Характеристика связывания Ku белка с Alu-повторами и их транскриптами тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.25, кандидат биологических наук Лукьянов, Дмитрий Валерьевич

• Лукьянов, Дмитрий Валерьевич
• кандидат биологических наук
• 2002

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Лукьянов, Дмитрий Валерьевич

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Цели и задачи исследования

Основные положения, выносимые на защиту

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. История открытия Alu семейства повторов

2. Структура Alu-повторов

3. Эволюция Alu-повторов

4. Механизм ретропозиции Alu-повторов

4.1 Транскрипция

4.2 Обратная транскрипция

4.3 Интеграция

5. РНК Alu-повторов

6. Предполагаемые функции Alu-повторов

7. Белки, специфически взаимодействующие с ДНК Alu-повторов 27 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. ДНК, плазмиды, олигонуклеотиды

2. Выделение ядер и получение ядерного экстракта

3. Ионообменная хроматография белков и гель-фильтрация

4. Аффинная очистка белков

5. Электрофоретическое разделение белков и их окрашивание в геле

6. Метод торможения в геле (ретардация)

7. Инкубация белков на нитроцеллюлозе с меченой ДНК (Саузвестерн блот)

8. Получение антител против Alu-белковых комплексов

9. Иммуноблот (Вестерн блот)

10. Непрямое иммунофлуоресцентное окрашивание культуры клеток

11. Иммуноэлектронная микроскопия 39 РЕЗУЛЬТАТЫ

1. Выявление белков, специфически связывающих Alu-повторы

2. Получение антител на Alu-связывающий белок р

3. Идентификация Alu-связывающего белка с молекулярной массой 68 кДа (р68)

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Характеристика связывания Ku белка с Alu-повторами и их транскриптами»

Структурно-функциональная организация генома эукариот является одной из наиболее интенсивно изучаемых областей современной биологии. К настоящему моменту полностью секвенированы геномы Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogaster, Ceanarabditis elegans, а в ближайшем будущем будет завершено секвенирование генома человека (Venter et al, 2001). Накопленные данные позволяют определить кодирующие гены того или иного организма и значительно приблизиться к пониманию их функционирования. Однако большую часть геномов эукариот (свыше 95%) составляет ДНК, не кодирующая никаких белков.

Значительную часть некодирующей ДНК в геномах высших эукариот, до 50% всего генома, составляют последовательности, повторяющиеся в геноме много раз. По своим структурным особенностям они были классифицированы на два главных типа повторяющихся ДНК последовательностей - тандемные повторы, расположенные друг за другом, и рассеянные по геному повторы. К первым относятся микросателлиты, минисателлиты, сателлиты и теломеры, а ко вторым - SINE (Short Interspersed Nuclear Elements) и LINE (Long Interspersed Nuclear Elements). Наиболее изученным классом повторов являются теломерные повторы, представленные в большинстве эукариотов в виде тандемных повторов и в виде ретротранспозонов у Drosophila melanogaster на концах хромосом (Kipling, 1995). Они необходимы для поддержания целостности хромосом в процессе репликации и являются необходимыми для жизни клеток. Роль сателлитных повторов ДНК, по-видимому, заключается в структурной организации центромерных районов хромосом (Manuelidis, 1978). Функциональное значение SINE и LINE семейств повтрояющейся ДНК до сих пор остается неизвестным.

В геноме человека самым многочисленным семейством повторяющейся ДНК является Alu семейство повторов, которое относится к классу SINE (Deininger, 1989). Представителей этого семейства так много, что они встречаются практически в каждом гене, в его интронах и нетранскрибируемых 5' и 3' областях. Около 1 ООО ООО копий Alu-повторов в клетке человека составляют примерно 10% его генома (Venter et al, 2001). Несмотря на потрясающие успехи программы "Геном человека" по секвенированию всего генома, значение в организации и функционировании его 10%, занимаемых Alu семейством, остается неизвестным и вряд ли будет понято в результате этой программы. Анализ нуклеотидных последовательностей Alu-повторов позволил их классифицировать и проследить эволюционное развитие (Batzer et al, 1996), однако не может ответить на самые главные вопросы - почему их так много в геноме и зачем они нужны клетке. Необходимы новые подходы к решению данной проблемы.

Alu семейство является примером наиболее успешного класса диспергированных повторяющихся последовательностей ДНК по числу копий и скорости размножения в геномах приматов (Deininger, 1989). Это предполагает существование эффективного механизма размножения в клетке, детали которого остаются неизвестными. Помимо этого, у Alu-повторов предполагают существование, возможно, пока неизвестной функциональной нагрузки, которая позволяет быстро фиксироваться новым копиям в геноме.

Концепция эгоистической ДНК (Orgell, Crick, 1980; Doolittle, Sapienza, 1980), к которой относили и Alu-повторы, становится все более и более неудовлетворительной в связи с накоплением новых экспериментальных данных. К настоящему моменту имеется ряд предположений о возможных функциях Alu: регуляция транскрипции близлежащих генов, организация структуры хроматина, геномные перестройки, геномный импринтинг; кодируют Alu РНК, функции которой также пока неизвестны и могут быть разнообразны (Deininger, 1989; Mighell et ей, 1997). Все эти предположения имеют косвенные экспериментальные подтверждения. Не исключено, что в будущем будут выдвинуты новые гипотезы о функции Alu-повторов в клетке.

Сиквенс-специфические ДНК связывающие белки участвуют в реализации информации, закодированной в молекуле ДНК. Поэтому, можно ожидать, что изучение Alu-связывающих белков позволит приблизиться к пониманию роли самих Alu-повторов, а также процесса их размножения, включающего транскрипцию, обратную транскрипцию и интеграцию новой копии в геном.

Представленная работа посвящена поиску и идентификации белков, специфически связывающих ДНК Alu-повторов. Она является продолжением работы, начатой Перелыгиной с соавторами (1987), показавших существование таких белков.

Цели и задачи исследования

Целью настоящей работы являлось выявление и идентификация белков нуклеоплазмы, специфически связывающих ДНК Alu-повторов человека. Для ее достижения были поставлены следующие задачи:

1. Выявить Alu-связывающий белок (белки) в нуклеоплазме. Разработать метод его частичной очистки с помощью ионнообменной хроматографии, а также метод аффинной очистки белка.

2. Определить молекулярную массу белка (белков) с помощью электрофоретического разделения белков по Лэммли, а также гель-фильтрациии.

3. Определить сайт связывания белка в Alu-повторе.

4. Получить антитела на Alu-белковые комплексы и охарактеризовать их. Определить с их помощью локализацию белка в клетке.

5. Очистить Alu-связывающий белок до состояния, близкого к гомогенности, и в количествах, достаточных для его идентификации, и идентифицировать его.

6. Сравнить обнаруженный белок с ранее опубликованными Alu-связывающими белками.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Выявлен и идентифицирован белок, специфически связывающий ДНК Alu-повторов. Им является описанный ранее Ки аутоантиген.

2. Доказано его сайт-специфическое взаимодействие с определенным участком в Alu-повторе.

3. Ки белок входит в состав Alu РНК-содержащей рибонуклеопротеиновой частицы (аРНП). обзор литературы

Заключение диссертации по теме «Гистология, цитология, клеточная биология», Лукьянов, Дмитрий Валерьевич

выводы

1. Выявлен и идентифицирован Alu-связывающий белок - это Ku аутоантиген, состоящий из двух субъединиц Ки70 и Ки80.

2. Ku белок формирует мультимерный комплекс на Alu-повторе, связываясь сайт-специфично с участком, находящимся между А и В боксами промотора РНК полимеразы III.

3. Антитела, полученные на Alu-белковые комплексы, специфичны по отношению к белку Ки70. Иммунофлуоресцентное окрашивание выявляет в основном ядерную локализацию Ки70, причем преимущественно эухроматиновые регионы, что совпадает с локализацией Alu-повторов.

4. Ku белок входит в состав Alu РНК-содержащей рибонуклеопротеиновой частицы (аРНП), что показано биохимическими и морфологическими методами.

Автор благодарен Галине Федоровне Решетниковой за научное руководство и обучение основным экспериментальным методам на начальном этапе настоящей работы. Автор искренне признателен Маше Урусовой и Ксении Щербе за помощь и нетривиальные подходы в работе. Хотелось бы поблагодарить Игоря Чеснокова и Карла Шмида за обсуждение ими неопубликованных данных. Особую признательность автор выражает Александру Струнникову, предоставившему возможность поработать на современном оборудовании в его лаборатории.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Лукьянов, Дмитрий Валерьевич, 2002 год

1. Глебов O.K. 1989. Генетическая трансформация соматических клеток. Наука, Лен. Отд., Под ред. Юдина A.JL, 351 стр.

2. Дин П., Джонсон У., Мидл Ф. 1988. Аффинная хроматография. Методы, M., Мир, 240 стр.

3. Дольник А.В, Лукьянов Д.В., Енукашвилли Н.Е., Подгорная О.И. 2001. Локализация белков, специфически связывающихвысокоповторяющиеся последовательности в сперматозоиде человека. Цитология. 43:681-691.

4. Перелыгина Л.М., Томилин Н.В., Подгорная О.И. 1987. Некоторые характеристики белков из клеток HeLa, специфически связывающие Alu последовательность человека. Молек. биол. 21:1610-1619.

5. Плескач В.А., Илъкаева О.Р., Филатова И.В., Кожухарова И.В., Туроверова Л.В., Аточина И.М., Константинова КМ. 1999. Экспорт и поглощение просомоподобных РНП (аРНП) с иммуномодулирующей активностью в культурах клеток. ДАН. 365:700-703.

6. Allan М., Paul J. 1984. Transcription in vivo of an Alu family member upstream from the human e-globin gene. Nucl. Acids Res. 12:1193-1200.

7. Aravind L., and Koonin E. V. 2001. Prokaryotic homologs of the eukaryotic DNA-end-binding protein Ku, novel domains in the Ku protein and prediction of a prokaryotic double-strand break repair system. Genome Res. 11:1365-1374.

8. Babich V., Aksenov N., Alexeenko V., Oei S.L., Buchlow G., Tomilin N. 1999. Association of some potential hormone response elements in human genes with the Alu family repeats. Gene. 239: 341-349.

9. Batzer M.A., Deininger P.L., Hellmann-Blumberg U., Jurka J., Labuda D., Rubin C.M., Schmid C.W., Zietkiewicz E., Zuckerkandl E. 1996. Standardized nomenclature for Alu repeats. J. Mol. Evol. 42:3-6.

10. Belgrader P., Siegel A.J., Berezney R. 1991. A comprehensive study on the isolation and characterization of the HeLa S3 nuclear matrix. J. Cell. Sci. 98:281-291.

11. Besser D., Gotz F., Schulze-Forster K., Wagner H., Kroger H., Simon D. 1990. DNA methylation inhibits transcription by RNA polymerase III of a tRNA gene, but not of a 5S rRNA gene. FEBS Lett. 269:358-362.

12. Bogenhagen D.F., Sakonju S., and Brown D.D. 1980. A control region in the center of the 5S RNA gene directs specific initiation of transcription. II. The 3' border of the region. Cell. 19:27-35.

13. Bovia F., Strub K.J. 1996. The signal recognition particle and related small cytoplasmic ribonucleoprotein particles. Cell Science, 109, 2601-2608.

14. Bredford M.A. 1976. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. Anal. Biochem. 72:248-254.

15. Britten R.J. 1994. Evidence that most human Alu sequences were inserted in a process that ceased about 30 million years ago. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91:6148-6150.

16. Britten R.J, and Davidson E.H. 1969. Gene regulation for higher cells: a theory. Science. 165:349.

17. Busk H, Thomsen B, Bonven BJ, Kjeldsen E, Nielsen OF, Westergaard O. 1987. Preferential relaxation of supercoiled DNA containing a hexadecameric recognition sequence for topoisomerase I. Nature. 327:638-640.

18. Camara-Clayette V., Thomas D., Rahuel C., Barbey R., Cartron J.P., Bertrand O. 1999. The repressor which binds the -75 GATA motif of the GPB promoter contains Ku70 as the DNA binding subunit. Nucl. Acids Res. 27:1656-1663.

19. Chang D.Y., Hsu K., and Maraia R.J. 1996. Monomelic scAlu and nascent dimeric Alu RNAs induced by adenovirus are assembled into SRP9/14-containing RNPs in HeLa cells. Nucl. Acids Res. 24:4165-4170.

20. Chang D.Y., Nelson B., Bilyeu T., Hsu K., Darligton G.J., Maraia R.J. 1994. A human Alu RNA-binding protein whose expression is associated with accumulation of small cytoplasmic Alu RNA. Mol. Cell. Biol. 14:3949-3959.

21. Chen Y., Sinha K., Perumal K., Gu J., and Reddy R. 1998. Accurate 3' end processing and adenylation of Human Signal Recognition Particle RNA and Alu RNA in Vitro. J. Biol. Chem. 272:35023-35031.

22. Chesnokov I., Bozhkov V., Popov B., Tomilin N. 1991. Binding specificity of human nuclear protein interacting with the Alu-family DNA repeats. Biochem. Biophys. Res. Commun. 178:613-619.

23. Chesnokov I.N., Schmid C.W. 1995. Specific Alu binding protein from human sperm chromatin prevents DNA methylation. J. Biol. Chem. 270:1853918542.

24. Chesnokov I., Schmid C.W. 1996. Flanking sequences of an Alu source stimulate transcription in vitro by interacting with sequence-specific transcription factors. J. Mol. Evol. 42:30-36.

25. Chiang Y. & Vishwanaiha J.K. 1996. Characterization of the HeLa cell 35 kDa Alu-element binding protein. Mol. Cell. Biol. 155:131-138.

26. Chu W.M., Wang Z, Roeder R.G., Schmid C.W. 1997. RNA polymerase III transcription repressed by Rb through its interactions with TFIIIB and TFIIIC2. J. Biol. Chem. 272:14755-14761.

27. Cox G.S., Gutkin D.W., Haas M.J., Cosgrove D.E. 1998. Isolation of an Alu repetitive DNA binding protein and effect of CpG methylation on binding to its recognition sequence. Biochim. Biophys. Acta. 1396:67-87.

28. Deininger P.L. 1989. SINEs: Short Interspersed Repeated DNA Elements in Higher Eucaryotes. In Mobile DNA (Berg, D.E. & M.M. Howe, M.M., eds), pp. 619-636. American Society for Microbiology, Washington, DC.

29. Deininger P.L., Batzer M.A. 1999 Alu repeats and human disease. Mol. Genet. Met. 67:183-193.

30. Deininger PL., Batzer M.A., Hutchison C.A. 3rd, Edgell M.H. 1992 Master genes in mammalian repetitive DNA amplification. Trends Genet. 8:307-311.

31. Deininger P.L., Jolly DJ., Rubin C.M., Friedmann T., Schmid C.W. 1981. Base sequence studies of 300 nucleotide renatured repeated human DNA clones. J. Mol. Biol. 151:17-33.

32. Deininger P.L., Schmid C.W. 1976. An electron microscope study of the DNA sequence organization of the human genome. J. Mol. Biol. 106:773-790.

33. Deininger P.L., Schmid C.W. 1979 A study of the evolution of repeated DNA sequences in primates and the existence of a new class of repetitive sequences in primates. J. Mol. Biol. 127:437-460.

34. Doolittle W.F., Sapienza C. 1980. Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution. Nature. 284:601-603.

35. Downs J.A., and Jackson S. 1999. Involvement of DNA end-binding protein Ku in Ty element retrotransposition Mol. Cell. Biol. 19:6260-6268.

36. Dunn B., Seidman M., Bustin M. 1983. Specific binding of Alu sequence by HeLa nuclear extracts. Biochem. Biophys. Res. Comm. 117:378-384.

37. Englander KW, Wolffe A.P., Howard B.H. 1993. Nucleosome interactions with a human Alu element. Transcriptional repression and effects of template methylation. J. Biol. Chem. 268:19565-19573.

38. Featherstone C., Jackson S. P. 1999. Ku, a DNA repair protein with multiple cellular functions? Mutat. Res. 434:3-15.

39. Feng Q., Moran J.V., Kazazian H.H., and Boeke J.D. 1996. Human LI retrotransposon encodes a conserved endonuclease required for retrotransposition. Cell. 87:905-916.

40. Fewell J.W., and Kuff E.L. 1996. Intracellular redistribution of Ku immunoreactivity in response to cell-cell contact and growth modulating components in medium. J. Cell Sei. 109:1937-1946.

41. Frit P., Li R.Y., Arzel D„ Salles B., Calsou P. 2000. Ku entry into DNA inhibits inward DNA transactions in vitro. J. Biol. Chem. 275:35684-35691.

42. Fuhrman S.A., Deininger P.L., LaPorte P., Friedmann T., Geiduschek E.P. 1981. Analysis of transcription of the human Alu family ubiquitous repeating element by eukaryotic RNA polymerase III. Nucl. Acids Res. 9:6439-6456.

43. Giffin W., Torrance H., Rodda D.J., Prefontaine G.G., Pope L., Hache R.J. 1996. Sequence-specific DNA binding by Ku autoantigen and its effects on transcription. Nature. 380:265-268.

44. Gooderham K., and Jeppesen P. 1983. Chinese hamster metaphase chromosomes isolated under physiological conditions. A partial characterization of associated non-histone proteins and protein cores. Exp.Cell. Res. 144:1-14.

45. Goodier J.L. and Maraia R.J. 1998. Terminator-specific recycling of a Bl-Alu transcription complex by RNA polymerase III is mediated by the RNA terminus-binding protein La. J. Biol. Chem. 273:26110-26116.

46. Hahn S. 1992. The yin and yang of mammalian transcription. Curr. Biol. 2:152154.

47. Hellmann-Blumberg U., Hintz M.F., Gatewood J.M., Schmid C.W. 1993. Developmental differences in methylation of human Alu repeats. Mol. Cell. Biol. 13:4523-4530.

48. Higashiura M., Shimizu Y., Tanimoto M., Morita T., and Yagura T. 1992. Irnmunolocalization of Ku-proteins (p80/p70): localization of p70 to nucleoli and periphery of both interphase nuclei and Metaphase chromosomes. Exp. Cell. Res. 201:444-451.

49. Houck C.M., Rinehart F.P., Schmid C.W. 1979. A ubiquitous family of repeated DNA sequences in the human genome. J. Mol. Biol. 132:289-306.

50. Hsu K., Chang D.Y., Maraia R.J. 1995. Human signal recognition particle (SRP) Alu-associated protein also binds Alu interspersed repeat sequence RNAs. Characterization of human SRP9. J. Biol. Chem. 270: 10179-10186.

51. Humphrey G.W., Englander E.W., and Howard B.H. 1996. Specific binding sites for a pol III transcriptional repressor and pol II transcription factor YY1 within the internucleosomal spacer region in primate Alu repetitive elements. Gene Expr. 6:151-168.

52. Jagadeeswaran P., Forget B.G., and Weissman S.M. 1981. Short interspersed repetitive DNA elements in eucaryotes: transposable DNA elements generated by reverse transcription of RNA pol III transcripts? Cell. 26:141142.

53. Jeggo P.A., Taccioli G.E., Jackson S.P. 1995. Menage a trois: double strand break repair, V(D)J recombination and DNA-PK. BioEssays. 17:949-957.

54. Jelinek W.R., Leinward L. 1978. Low molecular weight RNAs hydrogen-bonded to nuclear and cytoplasmic poly(A)-terminated RNA from cultured Chinese hamster ovary cells. Cell. 15:205-214.

55. Jurka J. 1997. Sequence patterns indicate an enzymatic involvement in integration of mammalian retroposons. Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 94:18721877.

56. Jurka J., Klonowski P. 1996. Integration of retroposable elements in mammals: selection of targets sites. J. Mol. Biol. 43:685-689.

57. Jurka J., and Milosavljevic A. 1991. Reconstruction and analysis of human Alu genes. J. Mol. Evol. 32:105-121.

58. Jurka J., Zuckerkandl E. 1991. Free Left Arms as precursor molecules in the evolution of Alu sequences. J. Mol. Evol. 42:49-56.

59. Kaczmarski W., Khan S. A. 1993. Lupus autoantigen Ku protein binds HIV-1 TAR RNA in vitro. Biochem. Biophys. Res. Commun. 196:935-942.

60. Kapitonov V., Jurka J. 1996. The age of Alu subfamilies. J. Mol. Evol. 42:59-65.

61. Kaplan E.S., Murray J., Sylvester J.E., Gonzalez I.L., O'Connor P.J., Doering J.L., Muenke M., Emanuel B.S.&Zasloff M. 1993. The topographic organization of repetitive DNA in the human nucleolus. Genomics. 15:123132.

62. Kazakov VJ„ Tomilin N.V. 1996. Increased concentration of some transcription factor binding sites in human retroposons of the Alu family. Genetica. 97:1522.

63. Kim D., Ouyang H., Yang S.H., Nussenzweig A., Burgman PLi G.C. 1995. A constitutive heat shock element-binding factor is immunologically identical to the Ku autoantigen. J. Biol. Chem. 270:15277-15284.

64. Kipling D. 1995. The telomere. Oxford University Press, England, 202 pp.

65. Kisseleva T, Bhattacharya S, Braunstein J, Schindler CW. 2002. Signaling through the JAK/STAT pathway, recent advances and future challenges. Gene. 285:1-24.

66. Koike M., Shiomi T., and Koike A. 2001. Dimerization and nuclear localization of Ku proteins. J. Biol. Chem. 276:11167-11173.

67. Kole R., Fresco L.D., Keene J.D., Cohen P.L., Eisenberg R.A., Andrews P.G. 1985. Alu RNA-protein complexes formed in vitro react with a novel lupus autoantibody. J. Biol. Chem. 260:11781-11786.

68. Konstantinova I., Kozlov Yu., Kulichkova V., Petukhova O. 1988. Small cytoplasmic RNA associated with polyadenilated RNA is involved in the hormonal regulation of gene expression. FEBS Lett. 238:320-324.

69. Konstantinova I.M., Kulichkova V.A., Evteeva I.N., Mittenberg A.G., Volkova I.V., Ermolaeva J.B., Gause L.N. 1999. The specific endoribonuclease activity of small nuclear and cytoplasmic a-RNPs. FEBS Lett. 462:407-410.

70. Konstantinova I.M., Turoverova L.V., Petukhova O.A., Vorob'ev VI 1984. Cortisone-induced small RNP tightly bound to chromatin. FEBS Lett. 177:241-243.

71. Korenberg J.R., Rykowski M.C. 1988. Human genom organization: Alu, LINES and the molecular structure of metaphase chromosome bands. Cell. 53:391400.

72. Krayev A.S., Kramerov D.A., Skryabin KG., Ryskov A.P., Bayev A.A., Georgiev G.P. 1980. The nucleotide sequence of the ubiquitous repetitive DNA sequence B1 complementary to the most abundant class of mouse fold-back RNA. Nucl. Acids Res. 8:1201-1215.

73. Krolewski J. J., Bertelsen A.H., Humayun M.Z., Rush M.G. 1982. Members of the Alu family of interspersed, repetitive DNA sequences are in the small circular DNA population of monkey cells grown in culture. J. Mol. Biol. 154:399-415.

74. Krolewski J.J., Rush M.G. 1984. Some extrachromosomal circular DNAs containing the Alu family of dispersed repetitive sequences may be reverse transcripts. J. Mol. Biol. 174:31-40.

75. Krolewski J.J., Schindler C.W., Rush M.G. 1984. Structure of extrachromosomal circular DNAs containing both the Alu family of dispersed repetitive sequences and other regions of chromosomal DNA. J. Mol. Biol. 174:41-54.

76. Kropotov A. V. & Tomilin N. V. 1996a. Evidence for a regulatory protein complex on RNA polymerase III promoter of human retroposons of Alu family. Genetica. 98:223-233.

77. L., Olvera J.M., Yoder K.E., Mitchell R.S., Butler S.L., Lieber M., Martin S.L., Bushman F.D. 2001. Role of the non-homologous DNA end joining pathway in the early steps of retroviral infection. EMBO J. 20:3272-3281.

78. Manuelidis L. 1978. Complex and simple sequences in human repeated DNAs. Chromosoma. 66:1-21.

79. Maraia R.J., Chang D.Y, et al. 1992. The RNA polymerase III terminator used by a Bl-Alu element can modulate 3' processing of the intermediate RNA product. Mol. Cell. Biol. 12:1500-1506.

80. Maraia R.J., Driscoll C.T., Bilyeu T., Hsu K, and Darlington. 1993. Multiple dispersed loci produce small cytoplasmic Alu RNA. Mol. Cell. Biol. 13:4233-4241.

81. Martin F., Olivares M., Lopez M.C., and Alonso C. 1996. Do non-long terminal repeat retrotransposons have nuclease activity? Trends Biochem. Sci. 21:283-285.

82. Matera A.G., Hellmann U., Hintz M.F., Schmid C.W. 1990. Recently transposed Alu repeats result from multiple source genes. Nucl. Acids Res. 18:60196023.

83. Matera A.G., Hellmann U., Schmid C.W. 1990. A transpositionally and transcriptionally competent Alu subfamily. Mol. Cell. Biol. 10:5424-5432.

84. May G., Sutton C., and Gould H. 1991. Purification and characterization of Ku-2, an Octamer-binding protein related to the autoantigen Ku. J. Biol. Chem. 266:3052-3059.

85. Mighell A.J., Markham A.F., Robinson P.A. 1997. Alu sequences. FEBS Lett. 417:1-5.

86. Mimori T., Akizuki M„ Yamagata H, Irada S., Yoshida S., and Homma M. 1981. Characterization of a high molecular weight acidic nuclear protein recognized by autoantibodies from patients with polymyositis-schleroderma overlap. J. Clin. Invest. 86:611-620.

87. Mimori T., Hardin J.A. 1986. Mechanism of interaction between Ku protein and DNA. J. Biol. Chem. 261:10375-10379.

88. Mimori T., Hardin J.A., Steitz J.A. 1986. Characterization of the DNA-binding protein antigen Ku recognized by autoantibodies from patients with rheumatic disorders. J. Biol. Chem. 261:2274-2278.

89. Nicholls R.D., Fischel-Ghodsian N., Higgs D.R. 1987. Recombination at the human alpha-globin gene cluster: sequence features and topological constraints. Cell. 49:369-378.

90. Novae O., Matheos D., Araujo F.D., Price G.B., Zannis-Hadjopoulos M. 2001. In vivo association of Ku with mammalian origins of DNA replication. Mol. Biol. Cell. 12:3386-3401.

91. Orgell L.E., Crick F.H.C. 1980. Selfish DNA: the ultimate parasite. Nature. 284:604-607.

92. Park E.T.L and Kazazian H.H.J. 2000. Mobile elements and the human genome. Nature Rev. 1:134-144.

93. Paulson K.E., Schmid C.W. 1986. Transcriptional inactivity of Alu repeats in HeLa cells. Nucl. Acids Res. 14:6145-6158.

94. Perez-Stable C., Ayres I.M., Shem C.-K.J. 1984. Distinctive sequence organization and functional programming of an Alu-repeat promotor. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 81:5291-5295.

95. Perez-Stable C., Shen C., and Shen C.-K. 1988. Enrichment and depletion of HeLa topoisomerase I recognition sites among specific types of DNA elements. Nucl. Acid Res. 16:7975-7993.

96. Podgornaya O.I., Perelygina L.M., Tomilin N.V. 1988. Multi-site binding of human nuclear protein to the Alu-family repeated DNA. FEBS Lett. 232:99102.

97. Prabhakar B.S., Allaway G.P., Srinivasappa J., Notkins A.L. 1990. Cell surface expression of the 70-kD component of Ku, a DNA-binding nuclear autoantigen. J. Clin. Invest. 86:1301-1305.

98. Quentin Y. 1988. The Alu family developed through successive waves of fixation closely connected with primate lineage history. J. Mol. Evol. 27:194-202.

99. Quentin Y. 1992a. Fusion of a free left Alu monomer and a free right Alu monomer at the origin of the Alu family in the primate genomes. Nucl. Acids Res. 20:487-493.

100. Quentin Y. 19926. Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. Nucl. Acids Res. 20:3397-3401.

101. Quentin Y. 1994a. Emergence of master sequences in families of retroposons derived from 7sl RNA. Genetica. 93:203-215

102. Quentin Y. 19946. A master sequence related to a free left Alu monomer (FLAM) at the origin of the B1 family in rodent genomes. Nucl. Acids Res. 22:22222227.

103. Rogers J.H. 1983. Retroposons defined. Nature. 301:460.

104. Rogers J.H. 1985. The origin and evolution of retroposons. Nature. 317:765-766.

105. Ruiz M.T., Matheos D., Price G.B., and Zannis-Hadjopoulos M. 1999. OBA/Ku86: DNA binding specificity and involvement in mammalian DNA replication. Mol. Biol. Cell. 10:567-580. Sambrook J., Fritsch E.F. & Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory

106. Schmid C. W. 1998. Does SINE evolution preclude Alu function? Nucl. Acids Res. 26:4541-4550.

107. Schmid C.W., Deininger P.L. 1975. Sequence organization of the human genome. Cell. 6:345-358.

108. Smith G.C.M., and Jackson S.P. 1999. The DNA-dependent protein kinase. Genes Dev. 13:916-934.

109. Stenger J.E., Lobachev K.S, Gordenin D., Darden T.A., Jurka J., and Resnick M.A. 2001. Biased distribution of inverted and direct Alus in the human genome: implications for insertion, exclusion, and genome stability. Genome Res. 11:12-27.

110. Strauss F., and Varshavsky A. 1984. A protein binds to a satellite DNA repeat at three specific sites that would be brought into mutual proximity by DNA folding in the nucleosome. Cell. 37:889-901.

111. Tomilin N. V., and Bozhkov V.M. 1989. Human nuclear protein interacting with a conservative sequence motif of Alu-family DNA repeats. FEBS Lett. 251:7983.

112. Tomilin N.V., Bozhkov V.M., Bradbury E.M., Schmid C.W. 1992. Differential binding of human nuclear proteins to Alu subfamilies. Nucl. Acids Res. 20(12):2941-2945.

113. Towbin H.T., Stahelin T., Cordon J. 1979. Electrophoretic transfer of proteins from polyacrylamide gels to nitrocellulose sheets: procedure and some applications. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 76:4350-4354.

114. Tsuchiya T., Saegusa Y., Taira T., Mimori T., Iguchi-Ariga S.M., Ariga H. 1998. Ku antigen binds to Alu family DNA. J. Biochem. (Tokyo) 123:120-127.

115. Tuteja R., Tuteja N. 2000. Ku autoantigen: multifunctional DNA-binding protein. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 35:1-33.

116. Ullu E., Murphy S., Melli M. 1982. Human 7SL RNA consists of a 140 nucleotide middle-repetitive sequence inserted in an alu sequence. Cell. 29:195-202.