Микробиота-ориентированная стратегия диагностики и лечения пациентов в критических состояниях тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Черневская Екатерина Александровна

• Черневская Екатерина Александровна
• доктор наук
• 2026

Оглавление диссертации доктор наук Черневская Екатерина Александровна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. МИКРОБИОТА КИШЕЧНИКА (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1. Определение ключевых понятий

1.2. Микробиота в норме

1.3. Микробиота при критических состояниях

1.4. Метаболическая активность микробиоты

1.5. Связь микробиоты с другими органами и системами

1.6. Антибиотики и микробиота

1.7. Диагностика нарушений микробиоты

1.8. Микробиота-ориентированная коррекция нарушений метаболизма

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Группы пациентов и протоколы клинических исследований

2.2. Методики клинического исследования

2.3. Материалы и методы экспериментального исследования

ГЛАВА 3. ОСОБЕННОСТИ МИКРОБИОТЫ КИШЕЧНИКА ПРИ КРИТИЧЕСКИХ СОСТОЯНИЯХ

3.1. Структурные и функциональные изменения микробиоты кишечника у пациентов при критических состояниях

3.2. Микробиом-ассоциированные предикторы инфекционных осложнений

3.3. Микробиом-ассоцированные предикторы неврологических осложнений

3.4. Связь метаболической дисфункции микробиоты с тяжестью состояния пациентов

3.5. Ароматические микробные метаболиты при септическом шоке

ГЛАВА 4. ИССЛЕДОВАНИЕ ВЛИЯНИЯ МЕТАБОЛИТОВ МИКРОБИОТЫ В

ЭКСПЕРИМЕНТАХ IN VITRO и IN VIVO

4.1. Нарушение фагоцитоза под влиянием ароматических микробных метаболитов in vitro

4.2. Модуляция агрегации тромбоцитов под влиянием ароматических микробных метаболитов in vitro

4.3. Оценка влияния ароматических микробных метаболитов на показатели сердечно-сосудистой системы в эксперименте

4.4. Биотрансформация клинически значимых микробных метаболитов in vitro 164 Глава 5. МИКРОБИОМ-ОРИЕНТИРОВАННАЯ СТРАТЕГИЯ

5.1. Интегральный показатель степени дисфункции микробиоты кишечника

5.2. Оценка эффективности и безопасности микробиота-ориентированной стратегии диагностики и лечения

5.3. Клиническая эффективность микробиота-ориентированной стратегии

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Микробиота-ориентированная стратегия диагностики и лечения пациентов в критических состояниях»

Актуальность темы исследования

Критическое состояние - состояние больного, при котором наблюдаются расстройства физиологических функций и нарушения деятельности отдельных систем, которые не могут спонтанно корректироваться путем саморегуляции и требуют частичной или полной коррекции, или замещения [79]. Современная медицина критических состояний, благодаря достижениям в области анестезии, реанимации, использованию высокотехнологичных методов множественной органной поддержки, ведет к практически неограниченному резерву поддержания жизни пациента [24]. Тем не менее, у части пациентов, перенёсших острое критическое состояние, формируется стойкая зависимость от методов интенсивной терапии, с переходом из острого в продленное критическое состояние, и дальнейшим развитием в хроническое критическое состояние [69, 216]. Идентификация этиологического фактора, вызвавшего критическое состояние, и запуск патогенетических процессов, имеет важное значение лишь на ранних стадиях его развития, в дальнейшем - утрачивает свою специфичность вследствие сходных механизмов развития критических, терминальных и постреанимационных состояний [55]. Типовые патологические процессы, такие как отек, воспаление, нарушения гемодинамики и другие, у этих пациентов затрагивают не только головной мозг, но и весь организм [26]. Нарушения трофики, иммунитета, присоединение инфекционных осложнений замыкают круг патологических процессов, что часто приводит к летальному исходу [18, 20, 70, 269].

Широкое использование антимикробных препаратов, а также инвазивные методы лечения у пациентов в критическом состоянии приводят к росту антибиотикорезистентности микроорганизмов и значительным изменениям в составе микробиоты [299, 320]. Относительно недавно бактерии толстого

кишечника стали рассматривать как один из ключевых факторов, определяющий здоровье и возникновение болезней [101, 109].

Известно, что микробиота кишечника играет важную роль в жизнедеятельности человека: участвует в усвоении питательных веществ и синтезе витаминов, осуществляет защиту от патогенов, регулирует иммунитет, эндокринные функции и высшую нервную деятельность. Однако действительный прорыв в научном понимании роли микробиоты произошел в течение последних 20 лет во многом благодаря развитию молекулярно-генетических методов в биологии [112, 234]. Наряду с таксономическим составом был охарактеризован метаболический потенциал микробиоты человека, играющий не менее важную роль в развитии патологических процессов. Так, установлен факт значительного накопления в сыворотке крови микробных метаболитов ароматических аминокислот фенилаланина и тирозина у пациентов с сепсисом разного генеза: при тяжелых пневмониях, заболеваниях органов брюшной полости, послеоперационных осложнениях в кардиохирургии и др. [265]. Современные представление о связи дисбиоза кишечника и основного заболевания ставит нормализацию кишечного микробиоценоза в ряд необходимых условий адекватной терапевтической тактики [71, 87, 89]. Кишечник представляет собой своеобразный биореактор с практически неограниченным метаболическим потенциалом, определяемым возможностями именно микробиома [259, 323]. Модуляция микробиома, рассматривается как одно из многообещающих и перспективных направлений в лечении пациентов [178, 318].

Таким образом, изучение особенностей видового состава и метаболизма микробиома, его влияния на организм пациента, особенно при критических состояниях, относится к числу фундаментальных проблем патофизиологии. Данное исследовательское направление имеет также важное практическое значение, так как ставит целью повышение качества диагностики и объективной оценки состояния пациентов, включает разработку методов коррекции выявленных нарушений, способствуя улучшению результатов лечения в реаниматологии. Углубленное понимание происходящих процессов при нарушении интеграции

микробиома и макроорганизма, позволит повысить эффективность и предложить инновационные подходы к лечению пациентов в критических состояниях.

Степень разработанности темы исследования

Интерес к изучению микробиома при критических состояниях растет с каждым годом [262]. Основное количество исследований, связанных с оценкой микробиома у пациентов, направлено на изучение таксономического состава, и не включает оценку метаболической дисфункции [303, 305]. Состав микробиома характеризуется аномальными таксономическими изменениями со сниженным альфа-разнообразием и преобладанием оппортунистических патогенов таксонов Enterococcus, Protebacteria, Streptococcus, Clostridium difficile и ряда других [200]. В ряде исследований доминирование данных бактерий в кишечнике напрямую связано с повышенным риском бактеремии и летального исхода [231]. Дисбиоз усугубляется воздействием таких факторов, как антимикробная терапия, дисфункция желудочно-кишечного тракта, измененный состав диеты, парентеральное питание и другие медикаментозные воздействия. В условиях снижения иммунитета повышаются шансы колонизации кишечника агрессивными нозокомиальными штаммами микроорганизмов [91, 253]. Идентификация микроорганизмов у отдельно взятого пациента и уточнение принадлежности генов антибиотикорезистентности к конкретному виду в метагеноме может играть важную роль в подборе персонализированной терапии.

Изучение связи «микробиом-кишечника-мозг» в настоящее время находится в числе самых многообещающих направлений научного поиска для понимания механизмов неврологических осложнений [282, 286]. Новые исследования подтвердили влияние кишечного микробиома на регуляцию работы клеток мозга и нервной системы, передачу нервных импульсов и целостность гематоэнцефалического барьера [127, 252]. Концепция гематоэнцефалического барьера строится на уникальности структурно-функциональных взаимоотношений эндотелия капилляров и нейрональной ткани в головном мозге. Эндотелиоциты

капилляров мозга отличаются от эндотелиальных клеток других органов и тканей высоким содержанием митохондрий [17, 21]. В свою очередь, митохондриальные функции в значительной степени определяются качеством и разнообразием кишечной микробиоты хозяина [101]. При повреждении мозга микробиота оказывает влияние на активацию периферических иммунных клеток [161, 175]. Мозг, в свою очередь, воздействует на микробиоту: биохимические процессы, происходящие в нервной системе, влияют на кишечную микробиоту, что сказывается на работе мозга и поведении человека [137].

Микробиота участвует в модуляции ключевых клеточно-молекулярных механизмов, определяющих патогенез посттравматических осложнений при черепно-мозговой травме, включая нейровоспалительные реакции, деструкцию гематоэнцефалического барьера, системные иммунные ответы, активацию микроглии, митохондриальную дисфункцию, а также нарушения моторики и барьерной функции кишечника [12, 34, 36, 164, 272]. Кроме того, показано, что дисбиоз кишечника еще больше усугубляет поведенческие нарушения на моделях черепно-мозговой травмы и травмы спинного мозга у животных, отрицательно влияет на исход инсульта в эксперименте [271, 340].

Молекулярные механизмы взаимодействия этих трёх систем (нервная, иммунная, микробиота) недостаточно исследованы. Тем не менее, в экспериментальных работах обнаружены факты, указывающие на то, что бактерии и их метаболиты характеризуются двойственностью в развитии патологических процессов нервной ткани, способны как тормозить, так и способствовать их прогрессированию [62, 64, 226, 282]. При сепсисе у пациентов регистрируются значимые изменения в таксономическом составе кишечной микробиоты. Эти изменения сочетаются с увеличением проницаемости кишечной стенки, модификацией иммунореактивности организма и нарастанием популяции антибиотикорезистентных микроорганизмов. Совокупность данных патологических сдвигов приводит к развитию метаболомных нарушений [260, 299, 313].

Таким образом, в настоящее время нет работ, в которых содержался бы интегральный анализ нарушений видового состава и метаболомных изменений микробиоты кишечника при критических состояниях, в том числе у пациентов с хроническими нарушениями сознания с целью коррекции изменений микробиоты и улучшения результатов лечения пациентов. Детальный анализ видового разнообразия микробиоты у пациентов в критических состояниях - актуальная биомедицинская задача, решение которой с помощью метагеномики и метаболомики позволит разработать новые алгоритмы коррекции микробиоты и в итоге улучшить выживаемость таких пациентов. Все вышеизложенное определяет актуальность изучения микробиоты кишечника и определения оптимальных схем лечения, направленных на коррекцию состава микробиоты у пациентов в критических состояниях.

Цель и задачи исследования

Цель исследования: обосновать и разработать комплексную стратегию для повышения эффективности диагностики, профилактики нозокомиальных инфекций и лечения пациентов в критических состояниях с учетом особенностей состава и метаболизма микробиоты кишечника.

Задачи исследования:

1. Выявить особенности таксономического состава микробиоты кишечника и профиля ароматических микробных метаболитов у пациентов в критических состояниях.

2. Определить микробиом-ассоциированные предикторы инфекционных и неврологических осложнений при критических состояниях.

3. Установить связь между ароматическими микробными метаболитами и сывороточными биомаркерами инфекции, воспаления и органной дисфункции.

4. Оценить модулирующее влияние ароматических микробных метаболитов на показатели гемодинамики, параметры фагоцитарной активности нейтрофилов и агрегацию тромбоцитов в эксперименте.

5. Провести сравнительный анализ образования и трансформации ароматических микробных метаболитов в модельном эксперименте in vitro с микробиотой здоровых людей и пациентов с сепсисом

6. Разработать и оценить эффективность микробиом-ориентированной стратегии диагностики, профилактики нозокомиальных пневмоний и лечения пациентов в критических состояниях.

Научная новизна

Заключается в создании научно-практической концепции, в рамках которой микробиота кишечника пациентов в критических состояниях рассматривается как симбиотическая система в единстве с макроорганизмом. Это позволило ввести интегральный показатель степени дисфункции микробиоты, предназначенный для дифференцированной коррекции и повышения эффективности лечения. В ходе выполнения данной работы получены новые результаты:

1. Выявлены особенности таксономического состава микробиоты кишечника и профиля ароматических микробных метаболитов у пациентов в остром и хроническом критических состояниях.

2. Установлены микробиом-ассоциированные предикторы инфекционных и неврологических осложнений при критических состояниях. Впервые у пациентов в хроническом критическом состоянии охарактеризован таксономический состав и совокупность генов резистентности микробиоты кишечника в динамике.

3. Установлена связь ароматических микробных метаболитов и биомаркеров бактериальной инфекции, воспаления и органной дисфункции, отражающая динамику клинического состояния пациентов в критическом состоянии.

4. Подтверждена способность ароматических микробных метаболитов влиять на частоту сердечных сокращений, артериальное давление, фагоцитарную активность нейтрофилов, агрегацию тромбоцитов в эксперименте.

5. Доказано, что при избыточной нагрузке ароматическими микробными метаболитами микробиота здоровых людей способна к их биотрансформации до конечных продуктов микробного метаболизма, в то время как у патобиоты септических пациентов эта функция утрачена, тем самым подтверждена значимость метаболической дисфункции микробиоты в патогенезе сепсиса.

6. Впервые предложен интегральный показатель степени дисфункции микробиоты (легкая, средняя, тяжелая), позволяющий своевременно оптимизировать антимикробную терапию у пациентов с хроническими нарушениями сознания. Разработаны способы лечения и профилактики рецидивов нозокомиальных инфекций у пациентов в хроническом критическом состоянии (патент 2021120556 «Способ лечения и профилактики рецидивов нозокомиальной пневмонии», патент №92023122530/14 «Способ профилактики инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи у пациентов, находящихся в хроническом критическом состоянии»).

Теоретическая и практическая значимость работы

1. Обоснована целесообразность определения таксономического состава микробиоты кишечника и профиля ароматических микробных метаболитов в сыворотке крови, как отражение дисфункции микробиоты кишечника при критических состояниях.

2. Изучены и рекомендованы к внедрению микробиом-ассоциированные предикторы инфекционных и неврологических осложнений при критических состояниях.

3. Установлено, что существующая связь ароматических микробных метаболитов с биомаркерами бактериальной инфекции, воспаления, повреждения головного мозга и сердечной недостаточности, отражает динамику клинического состояния пациентов в критическом состоянии.

4. Доказано, что при избыточной нагрузке сепсис-ассоциированными метаболитами (ФМК, п-ГФМК) микробиота здоровых людей способна к их

биотрансформации до конечных продуктов микробного метаболизма, в то время как у патобиоты септических пациентов эта функция утрачена, тем самым подтверждена значимость метаболической дисфункции микробиоты в патогенезе сепсиса.

5. Обоснована целесообразность активного воздействия на микробиоту пациентов в критическом состоянии на основании экспериментальных исследований.

6. Разработана и внедрена в клиническую практику микробиота-ориентированная стратегия диагностики, профилактики и лечения пациентов с инфекционными осложнениями при критических состояниях, позволяющая дополнительно оценивать степень дисфункции микробиоты и стратифицировать пациентов для соответствующего персонифицированного режима лечения.

Методология и методы исследования

Исследование носило проспективный и ретроспективный характер, и состояло из трех разделов: диагностика и мониторинг нарушений микробиоты кишечника, экспериментальное изучение действия микробных метаболитов в условиях in vitro и in vivo, разработка и клиническая апробация микробиота-ориентированной стратегии у пациентов в критических состояниях. Методология исследования отличалась комплексным подходом, сочетая клинические (включено 269 пациентов) и экспериментальные этапы с использованием современных молекулярно-генетических, микробиологических, биохимических и иммунологических методов: высокопроизводительное секвенирование микробиоты (комплексный анализ микробиоты с использованием секвенирования гена 16S рРНК, полногеномного секвенирования (WGS), метагеномного секвенирования с оценкой хромосомной конформацией (Hi-C)), количественная полимеразная цепная реакция, стандартные и специализированные микробиологические исследования, методы анализа микробных метаболитов и панелей биомаркеров системного воспаления и органной дисфункции.

Процедуры сбора и хранения биологического материала были стандартизированы для обеспечения воспроизводимости и достоверности результатов.

Доклинические исследования in vitro и in vivo были выполнены в соответствии с действующей нормативной документацией и регламентами по проведению биомедицинских исследований, с оценкой эффектов микробных метаболитов на ключевые звенья воспалительного ответа, гемостаза и метаболизма. Клиническая часть работы проводилась в соответствии с международными и национальными рекомендациями по ведению пациентов с критическими состояниями (включая классификацию Sepsis-3, шкалы SOFA, APACHE II) с использованием стандартизированных протоколов обследования, лечения и мониторинга.

Протоколы клинических и лабораторных исследований были одобрены локальными этическими комитетами участвующих учреждений, все пациенты или их законные представители подписали информированное согласие на участие в исследовании. Общие подходы к дизайну исследования и интерпретации данных соответствовали современным требованиям доказательной медицины.

Информационно-аналитическую базу исследования составили международные и российские научные публикации, клинические рекомендации и базы данных (PubMed, Scopus, Web of Science, elibrary и др.), что обеспечило сопоставимость полученных результатов с мировыми данными.

Положения, выносимые на защиту

1. Радикальные изменения таксономического состава микробиоты кишечника приводят к формированию патобиоты с преобладанием провоспалительных микроорганизмов, что связано с развитием инфекционных, неврологических осложнений, способствует прогрессированию критических состояний и неблагоприятному исходу.

2. Нарушение процессов биотрансформации ароматических соединений патобиотой приводит к повышению концентрации ароматических микробных метаболитов в крови, что ассоциируется с повышением риска летального исхода.

3. В экспериментальных исследованиях in vitro и in vivo подтверждена существенная роль ароматических микробных метаболитов в развитии типовых патологических процессов при критических состояниях, что является научным обоснованием для включения целенаправленной модуляции микробиоты в комплекс лечебных мероприятий у данной категории пациентов.

4. Внедрение микробиота-ориентированной стратегии способствует улучшению результатов лечения пациентов в критических состояниях.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Диссертация соответствует паспорту научных специальностей 3.1.12. Анестезиология-реаниматология (п. 4. Механизмы развития, эпидемиология, диагностика и лечение синдромов критических состояний; п. 5. Разработка и совершенствование шкал, алгоритмов и программ для прогнозирования течения и исходов критических состояний; п. 13. Методы и средства мониторинга, поддержания и протезирования жизнеобеспечивающих функций организма; п. 15 Организационно-методические вопросы оказания медицинской помощи по профилю анестезиологии и реаниматологии) и 3.3.3. Патологическая физиология (п. 1 Исследование особенностей этиологических факторов, вызывающих развитие повреждения, и характера их воздействия на уровне клеток, органов и систем организма; п. 2. Изучение механизмов развития заболеваний, типовых патологических процессов и реакций организма на воздействие патогенных факторов, в том числе механизмов формирования патологических систем и нарушений информационного процесса, обуславливающих развитие заболеваний; п. 6. Изучение механизмов, лежащих в основе различных исходов и осложнений болезни; анализ причин и механизмов развития неполного выздоровления и формирования хронического течения

болезни; п. 11. Разработка новых путей этиотропной и патогенетической терапии с учетом взаимодействия лечебных мероприятий с защитно приспособительными реакциями организма).

Степень достоверности и апробации результатов

Достоверность результатов исследования подтверждена достаточным объемом клинического материала, привлечением доказательных методов исследования пациентов, соответствующих поставленной цели и задачам, корректным применением современных математических и статистических методов обработки данных.

Основные результаты диссертационного исследования были доложены и обсуждены на следующих научных конференция и конгрессах на: Всероссийской конференции с международным участием «Проблема инфекции при критических состояниях» (2025 - 2012 Москва, Россия), Всероссийской научно-образовательной конференции «Рекомендации и индивидуальные подходы в анестезиологии и реаниматологии» (2025 - 2023 Геленджик, Россия), Всероссийской конференции с международным участием «Жизнеобеспечение при критических состояниях» (2025 - 2012 Москва, Россия), IX Московском городском съезде анестезиологов и реаниматологов (2024 Москва, Россия), Форуме анестезиологов и реаниматологов России (ФАРР-2023), XXI Съезде Федерации анестезиологов и реаниматологов (2023 Санкт-Петербург, Россия), Российском конгрессе лабораторной медицины (2023 - 2019, 2017 Москва, Россия), Международном конгрессе по целенаправленной фаготерапии (2024 Мальта, 2023, Париж, Франция), конференции «Клиническая диагностика и Персонализированная медицина» (2024, 2022 Москва, Россия), VII Пироговском форуме травматологов и ортопедов, 2022 Махачкала, Республика Дагестан, Россия), Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Эпидемиологическая безопасность медицинской деятельности в условиях пандемии COVID-19»

(2022 Севастополь/онлайн, Россия), 13 международном конгрессе по инсультам (2021 Швейцария, стендовый), Научно-практической конференции «Реабилитационные технологии: наука и практика» (2021 Москва, Россия), конгрессе «Нейрогастро» (2021 Италия, стендовый), Международном симпозиуме по интенсивной и неотложной медицине (2021, 2020, 2019 Брюссель, Бельгия),

VIII Конгрессе с международным участием «Контроль и профилактика инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи» (2020 онлайн, Russia), V научно-практической конференции с международным участием «Стратегия контроля антибиотикорезистентности в стационаре: проблемы и перспективы» (2020 Москва, Russia), XVIII Конгрессе Европейского общества по изучению шока (2019 Ханья, Крит, Греция), конгрессе «Сепсис и полиорганная дисфункция» (2019, 2017, 2015 Веймар, Германия), VI Общероссийской конференции «Контраверсии неонатальной медицины и педиатрии» (2019 Сочи, Россия), Международном сепсис - форуме «Сепсис 2019» (2019 Рио-де-Жанейрo, Бразилия, стендовый), 17-я Международной выставке лабораторного оборудования и химических реактивов «Аналитика Экспо» (2019 Москва, Россия),

IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017» (2017 Москва, Россия).

Внедрение результатов исследования

Результаты диссертационного исследования внедрены в практику работы отделений анестезиологии и реанимации НИИ реабилитологии им. проф. Пряникова И.В. ФНКЦ РР (акт о внедрении результатов исследования от 1 0 июня 2025 года), ФГБНУ «Российский научный центр хирургии имени академика Б.В. Петровского» (акт о внедрении результатов исследования от 23 октября 2025 года), в учебный процесс кафедр общей патологии и анестезиологии-реаниматологии ИВДПО ФНКЦ РР (акт о внедрении результатов исследования от 20 октября 2025 года).

Личный вклад автора

Автором определена тема диссертации, составлен план и программа исследований. Совместно с научными консультантами поставлены цели и задачи. Основные идеи базируются на углубленном изучении современной литературы по проблеме исследования. Автором лично проведено клиническое обследование пациентов, сбор и анализ медицинской информации, полученной в ходе исследования, а также выполнена серия экспериментальных исследований и проведены специализированные лабораторные исследования у пациентов. Исследование связи метаболической дисфункции микробиоты с тяжестью состояния пациентов проведено совместно с Осиповым А. А. (вклад соискателя -60%, отражено в публикации [11, 67]). Исследование динамических изменений концентраций ароматических микробных метаболитов при септическом шоке проведено совместно с Саршор Ю.В. (отражено в публикации [118]). Исследование фагоцитарной активности нейтрофилов под влиянием ароматических микробных метаболитов in vitro проведено совместно с Бедовой А.Ю. (отражено в публикации [11]). Исследование неврологической оценки пациентов в хроническом критическом состоянии проведено совместно с Буяковой И.В. (отражено в публикации [139]). Исследование технологии Hi-C для анализа микробных сообществ выполнено в рамках сотрудничества с ИБГ РАН (отражено в публикации [187]). Соискателем лично получены основные научные результаты диссертации, сформулированы положения, выносимые на защиту, выводы и практические рекомендации. Личный вклад автора в исследование составляет более 90%.

Публикации по теме диссертации

Основное содержание работы отражено в 25 публикациях, в том числе 17 научных статей в журналах, включенных в Перечень ВАК при Минобрнауки

России, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени доктора наук; из них 16 статей в изданиях, индексируемых в международных базах (Scopus, Web of Science), 1 глава в национальном руководстве, 5 глав в монографиях, 2 патента.

Связь задач исследования с проблемным планом медицинских наук

Выполненное диссертационное исследование входит в русло приоритетных направлений развития медицинской науки и здравоохранения Российской Федерации, связанных с изучением фундаментальных механизмов системного воспаления, роли микробиоты и микробных метаболитов при критических состояниях, а также разработкой новых патогенетически обоснованных подходов к терапии пациентов высокого риска, что соотносится, в частности, со Стратегией развития медицинской науки в Российской Федерации на период до 2025 года, Государственной программой Российской Федерации «Развитие здравоохранения», национальными проектами в сфере здравоохранения, а также со Стратегией предупреждения распространения антимикробной резистентности в Российской Федерации на период до 2030 года. Работа соответствует государственным и отраслевым программам, направленным на снижение летальности при критических состояниях, оптимизацию антимикробной терапии и преодоление антибиотикорезистентности, развитию персонализированной медицины и внедрению инновационных биомедицинских технологий, что отражено в стратегических документах, регламентирующих приоритетные направления медицинской науки и совершенствование качества и доступности медицинской помощи.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Черневская Екатерина Александровна, 2026 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алексеева, Н.Ю. От теории к практике: иммунотерапия гнойно-воспалительных заболеваний и гнойно-септических осложнений / Н.Ю. Алексеева, Д.А. Дымников, И.А. Соловьев, О.В. Калюжин // Известия Российской Военно-медицинской академии. - 2021. - Т. 40. - № 3. - С. 19-26.

2. Ардатская, М. Д. Пробиотики, пребиотики и метабиотики в коррекции микроэкологических нарушений кишечника / М. Д. Ардатская // Медицинский совет. - 2015. - № 13. - C. 94-99.

3. Ардатская, М. Д. Роль синбиотиков в коррекции нарушений микробиоты кишечника и повышенной проницаемости кишечной стенки / М. Д. Ардатская // Consilium Medicum. - 2024. - Т. 26. - №. 5. - С. 332-340.

4. Бабкина, А. С. Биологические маркеры повреждения и регенерации центральной нервной системы / А. С. Бабкина, А. А. Баева, А. Р. Баширова [и др.]. -ООО "ВЦИ". - 2021. - 432 с.

5. Баранич, А. И. Коагулопатия, ассоциированная с острым периодом черепно-мозговой травмы / А. И. Баранич, А. А. Сычев, И. А. Савин, А. А. Полупан,

A. В. Ошоров, А. А. Потапов // Общая реаниматология. - 2020. - Т. 16. - №. 1. -С. 27-34.

6. Белкин, А. А. Хронические нарушения сознания: клинические рекомендации Общероссийской общественной организации «Федерация анестезиологов и реаниматологов» / А. А. Белкин, Е. В. Александрова, Т.В. Ахутина [и др.] //Вестник интенсивной терапии имени А.И. Салтанова. - 2023. - №. 3. - С. 7-42.

7. Белобородов, В. Б. Программа СКАТ (Стратегия Контроля Антимикробной Терапии) при оказании стационарной медицинской помощи. Методические рекомендации для лечебно-профилактических учреждений Москвы /

B. Б. Белобородов, Н. И. Брико, Е. Б. Брусина, В.Г. Гусаров, Е. В. Елисеева, М. В. Журавлева, М. Н. Замятин, С. К. Зырянов, В. Г. Кукес, Д. А. Попов, Д. Н. Проценко, С. В. Сидоренко, М. П. Суворова, С. В. Яковлев // Consilium Medicum. - 2017. - Т. 19. - №. 7-1. - С. 15-51.

8. Белобородова, Н.В. Сепсис. Метаболомный подход / Н.В. Белобородова; -Москва: Издательство «МИА», 2018. - 272 с.

9. Белобородова, Н. В. Метаболизм микробиоты при критических состояниях (обзор и постулаты) / Н.В. Белобородова // Общая реаниматология. - 2019. - Т. 15. -№. 6. - С. 62-79.

10. Белобородова, Н. В. Адаптивная фаготерапия пациентов с рецидивирующими пневмониями (пилотное исследование) / Н. В. Белобородова, А. В. Гречко, М. М. Гуркова, А. Ю. Зурабов, Ф. М. Зурабов, А. Н. Кузовлев, А. Ю. Меглей, М. В. Петрова, В. М. Попова, И. В. Редкин, Н. И. Сергеев, Е. А. Черневская, М. Ю. Юрьев, А. А. Яковлев //Общая реаниматология. - 2021. -Т. 17. - №. 6. - С. 4-14.

11. Белобородова, Н.В., Мороз В.В., Бедова А.Ю., Осипов А.А., Саршор Ю.Н., Черневская Е.А. Участие ароматических микробных метаболитов в развитии тяжелой инфекции и сепсиса / Н. В. Белобородова, В. В. Мороз, А. Ю. Бедова,

A. А. Осипов, Ю. Н. Саршор, Е. А. Черневская // Анестезиология и реаниматология. - 2016. - Т. 63. - № 3. - C. 202-208.

12. Белоусова, Е. А. Социально-демографическая характеристика, особенности течения и варианты лечения воспалительных заболеваний кишечника в России. Результаты двух многоцентровых исследований / Е. А. Белоусова, Д. И. Абдулганиева, О.П. Алексеева [и др.] //Альманах клинической медицины. -2018. - Т. 46. - №. 5. - С. 445-463.

13. Берикашвили, Л. Б. Иммунный статус при хроническом критическом состоянии. Систематический обзор / Л. Б. Берикашвили, А. В. Гейзе, Р. А. Корнелюк, Г. П. Плотников // Вестник интенсивной терапии имени А.И. Салтанова. - 2023. -№ 1. - C. 133-144.

14. Беседнова, Н. Н. Влияние микро и нанопластика на слизистую оболочку желудочно-кишечного тракта и кишечный микробиом / Н. Н. Беседнова, М. Ю. Щелканов, Т. С. Запорожец, И. В. Галкина, И. В. Гмошинский,

B. А. Тутельян Влияние микрои нанопластика на слизистую оболочку желудочно-

кишечного тракта и кишечный микробиом // Вопросы питания. - 2023. - Т. 92. -№ 6 (550). - С. 6-17.

15. Брагина, Т. В. Структура маркеров микробиоты кишечника в крови у спортсменов и их взаимосвязь с рационом питания / Т. В. Брагина, С. А. Шевелева, Е. В. Елизарова, С. М.Рыкова, В. А. Тутельян //Вопросы питания. - 2022. - Т. 91. -№. 4 (542). - С. 35-46.

16. Булава, Г.В. Патогенетические механизмы органной дисфункции при тяжелой сочетанной травме / Г.В. Булава // Журнал им. Н.В. Склифосовского «Неотложная медицинская помощь». - 2023. - Т. 12. - № 1. - С. 92-98.

17. Васина, Л. В. Функциональная гетерогенность эндотелия (обзор) / Л. В. Васина, Т. Д. Власов, Н. Н. Петрищев // Артериальная гипертензия. - 2017. -Т. 23. - №. 2. - С. 88-102.

18. Витковская, С.В. Хронические критические состояния (обзор литературы) / С. В. Витковская, М. В. Петрова, В. Т. Долгих, Э. Г. Погосян // Вестник Всероссийского общества специалистов по медико-социальной экспертизе, реабилитации и реабилитационной индустрии. - 2022. - № 2. - С. 66-84.

19. Голубев, А. М. Молекулярные маркеры ишемического инсульта/ А. М. Голубев, М. В. Петрова, А. В. Гречко, В. Е. Захарченко, А. Н. Кузовлев,

A. В. Ершов //Общая реаниматология. - 2019. - Т. 15. - №. 5. - С. 11-22.

20. Гребенчиков, О.А. Отдаленные исходы сепсиса (Мини-обзор) / О. А. Гребенчиков, А.Н. Кузовлев // Биохимия. - 2021. - Т. 86. - № 5. - С. 667-671.

21. Гребенчиков, О.А. Эндотелиальная дисфункция как важнейший патогенетический фактор развития критического состояния / О. А. Гребенчиков,

B. Т. Долгих, М. Д. Прокофьев // Вестник Сургу. Медицина. - 2021. - Т. 49. - № 3. -

C. 50-59.

22. Гречко, А. В. Нутритивная поддержка пациентов с коронавирусной инфекцией СОУГО-19/ А. В. Гречко, Е. А. Евдокимов, О.Н. Котенко [и др.] //Клиническое питание и метаболизм. - 2020. - Т. 1. - №. 2. - С. 56-91.

23. Гречко, А.В. Профилактика рецидивов нозокомиальных пневмоний с использованием комплекса бактериофагов в ОРИТ/ А. В. Гречко, М. М. Гуркова,

М. А. Жданова, А. Ю. Зурабов, Ф. М. Зурабов, А. Н. Кузовлев, М. В. Петрова, П. А. Поляков, Д. В. Чебоксаров, Е. А. Черневская, М. Ю. Юрьев, А. А. Яковлев // Анестезиология и реаниматология. - 2024. - № 2. - C. 39-48.

24. Григорьев, Е.В. Неудачи интенсивного лечения полиорганной недостаточности: патофизиология и потребность в персонификации (обзор литературы) / Е. В. Григорьев, Д. Л. Шукевич, Г. П. Плотников [и др.] // Вестник Интенсивной Терапии Имени А.И. Салтанова. - 2019. - Неудачи интенсивного лечения полиорганной недостаточности. - № 2. - С. 48-57.

25. Грицан, И.А. Факторы риска, микробный спектр и эффективность антибактериальной терапии при лечении вентилятор-ассоциированной пневмонии у пациентов с инсультами / А. И. Грицан, Н. Ю. Довбыш, А. А. Газенкампф [и др.] // Вестник анестезиологии и реаниматологии. - 2014. - Т. 11, № 4. - С. 18-30.

26. Долгих, В. Т. Патогенетические факторы повреждения сердца при острой смертельной кровопотере и после оживления / В. Т. Долгих //Вестник СурГУ. Медицина. - 2020. - №. 3 (45). - С. 53-61.

27. Душина, Т.С. Особенности взаимосвязи параметров микробиоты кишечника с клиническими и биохимическими показателями у лиц с ожирением молодого возраста / Т. С. Душина, Л. А. Суплотова, С. М. Кляшев, М. В. Николенко, Е. Ф. Дороднева // Проблемы Эндокринологии. - 2024. - Т. 70. - № 4. - С. 84-93.

28. Дягилева, А. Ю. Клинико-эпидемиологический анализ кишечных инфекций в детском инфекционном стационаре, опыт использования шкалы PEWS / А. Ю. Дягилева, А. Ю. Солодовникова, С. К. Пылаева [и др.] //Детские инфекции. -2024. - Т. 23. - №. 2. - С. 17-21.

29. Ершов, В. И. Распространенность и влияние белково-энергетической недостаточности на осложнения и исход тяжелого инсульта, требующего респираторной поддержки: многоцентровое проспективное наблюдательное исследование / В. И. Ершов, И. Н. Лейдерман, А. А. Белкин, В. И. Горбачев, А. И. Грицан, К. М. Лебединский, С. С. Петриков, Д. Н. Проценко, А. А. Солодов, А. В. Щеголев, А. А. Борздыко, А. С. Добрынин, В. В. Силкин, И. Б. Заболотских //Вестник интенсивной терапии имени АИ Салтанова. - 2024. - №. 1. - С. 58-68.

30. Жданов, В. В. Роль внутриклеточных сигнальных молекул в продукции гранулоцитарного КСФ мононуклеарными фагоцитами при стрессе и цитостатическом воздействии / В. В. Жданов, Л. А. Мирошниченко, Г. Н Зюзьков [и др.] //Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2021. - Т. 171. -№. 4. - С. 413-417.

31. Жиркова, Е. А. Биомаркеры воспаления при острой дыхательной недостаточности у пациентов с ингаляционной травмой / Е.А. Жиркова, Т. Г. Спиридонова, А. В. Сачков [и др.] //Анестезиология и реаниматология. - 2022. - №. 5. - С. 23-29.

32. Заболотских, И. Б. Анестезиолого-реанимационное обеспечение пациентов с новой коронавирусной инфекцией СОУГО-19. Методические рекомендации Общероссийской общественной организации «Федерация анестезиологов и реаниматологов»/ И. Б. Заболотских, М. Ю. Киров, К. М. Лебединский [и др.] //Вестник интенсивной терапии имени АИ Салтанова. - 2021. - №. 1-Б. - С. 9-143.

33. Заболотских, И. Б. Пациенты высокого периоперационного риска: два подхода к стратификации/ И. Б. Заболотских, Н. В. Трембач // Вестник интенсивной терапии имени АИ Салтанова. - 2019. - №. 4. - С. 34-46.

34. Захарова, Ю. В. Современные представления о таксономии, морфологических и функциональных свойствах бифидобактерий / Ю. В. Захарова, Л. А. Леванова //Фундаментальная и клиническая медицина. - 2018. - Т. 3. - №. 1.

- С. 90-101.

35. Карпов, О.Э. Оценка эффективности применения стратегии сдерживания антибиотикорезистентности: результаты десятилетнего исследования в многопрофильном стационаре / О. Э. Карпов, В. Г. Гусаров, Д. А. Камышова, О. А. Орлова, Л. В. Петрова, А. Э. Хакулова, А. И. Пивкина, М. Н. Замятин // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2023. - Т. 25. - № 3.

- С. 283-295.

36. Кожевников, А. А. Кишечная микробиота: современные представления о видовом составе, функциях и методах исследования / А. А. Кожевников,

К. В. Раскина, Е. Ю. Мартынова [и др.] //РМЖ. - 2017. - Т. 25. - №. 17. - С. 12441247.

37. Козлов, И. А. Информативность натрийуретического пептида В-типа при реваскуляризации миокарда с искусственным кровообращением / И. А. Козлов, Л. А. Кричевский, В. Ю. Рыбаков //Вестник анестезиологии и реаниматологии. -2024. - Т. 21. - №. 4. - С. 6-18.

38. Козлов, И. А. Прогностическая значимость биомаркера NT-proBNP при хирургическом лечении аортального стеноза (пилотное исследование) / И. А. Козлов, Л. А. Кричевский, В. Ю. Рыбаков //Вестник анестезиологии и реаниматологии. - 2023. - Т. 20. - №. 3. - С. 6-19.

39. Козлов, И. А. Оценка биомаркера напряжения миокарда NT-proBNP в реальной клинической практике / И. А. Козлов, Д. А. Соколов //Общая реаниматология. - 2023. - Т. 19. - №. 1. - С. 4-12.

40. Кондратьева, Е. А. Симптомы диссоциации и разобщения у пациентов с хроническим нарушением сознания / Е.А. Кондратьева, Л. Б. Лихтерман, Н. Е. Захарова, Н. Е. Иванова, А. Н. Кондратьев // Анестезиология и реаниматология. - 2022. - № 6. - С. 75-82.

41. Кондратьева, Е. А. Определение признаков сознания и прогнозирование исхода у пациентов в вегетативном состоянии /|Е. А. Кондратьева, И. А. Авдюнина, А. Н. Кондратьев, А. Ю. Улитин, Н. Е. Иванова, М. В. Петрова, Е. В. Лугинина, А. В. Гречко // Вестник Российской академии медицинских наук. - 2016. - Т. 71. -№. 4. - С. 273-280.

42. Кочкин, А. А. Современная вазопрессорная терапия септического шока (обзор) / А. А. Кочкин, А. Г. Яворовский, Л. Б. Берикашвили, В. В. Лихванцев //Общая реаниматология. - 2020. - Т. 16. - №. 2. - С. 77-93.

43. Кричевский, Л. А. Системный воспалительный ответ в кардиохирургии / Л. А. Кричевский, В. Ю. Рыбаков, А. А. Дворядкин, Д. Н.Проценко //Анестезиология и реаниматология. - 2021. - №. 3. - С. 94-102.

44. Куликова, Н. Г. Микробиоценоз кишечника с позиции теории саморегуляции / Н. Г. Куликова, А. А. Плоскирева, В. Г. Акимкин //Медицинский Оппонент. - 2022. - №. 3. - С. 14-20.

45. Лагутина, С. Н. Особенности биоразнообразия кишечной микробиоты у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника и метаболическими нарушениями (обзор литературы) / С. Н. Лагутина, А. А. Зуйкова //Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины. - 2023. - Т.38. - №2. 2. - С. 5763.

46. Лапин, К. С. Влияние мультизональной деконтаминации верхних дыхательных путей на частоту вентилятор-ассоциированной пневмонии: многоцентровое рандомизированное пилотное исследование / К. С. Лапин, Е. В. Фот, В. В. Кузьков, М. Ю. Киров // Вестник интенсивной терапии имени А.И. Салтанова. - 2023. - №. 3. - С. 66-81.

47. Ласукова, Т. В. Роль NO-синтазы в реализации кардиопротективного эффекта соединений гуминовой природы на модели ишемии и реперфузии изолированного сердца крыс / Т.В. Ласукова, М.В. Зыкова, М.В. Белоусов,

A.С. Горбунов, Л.А. Логвинова, Дыгай А.М. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2018. - Т. 166. - №. 11. - С. 537-540.

48. Лебединский, К. М. Анестезиологическая летальность: основные причины и факторы риска. Обзор литературы / К. М. Лебединский, В. Л. Беликов, Е. И. Гузовский //Вестник интенсивной терапии имени АИ Салтанова. - 2024. -№. 3. - С. 85-95.

49. Лекманов, А. У. Современные дефиниции и принципы интенсивной терапии сепсиса у детей / А. У. Лекманов, П. И. Миронов, В. А. Руднов,

B. В. Кулабухов //Вестник анестезиологии и реаниматологии. - 2018. - Т. 15. - №2. 4. - С. 61-69.

50. Лестева Н. А. Динамика лабораторных маркеров системного воспаления при нейрохирургических операциях с использованием a-2-адреноагонистов / Н. А. Лестева, Н. В. Дрягина, А. Н. Кондратьев // Вестник анестезиологии и реаниматологии. - 2023. - Т. 20. - №. 6. - С. 19-27.

51. Логинов, В. А. Диагностика нарушений микробиома при заболеваниях желудочно-кишечного тракта / В. А. Логинов //Вестник Национального медико-хирургического Центра им. НИ Пирогова. - 2014. - Т. 9. - №. 4. - С. 104-107.

52. Малаева Е. Г. Микробиота и долгосрочный прогноз при циррозе печени / Е. Г. Малаева, И. О. Стома //Архивъ внутренней медицины. - 2024. - Т. 14. - №. 3. -С. 213-220.

53. Мороз, В. В. Респираторная поддержка в безопасном режиме при нозокомиальной пневмонии / В. В. Мороз, А. Н. Кузовлев, А. М. Голубев, В. В. Стец, С. Г. Половников //Общая реаниматология. - 2015. - Т. 11. - №. 2. - С. 6-17.

54. Мороз, В. В. Фенилкарбоновые кислоты в оценке тяжести состояния и эффективности лечения больных в реаниматологии / В. В. Мороз, Н. В. Белобородова, А. А. Осипов, А. В. Власенко, А. Ю. Бедова, А. К. Паутова // Общая реаниматология. - 2016. - Т. 12. - №. 4. - С. 37-48.

55. Мороз, В. В. Реаниматология-настоящее и будущее / В. В. Мороз // Общая реаниматология. - 2005. - Т. 1. - №. 1. - С. 6-8.

56. Мороз, В. В. Сепсис: принципы диагностики / В. В. Мороз, А. М. Голубев // Общая реаниматология. - 2013. - Т. 9. - №. 6. - С. 5-10.

57. Мороз, В.В. Морфологические особенности эритроцитов у больных с тяжелой сочетанной травмой / В. В. Мороз, Е. А. Мягкова, В. А. Сергунова [и др.] // Общая реаниматология. - 2013. - Т. 9. - № 3. - С. 14-23.

58. Мороз, В.В. Острая кровопотеря: регионарный кровоток и микроциркуляция (обзор, часть I) / В. В Мороз, И. А. Рыжков // Общая реаниматология. - 2016. - Т. 12. - № 2. - С. 66-89.

59. Никонов, Е. Л. Трансплантация фекальной микробиоты или пробиотики? / Е. Л. Никонов, В. А. Аксенов // Доказательная гастроэнтерология. - 2017. - Т. 6. -№. 3. - С. 19-25.

60. Образцов, И. В. Функциональная активность нейтрофилов при ожоговом сепсисе / И. В. Образцов, М. А. Годков, В. В. Кулабухов, Г. А. Владимирова, Д. Ю. Измайлов, Е. В. Проскурнина //Общая реаниматология. - 2017. - Т. 13. - №. 2. - С. 40-51.

61. Овезов, А. М. Когнитивная дисфункция и общая анестезия: от патогенеза к профилактике и коррекции / А. М. Овезов, М. В. Пантелеева, А. В. Князев, А. В. Луговой, С. В. Брагина // Неврология, нейропсихиатрия, психосоматика. -2016. - Т. 8. - №. 3. - С. 101-105.

62. Олескин, А. В. Пробиотики, психобиотики и метабиотики: проблемы и перспективы / А. В. Олескин, Б. А. Шендеров // Физическая и реабилитационная медицина, медицинская реабилитация. - 2020. - Т. 2. - №. 3. - С. 233-243.

63. Олескин, А. В. Социальность микроорганизмов и взаимоотношения в системе микробиота-хозяин: роль нейромедиаторов / А. В. Олескин, Б. А. Шендеров, В. С. Роговский //Москва: Изд-во МГУ. - 2020. - 286 с.

64. Олескин, А. В. Межмикробные химические взаимодействия и диалог микробиота-хозяин: роль нейромедиаторов / А. В. Олескин, Г. И. Эль-Регистан, Б. А. Шендеров //Микробиология. - 2016. - Т. 85. - №. 1. - С. 3-25.

65. Орлов, Ю. П. Анемия воспаления: особенности, необходимость и возможность коррекции. Обзор литературы / Ю. П. Орлов, Н. В. Говорова, Ю. А. Ночная, В. А. Руднов //Вестник интенсивной терапии имени АИ Салтанова.

- 2019. - №. 1. - С. 20-35.

66. Орлова, А. А. Метаболомное профилирование крови пациентов с хроническим нарушением сознания / А. А. Орлова, Е. А. Кондратьева, Я. А. Дубровский [и др.] //Общая реаниматология. - 2022. - Т. 18. - №. 2. - С. 22-36.

67. Осипов, А.А. Участие метаболитов микробиоты в развитии критического состояния у пострадавших с черепно-мозговой травмой / А. А. Осипов, А. В. Власенко, Е. А. Черневская, А. Ю. Бедова, М. Л. Гецина, Ю. Н. Саршор, Н. В. Белобородова // Медицинский алфавит. Неотложная медицина. - 2013. - Т. 4.

- № 26. - С. 12-15.

68. Остапченко, Д.А. Современные подходы к терапии травматического шока (обзор) / Д.А. Остапченко, А.И. Гутников, Л.А. Давыдова // Общая реаниматология.

- 2021. - Т. 17. - № 4. - С. 65-76.

69. Парфенов, А. Л. Формирование коморбидности у пациентов с тяжелым повреждением мозга и исходом в хроническое критическое состояние (обзор) /

А. Л. Парфенов, М. В. Петрова, И. М. Пичугина, Е. В. Лугинина //Общая реаниматология. - 2020. - Т. 16. - №. 4. - С. 72-89.

70. Парфёнов, А.Л. Хроническое критическое заболевание: современные аспекты проблемы (обзор) / А.Л. Парфёнов, В.П. Разживин, М.В. Петрова // Современные Технологии В Медицине. - 2022. - Т. 14. - Хроническое критическое заболевание. - № 3. - С. 70-83.

71. Петрова, М. В. Нутритивная реабилитация пациентов после выхода из комы/ М. В. Петрова, А. Е. Шестопалов, А. В. Яковлева, К. Ю. Крылов, Э. М. Менгисту //Физическая и реабилитационная медицина, медицинская реабилитация. - 2020. - Т. 2. - №. 1. - С. 28-37.

72. Пирадов М. А. и др. Хронические нарушения сознания: терминология и диагностические критерии. Результаты первого заседания Российской рабочей группы по проблемам хронических нарушений сознания / М. А. Пирадов, Н. А. Супонева, И. А. Вознюк [и др.] //Анналы клинической и экспериментальной неврологии. - 2020. - Т. 14. - №. 1. - С. 5-16.

73. Пирадов, М. А. Пластичность мозга и современные технологии нейрореабилитации / М. А. Пирадов, Л. А. Черникова, Н. А. Супонева //Вестник Российской академии наук. - 2018. - Т. 88. - №. 4. - С. 299-312.

74. Попенко, А. С. Биоинформационное исследование таксономического состава микробиоты кишечника человека. Дис. канд. биол. наук: 03.01.09. - 2015. -140 с.

75. Пятченков, М.О Изменения состава кишечной микробиоты и содержания уремических токсинов микробного происхождения у больных, находящихся на программном гемодиализе/ М.О. Пятченков, Е.В. Щербаков, А.Е. Трандина [и др.] // Вестник Российской военно-медицинской академии. - 2024. - Т. 26. - № 1. -C. 51-60.

76. Рей, С. И. Динамика органной дисфункции и маркеров воспаления у пациентов с септическим шоком при мультимодальной гемокоррекции: мультицентровое, рандомизированное, контролируемое исследование / С. И. Рей,

В. В. Кулабухов, А. Ю. Попов [и др.] //Вестник интенсивной терапии имени А. И. Салтанова. - 2023. - №. 4. - С. 60-71.

77. Руднов, В. А. Сепсис и терагностика. На пути к персонализированной медицине / В. А. Руднов, В. В. Кулабухов //Вестник анестезиологии и реаниматологии. - 2015. - Т. 12. - №. 6. - С. 60-67.

78. Руднов, В. А. Сепсис-3: обновленные ключевые положения, потенциальные проблемы и дальнейшие практические шаги / В. А. Руднов,

B. В. Кулабухов //Вестник анестезиологии и реаниматологии. - 2016. - Т. 13. - №. 4.

- С. 4-11.

79. Рябов, Г.А. Критические состояния в хирургии / Г.А. Рябов // М.: Медицина, 1979. - 320 с.

80. Салмаси, Ж. М. Ведущие механизмы иммунопатогенеза при различных видах воспаления (инфекционном, аутоиммунном, атопическом) / Ж.М. Салмаси, Г.В. Порядин, А.Н. Казимирский // Российский Иммунологический Журнал. - 2019.

- Т. 13. - № 2-1 (22). - С. 518-520.

81. Свиридов, С. В. Успехи сукцинатов и перспективы использования при критических состояниях/ С. В. Свиридов, А. В. Бутров, В. В. Афанасьев, Ю. П. Орлов, А. Ю. Петров //Антибиотики и Химиотерапия. - 2024. - Т. 69. -№ 7-8. - С. 80-91.

82. Ситкин, С. И. Микробиом, дисбиоз толстой кишки и воспалительные заболевания кишечника: когда функция важнее таксономии / С. И. Ситкин, Т. Я. Вахитов, Е. В. Демьянова // Альманах клинической медицины. - 2018. -№ 46 (5). - С. 396-425

83. Ситкин, С. И. Филометаболическое ядро микробиоты кишечника /

C. И. Ситкин, Е. И. Ткаченко, Т. Я. Вахитов //Альманах клинической медицины. -2015. - №. 40. - С. 12-34.

84. Спиридонова, Т. Г. Ожоги, сепсис и прокальцитонин / Т. Г. Спиридонова, Е. А. Жиркова, А. В. Сачков, С. С. Петриков //Журнал им. Н. В. Склифосовского «Неотложная медицинская помощь». - 2024. - Т. 13. - №. 3. - С. 480-491.

85. Суворова, Г. Н. Гистологическая картина и микробный пейзаж при язвенном колите/ Г. Н. Суворова, Ю. В. Мякишева, С. Е. Каторкин [и др.] //Вестник новых медицинских технологий. - 2018. - Т. 25. - №. 4. - С. 170-175.

86. Торопов, В. А. Выявление генов бактериоцинов у пробиотических штаммов молочнокислых бактерий Lactobacillus Acidophilus Д № 75 и Lactobacillus Acidophilus Д № 76 / В. А. Торопов, О. Н. Шалаева, Е. К. Рощина, Т. Я. Вахитов, С. И. Ситкин // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. - 2016. -№ 10. - C. 58-65.

87. Усенко, Д. В. Нарушение микробиоты кишечника в остром периоде инфекционной диареи у детей и сравнительная оценка влияния последующей терапии нифуроксазидом и препаратами группы цефалоспоринов/ Д.В. Усенко, А.В. Горелов, В.Е. Одинцова [и др.] // Инфекционные болезни. - 2020. - Т. 18. -№ 3. - С. 88-97.

88. Федотчева, Н. И. Влияние микробных метаболитов на функции митохондрий в условиях ацидоза и дефицита субстратов окисления / Н. И. Федотчева, В. В. Теплова, Н. В. Белобородова // Биологические мембраны. -2019. - Т. 36. - №. 1. - С. 44-52.

89. Фоминых, Ю. А. Практические рекомендации для терапевтов по диагностике и лечению нарушений микробиоты при заболеваниях пищеварительной системы / Ю. А. Фоминых, К. Н. Наджафова //Университетский терапевтический вестник. - 2021. - Т. 3. - №. 4. - С. 155-165.

90. Хомякова, Т. И. Биомаркеры повреждения эндотелия и их роль в прогнозировании развития сепсиса и септического шока / Т. И. Хомякова, М. А. Бабаев, Е. А. Пономаренко, Ю. Н. Хомяков // Молекулярная медицина. - 2024. - Т. 22. - №. 1. - С. 21-28.

91. Хорошилов, И. Е. Кахексия и саркопения у онкологических пациентов: диагностика и лечебная тактика / И. Е. Хорошилов // Клиническое питание и метаболизм. - 2020. - Т. 1. - №. 1. - С. 36-46.

92. Хорошилов, С. Е. Влияние экстракорпоральной детоксикации на уровень ароматических микробных метаболитов в сыворотке крови при инфекционных

осложнениях/ С. Е. Хорошилов, Н. В. Белобородова, А. В. Никулин, А. Ю. Бедова // Общая реаниматология. - 2015. - Т. 11. - №. 5. - С. 6-14.

93. Ценципер, Л. М. N-терминальный промозговой натрийуретический пептид-биомаркер острого повреждения головного мозга / Л. М. Ценципер,

A. Н. Кондратьев, Н. В. Дрягина // Анестезиология и реаниматология. - 2015. -Т. 60. - №. 4. - С. 24-27.

94. Черневская, Е. А. Микробиота кишечника при критических состояниях (обзор) / Е. А. Черневская, Н. В. Белобородова // Общая реаниматология. - 2018. -Т. 14. - №. 5. - С. 96-119.

95. Черневская, Е.А. Сепсис-ассоциированные метаболиты и их биотрансформация кишечной микробиотой / Е. А. Черневская, М. Л. Гецина, Р. А. Черпаков, Е. А. Сорокина, А. К. Шабанов, В. В. Мороз, Н. В. Белобородова // Общая реаниматология. - 2023. - Т. 19. - № 6. - C. 4-12.

96. Черневская, Е. А. Таксономический дисбиоз микробиоты и сывороточные биомаркеры как отражение тяжести поражения центральной нервной системы / Е. А. Черневская, А. Ю. Меглей, И. В. Буякова, Н. Ю. Ковалева, К. М. Горшков,

B. Е. Захарченко, Н. В. Белобородова // Вестник Российского государственного медицинского университета. - 2020. - № 5. - C. 58-65.

97. Чучалин, А. Г. Клинические рекомендации по диагностике, лечению и профилактике тяжелой внебольничной пневмонии у взрослых / А. Г. Чучалин, А. И. Синопальников, Р. С. Козлов [и др.] //Consilium medicum. - 2015. - Т. 17. -№ 3. - С. 8-37.

98. Шабанов, А. К. Тяжелая сочетанная черепно-мозговая травма: особенности клинического течения и исходы / А. К. Шабанов, В. И. Картавенко,

C. С. Петриков [и др.] // Журнал им. НВ Склифосовского «Неотложная медицинская помощь». - 2017. - Т. 6. - №. 4. - С. 324-330.

99. Шевелев, О. А. Механизмы нейропротекции при церебральной гипотермии (обзор) / О. А. Шевелев, М. В. Петрова, Ш. Х. Саидов, Н. А. Ходорович, П. Прадхан // Общая реаниматология. - 2019. - Т. 15. - №. 6. - С. 94-114.

100. Шендеров, Б. А. Роль митохондрий в профилактической, восстановительной и спортивной медицине / Б. А. Шендеров // Вестник восстановительной медицины. - 2019. - Т.1. - №. 83. - С. 21-31.

101. Шестопалов, А. В. Алкилрезорцинолы-новые потенциальные биорегуляторы в системе суперорганизма (человек-микробиота) / А. В. Шестопалов, А. М. Гапонов, А. А. Заболотнева [и др.] // ИзвестияРоссийской академии наук. Серия биологическая. - 2022. - №. 3. - С. 246-257.

102. Шестопалов, А.Е. Метаболические предикторы жизнеугрожающих состояний у больных в хроническом критическом состоянии / А. Е. Шестопалов, А.В. Яковлева, О.Б. Лукьянец, М.В. Петрова // Клиническое питание и метаболизм. - 2022. - Т. 3. - № 1. - C. 38-49.

103. Шестопалов, А. В. Изучение содержания метаболитов обмена триптофана в сыворотке крови и каловых экстрактах у детей с ожирением/

A. В. Шестопалов, О. П. Шатова, А.М. Гапонов [и др.] //Биомедицинская химия. -2020. - Т. 66. - №. 6. - С. 494-501.

104. Шрайнер, Е. В. Опыт проведения трансплантации фекальной микробиоты у пациентки с клостридиальной инфекцией / Е. В. Шрайнер,

B. В. Морозов, А. И. Хавкин [и др.] // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. - 2018. - №. 12 (160). - С. 80-83.

105. Щербаков, П.Л. Применение фекальной трансплантации в лечении заболеваний пищеварительного тракта (первый клинический опыт) / П. Л. Щербаков Н. Д. Белова, Э. В. Генерозов [и др.] // Доктор.Ру. - 2019. - № 3 (158). - С. 40-46.

106. Эфендиев, А. М. Клиническая информативность цитокинов при оценке тяжести течения сепсиса / А. М. Эфендиев, Н. Т. Керимова // Российский Педиатрический Журнал. - 2022. - Т. 3. - № 1. - С. 360.

107. Яковлев, А. А. Объективизация выбора тактики лечения декубитальных язв у пациентов, находящихся в хроническом критическом состоянии, обусловленном поражением головного мозга: дис...канд. мед. наук:14.01.17. Яковлев Алексей Александрович. - М.,2020. - 152 с.

108. Яковлев, С. В. Распространённость и клиническое значение нозокомиальных инфекций в лечебных учреждениях России: исследование ЭРГИНИ / С. В. Яковлев, М. П. Суворова, В. Б. Белобородов [и др.] // Антибиотики и химиотерапия. - 2016. - Т. 61. - №. 5-6. - С. 32-42.

109. Яковлева, А. В. Факторы, ограничивающие проведение нутритивной поддержки у пациентов в хроническом критическом состоянии / А. В. Яковлева, А. А. Яковлев, О. Б. Лукьянец, К. Ю. Крылов, А. Е. Шестопалов // Вопросы питания.

- 2020. - Т. 89. - №. 6. - С. 31-37.

110. Akpnar, C.K. Can C-reactive protein-albumin ratio be a prognostic factor in acute stroke patients undergoing mechanical thrombectomy? / C.K. Akpnar, O. Kocaturk, O. Aykac [et al.] // Clinical Neurology and Neurosurgery. - 2023. - Vol. 231. - P. 107856.

111. Al Tmimi, L. Serum protein S100 as marker of postoperative delirium after off-pump coronary artery bypass surgery: secondary analysis of two prospective randomized controlled trials / L. Al Tmimi, M. Van De Velde, B. Meyns [et al.] // Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. - 2016. - Vol. 54, No. 10. - P. 1671-1680.

112. Albert, H. Uncovering the Mysteries of the Gut-Brain Connection / H. Albert // Inside Precision Medicine. - 2024. - Vol. 11, No. 5. - P. 6-10.

113. Almeida, G.M.F. Bacteriophage Adherence to Mucus Mediates Preventive Protection against Pathogenic Bacteria / G.M.F. Almeida, E. Laanto, R. Ashrafi [et al.] // mBio. - 2019. - Vol. 10, No. 6. - P. e01984-19.

114. Baudry, L. MetaTOR: A Computational Pipeline to Recover High-Quality Metagenomic Bins From Mammalian Gut Proximity-Ligation meta3C Libraries / L. Baudry, T. Foutel-Rodier, A. Thierry [et al.] // Frontiers in Genetics. - 2019. - Vol. 10.

- P. 753.

115. Beloborodova, N. Influence of Microbiota-Related Metabolites Associated with Inflammation and Sepsis on the Peroxidase Activity of Cyclooxygenase in Healthy Human Monocytes and Acute Monocytic Leukemia Cells / N. Beloborodova, R. Fadeev, N. Fedotcheva // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Vol. 24, No. 22. -P. 16244.

116. Beloborodova, N. Serum Levels of Mitochondrial and Microbial Metabolites Reflect Mitochondrial Dysfunction in Different Stages of Sepsis / N. Beloborodova, A. Pautova, A. Sergeev [et al.] // Metabolites. - 2019. - Vol. 9, No. 10.

- P. 196.

117. Beloborodova, N.V. Indolic Structure Metabolites as Potential Biomarkers of Non-infectious Diseases / N.V. Beloborodova, E.A. Chernevskaya, M.L. Getsina // Current Pharmaceutical Design. - 2021. - Vol. 27, No. 2. - P. 238-249.

118. Beloborodova, N.V. Involvement of Aromatic Metabolites in the Pathogenesis of Septic Shock / N.V. Beloborodova, Y.N. Sarshor, A.Yu. Bedova [et al.] // Shock. - 2018. - Vol. 50, No. 3. - P. 273-279.

119. Benakis, C. Commensal microbiota affects ischemic stroke outcome by regulating intestinal T cells / C. Benakis, D. Brea, S. Caballero [et al.] // Nature Medicine.

- 2016. - Vol. 22, No. 5. - P. 516-523.

120. Beppu, Y. Extrapyramidal reactions in three patients due to droperidol infusion for intravenous patient-controlled analgesia / Y. Beppu, A. Asada, K. Morishima [et al.] // Masui. The Japanese Journal of Anesthesiology. - 2013. - Vol. 62, No. 4. -P. 426-430.

121. Beresford-Jones, B.S. The Mouse Gastrointestinal Bacteria Catalogue enables translation between the mouse and human gut microbiotas via functional mapping / B.S. Beresford-Jones, S.C. Forster, M.D. Stares [et al.] // Cell Host Microbe. - 2022. -Vol. 30, No. 1. - P. 124-138.e8.

122. Besselink, M.G. Probiotic prophylaxis in predicted severe acute pancreatitis: a randomised, double-blind, placebo-controlled trial / M.G. Besselink, H.C. Van Santvoort, E. Buskens [et al.] // The Lancet. - 2008. - Vol. 371, No. 9613. - P. 651-659.

123. Bickhart, D.M. Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities / D.M. Bickhart, M. Kolmogorov, E. Tseng [et al.] // Nature Biotechnology. - 2022. - Vol. 40, No. 5. -P. 711-719.

124. Biswas, S. N-Terminal Pro-Brain Natriuretic Peptide is an Independent Predictor of Mortality in Patients with Sepsis / S. Biswas, M. Soneja, N. Makkar [et al.] // Journal of Investigative Medicine. - 2022. - Vol. 70, No. 2. - P. 369-375.

125. Bo, J. Eggerthella Lenta Bloodstream Infections: Two Cases and Review of the Literature / J. Bo, S. Wang, Y. Bi [et al.] // Future Microbiology. - 2020. - Vol. 15, No. 11. - P. 981-985.

126. Bongaerts, G.P.A. A reassessment of the PROPATRIA study and its implications for probiotic therapy / G.P.A. Bongaerts, R.S.V.M. Severijnen // Nature Biotechnology. - 2016. - Vol. 34, No. 1. - P. 55-63.

127. Braniste, V. The gut microbiota influences blood-brain barrier permeability in mice / V. Braniste, M. Al-Asmakh, C. Kowal [et al.] // Science Translational Medicine.

- 2014. - Vol. 6, No. 263. - P. 263ra158.

128. Brenner, T. Next-generation sequencing diagnostics of bacteremia in sepsis Next GeneSiS-Trial: Study protocol of a prospective, observational, noninterventional, multicenter clinical trial / T. Brenner, S.O. Decker, S. Grumaz [et al.] // Medicine. - 2018.

- Vol. 97, No. 6. - P. e9868.

129. Budden, K.F. Emerging pathogenic links between microbiota and the gut-lung axis / K.F. Budden, S.L. Gellatly, D.L.A. Wood [et al.] // Nature Reviews Microbiology. - 2017. - Vol. 15, No. 1. - P. 55-63.

130. Buelow, E. Comparative gut microbiota and resistome profiling of intensive care patients receiving selective digestive tract decontamination and healthy subjects / E. Buelow, T.D.J. Bello Gonzlez, S. Fuentes [et al.] // Microbiome. - 2017. - Vol. 5, No. 1. - P. 88.

131. Buffie, C.G. Profound Alterations of Intestinal Microbiota following a Single Dose of Clindamycin Results in Sustained Susceptibility to Clostridium difficile-Induced Colitis / C.G. Buffie, I. Jarchum, M. Equinda [et al.] // Infection and Immunity. -2012. - Vol. 80, No. 1. - P. 62-73.

132. Carr, A.C. Ascorbate-dependent vasopressor synthesis: a rationale for vitamin C administration in severe sepsis and septic shock? / A.C. Carr, G.M. Shaw, A.A. Fowler [et al.] // Critical Care. - 2015. - Vol. 19, No. 1. - P. 418.

133. Cason, C.A. Microbiota composition modulates inflammation and neointimal hyperplasia after arterial angioplasty / C.A. Cason, T.M. Kuntz, E.B. Chen [et al.] // Journal of Vascular Surgery. - 2020. - Vol. 71, No. 4. - P. 1378-1389.e3.

134. Chan, B.K. Phage selection restores antibiotic sensitivity in MDR Pseudomonas aeruginosa / B.K. Chan, M. Sistrom, J.E. Wertz [et al.] // Scientific Reports.

- 2016. - Vol. 6, No. 1. - P. 26717.

135. Chanderraj, R. In critically ill patients, anti-anaerobic antibiotics increase risk of adverse clinical outcomes / R. Chanderraj, J.M. Baker, S.G. Kay [et al.] // European Respiratory Journal. - 2023. - Vol. 61, No. 2. - P. 2200910.

136. Chen, X. Role of changes in lipoproteins, lipidomes, and gut microbiota in the pathogenesis of persistent inflammation, immunosuppression, and catabolism syndrome: a prospective cohort study / X. Chen, H. Li, S. Huang [et al.] // Shock. - 2025.

- Vol. 64, No. 3. - P. 322-331.

137. Chen, Y. Regulation of Neurotransmitters by the Gut Microbiota and Effects on Cognition in Neurological Disorders / Y. Chen, J. Xu, Y. Chen // Nutrients. - 2021. -Vol. 13, No. 6. - P. 2099.

138. Chernevskaya, E. Serum and fecal profiles of aromatic microbial metabolites reflect gut microbiota disruption in critically ill patients: a prospective observational pilot study / E. Chernevskaya, N. Beloborodova, N. Klimenko [et al.] // Critical Care. - 2020. -Vol. 24, No. 1. - P. 312.

139. Chernevskaya, E. Host-Microbiome Interactions Mediated by Phenolic Metabolites in Chronically Critically Ill Patients / E. Chernevskaya, N. Klimenko, A. Pautova [et al.] // Metabolites. - 2021. - Vol. 11, No. 2. - P. 122.

140. Chernevskaya, E. Evaluation and Modulation of Gut Microbiome Dysfunction in Chronically Critically Ill Patients: A Prospective Pilot Study / E. Chernevskaya, E. Sorokina, P. Polyakov [et al.] // International Journal of Molecular Sciences. - 2025. - Vol. 26, No. 19. - P. 9778.

141. Chernevskaya, E. Gut Microbiota as Early Predictor of Infectious Complications before Cardiac Surgery: A Prospective Pilot Study / E. Chernevskaya,

E. Zuev, V. Odintsova [et al.] // Journal of Personalized Medicine. - 2021. - Vol. 11, No. 11. - P. 1113.

142. Cho, C.E. Trimethylamine N-oxide (TMAO) response to animal source foods varies among healthy young men and is influenced by their gut microbiota composition: A randomized controlled trial / C.E. Cho, S. Taesuwan, O.V. Malysheva [et al.] // Molecular Nutrition & Food Research. - 2017. - Vol. 61, No. 1. - P. 1600324.

143. Cho, S. Phenylpropionic acid produced by gut microbiota alleviates acetaminophen-induced hepatotoxicity / S. Cho, X. Yang, K.-J. Won [et al.] // Gut Microbes. - 2023. - Vol. 15, No. 1. - P. 2231590.

144. Christensen, K.R. The Impact of Human Milk Oligosaccharides on Antibiotic-Induced Microbial Dysbiosis and Gut Inflammation in Mice / K.R. Christensen, T.S. Rasmussen, C.M.J. Mentzel [et al.] // Antibiotics. - 2025. - Vol. 14, No. 5. - P. 488.

145. Clarkson, S.M. Construction and Optimization of a Heterologous Pathway for Protocatechuate Catabolism in Escherichia coli Enables Bioconversion of Model Aromatic Compounds / S.M. Clarkson, R.J. Giannone, D.M. Kridelbaugh [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2017. - Vol. 83, No. 18. - P. e01313-17.

146. Cueva, C. Antimicrobial activity of phenolic acids against commensal, probiotic and pathogenic bacteria / C. Cueva, M.V. Moreno-Arribas, P.J. Martin-Alvarez [et al.] // Research in Microbiology. - 2010. - Vol. 161, No. 5. - P. 372-382.

147. Cuskey, S.M. Catabolism of aromatic biogenic amines by Pseudomonas aeruginosa PAO1 via meta cleavage of homoprotocatechuic acid / S.M. Cuskey, R.H. Olsen // Journal of Bacteriology. - 1988. - Vol. 170, No. 1. - P. 393-399.

148. Dai, Z. Amino acid metabolism in intestinal bacteria and its potential implications for mammalian reproduction / Z. Dai, W. Wu, S. Hang [et al.] // Molecular Human Reproduction. - 2015. - Vol. 21, No. 5. - P. 389-409.

149. Darvall, J.N. Persistent critical illness: baseline characteristics, intensive care course, and cause of death / J.N. Darvall, T. Boonstra, J. Norman [et al.] // Critical Care and Resuscitation. - 2019. - Vol. 21, No. 2. - P. 110-118.

150. DeMaere, M.Z. Metagenomic Hi-C of a Healthy Human Fecal Microbiome Transplant Donor / M.Z. DeMaere, M.Y.Z. Liu, E. Lin [et al.] // Microbiology Resource Announcements. - 2020. - Vol. 9, No. 6. - P. e01523-19.

151. Deshmukh, H.S. The microbiota regulates neutrophil homeostasis and host resistance to Escherichia coli K1 sepsis in neonatal mice / H.S. Deshmukh, Y. Liu, O.R. Menkiti [et al.] // Nature Medicine. - 2014. - Vol. 20, No. 5. - P. 524-530.

152. Dickson, R.P. The microbiome and critical illness / R.P. Dickson // The Lancet Respiratory Medicine. - 2016. - Vol. 4, No. 1. - P. 59-72.

153. Dickson, R.P. Intraalveolar Catecholamines and the Human Lung Microbiome / R.P. Dickson, J.R. Erb-Downward, H.C. Prescott [et al.] // American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. - 2015. - Vol. 192, No. 2. - P. 257-259.

154. Dickson, R.P. Enrichment of the lung microbiome with gut bacteria in sepsis and the acute respiratory distress syndrome / R.P. Dickson, B.H. Singer, M.W. Newstead [et al.] // Nature Microbiology. - 2016. - Vol. 1, No. 10. - P. 16113.

155. Dodd, D. A gut bacterial pathway metabolizes aromatic amino acids into nine circulating metabolites / D. Dodd, M.H. Spitzer, W. Van Treuren [et al.] // Nature. -2017. - Vol. 551, No. 7682. - P. 648-652.

156. Dunyach-Remy, C. Pressure ulcers microbiota dynamics and wound evolution / C. Dunyach-Remy, F. Salipante, J.-P. Lavigne [et al.] // Scientific Reports. -2021. - Vol. 11, No. 1. - P. 18506.

157. Dwivedy, A.K. Effects of phenylalanine and its deaminated metabolites on Na, K-ATPase activity in synaptosomes from rat brain / A.K. Dwivedy, S.N. Shah // Neurochemical Research. - 1982. - Vol. 7, No. 6. - P. 717-725.

158. Earle, N.J. Prognostic modelling of clinical outcomes after first-time acute coronary syndrome in New Zealand / N.J. Earle, K.K. Poppe, A. Rolleston [et al.] // Heart. - 2023. - Vol. 109, No. 14. - P. 1088-1097.

159. Fan, X. First Case of Bloodstream Infection Caused by Ruminococcus gnavus in an 85-Year-Old Man in China / X. Fan, Y. Chen, Y. Liu [et al.] // Laboratory Medicine. - 2022. - Vol. 53, No. 2. - P. e36-e39.

160. Febvre, H.P. PHAGE Study: Effects of Supplemental Bacteriophage Intake on Inflammation and Gut Microbiota in Healthy Adults / H.P. Febvre, S. Rao, M. Gindin [et al.] // Nutrients. - 2019. - Vol. 11, No. 3. - P. 666.

161. Forsythe, P. Microbes taming mast cells: Implications for allergic inflammation and beyond / P. Forsythe // European Journal of Pharmacology. - 2016. -Vol. 778. - P. 169-175.

162. Forte, E. The Terminal Oxidase Cytochrome bd Promotes Sulfide-resistant Bacterial Respiration and Growth / E. Forte, V.B. Borisov, M. Falabella [et al.] // Scientific Reports. - 2016. - Vol. 6, No. 1. - P. 23788.

163. Freestone, P.P.E. Staphylococci, Catecholamine Inotropes and Hospital-Acquired Infections / P.P.E. Freestone, N. Al-Dayan, M. Lyte // Microbial Endocrinology: Interkingdom Signaling in Infectious Disease and Health. - 2016. - Vol. 874. - P. 183199.

164. Freyberg, Z. Neuroinflammation, Metabolism, and Psychiatric Disorders / Z. Freyberg, R.W. Logan, M. Leboyer [et al.] // Frontiers Research Topics. - 2022.

165. Friedrich, M. Prediction of Initial CRP-Albumin Ratio on In-Hospital Mortality in Isolated Traumatic Brain Injury Patients / M. Friedrich, K. Haferkorn, M. Stein [et al.] // Biomedicines. - 2024. - Vol. 12, No. 5. - P. 1084.

166. Galtier, M. Bacteriophages to reduce gut carriage of antibiotic resistant uropathogens with low impact on microbiota composition / M. Galtier, L. De Sordi, D. Maura [et al.] // Environmental Microbiology. - 2016. - Vol. 18, No. 7. -P. 2237-2245.

167. Garcia-de-Lorenzo, A. Chronic critical illness, how to manage it? / A. Garcia-de-Lorenzo, J.M. An, M.J. Asensio [et al.] // Medicina Intensiva English Edition. - 2022. - Vol. 46, No. 5. - P. 277-279.

168. Geerlings, S.Y. Akkermansia muciniphila in the Human Gastrointestinal Tract: When, Where, and How? / S.Y. Geerlings, I. Kostopoulos, W.M. De Vos [et al.] // Microorganisms. - 2018. - Vol. 6, No. 3. - P. 75.

169. Goetz, S.L. MicrobiomeKG bridging microbiome research and host health through knowledge graphs / S.L. Goetz, A.K. Glen, G. Glusman // Frontiers in Systems Biology. - 2025. - Vol. 5. - P. 1544432.

170. Gordillo Altamirano, F.L. Phage Therapy in the Postantibiotic Era / F.L. Gordillo Altamirano, J. Barr // Clinical Microbiology Reviews. - 2019. - Vol. 32, No. 2. - P. e00066-18.

171. Gray, J. Intestinal commensal bacteria mediate lung mucosal immunity and promote resistance of newborn mice to infection / J. Gray, K. Oehrle, G. Worthen [et al.] // Science Translational Medicine. - 2017. - Vol. 9, No. 376. - P. eaaf9412.

172. Gu, Y. Release Profile of Cardiac Troponin T and Risk Factors of Postoperative Myocardial Injury in Patients Undergoing CABG / Y. Gu, L. Shan, B. Liu [et al.] // International Journal of General Medicine. - 2021. - Vol. 14. - P. 2541-2551.

173. Gupta, V.K. Safety, feasibility, and impact on the gut microbiome of kefir administration in critically ill adults / V.K. Gupta, S. Rajendraprasad, M. Ozkan [et al.] // BMC Medicine. - 2024. - Vol. 22, No. 1. - P. 80.

174. Hall, A.B. A novel Ruminococcus gnavus clade enriched in inflammatory bowel disease patients / A.B. Hall, M. Yassour, J. Sauk [et al.] // Nature Communications. - 2017. - Vol. 9, No. 1. - P. 103.

175. Hammond, N.E. Association Between Selective Decontamination of the Digestive Tract and In-Hospital Mortality in Intensive Care Unit Patients Receiving Mechanical Ventilation: A Systematic Review and Meta-analysis / N.E. Hammond, J. Myburgh, I. Seppelt [et al.] // JAMA. - 2022. - Vol. 328, No. 19. - P. 1922.

176. Han, K. Engineering Strategies to Modulate the Gut Microbiome and Immune System / K. Han, J. Xu, F. Xie [et al.] // The Journal of Immunology. - 2024. -Vol. 212, No. 2. - P. 208-215.

177. Han, S. Fecal Microbiota Transplant Treatment Options for Clostridium difficile Infection in the Intensive Care Unit / S. Han, S. Shannahan, R. Pellish // Journal of Intensive Care Medicine. - 2016. - Vol. 31, No. 9. - P. 577-586.

178. Harris, P.N.A. Rapid nanopore sequencing and predictive susceptibility testing of positive blood cultures from intensive care patients with sepsis / P.N.A. Harris,

M.J. Bauer, L. Löffinger [et al.] // Microbiology Spectrum. - 2024. - Vol. 12, No. 2. -P. e03065-23.

179. Hsu, B.B. Dynamic Modulation of the Gut Microbiota and Metabolome by Bacteriophages in a Mouse Model / B.B. Hsu, T.E. Gibson, V. Yeliseyev [et al.] // Cell Host Microbe. - 2019. - Vol. 25, No. 6. - P. 803-814.e5.

180. Hu, D. Mitochondrial dysfunction in sepsis: mechanisms and therapeutic perspectives / D. Hu, H. Sheeja Prabhakaran, Y.-Y. Zhang [et al.] // Critical Care. - 2024. - Vol. 28, No. 1. - P. 292.

181. Huang, H. Cellular succinate metabolism and signaling in inflammation: implications for therapeutic intervention / H. Huang, G. Li, Y. He [et al.] // Frontiers in Immunology. - 2024. - Vol. 15. - P. 1404441.

182. Huang, P. Gut microbiota influence acute pancreatitis through inflammatory proteins: a Mendelian randomization analysis / P. Huang, Q. Liu, T. Zhang [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2024. - Vol. 14. - P. 1380998.

183. Huang, Y. Interleukin-6 on postoperative day three as an early predictor of infections following laparoscopic gastric cancer resection / Y. Huang, L. Yang, W. Yang [et al.] // BMC Surgery. - 2024. - Vol. 24, No. 1. - P. 92.

184. Iapichino, G. Gut microbiota disruption in critically ill patients: Discussion on critically ill patients demonstrate large interpersonal variation of intestinal microbiota dysregulation: a pilot study / G. Iapichino, J.M. Lankelma, W. Joost Wiersinga // Intensive Care Medicine. - 2017. - Vol. 43, No. 5. - P. 718-719.

185. Innes, A.J. Fecal Microbiota Transplant mitigates adverse outcomes seen in patients colonized with multidrug-resistant organisms undergoing allogeneic hematopoietic cell transplantation / A.J. Innes, B.H. Mullish, R. Ghani [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2021. - Vol. 11. - P. 684659.

186. Isaac, S. Short- and long-term effects of oral vancomycin on the human intestinal microbiota / S. Isaac, J.U. Scher, A. Djukovic [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2017. - Vol. 72, No. 1. - P. 128-136.

187. Ivanova, V. Hi-C Metagenomics in the ICU: Exploring Clinically Relevant Features of Gut Microbiome in Chronically Critically Ill Patients / V. Ivanova,

E. Chernevskaya, P. Vasiluev [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Vol. 12. -P. 770323.

188. Jacobs, M.C. Gut microbiota and host defense in critical illness / M.C. Jacobs, B.W. Haak, F. Hugenholtz [et al.] // Current Opinion in Critical Care. - 2017.

- Vol. 23, No. 4. - P. 257-263.

189. Jangi, S. Alterations of the human gut microbiome in multiple sclerosis / S. Jangi, R. Gandhi, L.M. Cox [et al.] // Nature Communications. - 2016. - Vol. 7, No. 1.

- P. 12015.

190. Janigro, D. Peripheral Blood and Salivary Biomarkers of Blood-Brain Barrier Permeability and Neuronal Damage: Clinical and Applied Concepts / D. Janigro, D.M. Bailey, S. Lehmann [et al.] // Frontiers in Neurology. - 2021. - Vol. 11. - P. 577312.

191. Jankowski, J. Increased plasma phenylacetic acid in patients with end-stage renal failure inhibits iNOS expression / J. Jankowski, M. Van Der Giet, V. Jankowski [et al.] // Journal of Clinical Investigation. - 2003. - Vol. 112, No. 2. - P. 256-264.

192. Jarmukhanov, Z. The association between the gut microbiota metabolite trimethylamine N-oxide and heart failure / Z. Jarmukhanov, N. Mukhanbetzhanov, S. Kozhakhmetov [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2024. - Vol. 15. - P. 1440241.

193. Jiang, W. Alteration of Gut Microbiome and Correlated Lipid Metabolism in Post-Stroke Depression / W. Jiang, L. Gong, F. Liu [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2021. - Vol. 11. - P. 663967.

194. Jiao, J. Procalcitonin as a diagnostic marker of ventilator-associated pneumonia in cardiac surgery patients / J. Jiao, M. Wang, J. Zhang [et al.] // Experimental and Therapeutic Medicine. - 2015. - Vol. 9, No. 3. - P. 1051-1057.

195. Kaakoush, N.O. Insights into the Role of Erysipelotrichaceae in the Human Host / N.O. Kaakoush // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2015. -Vol. 5.

196. Kanwal, A. Idiopathic Purulent Pericarditis: A Rare Diagnosis / A. Kanwal, D. Avgeropoulos, J.G. Kaplan [et al.] // American Journal of Case Reports. - 2020. -Vol. 21.

197. Kasatpibal, N. Effectiveness of Probiotic, Prebiotic, and Synbiotic Therapies in Reducing Postoperative Complications: A Systematic Review and Network Metaanalysis / N. Kasatpibal, J.D. Whitney, S. Saokaew [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2017. - Vol. 64, Suppl 2. - P. S153-S160.

198. Kent, A.G. Widespread transfer of mobile antibiotic resistance genes within individual gut microbiomes revealed through bacterial Hi-C / A.G. Kent, A.C. Vill, Q. Shi [et al.] // Nature Communications. - 2020. - Vol. 11, No. 1. - P. 4379.

199. Keren, N. Interactions between the intestinal microbiota and bile acids in gallstones patients / N. Keren, F.M. Konikoff, Y. Paitan [et al.] // Environmental Microbiology Reports. - 2015. - Vol. 7, No. 6. - P. 874-880.

200. Kitagawa, H. A case of bacteremia caused by Dialister micraerophilus with Enterocloster clostridioformis and Eggerthella lenta in a patient with pyometra / H. Kitagawa, K. Tadera, K. Omori [et al.] // BMC Infectious Diseases. - 2024. - Vol. 24, No. 1. - P. 128.

201. Kitsios, G.D. Dysbiosis in the intensive care unit: Microbiome science coming to the bedside / G.D. Kitsios, M.J. Morowitz, R.P. Dickson [et al.] // Journal of Critical Care. - 2017. - Vol. 38. - P. 84-91.

202. Klimenko, N.S. Microbiome Responses to an Uncontrolled Short-Term Diet Intervention in the Frame of the Citizen Science Project / N.S. Klimenko, A.V. Tyakht, A.S. Popenko [et al.] // Nutrients. - 2018. - Vol. 10, No. 5. - P. 576.

203. Klingensmith, N.J. The Gut as the Motor of Multiple Organ Dysfunction in Critical Illness / N.J. Klingensmith, C.M. Coopersmith // Critical Care Clinics. - 2016. -Vol. 32, No. 2. - P. 203-212.

204. Konikoff, T. Oscillospira: a Central, Enigmatic Component of the Human Gut Microbiota / T. Konikoff, U. Gophna // Trends in Microbiology. - 2016. - Vol. 24, No. 7. - P. 523-524.

205. Krezalek, M.A. The Shift of an Intestinal Microbiome to a Pathobiome Governs the Course and Outcome of Sepsis Following Surgical Injury / M.A. Krezalek, J. DeFazio, O. Zaborina [et al.] // Shock. - 2016. - Vol. 45, No. 5. - P. 475-482.

206. Kullberg, R.F.J. Empirical antibiotic therapy for sepsis: save the anaerobic microbiota / R.F.J. Kullberg, B.W. Haak, R. Chanderraj [et al.] // The Lancet Respiratory Medicine. - 2025. - Vol. 13, No. 1. - P. 92-100.

207. Lam, V. Intestinal Microbial Metabolites Are Linked to Severity of Myocardial Infarction in Rats / V. Lam, J. Su, A. Hsu [et al.] // PLOS ONE. - 2016. -Vol. 11, No. 8. - P. e0160840.

208. Lankelma, J.M. Antibiotic-induced gut microbiota disruption during human endotoxemia: a randomised controlled study / J.M. Lankelma, D.R. Cranendonk, C. Belzer [et al.] // Gut. - 2017. - Vol. 66, No. 9. - P. 1623-1630.

209. Laschinski, G. Direct inhibition of tyrosine hydroxylase from PC-12 cells by catechol derivatives / G. Laschinski, B. Kittner, M. Brutigam // Naunyn-Schmiedebergs Archives of Pharmacology. - 1986. - Vol. 332, No. 4. - P. 346-350.

210. Lawley, B. Differentiation of Bifidobacterium longum subspecies longum and infantis by quantitative PCR using functional gene targets / B. Lawley, K. Munro, A. Hughes [et al.] // PeerJ. - 2017. - Vol. 5. - P. e3375.

211. Lei, W. Akkermansia muciniphila in neuropsychiatric disorders: friend or foe? / W. Lei, Y. Cheng, J. Gao [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2023. - Vol. 13. - P. 1224155.

212. Levy, M. Microbiota-Modulated Metabolites Shape the Intestinal Microenvironment by Regulating NLRP6 Inflammasome Signaling / M. Levy, C.A. Thaiss, D. Zeevi [et al.] // Cell. - 2015. - Vol. 163, No. 6. - P. 1428-1443.

213. Li, D. Association between N-terminal pro-B-type natriuretic peptide and clinical outcomes in bedridden patients with stroke: a cross-sectional study / D. Li, M. Zhou, F. Zha [et al.] // BMJ Open. - 2024. - Vol. 14. - P. e077083.

214. Li, N. Change of intestinal microbiota in cerebral ischemic stroke patients / N. Li, X. Wang, C. Sun [et al.] // BMC Microbiology. - 2019. - Vol. 19, No. 1. - P. 191.

215. Li, W. Ecological and public health significance of Enterocytozoon bieneusi / W. Li, L. Xiao // One Health. - 2021. - Vol. 12. - P. 100209.

216. Likhvantsev, V.V. The Tri-Steps Model of Critical Conditions in Intensive Care: Introducing a New Paradigm for Chronic Critical Illness / V.V. Likhvantsev,

L.B. Berikashvili, M.Ya. Yadgarov [et al.] // Journal of Clinical Medicine. - 2024. -Vol. 13, No. 13. - P. 3683.

217. Lin, P. Prevotella and Klebsiella proportions in fecal microbial communities are potential characteristic parameters for patients with major depressive disorder / P. Lin, B. Ding, C. Feng [et al.] // Journal of Affective Disorders. - 2017. - Vol. 207. -P. 300-304.

218. Liu, Y. Clostridium sporogenes uses reductive Stickland metabolism / Y. Liu, H. Chen, W. Van Treuren [et al.] // Nature Microbiology. - 2022. - Vol. 7. -No. 5. - P. 695-706.

219. Looft, T. Cloacibacillus porcorum sp. nov., a mucin-degrading bacterium from the swine intestinal tract and emended description of the genus Cloacibacillus / T. Looft, U.Y. Levine, T.B. Stanton // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2013. - Vol. 63, No. Pt_6. - P. 1960-1966.

220. Mahmoodpoor, A. Effect of a Probiotic Preparation on Ventilator-Associated Pneumonia in Critically Ill Patients Admitted to the Intensive Care Unit: A Prospective Double-Blind Randomized Controlled Trial / A. Mahmoodpoor, H. Hamishehkar, R. Asghari, et al. // Nutrition in Clinical Practice. - 2019. - Vol. 34, No. 1. - P. 156-162.

221. Maini Rekdal, V. Discovery and inhibition of an interspecies gut bacterial pathway for Levodopa metabolism / V. Maini Rekdal, E.N. Bess, J.E. Bisanz, [et al.] // Science. - 2019. - Vol. 364, No. 6445. - P. eaau6323.

222. Manor, O. A Multi-omic Association Study of Trimethylamine N-Oxide / O. Manor, N. Zubair, M.P. Conomos, [et al.] // Cell Reports. - 2018. - Vol. 24, No. 4. -P. 935-946.

223. Manzanares, W. Restoring the Microbiome in Critically Ill Patients: Are Probiotics Our True Friends When We Are Seriously Ill? / W. Manzanares, P.L. Langlois, P.E. Wischmeyer // Journal of Parenteral and Enteral Nutrition. - 2017. - Vol. 41, No. 4. - P. 530-533.

224. Manzanares, W. Probiotic and synbiotic therapy in critical illness: a systematic review and meta-analysis / W. Manzanares, M. Lemieux, P.L. Langlois, et al. // Critical Care. - 2016. - Vol. 20, No. 1. - P. 262.

225. Marbouty, M. MetaHiC phage-bacteria infection network reveals active cycling phages of the healthy human gut / M. Marbouty, A. Thierry, G.A. Millot, R. Koszul // eLife. - 2021. - Vol. 10. - P. e60608.

226. Marotta, F. (ed.) Gut Microbiota in Aging and Chronic Diseases: Healthy Ageing and Longevity. Vol. 17 / F. Marotta // Cham: Springer International Publishing, 2023.

227. Martin, M. Catabolism of 3- and 4-hydroxyphenylacetic acid by Klebsiella pneumoniae / M. Martin, A. Gibello, J. Fernandez, [et al.] // Journal of General Microbiology. - 1991. - Vol. 137, No. 3. - P. 621-628.

228. McClave, S.A. Should fecal microbial transplantation be used in the ICU? / S.A. McClave, J. Patel, N. Bhutiani // Current Opinion in Critical Care. - 2018. - Vol. 24, No. 2. - P. 105-111.

229. McDonald, D. Extreme Dysbiosis of the Microbiome in Critical Illness / D. McDonald, G. Ackermann, L. Khailova, [et al.] // mSphere. - 2016. - Vol. 1, No. 4. -P. e00199-16.

230. Messina, J.A. Enterococcus Intestinal Domination Is Associated With Increased Mortality in the Acute Leukemia Chemotherapy Population / J.A. Messina, C.Y. Tan, Y. Ren, [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2024. - Vol. 78, No. 2. -P. 414-422.

231. Mi^dzybrodzki, R. A retrospective analysis of changes in inflammatory markers in patients treated with bacterial viruses / R. Mi^dzybrodzki, W. Fortuna, B. Weber-D^browska, A. Górski // Clinical and Experimental Medicine. - 2009. - Vol. 9, No. 4. - P. 303-312.

232. Mira, J.C. The Epidemiology of Chronic Critical Illness After Severe Traumatic Injury at Two Level-One Trauma Centers* / J.C. Mira, J. Cuschieri, T. Ozrazgat-Baslanti, [et al.] // Critical Care Medicine. - 2017. - Vol. 45, No. 12. -P. 1989-1996.

233. Mitchell, S.L. Next-Generation Sequencing in Clinical Microbiology / S.L. Mitchell, P.J. Simner // Clinics in Laboratory Medicine. - 2019. - Vol. 39, No. 3. -P. 405-418.

234. Mizock, B.A. Septic Encephalopathy: Evidence for Altered Phenylalanine Metabolism and Comparison With Hepatic Encephalopathy / B.A. Mizock // Archives of Internal Medicine. - 1990. - Vol. 150, No. 2. - P. 443.

235. Mnichovich, M.V. Fungal infections in patients with progressing COVID-19: pathomorphology and description of clinical cases / M.V. Mnichovich, A.A. Soldatova, S.I. Usmanov, [et al.] // PULMONOLOGIYA. - 2023. - Vol. 33, No. 5. - P. 703-712.

236. Moayyedi, P. Faecal microbiota transplantation for Clostridium difficile-associated diarrhoea: a systematic review of randomised controlled trials / P. Moayyedi, Y. Yuan, H. Baharith, A.C. Ford // Medical Journal of Australia. - 2017. - Vol. 207, No. 4. - P. 166-172.

237. Motamedi, H. A worldwide systematic review and meta-analysis of bacteria related to antibiotic-associated diarrhea in hospitalized patients / H. Motamedi, M. Fathollahi, R. Abiri, [et al.] // PLOS ONE. - 2021. - Vol. 16, No. 12. - P. e0260667.

238. Mu, A. Assessment of the microbiome during bacteriophage therapy in combination with systemic antibiotics to treat a case of staphylococcal device infection / A. Mu, D. McDonald, A.K. Jarmusch [et al.] // Microbiome. - 2021. - Vol. 9, No. 1. -P. 92.

239. Muñiz Pedrogo, D.A. An Increased Abundance of Clostridiaceae Characterizes Arthritis in Inflammatory Bowel Disease and Rheumatoid Arthritis: A Cross-sectional Study / D.A. Muñiz Pedrogo, J. Chen, B. Hillmann [et al.] // Inflammatory Bowel Diseases. - 2019. - Vol. 25, No. 5. - P. 902-913.

240. Muñoz-González, I. Profiling of Microbial-Derived Phenolic Metabolites in Human Feces after Moderate Red Wine Intake / I. Muñoz-González, A. Jiménez-Girón, P.J. Martín-Álvarez [et al.] // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2013. -Vol. 61, No. 39. - P. 9470-9479.

241. Nellipudi, J.A. Prognostic Value of High-Sensitivity Troponin T After On-Pump Coronary Artery Bypass Graft Surgery / J.A. Nellipudi, R.A. Baker, L. Dykes [et al.] // Heart, Lung and Circulation. - 2021. - Vol. 30, No. 10. - P. 1562-1569.

242. Nemet, I. Atlas of gut microbe-derived products from aromatic amino acids and risk of cardiovascular morbidity and mortality / I. Nemet, X.S. Li, A. Haghikia [et al.] // European Heart Journal. - 2023. - Vol. 44, No. 32. - P. 3085-3096.

243. Nesbitt, W.E. Coaggregation of Prevotella intermedia with oral Actinomyces species / W.E. Nesbitt, H. Fukushima, K.P. Leung // Infection and Immunity.

- 1993. - Vol. 61, No. 5. - P. 2011-2014.

244. Nguyen, T.D. Monovalerin and trivalerin increase brain acetic acid, decrease liver succinic acid, and alter gut microbiota in rats fed high-fat diets / T.D. Nguyen, O. Prykhodko, F. Fâk Hâllenius [et al.] // European Journal of Nutrition. - 2019. -Vol. 58, No. 4. - P. 1545-1560.

245. Nieves, L. Harnessing the microbiome to improve clinical outcomes for cancer, transplant, and immunocompromised patients in the intensive care unit (ICU) / L. Nieves, A. Roach, J. Hunter [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology.

- 2025. - Vol. 15. - P. 1577108.

246. Nourrisson, C. Enterocytozoon bieneusi, a human pathogen / C. Nourrisson, R.-A. Lavergne, M. Moniot [et al.] // Emerging Microbes & Infections. - 2024. - Vol. 13, No. 1. - P. 2406276.

247. O'Mahony, S.M. Serotonin, tryptophan metabolism and the brain-gut-microbiome axis / S.M. O'Mahony, G. Clarke, Y.E. Borre [et al.] // Behavioural Brain Research. - 2015. - Vol. 277. - P. 32-48.

248. Ojima, M. Metagenomic Analysis Reveals Dynamic Changes of Whole Gut Microbiota in the Acute Phase of Intensive Care Unit Patients / M. Ojima, D. Motooka, K. Shimizu [et al.] // Digestive Diseases and Sciences. - 2016. - Vol. 61, No. 6. -P. 1628-1634.

249. Orlovska, S. Association of Streptococcal Throat Infection With Mental Disorders: Testing Key Aspects of the PANDAS Hypothesis in a Nationwide Study /

S. Orlovska, C.H. Vestergaard, B.H. Bech [et al.] // JAMA Psychiatry. - 2017. - Vol. 74, No. 7. - P. 740.

250. Osman, A.-H. Reservoirs of Nosocomial Pathogens in Intensive Care Units: A Systematic Review / A.-H. Osman, S. Darkwah, F.C.N. Kotey [et al.] // Environmental Health Insights. - 2024. - Vol. 18. - P. 11786302241243239.

251. Paling, F.P. Risk prediction for Staphylococcus aureus surgical site infection following cardiothoracic surgery; A secondary analysis of the V710-P003 trial / F. P. Paling, K. Olsen, K. Ohneberg [et al.] // PLOS ONE. - 2018. - Vol. 13, No. 3. -P. e0193445.

252. Pang, S. Short-chain fatty acids mediate enteric and central nervous system homeostasis in Parkinson's disease: innovative therapies and their translation / S. Pang, Z. Ren, H. Ding [et al.] // Neural Regeneration Research. - 2025.

253. Panigrahi, P. Neonatal sepsis in rural India: timing, microbiology and antibiotic resistance in a population-based prospective study in the community setting / P. Panigrahi, D.S. Chandel, N.I. Hansen [et al.] // Journal of Perinatology. - 2017. -Vol. 37, No. 8. - P. 911-921.

254. Papadopoulos, M.C. Pathophysiology of septic encephalopathy: A review / M.C. Papadopoulos, D.C. Davies, R.F. Moss [et al.] // Critical Care Medicine. - 2000. -Vol. 28, No. 8. - P. 3019-3024.

255. Parappilly, S.J. Antibacterial and antibiofilm activity of human gut lactic acid bacteria / S.J. Parappilly, E.K. Radhakrishnan, S.M. George // Brazilian Journal of Microbiology. - 2024.

256. Park, J.E. The C-Reactive Protein/Albumin Ratio as a Predictor of Mortality in Critically Ill Patients / J.E. Park, K.S. Chung, J.H. Song [et al.] // Journal of Clinical Medicine. - 2018. - Vol. 7, No. 10. - P. 333.

257. Pavlova, T. Urinary intermediates of tryptophan as indicators of the gut microbial metabolism / T. Pavlova, V. Vidova, J. Bienertova-Vasku [et al.] // Analytica Chimica Acta. - 2017.

258. Pedersen, P.U. Preoperative oral hygiene recommendation before open-heart surgery: patients' adherence and reduction of infections: a quality improvement study /

P.U. Pedersen, A. Tracey, J.E. Sindby, M. Bjerrum // BMJ Open Quality. - 2019. -Vol. 8, No. 2. - P. e000512.

259. Petrovic Fabijan, A. Safety of bacteriophage therapy in severe Staphylococcus aureus infection / A. Petrovic Fabijan, R.C.Y. Lin, J. Ho [et al.] // Nature Microbiology. - 2020. - Vol. 5, No. 3. - P. 465-472.

260. Piccioni, A. The Gut Microbiome in Sepsis: From Dysbiosis to Personalized Therapy / A. Piccioni, F. Spagnuolo, M. Candelli [et al.] // Journal of Clinical Medicine. - 2024. - Vol. 13, No. 20. - P. 6082.

261. Polcz, V.E. Charting the course for improved outcomes in chronic critical illness: therapeutic strategies for persistent inflammation, immunosuppression, and catabolism syndrome (PICS) / V.E. Polcz, E.L. Barrios, S.D. Larson [et al.] // British Journal of Anaesthesia. - 2024. - Vol. 133, No. 2. - P. 260-263.

262. Press, M.O. Hi-C deconvolution of a human gut microbiome yields high-quality draft genomes and reveals plasmid-genome interactions / M.O. Press, A.H. Wiser, Z.N. Kronenberg [et al.] // Genomics. - 2017.

263. Prevel, R. Gut bacteriobiota and mycobiota are both associated with Day-28 mortality among critically ill patients / R. Prevel, R. Enaud, A. Orieux [et al.] // Critical Care. - 2022. - Vol. 26, No. 1. - P. 105.

264. Qin, Y. Combined effects of host genetics and diet on human gut microbiota and incident disease in a single population cohort / Y. Qin, A.S. Havulinna, Y. Liu [et al.] // Nature Genetics. - 2022. - Vol. 54, No. 2. - P. 134-142.

265. Rajendram, R. Biomarkers in Trauma, Injury and Critical Care: Biomarkers in Disease: Methods, Discoveries and Applications / R. Rajendram, V.R. Preedy, V.B. Patel, eds. - Cham: Springer International Publishing, 2023.

266. Rath, S. Uncovering the trimethylamine-producing bacteria of the human gut microbiota / S. Rath, B. Heidrich, D.H. Pieper, M. Vital // Microbiome. - 2017. -Vol. 5, No. 1. - P. 54.

267. Ravi, A. Loss of microbial diversity and pathogen domination of the gut microbiota in critically ill patients / A. Ravi, F.D. Halstead, A. Bamford [et al.] // Microbial Genomics. - 2019. - Vol. 5, No. 9.

268. Raymond, F. The initial state of the human gut microbiome determines it's reshaping by antibiotics / F. Raymond, A.A. Ouameur, M. Déraspe [et al.] // The ISME Journal. - 2016. - Vol. 10, No. 3. - P. 707-720.

269. Rey, S.I. Dynamics of organ dysfunction and inflammation markers in patients with septic shock during multimodal hemocorrection: a multicenter, randomized, controlled study / S.I. Rey, V.V. Kulabukhov, A.Yu. Popov [et al.] // Annals of Critical Care. - 2023. - No. 4. - P. 60-71.

270. Reyes, A. Gnotobiotic mouse model of phage-bacterial host dynamics in the human gut / A. Reyes, M. Wu, N.P. McNulty [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013. - Vol. 110, No. 50. - P. 20236-20241.

271. Rice, M.W. Gut Microbiota as a Therapeutic Target to Ameliorate the Biochemical, Neuroanatomical, and Behavioral Effects of Traumatic Brain Injuries / M.W. Rice, J.D. Pandya, D.A. Shear // Frontiers in Neurology. - 2019. - Vol. 10. - P. 875.

272. Robinson-Agramonte, M.D.L.A. Neuroinflammation and Neuromodulation in Neurological Diseases / M.D.L.A. Robinson-Agramonte, C.-A. Gonfalves, R. Farina De Almeida [et al.] // Behavioral Sciences. - 2019. - Vol. 9, No. 9. - P. 99.

273. Rodríguez-Gascón, A. Does selective digestive decontamination (SDD) increase antibiotic resistance? Long-term comparison of two intensive care units (with and without SDD) of the same tertiary hospital / A. Rodríguez-Gascón, Y. Lloréns-Villar, M.Á. Solinís [et al.] // European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. - 2024. - Vol. 43, No. 5. - P. 885-893.

274. Rogers, A.J. Metabolomic Derangements Are Associated with Mortality in Critically Ill Adult Patients / A.J. Rogers, M. McGeachie, R.M. Baron [et al.] // PLoS ONE. - 2014. - Vol. 9, No. 1. - P. e87538.

275. Romano, K.A. Gut Microbiota-Generated Phenylacetylglutamine and Heart Failure / K.A. Romano, I. Nemet, P. Prasad Saha [et al.] // Circulation: Heart Failure. -2023. - Vol. 16, No. 1.

276. Romano, K.A. Intestinal Microbiota Composition Modulates Choline Bioavailability from Diet and Accumulation of the Proatherogenic Metabolite

Trimethylamine-N-Oxide / K.A. Romano, E.I. Vivas, D. Amador-Noguez [et al.] // mBio.

- 2015. - Vol. 6, No. 2. - P. e02481-14.

277. Rovelli, V. Phenylketonuria and the brain / V. Rovelli, N. Longo // Molecular Genetics and Metabolism. - 2023. - Vol. 139, No. 1. - P. 107583.

278. Russell, W.R. Major Phenylpropanoid-derived metabolites in the human gut can arise from microbial fermentation of protein / W. R. Russell, S. H. Duncan, L. Scobbie [et al.] // Molecular Nutrition & Food Research. - 2013. - Vol. 57, No. 3. - P. 523-535.

279. Salameh, T.J. Gut microbiome dynamics and associations with mortality in critically ill patients / T.J. Salameh, K. Roth, L. Schultz [et al.] // Gut Pathogens. - 2023.

- Vol. 15, No. 1. - P. 66.

280. Santulli, G. Functional Role of Taurine in Aging and Cardiovascular Health: An Updated Overview / G. Santulli, U. Kansakar, F. Varzideh [et al.] // Nutrients. - 2023.

- Vol. 15, No. 19. - P. 4236.

281. Saraswat, M.K. Preoperative Staphylococcus Aureus Screening and Targeted Decolonization in Cardiac Surgery / M.K. Saraswat, J.T. Magruder, T. C. Crawford [et al.] // The Annals of Thoracic Surgery. - 2017. - Vol. 104, No. 4. -P. 1349-1356.

282. Sayyed, R.Z. Microbiome-Gut-Brain Axis: Implications on Health / R. Z. Sayyed, M. Khan, eds. - Singapore: Springer Nature Singapore, 2022.

283. Schlechte, J. Dysbiosis of a microbiota-immune metasystem in critical illness is associated with nosocomial infections / J. Schlechte, A. Z. Zucoloto, I. Yu [et al.] // Nature Medicine. - 2023. - Vol. 29, No. 4. - P. 1017-1027.

284. Schuijt, T.J. The gut microbiota plays a protective role in the host defence against pneumococcal pneumonia / T. J. Schuijt, J. M. Lankelma, B. P. Scicluna [et al.] // Gut. - 2016. - Vol. 65, No. 4. - P. 575-583.

285. Sender, R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body / R. Sender, S. Fuchs, R. Milo // PLOS Biology. - 2016. - Vol. 14, No. 8. -P. e1002533.

286. Shakoor, M.U. Probiotics by Modulating Gut-Brain Axis Together With Brivaracetam Mitigate Seizure Progression, Behavioral Incongruities, and Prevented

Neurodegeneration in Pentylenetetrazole-Kindled Mice / M.U. Shakoor, F.K. Tareen, Z. Rehman [et al.] // CNS Neuroscience & Therapeutics. - 2024. - Vol. 30, No. 11. -P. e70078.

287. Shelton, C.D. An early-life microbiota metabolite protects against obesity by regulating intestinal lipid metabolism / C.D. Shelton, E. Sing, J. Mo [et al.] // Cell Host & Microbe. - 2023. - Vol. 31, No. 10. - P. 1604-1619.e10.

288. Shen, R.-S. Potent inhibitory effects of tyrosine metabolites on dihydropteridine reductase from human and sheep liver / R.-S. Shen // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology. - 1984. -Vol. 785, No. 3. - P. 181-185.

289. Silva, E.N. Amoxicillin-induced bacterial gut dysbiosis: A critical influence on mice reproduction and their offspring development / E.N. Silva, T.C.F. Dos Santos, V.C. Teixeira [et al.] // Microbial Pathogenesis. - 2025. - Vol. 204. - P. 107594.

290. Silva, F.P. S100B protein and neuron-specific enolase as predictors of cognitive dysfunction after coronary artery bypass graft surgery: A prospective observational study / F.P. Silva, A.P. Schmidt, L.S. Valentin [et al.] // European Journal of Anaesthesiology. - 2016. - Vol. 33, No. 9. - P. 681-689.

291. Singer, M. Mitochondrial Function / M. Singer // In: Pinsky, M.R., Teboul, J.-L., Vincent, J.-L. (eds.) Hemodynamic Monitoring. - Cham: Springer International Publishing, 2019. - P. 97-106.

292. Singer, M. The Third International Consensus Definitions for Sepsis and Septic Shock (Sepsis-3) / M. Singer, C.S. Deutschman, C.W. Seymour [et al.] // JAMA. -2016. - Vol. 315, No. 8. - P. 801.

293. Singh, N. High sensitivity Troponin-T for prediction of adverse events in patients with COVID-19 / N. Singh, R.K. Anchan, S.A. Besser [et al.] // Biomarkers. -2020. - Vol. 25, No. 8. - P. 626-633.

294. Stacy, A. Infection trains the host for microbiota-enhanced resistance to pathogens / A. Stacy, V. Andrade-Oliveira, J.A. McCulloch [et al.] // Cell. - 2021. -Vol. 184, No. 3. - P. 615-627.e17.

295. Stojanov, S. The Influence of Probiotics on the Firmicutes/Bacteroidetes Ratio in the Treatment of Obesity and Inflammatory Bowel disease / S. Stojanov, A. Berlec, B. Strukelj // Microorganisms. - 2020. - Vol. 8, No. 11. - P. 1715.

296. Stortz, J.A. Benchmarking clinical outcomes and the immunocatabolic phenotype of chronic critical illness after sepsis in surgical intensive care unit patients / J.A. Stortz, J.C. Mira, S.L. Raymond [et al.] // Journal of Trauma and Acute Care Surgery.

- 2018. - Vol. 84, No. 2. - P. 342-349.

297. Sturov, N.V. Risk factors of the fungal urinary tract infections / N.V. Sturov, S.V. Popov, I.Yu. Shmelkov // Meditsinskiy sovet = Medical Council. - 2021. - No. 21. -P. 178-184.

298. Sun, P. Engineering of 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase derived from Pseudomonas aeruginosa for the ortho-hydroxylation of ferulic acid / P. Sun, P. Zheng, D. Chen [et al.] // International Journal of Biological Macromolecules. - 2024. - Vol. 264.

- P. 130545.

299. Sun, S. Altered intestinal microbiome and metabolome correspond to the clinical outcome of sepsis / S. Sun, D. Wang, D. Dong [et al.] // Critical Care. - 2023. -Vol. 27, No. 1. - P. 127.

300. Sun, Y. Changes of respiratory microbiota associated with prognosis in pulmonary infection patients with invasive mechanical ventilation-supported respiratory failure / Y. Sun, K. Guo, J. Tang [et al.] // Annals of Medicine. - 2025. - Vol. 57, No. 1.

- P. 2514093.

301. Szajewska, H. Systematic review with meta-analysis: Saccharomyces boulardii in the prevention of antibiotic-associated diarrhoea / H. Szajewska, M. Kolodziej // Alimentary Pharmacology & Therapeutics. - 2015. - Vol. 42, No. 7. - P. 793-801.

302. Szychowiak, P. The role of the microbiota in the management of intensive care patients / P. Szychowiak, K. Villageois-Tran, J. Patrier [et al.] // Annals of Intensive Care. - 2022. - Vol. 12, No. 1. - P. 3.

303. Tang, E. Lower gastrointestinal tract dysbiosis in persistent critical illness: a systematic review / E. Tang, N. Doan, T. Evans [et al.] // Journal of Medical Microbiology. - 2024. - Vol. 73, No. 10.

304. Tang, T.W.H. Loss of Gut Microbiota Alters Immune System Composition and Cripples Postinfarction Cardiac Repair / T.W.H. Tang, H.-C. Chen, C.-Y. Chen [et al.] // Circulation. - 2019. - Vol. 139, No. 5. - P. 647-659.

305. Tao, Y.-L. Progress in the study of the correlation between sepsis and intestinal microecology / Y.-L. Tao, J.-R. Wang, M. Liu [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2024. - Vol. 14. - P. 1357178.

306. Ticinesi, A. The Gut-Muscle Axis in Older Subjects with Low Muscle Mass and Performance: A Proof of Concept Study Exploring Fecal Microbiota Composition and Function with Shotgun Metagenomics Sequencing / A. Ticinesi, L. Mancabelli, S. Tagliaferri [et al.] // International Journal of Molecular Sciences. - 2020. - Vol. 21, No. 23. - P. 8946.

307. Tokuda, M. Microbial evolution through horizontal gene transfer by mobile genetic elements / M. Tokuda, M. Shintani // Microbial Biotechnology. - 2024. - Vol. 17, No. 1. - P. e14408.

308. Tyakht, A.V. Genetic diversity of Escherichia coli in gut microbiota of patients with Crohn's disease discovered using metagenomic and genomic analyses / A.V. Tyakht, A.I. Manolov, A.V. Kanygina [et al.] // BMC Genomics. - 2018. - Vol. 19, No. 1. - P. 968.

309. Typpo, K.V. Clinical Characteristics Associated With Postoperative Intestinal Epithelial Barrier Dysfunction in Children With Congenital Heart Disease* / K.V. Typpo, C.B. Larmonier, J. Deschenes [et al.] // Pediatric Critical Care Medicine. -2015. - Vol. 16, No. 1. - P. 37-44.

310. Vaezi, A. Phage therapy: breathing new tactics into lower respiratory tract infection treatments / A. Vaezi, T. Healy, G. Ebrahimi [et al.] // European Respiratory Review. - 2024. - Vol. 33, No. 172. - P. 240029.

311. Valles-Colomer, M. The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression / M. Valles-Colomer, G. Falony, Y. Darzi [et al.] // Nature Microbiology. - 2019. - Vol. 4, No. 4. - P. 623-632.

312. Van Heerden, P.V. Chronic critical illness - What is it and what can be done about it? / P.V. Van Heerden, M. Beil // Acta Anaesthesiologica Scandinavica. - 2022. -Vol. 66, No. 7. - P. 780-781.

313. Venturini, C. Biological foundations of successful bacteriophage therapy / C. Venturini, A. Petrovic Fabijan, A. Fajardo Lubian [et al.] // EMBO Molecular Medicine. - 2022. - Vol. 14, No. 7. - P. e12435.

314. Vincent, J.-L. Prevalence and Outcomes of Infection Among Patients in Intensive Care Units in 2017 / J.-L. Vincent, Y. Sakr, M. Singer [et al.] // JAMA. - 2020. - Vol. 323, No. 15. - P. 1478.

315. Vindigni, S.M. Fecal Microbiota Transplantation / S.M. Vindigni, C.M. Surawicz // Gastroenterology Clinics of North America. - 2017. - Vol. 46, No. 1. -P. 171-185.

316. Voiosu, A.M. Markers of cardiac dysfunction associated with inflammation in a cohort of patients with acute decompensation of cirrhosis / A.M. Voiosu, I.C. Daha, V. Dragan [et al.] // European Journal of Gastroenterology & Hepatology. - 2024. -Vol. 36, No. 1. - P. 83-88.

317. Wang, J. Dynamic changes and diagnostic and prognostic significance of serum PCT, hs CRP and s-100 protein in central nervous system infection / J. Wang, X. Wu, Y. Tian [et al.] // Experimental and Therapeutic Medicine. - 2018.

318. Wang, J. Gut-Liver Axis: Modulating the Gut Microbiota and Its Metabolic Products as a Potential Therapeutic Strategy for the Treatment of Hepatic Ischemia-Reperfusion Injury / J. Wang, Y. Yun, X. Dong [et al.] // Discovery Medicine. - 2024. -Vol. 36, No. 189. - P. 1955.

319. Wang, X. The thoracoabdominal wall abscess and sepsis caused by Porphyromonas pogonae: Case report and literature review / X. Wang, L. Liu, B. Lu [et al.] // Heliyon. - 2023. - Vol. 9, No. 4. - P. e14860.

320. Wasyluk, W. Metabolic Alterations in Sepsis / W. Wasyluk, A. Zwolak // Journal of Clinical Medicine. - 2021. - Vol. 10, No. 11. - P. 2412.

321. Webster, F. The ethics of future trials: qualitative analysis of physicians' decision making / F. Webster [et al.] // Trials. - 2016. - Vol. 17. - P. 1-8.

322. Wischmeyer, P.E. Role of the microbiome, probiotics, and 'dysbiosis therapy' in critical illness / P.E. Wischmeyer, D. McDonald, R. Knight // Current Opinion in Critical Care. - 2016. - Vol. 22, No. 4. - P. 347-353.

323. Wolff, N.S. The emerging role of the microbiota in the ICU / N.S. Wolff, F. Hugenholtz, W.J. Wiersinga // Critical Care. - 2018. - Vol. 22, No. 1. - P. 78.

324. Wozniak, H. The central and biodynamic role of gut microbiota in critically ill patients / H. Wozniak, T.S. Beckmann, L. Fröhlich [et al.] // Critical Care. - 2022. -Vol. 26, No. 1. - P. 250.

325. Wu, H. Recent development of phenyllactic acid: physicochemical properties, biotechnological production strategies and applications / H. Wu, C. Guang, W. Zhang, M. Mu // Critical Reviews in Biotechnology. - 2023. - Vol. 43, No. 2. - P. 293308.

326. Wu, L. The dynamic change of serum S100B levels from day 1 to day 3 is more associated with sepsis-associated encephalopathy / L. Wu, Q. Feng, M.-L. Ai [et al.] // Scientific Reports. - 2020. - Vol. 10, No. 1. - P. 7718.

327. Xu, M. The neutrophil percentage-to-albumin ratio is an independent risk factor for poor prognosis in peritoneal dialysis patients / M. Xu, J. Huan, L. Zhu [et al.] // Renal Failure. - 2024. - Vol. 46, No. 1. - P. 2294149.

328. Xu, R. The role of the probiotic Akkermansia muciniphila in brain functions: insights underpinning therapeutic potential / R. Xu, Y. Zhang, S. Chen [et al.] // Critical Reviews in Microbiology. - 2023. - Vol. 49, No. 2. - P. 151-176.

329. Xu, S. Endothelial Dysfunction in Atherosclerotic Cardiovascular Diseases and Beyond: From Mechanism to Pharmacotherapies / S. Xu, I. Huan, P. Little [et al.] // Pharmacological Reviews. - 2021. - Vol. 73, No. 3. - P. 924-967.

330. Yaftian, N. Long-term outcomes of mitral valve endocarditis: improved survival through collaborative management / N. Yaftian, E. Buratto, X.T. Ye [et al.] // ANZ Journal of Surgery. - 2020. - Vol. 90, No. 5. - P. 757-761.

331. Yamakawa, H. A case of relapsed lung abscess caused by Eubacterium brachy infection following an initial diagnosis of pulmonary actinomycosis /

H. Yamakawa, E. Hagiwara, M. Hayashi [et al.] // Respiratory Medicine Case Reports. -2017. - Vol. 22. - P. 171-174.

332. Yang, J. Highly diverse sputum microbiota correlates with the disease severity in patients with community-acquired pneumonia: a longitudinal cohort study / J. Yang, J. Li, L. Zhang [et al.] // Respiratory Research. - 2024. - Vol. 25, No. 1. - P. 223.

333. Yuzefpolskaya, M. Gut microbiota, endotoxemia, inflammation, and oxidative stress in patients with heart failure, left ventricular assist device, and transplant / M. Yuzefpolskaya, B. Bohn, M. Nasiri [et al.] // The Journal of Heart and Lung Transplantation. - 2020. - Vol. 39, No. 9. - P. 880-890.

334. Zabet, M. Effect of high-dose Ascorbic acid on vasopressor^ requirement in septic shock / M. Zabet, M. Mohammadi, M. Ramezani, H. Khalili // Journal of Research in Pharmacy Practice. - 2016. - Vol. 5, No. 2. - P. 94.

335. Zaborin, A. Membership and Behavior of Ultra-Low-Diversity Pathogen Communities Present in the Gut of Humans during Prolonged Critical Illness / A. Zaborin, D. Smith, K. Garfield [et al.] // mBio. - 2014. - Vol. 5, No. 5. - P. e01361-14.

336. Zeber-Lubecka, N. Limited prolonged effects of rifaximin treatment on irritable bowel syndrome-related differences in the fecal microbiome and metabolome / N. Zeber-Lubecka, M. Kulecka, F. Ambrozkiewicz [et al.] // Gut Microbes. - 2016. -Vol. 7, No. 5. - P. 397-413.

337. Zelezniak, A. Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities / A. Zelezniak, S. Andrejev, O. Ponomarova [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2015. - Vol. 112, No. 20. - P. 64496454.

338. Zeng, X. Regulation of Gut Microbiota and Microbial Metabolome of Kefir Supernatant against Fusobacterium nucleatum and DSS-Coinduced Colitis / X. Zeng, J. Li, X. Wang [et al.] // Journal of Agricultural and Food Chemistry. - 2024. - Vol. 72, No. 7. - P. 3536-3548.

339. Zhang, G.-M. Diagnostic value of Procalcitonin, C-reactive protein-to-lymphocyte ratio (CLR), C-reactive protein and neutrophil-to-lymphocyte ratio (NLR) for

predicting patients with Bacteraemia in the intensive care unit / G. M. Zhang, Y. Y. Gu // Journal of Critical Care. - 2024. - Vol. 81. - P. 154538.

340. Zhang, X. Targeting pyroptosis with nanoparticles to alleviate neuroinflammatory for preventing secondary damage following traumatic brain injury / X. Zhang, X. Huang, D. Hang [et al.] // Science Advances. - 2024. - Vol. 10, No. 2. -P. eadj4260.

341. Zhang, Y.-D. Human microbiota from drug-naive patients with obsessive-compulsive disorder drives behavioral symptoms and neuroinflammation via succinic acid in mice / Y.-D. Zhang, D.-D. Shi, B.-B. Liao [et al.] // Molecular Psychiatry. - 2024. -Vol. 29, No. 6. - P. 1782-1797.

342. Zhao, M. Gut bacteria-driven homovanillic acid alleviates depression by modulating synaptic integrity / M. Zhao, Z. Ren, A. Zhao [et al.] // Cell Metabolism. -2024. - Vol. 36, No. 5. - P. 1000-1012.e6.