Статистический поиск и валидация биомаркеров, связанных с рассеянным склерозом тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.09, кандидат физико-математических наук Дмитрийс Львовс

• Дмитрийс Львовс
• кандидат физико-математических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Дмитрийс Львовс

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

Цели и задачи исследования.

Научная новизна и практическая значимость.

Апробация работы.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Полигенные заболевания.

Рассеянный склероз: характеристика заболевания.

Биомаркеры, связанные с рассеянным склерозом.

Биомаркеры предрасположенности.

Биомаркеры в фармакогеномике.

Ассоциативные исследования.

Средства полигенного анализа. рНпк.

Методы, основанные на МСМС.

Статистический анализ взаимодействия генов.

Критерий ББ.

МЕТОДЫ.

Программа для валидации генетических биомаркеров и её реализация в виде программного обеспечения на основе алгоритма АР8ашр1ег.

Разработка языка передачи вероятностной информации о свойствах генов и его интеграция с системой APSampler.

Методы определения характера кумулятивного эффекта компонентов составного генетического биомаркера.

Отношение отношений шансов как критерий наличия эпистатического взаимодействия.

Точный тест на взаимодействие FLINT.

Проверка адекватности метода оценки CI для SF не учитывая корреляции переменных.

Разработка методов представления и визуализации составных биомаркеров и характера кумулятивного эффекта.

РЕЗУЛЬТАТЫ.

Программное обеспечение APSampler.

Конвертирование данных в нужный формат.

Использование кластера или сервера.

Валидация по критерию Фишера или Гудмана-Крускала.

Валидация в параллельном режиме.

Анализ статистического взаимодействия.

Выбор оптимального метода поиска составных генетических биомаркеров из имеющихся методов.

Поиск биомаркеров эффективности лечения PC иммуномодулирующими препаратами.

Лечение больных PC глатирамера ацетатом.

Лечение больных PC интерфероном бета.

Анализ предрасположенности к PC методом случай/контроль.

Данные из Ростокского Университета.

Данные из Университета страны басков.

Поиск биомаркеров предрасположенности к РС на семейном материале.