Роль микроРНК в регуляции эпигенетических процессов при раке желудка тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Ветчинкина Екатерина Александровна
Ветчинкина Екатерина Александровна
кандидат наук
2025
- Специальность ВАК РФ00.00.00
- Количество страниц 121
Оглавление диссертации кандидат наук Ветчинкина Екатерина Александровна
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования
Степень разработанности темы исследования
Цель исследования
Задачи, решаемые в ходе исследования:
Научная новизна исследования
Теоретическая и практическая значимость исследования
Методология и методы исследования
Положения, выносимые на защиту
Степень достоверности результатов
Апробация работы
Личный вклад автора в проведенное исследование
Соответствие паспорту специальности
Публикации
Внедрение результатов исследования
Структура и объем диссертации
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Эпидемиология, этиология и классификация рака желудка
1.2 Эпигенетические изменения при канцерогенезе
1.3 Биогенез, функции и секреция микроРНК при канцерогенезе
1.4 МикроРНК и днРНК в регуляции эпигенетических процессов при канцерогенезе
1.5 МикроРНК в диагностике и прогнозировании рака желудка
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Дизайн исследования
2.2 Выборка пациентов и образцы биоматериала
2.3 Молекулярно-генетические методы
2.3.1 Выделение РНК и получение кДНК
2.3.2 Проведение ПЦР в реальном времени
2.3.3 Анализ микросателлитной нестабильности
2.4 Эксперименты по трансфекции клеточных линий
2.4.1 Получение векторов
2.4.2 Трансфекция клеток
2.5 Статистический анализ
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1 Отбор микроРНК и их мишеней
3.1.1 Взаимосвязь уровней экспрессии микроРНК и их мишеней в опухолевой ткани желудка пациентов
3.2 Анализ экспрессии микроРНК и их мишеней in vitro
3.3 Оценка уровня представленности транскриптов микроРНК в биологическом материале
3.3.1 Оценка микроРНК в опухоли, прилегающей морфологически неизмененной ткани желудка и контрольной группе
3.3.2 Оценка микроРНК в плазме пациентов и контрольной группе
3.4 Оценка уровня представленности транскриптов PROX1-AS1 и ARID1A в опухоли и прилегающей морфологически неизмененной ткани желудка
3.5 Анализ связи между представленностью транскриптов микроРНК и их мишеней с клиническими показателями пациентов
3.5.1 Анализ связи экспрессии днРНК PROX1-AS1 и микроРНК miR-647 в опухоли с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.5.2 Анализ связи экспрессии днРНК PROX1-AS1 и микроРНК miR-647 в прилегающей морфологически нормальной ткани пациентов с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.5.3 Анализ связи относительного уровня экспрессии днРНК PROX1-AS1 и микроРНК miR-647 с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.5.4 Анализ связи экспрессии гена ЛЮБЫ и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p в опухоли с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.5.5 Анализ связи экспрессии гена ЛШВ1Л и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p в прилегающей морфологически нормальной ткани пациентов с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.5.6 Анализ связи относительного уровня экспрессии ЛШВ1Л и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.5.7 Анализ связи представленности транскриптов микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p в плазме пациентов с клинико-патологическими характеристиками
3.5.8 Анализ связи представленности транскрипта микроРНК miR-106a-5p в плазме, опухоли и прилегающей морфологически нормальной ткани с клинико-патологическими характеристиками пациентов
3.6 Оценка возможности использования представленности транскриптов микроРНК в плазме в качестве молекулярных маркеров рака желудка
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
Список статей, опубликованных в журналах, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России
Список публикаций в других изданиях СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
97
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
3'-UTR - 3'-нетранслируемая область
769-P - клеточная линия, полученная из карциномы почки человека 95% ДИ - 95% доверительный интервал
A549 - клеточная линия, полученная из аденокарциномы легкого AUC (area under curve) - площадь под кривой Ct (cycle threshold) - значения порогового цикла
HCT 116 - клеточная линия, полученная из колоректальной карциномы HEK293 - клеточная линия, полученная из эмбриональной почки человека MCF-7 - клеточная линия, полученная из рака молочной железы MiR - микроРНК
MSI (microsatellite instability) - микросателлитная нестабильность MSI-H (high) - высокий уровень микросателлитной нестабильности MSI-L (low) - низкий уровень микросателлитной нестабильности MSS (microsatellite stable) - микросателлитная стабильность p (p-value) - p-значение, уровень значимости Q1/Q3 (quartile) - первый и третий квартили
ROC-кривая (receiver operating characteristic curve) - кривая рабочей характеристики приемника SKBR3 - клеточная линия, полученная из аденокарциномы молочной железы SNU-1 - клеточная линия, полученная из рака желудка
TNM (tumor, nodus, metastasis) - международная классификация стадий злокачественных
новообразований, где Т - характеристика первичной опухоли (глубина инвазии опухоли в
стенку желудка), N - характеристика состояния регионарных лимфоузлов, M - наличие или
отсутствие отдаленных метастазов
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
днРНК - длинные некодирующие РНК
ЗНО - злокачественное новообразование
кДНК - комплементарная ДНК
Ме - медиана
мРНК - матричная РНК
нкРНК - некодирующая РНК
ОТ - обратная транскрипция
ПЦР-РВ - полимеразная цепная реакция в реальном времени
РЖ - рак желудка
у.е. - условные единицы (экспрессии)
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования
Рак желудка (РЖ) находится на пятом месте среди часто диагностируемых онкологических заболеваний и на третьем месте среди причин смерти пациентов от рака во всем мире [1]. Такой высокий уровень смертности от РЖ объясняется слабо выраженными и неспецифическими симптомами на ранних стадиях заболевания, быстрым прогрессированием заболевания, а также поздним клиническим проявлением. РЖ часто диагностируется на поздних стадиях, когда наблюдается увеличение размеров и глубины инвазии опухоли, а также наличие отдаленных метастазов, что значительно ухудшает прогноз и снижает эффективность лечения. Поэтому поиск новых диагностических и прогностических маркеров для малоинвазивной диагностики, имеет большое значение для своевременной диагностики и успешного лечения РЖ. В последние годы показано, что нарушение регуляции эпигенетических механизмов (аномальное метилирование ДНК, аберрантные модификации гистонов, изменение экспрессии некодирующих РНК (нкРНК)) играет важную роль в канцерогенезе. Эти нарушения могут быть рассмотрены в качестве потенциальных диагностических и прогностических биомаркеров и терапевтических мишеней [2].
Так, циркулирующие в крови молекулы микроРНК являются новой перспективой малоинвазивной диагностики многих заболеваний, в том числе онкологических. МикроРНК в качестве маркеров являются удобными для лабораторного исследования, но их внедрение в клиническую практику требует кропотливой доработки, чтобы преодолеть технические ограничения: разработать стандартизацию пробоподготовки образцов и молекулярно-генетических методов, протоколы количественной оценки и нормализации полученных данных для дальнейшей интерпретации [3]. В этом направлении ведется множество исследований. Например, было показано, что использование микроРНК в составе панелей биомаркеров может существенно повысить точность диагностики РЖ [4], [5].
Злокачественные новообразования (ЗНО) представляют собой сложные интегральные системы, механизм возникновения и функционирования которых продолжают исследовать. Изучение молекулярных механизмов эпигенетической регуляции, с помощью которых микроРНК влияют на экспрессию генов, вовлеченных в эпигенетическую регуляцию при РЖ поможет существенно расширить знания об эпигенетических основах канцерогенеза и остается актуальной задачей. Кроме того, анализ ассоциации микроРНК с клинико-патологическими
характеристиками российских пациентов может стать основой для разработки персонализированных методов диагностики и лечения РЖ.
Степень разработанности темы исследования
Развитие РЖ является результатом взаимодействия структурных изменений ДНК и эпигенетических факторов, образующих сложную интегральную систему, механизм которой до сих пор изучен не полностью. Эпигенетические изменения служат механизмом изменения экспрессии генов при РЖ, формируя агрессивный фенотип опухоли. Эти изменения не затрагивают первичную структуру ДНК, но модифицируют ее функциональную активность, приводя к активации онкогенов или подавлению генов-супрессоров опухоли. Так, аберрантная экспрессия генов, регулирующих апоптоз и репарацию ДНК, сигнальные пути, транскрипцию и клеточный цикл приводит к развитию и прогрессированию РЖ [6]. В связи с этим, остается актуальным поиск потенциальных клинических маркеров и новых таргетов для лечения, как среди генов, имеющих повышенную частоту соматических мутаций в опухолях желудка, так и среди эпигенетических регуляторных механизмов, таких как метилирование ДНК, модификация гистонов и некодирующие РНК, регулирующие активность генов.
Известно, что эпигенетические механизмы регулируют экспрессию генов, взаимодействуя комплексно, объединяясь в широкую регуляторную сеть, влияющую на геном и друг на друга. Нарушение эпигенетических механизмов происходит на ключевых этапах канцерогенеза, в том числе наблюдается аберрантное изменение экспрессии нкРНК. За последние несколько лет возросло понимание механизмов регуляции генов с помощью нкРНК. В частности, регуляция экспрессии генов с помощью длинных некодирующих РНК (днРНК) и микроРНК широко изучается многими исследователями. Сложная сеть взаимодействия днРНК-микроРНК-мРНК представляет собой динамическую систему, которая контролирует экспрессию генов и играет важную роль в онкогенезе и метастазировании. Так, днРНК участвуют в регуляции экспрессии генов на транскрипционном и посттранскрипционном уровнях. ДнРНК могут конкурировать с мРНК за связывание с микроРНК, тем самым защищая мРНК от возможной репрессии трансляции и деградации [6], [7].
Прогресс в изучении молекулярного ландшафта РЖ, который мы наблюдаем за последние годы, направлен на усовершенствование методов диагностики и повышение ее точности. Циркулирующие некодирующие РНК, включая микроРНК, а также белковые компоненты внеклеточных везикул являются перспективными биомаркерами для неинвазивной диагностики рака. Многочисленные исследования направлены на выявление специфических биомаркеров из
крови, мочи, слюны, желудочном соке для неинвазивной диагностики. Изучение уровня представленности транскриптов микроРНК в тканях и биологических жидкостях пациентов с диагнозом РЖ в качестве потенциальных онкологических маркеров для диагностики и прогностического значения РЖ является перспективным направлением [8], [9].
В последнее время все больше исследований подтверждают, что микроРНК играют важную роль в патогенезе РЖ. Изменение их экспрессии может рассматриваться как одно из ключевых событий канцерогенеза, делая их перспективными кандидатами на роль биомаркера. МикроРНК удовлетворяют всем требованиям, предъявляемым к биомаркерам, и имеют ряд преимуществ. Они демонстрируют дифференциальную представленность транскриптов в плазме пациентов с диагнозом РЖ и здоровых доноров. Паттерны дифференциальной экспрессии микроРНК были ассоциированы с клинико-патологическими характеристиками и молекулярной классификацией разных видов рака, что интересно для их дальнейшего изучения в качестве потенциальных прогностических опухолевых маркеров при РЖ [10], [11]. Большим преимуществом микроРНК является то, что они стабильны и легко детектируются в плазме крови, что позволяет применять их для малоинвазивной диагностики в качестве «жидкостной биопсии» [12], [13]. Кроме того, активно ведутся поиски новых чувствительных биомаркеров на основе панелей из нескольких микроРНК. Так, недавно разработанная панель из 12 таргетных микроРНК для диагностики РЖ в сыворотке имела высокое значение АиС - 0,93 ([95% ДИ]: 0,900,95), а также показала себя экономически эффективным методом оценки риска РЖ по сравнению с эндоскопией [14].
Более глубокое понимание молекулярных механизмов канцерогенеза на эпигенетическом уровне имеет большое значение не только с теоретической точки зрения, но и для клинической практики.
Цель исследования
Проанализировать влияние микроРНК miR-129-5p, miR-647, miR-3613-3p, miR-106-5p на экспрессию днРНК PROX1-AS1 и гена ЛШВ1Л, вовлеченных в регуляцию эпигенетических механизмов при канцерогенезе желудка и оценить их потенциал в качестве диагностических и прогностических маркеров при раке желудка.
Задачи, решаемые в ходе исследования:
1. Используя компьютерный анализ провести отбор микроРНК, регулирующих гены, вовлеченные в эпигенетические механизмы при канцерогенезе желудка и оценить регуляцию отобранных микроРНК и их мишеней на выборке пациентов и в клеточных линиях.
2. Оценить уровень представленности транскриптов отобранных микроРНК: miR-129-5p, miR-647, miR-3613-3p, miR-106-5p в опухолевых, прилегающих морфологически неизмененных тканях желудка, плазме пациентов с раком желудка, в морфологически нормальной ткани желудка здоровой группы и плазме контрольной группы.
3. Оценить уровень экспрессии мишеней для выбранных микроРНК: PROX1-AS1 и ARID1A в опухолевых, прилегающих морфологически неизмененных тканях желудка пациентов и контрольной группе.
4. Провести анализ ассоциации представленности транскриптов выбранных микроРНК и их мишеней с клиническими показателями у пациентов в опухолевых и прилегающих морфологически неизмененных тканях желудка, а также в плазме пациентов с диагнозом РЖ.
5. Оценить возможность их использования в качестве потенциальных диагностических и прогностических молекулярных маркеров при РЖ.
Научная новизна исследования
При проведении анализа баз данных miRBase, LncACTdb, GEO с использованием компьютерных алгоритмов mirDIP, RNAhybrid 2.2 и TargetScanHuman 7.1 впервые предложены пары микроРНК- ген-мишень, участвующие в эпигенетической регуляции канцерогенеза при РЖ и продемонстрировано потенциальное взаимодействие этих пар днРНК PROX1-AS1 и микроРНК miR-647, белок-кодирующего гена ARID1A и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p на моделях клеточных линий: SNU-1, HCT116, MCF-7, SKBR3, 769-P, A549 и HEK293.
Впервые на репрезентативной российской выборке клинического материала пациентов с диагнозом РЖ (110 образцов опухолевого материала и 110 образцов прилегающей морфологически неизмененной ткани желудка, 65 образов плазмы пациентов с РЖ) и в контрольной группе (38 образцов морфологически нормальной ткани желудка здоровой контрольной группы и 49 образцов плазмы здоровых добровольцев) проведена оценка и показан дифференциальный уровень экспрессии микроРНК miR-129-5p, miR-647, miR-3613-3p, miR-106a-5p и их мишеней днРНК PROX1-AS1 и белок-кодирующего гена ARID1A в опухолевых, прилегающих морфологически неизмененных тканях желудка и плазме пациентов с РЖ.
Показана связь уровня представленности транскриптов микроРНК в плазме крови пациентов с клинико-паталогическими характеристиками опухолевого процесса РЖ. Впервые на выборке российских пациентов выполнена оценка и показаны перспективы использования микроРНК miR-129-5p, miR-647, miR-3613-3p, miR-106a-5p и их мишеней днРНК PROX1-AS1 и белок-кодирующего гена ARID1A в качестве прогностических молекулярных при РЖ.
Теоретическая и практическая значимость исследования
В результате проведенного исследования на in vitro модели культур клеток: SNU-1, HCT116, MCF-7, SKBR3, 769-P, A549 и HEK293 получены данные о механизмах потенциального взаимодействия днРНК PROX1-AS1 и miR-647, белок-кодирующего гена ARID1A и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p. На клеточных моделях удалось показать, что предложенные пары гены-мишени-микроРНК участвуют в осуществлении процессов эпигенетической регуляции при канцерогенезе желудка.
Показано, что микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p вовлечены в регуляцию экспрессии гена ARID1A, связанного с функционированием хроматин моделирующего комплекса, а также, что микроРНК miR-647 снижает уровень представленности транскрипта днРНК PROX1-AS1 вовлеченного в процесс канцерогенеза при раке желудка. Полученные данные расширяют имеющиеся на данный момент знания о генах и транскриптах, вовлеченных в процессы эпигенетической регуляции при РЖ.
Продемонстрированы дифференциальные уровни экспрессии в опухолевой ткани пациентов с РЖ относительно контрольной ткани здорового желудка для miR-129-5p, miR-3613-3p, ARID1A, а также дифференциальные уровни представленности транскриптов в плазме относительно контрольной группы для miR-647, miR-129-5p, miR-106a-5p. Полученные результаты позволяют оценить возможности для использования анализируемых генов и транскриптов в качестве биологических маркеров развития РЖ.
При исследовании возможностей практического использования анализируемых генов и транскриптов в качестве прогностических маркеров показано, что повышение экспрессии miR-647 в опухолевой ткани пациентов с РЖ достоверно ассоциировано с увеличением размера и глубины инвазии опухоли, со снижением общей выживаемости пациентов, кишечным типом РЖ по классификации Лорен. Повышенный уровень представленности транскрипта miR-129-5p в опухолевой ткани пациентов с РЖ достоверно ассоциирован со снижением общей выживаемости пациентов, а в плазме пациентов с РЖ с увеличением размера и глубины инвазии опухоли, распространением метастазов в региональные лимфатические узлы, наличием отдаленных
метастазов и поздней клинической стадией. Повышенный уровень представленности транскрипта miR-3613-3p в опухолевой ткани пациентов с РЖ достоверно ассоциирован с увеличением размера и глубины инвазии опухоли, со снижением общей выживаемости пациентов, кишечным типом РЖ, а в плазме пациентов с РЖ с поздней клинической стадией. Повышенная экспрессия miR-106a-5p в опухолевой ткани пациентов с РЖ достоверно ассоциирована с увеличением размера и глубины инвазии опухоли, поражением регионарных лимфатических узлов и снижением общей выживаемости пациентов.
Таким образом, изменение экспрессии анализируемых транскриптов и генов связано с ухудшением клинического течения опухоли у пациентов, что позволяет рассматривать их в качестве вероятных маркеров негативного прогноза и использовать в сочетании с другими маркерами и факторами для оценки прогноза у пациентов.
При оценке практической значимости проведенный ROC-анализ продемонстрировал потенциальную возможность использования микроРНК miR-106a-5p, miR-129-5p и miR-647 в качестве комбинированной панели биомаркеров, позволяющей прогнозировать прогрессию опухоли: для выявления глубины инвазии опухоли, метастазировании в лимфатические узлы, стадии развития опухоли. Полученные результаты позволяют предложить новые варианты в разработке алгоритмов диагностики и клинического прогноза течения РЖ на основании панелей молекулярных маркеров РЖ для малоинвазивной диагностики.
Методология и методы исследования
Методологическая часть исследования включала: анализ научной литературы отечественных и зарубежных авторов по теме работы, использование компьютерных алгоритмов mirDIP, RNAhybrid 2.2, TargetScanHuman 7.1 и баз данных miRBase, LncACTdb, GEO, разработку дизайна исследования, постановку цели и задач, набора и аннотации биоматериала пациентов с диагнозом РЖ, выбора молекулярно-генетических методов и статистических критериев.
В исследование включено 285 образцов биоматериала от пациентов с РЖ, проходивших лечение в Клинике факультативной хирургии им. Н.Н. Бурденко Первого МГМУ им. И.М. Сеченова: 110 образцов опухолевого материала и 110 образцов прилегающей морфологически неизмененной ткани желудка, а также 65 образцов плазмы. В качестве контроля включены 38 образцов морфологически нормальной ткани желудка здоровой контрольной группы и 49 образцов плазмы здоровых добровольцев. Использованы клеточные линии: SNU-1 (рак желудка), HCT116 (колоректальная карцинома), MCF-7 и SKBR3 (рак молочной железы), 769-P (карцинома почки человека), A549 (аденокарцинома легкого) и HEK293 (эмбриональная почка человека).
Молекулярно-генетические методы: выделение тотальной РНК, оценка её концентрации, получение комплементарной ДНК (кДНК) методом обратной транскрипции (ОТ), оценка уровня экспрессии выбранных микроРНК с использованием полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ), анализ статуса микросателлитной нестабильности (MSI). В работе использовали генно-инженерные методы по работе с клонированием кДНК микроРНК в экспрессионную плазмиду pSecTag2B в качестве вектора для дальнейшей трансфекции клеточных линий. Полученные ПЦР-продукты геномной копии микроРНК и плазмиду обрабатывали ферментами рестрикции NheI и NotI и лигировали с использованием T4 ДНК лигазы. Компетентные клетки штамма E.coli XL1-Blue трансформировали полученными лигазными смесями. Селекцию клеток осуществляли на чашках Петри с агаризованной средой LB, содержащей 100 мкг/мкл ампициллина. Скрининг колоний проводили методом ПЦР с последующем разделении ПЦР-продуктов методом электрофореза в 2% агарозном геле. Плазмидную ДНК выделяли из отобранных клонов и анализировали последовательность полученных генетических конструкций методом секвенирования по Сэнгеру. Для дальнейшей работы отбирали клоны со вставкой. Клеточные линии трансфицировали вектором pSecTag2B экспрессирующим микроРНК или пустой плазмидой pSecTag2B в качестве контроля с использованием реагента TurboFect Transfection Reagent. Эффективность трансфекции проверяли с помощью вестерн-блоттинга с антителами Myc Tag Monoclonal Antibody.
Статистический анализ был выполнен с использованием программы Statistica 13.1 (StatSoft, Оклахома, США) и языка программирования «R» (The R Foundation). Статистические методы: критерий Шапиро-Уилка, критерий Колмогорова-Смирнова, U-критерия Манна-Уитни, критерий знаков, критерий Краскела-Уоллиса, критерий Фридмана, коэффициент ранговой корреляции Спирмена, метод линейной регрессии, ROC-анализ (анализ кривой рабочих характеристик приемника) и расчет площади под ROC-кривой (AUC). Корректировка результатов множественных сравнений выполнялась с помощью поправки Бонферонни. Значения р<0,05 считались статистически значимыми.
Положения, выносимые на защиту
1. Используя компьютерный анализ отобраны пары микроРНК-ген-мишень, участвующие в механизмах эпигенетической регуляции при раке желудка: PROX1-AS1 и miR-647, ARID1A и miR-129-5p, miR-3613-3p, предварительная оценка микроРНК и их мишеней на выборке пациентов и клеточных линиях SNU-1, HCT116, MCF-7, SKBR3, 769-P, A549 и HEK293 позволила предположить наличие возможной регуляторной связи.
2. Представленность транскриптов ш1Я-647, ш1Я-129-5р, ш1Я-3613-3р и miR-106a-5p различается в опухолевой и прилегающей морфологически неизмененной ткани желудка пациентов, а также в плазме крови пациентов и плазме здоровой контрольной группой. Продемонстрировано достоверное повышение представленности транскриптов для miR-129-5p (р=0,002), miR-3613-3p (р=0,01) в опухолевой ткани пациентов относительно тканей здорового желудка, а также для miR-647 (р=0,0001), miR-129-5p (р<0,0001), miR-106a-5p (р=0,03) в плазме относительно контрольной группы.
3. Экспрессия гена-мишени ЛЮБЫ для микроРНК ш1Я-129-5р и miR-3613-3p достоверно различается в опухолевой и прилегающей морфологически неизмененной ткани желудка пациентов относительно ткани контрольной группы, ген ЛШБ1Л имеет сниженный уровень экспрессии в опухолевых тканях по сравнению с тканями здорового желудка (р<0,0001), что потенциально связано с изменением регуляции хроматин моделирующего комплекса.
4. Получены достоверные ассоциации экспрессии микроРНК и их мишеней с некоторыми клинико-патологическими характеристиками пациентов; изменение уровня экспрессии в опухолевой ткани достоверно ассоциировано с увеличением глубины инвазии опухоли для miR-647 (р=0,006), ш1Я-3613-3р (р=0,011), ш1Я-106а-5р (р=0,001), РКОХ1-Л81 (р=0,033), ЛШВ1Л (р=0,037); с поражением регионарных лимфатических узлов для miR-106a-5p (р=0,016); с поздней клинической стадией для miR-106a-5p (р=0,017), PROX1-AS1 (р=0,019); со снижением общей выживаемости пациентов для шiR-647 (р=0,004), шiR-129-5p (р=0,017), шiR-3613-3р (р=0,027), шiR-106a-5p (р=0,019), ЛЯЮ1Л (р=0,038).
5. Представленность транскриптов микроРНК в плазме пациентов ассоциирована с некоторыми клинико-патологическими характеристиками пациентов: шiR-129-5p достоверно ассоциирована с увеличением размера и глубины инвазии опухоли (р=0,001); поражением регионарных лимфатических узлов (р=0,005); наличием отдаленных метастазов (р=0,004); поздней клинической стадией (р=0,002); шiR-3613-3p достоверно ассоциирована с поздней клинической стадией (р=0,03).
6. При использовании ROC-анализа определена прогностическая значимость комбинации микроРНК miR-106a-5p, шiR-129-5p, шiR-647 для выявления глубины инвазии опухоли (АиС: 0,72), метастазировании в лимфатические узлы (АиС: 0,76), клинической стадии (АиС: 0,72), а также оценена miR-129-5p для выявления наличия отдаленных метастазов (АиС: 0,76).
Степень достоверности результатов
Степень достоверности обеспечивается достаточным объемом выборок, применением в работе современного экспериментального оборудования и наборов реактивов, использованием современных методов математического анализа и пакетов программного обеспечения. В работе использовано большое количество зарубежной и отечественной литературы. Полученные результаты подкреплены таблицами и рисунками. Сделанные в ходе работы выводы полностью соответствуют поставленным задачам. Работа была одобрена на заседании локального этического комитета Первого МГМУ им. И.М. Сеченова (Сеченовский университет), выписка из протокола заседания №01-22 от
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Другие cпециальности», 00.00.00 шифр ВАК
Патогенетические механизмы диссеминации рака яичников с участием генов некодирующих РНК2024 год, кандидат наук Лукина Светлана Сергеевна
Исследование экспрессионного профиля микроРНК при меланоме и меланоцитарных новообразованиях кожи2021 год, кандидат наук Цыренжапова Сэсэг Витальевна
Роль эпигенетических механизмов регуляции группы опухоль-ассоциированных генов в патогенезе немелкоклеточного рака легкого2023 год, кандидат наук Губенко Марина Сергеевна
Гены длинных некодирующих РНК: их метилирование, экспрессия и функции в развитии глиобластомы и карциномы эндометрия2022 год, кандидат наук Коваленко Татьяна Феликсовна
Регуляция экспрессии гена D-глюкуронил C5-эпимеразы в опухолевых клетках молочной и предстательной железы человека2012 год, кандидат биологических наук Мостович, Людмила Андреевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль микроРНК в регуляции эпигенетических процессов при раке желудка»
Апробация работы
Результаты работы были представлены и обсуждены на российских и международных конференциях в виде докладов и тезисов в сборниках материалов научных конференций: European Human Genetics Conference ESHG 2021 (Virtual Conference, 28-31 августа), XIII Съезд онкологов и радиологов стран СНГ и Евразии (Астана, 27-29 апреля), V Международный юбилейный форум онкологии и радиотерапии «Ради жизни - For Life» (Москва, 19-23 сентября), XXVI Российский онкологический конгресс (Москва, 15-17 ноября), VII Всероссийская конференция по молекулярной онкологии (Москва, 21 -23 декабря), Вторая Ежегодная конференция Московского общества медицинских генетиков - 2023 (Москва, 19-20 мая), VIII Всероссийской конференции по молекулярной онкологии (Москва, 20-22 декабря), IX Всероссийской конференции по молекулярной онкологии (Москва, 18-20 декабря).
Личный вклад автора в проведенное исследование
Автор участвовал в разработке дизайна исследования, цели и задач, анализе литературы и баз данных отечественных и зарубежных авторов. Автором самостоятельно проведены молекулярно-генетические эксперименты (выделение тотальной РНК и оценка её концентрации, получение кДНК, оценка уровня экспрессии микроРНК), осуществлена первичная обработка полученных данных, составлены электронные базы данных, проведен статистический анализ результатов. Автор принимал участие в написании статей, тезисов, подготовке докладов и постеров для конференций, оформлении результатов и формулировке выводов.
Автором проведен анализ взаимодействия днРНК PROX1-AS1 и микроРНК шiR-647, белок-кодирующего генаЛШВ1Л и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p на модельном объекте культуре клеток и на различном биологическом материале пациентов с диагнозом РЖ. Получены данные о потенциальном постранскрипционном взаимодействии днРНК PROX1-AS1 и микроРНК miR-647, белок-кодирующего гена ЛШВ1Л и микроРНК miR-129-5p и miR-3613-3p в тканях пациентов с диагнозом РЖ и в культуре клеток. Автором продемонстрированы результаты оценки уровней представленности транскриптов микроРНК шiR-129-5p, шiR-647, шiR-3613-3p, шiR-106-5p и их мишеней днРНК PROX1-AS1 и белок-кодирующего гена ЛШВ1Л в опухолевых и прилегающих морфологически неизмененных тканях желудка, плазме пациентов с диагнозом РЖ по сравнению с контрольной группой. Автор осуществил анализ ассоциации уровней представленности транскриптов микроРНК шiR-129-5p, шiR-647, шiR-3613-3p, шiR-106-5р и их мишеней днРНК PROX1-AS1 и белок-кодирующего гена ЛШВ1Л с клиническими показателями у российских пациентов с диагнозом РЖ в опухолевых и прилегающих морфологически неизмененных тканях желудка, а также в плазме крови дли микроРНК. Автором оценена потенциальная диагностическая и прогностических ценность микроРНК шiR-129-5p, шiR-647, шiR-3613-3p, шiR-106-5 в качестве потенциальных диагностических молекулярных маркеров прогрессии и клинического прогноза течения РЖ в плазме пациентов для малоинвазивной диагностики.
Соответствие паспорту специальности
Основные научные положения и выводы диссертации «Роль микроРНК в регуляции эпигенетических процессов при раке желудка» соответствуют паспорту специальности - 1.5.7. Генетика (биологические науки) - «Генетика человека. Медицинская генетика. Наследственные болезни. Эпигенетика. Молекулярно-генетическая/биохимическая диагностика заболеваний человека». Работа включает в себя обсуждение наследственных заболеваний человека в области медицинской генетики, рассматриваются проблемы реализации генетической информации на эпигенетическом уровне, механизмы регуляции экспрессии генов, в работе используются молекулярно-генетические методы.
Публикации
Материалы диссертационной работы представлены в 11 печатных работах, в том числе в 5 статьях (4 из них индексируются в Web of Science и/или Scopus, К1 - 2, К2 - 1), опубликованных
в журналах, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России для соискателей ученой степени кандидата биологических наук.
Внедрение результатов исследования
Основные научные положения и выводы кандидатской диссертации отражены в научных публикациях и внедрены (акт о внедрении №427 от 29 апреля 2024 года) в учебный процесс Института молекулярной медицины ФГАОУ ВО Первого МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет) при изучении дисциплин «Медицинская генетика» и «Онкогенетика», читаемых студентам по направлению подготовки (специальности) Биология (06.04.01).
Материалы диссертационного исследования использовались при выполнении НИР при финансовой поддержке Российского Научного Фонда: грант № 20-75-10117 и грант № 20-75-10117-П, в рамках темы ГосЗадания 2021 -2023 гг.: Профилирование мутаций и эпигенетических изменений в опухолях желудочно-кишечного тракта и онкоурологической локализации для создания панелей диагностических и прогностических маркеров частых онкологических заболеваний.
Структура и объем диссертации
Диссертационная работа изложена на 121 странице машинописного текста и содержит 15 таблиц, 20 рисунков. Диссертационная работа имеет следующую структуру: список сокращений и условных обозначений, введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение, заключение, выводы, практические рекомендации, список публикаций по теме диссертации, список литературы. Список литературы включает 221 наименование, из них 15 отечественных и 206 зарубежных источников литературы.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Эпидемиология, этиология и классификация рака желудка
Рак желудка - группа ЗНО, развивающихся из эпителиальных клеток слизистой оболочки желудка. По данным Всемирной организация здравоохранения от 2020 года РЖ имеет географическую гетерогенность заболеваемости с максимальным уровнем в Японии, России, Чили, Корее, Китае, минимальным в Австралии, Венгрии, Греции, Новой Зеландии. РЖ находится на пятом месте среди наиболее часто диагностируемых онкологических заболеваний в мире. Согласно мировой статистике в 2020 году выявлено 1,09 млн новых случаев. РЖ обладает одним из самых высоких показателей смертности в мире, занимая третье место в структуре смертности - 769 000 случаев, уступая раку легкого и раку печени среди пациентов мужского пола [15]. Мужчины заболевают РЖ в 1,4 раза чаще женщин. По статистике за 2023 год в Российской Федерации РЖ занимает шестое место (5%) в структуре заболеваемости от ЗНО (оба пола). Высокая летальность при РЖ связана с поздней диагностикой на III-IV стадии, так как ранние стадии часто бессимптомны или имеют неспецифические признаки, которые пациенты и врачи связывают с другими состояниями [16]. Поэтому поиск новых потенциальных диагностических и прогностических маркеров имеет большое значение для своевременной диагностики и эффективного лечения пациентов.
РЖ - многофакторное заболевание, которое может быть вызвано, как неблагоприятными факторами окружающей среды - инфицированием Helicobacter pylori или вирусом Эпштейна-Барра [17], не сбалансированной диетой и вредными привычками [18], [19], так и предраковыми заболеваниями (хронический атрофический гастрит, Болезнь Менетрие, язвенная болезнь желудка, гастроэзофагеальная рефлюксная болезнь), которые приводят к различным изменениям в слизистой оболочке желудка [20], [21]. Так же РЖ может быть вызван наследственными вариантами, генетическими и эпигенетическими факторами (наследственный диффузный РЖ, синдром Линча, синдром ювенильного полипоза, синдром Пейтца-Егерса) [22], [23], [24].
Классификация РЖ основывается на клинических, гистологических и молекулярных характеристиках опухоли. Первый метод классификации рака желудка был основан на его гистологическом подтипе - классификация по Лорен от 1965 года: кишечный (интестинальный), диффузный [25]. В последней версии ее дополнили смешанным и не дифференцированным типами [26]. Они различаются между собой локализацией, течением, механизмами патогенеза и прогнозом.
Согласно классификации ВОЗ, выделяют следующие виды рака желудка: аденокарцинома - тип рака желудка эпителиального происхождения, на долю которого приходится до 95% всех ЗНО желудка [2l] (тубулярная, папиллярная, муцинозная, карцинома со слабым образованием межклеточных соединений (дискогезивная), включая перстневидно-клеточный рак), железисто-плоскоклеточный рак, плоскоклеточный рак, недифференцированный рак, неклассифицируемый рак [28].
Представленная Американским объединенным комитетом по раку (American Joint Committee on Cancer) классификация в 8-й редакции руководства по стадированию рака основывается на результатах клинического обследования по системе TNM (tumor, nodus, metastasis) (Международная классификация стадий развития раковых опухолей) и по клиническим стадиям заболевания, где Т - характеристика первичной опухоли (глубина инвазии опухоли в стенку желудка), N - характеристика регионарных лимфоузлов, M - наличие или отсутствие отдаленных метастазов [26].
Кроме того, существует классификация по месту локализации РЖ: дно желудка, тело желудка, преддверие привратника, привратник, малая и большая кривизны желудка, поражение желудка, выходящее за пределы вышеуказанных областей и ЗНО желудка неуточненной локализации [29]. Так же для удобства пользуются указанием локализации по анатомическим отделам желудка: кардиальная часть, дно, тело, антральный отдел, пилорический отдел.
Мутационное профилирование — один из способов классификации опухолей в зависимости от спектра мутаций на конкретные молекулярные подтипы, отличающиеся от стандартной морфологической классификации. Геномные данные активно использовались для разработки систем молекулярной классификации многих типов рака. Проект «Атлас генома рака» (The Cancer Genome Atlas, TCGA) предлагает свою молекулярную классификацию подтипов рака желудка: положительный по вирусу Эпштейна-Барра (ВЭБ-ассоциированный) РЖ (9% случаев), микросателлитно-нестабильные опухоли (MSI) (22% случаев), геномно-стабильные опухоли (GS) (20% случаев) и опухоли с хромосомной нестабильностью (CIN) (50% случаев). Позже к классификации добавили гипермутированный подтип с однонуклеотидными вариантами (HM-SNV) [30].
Азиатская группа по исследованию рака Asian Cancer Research Group (ACRG) классифицировала РЖ на следующие подтипы: опухоли с микросателлитной нестабильностью (MSI-подтип) (23% случаев РЖ), микросателлитно-стабильные опухоли (MSS), содержащие клетки в состоянии эпителиально-мезенхимального перехода (ЭМП) (15% случаев), MSS без мутации в гене TP53 (MSS/TP53-) (36%) и MSS с мутацией в гене TP53 (MSS/TP53+) (26%) [31].
Таким образом, РЖ является гетерогенным заболеванием с различными вариантами течения и прогноза, из-за чего требует лечения, специфичного в зависимости от подтипа.
Например, в настоящее время широко используют персонализированную терапию РЖ: лечение опухолей, положительных по рецептору эпидермального фактора роста человека второго типа (HER2) с помощью моноклонального антитела трастузумаб [32].
Развитию РЖ предшествует каскад предраковых изменений. У большинства пациентов болезнь начинается с хронического воспаления слизистой оболочки желудка в течение длительного времени [33]. В слизистой оболочке желудка происходят последовательные гистопатологические изменения: активное хроническое воспаление, затем неатрофический хронический гастрит, атрофический гастрит с потерей массы париетальных клеток. Следующие стадии: кишечная метаплазия; дисплазия сначала низкой степени, а затем высокой степени (эквивалент «карциномы in situ»), которые в конечном итоге приводят к карциноме [34]. Между опухолевыми клетками и окружающими здоровыми тканями происходит взаимодействие, в результате которого начинается распространение циркулирующих опухолевых клеток и образование метастазов.
1.2 Эпигенетические изменения при канцерогенезе
В последние десятилетия стало понятно, что эпигенетические изменения играют важную роль в развитии, дифференцировке клеток и адаптации к окружающей среде, но также могут способствовать возникновению и прогрессированию различных заболеваний. К эпигенетическим регуляторным механизмам относят процессы изменения транскрипционной активности генов, но при этом не затрагивают нативную последовательность ДНК. Эпигенетическая регуляция — это динамичный и обратимый механизм взаимодействующих процессов, которые регулируют экспрессию генов: метилирование и деметилирование ДНК, ковалентные и нековалентные модификации гистоновых белков, ремоделирование хроматина и дифференциальная экспрессия некодирующих РНК, в том числе микроРНК. Эти эпигенетические модификации формируют сложную регуляторную сеть, которая координирует структурную организацию хроматина и, как следствие определяет, какие участки ДНК будут активны, а какие - репрессированы, а нарушения в этой сети могут привести к инициации заболевания [35], [36].
Эпигенетические изменения играют важную роль в канцерогенезе, нарушая экспрессию онкогенов и генов-супрессоров опухолей. Аберрантное метилирование ДНК, модификации гистонов и изменение профиля нкРНК наблюдаются уже на ранних этапах развития заболевания и могут иметь место задолго до клинической манифестации заболевания. Эти изменения могут приводить либо к активации онкогенных путей, либо к подавлению защитных механизмов, что способствует неконтролируемому росту, выживанию и метастазированию опухолевых клеток
[37]. Недавние достижения в области эпигенетики позволили идентифицировать клинически значимые потенциальные биомаркеры для раннего выявления, мониторинга, прогнозирования и реакцию на разные типы терапии у онкологических больных. На данный момент метилирование ДНК и некодирующие РНК, включая микроРНК и длинные некодирующие РНК, представляют собой самый наиболее изученными эпигенетическими биомаркерами с самым высоким потенциалом для диагностики рака и прогнозирования течения и оценки риска у онкологических больных, а также выбора эффективной терапии [2], [38].
Метилирование ДНК - это процесс избирательного обратимого добавления метильной группы к остаткам цитозина в динуклеотидах CpG, что может приводить к подавлению активности генов. Геномные области с высокой концентрацией CpG известны как CpG-островки, играют важную роль в регуляции экспрессии генов [39]. Изменения в метилировании ДНК часто встречаются при различных опухолях, а также в процессе их развития. Аберрантное метилирование преимущественно состоит из гиперметилирования или гипометилирования генов, важных для нормальной работы клетки. Ранее было показано, что в случае опухолей желудка аберрантное метилирование ДНК происходит чаще, чем мутации [40]. Гиперметилирование некоторых генных промоторов наблюдалось на предраковых стадиях РЖ, что позволяет предположить, что аберрантное метилирование возникает на ранних стадиях канцерогенеза [41]. В то же время гипометилирование промоторных регионов активирует онкогены, тем самым стимулируя онкогенез [42].
Гиперметилирование промоторных CpG-островках связано с подавлением экспрессии многочисленных генов-супрессоров, участвующих в регуляции клеточного цикла, репарации ДНК, апоптозе, что способствует канцерогенезу желудка. С развитием высокопроизводительной технологии стало доступно множество данных о метилировании ДНК для прогнозирования рака, благодаря чему обнаруженные локусы могут стать новыми биомаркерами для пациентов с диагнозом РЖ. Было показано, что метилирование промоторов генов RUNX3, RASSF1A и RPRM может быть потенциальным биомаркерами для обнаружения и диагностики РЖ [43] [44]. Аномальное метилирование может появляться за годы до клинического проявления рака. Например, метилирование в промоторах генов p16 и/или MGMT было обнаружено в мокроте курильщиков за три года до клинической диагностики плоскоклеточного рака легких [45]. Механизмы выхода ДНК в кровоток (циркулирующая ДНК) до конца не изучены, но основными источниками считаются гибель клеток (некроз, апоптоз) и активный секреторный выброс. Эти процессы могут происходить как в опухолевых, так и в здоровых тканях, но при прогрессии рака концентрация опухолевой ДНК увеличивается и может быть детектирована. Таким образом, обнаружение аномального метилирования циркулирующей ДНК в плазме, сыворотке, цельной
крови является важным и эффективным инструментом скрининга, мониторинга заболевания и определения прогноза, а деметилирование может иметь большой потенциал в лечении рака.
Ремоделирование хроматина - это динамический процесс перемещения нуклеосом по ДНК, приводящий к изменению плотности расположения нуклеосом или расположению их на определённом расстоянии друг от друга, являющийся регуляторным механизмом транскрипции генов. Данный процесс опирается на группу ферментов, называемых АТФ-зависимыми комплексами ремоделирования хроматина, которые подразделяются на пять семейств (семейства SWI/SNF, ISWI, CHD, INO80 и SWR1) [46], благодаря которым происходит скольжение нуклеосом вдоль ДНК, вытеснение нуклеосомы или изменение расстояние между ними.
Ген ARID1A (AT-rich interactive domain 1A) известен как ген-супрессор опухолей, расположен на 1p35.3 хромосоме. Кодируемый им белок 1A содержит АТ-богатый ДНК-связывающий домен [47], [48]. Он является одной из субъединиц комплекса ремоделирования хроматина SWI/SNF, который использует энергию гидролиза АТФ, регулируя транскрипцию генов [49]. ARID1A играет важную роль в регуляции клеточного цикла, пролиферации, инвазии и метастазировании, репарации ДНК и апоптозе [31]. Мутации в ARID1A часто приводят к снижению или полной потере экспрессии белка, что наблюдается при разных типах рака: поджелудочной железы, молочной железы, толстой кишки, желудка, легких, предстательной железы, головного мозга [50]. Так же часто при различных онкологических заболеваниях, в том числе при РЖ обнаруживается делеция короткого плеча хромосомы 1p36, где расположен ARID1A и другие гены-супрессоры [51], [52]. Потеря экспрессии ARID1A коррелирует с более крупными размерами опухоли, глубокой инвазией, метастазами в лимфатические узлы и плохим прогнозом у пациентов с диагнозом РЖ [53]. Мутации в гене ARID1A, достоверно ассоциированы со снижением общей выживаемости пациентов с РЖ, инвазией, метастазами и пролиферацией злокачественных клеток, что делает их ценными клиническими маркерами [53].
Модификации гистонов - это изменения в составе и структуре белковых молекул гистонов, вокруг которых упакована ДНК, что влияет на экспрессию генов. Согласно гипотезе «гистонового кода», многочисленные химические модификации гистонов, воздействуя на гистоновые хвосты вместе или последовательно, модулируют структуру хроматина и, таким образом, влияют на транскрипционную активность связанной последовательности ДНК, регулируя экспрессию генов [2], [54]. Существует более 60 различных модификаций гистонов, которые чаще всего обратимы, при этом каждая модификация демонстрирует конкретные функции. В зависимости от типа гистона, аминокислотного остатка и химической функциональной группы (метильная группа, ацетильная группа, фосфатная группа, убиквитин, гликозильные группы и др.) модификации гистонов активируют или подавляют транскрипцию генов. Так модификация метилирования остатков лизина в Н3К9 (гистона 3 в положении лизина
9), Н3К27 и Н4К20 связано с подавлением транскрипции генов, тогда как метилирование в положениях Н3К4, Н3К36 и Н3К79 связано с активацией генов [55].
В последние годы многие исследования продемонстрировали важность модификации гистонов, так как отдельные модификации отвечают за повышение экспрессии онкогенов и подавление экспрессии генов-супрессоров опухолей при РЖ. Высокий уровень фосфорилирования гистона Н3 связан с метастазированием в лимфатические узлы, худшим прогнозом и инвазией в кровеносные сосуды при РЖ кишечного типа. Было показано, что высокий уровень метилирования Н3К9те3 связан с более поздней стадией опухоли, инвазией в лимфатические узлы, частотой рецидивов при раке желудка, худшим прогнозом по выживаемости пациентов, что позволяет предположить, что уровень метилирования Н3К9 может служить независимым прогностическим фактором при раке желудка, что может быть связано с инактивацией некоторых генов-супрессоров с помощью Н3К9те3 [46].
Некодирующие РНК - молекулы РНК, не участвующие в синтезе белка, представляют собой функциональные транскрипты, которые регулируют экспрессию генов, связываясь с ними напрямую или воздействуя на гены, вовлеченные в метилирование ДНК, химические модификации гистоновых белков и ремоделирование хроматина [56], [57]. Они участвуют в многочисленных физиологических процессах в норме и при патологии. В последнее время появляется множество доказательств того, что нкРНК играют большую роль в патогенезе РЖ, а изменение их экспрессии рассматривается как одно из ранних событий канцерогенеза. Их роль в онкогенезе определяется способностью влиять на клеточный цикл, блокировать апоптоз, подавлять гены-супрессоры опухолей и активировать онкогены, тем самым способствуя прогрессированию опухоли и метастазированию [58]. Длинные некодирующие РНК и микроРНК являются широко исследованными классами нкРНК, участвующими в канцерогенезе. Взаимодействия между микроРНК и днРНК и их аберрантная экспрессия также играют важную роль в прогрессировании рака и представляет собой сложный процесс, опосредованный различными механизмами. Их роль в регуляции генов, связанных с развитием и клиническим течением РЖ, подтверждена во многих исследованиях и продолжает активно изучаться [59], [60], [61].
Длинные некодирующие РНК включают межгенные lincRNA, интронные ncRNA, а также смысловые и антисмысловые lncRNA (транскрибируемые с минус-цепи), каждый тип которых показывает различные геномные позиции по отношению к генам, экзонам и цепям ДНК. ДнРНК могут транскрибироваться с собственных промоторов внутри интронов или быть продуктом альтернативного сплайсинга. ДнРНК регулируют транскрипцию генов через сложные взаимодействия с ДНК, хроматином и транскрипционными факторами. Их участие осуществляется через несколько ключевых механизмов: рекрутирование эпигенетических
модификаторов, например, посредством включения в комплексы, модифицирующие хроматин; участвуют в регуляции транскрипции через взаимодействие с транскрипционными факторами, промотором; участвуют в сближении регуляторных элементов (энхансеров); прямое взаимодействие с ДНК - могут избирательно связывать один аллель гена (импринтированные гены). За счет взаимодействия с факторами транскрипции в ядре клетки днРНК способны регулировать транскрипцию генов как молекулярные губки, захватывая микроРНК и предотвращая их взаимодействие с целевыми мРНК. Вторичная структура днРНК способствует специфичному связыванию и выполнению определенных функций. Роль днРНК в канцерогенезе часто связана с эпигенетическими механизмами, такими как метилирование ДНК, регуляция микроРНК, модификация белков-гистонов, а также способность опосредованно воздействовать на клеточный цикл, блокировать апоптоз, подавлять экспрессию генов-супрессоров и стимулировать онкогены, таким образом способствуя прогрессии опухолей и развитию метастазов [62], [63], [58], [64].
В последнее время широко исследуется взаимодействие РКОХ1-А$1 и различных микроРНК, которые могут связываться этой днРНК. Так, например, было показано, что PROX1-ЛБ1 связывается с ш1Я-1305 при раке легких. Нокдаун PROX1-AS1 приводит к гиперэкспрессии ш1Я-1305, в результате миграция и способность к инвазии клеток рака легкого значительно снижаются [65]. Гиперэкспрессия днРНК РЯОХ1-ЛБ1 способствует прогрессированию РЖ через ось miR-877-5p/PD-L1. PROX1-AS1 связывается и подавляет экспрессию miR-877-5p, в свою очередь miR-877-5p связывается с 3'-UTR PD-L1 и снижает его экспрессию, приводя к ускользанию опухоли от иммунного ответа и прогрессированию РЖ [66]. Такой же механизм обнаружен для оси PROX1-AS1/miR-520d/PD-L1 при колоректальном раке [67].
Помимо взаимодействия нкРНК из разных классов, возможна также взаимная регуляция нкРНК и метилирования ДНК [6]. Изменение метилирования ДНК, в том числе и метилирование генов нкРНК, является характерной чертой и одним из ранних событий канцерогенеза. Аномальное метилирование генома при канцерогенезе включает гиперметилирование промоторных областей, ассоциированное с подавлением экспрессии генов-супрессоров, а также гипометилирование онкогенов и протяженных повторов, составляющих центромерные области, и отдельных CpG-динуклеотидов, что способствует увеличению геномной нестабильности [68]. Например, днРНК MLK7-AS1 гиперэкспрессируется при РЖ и коррелирует с низкой выживаемостью пациентов, а нокдаун MLK7-AS1 ингибирует пролиферацию клеток и индуцирует апоптоз в клетках РЖ. ДнРНК MLK7-AS1 была идентифицирована как мишень, содержащая сайт связывания miR-375. При этом MLK7-AS1 могла взаимодействовать с ДНК-метилтрансферазой DNMT1 и рекрутировать его для гиперметилирования промотора miR-375, что приводило к репрессии miR-375 и предотвращению связывания с днРНК MLK7-AS1 [69].
Так, перечисленные эпигенетические модификации действуют не изолированно, а как единая система, где изменения в одном элементе (например, метилирование ДНК) влияют на другие (модификации гистонов). Кроме того, эпигенетические изменения часто наблюдаются при РЖ и потенциально могут служить диагностическими и прогностическими маркерами.
1.3 Биогенез, функции и секреция микроРНК при канцерогенезе
Похожие диссертационные работы по специальности «Другие cпециальности», 00.00.00 шифр ВАК
Механизмы регуляции экспрессии гена NETO2 в эпителиальных опухолях2022 год, кандидат наук Федорова Мария Сергеевна
Роль метилирования генов микроРНК в прогнозе и лечении рака молочной железы2020 год, кандидат наук Талипов Орифжон Абсаматиллаевич
Гены микроРНК, подверженные метилированию в опухолях легкого и толстой кишки, и их диагностическое значение2013 год, кандидат биологических наук Рыков, Сергей Викторович
«Циркулирующая экзосомальная микрорнк-2276-5p как неинвазивный биомаркер глиальных опухолей головного мозга»2026 год, доктор наук Бейлерли Озал Арзуман оглы
Анализ генетических и эпигенетических нарушений хромосомы 3 человека при раке легкого, шейки матки и яичников2013 год, кандидат наук Дмитриев, Алексей Александрович
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Ветчинкина Екатерина Александровна, 2025 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries / H. Sung, J. Ferlay, R. L. Siegel [et al.]. - Text: electronic // CA: a cancer journal for clinicians. - 2021. - Vol. 71. - № 3. - P. 209-249. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33538338/ (date accessed: 13.01.2022).
2. Thomas, M. L. Epigenetic Modifications as Biomarkers of Tumor Development, Therapy Response, and Recurrence across the Cancer Care Continuum / M. L. Thomas, P. Marcato. - Text: electronic // Cancers. - 2018. - Vol. 10. - № 4. - URL: /pmc/articles/PMC5923356/ (date accessed: 06.04.2024).
3. Exosome-mediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism of genetic exchange between cells / H. Valadi, K. Ekström, A. Bossios [et al.]. - Text: electronic // Nature Cell Biology. - 2007. - Vol. 9. - № 6. - P. 654-659. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17486113/ (date accessed: 26.05.2025).
4. Sur, D. MicroRNA panels as diagnostic biomarkers for colorectal cancer: A systematic review and meta-analysis / D. Sur, S. Advani, D. Braithwaite // Frontiers in Medicine. - 2022. - Vol. 9. -P. 915226.
5. Panels of circulating microRNAs as potential diagnostic biomarkers for breast cancer: a systematic review and meta-analysis / T. H. N. Nguyen, T. T. N. Nguyen, T. T. M. Nguyen [et al.]. -Text: electronic // Breast cancer research and treatment. - 2022. - Vol. 196. - № 1. - P. 1-15. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36085533/ (date accessed: 07.11.2024).
6. Epigenetic regulation of long non-coding RNAs in gastric cancer / Z. Zhou, Z. Lin, X. Pang [et al.]. - Text: electronic // Oncotarget. - 2018. - Vol. 9. - № 27. - P. 19443. - URL: /pmc/articles/PMC5922409/ (date accessed: 13.01.2022).
7. Bure, I. V. Methylation and Noncoding RNAs in Gastric Cancer: Everything Is Connected / I. V. Bure, M. V. Nemtsova. - Text: electronic // International Journal of Molecular Sciences 2021, Vol. 22, Page 5683. - 2021. - Vol. 22. - № 11. - P. 5683. - URL: https://www.mdpi.com/1422-0067/22/11/5683/htm (date accessed: 13.01.2022).
8. Shimizu, D. Review of recent molecular landscape knowledge of gastric cancer / D. Shimizu, M. Kanda, Y. Kodera. - Text: electronic // Histology and histopathology. - 2018. - Vol. 33. - № 1. - P. 1126. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28447336/ (date accessed: 08.02.2023).
9. Matsuzaki, J. Circulating microRNAs and extracellular vesicles as potential cancer biomarkers: a systematic review / J. Matsuzaki, T. Ochiya. - Text: electronic // International journal of clinical oncology. - 2017. - Vol. 22. - № 3. - P. 413-420. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28243946/
(date accessed: 08.02.2023).
10. Bartel, D. P. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function / D. P. Bartel. - Text: electronic // Cell. - 2004. - Vol. 116. - № 2. - P. 281-297. - URL: http://www.cell.com/article/S0092867404000455/fulltext (date accessed: 08.02.2023).
11. miRNAs in human cancer / T. A. Farazi, J. I. Spitzer, P. Morozov, T. Tuschl. - Text: electronic // The Journal of pathology. - 2011. - Vol. 223. - № 2. - P. 102-115. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21125669/ (date accessed: 08.02.2023).
12. Non-coding RNAs: The cancer genome dark matter that matters! / H. Ling, L. Girnita, O. Buda, G. A. Calin. - Text: electronic // Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. - 2017. - Vol. 55. - № 5. - P. 705-714. - URL: https://www.degruyter.com/document/doi/10.1515/cclm-2016-0740/html (date accessed: 15.04.2024).
13. Link, A. MicroRNAs as non-invasive diagnostic biomarkers for gastric cancer: Current insights and future perspectives / A. Link, J. Kupcinskas. - Text: electronic // World journal of gastroenterology. - 2018. - Vol. 24. - № 30. - P. 3313-3329. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30122873/ (date accessed: 01.08.2024).
14. Development and validation of a serum microRNA biomarker panel for detecting gastric cancer in a high-risk population / J. B. Y. So, R. Kapoor, F. Zhu [et al.]. - Text: electronic // Gut. -2021. - Vol. 70. - № 5. - P. 829-837. - URL: https://gut.bmj.com/content/70/5/829 (date accessed: 07.11.2024).
15. Cancer statistics for the year 2020: An overview / J. Ferlay, M. Colombet, I. Soerjomataram [et al.] // International Journal of Cancer. - 2021. - Vol. 149. - № 4. - P. 778-789.
16. Злокачественные новообразования в России в 2023 году (заболеваемость и смертность). Под ред. А.Д. Каприна, В.В. Старинского, А.О. Шахзадовой. М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России - 2024. - илл. - 276 с. - URL: https://oncology-association.ru/wp-content/uploads/2022/11/zlokachestvennye-novoobrazovaniya-v-rossii-v-2021-g_zabolevaemost-i-smertnost.pdf (date accessed: 24.09.2023). - Text: electronic.
17. Prevalence of multiple infections and the risk of gastric adenocarcinoma development at earlier age / S. Fattahi, N. Nikbakhsh, H. Taheri [et al.]. - Text: electronic // Diagnostic microbiology and infectious disease. - 2018. - Vol. 92. - № 1. - P. 62-68. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29880208/ (date accessed: 07.10.2023).
18. Smoking and alcohol drinking in relation to risk of gastric cancer: a population-based, prospective cohort study / K. Sjödahl, Y. Lu, T. L. L. Nilsen [et al.]. - Text: electronic // International journal of cancer. - 2007. - Vol. 120. - № 1. - P. 128-132. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17036324/ (date accessed: 08.10.2023).
19. World Cancer Research Fund/American Institute for Cancer Research. Continuous
Update Project Expert Report 2018. Diet, nutrition, physical activity and stomach cancer.
20. Epidemiology of gastric cancer and risk factors / O. Cavatorta, S. Scida, C. Miraglia [et al.]. - Text: electronic // Acta Bio Medica : Atenei Parmensis. - 2018. - Vol. 89. - № Suppl 8. - P. 82. - URL: /pmc/articles/PMC6502220/ (date accessed: 08.10.2023).
21. С.С. Харнас, В.В.Левкин, Г.Х.Мусаев. Рак желудка (клиника, диагностика, лечение). - Москва, 2006. - URL: https://www.sechenov.ru/upload/iblock/615/615e1ea7f62e60dee6c6a766a0821a06.pdf (date accessed: 08.10.2023). - Text: electronic.
22. Patel, T. N. Gastric cancer and related epigenetic alterations / T. N. Patel, S. Roy, R. Ravi // ecancermedicalscience. - 2017. - Vol. 11.
23. Epstein-Barr virus infection as an epigenetic driver of tumorigenesis / A. Kaneda, K. Matsusaka, H. Aburatani, M. Fukayama. - Text: electronic // Cancer Research. - 2012. - Vol. 72. -№ 14. - P. 3445-3450. - URL: /cancerres/article/72/14/3445/575791/Epstein-Barr-Virus-Infection-as-an-Epigenetic (date accessed: 06.04.2024).
24. Petrovchich, I. Genetic predisposition to gastric cancer / I. Petrovchich, J. M. Ford // Seminars in Oncology. - 2016. - Vol. 43. - № 5. - P. 554-559.
25. Lauren, P. The two histological main types of gastric carcinoma: diffuse and so-called intestinal-type carcinoma / P. Lauren. - Text: electronic // Acta Pathologica Microbiologica Scandinavica. - 1965. - Vol. 64. - № 1. - P. 31-49. - URL: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/apm.1965.64.1.31 (date accessed: 08.10.2023).
26. American Joint Committee on Cancer (AJCC). AJCC Cancer Staging Manual / M. B. Amin, S. B. Edge, F. L. Greene [et al.]. - 2017. - 211-212 p. - URL: https://link.springer.com/book/9783319406176 (date accessed: 08.10.2023). - Text: electronic.
27. Sarbia, M. Pathology of upper gastrointestinal malignancies / M. Sarbia, K. F. Becker, H. Höfler. - Text: electronic // Seminars in Oncology. - 2004. - Vol. 31. - № 4. - P. 465-475. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15297939/ (date accessed: 08.10.2023).
28. WHO classification of tumours of the digestive system. / F. T. Bosman, F. Carneiro, R. H. Hruban, N. D. Theise // WHO classification of tumours of the digestive system. - 2010. - WHO Classif. tumours Dig. Syst. - № Ed. 4.
29. Бесова Н.С., Калинин А.Е., Неред С.Н., Трякин А. А., Гамаюнов С.В., Козлов Н.А., Стилиди И.С., Карачун А.М., Кононец П.В., Малихова О. А., Рябов А.Б., Хомяков В.М., Феденко
A. А., Болотина Л.В., Фалалеева Н. А., Невольских А. А., Иванов С. А., Хайлова Ж.В., Гев, Р. А. И. Рак желудка / Р. А. И. Бесова Н.С., Калинин А.Е., Неред С.Н., Трякин А.А., Гамаюнов С.В., Козлов Н. А., Стилиди И. С., Карачун А. М., Кононец П. В., Малихова О. А., Рябов А. Б., Хомяков
B.М., Феденко А.А., Болотина Л.В., Фалалеева Н.А., Невольских А.А., Иванов С.А., Хайлова
Ж.В., Гев. - Text: electronic // Современная онкология. - 2021. - Vol. 23. - № 4. - P. 541-571. -URL: https://modernonco.orscience.ru/1815-1434/article/view/99970 (date accessed: 24.09.2023).
30. Comprehensive molecular characterization of gastric adenocarcinoma / A. J. Bass, V. Thorsson, I. Shmulevich [et al.]. - Text: electronic // Nature 2014 513:7517. - 2014. - Vol. 513. -№ 7517. - P. 202-209. - URL: https://www.nature.com/articles/nature13480 (date accessed: 19.05.2022).
31. Katona, B. W. Gastric Cancer Genomics: Advances and Future Directions / B. W. Katona, A. K. Rustgi. - Text: electronic // Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology. -2017. - Vol. 3. - № 2. - P. 211. - URL: /pmc/articles/PMC5331775/ (date accessed: 08.10.2023).
32. Trastuzumab in combination with chemotherapy versus chemotherapy alone for treatment of HER2-positive advanced gastric or gastro-oesophageal junction cancer (ToGA): a phase 3, open-label, randomised controlled trial / Y. J. Bang, E. Van Cutsem, A. Feyereislova [et al.]. - Text: electronic // Lancet (London, England). - 2010. - Vol. 376. - № 9742. - P. 687-697. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20728210/ (date accessed: 08.10.2023).
33. Karin, M. Inflammation and cancer: the long reach of Ras / M. Karin. - Text: electronic // Nature Medicine 2005 11:1. - 2005. - Vol. 11. - № 1. - P. 20-21. - URL: https://www.nature.com/articles/nm0105-20 (date accessed: 13.10.2023).
34. Correa, P. The gastric precancerous cascade / P. Correa, M. B. Piazuelo. - Text: electronic // Journal of digestive diseases. - 2012. - Vol. 13. - № 1. - P. 2-9. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22188910/ (date accessed: 08.10.2023).
35. Hirst, M. Epigenetics and human disease / M. Hirst, M. A. Marra // The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. - 2009. - Vol. 41. - № 1. - P. 136-146.
36. Epigenetic regulation in metabolic diseases: mechanisms and advances in clinical study / Y. L. Wu, Z. J. Lin, C. C. Li [et al.]. - Text: electronic // Signal Transduction and Targeted Therapy. -2023. - Vol. 8. - № 1. - P. 98. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9981733/ (date accessed: 30.06.2025).
37. Sharma, S. Epigenetics in cancer / S. Sharma, T. K. Kelly, P. A. Jones. - Text: electronic // Carcinogenesis. - 2010. - Vol. 31. - № 1. - P. 27-36. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19752007/ (date accessed: 09.04.2024).
38. Toiyama, Y. DNA methylation and microRNA biomarkers for noninvasive detection of gastric and colorectal cancer / Y. Toiyama, Y. Okugawa, A. Goel. - Text: electronic // Biochemical and biophysical research communications. - 2014. - Vol. 455. - № 1-2. - P. 43-57. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25128828/ (date accessed: 16.08.2024).
39. Schmutte, C. Involvement of DNA methylation in human carcinogenesis / C. Schmutte, P. A. Jones. - Text: electronic // Biological chemistry. - 1998. - Vol. 379. - № 4-5. - P. 377-400. -
URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9628328/ (date accessed: 12.04.2024).
40. Recent advances in gastric cancer early diagnosis / L. Necula, L. Matei, D. Dragu [et al.].
- Text: electronic // World journal of gastroenterology. - 2019. - Vol. 25. - № 17. - P. 2029-2044. -URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31114131/ (date accessed: 13.01.2022).
41. Promoter hypermethylation of multiple genes in early gastric adenocarcinoma and precancerous lesions / X. P. Zou, B. Zhang, X. Q. Zhang [et al.]. - Text: electronic // Human pathology.
- 2009. - Vol. 40. - № 11. - P. 1534-1542. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19695681/ (date accessed: 16.08.2024).
42. Prognostic implications of and relationship between CpG island hypermethylation and repetitive DNA hypomethylation in hepatocellular carcinoma / H. S. Lee, B. H. Kim, N. Y. Cho [et al.].
- Text: electronic // Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research. - 2009. - Vol. 15. - № 3. - P. 812-820. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19188151/ (date accessed: 16.08.2024).
43. Promoter methylation of tumor-related genes as a potential biomarker using blood samples for gastric cancer detection / J. Wen, T. Zheng, K. Hu [et al.]. - Text: electronic // Oncotarget.
- 2017. - Vol. 8. - № 44. - P. 77783-77793. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29100425/ (date accessed: 16.08.2024).
44. Identification of Biomarkers for Predicting Lymph Node Metastasis of Stomach Cancer Using Clinical DNA Methylation Data / J. Wu, Y. Xiao, C. Xia [et al.]. - Text: electronic // Disease markers. - 2017. - Vol. 2017. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28951630/ (date accessed: 16.08.2024).
45. Costello, J. F. Methylation matters / J. F. Costello, C. Plass. - Text: electronic // Journal of Medical Genetics. - 2001. - Vol. 38. - № 5. - P. 285. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1734882/ (date accessed: 30.06.2025).
46. Guo, M. Epigenetics of Gastric Cancer / M. Guo, W. Yan. - Text: electronic // Methods in Molecular Biology. - 2015. - Vol. 1238. - P. 783-799. - URL: https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-1804-1_41 (date accessed: 10.04.2024).
47. Genomic and functional evidence for an ARID1A tumor suppressor role / J. Huang, Y. L. Zhao, Y. Li [et al.]. - Text: electronic // Genes, chromosomes & cancer. - 2007. - Vol. 46. - № 8. -P. 745-750. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17492758/ (date accessed: 16.02.2023).
48. ARID1A AT-rich interaction domain 1A [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI. -URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/8289#gene-expression (date accessed: 16.02.2023). - Text: electronic.
49. Wilson, B. G. SWI/SNF nucleosome remodellers and cancer / B. G. Wilson, C. W. M. Roberts. - Text: electronic // Nature Reviews Cancer 2011 11:7. - 2011. - Vol. 11. - № 7. - P. 481-
492. - URL: https://www.nature.com/articles/nrc3068 (date accessed: 16.02.2023).
50. Somatic mutations in the chromatin remodeling gene ARID1A occur in several tumor types / S. Jones, M. Li, D. Williams Parsons [et al.]. - Text: electronic // Human mutation. - 2012. -Vol. 33. - № 1. - P. 100-103. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22009941/ (date accessed: 17.02.2023).
51. Bagchi, A. The Quest for the 1p36 Tumor Suppressor / A. Bagchi, A. A. Mills. - Text: electronic // Cancer research. - 2008. - Vol. 68. - № 8. - P. 2551. - URL: /pmc/articles/PMC2980353/ (date accessed: 17.02.2023).
52. Decreased Expression of the ARID1A Gene Is Associated with Poor Prognosis in Primary Gastric Cancer / D. dan Wang, Y. bing Chen, K. Pan [et al.]. - Text: electronic // PLoS ONE. - 2012. -Vol. 7. - № 7. - URL: /pmc/articles/PMC3396657/ (date accessed: 20.02.2023).
53. An updated review of gastric cancer in the next-generation sequencing era: Insights from bench to bedside and vice versa / H. Yamamoto, Y. Watanabe, T. Maehata [et al.]. - Text: electronic // World Journal of Gastroenterology: WJG. - 2014. - Vol. 20. - № 14. - P. 3927. - URL: /pmc/articles/PMC3983448/ (date accessed: 23.10.2023).
54. Bure, I. V. Histone Modifications and Non-Coding RNAs: Mutual Epigenetic Regulation and Role in Pathogenesis / I. V. Bure, M. V. Nemtsova, E. B. Kuznetsova. - Text: electronic // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - Vol. 23. - № 10. - URL: /pmc/articles/PMC9146199/ (date accessed: 10.04.2024).
55. Mulero-Navarro, S. Epigenetic biomarkers for human cancer: the time is now / S. Mulero-Navarro, M. Esteller. - Text: electronic // Critical reviews in oncology/hematology. - 2008. - Vol. 68. - № 1. - P. 1-11. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18430583/ (date accessed: 10.04.2024).
56. Long non-coding RNAs: A new frontier in the study of human diseases / X. Shi, M. Sun, H. Liu [et al.] // Cancer Letters. - 2013. - Vol. 339. - № 2. - P. 159-166.
57. Ling, H. MicroRNAs and other non-coding RNAs as targets for anticancer drug development / H. Ling, M. Fabbri, G. A. Calin. - Text: electronic // Nature reviews. Drug discovery. -2013. - Vol. 12. - № 11. - P. 847. - URL: /pmc/articles/PMC4548803/ (date accessed: 03.03.2022).
58. Long noncoding RNAs: regulation, function and cancer / A. Rafiee, F. Riazi-Rad, M. Havaskary, F. Nuri. - Text: electronic // https://doi.org/10.1080/02648725.2018.1471566. - 2018. -Vol. 34. - № 2. - P. 153-180. - URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/02648725.2018.1471566 (date accessed: 13.01.2022).
59. Emerging roles of non-coding RNAs in gastric cancer: Pathogenesis and clinical implications / S. S. Xie, J. Jin, X. Xu [et al.]. - Text: electronic // World Journal of Gastroenterology. -2016. - Vol. 22. - № 3. - P. 1213. - URL: /pmc/articles/PMC4716032/ (date accessed: 13.01.2022).
60. Up-regulated long non-coding RNA H19 contributes to proliferation of gastric cancer
cells / F. Yang, J. Bi, X. Xue [et al.]. - Text: electronic // The FEBS journal. - 2012. - Vol. 279. - № 17.
- P. 3159-3165. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22776265/ (date accessed: 13.01.2022).
61. Downregulated long noncoding RNA MEG3 is associated with poor prognosis and promotes cell proliferation in gastric cancer / M. Sun, R. Xia, F. Jin [et al.]. - Text: electronic // Tumour biology : the journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine. - 2014.
- Vol. 35. - № 2. - P. 1065-1073. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24006224/ (date accessed: 13.01.2022).
62. Guttman, M. Modular regulatory principles of large non-coding RNAs / M. Guttman, J. L. Rinn. - Text: electronic // Nature. - 2012. - Vol. 482. - № 7385. - P. 339-346. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22337053/ (date accessed: 12.04.2024).
63. Global analysis of biogenesis, stability and sub-cellular localization of lncRNAs mapping to intragenic regions of the human genome / A. C. Ayupe, A. C. Tahira, L. Camargo [et al.]. - Text: electronic // RNA Biology. - 2015. - Vol. 12. - № 8. - P. 877. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4615361/ (date accessed: 04.07.2025).
64. Rinn, J. L. Genome regulation by long noncoding RNAs / J. L. Rinn, H. Y. Chang. -Text: electronic // Annual review of biochemistry. - 2012. - Vol. 81. - P. 145-166. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22663078/ (date accessed: 12.04.2024).
65. Effects of IncRNA PROX1-AS1 on Proliferation, Migration, Invasion and Apoptosis of Lung Cancer Cells by Regulating MiR-1305 / Q. Zhao, B. Zhang, Z. Li [et al.] // Journal of Healthcare Engineering. - 2022. - Vol. 2022.
66. LncRNA PROX1-AS1 Facilitates Gastric Cancer Progression via miR-877-5p/PD-L1 Axis / T. Guo, W. Wang, Y. Ji [et al.]. - Text: electronic // Cancer management and research. - 2021. -Vol. 13. - P. 2669-2680. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33776485/ (date accessed: 05.05.2024).
67. LncRNA PROX1 antisense RNA 1 promotes PD-L1-mediated proliferation, metastasis, and immune escape in colorectal cancer by interacting with miR-520d / J. S. Li, T. M. Liu, L. Li, C. Jiang. - Text: electronic // Anti-cancer drugs. - 2023. - Vol. 34. - № 5. - P. 669-679. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36730426/ (date accessed: 05.05.2024).
68. Thomas, M. L. Epigenetic Modifications as Biomarkers of Tumor Development, Therapy Response, and Recurrence across the Cancer Care Continuum / M. L. Thomas, P. Marcato. - Text: electronic // Cancers. - 2018. - Vol. 10. - № 4. - P. 101. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5923356/ (date accessed: 05.07.2025).
69. Knockdown of long non-coding RNA MAP3K20 antisense RNA 1 inhibits gastric cancer growth through epigenetically regulating miR-375 / Y. Quan, Y. Zhang, W. Lin [et al.]. - Text: electronic // Biochemical and biophysical research communications. - 2018. - Vol. 497. - № 2. - P. 527-
534. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29428732/ (date accessed: 15.04.2024).
70. Hammond, S. M. An overview of microRNAs / S. M. Hammond. - Text: electronic // Advanced drug delivery reviews. - 2015. - Vol. 87. - P. 3-14. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25979468/ (date accessed: 19.05.2022).
71. Запорожченко, И. А. Основы биологии микроРНК: строение, биогенез и регуляторные функции / И. А. Запорожченко, Е. Ю. Рыкова, П. П. Лактионов // Биоорганическая химия. - 2020. - Vol. 46. - № 1. - P. 3-17.
72. Bogen, K. T. Efficient tumorigenesis by mutation-induced failure to terminate microRNA-mediated adaptive hyperplasia / K. T. Bogen. - Text: electronic // Medical Hypotheses. -2013. - Vol. 80. - № 1. - P. 83-93. - URL: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S03069877120047937via%3Dihub (date accessed: 04.07.2025).
73. Tumor suppressor p53 meets microRNAs / Z. Feng, C. Zhang, R. Wu, W. Hu. - Text: electronic // Journal of molecular cell biology. - 2011. - Vol. 3. - № 1. - P. 44-50. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21278451/ (date accessed: 06.04.2024).
74. Many roads to maturity: microRNA biogenesis pathways and their regulation / J. Winter, S. Jung, S. Keller [et al.]. - Text: electronic // Nature Cell Biology 2009 11:3. - 2009. - Vol. 11. - № 3.
- P. 228-234. - URL: https://www.nature.com/articles/ncb0309-228 (date accessed: 04.07.2025).
75. Kim, V. N. MicroRNA biogenesis: Coordinated cropping and dicing / V. N. Kim. - Text: electronic // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2005. - Vol. 6. - № 5. - P. 376-385. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15852042/ (date accessed: 04.07.2025).
76. miRBase. - URL: https://www.mirbase.org/ (date accessed: 01.05.2022). - Text: electronic.
77. A uniform system for microRNA annotation / V. Ambros, B. Bartel, D. P. Bartel [et al.].
- Text: electronic // RNA. - 2003. - Vol. 9. - № 3. - P. 277-279. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12592000/ (date accessed: 04.07.2025).
78. PROX1-AS1 PROX1 antisense RNA 1 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI. - URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100505832 (date accessed: 05.07.2025). - Text: electronic.
79. Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection / P. S. Mitchell, R. K. Parkin, E. M. Kroh [et al.]. - Text: electronic // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. - Vol. 105. - № 30. - P. 10513. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2492472/ (date accessed: 05.07.2025).
80. Gareev, I. F. Circulating microRNAs as biomarkers: What are perspectives / I. F. Gareev, O. A. Beylerli // Profilakticheskaya Meditsina. - 2018. - Vol. 21. - № 6. - P. 142-150.
81. Pegtel, D. M. Exosomes / D. M. Pegtel, S. J. Gould. - Text: electronic // Annual Review
of Biochemistry. - 2019. - Vol. 88. - P. 487-514. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31220978/ (date accessed: 29.05.2025).
82. Zhong, J. Emerging molecular basis of hematogenous metastasis in gastric cancer / J. Zhong, Y. Chen, L. J. Wang. - Text: electronic // World Journal of Gastroenterology. - 2016. - Vol. 22.
- № 8. - P. 2434. - URL: /pmc/articles/PMC4768190/ (date accessed: 19.08.2024).
83. Exosome and Exosomal MicroRNA: Trafficking, Sorting, and Function / J. Zhang, S. Li, L. Li [et al.]. - Text: electronic // Genomics, Proteomics & Bioinformatics. - 2015. - Vol. 13. - № 1. -P. 17-24. - URL: https://dx.doi.org/10.1016/j.gpb.2015.02.001 (date accessed: 04.07.2025).
84. Cancer Exosomes Perform Cell-Independent MicroRNA Biogenesis and Promote Tumorigenesis / S. A. Melo, H. Sugimoto, J. T. O'Connell [et al.]. - Text: electronic // Cancer Cell. -2014. - Vol. 26. - № 5. - P. 707-721. - URL: https://www.cell.com/action/showFullText?pii=S 1535610814003687 (date accessed: 04.07.2025).
85. Curtius, K. An evolutionary perspective on field cancerization / K. Curtius, N. A. Wright, T. A. Graham. - Text: electronic // Nature Reviews Cancer. - 2017. - Vol. 18. - № 1. - P. 19-32. -URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29217838/ (date accessed: 04.07.2025).
86. Бабаян, А. Ю. Подтверждение значений теории полей канцеризации в генезе поверхностного рака мочевого пузыря / А. Ю. Бабаян, Д. В. Залетаев, М. В. Немцова. - Text: electronic // Молекулярная медицина. - 2013. - № 1. - URL: https://cyberleninka.ru/article/n/podtverzhdenie-znacheniy-teorii-poley-kantserizatsii-v-geneze-poverhnostnogo-raka-mochevogo-puzyrya (date accessed: 29.05.2025).
87. Наумова, Л. А. Современный взгляд на концепцию полевой канцеризации / Л. А. Наумова. - Text: electronic // Вестник СурГУ. Медицина. - 2021. - Vol. 0. - № 2 (48). - P. 61-70.
- URL: https://www.surgumed.ru/jour/article/view/424 (date accessed: 04.06.2025).
88. Slaughter, D. P. "Field cancerization" in oral stratified squamous epithelium. Clinical implications of multicentric origin / D. P. Slaughter, H. W. Southwick, W. Smejkal. - Text: electronic // Cancer. - 1953. - Vol. 6. - № 5. - P. 963-968. - URL: /doi/pdf/10.1002/1097-0142%28195309%296%3A5%3C963%3A%3AAID-CNCR2820060515%3E3.0.CO%3B2-Q (date accessed: 04.07.2025).
89. Pre-metastatic niches: Organ-specific homes for metastases / H. Peinado, H. Zhang, I. R. Matei [et al.]. - Text: electronic // Nature Reviews Cancer. - 2017. - Vol. 17. - № 5. - P. 302-317. -URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28303905/ (date accessed: 05.07.2025).
90. Tumour exosome integrins determine organotropic metastasis / A. Hoshino, B. CostaSilva, T. L. Shen [et al.]. - Text: electronic // Nature. - 2015. - Vol. 527. - № 7578. - P. 329-335. -URL: https://www.nature.com/articles/nature15756 (date accessed: 05.07.2025).
91. Microenvironment-induced PTEN loss by exosomal microRNA primes brain metastasis
outgrowth / L. Zhang, S. Zhang, J. Yao [et al.]. - Text: electronic // Nature. - 2015. - Vol. 527. -№ 7576. - P. 100-104. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26479035/ (date accessed: 05.07.2025).
92. Tana, C. microRNA profiling in atherosclerosis, diabetes, and migraine / C. Tana, M. A. Giamberardino, F. Cipollone. - Text: electronic // Annals of medicine. - 2017. - Vol. 49. - № 2. -P. 93-105. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27560467/ (date accessed: 08.02.2023).
93. Analysis of miRNA Expression in Patients with Rheumatoid Arthritis during Olokizumab Treatment / I. V. Bure, D. S. Mikhaylenko, E. B. Kuznetsova [et al.]. - Text: electronic // Journal of Personalized Medicine. - 2020. - Vol. 10. - № 4. - P. 1-15. - URL: /pmc/articles/PMC7712090/ (date accessed: 23.10.2023).
94. Kwak, P. B. The microRNA pathway and cancer / P. B. Kwak, S. Iwasaki, Y. Tomari. -Text: electronic // Cancer science. - 2010. - Vol. 101. - № 11. - P. 2309-2315. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20726859/ (date accessed: 08.02.2023).
95. microRNAs as oncogenes and tumor suppressors / B. Zhang, X. Pan, G. P. Cobb, T. A. Anderson. - Text: electronic // Developmental biology. - 2007. - Vol. 302. - № 1. - P. 1-12. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16989803/ (date accessed: 15.02.2023).
96. Tumor suppressor microRNAs: A novel non-coding alliance against cancer / G. Blandino, F. Fazi, S. Donzelli [et al.] // FEBS Letters. - 2014. - Vol. 588. - № 16. - P. 2639-2652.
97. Е-кадгерин в опухолевой прогрессии рака желудка / М. В. Немцова, И. В. Буре, Д. В. Залетаев [et al.]. - Text: electronic // Медицинская генетика. - 2022. - Vol. 21. - № 5. - P. 317. - URL: https://www.medgen-journal.ru/jour/article/view/2177 (date accessed: 07.04.2024).
98. MicroRNA-26a suppresses epithelial-mesenchymal transition in human hepatocellular carcinoma by repressing enhancer of zeste homolog 2 / D. N. Ma, Z. T. Chai, X. D. Zhu [et al.]. - Text: electronic // Journal of hematology & oncology. - 2016. - Vol. 9. - № 1. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26733151/ (date accessed: 19.05.2022).
99. Lack of microRNA-101 causes E-cadherin functional deregulation through EZH2 up-regulation in intestinal gastric cancer / J. Carvalho, N. C. Van Grieken, P. M. Pereira [et al.]. - Text: electronic // The Journal of pathology. - 2012. - Vol. 228. - № 1. - P. 31-44. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22450781/ (date accessed: 19.05.2022).
100. E-cadherin-integrin crosstalk in cancer invasion and metastasis / M. Canel, A. Serrels, M. C. Frame, V. G. Brunton. - Text: electronic // Journal of cell science. - 2013. - Vol. 126. - № Pt 2. - P. 393-401. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23525005/ (date accessed: 19.05.2022).
101. Hereditary Diffuse Gastric Cancer Syndrome: CDH1 Mutations and Beyond / S. Hansford, P. Kaurah, H. Li-Chang [et al.]. - Text: electronic // JAMA Oncology. - 2015. - Vol. 1. -№ 1. - P. 23-32. - URL: https://jamanetwork.com/journals/jamaoncology/fullarticle/2108851 (date accessed: 06.04.2024).
102. Evaluation of the Methylation of MIR129-2 Gene in Gastric Cancer / N. Alizadeh, M. Asadi, D. Shanehbandi [et al.]. - Text: electronic // Journal of gastrointestinal cancer. - 2020. - Vol. 51.
- № 1. - P. 267-270. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31073863/ (date accessed: 22.08.2024).
103. Regulatory Mechanisms of Epigenetic miRNA Relationships in Human Cancer and Potential as Therapeutic Targets / K. M. Taufiqul Arif, E. K. Elliot, L. M. Haupt, L. R. Griffiths. - Text: electronic // Cancers. - 2020. - Vol. 12. - № 10. - P. 1-26. - URL: /pmc/articles/PMC7600069/ (date accessed: 11.04.2024).
104. Epigenetic regulation of miR-34b and miR-129 expression in gastric cancer / K. W. Tsai, C. W. Wu, L. Y. Hu [et al.]. - Text: electronic // International journal of cancer. - 2011. - Vol. 129. -№ 11. - P. 2600-2610. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21960261/ (date accessed: 11.04.2024).
105. MicroRNA-29 family reverts aberrant methylation in lung cancer by targeting DNA methyltransferases 3A and 3B / M. Fabbri, R. Garzon, A. Cimmino [et al.]. - Text: electronic // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2007. - Vol. 104.
- № 40. - P. 15805-15810. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17890317/ (date accessed: 12.04.2024).
106. Mechanisms of microRNA deregulation in human cancer / S. Deng, G. A. Calin, C. M. Croce [et al.]. - Text: electronic // Cell cycle (Georgetown, Tex.). - 2008. - Vol. 7. - № 17. - P. 26432646. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18719391/ (date accessed: 16.04.2024).
107. Prospero homeobox 1 promotes epithelial-mesenchymal transition in colon cancer cells by inhibiting e-cadherin via miR-9 / M. H. Lu, C. C. Huang, M. R. Pan [et al.]. - Text: electronic // Clinical Cancer Research. - 2012. - Vol. 18. - № 23. - P. 6416-6425. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23045246/ (date accessed: 05.07.2025).
108. High PROX1 expression in gastric cancer predicts better survival / A. Laitinen, C. Böckelman, J. Hagström [et al.]. - Text: electronic // PLoS ONE. - 2017. - Vol. 12. - № 8. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28854215/ (date accessed: 05.07.2025).
109. Song, X. Long noncoding RNA PROX1-AS1 promotes tumor progression and aggressiveness by sponging miR-647 in gastric cancer / X. Song, Y. Bi, W. Guo. - Text: electronic // Minerva Medica. - 2021. - Vol. 112. - № 3. - P. 421-423. - URL: https://www.minervamedica.it/en/journals/minerva-medica/article.php?cod=R10Y2021N03A0421 (date accessed: 14.01.2022).
110. Non-coding RNAs PROX1-AS1 and miR-647: Potential Interaction and Prognostic Value in Gastric Cancer / I. V. Bure, E. A. Vetchinkina, E. B. Kuznetsova [et al.]. - Text: electronic // Current Molecular Medicine. - 2025. - Vol. 25. - P. 1-14. - URL: https://www.eurekaselect.com/article/148158 (date accessed: 15.05.2025).
111. Jiang, W. Long non-coding RNA PROX1-AS1 promotes the proliferation and migration
in gastric cancer by epigenetically activating FGFR1 / W. Jiang, K. Meng, T. Yang. - Text: electronic // Panminerva medica. - 2023. - Vol. 65. - № 3. - P. 434-436. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31355614/ (date accessed: 05.05.2024).
112. Zhao, L. Long noncoding RNA PROX1-AS1 promoted ovarian cancer cell proliferation and metastasis by suppressing KLF6 / L. Zhao, J. F. Li, X. J. Tong. - Text: electronic // European review for medical and pharmacological sciences. - 2020. - Vol. 24. - № 13. - P. 7220. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32706058/ (date accessed: 22.02.2022).
113. LncRNA PROX1-AS1 promotes proliferation, invasion, and migration in papillary thyroid carcinoma / Y. Shen, E. Xia, A. Bhandari [et al.]. - Text: electronic // Bioscience reports. -2018. - Vol. 38. - № 5. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30061172/ (date accessed: 05.05.2024).
114. SP1-induced PROX1-AS1 contributes to tumor progression by regulating miR-326/FBXL20 axis in colorectal cancer / J. Liu, W. Zhan, G. Chen [et al.]. - Text: electronic // Cellular signalling. - 2023. - Vol. 101. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36374774/ (date accessed: 05.05.2024).
115. Long Non-Coding PROX1-AS1 Expression Correlates with Renal Cell Carcinoma Metastasis and Aggressiveness / M. Rudzinska, K. H. Czarnecka-Chrebelska, E. B. Kuznetsova [et al.].
- Text: electronic // Non-Coding RNA 2021, Vol. 7, Page 25. - 2021. - Vol. 7. - № 2. - P. 25. - URL: https://www.mdpi.com/2311-553X/7/2/25/htm (date accessed: 27.01.2022).
116. Long non-coding RNA PROX1-AS1 knockdown upregulates microRNA-519d-3p to promote chemosensitivity of retinoblastoma cells via targeting SOX2 / Y. Chen, B. Lu, L. Liu [et al.]. -Text: electronic // Cell cycle (Georgetown, Tex.). - 2021. - Vol. 20. - № 20. - P. 2149-2159. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34583623/ (date accessed: 22.02.2022).
117. LncACTdb 3.0: Home. - URL: http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncACTdb/ (date accessed: 14.04.2022). - Text: electronic.
118. Diagnostic and prognostic value of long non-coding RNA PROX1-AS1 and miR-647 expression in gastric cancer / E. A. Vetchinkina, A. I. Kalinkin, E. B. Kuznetsova [et al.]. - Text: electronic // Advances in Molecular Oncology. - 2022. - Vol. 9. - № 4. - P. 50-60. - URL: https://umo.abvpress.ru/jour/article/view/476 (date accessed: 26.12.2023).
119. Crosstalk between long noncoding RNA and microRNA in Cancer / R. Bhattacharjee, N. Prabhakar, L. Kumar [et al.]. - Text: electronic // Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands). - 2023.
- Vol. 46. - № 4. - P. 885-908. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37245177/ (date accessed: 02.08.2024).
120. Research progress on the interactions between long non-coding RNAs and microRNAs in human cancer (Review) / B. Sun, C. Liu, H. Li [et al.]. - Text: electronic // Oncology Letters. - 2020.
- Vol. 19. - № 1. - P. 595-605. - URL: https://www.researchgate.net/publication/337743513_Research_progress_on_the_interactions_betwee n_long_non-coding_RNAs_and_microRNAs_in_human_cancer_Review (date accessed: 02.08.2024).
121. MicroRNA-647 Targets SRF-MYH9 Axis to Suppress Invasion and Metastasis of Gastric Cancer / G. Ye, K. Huang, J. Yu [et al.]. - Text: electronic // Theranostics. - 2017. - Vol. 7. - № 13. -P. 3338. - URL: /pmc/articles/PMC5595136/ (date accessed: 26.12.2023).
122. miR-7641 depletion suppresses proliferation of gastric cancer cells by targeting ARID1A / Y. Yang, Z. X. Yin, Z. Y. Wang [et al.]. - Text: electronic // Anti-cancer drugs. - 2020. - Vol. 31. -№ 4. - P. 368-376. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31913196/ (date accessed: 17.02.2023).
123. miR-223 -3p promotes cell proliferation and invasion by targeting Arid1a in gastric cancer / Y. Zhu, K. Li, L. Yan [et al.]. - Text: electronic // Acta biochimica et biophysica Sinica. - 2020. -Vol. 52. - № 2. - P. 150-159. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31912865/ (date accessed: 17.02.2023).
124. Significant function and research progress of biomarkers in gastric cancer / D. M. Ye, G. Xu, W. Ma [et al.]. - Text: electronic // Oncology Letters. - 2020. - Vol. 19. - № 1. - P. 17. - URL: /pmc/articles/PMC6924079/ (date accessed: 16.04.2024).
125. Analysis of the human tissue-specific expression by genome-wide integration of transcriptomics and antibody-based proteomics / L. Fagerberg, B. M. Hallstrom, P. Oksvold [et al.]. -Text: electronic // Molecular & cellular proteomics : MCP. - 2014. - Vol. 13. - № 2. - P. 397-406. -URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24309898/ (date accessed: 09.12.2024).
126. Lee, H. Long Noncoding RNAs and Repetitive Elements: Junk or Intimate Evolutionary Partners? / H. Lee, Z. Zhang, H. M. Krause // Trends in Genetics. - 2019. - Vol. 35. - № 12. - P. 892902.
127. Long noncoding RNAs: Novel insights into gastric cancer / X. yu Fang, H. feng Pan, R. xue Leng, D. qing Ye // Cancer Letters. - 2015. - Vol. 356. - № 2. - P. 357-366.
128. Rawlings-Goss, R. A. Global population-specific variation in miRNA associated with cancer risk and clinical biomarkers / R. A. Rawlings-Goss, M. C. Campbell, S. A. Tishkoff. - Text: electronic // BMC medical genomics. - 2014. - Vol. 7. - № 1. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25169894/ (date accessed: 03.03.2022).
129. Overexpression of lncRNA TCLlnc1 in gastric cancer predicts postoperative distant recurrence and poor survival / K. Hu, Y. Zhang, J. Rong [et al.]. - Text: electronic // Anti-cancer drugs.
- 2022. - Vol. 33. - № 10. - P. 999-1003. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36066396/ (date accessed: 02.08.2024).
130. Mohamed, W. A. The expression profiling of circulating miR-204, miR-182, and lncRNA H19 as novel potential biomarkers for the progression of peptic ulcer to gastric cancer / W. A.
Mohamed, M. F. Schaalan, B. Ramadan. - Text: electronic // Journal of cellular biochemistry. - 2019.
- Vol. 120. - № 8. - P. 13464-13477. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30945348/ (date accessed: 02.08.2024).
131. Circulating long noncoding RNA, Zfpm2-As1, and XIST based on medical data analysis are potential plasma biomarkers for gastric cancer diagnosis / H. Liang, H. Li, N. Xia [et al.]. - Text: electronic // Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine. - 2024. - P. 1-10. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38820035/ (date accessed: 02.08.2024).
132. Relation between microRNA expression and progression and prognosis of gastric cancer: a microRNA expression analysis / T. Ueda, S. Volinia, H. Okumura [et al.]. - Text: electronic // The Lancet. Oncology. - 2010. - Vol. 11. - № 2. - P. 136-146. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20022810/ (date accessed: 22.08.2024).
133. Analysis of Deregulated microRNAs and Their Target Genes in Gastric Cancer / S. Juzenas, V. Salteniene, J. Kupcinskas [et al.]. - Text: electronic // PloS one. - 2015. - Vol. 10. - № 7.
- URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26172537/ (date accessed: 22.08.2024).
134. MiR-129-5p Restrains Apatinib Resistance in Human Gastric Cancer Cells Via Downregulating HOXC10 / J. Yu, X. Zhang, Y. Ma [et al.]. - Text: electronic // Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals. - 2021. - Vol. 36. - № 1. - P. 95-105. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32552008/ (date accessed: 22.08.2024).
135. miR-106a is frequently upregulated in gastric cancer and inhibits the extrinsic apoptotic pathway by targeting FAS / Z. Wang, M. Liu, H. Zhu [et al.]. - Text: electronic // Molecular carcinogenesis. - 2013. - Vol. 52. - № 8. - P. 634-646. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22431000/ (date accessed: 23.12.2023).
136. A serum exosomal microRNA panel as a potential biomarker test for gastric cancer / N. Wang, L. Wang, Y. Yang [et al.]. - Text: electronic // Biochemical and biophysical research communications. - 2017. - Vol. 493. - № 3. - P. 1322-1328. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28986250/ (date accessed: 26.12.2023).
137. Oncogene miR-106a promotes proliferation and metastasis of prostate cancer cells by directly targeting PTEN in vivo and in vitro / B. Luo, N. Kang, Y. Chen [et al.]. - Text: electronic // Minerva medica. - 2018. - Vol. 109. - № 1. - P. 24-30. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28889725/ (date accessed: 23.12.2023).
138. miR-106a Regulates Cell Proliferation and Autophagy by Targeting LKB1 in HPV-16-Associated Cervical Cancer / X. Cui, X. Wang, X. Zhou [et al.]. - Text: electronic // Molecular cancer research: MCR. - 2020. - Vol. 18. - № 8. - P. 1129-1141. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32345599/ (date accessed: 23.12.2023).
139. MicroRNA-106a regulates the proliferation and invasion of human osteosarcoma cells by targeting VNN2 / Y. Chen, T. Huang, X. Yang [et al.]. - Text: electronic // Oncology reports. - 2018.
- Vol. 40. - № 4. - P. 2251-2259. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30066949/ (date accessed:
23.12.2023).
140. Clinical Value of Serum miR-106a in the Diagnosis and Prognosis of Human Papillomavirus-Positive Cervical Cancer / X. Rao, J. Jiang, Y. Wang [et al.]. - Text: electronic // Intervirology. - 2023. - Vol. 66. - № 1. - P. 54-62. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36646059/ (date accessed: 11.04.2024).
141. Zhou, Q. Oncogenic miR-106b-5p promotes cisplatin resistance in triple-negative breast cancer by targeting GDF11 / Q. Zhou, Q. Hu. - Text: electronic // Histology and histopathology. - 2024.
- Vol. 39. - № 4. - P. 18668. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37905957/ (date accessed:
11.04.2024).
142. Identification of a five-miRNA signature as a novel potential prognostic biomarker in patients with nasopharyngeal carcinoma / B. Tu, L. Ye, Q. Cao [et al.]. - Text: electronic // Hereditas.
- 2022. - Vol. 159. - № 1. - URL: /pmc/articles/PMC8742958/ (date accessed: 21.02.2022).
143. miR-647 inhibits hepatocellular carcinoma cell progression by targeting protein tyrosine phosphatase receptor type F / X. Ye, R. Qiu, X. He [et al.]. - Text: electronic // Bioengineered. - 2022.
- Vol. 13. - № 1. - P. 1090-1102. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34969357/ (date accessed: 21.02.2022).
144. Tumor promoter role of miR-647 in gastric cancer via repression of TP73 / X. Zhang, M. Zhang, G. Wang [et al.]. - Text: electronic // Molecular medicine reports. - 2018. - Vol. 18. - № 4. -P. 3744-3750. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30106095/ (date accessed: 20.02.2022).
145. Decreased expression of serum miR-647 is associated with poor prognosis in gastric cancer / H. Ma, P. Wang, Y. Li [et al.]. - Text: electronic // International Journal of Clinical and Experimental Pathology. - 2019. - Vol. 12. - № 7. - P. 2552. - URL: /pmc/articles/PMC6949550/ (date accessed: 22.02.2022).
146. miR-647 inhibits glioma cell proliferation, colony formation and invasion by regulating HOXA9 / K. Qin, G. Tian, G. Chen [et al.]. - Text: electronic // The journal of gene medicine. - 2020.
- Vol. 22. - № 3. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31881106/ (date accessed: 20.02.2022).
147. Identification of a potentially functional circRNA-miRNA-mRNA ceRNA regulatory network in bladder cancer by analysis of microarray data / L. Du, X. Wang, Y. Yin [et al.]. - Text: electronic // Translational Andrology and Urology. - 2021. - Vol. 10. - № 1. - P. 24. - URL: /pmc/articles/PMC7844515/ (date accessed: 21.02.2022).
148. MicroRNA-647 promotes the therapeutic effectiveness of argon-helium cryoablation and inhibits cell proliferation through targeting TRAF2 via the NF-kB signaling pathway in non-small cell
lung cancer / Y. S. Zhang, T. Chen, Y. J. Cai [et al.]. - Text : electronic // OncoTargets and therapy. -2018. - Vol. 11. - P. 6777-6784. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30349310/ (date accessed: 20.02.2022).
149. MiR-647 and miR-1914 promote cancer progression equivalently by downregulating nuclear factor IX in colorectal cancer / S. Liu, D. Qu, W. Li [et al.]. - Text : electronic // Molecular Medicine Reports. - 2017. - Vol. 16. - № 6. - P. 8189-8199. - URL: http://www.spandidos-publications.com/10.3892/mmr.2017.7675/abstract (date accessed: 19.04.2022).
150. Growth inhibitory effects of three miR-129 family members on gastric cancer / X. Yu, H. Song, T. Xia [et al.] // Gene. - 2013. - Vol. 532. - № 1. - P. 87-93.
151. Homo sapiens (human) hsa-miR-129-5p | URS00004E1410. - URL: https://rnacentral.org/rna/URS00004E1410/9606 (date accessed: 14.02.2023). - Text : electronic.
152. miRBase entry: hsa-mir-129-2. - URL: https://mirbase.org/hairpin/MI0000473?acc=MI0000473 (date accessed: 28.05.2025). - Text: electronic.
153. miR-129-5p suppresses breast cancer proliferation by targeting CBX4 / R. Meng, J. Fang, Y. Yu [et al.]. - Text: electronic // Neoplasma. - 2018. - Vol. 65. - № 4. - P. 572-578. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29940764/ (date accessed: 09.02.2023).
154. LncRNA MALAT1 induces colon cancer development by regulating miR-129-5p/HMGB1 axis / Q. Wu, W. Y. Meng, Y. Jie, H. Zhao. - Text: electronic // Journal of cellular physiology. - 2018. - Vol. 233. - № 9. - P. 6750-6757. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29226325/ (date accessed: 09.02.2023).
155. MALAT1 promotes osteosarcoma development by regulation of HMGB1 via miR-142-3p and miR-129-5p / K. Liu, J. Huang, J. Ni [et al.]. - Text : electronic // Cell Cycle. - 2017. - Vol. 16. - № 6. - P. 578. - URL: /pmc/articles/PMC5384591/ (date accessed: 09.02.2023).
156. miRNA-129-5p suppresses cell proliferation and invasion in lung cancer by targeting microspherule protein 1, E-cadherin and vimentin / Y. Zhang, J. An, W. Lv [et al.]. - Text : electronic // Oncology letters. - 2016. - Vol. 12. - № 6. - P. 5163-5169. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28105223/ (date accessed: 09.02.2023).
157. Wang, Q. MiR-129-5p suppresses gastric cancer cell invasion and proliferation by inhibiting COL1A1 / Q. Wang, J. Yu. - Text : electronic // Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire. - 2018. - Vol. 96. - № 1. - P. 19-25. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28482162/ (date accessed: 13.02.2023).
158. MiR-129-5p induces cell cycle arrest through modulating H0XC10/Cyclin D1 to inhibit gastric cancer progression / J. He, Q. Ge, Z. Lin [et al.]. - Text : electronic // FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. - 2020. - Vol. 34. - № 6.
- P. 8544-8557. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32356314/ (date accessed: 09.02.2023).
159. MiR-129-5p inhibits proliferation of gastric cancer cells through targeted inhibition on HMGB1 expression / J. Feng, J. Guo, J. P. Wang, B. F. Chai // European review for medical and pharmacological sciences. - 2020. - Vol. 24. - № 7. - P. 3665-3673.
160. MicroRNA-129-5p suppresses proliferation, migration and invasion of retinoblastoma cells through PI3K/AKT signaling pathway by targeting PAX6 / Y. Liu, G. Liang, H. Wang, Z. Liu. -Text: electronic // Pathology, research and practice. - 2019. - Vol. 215. - № 12. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31727502/ (date accessed: 11.04.2024).
161. MiR-129-5p influences the progression of gastric cancer cells through interacting with SPOCK1 / L. Yan, K. Sun, Y. Liu [et al.]. - Text: electronic // Tumour biology: the journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine. - 2017. - Vol. 39. - № 6. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28653880/ (date accessed: 26.12.2023).
162. Homo sapiens (human) hsa-miR-3613-3p | URS00004EAE33. - URL: https://rnacentral.org/rna/URS00004EAE33/9606 (date accessed: 14.02.2023). - Text: electronic.
163. Circulating miRNome detection analysis reveals 537 miRNAS in plasma, 625 in extracellular vesicles and a discriminant plasma signature of 19 miRNAs in children with retinoblastoma from which 14 are also detected in corresponding primary tumors / B. E. Castro-Magdonel, M. Orjuela, D. E. Alvarez-Suarez [et al.]. - Text: electronic // PLOS ONE. - 2020. - Vol. 15. - № 4. - P. e0231394.
- URL: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0231394 (date accessed: 14.02.2023).
164. Xiang, F. CirRNA F-circEA-2a Suppresses the Role of miR-3613-3p in Colorectal Cancer by Direct Sponging and Predicts Poor Survival / F. Xiang, X. Xu // Cancer Management and Research. - 2022. - Vol. 14. - P. 1825-1833.
165. microRNA analysis of gastric cancer patients from Saudi Arabian population / F. Bibi, M. I. Naseer, S. A. Alvi [et al.]. - Text: electronic // BMC Genomics. - 2016. - Vol. 17. - № 9. - P. 5160. - URL: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-016-3090-7 (date accessed: 14.02.2023).
166. Exogenous expression of miRNA-3613-3p causes APAF1 downregulation and affects several proteins involved in apoptosis in BE(2)-C human neuroblastoma cells / I. Nowak, E. Boratyn, M. Durbas [et al.]. - Text: electronic // International Journal of Oncology. - 2018. - Vol. 53. - № 4. -P. 1787-1799. - URL: http://www.spandidos-publications.com/10.3892/ijo.2018.4509/abstract (date accessed: 13.02.2023).
167. MicroRNA-3613-3p functions as a tumor suppressor and represents a novel therapeutic target in breast cancer / C. Chen, Y. Pan, L. Bai [et al.]. - Text: electronic // Breast cancer research : BCR. - 2021. - Vol. 23. - № 1. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33494814/ (date accessed:
13.02.2023).
168. Colorectal tumor molecular phenotype and miRNA: Expression profiles and prognosis / M. L. Slattery, J. S. Herrick, L. E. Mullany [et al.]. - Text: electronic // Modern Pathology. - 2016. -Vol. 29. - № 8. - P. 915-927. - URL: http://mp.uscap.org/article/S0893395222015769/fulltext (date accessed: 14.02.2023).
169. Sparse feature selection for classification and prediction of metastasis in endometrial cancer / M. E. Ahsen, T. P. Boren, N. K. Singh [et al.]. - Text: electronic // BMC Genomics. - 2017. -Vol. 18. - № 3. - P. 1-12. - URL: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3604-y (date accessed: 14.02.2023).
170. Overexpression of miRNA-3613-3p Enhances the Sensitivity of Triple Negative Breast Cancer to CDK4/6 Inhibitor Palbociclib / Y. Yu, H. Liao, R. Xie [et al.] // Frontiers in Oncology. - 2020.
- Vol. 10. - P. 2541.
171. Mature MiRNAs Form Secondary Structure, which Suggests Their Function beyond RISC / A. Belter, D. Gudanis, K. Rolle [et al.]. - Text: electronic // Plos one. - 2014. - Vol. 9. - № 11.
- P. e113848. - URL: https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0113848 (date accessed: 26.05.2025).
172. A nine-miRNA signature as a potential diagnostic marker for breast carcinoma: An integrated study of 1,110 cases / D. D. Xiong, J. Lv, K. L. Wei [et al.]. - Text: electronic // Oncology reports. - 2017. - Vol. 37. - № 6. - P. 3297-3304. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28440475/ (date accessed: 07.11.2024).
173. Circulating let-7e-5p, miR-106a-5p, miR-28-3p, and miR-542-5p as a Promising microRNA Signature for the Detection of Colorectal Cancer / C. M. S. Silva, M. C. Barros-Filho, D. V. T. Wong [et al.]. - Text: electronic // Cancers. - 2021. - Vol. 13. - № 7. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33804927/ (date accessed: 07.11.2024).
174. Microrna panel in serum reveals novel diagnostic biomarkers for prostate cancer / S. Zhang, C. Liu, X. Zou [et al.]. - Text: electronic // PeerJ. - 2021. - Vol. 9. - P. e11441. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8141284/ (date accessed: 07.11.2024).
175. Potential Regulation of ARID1A by miR-129-5p and miR-3613-3p and Their Prognostic Value in Gastric Cancer / I. V. Bure, E. A. Vetchinkina, A. I. Kalinkin [et al.]. - Text: electronic // International Journal of Molecular Sciences 2025, Vol. 26, Page 305. - 2025. - Vol. 26. - № 1. - P. 305.
- URL: https://www.mdpi.com/1422-0067/26/1Z305/htm (date accessed: 14.01.2025).
176. The significance of elevated plasma expression of microRNA 106b~25 clusters in gastric cancer / F. Li, Y. Guo, J. Liu, R. Zhang. - Text: electronic // PloS one. - 2017. - Vol. 12. - № 5. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28562634/ (date accessed: 13.08.2024).
177. Diagnostic potential of plasmatic microRNA signatures in stable and unstable angina / Y.
D'Alessandra, M. C. Carena, L. Spazzafumo [et al.]. - Text: electronic // PLoS ONE. - 2013. - Vol. 8.
- № 11. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24260372/ (date accessed: 26.05.2025).
178. Livak, K. J. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2-AACT method / K. J. Livak, T. D. Schmittgen. - Text: electronic // Methods. - 2001. -Vol. 25. - № 4. - P. 402-408. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11846609/ (date accessed: 25.05.2025).
179. Microsatellite Instability in Russian Patients with Colorectal Cancer / V. Shubin, Y. Shelygin, S. Achkasov [et al.]. - Text: electronic // International Journal of Molecular Sciences. - 2022.
- Vol. 23. - № 13. - URL: /pmc/articles/PMC9266820/ (date accessed: 23.10.2023).
180. NCBI GEO: archive for functional genomics data sets—update / T. Barrett, S. E. Wilhite, P. Ledoux [et al.]. - Text: electronic // Nucleic Acids Research. - 2013. - Vol. 41. - № D1. - P. D991-D995. - URL: https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D991/1067995 (date accessed: 21.04.2022).
181. Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes / M. Rehmsmeier, P. Steffen, M. Höchsmann, R. Giegerich. - Text: electronic // RNA. - 2004. - Vol. 10. - № 10. - P. 1507-1517. -URL: http://rnajournal.cshlp.org/content/10/10/1507.full (date accessed: 09.02.2023).
182. TargetScanHuman 7.1 predicted targeting of Human ARID1A. - URL: https://www.targetscan.org/cgi-
bin/vert_71/view_genetable.cgi?rs=ENST00000324856.7&taxid=9606&members=&subset=1&showc nc=1&shownc=1&sortText=cs (date accessed: 14.02.2023). - Text: electronic.
183. MirDIP 4.1 - Integrative database of human microRNA target predictions / T. Tokar, C. Pastrello, A. E. M. Rossos [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2018. - Vol. 46. - № D1. - P. D360-D370.
184. Mutations in epigenetic regulation genes in gastric cancer / M. V. Nemtsova, A. I. Kalinkin, E. B. Kuznetsova [et al.]. - Text: electronic // Cancers. - 2021. - Vol. 13. - № 18. - URL: /pmc/articles/PMC8467700/ (date accessed: 17.04.2024).
185. Diagnostic and Prognostic Potential of Circulating miR-1301-3p, miR-106a-5p, miR-129-5p, miR-3613-3p, and miR-647 microRNAs in Gastric Cancer / I. V. Bure, E. A. Vetchinkina, A. I. Kalinkin [et al.]. - Text: electronic // Biochemistry (Moscow). - 2025. - Vol. 90. - № 6. - P. 671-682.
- URL: https://link.springer.com/article/10.1134/S000629792460385X (date accessed: 10.07.2025).
186. MicroRNA-129-5p promotes proliferation and metastasis of hepatocellular carcinoma by regulating the BMP2 gene / Z. Liu, J. Sun, X. Wang, Z. Cao. - Text: electronic // Experimental and therapeutic medicine. - 2021. - Vol. 21. - № 3. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33603864/ (date accessed: 20.01.2025).
187. MiR-129-5p is down-regulated and involved in migration and invasion of gastric cancer cells by targeting interleukin-8 / Z. Jiang, H. Wang, Y. Li [et al.]. - Text: electronic // Neoplasma. -
2016. - Vol. 63. - № 5. - P. 673-680. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27468870/ (date accessed: 13.02.2023).
188. MiR-129-5p functions as a tumor suppressor in gastric cancer progression through targeting ADAM9 / Q. Liu, J. Jiang, Y. Fu [et al.]. - Text: electronic // Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie. - 2018. - Vol. 105. - P. 420-427. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29879625/ (date accessed: 09.02.2023).
189. MicroRNA-106a functions as an oncogene in human gastric cancer and contributes to proliferation and metastasis in vitro and in vivo / M. Zhu, N. Zhang, S. He [et al.]. - Text: electronic // Clinical & experimental metastasis. - 2016. - Vol. 33. - № 5. - P. 509-519. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27142596/ (date accessed: 23.12.2023).
190. Hou, X. Diagnostic significance of miR-106a in gastric cancer / X. Hou, M. Zhang, H. Qiao. - Text: electronic // International Journal of Clinical and Experimental Pathology. - 2015. -Vol. 8. - № 10. - P. 13096. - URL: /pmc/articles/PMC4680451/ (date accessed: 26.12.2023).
191. Deregulation of ARID1A, CDH1, cMET and PIK3CA and target-related microRNA expression in gastric cancer / M. Ibarrola-Villava, M. J. Llorca-Cardenosa, N. Tarazona [et al.]. - Text: electronic // Oncotarget. - 2015. - Vol. 6. - № 29. - P. 26935. - URL: /pmc/articles/PMC4694964/ (date accessed: 27.02.2023).
192. ARID1A expression in gastric adenocarcinoma: clinicopathological significance and correlation with DNA mismatch repair status / R. Inada, S. Sekine, H. Taniguchi [et al.]. - Text: electronic // World journal of gastroenterology. - 2015. - Vol. 21. - № 7. - P. 2159-2168. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25717252/ (date accessed: 21.02.2023).
193. Loss of ARID1A Expression is Related to Gastric Cancer Progression, Epstein-Barr Virus Infection, and Mismatch Repair Deficiency / N. Han, M. A. Kim, H. S. Lee, W. H. Kim. - Text: electronic // Applied immunohistochemistry & molecular morphology: AIMM. - 2016. - Vol. 24. -№ 5. - P. 320-325. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26067140/ (date accessed: 21.02.2023).
194. Role of miR-647 in human gastric cancer suppression / W. Cao, W. Wei, Z. Zhan [et al.]. - Text: electronic // Oncology reports. - 2017. - Vol. 37. - № 3. - P. 1401-1411. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28098914/ (date accessed: 20.02.2022).
195. Identification of microRNAs associated with lymphangiogenesis in human gastric cancer / B. Yang, C. Jing, J. Wang [et al.]. - Text: electronic // Clinical & translational oncology: official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico. - 2014. - Vol. 16. - № 4. - P. 374-379. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23881463/ (date accessed: 03.03.2022).
196. Arid1a Has Context-Dependent Oncogenic and Tumor Suppressor Functions in Liver Cancer / X. Sun, S. C. Wang, Y. Wei [et al.]. - Text: electronic // Cancer cell. - 2017. - Vol. 32. - № 5.
- P. 574-589.e6. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29136504/ (date accessed: 16.02.2023).
197. Unique characteristics of ARID1A mutation and protein level in gastric and colorectal cancer: A meta-analysis / Y. S. Kim, H. Jeong, J. W. Choi [et al.]. - Text: electronic // Saudi journal of gastroenterology : official journal of the Saudi Gastroenterology Association. - 2017. - Vol. 23. - № 5.
- P. 268-274. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28937020/ (date accessed: 20.02.2023).
198. Implication of ARID1A Undercurrents and PDL1, TP53 Overexpression in Advanced Gastric Cancer / J. Qadir, S. Majid, M. S. Khan [et al.]. - Text: electronic // Pathology and Oncology Research. - 2021. - Vol. 27. - URL: /pmc/articles/PMC8677663/ (date accessed: 16.02.2023).
199. Downregulation of ARID1A in gastric cancer cells: a putative protective molecular mechanism against the Harakiri-mediated apoptosis pathway / T. Sakuratani, T. Takeuchi, I. Yasufuku [et al.]. - Text: electronic // Virchows Archiv : an international journal of pathology. - 2021. - Vol. 478.
- № 3. - P. 401-411. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32789692/ (date accessed: 17.02.2023).
200. Loss of ARID1A expression is associated with systemic inflammation markers and has important prognostic significance in gastric cancer / X. Wang, K. Che, T. Shi [et al.]. - Text: electronic // Journal of cancer research and clinical oncology. - 2022. - Vol. 148. - № 7. - P. 1583-1595. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35294647/ (date accessed: 17.02.2023).
201. Tumor progression by epithelial-mesenchymal transition in ARID1A- and SMARCA4-aberrant solid-type poorly differentiated gastric adenocarcinoma / T. Sasaki, K. Kohashi, S. Kawatoko [et al.]. - Text: electronic // Virchows Archiv : an international journal of pathology. - 2022. - Vol. 480.
- № 5. - P. 1063-1075. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34997313/ (date accessed: 17.02.2023).
202. Prognostic role of ARID1A negative expression in gastric cancer / M. Ashizawa, M. Saito, A. K. T. Min [et al.]. - Text: electronic // Scientific Reports. - 2019. - Vol. 9. - № 1. - URL: /pmc/articles/PMC6494900/ (date accessed: 17.02.2023).
203. Saito, M. Heterogeneity of ARID1A expression in gastric cancer may affect patient survival and therapeutic efficacy / M. Saito, T. Kohno, K. Kono // Human Pathology. - 2020. - Vol. 101.
- P. 80-81.
204. Intratumoral heterogeneity and loss of ARID1A expression in gastric cancer correlates with increased PD-L1 expression in Western patients / J. M. Tober, C. Halske, H. M. Behrens [et al.]. -Text: electronic // Human pathology. - 2019. - Vol. 94. - P. 98-109. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31704366/ (date accessed: 17.02.2023).
205. Katona, B. W. Gastric Cancer Genomics: Advances and Future Directions / B. W. Katona, A. K. Rustgi. - Text: electronic // Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology. -2017. - Vol. 3. - № 2. - P. 21. - URL: /pmc/articles/PMC5331775/ (date accessed: 16.02.2023).
206. Reduced expression of the chromatin remodeling gene ARID1A enhances gastric cancer
cell migration and invasion via downregulation of E-cadherin transcription / H. B. Yan, X. F. Wang, Q. Zhang [et al.]. - Text: electronic // Carcinogenesis. - 2014. - Vol. 35. - № 4. - P. 867-876. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24293408/ (date accessed: 17.02.2023).
207. Down-regulation of miR-129-5p via the Twist1-Snail feedback loop stimulates the epithelial-mesenchymal transition and is associated with poor prognosis in breast cancer / Y. Yu, Y. Zhao, X. H. Sun [et al.]. - Text: electronic // Oncotarget. - 2015. - Vol. 6. - № 33. - P. 34423. - URL: /pmc/articles/PMC4741463/ (date accessed: 06.11.2023).
208. Methylation-mediated repression of microRNA-129-2 suppresses cell aggressiveness by inhibiting high mobility group box 1 in human hepatocellular carcinoma / Z. Liu, C. Dou, B. Yao [et al.]. - Text: electronic // Oncotarget. - 2016. - Vol. 7. - № 24. - P. 36909. - URL: /pmc/articles/PMC5095048/ (date accessed: 06.11.2023).
209. Tissue-specific and plasma microRNA profiles could be promising biomarkers of histological classification and TNM stage in non-small cell lung cancer / Q. Pu, Y. Huang, Y. Lu [et al.].
- Text: electronic // Thoracic Cancer. - 2016. - Vol. 7. - № 3. - P. 348. - URL: /pmc/articles/PMC4846624/ (date accessed: 14.02.2023).
210. Guan, B. ARID1A, a factor that promotes formation of SWI/SNF-mediated chromatin remodeling, is a tumor suppressor in gynecologic cancers / B. Guan, T. L. Wang, I. M. Shih. - Text: electronic // Cancer research. - 2011. - Vol. 71. - № 21. - P. 6718. - URL: /pmc/articles/PMC3206175/ (date accessed: 16.02.2023).
211. ARID1A loss correlates with mismatch repair deficiency and intact p53 expression in high-grade endometrial carcinomas / G. Allo, M. Q. Bernardini, R. C. Wu [et al.]. - Text: electronic // Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc. -2014. - Vol. 27. - № 2. - P. 255-261. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23887303/ (date accessed: 17.02.2023).
212. Exome sequencing identifies frequent mutation of ARID1A in molecular subtypes of gastric cancer / K. Wang, J. Kan, S. T. Yuen [et al.]. - Text: electronic // Nature Genetics 2011 43:12.
- 2011. - Vol. 43. - № 12. - P. 1219-1223. - URL: https://www.nature.com/articles/ng.982 (date accessed: 26.02.2023).
213. Up-Regulation of miR-21, miR-25, miR-93, and miR-106b in Gastric Cancer / P. Larki, A. Ahadi, A. Zare [et al.]. - Text: electronic // Iranian biomedical journal. - 2018. - Vol. 22. - № 6. -P. 367-373. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29859516/ (date accessed: 08.08.2024).
214. Exosomal miR-106a derived from gastric cancer promotes peritoneal metastasis via direct regulation of Smad7 / M. Zhu, N. Zhang, S. He, X. Lu. - Text: electronic // Cell cycle (Georgetown, Tex.). - 2020. - Vol. 19. - № 10. - P. 1200-1221. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32267797/ (date accessed: 08.08.2024).
215. Negative Regulation of Kruppel-Like Factor 4 on microRNA-106a at Upstream Transcriptional Level and the Role in Gastric Cancer Metastasis / M. Zhu, N. Zhang, X. Lu, S. He. -Text: electronic // Digestive Diseases and Sciences. - 2018. - Vol. 63. - № 10. - P. 2604-2616. - URL: https://link.springer.com/article/10.1007/s10620-018-5143-z (date accessed: 26.12.2023).
216. Plasma microRNAs are promising novel biomarkers for early detection of colorectal cancer / Z. Huang, D. Huang, S. Ni [et al.]. - Text: electronic // International Journal of Cancer. - 2010. - Vol. 127. - № 1. - P. 118-126. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19876917/ (date accessed: 04.07.2025).
217. Novel combination of serum microRNA for detecting breast cancer in the early stage / A. Shimomura, S. Shiino, J. Kawauchi [et al.]. - Text: electronic // Cancer Science. - 2016. - Vol. 107. -№ 3. - P. 326. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4814263/ (date accessed: 29.05.2025).
218. Diagnostic value of four serum exosome microRNAs panel for the detection of colorectal cancer / L. Han, W. J. Shi, Y. Bin Xie, Z. G. Zhang. - Text: electronic // World Journal of Gastrointestinal Oncology. - 2021. - Vol. 13. - № 8. - P. 970. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8371511/ (date accessed: 29.05.2025).
219. Gastric juice miR-129 as a potential biomarker for screening gastric cancer / X. Yu, L. Luo, Y. Wu [et al.]. - Text: electronic // Medical oncology (Northwood, London, England). - 2013. -Vol. 30. - № 1. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23307240/ (date accessed: 26.12.2023).
220. Comprehensive and integrative analysis identifies microRNA-106 as a novel noninvasive biomarker for detection of gastric cancer / Q. Peng, Y. Shen, K. Lin [et al.]. - Text: electronic // Journal of Translational Medicine. - 2018. - Vol. 16. - № 1. - P. 127. - URL: /pmc/articles/PMC5952699/ (date accessed: 26.12.2023).
221. The limits of human microRNA annotation have been met / B. Fromm, X. Zhong, M. Tarbier [et al.]. - Text: electronic // RNA. - 2022. - Vol. 28. - № 6. - P. 781-785. - URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9074900/ (date accessed: 05.07.2025).
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.