Исследование локуса гена ВС200 РНК в геноме человека и полуобезьян тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Курышев, Владимир Юрьевич

• Курышев, Владимир Юрьевич
• кандидат биологических наук
• 2001

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Курышев, Владимир Юрьевич

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР.

Повторяющиеся элементы генома и их значение для эволюционной (молекулярной) систематики.

Классификация повторов.

Две модели эволюции SINE.

Динамика инсерций SINE.

Alu-повторы.

A/w-элемент как повторяющаяся ДНК.

Происхождение Л/и-повторов.

Эволюция /Ш-повторов.

Предполагаемые функции А/и-повторов.

Ген ВС200 и этапы его изучения.

Открытие ВС1 и ВС200 РНК, особенности их структуры.

Эволюционная консервативность ВС1 и ВС200.

Нейроспецифическая экспрессия генов ВС1 и ВС200.

Предполагаемые функции ВС1 и ВС200 РНК.

Регуляция транскрипции ВС1 и ВС200.

Оценка времени интеграции предшественника гена ВС200 и альтернативные гипотезы эволюции приматов.

Когда ген ВС200 стал транскрибироваться?.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

Источники животных тканей.

Источник геномной ДНК и фаговых геномных клонотек.

Методы молекулярного клонирования, трансформации бактериальных клеток и выделения плазмидной ДНК.

Скрининг геномных клонотек.

ПЦР амплификация и выделение геномных клонов.

Выделение фаговой ДНК в мини-количествах.

Сиквенирование.

Нозерн-гибридизация.

Компьютерный анализ.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

Выделение и сиквенирование локуса гена ВС200 из геномов трёх полуобезьян и человека.

Нуклеотидная последовательность локуса ВС200 и филогения приматов.

Отсутствие гена ВС200 в геномах полуобезьян.

Распределение повторяющихся элементов в локусе ВС200.

Построение филогенетического дерева для Рга&тН и человека методом молекулярных часов.

Повторяющиеся элементы и филогения приматов.

Неизвестные" последовательности и гипотезы их происхождения. 49 Новые консенсусные последовательности для А/и-повторов полуобезьян.

Повторяющиеся элементы как временные маркёры для установления филогенетических отношений среди приматов.

Ген ВС200 и димерные А1и-повторы гапаго и лемура - результат двух независимых ретропозонных событий.

Тканеспецифическая экспрессия А1и-повтора, интегрированного в локус ВС200 у галаго.

Ген ВС200 - активный мастер-ген для мономерных А1и-элементов.

Поиск гомологов гена ВС200.

Ретропозонные копии ВС200 или История гена, отражённая в его ретрогенах.

Сходство нуклеотидных последовательностей активных генов ВС200 высших приматов с ретропозонами ВС200 у человека.

Как мог бы выглядеть предшественник гена ВС200?.

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Курышев, Владимир Юрьевич

ВЫВОДЫ

1. Клонированы и определены нуклеотидные последовательности протяжённых фрагментов геномной ДНК, соответствующих локусу гена ВС200 у человека, галаго, лемура и долгопята. Новые нуклеотидные последовательности введены в базу данных ОепеВапк.

2. С помощью аналитических компьютерных программ проведено сопоставление исследуемых нуклеотидных последовательностей и установлена общая геномная организация локуса ВС200 предполагаемого предка приматов.

3. В результате анализа выравненных нуклеотидных последовательностей установлено, что ген ВС200 отсутствует в геномах исследуемых полуобезьян (Рга&тН) и является специфичным для высших приматов. Таким образом, выяснено приблизительное время возникновения этого гена, соответствующее периоду после эволюционного расхождения полуобезьян и высших приматов, но до начала дивергенции последних, т.е. около 35-55 млн. лет назад.

4. Проведён сравнительный анализ последовательностей гена ВС200 и димерного /4/и-повтора, обнаруженного в ортологичном сайте у галаго и лемура. Методом диагностических мутаций показано, что мономер ВС200 и /4/и-димеры полуобезьян имеют различное происхождение и были образованы в результате независимой интеграции соответствующих ретроэлементов. Таким образом, локус ВС200 приматов может быть охарактеризован как "горячая точка" для ретропозиции.

5. Применив два независимых подхода в эволюционном анализе локуса ВС200, мы показали преимущество использования повторяющихся элементов7 как временных маркёров эволюции для установления филогенетических связей близкородственных видов. В результате получены дополнительные доказательства принадлежности долгопята к группе Haplorhini (человекоподобные обезьяны), а не к Strepsirhini (лемуроподобные и лориевые обезьяны).

6. Путём сравнительного анализа нуклеотидных последовательностей повторов, обнаруженных в локусе гена ВС200, идентифицированы новые специфичные для полуобезьян A/u-подобные повторяющиеся элементы. Построенные их консенсусные последовательности введены в базу данных повторов Repbase.

7. В результате поиска гомологов гена ВС200 в современных базах данных идентифицированы более 200 его ретропозонных копий. Таким образом,показано, что ген ВС200 является мастер-геном для отдельного подсемейства мономерных А/и-повторов.

8. Анализ транскрипционной активности A/u-повторов, обнаруженных у Strepsirhini в сайте, ортологичном району локализации гена ВС200 у человека, позволил предположить, что соответствующий локус обладает эволюционно консервативными регуляторными элементами, способными поддерживать нейроспецифическую транскрипцию РНК-полимеразы III.

БЛАГОДАРНОСТИ

Прежде всего, я хотел бы выразить свою глубокую признательность моим двум руководителям, профессору Университета города Мюнстера, Юргену Брозиусу, за предложенную интересную тему диссертационной работы, постоянное и живое участие в обсуждении её результатов, и доктору биологических наук, Андрею Петровичу Перевозчикову, чья молекулярно-генетическая школа позволила мне без особых проблем адаптироваться в условиях зарубежной лаборатории, а врождённое качество учителя и дружеская поддержка неоднократно помогали мне в разрешении спорных как научных, так и методических вопросов, возникавших в процессе выполнения и написания диссертации.

Хочу выразить свою благодарность Джерзи Юрка и Полу Клоновскому за первые уроки по основам биоинформатики и постоянное курирование по всем вопросам, касающимся компьютерного анализа нуклеотидных последовательностей, Борису Скрябину за помощь на самых первых этапах экспериментальной работы и в освоении методов сиквенирования и скринирования геномных клонотек.

Особую благодарность мне хочетвся выразить всем моим друзьям, кто создал ту удивительную полную энтузиазма и творчества атмосферу, в которой мне посчастливилось выполнять данную работу. Среди них Евгений Воробьёв, чьи идеи нашли отражение в данной рукописи и легли в основу самых интригующих результатов этой работы, Тимофей Рождественский, оказавший своевременную помощь и принявший непосредственное участие в экспериментах с РНК, результаты которых существенно обогатили экспериментальную часть диссертации, Александр Кондрашов и Карстен Раабе, ставшие моими постоянными аппонентами в чрезвычайно интересных и плодотворных дис^кусиях на различных этапах экспериментальной и теоретической части работы, Валентина Суконина и Александр Людвиг, без чьих рук и дружеской поддержки было бы крайне сложно преодолеть рутину сиквенирования и скрининга геномной клонотеки долгопята. Я крайне признателен Инне Чирковой, Елене Карповой, Арине Дзенискевич, Андрею Кропотову, Сергею Орлову и моей маме за непростой труд по прочтению и коррекции рукописи, Геннадию Чуракову и Андрею Головину за техническую поддержку при оформлении печатного варианта диссертации.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Курышев, Владимир Юрьевич, 2001 год

1. Altschul, S.F., et al., Basic local alignment search tool. J Mol Biol, 1990. 215(3): p. 403-410.

2. Bailey, A.D. and C.K. Shen, Sequential insertion of Alu family repeats into specific genomic sites of higher primates. Proc Natl Acad Sci U S A, 1993. 90(1): p. 7205-7209.

3. Batzer, M.A., et al., Standardized nomenclature for Alu repeats. J Mol Evol, 1996. 42(1): p. 3-6.

4. Baxendale, S., et al., Comparative sequence analysis of the human and pufferfish Huntington's disease genes. Nat Genet, 1995. 10(1): p. 67-76.

5. Bird, A.P., CpG-rich islands and the function of DNA methylation. Nature, 1986. 321(6067): p. 209-213.

6. Britten, R.J., Cases of ancient mobile element DNA insertions that now affect gene regulation. Mol Phylogenet Evol, 1996. 5(1): p. 13-17.

7. Britten, R.J., DNA sequence insertion and evolutionary variation in gene regulation. Proc Natl Acad Sci USA, 1996. 93: p. 9374-9377.

8. Britten, R.J., Evidence that most human Alu sequences were inserted in a process that ceased about 30 million years ago. Proc Natl Acad Sci USA, 1994. 91(13): p. 6148-6150.

9. Brosius, J., RNAs from all categories generate retrosequences that may be exapted as novel genes or regulatory elements. Gene, 1999. 238: p. 115-134.

10. Brosius, J. and H. Tiedge, Reverse transcriptase: mediator of genomic plasticity. Virus Genes, 1995. 11(2-3): p. 163-179.

11. Burgin, K.E., et al., In situ hybridization histochemistry of Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase in developing rat brain. J Neurosci, 1990. 10(6): p. 1788-98.

12. Cheng, J.G., H. "Hedge, and J. Brosius, Expression of dendritic BC200 RNA, component of a 11.4S ribonucleoprotein particle, is conserved in humans and simians. Neurosci Lett, 1997. 224(3): p. 206-10.

13. Cheng, J.G., H. Tiedge, and J. Brosius, Identification and characterization of BC1 RNP particles. DNA Cell Biol, 1996. 15(7): p. 549-59.

14. Culotta, E., A new take on anthropoid origins. Science, 1992. 256: p. 1516-1517.

15. Daniels, G.R. and P.L. Deininger, Characterization of a third major SINE family of repetitive sequences in the galago genome. Nucleic Acids Res, 1991. 19: p. 1649-1656.

16. Daniels, G.R. and P.L. Deininger, Repeat sequence families derived from mammalian tRNA genes. Nature, 1985. 317(6040): p. 819-822.

17. Daniels, G.R. and P.L. Deininger, A second major class of Alu family repeated DNA sequences in a primate genome. Nucleic Acids Res, 1983. 11(21): p. 7595-7610.

18. DeChiara, T.M. and J. Brosius, Neural BC1 RNA: cDNA clones reveal nonrepetitive sequence content published erratum appears in Proc Natl Acad Sci USA 1987 Jul;84(14):4895J. Proc Natl Acad Sci USA, 1987. 84(9): p. 2624-2628.

19. Deininger, P., in Mobile DNA, D. Berg and M. Howe, Editors. 1989, American Society of Microbiology: Washington, DC. p. 619-636.

20. Doolittle, W.F. and C. Sapienza, Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution. Nature, 1980. 284(5757): p. 601 -603.

21. Eickbush, T.H., Origin and evolutionary relationships of retroelements, in The Evolutionary biology of viruses, S.S. Morse, Editor. 1994, Raven Press: New York. p. 121-157.

22. Eickbush, T.H., Transposing without ends: the non-LTR retrotransposable elements. New Biol, 1992. 4(5): p. 430-40.

23. Faulkner, D.V. and J. Jurka, Multiple aligned sequence editor (MASE). Trends Biochem Sci, 1988. 13(8): p. 321-322.

24. Felsenstein, J., Phytogenies from molecular sequences: inference and reliability. Annu Rev Genet, 1988. 22: p. 521-65.

25. Fuhrman, S.A., et al., Analysis of transcription of the human Alu family ubiquitous repeating element by eukaryotic RNA polymerase III. Nucleic Acids Res, 1981. 9(23): p. 6439-56.

26. Garner, C.C., R.P. Tucker, and A. Matus, Selective localization of messenger RNA for cytoskeletal protein MAP2 in dendrites. Nature, 1988. 336(6200): p. 674-7.

27. Grandbastien, M.A., Retroelements in higher plants. Trends Genet, 1992. 8(3): p. 103-8.

28. Hamdi, H., et al., Origin and phylogenetic distribution of Alu DNA repeats: irreversible events in the evolution of primates. J Mol Biol, 1999. 289(4): p. 861-871.

29. Jurka, J., Origin and evolution of Alu repetitive elements, in The impact of short interspersed elements (SINEs) on the host genome, R. Maraia, Editor. 1995, R.G. Landes: Austin, TX. p. 25-41.

30. Jurka, J., Repbase update: a database and an electronic journal of repetitive elements In Process Citation. Trends Genet, 2000. 16(9): p. 418-420.

31. Jurka, J. and P. Klonowski, Integration of retroposable elements in mammals: selection of target sites letter. J Mol Evol, 1996. 43(6): p. 685-689.

32. Jurka, J., et al., CENSOR-a program for identification and elimination of repetitive elements from DNA sequences. Comput Chem, 1996. 20(1): p. 119-121.

33. Jurka, J. and A. Milosavljevic, Reconstruction and analysis of human Alu genes. J Mol Evol, 1991. 32(2): p. 105-121.

34. Jurka, J. and T. Smith, A fundamental division in the Alu family of repeated sequences. Proc Natl Acad Sci USA, 1988. 85(13): p. 47754778.

35. Jurka, J. and E. Zuckerkandl, Free left arms as precursor molecules in the evolution ofAlu sequences. J Mol Evol, 1991. 33: p. 49-56.

36. Kim, J., et al., Rodent BC1 RNA gene as a master gene for ID element amplification. Proc Natl Acad Sci USA, 1994. 91: p. 3607-3611.

37. Kimura, M., A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol, 1980. 16: p. 111-120.

38. Kobayashi, S., S. Goto, and K. Anzai, Brain-specific small RNA transcript of the identifier sequences is present as a 10 S ribonucleoprotein particle. J Biol Chem, 1991. 266(8): p. 4726-30.

39. Korenberg, J.R. and M.C. Rykowski, Human genome organization: Alu, lines, and the molecular structure of metaphase chromosome bands. Cell, 1988. 53(3): p. 391-400.

40. Kumar, S., et al., MEGA2: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software. 2001, Bioinformatics.

41. Kuryshev, V.Y., et al., Birth of a Gene: Locus of Neuronal BC200 snmRNA in Three Prosimians and Human BC200 Pseudogenes as Archives of Change in the Anthropoidea Lineage. J Mol Biol, 2001. 309: p. 1049-1066.

42. Labuda, D. and E. Zietkiewicz, Evolution of secondary structure in the family of 7SL-like RNAs. J Mol Evol, 1994. 39(5): p. 506-18.

43. Leeflang, E.P., et al., Phylogenetic evidence for multiple Alu source genes. J Mol Evol, 1992. 35(1): p. 7-16.

44. Luan, D.D., et al., Reverse transcription of R2Bm RNA is primed by a nick at the chromosomal target site: a mechanism for non-LTR retrotransposition. Cell, 1993. 72(4): p. 595-605.

45. Martignetti, J.A. and J. Brosius, BC1 RNA: transcriptional analysis of a neural cell-specific RNA polymerase III transcript. Mol Cell Biol, 1995. 15: p. 1642-1650.

46. Martignetti, J.A. and J. Brosius, BC200 RNA: a neural RNA polymerase III product encoded by a monomelic Alu element. Proc Natl Acad Sci U S A, 1993. 90(24): p. 11563-11567.

47. Martignetti, J.A. and J. Brosius, Neural BC1 RNA as an evolutionary marker: guinea pig remains a rodent. Proc Natl Acad Sci USA, 1993. 90: p. 9698-9702.

48. Matera, A.G., U. Hellmann, and C.W. Schmid, A transpositionally and transcriptionally competent Alu subfamily. Mol Cell Biol, 1990. 10(10): p. 5424-32.

49. McKinnon, R.D., et al., Expression of small cytoplasmic transcripts of the rat identifier element in vivo and in cultured cells. Mol Cell Biol, 1987. 7(6): p. 2148-2154.

50. McPhee, R.D.E. and M. Cartmiil, Basicranial structures and primate systematics, in Comparative Primate Biology, D.R. Swindler and J. Erwin, Editors. 1986, Liss: NY. p. 219-275.

51. Mighell, A.J., A.F. Markham, and P.A. Robinson, Alu sequences. FEBS Lett, 1997. 417(1): p. 1-5.

52. Morgan, R.O. and M.P. Fernandez, A BC200-derived element and Z-DNA as structural markers in annexin I genes: relevance to Alu evolution and annexin tetrad formation. J Mol Evol, 1995. 41(6): p. 979985.

53. Morgenstern, B., DIALIGN 2: improvement of the segment-to-segment approach to multiple sequence alignment. Bioinformatics, 1999. 15(3): p. 211-218.

54. Murata, S., et al., Determination of the phylogenetic relationships among Pacific salmonids by using short interspersed elements (SINEs) as temporal landmarks of evolution. Proc Natl Acad Sci U S A, 1993. 90(15): p. 6995-9.

55. Nicholas, K.B., and H. B. Nicholas Jr., GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence aligment. 1997.

56. Nicholas, K.B., Nicholas H.B. Jr., and Deerfield, D.W., GeneDoc: Analysis and Visualization of Genetic Variation. EMBNEW.NEWS, 1997. 4(14).

57. Ohshima, K., et al., The 3' ends of tRNA-derived short interspersed repetitive elements are derived from the 3' ends of long interspersed repetitive elements. Mol Cell Biol, 1996.16(7): p. 3756-64.

58. Okada, N., SINE: short interspersed repeated elements of eukaryotic genome. TREE, 1991. 6: p. 358-361.

59. Okada, N„ SINEs. Curr Opin Genet Dev, 1991.1(4): p. 498-504.

60. Okada, N., et al., SINEs and LINEs share common 3' sequences: a review. Gene, 1997. 205(1-2): p. 229-43.

61. Okada, N. and K. Ohshima, Evolution of tRNA-derived SINEs, in The impact of short interspersed elements (SINEs) on the host genome, R. Maraia, Editor. 1995, R.G. Landes: Austin, TX. p. 62-79.

62. Orgel, L.E., F.H. Crick, and C. Sapienza, Selfish DNA. Nature, 1980. 288(5792): p. 645-646.

63. Patterson, C., Homology in classical and molecular biology. Mol Biol Evol, 1988. 5(6): p. 603-25.

64. Quentin, Y., Emergence of master sequences in families of retroposons derived from 7sl RNA. Genetica, 1994. 93(1-3): p. 203215.

65. Quentin, Y., Fusion of a free left Alu monomer and a free right Alu monomer at the origin of the Alu family in the primate genomes. Nucleic Acids Res, 1992. 20(3): p. 487-493.

66. Quentin, Y., Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. Nucleic Acids Res, 1992. 20(13): p. 3397-3401.

67. Quentin, Y., Successive waves of fixation of B1 variants in rodent lineage history. J Mol Evol, 1989. 28(4): p. 299-305.

68. Rao, A. and O. Steward, Evidence that protein constituents of postsynaptic membrane specializations are locally synthesized:analysis of proteins synthesized within synaptosomes. J Neurosci, 1991. 11(9): p. 2881-95.

69. Renwick, P.J., A.J. Birley, and M.A. Hulten, Study of Alu sequences at the hypoxanthine phosphoribosyltransferase (hprt) encoding region of man. Gene, 1997. 184(2): p. 155-162.

70. Rogers, J., Retroposons defined. Nature, 1983. 301(5900): p. 460.

71. Ross, C., B. Williams, and R.F. Kay, Phylogenetic analysis of anthropoid relationships. J Hum Evol, 1998. 35: p. 221-306.

72. Ryan, S.C. and A. Dugaiczyk, Newly arisen DNA repeats in primate phytogeny. Proc Natl Acad Sci USA, 1989. 86: p. 9360-9364.

73. Saitou, N. and M. Nei, The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol, 1987. 4(4): p. 406425.

74. Sakamoto, K. and N. Okada, Rodent type 2 Alu family, rat identifier sequence, rabbit C family, and bovine or goat 73-bp repeat may have evolved from tRNA genes. J Mol Evol, 1985. 22(2): p. 134-40.

75. Sambrook, J., E. Fritsch, and T. Maniatis, Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2nd ed. 1989, NY: Cold Spring Harbor Laboratory.

76. Sapienza, C. and B. St-Jacques, 'Brain-specific' transcription and evolution of the identifier sequence. Nature, 1986. 319(6052): p. 418420.

77. Schmid, C. and R. Maraia, Transcriptional regulation and transpositional selection of active SINE sequences. Curr Opin Genet Dev, 1992. 2(6): p. 874-82.

78. Schmid, C.W., Alu: structure, origin, evolution, significance and function of one- tenth of human DNA. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol, 1996. 53: p. 283-319.

79. Shaikh, T.H. and P.L. Deininger, The role and amplification of the HS Alu subfamily founder gene. J Mol Evol, 1996. 42(1): p. 15-21.

80. Shedloclc, A.M. and N. Okada, SINE insertions: powerful tools for molecular systematics. Bioessays, 2000. 22: p. 148-160.

81. Shen, M.R., M.A. Batzer, and P.L. Deininger, Evolution of the master Alu gene(s). J Mol Evol, 1991. 33(4): p. 311-20.

82. Shoshani, J., et al., Primate phylogeny: morphological vs. molecular results. Mol Phylogenet Evol, 1996. 5(1): p. 102-154.

83. Singer, M. and P. Berg, Genes and genomes. 1991, Mill Valley, CA: University Science Books.

84. Skryabin, B.V., et al., The BC200 RNA gene and its neural expression are conserved in Anthropoidea (Primates). J Mol Evol, 1998. 47(6): p. 677-685.

85. Smit, A.F. and A.D. Riggs, MIRs are classic, tRNA-derived SINEs that amplified before the mammalian radiation. Nucleic Acids Res, 1995. 23(1): p. 98-102.

86. Smit, A.F., et al., Ancestral, mammalian-wide subfamilies of LINE-1 repetitive sequences. J Mol Biol, 1995. 246(3): p. 401-417.

87. Smit, A.F.A. and P. Green, RepeatMasker. 1996.

88. Steward, O. and P.M. Falk, Protein-synthetic machinery at postsynaptic sites during synaptogenesis: a quantitative study of the association between polyribosomes and developing synapses. J Neurosci, 1986. 6(2): p. 412-23.

89. Steward, O. and W.B. Levy, Preferential localization of polyribosomes under the base of dendritic spines in granule cells of the dentate gyrus. J Neurosci, 1982. 2(3): p. 284-91.

90. Sutcliffe, J.G., et al., Common 82-nucleotide sequence unique to brain RNA. Proc Natl Acad Sci USA, 1982. 79(16): p. 4942-4946.

91. Sutcliffe, J.G., et al., Identifier sequences are transcribed specifically in brain. Nature, 1984. 308(5956): p. 237-41.

92. Tatusova, T.A. and T.L. Madden, BLAST 2 Sequences, a new tool for comparing protein and nucleotide sequences published erratum appears in FEMS Microbiol Lett 1999 Aug 1;177(1):187-8. FEMS Microbiol Lett, 1999. 174(2): p. 247-250.

93. Tiedge, H., W. Chen, and J. Brosius, Primary structure, neural-specific expression, and dendritic location of human BC200 RNA. J Neurosci, 1993. 13(6): p. 2382-2390.

94. Tiedge, H., et al., Dendritic location of neural BC1 RNA. Proc Natl Acad Sci U S A, 1991. 88: p. 2093-2097.

95. Torre, E.R. and O. Steward, Demonstration of local protein synthesis within dendrites using a new cell culture system that permits the isolation of living axons and dendrites from their cell bodies. J Neurosci, 1992. 12(3): p. 762-72.

96. Ullu, E. and C. Tschudi, Alu sequences are processed 7SL RNA genes. Nature, 1984. 312(5990): p. 171-172.

97. Ullu, E. and A.M. Weiner, Human genes and pseudogenes for the 7SL RNA component of signal recognition particle. Embo J, 1984. 3(13): p. 3303-10.

98. Varmus, H.E., Reverse transcription in bacteria. Cell, 1989. 56(5): p. 721-724.

99. Venter, J.C., et al., The sequence of the human genome. Science, 2001. 291(5507): p. 1304-51.

100. Walter, P. and G. Blobel, Signal recognition particle contains a 7S RNA essential for protein translocation across the endoplasmic reticulum. Nature, 1982. 299(5885): p. 691-8.

101. Watson, J.B. and J.G. Sutcliffe, Primate brain-specific cytoplasmic transcript of the Alu repeat family. Mol Cell Biol, 1987. 7(9): p. 33243327.

102. Weiner, A.M., P.L. Deininger, and A. Efstratiadis, Nonviralretroposons: genes, pseudogenes, and transposable elements generated by the reverse flow of genetic information. Annu Rev Biochem, 1986. 55: p. 631-61.

103. Zietkiewicz, E., C. Richer, and D. Labuda, Phylogenetic affinities of tarsier in the context of primate Alu repeats. Mol Phylogenet Evol, 1999. 11(1): p. 77-83.

104. Zietkiewicz, E., et al., Monophyletic origin of Alu elements in primates. J Mol Evol, 1998. 47: p. 172-182.

105. Zwieb, C. and N. Larsen, The signal recognition particle (SRP) database. Nucleic Acids Res, 1992. 20 Suppl: p. 2207.