Стратегия молекулярной диагностики моногенных заболеваний в постгеномную эру тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Рыжкова Оксана Петровна

• Рыжкова Оксана Петровна
• доктор наук
• 2026

Оглавление диссертации доктор наук Рыжкова Оксана Петровна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования

Степень разработанности темы исследования

Цель исследования

Задачи, решаемые в ходе исследования:

Научная новизна

Теоретическая и практическая значимость работы

Методология и методы исследования

Положения, выносимые на защиту

Степень достоверности полученных результатов

Апробация работы

Личный вклад автора

Публикации

ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

Глава 1. Разработка и характеризация таргетных МПС панелей для применения в различных группах наследственных патологий

1.1 Разработка таргетных МПС панелей для использования в различных группах нозологий

1.2 Характеристика разработанных МПС панелей

1.3 Диагностическая эффективность генетических панелей: влияние размера и возможности оптимизации

1.4 Особенности использования различных способов пробоподготовки и платформ секвенирования

1.5 Сравнение результатов использования «традиционных» и МПС систем как для одной патологии, так и между разными группами нозологий. Выявление параметров, определяющих возможности каждой из них

Итоги первой главы основного содержания работы:

Глава 2. Разработка концепций применения комплексных молекулярно-генетических тестов в практике научных и клинических лабораторий

Итоги второй главы основного содержания работы:

Глава 3. Внедрение разработанных систем диагностики в программы селективного и неонатального скрининга

3.1 Внедрение разработанных систем диагностики в программы селективного скрининга

3.2 Внедрение разработанных систем диагностики в расширенный неонатальный скрининг

Итоги третьей главы основного содержания работы:

Глава 4. Разработка программного обеспечения для анализа данных высокопроизводительного секвенирования

Итоги четвертой главы основного содержания работы:

Глава 5. Анализ спектра моногенных заболеваний в РФ: частоты носительства, редкие нозологии и уникальные находки

5.1 Выявление повторяющихся в РФ случаев редкой моногенной патологии, не обнаруженных стандартными методами

5.2 Описание уникальных случаев диагностики моногенной патологии

Итоги пятой главы основного содержания работы:

Глава 6. Разработка руководств по интерпретации данных, полученных методами МПС

Итоги шестой главы основного содержания работы:

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ АВТОРОМ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Программа для ЭВМ

БЛАГОДАРНОСТИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Стратегия молекулярной диагностики моногенных заболеваний в постгеномную эру»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

Наследственные заболевания представляют собой глобальную медико-социальную проблему. Согласно данным Orphanet, от 3,5 до 5,9% мирового населения (263-446 млн человек) страдают редкими заболеваниями, причем около 70% этих случаев составляют моногенные патологии. Среди новорожденных моногенная патология встречается примерно у 1% детей. Существенной проблемой в области диагностики орфанных заболеваний является так называемая «диагностическая одиссея» — продолжительный период между появлением первых симптомов и установлением точного диагноза, который до внедрения методов массового параллельного секвенирования (МПС/NGS) мог длиться годами, а в сложных случаях — десятилетиями.

Современные геномные технологии открывают беспрецедентные возможности для быстрого и эффективного установления молекулярных причин и патогенетических механизмов наследственных заболеваний, создавая базу для разработки научно обоснованных методов лечения патологий, которые ранее считались неизлечимыми. Актуальность развития отечественных исследований в области геномной медицины подчеркивается в Указах Президента и нормативно-правовых документах Российской Федерации, включая Стратегию научно-технологического развития РФ (утверждена Указом Президента РФ от 01.12.2016 № 642), Стратегию развития медицинской науки в РФ до 2025 года (утверждена распоряжением Правительства РФ от 31.12.2020 N 3684-р), а также Программу фундаментальных научных исследований на долгосрочный период (2021-2030 годы), разработанную во исполнение Указа Президента РФ от 28.11.2018 № 680 "О развитии генетических технологий в Российской Федерации".

К проблемам диагностики наследственных заболеваний можно отнести как редкость отдельных нозологических форм при их значительной совокупной распространенности в популяции, так и высокую генетическую гетерогенность и клиническую вариабельность проявлений. Вследствие значительного разнообразия наследственной патологии (более 7600 нозологий по данным OMIM и 6500 по данным Orphanet) установление точного диагноза на основании только клинического осмотра и анализа симптоматики значительно затруднено. Неспецифичность клинических проявлений, перекрывающихся при различных заболеваниях, обуславливает необходимость применения методов молекулярно-генетической диагностики для верификации диагноза.

Разработка и последующее широкое внедрение методов массового параллельного секвенирования (МПС/NGS (next generating sequencing)), характеризующихся высокой пропускной способностью при анализе протяженных участков генома, привели к дихотомии молекулярно-генетических диагностических подходов, которые стали классифицироваться как «традиционные» и «высокопроизводительные» (МПС). Период, последовавший за интеграцией МПС в клиническую практику, обозначается в научной

литературе термином «постгеномная эра», что отражает смену диагностической парадигмы.

По информации мировых баз данных в развитие моногенной патологии вовлечены от 4 462 (Orphanet 20.06.2025) и 4 636 (OMIM Updated June 18th, 2025) до более чем 11

000 (HGMD prof 2025.1) генов. Редкие заболевания, встречающиеся с частотой менее чем

1 случай на 100 000 населения, составляющие 90,1% всех наследственных заболеваний, суммарно обуславливают развитие патологии всего у 2,5% больных. Для этого класса заболеваний очевидно не подходит использование при диагностике «традиционных» методов, таких как последовательное секвенирование генов по Сэнгеру или исследование «частых» мутаций. С другой стороны, «частые» орфанные заболевания составляют всего 4,2% от числа наследственных болезней, однако являются причиной заболевания практически у 80% больных. Для части нозологий из этой группы секвенирование последовательности всего генома методом МПС будет явно избыточным.

Известно, что до сих пор не разработано метода, позволяющего детектировать сразу все типы изменений нуклеотидной последовательности. Различные молекулярные методы значительно отличаются как по эффективности выявления разных вариантов и успешности их использования при диагностике в разных группах нозологий, так и по стоимости и продолжительности анализа. Диагностическая эффективность секвенирования генов по Сэнгеру не превышает 5-10% для очень гетерогенных заболеваний, а невозможность детектировать структурные варианты (CNV) и варианты в интронах приводит к ложнонегативным результатам в 30-40% случаев. Использование таргетных панелей увеличивает информативность диагностики в среднем до 25% - 40%, полноэкзомного секвенирования (WES) до 30% - 50%, а полногеномного (WGS) до 40% - 62%. При этом с увеличением масштаба диагностики увеличиваются ее стоимость, ресурсоемкость, трудозатратность и время анализа данных. С другой стороны, наличие дрейфа генов в изолированных по тому или иному признаку популяциях приводит к накоплению в них патогенных вариантов, обуславливающих большую долю всех случаев заболеваний в популяции, и их выявление «традиционными» методами, такими как поиск «частых» мутаций может показывать информативность вплоть до 80% - 90%.

Несмотря на технологический прогресс отсутствие стандартизированных диагностических молекулярно-генетических подходов для моногенных заболеваний в РФ, основанных на знании генетической гетерогенности, технических ограничениях и аналитической сложности, обуславливает необходимость проведения исследований по оптимизации стратегий использования молекулярных методов диагностики на основе МПС. Данная работа отвечает критической потребности в масштабируемой, экономичной и точной молекулярной диагностике, соответствующей национальным приоритетам.

Степень разработанности темы исследования

Всего 20 лет назад, в 2005 году, была коммерциализирована первая система массового параллельного секвенирования, основанная на технологии

пиросеквенирования. Практически тогда же, в 2006 году, на рынке была представлена технология секвенирования мостиковой амплификации (Solexa), получившая в итоге наиболее широкое распространение благодаря ее внедрению на рынок компанией Illumina. В 2010 была разработана еще одна подобная технология, основанная на полупроводниковом секвенировании. Успешность внедрения технологий и широта их использования во всех отраслях, где используются геномные исследования, обусловила продолжающееся их развитие вплоть до настоящего времени, что проявляется как появлением новых технологий (BGI) и компаний производителей (GeneMind), так и нового оборудования, позволяющего получать все больше данных за один запуск прибора (Illumina NovoSeq X) или, наоборот, узкоспециализированных приборов (Illumina iSeq 100).

Одной из основной областей внедрения стала медицинская генетика, в том числе для диагностики наследственных заболеваний. Однако стоимость анализа и обработка и хранение огромного объема получаемых данных стали препятствием для массового использования данного метода в клинической практике. На сегодня WGS применяется лишь в 12% «сложных» случаев. С целью снижения нагрузки на лаборатории стали разрабатываться технологии таргетного секвенирования, включающие секвенирование и анализ ограниченных областей генома. На сегодня таргетное секвенирование панелей используется в европейских и азиатских странах для диагностики в 60%-80% случаев с установленной врачами генетиками наследственной патологией, WES и WGS применяется лишь в части случаев при отрицательных результатах панельного секвенирования. Основным критерием для определения размера панели является соотношение стоимости и результативности диагностики, значительно различающиеся в различных группах нозологий.

На территории РФ до настоящего исследования не проводилось масштабных работ по разработке различных по масштабам (размерам) таргетных технологий в диагностике наследственной патологии, не анализировалась эффективность их применения в клинической практике, не предлагались схемы их применения в комбинации с другими методами.

Другой проблемой внедрения МПС стало выявление большого числа вариантов неопределенной значимости. Отсутствие открытых баз, основанных на частотах встречаемости вариантов нуклеотидной последовательности у жителей РФ, и практически полное отсутствие этих данных в мировых (GnomAD) базах усугубляет проблему интерпретации результатов МПС и обуславливает необходимость ее создания.

В 2013 году для стандартизации оценки патогенности выявляемых изменений нуклеотидной последовательности группой ACMG/AMP были разработаны рекомендации, которые, однако не были адаптированы к российским особенностям.

Таким образом разработка подходов к использованию МПС в диагностике моногенной патологии является новым направлением как в России, так и за рубежом. Данное исследование вносит значительный вклад не только в российскую науку, но и в мировую практику, предлагая новые концепции применения методов МПС различного масштаба. Подобные разработки создают новые возможности для улучшения

диагностики наследственных заболеваний, понимания их молекулярно-генетических механизмов и создают фундаментальную основу для разработки персонализированных терапевтических подходов.

Цель исследования

Определение роли методов массового параллельного секвенирования (МПС) и разработка научно обоснованной стратегии их применения в диагностике моногенных заболеваний в РФ.

Задачи, решаемые в ходе исследования:

1. Разработать системы молекулярной диагностики методами МПС, различные по масштабу, типам пробоподготовки, используемым платформам секвенирования.

2. Определить информативность разработанных систем диагностики в различных группах патологий и сравнить результаты использования «традиционных» и МПС систем как для одной патологии, так и между разными группами нозологий. Выявить параметры, определяющие возможности каждой из них.

3. Разработать экономически обоснованные стратегии молекулярной диагностики наследственных заболеваний в РФ.

4. Внедрить разработанные системы диагностики в отечественные программы селективного и неонатального скрининга на наследственные заболевания.

5. Установить и охарактеризовать частые на территории РФ случаи моногенной патологии, невыявленные стандартными методами.

6. Охарактеризовать уникальные случаи диагностики моногенной патологии, выявленные с использованием предложенных стратегий.

7. Разработать программное обеспечение для анализа данных, получаемых методами МПС, включая базу данных вариантов последовательности ДНК человека, с возможностью ее использования для определения патогенности вариантов.

8. Разработать руководства по интерпретации данных, полученных методами

МПС.

Научная новизна

Впервые в РФ разработана и научно обоснована комплексная стратегия молекулярной диагностики моногенных заболеваний в постгеномную эру. В ней интегрированы анализ генетической гетерогенности нозологий, технических возможностей и ограничений методов («традиционных» и МПС), популяционных особенностей РФ и экономических аспектов для создания оптимизированных диагностических алгоритмов. Разработана оригинальная концепция каскадного (стратифицированного) тестирования, определяющая последовательность применения методов на основе структуры конкретной патологии для максимизации диагностического выхода при минимизации затрат.

Впервые в России разработаны и охарактеризованы таргетные МПС-панели (>30), охватывающие широкий спектр наследственных заболеваний от частых (ФКУ, МВ) до экстремально гетерогенных (эпилепсии, НМЗ). Это позволило впервые на репрезентативных российских выборках с высокой точностью определить популяционную структуру данных патологий.

Впервые разработан комплексный анализ 1140 диагностических путей с использованием MCDM (Multi-Criteria Decision Making), включая: аддитивную свертку трех ключевых параметров (стоимость, время, информативность), линейную нормализацию min-max для сопоставимости критериев, два весовых сценария (1:1:1 и 1:1:2) для моделирования разных приоритетов здравоохранения, расчет интегрального показателя эффективности (Score). Это создало объективный количественный инструмент, позволяющий сравнивать стратегии и выявлять оптимальные решения с целью построения методологий диагностики в научных и клинических работах.

Впервые проведен комплексный анализ спектра моногенных заболеваний в РФ с использованием высокопроизводительных методов МПС, позволивший выявить и охарактеризовать повторяющиеся случаи редких заболеваний (FKBP14, GNE, HINT1, AP4B1, IGLL1), не выявляемые стандартными методами, что указывает на их недооцененную распространенность в РФ, установить популяционные в РФ для синдрома Элерса-Данло кифосколиотический тип 2 (FKBP14) ~1/220 000, аутосомно-рецессивной аксональной нейропатии с нейромиотонией (HINT1) ~1/210 000, AP4-ассоциированная наследственная спастическая параплегия (AP4B1) ~1/1 000 000, агаммаглобулинемии ~1/110 000.

Впервые установлены и описаны фенотипы уникальных патологий, включая новые фенотипы, ультраредкие генетические находки и сочетанные патологии («дабл-трабл»), расширяющие фенотипический спектр известных заболеваний и углубляющие понимание их этиопатогенетических механизмов.

Теоретическая и практическая значимость работы

Теоретическая значимость диссертационного исследования заключается в преодолении фундаментального противоречия между стремительным технологическим прогрессом в области высокопроизводительного секвенирования (МПС) и отсутствием унифицированных стратегий его внедрения в рутинную диагностику моногенных заболеваний в Российской Федерации. Разработанная концепция каскадного (стратифицированного) тестирования, основанная на анализе генетической гетерогенности, типах патогенных вариантов и популяционных особенностях, обеспечивает переход от точечного использования МПС к унифицированным, экономически обоснованным алгоритмам. Получаемые с использованием предложенных концепций знания представляют собой важный инструмент для более глубокого понимания структуры и популяционных особенностях, а также молекулярных механизмов, лежащих в основе различных генетических заболеваний в РФ.

Практическая значимость работы определяется ее чрезвычайной востребованностью в области медицинской генетики. Среди ключевых направлений её использования можно выделить следующие:

• Адаптация использования новейших методов молекулярной диагностики для внедрения их в практическое здравоохранения играет решающую роль в улучшении точности диагностики генетических заболеваний и использования более ранних и эффективных мер по их предотвращению и лечению. Внедрение в рутинную диагностику ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова» и медико-генетических консультаций по всей стране более 25 таргетных панелей, CES v1/2, WES, WGS (ежегодный охват - >5 000 пациентов) позволяют получать данные, имеющие важнейшее значение для корректного медико-генетического консультирования пациентов.

• Комплексные решения, сочетающие «традиционные» методы (MLPA, частые мутации) и МПС интегрированы как в расширенный неонатальный скрининг (РНС), так и программы селективного скрининга. Это позволило обеспечить раннюю диагностику >4000 пациентов, обеспечив значимое улучшение клинических исходов за счет своевременного начала терапии до развития необратимых осложнений. Получаемые данные так же могут быть использованы для медико-генетического консультирования семей и снижения рисков повторного рождения больного ребенка.

• Созданная база данных частот вариантов нуклеотидной последовательности жителей РФ (интегрированная в ПО для анализа МПС) обеспечила сокращение доли вариантов неопределенной значимости (VUS) за счет учета популяционно-специфичных частот аллелей и увеличение точности молекулярной диагностики моногенных заболеваний путем накопления и использования данных о патогенности вариантов, верифицированных специалистами в этой области.

• Полученные данные о структуре и распространённости патологий (напр., спектр мутаций при МВ, ФКУ, МДД, первичных иммунодефицитов (ПИД), спастические параплегии и др.), а также наличие точных данных о патогенности вариантов, являются основой для разработки персонализированных методов лечения, направленных непосредственно на коррекцию конкретных молекулярных дефектов

• Внедрение рекомендаций по интерпретации данных обеспечило единство в определении причин развития наследственных заболеваний в генетических лабораториях страны, устраняя вариабельность интерпретации вариантов, значительно повысив надежность и воспроизводимость молекулярно-генетической диагностики в РФ.

Методология и методы исследования

Методологический фундамент исследования базировался на сочетании клинико-генетического анализа, биоинформатической обработки данных и экономическом обосновании для разработки стратегии молекулярной диагностики моногенных заболеваний в условиях российской системы здравоохранения.

Объектами исследования являлись варианты нуклеотидной последовательности, выявленные у российских пациентов с наследственными заболеваниями или отобранные из международных научных статей и специализированных баз данных (ClinVar, dbSNP, gnomAD).

Материалом являлись биологические образцы пациентов с наследственными заболеваниями и ретроспективные клинические и/или молекулярно-генетические данные пробандов, поступавших в ФГБНУ «МГНЦ». Пробанды были осмотрены врачами-генетиками ФГБНУ «МГНЦ» и/или врачами-генетиками региональных медико-генетических консультаций РФ.

Для выполнения экспериментальной части работы использованы следующие молекулярно-генетические методы: различные варианты полимеразной цепной реакции, мультиплексная пробозависимая лигазная реакция с амплификацией (MLPA), электрофорез в полиакриламидном геле (ПААГ), прямое автоматическое секвенирование по Сэнгеру, фрагментный анализ, методы массового параллельного секвенирования от таргетных панелей до WGS.

Высокопроизводительное секвенирование выполнялось на платформах Illumina NextSeq 500, Thermo Fisher Ion S5, MGI DNBSEQ-G400, GeneMind Genolab, GeneMind SerfSeq 5000.

Биоинформатическая обработка данных проводилась по каскадному протоколу, включающему контроль качества (FastQC, MultiQC), выравнивание на референсный геном hg37/hg38 (BWA-MEM, minimap2), детекция вариантов (GATK HaplotypeCaller, DeepVariant, strelka, Manta, CNVpytor, Delly_SV, ExpansionHunter).

Для интерпретации патогенности вариантов нуклеотидной последовательности по предсказанию их патогенетической значимости использовались широкодоступные программы и базы данных (HPO, OMIM, HGMD professional, LOVD, ClinVar, ClinGen, GeneCards, rs_dbSNP, GnomAD, Exac, HelixMTdb, MITOMAP, genename, Ensembl, UniProt, Decipher, HGVS, APPRIS, GENCODE, VEP_canonical, SIFT, Polyphen2, LRT, MutationTaster, FATHMM, PROVEAN, VEST4, MetaSVM, MetaLR, Reliability, MetaRNN, M-CAP, REVEL, MutPred, MPC, PrimateAI, DEOGEN2, ClinPred, VARITY_R, EVE, ESM1b, AlphaMissense, Aloft, CADD, fathmm, Eigen, CAROL, Condel, MtoolBox, APOGEE, DEOGEN2, SNAP, GenoCanyon, HUVEC, GERP++, phyloP, phastCons, SiPhy, bStatistic, spip, squirls, SpliceAI, PromoterAI, Pangolin и др.), в рамках разработанного в ходе выполнения данной работы программного обеспечения (NGS-data-Omics).

Положения, выносимые на защиту

1. Разработанные таргетные МПС-панели различных масштабов (от малых для частых нозологий до клинического экзома (CES) для гетерогенных патологий) и типов пробоподготовки (ультрамультиплексная ПЦР, гибридизационные зонды) доказали высокую диагностическую эффективность (до 95,6% для ФКУ v2, 86,0% для МДД/МДБ) и экономическую целесообразность их применения на разных этапах диагностического

алгоритма в условиях РФ. Их информативность определяется генетической структурой нозологии (гетерогенность, тип патогенных вариантов, популяционные особенности).

2. Научно обоснованы и внедрены в практику комплексные алгоритмы молекулярной диагностики, интегрирующие «традиционные» методы (поиск частых мутаций, мультиплексная лигазная цепная реакция (MLPA), секвенирование по Сэнгеру) и МПС-подходы различного масштаба (панели, CES, WES, WGS). Для «частых» патологий (фенилкетонурия (ФКУ), муковисцидоз (МВ), миодистрофия Дюшенна/Беккера (МДД/МДБ)) стратегии, стартующие с «традиционных» методов с последующим переходом к МПС, являются оптимальными, повышая результативность до 100% и увеличивая охват пациентов (вплоть до внедрения в РНС), при снижении стоимости на 37-80% и сокращении времени диагностики на 17-58% по сравнению с применением только WGS.

3. Разработанные и внедренные панели «Клинический экзом» (CES v1/v2, 6277/6640 генов) обеспечивают диагностическую информативность (41,5-43,3%), сопоставимую с полноэкзомным секвенированием (WES), при снижении стоимости на 20-30% и оптимизации биоинформатического анализа за счет исключения генов с неподтвержденной клинической значимостью. CES является экономически и диагностически эффективным инструментом второго этапа для гетерогенных и ультраредких заболеваний.

4. Созданная база данных частот вариантов нуклеотидной последовательности у жителей РФ и ее интеграция в программное обеспечение NGS-data-Omics для анализа МПС-данных позволяет уточнять патогенность выявляемых вариантов, снижать долю вариантов неопределенной значимости (VUS) и ускорять этап биоинформатической интерпретации, обеспечивая более точную и быструю диагностику.

5. Выявлены и охарактеризованы повторяющиеся случаи редких заболеваний: синдром Элерса-Данло кифосколиотический тип 2 (FKBP14), GNE-миопатия (GNE), аутосомно-рецессивная аксональная нейропатия с нейромиотонией (HINT1), AP4-ассоциированная наследственная спастическая параплегия (AP4B1), агаммаглобулинемия (IGLL1), не диагностируемые стандартными методами, и описаны уникальные клинические случаи (новые фенотипы, ультраредкие находки, сочетанные патологии -«дабл-трабл»), полученные данные расширяют знания о спектре и вариабельности моногенной патологии в РФ.

6. Разработанные руководства по интерпретации данных МПС обеспечивают единый методологический подход к определению патогенности герминальных вариантов последовательности ДНК и написанию заключений в генетических лабораториях РФ, снижая вариабельность интерпретации и повышая надежность молекулярно-генетической диагностики.

Степень достоверности полученных результатов

Достоверность результатов определяется использованием современных молекулярных методов и вычислительных подходов с рационально обоснованными

размерами выборок определением информативности используемых подходов и подтверждается публикацией результатов в высокорейтинговых рецензируемых журналах.

Апробация работы

Результаты работы представлены на международных и всероссийских конференциях: European Human Gеnetics Conference 2015 ( June 6 - 9, 2015, Глазго), VII Съезд Российского общества медицинских генетиков (19-23 мая, 2015, Санкт-Петербург), 3-я Всероссийская конференция с международным участием «Генетика опухолей кроветворной системы» (19-20 мая, 2015, Санкт-Петербург), X Международная (XIX Всероссийская) Пироговская научная медицинская конференция студентов и молодых ученых (Март, 2015, Москва, Россия), American Society of Human Gеnetics Conference 2016 (October 18-22, 2016, Ванкувер), The 13th International Congress of Human Genetics (ISHG2016) (April 3-7, 2016, Киото), Всероссийская научно-практическая конференция «МПС в медицинской генетике» (22-24 апреля 2016, Суздаль), The European Human Genetics Conference 2017 (may 26-31, 2017, Копенгаген), Вторая международная научно-практическая конференция «МПС в медицинской генетике 2017» (26-28 апреля, 2017, Суздаль), Всероссийский научно-практический конгресс с международным участием «Орфанные болезни» (1-3 июня, 2017, Москва), Межрегиональная научно-практическая конференция «Профилактика, диагностика и лечение наследственной и врожденной патологии» (23-25 августа, 2017, Владивосток), VII Национальный Конгресс Аудиологов и XI Международный симпозиум «Современные проблемы физиологии и патологии слуха» (12-14 сентября, 2017, Суздаль), XXI форум «Национальные дни лабораторной медицины России» (20-22 сентября, 2017, Москва), 2-я Всероссийская научно-практическая конференция «Новые технологии диагностики наследственных болезней» (27-28 октября, 2017, Москва), XI научная конференция «Генетика человека и патология» (27-30 ноября, 2017, Томск), 11th International Congress of Andrology (May 6-9, 2017, Копенгаген), Третья Международная научно-практическая конференция «MGМПС 2018» (25-27 апреля, 2018, Суздаль), European Human Gеnetics Conference 2020 (June 6-9, 2020, Virtual Meeting), Первая научно-практическая онлайн-конференция «Новые технологии в диагностике и лечении наследственных болезней» (21-22 июля, 2020, Москва), Х Юбилейная Всероссийская научно-практическая конференция "Мультидисциплинарный подход в диагностике и лечении нервно - мышечной патологии" (11-12 декабря, 2020, Москва), European Human Genetics Conference 2021 (August 28-31, 2020, Virtual Meeting), Научная онлайн конференция «Помощь редким: диагностика, лечение и правовая защита пациентов с орфанными заболеваниями» (02 сентября, 2021, Москва), Пятая международная научно-практическая конференция «МПС в медицинской генетике 202021» (28 - 30 апреля, 2021, Суздаль), IX съезд Российского общества медицинских генетиков (30 июня - 02 июля, 2021, Москва), Quagen day 2021 (08 апреля, 2021, Москва), X Юбилейная Научно-практическая Конференция "Молекулярная Диагностика" (9-11 ноября, 2021, Москва), XI Всероссийская научно-практическая конференция

"Молекулярно-генетический диагноз и роль дополнительных исследований при нервно-мышечных болезнях" (03-04 декабря, 2021, Москва), IV Всероссийский научно-практический конгресс с международным участием «ОРФАННЫЕ БОЛЕЗНИ» (9-10 июня, 2022, Москва), European Human Genetics Conference 2022 (11-14 июня, 2022, Вена), Первый Евразийский форум "Содружество без границ" (27—28 октября, 2022, Астана/Алматы/Москва), XIII научная конференция «Генетика человека и патология» (20-22 ноября, 2022, Томск), Научно-практическая онлайн-конференция РОМГ «Новые технологии в диагностике и лечении наследственных болезней» (05-06 апреля, 2023, Москва), Конференция "Первичные иммунодефицита в эпоху неонатального скрининга" (13-15 апреля, 2023, Москва), V Всероссийский научно-практический конгресс с международным участием «Орфанные болезни» (08-09 июня, 2023, Москва), Всероссийская мультимедийная конференция «Орфанетика» (05 июля, 2023, Москва), V всероссийская конференция "Опухолевые маркеры: молекулярно-генетические и клинические аспекты" (26-29 июля, 2023, с. Майма, Республика Алтай), Второй Евразийский форум по диагностике и лечению орфанных болезней "Содружество без границ" (25-26 октября, 2023, Ташкент - Москва (очно/заочная)), Всероссийская мультимедийная конференция с международным участием «Орфанетика» (14 декабря,

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Рыжкова Оксана Петровна, 2026 год

и л и

направленной на диагностику в возрасте 2 лет с задержкой психоречевого развития, низким ростом (-2,4 SD), брахидактилией, краниофациальными аномалиями (долихоцефалия, высокий лоб, эпикант, удлиненный нос) и эпилепсией. У нее были выявлены протяженная делеция 22q13.3 (chr22:45,034,627-50,808,389) с захватом SHANK3, обуславливающая синдром Фелан-Макдермид (СФМ) и de novo вариант c.257A>G (p.Tyr86Cys) в гене WNT5A, обуславливающая синдром Робинова [22]. Диагностический поиск длился 16 лет из-за переплетения симптомов: гипотония и задержка развития маскировались под СФМ, а брахидактилия и лицевые дисморфии имитировали синдром Робинова. Клинически коморбидность проявилась уникальными признаками: резистентная эпилепсия (типичная для СФМ) сочеталась с тяжелыми скелетными нарушениями (характерными для синдрома Робинова), а отсутствие речи стало следствием синергетического воздействия мутаций SHANK3 и WNT5A на нейроразвитие.

Фенотипическая однородность при генетическом разнообразии так же создает значительные трудности для точной диагностики и дифференцировки конкретных форм SPG на основании только клинико-генеалогических данных [25, 26]. Примером такого сочетания может служить случай пациента с патогенными вариантами в генах SPAST c.80dupC (p.Cys28Leufs*20) и ATL1 a1213G>A (p.Val405Met), приводящими к спастическим параплегиям 4 (СПГ4) и ЗА (СПГ3А) типа соответственно. Несмотря на разные гены и патогенез, их неосложненные фенотипы практически идентичны: семейные случаи спастического парапареза без существенных дополнительных неврологических симптомов (чувствительных, мозжечковых, когнитивных), с относительно медленным прогрессированием и возможностью неполной пенетрантности (бессимптомного носительства). Надежно дифференцировать СПГ4 и СПГ3А по клинической картине в каждом конкретном случае невозможно. Хотя типичный возраст начала различается (4-е десятилетие для СПГ4, 1-е десятилетие для СПГЗА), обе формы демонстрируют значительное внутри- и межсемейное разнообразие по этому признаку, еще больше стирая клинические границы. Клиническая картина пробанда была абсолютно неотличима от таковой при изолированной СПГ4 или СПГЗА. Начало в 4-м десятилетии типично для СПГ4, но описаны случаи СПГЗА с дебютом во взрослом возрасте. Разделить клинический вклад каждой мутации в симптоматику пробанда оказалось принципиально невозможно. У отца пробанда мутация ATL1 протекала бессимптомно (демонстрируя неполную пенетрантность СПГЗА), а у матери мутация SPAST вызвала тяжелую СПГ4. Таким образом, фенотипическое сходство СПГ4 и СПГЗА не позволило заподозрить наличие у пробанда двух генетически различных заболеваний с идентичными проявлениями до проведения генетического тестирования.

Таким образом молекулярная диагностика наследственной патологии особенно сложна в случаях фенотипической гетерогенности и генетической гетерогенности, когда клиническая картина представляет собой наложение или маскировку классических проявлений.

Итоги пятой главы основного содержания работы:

Внедрение WES в клиническую практику в РФ впервые позволило выявить и диагностировать в РФ ряд редких моногенных заболеваний, обусловленных вариантами в генах FKBP14, HINT1, AP4B1, IGLL1, GNE, ранее не обнаруживаемых стандартными методами, и рассчитать для первых четырех популяционные частоты заболеваний в РФ: ~1/220 000, ~1/210 000, ~1/1 000 000 и ~1/110 000 соответственно. Совпадение данных расчетной популяционной частоты агаммаглобулинемии (IGLL1) с данными скрининга валидирует как метод расчета, так и эффективность РНС.

Продемонстрирована важность выявления, установления молекулярных механизмов и тщательного анализа фенотипов единичных случаев ультраредких заболеваний для углубления понимания их природы, этиопатогенеза, вариабельности проявлений и улучшения медицинской помощи таким пациентам в России. Собранные данные являются основой для создания национальных реестров редких болезней,

способствуют разработке стандартов диагностики и ведения пациентов, вносят значимый вклад в глобальную базу знаний о редких заболеваниях и развитие персонализированной медицины.

Случаи сочетанной патологии (один ген - два фенотипа) или "дабл-трабл" (два гена - комбинированный/маскированный фенотип) представляют наибольшую диагностическую проблему. Клиническая картина является результатом наложения или маскировки симптомов, что затрудняет распознавание классических проявлений каждого отдельного заболевания. Внедрение методов МПС в диагностические алгоритмы является ключевым способом установления точного молекулярного диагноза, прекращения "диагностической одиссеи" и понимания уникальных механизмов взаимодействия патологий у одного пациента.

Глава 6. Разработка руководств по интерпретации данных, полученных

методами МПС

Разработка стандартизированных руководств по интерпретации данных массового параллельного секвенирования (МПС/NGS) представляет собой фундаментальную основу для внедрения этих технологий в клиническую практику [33, 34, 40]. Российские руководства, инициированные коллективом авторов под руководством Рыжковой О.П. прошли эволюцию от первой версии (2017) до усовершенствованной редакции 2018 года (версия 2). Эти документы стали адаптацией международных стандартов (ACMG, CAP, ESHG, FDA) к российским реалиям с учетом специфики местной популяции, лабораторных возможностей и нормативно-правовой базы.

Разработка первого российского руководства по интерпретации данных массового параллельного секвенирования (MPS/МПС) была инициирована для решения критических проблем, возникших с внедрением этих технологий в клиническую практику. Без единых стандартов интерпретации существовал высокий риск ошибок в диагностике, неоправданных затрат и юридических конфликтов. Ключевая цель руководства — создание унифицированного подхода, обеспечивающего точность, воспроизводимость и сопоставимость результатов между разными лабораториями. Внедрение таких рекомендаций дает принципиальные преимущества: во-первых, оно минимизирует субъективизм при оценке вариантов за счет строгих критериев классификации (Pathogenic, Likely Pathogenic, VUS, Likely Benign, Benign), адаптированных из международных стандартов (ACMG/AMP) с учетом особенностей российской популяции. Во-вторых, руководство регламентирует обязательные этапы верификации данных, включая подтверждение патогенных вариантов методом Сэнгера как "золотого стандарта", что снижает риск ложноположительных заключений из-за артефактов секвенирования или ошибок биоинформатической обработки. В-третьих, документ устанавливает четкие требования к оформлению лабораторных заключений, предусматривая обязательное указание ограничений метода, степени доказательности выводов и рекомендаций по дальнейшим действиям (например, обследованию родственников). Это повышает прозрачность диагностики и юридическую защиту врачей

и исследователей. Особое внимание уделяется работе с вариантами неопределенной значимости (VUS): руководство подчеркивает недопустимость их использования для постановки диагноза и требует регулярного пересмотра по мере появления новых данных. Так же данные руководства устанавливают более строгие пороговые частоты по сравнению с ACMG/CAP/ClinGen для критерия "не описанный ранее вариант" (аналог PM2): <0,01% для АД заболеваний (vs ACMG <1%), <0,5% для АР (vs ACMG <5%), с отдельными лимитами для X-сцепленных форм. Критерий BA1 (частотный) требует >3% в специфичных базах (ESP/1KP/ExAC). ClinVar не признается источником оценки патогенности, только справочным ресурсом. При вынесении заключения приоритет отдается клинически релевантным вариантам: 1) только патогенные/VUS варианты, полностью соответствующие фенотипу и наследованию (1 вариант при АД, >2 при АР/Х-рецессивном); 2) при сочетании патогенного и вероятно патогенного в одном гене при АР/Х-рецессивном — только они (с указанием необходимости анализа цис/транс); 3) обязательно сообщаются вторичные находки с доступным лечением. Разработка таких рекомендаций критически важна для интеграции МПС в систему здравоохранения, так как обеспечивает доверие к результатам, позволяет накапливать согласованные данные в национальных базах (типа RuExac), оптимизирует затраты за счет исключения дублирующих анализов и, в конечном счете, сокращает "диагностическую одиссею" пациентов с редкими заболеваниями. Без единых правил интерпретации дорогостоящие технологии МПС не смогут реализовать свой потенциал для персонализированной медицины.

Разработка обновленной версии российского руководства по интерпретации данных MPS/МПС была продиктована необходимостью адаптировать стремительно развивающиеся технологии секвенирования к реалиям клинической практики и нивелировать пробелы первой редакции. Оно детализировало протоколы контроля качества, регламентировало анализ цис/транс-конфигурации для рецессивных заболеваний и статуса de wovo/унаследованный для доминантных форм, особенно в случаях выявления вариантов неопределенной значимости. В документе стандартизированы процедуры переанализа (рекомендуется каждые 6-12 месяцев и при обновлении баз знаний). Особое внимание уделено этико-правовым аспектам: усилены требования к информированному согласию, регламентирована передача данных секвенирования, а также введено ограничение на пренатальную диагностику при выявлении у пробанда вариантов неопределённой клинической значимости. Расширен список вторичных находок.

С расширением областей внедрения МПС технологий в клинической практике назрела необходимость разработки рекомендаций по анализу данных МПС в пренатальной диагностике. Разработка данных методических рекомендаций продиктована острой необходимостью стандартизировать применение современных геномных технологий — высокопроизводительного секвенирования (МПС) и молекулярного кариотипирования на ДНК-микроматрицах — в пренатальной диагностике РФ, где ранее отсутствовали единые протоколы. Ключевая цель — обеспечить точную, своевременную и клинически обоснованную диагностику

хромосомных и моногенных патологий плода, минимизируя риски неоправданных инвазивных процедур и диагностических ошибок. Внедрение рекомендаций решало критически важные задачи: во-первых, они определили чёткие клинические показания для назначения МПС/микроматриц, включая УЗ-маркеры аномалий плода (гигрома, ВПР), высокий риск по результатам НИПТ, отягощённый семейный анамнез по моногенным заболеваниям, а также случаи мертворождения или выкидышей неизвестной этиологии. Во-вторых, документ регламентирует выбор оптимального метода в зависимости от клинического сценария: микроматричный анализ (XMA) — как первый этап при подозрении на хромосомные аномалии (микроделеции/дупликации), таргетное МПС (панели генов, клинический экзом) — при подозрении на моногенные синдромы, а CNV-seq — для быстрого скрининга анеуплоидий и крупных CNV. В-третьих, рекомендации устанавливают строгие лабораторные и биоинформатические протоколы, включая валидацию панелей МПС для пренатальных образцов, минимальную глубину покрытия (>100x для амниоцитов/ворсин хориона), обязательное подтверждение патогенных вариантов методом Сэнгера и интерпретацию результатов строго в соответствии с российскими руководствами версии 1 и 2, описанными выше. Особое внимание уделено этико-правовым аспектам: обязательное информированное согласие с акцентом на ограничения методов (например, невозможность выявления низкоуровневого мозаицизма), регламент сообщения результатов VUS (вариантов неопределённой значимости) только через врача-генетика с консультативным заключением, а также правила хранения и использования биоматериала.

Существенное улучшение точности секвенирования методами МПС (платформы BGI, Illumina и др.), достигших снижения частоты ошибок <0,001%, а также развитие высоконадежных биоинформатических алгоритмов «вызова» вариантов (включая инструменты на основе ИИ), способных эффективно фильтровать артефакты, позволили накопить обширные массивы данных по верифицированным секвенированием по Сэнгеру вариантам, подтвердившие конкордантность между WGS и Сэнгером >99,5%. Это поставило вопрос о необходимости подтверждения вариантов, прописанное во всех разработанных ранее алгоритмах. "Уход" от подтверждения секвенированием по Сэнгеру позволяет значительно сократить сроки выдачи клинически релевантных заключений и снизить стоимость анализов на 30-40%, что особенно критично для масштабных скрининговых программ (например, неонатальной диагностики СМА или иммунодефицитов) и своевременного назначения терапии. Однако такой подход строго ограничен конкретными параметрами качества данных, при которых риск ложноположительных результатов минимален. Было показано, что отказ от Сэнгер-валидации допустим только для "высококачественных" (HQ) вариантов, удовлетворяющих комбинации следующих параметров: глубина покрытия (DP) > 15x в локусе варианта; частота аллеля (AF) > 0,25 (>25%); показатель качества (QUAL) > 100 (при использовании HaplotypeCaller v4.2); отсутствие артефактов в локусе (подтвержденное визуальным анализом в IGV); высокое общее качество данных: Q30 >90% (доля чтений с ошибкой <0,1%) [60]. Подход неприменим для мозаичных вариантов (уровень <15%), сложных инделов, вариантов в гомополимерных участках/сегментарных

дупликациях, а также в локусах с известными техническими трудностями (например, SMN1, PMS2). Так же рекомендуется регулярный аудит биоинформатического программного обеспечения с использованием внешних контролей. Даже при соблюдении всех критериев, около 1,2% вариантов в исходном наборе (с низким QUAL, DP или AF) все равно требуют обязательной валидации Сэнгером для исключения ошибок.

Итоги шестой главы основного содержания работы:

Разработка трех российских руководств [33, 34, 40] по интерпретации данных МПС стала ключевым этапом внедрения геномных технологий в клиническую практику, создав унифицированные стандарты для точной и воспроизводимой диагностики. Эти документы, адаптировавшие международные критерии ACMG/AMP к российским реалиям с учётом популяционных особенностей и этико-правовых норм, минимизировали диагностические риски за счёт обязательной верификации патогенных вариантов методом Сэнгера, строгих протоколов контроля качества и чётких регламентов оформления заключений. Последующие исследования доказали возможность частичного отказа от длительного и дорогостоящего этапа подтверждения вариантов методом секвенирования по Сэнгеру для "высококачественных" вариантов [60].

В совокупности руководства трансформировали МПС из исследовательского инструмента в надежный клинический стандарт, оптимизирующий диагностическую одиссею и закладывающий основу для персонализированной медицины в России при сохранении баланса между инновациями и гарантией точности результатов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведено масштабное десятилетнее исследование (2015-2025 гг.), направленное на решение актуальной проблемы диагностики моногенных заболеваний в постгеномную эру, вызванной отсутствием стандартизированных подходов и необходимостью создания комплексных, экономически обоснованных и клинически эффективных систем диагностики, адаптированных к специфике российского здравоохранения и популяционным особенностям.

Одним из ключевых результатов стала разработка и внедрение более 30 таргетных МПС-панелей для широкого спектра нозологий — от высокопенетрантных заболеваний с низкой генетической гетерогенностью (фенилкетонурия, муковисцидоз) до экстремально гетерогенных групп (эпилепсии, нервно-мышечные заболевания). Эти панели, валидированные на репрезентативной выборке из почти 10 000 пациентов, продемонстрировали диагностическую информативность от 30-40% для гетерогенных патологий (спастические параплегии) до 95-96% для заболеваний с преобладанием «частых» вариантов (ФКУ). Итеративный подход к их совершенствованию (например, переход от панели ФКУ VI к v2, ПКМД VI к v2) позволил оперативно интегрировать новые научные данные, включая данные о регуляторных областях и вновь открытых ассоциациях фенотип-генотип, хотя расширение панелей не всегда приводило к пропорциональному росту диагностического выхода, что подчеркивает важность взвешенного отбора генов на основе доказанной клинической значимости и популяционной релевантности.

Значимым вкладом в методологию диагностики моногенных заболеваний стала разработка концепции стратифицированного (каскадного) тестирования, основанного на глубоком анализе структуры каждой нозологической группы. Исследование доказало, что универсальный подход к диагностике неэффективен: для патологий с доминирующими «частыми» мутациями или CNV (спинальная мышечная атрофия, гемофилия, МДД/МДБ) «традиционные» методы (MLPA, поиск частых мутаций, секвенирование по Сэнгеру) остаются экономически оптимальными методами первой линии, тогда как применение МПС-панелей или CES/WES целесообразны на последующих этапах для выявления редких вариантов. Например, для МДД/МДБ алгоритм «MLPA ^ Панель МПС» обеспечивает 86% информативности при на 75% меньшей стоимости относительно WGS. Для высокогетерогенных заболеваний, ультраредких заболеваний и заболеваний с неисследованной молекулярной структурой внедрение комбинированных МПС протоколов CES/WES ^ WGS так же в половину сокращает стоимость исследований и снижает среднее время диагностики на 20% относительно монотехнологичного WGS.

Практическая значимость работы подтверждена масштабным внедрением разработок в клиническую практику. Системы диагностики на основе малых панелей (ФКУ) интегрированы в программы расширенного неонатального скрининга (РНС) в РФ, обеспечив раннее выявление и лечение сотен новорожденных. Для системы диагностики МВ показана целесообразность ее внедрения в РНС. Для селективного скрининга (МДД, наследственные ретинопатии) предложенные алгоритмы позволили увеличить охват

пациентов при снижении средней стоимости тестирования. Показана перспективность включения большей части разработанных панелей в будущие программы селективного скрининга. Разработанные панели CES v1/v2, сопоставимые по эффективности с WES (41-43% диагностического выхода), но на 20-30% дешевле, стали рутинным инструментом в федеральных медико-генетических центрах РФ.

Разработанные руководства по интерпретации данных МПС унифицировали диагностические критерии в РФ, снизив вариабельность заключений между лабораториями.

Созданное специализированное программное обеспечение (МПС-data-Genome) облегчило обработку и интерпретацию данных МПС, повышая информативность анализа за счёт сокращения доли вариантов неопределенной значимости (VUS), а также доступность и удобство их использования специалистами разного профиля.

Внедрение методов МПС в лабораторную практику позволило впервые в России выявить и описать ряд уникальных случаев моногенной патологии в РФ, включая новые фенотипы, «дабл-трабл» случаи, редкие повторяющихся в РФ заболевания, ранее не описанные в отечественной медицине, обусловленные мутациями в генах FKBP14, GNE, HINT1, AP4B1, IGLL1 и других, не обнаруживаемые «традиционными» методами. Помимо идентификации самих заболеваний, проведен глубокий анализ генетических механизмов, определены фенотипические особенности и оценена частота данных заболеваний в РФ.

Технологическая часть работы включала сравнительный анализ платформ секвенирования: метод синтеза (SBS) показал преимущество перед полупроводниковым секвенированием в точности и покрытии целевых регионов, особенно в гомополимерных участках, а гибридизационные зонды подтвердили свою надежность для CES, минимизировав аллельные дропауты.

Таким образом данная фундаментальная работа сформировала научную и методологическую основу для персонализированной, экономически эффективной и масштабируемой системы диагностики наследственных заболеваний в РФ.

ВЫВОДЫ

1. Разработан и внедрён комплекс таргетных МПС-панелей размером от 9,8 kb до 22 Mb, охватывающих от 1 до 6640 генов и использующих разные методы пробоподготовки. Метод секвенирования sequencing by synthesis в сочетании с гибридизационной пробоподготовкой показал существенное преимущество перед полупроводниковым секвенированием в точности и покрытии таргетных областей.

2. Информативность МПС-панелей обратно пропорциональна их размеру: высокая (до 95,6%) для «малых» панелей, умеренная (40-60%) для «средних» и «больших» панелей и сопоставимая с полноэкзомным секвенированием (WES, ~43%) для клинического экзома. Уровень информативности таргетных систем зависит от генетической гетерогенности патологии: чем выше гетерогенность, тем ниже эффективность таргетной диагностики.

3. МПС более информативен для высокогетерогенных и ультраредких заболеваний; традиционные методы сохраняют актуальность для рутинной диагностики при наличии в спектре вызывающих их вариантов частых мутаций/CNV (спинальная мышечная атрофия, миодистрофия Дюшенна/Беккера (МДД), наследственные моторно-сенсорные нейропатии).

4. Разработаны и экономически обоснованы каскадные диагностические алгоритмы, доказавшие превосходство над монотехнологичными подходами. Для разных групп патологий (фенилкетонурия (ФКУ), муковисцидоз (МВ), МДД, спастические параплегии (СПГ)) предложены стратегии, обеспечивающие значительную экономию финансовых затрат (от 27,5% до 78,8%) по сравнению с использованием WGS на первой линии диагностики.

5. Внедрение разработанных стратегий в программы селективного и неонатального скрининга в РФ подтвердило их высокую диагностическую эффективность для ряда патологий (офтальмопатии, МДД, ФКУ, МВ). Для первичных иммунодефицитов (ПИД) применение таргетной панели выявило 62% ложноотрицательных результатов, установив уникальные особенности генетического ландшафта российской популяции и необходимость перехода на WES как основной метод диагностики ПИД в расширенном неонатальном скрининге.

6. Выявлены повторяющиеся случаи редких заболеваний в РФ, пропущенные при исследовании «традиционными» методами: синдром Элерса-Данло кифосколиотический тип 2 (FKBP14), GNE-миопатия (GNE), аутосомно-рецессивная аксональная нейропатия с нейромиотонией (HINT1), АР4-ассоциированная наследственная спастическая параплегия (AP4B1), агаммаглобулинемия (IGLL1). Определены генетические механизмы возникновения и фенотипические особенности данных заболеваний в российской популяции. Расчётные частоты для FKBP14, HINT1, AP4B1, IGLL1 ассоциированных патологий в РФ составили ~1/220 000, ~1/210 000, ~1/1 000 000 и ~1/110 000 соответственно.

7. Внедрённые стратегии позволили выявлять, устанавливать и охарактеризовывать этиопатогенетические механизмы развития заболеваний в

уникальных случаях при различных клинических сценариях, включая: выявление "новых" фенотипов известных заболеваний; ультраредких заболеваний; сочетанных фенотипов, вызванных единственным патогенным вариантом и сочетанием двух независимых наследственных заболеваний у одного пациента, что существенно расширяет знания о спектре и сложности постановки диагноза при моногенной патологии в РФ.

8. Разработано специализированное программное обеспечение NGS-data-Omics с интегрированной базой популяционных частот, позволившее унифицировать и облегчить обработку и интерпретацию данных МПС. Данное программное обеспечение рутинно используется в практической деятельности ФГБНУ «МГНЦ» для определения патогенности вариантов, определения частот носительства и расчета распространенности моногенных заболеваний в РФ.

9. Разработаны три практических руководства по интерпретации результатов МПС на территории РФ, способствующие стандартизации биоинформатического анализа и минимизации ошибок в клинической практике.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ АВТОРОМ ПО ТЕМЕ

ДИССЕРТАЦИИ

1. Бескоровайная Т.С., Миловидова Т.Б., Щагина О.А., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Комплексная диагностика гемофилии А у российских больных. Генетика. 2019;55(8):944-954 (Web of Science, Scopus).

2. Боровиков А.О., Шаркова И.В., Рыжкова О.П., Чухрова А.Л., Щагина О.А., Маркова Т.В., Дадали Е.Л. Клинико-генетические характеристики синдрома контрактур конечностей и лица, гипотонии и задержки психомоторного развития (OMIM:616 266), обусловленного мутациями в гене NALCN. Нервно-мышечные болезни. 2019;9(1):83-91 (Scopus).

3. Булах М.В., Галеева Н.М., Полякова Д.А., Рыжкова О.П., Дадали Е.Л., Поляков А.В. Молекулярно-генетическое исследование поясно-конечностной мышечной дистрофии 2D в выборках больных различными формами прогрессирующих мышечных дистрофий. Генетика. 2019;55(2):214-222 (Web of Science, Scopus).

4. Булах М.В., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Саркогликанопатии: клинико-молекулярно-генетическая характеристика, эпидемиология, диагностика и возможности терапии. Генетика. 2018;54(2):135-152 (Web of Science, Scopus).

5. Воронин С.В., Захарова Е.Ю., Байдакова Г.В., Марахонов А.В., Щагина О.А., Рыжкова О.П., Шилова Н.В., Румянцев А.Г., Щербина А.Ю., Мухина А.А., Новичкова Г.А., Шешко Е.Л., Сахарова В.В., Ляхова Е.А., Ефимова И.Ю., Куцев С.И. Расширенный неонатальный скрининг на наследственные заболевания в России: первые итоги и перспективы. Педиатрия. Журнал им. Г.Н. Сперанского. 2024;103(1):16-29 (Scopus, К2).

6. Дадали Е.Л., Маркова Т.В., Бостанова Ф.М., Кучина А.С., Бессонова Л.А., Мельник Е.А., Забненкова В.В., Рыжкова О.П., Агранович О.Е. Особенности

клинических проявлений и генетических характеристик синдрома Шаафа-Янга у российских пациентов. Нервно-мышечные болезни. 2024;14(1):42-50 (Scopus, К2).

7. Дадали Е.Л., Маркова Т.В., Мельник Е.А., Никитин С.С., Шаркова И.В., Халанская О.В., Бессонова Л.А., Шестопалова Е.А., Рыжкова О.П., Трофимова С.И., Агранович О.Е., Куцев С.И. Расширение спектра клинико-генетических характеристик дистального артрогрипоза 5-го типа, обусловленного гетерозиготными вариантами в гене PIEZO2. Нервно-мышечные болезни. 2024;14(2):25-37 (Scopus, К2).

8. Дадали Е.Л., Маркова Т.В., Рыжкова О.П. Синдром Айме-Грипп у российского пациента с вновь выявленной мутацией в гене MAF. Нервно-мышечные болезни. 2021;11(3):64-68 (Scopus).

9. Дадали Е.Л., Шаркова И.В., Руденская Г.Е., Никитин С.С., Муртазина А.Ф., Рыжкова О.П., Чухрова А.Л. Клинико-генетические характеристики миопатии Нонака (GNE-миопатии) у российских больных. Нервно-мышечные болезни. 2019;9(3):56-66 (Scopus).

10. Зинина Е.В., Булах М.В., Рыжкова О.П., Щагина О.А., Поляков А.В. Возможность терапии, направленной на пропуск экзонов, у российских пациентов с миодистрофией Дюшенна: настоящее и будущее. Нервно-мышечные болезни. 2024;14(3):12-23 (Scopus, К2).

11. Зинина Е.В., Булах М.В., Рыжкова О.П., Щагина О.А., Поляков А.В. Изменение спектра выявленных мутаций в гене DMD в зависимости от методических возможностей лаборатории. Нервно-мышечные болезни. 2023;13(1):33-43 (Scopus).

12. Кадникова В.А., Галеева Н.М., Шестопалова Е.А., Бессонова Л.А., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Молекулярно-генетические и клинические характеристики синдрома Альпорта. Медицинская генетика. 2025. Т. 24. № 7. С. 40-43 (RSCI, К2).

13. Кадникова В.А., Руденская Г.Е., Шатохина О.Л, Гусева Д.М., Рыжкова О.П. Спастическая параплегия 47 типа у российских больных. Медицинская генетика. 2022;21(9):56-60 (RSCI).

14. Ковальская В.А., Череватова Т.Б., Поляков А.В., Рыжкова О.П. Молекулярно-генетическая характеристика гипогидротических эктодермальных дисплазий. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2023;27(6):676-683 (Web of Science, Scopus, Q2).

15. Кондратьева Е.И., Авдеев С.Н., Киян Т.А., Мержоева З.М., Карпова О.А., Брагина Е.Е., Рыжкова О.П., Попова В.М., Старинова М.А., Черных В.Б. Сравнительная характеристика пациентов с первичной цилиарной дискинезией с наличием или без синдрома Картагенера. Пульмонология. 2024;34(2):194-205 (Scopus, К2).

16. Кондратьева Е.И., Киян Т.А., Брагина Е.Е., Демченко А.Г., Тарасов М.В., Красовский С.А., Забненкова В.В., Орлова А.А., Ли Г.А., Рыжкова О.П. Поздняя верификация первичной цилиарной дискинезии и новые возможности диагностики. Пульмонология. 2025, doi: 10.18093/0869-0189-2024-4585 (Scopus, К2).

17. Леонтьева М.Е., Ковтун Е.И., Зимин С.Б., Бронин Г.О., Шубина Ю.Ф., Кекеева Т.Н., Витковская И.П., Рыжкова О.П., Шилова Н.В., Марахонов А.В., Горев В.В., Румянцев А.Г., Пампура А.Н. Расширенный неонатальный скрининг для выявления

врожденных дефектов иммунной системы: опыт Московского центра неонатального скрининга. Педиатрия. Журнал им. Г.Н. Сперанского. 2024;103(2):44-51 (Scopus, К2).

18. Меркурьева Е.С., Маркова Т.В., Кенис В.М., Семячкина А.Н., Николаева Е.А., Боченков С.В., Кучина А.С., Рыжкова О.П., Дорощук Н.А., Дадали Е.Л. Клинико-рентгенологические характеристики двух пациентов с остеодиспластической геродермией, обусловленной новыми нуклеотидными вариантами в гене GORAB. Российский вестник перинатологии и педиатрии. 2024;69(1):86-93 (Scopus, К2).

19. Миронович ОЛ, Близнец ЕА, Маркова ТГ, Алексеева НН, Голубева ТИ, Рыжкова ОП, Поляков АВ. Молекулярно-генетические причины и клиническое описание бранхио-ото-ренального синдрома. Генетика. 2019;55(5):583-592 (Web of Science, Scopus).

20. Муртазина А.Ф., Маркова Т.В., Орлова А.А., Рыжкова О.П., Щагина О.А., Дадали Е.Л. POLR3A-ассоциированная гипомиелинизированная лейкодистрофия: описание клинического случая и обзор литературы. Нервно-мышечные болезни. 2021;11(4):48-54 (Scopus).

21. Муртазина А.Ф., Цабай П.Н., Руденская Г.Е, Бессонова Л.А., Бостанова Ф.М., Гусева Д.М., Шаркова И.В., Щагина О.А., Орлова А.А., Рыжкова О.П., Маркова Т.В., Кучина А.С., Никитин С.С., Дадали Е.Л. Фенотипическая вариабельность TRPV4-ассоциированных нейропатий и нейронопатий: серия клинических наблюдений. Нервно-мышечные болезни. 2023;13(2):42-55 (Scopus).

22. Орлова М.Д., Шестопалова Е.А., Маркова Ж.Г., Рыжкова О.П. Double Trouble: синдром Фелан-Макдермид и синдром Робинова. Медицинская генетика. 2025; 24(10): 124-127 (RSCI, К2).

23. Руденская Г.Е., Гусева Д.М., Миронович О.Л., Кадникова В.А., Дадали Е.Л., Комарьков И.Ф., Новоселова О.Г., Рыжкова О.П. АР4-связанные наследственные спастические параплегии. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2021;121(2):71-78 (Scopus).

24. Руденская Г.Е., Гусева Д.М., Шатохина О.Л., Кадникова В.А., Филатова А.Ю., Скоблов М.Ю., Рыжкова О.П. Энцефалопатия с нарушением развития и эпилепсией, вызванная мутацией гена ATP1A2. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2024;124(6):133-138 (Scopus, К3).

25. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Бессонова Л.А., Спарбер П.А., Курбатов С.А., Миронович О.Л., Коновалов Ф.А., Рыжкова О.П. Аутосомно-доминантные спастические параплегии. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2021;121(5):75-87 (Scopus).

26. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Рыжкова О.П. Наследственные спастические параплегии в эпоху секвенирования нового поколения: генетическое разнообразие, эпидемиология, проблемы классификации. Медицинская генетика. 2018;17(8):3-12 (RSCI).

27. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Рыжкова О.П. Распространенные формы наследственных спастических параплегий. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2019;119(2):94-104 (Scopus).

28. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Рыжкова О.П. Спастическая атаксия Шарлевуа-Сагенэ (ARSACS): первое российское наблюдение и обзор литературы. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2020;120(2):85-91 (Scopus).

29. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Рыжкова О.П., Миронович О.Л., Поляков А.В. Спектр наследственных спастических параплегий у российских больных. Медицинская генетика. 2020;19(4):49-50 (RSCI).

30. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Сидорова О.П., Beetz C., Иллариошкин С.Н., Дадали Е.Л., Проскокова Т.Н., Рыжкова О.П. Наследственная спастическая параплегия 4-го типа у российских больных. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2019;119(11):11-20 (Scopus).

31. Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Чухрова А.Л., Маркова Т.В., Рыжкова О.П. Редкие аутосомно-рецессивные спастические параплегии. Медицинская генетика. 2019;18(11):26-35 (RSCI).

32. Руденская Г.Е., Петухова М.С., Забненкова В.В., Череватова Т.Б., Рыжкова О.П. Ранняя семейная болезнь Альцгеймера со спастическим парапарезом, связанная с геном PSEN1. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2023;123(11):120-127 (Scopus).

33. Рыжкова О.П., Кардымон О.Л., Прохорчук Е.Б., Коновалов Ф.А., Масленников А.Б., Степанов В.А., Афанасьев А.А., Заклязьминская Е.В., Костарева А.А., Павлов А.Е., Голубенко М.В., Поляков А.В., Куцев С.И. Руководство по интерпретации данных, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS). Медицинская генетика. 2017;16(7):4-17 (RSCI).

34. Рыжкова О.П., Кардымон О.Л., Прохорчук Е.Б., Коновалов Ф.А., Масленников А.Б., Степанов В.А., Афанасьев А.А., Заклязьминская Е.В., Ребриков Д.В., Савостьянов К.В., Глотов А.С., Костарева А.А., Павлов А.Е., Голубенко М.В., Поляков А.В., Куцев С.И. Руководство по интерпретации данных последовательности ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS) (редакция 2018, версия 2). Медицинская генетика. 2019;18(2):3-23 (RSCI).

35. Рыжкова О.П., Шатохина О.Л., Булах М.В., Череватова Т.Б., Орлова А.А., Забненкова В.В., Ковальская В.А., Руденская Г.Е., Кадникова В.А., Степанова А.А., Зинина Е.В., Бескоровайная Т.С., Близнец Е.А., Адян Т.А., Михальчук К.А., Чухрова А.Л., Щагина О.А., Дадали Е.Л., Поляков А.В., Куцев С.И. Разработка экономически эффективных стратегий молекулярной диагностики различных групп наследственных заболеваний. Медицинская генетика 2025; 24(10): 6-15 (RSCI, К2).

36. Ряднинская Н.В., Кузнецова И.А., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Результаты поиска редких мутаций при анализе всей последовательности гена PAH. Медицинская генетика. 2022;21(10):43-45 (RSCI).

37. Семенова Н.А., Рыжкова О.Р., Строкова Т.В., Таран Н.Н. Третий случай синдрома первичного альдостеронизма, судорог и неврологических нарушений (PASNA), обусловленного вариантом de novo в гене CACNA1D. Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2018;118(12):49-52 (Scopus).

38. Соловова О.А., Опарина Н.В., Рыжкова О.П., Сорокина Т.М., Черных В.Б. Полноэкзомное секвенирование в комплексной диагностике генетически обусловленных форм мужского бесплодия, связанных с тяжелыми формами патозооспермии. Медицинская генетика. 2022;21(10):46-50 (RSCI).

39. Степанова А.А., Галеева Н.М., Щагина О.А., Рыжкова О.П., Красовский С.А., Воронкова А.Ю., Жекайте Е.К., Мельяновская Ю.Л., Кондратьева Е.И., Поляков

A.В. Итоги программы расширенного генотипирования пациентов с подозрением на муковисцидоз Медицинская генетика. 2025. Т. 24. № 7. С. 100-103 (RSCI, К2).

40. Сухих Г.Т., Трофимов Д.Ю., Шубина Е., Дегтярев Д.Н., Масленников Д.Н., Мукосей И.С., Кочеткова Т.О., Толмачева Е.Р., Саделов И.О., Большакова А.С., Барков И.Ю., Рыжкова О.П., Хмелькова Д.Н., Мусатова Е.В., Зобкова Г.Ю., Смирнова А.В., Молодцова-Золотухина Д.В., Лебедев И.Н., Кудрявцева Е.В., Глотов А.С., Забненкова

B.В., Гринь О.С., Некотенева М.В., Пономарева Д.В., Кубышкин А.В. Методические рекомендации «Применение высокопроизводительного секвенирования и молекулярного кариотипирования на микроматрицах в пренатальный период». Акушерство и гинекология. 2024;№3 (Приложение):25-43 (Scopus, К2).

41. Хидиятова И.М., Сайфуллина Е.В., Карунас А.С., Ахметгалеева А.Ф., Кутлубаева Р.Ф., Смакова Л.А., Лобов С.Л., Поляков А.В., Щагина О.А., Кадникова В.А., Рыжкова О.П., Магжанов Р.В., Хуснутдинова Э.К. Анализ мутаций гена ATL1 и клинических особенностей течения заболевания у пациентов с наследственной спастической параплегией. Генетика. 2022;58(9):1085-1093 (Web of Science, Scopus).

42. Чальцев Б.Д., Торгашина А.В., Лила А.М., Маркова Т.В., Куцев С.И., Рыжкова О.П., Орлова А.А., Кохно А.В., Соловьева Т.И., Двирнык В.Н., Ковригина А.М., Обухова Т.Н., Паровичникова Е.Н., Насонов Е.Л. Синдром VEXAS: на рубеже смены представлений об известных заболеваниях. Современная ревматология. 2023;17(6) :92-101 (Scopus).

43. Чаусова П.А., Миловидова Т.Б., Булах М.В., Чухрова А.Л., Шатохина О.Л., Рыжкова О.П., Щагина О.А., Поляков А.В. Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия: от диагностики к перспективам лечения. Медицинская генетика. 2022;21(10):60-64 (RSCI).

44. Чаусова П.А., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Клинико-генетическая характеристика врожденных мышечных дистрофий (часть 1). Нервно-мышечные болезни. 2020;10(1):10-21 (Scopus).

45. Чаусова П.А., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Клинико-генетическая характеристика врожденных мышечных дистрофий (часть 2). Нервно-мышечные болезни. 2020;10(2):12-21 (Scopus).

46. Чухрова А.Л., Акимова И.А., Щагина О.А., Кадникова В.А., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Новая гомозиготная мутация в гене ARL61P1 - второй случай редкой спастической параплегии. Медицинская генетика. 2019;18(2):42-48 (RSCI).

47. Щагина О.А., Дадали Е.Л., Федотов В.П., Миловидова Т.Б., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Семейный случай наследственной моторно-сенсорной нейропатии, обусловленный мутацией гена INF2 и наследственная моторно-сенсорная нейропатия с

нефротическим синдромом у российских больных. Неврологический журнал. 2018;23(3):121-127 (Scopus).

48. Щагина О.А., Дадали Е.Л., Федотов В.П., Рыжкова О.П., Чухрова А.Л., Миловидова Т.Б., Поляков А.В. Семейный случай редкой наследственной моторно-сенсорной нейропатии типа 2P, обусловленной мутацией гена LRSAMI1. Медицинская генетика. 2018;17(8):38-42 (RSCI).

49. Щагина О.А., Рыжкова О.П., Чухрова А.Л., Миловидова Т.Б., Гундорова П., Миронович О.Л., Орлова А.А., Орлова М.Д., Поляков А.В. Применение экзомного секвенирования для диагностики наследственных моторно-сенсорных нейропатий. Нервно-мышечные болезни. 2020;10(4):12-26 (Scopus).

50. Щагина О.А., Семенова Н.А., Бессонова Л.А., Ларшина Е.А., Бескоровайный

H.С., Захарова Е.Ю., Рыжкова О.П., Поляков А.В. Синдром микроцефалии-капиллярной мальформации. Вестник РГМУ. 2020; (3):31-37 (Web of Science, Scopus)

51. Beskorovainaya T., Konovalov F., Demina N., Shchagina O., Pashchenko M., Kanivets I., Pyankov D., Ryzhkova O., Polyakov A. Case Report: Complicated Molecular Diagnosis of MECP2 Gene Structural Rearrangement in a Proband with Rett Syndrome. J Autism Dev Disord. 2020;51(6):2159-2163 (Web of Science, Scopus, Q1)

52. Borovikov A., Galeeva N., Marakhonov A., Murtazina A., Kadnikova V., Davydenko K., Orlova A., Sparber P., Markova T., Orlova M., Osipova D., Nagornova T., Semenova N., Levchenko O., Filatova A., Sharova M., Vasiluev P., Kanivets I., Pyankov D., Sharkov A., Udalova V., Kenis V., Nikitina N., Sumina M., Zherdev K., Petel'guzov A., Chelpachenko O., Zubkov P., Dan I., Snetkov A., Akinshina A., Buklemishev Y., Ryzhkova O., Tabakov V., Zakharova E., Korostelev S., Zinchenko R., Skoblov M., Polyakov A., Dadali E., Kutsev S., Shchagina O. The Missing Piece of the Puzzle: Unveiling the Role of PTPN11 Gene in Multiple Osteochondromas in a Large Cohort Study. Hum Mutat. 2024; 2024:8849348 (Web of Science, Scopus, Q1, К1).

53. Bragina E., Kurchashova S., Suhomlinova M., Gasanova T., Ermolaeva S., Sorokina T., Kirs E., Arifulin E., Solovova O., Ryzhkova O., Khayat S., Andreeva M., Chernykh V. Atypical structure of the nuclear membrane, distribution of nuclear pores and lamin B1 in spermatozoa of patients with complete and partial globozoospermia. Front Genet. 2024;15:1427838 (Web of Science, Scopus, Q2, К1).

54. Bulakh M., Polyakova D., Dadali E., Rudenskaya G., Sharkova I., Markova T., Murtazina A., Demina N., Kurbatov S., Nikitina N., Udalova V., Polyakov A., Ryzhkova O. Genetic spectrum of Sarcoglycanopathies in a cohort of Russian patients. Gene. 2024;927:148680 (Web of Science, Scopus, Q2, К1).

55. Chausova P., Cherevatova T., Dadali E., Murtazina A., Bulakh M., Kurbatov S., Anisimova I., Kanivets I., Udalova V., Rudenskaya G., Demina N., Sharkova I., Monakhova A., Tsygankova P., Markova T., Ryzhkova O., Shatohina O., Galkina V., Borovikov A., Mishina

I., Shchagina O., Chukhrova A., Polyakov A. A Spectrum of Pathogenic Variants in the LAMA2 Gene in the Russian Federation. Int J Mol Sci. 2025;26(3):1257 (Web of Science, Scopus, Q1, К1).

56. Chausova P., Murtazina A., Stepanova A., Borovicov A., Kovalskaia V., Ryadninskaya N., Chukhrova A., Ryzhkova O., Poliakov A. X-Linked Myotubular Myopathy in a Female Patient with a Pathogenic Variant in the MTM1 Gene. Int J Mol Sci. 2023;24(9):8409 (Web of Science, Scopus, Q1).

57. Chausova P., Ryzhkova O., Rudenskaya G., Chernykh V., Shchagina O., Polyakov A. A Mosaic Mutation in the LAMA2 Gene in a Case of Merosin-deficient Congenital Muscular Dystrophy. Front Genet. 2021;12:686800 (Web of Science, Scopus, Q2).

58. Chukhrova AL, Akimova IA, Shchagina OA, Kadnikova VA, Ryzhkova OP, Polyakov AV. A new case of infantile-onset hereditary spastic paraplegia with complicated phenotype (SPG61) in a consanguineous Russian family. Eur J Neurol. 2019;26(5):e61-e62 (Web of Science, Scopus, Q1).

59. Kadnikova VA, Rudenskaya GE, Stepanova AA, Sermyagina IG, Ryzhkova OP. Mutational Spectrum of Spast (Spg4) and Atl1 (Spg3a) Genes In Russian Patients With Hereditary Spastic Paraplegia. Sci Rep. 2019;9(1):14412 (Web of Science, Scopus, Q1).

60. Kopernik A., Sayganova M., Zobkova G., Doroschuk N., Smirnova A., Molodtsova-Zolotukhina D., Sagaydak O., Ryzhkova O., Kutsev S., Groznova O., Melikyan L., Bondarchuk E., Woroncow M., Albert E., Bogdanov V., Volchkov P. Sanger validation of WGS variants. Sci Rep. 2025;15(1):3621 (Web of Science, Scopus, Q1, K1).

61. Kovalskaia V.A., Kungurtseva A.L., Bostanova F.M., Vasiliev P.A., Tabakov V.Y., Orlova M.D., Povolotskaya I.S., Novoselova O.G., Bikanov R.A., Akhyamova M.A., Tikhonovich Y.V., Popovich A.V., Vitebskaya A.V., Dadali E.L., Ryzhkova O.P. The Genetic Basis of the First Patient with Wiedemann-Rautenstrauch Syndrome in the Russian Federation. Genes. 2024;15(2):180 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

62. Kovalskaia V.A., Zabnenkova V.V., Petukhova M.S., Markova Z.G., Tabakov V.Y., Ryzhkova O.P. Previously Undescribed Gross HACE1 Deletions as a Cause of Autosomal Recessive Spastic Paraplegia. Genes. 2022;13(12):2186 (Web of Science, Scopus, Q2).

63. Kuznetcova I, Gundorova P, Ryzhkova O, Polyakov A. The study of the full spectrum of variants leading to hyperphenylalaninemia have revealed 10 new variants in the PAH gene. Metab Brain Dis. 2019;34(6):1547-1555 (Web of Science, Scopus, Q2).

64. Kyian T., Borovikov A., Anisimova I., Ryzhkova O., Bulakh M., Bragina E., Avakyan M., Demchenko A., Zabnenkova V., Kovalev V., Bukhonin A., Kondratyeva E., Kutsev S. Expanding the Genotypic and Phenotypic Spectrum of OFD1-Related Conditions: Three More Cases. Genes. 2024;15(12):1633 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

65. Levchenko O., Dadali E., Bessonova L., Demina N., Rudenskaya G., Matyushchenko G., Markova T., Anisimova I., Semenova N., Shchagina O., Ryzhkova O., Zinchenko R., Galkina V., Voinova V., Nagieva S., Lavrov A. Complex Diagnostics of NonSpecific Intellectual Developmental Disorder. Int J Mol Sci. 2022;23(14):7764 (Web of Science, Scopus, Q1).

66. Markova T., Alekseeva N., Lalayants M, Ryzhkova O, Shatokhina O, Galeeva N, Bliznetz E, Belov O, Chibisova S, Polyakov A, Tavartkiladze G. Audiological Evidence of

Frequent Hereditary Mild, Moderate and Moderate-to-Severe Hearing Loss. J Pers Med. 2022;12(11):1843 (Web of Science, Scopus, Q2).

67. Markova TG, Alekseeva NN, Ryzhkova OP, Shatokhina OL, Orlova AA, Zabnenkova VV, Groznova OS, Sagaydak OV, Chibisova SS, Polyakov AV, Tavartkiladze GA. Auditory Phenotype of a Novel Missense Variant in the CEACAM16 Gene in a Large Russian Family With Autosomal Dominant Nonsyndromic Hearing Loss. J Int Adv Otol. 2024;20(2):119-126 (Web of Science, Scopus, Q3, K1).

68. Markova TG, Lalayants MR, Alekseeva NN, Ryzhkova OP, Shatokhina OL, Galeeva NM, Bliznetz EA, Weener ME, Belov OA, Chibisova SS, Polyakov AV, Tavartkiladze GA. Early audiological phenotype in patients with mutations in the USH2A gene. Int J Pediatr Otorhinolaryngol. 2022;157:111140 (Web of Science, Scopus, Q2).

69. Marakhonov A.V., Efimova I.Yu., Mukhina A.A., Zinchenko R.A., Balinova N.V., Rodina Y.A., Pershin D.E., Ryzhkova O.P., Orlova A.A., Zabnenkova V.V., Cherevatova T.B., Beskorovainaya T.S., Shchagina O.A., Polyakov A.V., Markova Z.G., Minzhenkova M.E., Shilova N.V., Larin S.S., Khadzhieva M.B., Dudina E.S., Kalinina E.V., Mudaeva D.A., Saydaeva D.H., Matulevich S.A., Belyashova E.Yu., Yakubovsky G.I., Tebieva I.S., Gabisova Y.V., Irinina N.A., Nurgalieva L.R., Saifullina E.V., Belyaeva T.I., Romanova O.S., Voronin S.V., Shcherbina A.Yu., Kutsev S.I. Newborn Screening for Severe T and B Cell Lymphopenia Using TREC/KREC Detection: A Large-Scale Pilot Study of 202,908 Newborns. J Clin Immunol. 2024;44(4):93 (Web of Science, Scopus, Q1, K1).

70. Marakhonov A.V., Serebryakova E., Mukhina A.A., Vechkasova A., Prokhorov N.S., Efimova I.Yu., Balinova N.V., Lobenskaya A., Vasilyeva T.A., Zabnenkova V.V., Ryzhkova O.P., Rodina Y.A., Pershin D.E., Soloveva N., Fomenko A., Saydaeva D.H., Ibisheva A., Irbaieva T., Koroteev A., Zinchenko R.A., Voronin S.V., Shcherbina A.Yu., Kutsev S.I. A rare case of TP63-associated lymphopenia revealed by new-born screening using TREC. Int J Mol Sci. 2024;25(19):10844 (Web of Science, Scopus, Q1, K1).

71. Merkuryeva E.S., Markova T.V., Kenis V.M., Agranovich O.E., Dan I.M., Kotalevskaya Y.Y., Shchagina O.A., Ryzhkova O.P., Fomenko S.S., Dadali E.L., Kutsev S.I. Presentation of Rare Phenotypes Associated with the FKBP10 Gene. Genes. 2024;15(6):674 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

72. Mironovich O., Dadali E., Malmberg S., Markova T., Ryzhkova O., Poliakov A. Identification of a Novel de Novo Variant in the SYT2 Gene Causing a Rare Type of Distal Hereditary Motor Neuropathy. Genes. 2020;11(11):1238 (Web of Science, Scopus, Q2).

73. Murtazina A., Borovikov A., Kuchina A., Ovsova O., Bulakh M., Chukhrova A., Braslavskaya S., Ryzhkova O., Skryabin N.A., Kutsev S.I., Dadali E.L. Expanding the Phenotype of Hereditary Congenital Facial Paresis Type 3. Int J Mol Sci. 2024;25(1):129 (Web of Science, Scopus, Q1, K1).

74. Murtazina A., Nikitin S., Rudenskaya G., Sharkova I., Borovikov A., Sparber P., Shchagina O., Chukhrova A., Ryzhkova O., Shatokhina O., Orlova A., Udalova V., Kanivets I., Korostelev S., Polyakov A., Dadali E., Kutsev S. Genetic and Clinical Spectrum of GNE Myopathy in Russia. Genes. 2022;13(11):1991 (Web of Science, Scopus, Q2).

75. Murtazina A., Sharkov A., Sharkova I., Mirzoyan A., Kulikova S., Ganieva R., Zabnenkova V., Ryzhkova O., Nikitin S., Dadali E., Kutsev S. Mild phenotype of CHAT-associated congenital myasthenic syndrome: case series. Front Pediatr. 2024;12:1280394 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

76. Murtazina A, Subbotin D, Kuchina A, Gilvanova O, Degterev D, Shchagina O, Cherevatova T, Bulakh M, Sherstyukova D, Ryzhkova O, Kurushina O, Skoblov M, Borovikov A, Kutsev S. Asymmetric scapuloperoneal phenotype of MATR3-related distal myopathy: case series. Front Genet. 2024;15:1414928 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

77. Orlova A., Guseva D., Ryzhkova O. Identification of a Novel de Novo Variant in the CASZ1 Causing a Rare Type of Dilated Cardiomyopathy. Int J Mol Sci. 2022;23(20): 12506 (Web of Science, Scopus, Q1).

78. Orlova A., Guseva D., Demina N., Polyakov A., Ryzhkova O. Spectrum of Mutations in PTPN11 in Russian Cohort. Genes. 2024;15(3):345 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

79. Rudenskaya GE, Kadnikova VA, Ryzhkova OP, Bessonova LA, Dadali EL, Guseva DS, Markova TV, Khmelkova DN, Polyakov AV. KIF1A-related autosomal dominant spastic paraplegias (SPG30) in Russian families. BMC Neurology. 2020 Aug 3;20(1):290. doi: 10.1186/s12883-020-01872-4. (Web of Science, Scopus, Q2).

80. Sharova M., Markova T., Sumina M., Petukhova M., Bulakh M., Ryzhkova O., Nagornova T., Ionova S., Marakhonov A., Dadali E., Kutsev S. Rare IFT140-Associated Phenotype of Cranioectodermal Dysplasia and Features of Diagnostic Journey in Patients with Suspected Ciliopathies. Genes. 2023;14(8):1553 (Web of Science, Scopus, Q2).

81. Shatokhina O., Bostanova F., Bulakh M., Beresneva A., Ryzhkova O. The first case of a point pathogenic variant in the RREB1 gene in Noonan-like Rasopathy. Clin Genet. 2024;105(5):573-580 (Web of Science, Scopus, Q2, K1).

82. Shatokhina O., Galeeva N, Stepanova A, Markova T, Lalayants M, Alekseeva N, Tavarkiladze G, Markova T, Bessonova L, Petukhova M, Guseva D, Anisimova I, Polyakov A, Ryzhkova O., Bliznetz E. Spectrum of Genes for Non-GJB2-Related Non-Syndromic Hearing Loss in the Russian Population Revealed by a Targeted Deafness Gene Panel. Int J Mol Sci. 2022;23(24):15748 (Web of Science, Scopus, Q1).

83. Shatokhina O, Kovalskaia V, Sparber P, Sharkova I, Mishina I, Kuznetsova V, Ryzhkova O. TRA2B Gene Splice Variant Linked to Seizures and Neurodevelopmental Delay: A Second Case Study. Int J Mol Sci. 2023;24(21):15572 (Web of Science, Scopus, Q1).

84. Shchagina O, Fedotov V, Markova T, Shatokhina O, Ryzhkova O, Fedotova T, Polyakov A. Palmoplantar Keratoderma: A Molecular Genetic Analysis of Family Cases. Int J Mol Sci. 2022 Aug 24;23(17):9576 (Web of Science, Scopus, Q1).

85. Shchagina O., Semenova N., Bychkov I., Chukhrova A., Zakharova E., Ryzhkova O., Markova Z., Shilova N., Poliakov A. A novel splice site mutation in OTC gene of a female with ornithine transcarbamylase deficiency and her asymptomatic mosaic father. J Genet. 2020;99:29 (Scopus).

86. Subbotin D., Ionova S., Marakhonov A., Saifullina E., Borovikov A., Akhmadeeva L., Chausova P., Ryzhkova O., Zinchenko R., Kutsev S., Murtazina A. The frequent variant

A57F in the GNE gene in patients from Russia has Finno-Ugric Mari origin. Front Genet. 2024;15(1511304) (Web of Science, Scopus, Q2, К1).

87. Tufatulin G.S., Garbaruk E.S., Lalayants M.R., Markova T.G., Mefodovskaya E.K., Koroleva I.V., Ryzhkova O.P., Orlova M.D., Shatokhina O.L., Sugarova S.B., Levin S.V. A case report of auditory neuropathy due to TWNK gene mutations. Journal of International Advanced Otology. 2025;21(1):1-6 (Web of Science, Scopus, Q3, К1).

88. Viakhireva I., Bychkov I., Markova T., Shatokhina O., Karandasheva K., Udalova V., Bekhtereva Y., Ryzhkova O., Skoblov M. The molecular complexity of COL2A1 splicing variants and their significance in phenotype severity. Bone. 2024; 181:117013 (Web of Science, Scopus, Q1, К1).

89. Zabnenkova V, Shchagina O, Makienko O, Matyushchenko G, Ryzhkova O. Novel Compound Heterozygous Variants in the CDC6 Gene in a Russian Patient with Meier-Gorlin Syndrome. Appl Clin Genet. 2022;15:1-10 (Web of Science, Scopus, Q2).

90. Zinina E, Bulakh M, Chukhrova A, Ryzhkova O., Shchagina O, Polyakov A. Specificities of the DMD Gene Mutation Spectrum in Russian Patients. Int J Mol Sci. 2022;23(21):12710 (Web of Science, Scopus, Q1).

91. Zinina E, Bulakh M, Chukhrova A, Ryzhkova O, Shchagina O, Polyakov A. Specificities of the DMD Point Variant Spectrum in Russian Patients With Duchenne/Becker Muscular Dystrophy. Clin Genet. 2025 Sep;108(3):292-301. doi: 10.1111/cge.14747. (Web of Science, Scopus, Q2, К1).

Программа для ЭВМ

92. Бескоровайный Н.С., Бескоровайная Т.С., Рыжкова О.П., Щока Е.В., Визеров Т.В., Степанова А.А., Щагина О.А., Поляков А.В., Куцев С.И. NGS-data-Omics. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2025685783 от 26.09.2025 г.

БЛАГОДАРНОСТИ

Выполнение данного исследования было бы невозможным без поддержки, руководства и помощи многих людей, которым я приношу свою глубочайшую и искреннюю признательность.

Благодарю своего Научного консультанта, Полякова Александра Владимировича, который когда-то «привел» меня в увлекательный мир молекулярной генетики, и на протяжении всех этих лет его мудрое руководство, неиссякаемый научный энтузиазм и неизменная поддержка были для меня главным ориентиром и источником вдохновения. Особо благодарю моего научного руководителя моей кандидатской диссертации, Дадали Елену Леонидовну, которая привила мне любовь к медицинской генетике, заложила основы клинического мышления и щедро делилась своими знаниями и опытом. Так же я бесконечно признательна научному руководителю ФГБНУ «МГНЦ», Гинтеру Евгению Константиновичу, за привитую любовь к фундаментальным научным аспектам генетики, за требовательность и внимание к деталям. Отдельные слова благодарности директору ФГБНУ «МГНЦ», Куцеву Сергею Ивановичу за его организаторский талант и создание уникальной научной среды сделавшими возможной эту многолетнюю работу. Я благодарна всем врачам ФГБНУ «МГНЦ» и других медицинских учреждений России, которые направляли к нам пациентов. На их плечах лежит самая ответственная часть работы — постановка клинического диагноза и кропотливое описание фенотипа пациента, без чего молекулярно-генетические исследования теряют свой смысл. Приношу глубокую признательность всем моим соавторам. Ни одна из работ и ни один из представленных в диссертации результатов не мог бы быть получен без нашего плодотворного сотрудничества, совместного труда и обмена идеями. Особую благодарность хочу выразить сотрудникам информационно-аналитического отдела ФГБНУ «МГНЦ», частичка труда каждого из них представлена на страницах этой

Ии • • и с» и

, конечно, слова самой теплой и личной благодарности — моей семье. Ваша неизменная поддержка, терпение и понимание на протяжении всех этих лет были тем фундаментом, который позволял мне посвящать себя работе и развитию в области медицинской генетики.