Генетические особенности и метаболический потенциал бактерий родов Gordonia и Rhodococcus – деструкторов стойких органических поллютантов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Делеган Янина Адальбертовна

• Делеган Янина Адальбертовна
• доктор наук
• 2025

Оглавление диссертации доктор наук Делеган Янина Адальбертовна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Состояние проблемы

Степень достоверности работы

Апробация работы

Место проведения работы и благодарности

Структура и объем работы

Личный вклад автора

Научная новизна

Теоретическая и практическая значимость

Цель и задачи работы

Защищаемые положения

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Эволюция понятия вида у прокариот в догеномную и геномную эру

Глава 2. Формирование современных представлений о родах Ккойососсж и Оогйота и их положении в филуме ЛсИпошусвШа

2.1. История формирования рода Ккойососсж

2.2. Современное состояние таксономии и номенклатуры рода Ккойососсж

2.3. Род Оогйота и его положение среди представителей филума ЛсИпотусвШа

Глава 3. Структура пангеномов родов Оогйота и Ккойососсж

3.1. Пангеномные исследования представителей рода Ккойососсж

3.2. Пангеномные исследования представителей рода Оогйота

Глава 4. Генетические основы путей биодеградации углеводородов

4.1. Организация путей деструкции алифатических углеводородов

4.2. Организация путей деструкции ПАУ

Глава 5. Генетика биодеградации тиофенов у бактерий родов Оогйота и Ккойососсж

Глава 6. Транскриптомные исследования штаммов Оогйота Брр. и Ккойососсж Брр. -деструкторов стойких органических поллютантов

Глава 7. Бактерии родов Оогйота и Ккойососсж - продуценты поверхностно-активных соединений

7.1. Гликолипидные биосурфактанты бактерий Оогйота $рр. и Ккойососсж spp

7.2. Биосурфактанты бактерий Gordonia и Rhodococcus негликолипидной структуры

7.3. Генетическая организация пути биосинтеза гликолипидных ПАВ у

представителей филума Actinomycetota

Глава 8. Бактерии родов Оогёота и Екойососс^ как часть микробных сообществ почв, загрязнённых стойкими органическими поллютантами

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Глава 9. Материалы и объекты исследования

9.1. Материалы

9.2. Объекты исследования

Глава 10. Микробиологические и аналитические методы

10.1. Среды, используемые при культивировании

10.2. Выделение микроорганизмов из природных образцов

10.3. Изучение деградативного потенциала микроорганизмов

10.4. Оценка эффективности бактериальной деградации соединений различной химической структуры

10.5. Изучение бактерий-продуцентов ПАВ

10.6. Полевые испытания бактерий-деструкторов СОП в открытом грунте

Глава 11. Методы генетики и молекулярной биологии

11.1. Получение и анализ последовательностей фрагментов генов 16SрРНК и gyrB

11.2. Оценка уровня экспрессии генов алкан монооксигеназ alkB и CYP153 в штамме G. amicalis Ю в зависимости от источника углерода

11.3. Нокаут-мутагенез алкан монооксигеназы alkB

11.4. Перенос плазмид методом конъюгации

Глава 12. Секвенирование и биоинформатический анализ

12.1. Секвенирование и сборка геномов

12.2. Биоинформатические методы анализа геномов

12.3. Секвенирование и анализ транскриптомов

12.4. Секвенирование микробиомов почв, загрязнённых ПАУ

12.5. Доступность данных

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Глава 13. Обоснование выбора штаммов, исследуемых в данной работе

Глава 14. Определение таксономического положения микроорганизмов

14.1. Штамм G. гиЬпреНт^а

14.2. Штаммы G. alkanivorans

14.3. Штамм G. polyisoprenivorans

14.4. Штаммы G. amicalis Ю, 6-1,

14.5. Штаммы R. opacus S8 и 3D

14.6. Штаммы видовой группы Я erythropolis

Глава 15. Структура хромосом и плазмид у бактерий рода Оотёота

15.1. Хромосомы штаммов Gordonia spp

15.2. Плазмиды штаммов Gordonia spp

Глава 16. Изучение деградативного потенциала и особенностей генетической организации катаболических путей у бактерий рода Оorйonia

16.1. Деструкция ароматических соединений

16.2. Деградация алканов

16.3. Гены путей катаболизма алканов в геномах штаммов Gordonia

16.4. Продукция ПАВ штаммами Gordonia spp

Глава 17. Пангеномы видов рода Оогйота

17.1. Пангеном вида G. rubripertincta

17.2. Пангеном вида G. polyisoprenivorans

17.3. Пангеном штаммов G. alkanivorans

17.4. Пангеном штаммов G. amicalis

17.5. Анализ пангенома представителей четырёх разных видов Gordonia

Глава 18. Структура хромосом и плазмид у бактерий рода Ккойососсж

18.1. Хромосомы штаммов Rhodococcus spp

18.2. Плазмиды штаммов Rhodococcus spp

Глава 19. Изучение деградативного потенциала и особенностей генетической организации катаболических путей у бактерий рода Ккойососсж

19.1. Деструкция ароматических соединений штаммами Rhodococcus

19.2. Гены путей катаболизма ПАУи их производных в геномах штаммов R opacus S8 и 3D

19.3. Способность штаммов Ккойососсж spp. к росту на средах с н-алканами

19.4. Гены путей катаболизма алканов в геномах штаммов Rhodococcus spp

19.5. Продукция поверхностно-активных соединений штаммами Rhodococcus

19.6. Гены продукции ПАВ у бактерий родов Rhodococcus и Gordonia

19.7. Деструкция нефти штаммами Gordonia и Rhodococcus в открытом грунте..177 Глава 20. Пангеномы видов рода Ккойососсж

20.1. Пангеном представителей видовой группы R erythropolis

20.2. Пангеном штаммов вида R. opacus

Глава 21. Анализ катаболического пангенома бактерий Оогйота Брр. и Rhodococcus Брр. - деструкторов СОП

Глава 22. Разнообразие представителей родов Оогйота и Ккойососсж в почвах, загрязнённых ПАУ

22.1. Характеристика изучаемых образцов

22.2. Структура биоинформатического анализа, используемого при интерпретации данных секвенирования полных почвенных микробиомов

22.3. Представленность бактерий родов Gordonia и Rhodococcus в образцах почв

Заключение

Список публикаций по теме диссертации

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ

ПРИЛОЖЕНИЯ

АКТЫ ВНЕДРЕНИЯ

Акт об оценке эффективности деградации нефти консорциумом

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

БГК - биосинтетический генный кластер НРПС - нерибосомальная пептид-синтетаза СОП - стойкие органические поллютанты 2-ГБФ - 2-гидроксибифенил БТ - бензотиофен ДБТ - дибензотиофен

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетические особенности и метаболический потенциал бактерий родов Gordonia и Rhodococcus – деструкторов стойких органических поллютантов»

Актуальность проблемы

Развитие металлургической, фармацевтической, сельскохозяйственной промышленности, а также добыча полезных ископаемых способствуют возникновению высокой антропогенной нагрузки на окружающую среду. Это приводит к нарушению баланса почвенных и водных экосистем, что выражается в снижении плодородия почв, сокращении многообразия животных и растительных сообществ, нарушении озонового слоя и выпадении кислотных дождей. Недостаточная эффективность мероприятий по восстановлению окружающей среды приведёт к ухудшению здоровья и общего качества жизни населения планеты.

Начиная с 60-х годов XX века, мировое научное сообщество уделяет особое внимание роли микроорганизмов в процессах деградации поллютантов различной природы. Многие природные микроорганизмы обладают необходимыми метаболическими путями для преобразования стойких органических поллютантов (СОП).

Представители филума Actinomycetota известны широким спектром метаболических возможностей. Они встречаются в различных экологических нишах и способны в значительной степени адаптироваться к условиям окружающей среды. Представители различных родов филума Actinomycetota обладают способностью деградировать персистентные поллютанты, а потому могут быть использованы в биотехнологиях защиты окружающей среды.

Среди представителей филума Actinomycetota бактерии родов Gordonia и, в особенности, Rhodococcus характеризуются наиболее выраженными деградативными способностями. Неоднократно сообщалось о разнообразных фенотипических проявлениях этих свойств, а именно - о деградации представителями родов Gordonia и Rhodococcus соединений различной химической природы (Anan'ina et al., 2011; Zhang et al., 2013; Ahmad et al., 2015).

Несмотря на обилие информации об индивидуальных штаммах, обладающих способностью деградировать СОП, определённую научную проблему представляет отсутствие системного подхода к изучению метаболического потенциала родов Gordonia и Rhodococcus. В большинстве работ, посвящённых бактериям-деструкторам персистентных поллютантов, фенотипические свойства этих бактерий и распространённость в их геномах ключевых детерминант, ответственных за катаболизм СОП, рассматривают на штаммовом уровне, тогда как комплексный анализ генетического разнообразия изучаемых таксонов был бы более информативен. Несмотря на важность обозначенной проблемы, до проведения настоящей работы бактерии-деструкторы СОП, принадлежащие к родам

7

Оогйота и Ккойососсж, не рассматривали с использованием подхода, основанного на интеграции данных о катаболических свойствах и разнообразии генетических детерминант в пангеноме разных видов указанных родов.

Для решения проблемы недостатка структурированных данных о разнообразии ключевых генов катаболизма СОП в работе было введено понятие катаболического пангенома. В контексте настоящего исследования, катаболический пангеном бактерий родов Оогйота и Ккойососсж представляет собой репрезентативную выборку генов, вовлечённых в процессы деградации алканов, полициклических ароматических углеводородов (ПАУ) и их кислород- и серосодержащих производных (катехола, фенола, дибензотиофена). Анализ представленности ключевых генетических детерминант в геномах бактерий родов Оогйота и Ккойососсж в комплексе с получением данных о метаболических возможностях этих бактерий как деструкторов СОП открывает перспективы развития системной и эволюционной биологии бактерий указанных таксонов.

Состояние проблемы

Представители филума ЛскпотусвШа - бактерии родов Оогйота и особенно Ккойососсж - являются объектами интенсивных многолетних исследований как деструкторы широкого спектра химических соединений. В России направление, включающее изучение различных аспектов метаболизма СОП представителями рода Ккойососсж, активно развивается, во многом благодаря работам научной группы под руководством акад. Ившиной И.Б. (ИЭГМ УрО РАН, г. Пермь). Эти работы содержат значимые фундаментальные результаты, касающиеся бактерий рода Ккойососсж -деструкторов ароматических соединений (ГувЫпа й а1., 2016; КпуогисЬко Й а1., 2023), алканов (ГувЫпа е а1., 2025) дизельного топлива (^Ыпа et а1., 2024), терпеноидов (Luchnikova et а1., 2022), а также субстанций медицинского назначения (^Ыпа et а1., 2022а; ГувЫпа й а1., 2022Ь; ГувЫпа й а1., 2022с). Помимо этого, отдельное направление посвящено изучению особенностей продукции биосурфактантов представителями рода Ккойососсж (ГуБЫпа й а1., 1998; Киуикта & ГувЫпа, 2019).

Значительный вклад в изучение биохимических особенностей деградации ксенобиотиков и природных СОП бактериями рода Ккойососсж был внесён научной группой под руководством д.б.н., проф. Головлевой Л.А. (ИБФМ РАН, г. Пущино). Основные результаты работ данной группы сфокусированы на исследовании ферментативных реакций, осуществляемых штаммами Ккойососсж Брр. в процессе катаболизма фенола (Соляникова с соавт., 1999, 2001), 3-гидроксибензоата и гентизата

(Subbotina et al., 2012), полихлорфенолов (Solyanikova et al., 2011), 3-хлорбензойной кислоты (Соляникова с соавт., 2019).

У штаммов Rhodococcus spp. была неоднократно детектирована способность к катаболизму ПАУ (Анохина с соавт., 2020; Беловежец с соавт., 2023). Способность представителей данного рода деградировать галогенированные циклические и ароматические соединения рассмотрена в работах научной группы под руководством д.б.н. Плотниковой Е.Г. (ИЭГМ УрО РАН, г. Пермь). Работы посвящены изучению физиологических и генетических особенностей штаммов Rhodococcus spp. - деструкторов хлорированных бифенилов (Shumkova et al., 2015; Gorbunova et al., 2022), гексахлороциклогексана (Egorova et al., 2017), а также дибутилфталата (Пьянкова с соавт., 2024).

Начиная с 70-х гг. ХХ века род Gordonia начали рассматривать как отдельную таксономическую единицу в семействе Gordoniaceae наряду с родами Jongsikchunia и Williamsia порядка Mycobacteriales. По литературным данным, бактерии рода Gordonia менее охарактеризованы с точки зрения деградативных свойств, чем представители рода Rhodococcus (семейство Nocardiaceae, порядок Mycobacteriales). В работах исследователей из ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН (Nazina et al., 2019) сообщалось о выделении деструкторов СОП рода Gordonia. Представители рода Gordonia известны как деструкторы алканов (Lo Piccolo et al., 2011; Brown et al., 2016) и тиофенов (Alves et al., 2005; Akhtar et al., 2018), азотсодержащих ароматических соединений (Yoon et al., 2000), полиэтилена (Chen et al., 2025), изопреноидов (Vivod et al., 2017; Andler et al., 2018).

Обилие информации об индивидуальных штаммах Gordonia spp. и Rhodococcus spp. - деструкторах СОП позволило в рамках настоящей работы использовать пангеномный подход к анализу распространённости ключевых генетических детерминант. Термин «пангеном» (совокупность всех генов изучаемой группы организмов) был введён в 2005 году (Tettelin et al., 2005). Пангеном делится на следующие части: «основной пангеном» (core), содержащий гены, встречающиеся у всех организмов выборки, «пангеном оболочки» (shell), содержащий гены, встречающиеся у двух или более штаммов, и «облачный пангеном» (cloud), содержащий гены, встречающиеся только у одного штамма.

Некоторые авторы называют облачный геном «вспомогательным» (accessory) и относят к нему гены, встречающиеся только у некоторого подмножества штаммов, и гены, специфичные для данного штамма (синглтоны) (Bukhari et al., 2022; Cummins et al., 2022). Пангеномный подход часто применяется в медицине и ветеринарии - для изучения патогенных организмов, таких как Streptococcus pneumoniae (Gonzales-Siles et al., 2020), E.

coli и Shigella spp. (Gordienko et al., 2013), Bacillus anthracis (Zorigt et al., 2024), Rhodococcus equi (Anastasi et al., 2016).

Пангеномный подход также используется в области экологической биотехнологии и защиты окружающей среды. Известны примеры такого анализа, например, для представителей филума Pseudomonadota (Saez et al., 2024; Udaondo et al., 2024). Однако на данный момент очевиден недостаток информации о структуре пангеномов представителей родов Rhodococcus и Gordonia. Катаболические гены двух обсуждаемых бактериальных родов - как по отдельности, так и совместно, учитывая активный обмен генетическими элементами между ними, - представляют важную, функционально значимую фракцию пангенома, от которой зависит роль представителей бактерий родов Gordonia и Rhodococcus в природных экосистемах.

Степень достоверности работы

При выполнении работы использованы современные методы микробиологии, биотехнологии, молекулярной биологии, генетики и биоинформатики. В экспериментах с использованием метода секвенирования полных геномов сгенерировано количество данных, достаточное для минимум 50-кратного покрытия. В экспериментах по секвенированию полных почвенных метагеномов сгенерированы массивы данных, достаточные для сборки de novo полных почвенных метагеномов. Основные положения и результаты диссертационной работы опубликованы в рецензируемых научных журналах первого и второго квартилей, индексируемых в базах данных Scopus и Web of Science, и прошли экспертную оценку независимых международных рецензентов. Результаты апробировались на всероссийских и международных конференциях в виде пленарных и секционных докладов.

Апробация работы

Основные результаты работы представлены на 4-м Междисциплинарном научном форуме с международным участием «Новые материалы и перспективные технологии» (2018 г., г. Москва), VII (2021 г.) и VIII (2022 г.) Пущинской конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» (г. Пущино), 24-ой (2020 г.) и 26-ой (2022 г.) Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых "Биология - наука XXI века" (г. Пущино), I (2017 г., г. Пущино) и III (2021 г., г. Псков) Российском микробиологическом конгрессе, XIII молодёжной школе-конференции с международным участием «Актуальные аспекты современной микробиологии» (2022 г., г. Москва), III Международном симпозиуме «Innovations in Life Sciences» (2021 г., г. Белгород), Академическом форуме молодых учёных стран Большой Евразии «Континент науки» (2023 г., г. Москва), III Международной научной конференции «Мониторинг, охрана и

10

восстановление почвенных экосистем в условиях антропогенной нагрузки» (2023 г., г. Ростов-на-Дону), Всероссийской конференции с международным участием и элементами научной школы для молодёжи «Экотоксикология» (2023, 2024 гг., г. Тула), IV Пущинской Школе-конференция молодых ученых, аспирантов и студентов "Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие" (2024 г.).

Работы соискателя отмечены Премией губернатора Московской области в сфере науки, технологий, техники и инноваций для молодых учёных (2021 г.), Дипломом ГГ степени на Международной научно-практической конференции молодых учёных и специалистов «Технологии будущего нефтедобывающих регионов» РАН (2023 г.), золотой медалью на Международной научно-практической конференции «Глобальные экологические проблемы современности: пути и возможности их решения» (2023 г.).

Место проведения работы и благодарности

Основная часть работы выполнена в Институте биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина Российской академии наук - обособленном подразделении Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук» (ИБФМ РАН), в лаборатории биологии плазмид (зав. лабораторией проф., д.б.н., чл.-корр. Боронин А.М.) (2011-2016 гг.) и в лаборатории физиологии микроорганизмов (зав. лабораторией проф., д.б.н. Вайнштейн М.Б.) (2017 г. -н.в.).

Анализ почв на содержание ПАУ выполнен в Академии биологии и биотехнологии им. Д.И. Ивановского Южного федерального университета (г. Ростов-на-Дону). Газохроматографический анализ, а также анализ методом высокоэффективной жидкостной хроматографии выполнен на базе ЦКП факультета почвоведения Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова. Секвенирование геномов бактерий выполнено на базе ИБФМ РАН, ООО «Биоспарк» (г. Троицк), Института микробиологии (г. Минск). Секвенирование метагеномов почв выполнено на базе ЦКП Казанского (Приволжского) федерального университета (г. Казань). Биоинформатический анализ выполнен с использованием вычислительных мощностей ИБФМ РАН.

На отдельных этапах в работе принимали участие сотрудники ИБФМ РАН (м.н.с. Кочаровская Ю.Н., м.н.с. Французова Е.Э., инж. Баукова А.С., инж. Копылова О.А., н.с. Позднякова-Филатова И.Ю., с.н.с., к.х.н. Петриков К.В., м.н.с., к.х.н. Церфас М.О., с.н.с., к.б.н. Богун А.Г.), а также сотрудники Академии биологии и биотехнологии им. Д.И. Ивановского ЮФУ (д.б.н. Сушкова С.Н., д.б.н. Минкина Т.М., к.б.н. Горовцов А.В.). Автор

выражает сердечную признательность всем участникам работы, а также всем сотрудникам лаборатории физиологии микроорганизмов за поддержку и помощь в работе.

Автор благодарит д.б.н. Евтушенко Л.И., д.б.н. Донову М.В., д.б.н. Щербакову В.А. и своего научного консультанта д.б.н. Соляникову И.П. за плодотворные дискуссии и всестороннюю помощь в выполнении работы. Автор благодарит руководителя своей кандидатской диссертации д.б.н. Филонова А.Е.

Исследование выполнено при финансовой поддержке Министерства науки и высшего образования РФ в рамках государственного задания в сфере научной деятельности (БЕК'^2023-0008, БЕК^2024-0001), а также при поддержке Программы стратегического академического лидерства Южного федерального университета («Приоритет 2030»).

Значительная часть результатов диссертации получена при выполнении следующих проектов, в том числе под руководством соискателя: РНФ №№19-74-00097, 22-74-10082, а также РФФИ №№16-54-00200, 18-34-00329, 19-54-80003.

Структура и объем работы

Диссертация изложена на 282 страницах и состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и обсуждения, выводов и списка литературы, включающего 519 источников. Работа содержит 64 таблицы и 62 рисунка. Дополнительные результаты изложены в 10 приложениях.

Личный вклад автора

Личный вклад заключался в планировании и проведении исследований, разработке новых экспериментальных подходов, анализе полученных результатов, подготовке материала к публикациям. В работах, выполненных в соавторстве, вклад соискателя состоял в непосредственном участии в определенных или всех этапах исследования - от постановки задач и проведения экспериментов до обсуждения полученных данных и подготовки их к опубликованию.

Методы метагеномных, геномных и транскриптомных исследований в лаборатории физиологии микроорганизмов отработаны под руководством и контролем автора работы. Вся биоинформатическая обработка результатов секвенирования выполнена лично автором и сотрудниками коллектива автора под её непосредственным руководством.

Научная новизна

Впервые на основе комплексного исследования физиолого-биохимических и филогенетических характеристик установлена корреляция между таксономическим положением штаммов и их способностью деградировать СОП. Так, например, установлено, что для представителей видов О. атюаМз, О. аШатуотт, О. rubripertincta не характерна

способность к использованию ПАУ в качестве источников углерода, и соответствующие гены в их геномах отсутствовали.

У штамма G. polyisoprenivorans 135 впервые для представителей этого вида обнаружена способность к росту на нафталине, что позволяет расширить имеющиеся знания о метаболических возможностях организмов данного вида как деструкторов СОП. В геноме штамма выявлен уникальный видоспецифичный генный кластер катаболизма ПАУ, не распространённый в геномах штаммов прочих изучаемых видов.

Штаммы Gordonia Брр. в настоящей работе классифицированы в зависимости, во-первых, от способности к росту на алканах с различной длиной углеродного скелета, во-вторых, от разнообразия генных систем катаболизма алканов в геномах. Установлено, что для представителей видов G. а1кап^огат, G. polyisoprenivorans, G. rubripertincta характерны поддержание в геномах только алкан монооксигеназ семейства СУР 153 и рост на средах с алканами С8-С16 в качестве источников углерода, тогда как для штаммов G. amicalis, в геномах которых детектировали системы катаболизма алканов alkB и СУР153, характерен рост на алканах длиной до С28.

Получены приоритетные данные о тенденциях формирования наследственного аппарата бактерий Gordonia Брр. и Rhodococcus Брр. Так, для представителей рода Gordonia характерна кольцевая топология репликонов, а их внехромосомный материал представлен исключительно небольшими плазмидами. Катаболические гены в геномах штаммов Gordonia Брр. локализованы преимущественно на хромосомах. В то же время, для штаммов Rhodococcus Брр. характерно разнообразие топологий репликонов, а их внехромосомный материал, помимо плазмид, может быть представлен также хромидами. Катаболические гены в геномах штаммов Rhodococcus Брр. локализованы как на хромосомах, так и вне их. Впервые охарактеризован линейный репликон-хромида, обнаруженный в штамме К. opacus 3Б.

На примере штамма G. аШап^огат 135 впервые показано, что катаболизм дибензотиофена (ДБТ) представителями филума АсипотусеШа возможен даже при отсутствии в геноме генного кластера dsz, контролирующего осуществление пути десульфуризации. Сделаны предположения относительно нового пути деградации ДБТ, ключевую роль в котором играют продукты генов sfnB (диметилсульфон монооксигеназы), tauD (таурин диоксигеназы) и двух ацил-КоА дегидрогеназ.

Впервые сформулировано понятие катаболического пангенома для обозначения пула генов, обеспечивающих функциональный потенциал бактерий Gordonia Брр. и Rhodococcus Брр. как деструкторов СОП. Для характеристики катаболического пангенома бактерий изучаемых родов сформирована репрезентативная выборка генов, кодирующих

13

ферменты деградации ДБТ, алканов и полициклических ароматических углеводородов (ПАУ). Выявлены различия наборов генов катаболизма СОП у представителей родов Gordonia и Rhodococcus, а также отличия генетических пулов у разных видов каждого рода.

Теоретическая и практическая значимость

Результаты работы расширяют представления об организации геномов бактерий Gordonia spp. и Rhodococcus spp., принадлежащих к различным видам. Установлено, что для представителей рода Gordonia характерна кольцевая топология элементов геномов, при этом репликоны представлены хромосомами и небольшими плазмидами, доля плазмид в геномах не превышает 5%. Среди известных представителей рода Rhodococcus обнаружены штаммы, содержащие не только хромосомы и плазмиды, но также хромиды, при этом доля внехромосомного материала в геномах штаммов Rhodococcus spp. достигает 20% от общего размера генома. Линейная хромида размером 1,9 млн. п. н. обнаружена в геноме штамма R. opacus 3D.

Полученные данные о разнообразии и представленности генетических детерминант катаболизма СОП важны для понимания механизмов формирования катаболического пангенома бактерий изучаемых родов. Среди основных и наиболее значимых механизмов отмечены генетический обмен (как внутри рода, так и между родами), образование ортологичных и паралогичных генов, поддержание катаболических генов с высокой (более 95%) степенью родства на разных репликонах. Результаты, полученные в области генетики и геномики бактерий родов Gordonia и Rhodococcus, анализировали в комплексе с данными о потенциале изучаемых организмов как деструкторов СОП. Такой подход может служить фундаментальной основой для формирования представлений о развитии способности деградировать СОП (алканы, ПАУ, их кислород- и серосодержащие производные) у организмов родов Gordonia и Rhodococcus на генном и фенотипическом уровне.

Все используемые в работе микроорганизмы представляют интерес как деструкторы СОП (алканов, ПАУ и их кислородсодержащих производных, ДБТ). Они могут быть использованы в ходе мероприятий по восстановлению почв, загрязнённых такими соединениями, например, вблизи ГРЭС или в местах аварийных разливов топлива, способствуя, таким образом, улучшению состояния почв на территориях с высоким уровнем антропогенной нагрузки. Используемые в работе штаммы Rhodococcus spp. и Gordonia spp. могут быть применены как в виде монокультур, так и в составе консорциумов. Результаты работы могут быть востребованы в области экологической биотехнологии.

Результаты секвенирования бактериальных геномов и метагеномов депонированы в базы данных NCBI GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) и JGI Gold

(https://gold.jgi.doe.gov/) и могут быть интересны как источник данных для сравнительного анализа родственных организмов.

Штаммы G. ат^а^ Ш, К ру^т^огат 5Ар (Ь5Л-Б8и) и К егу^горо^ Раг7 вошли в состав микробного консорциума для очистки окружающей среды от нефти и нефтепродуктов (Делеган с соавт., патент РФ №2617941). Консорциум успешно применён в рамках эксперимента в открытом грунте, который выполнен на полигоне ТОО «Даулет Азия» (Кызылординская область, Казахстан) в период с августа по ноябрь 2022 года. Показано, что консорциумом деградировано 59% нефти в грунте (начальная концентрация 10% масс/масс), что позволяет говорить о перспективах применения данного консорциума для очистки нефтезагрязнённых почв.

Полученные результаты используются в учебном процессе образовательной программы «Электроэнергетика, техносферная безопасность и экология» и в лаборатории инженерного профиля «Физико-химические методы анализа» Кызылординского университета им. Коркыт-Ата (г. Кызылорда, Казахстан) по следующим дисциплинам и практикам: «Проблемы современной экологии», «Биоиндикационные методы исследования окружающей среды», «Планирование и организация научных исследований».

Результаты используются Южным федеральным университетом (г. Ростов-на-Дону) при выполнении научно-исследовательских работ по проекту «Исследовательская лаборатория "Интеллектуальные агроэкосистемы"», а также внедрены в учебный процесс ФГАОУ ВО «Белгородский государственный национальный исследовательский университет» (научные дисциплины: «Генетика микроорганизмов», «Молекулярные методы исследования микроорганизмов»).

Цель и задачи работы

Целью данной работы являлось формирование комплексных представлений о катаболическом пангеноме бактерий родов Gordonia и Rhodococcus - деструкторов стойких органических поллютантов на основе аппроксимации геномных, транскриптомных и метагеномных данных.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Выделение и физиолого-биохимическая характеристика штаммов Gordonia Брр. и Rhodococcus Брр. - деструкторов персистентных поллютантов.

2. Анализ особенностей организации хромосом и внехромосомных генетических элементов в геномах штаммов Gordonia spp. и Rhodococcus spp.

3. Сравнительный пангеномный анализ представителей родов Gordonia и Rhodococcus.

4. Изучение разнообразия генных детерминант катаболизма поллютантов (алканов, ПАУ и их кислородсодержащих производных, дибензотиофена) в геномах штаммов Gordonia spp. и Rhodococcus spp., а также в метагеномах природных почвенных сообществ.

5. Анализ способности штаммов Gordonia spp. и Rhodococcus spp. деградировать сложные поллютанты (на примере нефти) в открытом грунте.

Защищаемые положения

1. Способность бактерий ОоМота Брр. и Екойососсж Брр. деградировать поллютанты различной химической природы коррелирует с их таксономическим положением.

2. Представителям рода ОоМота не свойственны генная избыточность и иная топология элементов геномов, кроме кольцевой, тогда как для бактерий рода КЪойососсж характерно полное или частичное дублирование метаболических путей, а их репликоны могут быть как кольцевыми, так и линейными.

3. У представителей рода ОоМота обнаружены гены деградации дибензотиофена, альтернативные генам известного пути («^») катаболизма данного соединения представителями филума ЛскпотусеШа.

4. Катаболический пангеном бактерий родов ОоМота и КЪойососсж представлен как общими для обоих родов, так и родо- и видоспецифичными генетическими детерминантами, кодирующими ферменты деградации поллютантов различной химической структуры.

5. Представители родов ОоМота и Екойососсж способны к деградации нефти в открытом грунте и могут быть использованы в ходе мероприятий по восстановлению загрязнённых грунтов.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Эволюция понятия вида у прокариот в догеномную и геномную эру

Точное установление таксономического статуса исследуемых штаммов, включая видовую идентификацию, представляет методологически значимый аспект работы. В связи с этим обоснована необходимость формулирования ключевых принципов концепции биологического вида у прокариот в контексте современных таксономических подходов.

Наиболее значимым («классическим») является понятие вида, предложенное в работе (Wayne et al., 1987). Согласно этой работе, к одному виду следует относить штаммы с родством ДНК-ДНК (ДНК-ДНК гибридизация, DDH) >70% и разницей температур плавления ДНК (ATm) не более 5 °С. При этом, необходимо учитывать оба значения. Фенотипические характеристики должны согласовываться с этим определением и могут отменять филогенетическую концепцию вида только в исключительных случаях. Это определение, несмотря на универсальность применения для прокариот, подвергалось критике за сложность выполнения экспериментов по ДНК-ДНК гибридизации и часто неправильное предсказание фенотипа (Cohan, 2002). Тем не менее, его можно считать отправной точкой для разработки новых стандартов определения вида.

Секвенирование геномов позволило приблизиться к решению проблемы сопоставления DDH 70% («золотого стандарта») с родством организмов по геномным последовательностям и содержанию генов. Konstantinidis и Tiedje (2005) предложили использовать параметр средней нуклеотидной идентичности (ANI) для понимания видовой принадлежности изучаемого прокариотического организма. Попарное сравнение геномов и расчёт ANI авторы выполняли путём BLAST-поиска всех белок-кодирующих последовательностей (CDS) анализируемого генома в референсном геноме. CDS анализируемого генома считали консервативными, если они демонстрировали следующий результат: не менее 60% идентичности последовательности и не менее 70% степени перекрытия (query cover) с референсным участком. Авторы (Konstantinidis & Tiedje, 2005) установили, что стандарту DDH 70% соответствует ~93-94% ANI, и, таким образом, штаммы, демонстрирующие ANI >94% друг с другом, принадлежат к одному виду. Позднее (Konstantinidis et al., 2006) упоминается порог ANI 95%.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Делеган Янина Адальбертовна, 2025 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Анохина, Т.О. Альтернативный путь метаболизма нафталина у штамма Rhodococcus opacus 3D, включающий образование орто-фталевой и производных коричной кислоты / Т.О. Анохина, Т.З. Есикова, А.Б. Гафаров et al. // Биохимия. - 2020. - Vol. 85. -№ 3. - P. 412-427. DOI: 10.31857/S0320972520030112.

2. Беловежец, Л.А. Влияние атранов на рост Rhodococcus qingshengii VKM Ac-2784D в присутствии различных источников углерода и на его способность к разложению нафталина / Л.А. Беловежец, Ю.А. Маркова, А.А. Левчук, Е.Н. Оборина, С.Н. Адамович // Микробиология. - 2023. - Вып. 92. - №1. - С. 77-85. - DOI: 10.31857/S0026365622600390

3. Букляревич, А.А. Молекулярно-генетический и функциональный анализ генов бактерий рода Rhodococcus, кодирующих синтез алкан-1-монооксигеназ / А.А. Букляревич, А.С. Гуринович, А.Е. Филонов, М.А. Титок // Микробиология. - 2023. - T. 92.

- № 2. - С. 204-218. - DOI: 10.31857/S0026365622600687

4. Габов, Д.Н. Накопление полициклических ароматических углеводородов в снежном покрове вблизи предприятий топливно-энергетического комплекса г. Воркуты / Д.Н. Габов, Е.В. Яковлева, М.И. Василевич, Р.С. Василевич // Геоэкология. Инженерная геология. Гидрогеология. Геокриология. - 2019. - № 1. - P. 24-37. DOI: 10.31857/S0869-78092019124-37.

5. Делеган, Я.А. Термотолерантные бактерии-деструкторы углеводородов нефти: дис. ... канд. биол. наук: 03.01.06 / Делеган Янина Адальбертовна. - Пущино, 2016.

- 153 с.

6. Делеган Я.А. Консорциум термотолерантных бактериальных штаммов для деградации нефти и нефтепродуктов в грунтах и водах в условиях жаркого климата / Я.А. Делеган, А.А. Ветрова, А.А. Иванова, М.И. Чернявская, М.А. Титок, А.Е. Филонов, А.М. Боронин. - Патент РФ №2617941. - 2017. - Бюл. №13.

7. Делеган Я.А. Роль алкан гидроксилазы alkB в процессе деструкции алканов штаммом Gordonia sp. 1D / Я.А. Делеган, А.А. Ветрова, Ю.Н. Кочаровская, М.Ю. Сафронова, А.А. Иванова, К.В. Петриков // Известия Тульского государственного университета. Естественные науки. - 2019. - Вып. 3. - С. 44-54.

8. Делеган Я.А. Штамм Gordonia alkanivorans 135 — перспективный деструктор дибензотиофена / Я.А. Делеган, Е.Э. Французова, А.А. Ветрова // Биотехнология. - 2020. -Т. 36. - № 4. - С. 121-125.

9. Мандрик, М.И. Характеристика генетических локусов, определяющих деградацию фенола, в геноме бактерий штамма Rhodococcus pyridinivorans 5Ap / М.И.

Мандрик, А.Э. Охремчук, Л.Н. Валентович, Э.В. Трушлис, А.Ю. Ларченко, С.Л. Василенко // Экспериментальная биология и биотехнология. - 2024. - Вып. 1. - С. 27-40.

10. Маркова, Ю.А. Обнаружение генных кластеров биодеструкции алканов и ароматических соединений в геноме Rhodococcus qingshengii VKM Ac-2784D / Ю.А. Маркова, И.С. Петрушин, Л.А. Беловежец // Вавиловский журнал генетики и селекции. -2023. - Вып. 27. - №3. - С. 276-282. - DOI: 10.18699/VJGB-23-33

11. Назаров, А.В. Деструкция бенз(а)пирена в почве штаммом Rhodococcus wratislaviensis КТ112-7, выделенным из отходов соледобывающего предприятия / А.В. Назаров // Вестник Пермского университета. Серия «Биология». - 2019. - № 4. - P. 412-416. DOI: 10.17072/1994-9952-2019-4-412-416.

12. Пьянкова, А.А. Выделение и характеристика штамма-деструктора дибутилфталата Rhodococcus sp. 5A-K4 / А.А. Пьянкова, А.В. Краева, Ю.И. Нечаева, Е.Г. Плотникова // Вестник Пермского университета. Серия Биология. - 2024. - Вып. 3. - С. 309317. - DOI: 10.17072/1994-9952-2024-3-309-317

13. Соляникова, И.П. Новый тип муконатциклоизомеразы из Rhodococcus rhodochrous 89 / И.П. Соляникова, М. Шлеманн, Л.А. Головлева // Биохимия. - 2001. - Т. 66. - № 7. - С. 922-928.

14. Соляникова, И.П. Пути разложения 3-хлорбензоата штаммами Rhodococcus opacus 1CP и 6A / И.П. Соляникова, Е.В. Емельянова, Е.С. Шумкова, В.М. Травкин // Микробиология. - 2019. - Т. 88. - № 5. - С. 541-552. DOI: 10.1134/S002636561905015X

15. Соляникова, И.П. Выделение и характеристика пирокатехаз из штаммов Rhodococcus rhodnii 135 и Rhodococcus rhodochrous 89: сравнение с аналогичными ферментами обычного и модифицированного орто-пути / И.П. Соляникова, Е.Л. Головлев, О.В. Лисняк, Л.А. Головлева // Биохимия. - 1999. - Т. 64. - № 7. - С. 982-989.

16. Abdel-Mawgoud, A.M. Simple glycolipids of microbes: Chemistry, biological activity and metabolic engineering / A.M. Abdel-Mawgoud, G. Stephanopoulos // Synthetic and Systems Biotechnology. - 2018. - Vol. 3. - № 1. - P. 3-19. DOI: 10.1016/j.synbio.2017.12.001.

17. Ahmad, A. Desulfurization of thianthrene by a Gordonia sp. IITR100 / A. Ahmad, A.K. Chauhan, S. Javed, A. Kumar // Biotechnology Letters. - 2014. - Vol. 36. - № 11. - P. 22092214. DOI: 10.1007/s10529-014-1606-2.

18. Ahmad, A. Preferential desulfurization of dibenzyl sulfide by an isolated Gordonia sp. IITR100 / A. Ahmad, A.K. Chauhan, H.N. Kushwaha et al. // 3 Biotech. - 2015. - Vol. 5. -№ 3. - P. 237-243. DOI: 10.1007/s13205-014-0221-1.

19. Ahmad, D.V. Desulfurization of Benzothiophene by an Isolated Gordonia sp. IITR100 / D.V. Ahmad, A. Ahmad, M.I. Khan et al. // Journal of microbiology, biotechnology and food sciences. - 2021. - Vol. 10. - № 5. - P. e2787. DOI: 10.15414/jmbfs.2787.

20. Akhmetov, L.I. Mechanisms of naphthalene microbial degradation / L.I. Akhmetov, A.E. Filonov, I.F. Puntus, Ya.A. Delegan, E.I. Deryuscheva // Chapter 22 in Advances in Chemistry Research. - 2019. - Vol. 52. Nova Publishers, James C. Taylor (Editor). https://novapublishers.com/shop/advances-in-chemistry-research-volume-52/

21. Akhtar, N. Biodesulfurization of Thiophenic Compounds by a 2-Hydroxybiphenyl-Resistant Gordonia sp. HS126-4N Carrying dszABC Genes / N. Akhtar, K. Akhtar, M.A. Ghauri // Current Microbiology. - 2018. - Vol. 75. - № 5. - P. 597-603. DOI: 10.1007/s00284-017-1422-8.

22. Algora-Gallardo, L. Bilateral symmetry of linear streptomycete chromosomes / L. Algora-Gallardo, J.K. Schniete, D R. Mark et al. // Microbial Genomics. - 2021. - Vol. 7. - № 11. DOI: 10.1099/mgen.0.000692.

23. Alotaibi, F. In-Depth Characterization of Plant Growth Promotion Potentials of Selected Alkanes-Degrading Plant Growth-Promoting Bacterial Isolates / F. Alotaibi, M. St-Arnaud, M. Hijri // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Vol. 13. DOI: 10.3389/fmicb.2022.863702.

24. Altenhoff, A.-L. In vitro studies on the degradation of common rubber waste material with the latex clearing protein (Lcp1VH2) of Gordonia polyisoprenivorans VH2 / A.-L. Altenhoff, S. Thierbach, A. Steinbüchel // Biodegradation. - 2021. - Vol. 32. - № 2. - P. 113-125. DOI: 10.1007/s10532-020-09920-z.

25. Alves, L. Desulfurization of Dibenzothiophene, Benzothiophene, and Other Thiophene Analogs by a Newly Isolated Bacterium, Gordonia alkanivorans Strain 1B / L. Alves, R. Salgueiro, C. Rodrigues et al. // Applied Biochemistry and Biotechnology. - 2005. - Vol. 120. - № 3. - P. 199-208. DOI: 10.1385/ABAB:120:3:199.

26. Alves, L. Dibenzothiophene desulfurization by Gordonia alkanivorans strain 1B using recycled paper sludge hydrolyzate / L. Alves, S. Marques, J. Matos et al. // Chemosphere. -2008. - Vol. 70. - № 6. - P. 967-973. DOI: 10.1016/j.chemosphere.2007.08.016.

27. Alves, L. Toxicity evaluation of 2-hydroxybiphenyl and other compounds involved in studies of fossil fuels biodesulphurisation / L. Alves, S.M. Paixäo // Bioresource Technology. -2011. - Vol. 102. - № 19. - P. 9162-9166. DOI: 10.1016/j.biortech.2011.06.070.

28. Aminsefat, A. Biodesulfurization of dibenzothiophene by Gordonia sp. AHV-01 and optimization by using of response surface design procedure / A. Aminsefat, B. Rasekh, M.R.

Ardakani // Microbiology. - 2012. - Vol. 81. - № 2. - P. 154-159. DOI: 10.1134/S0026261712020026.

29. Amouric, A. Identification of different alkane hydroxylase systems in Rhodococcus ruber strain SP2B, a hexane-degrading actinomycete / A. Amouric, M. Quemeneur, V. Grossi et al. // Journal of Applied Microbiology. - 2010. - Vol. 108. - № 6. - P. 1903-1916. DOI: 10.1111/j .1365-2672.2009.04592.x.

30. Anan'ina, L.N. Naphthalene-degrading bacteria of the genus Rhodococcus from the Verkhnekamsk salt mining region of Russia / L.N. Anan'ina, O. V. Yastrebova, V.A. Demakov, E.G. Plotnikova // Antonie van Leeuwenhoek. - 2011. - Vol. 100. - № 2. - P. 309-316. DOI: 10.1007/s10482-011-9580-3.

31. Anastasi, E. Pangenome and Phylogenomic Analysis of the Pathogenic Actinobacterium Rhodococcus equi / E. Anastasi, I. MacArthur, M. Scortti et al. // Genome Biology and Evolution. - 2016. - Vol. 8. - № 10. - P. 3140-3148. DOI: 10.1093/gbe/evw222.

32. Andler, R. Cleavage of poly(cis-1,4-isoprene) rubber as solid substrate by cultures of Gordonia polyisoprenivorans / R. Andler, S. Hiessl, O. Yücel et al. // New Biotechnology. -2018. - Vol. 44. - P. 6-12. DOI: 10.1016/j.nbt.2018.03.002.

33. Arai, H. Two sets of biphenyl and PCB degradation genes on a linear plasmid in Rhodococcus erythropolis TA421 / H. Arai, S. Kosono, K. Taguchi et al. // Journal of Fermentation and Bioengineering. - 1998. - Vol. 86. - № 6. - P. 595-599. DOI: 10.1016/S0922-338X(99)80013-0.

34. Asadulghani, M. The Defective Prophage Pool of Escherichia coli O157: Prophage-Prophage Interactions Potentiate Horizontal Transfer of Virulence Determinants / M. Asadulghani, Y. Ogura, T. Ooka et al. // PLoS Pathogens. - 2009. - Vol. 5. - № 5. - P. e1000408. DOI: 10.1371/journal.ppat.1000408.

35. Ashelford, K.E. At Least 1 in 20 16S rRNA Sequence Records Currently Held in Public Repositories Is Estimated To Contain Substantial Anomalies / K.E. Ashelford, N.A. Chuzhanova, J.C. Fry et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - Vol. 71. -№ 12. - P. 7724-7736. DOI: 10.1128/AEM.71.12.7724-7736.2005.

36. Aziz, R.K. The RAST Server: Rapid Annotations using Subsystems Technology / R.K. Aziz, D. Bartels, A.A. Best et al. // BMC Genomics. - 2008. - Vol. 9. - № 1. - P. 75. DOI: 10.1186/1471-2164-9-75.

37. Baek, J.H. Rhodococcus oxybenzonivorans sp. nov., a benzophenone-3-degrading bacterium, isolated from stream sediment / J.H. Baek, W. Baek, S.E. Jeong et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2022. - Vol. 72. - № 6. DOI: 10.1099/ijsem.0.005433.

38. Banat, I.M. Cost effective technologies and renewable substrates for biosurfactants production / I.M. Banat, S.K. Satpute, S.S. Cameotra et al. // Frontiers in Microbiology. - 2014. -Vol. 5. DOI: 10.3389/fmicb.2014.00697.

39. Bankevich, A. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov et al. // Journal of Computational Biology. - 2012. - Vol. 19. - № 5. - P. 455-477. DOI: 10.1089/cmb.2012.0021.

40. Baroncelli, R. Gene family expansions and contractions are associated with host range in plant pathogens of the genus Colletotrichum / R. Baroncelli, D.B. Amby, A. Zapparata et al. // BMC Genomics. - 2016. - Vol. 17. - № 1. - P. 555. DOI: 10.1186/s12864-016-2917-6.

41. Batra, N. Metagenomic Research: Methods and Ecological Applications / N. Batra, S. Bhatia, A. Behal et al. // Encyclopedia of Metagenomics. - Boston, MA: Springer US, 2015. -P. 420-429.

42. Beilen, J.B. van. Alkane hydroxylases involved in microbial alkane degradation / J.B. van Beilen, E.G. Funhoff // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2007. - Vol. 74. -№ 1. - P. 13-21. DOI: 10.1007/s00253-006-0748-0.

43. Beilen, J.B. van. Cytochrome P450 Alkane Hydroxylases of the CYP153 Family Are Common in Alkane-Degrading Eubacteria Lacking Integral Membrane Alkane Hydroxylases / J.B. van Beilen, E.G. Funhoff, A. van Loon et al. // Applied and Environmental Microbiology. -2006. - Vol. 72. - № 1. - P. 59-65. DOI: 10.1128/AEM.72.1.59-65.2006.

44. Beilen, J.B. van. Expanding the alkane oxygenase toolbox: new enzymes and applications / J.B. van Beilen, E.G. Funhoff // Current Opinion in Biotechnology. - 2005. -Vol. 16. - № 3. - P. 308-314. DOI: 10.1016/j.copbio.2005.04.005.

45. Beilen, J.B. van. Rubredoxins Involved in Alkane Oxidation / J.B. van Beilen, M. Neuenschwander, T.H.M. Smits et al. // Journal of Bacteriology. - 2002. - Vol. 184. - № 6. -P. 1722-1732. DOI: 10.1128/JB.184.6.1722-1732.2002.

46. Bendinger, B. Gordona hydrophobica sp. nov., Isolated from Biofilters for Waste Gas Treatment / B. Bendinger, F.A. Rainey, R.M. Kroppenstedt et al. // International Journal of Systematic Bacteriology. - 1995. - Vol. 45. - № 3. - P. 544-548. DOI: 10.1099/00207713-45-3544.

47. Benning, S. (Pan)genomic analysis of two Rhodococcus isolates and their role in phenolic compound degradation / S. Benning, K. Pritsch, V. Radl et al. // Microbiology Spectrum. - 2024. - Vol. 12. - № 4. DOI: 10.1128/spectrum.03783-23.

48. Benning, S. Complete Genome Sequences of Two Rhodococcus sp. Strains with Large and Linear Chromosomes, Isolated from Apple Rhizosphere / S. Benning, N. Brugnone, R.

Siani et al. // Microbiology Resource Announcements. - 2021. - Vol. 10. - № 24. DOI: 10.1128/MRA.00159-21.

49. Bertani, G. STUDIES ON LYSOGENESIS I / G. Bertani // Journal of Bacteriology.

- 1951. - Vol. 62. - № 3. - P. 293-300. DOI: 10.1128/jb.62.3.293-300.1951.

50. Bertels, F. Automated Reconstruction of Whole-Genome Phylogenies from Short-Sequence Reads / F. Bertels, O.K. Silander, M. Pachkov et al. // Molecular Biology and Evolution.

- 2014. - Vol. 31. - № 5. - P. 1077-1088. DOI: 10.1093/molbev/msu088.

51. Bhanjadeo, M.M. Differential desulfurization of dibenzothiophene by newly identified MTCC strains: Influence of Operon Array / M.M. Bhanjadeo, K. Rath, D. Gupta et al. // PLOS ONE. - 2018. - Vol. 13. - № 3. - P. e0192536. DOI: 10.1371/journal.pone.0192536.

52. Bhatia, S.K. A clean and green approach for odd chain fatty acids production in Rhodococcus sp. YHY01 by medium engineering / S.K. Bhatia, R. Gurav, T.-R. Choi et al. // Bioresource Technology. - 2019. - Vol. 286. - P. 121383. DOI: 10.1016/j.biortech.2019.121383.

53. Bie, T. De. CAFE: a computational tool for the study of gene family evolution / T. De Bie, N. Cristianini, J.P. Demuth, M.W. Hahn // Bioinformatics. - 2006. - Vol. 22. - № 10. -P. 1269-1271. DOI: 10.1093/bioinformatics/btl097.

54. Bisht, S. Bioremediation of polyaromatic hydrocarbons (PAHs) using rhizosphere technology / S. Bisht, P. Pandey, B. Bhargava et al. // Brazilian Journal of Microbiology. - 2015.

- Vol. 46. - № 1. - P. 7-21. DOI: 10.1590/S1517-838246120131354.

55. Bjorklof, K. Presence of Actinobacterial and Fungal Communities in Clean and Petroleum Hydrocarbon Contaminated Subsurface Soil / K. Bjorklof, S. Karlsson, A. Frostegard, K S. Jorgensen // The Open Microbiology Journal. - 2009. - Vol. 3. - № 1. - P. 75-86. DOI: 10.2174/1874285800903010075.

56. Blin, K. antiSMASH 6.0: improving cluster detection and comparison capabilities / K. Blin, S. Shaw, A.M. Kloosterman et al. // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol. 49. - № W1.

- P. W29-W35. DOI: 10.1093/nar/gkab335.

57. Bobay, L.-M. Pervasive domestication of defective prophages by bacteria / L.-M. Bobay, M. Touchon, E.P.C. Rocha // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2014.

- Vol. 111. - № 33. - P. 12127-12132. DOI: 10.1073/pnas.1405336111.

58. Bolger, A.M. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data / A.M. Bolger, M. Lohse, B. Usadel // Bioinformatics. - 2014. - Vol. 30. - № 15. - P. 2114-2120. DOI: 10.1093/bioinformatics/btu170.

59. Bottos, E.M. Transcriptomic response of Gordonia sp. strain NB4-1Y when provided with 6:2 fluorotelomer sulfonamidoalkyl betaine or 6:2 fluorotelomer sulfonate as sole

sulfur source / E.M. Bottos, E.Y. AL-shabib, D.M.J. Shaw et al. // Biodegradation. - 2020. -Vol. 31. - № 4-6. - P. 407-422. DOI: 10.1007/s10532-020-09917-8.

60. Brandäo, P.F.B. Gordonia namibiensis sp. nov., a Novel Nitrile MetabolisingActinomycete Recovered from an African Sand / P.F.B. Brandäo, L.A. Maldonado,

A.C. Ward et al. // Systematic and Applied Microbiology. - 2001. - Vol. 24. - № 4. - P. 510-515. DOI: 10.1078/0723-2020-00074.

61. Broderick, J.B. Catechol dioxygenases. / J.B. Broderick // Essays in biochemistry. - 1999. - Vol. 34. - P. 173-89. DOI: 10.1042/bse0340173.

62. Bröker, D. Characterization of the 101-Kilobase-Pair Megaplasmid pKB1, Isolated from the Rubber-Degrading Bacterium Gordonia westfalica Kb1 / D. Bröker, M. Arenskötter, A. Legatzki et al. // Journal of Bacteriology. - 2004. - Vol. 186. - № 1. - P. 212-225. DOI: 10.1128/JB.186.1.212-225.2004.

63. Brown, C.L. mobileOG-db: a Manually Curated Database of Protein Families Mediating the Life Cycle of Bacterial Mobile Genetic Elements / C.L. Brown, J. Mullet, F. Hindi et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2022. - Vol. 88. - № 18. DOI: 10.1128/aem.00991-22.

64. Brown, L.M. Draft Genome Sequence of Gordonia sihwensis Strain 9, a Branched Alkane-Degrading Bacterium / L.M. Brown, T.S. Gunasekera, R.C. Striebich, O.N. Ruiz // Genome Announcements. - 2016. - Vol. 4. - № 3. DOI: 10.1128/genomeA.00622-16.

65. Buchfink, B. Sensitive protein alignments at tree-of-life scale using DIAMOND /

B. Buchfink, K. Reuter, H.-G. Drost // Nature Methods. - 2021. - Vol. 18. - № 4. - P. 366-368. DOI: 10.1038/s41592-021-01101-x.

66. Bukhari, S.A.R. Comparative Genomics and Pan-Genome Driven Prediction of a Reduced Genome of Akkermansia muciniphila / S.A.R. Bukhari, M. Irfan, I. Ahmad, L. Chen // Microorganisms. - 2022. - Vol. 10. - № 7. - P. 1350. DOI: 10.3390/microorganisms10071350.

67. Burbaud, S. Trehalose Polyphleates Are Produced by a Glycolipid Biosynthetic Pathway Conserved across Phylogenetically Distant Mycobacteria / S. Burbaud, F. Laval, A. Lemassu et al. // Cell Chemical Biology. - 2016. - Vol. 23. - № 2. - P. 278-289. DOI: 10.1016/j.chembiol.2015.11.013.

68. Camacho, C. BLAST+: architecture and applications / C. Camacho, G. Coulouris, V. Avagyan et al. // BMC Bioinformatics. - 2009. - Vol. 10. - № 1. - P. 421. DOI: 10.1186/14712105-10-421.

69. Canchaya, C. Prophage Genomics / C. Canchaya, C. Proux, G. Fournous et al. // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2003. - Vol. 67. - № 2. - P. 238-276. DOI: 10.1128/MMBR.67.2.238-276.2003.

70. Cappelletti, M. Analyses of both the alkB Gene Transcriptional Start Site and alkB Promoter-Inducing Properties of Rhodococcus sp. Strain BCP1 Grown on n -Alkanes / M. Cappelletti, S. Fedi, D. Frascari et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2011. -Vol. 77. - № 5. - P. 1619-1627. DOI: 10.1128/AEM.01987-10.

71. Casjens, S. Prophages and bacterial genomics: what have we learned so far? / S. Casjens // Molecular Microbiology. - 2003. - Vol. 49. - № 2. - P. 277-300. DOI: 10.1046/j.1365-2958.2003.03580.x.

72. Cha, J.-H. Gordonia alkaliphila sp. nov., an actinomycete isolated from tidal flat sediment / J.-H. Cha, C.-J. Cha // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2013. - Vol. 63. - № Pt_1. - P. 327-331. DOI: 10.1099/ijs.0.039289-0.

73. Chaudhary, D.K. Rhodococcus olei sp. nov., with the ability to degrade petroleum oil, isolated from oil-contaminated soil / D.K. Chaudhary, J. Kim // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2018. - Vol. 68. - № 5. - P. 1749-1756. DOI: 10.1099/ijsem.0.002750.

74. Chen, C.W. Once the circle has been broken: dynamics and evolution of Streptomyces chromosomes / C.W. Chen, C.-H. Huang, H.-H. Lee et al. // Trends in Genetics. -2002. - Vol. 18. - № 10. - P. 522-529. DOI: 10.1016/S0168-9525(02)02752-X.

75. Chen, H. Elucidation of 2-hydroxybiphenyl effect on dibenzothiophene desulfurization by Microbacterium sp. strain ZD-M2 / H. Chen, W.-J. Zhang, Y.-B. Cai et al. // Bioresource Technology. - 2008. - Vol. 99. - № 15. - P. 6928-6933. DOI: 10.1016/j.biortech.2008.01.033.

76. Chen, H. Methoxylation pathway in biodesulfurization of model organosulfur compounds with Mycobacterium sp. / H. Chen, Y.-B. Cai, W.-J. Zhang, W. Li // Bioresource Technology. - 2009. - Vol. 100. - № 6. - P. 2085-2087. DOI: 10.1016/j.biortech.2008.10.010.

77. Chen, X. Biodegradation of polyethylene by Gordonia sp. C1 and Bacillus sp. C2 isolated from landfill / X. Chen, H. Xue, Z. Jiang et al. // Journal of Environmental Chemical Engineering. - 2025. - Vol. 13. - № 3. - P. 116443. DOI: 10.1016/j.jece.2025.116443.

78. Chen, Y. Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error correction / Y. Chen, F. Nie, S.-Q. Xie et al. // Nature Communications. - 2021. - Vol. 12. - № 1. - P. 60. DOI: 10.1038/s41467-020-20236-7.

79. Cheng Y. Global transcriptomic analysis of Rhodococcus erythropolis D310-1 in responding to chlorimuron-ethyl / Cheng Y., Zang H., Wang H., Li D., Li C. // Ecotoxicol Environ Saf. - 2018. - V. 157. - P. 111-120. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2018.03.074.

80. Clark, D P. Plasmids / D P. Clark, N.J. Pazdernik // Molecular Biology. - Elsevier, 2013. - P. e473-e478.

81. Cohan, F.M. What are Bacterial Species? / F.M. Cohan // Annual Review of Microbiology. - 2002. - Vol. 56. - № 1. - P. 457-487. DOI: 10.1146/annurev.micro.56.012302.160634.

82. Coleman, N. V. Untangling the multiple monooxygenases of Mycobacterium chubuense strain NBB4, a versatile hydrocarbon degrader / N. V. Coleman, S. Yau, N.L. Wilson et al. // Environmental Microbiology Reports. - 2011. - Vol. 3. - № 3. - P. 297-307. DOI: 10.1111/j.1758-2229.2010.00225.x.

83. Coluzzi, C. Evolution of Plasmid Mobility: Origin and Fate of Conjugative and Nonconjugative Plasmids / C. Coluzzi, M.P. Garcillán-Barcia, F. de la Cruz, E.P.C. Rocha // Molecular Biology and Evolution. - 2022. - Vol. 39. - № 6. DOI: 10.1093/molbev/msac115.

84. Cortés-Sánchez, A. de J. Biological activity of glycolipids produced by microorganisms: New trends and possible therapeutic alternatives / A. de J. Cortés-Sánchez, H. Hernández-Sánchez, M.E. Jaramillo-Flores // Microbiological Research. - 2013. - Vol. 168. -№ 1. - P. 22-32. DOI: 10.1016/j.micres.2012.07.002.

85. Costa, D.M.A. Catalytic mechanism for the conversion of salicylate into catechol by the flavin-dependent monooxygenase salicylate hydroxylase / D.M.A. Costa, S. V. Gómez, S.S. de Araújo et al. // International Journal of Biological Macromolecules. - 2019. - Vol. 129. -P. 588-600. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2019.01.135.

86. Coster, W. De. NanoPack: visualizing and processing long-read sequencing data / W. De Coster, S. D'Hert, D.T. Schultz et al. // Bioinformatics. - 2018. - Vol. 34. - № 15. -P. 2666-2669. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty149.

87. Cummins, E.A. Prokaryote pangenomes are dynamic entities / E.A. Cummins, R.J. Hall, J O. McInerney, A. McNally // Current Opinion in Microbiology. - 2022. - Vol. 66. - P. 7378. DOI: 10.1016/j.mib.2022.01.005.

88. Darling, A.C.E. Mauve: Multiple Alignment of Conserved Genomic Sequence with Rearrangements / A.C.E. Darling, B. Mau, F.R. Blattner, N.T. Perna // Genome Research. - 2004. - Vol. 14. - № 7. - P. 1394-1403. DOI: 10.1101/gr.2289704.

89. Dastager, S.G. Rhodococcus enclensis sp. nov., a novel member of the genus Rhodococcus / S.G. Dastager, R. Mawlankar, S.-K. Tang et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2014. - Vol. 64. - № Pt_8. - P. 2693-2697. DOI: 10.1099/ijs.0.061390-0.

90. Davoodi-Dehaghani, F. Biodesulfurization of dibenzothiophene by a newly isolated Rhodococcus erythropolis strain / F. Davoodi-Dehaghani, M. Vosoughi, A.A. Ziaee // Bioresource Technology. - 2010. - Vol. 101. - № 3. - P. 1102-1105. DOI: 10.1016/j.biortech.2009.08.058.

91. Dean-Ross, D. Metabolism of anthracene by a Rhodococcus species / D. Dean-Ross, J.D. Moody, J.P. Freeman et al. // FEMS Microbiology Letters. - 2001. - Vol. 204. - № 1. - P. 205-211. DOI: 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10886.x.

92. Delegan, Ya.A. Development of thermotolerant bacterial consortium, the basis for biopreparation for remediation of petroleum-contaminated soils and waters in hot climates / Ya.A. Delegan, A.A. Vetrova, M.A. Titok, A.E. Filonov // Applied Biochemistry and Microbiology. -2016. - Vol. 52. - № 9. - P. 828-836. DOI: 10.1134/S0003683816090039.

93. Delegan, Y. Characterization and genomic analysis of highly efficient thermotolerant oil-degrading bacterium Gordonia sp. 1D / Y. Delegan, L. Valentovich, S. Shafieva, K. Ganbarov, A. Filonov, M. Vainstein // Folia Microbiologica. - 2019. - Vol. 4. - P. 4148. D0I:10.1007/s12223-018-0623-2.

94. Delegan, Y. Complete genome sequence of Gordonia sp. 135, a promising dibenzothiophene- and hydrocarbon-degrading strain / Y. Delegan, L. Valentovich, A. Vetrova, E. Frantsuzova, Y. Kocharovskaya // Microbiology resource announcements. - 2020a. - Vol. 9. -№ e01450-19. D0I:10.1128/MRA.01450-19.

95. Delegan, Y. Analysis of genome sequence and trehalose lipid production peculiarities of the thermotolerant Gordonia strain / Y. Delegan, A. Sargsyan, N. Hovhannisyan, B. Babayan, K. Petrikov, M. Vainstein // Journal of Basic Microbiology. - 2020b. - Vol. 60. -I. 1. - P. 14-21. D0I:10.1002/jobm.201900439.

96. Delegan, Y. Complete genome sequence of Rhodococcus erythropolis X5, a psychrotrophic hydrocarbon-degrading biosurfactant-producing bacterium / Y. Delegan, L. Valentovich, K. Petrikov, A. Vetrova, A. Akhremchuk, V. Akimov // Microbiology resource announcements. - 2020c. - Vol. 9. - I. 48. - № e01234-19. D0I:10.1128/MRA.01234-19.

97. Delegan, Y. Characterization and genomic analysis of Gordonia alkanivorans 135, a promising dibenzothiophene-degrading strain / Y. Delegan, Y. Kocharovskaya, E. Frantsuzova, R. Streletskii, A. Vetrova // Biotechnology Reports. - 2021. - Vol. 29. - № e00591. DOI: 10.1016/j .btre.2021.e00591.

98. Delegan, Y. Diversity and metabolic potential of a PAH-degrading bacterial consortium in technogenically contaminated haplic chernozem, Southern Russia / Y. Delegan, S. Sushkova, T. Minkina, A. Filonov, Y. Kocharovskaya et al. // Processes. - 2022a. - Vol. 10. -I. 12. - №2555. D01:10.3390/pr10122555.

99. Delegan, Y. Complete genome analysis of Rhodococcus opacus S8 capable of degrading alkanes and producing biosurfactant reveals its genetic adaptation for crude oil decomposition / Y. Delegan, K. Petrikov, E. Frantsuzova, N. Rudenko, V. Solomentsev, N. Suzina,

V. Travkin, IP. Solyanikova // Microorganisms. - 2022b. - Vol. 10. - № 1172. DOI:10.3390/microorganisms10061172.

100. Delegan, Y. Complete genome sequence of Rhodococcus qingshengii VT6, a promising degrader of persistent pollutants and putative biosurfactant-producing strain / Y. Delegan, K. Petrikov, E. Frantsuzova, A. Bogun, V. Travkin, I. Solyanikova // Microbiology resource announcements. - 2022c. - Vol. 11. - I. 2. - № e0117921. DOI:10.1128/mra.01179-21.

101. Denis-Larose, C. Conservation of plasmid-encoded dibenzothiophene desulfurization genes in several rhodococci / C. Denis-Larose, D. Labbé, H. Bergeron et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 1997. - Vol. 63. - № 7. - P. 2915-2919. DOI: 10.1128/aem.63.7.2915-2919.1997.

102. Denome, S.A. Identification and Cloning of Genes Involved in Specific Desulfurization of Dibenzothiophene by Rhodococcus sp. Strain IGTS8 / S.A. Denome, E.S. Olson, K.D. Young // Applied and Environmental Microbiology. - 1993. - Vol. 59. - № 9. -P. 2837-2843. DOI: 10.1128/aem.59.9.2837-2843.1993.

103. Dereeper, A. PanExplorer: a web-based tool for exploratory analysis and visualization of bacterial pan-genomes / A. Dereeper, M. Summo, D.F. Meyer // Bioinformatics.

- 2022. - Vol. 38. - № 18. - P. 4412-4414. DOI: 10.1093/bioinformatics/btac504.

104. Dogan, I. Expression of Vitreoscilla hemoglobin in Gordonia amarae enhances biosurfactant production / I. Dogan, K.R. Pagilla, D.A. Webster, B.C. Stark // Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. - 2006. - Vol. 33. - № 8. - P. 693-700. DOI: 10.1007/s10295-006-0097-0.

105. Dong, M.-J. DoriC 12.0: an updated database of replication origins in both complete and draft prokaryotic genomes / M.-J. Dong, H. Luo, F. Gao // Nucleic Acids Research.

- 2023. - Vol. 51. - № D1. - P. D117-D120. DOI: 10.1093/nar/gkac964.

106. Drake, J.W. Rates of Spontaneous Mutation / J.W. Drake, B. Charlesworth, D. Charlesworth, J.F. Crow // Genetics. - 1998. - Vol. 148. - № 4. - P. 1667-1686. DOI: 10.1093/genetics/148.4.1667.

107. Drzyzga, O. Gordonia cholesterolivorans sp. nov., a cholesterol-degrading actinomycete isolated from sewage sludge / O. Drzyzga, J.M. Navarro Llorens, L. Fernandez de las Heras et al. // International journal of systematic and evolutionary microbiology. - 2009. -Vol. 59. - № 5. - P. 1011-1015. DOI: 10.1099/ijs.0.005777-0.

108. Drzyzga, O. The strengths and weaknesses of Gordonia: A review of an emerging genus with increasing biotechnological potential. Vol. 38 / O. Drzyzga. - 2012.

109. Duquesne, F. Analysis of plasmid diversity in 96 Rhodococcus equi strains isolated in Normandy (France) and sequencing of the 87-kb type I virulence plasmid / F. Duquesne, L.

213

Hébert, C. Sévin et al. // FEMS Microbiology Letters. - 2010. - Vol. 311. - № 1. - P. 76-81. DOI: 10.1111/j.1574-6968.2010.02070.x.

110. Edgar, R.C. UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection / R.C. Edgar, B.J. Haas, J.C. Clemente et al. // Bioinformatics. - 2011. - Vol. 27. - № 16. - P. 21942200. DOI: 10.1093/bioinformatics/btr381.

111. Egorova D.O. Bioremediation of Hexachlorocyclohexane-Contaminated Soil by the New Rhodococcus wratislaviensis Strain Ch628 / Egorova D.O., Buzmakov, S.A., Nazarova, E.A. - Water Air Soil Pollut. - 2017. - V. 228. - N183. - https://doi.org/10.1007/s11270-017-3344-2

112. Ehiosun, K.I. Degradation of long-chain alkanes through biofilm formation by bacteria isolated from oil-polluted soil / K.I. Ehiosun, S. Godin, L. Urios et al. // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2022. - Vol. 175. - P. 105508. DOI: 10.1016/j.ibiod.2022.105508.

113. Eichhorn, E. Deletion Analysis of the Escherichia coli Taurine and Alkanesulfonate Transport Systems / E. Eichhorn, J.R. van der Ploeg, T. Leisinger // Journal of Bacteriology. - 2000. - Vol. 182. - № 10. - P. 2687-2695. DOI: 10.1128/JB.182.10.2687-2695.2000.

114. Ellis, H.R. Mechanism for sulfur acquisition by the alkanesulfonate monooxygenase system / H.R. Ellis // Bioorganic Chemistry. - 2011. - Vol. 39. - № 5-6. - P. 178184. DOI: 10.1016/j.bioorg.2011.08.001.

115. Emelyanova, E. V. Survival and biodegradation activity of Gordonia polyisoprenivorans 135: Basics of a biosensor receptor / E. V. Emelyanova, N.E. Souzina, V.N. Polivtseva et al. // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2017. - Vol. 53. - № 5. - P. 580586. DOI: 10.1134/S0003683817050039.

116. Endoh, T. The g 54 -dependent transcriptional activator SfnR regulates the expression of the Pseudomonasputida sfnFG operon responsible for dimethyl sulphone utilization / T. Endoh, H. Habe, H. Nojiri et al. // Molecular Microbiology. - 2005. - Vol. 55. - № 3. - P. 897911. DOI: 10.1111/j.1365-2958.2004.04431.x.

117. Evans, C.G.T. Chapter XIII The Continuous Cultivation of Micro-organisms / C.G.T. Evans, D. Herbert, D.W. Tempest. - 1970. - P. 277-327.

118. Eze, M.O. Metagenome Analysis of a Hydrocarbon-Degrading Bacterial Consortium Reveals the Specific Roles of BTEX Biodegraders / M.O. Eze // Genes. - 2021. -Vol. 12. - № 1. - P. 98. DOI: 10.3390/genes12010098.

119. Fan, Y. A self-ligation method for PCR-sequencing the telomeres of Streptomyces and Mycobacterium linear replicons / Y. Fan, Y. Dai, Q. Cheng et al. // Journal of Microbiological Methods. - 2012. - Vol. 90. - № 2. - P. 105-107. DOI: 10.1016/j.mimet.2012.04.012.

120. Fang, H. Isolation and characterization of Pseudomonas sp. CBW capable of degrading carbendazim / H. Fang, Y. Wang, C. Gao et al. // Biodegradation. - 2010. - Vol. 21. -№ 6. - P. 939-946. DOI: 10.1007/s10532-010-9353-0.

121. Finkel'shtern, Z.I. [Fluorene degradation by bacteria of the genus Rhodococcus]. / Z.I. Finkel'shteîn, B.P. Baskunov, E.L. Golovlev et al. // Mikrobiologiia. - 2003. - Vol. 72. - № 6.

- P. 746-51.

122. Francis, I. pFiD188, the Linear Virulence Plasmid of Rhodococcus fascians D188 / I. Francis, A. De Keyser, P. De Backer et al. // Molecular Plant-Microbe Interactions®. - 2012.

- Vol. 25. - № 5. - P. 637-647. DOI: 10.1094/MPMI-08-11-0215.

123. Frantsuzova, E. Whole Genome Analysis and Assessment of the Metabolic Potential of Gordonia rubripertincta Strain 112, a Degrader of Aromatic and Aliphatic Compounds / E. Frantsuzova, A. Bogun, V. Solomentsev, A. Vetrova, R. Streletskii, I. Solyanikova, Y. Delegan // Biology. - 2023a. - Vol. 12. - I. 5. - № 721. -D0I:10.3390/biology12050721.

124. Frantsuzova, E. Pangenome Analysis and Physiological Characterization of Gordonia alkanivorans Strains Capable of Utilizing Persistent Organic Pollutants / E. Frantsuzova, A. Bogun, L. Shishkina, A. Vetrova, I. Solyanikova, Y. Delegan // Engineering Proceedings. - 2023b. - Vol. 37. - I. 1. - № 110. - DOI:10.3390/ECP2023-14689.

125. Frantsuzova, E. Insights into the Potential Role of Gordonia alkanivorans Strains in Biotechnologies / E. Frantsuzova, A. Bogun, L. Shishkina, A. Vetrova, I. Solyanikova, Y. Delegan // Processes. - 2023c. - Vol. 11. - I. 11. - № 3184. DOI:10.3390/pr11113184.

126. Frantsuzova, E. Complete Genome Sequence of Gordonia polyisoprenivorans 135, a Promising Degrader of Aromatic Compounds / E. Frantsuzova, V. Solomentsev, A. Vetrova, V. Travkin, I. Solyanikova, Y. Delegan // Microbiology resource announcements. - 2023 d. - Vol. 12.

- I. 4. - № e00058-23. DOI:10.1128/mra.00058-23.

127. Frantsuzova, E. Genomic, phylogenetic and physiological characterization of the PAH-degrading strain Gordonia polyisoprenivorans 135 / E. Frantsuzova, A. Bogun, O. Kopylova, A. Vetrova, I. Solyanikova, R. Streletskii, Y. Delegan // Biology. - 2024. - Vol. 13. -№ 339. DOI:10.3390/biology13050339

128. Frantsuzova, E. Integrated omics approaches to explore a new system of genetic control of dibenzothiophene desulfurization and aromatic ring cleavage by Gordonia alkanivorans Strain 135 / E. Frantsuzova, A. Bogun, A. Vetrova, E. Kazakova, T. Kusainova, I. Tarasova, I.

215

Pozdnyakova-Filatova, Y. Delegan // Biology. - 2025. - Vol. 14. - № 188. DOI:10.3390/biology14020188.

129. Franzetti, A. Cultural factors affecting biosurfactant production by Gordonia sp. BS29 / A. Franzetti, P. Caredda, P. La Colla et al. // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2009. - Vol. 63. - № 7. - P. 943-947. DOI: 10.1016/j.ibiod.2009.06.001.

130. Franzetti, A. Surface-active compounds and their role in the access to hydrocarbons in Gordonia strains / A. Franzetti, G. Bestetti, P. Caredda et al. // FEMS Microbiology Ecology. -2008. - Vol. 63. - № 2. - P. 238-248. DOI: 10.1111/j.1574-6941.2007.00406.x.

131. Frederick, T.M. Chromate reduction is expedited by bacteria engineered to produce the compatible solute trehalose / T.M. Frederick, E.A. Taylor, J.L. Willis et al. // Biotechnology Letters. - 2013. - Vol. 35. - № 8. - P. 1291-1296. DOI: 10.1007/s10529-013-1200-z.

132. Frey, B. Shotgun Metagenomics of Deep Forest Soil Layers Show Evidence of Altered Microbial Genetic Potential for Biogeochemical Cycling / B. Frey, G. Varliero, W. Qi et al. // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Vol. 13. DOI: 10.3389/fmicb.2022.828977.

133. Fujii, T. Biotransformation of Various Alkanes Using the Escherichia coli Expressing an Alkane Hydroxylase System from Gordonia sp. TF6 / T. Fujii, T. NARIKAWA, K. TAKEDA, J. KATO // Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. - 2004. - Vol. 68. - № 10. - P. 2171-2177. DOI: 10.1271/bbb.68.2171.

134. Fusconi, R. Exopolysaccharide produced by Gordonia polyisoprenivorans CCT 7137 in GYM commercial medium and sugarcane molasses alternative medium: FT-IR study and emulsifying activity / R. Fusconi, R. Maria Nascimento Assun9äo, R. de Moura Guimaräes et al. // Carbohydrate Polymers. - 2010. - Vol. 79. - № 2. - P. 403-408. DOI: 10.1016/j.carbpol.2009.08.023.

135. Fusconi, R. Screening for exopolysaccharide-producing bacteria from sub-tropical polluted groundwater / R. Fusconi, M.J.L. Godinho // Brazilian Journal of Biology. - 2002. -Vol. 62. - № 2. - P. 363-369. DOI: 10.1590/S1519-69842002000200020.

136. Garrido-Sanz, D. Analysis of the biodegradative and adaptive potential of the novel polychlorinated biphenyl degrader Rhodococcus sp. WAY2 revealed by its complete genome sequence / D. Garrido-Sanz, P. Sansegundo-Lobato, M. Redondo-Nieto et al. // Microbial Genomics. - 2020. - Vol. 6. - № 4. DOI: 10.1099/mgen.0.000363.

137. Garrido-Sanz, D. Comparative Genomics of the Rhodococcus Genus Shows Wide Distribution of Biodegradation Traits / D. Garrido-Sanz, M. Redondo-Nieto, M. Martín, R. Rivilla // Microorganisms. - 2020. - Vol. 8. - № 5. - P. 774. DOI: 10.3390/microorganisms8050774.

138. Gautam, P. Combined effects of soil particle size with washing time and soil-to-water ratio on removal of total petroleum hydrocarbon from fuel contaminated soil / P. Gautam,

216

R. Bajagain, S.-W. Jeong // Chemosphere. - 2020. - Vol. 250. - P. 126206. DOI: 10.1016/j.chemosphere.2020.126206.

139. Gein, S. V. Effects of Glycolipid Rhodococcus Biosurfactant on Innate and Adaptive Immunity Parameters In Vivo / S. V. Gein, O.A. Kochina, M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. - 2018. - Vol. 165. - № 3. - P. 368-372. DOI: 10.1007/s10517-018-4172-0.

140. Gein, S. V. Effects of Monoacyltrehalose Fraction of Rhodococcus Biosurfactant on the Innate and Adaptive Immunity Parameters In Vivo / S. V. Gein, O.A. Kochina, M.S. Kuyukina et al. // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. - 2020. - Vol. 169. - № 4. -P. 474-477. DOI: 10.1007/s10517-020-04912-8.

141. Gennaro, P. Di. Characterization of Rhodococcus opacus R7, a strain able to degrade naphthalene and -xylene isolated from a polycyclic aromatic hydrocarbon-contaminated soil / P. Di Gennaro, E. Rescalli, E. Galli et al. // Research in Microbiology. - 2001. - Vol. 152. -№ 7. - P. 641-651. DOI: 10.1016/S0923-2508(01)01243-8.

142. Gennaro, P. Di. Identification and characterization of genes involved in naphthalene degradation in Rhodococcus opacus R7 / P. Di Gennaro, P. Terreni, G. Masi et al. // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2010. - Vol. 87. - № 1. - P. 297-308. DOI: 10.1007/s00253-010-2497-3.

143. Ghosh, S. Analysis of RNA-Seq Data Using TopHat and Cufflinks / S. Ghosh, C.K.K. Chan. - 2016. - P. 339-361.

144. Gibu, N. Characterization and Transcriptional Regulation of n-Alkane Hydroxylase Gene Cluster of Rhodococcusjostii RHA1. / N. Gibu, D. Kasai, T. Ikawa et al. // Microorganisms. - 2019. - Vol. 7. - № 11. DOI: 10.3390/microorganisms7110479.

145. Gilbert, S.C. Isolation of a unique benzothiophene-desulphurizing bacterium, Gordona sp. strain 213E (NCIMB 40816), and characterization of the desulphurization pathway / S.C. Gilbert, J. Morton, S. Buchanan et al. // Microbiology. - 1998. - Vol. 144. - № 9. - P. 25452553. DOI: 10.1099/00221287-144-9-2545.

146. Giräo, M. Nocardiopsis codii sp. nov., and Rhodococcus chondri sp. nov., two novel actinomycetal species isolated from macroalgae collected in the northern Portuguese coast / M. Giräo, Z. Lequint, A. Rego et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2024. - Vol. 74. - № 9. DOI: 10.1099/ijsem.0.006483.

147. Glickman, C. Characterization of integrated prophages within diverse species of clinical nontuberculous mycobacteria / C. Glickman, S.M. Kammlade, N.A. Hasan et al. // Virology Journal. - 2020. - Vol. 17. - № 1. - P. 124. DOI: 10.1186/s12985-020-01394-y.

148. Goma-Tchimbakala, E.J.C.D. Use of Shotgun Metagenomics to Assess the Microbial Diversity and Hydrocarbons Degrading Functions of Auto-Mechanic Workshops Soils Polluted with Gasoline and Diesel Fuel / E.J.C.D. Goma-Tchimbakala, I. Pietrini, J. Goma-Tchimbakala, S.P. Corgnati // Microorganisms. - 2023. - Vol. 11. - № 3. - P. 722. DOI: 10.3390/microorganisms11030722.

149. Gon9alves, E.R. Transcriptomic Assessment of Isozymes in the Biphenyl Pathway of Rhodococcus sp. Strain RHA1 / E.R. Gon9alves, H. Hara, D. Miyazawa et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2006. - Vol. 72. - № 9. - P. 6183-6193. DOI: 10.1128/AEM.00947-06.

150. Gonzales-Siles, L. A Pangenome Approach for Discerning Species-Unique Gene Markers for Identifications of Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pseudopneumoniae / L. Gonzales-Siles, R. Karlsson, P. Schmidt et al. // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2020. - Vol. 10. DOI: 10.3389/fcimb.2020.00222.

151. Goodfellow, M. A Co-operative Numerical Analysis of Cultures Considered to Belong to the "rhodochrous" Taxon / M. Goodfellow, A. Lind, H. Mordarska et al. // Journal of General Microbiology. - 1974. - Vol. 85. - № 2. - P. 291-302. DOI: 10.1099/00221287-85-2291.

152. Goodfellow, M. Antibiotic Sensitivity of Some Nocardioform Bacteria and its Value as a Criterion for Taxonomy / M. Goodfellow, V.A. Orchard // Journal of General Microbiology. - 1974. - Vol. 83. - № 2. - P. 375-387. DOI: 10.1099/00221287-83-2-375.

153. Goodfellow, M. Numerical Classification of Some Rhodococci, Corynebacteria and Related Organisms / M. Goodfellow, C.R. Weaver, D.E. Minnikin // Microbiology. - 1982. -Vol. 128. - № 4. - P. 731-745. DOI: 10.1099/00221287-128-4-731.

154. Goodfellow, M. Numerical Taxonomy of Some Nocardioform Bacteria / M. Goodfellow // Journal of General Microbiology. - 1971. - Vol. 69. - № 1. - P. 33-80. DOI: 10.1099/00221287-69-1-33.

155. Goodfellow, M. Reclassification of Corynebacteriumfascians (Tilford) Dowson in the Genus Rhodococcus, as Rhodococcus fascians comb. nov. / M. Goodfellow // Systematic and Applied Microbiology. - 1984. - Vol. 5. - № 2. - P. 225-229. DOI: 10.1016/S0723-2020(84)80023-5.

156. Goodfellow, M. Rhodococcal systematics: problems and developments / M. Goodfellow, G. Alderson, J. Chun // Antonie van Leeuwenhoek. - 1998. - Vol. 74. - № 1/3. -P. 3-20. DOI: 10.1023/A:1001730725003.

157. Goodfellow, M. Rhodococcus aetherivorans sp. nov., A New Species that Contains Methyl t-butyl Ether-Degrading Actinomycetes / M. Goodfellow, A.L. Jones, L.A. Maldonado, J.

218

Salanitro // Systematic and Applied Microbiology. - 2004. - Vol. 27. - № 1. - P. 61-65. DOI: 10.1078/0723-2020-00254.

158. Goodfellow, M. The Actinomycete-genus Rhodococcus: A Home for the "rhodochrous" Complex / M. GOODFELLOW, G. ALDERSON // Journal of General Microbiology. - 1977. - Vol. 100. - № 1. - P. 99-122. DOI: 10.1099/00221287-100-1-99.

159. Goodfellow, M. The Families Dietziaceae, Gordoniaceae, Nocardiaceae and Tsukamurellaceae / M. Goodfellow, L.A. Maldonado // The Prokaryotes. - New York, NY: Springer New York, 2006. - P. 843-888.

160. Goodfellow, M. Transfer of Tsukamurella wratislaviensis Goodfellow et a. 1995 to the genus Rhodococcus as Rhodococcus wratislaviensis comb. nov.. / M. Goodfellow, J. Chun, E. Stackebrandt, R.M. Kroppenstedt // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2002. - Vol. 52. - № 3. - P. 749-755. DOI: 10.1099/00207713-52-3-749.

161. Gorbunova T.I. Degradability of commercial mixtures of polychlorobiphenyls by three Rhodococcus strains / Gorbunova T.I., Egorova, D.O., Pervova, M.G. // Arch Microbiol. -2022. - V. 204. - N534. - https://doi .org/10.1007/s00203 -022-03131-1

162. Gordienko, E.N. Evolution of Pan-Genomes of Escherichia coli, Shigella spp., and Salmonella enterica / E.N. Gordienko, M.D. Kazanov, M.S. Gelfand // Journal of Bacteriology. -2013. - Vol. 195. - № 12. - P. 2786-2792. DOI: 10.1128/JB.02285-12.

163. Gordon, R.E. A comparative study of some strains received as Nocardiae / R.E. Gordon, J.M. Mihm // Journal of Bacteriology. - 1957. - Vol. 73. - № 1. - P. 15-27. DOI: 10.1128/jb.73.1.15-27.1957.

164. Gordon, R.E. Some Strains in Search of a Genus--Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia or What? / R.E. Gordon // Journal of General Microbiology. - 1966. -Vol. 43. - № 3. - P. 329-343. DOI: 10.1099/00221287-43-3-329.

165. Gran-Scheuch, A. Isolation and Characterization of Phenanthrene Degrading Bacteria from Diesel Fuel-Contaminated Antarctic Soils / A. Gran-Scheuch, E. Fuentes, D.M. Bravo et al. // Frontiers in Microbiology. - 2017. - Vol. 8. DOI: 10.3389/fmicb.2017.01634.

166. Grant, J.R. Proksee: in-depth characterization and visualization of bacterial genomes / J.R. Grant, E. Enns, E. Marinier et al. // Nucleic Acids Research. - 2023. - Vol. 51. -№ W1. - P. W484-W492. DOI: 10.1093/nar/gkad326.

167. Grimm, D. Gordonia metallireducens sp. nov., a tellurite- and selenite-resistant bacterium isolated from the sediment of an acid mine drainage stream / D. Grimm, N. Guy, G. Lengyel et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2023. -Vol. 73. - № 11. DOI: 10.1099/ijsem.0.006176.

168. Grund, E. Naphthalene degradation via salicylate and gentisate by Rhodococcus sp. strain B4 / E. Grund, B. Denecke, R. Eichenlaub // Applied and Environmental Microbiology. -1992. - Vol. 58. - № 6. - P. 1874-1877. DOI: 10.1128/aem.58.6.1874-1877.1992.

169. Gu, Q. Isolation and Transcriptome Analysis of Phenol-Degrading Bacterium From Carbon-Sand Filters in a Full-Scale Drinking Water Treatment Plant / Q. Gu, Q. Wu, J. Zhang et al. // Frontiers in Microbiology. - 2018. - Vol. 9. DOI: 10.3389/fmicb.2018.02162.

170. Guo, Q.-Q. Rhodococcus agglutinans sp. nov., an actinobacterium isolated from a soil sample / Q.-Q. Guo, H. Ming, X.-L. Meng et al. // Antonie van Leeuwenhoek. - 2015. -Vol. 107. - № 5. - P. 1271-1280. DOI: 10.1007/s10482-015-0421-7.

171. Gupta, A. Understanding the Structure and Function of Extreme Microbiome Through Genomics / A. Gupta, J. Sarkar, P. Sar // Microbial Diversity in the Genomic Era. -Elsevier, 2019. - P. 581-610.

172. Gupta, N. Biotechnology of desulfurization of diesel: prospects and challenges / N. Gupta, P.K. Roychoudhury, J.K. Deb // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2005. -Vol. 66. - № 4. - P. 356-366. DOI: 10.1007/s00253-004-1755-7.

173. Hall, J.P.J. What makes a megaplasmid? / J.P.J. Hall, J. Botelho, A. Cazares, D.A. Baltrus // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2022. -Vol. 377. - № 1842. DOI: 10.1098/rstb.2020.0472.

174. Hao, D.-H. Isolation, identification, and performance studies of a novel paraffin-degrading bacterium of Gordonia amicalis LH3 / D.-H. Hao, J.-Q. Lin, X. Song et al. // Biotechnology and Bioprocess Engineering. - 2008. - Vol. 13. - № 1. - P. 61-68. DOI: 10.1007/s 12257-007-0168-8.

175. Hara, H. Involvement of a Novel ABC Transporter and Monoalkyl Phthalate Ester Hydrolase in Phthalate Ester Catabolism by Rhodococcus jostii RHA1 / H. Hara, G.R. Stewart, W.W. Mohn // Applied and Environmental Microbiology. - 2010. - Vol. 76. - № 5. - P. 15161523. DOI: 10.1128/AEM.02621-09.

176. Hasman, H. Rapid Whole-Genome Sequencing for Detection and Characterization of Microorganisms Directly from Clinical Samples / H. Hasman, D. Saputra, T. Sicheritz-Ponten et al. // Journal of Clinical Microbiology. - 2014. - Vol. 52. - № 1. - P. 139-146. DOI: 10.1128/JCM.02452-13.

177. Hatzios, S.K. PapA3 Is an Acyltransferase Required for Polyacyltrehalose Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis / S.K. Hatzios, M.W. Schelle, C.M. Holsclaw et al. // Journal of Biological Chemistry. - 2009. - Vol. 284. - № 19. - P. 12745-12751. DOI: 10.1074/jbc.M809088200.

178. He, Y. Gordonia tangerina sp. nov., isolated from seawater / Y. He, L. Lyu, Z. Hu et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2022. - Vol. 72. -№ 12. DOI: 10.1099/ijsem.0.005632.

179. Heine, T. On the Enigma of Glutathione-Dependent Styrene Degradation in Gordonia rubripertincta CWB2 / T. Heine, J. Zimmerling, A. Ballmann et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2018. - Vol. 84. - № 9. DOI: 10.1128/AEM.00154-18.

180. Helmke, E. Rhodococcus marinonascens sp. nov., an Actinomycete from the Sea / E. Helmke, H. Weyland // International Journal of Systematic Bacteriology. - 1984. - Vol. 34. -№ 2. - P. 127-138. DOI: 10.1099/00207713-34-2-127.

181. Holder, J.W. Comparative and Functional Genomics of Rhodococcus opacus PD630 for Biofuels Development / J.W. Holder, J.C. Ulrich, A.C. DeBono et al. // PLoS Genetics. - 2011. - Vol. 7. - № 9. - P. e1002219. DOI: 10.1371/journal.pgen.1002219.

182. Hou, J. Sulfur metabolism in Rhodococcus species and their application in desulfurization of fossil fuels / J. Hou, H.-K. Deng, Z.-X. Liu et al. // Journal of Applied Microbiology. - 2023. - Vol. 134. - № 3. DOI: 10.1093/jambio/lxad048.

183. Hu, F. [Identification and degradation capability of three pyrene-degrading Gordonia sp. strains]. / F. Hu, X. Li, Z. Su et al. // Ying yong sheng tai xue bao = The journal of applied ecology. - 2011. - Vol. 22. - № 7. - P. 1857-62.

184. Hu, X. Optimization and characterization of biosurfactant production from marine Vibrio sp. strain 3B-2 / X. Hu, C. Wang, P. Wang // Frontiers in Microbiology. - 2015. - Vol. 6. DOI: 10.3389/fmicb.2015.00976.

185. Huang, Y. Gordoniazhenghanii sp. nov. and Gordonialiuliyuniae sp. nov., isolated from bat faeces / Y. Huang, J. Gong, L. Dong et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2022. - Vol. 72. - № 10. DOI: 10.1099/ijsem.0.005579.

186. Huerta-Cepas, J. eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses / J. Huerta-Cepas, D. Szklarczyk, D. Heller et al. // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol. 47. - № D1. - P. D309-D314. DOI: 10.1093/nar/gky1085.

187. Hwang, C.Y. Rhodococcus aerolatus sp. nov., isolated from subarctic rainwater / C.Y. Hwang, I. Lee, Y. Cho et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2015. - Vol. 65. - № Pt_2. - P. 465-471. DOI: 10.1099/ijs.0.070086-0.

188. Hyatt, D. Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification / D. Hyatt, G.-L. Chen, P.F. LoCascio et al. // BMC Bioinformatics. - 2010. -Vol. 11. - № 1. - P. 119. DOI: 10.1186/1471-2105-11-119.

189. Iminova, L. Physiological and biochemical characterization and genome analysis of Rhodococcus qingshengii strain 7B capable of crude oil degradation and plant stimulation / L. Iminova, Y. Delegan, E. Frantsuzova et al. // Biotechnology Reports. - 2022. - Vol. 35. -P. e00741. DOI: 10.1016/j.btre.2022.e00741.

190. Inaba, T. Analysis of Genes for Succinoyl Trehalose Lipid Production and Increasing Production in Rhodococcus sp. Strain SD-74 / T. Inaba, Y. Tokumoto, Y. Miyazaki et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2013. - Vol. 79. - № 22. - P. 7082-7090. DOI: 10.1128/AEM.01664-13.

191. Isaac, P. Improved PAHs removal performance by a defined bacterial consortium of indigenous Pseudomonas and actinobacteria from Patagonia, Argentina / P. Isaac, F.L. Martinez, N. Bourguignon et al. // International Biodeterioration & Biodegradation. - 2015. -Vol. 101. - P. 23-31. DOI: 10.1016/j.ibiod.2015.03.014.

192. Ivshina, I. Removal of polycyclic aromatic hydrocarbons in soil spiked with model mixtures of petroleum hydrocarbons and heterocycles using biosurfactants from Rhodococcus ruber IEGM 231 / I. Ivshina, L. Kostina, A. Krivoruchko et al. // Journal of Hazardous Materials. - 2016. - Vol. 312. - P. 8-17. DOI: 10.1016/j.jhazmat.2016.03.007.

193. Ivshina, I. Resistant Rhodococcus for Biodegradation of Diesel Fuel at High Concentration and Low Temperature / I. Ivshina, M. Kuyukina, A. Krivoruchko et al. // Microorganisms. - 2024. - Vol. 12. - № 12. - P. 2605. DOI: 10.3390/microorganisms12122605.

194. Ivshina, I.B. [The identification of bacteria of the genus Rhodococcus by immunodiffusion]. / I.B. Ivshina, I. V Koblova, G.I. Bezmaternykh et al. // Mikrobiologicheskii zhurnal. - 1986. - Vol. 48. - № 2. - P. 3-8.

195. Ivshina, I. Rhodococcus strains as a good biotool for neutralizing pharmaceutical pollutants and obtaining therapeutically valuable products: Through the past into the future / I. Ivshina, G. Bazhutin, E. Tyumina // Frontiers in Microbiology. - 2022a. - Vol. 13. DOI: 10.3389/fmicb.2022.967127.

196. Ivshina, I.B. Biotransformation of (-)-Isopulegol by Rhodococcus rhodochrous / I.B. Ivshina, N.A. Luchnikova, P.Yu. Maltseva et al. // Pharmaceuticals. - 2022b. - Vol. 15. -№ 8. - P. 964. DOI: 10.3390/ph15080964.

197. Ivshina, I.B. Draft Genome Sequence of a Ketoprofen Degrader, Rhodococcus erythropolis IEGM 746 / I.B. Ivshina, E.A. Tyumina, G.A. Bazhutin et al. // Microbiology Resource Announcements. - 2022c. - Vol. 11. - № 12. DOI: 10.1128/mra.01070-22.

198. Ivshina, I.B. The Rhodococcus ruber Actinomycetes, Key and Universal Biooxidizers of C2-C4 Gaseous Alkanes / I.B. Ivshina, M.S. Kuyukina, A.V. Krivoruchko, E.A. Tyumina // Microbiology. - 2025. - Vol. 94. P. 145-171. DOI: 10.1134/S0026261724607620

222

199. Ivshina, I.B. Oil desorption from mineral and organic materials using biosurfactant complexes produced by Rhodococcus species / I.B. Ivshina, M.S. Kuyukina, J.C. Philp, N. Christof! // World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 1998. - Vol. 14. - № 5. - P. 711717. DOI: 10.1023/A:1008885309221.

200. Jacques, R.J.S. Characterization of a Polycyclic Aromatic Hydrocarbon-Degrading Microbial Consortium from a Petrochemical Sludge Landfarming Site / R.J.S. Jacques, B.C. Okeke, F.M. Bento et al. // Bioremediation Journal. - 2007. - Vol. 11. - № 1. - P. 1-11. DOI: 10.1080/10889860601185822.

201. Jain, C. High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries / C. Jain, L.M. Rodriguez-R, A.M. Phillippy et al. // Nature Communications. - 2018. - Vol. 9. - № 1. - P. 5114. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9.

202. Jiang, Y. Rhodococcusyananensis sp. nov., a novel denitrification actinobacterium isolated from microbial fermentation bed material from a pig farm / Y. Jiang, C. Zheng, T. Yu et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2022. - Vol. 72. - № 7. DOI: 10.1099/ijsem.0.005426.

203. Jin, D. Gordoniaphthalatica sp. nov., a di-n-butyl phthalate-degrading bacterium isolated from activated sludge / D. Jin, X. Kong, M. Jia et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2017. - Vol. 67. - № 12. - P. 5128-5133. DOI: 10.1099/ijsem.0.002430.

204. Jones, A.L. Rhodococcus / A.L. Jones, M. Goodfellow // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. - Wiley, 2015. - P. 1-50.

205. Jones, A.L. Rhodococcus gordoniae sp. nov., an actinomycete isolated from clinical material and phenol-contaminated soil / A.L. Jones, J.M. Brown, V. Mishra et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2004. - Vol. 54. - № 2. -P. 407-411. DOI: 10.1099/ijs.0.02756-0.

206. Jung, C.M. Horizontal gene transfer (HGT) as a mechanism of disseminating RDX-degrading activity among Actinomycete bacteria / C.M. Jung, F.H. Crocker, J.O. Eberly, K.J. Indest // Journal of Applied Microbiology. - 2011. - Vol. 110. - № 6. - P. 1449-1459. DOI: 10.1111/j.1365-2672.2011.04995.x.

207. Kageyama, A. Gordonia araii sp. nov. and Gordonia effusa sp. nov., isolated from patients in Japan / A. Kageyama, S. Iida, K. Yazawa et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2006. - Vol. 56. - № 8. - P. 1817-1821. DOI: 10.1099/ijs.0.64067-0.

208. Kämpfer, P. Gordonia humi sp. nov., isolated from soil / P. Kämpfer, C.-C. Young, J.-N. Chu et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2011. -Vol. 61. - № 1. - P. 65-70. DOI: 10.1099/ijs.0.020545-0.

209. Kämpfer, P. Gordonia phosphorivorans sp. nov., isolated from a wastewater bioreactor with phosphorus removal / P. Kämpfer, K. Martin, W. Dott // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2013. - Vol. 63. - № Pt_1. - P. 230-235. DOI: 10.1099/ijs.0.037093-0.

210. Kämpfer, P. Rhodococcus cerastii sp. nov. and Rhodococcus trifolii sp. nov., two novel species isolated from leaf surfaces / P. Kämpfer, S. Wellner, K. Lohse et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2013. - Vol. 63. - № Pt_3. - P. 10241029. DOI: 10.1099/ijs.0.044958-0.

211. Kämpfer, P. Rhodococcus defluvii sp. nov., isolated from wastewater of a bioreactor and formal proposal to reclassify [Corynebacterium hoagii] and Rhodococcus equi as Rhodococcus hoagii comb. nov. / P. Kämpfer, W. Dott, K. Martin, S.P. Glaeser // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2014. - Vol. 64. - № Pt_3. - P. 755-761. DOI: 10.1099/ijs.0.053322-0.

212. Kämpfer, P. Rhodococcus pseudokoreensis sp. nov. isolated from the rhizosphere of young M26 apple rootstocks / P. Kämpfer, S.P. Glaeser, J. Blom et al. // Archives of Microbiology. - 2022. - Vol. 204. - № 8. - P. 505. DOI: 10.1007/s00203-022-03079-2.

213. Kanaly, R.A. Biodegradation of High-Molecular-Weight Polycyclic Aromatic Hydrocarbons by Bacteria / R.A. Kanaly, S. Harayama // Journal of Bacteriology. - 2000. -Vol. 182. - № 8. - P. 2059-2067. DOI: 10.1128/JB.182.8.2059-2067.2000.

214. Kanehisa, M. KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets / M. Kanehisa, S. Goto, Y. Sato et al. // Nucleic Acids Research. - 2012. - Vol. 40. - № D1. - P. D109-D114. DOI: 10.1093/nar/gkr988.

215. Kanehisa, M. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes / M. Kanehisa // Nucleic Acids Research. - 2000. - Vol. 28. - № 1. - P. 27-30. DOI: 10.1093/nar/28.1.27.

216. Kang, Y.-Q. Gordonia iterans sp. nov., isolated from a patient with pneumonia / Y-Q. Kang, H. Ming, T. Gonoi et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2014. - Vol. 64. - № Pt_10. - P. 3520-3525. DOI: 10.1099/ijs.0.063438-0.

217. Kawagoe, T. Analysis of the Alkane Hydroxylase Gene and Long-Chain Cyclic Alkane Degradation in Rhodococcus / T. Kawagoe, K. Kubota, K.S. Araki, M. Kubo // Advances in Microbiology. - 2019. - Vol. 09. - № 03. - P. 151-163. DOI: 10.4236/aim.2019.93012.

218. Khosravinia, S. Characterization of Truncated dsz Operon Responsible for Dibenzothiophene Biodesulfurization in Rhodococcus sp. FUM94. / S. Khosravinia, M.A.

224

Mahdavi, R. Gheshlaghi, H. Dehghani // Applied biochemistry and biotechnology. - 2018. -Vol. 184. - № 3. - P. 885-896. DOI: 10.1007/s12010-017-2596-z.

219. Kim, H. Characteristics of crude oil-degrading bacteria Gordonia iterans isolated from marine coastal in Taean sediment / H. Kim, K. Dong, J. Kim, S. Lee // MicrobiologyOpen.

- 2019. - Vol. 8. - № 6. DOI: 10.1002/mbo3.754.

220. Kim, K.K. Gordonia sihwensis sp. nov., a novel nitrate-reducing bacterium isolated from a wastewater-treatment bioreactor / K.K. Kim, C.S. Lee, R.M. Kroppenstedt et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2003. - Vol. 53. - № 5. -P. 1427-1433. DOI: 10.1099/ijs.0.02224-0.

221. Kim, S.B. Gordonia amicalis sp. nov., a novel dibenzothiophene-desulphurizing actinomycete. / S.B. Kim, R. Brown, C. Oldfield et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2000. - Vol. 50. - № 6. - P. 2031-2036. DOI: 10.1099/0020771350-6-2031.

222. Kim, S.B. Gordonia desulfuricans sp. nov., a benzothiophene-desulphurizing actinomycete / S.B. Kim, R. Brown, C. Oldfield et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1999. - Vol. 49. - № 4. - P. 1845-1851. DOI: 10.1099/0020771349-4-1845.

223. Kim, Y. Physiological, numerical and molecular characterization of alkyl ether-utilizing rhodococci / Y. Kim, K. Engesser, S. Kim // Environmental Microbiology. - 2007. -Vol. 9. - № 6. - P. 1497-1510. DOI: 10.1111/j.1462-2920.2007.01269.x.

224. Kim, Y.S. Gordonia insulae sp. nov., isolated from an island soil / Y.S. Kim, S.G. Roh, S.B. Kim // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2020. -Vol. 70. - № 3. - P. 2079-2083. DOI: 10.1099/ijsem.0.004023.

225. Kirby, R. Chromosome diversity and similarity within the Actinomycetales / R. Kirby // FEMS Microbiology Letters. - 2011. - Vol. 319. - № 1. - P. 1-10. DOI: 10.1111/j.1574-6968.2011.02242.x.

226. Kitagawa, W. Development of Efficient Genome-Reduction Tool Based on Cre/loxP System in Rhodococcus erythropolis / W. Kitagawa, M. Hata // Microorganisms. - 2023.

- Vol. 11. - № 2. - P. 268. DOI: 10.3390/microorganisms11020268.

227. Klatte, S. Gordona hirsuta sp. nov. / S. Klatte, R.M. Kroppenstedt, P. Schumann et al. // International Journal of Systematic Bacteriology. - 1996. - Vol. 46. - № 4. - P. 876-880. DOI: 10.1099/00207713-46-4-876.

228. Klatte, S. Rhodococcus opacus sp.nov., An Unusual Nutritionally Versatile Rhodococcus-species / S. Klatte, R.M. Kroppenstedt, F.A. Rainey // Systematic and Applied Microbiology. - 1994. - Vol. 17. - № 3. - P. 355-360. DOI: 10.1016/S0723-2020(11)80051-2.

225

229. Klatte, S. Transfer of Rhodococcus aichiensis Tsukamura 1982 and Nocardia amarae Lechevalier and Lechevalier 1974 to the Genus Gordona as Gordona aichiensis comb. nov. and Gordona amarae comb. nov. / S. Klatte, F A. RAINEY, RM. KROPPENSTEDT // International Journal of Systematic Bacteriology. - 1994. - Vol. 44. - № 4. - P. 769-773. DOI: 10.1099/00207713-44-4-769.

230. Ko, K.S. Rhodococcus antrifimi sp. nov., isolated from dried bat dung of a cave / K.S. Ko, Y. Kim, C.N. Seong, S.D. Lee // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2015. - Vol. 65. - № Pt_11. - P. 4043-4048. DOI: 10.1099/ijsem.0.000534.

231. Kobayashi, K. Gene Cloning and Expression of New Trehalose-producing Enzymes from the Hyperthermophilic Archaeum Sulfolobus solfataricus KM1 / K. Kobayashi, M. Kato, Y. Miura et al. // Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry. - 1996. - Vol. 60. - № 11.

- P. 1882-1885. DOI: 10.1271/bbb.60.1882.

232. Kobayashi, M. Desulfurization of alkylated forms of both dibenzothiophene and benzothiophene by a single bacterial strain / M. Kobayashi, T. Onaka, Y. Ishii et al. // FEMS Microbiology Letters. - 2000. - Vol. 187. - № 2. - P. 123-126. DOI: 10.1111/j.1574-6968.2000.tb09147.x.

233. Kolmogorov, M. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs / M. Kolmogorov, J. Yuan, Y. Lin, P.A. Pevzner // Nature Biotechnology. - 2019. - Vol. 37. - № 5. -P. 540-546. DOI: 10.1038/s41587-019-0072-8.

234. Kong, W. Characterization and Transcriptome Analysis of a Long-Chain n-Alkane-Degrading Strain Acinetobacter pittii SW-1 / W. Kong, C. Zhao, X. Gao et al. // International Journal of Environmental Research and Public Health. - 2021. - Vol. 18. - № 12. - P. 6365. DOI: 10.3390/ijerph18126365.

235. König, C. A linear megaplasmid, p1CP, carrying the genes for chlorocatechol catabolism of Rhodococcus opacus 1CP / C. König, D. Eulberg, J. Gröning et al. // Microbiology.

- 2004. - Vol. 150. - № 9. - P. 3075-3087. DOI: 10.1099/mic.0.27217-0.

236. Konstantinidis, K.T. Genomic insights that advance the species definition for prokaryotes / K.T. Konstantinidis, J.M. Tiedje // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2005. - Vol. 102. - № 7. - P. 2567-2572. DOI: 10.1073/pnas.0409727102.

237. Konstantinidis, K.T. The bacterial species definition in the genomic era / K.T. Konstantinidis, A. Ramette, J.M. Tiedje // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2006. - Vol. 361. - № 1475. - P. 1929-1940. DOI: 10.1098/rstb.2006.1920.

238. Koren, S. Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k -mer weighting and repeat separation / S. Koren, B.P. Walenz, K. Berlin et al. // Genome Research. -2017. - Vol. 27. - № 5. - P. 722-736. DOI: 10.1101/gr.215087.116.

226

239. Koshlaf, E. Impact of necrophytoremediation on petroleum hydrocarbon degradation, ecotoxicity and soil bacterial community composition in diesel-contaminated soil / E. Koshlaf, E. Shahsavari, N. Haleyur et al. // Environmental Science and Pollution Research. -2020. - Vol. 27. - № 25. - P. 31171-31183. DOI: 10.1007/s11356-020-09339-2.

240. Kotani, T. Propane Monooxygenase and NAD+-Dependent Secondary Alcohol Dehydrogenase in Propane Metabolism by Gordonia sp. Strain TY-5 / T. Kotani, T. Yamamoto, H. Yurimoto et al. // Journal of Bacteriology. - 2003. - Vol. 185. - № 24. - P. 7120-7128. DOI: 10.1128/JB.185.24.7120-7128.2003.

241. Kreft, L. PhyD3: a phylogenetic tree viewer with extended phyloXML support for functional genomics data visualization / L. Kreft, A. Botzki, F. Coppens et al. // Bioinformatics. -2017. - Vol. 33. - № 18. - P. 2946-2947. DOI: 10.1093/bioinformatics/btx324.

242. Krivoruchko, A. Rhodococcus Strains from the Specialized Collection of Alkanotrophs for Biodegradation of Aromatic Compounds / A. Krivoruchko, M. Kuyukina, T. Peshkur et al. // Molecules. - 2023. - Vol. 28. - № 5. - P. 2393. DOI: 10.3390/molecules28052393.

243. Kuhn, E. New alk genes detected in Antarctic marine sediments / E. Kuhn, G.S. Bellicanta, V.H. Pellizari // Environmental Microbiology. - 2009. - Vol. 11. - № 3. - P. 669-673. DOI: 10.1111/j.1462-2920.2008.01843.x.

244. Kulakov, L.A. Web-Type Evolution of Rhodococcus Gene Clusters Associated with Utilization of Naphthalene / L.A. Kulakov, S. Chen, C.C.R. Allen, M.J. Larkin // Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - Vol. 71. - № 4. - P. 1754-1764. DOI: 10.1128/AEM.71.4.1754-1764.2005.

245. Kulakova, A.N. Isolation of Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064 derivatives with new biodegradative abilities / A.N. Kulakova, K.A. Reid, M.J. Larkin et al. // FEMS Microbiology Letters. - 1996. - Vol. 145. - № 2. - P. 227-231. DOI: 10.1111/j.1574-6968.1996.tb08582.x.

246. Kulakova, A.N. Plasmid pRTL1 Controlling 1-Chloroalkane Degradation by Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064 / A.N. Kulakova, T.M. Stafford, M.J. Larkin, L.A. Kulakov // Plasmid. - 1995. - Vol. 33. - № 3. - P. 208-217. DOI: 10.1006/plas.1995.1022.

247. Kumar, P. PapA1 and PapA2 are acyltransferases essential for the biosynthesis of the Mycobacterium tuberculosis virulence factor Sulfolipid-1 / P. Kumar, M.W. Schelle, M. Jain et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2007. - Vol. 104. - № 27. - P. 1122111226. DOI: 10.1073/pnas.0611649104.

248. Kummer, C. Gordonia alkanivorans sp. nov., isolated from tar-contaminated soil / C. Kummer, P. Schumann, E. Stackebrandt // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1999. - Vol. 49. - № 4. - P. 1513-1522. DOI: 10.1099/00207713-49-4-1513.

249. Kunin, V. A Bioinformatician's Guide to Metagenomics / V. Kunin, A. Copeland, A. Lapidus et al. // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2008. - Vol. 72. - № 4. -P. 557-578. DOI: 10.1128/MMBR.00009-08.

250. Kurniati, T.H. Degradation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Pyrene by Biosurfactant-Producing Bacteria Gordonia cholesterolivorans AMP 10 / T.H. Kurniati, I. Rusmana, A. Suryani, N.R. Mubarik // Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education. -2016. - Vol. 8. - № 3. - P. 336. DOI: 10.15294/biosaintifika.v8i3.6448.

251. Kurtz, S. Versatile and open software for comparing large genomes / S. Kurtz, A. Phillippy, AL. Delcher et al. // Genome Biology. - 2004. - Vol. 5. - № 2. - P. R12. DOI: 10.1186/gb-2004-5-2-r12.

252. Kusuma, A.B. Rhodococcus indonesiensis sp. nov. a new member of the Rhodococcus ruber lineage isolated from sediment of a neutral hot spring and reclassification of Rhodococcus electrodiphilus (Ramaprasad et al. 2018) as a later heterotypic synonym of Rhodococcus ruber (Kruse 1896) Goodfellow and Alderson 1977 (Approved Lists 1980) / A.B. Kusuma, G. Fenylestari, F. Ammar et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2024. - Vol. 74. - № 1. DOI: 10.1099/ijsem.0.006236.

253. Kuyukina, M.S. In vitro immunomodulating activity of biosurfactant glycolipid complex from Rhodococcus ruber / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina, S. V. Gein et al. // Bulletin of Experimental Biology and Medicine. - 2007. - Vol. 144. - № 3. - P. 326-330. DOI: 10.1007/s 10517-007-0324-3.

254. Kuyukina, M.S. Mechanisms of Immunomodulatory and Membranotropic Activity of Trehalolipid Biosurfactants (a Review) / M.S. Kuyukina, O.A. Kochina, S. V. Gein et al. // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2020. - Vol. 56. - № 3. - P. 245-255. DOI: 10.1134/S0003683820030072.

255. Kuyukina, M.S. Production of Trehalolipid Biosurfactants by Rhodococcus / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina. - 2019. - P. 271-298.

256. Kuyukina, M.S. Recovery of Rhodococcus biosurfactants using methyl tertiary-butyl ether extraction / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina, J.C. Philp et al. // Journal of Microbiological Methods. - 2001. - Vol. 46. - № 2. - P. 149-156. DOI: 10.1016/S0167-7012(01)00259-7.

257. Kuyukina, M.S. Rhodococcus Biosurfactants: Biosynthesis, Properties, and Potential Applications / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina. - 2010. - P. 291-313.

258. Laczi, K. Metabolic responses of Rhodococcus erythropolis PR4 grown on diesel oil and various hydrocarbons / K. Laczi, A. Kis, B. Horvâth et al. // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2015. - Vol. 99. - № 22. - P. 9745-9759. DOI: 10.1007/s00253-015-6936-z.

259. Langmead, B. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 / B. Langmead, S.L. Salzberg // Nature Methods. - 2012. - Vol. 9. - № 4. - P. 357-359. DOI: 10.1038/nmeth.1923.

260. Lapidus, A.L. Metagenomic Data Assembly - The Way of Decoding Unknown Microorganisms / A.L. Lapidus, A.I. Korobeynikov // Frontiers in Microbiology. - 2021. -Vol. 12. DOI: 10.3389/fmicb.2021.613791.

261. Larkin, M.J. Genomes and Plasmids in Rhodococcus / M.J. Larkin, L.A. Kulakov, C.C.R. Allen. - 2010. - P. 73-90.

262. Lee, S.D. Rhodococcus spelaei sp. nov., isolated from a cave, and proposals that Rhodococcus biphenylivorans is a later synonym of Rhodococcus pyridinivorans, Rhodococcus qingshengii and Rhodococcus baikonurensis are later synonyms of Rhodococcus erythropolis, and Rhodococcuspercolatus and Rhodococcus imtechensis are later synonyms of Rhodococcus opacus / S.D. Lee, I.S. Kim // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2021. - Vol. 71. - № 7. DOI: 10.1099/ijsem.0.004890.

263. Lee, S.D. Rhodococcus subtropicus sp. nov., a new actinobacterium isolated from a cave / S.D. Lee, Y.-J. Kim, I.S. Kim // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2019. - Vol. 69. - № 10. - P. 3128-3134. DOI: 10.1099/ijsem.0.003601.

264. Lewin, G.R. Evolution and Ecology of Actinobacteria and Their Bioenergy Applications / G.R. Lewin, C. Carlos, M.G. Chevrette et al. // Annual Review of Microbiology. -2016. - Vol. 70. - № 1. - P. 235-254. DOI: 10.1146/annurev-micro-102215-095748.

265. Li, B. Rhodococcus kyotonensis sp. nov., a novel actinomycete isolated from soil / B. Li, K. Furihata, L.-X. Ding, A. Yokota // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2007. - Vol. 57. - № 9. - P. 1956-1959. DOI: 10.1099/ijs.0.64770-0.

266. Li, C. Rhodococcus oryzae sp. nov., a novel actinobacterium isolated from rhizosphere soil of rice (Oryza sativa L.) / C. Li, P. Cao, M. Jiang et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2020. - Vol. 70. - № 5. - P. 3300-3308. DOI: 10.1099/ijsem.0.004171.

267. Li, D. MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph / D. Li, C.-M. Liu, R. Luo et al. // Bioinformatics. - 2015. - Vol. 31. - № 10. - P. 1674-1676. DOI: 10.1093/bioinformatics/btv033.

268. Li, F. Biodesulfurization of DBT in tetradecane and crude oil by a facultative thermophilic bacterium Mycobacterium goodii X7B / F. Li, Z. Zhang, J. Feng et al. // Journal of Biotechnology. - 2007. - Vol. 127. - № 2. - P. 222-228. DOI: 10.1016/j.jbiotec.2006.07.002.

229

269. Li, J. Rhodococcus cercidiphylli sp. nov., a new endophytic actinobacterium isolated from a Cercidiphyllum japonicum leaf / J. Li, G.-Z. Zhao, H.-H. Chen et al. // Systematic and Applied Microbiology. - 2008. - Vol. 31. - № 2. - P. 108-113. DOI: 10.1016/j.syapm.2008.03.004.

270. Li, J. Rhodococcus nanhaiensis sp. nov., an actinobacterium isolated from marine sediment / J. Li, G.-Z. Zhao, L.-J. Long et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2012. - Vol. 62. - № Pt_10. - P. 2517-2521. DOI: 10.1099/ijs.0.038067-0.

271. Li, L. Biodegradation of dibenzothiophene by efficient Pseudomonas sp. LKY-5 with the production of a biosurfactant / L. Li, X. Shen, C. Zhao et al. // Ecotoxicology and Environmental Safety. - 2019. - Vol. 176. - P. 50-57. DOI: 10.1016/j.ecoenv.2019.03.070.

272. Li, P. Identification and characterization of a central replication origin of the mega-plasmid pSCATT of Streptomyces cattleya / P. Li, J. Zhang, Z. Deng et al. // Microbiological Research. - 2022. - Vol. 257. - P. 126975. DOI: 10.1016/j.micres.2022.126975.

273. Li, S.-H. Gordonia jinhuaensis sp. nov., a novel actinobacterium, isolated from a VBNC (viable but non-culturable) state in pharmaceutical wastewater / S.-H. Li, Y. Jin, J. Cheng et al. // Antonie van Leeuwenhoek. - 2014. - Vol. 106. - № 2. - P. 347-356. DOI: 10.1007/s 10482-014-0207-3.

274. Li, S.-H. Rhodococcus soli sp. nov., an actinobacterium isolated from soil using a resuscitative technique / S.-H. Li, X.-Y. Yu, D.-J. Park et al. // Antonie van Leeuwenhoek. - 2015.

- Vol. 107. - № 2. - P. 357-366. DOI: 10.1007/s10482-014-0334-x.

275. Li, W. Biodesulfurization of dibenzothiophene and other organic sulfur compounds by a newly isolatedMicrobacterium strain ZD-M2 / W. Li, Y. Zhang, M.D. Wang, Y. Shi // FEMS Microbiology Letters. - 2005. - Vol. 247. - № 1. - P. 45-50. DOI: 10.1016/j.femsle.2005.04.025.

276. Li, X. The relationship of the whole genome sequence identity to DNA hybridization varies between genera of prokaryotes / X. Li, Y. Huang, W.B. Whitman // Antonie van Leeuwenhoek. - 2015. - Vol. 107. - № 1. - P. 241-249. DOI: 10.1007/s10482-014-0322-1.

277. Li, Y. Rothia aeria sp. nov., Rhodococcus baikonurensis sp. nov. and Arthrobacter russicus sp. nov., isolated from air in the Russian space laboratory Mir / Y. Li, Y. Kawamura, N. Fujiwara et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2004. -Vol. 54. - № 3. - P. 827-835. DOI: 10.1099/ijs.0.02828-0.

278. Likhoshvay, A. The complete alk sequences of Rhodococcus erythropolis from Lake Baikal / A. Likhoshvay, A. Lomakina, M. Grachev // SpringerPlus. - 2014. - Vol. 3. - № 1.

- P. 621. DOI: 10.1186/2193-1801-3-621.

279. Lin, C.-L. Characterization of Gordonia sp. strain CC-NAPH129-6 capable of naphthalene degradation / C.-L. Lin, F.-T. Shen, C.-C. Tan et al. // Microbiological Research. -2012. - Vol. 167. - № 7. - P. 395-404. DOI: 10.1016/j.micres.2011.12.002.

280. Lindsey, R.L. Rapid identification of enteric bacteria from whole genome sequences using average nucleotide identity metrics / R.L. Lindsey, L.M. Gladney, A.D. Huang et al. // Frontiers in Microbiology. - 2023. - Vol. 14. DOI: 10.3389/fmicb.2023.1225207.

281. Linos, A. Gordoniapolyisoprenivorans sp. nov., a rubber-degrading actinomycete isolated from an automobile tyre / A. Linos, A. Steinbüchel, C. Spröer, R.M. Kroppenstedt // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1999. - Vol. 49. - № 4. -P. 1785-1791. DOI: 10.1099/00207713-49-4-1785.

282. Linos, A. Gordonia Westfalica sp. nov., a novel rubber-degrading actinomycete. / A. Linos, M.M. Berekaa, A. Steinbüchel et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2002. - Vol. 52. - № 4. - P. 1133-1139. DOI: 10.1099/0020771352-4-1133.

283. Liu, D. IPGA: A handy integrated prokaryotes genome and pan-genome analysis web service / D. Liu, Y. Zhang, G. Fan et al. // iMeta. - 2022. - Vol. 1. - № 4. DOI: 10.1002/imt2.55.

284. Liu, N. Genomic analysis of Gordonia polyisoprenivorans strain R9, a highly effective 17 beta-estradiol- and steroid-degrading bacterium / N. Liu, E. Maser, T. Zhang // Chemico-Biological Interactions. - 2021. - Vol. 350. - P. 109685. DOI: 10.1016/j.cbi.2021.109685.

285. Liu, Y. Gordonia neofelifaecis sp. nov., a cholesterol side-chain-cleaving actinomycete isolated from the faeces of Neofelis nebulosa / Y. Liu, F. Ge, G. Chen et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2011. - Vol. 61. - № 1. -P. 165-169. DOI: 10.1099/ijs.0.020321-0.

286. Loman, N.J. A Culture-Independent Sequence-Based Metagenomics Approach to the Investigation of an Outbreak of Shiga-Toxigenic Escherichia coli O104:H4 / N.J. Loman, C. Constantinidou, M. Christner et al. // JAMA. - 2013. - Vol. 309. - № 14. - P. 1502. DOI: 10.1001/jama.2013.3231.

287. Luchnikova, N.A. Biotransformation of Oleanolic Acid Using Rhodococcus rhodochrous IEGM 757 / N.A. Luchnikova, V.V. Grishko, N.A. Kostrikina, V.V. Sorokin, A.L. Mulyukin, I B. Ivshina. Catalysts. - 2022. - Vol. 12. - P. 1352. DOI: 10.3390/catal12111352

288. Luo, H. Gordonia shandongensis sp. nov., isolated from soil in China / H. Luo, Q. Gu, J. Xie et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2007. -Vol. 57. - № 3. - P. 605-608. DOI: 10.1099/ijs.0.64536-0.

231

2S9. Luong, T. Hydrocarbons Biodegradation by Rhodococcus: Assimilation of Hexadecane in Different Aggregate States / T. Luong, I. Puntus, N. Suzina et al. // Microorganisms. - 2022. - Vol. 10. - № S. - P. 1594. DOI: 10.3390/microorganisms100S1594.

290. Ma, J. Rhodococcus gannanensis sp. nov., a novel endophytic actinobacterium isolated from root of sunflower (Helianthus annuus L.) / J. Ma, L. Zhang, G. Wang et al. // Antonie van Leeuwenhoek. - 2017. - Vol. 110. - № 9. - P. 1113-1120. DOI: 10.1007/s104S2-017-0SS4-9.

291. Macaya, C.C. Bioremediation of Petroleum / C.C. Macaya, R.E. Durán, L. Hernández et al. // Reference Module in Life Sciences. - Elsevier, 2019..

292. Maldonado, L.A. Gordonia sinesedis sp. nov., a novel soil isolate / L.A. Maldonado, F.M. Stainsby, A.C. Ward, M. Goodfellow // Antonie van Leeuwenhoek. - 2003. -Vol. S3. - № 1. - P. 75-S0. DOI: 10.1023/A:102291S10294S.

293. Mallik, S. Identification of gene signatures from RNA-seq data using Pareto-optimal cluster algorithm / S. Mallik, Z. Zhao // BMC Systems Biology. - 201S. - Vol. 12. - № SS.

- P. 12б. DOI: 10.11S6/s1291S-01S-0650-2.

294. Mani, P. Economic Production and Oil Recovery Efficiency of a Lipopeptide Biosurfactant from a Novel Marine Bacterium Bacillus simplex / P. Mani, P. Sivakumar, S.S. Balan // Achievements in the Life Sciences. - 201б. - Vol. 10. - № 1. - P. 102-110. DOI: 10.1016/j.als.2016.05.010.

295. Manoli, E. Polycyclic aromatic hydrocarbons in natural waters: sources, occurrence and analysis / E. Manoli, C. Samara // TrAC Trends in Analytical Chemistry. - 1999. - Vol. 1S. -№ 6. - P. 417-42S. DOI: 10.1016/S0165-9936(99)00111-9.

296. Marçais, G. MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system / G. Marçais, A.L. Delcher, A.M. Phillippy et al. // PLOS Computational Biology. - 201S. - Vol. 14.

- № 1. - P. e1005944. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005944.

297. Marchesi, J.R. Design and Evaluation of Useful Bacterium-Specific PCR Primers That Amplify Genes Coding for Bacterial 16S rRNA / J.R. Marchesi, T. Sato, A.J. Weightman et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 199S. - Vol. 64. - № 2. - P. 795-799. DOI: 10.112S/AEM.64.2.795-799.199S.

29S. Martínková, L. Biodegradation potential of the genus Rhodococcus / L. Martínková, B. Uhnáková, M. Pátek et al. // Environment International. - 2009. - Vol. 35. - № 1.

- P. 162-177. DOI: 10.1016/j.envint.200S.07.01S.

299. Maruyama, T. Isolation and Characterization of o -Xylene Oxygenase Genes from Rhodococcus opacus TKN14 / T. Maruyama, M. Ishikura, H. Taki et al. // Applied and

Environmental Microbiology. - 2005. - Vol. 71. - № 12. - P. 7705-7715. DOI: 10.1128/AEM.71.12.7705-7715.2005.

300. Matsui, T. Degradation of Thianthrene by Dibenzothiophene Desulfurizing Bacteria Rhodococcus erythropolis KA2-5-1 / T. Matsui // Journal of the Japan Petroleum Institute. - 2022. - Vol. 65. - № 5. - P. 171-174. DOI: 10.1627/jpi.65.171.

301. Matsuyama, H. Rhodococcus tukisamuensis sp. nov., isolated from soil / H. Matsuyama, I. Yumoto, T. Kudo, O. Shida // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2003. - Vol. 53. - № 5. - P. 1333-1337. DOI: 10.1099/ijs.0.02523-0.

302. Mayilraj, S. Rhodococcus kroppenstedtii sp. nov., a novel actinobacterium isolated from a cold desert of the Himalayas, India / S. Mayilraj, S. Krishnamurthi, P. Saha, H.S. Saini // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2006. - Vol. 56. - № 5. -P. 979-982. DOI: 10.1099/ijs.0.63831-0.

303. McLeod, M.P. The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse / M.P. McLeod, R.L. Warren, W.W.L. Hsiao et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2006. - Vol. 103. - № 42. - P. 15582-15587. DOI: 10.1073/pnas.0607048103.

304. Mei, H. A High-Resolution View of Adaptive Event Dynamics in a Plasmid / H. Mei, B. Arbeithuber, M.A. Cremona et al. // Genome Biology and Evolution. - 2019. - Vol. 11. -№ 10. - P. 3022-3034. DOI: 10.1093/gbe/evz197.

305. Meier-Kolthoff, J.P. Genome sequence-based species delimitation with confidence intervals and improved distance functions / J.P. Meier-Kolthoff, A.F. Auch, H.-P. Klenk, M. Göker // BMC Bioinformatics. - 2013. - Vol. 14. - № 1. - P. 60. DOI: 10.1186/1471-2105-14-60.

306. Mende, D.R. Assessment of Metagenomic Assembly Using Simulated Next Generation Sequencing Data / D.R. Mende, A.S. Waller, S. Sunagawa et al. // PLoS ONE. - 2012. - Vol. 7. - № 2. - P. e31386. DOI: 10.1371/journal.pone.0031386.

307. Mendes, C.I. LMAS: evaluating metagenomic short de novo assembly methods through defined communities / C.I. Mendes, P. Vila-Cerqueira, Y. Motro et al. // GigaScience. -2022. - Vol. 12. DOI: 10.1093/gigascience/giac122.

308. Mendes, F.K. CAFE 5 models variation in evolutionary rates among gene families / F.K. Mendes, D. Vanderpool, B. Fulton, M.W. Hahn // Bioinformatics. - 2021. - Vol. 36. -№ 22-23. - P. 5516-5518. DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1022.

309. Menezes, C.B.A. de. Gordonia didemni sp. nov. an actinomycete isolated from the marine ascidium Didemnum sp. / C.B.A. de Menezes, R.S. Afonso, W.R. de Souza et al. // Antonie van Leeuwenhoek. - 2016. - Vol. 109. - № 2. - P. 297-303. DOI: 10.1007/s10482-015-0632-y.

310. Menzel, P. Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju / P. Menzel, K.L. Ng, A. Krogh // Nature Communications. - 2016. - Vol. 7. - № 1. - P. 11257. DOI: 10.1038/ncomms11257.

311. Mergeay, M. Plasmids as Secondary Chromosomes / M. Mergeay, R. Van Houdt // Molecular Life Sciences. - New York, NY: Springer New York, 2014. - P. 1-5.

312. Miah, F. Flux through Trehalose Synthase Flows from Trehalose to the Alpha Anomer of Maltose in Mycobacteria / F. Miah, H. Koliwer-Brandl, M. Rejzek et al. // Chemistry & Biology. - 2013. - Vol. 20. - № 4. - P. 487-493. DOI: 10.1016/j.chembiol.2013.02.014.

313. Mikolasch, A. Enrichment of aliphatic, alicyclic and aromatic acids by oil-degrading bacteria isolated from the rhizosphere of plants growing in oil-contaminated soil from Kazakhstan / A. Mikolasch, A. Omirbekova, P. Schumann et al. // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2015. - Vol. 99. - № 9. - P. 4071-4084. DOI: 10.1007/s00253-014-6320-4.

314. Miranda-CasoLuengo, R. The Intracellular Pathogen Rhodococcus equi Produces a Catecholate Siderophore Required for Saprophytic Growth / R. Miranda-CasoLuengo, J.F. Prescott, J.A. Vâzquez-Boland, W.G. Meijer // Journal of Bacteriology. - 2008. - Vol. 190. - № 5. - P. 1631-1637. DOI: 10.1128/JB.01570-07.

315. Mohamed, M.E.-S. Biocatalytic desulfurization of thiophenic compounds and crude oil by newly isolated bacteria / M.E.-S. Mohamed, Z.H. Al-Yacoub, J. V. Vedakumar // Frontiers in Microbiology. - 2015. - Vol. 6. DOI: 10.3389/fmicb.2015.00112.

316. Mohebali, G. Biocatalytic desulfurization (BDS) of petrodiesel fuels / G. Mohebali, A.S. Ball // Microbiology. - 2008. - Vol. 154. - № 8. - P. 2169-2183. DOI: 10.1099/mic.0.2008/017608-0.

317. Mou, B. Biodegradation mechanisms of polycyclic aromatic hydrocarbons: Combination of instrumental analysis and theoretical calculation / B. Mou, G. Gong, S. Wu // Chemosphere. - 2023. - Vol. 341. - P. 140017. DOI: 10.1016/j.chemosphere.2023.140017.

318. Muangham, S. Gordonia oryzae sp. nov., isolated from rice plant stems (Oryza sativa L.) / S. Muangham, K. Lipun, A. Thamchaipenet et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2019. - Vol. 69. - № 6. - P. 1621-1627. DOI: 10.1099/ijsem.0.003368.

319. Muccee, F. Whole genome shotgun sequencing of POPs degrading bacterial community dwelling tannery effluents and petrol contaminated soil / F. Muccee, S. Ejaz // Microbiological Research. - 2020. - Vol. 238. - P. 126504. DOI: 10.1016/j.micres.2020.126504.

320. Munro, A.W. What makes a P450 tick? / A.W. Munro, H.M. Girvan, A.E. Mason et al. // Trends in Biochemical Sciences. - 2013. - Vol. 38. - № 3. - P. 140-150. DOI: 10.1016/j .tibs.2012.11.006.

321. Musialowski, M.S. Functional evidence that the principal DNA replication origin of the Streptomyces coelicolor chromosome is close to the dnaA-gyrB region / M.S. Musialowski, F. Flett, G.B. Scott et al. // Journal of Bacteriology. - 1994. - Vol. 176. - № 16. - P. 5123-5125. DOI: 10.1128/jb.176.16.5123-5125.1994.

322. Nahurira, R. Degradation of Di(2-Ethylhexyl) Phthalate by a Novel Gordonia alkanivorans Strain YC-RL2 / R. Nahurira, L. Ren, J. Song et al. // Current Microbiology. - 2017.

- Vol. 74. - № 3. - P. 309-319. DOI: 10.1007/s00284-016-1159-9.

323. Nahurira, R. In silico genome analysis reveals the metabolic versatility and biotechnology potential of a halotorelant phthalic acid esters degrading Gordonia alkanivorans strain YC-RL2 / R. Nahurira, J. Wang, Y. Yan et al. // AMB Express. - 2019. - Vol. 9. - № 1. DOI: 10.1186/s13568-019-0733-5.

324. Nanda, A.M. Impact of Spontaneous Prophage Induction on the Fitness of Bacterial Populations and Host-Microbe Interactions / A.M. Nanda, K. Thormann, J. Frunzke // Journal of Bacteriology. - 2015. - Vol. 197. - № 3. - P. 410-419. DOI: 10.1128/JB.02230-14.

325. Nazina, T. The Potential Application of Microorganisms for Sustainable Petroleum Recovery from Heavy Oil Reservoirs / T. Nazina, D. Sokolova, D. Grouzdev et al. // Sustainability.

- 2019. - Vol. 12. - № 1. - P. 15. DOI: 10.3390/su12010015.

326. Neidle, E.L. Nucleotide sequences of the Acinetobacter calcoaceticus benABC genes for benzoate 1,2-dioxygenase reveal evolutionary relationships among multicomponent oxygenases. / E.L. Neidle, C. Hartnett, L.N. Ornston et al. // Journal of bacteriology. - 1991. -Vol. 173. - № 17. - P. 5385-95. DOI: 10.1128/jb.173.17.5385-5395.1991.

327. Nguyen, T.M. Rhodococcuspedocola sp. nov. and Rhodococcus humicola sp. nov., two antibiotic-producing actinomycetes isolated from soil / T.M. Nguyen, J. Kim // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2016. - Vol. 66. - № 6. - P. 2362-2369. DOI: 10.1099/ijsem.0.001039.

328. Nicdao M.A.C. Two strains of Gordonia terrae isolated from used engine oilcontaminated soil utilize short- to long-chain n-alkanes / Nicdao M.A.C., Rivera W.L. // Philippine Science Letters. - 2012. - V.5(2). - P. 199-208.

329. Nie, Y. Characterization of a CYP153 alkane hydroxylase gene in a Gram-positive Dietzia sp. DQ12-45-1b and its "team role" with alkWl in alkane degradation / Y. Nie, J.-L. Liang, H. Fang et al. // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2014. - Vol. 98. - № 1. - P. 163173. DOI: 10.1007/s00253-013-4821-1.

330. Nie, Y. Diverse alkane hydroxylase genes in microorganisms and environments / Y. Nie, C.-Q. Chi, H. Fang et al. // Scientific Reports. - 2014. - Vol. 4. - № 1. - P. 4968. DOI: 10.1038/srep04968.

331. Nie, Y. The Genome of the Moderate Halophile Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1T Reveals Four Alkane Hydroxylation Systems and Provides Some Clues on the Genetic Basis for Its Adaptation to a Petroleum Environment / Y. Nie, H. Fang, Y. Li et al. // PLoS ONE. - 2013.

- Vol. 8. - № 8. - P. e70986. DOI: 10.1371/journal.pone.0070986.

332. Nimaichand, S. Rhodococcus canchipurensis sp. nov., an actinomycete isolated from a limestone deposit site / S. Nimaichand, S. Sanasam, L.-Q. Zheng et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2013. - Vol. 63. - № Pt_1. - P. 114-118. DOI: 10.1099/ijs.0.036087-0.

333. Niu, B. Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data / B. Niu, L. Fu, S. Sun, W. Li // BMC Bioinformatics. - 2010. - Vol. 11. - № 1. - P. 187. DOI: 10.1186/1471-2105-11-187.

334. Oberto, J. SyntTax: a web server linking synteny to prokaryotic taxonomy / J. Oberto // BMC Bioinformatics. - 2013. - Vol. 14. - № 1. - P. 4. DOI: 10.1186/1471-2105-14-4.

335. Oetermann, S. LcpRVH2 - regulating the expression of latex-clearing proteins in Gordoniapolyisoprenivorans VH2 / S. Oetermann, R. Jongsma, A. Coenen et al. // Microbiology.

- 2019. - Vol. 165. - № 3. - P. 343-354. DOI: 10.1099/mic.0.000755.

336. Okada, H. Analysis of dibenzothiophene metabolic pathway in Mycobacterium strain G3 / H. Okada, N. Nomura, T. Nakahara, K. Maruhashi // Journal of Bioscience and Bioengineering. - 2002. - Vol. 93. - № 5. - P. 491-497. DOI: 10.1016/S1389-1723(02)80097-4.

337. Okonechnikov, K. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Golosova, M. Fursov // Bioinformatics. - 2012. - Vol. 28. - № 8. - P. 11661167. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts091.

338. Ondov, B.D. Interactive metagenomic visualization in a Web browser / B.D. Ondov, N.H. Bergman, A.M. Phillippy // BMC Bioinformatics. - 2011. - Vol. 12. - № 1. - P. 385. DOI: 10.1186/1471-2105-12-385.

339. Ondov, B.D. Mash: fast genome and metagenome distance estimation using MinHash / B.D. Ondov, T.J. Treangen, P. Melsted et al. // Genome Biology. - 2016. - Vol. 17. -№ 1. - P. 132. DOI: 10.1186/s13059-016-0997-x.

340. Osbourn, A. Secondary metabolic gene clusters: evolutionary toolkits for chemical innovation / A. Osbourn // Trends in Genetics. - 2010. - Vol. 26. - № 10. - P. 449-457. DOI: 10.1016/j .tig.2010.07.001.

341. Pacheco, G.J. Biosurfactant production by Rhodococcus erythropolis and its application to oil removal / G.J. Pacheco, E.M.P. Ciapina, E. de B. Gomes, N. Pereira Junior // Brazilian Journal of Microbiology. - 2010. - Vol. 41. - № 3. - P. 685-693. DOI: 10.1590/S1517-83822010000300019.

342. Padilla, L. Overproduction of Trehalose: Heterologous Expression of Escherichia coli Trehalose-6-Phosphate Synthase and Trehalose-6-Phosphate Phosphatase in Corynebacterium glutamicum / L. Padilla, R. Krämer, G. Stephanopoulos, E. Agosin // Applied and Environmental Microbiology. - 2004. - Vol. 70. - № 1. - P. 370-376. DOI: 10.1128/AEM.70.1.370-376.2004.

343. Pagilla, K.R. Gordonia (nocardia) amarae foaming due to biosurfactant production. / K.R. Pagilla, A. Sood, H. Kim // Water science and technology: a journal of the International Association on Water Pollution Research. - 2002. - Vol. 46. - № 1-2. - P. 519-24.

344. Pandza, K. Physical mapping shows that the unstable oxytetracycline gene cluster of Streptomyces rimosus lies close to one end of the linear chromosome / K. Pandza, G. Pfalzer, J. Cullum, D. Hranueli // Microbiology. - 1997. - Vol. 143. - № 5. - P. 1493-1501. DOI: 10.1099/00221287-143-5-1493.

345. Pandza, S. Recombination between the linear plasmid pPZG101 and the linear chromosome of Streptomyces rimosus can lead to exchange of ends / S. Pandza, G. Biukovic, A. Paravic et al. // Molecular Microbiology. - 1998. - Vol. 28. - № 6. - P. 1165-1176. DOI: 10.1046/j.1365-2958.1998.00877.x.

346. Pansomsuay, R. Gordonia aquimaris sp. nov., a novel marine actinobacterium isolated from seawater in the upper gulf of Thailand / R. Pansomsuay, T. Duangupama, P. Pittayakhajonwut et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. -2023. - Vol. 73. - № 3. DOI: 10.1099/ijsem.0.005804.

347. Park, S. Gordonia hankookensis sp. nov., isolated from soil / S. Park, S.-J. Kang, W. Kim, J.-H. Yoon // INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. - 2009. - Vol. 59. - № 12. - P. 3172-3175. DOI: 10.1099/ijs.0.011585-0.

348. Parks, D.H. A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life / D.H. Parks, M. Chuvochina, D.W. Waite et al. // Nature Biotechnology. - 2018. - Vol. 36. - № 10. - P. 996-1004. DOI: 10.1038/nbt.4229.

349. Parks, D.H. CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes / D.H. Parks, M. Imelfort, C.T. Skennerton et al. // Genome Research. - 2015. - Vol. 25. - № 7. - P. 1043-1055. DOI: 10.1101/gr.186072.114.

350. Parveen, S. Genomic analysis provides insights into the Gordonia sp. W3S5 taxonomy and sulfur metabolism-related genes / S. Parveen, N. Akhtar, J. Akram // 3 Biotech. -2021. - Vol. 11. - № 6. - P. 300. DOI: 10.1007/s13205-021-02850-4.

351. Patel, A.B. Polycyclic Aromatic Hydrocarbons: Sources, Toxicity, and Remediation Approaches / A.B. Patel, S. Shaikh, K.R. Jain et al. // Frontiers in Microbiology. -2020. - Vol. 11. DOI: 10.3389/fmicb.2020.562813.