Механизмы резистентности злокачественных клеток к химиотерапевтическим препаратам при гемобластозах и разработка подходов к их преодолению тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Спирин Павел Владимирович

• Спирин Павел Владимирович
• доктор наук
• 2025

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы резистентности злокачественных клеток к химиотерапевтическим препаратам при гемобластозах и разработка подходов к их преодолению»

Актуальность проблемы

Злокачественные заболевания крови (ЗЗК) - гемобластозы - обширная группа онкопатологий систем кроветворения. Общим для них является нарушение развития кроветворных клеток-предшественников на различных этапах дифференцировки. Трансформированные клетки приобретают способность к ускоренной неконтролируемой пролиферации. В зависимости от типа клеток и органа, в котором происходит разрастание пула трансформированных клеток, ЗЗК разделяют на лейкозы и лимфомы (Рисунок 1).

Лейкоциты

Рисунок 1. Схема кроветворения, иллюстрирующая клетки каких ростков кроветворения могут становиться источниками злокачественного перерождения.

Лейкозы возникают в результате трансформации ранних кроветворных клеток-предшественников, которая происходит в костном мозге. При лимфомах осуществляется неопластическая трансформация относительно зрелых клеток лимфоцитарного ряда. Очаги развития и накопления злокачественных клеток лимфом обычно находятся в органах иммунной системы, ответственных за созревание и

пролиферацию лимфоцитов (Рисунок 2).

Рисунок 2. Схема, иллюстрирующая основные органы, Тимус которые поражаются в случае лейкозов (костный мозг) и Лимфоузлы лимфом (отмечены синим цветом).

При обоих подтипах заболеваний разрастание клонов аномально трансформированных клеток-предшественников приводит к вытеснению нормальных ростков кроветворения и нарушению работы иммунной системы. Общим для обеих групп заболеваний является то, что первичные события (мутации), приводящие к неопластической трансформации клеток, ведут к перестройке

сигнальных механизмов, определяющих особенности течения заболевания у пациентов. К числу таких мутаций, в случае лейкозов, можно отнести как точечные мутации в ряде ключевых для поддержания кроветворения генов, таких как KIT, FLT3, RUNX1, так и более значительные хромосомные перестройки, например, транслокация между 8-й и 21-ой парой хромосом, которая приводит к появлению химерного онкобелка AML1-ETO. Возникновение таких мутантных белков приводит к разобщению строго скоординированной системы внутриклеточной регуляции и к аномальной активации значительного числа сигнальных механизмов, которые ранее не находились под контролем данных белков. Всё это, в конечном итоге, становится причиной появления трансформированного пула клеток, отличающихся повышенной способностью к пролиферации, снижением чувствительности к сигналам дифференцировки и апоптоза, что отличает их от нормальных здоровых клеток. Применение химиотерапевтических препаратов, которые в настоящее время активно используют для борьбы с данными группами злокачественных заболеваний, в значительном числе случаев оказывает долговременный терапевтический эффект и приводит к ремиссии. Это свойственно большинству лимфатических лейкозов и лимфоме Ходжкина. Однако, обширная группа гемобластозов не всегда хорошо поддаётся терапевтическому воздействию, это справедливо для острых миелоидных лейкозов и неходжкинских лимфом. Кроме того, даже ремиссия заболевания не всегда может быть стойкой и, к сожалению, иногда возникают рецидивы заболевания. Причины плохого ответа на химиотерапию и механизмы развития рецидивов в настоящее время изучают во многих научно-исследовательских и медицинских центрах. Одной из основных причин такого поведения опухоли связывают с аномальной компенсаторной активацией различных сигнальных каскадов, что происходит в ответ на химиотерапевтическое воздействие. Это позволяет злокачественным клеткам «приспосабливаться» к действию используемых препаратов, что приводит к развитию устойчивости к терапии. Это справедливо в отношении практически всех злокачественных заболеваний, включая лейкозы и лимфомы.

Для решения данной проблемы автором проведён цикл работ, нацеленных на установление молекулярных механизмов, которые активируются в ответ на терапию, также проведён цикл работ по поиску способов для их подавления с помощью оригинальных терапевтических подходов и ингибиторов. В результате были обнаружены конкретные молекулярные механизмы, которые могут быть вовлечены в «адаптацию» опухоли к химиотерапии.

Аномальные изменения в регуляции сигнальных механизмов, вовлеченных в выживаемость клеток, связаны с нарушением функций транскрипционных факторов, рецепторных тирозинкиназ, компонентов системы эпигенетической регуляции экспрессии (деацетилаз гистонов), а также различных компонентов стромы костного мозга. Многие из механизмов сопряжены с регуляцией клеточного цикла, апоптоза и аутофагии. Необходимо также отметить, что многие из выявленных механизмов могут быть ассоциированы и с другими злокачественными заболеваниями, связь которых с лейкозами или лимфомами, на первый взгляд, неочевидна [1-3]. Для изучения подобных состояний при непосредственном участии автора на основе перевиваемых клеточных линий автором был получен ряд модельных систем. Широкий арсенал различных методических подходов, многие из которых были разработаны при непосредственном участии автора данной работы, был применен в рамках данной

4

работы и других смежных исследованиях [4,5]. Результаты исследований, полученные с использованием данных моделей, были опубликованы в престижных международных научных журналах, что в значительной мере свидетельствует об актуальности приведённых исследований.

Несмотря на то, что работы в этом направлении ведутся во многих исследовательских центрах мира, многие актуальные вопросы в этой области остаются нерешенными.

Цель и задачи исследования

Целью ряда комплексных исследований было выявление нарушений молекулярных механизмов, ассоциированных со снижением чувствительности злокачественных клеток кроветворного происхождения к химиотерапевтическому воздействию и разработка возможных подходов к модуляции активности таких механизмов.

Для достижения целей исследования были сформулированы следующие задачи:

• Установить вклад активированных онкогенов в регуляцию сигнальных механизмов, связанных с рецепторными тирозинкиназами, и развитие устойчивости злокачественных клеток к химиотерапевтическому воздействию.

• Разработать подход к модуляции активности сигнальных механизмов, ассоциированных с рецепторными тирозинкиназами и активированными онкогенами.

• Осуществить поиск новых терапевтических мишеней, которые могут быть перспективными для борьбы со злокачественными заболеваниями крови, и способов модуляции активности сигнальных механизмов, регулируемых ими.

• Оценить возможный терапевтический потенциал новых ингибиторов -производных соединений, выделенных их морских организмов, в контексте перспектив борьбы с гемобластозами.

Научная новизна диссертационной работы

В работе получены следующие основные фундаментальные научные результаты.

1. На основе культуры перевиваемых клеток острого миелоидного лейкоза Kasumi-1 получены модельные клеточные линии с нокдауном онкогена RUNX1-ETO. Показано, что такой нокдаун приводит к снижению экспрессии рецепторной тирозинкиназы KIT и к компенсаторной реактивации ряда сигнальных механизмов, связанных с выживаемостью клеток лейкоза, большинство из которых реализуется при участии киназы ERK.

2. Установлено, что совместное применение ингибиторов ERK в комбинации с Оридонином, препаратом, опосредующим деградацию химерного белка RUNX1-ETO, приводит к выраженной индукции гибели клеток острого миелоидного лейкоза.

3. Установлено, что повышенная активность деацетилаз гистонов может быть ассоциирована со снижением чувствительности клеток лейкозов и лимфом к действию

противораковых препаратов, а применение ингибиторов деацетилаз гистонов первого класса может быть эффективно использовано в терапии этих заболеваний.

4. Установлен спектр биологической активности новых селективных ингибиторов деацетилаз гистонов первого класса, алкилгидразидных аналогов производных гидроксамовых кислот. Показано, что новый оригинальный препартат Имбиностат оказывает выраженное проапоптотическое действие на злокачественные клетки кроветворного происхождения.

5. На основе перевиваемых клеток линии лейкозов Jurkat получены модельные клетки с нокдауном гена DENR. Установлено, что белок DENR вовлечён в регуляцию путей, связанных с репарацией и ремодуляцией хроматина. В частности, DENR оказывает ингибирующее действие на систему репарации злокачественных клеток.

6. Обнаружено, что препарат Эметин в функциональном плане оказывает на клетки действие противоположное подавлению экспрессии DENR, может приводить к ингибированию системы репарации злокачественных клеток и оказывает синергетический цитотоксический эффект в отношении клеток лейкозов при применении в комбинации с Цитарабином.

7. Установлено, что производное Фаскаплизина - пигмента, выделенного из морской губки sp. Fascaplysinopsis - 3,10-дибромфаскаплизин оказывает выраженное активирующее действие на транскрипционный фактор E2F1 и индуцирует апоптоз клеток лейкоза. Для исследования активности фактора E2F1 на основе перевиваемых клеток линии лейкоза человека K562 была получена модельная клеточная линия, несущая репортер, позволяющий оценивать активность данного транскрипционного фактора.

8. Показано, что 3,10-дибромфаскаплизин может быть эффективно применён для усиления цитотоксического действия химиотерапевтических препаратов Цитарабина, Доксорубицина и Этопозида.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные в рамках работы результаты имеют теоретическую или практическую значимость. В частности, установлен вклад онкогена AML1-ETO, в регуляцию экспрессии рецепторной тирозинкиназы KIT и сигнальных путей, связанных с выживаемостью злокачественных клеток. Было показано, что нокдаун RUNX1-ETO приводит к активации компенсаторных механизмов, связанных с ERK сигналингом. Можно предположить, что подобные механизмы компенсаторной активации могут реализовываться при таргетированном воздействии и на другие онкогены и их белковые продукты. Это в значительной мере может снижать эффективность таких таргетных подходов, что важно в контексте глобального роста интереса к редактированию конкретных онкогенов с помощь различных техник, в том числе CRISPR/CAS9. В ряде принципиальных работ была подтверждена справедливость данного предположения. Адаптационные способности злокачественных клеток учитываются в настоящий момент при создании новых методов лечения, направленных на блокирование этих сигналов, что, в ряде случаев приводит к лучшей выживаемости пациентов. Практическая значимость данной части работы заключается, в том числе, в том, что автором рассмотрены возможности комбинированной терапии, основанной на совместном применении ингибиторов ERK

6

и препарата Оридонина, которые продемонстрировали выраженную индукцию гибели клеток ОМЛ, несущих мутацию ^8;21). Исследование новых ингибиторов деацетилаз гистонов первого класса показало, что их применение может стать новым подходом в терапии лейкозов и нейробластом, что подтверждается их способностью увеличивать чувствительность клеток к традиционным противораковым средствам. Новый ингибитор Имбиностат обладает проапоптотическим действием на злокачественные клетки кроветворного происхождения, проявляет выраженную селективность в отношении деацетилаз гистонов первого класса и при этом по силе цитотоксического воздействия на злокачественные клетки сравним с уже применяемым в настоящее время пан-ингибитором HDACs - Белиностатом. Разработка и возможное включение новых селективных препаратов в клиническую практику может существенно увеличить эффективность терапевтического воздействия, способствовать более персонифицированному подходу в подборе схемы лечения и потенциально снизить неспецифическое токсическое воздействие на организм пациента.

Сведения о роли DENR в чувствительности злокачественных клеток лейкоза к химиопрепаратам могут быть использованы для выявления новых диагностических и прогностических маркеров, а также для разработки новых терапевтических подходов. В частности, было установлено, что препарат Эметин, действие которого в функциональном отношении сходно с DENR, значительно увеличивает чувствительность злокачественных клеток кроветворного происхождения к Цитарабину, Доксорубицину и Этопозиду - химиотерапевтическими средствами, которые часто применяются при лечении гемобластозов. Результаты, отражающие влияние производных Фаскаплизина на клетки лейкоза, подчёркивают потенциал использования природных соединений в онкологии. Их способность усиливать цитотоксическое действие традиционных химиотерапевтических средств также открывает новые возможности для комбинированной терапии, что может привести к улучшению результатов лечения.

В совокупности, полученные практические результаты могут лечь в основу клинических испытаний и дальнейшего внедрения в практику новых схем лечения, что может существенно повысить эффективность терапии у пациентов с этим агрессивным заболеванием.

Личный вклад автора

Основные результаты работы получены автором самостоятельно, студентами и аспирантами под его непосредственным руководством или при прямом участии в сотрудничестве с другими соавторами. Автором было самостоятельно проведено планирование экспериментальной работы и дизайн экспериментов, осуществлён выбор методов и объектов исследования. Автором были проведены работы по проверке и реализации экспериментальных подходов. Автор непосредственно участвовал в анализе результатов, в их обсуждении, осуществлял их подготовку к публикации.

Методология и методы

В работе применены современные методы молекулярной и клеточной биологии и генной инженерии. Использован широкий набор клеточных линий лейкозов, лимфом и нейробластом человека. На основе данных клеточных линий были сформированы панели для исследования молекулярных механизмов и тестирования действия ингибиторов, использованных и изучаемых в работе. На основе данных клеточных линий были получены модельные клеточные системы, несущие репортерные конструкции для исследования активности генов, вовлеченных в злокачественное перерождение. В частности, с помощью таких репортерных конструкций была оценена активность ERK/MAPK сигнального каскада, активность фактора транскрипции E2F1. Автором в рамках работы был получен широкий спектр клеточных линий с подавленной экспрессией генов исследуемых белков (RUNX1 -ETO, KIT, MCTS1, DENR). Подавление экспрессии таких генов было достигнуто методом РНК-интерференции, а в отдельных случаях, когда этого требовала логика эксперимента, методом CRISPR/CAS9. Для внесения генетических конструкций был применен метод лентивирусной трансдукции, а также метод липосомной трансфекции. Определение эффективности переноса генетического материала осуществлялось с помощью проточной цитофлуориметрии и флуоресцентной микроскопии, а эффективность модуляции генов с помощью методов qRT-PCR (количественного ПЦР в реальном времени), методом Вестерн-блот анализа и с помощью метода иммунофлуоресцентного окрашивания. Селекция клеток, в отдельных случаях, была произведена с помощью клеточного сортера. Анализ функциональных свойств клеток с подавленной экспрессией генов был осуществлён с помощью гемоцитометра (камеры Нойбауэра), проточного цитофлуориметра и с помощью наборов, позволяющих оценивать жизнеспособность клеток (XTT, MTT, Resazurin). Для определения количества апоптотических клеток в культурах модельных клеточных линий лейкозов и лимфом под действием ингибиторов был использован метод окрашивания конъюгатом Аннексина V с флуоресцентным красителем, а также с помощью ДНК-специфичного флуоресцирующего красителя (Sytox blue, PI, DAPI). Анализ клеточного цикла был осуществлён с помощью окраски клеток ДНК-специфическим красителем пропидий-йодидом (PI). Детекция распределения клеток по фазам клеточного цикла была осуществлена с помощью проточного цитофлуориметра LSR Fortessa. Для анализа изменения активности сигнальных путей под действием ингибиторов был проведен транскриптомный анализ. Он был проведен с использованием метода высокопроизводительного секвенирования на платформе Illumina. Биоинформатический анализ транскриптома был осуществлен в том числе с помощью оригинального алгоритма Oncofinder [1]. Данный алгоритм позволяет выполнять дифференциальный анализ активности сигнальных каскадов, ассоциированных со злокачественным перерождением клеток. Помимо алгоритма Oncofinder, для функциональной аннотации изменений транскриптома были использованы методы аннотирования KEGG, Biocarta, Reactome, NCI и CMAP (connectivity map). Тестирование препаратов в комбинации с известными химиотерапевтическими агентами и определение их синергетического действия было осуществлено с помощью программы SynergyFinder. Все полученные результаты были статистически проанализированы и представлены графически с помощью приложения GraphPad Prizm 8.4.3.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Установлено, что модуляция активности онкогена AML1-ETO в перевиваемых клетках линии острого миелоидного лейоза, с одной стороны, приводит к существенному снижению их выживаемости, а с другой стороны - к компе^аторной активации значительного числа сигнальных механизмов, отвечающих за выживаемость клеток, большинство из которых реализуется при участии киназы ERK.

2. Установлено, что оригинальные ингибиторы деацетилаз гистонов первого класса могут быть эффективно применены для подавления роста перевиваемых клеток лейкозов и лимфом, а также могут быть эффективно использованы в комбинации с широко применяемыми химиотерапевтическими средствами.

3. Установлено, что белок DENR может быть вовлечён в развитие онкопатологий системы кроветворения. Снижение уровня его экспрессии может быть сопряжено с увеличением активности сигнальных механизмов, связанных с репарацией и снижением чувствительности к химиотерапевтическим препаратам, действие которых нацелено на процессы репликации, (Цитарабин, Доксорубицин, Этопозид).

4. Обнаружено, что препарат Эметин, оказывает на клетки перевиваемых клеточных линий лейкоза действие в функциональном плане противоположное подавлению экспрессии DENR. Показано, что Эметин может быть эффективно применён для увеличения чувствительности злокачественных кроветворных клеток к известным химиотерапевтическим агентам, в частности, к Цитарабину, Доксорубицину и Этопозиду.

5. Обнаружено, что оригинальные галоген-производные Фаскаплизина - пигмента, выделенного из морской губки Fascaplysinopsis sp. оказывают выраженное проапоптотическое и цитостатическое действие на перевиваемые клетки линий лейкозов и лимфом. Данные препараты могут связываться с ДНК клеток-мишеней. Дибром-производные Фаскаплизина могут оказывать активирующее действие на фактор E2F1, связанный с прохождением клеточного цикла и регуляцией апоптоза.

6. Установлено, что 3,10-дибромфаскаплизин может быть эффективно применён для усиления цитотоксического действия химиотерапевтических препаратов Цитарабина, Доксорубицина и Этопозида, которые в настоящее время широко применются для лечения лейкозов.

Степень достоверности и апробация результатов

Научные положения, выводы и практические рекомендации, изложенные в данной работе, основываются на фактических данных, представленных в публикациях в рецензируемых научных журналах. Достоверность полученных результатов подтверждена комплексным применением различных современных методов исследования и анализа, а также многократными независимыми экспериментами и биологическими повторами, статистической обработкой экспериментальных данных и их сравнением с литературными источниками. Положения диссертационного исследования были представлены в формате устных или стендовых докладов на многих российских и международных конференциях: 40th FEBS Congress, The Biochemical Basis of Life". Берлин, Германия, 4-9 Июля 2015; Международный научный семинар «RUNX 2015». Реховот, Израиль, 18-21 Октября 2015; II Всероссийская конференция по молекулярной онкологии, Москва, 6-8 декабря 2016

9

год; IV Всероссийская конференция по молекулярной онкологии, Москва, 17-19 декабря 2018 год; XXII Wilsede Meeting, Modern trends in Human Leukemia & Cancer, June 30 - July 03, 2018, Wilsede, Germany; The 43th FEBS congress «Biochemistry forever». Чешская республика, Прага, 7-12 июля 2018 года; IX-ой Международная Конференция Молодых Учёных: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков. Новосибирск, 27-30 сентября 2022 г; Всероссийская научная школы-конференции молодых ученых и студентов "Генетические технологии в исследовании природных соединений" 3-7 октября 2023 года, г. Владивосток; 65-я Всероссийская научная конференция МФТИ в честь 115-летия Л.Д. Ландау" 3-8 апреля 2023 года, г. Долгопрудный; 66-я Всероссийская научная конференция МФТИ, Долгопрудный, Россия, 1-6 апреля, 2024; IX Молодежная школа-конференция по молекулярной и клеточной биологии Института цитологии РАН, Санкт-Петербург, 15-18 октября 2024; XI Международная конференция молодых ученых в рамках Площадки открытых коммуникаций OpenBio -2024, 24-27 сентября 2024 года, Наукоград Кольцово, Новосибирск; XXVII Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «Биология - наука XXI века», 22-25 апреля 2024 года, Пущино; XIX Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра» Санкт-Петербург 21-22 мая 2024г.

Основные результаты диссертационной работы опубликованы в рецензируемых изданиях, которые относятся к K1 и К2 или входят в перечень журналов, рецензируемых ВАК. Из них нижеследующие 53 публикации за последние 10 лет (2015-2024) включают 50 статей, опубликованных в высокорейтинговых научных изданиях, относящихся к K1 и К2 и рецензируемым изданиям ВАК. Более 30 публикаций относятся к первому и второму квартилю - Q1 и Q2, соответственно, индексируемых в международных системах цитирования Web of Science и Scopus. Также, по результатам проведённых исследований, автором подготовлено два Евразийских патента и один патент РФ.

Структура и объем диссертации

Диссертация представлена в формате научного доклада и разделена на четыре основные содержательные главы, посвящённые разным этапам работы: «Роль активированного онкогена AML1-ETO в поддержании злокачественного статуса клеток острого миелоидного лейкоза и поиск сигнальных механизмов, связанным с онкогенезом», «Новые ингибиторы деацетилаз гистонов первого класса для борьбы с онкологическим заболеваниями кроветворной системы», «Роль белков MCTS1 и DENR в развитии онкопатологий системы кроветворения и поиск ингибиторов, которые могут быть использованы для модуляции активности сигнальных механизмов, ассоциированных с активностью, кодируемых ими белков», «Новые препараты - производные природных соединений, которые могут быть перспективны для модуляции активности сигнальных механизмов, связанных со злокачественным перерождением клеток системы кроветворения». Каждая глава представляет собой изложение результатов, в основном, завершённых исследований, проведённых авторским коллективом с участием или под руководством диссертанта, и опубликованных в рецензируемых изданиях, индексируемых в международных базах данных Web of Science и Scopus. Диссертация включает также краткий обзор литературы, сжатое описание методов и экспериментальных подходов, ссылки на

10

которые приведены в тексте работы, разделы «Введение», «Заключение», «Список литературы» (содержит 54 ссылки) и «Благодарности». Работу иллюстрируют 25 рисунков. Объем диссертации - 44 страницы.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Спирин Павел Владимирович, 2025 год

СПИСОК НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ, В КОТОРЫХ ИЗЛОЖЕНЫ

ОСНОВНЫЕ НАУЧНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ДИССЕРТАЦИИ

Все статьи, кроме первой в списке, опубликованы в (2015-2024) и содержат пометку о

принадлежности к квартилю.

1. (K1) Spirin PV, Lebedev TD, Orlova NN, Gornostaeva AS, Prokofjeva MM, Nikitenko NA, Dmitriev SE, Buzdin AA, Borisov NM, Aliper AM, Garazha AV, Rubtsov PM, Stocking C, Prassolov VS. Silencing AML1-ETO gene expression leads to simultaneous activation of both pro-apoptotic and proliferation signaling. Leukemia. 2014 Nov;28(11):2222-8. doi: 10.1038/leu.2014.130

2. (K1) Lebedev T.D., Vagapova E.R., Popenko V.I., Leonova O.G., Spirin P.V., Prassolov V.S. "Two receptors, two isoforms, two cancers: comprehensive analysis of KIT and TrkA expression in neuroblastoma and acute myeloid leukemia" Front Oncol (2019), , 91076 DOI: 10.3389/fonc.2019.01046

3. (K1) Лебедев Т.Д., Спирин П.В., Орлова Н.Н., Прокофьева М.М., Прасолов В.С. "Сравнительный анализ экспрессии генов - мишеней противоопухолевой терапии, в клеточных линиях нейробластомы" Молекулярная биология (2015), 49, 6, 1048 -1051 10.7868/S0026898415050225

4. (K1) Barrantes-Freer, A., Renovanz, M., Eich, M., Braukmann, A., Sprang, B., Spirin, P., Pardo, L.A., Giese, A., Kim, E.L. "CD133 expression is not synonymous to immunoreactivity for AC133 and fluctuates throughout the cell cycle in glioma stem-like cells" Plos One (2015), 10, 6e0130519 DOI: 10.1371/journal.pone.0130519

5. (K1) Petrushanko I.Y., Mitkevich V.A., Lakunina V.A., Anashkina A.A., Spirin P.V., Rubtsov P.M., Prassolov V.S., Bogdanov N.B., Hanggi P., Fuller W., Makarov A.A., Bogdanova A., "Cysteine residues 244 and 458-459 within the catalytic subunit of Na,K-ATPase control the enzyme's hydrolytic and signaling function under hypoxic conditions" Redox biol (2017), 13, 310 - 319 DOI: 10.1016/j.redox.2017.05.021

6. (K1) Орлова Н.Н., Лебедев Т.Д., Спирин П.В., Прасолов В.С. "Ключевые молекулярные механизмы, ассоциированные со злокачественным перерождением клеток при остром миелоидном лейкозе" Молекулярная биология (2016), 50, 3, 395 - 405 DOI: 10.7868/S002689841602018X

7. (K1) Вагапова Э.Р., Спирин П.В., Лебедев Т.Д., Прасолов В.С. "TAL1: его роль в гемопоэзе и в злокачественном перерождении клеток крови" Acta Naturae (2018), 10, 1(36), 16 - 24 DOI: 10.32607/20758251-2018-10-1-15-23

8. (K1) Вагапова Э.Р., Лебедев Т.Д., Тихонова А.Д., Гойхман Б.В., Иваненко К.А., Спирин П.В., Прасолов В.С. "Высокая экспрессия SP1, CSF1R и PAK1 коррелирует с повышенной чувствительностью лейкозных клеток к антибиотику митрамицину" Молекулярная биология (2020), 54, 3, 522 - 528 DOI: 10.31857/S0026898420030192

9. (K1) Вагапова Э.Р, Лебедев Т.Д., Попенко В.И., Леонова О.Г., Спирин П.В., Прасолов В.С. "Получение мышиной клеточной линии FDC-P1 со сверхэкспрессией гена KIT N822K человека" Acta Naturae (2020), 12, 1(44), 51 - 55 DOI: 10.32607/actanaturae.10938

10.(K1) Beljelarskaya, S.N., Orlova, O.V., Drutsa, V.L., Orlov, V.A., Timohova, A.V., Koroleva, N.N., Popenko, V.I., Ivanov, A.V., Spirin, P.V., Prassolov, V.S., Rubtsov, P.M., Kochetkov, S.N. "Hepatitis C virus: The role of N-glycosylation sites of viral genotype 1b proteins for formation of viral particles in insect and mammalian cells" Biochem. Biophys. Rep. (2016), 7, 98 - 105 DOI: 10.1016/j.bbrep.2016.05.019

11. (K1) Rubtsov, P., Nizhnik, A., Dedov, I., Kalinchenko, N., Petrov, V., Orekhova, A., Spirin, P., Prassolov, V., Tiulpakov, A. "Partial deficiency of 17a-hydroxylase/17,20-lyase caused by a novel missense mutation in the canonical cytochrome heme-interacting motif' Eur J Endocrinol (2015), 172, 5, K19 - K25 DOI: 10.1530/EJE-14-0834

12.(K1) Prokofjeva M.M., Proshkina G.M., Lebedev T.D., Shulgin A.A., Spirin P.V., Prassolov V.S., Deyev S.M., "Lentiviral gene delivery to plasmolipin-expressing cells using Mus caroli endogenous retrovirus envelope protein" Biochimie (2017), 142, 226 -233 DOI: 10.1016/j.biochi.2017.09.004

13.(K1) Орлова О.В., Друца В.Л., Спирин П.В., Иванов А.В., Прасолов В.С., Рубцов П.М., Кочетков С.Н., Белжеларская С.Н. "Роль гликозилирования белка Е2 вируса гепатита С в функционировании белков оболочки вируса в клетках насекомых и млекопитающих" Acta Naturae (2015), 7, 1 (24), 92 - 102 DOI: doi.org/10.32607/20758251-2015-7-1-87-97

14.(K1) Nikitenko, N.A., Speiseder, T., Groitl, P., Spirin, P.V., Prokofjeva, M.M., Lebedev, T.D., Rubtsov, P.M., Lam, E., Riecken, K., Fehse, B., Dobner, T., Prassolov, V.S. "Targeting species D adenoviruses replication to counteract the epidemic keratoconjunctivitis" Biochimie (2015), 113, 10 - 16 DOI: 10.1016/j.biochi.2015.03.010

15.(K1) Petrov, I., Suntsova, M., Mutorova, O., Sorokin, M., Garazha, A., Ilnitskaya, E., Spirin P., Larin, S., Zhavoronkov, A., Kovalchuk, O., Prassolov, V., Roumiantsev, A., Buzdin, A. "Molecular pathway activation features of pediatric acute myeloid leukemia (AML) and acute lymphoblast leukemia (ALL) cells" Aging-Us (2016), 8, 11, 2936 -2947 DOI: 10.18632/aging.101102

16. (K1) Suntsova M., Gaifullin N., Allina D., Reshetun A., Li X., Mendeleeva L., Surin V., Sergeeva A., Spirin P., Prassolov V., Morgan A., Garazha A., Sorokin M., Buzdin A., "Atlas of RNA sequencing profiles for normal human tissues" Scientific data (2019), 6, 36 DOI: 10.1038/s41597-019-0043-4

17. (K1) Petrov I., Suntsova M., Ilnitskaya E., Roumiantsev S., Sorokin M., Garazha A., Spirin P., Lebedev T., Gaifullin N., Larin S., Kovalchuk O., Konovalov D., Prassolov V., Roumiantsev A., Buzdin A., "Gene expression and molecular pathway activation signatures of MYCN-amplified neuroblastomas" Oncotarget (2017), 8, 48, 83678 - 83780 DOI: 10.18632/oncotarget.19662

18.(K1) Lebedev T.D., Khabusheva E.R., Mareeva S.R., Ivanenko K.A., Morozov A.V., Spirin P.V., Rubtsov P.M., Snezhkina A.V., Kudryavtseva A.V., Sorokin M.I., Buzdin A.A., Prassolov V.S. "Identification of cell type-specific correlations between ERK activity and cell viability upon treatment with ERK1/2 inhibitors" J Biol Chem (2022), 298, 8 102226 DOI: 10.1016/j.jbc.2022.102226

19.(K1) Лебедев Т.Д., Спирин П.В., Сунцова М.В., Иванова А.В., Буздин А.А., Прокофьева М.М., Рубцов П.М., Прасолов В.С. "Рецепторная тирозинкиназа KIT может регулировать экспрессию генов, участвующих в спонтанной регрессии

нейробластомы" Молекулярная биология (2015), 49, 6, 1052 - 1055 DOI: 10.7868/S0026898415060154

20. (K1) Кузнецова Е.С., Зиновьева О.Л., Опарина Н.Ю., Прокофьева М.М., Спирин П.В., Фаворская И.А., Зборовская И.Б., Лисицын Н.А., Прасолов В.С., Машкова Т.Д. "Аномальная экспрессия генов, регулирующих метаболизм и сигнальный путь ретиноидов, при немелкоклеточном раке легкого" Молекулярная биология (2016), 50, 2, 255 - 265 DOI: 10.7868/S0026898416020130

21.(K1) Spirin P., Lebedev T., Orlova N., Morozov A., Poymenova N., Dmitriev S.E., Buzdin A., Stocking C., Kovalchuk O., Prassolov V. "Synergistic suppression of t(8;21)-positive leukemia cell growth by combining oridonin and MAPK1/ERK2 inhibitors" Oncotarget (2017), 8, 34, 56991 - 57002 DOI: 10.18632/oncotarget.18503

22.(K1) Lebedev T., Vagapova E., Spirin P., Rubtsov P., Astashkova O., Mikheeva A., Sorokin M., Vladimirova U., Suntsova M., Konovalov D., Roumiantsev A., Stocking C., Buzdin A., Prassolov V. "Growth factor signaling predicts therapy resistance mechanisms and defines neuroblastoma subtypes" Oncogene (2021), 40, , 6258 - 6272 DOI: 10.1038/s41388-021 -02018-7

23.(K1) Lebedev T., Buzdin A., Khabusheva E., Spirin P., Suntsova M., Sorokin M., Popenko V., Rubtsov P., Prassolov V. "Subtype of Neuroblastoma Cells with High KIT Expression Are Dependent on KIT and Its Knockdown Induces Compensatory Activation of Pro-Survival Signaling" Int J Mol Sci (2022), 23, 14772414. DOI: 10.3390/ijms23147724

24.(K1) Бурнышева К.М., Петрушанко И.Ю., Спирин П.В., Прасолов В.С., Макаров А.А., Митькевич В.А. "Рибонуклеаза биназа вызывает гибель клеток острого Т-лимфобластного лейкоза, индуцируя в них апоптоз" Молекулярная биология (2016), 50, 2, 347 - 352 DOI: 10.7868/S0026898416020038

25.(K1) Лебедев Т.Д., Вагапова Э.Р., Асташкова О.О., Спирин П.В., Прасолов В.С. "Ингибирование нерецепторной тирозинкиназы JAK2 снижает рост клеток нейробластомы и усиливает действие доксорубицина" Молекулярная биология (2020), 54, 2, 293 - 299 DOI: 10.31857/S0026898420020111

26.(K1) Karpov D.S., Spirin P.V., Zheltukhin A.O., Tutyaeva V.V., Zinovieva O.L., Grineva E.N., Matrosova V.A., Krasnov G.S., Snezhkina A.V., Kudryavtseva A.V., Prassolov V.S., Mashkova T.D., Lisitsyn N.A. "LINC00973 Induces Proliferation Arrest of Drug-Treated Cancer Cells by Preventing p21 Degradation" Int J Mol Sci (2020), 21, 8322 DOI: 10.3390/ijms21218322

27.(K1) Mikheeva A.M., Bogomolov M.A., Gasca V.A., Sementsov M.V., Spirin P.V., Prassolov V.S., Lebedev T.D. "Improving the power of drug toxicity measurements by quantitative nuclei imaging" Cell Death Discovery (2024), DOI: 10.1038/s41420-024-01950-3

28. (K1) Vagapova E., Kozlov M., Lebedev T., Ivanenko K., Leonova O., Popenko V., Spirin P., Kochetkov S., Prassolov V. "Selective Inhibition of HDAC Class I Sensitizes Leukemia and Neuroblastoma Cells to Anticancer Drugs" Biomedicines (2021), 9, 121846, DOI: 10.3390/biomedicines9121846

29.(K1) Akulich, K.A., Andreev, D.E., Terenin, I.M., Smirnova, V.V., Anisimova, A.S., Makeeva, D.S., Arkhipova, V.I., Stolboushkina, E.A., Garber, M.B., Prokofjeva, M.M.,

Spirin, P.V., Prassolov, V.S., Shatsky, I.N., Dmitriev, S.E. "Four translation initiation pathways employed by the leaderless mRNA in eukaryotes" Sci Rep-Uk (2016), 6, 37905 DOI: 10.1038/srep37905

30.(K1) Широкова Е.Ю., Прасолов В.С., Спирин П.В. "Роль белков MCTS1 и DENR в регуляции механизмов, ассоциированных со злокачественным перерождением клеток" Acta Naturae (2021), 13, 2, 98 - 105 D0I:10.32607/actanaturae.11181

31.(K1) Burov A., Funikov S., Vagapova E., Dalina A., Rezvykh A., Shyrokova E., Lebedev T., Grigorieva E., Popenko V., Leonova O., Spasskaya D., Spirin P., Prassolov V., Karpov V., Morozov A. "A cell-based platform for the investigation of immunoproteasome subunit P5i expression and biology of P5i-containing proteasomes" Cells (2021), 10, 113049 DOI: 10.3390/cells10113049

32.(K1) Новикова О.Н., Матюгина Е.С., Горшенин А.В., Великородная Ю.И., Кренгауз М.Д., Ведерникова В.О., Спирин П.В., Прасолов В.С., Кочетков С.Н., Хандажинская А.Л. Перепрофилирование 5'-нораристеромицина: ингибитор S-аденозил^-гомоцистеингидролазы в качестве потенциального антилейкозного препарата // Acta Naturae. - 2024. - Т. 16. - №3. - C. 60-66. DOI: 10.32607/actanaturae.27443

33. (K1) Glumakova K., Ivanov G., Vedernikova V., Shyrokova L., Lebedev T., Stomakhin A., Zenchenko A., Oslovsky V., Drenichev M., Prassolov V., Spirin P. "Nucleoside Analog 2',3'-Isopropylidene-5-Iodouridine as Novel Efficient Inhibitor of HIV-1" Pharmaceutics (2023), 15, 102389 DOI:10.3390/pharmaceutics15102389

34.(K1) Spirin P., Shyrokova E., Vedernikova V., Lebedev T., Prassolov V. "Emetine in Combination with Chloroquine Induces Oncolytic Potential of HIV-1-Based Lentiviral Particles" Cells (2022), 11, 182829 DOI: 10.3390/cells11182829

35.(K1) Shulgin, A., Spirin, P., Lebedev, T., Kravchenko, A., Glasunov, V., Yermak, I., & Prassolov, V. (2024). Comparative study of HIV-1 inhibition efficiency by carrageenans from red seaweeds family gigartinaceae, Tichocarpaceae and Phyllophoraceae. Heliyon, 10(13), e33407. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e33407

36.(K1) Popenko V., Spirin P., Prassolov V., Leonova O. Chromomeres, Topologically Associating Domains and Structural Organization of Chromatin Bodies in Somatic Nuclei (Macronuclei) of Ciliates. (2024) Front. Biosci. (Landmark Ed), 29(11), 378; https://doi.org/10.31083/j.fbl2911378

37.(K1) Vagapova E., Burov A., Spasskaya D., Lebedev T., Astakhova T., Spirin P., Prassolov V., Karpov V., Morozov A. "Immunoproteasome Activity and Content Determine Hematopoietic Cell Sensitivity to ONX-0914 and to the Infection of Cells with Lentiviruses" Cells (2021), 10, 51185 DOI:10.3390/cells10051185

38. (K1) Burov, A., Grigorieva, E., Lebedev, T., Vedernikova, V., Popenko, V., Astakhova, T., Leonova, O., Spirin, P., Prassolov, V., Karpov, V., & Morozov, A. (2024). «Multikinase inhibitors modulate non-constitutive proteasome expression in colorectal cancer cells. Frontiers in molecular biosciences», 11, 1351641. https://doi.org/10.3389/fmolb.2024.1351641

39.(K1) Demin D.E., Murashko M.M., Uvarova A.N., Stasevich E.M., Shyrokova E.Y., Gorlachev G.E., Zaretsky A.R., Korneev K.V., Ustiugova A.S., Tkachenko E.A., Kostenko V.V., Tatosyan K.A., Sheetikov S.A., Spirin P.V., Kuprash D.V., Schwartz

A.M. "Adversary of DNA integrity: a long non-coding RNA stimulates driver oncogenic chromosomal rearrangement in human thyroid cells" Int J Cancer (2023), 152, 7 , 1452 -1462 DOI: 10.1002/ijc.34396

40.(K1) Кенч У.С., Сологова С.С., Прасолов В.С., Спирин П.В. "Роль аутофагии в развитии патологических состояний организма" Acta Naturae (2023), 15, 3, 37 - 49 DOI: 10.32607/actanaturae.23838

41.(K1) Шульгин А.А., Лебедев Т.Д., Прасолов В.С., Спирин П.В. "Плазмолипин и его роль в клеточных процессах" Молекулярная биология (2021), 55, 6, 883 - 896 DOI: 10.31857/S0026898421060112

42.(K1) Kench, U., Sologova, S., Smolyarchuk, E., Prassolov, V., & Spirin, P. (2024). Pharmaceutical Agents for Targeting Autophagy and Their Applications in Clinics. Pharmaceuticals (Basel, Switzerland), 17(10), 1355. https://doi.org/10.3390/ph17101355

43.(K3) Кенч У. С., Сологова С. С., Прасолов В. С., Спирин П. В. Аутофагия и способы её регуляции с помощью фармакологических препаратов. Современная наука: актуальные проблемы теории и практики. Серия: Естественные и Технические Науки. 2024, 10. 26-36 DOI 10.37882/2223-2966.2024.10.24

44.(K1) Sarygina E., Kozlova A., Deinichenko K., Radko S., Ptitsyn K., Khmeleva S., Kurbatov L.K., Spirin P., Prassolov V.S., Ilgisonis E., Lisitsa A., Ponomarenko E., "Principal Component Analysis of Alternative Splicing Profiles Revealed by Long-Read ONT Sequencing in Human Liver Tissue and Hepatocyte-Derived HepG2 and Huh7 Cell Lines" Int J Mol Sci (2023), 24, 2115502 DOI: 10.3390/ijms242115502

45.(K1) Kozlova A., Sarygina E., Deinichenko K., Radko S., Ptitsyn K., Khmeleva S., Kurbatov L., Spirin P., Prassolov V., Ilgisonis E., Lisitsa A., Ponomarenko E., "Comparison of Alternative Splicing Landscapes Revealed by Long-Read Sequencing in Hepatocyte-Derived HepG2 and Huh7 Cultured Cells and Human Liver Tissue" Biology (2023), 12, 121494 DOI: 10.3390/biology12121494

46. (K1) Yermak I., Anastyuk S., Kravchenko A., Helbert W., Glazunov V., Shulgin A., Spirin P., Prassolov V. "New insights into the structure of kappa/beta-carrageenan: A novel potential inhibitor of hiv-1" Int J Mol Sci (2021), 22, 2312905 DOI: 10.3390/ijms222312905

47.(K1) Tryapkin O.A., Kantemirov A.V., Dyshlovoy S.A., Prassolov V.S., Spirin P.V., von Amsberg G., Sidorova M.A., Zhidkov M.E., "A New Mild Method for Synthesis of Marine Alkaloid Fascaplysin and Its Therapeutically Promising Derivatives" Mar Drugs (2023), 21, 8424 DOI: 10.3390/md21080424

48.(K1) Dyshlovoy, S. A., Mansour, W. Y., Ramm, N. A., Hauschild, J., Zhidkov, M. E., Kriegs, M., Zielinski, A., Hoffer, K., Busenbender, T., Glumakova, K. A., Spirin, P. V., Prassolov, V. S., Tilki, D., Graefen, M., Bokemeyer, C., & von Amsberg, G. (2024). Synthesis and new DNA targeting activity of 6- and 7-tert-butylfascaplysins. Scientific reports, 14(1), 11788. https://doi.org/10.1038/s41598-024-62358-8

49.(K1) Dyshlovoy S.A., Kaune M., Hauschild J., Kriegs M., Hoffer K., Busenbender T., Smirnova P.A., Zhidkov M.E., Poverennaya E.V., Oh-Hohenhorst S.J., Spirin P.V., Prassolov V.S., Tilki D., Bokemeyer C., Graefen M., von Amsberg G., "Efficacy and

Mechanism of Action of Marine Alkaloid 3,10-Dibromofascaplysin in Drug-Resistant Prostate Cancer Cells" Mar Drugs (2020), 18, 609 DOI: 10.3390/md18120609

50.(K1) Zhidkov M.E., Kaune M., Kantemirov A.V., Smirnova P.A., Spirin P.V., Sidorova M.A., Stadnik S.A., Shyrokova E.Y., Kaluzhny D.N., Tryapkin O.A., Busenbender T., Hauschild J., Rohlfing T., Prassolov V.S., Bokemeyer C., Graefen M., von Amsberg G., Dyshlovoy S.A., "Study of Structure-Activity Relationships of the Marine Alkaloid Fascaplysin and Its Derivatives as Potent Anticancer Agents" Mar Drugs (2022), 20, 3185 DOI: 10.3390/md20030185

51.(K1) Spirin P., Shyrokova E., Lebedev T., Vagapova E., Smirnova P., Kantemirov A., Dyshlovoy S.A., Amsberg Gv., Zhidkov M., Prassolov V. "Cytotoxic Marine Alkaloid 3,10-Dibromofascaplysin Induces Apoptosis and Synergizes with Cytarabine Resulting in Leukemia Cell Death" Mar Drugs (2021), 19, 9489 DOI: 10.3390/md 19090489