. Baliakas, M. Iskas, A. Gardiner [et al.] // American Journal of Hematology. - 2014. - Vol. 89, № 3. - P. 249-255.

37. Cavallari, M. Biological significance and prognostic/predictive impact of complex karyotype in chronic lymphocytic leukemia / M. Cavallari, F. Cavazzini, A. Bardi [et al.] // Oncotarget.

- 2018. - Vol. 9, № 76. - P. 34398-34412.

38. Jaglowski, S. M. Complex karyotype predicts for inferior outcomes following reduced-intensity conditioning allogeneic transplant for chronic lymphocytic leukaemia / S. M. Jaglowski, A. S. Ruppert, N. A. Heerema [et al.] // British Journal of Haematology. - 2012. - Vol. 159, № 1. - P. 82-87.

39. Baliakas, P. Cytogenetic complexity in chronic lymphocytic leukemia: definitions, associations, and clinical impact / P. Baliakas, S. Jeromin, M. Iskas [et al.] // Blood. - 2019. - Vol. 133, № 11. - P. 1205-1216.

40. Baliakas, P. Cytogenetics in chronic lymphocytic leukemia: ERIC perspectives and recommendations / P. Baliakas, B. Espinet, C. Mellink [et al.]. - Текст : электронный // HemaSphere.

- 2022. - Vol. 6, № 4. - P. e707. - URL: https://doi.org/10.1097/HS9.0000000000000707 (дата обращения: 11.09.2023).

41. Santos Azevedo, R. Complex karyotype, but not isolated TP53 mutation, predicts overall survival in chronic lymphocytic leukemia patients in the era of targeted therapy / R. Santos Azevedo, M. Mikhaleva, K. Mashima [et al.] // Blood. - 2024. - Vol. 144, № S1. - P. 583-584.

42. Бидерман, Б. В. Репертуар генов тяжелой цепи иммуноглобулинов при В-клеточном хроническом лимфолейкозе в России и Беларуси / Б. В. Бидерман, Е. А. Никитин, Т. Ф. Сергиенко [и др.] // Онкогематология. - 2012. - Т. 7, № 3. - С. 38-43.

43. Rosenquist, R. Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations / R. Rosenquist, P. Ghia, A. Hadzidimitriou [et al.] // Leukemia. - 2017.

- Vol. 31, № 7. - P. 1477-1481.

44. Бидерман, Б. В. Гены иммуноглобулинов и стереотипные антигенные рецепторы при хроническом лимфолейкозе и других лимфопролиферативных заболеваниях / Б. В. Бидерман, А. Б. Судариков // Гематология и трансфузиология. - 2023. - Т. 68, № 1. - С. 70-79.

45. Mansouri, L. Different prognostic impact of recurrent gene mutations in chronic lymphocytic leukemia depending on IGHV gene somatic hypermutation status: a study by ERIC in HARMONY / L. Mansouri, B. Thorvaldsdottir, L-A. Sutton [et al.] // Leukemia. - 2023. - Vol. 37, № 2. - P. 339-347.

46. Kreuzberger, N. Prognostic models for newly-diagnosed chronic lymphocytic leukaemia in adults: a systematic review and meta-analysis / N. Kreuzberger, J. A. Damen, M. Trivella [et al.]. -Текст : электронный // Cochrane Database of Systematic Reviews. - 2020. - Vol. 7, № 7. - URL: https://doi.org/10.1002/14651858.CD012022.pub2 (дата обращения: 05.06.2024).

47. International CLL-IPI Working Group. An international prognostic index for patients with chronic lymphocytic leukaemia (CLL-IPI): a meta-analysis of individual patient data / International CLL-IPI Working Group // The Lancet Oncology. - 2016. - Vol. 17, № 6. - P. 779-790.

48. Delgado, J. Chronic lymphocytic leukemia: a prognostic model comprising only two biomarkers (IGHV mutational status and FISH cytogenetics) separates patients with different outcome and simplifies the CLL-IPI / J. Delgado, M. Doubek, T. Baumann [et al.] // American Journal of Hematology. - 2017. - Vol. 92, № 4. - P. 375-380.

49. Wierda, W. G. Prognostic nomogram and index for overall survival in previously untreated patients with chronic lymphocytic leukemia / W. G. Wierda, S. O'Brien, X. Wang [et al.] // Blood. -2007. - Vol. 109, № 11. - P. 4679-4685.

50. Vijenthira, A. Myeloid clonal hematopoiesis of indeterminate potential in patients with chronic lymphocytic leukemia / A. Vijenthira, V. O. Volpe, A. Sekar [et al.] // Blood Advances. - 2024.

- Vol. 8, № 23. - P. 5949-5956.

51. Cancer Research UK : Chronic lymphocytic leukaemia (CLL) : сайт. - London. - URL: http://www.cancerresearchuk.org/about-cancer/chronic-lymphocytic-leukaemia-cll (дата обращения:

30.09.2021). - Текст: электронный.

52. Andres, M. Trends of incidence, mortality and survival for chronic lymphocytic leukaemia/small lymphocytic lymphoma in Switzerland between 1997 and 2016: a population-based study / M. Andres, A. Feller, V. Arndt [et al.]. - Текст : электронный // Swiss Medical Weekly. - 2021.

- Vol. 151, № 1112. - P. w20463. - URL: https://doi.org/10.4414/smw.2021.20463 (дата обращения:

02.01.2022).

53. Olafsson, G. B. Chronic lymphocytic leukemia in Iceland from 2003 to 2013: incidence, presentation and diagnosis / G. B. Olafsson, H. Steingrimsdottir, B. Vidarsson, [et al.] // Laeknabladid.

- 2016. - Vol. 102, № 4. - P. 171-177.

54. Hao, T. An emerging trend of rapid increase of leukemia but not all cancers in the aging population in the United States / T. Hao, M. Li-Talley, A. Buck [et al.]. - Текст : электронный // Scientific Reports. - 2019. - Vol. 9, № 1. - P. 12070. - URL: https://doi.org/10.1038/s41598-019-48445-1 (дата обращения: 07.05.2020).

55. Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) Program : Cancer stat facts: Chronic lymphocytic leukemia : сайт / National Cancer Institute. - Bethesda. - URL: https://seer.cancer.gov/statfacts/html/clyl.html (дата обращения: 30.09.2021). - Текст: электронный.

56. Yang, S. Ethnic and geographic diversity of chronic lymphocytic leukaemia / S. Yang, A. M. Varghese, N. Sood [et al.] // Leukemia. - 2021. - Vol. 35, № 2. - P. 433-439.

57. Kawamata, N. Genetic differences between Asian and Caucasian chronic lymphocytic leukemia / N. Kawamata, C. Moreilhon, T. Saitoh [et al.] // International Journal of Oncology. - 2013.

- Vol. 43, № 2. - P. 561-565.

58. Fleming, A. F. The epidemiology of lymphomas and leukaemias in Africa-an overview / A. F. Fleming // Leukemia Research. - 1985. - Vol. 9, № 6. - P. 735-740.

59. Oloo, A. J. Chronic lymphocytic leukaemia (CLL): clinical study at Kenyatta Nation Hospital (KNH) / A. J. Oloo, T. A. Ogada // East African Medical Journal. - 1984. - Vol. 61, № 11. -P. 797-801.

60. Yi, S. High incidence of MYD88 and KMT2D mutations in Chinese with chronic lymphocytic leukemia / S. Yi, Y. Yan, M. Jin [et al.] // Leukemia. - 2021. - Vol. 35, № 8. - P. 24122415.

61. Zada, M. Familial chronic lymphocytic leukemia in Israel: a disproportionate distribution among Ashkenazi Jews / M. Zada, D. Lerner, Y. Piltz [et al.] // European Journal of Haematology. -2017. - Vol. 99, № 1. - P. 51-55.

62. Sud, A. Analysis of 153 115 patients with hematological malignancies refines the spectrum of familial risk / A. Sud, S. Chattopadhyay, H. Thomsen // Blood. - 2019. - Vol. 134, № 12. - P. 960969.

63. Куркина, Н. В. Хронический лимфолейкоз у близких родственников (описание двух собственных клинических наблюдений у родных братьев) / Н. В. Куркина, Е. А. Репина // Клиническая онкогематология. Фундаментальные исследования и клиническая практика. - 2021.

- Т. 14, № 1. - С. 69-72.

64. Azevedo, R. S. Investigating the influence of germline ATM variants in chronic lymphocytic leukemia on cancer vulnerability / R. S. Azevedo, F. Morelli, K. Mashima [et al.] // Haematologica. -2024. - Vol. 110, № 4. - P. 904-913.

65. Chiorazzi, N. Chronic lymphocytic leukemia / N. Chiorazzi, K. R. Rai, M. Ferrarini // New England Journal of Medicine. - 2005. - Vol. 352, № 8. - P. 804-815.

66. Klein, U. New insights into the phenotype and cell derivation of B cell chronic lymphocytic leukemia / U. Klein, R. Dalla-Favera. - Текст непосредственный // Chronic Lymphocytic Leukemia. Current Topics in Microbiology and Immunology. - Berlin : Springer, 2005. - P. 31-49.

67. Stevenson, F. K. Chronic lymphocytic leukemia: revelations from the B-cell receptor / F. K. Stevenson, F. Caligaris-Cappio // Blood. - 2004. - Vol. 103, № 12. - P. 4389-4395.

68. WHO classification of tumours of haematopoietic and lymphoid tissues / ed. by S. H. Swerdlow, E. Campo, N. L. Harris [et al.]. - Lyon : IARC, 2017. - 586 p. - ISBN 9789283244943. -Текст непосредственный.

69. Bosch, F. Chronic lymphocytic leukaemia: from genetics to treatment / F. Bosch, R. Dalla-Favera // Nature Reviews Clinical Oncology. - 2019. - Vol. 16, № 11. - P. 684-701.

70. Klein, U. Gene expression profiling of B cell chronic lymphocytic leukemia reveals a homogeneous phenotype related to memory B cells / U. Klein, Y. Tu, G. A. Stolovitzky [et al.] // Journal of Experimental Medicine. - 2001. - Vol. 194, № 11. - P. 1625-1638.

71. Kulis, M. Epigenomic analysis detects widespread gene-body DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia / M. Kulis, S. C. Heath, M. Bibikova [et al.] // Nature Genetics. - 2012.

- Vol. 44, № 11. - P. 1236-1242.

72. Jaiswal, S. Clonal hematopoiesis and risk of atherosclerotic cardiovascular disease / S. Jaiswal, P. Natarajan, A. J. Silver [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2017. - Vol. 377, № 2.

- P. 111-121.

73. Niroula, A. Distinction of lymphoid and myeloid clonal hematopoiesis / A. Niroula, A. Sekar, M. A. Murakami [et al.] // Nature Medicine. - 2021. - Vol. 27, № 11. - P. 1921-1927.

74. Ferrer, G. Critical molecular pathways in CLL therapy / G. Ferrer, E. Montserrat. - Текст : электронный // Molecular Medicine. - 2018. - Vol. 24, № 1. - Art. 9. - URL: https://doi.org/10.1186/s10020-018-0001-1 (дата обращения: 03.09.2019).

75. Ten Hacken, E. Microenvironment interactions and B-cell receptor signaling in chronic lymphocytic leukemia: implications for disease pathogenesis and treatment / E. Ten Hacken, J. A. Burger // Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Cell Research. - 2016. - Vol. 1863, № 3. -P.401-413.

76. O'Donnell, A. NF-kB and the CLL microenvironment / A. O'Donnell, C. Pepper, S. Mitchell [et al.]. - Текст : электронный // Frontiers in Oncology. - 2023. - Vol. 13. - URL: https://doi.org/10.3389/fonc.2023.1169397 (дата обращения: 03.09.2019).

77. Klein, U. The DLEU2/miR-15a/16-1 cluster controls B cell proliferation and its deletion leads to chronic lymphocytic leukemia / U. Klein, M. Lia, M. Crespo [et al.] // Cancer Cell. - 2010. -Vol. 17, № 1. - P. 28-40.

78. Kasar, S. Systemic in vivo lentiviral delivery of miR-15a/16 reduces malignancy in the NZB de novo mouse model of chronic lymphocytic leukemia / S. Kasar, E. Salerno, Y. Yuan [et al.] // Genes and Immunity. - 2012. - Vol. 13, № 2. - P. 109-119.

79. Cimmino, A. miR-15 and miR-16 induce apoptosis by targeting BCL2 / A. Cimmino, G. A. Calin, M. Fabbri [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2005. - Vol. 102, № 39. - P. 13944-13949.

80. Cavazzini, F. Chromosome 14q32 translocations involving the immunoglobulin heavy chain locus in chronic lymphocytic leukaemia identify a disease subset with poor prognosis / F. Cavazzini, J. A. Hernandez, A. Gozzetti [et al.] // British Journal of Haematology. - 2008. - Vol. 142, № 4. - P. 529537.

81. Sanger, F. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors / F. Sanger, S. Nicklen, A. R. Coulson // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 1977.

- Vol. 74, № 12. - P. 5463-5467.

82. DNA sequencing costs: Data from the NHGRI Genome Sequencing Program (GSP) : сайт / National Human Genome Research Institute. - Bethesda. - URL: www.genome.gov/sequencingcostsdata (дата обращения: 10.09.2025). - Текст: электронный.

83. Damm, F. Acquired initiating mutations in early hematopoietic cells of CLL patients / F. Damm, E. Mylonas, A. Cosson [et al.] // Cancer Discovery. - 2014. - Vol. 4, № 9. - P. 1088-1101.

84. Vogelstein, B. Cancer genome landscapes / B. Vogelstein, N. Papadopoulos, V. E. Velculescu [et al.] // Science. - 2013. - Vol. 340, № 6127. - P. 1546-1558.

85. Sanchez-Vega, F. Oncogenic signaling pathways in the cancer genome atlas / F. Sanchez-Vega, M. Mina, J. Armenia [et al.] // Cell. - 2018. - Vol. 173, № 2. - P. 321-337.e10.

86. Cerami, E. The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data / E. Cerami, J. Gao, U. Dogrusoz [et al.] // Cancer Discovery. -2012. - Vol. 2, № 5. - P. 401-404.

87. NCBI resource coordinators. Database resources of the national center for biotechnology information / NCBI resource coordinators // Nucleic Acids Research. - 2016. - Vol. 44, № D1. - P. D7-D19.

88. Tate, J. G. COSMIC: the catalogue of somatic mutations in cancer / J.G. Tate, S. Bamford, H. C. Jubb [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol. 47, № D1. - P. D941-D947.

89. Sondka, Z. The COSMIC cancer gene census: describing genetic dysfunction across all human cancers / Z. Sondka, S. Bamford, C.G. Cole [et al.] // Nature Reviews Cancer. - 2018. - Vol. 18, № 11. - P. 696-705.

90. Futreal, P. A. A census of human cancer genes / P.A. Futreal, L. Coin, M. Marshall [et al.] // Nature Reviews Cancer. - 2004. - Vol. 4, № 3. - P. 177-183.

91. Online Mendelian Inheritance in Man, OMIM® : сайт / McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University. - Baltimore. - URL: https://omim.org/ (дата обращения: 31.03.2021). - Текст: электронный.

92. Fabregat, A. Reactome diagram viewer: data structures and strategies to boost performance / A. Fabregat, K. Sidiropoulos, G. Viteri [et al.] // Bioinformatics. - 2018. - Vol. 34, № 7. - P. 12081214.

93. Kanehisa, M. KEGG mapper for inferring cellular functions from protein sequences / M. Kanehisa, Y. Sato // Protein Science. - 2020. - Vol. 29, № 1. - P. 28-35.

94. Kanehisa, M. KEGG mapping tools for uncovering hidden features in biological data / M. Kanehisa, Y. Sato, M. Kawashima [et al.] // Protein Science. - 2022. - Vol. 31, № 1. - P. 47-53.

95. Ashburner, M. Gene ontology: tool for the unification of biology / M. Ashburner, C.A. Ball, J.A. Blake [et al.] // Nature Genetics. - 2000. - Vol. 25, № 1. - P. 25-29.

96. Gene ontology consortium. The gene ontology resource: enriching a GOld mine / Gene ontology consortium // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol. 49, № D1. - P. D325-D334.

97. Chakravarty, D. OncoKB: a precision oncology knowledge base / D. Chakravarty, J. Gao, S. M. Phillips [et al.]. - Текст : электронный // JCO Precision Oncology. - 2017. - Vol. 2017, № 1. -P. 1-16. - URL: https://doi.org/10.1200/PO.17.00011 (дата обращения: 05.09.2019).

98. Михалева, М. А. Секвенирование нового поколения как метод познания природы хронического лимфолейкоза и перехода к персонифицированной терапии / М. А. Михалева, И.

С. Мартынкевич, И. А. Булдаков [и др.] // Гематология. Трансфузиология. Восточная Европа. -2021. - Т. 7, № 2. - С. 176-190.

99. Van Dyke, D. L. The Dohner fluorescence in situ hybridization prognostic classification of chronic lymphocytic leukaemia (CLL): the CLL Research Consortium experience / D. L. Van Dyke, L. Werner, L. Z. Rassenti [et al.] // British Journal of Haematology. - 2016. - Vol. 173, № 1. - P. 105113.

100. Balatti, V. NOTCH1 mutations in CLL associated with trisomy 12 / V. Balatti, A. Bottoni, A. Palamarchuk [et al.] // Blood. - 2012. - Vol. 119, № 2. - P. 329-331.

101. Döhner, H. 11q deletions identify a new subset of B-cell chronic lymphocytic leukemia characterized by extensive nodal involvement and inferior prognosis / H. Döhner, S. Stilgenbauer, M. R. James [et al.] // Blood. - 1997. - Vol. 89, № 7. - P. 2516-2522.

102. Hurtado, A. M. Prognostic signature and clonality pattern of recurrently mutated genes in inactive chronic lymphocytic leukemia / A. M. Hurtado, T. H. Chen-Liang, B. Przychodzen [et al.]. -Текст : электронный // Blood Cancer Journal. - 2015. - Vol. 5, № 8. - P. e332. - URL: https://doi.org/10.1038/bcj.2015.65 (дата обращения: 08.02.2020).

103. Baliakas, P. Recurrent mutations refine prognosis in chronic lymphocytic leukemia / P. Baliakas, A. Hadzidimitriou, L.-A. Sutton, [et al.] // Leukemia. - 2015. - Vol. 29, № 2. - P. 329-336.

104. Rigolin, G. M. Extensive next-generation sequencing analysis in chronic lymphocytic leukemia at diagnosis: clinical and biological correlations / G. M. Rigolin, E. Saccenti, C. Bassi [et al.]. - Текст : электронный // Journal of Hematology & Oncology. - 2016. - Vol. 9, № 1. - P. 88. - URL: https://doi.org/10.1186/s13045-016-0320-z (дата обращения: 12.09.2019).

105. Burger, J. A. Long-term efficacy and safety of first-line ibrutinib treatment for patients with CLL/SLL: 5 years of follow-up from the phase 3 RESONATE-2 study / J. A. Burger, P. M. Barr, T. Robak [et al.] // Leukemia. - 2020. - Vol. 34, № 3. - P. 787-798.

106. Stilgenbauer, S. Gene mutations and treatment outcome in chronic lymphocytic leukemia: results from the CLL8 trial / S. Stilgenbauer, A. Schnaiter, P. Paschka [et al.] // Blood. - 2014. - Vol. 123, № 21. - P. 3247-3254.

107. Fischer, K. Venetoclax and obinutuzumab in patients with CLL and coexisting conditions / K. Fischer, O. Al-Sawaf, J. Bahlo [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2019. - Vol. 380, № 23. - P. 2225-2236.

108. Brown, J. R. Zanubrutinib or ibrutinib in relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia / J. R. Brown, B. Eichhorst, P. Hillmen [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2023. - Vol. 388, № 4. - P. 319-332.

109. Parikh, S. A. Risk factors for Richter syndrome in chronic lymphocytic leukemia / S. A. Parikh, T. D. Shanafelt // Current Hematologic Malignancy Reports. - 2014. - Vol. 9, № 3. - P. 294299.

110. Rossi, D. The clinical implications of gene mutations in chronic lymphocytic leukaemia / D. Rossi, G. Gaidano // British Journal of Cancer. - 2016. - Vol. 114, № 8. - P. 849-854.

111. Baliakas, P. Not all IGHV3-21 chronic lymphocytic leukemias are equal: prognostic considerations / P. Baliakas, A. Agathangelidis, A. Hadzidimitriou [et al.] // Blood. - 2015. - Vol. 125, № 5. - P. 856-859.

112. Nadeu, F. IGLV3-21R110 identifies an aggressive biological subtype of chronic lymphocytic leukemia with intermediate epigenetics / F. Nadeu, R. Royo, G. Clot [et al.] // Blood. - 2021. - Vol. 137, № 21. - P. 2935-2946.

113. Nadeu, F. Clinical impact of clonal and subclonal TP53, SF3B1, BIRC3, NOTCH1, and ATM mutations in chronic lymphocytic leukemia / F. Nadeu, J. Delgado, C. Royo [et al.] // Blood. - 2016. -Vol. 127, № 17. - P. 2122-2130.

114. Sandoval-Sus, J. D. Mutational landscape of chronic lymphocytic leukemia using next generation sequencing technologies in the real world clinical setting / J. D. Sandoval-Sus, F. E. Stingo, T. C. Knepper [et al.] // Blood. - 2016. - Vol. 128, № 22. - P. 4366.

115. Messina, M. Genetic lesions associated with chronic lymphocytic leukemia chemo-refractoriness / M. Messina, I. Del Giudice, H. Khiabanian [et al.] // Blood. - 2014. - Vol. 123, № 15. -P.2378-2388.

116. Tausch, E. Prognostic and predictive role of gene mutations in chronic lymphocytic leukemia: results from the pivotal phase III study COMPLEMENT 1 / E. Tausch, P. Beck, R. F. Schlenk [et al.] // Haematologica. - 2020. - Vol. 105, № 10. - P. 2440-2447.

117. Condoluci, A. International prognostic score for asymptomatic early-stage chronic lymphocytic leukemia / A. Condoluci, L. Terzi di Bergamo, P. Langerbeins [et al.] // Blood. - 2020. -Vol. 135, № 21. - P. 1859-1869.

118. Choi, D. S. Low variant allele frequency (VAF) TP53 mutation (mut) is not a poor prognostic marker in CLL patients treated with targeted therapy / D. S. Choi, Y. Ren, S. Tyekucheva [et al.] // Blood. - 2024. - Vol. 144, № S1. - P. 587-588.

119. Blakemore, S. J. Clinical significance of TP53, BIRC3, ATM and MAPK-ERK genes in chronic lymphocytic leukaemia: data from the randomised UK LRF CLL4 trial / S. J. Blakemore, R. Clifford, H. Parker [et al.] // Leukemia. - 2020. - Vol. 34, № 7. - P. 1760-1774.

120. Zent, C. S. Mutations in chronic lymphocytic leukemia and how they affect therapy choice: focus on NOTCH1, SF3B1, and TP53 / C. S. Zent, W. R. Burack // Hematology American Society of Hematology Education Program. - 2014. - Vol. 2014, № 1. - P. 119-124.

121. Rossi, D. Mutations of NOTCH1 are an independent predictor of survival in chronic lymphocytic leukemia / D. Rossi, S. Rasi, G. Fabbri [et al.] // Blood. - 2012. - Vol. 119, № 2. - P. 521529.

122. Oscier, D. G. The clinical significance of NOTCH1 and SF3B1 mutations in the UK LRF CLL4 trial / D. G. Oscier, M. J. J. Rose-Zerilli, N. Winkelmann [et al.] // Blood. - 2013. - Vol. 121, № 3. - P. 468-475.

123. Braggio, E. Lessons from next-generation sequencing analysis in hematological malignancies / E. Braggio, J. B. Egan, R. Fonseca [et al.]. - Текст : электронный // Blood Cancer Journal. - 2013. -Vol. 3, № 7. - P. e127. - URL: https://doi.org/10.1038/bcj.2013.26 (дата обращения: 19.09.2019).

124. Rossi, D. Disruption of BIRC3 associates with fludarabine chemorefractoriness in TP53 wildtype chronic lymphocytic leukemia / D. Rossi, M. Fangazio, S. Rasi [et al.] // Blood. - 2012. - Vol. 119, № 12. - P. 2854-2862.

125. Gronkowska, K. Genetic dysregulation of EP300 in cancers in light of cancer epigenome control-perspectives of specific targeting of p300 proficient and deficient cancers / K. Gronkowska, A. Robaszkiewicz. - Текст : электронный // Molecular Therapy Oncology. - 2024. - Vol. 32, № 4. - P. 200871. - URL: https://doi.org/10.10167j.omton.2024.200871 (дата обращения: 04.02.2025).

126. Jakubowski, C. D. FAT1 mutations influence time to first treatment in untreated CLL / C. D. Jakubowski, J. Felsenfeld, E. B. Bhavsar, [et al.] // Blood. - 2016. - Vol. 128, № 22. - P. 4349.

127. Clifford, R. SAMHD1 is mutated recurrently in chronic lymphocytic leukemia and is involved in response to DNA damage / R. Clifford, T. Louis, P. Robbe [et al.] // Blood. - 2014. - Vol. 123, № 7. - P. 1021-1031.

128. Lam, V. Proapoptotic and immunomodulatory effects of SYK inhibitor entospletinib in combination with obinutuzumab in patients with chronic lymphocytic leukaemia / V. Lam, S. Best, A. Kittai [et al.] // British Journal of Clinical Pharmacology. - 2022. - Vol. 88, № 2. - P. 836-841.

129. Куневич, Е. О. Феномен клонального гемопоэза: этиология, классификация и прогностическая роль / Е. О. Куневич, М. А. Михалева, О. Б. Крысюк [и др.] // Онкогематология. - 2025. - Т. 20, № 1. - С. 28-54.

130. Steensma, D. P. Clonal hematopoiesis of indeterminate potential and its distinction from myelodysplastic syndromes / D. P. Steensma, R. Bejar, S. Jaiswal [et al.] // Blood. - 2015. - Vol. 126, № 1. - P. 9-16.

131. Богданов, А. Н. Огарение и клональный гемопоэз / А. Н. Богданов, С. В. Волошин, Е. О. Куневич [и др.] // Успехи геронтологии. - 2024. - Т. 37, № 3. - С. 266-275.

132. Rodríguez-Vicente, A. E. Next-generation sequencing in chronic lymphocytic leukemia: Recent findings and new horizons / A. E. Rodríguez-Vicente, V. Bikos, M. Hernández-Sánchez [et al.] // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8, № 41. - P. 71234-71248.

133. Skarbnik, A. P. Mutations in the Bruton tyrosine kinase (BTK) gene in patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL) receiving BTK inhibitors (BTKis) / A. P. Skarbnik, A. V. Danilov, M. Hoffmann [et al.] // Blood. - 2024. - Vol. 144, № S1. - P. 4623.

134. Bruford, E. A. Guidelines for human gene nomenclature / E.A. Bruford, B. Braschi, P. Denny [et al.] // Nature Genetics. - 2020. - Vol. 52, № 8. - P. 754-758.

135. Galton, D. A. Clinical Trials of p-(Di-2-chloroethylamine)-phenylbutyric Acid (CB 1348) in Malignant Lymphoma / D. A. Galton, L. G. Israels, J. D. Nabarro [et al.] // British Medical Journal. -1955. - Vol. 2, № 4949. - P. 1172-1176.

136. Rai, K. R. Fludarabine compared with chlorambucil as primary therapy for chronic lymphocytic leukemia / K. R. Rai, B. L. Peterson, F. R. Appelbaum [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2000. - Vol. 343, № 24. - P. 1750-1757.

137. Byrd, J. C. Rituximab using a thrice weekly dosing schedule in B-cell chronic lymphocytic leukemia and small lymphocytic lymphoma demonstrates clinical activity and acceptable toxicity / J. C. Byrd, T. Murphy, R. S. Howard [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2001. - Vol. 19, № 8. - P. 2153-2164.

138. Warner, J. L. Alemtuzumab use in relapsed and refractory chronic lymphocytic leukemia: A history and discussion of future rational use / J. L. Warner, J. E. Arnason // Therapeutic Advances in Hematology. - 2012. - Vol. 3, № 6. - P. 375-389.

139. Burger, J. A. Evolution of CLL treatment - from chemoimmunotherapy to targeted and individualized therapy / J. A. Burger, S. O'Brien // Nature Reviews Clinical Oncology. - 2018. - Vol. 15, № 8. - P. 510-527.

140. Burger, J. A. Up to 6.5 years (median 4 years) of follow-up of first-line ibrutinib in patients with chronic lymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphoma and high-risk genomic features: integrated analysis of two phase 3 studies / J. A. Burger, T. Robak, F. Demirkan [et al.] // Leukemia & Lymphoma. - 2022. - Vol. 63, № 6. - P. 1375-1386.

141. Woyach, J. A. Ibrutinib regimens versus chemoimmunotherapy in older patients with untreated CLL / J. A. Woyach, A. S. Ruppert, N. A. Heerema [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2018. - Vol. 379, № 26. - P. 2517-2528.

142. Byrd, J. C. Ibrutinib versus ofatumumab in previously treated chronic lymphoid leukemia / J. C. Byrd, J. R. Brown, S. O'Brien [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2014. - Vol. 371, № 3. - P. 213-223.

143. Awan, F. T. Acalabrutinib monotherapy in patients with chronic lymphocytic leukemia who are intolerant to ibrutinib / F. T. Awan, A. Schuh, J. R. Brown [et al.] // Blood Advances. - 2019. - Vol. 3, № 9. - P. 1553-1562.

144. Byrd, J. C. Acalabrutinib (ACP-196) in relapsed chronic lymphocytic leukemia / J. C. Byrd, B. Harrington, S. O'Brien [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2016. - Vol. 374, № 4. - P. 323-332.

145. Ghia, P. ASCEND: phase III, randomized trial of acalabrutinib versus idelalisib plus rituximab or bendamustine plus rituximab in relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia / P. Ghia, A. Pluta, M. Wach [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2020. - Vol. 38, № 25. - P. 28492861.

146. Tam, C. S. Zanubrutinib (BGB-3111) plus obinutuzumab in patients with chronic lymphocytic leukemia and follicular lymphoma / C. S. Tam, H. Quach, A. Nicol [et al.] // Blood Advances. - 2020. - Vol. 4, № 19. - P. 4802-4811.

147. Shadman, M. Zanubrutinib (zanu) versus bendamustine+ rituximab (BR) in patients (pts) with treatment-naive (TN) CLL/SLL: extended follow-up of the SEQUOIA study / M. Shadman, T. Munir, T. Roback [et al.] // Hematological Oncology. - 2023. - Vol. 41, № S2. - P. 235-238.

148. Brown, J. R. Extended follow-up of ALPINE randomized phase 3 study confirms sustained superior progression-free survival of zanubrutinib versus ibrutinib for treatment of relapsed/refractory chronic lymphocytic leukemia and small lymphocytic lymphoma (R/R CLL/SLL) / J. R. Brown, B. F. Eichhorst, N. Lamanna [et al.] // Blood. - 2023. - Vol. 142, № S1. - P. 202.

149. Gomez, E. B. Loxo-305, a highly selective and non-covalent next generation BTK inhibitor, inhibits diverse BTK C481 substitution mutations / E. B. Gomez, L. Isabel, M. S. Rosendahal [et al.] // Blood. - 2019. - Vol. 134, № S1. - P. 4644.

150. Mato, A. R. LOXO-305, a next generation, highly selective, non-covalent BTK inhibitor in previously treated CLL/SLL: results from the phase 1/2 BRUIN study / A. R. Mato, J. M. Pagel, C. C. Coombs [et al.] // Blood. - 2020. - Vol. 136, № S1. - P. 35-37.

151. Woyach, J. A. Pirtobrutinib in post-cBTKi CLL/SLL: ~30 months follow-up and subgroup analysis with/without prior BCL2i from the phase 1/2 BRUIN study / J. A. Woyach, J. R. Brown, P. Ghia [et al.] // Blood. - 2023. - Vol. 142, № S1. - P. 325.

152. Furman, R. R. Idelalisib and rituximab in relapsed chronic lymphocytic leukemia / R. R. Furman, J. P. Sharman, S. E. Coutre [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2014. - Vol. 370, № 11. - P. 997-1007.

153. Sharman, J. P. Final results of a randomized, phase III study of rituximab with or without idelalisib followed by open-label idelalisib in patients with relapsed chronic lymphocytic leukemia / J. P. Sharman, S. E. Coutre, R. R. Furman [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2019. - Vol. 37, № 16. - P. 1391-1402.

154. Flinn, I. W. The phase 3 DUO trial: duvelisib vs ofatumumab in relapsed and refractory CLL/SLL / I. W. Flinn, P. Hillmen, M. Montillo [et al.] // Blood. - 2018. - Vol. 132, № 23. - P. 24462455.

155. Davids, M. S. Efficacy and safety of duvelisib following disease progression on ofatumumab in patients with relapsed/refractory CLL or SLL in the DUO crossover extension study / M. S. Davids, B. J. Kuss, P. Hillmen [et al.] // Clinical Cancer Research. - 2020. - Vol. 26, № 9. - P. 2096-2103.

156. Patel, K. Exploring a future for PI3K inhibitors in chronic lymphocytic leukemia / K. Patel, J. M. Pagel // Current Hematologic Malignancy Reports. - 2019. - Vol. 14, № 4. - P. 292-301.

157. Hill, B. T. Response-adapted, time-limited venetoclax, umbralisib, and ublituximab for relapsed/refractory chronic lymphocytic leukemia / B. T. Hill, S. Ma, C. S. Zent [et al.] // Blood Advances. - 2024. - Vol. 8, № 2. - P. 378-387.

158. Yadav, S. Clonal evolution during dual B cell receptor pathway inhibitor therapy with acalabrutinib and umbralisib in CLL patients / S. Yadav, S. J. Khan, B. Kandathilparambil Sasi [et al.] // Blood. - 2024. - Vol. 144, № S1. - P. 4611-4612.

159. Ahn, I. E. A phase 2 study of acalabrutinib, umbralisib, and ublituximab (AU2) in treatment-naïve and relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia (CLL) / I.E. Ahn, Y. Zhou, S. Tyekucheva [et al.] // Blood. - 2023. - Vol. 142, № S1. - P. 1914.

160. Stilgenbauer, S. Venetoclax in relapsed or refractory chronic lymphocytic leukaemia with 17p deletion: a multicentre, open-label, phase 2 study / S. Stilgenbauer, B. Eichhorst, J. Schetelig [et al.] // The Lancet Oncology. - 2016. - Vol. 17, № 6. - P. 768-778.

161. Seymour, J. F. Venetoclax-rituximab in relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia / J. F. Seymour, T. J. Kipps, B. Eichhorst [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2018. - Vol. 378, № 12. - P. 1107-1120.

162. Wu, J. Impact of major genomic alterations on outcome of relapsed/refractory chronic lymphocytic leukemia patients receiving venetoclax plus rituximab in the phase 3 Murano Study / J. Wu, C. Bolen, J. F. Seymour [et al.] // Hematological Oncology. - 2019. - Vol. 37, № S2. - P. 106-108.

163. Ferrajoli, A. Lenalidomide induces complete and partial remissions in patients with relapsed and refractory chronic lymphocytic leukemia / A. Ferrajoli, B.-N. Lee, E. J. Schlette [et al.] // Blood. -2008. - Vol. 111, № 11. - P. 5291-5297.

164. Fink, A. M. Lenalidomide maintenance after first-line therapy for high-risk chronic lymphocytic leukaemia (CLLM1): final results from a randomised, double-blind, phase 3 study / A. M. Fink, J. Bahlo, S. Robrecht [et al.] // The Lancet Haematology. - 2017. - Vol. 4, № 10. - P. e475-e486.

165. Волошин, С. В. Эффективность таргетных лекарственных препаратов как средства эрадикации и контроля за остаточным опухолевым клоном у больных хроническим лимфолейкозом / С. В. Волошин, А. Ю. Кувшинов, С. С. Бессмельцев [и др.] // Medline.ru. Российский биомедицинский журнал. - 2019. - Т. 20, № 1. - С. 229-241.

166. Blombery, P. Enrichment of BTK Leu528Trp mutations in patients with CLL on zanubrutinib: potential for pirtobrutinib cross-resistance / P. Blombery, E. R. Thompson, T. E. Lew [et al.] // Blood Advances. - 2022. - Vol. 6, № 20. - P. 5589-5592.

167. Wang, E. Mechanisms of resistance to noncovalent Bruton's tyrosine kinase inhibitors / E. Wang, X. Mi, M. C. Thompson [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2022. - Vol. 386, № 8. -P.735-743.

168. Woyach, J. A. Mutational profile in previously treated patients with chronic lymphocytic leukemia progression on acalabrutinib or ibrutinib / J. A. Woyach, D. Jones, W. Jurczak [et al.] // Blood. - 2024. - Vol. 144, № 10. - P. 1061-1068.

169. Ликольд, Е. Б. Оценка относительной аллельной нагрузки мутаций устойчивости к ибрутинибу в гене ВТК методом аллель-специфичной ПЦР у больных с прогрессией

хронического лимфолейкоза / Е. Б. Ликольд, Б. В. Бидерман, И. С. Февралева [и др.] // Гематология и трансфузиология. - 2023. - Т. 68, № 2. - С. 181-193.

170. Jones, D. PLCG2 C2 domain mutations co-occur with BTK and PLCG2 resistance mutations in chronic lymphocytic leukemia undergoing ibrutinib treatment / D. Jones, J. A. Woyach, W. Zhao [et al.] // Leukemia. - 2017. - Vol. 31, № 7. - P. 1645-1647.

171. Quinquenel, A. Prevalence of BTK and PLCG2 mutations in a real-life CLL cohort still on ibrutinib after 3 years: a FILO group study / A. Quinquenel, L.-M. Fornecker, R. Letestu [et al.] // Blood. - 2019. - Vol. 134, № 7. - P. 641-644.

172. Blombery, P. Acquisition of the recurrent Gly101Val mutation in BCL2 confers resistance to venetoclax in patients with progressive chronic lymphocytic leukemia / P. Blombery, M. A. Anderson, J.-N. Gong [et al.] // Cancer Discovery. - 2019. - Vol. 9, № 3. - P. 342-353.

173. Tausch, E. Venetoclax resistance and acquired BCL2 mutations in chronic lymphocytic leukemia / E. Tausch, W. Close, A. Dolnik [et al.] // Haematologica. - 2019. - Vol. 104, № 9. - P. e434-e437.

174. Woyach, J. A. Efficacy and safety of nemtabrutinib, a wild-type and C481S-mutated Bruton tyrosine kinase inhibitor for B-Cell malignancies: Updated analysis of the open-label phase 1/2 doseexpansion bellwave-001 study / J. A. Woyach, I. W. Flinn, F. T. Awan [et al.] // Blood. - 2022. - Vol. 140, № S1. - P. 7004-7006.

175. Mihalic, J. T. NX-2127: A first-in-class clinical stage degrader of BTK and IKZF1/3 for the treatment of patients with B cell malignancies / J. T. Mihalic, N. Brathaban, B. Bravo [et al.] // Cancer Research. - 2023. - Vol. 83, № S7. - P. 3423.

176. Linton, K. Robust Bruton's tyrosine kinase (BTK) degradation with NX-5948, an oral BTK degrader, in a first-in-human phase 1a trial in relapsed/refractory B cell malignancies / K. Linton, F. Forconi, D. Lewis [et al.] // Hematological Oncology. - 2023. - Vol. 41, № S2. - P. 573-574.

177. Hayama, M. Taking the next step in double refractory disease: current and future treatment strategies for chronic lymphocytic leukemia / M. Hayama, J. C. Riches // OncoTargets and Therapy. -2024. - Vol. 17. - P. 181-198.

178. Seymour, J. F. First results from a phase 1, first-in-human study of the Bruton's tyrosine kinase (BTK) degrader BGB-16673 in patients (pts) with relapsed or refractory (R/R) B-cell malignancies (BGB-16673-101) / J .F. Seymour, C. Y. Cheah, R. Parrondo [et al.] // Blood. - 2023. -Vol. 142, № S1. - P. 4401.

179. Khan, S. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity / S. Khan, X. Zhang, D. Lv [et al.] // Nature Medicine. - 2019. - Vol. 25, № 12. - P. 1938-1947.

180. Luedtke, D. A. Inhibition of CDK9 by voruciclib synergistically enhances cell death induced by the Bcl-2 selective inhibitor venetoclax in preclinical models of acute myeloid leukemia / D. A. Luedtke, Y. Su, J. Ma [et al.]. - Текст : электронный // Signal Transduction and Targeted Therapy. -

2020. - Vol. 5, № 1. - P. 17. - URL: https://doi.org/10.1038/s41392-020-0112-3 (дата обращения: 03.02.2025).

181. Dey, J. Voruciclib, a clinical stage oral CDK9 inhibitor, represses MCL-1 and sensitizes high-risk diffuse large B-cell lymphoma to BCL2 inhibition / J. Dey, T. L. Deckwerth, W. S. Kerwin [et al.] - Текст : электронный // Scientific Reports. - 2017. - Vol. 7, № 1. - P. 18007. - URL: https://doi.org/10.1038/s41598-017-18368-w (дата обращения: 03.02.2025).

182. Siddiqi, T. Lisocabtagene Maraleucel (liso-cel) in R/R CLL/SLL: 24-month median follow-up of TRANSCEND CLL 004 / T. Siddiqi, D. G. Maloney, S. S. Kenderian [et al.] // Blood. - 2023. -Vol. 142, № S1. - P. 330.

183. Клинические рекомендации : Хронический лимфоцитарный лейкоз / лимфома из малых лимфоцитов : сайт / Российское общество онкогематологов. Национальное гематологическое общество. Ассоциация онкологов России. - 2024. - URL: https://cr.minzdrav.gov.ru/preview-cr/134_2 (дата обращения: 14.02.2025). - Текст: электронный

184. NCCN clinical practice guidelines in oncology :chronic lymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphoma : version 2.2025 : сайт / National Comprehensive Cancer Network. - 2025. -URL: https://www.nccn.org/professionals/physician_gls/pdf/cll.pdf (дата обращения: 15.02.2025). -Текст: электронный.

185. Eichhorst, B. Chronic lymphocytic leukaemia: ESMO clinical practice guidelines for diagnosis, treatment and follow-up / B. Eichhorst, T. Robak, E. Montserrat [et al.] // Annals of Oncology. - 2021. - Vol. 32, № 1. - P. 23-33.

186. Liehr, T. International system for human cytogenetic or cytogenomic nomenclature (ISCN): Some thoughts / T. Liehr // Cytogenetic and Genome Research. - 2021. - Vol. 161, № 5. - P. 223-224.

187. Smoley, S. A. Standardization of fluorescence in situ hybridization studies on chronic lymphocytic leukemia (CLL) blood and marrow cells by the CLL Research Consortium / S. A. Smoley, D. L. Van Dyke, N. E. Kay [et al.] // Cancer Genetics and Cytogenetics. - 2010. - Vol. 203, № 2. - P. 141-148.

188. Li, M. M. Standards and guidelines for the interpretation and reporting of sequence variants in cancer: a joint consensus recommendation of the Association for molecular pathology, American society of clinical oncology, and College of American pathologists / M. M. Li, M. Datto, E. J. Duncavage [et al.] // The Journal of Molecular Diagnostics. - 2017. - Vol. 19, № 1. - P. 4-23.

189. Richards, S. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American college of medical genetics and genomics and the Association for molecular pathology / S. Richards, N. Aziz, S. Bale [et al.] // Genetics in Medicine. -2015. - Vol. 17, № 5. - P. 405-424.

190. Landrum, M. J. ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence / M. J. Landrum, J. M. Lee, M. Benson [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2018. - Vol. 46, № D1. - P. D1062-D1067.

191. Kikutake, C. Possible involvement of silent mutations in cancer pathogenesis and evolution / C. Kikutake, M. Suyama. - Текст : электронный // Scientific Reports. - 2023. - Vol. 13, № 1. - P. 7593. - URL: https://doi.org/10.1038/s41598-023-34452-w (дата обращения: 18.08.2023).

192. Karczewski, K. J. The mutational constraint spectrum quantified from variation in 141,456 humans / K. J. Karczewski, L. C. Francioli, G. Tiao [et al.] // Nature. - 2020. - Vol. 581, № 7809. - P. 434-443.

193. Karczewski, K. J. The ExAC browser: displaying reference data information from over 60 000 exomes / K. J. Karczewski, B. Weisburd, B. Thomas [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2017. -Vol. 45, № D1. - P. D840-D845.

194. Chang, M. T. Accelerating discovery of functional mutant alleles in cancer / M. T. Chang, T. Shrestha Bhattarai, A. M. Schram. [et al.] // Cancer Discovery. - 2018. - Vol. 8, № 2. - P. 174-183.

195. Reardon, B. Integrating molecular profiles into clinical frameworks through the Molecular Oncology Almanac to prospectively guide precision oncology / B. Reardon, N. D. Moore, N. S. Moore [et al.] // Nature Cancer. - 2021. - Vol. 2, № 10. - P. 1102-1112.

196. de Andrade, K. C. The TP53 Database: transition from the International agency for research on cancer to the US National Cancer Institute / K.C. de Andrade, E. E. Lee, E. M. Tookmanian [et al.] // Cell Death & Differentiation. - 2022. - Vol. 29, № 5. - P. 1071-1073.

197. Jaganathan, K. Predicting splicing from primary sequence with deep learning / K. Jaganathan, S. Kyriazopoulou Panagiotopoulou, J. F. McRae [et al.] // Cell. - 2019. - Vol. 176, № 3. -P. 535-548.

198. Kopanos, C. VarSome: the human genomic variant search engine / C. Kopanos, V. Tsiolkas, A. Kouris [et al.] // Bioinformatics. - 2019. - Vol. 35, № 11. - P. 1978-1980.

199. Kolberg, L. g:Profiler—interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update) / L. Kolberg, U. Raudvere, I. Kuzmin [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2023. - Vol. 51, № W1. - P. W207-W212.

200. Reimand, J. g:Profiler—a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments / J. Reimand, M. Kull, H. Peterson [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2007. - Vol. 35, № S2. - P. W193-W200.

201. Zhou, Y. Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets / Y. Zhou, B. Zhou, L. Pache [et al.]. - Текст : электронный // Nature Communications. -2019. - Vol. 10, № 1. - P. 1523. - URL: https://doi.org/10.1038/s41467-019-09234-6 (дата обращения: 17.03.2025).

202. Malcikova, J. ERIC recommendations for TP53 mutation analysis in chronic lymphocytic leukemia - 2024 update / J. Malcikova, S. Pavlova, P. Baliakas [et al.] // Leukemia. - 2024. - Vol. 38, № 7. - P. 1455-1468.

203. The jamovi project [Computer software]. - Version 2.3. - 2022.

204. R: A language and environment for statistical computing [Computer software] / R Core Team. - Version 4.2.2. - Vienna, Austria : R Foundation for Statistical Computing, 2022.

205. Gu, Z. circlize implements and enhances circular visualization in R / Z. Gu, L. Gu, R. Eils [et al.] // Bioinformatics. - 2014. - Vol. 30, № 19. - P. 2811-2812.

206. Wickham, H. ggplot2: elegant graphics for data analysis / H. Wickham. - Berlin : Springer Cham, 2016. - 260 p. - ISBN 978-3-319-24275-0. - Текст : непосредственный.

207. Therneau, T. M. The cox model / T. M. Therneau, P. M. Grambsch. - Текст непосредственный // Modeling Survival Data: Extending the Cox Model. Statistics for Biology and Health. - New York : Springer, 2000. - P. 39-77.

208. Kluk, M. J. Validation and implementation of a custom next-generation sequencing clinical assay for hematologic malignancies / M. J. Kluk, R. Coleman Lindsley, J. C. Aster [et al.] // The Journal of Molecular Diagnostics. - 2016. - Vol. 18, № 4. - P. 507-515.

209. Sutton, L.-A. Comparative analysis of targeted next-generation sequencing panels for the detection of gene mutations in chronic lymphocytic leukemia: an ERIC multi-center study / L.-A. Sutton, V. Ljungstrom, A. Enjuanes [et al.] // Haematologica. - 2020. - Vol. 106, № 3. - P. 682-691.

210. Mashima, K. Characterizing ATM aberrations in chronic lymphocytic leukemia (CLL): prognostic implications and sensitivity to PARP inhibition / K. Mashima, M. Mikhaleva, S. M. Fernandes [et al.] // Blood. - 2023. - Vol. 142, № S1. - P. 6507.

211. Lazarian, G. Impact of low-burden TP53 mutations in the management of CLL / G. Lazarian,

F. Cymbalista, F. Baran-Marszak. - Текст : электронный // Frontiers in Oncology. - 2022. - Vol. 12.

- P. 841630. - URL: https://doi.org/10.3389/fonc.2022.841630 (дата обращения: 29.04.2023).

212. Nadeu, F. Clinical impact of the subclonal architecture and mutational complexity in chronic lymphocytic leukemia / F. Nadeu, G. Clot, J. Delgado [et al.] // Leukemia. - 2018. - Vol. 32, № 3. - P. 645-653.

213. Vendramini, E. KRAS, NRAS, and BRAF mutations are highly enriched in trisomy 12 chronic lymphocytic leukemia and are associated with shorter treatment-free survival / E. Vendramini, R. Bomben, F. Pozzo [et al.] // Leukemia. - 2019. - Vol. 33, № 8. - P. 2111-2115.

214. Parry, E. M. Evolutionary history of transformation from chronic lymphocytic leukemia to Richter syndrome / E. M. Parry, Erin M. Parry, I. Leshchiner, R. Guieze. [et al.] // Nature Medicine. -2023. - Vol. 29, № 1. - P. 158-169.

215. Mikhaleva, M. Sex bias in mutational landscape of chronic lymphocytic leukemia: analysis of clinical sequencing data / M. Mikhaleva, S. Tyekucheva, K. Mashima [et al.] // Leukemia & Lymphoma. - 2023. - Vol. 64, № S1. - P. S133-S134.

216. Kleinstern, G. Tumor mutational load predicts time to first treatment in chronic lymphocytic leukemia (CLL) and monoclonal B-cell lymphocytosis beyond the CLL international prognostic index /

G. Kleinstern, D. R. O'Brien, X. Li [et al.] // American Journal of Hematology. - 2020. - Vol. 95, № 8.

- P. 906-917.

217. Yu, L. Survival of Del17p CLL depends on genomic complexity and somatic mutation / L. Yu, H. T. Kim, S. Kasar [et al.] // Clinical Cancer Research. - 2017. - Vol. 23, № 3. - P. 735-745.

218. Radtke, F. The role of Notch in tumorigenesis: oncogene or tumour suppressor? / F. Radtke, K. Raj // Nature Reviews Cancer. - 2003. - Vol. 3, № 10. - P. 756-767.

219. Arruga, F. The NOTCH pathway and its mutations in mature B cell malignancies / F. Arruga, T. Vaisitti, S. Deaglio. - Текст : электронный // Frontiers in Oncology. - 2018. - Vol. 8. - P. 550. -URL: https://doi.org/10.3389/fonc.2018.00550 (дата обращения: 17.05.2022).

220. Reya, T. Wnt signalling in stem cells and cancer / T. Reya, H. Clevers // Nature. - 2005. -Vol. 434, № 7035. - P. 843-850.

221. Mäkinen, N. MED12, the mediator complex subunit 12 gene, is mutated at high frequency in uterine leiomyomas / N. Mäkinen, M. Mehine, J. Tolvanen [et al.] // Science. - 2011. - Vol. 334, № 6053. - P. 252-255.

222. Janovska, P. Wnt signalling pathways in chronic lymphocytic leukaemia and B-cell lymphomas / P. Janovska, V. Bryja // British Journal of Pharmacology. - 2017. - Vol. 174, № 24. - P. 4701-4715.

223. Nilsson, J. A. Myc pathways provoking cell suicide and cancer / J. A. Nilsson, J. L. Cleveland // Oncogene. - 2003. - Vol. 22, № 56. - P. 9007-9021.

224. Rossi, D. MYC addiction in chronic lymphocytic leukemia / D. Rossi // Leukemia & Lymphoma. - 2013. - Vol. 54, № 5. - P. 905-906.

225. Kern, D. Hedgehog/GLI and PI3K signaling in the initiation and maintenance of chronic lymphocytic leukemia / D. Kern, G. Regl, S. W. Hofbauer [et al.] // Oncogene. - 2015. - Vol. 34, № 42. - P. 5341-5351.

226. Ghia, E. M. Activation of hedgehog signaling associates with early disease progression in chronic lymphocytic leukemia / E. M. Ghia, L. Z. Rassenti, D. S. Neuberg [et al.] // Blood. - 2019. -Vol. 133, № 25. - P. 2651-2663.

227. Zhao, S. The language of chromatin modification in human cancers / S. Zhao, C. D. Allis, G. G. Wang // Nature Reviews Cancer. - 2021. - Vol. 21, № 7. - P. 413-430.

228. Rodriguez, D. Mutations in CHD2 cause defective association with active chromatin in chronic lymphocytic leukemia / D. Rodriguez, G. Bretones, V. Quesada [et al.] // Blood. - 2015. - Vol. 126, № 2. - P. 195-202.

229. Mallm, J.-P. Linking aberrant chromatin features in chronic lymphocytic leukemia to transcription factor networks / J.-P. Mallm, M. Iskar, N. Ishaque [et al.]. - Текст : электронный // Molecular Systems Biology. - 2019. - Vol. 15, № 5. - P. e8339. - URL: https://doi.org/10.15252/msb.20188339 (дата обращения: 17.05.2022).

230. Mansouri, L. Epigenetic deregulation in chronic lymphocytic leukemia: clinical and biological impact / L. Mansouri, J. A. Wierzbinska, C. Plass [et al.] // Seminars in Cancer Biology. -2018. - Vol. 51. - P. 1-11.

231. Unoki, M. EGR2 induces apoptosis in various cancer cell lines by direct transactivation of BNIP3L and BAK / M. Unoki, Y. Nakamura // Oncogene. - 2003. - Vol. 22, № 14. - P. 2172-2185.

232. Prieto, C. RNA regulators in leukemia and lymphoma / C. Prieto, M. G. Kharas. - Текст : электронный // Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine. - 2020. - Vol. 10, № 5. - P. a034967. -URL: https://perspectivesinmedicine.cshlp.org/content/10/5/a034967 (дата обращения: 17.05.2022).

233. Woyach, J. A. Resistance mechanisms for the Bruton's tyrosine kinase inhibitor ibrutinib / J. A. Woyach, R. R. Furman, T.-M. Liu [et al.] // New England Journal of Medicine. - 2014. - Vol. 370, № 24. - P. 2286-2294.

234. Maréchal, Y. Inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase B controls survival and prevents anergy in B cells / Y. Maréchal, S. Quéant, S. Polizzi [et al.] // Immunobiology. - 2011. - Vol. 216, № 1-2. -P. 103-109.

235. Proud, C. G. mTORC1 regulates the efficiency and cellular capacity for protein synthesis / C. G. Proud // Biochemical Society Transactions. - 2013. - Vol. 41, № 4. - P. 923-926.

236. Bos, J. L. Ras oncogenes in human cancer: a review / J. L. Bos // Cancer Research. - 1989.

- Vol. 49, № 17. - P. 4682-4689.

237. Jebaraj, B. M. C. BRAF mutations in chronic lymphocytic leukemia / B. M. C. Jebaraj, D. Kienle, A. Bühler [et al.] // Leukemia & Lymphoma. - 2013. - Vol. 54, № 6. - P. 1177-1182.

238. Malumbres, M. RAS oncogenes: the first 30 years / M. Malumbres, M. Barbacid // Nature Reviews Cancer. - 2003. - Vol. 3, № 6. - P. 459-465.

239. Rice, G. I. Mutations involved in Aicardi-Goutières syndrome implicate SAMHD1 as regulator of the innate immune response / G. I. Rice, J. Bond, A. Asipu [et al.] // Nature Genetics. -2009. - Vol. 41, № 7. - P. 829-832.

240. Malumbres, M. Cell cycle, CDKs and cancer: a changing paradigm / M. Malumbres, M. Barbacid // Nature Reviews Cancer. - 2009. - Vol. 9, № 3. - P. 153-166.

241. Wade, M. MDM2, MDMX and p53 in oncogenesis and cancer therapy / M. Wade, Y.-C. Li, G. M. Wahl // Nature Reviews Cancer. - 2013. - Vol. 13, № 2. - P. 83-96.

242. Giménez, N. Targeting IRAK4 disrupts inflammatory pathways and delays tumor development in chronic lymphocytic leukemia / N. Giménez, R. Schulz, M. Higashi [et al.] // Leukemia.

- 2020. - Vol. 34, № 1. - P. 100-114.

243. Rozovski, U. Targeting inflammatory pathways in chronic lymphocytic leukemia / U. Rozovski, M. J. Keating, Z. Estrov // Critical Reviews in Oncology/Hematology. - 2013. - Vol. 88, № 3. - P. 655-666.

244. Severin, F. Three different Jak2/Stat3-related pathways favor the survival of chronic lymphocytic leukemia neoplastic clone / F. Severin, F. Frezzato, V. Martini [et al.] // Blood. - 2018. -Vol. 132, № S1. - P. 4405.

245. Fasouli, E. S. JAK-STAT in early hematopoiesis and leukemia / E. S. Fasouli, E. Katsantoni.

- Текст : электронный // Frontiers in Cell and Developmental Biology. - 2021. - Vol. 9. - P. 669363.

- URL: https://doi.org/10.3389/fcell.2021.669363 (дата обращения: 11.07.2021).

246. Groner, B. Jak Stat signaling and cancer: opportunities, benefits and side effects of targeted inhibition / B. Groner, V. von Manstein // Molecular and Cellular Endocrinology. - 2017. - Vol. 451. -P. 1-14.

247. Severin, F. In chronic lymphocytic leukemia the JAK2/STAT3 pathway is constitutively activated and its inhibition leads to CLL cell death unaffected by the protective bone marrow microenvironment / F. Severin, F. Frezzato, A. Visentin [et al.]. - Текст : электронный // Cancers. -2019. - Vol. 11, № 12. - P. 1939. - URL: https://doi.org/10.3390/cancers11121939 (дата обращения: 12.05.2020).

248. Massague, J. TGFp in cancer / J. Massague // Cell. - 2008. - Vol. 134, № 2. - P. 215-230.

249. Matveeva, A. The TGF-beta—SMAD pathway is inactivated in chronic lymphocytic leukemia cells / A. Matveeva, L. Kovalevska, I. Kholodnyuk [et al.] // Experimental Oncology. - 2017.

- Vol. 39, № 4. - P. 286-290.

250. Dong, M. Role of transforming growth factor-P in hematologic malignancies / M. Dong, G. C. Blobe // Blood. - 2006. - Vol. 107, № 12. - P. 4589-4596.

251. Harvey, K. F. The Hippo pathway and human cancer / K. F. Harvey, X. Zhang, D. M. Thomas // Nature Reviews Cancer. - 2013. - Vol. 13, № 4. - P. 246-257.

252. Noorbakhsh, N. The Hippo signaling pathway in leukemia: function, interaction, and carcinogenesis / N. Noorbakhsh, B. Hayatmoghadam, M. Jamali [et al.]. - Текст : электронный // Cancer Cell International. - 2021. - Vol. 21, № 1. - P. 705. - URL: https://doi.org/10.1186/s12935-021-02408-7 (дата обращения: 18.05.2020).

253. Oken, M. M. Toxicity and response criteria of the Eastern cooperative oncology group / M. M. Oken, R. H. Creech, D. C. Tormey [et al.] // American Journal of Clinical Oncology. - 1982. - Vol. 5, № 6. - P. 649-656.

254. Salvi, F. A manual of guidelines to score the modified cumulative illness rating scale and its validation in acute hospitalized elderly patients / F. Salvi, M. D. Miller, A. Grilli [et al.] // Journal of the American Geriatrics Society. - 2008. - Vol. 56, № 10. - P. 1926-1931.

ПРИЛОЖЕНИЕ А (справочное)

Свидетельство о регистрации базы данных № 2025620793

российская федерация

RU2025622639

федеральная служба по интеллектуальной собственности

ГОСУДАРСТВЕННАЯ РЕГИСТРАЦИЯ БАЗЫ ДАННЫХ, ОХРАНЯЕМОЙ АВТОРСКИМИ ПРАВАМИ

Номер регистрации (свидетельства): 2025622639 Дата регистрации: 19.06.2025 Номер и дата поступления заявки: 2025620793 11.03.2025 Дата публикации и номер бюллетеня: 19.06.2025 Бюл. № 6 Контактные реквизиты: нет

Автор(ы):

Михалева Мария Андреевна (Д^ Правообладатель(и):

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Российский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии Федерального медико-биологического агентства» ^^

Название базы данных:

«Гены сигнальных клеточных путей хронического лимфоцитарного лейкоза» Реферат:

База данных (БД) предназначена для сбора и хранения информации о генах, встречающихся у пациентов с хроническим лимфоцитарным лейкозом (ХЛЛ). Информация в БД взаимосвязана между собой и подлежит регулярному обновлению. БД может быть использована для осуществления оперативного поиска информации о генах. Конечной целью регистрации данных является составление тест-систем NGS (Next-generation sequencing, секвенирования нового поколения) для молекулярно-генетической диагностики ХЛЛ. Использование БД возможно в сфере здравоохранения, при проведении научно- исследовательской работы, а также может применяться в образовательных организациях. Тип ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК; ОС: MacOS, Windows 7 SP1 (х64)/8/10.

Вид и версия системы управления базой ^

Excel 2003 и выше

данных:

Объем базы данных: 143 КБ

Стр.: 1

ПРИЛОЖЕНИЕ Б (справочное)

Зарегистрированные показатели заболеваемости хроническим лимфоцитарным лейкозом (2003-2007 гг.) по странам и полу с учетом индекса человеческого развития

Показатели заболеваемости ХЛЛ наибольшие в странах с очень высоким уровнем индекса человеческого развития (ИЧР), Рисунок Б.1. Наиболее высокие показатели заболеваемости среди мужчин (> 4 на 100 тыс.) зафиксированы в Канаде, Ирландии, Литве, Словакии и Франции. Среди женщин наиболее высокие показатели (> 2 на 100 тыс.) зарегистрированы в Литве, Канаде и Дании. В РФ заболеваемость среди мужчин 3,4 на 100 тыс., среди женщин - 1,8 на 100 тыс. В то время как, показатели заболеваемости ХЛЛ у мужчин в Азиатском регионе были самыми низкими, особенно в Японии и Малайзии (0,1 на 100 тыс.).

Распределение зарегистрированных показателей заболеваемости по возрасту для ХЛЛ (2003-2007 гг.) представлено в соответствии с тремя уровнями ИЧР на Рисунке Б.2. Показатели, как правило, повышались во всех возрастных группах среди взрослых (35 лет и старше) в странах с очень высоким ИЧР по сравнению с более низким ИЧР, при этом пропорциональное снижение регистрировалось при более низких уровнях ИЧР [2].

В целом заболеваемость ХЛЛ установлена самой высокой в странах с очень высоким ИЧР. Различия в заболеваемости могут быть частично объяснены различиями в доступе к диагностике, связанными с наличием и эффективностью учреждений в рамках систем здравоохранения в разных странах и регионах мира. Диагностика ХЛЛ включает в себя физикальное обследование, но основывается на лабораторных исследованиях: проточная цитофлюориметрия, морфологические и иммуногистохимические методы, молекулярно-генетическая диагностика. Таким образом, достоверность и точность данных, собранных в национальных реестрах онкологических заболеваний, будут зависеть от доступности лабораторных ресурсов. Данные таковых реестров являются основой для расчетов демографических показателей.

Рисунок Б.1 - Стандартизированные по возрасту мировые показатели заболеваемости ХЛЛ среди мужчин и женщин с учетом ИЧРБ Примечания: ИЧР - индекс человеческого развития; ХЛЛ - хронический лимфоцитарный лейкоз. Рисунок адаптирован из А. МтаМа-РШо et а1. [2].

Хронический лимфоцитарный лейкоз

о л

о о о о о

ф

Q-

ф

ГО

С

ф

-а

1005020105" 210-50-201005002001000500020001-

Chronic lymphocytic leukaemia

— Men Мужчины — Women Женщины

"1-1-1-1-Г

О О

т-

ГО X

о о s а> го со

а) ^

о

VO го

со

л

с; а> н го

со

го *

о

о о о о

0

гН

1_

0 Q-

01 4-»

га

ъ_

Ol U

с

ф

-д

'и с

О

о о о

0

гН

1_

0 Q.

01

re k_

Ol и с ш -а

1005020105" 210-50-2010050020010005" 00020001-

100—I

50-

го— ю— 52 — 1—

0-5 0-2 —

01-oos— 002 001

0005— 0002— 0001—

"1-1-1-1-1-1-1-1-Г

П-1-1-1-1-1-1-1-Г

5 15 25 35 45 55 65 75 85 Age at diagnosis (years)

Возраст на момент постановки диагноза (годы)

Рисунок Б.2 - Возрастные показатели заболеваемости ХЛЛ (логарифмическая шкала) по

полу и трем уровням ИЧР 2012 г. Примечания: жирные линии - средние показатели по возрасту на уровне ИЧР; ИЧР - индекс человеческого развития; ХЛЛ - хронический лимфоцитарный лейкоз. Рисунок адаптирован из А. МтаМа-РШо et а1. [2].

ПРИЛОЖЕНИЕ В (обязательное)

Основные сигнальные пути хронического лимфоцитарного лейкоза

Рисунок В.1 - Сигнальные пути: Notch, Wnt, Мус, HedgHog

Примечания: Сигнальный путь Notch [12; 17-19; 83; 120; 218; 219] регулирует процессы детерминации клеток, коммуникации между клетками, развития лимфоцитов. Расщепление рецепторов Notch приводит к транскрипции генов-мишеней Notch. Транскрипционные эффекты в клетках ХЛЛ: рост лейкозных клеток, защита от апоптоза, переход в сторону гликолитического метаболизма, усиление миграции в ответ на специфические хемокины и облегчение взаимодействия с реактивным микроокружением опухоли. Ключевые гены [134]: NOTCH1, FBXW7, EP300, CREBBP.

Сигнальный путь Wnt [12; 17-19; 83; 115; 220-222] участвует как в развитии, так и поддержании гомеостаза. Сигнальная трансдукция инициируется связыванием лиганда Wnt с рецепторами семейства Frizzled, что приводит к дисрегуляции процессов деградации b-катенина и, в итоге, индукции транскрипции через факторы TCF/LEF. Ключевые гены [134]: LRP1B, FAT1, CTNNB1, MED12, NkD2, ROR1.

Сигнальный путь Myc [223; 224] включает в себя комплексы регуляции транскрипции: MAX/MYC, MAX/MXD, MAX/MGA, а также комплекс MLX/MONDO, регулирующий апоптотический ответ и дифференцировку клеток. Ключевые гены [134]: MYC, MGA, PTPN11.

Сигнальный путь HedgHog [225; 226]. Ключевая роль пути - дифференцировка клеток на этапе эмбриогенеза. Патологическая активация сигнального пути усиливает пролиферацию клеток и угнетает апоптоз. Перекрестное взаимодействие с PI3K/Akt сигнальным путем модулирует каскад HedgHog и усиливает его онкогенность. Ключевые гены [134]: PTHC1, SMO, GLI1/2/3.

Функции генов: синий - супрессор опухолей, красный - онкоген, зеленый - супрессор/онкоген, белый - функция неизвестна. Стрелки - активация, «плашки» (ч) - ингибирование. Рисунок разработан автором с помощью BioRender.com.

Рисунок В.2 - Сигнальный путь модификации хроматина Примечания: Эпигенетический контроль транскрипции обеспечивается следующими процессами: метилирование ДНК; модификация гистонов (фосфорилирование, (де-)метилирование, (де-)ацетилирование, ремоделирование хроматина) [12; 17-19; 83; 227-230]. Ключевые гены [134]: HIST1H3B, ARID1A, DNMT3A, EZH2, CHD2, KDM5C/6A, PIM1.

Функции генов: синий - супрессор опухолей, красный - онкоген, зеленый - супрессор/онкоген, белый - функция неизвестна. Стрелки - активация, «плашки» (ч) - ингибирование. * Семейство протеинкиназ.

Рисунок разработан автором с помощью BioRender.com.

Рисунок В.3 - Сигнальный путь регуляции транскрипции Примечания: Регуляция осуществляется на уровне факторов транскрипции и контроля за сплайсингом, метилирования ДНК и процессингом, экспортом, трансляцией мРНК [12-14; 17-19; 83; 231; 232]. Ключевые гены [134]: SF3B1, DDX3X, XPO1, RPS15, BCOR.

Функции генов: синий - супрессор опухолей, красный - онкоген, зеленый - супрессор/онкоген, белый - функция неизвестна. Стрелки - активация, «плашки» (ч) - ингибирование. Рисунок разработан автором с помощью BioRender.com.

Рисунок В.4 - Сигнальные пути BCR, PI3K, RTK/RAS Примечания: Сигнальный путь BCR [12; 17; 19; 75; 233]. В-клеточный рецептор состоит из антиген-специфического поверхностного иммуноглобулина (sIg) и гетеродимеров Ig-a/Ig-ß (CD79A, CD79B соответственно). Связывание антигена с sIg индуцирует активацию восходящих киназ (SYK и LYN). Это, в свою очередь, активирует цитоскелет, а также другие восходящие киназы, включая BTK и PI3Ks и последующие пути, включая PLCy2. передачу сигналов кальция, передачу сигналов PKC, NF-kB, митоген-активированные протеинкиназы (MAPKs) и ядерную транскрипцию. Ключевые гены [134]: BTK, CD79A/B, BLNK, PLCG2, KLHL6, CARD11.

Сигнальный путь PI3K [12; 17; 19; 234; 235]. Сигнальный каскад с участием фосфорилирования PI3K/Akt приводит к активации комплекса mTORC1, который функционирует как метаболический датчик и контролирует обилие белка, влияя на процессы, участвующие в производстве белка и трансляции РНК, что приводит к изменениям в росте и выживании клеток. Ключевые гены [134]: PIK3CA, AKT1/2, PTEN, GSK3B.

Сигнальный путь RTK/RAS [12; 17-19; 83; 236-238]. Сигнальный каскадный путь, инициируемый активацией RTK, запускает сигнальную трансдукцию через RAS, затем RAF, а затем членов семьи MEK. Этот каскад приводит к активации нескольких факторов транскрипции, которые регулируют процессы, связанные с пролиферацией и выживанием клеток. Ключевые гены [134]: RTKs, RAS, BRAF, MAP2K1, NF1.

Функции генов: синий - супрессор опухолей, красный - онкоген, зеленый - супрессор/онкоген, белый - функция неизвестна. Стрелки - активация, «плашки» (Ч) - ингибирование. Рисунок разработан автором с помощью BioRender.com.

Рисунок В.5 - Сигнальный путь контроля клеточного цикла и повреждения ДНК Примечания: Сигнальный путь сосредоточен на регуляции гена TP53 (супрессора опухоли), который контролирует апоптоз, остановку клеточного цикла, старение и восстановление ДНК. Регуляция митотического клеточного цикла обеспечивается участием сигнального каскада циклов и циклин-зависимых киназ, а также ряда регуляторных контрольных точек [12; 17-19; 83; 239-241]. Ключевые гены [134]: TP53, ATM, SAMHD1, POT1, CDKN2A/B, CDKs, MDM2/4.

Функции генов: синий - супрессор опухолей, красный - онкоген, зеленый - супрессор/онкоген, белый - функция неизвестна. Стрелки - активация, «плашки» (ч) - ингибирование. Рисунок разработан автором с помощью BioRender.com.

Рисунок В.6 - Сигнальные пути: врожденный воспалительный ответ (inflammatory),

JAK/STAT, TGFp, Hippo

Примечания: Врожденный воспалительный ответ [18; 83; 242; 243]. Этот сигнальный путь обеспечивает надежную выработку воспалительных цитокинов и хемокинов, сопровождающихся активацией внутриклеточных провоспалительных путей. Наличие соматических мутаций, которые активируют провоспалительные сигнальные пути, позволяют предположить, что хроническое воспаление играет патофизиологическую роль в этом заболевании. Ключевые гены [134]: MYD88, RIPK1, BIRC3, MAP2K1/3, NFkB, IRAK4.

Сигнальный путь JAK/STAT [12; 17; 19; 244-247]. Активация этого сигнального пути приводит к выживанию опухолевых клеток. Дополнительные биологические функции: регуляция цитокинзависимого воспалительного каскада в микроокружении опухоли. Stats действуют не только как транскрипционные индукторы, но и влияют на экспрессию генов с помощью эпигенетических модификаций, генерируют проопухолевое микроокружение, способствуют самообновлению и дифференцировке опухолевых стволовых клеток. Ключевые гены [134]: JAK1/2/3, CALR, STAT3, PIM1.

Сигнальный путь TGFP [248-250]. Сигнальная сеть, участвующая в росте, пролиферации, апоптозе и дифференцировке, включая активацию рецепторов TGFP цитокином TGFP, что приводит к активации транскрипции генов SMAD. Ключевые гены [134]: SMADs, TGFBR1/2, ACVR2A/B.

Сигнальный путь Hippo [251; 252] участвует в контроле размеров органов. Центральное место в этом пути занимает регуляция ко-активаторов транскрипции YAP/TAZ, которые способствуют транскрипции генов, участвующих в пролиферации клеток. Ключевые гены [134]: FAT1, LATS1/2, YAP1, TAZ.

Функции генов: синий - супрессор опухолей, красный - онкоген, зеленый - супрессор/онкоген, белый - функция неизвестна. Стрелки - активация, «плашки» (ч) - ингибирование. Рисунок разработан автором с помощью BioRender.com.

ПРИЛОЖЕНИЕ Г (обязательное)

Алгоритм поиска данных литературы об использовании метода секвенирования нового

поколения у пациентов с ХЛЛ