Роль инсерционного мутагенеза в формировании персистенции бактерий Bordetella pertussis: новые подходы к диагностике и профилактике коклюша тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Медкова Алиса Юрьевна

• Медкова Алиса Юрьевна
• доктор наук
• 2026

Оглавление диссертации доктор наук Медкова Алиса Юрьевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Бактерии Bordetella pertussis: микробиологическая характеристика и факторы патогенности возбудителя коклюша

1.1.1. Морфологические и культуральные свойства возбудителя коклюша

1.1.2. Факторы вирулентности бактерий B. pertussis и их значение

в патогенезе коклюшной инфекции

1.2. Молекулярно-генетические механизмы формирования персистенции возбудителя коклюша

1.2.1. Bvg-зависимая регуляция вирулентности бактерий B. pertussis

1.2.2. Повторяющиеся последовательности в геноме бактерий B. pertussis

1.2.3. Роль инсерционных элементов в вариабельности бактерий

B. pertussis, циркулирующих в период массовой вакцинопрофилактики

1.3. Актуальные проблемы в современной диагностике и профилактике коклюша

1.3.1. Клинико-эпидемиологические особенности коклюша на фоне многолетней вакцинопрофилактики

1.3.2. Современные методы лабораторной диагностики коклюша

1.3.3. Возможности совершенствования вакцинопрофилактики коклюша

1.4. Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Штаммы микроорганизмов, условия культивирования и плазмиды

2.2. Характеристика лабораторных животных

2.3. Характеристика больных коклюшем и контактных лиц, включенных в исследование

2.4. Клиническое исследование препарата «ГамЖВК», живой вакцины интраназального применения для профилактики коклюша

2.5. Биологический материал

2.6. Микробиологические методы

2.7. Серологическое дифференцирование культур бактерий B. pertussis

в развернутой реакции агглютинации

2.8. Молекулярно-генетические методы

2.9. Серологические методы исследования

2.10. Статистическая обработка результатов

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

ГЛАВА 3. НОВЫЙ МЕТОДИЧЕСКИЙ ПОДХОД К ВЫЯВЛЕНИЮ ПЕРСИСТИРУЮЩИХ ФОРМ БАКТЕРИЙ BORDETELLA PERTUSSIS

3.1. Разработка тест-систем на основе ПЦР-РВ: BpIS-Q для количественного определения ДНК B. pertussis и BpIS-INT 1 для детекции событий интеграции IS-элементов IS481 и IS1002 в оперон bvgAS

3.2. Разработка тест-системы для гнездовой ПЦР с целью повышения чувствительности при определении событий интеграции IS-элементов

и 1002 в cctagg сайт оперона bvgAS B. pertussis

ГЛАВА 4. ЭФФЕКТИВНОСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ ТЕСТ-СИСТЕМЫ BPIS-Q ДЛЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ДИАГНОСТИКИ КОКЛЮША

4.1. Результаты обследования больных с затяжным и длительным кашлем с помощью разработанной тест-системы BpIS-Q

4.2. Количественный анализ ДНК бактерий B. pertussis у больных коклюшем

4.3. Оценка эффективности тест-системы BpIS-Q при обследовании семейных очагов коклюша

ГЛАВА 5. ДЛИТЕЛЬНОСТЬ ПЕРСИСТЕНЦИИ БАКТЕРИЙ BORDETELLA PERTUSSIS В ОРГАНИЗМЕ ЖИВОТНЫХ И ЧЕЛОВЕКА

5.1. Длительность персистенции бактерий B. pertussis

при экспериментальном коклюше у низших обезьян Старого Света

5.2. Длительность персистенции бактерий B. pertussis у реконвалесцентов коклюша и контактных с ними членов семей

5.3. Длительность персистенции аттенуированных бактерий B. pertussis при проведении клинического исследования препарата «ГамЖВК, живой вакцины интраназального применения для профилактики коклюша»

5.4. Разработка способа оценки защитной противобактериальной активности коклюшных вакцин на этапе многоцентрового клинического исследования

ГЛАВА 6. СОСТАВ ПОПУЛЯЦИЙ ВИРУЛЕТНЫХ И АТТЕНУИРОВАННЫХ БАКТЕРИЙ BORDETELLA PERTUSSIS, ПЕРСИСТИРУЮЩИХ В ОРГАНИЗМЕ ЖИВОТНЫХ И ЧЕЛОВЕКА

6.1. Состав популяций бактерий B. pertussis, персистирующих в организме низших обезьян Старого Света

6.2. Состав популяций персистирующих бактерий B. pertussis

у больных коклюшем детей и реконвалесцентов

6.3. Состав популяций персистирующих бактерий B. pertussis у контактных лиц в семейных очагах

6.4. Состав популяций персистирующих бактерий B. pertussis

у добровольцев в клинических исследованиях препарата «ГамЖВК, живой вакцины интраназального применения для профилактики коклюша»

ГЛАВА 7. ТРАНСПОЗИЦИЯ IS-ЭЛЕМЕНТОВ В ГЕНЫ ВИРУЛЕНТНОСТИ БАКТЕРИЙ BORDETELLA PERTUSSIS КАК ПОТЕНЦИАЛЬНЫЙ МЕХАНИЗМ ФОРМИРОВАНИЯ ПЕРСИСТЕНЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЯ КОКЛЮША

7.1. Поиск новых инсерционных мутантов B. pertussis по генам bvg, fhaB и cya

7.1.1. Разработка тест-системы для регистрации событий интеграции IS-элементов в гены cya и fhaB и в оперон bvgAS в ориентации (2) бактерий B. pertussis

7.1.2. Изучение роли инсерционного мутагенеза в формировании Hly-фенотипа бактерий B. pertussis при культивировании на среде КУА с кровью

7.2. Поиск ревертантов Hly- инсерционных мутантов B. pertussis к дикому фенотипу

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Приложение

Приложение

Приложение

Приложение

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль инсерционного мутагенеза в формировании персистенции бактерий Bordetella pertussis: новые подходы к диагностике и профилактике коклюша»

Актуальность темы исследования

Бактерии Bordetella pertussis вызывают коклюш, острое антропонозное инфекционное заболевание, передающееся воздушно-капельным путем. Наиболее восприимчивы к коклюшной инфекции дети первого года жизни -болезнь развивается у непривитых детей в 70-100 % случаев [28], протекает с высоким риском осложнений и летальных исходов. Несмотря на массовую вакцинацию, проводимую в мире с начала 50-х гг. ХХ века, коклюш занимает первое место в структуре детской смертности от инфекций, для которых разработана специфическая профилактика; ежегодно регистрируется до 161000 летальных исходов [166]. Коклюш проявляет признаки неуправляемой инфекции, включая вспышки в организованных коллективах [343].

В период с 2002 г. по 2017 г. заболеваемость коклюшем в Российской Федерации оставалась стабильной и не превышала показателя 5,6 на 100 тыс. населения [5]. В 2019 г. зарегистрирован показатель заболеваемости (ПЗ) 9,8 на 100 тыс. населения, а в 2023 г. ПЗ составил 35,98 на 100 тыс. населения, достигнув рекордного значения за последние 22 года [44]. По данным Роспотребнадзора, с 2010 г. по 2022 г. не было зафиксировано ни одного смертельного исхода от коклюша, однако только за период 2023-2024 гг. летальность составила 21 случай среди детей младше 1 года.

Данные литературы говорят о низкой регистрируемой заболеваемости коклюшем среди взрослых. При этом высокий процент серопозитивных по коклюшу взрослых и пожилых людей указывает на распространенность в этих возрастных группах не диагностируемых атипичных форм и свидетельствует о том, что официальные показатели заболеваемости коклюшем у взрослых значительно занижены, по некоторым данным, вплоть до нескольких тысяч раз [48, 57, 90, 217].

При статистическом учете заболеваемости коклюшем наблюдается гиподиагностика, отражающая отсутствие настороженности у врачей в отношении атипичных форм коклюша, протекающих с длительным сухим кашлем, имеющих сходство клинической картины с другими заболеваниями дыхательной системы и часто диагностируемых как бронхиты, трахеиты, респираторные аллергозы и другие нозологические формы. Для выявления таких клинических форм коклюша, в особенности в старших возрастных группах, необходимо применение высокочувствительных лабораторных методов.

Диагностика коклюша с помощью бактериологического метода низкоэффективна даже в случае типичных форм [50, 285], серологические методы используются, как правило, ретроспективно для подтверждения диагноза на поздних сроках заболевания, а применяемые в рутинной практике тест-системы для молекулярно-генетической диагностики коклюша эффективны в течение 3-4 недель от начала заболевания, протекающего с кашлем. Следовательно, крайне востребовано совершенствование лабораторных методов, позволяющих диагностировать коклюш в различных клинических формах вне зависимости от сроков заболевания.

Коклюш относят к вакциноуправляемым инфекциям. В настоящее время специфическая профилактика осуществляется комбинированными препаратами, содержащими цельноклеточный (АКДС) и бесклеточный (АаКДС) коклюшный компонент. Однако рост заболеваемости указывает на недостаточную эффективность современных вакцин и требует их совершенствования.

Ряд исследований показывает возможность бессимптомного носительства возбудителя коклюша [133, 175, 181, 218, 394]. Однако в настоящее время нет убедительных данных о том, как долго бактерии B. pertussis могут персистировать в дыхательных путях человека. Неясно, обусловлено ли продолжительное выявление возбудителя перенесенным ранее и не диагностированным коклюшем, либо же оно является признаком

изначально бессимптомного течения инфекции [175]. Остается открытым вопрос о молекулярно-генетических механизмах, обуславливающих формирование носительства при коклюше.

Одной из причин циркуляции бактерий B. pertussis на фоне многолетней массовой вакцинопрофилактики является их мутационная изменчивость, обеспечивающая адаптацию возбудителя. Исследования последних десятилетий позволяют предположить, что возбудитель коклюша способен к длительной персистенции в организме человека, вероятно, находясь в состоянии сниженной вирулентности [96, 108, 234, 235].

Экспрессия большинства генов бактерий B. pertussis, кодирующих факторы вирулентности, контролируется двухкомпонентной системой BvgAS [106]. Гены, отвечающие за вирулентность бактерий B. pertussis, в том числе bvgAS, классифицируются как vag-гены (virulence activated genes). Наибольшая степень вирулентности, обусловленная экспрессией этих генов, наблюдается у бактерий в I фазе (Bvg+). Vrg-гены (virulence repressed genes) экспрессируются в наименее вирулентной IV фазе (Bvg-), приводя к авирулентному состоянию бактерий B. pertussis. Фазы II и III - Bvg1 -промежуточные [98]. Переход бактерий B. pertussis от одной фазы к другой может быть вызван in vitro изменением условий культивирования (фазовые модуляции) или мутациями [121, 242].

Установлено два типа мутаций, индуцирующих переход бактерий B. pertussis от I фазы к IV фазе: мутация сдвига рамки считывания («frameshift») в гене bvgS [344] и мутации, возникающие в результате перемещения инсерционных элементов (IS-элементов) в специфический сайт оперона bvgAS [346]. Роль инсерционного мутагенеза и фазовых модуляций в жизненном цикле бактерий B. pertussis в организме человека в настоящее время практически не изучена, что во многом обусловлено отсутствием адекватной животной модели, позволяющей экстраполировать результаты экспериментов на человека.

На основе данных о двухкомпонентной системе BvgAS и об участии IS-элементов в регуляции транскрипции у бактерий B. pertussis [79, 301] сформулирована рабочая гипотеза настоящего исследования: бактерии B. pertussis способны к длительной персистенции в организме хозяина в состоянии сниженной вирулентности; одним из механизмов формирования персистирующих вариантов бактерий B. pertussis является сайт-специфическая интеграция IS-элементов в гены вирулентности. Настоящая работа посвящена доказательству феномена длительной персистенции возбудителя коклюша и исследованию роли инсерционного мутагенеза в формировании персистирующих бактерий B. pertussis in vivo (в организме человека и животных).

Степень разработанности темы исследования

Впервые информация о возможности бактерий B. pertussis выживать в культурах эукариотических клеток появилась в начале 1990-х гг. Были сделаны предположения о способности возбудителя коклюша длительно сохраняться в организме человека, однако прямых экспериментальных данных получено не было [159, 167, 236].

Исследования генетических основ и молекулярных механизмов изменчивости возбудителя коклюша, проведенные в ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России в 2000-2010 гг. [19], позволили сформулировать гипотезу о взаимосвязи инсерционной инактивации генов вирулентности c образованием персистирующих форм бактерий B. pertussis. Первые попытки исследования персистенции возбудителя коклюша были предприняты на мышиной модели [33], но изучение этого явления у человека было затруднено в связи со сложностью организации проспективных исследований.

Накопленные в настоящее время сведения позволяют предположить, что инфицирование человека бактериями B. pertussis может приводить к их длительному носительству. Всестороннее изучение феномена персистенции

возбудителя коклюша имеет первостепенное значение не только для системы практического здравоохранения, поскольку лица, не проявляющие симптомов заболевания, являются резервуаром и источником инфекции, но и для более глубокого понимания патогенетических аспектов коклюша и сложного взаимодействия между возбудителем и организмом хозяина, что актуально при совершенствовании методов диагностики и профилактики коклюша.

Цель исследования: выявление роли инсерционных мутантов в формировании персистенции бактерий Bordetella pertussis и разработка новых подходов к молекулярно-генетической диагностике и профилактике коклюша.

Задачи исследования:

1. Разработать и научно обосновать методический подход, позволяющий проводить количественный анализ ДНК бактерий B. pertussis при различных клинических формах коклюша и бессимптомном носительстве; выявлять персистирующие формы возбудителя коклюша и изучать состав их популяций.

2. Оценить диагностическую эффективность разработанного методического подхода и тест-систем ПЦР-РВ при обследовании больных типичными и атипичными формами коклюша, реконвалесцентов и контактных лиц.

3. Определить длительность персистенции бактерий B. pertussis на экспериментальной модели низших обезьян Старого Света; у реконвалесцентов коклюша и контактных лиц.

4. Определить длительность персистенции рекомбинантных аттенуированных бактерий B. pertussis у добровольцев при проведении клинического исследования препарата «ГамЖВК», живой вакцины интраназального применения для профилактики коклюша. Разработать способ оценки противобактериальной защитной активности живых

коклюшных вакцин на этапе многоцентровых клинических исследований.

5. Охарактеризовать состав популяций персистирующих бактерий B. pertussis по относительному количеству инсерционных ¿vg-мутантов на модели низших обезьян Старого Света, у больных коклюшем, реконвалесцентов, контактных лиц и у добровольцев при проведении клинического исследования препарата «ГамЖВК».

6. Отобрать и охарактеризовать in vitro спонтанные инсерционные мутанты бактерий B. pertussis, оценить их возможную роль в формировании персистенции возбудителя коклюша.

Научная новизна работы

Впервые доказана длительная персистенция бактерий B. pertussis в организме человека и на экспериментальной модели низших обезьян Старого Света. Установлено, что инсерционный мутагенез является одним из механизмов образования персистирующих форм возбудителя коклюша.

Разработана и апробирована тест-система ПЦР-РВ, позволяющая выявлять бактерии B. pertussis в малых количествах на разных сроках заболевания у больных типичными и атипичными формами коклюша, реконвалесцентов и контактных лиц, независимо от возраста и вакцинального статуса. Аналитическая чувствительность разработанной тест-системы составляет 0,01 ГЭ ДНК B. pertussis в реакции; диагностическая чувствительность - 100%.

Продемонстрирована высокая распространенность возбудителя коклюша у больных с клиническими диагнозами «ОРВИ, острый ринофарингит», «Острый ларинготрахеит», «Острый бронхит» и «Пневмония», под «масками» которых проходят атипичные формы коклюша, а также у контактных по коклюшу лиц.

ДНК возбудителя коклюша выявлена у 95% контактных лиц в семейных очагах. При этом у 35,4% из них отсутствовали клинические

признаки коклюша, в том числе кашель, что свидетельствует о бессимптомном течении заболевания.

На экспериментальной модели низших обезьян Старого Света установлена длительная персистенция (срок наблюдения 160 дней) возбудителя коклюша в дыхательных путях.

Установлено формирование длительного постинфекционного бактерионосительства при коклюше. Показана длительная персистенция бактерий B. pertussis у реконвалесцентов коклюша и контактных с лиц без клинических признаков заболевания (срок наблюдения 6 месяцев).

Выявление возбудителя коклюша на протяжении периода, существенно превышающего установленные сроки карантина после лабораторного подтверждения диагноза «Коклюш», в том числе при отсутствии симптомов, предполагает пересмотр существующих представлений о риске и продолжительности распространения инфекции от больных коклюшем в периоде реконвалесценции.

На экспериментальной модели низших обезьян Старого Света изучен состав популяций персистирующих бактерий B. pertussis на разных стадиях инфекционного процесса.

Впервые у реконвалесцентов коклюша и контактных лиц в динамике, в течение 6 месяцев, изучен состав популяций бактерий B. pertussis. Длительно персистирующие инсерционные мутанты обнаружены у 25% реконвалесцентов коклюша и у 14,9% контактных лиц.

Впервые показано, что гетерогенность состава популяций длительно персистирующих бактерий B. pertussis у реконвалесцентов коклюша и у низших обезьян Старого Света нарастает за счет накопления мутантов, содержащих инсерции IS-элементов в bvgAS опероне.

Впервые разработан способ оценки антибактериальной защитной активности живых коклюшных вакцин, основанный на определении скорости эрадикации рекомбинантных аттенуированных бактерий B. pertussis из верхних дыхательных путей после первого и второго интраназального

введения препарата «ГамЖВК» здоровым добровольцам, успешно апробированный в многоцентровых клинических исследованиях.

Теоретическая и практическая значимость работы

Установлено, что бактерии B. pertussis способны длительно персистировать в организме человека после перенесенного коклюша или при бессимптомном носительстве возбудителя.

Разработана и проверена научная концепция, согласно которой персистирующие варианты бактерий B. pertussis формируются в результате инсерционного мутагенеза - перемещения мобильных генетических элементов (IS-элементов) в оперон bvgAS. Интеграция IS-элементов приводит к обратимой инактивации генов-мишеней и/или их дифференциальной регуляции, обеспечивая персистенцию возбудителя в организме хозяина в состоянии измененной вирулентности, а также, вероятно, его сохранение при передаче инфекции. Восстановление структуры и функции повреждённого гена возможно за счет точного исключения IS-элемента и реверсии бактерий B. pertussis в вирулентную Bvg+ фазу, в которой они способны вызывать инфекционный процесс. Предложены экспериментальные подходы к исследованиям, направленным на выявление персистирующих бактерий B. pertussis и изучение их молекулярно-генетических особенностей.

Для выявления событий точного исключения IS-элементов из генов вирулентности B. pertussis, сопровождающихся восстановлением их функций, необходимы дальнейшие генетические исследования.

В экспериментах in vitro получены и описаны ранее не известные инсерционные и делеционные мутанты по генам bvgAS и fhaB. Охарактеризовано их влияние на регуляцию bvg-зависимых генов вирулентности, способное обеспечить формирование персистирующих бактерий B. pertussis.

Частота транспозиции IS-элементов у бактерий B. pertussis зависит от неизвестных в настоящее время факторов и генотипа возбудителя. Высокая

частота транспозиции IS-элементов способствует формированию инсерционных мутантов B. pertussis, обеспечивающих их выживание в организме человека. Постулированный механизм инсерционного мутагенеза бактерий B. pertussis представляет собой новый подход к пониманию иммунопатогенеза коклюша, дающий теоретическое обоснование поддержания циркуляции возбудителя и сохранения заболеваемости в условиях высокого охвата вакцинопрофилактикой, и предполагает расширение исследований, направленных на изучение транспозиции IS-элементов in vitro и in vivo.

В ходе решения фундаментальных и прикладных задач исследования разработан и запатентован принципиально новый способ оценки защитной активности коклюшных вакцин, позволяющий оценить формирование противобактериального иммунитета.

На основании оценки количества инсерционных мутантов бактерий B. pertussis предложены дополнительные критерии контроля качества производственных штаммов, входящих в состав коклюшных вакцин.

По результатам исследования получено 4 патента РФ на изобретение:

1. Способ диагностики коклюша и определения авирулентных мутантов возбудителя и диагностический набор: пат. № 2506316 Российская Федерация / Каратаев Г.И., Синяшина Л.Н., Медкова А.Ю. - № 2011120790/10; заявл. 24.05.2011; опубл. 10.02.2014 Бюл. №4.

2. Способ оценки защитной активности коклюшных вакцин: пат. № 2623314 Российская Федерация / Каратаев Г.И., Синяшина Л.Н., Медкова А.Ю., Семин Е.Г. - № 2015148021; заявл. 09.11.2015; опубл. 23.06.2017 Бюл. №18.

3. Способ лиофильного высушивания аттенуированных бактерий B. pertussis, аттенуированная бактерия B. pertussis, штамм аттенуированных бактерий B. pertussis, вакцина, лиофилизированный вакцинный препарат: пат. № 2709657 Российская Федерация / Каратаев Г.И., Синяшина Л.Н.,

Семин Е.Г., Медкова А.Ю., Гинцбург А.Л. - № 2017128106; заявл. 07.08.2017; опубл. 19.12.2019 Бюл. №35.

4. Способы оценки защитной активности и иммуногенности коклюшных вакцин у человека, применение живой коклюшной рекомбинантной вакцины ГамЖВК: пат. № 2799018 Российская Федерация / Каратаев Г.И., Синяшина Л.Н., Семин Е.Г., Медкова А.Ю., Лиджиева А.А., Куликов С.В., Дьяков И.Н. - № 2021129929; заявл. 12.10.2021; опубл. 30.06.2023 Бюл. №19.

Внедрение результатов исследования

Результаты настоящего исследования учтены при разработке методических указаний «Лабораторная диагностика коклюша и заболеваний, обусловленных другими бордетеллами», утверждённые Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 1 сентября 2021 года [37].

Тест-системы ПЦР-РВ, разработанные в ходе диссертационного исследования, внедрены в работу лаборатории генетики бактерий ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России (Приложение 1); использованы в 3 фазах клинических исследований препарата «ГамЖВК» (Приложение 2). Тест-система количественного определения ДНК B. pertussis (BpIS-Q) внедрена в научно-исследовательскую работу ФГБУ ФНКЦИБ ФМБА России (Приложение 3).

На основе тест-системы ПЦР-РВ для количественного определения ДНК B. pertussis в клиническом материале (BpIS-Q) компанией «НекстБИО» разработан Набор реагентов для вывления, дифференциациии и количественного определения ДНК Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis и Bordetella bronchiseptica «АмплиПрайм® Bordetella TRIO» (RUO), готовящийся к внедрению в производство (Приложение 4).

Результаты, полученные при выполнении диссертационной работы, внедрены в учебный курс аспирантов ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи»

Минздрава России, обучающихся по направлениям подготовки согласно лицензии и аккредитации образовательной деятельности; в учебные материалы курса «Инфекционные болезни» Кафедры многопрофильной клинической подготовки Факультета фундаментальной медицины МНОИ МГУ имени М.В. Ломоносова; используются в учебном процессе при подготовке кадров высшей квалификации в ординатуре НИИ медицинских проблем Севера - обособленного подразделения федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук».

Методология и методы исследования

В основе диссертационного исследования лежит методология, соответствующая поставленной цели и современным стандартам научного анализа. Основной предмет изучения - микробиологические и молекулярно-генетические особенности бактерий B. pertussis, возбудителя коклюша. Для выполнения задач применялся комплексный современный подход, включающий молекулярно-генетические, микробиологические, серологические, биологические и статистические методы. При обследовании пациентов и добровольцев в клинических исследованиях применяли методы клинической, лабораторной и инструментальной диагностики. Экспериментальную работу с низшими обезьянами Старого Света проводили в соответствии с ГОСТ 33218-2014 «Руководство по содержанию и уходу за лабораторными животными» [10] с соблюдением принципов биоэтики и гуманного отношения к животным. Основой исследования стал современный методический подход к молекулярно-генетической идентификации инсерционных мутантов B. pertussis у человека и экспериментальных животных. При выполнении работы использованы отечественные и международные научные базы данных, материалы российских и зарубежных изданий и конференций.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Установлен факт длительной персистенции бактерий B. pertussis в организме больных коклюшем и низших обезьян Старого Света после экспериментальной инфекции.

2. Инсерционный мутагенез бактерий B. pertussis является одним из механизмов адаптации антропонозного возбудителя в условиях иммунного давления, обеспечивающим его длительную персистенцию и выживание в организме человека.

3. Описанные инсерционные и делеционные мутанты B. pertussis по генам bvgAS и fhaB вносят дополнительный вклад в формирование генотипического пейзажа популяций возбудителя коклюша, как при культивировании in vitro, так и длительно персистирующих в организме человека.

4. Разработанный методический подход позволяет повысить качество этиологической диагностики коклюша вне зависимости от сроков заболевания у больных всех возрастных групп типичными и атипичными формами заболевания, а также проводить обследование в очагах коклюша для своевременного выявления источника инфекции, включая бессимптомных бактерионосителей.

5. Сравнительный анализ времени выведения рекомбинантных аттенуированных бактерий B. pertussis после их первого и второго интраназального введения позволяет оценить защитную активность коклюшных вакцин на этапе клинических исследований.

Личный вклад автора

Автор самостоятельно провела теоретическое обоснование актуальности изучения феномена персистенции бактерий B. pertussis -возбудителя коклюша, провела анализ литературных данных, сформулировала основные задачи исследования и план реализации научной работы.

Автором разработаны оригинальные подходы к созданию методической базы для диагностики типичных и атипичных форм коклюша, для выявления персистирующих форм бактерий B. pertussis, проведена апробация разработанных тест-систем на клиническом материале. Изучены сроки персистенции бактерий B. pertussis у людей и на экспериментальной модели низших обезьян Старого Света.

Автором предложен способ оценки защитной активности коклюшных вакцин на этапе многоцентровых клинических исследований.

Под руководством и непосредственном участии автора проведены оригинальные молекулярно-генетические исследования in vitro структуры генома и фенотипа мутантных бактерий B. pertussis, получены и описаны не известные ранее инсерционные и делеционные мутанты.

Изучение сроков персистенции возбудителя коклюша у больных в динамике через 1, 3, 6 месяцев после выписки из стационара выполнено совместно с Ю. В. Нестеровой (ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр инфекционных болезней» ФМБА России, г. Санкт-Петербург).

Эксперименты на модели низших обезьян Старого Света проводили совместно с сотрудниками НИИ Экспериментальной патологии и терапии Академии наук Абхазии (г. Сухум). Определение нуклеотидной последовательности фрагментов геномов B. pertussis, содержащих интеграции IS-элементов и делеции, проводили в лаборатории анализа геномов ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России (зав. лабораторией О.Л. Воронина).

Степень достоверности и апробация результатов

Результаты были получены с использованием современных методик, качественных расходных материалов и оборудования, достоверность результатов подтверждена при адекватной статистической обработке данных.

Апробация результатов. Тема диссертации утверждена на ученом совете ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России 26 мая 2022

года. Апробация диссертации состоялась на совместной научной конференции отделов Медицинской микробиологии, Генетики и молекулярной биологии бактерий, Вирусных гепатитов и клинической вирусологии ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России 02 апреля 2025 г.

Результаты диссертационной работы доложены на VIII Российской конференции с международным участием «Персистенция и симбиоз микроорганизмов», Оренбург, 2015; III Международной конференции «Фундаментальные и прикладные аспекты медицинской приматологии», Сочи-Адлер, 2016; III Всероссийской молодёжной научной школе-конференции с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах», Оренбург, 2017; V Юбилейном Российском Конгрессе лабораторной медицины, Москва, 2019; X Всероссийском ежегодном конгрессе «Инфекционные болезни у детей: диагностика, лечение и профилактика», Санкт-Петербург, 2019; SCON World Congress on advanced structural and molecular biology, Амстердам, 2019; Междисциплинарной научно-практической конференции «Респираторные инфекции. Фокус на пациента: актуальные проблемы в клинике инфекционных болезней», Москва, 2020; 15-th Vaccine congress, октябрь 2021 (online); Всероссийской научно-практической конференции «Инфекции и иммунитет. Диагностика, лечение, реабилитация и профилактика у детей и взрослых», Красноярск, 2022; Юбилейной научно-практической конференции «ИЭПиТ 2022. Вчера, сегодня, завтра», Абхазия, Сухум, 2022; XVII Всероссийском научном форуме с международным участием имени академика В.И. Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге», Санкт-Петербург, 2023; Девятой научно-практической школе-конференции «Аллергология, клиническая иммунология и инфектология для практикующих врачей», Сочи, 2023; XVI Ежегодном Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням имени академика В.И. Покровского «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие

угрозы» (конгресс с международным участием), Москва, 2024; Объединенном иммунологическом форуме - 2024, Псковская область, Пушкинские горы, 2024; XI Межведомственной научно-практической конференции «Инфекционные болезни - актуальные проблемы, лечение и профилактика», Москва, 2025; IV Российском конгрессе с международным участием по медицинской микробиологии и инфектологии, Москва, 2026.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Научные положения диссертации и результаты проведенного исследования соответствуют паспорту научной специальности 1.5.11. Микробиология (медицинские науки) - эволюция микроорганизмов; геномный и метагеномный анализ микроорганизмов и их сообществ; патогенные микроорганизмы, факторы вирулентности и патогенности, согласно пунктам 2, 5, 11, соответственно.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Медкова Алиса Юрьевна, 2026 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алексеева И. A. Оценка стабильности производства коклюшного, дифтерийного и столбнячного компонентов АКДС-вакцины с помощью контрольных карт Шухарта / И. A. Алексеева, O. В. Перелыгина, Е. Д. Колышкина // БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. -2021. - Т. 21. - № 4. - С. 256-265. - DOI 10.30895/2221-996X-2021-21-4-256-265.

2. Коклюш у детей : монография / И. В. Бабаченко, С. М. Харит, Н. Н. Курова [и др.] - Санкт Петербург : ФМБА России - 2014.

3. Бабаченко И. В. Коклюш и коклюшеподобный синдром у детей первого года жизни / И. В. Бабаченко, Н. С. Тян, Ю. В. Нестерова // Детские инфекции. - 2021. - Т. 20 - № 4. - С. 53-59. - DOI: 10.22627/2072-8107-202120-4-53-59.

4. Басов А. А. Проблема коклюша в некоторых регионах мира / А. А. Басов // Инфекция и иммунитет. - 2019. - № 3 - Т. 16. - C. 441-454.

5. Критерии оценки эпидемиологической ситуации коклюша в Российской Федерации / A. A. Басов, С. O. Высочанская, O. В. Цвиркун [и др.] // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. - 2024. - Т. 23. - № 1. - С. 4-13. -DOI 10.31631/2073-3046-2024-23-1-4-13.

6. Особенности коклюша у взрослых и проблемы дифференциальной диагностики кашля: клиническое наблюдение / А. Р. Батраханов, А. А. Байгонусова, А. Б. Махамбетова, Е. А. Кобзева // Международный журнал гуманитарных и естественных наук. - 2025. - Т. 2-2. - № 101. -С. 178-181 - DOI: 10.24412/2500-1000-2025-2-2-178-181.

7. Генотипическая характеристика штаммов Bordetella pertussis — кандидатов для получения коклюшного компонента вакцинных препаратов (сообщение I) / О. Ю. Борисова, И. Ю. Андриевская, А. С. Пименова [и др.]. -Текст : электронный // Вестник Российского государственного медицинского университета. - 2024. - DOI 10.24075/vrgmu.2024.017. - URL: https://vestnik.rsmu.press/archive/2024/2/7/abstract?lang=ru (дата обращения: 28.12.2025).

8. Прямой ускоренный метод выявления возбудителя коклюша / О. Ю. Борисова, М. С. Петрова, Н. Т. Гадуа, [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2010. - № 5. - С. 53-55.

9. Современный подход к диагностике коклюша: опыт Самарской области / М. В. Видманова, А. В. Жестков, А. В. Лямин [и др.] // Астраханский медицинский журнал. - 2021. - Т. 16. - № 4. - С. 6-13. - DOI 10.17021/2021.16.4.6.13.

10. ГОСТ 33218-2014 Руководство по содержанию и уходу за лабораторными животными. Правила содержания и ухода за нечеловекообразными приматами : межгос. станд. - Текст : электронный - 2016. - URL: https://meganorm.ru/Data2/1/4293758/4293758161.pdf (дата обращения: 23.12.2025).

11. Коклюш (клиника, диагностика, лечение) / Грачева Н. М., Девяткин А. В., Петрова М. С. [и др.] // Инфекционные болезни органов дыхания. - 2016. -Т. 3. - С. 13-22.

12. Эпидемиологическая ситуация по коклюшу в Оренбургском регионе: анализ заболеваемости, проблемы профилактики / Н. Б. Денисюк, Л. Ю. Попова, Г. Д. Алеманова, Л. Ю. Кузнецова // Детские инфекции. -2025. - Т. 24. - № 2. - С. 5-9. - DOI 10.22627/2072-8107-2025-24-2-5-6.

13. Безопасность и иммуногенность препарата живой коклюшной вакцины ГамЖВК интраназального применения на экспериментальной модели детёнышей обезьян вида павиан гамадрил /АА Джидарян, А. З. Матуа, А. Ю. Медкова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2022. - Т. 99. - № 2. - DOI 10.36233/0372-9311-190.

14. Диагностика коклюша и паракоклюша: МР 3.1.2.0072-13. - Москва: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2014. -Текст: электронный - URL: https://docs.cntd.ru/document/1200102853 (дата обращения: 28.12.2025).

15. Инструкции по бактериологическому и серологическому исследованиям при коклюше и паракоклюше. — Текст : электронный // Экологический портал : [сайт]. — URL: https://e-ecolog.ru/docs/8x5hWteELPtbi_ncKiKpD (дата обращения: 23.12.2025).

16. Инструкции по отбору, проверке и хранению производственных штаммов коклюшной бактерии : [утв. Минздравом СССР 04.11.1987]. - Москва, 1987. - Текст : электронный - URL: https://docs.cntd.ru/document/9036940 (дата обращения: 28.12.2025).

17. Инструкция по санитарно-противоэпидемическому режиму и охране труда персонала инфекционных больниц (отделений) (не действует на территории РФ с 01.01.2021 на основании постановления Правительства Российской Федерации от 13.06.2020 № 857) : электронный ресурс. - 2020. -

Т. 32. - № 4. - С. 445-446. - URL: https://docs.cntd.ru/document/9036940 (дата обращения: 28.12.2025).

18. Структурная организация участка хромосомы, содержащего vir-ген B. pertussis / Г. И. Каратаев, Ю. Л. Шумаков, М. Ю. Кириллов [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 1990. - № 12. -С. 27-34.

19. Каратаев Г .И. Мобильные генетические элементы Bordetella pertussis и их роль в регуляции генов вирулентности возбудителя коклюша: автореферат дис. доктора биологических наук: 03.00.07, 03.00.15 / Каратаев Геннадий Иванович. - Москва, 2008. - 48 с.

20. Нуклеотидная последовательность и свойства инвертированного повторяющегося элемента хромосомы B. рertussis / М Ю Кириллов, Ю. Л. Шумаков, Е. В. Нечаева [и др.] // Генетика. - 1993. - Т.29. - С.1267-1276.

21. Кириллов М. Ю Мобильный генетический элемент хромосомы B. pertussis стимулирует образование коинтегратов в штаммах E.coli / М. Ю. Кириллов, Е. В. Нечаева, Г. И. Каратаев // Генетика. - 1997. - Т.33. -С.1621-1628.

22. Костинов А. М. Заболеваемость коклюшем и эффект от ревакцинации детей дошкольного и школьного возраста / А. М. Костинов, М. П. Костинов // Инфекция и иммунитет. - 2018. - Т. 8. - № 3. - С. 284-294. - DOI 10.15789/2220-7619-2018-3-284-294.

23. Экспериментальный коклюш у обезьян / Д. T. Кубрава, A. Ю. Медкова, Л. Н. Синяшина [и др.] // Вестник Российской академии медицинских наук. -2013. - Т. 68. - № 8. - С. 28-33. - DOI 10.15690/vramn.v68i8.720.

24. Безопасность, иммуногенность и защитная активность препарата живой коклюшной вакцины ГамЖВК интраназального применения на экспериментальной модели детенышей обезьян Papio hamadryas / Д. T. Кубрава, A. Ю. Медкова, A. З. Матуа [и др.] // БИОпрепараты.Профилактика, диагностика, лечение. - 2024. - Т. 24. - № 4. -С. 363-376. - DOI 10.30895/2221-996X-2024-24-4-363-376.

25. Лапаева И. А. Протективный антиген Bordetella pertussis (методы выделения, характеристика и локализация в микробной клетке) : автореф. дис. ... д-ра мед. наук : 03.00.07 / АМН СССР, Ин-т эпидемиологии и микробиологии им. Н. Ф. Гамалеи. - Москва, 1973. - 26 с.

26. Иммуногенность «ГамЖВК, живой вакцины интраназального применения для профилактики коклюша» у взрослых добровольцев: слепое

рандомизированное плацебо-контролируемое исследование по оптимизации метода и схемы введения. / A. A. Лиджиева, A. Ю. Медкова, С. В. Куликов [и др.] // БИОпрепараты.Профилактика, диагностика, лечение. - 2025. - Т. 25. -№ 1. - С. 22-36. - DOI 10.30895/2221-996X-2025-610.

27. Ломоносова А. В. Эпидемиологические особенности и основные направления надзора и профилактики коклюша на современном этапе : автореф. дис. ... канд. мед. наук : 14.02.02 / Первый Моск. гос. мед. ун-т им. И. М. Сеченова Минздрава России. - Москва, 2021. - 26 с.

28. Мазанкова, Л. Н. Коклюш: старая инфекция, новые проблемы / Л. Н. Мазанкова, K. И. Григорьев. - Текст: электронный // Медицинская сестра. - 2018. - Т. 20. - № 2. - DOI 10.29296/25879979-2018-02-04. - URL: http://medsestrajournal.ru/25879979-2018-02-04 (дата обращения: 28.12.2025).

29. Макарова А. В. Риновирусная инфекция у детей / А. В. Макарова, О. В. Васильева, А. А. Волкова// Прикладные информационные аспекты медицины. - 2019. - Т. 22. - № 4. - C. 8-11.

30. Марков А. П. Генетический контроль точного исключения детерминант лекарственной устойчивости у бактерий Escherichia coli K12 : дис. ... канд. биол. наук : 03.00.07. - Москва, 1986. - 160 с. : ил.

31. Распространенность стертых форм коклюша и анализ фазовых состояний бактерий Bordetella pertussis / А. Ю. Медкова, Ю. С. Аляпкина, Л. Н. Синяшина [и др.] // Детские инфекции. - 2010. - № 4. - C. 19-22.

32. Выявление инсерционных авирулентных bvg-мутантов Bordetella pertussis у больных коклюшем, острой респираторной вирусной инфекцией и практически здоровых людей / А. Ю. Медкова, Ю. С Аляпкина, Л. Н. Синяшина [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2010. - № 4. - С. 9-13.

33. Накопление авирулентных инсерционных Bvg мутантов Bordetella pertussis при экспериментальной инфекции лабораторных мышей / А. Ю. Медкова, Л. Н. Синяшина, Ю. П. Румянцева [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2013. - № 4. - С. 22-25.

34. Медкова А. Ю. Инсерционная инактивация оперона вирулентности бактерий Bordetella pertussis в диагностике типичных и атипичных форм коклюша : автореферат дис. ... кандидата медицинских наук : 03.02.03, 14.01.09 / Науч.-исслед. ин-т эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи РАМН. - Москва, 2013. - 27 с.

35. Эпизоотический очаг коклюша у обезьян вида Papio gamadryas / А. Ю. Медкова, Г. И. Каратаев, З. В. Шевцова [и др.] //Журнал инфектологии

- 2015. - Т. 7 - № 3. - C. 103-111. - DOI 10.22625/2072-6732-2015-7-3-103111.

36. Доклинические исследования безопасности, иммуногенности и защитной активности аттенуированных бактерий Bordetella pertussis на экспериментальной модели macaca mulatta / А. Ю. Медкова, Л. Н. Синяшина, А. А. Амичба [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2020. - Т. 97. - № 4. - С. 312-323. - DOI 10.36233/03729311-2020-97-4-3.

37. МУК 4.2.3701-21 Лабораторная диагностика коклюша и заболеваний, обусловленных другими бордетеллами : методические указания / утв. Роспотребнадзором 01.09.2021. - Текст : электронный - 2021. - URL: https://docs.cntd.ru/document/727636840 (дата обращения: 23.12.2025).

38. Нестерова, Ю. В. Гиперреактивность бронхов у детей - реконвалесцентов коклюша / Ю. В. Нестерова, A. В. Орлов, И. В. Бабаченко // Журнал инфектологии. - 2020. - Т. 12. - № 4. - С. 51-57. - DOI 10.22625/2072-67322020-12-4-51-57.

39. Нестерова Ю. В. Клинико-лабораторные особенности коклюша у детей в современных условиях : автореф. дис. ... канд. мед. наук : 14.01.09 -инфекционные болезни. - Санкт-Петербург, 2021. - 22 с.

40. Точные эксцизии длинных концевых повторов ретротранспозона МДГ4 (gypsy) Drosophila melanogaster, регистрируемые в клетках Escherichia coli, обусловлены его интегразной функцией / Л. Н. Нефедова, Н. В. Любомирская, Ю. В. Ильин, А. И. Ким // Генетика. - 2006. - Т. 42. -№ 12. - С. 1656-1663.

41. Мобильный элемент RSBP1 Bordetella pertussis / Е. В. Нечаева, Т. И. Волгина, М. Ю. Кириллов [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 1990. - № 12. - С. 22-27.

42. Эволюция острых респираторных вирусных инфекций сочетанной этиологии у детей / С. В. Николаева, Ю. Н. Хлыповка, А. Д. Музыка [и др.]// РМЖ. - 2020. - № 12. - С.66-70.

43. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2022 году : государственный доклад : электронный ресурс. - Москва : Роспотребнадзор, 2022. - URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=25076 (дата обращения: 28.12.2025).

44. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2023 году : государственный доклад : электронный

ресурс. - Москва : Роспотребнадзор, 2023. - URL: https://rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=27779 (дата обращения: 28.12.2025).

45. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2024 году : государственный доклад : электронный ресурс. - Москва : Роспотребнадзор, 2024. - URL: https://rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=30171 (дата обращения: 28.12.2025).

46. Перелыгина, O. В. Безопасность комбинированных вакцин с цельноклеточным коклюшным компонентом / O. В. Перелыгина, И. A. Алексеева // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. - 2016. - Т. 15. -№ 6. - С. 62-69. - DOI 10.31631/2073-3046-2016-15-6-62-69.

47. Коклюш у детей раннего возраста / M. С. Петрова, O. П. Попова, О. Ю. Борисова [и др.] // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2012. -Т. 17. - № 6. - С. 19-24. - DOI 10.17816/EID40704.

48. Особенности клиники и диагностики коклюша у взрослых / М. С. Петрова, А. Б. Борисова, Т. А. Скирда [и др.] // Инфекционные болезни. - 2020. - Т. 18. - № 3. - С. 104-110.

49. Коклюш у взрослых (клиника, диагностика, лечение) : учебное пособие для врачей / М. С. Петрова, О. Ю. Борисова, Т. А. Скирда [и др.] ; ФБУН МНИИЭМ им. Г. Н. Габричевского Роспотребнадзора. - Москва, 2022. - 100 с.

50. Эффективность применения молекулярно-генетической диагностики при обследовании очагов коклюшной инфекции / А. С. Пименова, О. Ю. Борисова, Н. Т. Гадуа [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2017. - Т. 7. -№ 2. - С. 162-170.

51. Пименова А.С. Совершенствование молекулярно-генетических методов лабораторной диагностики дифтерии и коклюша : автореф. дис. ... канд. мед. наук : 03.02.03 / А. С. Пименова / ФБУН «Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г. Н. Габричевского». - Москва, 2018. - 25 с.

52. Применение метода ПЦР для видовой идентификации возбудителя коклюша в Российской Федерации / А. С. Пименова, О. Ю. Борисова, М. С. Петрова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2021. -Т. 66 - № 1. - С. 52-58.

53. Особенности течения коклюша на фоне цитомегаловирусной инфекции у детей раннего возраста / О. П. Попова, М. С. Петрова, Р. В. Вартанян [и др.] // Детские инфекции. - 2011. - Т. 10. - № 2. - С. 25-28.

54. Клинические особенности коклюша у взрослых / О. П. Попова, М. С. Петрова, О. Ю. Борисова [и др.] // Терапевтический архив. - 2014. -Т. 86. - № 11. - С. 78-81.

55. Особенности специфического гуморального ответа и цитокиновой регуляции при коклюше у детей / О. П. Попова, М. С. Петрова, С. С. Афанасьев [и др.] // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2015. - № 5. - С. 37-43.

56. Клинические аспекты эволюции коклюша у детей в современных условиях / О. П. Попова, М. С. Петрова, С. В. Бунин [и др.] // Инфекционные болезни. - 2017. - Т. 15. - № 3. - С. 33-40.

57. Клинико-диагностические особенности коклюша у детей старшего возраста / O. П. Попова, Л. Н. Мазанкова, T. A. Скирда [и др.] // Российский вестник перинатологии и педиатрии. - 2019. - Т. 64. - № 4. - С. 70-75. - DOI 10.21508/1027-4065-2019-64-4-70-75.

58. Клиническая характеристика коклюша у детей разного возраста в период эпидемического подъема заболеваемости в Москве / О. П. Попова, Л. Н. Мазанкова, С. В. Бунин [и др.] // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2021. - Т. 2. - С. 94-99. - DOI 10.18565/epidem.2021.11.2.94-9.

59. Коклюш у детей раннего возраста: риски неблагоприятного течения и современные подходы к профилактике / О. П. Попова, Т. А. Скирда, М. С. Бляхер [и др.] // Инфекционные болезни. — 2024. — Т. 22. - № 1. — С. 66-72.

60. Рекомендации по проведению догоняющей иммунизации при нарушении графика иммунопрофилактики в рамках национального календаря профилактических прививок : письмо ФМБА России от 20 августа 2020 г. № 32-024/634. — Текст : электронный — URL: https://docs.cntd.ru/document/565705375 (дата обращения: 28.12.2025).

61. СанПиН 3.3686-21 Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней : разд. XXXVII Профилактика коклюша : санитарные правила и нормы : утв. постановлением Главного гос. санитарного врача РФ от 28.01.2021 № 4. - Текст : электронный. - 2021. -URL: https://docs.cntd.ru/document/573660140/titles/DFK0QN (дата обращения: 23.12.2025).

62. Конструирование рекомбинантных аттенуированных бактерий Bordetella pertussis генотипа ptxP3 / Е. Г. Семин, Л. Н. Синяшина, А. Ю. Медкова, Г. И. Каратаев // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2018. - № 4. - C. 33-41.

63. Структура заболеваемости респираторными вирусными инфекциями в г. Новосибирске и Новосибирской области в эпидемический сезон 2011-2012 гг. / Е. И. Сергеева, Е. В. Иванова, А. Н. Швалов [и др.] // Вестник Российской академии медицинских наук. - 2013. - Т. 68. - № 6. - С. 21-25.

64. Сивов И. Г. Интеграция плазмиды в хромосому Escherichia coli K12, обусловленная транспозоном Bordetella / И. Г. Сивов, О. А. Белявский, Г. И. Каратаев // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. -2000. - № 2. - С. 33-36.

65. Сивов И. Г. Интеграция и внутримолекулярное перемещение транспозона TnBp3 B. pertussis в клетках E. coli K-12, мутантных по белку Hpr фосфоенолпируват-зависимой фосфотрансферазной системы / И. Г. Сивов, Т. Н. Большакова, Г. И. Каратаев // Генетика. - 2001. - Т. 37. - С. 900-907.

66. Bvg-негативная регуляция перемещений повторяющихся последовательностей в клетках Bordetella pertussis / Л. Н. Синяшина,

B. В. Воронцов, Е. Г. Семина [и др.] // Генетика. - 2005. - Т. 41. - № 12. -

C. 1608-1616.

67. Таточенко В. К. Коклюш - Недоуправляемая инфекция / В. К. Таточенко // Вопросы современной педиатрии. - 2014. - Т. 13. - № 2. - C. 78-82. - DOI 10.15690/vsp.v13i2.975.

68. Трушина-Туманова Е.Ф. Изучение изменчивости коклюшного микроба/ Е.Ф. Трушина-Туманова // Журнал микробиология. - 1949. - Т. 5. - С. 61-68.

69. Влияние оперона bvgAS Bordetella pertussis на формирование и разрешение коинтегратов плазмиды с хромосомой в мутантах Escherichia coli K12 с нарушениями в общих компонентах фосфоенолпируватзависимой фосфотрансферазной системы / А. М. Умяров, Л. Н. Синяшина, И. П. Амелина [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2010. - № 1. - С. 9-13.

70. Вакцинопрофилактика коклюша: проблемы, возможные решения / С. M. Харит, O. В. Иозефович, И. В. Фридман [и др.] // Журнал инфектологии. - 2020. - Т. 12. - № 2. - С. 50-57. - DOI 10.22625/2072-67322020-12-2-50-57.

71. Клинико-эпидемиологические особенности острых респираторных инфекций у детей и оценка эффективности противовирусной терапии /

С. А. Хмилевская, И. А. Зайцева, Е. В. Михайлова [и др.] // Журнал инфектологии. - 2019. - Т. 11. - № 3. - С. 38-45.

72. Ценева Г. Я. Микробиологическая характеристика возбудителя коклюша и лабораторная диагностика коклюша / Г. Я. Ценева, Н. Н. Курова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2003. - Т. 5. -№ 4. - С. 329-341.

73. Нуклеотидная последовательность и свойства транспозоноподобной структуры, клонированной из хромосомы Bordetella pertussis / Ю. Л. Шумаков, М. Ю. Кириллов, С. Бутчер [и др.] // Генетика. - 1993. - № 7. - С. 1061-1069.

74. Evaluation of 5'-MGB hybridization probes for detection of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis using different real-time PCR instruments / I. Afonina, M. Metcalf, A. Mills, W. Mahoney // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2008. - Vol. 60. - № 4. - P. 429-432. - DOI 10.1016/j.diagmicrobio.2007.10.019.

75. Akerley B. J. Ectopic expression of the flagellar regulon alters development of the bordetella-host interaction / B. J. Akerley, P. A. Cotter, J. F. Miller // Cell. -1995. - Vol. 80. - № 4. - P. 611-620 - DOI 10.1016/0092-8674(95)90515-4

76. Comparison of lipopolysaccharide structures of Bordetella pertussis clinical isolates from pre- and post-vaccine era / S. AlBitar-Nehme, S. M. Basheer, E. Njamkepo [et al.] // Carbohydrate Research. - 2013. - Vol. 378. - P. 56-62. -DOI 10.1016/j.carres.2013.05.002.

77. Eighty-kilodalton N-terminal moiety of Bordetella pertussis filamentous hemagglutinin: adherence, immunogenicity, and protective role / S. Alonso, N. Reveneau, K. Pethe, C. Locht // Infection and Immunity. - 2002. - Vol. 70. -№ 8. - P. 4142-4147. - DOI 10.1128/IAI.70.8.4142-4147.2002.

78. Althouse B. M. Asymptomatic transmission and the resurgence of Bordetella pertussis / B. M. Althouse, S. V. Scarpino // BMC Medicine. - 2015. - Vol. 13. -№ 1. - P. 146. - DOI 10.1186/s12916-015-0382-8.

79. Primary transcriptome analysis reveals importance of IS elements for the shaping of the transcriptional landscape of Bordetella pertussis / F. Amman, A. D'Halluin, R. Antoine [et al.] // RNA Biology. - 2018. - Vol. 15. - № 7. -P. 967-975. - DOI 10.1080/15476286.2018.1462655.

80. Anderson R. M. Directly Transmitted Infections Diseases: Control by Vaccination / R. M. Anderson, R. M. May // Science. - 1982. - Vol. 215. -№ 4536. - P. 1053-1060. - DOI 10.1126/science.7063839.

81. Comparison of serological and real-time PCR assays to diagnose Bordetella pertussis infection in 2007 / P. André, V. Caro, E. Njamkepo [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2008. - Vol. 46. - № 5. - P. 1672-1677. - DOI 10.1128/JCM.02187-07.

82. Andreasen C. Pertussis toxin inhibits early chemokine production to delay neutrophil recruitment in response to Bordetella pertussis respiratory tract infection in mice / C. Andreasen, N. H. Carbonetti // Infection and Immunity. - 2008. -Vol. 76. - № 11. - P. 5139-5148. - DOI 10.1128/IAI.00895-08.

83. Andreasen C. Pertussis toxin stimulates IL-17 production in response to Bordetella pertussis infection in mice / C. Andreasen, D. A. Powell, N. H. Carbonetti // PLoS ONE. - 2009. - Vol. 4. - № 9. - P. e7079. -DOI 10.1371/journal.pone.0007079.

84. Simple, speedy, sensitive, and specific serodiagnosis of pertussis by using a particle agglutination test / T. Aoyama, T. Kato, Y. Takeuchi [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1997. - Vol. 35. - № 7. - P. 1859-1861. - DOI 10.1128/jcm.35.7.1859-1861.1997.

85. Bordetella pertussis isolates from Argentinean whooping cough patients display enhanced biofilm formation capacity compared to Tohama I reference strain / L. Arnal, T. Grunert, N. Cattelan [et al.]. - Text : electronic // Frontiers in Microbiology. - 2015. - Vol. 6. - URL: http : //j ournal .frontiersin.org/Article/10.3389/fmicb .2015.01352/abstract (date accessed: 21.12.2025).

86. Expression, purification and characterization of three overlapping immunodominant recombinant fragments from Bordetella pertussis filamentous hemagglutinin / H. Asgarian-Omran, A. A. Amirzargar, M. Arjmand [et al.] // Avicenna Journal of Medical Biotechnology. - 2013. - Vol. 5. - № 1. - P. 20-28.

87. Native and genetically inactivated pertussis toxins induce human dendritic cell maturation and synergize with lipopolysaccharide in promoting T helper type 1 responses / C. M. Ausiello, G. Fedele, F. Urbani [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2002. - Vol. 186. - № 3. - P. 351-360. - DOI 10.1086/341510.

88. Clinical-epidemiological aspects of whooping cough in children in conditions of mass vaccinoprophylactics / I. V. Babachenko, Yu. V. Nesterova, Yu. Yu. Chernyshova [et al.] // Journal Infectology. - 2019. - Vol. 11. - № 2. -P. 88-96. - DOI10.22625/2072-6732-2019-11-2-88-96.

89. Bäckman, A. Nested PCR optimized for detection of Bordetella pertussis in clinical nasopharyngeal samples / A. Bäckman, B. Johansson, P. Olcén // Journal of Clinical Microbiology. - 1994. - Vol. 32. - № 10. - P. 2544-2548. - DOI 10.1128/jcm.32.10.2544-2548.1994.

90. Descriptive overview of pertussis epidemiology among older adults in Europe during 2010-2020 / E. Bahar, D. Shamarina, Y. Sergerie, P. Mukherjee // Infectious Diseases and Therapy. - 2022. - Vol. 11. - № 5. - P. 1821-1838. -DOI 10.1007/s40121 -022-00668-y.

91. Increase in pertussis cases along with high prevalence of two emerging genotypes of Bordetella pertussis in Perú, 2012 / H. Bailon, N. León-Janampa, C. Padilla, D. Hozbor // BMC Infectious Diseases. - 2016. - Vol. 16. - № 1. -P. 422. - DOI 10.1186/s 12879-016-1700-2.

92. Bakhmutskaya, E. V. Pertussis - Morbidity, Immunization Tactics and Diagnostic Methods in Various European Countries / E. V. Bakhmutskaya, A. Ya. Mindlina, A. V. Stepenko // Epidemiology and Vaccine Prevention. - 2018.

- Vol. 17. - № 2. - P. 71-82. - DOI 10.31631/2073-3046-2018-17-2-71-82.

93. Appearance of Bordetella pertussis strains not expressing the vaccine antigen pertactin in Finland / A.-M. Barkoff, J. Mertsola, S. Guillot [et al.] // Clinical and Vaccine Immunology. - 2012. - Vol. 19. - № 10. - P. 1703-1704. -DOI 10.1128/CVI.00367-12.

94. Global Population Structure and Evolution of Bordetella pertussis and Their Relationship with Vaccination / M. J. Bart, S. R. Harris, A. Advani [et al.] // mBio.

- 2014. - Vol. 5. - № 2. - P. e01074-14. - DOI 10.1128/mBio.01074-14.

95. The use of multiplex PCR for the detection of atypical pathogens in Egyptian children with CAP: a high rate of Bordetella pertussis in early infancy / N. R. El Basha, H. H. Shaaban, H. A. El Atroush [et al.] // Journal of the Egyptian Public Health Association. - 2019. - Vol. 94. - № 1. - P. 5. - DOI 10.1186/s42506-018-0003-4.

96. Role of adhesins and toxins in invasion of human tracheal epithelial cells by Bordetella pertussis / L. Bassinet, P. Gueirard, B. Maitre [et al.] // Infection and Immunity. - 2000. - Vol. 68. - № 4. - P. 1934-1941. -DOI 10.1128/IAI.68.4.1934-1941.2000.

97. Fundamental differences in physiology of Bordetella pertussis dependent on the two-component system Bvg revealed by gene essentiality studies / T. Belcher, I. MacArthur, J. D. King [et al.]. - Text: electronic // Microbial Genomics. - 2020.

- Vol. 6. - № 12. - URL: https: //www.microbiologyresearch.org/content/j ournal/mgen/10.1099/mgen.0.0004 96 (date accessed: 22.12.2025).

98. Pathogenicity and virulence of Bordetella pertussis and its adaptation to its strictly human host / T. Belcher, V. Dubois, A. Rivera-Millot [et al.] // Virulence. -2021. - Vol. 12. - № 1. - P. 2608-2632. - DOI 10.1080/21505594.2021.1980987.

99. Belcher, T. Bordetella pertussis evolution in the (functional) genomics era / T. Belcher, A. Preston // Pathogens and Disease. - 2015. - Vol. 73. - № 8. -P. ftv064. - DOI 10.1093/femspd/ftv064.

100. Role of Bordetella pertussis virulence factors in adherence to epithelial cell lines derived from the human respiratory tract / B. M. Van Den Berg, H. Beekhuizen, R. J. L. Willems [et al.] // Infection and Immunity. - 1999. -Vol. 67. - № 3. - P. 1056-1062. - DOI 10.1128/IAI.67.3.1056-1062.1999.

101. Betsou, F. The C-terminal domain is essential for protective activity of the Bordetella pertussis adenylate cyclase-hemolysin / F. Betsou, P. Sebo, N. Guiso // Infection and Immunity. - 1995. - Vol. 63. - № 9. - P. 3309-3315. -DOI 10.1128/iai.63.9.3309-3315.1995.

102. Real-time PCR measurement of persistence of Bordetella pertussis DNA in nasopharyngeal secretions during antibiotic treatment of young children with pertussis / P. Bidet, S. Liguori, A. De Lauzanne [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2008. - Vol. 46. - № 11. - P. 3636-3638. - DOI 10.1128/JCM.01308-08.

103. Evaluation of Adenylate Cyclase Toxoid Antigen in Acellular Pertussis Vaccines by Using a Bordetella pertussis Challenge Model in Mice / D. T. Boehm, J. M. Hall, T. Y. Wong [et al.] // Infection and Immunity. - 2018. - Vol. 86. -№ 10. - P. e00857-17. - DOI 10.1128/IAI.00857-17.

104. Boehm D. T. [h gp.]. Intranasal acellular pertussis vaccine provides mucosal immunity and protects mice from Bordetella pertussis // npj Vaccines. 2019. № 1 (4). C. 40.

105. Pulsed-field gel electrophoresis, pertactin, pertussis toxin S1 subunit polymorphisms, and surfaceome analysis of vaccine and clinical Bordetella pertussis strains / D. Bottero, M. E. Gaillard, M. Fingermann [et al.] // Clinical and Vaccine Immunology. - 2007. - Vol. 14. - № 11. - P. 1490-1498. -DOI 10.1128/CVI.00177-07.

106. In vivo phosphorylation dynamics of the Bordetella pertussis virulence-controlling response regulator BvgA / A. Boulanger, Q. Chen, D. M. Hinton, S. Stibitz // Molecular Microbiology. - 2013. - Vol. 88. - № 1. - P. 156-172. -DOI 10.1111/mmi.12177.

107. Bordetella pertussis fim3 gene regulation by BvgA: Phosphorylation controls the formation of inactive vs. active transcription complexes / A. Boulanger, K. Moon, K. B. Decker [et al.]. - Text: electronic // Proceedings of the National

Academy of Sciences. - 2015. - Vol. 112. - № 6. - URL: https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1421045112 (date accessed: 22.12.2025).

108. Evolution of Bordetella pertussis in the acellular vaccine era in Norway, 1996 to 2019 / L. T. Brandal, D. F. Vestrheim, T. Bruvik [et al.] // European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. - 2022. - Vol. 41. - № 6. - P. 913924. - DOI 10.1007/s10096-022-04453-0.

109. Pertussis Vaccine Effectiveness in the Setting of Pertactin-Deficient Pertussis / L. Breakwell, P. Kelso, C. Finley [et al.] // Pediatrics. - 2016. - Vol. 137. - № 5.

- P. e20153973. - DOI 10.1542/peds.2015-3973.

110. Significant gene order and expression differences in Bordetella pertussis despite limited gene content variation / M. M. Brinig, C. A. Cummings, G. N. Sanden [et al.] // Journal of Bacteriology. - 2006. - Vol. 188. - № 7. -P. 2375-2382. - DOI 10.1128/JB.188.7.2375-2382.2006.

111. Role of pertussis toxin A subunit in neutrophil migration and vascular permeability / G. A. Brito, M. H. Souza, A. A. Melo-Filho [et al.] // Infection and Immunity. - 1997. - Vol. 65. - № 3. - P. 1114-1118. -DOI 10.1128/IAI.65.3.1114-1118.1997.

112. Validation of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid diagnosis of pertussis infection in nasopharyngeal samples / P. Brotons, H. D. De Paz, C. Esteva [et al.] // Expert Review of Molecular Diagnostics. - 2016. -Vol. 16. - № 1. - P. 125-130. - DOI 10.1586/14737159.2016.1112741.

113. The preparation and characterization of PLG nanoparticles with an entrapped synthetic TLR7 agonist and their preclinical evaluation as adjuvant for an adsorbed DTaP vaccine / C. Bruno, V. Agnolon, F. Berti [et al.] // European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics. - 2016. - Vol. 105. - P. 1-8. - DOI 10.1016/j.ejpb.2016.05.013.

114. Bordetella adenylate cyclase toxin mobilizes its beta2 integrin receptor into lipid rafts to accomplish translocation across target cell membrane in two steps / L. Bumba, J. Masin, R. Fiser, P. Sebo // PLoS Pathogens. - 2010. - Vol. 6. - № 5.

- P. e1000901. - DOI 10.1371/journal.ppat.1000901.

115. Adjuvant and immunogenic activities of the 73kDa N-terminal alpha-domain of BrkA autotransporter and Cpn60/60kDa chaperonin of Bordetella pertussis / V. C. B. Cainelli Gebara, L. Risoleo, A. P. Y. Lopes [et al.] // Vaccine. - 2007. -Vol. 25. - № 4. - P. 621-629. - DOI 10.1016/j.vaccine.2006.08.033.

116. Suppression of serum antibody responses by pertussis toxin after respiratory tract colonization by Bordetella pertussis and identification of an immunodominant

lipoprotein / N. H. Carbonetti, G. V. Artamonova, C. Andreasen [et al.] // Infection and Immunity. - 2004. - Vol. 72. - № 6. - P. 3350-3358. - DOI 10.1128/IAI.72.6.3350-3358.2004.

117. Pertussis toxin targets airway macrophages to promote Bordetella pertussis infection of the respiratory tract / N. H. Carbonetti, G. V. Artamonova, N. Van Rooijen, V. I. Ayala // Infection and Immunity. - 2007. - Vol. 75. - № 4. -P. 1713-1720. - DOI 10.1128/IAI.01578-06.

118. Bordetella biofilms: a lifestyle leading to persistent infections / N. Cattelan, P. Dubey, L. Arnal [et al.] // Pathogens and Disease. - 2016. - Vol. 74. - № 1. -P. ftv108. - DOI 10.1093/femspd/ftv108.

119. Chasaide, C. N. Next-Generation Pertussis Vaccines Based on the Induction of Protective T Cells in the Respiratory Tract / C. N. Chasaide, K. H. G. Mills // Vaccines. - 2020. - Vol. 8. - № 4. - P. 621. - DOI 10.3390/vaccines8040621.

120. Activation of Bvg-Repressed Genes in Bordetella pertussis by RisA Requires Cross Talk from Noncooperonic Histidine Kinase RisK / Q. Chen, V. Ng, J. M. Warfel [et al.]. - Text: electronic // Journal of Bacteriology. - 2017. -Vol. 199. - № 22. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JB.00475-17 (date accessed: 22.12.2025).

121. Chen, Q. The BvgASR virulence regulon of Bordetella pertussis / Q. Chen, S. Stibitz // Current Opinion in Microbiology. - 2019. - Vol. 47. - P. 74-81. -DOI 10.1016/j.mib.2019.01.002.

122. Clinical Definitions of Pertussis: Summary of a Global Pertussis Initiative Roundtable Meeting, February 2011 / J. D. Cherry, T. Tan, C.-H. Wirsing Von Konig [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2012. - Vol. 54. - № 12. - P. 17561764. - DOI 10.1093/cid/cis302.

123. Description of a multiplex Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis LightCycler PCR assay with inhibition control / J. L. Cloud, W. C. Hymas, A. Turlak [et al.] // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2003. -Vol. 46. - № 3. - P. 189-195. - DOI 10.1016/S0732-8893(03)00045-2.

124. Comparison of Bordetella species identification among differing rt-PCR assays in the United States / M. Cole, A. K. Simon, A. Faulkner [et al.] // Microbiology Spectrum. - 2024. - Vol. 12. - № 8. - P. e00783-24. -DOI 10.1128/spectrum.00783-24.

125. Connelly, C. E. Pertussis toxin exacerbates and prolongs airway inflammatory responses during Bordetella pertussis infection / C. E. Connelly, Y. Sun, N. H. Carbonetti // Infection and Immunity. - 2012. - Vol. 80. - № 12. - P. 43174332. - DOI 10.1128/IAI.00808-12.

126. The Bps polysaccharide of Bordetella pertussis promotes colonization and biofilm formation in the nose by functioning as an adhesin / M. S. Conover, G. P. Sloan, C. F. Love [et al.] // Molecular Microbiology. - 2010. - Vol. 77. -№ 6. - P. 1439-1455. - DOI 10.1111/j.1365-2958.2010.07297.x.

127. BpsR modulates Bordetella biofilm formation by negatively regulating the expression of the Bps polysaccharide / M. S. Conover, C. J. Redfern, T. Ganguly [et al.] // Journal of Bacteriology. - 2012. - Vol. 194. - № 2. - P. 233-242. -DOI 10.1128/JB.06020-11.

128. Conover, M. S. Extracellular DNA is essential for maintaining Bordetella biofilm integrity on abiotic surfaces and in the upper respiratory tract of mice / M. S. Conover, M. Mishra, R. Deora // PLoS ONE. - 2011. - Vol. 6. - № 2. -P. e16861. - DOI 10.1371/journal.pone.0016861.

129. Cotter, P. A. BvgAS-mediated signal transduction: analysis of phase-locked regulatory mutants of Bordetella bronchiseptica in a rabbit model / P. A. Cotter, J. F. Miller // Infection and Immunity. - 1994. - Vol. 62. - № 8. - P. 3381-3390. -DOI 10.1128/iai.62.8.3381-3390.1994.

130. Cotter, P. A. A mutation in the Bordetella bronchiseptica bvgS gene results in reduced virulence and increased resistance to starvation, and identifies a new class of Bvg-regulated antigens / P. A. Cotter, J. F. Miller // Molecular Microbiology. -1997. - Vol. 24. - № 4. - P. 671-685. - DOI 10.1046/j.1365-2958.1997.3821741.x.

131. Role of adhesin release for mucosal colonization by a bacterial pathogen / L. Coutte, S. Alonso, N. Reveneau [et al.] // The Journal of Experimental Medicine. - 2003. - Vol. 197. - № 6. - P. 735-742. - DOI 10.1084/jem.20021153.

132. Surface anchoring of bacterial subtilisin important for maturation function / L. Coutte, E. Willery, R. Antoine [et al.] // Molecular Microbiology. - 2003. -Vol. 49. - № 2. - P. 529-539. - DOI 10.1046/j.1365-2958.2003.03573.x.

133. Asymptomatic Infection and Transmission of Pertussis in Households: A Systematic Review / R. Craig, E. Kunkel, N. S. Crowcroft [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2020. - Vol. 70. - Asymptomatic Infection and Transmission of Pertussis in Households. - № 1. - P. 152-161. -DOI: 10.1093/cid/ciz531.

134. Crómín, T. Ó. Activation of the vrg6 promoter of Bordetella pertussis by RisA / T. Ó. Crómín, V. K. Grippe, T. J. Merkel // Journal of Bacteriology. - 2005. - Vol. 187. - № 5. - P. 1648-1658. - DOI: 10.1128/JB.187.5.1648-1658.2005.

135. Infección por Bordetella spp.: 19 años de diagnóstico por cultivo / M. Cruz Villuendas, A. Isabel López, B. Moles, M. José Revillo // Enfermedades

Infecciosas y Microbiología Clínica. - 2004. - Vol. 22. - № 4. - P. 212-216. -DOI 10.1016/S0213-005X(04)73068-2.

136. Bordetella species are distinguished by patterns of substantial gene loss and host adaptation / C. A. Cummings, M. M. Brinig, P. W. Lepp [et al.] // Journal of Bacteriology. - 2004. - Vol. 186. - № 5. - P. 1484-1492. - DOI 10.1128/JB.186.5.1484-1492.2004.

137. Species- and strain-specific control of a complex, flexible regulon by Bordetella BvgAS / C. A. Cummings, H. J. Bootsma, D. A. Relman, J. F. Miller // Journal of Bacteriology. - 2006. - Vol. 188. - № 5. - P. 1775-1785. - DOI 10.1128/JB.188.5.1775-1785.2006.

138. Effect of tracheal cytotoxin from Bordetella pertussis on human neutrophil function in vitro / D. R. Cundell, K. Kanthakumar, G. W. Taylor [et al.] // Infection and Immunity. - 1994. - Vol. 62. - № 2. - P. 639-643. - DOI 10.1128/iai.62.2.639-643.1994.

139. Decker, M. D. Pertussis (Whooping Cough) / M. D. Decker, K. M. Edwards // The Journal of Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 224. - № 4. - P. S310-S320. -DOI 10.1093/infdis/jiaa469.

140. Household contact study of Bordetella pertussis infections / J. L. Deen,

C. M. Mink, J. D. Cherry [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 1995. - Vol. 21.

- № 5. - P. 1211-1219. - DOI 10.1093/clinids/21.5.1211.

141. DeShazer, D. Molecular characterization of catalase from Bordetella pertussis: identification of the katA promoter in an upstream insertion sequence /

D. DeShazer, G. E. Wood, R. L. Friedman // Molecular Microbiology. - 1994. -Vol. 14. - № 1. - P. 123-130. - DOI 10.1111/j.1365-2958.1994.tb01272.x.

142. Acellular Pertussis Vaccine Components: Today and Tomorrow / K. K. Dewan, B. Linz, S. E. DeRocco, E. T. Harvill // Vaccines. - 2020. - Vol. 8.

- № 2. - P. 217. - DOI 10.3390/vaccines8020217.

143. Bordetella pertussis, the causative agent of whooping cough, evolved from a distinct, human-associated lineage of B. bronchiseptica / D. A. Diavatopoulos, C. A. Cummings, L. M. Schouls [et al.] // PLoS Pathogens. - 2005. - Vol. 1. -№ 4. - P. e45. - DOI 10.1371/journal.ppat.0010045.

144. Real-Life Insights into Pertussis Diagnosis: High Yield of PCR Testing and Clinical Outcomes—An Emerging Old Enemy or Just a Sign of PCR Times? / I. E. Dimeas, O. S. Kotsiou, P. Salgkami [et al.] // Journal of Personalized Medicine. - 2024. - Vol. 14. - № 12. - P. 1116. - DOI 10.3390/jpm14121116.

145. Domenech De Celles, M. Pertussis vaccines, epidemiology and evolution / M. Domenech De Celles, P. Rohani // Nature Reviews Microbiology. - 2024. -Vol. 22. - № 11. - P. 722-735. - DOI 10.1038/s41579-024-01064-8.

146. Direct detection of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis: comparison of polymerase chain reaction and culture / A. De Donno, M. Quattrocchi, F. Ansaldi [et al.] // Journal of International Medical Research. -2006. - Vol. 34. - № 4. - P. 367-373. - DOI 10.1177/147323000603400405.

147. Biofilm forming potential and antimicrobial susceptibility of newly emerged Western Australian Bordetella pertussis clinical isolates / D. Dorji, R. M. Graham, P. Richmond [et al.] // Biofouling. - 2016. - Vol. 32. - № 9. - P. 1141-1152. -DOI 10.1080/08927014.2016.1232715.

148. Bordetella Pertussis virulence factors in the continuing evolution of whooping cough vaccines for improved performance / D. Dorji, F. Mooi, O. Yantorno [et al.] // Medical Microbiology and Immunology. - 2018. - Vol. 207. - № 1. - P. 3-26. -DOI 10.1007/s00430-017-0524-z.

149. Identification of Bordetella pertussis in nasopharyngeal swabs by PCR amplification of a region of the adenylate cyclase gene / E. Douglas, J. G. Coote, R. Parton, W. Mcpheat // Journal of Medical Microbiology. - 1993. - Vol. 38. -№ 2. - P. 140-144. - DOI 10.1099/00222615-38-2-140.

150. Comparison of culture and PCR for detection of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis under routine laboratory conditions / D. M. Dragsted, B. Dohn, J. Madsen, J. S. Jensen // Journal of Medical Microbiology. - 2004. -Vol. 53. - № 8. - P. 749-754. - DOI 10.1099/jmm.0.45585-0.

151. Maternal vaccinations coverage and reasons for non-compliance - a cross-sectional observational study / D. Drezner, M. Youngster, H. Klainer, I. Youngster // BMC pregnancy and childbirth. - 2020. - Vol. 20. - № 1. - P. 541. - DOI 10.1186/s12884-020-03243-w.

152. Suppression of mucosal Th17 memory responses by acellular pertussis vaccines enhances nasal Bordetella pertussis carriage / V. Dubois, J. Chatagnon, A. Thiriard [et al.] // npj Vaccines. - 2021. - Vol. 6. - № 1. - P. 6. - DOI 10.1038/s41541 -020-00270-8.

153. Virulence regulation with Venus flytrap domains: structure and function of the periplasmic moiety of the sensor-kinase BvgS / E. Dupre, J. Herrou, M. F. Lensink [et al.] // PLOS Pathogens. - 2015. - Vol. 11. - № 3. - P. e1004700. - DOI 10.1371/journal.ppat.1004700.

154. Quantification of the adenylate cyclase toxin of Bordetella pertussis in vitro and during respiratory infection / J. C. Eby, M. C. Gray, J. M. Warfel [et al.] //

Infection and Immunity. - 2013. - Vol. 81. - № 5. - P. 1390-1398. - DOI 10.1128/IAI.00110-13.

155. Elahi, S. The benefits of using diverse animal models for studying pertussis / S. Elahi, J. Holmstrom, V. Gerdts // Trends in Microbiology. - 2007. - Vol. 15. -№ 10. - P. 462-468. - DOI 10.1016/j.tim.2007.09.003.

156. Esposito, S. Immunization against pertussis in adolescents and adults / S. Esposito, N. Principi // Clinical Microbiology and Infection. - 2016. - Vol. 22. - P. S89-S95. - DOI 10.1016/j.cmi.2016.01.003.

157. European Centre for Disease Prevention and Control. Increase of pertussis cases in the EU/EEA: 8 May 2024. Increase of pertussis cases in the EU/EEA / European Centre for Disease Prevention and Control. - LU : Publications Office, 2024. - URL: https://data.europa.eu/doi/10.2900/831122 (date accessed: 28.12.2025).

158. Role of the Bordetella pertussis P.69/pertactin protein and the P.69/pertactin RGD motif in the adherence to and invasion of mammalian cells / P. Everest, J. Li, G. Douce [et al.] // Microbiology. - 1996. - Vol. 142. - № 11. - P. 3261-3268. -DOI 10.1099/13500872-142-11-3261.

159. Invasion of HeLa 229 cells by virulent Bordetella pertussis / C. A. Ewanowich, A. R. Melton, A. A. Weiss [et al.] // Infection and Immunity. -1989. - Vol. 57. - № 9. - P. 2698-2704. - DOI 10.1128/iai.57.9.2698-2704.1989.

160. Rapid-cycle PCR method to detect Bordetella pertussis that fulfills all consensus recommendations for use of PCR in diagnosis of pertussis / D. J. Farrell, M. McKeon, G. Daggard [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2000. -Vol. 38. - № 12. - P. 4499-4502. - DOI 10.1128/JCM.38.12.4499-4502.2000.

161. Farrell, D. J. Nested duplex PCR to detect Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis and its application in diagnosis of pertussis in nonmetropolitan Southeast Queensland, Australia / D. J. Farrell, G. Daggard, T. K. S. Mukkur // Journal of Clinical Microbiology. - 1999. - Vol. 37. - № 3. - P. 606-610. - DOI 10.1128/JCM.37.3.606-610.1999.

162. Lipopolysaccharides from Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis differently modulate human dendritic cell functions resulting in divergent prevalence of Th17-polarized responses / G. Fedele, M. Nasso, F. Spensieri [et al.] // The Journal of Immunology. - 2008. - Vol. 181. - № 1. - P. 208-216. - DOI 10.4049/jimmunol.181.1.208.

163. Calcium influx rescues adenylate cyclase-hemolysin from rapid cell membrane removal and enables phagocyte permeabilization by toxin pores /

R. Fiser, J. Masin, L. Bumba [et al.] // PLoS Pathogens. - 2012. - Vol. 8. - № 4. -P. e1002580. - DOI 10.1371/journal.ppat.1002580.

164. Synergistic epithelial responses to endotoxin and a naturally occurring muramyl peptide / T. A. Flak, L. N. Heiss, J. T. Engle, W. E. Goldman // Infection and Immunity. - 2000. - Vol. 68. - № 3. - P. 1235-1242. - DOI 10.1128/IAI.68.3.1235-1242.2000.

165. Flak, T. A. Signalling and cellular specificity of airway nitric oxide production in pertussis / T. A. Flak, W. E. Goldman // Cellular Microbiology. -1999. - Vol. 1. - № 1. - P. 51-60. - DOI 10.1046/j.1462-5822.1999.00004.x.

166. Frenkel, L. D. The global burden of vaccine-preventable infectious diseases in children less than 5 years of age: Implications for COVID-19 vaccination. How can we do better? / L. D. Frenkel // Allergy and Asthma Proceedings. - 2021. -Vol. 42. - № 5. - P. 378-385. - DOI 10.2500/aap.2021.42.210065.

167. Uptake and intracellular survival of Bordetella pertussis in human macrophages / R. L. Friedman, K. Nordensson, L. Wilson [et al.] // Infection and Immunity. - 1992. - Vol. 60. - № 11. - P. 4578-4585. - DOI 10.1128/iai.60.11.4578-4585.1992.

168. Laboratory diagnosis of pertussis infections: the role of PCR and serology / N. K. Fry, O. Tzivra, Y. T. Li [et al.] // Journal of Medical Microbiology. - 2004. -Vol. 53. - № 6. - P. 519-525. - DOI 10.1099/jmm.0.45624-0.

169. Role of PCR in the diagnosis of pertussis infection in infants: 5 years' experience of provision of a same-day real-time PCR service in England and Wales from 2002 to 2007 / N. K. Fry, J. Duncan, K. Wagner [et al.] // Journal of Medical Microbiology. - 2009. - Vol. 58. - № 8. - P. 1023-1029. - DOI 10.1099/jmm.0.009878-0.

170. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) Aids the Clinical Diagnosis of Pertussis / M. Fujino, E. Suzuki, M. Watanabe, T. Nakayama // Japanese Journal of Infectious Diseases. - 2015. - Vol. 68. - № 6. - P. 532-533. -DOI 10.7883/yoken.JJID.2015.125.

171. GenBank : nucleic acid sequence database [Electronic resource] / National Center for Biotechnology Information (NCBI). -URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/. - Title from screen. - (date accessed: 22.12.2025).

172. GENDREL, D. Pertussis worldwide. Vaccinating children and adults / D. GENDREL, J. RAYMOND // MTSI. - 2023. - Vol. 3 - № 4 - DOI 10.48327/MTSI.V3I4.2023.446.

173. European Sero-Epidemiology Network 2: Standardisation of immunoassay results for pertussis requires homogeneity in the antigenic preparations / A. Giammanco, A. Nardone, R. Pebody [et al.] // Vaccine. - 2008. - Vol. 26. -№ 35. - P. 4486-4493. - DOI 10.1016/j.vaccine.2008.06.051.

174. Gierschik, P. ADP-ribosylation of signal-transducing guanine nucleotide-binding proteins by pertussis toxin / P. Gierschik. - Text: electronic // ADP-Ribosylating Toxins : Current Topics in Microbiology and Immunology / comp. R. W. Compans [et al.]; ed. K. Aktories. - Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 1992. - Vol. 175. - P. 69-96. - URL: http://link.springer.com/10.1007/978-3-642-76966-5_4 (date accessed: 22.12.2025).

175. Asymptomatic Bordetella pertussis infections in a longitudinal cohort of young African infants and their mothers / C. J. Gill, C. E. Gunning, W. B. MacLeod [et al.] // eLife. - 2021. - Vol. 10. - P. e65663. - DOI 10.7554/eLife.65663.

176. Analysis of a repetitive DNA sequence from Bordetella pertussis and its application to the diagnosis of pertussis using the polymerase chain reaction / E. M. Glare, J. C. Paton, R. R. Premier [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1990. - Vol. 28. - № 9. - P. 1982-1987. - DOI 10.1128/jcm.28.9.1982-1987.1990.

177. A versatile, non genetically modified organism (GMO)-based strategy for controlling low-producer mutants in Bordetella pertussis cultures using antigenic modulation / P. Goffin, T. Slock, V. Smessaert [et al.] // Biotechnology Journal. -2015. - Vol. 10. - № 8. - P. 1269-1280. - DOI 10.1002/biot.201400539.

178. Transcriptional Downregulation of a Type III Secretion System under Reducing Conditions in Bordetella pertussis / M. Goto, T. Hanawa, A. Abe, A. Kuwae. - Text: electronic // Journal of Bacteriology. - 2020. - Vol. 202. -№ 21. - DOI 10.1128/JB.00400-20. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JB.00400-20 (date accessed: 22.12.2025).

179. Pertussis: a matter of immune modulation / D. De Gouw, D. A. Diavatopoulos, H. J. Bootsma [et al.] // FEMS Microbiology Reviews. -2011. - Vol. 35. - № 3. - P. 441-474. - DOI 10.1111/j.1574-6976.2010.00257.x.

180. The vaccine potential of Bordetella pertussis biofilm-derived membrane proteins / D. De Gouw, D. O. Serra, M. I. De Jonge [et al.] // Emerging Microbes & Infections. - 2014. - Vol. 3. - № 1. - P. 1-9. - DOI 10.1038/emi.2014.58.

181. Controlled Human Infection With Bordetella pertussis Induces Asymptomatic, Immunizing Colonization / H. De Graaf, M. Ibrahim, A. R. Hill [et

al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2020. - Vol. 71. - № 2. - P. 403-411. - DOI 10.1093/cid/ciz840.

182. Graeff-Wohlleben, H. Global regulatory mechanisms affect virulence gene expression in Bordetella pertussis / H. Graeff-Wohlleben, H. Deppisch, R. Gross // Molecular and General Genetics MGG. - 1995. - Vol. 247. - № 1. - P. 86-94. -DOI 10.1007/BF00425824.

183. Pertussis disease burden in the household: how to protect young infants / S. C. De Greeff, F. R. Mooi, A. Westerhof [et al.] // Clinical Infectious Diseases. -2010. - Vol. 50. - № 10. - P. 1339-1345. - DOI 10.1086/652281.

184. Comparison of polymerase chain reaction, culture, and western immunoblot serology for diagnosis of Bordetella pertussis infection / E. Grimprel, P. Begue, I. Anjak [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1993. - Vol. 31. - № 10. -P. 2745-2750. - DOI 10.1128/jcm.31.10.2745-2750.1993.

185. Real-time PCR-based detection of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis in an Irish paediatric population / J. A. Grogan, C. Logan, J. O'Leary [et al.] // Journal of Medical Microbiology. - 2011. - Vol. 60. - № 6. - P. 722-729.

- DOI 10.1099/jmm.0.030049-0.

186. Groisman, E. A. Principles of bacterial pathogenesis / E. A. Groisman. - San Diego, Calif : Academic Press, 2001. - P. 826

187. Targeted mutations that ablate either the adenylate cyclase or hemolysin function of the bifunctional cyaA toxin of Bordetella pertussis abolish virulence. / M. K. Gross, D. C. Au, A. L. Smith, D. R. Storm // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1992. - Vol. 89. - № 11. - P. 4898-4902. - DOI 10.1073/pnas.89.11.4898.

188. Guiso, N. Protective activity of Bordetella adenylate cyclase-hemolysin against bacterial colonization / N. Guiso, M. Szatanik, M. Rocancourt // Microbial Pathogenesis. - 1991. - Vol. 11. - № 6. - P. 423-431. - DOI 10.1016/0882-4010(91)90038-C.

189. Gullsby, K. Performance of Bordetella pertussis IS481 real-time PCR in a vaccine trial setting / K. Gullsby, H. O. Hallander, K. Bondeson // APMIS. - 2007.

- Vol. 115. - № 12. - P. 1370-1375. - DOI 10.1111/j.1600-0463.2007.00774.x.

190. Gustavsson, O. E. A. An Epizootic of Whooping Cough among Chimpanzees in a Zoo / O. E. A. Gustavsson, B. O. Röken, R. Serrander // Folia Primatologica. -1990. - Vol. 55. - № 1. - P. 45-50. - DOI 10.1159/000156498.

191. Comparison of nasopharyngeal aspirates with swabs for culture of Bordetella pertussis / H. O. Hallander, E. Reizenstein, B. Renemar [et al.] // Journal of

Clinical Microbiology. - 1993. - Vol. 31. - № 1. - P. 50-52. - DOI 10.1128/jcm.31.1.50-52.1993.

192. Shifts of Bordetella pertussis variants in Sweden from 1970 to 2003, during three periods marked by different vaccination programs / H. O. Hallander, A. Advani, D. Donnelly [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2005. -Vol. 43. - № 6. - P. 2856-2865. - DOI 10.1128/JCM.43.6.2856-2865.2005.

193. Hamidou Soumana, I. Environmental Origin of the Genus Bordetella / I. Hamidou Soumana, B. Linz, E. T. Harvill. - Text: electronic // Frontiers in Microbiology. - 2017. - Vol. 8. - DOI 10.3389/fmicb.2017.00028. - URL: http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2017.00028/full (date accessed: 22.12.2025).

194. Differential expression of type III effector BteA protein due to IS481 insertion in Bordetella pertussis / H.-J. Han, A. Kuwae, A. Abe [et al.] // PLoS ONE. -2011. - Vol. 6. - № 3. - P. e17797. - DOI 10.1371/journal.pone.0017797.

195. Comparison of polymerase chain reaction with culture and enzyme immunoassay for diagnosis of pertussis / Q. He, J. Mertsola, H. Soini [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1993. - Vol. 31. - № 3. - P. 642-645. - DOI 10.1128/jcm.31.3.642-645.1993.

196. Pertussis diagnostic practices of general practitioners in the Netherlands: A survey study / J. Heil, J. W. L. Cals, H. L. G. Ter Waarbeek [et al.] // European Journal of General Practice. - 2019. - Vol. 25. - № 4. - P. 214-219. - DOI 10.1080/13814788.2019.1639669.

197. Evidence for an intracellular niche for Bordetella pertussis in broncho-alveolar lavage cells of mice / S. M. M. Hellwig, W. L. W. Hazenbos, J. G. J. Winkel, F. R. Mooi // FEMS Immunology & Medical Microbiology. -1999. - Vol. 26. - № 3-4. - P. 203-207. - DOI 10.1111/j.1574-695X.1999.tb01391.x.

198. Hennig, S. A transposase-independent mechanism gives rise to precise excision of IS256 from insertion sites in Staphylococcus epidermidis / S. Hennig, W. Ziebuhr // Journal of Bacteriology. - 2008. - Vol. 190. - № 4. - P. 1488-1490. - DOI 10.1128/JB.01290-07.

199. Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism / J. Herrou, C. Bompard, R. Wintjens [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - Vol. 107. - № 40. -P. 17351-17355. - DOI 10.1073/pnas.1006267107.

200. Immunity to the respiratory pathogen Bordetella pertussis / R. Higgs, S. C. Higgins, P. J. Ross, K. H. G. Mills // Mucosal Immunology. - 2012. - Vol. 5.

- № 5. - P. 485-500. - DOI 10.1038/mi.2012.54.

201. Bordetella adenylate cyclase toxin interacts with filamentous haemagglutinin to inhibit biofilm formation in vitro / C. Hoffman, J. Eby, M. Gray [et al.] // Molecular Microbiology. - 2017. - Vol. 103. - № 2. - P. 214-228. - DOI 10.1111/mmi.13551.

202. Holt, E. Pertussis outbreak in Czech Republic / E. Holt // The Lancet Infectious Diseases. - 2024. - Vol. 24. - № 6. - P. e359. - DOI 10.1016/S1473-3099(24)00291-3.

203. Acellular Pertussis Vaccine Inhibits Bordetella pertussis Clearance from the Nasal Mucosa of Mice / J. Holubova, O. Stanek, L. Brazdilova [et al.] // Vaccines.

- 2020. - Vol. 8. - № 4. - P. 695. - DOI 10.3390/vaccines8040695.

204. Hoppe, J. E. Comparison of three kinds of blood and two incubation atmospheres for cultivation of Bordetella pertussis on charcoal agar / J. E. Hoppe, M. Schlagenhauf // Journal of Clinical Microbiology. - 1989. - Vol. 27. - № 9. -P. 2115-2117. - DOI 10.1128/jcm.27.9.2115-2117.1989.

205. Differential modulation of Bordetella pertussis virulence genes as evidenced by DNA microarray analysis / D. Hot, R. Antoine, G. Renauld-Mongenie [et al.] // Molecular Genetics and Genomics. - 2003. - Vol. 269. - № 4. - P. 475-486. -DOI 10.1007/s00438-003-0851-1.

206. Specific identification of Bordetella pertussis by the polymerase chain reaction / S. Houard, C. Hackel, A. Herzog, A. Bollen // Research in Microbiology.

- 1989. - Vol. 140. - № 6. - P. 477-487. - DOI 10.1016/0923-2508(89)90069-7.

207. Hozbor, D. New Pertussis Vaccines: A Need and a Challenge / D. Hozbor. -Text: electronic // Pertussis Infection and Vaccines : Advances in Experimental Medicine and Biology / eds. G. Fedele, C. M. Ausiello. - Cham : Springer International Publishing, 2019. - Vol. 1183. - P. 115-126. - URL: http://link.springer.com/10.1007/5584_2019_407 (date accessed: 22.12.2025).

208. Detection of Bordetella spp. in children with pertussis-like illness from 2018 to 2024 in China / Y. Hu, W. Shi, Q. Meng [et al.] // Journal of Infection. - 2024. -Vol. 89. - № 3. - P. 106222. - DOI 10.1016/j.jinf.2024.106222.

209. Pertactin is required for Bordetella species to resist neutrophil-mediated clearance / C. S. Inatsuka, Q. Xu, I. Vujkovic-Cvijin [et al.] // Infection and Immunity. - 2010. - Vol. 78. - № 7. - P. 2901-2909. - DOI 10.1128/IAI.00188-10.

210. Irie, Y. The Bvg virulence control system regulates biofilm formation in Bordetella bronchiseptica / Y. Irie, S. Mattoo, M. H. Yuk // Journal of Bacteriology. - 2004. - Vol. 186. - № 17. - P. 5692-5698. - DOI 10.1128/JB.186.17.5692-5698.2004.

211. Jackson, D. W. Perplexities of pertussis: recent global epidemiological trends and their potential causes / D. W. Jackson, P. Rohani // Epidemiology and Infection. - 2014. - Vol. 142. - - № 4. - P. 672-684. - DOI 10.1017/S0950268812003093.

212. Jenkins, V. A. Pertussis in high-risk groups: an overview of the past quarter-century / V. A. Jenkins, M. Savic, W. Kandeil // Human Vaccines & Immunotherapeutics. - 2020. - Vol. 16. - № 11. - P. 2609-2617. - DOI 10.1080/21645515.2020.1738168.

213. A second two-component regulatory system of Bordetella bronchiseptica required for bacterial resistance to oxidative stress, production of acid phosphatase, and in vivo persistence / H. Jungnitz, N. P. West, M. J. Walker [et al.] // Infection and Immunity. - 1998. - Vol. 66. - № 10. - P. 4640-4650. - DOI 10.1128/IAI.66.10.4640-4650.1998.

214. A pangenome approach-based loop-mediated isothermal amplification assay for the specific and early detection of Bordetella pertussis / E. Juscamayta-Lopez, F. Valdivia, M. P. Soto [et al.] // Scientific Reports. - 2023. - Vol. 13. - № 1. -P. 4356. - DOI 10.1038/s41598-023-29773-9.

215. Rapid detection of the recently emerged Bordetella pertussis strains with the ptxP3 pertussis toxin promoter allele by real-time PCR / T. Kallonen, J. Mertsola, F. R. Mooi, Q. He // Clinical Microbiology and Infection. - 2012. - Vol. 18. -№ 10. - P. E377-E379. - DOI 10.1111/j.1469-0691.2012.04000.x.

216. Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid diagnosis of Bordetella pertussis infection / K. Kamachi, H. Toyoizumi-Ajisaka, K. Toda [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2006.

- Vol. 44. - № 5. - P. 1899-1902. - DOI 10.1128/JCM.44.5.1899-1902.2006.

217. The burden of pertussis in older adults: what is the role of vaccination? A systematic literature review / W. Kandeil, P. Atanasov, D. Avramioti [et al.] // Expert Review of Vaccines. - 2019. - Vol. 18. - № 5. - P. 439-455. - DOI 10.1080/14760584.2019.1588727.

218. Survey of Household Contacts of Infants With Laboratory-confirmed Pertussis Infection During a National Pertussis Outbreak in England and Wales / E. O. Kara, H. Campbell, S. Ribeiro [et al.] // Pediatric Infectious Disease Journal.

- 2017. - Vol. 36. - № 2. - P. 140-145. - DOI 10.1097/INF.0000000000001378.

219. Understanding the impact of adult pertussis and current approaches to vaccination: A narrative review and expert panel recommendations / P. Kardos, J. Correia De Sousa, U. Heininger [et al.] // Human Vaccines & Immunotherapeutics. - 2024. - Vol. 20. - № 1. - P. 2324547. - DOI 10.1080/21645515.2024.2324547.

220. The Impact of Influenza of Different Etiologies on other ARVI in Children and Adults in 2014 to 2016 / L. S. Karpova, K. M. Volik, E. A. Smorodintseva [et al.] // Epidemiology and Vaccine Prevention. - 2019. - Vol. 17. - № 6. - P. 35-47.

- DOI 10.31631/2073-3046-2018-17-35-47.

221. Immunogenicity and safety of BPZE1, an intranasal live attenuated pertussis vaccine, versus tetanus-diphtheria-acellular pertussis vaccine: a randomised, double-blind, phase 2b trial / C. Keech, V. E. Miller, B. Rizzardi [et al.] // The Lancet. - 2023. - Vol. 401. - № 10379. - P. 843-855. - DOI 10.1016/S0140-6736(22)02644-7.

222. Kendrick, P. L. Mouse protection tests in the study of pertussis vaccine; a comparative series using the intracerebral route for challenge / P. L. Kendrick, G. Eldering // American Journal of Public Health and the Nation's Health. - 1947.

- Vol. 37. - № 7. - P. 803-810.

223. Activity of Tracheal Cytotoxin of Bordetella pertussis in a Human Tracheobronchial 3D Tissue Model / D. K. Kessie, N. Lodes, H. Oberwinkler [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2021. - Vol. 10. -P. 614994. - DOI 10.3389/fcimb.2020.614994.

224. Comparative genomic profiling of Dutch clinical Bordetella pertussis isolates using DNA microarrays: identification of genes absent from epidemic strains / A. J. King, T. Van Gorkom, J. L. Pennings [et al.] // BMC Genomics. - 2008. -Vol. 9. - № 1. - P. 311. - DOI 10.1186/1471-2164-9-311.

225. Analysis of BvgA Activation of the Pertactin Gene Promoter in Bordetella pertussis / S. M. Kinnear, P. E. Boucher, S. Stibitz, N. H. Carbonetti // Journal of Bacteriology. - 1999. - Vol. 181. - № 17. - P. 5234-5241. - DOI 10.1128/JB.181.17.5234-5241.1999.

226. Repeated sequences isolated from Bordetella pertussis induce DNA rearrangements and deletions at high frequency / M. Yu. Kirillov, Yu. L. Shumakov, E. V. Nechaeva [et al.] // Gene. - 1995. - Vol. 166. - № 1. -P. 111-116. - DOI 10.1016/0378-1119(95)00554-3.

227. Kirimanjeswara, G. S. Pertussis toxin inhibits neutrophil recruitment to delay antibody-mediated clearance of Bordetella pertussis / G. S. Kirimanjeswara // Journal of Clinical Investigation. - 2005. - Vol. 115. - № 12. - P. 3594-3601. -DOI 10.1172/JCI24609.

228. Immunogenicity and protective efficacy of a recombinant filamentous haemagglutinin from Bordetella pertussis / J. B. Knight, Y. Y. Huang, S. A. Halperin [et al.] // Clinical and Experimental Immunology. - 2006. -Vol. 144. - № 3. - P. 543-551. - DOI 10.1111/j.1365-2249.2006.03097.x.

229. Evaluation of real-time PCR for diagnosis of Bordetella pertussis infection / L. Knorr, J. D. Fox, P. A. Tilley, J. Ahmed-Bentley // BMC Infectious Diseases. -2006. - Vol. 6. - № 1. - P. 62. - DOI 10.1186/1471-2334-6-62.

230. Synergic effect of genotype changes in pertussis toxin and pertactin on adaptation to an acellular pertussis vaccine in the murine intranasal challenge model / E. Komatsu, F. Yamaguchi, A. Abe [et al.] // Clinical and Vaccine Immunology. - 2010. - Vol. 17. - № 5. - P. 807-812. - DOI 10.1128/CVI.00449-09.

231. Novel multitarget LAMP and PCR assays for the detection of Bordetella species / M. A. Koryukov, I. P. Oscorbin, M. A. Gordukova [et al.] // Methods. -2025. - Vol. 240. - P. 63-72. - DOI 10.1016/j.ymeth.2025.04.005.

232. Kösters, K. Evaluation of a real-time PCR assay for detection of Bordetella pertussis and B. parapertussis in clinical samples / K. Kösters, M. Riffelmann, C. H. W. Von König // Journal of Medical Microbiology. - 2001. - Vol. 50. - № 5.

- p. 436-440. - DOI 10.1099/0022-1317-50-5-436.

233. Pertussis toxin transiently affects barrier integrity, organelle organization and transmigration of monocytes in a human brain microvascular endothelial cell barrier model / S. Kügler, K. Böcker, G. Heusipp [et al.] // Cellular Microbiology.

- 2007. - Vol. 9. - № 3. - P. 619-632. - DOI 10.1111/j.1462-5822.2006.00813.x.

234. Selection and emergence of pertussis toxin promoter ptxP3 allele in the evolution of Bordetella pertussis / C. Lam, S. Octavia, Z. Bahrame [et al.] // Infection, Genetics and Evolution. - 2012. - Vol. 12. - № 2. - P. 492-495. - DOI 10.1016/j.meegid.2012.01.001.

235. Rapid increase in pertactin-deficient Bordetella pertussis isolates, Australia / C. Lam, S. Octavia, L. Ricafort [h gp.]. - Text: electronic // Emerging Infectious Diseases. - 2014. - Vol. 20. - № 4. - DOI 10.3201/eid2004.131478. - URL: http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/20/4Z13-1478_article.htm (date accessed: 22.12.2025).

236. A new assay for invasion of HeLa 229 cells by Bordetella pertussis: effects of inhibitors, phenotypic modulation, and genetic alterations / C. K. Lee, A. L. Roberts, T. M. Finn [et al.] // Infection and Immunity. - 1990. - Vol. 58. -№ 8. - P. 2516-2522. - DOI 10.1128/iai.58.8.2516-2522.1990.

237. PLGA nano/micro particles encapsulated with pertussis toxoid (PTd) enhances Th1/Th17 immune response in a murine model / P. Li, C. Asokanathan, F. Liu [et al.] // International Journal of Pharmaceutics. - 2016. - Vol. 513. - № 12. - P. 183-190. - DOI 10.1016/j.ijpharm.2016.08.059.

238. Identification of Bordetella pertussis infection by shared-primer PCR / Z. Li, D. L. Jansen, T. M. Finn [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1994. -Vol. 32. - № 3. - P. 783-789. - DOI 10.1128/jcm.32.3.783-789.1994.

239. Lichtinghagen, R. Identification of Bordetella pertussis in nasopharyngeal swabs using the polymerase chain reaction: evaluation of detection methods / R. Lichtinghagen, R. Diedrich-Glaubitz, B. Hörsten // cclm. - 1994. - Vol. 32. -№ 3. - P. 161-168. - DOI 10.1515/cclm.1994.32.3.161.

240. Evaluation of PCR for diagnosis of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis infections / L. Lind-Brandberg, C. Welinder-Olsson, T. Lagergärd [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1998. - Vol. 36. - № 3. - P. 679-683. -DOI 10.1128/JCM.36.3.679-683.1998.

241. Acquisition and loss of virulence-associated factors during genome evolution and speciation in three clades of Bordetella species / B. Linz, Y. V. Ivanov, A. Preston [et al.] // BMC Genomics. - 2016. - Vol. 17. - № 1. - P. 767. - DOI 10.1186/s12864-016-3112-5.

242. Genotypic and phenotypic adaptation of pathogens: lesson from the genus Bordetella / B. Linz, L. Ma, I. Rivera, E. T. Harvill // Current Opinion in Infectious Diseases. - 2019. - Vol. 32. - № 3. - P. 223-230. - DOI 10.1097/Q03.0000000000000549.

243. Detection of anti-pertussis toxin IgG in oral fluids for use in diagnosis and surveillance of Bordetella pertussis infection in children and young adults / D. J. Litt, D. Samuel, J. Duncan [et al.] // Journal of Medical Microbiology. -2006. - Vol. 55. - № 9. - P. 1223-1228. - DOI 10.1099/jmm.0.46543-0.

244. The Protein BpsB Is a Poly-ß-1,6-N-acetyl-d-glucosamine Deacetylase Required for Biofilm Formation in Bordetella bronchiseptica / D. J. Little, S. Milek, N. C. Bamford [et al.] // Journal of Biological Chemistry. - 2015. -Vol. 290. - № 37. - P. 22827-22840. - DOI 10.1074/jbc.M115.672469..

245. Global resurgence of pertussis: A perspective from China / Y. Liu, D. Yu, K. Wang, Q. Ye // Journal of Infection. - 2024. - Vol. 89. - № 5. - P. 106289. -DOI 10.1016/j.j inf.2024.106289.

246. Locht, C. Will we have new pertussis vaccines? / C. Locht // Vaccine. - 2018. - Vol. 36. - № 36. - P. 5460-5469. - DOI 10.1016/j.vaccine.2017.11.055.

247. Highlights of the 12th International Bordetella Symposium / C. Locht, N. H. Carbonetti, J. D. Cherry [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2020. -Vol. 71. - № 9. - P. 2521-2526. - DOI 10.1093/cid/ciaa651.

248. Locht, C. The Path to New Pediatric Vaccines against Pertussis / C. Locht // Vaccines. - 2021. - Vol. 9. - № 3. - P. 228. - DOI 10.3390/vaccines9030228.

249. Locht, C. Pertussis before, during and after Covid-19 / C. Locht // EMBO Molecular Medicine. - 2025. - Vol. 17. - № 4. - P. 594-598. - DOI 10.1038/s44321 -025-00199-2.

250. Comparison of PCR, culture, and direct fluorescent-antibody testing for detection of Bordetella pertussis / M. J. Loeffelholz, C. J. Thompson, K. S. Long, M. J. R. Gilchrist // Journal of Clinical Microbiology. - 1999. - Vol. 37. - № 9. -P. 2872-2876. - DOI 10.1128/JCM.37.9.2872-2876.1999.

251. Pertactin-Deficient Bordetella pertussis, Vaccine-Driven Evolution, and Reemergence of Pertussis / L. Ma, A. Caulfield, K. K. Dewan, E. T. Harvill // Emerging Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 27. - № 6. - P. 1561-1566. - DOI 10.3201/eid2706.203850.

252. Macina, D. Bordetella pertussis in School-Age Children, Adolescents and Adults: A Systematic Review of Epidemiology and Mortality in Europe / D. Macina, K. E. Evans // Infectious Diseases and Therapy. - 2021. - Vol. 10. -№ 4. - P. 2071-2118. - DOI 10.1007/s40121-021-00520-9.

253. Public health management of pertussis in adults: Practical challenges and future strategies / C. R. MacIntyre, J. C. De Sousa, U. Heininger [et al.] // Human Vaccines & Immunotherapeutics. - 2024. - Vol. 20. - № 1. - P. 2377904. - DOI 10.1080/21645515.2024.2377904.

254. Rapid identification of Bordetella pertussis pertactin gene variants using LightCycler real-time polymerase chain reaction combined with melting curve analysis and gel electrophoresis / J. Mäkinen, M. K. Viljanen, J. Mertsola [et al.] // Emerging Infectious Diseases. - 2001. - Vol. 7. - № 6. - P. 952-958. - DOI 10.3201/eid0706.010606.

255. Protective activity of the Bordetella pertussis BrkA autotransporter in the murine lung colonization model / N. Marr, D. C. Oliver, V. Laurent [et al.] // Vaccine. - 2008. - Vol. 26. - № 34. - P. 4306-4311. - DOI 10.1016/j.vaccine.2008.06.017.

256. Pertactin-negative Bordetella pertussis strains: evidence for a possible selective advantage / S. W. Martin, L. Pawloski, M. Williams [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2015. - Vol. 60. - № 2. - P. 223-227. - DOI 10.1093/cid/ciu788.

257. Neither the Bvg- phase nor the vrg6 locus of Bordetella pertussis is required for respiratory infection in mice / G. Martinez De Tejada, P. A. Cotter, U. Heininger [et al.] // Infection and Immunity. - 1998. - Vol. 66. - № 6. -P. 2762-2768. - DOI 10.1128/IAI.66.6.2762-2768.1998.

258. Development of improved vaccines against whooping cough: Current status /

I. Marzouqi, P. Richmond, S. Fry [et al.] // Human Vaccines. - 2010. - Vol. 6. -№ 7. - P. 543-553. - DOI 10.4161/hv.6.7.11413.

259. Bordetella pertussis infection in 2-month-old infants promotes type 1 T cell responses / F. Mascart, V. Verscheure, A. Malfroot [et al.] // The Journal of Immunology. - 2003. - Vol. 170. - № 3. - P. 1504-1509. - DOI 10.4049/jimmunol.170.3.1504.

260. Mastrantonio, P. Polymerase chain reaction for the detection of Bordetella pertussis in clinical nasopharyngeal aspirates / P. Mastrantonio, P. Stefanelli, M. Giuliano // Journal of Medical Microbiology. - 1996. - Vol. 44. - № 4. -P. 261-266. - DOI 10.1099/00222615-44-4-261.

261. Mattoo, S. Molecular pathogenesis, epidemiology, and clinical manifestations of respiratory infections due to Bordetella pertussis and other Bordetella subspecies / S. Mattoo, J. D. Cherry // Clinical Microbiology Reviews. - 2005. -Vol. 18. - № 2. - P. 326-382. - DOI 10.1128/CMR.18.2.326-382.2005.

262. Prospective Evaluation of an Australian Pertussis Toxin IgG and IgA Enzyme Immunoassay / M. L. May, S. A. Doi, D. King [et al.] // Clinical and Vaccine Immunology. - 2012. - Vol. 19. - № 2. - P. 190-197. - DOI 10.1128/CVI.05430-

II.

263. Mclafferty, M. A. Nucleotide Sequence and Characterization of a Repetitive DNA Element from the Genome of Bordetella pertussis with Characteristics of an Insertion Sequence / M. A. Mclafferty, D. R. Harcus, E. L. Hewlett // Microbiology. - 1988. - Vol. 134. - № 8. - P. 2297-2306. - DOI 10.1099/00221287-134-8-2297.

264. Estimated Human and Economic Burden of Four Major Adult Vaccine-Preventable Diseases in the United States, 2013 / J. M. McLaughlin, J. J. McGinnis, L. Tan [et al.] // The Journal of Primary Prevention. - 2015. -Vol. 36. - № 4. - P. 259-273. - DOI 10.1007/s10935-015-0394-3.

265. Analysis of Separate Isolates of Bordetella pertussis Repeated DNA Sequences / W. L. McPHEAT, J. H. Hanson, I. Livey, J. S. Robertson // Microbiology. - 1989. - Vol. 135. - № 6. - P. 1515-1520. - DOI 10.1099/00221287-135-6-1515.

266. In vitro inhibition of murine macrophage migration by Bordetella pertussis lymphocytosis-promoting factor / B. D. Meade, P. D. Kind, J. B. Ewell [et al.] // Infection and Immunity. - 1984. - Vol. 45. - № 3. - P. 718-725. - DOI 10.1128/iai.45.3.718-725.1984.

267. Bordetella pertussis pathogenesis: current and future challenges / J. A. Melvin, E. V. Scheller, J. F. Miller, P. A. Cotter // Nature Reviews Microbiology. - 2014. - Vol. 12. - № 4. - P. 274-288. - DOI 10.1038/nrmicro3235.

268. Development of a real-time PCR for the identification of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis / A. Menard, P. Lehours, J. Sarlangue [et al.] // Clinical Microbiology and Infection. - 2007. - Vol. 13. - № 4. - P. 419-423. -DOI 10.1111/j.1469-0691.2006.01659.x.

269. Surface-associated filamentous hemagglutinin induces autoagglutination of Bordetella pertussis / F. D. Menozzi, P. E. Boucher, G. Riveau [et al.] // Infection and Immunity. - 1994. - Vol. 62. - № 10. - P. 4261-4269. - DOI 10.1128/iai.62.10.4261-4269.1994.

270. Merkel, T. J. Characterization of the bvgR locus of Bordetella pertussis / T. J. Merkel, C. Barros, S. Stibitz // Journal of Bacteriology. - 1998. - Vol. 180. -№ 7. - P. 1682-1690. - DOI 10.1128/JB.180.7.1682-1690.1998.

271. Serologic Diagnosis of Pertussis: Evaluation of Pertussis Toxin and Other Antigens in Enzyme-Linked Immunosorbent Assay / J. Mertsola, O. Ruuskanen, T. Kuronen [et al.] // Journal of Infectious Diseases. - 1990. - Vol. 161. - № 5. -P. 966-971. - DOI 10.1093/infdis/161.5.966.

272. Homologous and heterologous protection after single intranasal administration of live attenuated recombinant Bordetella pertussis / N. Mielcarek, G. Riveau, F. Remoue [et al.] // Nature Biotechnology. - 1998. - Vol. 16. - № 5. -P. 454-457. - DOI 10.1038/nbt0598-454.

273. Live Attenuated B. pertussis as a Single-Dose Nasal Vaccine against Whooping Cough / N. Mielcarek, A.-S. Debrie, D. Raze [et al.] // PLoS Pathogens.

- 2006. - Vol. 2. - № 7. - P. e65. - DOI 10.1371/journal.ppat.0020065.

274. Mikheeva, I. V. MODERN EPIDEMIOLOGICAL AND ECONOMIC CHARACTERISTICS OF WHOOPING COUGH IN MOSCOW / I. V. Mikheeva, N. N. Fomkina, M. A. Mikheeva // Journal Infectology. - 2019. - Vol. 11. - № 1.

- P. 84-91. - DOI 10.22625/2072-6732-2019-11-1-84-91.

275. Miller, J. F. Coordinate Regulation and Sensory Transduction in the Control of Bacterial Virulence / J. F. Miller, J. J. Mekalanos, S. Falkow // Science. - 1989.

- Vol. 243. - № 4893. - P. 916-922. - DOI 10.1126/science.2537530.

276. The BvgAS signal transduction system regulates biofilm development in Bordetella / M. Mishra, G. Parise, K. D. Jackson [et al.] // Journal of Bacteriology.

- 2005. - Vol. 187. - № 4. - P. 1474-1484. - DOI 10.1128/JB.187.4.1474-1484.2005.

277. Addition of a TLR7 agonist to an acellular pertussis vaccine enhances Th1 and Th17 responses and protective immunity in a mouse model / A. Misiak, R. Leuzzi, A. C. Allen [et al.] // Vaccine. - 2017. - Vol. 35. - № 39. - P. 52565263. - DOI 10.1016/j.vaccine.2017.08.009.

278. Polymorphism in the Bordetella pertussis virulence factors P.69/pertactin and pertussis toxin in The Netherlands: temporal trends and evidence for vaccine-driven evolution / F. R. Mooi, H. Van Oirschot, K. Heuvelman [et al.] // Infection and Immunity. - 1998. - Vol. 66. - № 2. - P. 670-675. - DOI 10.1128/IAI.66.2.670-675.1998.

279. Bordetella pertussis strains with increased toxin production associated with pertussis resurgence / F. R. Mooi, I. H. M. Van Loo, M. Van Gent [et al.] // Emerging Infectious Diseases. - 2009. - Vol. 15. - № 8. - P. 1206-1213. - DOI 10.3201/eid1508.081511.

280. The BvgAS Regulon of Bordetella pertussis / K. Moon, R. P. Bonocora, D. D. Kim [et al.] // mBio. - 2017. - Vol. 8. - № 5. - P. e01526-17. - DOI 10.1128/mBio.01526-17.

281. Multi-locus variable-number tandem repeat analysis of Bordetella pertussis isolates circulating in Poland in the period 1959-2013 / E. Mosiej, K. Krysztopa-Grzybowska, M. Polak [et al.] // Journal of Medical Microbiology. - 2017. -Vol. 66. - № 6. - P. 753-761. - DOI 10.1099/jmm.0.000408.

282. Munoz, J. J. Mouse-protecting and histamine-sensitizing activities of pertussigen and fimbrial hemagglutinin from Bordetella pertussis / J. J. Munoz, H. Arai, R. L. Cole // Infection and Immunity. - 1981. - Vol. 32. - № 1. - P. 243250. - DOI 10.1128/iai.32.1.243-250.1981.

283. Bordetella filamentous hemagglutinin and adenylate cyclase toxin interactions on the bacterial surface are consistent with FhaB-mediated delivery of ACT to phagocytic cells / Z. M. Nash, C. S. Inatsuka, P. A. Cotter, R. M. Johnson // mBio.

- 2024. - Vol. 15. - № 5. - P. e00632-24. - DOI 10.1128/mbio.00632-24.

284. Detection of Bordetella pertussis in clinical specimens by PCR and a microtiter plate-based DNA hybridization assay / S. Nelson, A. Matlow, C. McDowell [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1997. - Vol. 35. - № 1.

- P. 117-120. - DOI 10.1128/jcm.35.1.117-120.1997.

285. Clinical-diagnostic value of bordetella pertussis genetic markers in contact persons in familial foci / Yu. V. Nesterova, A. Yu. Medkova, I. V. Babachenko [et al.] // Journal Infectology. - 2019. - Vol. 11. - № 1. - P. 17-24. - DOI 10.22625/2072-6732-2019-11-1-17-24.

286. Nicholson, T. L. Transcriptome Profiling Reveals Stage-Specific Production and Requirement of Flagella during Biofilm Development in Bordetella bronchiseptica / T. L. Nicholson, M. S. Conover, R. Deora // PLoS ONE. - 2012. -Vol. 7. - № 11. - P. e49166. - DOI 10.1371/journal.pone.0049166.

287. Clinical and Laboratory Features of Pertussis in Infants at the Onset of a California Epidemic / D. J. Nieves, J. Singh, N. Ashouri [et al.] // The Journal of Pediatrics. - 2011. - Vol. 159. - № 6. - P. 1044-1046. - DOI 10.1016/j.jpeds.2011.08.010.

288. Nieves, D. J. Bordetella pertussis / D. J. Nieves, U. Heininger // Microbiology Spectrum. - 2016. - Vol. 4. - № 3. - P. 4.3.25. - DOI 10.1128/microbiolspec.EI 10-0008-2015.

289. Comparison of culture and real-time PCR for detection of Bordetella pertussis isolated from patients in Iran / V. S. Nikbin, F. Shahcheraghi, M. N. Lotfi [et al] // Iranian Journal of Microbiology. - 2013. - Vol. 5. - № 3. - P. 209-214.

290. Pertussis epidemic in Denmark, August 2023 to February 2024 / A. C. Nordholm, H.-D. Emborg, S. K. N0rgaard [et al.]. - Text: electronic // Eurosurveillance. - 2024. - Vol. 29. - № 14. - DOI 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.14.2400160. - URL: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2024.29.14.2400160 (date accessed: 22.12.2025).

291. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): principle, features, and future prospects / T. Notomi, Y. Mori, N. Tomita, H. Kanda // Journal of Microbiology. - 2015. - Vol. 53. - № 1. - P. 1-5. - DOI 10.1007/s12275-015-4656-9.

292. Analysis of antibody profiles in children with whooping cough / P. Novotny, M. E. Macaulay, T. C. Hart, F. Skvaril // Developments in Biological Standardization. - 1991. - Vol. 73. - P. 267-273.

293. Nuccio, S.-P. Evolution of the Chaperone/Usher Assembly Pathway: Fimbrial Classification Goes Greek / S.-P. Nuccio, A. J. Bäumler // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2007. - Vol. 71. - № 4. - P. 551-575. - DOI 10.1128/MMBR.00014-07.

294. Recurrent apnea in an infant with pertussis due to household transmission / M. Ochi, N. Nosaka, E. Knaup [et al.] // Clinical Case Reports. - 2017. - Vol. 5. -№ 3. - P. 241-245. - DOI 10.1002/ccr3.765.

295. Protective Activities of the Filamentous Hemagglutinin and the Lymphocytosis-Promoting Factor of Bordetella pertussis in Mice / M. Oda, J. L. Cowell, D. G. Burstyn, C. R. Manciark // Journal of Infectious Diseases. -1984. - Vol. 150. - № 6. - P. 823-833. - DOI 10.1093/infdis/150.6.823.

296. Amplification of DNA by the Poiymerase Chain Reaction for the Efficient Diagnosis of Pertussis / P. Olcen, A. Bäckman, B. Johansson [et al.] // Scandinavian Journal of Infectious Diseases. - 1992. - Vol. 24. - № 3. - P. 339345. - DOI 10.3109/00365549209061340.

297. Oliver, D. C. Antibodies to BrkA augment killing of Bordetella pertussis / D. C. Oliver, R. C. Fernandez // Vaccine. - 2001. - Vol. 20. - № 1-2. - P. 235241. - DOI 10.1016/S0264-410X(01)00269-9.

298. Prevalence and genetic characterization of pertactin-deficient Bordetella pertussis in Japan / N. Otsuka, H.-J. Han, H. Toyoizumi-Ajisaka [et al.] // PLoS ONE. - 2012. - Vol. 7. - № 2. - P. e31985. - DOI 10.1371/journal.pone.0031985.

299. Pathology and pathogenesis of fatal Bordetella pertussis infection in infants / C. D. Paddock, G. N. Sanden, J. D. Cherry [et al.] // Clinical Infectious Diseases. -2008. - Vol. 47. - № 3. - P. 328-338. - DOI 10.1086/589753.

300. Comparative genomics of the classical Bordetella subspecies: the evolution and exchange of virulence-associated diversity amongst closely related pathogens / J. Park, Y. Zhang, A. M. Buboltz [et al.] // BMC Genomics. - 2012. - Vol. 13. -№ 1. - P. 545. - DOI 10.1186/1471-2164-13-545.

301. Comparative analysis of the genome sequences of Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis and Bordetella bronchiseptica / J. Parkhill, M. Sebaihia, A. Preston [et al.] // Nature Genetics. - 2003. - Vol. 35. - № 1. - P. 32-40. - DOI 10.1038/ng1227.

302. Prevalence and molecular characterization of pertactin-deficient Bordetella pertussis in the United States / L. C. Pawloski, A. M. Queenan, P. K. Cassiday [et al.] // Clinical and Vaccine Immunology. - 2014. - Vol. 21. - № 2. - P. 119-125. -DOI 10.1128/CVI.00717-13.

303. Pinto, M. V. Pertussis disease and transmission and host responses: insights from the baboon model of pertussis / M. V. Pinto, T. J. Merkel // Journal of Infection. - 2017. - Vol. 74. - P. S114-S119. - DOI 10.1016/S0163-4453(17)30201-3.

304. Poddar, S. K. Rapid detection of Bordetella pertussis by real-time PCR using SYBR green I and a LightCycler instrument / S. K. Poddar // Journal of Clinical Laboratory Analysis. - 2004. - Vol. 18. - № 5. - P. 265-270. - DOI 10.1002/jcla.20035.

305. Functional promoters created by the insertion of transposable element IS1 / P. Prentki, B. Teter, M. Chandler, D. J. Galas // Journal of Molecular Biology. -1986. - Vol. 191. - № 3. - P. 383-393. - DOI 10.1016/0022-2836(86)90134-8.

306. Preston, A. The Bordetellae: lessons from genomics / A. Preston, J. Parkhill, D. J. Maskell // Nature Reviews Microbiology. - 2004. - Vol. 2. - № 5. - P. 379390. - DOI 10.1038/nrmicro886.

307. Identification and evaluation of new target sequences for specific detection of Bordetella pertussis by real-time PCR / W. S. Probert, J. Ely, K. Schrader [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2008. - Vol. 46. - № 10. - P. 3228-3231. -DOI 10.1128/JCM.00386-08.

308. Pseudomonas aeruginosa: pathogenesis, virulence factors, antibiotic resistance, interaction with host, technology advances and emerging therapeutics / S. Qin, W. Xiao, C. Zhou [et al.] // Signal Transduction and Targeted Therapy. -2022. - Vol. 7. - Pseudomonas aeruginosa. - № 1. - P. 199. - DOI 10.1038/s41392-022-01056-1.

309. Multitarget PCR for Diagnosis of Pertussis and Its Clinical Implications / X. Qin, E. Galanakis, E. T. Martin, J. A. Englund // Journal of Clinical Microbiology. - 2007. - Vol. 45. - № 2. - P. 506-511. - DOI 10.1128/JCM.02042-06.

310. Increasing FIM2/3 antigen-content improves efficacy of Bordetella pertussis vaccines in mice in vivo without altering vaccine-induced human reactogenicity biomarkers in vitro / A. M. Queenan, D. J. Dowling, W. K. Cheng [et al.] // Vaccine. - 2019. - Vol. 37. - № 1. - P. 80-89. - DOI 10.1016/j.vaccine.2018.11.028.

311. Bordetella pertussis outer membrane vesicle vaccine confers equal efficacy in mice with milder inflammatory responses compared to a whole-cell vaccine / R. H. M. Raeven, J. Brummelman, J. L. A. Pennings [et al.] // Scientific Reports. -2016. - Vol. 6. - № 1. - P. 38240. - DOI 10.1038/srep38240.

312. The Role of Virulence Proteins in Protection Conferred by Bordetella pertussis Outer Membrane Vesicle Vaccines / R. H. M. Raeven, N. Van Vlies, M. L. M. Salverda [et al.] // Vaccines. - 2020. - Vol. 8. - № 3. - P. 429. - DOI 10.3390/vaccines8030429.

313. Regan, J. Enrichment medium for the isolation of Bordetella / J. Regan,

F. Lowe // Journal of Clinical Microbiology. - 1977. - Vol. 6. - № 3. - P. 303309. - DOI 10.1128/jcm.6.3.303-309.1977.

314. Register, K. B. Evaluation of specificity of BP3385 for Bordetella pertussis detection / K. B. Register, T. L. Nicholson, J. L. Guthrie // Journal of Clinical Microbiology. - 2010. - Vol. 48. - № 9. - P. 3334-3337. - DOI 10.1128/JCM.00945-10.

315. Validation of nested Bordetella PCR in pertussis vaccine trial / E. Reizenstein, L. Lindberg, R. Möllby, H. O. Hallander // Journal of Clinical Microbiology. -1996. - Vol. 34. - № 4. - P. 810-815. - DOI 10.1128/jcm.34.4.810-815.1996.

316. Induction of mucosal immune responses against a heterologous antigen fused to filamentous hemagglutinin after intranasal immunization with recombinant Bordetella pertussis. / G. Renauld-Mongénie, N. Mielcarek, J. Cornette [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1996. - Vol. 93. - № 15. -P. 7944-7949. - DOI 10.1073/pnas.93.15.7944.

317. Performance of commercial enzyme-linked immunosorbent assays for detection of antibodies to Bordetella pertussis / M. Riffelmann, K. Thiel, J. Schmetz, C. H. Wirsing Von Koenig // Journal of Clinical Microbiology. - 2010. - Vol. 48. - № 12. - P. 4459-4463. - DOI 10.1128/JCM.01371-10.

318. Rivera, I. Evolution and Conservation of Bordetella Intracellular Survival in Eukaryotic Host Cells / I. Rivera, B. Linz, E. T. Harvill // Frontiers in Microbiology. - 2020. - Vol. 11. - P. 557819. - DOI 10.3389/fmicb.2020.557819.

319. Outer membrane vesicles as acellular vaccine against pertussis / R. Roberts,

G. Moreno, D. Bottero [et al.] // Vaccine. - 2008. - Vol. 26. - № 36. - P. 46394646. - DOI 10.1016/j.vaccine.2008.07.004.

320. Epidemiologic and laboratory features of a large outbreak of pertussis-like illnesses associated with cocirculating Bordetella holmesii and Bordetella pertussis--Ohio, 2010-2011 / L. Rodgers, S. W. Martin, A. Cohn [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2013. - Vol. 56. - № 3. - P. 322-331. - DOI 10.1093/cid/cis888.

321. Diagnostic study of pertussis using PCR in primary care clinics / C. Rodríguez Arranz, M. a R. Albañil Ballesteros, C. García Vera [et al.] // Anales de Pediatría (English Edition). - 2022. - Vol. 97. - № 4. - P. 262-269. - DOI 10.1016/j.anpede.2022.02.005.

322. A real-time PCR assay with improved specificity for detection and discrimination of all clinically relevant Bordetella species by the presence and distribution of three Insertion Sequence elements / L. Roorda, J. Buitenwerf,

J. M. Ossewaarde, A. Van Der Zee // BMC Research Notes. - 2011. - Vol. 4. -№ 1. - P. 11. - DOI 10.1186/1756-0500-4-11.

323. Bordatella pertussis Respiratory Infection in Children Is Associated with Preferential Activation of Type 1 T Helper Cells / M. Ryan, G. Murphy, L. Gothefors [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 1997. - Vol. 175. -№ 5. - P. 1246-1250. - DOI 10.1086/593682.

324. Pertactin negative Bordetella pertussis demonstrates higher fitness under vaccine selection pressure in a mixed infection model / A. Safarchi, S. Octavia, L. D. W. Luu [et al.] // Vaccine. - 2015. - Vol. 33. - № 46. - P. 6277-6281. - DOI 10.1016/j.vaccine.2015.09.064.

325. Monoclonal antibody against pertussis toxin: effect on toxin activity and pertussis infections / H. Sato, A. Ito, J. Chiba, Y. Sato // Infection and Immunity. -1984. - Vol. 46. - № 2. - P. 422-428. - DOI 10.1128/iai.46.2.422-428.1984.

326. Fatal Pertussis in the Neonatal Mouse Model Is Associated with Pertussis Toxin-Mediated Pathology beyond the Airways / K. M. Scanlon, Y. G. Snyder, C. Skerry, N. H. Carbonetti // Infection and Immunity. - 2017. - Vol. 85. - № 11.

- P. e00355-17. - DOI 10.1128/IAI.00355-17.

327. Scanlon, K. M. Pertussis Toxin Promotes Pulmonary Hypertension in an Infant Mouse Model of Bordetella pertussis Infection / K. M. Scanlon, L. Chen, N. H. Carbonetti // The Journal of Infectious Diseases. - 2022. - Vol. 225. - № 1.

- P. 172-176. - DOI 10.1093/infdis/jiab325.

328. Scanlon, K. Association of Pertussis Toxin with Severe Pertussis Disease / K. Scanlon, C. Skerry, N. Carbonetti // Toxins. - 2019. - Vol. 11. - № 7. - P. 373.

- DOI 10.3390/toxins11070373.

329. Sequential activation and environmental regulation of virulence genes in Bordetella pertussis. / V. Scarlato, B. Arico, A. Prugnola, R. Rappuoli // The EMBO Journal. - 1991. - Vol. 10. - № 12. - P. 3971-3975. - DOI 10.1002/j.1460-2075.1991.tb04967.x.

330. Schaeffer, L. M. Pertussis toxin and lipopolysaccharide influence phagocytosis of Bordetella pertussis by human monocytes / L. M. Schaeffer, A. A. Weiss // Infection and Immunity. - 2001. - Vol. 69. - № 12. - P. 7635-7641.

- DOI 10.1128/IAI.69.12.7635-7641.2001.

331. Scheller, E. V. Bordetella filamentous hemagglutinin and fimbriae: critical adhesins with unrealized vaccine potential / E. V. Scheller, P. A. Cotter // Pathogens and Disease. - 2015. - Vol. 73. - № 8. - P. ftv079. - DOI 10.1093/femspd/ftv079.

332. Polymerase chain reaction (PCR) compared with conventional identification in culture for detection of Bordetella pertussis in 7153 children / G. Schmidt-Schläpfer, J. G. Liese, F. Porter [et al.] // Clinical Microbiology and Infection. -1997. - Vol. 3. - № 4. - P. 462-467. - DOI 10.1111/j.1469-0691.1997.tb00283.x.

333. Nasal vaccines for pertussis / P. Schmitt, L. Borkner, S. D. Jazayeri [et al.] // Current Opinion in Immunology. - 2023. - Vol. 84. - P. 102355. - DOI 10.1016/j.coi.2023.102355.

334. Sealey, K. L. Bordetella pertussis epidemiology and evolution in the light of pertussis resurgence / K. L. Sealey, T. Belcher, A. Preston // Infection, Genetics and Evolution. - 2016. - Vol. 40. - P. 136-143. - DOI 10.1016/j.meegid.2016.02.032.

335. FHA-mediated cell-substrate and cell-cell adhesions are critical for Bordetella pertussis biofilm formation on abiotic surfaces and in the mouse nose and the trachea / D. O. Serra, M. S. Conover, L. Arnal [et al.] // PLoS ONE. - 2011. -Vol. 6. - № 12. - P. e28811. - DOI 10.1371/journal.pone.0028811.

336. Novel intranasal pertussis vaccine based on bacterium-like particles as a mucosal adjuvant / W. Shi, Y. Kou, H. Jiang [et al.] // Immunology Letters. -2018. - Vol. 198. - P. 26-32. - DOI 10.1016/j.imlet.2018.03.012.

337. IS481-Induced Variability of Bordetella pertussis / L. N. Sinyashina, A. Yu. Medkova, E. G. Semin [et al.]. - Text: electronic // National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH / eds. V. St. Georgiev [et al.]. - Totowa, NJ : Humana Press, 2008. - P. 227-231. - URL: http://link.springer.com/10.1007/978-1-59745-569-5_24 (date accessed: 22.12.2025).

338. Sources of Infant Pertussis Infection in the United States / T. H. Skoff, C. Kenyon, N. Cocoros [et al.] // Pediatrics. - 2015. - Vol. 136. - № 4. - P. 635641. - DOI 10.1542/peds.2015-1120.

339. The Bordetella Bps polysaccharide is critical for biofilm development in the mouse respiratory tract / G. P. Sloan, C. F. Love, N. Sukumar [et al.] // Journal of Bacteriology. - 2007. - Vol. 189. - № 22. - P. 8270-8276. - DOI 10.1128/JB.00785-07.

340. Multiplex LightCycler PCR assay for detection and differentiation of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis in nasopharyngeal specimens / L. M. Sloan, M. K. Hopkins, P. S. Mitchell [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2002. - Vol. 40. - № 1. - P. 96-100. - DOI 10.1128/JCM.40.1.96-100.2002.

341. Occurrence of 3 Bordetella species during an outbreak of cough illness in Ohio: epidemiology, clinical features, laboratory findings and antimicrobial

susceptibility / K. B. Spicer, D. Salamon, C. Cummins [et al.] // Pediatric Infectious Disease Journal. - 2014. - Vol. 33. - № 7. - P. e162-e167. - DOI 10.1097/INF.0000000000000262.

342. Bordetella pertussis risA, but not risS, is required for maximal expression of Bvg-repressed genes / T. H. Stenson, A. G. Allen, J. A. al-Meer [et al.] // Infection and Immunity. - 2005. - Vol. 73. - № 9. - P. 5995-6004. - DOI 10.1128/IAI.73.9.5995-6004.2005.

343. Stepenko, A. V. Current epidemiological characteristics of pertussis in the Russian Federation / A. V. Stepenko, A. Ya. Mindlina // Journal Infectology. -2020. - Vol. 12. - № 2. - P. 142-150. - DOI 10.22625/2072-6732-2020-12-2-142150.

344. Phase variation in Bordetella pertussis by frameshift mutation in a gene for a novel two-component system / S. Stibftz, W. Aaronson, D. Monackt, S. Falkowt // Nature. - 1989. - Vol. 338. - № 6212. - P. 266-269. - DOI 10.1038/338266a0.

345. Stibitz, S. Mutations affecting the alpha subunit of Bordetella pertussis RNA polymerase suppress growth inhibition conferred by short C-terminal deletions of the response regulator BvgA / S. Stibitz // Journal of Bacteriology. - 1998. -Vol. 180. - № 9. - P. 2484-2492. - DOI 10.1128/JB.180.9.2484-2492.1998.

346. Stibitz, S. IS481 and IS1002 of Bordetella pertussis create a 6-base-pair duplication upon insertion at a consensus target site / S. Stibitz // Journal of Bacteriology. - 1998. - Vol. 180. - № 18. - P. 4963-4966. - DOI 10.1128/JB. 180.18.4963-4966.1998.

347. Identification and characterization of BipA, a Bordetella Bvg-intermediate phase protein / K. E. Stockbauer, B. Fuchslocher, J. F. Miller, P. A. Cotter // Molecular Microbiology. - 2001. - Vol. 39. - № 1. - P. 65-78. - DOI 10.1046/j.1365-2958.2001.02191.x.

348. Using open source data to estimate the global epidemiology of pertussis / H. Stone, A. Moa, C. R. MacIntyre, A. A. Chughtai. - Text: electronic // Global Biosecurity. - 2020. - Vol. 1. - № 4. - DOI 10.31646/gbio.65. - URL: https://jglobalbiosecurity.com/index.php/up-j-gb/article/view/65 (date accessed: 28.12.2025).

349. Storsaeter, J. Relative efficacy of two acellular pertussis vaccines during three years of passive surveillance / J. Storsaeter, P. Olin // Vaccine. - 1992. - Vol. 10. -№ 3. - P. 142-144. - DOI 10.1016/0264-410X(92)90002-2.