Получение и характеризация широкореактивного химерного антитела 10H10 специфичного к Е белку ортофлавивирусов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Шаньшин Даниил Васильевич

• Шаньшин Даниил Васильевич
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Шаньшин Даниил Васильевич

Оглавление

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Flaviviridae 13 1.1.2. Flavivirus

1.1.2.1. Общая информация

1.1.2.2. Строение ортофлавивирусных частиц

1.1.2.3. Эпидемиология ортофлавивирусов

1.1.2.4. Репликативный цикл ортофлавивирусов

1.2. Иммунологические механизмы противодействия ортофлавивирусным инфекциям ....18 1.2.1 Врожденный иммунитет

1.2.2. Эффект антителозависимого усиления

1.2.3. B-клеточный иммунитет

1.2.4. Т-клеточный иммунитет

1.3. Феномен широкореактивных антител

1.4. Химеризация антител 31 Глава 2. Материалы и методы

2.1. Коммерческие наборы, ферменты и реактивы

2.2. Среды и растворы

2.3. Штаммы бактерий, плазмиды и бактериофаги

2.4. Олигонуклеотиды

2.5. Методы генной инженерии

2.5.1. Картирование белков ортофлавивирусов

2.5.2. Получение ПЦР-продуктов

2.5.3. Очистка ПЦР-продуктов

2.5.4. Наработка ДНК

2.5.5. Гидролиз ДНК

2.5.6. Выделение ДНК-фрагментов из геля

2.5.7. Выделение фрагментов ДНК из реакционных смесей

2.5.8. Восстановление фосфородиэфирных связей

2.5.9. Подготовка компетентных клеток

2.5.10. Высокоэффективная трансформация

2.5.11. Анализ клонов ПЦР

2.5.12. Секвенирование по Сэнгеру

2.5.13. Получение штамма продуцента

2.5.14. Индукция экспрессии рекомбинантных белков

2.5.15. Хроматографическая очистка белков

2.5.16. Электрофоретическое разделение белков

2.5.17. Аффинная селекция

2.5.18. Амплификация бактериофагов

2.5.19. Определение титра бактериофагов

2.5.20. Амплификация индивидуальных клонов

2.5.21. -Выделение репликативной формы ДНК бактериофагов

2.5.22. Анализ последовательностей фаговой пептидной библиотеки

2.5.23. Выделение ДНК ацетатным буфером

2.5.24. Получение дуплексов

2.5.25. Получение кДНК

2.5.26. Клонирование ПЦР-продуктов с использованием набора клонджет ClonJET PCR Cloning

2.5.27. Биоинформатическое моделирование конструкции, кодирующей химерное антитело

2.5.28. Трансфекция

2.5.29. Хроматографическая очистка антител

2.5.30. Иммуноферментный анализ

2.5.31. Дот-блот анализ

2.5.32. Вестерн-блот анализ

2.5.33. Биослойная интерферометрия

2.5.34. Построение 3Б-структуры антитела

2.5.35. Подготовка белков к построению трехмерной структуры

2.5.36. Молекулярный докинг

2.5.37. Молекулярная динамика

2.5.38. Подготовка белка и пептидов к построению трехмерной структуры

2.5.39. Молекулярный докинг пептидов

2.5.40. Молекулярная динамика пептидов

2.5.41. Статистический анализ 59 Глава 3. Результаты 60 3.1. Получение панели рекомбинантных белков ортофлавивирусов для уточнения локализации эпитопа антитела 10Н10

3.2. Расшифровка аминокислотных последовательностей вариабельных фрагментов антитела 10Н10 и построение модели

3.3. Построение комплекса вариабельных фрагментов антитела 10Н10 с поверхностным белком Е ортофлавивирусов

3.4. Картирование эпитопа при помощи технологии фагового дисплея

3.5. Получение химерного варианта антитела 10Н10 и характеризация свойств 76 Глава 4. Обсуждение

4.1. Уточнение локализации эпитопа антитела 10Н10 на основе сравнительного анализа

4.2. Рашифровка комплекса вариабельных фрагментов антитела 10Н10 с поверхностным белком Е ортофлавивирусов

4.3. Картирование эпитопа при помощи технологии фагового дисплея

4.4. Получение химерного варианта антитела 10Н10 и характеризация его свойств 95 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 97 ВЫВОДЫ 98 Список публикаций 100 Статьи: 100 Тезисы: 100 Патенты: 101 Список использованной литературы 102 Приложение 1 130 Приложение 2 133 Приложение 3 134 Приложение 4 135 Приложение 6 138 Приложение 7 139 Приложение 8 140 Приложение

Список используемых сокращений

НЗ - статистически незначимая разница

оцРНК - одноцепочечная РНК

ТМБ - 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidine/ 3,3',5,5'-тетраметилбензидин

ФСБР - Фосфатно-солевой буферный раствор

ЭР - эндоплазматический ритикулум

5'SB и 3'SB - сайт связывания транспозазы SB100

ADE - antibody-dependent enhancement / антитело-зависимое усиление инфекции; AP - Alkaline phosphatase /щелочная фосфатаза

BCIP/NBT - 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-phosphate/ nitro blue tetrazolium/ 5-бром-4-хлор-3-индолилфосфат/ нитросиний тетразолий С - капсидный белок

CDR - complementarity determining region/ область, определяющая комплементарность

cGAS - циклическая GMP-AMP-синтаза

CH1-3 - 1-3 константные домены тяжелой цепи антитела

CL - константный домен легкой цепи антитела

CMV promoter - промотор цитомегаловируса

CT - contact time/время контакта

CV - column volume/объем колонки

DI - домен I

DII - домен II

DIII - домен III

DEF1 - фрагмент полипротеина DENV, включающий 1-184 а.о. оболочечного белка; DENV - вирус денге

E. coli - Escherichia coli/кишечная палочка Е - envelop/оболочечный белок eADE - extrinsic ADE/внешнее ADE EBOV - вирус Эболы

Fab - Fragment antigen-binding/антигенсвязывающий фрагмент

Fc - Fragment crystallizable region/кристаллизующийся фрагмент иммуноглобулина

FL - fusion loop/ петля слияния

GL - лидерная последовательность gaussia luciferase

HCV - вирус гепатита С

HIV - вирус иммунодефицита человека

HRP - Horseradish peroxidase /пероксидаза хрена

iADE - intrinsic ADE/внутреннее ADE

IgG - иммуноглобулин G

IL-2 - интерлейкин-2

IL-21 - интерлейкин-21

INF-y - Интерферон-гамма

JEV - вирус японского энцефалита

М - мембранный белок

MHC - major histocompatibility complex/ главный комплекс гистосовместимости NK - клетки естественных киллеров

NLRs - цитозольные NOD-подобные рецепторы NS1 - неструктурный белок

NOD-подобные рецепторы - рецепторы, подобные нуклеотидсвязывающему домену

олигомеризации

NS2a - неструктурный белок 2a

NS2b - неструктурный белок 2b

NS3 - неструктурный белок

NS4a - неструктурный белок 4a

NS4b - неструктурный белок 4b

NS5 - неструктурный белок

OAS - первородный антигенный грех

OD - optical density/ оптическая плотность

PDB - Protein Data Bank

prM - премембранный белок

PRR - патернраспознающие рецепторы

RLR-рецепторы - индуцируемый ретиноевой кислотой белок 1 RMSD - Среднеквадратичное отклонение S - «ножка»

SARS-CoV-2 - Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2/ тяжелый острый респираторный синдром коронавируса 2 TBEV - вирус клещевого энцефалита TCR - Т-клеточный рецептор

TEF1 - фрагмент полипротеина TBEV, включающий 1-187 а.о. оболочечного белка; TEF2 - фрагмент полипротеина TBEV, включающий 188 - 310 а.о. оболочечного белка; TEF3 - фрагмент полипротеина TBEV, включающий 311 - 451 а.о. оболочечного белка. Tfh - фоликулярные T-хелперы TLR - Toll-подобные рецепторы

TM - трансмембранный регион TNF-a - фактор некроза опухоли альфа

TNS1 - белок, включающий полную аминокислоту. последовательность NS1 TBEV; VH - вариабельный домен тяжелой цепи VL - вариабельный домен легкой цепи WB - wash buffer/промывочный буфер

WEF1 - фрагмент полипротеина WNV, включающий 1-186 а.о. оболочечного белка; WNV - вирус Западного Нила YFV - вирус желтой лихорадки

ZEF1 - фрагмент полипротеина ZIKV, включающий 1-187 а.о. оболочечного белка; ZIKV - вирус Зика

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Получение и характеризация широкореактивного химерного антитела 10H10 специфичного к Е белку ортофлавивирусов»

ВВЕДЕНИЕ

Orthoflaviviruses - это род одноцепочеченых (+) РНК-содержащих вирусов из семейства Flaviviridae, включающий такие смертельно опасные для человека вирусы, как вирус денге (DENV1-4), вирус Зика (ZIKV), вирус желтой лихорадки (YFV), вирус Западного Нила (WNV), вирус японского энцефалита (JEV) и вирус клещевого энцефалита (TBEV). Данные вирусы могут вызывать различные формы течения заболеваний, в число которых входят геморрагическая лихорадка и энцефалит. Тяжелое течение заболевания нередко заканчивается летальным исходом [1,2]. Особенностью этих вирусов является высокая степень гомологии их геномов и, соответственно, структурных белков, что обуславливает схожие антигенные свойства. Большой проблемой в случае ортофлавивирусов является феномен антителозависимого усиления (ADE) вторичных инфекций [3,4].

Несмотря на высокую опасность, для профилактики ортофлавивирусных инфекций создано ограниченное число разрешенных к применению аттенуированных (YFV), инактивированных вакцин (JEV и TBEV) и рекомбинантных [5]. Использование сывороточной терапии или препаратов моноклональных антител нередко сталкивается с ограничениями в виде развития у пациентов ADE, поэтому востребованы альтернативные подходы. Одним из таких подходов может выступать адресная доставка противовирусных препаратов с использованием антигенраспознающих доменов антител с известной эпитопной специфичностью.

В настоящее время основными методами изучения структуры линейных эпитопов антител являются рентгеноструктурный анализ [6], технология фагового дисплея [7] и методы, использующие сайт-направленный мутагенез [8]. Применение этих подходов позволяет определить область контакта паратопа антитела с эпитопом антигена. Однако следует отметить, что использование некоторых из этих методов, в первую очередь рентгеноструктурного анализа, требует значительных временных затрат и определенных навыков в работе, и для относительно простых задач, таких как изучение линейных эпитопов, его использование нецелесообразно. Для таких эпитопов проще использовать такие методы, как PepScan и технология фагового дисплея [7,9,10].

Использование антител для адресной доставки даже с известной эпитопной специфичностью может столкнуться с ограничениями в виде иммунологического отторжения. Частичное решение этой проблемы возможно за счет получения рекомбинантных химерных антител. Химеризация иммуноглобулинов подразумевает замену константных областей антител одного вида на аналогичную область другого вида, в частности человеческого происхождения. Химеризация антитела является

нетривиальной задачей и требует всестороннего изучения как донорного антитела, так и полученных вариантов.

Целью диссертационной работы заключалась в изучении свойств широкореактивного МКА 10Н10 специфичного к Е белку ортофлавивирусов, создании его химерного варианта (10НШЛ) и сравнение иммунохимических свойств мышиного и химерного антитела.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1. Получить панель рекомбинантных белков ортофлавивирусов (TBEV, ZIKV, WNV и DENV) для уточнения локализации эпитопа мышиного моноклонального антитела 10Н10.

2. Определить аминокислотный состав вариабельных доменов антитела 10Н10.

3. Построить трехмерную модель комплекса вариабельных доменов тяжелой и легкой цепи антитела 10Н10 и проанализировать взаимодействие смоделированного комплекса с поверхностным белком Е ортофлавивирусов.

4. Провести картирование эпитопа антитела 10Н10 с помощью комбинаторной фаговой библиотеки.

5. Получить химерное антитело 10Ш0Л, состоящее из вариабельных доменов мышиного антитела и константных - человеческого, и изучить его иммунохимические свойства.

Научная новизна работы

Для локализации эпитопа антитела 10Н10 впервые была получена панель рекомбинантных антигенов четырех ортофлавивирусов, включающая в себя фрагменты оболочечного белка Е и неструктурный белок 1 TBEV, а также фрагменты оболочечного белка WNV, DENV и ZIKV. Впервые было проведено комплексное исследование мышиного моноклонального антитела 10Н10. Определена аминокислотная последовательность легкой и тяжелой цепи антитела и на их основе построена трехмерная модель комплекса "УН и УЪ. На основании полученного комплекса УН/УЪ впервые было проведено молекулярное моделирование антитела 10Н10 с фрагментами оболочечного белка ТВЕУ и ZIKV. Продемонстрировано, что наиболее энергетически выгодным расположением комплекса "УН/"УЪ относительно поверхностного белка является такое, при котором происходит сближение паратопа антитела с областью петли слияния белка ортофлавивирусов. Впервые методом фагового дисплея определена первичная структура эпитопа антитела 10Н10. Впервые на основе аминокислотной последовательности вариабельных доменов антитела 10Н10 проведен дизайн химерного антитела, включающего константные области человеческого антитела. Был сконструирован

интеграционный вектор рУЕАЪ3-10Н10Л, трансфекция которым клеток СНО-Ю позволила получить продуцент химерного антитела 10Н10ск При помощи метода биослойной интерферометрии впервые определены константы диссоциации мышиного и химерного антитела 10Н10.

Научно-практическая значимость

В данном исследовании получена панель рекомбинантных фрагментов полипротеина ортофлавивирусов, таких как ТВЕУ, ZIKV, DENV и WNV. Такие антигены можно использовать как для фундаментальных исследований, так и для анализа специфичного гуморального иммунного ответа.

Впервые изучена нуклеотидная последовательность и получена аминокислотная последовательность вариабельных доменов антитела 10Н10. Последовательности были депонированы в базе GenBank (УН ОК483332; УЪ ОЪ448869). Результат позволил получить рекомбинантный аналог антитела 10Н10.

В работе предложена схема комплексного изучения линейных антигенных детерминант антител. При помощи этого подхода получена первичная структура эпитопа антитела 10Н10, построена трехмерная модель антитела с эпитопом и предсказана структура наиболее энергетически выгодной конформации комплекса «антиген-антитело». Такой подход можно использовать для поиска и исследования линейных эпитопов других антител.

Сконструирован интеграционный вектор рУЪАЪ3-10Ш0Л и получен стабильный продуцент химерного антитела 10Н10ск Разработанный вектор может быть использован для получения рекомбинантных антител, специфичных в отношении любых других антигенов. Полученное рекомбинантное антитело может быть использовано для создания диагностических тест-систем и терапевтических препаратов широкого спектра действия. Получен патент на изобретение РФ №2800471 от 13.10.2022 г.

Предложен метод определения аффинности антител различного происхождения на основе биослойной интерферометрии. Продемонстрировано, что константа диссоциации химерного антитела при взаимодействии с различными рекомбинантными антигенами находится в наномолярной области.

Методология и методы диссертационного исследования

Достижение поставленной цели осуществлялось путем комплексного подхода к решению задач с использованием набора классических и современных методов исследования, включая методы молекулярной биологии и физико-химического анализа. Результаты были получены при помощи молекулярно-биологических (выделение нуклеиновых кислот, трансформация, секвенирование методом Сэнгера, ферментативный

гидролиз, лигирование, фаговый дисплей, обратная транскрипция, трансфекция, аффинная хроматография и др.), иммунохимических методов (иммунноферментный анализ, дот-блот, вестрн-блот) и методов биоинформатического анализа (моделирование трехмерной структуры, молекулярный докинг и др., сборка и анализ полногеномных последовательностей, филогенетический и эволюционный анализ). Эксперименты проводили не менее чем в трехкратной повторности. Для статистической обработки данных использовали параметрический t-критерий Стьюдента. Достоверным считали различия при уровне значимости p < 0,05. Расчет результатов осуществляли с помощью пакетов прикладных программ GraphPad Prism.

Основные положения, выносимые на защиту

1. С использованием разработанной панели рекомбинантных белков, содержащих фрагменты полипротеина ортофлавивирусов, локализован эпитоп, с которым взаимодействует антитело 10Н10.

2. Расшифрованные аминокислотные последовательности вариабельных доменов тяжелой и легкой цепи мышиного антитела 10H10, депонированные в базе GenBank (VH OK483332; VL OL448869), позволяют построить теоретическую трехмерную модель комплекса вариабельных доменов.

3. Отобранные фаготопы, частично совпадающие по составу с аминокислотной последовательностью пептида слияния поверхностного белка ортофлавивирусов, специфически взаимодействуют с антителом 10Н10 в иммуноферментном анализе.

4. Полученное химерное антитело 10H10ch, взаимодействует с рекомбинантными антигенами (TBEV, ZIKV, WNV и DENV) с Kd в диапазоне 10 - 48 нМ.

Публикации и апробация результатов

Положения и выводы являются научно обоснованными. Полученные результаты являются достоверными и опираются на экспериментальные и литературные данные. Результаты диссертационной работы были представлены на международной конференции OpenBio (Кольцово, 2016, 2017, 2022 г.), I Международном научном форуме студентов и молодых ученых и Третьей международной молодежной биотехнологической школе «Рекомбинантные белки и вакцины» (Барнаул, 2017), 4-й Научно-практической конференции с международным участием «Бактериофаги: теоретические и практические аспекты применения в медицине, ветеринарии и пищевой промышленности» (Нижний Новгород, 2018).

Результаты работы отражены в 15 публикациях в отечественных и зарубежных изданиях, из которых: 7 статей в ведущих рецензируемых научных журналах, рекомендованных ВАК Министерства образования и науки РФ для защиты диссертаций, 8

тезисов, докладов на всероссийских и международных конференциях. Также получен патент на изобретение РФ №2800471 от 13.10.2022 г.

Структура и объем диссертации Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов, обсуждения, заключения, выводов и списка цитируемой литературы. Работа изложена на 142 страницах машинописного текста, включает 31 рисунок и 8 таблиц, а также 9 приложений. Библиография включает 297 наименований.

Вклад автора

Автор самостоятельно выполнил представленные в диссертации эксперименты. Основные результаты исследований получены и проанализированы лично автором. Работы, связанные с проведением молекулярного докинга, проводились автором совместно с д.х.н. Борисевич С.С. (Уфимский институт химии УФИЦ РАН). Работы, связанные с вирусами, проводились к.б.н. Протопоповой Е.В. (ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора). Работы по наращиванию химерного антитела проводились совместно с Несмеяновой В.С. (ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора). Секвенирование образцов ДНК, кодирующих матрицы и целевые гены, проведены в центре коллективного пользования «Геномика» Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН.

Глава 1. Обзор литературы 1.1. Flaviviridae

Большая часть знаний, полученная об ортофлавивирусах, связана с открытием и

исследованием желтой лихорадки. [11]. Желтая лихорадка стала первой вирусной

инфекцией человека, для которой была показана передача кровососущими

членистоногими. Последующие исследования привели к обнаружению еще ряда вирусов,

переносимых членистоногими (или арбовирусов), для которых было необходимо ввести

общее название, при этом термин «togavirus» (от латинского toga - римская «мантия», или

«плащ», ссылка на наличие суперкапсидной оболочки) был принят как удобное жаргонное

обозначение. Тот же корень позже стал официально использоваться для обозначения

семейства Togaviridae. Это семейство первоначально содержало только два рода:

Alphavirus (ранее арбовирусы группы A) и Flavivirus (ранее арбовирусы группы B),

названные в честь типа вида, YF-вируса (от латинского flavus, «yellow») [12].

1.1.2. Flavivirus 1.1.2.1. Общая информация

Семейство Flaviviridae (род Flavivirus) включает вирусы членистоногих

(арбовирусы), которые передаются москитами или клещами, вызывая заболевания как у людей, так и у животных [13]. Род Flavivirus насчитывает более 50 видов, включая патогенные для человека, которые ответственны за двухфазную лихорадку, энцефалит или геморрагическую лихорадку [14,15]. Особая роль принадлежит ортофлавивирусам, патогенным для человека. Вирус денге может обусловливать протекание заболевания как с симптомами, так и бессимптомно, а также может приводить к развитию тяжелой формы (геморрагическая лихорадка), являясь одним из самых разрушительных арбовирусных тропических заболеваний. Геморрагическая лихорадка денге представляет собой тяжелое лихорадочное заболевание, характеризующееся нарушением гемостаза, повышенной проницаемостью сосудов и выраженной повышенной сосудистой утечкой, что может привести к шоку (шоковый синдром денге). Шоковый синдром денге является формой гиповолемического шока, который вызывает снижение периферической перфузии, что может приводить к повреждению тканей и полиорганной недостаточности [16]. В средних и легких течениях ортофлавивирусных инфекций часто наблюдаются гриппоподобные симптомы [16-19].

За последние два десятилетия глобальная заболеваемость денге заметно возросла, что представляет собой серьезную проблему для общественного здравоохранения. С 2000 по 2019 год Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) зафиксировала десятикратный рост числа зарегистрированных случаев во всем мире, увеличившихся с 500 000 до 5,2 миллиона. 2019 год стал беспрецедентным пиком: зарегистрированные

13

случаи распространились по 129 странам (ВОЗ). Аналогично вирусу денге, большой проблемой являются вирус желтой лихорадки и вирусы клещевого и японского энцефалитов. Серьезную озабоченность вызывают другие ортофлавивирусные инфекции, в том числе вирусы Западного Нила, Усуту, Зика, Багазы [15].

1.1.2.2. Строение ортофлавивирусных частиц

Структурная организация ортофлавивирусных частиц имеет высокую степень

сходства [20]. Зрелый вирион ортофлавивируса имеет сферическую форму размером 40 -60 нм в диаметре, содержащий одноцепочечный геном [21,22]. Ортофлавивирусный геном представлен в виде линейной одноцепочечной (+) РНК, в среднем размер составляет 11000 п.н. [23]. Особенностью организации генома ортофлавивирусов является то, что открытая рамка считывания кодирует полипротеин, подвергающийся посттрансляционной модификации с образованием структурных (оболочечный (E), мембранный (M) и пре-мембранный (prM), капсидный (С) белок) и неструктурных белков (NS1, NS2a, NS2b, NS3, NS4a, NS4b, NS5) [24]. По завершении синтеза полипротеина происходит его расщепление на отдельные белки, которые впоследствии участвуют в сборке вириона [25]. Оболочечный белок E на поверхности зрелого вириона образует гомодимер, который обеспечивает проникновение ортофлавивирусов в клетку хозяина [26]. Каждая субъединица оболочечного белка Е состоит из трех доменов (домен I, II, III) [27] (рис. 1.1). Размер субъединицы оболочечного белка составляет 5 - 10 нм [24]. Мембранный белок образуется при расщеплении гликопротеина prM во время созревания вириона [28] (рис. 1.1). Внутренняя часть вириона представлена капсидным белком, образующим комплекс с одной копией геномной вирусной РНК [29] (рис. 1.1). Неструктурный белок 1 (NS1) является гликопротеином, образующим гомодимеры. NS1 выполняет функцию ингибирования продукции интерферона типа I [30]. Ортофлавивирусный неструктурный белок 2а (NS2a) представляет собой гидрофобный многофункциональный белок, связанный с мембранным белком. NS2a связывается с вирусной РНК и участвует в репликации и в сборке/секреции вирионов [31]. Неструктурный белок 3 (NS3) действует как вирусная протеаза с кофактором, в роли которого выступает неструктурный белок 2b (NS2b). Размер неструктурных белков 2b и 3 составляет 10 нм и 15 нм соответственно [32-34]. Неструктурные белки 4a и 4b (NS4a; NS4b) участвуют в закреплении комплекса репликации вируса на мембране эндоплазматического ретикулума [32,33]. NS5 функционирует как метилтрансфераза и РНК-зависимая РНК-полимераза [32].

Е белок

Е белок к-у

Рисунок 1.1. Схематическая структура зрелого вириона ортофлавивируса.

Примечание: Е - оболочечный белок, ргМ/М - премембранный и мембранный белок, С -капсидный белок, (+)оцРНК - одноцепочечная вирусная РНК

1.1.2.3. Эпидемиология ортофлавивирусов Представители ортофлавивирусных инфекций, такие как TBEV, ZIKV, WNV,

DENV, JEV и другие, являются инфекциями, переносимыми комарами и клещами,

эпидемиология которых может заметно меняться в ответ на изменения социальных

факторов, таких как рост торговли, урбанизация сельских районов, рост населения,

мобильность граждан. Таким образом, у всех представителей ортофлавивирусов

происходит расширение географического ареала обитания, о чем свидетельствует

появление вируса Западного Нила в Америке и вируса японского энцефалита в

Австралазии. Также стоит отметить крупные вспышки тяжелых неврологических

заболеваний, вызванных WNV, учащение вспышек геморрагической лихорадки денге в

Америке и появление висцеротропного заболевания, связанного с вакцинацией против

YFV [35].

Ежегодно по всему миру регистрируются миллионы случаев, обусловленных ортофлавивирусами [36-42]. Основные пути передачи связаны с комарами [43-45] или, в случае с TBEV, - клещами [46]. Инкубационный период ортофлавивирусных инфекций составляет примерно 2-28 дней. Хотя отмечается, что для лихорадок Зика, денге и Западного Нила характерно бессимптомное течение заболевания [18,47-50]. Основными клиническими симптомами, характеризующими ZIKV- и DENV-инфекции, остаются макуло-папулезные высыпания [51].

Считается, что передачу ортофлавивирусных инфекций комарами можно разделить на лесной и городской циклы [52-54]. Лесной цикл экологически и эволюционно отличается от цикла передачи человека, что поддерживается нечеловеческими приматами. После того как комар питается инфицированным компетентным хозяином, арбовирус реплицируется внутри комара и затем может передаваться восприимчивому хозяину через выделения слюнных желез [55]. Комары, которые питаются как птицами, так и млекопитающими, называются мостовыми переносчиками WNV, потому что они действуют как «мост» между зараженным резервуаром (птицами) и случайными хозяевами-млекопитающими, у которых не развивается достаточно высокая виремия для передачи комарам [53,56]. Люди и лошади могут серьезно заболеть или умереть от ортофлавивирусной инфекции, но в то же время считаются случайными хозяевами, которые не участвуют в жизненном цикле вируса, поскольку у них не развивается достаточная виремия для заражения комаров-переносчиков [44] (рис. 1.2) [57].

Рисунок 1.2. Цикл циркуляции и передачи ортофлавивируса на примере TBEV, передающегося клещами позвоночным хозяевам.

Примечание: Клещи имеют решающее значение для устойчивости вируса, поскольку они остаются инфицированными после заражения вирусом. Зараженные клещи способны передавать TBEV другим клещам, когда они питаются в непосредственной близости от

одного и того же животного, а также на разных стадиях жизненного цикла клеща. TBEV сохраняются также в цикле между мелкими млекопитающими (например, грызунами) и клещами, которые ими питаются. Крупные млекопитающие и люди, как правило, являются случайными, тупиковыми хозяевами.

1.1.2.4. Репликативный цикл ортофлавивирусов В процессе заражения хозяина ортофлавивирус сначала прикрепляется к

клеточной поверхности и проникает в клетку-хозяина посредством эндоцитоза,

опосредованного рецепторами клеточной поверхности. Кислая среда эндосомы запускает

слияние мембраны вируса с клеткой. В результате слияния мембран нуклеокапсид

высвобождается в цитоплазму, капсидный белок и вирусная РНК диссоциируют,

высвобождая вирусный геном. Геномная РНК обеспечивает синтез вирусных белков и

сборку вирусных частиц. Первоначально в эндоплазматическом ретикулуме образуются

незрелые неинфекционные вирусные частицы, которые еще не могут индуцировать

слияние с клеточной мембраной [58] (рис. 1.3) [59].

Рисунок 1.3. Схематическая иллюстрация жизненного цикла TBEV.

Примечание: (1) Связывание вирусных частиц со специфическими рецепторами клеточной поверхности. (2) Проникновение вириона в клетки эндоцитарным путем. (3) Низкий рН в поздней эндосоме запускает конформационные изменения белков Е, приводящие к перестройке димеров в тримерные формы (фузогенное состояние) и последующему слиянию вирусной оболочки с эндосомальными мембранами, что приводит к обнажению вириона. (4) Репликация вируса происходит посредством синтеза антисмысловой (отрицательной) РНК, которая служит матрицей для производства геномной РНК. Репликационные комплексы локализованы в мембранных структурах эндоплазматического ретикулума (ЭР). (5) Собранные нуклеокапсиды приобретают липидные оболочки путем отпочковывания в просвет ЭР. (6) Незрелые частицы проходят через комплекс Гольджи. (7) Созревание происходит в транс-сети Гольджи, включая расщепление ргМ и реорганизацию белков Е в компетентные к слиянию гомодимеры, что приводит к изменению остроконечных незрелых частиц на гладкие зрелые частицы. (8) Зрелые частицы транспортируются в цитоплазматических везикулах и высвобождаются во внеклеточное пространство путем экзоцитоза.

Затем незрелые вирусные частицы транспортируются в аппарат Гольджи, prM расщепляется с образованием зрелого М-белка, Е-белок перестраивается, и начинают формироваться зрелые инфекционные вирусные частицы, которые высвобождаются из клетки-хозяина посредством клеточного экзоцитоза [60] (рис. 1.3) [59].

1.2. Иммунологические механизмы противодействия ортофлавивирусным

инфекциям 1.2.1 Врожденный иммунитет

В противодействии ортофлавивирусам участвуют механизмы как врожденного,

так и приобретенного иммунитета. Врожденная иммунная система является серьезным барьером для предотвращения ортофлавивирусных инфекций. РНК ортофлавивирусов может быть распознана с помощью различных паттерн-распознающих рецепторов (PRR) (рис. 1.4), таких как ^П-подобные рецепторы (TLR) [61], RLR-рецепторы (индуцируемый ретиноевой кислотой белок 1 (ЯЮ-1)) [62,63], cGAS (циклическая GMP-AMP-синтаза) и NOD-подобные рецепторы (цитозольные NOD-подобные рецепторы (рецепторы, подобные нуклеотидсвязывающему домену олигомеризации, NLRs) [64], которые в конечном итоге продуцируют провоспалительные цитокины и индуцируют противовирусный статус.

Рисунок 1.4. Схематическая иллюстрация формирования иммунного ответа на ортофлавивирусную инфекцию.

Примечание: Опсонины - факторы комплемента, усиливающие фагоцитоз; PRR -паттерн-распознающие рецепторы; Нейтрофилы, макрофаги - фагоцитирующие клетки, участвующие в системе противоинфекционной защиты организма; Дендритные клетки - лейкоциты, презентирующие антиген; Лимфатические узлы - периферические органы иммунной системы, обеспечивающие адаптивный иммунный ответ; MHC (major histocompatibility complex) - главный комплекс гистосовместимости, область генома, играющая важную роль в иммунной системе и развитии иммунитета; TCR (Т-клеточный рецептор) — поверхностный белковый комплекс Т-лимфоцитов, ответственный за распознавание процессированных антигенов, связанных с молекулами MHC на поверхности антигенпредставляющих клеток; CD4 - мономерный трансмембранный гликопротеин надсемейства Ig CD8 - трансмембранный гликопротеин, служащий корецептором TCR; В-клетки - функциональный тип лимфоцитов, играющих важную роль в обеспечении гуморального иммунитета; IL-2 (интерлейкин-2) - пептид, являющийся медиатором воспаления и иммунитета; IL-21 (интерлейкин-21) - цитокин, оказывающий мощное регуляторное воздействие на клетки иммунной системы, включая клетки естественных киллеров (NK) и цитотоксические Т-клетки, которые могут разрушать инфицированные вирусом клетки; INF-y (Интерферон-гамма) - цитокин,

синтезирующийся Т-лимфоцитами и естественными киллерами, обладающий противовирусным, противоопухолевым, иммуномодулирующим действием; TNF-a -белок, который наряду с интерлейкинами усиливает воспалительный процесс в организме с целью защиты от чужеродных антигенов.

Более серьезный барьер представляют механизмы специфического гуморального

и клеточного ответа. Однако, прежде чем говорить о них, необходимо обсудить широко распространенный для ортофлавивирусов феномен ADE.

1.2.2. Эффект антителозависимого усиления

В 1964 году Hawkes R. A., обратил внимание на повышение продукции

ортофлавивирусных вирионов (энцефалита долины Мэррей, Западного Нила и японского энцефалита и др.) в культуре клеток, после предварительной инкубации вирионов в среде с низким содержанием специфических антител. Именно этот эффект впоследствии назвали феноменом антителозависимого усиления инфекции (ADE - antibody-dependent enhancement) [65,66]. Позднее R. A. Hawkes показал, что увеличение количества вируса вызвано образованием комплекса «вирус - антитело» [67]. Другими исследователями было продемонстрировано, что в макрофагах может реплицироваться широкий спектр микроорганизмов, а усиление внутриклеточной инфекции обусловлено проникновением патогена в клетки при помощи ненейтрализующих антител [68].

Этот иммунологический феномен возникает когда перекрестно-реагирующие нейтрализующие [69] или ненейтрализующие антитела могут связываться с вирусом и способствовать связыванию комплекса «вирус - антитело» с рецептором FcyR, что облегчает проникновение вируса и приводит к усилению виремии [70]. Механизм развития ADE разделяют на две стадии:

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шаньшин Даниил Васильевич, 2025 год

Список использованной литературы

1. Misra UK, Kalita J, Mani VE, Chauhan PS. Central nervous system and muscle

involvement in dengue patients : A study from a tertiary care center. J Clin Virol . 2015;72:146-51. Available from: http://dx.doi.Org/10.1016/j.jcv.2015.08.021

2. Mota TDO, Ribeiro MR, Nunes DV, Paula M, Rossi SL, Nogueira ML. Unusual clinical manifestations of dengue disease-Real or imagined? Acta Trop. 2019;199(August).

3. Chan KR, Wang X, Saron WAA, Gan ES, Tan HC, Mok DZL, et al. Cross-reactive antibodies enhance live attenuated virus infection for increased immunogenicity. Nat Microbiol . 2016 Sep 19;1(12):16164. Available from: https://www.nature.com/articles/nmicrobiol2016164

4. Katzelnick LC, Narvaez C, Arguello S, Mercado BL, Ampie O, Elizondo D, et al. Zika virus infection enhances future risk of severe dengue disease. Science (80- ). 2020;369(6507):1123-8.

5. Castilho LR, Mattos NR, Abreu WS, Gutarra MLE. Virus-like Particles (VLPs) as Important Tools for Flavivirus Vaccine Development. Biologics . 2022 Oct 31;2(4):226-42. Available from: https://www.mdpi.com/2673-8449/2/4/18

6. Feng D, Kim T, Özkan E, Light M, Torkin R, Teng KK, et al. Molecular and Structural Insight into proNGF Engagement of p75NTR and Sortilin. J Mol Biol . 2010;396(4):967-84. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/jjmb.2009.12.030

7. Marc G, Moreira G, Viola F, Hust M. Epitope Mapping by Phage Display. 2018;1701:497-518.

8. Gershoni JM, Roitburd-berman A, Siman-tov DD, Freund NT. Epitope Mapping The First Step in Developing Epitope-Based Vaccines. BioDrugs. 2007;21(3):145-56.

9. Jin Z, Wei Q, Bi Y, Li Y, Huo N, Mou S, et al. Identification of a potential neutralizing linear epitope of hemagglutinin - neuraminidase in Newcastle disease virus. Virol J . 2021;1-11. Available from: https://doi.org/10.1186/s12985-020-01483-y

10. Mateusz Sikora, Soren von Bulow, Florian E. C. Blanc MG, Roberto Covino GH. Computational epitope map of SARS-CoV-2 spike protein. PLoS Comput Biol. 2021;17(4):1-16.

11. Schlesinger S. SMJ (ed. . The Togaviridae and Flaviviridae. Springer Sci Bus Media. 2013;

12. Westaway EG, Brinton MA, Gaidamovich Y, Horzinek MC, Igarashi A, K&auml;&auml;ri&auml;inen L, et al. Flaviviridae. Intervirology . 1985;24(4):183-92. Available from: https://www.karger.com/Article/FullText/149642

13. Gould E, Solomon T. Pathogenic flaviviruses. Lancet . 2008 Feb;371(9611):500-9.

Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S014067360860238X

14. Grard G, Moureau G, Charrel RN, Lemasson J-J, Gonzalez J-P, Gallian P, et al. Genetic characterization of tick-borne flaviviruses: New insights into evolution, pathogenetic determinants and taxonomy. Virology . 2007 Apr;361(1):80-92. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0042682206006593

15. Moureau G, Cook S, Lemey P, Nougairede A, Forrester NL, Khasnatinov M, et al. New Insights into Flavivirus Evolution, Taxonomy and Biogeographic History, Extended by Analysis of Canonical and Alternative Coding Sequences. Lee Y-M, editor. PLoS One . 2015 Feb 26;10(2):e0117849. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0117849

16. Roy SK, Bhattacharjee S. Dengue virus : epidemiology , biology , and disease aetiology. Can J Microbiol. 2021;67(10):687-702.

17. Haglund M, Günther G. Tick-borne encephalitis - Pathogenesis, clinical course and long-term follow-up. Vol. 21, Vaccine. 2003. p. S11-8.

18. Duffy MR, Guillaumot L, Biggerstaff BJ, Hancock WT, Lanciotti RS, Holzbauer S, et al. Zika Virus Outbreak on Yap Island, Federated States of Micronesia. N Engl J Med. 2009;360(24):2536-43.

19. Danis K, Papa A, Theocharopoulos G, Dougas G, Athanasiou M, Detsis M, et al. Outbreak ofWest Nile virus infection in Greece. Emerg Infect Dis. 2011;17(10):1868—72.

20. Yun SI, Lee YM. Zika virus: An emerging flavivirus. J Microbiol. 2017;55(3):204-19.

21. Yun T, Ye W, Ni Z, Zhang D, Zhang C. Identification and molecular characterization of a novel flavivirus isolated from Pekin ducklings in China. Vet Microbiol . 2012;157(3-4):311-9. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.vetmic.2012.01.013

22. Deng Y-Q, Dai J-X, Ji G-H, Jiang T, Wang H-J, Yang H, et al. A Broadly Flavivirus Cross-Neutralizing Monoclonal Antibody that Recognizes a Novel Epitope within the Fusion Loop of E Protein. Park M-S, editor. PLoS One . 2011 Jan 11;6(1):e16059. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0016059

23. Armstrong N, Hou W, Tang Q. Biological and historical overview of Zika virus. World J Virol. 2017;6(1):1.

24. Thomas J. Chambers, Chang S. Hahn, Ricardo Galler CMR. FLAVIVIRUS GENOME ORGANIZATION, EXPRESSION, AND REPLICATION. In: Annual Review of Microbiology. 1990. p. 649-88.

25. Cahour A, Falgout B, Lai C. Cleavage of the Dengue Virus Polyprotein at the NS3 / NS4A and NS4B / NS5 Junctions Is Mediated by Viral Protease NS2B-NS3 , Whereas NS4A / NS4B May Be Processed by a Cellular Protease. J Virol. 1992;66(3):1535-42.

26

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

38

39

Heinz FX, Mandl CW, Holzmann H, Kunz C, Harris BA, Rey F, et al. The flavivirus envelope protein E: isolation of a soluble form from tick-borne encephalitis virus and its crystallization. J Virol . 1991;65(10):5579-83. Available from:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1716695%0Ahttp://www.pubmedcentral.nih.gov/art iclerender.fcgi?artid=PMC249068

Bhardwaj S, Holbrook M, Shope RE, Barrett ADT, Watowich SJ. Biophysical Characterization and Vector-Specific Antagonist Activity of Domain III of the Tick-Borne Flavivirus Envelope Protein. J Virol. 2001;75(8):4002-7.

Bray M, Lai CJ. Dengue virus premembrane and membrane proteins elicit a protective immune response. Virology. 1991;185(1):505-8.

Jones CT, Ma L, Burgner JW, Groesch TD, Post CB, Kuhn RJ. Flavivirus Capsid Is a Dimeric Alpha-Helical Protein. J Virol. 2003;77(12):7143-9.

Xia H, Luo H, Shan C, Muruato AE, Nunes BTD, Medeiros DBA, et al. An evolutionary NS1 mutation enhances Zika virus evasion of host interferon induction. Nat Commun . 2018;9(1). Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-017-02816-2 Leung JY, Pijlman GP, Kondratieva N, Hyde J, Mackenzie JM, Khromykh AA. Role of Nonstructural Protein NS2A in Flavivirus Assembly. J Virol. 2008;82(10):4731-41. Munoz-Jordan JL, Laurent-Rolle M, Ashour J, Martinez-Sobrido L, Ashok M, Lipkin WI, et al. Inhibition of Alpha/Beta Interferon Signaling by the NS4B Protein of Flaviviruses. J Virol. 2005;79(13):8004-13.

McLean JE, Wudzinska A, Datan E, Quaglino D, Zakeri Z. Flavivirus NS4A-induced autophagy protects cells against death and enhances virus replication. J Biol Chem. 2011;286(25):22147-59.

Lindenbach B.D., Rice CM. Molecular biology of flaviviruses. Adv Virus Res. 2003;59:23-62.

Petersen LR, Marfin AA. Shifting Epidemiology of Flaviviridae. J Travel Med. 2003;12(1):3-11.

Mansfield KL, Johnson N, Phipps LP, Stephenson JR, Fooks AR, Solomon T. Tick-borne encephalitis virus - A review of an emerging zoonosis. Vol. 90, Journal of General Virology. 2009. p. 1781-94.

Suss J. Tick-borne encephalitis in Europe and beyond--the epidemiological situation as of 2007. Eurosurveillance. 2008;13(26):2-9.

Dick GWA, Kitchen SF, Haddow AJ. Zika virus (I). Isolations and serological specificity. Trans R Soc Trop Med Hyg. 1952;46(5):509-20.

Balanc G, Gaidet N, Savini G, Vollot B, Foucart A, Reiter P, et al. Low West Nile Virus

Circulation in Wild Birds in an Area of Recurring Outbreaks in Southern France. Vector-borne zoonotic Dis. 2009;9(6):737-41.

40. Bernkopf H, Levine S, Nerson R. Isolation of West Nile Virus in Israel. J Infect Dis. 1953;93(3):207-18.

41. World Health Organization, Special Programme for Research, Training in Tropical Diseases, World Health Organization. Department of Control of Neglected Tropical Diseases, World Health Organization. Epidemic & PA. Dengue: guidelines for diagnosis, treatment, prevention and control. World Health Organization. 2009.

42. Bhatt S, Gething PW, Brady OJ, Messina JP, Farlow AW, Moyes CL, et al. The global distribution and burden of dengue. Nature . 2013;496(7446):504-7. Available from: https://www.nature.com/articles/nature12060

43. Lästere S, Cao-Lormeau V, Musso D, Teissier A, Besnard M. Evidence of perinatal transmission of Zika virus, French Polynesia, December 2013 and February 2014. Eurosurveillance. 2014;19(13):20751.

44. Meulen KM Van Der, Pensaert MB. West Nile virus in the vertebrate world Brief Review. Arch Virol. 2005;150(4):637-57.

45. Carrington LB, Cameron P. Human to mosquito transmission of dengue viruses. Front Immunol. 2014;5(290):1-8.

46. Danielova V, Daniel M, Schwarzova L, Materna J, Rudenko N, Golovchenko M, et al. Integration of a tick-borne encephalitis virus and borrelia burgdorferi sensu lato into mountain ecosystems, following a shift in the altitudinal limit of distribution of their vector, ixodes ricinus (krkonos e mountains, Czech Republic). Vector-Borne Zoonotic Dis. 2010;10(3):223-30.

47. Kaiser R. Tick-Borne Encephalitis. Vol. 22, Infectious Disease Clinics of North America. 2008. p. 561-75.

48. Mickiene A, Laisskonis A, Guünther G, Vene S, Lundkvist Ä, Lindquist L. Tickborne encephalitis in an area of high endemicity in lithuania: Disease severity and long-term prognosis. Clin Infect Dis. 2002;35(6):650-8.

49. Simpson DIH. Zika Virus Infection in Man. Trans R Soc Trop Med Hyg. 1964;58(4):335-8.

50. Vireak Heang, Chadwick Y. Yasuda, Ly Sovann, Andrew D. Haddow, Amelia P Travassos da Rosa, Robert B. Tesh and MRK. Zika Virus Infection , 2010. Emerg Infect Dis. 2012;18(2):349-51.

51. Mathew A, Rothman AL. Understanding the contribution of cellular immunity to dengue disease pathogenesis. Immunol Rev. 2008;225(1):300-13.

52. Charrel N, Holmes EC, Grard G, Gould EA, Lamballerie X De. Genomics and evolution of Aedes-borne flaviviruses. J Gen Virol. 2010;91(1):87-94.

53. Kilpatrick AM, Kramer LD, Campbell SR, Alleyne EO, Dobson AP, Daszak P. West Nile Virus Risk Assessment and the Bridge Vector Paradigm. Emerg Infect Dis. 2005;11(3):425.

54. Chen R, Vasilakis N. Dengue-Quo tu et quo vadis? Vol. 3, Viruses. 2011. p. 1562-608.

55. Conway MJ, Colpitts TM, Fikrig E. Role of the Vector in Arbovirus Transmission. Annu Rev Virol . 2014 Nov 3;1(1):71-88. Available from:

https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-virology-031413-085513

56. Turell MJ, Sardelis MR, O'Guinn ML, Dohm DJ. Potential vectors of West Nile virus in North America. Curr Top Microbiol Immunol. 2002;267(1989):241-52.

57. Mlera L, Melik W, Bloom ME. The role of viral persistence in flavivirus biology. Pathog Dis . 2014 Jul;71(2):137-63. Available from: https://academic.oup.com/femspd/article-lookup/doi/10.1111/2049-632X.12178

58. Stiasny K, Fritz R, Pangerl K, Heinz FX. Molecular mechanisms of flavivirus membrane fusion. Amino Acids. 2011;41(5):1159-63.

59. Ruzek D, Avsic Zupanc T, Borde J, Chrdle A, Eyer L, Karganova G, et al. Tick-borne encephalitis in Europe and Russia: Review of pathogenesis, clinical features, therapy, and vaccines. Antiviral Res . 2019 Apr;164:23-51. Available from: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2019.01.014

60. Pan Y, Cai W, Cheng A, Wang M, Yin Z, Jia R. Flaviviruses: Innate Immunity, Inflammasome Activation, Inflammatory Cell Death, and Cytokines. Front Immunol. 2022;13(January):1 -15.

61. Town T, Bai F, Wang T, Kaplan AT, Qian F, Montgomery RR, et al. Toll-like Receptor 7 Mitigates Lethal West Nile Encephalitis via Interleukin 23-Dependent Immune Cell Infiltration and Homing. Immunity . 2009 Feb;30(2):242-53. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.immuni.2008.11.012

62. Stone AEL, Green R, Wilkins C, Hemann EA, Gale M. RIG-I-like receptors direct inflammatory macrophage polarization against West Nile virus infection. Nat Commun . 2019 Aug 13;10(1):3649. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-11250-5

63. Hornung V, Ellegast J, Kim S, Brzozka K, Jung A, Kato H, et al. 5'-Triphosphate RNA Is the Ligand for RIG-I. Science (80- ) . 2006 Nov 10;314(5801):994-7. Available from: https://www.science.org/doi/10.1126/science.1132505

64. Ramos HJ, Lanteri MC, Blahnik G, Negash A, Suthar MS, Brassil MM, et al. IL-1ß Signaling Promotes CNS-Intrinsic Immune Control of West Nile Virus Infection. Iwasaki

A, editor. PLoS Pathog . 2012 Nov 29;8(11):e1003039. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1003039

65. Hawkes R. ENHANCEMENT OF THE INFECTIVITY OF ARBOVIRUSES BY SPECIFIC ANTISERA PRODUCED IN DOMESTIC FOWLS. Aust J Exp Biol Med Sci . 1964 Aug;42(4):465-82. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1038/icb.1964.44

66. Миронов А.Н., Супотницкий М.В. ЛЕВ. Феномен антитело-зависимого усиления инфекции у вакцинированных и переболевших. БИОпрепараты Профилактика, диагностика, лечение. 2013;3(47):12-25.

67. Hawkes R., Lafferty K. The enhancement of virus infectivity by antibody. Virology . 1967 Oct;33(2):250-61. Available from:

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0042682267901444

68. Halstead SB, Mahalingam S, Marovich MA, Ubol S, Mosser DM. Intrinsic antibody-dependent enhancement of microbial infection in macrophages: disease regulation by immune complexes. Lancet Infect Dis . 2010 Oct;10(10):712-22. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/S1473-3099(10)70166-3

69. Cockburn JJB, Navarro Sanchez ME, Fretes N, Urvoas A, Staropoli I, Kikuti CM, et al. Mechanism of dengue virus broad cross-neutralization by a monoclonal antibody. Structure . 2012;20(2):303-14. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2012.01.001

70. Halstead SB, Shotwell H, Casals J. Studies on the Pathogenesis of Dengue Infection in Monkeys. II. Clinical Laboratory Responses to Heterologous Infection. J Infect Dis . 1973 Jul 1;128(1):15—22. Available from: https://academic.oup.com/jid/article-lookup/doi/10.1093/infdis/128.1.15

71. Teo A, Tan HD, Loy T, Chia PY, Chua CLL. Understanding antibody-dependent enhancement in dengue: Are afucosylated IgG1s a concern? Evans MJ, editor. PLOS Pathog . 2023 Mar 30;19(3):e1011223. Available from:

http://dx .doi.org/10.1371/journal.ppat.1011223

72. Kreil TR, Eibl MM. Pre- and postexposure protection by passive immunoglobulin but no enhancement of infection with a flavivirus in a mouse model. J Virol . 1997 Apr;71(4):2921-7. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/jvi.71.4.2921-2927.1997

73. Tirado SMC, Yoon K. Antibody-Dependent Enhancement of Virus Infection and Disease. Viral Immunol . 2003 Apr;16(1):69-86. Available from: https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/088282403763635465

74. Takada A, Feldmann H, Ksiazek TG, Kawaoka Y. Antibody-Dependent Enhancement of Ebola Virus Infection. J Virol . 2003 Jul;77(13):7539-44. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.77.13.7539-7544.2003

75. Halstead SB. Pathogenesis of Dengue: Challenges to Molecular Biology. Science (80- ) . 1988 Jan 29;239(4839):476-81. Available from: https://www.science.org/doi/10.1126/science.3277268

76. Hung NT, Lei H, Lan NT, Lin Y, Huang K, Lien LB, et al. Dengue Hemorrhagic Fever in Infants: A Study of Clinical and Cytokine Profiles. J Infect Dis . 2004 Jan 15;189(2):221-32. Available from: https://academic.oup.com/jid/article-lookup/doi/10.1086/380762

77. Katzelnick LC, Gresh L, Halloran ME, Mercado JC, Kuan G, Gordon A, et al. Antibody-dependent enhancement of severe dengue disease in humans. Science (80- ) . 2017 Nov 17;358(6365):929-32. Available from:

https://www.science.org/ doi/10.1126/science.aan6 836

78. Huang K-J, Yang Y-C, Lin Y-S, Huang J-H, Liu H-S, Yeh T-M, et al. The Dual-Specific Binding of Dengue Virus and Target Cells for the Antibody-Dependent Enhancement of Dengue Virus Infection. J Immunol . 2006 Mar 1;176(5):2825-32. Available from: https://journals.aai.org/jimmunol/article/176/5/2825/73221/The-Dual-Specific-Binding-of-Dengue-Virus-and

79. Pupo M, Amín N, Álvarez M, Morier L, Rodríguez H, González Z, et al. Amplificación dependiente de anticuerpos del virus dengue en cepas cubanas utilizando anticuerpos monoclonales. Rev Cubana Med Trop. 2004;56(3):197-202.

80. Katzelnick LC, Gresh L, Halloran ME, Mercado JC, Kuan G, Gordon A, et al. Antibody-dependent enhancement of severe dengue disease in humans. Science (80- ). 2017;358(6365):929-32.

81. Wong R, Bhattacharya D. Basics of memory B-cell responses: lessons from and for the real world. Immunology. 2019;156(2):120-9.

82. Monto AS, Malosh RE, Petrie JG, Martin ET. The Doctrine of Original Antigenic Sin: Separating Good from Evil. J Infect Dis. 2017;215(12):1782-8.

83. Zompi S, Harris E. Original antigenic sin in dengue revisited. Proc Natl Acad Sci . 2013 May 28;110(22):8761-2. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1306333110

84. Mongkolsapaya J, Dejnirattisai W, Xu X, Vasanawathana S, Tangthawornchaikul N, Chairunsri A, et al. Original antigenic sin and apoptosis in the pathogenesis of dengue hemorrhagic fever. Nat Med . 2003 Jul 1;9(7):921-7. Available from: https://www.nature.com/articles/nm887

85. Félix A. Rey, Franz X. Heinz, Christian Mandl CK& SCH. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 Â resolution. Nature. 1995;375(6529):291-8.

86. Nybakken GE, Nelson CA, Chen BR, Diamond MS, Fremont DH. Crystal Structure of the West Nile Virus Envelope Glycoprotein. J Virol . 2006 Dec;80(23):11467-74. Available from: https://j ournals.asm.org/doi/10.1128/JVI.01125-06

87. Oliphant T, Nybakken GE, Austin SK, Xu Q, Bramson J, Loeb M, et al. Induction of Epitope-Specific Neutralizing Antibodies against West Nile Virus. J Virol . 2007 Nov;81(21):11828-39. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.00643-07

88. Lai C-Y, Tsai W-Y, Lin S-R, Kao C-L, Hu H-P, King C-C, et al. Antibodies to Envelope Glycoprotein of Dengue Virus during the Natural Course of Infection Are Predominantly Cross-Reactive and Recognize Epitopes Containing Highly Conserved Residues at the Fusion Loop of Domain II. J Virol . 2008 Jul;82(13):6631-43. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.00316-08

89. Throsby M, Geuijen C, Goudsmit J, Bakker AQ, Korimbocus J, Kramer RA, et al. Isolation and Characterization of Human Monoclonal Antibodies from Individuals Infected with West Nile Virus. J Virol . 2006 Jul 15;80(14):6982-92. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.00551-06

90. Koraka P, Zeller H, Niedrig M, Osterhaus ADME, Groen J. Reactivity of serum samples from patients with a flavivirus infection measured by immunofluorescence assay and ELISA. Microbes Infect . 2002 0ct;4(12):1209-15. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1286457902016477

91. Halstead S, O'Rourke E. Dengue viruses and mononuclear phagocytes. I. Infection enhancement by non-neutralizing antibody. J Exp Med . 1977 Jul 1;146(1):201—17. Available from: https://rupress.org/jem/article/146/1/201/48539/Dengue-viruses-and-mononuclear-phagocytes-I

92. Dejnirattisai W, Jumnainsong A, Onsirisakul N, Fitton P, Vasanawathana S, Limpitikul W, et al. Cross-Reacting Antibodies Enhance Dengue Virus Infection in Humans. Science (80- ) . 2010 May 7;328(5979):745-8. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20448183

93. Priyamvada L, Cho A, Onlamoon N, Zheng N-Y, Huang M, Kovalenkov Y, et al. B Cell Responses during Secondary Dengue Virus Infection Are Dominated by Highly Cross-Reactive, Memory-Derived Plasmablasts. Diamond MS, editor. J Virol . 2016 Jun 15;90(12):5574-85. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.03203-15

94. Smith SA, Zhou Y, Olivarez NP, Broadwater AH, de Silva AM, Crowe JE. Persistence of

Circulating Memory B Cell Clones with Potential for Dengue Virus Disease Enhancement for Decades following Infection. J Virol. 2012;86(5):2665-75.

95. Appanna R, KG S, Xu MH, Toh Y-X, Velumani S, Carbajo D, et al. Plasmablasts During Acute Dengue Infection Represent a Small Subset of a Broader Virus-specific Memory B Cell Pool. EBioMedicine . 2016 Oct;12:178-88. Available from: http://dx.doi.org/10.1016Zj.ebiom.2016.09.003

96. Dejnirattisai W, Supasa P, Wongwiwat W, Rouvinski A, Barba-Spaeth G, Duangchinda T, et al. Dengue virus sero-cross-reactivity drives antibody-dependent enhancement of infection with zika virus. Nat Immunol . 2016 Sep 23;17(9):1102-8. Available from: https://www.nature.com/articles/ni.3515

97. Priyamvada L, Quicke KM, Hudson WH, Onlamoon N, Sewatanon J, Edupuganti S, et al. Human antibody responses after dengue virus infection are highly cross-reactive to Zika virus. Proc Natl Acad Sci . 2016 Jul 12;113(28):7852-7. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1607931113

98. Paul LM, Carlin ER, Jenkins MM, Tan AL, Barcellona CM, Nicholson CO, et al. Dengue virus antibodies enhance Zika virus infection. Clin Transl Immunol . 2016 Dec 16;5(12):1-9. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1038/cti.2016.72

99. Robbiani DF, Bozzacco L, Keeffe JR, Khouri R, Olsen PC, Gazumyan A, et al. Recurrent Potent Human Neutralizing Antibodies to Zika Virus in Brazil and Mexico. Cell . 2017 May;169(4):597-609.e11. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2017.04.024

100. Stettler K, Beltramello M, Espinosa DA, Graham V, Cassotta A, Bianchi S, et al. Specificity, cross-reactivity, and function of antibodies elicited by Zika virus infection. Science (80- ) . 2016 Aug 19;353(6301):823-6. Available from: https://www.science.org/doi/10.1126/science.aaf8505

101. Guirakhoo F, Pugachev K, Zhang Z, Myers G, Levenbook I, Draper K, et al. Safety and Efficacy of Chimeric Yellow Fever-Dengue Virus Tetravalent Vaccine Formulations in Nonhuman Primates. J Virol. 2004;78(9):4761-75.

102. Halstead SB. Dengvaxia sensitizes seronegatives to vaccine enhanced disease regardless of age. Vaccine . 2017 Nov;35(47):6355-8. Available from: https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2017.09.089

103. Diamond MS, Shrestha B, Marri A, Mahan D, Engle M. B Cells and Antibody Play Critical Roles in the Immediate Defense of Disseminated Infection by West Nile Encephalitis Virus. J Virol. 2003;77(4):2578-86.

104. Nybakken GE, Oliphant T, Johnson S, Burke S, Diamond MS, Fremont DH. Structural basis of West Nile virus neutralization by a therapeutic antibody. Nature . 2005

Sep;437(7059):764-9. Available from: https://www.nature.com/articles/nature03956

105. Oliphant T, Engle M, Nybakken GE, Doane C, Johnson S, Huang L, et al. Development of a humanized monoclonal antibody with therapeutic potential against West Nile virus. Nat Med. 2005;11(5):522-30.

106. Zhao H, Fernandez E, Dowd KA, Speer SD, Platt DJ, Gorman MJ, et al. Structural Basis of Zika Virus-Specific Antibody Protection. Cell . 2016;166(4):1016-27. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2016.07.020

107. Beltramello M, Williams KL, Simmons CP, MacAgno A, Simonelli L, Quyen NTH, et al. The human immune response to dengue virus is dominated by highly cross-reactive antibodies endowed with neutralizing and enhancing activity. Cell Host Microbe. 2010;8(3):271-83.

108. Wahala WMPB, Kraus AA, Haymore LB, Accavitti-Loper MA, de Silva AM. Dengue virus neutralization by human immune sera: Role of envelope protein domain III-reactive antibody. Virology . 2009 Sep;392(1):103-13. Available from:

http://dx .doi.org/10.1016/j.virol.2009.06.037

109. Dejnirattisai W, Wongwiwat W, Supasa S, Zhang X, Dai X, Rouvinski A, et al. A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus. Nat Immunol . 2015 Feb 15;16(2):170-7. Available from: https://www.nature.com/articles/ni.3058

110. Barba-Spaeth G, Dejnirattisai W, Rouvinski A, Vaney M-C, Medits I, Sharma A, et al. Structural basis of potent Zika-dengue virus antibody cross-neutralization. Nature . 2016 Aug 4;536(7614):48-53. Available from: https://www.nature.com/articles/nature18938

111. Purtha WE, Tedder TF, Johnson S, Bhattacharya D, Diamond MS. Memory B cells, but not long-lived plasma cells, possess antigen specificities for viral escape mutants. J Exp Med . 2011 Dec 19;208(13):2599-606. Available from:

https://rupress.org/jem/article/208/13/2599/54619/Memory-B-cells-but-not-long-lived-plasma-cells

112. Lavinder JJ, Wine Y, Giesecke C, Ippolito GC, Horton AP, Lungu OI, et al. Identification and characterization of the constituent human serum antibodies elicited by vaccination. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111(6):2259-64.

113. Pierson TC, Xu Q, Nelson S, Oliphant T, Nybakken GE, Fremont DH, et al. The Stoichiometry of Antibody-Mediated Neutralization and Enhancement of West Nile Virus Infection. Cell Host Microbe . 2007 Apr;1(2):135-45. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1931312807000406

114. Purtha WE, Myers N, Mitaksov V, Sitati E, Connolly J, Fremont DH, et al. Antigen-

specific cytotoxic T lymphocytes protect against lethal West Nile virus encephalitis. Eur J Immunol. 2007;37(7):1845-54.

115. Shrestha B, Diamond MS. Role of CD8 + T Cells in Control of West Nile Virus Infection . J Virol. 2004;78(15):8312-21.

116. Thomas SJ, Hombach J, Barrett A. Scientific consultation on cell mediated immunity (CMI) in dengue and dengue vaccine development. Vaccine. 2009;27(3):355-68.

117. Brien JD, Uhrlaub JL, Nikolich-Zugich J. Protective capacity and epitope specificity of CD8+ T cells responding to lethal West Nile virus infection. Eur J Immunol. 2007;37(7):1855-63.

118. Kaech SM, Wherry EJ. Heterogeneity and Cell-Fate Decisions in Effector and Memory CD8+ T Cell Differentiation during Viral Infection. Immunity. 2007;27(3):393-405.

119. Harty JT, Tvinnereim AR, White DW. CD8+ T Cell Effector Mechanisms in Resistance to Infection. Annu Rev Immunol . 2000 Apr;18(1):275-308. Available from: https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.immunol.18.1.275

120. Chen W, Anton LC, Bennink JR, Yewdell JW. Dissecting the multifactorial causes of immunodominance in class I- restricted T cell responses to viruses. Immunity. 2000;12(1):83-93.

121. Bashyam HS, Green S, Rothman AL. Dengue Virus-Reactive CD8+ T Cells Display Quantitative and Qualitative Differences in Their Response to Variant Epitopes of Heterologous Viral Serotypes. J Immunol . 2006 Mar 1;176(5):2817-24. Available from: https://journals.aai.org/jimmunol/article/176/5/2817/73215/Dengue-Virus-Reactive-CD8-T-Cells-Display

122. Selin LK, Cornberg M, Brehm MA, Kim SK, Calcagno C, Ghersi D, et al. CD8 memory T cells: Cross-reactivity and heterologous immunity. Semin Immunol. 2004;16(5):335-47.

123. Welsh RM, Rothman AL. Dengue immune response: Low affinity, high febrility. Nat Med. 2003;9(7):820-2.

124. Monath TP, Myers GA, Beck RA, Knauber M, Scappaticci K, Pullano T, et al. Safety testing for neurovirulence of novel live, attenuated flavivirus vaccines: Infant mice provide an accurate surrogate for the test in monkeys. Biologicals. 2005;33(3):131-44.

125. Mongkolsapaya J, Duangchinda T, Dejnirattisai W, Vasanawathana S, Avirutnan P, Jairungsri A, et al. T Cell Responses in Dengue Hemorrhagic Fever: Are Cross-Reactive T Cells Suboptimal? J Immunol . 2006 Mar 15;176(6):3821-9. Available from: https://journals.aai.org/jimmunol/article/176/6/3821/75396/T-Cell-Responses-in-Dengue-Hemorrhagic-Fever-Are

126. Beaumier CM, Mathew A, Bashyam HS, Rothman AL. Cross-reactive memory CD8+ T

cells alter the immune response to heterologous secondary dengue virus infections in mice in a sequence-specific manner. J Infect Dis. 2008;197(4):608-17.

127. Schneider J, Gilbert SC, Hannan CM, Dégano P, Prieur E, Sheu EG, et al. Induction of CD8+ T cells using heterologous prime-boost immunisation strategies. Immunol Rev. 1999;170(5):29-38.

128. Radosevic K, Rodriguez A, Lemckert A, Goudsmit J. Heterologous prime-boost vaccinations for poverty-related diseases: Advantages and future prospects. Expert Rev Vaccines. 2009;8(5):577-92.

129. Masopust D, Ha S-J, Vezys V, Ahmed R. Stimulation History Dictates Memory CD8 T Cell Phenotype: Implications for Prime-Boost Vaccination. J Immunol. 2006;177(2):831-9.

130. Deng Y, Zhang K, Tan W, Wang Y, Chen H, Wu X, et al. A recombinant DNA and vaccinia virus prime-boost regimen induces potent long-term T-cell responses to HCV in BALB/c mice. Vaccine. 2009;27(15):2085-8.

131. Yauch LE, Prestwood TR, May MM, Morar MM, Zellweger RM, Peters B, et al. CD4+ T Cells Are Not Required for the Induction of Dengue Virus-Specific CD8+ T Cell or Antibody Responses but Contribute to Protection after Vaccination. J Immunol. 2010;185(9):5405-16.

132. Yauch LE, Zellweger RM, Kotturi MF, Qutubuddin A, Sidney J, Peters B, et al. A Protective Role for Dengue Virus-Specific CD8+ T Cells. J Immunol. 2009;182(8):4865-73.

133. Weiskopf D, Bangs DJ, Sidney J, Kolla R V., De Silva AD, De Silva AM, et al. Dengue virus infection elicits highly polarized CX3CR1+ cytotoxic CD4+ T cells associated with protective immunity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112(31):E4256-63.

134. Angelo MA, Grifoni A, O'Rourke PH, Sidney J, Paul S, Peters B, et al. Human CD4 + T Cell Responses to an Attenuated Tetravalent Dengue Vaccine Parallel Those Induced by Natural Infection in Magnitude, HLA Restriction, and Antigen Specificity. Frueh K, editor. J Virol . 2017 Mar;91(5). Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.02147-16

135. Elong Ngono A, Chen HW, Tang WW, Joo Y, King K, Weiskopf D, et al. Protective Role of Cross-Reactive CD8 T Cells Against Dengue Virus Infection. EBioMedicine . 2016;13:284-93. Available from: http://dx.doi.org/10.1016Zj.ebiom.2016.10.006

136. Tian Y, Sette A, Weiskopf D. Cytotoxic CD4 T cells: Differentiation, function, and application to dengue virus infection. Front Immunol. 2016;7(DEC):1-9.

137. Weiskopf D, Sette A. T-cell immunity to infection with dengue virus in humans. Front

138

139

140

141

142

143

144

145

146

147

148

149

150

151

Immunol. 2014;5(MAR):1-6.

Weiskopf D, Angelo MA, De Azeredo EL, Sidney J, Greenbaum JA, Fernando AN, et al. Comprehensive analysis of dengue virus-specific responses supports an HLA-linked protective role for CD8+ T cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013;110(22). Grifoni A, Pham J, Sidney J, O'Rourke PH, Paul S, Peters B, et al. Prior Dengue Virus Exposure Shapes T Cell Immunity to Zika Virus in Humans. J Virol. 2017;91(24). Reynolds CJ, Suleyman OM, Ortega-Prieto AM, Skelton JK, Bonnesoeur P, Blohm A, et al. T cell immunity to Zika virus targets immunodominant epitopes that show cross-reactivity with other Flaviviruses. Sci Rep. 2018;8(1):1—12.

Grifoni A, Voic H, Dhanda SK, Kidd CK, Brien JD, Buus S, et al. T Cell Responses Induced by Attenuated Flavivirus Vaccination Are Specific and Show Limited Cross-Reactivity with Other Flavivirus Species. J Virol. 2020;94(10).

Wiesel M, Oxenius A. From crucial to negligible: Functional CD8 + T-cell responses and their dependence on CD4 + T-cell help. Eur J Immunol. 2012;42(5):1080-8. Williams MA, Holmes BJ, Sun JC, Bevan MJ. Developing and maintaining protective CD8+ memory T cells. Immunol Rev. 2006;211:146-53.

Crotty S. Follicular Helper CD4 T cells (T FH). Annu Rev Immunol. 2011;29:621-63. Swain SL, McKinstry KK, Strutt TM. Expanding roles for CD4 + T cells in immunity to viruses. Nat Rev Immunol. 2012;12(2):136-48.

Lazo L, Gil L, Lopez C, Valdes I, Marcos E, Alvarez M, et al. Nucleocapsid-like particles of dengue-2 virus enhance the immune response against a recombinant protein of dengue-4 virus. Arch Virol. 2010;155(10):1587-95.

Sitati EM, Diamond MS. CD4 + T-Cell Responses Are Required for Clearance of West Nile Virus from the Central Nervous System . J Virol. 2006;80(24):12060-9. Pan C-H, Chen H-W, Huang H-W, Tao M-H. Protective Mechanisms Induced by a Japanese Encephalitis Virus DNA Vaccine: Requirement for Antibody but Not CD8 + Cytotoxic T-Cell Responses . J Virol. 2001;75(23):11457-63.

Watson AM, Lam LKM, Klimstra WB, Ryman KD. The 17D-204 Vaccine Strain-Induced

Protection against Virulent Yellow Fever Virus Is Mediated by Humoral Immunity and

CD4+ but not CD8+ T Cells. PLoS Pathog. 2016;12(7):1-29.

Gon9alves AJS, Oliveira ERA, Costa SM, Paes M V., Silva JFA, Azevedo AS, et al.

Cooperation between CD4+ T Cells and Humoral Immunity Is Critical for Protection

against Dengue Using a DNA Vaccine Based on the NS1 Antigen. PLoS Negl Trop Dis.

2015;9(12):1-22.

Saron WAA, Rathore APS, Ting L, Ooi EE, Low J, Abraham SN, et al. Flavivirus

serocomplex cross-reactive immunity is protective by activating heterologous memory CD4 T cells. Sci Adv. 2018;4(7):1-15.

152. Liu T, Chambers TJ. Yellow Fever Virus Encephalitis: Properties of the Brain-Associated T-Cell Response during Virus Clearance in Normal and Gamma Interferon-Deficient Mice and Requirement for CD4 + Lymphocytes . J Virol. 2001;75(5):2107-18.

153. Lucas CGO, Kitoko JZ, Ferreira FM, Suzart VG, Papa MP, Coelho SVA, et al. Critical role of CD4+ T cells and IFNy signaling in antibody-mediated resistance to Zika virus infection. Nat Commun . 2018;9(1):1-12. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-05519-4

154. Rivino L, Kumaran EAP, Jovanovic V, Nadua K, Teo EW, Pang SW, et al. Differential Targeting of Viral Components by CD4 + versus CD8 + T Lymphocytes in Dengue Virus Infection . J Virol. 2013;87(5):2693-706.

155. Simmons CP, Dong T, Chau NV, Dung NTP, Chau TNB, Thao LTT, et al. Early T-Cell Responses to Dengue Virus Epitopes in Vietnamese Adults with Secondary Dengue Virus Infections. J Virol. 2005;79(9):5665-75.

156. Lanteri MC, Heitman JW, Owen RE, Busch T, Gefter N, Kiely N, et al. Comprehensive analysis of West Nile virus-specific T cell responses in humans. J Infect Dis. 2008;197(9):1296-306.

157. Turtle L, Bali T, Buxton G, Chib S, Chan S, Soni M, et al. Human T cell responses to Japanese encephalitis virus in health and disease. J Exp Med. 2016;213(7):1331-52.

158. James EA, LaFond RE, Gates TJ, Mai DT, Malhotra U, Kwok WW. Yellow Fever Vaccination Elicits Broad Functional CD4 + T Cell Responses That Recognize Structural and Nonstructural Proteins . J Virol. 2013;87(23):12794-804.

159. Gaucher D, Therrien R, Kettaf N, Angermann BR, Boucher G, Filali-Mouhim A, et al. Yellow fever vaccine induces integrated multilineage and polyfunctional immune responses. J Exp Med. 2008;205(13):3119-31.

160. Rivino L. T cell immunity to dengue virus and implications for vaccine design. Expert Rev Vaccines. 2016;15(4):443-53.

161. Weiskopf D, Angelo MA, Grifoni A, O'Rourke PH, Sidney J, Paul S, et al. HLA-DRB1 Alleles Are Associated With Different Magnitudes of Dengue Virus-Specific CD4 + T-Cell Responses. J Infect Dis . 2016 Oct 1;214(7):1117-24. Available from: https://academic.oup.com/jid/article-lookup/doi/10.1093/infdis/jiw309

162. Aberle JH, Schwaiger J, Aberle SW, Stiasny K, Scheinost O, Kundi M, et al. Human CD4+ T helper cell responses after tick-borne encephalitis vaccination and infection. PLoS One. 2015;10(10): 1-15.

163. Kohler S, Bethke N, Böthe M, Sommerick S, Frentsch M, Romagnani C, et al. The early cellular signatures of protective immunity induced by live viral vaccination. Eur J Immunol. 2012;42(9):2363-73.

164. Santos AP, Matos DCS, Bertho AL, Mendonça SCF, Marcovistz R. Detection of TH1/TH2 cytokine signatures in yellow fever 17DD first-time vaccinees through ELISpot assay. Cytokine. 2008;42(2):152-5.

165. Silva ML, Martins MA, Espirito-Santo LR, Campi-Azevedo AC, Silveira-Lemos D, Ribeiro JGL, et al. Characterization of main cytokine sources from the innate and adaptive immune responses following primary 17DD yellow fever vaccination in adults. Vaccine. 2011;29(3):583-92.

166. Mangada MM, Endy TP, Nisalak A, Chunsuttiwat S, Vaughn DW, Libraty DH, et al. Dengue-specific T cell responses in peripheral blood mononuclear cells obtained prior to secondary dengue virus infections in Thai schoolchildren. J Infect Dis. 2002;185(12):1697-703.

167. Hatch S, Endy TP, Thomas S, Mathew A, Potts J, Pazoles P, et al. Intracellular cytokine production by dengue virus-specific T cells correlates with subclinical secondary infection. J Infect Dis. 2011;203(9):1282-91.

168. Jeewandara C, Adikari TN, Gomes L, Fernando S, Fernando RH, Perera MKT, et al. Functionality of Dengue Virus Specific Memory T Cell Responses in Individuals Who Were Hospitalized or Who Had Mild or Subclinical Dengue Infection. PLoS Negl Trop Dis. 2015;9(4):1-17.

169. Aberle JH, Koblischke M, Stiasny K. CD4 T cell responses to flaviviruses. J Clin Virol . 2018 Nov;108(August):126-31. Available from: https://doi.org/10.1016/jjcv.2018.09.020

170. Vaughan K, Greenbaum J, Blythe M, Peters B, Sette A. Meta-analysis of all immune epitope data in the flavivirus genus: Inventory of current immune epitope data status in the context of virus immunity and immunopathology. Viral Immunol. 2010;23(3):259-84.

171. Mathew A, Townsley E, Ennis FA. Elucidating the role of T cells in protection against and pathogenesis of dengue virus infections. Future Microbiol. 2014;9(3):411-25.

172. Schwaiger J, Aberle JH, Stiasny K, Knapp B, Schreiner W, Fae I, et al. Specificities of Human CD4 + T Cell Responses to an Inactivated Flavivirus Vaccine and Infection: Correlation with Structure and Epitope Prediction . J Virol. 2014;88(14):7828-42.

173. Koblischke M, Mackroth MS, Schwaiger J, Fae I, Fischer G, Stiasny K, et al. Protein structure shapes immunodominance in the CD4 T cell response to yellow fever vaccination. Sci Rep . 2017;7(1):1-12. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-09331-w

174. Koblischke M, Stiasny K, Aberle SW, Malafa S, Tschouchnikas G, Schwaiger J, et al. Structural influence on the dominance of virus-specific CD4 T cell epitopes in Zika virus infection. Front Immunol. 2018;9(MAY).

175. Luca VC, AbiMansour J, Nelson CA, Fremont DH. Crystal Structure of the Japanese Encephalitis Virus Envelope Protein. J Virol. 2012;86(4):2337-46.

176. Modis Y, Ogata S, Clements D, Harrison SC. A ligand-binding pocket in the dengue virus envelope glycoprotein. Proc Natl Acad Sci . 2003 Jun 10;100(12):6986-91. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.0832193100

177. Modis Y, Ogata S, Clements D, Harrison SC. Variable Surface Epitopes in the Crystal Structure of Dengue Virus Type 3 Envelope Glycoprotein. J Virol . 2005 Jan 15;79(2):1223-31. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.79.2.1223-1231.2005

178. Kanai R, Kar K, Anthony K, Gould LH, Ledizet M, Fikrig E, et al. Crystal Structure of West Nile Virus Envelope Glycoprotein Reveals Viral Surface Epitopes. J Virol. 2006;80(22):11000-8.

179. Nybakken GE, Nelson CA, Chen BR, Diamond MS, Fremont DH. Crystal Structure of the West Nile Virus Envelope Glycoprotein. J Virol. 2006;80(23):11467-74.

180. Zhang Y, Zhang W, Ogata S, Clements D, Strauss JH, Baker TS, et al. Conformational changes of the flavivirus E glycoprotein. Structure. 2004;12(9):1607-18.

181. Bressanelli S, Stiasny K, Allison SL, Stura EA, Duquerroy S, Lescar J, et al. Structure of a flavivirus envelope glycoprotein in its low-pH-induced membrane fusion conformation. EMBO J. 2004;23(4):728-38.

182. Kostyuchenko VA, Lim EXY, Zhang S, Fibriansah G, Ng TS, Ooi JSG, et al. Structure of the thermally stable Zika virus. Nature . 2016;533(7603):425-8. Available from: http://dx .doi.org/10.1038/nature 17994

183. Sirohi D, Chen Z, Sun L, Klose T, Rossmann MG, Kuhn RJ, et al. The cryo-em structure of zika virus. Am J Trop Med Hyg. 2016;95(5):2016-7.

184. Malavige GN, Rostron T, Rohanachandra LT, Jayaratne SD, Fernando N, de Silva AD, et al. HLA class I and class II associations in Dengue viral infections in a Sri Lankan population. PLoS One. 2011;6(6):1-8.

185. Lan NTP, Kikuchi M, Huong VTQ, Ha DQ, Thuy TT, Tham VD, et al. Protective and enhancing HLA alleles, HLA-DRB1*0901 and HLA-A*24, for severe forms of dengue virus infection, dengue hemorrhagic fever and dengue shock syndrome. PLoS Negl Trop Dis. 2008;2(10):1-8.

186. Green S, Vaughn DW, Kalayanarooj S, Nimmannitya S, Suntayakorn S, Nisalak A, et al.

Early immune activation in acute dengue illness is related to development of plasma leakage and disease severity. J Infect Dis. 1999;179(4):755-62.

187. Mangada MM, Rothman AL. Altered Cytokine Responses of Dengue-Specific CD4+ T Cells to Heterologous Serotypes. J Immunol. 2005;175(4):2676-83.

188. Friberg H, Bashyam H, Toyosaki-Maeda T, Potts JA, Greenough T, Kalayanarooj S, et al. Cross-reactivity and expansion of dengue-specific T cells during acute primary and secondary infections in humans. Sci Rep. 2011;1:1-9.

189. Imrie A, Meeks J, Gurary A, Sukhbataar M, Kitsutani P, Effler P, et al. Differential Functional Avidity of Dengue Virus-Specific T-Cell Clones for Variant Peptides Representing Heterologous and Previously Encountered Serotypes. J Virol. 2007;81(18):10081-91.

190. Weiskopf D, Angelo MA, Sidney J, Peters B, Shresta S, Sette A. Immunodominance Changes as a Function of the Infecting Dengue Virus Serotype and Primary versus Secondary Infection. J Virol. 2014;88(19):11383-94.

191. Corti D, Lanzavecchia A. Broadly Neutralizing Antiviral Antibodies. Annu Rev Immunol . 2013 Mar 21;31(1):705-42. Available from:

https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-immunol-032712-095916

192. Varadarajan R, Srinivasan S, Maity S, Ghosh M. Broadly neutralizing antibodies for therapy of viral infections. Antib Technol J . 2016 Jan;1. Available from: https://doi.org/10.2147/ANTI.S92190

193. Lubow J, Levoir LM, Ralph DK, Belmont L, Contreras M, Cartwright-Acar CH, et al. Single B cell transcriptomics identifies multiple isotypes of broadly neutralizing antibodies against flaviviruses. Fox J, editor. PLOS Pathog . 2023 Oct 9;19(10):e1011722. Available from: http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1011722

194. Durham ND, Agrawal A, Waltari E, Croote D, Zanini F, Fouch M, et al. Broadly neutralizing human antibodies against dengue virus identified by single B cell transcriptomics. Elife . 2019 Dec 10;8:1-29. Available from: https://elifesciences.org/articles/52384

195. Sharma A, Zhang X, Dejnirattisai W, Dai X, Gong D, Wongwiwat W, et al. The epitope arrangement on flavivirus particles contributes to Mab C10's extraordinary neutralization breadth across Zika and dengue viruses. Cell . 2021 Dec;184(25):6052-6066.e18. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867421013258

196. Fran9a RKA de O, Silva JM, Rodrigues LS, Sokolowskei D, Brigido MM, Maranhao AQ. New Anti-Flavivirus Fusion Loop Human Antibodies with Zika Virus-Neutralizing Potential. Int J Mol Sci . 2022 Jul 15;23(14):7805. Available from:

https://www.mdpi.com/1422-0067/23/14/7805

197. Yang M, Sun H, Lai H, Neupane B, Bai F, Steinkellner H, et al. Plant-Produced Anti-Zika Virus Monoclonal Antibody Glycovariant Exhibits Abrogated Antibody-Dependent Enhancement of Infection. Vaccines . 2023 Mar 29;11(4):755. Available from: https://www.mdpi.com/2076-393X/11/4/755

198. Moore PL, Williamson C, Morris L. Virological features associated with the development of broadly neutralizing antibodies to HIV-1. Trends Microbiol . 2015 Apr;23(4):204-11. Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.tim.2014.12.007

199. Hraber P, Seaman MS, Bailer RT, Mascola JR, Montefiori DC, Korber BT. Prevalence of broadly neutralizing antibody responses during chronic HIV-1 infection. AIDS . 2014 Jan 14;28(2):163-9. Available from: https://journals.lww.com/00002030-201401140-00002

200. Simek MD, Rida W, Priddy FH, Pung P, Carrow E, Laufer DS, et al. Human Immunodeficiency Virus Type 1 Elite Neutralizers: Individuals with Broad and Potent Neutralizing Activity Identified by Using a High-Throughput Neutralization Assay together with an Analytical Selection Algorithm. J Virol . 2009 Jul 15;83(14):7337-48. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.00110-09

201. Liu Y, Cao W, Sun M, Li T. Broadly neutralizing antibodies for HIV-1: efficacies, challenges and opportunities. Emerg Microbes Infect . 2020 Jan 1;9(1):194-206. Available from: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1713707

202. Binley JM, Ngo-Abdalla S, Moore P, Bobardt M, Chatterji U, Gallay P, et al. Inhibition of HIV Env binding to cellular receptors by monoclonal antibody 2G12 as probed by Fc-tagged gp120. Retrovirology . 2006 Dec 3;3(1):39. Available from: https://retrovirology.biomedcentral.com/articles/10.1186/1742-4690-3-39

203. Burton DR, Hangartner L. Broadly Neutralizing Antibodies to HIV and Their Role in Vaccine Design. Annu Rev Immunol . 2016 May 20;34(1):635-59. Available from: https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-immunol-041015-055515

204. Nelson JD, Brunel FM, Jensen R, Crooks ET, Cardoso RMF, Wang M, et al. An Affinity-Enhanced Neutralizing Antibody against the Membrane-Proximal External Region of Human Immunodeficiency Virus Type 1 gp41 Recognizes an Epitope between Those of 2F5 and 4E10. J Virol . 2007 Apr 15;81(8):4033-43. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.02588-06

205. Barbas CF, Björling E, Chiodi F, Dunlop N, Cababa D, Jones TM, et al. Recombinant human Fab fragments neutralize human type 1 immunodeficiency virus in vitro. Proc Natl Acad Sci . 1992 Oct;89(19):9339-43. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.89.19.9339

206. Burton DR, Pyati J, Koduri R, Sharp SJ, Thornton GB, Parren PWHI, et al. Efficient Neutralization of Primary Isolates of HIV-1 by a Recombinant Human Monoclonal Antibody. Science (80- ) . 1994 Nov 11;266(5187):1024-7. Available from: https://www.science.org/doi/10.1126/science.7973652

207. Muster T, Steindl F, Purtscher M, Trkola A, Klima A, Himmler G, et al. A conserved neutralizing epitope on gp41 of human immunodeficiency virus type 1. J Virol . 1993 Nov;67(11):6642-7. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/jvi.67.11.6642-6647.1993

208. Conley AJ, Kessler JA, Boots LJ, Tung JS, Arnold BA, Keller PM, et al. Neutralization of divergent human immunodeficiency virus type 1 variants and primary isolates by IAM-41-2F5, an anti-gp41 human monoclonal antibody. Proc Natl Acad Sci . 1994 Apr 12;91(8):3348-52. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.9L8.3348

209. Zwick MB, Labrijn AF, Wang M, Spenlehauer C, Saphire EO, Binley JM, et al. Broadly Neutralizing Antibodies Targeted to the Membrane-Proximal External Region of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Glycoprotein gp41. J Virol . 2001 Nov 15;75(22):10892-905. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.75.22.10892-10905.2001

210. Huang J, Ofek G, Laub L, Louder MK, Doria-Rose NA, Longo NS, et al. Broad and potent neutralization of HIV-1 by a gp41-specific human antibody. Nature . 2012 Nov 15;491(7424):406-12. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/nature11544

211. Kwon YD, Chuang G-Y, Zhang B, Bailer RT, Doria-Rose NA, Gindin TS, et al. Surface-Matrix Screening Identifies Semi-specific Interactions that Improve Potency of a Near Pan-reactive HIV-1-Neutralizing Antibody. Cell Rep . 2018 Feb;22(7):1798-809. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2211124718300408

212. Trkola A, Purtscher M, Muster T, Ballaun C, Buchacher A, Sullivan N, et al. Human monoclonal antibody 2G12 defines a distinctive neutralization epitope on the gp120 glycoprotein of human immunodeficiency virus type 1. J Virol . 1996 Feb;70(2):1100-8. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/jvi.70.2.1100-1108.1996

213. BUCHACHER A, PREDL R, STRUTZENBERGER K, STEINFELLNER W, TRKOLA A, PURTSCHER M, et al. Generation of Human Monoclonal Antibodies against HIV-1 Proteins; Electrofusion and Epstein-Barr Virus Transformation for Peripheral Blood Lymphocyte Immortalization. AIDS Res Hum Retroviruses . 1994 Apr;10(4):359-69. Available from: http://www.liebertpub.com/doi/10.1089/aid.1994.10.359

214. Walsh SR, Seaman MS. Broadly Neutralizing Antibodies for HIV-1 Prevention. Front Immunol . 2021 Jul 20;12(July):1-14. Available from: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.712122/full

215. Miner MD, Corey L, Montefiori D. Broadly neutralizing monoclonal antibodies for HIV prevention. J Int AIDS Soc . 2021 Nov 21;24(S7):59-65. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jia2.25829

216. Wu X, Zhou T, Zhu J, Zhang B, Georgiev I, Wang C, et al. Focused Evolution of HIV-1 Neutralizing Antibodies Revealed by Structures and Deep Sequencing. Science (80- ) . 2011 Sep 16;333(6049):1593-602. Available from: https://www.science.org/doi/10.1126/science.1207532

217. Falkowska E, Ramos A, Feng Y, Zhou T, Moquin S, Walker LM, et al. PGV04, an HIV-1 gp120 CD4 Binding Site Antibody, Is Broad and Potent in Neutralization but Does Not Induce Conformational Changes Characteristic of CD4. J Virol . 2012 Apr 15;86(8):4394-403. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.06973-11

218. Kong L, Torrents de la Peña A, Deller MC, Garces F, Sliepen K, Hua Y, et al. Complete epitopes for vaccine design derived from a crystal structure of the broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 in complex with an HIV-1 Env trimer. Acta Crystallogr Sect D Biol Crystallogr . 2015 Oct 1;71(10):2099-108. Available from: https://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper? S1399004715013917

219. Moyo T, Kitchin D, Moore PL. Targeting the N332-supersite of the HIV-1 envelope for vaccine design. Expert Opin Ther Targets . 2020 Jun 2;24(6):499-509. Available from: https://doi.org/10.1080/14728222.2020.1752183

220. Bonsignori M, Hwang K-K, Chen X, Tsao C-Y, Morris L, Gray E, et al. Analysis of a Clonal Lineage of HIV-1 Envelope V2/V3 Conformational Epitope-Specific Broadly Neutralizing Antibodies and Their Inferred Unmutated Common Ancestors. J Virol . 2011 0ct;85(19):9998-10009. Available from: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.05045-11

221. Klein F, Gaebler C, Mouquet H, Sather DN, Lehmann C, Scheid JF, et al. Broad neutralization by a combination of antibodies recognizing the CD4 binding site and a new conformational epitope on the HIV-1 envelope protein. J Exp Med . 2012 Jul 30;209(8):1469-79. Available from:

https://rupress.org/jem/article/209/8/1469/53749/Broad-neutralization-by-a-combination-of

222. Dacon C, Tucker C, Peng L, Lee CCD, Lin TH, Yuan M, et al. Broadly neutralizing antibodies target the coronavirus fusion peptide. Science (80- ). 2022;377(6607):728-35.

223. Cho H, Gonzales-Wartz KK, Huang D, Yuan M, Peterson M, Liang J, et al. Bispecific antibodies targeting distinct regions of the spike protein potently neutralize SARS-CoV-2 variants of concern. Sci Transl Med. 2021;13(616).

224. Lednicky JA, Tagliamonte MS, White SK, Elbadry MA, Alam MM, Stephenson CJ, et al. Independent infections of porcine deltacoronavirus among Haitian children. Nature. 2021;600(7887):133-7.

225. Vlasova AN, Diaz A, Damtie D, Xiu L, Toh TH, Lee JSY, et al. Novel Canine Coronavirus Isolated from a Hospitalized Patient With Pneumonia in East Malaysia. Clin Infect Dis. 2022;74(3):446-54.

226. Feng Y, Yuan M, Powers JM, Hu M, Munt JE, Arunachalam PS, et al. Broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses generated by immunization of macaques with an AS03-adjuvanted COVID-19 vaccine. Sci Transl Med. 2023;15(695).

227. Flyak AI, Kuzmina N, Murin CD, Bryan C, Davidson E, Gilchuk P, et al. Broadly neutralizing antibodies from human survivors target a conserved site in the Ebola virus glycoprotein HR2-MPER region. Nat Microbiol . 2018 May 7;3(6):670-7. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41564-018-0157-z

228. Ilinykh PA, Santos RI, Gunn BM, Kuzmina NA, Shen X, Huang K, et al. Asymmetric antiviral effects of ebolavirus antibodies targeting glycoprotein stem and glycan cap. Kuhn JH, editor. PLOS Pathog . 2018 Aug 23;14(8):e1007204. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1007204

229. Throsby M, van den Brink E, Jongeneelen M, Poon LLM, Alard P, Cornelissen L, et al. Heterosubtypic Neutralizing Monoclonal Antibodies Cross-Protective against H5N1 and H1N1 Recovered from Human IgM+ Memory B Cells. Unutmaz D, editor. PLoS One . 2008 Dec 16;3(12):e3942. Available from: https://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0003942

230. Moirangthem R, Cordela S, Khateeb D, Mandelboim M, Jönsson F, Bruel T, et al. Dual neutralization of influenza virus hemagglutinin and neuraminidase by a bispecific antibody leads to improved antiviral activity. bioRxiv. 2023;3(16):1-20.

231. Lang S, Xie J, Zhu X, Wu NC, Lerner RA, Wilson IA. Antibody 27F3 Broadly Targets Influenza A Group 1 and 2 Hemagglutinins through a Further Variation in VH1-69 Antibody Orientation on the HA Stem. Cell Rep . 2017 Sep;20(12):2935-43. Available from: http://dx.doi.org/10.1016Zj.celrep.2017.08.084

232. Stanfield RL, Wilson IA. Antibody Structure. In: Antibodies for Infectious Diseases . Washington, DC, USA: ASM Press; 2015. p. 49-62. Available from:

http://doi .wiley.com/10.1128/9781555817411.ch3

233. Arnaout R, Lee W, Cahill P, Honan T, Sparrow T, Weiand M, et al. High-Resolution Description of Antibody Heavy-Chain Repertoires in Humans. Reindl M, editor. PLoS One . 2011 Aug 4;6(8):e22365. Available from:

https://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0022365

234. Davies DR, Chacko S. Antibody structure. Acc Chem Res . 1993 Aug 1;26(8):421-7. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0968000476902000

235. Almagro JC, Beavers MP, Hernandez-Guzman F, Maier J, Shaulsky J, Butenhof K, et al. Antibody modeling assessment. Proteins Struct Funct Bioinforma . 2011 Nov 21;79(11):3050-66. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.23130

236. Reichert JM, Rosensweig CJ, Faden LB, Dewitz MC. Monoclonal antibody successes in the clinic. Nat Biotechnol . 2005 Sep;23(9):1073-8. Available from: https://www.nature.com/articles/nbt0905-1073

237. Morrison SL, Johnson MJ, Herzenberg LA, Oi VT. Chimeric human antibody molecules: mouse antigen-binding domains with human constant region domains. Proc Natl Acad Sci . 1984 Nov;81(21):6851-5. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.81.21.6851

238. Boulianne GL, Hozumi N, Shulman MJ. Production of functional chimaeric mouse/human antibody. Nature . 1984 Dec;312(5995):643-6. Available from: https://www.nature.com/articles/312643a0

239. LoBuglio AF, Wheeler RH, Trang J, Haynes A, Rogers K, Harvey EB, et al. Mouse/human chimeric monoclonal antibody in man: kinetics and immune response. Proc Natl Acad Sci . 1989 Jun;86(11):4220-4. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.86.11.4220

240. Khazaeli MB, Saleh MN, Liu TP, Meredith RF, Wheeler RH, Baker TS, et al. Pharmacokinetics and immune response of 131I-chimeric mouse/human B72.3 (human gamma 4) monoclonal antibody in humans. Cancer Res . 1991 Oct 15;51(20):5461-6. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1913665

241. Elliott MJ, Maini RN, Feldmann M, Long-Fox A, Charles P, Bijl JA, et al. Repeated therapy with monoclonal antibody to tumour necrosis factor a (cA2) in patients with rheumatoid arthritis. Lancet . 1994 0ct;344(8930):1125-7. Available from: 10.1016/s0140-6736(94)90632-7

242. Jones PT, Dear PH, Foote J, Neuberger MS, Winter G. Replacing the complementarity-determining regions in a human antibody with those from a mouse. Nature . 1986 May;321(6069):522-5. Available from: https://www.nature.com/articles/321522a0

243. Riechmann L, Clark M, Waldmann H, Winter G. Reshaping human antibodies for therapy. Nature . 1988 Mar;332(6162):323-7. Available from: https://www.nature.com/articles/332323a0

244. Padlan EA. Anatomy of the antibody molecule. Mol Immunol . 1994 Feb;31(3):169-217. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0161589094900019

245. Graziano RF, Tempest PR, White P, Keler T, Deo Y, Ghebremariam H, et al. Construction and characterization of a humanized anti-gamma-Ig receptor type I (Fc gamma RI) monoclonal antibody. J Immunol . 1995 Nov 15;155(10):4996-5002. Available from:

https://journals.aai.org/jimmunol/article/155/10/4996/28972/Construction-and-characterization-of-a-humanized

246. Foote J, Winter G. Antibody framework residues affecting the conformation of the hypervariable loops. J Mol Biol . 1992 Mar;224(2):487-99. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/002228369291010M

247. Queen C, Schneider WP, Selick HE, Payne PW, Landolfi NF, Duncan JF, et al. A humanized antibody that binds to the interleukin 2 receptor. Proc Natl Acad Sci . 1989 Dec;86(24):10029-33. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.86.24.10029

248. Padlan EA. A possible procedure for reducing the immunogenicity of antibody variable domains while preserving their ligand-binding properties. Mol Immunol . 1991 Apr;28(4-5):489-98. Available from:

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/016158909190163E

249. Roguska MA, Pedersen JT, Keddy CA, Henry AH, Searle SJ, Lambert JM, et al. Humanization of murine monoclonal antibodies through variable domain resurfacing. Proc Natl Acad Sci . 1994 Feb;91(3):969-73. Available from: https://pnas.org/doi/full/ 10.1073/pnas.91.3.969

250. Vaughan TJ, Osbourn JK, Tempest PR. Human antibodies by design. Nat Biotechnol . 1998 Jun;16(6):535-9. Available from: https://www.nature.com/articles/nbt0698-535

251. Al-Lazikani B, Lesk AM, Chothia C. Standard conformations for the canonical structures of immunoglobulins. J Mol Biol . 1997 Nov;273(4):927-48. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283697913541

252. Chothia C, Lesk AM. Canonical structures for the hypervariable regions of immunoglobulins. J Mol Biol . 1987 Aug;196(4):901-17. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283699933582

253. Chothia C, Novotny J, Bruccoleri R, Karplus M. Domain association in immunoglobulin molecules. J Mol Biol . 1985 Dec;186(3):651-63. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/0022283685901378

254. Chothia C, Lesk AM, Tramontano A, Levitt M, Smith-Gill SJ, Air G, et al. Conformations of immunoglobulin hypervariable regions. Nature . 1989 Dec;342(6252):877-83.

Available from: https://www.nature.com/articles/342877a0

255. Chothia C, Gelfand I, Kister A. Structural determinants in the sequences of immunoglobulin variable domain 1 lEdited by A. R. Fersht. J Mol Biol . 1998 May;278(2):457-79. Available from:

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283698916539

256. Morea V, Tramontano A, Rustici M, Chothia C, Lesk AM. Antibody structure, prediction and redesign. Biophys Chem . 1997 Oct;68(1-3):9-16. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0301462296022661

257. Morea V, Tramontano A, Rustici M, Chothia C, Lesk AM. Conformations of the third hypervariable region in the VH domain of immunoglobulins. J Mol Biol . 1998 Jan;275(2):269-94. Available from:

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S002228369791442X

258. Tramontano A, Chothia C, Lesk AM. Structural determinants of the conformations of medium-sized loops in proteins. Proteins Struct Funct Bioinforma . 1989 Jan 3;6(4):382-94. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.340060405

259. Tramontano A, Chothia C, Lesk AM. Framework residue 71 is a major determinant of the position and conformation of the second hypervariable region in the VH domains of immunoglobulins. J Mol Biol . 1990 Sep;215(1):175-82. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283605801020

260. Enshell-seijffers D, Smelyanski L, Gershoni JM, Aviv T. The rational design of a ' type 88 ' genetically stable peptide display vector in the filamentous bacteriophage fd. 2001;29(10).

261. Wong SH. Cloning of Flavin Reductase into pET32a(+) Expression Vector Lacking the Thioredoxin A Tag to Study Solubility of EDTA Monooxygenase A in Overexpression Systems. J Exp Microbiol Immunol. 2005;8(December):59-66.

262. Jeong H, Lee D-H, Kim SH, Kim H-J, Lee K, Song JY, et al. Genome Sequence of the Thermotolerant Yeast Kluyveromyces marxianus var. marxianus KCTC 17555. Eukaryot Cell . 2012 Dec;11(12):1584-5. Available from:

https://j ournals.asm.org/doi/10.1128/EC.00260-12

263. Suzek BE, Huang H, McGarvey P, Mazumder R, Wu CH. UniRef: comprehensive and non-redundant UniProt reference clusters. Bioinformatics . 2007 May 15;23(10):1282-8. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/23/10/1282/197795

264. Maniatis Tom, Sambrook Joseph FEF. Molecular cloning: a laboratory manual. Cold spring harbor laboratory press; 1982. 2222 p.

265. Zhang S, Kostyuchenko VA, Ng T-S, Lim X-N, Ooi JSG, Lambert S, et al. Neutralization

125

mechanism of a highly potent antibody against Zika virus. Nat Commun . 2016 Nov 24;7(1):13679. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/ncomms13679

266. Berman HM. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res . 2000 Jan 1;28(1):235-42. Available from: https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/28.1.235

267. Shivakumar D, Harder E, Damm W, Friesner RA, Sherman W. Improving the Prediction of Absolute Solvation Free Energies Using the Next Generation OPLS Force Field. J Chem Theory Comput . 2012 Aug 14;8(8):2553-8. Available from: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ct300203w

268. Kozakov D, Brenke R, Comeau SR, Vajda S. PIPER: An FFT-based protein docking program with pairwise potentials. Proteins Struct Funct Bioinforma . 2006 Nov 24;65(2):392-406. Available from: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.21117

269. Bhachoo J, Beuming T. Investigating protein-peptide interactions using the schrödinger computational suite. Methods Mol Biol. 2017;1561:235-54.

270. Shanshin D V, Borisevich SS, Bondar AA, Porozov YB, Rukhlova EA, Protopopova E V, et al. Can Modern Molecular Modeling Methods Help Find the Area of Potential Vulnerability of Flaviviruses ? Int J Mol Sci. 2022;23(14):7721.

271. Bogachek M V, Protopopova E V, Ternovoi VA, Kachko A V., Ivanova A V., Ivanisenko VA, et al. Immunochemical properties of recombinant polypeptides mimicking domains I and II of West Nile virus glycoprotein E. Mol Biol. 2005;39(5):710-8.

272. Protopopova E V., Khusainova AD, Konovalova SN, Loktev VB. Preparation and study of properties of anti-idiotypic antibodies, carrying hemagglutinating paratopes of tickborne encephalitis virus on their surface. Vopr Virusol . 1996;41(2):50-3. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8686271

273. Laemmli UK. Cleavage of Structural Proteins during the Assembly of the Head of Bacteriophage T4. Nature. 1970;227:680-5.

274. Dunbar J, Krawczyk K, Leem J, Marks C, Nowak J, Regep C, et al. SAbPred: a structure-based antibody prediction server. Nucleic Acids Res. 2016;44(W1):W474-8.

275. Cherrier M V., Kaufmann B, Nybakken GE, Lok SM, Warren JT, Chen BR, et al. Structural basis for the preferential recognition of immature flaviviruses by a fusion-loop antibody. EMBO J. 2009;28(20):3269-76.

276. Vogt MR, Dowd KA, Engle M, Tesh RB, Johnson S, Pierson TC, et al. Poorly Neutralizing Cross-Reactive Antibodies against the Fusion Loop of West Nile Virus Envelope Protein Protect In Vivo via Fcy Receptor and Complement-Dependent Effector Mechanisms. J Virol . 2011 Nov 15;85(22):11567-80. Available from:

126

https://journals.asm.org/doi/10.1128/JVI.05859-11

277. Sultana H, Foellmer HG, Neelakanta G, Oliphant T, Engle M, Ledizet M, et al. Fusion Loop Peptide of the West Nile Virus Envelope Protein Is Essential for Pathogenesis and Is Recognized by a Therapeutic Cross-Reactive Human Monoclonal Antibody. J Immunol . 2009 Jul 1;183(1):650—60. Available from:

https://journals.aai.org/jimmunol/article/183/1/650/84334/Fusion-Loop-Peptide-of-the-West-Nile-Virus

278. Mansfield KL, Horton DL, Johnson N, Li L, Barrett ADT, Smith DJ, et al. Flavivirus-induced antibody cross-reactivity. J Gen Virol . 2011 Dec 1;92(12):2821-9. Available from: https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/jgv/10.1099/vir.0.031641-0

279. Laskowski RA. PDBsum: Summaries and analyses of PDB structures. Nucleic Acids Res. 2001;29(1):221-2.

280. Liu Y, Pan J, Jenni S, Raymond DD, Caradonna T, Do KT, et al. CryoEM Structure of an Influenza Virus Receptor-Binding Site Antibody-Antigen Interface. J Mol Biol . 2017 Jun;429(12):1829-39. Available from:

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0022283617302267

281. Pira GL, Ivaldi F, Moretti P, Manca F. High Throughput T Epitope Mapping and Vaccine Development. J Biomed Biotechnol. 2010;2010.

282. Liu BA, Engelmann BW, Nash PD. High-throughput analysis of peptide-binding modules. Proteomics. 2012;12(10):1527-46.

283. Du X, Sun C. Rational Design of a Pan-Coronavirus Vaccine Based on Conserved CTL Epitopes. Viruses. 2021;13(2):1-11.

284. Tim Orthwein, Luciano F. Huergo KF and KAS. Kinetic Analysis of a Protein-protein Complex to Determine its Dissociation Constant (KD) and the Effective Concentration (EC50) of an interplaying effector molecule using bio-layer interferometry. Bio-protocol. 2021;11(17):1-14.

285. Gendusa R, Scalia CR, Buscone S, Cattoretti G. Elution of High-affinity (>10 -9 K D ) Antibodies from Tissue Sections. J Histochem Cytochem . 2014 Jul 2;62(7):519-31. Available from: http://journals.sagepub.com/doi/10.1369/0022155414536732

286. Walker LM, Huber M, Doores KJ, Falkowska E, Pejchal R, Julien J-P, et al. Broad neutralization coverage of HIV by multiple highly potent antibodies. Nature . 2011 Sep 22;477(7365):466-70. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/nature10373

287. Kochina EA, Urusov FA, Kruglov AA, Glazkova D V., Shipulin GA, Bogoslovskaya E V. Double and Triple Combinations of Broadly Neutralizing Antibodies Provide Efficient Neutralization of All HIV-1 Strains from the Global Panel. Viruses . 2022 Aug

29;14(9):1910. Available from: https://www.mdpi.com/1999-4915/14/9/1910

288. Mouquet H, Scharf L, Euler Z, Liu Y, Eden C, Scheid JF, et al. Complex-type N -glycan recognition by potent broadly neutralizing HIV antibodies. Proc Natl Acad Sci . 2012 Nov 20;109(47). Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1217207109

289. Pu, Wang, Xu, Lu, Jiang. Development of Protein- and Peptide-Based HIV Entry Inhibitors Targeting gp120 or gp41. Viruses . 2019 Aug 1;11(8):705. Available from: https://www.mdpi.com/1999-4915/11/8/705

290. Braibant M, Gong E-Y, Plantier J-C, Moreau T, Alessandri E, Simon F, et al. Cross-group neutralization of HIV-1 and evidence for conservation of the PG9/PG16 epitopes within divergent groups. AIDS . 2013 May 15;27(8):1239-44. Available from: https://journals.lww.com/00002030-201305150-00006

291. Lee JH, Leaman DP, Kim AS, Torrents de la Peña A, Sliepen K, Yasmeen A, et al. Antibodies to a conformational epitope on gp41 neutralize HIV-1 by destabilizing the Env spike. Nat Commun . 2015 Sep 25;6(1):8167. Available from: https://www.nature.com/articles/ncomms9167

292. Weber T, Potthoff J, Bizu S, Labuhn M, Dold L, Schoofs T, et al. Analysis of antibodies from HCV elite neutralizers identifies genetic determinants of broad neutralization. Immunity . 2022 Feb;55(2):341-354.e7. Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S 1074761321005367

293. Kinchen VJ, Massaccesi G, Flyak AI, Mankowski MC, Colbert MD, Osburn WO, et al. Plasma deconvolution identifies broadly neutralizing antibodies associated with hepatitis C virus clearance. J Clin Invest . 2019 Sep 30;129(11):4786-96. Available from: https://www.jci.org/articles/view/130720

294. Tzarum N, Giang E, Kong L, He L, Prentoe J, Augestad E, et al. Genetic and structural insights into broad neutralization of hepatitis C virus by human V H 1-69 antibodies. Sci Adv . 2019 Jan 4;5(1):1-12. Available from: https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.aav1882

295. Yi C, Xia J, He L, Ling Z, Wang X, Yan Y, et al. Junctional and somatic hypermutation-induced CX4C motif is critical for the recognition of a highly conserved epitope on HCV E2 by a human broadly neutralizing antibody. Cell Mol Immunol . 2021 Mar 31;18(3):675—85. Available from: http://dx.doi.org/10.1038/s41423-020-0403-1

296. Yasuhara A, Yamayoshi S, Ito M, Kiso M, Yamada S, Kawaoka Y. Isolation and Characterization of Human Monoclonal Antibodies That Recognize the Influenza A(H1N1)pdm09 Virus Hemagglutinin Receptor-Binding Site and Rarely Yield Escape Mutant Viruses. Front Microbiol . 2018 Nov 1;9(NOV):1-12. Available from:

https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2018.02660/full 297. Whittle JRR, Zhang R, Khurana S, King LR, Manischewitz J, Golding H, et al. Broadly neutralizing human antibody that recognizes the receptor-binding pocket of influenza virus hemagglutinin. Proc Natl Acad Sci . 2011 Aug 23;108(34):14216-21. Available from: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1111497108

Приложение 1

Таблица 1. Примеры широкореактивных антител к другим вирусным инфекциям.

№ Название МАТ Эпитоп Вирус 1С50 Особенности Публикации

1 УЯС01, 0р120 СБ4Ь, HГV-1 Нейтрализует 91 % псевдовирусов с 1С50 < 50 мкг/мл, 72 % с 1С50 < 1 мкг/мл Проверка при помощи панели из 190 псевдовирусов [201,214,215]

2 2С12 Три гликана в позициях N332, 339, 392 HГV-1 Нейтрализует до 30 % с 1С50 1,45 мкг/мл Проверка при помощи панели из 34 псевдовирусов [201][202]

3 10Е8 ^МРБГШШ^ТЬ/К, ер41 МРБЯ HГV-1 Нейтрализует до 95 % с 1С50 0,40 мкг/мл Проверка при помощи псевдовирусов [210][211]

4 РСТ128 Гликаны с большим содержанием маннозы и фрагмент Р-складки на С-конце петли У3 НГУ-1 Нейтрализует до 70 % с 1С50 0,02 мкг/мл Проверка при помощи псевдовирусов [286,287]

5 10-1074 Консервативные аминокислоты в районе гликанаN332 HГV-1 Среднее значение 1С80 0,18 мкг/мл Проверка при помощи панели из 360 псевдовирусов, 13 субтипов [287,288]

6 СН01 Гликаны в позиции N160 и N156 и фрагмент Р-складки вариабельной петли V1/У2 HIV-1 Нейтрализует до 46 % с 1С50 3,75 мкг/мл Проверка при помощи псевдовирусов [220][289]

7 РС16 Гликаны в позиции N160 и N156 и фрагмент Р- складки вариабельной петли V1/V2 HIV-1 Нейтрализует до 79 % с 1С50 0,02 мкг/мл Проверка при помощи псевдовирусов [290]

РСУ04 0р120 СБ4Ь HIV-1 Нейтрализует до 88 % с 1С50 0,14 мкг/мл Проверка при помощи панели из 162 псевдовирусов [216] [217]

3BC176 СБ41/У3 И1У-1 Нейтрализует до 64 % медиана 1С50 1,69мкг/мл Нейтрализовало 25 из 39 различных изолятов [221][291]

1416_01_Е03, Эктодомен Е2, участок 421-460 а.о. ИСУ 1С77 при концентрации 50 мкг/мл Нейтрализовало 13 штаммов из 13, взятых в анализ [292]

AR3C Эктодомен Е2, участок 421-460 а.о. ИСУ 1С50 при концентрации 50 мкг/мл Нейтрализовало 13 штаммов из 13, взятых в анализ [293][294]

8D6 Эктодомен Е2, участок 421-460 а.о. ИСУ 1С50 варьировались в пределах от 0,2 нг/мл до 1,24 мкг/мл. Нейтрализовало 13 штаммов из 13, взятых в анализ. [295]

COV44-62, Пептид слияния, участок 816-855 а.о. СоУ Нейтрализует а-СоУ Р-СоУ 5- СоУ с N150 от 1,06 до 20,92 мкг/мл. Анализ как при помощи псевдовирусов так и натуральных вирусов [222]

25F9 КЭБ, участок взаимодействия с ЛСЕ2 СоУ 1С50 в диапазоне от 0,077 до 3,409 мкг/мл Проверка при помощи псевдовирусов. Все варианты БЛЯБ-СоУ-2 и БЛЯБ-СоУ [226]

00 Стык двух Е белков в районе домена I, ЕБЕ1 Паи 1С50 для 21КУ и DENУ 1-4 находилась в диапазоне 38-753 нг/мл Не нейтрализует WNV [194][195]

2Л1оаб Петля слияния, 98БИХ1Ш01 Паи РКЭТ50 для DENУ 1-4 от 1,5 до 2 мкг/мл, для УБУ 3,6 мкг/мл Слабо нейтрализует WNV, не нейтрализует 1ЕУ и ТВЕУ [192]

С8 Стык двух Е белков в районе домена I, ЕБЕ2 Паи FRNT50 для DENУ 1-4 от 0,24 до 1,13 нМ, для 21КУ 0,095 нМ Не проверяли на других флавивирусах [110]

F25.S02 Стык двух Е белков в районе домена I, ЕБЕ1, ключевые аминокислоты: 078, Ь82, У97, 1113, N242 Паи 1С50 для 21КУ и DENУ 1-4 находилась в диапазоне 18-232 нг/мл Не проверяли на других флавивирусах [193]

Л21р Е белок регион петли слияния Паи ЕС50 14,67; 16,24 и 545,8 нМ для 21КУ, УБУ и 1-4 DENV соответственно [196]

ZV1WT Е белок регион петли слияния Flavi EC50 для ZV1WT, составляла 69,34 мкг/мл для ZIKV и 0,69 мкг/мл для DENV Не обладало ADE эффектом [197]

BDBV317 ОР2, HR2 рядом с МРЕЯ, Т620-Б636 EBOV EC50 для BDBV GP 9 нг/мл, EBOV GP 191 нг/мл, SUDV GP 208 нг/мл Выделено от переболевшего BDBV [227][228]

CR6261 стебель HA2 Грипп IC50 H1 8,89 мкг/мл, H2 14,87 мкг/мл, H6 0,12 мкг/мл, H8 8,89 мкг/мл, H9 5,24 мкг/мл Получено на основе человеческих IgM+ B клеток памяти [229] [230]

CR9114 стебель HA2 Грипп IC50 H1 11,82-17,68 мкг/мл, H3 6,25 мкг/мл [231] [296]

CH65 Рецептор -связывающий карман HA1 Грипп Минимальная ингибирующая концентрация 0,012 - 6,25 мкг/мл Нейтрализовало 30 из 36 [297]

Приложение 2

Таблица 2. Аминокислотная последовательность УИ и УЬ антитела 10И10 (ОепВапк № ОК483332 и № ОЬ448869)

УИ

1 УКЬЕЕБОООЬ УКРООБЬКЬБ CЛЛSGFSFSD УУMУWУRQTP EKRLEWУЛTI SDGGSИTSУR DSУKGRFTIS RDNGKNNLУL QMSSLKSEDT ЛМУУСУКОЛУ WGQGTLУTУS SЛ

УЬ

2 DIУLTQTPLT LSУTIGQPЛS ISCKSSQSLL DSDGKTУLNW LLQRPGQSPK RLIУLУSKLD SGУPDRFTGG GSGTDFTLKI SRУEAEDLGУ УУCWQGTИFP QTFGGGTKLE 1К

Таблица 3. Результат молекулярного моделирования специфического взаимодейсвтия между аминокислотными остатками петили слияния ТББУ и 2ГКУ и вариабельными доменами антитела 10Н10: А - аминокислотная последовательность петли слияни ТБЕУ и 2ГКУ; УН и УЬ - вариабельные домены антитела 10Н10; ВС- водородная связь; СМ -солевой мостик; п-п - стекинговое взаимодейсвтие.

TBE V 10H10 гшу 10Н10

A УН Специфичес кая связь УЬ Специфическа я связь А УН Специфичес кая связь УЬ Специфическа я связь

Докинг

T76 X X К36 ВС 872, X X К36 ВС

D98 У38 ВС X X D98 X X К36 СМ

R99 У40 ВС 0116 ВС