Взаимодействие негистонового хромосомного белка HMGB1 с ДНК, роль ДНК-связывающего и С-концевого доменов HMGB1 в формировании ДНК-белковых комплексов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.06, кандидат физико-математических наук Поляничко, Александр Михайлович

• Поляничко, Александр Михайлович
• кандидат физико-математических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Поляничко, Александр Михайлович

Введение.

Глава 1. Обзор литературы

1. Современные представления о структуре хроматина.

1.1. Нуклеосомная организация хроматина.

1.2. 30-нм фибриллы.

1.3. Высшие уровни структурной организации хроматина.

2. Негистоновые белки хроматина семейства HMG1.

2.1. Белки семейства HMGB1/2.

2.2. Структура белка HM GBl

2.3. Белки, содержащие HMGB-домены.

2.4. Расположение в хроматине и взаимодействие с ДНК.

2.5. Функции белков, содержащих HMGB-домены.

Глава 2. Методы исследования и материалы.

1. Аналитическое ультрацентрифугирование.

1.1. Расчет коэффициента седиментации.

1.2. Методика эксперимента.

2. Спектроскопия ультрафиолетового диапазона

2.1. УФ-спектроскопия.

2.2. Спектроскопия кругового дихроизма.

2.2.1. Определение структуры полипептидов по спектрам КД.

2.2.2. Определение структуры ДНК на основе анализа спектров КД.

2.2.3. Методика эксперимента.

2.3. Флуоресцентная пектроскопия.

3. Спектроскопия инфракрасного диапазона

3.1. ИК-спектроскопия.

3.2. Вибрационный круговой дихроизм.

3.3. Применение ИК спектроскопии в исследовании структуры биополимеров

3.3.1.Определение структуры полипептидов.

3.3.2.Определение структуры нуклеиновых кислот.

3.3.2.1. Колебания аминогруппы оснований.

3.3.2.2. Колебания кратных связей в основаниях.

3.3.2.3. Колебания сахарофосфатного остова.

3.3.3.Методика эксперимента.

4. Сканирующая силовая микроскопия.

5. Получение препаратов и формирование искусственных комплексов

5.1. Выделение плазмидной ДНК.

5.2. Получение белков.

5.3. Формирование ДНК-белковых комплексов.

Глава 3. Компактизация ДНК при взаимодействии с иегистоиовым белком HMGB1.

1. Седиментация и оптическая активность комплексов рДНК-НМGBl

2. Комплексы белка HMGB1 с высокомолекулярной ДНК.

2.1. Оптическая активность комплексов ДИК-HMGBl

2.2. Флуоресцентные свойства ДНК-белкового комплекса.

2.3. Колебательные спектры комплексов ДИК-HMGBl

2.4. Визуализация комплексов методом ССМ.

3. Выводы к главе 3.

Глава 4. Влияние ионов металлов на компактизацию комплексов HMGBl-ДНК.

1. Введение.

2. Действие ионов кальция на свойства ДНК-белкового комплекса.

2.1. Комплексы Са2+-ДНК.

2.2. Комплексы HMGBl-flHK-Ca2+

3. Ионы марганца.

3.1. Комплексы Мп2+-ДНК.

3.2. Комплексы HMGBl-flHK-Mn2+.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Взаимодействие негистонового хромосомного белка HMGB1 с ДНК, роль ДНК-связывающего и С-концевого доменов HMGB1 в формировании ДНК-белковых комплексов»

6.2. Взаимодействие ДНК с белками HMGB1 и Н1 в растворах 15 мМ NaCl. 142

6.3. Поведение ДНК-белковых комплексов в присутствии ионов Мп2+

6.3.1. Оптическая активность тройного комплекса. 145

6.3.2. Характеристика колебательных переходов системы ДНК-Н1-HMGB1 -Мп2+. 149

6.3.3. Обсуждение. 152

6.4. Выводы к главе 6. 157

Заключение. 158

Быводы. 160

Список литературы. 161

Список используемых обозначений и сокращений.

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота рДНК - плазмидная ДНК

HMGB1/2, HMG1/2 - Белки с высокой электрофоретической подвижностью 1 и 2 (High

Mobility Group) класса HMG-Box. HMGA, HMG-I(Y) - HMG белки класса I(Y) (AT-hook) HMGN, HMG-14/17 - HMG белки класса 14/17 ('N' - Nucleosome) HMG1-(A+B) - рекомбинантный белок, содержащий домены А и В белка HMGB1 HI -гистон HI ИК - инфракрасный УФ - ультрафиолетовый

КД - электронный круговой дихроизм (УФ диапазон)

ВКД - вибрационный (колебательный) круговой дихроизм (ИК диапазон)

ДДП - диаминодихлороплатина (ChPt(NH3)2)

ЭОМ - электрооптический модулятор

ФВЧ - фильтр высокой частоты

ФНЧ - фильтр низкой частоты

АЦП - аналого-цифровой преобразователь

ПК - персональный компьютер

MIX - смесь белков HMGB1 и HI

ССМ (АСМ) - сканирующая (атомная) силовая микроскопия НК - нуклеиновые кислоты п.о. (п.н.) - пара оснований А - аденин Г - гуанин Ц - цитозин Т - Тимин

ЯМР - ядерный магнитный резонанс

ВВЕДЕНИЕ.

Изучение механизмов взаимодействия молекул биологических полимеров находится в центре внимания современной биофизики. Одним из наиболее важных вопросов в этой области, как с теоретической, так и с прикладной точек зрения, являются ДНК-белковые взаимодействия. Структурные изменения в молекуле ДНК играют ключевую роль в функционировании генетического материала живой клетки. В то же время, ДНК является жёсткой полимерной молекулой, механизмы нарушения структуры которой представляют интерес для полимерной науки. По существующим на сегодняшний день представлениям негистоновые белки хроматина участвуют в широком спектре структурных взаимодействий с ДНК. Особая роль в таких взаимодействиях принадлежит белкам семейства HMGB, для всех членов которого характерно наличие общего структурного HMGB-мотива (High Mobility Group Box) в составе белков семейства. Эти белки составляют наиболее распространённую фракцию негистоновых белков хроматина. Все они обладают ярко выраженной ДНК-жывающей активностью, обусловленной присутствием HMGB-доменов. Однако функциональная роль самих белков семейства до сих пор остаётся неясной. По всей шдимости, они выполняют архитектурную функцию в составе хроматина, являясь некими структурирующими элементами ДНК-белкового комплекса. Несмотря на то, что за юследние годы было получено большое количество данных о структуре комплексов иодированных HMGB-доменов с короткими фрагментами ДНК (до 12 н.п.), остаётся ¡ерешённым вопрос о механизмах формирования и устройстве комплексов молекул целого >елка с протяжёнными участками двойной спирали. В связи с этим, возникает необхо-щмость как в изучении взаимодействия белка с ДНК большого молекулярного веса, так и в становлении роли отдельных частей белковой молекулы во взаимодействии такого рода.

Молекулы белка HMGB1 обладают ярко-выраженной доменной организацией, :оторая включает в себя помимо двух HMGB-доменов, неупорядоченный С-концевой фагмент, содержащий непрерывную последовательность из 30 дикарбоновых аминокислот, :, как следствие, несущий на себе значительный отрицательный заряд. Такое устройство елка ставит вопрос о взаимном влиянии его отдельных доменов друг на друга при заимодействии с другими молекулами в растворе. Вопрос о взаимодействии отдельных [НК-связывающих доменов белка с высокомолекулярной ДНК в настоящее время также стаётся неизученным. В то же время их структурная консервативность и широкая аспространённость позволяют предполагать универсальность воздействия HMGB-доменов азличных белков на ДНК.

Одним из важных параметров, влияющих на характер связывания заряженных олимеров является ионная сила и ионный состав растворителя. Исследования последних лет оказали, что наиболее интересны, с точки зрения функционирования комплексов HMGB1-НК, являются ионы Са и Мп . Однако молекулярные механизмы ДНК-белковых взаимодействий и структура комплексов, формирующихся в присутствии этих ионов, остаются на сегодняшний день не изученными.

Существенным препятствием на пути изучения структуры ДНК-белковых комплексов в растворе является ограниченный диапазон молекулярных весов систем, исследуемых методом ядерного магнитного резонанса. В связи с этим наиболее перспективным остаётся использование спектроскопических методов, и в частности, спектроскопии кругового дихроизма (КД). Относительная простота и удобство в применении делают эти методы весьма полезными при изучении структуры полимерных молекул и их комплексов.

Цели и задачи исследования.

Целью данной работы являлось изучение механизмов взаимодействия высокомолекулярной ДНК с негистоновым белком НМОВ1, в том числе, исследование характера взаимодействия отдельных функциональных доменов белка в условиях различной тонной силы и ионного состава; изучение характера компактизации ДНК в указанных

2+ условиях; роль ионов Са и Мп в формировании ДНК-белковых комплексов; определение условий формирования упорядоченных надмолекулярных структур в системе ДНК-Н1УЮВ. В ¡оответствии с целями исследования были поставлены следующие задачи:

1. Методами кругового дихроизма и абсорбционной спектроскопии в ультрафиолетовой и инфракрасной областях спектра определить особенности вторичной и третичной структуры комплексов НМвВ-ДИК.

2. Используя гидродинамические и спектральные методы, а также метод сканирующей силовой микроскопии определить характер взаимодействия белка НМОВ1 и его отдельных доменов с высокомолекулярной ДНК в зависимости от ионной силы среды.

3. Изучить влияние ионов Са и Мп на ход комплекообразования и структуру ДНК-белковых комплексов.

4. Установить характер связывания белка НМОВ1 с ДНК в присутствии линкерного гистона Н1; определить влияние гистона Н1 на структуру формирующегося комплекса.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Взаимодействие негистонового хромосомного белка НМйВ 1 с ДНК представляет собой двухстадийный процесс. Начало каждой из фаз взаимодействия определяется в основном соотношением белок : ДНК в системе и ионной силой раствора.

2. ДНК-связывающая способность белка НМОВ1 зависит не только от свойств Н]УЮВ-доменов, но также модулируется активностью неупорядоченного С-концевого домена.

3. Присутствие ионов Са2+ и Мп2+ оказывает влияние на ход взаимодействия ДНК с белком НМОВ1, вызывая нарушения структуры комплексов, отличные от эффекта повышения ионной силы растворителя.

4. Одновременное взаимодействие с ДНК НМОВ-белков и гистона Н1 не носит конкурентного характера. Оно стимулирует формирование в растворе упорядоченных надмолекулярных структур. Ход этого процесса зависит от присутствия в среде ионов двухвалентных металлов.

Научная новизна и научно-практическая ценность работы.

В рамках данной работы была экспериментально показана возможность параллельного использования методов инфракрасной (ИК) и ультрафиолетовой (УФ) спектроскопии для изучения ДНК-белковых комплексов. Были впервые получены и проанализированы спектры оптической активности в ИК диапазоне (вибрационный круговой дихроизм - ВКД) систем, содержащих белок НМОВ1. Нами, также впервые, была эсуществлена прямая визуализация комплексов НМОВ-ДНК в растворе методом сканирующей силовой микроскопии.

В ходе исследования была показана возможность формирования высоко упорядоченных надмолекулярных структур ДНК под влиянием НМОВ-белков. Остановлено, что взаимодействие Н1УЮВ1 с ДНК проходит в два этапа. На первом этапе при ,1алых соотношениях белок/ДНК доминирующая роль в формировании комплекса финадлежит ДНК-белковому взаимодействию. При этом взаимодействующие компоненты фетерпевают конформационные превращения: увеличивается степень а-спиральности ДНК-вязывающего домена белка НМСВ1, а ДНК претерпевает локальные изменения, ызывающис ее компактизацию. Увеличение содержания белка в комплексе сопровождается [ереходом к кооперативным взаимодействиям НМОВ1 с ДНК, характеризующимся ильными белок-белковыми взаимодействиями. Этот второй этап связывания Н1уГСВ1 с ДНК тличается качественными перестройками структуры комплекса. Образующиеся при этом в авновесных условиях комплексы характеризуются меньшим числом центров ДНК-елкового взаимодействия, каждый из которых представляет собой локальный сложный [НК-белковый комплекс, формирующийся под воздействием белок-белковых заимодействий.

В работе показано, что ионы двухвалентных металлов Са2+ и Мп2+ оказывают /ществеиное и различное влияние на ход взаимодействия ДНК с белком НМОВ1. становлено, что действие этих ионов отлично от эффекта увеличения ионной силы 1створителя и приводит к нарушению локальной структуры ДНК-белковых комплексов, зтя влияние каждого из этих ионов имеет свою специфику.

Для анализа роли отдельных доменов негистонового белка НМОВ1 в образовании его мплексов с ДНК, в работе был использован рекомбинантный белок НМ01-(А+В), пленный анионной С-концевой последовательности нативного белка Н1УЮВ1. Комплексы этого рекомбинантного белка с ДНК обладали необычно высокой степенью структурной упорядоченности, что проявлялось в их аномально высокой оптической активности. Эти данные достаточно убедительно свидетельствуют о том, что неструктурированный С-концевой домен молекулы НМОВ1 может обладать функцией регулятора активности не только белок-белковых, но и ДНК-белковых взаимодействий.

Полученные в работе результаты важны для понимания связи между свойствами полимерных молекул белка НМОВ1 и ДНК, структурой их комплексов и функционированием хроматина в живой клетке. На основании полученных результатов предложены модели возможного воздействия на ДНК со стороны белков, содержащих два и более НМОВ-доменов, объясняющие некоторые особенности строения и функционирования таких белков.

Апробация работы. Материалы диссертации докладывались на 5-й Всероссийской конференции студентов-физиков и молодых ученых (Екатеринбург, 1999 г. Диплом I Степени), II Съезде биофизиков России (Москва, 1999 г), XIII Всероссийском симпозиуме 'Структура и функции клеточного ядра" (С-Петербург, 1999 г), Школе-конференции 'Горизонты физико-химической биологии" (Пущино, 2000 г), Международной конференции ю проблемам конформации, модификаций и узнавания ДНК в биомедицине (Брно, 2000), Международной конференции по структуре и взаимодействию ДНК (Брно, 2000), 3-м Европейском биофизическом конгрессе (Мюнхен, 2000), Всероссийском симпозиуме ¡Клеточная биология на пороге XXI века» (Санкт-Петербург, 2000), конференции студентов [ аспирантов (Санкт-Петербург, 2000), 7-ой Всероссийской конференции студентов-физиков I молодых учёных (Санкт-Петербург, 2001. Диплом I Степени), 5-ой Пущинской онференции молодых учёных (Пущино, 2001. Диплом II Степени), Открытом юбилейном еминаре кафедры молекулярной биофизики СПбГУ (Санкт-Петербург, 2001), Международной конференции "ДНК в хроматине: на стыке биологии, биофизики и еномики" (Аркашон, Франция, 2002), 6-й Пущинской школе-конференции молодых ученых Биология-Наука XXI века" (Пущино, 2002), XIV Международном биофизическом конгрессе эуэнос-Айрес, 2002), 6-м Международном симпозиуме по биоорганической химии (1СВС-6, оронто, 2002), 6-й Европейской конференции по бионеорганической химии (Е1Л10В1С-6, 'опенгаген, 2002).

По теме работы опубликовано 5 статей в реферируемых российских и зарубежных аучных журналах.

Диссертация изложена на 182 страницах, содержит 59 рисунков и 4 таблицы. Список ятируемой литературы включает 266 наименований.

Заключение диссертации по теме «Высокомолекулярные соединения», Поляничко, Александр Михайлович

ОСНОВНЫЕ ВЫВОДЫ.

I. Установлено, что взаимодействие белка Н1УЮВ1 с ДНК в растворе протекает в два этапа. При малом соотношении белок:ДНК доминирующая роль в формировании комплекса принадлежит непосредственно ДНК-белковым взаимодействиям. При увеличении содержания белка в пробе наступает второй этап кооперативного связывания, характеризующийся усилением белок-белковых взаимодействий.

I. Присутствие в среде ионов Са2+ и Мп2+ вызывает возмущение локальной структуры комплексов и приводит к нарушению кооперативных взаимодействий белка с ДНК.

3. С-концевой домен молекулы НМОВ1 может служить регулятором активности не только белок-белковых, но и ДНК-белковых взаимодействий. В его отсутствии ДНК-связывающие домены белка НД/ГСВ1 проявляют способность к формированию высокоупорядоченных надмолекулярных ДНК-белковых структур.

Совместное действие на ДНК гистона Н1 и негистонового белка НМОВ1 стимулирует активное образование надмолекулярных структур и не носит признаков конкурентного связывания. Присутствие ионов Мп2+ приводит к ослаблению ДНК-белковых взаимодействий в системе, тогда как ионы Са2+ ведут к стимуляции сборки упорядоченных надмолекулярных структур.

Заключение.

В ходе работы для изучение структуры ДНК-белковых комплексов удалось бъединить методы инфракрасной и ультрафиолетовой спектроскопии. Такой подход в очетании с использованием методов атомной силовой микроскопии и аналитического льтрацентрифугирования позволил существенно расширить интерпретацию полученных анных. Было установлено, что во взаимодействии белка HMGB1 с ДНК в растворе можно ыделить два основных этапа. На первом этапе, при малых соотношениях белок:ДНК оминирующая роль в формировании комплекса принадлежит ДНК-белковым заимодействиям. При увеличении содержания белка в пробе наступает второй этап, арактеризующийся преобладанием в системе белок-белковых взаимодействий.

В работе показано, что взаимодействия первого этапа сопровождаются повышением тепени а-спиральности ДНК-связывающего домена белка HMGB1. На этой стадии система арактеризуется наличием большого числа независимых участков связывания белка с ДНК. 1ереход ко второму этапу связывания обусловлен началом кооперативного взаимодействия IMGB1 с ДНК. Данный переход сопровождается качественными перестройками структуры омплекса. На второй стадии система характеризуется наличием меньшего числа центров (НК-белкового взаимодействия, каждый из которых представляет собой сложный ДНК-елковый комплекс, формирующийся под действием белок-белковых взаимодействий. 1оказано, что структурные преобразования ДНК в комплексе при переходе к этапу ооперативного взаимодействия приводят к её значительной компактизации и являются труктурной предпосылкой к трансфекционной активности комплексов ДНК с белком IMGB1.

По результатам данной работы было установлено, что присутствие в среде ионов Са2+ : Мп оказывает существенное влияние на ход взаимодействия ДНК с белком HMGB1. 1есмотря на различный характер взаимодействия данных ионов с компонентами комплекса, ;ействие обоих в целом приводит к нарушению локальной структуры комплексов. Было акже показано, что действие ионов кальция на ход комплексообразования осуществляется ;вумя путями. С одной стороны, ионы Са экранируют отрицательные заряды фосфатных рупп ДНК и С-коцевого домена белка HMGB1, ослабляя их взаимные электростатические заимодействия. С другой стороны, ионы Са взаимодействуют с HMGB-доменами белка, [зменяя их структуру и ДНК-связывающие свойства. Совместное действие обоих факторов [риводит хаотичным белок-белковым взаимодействиям и усилению агрегации макромолекул растворе.

Действие ионов Мп на комплексообразование носит иной характер. Нами было становлено, что присутствие ионов марганце не приводит к изменениям в структуре белка. месте с тем, благодаря способности взаимодействовать как с фосфатными группами, так и с снованиями ДНК, ионы Мп2+ приводят к заметным изменениям структуры двойной пирали. Было показано, что ионы марганца способны образовывать хелатные комплексы дновременно с фосфатными группами и основаниями ДНК, однако в последнем случае заимодействие устанавливается при посредничестве молекул воды.

Установлено, что нарушения в структуре ДНК, вызванные её связыванием с белком IMGB1, индуцируют взаимодействия ионов Мп с основаниями ДНК по малой бороздке войной спирали. Присутствие в среде данных ионов приводит к нарушению кооперативных заимодействий белка, и вызывает перераспределение белковых молекул на цепи ДНК. Это [риводит к возврату системы на первую (некооперативную) стадию ДНК-белковых заимодействий.

В работе было показано, что неструктурированный С-концевой домен молекулы 1MGB1 обладает функцией регулятора активности не только белок-белковых, но и ДНК ¡елковых взаимодействий. В отсутствие С-коцевой регуляторной последовательности, ДНК-вязывающие домены белка HMGB1 проявляют способность к формированию ысокоупорядоченных надмолекулярных ДНК-белковых структур. Несмотря на то, что (анная способность является характерной особенностью HMGB-мотива, её проявление ависит от условий среды, и, в частности, от ионной силы и ионного состава раствора. Так ювышение концентрации NaCl от 15 до 150 мМ ведёт к активизации этих процессов, а фисутствие в среде ионов двухвалентных металлов - к их ослаблению.

Указанная особенность HMGB-доменов раскрывает молекулярные предпосылки к >еализации структурных функций регуляторных белков, содержащих последовательности из юскольких HMGB-доменов. Полученные нами данные свидетельствуют, что необходимость фисутствия ионов

Са2+ в среде для успешной трансфекции комплексов HMGBl-ДИК, ¡ероятнее всего, обусловлен особенностями мембранного транспорта и биохимических фоцессов внутри клетки, но не несёт в себе структурных функций.

В работе экспериментально показано, что совместное действие на ДНК гистона HI и тегистонового белка HMGB1 не может быть сведено к аддитивной сумме действий >тдельных компонентов. Установлено, что взаимодействие не носит конкурентного характера, а напротив обладает признаками кооперативного взаимодействия HMGB1 с ДНК, з присутствии гистона HI. Было показано, что присутствие ионов двухвалентных металлов усиливает процессы конденсации в системе, однако зависит от характера связывания ионов с [ЩК. Так добавление марганца приводит к ослаблению ДНК-белковых взаимодействий в сомнлексе, в то время как кальций стимулирует сборку упорядоченных надмолекулярных структур. Выявлен равновесный характер изучавшихся комплексов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Поляничко, Александр Михайлович, 2003 год

1. Alberts В., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D. Molecular biology of the cell. / Third edition. Garland Publishing, Inc. New-York & London. 1994. - P. 335-399 (1406).

2. Grunstein M. Histones as regulators of genes. // Sci. Am. 1992. - V. 267, - N. 4. - P. 6874.

3. Smith M.M. Histone structure and function. // Curr. Opin. Cell Biol. 1991. - V. 3. - P. 429-437.

4. Чихиржина E.B., Воробьёв В.И. Линкерные гистоны: конформационные превращения и роль в организации структуры хроматина. // Цитология. 2002. - Т. 44, - Вып. 8. - С. 721-736.

5. Noll М., Kornberg R.D. Action of micrococcal nuclease on chromatin and the location of histone HI. // J. Mol. Biol. 1977. - V. 109, - N. 3. - P. 393-404.

6. An W, Leuba SH, van Holde K, Zlatanova J. Linker histone protects linker DNA on only one side of the core particle and in a sequence-dependent manner. // Proc Natl Acad Sci USA. 1998. - V. 95, - N. 7. - P. 3396-3401.

7. Arents G, Burlingame RW, Wang ВС, Love WE, Moudrianakis EN. The nucleosomal core histone octamer at 3.1 A resolution: a tripartite protein assembly and a left-handed superhelix. // Proc Natl Acad Sci USA. 1991. - V. 88, - N. 22. - P. 10148-10152.

8. Luger K, Mader AW, Richmond RK, Sargent DF, Richmond TJ. Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution. // Nature. 1997. - V. 389, - N. 6648. - P. 251-260.

9. Bustin M. Regulation of DNA-Dependent Activities by the Functional Motifs of the High-Mobility-Group Chromosomal Proteins. // Mol. Cell. Biol. 1999. - V. 19, - N. 8. - P. 5237-5246

10. Luger K, Richmond TJ. The histone tails of the nucleosome. // Curr Opin Genet Dev. -1998.-V. 8,-N. 2.-P. 140-146.

11. Varga-Weisz P., Blank Т., Becker P. Energy-dependent chromatin accessibility and nucleosome mobility in cell-free system. // EMBO J. 1995. - V. 14, - N. 10. - P. 22092216.

12. Gross D.S., Garrard W.T. Nuclease hypersensitive sites in chromatin. // Ann. Rev. Biochem. 1988.-V. 57,-P. 159-198.

13. Zlatanova J, Leuba SH, Yang G, Bustamante C, van Holde K. Linker DNA accessibility in chromatin fibers of different conformations: a réévaluation. // Proc Natl Acad Sci USA. -1994. V. 91, - N. 12. - P. 5277-5280.

14. Beato M, Eisfeld K. Transcription factor access to chromatin. // Nucleic Acids Res. 1997. -V. 25,-N. 18.-P. 3559-3563.

15. Golding A, Chandler S, Ballestar E, Wolffe AP, Schlissel MS. Nucleosome structure completely inhibits in vitro cleavage by the V(D)J recombinase. // EMBO J. 1999. - V. 18,-N. 13.-P. 3712-3723.

16. Travers A.A. DNA bending and nucleosome positioning. // Trends Biochem. Sci. 1987. -V. 12,-P. 108-112.

17. Carruthers LM, Hansen JC. The core histone N termini function independently of linker histones during chromatin condensation. // J Biol Chem. 2000. - V. 275, - N. 47. - P. 37285-37290.

18. Wu J, Grunstein M. 25 years after the nucleosome model: chromatin modifications. // Trends Biochem Sci. 2000. - V. 25, - N. 12. - P. 619-623.

19. Crane-Robinson C., Staynov D.Z., Baldvin J.P. Histone HI and its role in chromatin. // Comm. Mol. Cell. Biophys. 1984. - V. 2, - N. - P. 219-265.

20. Bartolome S, Bermudez A, Daban JR. Internal structure of the 30 nm chromatin fiber. // J Cell Sci.- 1994,-V. 107, Pt. 11.-P. 2983-2992.

21. Bermudez A, Bartolome S, Daban JR. Partial denaturation of small chromatin fragments: direct evidence for the radial distribution of nucleosomes in folded chromatin fibers. // J Cell Sci. 1998. - V. 111, - Pt. 12. - P. 1707-1715.

22. Zhou YB, Gerchman SE, Ramakrishnan V, Travers A, Muyldermans S. Position and orientation of the globular domain of linker histone H5 on the nucleosome. // Nature. -1998. V. 395, - N. 6700. - P. 402-405.

23. Schiessel H., Gelbart W.M., Bruinsma R. DNA folding: structural and mechanical properties of the two-angle model for chromatin. // Biophys J. 2001. - V. 80, - N. 4. - P. 1940-1956.

24. Thoma F., Koller Th., Klug A. Involvement of histone HI in the organization of the nucleosome and of the salt-dependent superstructures of chromatin. // J. Cell. Biol. 1979. -V. 83,-Pt. l.-P. 403-427.

25. Clark D.J., Thomas J.O. Salt-dependent cooperative interaction of histone HI with linear DNA. // J. Mol. Biol. 1986. - V. 187, N. 4. - P. 569-580.

26. Dworetzky A., Wright F.M., Lian В., Stein C., Penman D„ Stein G.C. Sequence-specific DNA are components of a nuclear matrix-attachment site. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1992. V. 89, - N. 9. - P. 4178-4182.

27. Turner B.M. Histone acetylation and control of gene expression. // J. Cell. Sci. 1991. - V. 99,-Pt. l.-P. 13-20.

28. Bradbury E.M. Reversible histone modifications and the chromosome cell cycle. // Bioessays. 1992. - V. 14, - N. 1. - P. 9-16.

29. Thremethick D.J. Drew H.R. High mobility group proteins 14 and 17 can space nucleosomes w v/Yro. //J. Biol. Chem. 1993. - V. 268, -N. 15.-P. 11389-11393.

30. Travers A. DNA-protein interactions. / Chapman & Hall, London-Glasgow-New York-Tokyo-Melbourne-Madras. 1994. - P. 158-176 (188).

31. Suto RK, Clarkson MJ, Tremethick DJ, Luger K. Crystal structure of a nucleosome core particle containing the variant histone H2A.Z. // Nat Struct Biol. 2000. - V. 7, - N. 12. - P. 1121-1124.

32. Караванов А.А., Афанасьев Б.Н. Негистоновые белки хроматина. // Мол. Биол. 1983. - Т. 17, - Вып. 2. - С. 217-233.

33. Peterson J.L, McConkey Е.Н. Non-histone chromosomal proteins from HeLa cells. A survey by high resolution, two-dimensional electrophoresis. // J Biol Chem. 1976. - V. 251,-N. 2.-P. 548-554.

34. Elgin S.C.R., Bonner J. Partial fractionation and chemical characterization of the major nonhistone chromosomal proteins. // Biochemistry. 1972. - V. 11, - N. 5. - P. 772-781.

35. Phillips I.R., Shephard E.R., Stein J.L, Kleinschmith L.J., Stein G.S. Nuclear protein kinase activities during the cell cycle of HeLa S3 cells. // Biochim Biophys Acta. 1979. - V. 565, -N. 2.-P. 326-346.

36. Johns E.W. The HMG chromosomal proteins. / Academic Press Inc., London. 1982. -(213)

37. Bianchi M.E., Beltrame M. Upwardly mobile proteins. Workshop: the role of HMG proteins in chromatin structure, gene expression and neoplasia. // EMBO Rep. 2000. - V. 1, - N. 2. -P. 109-114.

38. Bustin M. Revised nomenclature for high mobility group (HMG) chromosomal proteins. // Trends Biochem Sci. 2001. - V. 26, - N. 3. - P. 152-153.

39. Hock R, Scheer U, Bustin M. Chromosomal proteins HMG-14 and HMG-17 are released from mitotic chromosomes and imported into the nucleus by active transport. // J Cell Biol. 1998. - V. 143, - N. 6. - P. 1427-1436.

40. Bustin M. Chromatin unfolding and activation by HMGN(*) chromosomal proteins. // Trends Biochem Sci. 2001. - V. 26, - N. 7. - P. 431-437.

41. Aravind L. and Landsman D. AT-hook motifs identified in a wide variety of DNA-binding proteins. // Nucl. Acid Res. 1998. - V. 26, - N. 19. - P. 4413-4421.

42. Reeves R., Beckerbauer L. HMGI/Y proteins: flexible regulators of transcription and chromatin structure. // Biochim.Biophys. Acta Gene Structure and Expression. - 2001. -V. 1519,-N. 1-2.-P. 13-29

43. Reeves R. Molecular biology of HMGA proteins: hubs of nuclear function. // Gene. 2001. -V. 277,-N. 1-2.-P. 63-81.

44. Bustin M., Lehn D.A., Landsman D. Structural features of the HMG chromosomal proteins and their genes. // Biochim. Biophys. Acta. 1990. - V. 1049, - N. - P. 231-243.

45. Kuehl,L., Salmond,B., Tran,L. Concentrations of highmobility-group proteins in the nucleus and cytoplasm of several rat tissues. // J. Cell Biol. 1984. - V. 99, - P. 648-654.

46. Baxevanis A.D., Landsman D. The HMG-1 box protein family: classification and functional relationships. //Nuc. Acids Res. 1995. - V. 23. - P. 1604-1613.

47. Einck L., Bustin M. intracellular distribution and function of the high mobility group chromosomal proteins. // Exp Cell Res. 1985. - V. 156. - P. 295-310.

48. Seyedin S.M., Pehrson J.R., Cole D. Loss of chromosomal high mobility group proteins HMG1 and HMG2 when mouse neuroblastoma and Friend erytholeukemia cell become committed to differentiation. // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1981. - V. 78. - P. 5988-5992.

49. Lund T., Holtlund J., Fredriksen M., Laland S.G. On the presence of two new high mobility group-like proteins in HeLa S3 cells. // FEBS Lett. 1983. - V. 152. - P. 163-167.

50. Mosevitsky M.I., Novitskaya V.A., Iogannsen M.G., Zabezhinsky M.A. Tissue specificity of nucleocytoplasmic distibution of HMG1 and HMG2 proteins and their probable funtions. // Eur. J. Biochem. 1989. - V. 185. - P. 303-310.

51. Bonne-Andrea C., Harper F., Puvion E., Delpech M., De Rcondo A.M. Nuclear accumulation of HMG1 protein is correlated to DNA synthesis. // Biol Cell. 1986. - V. 58, -N. 3. - P. 185-194.

52. Tsuda K., Kikichi M„ Mori K., Waga S., Yoshida M. Pimari structure of non-histone protein HMG1 revealed by the nucleotide sequence. // Biochemistry. 1988. - V. 27. - P. 61596153.

53. Pentecost D., Dixon G.H. Isolation and partial sequence of bovine cDNA clones for the high-mobility-group protein (HMG-1). // Biosci Rep. 1984. - V. 4. - P. 49-57.

54. Kaplan D.J., Duncan C.H. (1988) "Full length cDNA sequence for bovine high mobility group 1 (HMG1) protein. // Nucl. Acids Res. 1988. - V. 16. - P. 10375.

55. Wen L., Huang J.K., Johnson B.H., Reeck J.R. A human placental cDNA clone that encodes nonhistone chromosomal protein HMG-1. // Nucl. Acids Res. 1989. - V. 17. - P. 11971214.

56. Reeck G.R., Isackson P.J., Teller D.C. Domain structure in high molecular mass high mobility group nonhistone chomatin proteins. // Nature. 1982. - V. 300. - P. 675-676.

57. Majumdar,A., Brown,D., Kerby,S., Rudzinski,I., Polte,T., Randhawa,Z. and Seidman,M.M. (1991) Sequence of human HMG2 cDNA Nucleic Acids Res. 19 (23), 6643.

58. Bianchi M.E., Falciola L., Ferrari B., Lilley D.M.J. The DNA binding site of HMG1 is composed of two similar segments (HNG boxes) both of which have counterparts in other eucariotic regulatory proteins. // EMBO J. 1992. - V. 11. - P. 1055-1063.

59. Cary P.D., Turner C.H., Mayer E., Crane-Robinson C. Conformation and domain structure of the non-histine chromosomal proteins HMG1 and 2. Isolation of two folded fragments from HMG1 and 2. // Eur. J. Biochem. 1983. -V. 131. - P. 367-374.

60. Stros M., Vorlikova M. Non-histone chromosomal protein HMG1 reduces the histone H5-induced changes in c.d. spectra of DNA: the acidic C-terminus of HMG1 is necessary for binding to H5. // Int J Biol Macromol. 1990. - V. 12. - P. 282-288.

61. Kohlstaedt E.A., Sung E.C., Fujishige A., Cole R.D. Non-histone chromosomal protein HMG1 modulates the histone Hl-induced condensation of DNA. // J Biol Chem. 1987. -V.262.-P. 524-526.

62. Kohlstaedt L.A., Cole R.D. Specific interaction between HI histone and high mobility protein HMG1. // Biochemistry. 1994. V. 33. - P. 570-575.

63. Kohlstaedt E.A., Cole R.D. Effect of pH on interactions between DNA and high-mobility group protein HMG1. // Biochemistry. 1994. - V. 33. - P. 12702-12707.

64. Stros M., Stokova J., Thomas J.O. DNA looping by the HMG-box domains of HMG1 and modulation of DNA binding by the acidic C-terminal domain. // Nucl. Acids Res. 1994. -V. 22.-P. 1044-1051.

65. Read C.M., Cary P.D., Crane-Robinson C., Driscale P.C., Norman D.G. Solution structure of a DNA-binding domain from HMG-1. // Nucl. Acids Res. 1993. - V. 21. - P. 34273436.

66. Weir H.M., Kraulis P.J., Hill C.S., Raine A.R.C., Laue E.D., Thomas J.O. Structure of the HMG box motif in the B-domain in the HMG-1. // EMBO J. 1993. - V. 12. - P. 13111319.

67. Jones D.N., Searles M.A., Shaw G.L., Churchill M.E., Ner S.S., Keeler J., Travers A., Neuhaus D. The solution structure and dynamics of the DNA-binding domain of HMG-D from Drosophila melanogaster. // Structure. 1994. - V. 2. - P. 609-627.

68. Cary PD, Read CM, Davis B, Driscoll PC, Crane-Robinson C. Solution structure and backbone dynamics of the DNA-binding domain of mouse Sox-5. // Protein Sei. 2001. -V. 10,-N. l.-P. 83-98.

69. Xu Y, Yang W, Wu J, Shi Y. Solution Structure of the First HMG Box Domain in Human Upstream Binding Factor. // Biochemistry. 2002. - V. 41, - N. 17. - P. 5415-5420.

70. Werner M.H., Huth J.R., Gronenborn A.M., Clore G.M. Molecular basis of human 46X, Y sex reversal revealed from the three-dimensional solution structure of the human SRY-DNA complex. // Cell. 1995. - V. 81. - P. 705-714.

71. Love J. J., et al. Structural basis for DNA bendin by architectural transcription factor LEF-1. //Nature. 1995. -V. 376. - P. 791-795.

72. Castagne C, Murphy EC, Gronenborn AM, Delepierre M. 31P NMR analysis of the DNA conformation induced by protein binding SRY/DNA complexes. // Eur J Biochem. 2000. -V. 267,-N. 4.-P. 1223-1229.

73. Murphy EC, Zhurkin VB, Louis JM, Cornilescu G, Clore GM. Structural basis for SRY-dependent 46-X,Y sex reversal: modulation of DNA bending by a naturally occurring point mutation. // J Mol Biol. 2001. - V. 312, - N. 3. - P. 481-499.

74. Kuehl L., Rechsteiner M., Wu L. Relationship between the structure of chromosomal protein HMG1 and its accumulation in the cell nucleus. // J Biol Chem. 1985. - V. 260. -P. 10361-10368.

75. Landsman D., Bustin M. A signature for the HMG-1 box DNA binding proteins. // BioEssays. 1993. - V. 15. - P. 539-546.

76. Baxevanis A.D., Bryant S.H., Landsman D. Homology model building of the HMG-1 box structural domain. // Nucl. Acids Res. 1995. - V. 23. - P. 1019-1029.

77. Jantzen H.-M., Admon A., Bell S.P., Tjian R. Nucleolar transcription factor hUBF contains a DNA-binding motif with homology to HMG proteins. // Nature. 1990. - V. 344. - P. 830-836.

78. Grosshedl R., Giese K., Pagel J. HMG domain proteins: architectural elements in assembly nucleoprotein structures. // Trends Genet. 1994. - V. 10. - P. 94-100.

79. Ner S. HMGs everywhere. // Curr. Biol. 1992. - V. 2. - P. 208-210.

80. Laudent V., Stehelin P., Clevers H. Ancestry and diversity of the HMG box super family. // Nucl. Acids Res. 1993. - V. 21. - P. 2493-2501.

81. Parisi M.A., Clayton D.A. Similarity of human mitochondrial transcription factor 1 to high mobility group proteins. // Science 1991. - V. 252. - P. 965-969.

82. Diffley J.F.X., Stillman B. A close relative of the nuclear, chromosomal high-mobility group protein HMG1 in yeast mitochondria. // Proc Natl Acad Sci USA.- 1991. V. 88. -P. 7864-7868.

83. Kolodrubetz D., Haggren W., Burgum A. Amino-terminal sequence of a Saccharomyces cerevisiae nuclear protein, NHP6, shows significant identity to bovine HMG1. // FEBS Lett. 1988. - V. 238.-P. 175-179.

84. Kolodrubetz D., Burgum A. Duplicated NHP6 genes of Saccharomyces cerevisiae encode proteins homologous to bovine high mobility group protein 1. // J Biol Chem. 1990. - V. 265.-P. 3234-3239.

85. Bruhn S.L., Phil P.M., Eissigman J.M., Houseman D.E., Lippard S.J. // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993. - V. 89. - P. 2307.

86. Shirakata M., Huppi K., Okazaki K„ Youshida K., Sakano H. HMG1-related DNA-binding protein isolated with V-(D)-J recombination signal probes. // Mol Cell Biol. 1991. - V. 11. -P. 4528-4536.

87. Isackson P.J., Fishback J.L., Bidney D.L., Reeck G.R. Preferential affinity of high molecular weight high mobility group non-histone chromatin proteins for single-stranded DNA. // J. Biol. Chem. 1979. - V. 254. - P. 5569-5572.

88. Bonne C., Sautiere P., Duguet M., De Rcondo A.M. Identification of a single-stranded DNA binding protein with high mobility group protein 1. // J. Biol. Chem. 1982. - V. 257. - P. 2722-2725.

89. Hamada H., Bustin M. Hierarchy of binding sites of chromosomal proteins HMG1 and 2 in supercoiled deoxyribonucleic acid. // Biochemistry. 1985. - V. 24. - P. 14281433.

90. Dodgson J.B., Browne D.L.,Black A.J. Chicken chromosomal protein HMG-14 and HMG-17 cDNA clones: isolation, characterization and sequence comparison. // Gene. 1988. - V. 63.-P. 287-295.

91. Bustin M., Soares N. Differential binding of chromosomal proteins HMG1 and HMG2 to superhelical DNA. // Biochem Biophys Res Commun. 1985. - V. 133. - P. 633-640.

92. Bianchi M.E. Interaction of a protein from rat liver nuclei with criciform DNA. // EMBO J. 1988. - V. 7. - P. 843-849.

93. Bianchi M.E., Beltrame M., Paonessa G. Specific recognition of cruciform DNA by nuclear protein HMG1. // Science. 1989. - V. 243. - P. 1056-1059.

94. Sheflin L.G., Spaulding S.W. High mobility group protein 1 preferentially conserves torsion in negatively supercoiled DNA. // Biochemistry. 1989. - V. 28. - P. 5658-5664.

95. Bustin M., Reeves R High-mobility-group chromosomal proteins: architectural components that facilitate chromatin function. // Prog. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. 1996. - V. 54. - P. 35-100.

96. Brown J.W., Anderson J.A. The binding of the chromosomal protein HMG2-a to DNA regions of reduced stabilities. // J. Biol. Chem. 1986. - V. 261. - P. 1349-1354.

97. Yoshida M., Shimura K. Unwinding of DNA by nonhistone chromosomal protein (HMG1+2) from pig thimus as determined with endonuclease. // J. Biochem. 1984. - V. 95.- P. 117-124.

98. Yoshida M. High glutamic and aspartic region in nonhistone protein HMG(l+2) unwinds DNA double helical structure. // J Biochem. 1987. - V. 101. - P. 175-180.

99. Wisniewski J.R., Schultze E. High affinity interaction of dipteran high mobility group (HMG) proteins 1 with DNA is modulated by COOH-terminal regions flanking the HMG box domain. // J. Biol. Chem. 1994. - V. 269, - N. 14. - P. 10713-10719.

100. Hill D.A., Pedulla M.L., Reeves R. Directional binding of HMG-I(Y) on four-way junction DNA and the molecular basis for competetive binding with HMG1 and histone HI. // Nucl. Acids Res. 1999. - V. 27. - P. 2135-2144.

101. Bianchi M.E. Prokaryotic HU and eukaryotic HMG1: a kinked relationship. // Mol. Microbiol. 1994. - V. 14. - P. 1 -5.

102. Bianchi M.E., Lilley D.M.J. DNA-protein interactions. Applying a genetic cantilever. // Nature. 1995. - V. 375. - P. 532.

103. Falciola L., Murchie A.I.H., Lilley D.M.J., Bianchi M.J. Mutational analysis of the DNA binding domain A of chromosomal protein HMG1. // Nucl. Acids Res. 1994. - V. 22. - P. 285-292.

104. Bonnefoy E., Takahashi M., Yaniv J.R. DNA-binding parameters of the HU protein of Escherichia coli to cruciform DNA. // J Mol Biol. 1994. - V. 242. - P. 116-129.

105. Lilley D.M.J. HMG has DNA wrapped up. //Nature. 1992. - V. 357. - P. 282-283.

106. Chow C.S., Barnes C.M., Lippard S.J. A single HMG domain in high-mobility group 1 protein binds to DNAs as small as 20 base pairs containing the major cisplatin adduct. // Biochemistry. 1995. - V. 34. - P. 2956-2964.

107. Pill P.M., Lippard S.J. Specific binding of chromosomal protein HMG1 to DNA damaged by the anticancer drug c/splatin. // Science. 1992. - V. 256. - P. 234-237.

108. Bellon S.F., Lippard S.J. Bending studies of DNA site-specifically modified by cisplatin, trans-diamminedichloroplatinum(II) and cis-Pt(NH3)2(N3-cytosine)Cl.+. // Biophys Chem. 1990. -V. 35.-P. 179-188.

109. Locker D., Decoville M., Maurizot J.C., Bianchi M.E., Leng M. J. Interaction between cisplatin-modified DNA and the HMG boxes of HMG 1: DNase I footprinting and circular dichroism. // J. Mol. Biol. 1995. - V. 246. - P. 243-247.

110. Chao JC, Wan XS, Engelsberg BN, Rothblum LI, Billings PC. Intracellular distribution of HMG1, HMG2 and UBF change following treatment with cisplatin. // Biochim Biophys Acta. 1996. - V. 1307, - N. 2. - P. 213-219.

111. Chaney SG, Vaisman A. Specificity of platinum-DNA adduct repair. // J Inorg Biochem. 1999.-V. 77, N. 1-2.-P. 71-81.

112. King C.-Y., Weiss M.A. The SRY high-mobility-group box recognizes DNA by partial intercalation in the minor groove: a topological mechanism of sequence specificity. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1993. - V. 90. - P. 11990-11994.

113. Read C.M., Cary P.D., Crane-Robinson C., Driscoll P.C., Carrillo M.O.M., Normann D.G. The structure of the HMG box and its interaction with DNA. // Nucl. Acids Mol. Biol. -1995.-V. 9.-P. 222-250.

114. Ohndort U.M., Rould M.A., He Qing., Pabo C.O., Lippard S.J. Basis for recognition of c/.splatin-modified DNA by high-mobility-group proteins. // Nature. 1999. - V. 399. - P. 708-712.

115. Bewley C.A., Gronenborn A.M., Clore G.M. Minor groove-binding architectural proteins: structure, function, and DNA recognition. // Annu Rev Biophys Biomol Struct. 1998. - V. 27.-P. 105-31.

116. Stros M., Reich J., Kolibalova A. Calcium binding to HMG1 protein induces DNA looping by the HMG-box domains. // FEBS Lett. 1994. - V. 344. - P. 201-206.

117. Hu C.H., McStay B., Jeong S.-W., Reeder R.H. xUBF, an RNA polymerase I transcription factor, binds crossover DNA with low sequence specificity. // Mol. Cell Biol. 1994. - V. 14.-P. 2871-2882.

118. Bazett-Jones D.P., Leblane B., Herfort M., Moss T. Short-range DNA looping by the Xenopus HMG-box transcription factor, xUBF. // Science. 1994. - V. 264. - P. 11341137.

119. Ramstein J.,Locker D., Bianchi M.E., Leng M. Domain-domain interactions in high mobility group 1 protein (HMG1). // Eur. J. Biochem. 1999. - V. 260. - P. 692-700.

120. Grasser K.D., Teo S.-H., Lee K.-2B., Broadhurst R.W., Rees C., Hardman C.H., Thomas J.O. DNA-binding properties of the tandeem HMG boxes of High-mobility-group protein 1 (HMG1). //Eur. J. Biochem. 1998. -V. 253. - P. 787-795.

121. Saito K., Kikuchi T., Shirakawa H., Yoshida M. The stabilized structural array of two HMGl/2-boxes endowed by linker sequence between them is requisite for the effective binding of HMG 1 with DNA. // J. Biochem. 1999. - V. 125. - P. 399-405.

122. Stros M. DNA bending by the chromosomal protein HMG1 and its high mobility group box domains. Effect of flanking sequences. // J Biol Chem. 1998. - V. 273. - P. 10355-10361.

123. Ferrari S., Harley V.R., Pontiggia A., Goodfellow P.N., Lovell-Badge R., Bianchi M.E. SRY, like HMG1, recognizes sharp angles in DNA // EMBO J. 1992. - V. 11. - P. 44974506.

124. Pontiggia A., Rimini R., Harley V.R., Goodfellow P.N., Lovell-Badge R., Bianchi M.E. Sex-reversing mutations affect the architecture of SRY-DNA complexes. // EMBO J. -1994,-V. 13.-P. 6115-6124.

125. Tremethick D.J., Molloy P.L. Effects of high mobility group proteins 1 and 2 on initiation and elongation of specific transcription by RNA polymerase II in vitro. II Nucl. Acids Res. -1988.-V. 16.-P. 11107-11123.

126. Watt F., Molloy P.L. High mobility group proteins 1 and 2 stimulate binding of specific transcription factor to the adenovirus major late promoter. // Nucl. Acids Res. 1988. - V. 16.-P. 1471-1485.

127. Wisniewski J.R., Schulze E., Sapetto B. DNA binding and nuclear translocation of insect high-mobility-group-protein-1 (HMG1) proteins are inhibited by phosphorylation. // Eur. J. Biochem. 1994. - V. 225. - P. 687-693.

128. Alami-Ouahabi N., Veillux S., Meistrich M.L., Boissonneault G. The testis-specific HMG protein, a phosphorilation-dependent DNA-packaging factor of elongating and condensing spermatides. // Mol. Cell. Biol. 1996. -V. 16. - P. 3720-3729.

129. Yumoto Y., Shirakawa H., Yoshida M., Suwa A., Watanabe F., Teraoka H. High mobility group proteins 1 and 2 can function as DNA-binding regulatory components for DNA-dependent protein kinase in vitro. II J. Biochem. 1998. - V. 124. - P. 519-527.

130. Jose M., Puigdomenech P., Palau J. Studies on the stability of the higher-order structure of rat liver chromatin containing high-mobility-group-proteins. // Eur. J. Biochem. 1987. - V. 163.-P. 347-352.

131. Javaherian K., Lin L.F., Wang J.C. Nonhistone proteins HMG1 and HMG2 change the DNA helical structure. // Science. 1978. -V. 199. - P. 1345-1346.

132. Mathis D.J., Kindelis A., Spadafora C. HMG proteins (1 + 2) form beaded structures when complexed with closed circular DNA. // Nucl. Acids Res. 1980. - V. 8. - P. 2577-2590.

133. Bernues J., Querol E. Non-random reconstitution of HMG1 and HMG2 in chromatin. Determination of the histone contacts. // Biochim Biophys Acta. 1989. - V. 1008. - P. 5261.

134. Zlatanova J., K. van Holde Linker histones versus HMG1/2: if struggle for dominance? // BioEssays. 1998. - V. 20. - P. 584-588.

135. Zlatanova J., van Holde K.E. Histone HI and transcription: still an enigma? // J Cell Sci. -1992.-V. 103.-P. 889-895.

136. Onate S.A., Prendergarst P., Wagner J.P., Nessen M., Reeves R., Pettijohn D.E., Edwards D.P. The DNA-bending protein HMG-1 enhances progesterone receptor binding to its target DNA sequences. // Mol. Cell Biol. 1994. - V. 14. - P. 3376-3391.

137. Tremethick D.J., Molloy P.L. High mobility group proteins 1 and 2 stimulate transcription in vitro by RNA polymerases II and III. // J Biol Chem. 1986. - V. 261. - P. 6986-6992.

138. Singh J., Dixon G.H. High mobility group proteins 1 and 2 function as general class II transcription factors. // Biochemistry. 1990. - V. 29. - P. 6295-6302.

139. Ge H„ Roeder R.G. The high mobility group protein HMG1 can reversibly inhibit class II gene transcription by interaction with the TATA-binding protein. // J. Biol. Chem. 1994. -V. 269.-P. 17136-17140.

140. Seltzer G., Goppelt A., Lottspeich F., Meisterernst M. // Moll. Cell. Biol. 1994. - V. 14. -P. 4712.

141. Giese K., Amsterdam A., Grosschedl R. DNA-binding properties of the HMG domain of the lymphoid-specific transcriptional regulator LEF-1. // Genes Dev. 1991. - V. 5. - P. 25672578.

142. Nasrin N., Buggs C., Kong X.F., Carnazza J., Goebl M., Alexander-Bridges M. DNA-binding properties of the product of the testis-determining gene and a related protein. // Nature. 1991. -V. 354. - P. 317-320.

143. Kim J.L., Nikolov D.B., Burley S.K. Co-crystal structure of TBP recognizing the minor groove of a TATA element. // Nature. 1993. - V. 365. - P. 520-527.

144. Kim Y.C., Geiger J.H., Hahn S., Sigler P.B. Crystal structure of a yeast TBP/TATA-box complex. //Nature. 1993. -V. 365. - P. 512-520.

145. Starr D.B., Hawley D.K. TFIID binds in the minor groove of the TATA box. // Cell. 1991. - V. 67, - N. 6. - P. 1231-1240.

146. Seeman N.C., Rosenberg J.M., Rich A. Sequence-specific recognition of double helical nucleic acids by proteins. // Proc Natl Acad Sei USA. 1976. - V. 73. - P. 804-808.

147. Read C.M., Cary P.D., Preston N.S., Lenicek-Allen M., Crane-Robinson C. The DNA sequence specificity of HMG boxes lies in the minor wing of the structure. // EMBO J. -1994.-V. 13.-P. 5639-5646.

148. Harley V.R., Jackson D.I., Hextall P.J., Hawkins J.R., Berkovitz G.D.,Sokanathan S., Lovell-Badge R., Goodfellow P. DNA binding activity of recombinant SRY from normal males and XY females. // Science. 1992. - V. 255. - P. 453-456.

149. Reeves R., Nissen M.S. The A.T-DNA-binding domain of mammalian high mobility group I chromosomal proteins. A novel peptide motif for recognizing DNA structure. // J. Biol. Chem. 1990. -V. 265. - P. 8573-8582.

150. Crane-Robinson C., Read C.M., Cary P.D., Driscoll P.C., Dragan A.I., Privalov P.L. The Energetics of HMG Box Interactions with DNA. Thermodynamic Description of the Box from Mouse Sox-5. // J. Mol. Biol. 1998. - V. 281, - N. 4. - P. 705-717.

151. Jelesarov I., Crane-Robinson C., Privalov P.L. The Energetics of HMG Box Interactions with DNA: Thermodynamic Description of the Target DNA Duplexes. // J. Mol. Biol. -1999.- V. 294,- N. 4. P. 981-995.

152. Privalov P.L., Jelesarov I., Read C.M., Dragan A.I., Crane-Robinson C. The Energetics of HMG Box Interactions with DNA: Thermodynamics of the DNA Binding of the HMG Box from Mouse Sox-5. // J. Mol. Biol. 1999. - V. 294, - N. 4. - P. 997-1013.

153. Duguet M., De Recondo A.M. A deoxyribonucleic acid unwinding protein isolated from regenerating rat liver. Physical and functional properties. // J Biol Chem. 1978. - V. 253. -P. 1660-1666.

154. Alexandrova E.A., Marekov L.N., Beltchev B.G. Involvement of protein HMG1 in DNA replication.//FEBS Lett. 1984.-V. 178.-P. 153-155.

155. Alexandrova E.A., Betchev B.G. Acetylated HMG1 protein interacts specifically with homologous DNA polymerase alpha in vitro. // Biochem Biophys Res Commun. 1988. -V. 154.-P. 918-927.

156. Stoute J.A., Marzluff W.F. HMG-proteins 1 and 2 are required for transcription of chromatin by endogenous RNA polymerase. // Biochem Biophys Res Commun. 1982. -V. 107.-P. 1279-1284.

157. Giese K., Kingley C., Kirshner J.R., Grosschedl R. Assembly and function of a TCR alpha enhancer complex is dependent on LEF-1-induced DNA bending and multiple proteinprotein interactions. // Genes Dev. 1995. - V. 9. - P. 995-1008.

158. Tjian R., Maniatis T. Transcriptional activation: a complex puzzle with few easy pieces. // Cell.-1994.-V. 77.-P. 5-8.

159. Paul T.T., Haykinson M.J., Johnson R.C. The nonspecific DNA-binding and -bending proteins HMG1 and HMG2 promote the assembly of complex nucleoprotein structures. // Genes & Development. 1993. - V. 7. - P. 1521-1534.

160. Paull T.T., Johnson R.C. DNA looping by Saccharomyces cerevisiae high mobility group proteins NHP6A/B. Consequences for nucleoprotein complex assembly and chromatin condensation. // J. Biol. Chem. 1995. - V. 270. - P. 8744-8754.

161. Travers A.A., Ner S.S., Churchill M.E.A. DNA chaperones: a solution to a persistence problem? // Cell. 1994. - V. 77. - P. 167-169.

162. Sullivan G.J. and McStay B. Dimerization and HMG box domains 1-3 present in Xenopus UBF are sufficient for its role in transcriptional enhancement. // Nucl. Acids Res. 1998. -V. 26,-N. 15.-P. 3555-3561.

163. Shykind B.M., Kim J., Sharp P. A. Activation of the TFIID-TFIIA complex with HMG-2. // Genes Dev. 1995. - Y. 9, - N. 11. - P. 1354-65.

164. Wagner JP, Quill DM, Pettijohn DE. Increased DNA-bending activity and higher affinity DNA binding of high mobility group protein HMG-1 prepared without acids // J Biol Chem. 1995. - V. 270, N. - 13. - P. 7394-7398.

165. Zwilling S., Konig H., Wirth T. High mobility group protein 2 functionally interacts with the POU domains of octamer transcription factors. // EMBO J. 1995. - V. 14, - N. 6. - P. 1198-208.

166. Jayaraman L. High mobility group protein-1 (HMG-1) is a unique activator of p53. // Genes Dev.- 1998.-Y. 12.-P. 462-472.

167. Abraham E, Arcaroli J, Carmody A, Wang H, Tracey KJ. HMG-1 as a mediator of acute lung inflammation. // J Immunol. 2000. - V. 165, - N. 6. - P. 2950-2954.

168. Agnello D, Wang H, Yang H, Tracey KJ, Ghezzi P. HMGB-1, a DNA-binding protein with cytokine activity, induses brain TNF and IL-6 production, and mediates anorexia and taste aversion. // Cytokine. 2002. - V. 18, - N. 4. - P. 231-236.

169. Carrozza M.J., Deluca N. The high mobility group protein 1 is a coactivator of herpes simplex virus ICP4 in vitro. // J. Virology. 1998. - V. 72, - N. 8. - P. 6752-6757.

170. Scaffidi P., Misteli Т., Bianchi M.E. Release of chromatin protein HMGB1 by necrotic cells triggers inflammation. // Nature. 2002. - V. 418, - N. 6894. - P. 191-195.

171. Цветков B.H., Эскин B.E., Френкель С.Я. Структура макромолекул в растворах. / М., Наука. 1964. - С. (диффузия: 354-420; центрифугирование: 421-498 (720).

172. Волькенштейн М.В. Молекулы и жизнь. / М., Наука. 1965.

173. Болотина И.А., Волькенштейн М.В., Мисюк Л.И. Изучение структуры лизоцима и его комплекса с тримером N-ацетилглюкозамина методом дисперсии оптического вращения. // Мол. Биол. 1969. - Т. 3. - С. 662.

174. Hashizume Н., Shiraki М., Imahori К. Study of circular dichroism of proteins and polypeptides in relation to their backbone and side chain conformations. // J. Biochem. -1967.-V. 62.-P. 543.

175. Holzwarh G„ Doty P. Ultraviolet CD of polypeptides. // J. Am. Chem. Soc. 1965. - V. 87. - P. 218.

176. Brahms J. Circular dichroism investigations о the two conformations of polyriboadenylic acid. // Nature. 1964. - V. 202. - P. 797.

177. Brahms J. Optical activity and the conformation of polynucleotide models of nucleic acids. // J. Mol. Biol. 1964. - V. 11. - P. 785.

178. Brahms J. Circular dichroism of helical polynucleotide chains. // Proc. Roy. Soc. 1967. -A297.-P. 150.9.