Использование ДНК-аптамеров для диагностики немелкоклеточного рака легкого тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Замай Галина Сергеевна

• Замай Галина Сергеевна
• доктор наук
• 2025

Оглавление диссертации доктор наук Замай Галина Сергеевна

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Аптамеры

1.2 Получение аптамеров

1.3 Характеристика аптамеров

1.4 Механизмы связывания аптамеров с белковыми мишенями

1.5 Сродство и специфичность к связыванию аптамеров с мишенями

1.6 Стабильность аптамеров

1.7 Модификация ДНК- и РНК-аптамеров

1.8 Вход аптамеров в клетку

1.9 Биораспределение и безопасность аптамеров

1.10 Перспективность использования аптамеров для детекции онкомаркеров

1.11 Механизмы канцерогенеза

1.12 Биомаркеры канцерогенеза

1.13 Диагностика рака легкого

1.14 Поиск биомаркеров рака легкого с использованием протеомики

1.15 Выявление онкомаркеров рака легкого

1.16 Характеристика циркулирующих опухолевых клеток

1.17 Методы обнаружения циркулирующих опухолевых клеток в крови больных

1.18 Аптамеры к клеткам рака легкого

1.19 Поиск циркулирующих опухолевых клеток с помощью аптамеров

1.20 Окрашивание гистологических срезов с помощью аптамеров

1.21 Электрохимическое определение белков в плазме крови с помощью аптамеров

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследований

2.2 Селекция ДНК-аптамеров к тканям РЛ человека

2.3 Селекция аптамеров к белку ЕрСАМ методом замещения моноклональными антителами

2.4 Анализ связывания пулов аптамеров с опухолевой тканью легкого человека

2.5 Клонирование аптамеров

2.6 Подготовка аптамеров к полному секвенированию

2.7 Синтез аптамеров

2.8 Математический анализ нуклеотидных последовательностей аптамеров

2.9 Анализ связывания синтетических аптамеров с клетками, полученными из опухолевой и условно здоровой ткани легкого человека, с помощью проточной цитометрии

2.10 Анализ связывания синтетических аптамеров с клетками РЛ помощью конфокальной микроскопии

2.11 Определение константы диссоциации аптамера LC-18 с клетками аденокарциномы легкого

2.12 Определение константы диссоциации аптамеров к ЕрСАМ

2.13 Поиск белков биомаркеров РЛ с помощью естественного пула аптамеров

2.14 Поиск белков-мишеней индивидуальных последовательностей аптамеров75

2.15 Поиск белков-мишеней аптамера LC-17 в ЦОК

2.16 Выделение белка-мишени аптамера LC-17 из плазмы больных РЛ и определение его вероятной третичной структуры с помощью МУРР

2.17 Верификация мишеней аптамеров с помощью конфокальной микроскопии

2.18 Поиск ЦОК в крови больных раком легкого после лизиса лимфоцитов

2.19 Выделение ЦОК из крови больных раком легкого с помощью магнитных частиц

2.20 Анализ гистологических срезов тканей рака легкого с помощью аптамеров

2.21 Двойное окрашивание срезов тканей антителами и/или аптамерами к виментину

2.23 Мультиплексная электрохимическая система для одновременного определения нескольких биомаркеров рака легкого в плазме крови

2.24 Детекция экзосом и микровезикул с помощью аптамеров

2.25 Определение третичной структуры LC-18t

2.26 Стадирование опухолевого процесса и оценка показателей выживаемости

2.27 Статистические исследования

3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Селекция аптамеров к послеоперационным тканям аденокарциномы легкого человека

3.2 Оценка связывания индивидуальных последовательностей аптамеров с клетками аденокарциономы легкого, нормальными клетками легкого и здоровыми лимфоцитами

3.3 Оценка константы диссоциации аптамера LC-18 c клетками аденокарциномы легкого

3.4 Поиск потенциальных биомаркеров рака легкого с помощью пула ДНК-аптамеров, полученных в результате селекции

3.5 Поиск белков-кандитатов в мишени аптамеров с помощью масс-спектрометрии

3.6 Верификация мишеней аптамеров выбранных к послеоперационным тканям аденокарциномы легкого с помощью лазерной сканирующей микроскопии срезов тканей

3.7 Определение белков-мишеней ЦОК, специфичных для аптамера LC-17

3.8 Поиск белков-мишеней аптамера LC-17 в плазме крови больных раком легкого человека

3.9 Анализ нуклеотидных последовательностей аптамеров и белков-мишеней

3.10 Селекция аптамеров к рецептору ЕрСАМ методом их замещения антителами к ЕрСАМ

3.11 Анализ специфичности и аффинности аптамеров к ЕрСАМ методом проточной цитометрии

3.12 Определение констант диссоциаций аптамеров ЕСМ-01 и ЕСМ-02 с клетками РЛ

3.13 Верификация мишеней аптамеров, выбранных к послеоперационным тканям легкого с помощью проточной цитометрии и замещением антителами

3.14 Поиск ЦОК в крови в образцах крови больных НМРЛ после лизиса клеток крови

3.15 Выделение ЦОК из крови больных с помощью аптамеров, связанных с магнитными частицами

3.16 Разработка метода анализа гистологических срезов с помощью аптамеров

3.18 Определение белков-биомаркеров РЛ в крови больных с помощью электрохимического метода детекции

3.19 Мультиплексный способ определения биомаркеров рака легкого в плазме

крови

3.20 Определение микровезикул и экзосом в плазме крови больных раком легкого с помощью пула ДНК-аптамеров

3.21 Определение третичной структуры аптамера LC-18

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Использование ДНК-аптамеров для диагностики немелкоклеточного рака легкого»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Рак легкого (РЛ) - первый по смертности среди других видов рака [1-3]. Пятилетняя выживаемость больных РЛ составляет 13-15% в развитых странах [4] и около 9% - в развивающихся [5]. При этом большинство пациентов выявляется при степени местной распространенности и диссеминации заболевания, когда шансы на успешное лечение минимальны [6-8].

Своевременная диагностика и мониторинг течения РЛ повышают выживаемость и шансы на благополучный исход для пациентов, однако для этого требуются новые фармакологические препараты и технологии.

По данным литературы при традиционном способе поиска новых лекарственных средств анализу подвергается множество низкомолекулярных органических соединений, из которых лишь одно из 10 000 вызывает желаемый биологический эффект [9]. Для снижения затрат, связанных с открытием новых лекарств и одновременного повышения их эффективности, требуются альтернативные, принципиально новые способы их получения. Один из таких способов - технология селекции (SELEX), позволяющая получать молекулы, распознающие патологическую мишень [10]. Технология была одновременно предложена тремя независимыми группами исследователей в 1990 году [11-13].

Одно из направлений диагностики онкологических заболеваний, позволяющих дополнить или заменить инвазивные методы, относится к исследованию жидкостных биопатов больных. Спектр таких биомаркеров, как экзосомы, белки или циркулирующие опухолевые клетки (ЦОК), суммарно представляющих большинство свойств опухолевой ткани и присутствующих в плазме и крови пациентов, позволяет получать информацию о прогрессировании, стадировании, гетерогенности или генных мутациях опухоли. Немаловажной является и гистологическая оценка маркеров опухоли в тканях больных.

В настоящее время широкое распространение для детекции маркеров опухоли получили моноклональные антитела. Однако более привлекательными

кандидатами для создания средств мультитаргетной диагностики и мониторинга течения заболевания являются аптамеры - они не уступают антителам в аффинности и требуют меньших трудозатрат в процессах синтеза и химических модификаций. Аптамеры с заданной специфичностью к маркерам РЛ позволят дополнить существующие методы выявления болезни и оценить степень распространенности и метастазирования. Технология получения и применения таких молекул может быть масштабирована и использована для создания средств диагностики других солидных опухолей.

Аптамеры - короткие однонитевые фрагменты РНК- или ДНК-олигонуклеотидов длиной от 20 до 100 оснований. Отдельные участки олигонуклеотидов складываются в специфические вторичные структуры (стебель, петля, псевдоузел, G-квадруплекс, шпилька) и образуют уникальные трехмерные структуры, способные распознавать соответствующие мишени [14]. Аффинность и специфичность связывания аптамеров достигается благодаря гидрофобным и электростатическим взаимодействиям, водородным связям, силам Ван-дер-Ваальса, а также совпадению формы и стэкинга оснований [15]. Когда аптамер взаимодействует с мишенью, происходит специфическое трехмерное связывание, в результате чего образуется комплекс аптамер-мишень [16].

Аптамеры обладают способностью различать близкородственные молекулы, включая конформационные изомеры [17]; одинаковые мишени, содержащие разные функциональные группы [18] или аминокислотные мутации [19].

Возможность использования аптамеров для поиска биомаркеров рака или адресной доставки лекарств широко изучается. Проведенные исследования показали потенциал применения аптамеров для детекции или ингибирования опухолеассоциированных мишеней от целых клеток до белков или циркулирующих ДНК [20]. Модификация аптамеров различными функциональными группами, такими как биотин, карбоксил, тиол и другими [2124], позволяет использовать олигонуклеотиды в качестве различных диагностических инструментов, а также для создания комплексов с лекарственными веществами и наноматериалами [25].

Описанные преимущества аптамеров делают их перспективными агентами для разработки методов диагностики и терапии рака.

Тем не менее, несмотря на большое количество исследований, посвященных этой тематике, которые с 1990 продолжают только расти, количество препаратов на основе аптамеров, прошедших доклинические испытания и вышедших на рынок, составляет единицы. Вероятно, это связано с тем, что среди большого количества описанных в литературе аптамеров малая доля из них обладает способностью специфического связывания с заданной мишенью, обусловленного, в основном, формированием водородных связей при соблюдении условий пространственного взаимодействия двух молекул.

Специфическое связывание белков и нуклеиновых кислот - одна из основ жизнедеятельности клеток организма. Характер связи аптамеров с белковыми мишенями уже изучен, однако основная проблема заключается в получении пригодного лиганда.

На третичную структуру влияют ионный состав жидкости, температура и рН раствора. Условия для выбора аптамеров должны быть максимально приближены к реальным, т.е. тем, в которых он будет использоваться. Кроме того, при селекции искомая белковая мишень должна сохранять нативную форму, которая будет узнаваться аптамером, что является крайне важным при выборе лигандов для медицинских целей.

В литературе сообщалось о примерах нефункционирующих аптамеров [26]. Тем не менее, есть и такие, которые продолжают успешно применяться в медицине, как, например, аптамер Мас^еп для лечения заболеваний глаз.

Это говорит о том, что технология селекции аптамеров успешно работает, однако необходимо большое внимание уделять как поиску и верификации белковых мишеней, так и разработке методов получения эффективных специфических лигандов. Очевидно, что критически важным является получение аптамеров для медицинских целей с использованием реальных клинических образцов.

Таким образом, целью диссертационного исследования стало получение аптамеров к биомаркерам рака легкого человека с использованием реальных клинических образцов, анализ и доказательство пригодности их использования для медицины.

В качестве модели для исследования выбран немелкоклеточный рак легкого человека, как один из наиболее распространенных типов окнологических заболеваний. Технология получения аптамеров и их анализ, раскрытые в данной работе, могут быть масштабированы на другие типы солидных опухолей.

Селекция аптамеров и исследования, направленные на разработку методов детекции опухолеспецифичных мишеней в крови и тканях больных проводились в лаборатории биомолекулярных и медицинских технологий Красноярского государственного медицинского университета имени профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого, исследования, направленные на изучение вторичных и третичных структур аптамеров проводились в лаборатории цифровых управляемых лекарств и тераностики Красноярского научного центра Сибирского отделения Российской академии наук.

Сбор образцов опухолевых тканей и крови больных проводился в Красноярского краевом онкологическом диспансере имени А.И. Крыжановского.

В целом настоящее диссертационное исследование способствует развитию нового направления для создания современных средств диагностики, мониторинга и терапии онкологических заболеваний в России и мире с использованием ДНК-олигонуклеотидов.

Цель работы - получение ДНК-аптамеров к биомаркерам злокачественных новообразований и разработка методов их применения для диагностики немелкоклеточного рака легкого.

Задачи:

1. Получить аффинные и специфичные ДНК-аптамеры к послеоперационным тканям немелкоклеточного рака легкого (НМРЛ) методом

cell-SELEX.

2. Определить белки-мишени индивидуальных последовательностей аптамеров с помощью методов аффинного обогащения и масс-спектрометрии высокого разрешения, верифицировать их, оценить наличие пост-трансляционных модификаций.

3. Получить ДНК-аптамеры к молекуле клеточной адгезии эпителия (белку ЕрСАМ) в составе мембраны клеток НМРЛ с помощью метода конкурентного замещения антителами и верифицировать их мишени.

4. Проанализировать возможность использования ДНК-аптамеров для поиска онкомаркеров в крови, плазме и гистологических срезах больных НМРЛ.

5. Оценить возможность использования ДНК-аптамеров для определения распространенности опухолевого процесса и прогноза течения НМРЛ.

6. Оптимизировать последовательность ДНК-аптамера, оценить специфичность его связывания с клетками НМРЛ и определить его третичную структуру.

Научная новизна исследования

1. Получены ДНК-аптамеры к послеоперационным тканям НМРЛ и доказана эффективность их применения для детекции онкомаркеров в крови и тканях больных.

2. С помощью пула ДНК-аптамеров, полученных методом cell-SELEX к послеоперационным материалам НМРЛ, определены новые потенциальные биомаркеры НМРЛ.

3. С помощью ДНК-аптамеров определены и верифицированы белки-онкомаркеры ЦОК НМРЛ.

4. С помощью технологии селекции аптамеров методом конкурентного замещения антителами получены аптамеры, специфически связывающиеся с белком ЕрСАМ клеточной мембраны, и доказана возможность их использования для поиска ЦОК в крови больных НМРЛ.

5. Использование частиц Щ^АВ 4С-8С повысила чувствительность

электрохимического аптасенсора для выявления биомаркеров НМРЛ в плазме крови онкологических больных на 2 порядка.

6. Показана возможность практического использования аптамеров для определения характера метастазирования и прогноза течения заболевания у больных НМРЛ.

Теоретическая и практическая значимость работы

Представленный алгоритм получения функционирующих ДНК-аптамеров, специфичных к маркерам НМРЛ, может быть использован для получения аптамеров к маркерам других онкологических заболеваний.

Полученные аптамеры могут быть использованы для детекции циркулирующих и тканевых биомаркеров НМРЛ.

В ходе исследований был разработан мультиплексный электрохимический аптасенсор, который позволяет одновременно определять 6 онкомаркеров в плазме крови больного раком легкого.

Разработанные методы поиска окномаркеров рака легкого в крови и тканях больных после прохождения процедур сертификации и регистрации могут использоваться в практическом здравоохранении.

Полученные в работе результаты создают подходы, которые могут быть использованы в разработке новых диагностических средств с использованием аптамеров.

Положения, выносимые на защиту

1. Аптамеры, полученные с помощью технологии cell-SELEX к послеоперационным тканям немелкоклеточного рака легкого и методом конкурентного замещения антителами, способны специфически связываться с маркерами опухоли у больных немелкоклеточным раком легкого.

2. Белковыми мишенями ДНК-аптамеров, полученных к послеоперационным тканям больных немелкоклеточным раком легкого являются белки, участвующие в опухолевой прогрессии: для аптамера LC-17 -

нейтрофилильный дефензин, пероксиредоксин-2 и субъединицы тубулина a/ß, для аптамера LC-18 - ламин А/С и виментин, для аптамера LC-224 - актин цитоплазматический, имеющий пост-трансляционную модификацию.

3. ДНК-аптамеры к послеоперационным тканям и белку EpCAM пригодны для разработки эффективных и малоинвазивных методов диагностики немелкоклеточного рака легкого, которые могут использоваться в практическом здравоохранении.

4. Оптимизация структуры ДНК-аптамера LC-18 позволяет получить усеченный вариант молекулы с более высокой специчностью к клеткам НМРЛ, что приводит к снижению стоимости диагностических тест-систем на его основе.

5. Использование ДНК-аптамеров, аффинных клеткам немелкоклеточного рака легкого могут позволить проводить скрининг на наличие опухолевого процесса, определять распространенность опухолевого процесса, а также прогнозировать выживаемость больных НМРЛ.

Степень достоверности результатов

Результаты получены на современном оборудовании с использованием стандартизированных методик и программного обеспечения: Kaluza 1.1, MaxQuant 1.3, SIMCA, FlowJo, FlowingSoftware 2.5.1, Microsoft Excel 2007, Origin 6.0, базы данных UniProtKB/Swiss-Prot Результаты опубликованы в рецензируемых журналах, как в России, так и за рубежом, и представлены на всероссийских и международных конференциях.

Внедрение результатов исследования

ДНК-аптамеры к раку легкого и разработанные методики их применения используются для создания диагностических тест-систем рака легкого. Разработанные методы получения и анализа ДНК-аптамеров используются для получения аптамеров к другим видам рака и создания средств диагностики и терапии на их основе в Лаборатории биомолекулярных и медицинских технологий (БиоМеТ) в КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого (г. Красноярск, Россия),

Лаборатории управляемых цифровых лекарств и тераностики ФИЦ КНЦ СО РАН (г. Красноярск, Россия).

Апробация результатов исследования

Результаты исследования представлены на международной конференции в Италии «9nt Annual Meeting of the Oligonucleatide Therapeutics Society» (2013); международной конференции в Великобритании «Ist International Symposium and Exibition Aptamers 2014» (2014); «1 Ith Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society», Нидерланды (2015); «Aptamers in Bordeaux», Франция (2016, 2017, 2018); «Молекулы и системы для диагностики и адресной терапии», Томск (2017); международной конференции «Aptamers in Russia», Россия (2020); «Цифровые лекарства на стыке наук», Россия (2015, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022).

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 17 печатных работ, в том числе, 9 статей в журналах, рекомендованных ВАК РФ, 8 статей в зарубежных журналах, получено 6 патентов на изобретения.

Объем и структура работы

Материал диссертации изложен на 234 страницах машинописного текста, иллюстрирован 68 рисунками, 23 таблицами. Работа состоит из введения, глав: обзор литературы, материалы и методы, результаты собственных исследований; заключения; выводов; списка использованных источников. Список состоит из 274 источников, из которых 20 российских и 254 зарубежных.

Личный вклад автора

Автором самостоятельно сформулированы научные гипотезы, проведена селекция ДНК-аптамеров, спланированы эксперименты, лично проведено большинство исследований и проанализированы полученные результаты. Публикации по результатам исследований написаны совместно с коллегами

творческого коллектива лаборатории. Все главы диссертации написаны автором самостоятельно.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. 1 Аптамеры

Разработка новых диагностических и терапевтических препаратов -длительный и трудозатратный процесс. При традиционном способе поиска таких препаратов анализу подвергаются тысячи низкомолекулярных органических соединений. Однако при таком подходе лишь одна из 10 000 молекул приводит к желаемому биологическому эффекту [9]. Для снижения затрат, связанных с открытием новых лекарств с одновременным повышением их эффективности, требуются альтернативные способы создания фармакологических препаратов.

Технологии получения распознающих молекул на основе олигонуклеотидов SELEX (Систематическая эволюция лигандов путем экспоненциального обогащения) и связанные с ней комбинаторные методы селекции аптамеров [10, 25] предлагают альтернативный способ поиска диагностических и терапевтических препаратов - аптамеров [11, 13].

Аптамеры представляют собой олигорибо- или

олигодезоксирибонуклеотиды, длина которых варьирует от 15 до 100 нуклеотидов, выбираемые из пула случайных последовательностей, обладающих способностью сворачиваться в сложные трехмерные структуры, образующиеся в результате комбинации экспонированных оснований Уотсона-Крика и неканонических межмолекулярных взаимодействий [11, 13]. Благодаря образуемой уникальной трехмерной форме аптамеры могут распознавать любую заданную мишень [19, 27, 28].

Высокая аффинность аптамеров позволяет использовать их наравне с антителами, но они обладают рядом преимуществ по сравнению с последними [29]:

• возможность химического синтеза;

• простота модификаций различными химическими группами, наночастицами или лекарствами;

• стабильность в условиях повышенной температуры;

• неиммуногенность.

Тем не менее несмотря на то, что аптамеры являются перспективными агентами как для диагностики, так и для терапии, они до сих пор не получили широкого распространения на рынке лекарств. На сегодняшний день имеется информация только о двадцати аптамерах, проходящих, клинческие испытания и об одном внедренном в медицинскую практику [26].

Однозначного ответа на вопрос почему успешно применяется только одно лекарство на основе аптамеров в настоящее время нет. Очевидно, что причина включает в себя многообразие различных факторов - от проблем в получении молекул до трудностей с их клинической апробацией и непосредственным выведением на рынок.

Ниже будут приведены основные достижения в области получения аптамеров, механизмах связывания коротких участков олигонуклеотидов с белковыми мишенями, а также о канцерогенезе, развитии рака легкого человека и биомаркерах, с помощью которых можно осуществлять диагностику заболевания. Коротко будет рассказано об основных известных методах потенциальной диагностики рака легкого человека с помощью аптамеров.

1.2 Получение аптамеров

Технология получения аптамеров была опубликована разными коллективами ученых под руководством Tuerk [11] и Ellington [13] в 1990 году. Метод получил название «Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment», сокращенно SELEX, в связи с тем, что РНК-олигонуклеотиды, обладающие сродством к мишени, выбирались путем естественного отбора или эволюции [30]. Через два года была проведена селекция ДНК-олигонуклеотидов (аптамеров) к биологическим мишеням.

Суть метода SELEX заключается в выборе и естественной мутации олигонуклеотидов из библиотеки, которая содержит около 1014-1015 одноцепочечных ДНК- или РНК-олигонуклетидов. Олигонуклеотиды, способные

связываться с мишенью, остаются в отборе, другие отделяются и не используются, таким образом, остается сравнительно небольшое число аптамеров, которые подвергаются дальнейшему анализу [31].

Несмотря на то, что для выбора аптамеров используют большие библиотеки олигонуклеотидов [32], для селекции используется ограниченное количество последовательностей, которое определяется их конечной концентрацией. Обычно выбор длины случайной области олигонуклеотида диктуется эмпирическими правилами и ограничен количеством молекул в исходном пуле (0,2-1 нмоль; ~1014 молекул) [33]. Большинство экспериментов по селекции проводятся с рандомизированными участками, содержащими от 20 до 60 нуклеотидов, хотя существуют последовательности аптамеров длиной от 8 [34] до 228 нуклеотидов [35].

При селекции случайные библиотеки либо инкубируют с мишенями, иммобилизованными на твердом носителе, чтобы обеспечить физическое отделение от неспецифических молекул, либо непосредственно с клетками в случае cell-SELEX [36]. На следующем этапе олигонуклеотиды, способные связываться с мишенью, сохраняются и амплифицируются, а обогащенные популяции вводятся в последующие циклы отбора. Строгость условий, в которых позже будут использоваться аптамеры, или их специфичность может увеличиваться или уменьшаться путем постепенного изменения таких физико-химических параметров, как температура, ионная сила, концентрация мишени, время инкубации или добавление стадии отрицательного отбора [37]. В процессе селекции аффинность аптамеров к целевой молекуле повышается благодаря отбору связывающихся нуклеотидов из библиотеки и удалению ненужных последовательностей. Кроме того, ошибки, возникающие при проведении ПЦР приводят к синтезу дополнительных последовательностей, что вызывает обогащение библиотеки и повышение вероятности выбора аптамеров с наибольшей аффинностью к мишени. В среднем процедура селекции включает 1015 раундов, после которых увеличение аффинности аптамеров к мишени прекращается (Рисунок 1). Полученные после наиболее специфичного раунда

селекции аптамеры секвенируют и анализируют с помощью методов математического анализа, после чего лидирующие последовательности синтезируют химически [38].

Рисунок 1 - Схематическое представление SELEX. Исходную библиотеку ДНК инкубируют с мишенью, связанной с твердым носителем. Несвязанные молекулы ДНК отбрасываются, в то время как связанные выделяются, амплифицируются

методом ПЦР и вводятся в последующие циклы отбора. Обогащенный пул олигонуклеотидов секвенируют, определяют уникальные последовательности нуклеотидов и анализируют их аффинность и специфичность.

Существует большое количество разновидностей стандартного метода селекции. Ниже приведены некоторые из них.

Cell-SELEX - метод, в котором для поиска мишеней аптамеров используются клетки [13]. Аптамеры, полученные в результате этого отбора, могут применяться

в различных областях, включая диагностику и лечение рака. Cell-SELEX может быть использован без предварительного знания о количестве и конкретных типах белков, присутствующих на поверхности клеток [39]. Более того, аптамеры, полученные с использованием данного метода, имеют способность связываться с разнообразными рецепторами на поверхности клетки [39], что значительно повышает чувствительность обнаружения целевых белков [13]. Cell-SELEX позволяет выбирать аптамеры для разных типов клеток злокачественных опухолей, что обеспечивает возможность дифференциации различных видов рака и различение опухолевых и нормальных клеток [13].

Также возможна селекция аптамеров к рекомбинантным белкам [40]. К настоящему времени уже подобраны аптамеры к опухолеассоциированным белкам VEGF, PDGF, №кВ, HER3, PMSA, tenascin-C [41-43]. Немаловажным является тот факт, что специфичность обнаружения целых клеток, содержащих белковые рецепторы с помощью аптамеров, отобранных к очищенным белкам, может быть низкой из-за их конформационных различий [44].

Еще один метод подбора аптамеров, называется "фото-SELEX" [45]. Он позволяет достичь высокой специфичности и аффинности благодаря возможности аптамеров образовывать фотоиндуцированные ковалентные связи с целевой молекулой. Для проведения фотоселекции используется модифицированный нуклеотид, который замещает один из нуклеотидов в библиотеке, обладая при этом фотоактивируемыми свойствами. Под воздействием света этот нуклеотид формирует ковалентные связи с целевой молекулой. Часто используется нуклеотид, который активируется фотоэнергией и замещает тимидин. Он содержит хромофор бромоурацила, который поглощает ультрафиолетовое излучение при длине волны 310 нм. В этой области длин волн нативные хромофоры нуклеиновых кислот и белков практически не поглощают излучения.

В процессе фотоселекции целевая молекула фиксируется на магнитных частицах. Затем она взаимодействует с библиотекой олигонуклеотидов. По окончании первого раунда селекции, магнитные частицы с комплексами целевых молекул и аптамеров собираются с помощью магнита. Затем их подвергают

излучению с длиной волны 310 нм, чтобы стимулировать связывание, а несвязавшиеся олигонуклеотиды удаляются. После этого аптамеры амплифицируются для последующих раундов селекции.

Можно улучшить отделение связавшихся и несвязавшихся нуклеиновых кислот путем применения метода селекции аптамеров на основе капиллярного электрофореза. Этот метод позволяет сократить количество раундов селекции, необходимых для получения высокоспецифичных аптамеров [46].

Использование капиллярного электрофореза может ускорить процесс выбора аптамеров за счет разделения комплексов аптамер-белок, отличающихся электрофоретической мобильностью [28]. К сожалению, данный подход ограничивается использованием белковых мишеней, так как нейтральные молекулы не подвергаются влиянию электрического поля. Кроме того, этот метод неприменим для молекул с молекулярным весом ниже веса компонентов библиотеки олигонуклеотидов [44-46].

М. Березовский и его коллеги разработали метод селекции на основе капиллярного электрофореза под названием «NECEEM» (non-equilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures), благодаря которому аптамеры выбираются за меньшее количество раундов [47]. В методе «NECEEM» ДНК-библиотека в первом раунде смешивается с мишенью для создания равновесной смеси. После этого смесь разделяется с помощью капиллярного электрофореза на фракции ДНК, связавшейся с молекулой-мишенью, фракции ДНК и фракции молекулы-мишени. Так как электрофоретическая мобильность свободных ДНК-молекул примерно одинакова, они все мигрируют в одну зону и затем собираются вместе. В случае необходимости выбора более специфических аптамеров можно применить комбинацию методов положительной и отрицательной селекции.

Обычно процесс отбора аптамеров включает около 15 раундов селекции и может занимать от нескольких недель до нескольких месяцев. Однако для более эффективного и быстрого отбора аптамеров с минимальными затратами труда была создана автоматизированная роботизированная система. Благодаря автоматизации можно проводить более 10 раундов селекции в день [45].

Описан процесс разработки автоматизированного микрофлюидного робота для проведения селекции [48]. Он имеет микроканалы и управляемые клапаны, а также включает в себя устройство для амплификации аптамеров. В микрофлюидном SELEX используется простой градиент давления для загрузки и перемещения реагентов через микроканалы. Такое устройство позволяет проводить автоматический процесс селекции от начала до конца.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Замай Галина Сергеевна, 2025 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Пономарева, А.А. Молекулярно-генетические маркеры в диагностике рака легкого / А.А. Пономарева, Е.Ю. Рыкова, Н.В. Чердынцева, Е.Л. Чойнзонов, П.П. Лактионов, В.В. Власов // Молекулярная биология. - 2011. - Т. 45. - № 2. - С. 203-217.

2. Arya, S.K. Lung Cancer and Its Early Detection Using Biomarker-Based Biosensors / S.K. Arya, S. Bhansali // Chemical Reviews. - 2011. - № 111. - P. 6783-6809.

3. Sung, H.-J. Biomarkers for the lung cancer diagnosis and their advances in proteomics / H.-J. Sung, J.-Y. Cho // BMB reports. - 2008. - P. 615-623.

4. Fiorentino, F.P. CTCF and BORIS Regulate Rb2/p130 Gene Transcription: A Novel Mechanism and a New Paradigm for Understanding the Biology of Lung Cancer / F.P. Fiorentino, M. Macaluso, F. Miranda, M. Montanari, A. Russo, L. Bagella, A. Giordano // Molecular cancer research. - 2011. - № 9. - P. 225-233.

5. Шевченко, В.Е. Профилирование низкомолекулярного протеома плазмы крови для обнаружения потенциальных маркеров рака легкого / В.Е. Шевченко, Н.Е. Арноцкая, О.П. Трифонова, А.С. Дашкевич, В.А. Юрченко, Д.Г. Заридзе // Масс-спектрометрия. - 2007. - Т. 4. - №4. - С. 245-253.

6. Chen, H. Molecular recognition of small-cell lung cancer cells using aptamers / H. Chen, C. Medley, K. Sefah, D. Shangguan, Z. Tang, L. Meng, J. Smith, W. Tan // Chemmedchem. -2008. -V. 3. - P. 991-1001.

7. Hoffman, P.C. Lung cancer / P.C. Hoffman, A.M. Mauer, E.E. Vokes // Lancet. - 2000. - № 355. - P. 479-485.

8. Spiro, S.G. One hundred years of lung cancer / S.G. Spiro, G.A. Silvestri // American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. - 2005. - V. 172. -№ 5. - P. 523-529.

9. Schenon, M. Target identification and mechanism of action in chemical biology and drug discovery / M. Schenon, V. Dancik, B.K. Wagner, P.A. Clemons // Nat. Chem. Biol. - 2013. - V. 9. - P. 232-240.

10. Liu, M. Discovery and biosensing applications of diverse RNA-cleaving DNAzymes / M. Liu, D.R. Chang, Y.F. Li //Acc. Chem. Res. - 2017. - V. 50. -P. 2273-2283.

11. Tuerk, C. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase / C. Tuerk, L. Gold // Science, 1990, V. 249, 505-510.

12. Robertson, D.L. Selection in vitro of an RNA enzyme that specifically cleaves single-stranded DNA / D.L. Robertson, G.F. Joyce // Nature. - 1990. - V. 344. - P.467-468.

13. Ellington, A.D. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands / A.D. Ellington, J.W. Szostak // Nature. - 1990. - V. 346. - P. 818-822.

14. Mayer, G. The chemical biology of aptamers / G. Mayer // Angewan Chem Int Ed Engl. - 2009. - V.48. - № 15. - P. 2672-2689.

15. Gelinas, A.D. Embracing proteins: structural themes in aptamer-protein complexes /A.D. Gelinas, D.R. Davies, N. Janjic // Curr Opin Struct Biol. - 2016. - V. 36. - P. 122-132.

16. Gold, L. Oligonucleotides as research, diagnostic, and therapeutic agents / L. Gold // J. Biol. Chem. - 1995. - V. 270. - P. 13581-13584.

17. Geiger, A. RNA aptamers that bind L-arginine with sub-micromolar dissociation constants and high enantioselectivity / A. Geiger, P. Burgstaller von der Eltz H., A. Roeder, M. Famulok // Nucleic Acids Res. - 1996. - V. 24. - P. 1029-1036.

18. Jenison, R.D. High-resolution molecular discrimination by RNA / R.D.

Jenison, S.C. Gill, A. Pardi, B. Polisky // Science. - 1994. - V. 263. - P. 14251429.

19. Chen, L. The isolation of an RNA aptamer targeting to p53 protein with single amino acid mutation / L. Chen // Proc Natl Acad Sci USA. - 2015. - V. 112. - P. 10002-10007.

20. Tombelli, S. Biosensors and Biodetection: Methods and Protocols: Electrochemical and Mechanical Detectors, Lateral Flow and Ligands for Biosensors / S. Tombelli, A. Bini, M. Minnuni, M. Mascini // Methods in Molecular Biology. - 2008. - V. 504. - P. 23-36.

21. Sefah, K. Development of DNA aptamers using Cell-SELEX / K. Sefah, D. Shangguan, X. Xiong, M. B. O'Donoghue, W. Tan // Nature protocols. - 2010. -V. 5. - № 6. - P. 1169-1185.

22. Da Pieve, C. Modification of thiol functionalized aptamers by conjugation of synthetic polymers / C. Da Pieve, P. Williams, D.M. Haddleton, R.M.J. Palmer S. Missailidis // Bioconjugate Chemistry. - 2010. - № 2. - P. 169-174.

23. Smith, J.E. Aptamer-conjugated nanoparticles for the collection and detection of multiple cancer cells / J.E. Smith, C.D. Medley, Z. Tang, D. Shangguan, C. Lofton, W. Tan // Analytical Chemistry. - 2007. - № 79. - P. 30753082.

24. Kang, W.J. Multiplex imaging of single tumor cells using quantum-dot-conjugated aptamers / W.J. Kang, J.R. Chae, Y.L. Cho, J. Lee, S. Kim // Small. -2009. - № 22. - P. 2519-2522.

25. Hollenstein M. DNA catalysis: the chemical repertoire of DNAzymes / M. Hollenstein // Molecules. - 2015. - V. 20. - P. 20777-20804.

26. Daems, E. Mapping the gaps in chemical analysis for the characterisation of aptamer-target interactions / E. Daems, G. Moro, R. Campos, K. De Wael // TrAC Trends in Analytical Chemistry. - 2021. - V. 142. - e. 116311.

27. Кульбачинский, А.В. Методы отбора к белковым мишеням / А.В. Кульбачинский // Успехи биологической химии. - 2006. - № 46. - С. 193-224

28. Porschevski, P. Using Aptamers as Capture Reagents in Bead-Based Assay Systems for Diagnostics and Hit Identification / P. Porschevski, M.A.M. Grattinger, K. Klenzke, A. Erpenbach, M.R. Blind, F. Schafer // Journal of Biomolecular Screening. - 2006. - V. 7. - № 11. - P. 773-781.

29. Iliuk, A.B. Aptamer in bioanalytical applications / A.B. Iliuk, L. Hu, W.A. Tao // Anal. Chem. - 2011. - V. 83. - Р. 4440-4452.

30. Levy-Nissenbaum, E. Nanotechnology and aptamers: applications in drug delivery / E. Levy-Nissenbaum, A.F. Radovic-Moreno, A.Z. Wang, R. Langer, O.C. Farokhzad // Trends Biotechnol. - 2008. - V. 26. - № 8. - P. 442-449.

31. Xu, W. Towards Optimal One Pass Large Scale Learning with Averaged Stochastic Gradient Descent / W. Xu // arXiv preprint arXiv: 1107.2490. - 2011.

32. Carvalho, J. Aptamer-guided acridine derivatives for cervical cancer / J. Carvalho, J. Lopes-Nunes, A.C. Lopes, M.P. Cabral Campello, A. Paulo, J.A. Queiroz, C. Cruz // Org. Biomol. Chem. - 2019. - V. 17. - P. 2992-3002.

33. Martinez-Jothar, L. Insights into maleimide-thiol conjugation chemistry: Conditions for efficient surface functionalization of nanoparticles for receptor targeting / L. Martinez-Jothar, S. Doulkeridou, R.M. Schiffelers, J. Sastre Torano, S. Oliveira, C.F. van Nostrum, W.E. Hennink // J. Control. Release. - 2018. - V. 282. - P. 101-109.

34. Savla, R. Tumor targeted quantum dot-mucin 1 aptamer-doxorubicin conjugate for imaging and treatment of cancer. R. Savla, O. Taratula, O. Garbuzenko, T. Minko // J. Control. Release. - 2011. - V. 153. - P. 16-22.

35. Stephanopoulos, N. Dual-surface modified virus capsids for targeted delivery of photodynamic agents to cancer cells / N. Stephanopoulos, G.J. Tong, S.C. Hsiao, M.B. Francis // ACS Nano. - 2010. - V. 4. - P.6014-6020.

36. Danesh, N.M. Targeted and controlled release delivery of daunorubicin to T-cell acute lymphoblastic leukemia by aptamer-modified gold nanoparticles / N.M. Danesh, P. Lavaee, M. Ramezani, K. Abnous, S.M. Taghdisi // Int. J. Pharm. - 2015. - V. 489. - P. 311-317.

37. Ninomiya, K. Targeted and ultrasound-triggered drug delivery using liposomes co-modified with cancer cell-targeting aptamers and a thermosensitive polymer / K. Ninomiya, T. Yamashita, S. Kawabata, N. Shimizu // Ultrason Sonochem. - 2014. - V. 21. - P. 1482-1488.

38. Röthlisberger, P. Aptamer chemistry / P. Röthlisberger, M. Hollenstein // Adv Drug Deliv Rev. - 2018. - V. 134. - P. 13-21.

39. Zhang, Y. Aptamers selected by cell-SELEX for application in cancer studies / Y. Zhang, Y. Chen, D. Han, I. Ocsoy, W. Tan Aptamers selected by cell-SELEX for application in cancer studies. - 2010. - V. 2. - № 5. - P. 907-918.

40. Ferreira, C.S. DNA aptamers that bind to MUC1 tumour marker: design and characterization of MUC1-binding single-stranded DNA aptamers / C.S. Ferreira, C.S. Matthews, S. Missailidis // Tumour Biology. - 2006. - V. 27. - № 6. - P. 289301.

41. Ireson, C.R. Discovery and Development of Anticancer Aptamers / C.R. Ireson, L.R. Kelland // Molecular Cancer Therapy. - 2006. - № 5. - P. 2957-2962.

42. Lupold, S.E. Identification and Characterization of Nuclease-Stabilized RNA Molecules that Bind Human Prostate Cancer Cells via the Prostate-Specific Membrane Antigen / S.E. Lupold, B.J. Hicke, Y. Lin, D.S. Coffey // Cancer Researh. - 2002. - № 62. - P. 4029-4033.

43. Daniels, D.A. Tenascin-C Aptamer Identified by Tumor Cell SELEX: Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment / D.A. Daniels, H. Chen, B.J. Hicke, K.M. Swiderek, L.A. Gold // Proceedings of the national academy of sciences of the United States of America. - 2003. - № 100. - P. 15416-

15421.

44. Fang, X. Aptamers Generated from Cell-SELEX for Molecular Medicine: A Chemical Biology Approach / X. Fang, W. Tan // Accounts of chemical research.

- 2010. - V. 43. - № 1. - P.48-57.

45. Mairal, T. Rapid determination of total hardness in water using fluorescent molecular aptamer beacon / T. Mairal // Analytica Chimica Acta. - 2008. - V. 610.

- № 1. - P.105-111.

46. Krylov, S.N. Non-equilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures—appreciation of kinetics in capillary electrophoresis / S.N. Krylov M. Berezovski // Analyst. - 2003. - № 128. - P. 571-575.

47. Berezovski, M.V. Nonequilibrium Capillary Electrophoresis of Equilibrium Mixtures: A Universal Tool for Development of Aptamers / M.V. Berezovski, A. Drabovich, S.M. Krylova, M. Musheev, V. Okhonin, A. Petrov, S.N. Krylov // Journal of the American chemical society. - 2005. - № 127. - P. 3165-3171.

48. Hybarger, G. A microfluidic SELEX prototype / G. Hybarger, J. Bynum, R.F. Williams, J.J. Valdes, J.P. Chambers // Anal Bioanal Chem. - 2006. - V. 384.

- P. 191-198.

49. Mi, J. In vivo selection of tumor-targeting RNA motifs / J. Mi, Y. Liu, Z.N. Rabbani, Z. Yang, J.H. Urban, B.A. Sullenger, B.M. Clary // Nat Chem Biol -2010. - V. 6. - Р.22-24.

50. Zumrut H.E., Ara M.N., Fraile M., Maio G., Mallikaratchy P. Ligand-Guided Selection of Target-Specific Aptamers: A Screening Technology for Identifying Specific Aptamers Against Cell-Surface Proteins // Nucleic Acid Ther.

- 2016. - 26. - 190-198.

51. Радько, С.П. Аптамеры как перспективные аффинные реагенты для клинической протеомики / С.П. Радько, С.Ю. Рахметова, Н.В. Бодоев, А.И. Арчаков // Биомедицинская химия. - 2007. - Т.53. - № 1. - С. 5-24.

52. Pan,Y. Mechanisms of transcription factor selectivity / Y. Pan, C.J. Tsai, R. Nussinov // Trends Genet. - 2010. - 26. - P. 75-83.

53. Maoxuan, L. New insights into protein-DNA binding specificity from hydrogen bond based comparative study / L. Maoxuan, G. Jun-tao // Nucleic Acids Research. - 2019. - Volume 47. - I. 21. - P. 11103-11113

54. Coulocheri, S. A. Hydrogen bonds in protein-DNA complexes: Where geometry meets plasticity / S. A. Coulocheri, D. G. Pigis, K. A. Papavassiliou, A. G. Papavassiliou // Biochimie. - 2007. - T. 89. - №. 11. - C. 1291-1303.

55. Pan, Y. Mechanisms of transcription factor selectivity / Y. Pan, C. Tsai, B. Ma, R. Nussinov // Trends in Genetics. - 2010. - T. 26. - №. 2. - C. 75-83.

56. Ji, C. Aptamer-protein interactions: from regulation to biomolecular detection / C. Ji, J. Wei, L. Zhang, X. Hou, J. Tan, Q. Yuan, W. Tan // Chemical Reviews. - 2023. - T. 123. - №. 22. - C. 12471-12506.

57. Troisi, R. Structural Insights into Protein-Aptamer Recognitions Emerged from Experimental and Computational Studies / R. Troisi, N. Balasco, I. Autiero, L. Vitagliano, F. Sica //International Journal of Molecular Sciences. -2023. - T. 24. - №. 22. - C. 16318.

58. Mironov, V. Structure-and interaction-based design of anti-SARS-CoV-2 aptamers / V. Mironov, I.A. Shchugoreva, P.V. Artyushenko, D. Morozov, N. Borbone, G. Oliviero, T.N. Zamay, R.V. Moryachkov, O.S. Kolovskaya, K.A. Lukyanenko, Y. Song, Y.A. Merkuleva, V.N. Zabluda, G.Peters, L.S. Koroleva, D.V. Veprintsev, Y.E. Glazyrin, E.A. Volosnikova, S.V. Belenkaya, T.I. Esina, A.A. Isaeva, V.S. Nesmeyanova, D.V. Shanshin, A.N. Berlina, N.S. Komova, V.A. Svetlichnyi, V.N. Silnikov, D.N. Shcherbakov, G.S. Zamay, S.S. Zamay, T. Smolyarova, E.P. Tikhonova, K.H. Chen, U-S. Jeng, G. Condorelli, V. Franciscis, G. Groenhof, C. Yang, A.A. Moskovsky, D.G. Fedorov, F.N. Tomilin, W. Tan, Y. Alexeev, M.V. Berezovski, A.S. Kichkailo //Chemistry-A European Journal. -2022. - T. 28. - №. 12. - C. e202104481.

59. Buglak, A. A. Methods and applications of in silico aptamer design and modeling / AA. Buglak, AV. Samokhvalov, AV. Zherdev, BB. Dzantiev //International journal of molecular sciences. - 2020. - T. 21. - №. 22. - C. 8420.

60. Almazar, C. A. In Silico Approaches for the Identification of Aptamer Binding Interactions to Leptospira spp. Cell Surface Proteins / C. A. Almazar, M. V. Mendoza, W. L. Rivera // Tropical Medicine and Infectious Disease. - 2023. -T. 8. - №. 2. - C. 125.

61. Ahmad N. A. In silico approach for Post-SELEX DNA aptamers: A minireview / N.A. Ahmad, RM. Zulkifli, H. Hussin, M.H. Nadri //Journal of Molecular Graphics and Modelling. - 2021. - T. 105. - C. 107872.

62. Alrosan, M. Molecular forces governing protein-protein interaction: Structure-function relationship of complexes protein in the food industry / M. Alrosan, T.C. Tan, A.M. Easa, S. Gammoh, M.H. Alu'datt // Critical reviews in food science and nutrition. - 2022. - T. 62. - №. 15. - C. 4036-4052.

63. Hermann, J. Nanoscale n-n stacked molecules are bound by collective charge fluctuations / J. Hermann, D. Alfe, A. Tkatchenko // Nature communications. - 2017. - T. 8. - №. 1. - C. 14052.

64. Hao W. Single-Molecule Exchange inside a Nanocage Provides Insights into the Origin of n-n Interactions / W. Hao, B. Guo, J. Liu, Q. Ren, S. Li, Q. Li, K. Zhou, L. Liu, H.C. Wu // Journal of the American Chemical Society. - 2024. - T. 146. - №. 14. - C. 10206-10216.

65. Zhang N. Structural biology for the molecular insight between aptamers and target proteins / N. Zhang, Z. Chen, D. Liu, H. Jiang, Z.K. Zhang, A. Lu, B.T. Zhang, Y. Yu, G. Zhang // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. -T. 22. - №. 8. - C. 4093.

66. Zhao, H. Are ionic liquids kosmotropic or chaotropic? An evaluation of available thermodynamic parameters for quantifying the ion kosmotropicity of

ionic liquids / H. Zhao // Journal of Chemical Technology & Biotechnology: International Research in Process, Environmental & Clean Technology. - 2006. -T. 81. - №. 6. - C. 877-891.

67. Xiao, F. Hydrophobic interaction: a promising driving force for the biomedical applications of nucleic acids / F. Xiao, Z. Chen, Z. Wei, L. Tian //Advanced Science. - 2020. - T. 7. - №. 16. - C. 2001048.

68. Sun, Q. The hydrophobic effects: Our current understanding / Q. Sun // Molecules. - 2022. - T. 27. - №. 20. - C. 7009.

69. Shukla, S. K. Use of ionic liquids in protein and DNA chemistry / S.K. Shukla, J.P. Mikkola // Frontiers in Chemistry. - 2020. - T. 8. - C. 598662.

70. Kaur H. Recent developments in cell-SELEX technology for aptamer selection / H. Kaur // Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-General Subjects. -2018. - T. 1862. - №. 10. - C. 2323-2329.

71. Dong, L. Screening and identifying a novel ssDNA aptamer against alpha-fetoprotein using CE-SELEX / L. Dong, Q. Tan, W. Ye, D. Liu, H. Chen, H. Hu, D. Wen, Y. Liu, Y. Cao, J. Kang, J. Fan, W. Guo // Scientific reports. - 2015. - T. 5. - №. 1. - C. 15552.

72. Nguyen Quang, N. Applications of high-throughput sequencing for in vitro selection and characterization of aptamers / N. Nguyen Quang, G. Perret, F. Duconge // Pharmaceuticals. - 2016. - T. 9. - №. 4. - C. 76.

73. Campbell, M. A. Locked vs. unlocked nucleic acids (LNA vs. UNA): contrasting structures work towards common therapeutic goals / M. A. Campbell, J. Wengel // Chemical Society Reviews. - 2011. - T. 40. - №. 12. - C. 5680-5689.

74. Wang, H. In vivo SELEX of an inhibitory NSCLC-specific RNA aptamer from PEGylated RNA library / H. Wang, Y. Zhang, H. Yang, M. Qin, X. Ding, R. Liu, Y. Jiang // Molecular Therapy-Nucleic Acids. - 2018. - T. 10. - C. 187-198.

75. van Bel, N. In vivo SELEX of single-stranded domains in the HIV-1 leader RNA / N. van Bel, A.T. Das, B. Berkhout // Journal of virology. - 2014. - Т. 88. -№. 4. - С. 1870-1880.

76. Zhang Y. Recent advances in aptamer discovery and applications / Y. Zhang, B. S. Lai, M. Juhas // Molecules. - 2019. - Т. 24. - №. 5. - С. 941.

77. Alshaer, W. Aptamer-guided nanomedicines for anticancer drug delivery / W. Alshaer, H. Hillaireau, E. Fattal //Advanced drug delivery reviews. - 2018. -Т. 134. - С. 122-137.

78. Ulrich, H. DNA and RNA aptamers: from tools for basic research towards therapeutic applications / H. Ulrich, C.A. Trujillo, A.A. Nery, J.M. Alves, P. Majumder, R.R. Resende, A.H. Martins // Combinatorial chemistry & high throughput screening. - 2006. - Т. 9. - №. 8. - С. 619-632.

79. Jellinek, D. Potent 2'-amino-2'-deoxypyrimidine RNA inhibitors of basic fibroblast growth factor / D. Jellinek, L.S. Green, C. Bell, C.K. Lynott, N. Gill, C. Vargeese, G. Kirschenheuter, D.P. McGee, P. Abesinghe, W.A. Pieken // Biochemistry. - 1995. - V. 34. - P. 11363-11372.

80. Vater, A. Short bioactive Spigelmers to migraine-associated calcitonin gene-related peptide rapidly identified by a novel approach: tailored-SELE / A. Vater, F. Jarosch, K. Buchner, S. X. Klussmann // Nucleic Acids Research. - 2003. -V. 31. - № 21. - P. 6064-6078.

81. Рахметова, С.Ю. Гетеродимерные фотоаптамерные конструкции как новый подход к повышению эффективности формирования фотосшивок с белком-мишенью / С.Ю. Рахметова, С.П. Радько, О.В. Гнеденко // Биомедицинская химия. - 2010. - Т. 56. - № 1. - С. 72-81.

82. Копылов, А. М. Комбинаторная химия нуклеиновых кислот. SELEX / А. М. Копылов // Молекулярная биология. - 2000. - Т. 34. - № 6. - С. 10971113.

83. Yoon, S. Aptamers: Uptake mechanisms and intracellular applications / S. Yoon, J.J. Rossi // Advanced Drug Delivery Reviews. - 2018. - V. 134. - P. 2235.

84. Doherty, G.J. Mechanisms of endocytosis / G.J. Doherty, H.T. McMahon // Annu Rev Biochem 2009 V. 78, P. 857-902.

85. Dowdy S.F. Overcoming cellular barriers for RNA therapeutics // Nat. Biotechnol. - 2017. - V. 35. - P. 222-229.

86. Kovacevic, K.D. Pharmacokinetics, pharmacodynamics and safety of aptamers / K.D. Kovacevic, J.C. Gilbert, B. Jilma // Advanced Drug Delivery Reviews. - 2018. - V. 134. - P. 36-50.

87. Ozerskaya, A.V. 11C-Radiolabeled Aptamer for Imaging of Tumor and Metastasis Using Positron Emission Tomography - Computed Tomography / A.V. Ozerskaya, T.N. Zamay, O.S. Kolovskaya, N.A. Tokarev, K.V. Belugin, N.G. Chanchikova, O.N. Badmaev, G.S. Zamay, I.A. Shchugoreva, R.V. Moryachkov, V.N. Zabluda, V.A. Khorzhevskii, N.V. Shepelevich, S.V. Gappoev, E.A. Karlova, A.S. Saveleva, A.A. Volzhentsev, A.N. Blagodatova, K.A. Lukyanenko, D.V. Veprintsev, T.E. Smolyarova, F.N. Tomilin, S.S. Zamay, V.N. Silnikov, M.V. Berezovski, A.S. Kichkailo // Molecular Therapy. - Nucleic Acids. - 2021. - V. 26. - P. 1159-1172.

88. Bouchard, P.R. Discovery and development of therapeutic aptamers / P.R. Bouchard, R.M. Hutabarat, K.M. Thompson // Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. - 2010. - V. 50. - P. 237-257.

89. Dyke, C.K. First-in-human experience of an antidote-controlled anticoagulant using RNA aptamer technology: a phase 1a pharmacodynamic evaluation of a drug-antidote pair for the controlled regulation of factor IXa activity / C.K. Dyke // Circulation. - 2006. - V. 114. - № 23. - P. 2490-2497.

90. Szebeni, J. Complement activation-related pseudoallergy: a stress reaction

in blood triggered by nanomedicines and biologicals / J. Szebeni // Mol. Immunol.

- 2014. - V. 61. - № 2. - P. 163-173.

91. Strohl, W.R. Current progress in innovative engineered antibodies / W.R. Strohl // Protein Cell. - 2018. - V. 9. - № 1. - P. 86-120.

92. Kennedy, P.J. Sarmento Monoclonal antibodies: technologies for early discovery and engineering / P.J. Kennedy, C. Oliveira, P.L. Granja, B. // Crit Rev Biotechnol. - 2018. - V. 38. - № 3. - P. 394-408.

93. Maggon, K. Monoclonal antibody "gold rush" / K. Maggon // Curr Med Chem. - 2007. - V. 14. - № 18. - P. 1978-1987.

94. Lee, J.W. Therapeutic aptamers: developmental potential as anticancer drugs / J.W. Lee, H.J. Kim, K. Heo // BMB Rep. - 2015. - V.48. - № 4. - P. 234237.

95. Ni, X. Nucleic acid aptamers: clinical applications and promising new horizons / X. Ni, M. Castanares, A. Mukherjee, S.E. Lupold // Curr Med Chem. -2011. - V. 18. - №27. - P. 4206-4214.

96. Ku, T.H. Nucleic Acid Aptamers: An Emerging Tool for Biotechnology and Biomedical Sensing / T.H. Ku, T. Zhang, H. Luo, T.M. Yen, P.W. Chen, Y. Han, Y.H. Lo // Sensors (Basel). - 2015. - V. 15. - № 7. - P. 16281-16313.

97. Никитин, Ю.П. Метаболический синдром и его компоненты как возможные модифицируемые факторы риска рака (литературный обзор) / Ю.П. Никитин, Т.Г. Опенко, Г.И. Симонова // Сибирский онкологический журнал. - 2012. - Т. 50. - № 2. - С. 68-72.

98. Высоцкая, И.В. Актуальные вопросы канцерогенеза / И.В. Высоцкая, В.П. Летягин, М.А. Шабанов, В.Ю. Кирсанов, Е.А. Ким, Н.В. Левкина / Актуальные вопросы канцерогенеза // Клиническая онкогематология. - 2019.

- V.12. - № 1. - P. 101-106.

99. Baker, S.G. Research on Early-Stage Carcinogenesis: Are We Approaching Paradigm Instability? / S.G. Baker, A. Cappuccio, J.D. Potter, F. Hutchinson // Journal of clinical oncology. - 2010. - V. 28. - № 20. - P. 3215-3218.

100. Sharma, S. Epigenetics in cancer / S. Sharma, T.K. Kelly, P.A. Jones // Carcinogenesis. - 2010. - V. 31. - № 1. - P. 27-36.

101. Vineis, P. Models of carcinogenesis: an overview / P. Vineis, A. Schatzkin, J.D. Potter // Carcinogenesis. - 2010. - V. 31. - № 10. - P. 1703-1709.

102. Sell, S. On the Stem Cell Origin of Cancer / S. Sell // The American Journal of Pathology. - 2010. - V. 176 - №. 6 - P. 2584-2594.

103. Дзасохов, А.С. Патогенетические аспекты опухолевого роста в свете тканевой теории канцерогенеза (краткий литературный обзор) / А.С. Дзасохов // Вестник новых медицинских технологий. - 2012. - Т. 19. - № 1. -С.179-181.

104. Коган Е.А. Молекулярно-генетические основы развития канцерогенеза // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии, 2002. - Т. 12. - № 3. - С. 32-36.

105. Копнин, Б.П. Неопластическая клетка: основные свойства и механизмы их возникновения // Практическая онкология. - 2002. - Т. 3. - № 4. - С. 229235.

106. Абелев, Г.И. На пути к пониманию природы рака / Г.И. Абелев, Т.Л. Эрайзер // Биохимия. - 2008. - Т. 73. - № 5. - С. 605-618.

107. Soto, A. M. The tissue organization field theory of cancer: A testable replacement for the somatic mutation theory / A. M. Soto, C. Sonnenschein // BioEssays. - 2011. - V. 33. - № 5. - P. 332.

108. Jonson, B.E. Mutational Analysis Reveals the Origin and Therapy-Driven Evolution of Recurrent Glioma / B.E. Jonson, T. Mazor, C. Hong, M. Barnes, K.

Aihara, C. Mclean, S. Fouse, S. Yamamoto, H. Ueda, J. Costello // Science. -2014. - V. 343. - № 6167.

109. McGranahan, N. Clonal Heterogeneity and Tumor Evolution: Past, Present, and the Future / N. McGranahan, C. Swanton // Cell. - 2017. - V. 168. - P. 613628.

110. Greaves, M. Evolutionary determinants of cancer / M. Greaves // Cancer Discov. - 2015. - V. 5. - № 8. - P. 806-820.

111. Dagogo-Jack, I. Tumour heterogeneity and resistance to cancer therapies / I. Dagogo-Jack, A.T. Shaw // Nat. Rev. Clin. Oncol. - 2018. - V. 15. - P. 81-94.

112. Jiang, P. Big data approaches for modeling response and resistance to cancer drugs / P. Jiang, W.R. Sellers, X.S. Liu // Annu Rev Biomed Data Sci. - 2018. -V. 1. - P. 1-27.

113. Jiang, P. Big data in basic and translational cancer research / P. Jiang, S. Sinha, K. Aldape, S. Hannenhalli, C. Sahinalp, E. Ruppin // Nature Reviews Cancer, 2022, V. 22, P. 625-639.

114. Hanahan D. Hallmarks of Cancer: New Dimensions / D. Hanahan // Cancer Discov. - 2022. - V. 12. - № 1. - P. 31-46.

115. Greten, F.R. Inflammation and Cancer: Triggers, Mechanisms, and Consequences / F.R. Greten, Grivennikov S.I. // Immunity. - 2019. - V. 16. - № 51. - P. 27-41.

116. Jovanovic, M. Oxidative Stress Linking Obesity and Cancer: Is Obesity a Radical Trigger to Cancer? / M. Jovanovic, S. Kovacevic, J. Brkljacic, A. Djordjevic // Int J Mol Sci. - 2023. - V. 24. - № 9. - P. 8452.

117. Jantus-Lewintre, E. Update on biomarkers for the detection of lung cancer / E. Jantus-Lewintre, M. Uso, E. Sanmartin, C. Camps // Lung Cancer: Targets and Therapy. - 2012. - V. 3. - P. 21-29.

118. Cristofanilli, M. Circulating tumor cells: a novel prognostic factor for newly diagnosed metastatic breast cancer / M. Cristofanilli, D.F. Hayes, G.T. Budd, M.J. Ellis, A. Stopeck, J.M. Reuben, G.V. Doyle, J. Matera, W.J. Allard, M.C. Miller // J Clin Oncol. - 2005. - V. 23. - № 7. - P. 1420-1430.

119. Nagrath, S. Isolation of rare circulating tumour cells in cancer patients by microchip technology / S. Nagrath, L.V. Sequist, S. Maheswaran, D.W. Bell, D. Irimia, L. Ulkus, M.R. Smith, E.L. Kwak, S. Digumarthy, A. Muzikansky // Nature.

- 2007. - V. 450. - № 7173. - P. 1235-1239.

120. Sozzi, G. Quantification of free circulating DNA as a diagnostic marker in lung cancer / G. Sozzi, D. Conte, M. Leon, R. Ciricione, L. Roz, C. Ratcliffe, E. Roz, N. Cirenei, M. Bellomi, G. Pelosi // J Clin Oncol 2003. - V. 21. - № 21. - P. 3902-3908.

121. Shi, J. Apolipoproteins as differentiating and predictive markers for assessing clinical outcomes in patients with small cell lung cancer / J. Shi, H. Yang, X. Duan, L. Li, L. Sun, Q. Li, J. Zhang // Yonsei medical journal. - 2016. - T. 57.

- №. 3. - C. 549-556.

122. Andre, F. Malignant effusions and immunogenic tumour-derived exosomes / F. Andre, N.E. Schartz, M. Movassagh, C. Flament, P. Pautier, P. Morice, C. Pomel, C. Lhomme, B. Escudier, T. Le Chevalier // Lancet. - 2002. - V. 360. - № 9329, P. 295-305.

123. Valenti, R. Human tumor-released microvesicles promote the differentiation of myeloid cells with transforming growth factor-beta-mediated suppressive activity on T lymphocytes / R. Valenti, V. Huber, P. Filipazzi, L. Pilla, G. Sovena, A. Villa, A. Corbelli, S. Fais, G. Parmiani, L. Rivoltini // Cancer Res. - 2006. - V. 66. - № 18. - P. 9290-9298.

124. Rabinowits, G. Exosomal microRNA: a diagnostic marker for lung cancer / G. Rabinowits, C. Gercel-Taylor, J.M. Day, D.D. Taylor, G.H. Kloecker // Clin Lung Cancer. - 2009. - V. 10. - № 1. - P. 42-46.

125. Mitas, M. Lunx is a superior molecular marker for detection of non-small cell lung cancer in peripheral blood / M. Mitas, L. Hoover, G. Silvestri, C. Reed, M. Green, A.T. Turrisi, C. Sherman, K. Mikhitarian, D.J. Cole, M.I. Block // J Mol Diagn. - 2003. - V.5. - № 4. - P. 237-242.

126. Сергеева, Н.С. Общие представления о серологических биомаркерах и их месте в онкологии / Н.С. Сергеева, Н.В. Маршутина // Практическая онкология. - 2011. - Т. 12б. - № 4. - С. 147-154.

127. http://eurodon.g-8.biz/news/2014/09/10/41-novye-analizy.html

128. http://www.biochemmack.ru/

129. http://dis.podelise.ru

130. Chan, H.P. Exhaled breath analysis: novel approach for early detection of lung cancer / H.P. Chan, C. Lewis, P.S. Thomas // Lung Cancer. - 2009. - V.63. -№ 2. - P. 164-168.

131. Xie, Y. Altered miRNA expression in sputum for diagnosis of non-small cell lung cancer / Y. Xie, N.W. Todd, Z. Liu // Lung Cancer. - 2010. - V. 67. - № 2. -P. 170-176.

132. Yu, L. Early detection of lung adenocarcinoma in sputum by a panel of microRNA markers / L. Yu, N.W. Todd, L. Xing // Int J Cancer. - 2010. - V. 127.

- № 12. - P. 2870-2878.

133. Martin, K.J. A need for basic research on fluid-based early detection biomarkers / K.J. Martin, M.V. Fournier, G.P. Reddy, A.B. Pardee // Cancer Res.

- 2010. - V. 70. - № 13. - P. 5203-5206.

134. Weynants, P. Biology of small-cell lung-cancer - An overview / P. Weynants, Y. Humblet, J. Canon, M. Symann // Eur Respir J. - 1990. - V. 3. - P. 699-714.

135. Артамонова, Е.В. Основные достижения в биологии, скрининге,

диагностике и лечении немелкоклеточного рака легкого (НМРЛ) / Е.В. Артамонова // Практическая онкология. - 2011. - Т. 12. - № 1. - С. 26-35.

136. Bhatti, V. Histopathological Spectrum and Immunohistochemical Profile of Lung Carcinomas: A 9-Year Study from a Tertiary Hospital in North India / Kwatra K.S., Puri S., Calton N. // Int J Appl Basic Med Res. - 2019. - V. 9. - № 3. - P. 169-175.

137. Мазуренко, Н.Н. Молекулярно-клеточные маркеры немелкоклеточного рака легкого / Н.Н. Мазуренко, Н.Е. Кушлинский // Молекулярная медицина. - 2014. - №4. - С. 4-13.

138. Indovina, P. Lung Cancer Proteomics: Recent Advances in Biomarker Discovery / P. Indovina, A. Marcelli, P. Maranta, G. Tarro // Hindawi Publishing Corporation International Journal of Proteomics. - 2011. - P.7

139. Kang, M. The Haptoglobin ß chain as a supportive biomarker for human lung cancer / M. Kang, H.-J. Sung, J.-M. Ahn // Molecular BioSystems. - 2011. -V.7. - I.4. - P. 1167-1175

140. Maciel, C.M. Differential proteomic serum pattern of low molecular weight proteins expressed by adenocarcinoma lung cancer patients / C.M. Maciel, M. Junqueira, M.E.M. Paschoal // Journal of Experimental Therapeutics and Oncology. - 2005. - V. 5. - № 1. - P.31-38.

141. Tessitore, A. Serum Biomarkers Identication Mass Spectrometry in High-Mortality Tumors / A. Tessitore, A. Gaggiano, G. Cicciarelli, D. Verzella, D. Capece, M. Fischietti, F. Zazzeroni, E. Alesse // International Journal of Proteomics. - 2013. - ID 125858. - P.15.

142. Kokkonen, N. Hypoxia upregulates carcinoembryonic antigen expression in cancer cells / N. Kokkonen, I. Ulibarri, A. Kauppila, H. Luosujarvi, A. Rivinoja, H. Pospiech, I. Kellokumpu, S. Kellokumpu // Int J Cancer. - 2007. - V. 121. - P. 2443-2450.

143. Ueda, K. A comprehensive peptidome profiling technology for the identification of early detection biomarkers for lung adenocarcinoma / K. Ueda, N. Saichi, S. Takami, D. Kang, A. Toyama, Y. Daigo, N. Ishikawa, N. Kohno, K. Tamura, T. Shuin // PLoS ONE. - 2011. - V. 6. - e18567.

144. Zeng, X. Lung cancer serum biomarker discovery using glycoprotein capture and liquid chromatography mass spectrometry / X. Zeng, B. Hood, M. Sun, T. Conrads, R. Day, J. Weissfeld, J. Siegfried, W. Bigbee // J Proteome Res 2010.

- V. 9. - P. 6440-6449.

145. Bharti, A. Haptoglobin a-subunit and hepatocyte growth factor can potentially serve as serum tumor biomarkers in small cell lung cancer / A. Bharti, P.C. Ma, G. Mauliketal // Anticancer Res. - 2004. - V. 24. - P. 1031-1038.

146. Dai, S. Discovery and identification of serum amyloid a protein elevated in lung cancer serum / S. Dai, X. Wang, L. Liu, J. Liu, S. Wu, L. Huang, X. Xiao, D. He // Sci China Ser C Life Sci. - 2007. - V. 50. - P. 305-311.

147. Liu, L. Reduced transthyretin expression in sera of lung cancer / L. Liu, J. Liu, S. Dai, X. Wang, S. Wu, J. Wang, L. Huang, X. Xiao, D. He // Cancer Sci. -2007. - V. 98. - P. 1617-1620.

148. Liu, L. A combined biomarker pattern improves the discrimination of lung cancer / L. Liu, J. Liu, Y. Wang, S. Dai, X. Wang, S. Wu, J. Wang, L. Huang, X. Xiao, D. He // Biomarkers. - 2011. - V.16. - P. 20-30.

149. Howard, B. Identification and validation of a potential lung cancer serum biomarker detected by matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight spectra analysis / B. Howard, M. Wang, M. Campa, C. Corro, M. Fitzgerald, E. Patz // Proteomics. - 2003. - V.3. - P. 1720-1724.

150. Liu, G. Psoriasin (S100A7) is a novel biomarker for lung squamous cell carcinoma in humans / G. Liu, Wu Q., X. Song, J. Zhang // Cancer Cell Int. - 2015.

- V. 15. - P. 18.

151. Yu, Z. Prediction of lung cancer based on serum biomarkers by gene expression programming methods / Z. Yu, X. Chen, L. Cui, H. Si, H. Lu, S. Liu // Asian Pac J Cancer Prev 2014. - V. 15. - P. 9367-9373.

152. Zhang, H. Clinical significance of E-cadherin, P-catenin, vimentin and S100A4 expression in completely resected squamous cell lung carcinoma / H. Zhang, J. Liu, D. Yue, L. Gao, D. Wang, H. Zhang, C. Wang // J Clin Pathol. -2013. - V. 66. - P. 937-945.

153. Diamandis, E. Pentraxin-3 is a novel biomarker of lung carcinoma / E. Diamandis, L. Goodglick, C. Planque, M. Thomquist // Clin Cancer Res. - 2011. -V. 17. - 2395-2399.

154. Goetsch, C.M. Genetic tumor profiling and genetically targeted cancer therapy / C.M. Goetsch // Semin Oncol Nurs. - 2011. - V. 27. - P. 34-44.

155. Landi, M. Microrna expression differentiates histology and predicts survival of lung cancer / M. Landi, Y. Zhao, M. Rotunno, J. Koshiol, H. Liu, A. Bergen, M. Rubagotti, A. Goldstein, I. Linnoila, F. Marincola // Clin Cancer Res. - 2010. - V. 16. - P. 430-441.

156. https://classic.clinicaltrials.gov/

157. ID NCT04315753. Circulating and Imaging Biomarkers to Improve Lung Cancer Management and Early Detection (SMAC-2) // https://classic.clinicaltrials.gov/

158. ID NCT05742204. Plasma Proteomic Biomarkers for Early Diagnosis of Lung Cancer // https://classic.clinicaltrials.gov/

159. ID NCT02294578. Salivary Biomarkers for Non-small Cell Lung Cancer Detection // http s: //classic. clinicaltrials. gov/

160. ID NCT05395611. Exhaled Breath Particles in Lung Cancer // https://classic.clinicaltrials.gov/

161. ID NCT04162678. Fluid Biopsy for the Diagnosis of Lung Cancer // https://classic.clinicaltrials.gov/

162. Ковалев, А.А. Гетерогенность циркулирующих опуолевых клеток / А.А. Ковалев, Т.В. Грудинская, Т.П.Кузнецова, К.А. Ковалев // Онкология. -2012. - Т. 14. - № 2. - С. 126-129.

163. Radisky, D.C. Epithelial-mesenchymal transition / D.C. Radisky // Journal of Cell Science. - 2005. - V. 118. - №19. - P. 4325-4326.

164. Thiery, J. P. Epithelial-Mesenchymal Transitions in Development and Disease / J. P. Thiery, H. Acloque, Y.J. Ruby, M. Huang, A. Nieto // Cell. - 2009. - V. 139. - №5. - P. 871-890.

165. Paterlini-Brechot, P. Circulating tumor cells (CTC) detection: Clinical impact and future directions / P. Paterlini-Brechot, N.L. Benali // Cancer Letters. -2007. - № 253. - P. 180-204.

166. Chiang, A.C. Molecular Basis of Metastasis / A.C. Chiang, J. Massague // New England Journal of Medicine 2008. - № 359. - P. 2814-2823.

167. Yang, J. Exploring a new twist on tumor metastasis / J. Yang, S.A. Mani, R.A. Weinberg // Cancer Research. - 2006. - № 66. - P. 4549-4552.

168. Chang, Y.S. Mosaic blood vessels in tumors: frequency of cancer cells in contact with flowing blood / Y.S. Chang, E. Tomaso, D.M. McDonald, R. Jones, R.K. Jain, L.L. Munn // Proceedings of the national academy of sciences of the United States of America. - 2000. - № 97. - P. 14608-14613.

169. Kosaka, N. Circulating microRNA in body fluid: a new potential biomarker for cancer diagnosis and prognosis / N. Kosaka, H. Iguchi, T. Ochiya // Cancer science. - 2010. - V. 101. - № 10. - P. 2087-2092.

170. Taenzer, A. Circulating tumor-derived biomarkers in lung cancer / A. Taenzer, C. Alix-Panabieres, H. Wikman, K. Pantel // Journal of thoracic disease.

- 2012. - V. 4. - № 5. - P. 448-449.

171. Lee, T.H. Microvesicles as mediators of intercellular communication in cancer—the emerging science of cellular 'debris'/ T.H. Lee, E. D'Asti, N. Magnus, K. Al-Nedawi, B. Meehan, J.R. Semin // Immunopathology. - 2011. - V. 33. - P. 455-467.

172. Kahler, C. Exosomes in tumor microenvironment influence cancer progression and metastasis / C. Kahler, R. Kalluri // Journal of molecular medicine.

- 2013. - V. 91. - P. 431-437.

173. Alix-Panabieres, C. Circulating Tumor Cells and Circulating Tumor DNA / C. Alix-Panabieres, H. Schwarzenbach, K. Pantel // Annual review of medicine. -2012. - V. 63. - P. 199-215.

174. Wittekind, C. Cancer invasion and metastasis / C. Wittekind, M. Neid // Oncology. - 2005. - V. 69. - №1. - P. 14-16.

175. Joosse, S.A. Biologic Challenges in the Detection of Circulating Tumor Cells / S.A. Joosse, K. Pantel // Cancer Research. - 2012. - V. 73. - № 1. - P. 811.

176. Fehm, T. Methods for isolating circulating epithelial cells and criteria for their classification as carcinoma cells / T. Fehm, E.F. Solomayer, S. Meng, T. Tucker, N. Lane, J. Wang, G. Gebauer // Cytotherapy. - 2005. - № 7. - P. 171185.

177. Joseph, L. Circulating Tumor Cells and Nucleic Acids for Tumor Diagnosis Molecular Pathology of Neoplastic Gastrointestinal Diseases / L. Joseph // Molecular Pathology Library. - 2013. - V. 7. - P. 229-247.

178. Half, E. HER-2 receptor expression, localization, and activation in colorectal cancer cell lines and human tumors / E. Half, R. Broaddus, K.D. Danenberg, P.V. Danenberg, G.D. Ayers, F.A. Sinicrope F.A. // International journal of cancer. -2004. - № 108. - P. 540-548.

179. Krebs, M.G. Evaluation and prognostic significance of circulating tumor cells in patients with non-small-cell lung cancer / M.G. Krebs, R. Sloane, L. Priest, L. Lancashire, J.M. Hou, A. Greystoke, T. H. Ward, R. Ferraldeschi, A. Hughes,

G. Clack, M. Ranson, C. Dive, F.H. Blackhall // Journal of clinical oncology. -2011. - V. 29. - № 12. - P. 1556-1563.

180. Rosenberg, R. Comparison of two density gradient centrifugation systems for the enrichment of disseminated tumor cells in blood / R. Rosenberg, R. Gertler, J. Friederichs, K. Fuehrer, M. Dahm, R. Phelps, S. Thorban, H. Nekarda, J.R. Siewert // Cytometry. - 2002. - V. 49. - № 12. - P. 150-158.

181. Gertler, R. Detection of circulating tumor cells in blood using an optimized density gradient centrifugation / R. Gertler, R. Rosenberg, K. Fuehrer, M. Dahm,

H. Nekarda, J.R. Siewert // Cancer Researh. - 2003. - V. 162. - P. 149-155.

182. Allard, W.J. Tumor cells circulate in the peripheral blood of all major carcinomas but not in healthy subjects or patients with nonmalignant diseases / W.J. Allard, J. Matera, M.C. Miller, M. Repollet, M.C. Connelly, C. Rao, A.G. Tibbe, J.W. Uhr, L.W. Terstappen // Clinical cancer research. - 2004. - № 10. - P. 6897-6904.

183. https://www.qiagen.com/tz/applications/liquid-biopsy/ctc?cmpid=%20DGSP_WEB_SP_1805_SM_Blog_AdnaTest_Family

184. https://mrrc.nmicr.ru/filialy/innovatsionnyy-metod-ranney-immunologicheskoy-diagnostiki-metastazov/

185. Sundaram, P. Therapeutic RNA aptamers in clinical trials / P. Sundaram, H. Kurniawan, M.E. Byrne, J. Wower // European Journal of Pharmaceutical Sciences. - 2013. - V. 48. - P. 259-271.

186. Kunii, T. Selection of DNA aptamers recognizing small cell lung cancer using living cell-SELEX / T. Kunii, S. Ogura, M. Mie, E. Kobatake // Analyst. -2011. - № 136. - P. 1310-1312.

187. Zhao, Z. Recognition of subtype non-small cell lung cancer by DNA aptamers selected from living cells / Z. Zhao, L. Xu, X. Shi, W. Tan, X. Fang, D. Shangguan // Analyst. - 2009. - № 134. - P. 1808-1814.

188. Soundararajan, S. Plasma Membrane Nucleolin Is a Receptor for the Anticancer Aptamer AS1411 in MV4-11 Leukemia Cells / S. Soundararajan, L.Wang, V. Sridharan, W. Chen, N. Courtenay-Luck, D. Jones, E.K. Spicer, Fernandes D.J. // Molecular Pharmacology. - 2009. - № 76. - P. 984-991.

189. Donovan, M.J. Aptamer-Drug Conjugation for Targeted Tumor Cell Therapy Therapeutic Oligonucleotides / M.J. Donovan, L. Meng, T. Chen, Y. Zhang, K. Sefah, W. Tan // Methods in Molecular Biology. - 2011. - № 764. - P. 141-152.

190. Zhu, G. Nucleic Acid Aptamers: an Emerging Frontier in Cancer Therapy / G. Zhu, M. Ye, M.J. Donovan, E. Song, Z. Zhao, W. Tan // Chemical Communications. - 2012. - № 48. - P. 10472-10480.

191. Jimenez, E. Generation of lung adenocarcinoma DNA aptamers for cancer studies / E. Jimenez, K. Sefah, D. Lopez-Colon, D. Van Simaeys, H. Chen, M. Tockman, W. Tan // PLoS ONE. - 2012. - V. 7. - P. e46222.

192. Li, J. Aptamer imaging with CU-64 labeled AS1411: Preliminary assessment in lung cancer / J. Li, H. Zheng, P. Bates, T. Malik, X. Li, J. Trent, C. Ng // Nucl. Med. Biol. - 2014. - V. 41. - P. 179-185.

193. Dickey, D.D. Oligonucleotide Aptamers: a Next-Generation Technology for the Capture and Detection of Circulating Tumor Cells / D.D. Dickey, P.H. Giangrande // Methods. - 2015. - S1046202315301602.

194. Zeng, Z. Cancer Cell-Activatable Aptamer-Reporter System for One-Step Assay of Circulating Tumor Cells / Z. Zeng, C.-H. Tung, Y. A. Zu // Molecular therapy nucleic acid. - 2014. - V. 3. - P. e184.

195. Song, Y. Selection of DNA aptamers against epithelial cell adhesion

molecule for cancer cell imaging and circulating tumor cell capture / Y. Song, Z. Zhu, Y. An, W. Zhang, H. Zhang, D. Liu, C. Yu, W. Duan, C.J. Yang // Anal Chem.

- 2013. - V. 85. - № 8. - P. 4141-4149.

196. Zeng, Z. Using oligonucleotide aptamer probes for immunostaining of formalin-fixed and paraffin-embedded tissues / Z. Zeng // Modern Pathology.

- 2010. - V. 23. - P. 1553-1558.

197. Hanahan, D. Hallmarks of Cancer: The Next Generation / D. Hanahan, R. Weinberg // Cell. - 2011. - V. 144. - P. 646-674.

198. Ischia, J. Expression and function of gastrin-releasing peptide (GRP) in normal and cancerous urological tissues / J. Ischia, O. Patel, D. Bolton, A. Shulkes, G. Baldwin // BJU international. - 2014. - V. 113. - P. 40-47.

199. Kim, M. Best immunohistochemical panel in distinguishing adenocarcinoma from squamous cell carcinoma of lung: tissue microarray assay in resected lung cancer specimens / M. Kim, H. Shin, K. Shin, J. Rc // Annals of diagnostic pathology. - 2013. - V. 17. - P. 85-90.

200. Cairns, R. Regulation of cancer cell metabolism / R. Cairns, I. Harris, T. Mak // Nature Reviews Cancer. - 2011. - V. 11. - P. 85-95.

201. Wicki, A. Targeting Tumor-Associated Endothelial Cells: Anti-VEGFR2 Immunoliposomes Mediate Tumor Vessel Disruption and Inhibit Tumor Growth / A. Wicki // Clinical Cancer Research. - 2012. - V. 18. - P. 454-464.

202. Rolny, C. HRG Inhibits Tumor Growth and Metastasis by Inducing Macrophage Polarization and Vessel Normalization through Downregulation of PIGF / C. Rolny // Cancer Cell. - 2011. - V. 19. - P. 31-44.

203. Zhao, Z. Recognition of subtype non-small cell lung cancer by DNA aptamers selected from living cells / Z. Zhao // Analyst. - 2009. - V. 134. - P. 1808-1814.

204. Pu, Y. Using DNA Aptamer Probe for Immunostaining of Cancer Frozen Tissues / Y. Pu // Analytical Chemistry. - 2015. - V. 87. - P. 1919-1924.

205. Mirceski, V. New Approach to Electrode Kinetic Measurements in Square-Wave Voltammetry: Amplitude-Based Quasireversible Maximum / V. Mirceski, E. Laborda, D. Guziejewski, R.G. Compton // Anal. Chem. - 2013. - V. 85. - P. 5586-5594.

206. Li, L. Aptamer biosensor for label-free square-wave voltammetry detection of angiogenin / L. Li, H. Zhao, Z. Chen, X. Mu, L. Guo // Biosens. Bioelectron. - 2011. - V. 30. - P. 261-266.

207. Li, L. Direct detection of adenosine in undiluted serum using a luminescent aptamer sensor attached to a terbium complex / L. Li, P. Ge, P.R. Selvin, Y. Lu // Anal. Chem. - 2012. - V. 84. - P. 7852-7856.

208. Liu, Y. An aptasensor for electrochemical detection of tumor necrosis factor in human blood / Y. Liu, Q. Zhou, A. Revzin // Analyst. 2013. - V. 138. - P. 43214326.

209. Lai, R.Y. Rapid, aptamer-based electrochemical detection of platelet-derived growth factor at picomolar concentrations directly in blood serum / R.Y. Lai, K.W. Plaxco, A.J. Heeger // Anal. Chem. - 2007. - V. 79. - P. 229-233.

210. Li, L. Direct detection of adenosine in undiluted serum using a luminescent aptamer sensor attached to a terbium complex / L. Li, P. Ge, P.R. Selvin, Y. Lu // Anal. Chem. - V. 84. - P. 7852-7856.

211. Cole, A.J. Ubiquitination and cancer: Histone H2B monoubiquitination -roles to play in human malignancy / A.J. Cole, R.J. Clifton-Bligh, D.J. Marsh // Endocr. Relat. Cancer. - 2015. - V. 22. - P. 19-33.

212. Stahl, A.L. Exosomes and microvesicles in normal physiology, pathophysiology, and renal diseases / A.L. Stahl, K. Johansson, M. Mossberg, R. Kahn, D. Karpman // Pediatr Nephrol. - 2019. - V. 34. - № 1. - P. 11-30.

213. Ратушняк, М.Г. Экзосомы - природные наночастицы для использования в терапии / М.Г. Ратушняк, Ю.П. Семочкина // Россисйские нанотехнологии. - 2020. - Т. 15. - № 4. - С. 435-450.

214. Wieckowski, E.U. Tumor-Derived Microvesicles Promote Regulatory T Cell Expansion and Induce Apoptosis in Tumor-Reactive Activated CD8+ T Lymphocytes / E.U. Wieckowski, C. Visus, M. Szajnik // J. Immunol. - 2009. - V. 183. - № 6. - P. 3720.

215. Saleem, S.N. Tumor-derived exosomes in oncogenic reprogramming and cancer progression / S.N. Saleem, A.B. Abdel-Mageed // Cell. Mol. Life Sci.

- 2015. - V. 72. - № 1. - P. 1.

216. Тихонова, М.В. Биологическое значение экзосом опухолевых клеток / М.В. Тихонова, Д.В. Литвинов, А.И. Карачунский // Онкопедиатрия. - 2017.

- Т. 4. - № 2. - С. 141.

217. Schiffer, D. Enzyme-responsive polymers for microbial infection detection / D. Schiffer, G. Tegl, A. Heinzle, E. Sigl, D. Metcalf, P. Bowler, M. Burnet, G.M. Guebitz // Expert Rev Mol Diagn. - 2015. - V. 15. - № 9. - P. 1125-1131.

218. Momen-Heravi, F. Current methods for the isolation of extracellular vesicles / F. Momen-Heravi, L. Balaj, S. Alian, P.Y. Mantel, A.E. Halleck, A.J. Trachtenberg, C.E. Soria, S. Oquin, C.M. Bonebreak, E. Saracoglu, J. Skog, W.P. Kuo // Biol. Chem. - 2013. - V. 394. - № 10. - P. 1253-1262.

219. Шевелева, О.Н. Внеклеточные везикулы и перспективы их использования для регенерации тканей / О.Н. Шевелева, Е.И. Домарацкая, О.В. Паюшина // Биологические мембраны. - 2019. - Т. 36. - № 1. - С. 3-14.

220. Greening, D.W. A protocol for exosome isolation and characterization: evaluation of ultracentrifugation, density-gradient separation, and immunoaffinity capture methods / D.W. Greening, R. Xu, H. Ji, B.J. Tauro, R.J. Simpson // Methods Mol. Biol. - 2015. - V. 1295. - P. 179-209.

221. Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction // Nucleic Acids Res. - 2003. - V. 31. - № 13. - P. 3406-3415.

222. Blanchet, C.E. Versatile sample environments and automation for biological solution X-ray scattering experiments at the P12 beamline (PETRA III, DESY) / C.E. Blanchet // J. Appl. Crystallogr. - 2015. - V. 48. - № 2. - P. 431-443.

223. Konarev, P.V. PRIMUS: a Windows PC-based system for small-angle scattering data analysis / P.V. Konarev, V.V. Volkov, A.V. Sokolova, M.H.J. Koch, D.I. Svergun // J. Appl. Crystallogr. - 2003. - V. 36. - № 5. - P. 1277-1282.

224. Franke, D. ATSAS 2.8: a comprehensive data analysis suite for small-angle scattering from macromolecular solutions / D. Franke // J. Appl. Crystallogr. - V. 50. - № 4. - P. 1212-1225.

225. Hanwell, M.D. Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform / M.D. Hanwell, D.E. Curtis, D.C. Lonie, T. Vandermeersch, E. Zurek, G.R. Hutchison // J Cheminform. - 2012. - V. 13. - № 4. - P. 17.

226. Данилова, А. Б. Предиктивное значение экспрессии опухолеассоциированных антигенов и иммуносупрессивных факторов клетками солидных опухолей при проведении противоопухолевой вакцинотерапии / А. Б. Данилова // Сборник научных работ III Петербургского Международного онкологического форума «Белые ночи 2017». - 2017. - С. 194a-194.

227. Jen, J. Zinc finger proteins in cancer progression / J. Jen, Y.C. Wang // J Biomed Sci. - 2016. - V. 23. - № 53.

228. Panchal, N.K. A serine/threonine protein PIM kinase as a biomarker of cancer and a target for anti-tumor therapy / N.K. Panchal, Sabina E.P. // Life Sci. - 2020. - V. 255. - P. 117866.

229. Suresh, R. The remodelling of actin composition as a hallmark of cancer /

R. Suresh, R.J. Diaz // Translational Oncology. - 2021. - V. 14. - № 6. - P. 101051.

230. Arslan, Ö. Coiled-coil domain-containing protein-124 (Ccdc124) is a novel RNA binding factor up-regulated in endometrial, ovarian, and urinary bladder cancers / Ö. Arslan, Soylu N.K., Akillilar P.T., Tazebay U.H // Cancer Biomark. - 2021. - V. 31. - № 2. - P. 149-164.

231. Fragiadaki, M. Ankyrin repeat and single KH domain 1 (ANKHD1) drives renal cancer cell proliferation via binding to and altering a subset of miRNAsANKHD1 drives renal cancer cell proliferation via miRNA / M. Fragiadaki, M.P. Zeidler // Journal of Biological Chemistry. - 2028. - V. 29. -P. 9570-9579.

232. Wu, X. Pan-Cancer Analysis of the Oncogenic Role of WD Repeat Domain 74 in Multiple Tumors / X. Wu, P. Song, S. Wang, Z. Qian, J. Ying, S. Gao, W.A. Li // Front Genet. - 2022. - V. 13. - P. 860940.

233. Mills, A.A. The Chromodomain Helicase DNA-Binding Chromatin Remodelers: Family Traits that Protect from and Promote Cancer / A.A. Mills // Cold Spring Harb Perspect Med. - 2017. - V. 7. - № 4. - P. a026450.

234. Jacob, J.T. Types I and II Keratin Intermediate Filaments / J.T. Jacob, P.A. Coulombe, R. Kwan, M. B. Omary // Cold Spring Harb Perspect Biol. - 2018. - V. 10. - № 4. - P. a018275.

235. Fu, J. ATPase family AAA domain-containing protein 2 (ATAD2): From an epigenetic modulator to cancer therapeutic target / J. Fu, J. Zhang, X. Chen, Z. Liu, X. Yang, Z. He, Y. Hao, B. Liu, D. Yao // Theranostics. - 2023. - V. 13 . - № 2. - P. 787-809.

236. Berezovski, M.V. Aptamer-facilitated biomarker discovery (AptaBID) / M.V. Berezovski, V. Lechmann, M.U. Musheev, T.W. Mak, S.N. Krylov // Journal of American chemical society. - 2008. - № 130. - P. 9137-9143.

237. Fang, C.Z. Regulatory mechanisms and clinical significance of vimentin in breast cancer / C.Z. Fang // Biomedicine & Pharmacotherapy. - 2021. - V. 133. -P. 111068.

238. Berr, A.L. Vimentin is required for tumor progression and metastasis in a mouse model of non-small cell lung cancer / A.L. Berr, K. Wiese, G. dos Santos // Oncogene. - 2023. - V. 42. - P. 2074-2087.

239. Evangelisti, C. Lamin A and Prelamin A Counteract Migration of Osteosarcoma Cells / C. Evangelisti, F. Paganelli, G. Giuntini, Mattioli E., Cappellini A., Ramazzotti G, Faenza I., Maltarello M.C., Martelli A.M., Scotlandi K., Chiarini F., Lattanzi G. // Cells. - 2020. - V. 9. - P. 774.

240. Adyns, L. Role of Defensins in Tumor Biology / L. Adyns, P. Proost, S. Struyf // Int J Mol Sci. - 2023. - V. 24. - № 6. - P. 5268.

241. Lopes, D. The Tubulin Code in Mitosis and Cancer / D. Lopes, H. Maiato // Cells. - 2020. - V. 9. - №11. - P. 2356.

242. Wan, Y.C.E. Histone H2B Mutations in Cancer / Y.C.E. Wan, K.M. Chan / // Biomedicines. - 2021. - V. 9. - № 6. - P. 694.

243. Havel, L.S. Vimentin regulates lung cancer cell adhesion through a VAV2-Rac1 pathway to control focal adhesion kinase activity / L.S. Havel, E.R. Kline A.M. Salgueiro, A.I. Marcus // Oncogene. - 2015. - V. 34. - P. 1979-1990.

244. Kidd, M.E. The role of vimentin intermediate filaments in the progression of lung cancer / M.E. Kidd, D.K. Shumaker, K. Ridge // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. - 2014. - V. 50. - P. 1-6.

245. Richardson, F. The evaluation of E-Cadherin and vimentin as biomarkers of clinical outcomes among patients with non-small cell lung cancer treated with erlotinib as second- or third-line therapy / F. Richardson, G.D. Young, R. Sennello, J. Wolf, G.M. Argast, P. Mercado, A. Davies, D.M. Epstein, B. Wacker // Anticancer Res. - 2012. - V. 32. - P. 537-552.

246. Upton, M.P. Expression of vimentin in surgically resected adenocarcinomas and large cell carcinomas of lung / M.P. Upton, S. Hirohashi, Y. Tome, N. Miyazawa, K. Suemasu, Y. Shimosato // Am. J. Surg. Pathol. - 1986. - V. 10. -P. 560-567.

247. Chow, K.H. The nuclear envelope environment and its cancer connections / K.H. Chow, R.E. Factor, K.S. Ullman // Nat. Rev. Cancer. - 2012. - V. 12. - P. 196-209.

248. Machiels, B.M. Nuclear lamin expression in normal testis and testicular germ cell tumours of adolescents and adults / B.M. Machiels, F.C. Ramaekers H.J. Kuijpers, J.S. Groenewoud, J.W. Oosterhuis, L.H. Looijenga // J. Pathol. - 1997. -V. 182. - P. 197-204.

249. Foster, C.R. Lamins as cancer biomarkers / C.R. Foster, S.A. Przyborski, R.G. Wilson, C.J. Hutchison // Biochem. Soc. Trans. - 2010. - V. 38. - P. 297300.

250. Parker, A.L. Microtubules and their role in cellular stress in cancer / A.L. Parker, M. Kavallaris, J.A. McCarroll // Front. Oncol. - 2014. - V. 4. - P. 153.

251. Aarbiou, J. Neutrophil defensins enhance lung epithelial wound closure and mucin gene expression in vitro / J. Aarbiou, R.M. Verhoosel, S. Van Wetering, W.I. De Boer, J.H. Van Krieken, S.V. Litvinov, K.F. Rabe, P.S. Hiemstra // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. - 2004. - V. 30. - P. 193-201.

252. Holterman, D.A. Overexpression of alpha-defensin is associated with bladder cancer invasiveness / D.A. Holterman, J.I. Diaz, P.F. Blackmore, J.W. Davis, P.F. Schellhammer, A. Corica, O.J. Semmes, A. Vlahou // Urol. Oncol. -2006. - V. 24. - P. 97-108.

253. Lee, H.W. Alpha-smooth muscle actin (ACTA2) is required for metastatic potential of human lung adenocarcinoma / H.W. Lee, Y.M. Park, S.J. Lee, H.J. Cho, D.H. Kim, J.I. Lee, M.S. Kang, H.J. Seol, Y.M. Shim, D.H. Nam // Clin.

Cancer Res. - 2013. - V. 19. - P. 5879-5889.

254. Sahai E. Mechanisms of cancer cell invasion / E. Sahai // Curr. Opin. Genet. Dev. - 2005. - V. 15. - P. 87-96.

255. Kim, Y. The role of peroxiredoxin family in cancer signaling / Y. Kim, H. H. Jang //Journal of cancer prevention. - 2019. - T. 24. - №. 2. - C. 65

256. L. Peng, L. The critical role of peroxiredoxin-2 in colon cancer stem cells / Peng //Aging (Albany NY). - 2021. - T. 13. - №. 8. - C. 11170

257. Trewhella, J. Small-angle scattering and 3D structure interpretation / J. Trewhella // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2016. - V. 40. - P. 1-7.

258. Morozov, D. The role of MyPP and molecular simulations in 3D structure elucidation of a DNA aptamer against lung cancer / D. Morozov, V. Mironov, R.V. Moryachkov, I.A. Shchugoreva, P.A. Artyushenko, G.S. Zamay, O.S. Kolovskaya, T.N. Zamay, A.V. Krat, D.S. Molodenskiy, V.N. Zabluda, D.V. Veprintsev, A.E. Sokolov, R.A. Zukov, M.V. Berezovski, F.N. Tomilin, D.G. Fedorov, Y. Alexeev, A.S. Kichkailo // Mol Ther Nucleic acid. - 2021. - V.25. -P. 316-327

259. Trewhella, J. Small-angle scattering and 3D structure interpretation / J. Trewhella // Curr. Opin. Struct. Biol. - V. 40. - P. 1-7.

260. Wehbe M / Switchable aptamers for biosensing and bioseparation of viruses (SwAps-V) / M. Wehbe, M. Labib, D. Muharemagic, A.S. Zamay, M.V. Berezovski // Biosens Bioelectron. - 2015. - V. 67. - P. 280-286.

261. Tothill, I.E. Biosensors for cancer markers diagnosis / I.E. Tothill // Semin. Cell Dev. Biol. - 2009. - V. 20. - P. 55-62.

262. Mumbarkar, P. Significance of tumor markers in lung cancer / P. Mumbarkar, A.S. Raste, M.S. Ghadge // J. Clinical Biochemistry. - 2006. - V. 21. - P. 173-176.

263. Lehtiö, J. Lung cancer proteomics, clinical and technological considerations / J. Lehtiö, L. De Petris // J. Proteomics. - 2010. - V. 73. - P. 1851-1863.

264. Li, L. Aptamer biosensor for label-free square-wave voltammetry detection of angiogenin / L. Li, H. Zhao, Z. Chen, X. Mu, L. Guo // Biosens. Bioelectron. -2011. - V. 30. - P. 261-266.

265. Xiao, Y. Label-Free Electronic Detection of Thrombin in Blood Serum by Using an Aptamer-Based Sensor / Y. Xiao, A.A. Lubin, A.J. Heeger, K.W. Plaxco // Angew. Chem. Int. Ed. - 2005. - V. 44. - P. 5456-5459.

266. Zamay, G.S. Electrochemical aptasensor for lung cancer-related protein detection in crude blood plasma samples / G.S. Zamay, T.N. Zamay, V.A. Kolovskii, A.V. Shabanov, Y.E. Glazyrin, D.V. Veprintsev, A.V. Krat, S.S. Zamay, O.S. Kolovskaya, A. Gargaun, A.E. Sokolov, A.A. Modestov, I.P. Artyukhov, N.V. Chesnokov, M.M. Petrova, M.V. Berezovski, A.S. Zamay // Scientific Reports. - 2016. - V. 6. - P. 34350.

267. Tkach, M. Why the need and how to approach the functional diversity of extracellular vesicles / M. Tkach, J. Kowal, C. Thery // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. - 2018. - V. 373. - P. 20160479.

268. Colombo, M. Biogenesis, Secretion, and Intercellular Interactions of Exosomes and Other Extracellular Vesicles / M. Colombo, G. Raposo, C. Thery // Annu Rev Cell Dev Bi. - 2014. - V. 30. - P. 255-289.

269. Zijlstra, A. Size matters in nanoscale communication / A. Zijlstra, D. Di Vizio // Nat Cell Biol. - 2018. - V. 20. - P. 228-230.

270. Zhang, Y. Exosomes: biogenesis, biologic function and clinical potential / Y. Zhang, Y. Liu, H. Liu, W.H. Tang // Cell Biosci. - 2019. - V. 9. - P. 194.

271. Rodrigues, M. Role of Extracellular Vesicles in Viral and Bacterial Infections: Pathogenesis, Diagnostics, and Therapeutics / M. Rodrigues, J. Fan, C. Lyon, M. Wan, Y. Hu // Theranostics. - 2018. - V. 8. - P. 2709-2721.

272. Shao, H. New Technologies for Analysis of Extracellular Vesicles / H. Shao, R. Weissleder, H. Lee, H. Im, C.M. Castro, X. Breakefield // Chem Rev. -2018. - V. 118, P. 1917-1950.

273. Skotland, T. Lipids in exosomes: Current knowledge and the way forward / T. Skotland, K. Sandvig, A. Llorente // Prog Lipid Res. - 2017. - V. 66. - P. 3041.

274. Jiang, L. Exosomes: Diagnostic Biomarkers and Therapeutic Delivery Vehicles for Cancer / L. Jiang, Y. Gu, Y. Du, J. Liu // Mol Pharm. - 2019. - V. 16. - P. 3333-3349.

234

БЛАГОДАРНОСТИ

Выражаю искреннюю благодарность нашему творческому коллективу, без постоянной помощи и поддержки которого эта работа не могла бы состояться. Особой признательностью хотелось бы отметить:

• профессора Университета Оттавы Березовского Максима Валентиновича за помощью в секвенировании и синтезе аптамеров;

• врача-онколога Красноярского Краевого Клинического Онкологического Диспансера им. А.И. Крыжановского Крата А.В. за плодотворное сотрудничество;

• Глазырина Ю.Е. за проведение масс-спектрометрических исследований;

• Морячкова Р.В., Артюшенко П.В., Щугореву И.А. за исследование третичной структуры аптамеров.

Работа выполненена при финансовой поддержке:

• Министерства здравоохранения Российской Федерации и Министерства образования и науки Российской Федерации в рамках Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы» (Государственный контракт № 16.512.11.2090).

• Министерства образования и науки Российской Федерации (Государственный контракт № 14.604.21.0105) в рамках ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014 - 2020 годы».

• Министерства здравоохранения Российской Федерации (Государственное задание Министерства здравоохранения REYC-2023-0012).

• ЦКП МКТ КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого Минздрава России.