Сольватация целлюлозы в полярных растворителях компьютерное моделирование тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.04, кандидат химических наук Захаров, Всеволод Сергеевич

• Захаров, Всеволод Сергеевич
• кандидат химических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат химических наук Захаров, Всеволод Сергеевич

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1. Работы, посвященные исследованию кристаллической структуры целлюлозы.

2. Работы, посвященные исследованию набухания и растворения целлюлозы.

2.1 Набухание целлюлозы в щелочных средах.

2.2 Набухание в сильнощелочных растворах солей.

2.3 Набухание в неорганических кислотах.

2.4 Растворение целлюлозы в неорганических солях.

2.5 Взаимодействие с комплексными соединениями металлов.

3. Работы, выполненные с помощью численного эксперимента.

3.1 Исследование структуры кристаллической целлюлозы с помощью численного эксперимента.

3.2 Исследование сольватации кристаллической целлюлозы.

3.3 Исследование олигомерных фрагментов целлюлозы.

4. Используемые для углеводов силовые поля.

Глава 2. Используемые методы.

1. Теоретические основы метода молекулярной динамики.

2. Алгоритмы, применяемые при моделировании.

2.1 Расчет текущей температуры и давления в системе.

2.2 Контроль постоянства температуры.

2.3 Контроль постоянства давления.

2.4 Минимизация потенциальной энергии системы.

3. Силовое поле, используемое при моделировании.

3.1 Ван-дер-ваальсовы и электростатические взаимодействия.

3.2 Взаимодействия между химически связанными силовыми центрами.

3.3 Электростатическое взаимодействие на больших расстояниях.

3.4 Жесткие связи.

4. Расчет изменения свободной энергии.

5. Расчет радиальных функций распределения.

6. Диффузия и средний квадрат отклонения частицы.

7. Водородные связи.

8. Анализ конформаций макромолекул целлюлозы.

Глава 3. Выбор объектов исследования. Описание моделируемых систем.

Глава 4. Моделирование молекулы целлобиозы в воде, 14метилморфолин-1Ч-оксиде и гексафтороизопропаноле.

1. Система целлобиоза - вода.

2. Целлобиоза - 1Ч-метилморфолин-ГЧ-оксид.

3. Целлобоиза - гексафтороизопропанол.

4. Реконструкция конформации макромолекулы целлюлозы.

5. Сравнительный анализ результатов моделирования целлобиозы в воде, КММО и ГФИП.

Глава 5. Моделирование молекулы целлобиозы в растворителях на основе сверхкритического углекислого газа.

1. Целлобиоза - сверхкритический углекислый газ.

2. Смесь сверхкритического углекислого газа и воды.

3. Молекула целлобиозы в смеси сверхкритического углекислого газа, воды и этиленгликоля.

4. Свойства объемной фазы растворителя.

5. Реконструкция конформации макромолекулы целлюлозы в системах на основе сверхкритического углекислого газа.

6. Сравнительный анализ результатов моделирования целлобиозы в системах на основе сверхкритического углекислого газа.

Глава 6. Моделирование систем с фрагментами кристаллической целлюлозы.

1. Стеки олигомеров.

2. Свободная энергия сольватации кристаллической целлюлозы.

Итоги и выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Сольватация целлюлозы в полярных растворителях компьютерное моделирование»

Одним из наиболее важных факторов, определяющих развитие большинства отраслей промышленности, является устойчивая сырьевая база, и в частности углеродсодержащее сырье: нефть, каменный уголь и природный газ. Образование запасов этих природных ресурсов происходило в течение геологических периодов, по продолжительности сравнимых с продолжительностью существования самой Земли. Расходование же сырья идет все возрастающими темпами, что делает весьма актуальным поиск альтернативных источников углеродсодержащего сырья. Однако проблема эта успешно решена самой природой. В результате биохимических процессов фотосинтеза различные наземные и водные растения из углекислого газа и воды синтезируют до 400 млрд. т. в год сухой биомассы, аккумулируя в тканях огромное количество углерода, и являются, таким образом, источником непрерывно возобновляемого углеродсодержащего сырья.

Наибольший интерес среди продуктов фотосинтеза растений на протяжении всего времени существования человеческой цивилизации привлекала целлюлоза, ежегодный прирост количества которой составляет около 100 млрд. т. Целлюлозные материалы занимают видное место в удовлетворении потребностей человека: природные целлюлозные волокна (прежде всего хлопок, лен и другие лубяные волокна) и сегодня являются существенной частью в балансе сырья для текстильной промышленности. Хлопковая и древесная целлюлоза широко применяются для изготовления бумаги и картона, искусственных волокон, некоторых пластмасс и лаков, эмульгаторов и загустителей для нефтяной промышленности.

Целлюлоза - основной компонент стенок всех высших растений. В наиболее чистом виде целлюлоза содержится в волокнах семян хлопчатника и лубяного растения рами (в зрелом хлопковом волокне целлюлозы содержится до 99.5 % его массы). Древесина, основное сырье, из которого выделяют целлюлозу для технических целей, содержит (в зависимости от породы дерева, его возраста, условий произрастания) 35-45% целлюлозы. Спутниками целлюлозы в клеточных стенках большинства растений являются другие полисахариды, отличающиеся по строению от целлюлозы (ксилан, маннан, галактан, пектиновые соединения), а также вещества неуглеводного характера: лигнин - пространственный полимер ароматического строения), диоксид кремния, смолистые вещества и другие. Если иметь в виду, что именно целлюлозные волокна в тканях растений обеспечивают механическую прочность как отдельных тканей, так и растения в целом, можно утверждать, что именно природа явилась первым создателем материалов, позднее получивших название "композиты".

Широкие возможности использования целлюлозы определяются особенностями химического строения, структуры и свойств этого полимера (рис. 1). Остаток р-Оглюкопиранозы — Рис. 1. Химическое строение фрагмента макромолекулы целлюлозы

Целлюлоза является неразветвленным Р-(1—>4) соединенным полимером О-глюкопиранозы. Дисахаридным повторяющимся фрагментом является целлобиоза. Экваториально-экваториальное соединение элементарных звеньев приводит к относительно плоской лентообразной конформации цепи.

Особенностью химического строения этого полимера является большое количество гидроксильных групп в макромолекуле. Они отвечают за

0'-1 специфические взаимодействия целлюлозы с растворителем, образование межмолекулярных связей и участие этого полимера в различных полимераналогичных превращениях. Целлюлоза никогда не присутствует в виде одиночных макромолекул, но состоит из их совокупности, как массив многих параллельных, ориентированных в одном направлении цепочек, образующих микроволокна, которые являются основными структурными единицами природной целлюлозы (рис 2).

5.5 А

• « • * • » « • • » « •

Рис. 2. Микрофибрилла целлюлозы с дефектом.

Длина молекул целлюлозы в зависимости от ее источника и способа переработки варьируется от 600 до 15000 мономерных звеньев. Диаметр супрамолекулярных структур, образуемых целлюлозой, может изменяться от так называемых элементарных фибрилл в высших растениях, которые содержат примерно 36 полимерных цепочек, до больших микро- и макроволокон водорослей, которые содержат более 1200 цепочек. Форма целлюлозных микроволокон определятеся геометрией целлюлозного комплекса, в котором происходит биосинтез макромолекул, и его окружением.

Целлюлоза, как и другие полисахариды, содержит значительную энергию, запасенную в С-Н и С-С связях. С продолжающимся увеличением потребления ископаемого топлива, потребность в альтернативных топливных ресурсах становится все большей, и целлюлоза, как уже было сказано выше, может служить таким альтернативным источником энергии, если будет найден эффективный метод превращения растительных материалов в простые сахара, которые будут использоваться для ферментации. Продукты ферментации можно использовать либо в качестве топлива, либо в качестве сырья для химического синтеза. Задача деполимеризации целлюлозы с получением простых Сахаров может быть решена с помощью ферментативного гидролиза гликозидных связей в полисахариде или прямым кислотным гидролизом. Главный промышленный недостаток этих процессов — это слишком низкая скорость обоих методов гидролиза, обусловленная трудностью растворения полимера. Изучение механизма растворения полимера является, таким образом, ключевой задачей, которая должна быть решена для эффективного использования целлюлозного сырья. Следовательно, изучение особенностей, которые вызывают сопротивление целлюлозы к растворению, особенностей взаимодействия ее с различного рода растворителями, имеет большое практическое значение.

Целью данной работы было исследование сольватации целлюлозы в полярных растворяющих системах с использованием метода молекулярной динамики и определение взаимосвязи растворимости полимера и полученных характеристик сольватации. Для этого проводился анализ структуры сольватной оболочки фрагментов макромолекулы целлюлозы в выбранных растворителях, анализ конформации макромолекул в растворе, а также исследование сольватации фрагмента кристаллической целлюлозы в выбранных растворителях и расчет свободной энергии сольватации.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Захаров, Всеволод Сергеевич, 2010 год

1. O'Sullivan А.С. Cellulose: the structure slowly unravels. // Cellulose. - 1997. -V. 4. - P. 173-207.

2. Meyer K.H. Positions des atomes dans le nouveau modele spatial de la cellulose / Meyer K.H., Misch L. // Helvetica Chimica Acta. 1937. - V. 20. - P. 232-245.

3. Kolpak F .J. Determination of the structure of Cellulose II. / Kolpak F .J., Blackwell J. // Macromolecules. 1976. - V. 9. - P. 273-278.

4. Петрова B.B. // Рентгенография целлюлоз. / Петрозаводск. 1994.

5. Wellard H.J. Variation in the lattice spacing of cellulose // J. Polymer Sci. -1954.-V. 13.-P. 471-476.

6. Honjo G. Examination of cellulose fiber by the low-temperature specimen method of electron diffraction end electron microscopy / Honjo G., Watanabe M. // Nature. 1958. - V. 181. - P. 326-328.

7. Sarko A. Packing analysis of carbohydrates and polysaccharides. Valonia cellulose and cellulose II. / Sarko A., Muggli R. // Macromolecules. 1974. - V. 7. - P. 486-494.

8. Woodcock Packing analysis of carbohydrates and polysaccharides. Molecular and crystall structure of native cellulose ramie. / Woodcock, Sarko A. // Macromolecules. 1980. - V. 13. - P. 1183-1187.

9. Gardner K.H. The structure of native cellulose. / Gardner K.H. Blackwell J. // Biopolymers. 1974. - V. 13. - P. 1975-2001.

10. Hart D.L. Studies of microstructure in native celluloses using solid-state С NMR. /Hart D.L. AtallaR.H. //Macromolecules. 1984. - V. 17. - P. 1465-1472.

11. Horii F. CP/MAS C NMR spectra of the crystalline components of native celluloses / Horii F. Hirai A. Kitamura R. // Macromolecules. 1987. - V. 20. - P. 2117-2120

12. Yamamoto H. CP/MAS C NMR analysis of the crystal transformation induced for Valonia cellulose by annealing at high temperatures / Yamamoto H., Horii F. // Macromolecules. 1993. - V. 26. - P. 1313-1317.

13. Sugiyama J. Transformation of Valonia cellulose crystals by an alkaline hydrothermal treatment. / Sugiyama J., Okano T., Yamamoto H., Horii F. // Macromolecules. 1990. - V. 23. - P. 3196-3198

14. Sugiyama J. Combined IR and electron diffraction study of the polymorphism of native cellulose. / Sugiyama J., Persson J., Chanzy H. // Macromolecules. -1991. -V. 24. P. 2461-2466.

15. Sugiyama J. Electron diffraction study on the two crystalline phases occurring in native cellulose from an algal cell wall. / Sugiyama J., Vuong R., Chanzy H. // Macromolecules. 1991. - V. 24. - P. 4168-417.

16. Pertsin A.J., Nugmanov O.K., Marchenko G.N., Kitaigorodsky A.I. // Macromolecules, 1991. V. 24. P. 771

17. Pertsin A J. Crystal structure of cellulose polymorphs by potential energy calculation: Regenerated and native cellulose. / Pertsin A.J., Nugmanov O.K., Marchenko G.N. //Polymer. 1986. - V. 27. - P. 597-601.

18. Mikelsaar R.H. Parallel and antiparallel models for crystalline phases of native cellulose. / Mikelsaar R.H. Aabloo A. // Tartu University: Preprint. 1994. - 8 p.

19. Aabloo A. Calculation of potential energy of the cellulose crystal structure / Aabloo A., Pertsin A.J., Mikelsaar R.H. // In Cellulosics: Chemical, Biochemical and Material Aspects, Eds J.F.Kennedy. New York. - 1993. - P. 61-65.

20. Aabloo A. Studies of crystalline native cellulose using potential-energy calculations / Aabloo A., French A.D., Mikelsaar R.H., Pertsin A J. // Cellulose. -1994.-V. l.-P. 161-168

21. Pertsin A.J., Nugmanov O.K., Marchenko G.N., Kitaigorodsky A.I. // Macromolekules, 1991. Y. 24. P. 771.

22. Pertsin A.J. Crystal structure of cellulose polymorphs by potential energy calculation: 2. Regenerated and native cellulose / Pertsin A J., Nugmanov O.K., Marchenko G.N. // Polymer. 1986. - V. 27. - P. 597-601.

23. Kroon-Batenburg L. M. J. The crystal and molecular structure of cellulose I and II. / Kroon-Batenburg L. M. J. Kroon J. // Glycoconjugate Journal. 1997. - V. 14. - P. 677-690.

24. Warwicker J. O. A review of the cotton. / Warwicker J. O., Jeffries R., Colbran R. L., Robinson R. N. // Shireley Institute Pamphlet. N 93. - 1966

25. Saito G. // Kolloidbeihefte. 1939. - N 49. - P. 365

26. Heuser E. Bartunek R. // Cellulosechem. 1925. - V 6. - N 19. - P. 25

27. Warwicker J. 0. // J. Appl. Polymer Sei. 1969. - V 13 - P 41.

28. Warwicker J О // J. Polymer Sei. AI 1967. V 5. - P 2579.

29. Mercer J. англ. патент N 13296. 1850.

30. Gladstone J. H. // J. Chem. Soc. 1852 Y 5 - P. 17.

31. Leighton A. J. // Phys. Chem. 1916. - V. 20. - P. 32.

32. Coward H. F. Spencer L. J. Textile Inst. Trans 1923 - V. 14. - P. 28.

33. Bancroft W. D. Calkin J. B. // Textile Res. 1934 - Y. 4 - P. 119.

34. Bencroft W. D. Calkin J. B. // Textile Res. 1934. - V. 4 -P. 159.

35. Pettipas G. // Meml. Serv. Chim. Etat. 1948. - Y. 34. - 125.

36. Neale S. M. // J. Textile Inst Trans. 1929 - V. 20 - P. 373.

37. Dehnerf F. Konig W. // Cellulosechem. 1924. - V. 5. - P. 107.

38. Dehnert F. Konig W. // Cellulosechem. 1925. - V. 6. - P. 1.

39. Marchessault R. H. Howsmon J. A. // Textile Res. J. 1957. - V. 27. - P. 30.

40. Lowe H. англ. пат. N. 20314. 1889.

41. Пакшвер А. Архипов M. Геллер Б. // ЖПХ. 1950. - Т. 23. - С. 181.

42. Eisenhut О. // Cellulosechem. 1941. -V. 19 - Р. 45.

43. Jolley L. J. // J. Textilic inst. Trans. 1939. - V. 30. - P 4.

44. Normann W. // Chemikerzeitung. 1906. - V. 30 - P. 584.

45. Trogus C. Hess K. Z. // Phys. Chem. (Leipzig). 1929. - V. 1. - P. 86.

46. Roscheir R. H. Hyvarinen S. Ahola A. // Paperi Puu. 1953. - V. 35. - P. 181.

47. Jayme G. Verbürg W. // Reyon Zellwolle Chemifasern. 1954. - V. 32. -P. 193.

48. Jayme G. Verbürg W. // Reyon Zellwolle Chemiefasern. 1954. - V. 32. -P. 275.

49. Collins G. E. // J. Textile inst Trans. 1923. - V. 14. - P. 264.

50. Bartunk R. Papier. 1953. - V. 7. - P. 153.

51. Haller R. // Textil-Rundshchau. 1947. - V. 2. - P. 39.

52. Ekenstam A. // Uber die Cellulose-Losungen in Mineralsauren. / Bloms. -Lund. 1936.

53. Lieser T. Fichiner F. // Ann. 1941. - V. 548.-P. 195.

54. Gelo I. WasiakB. // Przeglad Papier. 1959. -V 15. -P 321.

55. Данилов С. H. Гинтце Н. Ф. // ЖОХ. 1956. - Т. 26. - С. 3014.

56. Kebi F. Kudlacjer L. // Chem. Prüm. 1960. - V 10. - P. 161.

57. Karnik M. G. Devadatta G. C. // J. Univ. Bombay. 1948 - V. 17A. - P 40

58. Karnik M. G. Devadatta S. C. // J. Univ. Bombay. 1948. - V. 17A - P. 49

59. Ant-Wuorinen O. Visapaa A. // Paperi Puu. 1957. - V. 39. - P. 229.

60. Sanyer N. Purves С. B.//Tappi.- 1958. V. 41. - P. 119

61. Neale S. M. Waite R. // Trans. Faraday Soc. 1941. - V. 37. - P. 261.

62. Champetier G. // Ann. Chim Phys. 1933. - V. 20. - P. 5.

63. Warwicker J. O. //J. Appl. Polymer Sei. 1969. -V. 13. -P. 41.

64. Weimarn P. von герм. пат. N 275882. 1912.

65. Schwalbe С. G. // Farabenzeitung. 1913. - P. 433.

66. Herzog R. O. Beck F. Hoppe-Seyler's Z. // Physiol. Chem. 1920. - V. 111. -P. 287.

67. Okamura I. //Naturwissenschaften. 1933. - V. 21. -P. 393.

68. Pauli W. Handovsky H. // Biochem Z. 1909. - V. 18 - P. 340.

69. Pauli W. Handowsky H. // Biochem. Z. 1910. - V. 24. - P. 239.

70. Warwicker J. O. Jeffries R. Colbran R. L. Robinson R. N. // Shirley Institute Pamphlet. 1966. - N. 93.

71. Jayme G. //Papier. 1951. -V. 5. -P. 244.

72. Jayme G. Neuschaffer K. // Naturwissenschaften. 1955. - V. 42. - P. 536.

73. Jayme G. Neuschaffer K. // Papier. 1957. - V. 11. - P. 47.

74. Saxena V. P. Bhainagar H. I. Biswas A. B. // J. Appl. Polymer Sei. 1963. -V. 7.-P. 181.

75. Jayme G. Neuschaffer K. // Papier. 1955. - V. 9. - P. 563.

76. Achiff H. // Ann. 1898. - V. 29. - P. 238.

77. Jayme G. Lang F. //Kolloid. Z. 1957. - Y. 5. -P. 150.

78. Pizzi A. The Structure of Cellulose by Conformational Analysis. 1. Cellobiose and Methyl-ß-cellobioside / Pizzi A. Eaton N. // J. of Macromolecular Science A. -1984.-V. 21. P. 1443 - 1466.

79. Pizzi A. The Structure of Cellulose by Conformational Analysis. Part 4. Crystalline Cellulose II / Pizzi A. Eaton N J // J. of Macromolecular Science A. -V. 24.- 1987. P. 901-918.

80. Gardner, K.H. Blackwell J. // Biopolimers. 1974. - V. 13. - P. 1975-2001.

81. Sarko A. Muggli R. // Macromolecules. 1974. - V. 7. - P. 486-494.

82. Woodcock C. Sarko A. // Macromolecules. 1980. - V. 13. - P. 1183-1187.

83. Kolpak F.J. Blackwell. J. // Macromolecules. 1976. - V. 9. - P. 273-278.

84. Stipanovic A. J. Sarko A. // Macromolecules. 1976. - V. 9. - P. 851-857.

85. Kolpak F.J. WeihM. Blackwell J. //Polymer. 1978. -V. 19. - P. 123-131.

86. French A. D. // Carbohydr. Res. 1978. - V. 61.- P. 67-80.

87. Kroon-Batenburg L.M.J. // Stability of Cellulose Structures Studie by MD Simulations. Could Cellulose II be Parallel? / Kroon-Batenburg L.M.J. Bouma B. Kroon J. // Macromolecules.- 1996,- V 29. P. 5695-5699.

88. Heiner A.P. Sugiyama J. Teleman O. // Carbohydr. Res. 1995. - V 273. - P. 207-223.

89. F.Hori H. Yamamoto R. Kitamaru N. Tanahashi T. Higuchi // Macromolecules.- 1987. V. 20. - P. 2949-2951.

90. A. P. Heiner Structural reporter parameters for the characterization of crystalline cellulose. / A. P. Heiner O. Teleman // Pure & Appl. Chem. 1996. -V. 68.-N. 11.-P. 2187-2192.

91. Bergenstrahle M. Thermal response in Crystalline Ip Cellulose: A molecular Dynamics Study//J. Phys. Chem. B. -2007. -V. 111. P. 9138-9145.

92. A. Pizzi N.J Eaton M. Bariska // Theoretical water sorption energies by conformational analysis// Woode Sci. Technol. 1987. -V. 21. - P. 235-248.

93. Chanzy H. D. HenrissatB. //FEBS Lett. 1985. - Y. 184. - P. 285-288.

94. Chanzy H.D. Grosrenaud A. Joseleau J.P. // Biopolymers. 1982. -V. 21. -P. 301-319.

95. Kuutti L. Peltoner J. Pere J. Teleman O. // J. Microsc. 1995.- V 178. - P 1-6.

96. Hanley S,J. Gray D. // Holzforschung. 1994. - V. 48. - P. 29-34.

97. Reinkainen T. Teleman O. Teeri T. // Proteins Struct. Funct. Genet. 1995. -V. 22. P. 392-403.

98. A.P. Heiner Interface between Monoclinic crystalline cellulose and water: breakdown of the Odd/Even duplicity. / A.P. Heiner O. Teleman. // Langmuir.-1997.-V. 13. P. 511-518.

99. Toshifiimi Y. // Swellling behavior of the cellulose ip crystal models by molecular dynamics / Toshifumi Y. Shinya N. Shingo A. Sachio H. // Carbohydrate Research. 2006. - V. 341. - P. 2521-2530.

100. James F. Matthews Computer simulation studies of microcrystalline cellulose ip. / James F. Matthews Cathy E. Skopec Philip E. Mason // Carbohydrate res. -2006.-V. 341.-P. 138-152.

101. Abdelmouleh M. Boufi S. Belgacem M. N. Duarte A. P. Ben Salah A. // Gandini A Int. J. Adhes. 2004 - V. 24. - P 43-54.

102. Gunnars S. Wagberg L. Cohen-Stuart M. A. // Cellulose. 2002. -V. 9. P. 239-249.

103. Cunha A. G. Freire C. S. R. // Biomacromolecules. 2007. - V. 8. - P. 13471352

104. Karim M. Wetting the (110) and (100) Surfaces of Ip cellulose Studied by Molecular Dynamics / Karim M. Alan R. // Biomacromolecules. 2008. - V. 9. -P. 1352-1354.

105. Fumio T. // The behavior of cellulose molecules in aqueous environments / Fumio T. Noriko F. // Cellulose.- 2004. V. 11. - P. 33-38.

106. Gina L. Strati Julious L. Willet Frank A. // Ab initio computational study of b cellobiose conformers using B3LYP/6-311++ G** // Carbohydrate Research. -2002.-V. 337. P. 1833-1849.

107. Alfred D. Advanced conformational energy surfaces for cellobiose // Cellulose. 2004. - V. 11. - P 449-462.

108. Allinger N. L. // J. Am. Chem. Soc. 1977. -V. 99. - P. 8127.

109. Allinger N. L. Yuh Y. H. Lii J. H. // J. Am. Chem. Soc. 1989. -V. 111 - P. 8551

110. Allinger N. L. Rahman N. Lii J. H. // J. Am. Chem. Soc. 1990. - V. 112. -P.6120

111. Tvaroska I. Perez S. // Carbohydr Res. 1986. - V. 149. - P. 389.117. van Gunseren W. F. GROMOS : Groningen Molecular Simulation Program Pakage. // University of Groningen 1987.

112. Brooks B. Bruccoleri R. Olafson B. States D. Swaminatan S. Carplus M. J. // Comput. Chem. 1983. - V. 4. - P. 187.

113. Ha S. N. Giamonna A. Field M. Brady J. W. // Carbohydr. Res. 1988. - V. 180.-P. 207.

114. Reilling S. Schlenkrich M. Brikmann J. // J. Comput. Chem. 1996. - V. 17. -P. 450.

115. Grootenhuis P. D. J. Haasnoot C. A. // Mol. Simul. 1993. - V. 10. - P. 75.

116. Kowijzer M. L. Grootenhuis P. D. // J. Phys. Chem. 1995. - V. 99. - P. 13426

117. Weiner S. J. Kollman P. A. Case D. A. Singh U. C. Chio C. Alagona G. Profeta Jr S. Weiner P. // J. Am. Chem. Soc. 1984. - V. 106. - P. 765.

118. Homans S. W. //Biochemistry. 1990. -V. 29. - P. 9110.

119. Glennon T. M. Zheng Y. J. Le Grand S. M. Scutzberg B. A. Merz Jr K. M. // J. Comput. Chem. 1994. V. 15.-P. 1019.

120. Momany F. A. Willet J. L. // Carbohydr. Res. 2000. - V. 326. - P. 194.

121. Woods R. J. // In Rviews of Computational Chemistry. Lipkowitz. K. Boyd D. B. Eds: VCH Publishers. New York. 1996. -V. 9 P. 129-165.

122. Wohamadi F. Richards N. G. H. // J. Comput. Chem. 1990. - V. 11. - P 440.

123. Senderowitz H. Still W. C. // J. Org. Chem. 1997. - V. 62. - P. 1427.

124. Lifson S. Warshel A. // J. Chem. Phys. 1968. - V. 49. - P. 5116.

125. Kildeby K. Melberg S. Rasmussen K. // Acta Chem. Scand. 1977 - V. A31 . -P. 1.

126. Fabricius J. Engeisen S. Rasmussen K. J. // Carbohydr. Chem. 1997. -V. 16. -P. 751.

127. Clark M. Cramer R. D. // Comput. Chem. 1989. - V. 8. - P. 982.

128. Imberty A. Hardman K. D. Carver J. P. Perez S. // Glycobiology. 1991. - V. l.-P. 456.

129. Mayo S. L. Olafson B. D. Goddard W. A. // J. Phys. Chem. 1990. - V. 94. -P. 8897.

130. Jorgensen W. L. Maxwell D. S. Tirado-Rives J. // J. Am. Chem. Soc. 1995 . V. 118.-P. 11225

131. Darden T. An N-log(N) method for Ewald sums inlargesystems. / Darden T. YorkD. PedersenL. //J.Chem.Phys. 1993. -V. 98. P. 10089-10092.

132. Essmann U. A smooth particle mesh ewald potential. / Essmann U. Perera L. Berkowitz M. L. Darden T. Lee H. Pedersen L. G. //J.Chem. Phys. 1995. V. 103 - P. 8577-8592

133. Hess B. LINCS: A linear constraint solverformolecular simulations. / Hess B. Bekker H. Berendsen H. J. C. Fraaije J. // J.Comp. Chem. 1997. - V. 18. - P. 1463-1472.

134. Ryckaert, J. P., Ciccotti, G., Berendsen, H. J. C. Numerical integration of the Cartesian equationsofmotionofasystemwithconstraints;moleculardynamicsofn-alkanes. J.Comp. Phys. 23:327-341,1977.

135. Allen, M. P., Tildesley, D. J. Computer Simulations of Liquids. Oxford: Oxford Science Publications. 1987

136. Loes M. J. Kroon-Batenburg // J. Phys. Chem. B. 1997. - V. 101. - P. 8454.

137. Gina L. Ab initio computational study of-cellobiose conformers using B3LYP/6-311++G** / Gina L. Strati, Julious L. Willett, Frank A. Momany // Carbohydrate res. 2002. - V 337. - P 1833-1849.

138. Berendsen, H. J. C., Postma, J. P. M., van Gunsteren, W. F., Hermans, J. Interaction models for water in relation to protein hydration. In: Intermolecular Forces. Pullman, B. ed. D. Reidel Publishing Company Dordrecht. 1981. P. 331-342.

139. Zhang Z. An optimized molecular potential for carbon dioxide / Z. Zhang Z. Duan // J. Chem. Phys. 2005 - V. 122.

140. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10967-10975, Model of 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-propan-2-ol for Molecular Dy namics Simulations, Marco Fioroni,* Klaus Burger, Alan E. Mark, and Danilo Roccatano*

141. Mohamed Yacine Boumghaf. Thèse de doctorat és sciences appliqués Spécialité: génie chimique // Université de Sherbrooke faculté des sciences appliquées département de génie chimique 1996

142. Olga B. Kinetics of Precipitation of Cellulose from Cellulose NMMO -Water Solution. // Biomacromolecules. - 2005. - V. 6. - P. 1948 - 1953.